CN111918972A - 评估存在或不存在有复制能力的病毒的方法和试剂 - Google Patents
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Abstract
提供了检测含有用编码重组和/或异源分子例如异源基因产物的病毒载体颗粒转导的细胞的样品中的有复制能力的病毒例如有复制能力的逆转录病毒如γ逆转录病毒或慢病毒的方法。所述方法可以包括评估在逆转录病毒中表达但在所述病毒载体颗粒中不表达的一种或多种靶基因如病毒基因的转录。如果所述一种或多种靶基因的RNA的水平高于参考值，则有复制能力的逆转录病毒可以被确定为存在，所述参考值可以直接或间接地测量，包括从含有来自已知水平和/或等于或高于测定的检测极限的相应靶基因的RNA的阳性对照样品测量。
Description
相关申请的交叉引用
本申请要求2018年1月31日提交的标题为“评估存在或不存在有复制能力的病毒的方法和试剂(Methods and Reagents for Assessing the Presence or Absence ofReplication Competent Virus)”的美国临时专利申请号62/624,801的优先权，将其内容通过引用以其整体并入。
通过引用并入序列表
本申请是连同电子格式的序列表一起提交的。所述序列表作为2019年1月31日创建的标题为735042016040SeqList.txt的文件提供，其大小为46千字节。将电子格式的序列表中的信息通过引用以其整体并入。
技术领域
本公开文本涉及检测或确认不存在有复制能力的逆转录病毒的方法。所述方法可以包括评估一种或多种靶基因(如病毒基因，例如结构或包装基因)的DNA或RNA水平，来自所述基因的基因产物在某些被有复制能力的逆转录病毒(如γ逆转录病毒或慢病毒)感染的细胞中表达，但是在用于用异源核酸转导细胞的病毒载体中不存在，并且在不含有复制能力的逆转录病毒的细胞中不存在和/或表达或者预期不存在和/或表达。如果所述一种或多种靶基因的DNA或RNA水平高于参考值，则有复制能力的逆转录病毒可以被确定为存在，所述参考值可以直接或间接地例如从含有所述靶基因的阳性对照样品测量。
背景技术
逆转录病毒载体颗粒(如γ逆转录病毒和慢病毒载体颗粒)被用于各种临床应用中，包括用于将治疗性基因引入细胞和/或受试者中。将此类病毒载体颗粒工程化为复制缺陷的，然而，在许多情形中，可能需要或甚至必须验证在样品或组合物(如配制用于给予的治疗性或药物组合物)中不存在有复制能力的病毒(例如，如有复制能力的逆转录病毒(RCR)或有复制能力的慢病毒(RCL))。例如，在某些应用中，使用方法来验证或确认在用于产生病毒载体颗粒的细胞中在产生或加工步骤期间(如通过转移载体、包装组分和/或内源病毒成分之间的同源或非同源重组)没有产生有复制能力的病毒(例如，RCR和/或RCL)。多种方法可用于这样的确认和验证，如以验证在用于给予的经配制的治疗性组合物和/或药物产品(如工程化细胞)中和/或在来自受试者(例如，已经接受了含有用病毒载体颗粒转导的细胞的疗法的那些)的样品中不存在有复制能力的病毒，例如在产生和加工期间或之后。然而，现有方法可能过于耗时，和/或带来假阳性结果的风险。需要改进的方法来检测有复制能力的病毒，例如RCR和/或RCL。
发明内容
本文提供了一种用于检测病毒DNA的存在、不存在或量的方法，所述方法包括：(a)如果存在于生物样品中，在足以扩增一种或多种病毒DNA的条件下孵育包含以下的混合物：(i)来自所述生物样品的DNA、(ii)对病毒DNA的一个或多个序列具特异性的至少一种正向寡核苷酸引物和至少一种反向寡核苷酸引物、和(iii)DNA聚合酶；以及(b)检测所述经扩增的核酸的存在、不存在、量或浓度，其中所述病毒DNA包括env、gag、pol或rev基因的至少一部分，并且所述至少一种正向和反向寡核苷酸引物包含：
(i)对所述env基因具特异性的正向寡核苷酸引物，其包含与SEQ ID NO:4、35、50、51、54或64所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列；和对所述env基因具特异性的反向寡核苷酸引物，其包含与SEQ ID NO:5、36、52、53或55所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列；
(ii)对所述gag基因具特异性的正向寡核苷酸引物，其包含与SEQ ID NO:16、19或22所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列；和对所述gag基因具特异性的反向寡核苷酸引物，其包含与SEQ ID NO:17、20或23所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列；
(iii)对所述pol基因具特异性的正向寡核苷酸引物，其包含与SEQ ID NO:42、45或46所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列；和对所述pol基因具特异性的反向寡核苷酸引物，其包含与SEQ ID NO:43或47所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列；或者
(iv)对所述rev基因具特异性的正向寡核苷酸引物，其包含与SEQ ID NO:38所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列；和对所述rev基因具特异性的反向寡核苷酸引物，其包含与SEQ ID NO:39所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列。
在本文提供的任何实施方案中的一些中，在足以扩增所述病毒DNA的条件下的所述孵育是通过聚合酶链式反应(PCR)进行的。
本文提供了一种用于检测病毒DNA的存在、不存在或量的方法，所述方法包括：通过对分离自生物样品的DNA进行聚合酶链式反应(PCR)来评估病毒DNA在所述生物样品中的存在、不存在、量或浓度，所述PCR包含对所述病毒DNA具特异性的至少一种正向寡核苷酸引物和至少一种反向寡核苷酸引物，其中：所述病毒DNA包括env、gag、pol或rev基因的至少一部分，并且所述至少一种正向和反向寡核苷酸引物包含：
(i)对所述env基因具特异性的正向寡核苷酸引物，其包含与SEQ ID NO:4、35、50、51、54或64所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列；和对所述env基因具特异性的反向寡核苷酸引物，其包含与SEQ ID NO:5、36、52、53或55所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列；
(ii)对所述gag基因具特异性的正向寡核苷酸引物，其包含与SEQ ID NO:16、19或22所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列；和对所述gag基因具特异性的反向寡核苷酸引物，其包含与SEQ ID NO:17、20或23所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列；
(iii)对所述pol基因具特异性的正向寡核苷酸引物，其包含与SEQ ID NO:42、45或46所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列；和对所述pol基因具特异性的反向寡核苷酸引物，其包含与SEQ ID NO:43或47所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列；或者
(iv)对所述rev基因具特异性的正向寡核苷酸引物，其包含与SEQ ID NO:38所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列；和对所述rev基因具特异性的反向寡核苷酸引物，其包含与SEQ ID NO:39所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列。
在本文提供的任何实施方案中的一些中，所述PCR是定量PCR(qPCR)。在本文提供的任何实施方案中的一些中，所述qPCR还包括与对相应病毒基因具特异性的寡核苷酸探针一起孵育。
在本文提供的任何实施方案中的一些中，所述病毒DNA包括GaLV env基因的至少一部分，并且对所述env基因具特异性的所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:4所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列且对所述env基因具特异性的所述反向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:5所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列。在本文提供的任何实施方案中的一些中，所述寡核苷酸探针包含与SEQ ID NO:6所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列。在本文提供的任何实施方案中的一些中，所述寡核苷酸探针包含SEQ ID NO:6所示的序列。在本文提供的任何实施方案中的一些中，所述病毒DNA包括GaLV env基因的至少一部分；并且所述正向寡核苷酸引物包含SEQ ID NO:4所示的序列，且所述反向寡核苷酸引物具有SEQ ID NO:5所示的序列；并且所述寡核苷酸探针包含SEQ ID NO:6所示的序列。
在本文提供的任何实施方案中的一些中，所述病毒DNA包括VSV-G env基因的至少一部分，并且：(i)对所述env基因具特异性的所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:35所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列，且对所述env基因具特异性的所述反向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:36所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列；(ii)对所述env基因具特异性的所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:50所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列，且对所述env基因具特异性的所述反向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:52所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列；或者(iii)对所述env基因具特异性的所述正向寡核苷酸引物序列的至少90％同一性和/或至少15个连续核苷酸与SEQ ID NO:51所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸，且对所述env基因具特异性的所述反向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:53所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列。
在本文提供的任何实施方案中的一些中，所述寡核苷酸探针包含与SEQ ID NO:37或56所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列。在本文提供的任何实施方案中的一些中，所述寡核苷酸探针包含SEQ ID NO:37或56所示的序列。在本文提供的任何实施方案中的一些中：
(i)所述正向寡核苷酸引物包含SEQ ID NO:35所示的序列；所述反向寡核苷酸引物包含SEQ ID NO:36所示的序列；并且所述寡核苷酸探针包含SEQ ID NO:37所示的序列；
(ii)所述正向寡核苷酸引物包含SEQ ID NO:50所示的序列；所述反向寡核苷酸引物包含SEQ ID NO:52所示的序列；并且所述寡核苷酸探针包含SEQ ID NO:56所示的序列；或者
(iii)所述正向寡核苷酸引物包含SEQ ID NO:51所示的序列；所述反向寡核苷酸引物包含SEQ ID NO:53所示的序列；并且所述寡核苷酸探针包含SEQ ID NO:56所示的序列。
在本文提供的任何实施方案中的一些中，所述病毒DNA包括gag的至少一部分，并且：
(i)对所述gag基因具特异性的所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:16所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列，且对所述gag基因具特异性的所述反向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:17所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列；
(ii)对所述gag基因具特异性的所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:19所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列，且对所述gag基因具特异性的所述反向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:20所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列；或者
(iii)对所述gag基因具特异性的所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:22所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列，且对所述gag基因具特异性的所述反向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:23所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列。
在本文提供的任何实施方案中的一些中，所述寡核苷酸探针包含与SEQ ID NO:21或24所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列与所示的序列的同一性。在本文提供的任何实施方案中的一些中，所述寡核苷酸探针包含SEQID NO:21或24所示的序列。
在本文提供的任何实施方案中的一些中：(i)所述正向寡核苷酸引物包含SEQ IDNO:16所示的序列；所述反向寡核苷酸引物包含SEQ ID NO:17所示的序列；且所述寡核苷酸探针包含SEQ ID NO:21或24所示的序列；(ii)所述正向寡核苷酸引物包含SEQ ID NO:19所示的序列；所述反向寡核苷酸引物包含SEQ ID NO:20所示的序列；且所述寡核苷酸探针包含SEQ ID NO:21或24所示的序列；或者(iii)所述正向寡核苷酸引物包含SEQ ID NO:22所示的序列；所述反向寡核苷酸引物包含SEQ ID NO:23所示的序列；且所述寡核苷酸探针包含SEQ ID NO:21或24所示的序列。
在本文提供的任何实施方案中的一些中，所述正向和反向寡核苷酸引物包含对所述pol基因具特异性的正向寡核苷酸引物，其包含与SEQ ID NO:42、45或46所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列；和对所述pol基因具特异性的反向寡核苷酸引物，其包含与SEQ ID NO:43或47所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列。
在本文提供的任何实施方案中的一些中，(i)对所述pol基因具特异性的所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:42所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列，且对所述pol基因具特异性的所述反向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:43所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列；(ii)对所述pol基因具特异性的所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:46所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列，且对所述pol基因具特异性的所述反向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:43所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列；或者(iii)对所述pol基因具特异性的所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:46所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列，且对所述pol基因具特异性的所述反向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:47所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列。
在本文提供的任何实施方案中的一些中，所述寡核苷酸探针包含与SEQ ID NO:44所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核酸的序列。在本文提供的任何实施方案中的一些中，所述寡核苷酸探针包含SEQ ID NO:44所示的序列。在本文提供的任何实施方案中的一些中：(i)所述正向寡核苷酸引物包含SEQ ID NO:42所示的序列；所述反向寡核苷酸引物包含SEQ ID NO:43所示的序列；且所述寡核苷酸探针包含SEQID NO:44所示的序列；(ii)所述正向寡核苷酸引物包含SEQ ID NO:46所示的序列；所述反向寡核苷酸引物包含SEQ ID NO:43所示的序列；且所述寡核苷酸探针包含SEQ ID NO:44所示的序列；或者(iii)所述正向寡核苷酸引物包含SEQ ID NO:46所示的序列；所述反向寡核苷酸引物包含SEQ ID NO:47所示的序列；且所述寡核苷酸探针包含SEQ ID NO:44所示的序列。在本文提供的任何实施方案中的一些中，所述正向和反向寡核苷酸引物包含对所述rev基因具特异性的正向寡核苷酸引物，其包含与SEQ ID NO:38所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列；和对所述rev基因具特异性的反向寡核苷酸引物，其包含与SEQ ID NO:39所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列。
在本文提供的任何实施方案中的一些中，所述寡核苷酸探针包含与SEQ ID NO:40或63所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列。在本文提供的任何实施方案中的一些中，所述寡核苷酸探针包含SEQ ID NO:40或63所示的序列。在本文提供的任何实施方案中的一些中，所述正向寡核苷酸引物包含SEQ ID NO:46所示的序列；所述反向寡核苷酸引物包含SEQ ID NO:47所示的序列；并且所述寡核苷酸探针包含SEQ ID NO:44所示的序列。
在本文提供的任何实施方案中的一些中，所述正向和反向寡核苷酸引物包含对所述rev基因具特异性的正向寡核苷酸引物，其包含与SEQ ID NO:38所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列；对所述rev基因具特异性的反向寡核苷酸引物，其包含与SEQ ID NO:39所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列；和对所述rev基因具特异性的寡核苷酸探针，其包含与SEQ ID NO:40所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列。
在本文提供的任何实施方案中的一些中，病毒DNA的所述一个或多个序列包含两个或更多个病毒序列，其中所述两个或更多个病毒序列单独包括不同病毒基因的至少一部分。在本文提供的任何实施方案中的一些中，所述病毒DNA的所述两个或更多个序列包含病毒序列，其包括GaLV env基因和gag基因的至少一部分。在本文提供的任何实施方案中的一些中，所述病毒DNA的所述两个或更多个序列包含病毒序列，其包括VSV-G env基因和rev基因的至少一部分。在本文提供的任何实施方案中的一些中，所述病毒DNA的所述两个或更多个序列包含病毒序列，其包括VSV-G env基因和pol基因的至少一部分。在本文提供的任何实施方案中的一些中，所述病毒DNA在所述生物样品中的存在、量或浓度指示有复制能力的病毒在所述生物样品或所述生物样品衍生出的样品中的存在或不存在或者所述病毒在所述样品中的风险。
本文提供了一种用于检测病毒DNA的存在、不存在或量的方法，所述方法包括：(a)如果存在于生物样品中，在足以通过聚合酶链式反应(PCR)扩增一种或多种病毒DNA的条件下孵育包含以下的混合物：(i)来自含有通过用包含异源核酸的慢病毒载体转导至少一种细胞而引入的异源核酸的所述至少一种细胞的DNA、(ii)对病毒DNA的一个或多个序列具特异性的至少一种正向寡核苷酸引物和至少一种反向寡核苷酸引物、(iii)对所述病毒DNA具特异性的寡核苷酸探针、和(iv)DNA聚合酶；以及(b)检测所述经扩增的核酸的存在、不存在、量或浓度，其中所述病毒DNA包括env、gag、pol或rev基因的至少一部分，并且所述至少一种正向和反向寡核苷酸引物包含：(i)对所述VSV-G env基因具特异性的正向寡核苷酸引物，其包含与SEQ ID NO:35、50、51或54所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列；和对所述env基因具特异性的反向寡核苷酸引物，其包含与SEQ ID NO:36、52、53或55所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列；(ii)对所述pol基因具特异性的正向寡核苷酸引物，其包含与SEQ IDNO:42、45或46所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列；和对所述pol基因具特异性的反向寡核苷酸引物，其包含与SEQ ID NO:43或47所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列；(iii)对所述gag基因具特异性的正向寡核苷酸引物，其包含与SEQ ID NO:16、19或22所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列；和对所述gag基因具特异性的反向寡核苷酸引物，其包含与SEQ ID NO:17、20或23所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列；(iv)对所述rev基因具特异性的正向寡核苷酸引物，其包含与SEQ ID NO:38所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列；和对所述rev基因具特异性的反向寡核苷酸引物，其包含与SEQ ID NO:39所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列。
在任何此类实施方案中的一些中，所述PCR是定量PCR(qPCR)。在任何此类实施方案中的一些中，所述经扩增的核酸具有50至500个碱基对的长度。在任何此类实施方案中的一些中，所述经扩增的核酸具有100至500个碱基对的长度。在任何此类实施方案中的一些中，所述经扩增的核酸具有200至500个碱基对的长度。在任何此类实施方案中的一些中，所述经扩增的核酸具有300至500个碱基对的长度。在任何此类实施方案中的一些中，所述经扩增的核酸具有大于或大于约250个碱基对的长度。
在任何此类实施方案中的一些中，所述病毒DNA包括VSV-G env基因的至少一部分，并且(i)对所述env基因具特异性的所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:35所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列，且对所述env基因具特异性的所述反向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:36所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列；(ii)对所述env基因具特异性的所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:50所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列，且对所述env基因具特异性的所述反向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:52所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列；或者(iii)对所述env基因具特异性的所述正向寡核苷酸引物序列的至少90％同一性和/或至少15个连续核苷酸与SEQ ID NO:51所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸，且对所述env基因具特异性的所述反向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:53所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列。
在任何此类实施方案中的一些中，所述病毒DNA包括VSV-G env基因的至少一部分，并且所述寡核苷酸探针包含与SEQ ID NO:37或56所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列。在任何此类实施方案中的一些中，所述寡核苷酸探针包含SEQ ID NO:37或56所示的序列。
本文还提供了一种用于检测VSV-G env基因或其部分的方法，所述方法包括：(a)在足以通过聚合酶链式反应(PCR)扩增所述env基因的条件下孵育包含以下的混合物：(i)来自至少一种细胞的DNA，所述至少一种细胞含有通过用包含异源核酸的慢病毒载体转导所述至少一种细胞而引入的异源核酸；(ii)对所述VSV-g env基因具特异性的正向寡核苷酸引物和对所述VSV-g env基因具特异性的反向寡核苷酸引物，其中所述正向和反向寡核苷酸引物分别选自SEQ ID NO:35和SEQ ID NO:36所示的序列；分别选自SEQ ID NO:50和SEQ ID NO:52所示的序列；或分别选自SEQ ID NO:51和SEQ ID NO:53所示的序列；(iii)对所述VSV-g env基因具特异性的寡核苷酸探针，其包含SEQ ID NO:37所示的序列；和(iv)DNA聚合酶；以及(b)检测所述经扩增的核酸的存在、不存在、量或浓度。
在任何此类实施方案中的一些中，所述正向寡核苷酸引物如SEQ ID NO:35所示，并且所述反向寡核苷酸引物如SEQ ID NO:36所示。在任何此类实施方案中的一些中，所述正向寡核苷酸引物如SEQ ID NO:50所示，并且所述反向寡核苷酸引物如SEQ ID NO:52所示。在任何此类实施方案中的一些中，所述正向寡核苷酸引物如SEQ ID NO:51所示，并且所述反向寡核苷酸引物如SEQ ID NO:53所示。
在任何此类实施方案中的一些中，所述病毒DNA包括gag基因的至少一部分，并且(i)对所述gag基因具特异性的所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:16所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列，且对所述gag基因具特异性的所述反向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:17所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列；(ii)对所述gag基因具特异性的所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:19所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列，且对所述gag基因具特异性的所述反向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:20所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列；或者(iii)对所述gag基因具特异性的所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:22所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列，且对所述gag基因具特异性的所述反向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:23所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列。
在任何此类实施方案中的一些中，所述寡核苷酸探针包含与SEQ ID NO:21或24所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列。在任何此类实施方案中的一些中，所述寡核苷酸探针包含SEQ ID NO:21或24所示的序列。
本文还提供了一种用于检测gag基因或其部分的方法，所述方法包括：(a)在足以通过聚合酶链式反应(PCR)扩增所述gag基因的条件下孵育包含以下的混合物：(i)来自至少一种细胞的DNA，所述至少一种细胞含有通过用包含异源核酸的慢病毒载体转导所述至少一种细胞而引入的异源核酸；(ii)对所述gag基因具特异性的正向寡核苷酸引物和对所述gag基因具特异性的反向寡核苷酸引物，其中所述正向和反向寡核苷酸引物分别选自SEQID NO:16和SEQ ID NO:17所示的序列；分别选自SEQ ID NO:19和SEQ ID NO:20所示的序列；或分别选自SEQ ID NO:22和SEQ ID NO:23所示的序列；(iii)对所述gag基因具特异性的寡核苷酸探针，其包含SEQ ID NO:21或24所示的序列；和(iv)DNA聚合酶；以及(b)检测所述经扩增的核酸的存在、不存在、量或浓度。
在任何此类实施方案中的一些中，所述正向寡核苷酸引物如SEQ ID NO:16所示，并且所述反向寡核苷酸引物如SEQ ID NO:17所示。在任何此类实施方案中的一些中，所述正向寡核苷酸引物如SEQ ID NO:19所示，并且所述反向寡核苷酸引物如SEQ ID NO:20所示。在任何此类实施方案中的一些中，所述正向寡核苷酸引物如SEQ ID NO:22所示，并且所述反向寡核苷酸引物如SEQ ID NO:23所示。
在任何此类实施方案中的一些中，所述病毒DNA包括pol基因的至少一部分，并且(i)对所述pol基因具特异性的所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:42所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列，且对所述pol基因具特异性的所述反向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:43所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列；(ii)对所述pol基因具特异性的所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:46所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列，且对所述pol基因具特异性的所述反向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:43所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列；或者(iii)对所述pol基因具特异性的所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:46所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列，且对所述pol基因具特异性的所述反向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:47所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列。
在任何此类实施方案中的一些中，所述病毒DNA包括pol基因的至少一部分，并且对所述pol基因具特异性的所述寡核苷酸探针包含与SEQ ID NO:44、48或49所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列。
在任何此类实施方案中的一些中，所述寡核苷酸探针包含与SEQ ID NO:44所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核酸的序列。在任何此类实施方案中的一些中，所述寡核苷酸探针包含SEQ ID NO:44所示的序列。
本文还提供了一种用于检测pol基因或其部分的方法，所述方法包括：(a)在足以通过聚合酶链式反应(PCR)扩增所述pol基因的条件下孵育包含以下的混合物：(i)来自至少一种细胞的DNA，所述至少一种细胞含有通过用包含异源核酸的慢病毒载体转导所述至少一种细胞而引入的异源核酸；(ii)对所述pol基因具特异性的正向寡核苷酸引物和对所述pol基因具特异性的反向寡核苷酸引物，其中所述正向和反向寡核苷酸引物分别选自SEQID NO:42和SEQ ID NO:43所示的序列；分别选自SEQ ID NO:46和SEQ ID NO:43所示的序列；或分别选自SEQ ID NO:46和SEQ ID NO:47所示的序列；(iii)对所述pol基因具特异性的寡核苷酸探针，其包含SEQ ID NO:44所示的序列；和(iv)DNA聚合酶；以及(b)检测所述经扩增的核酸的存在、不存在、量或浓度。
在任何此类实施方案中的一些中，所述正向寡核苷酸引物如SEQ ID NO:42所示，并且所述反向寡核苷酸引物如SEQ ID NO:43所示。在任何此类实施方案中的一些中，所述正向寡核苷酸引物如SEQ ID NO:46所示，并且所述反向寡核苷酸引物如SEQ ID NO:43所示。在任何此类实施方案中的一些中，所述正向寡核苷酸引物如SEQ ID NO:46所示，并且所述反向寡核苷酸引物如SEQ ID NO:47所示。
在任何此类实施方案中的一些中，所述病毒DNA包括rev基因的至少一部分，并且对所述rev基因具特异性的所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:38所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列且对所述rev基因具特异性的所述反向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:39所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列。在任何此类实施方案中的一些中，所述病毒DNA包括rev基因的至少一部分，并且对所述rev基因具特异性的所述寡核苷酸探针包含与SEQID NO:40或63所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列。在任何此类实施方案中的一些中，所述寡核苷酸探针包含SEQ ID NO:40或63所示的序列。
本文还提供了一种用于检测rev基因或其部分的方法，所述方法包括：(a)在足以通过聚合酶链式反应(PCR)扩增所述rev基因的条件下孵育包含以下的混合物：(i)来自至少一种细胞的DNA，所述至少一种细胞含有通过用包含异源核酸的慢病毒载体转导所述至少一种细胞而引入的异源核酸；(ii)对所述rev基因具特异性的正向寡核苷酸引物和对所述rev基因具特异性的反向寡核苷酸引物，其中所述正向和反向寡核苷酸引物分别选自SEQID NO:38和SEQ ID NO:39所示的序列；(iii)对所述rev基因具特异性的寡核苷酸探针，其包含SEQ ID NO:40或63所示的序列；和(iv)DNA聚合酶；以及(b)检测所述经扩增的核酸的存在、不存在、量或浓度。
在任何此类实施方案中的一些中，所述正向寡核苷酸引物如SEQ ID NO:38所示，并且所述反向寡核苷酸引物如SEQ ID NO:43所示。
在任何此类实施方案中的一些中，病毒DNA的所述一个或多个序列包含两个或更多个病毒序列，其中所述两个或更多个病毒序列单独包括不同病毒基因的至少一部分。在任何此类实施方案中的一些中，所述病毒DNA的所述两个或更多个序列包含病毒序列，其包括VSV-G env基因和rev基因的至少一部分。在任何此类实施方案中的一些中，所述病毒DNA的所述两个或更多个序列包含病毒序列，其包括VSV-G env基因和pol基因的至少一部分。在任何此类实施方案中的一些中，所述病毒DNA的所述两个或更多个序列包含病毒序列，其包括VSV-G env基因和pol基因的至少一部分。
在任何此类实施方案中的一些中，对所述pol基因具特异性的所述正向寡核苷酸引物和对所述pol基因具特异性的反向寡核苷酸引物分别选自SEQ ID NO:42和SEQ ID NO:43所示的序列；分别选自SEQ ID NO:46和SEQ ID NO:43所示的序列；或分别选自SEQ IDNO:46和SEQ ID NO:47所示的序列；并且对所述pol基因具特异性的所述寡核苷酸探针如SEQ ID NO:44所示。在任何此类实施方案中的一些中，所述正向寡核苷酸引物如SEQ IDNO:42所示，并且所述反向寡核苷酸引物如SEQ ID NO:43所示。在任何此类实施方案中的一些中，所述正向寡核苷酸引物如SEQ ID NO:46所示，并且所述反向寡核苷酸引物如SEQ IDNO:43所示。在任何此类实施方案中的一些中，所述正向寡核苷酸引物如SEQ ID NO:46所示，并且所述反向寡核苷酸引物如SEQ ID NO:47所示。
在任何此类实施方案中的一些中，对所述VSV-g env基因具特异性的所述正向寡核苷酸引物和对所述VSV-g env基因具特异性的所述反向寡核苷酸引物分别选自SEQ IDNO:35和SEQ ID NO:36所示的序列；分别选自SEQ ID NO:50和SEQ ID NO:52所示的序列；或分别选自SEQ ID NO:51和SEQ ID NO:53所示的序列；并且对所述VSV-g env基因具特异性的所述寡核苷酸探针如SEQ ID NO:37所示。在任何此类实施方案中的一些中，所述正向寡核苷酸引物如SEQ ID NO:35所示，并且所述反向寡核苷酸引物如SEQ ID NO:36所示。在任何此类实施方案中的一些中，所述正向寡核苷酸引物如SEQ ID NO:50所示，并且所述反向寡核苷酸引物如SEQ ID NO:52所示。在任何此类实施方案中的一些中，所述正向寡核苷酸引物如SEQ ID NO:51所示，并且所述反向寡核苷酸引物如SEQ ID NO:53所示。
在本文提供的任何实施方案中的一些中，将所述病毒DNA在所述生物样品中的存在、量或浓度与所述病毒DNA在对照样品中的存在、量或浓度进行比较。在本文提供的任何实施方案中的一些中，所述对照样品衍生自用对病毒载体DNA序列具特异性的引物进行的PCR反应，其中所述病毒DNA不包含所述病毒载体DNA序列。在本文提供的任何实施方案中的一些中，病毒载体DNA的存在、量或浓度指示所述生物样品包含残留的病毒载体DNA。在本文提供的任何实施方案中的一些中，不存在所述病毒DNA和/或不存在可检测水平的所述病毒DNA指示在所述生物样品或所述生物样品衍生出的样品中不存在有复制能力的病毒。
本文提供了一种用于检测病毒RNA的存在、不存在或量的方法，所述方法包括：(a)如果存在于生物样品中，在足以从所述病毒RNA扩增核酸的条件下孵育包含以下的混合物：(i)来自所述生物样品的cDNA或DNA转录的RNA、(ii)对病毒RNA的一个或多个序列具特异性的至少一种正向寡核苷酸引物和至少一种反向寡核苷酸、和(iii)聚合酶；以及(b)检测所述经扩增的核酸的存在、不存在、量或浓度，其中：所述病毒RNA包括env或pol基因的至少一部分，并且所述至少一种正向和反向寡核苷酸引物包含：
(i)对所述env基因具特异性的正向寡核苷酸引物，其与SEQ ID NO:50、51、54或64所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸；和对所述env基因具特异性的反向寡核苷酸引物，其与SEQ ID NO:52、53或55所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸；或者
(ii)对所述pol基因具特异性的正向寡核苷酸引物，其与SEQ ID NO:42、45或46所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸；和对所述pol基因具特异性的反向寡核苷酸引物，其与SEQ ID NO:43或47所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸。
本文提供了一种用于检测病毒RNA的存在、不存在或量的方法，所述方法包括：(a)如果存在于生物样品中，在足以从所述病毒RNA扩增核酸的条件下孵育包含以下的混合物：(i)来自所述生物样品的RNA或DNA转录的RNA、(ii)对病毒RNA的一个或多个序列具特异性的至少一种正向寡核苷酸引物和至少一种反向寡核苷酸引物、(iii)逆转录酶、和(iv)聚合酶；以及(b)检测所述经扩增的核酸的存在、不存在、量或浓度，其中：所述病毒RNA包括env或pol基因的至少一部分，并且所述至少一种正向和反向寡核苷酸引物包含：
(i)对所述env基因具特异性的正向寡核苷酸引物，其与SEQ ID NO:50、51、54或64所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸；和对所述env基因具特异性的反向寡核苷酸引物，其与SEQ ID NO:52、53或55所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸；或者
(ii)对所述pol基因具特异性的正向寡核苷酸引物，其与SEQ ID NO:42、45或46所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸；和对所述pol基因具特异性的反向寡核苷酸引物，其与SEQ ID NO:43或47所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸。
在本文提供的任何实施方案中的一些中，在足以扩增所述病毒RNA的条件下的所述孵育是通过聚合酶链式反应(PCR)进行的。
在本文提供的任何实施方案中的一些中，所述PCR是逆转录酶PCR。本文提供了一种用于检测病毒RNA的存在、不存在或量的方法，所述方法包括：通过对分离自生物样品的RNA或从RNA转录的cDNA进行逆转录酶聚合酶链式反应(PCR)来评估病毒RNA在所述生物样品中的存在、不存在、量或浓度，所述逆转录酶PCR包含对所述病毒RNA具特异性的至少一种正向寡核苷酸引物和至少一种反向寡核苷酸引物，其中：所述病毒RNA包括env或pol基因的至少一部分，并且所述至少一种正向和所述至少一种反向寡核苷酸引物包含：(i)对所述env基因具特异性的正向寡核苷酸引物，其与SEQ ID NO:50、51、54或64所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸；和对所述env基因具特异性的反向寡核苷酸引物，其与SEQ ID NO:52、53或55所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸；或者(ii)对所述pol基因具特异性的正向寡核苷酸引物，其与SEQ ID NO:42、45或46所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸；和对所述pol基因具特异性的反向寡核苷酸引物，其与SEQ ID NO:43或47所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸。
在本文提供的任何实施方案中的一些中，所述逆转录酶PCR是定量PCR(qPCR)。在本文提供的任何实施方案中的一些中，所述逆转录酶qPCR还包括与对相应病毒基因具特异性的寡核苷酸探针一起孵育。在本文提供的任何实施方案中的一些中，所述病毒RNA包括VSV-G env的至少一部分，并且：
(i)对所述env基因具特异性的所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:50所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列，且对所述env基因具特异性的所述反向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:52所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列；或者
(ii)对所述env基因具特异性的所述正向寡核苷酸引物序列的至少90％同一性和/或至少15个连续核苷酸与SEQ ID NO:51所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸，且对所述env基因具特异性的所述反向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:53所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列。
在本文提供的任何实施方案中的一些中，所述寡核苷酸探针包含与SEQ ID NO:56所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列。在本文提供的任何实施方案中的一些中，所述寡核苷酸探针包含SEQ ID NO:56所示的序列。
在本文提供的任何实施方案中的一些中：(i)所述正向寡核苷酸引物包含SEQ IDNO:35所示的序列；所述反向寡核苷酸引物包含SEQ ID NO:36所示的序列；且所述寡核苷酸探针包含SEQ ID NO:37所示的序列；(ii)所述正向寡核苷酸引物包含SEQ ID NO:50所示的序列；所述反向寡核苷酸引物包含SEQ ID NO:52所示的序列；且所述寡核苷酸探针包含SEQID NO:56所示的序列；或者(iii)所述正向寡核苷酸引物包含SEQ ID NO:51所示的序列；所述反向寡核苷酸引物包含SEQ ID NO:53所示的序列；且所述寡核苷酸探针包含SEQ ID NO:56所示的序列。
在本文提供的任何实施方案中的一些中：
(i)对所述pol基因具特异性的所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:42所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列，且对所述pol基因具特异性的所述反向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:43所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列；
(ii)对所述pol基因具特异性的所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:46所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列，且对所述pol基因具特异性的所述反向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:43所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列；或者
(iii)对所述pol基因具特异性的所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:46所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列，且对所述pol基因具特异性的所述反向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:47所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列。
在本文提供的任何实施方案中的一些中：
(i)对所述pol基因具特异性的所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:42所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列，且对所述pol基因具特异性的所述反向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:43所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列；
(ii)对所述pol基因具特异性的所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:46所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列，且对所述pol基因具特异性的所述反向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:43所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列；或者
(iii)对所述pol基因具特异性的所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:46所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列，且对所述pol基因具特异性的所述反向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:47所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列。
在本文提供的任何实施方案中的一些中，所述寡核苷酸探针包含与SEQ ID NO:44所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列。在本文提供的任何实施方案中的一些中，所述寡核苷酸探针包含SEQ ID NO:44所示的序列。
在本文提供的任何实施方案中的一些中：(i)所述正向寡核苷酸引物包含SEQ IDNO:42所示的序列；所述反向寡核苷酸引物包含SEQ ID NO:43所示的序列；且所述寡核苷酸探针包含SEQ ID NO:44所示的序列；(ii)所述正向寡核苷酸引物包含SEQ ID NO:46所示的序列；所述反向寡核苷酸引物包含SEQ ID NO:43所示的序列；且所述寡核苷酸探针包含SEQID NO:44所示的序列；或者(iii)所述正向寡核苷酸引物包含SEQ ID NO:46所示的序列；所述反向寡核苷酸引物包含SEQ ID NO:47所示的序列；且所述寡核苷酸探针包含SEQ ID NO:44所示的序列。
在本文提供的任何实施方案中的一些中，所述病毒RNA在所述生物样品中的存在、量或浓度指示有复制能力的病毒在所述生物样品或所述生物样品衍生出的样品中的存在或不存在或者所述病毒在所述样品中的风险。在本文提供的任何实施方案中的一些中，将所述病毒RNA在所述生物样品中的存在、量或浓度与所述病毒RNA在对照样品中的存在、量或浓度进行比较。在本文提供的任何实施方案中的一些中，所述对照样品衍生自用对病毒载体RNA序列具特异性的引物进行的PCR反应，其中所述病毒RNA不包含所述病毒载体RNA序列。
在本文提供的任何实施方案中的一些中，病毒载体RNA的存在、量或浓度指示所述生物样品包含残留的病毒载体RNA。在本文提供的任何实施方案中的一些中，所述病毒RNA在所述生物样品中不存在指示在所述生物样品或所述生物样品衍生出的样品中不存在有复制能力的病毒。在本文提供的任何实施方案中的一些中，将所述病毒RNA在所述生物样品中的存在、量或浓度与对照逆转录酶PCR反应进行比较，其中所述对照逆转录酶PCR反应不包含逆转录酶。在本文提供的任何实施方案中的一些中，病毒载体RNA在所述对照逆转录酶PCR反应中的存在、量或浓度指示所述生物样品包含残留的病毒载体RNA或DNA。
在本文提供的任何实施方案中的一些中，病毒RNA的所述一个或多个序列包含两个或更多个病毒序列，其中所述两个或更多个病毒序列包括病毒基因的至少一部分。在本文提供的任何实施方案中的一些中，所述病毒RNA的所述两个或更多个序列包含病毒序列，其包括VSV-G env基因和pol基因的至少一部分。
在本文提供的任何实施方案中的一些中，所述生物样品包含至少一种细胞，所述至少一种细胞含有异源核酸和/或编码异源蛋白质的核酸。在本文提供的任何实施方案中的一些中，所述至少一种细胞包含多个细胞，并且：所述多个细胞和/或所述生物样品包含悬浮细胞；所述多个细胞和/或所述生物样品包含白细胞；和/或所述多个细胞和/或所述生物样品包含T细胞或NK细胞。
本文提供的任何实施方案中的一些包括评估编码对照基因的DNA或RNA在所述生物样品中的存在、量或浓度，任选地其中所述对照基因是或包含β-肌动蛋白。在本文提供的任何实施方案中的一些中，使用对所述对照基因的序列具特异性的一种或多种寡核苷酸引物来评估编码所述对照基因的DNA或RNA的存在、量或浓度。
在本文提供的任何实施方案中的一些中，所述一种或多种寡核苷酸引物单独包含SEQ ID NO:1或2或者8-15之一所示的一个或多个序列。在本文提供的任何实施方案中的一些中，使用对所述对照基因的序列具特异性的寡核苷酸探针、任选地水解探针来评估编码所述对照基因的DNA或RNA的存在、量或浓度。在本文提供的任何实施方案中的一些中，对所述对照基因的序列具特异性的所述探针包含SEQ ID NO:3、9、12或15所示的序列。本文提供了一种引物，其包含SEQ ID NO:42、43、45-47、50-55、57-58、61或64中任一个所示的核酸序列。在本文提供的任何实施方案中的一些中，所述引物或探针包含荧光部分或标记。
本文提供了一种寡核苷酸探针、任选地水解探针，其包含SEQ ID NO:44、48、49、56、59、62或63中任一个所示的序列。在所提供的任何实施方案中的一些中，所述寡核苷酸探针还包含可检测标记。在本文提供的任何实施方案中的一些中，所述可检测标记包含荧光染料和淬灭剂。本文提供了一种试剂盒，其包含根据实施方案68或69所述的一种或多种引物和/或本文提供的任何实施方案的寡核苷酸探针。在所提供的任何实施方案中的一些中，所述试剂盒包含无核酸酶水、逆转录酶、聚合酶、三磷酸脱氧核苷酸、缓冲液、RNA酶和DNA酶中的一种或多种。
本文提供了一种试剂盒，其包含：对至少一种病毒DNA具特异性的至少一种正向寡核苷酸引物和至少一种反向寡核苷酸引物：
(i)对所述env基因具特异性的正向寡核苷酸引物，其与SEQ ID NO:4、35、50、51、54或64所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸；和对所述env基因具特异性的反向寡核苷酸引物，其与SEQ ID NO:5、36、52、53或55所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸；
(ii)对所述gag基因具特异性的正向寡核苷酸引物，其与SEQ ID NO:16、19或22所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸；和对所述gag基因具特异性的反向寡核苷酸引物，其与SEQ ID NO:17、20或23所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸；
(iii)对所述pol基因具特异性的正向寡核苷酸引物，其与SEQ ID NO:42、45或46所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸；和对所述pol基因具特异性的反向寡核苷酸引物，其与SEQ ID NO:43或47所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸；和/或
(iv)对所述rev基因具特异性的正向寡核苷酸引物，其与SEQ ID NO:38所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸；和对所述rev基因具特异性的反向寡核苷酸引物，其与SEQ ID NO:39所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸。
在所提供的任何实施方案中的一些中，根据实施方案75所述的试剂盒还包含对所述至少一种病毒基因具特异性的至少一种寡核苷酸探针，所述至少一种病毒基因特定于所述至少一种正向和反向寡核苷酸引物。
在本文提供的任何实施方案中的一些中，所述至少一种病毒核酸包括GaLV env基因的至少一部分，并且对所述env基因具特异性的所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ IDNO:4所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列且对所述env基因具特异性的所述反向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:5所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列。在本文提供的任何实施方案中的一些中，所述寡核苷酸探针包含与SEQ ID NO:6所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列。在本文提供的任何实施方案中的一些中，所述寡核苷酸探针包含SEQ ID NO:6所示的序列。在本文提供的任何实施方案中的一些中，至少一种病毒核酸包括GaLV env基因的至少一部分；并且所述正向寡核苷酸引物包含SEQ ID NO:4所示的序列，所述反向寡核苷酸引物具有SEQ ID NO:5所示的序列，且所述寡核苷酸探针包含SEQ ID NO:6所示的序列。
在本文提供的任何实施方案中的一些中，至少一种病毒核酸包括VSV-G env基因的至少一部分，并且：(i)对所述env基因具特异性的所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ IDNO:35所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列，且对所述env基因具特异性的所述反向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:36所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列；(ii)对所述env基因具特异性的所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:50所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列，且对所述env基因具特异性的所述反向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:52所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列；或者(iii)对所述env基因具特异性的所述正向寡核苷酸引物序列的至少90％同一性和/或至少15个连续核苷酸与SEQ ID NO:51所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸，且对所述env基因具特异性的所述反向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:53所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列。
在本文提供的任何实施方案中的一些中，所述寡核苷酸探针包含与SEQ ID NO:37或56所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列。在本文提供的任何实施方案中的一些中，所述寡核苷酸探针包含SEQ ID NO:37或56所示的序列。
在本文提供的任何实施方案中的一些中，所述试剂盒包含(i)所述正向寡核苷酸引物包含SEQ ID NO:35所示的序列；所述反向寡核苷酸引物包含SEQ ID NO:36所示的序列；且所述寡核苷酸探针包含SEQ ID NO:37所示的序列；(ii)所述正向寡核苷酸引物包含SEQ ID NO:50所示的序列；所述反向寡核苷酸引物包含SEQ ID NO:52所示的序列；且所述寡核苷酸探针包含SEQ ID NO:56所示的序列；或者(iii)所述正向寡核苷酸引物包含SEQID NO:51所示的序列；所述反向寡核苷酸引物包含SEQ ID NO:53所示的序列；且所述寡核苷酸探针包含SEQ ID NO:56所示的序列。
在所提供的一些实施方案中，所述病毒核酸包括所述gag基因的至少一部分，其中：(i)对所述gag基因具特异性的所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:16所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列，且对所述gag基因具特异性的所述反向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:17所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列；(ii)对所述gag基因具特异性的所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:19所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列，且对所述gag基因具特异性的所述反向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:20所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列；或者(iii)对所述gag基因具特异性的所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:22所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列，且对所述gag基因具特异性的所述反向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:23所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列。在本文提供的任何实施方案中的一些中，所述寡核苷酸探针包含与SEQ ID NO:21或24所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列与所示的序列的同一性。在本文提供的任何实施方案中的一些中，所述寡核苷酸探针包含SEQ ID NO:21或24所示的序列。
在本文提供的任何实施方案中的一些中：所述试剂盒包含(i)所述正向寡核苷酸引物包含SEQ ID NO:16所示的序列；所述反向寡核苷酸引物包含SEQ ID NO:17所示的序列；且所述寡核苷酸探针包含SEQ ID NO:21或24所示的序列；(ii)所述正向寡核苷酸引物包含SEQ ID NO:19所示的序列；所述反向寡核苷酸引物包含SEQ ID NO:20所示的序列；且所述寡核苷酸探针包含SEQ ID NO:21或24所示的序列；或者(iii)所述正向寡核苷酸引物包含SEQ ID NO:22所示的序列；所述反向寡核苷酸引物包含SEQ ID NO:23所示的序列；且所述寡核苷酸探针包含SEQ ID NO:21或24所示的序列。
在一些实施方案中，所述至少一种正向和至少一种反向寡核苷酸引物包含对所述pol基因具特异性的正向寡核苷酸引物，其包含与SEQ ID NO:42、45或46所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列；和对所述pol基因具特异性的反向寡核苷酸引物，其包含与SEQ ID NO:43或47所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列。
在本文提供的任何实施方案中的一些中，所述试剂盒包含：(i)对所述pol基因具特异性的所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:42所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列，且对所述pol基因具特异性的所述反向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:43所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列；(ii)对所述pol基因具特异性的所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:46所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列，且对所述pol基因具特异性的所述反向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:43所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列；或者(iii)对所述pol基因具特异性的所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:46所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列，且对所述pol基因具特异性的所述反向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:47所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列。在本文提供的任何实施方案中的一些中，所述寡核苷酸探针包含与SEQ ID NO:44所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核酸的序列。在本文提供的任何实施方案中的一些中，所述寡核苷酸探针包含SEQ ID NO:44所示的序列。
在本文提供的任何实施方案中的一些中：(i)所述正向寡核苷酸引物包含SEQ IDNO:42所示的序列；所述反向寡核苷酸引物包含SEQ ID NO:43所示的序列；且所述寡核苷酸探针包含SEQ ID NO:44所示的序列；(ii)所述正向寡核苷酸引物包含SEQ ID NO:46所示的序列；所述反向寡核苷酸引物包含SEQ ID NO:43所示的序列；且所述寡核苷酸探针包含SEQID NO:44所示的序列；或者(iii)所述正向寡核苷酸引物包含SEQ ID NO:46所示的序列；所述反向寡核苷酸引物包含SEQ ID NO:47所示的序列；且所述寡核苷酸探针包含SEQ ID NO:44所示的序列。
在本文提供的任何实施方案中的一些中，所述正向和反向寡核苷酸引物包含对所述rev基因具特异性的正向寡核苷酸引物，其包含与SEQ ID NO:38所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列；和对所述rev基因具特异性的反向寡核苷酸引物，其包含与SEQ ID NO:39所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列。在本文提供的任何实施方案中的一些中，所述寡核苷酸探针包含与SEQ ID NO:40或63所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列。在本文提供的任何实施方案中的一些中，所述寡核苷酸探针包含SEQ ID NO:40或63所示的序列。
在本文提供的任何实施方案中的一些中，所述正向寡核苷酸引物包含SEQ ID NO:46所示的序列；所述反向寡核苷酸引物包含SEQ ID NO:47所示的序列；并且所述寡核苷酸探针包含SEQ ID NO:44所示的序列。在本文提供的任何实施方案中的一些中，至少一种引物或探针包含可检测标记。在本文提供的任何实施方案中的一些中，所述可检测标记包含荧光部分、标记或染料。在本文提供的任何实施方案中的一些中，所述可检测标记包含荧光部分、标记或染料和淬灭剂。在本文提供的一些实施方案中，所述试剂盒包含无核酸酶水、聚合酶、三磷酸脱氧核苷酸和缓冲液中的一种或多种。在本文提供的一些实施方案中，所述试剂盒包含逆转录酶。
本文提供了一种制品，其包含本文提供的任何实施方案的试剂盒和使用说明，其中所述说明规定通过对分离自生物样品的核酸进行聚合酶链式反应(PCR)来评估病毒核酸在所述样品中的存在、不存在、量或浓度。在本文提供的任何实施方案中的一些中，所述病毒核酸是病毒DNA。在本文提供的任何实施方案中的一些中，所述PCR是定量PCR(qPCR)。在本文提供的任何实施方案中的一些中，所述病毒核酸是病毒DNA。在本文提供的任何实施方案中的一些中，所述病毒核酸是病毒RNA。
在本文提供的任何实施方案中的一些中，所述PCR是逆转录酶PCR。本文提供了一种试剂盒，其包含：对至少一种病毒RNA具特异性的至少一种正向寡核苷酸引物和至少一种反向寡核苷酸引物：(i)对所述env基因具特异性的正向寡核苷酸引物，其与SEQ ID NO:50、51、54或64所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸；和对所述env基因具特异性的反向寡核苷酸引物，其与SEQ ID NO:52、53或55所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸；(ii)对所述pol基因具特异性的正向寡核苷酸引物，其与SEQ ID NO:42、45或46所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸；和对所述pol基因具特异性的反向寡核苷酸引物，其与SEQ ID NO:43或47所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸。
在一些实施方案中，所述试剂盒还包含对所述至少一种病毒基因具特异性的至少一种寡核苷酸探针，所述至少一种病毒基因特定于所述至少一种正向寡核苷酸引物和反向寡核苷酸引物。在本文提供的任何实施方案中的一些中，所述至少一种病毒RNA酸包括GaLVenv基因的至少一部分，并且对所述env基因具特异性的所述正向寡核苷酸引物包含与SEQID NO:4所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列且对所述env基因具特异性的所述反向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:5所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列。在本文提供的任何实施方案中的一些中，所述寡核苷酸探针包含与SEQ ID NO:6所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列。在本文提供的任何实施方案中的一些中，所述寡核苷酸探针包含SEQ ID NO:6所示的序列。
在本文提供的任何实施方案中的一些中：所述至少一种病毒RNA包括GaLV env基因的至少一部分；并且所述正向寡核苷酸引物包含SEQ ID NO:4所示的序列，所述反向寡核苷酸引物具有SEQ ID NO:5所示的序列；并且所述寡核苷酸探针包含SEQ ID NO:6所示的序列。
在本文提供的任何实施方案中的一些中，所述至少一种病毒RNA包括VSV-G env基因的至少一部分，并且：(i)对所述env基因具特异性的所述正向寡核苷酸引物包含与SEQID NO:35所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列，且对所述env基因具特异性的所述反向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:36所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列；(ii)对所述env基因具特异性的所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:50所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列，且对所述env基因具特异性的所述反向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:52所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列；或者(iii)对所述env基因具特异性的所述正向寡核苷酸引物序列的至少90％同一性和/或至少15个连续核苷酸与SEQ ID NO:51所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸，且对所述env基因具特异性的所述反向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:53所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列。
在本文提供的任何实施方案中的一些中，所述寡核苷酸探针包含与SEQ ID NO:37或56所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列。在本文提供的任何实施方案中的一些中，所述寡核苷酸探针包含SEQ ID NO:37或56所示的序列。
在本文提供的任何实施方案中的一些中，其中(i)所述正向寡核苷酸引物包含SEQID NO:35所示的序列；所述反向寡核苷酸引物包含SEQ ID NO:36所示的序列；且所述寡核苷酸探针包含SEQ ID NO:37所示的序列；(ii)所述正向寡核苷酸引物包含SEQ ID NO:50所示的序列；所述反向寡核苷酸引物包含SEQ ID NO:52所示的序列；且所述寡核苷酸探针包含SEQ ID NO:56所示的序列；或者(iii)所述正向寡核苷酸引物包含SEQ ID NO:51所示的序列；所述反向寡核苷酸引物包含SEQ ID NO:53所示的序列；且所述寡核苷酸探针包含SEQID NO:56所示的序列。
在本文提供的任何实施方案中的一些中，所述至少一种正向寡核苷酸引物和至少一种反向寡核苷酸引物包含对所述pol基因具特异性的正向寡核苷酸引物，其包含与SEQID NO:42、45或46所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列；和对所述pol基因具特异性的反向寡核苷酸引物，其包含与SEQ ID NO:43或47所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列。
在本文提供的任何实施方案中的一些中：(i)对所述pol基因具特异性的所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:42所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列，且对所述pol基因具特异性的所述反向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:43所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列；(ii)对所述pol基因具特异性的所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:46所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列，且对所述pol基因具特异性的所述反向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:43所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列；或者(iii)对所述pol基因具特异性的所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:46所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列，且对所述pol基因具特异性的所述反向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:47所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列。
在本文提供的任何实施方案中的一些中，所述寡核苷酸探针包含与SEQ ID NO:44所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核酸的序列。在本文提供的任何实施方案中的一些中，所述寡核苷酸探针包含SEQ ID NO:44所示的序列。在本文提供的任何实施方案中的一些中：(i)所述正向寡核苷酸引物包含SEQ ID NO:42所示的序列；所述反向寡核苷酸引物包含SEQ ID NO:43所示的序列；且所述寡核苷酸探针包含SEQID NO:44所示的序列；(ii)所述正向寡核苷酸引物包含SEQ ID NO:46所示的序列；所述反向寡核苷酸引物包含SEQ ID NO:43所示的序列；且所述寡核苷酸探针包含SEQ ID NO:44所示的序列；或者(iii)所述正向寡核苷酸引物包含SEQ ID NO:46所示的序列；所述反向寡核苷酸引物包含SEQ ID NO:47所示的序列；且所述寡核苷酸探针包含SEQ ID NO:44所示的序列。
在本文提供的任何实施方案中的一些中，至少一种引物或探针包含可检测标记。在本文提供的任何实施方案中的一些中，所述可检测标记包含荧光部分、标记或染料。在本文提供的任何实施方案中的一些中，所述可检测标记包含荧光部分、标记或染料和淬灭剂。在本文提供的任何实施方案中的一些中，所述试剂盒包含无核酸酶水、聚合酶、三磷酸脱氧核苷酸和缓冲液中的一种或多种。在本文提供的任何实施方案中的一些中，所述试剂盒包含逆转录酶。
本文提供了制品，其包含本文提供的任何实施方案的试剂盒和使用说明，其中所述说明规定通过对分离自生物样品的核酸进行聚合酶链式反应(PCR)来评估病毒RNA在所述样品中的存在、不存在、量或浓度。在一些实施方案中，所述PCR是逆转录酶PCR。
具体实施方式
本文提供了用于检测核酸(例如，原病毒DNA或病毒RNA)的存在、不存在、量和/或浓度的方法和组合物，所述核酸含有源自病毒和/或本质上是病毒的序列。在一些实施方案中，病毒RNA或原病毒DNA含有来自或源自样品或组合物(如含有经转导细胞的治疗性细胞组合物)中的有复制能力的逆转录病毒(例如，有复制能力的γ逆转录病毒或慢病毒)的一个或多个核酸序列。在特定实施方案中，所述方法包括如下一个或多个步骤：测量或确定指示原病毒DNA和/或病毒RNA的存在、不存在、量和/或浓度或与之相关的参数的水平或量。在一些实施方案中，病毒RNA在生物样品中的存在、不存在、量和/或浓度指示有复制能力的逆转录病毒的存在或不存在或者与有复制能力的逆转录病毒的存在或不存在相关的风险。在一些实施方案中，病毒核酸(例如，原病毒DNA和/或病毒RNA)为有复制能力的病毒的复制能力所需的基因产物或其特异性可鉴定部分所需或编码所述基因产物或其特异性可鉴定部分。
病毒产生过程(包括逆转录病毒产生过程)包括使用病毒包装元件。对于某些示例性的基于γ逆转录病毒的病毒，莫洛尼鼠白血病病毒(MMLV)gag和pol的组合连同长臂猿白血病病毒包膜(GaLV env)均在具有最小同源序列以及异源启动子和增强子的单独质粒上编码，这降低了重组风险。在一些方面，使用人亲本细胞系进行病毒生产通过消除内源的同源逆转录病毒序列的存在而进一步降低了重组风险。尽管如此，但是在病毒制造过程期间，通常在多个点采用RCR和RCL测试，以确保不存在RCR和RCL。
当前用于检测RCR的一类测定是基于细胞的共培养测定，其中首先将细胞或收获上清液与允许细胞系共培养数周，以允许扩增任何现有的复制型病毒，之后与指示细胞系一起孵育以检测存在的任何活性病毒。尽管基于细胞的RCR共培养被广泛使用，但是所述测定是漫长且昂贵的，并且在一些情况下，直到给予产品的所需时间已经过去之后，才能获得RCR共培养测定的结果。
在一些实施方案中，所提供的组合物和方法提供了能够以高灵敏度检测污染性RCR或RCL的快速且准确的测定。例如，在一些实施方案中，本文提供的组合物和方法快速且准确地测量样品的参数，所述样品是例如可以用于指示来自有复制能力的病毒(例如，RCR或RCL)的原病毒DNA或病毒RNA的存在或量的测试样品和/或生物样品。所提供的组合物和方法能够快速测量此类参数，而无需事先在细胞培养中进行扩增。此外，所提供的组合物和方法提供了高度的灵敏度。
病毒载体(如包括慢病毒和γ逆转录病毒载体在内的逆转录病毒载体)当前被用于疗法的开发，以解决广泛的未满足的医学需求。产生复制缺陷型逆转录病毒以用作基因递送系统，其允许受控递送目的基因。此类病毒载体可以用于直接递送基因，如在基因疗法中；或者用于将基因递送到细胞中以产生细胞疗法，如CAR-T细胞疗法。然而，在极少数情况下，猜测由于诸如位点特异性重组等事件，在基因递送过程期间可能会出现有复制能力的病毒。尽管此类事件被认为极少发生和/或不太可能发生，但是开发测试或其他安全措施以检测有复制能力的病毒在样品(例如疗法，如基因疗法或CAR-T细胞疗法)中的存在和/或风险是有利的，以确认在样品中不存在有复制能力的病毒。
本文提供的方法和组合物可用于灵敏且准确地检测可能在产生用于基因递送的病毒载体期间产生的潜在的有复制能力的病毒。在一些实施方案中，本文提供的方法用于确定有复制能力的病毒是否已经从用于转导的质粒和病毒载体污染、起源、发展或已经无意地产生。在某些实施方案中，本发明的方法被定制和/或用于测试有复制能力的病毒，其可能衍生自或应该衍生自用于基因递送的相同病毒载体。因此，在一些实施方案中，本文提供的方法用于检测已经用于转导和/或基因递送的有复制能力的病毒形式。在特定实施方案中，本文提供的方法尤其可用于检测存在的和/或有复制能力的病毒形式所需的病毒基因。在一些实施方案中，病毒基因存在于用于产生复制缺陷型病毒的质粒中。
在一些实施方案中，所提供的方法包括如下一个或多个步骤：测量或检测与病毒RNA相关的一个或多个参数。在一些实施方案中，所提供的方法包括如下一个或多个步骤：测量或检测与原病毒DNA相关的一个或多个参数。在一些方面，所提供的方法包括如下一个或多个步骤：测量或检测与编码特定基因的原病毒DNA或病毒RNA的水平或量相关的参数。在某些实施方案中，通过测量这些参数评估或检测的特定基因与正常内源人DNA或RNA序列几乎没有相似性，因此允许灵敏和/或准确地检测病毒基因。例如，在一些实施方案中，病毒基因来自长臂猿白血病病毒(GaLV)。
在一些实施方案中，本文提供的方法可用于以比替代方法至少相同或更大的灵敏度指示RCR(包括RCL)和/或RCR的原病毒DNA或病毒RNA在样品中的存在。在一些实施方案中，当RCR、DNA或RNA低于其他方法的检测阈值和/或在过程中的较早时间点可检测到时，所提供的方法可以指示RCR和/或RCR的原病毒DNA或病毒RNA的存在或量。例如，在一些实施方案中，本文提供的方法可用于以低于基于DNA的PCR测定的检测阈值水平的量或水平检测样品中的RCR或原病毒DNA或病毒RNA。在某些实施方案中，与基于细胞培养的RCR测定方案相比，本文提供的方法可用于以在较早时间评估的量或水平检测样品中的RCR或原病毒DNA或病毒RNA。例如，在某些实施方案中，本文提供的方法可用于检测测定的样品中的RCR、病毒RNA和/或原病毒DNA，而无需在样品收集与RCR评估之间经由与允许细胞系共培养而传代、扩增或增殖。
在一些方面，所述方法还可以用于评估残留DNA在细胞样品中的存在或不存在。用于产生病毒载体的方法(如用于与工程化细胞以用于过继细胞疗法结合使用)可以涉及使用
(一种来自粘质沙雷氏菌(Serratia marcescens)的基因工程化核酸内切酶)来去除细胞样品中的核酸或将其分解为小片段。在一些情况下，如果
处理并不完全有效，则较长的片段可能会作为残留的载体组分保留在用于转导细胞的载体制剂中，所述载体制剂仍可以潜在地编码病毒基因。在一些情况下，例如从安全角度出发，此类较长的片段在细胞疗法产品中可能是不希望的。
在一些实施方案中，所提供的方法包括如下那些，其中孵育的经扩增的扩增子产物在50个碱基对与500个碱基对之间，如在为或约100个碱基对与500个碱基对或200个碱基对与500个碱基对之间。在一些实施方案中，孵育的经扩增的扩增子产物大于或大于约200个碱基对或者大于或大于约300个碱基对。在一些方面，为了筛选RCR(例如RCR)形成中需要或涉及的核酸的目的，可能需要较长片段的扩增，因为较长的片段可能更能指示全长基因在样品中的存在，就像有复制能力的病毒中存在的那样。在某些方面，较长片段的扩增可以指示残留载体片段的存在，如由于对病毒载体制剂的
处理不完全或有效。
除非另有定义，否则本文使用的所有技术术语、符号和其他技术和科学术语或用辞旨在具有与所要求保护的主题所属领域的普通技术人员通常理解的含义相同的含义。在一些情况下，为了清楚和/或为了便于参考而在本文描述了具有通常理解的含义的术语，并且在本文包含此类描述不一定应当被解释为代表与本领域通常所理解的含义有实质性差异。
本申请中提及的所有出版物(包括专利文献、科学文章和数据库)出于所有目的通过引用以其整体并入，并入程度上如同每个单独的出版物通过引用单独并入一般。如果本文所述的定义与通过引用并入本文的专利、申请、公开的申请和其他出版物中所述的定义相反或在其他方面不一致，则本文所述的定义优先于通过引用并入本文的定义。
本文使用的章节标题仅用于组织目的，而不应被解释为限制所描述的主题。
I.有复制能力的病毒或残留载体的检测
本文提供了检测有复制能力的病毒在样品中的存在、不存在或水平的方法。在一些实施方案中，本文提供的方法包括测量、确定、评估和/或定量参数的值、量或水平。在一些实施方案中，参数的量、值和/或水平指示原病毒DNA或病毒RNA的存在、不存在和/或量或浓度，或与之相关。在特定实施方案中，原病毒DNA或病毒RNA在生物样品中的存在、不存在或量或浓度指示有复制能力的病毒的存在或不存在或者所述病毒的风险。在某些实施方案中，原病毒DNA或病毒RNA为有复制能力的病毒的复制能力所需的基因产物或其特异性可鉴定部分所需或编码所述基因产物或其特异性可鉴定部分。
在一些方面，所提供的方法涉及测量或评估参数，以确定在含有或衍生自用病毒载体颗粒转导的一种或多种细胞的样品中是否存在有复制能力的逆转录病毒。因此，在一些情况下，病毒载体颗粒已经被用于或可以被用于转导细胞，随后通过所提供的方法对所述细胞进行评估，以确保用于转导的病毒不以有复制能力的形式存在。
在一些实施方案中，在样品中测量参数。在特定实施方案中，样品是测试样品和/或生物样品。在某些实施方案中，测试样品是生物样品。在一些实施方案中，测试样品衍生自生物样品。在特定实施方案中，测试样品是生物样品的一部分。在一些实施方案中，测试样品源自、衍生自和/或取自生物样品和/或与生物样品相同的来源。在特定实施方案中，所述一个或多个参数在测试样品中的量、水平、浓度和/或值反映所述一个或多个参数在生物样品中的量、水平、浓度和/或值，与之相关，和/或与之关联。在一些实施方案中，所述一个或多个参数在测试样品中的量、水平、浓度和/或值反映原病毒DNA或病毒RNA在生物样品中的存在、不存在、量、水平、浓度和/或值，与之相关，和/或与之关联。在特定实施方案中，所述一个或多个参数在测试样品中的量、水平、浓度和/或值反映病毒(例如，有复制能力的逆转录病毒)在生物样品中的存在、不存在、量、水平和/或浓度，与之相关，和/或与之关联。在特定实施方案中，所述一个或多个参数在测试样品中的量、水平、浓度和/或值反映原病毒DNA或病毒RNA和/或病毒(例如，有复制能力的逆转录病毒)在生物样品中的存在风险，与之相关，和/或与之关联。
在一些实施方案中，所述方法包括评估、测量和/或检测样品的一个或多个参数，所述一个或多个参数指示与一种或多种靶基因(例如，病毒基因)的量、水平和/或表达，和/或与之相关。在特定实施方案中，所述一个或多个参数指示有复制能力的病毒(如有复制能力的逆转录病毒)的存在、不存在、量和/或水平，和/或与之相关。在一些实施方案中，所述一种或多种靶基因用作用于检测潜在的有复制能力的病毒的标记。
在某些实施方案中，本文提供的方法包括如下一个或多个步骤：将参数的测量、评估、检测和/或定量与对应的参考值进行比较。在一些实施方案中，参考值是参数的已知值。在一些实施方案中，参数与原病毒DNA或病毒RNA、编码靶基因的原病毒DNA或病毒RNA和/或有复制能力的病毒的量、水平和/或浓度正相关，并且如果参数的值高于参考值，则将有复制能力的病毒检测为存在。在特定方面，参数与原病毒DNA或病毒RNA、编码靶基因的原病毒DNA或病毒RNA和/或有复制能力的病毒的量、水平和/或浓度负相关或逆相关，并且如果参数的值低于参考值，则认为有复制能力的病毒不存在。
在特定实施方案中，参数的值或测量指示靶基因(例如，病毒基因、原病毒DNA、病毒RNA和/或病毒RNA基因)的存在或不存在，和/或与所述靶基因的存在或不存在相关和/或关联。在某些实施方案中，参数的值或测量与靶基因的存在或不存在相关，例如负相关或正相关。在特定实施方案中，参数的值或测量与靶基因的水平或量相关，例如负相关或正相关。
在一些实施方案中，参数是基因和/或基因表达产物。因此，在一些实施方案中，测量、评估、检测和/或定量参数是或包括测量、评估、检测和/或定量基因或基因表达产物的水平或量。在特定实施方案中，基因是病毒基因。在一些实施方案中，参数是编码一种或多种基因的DNA，并且测量、评估、检测和/或定量参数是或包括测量、评估、检测和/或定量DNA的水平或量。在一些实施方案中，参数是从病毒RNA(例如，编码一种或多种基因的病毒RNA)产生和/或衍生的cDNA。在特定实施方案中，基因是靶基因。在某些实施方案中，参数是蛋白质，并且测量、评估、检测和/或定量参数是或包括测量、评估、检测和/或定量蛋白质的水平或量。在一些实施方案中，蛋白质是病毒蛋白。在某些实施方案中，蛋白质由病毒基因(例如，病毒RNA基因)编码。在一些实施方案中，蛋白质由靶基因编码。在某些实施方案中，参数是当存在靶基因时存在和/或表达的蛋白质或多核苷酸。在一些实施方案中，参数是由于靶基因的存在而存在、表达、修饰、增加或减少的蛋白质和/或多核苷酸。例如，在一些实施方案中，参数是细胞响应于靶基因的存在或刺激而表达的蛋白质。
在一些实施方案中，测量、评估、检测和/或定量原病毒DNA或病毒RNA的存在、不存在、水平、浓度和/或量，以确定病毒的存在、不存在、水平、浓度和/或量。在一些实施方案中，病毒是例如在样品中的有复制能力的病毒。在某些实施方案中，通过测量、评估、检测和/或定量一个或多个参数(例如，测试样品的一个或多个参数)来测量、评估、检测和/或定量原病毒DNA或病毒RNA的存在、不存在、水平、浓度和/或量。在一些实施方案中，根据原病毒DNA或病毒RNA的水平、量和/或浓度来确定有复制能力的病毒在生物样品中的存在或不存在。
在一些方面，所述方法包括将靶基因在样品中的核酸水平与对应的参考值进行比较，所述参考值是如靶基因的核酸的已知水平和/或靶基因在用于评估基因核酸水平的测定的检测极限下的核酸水平。在一些实施方案中，如果靶基因的核酸水平高于靶基因的参考值，则将有复制能力的病毒检测为存在于测试样品中。在一些方面，如果靶基因的核酸水平低于参考值，则认为有复制能力的病毒不存在于测试样品中。
在一些实施方案中，病毒核酸是或包含DNA。在一些实施方案中，病毒核酸是或包含RNA。在一些实施方案中，RNA是病毒RNA。在一些实施方案中，所述方法包括将RNA逆转录为DNA以进行扩增和/或检测。
在一些实施方案中，有复制能力的病毒是有复制能力的逆转录病毒(RCR)。在一些实施方案中，有复制能力的逆转录病毒是有复制能力的γ逆转录病毒。在一些实施方案中，有复制能力的病毒是有复制能力的慢病毒(RCL)。
在一些实施方案中，原病毒DNA的水平指示特定病毒序列或病毒基因的存在。在所提供的方法的一些方面，测试样品含有从生物样品(如从细胞或细胞群)分离或获得的DNA。在一些例子中，DNA是从生物样品(如从细胞或细胞群)获得的基因组DNA。
在一些实施方案中，病毒RNA的水平指示特定病毒序列或病毒基因的表达水平。在一些实施方案中，表达包括RNA的产生。在一些实施方案中，表达不一定包括将特定序列或基因翻译成蛋白质。在一些实施方案中，病毒RNA的水平指示特定病毒序列或病毒基因的转录水平。在一些实施方案中，病毒RNA的转录指示在病毒复制期间整合的原病毒DNA向RNA的转录水平。在一些实施方案中，病毒RNA被翻译成病毒蛋白。在一些实施方案中，病毒RNA是在复制期间被包装到新的病毒颗粒中的病毒基因组。在所提供的方法的各方面，测试样品含有从生物样品(如从细胞或细胞群)分离或获得的RNA。在一些实施方案中，将RNA用作模板以使用特异性引物通过逆转录产生cDNA，然后将cDNA用作模板以进行PCR扩增。
在一些实施方案中，测试样品包含来自用于产生病毒载体颗粒的细胞的DNA或RNA。在一些实施方案中，细胞来自病毒包装细胞系。在一些实施方案中，细胞是用于瞬时产生病毒载体颗粒的包装细胞或宿主细胞。在一些实施方案中，测试样品包含来自用病毒载体颗粒基因工程化的细胞或细胞群的DNA或RNA。在一些情况下，细胞或细胞群衍生自患者。在一些实施方案中，细胞衍生自血液、骨髓、淋巴或淋巴器官，是免疫系统的细胞，如先天免疫或适应性免疫的细胞，例如骨髓或淋巴样细胞(包括淋巴细胞，通常是T细胞和/或NK细胞)。在一些情况下，测试样品包含来自已经或正在用过继细胞疗法治疗的患者的细胞的DNA或RNA。
在一些情况下，用或已经用病毒载体颗粒(如编码重组和/或异源分子的病毒载体颗粒)转导细胞或细胞群。在一些实施方案中，病毒载体颗粒包含含有核酸的基因组，所述核酸编码重组或异源分子，如重组受体，例如抗原受体(如嵌合抗原受体)或转基因T细胞受体，由此转导细胞可以产生表达重组受体(例如CAR)的细胞。在此上下文中，异源是指通常不从病毒表达和/或不由病毒基因组编码的蛋白质。在一些情况下，病毒载体颗粒被用于或已经被用于转导细胞，如T细胞。在一些实施方案中，所得细胞和包含此类细胞的组合物可以用于过继免疫疗法的方法中。下文描述了示例性的病毒载体颗粒和细胞。
在一些实施方案中，所提供的方法用于评估有复制能力的病毒在生物样品中的存在、不存在或水平。在一些实施方案中，生物样品是或包括已经或将要(如在产生基因工程化细胞的制造过程的任何阶段)用编码异源核酸的病毒载体颗粒工程化到其中的细胞。在一些方面，通过评估在用于产生病毒载体颗粒的逆转录病毒中表达而在病毒载体颗粒本身中不表达的一种或多种靶基因(如病毒基因，例如第一、第二和/或后续病毒基因)的RNA水平来检测有复制能力的病毒，所述病毒载体颗粒在一些情况下被或已经被工程化为复制缺陷的。在一些实施方案中，通过评估编码用于产生病毒载体颗粒而在病毒载体颗粒本身中不表达的一种或多种靶基因(如病毒基因，例如第一、第二和/或后续病毒基因)的DNA的存在或不存在来检测有复制能力的病毒，所述病毒载体颗粒在一些情况下被或已经被工程化为复制缺陷的。
在某些实施方案中，参数是靶基因的病毒RNA或编码靶基因的病毒RNA。在一些实施方案中，使用定量聚合酶链式反应(qPCR)测定来评估靶基因(例如，第一和/或第二病毒基因)的RNA水平。在一些情况下，作为与qPCR相同的测定的一部分进行逆转录酶PCR(RT-PCR)(例如，在RT-qPCR测定中)，或者在qPCR测定之前进行逆转录酶PCR(RT-PCR)。因此，在一些情况下，将测试样品中包含的RNA(例如，从或已经从包含经转导细胞的样品中提取的RNA)用作模板以通过逆转录酶PCR合成cDNA。在一些实施方案中，将RNA用作模板以使用特异性引物通过逆转录产生cDNA。在一些情况下，然后将cDNA用作模板以用特异性引物和水解探针进行PCR扩增。在一些实施方案中，使用聚合酶链式反应(PCR)测定或定量聚合酶链式反应(qPCR)测定来评估检测到的靶基因(例如，第一和/或第二病毒基因)的RNA水平。
在一些实施方案中，参数是靶基因的原病毒DNA或编码靶基因的原病毒DNA。在一些实施方案中，使用聚合酶链式反应(PCR)测定或定量聚合酶链式反应(qPCR)测定来评估检测到的靶基因(例如，第一和/或第二病毒基因)的DNA水平。
在一些实施方案中，根据指示(is indicative of或indicates)DNA或RNA在样品中的程度、水平或量的替代读数(例如，参数或替代参数)来确定DNA或RNA在样品中的量。在一些实施方案中，替代读数是通过所提供的qPCR(例如，实时PCR)方法获得的循环阈值(CT)值，其是从样品中检测信号所花费的循环数的读数。CT值与核酸(例如DNA或RNA)在样品中的量逆相关，由此CT值较低指示靶DNA或RNA的量较高，而CT值较高指示靶DNA或RNA的量较低。
在某些实施方案中，参数是替代读数。在一些实施方案中，参数是通过所提供的定量PCR方法获得的循环阈值(CT)值。在特定实施方案中，参数是CT值。
在所提供的方法中，评估一种或多种靶原病毒DNA或病毒RNA的存在、水平或量。在一些实施方案中，由于它们区分含有RCR或RCL或者有含有RCR或RCL的风险的样品与不含RCR或RCL的样品的能力而选择所述一种或多种靶标。例如，在一些实施方案中，一种或多种靶RNA存在于含有RCR或RCL或者有含有RCR或RCL的风险的样品中，而在不含RCR或RCL的样品中不存在或基本上不存在。在一些实施方案中，靶RNA在含有RCR或RCL或者有含有RCR或RCL的风险的样品中的水平或量或浓度比在不含RCR或RCL的样品中要高。在一些实施方案中，当在本文所述的方法中使用时，所述一种或多种靶RNA产生高信噪比和/或低背景水平或噪声。在一些实施方案中，靶病毒基因是GaLV。在一些实施方案中，靶病毒基因是MMLV。在一些实施方案中，靶病毒基因是GaLV和MMLV。
在一些方面，除靶基因之外，还评估了对照基因(例如，肌动蛋白)作为测定的对照。对照基因的评估可以在与靶基因中的一种或多种的评估相同的反应(例如，孔)中进行，例如在多重反应中进行。例如，可以在同一反应中评估对照基因和第一病毒基因。在其他情况下，可以在同一反应中评估对照基因和第二病毒基因。在一些方面，可以在多重反应中评估第一和第二病毒基因。在一些情况下，可以在多重反应中评估3种或更多种靶基因。在一些情形中，可以在多重反应中评估对照基因与第一和第二基因两者和/或与三种或更多种靶基因。
在一些情形中，分别使用对靶基因或对照基因的序列具特异性的寡核苷酸引物来评估靶基因(例如第一和/或第二病毒基因)和/或对照基因。在一些实施方案中，分别使用对靶基因或对照基因具特异性的水解探针来评估靶基因和/或对照基因的原病毒DNA或病毒RNA水平。下文讨论了示例性的寡核苷酸引物和水解探针。
在一些实施方案中，除测试样品之外，还评估了一种或多种对照样品。例如，可以将质粒标准对照用作测定的扩增部分的对照。在一些方面，无模板对照可以用于提供有关PCR试剂的污染状态的信息。在一些情况下，为了评估病毒RNA的水平，无逆转录酶对照可以用于评价RNA模板的纯度和/或检测污染性DNA。在一些情形中，使用不含靶基因(例如，来自不表达靶基因的细胞系的DNA或RNA)的拷贝的阴性对照。在一些实施方案中，将含有来自患者匹配材料的DNA或RNA的过程中对照用作对照，如用于背景信号，例如由于在核酸分离程序期间的可能污染，所述患者匹配材料尚未被编码重组和/或异源分子的病毒载体颗粒转导。
在一些实施方案中，为了评估一种或多种靶基因的RNA水平，在逆转录酶PCR中在逆转录酶(RT)阴性条件下检测到的扩增程度可以指示污染性DNA。在一些实施方案中，进行RNA分离以使污染性DNA最小化，例如通过选择已经观察到在RT阴性样品中导致相对较低信号的RNA分离或制备方法。在一些实施方案中，在含有使用特定方法(在一些方面，RNeasyPlus试剂盒)分离的RNA的样品中观察到在无RT条件下的扩增程度较低和/或任何污染性DNA的存在程度较低。在一些方面，使用具有柱上DNA酶消化的RNeasy试剂盒。
在一些实施方案中，可以使用含有已知水平的靶基因的阳性对照。靶基因的已知DNA或RNA水平可以等于或略高于通过测定检测靶基因的极限。在所提供的方法的一些实施方案中，含有衍生自经转导细胞的DNA或RNA的测试样品加标有阳性对照DNA或RNA。如下文进一步描述的，在一些实施方案中，靶基因在阳性对照样品中的DNA或RNA水平在一些方面中设定了参考值，将其与靶基因在测试样品中的DNA或RNA水平进行比较。
在一些实施方案中，在靶基因在测试样品中的DNA或RNA水平高于参考值的情况下，测试样品可以被认为存在来自或通常为有复制能力的病毒或病毒的复制能力所需或被认为为之所需的一种或多种DNA或RNA。在一些实施方案中，被认为具有来自有复制能力的病毒、为之所需、被认为为之所需或通常与之相关的DNA或RNA的样品在测定中被认为是阳性的，和/或被认为有含有有复制能力的病毒的风险，被认为含有逆转录病毒复制所需和/或有复制能力的病毒所需的一种或多种DNA或RNA；被认为含有推定的有复制能力的病毒，和/或被认为潜在地含有有复制能力的病毒。在一些实施方案中，除非样品相对于病毒的复制能力所需的多种病毒靶核酸或多种基因被认为是阳性的，否则样品不被认为对RCR呈阳性或潜在地呈阳性或有风险。
在一些实施方案中，样品被认为是阳性的，所述样品通过测定被认为(i)含有靶核酸(和/或所述多种靶核酸中的两种或更多种)的存在，(ii)含有等于或低于参考水平(如参考CT值)的水平的通常逆向指示核酸量的替代读数(如CT值)，和/或(iii)含有等于或高于参考值的量或其替代读数的DNA或RNA，在每种情况下任选地对于多种靶病毒核酸中的两种或更多种中的每一种而言。
在一些实施方案中，样品(a)被认为有含有有复制能力的病毒的风险，(b)被认为含有逆转录病毒复制所需和/或有复制能力的病毒所需的DNA或RNA(或任选地多种核酸)；(c)被认为含有推定的有复制能力的病毒，和/或(d)被认为潜在地含有有复制能力的病毒，所述样品被认为(i)含有靶核酸(和/或所述多种靶核酸中的两种或更多种)的存在，(ii)含有等于或低于参考水平(如参考CT值)的水平的通常逆向指示核酸量的替代读数(如CT值)，(iii)含有等于或高于参考值的量或其替代读数的DNA或RNA，在每种情况下任选地对于多种靶病毒核酸中的两种或更多种中的每一种而言，和/或(iv)通过测定被或已经被认为是阳性的。
在一些方面，如果对于至少两种病毒基因(例如DNA或RNA)(如至少第一和第二病毒基因)而言，样品已经被认为含有(i)-(iii)或(i)-(iv)中任一个中的相应读数，则样品被认为或仅被认为有风险含有有复制能力的病毒和/或含有推定的有复制能力的病毒，和/或潜在地含有有复制能力的病毒，和/或在测定中是阳性的。
在一些实施方案中，样品被认为是阴性的，所述样品在测定中被认为(1)不含靶核酸的存在，或含有靶核酸的不存在(和/或不含所述多种靶核酸中的两种或更多种)，(2)含有等于或高于参考水平(如参考CT值)的水平的通常逆向指示DNA或RNA量的替代读数(如CT值)，和/或(3)含有等于或低于参考值的量或其替代读数的DNA或RNA，在每种情况下任选地对于多种病毒核酸中的至少两种而言。
在一些实施方案中，样品(a)被认为没有含有有复制能力的病毒的风险，(b)被认为不含逆转录病毒复制所需和/或有复制能力的病毒所需的DNA或RNA；(c)被认为不含推定的有复制能力的病毒，和/或(d)被认为不含有复制能力的病毒，所述样品被认为(1)不含靶核酸(和/或所述多种靶核酸中的两种或更多种)的存在，(2)含有等于或高于参考水平(如参考CT值)的水平的通常逆向指示DNA或RNA量的替代读数(如CT值)，(3)含有等于或低于参考值的量或其替代读数的DNA或RNA，和/或(4)通过测定被或已经被认为是阴性的。
在一些方面，如果对于靶原病毒DNA或病毒RNA(如为有复制能力的病毒或病毒的复制能力所需或被认为为之所需的任何一种或多种靶原病毒DNA或病毒RNA，如第一和第二原病毒DNA或病毒RNA中的一种或多种)而言，样品已经被认为含有(1)-(4)中任一个中的相应读数，则样品被认为没有有复制能力的病毒的风险，对所述病毒呈阴性，或不含所述病毒的存在。
在一些情况下，在靶基因的DNA或RNA水平低于参考值的情况下，测试样品被认为对测定、有复制能力的病毒的存在、所述病毒的风险或推定的所述病毒的存在不呈阳性。在一些此类情况下，释放样品和/或由其衍生出的细胞(例如，经转导细胞)，如继续加工或配制和/或用于在疗法(如过继细胞疗法)中使用或给予。在一些此类情况下，衍生出生物样品的患者(其任选地是人类受试者)被认为没有有复制能力的病毒。
在一些方面，所提供的方法可以用于提供或评估有复制能力的病毒在含有已经经受逆转录病毒转导并培养的细胞的工程化细胞产物样品中的存在或不存在或者所述病毒在所述样品中的风险。逆转录病毒载体颗粒(如γ逆转录病毒和慢病毒载体颗粒)已经用于各种临床基因转移应用中，以将治疗性基因引入细胞中，包括与制备细胞产物结合。逆转录病毒载体颗粒通常衍生自逆转录病毒家族逆转录病毒科(Retroviridae)。在一些实施方案中，病毒体颗粒含有基因组RNA。在进入宿主细胞后，基因组RNA被逆转录为DNA。在一些实施方案中，DNA在一些情况下使用整合酶整合到宿主细胞的染色体DNA中，此时逆转录病毒DNA可以被称为原病毒。在一些实施方案中，宿主细胞将原病毒DNA看作其自身基因组的一部分，将经整合的基因连同宿主细胞自身的基因一起翻译和转录，从而产生由病毒基因组核酸编码的蛋白质。在一些情况下，需要这些蛋白质来组装病毒的新拷贝，其中任选地，病毒有复制能力和/或感染性。
逆转录病毒可以分为“简单”和“复杂”逆转录病毒。简单逆转录病毒的基因组仅编码gag、pro、pol和env基因。简单逆转录病毒的例子包括α逆转录病毒、β逆转录病毒和γ逆转录病毒。相比之下，复杂逆转录病毒的基因组包括gag、pro、pol和env基因、以及一系列具有多种功能的调节或辅助基因。复杂逆转录病毒的例子包括δ逆转录病毒、ε逆转录病毒、慢病毒和泡沫病毒(spumavirus)。辅助基因的例子包括vif、vpr、vpu、rev、vpx和nef。
在一些实施方案中，重组逆转录病毒(如γ逆转录病毒和慢病毒)的基因组或其部分能够稳定地整合到宿主基因组中。在一些情况下，此类逆转录病毒含有允许这样的整合的逆转录酶和/或整合酶。在一些情况下，已经将含有这样的逆转录病毒(如人免疫缺陷病毒(HIV)(例如HIV-1)、长臂猿白血病病毒(GaLV)或莫洛尼鼠白血病病毒(MMLV))的组分的病毒载体颗粒用于各种临床基因转移应用中，以将治疗性基因引入细胞中。在一些情况下，逆转录病毒载体是致癌逆转录病毒载体，例如莫洛尼鼠白血病病毒(MoMLV)衍生的载体。在一些实施方案中，病毒载体是第二代或第三代慢病毒载体。
在一些实施方案中，旨在用于基因疗法或转导细胞(包括最终旨在植入或给予受试者的细胞)的病毒载体颗粒衍生自此类病毒，并且可以被工程化为复制缺陷的。在一些实施方案中，这种工程化涉及将编码病毒蛋白和异源蛋白质的核酸分离成单独的核酸序列。在一些实施方案中，这些单独的序列可以被称为载体序列，在一些实施方案中被称为转移载体和/或转移质粒，其包含异源基因和一个或多个辅助序列，所述一个或多个辅助序列包含将载体包装到感染性病毒颗粒中所必需的基因。例如，在一些实施方案中，一个核酸序列可以包含gag/pol，另一个序列可以包含env，并且另一个序列可以包含异源核酸。在一些实施方案中，需要能够检测在产生或加工步骤期间(如通过例如在载体与辅助序列之间的同源或非同源重组)已经产生的任何有复制能力的病毒的方法。在一些实施方案中，此类方法能够确认在给予治疗性组合物之前没有发生此类事件。
通常，复制缺陷型病毒载体缺乏编码包装、结构、调节和/或酶促组分的基因。此类组分包括gag、pro、pol和env基因。
尽管不太可能，但是重组可能发生在转移载体(如含有编码重组和/或异源分子的序列的载体)与由引入包装细胞中的质粒编码的包装、结构、调节或酶促组分(如env、gag、pol或rev)之间。这样的重组事件的发生在理论上可以产生有复制能力的病毒(例如，RCR或RCL)。所提供的方法可以用于确认在样品中(如在用于产生病毒载体颗粒的细胞中)，在转移载体、包装或调节组分与内源或引入的病毒成分之间未发生重组。在一些方面，所提供的方法可以用于确认或验证在某些样品(如治疗性组合物和在产生过程中产生的中间产物)中不存在RCR或RCL。
在一些方面，针对有复制能力的病毒或其指标的存在或不存在对包含经转导细胞的样品进行测定，例如在制造、配制、包装期间的各个或某些步骤和/或在给予患者之前或之后，如在过继细胞疗法的方法中。在一些方面，用于细胞疗法的细胞的工程化可以包括用病毒载体颗粒转导细胞，并且在冷冻保存和/或配制之前，通常在37℃下将细胞培养长达14天。在一些方面，可以按照所提供的方法评估测试样品，其从在转导之后任何时间(如通常在转导之后培养至少或大于1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14天或更多天之后)获得的细胞获得。在一些方面，通常在给予受试者之前，也可以通过所提供的方法评估测试样品，其从已经冷冻保存和/或配制用于给予受试者的转导和培养(例如用于扩增)的细胞获得。
在一些方面，所提供的方法相对于用于检测样品中的有复制能力的病毒(例如，RCR或RCL)的现有方法具有优势。用于RCR测试的一些可用方法(如经批准的方法)包括基于细胞培养的测定。在此类测定中，在扩增阶段之后，上清液从与允许细胞系(如HEK293细胞系)共培养的细胞样品获得，在扩增阶段中将细胞培养数周，通常是3至6周，以便扩增病毒颗粒以进行检测。可以将在扩增期间(例如在3周或6周的扩增阶段期间)收集的培养上清液置于指示细胞系上，并且当发生转化时指示RCR，通常通过噬斑形成来观察。一种示例性测定是S+/L-测定，其通常涉及使用指示细胞系(如PG-4细胞系)检测RCR(或验证其不存在)，所述指示细胞系含有鼠肉瘤病毒基因组(S+)，但是缺乏鼠白血病病毒基因组(L-)。通常，在这样的测定中，仅当表达鼠肉瘤病毒和鼠白血病病毒两者时，细胞才产生经转化表型。
其他基于细胞培养的测定包括标记拯救测定，其中可以使用允许细胞系，所述允许细胞系含有带有标记(如标记转基因)的逆转录病毒载体，所述标记可以在任何潜在的有复制能力的病毒(例如，RCR或RCL)的扩增(如3周或6周的扩增)之后在上清液中鉴定出。通常，如果存在RCR或RCL，则将包装RCR或RCL基因组，并且将拯救标记转基因，因此当转导至幼稚细胞系中时得以表达。
在一些方面，某些基于细胞培养的测定可能不是完全最佳的，如因为它们耗时和/或费力和/或需要大体积或大量的样品进行测试和/或对于实际上不含RCR的组合物导致假阳性RCR结果，和/或可能无法在足以满足某些特定目的的时间段内提供信息。某些基于细胞培养的测定对于实际上含有RCR的组合物也可能导致假阴性结果。在于载体暴露之后不久的时间点使用某些细胞培养测定评估的样品中假阴性结果的发生频率可能更高，因此限制了此类测定用于提供快速结果的用途。某些常见的细胞培养测定通常花费长达六周或更长时间才能完成。某些方法可能不适用于与无法在使用之前或完成方法的时间段期间冷冻保存的细胞一起使用。
在一些实施方案中，所提供的方法、组合物和系统在多个方面是有利的。与现有方法相比，所提供的方法展现出相似或改善的灵敏度、特异性和/或准确性。然而，与涉及数周培养的细胞培养测定对照，快速进行所提供的方法和/或所提供的方法能够快速检测有复制能力的病毒在样品中的存在或不存在，如在数天或数小时里。在一些方面，如与通过转导方法工程化自体或同种异体细胞的过继细胞疗法方法结合，更有效地获得结果的能力是理想的。
在一些方面，与现有方法(特别是共培养方法)相比，所提供的方法更加灵敏，使得可以对在转导之后更早的时间点和/或从更少的总样品获得的测试样品运行测定。
在一些方面，与某些基于细胞培养的可用方法相比，本发明方法的优势涉及使用核酸(如与在基于细胞培养的方法中来自样品的上清液对照，来自测试样品的DNA或RNA)(或检测其存在或不存在或水平)。在一些此类方面，在经受所述方法的样品确实含有RCR的情况下，所提供的实施方案在其检测被采样的细胞正在积极转录病毒基因的能力方面是有利的。因此，在保持高水平的灵敏度和可靠性的同时，通过当前方法检测到的有复制能力的病毒在包含DNA或RNA的测试样品中的存在是有复制能力的病毒的更具特异性的指标。在一些方面，所提供的方法可能比某些基于细胞培养的可用方法更为灵敏和可靠。
在一些实施方案中，将本文公开的测定的性能与作为基准的其他测定进行比较。通常，在一些实施方案中，本文公开的测定至少与S+/L-测定、标记拯救测定和/或基于模板的RCR/RCL PCR测定(如本文所述的那些)一样灵敏。例如，在一些实施方案中，本文公开的测定可以用于在较早的时间点、在含有较少数量的RCR的样品中、使用较小的样品、使用较少的细胞或使用较小体积的其他测定来检测RCR。在一些实施方案中，本文公开的测定可以比S+/L-测定更快地进行，同时保持相同或更大的灵敏度。例如，在一些实施方案中，测定可以在产生测试样品的数小时或数天内进行。在一些实施方案中，本文公开的测定具有比其他测定更低的假阳性率，所述其他测定包括例如S+/L-测定、标记拯救测定和/或基于模板的RCR/RCL PCR测定。在一些实施方案中，本文公开的所提供的测定可以具有低假阴性率，如低于给定参考测定的假阴性率。在一些实施方案中，本文公开的所提供的测定可以并行运行以与其他参考测定相比，同时检测来自更多的样品、条件或对照的RCR。
II.用于检测测试样品中的有复制能力的逆转录病毒的方法
本文提供了检测有复制能力的病毒在样品(如含有来自样品的DNA或RNA的测试样品，例如生物样品)中的存在、不存在或水平(如确认其不存在)的方法，所述样品可能潜在地含有有复制能力的病毒，或其中希望和/或要求最终确认不存在所述病毒。在一些实施方案中，测试样品从样品(例如，生物样品和/或生物样品的来源)获得，所述样品包含已经使用编码重组和/或异源分子的复制缺陷型病毒载体颗粒用核酸转导的细胞。在一些方面，在验证或测定之前，在理论上有可能的是可能已经产生了有复制能力的病毒(如通过重组)，并且例如通过所提供的方法，这样的样品被验证为不含有复制能力的病毒，例如RCR或RCL。
在一些实施方案中，所提供的方法可用于检测样品(例如，测试样品或生物样品)中的有复制能力的逆转录病毒，如有复制能力的γ逆转录病毒(RCR)或有复制能力的慢病毒(RCL)。在特定实施方案中，所提供的方法可用于检测有复制能力的逆转录病毒，其源自和/或产生自用于转导样品(例如，生物样品)的细胞的病毒载体。在某些实施方案中，所提供的方法可用于检测病毒载体中的复制能力所需的病毒基因和/或病毒多核苷酸序列，所述病毒载体用于转导样品中的细胞。
在一些实施方案中，样品包含用一种或多种原病毒质粒转染的细胞。在一些实施方案中，样品包含经转染和/或包含产生感染性病毒颗粒所必需的一种或多种核酸的细胞。在一些实施方案中，所述方法包括评估包含经转导细胞的样品中的(如一种或多种靶基因，例如病毒基因)的原病毒DNA或病毒RNA水平。在一些方面，所述方法包括将测试样品中的所述一种或多种靶基因的DNA或RNA水平与相应参考值进行比较。在一些情形中，基于每种靶基因与其参考值的比较，在样品(如包含经转导细胞的样品)中检测有复制能力的病毒的存在。在一些实施方案中，如果靶基因的原病毒DNA或病毒RNA水平高于其相应参考值，则在包含经转导细胞的样品中存在有复制能力的病毒。在一些实施方案中，有复制能力的病毒是有复制能力的逆转录病毒(RCR)。在一些实施方案中，有复制能力的逆转录病毒是有复制能力的γ逆转录病毒。在一些实施方案中，有复制能力的病毒是慢病毒(RCL)。
A.靶基因和对照基因
在一些方面，提供了用于检测或验证或确认不存在有复制能力的病毒的方法。此类方法可以包括评估一个或多个病毒序列或者一种或多种病毒靶基因(例如，病毒基因)的或由其编码的病毒RNA水平。在一些实施方案中，所述一种或多种靶基因包含第一病毒基因。在一些情况下，所述一种或多种靶基因包括第一和第二病毒基因。在一些实施方案中，第一和第二病毒基因是不同的。在一些实施方案中，所述一种或多种靶基因包含三种或更多种病毒基因。在一些方面，所述一种或多种靶基因来自逆转录病毒(如γ逆转录病毒或慢病毒)。在一些实施方案中，除评估靶基因之外，还评估了对照基因的RNA水平，例如以确认测定的有效性或灵敏度和/或特异性。
在一些实施方案中，应理解，病毒RNA或病毒RNA序列可以指代从病毒RNA转录的cDNA，或者在一些实施方案中，指代从整合到宿主基因组中的病毒序列转录的cDNA。
1.靶基因
在一些实施方案中，所述方法提供了用于测量、检测、评估和/或定量参数的步骤，所述参数与靶基因或靶基因的基因表达产物的量、水平和/或浓度关联和/或相关(负地或正地)。在一些实施方案中，参数是由靶基因编码的蛋白质，并且蛋白质的水平、量或浓度与靶基因的存在或不存在和/或量、水平或浓度正相关。在某些实施方案中，参数是编码靶基因的病毒RNA或原病毒DNA，并且病毒RNA或原病毒DNA的水平、量或浓度与靶基因的存在或不存在和/或量、水平或浓度正相关。
在一些实施方案中，参数是由靶基因负调节的蛋白质，并且蛋白质的水平、量或浓度与靶基因的存在或不存在和/或量、水平或浓度负相关。在特定实施方案中，参数是由靶基因负调节的多核苷酸，并且多核苷酸的水平、量或浓度与靶基因的存在或不存在和/或量、水平或浓度负相关。
在一些实施方案中，参数是编码靶基因的病毒RNA或原病毒DNA、和/或衍生自编码靶基因的病毒RNA的cDNA。在特定实施方案中，测量、检测、评估和/或定量参数是或包括测量、检测、评估和/或定量编码靶基因的病毒RNA和/或衍生自编码靶基因的病毒RNA的cDNA的水平和/或量。在特定实施方案中，用PCR(例如，qPCR或RT-PCR)测量、评估、检测和/或定量对照参数。
通常，所述一种或多种靶基因或序列是未由用于产生用于转导细胞的病毒载体颗粒的转移载体编码的病毒基因或序列。在一些实施方案中，病毒序列或基因由野生型病毒编码。在一些实施方案中，病毒序列或基因是重组序列或基因。在一些实施方案中，病毒序列或基因对于病毒复制是必需的。在一些实施方案中，病毒序列或基因编码病毒的包装、结构、调节或酶促组分或其序列的部分。
在特定实施方案中，所述一种或多种靶基因或序列是用于产生复制缺陷型病毒载体颗粒的病毒基因或序列。在某些实施方案中，所述一种或多种靶基因或序列用于产生逆转录病毒载体。在一些实施方案中，所述一种或多种靶基因用于产生在章节IV中描述的病毒载体中的一种或多种。在特定实施方案中，将病毒载体用于基因递送，例如编码CAR的基因。在某些实施方案中，所述一种或多种靶基因或序列用于产生用于基因递送的逆转录病毒载体，例如复制缺陷型逆转录病毒。在特定实施方案中，逆转录病毒载体是γ逆转录病毒载体。在一些实施方案中，逆转录病毒载体是慢病毒载体。
在一些实施方案中，所述一种或多种靶基因是与逆转录病毒载体(例如，用于基因递送的复制缺陷型逆转录病毒载体)不同的病毒(例如，不同的病毒物种或同种型)的靶基因，或者衍生自所述病毒。在某些实施方案中，所述一种或多种靶基因是与逆转录病毒载体(例如，用于基因递送的复制缺陷型逆转录病毒载体)不同的病毒(例如，不同的病毒物种或同种型)的靶基因，或者衍生自所述病毒。
在一些情形中，所述一种或多种靶基因(例如，第一和/或第二病毒基因)包括env、gag、pol或rev基因。另外的靶基因可以包括与毒力关联(例如，HIV的主要反式激活因子)和/或作为辅助基因的那些。在一些实施方案中，env、gag、pol或rev基因中的一种或多种用于产生用于基因递送的逆转录病毒载体，例如复制缺陷型逆转录病毒。在特定实施方案中，env、gag、pol或rev基因中的所述一种或多种用于产生γ逆转录病毒载体。在特定实施方案中，env、gag、pol或rev基因中的所述一种或多种用于产生慢病毒载体。在一些实施方案中，env、gag、pol或rev基因中的所述一种或多种是与逆转录病毒载体(例如，用于基因递送的复制缺陷型逆转录病毒载体)不同的病毒(例如，不同的病毒物种或同种型)的基因，或者衍生自所述病毒。在某些实施方案中，env、gag、pol或rev基因中的所述一种或多种是与逆转录病毒载体(例如，用于基因递送的复制缺陷型逆转录病毒载体)不同的病毒(例如，不同的病毒物种或同种型)的基因，或者衍生自所述病毒。
在一些实施方案中，所述一种或多种靶基因包括第一病毒基因和第二病毒基因。在特定实施方案中，所述一种或多种靶基因是或包括两种、三种、四种、五种、六种、七种、八种、九种和/或十种病毒基因。在特定实施方案中，第一病毒基因是env、gag、pol、rev、pro、vpr、vif、vpu、nef、vpx或Tat基因。在一些实施方案中，第二病毒基因是env、gag、pol、rev、pro、vpr、vif、vpu、nef、vpx或Tat基因。在特定实施方案中，第一和/或第二病毒基因是env、gag、pol或rev基因。在一些情形中，第一病毒基因是env基因。在一些实施方案中，第二病毒基因是gag、pol或rev基因。在一些情形中，第一病毒基因是gag、pol或rev基因。在一些实施方案中，第二病毒基因是env基因。在一些实施方案中，第一或第二病毒基因是pro、vpr、vif、vpu、nef、vpx和/或Tat基因。
在某些实施方案中，所提供的方法用于确定有复制能力的病毒是否存在于样品中，例如是否存在于测试样品、生物样品和/或生物和/或测试样品的来源中。在一些实施方案中，样品含有或衍生自已经用病毒载体转导的细胞。在一些实施方案中，已经用逆转录病毒载体转导了细胞。在一些实施方案中，已经用γ逆转录病毒载体转导了细胞。在特定实施方案中，已经用慢病毒载体转导了细胞。
在一些实施方案中，用病毒载体(例如逆转录病毒载体)转导细胞。在特定实施方案中，用复制缺陷型病毒载体转导细胞。在某些实施方案中，复制缺陷型病毒载体颗粒是通过瞬时产生方法产生的，所述瞬时产生方法包括将编码载体基因组和包装构建体的多种质粒共转染到宿主细胞(例如，来自病毒包装细胞系(VPC)的细胞)中。在一些实施方案中，病毒载体，例如复制缺陷型逆转录病毒载体。在一些实施方案中，用于产生和/或掺入病毒载体的质粒和/或基因含有来自超过一种病毒(例如，病毒的物种或同种型)的基因。例如，在一些实施方案中，逆转录病毒载体含有并非源自或衍生自逆转录病毒的一种或多种基因。
在一些实施方案中，逆转录病毒载体含有并非源自和/或衍生自逆转录病毒的一种或多种病毒基因和/或多核苷酸序列。在特定实施方案中，γ逆转录病毒载体含有并非源自和/或衍生自γ逆转录病毒的一种或多种病毒基因和/或多核苷酸序列。在特定实施方案中，慢病毒载体含有并非源自和/或衍生自慢病毒的一种或多种病毒基因和/或多核苷酸序列。
在一些实施方案中，有复制能力的逆转录病毒含有并非源自和/或衍生自逆转录病毒的一种或多种病毒基因和/或多核苷酸序列。在特定实施方案中，有复制能力的γ逆转录病毒(例如，RCR)含有并非源自和/或衍生自γ逆转录病毒的一种或多种病毒基因和/或多核苷酸序列。在特定实施方案中，有复制能力的慢病毒载体(例如，RCL)含有并非源自和/或衍生自慢病毒的一种或多种病毒基因和/或多核苷酸序列。
在某些实施方案中，病毒载体是假型的，例如与外来病毒基因和/或蛋白质组合，例如以改变宿主的向性和/或增加或降低病毒载体的稳定性。在某些实施方案中，有复制能力的病毒(例如，RCR或RCL)的检测、评估和/或测量是或包括并非衍生自和/或源自病毒的病毒基因和/或与所述病毒基因关联或相关的参数的评估、测量和/或检测。
在一些实施方案中，有复制能力的病毒(例如，RCR或RCL)的检测、评估和/或测量是或包括产生病毒载体的病毒基因的检测评估、测量和/或检测。在一些实施方案中，通过检测用于假型化病毒载体的病毒基因或多核苷酸序列来检测、测量或评估有复制能力的逆转录病毒、慢病毒和/或γ逆转录病毒。
在一些实施方案中，靶基因(例如，病毒基因(如第一、第二或另外的病毒基因))可以衍生自任何适当的病毒，如逆转录病毒，例如γ逆转录病毒或慢病毒。在一些实施方案中，靶基因是来自病毒的逆转录病毒衍生的基因，所述病毒包括但不限于：莫洛尼鼠白血病病毒(MoMuLV或MMLV)、哈维鼠肉瘤病毒(HaMuSV或HSV)、鼠乳腺肿瘤病毒(MuMTV或MMTV)、长臂猿白血病病毒(GaLV或GALV)、人免疫缺陷病毒(HIV)和劳斯肉瘤病毒(RSV)。在一些实施方案中，靶基因可以是来自其他病毒(如水疱性口炎病毒(VSV)、肝炎病毒或流感病毒)的靶基因。
在一些实施方案中，靶基因来自长臂猿白血病病毒(GaLV)。在一些方面，靶基因(例如，病毒基因(如第一、第二或另外的病毒基因))来自莫洛尼鼠白血病病毒(MMLV)。在一些实施方案中，靶基因(例如，病毒基因(如第一、第二或另外的病毒基因))来自水疱性口炎病毒(VSV)。
在一些实施方案中，测量、评估、定量和/或确定靶基因以评估有复制能力的逆转录病毒的存在、不存在、量、水平和/或浓度。在特定实施方案中，有复制能力的逆转录病毒是有复制能力的γ逆转录病毒(RCR)。在一些实施方案中，通过测量衍生自和/或源自γ逆转录病毒的靶基因来检测有复制能力的γ逆转录病毒。在一些实施方案中，靶基因是源自和/或衍生自γ逆转录病毒的env、gag、pol、rev、pro、vpr、vif、vpu、nef、vpx或Tat基因。在特定实施方案中，靶基因是源自和/或衍生自γ逆转录病毒的env、gag、pol或rev。在一些实施方案中，靶基因用于和/或包含在质粒中或在用于产生γ逆转录病毒载体的细胞中表达，并且源自和/或衍生自非γ逆转录病毒的病毒。在一些实施方案中，靶基因是并非衍生自γ逆转录病毒的env、gag、pol、rev、pro、vpr、vif、vpu、nef、vpx或Tat基因。在一些实施方案中，靶基因是假型化基因。在特定实施方案中，靶基因是源自和/或衍生自非γ逆转录病毒的病毒(例如，VSV)的env。示例性γ逆转录病毒包括但不限于鼠白血病病毒(MLV)、莫洛尼鼠白血病病毒(MMLV)、艾贝尔森鼠白血病病毒、猫白血病病毒、猫肉瘤病毒和禽网状内皮增生病病毒。
在一些实施方案中，靶基因是逆转录病毒gag基因。在一些实施方案中，gag基因是莫洛尼鼠白血病病毒(MMLV)gag基因或人免疫缺陷病毒(HIV)gag基因。在一些实施方案中，gag基因编码存在于有复制能力的病毒中的病毒蛋白，但是包含重组和/或异源分子的非有复制能力的病毒载体颗粒中不存在所述基因。在一些实施方案中，gag基因编码包含病毒基质、衣壳和核衣壳蛋白的多蛋白。示例性蛋白质包括p17、p24、p9和p6。在一些实施方案中，携带有复制能力的病毒的经转导细胞将转录病毒载体颗粒中不存在的各种病毒基因，包括MMLV或HIV gag基因。在一些实施方案中，MMLV gag基因包含SEQ ID NO:27所示的序列、或与这样的序列具有至少或约85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列。在一些实施方案中，HIV gag基因包含SEQ ID NO:31所示的序列、或与这样的序列具有至少或约85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列。
在一些实施方案中，靶基因是逆转录病毒pol基因。在一些实施方案中，pol基因是MLV pol基因或HIV pol基因。在一些实施方案中，除了其他蛋白质以外，pol基因编码蛋白酶(PR)、逆转录酶(RT)和整合酶(IN)。在一些实施方案中，pol基因编码存在于有复制能力的病毒中的病毒蛋白，但是包含重组和/或异源分子的非有复制能力的病毒载体颗粒中不存在所述基因。通常，携带有复制能力的病毒的经转导细胞将转录病毒载体颗粒中不存在的各种病毒基因，包括pol基因。在一些实施方案中，pol基因包含SEQ ID NO:29所示的序列、或与这样的序列具有至少或约85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列。在一些实施方案中，pol基因包含SEQ ID NO:32所示的序列、或与这样的序列具有至少或约85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列。
在某些实施方案中，靶基因是逆转录病毒env基因。在一些情况下，env基因是长臂猿白血病病毒(GaLV)env基因。在一些实施方案中，GaLV env基因编码存在于有复制能力的逆转录病毒中的病毒包膜蛋白，但是编码重组和/或异源分子的非有复制能力的病毒载体颗粒中不存在所述基因。通常，携带有复制能力的病毒的经转导细胞将转录病毒载体颗粒中不存在的各种病毒基因，包括GaLV env基因。在一些实施方案中，GaLV env基因包含SEQID NO:25所示的序列、或与这样的序列具有至少或约85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列。
在一些实施方案中，测量、评估、定量和/或确定靶基因以评估有复制能力的慢病毒(RCL)的存在、不存在、量、水平和/或浓度。在一些实施方案中，通过测量衍生自和/或源自慢病毒的靶基因来检测RCL。在一些实施方案中，靶基因是源自和/或衍生自慢病毒的env、gag、pol、rev、pro、vpr、vif、vpu、nef、vpx或Tat基因。在特定实施方案中，靶基因是源自和/或衍生自慢病毒的env、gag、pol或rev。在一些实施方案中，靶基因用于和/或包含在质粒中或在用于产生γ逆转录病毒载体的细胞中表达，并且源自和/或衍生自非慢病毒的病毒。在一些实施方案中，靶基因是并非衍生自慢病毒的env、gag、pol、rev、pro、vpr、vif、vpu、nef、vpx或Tat基因。在一些实施方案中，靶基因是假型化基因。在特定实施方案中，靶基因是源自和/或衍生自非慢病毒的病毒(例如，VSV)的env。
在一些实施方案中，慢病毒包括牛慢病毒群、马慢病毒群、猫慢病毒群、绵羊山羊慢病毒群和灵长类慢病毒群的成员。适用于基因递送的慢病毒载体的设计和使用描述于例如2001年3月27日授权的美国专利号6,207,455和2000年12月26日授权的美国专利号6,165,782中。慢病毒的例子包括但不限于HIV-1、HIV-2、HIV-1/HIV-2假型、HIV-1/SIV、FIV、山羊关节炎脑炎病毒(CAEV)、马传染性贫血病毒和牛免疫缺陷病毒。在一些实施方案中，慢病毒载体包括但不限于衍生自HIV-1、SIVmnd1、SIVlst、SIVsun、SIVolc或SIVwrc慢病毒的慢病毒载体。
在一些实施方案中，靶基因是慢病毒rev基因。在一些实施方案中，rev基因是人免疫缺陷病毒(HIV)rev基因。在一些实施方案中，rev基因编码反式激活蛋白。在一些实施方案中，rev基因编码存在于有复制能力的病毒中的病毒蛋白，但是包含重组和/或异源分子的非有复制能力的病毒载体颗粒中不存在所述基因。通常，携带有复制能力的病毒的经转导细胞将转录病毒载体颗粒中不存在的各种病毒基因，包括rev基因。在一些实施方案中，rev基因包含SEQ ID NO:33所示的序列、或与这样的序列具有至少或约85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列。
在一些实施方案中，靶基因是假型化基因和/或是源自和/或衍生自非逆转录病毒的病毒的env。在一些方面，env基因是水疱性口炎病毒env基因(例如VSVG)。在一些实施方案中，VSV env基因编码存在于有复制能力的病毒中的病毒包膜蛋白，但是编码重组和/或异源分子的非有复制能力的病毒载体颗粒中不存在所述基因。通常，携带有复制能力的病毒的经转导细胞将转录病毒载体颗粒中不存在的各种病毒基因，包括VSVG env基因。在一些实施方案中，VSVG env基因包含SEQ ID NO:26所示的序列、或与这样的序列具有至少或约85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列。
在某些实施方案中，靶基因是慢病毒pol基因。在一些实施方案中，pol基因是人免疫缺陷病毒(HIV)pol基因。在一些实施方案中，除了其他蛋白质以外，pol基因编码蛋白酶(PR)、逆转录酶(RT)和整合酶(IN)。在特定实施方案中，pol基因编码存在于有复制能力的慢病毒中的病毒蛋白，但是包含重组和/或异源分子的非有复制能力的慢病毒载体颗粒中不存在所述基因。通常，携带有复制能力的慢病毒的经转导细胞将转录病毒载体颗粒中不存在的各种病毒基因，包括慢病毒pol基因。在特定实施方案中，pol基因包含SEQ ID NO:32所示的序列、或与这样的序列具有至少或约85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列。
在特定实施方案中，所述方法包括一个或多个用于检测样品中(例如，测试样品和/或生物样品中)的RCR的步骤。在特定实施方案中，本文提供的方法包括一个或多个用于检测、测量、评估和/或定量一种或多种靶基因的步骤，所述一种或多种靶基因是γ逆转录病毒基因和/或用于产生γ逆转录病毒载体(如用于基因递送的复制缺陷型γ逆转录病毒载体)的基因。在特定实施方案中，所述方法包括一个或多个用于检测、测量、评估和/或定量一种或多种对照基因的步骤。在一些实施方案中，对照基因是肌动蛋白。在特定实施方案中，靶基因是GaLV env。在某些实施方案中，靶基因是MMLV gag。在一些实施方案中，靶基因是GaLV env和MMLV gag。
在特定实施方案中，所述方法包括一个或多个用于检测样品中(例如，测试样品和/或生物样品中)的RCL的步骤。在特定实施方案中，本文提供的方法包括一个或多个用于检测、测量、评估和/或定量一种或多种靶基因的步骤，所述一种或多种靶基因是慢病毒基因和/或用于产生慢病毒载体(如用于基因递送的复制缺陷型慢病毒载体)的基因。在特定实施方案中，所述方法包括一个或多个用于检测、测量、评估和/或定量一种或多种对照基因的步骤。在一些实施方案中，对照基因是肌动蛋白。在特定实施方案中，靶基因是rev，例如HIV rev。在某些实施方案中，靶基因是VSV-G。在一些实施方案中，靶基因是rev和VSV-G。
2.对照基因
在一些实施方案中，除测量、检测、评估和/或定量参数之外，还测量、检测、评估和/或定量对照参数的量、水平和/或浓度。在特定实施方案中，对照参数的值或测量与对照基因或基因表达产物的量、水平和/或浓度相关和/或关联。在一些实施方案中，参数和对照参数都是基因或基因表达产物，例如蛋白质。在某些实施方案中，参数和对照参数都是基因、RNA多核苷酸和/或衍生自RNA多核苷酸的DNA多核苷酸。在某些实施方案中，对照参数的值或测量与对照基因或基因表达产物的水平、浓度和/或或量相关，例如负相关或正相关。在一些实施方案中，基因表达产物是mRNA。在特定实施方案中，对照基因表达产物是非病毒RNA，例如人mRNA。
在一些实施方案中，对照参数是RNA。在特定实施方案中，测量、检测、评估和/或定量对照参数是或包括测量、检测、评估和/或定量RNA的水平和/或量。在一些实施方案中，对照参数是DNA。在特定实施方案中，测量、检测、评估和/或定量对照参数是或包括测量、检测、评估和/或定量DNA的水平和/或量。在特定实施方案中，用PCR(例如，qPCR或RT-PCR)测量、评估、检测和/或定量对照参数。
在一些实施方案中，除评估靶基因的原病毒DNA或病毒RNA水平之外，还评估对照基因的水平。在一些情形中，对照基因是其DNA或RNA水平和/或转录被认为不受有复制能力的病毒的存在影响或不随之变化的基因。在一些实施方案中，对照基因是持家基因，例如：β肌动蛋白(ACTB；β-肌动蛋白)、β微管蛋白(β-微管蛋白；TUBB)、泛素、β-葡糖醛酸糖苷酶(GUSB)、次黄嘌呤-鸟嘌呤磷酸核糖基转移酶(HPRT1)、核糖体RNA(例如28s或18s)和/或甘油醛3-磷酸脱氢酶(GAPDH)。在一些方面，将对照基因的评估与靶基因复用。在一些情形中，对照基因的评估控制测定中的DNA或RNA质量。在一些实施方案中，对照基因在反应(例如，孔)中的存在确认存在DNA并且其质量足以能够进行PCR扩增。在一些实施方案中，为了评估RNA，对照基因在反应(例如，孔)中的存在确认存在RNA并且其质量足以能够进行逆转录和PCR扩增。
在一些实施方案中，对照基因是已知用作PCR(例如，RT-PCR和/或qPCR)测定的对照基因的许多基因或多核苷酸或其部分中的任何一种。
在一些实施方案中，对照基因是或包含肌动蛋白，如人β肌动蛋白(β-肌动蛋白)。在一些方面，肌动蛋白基因包含SEQ ID NO:28所示的序列、或与这样的序列具有至少或约85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列。在某些实施方案中，对照基因是或包含白蛋白(ALB)。在一些方面，ALB包含SEQ ID NO:65所示的序列、或与这样的序列具有至少或约85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列。
B.测定准备、方案和分析
在某些实施方案中，进行一种或多种测定以检测、测量、评估和/或定量参数。在一些实施方案中，检测、测量、评估和/或定量参数是或包括检测、测量、评估和/或定量多核苷酸(例如，原病毒DNA多核苷酸、病毒RNA多核苷酸和/或衍生自RNA多核苷酸的DNA多核苷酸)的水平。在某些实施方案中，检测、测量、评估和/或定量参数是或包括检测、测量、评估和/或定量蛋白质(例如，病毒蛋白)的水平。
在一些实施方案中，参数是或包括多核苷酸的水平或量。在特定实施方案中，可以通过任何合适的手段评估、测量、确定和/或定量多核苷酸在样品中的量或水平。例如，在一些实施方案中，可以通过如下方法来评估、测量、确定和/或定量多核苷酸的量或水平：聚合酶链式反应(PCR)，包括逆转录酶(rt)PCR、微滴数字PCR、实时和定量PCR方法(包括例如
分子信标、LIGHTUPTM、SCORPIONTM、
参见例如，美国专利号5,538,848；5,925,517；6,174,670；6,329,144；6,326,145和6,635,427)；RNA印迹；例如逆转录产物和衍生物的DNA印迹；基于阵列的方法，包括印迹阵列、微阵列或原位合成阵列；以及测序，例如合成测序、焦磷酸测序、双脱氧测序或连接测序；或本领域已知的任何其他方法，如Shendure等人,Nat.Rev.Genet.5:335-44(2004)或Nowrousian,EukaryoticCell 9(9):1300-1310(2010)中讨论的，包括诸如
454、
ABI
和
测序等特定平台。在特定实施方案中，通过qRT-PCR测量多核苷酸的水平。在一些实施方案中，qRT-PCR针对每种基因使用三个核酸集，其中三种核酸包含引物对连同在引物结合的靶核酸区域之间结合的探针。
在一些实施方案中，通过测序一种或多种多核苷酸来测量、评估、检测和/或定量所述一个或多个参数。在一些实施方案中，通过非Sanger测序方法和/或下一代测序(NGS)技术进行测序。下一代测序技术的例子包括但不限于大规模平行标记测序(MPSS)、Polony测序、焦磷酸测序、可逆染料终止子测序、SOLiD测序、离子半导体测序、DNA纳米球测序、Helioscope单分子测序、单分子实时(SMRT)测序、单分子实时(RNAP)测序和纳米孔DNA测序。在一些实施方案中，NGS技术是RNA测序(RNA-Seq)。RNA测序方法已经针对最常见的DNA测序平台[HiSeq系统(Illumina)、454Genome Sequencer FLX系统(Roche)、AppliedBiosystems SOLiD(Life Technologies)、IonTorrent(Life Technologies)]进行改编。这些平台通常需要首先将RNA逆转录为cDNA。相反，单分子测序仪HeliScope(HelicosBioSciences)能够使用RNA作为测序模板。还已经证明了在PacBio RS平台上直接进行RNA测序的原理论证(Pacific Bioscience)。在一些实施方案中，通过RNA-seq来评估、测量、确定和/或定量所述一种或多种RNA基因产物。
1.多核苷酸
在某些实施方案中，病毒是RNA病毒，例如逆转录病毒、γ逆转录病毒或慢病毒。在某些实施方案中，RNA病毒进入宿主细胞(例如哺乳动物细胞)，并且将病毒基因序列整合到宿主细胞的基因组DNA中。在某些实施方案中，编码病毒基因的DNA是原病毒DNA。在一些实施方案中，可以通过检测、评估或测量DNA内序列的测定(例如PCR反应，如基于DNA的PCR或qPCR)来检测经整合的病毒基因，例如原病毒基因。在某些实施方案中，可以通过检测到的编码由宿主细胞产生的病毒基因的mRNA来检测、评估或测量病毒基因的存在。此类测定可以包括但不限于逆转录酶PCR和/或逆转录酶qPCR。
a.RNA
在一些实施方案中，参数是靶基因的RNA的水平或量。在一些实施方案中，将RNA用作模板以使用引物通过逆转录产生cDNA。在一些情况下，然后将cDNA用作模板以用引物进行PCR扩增。在一些方面，通过定量PCR检测扩增子的存在或不存在或水平。在一些实施方案中，通过逆转录酶聚合酶链式反应(RT-PCR)和/或定量PCR(qPCR)评估靶基因(例如，第一或第二病毒基因)和/或对照基因的RNA水平。在一些方面，在同一测定中(例如，在一步测定(RT-qPCR)中)进行逆转录酶PCR和qPCR。在一些实施方案中，使用对靶基因的一个或多个序列具特异性的一种或多种寡核苷酸引物(例如，正向和反向引物)来评估靶基因的RNA水平。在一些实施方案中，使用对对照基因的一个或多个序列具特异性的一种或多种寡核苷酸引物(例如，正向和反向引物)来评估对照基因的RNA水平。在一些情况下，对靶基因或对照基因的序列具特异性的寡核苷酸探针分别用于评估靶基因或对照基因的RNA水平。在一些实施方案中，在测试样品中(例如，在来自包含异源核酸的细胞的RNA中)评估靶基因和/或对照基因的RNA水平。在一些情况下，通过分别确定测试样品中存在的靶RNA和对照RNA的相对量来评估靶基因和对照基因的RNA水平。
在一些情况下，从样品中(如从经转导细胞中)提取RNA。在一些实施方案中，在提取RNA之前裂解细胞。因此，在一些情形中，从细胞裂解物中提取RNA。可以使用熟练技术人员已知的试剂和方法分离RNA。在一些实施方案中，用DNA酶处理经提取的RNA，例如以去除或防止DNA污染。
在一些实施方案中，在测试样品中(例如，在来自包含异源核酸的细胞的RNA中)评估靶基因和/或对照基因的RNA水平。在一些情况下，通过分别确定测试样品中存在的靶RNA和对照RNA的相对量来评估靶基因和对照基因的RNA水平。
在一些情况下，从样品中(如从经转导细胞中)提取RNA。在一些实施方案中，在提取RNA之前裂解细胞。因此，在一些情形中，从细胞裂解物中提取RNA。可以使用熟练技术人员已知的试剂和方法分离RNA。在某些实施方案中，从样品中提取的设定或预定量的RNA用于评估靶RNA和/或靶基因的存在、不存在、量或浓度。在一些实施方案中，例如在单个反应和/或孔中测量、评估或检测至少10ng、25ng、50ng、100ng、250ng、300ng、500ng、750ng、1000ng、1500ng、2000ng、2500ng、3000ng、3500ng、4000ng、4500ng、5000ng或10,000ng RNA，以检测靶基因和/或RNA的存在、不存在、浓度或量。
在一些方面，评估RNA的纯度、完整性和/或浓度。在用于评估RNA的一些情况下，如果RNA的A260/280值高于2，如在2.000与2.100之间，则认为其具有可接受的纯度，例如没有诸如DNA的实质性污染。
在一些实施方案中，使用来自测试样品的RNA作为用于逆转录酶聚合酶链式反应(RT-PCR)的模板来合成cDNA。可以使用许多已知的逆转录酶PCR试剂中的任何一种。
在一些实施方案中，通过定量聚合酶链式反应(qPCR)评估所述一种或多种靶基因的RNA水平。在一些情况下，在qPCR测定之前，以来自测试样品的RNA为模板通过逆转录酶PCR合成cDNA。在一些评估RNA的情形中，在一步反应(RT-qPCR)中进行逆转录酶PCR和qPCR。
b.DNA
在一些实施方案中，参数是靶基因的DNA的水平或量。例如，在一些情况下，DNA是来自生物样品(例如，细胞)的基因组DNA。在一些实施方案中，通过聚合酶链式反应(例如，qPCR)评估靶基因(例如，第一或第二病毒基因)和/或对照基因的DNA水平。在一些实施方案中，使用对靶基因的一个或多个序列具特异性的一种或多种寡核苷酸引物(例如，正向和反向引物)来评估靶基因的DNA水平。在一些实施方案中，使用对对照基因的一个或多个序列具特异性的一种或多种寡核苷酸引物(例如，正向和反向引物)来评估对照基因的DNA水平。在一些情况下，对靶基因或对照基因的序列具特异性的寡核苷酸探针分别用于评估靶基因或对照基因的DNA水平。在实施方案中，可以用RNA酶处理、接触和/或孵育DNA样品，例如以去除和/或防止RNA污染。
在一些实施方案中，在测试样品中(例如，在来自包含异源核酸的细胞的DNA中)评估靶基因和/或对照基因的DNA水平。在一些情况下，通过分别确定测试样品中存在的靶核酸和对照核酸的相对量来评估靶基因和对照基因的DNA水平。
在一些情况下，从样品中(如从经转导细胞中)提取DNA。在一些实施方案中，在提取DNA之前裂解细胞。因此，在一些情形中，从细胞裂解物中提取DNA。可以使用已知的试剂和方法分离DNA。
在一些实施方案中，从样品中提取的设定或预定量的DNA用于评估靶DNA和/或靶基因的存在、不存在、量或浓度。在一些实施方案中，例如在单个反应中和/或在单个孔中测量、评估或检测至少10ng、25ng、50ng、100ng、250ng、300ng、500ng、750ng、1000ng、1500ng、2000ng、2500ng、3000ng、3500ng、4000ng、4500ng、5000ng或10,000ng DNA，以检测靶基因和/或RNA的存在、不存在、浓度或量。
在一些实施方案中，在测试样品中(例如，在来自包含异源核酸的细胞的DNA中)评估靶基因和/或对照基因的DNA。在一些情况下，通过分别确定测试样品中存在的靶DNA和对照DNA的相对量来评估靶基因和对照基因的DNA水平。
在一些方面，评估DNA的纯度、完整性和/或浓度。在用于评估DNA的一些情况下，如果DNA的A260/280值高于1.8，如在1.800与2.100之间，则认为其具有可接受的纯度，例如没有诸如DNA的实质性污染。
2.测定，例如PCR
在一些实施方案中，将对照和测试样品分配给多孔形式或板(如96孔板)的一个或多个孔。在一些情况下，将对照和/或测试样品各自在多孔板的单个孔中进行测定。在一些情形中，将对照和/或测试样品以重复(如一式三份)运行。
在一些实施方案中，将对照和/或测试样品与对对照基因和/或靶基因的序列具特异性的一种或多种寡核苷酸引物(如正向和反向引物，如本文所述的那些中的任何一种)混合。下文描述了示例性引物。
在一些实施方案中，通过定量PCR(例如，实时PCR)检测对照和/或靶基因扩增子的存在。在一些情形中，将对对照基因具特异性的水解探针和/或对靶基因具特异性的水解探针与测试和/或对照样品混合。在一些情况下，将对照和/或靶样品与其他用于进行逆转录酶PCR和/或定量PCR测定的试剂(如本领域已知的任何试剂)混合。
在一些实施方案中，基于通过定量PCR的检测和Ct值的计算来确定或估计DNA或RNA的量。在一些实施方案中，确定或计算待分析的所有反应的定义的信号阈值。在一些实施方案中，针对靶核酸(如病毒RNA或病毒基因)，以及针对一种或多种对照基因，确定达到此信号阈值所需的扩增循环数(阈值循环或“Ct”)。可以使用本领域已知的方法(Gibson等人,Genome Research 6:995-1001；Bieche等人,Cancer Research 59:2759-2765,1999；WO97/46707；WO 97/46712；WO 97/46714)，基于针对靶核酸和对照基因获得的Ct值来确定病毒基因或对照基因在测试样品中的存在或量(如绝对或相数量)。
在一些实施方案中，将测定作为多重反应来进行。例如，在一些情况下，在多重反应中评估靶基因和对照基因的DNA或RNA水平。同时评估靶基因和对照基因的优势包括可以跨孔和测定板确认并归一化测定中的DNA或RNA质量。
在用于评估RNA的一些实施方案中，对照基因在反应(例如，孔)中的存在确认存在RNA并且其质量足以能够进行逆转录和PCR扩增，并且这可以防止检测到由RNA质量差或反应条件受损引起的假阴性。在一些方面，使用针对非病毒基因的引物。在某些实施方案中，对照基因是内源细胞基因组的基因和/或基因产物，如持家基因和/或具有已知表达的基因或基因产物。在一些实施方案中，合适的对照基因是已知的，并且包括但不限于肌动蛋白(例如，ACTB)、白蛋白(ALB)、GAPDH、18S RNA和泛素。
在用于评估RNA的一些实施方案中，对照反应是或包括被设计用于检测样品(例如，测试样品和/或生物样品)中的残留核酸的测定或反应。在用于评估RNA的某些实施方案中，RNA在对照反应(例如，孔)中的存在指示阳性结果(例如，RNA在样品中的存在)至少部分是由于残留DNA与样品中的RNA具有相同的序列。对照(in control)反应是逆转录酶PCR反应，其中不进行逆转录步骤。在某些实施方案中，从由逆转录反应产生的cDNA中检测RNA，因此，如果不存在污染性DNA，则不存在逆转录反应将不会导致将在PCR(例如，逆转录酶PCR反应)中扩增的cDNA的产生。
在用于评估RNA或DNA的某些实施方案中，对照反应是或包括被设计用于检测样品(例如，测试样品和/或生物样品)中的残留核酸的测定或反应。在一些实施方案中，对照反应检测对病毒产生质粒具特异性和/或独特的序列(如病毒或宿主细胞基因组和/或转录组中不存在的序列)的存在或不存在。在一些实施方案中，对照测定或反应是PCR，例如qPCR或逆转录酶PCR。在一些实施方案中，用靶向对病毒产生质粒具特异性和/或独特的序列的一种或多种引物和探针进行对照反应。
在一些方面，可以在测定中复用两种或更多种靶基因，例如第一、第二或另外的病毒基因。在一些情况下，将所述两种或更多种靶基因与所述一种或多种对照基因复用。在一些方面，在多重反应中评估两种或更多种靶基因的优势包括将从相同的起始材料(例如，相同量的具有相同质量的DNA或RNA)中确定基因的DNA或RNA水平。在一些实施方案中，在与靶基因相同的孔中评估一种或多种对照基因可以是有利的，因为在与靶基因经历相同反应条件的同一孔中，对照基因的存在或检测提供了阳性对照。
在一些实施方案中，所提供的方法包括将在测试样品中检测到的原病毒DNA或病毒RNA的值或水平(如量或浓度)与已经评估的每种病毒基因的参考值或水平进行比较，并且基于比较，确定在测试样品中是否存在有复制能力的病毒。在一些实施方案中，可以直接或间接地测量测试样品和/或参考值。
3.样品制备
a.样品
在一些实施方案中，样品(例如，生物样品或测试样品)含有与病毒核酸(例如，具有病毒序列和/或源自病毒的序列的核酸，如原病毒DNA或病毒RNA)的水平关联、相关和/或预测所述水平的一个或多个参数。在特定实施方案中，所述一个或多个参数与原病毒DNA或病毒RNA在生物样品中的水平关联、相关和/或预测所述水平。
在某些实施方案中，样品(例如，测试和/或生物样品)含有一种或多种细胞。在一些实施方案中，细胞源自和/或源自生物样品和/或与生物样品相同的来源。在特定实施方案中，样品含有衍生自生物样品的细胞或衍生自与生物样品相同来源的多肽和/或多核苷酸。在一些实施方案中，测试样品含有DNA。在一些实施方案中，测试样品含有RNA。在某些实施方案中，测试样品含有衍生自病毒RNA的DNA，例如cDNA。在一些实施方案中，测试样品含有蛋白质。
在某些实施方案中，样品(例如，测试样品和/或生物样品)含有一种或多种基因表达产物，例如反映基因(例如，靶病毒RNA基因)的存在和/或活性、与之相关和/或与之关联的多肽和/或多核苷酸。在某些实施方案中，测试样品含有反映基因(例如，靶病毒RNA基因)的存在和/或活性、与之相关和/或与之关联的一种或多种多肽。在一些实施方案中，多肽是或包括经修饰的多肽(例如，二甲基化、三甲基化、乙酰化、磷酸化、泛素化、棕榈酰化、糖基化、脂化、磺化和/或亚硝基化的多肽)，所述经修饰的多肽反映基因(例如，靶病毒基因)的存在和/或活性，与之相关，和/或与之关联。在特定实施方案中，样品(例如，测试样品和/或生物样品)含有反映基因(例如，靶病毒基因)的存在和/或活性、与之相关和/或与之关联的一种或多种多核苷酸。在一些实施方案中，所述一种或多种多核苷酸是或包括编码病毒基因(例如，靶病毒基因)的DNA或RNA。在某些实施方案中，所述一种或多种多核苷酸是或包括DNA、RNA和cDNA，其衍生自编码病毒基因(例如，靶病毒基因)的RNA。
在某些实施方案中，样品(例如，测试样品和/或生物样品)含有取自、衍生自和/或源自细胞的参数。在特定实施方案中，细胞被包含在样品中。在特定实施方案中，样品含有取自、源自和/或衍生自生物样品和/或与生物样品相同来源的细胞。在某些实施方案中，细胞来自生物样品。在特定实施方案中，细胞来自与生物样品相同的来源。在一些实施方案中，样品含有来自细胞的DNA。在一些实施方案中，测试样品含有来自细胞的RNA。在某些实施方案中，测试样品含有衍生自来自细胞的RNA的DNA(例如，cDNA)，所述细胞是例如来自生物样品或与生物样品相同来源的细胞。
在一些实施方案中，细胞(例如，来自生物样品和/或来自与生物样品相同来源的细胞)是已经与加工和制备工程化细胞(如用于过继细胞疗法和/或被配制用于这样的用途的那些，例如在包含药学上可接受的受体和/或冷冻保存剂的药物组合物中)结合产生的细胞。在一些实施方案中，通过所述方法评估的细胞来自病毒包装细胞系(VPC)、主细胞库(MCB)或工作细胞库(WCB)，所述细胞是例如来自生物样品和/或来自与生物样品相同来源的细胞，其在一些方面可以是对照细胞。在一些实施方案中，使用VPC产生病毒载体，所述VPC被设计用于合成产生功能性逆转录病毒载体颗粒所需的逆转录病毒蛋白。在一些实施方案中，VPC不包括载体基因组。在一些实施方案中，MCB包含查实或证实用作包装细胞系的细胞，如VPC。此类细胞通常能够产生高滴度或高质量的病毒载体颗粒。在一些实施方案中，WCB用于制造批或批次的病毒载体颗粒。在一些实施方案中，制造病毒载体批包括在适当条件下从工作细胞库、主细胞库或培养基中的细胞系扩增种子小瓶。在一些实施方案中，如基于展示了最大载体产量的时期的初步实验所确定的，在几天里收获含有载体颗粒的上清液批次。在一些情况下，可以使含有病毒载体的上清液经受有限的纯化步骤，以去除细胞碎片。在一些实施方案中，作为批释放测试的一部分，测试批量收获上清液的有复制能力的病毒。
在一些实施方案中，细胞(例如，来自生物样品和/或来自与生物样品相同来源的细胞)是用于瞬时产生病毒载体颗粒的包装细胞或宿主细胞。在一些实施方案中，病毒载体颗粒可以通过瞬时产生方法来产生，所述瞬时产生方法需要将编码载体基因组和包装构建体的质粒共转染到宿主细胞中。在一些实施方案中，当产生慢病毒载体时，瞬时产生可能是有利的，因为用于慢病毒载体的VPC部分由于某些包装组分(如HIV gag和VSV-G)的潜在细胞毒性效应而不能广泛使用。在一些实施方案中，瞬时产生方法可以用于产生γ逆转录病毒载体。在一些实施方案中，瞬时产生绕过了对VPC的需要。通常以与用于VPC的主细胞库和工作细胞库的那些测试类似的方式扩增和表征用于瞬时病毒载体颗粒产生的细胞，以确保细胞产生高滴度、高质量的病毒载体颗粒。
在一些实施方案中，所得载体制剂具有在转染期间使用的高水平的污染性质粒DNA。因此，在一些实施方案中，瞬时产生的病毒载体颗粒可以经历另外的步骤以去除质粒DNA(如DNA酶消化)，之后进行后续的纯化步骤。
在用于评估RNA的一些实施方案中，所得载体制剂具有可检测水平的其他核酸，包括在转染期间使用的质粒DNA和在病毒产生期间产生的RNA(包括来自VPC或用于瞬时病毒载体颗粒产生的细胞的污染性RNA)。因此，在一些实施方案中，选择用于检测RCR的所描述方法的靶基因能够区分污染性核酸的背景量、水平或浓度与指示RCR在样品中的存在、不存在、量、浓度或风险的量、水平或浓度。
在一些实施方案中，通过所提供的方法和/或组合物评估的生物样品和/或与生物样品相同来源的细胞(例如，测试样品的细胞)已经被转导以含有异源核酸和/或编码异源蛋白质或其他核酸或多肽产物(例如，人或人衍生的重组蛋白质)的核酸。在一些实施方案中，异源核酸编码结合分子，如重组受体，如嵌合抗原受体(CAR)或转基因T细胞受体(TCR)。在一些实施方案中，细胞由此类细胞的群体、含有此类细胞的组合物和/或富含此类细胞的组合物所包含，如其中表达结合分子的细胞构成组合物中总细胞或某种类型的细胞(如T细胞或CD8+或CD4+细胞)的至少15％、20％、25％、30％、35％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或更高百分比。在一些实施方案中，细胞是原代T细胞。组合物包括用于给予(如用于过继细胞疗法)的药物组合物和配制品。
在一些实施方案中，测试样品包含来自基因工程化细胞的DNA或RNA，所述基因工程化细胞表达异源核酸和/或编码异源蛋白质或其他核酸或多肽产物(例如，人或人衍生的重组蛋白质)的核酸。细胞通常是真核细胞，如哺乳动物细胞，并且通常是人细胞。在一些实施方案中，细胞(例如，测试样品和/或生物样品的细胞)衍生自血液、骨髓、淋巴或淋巴器官，是免疫系统的细胞，如先天免疫或适应性免疫的细胞，例如骨髓或淋巴样细胞(包括淋巴细胞，通常是T细胞和/或NK细胞)。其他示例性细胞包括干细胞，如多潜能干细胞和多能干细胞，包括诱导多能干细胞(iPSC)。在一些实施方案中，细胞是原代细胞，如直接分离自受试者和/或分离自受试者并冷冻的那些。
在一些实施方案中，细胞是自然杀伤(NK)细胞。在一些实施方案中，细胞是单核细胞或粒细胞，例如骨髓细胞、巨噬细胞、嗜中性粒细胞、树突细胞、肥大细胞、嗜酸性粒细胞和/或嗜碱性粒细胞。
在一些实施方案中，细胞(例如，来自测试样品、生物样品和/或来自与生物样品相同来源的细胞)包括经由基因工程化引入的一种或多种核酸，从而表达此类的重组或基因工程化产物。在一些实施方案中，核酸是异源的，即通常不存在于细胞或从细胞获得的样品中，如从另一种生物或细胞获得的核酸，例如，所述核酸通常不在被工程化的细胞和/或衍生出细胞的生物中发现。在一些实施方案中，核酸不是天然存在的，如自然界中未发现的核酸，包括包含编码来自多种不同细胞类型的各种结构域的核酸的嵌合组合的核酸。
在一些实施方案中，可以在经转导细胞或工程化细胞的制备、产生或制造中的任何点评估有复制能力的病毒的存在或不存在，所述经转导细胞或工程化细胞包括被或将被或已经被转导用于过继细胞疗法和受试者的治疗后监控的细胞。用于加工细胞的示例性步骤包括以下中所涉及的步骤：分离、分开、选择、培育(例如，刺激细胞，例如以诱导其增殖和/或激活)、转导、洗涤、悬浮、稀释、浓缩和/或配制细胞，包括已知和/或本文所述的那些。在特定实施方案中，加工步骤包括用病毒载体颗粒转导细胞，其中与病毒载体颗粒一起孵育的至少一部分在封闭系统或室中进行以启动转导。所述方法可以还和/或可替代地包括其他加工步骤，如用于分离、分开、选择、培育(例如，刺激细胞，例如以诱导其增殖和/或激活)、洗涤、悬浮、稀释、浓缩和/或配制细胞的步骤。在一些实施方案中，测试样品从细胞获得，所述细胞已经经受转导，然后例如在37℃下培养大于或大于约1天、2天或3天，如通常大于4天、5天、6天、7天、8天、9天、10天、11天、12天、13天、14天或更长时间。
在一些实施方案中，测试样品和/或生物样品包含在基因工程化制造过程的任何阶段来自细胞的DNA或RNA。在一些实施方案中，测试样品含有衍生自在基因工程化制造过程的任何阶段来自细胞的RNA的DNA。例如，测试样品可以包含来自已经用编码重组和/或异源分子的病毒载体颗粒转导的细胞的RNA。在一些方面，测试样品可以包含来自已经用编码重组和/或异源分子的病毒载体颗粒转导的细胞的DNA。在一些实施方案中，测试样品可以包含衍生自来自已经用编码重组和/或异源分子的病毒载体颗粒转导的细胞的RNA的DNA。在一些实施方案中，测试样品从含有细胞(例如自体或同种异体细胞)的样品(例如，生物样品)获得，所述细胞通过用编码抗原受体(例如CAR)的异源核酸转导而工程化，并且经培养或扩增，如用于与过继细胞疗法结合使用。在一些情况下，测试样品含有来自已经被冷冻保存的此类经转导细胞的DNA、RNA或衍生自RNA的DNA，其在一些方面被称为冷冻保存的药物产品(CDP)。在一些情况下，测试样品含有来自已经被配制用于给予受试者的此类经转导细胞的RNA或衍生自RNA的DNA，其在一些方面被称为经配制的药物产品(FDP)。在一些实施方案中，在受试者已经接受了包含已经被转导(如用编码重组和/或异源分子(例如CAR)的病毒载体颗粒)的细胞的疗法之后，测试样品从这样的受试者获得。在一些实施方案中，作为对照，可以对尚未经受转导和/或基因工程化的患者匹配的对照样品进行所提供的方法，所述患者匹配的对照样品可以是含有待用于转导的所选择的或富集的细胞的样品。在一些实施方案中，这样的患者匹配的对照样品可以是冷冻保存的样品，其在一些情况下被称为冷冻保存的材料(CMAT)。
在一些情况下，从细胞中分离核酸可以包括细胞裂解、使包括DNA酶和/或RNA酶在内的细胞核酸酶失活、将核酸与其他细胞材料分离、洗涤和/或洗脱核酸。在一些实施方案中，测试样品DNA分离自细胞。用于从样品中获得和纯化DNA的合适技术和方法是已知的。在一些实施方案中，用于提取DNA的方法包括有机(苯酚-氯仿)、非有机、阴离子交换和基于二氧化硅的提取。例如，用于从样品中分离DNA的试剂和试剂盒是可商购的，并且包括但不限于DNeasy试剂盒(Qiagen)。
在一些实施方案中，RNA分离自细胞。用于从样品中获得和纯化RNA的合适技术和方法是已知的。例如，用于从样品中分离RNA的试剂和试剂盒是可商购的，并且包括但不限于RNeasy和RNeasy plus试剂盒(Qiagen)。在某些实施方案中，在测量和/或检测病毒核酸序列之前，将RNA逆转录。
在一些情况下，DNA或RNA分离自约1x104、1x105、1x106、1x107个或更多的细胞。在一些实施方案中，DNA或RNA分离自1x106个细胞。在一些情况下，DNA或RNA分离自样品或其所选部分所包含的所有或基本上所有细胞。
在一些实施方案中，将细胞与一种或多种细胞刺激剂一起孵育，所述一种或多种细胞刺激剂是能够诱导细胞内信号传导和/或细胞增殖的细胞结合试剂，如抗原结合剂，如抗体。在一些实施方案中，将细胞与抗CD3/抗CD28珠一起孵育，包括与之混合。
b.对照样品
在一些方面，另外在一种或多种对照样品上进行所提供的方法。在一些实施方案中，将质粒标准对照用作测定的PCR扩增部分的对照。在一些方面，质粒标准对照含有对照基因，如持家基因。在一些实施方案中，对照基因是b-肌动蛋白。
在一些实施方案中，质粒标准对照包含编码对照基因或其部分和靶基因或其部分的核酸。示例性质粒标准对照是或包括pActin-MMLV gag(SEQ ID NO:30)或pActin-GaLV(SEQ ID NO:34)。在一些实施方案中，编码靶基因和对照基因两者的质粒使得能够转录相似水平的编码靶基因和对照基因的RNA。在一些实施方案中，编码对照基因的序列可操作地连接至编码靶基因的序列，使得两个序列被共转录。在一些实施方案中，两个序列被共转录为单个核酸。在一些实施方案中，两个序列被以相似速率和/或以相似量的所产生的RNA转录物共转录为单独的核酸。在一些实施方案中，对照基因和靶基因的转录由相同的启动子控制。在一些实施方案中，对照基因和靶基因的转录由不同的启动子控制。在一些情况下，使用106至101个拷贝/反应(例如，孔)的质粒标准对照稀释系列。
在一些实施方案中，在测定中使用无模板对照(NTC)。在一些方面，无模板对照仅含有水和PCR试剂。在一些情况下，无模板对照提供有关PCR试剂的污染状态的信息。
在一些实施方案中，对于RNA样品，使用无逆转录酶(-RT)对照。在一些方面，-RT对照含有测试样品或对照样品，但是不含逆转录酶。结果，逆转录酶PCR不产生扩增子。因此，在一些情况下，-RT样品用于评价RNA模板的纯度和/或用于检测污染性DNA。
在一些方面，使用不含靶基因拷贝的阴性对照。在一些实施方案中，将来自不表达靶基因的细胞系的DNA或RNA用作阴性对照。在一些情形中，可以按与测试样品相比相似的浓度使用阴性对照。
在一些实施方案中，因在RNA分离程序期间的污染，将含有来自患者匹配材料的DNA或RNA的过程中对照用作对照，所述患者匹配材料尚未被编码重组和/或异源分子的病毒载体颗粒转导。
在一些实施方案中，评估了含有靶基因(例如，第一或第二病毒基因)的阳性对照。在一些方面，基于测定的靶基因DNA或RNA水平的检测极限来建立测定的阳性对照。在一些情形中，对于阳性对照，以等于或刚好高于测定的检测极限的量使用来自确实表达靶基因的细胞系的DNA或RNA。在一些方面，基于靶基因DNA或RNA的已知水平或最大可接受水平来建立测定的阳性对照。在一些情形中，对于阳性对照，以靶基因DNA或RNA的已知或最大可接受水平的量使用来自确实表达靶基因的细胞系的DNA或RNA。在一些实施方案中，如下文所述，将此阳性对照样品的DNA或RNA水平用作与测试样品进行比较的参考值。在一些方面，无RT对照用于确认或评估RNA纯度以评估RNA样品。
在一些实施方案中，对照条件、测定和/或反应是或包括被设计用于检测样品(例如，测试样品和/或生物样品)中的残留核酸的测定或反应。在某些实施方案中，对照测定或反应检测对病毒产生质粒(例如，γ逆转录病毒(如GaL-V假型病毒)或慢病毒(如VSV-G假型慢病毒)的病毒产生质粒)具特异性和/或独特的序列的存在或不存在。在一些实施方案中，对照测定或反应是PCR，例如qPCR或逆转录酶PCR。在一些实施方案中，用靶向对病毒产生质粒具特异性和/或独特的序列的一种或多种引物和探针进行对照测定或反应(例如，PCR)。在某些实施方案中，在样品(例如，测试样品和/或生物样品)中的细胞的基因组DNA或由细胞产生的mRNA中没有发现对病毒产生质粒具特异性和/或独特的序列。在某些实施方案中，在有复制能力的病毒(例如，RCR或RCL)中没有发现对病毒产生质粒具特异性和/或独特的序列。
在一些实施方案中，对产生质粒独特或具特异性的序列是或包括含有病毒基因或序列的至少一部分和质粒序列的一部分(例如，选择标记或表达盒)的序列。在一些实施方案中，对照测定或反应是或包括靶向穿过病毒基因的一部分跨越相邻选择盒的序列的PCR。例如，在特定实施方案中，用对病毒基因(例如，VSV-G env)具特异性的引物和对氨苄青霉素抗性基因(AMP)具特异性的引物进行PCR。在一些实施方案中，对VSV-G env具特异性的引物是或含有SEQ ID NO:64所示的序列、或与这样的序列具有至少85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性和/或同源性的序列，并且对AMP具特异性的引物是或含有选自SEQ ID NO:57-61所示的那些的序列。在一些实施方案中，对产生质粒具特异性的序列是或含有选择盒和/或抗生素抗性基因的一部分。在特定实施方案中，对照测定或反应是或包括对抗生素抗性基因(例如，AMP)具特异性的PCR。在一些实施方案中，用SEQ ID NO:57-62或与此类序列中的一个或多个具有至少85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性和/或同源性的序列所示的一种或多种引物和/或探针进行PCR。
4.引物和探针
在一些实施方案中，使用一种或多种寡核苷酸引物在测试样品和/或对照样品中评估靶基因，例如第一病毒基因和/或第二病毒基因。在一些情形中，所述一种或多种寡核苷酸引物对靶基因的序列具特异性。在一些情形中，所述一种或多种寡核苷酸引物对对照基因的序列具特异性。在一些方面，所述一种或多种寡核苷酸引物包含正向引物和反向引物。因此，在一些情况下，所述一种或多种寡核苷酸引物包含引物对。在一些情况下，所述引物对含有正向和反向引物，每种引物对靶基因或对照基因的序列具特异性。在一些方面，正向和反向引物对相同靶基因或对照基因的不同序列具特异性。
在一些实施方案中，所提供的引物和探针可用于检测与样品(例如，测试样品或生物样品)中的有复制能力的逆转录病毒(如有复制能力的γ逆转录病毒(RCR)或有复制能力的慢病毒(RCL))关联的靶病毒基因和/或病毒多核苷酸序列。在特定实施方案中，所提供的引物和探针可用于检测与有复制能力的逆转录病毒关联的靶病毒基因和/或病毒多核苷酸序列，所述有复制能力的逆转录病毒源自和/或产生自用于转导生物样品的细胞的病毒载体。在某些实施方案中，所提供的引物和探针可用于检测病毒载体中的复制能力所需的靶病毒基因和/或病毒多核苷酸序列，所述病毒载体用于转导样品中的细胞。
在一些实施方案中，寡核苷酸引物对DNA形式的靶基因具特异性。在一些方面，寡核苷酸引物对RNA形式的靶基因具特异性。
在一些方面，对靶基因(例如，第一或第二病毒基因)具特异性的所述一种或多种寡核苷酸引物对病毒env、gag、pol或rev基因的序列具特异性，例如与之结合。在一些实施方案中，对靶基因(例如，第一或第二病毒基因)具特异性的所述一种或多种寡核苷酸引物对病毒vpr、vif、vpu、vpx、nef和/或Tat基因的序列具特异性，例如与之结合。
在一些情形中，所述一种或多种寡核苷酸引物对来自病毒的基因的一部分具特异性，所述病毒包括但不限于：莫洛尼鼠白血病病毒(MoMuLV或MMLV)、哈维鼠肉瘤病毒(HaMuSV或HSV)、鼠乳腺肿瘤病毒(MuMTV或MMTV)、长臂猿白血病病毒(GaLV或GALV)、人免疫缺陷病毒(HIV)和劳斯肉瘤病毒(RSV)。在一些实施方案中，寡核苷酸引物可以对来自其他病毒(如水疱性口炎病毒(VSV)、肝炎病毒或流感病毒)的基因具特异性。
在一些情形中，所述一种或多种寡核苷酸引物对GaLV env、VSVG env或MMLV gag序列的一部分具特异性。在一些情况下，所述一种或多种寡核苷酸引物对SEQ ID NO:25、26或27所示的序列或者与这样的序列或这样的序列的一部分具有至少或约85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列的一部分具特异性。在一些情况下，所述一种或多种寡核苷酸引物包含SEQ ID NO:4-5、16-17、19-20、22-23或54-55所示的一个或多个序列。
在一些情况下，对靶基因的序列具特异性的所述一种或多种寡核苷酸引物对GaLVenv基因序列的一部分(如SEQ ID NO:25所示的序列或与这样的序列具有至少或约85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列的一部分)具特异性。在一些此类方面，所述一种或多种寡核苷酸引物包含SEQ ID NO:4或5所示的序列。在一些情况下，正向引物包含SEQ ID NO:4所示的序列、或与这样的序列具有至少或约85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列。在一些方面，反向引物包含SEQ ID NO:5所示的序列、或与这样的序列具有至少或约85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列。因此，在一些方面，正向引物含有SEQ ID NO:4所示的序列，并且反向引物含有SEQ ID NO:5所示的序列。
在一些情况下，所述一种或多种寡核苷酸引物对VSVG env基因序列的一部分(如SEQ ID NO:26所示的序列或与这样的序列具有至少或约85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列的一部分)具特异性。在一些情况下，正向引物包含SEQ ID NO:35、50、51或54所示的序列、或与这样的序列具有至少或约85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列。在一些方面，反向引物包含SEQ ID NO:36、52、53或55所示的序列、或与这样的序列具有至少或约85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列。因此，在一些方面，正向引物含有SEQ ID NO:35所示的序列，并且反向引物含有SEQ ID NO:36所示的序列。在一些情形中，正向引物含有SEQ ID NO:50所示的序列，并且反向引物含有SEQ ID NO:52所示的序列。在一些情况下，正向引物含有SEQ ID NO:51所示的序列，并且反向引物含有SEQ IDNO:53所示的序列。
在一些情况下，所述一种或多种寡核苷酸引物对MMLV gag基因序列的一部分(如SEQ ID NO:27所示的序列或与这样的序列具有至少或约85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列的一部分)具特异性。在一些此类方面，所述一种或多种寡核苷酸引物包含SEQ ID NO:16-17、19-20或22-23所示的序列。在一些情况下，正向引物包含SEQ ID NO:16、19或22所示的序列、或与这样的序列具有至少或约85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列。在一些方面，反向引物包含SEQ ID NO:17、20或23所示的序列、或与这样的序列具有至少或至少约85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列。在一些实施方案中，正向引物含有SEQ ID NO:16所示的序列，并且反向引物含有SEQ ID NO:17所示的序列。在一些实施方案中，正向引物含有SEQ ID NO:19所示的序列，并且反向引物含有SEQ IDNO:20所示的序列。在一些实施方案中，正向引物含有SEQ ID NO:22所示的序列，并且反向引物含有SEQ ID NO:23所示的序列。
在一些情况下，所述一种或多种寡核苷酸引物对rev基因序列的一部分(如SEQ IDNO:33所示的序列或与这样的序列具有至少或约85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列的一部分)具特异性。在一些此类方面，所述一种或多种寡核苷酸引物包含SEQ ID NO:38-39所示的序列。在一些情况下，正向引物包含SEQ IDNO:38所示的序列、或与这样的序列具有至少或约85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列。在一些方面，反向引物包含SEQ ID NO:39所示的序列、或与这样的序列具有至少或至少约85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列。在一些实施方案中，正向引物含有SEQ ID NO:38所示的序列，并且反向引物含有SEQ ID NO:39所示的序列。在一些方面，对对照基因(例如，肌动蛋白)具特异性的所述一种或多种寡核苷酸引物与对照基因序列的一部分结合。在一些情况下，在对照基因是肌动蛋白的情况下，对对照基因的序列具特异性的寡核苷酸引物对肌动蛋白序列的一部分具特异性，例如与之结合。在一些实施方案中，对对照基因序列的一部分具特异性的所述一种或多种寡核苷酸引物对SEQ ID NO:28所示的序列的一部分具特异性。在一些情况下，对肌动蛋白具特异性的所述一种或多种寡核苷酸引物包含SEQ ID NO:1-2、8、10-11或13-14所示的一个或多个序列。
在一些情况下，所述一种或多种寡核苷酸引物对肌动蛋白基因序列的一部分(如SEQ ID NO:28所示的序列或与这样的序列具有至少或至少约85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列的一部分)具特异性。在一些此类方面，所述一种或多种寡核苷酸引物包含SEQ ID NO:1-2、7-8、10-11或13-14所示的序列。在一些情况下，正向引物包含SEQ ID NO:1、7、10或13所示的序列、或与这样的序列具有至少或约85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列。在一些方面，反向引物包含SEQ ID NO:2、8、11或14所示的序列、或与这样的序列具有至少或约85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列。在一些实施方案中，正向引物含有SEQ ID NO:1所示的序列，并且反向引物含有SEQ ID NO:2所示的序列。在一些实施方案中，正向引物含有SEQ ID NO:1所示的序列，并且反向引物含有SEQ ID NO:8所示的序列。在一些实施方案中，正向引物含有SEQ ID NO:10所示的序列，并且反向引物含有SEQ ID NO:11所示的序列。在一些实施方案中，正向引物含有SEQ ID NO:13所示的序列，并且反向引物含有SEQ ID NO:14所示的序列。
在一些情况下，所述一种或多种寡核苷酸引物对pol基因序列的一部分(如SEQ IDNO:29所示的序列或与这样的序列具有至少或约85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列的一部分)具特异性。在一些情况下，正向引物包含SEQ ID NO:42、45或46所示的序列、或与这样的序列具有至少或约85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列。在一些方面，反向引物包含SEQ IDNO:43或47所示的序列、或与这样的序列具有至少或约85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列。因此，在一些方面，正向引物含有SEQ ID NO:42所示的序列，并且反向引物含有SEQ ID NO:43所示的序列。在一些情形中，正向引物含有SEQ ID NO:46所示的序列，并且反向引物含有SEQ ID NO:43所示的序列。在一些情况下，正向引物含有SEQ ID NO:46所示的序列，并且反向引物含有SEQ ID NO:47所示的序列。
在某些实施方案中，将一种或多种寡核苷酸引物或探针标记、标签化和/或缀合至可检测标记。寡核苷酸引物和探针的合适的可检测标记是已知的，并且包括但不限于TYE、Cy3、ATTO 550、TAMRA、ATTO 565、SYBR Green、ROX、ATTO Rho 101、HEX、FAM(荧光素)、TEX615、Texas Red、TYE和Cy5。在某些实施方案中，可检测标记是FAM和/或HEX。在某些实施方案中，可检测标记含有荧光标记和淬灭剂。合适的淬灭剂是已知的，并且包括但不限于Dabcyl、BHQ1、BHQ2、BHQ3、CY5Q、CY7Q、Iowa Black FQ、Iowa Black RQ、IR Dye QC-1、QSY35、QSKY7、QXL570、QXL610或QXL680。
在一些实施方案中，使用寡核苷酸引物和荧光染料评估靶基因(例如，第一病毒基因和/或第二病毒基因)和/或对照基因。示例性双链核酸特异性染料包括但不限于SYBRTMGreen I、SYBRTM Gold、溴化乙锭、溴化丙锭、Pico Green、Hoechst 33258、YO-PRO-I和YO-YO-I、Boxto、
LC
LC GREEN
和
9。在一些情形中，荧光染料是SYBRTM Green。在一些实施方案中，寡核苷酸引物对靶基因序列的一部分具特异性。在一些实施方案中，寡核苷酸引物对对照基因序列的一部分具特异性。在一些实施方案中，与其他寡核苷酸引物中的一种或多种相比，寡核苷酸引物对相同靶基因或对照基因的序列具特异性。因此，在一些情况下，将对靶基因或对照基因的序列具特异性的寡核苷酸引物与分别对相同靶基因或对照基因具特异性的正向引物和反向引物(例如，引物对)一起使用。
在一些实施方案中，使用水解探针评估靶基因(例如，第一病毒基因和/或第二病毒基因)和/或对照基因。在一些情形中，水解探针对靶基因序列的一部分具特异性。在一些情形中，水解探针对对照基因序列的一部分具特异性。在一些方面，与寡核苷酸引物中的一种或多种相比，水解探针对相同靶基因或对照基因的序列具特异性。因此，在一些情况下，将对靶基因或对照基因的序列具特异性的水解探针与分别对相同靶基因或对照基因具特异性的正向引物和反向引物(例如，引物对)一起使用。
在一些实施方案中，水解探针包含荧光部分或标记。在一些实施方案中，荧光部分或标记是荧光共振能量转移(FRET)部分或标记(参见例如，美国专利号4,996,143、5,565,322、5,849,489和6,162,603)。在一些实施方案中，当供体荧光部分和对应的受体荧光部分被定位在彼此的一定距离内时，在两个荧光部分之间发生能量转移，其可以被可视化或以其他方式检测和/或定量。当供体被具有合适波长的光辐射激发时，供体通常将能量转移至受体。受体通常以具有不同波长的光辐射的形式重新发射所转移的能量。在一些实施方案或系统中，非荧光能量可以通过包括基本上非荧光供体部分在内的生物分子在供体与受体部分之间转移(参见例如，美国专利号7,741,467)。
在一些实施方案中，寡核苷酸探针可以含有供体荧光部分和对应的淬灭剂，其可以是或可以不是荧光的。在一些实施方案中，淬灭剂以除了光以外的形式耗散所转移的能量。在一些实施方案中，当寡核苷酸探针是完整的时，在两个荧光部分之间发生能量转移，使得来自供体荧光部分的荧光发射被淬灭。在一些实施方案中，在聚合酶链式反应的延伸步骤期间，结合至扩增产物的寡核苷酸探针被例如Taq聚合酶的5'至3'核酸酶活性切割，使得供体荧光部分的荧光发射不再被淬灭。用于此目的的示例性寡核苷酸探针描述于例如美国专利号5,210,015；5,994,056；和6,171,785中。常用的供体-受体对包括FAM-TAMRA对。常用的淬灭剂是DABCYL和TAMRATM。常用的暗淬灭剂包括BlackHole QuenchersTM(BHQ)(Biosearch Technologies,Inc.，加利福尼亚州诺瓦托)、Iowa BlackTM(Integrated DNATech.,Inc.，爱荷华州科拉尔维尔)和BlackBerryTM Quencher 650(BBQ-650)(Berry&Assoc.，密歇根州德克斯特)。
在一些实施方案中，对靶基因(例如，第一或第二病毒基因)具特异性的水解探针对病毒env、gag、pol或rev基因的序列具特异性，例如与之结合。在一些实施方案中，对靶基因(例如，第一或第二病毒基因)具特异性的水解探针对病毒vpr、vif、vpu、vpx、nef和/或Tat基因的序列具特异性，例如与之结合。
在一些实施方案中，水解探针对逆转录病毒的序列的一部分具特异性，所述逆转录病毒是如莫洛尼鼠白血病病毒(MoMuLV或MMLV)、哈维鼠肉瘤病毒(HaMuSV或HSV)、鼠乳腺肿瘤病毒(MuMTV或MMTV)、长臂猿白血病病毒(GaLV或GALV)、人免疫缺陷病毒(HIV)和劳斯肉瘤病毒(RSV)。在一些实施方案中，水解探针对水疱性口炎病毒(VSV)、肝炎病毒或流感病毒的序列的一部分具特异性。
在一些情形中，水解探针对GaLV env、VSVG env或MMLV gag的序列具特异性。在一些情况下，水解探针含有SEQ ID NO:6、18、21或24所示的序列。
在一些情况下，水解探针对GaLV env基因的序列(如SEQ ID NO:25所示的序列或与这样的序列具有至少或至少约85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列的一部分)具特异性。在一些此类方面，水解探针含有SEQ ID NO:6所示的序列。
在一些情况下，水解探针对VSVG基因的序列或序列的一部分(如SEQ ID NO:26所示的序列或与这样的序列具有至少或至少约85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列的一部分)具特异性。在一些此类方面，水解探针含有SEQ ID NO:37和56所示的序列。
在一些情况下，水解探针对MMLV gag基因的序列的一部分(如SEQ ID NO:27所示的序列或与这样的序列具有至少或至少约85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列的一部分)具特异性。在一些此类方面，水解探针含有SEQID NO:18、21或24所示的序列。
在一些情况下，水解探针对rev基因的序列的一部分(如SEQ ID NO:33所示的序列或与这样的序列具有至少或至少约85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列的一部分)具特异性。在一些此类方面，水解探针含有SEQ ID NO:40和63所示的序列。
在一些情况下，水解探针对pol基因的序列的一部分(如SEQ ID NO:29所示的序列或与这样的序列具有至少或至少约85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列的一部分)具特异性。在一些此类方面，水解探针含有SEQ ID NO:44、48、49所示的序列、或与这样的序列具有至少或至少约85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列。
在一些实施方案中，水解探针对对照基因(例如，肌动蛋白)的序列的一部分(如SEQ ID NO:28所示的序列或与这样的序列具有至少或至少约85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列的一部分)具特异性。因此，在一些方面，对对照基因的序列具特异性的水解探针对肌动蛋白序列具特异性，例如与之结合。在一些情况下，水解探针含有SEQ ID NO:3、9、12或15所示的序列。
示例性测定
在一些实施方案中，本文提供的测定可以用于评估指示一种或多种靶基因(如病毒DNA靶基因)的存在或不存在的参数的水平。在一些实施方案中，DNA来自至少一种细胞，所述至少一种细胞含有通过用包含异源核酸的慢病毒载体转导所述至少一种细胞而引入的异源核酸。在一些实施方案中，所述一种或多种病毒DNA靶基因是与产生慢病毒表达载体结合使用的病毒基因。在一些实施方案中，所述一种或多种病毒DNA靶基因包括rev、gag、pol或env(如VSV-G env)的至少一部分的序列。在一些实施方案中，所述一种或多种靶基因是VSV-G env和pol。
在一些实施方案中，测定还可以包括评估对照基因的存在，所述对照基因是如一种或多种持家基因，例如：β肌动蛋白(ACTB；β-肌动蛋白)、β微管蛋白(β-微管蛋白；TUBB)、泛素、β-葡糖醛酸糖苷酶(GUSB)、次黄嘌呤-鸟嘌呤磷酸核糖基转移酶(HPRT1)、核糖体RNA(例如28s或18s)和/或甘油醛3-磷酸脱氢酶(GAPDH)。在某些实施方案中，所述一种或多种对照基因是或包含白蛋白(ALB)。
在一些实施方案中，所提供的测定可以用于评估有复制能力的慢病毒(RCL)在用慢病毒载体转导的细胞中的存在或不存在，和/或可以用于鉴定样品中的残留慢病毒载体。在所述测定的一些实施方案中，针对与慢病毒或慢病毒载体关联的一种或多种病毒DNA靶基因(如pol和/或VSV-G)的存在对从细胞中提取的DNA进行测定。在一些实施方案中，使用对质粒或载体特异性序列具特异性的一种或多种寡核苷酸引物进行测定，以检测来自载体产生过程的残留慢病毒载体的存在。在一些实施方案中，将来自评估一种或多种病毒靶基因的存在的测定的阳性RCL结果(例如，检测到pol和/或VSV-G env DNA)与用对已知的质粒或载体特异性序列具特异性的引物进行的测定的结果进行比较，以确认阳性结果不是由于来自载体产生过程的残留病毒DNA。
在一些实施方案中，针对一种或多种靶基因的存在，通过评估从细胞组合物中提取的DNA来进行测定，所述细胞组合物含有通过用表达VSV-G的慢病毒进行转导而引入的异源核酸。在一些方面，使用qPCR进行测定以检测与RCL关联的一种或多种靶基因(如pol和/或VSV-G env)的存在。在一些方面，通过常规技术(如所描述的任何技术)从细胞组合物中提取细胞DNA。在一些实施方案中，测定利用qPCR。
在一些实施方案中，使用一种或多种寡核苷酸引物评估所述一种或多种病毒靶基因和/或一种或多种对照基因。在一些方面，所述一种或多种寡核苷酸引物包含正向引物和反向引物。因此，在一些情况下，所述一种或多种寡核苷酸引物包含引物对。在一些情况下，所述引物对含有正向和反向引物，每种引物对靶基因或对照基因的序列具特异性。在一些实施方案中，所述一种或多种寡核苷酸引物包含对第一病毒靶基因具特异性的正向引物和反向引物、以及对第二病毒靶基因具特异性的正向和反向引物。在一些实施方案中，所述一种或多种寡核苷酸引物包含对第一病毒靶基因(例如VSV-G env)具特异性的正向引物和反向引物、对第二病毒靶基因(例如pol)具特异性的正向引物和反向引物、以及对对照基因(例如B-肌动蛋白)具特异性的正向引物和反向引物。在一些实施方案中，通过进一步使用对病毒DNA序列具特异性的水解探针进行qPCR。在一些实施方案中，水解探针包含荧光部分或标记。在一些实施方案中，水解探针包含荧光部分或标记和对应的淬灭剂，其可以是或可以不是荧光的。
在一些实施方案中，通过将DNA样品与对pol和/或VSV-G env的序列和/或一种或多种对照基因的序列具特异性的一个或多个寡核苷酸引物对(正向和反向)一起孵育来进行测定。在一些情况下，在对病毒靶DNA序列具特异性的寡核苷酸探针(水解探针)的存在下进一步进行孵育。在一些实施方案中，使用对pol的序列具特异性的正向和反向引物和探针进行测定。在一些实施方案中，使用对VSV-G env的序列具特异性的正向和反向引物和探针进行测定。在一些实施方案中，使用对pol的序列具特异性的正向和反向引物和探针以及对VSV-G env的序列具特异性的正向和反向引物和探针进行测定。在一些实施方案中，使用对pol的序列具特异性的正向和反向引物和探针、对VSV-G env的序列具特异性的正向和反向引物和探针以及对一种或多种对照基因的序列具特异性的正向和反向引物和探针进行测定。在一些实施方案中，使用对pol的序列具特异性的一种或多种寡核苷酸引物和对VSV-Genv的序列具特异性的一种或多种寡核苷酸引物进行测定。在一些实施方案中，使用对pol的序列具特异性的一种或多种寡核苷酸引物、对VSV-G env的序列具特异性的一种或多种寡核苷酸引物和对一种或多种对照基因的序列具特异性的一种或多种寡核苷酸引物进行测定。
可以使用如本文所述的引物中的任何一种，包括正向和反向引物对。在一些实施方案中，使用选自表9的正向和反向引物和探针的组合进行测定。可以用用于检测扩增产物的寡核苷酸探针(如并且如(例如包括)表9所述)进一步进行测定。
在一些实施方案中，测定包括检测一个或多个病毒DNA序列，其中至少所述一个或多个病毒DNA序列是VSV-G env。在一些情况下，对VSV-G的序列具特异性的所述一种或多种寡核苷酸引物对VSV-G env基因序列的一部分(如SEQ ID NO:26所示的序列或与这样的序列具有至少或约85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列的一部分)具特异性。在一些情况下，对VSV-G的序列具特异性的正向引物包含SEQ IDNO:35、50、51或54所示的序列、或与这样的序列具有至少或约85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列。在一些方面，对VSV-G的序列具特异性的反向引物包含SEQ ID NO:36、52、53或55所示的序列、或与这样的序列具有至少或约85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列。因此，在一些方面，对VSV-G的序列具特异性的正向引物含有SEQ ID NO:35所示的序列，并且对VSV-G的序列具特异性的反向引物含有SEQ ID NO:36所示的序列。在一些情形中，对VSV-G的序列具特异性的正向引物含有SEQ ID NO:50所示的序列，并且对VSV-G的序列具特异性的反向引物含有SEQ ID NO:52所示的序列。在一些情况下，对VSV-G的序列具特异性的正向引物含有SEQ ID NO:51所示的序列，并且对VSV-G的序列具特异性的反向引物含有SEQ ID NO:53所示的序列。在一些实施方案中，对VSV-G env具特异性的探针是或包含SEQ ID NO:37所示的序列。
本文提供了一种用于检测VSV-G env基因或其部分的方法，所述方法包括在足以通过聚合酶链式反应(PCR)扩增所述env基因的条件下孵育含有以下的混合物：(i)来自至少一种细胞的DNA，所述至少一种细胞含有通过用包含异源核酸的慢病毒载体转导所述至少一种细胞而引入的异源核酸；(ii)对所述VSV-g env基因具特异性的正向寡核苷酸引物和对所述VSV-g env基因具特异性的反向寡核苷酸引物，其中所述正向和反向寡核苷酸引物分别选自SEQ ID NO:35和SEQ ID NO:36所示的序列；分别选自SEQ ID NO:50和SEQ IDNO:52所示的序列；或分别选自SEQ ID NO:51和SEQ ID NO:53所示的序列；(iii)对所述VSV-g env基因具特异性的寡核苷酸探针，其包含SEQ ID NO:37所示的序列；和(iv)DNA聚合酶。
在一些实施方案中，引物对产生大于200个碱基对的经扩增的VSV-G env产物。在一些实施方案中，正向寡核苷酸引物如SEQ ID NO:51所示，并且反向寡核苷酸引物如SEQID NO:53所示。在一些实施方案中，寡核苷酸探针(如用于qPCR)如SEQ ID NO:37所示。
在一些实施方案中，测定包括检测一个或多个病毒DNA序列，其中至少所述一个或多个病毒DNA序列是pol。在一些情况下，对pol的序列具特异性的所述一种或多种寡核苷酸引物对pol基因序列的一部分(如SEQ ID NO:29所示的序列或与这样的序列具有至少或约85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列的一部分)具特异性。在一些情况下，对pol的序列具特异性的正向引物包含SEQ ID NO:42、45或46所示的序列、或与这样的序列具有至少或约85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列。在一些方面，对pol的序列具特异性的反向引物包含SEQID NO:43或47所示的序列、或与这样的序列具有至少或约85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列。因此，在一些方面，对pol的序列具特异性的正向引物含有SEQ ID NO:42所示的序列，并且对pol的序列具特异性的反向引物含有SEQ ID NO:43所示的序列。在一些情形中，对pol的序列具特异性的正向引物含有SEQ IDNO:46所示的序列，并且对pol的序列具特异性的反向引物含有SEQ ID NO:43所示的序列。在一些情况下，对pol的序列具特异性的正向引物含有SEQ ID NO:46所示的序列，并且对pol的序列具特异性的反向引物含有SEQ ID NO:47所示的序列。在一些实施方案中，对pol具特异性的探针包含SEQ ID NO:44所示的序列。
本文提供了一种用于检测pol基因或其部分的方法，所述方法包括在足以通过聚合酶链式反应(PCR)扩增所述pol基因的条件下孵育含有以下的混合物：(i)来自至少一种细胞的DNA，所述至少一种细胞含有通过用包含异源核酸的慢病毒载体转导所述至少一种细胞而引入的异源核酸；(ii)对所述pol基因具特异性的正向寡核苷酸引物和对所述pol基因具特异性的反向寡核苷酸引物，其中所述正向和反向寡核苷酸引物分别选自SEQ ID NO:42和SEQ ID NO:43所示的序列；分别选自SEQ ID NO:46和SEQ ID NO:43所示的序列；或分别选自SEQ ID NO:46和SEQ ID NO:47所示的序列；(iii)对所述pol基因具特异性的寡核苷酸探针，其包含SEQ ID NO:44所示的序列；和(iv)DNA聚合酶。
在一些实施方案中，引物对产生大于200个碱基对的经扩增的pol基因产物。在一些实施方案中，正向寡核苷酸引物如SEQ ID NO:46所示，并且反向寡核苷酸引物如SEQ IDNO:47所示。在一些实施方案中，寡核苷酸探针(如用于qPCR)如SEQ ID NO:44所示。
在测定的实施方案中，所述方法包括检测经扩增的核酸的存在、不存在、量或浓度。在一些实施方案中，检测经扩增的核酸的存在或量或浓度可以指示样品中的RCL。在一些实施方案中，检测经扩增的核酸的存在或量或浓度可以指示样品中存在残留载体。在一些方面，可以通过用对质粒DNA序列具特异性的引物进行PCR反应来评估残留质粒的存在或不存在，其中病毒DNA不包含质粒DNA序列，任选地其中质粒是病毒产生质粒。
在一些实施方案中，进行测定以评估至少两个不同病毒DNA序列(如VSV-G env病毒DNA序列和pol病毒DNA序列)的存在、不存在、量或浓度。在一些情况下，RCL的存在或不存在是基于两种测定的结果，其中如果测定提供了检测两个病毒DNA序列的阳性信号，则RCL被确定为潜在地存在。在一些情况下，残留载体的存在或不存在是基于两种测定的结果，其中如果测定提供了检测两个病毒DNA序列的阳性信号，则残留载体被确定为潜在地存在。
在一些实施方案中，pol DNA的存在指示阳性或潜在阳性的RCL结果。在一些实施方案中，VSV-G env DNA的存在指示阳性或潜在阳性的RCL结果。在一些实施方案中，pol和VSV-G env DNA的存在指示阳性或潜在阳性的RCL结果。
在一些实施方案中，pol DNA的存在指示残留慢病毒载体在样品中的存在或潜在存在。在一些实施方案中，VSV-G env DNA的存在指示残留慢病毒载体在样品中的存在或潜在存在。在一些实施方案中，pol和VSV-G env DNA的存在指示残留慢病毒载体在样品中的存在或潜在存在。
5.参考水平或值
在一些实施方案中，如果所述一个或多个参数的量、水平或浓度高于或低于参考值，则有复制能力的逆转录病毒可以被确定为存在，所述参考值可以直接或间接地例如从含有靶基因的阳性对照样品测量。在一些实施方案中，如果与一种或多种靶基因的量、水平或浓度正相关的一个或多个参数的量、水平或浓度高于参考值，则有复制能力的逆转录病毒可以被确定为存在。在特定实施方案中，如果与一种或多种靶基因的量、水平或浓度负相关的一个或多个参数的量、水平或浓度低于参考值，则有复制能力的逆转录病毒可以被确定为存在。在一些实施方案中，参数和/或参考水平或值是和/或指示靶基因的水平或量。在一些实施方案中，参数和/或参考水平或值是和/或指示作为病毒RNA基因的靶基因的水平或量。在一些实施方案中，参数和/或参考水平或值是和/或指示作为原病毒DNA基因的靶基因的水平或量。
如果所述一种或多种靶基因的DNA或RNA水平高于参考值，则有复制能力的逆转录病毒可以被确定为存在，所述参考值可以直接或间接地例如从含有靶基因和/或含有指示靶基因的量或水平的参数的阳性对照样品测量。
在一些情况下，测试样品的有复制能力的病毒结果被报告为“检测到有复制能力的病毒DNA”或“检测到有复制能力的病毒RNA”。在一些情形中，测试样品的有复制能力的病毒结果被报告为“未检测到有复制能力的病毒DNA”或“未检测到有复制能力的病毒RNA”。在一些方面，测试样品的有复制能力的病毒结果是基于靶基因的DNA或RNA水平与参考值的比较。
在一些实施方案中，参考值或水平是RNA或DNA水平的水平或替代读数(例如CT值)，或者基于RNA或DNA水平的水平或替代读数(例如CT值)而得出，所述水平或替代读数指示靶核酸在样品中的存在的阈值，其指示RCR在样品中的存在或存在风险。在一些实施方案中，可以基于在用于检测样品中的靶DNA或RNA的相似测定条件下的先前测试来预先确定参考值，如通过使用模式有复制能力的病毒或靶基因的阳性对照。在一些实施方案中，参考值可以是基于在同一测定中运行的阳性对照。
在一些实施方案中，通过阳性对照样品确立参考值，所述阳性对照样品含有与靶基因关联和/或指示已知水平的靶基因的参数和/或含有为约或刚好高于通过测定检测参数的极限的参数。在一些实施方案中，通过使用已知浓度的阳性对照校准测定来确立参考值，使得测定足够灵敏以检测来自或来源于一定体积的样品(例如，生物样品)或者一定体积或量的细胞或总数中的一种或多种含有有复制能力的病毒的细胞或颗粒的参数。在一些实施方案中，校准参考值以便以一定置信区间检测来自一定体积的测试样品或者一定体积或量的细胞中的一种有复制能力的病毒颗粒的参数。在一些实施方案中，置信区间是50％、75％、80％、90％，并且通常是为或约或至少或至少约95％、96％、97％、98％或99％；在一些方面，它至少是97％。
在一些实施方案中，通过阳性对照样品确立参考值，所述阳性对照样品含有已知水平和/或为约或刚好高于通过测定检测靶基因的极限的靶基因。在一些实施方案中，通过使用已知浓度的阳性对照校准测定来确立参考值，使得测定足够灵敏以检测来自一定体积的测试样品或者一定体积或量的细胞或总数中的一种或多种含有有复制能力的病毒的细胞或颗粒的DNA或RNA。在一些实施方案中，校准参考值以便以一定置信区间检测来自一定体积的测试样品或者一定体积或量的细胞中的一种有复制能力的病毒颗粒的DNA或RNA。在一些实施方案中，置信区间是50％、75％、80％、90％，并且通常是为或约或至少或至少约95％、96％、97％、98％或99％；在一些方面，它至少是97％。
在一些实施方案中，基于已知量的病毒基因DNA或RNA(如存在于阳性对照和/或参考对照样品中的)来计算参考值。在一些实施方案中，参考对照样品包含已知量的核酸和/或靶核酸，和/或可以用于确定测定的检测极限和/或设定测定的参考值。在一些实施方案中，阳性对照或参照对照样品包含来自样品的DNA或RNA，所述样品包含有复制能力的病毒，如对照病毒，如野生型病毒。在一些实施方案中，对照病毒包含或编码靶基因的相同序列或序列的反向互补体。在一些实施方案中，对照病毒是野生型病毒，如野生型GaLV、MMLV或本文所述的任何病毒。
在一些实施方案中，基于阳性对照中的Ct值来确定DNA或RNA的参考值。因此，在一些实施方案中，可以将测试样品中靶基因的Ct值与阳性对照中靶基因的Ct值进行比较。在一些实施方案中，被鉴定为包含或被认为含有或可能含有有复制能力的病毒的样品的Ct值低于参考和/或阈值Ct值。在一些实施方案中，被鉴定为不包含或被认为不包含有复制能力的病毒的样品的Ct值高于参考和/或阈值Ct值。
在一些实施方案中，参考值是基于含有一定量或其替代读数的核酸的阳性对照，所述替代读数是如DNA或RNA(如靶DNA或RNA，例如特定病毒基因(如GaLV env)的DNA或RNA)的与这样的量对应的CT值，所述量为或约、高于或刚好高于测定的检测极限。在一些实施方案中，核酸的量为或者为或约或者刚好高于(或者可替代地高达或高达约)或者为或约0.1、0.2、0.3、0.5、0.75或1.0pg的靶核酸或与之对应的读数(如与之对应的CT值)，并且在一些方面是2、3、4、5、7.5、10、15、20、25、30、35、40、45、50、75、100、125、150、175、200、250、300、400、500、750或1000pg的靶基因核酸。在一些实施方案中，参考值等于或近似于或刚好高于0.75pg的靶基因核酸，或者为与这样的量对应的CT值。在替代实施方案中，参考水平是测试样品中每给定数量的细胞的测试样品中给定数量的RCR+细胞中核酸的量，如样品中每百万或每千万或每亿个细胞中的1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14个或15个或20个，在一些方面10个或更少的RCR+细胞，或与之对应(如与具有这样的浓度或数量或相对数量的RCR+细胞的对照对应)的CT值。因此，在一些实施方案中，如果靶基因DNA或RNA的量被确定为大于参考值，则可以检测到有复制能力的病毒。
在一些实施方案中，参考值是德尔塔CT(ΔCT)值。在一些实施方案中，参考值是对照样品(如阳性对照或阴性对照)的ΔCT。在一些实施方案中，ΔCT值是相对于给定样品内的对照基因归一化的靶基因的CT值。在一些实施方案中，ΔCT＝CT(靶原病毒DNA或病毒RNA)–CT(对照基因)(在给定样品内)。在一些实施方案中，将样品的ΔCT值与作为对照样品的ΔCT值的参考值进行比较。在一些实施方案中，将样品的ΔCT值与作为对照样品的ΔCT值的参考值进行比较。在一些实施方案中，将样品的ΔCT值与参考值进行比较，所述参考值是已知的或经实验被确定为等于或近似等于或刚好高于阈值水平或最小可检测水平或与之对应的读数的ΔCT值；参考值是在阳性对照样品中检测到的参数的ΔCT值和/或指示DNA或RNA在阳性对照样品中的量的参数的值；和/或参数的水平指示原病毒DNA或病毒RNA在生物样品中的存在或不存在；和/或原病毒DNA或病毒RNA包括编码第一病毒基因的核酸；和/或异源核酸编码异源基因产物。
在一些实施方案中，ΔΔCT＝ΔCT(样品)–ΔCT(对照样品)。在一些实施方案中，通过测定被认为具有指示样品具有与对应的ΔCT(对照样品)相同或更多的靶病毒RNA的ΔCT(样品)值的样品被认为是阳性的。在一些实施方案中，如果ΔΔCT指示样品中与对照样品中相比存在相同或更多的靶原病毒DNA或病毒RNA，则样品被认为是阳性的。在一些实施方案中，使用所描述的方法测试多种原病毒DNA或病毒RNA中的两种或更多种。
在一些实施方案中，如果例如针对给定靶标，在含有测试样品的测定中观察到孔中的Ct值(或重复的平均值)大于阳性对照样品的Ct值，则测试样品中的靶基因DNA或RNA将被认为或被指示低于参考值，并且包含经转导细胞的样品被鉴定为“未检测到有复制能力的病毒DNA”或“未检测到有复制能力的病毒RNA”。在一些实施方案中，释放被鉴定为“未检测到有复制能力的病毒DNA”或“未检测到有复制能力的病毒RNA”的经转导细胞，如用于进一步加工和/或用于治疗。
在一些方面，如果观察到含有测试样品的测定的孔中的Ct值(或重复的平均值)小于阳性对照样品的Ct值，则这样的测试样品的原病毒DNA或病毒RNA将被认为高于参考值和/或这样的测试样品将被鉴定为“检测到有复制能力的病毒DNA”或“检测到有复制能力的病毒RNA”。
在一些实施方案中，无法计算含有测试样品的测定的孔中的Ct值(或重复的平均值)。在一些实施方案中，当在孔中检测到的靶标或对照扩增的量在规定的循环数内未达到阈值水平时，这可能会发生。在一些实施方案中，这样的结果指示在测试样品中不存在来自有复制能力的病毒的DNA或RNA，和/或在测试样品中的来自有复制能力的病毒的DNA或RNA的量使用测定是检测不到的。在一些实施方案中，这样的测试样品被鉴定为“未检测到有复制能力的病毒DNA”或“未检测到有复制能力的病毒RNA”。在一些实施方案中，释放通过所提供的方法确认为不含有复制能力的病毒DNA或RNA的经转导细胞，如用于进一步加工和/或用于治疗。
在一些实施方案中，在于多重反应中或于单独的反应中评估两种或更多种靶基因的情况下，当靶基因之一的DNA或RNA高于其参考值时，来自有复制能力的病毒的核酸被检测为存在。在一些方面，在于多重反应中或于单独的反应中评估两种或更多种靶基因的情况下，仅当至少两种且多达所有的所述两种或更多种靶基因的DNA或RNA大于各自的相应参考值时，来自有复制能力的病毒的核酸才被检测为存在。例如，在一些情况下，评估两种靶基因(例如，第一和第二病毒基因)，并且如果第一和第二病毒基因的DNA或RNA分别大于第一和第二病毒基因的参考值，则来自有复制能力的病毒的核酸被检测为存在。在一些此类方面，当仅第一或第二病毒基因之一的核酸分别高于第一或第二参考值时，来自有复制能力的病毒的核酸不被检测为存在。在其他实施方案中，在评估两种或更多种靶基因的情况下，即使仅一种(或不到所有)靶基因的DNA或RNA大于其对应的靶基因，来自有复制能力的病毒的核酸也将被认为或检测为存在。
在一些实施方案中，当在测试样品中未检测到来自有复制能力的病毒的DNA或RNA时，认为在已经分离出DNA或RNA的细胞或样品中过去不存在或现在不存在有复制能力的病毒颗粒。
6.测定参数
在一些实施方案中，测定是聚合酶链式反应(PCR)，包括逆转录酶(rt)PCR、微滴数字PCR、实时和定量PCR方法(qPCR)；RNA印迹测定；DNA印迹测定；基于阵列的测定，包括印迹阵列、微阵列或原位合成阵列；或基于测序的测定。在一些实施方案中，测定是下一代测序(NGS)测定，例如RNA-seq。在一些实施方案中，测定是或包括免疫细胞化学或免疫组织化学、ELISA、蛋白质印迹、肽测序、质谱法(如MS/MS)(任选地与HPLC)。
在一些实施方案中，以一个或多个步骤进行PCR(例如qPCR或RT-PCR)。在一些实施方案中，PCR(例如qPCR或RT-PCR)包括初始变性、扩增循环和/或最终延伸步骤。在某些实施方案中，进行PCR(例如qPCR或RT-PCR)以测量、检测、评估和/或定量靶基因和对照基因。在某些实施方案中，用任何合适的试剂进行靶基因和对照基因的检测，所述试剂包括但不限于来自可商购试剂盒的试剂。
在一些实施方案中，以初始保持阶段或保持步骤进行PCR(例如，qPCR和/或逆转录酶PCR)。在一些实施方案中，将保持步骤进行或进行约2分钟、3分钟、4分钟、5分钟、6分钟、7分钟、8分钟、9分钟、10分钟、12分钟、15分钟、20分钟或大于10分钟；或在约10分钟与20分钟之间(包含端值)。在特定实施方案中，将初始保持步骤在或在约40℃、45℃、46℃、47℃、48℃、49℃、50℃、51℃、52℃、53℃、54℃或55℃、或者在40℃与60℃、35℃与45℃或45℃与60℃之间(包含端值)进行。在某些实施方案中，将PCR(例如，qPCR和/或逆转录酶PCR)以初始保持步骤或阶段在50℃的温度下进行15分钟。
在一些实施方案中，以初始变性步骤进行PCR(例如，qPCR和/或逆转录酶PCR)。在一些实施方案中，将初始变性步骤进行或进行约15秒、30秒、45秒、60秒、75秒、90秒、105秒、120秒、2分钟、3分钟、4分钟、5分钟、6分钟、7分钟、8分钟、9分钟、10分钟或大于10分钟。在特定实施方案中，将初始变性步骤在或在约85℃、86℃、87℃、88℃、89℃、90℃、91℃、92℃、93℃、94℃、95℃、96℃、97℃、98℃、99℃、或者在85℃与95℃、90℃与96℃或94℃与99℃之间进行。在一些实施方案中，将PCR(例如，qPCR和/或RT-PCR)以初始变性步骤在95℃的温度下进行2分钟。
在一些实施方案中，PCR(例如，qPCR和/或RT-PCR)测定包括两个或更多个扩增循环。在一些实施方案中，PCR(例如，qPCR和/或RT-PCR)测定包括2、5、10、15、20、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45个或超过45个循环。在一些实施方案中，PCR(例如，qPCR和/或RT-PCR)测定包括在35与40个之间的扩增循环(包含端值)。在某些实施方案中，PCR(例如，qPCR和/或逆转录酶PCR)测定包括40个循环。
在一些实施方案中，扩增循环是两步扩增循环。在一些实施方案中，两步扩增循环包括第一步骤和第二步骤。在一些实施方案中，将第一步骤在或在约85℃、86℃、87℃、88℃、89℃、90℃、91℃、92℃、93℃、94℃、95℃、96℃、97℃、98℃、99℃、或者在85℃与95℃、90℃与96℃或94℃与99℃之间(包含端值)进行。在一些实施方案中，将第一步骤进行或进行约5秒、10秒、15秒、20秒、30秒、45秒、60秒、75秒、90秒、105秒、120秒、或者在5秒与30秒、15秒与45秒或30秒与120秒之间(包含端值)。在一些实施方案中，扩增循环的第一步骤是在95℃的温度下持续15秒。
在某些实施方案中，将两步扩增循环的第二步骤在或在约55℃、56℃、57℃、58℃、59℃、60℃、61℃、62℃、63℃、64℃或65℃、或者在50℃与70℃、55℃与65℃或57℃与63℃之间(包含端值)进行。在一些实施方案中，将第二步骤进行或进行约5秒、10秒、15秒、20秒、30秒、45秒、60秒、75秒、90秒、105秒、120秒、或者在5秒与30秒、15秒与45秒或30秒与120秒之间(包含端值)。在一些实施方案中，循环的第二步骤是在60℃的温度下持续60秒。
在一些实施方案中，PCR(例如，qPCR和/或逆转录酶PCR)反应包括最终延伸步骤。在一些实施方案中，将最终延伸步骤在50℃与75℃之间、在60℃与70℃之间、在65℃与70℃之间(包含端值)进行。在一些实施方案中，将最终延伸步骤进行或进行约60秒、75秒、90秒、105秒、120秒、2分钟、3分钟、4分钟、5分钟、6分钟、7分钟、8分钟、9分钟、10分钟或大于10分钟。
在一些实施方案中，扩增循环含有三个步骤。在一些实施方案中，扩增循环含有变性步骤、引物退火步骤和引物延伸步骤。在一些实施方案中，变性步骤是在5秒与30秒、15秒与45秒或30秒与120秒之间(包含端值)。在某些实施方案中，变性步骤是在80℃与100℃之间的温度下。在特定实施方案中，引物退火步骤是在5秒与30秒、15秒与45秒或30秒与120秒之间(包含端值)。在一些实施方案中，引物退火步骤是在40℃与60℃之间的温度下。在某些实施方案中，引物延伸步骤是在5秒与30秒、15秒与45秒或30秒与120秒之间(包含端值)。在一些实施方案中，引物延伸步骤是在60℃与80℃之间的温度下。
在一些实施方案中，以在50℃的温度下持续15分钟的初始保持步骤或阶段、在95℃的温度下持续2分钟的初始变性步骤、含有在95℃的温度下持续15秒的第一步骤和在60℃的温度下持续60秒的第二步骤的40个两步扩增循环进行PCR(例如qPCR和/或逆转录酶PCR)测定。
在一些实施方案中，所述方法包括评估或确认测定(整体上或在特定情形中，如PCR(例如，逆转录酶PCR和/或定量PCR)测定)的有效性。在一些情况下，如果满足一个或多个特定测定标准和/或范围，则测定被认为有效或得到确认。在一些方面，这些对于特定的对照或靶标样品和/或特定的寡核苷酸引物对是特定的。
例如，在一些情况下，当使用对照基因(例如，肌动蛋白)引物集时，可能希望在对照(如无模板对照(NTC)样品)的测定的任何孔中均观察不到Ct值。在一些实施方案中，希望的是，当使用靶基因(例如，第一或第二病毒基因)引物集时，在无模板对照(NTC)样品的测定的任何孔中均观察不到Ct值。
在一些情况下，希望在质粒标准样品中对照基因(例如，肌动蛋白)的斜率在一定范围之间，如在约-3.1与约-3.6之间。在一些方面，希望在质粒标准样品中对照基因的效率在或在约90％与110％之间。在一些方面，测定标准包括在质粒标准样品中对照基因的R2值是约或大于约0.90，如大于或约0.95、0.98或0.99。在一些实施方案中，测定标准包括在质粒标准样品中对照基因的R2值是约或大于约0.98。
在一些情形中，希望在质粒标准样品中靶基因(例如，第一和/或第二病毒基因)的斜率在或在约-3.1与-3.6之间。在一些情况下，希望在质粒标准样品中靶基因的效率在或在约90％与110％之间。在一些方面，测定标准包括在血浆标准样品中靶基因的R2值是约或大于约0.90，如大于或约0.95、0.98或0.99。在一些情况下，测定标准包括在血浆标准样品中靶基因的R2值是约或者大于或约0.98。
在一些实施方案中，希望未经转导的阴性对照样品的对照基因(例如，肌动蛋白)引物集的Ct值小于或小于约22。在一些情况下，测定标准包括使用靶基因引物集在未经转导的阴性对照的每个孔中都没有Ct值。在一些情况下，希望未经转导的阴性对照样品的A260/280值高于或高于约2.000。在一些方面，希望未经转导的阴性对照样品的A260/280值在或在约2.000与2.100之间。
在一些实施方案中，希望对照基因(例如，肌动蛋白)引物集的Ct值小于或小于约15。在一些方面，测定标准包括在测试样品中对照基因重复的Ct值的标准偏差小于或小于约1，如小于或小于约0.75、0.5或0.25。在一些情况下，希望在测试样品中对照基因重复的Ct值的标准偏差小于或小于约0.5。在一些情况下，希望测试样品的A260/280值高于或高于约2.000。在一些方面，希望测试样品的A260/280值在或在约2.000与2.100之间。在一些实施方案中，在无逆转录酶(-RT)对照样品中对照基因的Ct值比在测试样品中对照基因的Ct值高约或高至少约13.2。
在特定实施方案中，测定是逆转录酶PCR测定。在一些实施方案中，对样品(例如，测试样品)进行逆转录酶PCR，所述样品是或含有RNA，例如病毒RNA或DNA(例如，衍生自病毒RNA的cDNA)。在特定实施方案中，从样品中获得RNA。用于从样品中获得和纯化RNA的合适技术和方法是已知的。例如，用于从样品中分离RNA的试剂和试剂盒是可商购的，并且包括但不限于RNeasy和RNeasy plus试剂盒(Qiagen)。
在一些实施方案中，cDNA获得自或衍生自RNA。经由逆转录从RNA模板合成DNA产生互补DNA(cDNA)。逆转录酶(RT)使用RNA模板和与RNA的3'末端互补的短引物来指导第一链cDNA的合成，所述第一链cDNA可以直接用作聚合酶链式反应(PCR)的模板。逆转录和PCR的这种组合(逆转录酶PCR)允许检测样品中的低丰度RNA，并且产生对应的cDNA，从而有助于克隆低拷贝基因。在一些实施方案中，用于从RNA产生cDNA(如通过逆转录)的合适技术和方法是已知的。
在一些方面，通过逆转录酶(RT)反应进行逆转录以产生cDNA，在一些方面然后将其用作PCR扩增(如使用被设计用于扩增一种或多种靶RNA或对照RNA或由其衍生出的cDNA的至少一部分的引物)的模板。在一些方面，进行一步定量逆转录酶PCR。在一些方面，使用一步方法与反应混合物进行逆转录酶PCR，所述反应混合物包括逆转录酶(RT)和聚合酶(如TAQ聚合酶)以及任选地RNA酶抑制剂。在一些方面，混合物是RNA UltraSenseTM一步定量逆转录酶PCR系统，包括RNA UltraSenseTM酶混合物(包括Super
III RT、
Taq DNA聚合酶和RNaseOUTTM核糖核酸酶抑制剂)(ThermoFisher Scientific)。
在一些实施方案中，以一个或多个步骤(包括上述那些)进行逆转录酶PCR。在一些实施方案中，逆转录酶PCR包括初始变性、扩增循环和/或最终延伸步骤。在某些实施方案中，进行逆转录酶PCR以测量、检测、评估和/或定量靶基因和对照基因。在某些实施方案中，用任何合适的试剂进行靶基因和对照基因的检测，所述试剂包括但不限于来自可商购试剂盒的试剂，如但不限于RNA UltraSense一步定量逆转录酶PCR酶混合物和RNA UltraSense一步定量逆转录酶PCR 5X反应混合物(ThermoFisher Scientific)。
III.组合物、组合、试剂盒和制品
在一些方面，提供了用于检测包含经转导细胞的样品(例如，生物样品)中的有复制能力的病毒的组合物、组合和/或试剂盒。在一些实施方案中，组合物、组合和/或试剂盒包含用于评估参数(例如，细胞(如经转导细胞)中的基因DNA或RNA水平)的试剂。在一些实施方案中，试剂包括用于DNA或RNA分离、PCR(例如，逆转录酶PCR、qPCR和/或逆转录酶-qPCR)的试剂。在一些方面，组合物、组合和/或试剂盒包含一种或多种寡核苷酸引物、一对或多对寡核苷酸引物和/或一种或多种水解探针。
在一些情形中，所述一种或多种寡核苷酸引物对靶基因的序列具特异性。在一些情形中，所述一种或多种寡核苷酸引物对对照基因的序列具特异性。在一些方面，所述一种或多种寡核苷酸引物包含正向引物和反向引物。因此，在一些情况下，所述一种或多种寡核苷酸引物包含引物对。在一些情况下，所述引物对含有正向和反向引物，每种引物对靶基因或对照基因的序列具特异性。在一些方面，正向和反向引物对相同靶基因或对照基因的不同序列具特异性。
在一些实施方案中，组合物、组合和/或试剂盒包含一种或多种水解探针。在一些实施方案中，水解探针包含荧光部分或标记。上文讨论了示例性的荧光部分和标记。
在一些情形中，水解探针对靶基因的序列具特异性。在一些情形中，水解探针对对照基因的序列具特异性。在一些方面，与寡核苷酸引物中的一种或多种相比，水解探针对相同靶基因或对照基因的序列具特异性。因此，在一些情况下，将对靶基因或对照基因的序列具特异性的水解探针与分别对相同靶基因或对照基因具特异性的正向引物和反向引物(例如，引物对)一起使用。
在一些实施方案中，所提供的组合物、组合和/或试剂盒可用于检测样品(例如，测试样品或生物样品)中的有复制能力的逆转录病毒，如有复制能力的γ逆转录病毒(RCR)或有复制能力的慢病毒(RCL)。在特定实施方案中，所提供的组合物、组合和/或试剂盒可用于检测有复制能力的逆转录病毒，其源自和/或产生自用于转导生物样品的细胞的病毒载体。在某些实施方案中，所提供的组合物、组合和/或试剂盒可用于检测病毒载体中的复制能力所需的病毒基因和/或病毒多核苷酸序列，所述病毒载体用于转导样品中的细胞。在某些实施方案中，所提供的组合物、组合和/或试剂盒包括对所述一种或多种靶基因具特异性的寡核苷酸引物和探针(例如，水解探针)。
在一些实施方案中，所提供的组合物、组合和/或试剂盒可用于检测样品(例如，测试样品或生物样品)中的有复制能力的(RCR)。在特定实施方案中，所提供的组合物、组合和/或试剂盒可用于检测有复制能力的逆转录病毒，其源自和/或产生自用于转导生物样品的细胞的逆转录病毒载体。在某些实施方案中，所提供的组合物、组合和/或试剂盒可用于检测逆转录病毒载体中的复制能力所需的病毒基因和/或病毒多核苷酸序列，所述逆转录病毒载体用于转导样品中的细胞。在一些方面，对靶基因(例如，第一或第二病毒基因)具特异性的所述一种或多种寡核苷酸引物对病毒env、gag、pol或rev基因的序列具特异性，例如与之结合。在一些实施方案中，对靶基因(例如，第一或第二病毒基因)具特异性的所述一种或多种寡核苷酸引物对γ逆转录病毒env、gag、pol或rev基因的序列具特异性，例如与之结合；和/或对用于产生γ逆转录病毒载体(例如，用于基因递送的复制缺陷型γ逆转录病毒载体)的env、gag、pol或rev基因具特异性。在一些情形中，所述一种或多种寡核苷酸引物对GaLV env、VSV-G env或MMLV gag的序列具特异性。在一些情况下，所述一种或多种寡核苷酸引物对SEQ ID NO:25、26或27所示的序列或序列的一部分或者与这样的序列或这样的序列的一部分具有至少或约85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列具特异性。在一些情况下，所述一种或多种寡核苷酸引物包含SEQ ID NO:4-5、16-17、19-20或22-23所示的一个或多个序列。
在一些实施方案中，对靶基因(例如，第一或第二病毒基因)具特异性的水解探针对病毒env、gag、pol或rev基因的序列具特异性，例如与之结合。在一些情形中，水解探针对GaLV env、VSVG env或MMLV gag的序列具特异性。在一些情况下，水解探针含有SEQ ID NO:6、18、21或24所示的序列。
在一些情况下，对靶基因的序列具特异性的所述一种或多种寡核苷酸引物对GaLVenv基因的序列(如SEQ ID NO:25所示的序列或与这样的序列具有至少或约85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列的一部分)具特异性。在一些此类方面，所述一种或多种寡核苷酸引物包含SEQ ID NO:4或5所示的序列。在一些情况下，正向引物包含SEQ ID NO:4所示的序列、或与这样的序列具有至少或约85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列。在一些方面，反向引物包含SEQ ID NO:5所示的序列、或与这样的序列具有至少或约85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列。因此，在一些方面，正向引物含有SEQ IDNO:4所示的序列，并且反向引物含有SEQ ID NO:5所示的序列。
在一些情况下，所述一种或多种寡核苷酸引物对MMLV gag基因的序列(如SEQ IDNO:27所示的序列或与这样的序列具有至少或约85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列的一部分)具特异性。在一些此类方面，所述一种或多种寡核苷酸引物包含SEQ ID NO:16-17、19-20或22-23所示的序列。在一些情况下，正向引物包含SEQ ID NO:16、19或22所示的序列、或与这样的序列具有至少或约85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列。在一些方面，反向引物包含SEQ ID NO:17、20或23所示的序列、或与这样的序列具有至少或至少约85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列。在一些实施方案中，正向引物含有SEQ ID NO:16所示的序列，并且反向引物含有SEQ ID NO:17所示的序列。在一些实施方案中，正向引物含有SEQ ID NO:19所示的序列，并且反向引物含有SEQ ID NO:20所示的序列。在一些实施方案中，正向引物含有SEQ ID NO:22所示的序列，并且反向引物含有SEQ ID NO:23所示的序列。
在一些情况下，水解探针对MMLV gag基因的序列或序列的一部分(如SEQ ID NO:27所示的序列或与序列的这样一部分具有至少或至少约85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列的一部分)具特异性。在一些此类方面，水解探针含有SEQ ID NO:18、21或24所示的序列。
在一些情况下，水解探针对VSVG基因的序列或序列的一部分(如SEQ ID NO:26所示的序列或与这样的序列具有至少或至少约85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列的一部分)具特异性。在一些此类方面，水解探针含有SEQ ID NO:37和56所示的序列。
在一些情况下，水解探针对rev基因的序列的一部分(如SEQ ID NO:33所示的序列或与这样的序列具有至少或至少约85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列的一部分)具特异性。在一些此类方面，水解探针含有SEQ ID NO:40和63所示的序列。
在一些情况下，水解探针对pol基因的序列的一部分(如SEQ ID NO:29所示的序列或与这样的序列具有至少或至少约85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列的一部分)具特异性。在一些此类方面，水解探针含有SEQ ID NO:44、48、49所示的序列、或与这样的序列具有至少或至少约85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列。
在一些实施方案中，所提供的组合物、组合和/或试剂盒可用于检测样品(例如，测试样品或生物样品)中的RCL。在特定实施方案中，所提供的组合物、组合和/或试剂盒可用于检测有复制能力的逆转录病毒，其源自和/或产生自用于转导生物样品的细胞的逆转录病毒载体。在某些实施方案中，所提供的组合物、组合和/或试剂盒可用于检测逆转录病毒载体中的复制能力所需的病毒基因和/或病毒多核苷酸序列，所述逆转录病毒载体用于转导样品中的细胞。在一些方面，对靶基因(例如，第一或第二病毒基因)具特异性的所述一种或多种寡核苷酸引物对病毒env、gag、pol或rev基因的序列具特异性，例如与之结合。在一些实施方案中，对靶基因(例如，第一或第二病毒基因)具特异性的所述一种或多种寡核苷酸引物对γ逆转录病毒env、gag、pol或rev基因的序列具特异性，例如与之结合；和/或对用于产生γ逆转录病毒载体(例如，用于基因递送的复制缺陷型γ逆转录病毒载体)的env、gag、pol或rev基因具特异性。
在一些情况下，所述一种或多种寡核苷酸引物对VSV-G env基因的序列(如SEQ IDNO:26所示的序列或与这样的序列具有至少或约85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列的一部分)具特异性。
在一些情况下，水解探针对VSVG env基因的序列或序列的一部分(如SEQ ID NO:26所示的序列或与序列的这样一部分具有至少或至少约85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列的一部分)具特异性。在一些情况下，正向引物包含SEQ ID NO:35、50、51或54所示的序列、或与这样的序列具有至少或约85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列。在一些方面，反向引物包含SEQ ID NO:36、52、53或55所示的序列、或与这样的序列具有至少或约85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列。因此，在一些方面，正向引物含有SEQ ID NO:35所示的序列，并且反向引物含有SEQ ID NO:36所示的序列。在一些情形中，正向引物含有SEQ ID NO:50所示的序列，并且反向引物含有SEQ ID NO:52所示的序列。在一些情况下，正向引物含有SEQ ID NO:51所示的序列，并且反向引物含有SEQ IDNO:53所示的序列。
在一些情况下，所述一种或多种寡核苷酸引物对pol基因序列的一部分(如SEQ IDNO:29所示的序列或与这样的序列具有至少或约85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列的一部分)具特异性。在一些情况下，正向引物包含SEQ ID NO:42、45或46所示的序列、或与这样的序列具有至少或约85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列。在一些方面，反向引物包含SEQ IDNO:43或47所示的序列、或与这样的序列具有至少或约85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列。因此，在一些方面，正向引物含有SEQ ID NO:42所示的序列，并且反向引物含有SEQ ID NO:43所示的序列。在一些情形中，正向引物含有SEQ ID NO:46所示的序列，并且反向引物含有SEQ ID NO:43所示的序列。在一些情况下，正向引物含有SEQ ID NO:46所示的序列，并且反向引物含有SEQ ID NO:47所示的序列。
在一些情况下，所述一种或多种寡核苷酸引物对rev基因序列的一部分(如SEQ IDNO:33所示的序列或与这样的序列具有至少或约85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列的一部分)具特异性。在一些此类方面，所述一种或多种寡核苷酸引物包含SEQ ID NO:38-39所示的序列。在一些情况下，正向引物包含SEQ IDNO:38所示的序列、或与这样的序列具有至少或约85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列。在一些方面，反向引物包含SEQ ID NO:39所示的序列、或与这样的序列具有至少或至少约85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列。在一些实施方案中，正向引物含有SEQ ID NO:38所示的序列，并且反向引物含有SEQ ID NO:39所示的序列。
在一些情况下，水解探针对rev基因的序列的一部分(如SEQ ID NO:33所示的序列或与这样的序列具有至少或至少约85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列的一部分)具特异性。在一些此类方面，水解探针含有SEQ ID NO:40和63所示的序列。
在一些方面，对对照基因(例如，肌动蛋白)具特异性的所述一种或多种寡核苷酸引物与对照基因的序列结合。在一些情况下，在对照基因是肌动蛋白的情况下，对对照基因的序列具特异性的寡核苷酸引物对肌动蛋白的序列具特异性，例如与之结合。在一些实施方案中，对对照基因的序列具特异性的所述一种或多种寡核苷酸引物对SEQ ID NO:28所示的序列的一部分具特异性。在一些情况下，对肌动蛋白具特异性的所述一种或多种寡核苷酸引物包含SEQ ID NO:1-2、8、10-11或13-14所示的一个或多个序列。
在一些情况下，所述一种或多种寡核苷酸引物对肌动蛋白基因的序列(如SEQ IDNO:28所示的序列或与序列的这样一部分具有至少或至少约85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列的一部分)具特异性。在一些此类方面，所述一种或多种寡核苷酸引物包含SEQ ID NO:1-2、8、10-11或13-14所示的序列。在一些情况下，正向引物包含SEQ ID NO:1、10或13所示的序列、或与这样的序列具有至少或约85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列。在一些方面，反向引物包含SEQ ID NO:2、8、11或14所示的序列、或与这样的序列具有至少或约85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列。在一些实施方案中，正向引物含有SEQ ID NO:1所示的序列，并且反向引物含有SEQ ID NO:2所示的序列。在一些实施方案中，正向引物含有SEQ ID NO:1所示的序列，并且反向引物含有SEQ ID NO:8所示的序列。在一些实施方案中，正向引物含有SEQ ID NO:10所示的序列，并且反向引物含有SEQ ID NO:11所示的序列。在一些实施方案中，正向引物含有SEQ ID NO:13所示的序列，并且反向引物含有SEQ ID NO:14所示的序列。
在一些实施方案中，水解探针对对照基因(例如，肌动蛋白)的序列或序列的一部分(如SEQ ID NO:28所示的序列或与序列的这样一部分具有至少或至少约85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列的一部分)具特异性。因此，在一些方面，对对照基因的序列具特异性的水解探针对肌动蛋白具特异性，例如与之结合。在一些情况下，水解探针含有SEQ ID NO:3、9、12或15所示的序列。
在特定实施方案中，本文提供的试剂盒可用于检测样品中的RCR。在特定实施方案中，试剂盒包括对靶基因具特异性的寡核苷酸引物和探针，所述靶基因是γ逆转录病毒基因和/或用于产生γ逆转录病毒载体(如用于基因递送的复制缺陷型γ逆转录病毒载体)的基因。在特定实施方案中，试剂盒包括对对照基因具特异性的寡核苷酸引物和探针。在一些实施方案中，对照基因是肌动蛋白。在特定实施方案中，靶基因是GaLV env。在某些实施方案中，靶基因是MMLV gag。在一些实施方案中，靶基因是GaLV env和MMLV gag。
在某些实施方案中，本文提供的试剂盒可用于检测样品中的RCL。在特定实施方案中，试剂盒包括对靶基因具特异性的寡核苷酸引物和探针，所述靶基因是慢病毒基因和/或用于产生慢病毒载体(如用于基因递送的复制缺陷型慢病毒载体)的基因。在特定实施方案中，试剂盒包括对对照基因具特异性的寡核苷酸引物和探针。在一些实施方案中，对照基因是肌动蛋白。在特定实施方案中，靶基因是rev，例如HIV rev。在某些实施方案中，靶基因是VSV-G。在一些实施方案中，靶基因是rev和VSV-G。
IV.病毒载体颗粒和所编码的重组和/或异源分子
在一些方面，所提供的方法涉及检测与来自有复制能力的逆转录病毒的DNA或RNA关联和/或相关的参数。在一些实施方案中，在含有来自细胞的DNA、RNA或cDNA的测试样品中测量参数，所述细胞用编码重组和/或异源分子的病毒载体颗粒转导。因此，在一些情况下，病毒载体颗粒已经被用于或可以被用于转导细胞，随后通过所提供的方法对所述细胞进行评估。
在一些实施方案中，病毒载体颗粒(如慢病毒或γ逆转录病毒载体颗粒)在病毒载体的基因组中含有编码重组和/或异源分子(例如，基因产物)的核酸，所述重组和/或异源分子是例如重组或异源蛋白质，如重组和/或异源受体，如嵌合抗原受体(CAR)或其他抗原受体。此类重组和/或异源分子可以包括可溶性蛋白质，例如经分泌的蛋白质和/或细胞表面蛋白。在一些实施方案中，分子是或包括重组受体。此类重组受体可以包括抗原受体，如功能性非TCR抗原受体，包括嵌合抗原受体(CAR)和其他抗原结合受体，如转基因T细胞受体(TCR)。受体还可以包括其他受体，如其他嵌合受体，如与特定配体结合并且具有与CAR中存在的那些类似的跨膜和/或细胞内信号传导结构域的受体。
在一些实施方案中，病毒载体颗粒的基因组还可以包括除编码重组和/或异源分子的核酸之外的序列。此类序列可以包括允许将基因组包装到病毒颗粒中的序列和/或促进编码重组和/或异源分子(例如，重组受体，如CAR)的核酸的表达的序列。
在一些实施方案中，核酸编码重组受体和/或嵌合受体，如异源受体蛋白。重组受体(如异源受体)可以包括抗原受体，如功能性非TCR抗原受体，包括嵌合抗原受体(CAR)和其他抗原结合受体，如转基因T细胞受体(TCR)。受体还可以包括其他受体，如其他嵌合受体，如与特定配体结合并且具有与CAR中存在的那些类似的跨膜和/或细胞内信号传导结构域的受体。
在一些实施方案中，重组和/或异源分子(例如，基因产物)是可溶性分子，如免疫调节和/或免疫刺激分子，如细胞因子(例如，IL-2、IL-12、IL-6)、41BBL、CD40L和/或可溶性配体或受体(如免疫细胞共刺激分子的可溶性配体，例如CD40L、41BBL)或可溶性抗原结合分子(如scFv)。分子还包括表达或转导标记以及已知用于表达载体和/或盒的一种或多种任何其他分子。
在一些实施方案中，重组抗原受体(例如，CAR)与细胞或疾病(如癌症、感染性疾病、炎性或自身免疫性疾病或其他疾病或病症(包括本文所述的那些))上的一种或多种配体特异性结合。示例性抗原包括αvβ6整合素(avb6整合素)、B细胞成熟抗原(BCMA)、B7-H6、碳酸酐酶9(CA9，也称为CAIX或G250)、癌症-睾丸抗原、癌症/睾丸抗原1B(CTAG，也称为NY-ESO-1和LAGE-2)、癌胚抗原(CEA)、细胞周期蛋白、细胞周期蛋白A2、CC基序趋化因子配体1(CCL-1)、CD19、CD20、CD22、CD23、CD24、CD30、CD33、CD38、CD44、CD44v6、CD44v7/8、CD123、CD138、CD171、表皮生长因子蛋白(EGFR)、截短的表皮生长因子蛋白(tEGFR)、表皮生长因子受体III型突变体(EGFR vIII)、上皮糖蛋白2(EPG-2)、上皮糖蛋白40(EPG-40)、肝配蛋白B2、肝配蛋白受体A2(EPHa2)、雌激素受体、Fc受体样5(FCRL5；也称为Fc受体同源物5或FCRH5)、胎儿乙酰胆碱受体(胎儿AchR)、叶酸结合蛋白(FBP)、叶酸受体α、胎儿乙酰胆碱受体、神经节苷脂GD2、O-乙酰化GD2(OGD2)、神经节苷脂GD3、糖蛋白100(gp100)、Her2/neu(受体酪氨酸激酶erbB2)、Her3(erb-B3)、Her4(erb-B4)、erbB二聚体、人高分子量黑色素瘤相关抗原(HMW-MAA)、乙型肝炎表面抗原、人白细胞抗原A1(HLA-AI)、人白细胞抗原A2(HLA-A2)、IL-22受体α(IL-22Ra)、IL-13受体α2(IL-13Ra2)、激酶插入结构域受体(kdr)、κ轻链、L1细胞粘附分子(L1CAM)、L1-CAM的CE7表位、含有富亮氨酸重复序列的蛋白8家族成员A(LRRC8A)、路易斯Y、黑色素瘤相关抗原(MAGE)-A1、MAGE-A3、MAGE-A6、间皮素、c-Met、鼠巨细胞病毒(CMV)、粘蛋白1(MUC1)、MUC16、自然杀伤细胞2族成员D(NKG2D)配体、黑色素A(MART-1)、神经细胞粘附分子(NCAM)、癌胚胎抗原、黑色素瘤优先表达抗原(PRAME)、孕酮受体、前列腺特异性抗原、前列腺干细胞抗原(PSCA)、前列腺特异性膜抗原(PSMA)、受体酪氨酸激酶样孤儿受体1(ROR1)、存活蛋白、滋养层糖蛋白(TPBG，也称为5T4)、肿瘤相关糖蛋白72(TAG72)、血管内皮生长因子受体(VEGFR)、血管内皮生长因子受体2(VEGFR2)、肾母细胞瘤1(WT-1)、病原体特异性抗原或与通用标签关联的抗原、和/或生物素化分子、和/或由HIV、HCV、HBV或其他病原体表达的分子。
在一些实施方案中，受体靶向的抗原包括与B细胞恶性肿瘤关联的抗原，如许多已知B细胞标记中的任何一种。在一些实施方案中，受体靶向的抗原是CD20、CD19、CD22、ROR1、CD45、CD21、CD5、CD33、Igκ、Igλ、CD79a、CD79b或CD30。
在一些实施方案中，抗原是病原体特异性抗原。在一些实施方案中，抗原是病毒抗原(如来自HIV、HCV、HBV等的病毒抗原)、细菌抗原和/或寄生虫抗原。
在一些实施方案中，抗原受体(包括CAR和重组TCR)及其产生和引入包括例如以下文献中所述的那些：国际专利申请公开号WO 200014257、WO 2013126726、WO 2012/129514、WO 2014031687、WO 2013/166321、WO 2013/071154、WO 2013/123061，美国专利申请公开号US 2002131960、US 2013287748、US 20130149337，美国专利号6,451,995、7,446,190、8,252,592、8,339,645、8,398,282、7,446,179、6,410,319、7,070,995、7,265,209、7,354,762、7,446,191、8,324,353和8,479,118，以及欧洲专利申请号EP 2537416，和/或以下文献中所述的那些：Sadelain等人,Cancer Discov.2013年4月；3(4):388-398；Davila等人(2013)PLoS ONE 8(4):e61338；Turtle等人,Curr.Opin.Immunol.,2012年10月；24(5):633-39；Wu等人,Cancer,2012年3月18(2):160-75。
在一些实施方案中，由病毒载体颗粒内的核酸编码的所述一种或多种重组或异源分子是或包括核酸分子，如RNA、DNA或人工核酸序列，如被设计用于干扰靶mRNA的表达或活性的人工核酸序列，如短干扰RNA(siRNA)、短发夹RNA(shRNA)或微小RNA(miRNA)。此类分子可以包括被设计用于干扰与免疫细胞活性关联、促进或抑制其活性的分子(如免疫调节剂、免疫抑制分子和免疫检查点分子)的表达或活性的那些。在一些实施方案中，核苷酸siRNA或miRNA序列(例如长度为21-25个核苷酸)可以例如通过短发夹RNA(shRNA)序列(一种较长的(例如60-80个核苷酸)前体序列)的转录从表达载体产生，所述短发夹RNA序列随后被细胞RNAi机器加工以产生siRNA或miRNA序列。可替代地，可以例如化学合成核苷酸siRNA或miRNA序列(例如长度为21-25个核苷酸)。siRNA或miRNA序列的化学合成可从诸如Dharmacon,Inc.(科罗拉多州拉斐特)、Qiagen(加利福尼亚巴伦西亚)和Ambion(德克萨斯州奥斯汀)等公司商购。RNA可以是10至30个核苷酸长，如长度为19-25或21-25个核苷酸。例如，siRNA序列通常以精确的互补性结合靶mRNA内的独特序列，并且导致靶mRNA分子的降解。siRNA序列可以结合在mRNA分子内的任何位置；siRNA靶向的序列包括表达目的多肽的基因或这样的基因的上游或下游调节子，例如基因的上游或下游调节子，如结合基因启动子的转录因子、与目的多肽相互作用的激酶或磷酸酶和能够影响目的多肽的调节途径中涉及的多肽。miRNA序列通常以精确的或不到精确的互补性结合靶mRNA内的独特序列，并且导致靶mRNA分子的翻译抑制。miRNA序列可以结合在mRNA序列内的任何位置，但是通常结合在mRNA分子的3'非翻译区内。
A.嵌合抗原受体
在一些实施方案中，重组和/或异源分子是或包括嵌合抗原受体(CAR)。CAR通常是具有与一种或多种细胞内信号传导组分连接的细胞外配体结合结构域的基因工程化受体。此类分子通常模拟或接近通过天然抗原受体发出的信号和/或通过这样的受体与共刺激受体的组合发出的信号。
在一些实施方案中，CAR被构建具有对特定标记的特异性，所述特定标记是如在过继疗法所靶向的特定细胞类型中表达的标记，例如癌症标记和/或所描述的任何抗原。因此，CAR通常包括抗体的一个或多个抗原结合片段、结构域或部分、或一个或多个抗体可变结构域、和/或抗体分子。在一些实施方案中，CAR包括抗体分子的一个或多个抗原结合部分，如可变重链(VH)或其抗原结合部分、或衍生自单克隆抗体(mAb)的可变重链(VH)和可变轻链(VL)的单链抗体片段(scFv)。
在一些实施方案中，CAR的细胞外部分(如其抗体部分)还包括间隔子，如抗原识别组分(例如scFv)与跨膜结构域之间的间隔子区。间隔子可以是或包括免疫球蛋白恒定区或其变体或经修饰形式的至少一部分，如铰链区(例如，IgG4铰链区)、和/或CH1/CL和/或Fc区。在一些实施方案中，恒定区或部分是人IgG(如IgG4或IgG1)的。与不存在间隔子的情况相比，间隔子的长度可以提供在抗原结合后增加的细胞反应性。在一些例子中，间隔子的长度为或约12个氨基酸或者长度不超过12个氨基酸。示例性间隔子包括具有至少约10至229个氨基酸、约10至200个氨基酸、约10至175个氨基酸、约10至150个氨基酸、约10至125个氨基酸、约10至100个氨基酸、约10至75个氨基酸、约10至50个氨基酸、约10至40个氨基酸、约10至30个氨基酸、约10至20个氨基酸或约10至15个氨基酸(并且包括任何列出的范围的端点之间的任何整数)的那些。在一些实施方案中，间隔子区具有约12个或更少的氨基酸、约119个或更少的氨基酸或约229个或更少的氨基酸。示例性间隔子包括单独的IgG4铰链、与CH2和CH3结构域连接的IgG4铰链或与CH3结构域连接的IgG4铰链。示例性间隔子包括但不限于Hudecek等人(2013)Clin.Cancer Res.,19:3153或国际专利申请公开号WO2014031687中所述的那些。
细胞外配体结合结构域(如抗原识别结构域)通常与一种或多种细胞内信号传导组分连接，所述一种或多种细胞内信号传导组分是如在CAR的情况下模拟通过抗原受体复合物(如TCR复合物)进行激活和/或经由另一种细胞表面受体发出信号的信号传导组分。在一些实施方案中，跨膜结构域连接细胞外配体结合结构域与细胞内信号传导结构域。在一些实施方案中，CAR包括与细胞外结构域融合的跨膜结构域。在一个实施方案中，使用天然与受体(例如，CAR)中的一个结构域缔合的跨膜结构域。在一些情形中，通过氨基酸取代选择或修饰跨膜结构域，以避免此类结构域与相同或不同表面膜蛋白的跨膜结构域结合，以使与受体复合物的其他成员的相互作用最小化。
抗原特异性结合或识别组分通常与一个或多个跨膜和细胞内信号传导结构域连接。在一些实施方案中，CAR包括与细胞外结构域融合的跨膜结构域。在一个实施方案中，使用天然与受体(例如，CAR)中的一个结构域缔合的跨膜结构域。在一些情形中，通过氨基酸取代选择或修饰跨膜结构域，以避免此类结构域与相同或不同表面膜蛋白的跨膜结构域结合，以使与受体复合物的其他成员的相互作用最小化。
在一些实施方案中，跨膜结构域衍生自天然来源或衍生自合成来源。在来源是天然的情况下，结构域在一些方面衍生自任何膜结合蛋白或跨膜蛋白。跨膜区包括衍生自以下的那些(即至少包含以下的一个或多个跨膜区)：T细胞受体的α、β或ζ链，CD28，CD3ε，CD45，CD4，CD5，CDS，CD9，CD16，CD22，CD33，CD37，CD64，CD80，CD86，CD134，CD137，CD154。在一些实施方案中，跨膜结构域是合成的。在一些方面，合成跨膜结构域主要包含疏水性残基，如亮氨酸和缬氨酸。在一些方面，将在合成跨膜结构域的每个末端发现苯丙氨酸、色氨酸和缬氨酸的三联体。在一些实施方案中，连接是通过接头、间隔子和/或一个或多个跨膜结构域来实现。
在一些实施方案中，存在短的寡肽或多肽接头，例如长度在2与10个氨基酸之间的接头(如含有甘氨酸和丝氨酸的接头，例如甘氨酸-丝氨酸双联体)，并且在CAR的跨膜结构域与胞质信号传导结构域之间形成连接。
受体(例如，CAR)通常包括至少一种或多种细胞内信号传导组分。在一些实施方案中，受体包括TCR复合物的细胞内组分，如介导T细胞激活和细胞毒性的TCR CD3链，例如CD3ζ链。因此，在一些方面，抗原结合部分与一个或多个细胞信号传导模块连接。在一些实施方案中，细胞信号传导模块包括CD3跨膜结构域、CD3细胞内信号传导结构域和/或其他CD跨膜结构域。在一些实施方案中，受体(例如，CAR)还包括一种或多种另外的分子(如Fc受体γ、CD8、CD4、CD25或CD16)的一部分。例如，在一些方面，CAR或其他嵌合受体包括CD3-zeta(CD3-ζ)或Fc受体γ与CD8、CD4、CD25或CD16之间的嵌合分子。
在一些实施方案中，在连接CAR或其他嵌合受体后，受体的胞质结构域或细胞内信号传导结构域激活工程化以表达CAR的细胞(例如免疫细胞，例如T细胞)的正常效应子功能或应答中的至少一种。例如，在一些情境下，CAR诱导T细胞的功能，如细胞溶解活性或T辅助活性，如细胞因子或其他因子的分泌。在一些实施方案中，使用抗原受体组分或共刺激分子的细胞内信号传导结构域的截短部分代替完整的免疫刺激链，例如如果所述截短部分转导效应子功能信号的话。在一些实施方案中，所述一个或多个细胞内信号传导结构域包括T细胞受体(TCR)的胞质序列，并且在一些方面还包括共受体(其在天然背景下与此类受体一齐作用以在抗原受体接合后启动信号转导)和/或此类分子的任何衍生物或变体的那些，和/或具有相同功能能力的任何合成序列。
在天然TCR的背景下，完全激活通常不仅需要通过TCR进行信号传导，还需要共刺激信号。因此，在一些实施方案中，为了促进完全激活，用于产生次级或共刺激信号的组分也被包括在CAR中。在其他实施方案中，CAR不包括用于产生共刺激信号的组分。在一些方面，另外的CAR在同一细胞中表达，并且提供用于产生次级或共刺激信号的组分。
在一些方面，将T细胞激活描述为由两个类别的胞质信号传导序列来介导：通过TCR启动抗原依赖性初级激活的那些(初级胞质信号传导序列)以及以非抗原依赖性方式作用以提供次级或共刺激信号的那些(次级胞质信号传导序列)。在一些方面，CAR包括此类信号传导组分之一或两者。
在一些方面，CAR包括调节TCR复合物的初级激活的初级胞质信号传导序列。以刺激方式起作用的初级胞质信号传导序列可以含有信号传导基序(其被称为基于免疫受体酪氨酸的激活基序或ITAM)。含有ITAM的初级胞质信号传导序列的例子包括衍生自以下的那些：TCRζ、FcRγ、FcRβ、CD3γ、CD3δ、CD3ε、CDS、CD22、CD79a、CD79b和CD66d。在一些实施方案中，CAR中的一种或多种胞质信号传导分子含有衍生自CD3ζ的胞质信号传导结构域、其部分或序列。
在一些实施方案中，CAR包括共刺激受体(如CD28、4-1BB、OX40、DAP10和ICOS)的信号传导结构域和/或跨膜部分。在一些方面，相同的CAR包括激活组分和共刺激组分两者。
在一些实施方案中，激活结构域被包括在一个CAR内，而共刺激组分由识别另一种抗原的另一个CAR提供。在一些实施方案中，CAR包括在同一细胞上表达的激活或刺激CAR和共刺激CAR(参见WO 2014/055668)。在一些方面，CAR是刺激或激活CAR；在其他方面，它是共刺激CAR。在一些实施方案中，细胞还包括抑制性CAR(iCAR，参见Fedorov等人,Sci.Transl.Medicine,5(215)(2013年12月))，如识别不同抗原的CAR，由此通过抑制性CAR与其配体的结合来减小或抑制通过识别第一抗原的CAR递送的激活信号，例如以减小脱靶效应。
在某些实施方案中，细胞内信号传导结构域包含与CD3细胞内结构域连接的CD28跨膜和信号传导结构域。在一些实施方案中，细胞内信号传导结构域包含与CD3细胞内结构域连接的嵌合CD28和CD137共刺激结构域。
在一些实施方案中，CAR还可以包括转导标记(例如，tEGFR)。在一些实施方案中，CD8+细胞毒性T细胞的细胞内信号传导结构域与CD4+辅助T细胞的细胞内信号传导结构域相同。在一些实施方案中，CD8+细胞毒性T细胞的细胞内信号传导结构域与CD4+辅助T细胞的细胞内信号传导结构域不同。
在一些实施方案中，CAR涵盖在胞质部分中的一个或多个(例如，两个或更多个)共刺激结构域和激活结构域(例如，初级激活结构域)。示例性CAR包括CD3-ζ、CD28和4-1BB的细胞内组分。
在一些实施方案中，由病毒载体颗粒内的一种或多种核酸编码的重组和/或异源分子还包括一种或多种标记，例如用于确认细胞经转导或工程化而表达受体和/或对表达由核酸编码的一种或多种分子的细胞的选择和/或靶向的目的。在一些方面，这样的标记可以由不同的核酸或多核苷酸编码，所述核酸或多核苷酸也可以在基因工程化过程期间被引入，通常经由相同的方法(例如，通过相同的载体或相同类型的载体转导)被引入。
在一些方面，标记(例如，转导标记)是蛋白质和/或是细胞表面分子。示例性标记是天然存在的(例如，内源)标记(如天然存在的细胞表面分子)的截短的变体。在一些方面，与天然或内源细胞表面分子相比，变体具有降低的免疫原性、降低的运输功能和/或降低的信号传导功能。在一些实施方案中，标记是细胞表面受体的截短形式，如截短的EGFR(tEGFR)。在一些方面，标记包括全部或部分(例如，截短形式)的CD34、NGFR或表皮生长因子受体(例如，tEGFR)。在一些实施方案中，编码标记的核酸可操作地连接至编码接头序列(如可切割接头序列，例如T2A)的多核苷酸。参见WO2014031687。在一些实施方案中，标记是并未在T细胞上天然发现的或并未在T细胞表面上天然发现的分子(例如，细胞表面蛋白)或其部分。
在一些实施方案中，标记是非自身分子(例如，非自身蛋白)，即不被宿主的免疫系统识别为“自身”的分子，所述细胞将被过继转移至所述宿主中。
在一些实施方案中，标记不起任何治疗功能和/或不产生除了用作基因工程化的标记(例如，用于选择成功工程化的细胞)以外的作用。在其他实施方案中，标记可以是治疗性分子或以其他方式发挥一些所需作用的分子，如在体内将遇到的细胞的配体，如共刺激或免疫检查点分子，以在过继转移和遇到配体时增强和/或减弱细胞的应答。
在一些情况下，CAR被称为第一代、第二代和/或第三代CAR。在一些方面，第一代CAR是在抗原结合后仅提供CD3链诱导的信号的CAR；在一些方面，第二代CAR是提供这样的信号和共刺激信号的CAR，如包括来自共刺激受体(如CD28或CD137)的细胞内信号传导结构域的CAR；在一些方面，第三代CAR是在一些方面包括不同共刺激受体的多个共刺激结构域的CAR。
在一些实施方案中，嵌合抗原受体包括细胞外配体结合部分(如抗原结合部分，如抗体或其片段)和细胞内结构域。在一些实施方案中，抗体或片段包括scFv或单结构域VH抗体，并且细胞内结构域含有ITAM。在一些方面，细胞内信号传导结构域包括CD3-zeta(CD3ζ)链的ζ链的信号传导结构域。在一些实施方案中，嵌合抗原受体包括将细胞外结构域与细胞内信号传导结构域连接的跨膜结构域。细胞外结构域和跨膜可以直接或间接连接。在一些实施方案中，细胞外结构域和跨膜通过间隔子(如本文所述的任何间隔子)连接。在一些实施方案中，嵌合抗原受体含有T细胞共刺激分子的细胞内结构域，如在跨膜结构域与细胞内信号传导结构域之间。在一些方面，T细胞共刺激分子是CD28或41BB。
在一些实施方案中，受体(例如，CAR)的跨膜结构域是人CD28的跨膜结构域或其变体，例如人CD28(登录号：P10747.1)的27个氨基酸的跨膜结构域。在一些实施方案中，细胞内结构域包含人CD28的细胞内共刺激信号传导结构域或其功能变体，如其41个氨基酸的结构域，和/或在天然CD28蛋白的位置186-187处具有LL至GG取代的这样的结构域。在一些实施方案中，细胞内结构域包含41BB的细胞内共刺激信号传导结构域或其功能变体，如人4-1BB(登录号Q07011.1)的42个氨基酸的胞质结构域。在一些实施方案中，细胞内信号传导结构域包含人CD3ζ刺激信号传导结构域或其功能变体，如人CD3ζ(登录号：P20963.2)的同种型3的112个AA的胞质结构域或如美国专利号7,446,190中所述的CD3ζ信号传导结构域。在一些方面，间隔子仅含有IgG的铰链区，如仅IgG4或IgG1的铰链。在其他实施方案中，间隔子是与CH2和/或CH3结构域连接的Ig铰链，例如IgG4铰链。在一些实施方案中，间隔子是与CH2和CH3结构域连接的Ig铰链，例如IgG4铰链。在一些实施方案中，间隔子是仅与CH3结构域连接的Ig铰链，例如IgG4铰链。在一些实施方案中，间隔子是或包含富含甘氨酸-丝氨酸的序列或其他柔性接头(如已知的柔性接头)。
例如，在一些实施方案中，CAR包括：细胞外配体结合部分(如抗原结合部分，如抗体或其片段，包括sdAb和scFv)，其特异性结合抗原，例如本文所述的抗原；间隔子，如任何含有Ig铰链的间隔子；跨膜结构域，其是CD28的一部分或其变体；细胞内信号传导结构域，其含有CD28的信号传导部分或其功能变体；以及CD3ζ信号传导结构域的信号传导部分或其功能变体。在一些实施方案中，CAR包括：细胞外配体结合部分(如抗原结合部分，如抗体或其片段，包括sdAb和scFv)，其特异性结合抗原，例如本文所述的抗原；间隔子，如任何含有Ig铰链的间隔子；跨膜结构域，其是CD28的一部分或其变体；细胞内信号传导结构域，其含有4-1BB的信号传导部分或其功能变体；以及CD3ζ信号传导结构域的信号传导部分或其功能变体。在一些实施方案中，此类CAR构建体还包括T2A核糖体跳跃元件和/或tEGFR序列，例如在CAR的下游。
B.T细胞受体(TCR)
在一些实施方案中，由病毒载体颗粒编码的重组和/或异源分子是或包括重组T细胞受体(TCR)。在一些实施方案中，重组TCR对抗原具特异性，所述抗原通常是存在于靶细胞上的抗原(如肿瘤特异性抗原)、在与自身免疫性或炎性疾病关联的特定细胞类型上表达的抗原或衍生自病毒病原体或细菌病原体的抗原。
在一些实施方案中，TCR是已经从天然存在的T细胞克隆的TCR。在一些实施方案中，从患者中鉴定并分离针对靶抗原(例如，癌抗原)的高亲和力T细胞克隆。在一些实施方案中，已经在用人免疫系统基因(例如，人白细胞抗原系统或HLA)工程化的转基因小鼠中产生针对靶抗原的TCR克隆。参见例如，肿瘤抗原(参见例如，Parkhurst等人(2009)ClinCancer Res.15:169-180和Cohen等人(2005)J Immunol.175:5799-5808)。在一些实施方案中，噬菌体展示用于分离针对靶抗原的TCR(参见例如，Varela-Rohena等人(2008)NatMed.14:1390-1395和Li(2005)Nat Biotechnol.23:349-354)。
在一些实施方案中，在获得T细胞克隆之后，将TCRα和β链分离并克隆到基因表达载体中。在一些实施方案中，TCRα和β基因经由小核糖核酸病毒2A核糖体跳跃肽连接，使得两条链共表达。在一些实施方案中，编码TCR的核酸还包括标记以确认细胞经转导或工程化而表达受体。
C.病毒载体颗粒
在一些实施方案中，用病毒载体颗粒转导被测试有复制能力的病毒的细胞，所述病毒载体颗粒包括编码重组和/或异源分子(例如，基因产物)的核酸。在一些实施方案中，核酸(即多核苷酸)被包含在表达盒内。核酸或表达盒可以被包含在表达载体(如病毒载体)中，用于在病毒载体颗粒中表达由核酸编码的重组和/或异源分子。
1.表达盒
在一些实施方案中，表达盒可以含有在启动子控制下的编码异源和/或重组分子的核酸。表达盒还可以含有一种或多种其他调节元件。在一些情况下，核酸可以可操作地连接至其他核酸序列，包括但不限于启动子、增强子、其他转录后调节元件、多腺苷酸化信号、限制酶位点、多克隆位点或编码区段。
a.启动子
在一些实施方案中，表达盒包括可操作地连接至编码重组或异源蛋白质的核酸分子的启动子。启动子可以包含用户期望的对于表达背景适当的任何启动子。在一些实施方案中，启动子可以包含真核或原核源的启动子，其可以跨多种细胞类型提供高水平的组成型表达，并且将足以指导编码重组或异源蛋白质的核酸在细胞中的转录。在一些实施方案中，编码重组或异源蛋白质的核酸是位于远端的序列，其是可操作地连接至启动子序列的5'末端的序列。启动子区还可以包括用于增强或抑制转录的控制元件，并且可以由用户根据需要并取决于背景进行修饰。
在一些实施方案中，启动子包含发挥定位RNA合成起始位点的功能的序列。在一些实施方案中，启动子包含TATA盒。在一些实施方案中，启动子缺乏TATA盒，例如像哺乳动物末端脱氧核苷酸转移酶基因的启动子和SV40晚期基因的启动子。在这样的实施方案中，启动子可以含有覆盖起始位点本身的离散元件，其有助于固定起始位置。另外的启动子元件调节转录起始的频率。在一些实施方案中，这些位于起始位点上游30-110bp的区域中，尽管已经显示许多启动子在起始位点下游也含有功能元件。为了使编码序列“处于”启动子“的控制下”，将转录阅读框的转录起始位点的5'末端定位在所选启动子的“下游”(即，其3')。“上游”启动子刺激DNA的转录并促进所编码的RNA的表达。
在一些实施方案中，启动子元件之间的间隔是灵活的，使得当元件相对于彼此倒置或移动时，启动子功能得以保留。在启动子是tk启动子的一些实施方案中，在活性开始下降之前，启动子元件之间的间隔可以增加到50bp。取决于启动子，各个元件可以协同或独立地发挥功能以激活转录。在一些实施方案中，启动子可以与“增强子”结合使用，“增强子”是指核酸序列的转录激活中涉及的顺式作用调节序列。
在一些实施方案中，启动子可以是与核酸序列天然缔合的启动子，如可以通过分离位于编码区段和/或外显子上游的5'非编码序列获得的。这样的启动子可以被称为“内源的”。在一些实施方案中，增强子可以是与核酸序列天然缔合的增强子，位于所述序列的下游或上游。
可替代地，在一些实施方案中，可以将编码核酸区段定位在重组和/或异源启动子和/或增强子的控制下，所述重组和/或异源启动子和/或增强子在自然环境中通常不与编码核酸序列缔合。此类启动子或增强子可以包括在自然界中可操作地连接至衍生出核酸的物种内的其他基因的启动子或增强子、以及分离自其他物种(如分离自其他原核或真核细胞)的启动子或增强子、以及并非“天然存在的”启动子或增强子，即与在自然界中的任何启动子或增强子中发现的那些相比，含有不同转录调节区的不同元件和/或改变表达的突变的启动子或增强子。例如，用于重组DNA构建的示例性启动子包括但不限于β-内酰胺酶(青霉素酶)、乳糖、色氨酸(trp)、RNA聚合酶(pol)III启动子(包括人和鼠U6 pol III启动子以及人和鼠H1 RNA pol III启动子)、RNA聚合酶(pol)II启动子、巨细胞病毒立即早期启动子(pCMV)、延伸因子-1α(EF-1α)和劳斯肉瘤病毒长末端重复启动子(pRSV)启动子系统。除合成地产生启动子和增强子的核酸序列之外，还可以结合本文公开的组合物和方法使用重组克隆和/或核酸扩增技术(包括PCRTM)来产生序列(参见美国专利号4,683,202和5,928,906，各自通过引用并入本文)。此外，在一些实施方案中，也可以采用指导序列在非核细胞器(如线粒体、叶绿体等)内的转录和/或表达的控制序列。包含启动子、增强子和其他基因座或转录控制/调节元件的控制序列也被称为“转录盒”。
在一些实施方案中，启动子和/或增强子可操作地连接以有效地指导DNA区段在选择用于表达的细胞器、细胞类型、组织、器官或生物中的表达。分子生物学领域的技术人员通常知道启动子、增强子和细胞类型组合用于蛋白质表达的用途(参见例如Sambrook等人,1989，通过引用并入本文)。所采用的启动子在用于指导所引入DNA区段的高水平表达的适当条件下可以是组成型的、组织特异性的、诱导型的和/或有用的，如对于基因疗法或对于诸如大规模产生重组蛋白质和/或肽等应用是有利的。启动子可以是异源的或内源的。
在一些实施方案中，可以采用T3、T7或SP6胞质表达系统。真核细胞可以支持自某些细菌启动子的胞质转录，如果提供适当的细菌聚合酶的话，无论是作为递送复合物的一部分还是作为另外的基因表达构建体。
在一些实施方案中，可以使用诱导型启动子。如本文所用，“诱导型启动子”是指可以响应于特定信号而被调节的转录控制元件。诱导型启动子当结合至转录激活子时具有转录活性，所述转录激活子又在一组特定条件下被激活，例如在存在特定的化学信号组合的情况下，所述化学信号影响转录激活子与诱导型启动子的结合和/或影响转录激活子本身的功能。因此，诱导型启动子是这样的启动子，其在不存在诱导剂的情况下不指导与诱导型启动子可操作地连接的核酸序列的表达或指导所述序列的低水平表达；或者在存在调节因子的情况下展现出低水平的表达，所述调节因子当被去除时允许自启动子(例如，tet系统)的高水平表达。在存在诱导剂的情况下，诱导型启动子以增加的水平指导转录。
在一些实施方案中，基于大肠杆菌(Escherichia coli)的tet抑制(tetr)对tet操纵子序列(TECO)的抑制作用的四环素-(tet)-可调节系统可以被修饰用于哺乳动物系统并用作表达盒的可调节元件。这些系统是本领域普通技术人员熟知的。(参见，Goshen和Badgered,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 89:5547-51(1992)；Shockett等人,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 92:6522-26(1996)；Lindemann等人,Mol.Med.3:466-76(1997))。
b.其他调节元件
在一些实施方案中，表达盒可以另外包括可操作地连接至编码重组蛋白质或异源基因产物的核酸的增强子。
在一些实施方案中，内部核糖体结合位点(IRES)元件可操作地连接至表达盒以产生多基因或多顺反子信息。IRES元件能够绕过5'-甲基化帽依赖性翻译的核糖体扫描模型，并且在内部位点开始翻译(参见Pelletier和Sonenberg,(1988)Nature.334:320-325)。IRES元件的非限制性例子包括但不限于小核糖核酸病毒家族(脊髓灰质炎和脑心肌炎)的IRES元件(参见Pelletier和Sonenberg,(1988)Nature.334:320-325)或来自哺乳动物信息的IRES(参见Macejak和Sarnow,(1991)Nature,353:90-94)。IRES元件可以与异源开放阅读框连接。可以一起转录多个开放阅读框，每个阅读框之间被IRES隔开，从而产生多顺反子信息。借助于IRES元件，每个开放阅读框可接近核糖体以进行有效翻译。使用单个启动子/增强子转录单个信息可以有效表达多种基因。
在涉及真核基因表达的一些实施方案中，表达盒可以可操作地连接至多腺苷酸化信号以实现转录物的适当多腺苷酸化。可以采用任何这样的序列。一些例子包括SV40多腺苷酸化信号或牛生长激素多腺苷酸化信号，方便且已知在各种靶细胞中功能良好。多腺苷酸化可以增加转录物的稳定性或者可以促进胞质转运。
在一些实施方案中，表达盒或载体含有一个或多个复制起点位点(通常称为“ori”)，以便在宿主细胞中繁殖。复制起点是复制起始的特定核酸序列。可替代地，如果宿主细胞是酵母，则可以采用自主复制序列(ARS)。
在一些实施方案中，包含在病毒载体基因组中的编码重组受体(如抗原受体，例如CAR)的核酸序列与其他遗传元件(例如包括启动子或增强子在内的转录调节序列)以功能关系可操作地连接，以便以特定方式调节目的序列的表达。在某些情形中，此类转录调控序列是关于活性在时间和/或空间上受调节的那些。可以用于调节组分表达的表达控制元件是已知的，并且包括但不限于诱导型启动子、组成型启动子、分泌信号、增强子和其他调节元件。
在一些实施方案中，编码重组受体(如抗原受体，例如CAR)的核酸序列与内部启动子/增强子调节序列可操作地连接。所采用的启动子在用于指导所引入DNA区段的高水平表达的适当条件下可以是组成型的、组织特异性的、诱导型的和/或有用的。启动子可以是异源的或内源的。在一些实施方案中，合成地产生启动子和/或增强子。在一些实施方案中，使用重组克隆和/或核酸扩增技术产生启动子和/或增强子。
在一些实施方案中，启动子和/或增强子可以是与核酸序列天然缔合的启动子和/或增强子，如可以通过分离位于编码区段和/或外显子上游的5'非编码序列获得的。可替代地，在一些实施方案中，可以将编码核酸区段定位在重组和/或异源启动子和/或增强子的控制下，所述重组和/或异源启动子和/或增强子在自然环境中通常不与编码核酸序列缔合。例如，用于重组DNA构建的示例性启动子包括但不限于β-内酰胺酶(青霉素酶)、乳糖、色氨酸(trp)、RNA聚合酶(pol)III启动子(包括人和鼠U6 pol III启动子以及人和鼠H1 RNApol III启动子)、RNA聚合酶(pol)II启动子、巨细胞病毒立即早期启动子(pCMV)、延伸因子-1α(EF-1α)和劳斯肉瘤病毒长末端重复启动子(pRSV)启动子系统。在一些实施方案中，启动子可以例如从病毒的基因组获得，所述病毒是如多瘤病毒、禽痘病毒、腺病毒、牛乳头瘤病毒、禽肉瘤病毒、巨细胞病毒、逆转录病毒、乙型肝炎病毒和猿猴病毒40(SV40)。启动子还可以是例如异源哺乳动物启动子，例如肌动蛋白启动子或免疫球蛋白启动子、热休克启动子或通常与天然序列缔合的启动子，只要此类启动子与靶细胞相容。在一个实施方案中，启动子是病毒表达系统中的天然存在的病毒启动子。
在一些实施方案中，启动子可以具有组成性活性。可以使用的组成型启动子的非限制性例子包括以下的启动子：泛素(美国专利号5,510,474；WO 98/32869)、CMV(Thomsen等人,PNAS 81:659,1984；美国专利号5,168,062)、β-肌动蛋白(Gunning等人1989Proc.Natl.Acad.Sci.USA 84:4831-4835)和pgk(参见例如，Adra等人1987 Gene 60:65-74；Singer-Sam等人1984 Gene 32:409-417；和Dobson等人1982 Nucleic Acids Res.10:2635-2637)。
在一些实施方案中，启动子可以是组织特异性启动子和/或靶细胞特异性启动子。在一些实施方案中，可以选择启动子以允许可诱导地表达目的序列。已知许多用于可诱导表达的系统，包括四环素应答系统、lac操纵子-阻遏物系统、以及对多种环境或生理变化有响应的启动子，包括热休克、金属离子(如金属硫蛋白启动子)、干扰素、低氧、类固醇(如孕酮或糖皮质激素受体启动子)、辐射(如VEGF启动子)。在一些实施方案中，基于大肠杆菌的tet抑制(tetr)对tet操纵子序列(TECO)的抑制作用的四环素-(tet)-可调节系统可以被修饰用于哺乳动物系统并用作表达盒的可调节元件。这些系统是熟知的。(参见，Goshen和Badgered,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 89:5547-51(1992)；Shockett等人,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 92:6522-26(1996)；Lindemann等人,Mol.Med.3:466-76(1997))。
启动子的组合也可以用于获得目的基因的所需表达。普通技术人员将能够基于基因在目的生物或靶细胞中的所需表达模式来选择启动子。
在一些实施方案中，增强子也可以存在于病毒构建物中以增加目的基因的表达。增强子通常是顺式作用核酸元件，长度通常为约10至300by，其作用于启动子以增加其转录。病毒基因组中的许多增强子(如HIV或CMV)是已知的。例如，可以使用CMV增强子(Boshart等人Cell,41:521,1985)。其他例子包括例如复制起点晚期侧(bp 100-270)的SV40增强子、巨细胞病毒早期启动子增强子、复制起点晚期侧的多瘤病毒增强子和腺病毒增强子。在一些情况下，增强子来自哺乳动物基因，如来自球蛋白、弹性蛋白酶、白蛋白、甲胎蛋白或胰岛素的增强子。增强子可以与异源启动子组合使用。增强子可以在编码目的基因的多核苷酸序列5'或3'的位置剪接到载体中，但是通常位于启动子5'的位点。本领域普通技术人员将能够基于所需表达模式来选择适当的增强子。
病毒载体基因组还可以含有另外的遗传元件。可以被包括在构建体中的元件的类型不以任何方式受到限制，并且可以由本领域技术人员选择。例如，可以包括促进病毒基因组核进入靶细胞的信号。
在一些情形中，可以包括超过一个的编码单独的异源蛋白质的开放阅读框。例如，在一些实施方案中，如果报告基因和/或可检测和/或可选择基因被包括在表达构建体中，则可以包括内部核糖体进入位点(IRES)序列。通常，另外的遗传元件与独立的启动子/增强子可操作地连接并受其控制。另外的遗传元件可以是报告基因、可选择标记或其他所需基因。
在一些实施方案中，其他各种调节元件可以包括转录起始区和/或终止区。表达载体还可以含有用于终止转录和用于稳定mRNA的序列。此类序列是已知的，并且通常在真核或原病毒DNA或病毒cDNA的5'非翻译区中自然地发现，且偶尔在3'非翻译区中发现。转录终止区的例子包括但不限于多腺苷酸化信号序列。多腺苷酸化信号序列的例子包括但不限于牛生长激素(BGH)聚(A)、SV40晚期聚(A)、兔β-球蛋白(RBG)聚(A)、胸苷激酶(TK)聚(A)序列及其任何变体。
2.病毒载体
在一些实施方案中，用于转导待测试细胞的病毒载体颗粒含有衍生自基于逆转录病毒基因组的载体(如衍生自基于γ逆转录病毒或慢病毒基因组的载体)的基因组。大量此类合适的载体基因组中的任何一种是已知(参见例如，Koste等人(2014)Gene Therapy2014年4月3日.doi:10.1038/gt.2014.25；Carlens等人(2000)Exp Hematol 28(10):1137-46；Alonso-Camino等人(2013)Mol Ther Nucl Acids 2,e93；Park等人,TrendsBiotechnol.2011年11月29(11):550-557；Pfeifer和Verma(2001)Annu.Rev.GenomicsHum.Genet.,2:177-211)。在所提供的病毒载体的一些方面，编码重组受体(如抗原受体，如CAR)的异源核酸被包含在和/或位于载体基因组的5'LTR与3'LTR序列之间。在一些实施方案中，载体基因组被称为转移载体和/或转移质粒。
示例性病毒载体包括逆转录病毒载体(如慢病毒或γ逆转录病毒载体)、衍生自猿猴病毒40(SV40)、腺病毒和腺相关病毒(AAV)的载体。在一些实施方案中，使用逆转录病毒载体(如慢病毒载体或γ逆转录病毒载体)将重组核酸转移到细胞中(参见例如，Koste等人(2014)Gene Therapy 2014年4月3日.doi:10.1038/gt.2014.25；Carlens等人(2000)ExpHematol 28(10):1137-46；Alonso-Camino等人(2013)Mol Ther Nucl Acids 2,e93；Park等人,Trends Biotechnol.2011年11月29(11):550-557)。逆转录病毒可用作递送载体，因为它们具有将其基因整合到宿主基因组中、转移大量外来遗传材料、感染广泛的物种和细胞类型以及被包装在特殊细胞系中的能力(Miller,1992)。
在一些实施方案中，经由γ逆转录病毒载体完成遗传转移。因此，在一些情况下，病毒载体基因组是γ逆转录病毒基因组，如鼠白血病病毒(MLV)、长臂猿白血病病毒(GALV)、内源异嗜性鼠白血病病毒相关病毒(XMRV)或猫白血病病毒(FLV)基因组。
在一些实施方案中，经由慢病毒载体完成遗传转移。在一些方面，慢病毒可以用于转导某些非分裂细胞。
慢病毒载体的非限制性例子包括衍生自慢病毒的那些，所述慢病毒是如人免疫缺陷病毒1(HIV-1)、HIV-2、猿猴免疫缺陷病毒(SIV)、人嗜T淋巴细胞病毒1(HTLV-1)、HTLV-2或马感染贫血病毒(E1AV)。例如，已经通过多次减弱HIV毒力基因产生慢病毒载体，例如，使基因env、vif、vpr、vpu、vpx和nef缺失，这在一些实施方案中可以使得载体对于治疗目的更安全、更被接受为安全或更理想。慢病毒载体是本领域已知的，参见Naldini等人(1996和1998)；Zufferey等人(1997)；Dull等人,1998，美国专利号6,013,516和5,994,136。在一些实施方案中，这些病毒载体是基于质粒的或基于病毒的，并且被配置为携带用于掺入外来核酸的基本序列，用于选择和用于将核酸转移到宿主细胞中。已知的慢病毒可以容易地从保管机构或保藏中心(如美国典型培养物保藏中心(“ATCC”；弗吉尼亚州马纳萨斯大学大道(University Blvd.)10801号20110-2209))获得，或者使用常用技术从已知来源分离。
在一些实施方案中，病毒载体包括但不限于衍生自HIV-1、SIVmnd1、SIVlst、SIVsun、SIVolc或SIVwrc慢病毒的病毒载体。
在一些实施方案中，两种组分参与制备基于病毒的基因递送系统：第一，包装质粒，涵盖产生病毒载体颗粒所必需的结构蛋白以及酶；第二，病毒载体本身，即待转移的遗传材料。可以在设计这些组分之一或两者时引入生物安全保护措施。在一些实施方案中，包装质粒可以含有除了包膜蛋白以外的所有HIV-1蛋白(Naldini等人,1998)。在一些实施方案中，病毒载体可能缺乏另外的病毒基因，如与毒力关联的那些，例如vpr、vif、vpu、vpx和nef和/或Tat(HIV的主要反式激活因子)。在一些实施方案中，慢病毒载体(如基于HIV的慢病毒载体)的包装系统包括单独的包装质粒，它们一起仅包含亲本病毒的三种基因：gag、pol和rev，这减少或消除了野生型病毒通过重组而重构的可能性。
在所提供的方法的一些方面，编码重组蛋白质的异源核酸(如作为含有在启动子控制下的转基因的表达盒的一部分而提供)被包含在和/或位于载体基因组的5'LTR与3'LTR序列(包括野生型LTR或其部分或嵌合部分)之间。在一些实施方案中，病毒载体基因组可以含有逆转录病毒的5'和3'LTR的序列。在一些方面，病毒基因组构建体可以含有来自逆转录病毒的5'和3'LTR的序列，并且具体而言可以含有来自逆转录病毒的5'LTR的R和U5序列以及来自逆转录病毒的失活或自失活3'LTR。LTR序列可以是来自任何物种的任何逆转录病毒的LTR序列。例如，它们可以是来自HIV、SIV、FIV或BIV的LTR序列。
载体基因组可以含有失活或自失活3'LTR(Zufferey等人J Virol 72:9873,1998；Miyoshi等人,J Virol 72:8150,1998)。例如，用于产生病毒载体RNA的核酸的3'LTR的U3区中的缺失可以用于产生自失活(SIN)载体。然后可以在逆转录期间将此缺失转移到原病毒DNA的5'LTR。自失活载体通常具有自3'长末端重复序列(LTR)的增强子和启动子序列缺失，所述缺失在载体整合期间被拷贝到5'LTR中。在一些实施方案中，可以消除足够的序列，包括去除TATA盒，以消除LTR的转录活性。这可以防止在经转导细胞中产生全长载体RNA。在一些方面，3'LTR的U3元件含有其增强子序列、TATA盒、Sp1和NF-κB位点的缺失。由于自失活3'LTR，在进入和逆转录之后产生的原病毒含有失活的5'LTR。这可以通过降低动员载体基因组的风险和LTR对附近细胞启动子的影响来提高安全性。可以通过本领域已知的任何方法来构建自失活3'LTR。在一些实施方案中，这不会影响载体滴度或病毒载体颗粒的体外或体内特性。
任选地，来自慢病毒5'LTR的U3序列可以在病毒构建体中用启动子序列(如异源启动子序列)替代。这可以增加从包装细胞系中回收的病毒的滴度。还可以包括增强子序列。可以使用增加病毒RNA基因组在包装细胞系中的表达的任何增强子/启动子组合。在一个例子中，使用CMV增强子/启动子序列(美国专利号5,385,839和美国专利号5,168,062)。
在一些实施方案中，病毒载体基因组还可以含有另外的遗传元件。可以被包括在构建体中的元件的类型不以任何方式受到限制，并且可以由本领域技术人员选择。在一些实施方案中，载体基因组含有衍生自病毒基因组(例如逆转录病毒基因组)的序列，其是基因组的非编码区，其促进或提供用于DNA或RNA合成和加工的识别信号。在一些实施方案中，此类序列可以包括可参与包装或衣壳化、逆转录和转录和/或基因转移或整合的顺式作用序列。在一些实施方案中，作为病毒载体的一部分而提供的顺式激活序列衍生自相同的慢病毒或逆转录病毒样生物。
在一些实施方案中，逆转录病毒载体基因组可以含有选自剪接供体位点(SD)、剪接受体位点(SA)和/或Rev响应元件(RRE)的元件。在一些实施方案中，提供RRE以在病毒包装期间结合作为辅助质粒的一部分而提供的Rev蛋白之后允许病毒信使RNA从细胞核输出至细胞质。在一些实施方案中，载体基因组可以含有psi(ψ)包装信号，其在一些情况下可以衍生自gag ORF的N末端片段。在一些实施方案中，可以通过一个或多个移码突变来修饰ψ包装信号序列，以便防止gag肽的可能转录/翻译对转基因的转录/翻译的任何干扰。
在某些实施方案中，病毒载体基因组(如γ逆转录病毒或慢病毒载体基因组或者其他病毒基因组)被工程化为整合缺陷的。可以采用多种途径来产生非整合型载体基因组。在一些实施方案中，可以将一个或多个突变工程化到pol基因的整合酶组分中，使得其编码具有无活性整合酶的蛋白质。在一些实施方案中，可以修饰载体基因组本身以通过例如使一个或两个附接位点突变或缺失来防止整合，或者通过缺失或修饰使3'LTR近端多嘌呤束(PPT)没有功能。在一些实施方案中，可以使用非遗传途径；这些途径包括抑制整合酶的一种或多种功能的药理学药剂。这些途径并不一定相互排斥；也就是说，可以一次使用超过一种所述途径。例如，整合酶和附接位点两者可以都没有功能，或者整合酶和PPT位点可以没有功能，或者附接位点和PPT位点可以没有功能，或者它们全部都可以没有功能。此类方法和病毒载体基因组是已知的并且是可获得的(参见Philpott和Thrasher,Human GeneTherapy 18:483,2007；Engelman等人J Virol 69:2729,1995；Brown等人J Virol 73:9011(1999)；WO 2009/076524；McWilliams等人,J Virol 77:11150,2003；Powell和Levin JVirol 70:5288,1996)。
在一些实施方案中，载体还可以含有用于在宿主细胞(如原核宿主细胞)中繁殖的序列。在一些实施方案中，病毒载体的核酸含有用于在原核细胞(如细菌细胞)中繁殖的一个或多个复制起点。在一些实施方案中，包括原核复制起点的载体还可以含有这样的基因，其表达赋予可检测或可选择标记，如抗药性。
3.病毒载体颗粒的制备
在所提供的方法的一些实施方案中，将编码重组和/或异源分子的核酸插入病毒基因组中代替某些病毒序列，以产生复制缺陷的病毒。为了产生病毒体，可以构建包含含有gag、pol和env基因但没有LTR和包装组分的包装细胞系。当将重组质粒连同逆转录病毒LTR和包装序列引入特殊细胞系(例如像，通过磷酸钙沉淀)中时，包装序列可以允许待包装到病毒颗粒中的重组质粒的RNA转录，然后所述病毒颗粒可以被分泌到培养基中。在一些实施方案中，然后收集含有重组逆转录病毒的培养基，任选地将其浓缩，并且用于基因转移。
病毒载体基因组通常以质粒形式构建，其可以转染到包装细胞系或生产细胞系中。可以使用多种已知方法中的任何一种来产生病毒颗粒，其基因组含有病毒载体基因组的RNA拷贝。在一些实施方案中，至少两种组分参与制备基于病毒的基因递送系统：第一，包装质粒，涵盖产生病毒载体颗粒所必需的结构蛋白以及酶；第二，病毒载体本身，即待转移的遗传材料。可以在设计这些组分之一或两者时引入生物安全保护措施。
在一些实施方案中，包装质粒可以含有除了包膜蛋白以外的所有病毒蛋白(Naldini等人,1998)。在其他实施方案中，病毒载体可能缺乏另外的病毒基因，如与毒力关联的那些，例如vpr、vif、vpu、vpx和nef和/或Tat(HIV的主要反式激活因子)。
在一些实施方案中，慢病毒载体(如基于HIV的慢病毒载体)仅包含亲本病毒的三种基因：gag、pol和rev，这减少或消除了野生型病毒通过重组而重构的可能性。
如上所述，在一些实施方案中，将病毒载体基因组引入包装细胞系中，所述细胞系含有将从病毒载体基因组转录的病毒基因组RNA包装到病毒颗粒中所必需的所有组分。可替代地，除所述一个或多个目的序列(例如，重组核酸)以外，病毒载体基因组可以包含编码病毒组分的一种或多种基因。然而，在一些方面，为了防止基因组在靶细胞中复制，将复制所需的内源病毒基因去除，并且在包装细胞系中单独提供。
在一些实施方案中，用含有产生颗粒所必需的组分的一种或多种质粒载体转染包装细胞系。包装细胞系可以表达或被使得表达基本逆转录病毒基因以允许病毒载体颗粒的产生。这些基因可以由几种质粒表达。在一些实施方案中，用含有病毒载体基因组(包括LTR、顺式作用包装序列和目的序列，即编码抗原受体(如CAR)的核酸)的质粒；以及编码病毒酶促和/或结构组分(如Gag、pol和/或rev)的一种或多种辅助质粒转染包装细胞系。在一些实施方案中，利用多种载体分离产生逆转录病毒载体颗粒的各种遗传组分。在一些此类实施方案中，向包装细胞提供单独的载体减少了原本可能产生有复制能力的病毒的重组事件的机会。在一些实施方案中，可以使用具有所有病毒组分的单个质粒载体。
在一些实施方案中，可以用含有顺式作用ψ(Y)包装序列和插入在慢病毒LTR之间以允许靶细胞整合的转基因的慢病毒表达质粒；编码pol、gag、rev和/或tat病毒基因，并且在一些情况下含有rev响应元件(RRE)的一种或多种包装质粒；和假型化质粒(如编码包膜蛋白(如水疱性口炎病毒G蛋白(VSV-G)包膜基因)的质粒)转染包装细胞系。
在一些实施方案中，用含有病毒载体基因组(包括LTR、顺式作用包装序列和目的序列，即编码重组蛋白质(例如抗原受体，如CAR)的核酸)的质粒连同编码病毒酶促和/或结构组分(如Env、Gag、pol和/或rev)的几种辅助质粒转染包装细胞系。在一些实施方案中，将含有编码结构和酶促组分的gag和pol基因的GagPol包装质粒和含有编码Rev调节蛋白的rev基因的Rev质粒单独引入包装细胞系中。在一些实施方案中，可以使用具有所有逆转录病毒组分的单个质粒载体。在一些实施方案中，还可以引入编码env基因的包膜质粒，这在一些情况下可以产生用替代性Env蛋白假型化的病毒颗粒。在一些实施方案中，将病毒载体颗粒(如γ逆转录病毒或慢病毒载体颗粒)假型化以增加宿主细胞的转导效率。例如，可以将病毒载体颗粒用VSV-G糖蛋白假型化，其提供宽细胞宿主范围，从而扩展可以转导的细胞类型。在一些实施方案中，用编码非天然包膜糖蛋白的质粒或多核苷酸转染包装细胞系，以例如包括嗜异性、多嗜性或双嗜性包膜，如辛德比斯病毒包膜、GALV或VSV-G。
env基因可以衍生自任何适当的病毒，如逆转录病毒。在一些实施方案中，env是双嗜性包膜蛋白，其允许转导人和其他物种的细胞。一些实施方案使用逆转录病毒衍生的env基因，包括但不限于：莫洛尼鼠白血病病毒(MoMuLV或MMLV)、哈维鼠肉瘤病毒(HaMuSV或HSV)、鼠乳腺肿瘤病毒(MuMTV或MMTV)、长臂猿白血病病毒(GaLV或GALV)、人免疫缺陷病毒(HIV)和劳斯肉瘤病毒(RSV)。在一些实施方案中，也可以使用其他env基因，如水疱性口炎病毒(VSV)蛋白G(VSVG)、肝炎病毒和流感病毒的env基因。
在一些实施方案中，提供病毒env核酸序列的包装质粒与调节序列(例如，启动子或增强子)缔合或可操作地连接。在一些实施方案中，调节序列可以是任何真核启动子或增强子，包括例如EF1α、PGK、莫洛尼鼠白血病病毒启动子-增强子元件、人巨细胞病毒增强子、牛痘P7.5启动子等。在一些情况下，如莫洛尼鼠白血病病毒启动子-增强子元件，启动子-增强子元件位于LTR序列内或附近。在一些实施方案中，调节序列是对于从其构建载体的慢病毒不是内源的调节序列。因此，如果载体是由SIV制备的，则在SIV LTR中发现的SIV调节序列可以被并非源自SIV的调节元件替代。
在一些实施方案中，包装细胞系提供将病毒基因组RNA包装到慢病毒载体颗粒中反式作用所需的组分，包括病毒调节蛋白和结构蛋白。在一些实施方案中，包装细胞系可以是能够表达逆转录病毒蛋白并产生功能性病毒载体颗粒的任何细胞系。在一些方面，合适的包装细胞系包括293(ATCC CCL X)、293T、HeLA(ATCC CCL 2)、D17(ATCC CCL 183)、MDCK(ATCC CCL 34)、BHK(ATCC CCL-10)和Cf2Th(ATCC CRL 1430)细胞。
在一些实施方案中，包装细胞系稳定地表达所述一种或多种病毒蛋白。例如，在一些方面，可以构建含有gag、pol、rev和/或其他结构基因但没有LTR和包装组分的包装细胞系。在一些实施方案中，可以用编码一种或多种病毒蛋白的核酸分子连同含有编码重组和/或异源分子的核酸分子和/或编码包膜糖蛋白的核酸的病毒载体基因组瞬时转染包装细胞系。
在一些实施方案中，将病毒载体和包装质粒和/或辅助质粒经由转染或感染引入包装细胞系中。包装细胞系产生含有病毒载体基因组的病毒载体颗粒。用于转染或感染的方法是熟知的。非限制性例子包括磷酸钙、DEAE-葡聚糖和脂质转染方法、电穿孔和显微注射。当将重组质粒和病毒LTR和包装序列引入特殊细胞系(例如像，通过磷酸钙沉淀)中时，包装序列可以允许待包装到病毒颗粒中的重组质粒的RNA转录，然后所述病毒颗粒可以被分泌到培养基中。在一些实施方案中，然后收集含有重组逆转录病毒的培养基，任选地将其浓缩，并且用于基因转移。例如，在一些方面，在将包装质粒和转移载体共转染到包装细胞系之后，从培养基中回收病毒载体颗粒，并且由本领域技术人员使用标准方法进行滴定。因此，在一些实施方案中，通过这些方法将包装质粒通常与显性可选择标记(如新霉素、DHFR、谷氨酰胺合成酶或ADA)一起引入人细胞系中，然后在存在适当药物的情况下进行选择并分离克隆。可选择标记基因可以与构建体中的包装基因物理地连接。
在一些实施方案中，病毒载体颗粒可以由稳定的细胞系产生，其中包装功能被配置为表达。合适的包装细胞是已知的，包括例如美国专利号5,686,279；和Ory等人,Proc.Natl.Acad.Sci.(1996)93:11400-11406。在一些情形中，其中掺入了病毒载体的包装细胞形成生产细胞。因此，生产细胞通常是可以产生或释放携带目的基因的病毒载体颗粒的细胞或细胞系。在一些实施方案中，这些细胞可以进一步是锚定依赖性的，这意味着当这些细胞附着于诸如玻璃或塑料等表面时将最佳地生长、存活或维持功能。在一些实施方案中，生产细胞可以是赘生转化的细胞。在一些实施方案中，用于用慢病毒载体和包装质粒转染的宿主细胞包括例如哺乳动物原代细胞；建立的哺乳动物细胞系，如COS、CHO、HeLa、NIH3T3、293T和PC12细胞；两栖动物细胞，如爪蟾(Xenopus)胚胎和卵母细胞；其他脊椎动物细胞；昆虫细胞(例如，果蝇(Drosophila))、酵母细胞(例如，酿酒酵母(S.cerevisiae)、粟酒裂殖酵母(S.pombe)或巴斯德毕赤酵母(Pichia pastoris))和原核细胞(例如，大肠杆菌)。
在一些实施方案中，可以通过引入质粒以允许产生病毒载体颗粒而在包装细胞系(如示例性HEK 293T细胞系)中产生病毒载体颗粒。在一些实施方案中，包装细胞被转染和/或含有编码gag和pol的多核苷酸和编码重组和/或异源分子(如抗原受体，例如CAR)的多核苷酸。在一些实施方案中，包装细胞系被任选地和/或另外用编码rev蛋白的多核苷酸转染和/或含有所述多核苷酸。在一些实施方案中，包装细胞系被任选地和/或另外用编码非天然包膜糖蛋白(如VSV-G)的多核苷酸转染和/或含有所述多核苷酸。在一些此类实施方案中，在转染细胞(例如，HEK 293T细胞)后大约两天，细胞上清液含有可以回收并滴定的病毒载体颗粒。所回收和/或产生的病毒载体颗粒可以用于如所述的转导靶细胞，如免疫细胞，例如T细胞。在一些方面，一旦进入靶细胞中，病毒RNA就被逆转录，导入细胞核中并稳定地整合到宿主基因组中。在一些方面，在病毒RNA整合后一天或两天，可以检测重组和/或异源分子的表达。
在一些实施方案中，可以通过本文所述的任何方法评估所分离的病毒载体颗粒的有复制能力的病毒。
4.细胞的转导
在一些实施方案中，测试样品包含通过或已经通过使含有此类细胞的细胞群与病毒载体颗粒(如慢病毒或γ逆转录病毒载体颗粒)一起孵育和/或接触而被转导的细胞和/或此类细胞的或来自此类细胞的RNA，所述细胞是例如免疫细胞(如T细胞)，所述病毒载体颗粒在病毒载体的基因组中含有：编码重组和/或异源分子(如CAR或其他抗原受体)的核酸。病毒载体颗粒(如慢病毒或γ逆转录病毒载体颗粒)可以是如所述的任何病毒载体颗粒。在一些此类实施方案中，所得的经转导细胞(如经转导T细胞)表达重组和/或异源分子(如CAR)，并且可以用于过继免疫疗法方法中。在一些实施方案中，可以在加工细胞(包括被转导或将被转导的细胞，包括用于过继细胞疗法的细胞)的任何点评估有复制能力的病毒的存在或不存在。下文详细描述了用于加工细胞的步骤，包括以下中所涉及的步骤：分离、分开、选择、培育(例如，刺激细胞，例如以诱导其增殖和/或激活)、转导、洗涤、悬浮、稀释、浓缩和/或配制细胞。
在一些实施方案中，可以按如下顺序进行加工步骤，其中：首先从生物样品中分离(如选择或分开)细胞(例如原代细胞)；在存在刺激试剂的情况下刺激所得的所分离或选择的细胞；将经刺激的细胞与病毒载体颗粒一起孵育以进行转导；并且将经转导细胞配制在组合物中。在一些实施方案中，在与病毒载体颗粒一起孵育的至少一部分期间另外或可替代地进行刺激。在一些情况下，在将细胞与病毒载体颗粒一起孵育之后，另外或可替代地进行刺激。在一些情况下，所述方法不包括刺激细胞的步骤。在一些实施方案中，所述方法可以包括来自洗涤、悬浮、稀释和/或浓缩细胞中的一个或多个加工步骤，其可以在分离(如分开或选择)、刺激、转导、培育、培养或扩增、冷冻保存和/或配制步骤中的一个或多个之前、期间或同时或之后进行。所提供的方法可以用于确定有复制能力的病毒在根据所提供的方法在任何上述步骤收集的样品中的存在或不存在或所述病毒在所述样品中的风险。
a.封闭系统
每个加工步骤的全部或一部分可以在封闭系统中进行。在所述方法的各方面，所述过程不需要在同一封闭系统中进行，而是可以在不同的封闭系统下进行。
在一些实施方案中，转导细胞的方法包括以下中的一个或多个：(a)在室的腔中洗涤含有细胞的生物样品(例如，全血样品、血沉棕黄层样品、外周血单核细胞(PBMC)样品、未分级的T细胞样品、淋巴细胞样品、白细胞样品、单采术产物或白细胞单采术产物)；(b)在室的腔中从样品中分离(例如选择)所需细胞子集或群体(例如，CD4+或CD8+ T细胞)，例如通过将细胞与选择或免疫亲和试剂一起孵育以进行基于免疫亲和力的分离；(c)将所分离的(如所选择的)细胞与病毒载体颗粒一起孵育，如根据上述方法；以及d)在药学上可接受的缓冲液、冷冻保存剂或其他合适的介质中配制经转导细胞。在一些实施方案中，转导细胞的方法还可以包括(e)通过使细胞暴露于刺激条件来刺激在室的腔中的细胞，从而诱导细胞增殖。在一些实施方案中，刺激细胞的步骤在将细胞与病毒载体颗粒一起孵育之前、期间和/或之后进行。在一些实施方案中，在任何上述步骤之前或之后也可以进行洗涤或悬浮步骤的一个或多个另外的步骤，如用于细胞的稀释、浓缩和/或缓冲液交换。
因此，在一些实施方案中，转导细胞的方法包括进行在制备用于临床用途(例如，在过继细胞疗法中)的细胞中的一个、多个或所有步骤，而无需使细胞暴露于非无菌条件并且无需使用无菌室或无菌柜。在这样的过程的一些实施方案中，将细胞分离、分开或选择、刺激、转导、洗涤并配制，全部在封闭系统内进行。在一些实施方案中，以自动化方式进行转导细胞的方法。在一些实施方案中，所述步骤中的一个或多个是在封闭系统之外进行的。
b.样品和细胞制剂
在所提供的方法的各方面，细胞群包括从受试者获得的原代细胞，如含有T细胞的原代细胞群。在一些实施方案中，受试者是哺乳动物受试者，如灵长类动物，如人。
在一些实施方案中，在使病毒载体与细胞群一起孵育和/或接触之前，从受试者中分离或获得细胞群。在一些实施方案中，此类细胞衍生自样品，例如生物样品，如从注定要接受过继疗法的受试者或从另一个受试者获得的那些。
在一些实施方案中，加工步骤包括从生物样品中分离细胞或其组合物，所述生物样品是如获得自或源自受试者(如患有特定疾病或病症或需要细胞疗法或将被给予细胞疗法的受试者)的那些。在一些方面，受试者是人，如作为需要特定治疗性干预(如过继细胞疗法，其中分离、加工和/或工程化细胞以用于所述过继细胞疗法)的患者的受试者。因此，在一些实施方案中，细胞是原代细胞，例如原代人细胞。样品包括直接取自受试者的组织、流体和其他样品、以及来源于一个或多个加工步骤(如分离、离心、基因工程化(例如用病毒载体转导)、洗涤和/或孵育)的样品。生物样品可以是直接从生物来源获得的样品或经过加工的样品。生物样品包括但不限于体液(如血液、血浆、血清、脑脊液、滑液、尿液和汗液)、组织和器官样品，包括由其衍生出的加工样品。
在一些方面，样品是血液或血液衍生的样品，或者是或衍生自单采术或白细胞单采术产物。示例性样品包括全血、外周血单核细胞(PBMC)、白细胞、骨髓、胸腺、组织活检、肿瘤、白血病、淋巴瘤、淋巴结、肠相关淋巴组织、粘膜相关淋巴组织、脾脏、其他淋巴组织、肝脏、肺、胃、肠、结肠、肾脏、胰腺、乳房、骨、前列腺、子宫颈、睾丸、卵巢、扁桃体或其他器官和/或由其衍生出的细胞。在细胞疗法(例如，过继细胞疗法)的背景下，样品包括来自自体和同种异体来源的样品。
在一些实施方案中，细胞衍生自细胞系，例如T细胞系。在一些实施方案中，细胞从异种来源(例如，从小鼠、大鼠、非人灵长类动物和猪)获得。
样品通常包括T细胞。在一些例子中，样品或T细胞群包括未分级的T细胞、未分级的CD4+细胞和/或未分级的CD8+ T细胞和/或其一种或多种亚型的群体，如由以下所定义的那些：功能、缺乏激活状态、成熟度、分化潜力、扩增、再循环、定位和/或持久能力、抗原特异性、抗原受体类型、在特定器官或区室中的存在、标记或细胞因子分泌谱和/或分化程度或缺乏分化。可以通过阳性或阴性选择方法来选择此类亚型。
在一些实施方案中，细胞的分离包括一个或多个制备步骤和/或非基于亲和力的细胞分离步骤。在一些例子中，将细胞在存在一种或多种试剂的情况下进行洗涤、离心和/或孵育，例如以去除不需要的组分，针对所需组分进行富集，裂解或去除对特定试剂敏感的细胞。在一些例子中，基于一种或多种特性(如密度、粘附特性、大小、对特定组分的敏感性和/或抗性)分离细胞。
在一些例子中，例如通过单采术或白细胞单采术获得来自受试者的循环血液的细胞。在一些方面，样品含有淋巴细胞，包括T细胞、单核细胞、粒细胞、B细胞、其他有核白细胞、红细胞和/或血小板，并且在一些方面含有除了红细胞和血小板以外的细胞。
在一些实施方案中，所提供的方法包括在封闭系统中全部或部分地加工所述样品中的一种或多种。在一些实施方案中，加工步骤可以涉及洗涤来自受试者的样品(例如，含血细胞的样品)，例如以去除血浆级分；和/或交换在适当的缓冲液或介质中的细胞以用于后续的加工步骤；和/或进行基于密度的细胞分离方法，如在通过裂解红细胞并通过Percoll或Ficoll梯度进行离心而从外周血制备白细胞中。
在一些实施方案中，洗涤从受试者收集的血细胞，例如以去除血浆级分并将细胞置于适当的缓冲液或介质中以用于后续的加工步骤。在一些实施方案中，用磷酸盐缓冲盐水(PBS)洗涤细胞。在一些实施方案中，洗涤溶液缺乏钙和/或镁和/或许多或全部二价阳离子。在一些方面，根据制造商的说明书，通过半自动“流通式”离心机(例如，Cobe 2991细胞加工器，Baxter)完成洗涤步骤。在一些方面，根据制造商的说明书，通过切向流过滤(TFF)完成洗涤步骤。在一些实施方案中，在洗涤之后，将细胞重悬于多种生物相容性缓冲液(例如像不含Ca++/Mg++的PBS)中。在某些实施方案中，去除血细胞样品的组分并将细胞直接重悬于培养基中。
在一些实施方案中，所述方法包括基于密度的细胞分离方法，如通过裂解红细胞并通过Percoll或Ficoll梯度进行离心而从外周血制备白细胞。
c.基于亲和力的选择
加工步骤可以包括从混合群体和/或组合物中分离细胞，如使用各种选择步骤之一，包括基于密度或其他基于物理特性的分离方法和基于亲和力的选择。在一些实施方案中，分离方法包括基于一种或多种特定分子(如表面标记(例如，表面蛋白)、细胞内标记或核酸)在细胞中的表达或存在来分离不同的细胞类型。在一些实施方案中，可以使用任何已知的基于此类标记的分离方法。在一些实施方案中，分离是基于亲和力或基于免疫亲和力的分离。例如，在一些方面，分离包括基于一种或多种标记(通常是细胞表面标记)在细胞中的表达或表达水平来分离细胞和细胞群，例如通过与和此类标记特异性结合的抗体或结合配偶体一起孵育，之后通常进行洗涤步骤并将已结合抗体或结合配偶体的细胞与尚未结合至抗体或结合配偶体的那些细胞分离。
此类分离步骤可以基于阳性选择(其中保留已结合试剂的细胞以供进一步使用)和/或阴性选择(其中保留尚未结合至抗体或结合配偶体的细胞)。在一些例子中，保留两种级分以供进一步使用。在一些方面，在无法获得专门鉴定异质性群体中的细胞类型的抗体，使得最好基于除了所需群体以外的细胞表达的标记来进行分离的情况下，阴性选择可以特别有用。
分离不需要导致特定细胞群或表达特定标记的细胞的100％富集或去除。例如，针对特定类型的细胞(如表达标记的那些)的阳性选择或富集是指增加此类细胞的数量或百分比，但不需要导致不表达所述标记的细胞的完全不存在。同样，特定类型的细胞(如表达标记的那些)的阴性选择、去除或耗尽是指减少此类细胞的数量或百分比，但不需要导致全部此类细胞的完全去除。
在一些例子中，进行多轮分离步骤，其中使来自一个步骤的阳性或阴性选择的级分经受另一个分离步骤，如后续阳性或阴性选择。在一些例子中，单个分离步骤可以同时耗尽表达多种标记的细胞，如通过将细胞与多种抗体或结合配偶体(每种抗体或结合配偶体对被靶向用于阴性选择的标记具特异性)一起孵育。同样，通过将细胞与在各种细胞类型上表达的多种抗体或结合配偶体一起孵育，可以同时阳性选择多种细胞类型。
在一些实施方案中，细胞包括T细胞或其他细胞类型的一个或多个子集，如整个T细胞群、CD4+细胞、CD8+细胞及其亚群，如由以下所定义的那些：功能、激活状态、成熟度、分化潜力、扩增、再循环、定位和/或持久能力、抗原特异性、抗原受体类型、在特定器官或区室中的存在、标记或细胞因子分泌谱和/或分化程度。关于待治疗的受试者，细胞可以是同种异体的和/或自体的。所述方法包括现成的方法。在一些方面，如对于现成的技术，细胞是多能的和/或多潜能的，如干细胞，如诱导多能干细胞(iPSC)。在一些实施方案中，所述方法包括从受试者中分离细胞、将其制备、加工、培养和/或工程化，并且在冷冻保存之前或之后和/或在测试有复制能力的病毒之前或之后将它们重新引入同一患者体内。
T细胞和/或CD4+和/或CD8+ T细胞的亚型和亚群包括幼稚T(TN)细胞、效应T细胞(TEFF)、记忆T细胞及其亚型(如干细胞记忆T(TSCM)、中枢记忆T(TCM)、效应记忆T(TEM)或终末分化的效应记忆T细胞)、肿瘤浸润淋巴细胞(TIL)、未成熟T细胞、成熟T细胞、辅助T细胞、细胞毒性T细胞、粘膜相关恒定T(MAIT)细胞、天然存在和适应性调节T(Treg)细胞、辅助T细胞(如TH1细胞、TH2细胞、TH3细胞、TH17细胞、TH9细胞、TH22细胞、滤泡性辅助T细胞)、α/βT细胞以及δ/γT细胞。
在一些实施方案中，通过对在非T细胞(如B细胞、单核细胞或其他白细胞)上表达的标记的阴性选择来从PBMC样品或其他样品中分离T细胞。在一些实施方案中，可以通过阴性选择方法从细胞群中富集T细胞，以基于标记CD11b、CD14、CD15、CD16、CD19、CD20、CD34、CD36、CD56、CD123和CD235a中的一种或多种的表面表达而从群体中选择非T细胞。在一些实施方案中，进行全T细胞选择，如通过使用针对标记混合剂的可商购的Pan T细胞分离试剂盒(例如Miltenyi No.130-096-535)。这样的选择策略提供了尚未被选择过程中使用的抗体或其他试剂触及的T细胞群。
在一些方面，CD4+和/或CD8+选择步骤用于分离CD4+辅助T细胞和CD8+细胞毒性T细胞。在一些实施方案中，进行CD4+选择步骤。在一些实施方案中，进行CD8+选择步骤。
在一些实施方案中，可以通过对在一种或多种幼稚、记忆和/或效应T细胞亚群上表达或以相对较高程度表达的标记进行阳性或阴性选择来将此类CD4+和CD8+群体进一步分选为亚群。例如，在一些方面，通过阳性或阴性选择技术来分离T细胞的特定亚群，如对一种或多种表面标记(例如，CD28、CD62L、CCR7、CD27、CD127、CD4、CD8、CD45RA和/或CD45RO)呈阳性或阴性的细胞。例如，可以选择幼稚(例如一种或多种标记CD45RO-、CD44低、CD62L高)、记忆(例如一种或多种标记CD45RO+、CCR7+、CD27+、CD28+和/或CD62L+)和/或效应(例如一种或多种标记CD45RO+、CD62L-、CCR7-)T细胞群中的一种或多种。
在一些实施方案中，所述方法不包括对效应T细胞的选择和/或富集。在一些实施方案中，所述方法包括从细胞群中去除或耗尽效应T细胞。
在一些实施方案中，如通过基于与相应亚群关联的表面抗原进行阳性或阴性选择，将CD8+细胞针对幼稚、中枢记忆、效应记忆和/或中枢记忆干细胞进一步富集或耗尽。在一些实施方案中，进行对中枢记忆T(TCM)细胞的富集以增加功效，如以改善给予后的长期存活、扩增和/或移植，这在一些方面在此类亚群中特别稳健。参见Terakura等人(2012)Blood.1:72-82；Wang等人(2012)J Immunother.35(9):689-701。在一些实施方案中，组合富含TCM的CD8+ T细胞与CD4+ T细胞进一步增强功效。
在实施方案中，记忆T细胞存在于CD8+外周血淋巴细胞的CD62L+和CD62L-两个子集中。可以例如使用抗CD8和抗CD62L抗体将PBMC针对CD62L-CD8+和/或CD62L+CD8+级分进行富集或耗尽。
在一些实施方案中，对中枢记忆T(TCM)细胞的富集是基于CD45RO、CD62L、CCR7、CD28、CD3和/或CD127的阳性或高表面表达；在一些方面，它是基于对表达或高度表达CD45RA和/或颗粒酶B的细胞的阴性选择。在一些方面，通过表达CD4、CD14、CD45RA的细胞的耗尽和表达CD62L的细胞的阳性选择或富集来进行富含TCM细胞的CD8+群体的分离。在一个方面，对中枢记忆T(TCM)细胞的富集是用基于CD4表达选择的阴性细胞级分开始进行的，使所述阴性细胞级分经受基于CD14和CD45RA的表达的阴性选择和基于CD62L的阳性选择。在一些方面，此类选择是同时进行的，并且在其他方面，是以任一顺序依序进行的。在一些方面，用于制备CD8+细胞群或亚群的相同的基于CD4表达的选择步骤也用于产生CD4+细胞群或亚群，使得来自基于CD4的分离的阳性和阴性两种级分被保留并用于所述方法的后续步骤中，任选地在一个或多个另外的阳性或阴性选择步骤之后。
在特定例子中，使PBMC样品或其他白细胞样品经受CD4+细胞的选择，其中保留了阴性和阳性两种级分。然后使阴性级分经受基于CD14和CD45RA或CD19的表达的阴性选择和基于中枢记忆T细胞所特有的标记(如CD62L或CCR7)的阳性选择，其中阳性和阴性选择是以任一顺序进行的。
通过鉴定具有细胞表面抗原的细胞群，将CD4+ T辅助细胞分选为幼稚、中枢记忆和效应细胞。CD4+淋巴细胞可以通过标准方法来获得。在一些实施方案中，幼稚CD4+ T淋巴细胞是CD45RO-、CD45RA+、CD62L+、CD4+ T细胞。在一些实施方案中，中枢记忆CD4+细胞呈CD62L+和CD45RO+。在一些实施方案中，效应CD4+细胞呈CD62L-和CD45RO-。在一些实施方案中，所述方法不包括对效应CD4+ T细胞的选择和/或富集。在一些实施方案中，所述方法包括从细胞群中去除或耗尽效应CD4+ T细胞。
在一个例子中，为了通过阴性选择富集CD4+细胞，单克隆抗体混合剂通常包括针对CD14、CD20、CD11b、CD16、HLA-DR和CD8的抗体。在一些实施方案中，抗体或结合配偶体结合至固体支持物或基质(如磁珠或顺磁珠)，以允许分离细胞以供阳性和/或阴性选择。例如，在一些实施方案中，使用免疫磁性(或亲和磁性)分离技术来分开或分离细胞和细胞群(综述于以下文献中：Methods in Molecular Medicine,第58卷:Metastasis ResearchProtocols,第2卷:Cell Behavior In Vitro and In Vivo,第17-25页S.A.Brooks和U.Schumacher编辑
Humana Press Inc.,新泽西州托托瓦)。
在一些方面，通过将样品或细胞与可磁化或磁响应材料(如磁响应颗粒或微粒，如顺磁珠(例如像Dynal珠或MACS珠))一起孵育，通过基于亲和力的选择来进行选择。磁响应材料(例如，颗粒)通常直接或间接地附着于结合配偶体(例如，抗体)，所述结合配偶体与希望分离(例如，希望阴性地或阳性地选择)的一个细胞、多个细胞或细胞群上存在的分子(例如，表面标记)特异性结合。
在一些实施方案中，磁粒或磁珠包含结合至特异性结合成员(如抗体或其他结合配偶体)的磁响应材料。存在许多用于磁分离方法的熟知的磁响应材料。合适的磁粒包括Molday的美国专利号4,452,773和欧洲专利说明书EP452342B中所述的那些，将所述文献通过引用以其整体特此并入。胶体大小的颗粒如在Owen的美国专利号4,795,698和Liberti等人的美国专利号5,200,084中描述的那些是其他例子，将所述专利也通过引用以其整体而并入。
孵育步骤通常在这样的条件下进行，由此抗体、其他结合配偶体或与附着于磁粒或磁珠的此类抗体或结合配偶体特异性结合的分子(如二抗或其他试剂)与细胞表面分子(如果存在于样品内的细胞上的话)特异性结合。
在一些方面，将样品置于磁场中，并且具有附着于其上的磁响应或可磁化颗粒的那些细胞将被吸引至磁体并与未标记的细胞分离。对于阳性选择，保留被吸引至磁体的细胞；对于阴性选择，保留未被吸引的细胞(未标记的细胞)。在一些方面，在同一选择步骤期间进行阳性与阴性选择的组合，其中保留阳性和阴性级分并进一步加工或使其经受进一步的分离步骤。
在某些实施方案中，磁响应颗粒被包被在一抗或其他结合配偶体、二抗、凝集素、酶或链霉亲和素中。在某些实施方案中，磁粒经由对一种或多种标记具特异性的一抗的包被而附着于细胞。在某些实施方案中，用一抗或结合配偶体标记细胞而不是珠，然后添加细胞类型特异性二抗或其他结合配偶体(例如，链霉亲和素)包被的磁粒。在某些实施方案中，链霉亲和素包被的磁粒是与生物素化的一抗或二抗结合使用的。
在一些实施方案中，磁响应颗粒保持附着于随后要进行孵育、培养和/或工程化的细胞；在一些方面，颗粒保持附着于用于给予患者的细胞。在一些实施方案中，从细胞中去除可磁化或磁响应颗粒。用于从细胞中去除可磁化颗粒的方法是已知的，并且包括例如使用竞争性非标记抗体、可磁化颗粒或与可切割接头缀合的抗体等。在一些实施方案中，可磁化颗粒是可生物降解的。
在一些实施方案中，基于亲和力的选择是经由磁激活细胞分选(MACS)(MiltenyiBiotech，加利福尼亚州奥本)进行的。磁激活细胞分选(MACS)系统能够高纯度地选择具有附着于其上的磁化颗粒的细胞。在某些实施方案中，MACS以这样的模式操作，其中在施加外部磁场之后依序洗脱非靶种类和靶种类。也就是说，附着于磁化颗粒的细胞被保持在适当的位置，而未附着的种类被洗脱。然后，在完成这个第一洗脱步骤之后，以某种方式释放被捕获在磁场中并被阻止洗脱的种类，使得它们可以被洗脱和回收。在某些实施方案中，标记非靶细胞并将其从异质性细胞群中耗尽。
在某些实施方案中，使用这样的系统、装置或设备进行分离或分开，所述系统、装置或设备进行所述方法的分离、细胞制备、分开、加工、孵育、培养和/或配制步骤中的一个或多个。在一些方面，所述系统用于在封闭或无菌环境中进行这些步骤中的每一个，例如以最小化错误、用户操作和/或污染。在一个例子中，所述系统是如国际专利申请公开号WO2009/072003或美国公开号20110003380 A1中描述的系统。
在一些实施方案中，所述系统或设备在集成或自含式系统中和/或以自动化或可编程方式进行制备、选择、培育、工程化和/或配制步骤中的一个或多个(例如，全部)。在一些方面，所述系统或设备包括与所述系统或设备通信的计算机和/或计算机程序，这允许用户对加工、分离、工程化和配制步骤的各个方面进行编程、控制、结果评估和/或调整。
在一些方面，使用CliniMACS系统(Miltenyi Biotic)进行分离和/或其他步骤，例如用于在封闭和无菌系统中在临床规模水平上进行细胞的自动化分离。部件可以包括集成微计算机、磁分离单元、蠕动泵和各种夹管阀。在一些方面，集成计算机控制仪器的全部部件并指示所述系统以标准化顺序执行重复程序。在一些方面，磁分离单元包括可移动的永磁体和用于选择柱的支架。蠕动泵控制整个管组的流速，并且与夹管阀一起确保经过所述系统的缓冲液的受控流动和细胞的连续悬浮。
在一些方面，CliniMACS系统使用抗体偶联的可磁化颗粒，其在无菌、无热原的溶液中提供。在一些实施方案中，在用磁粒标记细胞之后，洗涤细胞以去除过量的颗粒。然后将细胞制备袋连接到管组，所述管组又连接到含有缓冲液的袋和细胞收集袋。管组由预装配的无菌管(包括预柱和分离柱)组成，并且仅供一次性使用。在启动分离程序之后，所述系统将细胞样品自动施加到分离柱上。标记的细胞被保留在柱内，而未标记的细胞通过一系列洗涤步骤被去除。在一些实施方案中，用于与本文所述的方法一起使用的细胞群未被标记并且不保留在柱中。在一些实施方案中，用于与本文所述的方法一起使用的细胞群被标记并保留在柱中。在一些实施方案中，用于与本文所述的方法一起使用的组合物在去除磁场之后从柱中洗脱，并且被收集在细胞收集袋内。
在某些实施方案中，使用CliniMACS Prodigy系统(Miltenyi Biotec)进行分离和/或其他步骤。在一些方面，CliniMACS Prodigy系统配备有细胞加工联合体，其允许通过离心自动化洗涤和分级细胞。CliniMACS Prodigy系统还可以包括机载相机和图像识别软件，其通过辨识源细胞产品的宏观层来确定最佳细胞分级终点。例如，将外周血自动分离为红细胞、白细胞和血浆层。CliniMACS Prodigy系统还可以包括集成细胞培育室，其实现细胞培养方案，例如像细胞分化和扩增、抗原负载和长期细胞培养。输入端口可以允许无菌移除和补充培养基，并且可以使用集成显微镜监测细胞。参见例如，Klebanoff等人(2012)JImmunother.35(9):651-660；Terakura等人(2012)Blood.1:72-82；和Wang等人(2012)JImmunother.35(9):689-701。
在一些实施方案中，经由流式细胞术进行分离或选择，其中针对多种细胞表面标记染色的细胞携载于流体流中。在一些实施方案中，经由制备规模(FACS)分选来收集并富集(或耗尽)本文所述的细胞群。在某些实施方案中，通过使用微机电系统(MEMS)芯片与基于FACS的检测系统组合来收集并富集(或耗尽)本文所述的细胞群(参见例如，WO 2010/033140；Cho等人(2010)Lab Chip 10,1567-1573；和Godin等人(2008)J Biophoton.1(5):355-376)。在两种情况下，可以用多种标记来标记细胞，从而允许以高纯度分离明确限定的T细胞子集。
在一些实施方案中，用一种或多种可检测标记来标记抗体或结合配偶体，以促进分离供阳性和/或阴性选择。例如，分离可以基于与荧光标记的抗体的结合。在一些例子中，基于对一种或多种细胞表面标记具特异性的抗体或其他结合配偶体的结合来分离细胞携载于流体流中，如通过荧光激活细胞分选(FACS)(包括制备规模FACS)和/或微机电系统(MEMS)芯片，例如与流式细胞检测系统组合。此类方法允许基于多种标记同时进行阳性和阴性选择。
d.冷冻和冷冻保存
在一些实施方案中，所提供的方法包括在制备、培育和/或工程化之前或之后冷冻(例如，冷冻保存)细胞的步骤。在一些实施方案中，冷冻细胞，同时测试此类细胞的样品的有复制能力的病毒。在一些实施方案中，冷冻和后续解冻步骤去除细胞群中的粒细胞，并且在一定程度上去除单核细胞。在一些实施方案中，例如在洗涤步骤后将细胞悬浮在冷冻溶液中以去除血浆和血小板。在一些方面，可以使用多种已知的冷冻溶液和参数中的任何一种。一个例子涉及使用含有20％DMSO和8％人血清白蛋白(HSA)的PBS、或其他合适的细胞冷冻介质。然后用介质将其1:1稀释，使得DMSO和HSA的最终浓度分别为10％和4％。然后将细胞以1°/分钟的速率冷冻至-80℃并储存在液氮储罐的气相中。在一些实施方案中，在评估细胞的有复制能力的病毒的所述方法之前、期间或之后将细胞冷冻，例如冷冻保存。在一些实施方案中，在用于加工的所述方法之前、期间或之后将细胞冷冻，例如冷冻保存。
e.将病毒载体颗粒与细胞一起孵育
在一些方面，可以或已经在允许基因转移的条件下使细胞(例如，细胞群，如如所述的获得和/或分离的细胞群)与病毒载体颗粒一起孵育和/或接触。在这样的一些实施方案中的任一个中，使病毒载体颗粒在允许病毒颗粒转移到细胞中和/或在细胞中表达编码重组和/或异源分子(例如，重组受体，如CAR)的核酸的条件(例如病毒输入)下与细胞群一起孵育和/或接触。
病毒转导(如γ逆转录病毒或慢病毒转导)的方法是已知的。示例性方法描述于例如Wang等人(2012)J.Immunother.35(9):689-701；Cooper等人(2003)Blood.101:1637-1644；Verhoeyen等人(2009)Methods Mol Biol.506:97-114；以及Cavalieri等人(2003)Blood.102(2):497-505。
在一些实施方案中，细胞群可以是先前已经经受冷冻保存的细胞群。
含有在转导步骤期间的病毒载体颗粒和细胞的组合物还可以包括一种或多种另外的药剂，如促进转导效率的那些，如聚阳离子，包括鱼精蛋白(例如硫酸鱼精蛋白)、海美溴铵(
Abbott Laboratories Corp)和CH-296(
Clontech)。在一些实施方案中，聚阳离子可以按1μg/mL至100μg/mL(如5μg/mL至50μg/mL)的最终浓度存在于输入组合物中。组合物还可以包括培养基，包括细胞培养基，包括被设计用于培养待加工的细胞类型的培养基，如造血干细胞培养基，例如无血清培养基。
在一些实施方案中，可以按小于100(如通常小于60、50、40、30、20、10、5或更小)的感染复数(MOI)来实现转导。
在一些实施方案中，可以用或已经用编码重组受体(如嵌合受体，如抗原受体，例如CAR或转基因TCR)的核酸转导和/或基因工程化细胞。在一些方面，用核酸转导至少7.5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、50％或更多的T细胞。
f.培育和刺激
在一些实施方案中，与基因工程化结合或在基因工程化之后刺激和/或增殖和/或扩增细胞。在一些实施方案中，加工步骤包括孵育细胞，如所选择细胞和/或经转导细胞，其中孵育步骤可以包括细胞的培养、培育、刺激、激活和/或繁殖。在一些实施方案中，在存在刺激条件或刺激剂的情况下孵育组合物或细胞。此类条件包括针对以下而设计的那些：诱导群体中的细胞的增殖、扩增、激活和/或存活，模拟抗原暴露，和/或引发细胞用于基因工程化(如用于引入重组抗原受体)。
在一些实施方案中，刺激或激活所分离的细胞(如所选择的细胞群)。在一些实施方案中，加工步骤包括在刺激条件下孵育含有细胞的组合物。孵育可以在基因工程化之前或与基因工程化(如来源于上述转导方法的实施方案的基因工程化)结合。在一些实施方案中，刺激导致例如在转导之前细胞的激活和/或增殖。
在一些实施方案中，在转导之后进行增殖和/或扩增，以将经转导细胞培养至足以用于临床应用的数量。在一些实施方案中，将经转导细胞在诱导扩增的条件下孵育或培养至少或约至少1天、2天、3天、4天、5天、6天、7天、8天、9天、10天、11天、12天、13天、14天或更长时间。在一些情况下，通过培养7-10天来扩增细胞。在一些实施方案中，在存在一种或多种刺激剂的情况下，在为或约37℃±2℃下进行细胞的孵育或培养。
在一些实施方案中，用于刺激和/或激活的条件可以包括以下中的一种或多种：特定介质、温度、氧含量、二氧化碳含量、时间、药剂(例如，营养素、氨基酸、抗生素、离子和/或刺激因子(如细胞因子、趋化因子、抗原、结合配偶体、融合蛋白、重组可溶性受体和任何其他被设计用于激活细胞的药剂))。
在一些实施方案中，刺激条件或刺激剂包括能够激活TCR复合物的细胞内信号传导结构域的一种或多种药剂(例如，配体)。在一些方面，所述药剂在T细胞中开启或启动TCR/CD3细胞内信号传导级联。此类药剂可以包括抗体，如对TCR具特异性的那些，例如抗CD3。在一些实施方案中，刺激条件包括能够刺激共刺激受体的一种或多种药剂(例如配体)，例如抗CD28。在一些实施方案中，此类药剂和/或配体可以结合至固体支持物(如珠)和/或一种或多种细胞因子。任选地，扩增方法还可以包括向培养基中(例如，以至少约0.5ng/ml的浓度)添加抗CD3和/或抗CD28抗体的步骤。在一些实施方案中，刺激剂包括IL-2、IL-15和/或IL-7。在一些方面，IL-2浓度为至少约10单位/mL。
在一些实施方案中，通过如下方式扩增T细胞：向组合物中添加饲养细胞(如非分裂外周血单核细胞(PBMC))(例如，使得所得细胞群含有至少约5、10、20或40种或更多种PBMC饲养细胞，以使初始群体中的每种T淋巴细胞进行扩增)；以及孵育培养物(例如持续足以扩增T细胞数量的时间)。在一些方面，非分裂饲养细胞可以包含γ辐照的PBMC饲养细胞。在一些实施方案中，用约3000至3600拉德范围内的γ射线辐照PBMC以阻止细胞分裂。在一些方面，在添加T细胞群之前将饲养细胞添加至培养基中。
在一些实施方案中，刺激条件通常包括适合于人T淋巴细胞生长的温度，例如至少约25摄氏度，通常为至少约30摄氏度，并且通常是为或约37摄氏度。任选地，孵育还可以包括添加非分裂EBV转化的类淋巴母细胞(LCL)作为饲养细胞。可以用约6000至10,000拉德范围内的γ射线辐照LCL。在一些方面，LCL饲养细胞以任何合适的量(如LCL饲养细胞与初始T淋巴细胞的比率为至少约10:1)提供。
在实施方案中，通过用抗原刺激幼稚或抗原特异性T淋巴细胞获得抗原特异性T细胞，如抗原特异性CD4+和/或CD8+ T细胞。例如，可以通过从受感染的受试者中分离T细胞并用相同的抗原在体外刺激细胞，针对巨细胞病毒抗原产生抗原特异性T细胞系或克隆。
在一些实施方案中，与一种或多种刺激条件或刺激剂(如上述任何一种)一起孵育的至少一部分在封闭系统中进行。
在一些实施方案中，与刺激剂一起孵育的总持续时间是从或从约1小时和72小时、1小时和48小时、4小时和36小时、8小时和30小时或12小时和24小时，如至少或约至少6小时、12小时、18小时、24小时、36小时或72小时。在一些情况下，孵育的总持续时间是从或从约5分钟至6小时，如30分钟至3小时，例如至少或约至少30分钟、60分钟、120分钟或180分钟。
在一些实施方案中，使用病毒载体颗粒转导的细胞群经受一个或多个步骤和/或选择，以富集基因工程化细胞。例如，在一些方面，病毒载体内的转导标记可以用于确认细胞经转导或工程化而表达受体和/或选择表达受体的工程化细胞。在一些方面，这样的标记可以由不同的核酸或多核苷酸编码，所述核酸或多核苷酸也可以在基因工程化过程期间被引入，通常经由相同的方法(例如，通过相同的载体或相同类型的载体转导)被引入。
5.配制
在一些实施方案中，加工步骤可以包括配制细胞，如配制来源于所提供的转导加工步骤和/或如所述的一个或多个其他加工步骤的基因工程化细胞。在一些实施方案中，将细胞配制为经配制的药物产品(FDP)。在一些实施方案中，所提供的与细胞的配制关联的方法包括在封闭系统中加工经转导细胞，如使用上述加工步骤转导和/或扩增的细胞。
在一些实施方案中，将细胞配制在药学上可接受的缓冲液中，所述药学上可接受的缓冲液在一些方面可以包括药学上可接受的载体或赋形剂。在一些实施方案中，加工包括将介质交换成药学上可接受的或对于给予受试者而言所需的介质或配制缓冲液。在一些实施方案中，加工步骤可以涉及洗涤经转导的和/或扩增的细胞以交换在药学上可接受的缓冲液中的细胞，所述药学上可接受的缓冲液可以包括一种或多种任选的药学上可接受的载体或赋形剂。包括药学上可接受的载体或赋形剂的此类药物形式的例子可以是在下文与用于将细胞和组合物给予受试者的可接受形式结合描述的任何形式。在一些实施方案中，药物组合物含有有效治疗或预防疾病或病症的量(如治疗有效量或预防有效量)的细胞。
在一些实施方案中，配制缓冲液含有冷冻保存剂。在一些实施方案中，用冷冻保存剂溶液配制细胞，所述冷冻保存剂溶液含有1.0％至30％的DMSO溶液，如5％至20％的DMSO溶液或5％至10％的DMSO溶液。在一些实施方案中，冷冻保存溶液是或含有例如含有20％DMSO和8％人血清白蛋白(HSA)的PBS、或其他合适的细胞冷冻介质。在一些实施方案中，冷冻保存剂溶液是或含有例如至少或约7.5％DMSO。在一些实施方案中，加工步骤可以涉及洗涤经转导的和/或扩增的细胞以交换在冷冻保存剂溶液中的细胞。
在一些实施方案中，加工可以包括将细胞稀释或浓缩至所需浓度或数量，如包括用于以给定剂量或其分数给予的细胞数量的单位剂型组合物。在一些实施方案中，加工步骤可以包括减小体积，从而根据需要增加细胞的浓度。在一些实施方案中，加工步骤可以包括增加体积，从而根据需要减小细胞的浓度。
在一些实施方案中，加工包括向经转导的和/或扩增的细胞中添加一定体积的配制缓冲液。在一些实施方案中，配制缓冲液的体积是从或从约10mL至1000mL，如至少或约至少或为约或为50mL、100mL、200mL、300mL、400mL、500mL、600mL、700mL、800mL、900mL或1000mL。
在一些实施方案中，如与细胞加工系统关联的封闭系统可以将加工细胞输送到所需数量或多个输出容器(例如，袋)中。在一些方面，可以按用于剂量给予(如用于单一单位剂量给予或多剂量给予)的量将细胞输送到所述多个输出袋中的一个或多个中。例如，在一些实施方案中，输出袋可以各自含有用于以给定剂量或其分数给予的细胞数量。因此，在一些方面，每个袋可以含有用于给予的单一单位剂量或可以含有所需剂量的分数，使得所述多个输出袋中的超过一个(如输出袋中的两个或输出袋中的三个)一起构成用于给予的剂量。
因此，容器(例如，袋)通常含有待给予的细胞，例如其一个或多个单位剂量。单位剂量可以是待给予受试者的细胞的量或数量，或者是待给予的细胞的两倍数量(或更多数量)。它可以是待给予受试者的细胞的最低剂量或最低可能剂量。
在一些实施方案中，每个容器(例如，袋)单独地包含单位剂量的细胞。因此，在一些实施方案中，每个容器包含相同或大致或基本相同数量的细胞。在一些实施方案中，单位剂量包括少于约1x108、少于约5x107、少于约1x106个或少于约5x105个细胞/kg待治疗的受试者或衍生出细胞的受试者。在一些实施方案中，每个单位剂量含有至少或约至少1x106、2x106、5x106、1x107、5x107个或1x108个工程化细胞、总细胞、T细胞或PBMC。在一些实施方案中，每个袋中的经配制的细胞组合物的体积是10mL至100mL，如至少或约至少20mL、30mL、40mL、50mL、60mL、70mL、80mL、90mL或100mL。
在一些实施方案中，所述多个输出袋中的一个或多个可以用于测试，如用于检测有复制能力的载体或评估转导效率。可以使用本文所述的任何方法来检测有复制能力的载体。在一些方面，可以通过在使用所提供的方法的实施方案转导后测量由包含在病毒载体颗粒的基因组中的核酸编码的重组蛋白质(如异源蛋白质)的表达水平来评估转导效率。因此，在一些实施方案中，可以通过许多熟知的方法中的任何一种来评估重组分子的表达水平，如通过基于亲和力的方法(例如，基于免疫亲和力的方法)进行检测，例如在细胞表面蛋白的背景下，如通过流式细胞术进行检测。在一些方面，通过检测转导标记和/或报告构建体来测试包含在所述多个容器(例如，袋)中的一个或多个中的细胞的重组分子的表达水平。在其他实施方案中，使用包括在载体内的编码截短的表面蛋白的核酸作为标记来评估表达。
V.定义
如本文所用，术语“载体”是指能够传播其所连接的另一种核酸分子的核酸分子。所述术语包括作为自我复制核酸结构的载体以及掺入已引入其的宿主细胞的基因组中的载体。某些载体能够指导它们可操作地连接的核酸的表达。此类载体在本文中被称为“表达载体”。载体包括病毒载体，如逆转录病毒(例如，γ逆转录病毒和慢病毒)载体。
术语“宿主细胞”、“宿主细胞系”和“宿主细胞培养物”可互换使用，并且是指已引入外源核酸的细胞，包括此类细胞的后代。宿主细胞包括“转化体”和“转化细胞”，其包括原代转化细胞和由其衍生出的后代，不考虑传代次数。后代在核酸含量上可能与亲代细胞不完全相同，但是可能含有突变。本文包括如在初始转化细胞中所筛选或选择的具有相同功能或生物学活性的突变型后代。
除非上下文另有明确规定，否则如本文所用，单数形式“一种/一个”(“a”)、“一种/一个”(“an”)和“所述”(“the”)包括复数指示物。例如，“一种/一个”(“a”)或“一种/一个”(“an”)意指“至少一种/至少一个”或“一种或多种/一个或多个”。应理解，本文所述的方面和变化包括“由方面和变化组成”和/或“基本上由方面和变化组成”。
在整个本公开文本中，所要求保护的主题的各个方面以范围形式呈现。应当理解，范围形式的描述仅仅是为了方便和简洁，并且不应当被解释为对所要求保护的主题的范围的硬性限制。因此，应当将范围的描述视为已明确公开所有可能的子范围以及该范围内的单独数值。例如，在提供值的范围的情况下，应理解，该范围的上限与下限之间的每个中间值以及该所陈述范围中的任何其他所陈述值或中间值被涵盖在所要求保护的主题内。这些较小范围的上限和下限可以独立地被包括在所述较小范围内，并且也被涵盖在所要求保护的主题内，受制于在所陈述范围内任何明确排除的限值。在所陈述范围包括限值中的一个或两个的情况下，排除那些所包括限值中的任何一个或两个的范围也被包括在所要求保护的主题内。无论范围的宽度如何，这都适用。
如本文所用的术语“约”是指本技术领域的技术人员容易知道的相应值的常用误差范围。本文对“约”某一值或参数的提及包括(并描述)针对该值或参数本身的实施方案。例如，提及“约X”的描述包括“X”的描述。
如本文所用，组合物是指两种或更多种产物、物质或化合物(包括细胞)的任何混合物。它可以是溶液、悬浮液、液体、粉末、糊剂、水性的、非水性的或其任何组合。
如本文所用，“受试者”是哺乳动物，如人或其他动物，并且通常是人。
VI.示例性实施方案
本文的实施方案包括：
1.一种用于检测病毒DNA的存在、不存在或量的方法，所述方法包括：
(a)如果存在于生物样品中，在足以扩增一种或多种病毒DNA的条件下孵育包含以下的混合物：(i)来自所述生物样品的DNA、(ii)对病毒DNA的一个或多个序列具特异性的至少一种正向寡核苷酸引物和至少一种反向寡核苷酸引物、和(iii)DNA聚合酶；以及
(b)检测所述经扩增的核酸的存在、不存在、量或浓度，其中所述病毒DNA包括env、gag、pol或rev基因的至少一部分，并且所述至少一种正向和反向寡核苷酸引物包含：
(i)对所述env基因具特异性的正向寡核苷酸引物，其包含与SEQ ID NO:4、35、50、51、54或64所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列；和对所述env基因具特异性的反向寡核苷酸引物，其包含与SEQ ID NO:5、36、52、53或55所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列；
(ii)对所述gag基因具特异性的正向寡核苷酸引物，其包含与SEQ ID NO:16、19或22所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列；和对所述gag基因具特异性的反向寡核苷酸引物，其包含与SEQ ID NO:17、20或23所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列；
(iii)对所述pol基因具特异性的正向寡核苷酸引物，其包含与SEQ ID NO:42、45或46所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列；和对所述pol基因具特异性的反向寡核苷酸引物，其包含与SEQ ID NO:43或47所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列；或者
(iv)对所述rev基因具特异性的正向寡核苷酸引物，其包含与SEQ ID NO:38所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列；和对所述rev基因具特异性的反向寡核苷酸引物，其包含与SEQ ID NO:39所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列。
2.根据实施方案1所述的方法，其中在足以扩增所述病毒DNA的条件下的所述孵育是通过聚合酶链式反应(PCR)进行的。
3.一种用于检测病毒DNA的存在、不存在或量的方法，所述方法包括：
通过对分离自生物样品的DNA进行聚合酶链式反应(PCR)来评估病毒DNA在所述生物样品中的存在、不存在、量或浓度，所述PCR包含对所述病毒DNA具特异性的至少一种正向寡核苷酸引物和至少一种反向寡核苷酸引物，其中：
所述病毒DNA包括env、gag、pol或rev基因的至少一部分，并且
所述至少一种正向和反向寡核苷酸引物包含：
(i)对所述env基因具特异性的正向寡核苷酸引物，其包含与SEQ ID NO:4、35、50、51、54或64所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列；和对所述env基因具特异性的反向寡核苷酸引物，其包含与SEQ ID NO:5、36、52、53或55所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列；
(ii)对所述gag基因具特异性的正向寡核苷酸引物，其包含与SEQ ID NO:16、19或22所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列；和对所述gag基因具特异性的反向寡核苷酸引物，其包含与SEQ ID NO:17、20或23所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列；
(iii)对所述pol基因具特异性的正向寡核苷酸引物，其包含与SEQ ID NO:42、45或46所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列；和对所述pol基因具特异性的反向寡核苷酸引物，其包含与SEQ ID NO:43或47所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列；或者
(iv)对所述rev基因具特异性的正向寡核苷酸引物，其包含与SEQ ID NO:38所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列；和对所述rev基因具特异性的反向寡核苷酸引物，其包含与SEQ ID NO:39所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列。
4.根据实施方案2或3所述的方法，其中所述PCR是定量PCR(qPCR)。
5.根据实施方案4所述的方法，其中所述qPCR还包括与对相应病毒基因具特异性的寡核苷酸探针一起孵育。
6.根据实施方案1-5中任一项所述的方法，其中：所述病毒DNA包括GaLV env基因的至少一部分，并且对所述env基因具特异性的所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:4所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列且对所述env基因具特异性的所述反向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:5所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列。
7.根据实施方案5或6所述的方法，其中所述寡核苷酸探针包含与SEQ ID NO:6所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列。
8.根据实施方案5-7中任一项所述的方法，其中所述寡核苷酸探针包含SEQ IDNO:6所示的序列。
9.根据实施方案5-8中任一项所述的方法，其中：所述病毒DNA包括GaLV env基因的至少一部分；并且所述正向寡核苷酸引物包含SEQ ID NO:4所示的序列，且所述反向寡核苷酸引物具有SEQ ID NO:5所示的序列；并且所述寡核苷酸探针包含SEQ ID NO:6所示的序列。
10.根据实施方案1-9中任一项所述的方法，其中所述病毒DNA包括VSV-G env基因的至少一部分，并且：
(i)对所述env基因具特异性的所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:35所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列，且对所述env基因具特异性的所述反向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:36所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列；
(ii)对所述env基因具特异性的所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:50所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列，且对所述env基因具特异性的所述反向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:52所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列；或者
(iii)对所述env基因具特异性的所述正向寡核苷酸引物序列的至少90％同一性和/或至少15个连续核苷酸与SEQ ID NO:51所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸，且对所述env基因具特异性的所述反向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:53所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列。
11.根据实施方案5-10所述的方法，其中所述寡核苷酸探针包含与SEQ ID NO:37或56所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列。
12.根据实施方案5-11中任一项所述的方法，其中所述寡核苷酸探针包含SEQ IDNO:37或56所示的序列。
13.根据实施方案5-12中任一项所述的方法，其中
(i)所述正向寡核苷酸引物包含SEQ ID NO:35所示的序列；所述反向寡核苷酸引物包含SEQ ID NO:36所示的序列；并且所述寡核苷酸探针包含SEQ ID NO:37所示的序列；
(ii)所述正向寡核苷酸引物包含SEQ ID NO:50所示的序列；所述反向寡核苷酸引物包含SEQ ID NO:52所示的序列；并且所述寡核苷酸探针包含SEQ ID NO:56所示的序列；或者
(iii)所述正向寡核苷酸引物包含SEQ ID NO:51所示的序列；所述反向寡核苷酸引物包含SEQ ID NO:53所示的序列；并且所述寡核苷酸探针包含SEQ ID NO:56所示的序列。
14.根据实施方案1-13所述的方法，其中所述病毒DNA包括gag的至少一部分，并且：
(i)对所述gag基因具特异性的所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:16所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列，且对所述gag基因具特异性的所述反向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:17所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列；
(ii)对所述gag基因具特异性的所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:19所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列，且对所述gag基因具特异性的所述反向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:20所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列；或者
(iii)对所述gag基因具特异性的所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:22所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列，且对所述gag基因具特异性的所述反向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:23所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列。
15.根据实施方案5-14中任一项所述的方法，其中所述寡核苷酸探针包含与SEQID NO:21或24所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列与所示的序列的同一性。
16.根据实施方案5-15中任一项所述的方法，其中所述寡核苷酸探针包含SEQ IDNO:21或24所示的序列。
17.根据实施方案1-16中任一项所述的方法，其中
(i)所述正向寡核苷酸引物包含SEQ ID NO:16所示的序列；所述反向寡核苷酸引物包含SEQ ID NO:17所示的序列；并且所述寡核苷酸探针包含SEQ ID NO:21或24所示的序列；
(ii)所述正向寡核苷酸引物包含SEQ ID NO:19所示的序列；所述反向寡核苷酸引物包含SEQ ID NO:20所示的序列；并且所述寡核苷酸探针包含SEQ ID NO:21或24所示的序列；或者
(iii)所述正向寡核苷酸引物包含SEQ ID NO:22所示的序列；所述反向寡核苷酸引物包含SEQ ID NO:23所示的序列；并且所述寡核苷酸探针包含SEQ ID NO:21或24所示的序列。
18.根据实施方案1-17所述的方法，其中所述正向和反向寡核苷酸引物包含对所述pol基因具特异性的正向寡核苷酸引物，其包含与SEQ ID NO:42、45或46所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列；和对所述pol基因具特异性的反向寡核苷酸引物，其包含与SEQ ID NO:43或47所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列。
19.根据实施方案1-18所述的方法，其中：
(i)对所述pol基因具特异性的所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:42所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列，且对所述pol基因具特异性的所述反向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:43所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列；
(ii)对所述pol基因具特异性的所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:46所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列，且对所述pol基因具特异性的所述反向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:43所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列；或者
(iii)对所述pol基因具特异性的所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:46所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列，且对所述pol基因具特异性的所述反向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:47所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列。
20.根据实施方案5-19中任一项所述的方法，其中所述寡核苷酸探针包含与SEQID NO:44所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核酸的序列。
21.根据实施方案5-20中任一项所述的方法，其中所述寡核苷酸探针包含SEQ IDNO:44所示的序列。
22.根据实施方案1-21中任一项所述的方法，其中：
(i)所述正向寡核苷酸引物包含SEQ ID NO:42所示的序列；所述反向寡核苷酸引物包含SEQ ID NO:43所示的序列；并且所述寡核苷酸探针包含SEQ ID NO:44所示的序列；
(ii)所述正向寡核苷酸引物包含SEQ ID NO:46所示的序列；所述反向寡核苷酸引物包含SEQ ID NO:43所示的序列；并且所述寡核苷酸探针包含SEQ ID NO:44所示的序列；或者
(iii)所述正向寡核苷酸引物包含SEQ ID NO:46所示的序列；所述反向寡核苷酸引物包含SEQ ID NO:47所示的序列；并且所述寡核苷酸探针包含SEQ ID NO:44所示的序列。
23.根据实施方案1-22中任一项所述的方法，其中所述正向和反向寡核苷酸引物包含对所述rev基因具特异性的正向寡核苷酸引物，其包含与SEQ ID NO:38所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列；和对所述rev基因具特异性的反向寡核苷酸引物，其包含与SEQ ID NO:39所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列。
24.根据实施方案5-23中任一项所述的方法，其中所述寡核苷酸探针包含与SEQID NO:40或64所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列。
25.根据实施方案5-24中任一项所述的方法，其中所述寡核苷酸探针包含SEQ IDNO:40或64所示的序列。
26.根据实施方案1-25中任一项所述的方法，其中所述正向寡核苷酸引物包含SEQID NO:46所示的序列；所述反向寡核苷酸引物包含SEQ ID NO:47所示的序列；并且所述寡核苷酸探针包含SEQ ID NO:44所示的序列。
27.根据实施方案1-26中任一项所述的方法，其中病毒DNA的所述一个或多个序列包含两个或更多个病毒序列，其中所述两个或更多个病毒序列单独包括不同病毒基因的至少一部分。
28.根据实施方案1-27中任一项所述的方法，其中所述病毒DNA的所述两个或更多个序列包含病毒序列，其包括GaLV env基因和gag基因的至少一部分。
29.根据实施方案1-27中任一项所述的方法，其中所述病毒DNA的所述两个或更多个序列包含病毒序列，其包括VSV-G env基因和rev基因的至少一部分。
30.根据实施方案1-27中任一项所述的方法，其中所述病毒DNA的所述两个或更多个序列包含病毒序列，其包括VSV-G env基因和pol基因的至少一部分。
31.根据实施方案1-30中任一项所述的方法，其中所述病毒DNA在所述生物样品中的存在、量或浓度指示有复制能力的病毒在所述生物样品或所述生物样品衍生出的样品中的存在或不存在或者所述病毒在所述样品中的风险。
32.根据实施方案1-31中任一项所述的方法，其中将所述病毒DNA在所述生物样品中的存在、量或浓度与所述病毒DNA在对照样品中的存在、量或浓度进行比较。
33.根据实施方案32所述的方法，其中所述对照样品衍生自用对病毒载体DNA序列具特异性的引物进行的PCR反应，其中所述病毒DNA不包含所述病毒载体DNA序列。
34.根据实施方案33所述的方法，其中病毒载体DNA的存在、量或浓度指示所述生物样品包含残留的病毒载体DNA。
35.根据实施方案1-34中任一项所述的方法，其中不存在所述病毒DNA和/或和/或不存在可检测水平的所述病毒DNA指示在所述生物样品或所述生物样品衍生出的样品中不存在有复制能力的病毒。
36.一种用于检测病毒RNA的存在、不存在或量的方法，所述方法包括：
(a)如果存在于生物样品中，在足以从所述病毒RNA扩增核酸的条件下孵育包含以下的混合物：(i)来自所述生物样品的cDNA或DNA转录的RNA、(ii)对病毒RNA的一个或多个序列具特异性的至少一种正向寡核苷酸引物和至少一种反向寡核苷酸、和(iii)聚合酶；以及
(b)检测所述经扩增的核酸的存在、不存在、量或浓度，
其中：所述病毒RNA包括env或pol基因的至少一部分，并且所述至少一种正向和反向寡核苷酸引物包含：
(i)对所述env基因具特异性的正向寡核苷酸引物，其与SEQ ID NO:50、51、54或64所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸；和对所述env基因具特异性的反向寡核苷酸引物，其与SEQ ID NO:52、53或55所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸；或者
(ii)对所述pol基因具特异性的正向寡核苷酸引物，其与SEQ ID NO:42、45或46所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸；和对所述pol基因具特异性的反向寡核苷酸引物，其与SEQ ID NO:43或47所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸。
37.一种用于检测病毒RNA的存在、不存在或量的方法，所述方法包括：
(a)如果存在于生物样品中，在足以从所述病毒RNA扩增核酸的条件下孵育包含以下的混合物：(i)来自所述生物样品的RNA或DNA转录的RNA、(ii)对病毒RNA的一个或多个序列具特异性的至少一种正向寡核苷酸引物和至少一种反向寡核苷酸引物、(iii)逆转录酶、和(iv)聚合酶；以及
(b)检测所述经扩增的核酸的存在、不存在、量或浓度，
其中：所述病毒RNA包括env或pol基因的至少一部分，并且所述至少一种正向和反向寡核苷酸引物包含：
(i)对所述env基因具特异性的正向寡核苷酸引物，其与SEQ ID NO:50、51、54或64所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸；和对所述env基因具特异性的反向寡核苷酸引物，其与SEQ ID NO:52、53或55所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸；或者
(ii)对所述pol基因具特异性的正向寡核苷酸引物，其与SEQ ID NO:42、45或46所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸；和对所述pol基因具特异性的反向寡核苷酸引物，其与SEQ ID NO:43或47所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸。
38.根据实施方案36或37所述的方法，其中在足以扩增所述病毒RNA的条件下的所述孵育是通过聚合酶链式反应(PCR)进行的。
39.根据实施方案38所述的方法，其中所述PCR是逆转录酶PCR。
40.一种用于检测病毒RNA的存在、不存在或量的方法，所述方法包括：
通过对分离自生物样品的RNA或从RNA转录的cDNA进行逆转录酶聚合酶链式反应(PCR)来评估病毒RNA在所述生物样品中的存在、不存在、量或浓度，所述逆转录酶PCR包含对所述病毒RNA具特异性的至少一种正向寡核苷酸引物和至少一种反向寡核苷酸引物，其中：所述病毒RNA包括env或pol基因的至少一部分，并且
所述至少一种正向和所述至少一种反向寡核苷酸引物包含：
(i)对所述env基因具特异性的正向寡核苷酸引物，其与SEQ ID NO:50、51、54或64所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸；和对所述env基因具特异性的反向寡核苷酸引物，其与SEQ ID NO:52、53或55所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸；或者
(ii)对所述pol基因具特异性的正向寡核苷酸引物，其与SEQ ID NO:42、45或46所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸；和对所述pol基因具特异性的反向寡核苷酸引物，其与SEQ ID NO:43或47所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸。
41.根据实施方案39或40中任一项所述的方法，其中所述逆转录酶PCR是定量PCR(qPCR)。
42.根据实施方案41所述的方法，其中所述逆转录酶qPCR还包括与对相应病毒基因具特异性的寡核苷酸探针一起孵育。
43.根据实施方案36-42中任一项所述的方法，其中所述病毒RNA包括VSV-G env基因的至少一部分，并且：
(i)对所述env基因具特异性的所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:50所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列，且对所述env基因具特异性的所述反向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:52所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列；或者
(ii)对所述env基因具特异性的所述正向寡核苷酸引物序列的至少90％同一性和/或至少15个连续核苷酸与SEQ ID NO:51所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸，且对所述env基因具特异性的所述反向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:53所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列。
44.根据实施方案42或43所述的方法，其中所述寡核苷酸探针包含与SEQ ID NO:56所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列。
45.根据实施方案42-44中任一项所述的方法，其中所述寡核苷酸探针包含SEQ IDNO:56所示的序列。
46.根据实施方案42-45中任一项所述的方法，其中
(i)所述正向寡核苷酸引物包含SEQ ID NO:35所示的序列；所述反向寡核苷酸引物包含SEQ ID NO:36所示的序列；并且所述寡核苷酸探针包含SEQ ID NO:37所示的序列；
(ii)所述正向寡核苷酸引物包含SEQ ID NO:50所示的序列；所述反向寡核苷酸引物包含SEQ ID NO:52所示的序列；并且所述寡核苷酸探针包含SEQ ID NO:56所示的序列；或者
(iii)所述正向寡核苷酸引物包含SEQ ID NO:51所示的序列；所述反向寡核苷酸引物包含SEQ ID NO:53所示的序列；并且所述寡核苷酸探针包含SEQ ID NO:56所示的序列。
47.根据实施方案36-46中任一项所述的方法，其中：
(i)对所述pol基因具特异性的所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:42所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列，且对所述pol基因具特异性的所述反向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:43所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列；
(ii)对所述pol基因具特异性的所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:46所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列，且对所述pol基因具特异性的所述反向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:43所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列；或者
(iii)对所述pol基因具特异性的所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:46所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列，且对所述pol基因具特异性的所述反向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:47所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列。
48.根据实施方案36-47中任一项所述的方法，其中：
(i)对所述pol基因具特异性的所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:42所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列，且对所述pol基因具特异性的所述反向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:43所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列；
(ii)对所述pol基因具特异性的所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:46所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列，且对所述pol基因具特异性的所述反向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:43所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列；或者
(iii)对所述pol基因具特异性的所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:46所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列，且对所述pol基因具特异性的所述反向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:47所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列。
49.根据实施方案36-48中任一项所述的方法，其中所述寡核苷酸探针包含与SEQID NO:44所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列。
50.根据实施方案42-49中任一项所述的方法，其中所述寡核苷酸探针包含SEQ IDNO:44所示的序列。
51.根据实施方案42-50中任一项所述的方法，其中：
(i)所述正向寡核苷酸引物包含SEQ ID NO:42所示的序列；所述反向寡核苷酸引物包含SEQ ID NO:43所示的序列；并且所述寡核苷酸探针包含SEQ ID NO:44所示的序列；
(ii)所述正向寡核苷酸引物包含SEQ ID NO:46所示的序列；所述反向寡核苷酸引物包含SEQ ID NO:43所示的序列；并且所述寡核苷酸探针包含SEQ ID NO:44所示的序列；或者
(iii)所述正向寡核苷酸引物包含SEQ ID NO:46所示的序列；所述反向寡核苷酸引物包含SEQ ID NO:47所示的序列；并且所述寡核苷酸探针包含SEQ ID NO:44所示的序列。
52.根据实施方案36-51中任一项所述的方法，其中所述病毒RNA在所述生物样品中的存在、量或浓度指示有复制能力的病毒在所述生物样品或所述生物样品衍生出的样品中的存在或不存在或者所述病毒在所述样品中的风险。
53.根据实施方案36-52中任一项所述的方法，其中将所述病毒RNA在所述生物样品中的存在、量或浓度与所述病毒RNA在对照样品中的存在、量或浓度进行比较。
54.根据实施方案53所述的方法，其中所述对照样品衍生自用对病毒载体RNA序列具特异性的引物进行的PCR反应，其中所述病毒RNA不包含所述病毒载体RNA序列。
55.根据实施方案54所述的方法，其中病毒载体RNA的存在、量或浓度指示所述生物样品包含残留的病毒载体RNA。
56.根据实施方案36-55中任一项所述的方法，其中所述病毒RNA在所述生物样品中不存在指示在所述生物样品或所述生物样品衍生出的样品中不存在有复制能力的病毒。
57.根据实施方案39-56中任一项所述的方法，其中将所述病毒RNA在所述生物样品中的存在、量或浓度与对照逆转录酶PCR反应进行比较，其中所述对照逆转录酶PCR反应不包含逆转录酶。
58.根据实施方案57所述的方法，其中病毒载体RNA在所述对照逆转录酶PCR反应中的存在、量或浓度指示所述生物样品包含残留的病毒载体RNA或DNA。
59.根据实施方案36-58中任一项所述的方法，其中病毒RNA的所述一个或多个序列包含两个或更多个病毒序列，其中所述两个或更多个病毒序列包括病毒基因的至少一部分。
60.根据实施方案36-59中任一项所述的方法，其中所述病毒RNA的所述两个或更多个序列包含病毒序列，其包括VSV-G env基因和pol基因的至少一部分。
61.根据实施方案1-60中任一项所述的方法，其中所述生物样品包含至少一种细胞，所述至少一种细胞含有异源核酸和/或编码异源蛋白质的核酸。
62.根据实施方案1-61中任一项所述的方法，其中所述至少一种细胞包含多个细胞，并且其中：
所述多个细胞和/或所述生物样品包含悬浮细胞；
所述多个细胞和/或所述生物样品包含白细胞；和/或
所述多个细胞和/或所述生物样品包含T细胞或NK细胞。
63.根据实施方案1-62中任一项所述的方法，所述方法还包括评估编码对照基因的DNA或RNA在所述生物样品中的存在、量或浓度，任选地其中所述对照基因是或包含β-肌动蛋白。
64.根据实施方案63所述的方法，其中使用对所述对照基因的序列具特异性的一种或多种寡核苷酸引物来评估编码所述对照基因的DNA或RNA的存在、量或浓度。
65.根据实施方案64所述的方法，其中所述一种或多种寡核苷酸引物单独包含SEQID NO:1或2或者8-15之一所示的一个或多个序列。
66.根据实施方案64或65所述的方法，其中使用对所述对照基因的序列具特异性的寡核苷酸探针、任选地水解探针来评估编码所述对照基因的DNA或RNA的存在、量或浓度。
67根据实施方案66所述的方法，其中对所述对照基因的序列具特异性的所述探针包含SEQ ID NO:3、9、12或15所示的序列。
68.一种引物，其包含SEQ ID NO:42、43、45-47、50-55、57-58、61-62或64中任一个所示的核酸序列。
69.根据实施方案68所述的引物，其还包含荧光部分或标记。
70.一种寡核苷酸探针、任选地水解探针，其包含SEQ ID NO:44、48、49、56、59、62或63中任一个所示的序列。
71.根据实施方案70所述的探针，其还包含可检测标记。
72.根据实施方案71所述的探针，其中所述可检测标记包含荧光染料和淬灭剂。
73.一种试剂盒，其包含一种或多种根据实施方案68或69所述的引物和/或根据实施方案70-72中任一项所述的寡核苷酸探针。
74.根据实施方案73所述的试剂盒，其还包含无核酸酶水、逆转录酶、聚合酶、三磷酸脱氧核苷酸、缓冲液、RNA酶和DNA酶中的一种或多种。
75.一种试剂盒，其包含：
对至少一种病毒DNA具特异性的至少一种正向寡核苷酸引物和至少一种反向寡核苷酸引物：
(i)对所述env基因具特异性的正向寡核苷酸引物，其与SEQ ID NO:4、35、50、51、54或64所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸；和对所述env基因具特异性的反向寡核苷酸引物，其与SEQ ID NO:5、36、52、53或55所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸；
(ii)对所述gag基因具特异性的正向寡核苷酸引物，其与SEQ ID NO:16、19或22所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸；和对所述gag基因具特异性的反向寡核苷酸引物，其与SEQ ID NO:17、20或23所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸；
(iii)对所述pol基因具特异性的正向寡核苷酸引物，其与SEQ ID NO:42、45或46所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸；和对所述pol基因具特异性的反向寡核苷酸引物，其与SEQ ID NO:43或47所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸；和/或
(iv)对所述rev基因具特异性的正向寡核苷酸引物，其与SEQ ID NO:38所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸；和对所述rev基因具特异性的反向寡核苷酸引物，其与SEQ ID NO:39所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸。
76.根据实施方案75所述的试剂盒，其还包含对所述至少一种病毒基因具特异性的至少一种寡核苷酸探针，所述至少一种病毒基因特定于所述至少一种正向和反向寡核苷酸引物。
77.根据实施方案75或76所述的试剂盒，其中：所述至少一种病毒核酸包括GaLVenv基因的至少一部分，并且对所述env基因具特异性的所述正向寡核苷酸引物包含与SEQID NO:4所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列且对所述env基因具特异性的所述反向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:5所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列。
78.根据实施方案76或77所述的试剂盒，其中所述寡核苷酸探针包含与SEQ IDNO:6所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列。
79.根据实施方案78所述的试剂盒，其中所述寡核苷酸探针包含SEQ ID NO:6所示的序列。
80.根据实施方案76-79中任一项所述的试剂盒，其中：所述至少一种病毒核酸包括GaLV env基因的至少一部分；并且所述正向寡核苷酸引物包含SEQ ID NO:4所示的序列，所述反向寡核苷酸引物具有SEQ ID NO:5所示的序列且所述寡核苷酸探针包含SEQ ID NO:6所示的序列。
81.根据实施方案75-80中任一项所述的试剂盒，其中所述至少一种病毒核酸包括VSV-G env基因的至少一部分，并且：
(i)对所述env基因具特异性的所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:35所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列，且对所述env基因具特异性的所述反向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:36所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列；
(ii)对所述env基因具特异性的所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:50所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列，且对所述env基因具特异性的所述反向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:52所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列；或者
(iii)对所述env基因具特异性的所述正向寡核苷酸引物序列的至少90％同一性和/或至少15个连续核苷酸与SEQ ID NO:51所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸，且对所述env基因具特异性的所述反向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:53所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列。
82.根据实施方案76-81中任一项所述的试剂盒，其中所述寡核苷酸探针包含与SEQ ID NO:37或56所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列。
83.根据实施方案82所述的试剂盒，其中所述寡核苷酸探针包含SEQ ID NO:37或56所示的序列。
84.根据实施方案76-83中任一项所述的试剂盒，其中
(i)所述正向寡核苷酸引物包含SEQ ID NO:35所示的序列；所述反向寡核苷酸引物包含SEQ ID NO:36所示的序列；并且所述寡核苷酸探针包含SEQ ID NO:37所示的序列；
(ii)所述正向寡核苷酸引物包含SEQ ID NO:50所示的序列；所述反向寡核苷酸引物包含SEQ ID NO:52所示的序列；并且所述寡核苷酸探针包含SEQ ID NO:56所示的序列；或者
(iii)所述正向寡核苷酸引物包含SEQ ID NO:51所示的序列；所述反向寡核苷酸引物包含SEQ ID NO:53所示的序列；并且所述寡核苷酸探针包含SEQ ID NO:56所示的序列。
85.根据实施方案75-84所述的试剂盒，其中所述病毒核酸包括所述gag基因的至少一部分，其中：
(i)对所述gag基因具特异性的所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:16所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列，且对所述gag基因具特异性的所述反向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:17所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列；
(ii)对所述gag基因具特异性的所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:19所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列，且对所述gag基因具特异性的所述反向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:20所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列；或者
(iii)对所述gag基因具特异性的所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:22所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列，且对所述gag基因具特异性的所述反向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:23所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列。
86.根据实施方案76-85中任一项所述的试剂盒，其中所述寡核苷酸探针包含与SEQ ID NO:21或24所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列与所示的序列的同一性。
87.根据实施方案76-86中任一项所述的试剂盒，其中所述寡核苷酸探针包含SEQID NO:21或24所示的序列。
88.根据实施方案76-87中任一项所述的试剂盒，其中
(i)所述正向寡核苷酸引物包含SEQ ID NO:16所示的序列；所述反向寡核苷酸引物包含SEQ ID NO:17所示的序列；并且所述寡核苷酸探针包含SEQ ID NO:21或24所示的序列；
(ii)所述正向寡核苷酸引物包含SEQ ID NO:19所示的序列；所述反向寡核苷酸引物包含SEQ ID NO:20所示的序列；并且所述寡核苷酸探针包含SEQ ID NO:21或24所示的序列；或者
(iii)所述正向寡核苷酸引物包含SEQ ID NO:22所示的序列；所述反向寡核苷酸引物包含SEQ ID NO:23所示的序列；并且所述寡核苷酸探针包含SEQ ID NO:21或24所示的序列。
89.根据实施方案75-88所述的试剂盒，其中所述至少一种正向和至少一种反向寡核苷酸引物包含对所述pol基因具特异性的正向寡核苷酸引物，其包含与SEQ ID NO:42、45或46所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列；和对所述pol基因具特异性的反向寡核苷酸引物，其包含与SEQ ID NO:43或47所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列。
90.根据实施方案76-89所述的试剂盒，其中：
(i)对所述pol基因具特异性的所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:42所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列，且对所述pol基因具特异性的所述反向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:43所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列；
(ii)对所述pol基因具特异性的所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:46所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列，且对所述pol基因具特异性的所述反向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:43所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列；或者
(iii)对所述pol基因具特异性的所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:46所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列，且对所述pol基因具特异性的所述反向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:47所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列。
91.根据实施方案76-90中任一项所述的试剂盒，其中所述寡核苷酸探针包含与SEQ ID NO:44所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核酸的序列。
92.根据实施方案76-91中任一项所述的试剂盒，其中所述寡核苷酸探针包含SEQID NO:44所示的序列。
93.根据实施方案76-92中任一项所述的试剂盒，其中：
(i)所述正向寡核苷酸引物包含SEQ ID NO:42所示的序列；所述反向寡核苷酸引物包含SEQ ID NO:43所示的序列；并且所述寡核苷酸探针包含SEQ ID NO:44所示的序列；
(ii)所述正向寡核苷酸引物包含SEQ ID NO:46所示的序列；所述反向寡核苷酸引物包含SEQ ID NO:43所示的序列；并且所述寡核苷酸探针包含SEQ ID NO:44所示的序列；或者
(iii)所述正向寡核苷酸引物包含SEQ ID NO:46所示的序列；所述反向寡核苷酸引物包含SEQ ID NO:47所示的序列；并且所述寡核苷酸探针包含SEQ ID NO:44所示的序列。
94.根据实施方案75-93中任一项所述的试剂盒，其中所述正向和反向寡核苷酸引物包含对所述rev基因具特异性的正向寡核苷酸引物，其包含与SEQ ID NO:38所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列；和对所述rev基因具特异性的反向寡核苷酸引物，其包含与SEQ ID NO:39所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列。
95.根据实施方案76-94中任一项所述的试剂盒，其中所述寡核苷酸探针包含与SEQ ID NO:40或63所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列。
96..根据实施方案76-95所述的试剂盒，其中所述寡核苷酸探针包含SEQ ID NO:40或63所示的序列。
97.根据实施方案76-96中任一项所述的试剂盒，其中所述正向寡核苷酸引物包含SEQ ID NO:46所示的序列；所述反向寡核苷酸引物包含SEQ ID NO:47所示的序列；并且所述寡核苷酸探针包含SEQ ID NO:44所示的序列。
98.根据实施方案76-97中任一项所述的试剂盒，其中至少一种引物或探针包含可检测标记。
99.根据实施方案98所述的试剂盒，其中所述可检测标记包含荧光部分、标记或染料。
100.根据实施方案98或99所述的试剂盒，其中所述可检测标记包含荧光部分、标记或染料和淬灭剂。
101.根据实施方案76-100中任一项所述的试剂盒，其还包含无核酸酶水、聚合酶、三磷酸脱氧核苷酸和缓冲液中的一种或多种。
102.根据实施方案73-101中任一项所述的试剂盒，其还包含逆转录酶。
103.一种制品，其包含根据实施方案73-102中任一项所述的试剂盒和使用说明，其中所述说明规定通过对分离自生物样品的核酸进行聚合酶链式反应(PCR)来评估病毒核酸在所述样品中的存在、不存在、量或浓度。
104.根据实施方案103所述的制品，其中所述病毒核酸是病毒DNA。
105.根据实施方案103或104所述的制品，其中所述PCR是定量PCR(qPCR)。
106.根据实施方案103或105所述的制品，其中所述病毒核酸是病毒DNA。
107.根据实施方案106所述的制品，其中所述病毒核酸是病毒RNA。
108.根据实施方案107所述的制品，其中所述PCR是逆转录酶PCR。
109.一种试剂盒，其包含：
对至少一种病毒RNA具特异性的至少一种正向寡核苷酸引物和至少一种反向寡核苷酸引物：
(i)对所述env基因具特异性的正向寡核苷酸引物，其与SEQ ID NO:50、51、54或64所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸；和对所述env基因具特异性的反向寡核苷酸引物，其与SEQ ID NO:52、53或55所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸；
(ii)对所述pol基因具特异性的正向寡核苷酸引物，其与SEQ ID NO:42、45或46所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸；和对所述pol基因具特异性的反向寡核苷酸引物，其与SEQ ID NO:43或47所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸。
110.根据实施方案109所述的试剂盒，其还包含对所述至少一种病毒基因具特异性的至少一种寡核苷酸探针，所述至少一种病毒基因特定于所述至少一种正向寡核苷酸引物和反向寡核苷酸引物。
111.根据实施方案109或110所述的试剂盒，其中：所述至少一种病毒RNA酸包括GaLV env基因的至少一部分，并且对所述env基因具特异性的所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:4所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列且对所述env基因具特异性的所述反向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:5所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列。
112.根据实施方案110或111所述的试剂盒，其中所述寡核苷酸探针包含与SEQ IDNO:6所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列。
113.根据实施方案110-112中任一项所述的试剂盒，其中所述寡核苷酸探针包含SEQ ID NO:6所示的序列。
114.根据实施方案110-113中任一项所述的试剂盒，其中：所述至少一种病毒RNA包括GaLV env基因的至少一部分；并且所述正向寡核苷酸引物包含SEQ ID NO:4所示的序列，所述反向寡核苷酸引物具有SEQ ID NO:5所示的序列且所述寡核苷酸探针包含SEQ IDNO:6所示的序列。
115.根据实施方案109-115中任一项所述的试剂盒，其中所述至少一种病毒RNA包括VSV-G env基因的至少一部分，并且：
(i)对所述env基因具特异性的所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:35所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列，且对所述env基因具特异性的所述反向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:36所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列；
(ii)对所述env基因具特异性的所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:50所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列，且对所述env基因具特异性的所述反向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:52所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列；或者
(iii)对所述env基因具特异性的所述正向寡核苷酸引物序列的至少90％同一性和/或至少15个连续核苷酸与SEQ ID NO:51所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸，且对所述env基因具特异性的所述反向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:53所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列。
116.根据实施方案110-115中任一项所述的试剂盒，其中所述寡核苷酸探针包含与SEQ ID NO:37或56所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列。
117.根据实施方案110-116中任一项所述的试剂盒，其中所述寡核苷酸探针包含SEQ ID NO:37或56所示的序列。
118.根据实施方案110-117中任一项所述的试剂盒，其中
(i)所述正向寡核苷酸引物包含SEQ ID NO:35所示的序列；所述反向寡核苷酸引物包含SEQ ID NO:36所示的序列；并且所述寡核苷酸探针包含SEQ ID NO:37所示的序列；
(ii)所述正向寡核苷酸引物包含SEQ ID NO:50所示的序列；所述反向寡核苷酸引物包含SEQ ID NO:52所示的序列；并且所述寡核苷酸探针包含SEQ ID NO:56所示的序列；或者
(iii)所述正向寡核苷酸引物包含SEQ ID NO:51所示的序列；所述反向寡核苷酸引物包含SEQ ID NO:53所示的序列；并且所述寡核苷酸探针包含SEQ ID NO:56所示的序列。
119.根据实施方案109-118所述的试剂盒，其中所述至少一种正向寡核苷酸引物和至少一种反向寡核苷酸引物包含对所述pol基因具特异性的正向寡核苷酸引物，其包含与SEQ ID NO:42、45或46所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列；和对所述pol基因具特异性的反向寡核苷酸引物，其包含与SEQ ID NO:43或47所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列。
120.根据实施方案109-119所述的试剂盒，其中：
(i)对所述pol基因具特异性的所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:42所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列，且对所述pol基因具特异性的所述反向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:43所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列；
(ii)对所述pol基因具特异性的所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:46所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列，且对所述pol基因具特异性的所述反向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:43所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列；或者
(iii)对所述pol基因具特异性的所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:46所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列，且对所述pol基因具特异性的所述反向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:47所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列。
121.根据实施方案110-120中任一项所述的试剂盒，其中所述寡核苷酸探针包含与SEQ ID NO:44所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核酸的序列。
122.根据实施方案110-121所述的试剂盒，其中所述寡核苷酸探针包含SEQ IDNO:44所示的序列。
123.根据实施方案110-122中任一项所述的试剂盒，其中：
(i)所述正向寡核苷酸引物包含SEQ ID NO:42所示的序列；所述反向寡核苷酸引物包含SEQ ID NO:43所示的序列；并且所述寡核苷酸探针包含SEQ ID NO:44所示的序列；
(ii)所述正向寡核苷酸引物包含SEQ ID NO:46所示的序列；所述反向寡核苷酸引物包含SEQ ID NO:43所示的序列；并且所述寡核苷酸探针包含SEQ ID NO:44所示的序列；或者
(iii)所述正向寡核苷酸引物包含SEQ ID NO:46所示的序列；所述反向寡核苷酸引物包含SEQ ID NO:47所示的序列；并且所述寡核苷酸探针包含SEQ ID NO:44所示的序列。
124.根据实施方案109-123中任一项所述的试剂盒，其中至少一种引物或探针包含可检测标记。
125.根据实施方案124所述的试剂盒，其中所述可检测标记包含荧光部分、标记或染料。
126.根据实施方案124或125所述的试剂盒，其中所述可检测标记包含荧光部分、标记或染料和淬灭剂。
127.根据实施方案109-126中任一项所述的试剂盒，其还包含无核酸酶水、聚合酶、三磷酸脱氧核苷酸和缓冲液中的一种或多种。
128.根据实施方案109-127中任一项所述的试剂盒，其还包含逆转录酶。
129.一种制品，其包含根据实施方案109-128中任一项所述的试剂盒和使用说明，其中所述说明规定通过对分离自生物样品的核酸进行聚合酶链式反应(PCR)来评估病毒RNA在所述样品中的存在、不存在、量或浓度。
130.根据实施方案129所述的制品，其中所述PCR是逆转录酶PCR。
VII.实施例
以下实施例被包括在内仅用于说明目的，并不旨在限制本发明的范围。
实施例1：评估指示病毒RNA靶标(如GaLV env和/或MMLV gag)的参数的水平的示
例性测定
此实施例描述了用于评估测试样品中的一个或多个参数的水平的示例性方法，所述一个或多个参数指示病毒RNA在生物样品中的存在、不存在、水平或其他读数和/或有复制能力的逆转录病毒(RCR)在生物样品中的现有或潜在存在或风险。生物样品通常包括至少一种细胞，如包含异源核酸或编码全部或部分异源基因产物(如异源、外源和/或重组核酸和/或蛋白质)的核酸的细胞。在一些方面，已经使此类细胞经受核酸或其他生物分子的引入(如通过转导)，所述核酸或其他生物分子通常由逆转录病毒载体、逆转录病毒载体颗粒或逆转录病毒编码和/或被包含在其中。测试样品通常包含RNA或由其产生的产物(如cDNA)，所述RNA已经分离自或存在于生物样品的所述一种或多种细胞(如用包含异源基因产物的病毒载体颗粒转导的细胞)中。生物样品中的所述一种或多种细胞可以是哺乳动物细胞，如人细胞。
在所述方法的一个方面，参数的检测是或包括GaLV env RNA或从其转录或由其编码的核酸的存在或不存在或量或相对量，或作为替代物的参数，例如其与测试或生物样品中的这样的RNA负相关或正相关。在一些方面，这样的参数的水平用作确定RCR在样品中的可能性、风险、存在或不存在的标记。通常，GaLV env基因编码存在于有复制能力的逆转录病毒中的病毒包膜蛋白，并且在一些方面为有复制能力的病毒或其复制能力所需或所必需，但是并不足够。
在所述方法的一些方面，参数的水平是或包括MMLV gag RNA或从其转录或由其编码的核酸或其他产物的存在或不存在或量，或作为这样的RNA或核酸的替代物的参数，例如其与测试或生物样品中的这样的RNA负相关或正相关。在一些方面，这样的参数的水平用作确定RCR在样品中的可能性、风险、存在或不存在的标记。通常，MMLV gag基因编码包含病毒基质、衣壳和核衣壳蛋白的病毒蛋白，并且在一些方面为有复制能力的病毒或其复制能力所需或所必需，但是并不足够。
在一些方面，通过对应参数在测试样品中的水平指示或确定病毒RNA(如GaLV envRNA或MMLV gag RNA)中的一种或多种中的每一种的水平、存在、量、浓度、不存在或相对量或浓度，其中参数与相应RNA例如在测试样品中和/或在生物样品中的水平、存在、量、浓度、不存在或相对量或浓度负相关或正相关。
通常，具有RCR的经转导细胞可以转录产生感染性病毒颗粒所需的各种病毒基因，如有复制能力的病毒所需的那些。通常，此类基因(和/或足够数量或一群此类基因)不存在于在经转导细胞中存在的一种或多种异源或病毒衍生的核酸中，已经使用病毒载体向所述经转导细胞中插入了异源或重组分子。此类基因可以包括env和gag基因，如GaLV env和/或MMLV gag。
对一种或多种测试样品进行示例性测定(其如实施例2、4或6所述进行，以评估或确认在包括测试样品或对照样品在内的特定样品中不存在RCR)。测试样品包括含有分别分离自和/或衍生自或多种生物样品的RNA的一种或多种测试样品。生物样品通常包括含有如被配制用于细胞疗法或给予的一种或多种细胞(如人细胞或哺乳动物细胞)的那些，对于所述一种或多种细胞希望确认不存在有复制能力的病毒；生物样品或参考测试样品也可以包括已知含有或不含某些参考量的在测定中评估的一种或多种病毒RNA和/或对照核酸的那些。此类样品的组合可以用作测定中的生物样品或测试样品，如在加标(spike-in)样品中。
在某些应用(如在实施例4或6中所述的研究中的应用)中，所评估的生物样品含有使用逆转录病毒载体转导的细胞，所述逆转录病毒载体具有编码嵌合抗原受体(CAR)的异源核酸；测定中使用的样品通常还包括一种或多种对照样品，如对照生物样品和/或对照测试样品。
任选地解冻一种或多种生物样品(如含有经转导细胞的那些)，并且从样品中提取RNA以产生一种或多种测试样品。可以一式三份地或一式两份地或更多地来制备测试样品。将RNA用作模板以通过逆转录产生cDNA。
可以平行运行对照样品，包括阴性对照和/或含有已知量的一种或两种靶标/部分的那些。在一些方面，对照RNA是或包含肌动蛋白的至少一部分，和/或病毒RNA包含全部或部分的GaLV env RNA和/或全部或部分的MMLV gag RNA。在此类方面，在反应中使用对肌动蛋白和/或GaLV env(或MMLV gag)具特异性的引物和水解探针；在一些情况(如将含有靶RNA和对照RNA两者的双重构建体加标到对照样品中的那些)下，对对照RNA和靶RNA两者都具特异性的引物/探针在同一反应中被包括或复用。示例性的肌动蛋白和GaLV env引物和探针示于表1中。
表1：示例性的肌动蛋白和env引物和探针序列
在一些实施方案中，例如在使用多重实时PCR测定的情况下，例如对于肌动蛋白(作为对照)和MMLV gag和/或RNA序列。示例性的肌动蛋白(HuActin)和MMLV gag(gag)正向(F)和反向(R)引物以及水解探针的序列示于表2中。
表2：示例性的肌动蛋白和MMLV gag引物和探针序列
将对照样品(如对照测试样品，如质粒标准对照)用作测定的PCR扩增部分的对照。在一个例子中，对照样品包括在同一构建体上含有细胞并且还含有(例如，加标有)已知数量或浓度(例如，参考值)的标准品(如已知数量/浓度/量的病毒RNA或其部分、对照RNA或其部分(例如，呈质粒标准对照的形式)，任选地两者)的样品。在一些例子中，对照(或用于校准测定的样品)包括具有已知数量或相对数量的靶标阳性细胞(例如，靶标+细胞/总数的细胞)的样品。
在使用质粒标准对照的一些情境下，质粒在同一构建体上包括阳性和阴性对照核酸，以改善对照。在所述方法的各方面，质粒标准对照包括pActin-GaLVgag构建体(SEQ IDNO:34)。在所述方法的各方面，所述一种或多种血浆标准对照包括pActin-MMLVgag构建体(SEQ ID NO:30)。
在一个例子中，如通过进行研究以确定测定对特定质粒标准品的灵敏度和/或特异性，凭经验确定在测定中待使用的已知量或浓度。在一个这样的例子中，使用质粒标准对照样品稀释系列，包括各种浓度或量，如在106至101个拷贝/反应的范围内。使用106至101个拷贝/7μL的质粒标准对照样品稀释系列。
仅含有水和PCR试剂的无模板对照用于提供有关(例如，PCR试剂中的一种或多种的)任何潜在污染和/或污染状态的信息。无逆转录酶(-RT)对照用于评价RNA模板的纯度，以及用于验证或确认不存在污染性DNA，和/或用于检测任何潜在的污染性DNA。
将来自不表达靶病毒基因(例如不表达GaLV env)的细胞系的RNA用作阴性对照。与测试样品相比，以(例如，总RNA和/或细胞的)相似浓度或量使用阴性对照。
基于参考值(如示例性检测极限)来建立测定的阳性对照，在一些方面，例如通过选择所需的置信区间并评估具有一系列已知量的GaLV env RNA的样品凭经验确定所述参考值。
在一些实施方案中，作为阳性对照，以为或大约或刚好高于测定的示例性检测极限或水平的量使用来自确实表达靶病毒基因(如不表达GaLV env(例如，293Vec-GaLV))的细胞系的RNA。在实施例2中进行的测定中，阳性对照含有0.75pg的GaLV RNA。将此阳性对照的RNA水平用作与测试样品进行比较的参考值。
将肌动蛋白的检测与靶病毒基因(例如GaLV env)的检测在测定的每个孔中复用。此参数控制RNA质量。肌动蛋白在每个孔中的存在确认存在RNA并且其质量足以能够进行逆转录和PCR扩增。在一些方面，未在阳性对照反应中评价肌动蛋白，因为它通常可能无法检测到。
在一些示例性方法中，将来自患者匹配材料的RNA用作RNA分离程序期间污染的对照，所述患者匹配材料尚未被包含重组基因产物的病毒载体颗粒转导。
对于测试样品，测试分离自10x106个细胞的RNA，每个孔使用7μL。在示例性方法中，将每种对照和测试样品分配给96孔形式中的一个或多个孔。一式三份地运行对照和测试样品。将样品与肌动蛋白以及GaLV env正向和反向引物、水解探针和用于进行RT-PCR的组分混合，所述组分由RNA UltraSense一步定量RT-PCR酶混合物和RNA UltraSense一步定量RT-PCR 5X反应混合物(ThermoFisher Scientific)提供。
在一些方面，使用可商购的一步定量RT-PCR系统进行测定。多重实时PCR测定可以运行40个循环。通常，随着扩增子产生而发生的探针水解会释放出荧光分子，其会被实时PCR机器检测到。设定阈值水平，并且获得测定的每个孔的阈值循环(Ct)值。对重复的Ct值取平均值。
在一些方面，测定被认为适合于特定用途和/或基于某些标准是有效的。在一些方面，希望模板对照在每个孔中不具有或具有很小的Ct值。在一些方面，对于所使用的检测方法，质粒标准参数在适当的范围内。在一些方面，未经转导的阴性对照在每个孔中均不应当具有Ct值，并且应当具有指示适当RNA质量的适当的A260/280值。测试样品通常同样应当具有适当的A260/280值(例如在2-2.1之间，包含端值)、肌动蛋白的适当Ct值以及特定测定所需的其他对照参数。
下文列出了对具有特定条件的假设样品进行的测定的假设结果，以说明如果使用所述方法评估衍生自确实含有有复制能力的病毒的生物样品的测试样品可以获得的结果。在此例子中，通过实时PCR检测肌动蛋白和GaLV env扩增子，并且基于针对这样的一种或多种测试样品检测或确定的参数(例如，Ct值或ΔCt值或ΔΔCt值)的水平与针对具有已知量的靶RNA(含有例如1.5、1或0.75或0.5pg的GaLV env RNA)的阳性对照确定的对应参考值(例如，这样的参数(例如，Ct值或ΔCt值或ΔΔCt值)的对应水平)的比较将测试样品的结果报告为“检测到RCR关联RNA”或“未检测到RCR关联RNA”。例如，在一些实施方案中，如果测试样品的孔中的Ct值(或重复的平均值)被认为大于针对阳性对照(含有已知或预定量的GaLV env RNA)确定的Ct值，则GaLV env RNA可以被认为不存在于作为测试样品或衍生出测试样品的对应生物样品中，并且通常，这样的测试样品被鉴定为“未检测到RCR关联RNA”。在一些例子中，基于ΔCt或ΔΔCt值的比较，例如基于针对阴性对照样品(如已知尚未暴露于目的病毒颗粒或复制型病毒的样品)获得的Ct值或ΔCT值与针对给定测试样品获得的Ct值或ΔCT值之间的差异(Δ)的程度，确定测试样品被鉴定为“检测到RCR关联RNA”还是“未检测到RCR关联RNA”。在一些方面，测定的阈值水平(如高于或低于测试样品被认为是阳性或阴性和/或被认为或不被认为含有RCR关联RNA的水平的水平)被表示为阳性对照样品(如已知含有等于或约等于测定的检测极限(LOD)的讨论中的病毒RNA的样品)的这样的差异或Δ的程度。例如，可以将阈值设定为这样的阳性对照样品的Ct值或ΔCT值与阴性对照样品的Ct值或ΔCT值之间的差异(或Δ)，或者可以将阈值设定在相对于这样的对照差异或Δ的某个点，如其倍数。
在一些实施方案中，确定阳性对照(如已知含有为或约检测极限(LOD)的病毒RNA的样品)的Ct值与阴性对照样品(如已知尚未暴露于包含异源基因产物的病毒载体颗粒或任何复制型病毒的样品(或衍生自所述样品的样品))的Ct值之间的差异；在一些方面，将这样的差异或其倍数或倍数差异设定为阈值。在一些例子中，对于给定测试样品和/或每种测试样品，确定该测试样品的Ct值与阴性对照样品(如已知尚未暴露于包含异源基因产物的病毒载体颗粒或任何复制型病毒的样品(或衍生自所述样品的样品))的Ct值之间的差异，并且在一些方面与这样的阈值进行比较。在一些例子中，如果这样的差异等于或低于阈值，则给定测试样品被认为“检测到RCR关联RNA”。
在一些例子中，如果测试样品的孔中的Ct值(或重复的平均值)被确定为小于针对阳性对照(含有已知量的GaLV env RNA)确定的Ct值，(或者测试样品的Ct值或ΔCt值与阴性对照的Ct值或ΔCt值之间的差异(或Δ)等于或高于阈值，其为或对应于阳性对照的Ct或ΔCt(例如，具有为或约LOD的病毒RNA的样品的Ct或ΔCt)与阴性对照的Ct或ΔCt值之间的差异)，则病毒RNA可以被认为潜在地存在于或存在于测试样品和/或生物样品中，并且在此示例性测定中，这样的测试样品将被鉴定为“检测到RCR关联RNA”，这在一些方面可以指示存在RCR或潜在RCR的风险。
在一些此类方面，所述方法将还包括另外的测定，如对相似但针对不同RCR关联RNA(如MMLV gag)进行测定或分析其结果。
实施例2：用于检测编码长臂猿白血病病毒(GaLV)包膜的基因(env)的逆转录酶-
PCR(RT-PCR)测定的设计
为了进行如实施例1中所述的测定，设计了测定以检测编码长臂猿白血病病毒(GaLV)包膜的基因(env)。选择GaLV env作为靶标，部分是因为它在经转导人细胞组合物中的存在可以指示基于内源病毒序列的转导而非存在的重组事件。
1.引物/探针集
产生了阳性扩增对照质粒，以含有GaLV env序列和人β肌动蛋白序列的片段，以提供用于RT-PCR的引物和探针集两者的模板。pActin-GaLV质粒的序列如SEQ ID NO:34所示。设计了四个候选引物和探针集以跨GaLV env序列的不同区域进行扩增，并且还围绕肌动蛋白片段靶标设计了两个候选引物和探针集。在存在RT和TAQ聚合酶的情况下进行定量逆转录酶-PCR(RT-PCR)。用于RT-PCR的扩增条件列于表3中。
最初使用无模板对照(阴性对照)和pActin-GaLV质粒的稀释系列作为模板测试引物/探针集。另外，将分离自稳定地表达GaLV包膜和MMLV gag/pol的293 Vec-GaLV病毒包装细胞系(BioVec)的RNA用作逆转录反应和PCR扩增步骤的阳性对照。作为另外的对照，使用来自解冻的冷冻保存的细胞组合物(冷冻保存的材料，CMAT)的RNA，所述细胞组合物是通过包括从单个受试者的白细胞单采术样品中对CD4+和CD8+ T细胞进行基于免疫亲和力的选择的过程而产生的。将未经历用病毒载体进行转导并因此尚未暴露于病毒原种的CMAT样品用作肌动蛋白引物/探针集的阳性对照，但是不应当产生GaLV env引物/探针集的扩增信号。
基于表4中所示的标准曲线性能参数的接受标准，选择了前两个GaLV env引物探针集。
然后单独测试引物/探针集并进行组合，以验证所选择的GaLV env与肌动蛋白引物/探针配对之间的复用不会影响对靶标检测的扩增性能。选择列于表1中的示例性GaLVenv和肌动蛋白引物/探针对，并且将其用于后续的测定开发。
2.RNA分离和样品质量
比较了不同的方法，以分离出具有最少DNA污染的高质量RNA模板。从如上所述产生的CMAT样品中分离RNA。在有逆转录酶(+RT)和没有逆转录酶(-RT)的情况下(在每种情况下均在存在Taq聚合酶的情况下)进行RT-PCR，以便区分源自RNA模板和源自污染性DNA模板的信号。
在样品之间比较了肌动蛋白模板的扩增信号。在低循环数下的高水平扩增指示在样品中存在高浓度的模板。
作为与RNA样品的纯度有关的示例性标准，设定示例性阈值为≥2.0(对于在分光光度计上测量的A260/A280比率)；还基于包含靶向持家基因肌动蛋白的引物/探针集设定了阈值。设定了循环数(CT)最大阈值，其与待在测定中评价GaLV env靶标的存在的RNA样品的浓度和质量有关。此外，还设定了重复之间肌动蛋白CT值的标准偏差的最小值，例如以确认跨重复的一致性。还设定了无逆转录酶对照(-RT)信号(指示任何DNA污染的存在)的阈值。将在有(+RT)和没有(-RT)逆转录酶的情况下的循环数的差异的示例性最小阈值水平设定为≥13.2。表5总结了RNA样品的阈值水平。
选择细胞对照，以包括在每个测定中以确保RNA分离程序的适当性能。在一些实施方案中，用于跨测定而包含的示例性细胞对照是作为单次使用的等分试样存储在液氮中的相同细胞组合物的等分试样，其中在每个测定中，从相同数量的细胞(例如5x106个细胞)中分离RNA。在一些方面，为这样的对照设定阈值。RNA对照的示例性标准是预期RNA浓度的平均值(例如如从多个等分试样确定的)±4个标准偏差。
3.通过RT-PCR检测GaLV
env
RNA
对分离自293Vec-GaLV细胞系或pActin-GaLV质粒阳性对照的RNA进行GaLV envRT-PCR测定。还从已经用编码GaLV env包装元件的质粒产生的γ逆转录病毒载体转导的冷冻保存的细胞组合物(CCC)中分离RNA。在此项研究中评价了测定的各种参数，包括示例性的特异性、线性、范围基质干扰、精密度以及样品和质粒对照的稳定性。
对通过用GaLV或肌动蛋白引物/探针对pActin-GaLV质粒模板进行单重RT-PCR而产生的扩增子进行了测序，并且其与预测的GaLV和肌动蛋白序列100％相同。在来自293Vec-GaLV细胞或CMAT对照的克隆中，大约11％(1/9)的经测序扩增子分别含有与预测的GaLV或肌动蛋白序列的单个碱基对错配，可能是由于逆转录酶错误。
在用pActin-GaLV质粒标准品的稀释系列进行的RT-PCR中，测定可以定量少至10个拷贝/反应；在满足此限制的100％的孔中观察到等于或高于该拷贝数的靶标的检测，其中标准偏差≤1.5。在101至106个拷贝/μL下观察到线性检测范围，其中在100％的孔中检测并且标准偏差≤0.5，10个拷贝/反应除外。
在另一个系列的实验中，对分离自293Vec-GaLV细胞系的RNA的稀释系列进行了RT-PCR。在测定中大于95％的具有至少0.5至0.75pg GalV+RNA的阳性样品被检测为阳性。在另一个系列的实验中，将分离自293Vec-GaLV的RNA的稀释系列加标到分离自CCC样品的RNA中。在测定中检测到少至十个加标到10x106个CCC细胞中的GALV+细胞(0.001％)，其中在100％的孔中检测并且CT值≤阳性对照的CT值。
为了在测定中评估RNA的稳定性，将293Vec-GaLV细胞加标到CCC样品中，并且将样品在室温下孵育0、2、6或25小时，然后分离RNA。使用标准方法分析RNA的RNA完整性数(RIN)，并且评估A260/A280和降解。时程研究确认，RNA在室温下保持稳定长达25小时(例如，这在某些环境下可能是令人希望的，例如考虑到样品处理中操作员的变化性)。尽管长达25小时仍观察到高质量的RNA，但是在25小时的时间点观察到RNA浓度下降，而较早的时间点是可比较的。RIN仅在25小时的时间点从10降至9。确定GaLV检测在室温下随时间推移是稳定的，而肌动蛋白检测在室温下随时间推移则下降。
这些结果证明，GaLV RT-PCR测定能够检测1000万个CCC细胞的矩阵中的10个加标GaLV阳性细胞，并且足够稳健，使得仍可在室温下放置长达25小时的施压样品中检测到GaLV信号。在这些研究中，观察了测定间和测定内变异性的可接受水平。
实施例3：用GaLV env和MMLV gag双重靶标测定评估指示样品中的有复制能力的
逆转录病毒或与之关联或为之所需的一种或多种病毒RNA靶标
在一些实施方案中，示例性的双重靶标方法用于评价有复制能力的逆转录病毒(RCR)在经转导或其他细胞中的不存在或存在。基本上如实施例1中所述进行测定，其中所评估的靶RNA包括GaLV env RNA和MMLV gag RNA，各自在测试样品中进行评估，并且使用相应病毒RNA-肌动蛋白质粒标准品中的每一种，使得在每个测定中使用相同的对照RNA，这可以提供改善的对照。在一些方面，只有通过所述方法GaLV env和MMLV gag RNA两者都被确定为在样品中存在或高于参考量，才在生物样品中鉴定出RCR的风险。在一些方面，在确认样品为阴性之前，在确定RNA之一存在或高于参考之后是另外的测定。
实施例4：用GaLV
env靶标测定评估指示样品中的有复制能力的逆转录病毒或与
之关联或为之所需的一种或多种病毒RNA靶标
通过所述方法评估用逆转录病毒载体转导并加工的T细胞，从而确认不存在RCR关联RNA。基本上如实施例1中所述制备样品并进行基于RT-PCR的RCR检测方法。简而言之，一式三份地从包含经转导细胞的生物样品中分离RNA。使用A260/280测量对所得的含有RNA的测试样品的RNA质量进行分析，使用分光光度计以及“无逆转录酶”对照PCR测试污染性DNA。所有样品均被确定为具有在功能上99.999％纯的RNA。使用来自-GaLV细胞系(对于GaLVenv)和经转导细胞样品(对于肌动蛋白)的阳性对照RNA验证了在测定中使用的RNA模板的线性。
使用具有衍生自经转导细胞的RNA的样品来确定所评估参数的参考值，所述经转导细胞加标有已知量(例如，大约0.75pg)质粒对照(pActin-GaLV；SEQ ID NO:34)/反应。
基本上如实施例2中所述，使用GaLV/肌动蛋白RT-PCR方法与加标样品平行评价未加标经转导细胞RNA样品(三个样品，一式三份地)。在含有来自含有经转导细胞的生物样品的RNA的每个测试样品中，观察到的Ct值指示在生物样品中不存在靶RNA，因此，没有一个所评估的经转导细胞样品被确定为RCR阳性。所有样品的肌动蛋白测试均呈阳性。阳性对照细胞衍生的样品的结果确认了测定的灵敏度和功能。
实施例5：过程期间的测试
在示例性过程中，通过用编码异源基因产物的病毒载体颗粒转导，在用于工程化细胞的整个产品制造过程中的多个阶段进行RCR的测试。在用于工程化细胞的示例性方法中，进行白细胞单采术以收获外周血单核细胞(PBMC)，洗涤细胞，并且通过基于免疫亲和力的富集进一步富集T细胞。任选地，将所分离的细胞冷冻保存，随后解冻。在存在抗CD3/CD28珠的情况下培养细胞(例如，经解冻细胞)，之后用编码异源基因产物(如嵌合抗原受体(CAR))的GaLV假型逆转录病毒载体转导。在转导之后，使细胞在培养中扩增一段时间，如长达10天。任选地，通过冷冻保存将经转导细胞冷冻。进一步配制任选地解冻的经扩增和转导的细胞，以给予受试者。
进行如上述实施例中所述的测定，例如以评估一种或多种以下生物样品：所分离的病毒载体颗粒、载体上清液、载体生产细胞的主细胞库、生产结束细胞(EOPC)、最终的经载体转导的细胞(包括各个离体扩增期期间和/或经历离体扩增期的细胞)、冷冻保存的材料(CMAT)、冷冻保存的药物产品(CDP)和经配制的药物产品(FDP)。此外，生物样品还可以包括在给予经配制的药物产品之后衍生自受试者的样品。实施例1-3中任何一个或多个的测定用于在产品制造过程的各个阶段中检测包含经转导细胞的样品中的RCR。
实施例6：检测加标有模式病毒的T细胞中的有复制能力的病毒
实施例1、2和4中所述的基于RT-PCR的方法用于检测GaLV病毒RNA在从T细胞样品获得的测试样品中的存在或不存在，所述T细胞样品加标有不同数量的感染单位的复制型野生型GaLV并经受了体外过程。从来自三个不同人类受试者的人外周血单个核细胞(PBMC)的白细胞单采术通过基于免疫亲和力的富集来分离CD3+ T细胞。然后冷冻保存来自每个受试者的所分离的T细胞。
在涉及CD3+ T细胞的培养和扩增的离体过程期间，进行了初始研究，以评估不同已知低量的加标有复制能力的逆转录病毒的复制程度或不存在。将所分离的T细胞解冻，用抗CD3/抗CD28珠激活，通过以0、10、100或1000个感染单位(IU)添加野生型GaLV复制型病毒来加标，并且37℃下扩增10天。作为阳性对照，平行培养含有允许HEK293细胞的样品，已经向所述细胞中加标了相同IU的病毒。
在初始实验中，在培养开始后第4天和第10天收集上清液，并且根据标准技术使用PG4 S+L指示细胞系评估病毒滴度。对于测试样品，仅当将最高量(IU)的病毒(1000个感染单位(IU))加标到培养物中时，才在第10天观察到复制型病毒，如通过标准PG4 S+L指示细胞系噬斑测定所检测到的。在允许HEK293细胞已经加标有相同病毒量的对照样品中，针对每个加标量，观察到在上清液中检测到复制型病毒，使用PG4 S+L指示细胞系噬斑测定进行确定，从而进一步确认了测定检测在添加每个量的病毒后的病毒复制的能力。
在进行的研究中使用了相似的条件，以确认示例性的所提供的基于RT-PCR的RCR测定在离体T细胞培养过程中检测样品中的低水平复制型病毒的能力。如上所述，将所分离的T细胞解冻并用抗CD3/抗CD28珠激活，并且不加标有或加标有不同量的野生型GaLV复制型病毒，不同之处在于在过程期间，使用编码基因产物的GaLV假型病毒载体颗粒(载体)用异源基因产物转导了一些样品的细胞。将细胞在37℃下培养10天的时间。在第4天、第7天和第10天收集来自经扩增培养物的上清液，并且如上所述使用PG4 S+L指示细胞系评估病毒滴度。另外，在第4天、第7天和第10天从经扩增的T细胞中收获RNA，并且使用示例性RT-PCR测定基本上如实施例2中针对编码env的GaLV病毒RNA所述来评估指示病毒型复制的病毒RNA的存在。在RT-PCR测定中，通过从测定RNA阳性对照的CT值中减去单个RNA样品的GaLV CT值来计算ΔCT值而对测定结果进行归一化。作为比较，通过如下方式进行RCR共培养测定：在第4天、第7天和第10天收获T细胞并将T细胞与HEK293允许细胞系共培养一个扩增期，之后使用PG4 S+L指示细胞系检测病毒在经共培养的细胞的上清液中的存在或不存在。
研究证明，测定可以检测低水平的复制型病毒，包括以与标准共培养噬斑测定相比相同或更高的灵敏度。每种条件的三个不同运行的结果列于表6中。包括PG4S+L收获物滴度以强调PG4 S+L-指示细胞系仅能够检测在加标有高水平的GaLV病毒(1000IU)的一些未经扩增的样品中的RCR。如所示，使用示例性的所提供的RT-PCR测定和共培养方法两者，在培养开始后7天和10天收集的样品中，可以在加标有复制能力的GaLV病毒后的样品中检测到复制型加标病毒的存在。在第4天收集的样品中，即使在使用共培养测定未检测到这样的复制的情况下，也可以使用RT-PCR方法检测到这样的复制型病毒的证据(在已经加标有有复制能力的GaLV的样品中)。
表6：对应样品的RCR共培养测定结果与RT-PCR结果的比较
TNTC＝数不胜数
如表6所示，将RCR共培养测定和RT-PCR测定的结果对齐，除了遮阴影的四个运行。RT-PCR测定在运行之一中在第4天在加标有10IU的GaLV病毒的样品中检测到GaLV病毒RNA，但是在第7天和第10天未检测到，而这些样品的RCR共培养测定在任何时间点都未检测到GaLV RNA。不希望受到理论的束缚，可能的是第4天的阳性结果反映出检测到未复制的低水平RCR或来自病毒加标物中的残留RNA。还可能的是第7天和第10天的阴性结果反映了RCR或病毒RNA的稀释度低于在细胞培养物的培养基给料期间发生的RT-PCR测定的检测阈值。
对于加标有10IU的GaLV病毒的用编码病毒载体(载体)的基因转导的样品，RT-PCR和RCR共培养测定也产生了不同的结果。RT-PCR测定在第4天和第7天呈阳性，但是在第10天不是，而RCR共培养测定转换(transition)仅在第7天呈阳性。不希望受到理论的束缚，可能的是这些结果反映了在样品中最初存在RCR，其到第10天并未充分地复制以被检测到。此外，可能的是RCR共培养测定在第4天和第7天的不一致结果指示病毒接近测定的检测极限。这些结果支持GaLV RT-PCR测定的灵敏度的发现。
在加标有100IU的GaLV病毒并用病毒基因载体转导的样品中观察到相似的结果。RT-PCR和RCR共培养测定两者都在第4天检测到病毒，但是只有GaLV RT-PCR测定在第7天检测到GaLV RNA。在第10天，两种测定均未检测到GaLV RNA。与加标有10IU的GaLV病毒并转导的样品一样，可能的是初始水平的GaLV病毒并未充分地复制以避免因细胞培养物扩增而稀释。在第7天检测到GaLV RNA支持RT-PCR测定的灵敏度提高。
结果证明了RT-PCR方法检测存在于经受离体培养的T细胞样品中的有复制能力的逆转录病毒的存在的能力，以与标准共培养测定相比相同或更高的灵敏度。与涉及多周扩增以检测GaLV病毒的共培养测定相比，GaLV RT-PCR测定能够检测直接来自细胞组合物样品的样品中的RCR。
实施例7：评估指示病毒RNA靶标(如VSV-G和/或rev)的参数的水平的示例性测定
如表7所示设计了针对VSV-G假型有复制能力的慢病毒(RCL)中存在的VSV-G和rev以及针对β-肌动蛋白(ACTB)对照的引物和标记的探针。将探针用FAM或HEX-染料标记进行标记，并且用Iowa black非荧光淬灭剂进行淬灭。
表7：示例性的VSV-G、rev和肌动蛋白引物和探针序列
| 引物 | DNA序列 | SEQ ID NO |
| VSV-G正向引物 | ATTGCCCGTCAAGCTCAGAT | 35 |
| VSV-G反向引物 | GTGACTCTTGGGCATTTTGACTT | 36 |
| VSV-G探针 | TGGCATAATGACTTAATAGGCACAGCCTTA | 37 |
| rev正向引物 | AGCGACGAAGACCTCCTCAAG | 38 |
| rev反向引物 | CTCTCCACCTTCTTCTTCTATTCCTTC | 39 |
| rev探针 | CAAGTTTCTCTATCAAAGCAACCCACCTCC | 40 |
| ACTB正向引物 | GCGAGAAGATGACCCAGATCA | 41 |
| ACTB反向引物 | CCAGTGGTACGGCCAGAGG | 2 |
| ACTB探针 | CCAGCCATGTACGTTGCTATCCAGGC | 7 |
对含有pol基因、rev基因和VSV-G基因的载体产生质粒进行的RT-PCR运行验证到，引物和探针可以选择性地结合并检测靶基因。还评价了对从表达靶RNA的示例性细胞系中提取的RNA进行的RT-PCR，并且使用上述引物和探针确认了靶基因的检测。
将表7中所述的引物和探针用于对含有通过用表达VSV-G的慢病毒进行转导而引入的异源核酸的细胞组合物进行的RT-PCR测定。进行RT-PCR测定以评估是否存在编码病毒RNA的VSV-G和rev之一或两者。
从细胞组合物中提取RNA，将其转化为互补DNA(cDNA)，并且通过常规技术进行扩增。在示例性方法中，用Qiagen RNeasy-Plus Mini试剂盒提取RNA。用表4中显示的VSV-G和/或rev和ACTB的引物和探针进行多重RT-PCR反应。将来自每个样品的所分离的RNA与表7中显示的VSV-G和/或rev和ACTB的正向和反向引物以及水解探针混合，并且添加用于进行RT-PCR的组分。在示例性方法中，用于进行RT-PCR的组分由RNA UltraSense一步定量RT-PCR酶混合物和RNA UltraSense一步定量RT-PCR 5X反应混合物(ThermoFisherScientific)提供。在一些情况下，在相同的PCR孔中多重地运行VSV-G和rev的PCR反应。包含用于检测ACTB的引物用作对照，以确认存在RNA并验证RNA质量。在测定中使用各种对照，如基于质粒的标准曲线(对于VSV-G和/或rev)、基于细胞培养的RNA对照(对于VSV-G和/或rev和ACTB)、无模板对照和无逆转录酶对照反应。RT-PCR反应的结果指示在细胞组合物中是否存在可检测水平的VSV-G和/或rev。
实施例8：RT-PCR反应对病毒VSV-G和rev
RNA的灵敏度
在加标有RCL阳性RNA的靶标阴性RNA样品中测试了实施例7中所述的RT-PCR反应的灵敏度。含有5,000ng、2,000ng或300ng的RCL阴性RNA(Jurkat RNA，Life Technologies)的样品加标有RCL阳性RNA，至按体积的比率为1％、0.1％、0.01％、0.001％和0.0001％RCL阳性RNA。如实施例7中提供的示例性方法中所述，用表7中所示的引物和探针进行单重RT-PCR反应。对于对照，在不存在RCL阴性RNA的情况下测试RCL阳性RNA。从慢病毒质粒DNA生成VSV-G和rev的标准曲线。未生成肌动蛋白B的标准曲线。
检测到对VSV-G具特异性的RNA，直到在测试的所有总RNA量中检测到0.0001％RCLRNA，这与在存在非特异RNA的情况下的功能性RT-PCR反应一致。与仅RCL RNA的对照相比，在存在RCL阴性RNA的情况下观察到rev RT-PCR反应的抑制。在所有样品中均检测到肌动蛋白B RNA。
实施例9：评估指示病毒RNA靶标VSV-G和pol的参数的水平的测定
如表8所示设计了针对VSV-G假型有复制能力的慢病毒(RCL)中存在的pol的正向和反向引物以及探针。将探针用FAM-染料标记进行标记并用Iowa black非荧光淬灭剂进行淬灭，并且对载体产生质粒进行的RT-PCR运行验证到，引物和探针可以选择性地结合并检测pol。
表8：Pol引物和探针序列
| 引物 | DNA序列 | SEQ ID NO |
| pol正向引物 | GGCAGCCAATAGGGAAACTAAATTA | 42 |
| pol反向引物 | CGAATCCTGCAAAGCTAGATGA | 43 |
| pol探针 | TCCCCCTAACGGACACAACAAATCAGAA | 44 |
从含有通过用表达VSV-G的慢病毒进行转导而引入的异源核酸的细胞组合物中分离RNA，并且用RT-PCR测定进行评估，以检测有复制能力的慢病毒VSV-G和pol基因的存在。如实施例7中提供的示例性方法所述，从细胞组合物中分离RNA，转化为cDNA并进行扩增。使用表7中所示的针对VSV-G和肌动蛋白B的引物和探针以及表8中所示的针对pol的引物和探针。在单重反应中进行测试。
包含用于检测ACTB的引物用作对照，以确认存在RNA并验证RNA质量。在测定中使用各种对照，如基于质粒的标准曲线(对于VSV-G和/或pol)、基于细胞培养的RNA对照(对于VSV-G和/或pol和ACTB)、无模板对照和无逆转录酶对照反应。RT-PCR反应的结果指示在细胞组合物中是否存在可检测水平的VSV-G和/或pol。在一些情况下，将阳性RCL结果(例如，检测到VSV-G和/或pol RNA)与无逆转录酶对照反应进行比较，例如以确认阳性RCL结果不是由于来自载体产生过程的残留DNA。在一些情况下，进行用对质粒特异性序列具特异性的引物进行的测定，例如以确认阳性RCL结果不是由于来自载体产生过程的残留RNA。
实施例10：评估指示病毒DNA靶标VSV-G和pol的参数的水平的测定
用定量PCR(qPCR)反应评估了表9中所示的针对VSV-G假型有复制能力的慢病毒(RCL)中存在的pol和VSV-G的正向和反向引物以及探针的不同组合，以验证引物和探针可以选择性地结合并检测靶基因。
用qPCR测定评估了从含有通过用表达VSV-G的慢病毒进行转导而引入的异源核酸的细胞组合物中提取的DNA，以检测有复制能力的慢病毒基因VSV-G和pol的存在。通过常规技术从细胞组合物中提取细胞DNA。稀释DNA样品，以提供2000、1000、500和200ng的DNA/50μl的PCR反应。将来自细胞组合物的DNA与用于进行qPCR的标准组分(如可在TaqManUniversal Master Mix II(Fisher Scientific)中获得)以及表9中所示的正向和反向引物的不同组合混合。VSV-G引物的组合包括正向和反向引物I、正向和反向引物II以及正向和反向引物III，它们分别产生80bp的扩增子、183bp的扩增子或304bp的扩增子。pol引物的组合包括正向引物I和反向引物I、正向引物II和反向引物I以及正向引物II和反向引物II，从而分别产生136bp、187bp和285bp的扩增子。将探针用FAM-染料标记进行标记，并且用Iowa black非荧光淬灭剂进行淬灭。生成VSV-G和pol的基于慢病毒质粒的标准曲线。
表9：示例性的VSV-G、rev和肌动蛋白引物和探针序列
| 引物 | DNA序列 | SEQ ID NO |
| VSV-G正向引物I | ATTGCCCGTCAAGCTCAGAT | 35 |
| VSV-G正向引物II | AGTTCACCATAGTTTTTCCACACAAC | 50 |
| VSV-G正向引物III | CCTTTTGTACTTAGCCTTTTTATTCATTG | 51 |
| VSV-G反向引物I | GTGACTCTTGGGCATTTTGACTT | 36 |
| VSV-G反向引物II | AAGCATGACACATCCAACCGT | 52 |
| VSV-G反向引物III | CAGATGGAGTGAAGGATCGGAT | 53 |
| VSV-G探针 | TGGCATAATGACTTAATAGGCACAGCCTTA | 37 |
| pol正向引物I | GGCAGCCAATAGGGAAACTAAATTA | 42 |
| pol正向引物II | CCAGTTAGAGAAAGAACCCATAATAGG | 46 |
| pol反向引物I | CGAATCCTGCAAAGCTAGATGA | 43 |
| pol反向引物II | CTCTTATCTGGTTGTGCTTGAATGA | 47 |
| pol探针 | TCCCCCTAACGGACACAACAAATCAGAA | 44 |
在一些情况下，包含用于检测白蛋白(ALB)的引物用作对照，以确认存在DNA并验证DNA质量。在测定中使用各种对照，如基于质粒的标准曲线(对于VSV-G和/或pol)、基于细胞培养的DNA对照(对于VSV-G和/或pol)和无模板对照反应。对照还可以包括VSV-G/Rev/Pol阴性对照(仅具有ALB检测)、低质粒对照(例如，5或15个拷贝/反应)和在靶标阴性DNA中稀释的低水平的细胞系DNA。qPCR反应的结果指示在细胞组合物中是否存在可检测水平的VSV-G和/或pol DNA。在一些情况下，将阳性RCL结果(例如，VSV-G和/或pol DNA的检测)与用对质粒特异性序列具特异性的引物进行的测定结果进行比较，例如以确认阳性RCL结果不是由于来自载体产生过程的残留病毒DNA。
实施例11：评估指示残留产生质粒的参数的水平的示例性测定。
RT-PCR测定被设计用于检测残留的病毒产生质粒，如与在用VSV-G假型慢病毒转导细胞后测定细胞组合物的残留病毒产生质粒的存在、不存在、水平或量结合。测定可以用于区分实际有复制能力的慢病毒(RCL)事件与残留质粒的存在。在示例性测定中，将如实施例6中所述从细胞组合物中分离的RNA另外与用于进行RT-PCR的引物和探针混合，以评估存在于细胞组合物中的残留病毒产生质粒的存在、不存在、水平或量。
在一种测定中，将表7中所述的反向引物和探针与对紧邻仅在质粒DNA上的VSV-G和/或rev的5'的区域具特异性的替代正向引物一起使用。将用于检测残留的携带VSV-G的质粒的示例性正向引物示为CTACAGCTCCTGGGCAACGT(SEQ ID NO:64)。
第二种RT-PCR测定被设计用于检测存在于含有AMP的任何质粒上的氨苄青霉素抗性(AMP)基因序列，包括在病毒产生质粒中使用的那些。用于RT-PCR测定的示例性引物和探针显示在表10中。
表10：示例性的AMP引物和探针序列
| 引物 | DNA序列 | SEQ ID NO |
| AMP基因1正向引物 | GCACCTATCTCAGCGATCTGTCTA | 57 |
| AMP基因1反向引物 | CTCGCGGTATCATTGCAGC | 58 |
| AMP基因1探针 | ACGATACGGGAGGGCT | 59 |
| AMP基因2正向引物 | GAGAATAGTGTATGCGGCGACC | 60 |
| AMP基因2反向引物 | TGTGGCGCGGTATTATCCC | 61 |
| AMP基因2探针 | AGTTGCTCTTGCCCGGC | 62 |
本发明在范围上并不旨在限于具体公开的实施方案，提供具体公开的实施方案例如是为了说明本发明的各个方面。根据本文的描述和传授，对所描述的组合物和方法的各种修改将变得清楚。可以在不背离本公开文本的真实范围和精神的情况下实践此类变化，并且此类变化旨在落入本公开文本的范围内。
序列
序列表
<110> 朱诺治疗学股份有限公司
R·贝瑞
E·韦伯
<120> 评估存在或不存在有复制能力的病毒的方法和试剂
<130> 735042016040
<140> 尚未分配
<141> 同时随同提交
<150> 62/624,801
<151> 2018-01-31
<160> 65
<170> 用于Windows版本4.0的FastSEQ
<210> 1
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 肌动蛋白正向引物
<400> 1
gcgagaagat gacccagatc 20
<210> 2
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 肌动蛋白反向引物
<400> 2
ccagtggtac ggccagagg 19
<210> 3
<211> 26
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> VIC标记的肌动蛋白探针
<400> 3
ccagccatgt acgttgctat ccaggc 26
<210> 4
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> GaLV env正向引物
<400> 4
tctgggatac aaaggcagtc ca 22
<210> 5
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> GaLV env反向引物
<400> 5
gccaaggcac atacatcagg tt 22
<210> 6
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> FAM标记的GaLV env探针
<400> 6
cccttggact tggtggccca cact 24
<210> 7
<211> 26
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> β肌动蛋白探针
<400> 7
ccagccatgt acgttgctat ccaggc 26
<210> 8
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 肌动蛋白反向引物
<400> 8
ccagtggtac ggccagacc 19
<210> 9
<211> 26
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> Vic标记的肌动蛋白水解探针
<400> 9
ccagccatgt acgttgctat ccaggc 26
<210> 10
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 肌动蛋白正向引物
<400> 10
aaggccaacc gcgagaag 18
<210> 11
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 肌动蛋白反向引物
<400> 11
acagcctgga tagcaacgta ca 22
<210> 12
<211> 17
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> HEX标记的肌动蛋白水解探针
<400> 12
tgacccagat catgttt 17
<210> 13
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 肌动蛋白正向引物
<400> 13
ttctacaatg agctgcgtg 19
<210> 14
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 肌动蛋白反向引物
<400> 14
cctggatagc aacgtacatg g 21
<210> 15
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> HEX标记的肌动蛋白水解探针
<400> 15
ctgaacccca aggccaaccg 20
<210> 16
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> MMLV gag正向引物
<400> 16
actccactac ctcgcaggca t 21
<210> 17
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> MMLV gag反向引物
<400> 17
agaggagaac ggccagtatt g 21
<210> 18
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> Fam标记的MMLV gag水解探针
<400> 18
ccgcgcagga ggaaacggac a 21
<210> 19
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> MMLV gag正向引物
<400> 19
ctccttctct aggcgccaaa 20
<210> 20
<211> 15
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> MMLV gag反向引物
<400> 20
gcggcccccc actgt 15
<210> 21
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> Fam标记的MMLV gag水解探针
<400> 21
ctaaacctca agttctttc 19
<210> 22
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> MMLV gag正向引物
<400> 22
ggacagaaac aggatagaca gg 22
<210> 23
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> MMLV gag反向引物
<400> 23
tcgtggtttc ttgggacaat c 21
<210> 24
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> Fam标记的MMLV gag水解探针
<400> 24
ccagtgcccc ttttctttgc agt 23
<210> 25
<211> 2058
<212> DNA
<213> 长臂猿白血病病毒
<220>
<223> GaLV env
<300>
<308> NC_001885.2
<309> 2007-05-24
<400> 25
atggtattgc tgcctgggtc catgcttctc acctcaaacc tgcaccacct tcggcaccag 60
atgagtcctg ggagctggaa aagactgatc atcctcttaa gctgcgtatt cggcggcggc 120
gggacgagtc tgcaaaataa gaacccccac cagcccatga ccctcacttg gcaggtactg 180
tcccaaactg gagacgttgt ctgggataca aaggcagtcc agcccccttg gacttggtgg 240
cccacactta aacctgatgt atgtgccttg gcggctagtc ttgagtcctg ggatatcccg 300
ggaaccgatg tctcgtcctc taaacgagtc agacctccgg actcagacta tactgccgct 360
tataagcaaa tcacctgggg agccataggg tgcagctacc ctcgggctag gactagaatg 420
gcaagctcta ccttctacgt atgtccccgg gatggccgga ccctttcaga agctagaagg 480
tgcggggggc tagaatccct atactgtaaa gaatgggatt gtgagaccac ggggaccggt 540
tattggctat ctaaatcctc aaaagacctc ataactgtaa aatgggacca aaatagcgaa 600
tggactcaaa aatttcaaca gtgtcaccag accggctggt gtaaccccct taaaatagat 660
ttcacagaca aaggaaaatt atccaaggac tggataacgg gaaaaacctg gggattaaga 720
ttctatgtgt ctggacatcc aggcgtacag ttcaccattc gcttaaaaat caccaacatg 780
ccagctgtgg cagtaggtcc tgacctcgtc cttgtggaac aaggacctcc tagaacgtcc 840
ctcgctctcc cacctcctct tcccccaagg gaagcgccac cgccatctct ccccgactct 900
aactccacag ccctggcgac tagtgcacaa actcccacgg tgagaaaaac aattgttacc 960
ctaaacactc cgcctcccac cacaggcgac agactttttg atcttgtgca gggggccttc 1020
ctaaccttaa atgctaccaa cccaggggcc actgagtctt gctggctttg tttggccatg 1080
ggcccccctt attatgaagc aatagcctca tcaggagagg tcgcctactc caccgacctt 1140
gaccggtgcc gctgggggac ccaaggaaag ctcaccctca ctgaggtctc aggacacggg 1200
ttgtgcatag gaaaggtgcc ctttacccat cagcatctct gcaatcagac cctatccatc 1260
aattcctccg gagaccatca gtatctgctc ccctccaacc atagctggtg ggcttgcagc 1320
actggcctca ccccttgcct ctccacctca gtttttaatc agactagaga tttctgtatc 1380
caggtccagc tgattcctcg catctattac tatcctgaag aagttttgtt acaggcctat 1440
gacaattctc accccaggac taaaagagag gctgtctcac ttaccctagc tgttttactg 1500
gggttgggaa tcacggcggg aataggtact ggttcaactg ccttaattaa aggacctata 1560
gacctccagc aaggcctgac aagcctccag atcgccatag atgctgacct ccgggccctc 1620
caagactcag tcagcaagtt agaggactca ctgacttccc tgtccgaggt agtgctccaa 1680
aataggagag gccttgactt gctgtttcta aaagaaggtg gcctctgtgc ggccctaaag 1740
gaagagtgct gtttttacat agaccactca ggtgcagtac gggactccat gaaaaaactc 1800
aaagaaaaac tggataaaag acagttagag cgccagaaaa gccaaaactg gtatgaagga 1860
tggttcaata actccccttg gttcactacc ctgctatcaa ccatcgctgg gcccctatta 1920
ctcctccttc tgttgctcat cctcgggcca tgcatcatca ataagttagt tcaattcatc 1980
aatgatagga taagtgcagt taaaattctg gtccttagac agaaatatca ggccctagag 2040
aacgaaggta acctttaa 2058
<210> 26
<211> 1665
<212> DNA
<213> 水疱性口炎病毒
<220>
<223> VSVG env
<300>
<308> gi:9627229:3
<309> 2005-12-05
<400> 26
aacagagatc gatctgtttc cttgacacta tgaagtgcct tttgtactta gcctttttat 60
tcattggggt gaattgcaag ttcaccatag tttttccaca caaccaaaaa ggaaactgga 120
aaaatgttcc ttctaattac cattattgcc cgtcaagctc agatttaaat tggcataatg 180
acttaatagg cacagccata caagtcaaaa tgcccaagag tcacaaggct attcaagcag 240
acggttggat gtgtcatgct tccaaatggg tcactacttg tgatttccgc tggtatggac 300
cgaagtatat aacacagtcc atccgatcct tcactccatc tgtagaacaa tgcaaggaaa 360
gcattgaaca aacgaaacaa ggaacttggc tgaatccagg cttccctcct caaagttgtg 420
gatatgcaac tgtgacggat gccgaagcag tgattgtcca ggtgactcct caccatgtgc 480
tggttgatga atacacagga gaatgggttg attcacagtt catcaacgga aaatgcagca 540
attacatatg ccccactgtc cataactcta caacctggca ttctgactat aaggtcaaag 600
ggctatgtga ttctaacctc atttccatgg acatcacctt cttctcagag gacggagagc 660
tatcatccct gggaaaggag ggcacagggt tcagaagtaa ctactttgct tatgaaactg 720
gaggcaaggc ctgcaaaatg caatactgca agcattgggg agtcagactc ccatcaggtg 780
tctggttcga gatggctgat aaggatctct ttgctgcagc cagattccct gaatgcccag 840
aagggtcaag tatctctgct ccatctcaga cctcagtgga tgtaagtcta attcaggacg 900
ttgagaggat cttggattat tccctctgcc aagaaacctg gagcaaaatc agagcgggtc 960
ttccaatctc tccagtggat ctcagctatc ttgctcctaa aaacccagga accggtcctg 1020
ctttcaccat aatcaatggt accctaaaat actttgagac cagatacatc agagtcgata 1080
ttgctgctcc aatcctctca agaatggtcg gaatgatcag tggaactacc acagaaaggg 1140
aactgtggga tgactgggca ccatatgaag acgtggaaat tggacccaat ggagttctga 1200
ggaccagttc aggatataag tttcctttat acatgattgg acatggtatg ttggactccg 1260
atcttcatct tagctcaaag gctcaggtgt tcgaacatcc tcacattcaa gacgctgctt 1320
cgcaacttcc tgatgatgag agtttatttt ttggtgatac tgggctatcc aaaaatccaa 1380
tcgagcttgt agaaggttgg ttcagtagtt ggaaaagctc tattgcctct tttttcttta 1440
tcatagggtt aatcattgga ctattcttgg ttctccgagt tggtatccat ctttgcatta 1500
aattaaagca caccaagaaa agacagattt atacagacat agagatgaac cgacttggaa 1560
agtaactcaa atcctgcaca acagattctt catgtttgga ccaaatcaac ttgtgatacc 1620
atgctcaaag aggcctcaat tatatttgag tttttaattt ttatg 1665
<210> 27
<211> 1617
<212> DNA
<213> 莫洛尼鼠白血病病毒
<220>
<223> MMLV gag
<300>
<308> NC_001501.1
<309> 2000-08-01
<400> 27
atgggccaga ctgttaccac tcccttaagt ttgaccttag gtcactggaa agatgtcgag 60
cggatcgctc acaaccagtc ggtagatgtc aagaagagac gttgggttac cttctgctct 120
gcagaatggc caacctttaa cgtcggatgg ccgcgagacg gcacctttaa ccgagacctc 180
atcacccagg ttaagatcaa ggtcttttca cctggcccgc atggacaccc agaccaggtc 240
ccctacatcg tgacctggga agccttggct tttgaccccc ctccctgggt caagcccttt 300
gtacacccta agcctccgcc tcctcttcct ccatccgccc cgtctctccc ccttgaacct 360
cctcgttcga ccccgcctcg atcctccctt tatccagccc tcactccttc tctaggcgcc 420
aaacctaaac ctcaagttct ttctgacagt ggggggccgc tcatcgacct acttacagaa 480
gaccccccgc cttataggga cccaagacca cccccttccg acagggacgg aaatggtgga 540
gaagcgaccc ctgcgggaga ggcaccggac ccctccccaa tggcatctcg cctacgtggg 600
agacgggagc cccctgtggc cgactccact acctcgcagg cattccccct ccgcgcagga 660
ggaaacggac agcttcaata ctggccgttc tcctcttctg acctttacaa ctggaaaaat 720
aataaccctt ctttttctga agatccaggt aaactgacag ctctgatcga gtctgttctc 780
atcacccatc agcccacctg ggacgactgt cagcagctgt tggggactct gctgaccgga 840
gaagaaaaac aacgggtgct cttagaggct agaaaggcgg tgcggggcga tgatgggcgc 900
cccactcaac tgcccaatga agtcgatgcc gcttttcccc tcgagcgccc agactgggat 960
tacaccaccc aggcaggtag gaaccaccta gtccactatc gccagttgct cctagcgggt 1020
ctccaaaacg cgggcagaag ccccaccaat ttggccaagg taaaaggaat aacacaaggg 1080
cccaatgagt ctccctcggc cttcctagag agacttaagg aagcctatcg caggtacact 1140
ccttatgacc ctgaggaccc agggcaagaa actaatgtgt ctatgtcttt catttggcag 1200
tctgccccag acattgggag aaagttagag aggttagaag atttaaaaaa caagacgctt 1260
ggagatttgg ttagagaggc agaaaagatc tttaataaac gagaaacccc ggaagaaaga 1320
gaggaacgta tcaggagaga aacagaggaa aaagaagaac gccgtaggac agaggatgag 1380
cagaaagaga aagaaagaga tcgtaggaga catagagaga tgagcaagct attggccact 1440
gtcgttagtg gacagaaaca ggatagacag ggaggagaac gaaggaggtc ccaactcgat 1500
cgcgaccagt gtgcctactg caaagaaaag gggcactggg ctaaagattg tcccaagaaa 1560
ccacgaggac ctcggggacc aagaccccag acctccctcc tgaccctaga tgactag 1617
<210> 28
<211> 3454
<212> DNA
<213> 智人（Homo sapiens）
<220>
<223> β肌动蛋白
<400> 28
accgccgaga ccgcgtccgc cccgcgagca cagagcctcg cctttgccga tccgccgccc 60
gtccacaccc gccgccaggt aagcccggcc agccgaccgg ggcaggcggc tcacggcccg 120
gccgcaggcg gccgcggccc cttcgcccgt gcagagccgc cgtctgggcc gcagcggggg 180
gcgcatgggg ggggaaccgg accgccgtgg ggggcgcggg agaagcccct gggcctccgg 240
agatggggga caccccacgc cagttcggag gcgcgaggcc gcgctcggga ggcgcgctcc 300
gggggtgccg ctctcggggc gggggcaacc ggcggggtct ttgtctgagc cgggctcttg 360
ccaatgggga tcgcagggtg ggcgcggcgg agcccccgcc aggcccggtg ggggctgggg 420
cgccattgcg cgtgcgcgct ggtcctttgg gcgctaactg cgtgcgcgct gggaattggc 480
gctaattgcg cgtgcgcgct gggactcaag gcgctaactg cgcgtgcgtt ctggggcccg 540
gggtgccgcg gcctgggctg gggcgaaggc gggctcggcc ggaaggggtg gggtcgccgc 600
ggctcccggg cgcttgcgcg cacttcctgc ccgagccgct ggccgcccga gggtgtggcc 660
gctgcgtgcg cgcgcgccga cccggcgctg tttgaaccgg gcggaggcgg ggctggcgcc 720
cggttgggag ggggttgggg cctggcttcc tgccgcgcgc cgcggggacg cctccgacca 780
gtgtttgcct tttatggtaa taacgcggcc ggcccggctt cctttgtccc caatctgggc 840
gcgcgccggc gccccctggc ggcctaagga ctcggcgcgc cggaagtggc cagggcgggg 900
gcgacctcgg ctcacagcgc gcccggctat tctcgcagct caccatggat gatgatatcg 960
ccgcgctcgt cgtcgacaac ggctccggca tgtgcaaggc cggcttcgcg ggcgacgatg 1020
ccccccgggc cgtcttcccc tccatcgtgg ggcgccccag gcaccaggta ggggagctgg 1080
ctgggtgggg cagccccggg agcgggcggg aggcaagggc gctttctctg cacaggagcc 1140
tcccggtttc cggggtgggg gctgcgcccg tgctcagggc ttcttgtcct ttccttccca 1200
gggcgtgatg gtgggcatgg gtcagaagga ttcctatgtg ggcgacgagg cccagagcaa 1260
gagaggcatc ctcaccctga agtaccccat cgagcacggc atcgtcacca actgggacga 1320
catggagaaa atctggcacc acaccttcta caatgagctg cgtgtggctc ccgaggagca 1380
ccccgtgctg ctgaccgagg cccccctgaa ccccaaggcc aaccgcgaga agatgaccca 1440
ggtgagtggc ccgctacctc ttctggtggc cgcctccctc cttcctggcc tcccggagct 1500
gcgccctttc tcactggttc tctcttctgc cgttttccgt aggactctct tctctgacct 1560
gagtctcctt tggaactctg caggttctat ttgctttttc ccagatgagc tctttttctg 1620
gtgtttgtct ctctgactag gtgtctaaga cagtgttgtg ggtgtaggta ctaacactgg 1680
ctcgtgtgac aaggccatga ggctggtgta aagcggcctt ggagtgtgta ttaagtaggt 1740
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<213> 鼠白血病病毒
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<223> MLV pol
<300>
<308> NC_001501.1
<309> 2000-08-01
<400> 29
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actgcctact tcttgctgaa gctggccggc aggtggcccg taaagaccat ccacaccgat 2220
aacgggtcta actttacatc cgccaccgtg aaagctgctt gctggtgggc aggcattaaa 2280
caagagttcg gcatccctta taaccctcag tcccagggcg tggtggagag catgaacaag 2340
gagctgaaaa agatcatcgg ccaagtgcgg gaccaagccg agcacttgaa aaccgccgtg 2400
cagatggccg tgtttattca taacttcaag cggaagggcg gcatcggcgg ctattccgcc 2460
ggtgagcgga tcgtggatat catcgccacc gatatccaga ccaaggagct gcagaagcag 2520
atcaccaaga tccagaactt cagagtgtac tatcgcgatt ctcggaaccc cttgtggaag 2580
gggccagcca aattgttgtg gaagggggag ggcgccgtgg tgatccagga caactccgat 2640
atcaaggtgg tcccgcggag gaaggccaaa attatccgcg actacggcaa gcaaatggcc 2700
ggcgacgact gcgtcgcctc ccggcaagac gaggactga 2739
<210> 33
<211> 1095
<212> DNA
<213> 人免疫缺陷病毒
<220>
<223> HIV Rev
<400> 33
gtcgagggat ctccataaga gaagagggac agctatgact gggagtagtc aggagaggag 60
gaaaaatctg gctagtaaaa catgtaagga aaattttagg gatgttaaag aaaaaaataa 120
cacaaaacaa aatataaaaa aaatctaacc tcaagtcaag gcttttctat ggaataagga 180
atggacagca gggggctgtt tcatatactg atgacctctt tatagccaac ctttgttcat 240
ggcagccagc atatgggcat atgttgccaa actctaaacc aaatactcat tctgatgttt 300
taaatgattt gccctcccat atgtccttcc gagtgagaga cacaaaaaat tccaacacac 360
tattgcaatg aaaataaatt tcctttatta gccagaagtc agatgctcaa ggggcttcat 420
gatgtcccca taatttttgg cagagggaaa aagatctgct agctatagtt ctagaggtac 480
cggttgtttc gagcttatag caaaatcctt tccaagccct gtcttattct tctaggtatg 540
tggcgaatag ctctacaagc tccttgtact acttctataa ccctatctgt cccctcagct 600
actgctatgg ctgtggcatt gagcaagcta acagcactat tctttagctc ctgactccaa 660
tattgtagga gattccacca atatttgagg gcttcccacc ccctgcgtcc cagaagttcc 720
acaatcctcg ttacaatcaa gagtaagtct ctcaagcggt ggtagctgaa gaggcacagg 780
ctccgcagat cgtcccagat aagtgccaag gatccgttca ctaatcgaat ggatctgtct 840
ctgtctctct ctccaccttc ttcttctatt ccttcgggcc tgtcgggtcc cctcggggtt 900
gggaggtggg tctgaaacga taatggtgaa tatccctgcc taactctatt cactatagaa 960
agtacagcaa aaactattct taaacctacc aagcctccta ctatcattat gaataatttt 1020
atataccaca gccaatttgt tatgttaaac caattccaca aacttgccca tttatctaat 1080
tccaataatt cttgt 1095
<210> 34
<211> 5066
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> pActin-GaLV
<400> 34
tcgcgcgttt cggtgatgac ggtgaaaacc tctgacacat gcagctcccg gagacggtca 60
cagcttgtct gtaagcggat gccgggagca gacaagcccg tcagggcgcg tcagcgggtg 120
ttggcgggtg tcggggctgg cttaactatg cggcatcaga gcagattgta ctgagagtgc 180
accaaatgcg gtgtgaaata ccgcacagat gcgtaaggag aaaataccgc atcaggcgcc 240
attcgccatt caggctgcgc aactgttggg aagggcgatc ggtgcgggcc tcatcgctat 300
tacgccagct ggcgaaaggg ggatgtgctg caaggcgatt aagttgggta acgccagggt 360
tttcccagtc acgacgttgt aaaacgacgg ccagtgcaac gcgatgacga tggatagcga 420
ttcatcgatg agctgacccg atcgccgccg ccggagggtt gcgtttgaga cgggcgacag 480
atgaattcct tctacaatga gctgcgtgtg gctcccgagg agcaccccgt gctgctgacc 540
gaggcccccc tgaaccccaa ggccaaccgc gagaagatga cccagatcat gtttgagacc 600
ttcaacaccc cagccatgta cgttgctatc caggctgtgc tatccctgta cgcctctggc 660
cgtaccactg gcatcgtgat ggactccggt gacggggtca cccacactgt gcccatctgt 720
cgacgcggcc gcatggtatt gctgcctggg tccatgcttc tcacctcaaa cctgcaccac 780
cttcggcacc agatgagtcc tgggagctgg aaaagactga tcatcctctt aagctgcgta 840
ttcggcggcg gcgggacgag tctgcaaaat aagaaccccc accagcccat gaccctcact 900
tggcaggtac tgtcccaaac tggagacgtt gtctgggata caaaggcagt ccagccccct 960
tggacttggt ggcccacact taaacctgat gtatgtgcct tggcggctag tcttgagtcc 1020
tgggatatcc cgggaaccga tgtctcgtcc tctaaacgag tcagacctcc ggactcagac 1080
tatactgccg cttataagca aatcacctgg ggagccatag ggtgcagcta ccctcgggct 1140
aggactagaa tggcaagctc taccttctac gtatgtcccc gggatggccg gaccctttca 1200
gaagctagaa ggtgcggggg gctagaatcc ctatactgta aagaatggga ttgtgagacc 1260
acggggaccg gttattggct atctaaatcc tcaaaagacc tcataactgt aaaatgggac 1320
caaaatagcg aatggactca aaaatttcaa cagtgtcacc agaccggctg gtgtaacccc 1380
cttaaaatag atttcacaga caaaggaaaa ttatccaagg actggataac gggaaaaacc 1440
tggggattaa gattctatgt gtctggacat ccaggcgtac agttcaccat tcgcttaaaa 1500
atcaccaaca tgccagctgt ggcagtaggt cctgacctcg tccttgtgga acaaggacct 1560
cctagaacgt ccctcgctct cccacctcct cttcccccaa gggaagcgcc accgccatct 1620
ctccccgact ctaactccac agccctggcg actagtgcac aaactcccac ggtgagaaaa 1680
acaattgtta ccctaaacac tccgcctccc accacaggcg acagactttt tgatcttgtg 1740
cagggggcct tcctaacctt aaatgctacc aacccagggg ccactgagtc ttgctggctt 1800
tgtttggcca tgggcccccc ttattatgaa gcaatagcct catcaggaga ggtcgcctac 1860
tccaccgacc ttgaccggtg ccgctggggg acccaaggaa agctcaccct cactgaggtc 1920
tcaggacacg ggttgtgcat aggaaaggtg ccctttaccc atcagcatct ctgcaatcag 1980
accctatcca tcaattcctc cggagaccat cagtatctgc tcccctccaa ccatagctgg 2040
tgggcttgca gcactggcct caccccttgc ctctccacct cagtttttaa tcagactaga 2100
gatttctgta tccaggtcca gctgattcct cgcatctatt actatcctga agaagttttg 2160
ttacaggcct atgacaattc tcaccccagg actaaaagag aggctgtctc acttacccta 2220
gctgttttac tggggttggg aatcacggcg ggaataggta ctggttcaac tgccttaatt 2280
aaaggaccta tagacctcca gcaaggcctg acaagcctcc agatcgccat agatgctgac 2340
ctccgggccc tccaagactc agtcagcaag ttagaggact cactgacttc cctgtccgag 2400
gtagtgctcc aaaataggag aggccttgac ttgctgtttc taaaagaagg tggcctctgt 2460
gcggccctaa aggaagagtg ctgtttttac atagaccact caggtgcagt acgggactcc 2520
atgaaaaaac tcaaagaaaa actggataaa agacagttag agcgccagaa aagccaaaac 2580
tggtatgaag gatggttcaa taactcccct tggttcacta ccctgctatc aaccatcgct 2640
gggcccctat tactcctcct tctgttgctc atcctcgggc catgcatcat caataagtta 2700
gttcaattca tcaatgatag gataagtgca gttaaaattc tggtccttag acagaaatat 2760
caggccctag agaacgaagg taacctttaa aagcttatca gttctggacc agcgagctgt 2820
gctgcgactc gtggcgtaat catggtcata gctgtttcct gtgtgaaatt gttatccgct 2880
cacaattcca cacaacatac gagccggaag cataaagtgt aaagcctggg gtgcctaatg 2940
agtgagctaa ctcacattaa ttgcgttgcg ctcactgccc gctttccagt cgggaaacct 3000
gtcgtgccag ctgcattaat gaatcggcca acgcgcgggg agaggcggtt tgcgtattgg 3060
gcgctcttcc gcttcctcgc tcactgactc gctgcgctcg gtcgttcggc tgcggcgagc 3120
ggtatcagct cactcaaagg cggtaatacg gttatccaca gaatcagggg ataacgcagg 3180
aaagaacatg tgagcaaaag gccagcaaaa ggccaggaac cgtaaaaagg ccgcgttgct 3240
ggcgtttttc cataggctcc gcccccctga cgagcatcac aaaaatcgac gctcaagtca 3300
gaggtggcga aacccgacag gactataaag ataccaggcg tttccccctg gaagctccct 3360
cgtgcgctct cctgttccga ccctgtcgct taccggatac ctgtccgcct ttctcccttc 3420
gggaagcgtg gcgctttctc atagctcacg ctgtaggtat ctcagttcgg tgtaggtcgt 3480
tcgctccaag ctgggctgtg tgcacgaacc ccccgttcag cccgaccgct gcgccttatc 3540
cggtaactat cgtcttgagt ccaacccggt aagacacgac ttatcgccac tggcagcagc 3600
cactggtaac aggattagca gagcgaggta tgtaggcggt gctacagagt tcttgaagtg 3660
gtggcctaac tacggctaca ctagaagaac agtatttggt atctgcgctc tgctgaagcc 3720
agttaccttc ggaaaaagag ttggtagctc ttgatccggc aaacaaacca ccgctggtag 3780
cggtggtttt tttgtttgca agcagcagat tacgcgcaga aaaaaaggat ctcaagaaga 3840
tcctttgatc ttttctacgg ggtctgacgc tcagtggaac gaaaactcac gttaagggat 3900
tttggtcatg agattatcaa aaaggatctt cacctagatc cttttaaatt aaaaatgaag 3960
ttttaaatca atctaaagta tatatgagta aacttggtct gacagttacc aatgcttaat 4020
cagtgaggca cctatctcag cgatctgtct atttcgttca tccatagttg cctgactccc 4080
cgtcgtgtag ataactacga tacgggaggg cttaccatct ggccccagtg ctgcaatgat 4140
accgcgagac ccacgctcac cggctccaga tttatcagca ataaaccagc cagccggaag 4200
ggccgagcgc agaagtggtc ctgcaacttt atccgcctcc atccagtcta ttaattgttg 4260
ccgggaagct agagtaagta gttcgccagt taatagtttg cgcaacgttg ttgccattgc 4320
tacaggcatc gtggtgtcac gctcgtcgtt tggtatggct tcattcagct ccggttccca 4380
acgatcaagg cgagttacat gatcccccat gttgtgcaaa aaagcggtta gctccttcgg 4440
tcctccgatc gttgtcagaa gtaagttggc cgcagtgtta tcactcatgg ttatggcagc 4500
actgcataat tctcttactg tcatgccatc cgtaagatgc ttttctgtga ctggtgagta 4560
ctcaaccaag tcattctgag aatagtgtat gcggcgaccg agttgctctt gcccggcgtc 4620
aatacgggat aataccgcgc cacatagcag aactttaaaa gtgctcatca ttggaaaacg 4680
ttcttcgggg cgaaaactct caaggatctt accgctgttg agatccagtt cgatgtaacc 4740
cactcgtgca cccaactgat cttcagcatc ttttactttc accagcgttt ctgggtgagc 4800
aaaaacagga aggcaaaatg ccgcaaaaaa gggaataagg gcgacacgga aatgttgaat 4860
actcatactc tacctttttc aatattattg aagcatttat cagggttatt gtctcatgag 4920
cggatacata tttgaatgta tttagaaaaa taaacaaata ggggttccgc gcacatttcc 4980
ccgaaaagtg ccacctgacg tctaagaaac cattattatc atgacattaa cctataaaaa 5040
taggcgtatc acgaggccct ttcgtc 5066
<210> 35
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> VSV-G正向引物
<400> 35
attgcccgtc aagctcagat 20
<210> 36
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> VSV-G反向引物
<400> 36
gtgactcttg ggcattttga ctt 23
<210> 37
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> VSV-G探针
<400> 37
tggcataatg acttaatagg cacagcctta 30
<210> 38
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> rev正向引物
<400> 38
agcgacgaag acctcctcaa g 21
<210> 39
<211> 27
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> rev反向引物
<400> 39
ctctccacct tcttcttcta ttccttc 27
<210> 40
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> rev探针
<400> 40
caagtttctc tatcaaagca acccacctcc 30
<210> 41
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> ACTB正向引物
<400> 41
gcgagaagat gacccagatc a 21
<210> 42
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> pol正向引物
<400> 42
ggcagccaat agggaaacta aatta 25
<210> 43
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> pol反向引物
<400> 43
cgaatcctgc aaagctagat ga 22
<210> 44
<211> 28
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> pol探针
<400> 44
tccccctaac ggacacaaca aatcagaa 28
<210> 45
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> pol正向引物
<400> 45
ccctaacgga cacaacaaat ca 22
<210> 46
<211> 27
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> pol正向引物
<400> 46
ccagttagag aaagaaccca taatagg 27
<210> 47
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> pol反向引物
<400> 47
ctcttatctg gttgtgcttg aatga 25
<210> 48
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> pol探针
<400> 48
aagactgagt tacaagcaa 19
<210> 49
<211> 38
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> pol探针
<400> 49
agcaggatat gtaactgaca gaggaagaca aaaagttg 38
<210> 50
<211> 26
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> VSV-G正向引物
<400> 50
agttcaccat agtttttcca cacaac 26
<210> 51
<211> 29
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> VSV-G正向引物
<400> 51
ccttttgtac ttagcctttt tattcattg 29
<210> 52
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> VSV-G反向引物
<400> 52
aagcatgaca catccaaccg t 21
<210> 53
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> VSV-G反向引物
<400> 53
cagatggagt gaaggatcgg at 22
<210> 54
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> VSV-G正向引物
<400> 54
ctacagctcc tgggcaacgt 20
<210> 55
<211> 26
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> VSV-G反向引物
<400> 55
tcggatggaa tgtgttatat acttcg 26
<210> 56
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> VSV-G探针
<400> 56
tgacttaata ggcacagcct 20
<210> 57
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> AMP_正向引物
<400> 57
gcacctatct cagcgatctg tcta 24
<210> 58
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> AMP_反向引物
<400> 58
ctcgcggtat cattgcagc 19
<210> 59
<211> 16
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> AMP探针
<400> 59
acgatacggg agggct 16
<210> 60
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> AMP_正向引物
<400> 60
gagaatagtg tatgcggcga cc 22
<210> 61
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> AMP_反向引物
<400> 61
tgtggcgcgg tattatccc 19
<210> 62
<211> 17
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> AMP探针
<400> 62
agttgctctt gcccggc 17
<210> 63
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> rev探针
<400> 63
tctctatcaa agcaacccac ct 22
<210> 64
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> VSV-G正向引物
<400> 64
ctacagctcc tgggcaacgt 20
<210> 65
<211> 2335
<212> DNA
<213> 智人（Homo Sapien）
<220>
<221> 来源
<222> (0)...(0)
<223> 白蛋白Uniprot No. P02968
<400> 65
aattattggt taaagaagta tattagtgct aatttccctc cgtttgtcct agcttttctc 60
ttctgtcaac cccacacgcc tttggcacaa tgaagtgggt aacctttatt tcccttcttt 120
ttctctttag ctcggcttat tccaggggtg tgtttcgtcg agatgcacac aagagtgagg 180
ttgctcatcg gtttaaagat ttgggagaag aaaatttcaa agccttggtg ttgattgcct 240
ttgctcagta tcttcagcag tgtccatttg aagatcatgt aaaattagtg aatgaagtaa 300
ctgaatttgc aaaaacatgt gttgctgatg agtcagctga aaattgtgac aaatcacttc 360
ataccctttt tggagacaaa ttatgcacag ttgcaactct tcgtgaaacc tatggtgaaa 420
tggctgactg ctgtgcaaaa caagaacctg agagaaatga atgcttcttg caacacaaag 480
atgacaaccc aaacctcccc cgattggtga gaccagaggt tgatgtgatg tgcactgctt 540
ttcatgacaa tgaagagaca tttttgaaaa aatacttata tgaaattgcc agaagacatc 600
cttactttta tgccccggaa ctccttttct ttgctaaaag gtataaagct gcttttacag 660
aatgttgcca agctgctgat aaagctgcct gcctgttgcc aaagctcgat gaacttcggg 720
atgaagggaa ggcttcgtct gccaaacaga gactcaagtg tgccagtctc caaaaatttg 780
gagaaagagc tttcaaagca tgggcagtag ctcgcctgag ccagagattt cccaaagctg 840
agtttgcaga agtttccaag ttagtgacag atcttaccaa agtccacacg gaatgctgcc 900
atggagatct gcttgaatgt gctgatgaca gggcggacct tgccaagtat atctgtgaaa 960
atcaagattc gatctccagt aaactgaagg aatgctgtga aaaacctctg ttggaaaaat 1020
cccactgcat tgccgaagtg gaaaatgatg agatgcctgc tgacttgcct tcattagctg 1080
ctgattttgt tgaaagtaag gatgtttgca aaaactatgc tgaggcaaag gatgtcttcc 1140
tgggcatgtt tttgtatgaa tatgcaagaa ggcatcctga ttactctgtc gtgctgctgc 1200
tgagacttgc caagacatat gaaaccactc tagagaagtg ctgtgccgct gcagatcctc 1260
atgaatgcta tgccaaagtg ttcgatgaat ttaaacctct tgtggaagag cctcagaatt 1320
taatcaaaca aaattgtgag ctttttgagc agcttggaga gtacaaattc cagaatgcgc 1380
tattagttcg ttacaccaag aaagtacccc aagtgtcaac tccaactctt gtagaggtct 1440
caagaaacct aggaaaagtg ggcagcaaat gttgtaaaca tcctgaagca aaaagaatgc 1500
cctgtgcaga agactatcta tccgtggtcc tgaaccagtt atgtgtgttg catgagaaaa 1560
cgccagtaag tgacagagtc accaaatgct gcacagaatc cttggtgaac aggcgaccat 1620
gcttttcagc tctggaagtc gatgaaacat acgttcccaa agagtttaat gctgaaacat 1680
tcaccttcca tgcagatata tgcacacttt ctgagaagga gagacaaatc aagaaacaaa 1740
ctgcacttgt tgagctcgtg aaacacaagc ccaaggcaac aaaagagcaa ctgaaagctg 1800
ttatggatga tttcgcagct tttgtagaga agtgctgcaa ggctgacgat aaggagacct 1860
gctttgccga ggagggtaaa aaacttgttg ctgcaagtca agctgcctta ggcttataac 1920
atcacattta aaagcatctc agcctaccat gagaataaga gaaagaaaat gaagatcaaa 1980
agcttattca tctgtttttc tttttcgttg gtgtaaagcc aacaccctgt ctaaaaaaca 2040
taaatttctt taatcatttt gcctcttttc tctgtgcttc aattaataaa aaatggaaag 2100
aatctaatag agtggtacag cactgttatt tttcaaagat gtgttgctat cctgaaaatt 2160
ctgtaggttc tgtggaagtt ccagtgttct ctcttattcc acttcggtag aggatttcta 2220
gtttcttgtg ggctaattaa ataaatcatt aatactcttc taagttatgg attataaaca 2280
ttcaaaataa tattttgaca ttatgataat tctgaataaa agaacaaaaa ccatg 2335
Claims (64)
1.一种用于检测病毒DNA的存在、不存在或量的方法，所述方法包括：
(a)如果存在于生物样品中，在足以通过聚合酶链式反应(PCR)扩增一种或多种病毒DNA的条件下孵育包含以下的混合物：(i)来自含有通过用包含异源核酸的慢病毒载体转导至少一种细胞而引入的所述异源核酸的所述至少一种细胞的DNA、(ii)对病毒DNA的一个或多个序列具特异性的至少一种正向寡核苷酸引物和至少一种反向寡核苷酸引物、(iii)对所述一种或多种病毒DNA中的每一种具特异性的寡核苷酸探针、和(iv)DNA聚合酶；以及
(b)检测所述经扩增的核酸的存在、不存在、量或浓度，
其中病毒DNA的所述一个或多个序列包括选自env、gag、pol和rev基因的至少一部分的病毒DNA，并且所述至少一种正向和反向寡核苷酸引物包含：
(i)对所述VSV-G env基因具特异性的正向寡核苷酸引物，其包含与SEQ ID NO:35、50、51或54所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列；和对所述env基因具特异性的反向寡核苷酸引物，其包含与SEQ ID NO:36、52、53或55所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列；
(ii)对所述pol基因具特异性的正向寡核苷酸引物，其包含与SEQ ID NO:42、45或46所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列；和对所述pol基因具特异性的反向寡核苷酸引物，其包含与SEQ ID NO:43或47所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列；
(iii)对所述gag基因具特异性的正向寡核苷酸引物，其包含与SEQ ID NO:16、19或22所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列；和对所述gag基因具特异性的反向寡核苷酸引物，其包含与SEQ ID NO:17、20或23所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列；
(iv)对所述rev基因具特异性的正向寡核苷酸引物，其包含与SEQ ID NO:38所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列；和对所述rev基因具特异性的反向寡核苷酸引物，其包含与SEQ ID NO:39所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列。
2.根据权利要求1所述的方法，其中所述PCR是定量PCR(qPCR)。
3.根据权利要求1-2中任一项所述的方法，其中所述经扩增的核酸具有50至500个碱基对的长度。
4.根据权利要求1-3中任一项所述的方法，其中所述经扩增的核酸具有100至500个碱基对的长度。
5.根据权利要求1-3中任一项所述的方法，其中所述经扩增的核酸具有200至500个碱基对的长度。
6.根据权利要求1-3中任一项所述的方法，其中所述经扩增的核酸具有300至500个碱基对的长度。
7.根据权利要求1-6中任一项所述的方法，其中所述经扩增的核酸具有大于或大于约200个碱基对的长度。
8.根据权利要求1-7中任一项所述的方法，其中所述病毒DNA包括VSV-G env基因的至少一部分，并且
(i)对所述env基因具特异性的所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:35所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列，且对所述env基因具特异性的所述反向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:36所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列；
(ii)对所述env基因具特异性的所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:50所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列，且对所述env基因具特异性的所述反向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:52所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列；或者
(iii)对所述env基因具特异性的所述正向寡核苷酸引物序列的至少90％同一性和/或至少15个连续核苷酸与SEQ ID NO:51所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸，且对所述env基因具特异性的所述反向寡核苷酸引物包含与SEQID NO:53所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列。
9.根据权利要求1-8中任一项所述的方法，其中所述病毒DNA包括VSV-G env基因的至少一部分，并且所述寡核苷酸探针包含与SEQ ID NO:37或56所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列。
10.根据权利要求9所述的方法，其中所述寡核苷酸探针包含SEQ ID NO:37或56所示的序列。
11.一种用于检测VSV-G env基因或其部分的方法，所述方法包括：
(a)在足以通过聚合酶链式反应(PCR)扩增所述env基因的条件下孵育包含以下的混合物：
(i)来自至少一种细胞的DNA，所述至少一种细胞含有通过用包含异源核酸的慢病毒载体转导所述至少一种细胞而引入的异源核酸；
(ii)对所述VSV-g env基因具特异性的正向寡核苷酸引物和对所述VSV-g env基因具特异性的反向寡核苷酸引物，其中所述正向和反向寡核苷酸引物分别选自SEQ ID NO:35和SEQ ID NO:36所示的序列；分别选自SEQ ID NO:50和SEQ ID NO:52所示的序列；或分别选自SEQ ID NO:51和SEQ ID NO:53所示的序列；
(iii)对所述VSV-g env基因具特异性的寡核苷酸探针，其包含SEQ ID NO:37所示的序列；和
(iv)DNA聚合酶；以及
(b)检测所述经扩增的核酸的存在、不存在、量或浓度。
12.根据权利要求8-11中任一项所述的方法，其中所述正向寡核苷酸引物如SEQ IDNO:35所示，并且所述反向寡核苷酸引物如SEQ ID NO:36所示。
13.根据权利要求8-11中任一项所述的方法，其中所述正向寡核苷酸引物如SEQ IDNO:50所示，并且所述反向寡核苷酸引物如SEQ ID NO:52所示。
14.根据权利要求8-11中任一项所述的方法，其中所述正向寡核苷酸引物如SEQ IDNO:51所示，并且所述反向寡核苷酸引物如SEQ ID NO:53所示。
15.根据权利要求1-10中任一项所述的方法，其中所述病毒DNA包括gag基因的至少一部分，并且
(i)对所述gag基因具特异性的所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:16所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列，且对所述gag基因具特异性的所述反向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:17所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列；
(ii)对所述gag基因具特异性的所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:19所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列，且对所述gag基因具特异性的所述反向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:20所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列；或者
(iii)对所述gag基因具特异性的所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:22所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列，且对所述gag基因具特异性的所述反向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:23所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列。
16.根据权利要求1-10和15中任一项所述的方法，其中所述寡核苷酸探针包含与SEQID NO:21或24所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列。
17.根据权利要求1-10、15和16中任一项所述的方法，其中所述寡核苷酸探针包含SEQID NO:21或24所示的序列。
18.一种用于检测gag基因或其部分的方法，所述方法包括：
(a)在足以通过聚合酶链式反应(PCR)扩增所述gag基因的条件下孵育包含以下的混合物：
(i)来自至少一种细胞的DNA，所述至少一种细胞含有通过用包含异源核酸的慢病毒载体转导所述至少一种细胞而引入的异源核酸；
(ii)对所述gag基因具特异性的正向寡核苷酸引物和对所述gag基因具特异性的反向寡核苷酸引物，其中所述正向和反向寡核苷酸引物分别选自SEQ ID NO:16和SEQ ID NO:17所示的序列；分别选自SEQ ID NO:19和SEQ ID NO:20所示的序列；或分别选自SEQ ID NO:22和SEQ ID NO:23所示的序列；
(iii)对所述gag基因具特异性的寡核苷酸探针，其包含SEQ ID NO:21或24所示的序列；和
(iv)DNA聚合酶；以及
(b)检测所述经扩增的核酸的存在、不存在、量或浓度。
19.根据权利要求15-18中任一项所述的方法，其中所述正向寡核苷酸引物如SEQ IDNO:16所示，并且所述反向寡核苷酸引物如SEQ ID NO:17所示。
20.根据权利要求15-18中任一项所述的方法，其中所述正向寡核苷酸引物如SEQ IDNO:19所示，并且所述反向寡核苷酸引物如SEQ ID NO:20所示。
21.根据权利要求15-18中任一项所述的方法，其中所述正向寡核苷酸引物如SEQ IDNO:22所示，并且所述反向寡核苷酸引物如SEQ ID NO:23所示。
22.根据权利要求1-10和15-17中任一项所述的方法，其中所述病毒DNA包括pol基因的至少一部分，并且
(i)对所述pol基因具特异性的所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:42所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列，且对所述pol基因具特异性的所述反向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:43所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列；
(ii)对所述pol基因具特异性的所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:46所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列，且对所述pol基因具特异性的所述反向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:43所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列；或者
(iii)对所述pol基因具特异性的所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:46所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列，且对所述pol基因具特异性的所述反向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:47所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列。
23.根据权利要求1-10、15-17和22中任一项所述的方法，其中所述病毒DNA包括pol基因的至少一部分，并且对所述pol基因具特异性的所述寡核苷酸探针包含与SEQ ID NO:44、48或49所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列。
24.根据权利要求23所述的方法，其中所述寡核苷酸探针包含与SEQ ID NO:44所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核酸的序列。
25.根据权利要求23或权利要求24所述的方法，其中所述寡核苷酸探针包含SEQ IDNO:44所示的序列。
26.一种用于检测pol基因或其部分的方法，所述方法包括：
(a)在足以通过聚合酶链式反应(PCR)扩增所述pol基因的条件下孵育包含以下的混合物：
(i)来自至少一种细胞的DNA，所述至少一种细胞含有通过用包含异源核酸的慢病毒载体转导所述至少一种细胞而引入的异源核酸；
(ii)对所述pol基因具特异性的正向寡核苷酸引物和对所述pol基因具特异性的反向寡核苷酸引物，其中所述正向和反向寡核苷酸引物分别选自SEQ ID NO:42和SEQ ID NO:43所示的序列；分别选自SEQ ID NO:46和SEQ ID NO:43所示的序列；或分别选自SEQ ID NO:46和SEQ ID NO:47所示的序列；
(iii)对所述pol基因具特异性的寡核苷酸探针，其包含SEQ ID NO:44所示的序列；和
(iv)DNA聚合酶；以及
(b)检测所述经扩增的核酸的存在、不存在、量或浓度。
27.根据权利要求22-26中任一项所述的方法，其中所述正向寡核苷酸引物如SEQ IDNO:42所示，并且所述反向寡核苷酸引物如SEQ ID NO:43所示。
28.根据权利要求22-26中任一项所述的方法，其中所述正向寡核苷酸引物如SEQ IDNO:46所示，并且所述反向寡核苷酸引物如SEQ ID NO:43所示。
29.根据权利要求22-26中任一项所述的方法，其中所述正向寡核苷酸引物如SEQ IDNO:46所示，并且所述反向寡核苷酸引物如SEQ ID NO:47所示。
30.根据权利要求1-29中任一项所述的方法，其中DNA的浓度在为或约200ng与为或约2000ng之间/50μL的所述混合物，包含端值。
31.根据权利要求1-10、15-17、22-25和30中任一项所述的方法，其中所述病毒DNA包括rev基因的至少一部分，并且对所述rev基因具特异性的所述正向寡核苷酸引物包含与SEQID NO:38所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列且对所述rev基因具特异性的所述反向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:39所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列。
32.根据权利要求1-10、15-17、22-25和30-31中任一项所述的方法，其中所述病毒DNA包括rev基因的至少一部分，并且对所述rev基因具特异性的所述寡核苷酸探针包含与SEQID NO:40或63所示的序列具有至少90％同一性和/或具有所述序列的至少15个连续核苷酸的序列。
33.根据权利要求32所述的方法，其中所述寡核苷酸探针包含SEQ ID NO:40或63所示的序列。
34.一种用于检测rev基因或其部分的方法，所述方法包括：
(a)在足以通过聚合酶链式反应(PCR)扩增所述rev基因的条件下孵育包含以下的混合物：
(i)来自至少一种细胞的DNA，所述至少一种细胞含有通过用包含异源核酸的慢病毒载体转导所述至少一种细胞而引入的异源核酸；
(ii)对所述rev基因具特异性的正向寡核苷酸引物和对所述rev基因具特异性的反向寡核苷酸引物，其中所述正向和反向寡核苷酸引物分别选自SEQ ID NO:38和SEQ ID NO:39所示的序列；
(iii)对所述rev基因具特异性的寡核苷酸探针，其包含SEQ ID NO:40或63所示的序列；和
(iv)DNA聚合酶；以及
(b)检测所述经扩增的核酸的存在、不存在、量或浓度。
35.根据权利要求30-34中任一项所述的方法，其中所述正向寡核苷酸引物如SEQ IDNO:38所示，并且所述反向寡核苷酸引物如SEQ ID NO:43所示。
36.根据权利要求1-10、15-17、22-25和30-33中任一项所述的方法，其中病毒DNA的所述一个或多个序列包含两个或更多个病毒序列，其中所述两个或更多个病毒序列单独包括不同病毒基因的至少一部分。
37.根据权利要求36所述的方法，其中所述病毒DNA的所述两个或更多个序列包含病毒序列，其包括VSV-G env基因和rev基因的至少一部分。
38.根据权利要求37所述的方法，其中：
对所述rev基因具特异性的所述正向寡核苷酸引物和对所述rev基因具特异性的反向寡核苷酸引物分别选自SEQ ID NO:38和SEQ ID NO:39所示的序列；并且
对所述rev基因具特异性的寡核苷酸探针包含SEQ ID NO:40或63所示的序列。
39.根据权利要求36所述的方法，其中所述病毒DNA的所述两个或更多个序列包含病毒序列，其包括VSV-G env基因和pol基因的至少一部分。
40.根据权利要求39所述的方法，其中：
对所述pol基因具特异性的所述正向寡核苷酸引物和对所述pol基因具特异性的反向寡核苷酸引物分别选自SEQ ID NO:42和SEQ ID NO:43所示的序列；分别选自SEQ ID NO:46和SEQ ID NO:43所示的序列；或分别选自SEQ ID NO:46和SEQ ID NO:47所示的序列；并且
对所述pol基因具特异性的所述寡核苷酸探针如SEQ ID NO:44所示。
41.根据权利要求40所述的方法，其中所述正向寡核苷酸引物如SEQ ID NO:42所示，并且所述反向寡核苷酸引物如SEQ ID NO:43所示。
42.根据权利要求40所述的方法，其中所述正向寡核苷酸引物如SEQ ID NO:46所示，并且所述反向寡核苷酸引物如SEQ ID NO:43所示。
43.根据权利要求40所述的方法，其中所述正向寡核苷酸引物如SEQ ID NO:46所示，并且所述反向寡核苷酸引物如SEQ ID NO:47所示。
44.根据权利要求37-43中任一项所述的方法，其中：
对所述VSV-g env基因具特异性的所述正向寡核苷酸引物和对所述VSV-g env基因具特异性的所述反向寡核苷酸引物分别选自SEQ ID NO:35和SEQ ID NO:36所示的序列；分别选自SEQ ID NO:50和SEQ ID NO:52所示的序列；或分别选自SEQ ID NO:51和SEQ ID NO:53所示的序列；并且
对所述VSV-g env基因具特异性的所述寡核苷酸探针如SEQ ID NO:37所示。
45.根据权利要求44所述的方法，其中所述正向寡核苷酸引物如SEQ ID NO:35所示，并且所述反向寡核苷酸引物如SEQ ID NO:36所示。
46.根据权利要求44所述的方法，其中所述正向寡核苷酸引物如SEQ ID NO:50所示，并且所述反向寡核苷酸引物如SEQ ID NO:52所示。
47.根据权利要求44所述的方法，其中所述正向寡核苷酸引物如SEQ ID NO:51所示，并且所述反向寡核苷酸引物如SEQ ID NO:53所示。
48.根据权利要求36-47中任一项所述的方法，其中在同一孵育中进行所述病毒DNA序列中的每一个的所述经扩增的核酸的存在、不存在、量或浓度的检测。
49.根据权利要求36-47中任一项所述的方法，其中在不同孵育中进行所述病毒DNA序列中的每一个的所述经扩增的核酸的存在、不存在、量或浓度的检测。
50.根据权利要求1-49中任一项所述的方法，其中所述病毒DNA在所述生物样品中的存在、量或浓度指示有复制能力的病毒在所述生物样品或所述生物样品衍生出的样品中的存在或不存在或者所述病毒在所述样品中的风险。
51.根据权利要求1-50中任一项所述的方法，其中不存在所述病毒DNA和/或和/或不存在可检测水平的所述病毒DNA指示在所述生物样品或所述生物样品衍生出的样品中不存在有复制能力的病毒。
52.根据权利要求1-49中任一项所述的方法，其中病毒载体DNA的存在、量或浓度指示所述生物样品包含残留的质粒DNA。
53.根据权利要求52所述的方法，其中将所述病毒DNA在所述生物样品中的存在、量或浓度与所述病毒DNA在对照样品中的存在、量或浓度进行比较。
54.根据权利要求53所述的方法，其中所述对照样品衍生自用对质粒DNA序列具特异性的引物进行的PCR反应，其中所述病毒DNA不包含所述质粒DNA序列，任选地其中所述质粒是病毒产生质粒。
55.根据权利要求1-54中任一项所述的方法，其中所述至少一种细胞包含多个细胞，并且其中：
所述多个细胞和/或所述生物样品包含悬浮细胞；
所述多个细胞和/或所述生物样品包含白细胞；和/或
所述多个细胞和/或所述生物样品包含T细胞或NK细胞。
56.根据权利要求1-55中任一项所述的方法，所述方法还包括评估对照基因在所述生物样品中的存在、量或浓度，其中已知所述对照基因在所述细胞中表达，任选地其中所述对照基因是或包含β-肌动蛋白。
57.一种引物，其包含SEQ ID NO:42、43、45-47、50-55、57-58、61-62或64中任一个所示的核酸序列。
58.根据权利要求57所述的引物，其还包含荧光部分或标记。
59.一种寡核苷酸探针、任选地水解探针，其包含SEQ ID NO:44、48、49、56、59、62或63中任一个所示的序列。
60.根据权利要求59所述的探针，其还包含可检测标记。
61.根据权利要求60所述的探针，其中所述可检测标记包含荧光染料和淬灭剂。
62.一种试剂盒，其包含一种或多种根据权利要求57或权利要求58所述的引物和/或根据权利要求59-61中任一项所述的寡核苷酸探针。
63.根据权利要求62所述的试剂盒，其还包含无核酸酶水、逆转录酶、聚合酶、三磷酸脱氧核苷酸、缓冲液、RNA酶和DNA酶中的一种或多种。
64.一种试剂盒，其包含用于进行根据权利要求1-56中任一项所述的方法的对所述一种或多种病毒DNA中的每一种具特异性的所述至少一种正向引物、所述至少一种反向引物和所述寡核苷酸探针以及使用说明。
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