CN111876492A - 一种影响鸡的胫部皮肤颜色的分子标记及其应用 - Google Patents

Abstract

本发明公开了一种影响鸡的胫部皮肤颜色的分子标记及其应用。鸡ALDH1A3基因3’非编码区序列g.170A>G分子标记作为鉴定鸡的胫部皮肤颜色的检测位点的应用，AA基因型个体胫部表皮黄度大于AG和GG基因型个体。使用该分子标记进行标记辅助选择，能够极大地加深鸡屠宰后胫部皮肤黄度，提高鸡群胫部皮肤黄度的均匀度。通过该分子标记及引物对，可建立高效准确的分子标记辅助育种技术，将其应用于种鸡屠宰后胫部皮肤黄度性状遗传改良中，从而加深鸡屠宰后胫部皮肤黄度，提高鸡群胫部皮肤黄度的均匀度，有利于促进鸡的销售量，尤其是鸡爪的销售，提高企业销售额，增加核心竞争力。

Description

一种影响鸡的胫部皮肤颜色的分子标记及其应用

技术领域

本发明涉及分子育种技术领域，更具体地，涉及一种影响鸡的胫部皮肤颜色的分子标记及其应用。

背景技术

鸡是一种家禽，是我国主要的食用家禽。消费者很大程度上决定了鸡的育种方向和销售方式。例如，在华南地区，主要销售整鸡，而北方地区则主要是分割销售。不同地区的人们对肉鸡肤色的偏好也不同，但金黄色的肉鸡肤色被认为和上好的肉质息息相关，消费者更倾向于选购外观良好(肤黄)、外貌特点整体一致的肉鸡。由于禽流感的几次爆发，制约了生鲜鸡的销售，其销量逐渐下降，而冰鲜鸡市场则逐渐扩大，冰鲜鸡也被消费者逐渐接受。在冰鲜鸡市场，不仅整鸡的需求量很大，料理方式丰富的冰冻鸡爪也非常受欢迎，而胫色是影响消费者采购冰冻鸡爪的重要因素之一。

胫色主要受遗传因素的影响，目前国内销售鸡种的胫色主要包括黑色、柳色、黄色和青色。由于个体或品种间色素沉积的差异，黄色胫色又可分为深黄色、黄色、浅黄色和近白色等不同黄度。同一个黄色胫色鸡群中，经常混杂着不同黄度胫色的鸡，最终导致屠宰后的鸡爪颜色参差不齐，严重影响销售。另一方面，对于许多消费者而言，特别是华南地区的消费者，更倾向于购买黄度较大的金黄色鸡爪。

专利CN201010531819.2提供了一种鸡皮肤颜色相关的分子标记及其鉴别方法和应用，但是其是针对整鸡皮肤的颜色，并不能是针对胫色进行鉴别。因此，如何培育出高黄度且颜色均匀的肉鸡，一直是家禽育种界的一个技术难点。分子标记辅助选择由于其不易受环境、性别、年龄等要素的影响，与性状关联性强，选择准确性较高，而且可进行早期选择等优点，在畜禽育种技术中应用广泛。如果能找寻出影响鸡胫部皮肤颜色的分子标记，利用分子标记辅助选择改良种鸡的胫色，将具备广阔的应用前景。

发明内容

本发明的目的是为了克服现有技术的不足，提供一种影响鸡的胫部皮肤颜色的分子标记及其应用。

本发明的第一个目的是提供鸡ALDH1A3基因3’非编码区序列g.170A>G分子标记作为鉴定鸡的胫部皮肤颜色的检测位点的应用。

本发明的第二个目的是提供鸡ALDH1A3基因3’非编码区序列g.170A>G分子标记的检测试剂在鸡的胫部皮肤颜色中的应用。

本发明的第三个目的是提供一对检测鸡ALDH1A3基因3’非编码区序列g.170A>G分子标记的引物。

本发明的第四个目的是提供所述的引物在检测鸡ALDH1A3基因3’非编码区序列g.170A>G分子标记的基因型中的应用。

本发明的第五个目的是提供所述的引物在检测鸡的胫部皮肤颜色中的应用或制备检测鸡的胫部皮肤颜色的试剂盒中的应用。

本发明的第六个目的是提供一种检测鸡的胫部皮肤颜色的方法。

本发明的第七个目的是提供一种检测鸡的胫部皮肤颜色的试剂盒。

本发明的第八个目的是提供中所述的检测位点、所述的引物、所述的方法、或所述的试剂盒在分子辅助育种中的应用。

为了实现上述目的，本发明是通过以下技术方案予以实现的：

本发明要求保护鸡ALDH1A3基因3’非编码区序列g.170A>G分子标记作为鉴定鸡的胫部皮肤颜色的检测位点的应用，AA基因型个胫部表皮黄度大于AG和GG基因型个体。

所述的鸡ALDH1A3基因3’非编码区序列g.170A>G分子标记即为NC_006097.5:17909599，即galGal6版鸡基因组的第10号染色体的第17909599位核苷酸，该SNP位点的基因型为AA、AG和GG，不同基因型可导致屠宰后胫部皮肤黄度的不同，AA基因型个胫部表皮黄度大于AG和GG基因型个体。

本发明要求保护鸡ALDH1A3基因3’非编码区序列g.170A>G分子标记的检测试剂在鸡的胫部皮肤颜色中的应用。

本发明要求保护一对检测鸡ALDH1A3基因3’非编码区序列g.170A>G分子标记的引物，其核苷酸序列如SEQ ID NO:1～2所示。

上游引物(SEQ ID NO:1)：5’–GCCTACAGGAGCTGCAAGTAA–3’，

下游引物(SEQ ID NO:2)：5’–TAGCATTTTCATGTACCCTTGGC–3’。

本发明还要求保护以下内容：

所述的引物在检测鸡ALDH1A3基因3’非编码区序列g.170A>G分子标记的基因型中的应用；所述的引物在检测鸡的胫部皮肤颜色中的应用；所述的引物在制备检测鸡的胫部皮肤颜色的试剂盒中的应用。

本发明还要求保护一种检测鸡的胫部皮肤颜色的方法，检测样本鸡ALDH1A3基因3’非编码区序列g.170A>G分子标记的基因型。

优选地，使用所述的引物检测样本鸡ALDH1A3基因3’非编码区序列g.170A>G分子标记的基因型。

通过对该基因型的鉴定实现对种鸡的胫部皮肤黄度性状进行早期选择，其中AA基因型个体屠宰后的胫部皮肤黄度大于AG和GG基因型个体，选择AA基因型个体，以逐代提高该位点的等位基因A的频率，从而提高后代鸡的胫部皮肤黄度和颜色均匀度。

本发明还要求保护一种检测鸡的胫部皮肤颜色的试剂盒，含有检测样本鸡ALDH1A3基因3’非编码区序列g.170A>G分子标记的基因型的试剂。

优选地，所述试剂为所述的引物。

所述的检测位点、所述的引物、所述的方法、或所述的试剂盒在分子辅助育种中的应用，也属于本发明的保护范围。

与现有技术相比，本发明具有如下有益效果：

(1)本发明确定影响鸡屠宰后胫部皮肤黄度相关的分子标记，使用该分子标记进行标记辅助选择，能够极大地加深鸡屠宰后胫部皮肤黄度，提高鸡群胫部皮肤黄度的均匀度。

(2)本发明提供一种用于鉴定影响鸡屠宰后胫部皮肤黄度性状分子标记的引物对，通过该分子标记及引物对，可建立高效准确的分子标记辅助育种技术，将其应用于种鸡屠宰后胫部皮肤黄度性状遗传改良中，从而加深鸡屠宰后胫部皮肤黄度，提高鸡群胫部皮肤黄度的均匀度，有利于促进鸡的销售量，尤其是鸡爪的销售，提高企业销售额，增加核心竞争力。

(3)本发明通过优选该分子标记的优势基因型，能够增大鸡屠宰后胫部皮肤黄度性状的遗传进展，减少鸡屠宰后胫部皮肤黄度性状的育种时间，从而有效提高种鸡育种的经济效益，其中，通过该分子标记，本发明将AG和GG基因型个体全部选育成AA型个体，则每只鸡屠宰后胫部皮肤黄度可以提高1.2以上，加深鸡群整体的胫部皮肤黄度值，提高鸡群胫部皮肤黄度的均匀度，有利于屠宰后鸡的规模化销售，为养鸡产业提供收益的潜力是巨大的。

附图说明

图1为SNP检测中引物特异性测试结果。

图2为鸡ALDH1A3基因3’非编码区序列上SNP位点突变信息。

具体实施方式

下面结合说明书附图和具体实施例对本发明作出进一步地详细阐述，所述实施例只用于解释本发明，并非用于限定本发明的范围。下述实施例中所使用的试验方法如无特殊说明，均为常规方法；所使用的材料、试剂等，如无特殊说明，为可从商业途径得到的试剂和材料。

实施例1引物设计

一、实验方法

从https://www.ncbi.nlm.nih.gov/找到ALDH1A3基因3’非编码区序列，设计出引物对，引物对信息如表1所示(引物序列5’→3’)，将设计的引物对序列发往广州生工生物公司合成，并用该引物对对组织DNA进行PCR，测试引物的特异性。

表1 ALDH1A3的SNP筛选的引物信息

二、实验结果

结果附图1所示。应用该引物对对血液DNA进行PCR，如附图1所示，引物具有特异性

实施例2 DNA混池测序

一、实验方法

样本鸡从江丰鸡场600只的120日龄南海黄麻鸡1号纯系中选择，所有鸡均为统一批次孵化，以平养的方式饲养，饲喂符合国际配方标准的玉米-豆粕型饲料。利用2ml的注射器进行翅下静脉采血，收集血液储存在含20％EDTA的离心管里，用于血液DNA提取。

所有个体的基因组DNA根据

Plant Mini Kit(Qiagen,Hilden,CA；Cat#69104)试剂盒说明书步骤抽提血液DNA，检测质量和浓度后稀释至50ng/μL，4℃保存备用。

从提取的DNA总样品中随机挑选30个DNA样品构建混池，每三个样品(每个样品约0.33μL)混合为一个混合样品，共计10个。将混池样品使用实施例1的引物进行PCR扩增，将获得的PCR产物送往生工生物公司测序。

二、实验结果

测序结果检测得到鸡ALDH1A3基因3’非编码区序列SNP突变位点g.170A>G(NC_006097.5:17909599)，其测序结果分析如附图2所示。

实施例3确定ALDH1A3突变位点g.703T>C的基因型确定

一、实验方法

屠宰前，对所有鸡样本进行指标测定，按照中华人民共和国农业行业标准《家禽生产性能名词术语和度量统计方法》(NT/T823-2004)执行。其中皮下脂肪厚、肌间脂肪宽用游标卡尺测量，胫围、胫长用软尺测量。鸡经过屠宰场流水线式统一的放血、烫毛和拔毛，用纸巾轻轻擦拭吸干水，利用3nh-NH310型色差仪(三恩时，中国)对泄殖腔、胫部(去除角质层)、上背、下背、胸部、腹部和腹脂的黄度值测定。用Excel建立数据库，初筛时删除性状数据记录不完整以及具有异常值的个体。

原始数据经过初筛后的被保留的个体对应的血液抽提DNA进行PCR特异性扩增得到ALDH1A3的PCR产物，所用到的引物对信息如表2所示。对各个基因型进行统计分析可得到该位点的基因型频率和等位基因频率。

二、实验结果

该SNP突变位点g.170A>G的基因及基因型频率统计结构如下表2所示。其中：

(1)基因型频率是指群体中某一基因型个体数占基因型总数的比值：

基因型频率＝某基因型总数/该群体总数×100％；

(2)基因频率是指群体中某一基因占其同一位点全部基因的比值：

基因频率＝某基因个数/群体中同一位点基因总数×100％。

由表2结构可以看出，GG基因型为待测鸡群体优势基因型。

表2不同性状对应的ALDH1A3基因3’非编码区突变位点g.170A>G的基因及基因型频率统计

实施例3 ALDH1A3突变位点g.170A>G的基因型与鸡屠宰后的胫部皮肤黄度性状的关联分析

一、实验方法

单因素方差分析检验SNP基因型和肤色的关联性，多重检验分析不同基因型与性状显著性。各组结果表现为平均值±标准差。

二、实验结果

ALDH1A3的g.170A>G位点与鸡屠宰后的肤色状关联分析如下表3所示。单因素方差分析显示g.170A>G与鸡屠宰后的胫部皮肤黄度显著相关(P<0.05)。多重比较结果显示，AA基因型个体屠宰后的胫部表皮黄度大于AG和GG基因型个体，且GG基因型个体屠宰后的上背表皮的黄度值大于AG和GG基因型个体，显示该位点可能与色素的沉积代谢功能有关。

其中，通过该分子标记，本发明将AG和GG基因型个体全部选育成AA型个体，AA基因型的黄度平均值为8.29，GG基因型的黄度平均值为7.08，AG基因型的黄度平均值为6.97，则每只鸡屠宰后胫部皮肤黄度可以提高1.21(AA-GG＝8.29-7.08＝1.21)以上，加深鸡群整体的胫部皮肤黄度值，提高鸡群胫部皮肤黄度的均匀度，有利于屠宰后鸡的规模化销售，为养鸡产业提供收益的潜力是巨大的。

表3 ALDH1A3基因3’非编码区突变位点g.170A>G与肤色性状关联分析

最后所应当说明的是，以上实施例仅用以说明本发明的技术方案而非对本发明保护范围的限制，对于本领域的普通技术人员来说，在上述说明及思路的基础上还可以做出其它不同形式的变化或变动，这里无需也无法对所有的实施方式予以穷举。凡在本发明的精神和原则之内所作的任何修改、等同替换和改进等，均应包含在本发明权利要求的保护范围之内。

序列表

<110> 华南农业大学

<120> 一种影响鸡的胫部皮肤颜色的分子标记及其应用

<160> 2

<170> SIPOSequenceListing 1.0

<210> 1

<211> 21

<212> DNA

<213> Gallus gallus

<400> 1

gcctacagga gctgcaagta a 21

<210> 2

<211> 23

<212> DNA

<213> Gallus gallus

<400> 2

tagcattttc atgtaccctt ggc 23

Claims (10)

1.鸡ALDH1A3基因3’非编码区序列g.170A>G分子标记作为鉴定鸡的胫部皮肤颜色的检测位点的应用，其特征在于，AA基因型个胫部表皮黄度大于AG和GG基因型个体。

2.鸡ALDH1A3基因3’非编码区序列g.170A>G分子标记的检测试剂在鸡的胫部皮肤颜色中的应用。

3.一对检测鸡ALDH1A3基因3’非编码区序列g.170A>G分子标记的引物，其特征在于，其核苷酸序列如SEQ ID NO:1～2所示。

4.权利要求3所述的引物在检测鸡ALDH1A3基因3’非编码区序列g.170A>G分子标记的基因型中的应用。

5.权利要求3所述的引物在检测鸡的胫部皮肤颜色中的应用或制备检测鸡的胫部皮肤颜色的试剂盒中的应用。

6.一种检测鸡的胫部皮肤颜色的方法，其特征在于，检测样本鸡ALDH1A3基因3’非编码区序列g.170A>G分子标记的基因型。

7.根据权利要求6所述的方法，其特征在于，使用权利要求3所述的引物检测样本鸡ALDH1A3基因3’非编码区序列g.170A>G分子标记的基因型。

8.一种检测鸡的胫部皮肤颜色的试剂盒，其特征在于，含有检测样本鸡ALDH1A3基因3’非编码区序列g.170A>G分子标记的基因型的试剂。

9.根据权利要求8所述的试剂盒，其特征在于，所述试剂为权利要求3所述的引物。

10.权利要求1中所述的检测位点、权利要求3所述的引物、权利要求6所述的方法、或权利要求8所述的试剂盒在分子辅助育种中的应用。

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