CN112725510B - 一套用于水稻品种籼粳鉴定的snp标记、引物组、试剂盒及应用 - Google Patents
一套用于水稻品种籼粳鉴定的snp标记、引物组、试剂盒及应用 Download PDFInfo
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Abstract
本发明提供了一套用于水稻品种籼粳鉴定的SNP标记、引物组、试剂盒及应用，属于分子生物学技术领域。本发明提供的用于水稻品种籼粳鉴定的SNP标记，包括40个SNP位点，所述SNP位点的物理位置是基于日本晴的全基因组序列MSU7.0版本确定。本发明根据所述40个SNP的分型结果，通过计算粳型指数Ig进行水稻品种籼粳鉴定。本发明提供的SNP标记用于水稻品种籼粳鉴定不仅简单而且高效精准，为分子标记辅助育种提供了分子工具和理论依据。
Description
技术领域
本发明属于分子生物学技术领域，具体涉及一套用于水稻品种籼粳鉴定的SNP标记、引物组、试剂盒及应用。
背景技术
经过半个多世纪众多学者的研究，运用形态学、生理学、生态学、杂种亲和性、同工酶及分子标记技术，最终确认籼稻和粳稻是普通栽培稻分化最为深刻和最为主要的两个方向。一般而言，籼稻与粳稻在形态上及地理分布上都有很大的差异。我国在漫长的水稻种植过程中形成了南籼北粳的布局。但随着现代育种进程的加快，广亲和基因的发现与种间杂种优势不断利用，使得籼粳之间的界限变得越来越模糊。新的形势下对籼粳鉴定提出了新的要求。(1)稻谷收购与储存的需要。目前，稻谷的收购价在籼稻、粳稻之间存有差异，市场上一般采用观察粒形来区分籼稻和粳稻，但这并不准确；(2)稻米进口配额的需要。稻米进口过程中，籼稻、粳稻都有各自的配额；一般来说，籼稻配额不够，会产生用籼稻冒用粳稻的情况，因此也需要能够正确判别籼粳的技术支持；(3)品种管理的需要。籼稻与粳稻进行区试的要求不一样，粳稻要求相对籼稻较低；对于越来越多的籼粳杂交后代，对其进行分类显得尤为重要。因此，迫切需要一种简单有效的籼粳鉴定方法。
发明内容
为了解决上述问题，本发明提供了一套用于水稻品种籼粳鉴定的SNP标记、引物组、试剂盒及应用。本发明提供的用于水稻品种籼粳鉴定的SNP标记可快速对水稻品种进行籼粳鉴定。
为了实现上述目的，本发明提供如下技术方案：
本发明提供了一套用于水稻品种籼粳鉴定的SNP标记，包括40个SNP位点，所述SNP位点的物理位置是基于日本晴的全基因组序列MSU7.0版本确定，所述SNP位点的信息见下文表1。
本发明提供了上述技术方案中所述的用于水稻品种籼粳鉴定的SNP标记在水稻品种籼粳鉴定中的应用。
优选的，根据所述40个SNP的分型结果，通过计算粳型指数Ig进行水稻品种籼粳鉴定，Ig值在(1，0.5)时，水稻待鉴定品种鉴定为粳稻；Ig值在0.5时，水稻待鉴定品种鉴定为中间型；Ig值在(0.5，0)时，水稻待鉴定品种鉴定为籼稻；
所述粳型指数Ig的计算公式如式(Ⅰ)：
式中：
SNPx——籼型SNP的数目；
SNPg——粳型SNP的数目；
SNPxg——杂合型SNP的数目。
本发明提供了上述技术方案中所述的用于水稻品种籼粳鉴定的SNP标记的引物组，包括序列如SEQ ID NO.1～120所示的引物。
优选的，每个SNP位点检测包括3条引物，分别为正向引物F1、正向引物F2和反向引物R；所述SEQ ID NO.1～120所示的引物与检测的SNP位点的对应关系见下文表2。
优选的，每个SNP位点的正向引物F1的5’端加上SEQ ID NO.121接头序列；每个SNP位点的正向引物F2的5’端加上SEQ ID NO.122接头序列。
本发明提供了上述技术方案中所述的引物组在水稻品种籼粳鉴定中的应用。
本发明提供了一种用于水稻品种籼粳鉴定的试剂盒，包括上述技术方案中所述的引物组。
优选的，所述试剂盒还包括2×KASP反应混合液和水。
本发明提供了上述技术方案中所述的试剂盒在水稻品种籼粳鉴定中的应用。
有益效果：
本发明提供了一套用于水稻品种籼粳鉴定的SNP标记，包括40个SNP位点，所述SNP位点的物理位置是基于日本晴的全基因组序列MSU7.0版本确定。本发明根据所述40个SNP的分型结果，通过计算粳型指数Ig进行水稻品种籼粳鉴定。本发明提供的SNP标记用于水稻品种籼粳鉴定不仅简单而且高效精准，为分子标记辅助育种提供了分子工具和理论依据。
附图说明
图1为不同SNP标记数目的每次重复的粳型指数；
图2为不同SNP数目的粳型指数标准差分布；
图3为统计分析确定最小SNP数目；
图4为利用40-SNP与4k-SNP对82份已知背景的水稻品种进行检测得到的粳型指数比较；
图5为利用40-SNP与4k-SNP对49份全球6类水稻品种进行检测得到的粳型指数比较；
图6为40-SNP与程氏指数对49份全球6类水稻品种籼粳鉴定结果比较。
具体实施方式
本发明提供了一套用于水稻品种籼粳鉴定的SNP标记，包括40个SNP位点，所述SNP位点的物理位置是基于日本晴的全基因组序列MSU7.0版本确定，所述SNP位点的信息见表1。
表1 40个SNP位点的物理位置信息表
。本发明提供的SNP标记用于水稻品种籼粳鉴定不仅简单而且高效精准，为分子标记辅助育种提供了分子工具和理论依据。
本发明提供了上述技术方案中所述的用于水稻品种籼粳鉴定的SNP标记在水稻品种籼粳鉴定中的应用。本发明优选根据所述40个SNP的分型结果，通过计算粳型指数Ig或籼型指数进行水稻品种籼粳鉴定。为了方便计算，统一使用粳型指数Ig进行计算。当Ig值在(1，0.5)时，水稻待鉴定品种鉴定为粳稻；Ig值在0.5时，水稻待鉴定品种鉴定为中间型；Ig值在(0.5，0)时，水稻待鉴定品种鉴定为籼稻。在本发明中，所述粳型指数Ig的计算公式优选如式(Ⅰ)：
式中：
SNPx——籼型SNP的数目；
SNPg——粳型SNP的数目；
SNPxg——杂合型SNP的数目。
本发明提供了上述技术方案中所述的用于水稻品种籼粳鉴定的SNP标记的引物组，包括序列如SEQ ID NO.1～120所示的引物。在本发明中，每个SNP位点检测优选包括3条引物，分别为正向引物F1、正向引物F2和反向引物R；所述正向引物F1的5’端加上SEQ IDNO.121接头序列，所述正向引物F2的5’端加上SEQ ID NO.122接头序列。在本发明中，所述正向引物F1的5’端的接头序列特异性的与FAM荧光基团结合；所述正向引物F2的5’端的接头序列特异性的与HEX荧光基团结合。本发明所述SEQ ID NO.1～120所示的引物与检测的SNP位点的对应关系见表2。
表2 40个SNP位点的引物信息表
。本发明利用该套引物采用KASP基因分型技术，可准确高效地得出SNP位点的分型结果。
本发明提供了上述技术方案中所述的引物组在水稻品种籼粳鉴定中的应用。本发明提供的引物组用于水稻品种籼粳鉴定不仅准确率高，而且高效、快速。
本发明提供了一种用于水稻品种籼粳鉴定的试剂盒，包括上述技术方案中所述的引物组。在本发明中，所述试剂盒还优选包括2×KASP反应混合液和水。本发明对2×KASP反应混合液没有特殊要求，采用本领域普通市售产品即可。本发明试剂盒对于DNA的提取方法没有特殊要求，只需提取的DNA浓度大于20ng/μL，无降解，无污染即可。本发明试剂盒的PCR反应优选在96孔板、384孔板或1536孔板进行。本发明提供的试剂盒准确性好，检测成本低，DNA样本需求小，操作简便，适合用于水稻籼粳品种的快速鉴定。
本发明提供了上述技术方案中所述的试剂盒在水稻品种籼粳鉴定中的应用。
为了进一步说明本发明，下面结合实施例对本发明提供的一套用于水稻品种籼粳鉴定的SNP标记、引物组、试剂盒及应用进行详细地描述，但不能将它们理解为对本发明保护范围的限定。
实施例1
1籼粳特异SNP位点的筛选
通过基于3000份水稻品种重测序数据信息(http://snp-seek.irri.org/)获得约20,000,000个SNP分子标记；
通过对水稻品种分类信息查询，挑选出1446个品种，包括302个粳稻品种及1144个籼稻品种。以SNP-index为标准进行筛选籼粳特异SNP。
SNP-index被用来筛选籼粳特异标记，在本发明中SNP-index定义为：
SNP-index＝Nref/Nall
其中，Nref代表SNP位点上与参照基因组具有相同的等位型的品种数目；Nall代表SNP位点上所有的具有确定基因型的品种数目；
△SNP-index＝SNP-indexg-SNP-indexx
其中，SNP-indexx和SNP-indexg分别为籼稻群体与粳稻群体的SNP-index。
△SNP-index的数值越接近1，说明该SNP位点在籼粳品种中特异性越高。
分别计算粳稻和籼稻群体的每个SNP的△SNP-index，挑选出△SNP-index大于0.7的SNP标记，之后经过一系列的过滤条件进行筛选，得到4,084个SNP标记(4k-SNP)。筛选条件包括：缺失率小于0.05；位于非转座子中；去除冗余SNP(连锁不平衡系数r2<0.1)；
2粳型指数计算
采用粳型指数(Ig)进行籼粳鉴定，Ig前文按式(Ⅰ)计算。
3最小SNP标记数的确定
以4k-SNP计算品种的粳型指数作为品种粳型指数的真实值，利用随机取样方法，计算不同数目的SNP得到的粳型指数的随机值与真实值进行比较，得出最小SNP数目。
采用的比较方法为：分别从4k-SNP中随机选择10到1000个SNP标记，每个标记的数目随机取1000次，分别计算每个标记数目的每次重复的粳型指数，结果见图1。同时对每个SNP数目得到的粳型指数进行统计学分析，计算其标准差，结果见图2。由图2可知，随着标记数的增加，标准差越来越小。因此，以10个SNP数目为滑窗，1个SNP数目为步长，计算滑窗内前5个SNP数目与后5个SNP数目的标准差，当任意5个SNP数目的标准差与接下来的5个SNP数目的标准差没有显著性差异时，符合该条件的最开始的SNP数目即认为是最小的SNP数目。
最小SNP数目确定的具体步骤为：分别以5个常规粳稻(楚粳27、秀水03、津原45、武粳15、南粳46)，5个籼稻(扬两优6号、深两优5814、丰两优1号、荆两优10号、丰两优4号)，3个籼粳交(甬优9、甬优12、甬优1512)，按照上述方法进行最少标记数的确定，检测结果见图3。由图3可知，最小标记数在35～45之间，最终确定最小SNP数目为40个。
最终在4k-SNP中挑选出40个SNP标记(40-SNP)用于水稻品种的籼粳鉴定，筛选SNP的条件主要是：要考虑SNP的分布，需要尽可能均匀地分布在12条染色体上；缺失率小于1％；挑选△SNP-index较大的位点；考虑可能的功能位点。最终挑选出的40个SNP位点的信息如表3：
表3 40个SNP位点的物理位置信息表
4 DNA提取
对种子样品进行发芽取样，叶片样品可直接进行DNA提取。取种子发芽后的幼苗或成株叶片约500mg置于研钵中，加液氮充分研磨，转移约200mg样品至2.0mL离心管。每管加入700μL经65℃预热的DNA提取液，充分混合，65℃水浴30min，期间多次颠倒混匀。每管加入500μL的氯仿/异戊醇混合液，充分混合后静置10min，10000r/min离心10min。吸取上清液转移至一新离心管，加入2/3倍体积预冷的异丙醇，颠倒混匀，10000r/min离心10min，弃上清液，用70％乙醇溶液洗涤2遍，室温自然晾干后，加入100μL水，充分溶解，检测浓度后备用。要求浓度大于20ng/μL，且DNA样品无降解、无污染。
5.SNP分型
由于SNP分型方法很多，只要能够对40-SNP中的籼粳特异SNP标记准确分型的方法均可适用，其中粳稻对照品种为日本晴；籼稻对照品种为93-11。本发明使用KASP检测方法进行SNP分型。
5.1 KASP引物制备
引物根据SNP位点前后序列进行设计，每个SNP位点检测包括3条引物，分别为正向引物F1、正向引物F2和反向引物R，其中，正向引物F1的5’端加上SEQ ID NO.121接头序列，其中SEQ ID NO.121的序列如下：GAAGGTGACCAAGTTCATGCT；正向引物F2的5’端加上SEQ IDNO.122接头序列，其中SEQ ID NO.122的序列如下：GAAGGTCGGAGTCAACGGATT。每个SNP位点分别进行PCR扩增检测，将PCR扩增后的扩增产物经荧光扫描仪后，根据与对照样本的荧光信号进行比较后确定待测样本的籼粳特性；引物采用ULTRAPAGE的方式进行纯化，先将引物干粉用水溶解至100μM，然后取48μL正向引物F1，48μL正向引物F2，120μL反向引物R，再补184μL水配至400μL，制备成KASP引物混合物。本发明的引物组信息见表4。
表4 40个SNP位点的引物信息表
5.2 PCR反应体系
PCR反应可以选择在96孔板、384孔板或1536孔板进行，反应体系的总体积和各组分体积按照表5进行配制，每板应设空白对照与籼、粳参照品种对照。
表5 KASP检测中PCR反应体系
其中，2×KASP反应混合液购自LGC公司(Gene Company Limited)。
5.3 PCR扩增程序
反应程序中各反应参数可根据PCR扩增仪型号、酶、引物等不同而做出适当调整。本发明采用下列反应程序：
a)94℃15min；
b)94℃20s，61℃60s，以0.6℃/循环的速度下降，10次循环；
c)94℃20s，55℃60s，26次循环；
若初始反应结束荧光信号弱或分型不理想，可增加d步骤：
d)94℃20s，57℃60s，3次循环。
5.4分型结果
将PCR扩增产物利用分子荧光扫描仪(荧光定量PCR仪、荧光酶标仪等具有检测FAM与HEX荧光信号的仪器)收集不同荧光信号(FAM：492nm；HEX：535nm)，根据与对照样本的荧光信号进行比较，得出检测样品的SNP分型结果。
6.籼粳鉴定结果验证
本发明利用40-SNP和4k-SNP分别对82份已知类型的粳稻、籼稻以及籼粳交等品种进行粳型指数的鉴定，考察本发明的40-SNP对水稻品种籼粳鉴定的准确性。采用粳型指数Ig进行籼粳鉴定，Ig值在0～1之间，Ig值在(1，0.5)时，水稻待鉴定品种可鉴定为粳稻；Ig值在0.5时，水稻待鉴定品种可鉴定为中间型；Ig值在(0.5，0)时，水稻待鉴定品种可鉴定为籼稻。由于4k-SNP是筛选了水稻全基因组中过滤后的所有籼粳特异标记，因此，在一定程度上，4k-SNP的结果可以反应水稻品种真实的籼粳成分。
其中，该82份水稻品种的信息和鉴定结果见表6，结果分析见图4。
表6 82份水稻品种信息和鉴定结果
由表6和图4的结果可知，40-SNP进行籼粳鉴定的结果和82份水稻品种的背景信息高度符合，准确率可达100％；并与4k-SNP鉴定结果的相关系数高达0.99，说明40-SNP能够非常准确地反映品种的籼粳特性。
另外，本发明对已知类型57份全球6类水稻常规品种用40-SNP和40k-SNP分别进行籼粳鉴定，并对这些品种进行田间形态学鉴定，采用程氏指数法(程侃声.亚洲稻籼粳亚种的鉴别.昆明:云南科技出版社,1993,56–69)进行籼粳鉴定，该57份水稻信息和两种鉴定方法的鉴定结果见表7，程氏指数法籼粳类型的划分标准见表8，结果分析见图5和图6。
表7 57份水稻信息和两种鉴定方法的鉴定
备注：NA表示数据缺失。
表8程氏指数法籼粳类型划分标准
由表7可知，40-SNP得出的粳型指数与已知类型的水稻背景信息一致，准确率可达100％。
图5为用4k-SNP和40-SNP对全球6类水稻进行粳型指数结果比较。由图5的结果可知，40-SNP进行籼粳鉴定的结果与4k-SNP进行籼粳鉴定的结果高度正相关，相关系数高达0.98。
图6为利用40-SNP与程氏指数法对全球6类水稻进行籼粳鉴定相关分析。由图6的结果可知，采用程氏指数法进行籼粳鉴定，得出的程氏指数与40-SNP得出的粳型指数进行比较，发现两者也是显著正相关，相关系数达到0.86。表7、图5和图6的结果证明了利用40-SNP得出的粳型指数可以准确的对水稻品种进行籼粳鉴定。终上所述，本发明40-SNP能够有效地进行水稻品种籼粳鉴定。
上述实施例的结果表明，本发明提供的用于水稻品种籼粳鉴定的SNP标记不仅鉴定结果准确，而且简单、高效，可以用于水稻品种籼粳的鉴定。
尽管上述实施例对本发明做出了详尽的描述，但它仅仅是本发明一部分实施例，而不是全部实施例，人们还可以根据本实施例在不经创造性前提下获得其它实施例，这些实施例都属于本发明保护范围。
序列表
<110> 中国水稻研究所
<120> 一套用于水稻品种籼粳鉴定的SNP标记、引物组、试剂盒及应用
<160> 122
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 1
agcttcgcca acaagtcgct ca 22
<210> 2
<211> 22
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 30
ttccccctcc catttacata tggtaaaaa 29
<210> 31
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 31
ccgccctcgc catcttcaat c 21
<210> 32
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 32
ccgccctcgc catcttcaat t 21
<210> 33
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 33
gagatcgagg aggtccgggt ta 22
<210> 34
<211> 28
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 34
catgaatcaa cttattttgg gacagcat 28
<210> 35
<211> 27
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 35
atgaatcaac ttattttggg acagcag 27
<210> 36
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 36
cccttcttat taaagtagga gcttcaattt 30
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<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 37
ccaccggctc caccccgt 18
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<211> 17
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 38
caccggctcc accccgc 17
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<211> 19
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gcgggacgga ggggaggaa 19
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<211> 33
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 40
ataagtaata tttatgttct atcatctaac aac 33
<210> 41
<211> 33
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 41
ataagtaata tttatgttct atcatctaac aat 33
<210> 42
<211> 29
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 42
caacgcttca tcgttcatct tattcgaaa 29
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<211> 24
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 43
atttcttgaa gatggttccc ggca 24
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 44
cttgaagatg gttcccggcg 20
<210> 45
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 45
caccatccac acctacggcc aa 22
<210> 46
<211> 33
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 46
aaaaaatatt ttttctcgaa aatcacacga cat 33
<210> 47
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 47
aaatattttt tctcgaaaat cacacgacag 30
<210> 48
<211> 29
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 48
tactgcttta tttgggactg tctagacat 29
<210> 49
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 49
ggattgctct gcactggacg c 21
<210> 50
<211> 16
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 50
gctctgcact ggacgg 16
<210> 51
<211> 29
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 51
accgcatctt gcaaatctga acttctaat 29
<210> 52
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 52
ggagatcgat tttggattgc tgcta 25
<210> 53
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 53
gagatcgatt ttggattgct gctg 24
<210> 54
<211> 29
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 54
cgcagcatcc atgtaattag ttgatcaat 29
<210> 55
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 55
agtcgggtca gagtctttcc c 21
<210> 56
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 56
agtcgggtca gagtctttcc t 21
<210> 57
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 57
ttgcaggaaa ctatctgata tagacccat 29
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<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 58
atgaagctgt actgaacaag gtctg 25
<210> 59
<211> 26
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 59
gatgaagctg tactgaacaa ggtcta 26
<210> 60
<211> 25
<212> DNA
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<400> 60
tcctcctaaa tggactgagt gggtt 25
<210> 61
<211> 29
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 61
cacattcacc agtttgttat attcttaac 29
<210> 62
<211> 32
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 62
aatcacattc accagtttgt tatattctta aa 32
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<211> 29
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 63
caacctaatc aggctaacca ttcaatcat 29
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<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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tgctctggaa gaagggctcc a 21
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<212> DNA
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gctctggaag aagggctccg 20
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<212> DNA
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cgagctggta gcggatcagg tt 22
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 70
agtaaaatta ttatatgcag tttcatcaca tac 33
<210> 71
<211> 33
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 71
agtaaaatta ttatatgcag tttcatcaca tat 33
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 72
ccacattctc ttctctcttc aacagtatt 29
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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gcgtggcggc cgaccag 17
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cgcgtggcgg ccgaccat 18
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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aactaaaaga aaattttgtt catgatagga taa 33
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<211> 33
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 77
aactaaaaga aaattttgtt catgatagga tag 33
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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cactagtgag aatgggacaa ttttcacaa 29
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<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 79
catgcacagg tgcggtgcg 19
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<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 80
ccatgcacag gtgcggtgca 20
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<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 81
gtcggcatat gtggcacggc at 22
<210> 82
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 82
gggtcggagg cgaagatcgt 20
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<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 83
ggtcggaggc gaagatcgc 19
<210> 84
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 84
cccgccaggt tcgcctcgaa 20
<210> 85
<211> 29
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 85
cttgtttttg cgatgaattt catgtataa 29
<210> 86
<211> 29
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 86
cttgtttttg cgatgaattt catgtatag 29
<210> 87
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 87
cctggaagaa atattatgga aagagttgtt 30
<210> 88
<211> 29
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 88
tttagataat ggaaatggtt tacatctcc 29
<210> 89
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 89
ttttagataa tggaaatggt ttacatctct 30
<210> 90
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 90
gggagaacag attatccctt tataatctaa 30
<210> 91
<211> 16
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 91
gccgccgccg ccacca 16
<210> 92
<211> 15
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 92
ccgccgccgc caccg 15
<210> 93
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 93
ggcgacgatg ctccgttctc tt 22
<210> 94
<211> 27
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 94
aatttgttct aaccctccat ccatttc 27
<210> 95
<211> 28
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 95
taatttgttc taaccctcca tccatttt 28
<210> 96
<211> 29
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 96
ggattgggaa aaaaatggat ggaatggaa 29
<210> 97
<211> 26
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 97
gtttctagaa gtccagttaa gcgtca 26
<210> 98
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 98
tctagaagtc cagttaagcg tcg 23
<210> 99
<211> 26
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 99
ggttgaaggc aggccataaa agagta 26
<210> 100
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 100
tccagcgcac tatagcac 18
<210> 101
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 101
ctgcttccag cgcactatag cat 23
<210> 102
<211> 29
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 102
atctttacgt cctgttccta ccttgatta 29
<210> 103
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 103
agcctccact tgctcgccg 19
<210> 104
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 104
cagcctccac ttgctcgcca 20
<210> 105
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 105
tcctggacca tgcggcgatc at 22
<210> 106
<211> 27
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 106
attcctatgg acaattggac atggtaa 27
<210> 107
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 107
cctatggaca attggacatg gtag 24
<210> 108
<211> 26
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 108
gtgaccaaga agagaacaag gagcaa 26
<210> 109
<211> 16
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 109
gccgctcgcc tcgccg 16
<210> 110
<211> 17
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 110
cgccgctcgc ctcgcca 17
<210> 111
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 111
cgcggcaact gttcgacgga at 22
<210> 112
<211> 29
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 112
cttctttgta aatcagaaaa cttcaacag 29
<210> 113
<211> 29
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 113
cttctttgta aatcagaaaa cttcaacac 29
<210> 114
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 114
gcggtctgat ttcttgctgg acatt 25
<210> 115
<211> 32
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 115
atcatatttt gcatagctta caaaacaatg tt 32
<210> 116
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 116
catattttgc atagcttaca aaacaatgtg 30
<210> 117
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 117
ggtcagttca accaagccat gctaa 25
<210> 118
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 118
gggcctaatg gaagcccatt g 21
<210> 119
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 119
atgggcctaa tggaagccca ttt 23
<210> 120
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 120
ctatcttgtg aaggcccaac agatgtt 27
<210> 121
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 121
gaaggtgacc aagttcatgc t 21
<210> 122
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 122
gaaggtcgga gtcaacggat t 21
Claims (10)
1.一套用于水稻品种籼粳鉴定的SNP标记，其特征在于，由40个SNP位点组成，所述SNP位点的物理位置是基于日本晴的全基因组序列MSU7.0版本确定，所述SNP位点的信息如下：
2.权利要求1所述的用于水稻品种籼粳鉴定的SNP标记在水稻品种籼粳鉴定中的应用。
3.根据权利要求2所述的应用，其特征在于，根据所述40个SNP的分型结果，通过计算粳型指数Ig进行水稻品种籼粳鉴定，Ig值在(1，0.5)时，水稻待鉴定品种鉴定为粳稻；Ig值在0.5时，水稻待鉴定品种鉴定为中间型；Ig值在(0.5，0)时，水稻待鉴定品种鉴定为籼稻；
所述粳型指数Ig的计算公式如式(Ⅰ)：
式中：
SNPx——籼型SNP的数目；
SNPg——粳型SNP的数目；
SNPxg——杂合型SNP的数目。
4.权利要求1所述的用于水稻品种籼粳鉴定的SNP标记的引物组，其特征在于，包括序列如SEQ ID NO.1～120所示的引物。
5.根据权利要求4所述的引物组，其特征在于，每个SNP位点检测包括3条引物，分别为正向引物F1、正向引物F2和反向引物R；所述SEQ ID NO.1～120所示的引物与检测的SNP位点的对应关系如下：
6.根据权利要求4所述的引物组，其特征在于，每个SNP位点的正向引物F1的5’端加上SEQ ID NO.121接头序列；每个SNP位点的正向引物F2的5’端加上SEQ ID NO.122接头序列。
7.权利要求4～6任一项所述的引物组在水稻品种籼粳鉴定中的应用。
8.一种用于水稻品种籼粳鉴定的试剂盒，其特征在于，包括权利要求4～6任一项所述的引物组。
9.根据权利要求8所述的试剂盒，其特征在于，还包括2×KASP反应混合液和水。
10.权利要求8或9所述的试剂盒在水稻品种籼粳鉴定中的应用。
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Legal Events
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| PB01 | Publication | ||
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| SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
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| GR01 | Patent grant | ||
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