CN111763720A - 用于tert基因全外显子二代测序的探针组合物、试剂及控制系统 - Google Patents

用于tert基因全外显子二代测序的探针组合物、试剂及控制系统 Download PDF

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CN111763720A
CN111763720A CN201910257073.1A CN201910257073A CN111763720A CN 111763720 A CN111763720 A CN 111763720A CN 201910257073 A CN201910257073 A CN 201910257073A CN 111763720 A CN111763720 A CN 111763720A
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sequencing
tert gene
whole exon
control system
reagent
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代冰
余艳
周鹏涛
周梅华
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Changsha Jinyu Medical Laboratory Co Ltd
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Changsha Jinyu Medical Laboratory Co Ltd
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    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6869—Methods for sequencing

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Abstract

本发明提供一种用于TERT基因全外显子二代测序的探针组合物、试剂及控制系统。所述用于TERT基因全外显子二代测序的探针组合物包括SEQ ID NO：01至SEQ ID NO：36所示的序列。本发明提供的所述用于TERT基因全外显子二代测序的探针组合物、试剂及控制系统，解决了以下现有的技术问题:1.现有技术主要检测TERT基因的点突变，检测范围有限；2.实时荧光定量PCR检测、基因芯片只能检测已知位点；3.Sanger测序检验长度小于800bp的范围；4.不能检测低频突变；5.检测多个位点时操作繁琐、费用高。

Description

用于TERT基因全外显子二代测序的探针组合物、试剂及控制 系统
技术领域
本发明涉及基因测序领域，具体涉及一种用于TERT基因全外显子二代测序的探针组合物、试剂及控制系统。
背景技术
TERT（telomerase reverse transcriptase,端粒酶逆转录酶）是指的端粒酶里面具有逆转录酶活性的催化亚基，是端粒酶的重要催化部分，影响着端粒的调控机理，从而维持细胞的永生化和致癌。TERT基因位于第5号染色体，其转录本NM_001193376.1具有15个外显子，外显子全长3275bp，TERT基因突变在黑色素瘤、脂肪瘤、肝细胞瘤、神经胶质瘤等恶性肿瘤中都有一定的检出率，且阳性患者的预后大多不良，是相关肿瘤的生物标记。
关于TERT基因的突变，目前已知研究较多的是能够增强TERT启动子活性的C228T和C250T两个点突变。
现有技术的TERT基因突变检测多为针对TERT基因启动子活性的C228T和C250T位点进行检测，存在以下局限性：1.实时荧光定量PCR检测和基因芯片检测，不能检测未知位点；2.Sanger测序的检测位点局限在800bp以内；3.涉及多个位点检测时，原有技术操作繁琐、费用高；4.不能检测低频突变。
全外显子测序的难点在于探针的设计和优化，要求探针序列组合成型后，性能稳定、操作简便，且其片段长度更加适合illumina测序平台。
发明内容
为解决现有技术的TERT基因突变检测多为针对TERT基因启动子活性的C228T和C250T位点进行检测，存在多种局限性的技术问题，本发明提供一种解决上述问题的用于TERT基因全外显子二代测序的探针组合物、试剂及控制系统。
用于TERT基因全外显子二代测序的探针组合物，包括SEQ ID NO：01至 SEQ IDNO：36所示的序列。
用于TERT基因全外显子二代测序的试剂，包括上述的探针组合物及二代测序所需试剂。
用于TERT基因全外显子二代测序的控制系统包括：
检测模块，采用上文所述的用于TERT基因全外显子二代测序的试剂进行二代测序；
显示模块，将检测结果转换为可视化数据，并将可视化的数据于显示设备进行展示；
分析模块：基于预设的质控程序对检测结果进行验证，并将验证结果于同一显示设备进行展示。
其中，运行所述检测模块包括以下步骤：
步骤一：文库构建，包括gDNA浓度检测及稀释、gDNA片段化、末端修复和A碱基的添加、接头的连接及连接产物的纯化、文库片段筛选、PCR扩增及扩增产物的纯化、终文库QC；
步骤二：杂交捕获，包括文库Pooling、变性与杂交、捕获洗脱、PCR扩增与扩增产物的纯化；
步骤三：上机测序，经过稀释、变性等步骤，调整至符合测序仪的标准，并按测序仪的标准操作进行测序、输出检测结果。
所述显示模块将步骤三中的检测结果转化为包括“5号染色体概图”、“测序结果”、“参考序列”三项数据的图表。
所述分析模块直接以所述显示模块转化得到的图表为原始数据，与预设的数据进行对比，并向所述显示模块输出检测结果。
相较于现有技术，本发明提供的所述用于TERT基因全外显子二代测序的探针组合物，经设计优化后得到的探针一共36条，具有以下优点：1.能够100%覆盖TERT基因的全外显子区域，能够全面、准确的检测待测样本TERT基因的突变情况；2.能够检测出Sanger测序、实时荧光定量PCR、基因芯片所不能检测出的低频突变，具有极高的科研、临床价值，且操作简单、成本较低。
附图说明
图1是探针法 TERT 二代测序结果概图；
图2是探针法 TERT 二代测序结果细节图。
具体实施方式
下面将对本发明实施例中的技术方案进行清楚、完整地描述，所描述的实施例仅是本发明的一部分实施例，而不是全部的实施例。
实施例1：
用于TERT基因全外显子二代测序的探针组合物包括SEQ ID NO：01~ SEQ ID NO：36所示的序列。
将36条探针按照每管100p的标准稀释，取一个新的1.5ml离心管，将每种探针分别加入2ul，补水至总体积为200ul。维持终浓度是1pmol，震荡混匀，-20℃保存备用。
用于TERT基因全外显子二代测序的试剂包括上述探针组合物及二代测序所需的试剂，具体的内容在以下用于TERT基因全外显子二代测序的方法中说明。
用于TERT基因全外显子二代测序的方法为采用上述的试剂对TERT基因全外显子进行二代测序，包括以下步骤：
1、gDNA浓度检测及稀释：Qubit3.0测定gDNA样品浓度，将样品稀释至10 ng/ul，样品体积大于35ul，总DNA质量大于350ng。
2、gDNA片段化、末端修复和A碱基的添加，包括：
2.1、将FX Buffer和FX Enzyme Mix从-20℃取出冰上解冻，混匀，微离心；
2.2、配制反应体系：
Figure DEST_PATH_IMAGE002A
2.3、吹打混匀，微离心。
2.4、将PCR仪的热盖温度调至70℃并使加热板预先冷却至4℃，按下表设置反应程序进行反应：
Figure DEST_PATH_IMAGE004
3、接头的连接及连接产物的纯化，包括：
3.1、将Ligation Buffer、DNA ligase和Aapter从-20℃取出冰上解冻，混匀，微离心；
并预先取出 Agencourt AMPure XP beads放置室温；
3.2、配制接头连接反应体系：
Figure DEST_PATH_IMAGE006
3.3、吹打混匀，微离心；
3.4、20℃孵育30分钟（PCR仪的热盖调为：Lif off）；
3.5、取一新的EP管，将连接产物与80ul（0.8ｘ）Agencourt AMPure XP beads混匀，室温孵育5分钟；
3.6、磁力架上放置2分钟，弃上清；
3.7、加入200 ul新鲜配制的80%乙醇，转动EP管几次，静置30 s后吸去上清；
3.8、重复（3.7）步骤一次；
3.9、室温放置5-10分钟干燥磁珠；
3.10、将EP管从磁力架上取下，加入52.5 ul Resuspension Buffer重悬磁珠，室温静置2分钟，磁力架上放置2分钟，转移50 ul上清至新的EP管中。
4、文库片段筛选，包括：
4.1、在50ul文库中加入35ul Agencourt AMPure XP beads，吹打混匀，室温放置5分钟；
4.2、微离心后放置磁力架上2分钟，移取上清至新的96孔板中，并加入10ul AgencourtAMPure XP beads，吹打混匀，室温静置5分钟；
4.3、微离心，放置磁力架上2分钟，弃上清；
4.4、加入100 ul新鲜配制的80%乙醇，静置30s，吸去上清；
4.5、重复上一步骤一次；
4.6、室温放置5-10分钟干燥磁珠；
4.7、将96孔板从磁力架上取下，加入26 ul Resuspension Buffer重悬磁珠，室温静置2分钟，微离心后放置磁力架上2分钟，转移23.5 ul上清至新的96孔板中进行下一步PCR反应。
5、PCR扩增及扩增产物的纯化，包括：
5.1、将HiFi PCR Master Mix和Primer Mix从-20℃取出冰上解冻，混匀，微离心；
5.2、配制PCR反应体系：
试剂 体积（ul）
HiFi PCR Master Mix，2x 25
Primer Mix (10 μM each) 1.5
Library DNA 23.5
总量 50
5.3、吹打混匀，微离心；
5.4、PCR扩增反应程序：
温度 时间 循环数
98℃ 1min 1
98℃ 20s 8
60℃ 30s
72℃ 30s
72℃ 1min 1
10℃ ∞ 1
5.5、取一新的EP管，将PCR产物与50 ul（1.0ｘ）Agencourt AMPure XP beads混匀，室温孵育5分钟；
5.6、磁力架上放置2分钟，弃上清；
5.7、加入200 ul新鲜配制的80%乙醇，转动EP管几次，静置30 s后吸去上清；
5.8、重复（5.7）步骤一次；
5.9、室温放置5-10分钟干燥磁珠；
5.10、将EP管从磁力架上取下，加入20 ul Resuspension Buffer重悬磁珠，室温静置2分钟，磁力架上放置2分钟，转移17 ul上清至新的EP管中，-20℃保存。
6、终文库QC，包括：
6.1、用Qubit3.0对终文库进行浓度测定（文库浓度处于30—50ng/ ul）；
6.2、采用琼脂糖凝胶电泳检测文库片段大小，片段大小处于200-500bp左右。
7、文库Pooling：取出构号的文库，按照200 ng/sample；每个pool不超过6000 ng的量混合文库于0.2ml PCR管中，建好的文库于-20℃保存。
8、变性与杂交，包括：
8.1、-20℃冰箱取出COT Human DNA和xGen® Universal Blockers，溶解后震荡离心；
8.2、向pooling文库中加入以下试剂：
试剂 体积（ul） 耗材类型
混合文库 <6000ng 0.2ml PCR管
Human Cot-1 DNA® 5
xGen® Universal Blockers-TS Mix 2
总量 7
8.3、将PCR管放至真空抽滤系统（60℃）干燥成干粉，约20min；（预热15min，选择V-AQ模式，Brake-off）；
8.4、根据下表向干粉中依次加入相应试剂，吹打混匀后室温放置5min，置于PCR仪上进行变性反应：
试剂 体积（ul）
xGen 2X Hybridization Buffer 8.5
xGen Hybridization Buffer Enhancer 2.7
Nuclease-Free Water 1.8
总量 13
反应程序为：
温度 时间 循环数
95℃ 10min
4℃ ∞
8.5、反应结束后将样本放置冰板上，加入4 ul探针混合液；
8.6、混匀，置于PCR仪上反应16-18h；
反应程序为：
温度 时间 循环数
65℃ ∞
（热盖温度：75℃）。
9、捕获洗脱，包括：
9.1、取出Dynabeads® M-270 Streptavidin beads捕获磁珠平衡至室温。按下表配制xGen 2X Bead Wash Buffer；
试剂 原体积(ul) ddH2O体积(ul) 1X Buffer(ul)
xGen 2X Bead Wash Buffer 250 250 500
9.2、吸取100 ul /Pool M270捕获磁珠，放置磁力架上，弃上清，加入200 ul 1X BeadWash Buffer重悬磁珠，离心后放置磁力架上，弃上清；重复清洗磁珠一次；
9.3、捕获磁珠重悬：加入100 ul 1X Bead Wash Buffer重悬磁珠，并转移至0.2mL PCR管中，离心后放置磁力架上，弃上清；
9.4、磁珠与杂交产物结合：将杂交产物17 ul转移至捕获磁珠中，吹打重悬磁珠后放置PCR仪（65℃，热盖75℃）孵育45min，中间间隔15min振荡混匀一次；
9.5、buffer配制：根据下表配制1X Wash Buffer I、1X Wash Buffer II、1X WashBuffer III和1X Stringent Wash Buffer，将100ul 1X Wash Buffer I/Pool和400 ul 1XStringent Wash Buffer放置于65℃中温育；按下表配制1X Bead Wash Buffer；
试剂 原体积(ul) ddH2O体积(ul) 1X Buffer(ul) 备注
xGen 10X Wash Buffer I 30 270 300 100ul 65℃ 预热
xGen 10X Wash Buffer II 20 180 200
xGen 10X Wash Buffer III 20 180 200
xGen 10X Stringent Wash Buffer 40 360 400 65℃ 预热
xGen 2X Bead Wash Buffer 250 250 500
10、PCR扩增与扩增产物的纯化，包括：
10.1、试剂解冻后震荡离心，按下表分装：
试剂 体积（ul）
KAPA HiFi HotStart ReadyMix 25
Post-LM-PCR Oligos 5
总体积 30
带磁珠产物 20
反应体系总体积 50
10.2、按上表加入Mix，混匀，微离心后置于PCR仪上反应；
反应程序为：
Figure DEST_PATH_IMAGE008
10.3、扩增完成后，将PCR管置于磁力架上，吸取50ul上清到新的1.5mL的EP管中，并加入75ul Agencourt AMPure XP beads，混匀，室温放置5min；
10.4、微离心后，置于磁力架上2min，弃上清；
10.5、加入200.0 ul 80%乙醇，静置30 s，弃上清；
10.6、加入200.0 ul 80%乙醇，静置30 s，弃上清；
10.7、室温放置10 min，待磁珠干燥；
10.8、加入22.0 ul Resuspension Buffer (RSB)，重悬磁珠；
10.9、室温静置2 min，离心后磁力架上放置2min；
10.10、转移20.0 ul上清至新0.2 mL PCR管中，放置4℃或-20℃中保存；
10.11、用Qubit®3.0 Fluorometer测定浓度并记录。
11、上机测序，包括：
11.1、将文库用Resuspension Buffer (RSB)稀释至1.0nM；
11.2、制备20.0ul 0.2N的NaOH；
11.3、将20.0ul 1nM的混合文库与20.0ul 0.2N的NaOH混匀，室温变性5min；
11.4、与960.0ul Hybridization Buffer混匀；
11.5、移取100.0ul与1200.0ul Hybridization Buffer混匀，加入至ReagentCartridge 10号孔。
12、按illumina NextSeq550二代测序仪的标准操作流程测序。
13、分析结果：
请同时参阅图1、图2，分别是探针法TERT二代测序结果概图和细节图。测序结果经过去除接头、重复序列、低质量序列等生物信息学处理之后，利用igv 软件打开，结果如下图1和图2 所示。
图中由上至下表示的信息均依次为：“5号染色体概图”、“测序结果”、“参考序列”，由图示可以直观的看出本款探针有效。
实施例2：
通过用于TERT基因全外显子二代测序控制系统，控制专用设备来实施实施例1中所述的用于TERT基因全外显子二代测序方法。
以上所述仅为本发明的实施例，并非因此限制本发明的专利范围，凡是利用本发明说明书内容所作的等效结构或等效流程变换，或直接或间接运用在其它相关的技术领域，均同理包括在本发明的专利保护范围之内。
序列表
<110> 长沙金域医学检验所有限公司
<120> 用于TERT基因全外显子二代测序的探针组合物、试剂及控制系统
<130> 0006
<160> 36
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 120
<212> DNA
<213> Artificial sequence
<400> 1
gccccggcca cccccgcgat gccgcgcgct ccccgctgcc gagccgtgcg ctccctgctg 60
cgcagccact accgcgaggt gctgccgctg gccacgttcg tgcggcgcct ggggccccag 120
<210> 2
<211> 120
<212> DNA
<213> Artificial sequence
<400> 2
ggctggcggc tggtgcagcg cggggacccg gcggctttcc gcgcgctggt ggcccagtgc 60
ctggtgtgcg tgccctggga cgcacggccg ccccccgccg ccccctcctt ccgccaggtg 120
<210> 3
<211> 120
<212> DNA
<213> Artificial sequence
<400> 3
atgcggagag cagcgcaggc gactcagggc gcttcccccg caggtgtcct gcctgaagga 60
gctggtggcc cgagtgctgc agaggctgtg cgagcgcggc gcgaagaacg tgctggcctt 120
<210> 4
<211> 120
<212> DNA
<213> Artificial sequence
<400> 4
caccccagca gccggtgtct gtgcccggga gaagccccag ggctctgtgg cggcccccga 60
ggaggaggac acagaccccc gtcgcctggt gcagctgctc cgccagcaca gcagcccctg 120
<210> 5
<211> 120
<212> DNA
<213> Artificial sequence
<400> 5
gcaggtgtac ggcttcgtgc gggcctgcct gcgccggctg gtgcccccag gcctctgggg 60
ctccaggcac aacgaacgcc gcttcctcag gaacaccaag aagttcatct ccctggggaa 120
<210> 6
<211> 120
<212> DNA
<213> Artificial sequence
<400> 6
gcatgccaag ctctcgctgc aggagctgac gtggaagatg agcgtgcggg actgcgcttg 60
gctgcgcagg agcccaggtg aggaggtggt ggccgtcgag ggcccaggcc ccagagctga 120
<210> 7
<211> 120
<212> DNA
<213> Artificial sequence
<400> 7
cggcttcgcg ctgctggacg gggcccgcgg gggccccccc gaggccttca ccaccagcgt 60
gcgcagctac ctgcccaaca cggtgaccga cgcactgcgg gggagcgggg cgtgggggct 120
<210> 8
<211> 120
<212> DNA
<213> Artificial sequence
<400> 8
gctgctgcgc cgcgtgggcg acgacgtgct ggttcacctg ctggcacgct gcgcgctctt 60
tgtgctggtg gctcccagct gcgcctacca ggtgtgcggg ccgccgctgt accagctcgg 120
<210> 9
<211> 120
<212> DNA
<213> Artificial sequence
<400> 9
cgctgccact caggcccggc ccccgccaca cgctagtgga ccccgaaggc gtctgggatg 60
cgaacgggcc tggaaccata gcgtcaggga ggccggggtc cccctgggcc tgccagcccc 120
<210> 10
<211> 120
<212> DNA
<213> Artificial sequence
<400> 10
gggtgcgagg aggcgcgggg gcagtgccag ccgaagtctg ccgttgccca agaggcccag 60
gcgtggcgct gcccctgagc cggagcggac gcccgttggg caggggtcct gggcccaccc 120
<210> 11
<211> 120
<212> DNA
<213> Artificial sequence
<400> 11
gggcaggacg cgtggaccga gtgaccgtgg tttctgtgtg gtgtcacctg ccagacccgc 60
cgaagaagcc acctctttgg agggtgcgct ctctggcacg cgccactccc acccatccgt 120
<210> 12
<211> 120
<212> DNA
<213> Artificial sequence
<400> 12
gggccgccag caccacgcgg gccccccatc cacatcgcgg ccaccacgtc cctgggacac 60
gccttgtccc ccggtgtacg ccgagaccaa gcacttcctc tactcctcag gcgacaagga 120
<210> 13
<211> 120
<212> DNA
<213> Artificial sequence
<400> 13
gcagctgcgg ccctccttcc tactcagctc tctgaggccc agcctgactg gcgctcggag 60
gctcgtggag accatctttc tgggttccag gccctggatg ccagggactc cccgcaggtt 120
<210> 14
<211> 120
<212> DNA
<213> Artificial sequence
<400> 14
gccccgcctg ccccagcgct actggcaaat gcggcccctg tttctggagc tgcttgggaa 60
ccacgcgcag tgcccctacg gggtgctcct caagacgcac tgcccgctgc gagctgcggt 120
<210> 15
<211> 120
<212> DNA
<213> Artificial sequence
<400> 15
tggcatgtcc ttctcgttta aggggttggc tgtgttccgg ccgcagagca ccgtctgcgt 60
gaggagatcc tggccaagtt cctgcactgg ctgatgagtg tgtacgtcgt cgagctgctc 120
<210> 16
<211> 120
<212> DNA
<213> Artificial sequence
<400> 16
aggtctttct tttatgtcac ggagaccacg tttcaaaaga acaggctctt tttctaccgg 60
aagagtgtct ggagcaagtt gcaaagcatt ggaatcaggt actgtatccc cacgccaggc 120
<210> 17
<211> 120
<212> DNA
<213> Artificial sequence
<400> 17
gcaagcctcc tgaggggctc tctattgcag acagcacttg aagagggtgc agctgcggga 60
gctgtcggaa gcagaggtca ggcagcatcg ggaagccagg cccgccctgc tgacgtccag 120
<210> 18
<211> 120
<212> DNA
<213> Artificial sequence
<400> 18
actccgcttc atccccaagc ctgacgggct gcggccgatt gtgaacatgg actacgtcgt 60
gggagccaga acgttccgca gagaaaagag ggtggctgtg ctttggttta acttcctttt 120
<210> 19
<211> 120
<212> DNA
<213> Artificial sequence
<400> 19
cctgactgtc tcccatgctg tccccgccag gccgagcgtc tcacctcgag ggtgaaggca 60
ctgttcagcg tgctcaacta cgagcgggcg cggcgccccg gcctcctggg cgcctctgtg 120
<210> 20
<211> 120
<212> DNA
<213> Artificial sequence
<400> 20
ctgggcctgg acgatatcca cagggcctgg cgcaccttcg tgctgcgtgt gcgggcccag 60
gacccgccgc ctgagctgta ctttgtcaag gtgggtgccg gggacccccg tgagcagccc 120
<210> 21
<211> 120
<212> DNA
<213> Artificial sequence
<400> 21
tctgcgtggc cactgtcagt ctcctcgcct ccactcacac aggtggatgt gacgggcgcg 60
tacgacacca tcccccagga caggctcacg gaggtcatcg ccagcatcat caaaccccag 120
<210> 22
<211> 120
<212> DNA
<213> Artificial sequence
<400> 22
aacacgtact gcgtgcgtcg gtatgccgtg gtccagaagg ccgcccatgg gcacgtccgc 60
aaggccttca agagccacgt aaggttcacg tgtgatagtc gtgtccagga tgtgtgtctc 120
<210> 23
<211> 120
<212> DNA
<213> Artificial sequence
<400> 23
ctctgccggc aggtctctac cttgacagac ctccagccgt acatgcgaca gttcgtggct 60
cacctgcagg agaccagccc gctgagggat gccgtcgtca tcgagcaggt ctgggcactg 120
<210> 24
<211> 120
<212> DNA
<213> Artificial sequence
<400> 24
cccgtctgct ttcgcagagc tcctccctga atgaggccag cagtggcctc ttcgacgtct 60
tcctacgctt catgtgccac cacgccgtgc gcatcagggg caagtgagtc aggtggccag 120
<210> 25
<211> 120
<212> DNA
<213> Artificial sequence
<400> 25
caggtcctac gtccagtgcc aggggatccc gcagggctcc atcctctcca cgctgctctg 60
cagcctgtgc tacggcgaca tggagaacaa gctgtttgcg gggattcggc gggacgggtg 120
<210> 26
<211> 120
<212> DNA
<213> Artificial sequence
<400> 26
gctgtgtatt ttcccttatt ttaggctgct cctgcgtttg gtggatgatt tcttgttggt 60
gacacctcac ctcacccacg cgaaaacctt cctcaggtga ggcccgtgcc gtgtgtctgt 120
<210> 27
<211> 120
<212> DNA
<213> Artificial sequence
<400> 27
gggctgacat tgcccctctg ccttaggacc ctggtccgag gtgtccctga gtatggctgc 60
gtggtgaact tgcggaagac agtggtgaac ttccctgtag aagacgaggc cctgggtggc 120
<210> 28
<211> 120
<212> DNA
<213> Artificial sequence
<400> 28
acggcttttg ttcagatgcc ggcccacggc ctattcccct ggtgcggcct gctgctggat 60
acccggaccc tggaggtgca gagcgactac tccaggtgag cgcacctggc cggaagtgga 120
<210> 29
<211> 120
<212> DNA
<213> Artificial sequence
<400> 29
gagggggctg ggtgtggggc aggcacctgt gtctgacatt cccccctgtg tctcagctat 60
gcccggacct ccatcagagc cagtctcacc ttcaaccgcg gcttcaaggc tgggaggaac 120
<210> 30
<211> 120
<212> DNA
<213> Artificial sequence
<400> 30
atgcgtcgca aactctttgg ggtcttgcgg ctgaagtgtc acagcctgtt tctggatttg 60
caggtgagca ggctgatggt cagcacagag ttcagagttc aggaggtgtg tgcgcaagta 120
<210> 31
<211> 120
<212> DNA
<213> Artificial sequence
<400> 31
cgtttctcac tctttcttgg cgactctagg tgaacagcct ccagacggtg tgcaccaaca 60
tctacaagat cctcctgctg caggcgtaca ggtgagccgc caccaagggg tgcaggccca 120
<210> 32
<211> 120
<212> DNA
<213> Artificial sequence
<400> 32
ccacgagcac cgtctgatta ggaggccttt cctctgacgc tgtccgccat cctctcaggt 60
ttcacgcatg tgtgctgcag ctcccatttc atcagcaagt ttggaagaac cccacatttt 120
<210> 33
<211> 120
<212> DNA
<213> Artificial sequence
<400> 33
tcctgcgcgt catctctgac acggcctccc tctgctactc catcctgaaa gccaagaacg 60
caggtatgtg caggtgcctg gcctcagtgg cagcagtgcc tgcctgctgg tgttagtgtg 120
<210> 34
<211> 120
<212> DNA
<213> Artificial sequence
<400> 34
ggaggggagc tgggctgggc ctgtgactcc tcagcctctg ttttccccca gggatgtcgc 60
tgggggccaa gggcgccgcc ggccctctgc cctccgaggc cgtgcagtgg ctgtgccacc 120
<210> 35
<211> 120
<212> DNA
<213> Artificial sequence
<400> 35
aagcattcct gctcaagctg actcgacacc gtgtcaccta cgtgccactc ctggggtcac 60
tcaggacagg caagtgtggg tggaggccag tgcgggcccc acctgcccag gggtcatcct 120
<210> 36
<211> 120
<212> DNA
<213> Artificial sequence
<400> 36
gattttggcc ccgcagccca gacgcagctg agtcggaagc tcccggggac gacgctgact 60
gccctggagg ccgcagccaa cccggcactg ccctcagact tcaagaccat cctggactga 120

Claims (6)

1.一种用于TERT基因全外显子二代测序的探针组合物，其特征在于：包括SEQ ID NO：01至 SEQ ID NO：36所示的序列。
2.一种用于TERT基因全外显子二代测序的试剂，其特征在于：包括权利要求1所述的用于TERT基因全外显子二代测序的探针组合物及二代测序所需试剂。
3.一种用于TERT基因全外显子二代测序的控制系统，其特征在于，包括：
检测模块，采用权利要求2所述的用于TERT基因全外显子二代测序的试剂进行二代测序；
显示模块，将检测结果转换为可视化数据，并将可视化的数据于显示设备进行展示；
分析模块：基于预设的质控程序对检测结果进行验证，并将验证结果于同一显示设备进行展示。
4.根据权利要求3所述的用于TERT基因全外显子二代测序的控制系统，其特征在于：
运行所述检测模块，包括以下步骤：
步骤一：文库构建，包括gDNA浓度检测及稀释、gDNA片段化、末端修复和A碱基的添加、接头的连接及连接产物的纯化、文库片段筛选、PCR扩增及扩增产物的纯化、终文库QC；
步骤二：杂交捕获，包括文库Pooling、变性与杂交、捕获洗脱、PCR扩增与扩增产物的纯化；
步骤三：上机测序，经过稀释、变性等步骤，调整至符合测序仪的标准，并按测序仪的标准操作进行测序、输出检测结果。
5.根据权利要求4所述的用于TERT基因全外显子二代测序的控制系统，其特征在于：
所述显示模块将步骤三中的检测结果转化为包括“5号染色体概图”、“测序结果”、“参考序列”三项数据的图表。
6.根据权利要求5所述的用于TERT基因全外显子二代测序的控制系统，其特征在于：
所述分析模块直接以所述显示模块转化得到的图表为原始数据，与预设的数据进行对比，并向所述显示模块输出检测结果。
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Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN107723352A (zh) * 2016-08-12 2018-02-23 嘉兴允英医学检验有限公司 一种循环肿瘤dna肝癌驱动基因高通量检测方法
US20180216192A1 (en) * 2007-12-05 2018-08-02 The Johns Hopkins University ALTERNATIVE SPLICE VARIANT PATTERNS OF HUMAN TELOMERASE REVERSE TRANSCRIPTASE (hTERT) IN THYROID TUMORS TO DISTINGUISH BENIGN FROM MALIGNANT

Patent Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US20180216192A1 (en) * 2007-12-05 2018-08-02 The Johns Hopkins University ALTERNATIVE SPLICE VARIANT PATTERNS OF HUMAN TELOMERASE REVERSE TRANSCRIPTASE (hTERT) IN THYROID TUMORS TO DISTINGUISH BENIGN FROM MALIGNANT
CN107723352A (zh) * 2016-08-12 2018-02-23 嘉兴允英医学检验有限公司 一种循环肿瘤dna肝癌驱动基因高通量检测方法

Non-Patent Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
WICK M.等: "AH007699.2", 《GENBANK》 *
佚名: "NM_001193376.1", 《GENBANK》 *

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