CN112226516B - 一种影响鸡的腹脂率的分子标记及其应用 - Google Patents

Abstract

本发明公开了一种影响鸡的腹脂率的分子标记及其应用，鸡ALDH1A3基因3’非编码区序列g.941 T>C分子标记作为鉴定鸡的腹脂率的检测位点的应用，CC基因型个体的腹脂率显著大于TT和TC基因型个体。使用该分子标记进行标记辅助选择，能够极大地降低鸡屠宰后腹脂率，提高鸡群的饲料利用率，减少饲养成本。通过该分子标记及检测引物，可建立高效准确的分子标记辅助育种技术，将其应用于种鸡屠宰后腹脂率性状遗传改良中，从而降低鸡屠宰后腹脂率，提高鸡群的饲料利用率，提高企业销售额，增加核心竞争力。

Description

一种影响鸡的腹脂率的分子标记及其应用

技术领域

本发明涉及分子育种技术领域，更具体地，涉及一种影响鸡的腹脂率的分子标记及其应用。

背景技术

鸡是我国主要的食用家禽，鸡肉肉质细嫩、滋味鲜美、由于其味较淡，可使用于全国各地的各种料理中。鸡肉中的磷脂类对人体生长发育具有重要作用，是中国人膳食结构中脂肪和磷脂的重要来源之一。同时，鸡肉对营养不良、畏寒怕冷、乏力疲劳、月经不调、贫血、虚弱等有很好的食疗作用。随着活禽的交易市场不断被质疑，冰鲜鸡被消费者逐渐接受。消费者很大程度上决定了鸡的育种方向和销售方式，例如，在华南地区，主要销售整鸡，而北方地区则主要是分割销售。尤其，麻黄鸡作为南方地区的特色肉鸡品种，因其肉质鲜美、地域特色浓厚独特而广受欢迎。

肉鸡容易沉积过多的脂肪，但大多数脂肪并不是生理所需。体脂沉积过度是影响肉鸡产业快速发展的重要问题，这不仅会浪费饲料导致饲料利用率的降低，而且会影响到肉鸡的屠宰加工，降低屠宰率和增加经济效益的损失。腹脂是肉鸡体内脂肪储存的主要部位，与鸡的体重、生长速度和肉质等相关。腹脂过度沉积会导致肝脏脂肪的富集，引发脂肪肝，增加相关代谢型疾病的发生率和死亡率。同时，脂肪细胞也是影响肉鸡皮肤颜色的类胡萝卜素的主要贮存部位之一。控制脂肪在肉鸡体内的过度沉积，提高肉鸡的饲料转化率和胴体品质是我国肉鸡生产中急需解决的重大问题。

专利CN201911031119.4公开了一种预示和鉴定鸡腹脂重的分子标记方法，但是由于腹脂率是一个数量性状常，受多基因控制，需要开发出更多的与鸡屠宰后的腹脂率性状相关的分子标记，据此进行选育，可以更加准确的根据基因型对屠宰后的腹脂率进行判断，以缩短育种进程，降低育种成本。

发明内容

本发明的目的是为了克服现有技术的不足，提供一种影响鸡屠宰后腹脂率性状的分子标记及其应用。

本发明的第一个是提供鸡ALDH1A3基因3’非编码区序列g.941T>C分子标记作为鉴定鸡的腹脂率的检测位点的应用。

本发明的第二个是提供鸡ALDH1A3基因3’非编码区序列g.941T>C分子标记的检测试剂在鸡的腹脂率中的应用。

本发明的第三个是提供一对检测鸡ALDH1A3基因3’非编码区序列g.941T>C分子标记的引物。

本发明的第四个是提供所述的引物在检测鸡ALDH1A3基因3’非编码区序列g.941T>C分子标记的基因型中的应用。

本发明的第五个是提供所述的引物在检测鸡的腹脂率或制备检测鸡的腹脂率的试剂盒中的应用。

本发明的第六个是提供一种检测鸡的腹脂率的方法。

本发明的第七个是提供一种检测鸡的腹脂率的试剂盒。

本发明的第八个是提供所述的检测位点、所述的引物、所述的方法、或所述的试剂盒在分子辅助育种中的应用。

为了实现上述目的，本发明是通过以下技术方案予以实现的：

本发明要求保护鸡ALDH1A3基因3’非编码区序列g.941T>C分子标记作为鉴定鸡的腹脂率的检测位点的应用，CC基因型个体的腹脂率显著大于TT和TC基因型个体。

所述的鸡ALDH1A3基因3’非编码区序列g.941T>C分子标记即为galGal6版鸡基因组的第10号染色体的第17910258位核苷酸，该SNP位点的基因型为TT、TC和CC，不同基因型可导致屠宰后腹脂率的不同，CC基因型个体屠宰后的腹脂率显著大于TT和TC基因型个体。

本发明要求保护鸡ALDH1A3基因3’非编码区序列g.941T>C分子标记的检测试剂在鸡的腹脂率中的应用。

本发明要求保护一对检测鸡ALDH1A3基因3’非编码区序列g.941T>C分子标记的引物，其特征在于，其核苷酸序列如SEQ ID NO:1～2所示。

F：TGCCATGAATTGTCTGTCGC(SEQ ID NO：1)

R：AGTGTGTAGAGTCAAACCCTG(SEQ ID NO：2)

本发明还要求保护以下内容：

所述的引物在检测鸡ALDH1A3基因3’非编码区序列g.941T>C分子标记的基因型中的应用；所述的引物在检测鸡的腹脂率或制备检测鸡的腹脂率的试剂盒中的应用。

本发明还要求保护一种检测鸡的腹脂率的方法，检测样本鸡ALDH1A3基因3’非编码区序列g.941T>C分子标记的基因型。

优选地，使用所述的引物检测样本鸡ALDH1A3基因3’非编码区序列g.941T>C分子标记的基因型。

本发明还要求保护一种检测鸡的腹脂率的试剂盒，含有检测样本鸡ALDH1A3基因3’非编码区序列g.941T>C分子标记的基因型的试剂。

优选地，所述试剂为所述的引物。

所述的检测位点、所述的引物、所述的方法、或所述的试剂盒在分子辅助育种中的应用，也属于本发明的保护范围。

与现有技术相比，本发明具有如下有益效果：

(1)本发明研究并确定影响鸡屠宰后腹脂率相关的分子标记，使用该分子标记进行标记辅助选择，能够极大地降低鸡屠宰后腹脂率，提高鸡群的饲料利用率，减少饲养成本。

(2)本发明提供一种用于鉴定影响鸡屠宰后腹脂率性状分子标记的引物对，通过该分子标记及引物对，可建立高效准确的分子标记辅助育种技术，将其应用于种鸡屠宰后腹脂率性状遗传改良中，从而降低鸡屠宰后腹脂率，提高鸡群的饲料利用率，提高企业销售额，增加核心竞争力。

(3)本发明通过优选该分子标记的优势基因型，能够增大鸡屠宰后腹脂率性状的遗传进展，减少鸡屠宰后腹脂率性状的育种时间，从而有效提高种鸡育种的经济效益，其中，通过该分子标记，本发明将CC基因型个体剔除，全部选育成TT或TC型个体，则每只鸡屠宰后腹脂重可减少10g以上，腹脂率可以降低约0.1％，提高鸡群屠宰率和饲料利用率，为养鸡产业提供收益的潜力是巨大的。

附图说明

图1为SNP检测中引物特异性测试结果。

具体实施方式

下面结合说明书附图和具体实施例对本发明作出进一步地详细阐述，所述实施例只用于解释本发明，并非用于限定本发明的范围。下述实施例中所使用的试验方法如无特殊说明，均为常规方法；所使用的材料、试剂等，如无特殊说明，为可从商业途径得到的试剂和材料。

实施例1引物设计

一、实验方法

从https://www.ncbi.nlm.nih.gov/找到ALDH1A3基因3’非编码区序列，设计出引物对，引物对信息如表1所示(引物序列5’→3’)，将设计的引物对序列发往广州生工生物公司合成，并用该引物对对组织DNA进行PCR，测试引物的特异性。

表1 ALDH1A3的SNP筛选的引物信息

二、实验结果

结果附图1所示。应用该引物对对血液DNA进行PCR，如附图1所示，引物具有特异性。

实施例2 DNA混池测序

一、实验方法

样本鸡从江丰鸡场的120日龄南海黄麻鸡1号纯系中选择，所有鸡均为统一批次孵化，以平养的方式饲养，饲喂符合国际配方标准的玉米-豆粕型饲料。利用2ml的注射器进行翅下静脉采血，收集血液储存在含20％EDTA的离心管里，用于血液DNA提取。

所有个体的基因组DNA根据

Plant Mini Kit(Qiagen,Hilden,CA；Cat#69104)试剂盒说明书步骤抽提血液DNA，检测质量和浓度后稀释至50ng/μL，4℃保存备用。

从提取的DNA总样品中随机挑选30个DNA样品构建混池，每三个样品(每个样品约0.33μL)混合为一个混合样品，共计10个。将混池样品进行PCR扩增，所用引物与上述SNP检测中所用的引物对相同，将获得的PCR产物送往生工生物公司测序。

二、实验结果

测序结果检测得到鸡ALDH1A3基因3’非编码区序列SNP突变位点g.941T>C(NC_006097.5:17910258)。

实施例3 ALDH1A3突变位点g.941T>C的基因型的确定

一、实验方法

屠宰前，对所有鸡样本进行指标测定，按照中华人民共和国农业行业标准《家禽生产性能名词术语和度量统计方法》(NT/T823-2004)执行。其中皮下脂肪厚、肌间脂肪宽用游标卡尺测量，胫围、胫长用软尺测量。鸡经过屠宰场流水线式统一的放血、烫毛和拔毛，用纸巾轻轻擦拭吸干水，利用3nh-NH310型色差仪(三恩时，中国)对泄殖腔、胫部(去除角质层)、肩部、臀部、胸部、腹部和腹脂的黄度值测定。

用Excel建立数据库，初筛时删除性状数据记录不完整以及具有异常值的个体。原始数据经过初筛后被保留的个体对应的血液抽提DNA进行PCR特异性扩增得到ALDH1A3的PCR产物，所用到的引物对信息如表1所示。对各个基因型进行统计分析可得到该位点的基因型频率和等位基因频率。

二、实验结果

该SNP突变位点g.941T>C的基因及基因型频率统计结构如下表2所示。其中：

(1)基因型频率是指群体中某一基因型个体数占基因型总数的比值：

基因型频率＝某基因型总数/该群体总数×100％；

(2)基因频率是指群体中某一基因占其同一位点全部基因的比值：

基因频率＝某基因个数/群体中同一位点基因总数×100％。

由表2结构可以看出，TT基因型为待测鸡群体优势基因型。

表2 ALDH1A3基因3’非编码区突变位点g.941T>C的基因及基因型频率统计

实施例4 SNP突变位点g.941T>C与鸡屠宰后的屠体性状关联分析

一、实验方法

单因素方差分析检验SNP基因型和鸡屠宰后的屠体性状关联性，多重检验分析不同基因型与性状显著性。各组结果表现为平均值±标准差。

二、实验结果

ALDH1A3的g.941T>C分子标记与鸡屠宰性状关联分析如下表3所示。单因素方差分析表明g.941T>C分子标记与鸡屠宰后的腹脂重和腹脂率性状显著关联(P<0.05)。多重比较结果显示，CC基因型个体屠宰后的腹脂率大于TT和TC基因型个体。

其中，通过该分子标记，本发明将CC基因型个体剔除，全部选育成TT或TC型个体，CC基因型的腹脂重的平均值为45.75g，TT基因型的腹脂重的平均值为35.56g，TC基因型的腹脂重的平均值为34.76g，则每只鸡屠宰后腹脂重至少可以减少10.19g(CC-TT＝45.75-35.56＝10.19g)以上，腹脂率可以降低约0.1％，提高鸡群屠宰率和饲料利用率，为养鸡产业提供收益的潜力是巨大的。

表3 ALDH1A3的g.941T>C分子标记与鸡屠宰后的性状关联分析

注：同行肩标相同字母或没有字母为差异不显著，肩标连续字母为差异显著(P<0.05)，肩标不连续的字母为差异极显著(P<0.01)。

最后所应当说明的是，以上实施例仅用以说明本发明的技术方案而非对本发明保护范围的限制，对于本领域的普通技术人员来说，在上述说明及思路的基础上还可以做出其它不同形式的变化或变动，这里无需也无法对所有的实施方式予以穷举。凡在本发明的精神和原则之内所作的任何修改、等同替换和改进等，均应包含在本发明权利要求的保护范围之内。

序列表

<110> 华南农业大学

<120> 一种影响鸡的腹脂率的分子标记及其应用

<160> 2

<170> SIPOSequenceListing 1.0

<210> 1

<211> 20

<212> DNA

<213> Gallus gallus

<400> 1

tgccatgaat tgtctgtcgc 20

<210> 2

<211> 21

<212> DNA

<213> Gallus gallus

<400> 2

agtgtgtaga gtcaaaccct g 21

Claims (6)

1.鸡ALDH1A3基因3’非编码区序列g.941T>C分子标记作为鉴定鸡的腹脂率的检测位点的应用，其特征在于，CC基因型个体的腹脂率显著大于TT和TC基因型个体，所述鸡为南海黄麻鸡1号纯系，所述的鸡ALDH1A3基因3’非编码区序列g.941T>C分子标记即为galGal6版鸡基因组的第10号染色体的第17910258位核苷酸。

2.鸡ALDH1A3基因3’非编码区序列g.941T>C分子标记的检测试剂在检测鸡的腹脂率中的应用，CC基因型个体的腹脂率显著大于TT和TC基因型个体，所述鸡为南海黄麻鸡1号纯系，所述的鸡ALDH1A3基因3’非编码区序列g.941T>C分子标记即为galGal6版鸡基因组的第10号染色体的第17910258位核苷酸。

3.一种引物在检测鸡的腹脂率或制备检测鸡的腹脂率的试剂盒中的应用，其特征在于，所述引物核苷酸序列如SEQ ID NO:1～2所示，所述引物检测鸡ALDH1A3基因3’非编码区序列g.941T>C分子标记的基因型，所述鸡为南海黄麻鸡1号纯系，所述的鸡ALDH1A3基因3’非编码区序列g.941T>C分子标记即为galGal6版鸡基因组的第10号染色体的第17910258位核苷酸，CC基因型个体的腹脂率显著大于TT和TC基因型个体。

4.一种检测鸡的腹脂率的方法，其特征在于，检测样本鸡ALDH1A3基因3’非编码区序列g.941T>C分子标记的基因型，CC基因型个体的腹脂率显著大于TT和TC基因型个体，所述鸡为南海黄麻鸡1号纯系，所述的鸡ALDH1A3基因3’非编码区序列g.941T>C分子标记即为galGal6版鸡基因组的第10号染色体的第17910258位核苷酸。

5.根据权利要求4所述的方法，其特征在于，使用权利要求3所述的引物检测样本鸡ALDH1A3基因3’非编码区序列g.941T>C分子标记的基因型，所述鸡为纯系南海黄麻鸡1号。

6.权利要求1中所述的检测位点或权利要求4所述的方法在鸡的腹脂率分子辅助育种中的应用，所述鸡为纯系南海黄麻鸡1号，所述分子标记CC基因型个体的腹脂率显著大于TT和TC基因型个体。

Images