CN111424087A - 基于二代测序的用于泛癌种检测或靶向用药的检测Panel、试剂盒及应用 - Google Patents
基于二代测序的用于泛癌种检测或靶向用药的检测Panel、试剂盒及应用 Download PDFInfo
- Publication number
- CN111424087A CN111424087A CN202010271407.3A CN202010271407A CN111424087A CN 111424087 A CN111424087 A CN 111424087A CN 202010271407 A CN202010271407 A CN 202010271407A CN 111424087 A CN111424087 A CN 111424087A
- Authority
- CN
- China
- Prior art keywords
- detection
- tmdp
- pan
- tms
- cancer
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Pending
Links
- 238000001514 detection method Methods 0.000 title claims abstract description 62
- 206010028980 Neoplasm Diseases 0.000 title claims abstract description 49
- 201000011510 cancer Diseases 0.000 title claims abstract description 39
- 229940079593 drug Drugs 0.000 title claims abstract description 31
- 239000003814 drug Substances 0.000 title claims abstract description 31
- 238000007481 next generation sequencing Methods 0.000 title claims abstract description 22
- 230000035772 mutation Effects 0.000 claims abstract description 39
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 claims abstract description 18
- 102100028944 Dual specificity protein phosphatase 13 isoform B Human genes 0.000 claims description 41
- 101000838551 Homo sapiens Dual specificity protein phosphatase 13 isoform A Proteins 0.000 claims description 41
- 101000838549 Homo sapiens Dual specificity protein phosphatase 13 isoform B Proteins 0.000 claims description 41
- -1 BRCA Proteins 0.000 claims description 33
- CZDYPVPMEAXLPK-UHFFFAOYSA-N tetramethylsilane Chemical compound C[Si](C)(C)C CZDYPVPMEAXLPK-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 17
- NONFLFDSOSZQHR-UHFFFAOYSA-N 3-(trimethylsilyl)propionic acid Chemical compound C[Si](C)(C)CCC(O)=O NONFLFDSOSZQHR-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 16
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 claims description 16
- 102000009508 Cyclin-Dependent Kinase Inhibitor p16 Human genes 0.000 claims description 14
- 108010009392 Cyclin-Dependent Kinase Inhibitor p16 Proteins 0.000 claims description 14
- 101000984753 Homo sapiens Serine/threonine-protein kinase B-raf Proteins 0.000 claims description 13
- 102100027103 Serine/threonine-protein kinase B-raf Human genes 0.000 claims description 13
- 102000052116 epidermal growth factor receptor activity proteins Human genes 0.000 claims description 13
- 108700015053 epidermal growth factor receptor activity proteins Proteins 0.000 claims description 13
- YOHYSYJDKVYCJI-UHFFFAOYSA-N n-[3-[[6-[3-(trifluoromethyl)anilino]pyrimidin-4-yl]amino]phenyl]cyclopropanecarboxamide Chemical compound FC(F)(F)C1=CC=CC(NC=2N=CN=C(NC=3C=C(NC(=O)C4CC4)C=CC=3)C=2)=C1 YOHYSYJDKVYCJI-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 13
- 102100030708 GTPase KRas Human genes 0.000 claims description 11
- 239000000523 sample Substances 0.000 claims description 11
- 101000605639 Homo sapiens Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit alpha isoform Proteins 0.000 claims description 10
- 108010011536 PTEN Phosphohydrolase Proteins 0.000 claims description 10
- 102100032543 Phosphatidylinositol 3,4,5-trisphosphate 3-phosphatase and dual-specificity protein phosphatase PTEN Human genes 0.000 claims description 10
- 102100038332 Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit alpha isoform Human genes 0.000 claims description 10
- RMLPZKRPSQVRAB-UHFFFAOYSA-N tris(3-methylphenyl) phosphate Chemical compound CC1=CC=CC(OP(=O)(OC=2C=C(C)C=CC=2)OC=2C=C(C)C=CC=2)=C1 RMLPZKRPSQVRAB-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 9
- 102100029974 GTPase HRas Human genes 0.000 claims description 8
- 102100039788 GTPase NRas Human genes 0.000 claims description 8
- 101000584633 Homo sapiens GTPase HRas Proteins 0.000 claims description 8
- 101000744505 Homo sapiens GTPase NRas Proteins 0.000 claims description 8
- 108091008794 FGF receptors Proteins 0.000 claims description 7
- 102000052178 fibroblast growth factor receptor activity proteins Human genes 0.000 claims description 7
- 102100034540 Adenomatous polyposis coli protein Human genes 0.000 claims description 6
- 102100028914 Catenin beta-1 Human genes 0.000 claims description 6
- 102000004328 Cytochrome P-450 CYP3A Human genes 0.000 claims description 6
- 108010081668 Cytochrome P-450 CYP3A Proteins 0.000 claims description 6
- 102100029363 Cytochrome P450 2C19 Human genes 0.000 claims description 6
- 101100058760 Danio rerio cyp19a1a gene Proteins 0.000 claims description 6
- 102000001301 EGF receptor Human genes 0.000 claims description 6
- 101710105178 F-box/WD repeat-containing protein 7 Proteins 0.000 claims description 6
- 102100028138 F-box/WD repeat-containing protein 7 Human genes 0.000 claims description 6
- 102100023600 Fibroblast growth factor receptor 2 Human genes 0.000 claims description 6
- 101710182389 Fibroblast growth factor receptor 2 Proteins 0.000 claims description 6
- 102100032610 Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms XLas Human genes 0.000 claims description 6
- 101000924577 Homo sapiens Adenomatous polyposis coli protein Proteins 0.000 claims description 6
- 101000859758 Homo sapiens Cartilage-associated protein Proteins 0.000 claims description 6
- 101000916173 Homo sapiens Catenin beta-1 Proteins 0.000 claims description 6
- 101000896586 Homo sapiens Cytochrome P450 2D6 Proteins 0.000 claims description 6
- 101000916686 Homo sapiens Cytohesin-interacting protein Proteins 0.000 claims description 6
- 101000851181 Homo sapiens Epidermal growth factor receptor Proteins 0.000 claims description 6
- 101000584612 Homo sapiens GTPase KRas Proteins 0.000 claims description 6
- 101001014590 Homo sapiens Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms XLas Proteins 0.000 claims description 6
- 101001014594 Homo sapiens Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short Proteins 0.000 claims description 6
- 101000726740 Homo sapiens Homeobox protein cut-like 1 Proteins 0.000 claims description 6
- 101001014610 Homo sapiens Neuroendocrine secretory protein 55 Proteins 0.000 claims description 6
- 101000797903 Homo sapiens Protein ALEX Proteins 0.000 claims description 6
- 101000761460 Homo sapiens Protein CASP Proteins 0.000 claims description 6
- 101000896576 Homo sapiens Putative cytochrome P450 2D7 Proteins 0.000 claims description 6
- 101000761459 Mesocricetus auratus Calcium-dependent serine proteinase Proteins 0.000 claims description 6
- 102100024933 Protein CASP Human genes 0.000 claims description 6
- 102100021702 Putative cytochrome P450 2D7 Human genes 0.000 claims description 6
- 108010012052 cytochrome P-450 CYP2C subfamily Proteins 0.000 claims description 6
- 102100022334 Dihydropyrimidine dehydrogenase [NADP(+)] Human genes 0.000 claims description 5
- 101000902632 Homo sapiens Dihydropyrimidine dehydrogenase [NADP(+)] Proteins 0.000 claims description 5
- 102000012804 EPCAM Human genes 0.000 claims description 4
- 101150084967 EPCAM gene Proteins 0.000 claims description 4
- 101150057140 TACSTD1 gene Proteins 0.000 claims description 4
- 206010006187 Breast cancer Diseases 0.000 claims description 3
- 208000026310 Breast neoplasm Diseases 0.000 claims description 3
- 206010014733 Endometrial cancer Diseases 0.000 claims description 3
- 206010014759 Endometrial neoplasm Diseases 0.000 claims description 3
- 208000005016 Intestinal Neoplasms Diseases 0.000 claims description 3
- 206010058467 Lung neoplasm malignant Diseases 0.000 claims description 3
- 208000005718 Stomach Neoplasms Diseases 0.000 claims description 3
- 230000037430 deletion Effects 0.000 claims description 3
- 238000012217 deletion Methods 0.000 claims description 3
- 230000004927 fusion Effects 0.000 claims description 3
- 206010017758 gastric cancer Diseases 0.000 claims description 3
- 230000037431 insertion Effects 0.000 claims description 3
- 238000003780 insertion Methods 0.000 claims description 3
- 201000002313 intestinal cancer Diseases 0.000 claims description 3
- 201000007270 liver cancer Diseases 0.000 claims description 3
- 208000014018 liver neoplasm Diseases 0.000 claims description 3
- 201000005202 lung cancer Diseases 0.000 claims description 3
- 208000020816 lung neoplasm Diseases 0.000 claims description 3
- 201000011549 stomach cancer Diseases 0.000 claims description 3
- 108090000353 Histone deacetylase Proteins 0.000 claims description 2
- 102100038720 Histone deacetylase 9 Human genes 0.000 claims description 2
- 238000001647 drug administration Methods 0.000 claims 2
- 102100038595 Estrogen receptor Human genes 0.000 claims 1
- 102100030943 Glutathione S-transferase P Human genes 0.000 claims 1
- 101000882584 Homo sapiens Estrogen receptor Proteins 0.000 claims 1
- 101001010139 Homo sapiens Glutathione S-transferase P Proteins 0.000 claims 1
- 101000653679 Homo sapiens Translationally-controlled tumor protein Proteins 0.000 claims 1
- 101000800524 Loxosceles intermedia Translationally-controlled tumor protein homolog Proteins 0.000 claims 1
- 101000851936 Mus musculus Endothelial PAS domain-containing protein 1 Proteins 0.000 claims 1
- 102100029887 Translationally-controlled tumor protein Human genes 0.000 claims 1
- 238000012377 drug delivery Methods 0.000 claims 1
- 238000000034 method Methods 0.000 abstract description 11
- 210000004369 blood Anatomy 0.000 abstract description 7
- 239000008280 blood Substances 0.000 abstract description 7
- 238000001574 biopsy Methods 0.000 abstract description 4
- 230000035945 sensitivity Effects 0.000 abstract description 3
- 239000002246 antineoplastic agent Substances 0.000 abstract description 2
- 239000000090 biomarker Substances 0.000 abstract description 2
- 229940044683 chemotherapy drug Drugs 0.000 abstract description 2
- 238000003745 diagnosis Methods 0.000 abstract description 2
- 230000002068 genetic effect Effects 0.000 abstract description 2
- 230000001900 immune effect Effects 0.000 abstract description 2
- 239000007788 liquid Substances 0.000 abstract description 2
- 210000000056 organ Anatomy 0.000 abstract description 2
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 abstract description 2
- 238000011528 liquid biopsy Methods 0.000 description 5
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 4
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 description 4
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 description 3
- 238000003556 assay Methods 0.000 description 3
- 238000003384 imaging method Methods 0.000 description 3
- 238000005070 sampling Methods 0.000 description 3
- 210000000349 chromosome Anatomy 0.000 description 2
- 239000012634 fragment Substances 0.000 description 2
- 238000012165 high-throughput sequencing Methods 0.000 description 2
- 238000012775 microarray technology Methods 0.000 description 2
- 238000007480 sanger sequencing Methods 0.000 description 2
- 210000001519 tissue Anatomy 0.000 description 2
- 102000016928 DNA-directed DNA polymerase Human genes 0.000 description 1
- 108010014303 DNA-directed DNA polymerase Proteins 0.000 description 1
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 description 1
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 description 1
- 108020005187 Oligonucleotide Probes Proteins 0.000 description 1
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 1
- 238000003491 array Methods 0.000 description 1
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 description 1
- 239000003086 colorant Substances 0.000 description 1
- 230000000295 complement effect Effects 0.000 description 1
- 238000012350 deep sequencing Methods 0.000 description 1
- 201000010099 disease Diseases 0.000 description 1
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 description 1
- 239000012530 fluid Substances 0.000 description 1
- 230000004907 flux Effects 0.000 description 1
- IQLZWWDXNXZGPK-UHFFFAOYSA-N methylsulfonyloxymethyl methanesulfonate Chemical compound CS(=O)(=O)OCOS(C)(=O)=O IQLZWWDXNXZGPK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000013188 needle biopsy Methods 0.000 description 1
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 description 1
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 description 1
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 description 1
- 239000002751 oligonucleotide probe Substances 0.000 description 1
- 230000001681 protective effect Effects 0.000 description 1
- 238000006467 substitution reaction Methods 0.000 description 1
- 238000002626 targeted therapy Methods 0.000 description 1
- 210000004881 tumor cell Anatomy 0.000 description 1
- 210000002700 urine Anatomy 0.000 description 1
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
- C12Q1/6886—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/106—Pharmacogenomics, i.e. genetic variability in individual responses to drugs and drug metabolism
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Immunology (AREA)
- Pathology (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Zoology (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Hospice & Palliative Care (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Oncology (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
本发明公开了一种基于二代测序的用于泛癌种检测或靶向用药的检测Panel、检测试剂盒及其应用，所述检测panel包括用于检测泛癌种突变负荷和靶向用药相关突变位点的目标基因区域，以及泛癌种突变位点相关的外显子区域。本发明采用液体(血液)活检方法，使用组合测定法进行遗传改变和蛋白质生物标记物，并且不仅能够识别相对早期癌症的存在，而且能够定位这些癌症的起源器官，灵敏度更高，可以更好的进行联合检测，为靶向药、化疗药或免疫药的治疗诊断提供更加精准支撑；通过设计整合不同突变类型信息的共有区域，提高panel均一性，降低panel整体数据量，减小成本。
Description
技术领域
本发明涉及生物医药技术领域，具体而言，涉及一种基于二代测序的用于泛癌种检测或靶向用药的检测Panel、检测试剂盒及其应用。
背景技术
目前，癌症相关的检测技术很多，例如高通量测序、目标区域捕获测序、液体活检、肿瘤突变负荷和MSI检测等。
其中，高通量测序(High-Throughput Sequencing)又名下一代测序(NextGeneration Sequencing，NGS)，是相对于传统的桑格测序(Sanger Sequencing)而言的。
在Sanger等测序方法的基础上，通过技术创新，将片段化的基因组DNA两侧连上接头, 随后用不同的方法产生几百万个空间固定的PCR克隆阵列。每个克隆由单个文库片段的多个拷贝组成。然后进行引物杂交和酶延伸反应。由于所有的克隆都在同一平面上(flowcell)，用不同颜色的荧光标记四种不同的dNTP，当DNA聚合酶合成互补链时，每添加一种dNTP就会释放出不同的荧光，DNA序列延伸和成像检测不断重复，最后经过计算机分析就可以获得完整的DNA序列信息。一次对几十万到几百万条核酸分子进行序列测定又称深度测序(Deep sequencing)。
NGS检测方法通量高，同一样本仅需要进行一个文库构建和捕获，就可以对大量的基因进行检测，满足临床检测的需求，不需要大量的样本量即可进行多个基因的检测，既可以对已知突变位点进行检测，也能对未知突变位点进行检测，此外NGS检测方法还可以对各种突变类型进行检测，对临床上的各类样本，如全血、组织、FFPE样本、cfDNA等其他样本类型均能够进行检测。
目标区域捕获测序，第二代测序结合微阵列技术而衍生出来的应用，目标序列捕获测序技术(Targeted Resequencing)。这项技术首先利用微阵列技术合成大量寡核苷酸探针，这些寡核苷酸探针能够与基因组上的特定区域互补结合，从而富集到特定区段，然后用第二代测序技术对这些区段进行测序。其测序原理是基于DNA杂交原理，利用目标基因组区域定制的探针与基因组DNA进行芯片杂交或溶液杂交，将目标基因区域DNA富集，再通过NGS技术进行测序。测序所选定的目标区域可以是连续的DNA序列，也可以是分布在同一个染色体不同区域或不同染色体上的片段。
液体活检就是通过采集血液或者尿液等对癌症等疾病做出诊断。与传统的手术活检和穿刺活检相比，液体活检的优势在于：1)操作简便，传统活检依赖于影像学的发现，定位肿瘤的准确位置和大小后进行手术或者穿刺操作，操作性难，而液体活检则不需要影像学支持；2)非侵入式，传统的方式由于其侵入式操作，往往带有并发症，肿瘤复发风险，液体活检则仅仅是抽取一定量的血液，风险小；3)取样方便。传统穿刺和手术取样本对患者伤害较大，而液体活检一般只需要5～10ml血液，支持重复多次取样；4)有效应对肿瘤异质性。传统取样受取样部位的原因可能出现取不到肿瘤组织的问题，而血液中可能包含不同突变肿瘤细胞的信息。5)成本低。较传统检测方法价格便宜。
发明内容
本发明的目的在于提供一种基于二代测序的用于泛癌种检测或靶向用药的检测Panel，方便快捷，精确可靠，灵敏度高，适用于多种类型癌症的检测。
本发明采用的技术方案是：
一种基于二代测序的用于泛癌种检测或靶向用药的检测Panel，所述检测panel包括用于检测泛癌种突变负荷和靶向用药相关突变位点的目标基因区域，以及泛癌种突变位点相关的外显子区域；
所述外显子区域包括：ABCB1、ABL1、AKT1、ALK、APC、AR、ATM、BCL2、BCL2L11、BMPR1A、BRAF、BRCA1、BRCA2、BTK、C8orf34、CASP7、CBR3、CD19、CD274、CD38、 CD52、CD74、CDA、CDH1、CDK4、CDK6、CDKN2A、CHEK2、CTLA4、CYP19A1、CYP1A1、 CYP1B1、CYP2C19、CYP2C8、CYP2D6、CYP3A4、CYP4B1、DDR2、DNMT3A、DPYD、 DYNC2H1、EGFR、EPCAM、ERBB2、ERCC1、ERCC2、ESR1、ESR2、FGFR1、FGFR2、 FGFR3、FLT1、FLT3、FLT4、GNAS、GSTP1、H3F3A、HAS3、HDAC1、HGF、HIST1H3B、 HRAS、IDH1、IDH2、JAK1、KDR、KIT、KRAS、MAP2K1、MAP3K1、MDM2、MDR1、 MET、MGMT、MLH1、MLH3、MS4A1、MSH2、MSH3、MSH6、MTHFR、MTOR、MTRR、 MUTYH、NF1、NF2、NOTCH1、NQO1、NRAS、NTRK1、OPRM1、PALB2、PARP1、PDCD1、 PDGFRA、PDGFRB、PIGF、PIK3CA、PIK3CD、PMS1、PMS2、POLD1、POLE、PTCH1、 PTEN、RAF1、RET、ROS1、RRM1、SDC4、SEMA3C、SLCO1B1、SLCO1B3、SMAD4、 SMO、SOD2、STAT3、STK11、TERT、TNFRSF8、TNFSF11、TP53、TPMT、TSC1、TSC2、 TUBB1、TYMS、UGT1A1、UMPS、VEGFA、VEGFB、VHL、XPC、XRCC1、NTRK1_fus、 RET_fus、BCL2_fus、ALK_fus、ROS1_fus、BRAF_fus和FGFR1_fus。
进一步地，所述目标基因区域包括如下：NRAS、CTNNB1、PIK3CA、FBXW7、APC、 EGFR、BRAF、CDKN2A、PTEN、FGFR2、HRAS、KRAS。
本发明的另一目的在于，提供一种基于二代测序的用于泛癌种检测或靶向用药的检测试剂盒，所述检测试剂盒包含检测探针，所述检测探针针对泛癌种突变和靶向用药的相关基因和位点，泛癌种突变位点相关的外显子区域。
进一步地，所述检测探针覆盖区域/目标区域>＝99％。
进一步地，所述外显子区域包括：ABCB1、ABL1、AKT1、ALK、APC、AR、ATM、 BCL2、BCL2L11、BMPR1A、BRAF、BRCA1、BRCA2、BTK、C8orf34、CASP7、CBR3、 CD19、CD274、CD38、CD52、CD74、CDA、CDH1、CDK4、CDK6、CDKN2A、CHEK2、 CTLA4、CYP19A1、CYP1A1、CYP1B1、CYP2C19、CYP2C8、CYP2D6、CYP3A4、CYP4B1、 DDR2、DNMT3A、DPYD、DYNC2H1、EGFR、EPCAM、ERBB2、ERCC1、ERCC2、ESR1、 ESR2、FGFR1、FGFR2、FGFR3、FLT1、FLT3、FLT4、GNAS、GSTP1、H3F3A、HAS3、HDAC1、HGF、HIST1H3B、HRAS、IDH1、IDH2、JAK1、KDR、KIT、KRAS、MAP2K1、 MAP3K1、MDM2、MDR1、MET、MGMT、MLH1、MLH3、MS4A1、MSH2、MSH3、MSH6、 MTHFR、MTOR、MTRR、MUTYH、NF1、NF2、NOTCH1、NQO1、NRAS、NTRK1、OPRM1、 PALB2、PARP1、PDCD1、PDGFRA、PDGFRB、PIGF、PIK3CA、PIK3CD、PMS1、PMS2、 POLD1、POLE、PTCH1、PTEN、RAF1、RET、ROS1、RRM1、SDC4、SEMA3C、SLCO1B1、 SLCO1B3、SMAD4、SMO、SOD2、STAT3、STK11、TERT、TNFRSF8、TNFSF11、TP53、 TPMT、TSC1、TSC2、TUBB1、TYMS、UGT1A1、UMPS、VEGFA、VEGFB、VHL、XPC、 XRCC1、NTRK1_fus、RET_fus、BCL2_fus、ALK_fus、ROS1_fus、BRAF_fus和FGFR1_fus。
进一步地，所述目标基因区域包括如下：NRAS、CTNNB1、PIK3CA、FBXW7、APC、EGFR、BRAF、CDKN2A、PTEN、FGFR2、HRAS、KRAS。
本发明的再一目的在于，提供一种上述基于二代测序的用于泛癌种靶向用药的检测Panel 或如上述基于二代测序的用于泛癌种靶向用药的检测试剂盒在联合检测或靶向治疗泛癌种中的应用。
进一步地，所述泛癌种包括：肺癌、肠癌、胃癌、肝癌、乳腺癌和子宫内膜癌。
进一步地，所述联合检测包括多种突变类型的检测，所述多种突变类型包括：点突变、融合突变、拷贝数变异、缺失突变和插入突变。
本发明与现有技术相比具有以下优点：
本发明采用液体(血液)活检方法，使用组合测定法进行遗传改变和蛋白质生物标记物，并且不仅能够识别相对早期癌症的存在，而且能够定位这些癌症的起源器官，灵敏度更高，可以更好的进行联合检测，为靶向药、化疗药或免疫药的治疗诊断提供更加精准支撑；通过设计整合不同突变类型信息的共有区域，提高panel均一性，降低panel整体数据量，减小成本。
下面结合实施例对本发明作进一步详细说明。
具体实施方式
下面对本发明的具体实施方式进行详细说明。应当理解的是，此处所描述的具体实施方式仅用于进一步说明和解释本发明，使本发明的优点和特征能更易于被本领域技术人员理解，并不用于限制本发明。
本实施案例基于二代测序的用于泛癌种检测或靶向用药的检测Panel，所述检测panel包括用于检测泛癌种突变负荷和靶向用药相关突变位点的目标基因区域，以及泛癌种突变位点相关的外显子区域；
所述外显子区域包括：ABCB1、ABL1、AKT1、ALK、APC、AR、ATM、BCL2、BCL2L11、BMPR1A、BRAF、BRCA1、BRCA2、BTK、C8orf34、CASP7、CBR3、CD19、CD274、CD38、 CD52、CD74、CDA、CDH1、CDK4、CDK6、CDKN2A、CHEK2、CTLA4、CYP19A1、CYP1A1、 CYP1B1、CYP2C19、CYP2C8、CYP2D6、CYP3A4、CYP4B1、DDR2、DNMT3A、DPYD、 DYNC2H1、EGFR、EPCAM、ERBB2、ERCC1、ERCC2、ESR1、ESR2、FGFR1、FGFR2、 FGFR3、FLT1、FLT3、FLT4、GNAS、GSTP1、H3F3A、HAS3、HDAC1、HGF、HIST1H3B、 HRAS、IDH1、IDH2、JAK1、KDR、KIT、KRAS、MAP2K1、MAP3K1、MDM2、MDR1、 MET、MGMT、MLH1、MLH3、MS4A1、MSH2、MSH3、MSH6、MTHFR、MTOR、MTRR、 MUTYH、NF1、NF2、NOTCH1、NQO1、NRAS、NTRK1、OPRM1、PALB2、PARP1、PDCD1、 PDGFRA、PDGFRB、PIGF、PIK3CA、PIK3CD、PMS1、PMS2、POLD1、POLE、PTCH1、 PTEN、RAF1、RET、ROS1、RRM1、SDC4、SEMA3C、SLCO1B1、SLCO1B3、SMAD4、 SMO、SOD2、STAT3、STK11、TERT、TNFRSF8、TNFSF11、TP53、TPMT、TSC1、TSC2、 TUBB1、TYMS、UGT1A1、UMPS、VEGFA、VEGFB、VHL、XPC、XRCC1、NTRK1_fus、 RET_fus、BCL2_fus、ALK_fus、ROS1_fus、BRAF_fus和FGFR1_fus。
其中，所述目标基因区域包括如下：NRAS、CTNNB1、PIK3CA、FBXW7、APC、EGFR、BRAF、CDKN2A、PTEN、FGFR2、HRAS、KRAS。
本发明的另一目的，提供一种基于二代测序的用于泛癌种检测或靶向用药的检测试剂盒，所述检测试剂盒包含检测探针，所述检测探针针对泛癌种突变和靶向用药的相关基因和位点，泛癌种突变位点相关的外显子区域。
其中，所述检测探针覆盖区域/目标区域>＝99％。
其中，所述外显子区域包括：ABCB1、ABL1、AKT1、ALK、APC、AR、ATM、BCL2、 BCL2L11、BMPR1A、BRAF、BRCA1、BRCA2、BTK、C8orf34、CASP7、CBR3、CD19、 CD274、CD38、CD52、CD74、CDA、CDH1、CDK4、CDK6、CDKN2A、CHEK2、CTLA4、 CYP19A1、CYP1A1、CYP1B1、CYP2C19、CYP2C8、CYP2D6、CYP3A4、CYP4B1、DDR2、DNMT3A、DPYD、DYNC2H1、EGFR、EPCAM、ERBB2、ERCC1、ERCC2、ESR1、ESR2、 FGFR1、FGFR2、FGFR3、FLT1、FLT3、FLT4、GNAS、GSTP1、H3F3A、HAS3、HDAC1、 HGF、HIST1H3B、HRAS、IDH1、IDH2、JAK1、KDR、KIT、KRAS、MAP2K1、MAP3K1、 MDM2、MDR1、MET、MGMT、MLH1、MLH3、MS4A1、MSH2、MSH3、MSH6、MTHFR、 MTOR、MTRR、MUTYH、NF1、NF2、NOTCH1、NQO1、NRAS、NTRK1、OPRM1、PALB2、 PARP1、PDCD1、PDGFRA、PDGFRB、PIGF、PIK3CA、PIK3CD、PMS1、PMS2、POLD1、 POLE、PTCH1、PTEN、RAF1、RET、ROS1、RRM1、SDC4、SEMA3C、SLCO1B1、SLCO1B3、SMAD4、SMO、SOD2、STAT3、STK11、TERT、TNFRSF8、TNFSF11、TP53、TPMT、TSC1、 TSC2、TUBB1、TYMS、UGT1A1、UMPS、VEGFA、VEGFB、VHL、XPC、XRCC1、NTRK1_fus、 RET_fus、BCL2_fus、ALK_fus、ROS1_fus、BRAF_fus和FGFR1_fus。
其中，所述目标基因区域包括如下：NRAS、CTNNB1、PIK3CA、FBXW7、APC、EGFR、BRAF、CDKN2A、PTEN、FGFR2、HRAS、KRAS。
本发明的再一目的为，提供一种如上述基于二代测序的用于泛癌种靶向用药的检测Panel 或上述基于二代测序的用于泛癌种靶向用药的检测试剂盒在联合检测或靶向治疗泛癌种中的应用。
其中，所述泛癌种包括：肺癌、肠癌、胃癌、肝癌、乳腺癌和子宫内膜癌。
其中，所述联合检测包括多种突变类型的检测，所述多种突变类型包括：点突变、融合突变、拷贝数变异、缺失突变和插入突变。
实施例1
基于二代测序的用于泛癌种检测或靶向用药的检测Panel，所述目标基因区域包括如下： NRAS_0055_0062、NRAS_4_14、CTNNB1_0032_0039、CTNNB1_0039_0046、PIK3CA_80_89、 PIK3CA_0345、PIK3CA_0542_0551、PIK3CA_1039_1050、FBXW7_505、FBXW7_474_482、FBXW7_464_472A、FBXW7_361_371、APC_1304_1310、APC_1450_1458、EGFR_856_867、 BRAF_594_602、CDKN2A_7_88、CDKN2A_051_057、PTEN_91_98、PTEN_130、PTEN_136、 PTEN_145_153、FGFR2_252、HRAS_007_018、KRAS_144_147A、KRAS_0057_0064、 KRAS_012_+13_-4。
以上详细描述了本发明的优选实施方式，但是，本发明并不限于上述实施方式中的具体细节，在本发明的技术构思范围内，任何在本技术领域范围内的同等变化或替换，均应属于本发明的保护范围。
Claims (9)
1.一种基于二代测序的用于泛癌种检测或靶向用药的检测Panel，其特征在于，所述检测panel包括用于检测泛癌种突变负荷和靶向用药相关突变位点的目标基因区域，以及泛癌种突变位点相关的外显子区域；
所述外显子区域包括：ABCB1、ABL1、AKT1、ALK、APC、AR、ATM、BCL2、BCL2L11、BMPR1A、BRAF、BRCA1、BRCA2、BTK、C8orf34、CASP7、CBR3、CD19、CD274、CD38、CD52、CD74、CDA、CDH1、CDK4、CDK6、CDKN2A、CHEK2、CTLA4、CYP19A1、CYP1A1、CYP1B1、CYP2C19、CYP2C8、CYP2D6、CYP3A4、CYP4B1、DDR2、DNMT3A、DPYD、DYNC2H1、EGFR、EPCAM、ERBB2、ERCC1、ERCC2、ESR1、ESR2、FGFR1、FGFR2、FGFR3、FLT1、FLT3、FLT4、GNAS、GSTP1、H3F3A、HAS3、HDAC1、HGF、HIST1H3B、HRAS、IDH1、IDH2、JAK1、KDR、KIT、KRAS、MAP2K1、MAP3K1、MDM2、MDR1、MET、MGMT、MLH1、MLH3、MS4A1、MSH2、MSH3、MSH6、MTHFR、MTOR、MTRR、MUTYH、NF1、NF2、NOTCH1、NQO1、NRAS、NTRK1、OPRM1、PALB2、PARP1、PDCD1、PDGFRA、PDGFRB、PIGF、PIK3CA、PIK3CD、PMS1、PMS2、POLD1、POLE、PTCH1、PTEN、RAF1、RET、ROS1、RRM1、SDC4、SEMA3C、SLCO1B1、SLCO1B3、SMAD4、SMO、SOD2、STAT3、STK11、TERT、TNFRSF8、TNFSF11、TP53、TPMT、TSC1、TSC2、TUBB1、TYMS、UGT1A1、UMPS、VEGFA、VEGFB、VHL、XPC、XRCC1、NTRK1_fus、RET_fus、BCL2_fus、ALK_fus、ROS1_fus、BRAF_fus和FGFR1_fus。
2.根据权利要求1所述的一种基于二代测序的用于泛癌种检测或靶向用药的检测Panel，其特征在于，所述目标基因区域包括如下：NRAS、CTNNB1、PIK3CA、FBXW7、APC、EGFR、BRAF、CDKN2A、PTEN、FGFR2、HRAS、KRAS。
3.一种基于二代测序的用于泛癌种检测或靶向用药的检测试剂盒，其特征在于，所述检测试剂盒包含检测探针，所述检测探针针对泛癌种突变和靶向用药的相关基因和位点，泛癌种突变位点相关的外显子区域。
4.根据权利要求3所述的基于二代测序的用于泛癌种检测或靶向用药的检测试剂盒，其特征在于，所述检测探针覆盖区域/目标区域>＝99％。
5.根据权利要求3所述的基于二代测序的用于泛癌种检测或靶向用药的检测试剂盒，其特征在于，所述外显子区域包括：ABCB1、ABL1、AKT1、ALK、APC、AR、ATM、BCL2、BCL2L11、BMPR1A、BRAF、BRCA1、BRCA2、BTK、C8orf34、CASP7、CBR3、CD19、CD274、CD38、CD52、CD74、CDA、CDH1、CDK4、CDK6、CDKN2A、CHEK2、CTLA4、CYP19A1、CYP1A1、CYP1B1、CYP2C19、CYP2C8、CYP2D6、CYP3A4、CYP4B1、DDR2、DNMT3A、DPYD、DYNC2H1、EGFR、EPCAM、ERBB2、ERCC1、ERCC2、ESR1、ESR2、FGFR1、FGFR2、FGFR3、FLT1、FLT3、FLT4、GNAS、GSTP1、H3F3A、HAS3、HDAC1、HGF、HIST1H3B、HRAS、IDH1、IDH2、JAK1、KDR、KIT、KRAS、MAP2K1、MAP3K1、MDM2、MDR1、MET、MGMT、MLH1、MLH3、MS4A1、MSH2、MSH3、MSH6、MTHFR、MTOR、MTRR、MUTYH、NF1、NF2、NOTCH1、NQO1、NRAS、NTRK1、OPRM1、PALB2、PARP1、PDCD1、PDGFRA、PDGFRB、PIGF、PIK3CA、PIK3CD、PMS1、PMS2、POLD1、POLE、PTCH1、PTEN、RAF1、RET、ROS1、RRM1、SDC4、SEMA3C、SLCO1B1、SLCO1B3、SMAD4、SMO、SOD2、STAT3、STK11、TERT、TNFRSF8、TNFSF11、TP53、TPMT、TSC1、TSC2、TUBB1、TYMS、UGT1A1、UMPS、VEGFA、VEGFB、VHL、XPC、XRCC1、NTRK1_fus、RET_fus、BCL2_fus、ALK_fus、ROS1_fus、BRAF_fus和FGFR1_fus。
6.根据权利要求3所述的基于二代测序的用于泛癌种检测或靶向用药的检测试剂盒，其特征在于，所述目标基因区域包括如下：NRAS、CTNNB1、PIK3CA、FBXW7、APC、EGFR、BRAF、CDKN2A、PTEN、FGFR2、HRAS、KRAS。
7.一种如权利要求1或2所述的基于二代测序的用于泛癌种靶向用药的检测Panel或如权利要求3至6中任一项所述的基于二代测序的用于泛癌种靶向用药的检测试剂盒在联合检测或靶向治疗泛癌种中的应用。
8.根据权利要求7所述的应用，其特征在于，所述泛癌种包括：肺癌、肠癌、胃癌、肝癌、乳腺癌和子宫内膜癌。
9.根据权利要求7所述的应用，其特征在于，所述联合检测包括多种突变类型的检测，所述多种突变类型包括：点突变、融合突变、拷贝数变异、缺失突变和插入突变。
Priority Applications (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| CN202010271407.3A CN111424087A (zh) | 2020-04-09 | 2020-04-09 | 基于二代测序的用于泛癌种检测或靶向用药的检测Panel、试剂盒及应用 |
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| CN202010271407.3A CN111424087A (zh) | 2020-04-09 | 2020-04-09 | 基于二代测序的用于泛癌种检测或靶向用药的检测Panel、试剂盒及应用 |
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| CN111424087A true CN111424087A (zh) | 2020-07-17 |
Family
ID=71555985
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| CN202010271407.3A Pending CN111424087A (zh) | 2020-04-09 | 2020-04-09 | 基于二代测序的用于泛癌种检测或靶向用药的检测Panel、试剂盒及应用 |
Country Status (1)
| Country | Link |
|---|---|
| CN (1) | CN111424087A (zh) |
Cited By (4)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN111979329A (zh) * | 2020-09-07 | 2020-11-24 | 复旦大学附属肿瘤医院 | 基于二代测序技术的泛癌检测panel及其应用 |
| CN113652484A (zh) * | 2021-08-03 | 2021-11-16 | 苏州京脉生物科技有限公司 | 测序panel的应用、试剂盒及测序文库的制备方法 |
| CN113817820A (zh) * | 2021-11-02 | 2021-12-21 | 江苏省人民医院（南京医科大学第一附属医院） | 一种评估西罗莫司药物代谢的引物组及试剂盒及评估方法 |
| CN116287266A (zh) * | 2023-03-07 | 2023-06-23 | 江苏先声医学诊断有限公司 | Dna复制晚期区域在泛癌种诊断中的应用 |
Citations (5)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN107949642A (zh) * | 2015-05-27 | 2018-04-20 | 奎斯特诊断投资股份有限公司 | 用于筛选实体瘤的组合物和方法 |
| CN109609647A (zh) * | 2019-01-25 | 2019-04-12 | 臻悦生物科技江苏有限公司 | 基于二代测序的用于泛癌种靶向、化疗及免疫用药的检测Panel、检测试剂盒及其应用 |
| WO2019108807A1 (en) * | 2017-12-01 | 2019-06-06 | Personal Genome Diagnositics Inc. | Process for microsatellite instability detection |
| CN110592213A (zh) * | 2019-09-02 | 2019-12-20 | 深圳市新合生物医疗科技有限公司 | 预测新抗原负荷和检测基因组突变的基因panel |
| CN110904235A (zh) * | 2019-12-20 | 2020-03-24 | 深圳市新合生物医疗科技有限公司 | 检测肿瘤靶向药物相关基因突变的基因panel、方法、应用和试剂盒 |
-
2020
- 2020-04-09 CN CN202010271407.3A patent/CN111424087A/zh active Pending
Patent Citations (5)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN107949642A (zh) * | 2015-05-27 | 2018-04-20 | 奎斯特诊断投资股份有限公司 | 用于筛选实体瘤的组合物和方法 |
| WO2019108807A1 (en) * | 2017-12-01 | 2019-06-06 | Personal Genome Diagnositics Inc. | Process for microsatellite instability detection |
| CN109609647A (zh) * | 2019-01-25 | 2019-04-12 | 臻悦生物科技江苏有限公司 | 基于二代测序的用于泛癌种靶向、化疗及免疫用药的检测Panel、检测试剂盒及其应用 |
| CN110592213A (zh) * | 2019-09-02 | 2019-12-20 | 深圳市新合生物医疗科技有限公司 | 预测新抗原负荷和检测基因组突变的基因panel |
| CN110904235A (zh) * | 2019-12-20 | 2020-03-24 | 深圳市新合生物医疗科技有限公司 | 检测肿瘤靶向药物相关基因突变的基因panel、方法、应用和试剂盒 |
Cited By (5)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN111979329A (zh) * | 2020-09-07 | 2020-11-24 | 复旦大学附属肿瘤医院 | 基于二代测序技术的泛癌检测panel及其应用 |
| CN113652484A (zh) * | 2021-08-03 | 2021-11-16 | 苏州京脉生物科技有限公司 | 测序panel的应用、试剂盒及测序文库的制备方法 |
| CN113817820A (zh) * | 2021-11-02 | 2021-12-21 | 江苏省人民医院（南京医科大学第一附属医院） | 一种评估西罗莫司药物代谢的引物组及试剂盒及评估方法 |
| CN113817820B (zh) * | 2021-11-02 | 2022-05-06 | 江苏省人民医院（南京医科大学第一附属医院） | 一种评估西罗莫司药物代谢的引物组及试剂盒及评估方法 |
| CN116287266A (zh) * | 2023-03-07 | 2023-06-23 | 江苏先声医学诊断有限公司 | Dna复制晚期区域在泛癌种诊断中的应用 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| CN109609647B (zh) | 基于二代测序的用于泛癌种靶向、化疗及免疫用药的检测Panel、检测试剂盒及其应用 | |
| CN111424087A (zh) | 基于二代测序的用于泛癌种检测或靶向用药的检测Panel、试剂盒及应用 | |
| CN108753967A (zh) | 一种用于肝癌检测的基因集及其panel检测设计方法 | |
| CN106591438B (zh) | 一种用于检测Her2基因的核酸组合、试剂盒及应用 | |
| CN112626213A (zh) | 基于二代测序技术的肝癌检测panel、试剂盒及其应用 | |
| CN111575380B (zh) | 多基因检测用的探针库、杂交试剂盒和多基因检测的方法 | |
| CN111996257A (zh) | 基于二代测序技术的胃癌检测panel及其应用 | |
| US20210095393A1 (en) | Method for preparing amplicon library for detecting low-frequency mutation of target gene | |
| CN110055331B (zh) | 一种用于膀胱癌辅助诊断或筛查的试剂盒及其应用 | |
| CN111979329A (zh) | 基于二代测序技术的泛癌检测panel及其应用 | |
| Gleeson et al. | Characterization of endoscopic ultrasound fine-needle aspiration cytology by targeted next-generation sequencing and theranostic potential | |
| CN113736878A (zh) | 一种神经系统肿瘤检测的基因panel、试剂盒及其应用 | |
| CN114480660A (zh) | 一种用于检测泛癌种的基因Panel、探针及应用 | |
| CN111690748A (zh) | 使用高通量测序检测微卫星不稳定的探针组、试剂盒及微卫星不稳定的检测方法 | |
| CN111154872A (zh) | 用于检测肺癌驱动性基因突变的探针及试剂盒 | |
| CN111690741A (zh) | 一种乳腺癌多基因筛选探针及其应用 | |
| Wang et al. | Universal and highly accurate detection of circulating tumor DNA mutation in non-small cell lung cancer based on CRISPR/Cas12a system | |
| CN109321654A (zh) | 用于多基因联合检测妇科肿瘤的引物组、试剂盒、文库及应用 | |
| CN116445621A (zh) | 同时检测肺癌和结直肠癌的dna和rna流程引物组和试剂盒 | |
| CN112251515B (zh) | 一种检测甲状腺癌靶向用药相关基因变异的引物及试剂盒 | |
| CN112266963B (zh) | 一种联合检测慢性粒细胞白血病检测试剂盒 | |
| CN114196740A (zh) | 用于同时识别多种基因类型的数字扩增检测方法、检测产品和检测试剂盒 | |
| CN106636442A (zh) | 一种人类肿瘤基因变异联合检测试剂盒 | |
| CN111172288A (zh) | 一种大肠癌多基因筛选探针及其应用 | |
| CN112029856A (zh) | 一种肺癌或结直肠癌突变基因检测引物组合物及其应用 |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| PB01 | Publication | ||
| PB01 | Publication | ||
| SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
| SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
| RJ01 | Rejection of invention patent application after publication | ||
| RJ01 | Rejection of invention patent application after publication |
Application publication date: 20200717 |