CN112126699A - 一种苹果属植物全基因组InDel标记基因型数据库及其在种质资源特异性鉴定上的应用 - Google Patents

一种苹果属植物全基因组InDel标记基因型数据库及其在种质资源特异性鉴定上的应用 Download PDF

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Abstract

本发明提供了一种苹果属植物全基因组InDel标记基因型数据库及其在种质资源特异性鉴定上的应用,属于分子生物学技术领域,所述基因型数据库的构建方法包括:利用引物对和多重PCR对所述苹果种质资源基因组DNA样品的InDel标记进行基因分型;按照每份苹果种质资源对应InDel标记的基因型为一行记录;汇总全部种质资源记录,得到苹果属植物全基因组InDel标记基因型数据库。本发明提供的数据库能够简便、高效、稳定地鉴定苹果种质的特异性,克服了DUS测试易受环境影响的局限性,为苹果新品种保护及种质资源的管理提供了一个有力工具。

Description

一种苹果属植物全基因组InDel标记基因型数据库及其在种 质资源特异性鉴定上的应用
技术领域
本发明属于分子生物学技术领域,尤其涉及一种苹果属植物全基因组InDel标记基因型数据库及其在种质资源特异性鉴定上的应用。
背景技术
苹果是世界上五大果树之一,栽培历史悠久。我国是苹果生产大国,栽培面积、产量和消费量均为世界第一,在我国农业生产中占有重要的地位。新中国成立以来,在我国苹果育种工作者通过不懈努力,先已经培育出数以百计的新品种。但是在杂交育种的亲本选择上,‘元帅’、‘国光’、‘金冠’、‘富士’和‘红玉’是最常用的育种亲本。由于骨干亲本的反复利用使得品种间遗传差异变小、遗传背景狭窄,为苹果品种的准确鉴定提出了更高的要求。
根据1961年在巴黎签订的《国际植物新品种保护公约》,审查一个植物新品种要对其进行特异性(Distinctness)、一致性(Uniformity)和稳定性(Stability)测试,即DUS测试。由于传统的田间测试方法费时费力、受环境影响较大,人们逐渐将新品种测试中的新技术手段聚焦在DNA分子标记构建的指纹图谱技术及相应的数据库上,利用它辅助新品种特异性的审查鉴别。
DNA分子标记是以DNA的多态性为基础的遗传标记。分子标记技术已经由RFLP标记、RAPD标记、AFLP标记逐渐发展到SSR标记,并得到广泛应用。随着近些年高通量测序技术的普及,SNP和InDel新一代标记得以发展。SNP标记因其在基因组中数量多、分布广且在基因分析过程中不需要根据片段大小将DNA分开,即可实现大规模高通量自动化,因而更适合于数量庞大的检测分析,已在医学、生物、农学等众多领域广泛应用。InDel标记被称作最有前景的分子标记,是一种特殊类型的二等位基因遗传标记。由于InDel标记自身的优势适于组建多重电泳,可以单管反应全过程,与其他方法相比,双等位基因标记分型,最大限度地减少实验室程序,从而减少了污染的风险、定位错误或失败的其他可能原因。因此,InDel标记是一种更适合作为构建指纹图谱分子标记。
目前在InDel标记已经在桑树、榨菜、高粱等作物中用于种质资源特异性的鉴定,并且获得理想的结果,在苹果中尚未有相关报道。
发明内容
有鉴于此,本发明的目的在于提供一种苹果属植物全基因组InDel标记基因型数据库及其在种质资源特异性鉴定上的应用。
为了实现上述发明目的,本发明提供了以下技术方案:
本发明提供了一种苹果属植物全基因组InDel标记基因型数据库,所述基因型数据库的构建方法包括:利用引物对和多重PCR对所述苹果种质资源基因组DNA样品的InDel标记进行基因分型;按照每份苹果种质资源对应InDel标记的基因型为一行记录;汇总全部种质资源记录,得到苹果属植物全基因组InDel标记基因型数据库;
所述InDel的核苷酸序列如SEQ ID No.1~102所示;
所述引物对的上游引物的核苷酸序列如SEQ ID No.103~204所示,所述引物对的下游引物的核苷酸序列如SEQ ID No.205~306所示;
所述SEQ ID No.103~204为依次扩增SEQ ID No.1~102的上游引物;
所述SEQ ID No.205~306为依次扩增SEQ ID No.1~102的下游引物;
所述多重PCR的配组如下表所示:
Figure BDA0002682608820000011
Figure BDA0002682608820000021
Figure BDA0002682608820000031
优选的,所述多重PCR的反应程序为:95℃预变性5min;95℃变性30s,55℃退火90s,72℃延伸90s,35个循环;60℃延伸30min。
优选的,所述多重PCR的体系每10μL包括:浓度为200ng/μL的1μL基因组DNA、4μL2.5×Master MixI、1μL Primer mix和4μL ddH2O;所述Primer mix中每对引物的浓度均为0.2μM。
优选的,所述苹果属植物全基因组InDel标记基因型数据库中任意一份苹果属种质资源所有InDel标记的基因型组合作为鉴定该份种质资源特异性的分子身份信息。
优选的,所述分子身份信息以二维码方式呈现,以二维码方式存储、识别和使用。
本发明还提供了上述技术方案所述的苹果属植物全基因组InDel标记基因型数据库在苹果属种质资源鉴定中的应用,包括:
提取待测样本的基因组DNA,利用引物对对所述基因组DNA进行基因型分型,得到待测样本的InDel标记基因型数据,将所述待测样本的InDel标记基因型数据与上述技术方案所述的苹果属植物全基因组InDel标记基因型数据库进行比对;
当所述待测样本的InDel标记基因型组合与所述苹果属植物全基因组InDel标记基因型数据库中任意一份种质资源的分子身份信息相同时,判定所述待测样本不具有特异性;
当所述待测样本的InDel标记基因型组合与所述苹果属植物全基因组InDel标记基因型数据库中所有种质资源以及其它已知InDel标记基因型组合的待测样本的分子身份信息都不相同时,判定所述待测样本具有特异性。
本发明还提供了上述技术方案所述的苹果属植物全基因组InDel标记基因型数据库在苹果属种质资源亲子鉴定中的应用,包括:
利用上述技术方案所述的苹果属植物全基因组InDel标记基因型数据库检索待测样本的亲本和双亲对,检索的标准如下:
当待测样本的标记基因型为D时,亲本的基因型为D或DI,双亲对的基因型组合为D×D、D×DI、DI×D或DI×DI;
当待测样本的标记基因型为I时,亲本的基因型为I或DI,双亲对的基因型组合可为I×I、I×DI、DI×I或DI×DI;
当待测样本的标记基因型为DI时,亲本的基因型为D、I或DI,双亲对的基因型组合为D×I、I×D、D×DI、I×DI、DI×D、DI×I或DI×DI;
其中,D为缺失纯合的基因型,I为插入纯合基因型,DI为插入缺失杂合基因型。
采用本发明提供的苹果属植物全基因组InDel标记基因型数据库包含有1251份苹果种质资源的InDel标记基因型数据库,用于苹果种质特异性鉴定和亲本检索。实验证明,本发明提供的苹果属植物全基因组InDel标记基因型数据库能够简便、高效、稳定地鉴定苹果种质的特异性,克服了DUS测试易受环境影响的局限性,为苹果新品种保护及种质资源的管理提供了一个有力工具。
附图说明
图1为SEQ ID No.35所示的标记一代测序结果;
图2为102个InDel标记在苹果基因组上的分布。
图3为SEQ ID No.35标记毛细管电泳预实验结果。
图4为SEQ ID No.35标记所在多重PCR体系对B-10种质毛细管电泳结果。
具体实施方式
本发明提供了一种苹果属植物全基因组InDel标记基因型数据库,所述基因型数据库的构建方法包括:利用引物对和多重PCR对所述苹果种质资源基因组DNA样品的InDel标记进行基因分型;按照每份苹果种质资源对应InDel标记的基因型为一行记录;汇总全部种质资源记录,得到苹果属植物全基因组InDel标记基因型数据库;
所述InDel的核苷酸序列如SEQ ID No.1~102所示;
所述引物对的上游引物的核苷酸序列如SEQ ID No.103~204所示,所述引物对的下游引物的核苷酸序列如SEQ ID No.205~306所示;
所述SEQ ID No.103~204为依次扩增SEQ ID No.1~102的上游引物;
所述SEQ ID No.205~306为依次扩增SEQ ID No.1~102的下游引物;
所述多重PCR的配组如下表所示:
Figure BDA0002682608820000041
Figure BDA0002682608820000051
Figure BDA0002682608820000061
在本发明中,所述InDel的核苷酸序列如SEQ ID No.1~102所示。在本发明中,所述InDel:1)在苹果基因组的17条染色体上均匀分布;2)在苹果属植物资源中基因型稳定且广泛分离;3)InDel变异片段长度在50bp~500bp之间。
在本发明中,所述InDel的核苷酸序列与表1中的标记对应如下:
InDel的核苷酸序列中存在6种兼并碱基,分别为R(A/G)、Y(C/T)、M(A/C)、K(G/T)、S(G/C)和W(A/T)。
标记C01001的序列:SEQ ID No.1:
atattaggaggtcgcacttggtgcgatggcaagtgccttcgcccatgagtggcaggtctcgggttcgagacttgggagcagcctctccataaatgggggtaaggctagccgacattcacctttcccagaccctgcgtaaagcgggagccttgtgcactgggtacgaccttttttattc。
标记C01002的序列:SEQ ID No.2:
aggtcgtacccagtgcacaaggctcccgctttacgcagggtctgggagaggtgaatgtcggctagccttacccccatttatggagaggctgctcccaagtctcgaacccgagacctactgctcatgggcgaaggcacttgccatcgcaccaagtgcgacctc。
标记C01003的序列:SEQ ID No.3:
tagaggtcgcacttggtgcgatggcaagtgccttcgcccatgagcggtaggtctcgggttcgagacttgggagcagcctctccataaatgggggtaaggctagccgacattcacctctcccagaccctgcgtaaagcgggagccttgtgcactgggtacgacctt。
标记C01004的序列:SEQ ID No.4:
gtagggaactttaacgaaaagcacccggtactgttcactttaacgaaaaaccatatttttatactaaaaagtcaatcatggtactattcactttaccctttattttgtccttatcattaaaactcaaagttttcaagccattttcatttgttttccttttaatgtaaatatgttagatggtgttctaaaagttactaaaggtg。
标记C01005的序列:SEQ ID No.5:
gtcttctctttgcaatcccattccaaatttggataggaattatgaaggaaaatttataactgaagtcagtagccccatgccaacaatttcattaacttctcttcatctgttttagcaggagtytactttggctttctcttggtatttggtgcaacggaattgaatgtccccttccttcatagttggtga。
标记C02006的序列:SEQ ID No.6:
atgaattgaggttccatcataaaatcaattggtaatatggggagtagcccaagaccatataagcacatagcaaaccttgtccctcaccaatgtgtgacaactctcaacacgccgccgcacgtgtagtaaattttcaagcctacacgtggacaacaactgggtgacgtggagcacgtgtggccatttggcttcacacgaggacaacccgctctgatactatgatgaattgaggttccaccataaaaccaattggtaatatggggagtagcccaagatcatataagcacatagcaaaccttgtccctcaccaatgtgtgacaactctcaa。
标记C02008的序列:SEQ ID No.7:
aaaggtcgtacccagtgcacaaggctcccgctttacgcagggtctgggagaggtgaatgtcggctagccttacccccatttatggagaggctgctcccaagtctcgaacccgagacctaccgctcatgggcgaaggcacttgctatcgcaccaagtgcgacctctc。
标记C02009的序列:SEQ ID No.8:
gaaaactaatgaaaagggcttgaaaactttgagttttaatgataaggacaaaataaagggtaaagtgaatagtaccaggattgactttttagtgtaaaaatgtggtttttcgttaaagtgaacagtaccaagtgcttttcgttaaagttcc。
标记C03011的序列:SEQ ID No.9:
aggaaaactaatgaaaaaagtttgaacactttgaatttcaacgataaatacaaaataaagggtaaagtgaatagtaccaggattgactttttagtgtaaaaatgtgatttttcgttaaagtaaataataccatgag。
标记C03012的序列:SEQ ID No.10:
ccaacttcccccacttgcaacattgcctatttgggaagacatcccaccccggaggatttaacctcctcatctacccacccacaa
标记C03014的序列:SEQ ID No.11:
aaaaaargktcgtacccagtgcacaaggctcccgcttaacgcagggtctgggagaggtgaatgtcggctagccttacccccatttatggggaggctgctcccaagtctcgaacccgagacctaccgctcatgggcgaaggcacttgccatcgcaccaagtgcgacct。
标记C03017的序列:SEQ ID No.12:
Taaaggtcgtacccagtgcacaaggctcccgctttaagcagagtctgggagaggtgaatgtcggctagccttacccccatttatggagaggctgctcccaagtctcgaacccgagacctaccgctcatgggcgaaggcacttgccatcgca。
标记C03018的序列:SEQ ID No.13:
tggaattgtaagaggtcgcacttggtgcgatggcaagtgccttcgcccatgagcagtaggtctcaggttcgagacttgggagcagcctctccataaatggggtaaggctagccgacattcacctctcccagaccctgcgtaaagcgggagccttgtgcaatgggtacgacatt。
标记C04019的序列:SEQ ID No.14:
agaggtcgcacttggtgcgatggcaagtgccttcgcctatgaacggtaggtctcgggttcgagacttgggagcagcctctccataaaatgggggtaagactagccgacattcacctctcccagaccctgcgtaaagcgggagccttgtgcactgggtacgacttttt。
标记C04020的序列:SEQ ID No.15:
gggaattttaacgaaaagcacccggtattgttcattttaacgaaaaaccacatttttacactaaaaagtcaatcatggtactattcactttaccctttattttgtacttatcattaaaactcaaagttttcaagcccttttcattagttttcc。
标记C04021的序列:SEQ ID No.16:
gccccgtttgggattgaggtgattttaaaaaaagctactgtgaaaaaaagctgagggtcatttttgtgtttggtaaactgaaaaaaaaaggcttattttggaagctgctgtgagaataagctgaaaatcaaaggaaaagctgaagctgctatttgctgctttgaaaaaaagccagttttttcaaagcacacggatcctttaatgaaaagacacactatcatcctgcttttttttccaaaagcactttcacaaaaaagtttaccatacactctactggctttatttcacagccacttattctcacagcacagccgcttattctcacagcagctttttttcaaagcacagcaataccaaaccagc。
标记C04022的序列:SEQ ID No.17:
gggaactttaacgaaaagcacccggtactgttcactttaacgaaaaaccacatttttacactaaaaagtcaatcctggtactattcactttaccctttattttgttcttatcattaaaactcaaagttttcaagcccttttcattagttttcc。
标记C04023的序列:SEQ ID No.18:
aaaaaaaaaaaggtcgtacccagtgcacaaggctcccgctttacgcagggtctgggagaggtgaatgtcggctagccttacccccatttatggagaggctgctcccaagtctcgaacccgagacctaccgctcatgggcgaaggcacttgccatcgcaccaagtgcgacctc。
标记C04024的序列:SEQ ID No.19:
ctgagaggtcgcacttggtgcgatggcaagtgccttcgcccatgagcggtaggtctcgggttcgagacttgggagcagcctctccataaatgggggtaaggctagccgacattcacctctcctagaccctgcgtaaagcgggagccttgtgcactgggtacgaccttt。
标记C04133的序列:SEQ ID No.20:
taaaaggtcgtacccagtgcacaaggctcccgctttacgcagggtctgggagaggtgaatgtcggctagccttacccccatttatggagaggctgctcccaagtctcgaacccgagacctaccgctcatgggcgaaggcacttgccatcgcaccaagtgcgacc。
标记C04134的序列:SEQ ID No.21:
gggctggtttggtattgctgtgctttgaaaaaaagttgctgtgagaataagcagctgtgaaataaattagtagagtgtttggtaaacttttttgtaaaagtgcttctgaaaaaaaaaaacagtctgatagtgggtcttttcattaaaggagcactgtaactccgtgtgctttgaaaaaaaagccagttttccaagctacaaatagcagcttcagttttttcctttgatttcagcttattctcacagcagcttccaaaataagccattttttttcagtttaacaaacatctaaaactctcacagctttttttyatgggtgytttttttttaagcacctcattcccaaaccacc。
标记C05026的序列:SEQ ID No.22:
tttttttcaattgatcgagcccagtgcacaaggctcccgctttacgcagggtctgggagaggtgaatgtcggctagccttacccccatttatggagaggctgctccca。
标记C05028的序列:SEQ ID No.23:
atattcaatatttcaaatgcttagtcaaaaagcgattctaggaacaagaatttcttccaaactttgttgcaacacagacacatacgcttttgaatgtataatacattttttttggtgagattgaccttcgcaggtgtactgtggtcaataggggaaggtactgggtact。
标记C05029的序列:SEQ ID No.24:
gggcttcagtagcaaatgattttaataattactctctttctcaattactgtgggatttgttagcagcagtaaagtgagttaggtctagctattgttcctgtagccaaatcctattgagagtttttcttgtttcttgtaaatggtggatttcttatccacttcagtatatttctcttttcttttataaaatgtttgtttcttctcaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaa。
标记C05030的序列:SEQ ID No.25:
gggaactttaacgaaaagcacccggtactgttcactttaacgaaaaaccatatttttacactaaaaagtcaattctggtactattcactttaccctttattttgtccttttcattaaaactcaaagttttcaagcccttttcattagttt。
标记C05031的序列:SEQ ID No.26:
gcatggccatctactacctttgcaccggagaacaggaaggggttcttggtggaatcaacttcaacatggtcactctctcccgtcatgcttgactcgtccacttgtaaggaatacccatccaggaacaatccatctgcaggtatttgatctcccatgttcagaaccacaacatctccaactacaatatcgaagatggagatttcttgtctctgtttgtctctaaatacc。
标记C05032的序列:SEQ ID No.27:
agggaactttaacgaaaagcacccggtactgttcactttaacgaaaaaccacatttttacactaaaaagtcaatcctggtactattcactttaccctttattttgttcttatcattaaaactcaaagttttcaagcccttttcattagttttcc。
标记C05135的序列:SEQ ID No.28:
ttcctgctcgtaatgtgtttatgggatgttccatcaaataacagcagtgatcrttataacacagcataagttaccgatacgagcacagatgcattttgcagaaatacaccataattagatrgataagattcgaatgtgtacgtacgatcaatgttgacaatgcaaag。
标记C06037的序列:SEQ ID No.29:
Cgtacccagtgcacaaggctcccgctttaagcatggtctgagagaggtgaatgtcggctagccttacctccatttatggagaggctgctcccaaatctcgaacccgagacctaccgctc。
标记C06038的序列:SEQ ID No.30:
cactacaaatataggatttcgctgagagagagagtgacaatgaaaactctctgaagttcctctgaacatagtgcaccagttagggtataaacaaaacttggcctctaccattgaaggaccacagaagtattcacccttcaacaagcaacaatccaagc。
标记C06039的序列:SEQ ID No.31:
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标记C06137的序列:SEQ ID No.34:
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标记C17126的序列:SEQ ID No.99:
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标记C17128的序列:SEQ ID No.101:
agaggtcgcacttggtgcgatggcaagtgctttcgtccatgaacggtaggtctcgggttcgagacttgggagcagcctctccataaatgggggtaaggctaaccgacattcacctctcccagaccctgcgtaaagcgggagccttgtgcactgggtacgacc。
标记C17129的序列:SEQ ID No.102:
gcgaagagatcccctccggatctctcccactaaagctcactaatcaattaatccgggtccttaaaatttgataaaacggctacaaataggaagctccttaaaaaatcatcataattttagccgttggaacaaaatttaaaggcttgaattaattgattggtgagatatggtgggagagatccggatgggatctcttcc。
在本发明中,所述引物对的上游引物的核苷酸序列如SEQ ID No.103~204所示,所述引物对的下游引物的核苷酸序列如SEQ ID No.205~306所示;所述SEQ ID No.103~204为依次扩增上述技术方案所述的SEQ ID No.1~102的上游引物;所述SEQ ID No.205~306为依次扩增上述技术方案所述的SEQ ID No.1~102的下游引物。在本发明中,所述引物对:1)扩增产物特异性强,无非特异性扩增产物;2)对等位位点的Insertion和Deletion扩增效率相近。
在本发明中,所述Indel标记的引物对对应关系如表1。
表1 Indel标记的引物对对应关系
Figure BDA0002682608820000141
Figure BDA0002682608820000151
Figure BDA0002682608820000161
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Figure BDA0002682608820000181
Figure BDA0002682608820000191
Figure BDA0002682608820000201
在本发明中,所述多重PCR的反应程序优选为:95℃预变性5min;95℃变性30s,55℃退火90s,72℃延伸90s,35个循环;60℃延伸30min;所述多重PCR的体系每10μL优选包括:浓度为200ng/μL的1μL基因组DNA、4μL 2.5×Master MixI、1μL Primer mix和4μL ddH2O;所述Primer mix中每对引物的浓度均为0.2μM。
在本发明中,所述苹果属植物全基因组InDel标记基因型数据库中任意一份苹果属种质资源所有InDel标记的基因型组合作为鉴定该份种质资源特异性的分子身份信息。在本发明中,所述分子身份信息以二维码方式呈现,以二维码方式存储、识别和使用。
本发明对所述提取苹果种质资源的基因组DNA的方法没有特殊限定,优选采用CTAB法,提取的组织优选为苹果的幼嫩叶片。
在本发明中,所述引物对在使用时,在上游引物的5’端优选添加荧光标签,所述荧光标签优选包括HEX、PET、NED或FAM。使更多的引物能够混合在同一反应体系中,构建荧光多重PCR体系,优点是:1)同一体系中不同引物之间不相互影响扩增效率;2)同一体系不同引物扩增效率相近;3)同一体系相同荧光标签标记的引物扩增产物片段大小差异明显,容易区分检测。
本发明还提供了上述技术方案所述的苹果属植物全基因组InDel标记基因型数据库在苹果属种质资源鉴定中的应用,包括:
提取待测样本的基因组DNA,利用引物对对所述基因组DNA进行基因型分型,得到待测样本的InDel标记基因型数据,将所述待测样本的InDel标记基因型数据与上述技术方案所述的苹果属植物全基因组InDel标记基因型数据库进行比对;
当所述待测样本的InDel标记基因型组合与所述苹果属植物全基因组InDel标记基因型数据库中任意一份种质资源的分子身份信息相同时,判定所述待测样本不具有特异性;
当所述待测样本的InDel标记基因型组合与所述苹果属植物全基因组InDel标记基因型数据库中所有种质资源以及其它已知InDel标记基因型组合的待测样本的分子身份信息都不相同时,判定所述待测样本具有特异性
本发明优选使用AppleParentage1.0软件(https://github.com/wangx321/ AppleParentage1.0)进行比对。
本发明还优选使用在线二维码生成软件(https://cli.im/)将InDel标记基因数据生成二维码,构建种质资源的分子身份信息。
本发明还提供了上述技术方案所述的苹果属植物全基因组InDel标记基因型数据库在苹果属种质资源亲子鉴定中的应用,包括:
利用上述技术方案所述的苹果属植物全基因组InDel标记基因型数据库检索待测样本的亲本和双亲对,检索的标准如下:
当待测样本的标记基因型为D时,亲本的基因型为D或DI,双亲对的基因型组合为D×D、D×DI、DI×D或DI×DI;
当待测样本的标记基因型为I时,亲本的基因型为I或DI,双亲对的基因型组合可为I×I、I×DI、DI×I或DI×DI;
当待测样本的标记基因型为DI时,亲本的基因型为D、I或DI,双亲对的基因型组合为D×I、I×D、D×DI、I×DI、DI×D、DI×I或DI×DI;
其中,D为缺失纯合的基因型,I为插入纯合基因型,DI为插入缺失杂合基因型。
下面结合实施例对本发明提供的技术方案进行详细的说明,但是不能把它们理解为对本发明保护范围的限定。
实施例1
InDel标记开发
使用Illumina HiSeq2500测序仪对‘红玉’和‘金冠’两个苹果品种进行基因组重测序,得到的测序数据通过Delly软件分析得到结构变异共66841个,其中16130个缺失(deletion,DEL)、9794个插入(insertion,INS)、430个倒位(inversion,INV)、1132个染色体内易位(intrachromosomal translocation,ITX)和39355个染色体间易位(interchromosomal translocation,CTX)。为便于使用PCR方法检测变异,选取变异序列长度在50-500bp之间的插入或缺失(Insertion/Deletion,InDel)作为标记使用。
在上述25924个InDel变异中,选取在苹果基因组的17条染色体上均匀分布,且在苹果属植物资源中基因型稳定且广泛分离的InDel变异位点设计引物。通过PCR和Sanger测序,验证预测的InDel变异序列的准确性。以InDel标记C07043(即SEQ ID No.35)为例(图1),PCR产物长片段和短片段相差的序列即为预测的InDel序列。经验证共得到102个高质量InDel标记,在17条染色体上的分布如图2所示,引物序列如序列表1所示。
多重PCR体系的构建
在上述的102对引物的正向引物的5’端添加荧光标签(FAM、HEX、NED或PET),以‘红玉’和‘金冠’基因组DNA为模板,进行PCR扩增,并采用毛细管电泳的方法进行与实验检测,以SEQ ID No.35所示的InDel标记为例,图3所示毛细管电泳所检测出的长片段长度为458bp,短片段为293bp,二者长度之差165bp即为InDel片段的大小,与图1中Sanger测序结果相吻合,说明荧光毛细管电泳方法能够准确检测种质中InDel标记的基因型。
将上述102对InDel的引物进行多重PCR配组,构建荧光多重PCR体系,配组原则为:1)同一体系中不同引物之间不相互影响扩增效率;2)同一体系不同引物扩增效率相近;3)同一体系相同荧光标签标记的引物扩增产物片段大小差异明显,容易区分检测。以SEQ IDNo.35标记所在多重PCR体系G2为例,图4所示该体系对B-10种质进行分型后毛细管电泳的结果,结果显示该体系能够满足上述配组原则。最终102个标记分为9个多重PCR体系,每个体系可进行3~24重多重扩增。配组信息详见表1。
各组PCR反应均采用10μL体系:1μL DNA(浓度为200ng/ml),4μL 2.5×MasterMixI(北京阅微基因技术有限公司),1μL Primer mix(每对引物的浓度均为0.2μM),4μLddH2O。
PCR反应程序为:95℃预变性5min;95℃变性30s,55℃退火90s,72℃延伸90s,35个循环;60℃再延伸30min,12℃保存。
实施例2
苹果属种质资源InDel标记基因型数据库的构建
本发明共收集1251份苹果属种质资源,其中包括35个种,栽培苹果包含981个品种,栽培种中共有322份芽变品种(表2)。
本发明采用CTAB法提取苹果属种质资源基因组DNA,最终调整提取所得DNA溶液浓度为200ng/μL,以备检测使用。
采用实施例1构建的荧光多重PCR体系,对1251份苹果属种质资源进行InDel标记基因型检测。检测结果整理格式为:按照一份种质资源对所有标记的基因型结果为一行的格式整理分型结果,构建得包含1251份苹果属种质资源对应102个InDel标记基因型数据库,数据库构建结果如表3所示。
表2本发明中部分苹果属种质资源
Figure BDA0002682608820000221
Figure BDA0002682608820000231
Figure BDA0002682608820000241
Figure BDA0002682608820000251
Figure BDA0002682608820000261
Figure BDA0002682608820000271
表3苹果属种质资源InDel标记基因型数据库构建结果
Figure BDA0002682608820000272
Figure BDA0002682608820000281
Figure BDA0002682608820000291
Figure BDA0002682608820000301
Figure BDA0002682608820000311
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Figure BDA0002682608820000341
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Figure BDA0002682608820000491
Figure BDA0002682608820000501
Figure BDA0002682608820000511
Figure BDA0002682608820000521
Figure BDA0002682608820000531
Figure BDA0002682608820000541
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Figure BDA0002682608820000581
Figure BDA0002682608820000591
Figure BDA0002682608820000601
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Figure BDA0002682608820000701
Figure BDA0002682608820000711
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Figure BDA0002682608820000731
Figure BDA0002682608820000741
Figure BDA0002682608820000751
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Figure BDA0002682608820000781
Figure BDA0002682608820000791
Figure BDA0002682608820000801
Figure BDA0002682608820000811
Figure BDA0002682608820000821
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Figure BDA0002682608820000851
Figure BDA0002682608820000861
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Figure BDA0002682608820000881
Figure BDA0002682608820000891
Figure BDA0002682608820000901
Figure BDA0002682608820000911
Figure BDA0002682608820000921
Figure BDA0002682608820000931
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Figure BDA0002682608820000951
Figure BDA0002682608820000961
Figure BDA0002682608820000971
Figure BDA0002682608820000981
Figure BDA0002682608820000991
Figure BDA0002682608820001001
Figure BDA0002682608820001011
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Figure BDA0002682608820001061
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Figure BDA0002682608820001181
Figure BDA0002682608820001191
Figure BDA0002682608820001201
Figure BDA0002682608820001211
Figure BDA0002682608820001221
Figure BDA0002682608820001231
Figure BDA0002682608820001241
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Figure BDA0002682608820001261
Figure BDA0002682608820001271
Figure BDA0002682608820001281
Figure BDA0002682608820001291
Figure BDA0002682608820001301
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Figure BDA0002682608820001321
Figure BDA0002682608820001331
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Figure BDA0002682608820001351
Figure BDA0002682608820001361
Figure BDA0002682608820001371
Figure BDA0002682608820001381
Figure BDA0002682608820001391
Figure BDA0002682608820001401
Figure BDA0002682608820001411
Figure BDA0002682608820001421
Figure BDA0002682608820001431
Figure BDA0002682608820001441
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Figure BDA0002682608820001471
Figure BDA0002682608820001481
Figure BDA0002682608820001491
Figure BDA0002682608820001501
实施例3
数据库中种质特异性鉴定
采用AppleParentage1.0软件对实施例2得到的数据库中所有种质进行特异性分析,结果发现1251份种质资源中共有942份材料拥有唯一的基因型,即具有特异性,将其InDel基因型数据利用在线二维码生成软件生成二维码分子身份证。有309份材料拥有共享的InDel标记基因型数据,共分成76组,如表4所示;其中有197芽变品种,即107份(11组)‘富士’系芽变材料、35份(3组)‘元帅’系芽变材料、33份(6组)‘Gala’系芽变材料、4份(1组)‘金冠’系芽变材料、7份(2组)‘红玉’系芽变材料、5份(2组)‘国光’系芽变材料、4份(1组)‘津轻’系芽变材料、2份(1组)‘龙威’系芽变材料(表4)。
其中盐源3(SC-3)、盐源2(SC-2)、第二十二行(YN-42)、第二十五行(YN-45)、第二十四行(YN-44)、第十二行(YN-32)、捷1(11--0)7份材料不知其品种名,通过特异性分析可知:盐源2(SC-2)和第二十二行(YN-42)可能是‘津轻’或‘津轻’的芽变品种;盐源3(SC-3)、第二十五行(YN-45)、第二十四行(YN-44)可能是‘富士’系品种;第十二行(YN-32)可能是‘Gala’或芽变品种;捷1(11--0)可能是‘红玉’或芽变品种。
由上述分析结果可知,本发明提供的InDel标记基因型数据库能够用于苹果种质资源特异性鉴定。
表4种质特异性鉴定结果
Figure BDA0002682608820001502
Figure BDA0002682608820001511
Figure BDA0002682608820001521
Figure BDA0002682608820001531
Figure BDA0002682608820001541
Figure BDA0002682608820001551
实施例4
数据库中部分育种材料亲子鉴定
在上述数据库中选取82份已知双亲得材料,采用AppleParentage1.0软件在数据库中检索亲本,以检所得到的亲本是否与已知亲本相符,进而验证该数据库用于苹果种质资源亲子鉴定的可行性。
有27份材料的已知亲本为‘红玉’ב金冠’,经过AppleParentage1.0分析,26份材料检索得到的双亲结果和已知亲本相符,只有53-205的检索结果显示其应该是‘红玉’和‘宫崎短枝富士’的后代。在9份已知亲本为‘紫塞明珠’ב金冠’的材料中有两份材料检索亲本结果与已知亲本不相符,33-018的检索结果显示其亲本为‘紫塞明珠’和‘宫崎短枝富士’,而对于33-101检索结果只显示为‘紫塞明珠’的后代,但另一亲本在数据库中未能检索到。已知亲本之一为‘美国8号’的3份材料只能检索到另一亲本,而不能证明它们是数据库中‘美国8号’的后代。‘H5-101’的已知亲本为‘金冠’ב红玉’,但是分析结果表明它应该是‘金冠’和‘富士’的后代。对于23-63和23-42两份材料而言,分析显示其亲本为‘富士’和‘白星’,而不是‘富士’和‘东光’。对于‘岳帅’、‘岳冠’、‘岳华’、58-34、13-26W和50-32而言,只能检索到已知亲本之一。对剩余34份种质的分析结果均与已知亲本一致(表5)。
表5部分育种材料亲子鉴定结果
Figure BDA0002682608820001561
Figure BDA0002682608820001571
Figure BDA0002682608820001581
Figure BDA0002682608820001591
Figure BDA0002682608820001601
注:数据库中检索不到的亲本用‘-’表示。
以上所述仅是本发明的优选实施方式,应当指出,对于本技术领域的普通技术人员来说,在不脱离本发明原理的前提下,还可以做出若干改进和润饰,这些改进和润饰也应视为本发明的保护范围。
序列表
<110> 中国农业大学
<120> 一种苹果属植物全基因组InDel标记基因型数据库及其在种质资源特异性鉴定上的应用
<160> 306
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 178
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 1
atattaggag gtcgcacttg gtgcgatggc aagtgccttc gcccatgagt ggcaggtctc 60
gggttcgaga cttgggagca gcctctccat aaatgggggt aaggctagcc gacattcacc 120
tttcccagac cctgcgtaaa gcgggagcct tgtgcactgg gtacgacctt ttttattc 178
<210> 2
<211> 162
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 2
aggtcgtacc cagtgcacaa ggctcccgct ttacgcaggg tctgggagag gtgaatgtcg 60
gctagcctta cccccattta tggagaggct gctcccaagt ctcgaacccg agacctactg 120
ctcatgggcg aaggcacttg ccatcgcacc aagtgcgacc tc 162
<210> 3
<211> 165
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 3
tagaggtcgc acttggtgcg atggcaagtg ccttcgccca tgagcggtag gtctcgggtt 60
cgagacttgg gagcagcctc tccataaatg ggggtaaggc tagccgacat tcacctctcc 120
cagaccctgc gtaaagcggg agccttgtgc actgggtacg acctt 165
<210> 4
<211> 203
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 4
gtagggaact ttaacgaaaa gcacccggta ctgttcactt taacgaaaaa ccatattttt 60
atactaaaaa gtcaatcatg gtactattca ctttaccctt tattttgtcc ttatcattaa 120
aactcaaagt tttcaagcca ttttcatttg ttttcctttt aatgtaaata tgttagatgg 180
tgttctaaaa gttactaaag gtg 203
<210> 5
<211> 189
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 5
gtcttctctt tgcaatccca ttccaaattt ggataggaat tatgaaggaa aatttataac 60
tgaagtcagt agccccatgc caacaatttc attaacttct cttcatctgt tttagcagga 120
gtytactttg gctttctctt ggtatttggt gcaacggaat tgaatgtccc cttccttcat 180
agttggtga 189
<210> 6
<211> 328
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 6
atgaattgag gttccatcat aaaatcaatt ggtaatatgg ggagtagccc aagaccatat 60
aagcacatag caaaccttgt ccctcaccaa tgtgtgacaa ctctcaacac gccgccgcac 120
gtgtagtaaa ttttcaagcc tacacgtgga caacaactgg gtgacgtgga gcacgtgtgg 180
ccatttggct tcacacgagg acaacccgct ctgatactat gatgaattga ggttccacca 240
taaaaccaat tggtaatatg gggagtagcc caagatcata taagcacata gcaaaccttg 300
tccctcacca atgtgtgaca actctcaa 328
<210> 7
<211> 166
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 7
aaaggtcgta cccagtgcac aaggctcccg ctttacgcag ggtctgggag aggtgaatgt 60
cggctagcct tacccccatt tatggagagg ctgctcccaa gtctcgaacc cgagacctac 120
cgctcatggg cgaaggcact tgctatcgca ccaagtgcga cctctc 166
<210> 8
<211> 151
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 8
gaaaactaat gaaaagggct tgaaaacttt gagttttaat gataaggaca aaataaaggg 60
taaagtgaat agtaccagga ttgacttttt agtgtaaaaa tgtggttttt cgttaaagtg 120
aacagtacca agtgcttttc gttaaagttc c 151
<210> 9
<211> 136
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 9
aggaaaacta atgaaaaaag tttgaacact ttgaatttca acgataaata caaaataaag 60
ggtaaagtga atagtaccag gattgacttt ttagtgtaaa aatgtgattt ttcgttaaag 120
taaataatac catgag 136
<210> 10
<211> 84
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 10
ccaacttccc ccacttgcaa cattgcctat ttgggaagac atcccacccc ggaggattta 60
acctcctcat ctacccaccc acaa 84
<210> 11
<211> 167
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 11
aaaaaargkt cgtacccagt gcacaaggct cccgcttaac gcagggtctg ggagaggtga 60
atgtcggcta gccttacccc catttatggg gaggctgctc ccaagtctcg aacccgagac 120
ctaccgctca tgggcgaagg cacttgccat cgcaccaagt gcgacct 167
<210> 12
<211> 151
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 12
taaaggtcgt acccagtgca caaggctccc gctttaagca gagtctggga gaggtgaatg 60
tcggctagcc ttacccccat ttatggagag gctgctccca agtctcgaac ccgagaccta 120
ccgctcatgg gcgaaggcac ttgccatcgc a 151
<210> 13
<211> 173
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 13
tggaattgta agaggtcgca cttggtgcga tggcaagtgc cttcgcccat gagcagtagg 60
tctcaggttc gagacttggg agcagcctct ccataaatgg ggtaaggcta gccgacattc 120
acctctccca gaccctgcgt aaagcgggag ccttgtgcaa tgggtacgac att 173
<210> 14
<211> 167
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 14
agaggtcgca cttggtgcga tggcaagtgc cttcgcctat gaacggtagg tctcgggttc 60
gagacttggg agcagcctct ccataaaatg ggggtaagac tagccgacat tcacctctcc 120
cagaccctgc gtaaagcggg agccttgtgc actgggtacg acttttt 167
<210> 15
<211> 153
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 15
gggaatttta acgaaaagca cccggtattg ttcattttaa cgaaaaacca catttttaca 60
ctaaaaagtc aatcatggta ctattcactt taccctttat tttgtactta tcattaaaac 120
tcaaagtttt caagcccttt tcattagttt tcc 153
<210> 16
<211> 363
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 16
gccccgtttg ggattgaggt gattttaaaa aaagctactg tgaaaaaaag ctgagggtca 60
tttttgtgtt tggtaaactg aaaaaaaaag gcttattttg gaagctgctg tgagaataag 120
ctgaaaatca aaggaaaagc tgaagctgct atttgctgct ttgaaaaaaa gccagttttt 180
tcaaagcaca cggatccttt aatgaaaaga cacactatca tcctgctttt ttttccaaaa 240
gcactttcac aaaaaagttt accatacact ctactggctt tatttcacag ccacttattc 300
tcacagcaca gccgcttatt ctcacagcag ctttttttca aagcacagca ataccaaacc 360
agc 363
<210> 17
<211> 153
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 17
gggaacttta acgaaaagca cccggtactg ttcactttaa cgaaaaacca catttttaca 60
ctaaaaagtc aatcctggta ctattcactt taccctttat tttgttctta tcattaaaac 120
tcaaagtttt caagcccttt tcattagttt tcc 153
<210> 18
<211> 172
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 18
aaaaaaaaaa aggtcgtacc cagtgcacaa ggctcccgct ttacgcaggg tctgggagag 60
gtgaatgtcg gctagcctta cccccattta tggagaggct gctcccaagt ctcgaacccg 120
agacctaccg ctcatgggcg aaggcacttg ccatcgcacc aagtgcgacc tc 172
<210> 19
<211> 168
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 19
ctgagaggtc gcacttggtg cgatggcaag tgccttcgcc catgagcggt aggtctcggg 60
ttcgagactt gggagcagcc tctccataaa tgggggtaag gctagccgac attcacctct 120
cctagaccct gcgtaaagcg ggagccttgt gcactgggta cgaccttt 168
<210> 20
<211> 164
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 20
taaaaggtcg tacccagtgc acaaggctcc cgctttacgc agggtctggg agaggtgaat 60
gtcggctagc cttaccccca tttatggaga ggctgctccc aagtctcgaa cccgagacct 120
accgctcatg ggcgaaggca cttgccatcg caccaagtgc gacc 164
<210> 21
<211> 352
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 21
gggctggttt ggtattgctg tgctttgaaa aaaagttgct gtgagaataa gcagctgtga 60
aataaattag tagagtgttt ggtaaacttt tttgtaaaag tgcttctgaa aaaaaaaaac 120
agtctgatag tgggtctttt cattaaagga gcactgtaac tccgtgtgct ttgaaaaaaa 180
agccagtttt ccaagctaca aatagcagct tcagtttttt cctttgattt cagcttattc 240
tcacagcagc ttccaaaata agccattttt tttcagttta acaaacatct aaaactctca 300
cagctttttt tyatgggtgy ttttttttta agcacctcat tcccaaacca cc 352
<210> 22
<211> 108
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 22
tttttttcaa ttgatcgagc ccagtgcaca aggctcccgc tttacgcagg gtctgggaga 60
ggtgaatgtc ggctagcctt acccccattt atggagaggc tgctccca 108
<210> 23
<211> 169
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 23
atattcaata tttcaaatgc ttagtcaaaa agcgattcta ggaacaagaa tttcttccaa 60
actttgttgc aacacagaca catacgcttt tgaatgtata atacattttt tttggtgaga 120
ttgaccttcg caggtgtact gtggtcaata ggggaaggta ctgggtact 169
<210> 24
<211> 226
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 24
gggcttcagt agcaaatgat tttaataatt actctctttc tcaattactg tgggatttgt 60
tagcagcagt aaagtgagtt aggtctagct attgttcctg tagccaaatc ctattgagag 120
tttttcttgt ttcttgtaaa tggtggattt cttatccact tcagtatatt tctcttttct 180
tttataaaat gtttgtttct tctcaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaa 226
<210> 25
<211> 150
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 25
gggaacttta acgaaaagca cccggtactg ttcactttaa cgaaaaacca tatttttaca 60
ctaaaaagtc aattctggta ctattcactt taccctttat tttgtccttt tcattaaaac 120
tcaaagtttt caagcccttt tcattagttt 150
<210> 26
<211> 228
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 26
gcatggccat ctactacctt tgcaccggag aacaggaagg ggttcttggt ggaatcaact 60
tcaacatggt cactctctcc cgtcatgctt gactcgtcca cttgtaagga atacccatcc 120
aggaacaatc catctgcagg tatttgatct cccatgttca gaaccacaac atctccaact 180
acaatatcga agatggagat ttcttgtctc tgtttgtctc taaatacc 228
<210> 27
<211> 154
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 27
agggaacttt aacgaaaagc acccggtact gttcacttta acgaaaaacc acatttttac 60
actaaaaagt caatcctggt actattcact ttacccttta ttttgttctt atcattaaaa 120
ctcaaagttt tcaagccctt ttcattagtt ttcc 154
<210> 28
<211> 167
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 28
ttcctgctcg taatgtgttt atgggatgtt ccatcaaata acagcagtga tcrttataac 60
acagcataag ttaccgatac gagcacagat gcattttgca gaaatacacc ataattagat 120
rgataagatt cgaatgtgta cgtacgatca atgttgacaa tgcaaag 167
<210> 29
<211> 119
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 29
cgtacccagt gcacaaggct cccgctttaa gcatggtctg agagaggtga atgtcggcta 60
gccttacctc catttatgga gaggctgctc ccaaatctcg aacccgagac ctaccgctc 119
<210> 30
<211> 158
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 30
cactacaaat ataggatttc gctgagagag agagtgacaa tgaaaactct ctgaagttcc 60
tctgaacata gtgcaccagt tagggtataa acaaaacttg gcctctacca ttgaaggacc 120
acagaagtat tcacccttca acaagcaaca atccaagc 158
<210> 31
<211> 53
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 31
gaccagcgga tctggtggtc gacaatcgtt cggacttggt aaaggttgtc gcg 53
<210> 32
<211> 74
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 32
gtgtttcctt ttttatttcg ttgttatgac tattgcttga gatttagcaa caatatgtcc 60
attattaata tatt 74
<210> 33
<211> 337
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 33
cctcagtaca tataggctat atgatatagc cccgtttaga attgcttttt tagtgcaatg 60
aagtatgcat atcaggagtt tcgtatgcag agaaagaaat tgcgttaggt tatattaaga 120
atttctatcc agggttactg tttaacttta cgaattaact agttgatgat ttaatattga 180
tagaaaagta gatttcaatc cagttccatt agaatatttt agaaaaatgg aaacttcctt 240
tgactattgt cttatattaa agacttatca taaggagatg ataacgtcaa ttaataacta 300
gatgggtcga ctgagtccaa ttcaaaggac ccatttc 337
<210> 34
<211> 255
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 34
gcaaatgtca ctcctagata atacggagat gaatgaaaga tgacatgcat gacatcaatc 60
ttgggtccat gtaagccaaa aaaacaacgg ttaacttgac ggttcgactg attaagacgg 120
taaatgttga acgaactagt aacttcaagg gttgtaagtt tttgtatgcc atggaccaaa 180
tgttacatgc tcttaacctt gagaaagact tctcatggca cggaacgcca tggttcttgt 240
gtacccgtgc catgg 255
<210> 35
<211> 152
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 35
aaaggtcgta cccagtgcac aaggctcccg ctttacgcag ggtctgggag aggtgaatgt 60
cggctagcct tacccccatt ttatggagag gctgctccca agtctcgaac ccgagaccta 120
ccgctcatgg gtgaagacac ttgccatcgc ac 152
<210> 36
<211> 139
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 36
ggtcttcgcc catgagctgt aggtctcggg ttcgagactt gggagcagcc tctccataaa 60
tgggggtaag gctagccgac attcacctct cccagaccct gcgtaaagcg ggagccttgt 120
gcactgggta cgacctttt 139
<210> 37
<211> 154
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 37
cagtgtgatg gcaagtgtct tcgcccatga gcagtaggtc tcgggttcga gacttgggag 60
cagcctctcc ataaaatggg ggtaaggctr gccgacattc acctctccca gaccctgcgt 120
aaagcgggag ccttgtgcac tgggtacgac ctca 154
<210> 38
<211> 195
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 38
cgttaatttc ataagctgta aggaacacaa gcagaccaat gcttacataa tttcataagc 60
tgtaagcatt ggcctattta catacataat ttcgagactt gggagcagcc tctccataaa 120
tgggggtaag gctagccgac attcacctct cccagaccct gcttaaagcg ggagccttgt 180
gcactgggta cgacc 195
<210> 39
<211> 373
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 39
ggtggtttgg gagtgaggtg cttaaaaaaa aagcacccat gaaaaaaagc tgtgagggtt 60
ttaggtgttt ggtaaactaa aaaaaagggg cttattttgg aagctgctgt gagaataagc 120
tgaaatcaaa ggaaaaagct gaagctgcta tttgcagctt tggaaaactg cctttttctc 180
aaagcacacg gaactacaat gctcctttaa tggaaagacc cactatcaga ctgctttttt 240
ttttccaaaa gcacttttac aaaaaaattt accaaacact ctgctgattt atttcacatc 300
cgcttattct cacagtacag cygcttattc tcacagcagc tttttttcaa agcacagcaa 360
taccaaacta gcc 373
<210> 40
<211> 164
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 40
agaggtcgca cttggtgcga tggcaagtgc cttcgcccat gagcggtagg tctcgggttc 60
gagacttggg agcagcctct ccataaatgg gggtaaggct agccgacatt cacctctccc 120
agaccctgcg taaagcggga gccttgtgca ctgggtacga cctt 164
<210> 41
<211> 232
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 41
tgggagagct ttctgggcag tgccgcctgc ttcggtcatt tgaccaacac tccttcaaaa 60
catataactt gttcttcact ctccatggca agaaaggaaa ggagagacaa ttacaaatct 120
caattacact tgacccgtgg gattacaaat ctcaaatcag aggaattcgc attgacagtc 180
aagggagtta ccatcttcac aattacagac gacccacgga tcaaaccctc ct 232
<210> 42
<211> 349
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 42
aattgtttat accatattta ggacctctta tttagatctc gtacaaatac tcagggaact 60
taaatgtaat tatgtgataa aggaatgggc aaatatgtaa taagtgagga gttcttattc 120
tataaaatga cccctcaccc tcacaattgg aggaggtcaa ttcctaggcc ctctcacccc 180
ctctcaaagc tctaactctc agagctctct ccctcaaata aatacataat cagtgtggac 240
gtagcccaaa ttttagggtg aaccacgatg catcttgtgt tatttacatt tcttgcagat 300
tcacggtcgg atttacgttg ttccaaaacc tccggttttg tgcatcaac 349
<210> 43
<211> 260
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 43
tgacgctatt ggagctggaa ttaccgcggc tgctggcacc agacttgccc tccaatggat 60
cctcgttaag ggatttagat tgtactcatt ccaattacca gactcataga gcccggtatt 120
gttatttatt gtcactacct ccccgtgtca ggattgggta atttgcgcgc ctgctgcctt 180
ccttggatgt ggtagccgtt tctcaggctc cctctccgga atcgaaccct aattctccgt 240
cacccgtcac caccatggta 260
<210> 44
<211> 207
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 44
gaccwgawts ywcttctaag mtwwggwtgw ktmtycwcct cwtyrmtkwr tmkrsgccgt 60
tkgwtgwraa tmmaayggct ayaatcaggg tccctttaaa gttataataa ttgtaacctt 120
taaagttata ataattgtaa ccgttgaatg aaatcacttg atgaggagaa tcctcatcct 180
tagctcagga gaggatcctg gtccatg 207
<210> 45
<211> 133
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 45
aaaaaggtcg tacccagtgc acaaggctcc cgctttacgc agggtctggg agaggtgaat 60
gtcggctagc cttaccccca tttatggaga ggctgctccc aagtctcgaa cccgagacct 120
accgctcatg ggc 133
<210> 46
<211> 62
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 46
agaggggtcg tacccagtgc acaaggctcc cgctttacgc agggtctggg agaggtgaat 60
gt 62
<210> 47
<211> 147
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 47
ggggtgtgct atccacacac ctttttttac ttctcacaca ccctttgtta atttctgtcc 60
gttgattttc tttaattcat tcgatccgac ggccgaaaac caaaaaggtg tgagagaagt 120
aaaaaaggat gtgtggatat cacacct 147
<210> 48
<211> 311
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 48
accacaacac aatgttcgat taaccacaat gccatctcaa ggacagtttg ggactgcttc 60
tgctgaagct aaaaccgctc tctggcaatc ataagcccct atgactacgt tttgcataaa 120
aactataata gttcttctat ccctaaacct acttcctttt caggaaacac ttccaagtgc 180
ttttccagga cgcaattggg ttttcaataa aatcttgacg agtttctaat taaagcactt 240
gcattgaaac gaaacatggt tatgccatta catctatgat gaaaaatggg acaggggttt 300
cgattaaatg m 311
<210> 49
<211> 280
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 49
aaaaaaraaa aagacgtaat catcttmtat gattgaattt ttctctaaaa aagtaaaaat 60
tgggaaatga ttttttcaca cccatttgag tctttgacct gcactctgct aaattstgtc 120
ccctgattct cttgatttat ccaatccaga aagaggacga ggtgtagaaa tcagtcccca 180
aaaaatcrgg ggttgaaaag gggagtgcag aaaccccaaa attgggttca acccctaaaa 240
ttcgggttgc tttagttaac ccaaggcttc ttaacattgc 280
<210> 50
<211> 163
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 50
rgctcctgat cccagtgcac aaggctcctg ctttacgcag ggtytgggag aggtgaatgt 60
cggctagcct kacccccatt tatggagagg ctgctcccaa gtctcgaacc ygagacctac 120
cgctcatggg cgwaggcact tgccatcgca ccaagtgcga tct 163
<210> 51
<211> 377
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 51
gatctgtaac gggttggatt tattggattt ggattggatt caacccgacc cgttaagtta 60
acaggtcacc cgaactcaac ccgttaagtt aacgggtcat ccgaacccga cccgttaagc 120
taacggatca tccattttac ctattaacaa ttattattat tatttttttg cataaagttt 180
attttttgtt attaaaactt tactaaaatt attaaaatat ccttaactaa cgggttaacc 240
caaagtgatc cgttatttaa caggttgtta acgggttcat ccgttaacga cccgacccgt 300
taagtatcca cccaaataca aatattaacg ggttgggtcg gatcgagtta acgggttggg 360
tccaaaatgc cagacct 377
<210> 52
<211> 281
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 52
agattaccat gcaaaaatgc attgcttaca tccagttgat tgagaaacca atcatattgt 60
gccgccaaca tgaggagaat tcgaatagtg acaagtttag caacttgact aaatgtctta 120
atgtaatcta aaccttcttg ctggttaaaa cctttggcaa ctaggcgtgc cttgtacttc 180
tcaatagtgc catcaggttt cctcttgatc ctgaaaaccc acttacaacc tactatattg 240
gtagaatgag atttgggaac taaagaccac attctagttt g 281
<210> 53
<211> 202
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 53
taagatcata aacttataaa tactgcgtac tcatgcttat cccttatcct aaaattcaat 60
actgcatgca gtgtagttgt tatttattca aatgaataac ttagtttttt tgttaactat 120
cttttaacct tgttctatcc ttatttccta gttatgtctg gtctggtgtg gctactgact 180
ggttgctgac atgggaattt ca 202
<210> 54
<211> 157
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 54
ggtcgtaccc agtgcacaag gctcccgctt tacgtagggt ctgggagagg tgaatgtcgg 60
ctagccttac ctccatttat ggagaggctg ctcccaagtc ttgaacccga gacctaccgc 120
ttatgggcga aggcacttgc tatcgcacca artgcra 157
<210> 55
<211> 84
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 55
aaaaaaaaaa aggtcgtacc cagtgcacaa ggctcccgtt ttacgcaagg tctgggagag 60
gtgaatgtcg gctagcctta cccc 84
<210> 56
<211> 147
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 56
tacagctgtc tgacgtgaga attccgttaa tctttgtaag tcctttctct tttctttttg 60
gaaaatattt atctgattgt tggagaaatt taatgatata cattgcccac tctttttgat 120
aattttactg ctcatcatgg taatctc 147
<210> 57
<211> 66
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 57
aaggccttac ggaattttct tttagtgatt atgttgtaaa tagtcatgtg ctcttgtgtt 60
cttggg 66
<210> 58
<211> 159
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 58
gtcgtaccca gtgcacaagg ctcccgcttt acgcagggtc tgggagaggt gaatgtcggc 60
tagccttacc cccatttatg gagaggctgc tcccaagtct cgaacccgag acctaccgct 120
catgggcgaa ggcacttgtc atcgcaccaa atgcgacct 159
<210> 59
<211> 56
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 59
gtcgtaccca gtgcacaagg ctcccgcttt aggcagggtt tgggagaggt aaatgt 56
<210> 60
<211> 108
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 60
tgyagaatgm cacagawtcc atcwtccttt gacggcattg cagaatttaa ccaacaaata 60
acaaaaaaat aacacaaaga tataagtcca attctttcta caaaacca 108
<210> 61
<211> 373
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 61
gccccgtttg ggattgaggt gattttaaaa aaagcaactg tgaaaaaaag ctgagggtca 60
tttttgtgtt tggtaaactg aaaaaaaggg cttattttgg aagctgctgt gagaataagc 120
tgaaaatcaa aggaaaagct gaagctgcta tttgctgctt tgaaaaaaag ccagtttttt 180
caaagcacac ggagctacag tgctccttta atgaaaagac acactatcat cctgcttttt 240
tttccaaaag cactttcaca aaaaagttta ccaaacactc tactggcttt atttcacagc 300
cgcttattct cacagcacag ccgcttattc tcacagcagc tttttttcaa agcacagcaa 360
taccaaacca gcc 373
<210> 62
<211> 372
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 62
gacctagttt gggagtgagg tgcttaaaaa aaaagcacat atgaaaaaaa gctgtgaggg 60
ttttaggtgt ttggtaaact gaaaaaaaat ggcttatttt ggaagctgct gtgagaataa 120
gctgaaatca aaggaaaaag ctgaagctgc tatttgtagc tttggaaaac tggttttttt 180
tcaaagcaca tggagctaca gtgctccttt aatgaaagga cccactatca grctamyttt 240
ttttccaaaa gcttttttgc aaaaaagttt accaaacgct ctgctgattt atttcacagc 300
cgyttattct cacagcacag ccgcttattc tcacagcagc tttttttcaa agcacagcaa 360
taccaaacca gc 372
<210> 63
<211> 159
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 63
aggtcgtacc cagtgcacaa ggctcccgct ttacgcaggg tctgggagag gtgaatgtcg 60
gctagcctta cccccattta tggagaggct gctcccaagt ctcgaacccg agacctaccg 120
ctcatgggcg aaggcacttg ccatcgcacc aagtgcgac 159
<210> 64
<211> 374
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 64
gggctggttt ggtattgctg tgctttgaaa aaaagctgct gtgagaataa gcggctgtgc 60
tgtgagaata agcggctgtg aaataaagcc agtagagtgt ttggtaaatt tttttgtgaa 120
agtgcttttg gaaaaaaaag caggatgata gtgtgtcttt tcattaaagg agcactgtag 180
ctccgtgtgc tttgaaaaaa ctgacttttt ttcaaagcag caaatagcag cttcagcttt 240
tcctttgatt ttcagcttat tctcacagca gcttccaaaa taagcccttt tttttcagtt 300
taccaaacac aaaaataacc ctcagctttt tttcacagtg gcttttttta aaatcacctc 360
aatcccaaac ggag 374
<210> 65
<211> 152
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 65
gggarcttta asgmmaaaca mcygttactg ttcactttaa cgaaaaacca catttttaca 60
ctaaaaagtc aatcttggta ctattcactt taccctttat tttgtcctta tcattaaaaa 120
tcaaagtttt caagctcttt tcattagttt tc 152
<210> 66
<211> 170
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 66
aaaaaaggtc gtacgcagtg cacaaggctt ccgctttacg cagggtctga gagaggtgaa 60
tgtctgctag ccttacccca tttatggaga ggctgcttcc aagtctcgaa cccgagacct 120
accactcatg gacgaaggca cttgccatcg caccaagtgc gacctcttca 170
<210> 67
<211> 157
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 67
gggaatttta acgaaaagca cccggtactg ttcactttaa cgaaaaacca tatttttaca 60
ctaaaaagtc aatcctggta ctattcactt taccctttat tttgtcctta tcattaaaac 120
tcaaagtttt caagccattt tcattagttt tcctaaa 157
<210> 68
<211> 105
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 68
aaaaaaaagg tcgtacccag tgcacaagac ttccgcttta cacagggtck gggagaggtg 60
aatgtcggct aaccttaccc ccatttatgg agaggctgct cccaa 105
<210> 69
<211> 374
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 69
ggctggtttg gtattgctgt gctttgaaaa aaagctgctg tgaaaataag cggytgtrct 60
gtgagaataa gcggctgtga aataaatcag cagagtgttt ggtaaacttt tttgtaaaag 120
tgctttttgg aaaaaaaaag cagtcaaata gtgggtattt tcattaaaga agyactgtag 180
ctccgtgtgc tttgaaaaaa agccattttt ccaaagctgc aaatagcagc ttcagctttt 240
tcctttgatt ttcagcttat tctcacaaca gcttccaaaa taagcccttt tttttcagtt 300
taccaaacac ataaaaccct cacagctttt tttcatgggt gctttttttt aagcacctca 360
ctcccaaact aggt 374
<210> 70
<211> 153
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 70
aggaaaacta atgaaaaggg cttgaaaact ttgagtttta atgataagga caaaataaag 60
ggtaaagtga atagtaccag gattgacttt ttagtgtaaa aatgtggttt tttgttaaag 120
taaacagtac cgggtgcttt tcgttaaagt tcc 153
<210> 71
<211> 191
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 71
ctaagtcaac gattgataag tgataaaatc taattttgtc aaaatttaat tttgttttag 60
attgaagtgt taaacaaaat ttaagataac acacctaaaa ttaacttaag aaaagttaac 120
aaagaaacca ttattttgta ctacagaaat aaatacccac ataaataaat atatagcctc 180
atatagagct a 191
<210> 72
<211> 84
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 72
tataaaccgc atcttgtgtc taagatagtc ttctatttgc ccatatgatt cttagcgatg 60
acccgctttt catccttgaa tttc 84
<210> 73
<211> 189
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 73
agtgcatttt tgctcactac catttagtgt ggtgtatgct catcacccta tttatcacta 60
ttagattagt ttgaattttg agatttgtgc ttattcacta cacgaatctc gaaatycraa 120
ctcatstaac ggtkwtaamt argkyrgtsm aswcwmrtsa mrctwaatrr tggkgakmaa 180
aaatgcwyy 189
<210> 74
<211> 318
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 74
agaatcaaaa tattaattam cmaaaaaaca acaaaaggtc aaaaaacctt ggtaagagat 60
gttttagaac acatagtgca ccaaacgtca agggttcttc cttcaatctg catttctagt 120
agcaaaaaat aaaaaagaaa agagactatt atattttgaa aactaataca taaaatcaaa 180
accagcttca catttactat agataaacac ttagtagtaa gaagaaacat tatggaaagg 240
atacatacat ttataaggaa gacaaataaa tcctcagggt ataccaagcc aattgtcagg 300
aagcaacgct gaacttcg 318
<210> 75
<211> 157
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 75
cgtacccagt gcacaaggct cccgctttac gcagggtctg ggagaggtga atgtcggcta 60
gctttacccc catttatgga gaggctgctc ccaagtctcg aacccgagac ctaccgctca 120
tggacgaagg cacttgccat cgcaccaagt gcgacct 157
<210> 76
<211> 172
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 76
agtattagct tgcatccaca actacaaaaa tcatagtctg ctccgaagta tcatatacac 60
catgmgtttg ggcctaaaga tcatggtcat tggatatttg accaagaatc taacagccga 120
aaaccctcgt atagaagata ccacgagtga tactagaaat atccccagaa ca 172
<210> 77
<211> 183
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 77
ggatttggat catctcctga gctaatggag agtatcctct tgaccaagtg ttatgggtcg 60
ttggattttt atccaacagc tacaaacagt tgggtccttt taaagttata ataatttcat 120
ccaacggcac ataatactta gtcagaagga tctctccatt agctcaggag aggatccaaa 180
tcc 183
<210> 78
<211> 149
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 78
aaggtcgtac ccagtgcaca aggctcccgc tttacgcagg gtctgggaga ggtgaatgtc 60
ggctagcctt acccccattt atggagaggc tgctcccaag tctcgaaccc gagacctacc 120
gctcatgggc gaaggtactt gccatcgca 149
<210> 79
<211> 161
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 79
agaggtcgca cttggtgcga tgacaagtgc cttcgcccat gagcggtagg tctcgggttc 60
gagacttggg agcagcctct ccataaatgg gggtaaggct agccgacatt cacctctctc 120
agaccctgcg taaagcggga gccttgtgca ctggatacga c 161
<210> 80
<211> 163
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 80
aaaggtcgta cccagtgcac aaggctcccg ctttacgcag ggtctgggag aggtgaatgt 60
cggctagcca tacccccatt tatggagagg ctgctcccaa gtctcgaacc cgagacctac 120
cgctcatggg cgaaggcact tgccatcgca ccaagtgcga cct 163
<210> 81
<211> 172
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 81
atgctgccga acttcacaaa tgtcacacga caccattctt tccccatcgt cttcctttgc 60
tccacaggga cagtgcacga catagttgat tgctccacat tcatacatct cactaactcc 120
acccgtctct ttgctactcc taccctcaag cacaatattt tgacccacct ca 172
<210> 82
<211> 204
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 82
gatggcaatt ttggaaaatt caacttctct tgctttccaa acattgttcg tcttcggctt 60
cgtgcaagcg gactcaaggg cagcattcca tctgaaatag gtactctttc caagctcaag 120
caccttgacc tttcttacaa tcaaattact ggttatatcc cttcaagtct ttggaacttg 180
aaaaacttgg tcayccttca acta 204
<210> 83
<211> 342
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 83
gcggctgatt ttatagctca tgtgtgggag aaaaagtgct cgtatgatgg ccagctgaag 60
gtctaatggg gcaatacaca gttaacggag aagagattgt tactgggcat gtttggtcaa 120
tgccgaaata caacagcagg aaccaagggg agctgaagga gcttgaagca ttcttacaac 180
gctcttagga aagaattcag gctagttttc aagaagttgg actcgaataa tgaacgactt 240
agtgatgatg ggaagagtat gatgtacgag ctgaaatggg ttgaaaagtc aatgcatttg 300
caagagcccg atgttcctgg ggatgcggcg atgctgagcc tt 342
<210> 84
<211> 170
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 84
aaaaaaaggt cgtacccagt gcacaaggct tccgctttac gcagggtctg ggagaggtga 60
atgtcggcta gccttacccc catttatgga gaggctgctc ccaagtctcg aacccgagac 120
ctaccgctca tgggcgaagg cacttgccat cgcaccaagt gcgacctctt 170
<210> 85
<211> 364
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 85
aacgtttttt gtttcttcaa gagaagtttg ggtaaagctt taaagagtac ttgttctttt 60
wgtaatcctg ttttgacaat cctctggttg catgaattgt tacccttttc caatttgtgc 120
tcgctttgga ttgttgtttt cgcaaataat wtactcaaat tttccatggg atggtactcg 180
ttgtatttgg aatcaatata ttaggtgcag tggttatttt atttgatcaa taaatctgta 240
gaattcgtat gtttttgtaa cgttttttgt ttcttcaaga gaagtttggg taaagcttta 300
aagagtactt gttctttttg taatcctgtt ttgacaatcc tctggttgca tgaattgtta 360
ccct 364
<210> 86
<211> 372
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 86
ggctggtttg rtattgctgt gctttgaaaa aaagctgctg tgagaataag cggctgtgct 60
gtgagaataa gcggctgtga aataaatcag tagagtgttt ggtaaacttt tttgtaaaag 120
tgcttttgga aaaaaaagca gtctgatagt gggtcttttc attaaaggag cactgtagtt 180
ctgtgtgctt tgaaaaaaag ccagttttcc aaagctacaa attgcagctt cagctttttc 240
ctttgatttc agcttattct cacatcagct tccaaaataa gccatttttt ttaagtttac 300
caaacaccaa aaacactccc agcttttttt cataggagct tttttcaaaa tcacctcaat 360
cccaaactgg gg 372
<210> 87
<211> 130
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 87
tttttttttt tttttttaaa acaagatatg caatatcgga cagagatgcc aaaaggttac 60
aagaaagcct accaaagagg caaacaaact gcagcaaata ctaaagaaaa gtagtacaag 120
aaggtacaag 130
<210> 88
<211> 162
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 88
gagaggtcgc acttggtgcg atgacaagtg tcttcgccca tgagcggtag gtctcaggtt 60
cgagacttgg gagcagcctc tccataaatg ggggtaaggc tagccgacat tcacctctcc 120
cagaccctgc gtaaagcgga agccttgtgc actgggtacg ac 162
<210> 89
<211> 159
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 89
cgaggtcgca cttggtgcga tggcaagtgc cttcgcccat gagcggtagg tctcgggttc 60
gagacttggg agcagcctct ccataaatgg gggtaaggct agccgacatt tacctctccc 120
agaccctgcg taaagcggga gccttgtgca ctgggtacg 159
<210> 90
<211> 83
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 90
aagtgtgctc tactatgctt gcaaatattt cagtcaagtt attcttgttt atgttcccac 60
aactcattca acaattgttt tgc 83
<210> 91
<211> 163
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 91
aaggtcgtac ccagtgcaca aggctcccgc tttaagcagg gtctgggaga ggtgaatgtc 60
ggctagcctt acccccattt atggagaggc tgctcccaag tctcgaaccc gagacctacc 120
gctcatgggc gaaggcactt gccatcgcac caagtgcgac ctc 163
<210> 92
<211> 147
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 92
gggatgtgct atccacacac ccctttttac ttctcacaca ccccttgtta atttctgtcc 60
gttgatctta ttcaatttat ccgatccaac ggtcgaaaac caaaaaggtg tgggagaagt 120
aaaaaagggt gtgtggatat cacaccg 147
<210> 93
<211> 191
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 93
cctaagagtg tttagtctaa tggtcaggcc cttggtttgt taccaagagg tctggggttc 60
gacacctctc aaggtaccca cctagcaatt gctagagttt cttgcctacc aaatgttgtg 120
gggtcaggcg ggtggcctag tgagtagtcg ggtcaaagac ccggagacac tagattcaaa 180
aaaaaaaaaa a 191
<210> 94
<211> 150
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 94
aaaactaatg aaaagagctt gaaaacttta agttttaatg ataaggacaa aataaagggt 60
aaagtgaata gtaccaggat tgacttttta gtgtaaaaat gtggtttttc gttaaagtga 120
acagtaccgg gtgcttttcg ttaaagttcc 150
<210> 95
<211> 280
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 95
tggtaatcaa gttcaaarta ctccgcacaa gatactctgg cacttaaaaa aattacaaga 60
agtaaagccc gaaggaacca attcagtcag agtcttgtat ttttcagcac tcaagtccaa 120
gtgtaagttt gccaggaaac cacccaatga aagtactgca agaccagtgc taaggagtaa 180
aacttcgcag taactgtgct cagttccttt cttgatgcca aatataaagg catagttgac 240
acgataacgc ctccagaagt atatgtctgc agcttacatg 280
<210> 96
<211> 143
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 96
gtcgtaccca gtgcacaagg ctcccgcttt acgcagggtc tgggagaggt gaatgtcggc 60
tagccttacc cccatttatg gagaggccca tttatggaga ggctgctccc atttatggag 120
gtgaatgtcg gctagcctta ccc 143
<210> 97
<211> 152
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 97
ggaaaactaa tgaaaagggc ttgaaaactt tgaattttaa tgataaggac aaaataaagg 60
gtaaagtgaa tagtaccaga attgactttt tagtgtaaaa atgtggtttt tcgttaaagt 120
gaacagtacc aggtgctttt cgttaaagtt cc 152
<210> 98
<211> 153
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 98
aaaggtcgta cccagtgcat aaggctctcg ctttacgcag ggtctgggag aggtgaatgt 60
cggctagcct tacccccatt tatggagagg ctgctcccaa gtctcgaacc cgagacctac 120
cgcttatggg cgaaggcact tgccatcgca cca 153
<210> 99
<211> 154
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 99
aggaaaacta atgaaaagga tttgaaaact ttgagtttta atgataagga caaaawaaaa 60
gggtaaagtg aatagtacca ggattgactt tttagtgtaa aaatgtggtt tttcgttaaa 120
gtgaacagta ccgggtgctt ttcgttaaag ttcc 154
<210> 100
<211> 158
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 100
ctaagaggtc gcacttggtg cgatgacaag taccttcgcc catgaacggt aggtctcggt 60
tcgagacttg ggagcagcct ctccataaat gggggtaagg ctagccgaca ttcacctctc 120
ccagaccttg cgtaaagcgg gtctgggtac gacctttt 158
<210> 101
<211> 162
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 101
agaggtcgca cttggtgcga tggcaagtgc tttcgtccat gaacggtagg tctcgggttc 60
gagacttggg agcagcctct ccataaatgg gggtaaggct aaccgacatt cacctctccc 120
agaccctgcg taaagcggga gccttgtgca ctgggtacga cc 162
<210> 102
<211> 198
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 102
gcgaagagat cccctccgga tctctcccac taaagctcac taatcaatta atccgggtcc 60
ttaaaatttg ataaaacggc tacaaatagg aagctcctta aaaaatcatc ataattttag 120
ccgttggaac aaaatttaaa ggcttgaatt aattgattgg tgagatatgg tgggagagat 180
ccggatggga tctcttcc 198
<210> 103
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 103
ctctcttccc ttacagcagc ac 22
<210> 104
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 104
taatactttt acttcagcac gg 22
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<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 105
ggcactgcta aggttcta 18
<210> 106
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 106
gtgtggtatg ttcctgcctt ga 22
<210> 107
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 107
tgcatgtggc gaactctt 18
<210> 108
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 108
ttggctttgg attttttctt tt 22
<210> 109
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 109
aaaagagggg aaaaggaaag aa 22
<210> 110
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 110
gagtttgtgt gaggtaatgg aa 22
<210> 111
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 111
aggttttctc ctgctgctct at 22
<210> 112
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 112
ccagtccaaa tcaaaccaca ac 22
<210> 113
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 113
ttcattattg ggcgatgtgc tc 22
<210> 114
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 114
tgggtcaaaa atcctcatct ac 22
<210> 115
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 115
ggcggcagca ggaacaggtg gt 22
<210> 116
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 116
ctggcacagg atacaagc 18
<210> 117
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 117
cacacaaaca gaagggcacg ga 22
<210> 118
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 118
acttgttttc ttccatttgt gc 22
<210> 119
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 119
attgtttgcg aatagaatga gt 22
<210> 120
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 120
cgaaagaacc atcctaacta at 22
<210> 121
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 121
tcctaccctg ccttggagtt tg 22
<210> 122
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 122
aggaagtgga ggcaaggt 18
<210> 123
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 123
agaaaattaa gaacgcaaac aa 22
<210> 124
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 124
cacacgataa atgctacttc ac 22
<210> 125
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 125
agggaccgca actaaact 18
<210> 126
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 126
gtttgctgct ggagtagaat cg 22
<210> 127
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 127
cctacataac attagtgaga aa 22
<210> 128
<211> 22
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 129
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<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 130
tctttgtaac ttcttcctcc ac 22
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<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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ttctctgtat ttggtaggat tt 22
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 227
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 228
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 229
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 242
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 243
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<211> 22
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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tttgagatgt atggataggt ag 22
<210> 245
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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gaggaaggta aaaaatcgca cg 22
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<211> 22
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 246
ttactatttc ctactcgggt cg 22
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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gcatcccttt acaccccctc aa 22
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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taagcagatt gtcccatt 18
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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ttgctttgag gtaagactgg ag 22
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<212> DNA
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tcatacaaaa aatacataaa ta 22
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ctgaaggaat cttttaggtt gg 22
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aaatagcaag cagcaggtgg tg 22
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cacctcattc ctttgtttcc tt 22
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gaacatcaat ctaatgctac ca 22
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gataagattt gtggctttgc gt 22
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<212> DNA
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gcaacaaagc attatttacc tc 22
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ggtaggtcag agagaagagg tt 22
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tggtttaccg aactgaaatc ta 22
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atttggtatc ttcttcgttt tc 22
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<212> DNA
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tactcgcaaa gtttcccgtt cc 22
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tcatcttgtc cagcaggttt g 21
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ggggcacata ctcatccatc t 21
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gcaagggaaa gaggagtt 18
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ctgctttccg cttcttct 18
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ggatgggctt ggctaatgtt gc 22
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ccaaagtgta aggacaagta a 21
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ctgaagcaat cggtaggggt tt 22
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agatgatttg gtgatagagt ag 22
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ttagttgctt tgttgattgg tt 22
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<212> DNA
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agttgtcttt ttccacatct tc 22
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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agcgagcaac tattaggagc a 21
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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cattcaagtc caatcatctg t 21
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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aagggcaaga cagtgaaatc c 21
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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aacacaacaa cgactcccat ct 22
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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aagggttcta caagaggcta ca 22
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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ggccttggtg tcgattgt 18
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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ctttggacat gatggtttgt 20
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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tcaaataaca caagttcctg cc 22
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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aatacgacga catcaggaac a 21
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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tagatgctaa gtgattggga ga 22
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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tctggaatgt ttagttggac g 21
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cagcacctat gagacctgta ag 22
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atccacattt gtttttcttc tt 22
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catactggat tacaggaaga ag 22
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gacgacgata accataagaa 20
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ccaagttgtt caaatccc 18
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agaccgacaa ctctcaaggg ct 22
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gaagtcacgg ttgtagttt 19
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aataccaggg agaacaccac c 21
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cacatctctc ttccctcttt cc 22
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gccgatggat aagatgag 18
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atagggcaga tgagatggat g 21
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tttgtggtgg ttggttgc 18
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gatggtgcca atgttgtagt ta 22
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caatgagtcg cttctaaaat ga 22
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cgggaagaca caacacaaaa ca 22
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taaaagagag ggcttggtgg ta 22
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gtgtagttta tccagggaag tt 22
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tactggatag ggaggagggt gc 22
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gaaacaagca acaactgaag ag 22
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ttccaggaga tgtatgggtt ca 22
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ttgtcaaatc taaaaatgtt cc 22
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ttgaggcttg aatacagaga ta 22
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atagcccagc ccgcactaaa cc 22
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atggcttttg cgtctctctc tg 22
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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atgtcattgt ctcaaaagcc ac 22

Claims (7)

1.一种苹果属植物全基因组InDel标记基因型数据库,其特征在于,所述基因型数据库的构建方法包括:利用引物对和多重PCR对所述苹果种质资源基因组DNA样品的InDel标记进行基因分型;按照每份苹果种质资源对应InDel标记的基因型为一行记录;汇总全部种质资源记录,得到苹果属植物全基因组InDel标记基因型数据库;
所述InDel的核苷酸序列如SEQ ID No.1~102所示;
所述引物对的上游引物的核苷酸序列如SEQ ID No.103~204所示,所述引物对的下游引物的核苷酸序列如SEQ ID No.205~306所示;
所述SEQ ID No.103~204为依次扩增SEQ ID No.1~102的上游引物;
所述SEQ ID No.205~306为依次扩增SEQ ID No.1~102的下游引物;
所述多重PCR的配组如下表所示:
Figure FDA0002682608810000011
Figure FDA0002682608810000021
Figure FDA0002682608810000031
2.根据权利要求1所述的苹果属植物全基因组InDel标记基因型数据库,其特征在于,所述多重PCR的反应程序为:95℃预变性5min;95℃变性30s,55℃退火90s,72℃延伸90s,35个循环;60℃延伸30min。
3.根据权利要求1或2所述的苹果属植物全基因组InDel标记基因型数据库,其特征在于,所述多重PCR的体系每10μL包括:浓度为200ng/μL的1μL基因组DNA、4μL 2.5×MasterMix I、1μLPrimer mix和4μL ddH2O;所述Primer mix中每对引物的浓度均为0.2μM。
4.根据权利要求1所述的苹果属植物全基因组InDel标记基因型数据库,其特征在于,所述苹果属植物全基因组InDel标记基因型数据库中任意一份苹果属种质资源所有InDel标记的基因型组合作为鉴定该份种质资源特异性的分子身份信息。
5.根据权利要求4所述的苹果属植物全基因组InDel标记基因型数据库,其特征在于,所述分子身份信息以二维码方式呈现,以二维码方式存储、识别和使用。
6.权利要求1~5任一项所述的苹果属植物全基因组InDel标记基因型数据库在苹果属种质资源鉴定中的应用,包括:
提取待测样本的基因组DNA,利用引物对对所述基因组DNA进行基因型分型,得到待测样本的InDel标记基因型数据,将所述待测样本的InDel标记基因型数据与权利要求1所述的苹果属植物全基因组InDel标记基因型数据库进行比对;
当所述待测样本的InDel标记基因型组合与所述苹果属植物全基因组InDel标记基因型数据库中任意一份种质资源的分子身份信息相同时,判定所述待测样本不具有特异性;
当所述待测样本的InDel标记基因型组合与所述苹果属植物全基因组InDel标记基因型数据库中所有种质资源以及其它已知InDel标记基因型组合的待测样本的分子身份信息都不相同时,判定所述待测样本具有特异性。
7.权利要求1~5任一项所述的苹果属植物全基因组InDel标记基因型数据库在苹果属种质资源亲子鉴定中的应用,包括:
利用权利要求1所述的苹果属植物全基因组InDel标记基因型数据库检索待测样本的亲本和双亲对,检索的标准如下:
当待测样本的标记基因型为D时,亲本的基因型为D或DI,双亲对的基因型组合为D×D、D×DI、DI×D或DI×DI;
当待测样本的标记基因型为I时,亲本的基因型为I或DI,双亲对的基因型组合可为I×I、I×DI、DI×I或DI×DI;
当待测样本的标记基因型为DI时,亲本的基因型为D、I或DI,双亲对的基因型组合为D×I、I×D、D×DI、I×DI、DI×D、DI×I或DI×DI;
其中,D为缺失纯合的基因型,I为插入纯合基因型,DI为插入缺失杂合基因型。
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