CN111793701A - 一种用于克氏原螯虾亲子鉴定的双重pcr微卫星引物及应用 - Google Patents
一种用于克氏原螯虾亲子鉴定的双重pcr微卫星引物及应用 Download PDFInfo
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Abstract
本发明公开了一种用于克氏原螯虾亲子鉴定的双重PCR微卫星引物及应用,属于动物分子遗传学领域。本发明提供了5组克氏原螯虾微卫星标记的双重PCR反应体系。利用本发明可以快速进行个体之间的亲子鉴定,继而确定个体之间的亲缘关系,避免了群体之间近亲繁殖。本发明的扩增结果具有高度的多态性和稳定性,并且本发明所消耗的财力和人力都比传统的PCR反应减少了一半,具有巨大的实用价值。
Description
技术领域
本发明涉及一种用于克氏原螯虾亲子鉴定的双重PCR微卫星引物及应用,属于动物分子遗传学领域。
背景技术
克氏原螯虾型似虾而外壳坚硬。体长约5.6-11.9厘米,暗红色,甲壳上部分为黑色,是淡水经济虾类。栖息于永久性溪流和沼泽,临时的栖息地,包括沟渠和池塘。在溪流中它们通常与植物或木质碎屑混交在一起,会破坏和削弱堤岸。在洪水退去的地区,可以在简单的洞穴被发现。生活在水体较浅、水草丰盛的湿地、湖泊和河沟内。小龙虾的繁殖比较特殊,繁殖的大部分过程在洞穴中完成,故在平常的生产中难以见到抱卵虾。卵巢在交配后需2-5个月方最后成熟,并进行排卵受精。受精卵为紫酱色,粘附于腹部游泳肢的刚毛上,抱卵虾经常将腹部贴近洞内积水,以保持卵处于湿润状态。小龙虾的怀卵量较小,根据规格不同,怀卵量一般在100-700粒,平均为300粒。卵的孵化时间约为14-24天,但低温条件下,孵化期可长达4-5个月。小龙虾幼体在发育期间,不需要任何外来营养供给,刚孵出的仔虾需在亲虾腹部停留几个月左右,方脱离母体。若条件不适宜,可在洞穴中不吃不喝数周,当池塘灌水以后,仔虾和亲虾陆续从洞穴中爬出,自然分布在池塘中,有时亲虾会携带幼体进入水体之中,然后释放幼体。克氏螯虾虽然抱卵量较少,但幼体孵化的成活率很高。由于克氏螯虾分散的繁殖习性限制了苗种的规模化生产,给集约性生产带来不利影响。
微卫星标记是目前研究濒危动物保护遗传学中最理想的一类方式,微卫星具有多态性高、共显性遗传、遍布整个基因组等优势,广泛应用于动物遗传性研究。微卫星标记多重PCR是在同一PCR反应体系里加上二对以上引物,同时扩增出多个核酸片段的PCR反应。多重PCR具有高效性、系统性、经济简便性等优点。有关克氏原螯虾的微卫星标记多重PCR国内外未见报道。
发明内容
本发明的目的是建立克氏原螯虾微卫星双重PCR体系以及利用本发明实现对克氏原螯虾的个体进行亲子鉴定。
技术方案
一种用于克氏原螯虾亲子鉴定的双重PCR微卫星引物,其特征在于,包括如下5组引物序列:
一种用于克氏原螯虾亲子鉴定的方法,取克氏原螯虾组织待测样品;提取克氏原螯虾样品DNA;利用权利要求1所述的微卫星引物对克氏原螯虾样品DNA进行PCR扩增;把PCR扩增产物在12%的聚丙烯酰胺胶上进行电泳分离;根据分离结果统计每个个体在所有微卫星位点中PCR扩增产物的基因型;根据各个个体的基因分型结果进行个体之间的亲子鉴定。
以上所述的用于克氏原螯虾亲子鉴定的方法,PCR反应体系为:10×PCR Buffer2.5ul,2.5mmol/L dNTP 0.5ul,MgCl2 1.5ul,每组反应体系两对引物的上下游引物各1ul,Taq酶0.4ul,DNA模板3ul,超纯水13.1ul。
4.根据权利要求2所述的用于克氏原螯虾亲子鉴定的方法,其特征在于,PCR反应程序为:95℃预变性3min;95℃变性30s,退火温度56℃复性30s,72℃延伸30s,30个循环;72℃延伸10min;4℃保存。
以上所述的用于克氏原螯虾亲子鉴定的方法,PCR产物用12%的非变性聚丙烯酰胺胶进行电泳。
与现有技术相比,本发明具有以下的优点:
本发明提供了5组克氏原螯虾微卫星标记的双重PCR反应体系。利用本发明可以快速进行个体之间的亲子鉴定,继而确定个体之间的亲缘关系,避免了群体之间近亲繁殖。本发明的扩增结果具有高度的多态性和稳定性,并且本发明所消耗的财力和人力都比传统的PCR反应减少了一半,具有巨大的实用价值。
本发明对反应体系的各参数,包括退火温度、引物浓度、dNTP浓度、循环次数等进行优化,达到通过一个PCR反应同时对两个微卫星引物进行检测。本发明提供的引物组具有高效性,每个位点具有多态性。通过实施例证明本方法可以实现子代精确找到亲本,达到亲子鉴定的目的。本发明首次提出克氏原螯虾的双重PCR用于遗传鉴定的方法,为克氏原螯虾的遗传管理提供了坚实的基础。
附图说明
图1为实施例1中聚丙烯酰胺电泳结果图;
图2为实施例3中聚丙烯酰胺凝胶电泳结果图。
具体实施方式
实施例1
提取克氏原螯虾DNA:
1.取克氏原螯虾,采集克氏原螯虾的尾部肌肉,提取克氏原螯虾的基因组DNA,提取方式采取传统的酚-氯仿抽提途径。
1.1每个个体取0.1g尾鳍放于1.5ml的离心管内,剪碎,加入450μLSTE抽提缓冲液(10mmol/L Tris-HCl,pH8.0;1mmol/L EDTA,pH8.0)、35μL SDS(10%)、15μL蛋白酶K(0.2%)。
1.2将离心管放入放在55℃的水浴锅内水浴1个小时至澄清透明。
1.3在离心管内加入700ul Tris饱和酚,放在震荡机上混匀30分钟,4℃下12000转/min离心10min,将上清液转移入另一个干净的eppendorf管中(注意用尖端剪平的1mL管头吸取上清液,以防混淆下层沉淀)。
1.4在上清液中加入等体积酚仿醇混合物(酚、氯仿、异戊醇比例为25:24:1),振荡混匀15min后,4℃下12000转/min离心10min,吸上清液于另一新Eppendorf管中。
1.5上清液中加入等体积氯仿,振荡混匀15min后,4℃下12000转/min离10min,吸取上清液。
1.6加入-20℃预冷的无水乙醇1mL沉淀DNA,收集沉淀。
1.7用70%乙醇洗涤沉淀两次,干燥后加入200μL TE(10mmol/LTris-HCl,pH 8.0;0.1mmol/L EDTA,pH 8.0),室温充分溶解。
实施例2
检验各引物的的等位基因条带大小:
从无锡、杭州、潜江、济南各地分别购买24个体成熟的克氏原螯虾,分别提取这96个个体的DNA,用表1中所述引物测试在这96个个体的等位基因条带的大小,每个引物成一个PCR反应体系,反应体系为:10×PCR Buffer 2.5ul,2.5mmol/L dNTP 0.5ul,MgCl21.5ul,每组反应体系上下游引物各1ul,Taq酶0.3ul,DNA模板3ul,超纯水15.2ul。PCR反应程序为:94℃预变性3min;94℃变性30s,退火温度复性30s,72℃延伸30s,30个循环;72℃延伸10min;4℃保存。PCR产物用10%的聚丙烯酰胺胶进行电泳和银染。用软件BIO-PROFIL判断聚丙烯酰胺胶显示的各个个体的等位基因片段的大小,判断每个引物在所有个体中的等位基因大小的范围,结果如图1所示。得出结论引物1等位基因大小的范围为229–261;引物2等位基因大小的范围为142–178;引物3等位基因大小的范围为210–260;引物4等位基因大小的范围为366–418;引物5等位基因大小的范围为198–232;引物6等位基因大小的范围为324–344;引物7等位基因大小的范围为150–166;引物8等位基因大小的范围为229–239;引物9等位基因大小的范围为144–182;引物10等位基因大小的范围为424–524。
表1用于克氏原螯虾亲子鉴定的双重PCR微卫星引物
实施例3
随机取24尾克氏原螯虾,提取DNA,用权利要求1所述的引物测试在这24个个体的等位基因,每个组别成一个PCR反应体系,反应体系为:10×PCR Buffer 2.5ul,2.5mmol/LdNTP 0.5ul,MgCl2 1.5ul,每组反应体系两对引物的上下游引物各1ul,Taq酶0.3ul,DNA模板3ul,超纯水13.2ul。PCR反应程序为:94℃预变性3min;94℃变性30s,退火温度复性30s,72℃延伸30s,30个循环;72℃延伸10min;4℃保存。PCR产物用10%的聚丙烯酰胺胶进行电泳和银染。用软件BIO-PROFIL判断聚丙烯酰胺胶显示的各个个体的等位基因片段的大小,看是否引物之间发生连锁反应或者产生二聚体,结果如图2所示。结果显示五个组别的引物相互不发生连锁反应或者产生二聚体,为可用引物组合。
实施例4
本实施例提供一种用于克氏原螯虾双重PCR亲子鉴定的应用:
组建5组克氏原螯虾全同胞家系,每个全同胞家系包括父本、母本和10个子代,父母本分别为A,a,B,b,C,c,D,d,E,e。提取各个个体的DNA,分别做好标记。利用本发明提供的5组克氏原螯虾微卫星标记的双重PCR反应体系中的微卫星引物对上述克氏原螯虾个体的DNA进行PCR反应,PCR反应体系是25ul:10×PCR Buffer 2.5ul,2.5mmol/L dNTP 0.5ul,MgCl2 1.5ul,每组反应体系两对引物的上下游引物各1ul,Taq酶0.3ul,DNA模板3ul,超纯水13.2ul。PCR反应程序为:94℃预变性3min;94℃变性30s,退火温度复性30s,72℃延伸30s,30个循环;72℃延伸10min;4℃保存。PCR产物用10%的聚丙烯酰胺胶进行电泳和银染。
用软件BIO-PROFIL判断聚丙烯酰胺胶显示的各个个体的等位基因片段的大小,根据所有个体在5组双重PCR体系中的等位基因大小,用CERVUS软件计算累计排除概率。初步结果显示,5组双重PCR微卫星引物的单亲累计排除概率为0.998,父权累计排除概率为0.998,双亲累计排除概率为1.000。鉴定结果如表2显示,该实验结果和标记个体亲子关系一致,证明本方法能够进行克氏原螯虾的亲子鉴定。
表2::50个子代个体亲子鉴定结果
Claims (5)
2.一种用于克氏原螯虾亲子鉴定的方法,其特征在于,取克氏原螯虾组织待测样品;提取克氏原螯虾样品DNA;利用权利要求1所述的微卫星引物对克氏原螯虾样品DNA进行PCR扩增;把PCR扩增产物在12%的聚丙烯酰胺胶上进行电泳分离;根据分离结果统计每个个体在所有微卫星位点中PCR扩增产物的基因型;根据各个个体的基因分型结果进行个体之间的亲子鉴定。
3.根据权利要求2所述的用于克氏原螯虾亲子鉴定的方法,其特征在于,PCR反应体系为:10×PCR Buffer 2.5ul,2.5mmol/L dNTP 0.5ul,MgCl2 1.5ul,每组反应体系两对引物的上下游引物各1ul,Taq酶0.4ul,DNA模板3ul,超纯水13.1ul。
4.根据权利要求2所述的用于克氏原螯虾亲子鉴定的方法,其特征在于,PCR反应程序为:95℃预变性3min;95℃变性30s,退火温度56℃复性30s,72℃延伸30s,30个循环;72℃延伸10min;4℃保存。
5.根据权利要求2所述的用于克氏原螯虾亲子鉴定的方法,其特征在于,PCR产物用12%的非变性聚丙烯酰胺胶进行电泳。
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