白血病生物标志物LINC02033及其应用
技术领域
本发明属于生物技术领域,尤其涉及白血病生物标志物LINC02033及其应用。
背景技术
白血病是造血干细胞水平异常转化的一类克隆性恶性血液病。白血病细胞由于分化停滞、增殖失控、凋亡受阻等机制在骨髓和其他造血组织中大量的克隆增生,并且浸润其他组织和器官。白血病的死亡率在男性恶性肿瘤中居第六位,在女性恶性肿瘤中居第八位。急性髓性白血病是白血病的一种,包括所有非淋巴细胞来源的急性白血病,是最常见的成人白血病之一。近年来,随着环境污染的不断加剧,急性髓性白血病的发病率明显升高。因此,实现急性髓性白血病患者的快速诊断对于实现患者的早发现,早治疗具有重要的意义。
长链非编码RNA是缺乏开放阅读框,长度约为200nt-100000bp的一种不具有编码蛋白质能力的RNA。目前认为,长链非编码RNA已被证明参与基因表达调控的几乎每一个层面,涉及转录调控、细胞内物质运输和染色体重塑,并且参与细胞分化、生长发育、应激反应以及疾病发生发展等多种生物学进程。目前已有研究显示,长链非编码RNA不仅参与调节机体的生理过程,在疾病治疗前后对某些异常表达的长链非编码RNA表达水平的检测也成为目前肿瘤诊断及预后的重要部分,同时,长链非编码RNA在肿瘤的发生发展中发挥着重要作用。目前,长链非编码在白血病中的研究还处于起始阶段,发明新的白血病相关长链非编码RNA对于实现白血病的快速临床诊断、靶向治疗均具有重要的意义。
发明内容
本发明的目的其一在于提供一种快速诊断急性髓性白血病的LINC02033试剂盒,其二在于提供一种用于制备治疗急性髓性白血病的LINC02033基因抑制剂。
本发明提供了一种长链非编码RNA,所述长链非编码RNA为LINC02033,所述LINC02033的转录本为NR_147141.1。
此外,本发明提供了一种长链非编码RNA LINC02033在制备用于诊断急性髓性白血病的试剂盒中的应用。
优选地,所述试剂盒包括利用RT-PCR、实时荧光定量PCR、原位杂交、芯片检测LINC02033所使用的引物。
优选地,所述LINC02033引物的正向序列如SEQ ID NO.2所示,所述LINC02033引物的反向序列如SEQ ID NO.3所示,所述引物用于特异性检测LINC02033表达。
此外,本发明提供了一种用于急性髓性白血病诊断的LINC02033荧光定量检测试剂盒,所述试剂盒包括所述LINC02033引物。
优选地,所述试剂盒还包括管家基因GAPDH引物对,逆转录试剂,SYBR Green荧光染料,PCR缓冲液,DEPC水。
此外,本发明提供了一种LINC02033基因抑制剂在制备治疗急性髓性白血病药物中的应用。
优选地,所述LINC02033基因抑制剂为抑制LINC02033的siRNA。
优选地,所述siRNA的序列如SEQ ID NO.6和SEQ ID NO.7所示。
除此之外,本发明提供了一种LINC02033基因抑制剂在制备抑制白血病细胞增殖药物中的应用。
本发明的有益效果在于:
1.本发明通过实验检测发现患有急性髓性白血病的患者外周血中的LINC02033的表达量显著高于正常人外周血中的LINC02033的表达量,而完全恢复的患者则与正常人外周血中的LINC02033表达量无统计学差异,而且,ROC曲线显示,LINC02033作为标志物具有优异的诊断价值,因此,LINC02033可以作为急性髓性白血病患者诊断的标志物,用于制备检测急性髓性白血病的诊断试剂盒。相较于普通化学检测方法,本发明提供的检测方法速度更快,检测效果更灵敏。
此外,本发明证明,通过siRNA抑制LINC02033表达能够抑制急性髓性白血病细胞HL-60的细胞增殖速率,并能够抑制促增殖蛋白CyclinD1表达和促进抑增殖蛋白P21的表达。因此,LINC02033的siRNA抑制剂可以用于制备用于治疗急性髓性白血病的药物。
附图说明
图1 LINC02033在白血病组,正常组,完全恢复组中的差异表达情况。
图2 正常组和白血病组之间的ROC曲线。
图3 白血病组和完全恢复组之间的ROC曲线。
图4 抑制LINC02033对于急性髓性白血病细胞HL-60细胞增殖的速率的影响。
图5 抑制LINC02033对于促增殖蛋白cyclinD1和抑增殖蛋白P21蛋白表达的影响。
具体实施方式
实施例1
检测LINC02033在正常组,白血病组和完全恢复组中的差异表达情况
1.材料
30例急性髓性白血病患者外周血样本,30例正常人外周血样本,10例完全恢复患者外周血样本来自于北京大学肿瘤医院。所有样本均通过医院伦理委员会审查和批准,且所有样本来源均签署知情同意书。
所有急性髓性白血病患者均通过病理诊断确认,且患者未患有其他肿瘤,并且未采取放疗或化疗等治疗。
2. RNA提取
(1)采用Ficoll法分离单个核细胞;
(2)加入1ml Trizol充分吹打混匀,室温静置5min;
(3)加入200μl氯仿,震荡离心管,充分混匀后,室温放置10min;
(4)置于离心机中,12000rpm/min 离心15min;
(5)将上层水相转移至另一离心管中,加入等体积预冷异丙醇,上下颠倒混匀,混匀后冰上静置10min;
(6)置于离心机中,4℃,12000rpm离心10分钟;
(7)小心去除上清,加入1ml 75%乙醇悬浮沉淀;
(8)置于离心机中,4℃,12000rpm离心5分钟;
(9)小心去除乙醇液体,室温下放置5min充分干燥沉淀,加入DEPC水溶解沉淀;
(10)使用紫外分光光度计测量RNA的纯度和浓度。
3.荧光定量PCR检测
参照Takara试剂盒
(1)去除基因组DNA
反应体系:5×gDNA Eraser Buffer 2.0μl,gDNA Eraser 1μl,Total RNA 1μg,RNase Free dH2O up to 10μl;
反应条件42℃ 2min,4℃。
(2)逆转录反应
反应体系:步骤(1)反应液 10μl,PrimeScript RT Enzyme Mix I 1.0μl ,RTPrimer Mix 1.0μl,5×PrimeScript Buffer 2 4.0μl,RNase Free dH2O 4.0μl。
反应条件:37℃ 15分钟;85℃ 5s;4℃。
(3)PCR检测
反应体系:SYBR Green Premix Ex Taq(2×) 10μl,正向引物0.4μl,反向引物0.4μl,cDNA模板 2μl,ddH2O 7.2μl。
反应条件:95℃ 5min;95℃ 10s,58℃ 30s,72℃ 30s,35个循环;75℃,30s。
LINC02033
正向引物序列5’- TGTGTCCCGGGTCATCTGTA-3’(SEQ ID NO.2)
反向引物序列5’- TCAGGGGAAGCCAGTATCCA-3’(SEQ ID NO.3)
GAPDH
正向引物序列5’-AATGGGCAGCCGTTAGGAAA-3’(SEQ ID NO.4)
反向引物序列5’-ATCTAGGAAAAGCATCACCCGG-3’(SEQ ID NO.5)
实验结果
1. LINC02033在正常组,白血病组,完全缓解组的表达量差异
使用2-△△Ct方法处理得到的数据,计算LINC02033的相对表达水平。结果如图1所示,从图1可以看出,相较于正常组,白血病组(3.34±0.23)的LINC02033表达量显著上调,差异具有统计学意义。
相较于正常组,完全缓解组(1.349±0.13)的LINC02033表达量有一定程度的上调,但是差异无统计学意义。
完全缓解组相较于白血病组,LINC02033表达量显著下调,差异具有统计学意义。
2. LINC02033对于白血病的早期诊断和预后诊断的诊断价值
正常组和白血病组的ROC曲线如图2所示,其AUC值为0.9339, Std. Error0.02962,95% confidence interval 0.8758 - 0.9920,P <0. 0001,表明检测LINC02033表达量对于白血病患者的早期诊断具有一定的价值。
正常组和完全恢复组的ROC曲线如图3所示,其AUC值为0.8950,Std. Error0.05008,95% confidence interval 0.7968 - 0.9932,P <0. 0001,表明检测LINC02033表达量对于白血病患者的预后诊断具有一定的价值。
实施例2
抑制LINC02033对于急性髓性白血病细胞增殖速率的影响
1.RNA干扰
(1)转染前一天将HL-60细胞的培养基更换为不含有抗生素的培养基;
(2)24h后,弃去培养基,每孔加入1.6ml无血清培养基;
(3)取2μl siRNA(20μM)加入400μl无血清培养基中,混匀后,加入4μlLipofection2000混合,室温孵育20min;
(4)将孵育好的转染复合液加入到1.6ml无血清培养基中,置于 37℃,5% CO2细胞培养箱中;
(5)培养6小时后,换成含有血清的培养基。
si-LINC02033序列为
正义链5'-AAAGUCUAUCGGGUUAAACAG-3’(SEQ ID NO.6)
反义链5'-GUUUAACCCGAUAGACUUUAA-3’(SEQ ID NO.7)
由上海吉玛公司合成,si-NC由公司提供。
2.CCK-8检测
(1)将5×103个转染si-NC和si- LINC02033的细胞分别接种到96孔板中,每组设置3个复孔;
(2)在接种后的24h、48h和72h时加入10μlCCK-8,放入细胞培养箱孵育4小时后。使用酶标仪检测OD值。
实验结果
通过图4可以看出,转染si- LINC02033的细胞相较于转染si-NC的细胞增殖速率明显降低,在72h的时候,si-NC组的OD值为1.276±0.083,而si- LINC02033的OD值为0.787±0.065,差异具有统计学意义。说明通过抑制LINC02033能够抑制急性髓性白血病HL-60细胞的增殖速率。
实施例3
抑制LINC02033对于急性白血病HL-60细胞中抑增殖蛋白P21以及促增殖蛋白Cyclin-D1的影响。
1.RNA干扰
方法同实施例2
2.蛋白质提取
(1)六孔板中加入100μl蛋白裂解液,冰上放置10min,用细胞刮刀将细胞刮下并转移至离心管中;
(2)将离心管置于低温离心机中,12000g,4℃,离心15min,取上清;
(3)参照BCA试剂盒检测蛋白浓度,加入5×loading buffer调整为2μg/μl,沸水煮5min,得到蛋白样品。
3.Western Blot检测
(1)配置10%的分离胶和浓缩胶,置于电泳槽中,加入新的电泳缓冲液;
(2)加入si-NC组和si- LINC02033,每孔加入10μl;
(3)90V电泳,待电泳条带完全跑出浓缩胶的时候,将电压调整到120V,至溴酚蓝完全跑出分离胶;
(4)按照自下而上海绵-滤纸-分离胶-NC膜-滤纸-海绵的顺序放置转膜夹,250mA转膜90分钟;
(5)取出NC膜,置于5%脱脂奶粉中,封闭1h;
(6)剪膜,孵育P21,Cyclin-D1和β-actin一抗,4℃,摇床封闭过夜;
(7)TBST洗膜3次,每次10min;
(8)孵育二抗,室温摇床孵育1h;
(9)TBST洗膜3次,每次10min;
(10)暗室曝光。
实验结果
与si-NC组相比,si- LINC02033组的抑增殖蛋白P21表达发生上调,而促增殖蛋白Cyclin-D1表达发生下调,说明通过抑制LINC02033能够抑制白血病细胞HL-60的增殖。
上述实验证明:针对LINC02033的siRNA能够抑制急性髓性白血病细胞HL-60的增殖,因此,其可以用于制备治疗急性髓性白血病细胞药物。
序列表
<110> 山东殷氏干细胞有限公司
<120> 白血病生物标志物LINC02033及其应用
<160> 7
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 989
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 1
cttaggtgac agcaggatgc ggctgagtca gtgaccccag cgaaggccaa acggagcaga 60
agaaccaccg gctgagacct gcccaaattt ctgacctcca gaattgacaa gaagccagct 120
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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