CN111154883B - 一种乳腺癌相关基因PIK3CA位点g.179220986A＞T突变体及其应用 - Google Patents

一种乳腺癌相关基因PIK3CA位点g.179220986A＞T突变体及其应用 Download PDF

Info

Publication number
CN111154883B
CN111154883B CN202010162174.3A CN202010162174A CN111154883B CN 111154883 B CN111154883 B CN 111154883B CN 202010162174 A CN202010162174 A CN 202010162174A CN 111154883 B CN111154883 B CN 111154883B
Authority
CN
China
Prior art keywords
leu
glu
val
ile
lys
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Active
Application number
CN202010162174.3A
Other languages
English (en)
Other versions
CN111154883A (zh
Inventor
顾娟
王玥苹
张兵
周道平
王清平
唐海林
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Wuxi Fifth Peoples Hospital
Original Assignee
Wuxi Fifth Peoples Hospital
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Wuxi Fifth Peoples Hospital filed Critical Wuxi Fifth Peoples Hospital
Priority to CN202010162174.3A priority Critical patent/CN111154883B/zh
Publication of CN111154883A publication Critical patent/CN111154883A/zh
Application granted granted Critical
Publication of CN111154883B publication Critical patent/CN111154883B/zh
Active legal-status Critical Current
Anticipated expiration legal-status Critical

Links

Images

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
    • C12Q1/6886—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Pathology (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Hospice & Palliative Care (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Oncology (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Abstract

本发明公开了一种乳腺癌相关基因PIK3CA位点g.179220986A＞T突变体、检测该突变体的特异性引物以及含有特异性引物的试剂盒，不仅使乳腺癌的诊断更加方便易实施，便于临床医生及时精准掌握患者病情，而且可作为临床治疗效果的评价标准，并为发现有潜在治疗价值的新型小分子药物靶标提供理论支持。

Description

一种乳腺癌相关基因PIK3CA位点g.179220986A＞T突变体及 其应用
技术领域
本发明涉及一种医学生物技术，尤其涉及一种乳腺癌相关基因PIK3CA位点g.179220986A＞T突变体及其应用。
背景技术
乳腺癌是全世界妇女目前面临的最为常见的恶性肿瘤，也是引起女性死亡的重要病因。自90年代以来，中国的乳腺癌发病率增长速度是全球的2倍多，每年中国乳腺癌新发数量和死亡数量分别占全世界的12.2％和9.6％。目前，乳腺癌是中国女性发病率最高的癌症，癌症死亡原因位居第六，且年轻化趋势显著。虽然早期检查及诊断技术的提高，手术及综合辅助治疗的进步，使得患者的预后有较明显改善，但是总生存率并不理想。对于特定的分子亚型，由于对药物的原发或继发耐药、甚至缺乏特定的治疗靶点，使得部分中晚期病人缺乏有效的治疗手段。因此，寻找发生有效的肿瘤标志物对于提高乳腺癌的诊断和预测发生、发展及改善预后具有重要的临床指导意义。
肿瘤标志物可以有效地作为临床诊断依据，可以监听高位人群、早期诊断、指导治疗、判断治疗疗效、检测复发及转移，是肿瘤患者的重要检查指标。乳腺癌是一种全身性疾病、其发生和发展是一个涉及多因素、多环节的复杂过程，包括癌基因的激活以及抑癌基因的失活等。因此，基因突变在乳腺癌的发生、发展过程中起着非常重要的作用。PIK3CA基因是近年来被发现除p53突变和Her-2扩增之外最常见和最重要的乳腺癌中的突变基因，突变比率高达40％，其突变可导致多条信号通路在不同水平发生调控异常，从而促进肿瘤细胞的增殖和存活。
磷脂酰肌醇-3-激酶(PI3K)是一种可使肌醇环第三位羟基磷酸化的磷脂酰肌醇激酶，具有磷脂酰肌醇激酶和丝氨酸-苏氨酸蛋白激酶双重活性，调节细胞增殖、存活、迁移、凋亡和细胞周期等多种生物学功能。PIK3CA基因编码Ⅰ类PI3K催化亚单位P110α，其定位于3q26.3，包含21个外显子，编码1068个氨基酸。现有研究显示，应用PCR或基因测序的方法检测组织中PIK3CA基因的突变情况，可提高肿瘤诊断的敏感性；PIK3CA基因突变的肿瘤细胞对PI3K抑制剂更敏感，特异性地针对PIK3CA突变的靶向治疗可有效降低恶性肿瘤的发病率和死亡率。尽管PIK3CA突变对乳腺癌的诊治及预后的影响还需进一步研究，但从目前已有的研究数据可以看出PIK3CA高频突变和突变热点区域的发现对于乳腺癌基因诊断以及靶向治疗的选择具有重要的临床意义。
发明内容
发明目的：为了克服现有技术中存在的不足，本发明提供一种乳腺癌相关基因PIK3CA位点g.179220986A＞T突变体、检测该突变体的特异性引物以及含有特异性引物的试剂盒，以便快速方便地辅助判断乳腺癌。
技术方案：为实现上述目的，本发明的一种乳腺癌相关基因PIK3CA位点g.179220986A＞T突变体，其野生型PIK3CA基因序列如SEQ ID NO:1所示，其突变型PIK3CA基因序列如SEQ ID NO:2所示；突变型PIK3CA基因序列与野生型PIK3CA基因序列具有g.179220986A＞T位点突变。
进一步地，用于检测乳腺癌相关基因PIK3CA位点g.179220986A＞T突变体的特异性引物，其上游引物的序列如为SEQ ID NO:3所示，下游引物的序列如SEQ ID NO:4所示，用于检测PIK3CA基因位点g.179220986A＞T突变；所述PIK3CA基因位点g.179220986A＞T突变是指突变位点在SEQ ID NO:1序列的第113位碱基A突变为T。
进一步地，一种乳腺癌辅助诊断试剂盒，包括用于检测基因PIK3CA位点g.179220986A＞T突变体的特异性引物。
有益效果：本发明的一种乳腺癌相关基因PIK3CA位点g.179220986A＞T突变体、检测该突变体的特异性引物以及含有特异性引物的试剂盒，不仅使乳腺癌的诊断更加方便易实施，便于临床医生及时精准掌握患者病情，而且可作为临床治疗效果的评价标准，并为发现有潜在治疗价值的新型小分子药物靶标提供理论支持。
附图说明
附图1为基因PIK3CA位点g.179220986A＞T突变体的检测凝胶电泳图；
附图2为基因PIK3CA位点g.179220986A＞T突变体的基因测序图。
具体实施方式
下面结合附图对本发明作更进一步的说明。
通过研究乳腺癌患者及与其年龄匹配的健康对照外周血DNA中的突变，寻找与乳腺癌相关的高特异性的突变位点，为乳腺癌的筛查和诊断提供支持。具体是通过下列技术方案实现的：
如附图1和附图2所示的一种乳腺癌相关基因PIK3CA位点g.179220986A＞T突变体，即PIK3CA-K672N突变体，其野生型PIK3CA基因序列如SEQ ID NO:1所示，其突变型PIK3CA基因序列如SEQ ID NO:2所示；突变型PIK3CA基因序列与野生型PIK3CA基因序列具有g.179220986A＞T位点突变。
用于上述PIK3CA基因的突变位点的特异性引物，进行PCR扩增，检测PIK3CA基因有无该突变产物片段；并且采用Sanger测序方法检测有无该位点碱基突变，其中PCR扩增引物的上游引物序列如为SEQ ID NO:3所示，下游引物序列如SEQ ID NO:4所示，用于检测PIK3CA基因位点g.179220986A＞T突变；所述PIK3CA基因位点g.179220986A＞T突变是指突变位点在SEQ ID NO:1序列的第113位碱基A突变为T。
基因PIK3CA-K672N突变体的突变发生于第3号染色体的179220986位置。该基因在NCBl参考数据库GRCh38.p13中的编号为NC_000003.12(179148114～179240093)。这里列出在该数据库中基因序列包含有本位点野生型的部分碱基序列如SEQIDNO:1所示，PIK3CA基因突变相对应的序列如SEQIDNO:2所示，其中突变位点在SEQIDNO:1序列的第113位由碱基A突变为T。所述PIK3CA基因编码序列野生型氨基酸序列如SEQ ID NO：5所示，其中氨基酸改变在SEQ ID NO：6序列中第672位由赖氨酸(K)转变为天冬酰胺(N)。
SEQIDNO:1
TGTAACATTTATTGGATTTCAAAAATGAGTGTTTAAATTGTTTAGCAAAGATTATTTGTATACTGATTTAAGACTATATATATATATTTTTAATTTTGCACGATTCTTTTAGATCTGAGATGCACAATAAAACAGTTAGCCAGAGGTTTGGCCTGCTTTTGGAGTCCTATTGTCGTGCATGTGGGATGTATTTGAAGCACCTGAATAGGCAAGTCGAGGCAATGGAAAAGCTCATTAACTTAACTGACATTCTCAAACAGGAGAAGAAGGATGAAACACAAAAGGTGTGTGACTCTAGTTTGTGTTTGAGACTCTTTTCACTGCAGTGGGGCAGAGTTGTTTAGAAGCCCAGTGT
SEQIDNO:2
TGTAACATTTATTGGATTTCAAAAATGAGTGTTTAAATTGTTTAGCAAAGATTATTTGTATACTGATTTAAGACTATATATATATATTTTTAATTTTGCACGATTCTTTTAGTTCTGAGATGCACAATAAAACAGTTAGCCAGAGGTTTGGCCTGCTTTTGGAGTCCTATTGTCGTGCATGTGGGATGTATTTGAAGCACCTGAATAGGCAAGTCGAGGCAATGGAAAAGCTCATTAACTTAACTGACATTCTCAAACAGGAGAAGAAGGATGAAACACAAAAGGTGTGTGACTCTAGTTTGTGTTTGAGACTCTTTTCACTGCAGTGGGGCAGAGTTGTTTAGAAGCCCAGTGT
SEQIDNO:5
MPPRPSSGELWGIHLMPPRILVECLLPNGMIVTLECLREATLITIKHELFKEARKYPLHQLLQDESSYIFVSVTQEAEREEFFDETRRLCDLRLFQPFLKVIEPVGNREEKILNREIGFAIGMPVCEFDMVKDPEVQDFRRNILNVCKEAVDLRDLNSPHSRAMYVYPPNVESSPELPKHIYNKLDKGQIIVVIWVIVSPNNDKQKYTLKINHDCVPEQVIAEAIRKKTRSMLLSSEQLKLCVLEYQGKYILKVCGCDEYFLEKYPLSQYKYIRSCIMLGRMPNLMLMAKESLYSQLPMDCFTMPSYSRRISTATPYMNGETSTKSLWVINSALRIKILCATYVNVNIRDIDKIYVRTGIYHGGEPLCDNVNTQRVPCSNPRWNEWLNYDIYIPDLPRAARLCLSICSVKGRKGAKEEHCPLAWGNINLFDYTDTLVSGKMALNLWPVPHGLEDLLNPIGVTGSNPNKETPCLELEFDWFSSVVKFPDMSVIEEHANWSVSREAGFSYSHAGLSNRLARDNELRENDKEQLKAISTRDPLSEITEQEKDFLWSHRHYCVTIPEILPKLLLSVKWNSRDEVAQMYCLVKDWPPIKPEQAMELLDCNYPDPMVRGFAVRCLEKYLTDDKLSQYLIQLVQVLKYEQYLDNLLVRFLLKKALTNQRIGHFFFWHLKSEMHNKTVSQRFGL
SEQIDNO:6
MPPRPSSGELWGIHLMPPRILVECLLPNGMIVTLECLREATLITIKHELFKEARKYPLHQLLQDESSYIFVSVTQEAEREEFFDETRRLCDLRLFQPFLKVIEPVGNREEKILNREIGFAIGMPVCEFDMVKDPEVQDFRRNILNVCKEAVDLRDLNSPHSRAMYVYPPNVESSPELPKHIYNKLDKGQIIVVIWVIVSPNNDKQKYTLKINHDCVPEQVIAEAIRKKTRSMLLSSEQLKLCVLEYQGKYILKVCGCDEYFLEKYPLSQYKYIRSCIMLGRMPNLMLMAKESLYSQLPMDCFTMPSYSRRISTATPYMNGETSTKSLWVINSALRIKILCATYVNVNIRDIDKIYVRTGIYHGGEPLCDNVNTQRVPCSNPRWNEWLNYDIYIPDLPRAARLCLSICSVKGRKGAKEEHCPLAWGNINLFDYTDTLVSGKMALNLWPVPHGLEDLLNPIGVTGSNPNKETPCLELEFDWFSSVVKFPDMSVIEEHANWSVSREAGFSYSHAGLSNRLARDNELRENDKEQLKAISTRDPLSEITEQEKDFLWSHRHYCVTIPEILPKLLLSVKWNSRDEVAQMYCLVKDWPPIKPEQAMELLDCNYPDPMVRGFAVRCLEKYLTDDKLSQYLIQLVQVLKYEQYLDNLLVRFLLKKALTNQRIGHFFFWHLNSEMHNKTVSQRFGL
基因PIK3CA位点g.179220986A>T突变体的检测方法，通过基因扩增方法对包含突变基因的目标部位进行针对性扩增，由此检测该突变基因的有无。所述检测方法如下：
(1)提取待检样本中DNA；
(2)以该DNA为模板，针对PIK3CA基因g.179220986A>T突变体区域的DNA序列设计的PCR引物进行PCR反应，得到PCR反应产物；
(3)测出PCR反应产物的核苷酸序列组成；
(4)将核苷酸序列与PIK3CA野生型基因的序列进行比较，确定是否有PIK3CA位点g.179220986A>T突变。所述PCR反应产物的核苷酸序列组成可以将PCR反应产物通过测序仪进行测序。
基因PIK3CA位点g.179220986A>T突变体的检测，具体步骤如下：
(1)引物设计：根据美国国家生物信息中心(NCBI)GenBank记录的PIK3CA基因(序列号：NC_000003.12)，通过Oligo 6.0引物软件设计引物，最终确定1对特异性寡核苷酸引物序列，上游引物序列如表1中SEQID NO:3所示；下游引物序列如SEQID NO:4所示，扩增产物片段长度为209bp。
表1.相关突变位点寡核苷酸引物序列
Figure BDA0002406190060000051
注：*F＝正向引物序列；R＝反向引物序列
(2)PIK3CA基因g.179220986A>T突变体的增扩：反应体系总体积50μL；其中含PCR5×缓冲液10μL，DNA模板5.0μL，1U/μL的Taq聚合酶1.0μL，MgCl2终浓度为2.0mmol/L，dNTP终浓度为200nmol/L，特异性正向引物和反向引物的终浓度均为200nmol/L；加消毒双蒸水至反应体系总体积50μL；将上述反应体系在PCR仪中反应，反应条件：95℃预变性5min，然后依次94℃变性30s，接着60℃退火40s，72℃延伸40s，共32个循环；
(3)PIK3CA基因g.179220986A>T突变体的检测：用琼脂糖凝胶对将步骤(2)所得的增扩产物进行电泳，以检测其是否有目的片段。
DNA模板的制备：
采用购置的试剂盒提取全血基因组DNA，具体步骤如下：
(1)取无菌2.0mL离心管一只，加入1mL细胞裂解液。
(2)轻轻震荡然经EDTA抗凝的全血样本，直到彻底混匀；然后吸取500μL血样加入上述含有细胞裂解液的离心管中，轻轻倾倒离心管5～6次混匀。
(3)室温孵育10分钟(期间颠倒离心管2～3次混匀)。
(4)12000rpm室温离心5分钟。
(5)用移液器缓慢的尽可能将上清液移弃干净，注意勿将两相交界处的白色物质吸出。
(6)使用涡旋振荡器(Votex)剧烈混匀，直至白细胞重悬(10～15秒)。
(7)向重悬细胞溶液中加入核裂解液300μL。用移液枪头吸放溶液5～6次裂解白细胞。此时溶液应变得很粘稠。若混合后可见细胞团块，则将溶液置于37℃孵育直至团块消散。若孵育1小时后仍可见细胞团块，则另加核裂解液100μL并重复置于37℃孵育。
(8)向核裂解物中加入蛋白沉淀液100μL，用涡旋振荡器剧烈震荡10～20秒。
(9)12000rpm室温离心5分钟。
(10)将其上清液转至对应编号的已加入300μL室温异丙醇的2.0mL离心管中。
(11)轻轻颠倒以混匀溶液，直至白色线状DNA形成沉淀。
(12)12000rpm室温离心1分钟。
(13)弃去上清液，加入与样本量等体积的室温70％乙醇，轻轻颠倒离心管数次。
(14)用移液器缓慢的尽可能将乙醇液移弃干净。将离心管置于50℃烘烤5～10分钟，尽量让残余的乙醇液挥发干净。
(15)向离心管中加入50～100μL的DNA溶解液，轻轻混匀。
(16)用1％琼脂糖凝胶电泳来评估DNA提取效果，Nanodrop核酸仪检测含量，定量到20～50ng/μL，-20℃保存。
PIK3CA基因g.179220986A>T突变基因检测技术方案：
仪器：Veriti96型PCR仪、BIO-RADGelDocXR+型凝胶成像仪(美国伯乐公司)、凝胶电泳仪(北京六一公司)。
试剂：QIAampDNA提取试剂盒(德国Qiagen公司)；DNAIsolationKit提取试剂盒(北京PELFREEZ公司)；PCR缓冲液、dNTP、Taq酶(美国ABI公司)；引物由上海生工生物有限公司合成。
(1)PIK3CA基因g.179220986A>T突变体的扩增：反应总体积：50μL，含PCR5×缓冲液10μL，DNA模板5.0μL，Taq聚合酶(1U/μL)1.0μL，MgCl2终浓度2.0mmol/L，dNTP终浓度200nmol/L，以及特异性上、下引物终浓度200nmol/L，并加消毒双蒸水至总体积50μL。
反应条件：95℃预变性5分钟，然后依次94℃变性30秒，接着60℃退火40秒，72℃延伸40秒，共32个循环。
(2)PIK3CA基因g.179220986A>T突变基因检测：用1.5％琼脂糖凝胶对将步骤(1)所得的增扩产物进行电泳，以检测其是否有目的片段。通过凝胶成像仪观察结果并拍照，PCR产物经电泳后显示为单一条带，无杂带，则提示PCR产物单一，无非特异扩增。若条带位置位于适当大小的位置，则为目的片段。如图1所示，M：50bp梯度分子量标记物，1：空白对照，2：野生型对照，3：PIK3CA基因g.179220986A>T突变样本。
(3)扩增产物纯化：本研究采用Takara公司的Agarose Gel DNA PurificationKit试剂盒，将琼脂糖凝胶电泳后的PCR产物进行纯化回收，准备测序。
(4)Sanger测序与结果判断：纯化后的PCR产物在ABI3730型全自动DNA测序仪上进行测序。将测序结果与PIK3CA野生型参考序列(NCBI Reference Sequence:NC_000003.12)进行比对，根据实际突变情况对结果进行报告。检测所得基因突变如图2所示，图中箭头所示为PIK3CA基因g.179220986A>T突变。
该突变位点为本研究首次在中国汉族女性乳腺癌患者中发现，该突变位点在乳腺癌筛查和基因诊断中具有潜在的应用前景。通过突变位点序列的改变进行相关诊断试剂盒的研制和应用，可使得乳腺癌的诊断更加方便易行，为临床医生快速准确掌握患者病情，为临床治疗效果评价奠定基础，并为发现具有潜在治疗价值的新型小分子药物靶标提供帮助。
以上所述仅是本发明的优选实施方式，应当指出：对于本技术领域的普通技术人员来说，在不脱离本发明原理的前提下，还可以做出若干改进和润饰，这些改进和润饰也应视为本发明的保护范围。
序列表
<110> 无锡市第五人民医院
<120> 一种乳腺癌相关基因PIK3CA位点g.179220986A＞T突变体及其应用
<130> 6
<160> 6
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 355
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 1
tgtaacattt attggatttc aaaaatgagt gtttaaattg tttagcaaag attatttgta 60
tactgattta agactatata tatatatttt taattttgca cgattctttt agatctgaga 120
tgcacaataa aacagttagc cagaggtttg gcctgctttt ggagtcctat tgtcgtgcat 180
gtgggatgta tttgaagcac ctgaataggc aagtcgaggc aatggaaaag ctcattaact 240
taactgacat tctcaaacag gagaagaagg atgaaacaca aaaggtgtgt gactctagtt 300
tgtgtttgag actcttttca ctgcagtggg gcagagttgt ttagaagccc agtgt 355
<210> 2
<211> 355
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 2
tgtaacattt attggatttc aaaaatgagt gtttaaattg tttagcaaag attatttgta 60
tactgattta agactatata tatatatttt taattttgca cgattctttt agttctgaga 120
tgcacaataa aacagttagc cagaggtttg gcctgctttt ggagtcctat tgtcgtgcat 180
gtgggatgta tttgaagcac ctgaataggc aagtcgaggc aatggaaaag ctcattaact 240
taactgacat tctcaaacag gagaagaagg atgaaacaca aaaggtgtgt gactctagtt 300
tgtgtttgag actcttttca ctgcagtggg gcagagttgt ttagaagccc agtgt 355
<210> 3
<211> 25
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 3
tttaattttg cacgattctt ttagt 25
<210> 4
<211> 25
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 4
tagagtcaca caccttttgt gtttc 25
<210> 5
<211> 686
<212> PRT
<213> Homo sapiens
<400> 5
Met Pro Pro Arg Pro Ser Ser Gly Glu Leu Trp Gly Ile His Leu Met
1 5 10 15
Pro Pro Arg Ile Leu Val Glu Cys Leu Leu Pro Asn Gly Met Ile Val
20 25 30
Thr Leu Glu Cys Leu Arg Glu Ala Thr Leu Ile Thr Ile Lys His Glu
35 40 45
Leu Phe Lys Glu Ala Arg Lys Tyr Pro Leu His Gln Leu Leu Gln Asp
50 55 60
Glu Ser Ser Tyr Ile Phe Val Ser Val Thr Gln Glu Ala Glu Arg Glu
65 70 75 80
Glu Phe Phe Asp Glu Thr Arg Arg Leu Cys Asp Leu Arg Leu Phe Gln
85 90 95
Pro Phe Leu Lys Val Ile Glu Pro Val Gly Asn Arg Glu Glu Lys Ile
100 105 110
Leu Asn Arg Glu Ile Gly Phe Ala Ile Gly Met Pro Val Cys Glu Phe
115 120 125
Asp Met Val Lys Asp Pro Glu Val Gln Asp Phe Arg Arg Asn Ile Leu
130 135 140
Asn Val Cys Lys Glu Ala Val Asp Leu Arg Asp Leu Asn Ser Pro His
145 150 155 160
Ser Arg Ala Met Tyr Val Tyr Pro Pro Asn Val Glu Ser Ser Pro Glu
165 170 175
Leu Pro Lys His Ile Tyr Asn Lys Leu Asp Lys Gly Gln Ile Ile Val
180 185 190
Val Ile Trp Val Ile Val Ser Pro Asn Asn Asp Lys Gln Lys Tyr Thr
195 200 205
Leu Lys Ile Asn His Asp Cys Val Pro Glu Gln Val Ile Ala Glu Ala
210 215 220
Ile Arg Lys Lys Thr Arg Ser Met Leu Leu Ser Ser Glu Gln Leu Lys
225 230 235 240
Leu Cys Val Leu Glu Tyr Gln Gly Lys Tyr Ile Leu Lys Val Cys Gly
245 250 255
Cys Asp Glu Tyr Phe Leu Glu Lys Tyr Pro Leu Ser Gln Tyr Lys Tyr
260 265 270
Ile Arg Ser Cys Ile Met Leu Gly Arg Met Pro Asn Leu Met Leu Met
275 280 285
Ala Lys Glu Ser Leu Tyr Ser Gln Leu Pro Met Asp Cys Phe Thr Met
290 295 300
Pro Ser Tyr Ser Arg Arg Ile Ser Thr Ala Thr Pro Tyr Met Asn Gly
305 310 315 320
Glu Thr Ser Thr Lys Ser Leu Trp Val Ile Asn Ser Ala Leu Arg Ile
325 330 335
Lys Ile Leu Cys Ala Thr Tyr Val Asn Val Asn Ile Arg Asp Ile Asp
340 345 350
Lys Ile Tyr Val Arg Thr Gly Ile Tyr His Gly Gly Glu Pro Leu Cys
355 360 365
Asp Asn Val Asn Thr Gln Arg Val Pro Cys Ser Asn Pro Arg Trp Asn
370 375 380
Glu Trp Leu Asn Tyr Asp Ile Tyr Ile Pro Asp Leu Pro Arg Ala Ala
385 390 395 400
Arg Leu Cys Leu Ser Ile Cys Ser Val Lys Gly Arg Lys Gly Ala Lys
405 410 415
Glu Glu His Cys Pro Leu Ala Trp Gly Asn Ile Asn Leu Phe Asp Tyr
420 425 430
Thr Asp Thr Leu Val Ser Gly Lys Met Ala Leu Asn Leu Trp Pro Val
435 440 445
Pro His Gly Leu Glu Asp Leu Leu Asn Pro Ile Gly Val Thr Gly Ser
450 455 460
Asn Pro Asn Lys Glu Thr Pro Cys Leu Glu Leu Glu Phe Asp Trp Phe
465 470 475 480
Ser Ser Val Val Lys Phe Pro Asp Met Ser Val Ile Glu Glu His Ala
485 490 495
Asn Trp Ser Val Ser Arg Glu Ala Gly Phe Ser Tyr Ser His Ala Gly
500 505 510
Leu Ser Asn Arg Leu Ala Arg Asp Asn Glu Leu Arg Glu Asn Asp Lys
515 520 525
Glu Gln Leu Lys Ala Ile Ser Thr Arg Asp Pro Leu Ser Glu Ile Thr
530 535 540
Glu Gln Glu Lys Asp Phe Leu Trp Ser His Arg His Tyr Cys Val Thr
545 550 555 560
Ile Pro Glu Ile Leu Pro Lys Leu Leu Leu Ser Val Lys Trp Asn Ser
565 570 575
Arg Asp Glu Val Ala Gln Met Tyr Cys Leu Val Lys Asp Trp Pro Pro
580 585 590
Ile Lys Pro Glu Gln Ala Met Glu Leu Leu Asp Cys Asn Tyr Pro Asp
595 600 605
Pro Met Val Arg Gly Phe Ala Val Arg Cys Leu Glu Lys Tyr Leu Thr
610 615 620
Asp Asp Lys Leu Ser Gln Tyr Leu Ile Gln Leu Val Gln Val Leu Lys
625 630 635 640
Tyr Glu Gln Tyr Leu Asp Asn Leu Leu Val Arg Phe Leu Leu Lys Lys
645 650 655
Ala Leu Thr Asn Gln Arg Ile Gly His Phe Phe Phe Trp His Leu Lys
660 665 670
Ser Glu Met His Asn Lys Thr Val Ser Gln Arg Phe Gly Leu
675 680 685
<210> 6
<211> 686
<212> PRT
<213> Homo sapiens
<400> 6
Met Pro Pro Arg Pro Ser Ser Gly Glu Leu Trp Gly Ile His Leu Met
1 5 10 15
Pro Pro Arg Ile Leu Val Glu Cys Leu Leu Pro Asn Gly Met Ile Val
20 25 30
Thr Leu Glu Cys Leu Arg Glu Ala Thr Leu Ile Thr Ile Lys His Glu
35 40 45
Leu Phe Lys Glu Ala Arg Lys Tyr Pro Leu His Gln Leu Leu Gln Asp
50 55 60
Glu Ser Ser Tyr Ile Phe Val Ser Val Thr Gln Glu Ala Glu Arg Glu
65 70 75 80
Glu Phe Phe Asp Glu Thr Arg Arg Leu Cys Asp Leu Arg Leu Phe Gln
85 90 95
Pro Phe Leu Lys Val Ile Glu Pro Val Gly Asn Arg Glu Glu Lys Ile
100 105 110
Leu Asn Arg Glu Ile Gly Phe Ala Ile Gly Met Pro Val Cys Glu Phe
115 120 125
Asp Met Val Lys Asp Pro Glu Val Gln Asp Phe Arg Arg Asn Ile Leu
130 135 140
Asn Val Cys Lys Glu Ala Val Asp Leu Arg Asp Leu Asn Ser Pro His
145 150 155 160
Ser Arg Ala Met Tyr Val Tyr Pro Pro Asn Val Glu Ser Ser Pro Glu
165 170 175
Leu Pro Lys His Ile Tyr Asn Lys Leu Asp Lys Gly Gln Ile Ile Val
180 185 190
Val Ile Trp Val Ile Val Ser Pro Asn Asn Asp Lys Gln Lys Tyr Thr
195 200 205
Leu Lys Ile Asn His Asp Cys Val Pro Glu Gln Val Ile Ala Glu Ala
210 215 220
Ile Arg Lys Lys Thr Arg Ser Met Leu Leu Ser Ser Glu Gln Leu Lys
225 230 235 240
Leu Cys Val Leu Glu Tyr Gln Gly Lys Tyr Ile Leu Lys Val Cys Gly
245 250 255
Cys Asp Glu Tyr Phe Leu Glu Lys Tyr Pro Leu Ser Gln Tyr Lys Tyr
260 265 270
Ile Arg Ser Cys Ile Met Leu Gly Arg Met Pro Asn Leu Met Leu Met
275 280 285
Ala Lys Glu Ser Leu Tyr Ser Gln Leu Pro Met Asp Cys Phe Thr Met
290 295 300
Pro Ser Tyr Ser Arg Arg Ile Ser Thr Ala Thr Pro Tyr Met Asn Gly
305 310 315 320
Glu Thr Ser Thr Lys Ser Leu Trp Val Ile Asn Ser Ala Leu Arg Ile
325 330 335
Lys Ile Leu Cys Ala Thr Tyr Val Asn Val Asn Ile Arg Asp Ile Asp
340 345 350
Lys Ile Tyr Val Arg Thr Gly Ile Tyr His Gly Gly Glu Pro Leu Cys
355 360 365
Asp Asn Val Asn Thr Gln Arg Val Pro Cys Ser Asn Pro Arg Trp Asn
370 375 380
Glu Trp Leu Asn Tyr Asp Ile Tyr Ile Pro Asp Leu Pro Arg Ala Ala
385 390 395 400
Arg Leu Cys Leu Ser Ile Cys Ser Val Lys Gly Arg Lys Gly Ala Lys
405 410 415
Glu Glu His Cys Pro Leu Ala Trp Gly Asn Ile Asn Leu Phe Asp Tyr
420 425 430
Thr Asp Thr Leu Val Ser Gly Lys Met Ala Leu Asn Leu Trp Pro Val
435 440 445
Pro His Gly Leu Glu Asp Leu Leu Asn Pro Ile Gly Val Thr Gly Ser
450 455 460
Asn Pro Asn Lys Glu Thr Pro Cys Leu Glu Leu Glu Phe Asp Trp Phe
465 470 475 480
Ser Ser Val Val Lys Phe Pro Asp Met Ser Val Ile Glu Glu His Ala
485 490 495
Asn Trp Ser Val Ser Arg Glu Ala Gly Phe Ser Tyr Ser His Ala Gly
500 505 510
Leu Ser Asn Arg Leu Ala Arg Asp Asn Glu Leu Arg Glu Asn Asp Lys
515 520 525
Glu Gln Leu Lys Ala Ile Ser Thr Arg Asp Pro Leu Ser Glu Ile Thr
530 535 540
Glu Gln Glu Lys Asp Phe Leu Trp Ser His Arg His Tyr Cys Val Thr
545 550 555 560
Ile Pro Glu Ile Leu Pro Lys Leu Leu Leu Ser Val Lys Trp Asn Ser
565 570 575
Arg Asp Glu Val Ala Gln Met Tyr Cys Leu Val Lys Asp Trp Pro Pro
580 585 590
Ile Lys Pro Glu Gln Ala Met Glu Leu Leu Asp Cys Asn Tyr Pro Asp
595 600 605
Pro Met Val Arg Gly Phe Ala Val Arg Cys Leu Glu Lys Tyr Leu Thr
610 615 620
Asp Asp Lys Leu Ser Gln Tyr Leu Ile Gln Leu Val Gln Val Leu Lys
625 630 635 640
Tyr Glu Gln Tyr Leu Asp Asn Leu Leu Val Arg Phe Leu Leu Lys Lys
645 650 655
Ala Leu Thr Asn Gln Arg Ile Gly His Phe Phe Phe Trp His Leu Asn
660 665 670
Ser Glu Met His Asn Lys Thr Val Ser Gln Arg Phe Gly Leu
675 680 685

Claims (2)

1.一种乳腺癌相关基因PIK3CA位点g.179220986A＞T突变体，其特征在于：其野生型PIK3CA基因序列如SEQ ID NO:1所示，其突变型PIK3CA基因序列如SEQ ID NO:2所示；突变型PIK3CA基因序列与野生型PIK3CA基因序列相比具有g.179220986A＞T位点突变。
2.一种用于检测如权利要求1所述的乳腺癌相关基因PIK3CA位点g.179220986A＞T突变体的特异性引物，其特征在于：该特异性引物的上游引物的序列如为SEQ ID NO:3所示，下游引物的序列如SEQ ID NO:4所示，用于检测PIK3CA基因位点g.179220986A＞T突变；所述PIK3CA基因位点g.179220986A＞T突变是指突变位点在SEQ ID NO:1序列的第113位碱基A突变为T。
CN202010162174.3A 2020-03-10 2020-03-10 一种乳腺癌相关基因PIK3CA位点g.179220986A＞T突变体及其应用 Active CN111154883B (zh)

Priority Applications (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN202010162174.3A CN111154883B (zh) 2020-03-10 2020-03-10 一种乳腺癌相关基因PIK3CA位点g.179220986A＞T突变体及其应用

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN202010162174.3A CN111154883B (zh) 2020-03-10 2020-03-10 一种乳腺癌相关基因PIK3CA位点g.179220986A＞T突变体及其应用

Publications (2)

Publication Number Publication Date
CN111154883A CN111154883A (zh) 2020-05-15
CN111154883B true CN111154883B (zh) 2020-12-18

Family

ID=70567321

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN202010162174.3A Active CN111154883B (zh) 2020-03-10 2020-03-10 一种乳腺癌相关基因PIK3CA位点g.179220986A＞T突变体及其应用

Country Status (1)

Country Link
CN (1) CN111154883B (zh)

Families Citing this family (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN112941187A (zh) * 2021-04-02 2021-06-11 无锡市第五人民医院 一种乳腺癌相关基因pik3ca-q928h突变体及其特异性引物

Family Cites Families (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
EP3612627A4 (en) * 2017-04-19 2020-12-30 Singlera Genomics, Inc. COMPOSITIONS AND METHODS FOR DETECTION OF GENOMIC VARIANCE AND OF DNA METHYLATION STATUS
CN107988362B (zh) * 2017-10-26 2021-07-20 广东省人民医院(广东省医学科学院) 一种肺癌相关33基因靶向捕获测序试剂盒及其应用
CN109913482B (zh) * 2019-04-24 2020-04-03 无锡市第五人民医院 Pik3ca-i874r突变基因及其在乳腺癌辅助诊断中的应用
CN109913481B (zh) * 2019-04-24 2020-04-03 无锡市第五人民医院 PIK3CA基因g.179224821G＞A突变及其在乳腺癌辅助诊断中的应用

Also Published As

Publication number Publication date
CN111154883A (zh) 2020-05-15

Similar Documents

Publication Publication Date Title
KR102622305B1 (ko) 염색체 상호작용 부위를 이용하는 검출 방법
CN107419018B (zh) 一种基于Blocker引物和ARMS引物检测基因突变的方法和试剂盒
US6607898B1 (en) Method for detection of hTR and hTERT telomerase-associated RNA in plasma or serum
KR20080028857A (ko) ＥｒｂＢ 수용체 약물에 대한 환자반응을 예측 및 모니터링하는 방법
CN106148498B (zh) Kras基因突变检测试剂盒及其应用
CN109913482B (zh) Pik3ca-i874r突变基因及其在乳腺癌辅助诊断中的应用
CN102776286A (zh) 用于检测ros1基因融合突变的引物、探针及检测试剂盒
CN111304332B (zh) 一种乳腺癌相关基因BRCA2位点g.32336265G＞T突变体的检测
CN106148497A (zh) Braf基因突变检测试剂盒及其应用
CN111154883B (zh) 一种乳腺癌相关基因PIK3CA位点g.179220986A＞T突变体及其应用
CN110029167B (zh) Erbb2-g519v突变基因及其在乳腺癌辅助诊断中的应用
CN109234396A (zh) 一种乳腺癌易感基因BRCA2位点g.32336534T＞C突变体及其应用
CN109457031B (zh) BRCA2基因g.32338309A＞G突变体及其在乳腺癌辅助诊断中的应用
CN109593849B (zh) 一组与结直肠癌相关的血浆LncRNA标记物及其应用
CN109913481B (zh) PIK3CA基因g.179224821G＞A突变及其在乳腺癌辅助诊断中的应用
CN107354197B (zh) 一种检测人类nras基因突变的试剂盒
CN110373454A (zh) 一种联合检测egfr基因突变的试剂盒及方法
CN111154875A (zh) 一种乳腺癌基因ERBB2位点g.39711928A&gt;G突变体及其应用
CN110055258B (zh) 一种乳腺癌相关基因ERBB2位点g.39717320G&gt;A突变体及其应用
CN112941187A (zh) 一种乳腺癌相关基因pik3ca-q928h突变体及其特异性引物
CN111139301B (zh) 一种乳腺癌相关基因ERBB2位点g.39723319C＞A突变体及其应用
Cordeiro et al. A pilot study on Hla-G locus control region haplotypes and cervical intraepithelial neoplasias
KR101918342B1 (ko) B형 간염 바이러스 표면 유전자 넌센스 돌연변이의 검출 방법
CN112941186B (zh) 一种乳腺癌易感基因brca2-k2305n突变体及其特异性引物
CN111154874A (zh) 一种乳腺癌易感基因BRCA2位点g.32332272G＞A突变体及其应用

Legal Events

Date Code Title Description
PB01 Publication
PB01 Publication
SE01 Entry into force of request for substantive examination
SE01 Entry into force of request for substantive examination
GR01 Patent grant
GR01 Patent grant