CN112626213A - 基于二代测序技术的肝癌检测panel、试剂盒及其应用 - Google Patents

Abstract

本发明属于肝癌多基因检测的技术领域，公开了一种基于二代测序技术的肝癌检测panel，利用基因探针杂交法富集其中557个基因的重要外显子区域与部分内含子区域，并进行高深度测序，从而精准检测其中与肝癌有明确临床相关性的基因突变、拷贝数变异等事件，并将该多基因筛选列表做成探针，通过DNA测序针对性地检测高危基因，可以更高效地检测出对诊断、治疗有指导意义的基因突变，对临床的诊断和发现靶向治疗的靶点具有重要指导意义。

Description

基于二代测序技术的肝癌检测panel、试剂盒及其应用

技术领域

本发明属于肝癌多基因检测技术领域，涉及基于二代测序技术的肝癌检测panel、试剂盒及其应用。

背景技术

癌症是当今世界引起死亡与残疾的首要原因。每种肿瘤都包括遗传性(胚系)和肿瘤特异性(体细胞)变异。在过去的十年中，高通量测序和生物信息学技术巨大的进步，大量胚系和体细胞基因的突变信息被收集。大量临床实践已经证明，将癌症患者身上出现突变的特定蛋白作为靶点的治疗是有效的。为了实现精准医学的目标，即将正确的药物用于正确的患者，许多实验室已经开始在癌症基因检测中应用二代测序技术。

肝癌分为原发性和继发性两种。其中原发性肝癌为我国常见恶性肿瘤之一，死亡率高，居男性恶性肿瘤第三位，女性恶性肿瘤第四位。关于肝癌的治疗，虽然有越来越多的靶向药物被证实对某种类型的癌症有治疗效果。但因为肿瘤细胞的异质性，一个肿瘤组织中的肿瘤细胞的突变也各不相同，这成为通过寻找突变基因来使用靶向药物，实现精准医疗的重点难题。

发明内容

为了实现对肝癌的精确诊断，并提供有效的信息，本发明挑选TCGA数据库、MSKCC-IMPACT数据库等多平台的基因数据，基于二代测序技术，利用生物素探针杂交法富集其中557个基因的重要外显子区域与部分内含子区域，并进行高深度测序，从而精准检测其中与肝癌有明确临床相关性的基因突变、拷贝数变异等事件，并将该多基因筛选列表做成探针，通过DNA测序针对性地检测高危基因，可以更高效地检测出对诊断、治疗有指导意义的基因突变，对肝癌患者进行精准分型，同时也可能帮助某些肝癌患者参加到临床试验中。对临床的诊断和发现靶向治疗的靶点具有重要指导意义。有针对性地检测突变基因，也可以降低患者基因检测的成本。

一方面，本发明提供了基于二代测序技术的肝癌检测panel，其特征在于，所述检测panel包括用于检测肝癌预后相关的基因突变及基因拷贝数变异。

进一步地，所述基因突变包括以下基因：ABCA12、ABCA13、ABCC12、ABL1、ACBD5、ADAM21、ADAMTSL1、ADGRG4、ADPRH、AFF1、AKT1、AKT2、AKT3、ALK、ALOX12B、AMER1、ANK2、ANK3、ANKLE1、APC、APEX2、APOB、APP、AR、ARAF、ARHGAP32、ARID1A、ARRB2、ASTE1、ASXL1、ATM、ATP13A3、ATR、ATRX、AURKA、AURKB、AXIN1、AXL、B2M、BAP1、BARD1、BAX、BCL2、BCL2L1、BCL6、BCL9L、BCLAF1、BCOR、BDKRB1、BEND3、BIRC2、BIRC3、BIRC7、BLM、BMPR1A、BPTF、BRAF、BRCA1、BRCA2、BRD4、BRIP1、BRPF3、BSND、BTK、C1QBP、C1QTNF5、CACNA1A、CACNA1E、CALR、CARD11、CASP8、CBFB、CBL、CCDC150、CCDC168、CCND1、CCND2、CCND3、CCNE1、CD274、CD40、CD79A、CD79B、CD93、CDC73、CDH1、CDH8、CDK1、CDK12、CDK4、CCDK5RAP1、CDK6、CDK8、CDKN1A、CDKN1B、CDKN2A、CDKN2B、CDKN2C、CDS1、CEBPA、CELSR3、CENPJ、CEP290、CFTR、CHEK1、CHEK2、CIC、COBLL1、COL14A1、COL21A1、COL22A1、COPG1、CREBBP、CRKL、CSF1R、CSF3R、CSMD1、CTCF、CTLA4、CTNNB1、CUL3、CXCR4、CYB5A、DAXX、DDR2、DIABLO、DIS3、DLL1、DNAH10、DNAH11、DNAH2、DNAH5、DNAH7、DNAH9、DNAJC3、DNMT1、DNMT3A、DNMT3B、DOCK2、DOCK9、DOT1L、DROSHA、DST、DTD1、DUSP4、EED、EGFR、ELOC、EP300、EPCAM、EPHA3、EPHA4、EPHA5、EPHA7、EPHB1、ERBB2、ERBB2IP、ERBB3、ERBB4、ERCC1、ERCC2、ERCC4、ERG、ERRFI1、ESR1、ETNK1、ETS2、ETV1、EVC2、EZH2、FAM129B、FAM149B1、FAM170B、FAM46C、FANCA、FANCC、FAT1、FAT3、FAT4、FBN2、FBXW7、FCGBP、FGF19、FGF3、FGF4、FGFR1、FGFR2、FGFR3、FGFR4、FH、FIP1L1、FKBP9、FLCN、FLG、FLT1、FLT3、FLT4、FOXL2、FOXO1、FOXP1、FREM2、FRG1、FSIP2、FUBP1、FZD10、GALNT12、GATA3、GCNT4、GGT1、GLRB、GLRX、GLRX2、GNA11、GNAQ、GNAS、GOLGA6L2、GPR98、GREM1、GRIN2A、GRM7、GSK3B、GYPB、H3F3A、HADHB、HDAC9、HGF、HIPK2、HIST1H1C、HIVEP3、HMCN1、HMGB1、HNF1A、HOXB13、HRAS、HSPB1、HTRA1、HYDIN、ID3、IDH1、IDH2、IGF1、IGF1R、IGF2、IKBKE、IKZF1、IL10、IL12RB2、IL13RA1、IL17F、IL7R、INPP4B、INSR、IRF2、IIRF2BP1、IRF4、IRS1、IRS2、IIRX4、ITIH5、JAG1、JAK1、JAK2、JAK3、JPH4、JUN、KCND3、KCNJ8、KDM5A、KDM5C、KDM6A、KDR、KEAP1、KIAA1549L、KIAA2018、KIT、KLF15、KLF4、KLK10、KMT2A、KMT2C、KMT2D、KRAS、LACTB2、LAMA1、LAMA2、LATS1、LATS2、LBR、LIG4、LMO1、LPCAT4、LRP1B、LRP2、LRRC58、LSM14A、LTN1、MACF1、MADCAM1、MALT1、MAP1B、MAP2K1、MAP2K2、MAP2K4、MAP3K1、MAP3K13、MAP3K14、MAP4K5、MAPK1、MAPK3、MCL1、MDK、MDM2、MDM4、MDN1、MED12、MEF2B、MEN1、MET、MGLL、MID1、MITF、MLH1、MMP1、MORC4、MPL、MRC2、MRE11A、MSH2、MSH3、MSH6、MST1、MST1R、MTAP、MTMR14、MTOR、MUC1、MUC16、MUC4、MUTYH、MYC、MYCL、MYCN、MYD88、NBEA、NBN、NDUFV2、NEB、NEDD4L、NEGR1、NELL2、NEURL1B、NF1、NF2、NFE2L2、NFKBIA、NID1、NKX2-1、NKX3-1、NOL3、NOTCH1、NOTCH2、NOTCH3、NOTCH4、NPM1、NRAS、NSD1、NTRK1、NTRK2、NTRK3、NUP153、NUP93、OBSCN、OLFM1、OR4C5、PAK1、PAK5、PALB2、PALM、PARP1、PAX5、PBRM1、PCDH11Y、PCDH15、PCDH17、PCDHA5、PCED1A、PCLO、PCMTD1、PDCD1、PDE4DIP、PDGFRA、PDGFRB、PDPK1、PGR、PHOX2B、PIK3C2G、PIK3CA、PIK3CB、PIK3R1、PIK3R6、PIM1、PLCG2、PLK1、PLK2、PLS1、PMS1、PMS2、PNRC1、POLD1、POLE、PPARGC1A、PPM1D、PPP2R1A、PPP6C、PRDM1、PREX2、PRG4、PPKAR1A、PRKD1、PRKDC、PRKN、PROP1、PROSER2、PRRC1、PRRT2、PRSS12、PSMG4、PTCH1、PTEN、PTPN11、PTPRD、PTPRS、PTPRT、RAB10、RAB35、RABGGTA、RAC1、RAD21、RAD50、RAD51、RAD51B、RAD51C、RAD51D、RAD52、RAD54L、RAF1、RAP2C、RARA、RASA1、RB1、RB1CC1、RBM10、RBMX、RECQL4、REL、RELA、RET、RFC3、RFWD2、RHEB、RHOA、RICTOR、RIMS2、RIOK1、RIT1、RNF43、ROBO1、ROS1、RPTN、RPTOR、RRP7A、RYR1、RYR2、RYR3、SACS、SART3、SCAP、SCN10A、SDHA、SDHB、SDHC、SDHD、SETD2、SF3B1、SKIL、SLC1A4、SLC20A1、SLC22A9、SLC35A1、SMAD2、SMAD4、SMARCA4、SMARCB1、SMO、SMURF1、SNX25、SOCS1、SOX17、SOX2SOX3、SOX9、SPEG、SPEN、SPINK6、SPOP、SRC、SRSF2、STAG2、STARD9、STAT1、STAT3、STK11、SXBP2、SUFU、SUMO1、SUZ12、SYK、SYNE1、SYNE2、TAF1L、TAF9B、TANC1、TBC1D17、TBX3、TCF3、TXNRD2、U2AF1、UBR5、UNC13C、UNC79、UNC93A、USP21、VEGFA、VHL、VWF、WDFY4、WHSC1L1、WNT8A、WT1、XIRP2、XPO1、XRCC1、XRCC2、YAF2、YAP1、YIPF2、YTHDC1、ZAN、ZDHHC11B ZFHX4、ZFP36L2、ZMIZ1、ZMIZ2、ZNF248、ZNF264、ZNF90。

进一步地，所述基因突变检测包括点突变、缺失、插入、融合等。、

进一步地，所述基因拷贝数变异包括以下基因：ADGRG4、ASXL1、AURKA、BCL2L1、BIRC7、BRCA2、BTK、CARD11、CCDC168、CCND2、CD40、CD93、CDK12、CDK4、CDK5RAP1、CDK6、CDK8、CENPJ、COL14A1、COL22A1、CSMD1、DAXX、DIS3、DNAJC3、DNMT3B、DOCK9、DTD1、DUSP4、ELOC、ERBB2、ETV1、FAT1、FGFR1、FLT1、FLT3、FOXO1、FREM2、GNAS、HMGB1、HSPB1、IL13RA1、IRF2、IRS2、JAG1、LACTB2、LATS2、LIG4、MDM2、MDM4、MET、MORC4、MYC、NBEA、NBN、PAK5、PRKN、PCDH17、PCED1A、PCMTD1、PMS2、PREX2、PRKDC、PTPRT、RAC1、RAD21、RAP2C、RB1、RB1CC1、RBMX、RECQL4、RFC3、RIMS2、SACS、SMAD4、SOX17、SRC、STAG2、TEX15、TG、TRPC4、UBR5、USP42、ZFHX4。

另一方面，本发明还提供了一种基于二代测序的用于检测肝癌的检测试剂盒，所述试剂盒包括检测探针及检测试剂，所述检测探针是针对所述检测panel的基因突变或拷贝数变异的探针。

进一步地，所述探针为RNA探针。

进一步地，所述基因突变检测包括点突变、缺失、插入、融合等。另一方面，本发明还提供了所述的检测panel在制备肝癌检测装置中的应用。

另一方面，本发明还提供了一种肝癌检测装置，包括：测序模块，用于对待测样本的DNA进行提取，并进行高通量测序，获得测序结果；对比模块，用于对高通量测序的结果进行处理，并将数据与所述的panel进行比对，获得突变信息；分析模块，用于分析获得的突变信息，得出用药方案。、

另一方面，本发明还提供了一种肝癌诊断检测方法，包括以下步骤，

步骤S1：获得检测样本DNA(所述样本DNA包括血液样本的DNA组织样本DNA及cfDNA)，提取病人的病灶组织及癌旁或血液组织进行DNA提取，石蜡包埋组织亦可。

步骤S2：样本DNA文库的构建，将DNA随机片段化成几百碱基或更短的小片段，然后采用KAPA文库构建试剂盒进行文库制备。主要步骤有：DNA打断，末端补平，3’端加“A”，接头连接，纯化，文库扩增，纯化。文库制备完成后将其置于-20℃保存。

步骤S3：构建本发明所述检测panel的检测探针，与DNA文库杂交捕获，并测序；也可直接进行全基因组或者全外显子组测序。

步骤S4：对测序结果进行生物学信息分析，获得样本突变结果。

其中，所述测序结果为fastq文件，使用Broad发布的获取基因突变的算法分析测序结果，得到基因突变的结果并注释。主要步骤有fastq文件的质量控制，基因组联配，体细胞突变(somatic mutation)及胚细胞突变(germline mutation)的分析，进行注释。用到的软件分别有：fastqc和fastx_toolkit用来做质量控制；bwa做联配，gatk及mutect2获得体细胞突变；HaplotypeCaller方法获得胚细胞突变；ANNOVAR做注释。

步骤S5：将样本突变结果与所述检测panel进行比对，得到该样本基因突变结果，结合临床信息得到最终诊断。

本发明相对于现有技术具有的有益效果：

(1)采用本发明的基因检测panel，可以实现对样本进行全基因组或全外显子测序，找到本发明所列的与肝癌相关基因panel中的基因，来结合临床进行下一步分析。

(2)根据本发明提供的基因集制作多基因panel的检测探针，实现精准测序，得到结果后再结合患者样本的临床等信息，可以为该患者的临床诊断提供有力的参考，也对该患者的癌症发展情况有更深入的了解，方便精准制定治疗方案。

附图说明

为了更清楚地说明本发明具体实施方式或现有技术中的技术方案，下面将对具体实施方式描述中所需要使用的附图作简单地介绍。

图1为实施例中DNA样本抽提的质量评估及测序的质量评估结果图。

图2是实施例中血细胞白细胞基因突变的检测结果。

图3是组织多基因突变(somatic mutation)的检测结果，是肿瘤组织的基因变异的具体情况。

图4是组织多基因拷贝数变异的检测结果。

图5是基因突变对应用药信息参考图。

具体实施方式

根据下述实施例，可以更好地理解本发明。然而，本领域的技术人员容易理解，实施案例所描述的内容仅用于说明和解释本发明，并不用于限制权利要求书中所详细描述的本发明。除非特别说明，本发明采用的试剂、方法和设备如无特别说明，均为常规方法，所使用的试验材料如无特别说明，均可从商业公司获取。

实施例

步骤一、取一位病人的癌组织及血液样本提取DNA，使用试剂盒分别为TIANGENTGuide Cells/Tissue Genomic DNA Kit及TIANGEN TGuide Large Volume BloodGenomic DNA Kit(1-3ml)。

步骤二、DNA样本文库制备。先使用Bioruptor UCD-300非接触式全自动超声波破碎仪对DNA随机打断，ctDNA无需此步。取DNA400ng，nuclease-free water稀释至50μl，转移至0.5mL Eppendorf LoBind Tube管内，充分混匀，短暂离心后置于冰上待用。放置样品：对称放置离心管(如有单管，用空管加水配平)，将转头拧紧，放置于冰盒上，预冷1～2min。150～200bp超声破碎。重复前一步超声破碎，共9个cycle，约90min结束。然后采用KAPA文库构建试剂盒进行文库制备。

步骤三、RNA探针制备。从公司得到目标基因的oligo pool，用1×TE(PH 8.0)，将oligo pool稀释到1ng/μl。用Herculase II Fusion DNA Polymerase kit扩增oligo序列。再用Ambion SP6 megascript kit进行RNA转录，探针制备完成。-80℃保存RNA探针，取部分RNA探针文库稀释至100ng/μl。该方法制作的探针可以应用于200-300个样本，极大程度上降低了测序的成本。

步骤四、杂交捕获及送样测序。

1、将95μl Block和总量不少于500ng体积约为5μl的DNA文库混匀后离心，标记为“DNA-block”，置于PCR仪上，盖热盖，95℃5min；65℃hold。

2、配“bait”Mix反应体系于PCR反应管，标记为“bait”，PCR仪温度降至65℃2.5min时，将“bait”管置于PCR仪上孵育，盖上热盖。

表1 PCR反应体系

3、将PCR管“bait”放置入PCR仪2.5min后，从“hyb buffer”中吸取13μl HybBuffer移至“DNA-block”样品中，从“bait”孔中吸取6μl移至DNA-block样品中，轻轻吸打10次，充分混匀，避免产生大量气泡，贴膜，盖上PCR仪热盖，65℃孵育过夜24h。然后准备捕获磁珠。按照每个样本需3×165μl的high-stringency buffer，分装high-stringencybuffer于96孔板，打开干燥仪，调整干燥仪温度为65℃，待干燥仪温度稳定在65℃，置于干燥仪预热。然后进行捕获目标区域DNA文库，完成DNA文库进行富集(Post-PCR反应)。然后进行文库的混合和送样测序。

步骤五、数据分析

用于分析的原始文件为fastq格式数据。用bwa进行联配，HaplotypeCaller方法获得germline mutation；对组织样本的体细胞突变分析，利用MuTect2.然后使用ANNOVAR加注释。

步骤六、得到所有组织样本的注释结果后，整理后如附图所示。

其中，图1为组织样本质量控制，主要包括DNA样本抽提的质量评估及测序的质量评估，是整个实验最基础的部分，数据质量的不合格将会影响后续结果的准确性及可信度。

图2是血细胞白细胞基因突变的检测结果，是患者的DNA样本测序之后经过之前描述的生物信息学分析结果中与本发明所列的基因列表有关的突变的血细胞白细胞(germline mutation)的基因变异的具体情况。

图3是组织多基因突变(somatic mutation)的检测结果，是肿瘤组织的基因变异的具体情况。

图4是组织多基因拷贝数变异的检测结果，获得方法与图2、图3一致。

图5是基因突变对应用药信息参考，可根据germline mutation及somaticmutation以及重点基因的拷贝数变异，参考对应突变的既往用药信息，方便为患者制定治疗方案。

综上，经过本发明的基因检测panel，对样本进行全基因组或全外显子测序，分析后得到所有基因的突变情况，找到本发明所列基因panel中的基因，来结合临床进行下一步分析。根据本发明提供的基因，可以制作多基因panel探针，进行精准测序，得到结果后再结合患者样本的临床等信息，可以为该患者的临床诊断提供有力的参考，也对该患者的癌症发展情况有更深入的了解，方便精准制定治疗方案。

以上显示和描述了本发明的基本原理、主要特征和本发明的优点。本行业的技术人员应该了解，本发明不受上述实施例的限制，上述实施例和说明书中描述的只是说明本发明的原理，在不脱离本发明精神和范围的前提下本发明还会有各种变化和改进，这些变化和改进都落入要求保护的本发明范围内。

Claims (7)

1.基于二代测序技术的肝癌检测panel，其特征在于，所述检测panel包括用于检测肝癌预后相关的基因突变及基因拷贝数变异。

2.根据权利要求1所述的检测panel，其特征在于，所述基因突变包括以下基因：ABCA12、ABCA13、ABCC12、ABL1、ACBD5、ADAM21、ADAMTSL1、ADGRG4、ADPRH、AFF1、AKT1、AKT2、AKT3、ALK、ALOX12B、AMER1、ANK2、ANK3、ANKLE1、APC、APEX2、APOB、APP、AR、ARAF、ARHGAP32、ARID1A、ARRB2、ASTE1、ASXL1、ATM、ATP13A3、ATR、ATRX、AURKA、AURKB、AXIN1、AXL、B2M、BAP1、BARD1、BAX、BCL2、BCL2L1、BCL6、BCL9L、BCLAF1、BCOR、BDKRB1、BEND3、BIRC2、BIRC3、BIRC7、BLM、BMPR1A、BPTF、BRAF、BRCA1、BRCA2、BRD4、BRIP1、BRPF3、BSND、BTK、C1QBP、C1QTNF5、CACNA1A、CACNA1E、CALR、CARD11、CASP8、CBFB、CBL、CCDC150、CCDC168、CCND1、CCND2、CCND3、CCNE1、CD274、CD40、CD79A、CD79B、CD93、CDC73、CDH1、CDH8、CDK1、CDK12、CDK4、CCDK5RAP1、CDK6、CDK8、CDKN1A、CDKN1B、CDKN2A、CDKN2B、CDKN2C、CDS1、CEBPA、CELSR3、CENPJ、CEP290、CFTR、CHEK1、CHEK2、CIC、COBLL1、COL14A1、COL21A1、COL22A1、COPG1、CREBBP、CRKL、CSF1R、CSF3R、CSMD1、CTCF、CTLA4、CTNNB1、CUL3、CXCR4、CYB5A、DAXX、DDR2、DIABLO、DIS3、DLL1、DNAH10、DNAH11、DNAH2、DNAH5、DNAH7、DNAH9、DNAJC3、DNMT1、DNMT3A、DNMT3B、DOCK2、DOCK9、DOT1L、DROSHA、DST、DTD1、DUSP4、EED、EGFR、ELOC、EP300、EPCAM、EPHA3、EPHA4、EPHA5、EPHA7、EPHB1、ERBB2、ERBB2IP、ERBB3、ERBB4、ERCC1、ERCC2、ERCC4、ERG、ERRFI1、ESR1、ETNK1、ETS2、ETV1、EVC2、EZH2、FAM129B、FAM149B1、FAM170B、FAM46C、FANCA、FANCC、FAT1、FAT3、FAT4、FBN2、FBXW7、FCGBP、FGF19、FGF3、FGF4、FGFR1、FGFR2、FGFR3、FGFR4、FH、FIP1L1、FKBP9、FLCN、FLG、FLT1、FLT3、FLT4、FOXL2、FOXO1、FOXP1、FREM2、FRG1、FSIP2、FUBP1、FZD10、GALNT12、GATA3、GCNT4、GGT1、GLRB、GLRX、GLRX2、GNA11、GNAQ、GNAS、GOLGA6L2、GPR98、GREM1、GRIN2A、GRM7、GSK3B、GYPB、H3F3A、HADHB、HDAC9、HGF、HIPK2、HIST1H1C、HIVEP3、HMCN1、HMGB1、HNF1A、HOXB13、HRAS、HSPB1、HTRA1、HYDIN、ID3、IDH1、IDH2、IGF1、IGF1R、IGF2、IKBKE、IKZF1、IL10、IL12RB2、IL13RA1、IL17FIL7R、INPP4B、INSR、IRF2、IIRF2BP1、IRF4、IRS1、IRS2、IIRX4、ITIH5JAG1、JAK1、JAK2、JAK3、JPH4、JUN、KCND3、KCNJ8、KDM5A、KDM5C、KDM6A、KDR、KEAP1、KIAA1549L、KIAA2018、KIT、KLF15、KLF4、KLK10、KMT2A、KMT2C、KMT2D、KRAS、LACTB2、LAMA1、LAMA2、LATS1、LATS2、LBR、LIG4、LMO1、LPCAT4、LRP1B、LRP2、LRRC58、LSM14A、LTN1、MACF1、MADCAM1、MALT1、MAP1B、MAP2K1、MAP2K2、MAP2K4、MAP3K1、MAP3K13、MAP3K14、MAP4K5、MAPK1、MAPK3、MCL1、MDK、MDM2、MDM4、MDN1、MED12、MEF2B、MEN1、MET、MGLL、MID1、MITF、MLH1、MMP1、MORC4、MPL、MRC2、MRE11A、MSH2、MSH3、MSH6、MST1、MST1R、MTAP、MTMR14、MTOR、MUC1、MUC16、MUC4、MUTYH、MYC、MYCL、MYCN、MYD88、NBEA、NBN、NDUFV2、NEB、NEDD4L、NEGR1NELL2、NEURL1B、NF1、NF2、NFE2L2、NFKBIA、NID1、NKX2-1、NKX3-1、NOL3、NOTCH1、NOTCH2、NOTCH3、NOTCH4、NPM1、NRAS、NSD1、NTRK1、NTRK2、NTRK3、NUP153、NUP93、OBSCN、OLFM1、OR4C5、PAK1、PAK5、PALB2、PALM、PARP1、PAX5、PBRM1、PCDH11Y、PCDH15、PCDH17、PCDHA5、PCED1A、PCLO、PCMTD1、PDCD1、PDE4DIP、PDGFRA、PDGFRB、PDPK1、PGR、PHOX2B、PIK3C2G、PIK3CA、PIK3CB、PIK3R1、PIK3R6、PIM1、PLCG2、PLK1、PLK2、PLS1、PMS1、PMS2、PNRC1、POLD1、POLE、PPARGC1A、PPM1D、PPP2R1A、PPP6C、PRDM1、PREX2、PRG4、PPKAR1A、PRKD1、PRKDC、PRKN、PROP1、PROSER2、PRRC1、PRRT2、PRSS12、PSMG4、PTCH1、PTEN、PTPN11、PTPRD、PTPRS、PTPRT、RAB10、RAB35、RABGGTA、RAC1、RAD21、RAD50RAD51、RAD51B、RAD51C、RAD51D、RAD52、RAD54L、RAF1、RAP2C、RARA、RASA1、RB1、RB1CC1、RBM10、RBMX、RECQL4、REL、RELA、RET、RFC3、RFWD2、RHEB、RHOA、RICTOR、RIMS2、RIOK1、RIT1、RNF43、ROBO1、ROS1、RPTN、RPTOR、RRP7A、RYR1、RYR2、RYR3、SACS、SART3、SCAP、SCN10A、SDHA、SDHB、SDHC、SDHD、SETD2、SF3B1、SKIL、SLC1A4、SLC20A1、SLC22A9、SLC35A1、SMAD2、SMAD4、SMARCA4、SMARCB1、SMO、SMURF1、SNX25、SOCS1、SOX17、SOX2SOX3、SOX9、SPEG、SPEN、SPINK6、SPOP、SRC、SRSF2、STAG2、STARD9、STAT1、STAT3、STK11、SXBP2、SUFU、SUMO1、SUZ12、SYK、SYNE1、SYNE2、TAF1L、TAF9B、TANC1、TBC1D17、TBX3、TCF3、TXNRD2、U2AF1、UBR5、UNC13C、UNC79、UNC93A、USP21、VEGFA、VHL、VWF、WDFY4、WHSC1L1、WNT8A、WT1、XIRP2、XPO1、XRCC1、XRCC2、YAF2、YAP1、YIPF2、YTHDC1、ZAN、ZDHHC11B ZFHX4、ZFP36L2、ZMIZ1、ZMIZ2、ZNF248、ZNF264、ZNF90。

3.根据权利要求1所述的检测panel，其特征在于，所述基因拷贝数变异包括以下基因：ADGRG4、ASXL1、AURKA、BCL2L1、BIRC7、BRCA2、BTK、CARD11、CCDC168、CCND2、CD40、CD93、CDK12、CDK4、CDK5RAP1、CDK6、CDK8、CENPJ、COL14A1、COL22A1、CSMD1、DAXX、DIS3、DNAJC3、DNMT3B、DOCK9、DTD1、DUSP4、ELOC、ERBB2、ETV1、FAT1、FGFR1、FLT1、FLT3、FOXO1、FREM2、GNAS、HMGB1、HSPB1、IL13RA1、IRF2、IRS2、JAG1、LACTB2、LATS2、LIG4、MDM2、MDM4、MET、MORC4、MYC、NBEA、NBN、PAK5、PRKN、PCDH17、PCED1A、PCMTD1、PMS2、PREX2、PRKDC、PTPRT、RAC1、RAD21、RAP2C、RB1、RB1CC1、RBMX、RECQL4、RFC3、RIMS2、SACS、SMAD4、SOX17、SRC、STAG2、TEX15、TG、TRPC4、UBR5、USP42、ZFHX4。

4.一种基于二代测序的用于检测肝癌的检测试剂盒，其特征在于，所述试剂盒包括检测探针及检测试剂，所述检测探针是针对权利要求1-3任一所述检测panel的基因突变或拷贝数变异的探针。

5.如1-3任一所述的检测panel或权利要求4所述的试剂盒，其特征在于，所述基因突变检测包括点突变、缺失、插入、融合等。

6.权利要求1-3任一所述的检测panel在制备肝癌检测装置中的应用。

7.一种肝癌检测装置，其特征在于，包括：

测序模块，用于对待测样本的DNA进行提取，并进行高通量测序，获得测序结果；

对比模块，用于对高通量测序的结果进行处理，并将数据与权利要求1-3任一所述的panel进行比对，获得突变信息；

分析模块，用于分析获得的突变信息，得出用药方案。

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