CN112029738A - 人parkin蛋白乙酰化及其在药物制备中的应用 - Google Patents
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Abstract
本发明公开了parkin蛋白乙酰化及其在线粒体自噬调控药物制备中的应用,使用组蛋白去乙酰化酶抑制剂诱导parkin蛋白发生乙酰化,从而增强细胞线粒体自噬水平,抑制肿瘤细胞生长。利用蛋白质谱技术筛选到parkin蛋白的多个乙酰化位点,经KR点突变验证分析确认其乙酰化位点为K129、K220、K349、K408,多位点突变后构建parkin‑KR突变型质粒。功能分析结果显示,parkin突变后削弱了细胞线粒体自噬水平,抑制了抑癌基因parkin的抗肿瘤效应,提示乙酰化修饰是影响parkin功能的一种重要的调控方式。
Description
技术领域
本发明涉及生理学和分子物学领域,具体为parkin蛋白乙酰化及其乙酰化位点发生突变后在线粒体自噬调控药物制备中的应用。
背景技术
线粒体自噬,是指在活性氧、营养缺乏、细胞衰老和肿瘤等的刺激下,细胞内的线粒体发生去极化损伤,线粒体电势下降,受损伤的线粒体被特异性地包裹到自噬体中,形成线粒体自噬体(早期阶段),后者与溶酶体融合使得受损的线粒体降解(晚期阶段),进而在维持细胞的内环境稳定中发挥着重要作用。
调控细胞线粒体自噬的通路主要包括parkin依赖的途径,即PINK1-parkin 信号通路,以及parkin非依赖的途径,如线粒体外膜蛋白FUNDC1通过模体与自噬相关蛋白LC3结合进而参与缺氧介导的线粒体自噬。PINK1是一种线粒体蛋白激酶,胞浆内合成的PINK1前体通过外膜TOMM复合体和内膜TIMM复合体被转运至内膜,并先后被定位于内膜的蛋白酶MPP和PARL切割,切割后的PINK1重新回到胞浆中,在泛素连接酶UBR的共同作用下,通过蛋白酶体途径降解。parkin 蛋白是由抑癌基因PARK2编码的RING finger家族E3泛素连接酶,多数情况下存在于胞浆。在包括宫颈癌在内的许多肿瘤中,PARK2基因发生突变,突变位点位于人染色体6q25-27,多发生在PARK2基因编码区,表现为基因杂合子、DNA 拷贝数丢失、启动子区域DNA甲基化等,这些突变损伤parkin蛋白的E3泛素连接酶活性,导致其抑癌功能丧失。在线粒体自噬过程中,线粒体外膜上的蛋白激酶PINK1通过与E3泛素连接酶parkin相互作用,即磷酸化泛素(p-Ser65-Ub),将其募集到线粒体表面,促进线粒体外膜蛋白分子泛素化,进而被自噬接头蛋白 P62识别并被募集到自噬泡中,启动线粒体自噬。最近,LimingWang等人发现一种新的负性调控parkin蛋白的机制,即PTEN蛋白分子的异构体PTEN-L,位于线粒体外膜上,通过引起p-Ser65-Ub去磷酸化而削弱parkin蛋白的E3连接酶活性,抑制线粒体自噬发生,进一步完善了线粒体自噬调控的机制(Liming Wang et al.PTEN-L is anovel protein phosphatase for ubiquitin dephosphorylation to inhibit PINK1-Parkin-mediated mitophagy,Cell Research,2018,28:787-802)。
除磷酸化修饰外,乙酰化修饰在线粒体自噬过程中也发挥重要作用。乙酰化是指将乙酰基转移到氨基酸侧链基团上的过程,也是一种常见的蛋白翻译后修饰方式。近期研究提示线粒体蛋白乙酰化水平与线粒体自噬、包括帕金森病和阿尔茨海默病在内的线粒体自噬相关疾病关系密切相关,此外乙酰化酶GCN5L1、NatA 分别在哺乳动物、酵母细胞内调控线粒体自噬。许多组蛋白去乙酰化酶,包括 HDAC6、SIRT3/4/5等,通过去乙酰化并活化FOXO3转录功能,或直接引起线粒体自噬调控的关键分子PINK1去乙酰化,诱导线粒体自噬。
线粒体自噬与肿瘤发生的关系极为密切。研究表明,线粒体自噬对肿瘤起着双向调节作用。一方面,细胞通过线粒体自噬可以及时清除受损线粒体而维持内环境稳定,一定程度上抑制了细胞的恶性转化,线粒体自噬缺陷导致肿瘤发生。比如,线粒体自噬相关蛋白BNIP3突变引起线粒体功能缺陷,细胞内糖酵解水平增高、活性氧产生增多,导致更多的线粒体受损并在细胞内聚集,最终促使肿瘤发生。相反,增加线粒体自噬水平引起肿瘤细胞死亡,增强化疗药物杀伤作用。本申请的发明人此前通过GEPIA(Gene Expression ProfilingInteractive Analysis)分析发现,线粒体自噬调控蛋白PINK1、parkin在人宫颈癌组织内表达水平较低,与患者预后相关。另一方面,在恶劣的肿瘤微环境中,肿瘤细胞通过线粒体自噬及时清除受损的线粒体、减少活性氧产生,一定程度上缓解了细胞的氧化应激,保护细胞存活,比如线粒体外膜蛋白FUNDC1在宫颈癌组织中异常高表达,往往提示患者预后较差。本申请的发明人此前在宫颈癌研究中也已发现,线粒体自噬水平影响抗肿瘤药物的药效。因此,对线粒体自噬研究有助于揭示宫颈癌发生的分子机制,对开发抗宫颈癌新药意义重大。
中国专利申请CN108743597A公开了红景天苷及其衍生物作为parkin蛋白激动剂通过促进parkin蛋白的表达,促进线粒体自噬以及线粒体稳态,抑制细胞凋亡,从而可用于治疗神经退行性疾病以及骨骼肌肌肉系统退行性疾病。中国专利申请CN108420809A公开了脑缺血/复灌后,神经酰胺首先会在线粒体上聚集,通过稳定线粒体自噬相关蛋白PINK1,招募关键蛋白Parkin至线粒体,继而诱发选择性的线粒体自噬,清除损伤线粒体,从而保护神经元免受氧化应激的损伤。但是这两篇专利申请均未公开parkin是否被乙酰化,也未公开乙酰化修饰是否具有增强parkin介导的线粒体自噬作用和抗肿瘤功能。
发明内容
本发明发现在用SAHA等组蛋白去乙酰化酶抑制剂(HDACI)药物处理的细胞中,SAHA引起parkin蛋白乙酰化,导致parkin乙酰化水平升高。由此,parkin 存在乙酰化状态,可以被乙酰化。
本发明发现并验证ACAT1和HDAC2分别为调控parkin蛋白乙酰化的上游分子。为了揭示调控parkin乙酰化的分子机制,将parkin沉淀的蛋白复合物进行蛋白质谱分析,成功筛选到与parkin相互作用的蛋白乙酰化酶HAT(ACAT1、EP300) 和组蛋白去乙酰化酶HDAC(HDAC1、HDAC2、HDAC3)。更为重要的是,通过体外乙酰化实验分析线粒体乙酰化酶ACAT1和底物parkin分子之间存在相互作用,发现ACAT1可直接乙酰化parkin。
通过蛋白质谱,本发明筛选并确认parkin的乙酰化位点为K129、K220、K349、K408。经KR(lysine to arginine)突变后,SAHA引起的parkin乙酰化水平显著降低,从而验证了parkin蛋白乙酰化位点的存在。K76、K129、K220、K349、K408 经KR(lysine toarginine)突变后分别变为R76、R129、R220、K349、K408,即所述突变分别为K76R、K129R、K220R、K349R、K408R。除K76R外,其余位点突变后均引起parkin蛋白乙酰化水平不同程度降低。
本发明证实parkin蛋白乙酰化正向调控parkin介导的线粒体自噬。为了明确parkin蛋白乙酰化对parkin介导的线粒体自噬水平影响,在SAHA药物处理的肿瘤细胞内,线粒体膜蛋白水平显著降低,包括COXⅣ、TOM20和TIM23等,但parkin乙酰化位点突变后,线粒体膜蛋白水平减少被抑制,这提示parkin 蛋白乙酰化具有增强parkin依赖的线粒体自噬作用。
本发明证实了parkin蛋白乙酰化增强parkin蛋白的抑癌作用。parkin过表达显著抑制肿瘤细胞生长增殖、克隆形成,但parkin乙酰化位点突变后,显著削弱parkin抑制肿瘤细胞生长的作用。同样地,SAHA药物处理可显著抑制肿瘤细胞生长,但parkin乙酰化位点突变后,这种抑制效应明显被削弱,这提示 parkin蛋白乙酰化增强了parkin蛋白的抑癌功能。
由此可见,parkin乙酰化位点突变后显著降低细胞线粒体自噬水平,削弱 parkin抑制肿瘤细胞生长增殖能力,这表明乙酰化修饰具有增强parkin介导的线粒体自噬和抗肿瘤功能,这就为开发乙酰化parkin抗肿瘤药物提供了实验依据。
本发明提供了一种人parkin蛋白,所述parkin蛋白发生乙酰化。
进一步地,所述parkin蛋白在K129、K220、K349、K408位点中的至少一个发生乙酰化。
本发明还提供了一种人parkin蛋白,所述parkin蛋白的乙酰化位点发生突变。
进一步地,所述parkin蛋白在K76、K129、K220、K349、K408位点中的至少一个发生突变。
所述parkin蛋白在制备线粒体自噬调控药物中的应用。
组蛋白去乙酰化酶抑制剂在制备parkin蛋白介导的线粒体自噬调控药物中的应用。
进一步地,所述组蛋白去乙酰化酶抑制剂为SAHA药物。
所述parkin蛋白在制备乙酰化parkin抗肿瘤药物中的应用。
附图说明
图1.HDACI处理对parkin蛋白乙酰化的影响:(A)对表达Flag-parkin 的HEK293细胞进行SAHA处理后,进行Western blot和免疫共沉淀分析;(B) 对表达GFP-parkin的HEK293细胞进行SAHA处理后进行蛋白质谱分析,并针对相关的蛋白进行Western blot和免疫共沉淀分析;(C)对表达Flag-parkin的 HEK293细胞先进行siRNA处理再进行SAHA处理后,对相关蛋白进行Western blot 和免疫共沉淀分析;(D)体外乙酰化实验。
图2A利用蛋白质谱筛选parkin蛋白乙酰化位点,并通过突变实验加以验证;图2B1蛋白质谱图示K129位点;图2B2蛋白质谱图示K220位点;图2B3蛋白质谱图示K349位点;图2B4蛋白质谱图示K408位点。
图3.Parkin乙酰化对parkin介导的线粒体自噬及抗肿瘤作用的影响:(A) 对分别经过parkin-WT和parkin-KR质粒转染的HeLa细胞进行SAHA药物处理后,进行Western blot分析;(B)分离经过parkin-WT和parkin-KR质粒转染的HeLa 细胞(SAHA药物处理后)线粒体成分,进行Western blot分析;(C)对分别经过parkin-WT和parkin-KR质粒转染的HeLa细胞进行SAHA药物处理后,利用CCK-8方法检测细胞增殖变化;(D)对分别经过parkin-WT和parkin-KR质粒转染的HeLa细胞进行SAHA药物处理后,固定并使用结晶紫染色。
具体实施方式
实施例1
鉴于parkin蛋白乙酰化尚未有明确报道,因此parkin也不存在商业化的乙酰化抗体。利用HEK293细胞过表达Flag-parkin,经组蛋白去乙酰化酶抑制剂(HDACI)SAHA药物2.5μM处理12h,蛋白样品经FLAG或acetyl-lysine(简称Ac-lysine)亲和纯化凝胶沉淀后,Western blot(简称WB)检测acetyl-lysine 或parkin蛋白水平,发现经SAHA药物处理的细胞中parkin乙酰化水平明显升高,如图1A所示。
为揭示调控parkin蛋白乙酰化的分子机制,对GFP亲和纯化凝胶沉淀后的蛋白复合物进行蛋白质谱分析,成功地筛选到与parkin相互作用的组蛋白乙酰化酶HAT(ACAT1、EP300)和组蛋白去乙酰化酶HDAC(HDAC1、HDAC2、HDAC3),所获得的HAT和HDAC蛋白名称和蛋白评分(protein score),如图1B所示。
为了进一步确认调控parkin蛋白乙酰化的上游分子,先给过表达 Flag-parkin的HEK293细胞转染ACAT1的siRNA(即si-ACAT1)以干扰ACAT1 表达,或者转染HDAC2的siRNA(即si-HDAC2)以干扰HDAC2表达,然后用SAHA 药物2.5μM处理12h后,蛋白样品经acetyl-lysine亲和纯化凝胶沉淀后, Western blot检测parkin蛋白水平,结果发现干扰ACAT1表达降低parkin蛋白乙酰化水平,相反地,干扰HDAC2表达则引起parkin蛋白乙酰化水平升高,如图1C所示。
更为重要的是,通过体外乙酰化实验(GST-parkin 500ng、GST-ACAT1 200ng) 分析parkin蛋白的乙酰化水平,可用于分析线粒体乙酰化酶ACAT1与它的底物 parkin之间的相互作用,具体而言,利用Western blot检测蛋白acetyl-lysine 的水平,结果发现ACAT1可直接乙酰化parkin,如图1D所示。
在本实施例中,先采用正反免疫共沉淀(简称IP)分析parkin蛋白,再经 Westernblot方法在HDACI处理的细胞样品中检测到乙酰化parkin蛋白。由此可见,parkin蛋白存在乙酰化状态,可以被乙酰化。
实施例2
Parkin蛋白主要受磷酸化修饰调控,乙酰化修饰未有报道。为进一步明确调控parkin乙酰化的分子机制,对过表达Flag-parkin的HEK293细胞,经SAHA 药物2.5μM处理12h,蛋白样品经FLAG亲和纯化凝胶沉淀后SDS-PAGE凝胶分析,切取parkin条带,胶条消化处理后,通过蛋白质谱LC-MS分析寻找parkin 乙酰化位点,结果发现SAHA处理引起parkin蛋白位点K76、K129、K220、K349、 K408乙酰化,如图2B1、图2B2、图2B3和图2B4所示。同时对蛋白质谱筛选到的多个乙酰化位点进行验证分析,为此进行KR(lysine to arginine)点突变,构建KR突变型质粒。利用parkin野生型(parkin-WT)质粒或所构建的KR突变型(parkin-KR)质粒转染HEK293细胞后,使HEK293细胞高表达野生型parkin (parkin-WT)或突变体(parkin-KR),免疫共沉淀分析parkin蛋白乙酰化水平,结果发现与parkin-WT相比,parkin-KR的乙酰化水平显著降低,如图2A所示。
实施例3
近期的研究提示,线粒体蛋白乙酰化水平与线粒体自噬、肿瘤发生关系密切。为明确parkin蛋白乙酰化对parkin介导的线粒体自噬水平影响,首先利用 parkin-WT质粒和parkin-KR质粒转染HeLa肿瘤细胞,24小时后,对转染后的 HeLa肿瘤细胞经SAHA药物2.5μM处理12h,利用Western blot检测在SAHA 处理前和处理后的线粒体膜蛋白表达变化,结果如图3A、3B所示,在SAHA处理前,parkin-WT过表达减少VDAC、MFN2、TIM23和HSP60等线粒体膜蛋白的水平,增加线粒体内LC3、P62等自噬蛋白水平,而parkin乙酰化位点突变后削弱了parkin-WT对线粒体膜蛋白的降解作用,减少线粒体内LC3、P62等自噬蛋白水平。在SAHA处理后的HeLa肿瘤细胞内,在parkin-WT过表达的情形下,线粒体膜蛋白水平显著降低,包括COXⅣ、TOM20和TIM23等,线粒体内LC3、P62等自噬蛋白水平升高,但parkin乙酰化位点突变后,线粒体膜蛋白水平减少被抑制,线粒体内LC3、P62等自噬蛋白水平降低,这提示着parkin蛋白乙酰化增强 parkin依赖的线粒体自噬水平。
将转染后的HeLa肿瘤细胞收集后接种96孔板,经SAHA药物处理24小时后,利用CCK-8方法检测细胞增殖变化并进行统计分析,其中*表示p<0.05,**表示p<0.01,***表示p<0.001。此外,将转染后的HeLa肿瘤细胞收集后接种6孔板,生长2周后,固定并使用结晶紫染色,PBS清洗后拍照。如图3C、3D所示,parkin 蛋白过表达显著抑制肿瘤细胞生长增殖、克隆形成,这表明Parkin是抑癌基因,具有抑制肿瘤细胞生长增殖作用,但parkin乙酰化位点突变后,显著削弱parkin 蛋白抑制肿瘤细胞生长的作用,这表明parkin蛋白乙酰化增强parkin蛋白的抑癌作用。同样地,SAHA药物处理后显著抑制肿瘤细胞生长,但是parkin乙酰化位点突变后,这种抑制效应明显被削弱,这同样提示着parkin蛋白乙酰化增强 parkin蛋白的抑癌功能。
由此可见,parkin乙酰化位点突变后显著降低细胞线粒体自噬水平,削弱 parkin抑制肿瘤细胞生长增殖能力,表明乙酰化修饰具有增强parkin介导的线粒体自噬水平和抗肿瘤功能,这就为开发乙酰化parkin抗肿瘤药物提供了实验依据。
Claims (8)
1.一种人parkin蛋白,其特征在于,所示parkin蛋白发生乙酰化。
2.如权利要求1所述的人parkin蛋白,其特征在于,所示parkin蛋白在K76、K129、K220、K349、K408位点中的至少一个发生乙酰化。
3.一种人parkin蛋白,其特征在于,所示parkin蛋白的乙酰化位点发生突变。
4.如权利要求3所述的人parkin蛋白,其特征在于,所示parkin蛋白在K76、K129、K220、K349、K408位点中的至少一个发生突变。
5.如权利要求1~4之一所述的parkin蛋白在制备线粒体自噬调控药物中的应用。
6.组蛋白去乙酰化酶抑制剂在制备如权利要求1~4之一所述的parkin蛋白介导的线粒体自噬调控药物中的应用。
7.如权利要求6所述的应用,其特征在于,所述组蛋白去乙酰化酶抑制剂为SAHA药物。
8.如权利要求1~4之一所述的parkin蛋白在制备乙酰化parkin抗肿瘤药物中的应用。
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