CN113337625B - 一种检测杧果细菌性角斑病菌的引物组及方法和应用 - Google Patents
一种检测杧果细菌性角斑病菌的引物组及方法和应用 Download PDFInfo
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Abstract
本发明公开了一种检测杧果细菌性角斑病菌的引物组及方法和应用,包括引物对XcmU1‑FR、XcmU2‑FR和XcmU3‑FR,其核苷酸序列分别如SEQ ID NO.1~2、SEQ ID NO.3~4和SEQ ID NO.5~6所示。利用上述特异性引物进行扩增,得到扩增产物,扩增产物进行凝胶电泳,依据凝胶电泳结果进行判断:若能扩增出大小分别为297bp、237bp和357bp的产物中的任意一条或多条产物,则认为该样品中存在杧果细菌性角斑病菌。本发明引物用于检测杧果细菌性角斑病菌具有操作简单、结果快捷准确的特点。
Description
技术领域
本发明属于分子生物学技术领域,具体涉及一种检测杧果细菌性角斑病菌的引物组及方法和应用。
背景技术
杧果,也叫芒果,是一种十分重要的热带经济水果,主要栽培于热带和亚热带地区,在世界范围内被广泛种植。杧果细菌性角斑病是由杧果细菌性角斑病菌(Xanthomonascitri pv.mangiferaeindicae,Xcm)引起,是一种严重威胁杧果安全生产的细菌性病害,在全世界杧果种植区内均有发生,发病时会造成杧果产量严重下降、品质严重降低。杧果细菌性角斑病的防治目前主要是以早期的预防为主,但由于发病早期,其病斑特征不明显,容易错过最佳的防控时机,导致发病后难以控制,造成严重的经济损失。因而,开发一种方便、快捷、灵敏、准确的鉴定杧果细菌性角斑病菌的方法对有效防治杧果细菌性角斑病具有重要的作用。
聚合酶链式反应(PCR)是一种用于放大扩增特定的DNA片段的分子生物学技术,它可看作是生物体外的特殊DNA复制,通过温度变化控制DNA的变性和复性,加入设计引物、DNA聚合酶、dNTPs就可以完成特定基因的体外复制。PCR的最大特点就是较大的扩增能力和极高的灵敏度,这项技术广泛应用于生物学的各个方面。
发明内容
本发明的目的在于提供一种针对杧果细菌性角斑病菌的引物组,并采用聚合酶链式反应进行检测,具有操作简单、结果快捷准确、灵敏度高的特点。
本发明具体通过以下技术方案实现:
一种检测杧果细菌性角斑病菌的引物组,包括引物对XcmU1-FR、XcmU2-FR和XcmU3-FR,分别为:
正向引物:
XcmU1-F:5’-CCTCCGCAAAGGACCATGAGT-3’;
XcmU2-F:5’-ACCTCGTTGGCTTCAGAGTG-3’;
XcmU3-F:5’-GACTGTCGATGGAGGCGTAG-3’;
反向引物:
XcmU1-R:5’-GCTCTCCTCGAAGCCTTGATCG-3’;
XcmU2-R:5’-CGGTCTTGTCCCAGACAGTG-3’;
XcmU3-R:5’-ACAAACAGGGCAACGAAAGC-3’。
所述引物对XcmU1-FR、XcmU2-FR和XcmU3-FR的扩增产物大小分别为297bp、237bp和357bp。
在本发明的另一方面,提供了一种检测杧果细菌性角斑病菌的方法,包括以下步骤:
1)提取待检测样品的总DNA;
2)以待检测样品总DNA为模板,利用引物对XcmU1-FR、XcmU2-FR和XcmU3-FR分别进行PCR扩增;
3)扩增产物进行凝胶电泳,依据凝胶电泳结果进行判断:若能扩增出大小分别为297bp、237bp和357bp的产物中的任意一条或多条产物,则认为该样品中存在杧果细菌性角斑病菌。
进一步的,所述的PCR扩增体系为:待检测样品总DNA 1~3μL,引物各0.2μL,10mMdNTPs 0.2μL,EasyTaq DNAPolymerase 0.2μL,10×EasyTaq Buffer 2.0μL,ddH2O 14.2~16.2μL,总体系为20μL。
进一步的,所述的PCR扩增程度为:95℃8min;95℃30s,60℃30s,72℃30s,30个循环;72℃10min。
在本发明的另一方面,还提供了上述引物对在检测杧果细菌性角斑病菌中的应用。
有益效果
本发明将特异性检测引物用于检测杧果细菌性角斑病菌的方法操作简单、结果快捷准确,是基于分子水平上的一项检测技术,杧果细菌性角斑病病菌DNA的最低检测浓度为:0.3771ng/μL。
附图说明
图1是本发明实施例1引物的电泳结果;其中,1:以杧果细菌性角斑病菌的总DNA为模板,引物XcmU1-FR的扩增产物;2:以杧果细菌性角斑病菌的总DNA为模板,引物XcmU2-FR的扩增产物;3:以杧果细菌性角斑病菌的总DNA为模板,引物XcmU3-FR的扩增产物;
图2是本发明6个不同杧果细菌性角斑病菌株的PCR检测结果;其中,M:100bp plusDNA Marker;1-6:以杧果细菌性角斑病菌6个不同菌株的总DNA为模板,引物XcmU1-FR的扩增产物;7-12:以杧果细菌性角斑病菌6个不同菌株的总DNA为模板,引物XcmU2-FR的扩增产物;13-18:以杧果细菌性角斑病菌6个不同菌株的总DNA为模板,引物XcmU3-FR的扩增产物;
图3是本发明引物的特异性检测结果;其中,M:100bp plus DNA Marker;1-5:以杧果细菌性角斑病菌、水稻细菌性条斑病菌GX01菌株、水稻白叶枯病菌PXO99A菌株、十字花科黑腐病菌8004菌株、大肠杆菌各自的总DNA为模板,引物XcmU1-FR的扩增产物;6-10:以杧果细菌性角斑病菌、水稻细菌性条斑病菌GX01菌株、水稻白叶枯病菌PXO99A菌株、十字花科黑腐病菌8004菌株、大肠杆菌各自的总DNA为模板,引物XcmU2-FR的扩增产物;11-15:以杧果细菌性角斑病菌、水稻细菌性条斑病菌GX01菌株、水稻白叶枯病菌PXO99A菌株、十字花科黑腐病菌8004菌株、大肠杆菌各自的总DNA为模板,引物XcmU3-FR的扩增产物;
图4是本发明引物的灵敏度检测结果;其中,M:100bp plus DNA Marker;1-8:以杧果细菌性角斑病菌总DNA为模板,浓度分别为377.1ng/μL、37.71ng/μL、3.771ng/μL、0.3771ng/μL、3.771×10-2ng/μL、3.771×10-3ng/μL、3.771×10-4ng/μL、3.771×10-5ng/μL,引物XcmU1-FR的扩增产物;9-16:以杧果细菌性角斑病菌总DNA为模板,浓度分别为377.1ng/μL、37.71ng/μL、3.771ng/μL、0.3771ng/μL、3.771×10-2ng/μL、3.771×10-3ng/μL、3.771×10-4ng/μL、3.771×10-5ng/μL,引物XcmU2-FR的扩增产物;17-24:以杧果细菌性角斑病菌总DNA为模板,浓度分别为377.1ng/μL、37.71ng/μL、3.771ng/μL、0.3771ng/μL、3.771×10-2ng/μL、3.771×10-3ng/μL、3.771×10-4ng/μL、3.771×10-5ng/μL,引物XcmU3-FR的扩增产物;
图5是本发明疑似感病样品的PCR检测结果;其中,M:100bp plus DNA Marker;1、2:分别以杧果细菌性角斑病菌、疑似感病样品研磨液稀释液的总DNA为模板,引物XcmU1-FR的扩增产物;3、4:分别以杧果细菌性角斑病菌、疑似感病样品研磨液稀释液的总DNA为模板,引物XcmU2-FR的扩增产物;5、6:分别以杧果细菌性角斑病菌、疑似感病样品研磨液稀释液的总DNA为模板,引物XcmU3-FR的扩增产物。
具体实施方式
下面将结合本发明具体的实施例,对本发明技术方案进行清楚、完整地描述,显然,所描述的实施例仅仅是本发明一部分实施例,而不是全部的实施例。基于本发明中的实施例,本领域普通技术人员在没有做出创造性劳动前提下所获得的所有其他实施例,都属于本发明保护的范围。
下述实施例中所涉及的仪器、试剂、材料等,若无特别说明,均为现有技术中已有的常规仪器、试剂、材料等,均可通过正规商业途径获得。下述实施例中所涉及的实验方法,检测方法等,若无特别说明,均为现有技术中已有的常规实验方法,检测方法等。
实施例1反应条件构建
PCR扩增的最佳反应体系为:待检测样品总DNA 1~3μL,正向引物0.2μL,反向引物0.2μL,dNTPs(10mM)0.2μL,EasyTaq DNA Polymerase 0.2μL,10×EasyTaqBuffer 2.0μL,ddH2O 14.2~16.2μL。反应总体系为20μL。PCR扩增的程序为:95℃8min,95℃30s,60℃30s,72℃30s,72℃10min,共30个循环。反应结束后,置于1.5%琼脂糖凝胶电泳,110V,30min。
扩增产物进行凝胶电泳,依据凝胶电泳结果进行判断:若能扩增出大小分别为297bp、237bp和357bp的产物中的任意一条或多条产物,则认为该样品中存在杧果细菌性角斑病菌。引物扩增的正确结果如图1所示。
实施例2特异性验证
分别以杧果细菌性角斑病菌的6个不同的菌株的总DNA为模板,用实施例1条件进行PCR扩增,产物进行凝胶电泳,实验结果如图2所示。
再分别以杧果细菌性角斑病菌、水稻细菌性条斑病菌GX01菌株、水稻白叶枯病菌PXO99A菌株、十字花科黑腐病菌8004菌株、大肠杆菌各自的总DNA为模板,用实施例1条件进行PCR扩增,产物进行凝胶电泳,实验结果如图3所示。
实验结果表明,杧果细菌性角斑病菌的6个不同的菌株都能检测出目的条带(如图2),而水稻细菌性条斑病菌GX01菌株、水稻白叶枯病菌PXO99A菌株、十字花科黑腐病菌8004菌株、大肠杆菌都不能检测出目的条带(如图3),说明本发明提到的杧果细菌性角斑病菌的特异引物的特异性很好。
实施例3灵敏度验证
将杧果细菌性角斑病菌总DNA样品以10倍系列稀释,用实施例1条件进行PCR扩增,产物进行凝胶电泳,实验结果如图4所示。
本发明所能检测的杧果细菌性角斑病菌总DNA最低浓度为:0.3771ng/μL。本发明所述检测方法的具有很高的灵敏性。
实施例4样品检测
用实施例1的PCR方法对收集到的疑似杧果细菌性角斑病感病样品进行检测,反应体系内1~3μL的总DNA可直接由1~3μL的样品研磨液或研磨液的稀释液代替。
实验结果表明,稀释了100倍的疑似样品研磨液的PCR产物能特异检测出和对照样品一致的目的条带(如图5),说明本发明所述的特异性引物检测结果准确性高,适合杧果细菌性角斑病菌的鉴定。
尽管已经示出和描述了本发明的实施例,对于本领域的普通技术人员而言,可以理解在不脱离本发明的原理和精神的情况下可以对这些实例进行多种变化、修改、替换和变型,本发明的范围由所附权利要求及其等同物限定。
序列表
<110> 广西大学
<120> 一种检测杧果细菌性角斑病菌的引物组及方法和应用
<160> 6
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 1
cctccgcaaa ggaccatgag t 21
<210> 2
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 2
gctctcctcg aagccttgat cg 22
<210> 3
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 3
acctcgttgg cttcagagtg 20
<210> 4
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 4
cggtcttgtc ccagacagtg 20
<210> 5
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 5
gactgtcgat ggaggcgtag 20
<210> 6
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 6
acaaacaggg caacgaaagc 20
Claims (5)
1.一种检测杧果细菌性角斑病菌的引物组,其特征在于,包括引物对XcmU1-FR、XcmU2-FR和XcmU3-FR,其核苷酸序列分别如SEQ ID NO.1~2、SEQ ID NO.3~4和SEQ ID NO.5~6所示。
2.一种检测杧果细菌性角斑病菌的方法,其特征在于,包括以下步骤:
1)提取待检测样品的总DNA;
2)以待检测样品总DNA为模板,利用引物对XcmU1-FR、XcmU2-FR和XcmU3-FR分别进行PCR扩增;所述引物对XcmU1-FR、XcmU2-FR和XcmU3-FR核苷酸序列依次如SEQ ID NO.1~2、SEQ ID NO.3~4和SEQ ID NO.5~6所示;
3)扩增产物进行凝胶电泳,依据凝胶电泳结果进行判断:若能扩增出大小分别为297bp、237bp和357bp的产物中的任意一条或多条产物,则认为该样品中存在杧果细菌性角斑病菌。
3.根据权利要求2所述的一种检测杧果细菌性角斑病菌的方法,其特征在于,所述的PCR扩增体系为:待检测样品总DNA 1~3μL,引物各0.2μL,10mM dNTPs 0.2μL,EasyTaq DNAPolymerase 0.2μL,10×EasyTaq Buffer 2.0μL,ddH2O 14.2~16.2μL,总体系为20μL。
4.根据权利要求2所述的一种检测杧果细菌性角斑病菌的方法,其特征在于,所述的PCR扩增程序为:95℃8min;95℃30s,60℃30s,72℃30s,30个循环;72℃10min。
5.权利要求1所述的引物组在检测杧果细菌性角斑病菌中的应用。
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