CN111118180A - 一种利用sdc3启动子遗传标记检测牛脂肪性状的方法 - Google Patents

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Abstract

本发明公开了一种利用SDC3启动子遗传标记检测牛脂肪性状的方法，通过对牛的全基因组DNA进行PCR扩增后，通过DNA测序的方法检测PCR产物序列存在的SNPs，公开了SDC3基因启动子区上的7个SNPs位点与牛脂肪性状的相关性；利用SDC3基因启动子区标记作为预测和选育肉牛大理石花纹等级、脂肪覆盖率及脂肪颜色性状的方法，为遗传工作者的早期选育及改善肉品质从而进一步提高肉牛养殖的经济效益奠定基础。

Description

一种利用SDC3启动子遗传标记检测牛脂肪性状的方法
技术领域：
本发明公开了一种利用SDC3启动子遗传标记检测牛脂肪性状的方法，具体涉及一种通过检测SDC3基因启动子区SNPs位点和单倍型作为牛脂肪覆盖率、大理石花纹、脂肪颜色性状预测和评估的分子标记检测方法及其应用，属于选育预测和选育牛肉质性状技术领域。
背景技术：
在肉牛饲养技术领域中，牛脂肪性状相关的功能基因和分子标记尤对肉牛早期的筛选和品种改良具有重要意义及应用价值。
单核苷酸多态性（SNPs）主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。SNP所表现的多态性只涉及到单个碱基的变异，这种变异可由单个碱基的转换或颠换所引起，也可由碱基的插入或缺失所致。由于SNP数量多、分布广、筛查快、易分型、等位基因频率易检测和评估等特点，使其更适合于对复杂性状以及基于群体的基因识别等方面的研究。随着候选基因和比较基因组学方法的发展，在各品种牛群中已经鉴定，与生长、胴体和肉质性状相关的候选基因中存在许多SNP位点都可能直接或间接的影响家畜的生产特性。SNPs标记技术作为当前应用最广泛的遗传标记技术，在动物遗传育种研究领域发挥着重要作用。
Syndecans (SDCs)是一个膜结合的Ⅰ型跨膜硫酸乙酰肝素盐蛋白聚糖（heparansulfate，HS链）家族，Syndecan的核心蛋白包括一个胞外的由一段信号肽、一个HS附着位点、一个可变区域以及一个含有蛋白水解酶识别位点的近膜域组成的氨基末端，一个短的保守的胞质区以及一个跨膜区。Syndecan核心蛋白含有的胞质区和跨膜区都具有蛋白激酶磷酸化作用的结合位点以及各种各样信号分子的结合位点，与细胞间黏附、调节硫酸肝素盐联合生长因子信号传导有关，可以联合多种细胞外多肽，如激素、生长因子等，以控制能量平衡。SDC3是SDCs中的一个调节因子，该基因在控制能量平衡的下丘脑区域表达并参与摄食行为的调节。同时该基因还参与调节黑皮质素系统的活性，有效地调节能量摄入，能量消耗和外周葡萄糖代谢。牛的SDC3基因全长38589bp，由5个外显子和4个内含子组成，位于2号染色体上，共编码346个氨基酸，是一种横跨膜的硫酸乙酰肝素盐蛋白聚糖。目前关于SDC3基因的研究都集中在小鼠和人类的基因功能研究，SDC3基因的启动子研究以及其SNPs在牛肉质性状研究上相关报道甚少。
发明内容
本发明提供了一种SDC3基因启动子区标记检测牛脂肪性状的方法，利用SDC3基因启动子区标记作为预测和选育肉牛大理石花纹等级、脂肪覆盖率及脂肪颜色性状的方法，为遗传工作者的早期选育及改善肉品质从而进一步提高肉牛养殖的经济效益奠定基础。
本发明公开的一种SDC3基因启动子区单核苷酸多态性作为牛脂肪性状分子标记的检测的用途，其特征在于：
上述SDC3基因的分子标记为牛SDC3基因启动子区SNP1（g. 123236647C>G）、SNP3（g.123236666C>G）和单倍型（H1:CCTTATT、H2:GCCTACC、H3:CCTTACC、H4:GCCCGCC、H5:GCTTACC、H6:GGCCACC、H7:GCCCACC）。
本发明所述的一种SDC3基因启动子区标记检测牛脂肪性状的方法，包括以下步骤：
1）采集待检测的牛血液、体液或组织样品，提取血液、体液或组织基因组DNA；
2）合成和使用提供的引物对用于扩增SDC3基因启动子区域-964~ +80bp；SDC3基因和启动子序列设计的一对引物，引物序列如下：
SDC3-S：5’TGTTCCACTCCATGACTCACT 3’；
SDC3-AS：5’TGTCTCCTGCCTCCTTAACTC 3’；
3）以牛个体或者混池基因组DNA为模板，使用上一步合成的引物进行PCR扩增获得包含牛SDC3基因和启动子区-964~ +80bp目的片段的PCR产物；PCR反应体系：Taq PCR Mix 10 μL，上游引物及下游引物各 0.5 μL，混池DNA /个体DNA 2 μL，去离子水7 μL，共20 μL充分混匀用于PCR扩增；PCR反应程序为：95℃预变性5 min，95℃变性30 s，56℃退火30 s，72℃延伸60 s，循环30次；延伸72℃ 10 min；4℃保存；利用1.5%琼脂糖凝胶电泳检查PCR扩增产物片段长度和质量，4℃或-20℃备用；
4）混池PCR产物测序，观察测序峰图图谱，根据SNP1（g. 123236647C>G）作为中国西门塔尔牛大理石花纹等级的分子标记，SNP3（g. 123236666C>G）与中国西门塔尔牛大理石花纹等级、脂肪覆盖率及脂肪颜色评分的分子标记；
5）使用HaploView软件进行SNPs位点连锁性分析，在D’值95%可信区间内构建单倍域（haplotype block）；7个SNPs位点，分别为：
SNP1（g. 123236647C>G）；
SNP2（g. 123236659C>G）；
SNP3（g. 123236666C>G）；
SNP4（g. 123236676C>T）；
SNP5（g. 123236784A>G）；
SNP6（g. 123236854C>T）；
SNP7（g. 123236922C>T）形成一个单倍型block，分别是：
H1:CCTTATT；
H2:GCCTACC；
H3:CCTTACC；
H4:GCCCGCC；
H5:GCTTACC；
H6:GGCCACC；
H7:GCCCACC，共形成13种单倍型组合：H1H1、H1H2、H1H3、H1H4、H1H5、H1H6、H2H2、H2H3、H2H4、H2H5、H2H6、H3H3、H3H4；
个体单倍型可作为进一步预测和评估脂肪覆盖率、大理石花纹等级及脂肪颜色性状相关的肉质性状的分子标记。
本发明的有益效果在于：
本发明通过对牛的全基因组DNA进行PCR扩增后，通过DNA测序的方法检测PCR产物序列存在的SNPs，发现了SDC3基因启动子区上的7个SNPs位点与牛脂肪性状的相关性。提供了在DNA水平上，一种简单、快速和有效的筛查和检测与牛脂肪覆盖率、大理石花纹等级及脂肪颜色性状密切相关的遗传标记，可应用于肉牛的分子育种，及标记辅助选择。同时，这7个SNPs位点之间具有高度的连锁性，其单倍型所形成的基因型也与牛脂肪覆盖率、大理石花纹等级及脂肪颜色性状密切相关，在分子标记检测过程中可以通过少数几个SNPs位点推测这7个位点的基因型，快速判断个体基因型，也可应用于肉牛的有效筛查。解决了SSCP、PCR-PFLP技术的繁琐性和可能存在误差，提高了检测的准确性和精确度。从而在降低成本的前提下，进一步提高牛肉质，加快良种选育速度和提高种群品质。
附图说明
图1为本发明的中国西门塔尔牛SDC3基因启动子区PCR产物琼脂糖凝胶结果（注：Marker. DL2000Marker）；
图2为本发明的中国西门塔尔牛SDC3基因启动子区SNPs位点测序图（注： SNP1（g.123236647C>G）、SNP2（g. 123236659C>G）、SNP3（g. 123236666C>G）、SNP4（g. 123236676C>T）、SNP5（g. 123236784A>G）、SNP6（g. 123236854C>T）、SNP7（g. 123236922C>T）；
图3为本发明的中国西门塔尔牛SDC3基因启动子区SNPs位点连锁分析结果；
图4为本发明的中国西门塔尔牛SDC3基因启动子区SNPs位点连锁单倍型。
具体实施方式
通过以下实施例进一步举例描述本发明，并不以任何方式限制本发明，在不背离本发明的技术解决方案的前提下，对本发明所作的本领域普通技术人员容易实现的任何改动或改变都将落入本发明的权利要求范围之内。
实施例1
1、实验材料和仪器设备
2×Taq PCR Green Mix(诺唯赞，南京)、溴化乙锭替代物（鼎国昌盛，北京）、DL2000DNA Marker（TaKaRa，大连）、琼脂糖（Biowest Agarose）、50×TAE（索莱宝）。
PCR仪（BIO-RAD公司）；电泳仪（上海君意有限公司）；高速离心机（上海化工机械厂有限公司）；-20 ℃冰箱(Haier)；PCR管（Axygen公司）；凝胶成像系统（UVC）；
2、实验所用主要软件
测序结果数据分析软件SeqMan和统计分析软件SPSS 23.0等。使用HaploView软件分析10个单核苷酸多态性的连锁关系和单倍型；
3、实验方法
中国西门塔尔公牛血液由内蒙古宝龙山牛农场提供，使用全血DNA提取试剂盒提取血液基因组DNA，分别对每个牛个体的DNA进行编号，保存-80℃，备用；
根据引物序列合成PCR引物（金唯智，苏州），用于扩增SDC3基因启动子区域-964 ~-80bp：引物信息详见表1：
表1：SDC3基因启动子引物序列
Figure 193973DEST_PATH_IMAGE002
。
以100头中国西门塔尔牛群体血液基因组DNA为模板，进行PCR反应，PCR扩增体系及反应程序如下：
Figure 540772DEST_PATH_IMAGE003
首先，以1-50号牛个体DNA混池为模板进行PCR扩增，取7 μL PCR产物进行凝胶电泳检测，琼脂糖凝胶配置浓度为1.5%，溶液为1XTAE 20 mL，并加入10 μL EB替代物显色，电泳仪设置参数为120 V电泳23 min，电泳完成后使用凝胶成像系统拍照并保存结果，剩余样品送至生工生物公司进行Sanger测序，初步筛选该基因启动子区的SNPs位点。其次，分别以135头牛个体DNA为模板进行PCR扩增，反应体系和反应条件与上述一致，并送至生工生物技术公司进行Sanger测序。最后，测序结果峰图均使用SeqMan软件进行SNPs位点筛查和分析，纯合条带有单一峰，杂合条带有重合峰，即套峰。根据测序结果确定每个个体的SNPs位点基因型；
测序结果数据统计后，将个体的每个SNPs位点相对应的基因型整理记录，采用HaploView软件进行SNPs位点连锁分析及单倍型分析，计算基因型和基因频率。将肉牛个体的肉质性状及胴体性状数据分别与该群体中的SNPs进行关联分析。所有性状数据均以Mean±SD表示，p<0.05定义为统计学存在显著差异；
4、结果
SDC3基因启动子区PCR扩增，混池PCR产物利用1.5%琼脂糖凝胶电泳进行检测，得到的目的条带片段长度与设计的一致（图1），没有抹带和二聚体，可以用于后续的测序分析。PCR产物送至上海生工生物公司测序后，PCR扩增产物序列详情见序列3，测序峰图结果使用SeqMan软件打开，观察测序峰图图谱可发现目的片段内共存在7个SNP位点（图2），分别为：SNP1（g. 123236647C>G）、SNP2（g. 123236659C>G）、SNP3（g. 123236666C>G）、SNP4（g.123236676C>T）、SNP5（g. 123236784A>G）、SNP6（g. 123236854C>T）、SNP7（g. 123236922C>T）。
在被检测的西门塔尔牛群体中，SDC3基因启动子区SNPs位点的基因型分析结果显，SNP1位点处优势基因型为CG；SNP2位点处仅有两种基因型，且优势基因型为CC，优势基因为C；SNP3位点处优势基因型为CT，优势基因为T；SNP4位点处优势基因型为TT，优势基因是T；SNP5位点处的优势基因型为AA，优势基因为A；SNP6位点处的优势基因型为CC与CT，优势基因为C；SNP7位点处的优势基因型为CC与CT，优势基因为C。基因型频率及基因频率统计结果如表2所示。
表2： SDC3基因启动子区单核苷酸多态性基因型及基因型频率
Figure 470682DEST_PATH_IMAGE004
2.3 SDC3基因启动子区SNPs与中国西门塔尔牛肉质和胴体性状关联分析验证
利用SPSS 23.0进行结果分析，与西门塔尔牛肉质性状关联分析，在7个SNPs位点中，SNP1（g. 123236647C>G）、SNP3（g. 123236666C>G）均与中国西门塔尔牛大理石花纹等级具有显著相关性（p<0.05），SNP1（g. 123236647C>G）位点处CG基因型个体大理石花纹等级（5.93±0.05）显著高于GG基因型牛个体（5.74±0.08）；同时SNP3（g. 123236666C>G）与中国西门塔尔牛脂肪覆盖率及脂肪颜色具有显著相关性（p<0.05）。SNP3（g. 123236666C>G）位点处CC基因型个体脂肪覆盖率（25.56±1.91）显著高于CT基因型牛个体（21.13±1.05），CC基因型个体脂肪颜色评分（3.88±0.16）显著高于CT基因型牛个体（3.36±0.09），CT基因型个体大理石花纹等级（5.91±0.05）显著高于CC基因型牛个体（5.69±0.09）。不同基因型的最小二乘均值和标准差如表3所示。
使用HaploView软件进行SNPs位点连锁性分析，在D’值95%可信区间内构建单倍域（haplotype block）。SNP1-7七个SNPs位点形成一个block，结果如图3所示，共有七个单倍型，分别是：H1:CCTTATT（0.320）、H2:GCCTACC（0.230）、H3:CCTTACC（0.175）、H4:GCCCGCC（0.120）、H5:GCTTACC（0.080）、H6:GGCCACC（0.060）、H7:GCCCACC（0.010），结果见图4。共形成13种单倍型组合：H1H1、H1H2、H1H3、H1H4、H1H5、H1H6、H2H2、H2H3、H2H4、H2H5、H2H6、H3H3、H3H4（表4）。结果显示，H2H4基因型个体脂肪覆盖率显著高于H1H2、H1H3、H1H4、H3H3。基因型个体；H2H2基因型个体大理石花纹等级显著低于H1H1、H1H2、H1H3、H1H4、H1H5、H2H3、H2H4、H2H5、H3H3、H3H4基因型个体；H2H2基因型个体脂肪颜色评分显著高于H2H3、H2H5基因型个体。
表3：SDC3基因启动子区SNPs位点与中国西门塔尔牛肉质性状相关性分析
Figure 775893DEST_PATH_IMAGE005
注：同列中被标注不同小写字母的均值代表差异显著（p<0.05）。
通过是实施例检测验证，SDC3基因启动子区的SNP1和SNP2与被检测的中国西门塔尔牛的肪覆盖率、大理石花纹等级及脂肪颜色性状显著相关，单倍型H1H2、H1H3、H1H4、H2H4和H3H3与肪覆盖率相关，H1H1、H1H2、H1H3、H1H4、H1H5、H2H2、H2H3、H2H4、H2H5、H3H3、H3H4与大理石花纹相关，H2H2、H2H3和H2H5与脂肪颜色相关。通过检测SNP1（g. 123236647C>G）、SNP3（g. 123236666C>G）和单倍型在牛的育种和早期饲养阶段可用于预测和评估牛的脂肪性状。
表4：单倍型组合与中国西门塔尔牛脂质性状相关性分析
Figure 689622DEST_PATH_IMAGE006
注：同列中被标注不同小写字母的均值代表差异显著（p<0.05）。
序列表
<110> 吉林大学
<120> 一种利用SDC3启动子遗传标记检测牛脂肪性状的方法
<160> 3
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 880
<212> DNA
<213> 牛(cattle )
<400> 1
tgttccactc catgactcac tggtagcaag taaatactga ttaattcatt actttgagac 60
tgtgtgtgta tgtgtgttgg ggggagggtg acgcgtatgc tggggggaat ctcctggctc 120
cccgccctgg cctcctgccc tgcctggcct gggtagggct ttagagcagg tggtcgaggc 180
ttgggcctgg aagccaggat caggatcctt tctctagctc cacaggaact ccaggagggg 240
gctgtcaggg acagggttgt gagaggctga gcacaggtcg tgatgctgag ctagcccctc 300
tcctgctaac ataccttccg tggctcccca tgtcagtcaa acagtagggg tattcagact 360
ccacgtcaga ccttctaaac tgctgagtac tgtttttaca acattctgac atgcagtcag 420
aataaaacct gaccagtttc caagaggaaa gttgccagcc taaccctgag agcctgtgat 480
ggggcttccc caaactcaac tctggcctgt cctgcaccca ccgccacccc cacccccact 540
acccaggaat tgcatcctcc aacaccaagc ccattccttc ccagatactt gccgataccc 600
actgtgtgtc tgacagggtc ctgctccatc aaggtatagt ttactgggag tgggcacagt 660
cacagaagaa gtatataccc atgcctgccc agctcacaag tggtgagaga tgtgaattca 720
gaagcaccgg atggatgctc tgaaagctca aagtaggagg gcttctcgga agaacggatg 780
gggagtgaaa ggtagctggt gggaagttgg aggatgagag gatgggaggg aagagtgttc 840
caggtggagg gaacagcatg agttaaggag gcaggagaca 880
<210> 2
<211> 21
<212> DNA
<213> 上游引物(人工序列上游引物)
<400> 2
tgttccactc catgactcac t 21
<210> 3
<211> 21
<212> DNA
<213> 下游引物(人工序列下游引物)
<400> 3
tgtctcctgc ctccttaact c 21

Claims (3)

1.SDC3基因启动子区单核苷酸多态性作为牛脂肪性状分子标记的检测的用途，其特征在于：
上述SDC3基因的分子标记为牛SDC3基因启动子区SNP1（g. 123236647C>G）、SNP3（g.123236666C>G）和单倍型（H1:CCTTATT、H2:GCCTACC、H3:CCTTACC、H4:GCCCGCC、H5:GCTTACC、H6:GGCCACC、H7:GCCCACC）。
2.一种SDC3基因启动子区标记检测牛脂肪性状的方法，其特征在于根据牛SDC3基因和启动子序列设计的一对引物，引物序列如下：
SDC3-S：5’TGTTCCACTCCATGACTCACT 3’；
SDC3-AS：5’TGTCTCCTGCCTCCTTAACTC 3’。
3.根据权利要求2所述的一种SDC3基因启动子区标记检测牛脂肪性状的方法，包括以下步骤：
1）采集待检测的牛血液、体液或组织样品，提取血液、体液或组织基因组DNA；
2）合成和使用提供的引物对用于扩增SDC3基因启动子区域-964~ +80bp；设计引物序列如权利要求2所示；
3）以牛个体或者混池基因组DNA为模板，使用上一步合成的引物进行PCR扩增获得包含牛SDC3基因和启动子区-964~ +80bp目的片段的PCR产物；PCR反应体系：Taq PCR Mix 10 μL，上游引物及下游引物各 0.5 μL，混池DNA /个体DNA 2 μL，去离子水7 μL，共20 μL充分混匀用于PCR扩增；PCR反应程序为：95℃预变性5 min，95℃变性30 s，56℃退火30 s，72℃延伸60 s，循环30次；延伸72℃ 10 min；4℃保存；利用1.5%琼脂糖凝胶电泳检查PCR扩增产物片段长度和质量，4℃或-20℃备用；
4）混池PCR产物测序，观察测序峰图图谱，根据SNP1（g. 123236647C>G）作为中国西门塔尔牛大理石花纹等级的分子标记，SNP3（g. 123236666C>G）作为中国西门塔尔牛大理石花纹等级、脂肪覆盖率及脂肪颜色评分的分子标记；
5）使用HaploView软件进行SNPs位点连锁性分析，在D’值95%可信区间内构建单倍域（haplotype block）；7个SNPs位点，分别为：
SNP1（g. 123236647C>G）；
SNP2（g. 123236659C>G）；
SNP3（g. 123236666C>G）；
SNP4（g. 123236676C>T）；
SNP5（g. 123236784A>G）；
SNP6（g. 123236854C>T）；
SNP7（g. 123236922C>T）形成一个单倍型block，分别是：
H1:CCTTATT；
H2:GCCTACC；
H3:CCTTACC；
H4:GCCCGCC；
H5:GCTTACC；
H6:GGCCACC；
H7:GCCCACC，共形成13种单倍型组合：H1H1、H1H2、H1H3、H1H4、H1H5、H1H6、H2H2、H2H3、H2H4、H2H5、H2H6、H3H3、H3H4；
个体单倍型可作为进一步预测和评估脂肪覆盖率、大理石花纹等级及脂肪颜色性状相关的肉质性状的分子标记。
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Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN111951888A (zh) * 2020-07-31 2020-11-17 安徽省农业科学院畜牧兽医研究所 一种牛肉脂肪酸组成预测方法、系统和存储介质

Citations (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN104059963A (zh) * 2013-11-29 2014-09-24 吉林大学 一种中国西门塔尔牛胴体和肉质性状遗传标记的检测方法
CN109468390A (zh) * 2018-12-28 2019-03-15 吉林大学 Dlk1基因标记检测西门塔尔牛胴体脂肪覆盖率的方法
CN110257532A (zh) * 2019-07-24 2019-09-20 吉林大学 Angptl5基因作为牛背膘厚分子标记及检测方法
CN110438243A (zh) * 2019-08-19 2019-11-12 延边大学 延边黄牛肉质相关的fabp4基因snp分子标记、引物对、试剂盒及其应用

Patent Citations (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN104059963A (zh) * 2013-11-29 2014-09-24 吉林大学 一种中国西门塔尔牛胴体和肉质性状遗传标记的检测方法
CN109468390A (zh) * 2018-12-28 2019-03-15 吉林大学 Dlk1基因标记检测西门塔尔牛胴体脂肪覆盖率的方法
CN110257532A (zh) * 2019-07-24 2019-09-20 吉林大学 Angptl5基因作为牛背膘厚分子标记及检测方法
CN110438243A (zh) * 2019-08-19 2019-11-12 延边大学 延边黄牛肉质相关的fabp4基因snp分子标记、引物对、试剂盒及其应用

Non-Patent Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
HUANG,Y.Z.: "Genetic Variants in SDC3 Gene are Significantly Associated with Growth Traits in Two Chinese Beef Cattle Breeds", 《ANIMAL BIOTECHNOLOGY》 *

Cited By (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN111951888A (zh) * 2020-07-31 2020-11-17 安徽省农业科学院畜牧兽医研究所 一种牛肉脂肪酸组成预测方法、系统和存储介质
CN111951888B (zh) * 2020-07-31 2023-10-03 安徽省农业科学院畜牧兽医研究所 一种牛肉脂肪酸组成预测方法、系统和存储介质

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