CN114317773B - 一种鉴定猪攻击性强弱的分子标记及检测方法和应用 - Google Patents
一种鉴定猪攻击性强弱的分子标记及检测方法和应用 Download PDFInfo
- Publication number
- CN114317773B CN114317773B CN202210003583.8A CN202210003583A CN114317773B CN 114317773 B CN114317773 B CN 114317773B CN 202210003583 A CN202210003583 A CN 202210003583A CN 114317773 B CN114317773 B CN 114317773B
- Authority
- CN
- China
- Prior art keywords
- aggressiveness
- pigs
- pig
- molecular marker
- identifying
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Active
Links
Landscapes
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
本发明公开了一种鉴定猪攻击性强弱的分子标记及检测方法和应用。本发明首次发现与猪的攻击行为发生显著关联的SNP，位于猪基因组Sscrofa11.1版本参考序列第8号染色体的第133243042bp处多态性为G/A的SNP。本发明提供的与猪的攻击行为发生显著关联的SNP可作为分子标记用于检测猪的攻击性强弱，选育攻击性相对较低的猪群体，对于提高猪肉品质和改善动物福利具有重要的指导意义。本发明操作简单，仅需获得个体耳样或血样基因组便可自动化上机检测，获得个体的基因型，从而分析该个体的攻击性，费用低，精确性高，省时省力，适于推广应用。
Description
技术领域
本发明涉及分子生物学及生物分析应用领域，具体涉及一种鉴定猪攻击性强弱的分子标记及检测方法和应用。
背景技术
猪混群后的攻击行为会导致体表损伤、生长速度减慢、肉质变差以及由攻击应激引起短暂免疫力降低等问题，影响养猪业的健康发展，同时也是一项重要的动物福利问题。近年来人们已经认识到在猪育种中加强对猪攻击行为性状选择的必要性，但目前针对猪攻击行为的研究多数停留在识别判断、营养调控、生理生化标记物等，而对于猪攻击行为遗传机制的解析报道较少。
随着分子生物学技术和数量遗传学的发展，分子遗传标记和标记辅助选择被广泛地应用于畜禽遗传育种中，并在提高动物生产性能等方面取得了显著的效果。Sanger测序法主要是对短基因片段(有效长度一般800bp)进行SNP鉴定，通过直接测序方法进行SNP检测的检出率及准确度接近100％，是测序的金标准。Sanger测序法检测SNPs的原理是针对可能存在SNPs的基因组片段设计特异性引物，进行PCR扩增，根据测序结果结合原始序列找到SNPs并确定碱基替换类型。开发高效的用于检测猪攻击性强弱的SNP分子标记对于猪攻击行为发生的检测和选育出低攻击性的猪具有重要意义。然而，目前尚缺乏能够直接用于检测猪攻击性强弱的SNP分子标记。
发明内容
为解决现有技术中存在的问题，本发明的目的是提供一种准确性高、方便快捷、价格低廉，适合推广应用的检测猪攻击性强弱的方法。
为实现上述目的，本发明通过对大量的具有攻击行为表型的猪的包括5-羟色胺通路、多巴胺通路、轴突引导通路等多个信号通路内的基因及其上下游序列进行分析，发现了与猪攻击行为相关的1个SNPs，这个SNPs位于猪基因组Sscrofa11.1版本参考序列第8号染色体的第133243042bp处(rs335052970)，具有G/A多态性。ARHGAP24 rs335052970基因型为AA的猪的攻击性较强，基因型为GG的猪的攻击性较弱。该SNP均位于ARHGAP24基因的5’侧翼区，该SNP的突变可能通过调控ARHGAP24基因的表达或改变mRNA的结构等，使得猪的攻击行为异常。
具体地，本发明的技术方案如下：
一种开发鉴定猪攻击性强弱的分子标记的方法，以含有猪基因组Sscrofa11.1版本第8号染色体的第133243042bp处rs335052970核苷酸位点的核苷酸序列为基础序列，设计引物对，以猪基因组DNA为模板进行PCR扩增，使猪基因组Sscrofa11.1版本猪第8号染色体的第133243042bp处rs335052970核苷酸位点转化为分子标记。
作为本发明的一种优选，所述的引物对序列为上游引物：SEQ ID NO：2，下游引物：SEQ ID NO：3。
按照本发明所述的方法得到的分子标记。
作为本发明的一种优选，所述的分子标记序列如SEQ ID NO：1所示，所述的猪基因组Sscrofa11.1版本第8号染色体的第133243042bp处rs335052970核苷酸位点在SEQ IDNO：1中位于第293位，存在G/A多态性。ARHGAP24rs335052970基因型为AA的猪的攻击性较强，基因型为GG的猪的攻击性较弱。
一种鉴定猪攻击性强弱的SNP标记引物对，上游引物为：SEQ ID NO：2，下游引物为：SEQ ID NO：3。
本发明所述的分子标记、本发明所述的引物对在鉴定猪攻击性强弱中的应用。
本发明所述的引物对在制备鉴定猪攻击性强弱的试剂中的应用。
一种用于检测猪攻击性强弱的试剂盒，包含本发明所述的引物对。
所述试剂盒还包括PCR反应缓冲液、Mg2+、dNTPs、DNA聚合酶、阳性对照模板中的一种或多种。
本发明所述的分子标记、本发明所述的引物对或包含所述特异性引物的试剂盒在提高动物福利或猪遗传育种中的应用。
一种鉴定猪攻击性强弱的方法，包括检测待测猪基因组Sscrofa11.1版本第8号染色体的第133243042bp处rs335052970核苷酸位点的基因型，通过基因型判定确定猪只猪攻击性强弱，其中基因型为AA的猪的攻击性较强，基因型为GG的猪的攻击性较弱。
上述检测PCR扩增产物的SNP基因型可以采用本研究领域任意常规的方法，包括但不限于SNaPshot法、HRM法、Mass Array法、TaqMan探针法等。
本发明的有益效果在于：
(1)本发明首次发现与猪攻击行为发生显著关联的SNP，该SNP可作为分子标记用于预测猪的攻击性强弱，准确性较高。
(2)利用本发明提供的SNP分子标记进行猪攻击性强弱的预测，具有简单快捷、成本低廉、不受猪的日龄和性别限制等优点，可用于强攻击性猪的早期发现和具有优良性状的猪的早期选育，极大地减少了育种工作量，加快了育种进程，提高了育种效率，降低了育种成本；对于减少猪的攻击性，提高猪的生产性能，降低猪的养殖成本(减少了因攻击应激所产生的生长速度减慢、饲料报酬率低带来的饲料成本以及因攻击应激引起免疫力降低所产生的药物防治成本)和增加养殖收益(减少攻击应激引起的肉质变差，以及体表损伤带来的猪肉外表不美观，提升了猪肉品质和消费者满意度)具有重要的指导意义，适于推广应用。
附图说明
图1为本发明实施例1中ARHGAP24基因rs335052970的正向测序图，箭头所示为SNPs位点；
图2为本发明实施例1中SNP在ARHGAP24基因结构的位置示意图；
图3是本发明实施例2中断奶仔猪混群后2、24、48和72小时ARHGAP24基因rs335052970位点SNP不同基因型的攻击行为的差异，其中，*代表P<0.05。
具体实施方式
下面将结合实施例对本发明进行详细说明。需要理解的是以下实施例的给出仅是为了起到说明的目的，并不是用于对本发明的范围进行限制。本领域的技术人员在不背离本发明的宗旨和精神的情况下，可以对本发明进行各种修改和替换。
下述实施例中所使用的实验方法如无特殊说明，均为常规方法。
下述实施例中所用的材料、试剂等，如无特殊说明，均可从商业途径得到。
实施例1与猪攻击行为发生相关的分子遗传标记的筛选。
为了检测与攻击行为发生相关的基因突变，随机选择攻击行为较强和攻击行为较弱的猪进行DNA测序，对5-羟色胺通路、多巴胺通路、轴突引导通路等多个通路内的基因及其上下游序列进行分析，具体方法如下：
1、采集耳样：
采取新鲜苏淮猪猪耳组织2～10mg，采用酚-氯仿抽提方法提取其DNA；
2、相关基因位点多态性检测：
为寻找与猪攻击行为发生相关的基因位点突变，随机选择24头猪进行全基因组重测序。
经全基因组重测序分析和筛选，发现ARHGAP24基因的1个SNP可能与猪攻击行为的发生相关。ARHGAP24基因的序列分析过程和结果如下：参考猪ARHGAP24基因序列(GenBank登录号：NC_010450.4)，利用Primer5.0进行ARHGAP24基因引物设计，引物序列如下：
正向引物F：5’-ATCACCAGGAAGAAAGAC-3’(SEQ ID NO.2)；
反向引物R：5’-AGAGAAATTCAAAGCATG-3’(SEQ ID NO.3)。
将步骤1中提取的DNA样品作为模板，采用上述引物进行PCR扩增和测序，扩增产物序列如SEQ ID NO.1所示，并将ARHGAP24基因的扩增产物的序列与参考序列进行比对，确定ARHGAP24基因的基因型。
ARHGAP24基因测序结果如图1所示，通过测序峰图可以看出，在5’侧翼区筛选出1个与参考基因组不同的位点rs45435032，即为突变位点，该位点位于SEQ ID NO.1中第293bp，该SNP的具体位置和突变信息如表1和图2所示。
表1 ARHGAP24基因的SNP相关信息
实施例2利用ARHGAP24基因的SNPs基因型预测猪攻击性强弱
在试验猪的群体中，随机选择200头有攻击行为记录的猪进行ARHGAP24基因测序，对该SNP进行基因分型。
用于SNPs分型的扩增引物如下：
正向引物F：5’-ATCACCAGGAAGAAAGAC-3’(SEQ ID NO.2)；
反向引物R：5’-AGAGAAATTCAAAGCATG-3’(SEQ ID NO.3)。
结果如表2所示，该存在GG、AG、AA三种基因型，在猪的攻击性强弱组群体中分布存在极显著差异。
表2猪ARHGAP24基因单核苷酸多态性(SNP)的基因频率及等位基因频率分析：
由于猪的攻击行为的发生与其出生时母亲胎次、自身性别、所处栏位及其混群前体质量有关，因此，对系谱信息齐全并有SNPs信息的猪(200头)建立广义线性混合模型进行分析，结果如表3所示。
表3 rs335052970位点单核苷酸多态性与攻击行为的关联分析
| 基因型 | AA(76) | GA(38) | GG(41) | p-Value |
| 攻击行为指数 | 2.54±0.20a | 2.09±0.24b | 1.68±0.22b | 0.0006** |
| 攻击时长(s) | 6.25±0.20a | 5.85±0.25ab | 5.57±0.22b | 0.0047** |
| 主动攻击时长(s) | 4.55±0.20a | 4.27±0.25a | 3.51±0.22b | <.0001** |
| 被欺凌时长(s) | 4.26±0.20a | 4.14±0.25ab | 3.69±0.22b | 0.0233* |
| 对峙时长(s) | 5.72±0.20a | 5.21±0.25b | 5.09±0.22b | 0.0067** |
| 主动攻击次数 | 1.75±0.20a | 1.03±0.25b | 1.16±0.22b | 0.0018** |
| 被欺凌次数 | 1.59±0.20 | 1.33±0.22 | 1.33±0.22 | 0.3792 |
| 对峙次数 | 1.75±0.20a | 1.16±0.25b | 1.26±0.22b | 0.0124* |
| 赢 | 1.47±0.20a | 0.64±0.25b | 0.60±0.22b | <.0001** |
注：相同字母代表差异不显著(P>0.05)；不同字母代表差异显著(P<0.05)
结果表明，ARHGAP24 rs335052970基因型为AA的猪攻击性较强，其攻击行为指数、攻击时长、主动攻击时长和次数、被欺凌时长、对峙时长及次数均显著高于基因型GG的猪(P<0.05)。
虽然，上文中已经用一般性说明、具体实施方式及试验，对本发明作了详尽的描述，但在本发明基础上，可以对之作一些修改或改进，这对本领域技术人员而言是显而易见的。因此，在不偏离本发明精神的基础上所做的这些修改或改进，均属于本发明要求保护的范围。
序列表
<110> 南京农业大学
<120> 一种鉴定猪攻击性强弱的分子标记及检测方法和应用
<160> 3
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 439
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 1
atcaccagga agaaagactc aaaacaaaca aaccaaaacc aaaaaccaaa aacaaaaact 60
ggagaaagaa gggtaaaaga gaaaaaacac gtaagtgtcc accctgactt ttcttgcggt 120
gtttttaagt cggaatgtgt gttcttccat atcattggag agccctaatg agcacattct 180
tcatgtcttc aagaaatcga gtgatgatgt gaaaccatct aaagcagaga tctttatgaa 240
gctttttgaa atcactaagt tggtgttcca ggtaaccggt actgtcctgt ccgggtttga 300
aagagacctt ttctgctggt gggaagagag ggggctgcgt cagcaaagtg tttactagtc 360
tgtcctcttc ggttcacact gggtcatttt gagagctctt aaactgtgat gaggaagtaa 420
tcatgctttg aatttctct 439
<210> 2
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 2
atcaccagga agaaagac 18
<210> 3
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 3
agagaaattc aaagcatg 18
Claims (7)
1.鉴定猪攻击性强弱的分子标记在鉴定猪攻击性强弱中的应用，其特征在于所述的分子标记按照以下方法得到：以含有猪基因组Sscrofa11.1版本第8号染色体的第133243042bp处rs335052970核苷酸位点的核苷酸序列为基础序列，设计引物对，以猪基因组DNA为模板进行PCR扩增，使猪基因组Sscrofa11.1版本猪第8号染色体的第133243042 bp处rs335052970核苷酸位点转化为分子标记。
2.根据权利要求1所述的应用，其特征在于所述的引物对序列为上游引物：SEQ ID NO：2，下游引物：SEQ ID NO：3。
3.根据权利要求2所述的应用，其特征在于所述的分子标记序列如SEQ ID NO：1所示，所述的猪基因组Sscrofa11.1版本第8号染色体的第133243042 bp处rs335052970核苷酸位点在SEQ ID NO：1中位于第293位，存在G/A多态性。
4.权利要求1所述的分子标记的引物对在鉴定猪攻击性强弱中的应用，其特征在于所述的引物对由上游引物和下游引物组成；上游引物为：SEQ ID NO：2，下游引物为：SEQ IDNO：3。
5.权利要求4中所述的引物对在制备鉴定猪攻击性强弱的试剂中的应用。
6.权利要求1中所述的分子标记、权利要求4中所述的引物对或包含权利要求4中所述的引物对的试剂盒在猪遗传育种中的应用。
7.一种鉴定猪攻击性强弱的方法，其特征在于包括检测待测猪基因组Sscrofa11.1版本第8号染色体的第133243042 bp处rs335052970核苷酸位点的基因型，通过基因型判定确定猪攻击性强弱，其中基因型为AA的猪的攻击性较强，基因型为GG的猪的攻击性较弱。
Priority Applications (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| CN202210003583.8A CN114317773B (zh) | 2022-01-04 | 2022-01-04 | 一种鉴定猪攻击性强弱的分子标记及检测方法和应用 |
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| CN202210003583.8A CN114317773B (zh) | 2022-01-04 | 2022-01-04 | 一种鉴定猪攻击性强弱的分子标记及检测方法和应用 |
Publications (2)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| CN114317773A CN114317773A (zh) | 2022-04-12 |
| CN114317773B true CN114317773B (zh) | 2023-08-15 |
Family
ID=81022956
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| CN202210003583.8A Active CN114317773B (zh) | 2022-01-04 | 2022-01-04 | 一种鉴定猪攻击性强弱的分子标记及检测方法和应用 |
Country Status (1)
| Country | Link |
|---|---|
| CN (1) | CN114317773B (zh) |
Citations (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| WO2015129324A1 (ja) * | 2014-02-26 | 2015-09-03 | 国立大学法人徳島大学 | 精神疾患マーカーおよびその用途 |
-
2022
- 2022-01-04 CN CN202210003583.8A patent/CN114317773B/zh active Active
Patent Citations (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| WO2015129324A1 (ja) * | 2014-02-26 | 2015-09-03 | 国立大学法人徳島大学 | 精神疾患マーカーおよびその用途 |
Non-Patent Citations (1)
| Title |
|---|
| rs335052970 SNP;佚名;Ensembl release 105;1 * |
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| CN114317773A (zh) | 2022-04-12 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| EP1633889A2 (en) | Gene expression profiles that identify genetically elite ungulate mammals | |
| CN108251539B (zh) | 一种与鸡屠体性状相关的snp标记及其应用、检测引物、检测试剂盒 | |
| CN109929935B (zh) | 一种基于rs80995809位点基因分型鉴定猪背膘厚的方法及其应用 | |
| CN111926086B (zh) | 一种影响鸡体斜长的分子标记及其应用 | |
| CN111926085A (zh) | 一种影响鸡肌肉亮度的分子标记及其应用 | |
| CN108441566B (zh) | 一种山羊atbf1基因插入/缺失多态性的检测方法及其应用 | |
| CN106947826B (zh) | 一种检测黄牛serpina3基因单核苷酸多态性的方法及其应用 | |
| CN113846169A (zh) | 一种与猪肌肉生长性状相关的snp分子标记及其应用 | |
| CN112980962B (zh) | 一种与猪初生重性状相关的snp标记及应用 | |
| CN114921568B (zh) | 一种秦川牛体尺及肉质性状相关的snp分子标记及其应用 | |
| CN112575096A (zh) | 与大白猪总乳头数相关的snp分子标记及其获取方法 | |
| CN115820879B (zh) | 猪aopep基因内与猪肌内脂肪性状相关的分子标记及其应用 | |
| CN115927667B (zh) | 一种与猪肌内脂肪性状相关的分子标记、引物及其应用 | |
| CN116083598B (zh) | 一种与猪肌内脂肪性状相关的snp分子标记及其应用 | |
| CN114317773B (zh) | 一种鉴定猪攻击性强弱的分子标记及检测方法和应用 | |
| CN116144792A (zh) | 一种与猪背膘厚相关的snp分子标记及应用 | |
| CN110699448B (zh) | 一种基于lgr5基因多态性检测奶牛副乳头发生风险的方法 | |
| CN107779517A (zh) | 一种影响杜洛克种猪瘦肉率性状的分子标记及其应用 | |
| CN112779339A (zh) | 与大白猪总乳头数相关的snp分子标记及其获取和应用 | |
| CN111826449A (zh) | 获得雌核发育鳙畸形性状相关分子标记的方法及其应用 | |
| CN106755370B (zh) | 利用pcr-rflp检测绵羊fth-1基因单核苷酸多态性的方法及其应用 | |
| CN111850139B (zh) | 一种位于猪12号染色体上与猪单睾形成相关的分子标记及应用 | |
| CN109750106A (zh) | 一种评价公牛精子活力高低的长链非编码rna组合及其检测方法和应用 | |
| CN111154888B (zh) | 一种用于检测比格犬封闭群的微卫星标记及其组合 | |
| KR20190045960A (ko) | 돼지의 번식능 분석을 위한 총산자수 판별용 단일염기다형성 마커 및 이의 용도 |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| PB01 | Publication | ||
| PB01 | Publication | ||
| SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
| SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
| GR01 | Patent grant | ||
| GR01 | Patent grant |