CN111454288A - 含酚羟基的亚膦酰胺、制备方法及其应用 - Google Patents
含酚羟基的亚膦酰胺、制备方法及其应用 Download PDFInfo
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Abstract
本发明提供了含酚羟基的亚膦酰胺、制备方法及其应用。具体地,本发明公开了如式I所示的化合物,及其制备方法和作为固体合成单元的用途。利用本发明式I化合物可以简单高效地将放射性核素标记到核酸适体、siRNA或mRNA等核酸上,从而制备诊断试剂和治疗药物。
Description
技术领域
本发明属于固相合成试剂领域,具体地,本发明涉及含酚羟基的亚膦酰胺、制备方法及其应用。
背景技术
20世纪初,特别从40年代起,人们一直在探索各种标记方法,常用的方法有:化学合成法、生物化学法、同位素交换法。化学合成法是通过化学反应将放射性核素引入化合物中,合成步骤较多,必须有较高的反应产物,标记化合物必须在完全密封的系统内有机合成,且不能得到纯的光学异构体形式,故对生物大分子的标记显得无能为力。生物化学法主要用于碳14的标记,其次是磷32、硫35的标记,不能用来制备其他标记类型的标记化合物,产额低,标记位置不易控制,易造成类似标记物,增加了标记的分离和提纯的难度。同位素交换法适宜于对天然化合物或结构复杂的药物的标记,其缺点是放射性核素的利用率低,标记位置常常不可预知,比活度低,产品纯化困难等。
因此,本领域迫切需要开发一种能够简单、高效标记放射性核素的方法。
发明内容
本发明的目的是提供一种能够简单、高效标记放射性核素的方法。
本发明的另一目的是提供一种作为固相合成试剂的含酚羟基的亚膦酰胺、制备方法及其应用。
本发明的第一方面,提供了一种式I化合物,或其药学上可接受的盐,
其中,
X选自下组:-CO-、-CH2-或-Si(Ra)(Rb)-,其中Ra和Rb各自独立地选自下组:H、卤素、取代或未取代的C1-C6的烷基、或取代或未取代的C1-C6的烷氧基;
R1选自下组:H、卤素、取代或未取代的C1-C6的烷基、取代或未取代的C2-C6的烯基、取代或未取代的C1-C6的烷氧基、或取代或未取代的苯基;
R2为位于苯环结构单元上的一个或多个选自下组的取代基:H、卤素、取代或未取代的C1-C6的烷基、或取代或未取代的C1-C6的烷氧基;
各R3、R4独立地选自下组:H、卤素、取代或未取代的C1-C6的烷基、或取代或未取代的C1-C6的烷氧基;
L1、L2各自独立地为取代或未取代的选自下组的二价连接基:-CH2-、-CH(CH3)-、-OCH2-、-CH2O-、-CH2OCH2-、或-CH2OCH2CH2-;
m、n各自独立地为0、1、2或3;
且当X为-Si(Ra)(Rb)-时,R2不为H;
且所述的取代指被一个或多个选自下组的基团取代:卤素原子、C1-C6烷基或卤代烷基、C2-C6烯基、C1-C6烷氧基或卤代烷氧基、羟基、硝基、或-NH2。
在另一优选例中,所述m、n各自独立地为0或1。
在另一优选例中,所述m=1,且n=1或0。
在另一优选例中,所述的-OXR1为选自下组的基团:-OAc、-OBn、-OMOM、-CH2-CH=CH2、或-OTIPS。
在另一优选例中,所述X为-CO-,且R1为取代或未取代的C1-C6的烷基。
在另一优选例中,所述X为-CO-,且R1为甲基、乙基、丙基或异丙基。
在另一优选例中,所述X-R1为-CO-C1-4烷基,较佳地为-CO-CH3。
在另一优选例中,所述X为-CH2-,且R1为取代或未取代的C2-C6的烯基、取代或未取代的C1-C6的烷氧基、或取代或未取代的苯基。
在另一优选例中,所述X为-CH2-,且R1为C2-C4的烯基、C1-C4的烷氧基、或苯基。
在另一优选例中,所述X-R1为-CH2-C=CH2、-CH2-O-CH3、或-CH2-苯基。
在另一优选例中,所述Ra和Rb各自独立地为选自下组的基团:H、甲基、甲氧基、乙基、乙氧基、丙基、异丙基、丁基、叔丁基、或苯基。
在另一优选例中,所述X-R1为三异丙基硅基(TIPS)。
在另一优选例中,所述R2选自下组:H、C1-C4烷基或C1-C4烷氧基。
在另一优选例中,所述R2选自下组:H、CH3、-O-CH3、或Cl。
在另一优选例中,所述X为-Si(Ra)(Rb)-,且R2为卤素(较佳地,R2为Cl)。
在另一优选例中,所述R4为H或CH3。
在另一优选例中,所述式I化合物选自下组:
本发明的第二方面,提供了如本发明第一方面所述的式I化合物的制备方法,包括以下步骤:
(i)提供具有式Ia结构的化合物;
其中,m、n、L1、L2、R1、R2、R3、R4和X的定义如前所述;以及
(ii)在惰性溶剂中,将式Ia化合物与N,N-二异丙基乙基胺和2-氰乙基-N,N-二异丙基氯代亚磷酰胺反应,得到如本发明第一方面所述的式I化合物。
在另一优选例中,所述步骤(ii)包括:在二氯甲烷中,将式Ia化合物依次与N,N-二异丙基乙基胺、2-氰乙基-N,N-二异丙基氯代亚磷酰胺反应。
在另一优选例中,所述方法还包括步骤:
在惰性溶剂(较佳地为吡啶)中,用式Ib化合物得到式Ia化合物;
其中,m、n、L1、L2、R1、R2、R4和X的定义如前所述。
本发明的第三方面,提供了一种寡核苷酸,所述寡核苷酸含有如本发明第一方面所述的化合物分子作为聚合单体。
在另一优选例中,所述的寡核苷酸为DNA或RNA。
在另一优选例中,所述寡核苷酸中含有一个或多个如下式II的结构单元:
式中,m、n、L1、L2、R1、R2、R3、R4和X的定义如前所述;
且所述的寡核苷酸部分或全部由如本发明第一方面中所述的式I化合物组装而成。
在另一优选例中,所述寡核苷酸通过固相合成制备得到。
在另一优选例中,所述寡核苷酸的结构如下:
式中,-[-A-T-C-G-]-为任意序列DNA或RNA寡核苷酸序列,m、n、L1、L2、R1、R2、R4和X的定义如前所述。
在另一优选例中,所述寡核苷酸还含有一个或多个靶标结合序列。
在另一优选例中,所述寡核苷酸含有一个靶标结合序列,且所述式II结构单元位于靶标结合序列的5’端或3’端。
在另一优选例中,在串联的多个(如2个、3个或4个)相同或不同的靶标结合序列中,设有位于两个相邻的靶标结合序列之间的核酸连接序列,较佳地,所述核酸连接序列的长度为4-8bp。
在另一优选例中,所述寡核苷酸含有多个靶标结合序列,其中各靶标结合序列可以相同或不同。
在另一优选例中,所述式II结构单元位于任一靶标结合序列的5’端或3’端。
在另一优选例中,所述寡核苷酸含有多个式II结构单元,各式II结构单元可位于任一靶标结合序列的5’端或3’端。
在另一优选例中,所述靶标结合序列选自下组:核酸适体序列、siRNA、microRNA。
在另一优选例中,所述核酸适体序列为单个核酸适体、或串联的多个(如2、3、4个)相同或不同的核酸适体。
在另一优选例中,所述核酸适体包括单特异核酸适体、双特异核酸适体、或多特异核酸适体。
在另一优选例中,所述双特异核酸适体或多特异核酸适体是指,可以同时靶向两种或多种靶标的核酸适体。
在另一优选例中,所述寡核苷酸靶向(或特异性结合于)选自下组的靶标:蛋白、糖链、或其组合。例如,肿瘤表面异常表达的蛋白,PTK7、EGFR、HER2等。
在另一优选例中,所述寡核苷酸还可偶联或标记药物、毒素、放射性核素、或其组合。
在另一优选例中,所述的放射性核素包括:
(i)诊断用同位素,所述的诊断用同位素选自下组:I-123、I-125、I-131、或其组合;和/或
(ii)治疗用同位素,所述的治疗用同位素选自下组:I-125、I-131、或其组合。
在另一优选例中,所述的放射性核素为I-125或I-131。
本发明的第四方面,提供了如本发明第一方面所述的式I化合物或其药学上可接受的盐、或本发明第三方面所述的寡核苷酸的用途,用于(a)制备检测试剂或试剂盒;和/或(b)制备治疗肿瘤的药物组合物。
在本发明的另一方面,提供了一种制剂,所述制剂包括:(i)如本发明第一方面所述的式I化合物或其药学上可接受的盐、或本发明第三方面所述的寡核苷酸;(ii)药学上可接受的载体。
应理解,在本发明范围内中,本发明的上述各技术特征和在下文(如实施例)中具体描述的各技术特征之间都可以互相组合,从而构成新的或优选的技术方案。限于篇幅,在此不再一一累述。
附图说明
图1显示了通过传统的化学合成法得到核酸适体-核素偶联物的过程。
图2显示了通过固相合成的方法得到偶联物的过程。固相合成法是直接通过DNA合成仪将单元单体与核酸适体连接,再进行核素标记。与传统方法相比,该方法操作简单,经济高效。
具体实施方式
本发明人经过广泛而深入的研究,首次意外地发现。在合成核酸过程中引入本发明式I化合物作为聚合单体,可特异地在合成的核酸中特定的位置偶联或标记放射性核素,且标记率高、比活度高,产品纯化简单。特别地,利用本发明式I化合物可以简单高效地将各种同位素碘标记到核酸适体、siRNA或mRNA等核酸上,从而制备诊断试剂和治疗药物。在此基础上,发明人完成了本发明。
术语说明
除非另外定义,否则本文中所用的全部技术与科学术语均具有如本发明所属领域的普通技术人员通常理解的相同含义。
如本文所用,在提到具体列举的数值中使用时,术语“约”意指该值可以从列举的值变动不多于1%。例如,如本文所用,表述“约100”包括99和101和之间的全部值(例如,99.1、99.2、99.3、99.4等)。
如本文所用,术语“含有”或“包括(包含)”可以是开放式、半封闭式和封闭式的。换言之,所述术语也包括“基本上由…构成”、或“由…构成”。
术语“取代”指被取代的基团(如苯环)上一个或多个氢原子被替换成卤素原子、C1-C6烷基或卤代烷基、C2-C6烯基、C1-C6烷氧基或卤代烷氧基、羟基、硝基、-NH2、或类似基团。
术语“卤素”指氟、氯、溴、或碘。术语“卤代的”指被相同或不同的一个或多个上述卤原子取代的基团,例如三氟甲基、五氟乙基、或类似基团。
如本文所用,术语“单体单元”、“本发明固相合成单元”、
如本文所用,术语“本发明的多聚核酸”、“本发明的寡核苷酸”、“本发明聚合物”可互换使用,都指用本发明式I的化合物作为单体(或单元)以替换天然核苷酸,通过单体(或核苷酸)之间的聚合反应,从而形成的核酸聚合物。应理解,为了表述方便,该本发明的寡核苷酸中可以含有或不含有真正的核苷酸。应理解,本发明的寡核苷酸可以是寡聚物或多聚物;也可以是单链或双链。
在另一优选例中,X、R1、R2、R3、R4、L1、L2、m、n各自独立地为各个实施例中的具体化合物中的相应基团。
本发明寡核苷酸的应用
传统的癌症治疗方法包括手术治疗、放射治疗和化学药物治疗。而化疗是应用最为广泛的一种治疗方法,但是其特异性差,会对正常组织造成损伤。毒性和副作用过大限制了剂量的应用,导致治疗有效率低,而且不同化疗药物的交叉抵抗与肿瘤复发相关。随着生物化学和分子生物学等学科的发展,肿瘤分子靶向治疗方法问世,研究者们发现了在癌症发生发展中起重要作用的一系列不同基因,这些基因的过表达或突变对肿瘤的生物学性状及治疗的反应有显著影响,并提出可以通过阻断这类基因过表达或突变以达到控制和治疗肿瘤的目的,即分子靶向治疗,它是一种全新的疗法,是未来肿瘤治疗的发展方向。
如今,医学影像学已经进入分子影像时代,这其中应用较为广泛的是核医学分子显像。在细胞和分子水平上观察癌症相关的功能代谢及病理改变,是核医学分子显像的独特优势,已被应用于肿瘤的诊断和检测。分子成像是一种可以分析肿瘤表皮生长因子受体表达的无创性方法。分子成像与传统的解剖成像大为不同,它可在细胞和分子水平对活体生物学过程进行定性和定量研究,可将复杂的生物过程变成直观的图像,可实现特异靶点的活体、实时、动态成像。目前常用的标记放射性核素包括18F、11C、125I、131I等。
放射性标记技术已经被广泛应用于化学、生物学和医学等领域,例如化学反应机理的研究、放射性免疫分析以及疾病的早期诊断和治疗等。靶向配体-核素偶联物是诊疗一体化良好载体,它是利用靶向配体将放射性核素定向导入肿瘤组织实现核素的靶向治疗。目前可作为主动靶向的配体或“靶向载体”的主要有核酸适体、抗体、多肽、叶酸、多糖等。
与其它配体相比,核酸适体具有以下优点:⑴核酸适体与靶细胞结合的特异性和单克隆受体相似,甚至更高。⑵核酸适体没有明显的免疫原性。⑶核酸适体分子体积较小,比单克隆抗体更易穿透组织和器官。(4)核酸适体制备方便,比单克隆抗体有更高的稳定性。(5)核酸适体结构的多样性导致其拥有广泛的受体范围。
制备核酸适体-核素偶联物的常用方法是化学合成法及固相合成法。本发明开发出一种可进行碘131标记、含亚膦酰胺的固相模块,用于合成相应的核素适体。相比于常规的化学合成,固相合成能够在核素适体的任意位置对其进行修饰,且操作简单,精确度高。
本发明提供的实施例1-6中合成得到的固相合成单元可方便地在核酸上标记125I、131I。其中利用125I低能内转换电子,可以进行放射自显影,如作甲状腺肿瘤活组织检查其中。131I是β衰变核素,发射β射线(99%)和γ射线(1%)。在核医学中,131I除了以NaI溶液的形式直接用于甲状腺功能检查和甲状腺疾病治疗外,还可用来标记许多化合物,供体内或体外诊断疾病用。其发射的β射线,可有效破坏细胞内的DNA,从而杀死细胞。在核酸适体上进行碘标记,可实现对相应肿瘤的早期诊断以及靶向治疗。在其它核酸药物如siRNA与mRNA进行125I标记,可实现在活体内该药物的实时成像,而标记有131I的核酸药物,不仅能进行活体成像,还能实现放疗与基因治疗的联合治疗方案。
本发明的技术方案,具有如下有益效果:
1、本发明制备得到了一系列可作为核酸单体的式I化合物。
2、本发明化合物可用于合成相应的偶联有放射性核素标记的核酸(如核酸适体、microRNA、或siRNA等),使之可应用于疾病(如肿瘤)的诊断和治疗。
3、通过在合成核酸过程中引入本发明式I化合物作为聚合单体,可特异地在合成的核酸中特定的位置偶联或标记同位素碘,标记率高、比活度高、操作简单,并且得到的核酸纯化简单。
下面结合具体实施,进一步阐述本发明。应理解,这些实施例仅用于说明本发明而不用于限制本发明的范围。下列实施例中未注明具体条件的实验方法,通常按照常规条件,例如Sambrook等人,分子克隆:实验室手册(New York:Cold Spring Harbor LaboratoryPress,1989)中所述的条件,或按照制造厂商所建议的条件。除非另外说明,否则百分比和份数按重量计算。
实施例1
将化合物2(1.52g,10mmol)、1-乙基-(3-二甲基氨基丙基)碳酰二亚胺盐酸盐(EDC.HCL,1.91g,10mmol)、N-羟基丁二酰亚胺(NHS,1.15g,10mmol)及化合物1(0.91g,10mmol)溶解于DMF(30mL)中,在室温下反应12小时。减压蒸除反应液溶剂,得到的残渣柱层析,得到化合物3(1.8克,80%)。1H NMR(400MHz,DMSO)δ9.20(s,1H),7.86(t,J=8Hz,1H),7.05(d,J=8Hz,2H),6.67(d,J=4Hz,2H),4.74(d,J=4Hz,1H),4.50(d,J=8Hz,1H),3.48-3.44(m,1H),3.29(s,2H),3.28-3.22(m,2H),3.21-3.16(m,1H),2.98-2.93(m,1H).13C NMR(400MHz,DMSO)δ168.52,160.60,129.55,127.20,115.99,70.53,64.21,44.41,43.3.MS(ESI+):225.10(M+1)。
在20℃将化合物3(4.5g,20mmol)、乙酸酐(1.9mL,20mmol)、三乙胺(4mL,20mmol)和DMAP(0.244g,10mmol)溶解于二氯甲烷(30mL)中,搅拌3d。反应溶液用二氯甲烷稀释,并用稀盐酸、碳酸氢钠溶液洗涤。减压蒸除溶剂,将残渣柱层析,得到化合物4(2.14g,40%)。1H NMR(400MHz,DMSO)δ7.88(t,J=7.2Hz,1H),7.09(d,J=8Hz,2H),7.02(d,J=4Hz,2H),5.07(d,J=4Hz,1H),3.59-3.50(m,1H),3.45(s,2H),3.28-3.22(m,2H),3.21-3.16(m,2H),2.98-2.93(m,1H),2.33(s,3H).13C NMR(400MHz,DMSO)δ169.32,167.03,160.66,128.35,127.10,116.09,71.13,64.11,43.91,42.98,22.02.MS(ESI+):267.11(M+1)。
向化合物4(1.068g,4mmol)的吡啶(50mL)溶液中分批加入4,4’-二甲基三苯基氯甲烷(1.47g,4.4mmol),室温反应5小时后加入甲醇终止反应。减压蒸馏除去吡啶,得到的残余物经柱层析得到化合物5(1.77g,78%)。1H NMR(400MHz,DMSO)δ7.76(t,J=4Hz,1H),7.40(d,J=8Hz,2H),7.30-7.20(m,7H),7.05(d,J=4Hz,2H),6.87(d,J=4Hz,4H),6.72(d,J=4Hz,2H),4.99(d,J=4Hz,1H),3.72(m,6H),3.33-3.29(m,3H),3.18-3.16(m,1H),3.04-3.01(m,1H),2.92-2.89(m,1H),2.74-2.71(m,1H),2.31(s,3H).13C NMR(400MHz,DMSO)δ170.31,166.83,160.96,159.20,130.11,129.23,128.35,127.10,123.64,116.09,114.32,71.13,64.11,55.02,43.91,42.98,22.02.MS(ESI+):568.24(M+1)。
在0℃,氮气环境下,向化合物5(3.4g,6mmol)的干燥二氯甲烷(20mL)溶液中加入N,N-二异丙基乙基胺,再滴加2-氰乙基-N,N-二异丙基氯代亚磷酰胺。升至室温搅拌,TLC检测反应进度。待反应结束后反应液分别用碳酸氢钠水溶液与饱和食盐水洗涤,有机相用无水硫酸钠干燥后减压蒸除溶剂,得到的残渣柱层析得到化合物6(3.69g,产率80%)。1H NMR(400MHz,DMSO)δ7.74(t,J=4Hz,1H),7.42(d,J=8Hz,2H),7.29-7.21(m,7H),7.03(d,J=4Hz,2H),6.91(d,J=4Hz,4H),6.72(d,J=4Hz,2H),4.12-4.08(m,1H),4.03-3.99(m,1H),3.75(m,6H),3.46-3.51(m,2H),3.30-3.28(m,3H),3.18-3.16(m,3H),3.11-3.05(m,1H),2.90-2.87(m,1H),2.74-2.71(m,1H),2.31(s,3H),1.10(d,J=4Hz,6H),0.98(d,J=4Hz,6H).13C NMR(400MHz,DMSO)δ171.61,169.03,158.96,150.20,143.29,136.41,136.23,129.35,128.21,128.10,127.57,123.64,116.09,114.32,94.31,71.13,64.11,55.02,43.91,42.98,24.58,22.02.31P NMRδ:149.43,148.35.MS(ESI+):770.03(M+1)。
实施例2
将化合物2(1.2g,5mmol)溶解于DMF(15mL)中,再加入1-乙基-(3-二甲基氨基丙基)碳酰二亚胺盐酸盐(EDC.HCL,0.96g,5mmol)、N-羟基丁二酰亚胺(NHS,0.58g,5mmol)及化合物1(0.46g,5mmol),室温下反应12小时。减压蒸除反应液溶剂,得到的残渣柱层析,得到化合物3(1.14克,72%)。1H NMR(400MHz,DMSO)δ8.69(s,1H),7.86(t,J=8Hz,1H),7.56(d,J=8Hz,2H),7.43(d,J=8Hz,2H),7.33(t,J=8Hz,1H),6.67(d,J=4Hz,2H),5.20(s,2H),4.74(d,J=4Hz,1H),4.50(d,J=8Hz,1H),3.46-3.42(m,1H),3.29-3.22(m,2H),3.20-3.15(m,1H),2.98-2.93(m,1H),2.45(s,3H).13C NMR(400MHz,DMSO)δ167.52,161.60,134.72,129.55,127.24,113.99,71.53,64.61,45.41,20.20.MS(ESI+):314.10(M+1)。
将化合物3(1.89g,6mmol)溶于50mL无水吡啶中,分批加入4,4’-二甲基三苯基氯甲烷(2.21g,6.6mmol),室温搅拌,并用TLC检测反应程度。反应约5小时后加入甲醇终止反应。减压蒸馏除去吡啶,得到的残余物经柱层析得到化合物4(2.98g,81%)。1H NMR(400MHz,DMSO)δ8.60(s,1H),7.90(t,J=4Hz,1H),7.44-7.39(m,5H),7.31-7.26(m,9H),7.03(d,J=8Hz,2H),6.89-6.81(m,4H),5.10(s,2H),4.50(d,J=8Hz,1H),3.78(s,6H),3.48-3.44(m,1H),3.28-3.22(m,2H),3.21-3.16(m,1H),2.98-2.93(m,1H),2.43(s,3H).13CNMR(400MHz,DMSO)δ169.52,162.60,159.34,140.98,137.33,130.51,129.55,127.20,111.79,94.32,70.53,69.54,64.21,52.30,44.41,43.3,20.43.MS(ESI+):616.74(M+1)。
氮气环境下,将化合物4(1.2g,2mmol)溶于干燥二氯甲烷(7mL)中。在0℃,向其中滴加N,N-二异丙基乙基胺与2-氰乙基-N,N-二异丙基氯代亚磷酰胺。反应1.5小时后,反应液分别用碳酸氢钠水溶液与饱和食盐水洗涤,有机相用无水硫酸钠干燥后减压蒸除溶剂,得到的残渣柱层析得到化合物5(1.15g,产率70%)。1H NMR(400MHz,DMSO)δ8.60(s,1H),7.93(t,J=4Hz,1H),7.46-7.39(m,5H),7.32-7.24(m,9H),7.03(d,J=8Hz,2H),6.90-6.84(m,4H),5.10(s,2H),3.80(m,2H),3.78(s,6H),3.48-3.44(m,1H),3.28-3.22(m,2H),3.21-3.16(m,1H),2.98-2.93(m,1H),2.86-2.84(m,2H),2.67(m,2H),2.43(s,3H),1.10(d,J=4Hz,6H),0.98(d,J=4Hz,6H)..13C NMR(400MHz,DMSO)δ170.52,163.69,159.54,140.08,136.33,131.51,120.55,127.36,112.79,94.32,70.53,70.54,64.21,52.30,51.33,44.41,43.3,23.59,20.43.31P NMRδ:149.52,148.35.MS(ESI+):816.39(M+1)。
实施例3
将化合物2(1.52g,10mmol)、1-乙基-(3-二甲基氨基丙基)碳酰二亚胺盐酸盐(EDC.HCL,1.91g,10mmol)、N-羟基丁二酰亚胺(NHS,1.15g,10mmol)及化合物1(1.10g,10mmol)溶解于乙腈(30mL)中,加热至回流,反应过夜。减压蒸除反应液溶剂,得到的残渣柱层析,得到化合物3(1.31克,55%)。1H NMR(400MHz,DMSO)δ9.10(s,1H),7.05(d,J=8Hz,2H),6.88(d,J=4Hz,2H),5.01(d,J=4Hz,1H),4.60(d,J=8Hz,1H),3.52-3.49(m,1H),3.78(s,2H),3.28-3.22(m,2H),3.21-3.16(m,1H),2.98-2.93(m,4H).13C NMR(400MHz,DMSO)δ161.52,160.69,129.55,115.99,70.53,64.21,44.41,43.3.MS(ESI+):238.55(M+1)。
在20℃将化合物3(4.2g,20mmol)、乙酸酐(1.9mL,20mmol)、三乙胺(4mL,20mmol)和DMAP(0.244g,10mmol)溶解于二氯甲烷(30mL)中,搅拌3d。反应溶液用二氯甲烷稀释,并用稀盐酸、碳酸氢钠溶液洗涤。减压蒸除溶剂,将残渣柱层析,得到化合物4(2.6g,47%)。1HNMR(400MHz,DMSO)δ7.12(d,J=8Hz,2H),6.95(d,J=4Hz,2H),4.89(d,J=4Hz,1H),4.60(d,J=8Hz,1H),3.52-3.49(m,1H),3.78(s,2H),3.28-3.22(m,2H),3.21-3.16(m,1H),2.98-2.93(m,4H),2.21(s,3H).13C NMR(400MHz,DMSO)δ170.52,161.52,160.69,129.55,115.99,70.53,64.21,44.41,43.3,20.12.MS(ESI+):280.11(M+1)。
向化合物4(1.4g,5mmol)的吡啶(50mL)溶液中分批加入4,4’-二甲基三苯基氯甲烷(1.84g,5.5mmol),室温搅拌。反应完全后加入甲醇终止反应。减压蒸馏除去吡啶,得到的残余物经柱层析得到化合物5(2.21g,77%)。1H NMR(400MHz,DMSO)δ7.40(d,J=8Hz,2H),7.33-7.26(m,9H),7.13(d,J=4Hz,2H),6.87(d,J=4Hz,2H),6.65(d,J=4Hz,2H),5.26(d,J=4Hz,1H),3.79(s,6H),3.29-3.25(m,4H),3.03-3.01(m,1H),2.92-2.89(m,4H),2.74-2.71(m,1H),2.31(s,3H).13C NMR(400MHz,DMSO)δ169.31,169.03,160.77,158.24,131.69,129.24,128.25,127.30,124.54,117.09,114.36,71.23,64.61,55.52,43.96,43.08,35.33,22.62.MS(ESI+):583.04(M+1)。
氮气环境下,将化合物5(2.9g,5mmol)溶于干燥二氯甲烷(14mL)中。在0℃,向其中滴加N,N-二异丙基乙基胺与2-氰乙基-N,N-二异丙基氯代亚磷酰胺。反应1.5小时后,反应液分别用碳酸氢钠水溶液与饱和食盐水洗涤,有机相用无水硫酸钠干燥后减压蒸除溶剂,得到的残渣柱层析得到化合物6(2.86g,产率73%)。1H NMR(400MHz,DMSO)δ7.39(d,J=8Hz,2H),7.30-7.23(m,9H),7.15(d,J=4Hz,2H),6.91(d,J=4Hz,2H),6.71(d,J=4Hz,2H),3.79(s,6H),3.65-3.63(m,2H),3.29-3.26(m,4H),3.03-3.01(m,1H),2.92-2.89(m,4H),2.84-2.80(m,2H),2.74-2.71(m,1H),2.39(s,2H),2.30(s,3H),1.10(d,J=4Hz,6H),0.98(d,J=4Hz,6H).13C NMR(400MHz,DMSO)δ170.61,169.01,158.96,150.32,144.39,137.41,136.23,129.45,128.21,127.90,127.57,123.64,115.59,113.92,93.31,70.83,64.31,55.02,53.33,43.91,42.98,35.33,24.58,22.02.31P NMRδ:149.54,148.36.MS(ESI+):771.03(M+1)。
实施例4
在氮气环境下,将化合物1(1.68g,10mmol)、CH3OCH2Cl(1.2g,15mmol)溶于25mL干燥DMF中,再向其中加入K2CO3(5.5g,40mmol),室温搅拌过夜。反应结束后,将反应溶液倒入100mL冰水中,调节PH值至2。用二氯甲烷萃取,饱和食盐水洗涤一次,有机相用无水硫酸钠干燥。减压蒸去溶剂,得到的固体即为化合物2,可直接用于下步反应。
将化合物2、1-乙基-(3-二甲基氨基丙基)碳酰二亚胺盐酸盐(EDC.HCL)、N-羟基丁二酰亚胺(NHS)溶解于DMF中,室温搅拌1h后,再加入化合物3,继续室温下反应过夜。减压蒸除反应液溶剂,得到的残渣柱层析,得到化合物4。1H NMR(400MHz,DMSO)δ8.43(s,1H),7.39(d,J=8Hz,2H),7.15(d,J=4Hz,1H),5.92(s,2H),5.76(d,J=4Hz,1H),4.87(d,J=8Hz,1H),3.96(s,3H),3.83-3.79(m,1H),3.65-3.63(m,2H),3.46-3.29(m,6H),3.25(s,3H),2.84-2.80(m,2H).13C NMR(400MHz,DMSO)δ168.31,151.32,146.59,129.45,121.34,115.69,112.62,94.31,70.43,69.82,64.31,54.02,53.33,24.58.MS(ESI+):342.03(M+1)。
氮气环境下,将化合物4(1.02g,3mmol)溶于干燥的吡啶(20mL)中,完全溶解之后,向其中加入4,4’-二甲基三苯基氯甲烷(1.10g,3.3mmol),TLC检测反应进度。反应结束后,向反应溶液中加入甲醇,将反应终止。减压蒸馏除去溶剂,得到的残余物经柱层析得到化合物5(1.31g,68%)。1H NMR(400MHz,DMSO)δ8.43(s,1H),7.39(d,J=8Hz,2H),7.33-7.26(m,9H),7.21-7.19(m,4H),7.15(d,J=4Hz,1H),5.92(s,2H),4.87(d,J=8Hz,1H),3.96(s,3H),3.87(s,6H),3.83-3.79(m,1H),3.65-3.63(m,2H),3.46-3.29(m,6H),3.25(s,3H),2.84-2.80(m,2H).13C NMR(400MHz,DMSO)δ168.31,157.62,151.32,146.59,140.87,137.67,129.45,127.22,126.23,121.34,115.69,114.69,112.62,95.32,94.31,70.43,69.82,64.31,54.02,53.64,53.33,24.58.MS(ESI+):644.23(M+1)。
氮气环境下,将化合物5(2.58g,4mmol)及N,N-二异丙基乙基胺溶于干燥二氯甲烷(14mL)中。在0℃,向其中滴加2-氰乙基-N,N-二异丙基氯代亚磷酰胺。TLC检测反应,结束后反应液分别用碳酸氢钠水溶液与饱和食盐水洗涤,有机相用无水硫酸钠干燥后减压蒸除溶剂,得到的残渣柱层析得到化合物6(2.2g,产率65%)。1H NMR(400MHz,DMSO)δ8.45(s,1H),7.35(d,J=8Hz,2H),7.33-7.26(m,9H),7.21-7.19(m,4H),7.13(d,J=4Hz,1H),5.98(s,2H),3.96(s,3H),3.92-3.90(m,2H),3.87(s,6H),3.83-3.79(m,1H),3.65-3.63(m,2H),3.46-3.29(m,6H),3.25(s,3H),2.84-2.80(m,2H),2.76-2.72(m,2H),1.61-1.58(m,2H),1.21-1.19(m,1H),1.10(d,J=4Hz,6H),0.98(d,J=4Hz,6H).13C NMR(400MHz,DMSO)δ169.41,156.73,150.21,146.59,140.74,137.87,129.24,127.45,126.58,121.56,116.98,115.76,115.09,112.32,94.92,94.31,70.43,69.82,64.31,62.32,54.02,53.64,53.33,24.58,23.54,18.32.31P NMRδ:149.62,148.29.MS(ESI+):844.31(M+1)。
实施例5
将化合物1(2.07g,15mmol)、烯丙基溴(3.62g,30mmol)及无水碳酸钾(10.2g,73.9mmol)溶于DMF(30mL)中,室温搅拌48h。然后,向反应溶液中加入10mL水及25mL二氯甲烷。将水相用二氯甲烷萃取三次之后,再把所有的有机相用无水硫酸钠干燥。之后将溶剂减压蒸除,向得到的残渣中加入50mL2NNaOH及10mL乙醇。混合溶液加热至回流,反应5h。用浓盐酸将反应溶液的PH调至1,将析出的固体用冰水及冰甲醇洗涤,真空干燥得到化合物2(2.4g,产率90%)。
将化合物2(2.49g,14mmol)、1-乙基-(3-二甲基氨基丙基)碳酰二亚胺盐酸盐(EDC.HCL)(2.68g,14mmol)、N-羟基丁二酰亚胺(NHS)(1.61g,14mmol)溶解于DMF中,室温搅拌1h后,再加入化合物3(1.4g,15.4mmol),继续室温下反应过夜。减压蒸除反应液溶剂,得到的残渣柱层析,得到化合物4(2.81g,产率82%)。1H NMR(400MHz,DMSO)δ9.22(s,1H),7.84(t,J=8Hz,1H),7.12(d,J=8Hz,2H),6.68(d,J=4Hz,2H),5.92-5.89(m,1H),5.56-5.53(m,2H),4.78(d,J=4Hz,1H),4.56(d,J=8Hz,1H),4.45-4.32(m,2H),3.46-3.43(m,1H),3.24-3.22(m,2H),3.19-3.16(m,1H),2.98-2.93(m,1H).13C NMR(400MHz,DMSO)δ162.52,160.70,130.45,129.55,127.20,117.33,115.99,71.26,70.58,63.91,44.49,42.98.MS(ESI+):250.23(M+1)。
氮气环境下,将化合物4(1.51g,6mmol)溶于干燥的吡啶(25mL)中,完全溶解之后,分批向其中加入4,4’-二甲基三苯基氯甲烷(2.20g,6.6mmol),TLC检测反应进度。反应结束后,向反应溶液中加入甲醇,终止反应。减压蒸馏除去溶剂,得到的残余物经柱层析得到化合物5(2.35g,71%)。1H NMR(400MHz,DMSO)δ7.76(t,J=4Hz,1H),7.40(d,J=8Hz,2H),7.30-7.20(m,7H),7.05(d,J=4Hz,2H),6.87(d,J=4Hz,4H),6.72(d,J=4Hz,2H),5.96-5.94(m,1H),5.57-5.55(m,2H),4.99(d,J=4Hz,1H),4.46-4.43(m,2H),3.72(m,6H),3.30-3.28(m,1H),3.18-3.16(m,1H),3.10-3.08(m,1H),3.03-2.99(m,1H),2.74-2.71(m,1H).13CNMR(400MHz,DMSO)δ169.59,166.72,161.04,159.44,132.65,130.58,128.86,128.35,127.33,122.97,116.09,114.76,70.83,63.91,55.92,44.29,42.88.MS(ESI+):552.24(M+1)。
氮气环境下,将化合物5(1.1g,2mmol)及N,N-二异丙基乙基胺溶于干燥二氯甲烷(7mL)中。在0℃,向其中滴加2-氰乙基-N,N-二异丙基氯代亚磷酰胺。TLC检测反应,结束后分别用碳酸氢钠水溶液与饱和食盐水洗涤反应液,有机相用无水硫酸钠干燥后减压蒸除溶剂,得到的残渣柱层析得到化合物6(1.16g,产率77%)。1H NMR(400MHz,DMSO)δ7.75(t,J=4Hz,1H),7.42(d,J=8Hz,2H),7.26-7.20(m,9H),7.05(d,J=4Hz,2H),6.86(d,J=4Hz,4H),5.93-5.91(m,1H),5.60-5.57(m,2H),4.95(d,J=4Hz,1H),4.12-4.08(m,2H),4.03-3.99(m,1H),3.75(m,6H),3.46-3.51(m,2H),3.17(d,J=4Hz,2H),3.11-3.05(m,2H),2.90-2.87(m,1H),2.74-2.71(m,2H),1.10(d,J=4Hz,6H),0.98(d,J=4Hz,6H).13C NMR(400MHz,DMSO)δ170.41,169.45,159.16,151.20,142.29,135.81,134.93,133.54,129.35,128.21,128.10,127.57,123.64,117.60,116.09,114.32,94.31,71.13,70.34,64.11,54.92,44.03,42.98,24.78,22.52.31P NMRδ:149.57,148.43.MS(ESI+):754.35(M+1)。
实施例6
将化合物1(1.73g,10mmol)溶于干燥的二氯甲烷中,在0℃下,向向其中加入无水二异丙基乙胺1.9mL。搅拌5min后,逐滴加入10.8g三异丙基氯硅烷。之后升至室温搅拌,TLC检测反应进度。待反应完全后,用水淬灭反应,混合液用二氯甲烷萃取三次。有机相用无水硫酸钠干燥,旋蒸除去溶剂,进行柱层析,得到化合物2(2.7g,产率83%)。
将化合物2(0.98g,3mmol)、1-乙基-(3-二甲基氨基丙基)碳酰二亚胺盐酸盐(EDC.HCL)(0.57g,3mmol)、N-羟基丁二酰亚胺(NHS)(0.34g,3mmol)溶解于DMF中,室温搅拌1h后,再加入化合物3(0.3g,15.4mmol),继续室温下反应过夜。减压蒸除反应液溶剂,得到的残渣柱层析,得到化合物4(1.09g,产率91%)。1H NMR(400MHz,DMSO)δ8.98(t,J=8Hz,1H),7.86(d,J=4Hz,1H),7.05(d,J=8Hz,1H),6.67(d,J=4Hz,1H),4.75(d,J=4Hz,1H),4.52(d,J=8Hz,1H),3.47-3.44(m,1H),3.28-3.25(m,2H),3.21-3.16(m,1H),2.98-2.93(m,1H),1.62-1.59(m,3H),1.02-0.99(m,18H).13C NMR(400MHz,DMSO)δ173.52,161.60,130.25,124.20,120.24,115.99,70.53,64.21,44.48,23.3,18.46.MS(ESI+):401.18(M+1)。
氮气环境下,将化合物4(2.01g,5mmol)溶于干燥的吡啶(25mL)中,完全溶解之后,向其中加入4,4’-二甲基三苯基氯甲烷(1.83g,5.5mmol),TLC检测反应进度。反应结束后,向反应溶液中加入甲醇,将反应终止。减压蒸馏除去溶剂,得到的残余物经柱层析得到化合物5(2.53g,72%)。1H NMR(400MHz,DMSO)δ8.87(t,J=8Hz,1H),7.86(d,J=4Hz,1H),7.32-7.21(m,7H),7.05(d,J=8Hz,1H),6.84-6.82(m,6H),6.67(d,J=4Hz,1H),4.75(d,J=4Hz,1H),3.79(s,6H)3.47-3.44(m,1H),3.28-3.25(m,2H),3.21-3.16(m,1H),2.98-2.93(m,1H),1.62-1.59(m,3H),1.02-0.99(m,18H).13C NMR(400MHz,DMSO)δ172.83,160.85,159.75,142.67,137.38,131.33,129.35,127.20,120.28,116.32,70.53,64.21,53.78,44.48,23.37,18.76.MS(ESI+):703.31(M+1)。
氮气环境下,将化合物5(1.4g,2mmol)及N,N-二异丙基乙基胺溶于干燥二氯甲烷(8mL)中。在0℃,向其中滴加2-氰乙基-N,N-二异丙基氯代亚磷酰胺。TLC检测反应,结束后反应液分别用碳酸氢钠水溶液与饱和食盐水洗涤,有机相用无水硫酸钠干燥后减压蒸除溶剂,得到的残渣柱层析得到化合物6(1.19g,产率66%)。1H NMR(400MHz,DMSO)δ8.85(t,J=8Hz,1H),7.86(d,J=4Hz,1H),7.32-7.21(m,7H),7.03(d,J=8Hz,1H),6.84-6.81(m,6H),6.67(d,J=4Hz,1H),4.02-3.98(m,2H),3.79(s,6H),3.47-3.44(m,1H),3.28-3.25(m,2H),3.21-3.16(m,1H),2.98-2.93(m,1H),2.76-2.73(m,2H),2.69-2.63(m,2H),1.62-1.59(m,3H),1.10(d,J=4Hz,6H),0.98(d,J=4Hz,6H),0.89-0.86(m,18H).13C NMR(400MHz,DMSO)δ171.93,161.35,159.75,142.37,136.98,131.43,129.65,126.97,120.38,116.42,71.23,64.21,60.33,53.78,52.43,44.48,24.43,23.37,19.16.31P NMRδ:150.35,150.23.MS(ESI+):903.42(M+1)。
实施例7
传统对核酸适体的标记方法如图1所示。本实施例采用如图2所示的方法对核酸适体的标记:应用实施例1-6中合成的化合物即固相合成单元,在DNA合成仪中可方便地合成得到碘标记的核酸适体。本实施例合成如下寡核苷酸序列:5’-X-TTTTTTTTATCTAACTGCTGCGCCGCCGGGAAAATACTGTACGGTTA GA-3’(SEQ ID NO.:1),其中ATCTAACTGCTGCGCCGCCGGGAAAAT ACTGTACGGTTAGA(SEQ ID NO.:2)为可特异性识别PTK7膜蛋白的核酸适体,由相应的商业化脱氧核糖ATCG的亚磷酰胺试剂合成得到,X代表包括但不限于实施例1-6中合成得到的固相合成单元。
(1)载有该寡核苷酸的固相颗粒(CPG)在55℃下用50微升-10毫升的浓氨水处理1-32h。该寡聚核酸从CPG上脱离进入溶液,同时ATCG上的保护基被脱除。将该氨水溶液加入到2-7当量的乙醇中,并加入NaCl,放入冰箱沉降1-20小时,析出固体,即为上述修饰后的、含有实施例1中合成的单体单元的寡核苷酸X-sgc8。根据需要,可应用HPLC对该核酸进一步纯化。将该含有实施例1的单体单元的寡核苷酸按照氯胺T法进行标记I125或I131,在生理缓冲液中室温反应40秒-1小时。反应后通过HPLC进行纯化,得到碘标记的X-sgc8,标记率为99%。
(2)按照上述(1)中的实验方法将单体单元与核酸适体进行偶联和碘标记,其中将实施例1中的单体单元分别替换为实施例2-6中的单体单元。最终分别得到下表1所示的碘标记的X-sgc8。表中,-[-A-T-C-G-]-为任意序列DNA或RNA寡核苷酸序列。
表1
实施例8
对小干扰RNA的标记:应用实施例1-6中合成的化合物,在DNA合成仪中可方便地合成得到碘标记的siRNA。本实施例合成得到如下序列:5’-X-CCACUACCUGAGCACCCAGUT-3’(SEQ ID NO.:3),其中X代表包括但不限于实施例1-6中合成得到的单体单元。按照实施例7中的方法对该序列进行后处理及碘标记,各标记率如表2所示。
表2
实施例9
按照实施例7和实施例8中的方法,将上述化合物作为单体单元与核酸适体及siRNA进行偶联及碘标记,标记率分别为72%和65%。
在本发明提及的所有文献都在本申请中引用作为参考,就如同每一篇文献被单独引用作为参考那样。此外应理解,在阅读了本发明的上述讲授内容之后,本领域技术人员可以对本发明作各种改动或修改,这些等价形式同样落于本申请所附权利要求书所限定的范围。
序列表
<110> 上海交通大学医学院附属仁济医院
<120> 含酚羟基的亚膦酰胺、制备方法及其应用
<130> P2018-2404
<160> 3
<170> PatentIn version 3.5
<210> 1
<211> 49
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 1
ttttttttat ctaactgctg cgccgccggg aaaatactgt acggttaga 49
<210> 2
<211> 41
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 2
atctaactgc tgcgccgccg ggaaaatact gtacggttag a 41
<210> 3
<211> 21
<212> RNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<220>
<221> misc_feature
<222> (21)..(21)
<223> n=T
<400> 3
ccacuaccug agcacccagu n 21
Claims (10)
1.一种式I化合物,或其药学上可接受的盐,
其中,
X选自下组:-CO-、-CH2-或-Si(Ra)(Rb)-,其中Ra和Rb各自独立地选自下组:H、卤素、取代或未取代的C1-C6的烷基、取代或未取代的C1-C6的烷氧基;
R1选自下组:H、卤素、取代或未取代的C1-C6的烷基、取代或未取代的C2-C6的烯基、取代或未取代的C1-C6的烷氧基、取代或未取代的苯基;
R2为位于苯环结构单元上的一个或多个选自下组的取代基:H、卤素、取代或未取代的C1-C6的烷基、取代或未取代的C1-C6的烷氧基;
各R3、R4独立地选自下组:H、卤素、取代或未取代的C1-C6的烷基、取代或未取代的C1-C6的烷氧基;
L1、L2各自独立地为取代或未取代的选自下组的二价连接基:-CH2-、-CH(CH3)-、-OCH2-、-CH2O-、-CH2OCH2-、或-CH2OCH2CH2-;
m、n各自独立地为0、1、2或3;
且当X为-Si(Ra)(Rb)-时,R2不为H;
且所述的取代指被一个或多个选自下组的基团取代:卤素原子、C1-C6烷基或卤代烷基、C2-C6烯基、C1-C6烷氧基或卤代烷氧基、羟基、硝基、或-NH2。
2.如权利要求1所述的化合物,其特征在于,所述m、n各自独立地为0或1。
3.如权利要求1所述的化合物,其特征在于,所述的-OXR1为选自下组的基团:-OAc、-OBn、-OMOM、-CH2-CH=CH2、-OTIPS。
6.一种寡核苷酸,其特征在于,所述寡核苷酸含有如权利要求1所述的化合物分子作为聚合单体。
8.如权利要求6所述的寡核苷酸,其特征在于,所述寡核苷酸还含有一个或多个靶标结合序列。
9.如权利要求8所述的寡核苷酸,其特征在于,所述寡核苷酸还可偶联或标记药物、毒素、放射性核素、或其组合。
10.如权利要求1所述的式I化合物或其药学上可接受的盐、或权利要求6-9任一所述的寡核苷酸的用途,其特征在于,用于(a)制备检测试剂或试剂盒;和/或(b)制备治疗肿瘤的药物组合物。
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