CN112852956B - 一种用于指导人高血脂用药的试剂盒 - Google Patents
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Abstract
本发明提供一种用于指导人高血脂用药的试剂盒，该试剂盒可同时对18个基因位点进行SNP分型，包括用于检测18个基因位点的18对扩增引物，所述18对扩增引物的序列如SEQ ID NO.1～36所示。本发明通过对降血脂药物相关的存在个体差异的基因进行深入研究，筛选出了适合中国人群的位点，因此本试剂盒特别适用于中国人群中的高血脂患者；通过采用测序手段对药物在特定个体的基因层面上进行药代动力学、不良反应风险评估等分析，进而为医生和患者在众多的降脂药物中提供一定的选择参考意见，因此具有非常重要的临床指导意义。相对于荧光定量PCR法和基因芯片，本发明还大大降低了实验成本及周期，具有非常重要的实际应用价值。
Description
技术领域
本发明涉及试剂盒领域，更具体地涉及一种用于指导人高血脂用药的试剂盒。
背景技术
心血管病是导致中国人口死亡的重要原因，而高血脂是诱发心血管疾病的危险因素之一。高血脂是指血清总胆固醇升高和低密度脂蛋白胆固醇(LDL-C)异常升高。降血脂药物众多，总的来说降脂的原理包括1、降低脂质的吸收，或促进脂质随粪便排出；2、抑制脂质的体内合成，或促进脂蛋白分解和甘油三酯的水解。就药物分类来说，临床上使用的药物可分为三大类：他汀类药物；贝特类药物；以及烟酸类药物。其中他汀类药物因药效显著是目前最广泛使用的药物类型。
目前市面上关于他汀类降血脂药的基因检测较多，检测方法以荧光定量PCR法和基因芯片最为常见。荧光定量PCR法的通量低，就消费级基因检测来说难以同时处理大量样本。基因芯片法虽满足高通量，但使用昂贵的芯片进行测序，大大增加了测序成本。
测序结果的分析依据(即从SNP分型到用药推荐)的过程依托药物基因组学数据库和相关的中外研究。目前已有的大部分高血脂用药发明专利多关注几个早已发现的位点，缺乏最新的研究数据和贴近中国人群(东亚人群)的数据，用药指导意义上可能有所不足。
发明内容
本发明的目的是提供一种用于指导人高血脂用药的试剂盒，从而解决现有技术中荧光定量PCR法通量低而难以同时处理大量样本、基因芯片通量高但测序成本较高、其它现有技术检测位点不全因此指导意义不够的问题。
为了解决上述技术问题，本发明采用以下技术方案：
根据本发明的一个优选方案，提供一种用于指导人高血脂用药的试剂盒，该试剂盒可同时对18个基因位点进行SNP分型，所述试剂盒包括用于检测18个基因位点的18对扩增引物，所述18对扩增引物的序列如SEQ ID NO.1～36所示。
优选地，所述试剂盒还包括用于鉴定所述18个基因位点突变的18条延伸引物，所述18条延伸引物的序列如SEQ ID NO.37～54所示。
根据本发明的一个特别优选方案，提供一种用于指导人高血脂用药的试剂盒，包含12个基因的18个SNP位点，其中，检测的基因位点、突变类型、所用引物序列、引物浓度信息如下所示：
1)ABCB1 rs1045642(G--->A，野生型为G，突变型为A，下同)
PCR扩增引物/终浓度：
SEQ ID NO.1：ACGTTGGATGTTGCCTATGGAGACAACAGC(上游引物，下同)(0.8-1μM)
SEQ ID NO.2：ACGTTGGATGAAGGCATGTATGTTGGCCTC(下游引物，下同)(0.8-1μM)
核酸质谱延伸引物/终浓度：
SEQ ID NO.37：GTGGTGTCACAGGAAGAGAT(8.71-8.91μM)
2)ABCB1 rs2032582(C--->A/T)
PCR扩增引物/终浓度：
SEQ ID NO.3：ACGTTGGATGAGTAAGCAGTAGGGAGTAAC(1-1.2μM)
SEQ ID NO.4：ACGTTGGATGGTCTGGACAAGCACTGAAAG(1-1.2μM)
核酸质谱延伸引物/终浓度：
SEQ ID NO.38：TGTGACTCACCTTCCCAG(7.33-7.63μM)
3)ABCG2 rs2231142(G--->T)
PCR扩增引物/终浓度：
SEQ ID NO.5：ACGTTGGATGCGTCATAGTTGTTGCAAGCC(1-1.2μM)
SEQ ID NO.6：ACGTTGGATGTGATGTTGTGATGGGCACTC(1-1.2μM)
核酸质谱延伸引物/终浓度：
SEQ ID NO.39：AGAGCTGCTGAGAACT(6.44-6.64μM)
4)APOE rs429358(C--->T)
PCR扩增引物/终浓度：
SEQ ID NO.7：ACGTTGGATGCTGTCCAAGGAGCTGCAGG(1-1.2μM)
SEQ ID NO.8：ACGTTGGATGGAGCATGGCCTGCACCTCG(1-1.2μM)
核酸质谱延伸引物/终浓度：
SEQ ID NO.40：CCCCTCGGACATGGAGGACGTG(9.55-9.76μM)
5)APOE rs7412(C--->T)
PCR扩增引物/终浓度：
SEQ ID NO.9：ACGTTGGATGACCTGCGCAAGCTGCGTAAG(1-1.2μM)
SEQ ID NO.10：ACGTTGGATGGCCCCGGCCTGGTACACTG(1-1.2μM)
核酸质谱延伸引物/终浓度：
SEQ ID NO.41：GCCGATGACCTGCAGAAG(7.65-7.85μM)
6)CETP rs5882(A--->G)
PCR扩增引物/终浓度：
SEQ ID NO.11：ACGTTGGATGCTTACGAGACATGACCTCAG(1-1.15μM)
SEQ ID NO.12：ACGTTGGATGGCATTTGATTGGCAGAGCAG(1-1.15μM)
核酸质谱延伸引物/终浓度：
SEQ ID NO.42：GCAGGAAGCTCTGGA(5.86-6.06μM)
7)CYP2C9 rs1057910(A--->C)
PCR扩增引物/终浓度：
SEQ ID NO.13：ACGTTGGATGTGTCACAGGTCACTGCATGG(1-1.2μM)
SEQ ID NO.14：ACGTTGGATGCTACACAGATGCTGTGGTGC(1-1.2μM)
核酸质谱延伸引物/终浓度：
SEQ ID NO.43：GTGGGGAGAAGGTCAA(6.64-6.94μM)
8)CYP3A4 rs2242480(C--->T)
PCR扩增引物/终浓度：
SEQ ID NO.15：ACGTTGGATGGCAGGAGGAAATTGATGCAG(1μM)
SEQ ID NO.16：ACGTTGGATGTGCTAAGGTTTCACCTCCTC(1μM)
核酸质谱延伸引物/终浓度：
SEQ ID NO.44：GGACCAATAAGGTGAGTGGATG(9.64-9.84μM)
9)CYP3A4 rs2740574(T--->C)
PCR扩增引物/终浓度：
SEQ ID NO.17：ACGTTGGATGATGAGGACAGCCATAGAGAC(1-1.2μM)
SEQ ID NO.18：ACGTTGGATGATCAGAAACTCAAGTGGAGC(1-1.2μM)
核酸质谱延伸引物/终浓度：
SEQ ID NO.45：CAGAAAGCCATAGAGACAAGGGCA(10.38-10.58μM)
10)CYP3A4 rs35599367(G--->A)
PCR扩增引物/终浓度：
SEQ ID NO.19：ACGTTGGATGCTCCTTGATCTCAGAGGTAG(1-1.35μM)
SEQ ID NO.20：ACGTTGGATGGTTATCAGGTGCCAGTGATG(1-1.35μM)
核酸质谱延伸引物/终浓度：
SEQ ID NO.46：CTCCATCACACCCAG(5.44-5.64μM)
11)CYP3A5 rs776746(C--->T)
PCR扩增引物/终浓度：
SEQ ID NO.21：ACGTTGGATGGTAATGTGGTCCAAACAGGG(1-1.2μM)
SEQ ID NO.22：ACGTTGGATGACCCAGCTTAACGAATGCTC(1-1.2μM)
核酸质谱延伸引物/终浓度：
SEQ ID NO.47：CCAAACAGGGAAGAGATA(7.52-7.82μM)
12)HMGCR rs17244841(A--->T)
PCR扩增引物/终浓度：
SEQ ID NO.23：ACGTTGGATGCAGGTATTCAAGATACAAAG(1-1.2μM)
SEQ ID NO.24：ACGTTGGATGCCTGGGAAACAAAGTGAGAC(1-1.2μM)
核酸质谱延伸引物/终浓度：
SEQ ID NO.48：AAGTATGATTGTAATATAAAGGATTT(11.16-11.26μM)
13)LEPR rs1137101(G--->A)
PCR扩增引物/终浓度：
SEQ ID NO.25：ACGTTGGATGCAAACTCAACGACACTCTCC(1-2μM)
SEQ ID NO.26：ACGTTGGATGATGGGCTGAACTGACATTAG(1-2μM)
核酸质谱延伸引物/终浓度：
SEQ ID NO.49：TCACCTCTGGTGGAGTAATTTTCC(10.00-10.31μM)
14)LIPC rs1800588(C--->T)
PCR扩增引物/终浓度：
SEQ ID NO.27：ACGTTGGATGTGCTTGTGGTCAAAGTGTGG(1-1.2μM)
SEQ ID NO.28：ACGTTGGATGAGGGCATCTTTGCTTCTTCG(1-1.2μM)
核酸质谱延伸引物/终浓度：
SEQ ID NO.50：GGTGAAGAAAACCCTTCACCCCC(9.75-9.95μM)
15)MTHFR rs1801133(G--->A)
PCR扩增引物/终浓度：
SEQ ID NO.29：ACGTTGGATGCTTGAAGGAGAAGGTGTCTG(1-1.2μM)
SEQ ID NO.30：ACGTTGGATGCTTCACAAAGCGGAAGAATG(1-1.2μM)
核酸质谱延伸引物/终浓度：
SEQ ID NO.51：GAGCAGGTGTCTGCGGGAG(8.24-8.44μM)
16)SLCO1B1 rs2306283(G--->A)
PCR扩增引物/终浓度：
SEQ ID NO.31：ACGTTGGATGACAAGTGGATAAGGTCGATG(1-1.2μM)
SEQ ID NO.32：ACGTTGGATGGATGTTCTTACAGTTACAGG(1-1.2μM)
核酸质谱延伸引物/终浓度：
SEQ ID NO.52：GATGTTGAATTTTCTGATGAAT(9.51-9.71μM)
17)SLCO1B1 rs4149015(A--->G)
PCR扩增引物/终浓度：
SEQ ID NO.33：ACGTTGGATGGTGTGAAGATATATGTATG(1-1.2μM)
SEQ ID NO.34：ACGTTGGATGATGCATCCTCACATTACCAC(1-1.2μM)
核酸质谱延伸引物/终浓度：
SEQ ID NO.53：ATGTATACATATATACACACTTTTAC(10.74-11.04μM)
18)SLCO1B1 rs4149056(T--->C)
PCR扩增引物/终浓度：
SEQ ID NO.35：ACGTTGGATGCCAATGGTACTATGGGAGTC(1-1.2μM)
SEQ ID NO.36：ACGTTGGATGAATCTGGGTCATACATGTGG(1-1.2μM)
核酸质谱延伸引物/终浓度：
SEQ ID NO.54：GTAAGCATATTACCCATGAAC(8.74-9.04μM)
优选地，所述试剂盒的多重PCR扩增的反应体系如下：
优选地，所述试剂盒还包括iPLEX延伸反应体系，所述iPLEX延伸反应体系如下：
根据本发明所提供的试剂盒采用飞行时间质谱技术进行基因分型，通过分析高血脂症患者SNP，即可为其提供用药参考。
根据本发明所提供的试剂盒可用于CYP3A5 rs776746；ABCB1(包括rs1045642和rs2032582)；ABCG2 rs2231142；APOE(包括rs429358和rs7412)；CETP rs5882；CYP2C9rs1057910；CYP3A4(包括rs35599367、rs2740574和rs2242480)；HMGCRrs17244841；LEPRrs1137101；LIPC rs1800588；MTHFR rs1801133；SLCO1B1(包括rs4149056、rs2306283和rs4149015)的基因分型检测。
其中所采用的18个基因位点组合是发明人通过大量文献阅读，搜集证据，对证据进行评级，然后结合自建中国人群基因突变型数据库中基因型频率数据才最终确定的。虽然根据现有的资料记载，可以用于指导高血脂疾病用药指导的基因位点很多，但是本发明选取的18个位点是既具有丰富的临床试验证据支持，又适合中国人群遗传特征的位点。
本发明共涉及12个基因18个SNP位点，可按功能划分为药物代谢基因、药物药效基因和不良反应相关基因。CYP3A4、CYP3A5和CYP2C9是肝代谢酶P450家族三类常见的亚型，研究表明CYP家族酶的多态性对部分他汀类药物的代谢有重要的影响。药物在肝细胞中浓度还受到转运蛋白的调节，转运蛋白种类较多，有机阴离子转运肽(OATP1B1)是其中重要的一种。他汀类需要经过OATP1B1的选择性摄取，从门静脉血液中进入肝细胞而发挥降脂作用。OATP1B1的编码基因是SLCO1B1，已有研究表明SLCO1B1的特定位点的多态性能够改变OATP1B1转运能力，从而增加或者减少部分他汀类药物血浆浓度，影响药物效果或者诱发他汀类药物的肌肉毒性。ABCB1又名P-糖蛋白(P-glycoprotein,P-gp)、多药耐药蛋白1(Multidrug resistance 1,MDR1)，其编码的蛋白是一种具有广泛底物的ATP依赖性药物外排泵，与药物代谢和药物效果有一定关系。和ABCB1一样，ABCG2[ATP-binding cassettesuperfamily G(White)member 2]也是ABC(ATP-binding cassette)超家族成员之一。欧洲科学家发现该蛋白能够影响辛伐他汀、氟伐他汀等他汀药物的血药浓度水平。载脂蛋白E(ApoE)是一种血浆蛋白，参与脂质代谢和胆固醇及甘油三酯的转运。人类APOE基因有两个常见SNP：rs429358和rs7412，这两个SNP位点产生六种常见的可能的基因类型:ε2/ε2,ε2/ε3,ε2/ε4,ε3/ε3,ε3/ε4,ε4/ε4。ApoE基因多态性已被多个实验室证实能够影响ApoE基因转录和血清TC、TG水平，从而影响降血脂药物的治疗效果。CETP编码血浆胆固醇酯转移蛋白(cholesterolester transfer protein)，该蛋白是脂代谢中重要的转运蛋白之一，主要介导胆固醇的逆向转运过程，即在高密度脂蛋白(HDL)颗粒与其它脂蛋白或细胞膜之间不断地进行脂质成分交换，同时增加胆固醇从组织细胞中的流出，使其转运至肝脏。研究表明血浆CETP蛋白水平与脂质代谢平衡密切相关，同时CETP的特定SNP对于他汀类药物的治疗达标率也有影响。抗3-羟基3-甲基戊二酰辅酶A还原酶(HMGCR)，是胆固醇合成途径中的限速酶。HMGCR活性增高，肝脏合成胆固醇增多。临床证实HMGCR抑制剂(部分他汀类药物)可以降低TC、TG、LDL、VLDL的血浆浓度，提高HDL的血浆浓度。哈佛医学院研究发现HMGCR的突变等位基因携带者服用(辛伐)他汀降血脂的效果有所下降。LEPR(leptin receptor)为瘦素受体编码基因，由该基因编码的蛋白可以识别和转运瘦素。瘦素是一种和肥胖密切相关的蛋白，对血脂也有一定的调节作用。我国哈尔滨医科大学的研究人员发现LEPR的基因型能够影响HDL-C增长水平。人类肝脂肪酶(hepatic lipase gene,LIPC)是由肝实质细胞合成的一种具有磷脂酶A1和三酰甘油水解酶活性的蛋白，该酶参与血浆脂质转运中HDL的重构、LDL的代谢以及胆固醇逆向转运(reverse cholesterol transport,RCT)等过程。辉瑞公司的科研人员通过实验表明LIPC对多种降血脂药物的药效有影响；MTHFR是亚甲基四氢叶酸还原酶，影响多个生理过程。荷兰研究者发现在合并发生高血压的高血脂患者中，携带MTHFR突变基因型的患者使用普伐他汀治疗时，出现心血管不良事件的风险上升。
在18个基因位点组合确定后，发明人进一步针对每个基因位点设计专用引物，然后通过多次尝试不同的引物组合，最终选择出对绝大部分样本都可以达到18个位点精准分型，同时空白对照又没有出现异常延伸的引物组合，最终才得到具有非常显著的应用效果的试剂盒。
本发明检测多个SNP，从基因层面对高血脂药物的适用性进行分类，进而为医生选择治疗药物时提供具有一定临床意义的指导意见。应当理解的是，本检测结果仅供参考，最终给药方案仍需结合各方面情况综合确定。
本发明相对现有技术的有益效果在于：
1)本发明的基因分型手段基于单碱基延伸片段的飞行时间质谱技术，该技术平台通量大、成本较低、灵敏性和特异性不亚于其它检测手段，十分适合消费级基因检测市场。
2)在目标SNP的选择上，既包括证据等级高、研究相对早的“经典位点”，也包括最新的中外研究位点，主要以东亚人为研究对象获得。
3)在测序结果转化成为用药参考时，适当提高重要的位点的影响，以突出多种因素共同作用下的结果。
综上所述，本发明通过对降血脂药物相关的存在个体差异的基因进行深入研究，筛选出了适合中国人群的位点，因此本试剂盒特别适用于中国人群中的高血脂患者；通过采用测序手段对药物在特定个体的基因层面上进行药代动力学、不良反应风险评估等分析，进而为医生和患者在众多的降脂药物中提供一定的选择参考意见，因此具有非常重要的临床指导意义。相对于荧光定量PCR法和基因芯片，本发明还同时大大降低了实验成本及周期，因此具有非常重要的实际应用价值。
具体实施方式
以下结合具体实施例，对本发明做进一步说明。应理解，以下实施例仅用于说明本发明而非用于限制本发明的范围。
实施例1有关试剂盒的详情说明
1.1检验原理
本试剂盒流程包括三个主要环节：
1)SNP所在片段扩增：提取和纯化受试者提供的口腔上皮等组织细胞中的总DNA。设计包含SNP所在片段的引物，通过多重PCR扩增包含SNP的DNA片段(随后需要利用虾碱磷酸酶处理体系中游离的dNTP)。
2)单碱基延伸：将纯化过后的模板中加入设计好的SNP序列特异延伸引物，并用ddNTP作为原料进行单碱基延伸，该碱基在不同样本中由于存在不同SNP基因型而有所区别。
3)飞行时间质谱：将单碱基延伸产物与基质溶液按一定比例混合，干燥共结晶后经过质谱仪的真空管激光的激发，核酸分子成为带一个正电荷的离子。其它条件一致的情况下，飞行时间和离子质量成反比，通过飞行时间而获得样品分析物的精确分子量，从而检测出SNP位点的碱基信息。
1.2主要组成成分
PCR反应混合液，Taq酶，扩增引物混合液，SAP Buffer，SAP Enzyme，单碱基延伸反应混合液，iPlex Enzyme，延伸引物混合液，ddH2O，阳性对照品，脱盐树脂，质谱芯片。
1.3储存条件及有效期
本品保存于-20℃，保质期9个月。
1.4配套仪器
通用PCR仪；DR MassArray。
1.5样本要求
本品适用于从口腔黏膜细胞、口腔脱落细胞、血液、组织和干血片中提取的基因组DNA，要求DNA A260/A280比值应介于1.8到2.0之间。冷冻DNA样本应保存在-20℃以下，并且避免反复冻融。
1.6检验方法
1.6.1PCR反应
1)在PCRⅠ区，从-20℃冰箱中将各试剂(盒)取出，置于冰上(4℃)融解，再从4℃冰箱取出扩增引物，均涡旋震荡10s后简短离心，备用。
2)按表1依次加入相关试剂组分配置PCR反应混合液，并做好标记、分装至96孔板中，3μL/孔；分装完后从PCRⅠ区通过传递窗传至Ⅱ区。
表1：PCR混合液
3)在PCRⅡ区，从-20℃冰箱取出DNA模板，冰上(4℃)熔解，涡旋震荡10s后简短离心，吸出一定量DNA稀释至5ng/μL，备用。
4)向96孔板中每孔加入2μL 5ng/μL DNA模板，盖上管盖，涡旋震荡10s后简短离心，从PCRⅡ区通过传递窗传至Ⅲ区，再从PCRⅢ区通过传递窗传至Ⅳ区，每次实验时必须设定空白对照(2μLddH2O)、阴性对照(2μL DNA提取洗脱液)和阳性对照。
5)将96孔板放入扩增仪，运行程序：PCR具体程序如下：
1.6.2SAP反应
1)PCR反应结束后，根据表2在1.5mL EP管中配制SAP混液。表2的数字是以一块96孔板加上38％过剩额计算出来的。该配置过程在PCRⅠ区完成。
表2：SAP反应混合液
| SAP缓冲液 | 0.17μL CutSmart buffer(生产商NEB) |
| SAP酶 | 0.5U(生产商NEB) |
| 水 | 补齐至2μL |
SAP Buffer为本领域常规使用的配方，虾碱磷酸酶，SAP Buffer为该酶对应的缓冲液。
2)将配制好的SAP混液由PCRⅠ区传递至Ⅳ区，加2μl SAP混液到每一个孔里(加混液后总体积：7μL)。
3)把板用膜(用life的或其它公司质量较好的膜)封好，涡旋震荡和离心(4000rpm,5秒)。
4)将板放上PCR仪进行以下程序：
37℃40分钟，
85℃5分钟，
4℃保温。
1.6.3延伸反应
1)取出SAP反应板2000rpm离心1min。
2)根据表3在1.5mL管中配制iPLEX延伸混液。表3的数字是以一块96孔板加上38％过剩额计算出来的。请根据实际反应的数量调整数字。该配置过程在PCRⅠ区完成。
表3：iPLEX延伸反应液
| 单碱基延伸反应混合液(由缓冲液+acyNTPs混合) | 0.4μL(产自NEB) |
| iPlex Enzyme | 1U(产自NEB) |
| 延伸引物混合液 | 0.94μL |
| 水 | 补齐至2μL |
3)将iPLEX延伸混液由PCRⅠ区传递至Ⅳ区，每一个孔加入2μL iPLEX延伸混液并混匀(加混液后总体积：9μL)。
4)把板用膜封好，涡旋震荡和离心(4000rpm 5秒)。
5)将96孔板放上PCR仪进行以下热循环：
1.6.4调节(样本脱盐)
以下程序为一块96孔板而设，请根据实际孔的数量调节程序。戴上手套和护眼镜。
1)把洁净树脂(Resin)铺平在96/15mg凹坑板(dimple plate)上，风干最少10分钟。
注意：先用勺子将树脂铺放在板上，然后用刮板刮从左至右或从右至左刮树脂，使96个孔都被树脂填满，当96个孔都被填满后再用刮板轻轻地刮一遍并将表面残留的树脂刮下去，防止干扰下步贴膜。当树脂由深黄变为淡黄色，即表明树脂已经干的差不多了。
2)在样本板的每一个有样本的孔里加入41μL水，封膜(用普通的膜即可)，然后离心。
3)加入15mg洁净树脂(Resin)：轻轻将样本板凌空反转，放在已放树脂的凹坑板上，一定要孔对孔！然后将凹坑板连样本板一起反转(过程中两块板不可水平移动)，让树脂掉到孔里。
4)用膜(用普通的膜即可)把板封好，放在旋转器上颠倒摇匀15分钟。
5)以3200g(标准板离心机的4000rpm)将板离心5分钟。
1.6.5点样
按照Massarray Nanodispenser操作说明将PCR产物转移至芯片板。
1.6.6质谱检测
1)打开“板管理系统”软件，编辑实验计划文件，包括样本的位置，样本名称和所用的引物，连接质谱仪与所建立的实验计划文件。
2)点Start All图标，启动软件，并检查各项指示灯是否正常。
3)点击“芯片托盘进入/退出”按钮，把芯片放在托盘上，再放到芯片甲板上，记录芯片的位置(左边记为1，右边记为2)。手不要触及芯片表面；将96板放到标有MTP1/2的位置，按A1在左下角的方向放，固定好；芯片第一次使用时，在校准品加样槽内加入75μL的校正标准品，芯片非第一次使用时不需添加校正标准品。然后再点击“芯片托盘进入/退出”按钮，关闭夹板。
4)点击“添加/维持树脂”按钮，打开树脂槽，添加树脂或者补充高压灭菌纯化水(A.仪器第一次开机时需加28g树脂进入树脂槽内并加16mL灭菌纯化水混匀。B.第一次使用时把9g树脂全部倒入树脂槽内，并加入5.2mL高压灭菌纯化水，用枪头混匀。C.非第一次使用时，需观察液面，若水的液面低于树脂面，则应补充适量的高压灭菌纯化水，使得水的液面高于树脂面。D.树脂溶液加入树脂槽后，需尽快使用，且不能放置超过30天)。
5)程序设置参数如下。
6)打完质谱后，点击“从分析仪上移走旧芯片”按钮，把芯片退回芯片甲板上，然后点击“芯片托盘进入/退出”按钮，取出96孔板，封膜后于-20±5℃保存；将芯片装回包装盒内并置于除湿器内保存(芯片开启后需尽快使用，保存时间不要超过30天)，回收校正标准样品于-20±5℃保存，然后点击“芯片托盘进入/退出”按钮，关闭夹板。
1.6.7检验结果的解释
试剂盒有效性判定：标准品可以检测对应基因型，空白对照品(ddH2O)无信号检出，弱阳性对照可以检出对应阳性信号时，此次检测结果有效，否则此次检测结果无效。
1.6.8检验方法的局限性
1)本方法可能受到检测样本DNA质量的影响，如果检测样本DNA质量较差，可能出现假阴性结果。
2)本检测结果仅供临床用药参考，用于指导个体化用药，不能作为临床用药的唯一依据。
3)当本品检出对应位点的基因型为野生型时，不能排除该基因还有其它位点的突变。
1.6.9产品性能指标
本产品最低可以检出A260/A280纯度在1.70-1.90之间的1ng人类基因组DNA。
案例一：
李先生，45岁，四川绵阳人，自2017年确诊为高血脂，按医生处方，连续口服辛伐他汀药物治疗，但血脂控制不佳，血脂检测甘油三脂超标，2020年出现胸部憋闷、气短、乏力，遂至绵阳市中医院就诊，考虑到过往服用辛伐他汀血脂控制不佳，且该患者同时患有高血压，考虑到多病种药物联用的相互作用，以及不同种类与剂量的他汀降胆固醇幅度有较大差别，主治医生建议患者考虑做药物基因检测。
试剂盒检测得到如下结果。
| 基因位点 | 基因型 |
| CYP3A5 rs776746 | CT |
| ABCB1 rs1045642 | GG |
| ABCB1 rs2032582 | AC |
| ABCG2 rs2231142 | GT |
| APOE rs429358 | TT |
| APOE rs7412 | CC |
| CETP rs5882 | AG |
| CYP2C9 rs1057910 | AA |
| CYP3A4 rs35599367 | GG |
| CYP3A4 rs2740574 | TT |
| CYP3A4 rs2242480 | CT |
| HMGCR rs17244841 | AA |
| LEPR rs1137101 | GG |
| LIPC rs1800588 | CC |
| MTHFR rs1801133 | AG |
| SLCO1B1 rs4149056 | TT |
| SLCO1B1 rs2306283 | GG |
| SLCO1B1 rs4149015 | GG |
根据上面的结果，我们做出如下判读。
因此，我们可以对下列药物的使用情况进行推荐，如下表所示。
注释：1.药物代谢能力正常；2.药物代谢能力下降；3.药物代谢能力上升；4.药物效应正常；5.药物效应下降；6.药物效应上升；7.药物毒性正常；8.药物毒性下降；9.药物毒性上升。
检测结果显示：辛伐他汀CETP基因的基因型为突变杂合型(AG)，辛伐他汀降甘油三脂和升高低密度脂蛋白的效果下降，因此患者之前服用辛伐他汀血脂控制不佳。报告显示，洛伐他汀CYP3A5基因型为突变纯合型，洛伐他汀药效上升，SLCO1B1-Ⅰ为野生纯合型(TT)，洛伐他汀代谢正常。因此主治医生建议患者停用辛伐他汀，改用洛伐他汀。
李先生改用洛伐他汀进行血脂控制，连续三个月复查甘油三脂均在正常范围，且胸部憋闷、气短、乏力的现象消失，也无其它不良反应。
案例二：
马先生，39岁，饮食习惯喜食动物肝脏。三年前公司体检诊断出有高血压和高血脂症。求医治疗后，使用阿司匹林、美托洛尔和阿托伐他汀进行血压和血脂的控制。使用两周后马先生自觉偶尔出现腹痛、尿色微发黄。前去医院检查肝功能，发现血清转氨酶超标。医生建议停止使用阿托伐他汀，并进行高血脂用药基因检测。
试剂盒检测得到如下结果。
| 基因位点 | 基因型 |
| CYP3A5 rs776746 | TT |
| ABCB1 rs1045642 | GG |
| ABCB1 rs2032582 | CT |
| ABCG2 rs2231142 | TT |
| APOE rs429358 | TT |
| APOE rs7412 | CC |
| CETP rs5882 | AA |
| CYP2C9 rs1057910 | AA |
| CYP3A4 rs35599367 | GG |
| CYP3A4 rs2740574 | TT |
| CYP3A4 rs2242480 | CC |
| HMGCR rs17244841 | AA |
| LEPR rs1137101 | GG |
| LIPC rs1800588 | TT |
| MTHFR rs1801133 | GG |
| SLCO1B1 rs4149056 | TT |
| SLCO1B1 rs2306283 | GG |
| SLCO1B1 rs4149015 | GG |
根据上面的结果，我们做出如下判读。
因此，我们可以对下列药物的使用情况进行推荐，如下表所示。
注释：1.药物代谢能力正常；2.药物代谢能力下降；3.药物代谢能力上升；4.药物效应正常；5.药物效应下降；6.药物效应上升；7.药物毒性正常；8.药物毒性下降；9.药物毒性上升。
经过基因检测发现患者ABCB1存在SNP导致阿托伐他汀代谢速率下降而肝毒性上升，因此须停用阿托伐他汀。患者更换不良反应风险较小的亲水性他汀药物---瑞舒伐他汀。经保肝治疗后更换药物，不良反应没有再次出现。
SEQUENCE LISTING
<110> 上海康黎诊断技术有限公司
<120> 一种用于指导人高血脂用药的试剂盒
<160> 54
<170> PatentIn version 3.5
<210> 1
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 1
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<213> 人工序列
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<213> 人工序列
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<213> 人工序列
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<212> DNA
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gagcaggtgt ctgcgggag 19
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<212> DNA
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gatgttgaat tttctgatga at 22
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atgtatacat atatacacac ttttac 26
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<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 54
gtaagcatat tacccatgaa c 21
Claims (4)
1.一种用于指导人高血脂用药的多重PCR试剂盒，其特征在于，该多重PCR试剂盒可同时对18个基因位点进行SNP分型，所述多重PCR试剂盒包括用于检测18个基因位点的18对扩增引物，所述18对扩增引物的序列具体如下：
；
所述多重PCR试剂盒还包括用于鉴定所述18个基因位点突变的18条延伸引物，所述18条延伸引物的序列具体如下：
检测时所述18对扩增引物的摩尔浓度如下表所示：
；
检测时所述18条延伸引物的摩尔浓度如下表所示：
2.根据权利要求1所述的多重PCR试剂盒，其特征在于，所述多重PCR试剂盒的多重PCR扩增的反应体系如下：
3.根据权利要求1所述的多重PCR试剂盒，其特征在于，所述多重PCR试剂盒还包括iPLEX延伸反应体系，所述iPLEX延伸反应体系如下：
4.根据权利要求1所述的多重PCR试剂盒，其特征在于，所述多重PCR试剂盒采用飞行时间质谱仪进行检测。
Priority Applications (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| CN202110307798.4A CN112852956B (zh) | 2021-03-23 | 2021-03-23 | 一种用于指导人高血脂用药的试剂盒 |
Applications Claiming Priority (1)
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Denomination of invention: A reagent kit for guiding medication for human hyperlipidemia Granted publication date: 20221104 Pledgee: Bank of Nanjing Limited by Share Ltd. Shanghai branch Pledgor: Shanghai Kangli Diagnostic Technology Co.,Ltd. Registration number: Y2024310000127 |