CN112592980A - 用于检测肠癌的标记物及其应用 - Google Patents

用于检测肠癌的标记物及其应用 Download PDF

Info

Publication number
CN112592980A
CN112592980A CN202110033240.1A CN202110033240A CN112592980A CN 112592980 A CN112592980 A CN 112592980A CN 202110033240 A CN202110033240 A CN 202110033240A CN 112592980 A CN112592980 A CN 112592980A
Authority
CN
China
Prior art keywords
mirna
kit
probe
primers
intestinal cancer
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Pending
Application number
CN202110033240.1A
Other languages
English (en)
Inventor
于浩洋
苏静
陈勉乔
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Shenzhen Genebiohealth Co ltd
Original Assignee
Shenzhen Genebiohealth Co ltd
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Shenzhen Genebiohealth Co ltd filed Critical Shenzhen Genebiohealth Co ltd
Priority to CN202110033240.1A priority Critical patent/CN112592980A/zh
Publication of CN112592980A publication Critical patent/CN112592980A/zh
Pending legal-status Critical Current

Links

Images

Classifications

    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6883Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
    • C12Q1/6886Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/158Expression markers
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/178Oligonucleotides characterized by their use miRNA, siRNA or ncRNA

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Pathology (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Hospice & Palliative Care (AREA)
  • Oncology (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Abstract

本发明涉及用于检测肠癌的标记物及其应用,具体涉及用于检测肠癌的标记物,还涉及所述标记物在检测肠癌中的应用以及相关的试剂盒和检测方法。

Description

用于检测肠癌的标记物及其应用
本申请为分案申请,原申请的申请号为201710371888.3(201410403598.9),申请日为2014年8月15日,发明名称为“用于检测肠癌的标记物及其应用”。
技术领域
本发明属于生物学和医学检验领域,涉及用于检测肠癌的标记物,还涉及所述标记物在检测肠癌中的应用以及相关的试剂盒和检测方法。
背景技术
肠癌是常见的消化道恶性肿瘤,占胃肠道肿瘤的第二位。好发部位为直肠及直肠与乙状结肠交界处,占60%。随着人民生活方式和膳食结构的改变,结直肠癌的发病率和死亡率呈逐年上升的趋势,发病多在40岁以后,男女之比为2:1。目前.结直肠癌早期诊断的方法包括大便隐血检测(Fecal occult blood test,FOBT)、结肠镜检测(Colonoscopy)、粪便DNA突变检测和粪便RNA特异性基因检测等,钡灌肠(Double-contrast barium enema,DCBE)等。结肠镜检测被认为是诊断结直肠癌的金标准,但是它为侵入性检查,需要肠道准备,检查过程中有发生并发症如出血及穿孔危险,患者接受性不高,且花费较大。大便隐血检测虽然为非侵入性检测,但是检查结果容易受饮食等因素的影响,并且对于筛查结直肠癌而言.粪便隐血检测的灵敏度和特异性不够理想。
成熟的microRNA(miRNA)是一类不编码蛋白质的单链的RNA,由18-24个碱基组成,与相应的mRNA结合导致mRNA分解或沉默,从而起到对基因的调节作。近年来的研究显示,miRNA的特异性表达与肿瘤的发生和发展有关,某些miRNA甚至可以起到抑癌基因或癌基因的作用。环氧化酶(COX)是前列腺素合成过程中的重要限速酶,COX2在正常组织中不表达,但可在各种刺激因素的作用下诱导表达,故又被称为诱导型早期反应基因,与肿瘤的发生、发展密切相关,近年来的研究发现,COX2在大部分头颈肿瘤中过表达,Cox2也是肠癌的生物标志之一。因此,如果能够研发出的相应的肠癌试剂盒使之能够应用于科研领域,将极大地促进肠癌筛查研究及科研成果的转化,对于肠癌的诊疗必将起到巨大的推动作用。
发明内容
本发明人研究发现,miRNA-92a、miRNA-135b、miRNA-18a、miRNA-221、miRNA-19、miRNA-223、miRNA-301a的上调表达与人类多种肿瘤(如肠癌)的发生、发展相关,提示对检测粪便和血清miRNA-92a、miRNA-135b、miRNA-18a、miRNA-221、miRNA-19、miRNA-223、miRNA-301a的表达检测可以成为肿瘤如肠癌检测的指标之一。
本发明提供用于检测肠癌的引物、探针和试剂盒(尤其是用于检测粪便和血清miRNA-92a、miRNA-135b、miRNA-18a、miRNA-221、miRNA-19、miRNA-223、miRNA-301a和COX2)的核酸及检测方法。
本发明包括以下技术方案:
1.肠癌检测试剂盒,其包含选自SEQ ID NO:9-27所示的引物和/或探针。
2.上述1所述的试剂盒,其包含选自SEQ ID NO:9-15所示的一种或多种引物。
3.上述1或2所述的试剂盒,其包含SEQ ID NO:23所示的引物。
4.上述1-3中任一项所述的试剂盒,其包含SEQ ID NO:24和/或27所示的探针。
5.上述1-4中任一项所述的试剂盒,其包含选自SEQ ID NO:16-22和25-26所示的一种或多种引物。
6.上述1-5中任一项所述的试剂盒,其包含选自以下的一组或多组引物和探针:
SEQ ID NO:9、16、23和24;
SEQ ID NO:10、17、23和24;
SEQ ID NO:11、18、23和24;
SEQ ID NO:12、19、23和24;
SEQ ID NO:13、20、23和24;
SEQ ID NO:14、21、23和24;
SEQ ID NO:15、22、23和24;和
SEQ ID NO:25-27。
7.上述1-6中任一项所述的试剂盒,其中所述探针带有荧光标记。
8.上述7所述的试剂盒,其中所述探针的5'用FAM标记,而所述探针的3'用TAMRM标记。
9.试剂在制备肠癌检测试剂盒中的用途,其中所述试剂用于测定选自以下的一种或多种标记物:miRNA-92a、miRNA-135b、miRNA-18a、miRNA-221、miRNA-19、miRNA-223、miRNA-301a和COX2,所述试剂优选选自SEQ ID NO:9-27所示的一种或多种引物和/或探针。
10.肠癌检测方法,包括检测样品中选自以下的一种或多种标记物的水平:miRNA-92a、miRNA-135b、miRNA-18a、miRNA-221、miRNA-19、miRNA-223、miRNA-301a和COX2,所述样品优选为粪便和/或血清样品,优选使用选自SEQ ID NO:9-27所示的一种或多种引物和/或探针检测所述标记。
本发明的试剂盒和方法采用水解探针法TaqMan技术的设计方法(图1),除了一对特异性引物,用TaqMan探针法增加一条与模版互补的基因特异性探针(通常20—30bp),特异性高。此外,探针上5'端和3'端还可以分别标记一个荧光报告基团,增强灵敏度。本发明的引物、探针、试剂盒和方法适用肠癌患者的检测和诊断。
用于肠癌检测的引物和探针优选为:
(1)用于检测miRNA-92a的逆转录引物、探针及检测引物如下所示:
miRNA-92a-RT(逆转录引物):
5'-GCTCAACCAGTGAGGCGTCCACGCCTGCCGTTCGCACTGGATGCACTGGTTGAGCCAGGCC-3';
miRNA-92a-F:
5'-CTGCTGCTATTGCACTTGTCC-3';
通用下游引物(miRNA-92a-R):
5'-GCTCAACCAGTGAGGCGTC-3';
通用探针(miRNA-92a-B):
5'-CGCCTGCCGTTCGCACTGGAT-3';
(2)用于检测miRNA-135b的逆转录引物、探针及检测引物如下所示:
miRNA-135b-RT(逆转录引物):
5'-GCTCAACCAGTGAGGCGTCCACGCCTGCCGTTCGCACTGGATGCACTGGTTGAGC
TCACAT-3';
miRNA-135b-F:
5'-TGCTGCTATGGCTTTTCATTCCT-3’;
通用下游引物(miRNA-135b-R):
5'-GCTCAACCAGTGAGGCGTC-3';
通用探针(miRNA-135b-B):
5'-CGCCTGCCGTTCGCACTGGAT-3';
(3)用于检测miRNA-18a的逆转录引物、探针及检测引物逆转录引物如下所示;
miRNA-18a-RT(逆转录引物):
5'-GCTCAACCAGTGAGGCGTCCACGCCTGCCGTTCGCACTGGATGCACTGGTTGAGCCTATCT-3';
miRNA-18a-F(检测用上游引物):
5'-CTGCTGTAAGGTGCATCTAGTGC-3';
通用下游引物(miRNA-18a-R):
5'-GCTCAACCAGTGAGGCGTC-3';
通用探针(miRNA-18a-B):
5'-CGCCTGCCGTTCGCACTGGAT-3';
(4)用于检测miR-221的逆转录引物、探针及检测引物如下所示:
miR-221-RT(逆转录引物):
5'-GCTCAACCAGTGAGGCGTCCACGCCTGCCGTTCGCACTGGATGCACTGGTTGAGCGAAACC-3';
miR-221-F(上游引物):
5'-GCTGCAGCTACATTGTCTGCTG-3';
通用下游引物(miR-221-R):
5'-GCTCAACCAGTGAGGCGTC-3';
通用探针(miR-221-B):
5'-CGCCTGCCGTTCGCACTGGAT-3';
(5)用于检测miRNA-19的逆转录引物、探针及检测引物如下所示:
miRNA-19-RT(逆转录引物):
5'-GCTCAACCAGTGAGGCGTCCACGCCTGCCGTTCGCACTGGATGCACTGGTTGAGCTCAGTT-3';
miRNA-19-F(上游引物):5'-TGCTGCTGTGCAAATCTATGCAA-3';
通用下游引物(miRNA-19-R):5'-GCTCAACCAGTGAGGCGTC-3';
通用探针(miRNA-19-B):
5'-CGCCTGCCGTTCGCACTGGAT-3';
(6)用于检测miRNA-223的逆转录引物、探针及检测引物如下所示:
miRNA-223-RT(逆转录引物):
5'-GCTCAACCAGTGAGGCGTCCACGCCTGCCGTTCGCACTGGATGCACTGGTTGAGCTGGGGT-3';
miRNA-223-F(上游引物):5'-CTGCTGCTGTCAGTTTGTCAAAT-3';
通用下游引物(miRNA-223-R):5'-GCTCAACCAGTGAGGCGTC-3';
通用探针(miRNA-223-B):
5'-CGCCTGCCGTTCGCACTGGAT-3';
(7)用于检测miRNA-301a的逆转录引物、探针及检测引物如下所示:
miRNA-301a-RT(逆转录引物):
5′-GCTCAACCAGTGAGGCGTCCACGCCTGCCGTTCGCACTGGATGCACTGGTTGAGCGCTTTG-3′;
miRNA-301a-F(上游引物):5′-CTGCTGCCAGTGCAATAGTATTGT-3′;
通用下游引物(miRNA-301a-R):5′-GCTCAACCAGTGAGGCGTC-3′;
通用探针(miRNA-301a-B):
5′-CGCCTGCCGTTCGCACTGGAT-3′T;
(8)用于检测COX2的引物和探针如下所示:
COX2-B(探针):
5′-TCCTCAAAAGATTCATAGGGCTTCAGC-3′;
COX2-F(上游引物):5′-CACTTGACCAGAGCAGAGAGATGA-3′;
COX2-R(下游引物):5′-TAGAGCGCTTCTAACTCTGCAGC-3′。
microRNA所述引物的序列是根据microRNA数据库(http://www.mirbase.org/)中报道的核苷酸序列miRNA-92a(MIMAT0000092)、miRNA-135b(MIMAT0000758)、miRNA-18a(MIMAT0000072)、miRNA-221(MIMAT0000278)、miRNA-19(MIMAT0000073)、miRNA-223(MIMAT0000280)、miRNA-301a(MIMAT0000688)以及GeneBank数据库中的COX2序列(JN793538)为模板设计的。表1列出了所述miRNA的核苷酸序列。
表1
miRNA名称 序列 (登录号) SEQ ID NO:
hsa-miR-92 uauugcacuugucccggccug MIMAT0000092 1
miRNA-135b uauggcuuuucauuccuauguga MIMAT0000758 2
miRNA-18a uaaggugcaucuagugcagauag MIMAT0000072 3
miRNA-221 agcuacauugucugcuggguuuc MIMAT0000278 4
hsa-miR-19a ugugcaaaucuaugcaaaacuga MIMAT0000073 5
hsa-miR-223 ugucaguuugucaaauacccca MIMT0000280 6
hsa-miR-301a cagugcaauaguauugucaaagc MIMAT0000688 7
COX2序列(序列号:JN793538)如下:
CACTTGACCAGAGCAGAGAGATGAAATACCAGTCTTTTAATGAGTATCGCAAACGTTTTCTGCTGAAGCCCTATGAATCTTTTGAGGAACTTACAGGAGAGAAGGAAATGGCTGCAGAGTTAGAAGCGCTCTA(SEQ ID NO:8)。
本文的试剂盒可以检测的样品为来自肠癌疑似患者(如病人)的粪便、咽喉拭子、泄殖腔拭子、组织样本、血清或血浆、疱疹液、脑脊液或病毒分离培养物标本,优先为粪便,其次优先选择血清。
本发明提供的技术方案通过对少量miRNA和COX2的检测即可实现对肠癌的准确诊断,为生产出准确、高效和经济的检测产品提供了可能。建立的肠癌检测模型能较好地区分肠癌个体和健康个体,对于肠癌患者的及时治疗和预防具有重要的临床实际意义。
本领域技术人员知晓,可以根据相关标记物(所述miRNA和COX2)的序列,对本发明的引物序列和探针序列作出适当调整和修改,这些经过修改的引物序列和探针序列仍可以用于检测所述的标记物。本发明也包括这些等同的技术方案。
附图说明
图1为探针法检测示意图;图2为miRNA-19的最低检测下限;图3为miRNA-135b的最低检测下限;图4为miRNA-18a的最低检测下限;图5为miRNA-221的最低检测下限;图6为miRNA-92a的最低检测下限;图7为miRNA-223的最低检测下限;图8为miRNA-301a的最低检测下限;图9为COX2的最低检测下限;图10为miRNA-19a的表达水平;图11为miRNA-135b表达水平;图12为miRNA-18a表达水平;图13为miRNA-221表达水平;图14为miRNA-92a表达水平;图15为miRNA-223表达水平;图16为miRNA-301a表达水平;图17为COX2表达水平。
具体实施方式
以下参照具体的实施例来说明本发明。下述实施例中的实验方法,如无特殊说明,均为常规方法。下述实施例中所用的药材原料、试剂材料等,如无特殊说明,均为市售购买产品。
实施例1引物和探针设计以及反应体系的建立和优化:
1.引物和探针设计:
根据相应miRNA和Cox2的序列,设计引物和探针序列。具体图列如表2所示。
表2
Figure BDA0002892389440000071
Figure BDA0002892389440000081
注释:所述探针的5'用FAM标记,而所述探针的3'用TAMRM标记。
2.肠癌PCR诊断试剂盒的反应体系的建立和优化:
2.1标本采集
收集经内镜检查确诊的慢性结肠炎、溃疡性结肠炎、肠息肉、腺瘤性息肉、不同分期的大肠癌等系列人群,检测miRNA-92a、miRNA-135b、miRNA-18a、miRNA-221、miRNA-19、miRNA-223、miRNA-301a和COX2的表达水平;
2.2RNA的提取
RNA提取液购买于美国著名分子生物学公司MRC(Molecular Research Center)
1)样品从-80℃取出后置于冰上(临床样本,置于冰上取回,以约0.5g/2ml离心管分装后冻存-80℃);
2)加入1ml TRIzol LS Reagent,漩涡震荡使样品均匀分布,室温静置5min;
3)加入200μl氯仿,漩涡震荡混合,室温静置1-2min;以12000rcf于4℃离心15min;
4)转移上层均一水相(400μl)至新的离心管中,加入1.5倍体积的无水乙醇(600μl),用枪缓慢吹打使其充分混匀(不可漩涡震荡);
5)分次取700μl加入RNeasy吸附柱中,以>12000rcf/8000g于4℃离心30s,弃滤出液;
6)以最大转速4℃离心1min,干燥纯化柱;
7)加入30μl RNase-free water,以>12000rcf/8000g于4℃离心1min,洗脱总RNA;
8)再次加入30μl RNase-free water,以>12000rcf/8000g于4℃离心1min,进行二次洗脱(可与第一次洗脱RNA收集于同一管),冰上放置;
9)检测所得总RNA浓度及纯度。
按照以上提供的方法提取RNA后将其逆转录成cDNA,RNA的逆转录体系如下(表3):
表3
组分 终浓度
20×逆转录缓冲液
Mg<sup>2+</sup>浓度 5.0mmol/L
dNTPs(含dUTP) 0.3mmol/L
逆转录酶 5U
逆转录引物 0.15μmol/L
模板 2μg
补水至 25μL
RNA逆转录条件为:16℃30min;42℃35min;80℃5min;4℃保存cDNA用于后续PCR扩增。
2.3 PCR引物浓度的优化
在反应体系中,将miRNA-92a、miRNA-135b、miRNA-18a、miRNA-221、miRNA-19、miRNA-223、miRNA-301a和COX2的引物浓度分别从0.1μmol/L至0.6μmol/L作倍比连续稀释后进行检测,通过试验结果的分析比较,确定miRNA-92a、miRNA-135b、miRNA-18a、miRNA-221、miRNA-19、miRNA-223、miRNA-301a、COX2最佳引物终浓度分别为0.20μmol/L、0.20μmol/L、0.20μmol/L、0.20μmol/L、0.20μmol/L、0.20μmol/L、0.20μmol/L、0.25μmol/L。
2.4镁离子浓度的优化
在反应体系中其它条件不变的前提下,将MgCl2的浓度从2.5mmol/L至5.5mmol/L以0.5mmol/L递增,经过多次重复实验选定3.0mmol/L为试剂盒反应体系中的镁离子浓度。
2.5 Taq DNA聚合酶(Taq酶)用量的优化
通过比较Taq酶用量(以单位Unit计)的优化实验结果,选定3U作为试剂盒反应体系中Taq酶的用量。
2.6 dNTP浓度的优化
通过使用不同浓度的dNTP进行检测,综合评估后选0.25mmol/L作为试剂盒反应体系中dNTP的使用量。
2.7探针浓度的优化
在反应体系中,将探针浓度分别从0.05μmol/L至0.2μmol/L作倍比连续稀释后进行检测,通过试验结果的分析比较,确定miRNA-92a、miRNA-135b、miRNA-18a、miRNA-221、miRNA-19、miRNA-223、miRNA-301a、COX2最佳探针终浓度为0.10μmol/L、0.10μmol/L、0.10μmol/L、0.10μmol/L、0.10μmol/L、0.10μmol/L、0.1μmol/L、0.15μmol/L。
利用上述引物和探针进行反应体系的建立,最后确定采用的荧光PCR反应体系为25μl体系,所需各组分及相应浓度见表4。
表4.优化后的PCR反应体系
Figure BDA0002892389440000101
注:a.在荧光PCR反应体积不同时,各试剂应按比例调整。
b.使用的仪器不同,应将反应参数作适当调整。
3.仪器检测通道的选择:
在进行荧光PCR反应时,应对所用仪器中反应管荧光信号的收集进行设置,选择的荧光检测通道与探针所标记的荧光报告基团一致。具体设置方法因仪器而异,应参照仪器使用说明书。
4.PCR条件选择如下:
PCR扩增条件:95℃3分钟,1个循环;95℃5秒,60℃45秒,40个循环。
实施例2检测miRNA-92a、miRNA-135b、miRNA-18a、miRNA-221、miRNA-19、miRNA-223、miRNA-301a、COX2的拷贝数,确定其最低检测下限实验将浓度为106个拷贝/ml的香港中文大学提供的miRNA-92a、miRNA-135b、miRNA-18a、miRNA-221、miRNA-19、miRNA-223、miRNA-301a、COX2阳性样品,按10倍梯度稀释到105个拷贝/ml、104个拷贝/ml、103个拷贝/ml、2.5×102个拷贝/ml、102个拷贝/ml,采用实施例1中设计的引物、探针以及建立的反应体系和仪器、扩增条件,进行荧光PCR检测。
结果表明,在2.5×103个拷贝/ml时,CT值为32,其它各项指标也符合检测要求。因此,本发明通过优化引物和探针,提高了检测的灵敏性,其检测下限可以达到2.5×103个拷贝/ml,结果见图2-6。
实施例3检测样品中miRNA-92a、miRNA-135b、miRNA-18a、miRNA-221、miRNA-19、miRNA-223、miRNA-301a、COX2的表达量和确定其特异性实验收集经天津人民医院全结肠镜检查确诊的慢性结肠炎、溃疡性结肠炎、肠息肉、腺瘤性息肉、不同分期的大肠癌等系列人群,选择结直肠癌55例、腺瘤10例、正常人15例,采集其粪便样本,检测miRNA-92a、miRNA-135b、miRNA-18a、miRNA-221、miRNA-19、miRNA-223、miRNA-301a、COX2的表达水平及特异性。
检测结果判断:
55例结直肠癌患者、10例腺瘤患者和15例健康对照者粪便中miRNA-92a、miRNA-135b、miRNA-18a、miRNA-221、miRNA-19、miRNA-223、miRNA-301a、COX2表达量见图10-17。对结直肠癌患者、腺瘤患者和健康对照者粪便中miRNA-92a、miRNA-135b、miRNA-18a、miRNA-221、miRNA-19、miRNA-223、miRNA-301a、COX2表达水平进行数据处理,结果示于表5,利用SPSS13.0进行统计分析结果得出:肠癌患者粪便中miRNA-92a、miRNA-135b、miRNA-18a、miRNA-221、miRNA-19、miRNA-223、miRNA-301a、COX2表达水平明显高于腺瘤和健康对照者,差异具有统计学意义(P<0.01),参看图10-17。区分肠癌患者和非肠癌患者粪便中miRNA-92a、miRNA-135b、miRNA-18a、miRNA-221、miRNA-19、miRNA-223、miRNA-301a、COX2表达量拷贝数的临界值分别为1360个、66个、1255个、156个、425个、9000个、50个、925个拷贝,见表5。
综合结果说明:粪便中miRNA-92a、miRNA-135b、miRNA-18a、miRNA-221、miRNA-19、miRNA-223、miRNA-301a、COX2表达水平可以作为肠癌诊断的标志物,具有重要的诊断价值。
表5
Figure BDA0002892389440000121
序列表
<110> 深圳市晋百慧生物有限公司
<120> 用于检测肠癌的标记物及其应用
<160> 27
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 21
<212> miRNA
<213> 人(populus)
<400> 1
uauugcacuu gucccggccu g 21
<210> 2
<211> 23
<212> miRNA
<213> 人(populus)
<400> 2
uauggcuuuu cauuccuaug uga 23
<210> 3
<211> 23
<212> miRNA
<213> 人(populus)
<400> 3
uaaggugcau cuagugcaga uag 23
<210> 4
<211> 23
<212> miRNA
<213> 人(populus)
<400> 4
agcuacauug ucugcugggu uuc 23
<210> 5
<211> 23
<212> miRNA
<213> 人(populus)
<400> 5
ugugcaaauc uaugcaaaac uga 23
<210> 6
<211> 22
<212> miRNA
<213> 人(populus)
<400> 6
ugucaguuug ucaaauaccc ca 22
<210> 7
<211> 23
<212> miRNA
<213> 人(populus)
<400> 7
cagugcaaua guauugucaa agc 23
<210> 8
<211> 133
<212> DNA
<213> 人(populus)
<400> 8
<210> 9
<211> 61
<212> DNA
<213> 人工的(artificialis)
<400> 9
<210> 10
<211> 61
<212> DNA
<213> 人工的(artificialis)
<400> 10
<210> 11
<211> 61
<212> DNA
<213> 人工的(artificialis)
<400> 11
<210> 12
<211> 61
<212> DNA
<213> 人工的(artificialis)
<400> 12
<210> 13
<211> 61
<212> DNA
<213> 人工的(artificialis)
<400> 13
<210> 14
<211> 61
<212> DNA
<213> 人工的(artificialis)
<400> 14
<210> 15
<211> 61
<212> DNA
<213> 人工的(artificialis)
<400> 15
<210> 16
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工的(artificialis)
<400> 16
<210> 17
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工的(artificialis)
<400> 17
<210> 18
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工的(artificialis)
<400> 18
<210> 19
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工的(artificialis)
<400> 19
<210> 20
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工的(artificialis)
<400> 20
<210> 21
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工的(artificialis)
<400> 21
<210> 22
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工的(artificialis)
<400> 22
<210> 23
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工的(artificialis)
<400> 23
<210> 24
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工的(artificialis)
<400> 24
<210> 25
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工的(artificialis)
<400> 25
<210> 26
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工的(artificialis)
<400> 26
<210> 27
<211> 27
<212> DNA
<213> 人工的(artificialis)
<400> 27

Claims (10)

1.肠癌检测试剂盒,其包含SEQ ID NO:23所示的引物和/或SEQ ID NO:24所示的探针。
2.权利要求1的试剂盒,其包含用于测定选自以下的一种或多种标记物的试剂:miRNA-19a、miRNA-135b、miRNA-92a、miRNA-18a、miRNA-221、miRNA-223、miRNA-301a和COX2。
3.权利要求2的试剂盒,其包含用于测定miRNA-19a的试剂,所述试剂任选包含选自SEQID NO:13和20所示的引物。
4.权利要求2或3所述的试剂盒,其还包含一种或多种选自9-12、14-19、21-22和25-27所示的引物或探针。
5.权利要求4所述的试剂盒,其还包含选自以下的一组或多组引物和探针:
SEQ ID NO:9和16;
SEQ ID NO:10和17SEQ ID NO:11和18;
SEQ ID NO:12和19;
SEQ ID NO:14和21;
SEQ ID NO:15和22;和
SEQ ID NO:25-27。
6.权利要求1-5中任一项所述的试剂盒,其中所述探针带有荧光标记。
7.权利要求6所述的试剂盒,其中所述探针的5'用FAM标记,而所述探针的3'用TAMRM标记。
8.肠癌检测试剂盒,其包含用于测定选自以下的一种或多种标记物的试剂:miRNA-135b、miRNA-92a、miRNA-18a、miRNA-221、miRNA-19、miRNA-223、miRNA-301a和COX2。
9.一种核酸,其由选自SEQ ID NO:23、24、9-22和25-27的序列组成。
10.试剂在制备肠癌检测试剂盒中的用途,其中所述试剂用于测定选自以下的一种或多种标记物:miRNA-135b、miRNA-92a、miRNA-18a、miRNA-221、miRNA-19、miRNA-223、miRNA-301a和COX2,所述试剂优选为选自SEQ ID NO:23、24、9-22和25-27的序列,更优选为权利要求1-7中所记载的引物和/或探针。
CN202110033240.1A 2014-08-15 2014-08-15 用于检测肠癌的标记物及其应用 Pending CN112592980A (zh)

Priority Applications (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN202110033240.1A CN112592980A (zh) 2014-08-15 2014-08-15 用于检测肠癌的标记物及其应用

Applications Claiming Priority (2)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN202110033240.1A CN112592980A (zh) 2014-08-15 2014-08-15 用于检测肠癌的标记物及其应用
CN201410403598.9A CN104195238B (zh) 2014-08-15 2014-08-15 用于检测肠癌的标记物及其应用

Related Parent Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN201410403598.9A Division CN104195238B (zh) 2014-08-15 2014-08-15 用于检测肠癌的标记物及其应用

Publications (1)

Publication Number Publication Date
CN112592980A true CN112592980A (zh) 2021-04-02

Family

ID=52080600

Family Applications (5)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN202110033240.1A Pending CN112592980A (zh) 2014-08-15 2014-08-15 用于检测肠癌的标记物及其应用
CN201410403598.9A Active CN104195238B (zh) 2014-08-15 2014-08-15 用于检测肠癌的标记物及其应用
CN202211149336.5A Pending CN116004821A (zh) 2014-08-15 2014-08-15 用于检测肠癌的标记物及其应用
CN201710371888.3A Active CN107236792B (zh) 2014-08-15 2014-08-15 用于检测肠癌的标记物及其应用
CN201510144036.1A Active CN104928360B (zh) 2014-08-15 2014-08-15 用于检测肠癌的标记物及其应用

Family Applications After (4)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN201410403598.9A Active CN104195238B (zh) 2014-08-15 2014-08-15 用于检测肠癌的标记物及其应用
CN202211149336.5A Pending CN116004821A (zh) 2014-08-15 2014-08-15 用于检测肠癌的标记物及其应用
CN201710371888.3A Active CN107236792B (zh) 2014-08-15 2014-08-15 用于检测肠癌的标记物及其应用
CN201510144036.1A Active CN104928360B (zh) 2014-08-15 2014-08-15 用于检测肠癌的标记物及其应用

Country Status (4)

Country Link
US (1) US10131956B2 (zh)
CN (5) CN112592980A (zh)
HK (2) HK1202314A1 (zh)
WO (1) WO2016023515A1 (zh)

Families Citing this family (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN112592980A (zh) * 2014-08-15 2021-04-02 深圳市晋百慧生物有限公司 用于检测肠癌的标记物及其应用

Citations (10)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US20100112573A1 (en) * 2004-05-28 2010-05-06 Life Technologies Corporation Methods, Compositions, and Kits Comprising Linker Probes for Quantifying Polynucleotides
EP2196542A1 (en) * 2008-12-15 2010-06-16 Koninklijke Philips Electronics N.V. Compositions and methods for micro-rna expression profiling of colorectal cancer
CN101842484A (zh) * 2007-09-14 2010-09-22 俄亥俄州立大学研究基金会 人外周血微泡中的mirna表达和其用途
CN102933719A (zh) * 2009-12-24 2013-02-13 复旦大学 用于结直肠癌血浆中的微rna表达谱分析的组合物和方法
CN102985563A (zh) * 2010-06-23 2013-03-20 香港中文大学 结肠直肠癌的微rna标志物
EP2644706A2 (en) * 2009-06-30 2013-10-02 Fujirebio Inc. Method for evaluation of cultured cells, and method for screening of biomarker
CN103509789A (zh) * 2012-06-26 2014-01-15 刘晓光 一种用于扩增短链rna的引物及其相关方法
CN103667516A (zh) * 2014-01-07 2014-03-26 山东大学齐鲁医院 早期结直肠腺癌miRNAs特异表达谱及诊断模型
CN103773878A (zh) * 2014-01-28 2014-05-07 厦门大学附属中山医院 基于AllGlo探针荧光定量PCR的血浆microRNA检测试剂盒及其检测方法
CN103966328A (zh) * 2014-05-07 2014-08-06 新乡医学院 与结直肠炎恶性转变相关的miRNA标志物和试剂盒

Family Cites Families (10)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US20110143360A1 (en) * 2008-04-30 2011-06-16 Nec Corporation Cancer marker, method for evaluation of cancer by using the cancer marker, and evaluation reagent
WO2010123043A1 (ja) * 2009-04-21 2010-10-28 日本電気株式会社 癌の評価方法
CN101988060A (zh) * 2009-07-30 2011-03-23 江苏命码生物科技有限公司 结直肠癌检测标记物及其检测方法、试剂盒和生物芯片
CN103080334B (zh) * 2010-06-04 2016-05-04 复旦大学 用于诊断早期结直肠癌及高级腺瘤的微rna生物标记及方法
WO2012002472A1 (ja) 2010-06-30 2012-01-05 オリンパス株式会社 Acf検出方法
WO2012014190A2 (en) * 2010-07-25 2012-02-02 New York University Compositions and methods for prognosis of mesothelioma
CN102154505B (zh) * 2011-04-20 2013-03-20 苟德明 一种检测miRNA的方法及引物及其应用
CN103320504A (zh) * 2013-01-28 2013-09-25 深圳市人民医院 检测排泄物中microRNAs作为肺癌、结直肠癌和膀胱癌早期诊断生物标志
CN103173448A (zh) * 2013-02-07 2013-06-26 上海市胸科医院 早期肺腺癌miRNA特异表达谱及其反转录引物和用途
CN112592980A (zh) 2014-08-15 2021-04-02 深圳市晋百慧生物有限公司 用于检测肠癌的标记物及其应用

Patent Citations (10)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US20100112573A1 (en) * 2004-05-28 2010-05-06 Life Technologies Corporation Methods, Compositions, and Kits Comprising Linker Probes for Quantifying Polynucleotides
CN101842484A (zh) * 2007-09-14 2010-09-22 俄亥俄州立大学研究基金会 人外周血微泡中的mirna表达和其用途
EP2196542A1 (en) * 2008-12-15 2010-06-16 Koninklijke Philips Electronics N.V. Compositions and methods for micro-rna expression profiling of colorectal cancer
EP2644706A2 (en) * 2009-06-30 2013-10-02 Fujirebio Inc. Method for evaluation of cultured cells, and method for screening of biomarker
CN102933719A (zh) * 2009-12-24 2013-02-13 复旦大学 用于结直肠癌血浆中的微rna表达谱分析的组合物和方法
CN102985563A (zh) * 2010-06-23 2013-03-20 香港中文大学 结肠直肠癌的微rna标志物
CN103509789A (zh) * 2012-06-26 2014-01-15 刘晓光 一种用于扩增短链rna的引物及其相关方法
CN103667516A (zh) * 2014-01-07 2014-03-26 山东大学齐鲁医院 早期结直肠腺癌miRNAs特异表达谱及诊断模型
CN103773878A (zh) * 2014-01-28 2014-05-07 厦门大学附属中山医院 基于AllGlo探针荧光定量PCR的血浆microRNA检测试剂盒及其检测方法
CN103966328A (zh) * 2014-05-07 2014-08-06 新乡医学院 与结直肠炎恶性转变相关的miRNA标志物和试剂盒

Non-Patent Citations (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
SAMIRA MOHAMMADI-YEGANEH等: "Development of a robust, low cost stem-loop real-time quantification PCR technique for miRNA expression analysis", 《MOL BIOL REP.》, vol. 40, no. 5, 10 January 2013 (2013-01-10), pages 3666 *
王正实等: "microRNA在结肠直肠癌无创诊断中的应用", 《外科理论与实践》, vol. 17, no. 04, 25 July 2012 (2012-07-25), pages 402 - 404 *
郝莉等: "miRNA作为大肠癌生物标志物的研究进展", 《安徽医药》, vol. 17, no. 02, 10 February 2013 (2013-02-10), pages 183 *

Also Published As

Publication number Publication date
CN104195238A (zh) 2014-12-10
US10131956B2 (en) 2018-11-20
HK1215285A1 (zh) 2016-08-19
CN116004821A (zh) 2023-04-25
CN104928360A (zh) 2015-09-23
CN104928360B (zh) 2018-04-24
WO2016023515A1 (zh) 2016-02-18
HK1202314A1 (zh) 2015-09-25
CN107236792B (zh) 2020-12-04
CN107236792A (zh) 2017-10-10
US20170356050A1 (en) 2017-12-14
CN104195238B (zh) 2017-08-01

Similar Documents

Publication Publication Date Title
CN109439749A (zh) 用于结直肠癌诊断的外泌体miRNA标志物及诊断试剂盒
CN109055555B (zh) 一种肺癌早期转移诊断标志物及其试剂盒和应用
WO2023105297A2 (zh) 膀胱癌癌诊断用尿液miRNA标志物、诊断试剂及试剂盒
CN106755293B (zh) 一种与肺癌辅助诊断相关的lncRNA标志物及其应用
CN103074431B (zh) 检测结直肠癌血清miRNA-128的专用引物、试剂盒及方法
CN107326092B (zh) 大肠癌相关的miRNA作为生物标志物的应用及大肠癌检测试剂盒
CN114292920B (zh) 一组胃癌前病变及胃癌早期诊断血浆rna标志物组合及应用
CN107236792B (zh) 用于检测肠癌的标记物及其应用
CN110982915A (zh) 一种检测唾液中具核梭杆菌的引物探针组、试剂盒和检测方法
CN111154880B (zh) 一种膀胱癌体液活检生物标志物及其应用
CN108998528B (zh) 肺癌诊断分子标记物lncRNA LINC00516和试剂盒及其应用
CN114410795A (zh) 基于miRNA特征标记的肝癌早期检测
WO2021159562A1 (zh) 一种与泛肿瘤辅助诊断相关的循环miRNA和癌胚miRNA标志物及其应用
CN109536612B (zh) 一种与鼻咽癌辅助诊断相关的血浆miRNA标志物及其应用
CN113774138B (zh) 用于肺癌诊断的试剂盒、装置及方法
CN114561465B (zh) 一种用于检测结直肠腺瘤的标志组合物及其早期诊断试剂
CN111518914B (zh) 用于检测乳腺癌的miRNA标记物组合、试剂盒和方法
CN110846418A (zh) 结直肠癌Septin9基因甲基化检测的引物组、探针组、试剂盒及用途
CN112176060A (zh) 一组血浆非编码rna及检测其表达水平的引物组与结直肠癌检测试剂盒
CN117363729A (zh) 用于体外检测肝癌的试剂盒及其应用
CN115058514A (zh) 检测环状rna和/或所述环状rna表达量的制剂在制备结直肠癌诊断试剂中的应用
CN117587124A (zh) 诊断胰腺癌的检测试剂和试剂盒及应用
CN104152566A (zh) miRNA-26a的用途
CN117265105A (zh) 一种引物组合物及其应用
CN116083586A (zh) 诊断食管癌的核酸产品、试剂盒及用途

Legal Events

Date Code Title Description
PB01 Publication
PB01 Publication
SE01 Entry into force of request for substantive examination
SE01 Entry into force of request for substantive examination
WD01 Invention patent application deemed withdrawn after publication
WD01 Invention patent application deemed withdrawn after publication

Application publication date: 20210402