CN111118013B - 白血病生物标志物linc02033及其应用 - Google Patents

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Abstract

本发明提供了一种白血病生物标志物LINC02033及其应用。通过实验检测发现患有急性髓性白血病的患者外周血中的LINC02033的表达量显著高于正常人外周血中的LINC02033的表达量,而完全恢复的患者则与正常人外周血中的LINC02033表达量无统计学差异,说明LINC02033可以作为急性髓性白血病患者诊断的标志物。而且,ROC曲线结果显示,LINC02033作为标志物具有优异的诊断价值。此外,本发明证明通过siRNA抑制LINC02033表达能够抑制急性髓性白血病细胞HL‑60的细胞增殖速率,因此,LINC02033的siRNA抑制剂可以用于制备用于治疗急性髓性白血病的药物。

Description

白血病生物标志物LINC02033及其应用
技术领域
本发明属于生物技术领域,尤其涉及白血病生物标志物LINC02033及其应用。
背景技术
白血病是造血干细胞水平异常转化的一类克隆性恶性血液病。白血病细胞由于分化停滞、增殖失控、凋亡受阻等机制在骨髓和其他造血组织中大量的克隆增生,并且浸润其他组织和器官。白血病的死亡率在男性恶性肿瘤中居第六位,在女性恶性肿瘤中居第八位。急性髓性白血病是白血病的一种,包括所有非淋巴细胞来源的急性白血病,是最常见的成人白血病之一。近年来,随着环境污染的不断加剧,急性髓性白血病的发病率明显升高。因此,实现急性髓性白血病患者的快速诊断对于实现患者的早发现,早治疗具有重要的意义。
长链非编码RNA是缺乏开放阅读框,长度约为200nt-100000bp的一种不具有编码蛋白质能力的RNA。目前认为,长链非编码RNA已被证明参与基因表达调控的几乎每一个层面,涉及转录调控、细胞内物质运输和染色体重塑,并且参与细胞分化、生长发育、应激反应以及疾病发生发展等多种生物学进程。目前已有研究显示,长链非编码RNA不仅参与调节机体的生理过程,在疾病治疗前后对某些异常表达的长链非编码RNA表达水平的检测也成为目前肿瘤诊断及预后的重要部分,同时,长链非编码RNA在肿瘤的发生发展中发挥着重要作用。目前,长链非编码在白血病中的研究还处于起始阶段,发明新的白血病相关长链非编码RNA对于实现白血病的快速临床诊断、靶向治疗均具有重要的意义。
发明内容
本发明的目的其一在于提供一种快速诊断急性髓性白血病的LINC02033试剂盒,其二在于提供一种用于制备治疗急性髓性白血病的LINC02033基因抑制剂。
本发明提供了一种长链非编码RNA,所述长链非编码RNA为LINC02033,所述LINC02033的转录本为NR_147141.1。
此外,本发明提供了一种长链非编码RNA LINC02033在制备用于诊断急性髓性白血病的试剂盒中的应用。
优选地,所述试剂盒包括利用RT-PCR、实时荧光定量PCR、原位杂交、芯片检测LINC02033所使用的引物。
优选地,所述LINC02033引物的正向序列如SEQ ID NO.2所示,所述LINC02033引物的反向序列如SEQ ID NO.3所示,所述引物用于特异性检测LINC02033表达。
此外,本发明提供了一种用于急性髓性白血病诊断的LINC02033荧光定量检测试剂盒,所述试剂盒包括所述LINC02033引物。
优选地,所述试剂盒还包括管家基因GAPDH引物对,逆转录试剂,SYBR Green荧光染料,PCR缓冲液,DEPC水。
此外,本发明提供了一种LINC02033基因抑制剂在制备治疗急性髓性白血病药物中的应用。
优选地,所述LINC02033基因抑制剂为抑制LINC02033的siRNA。
优选地,所述siRNA的序列如SEQ ID NO.6和SEQ ID NO.7所示。
除此之外,本发明提供了一种LINC02033基因抑制剂在制备抑制白血病细胞增殖药物中的应用。
本发明的有益效果在于:
1.本发明通过实验检测发现患有急性髓性白血病的患者外周血中的LINC02033的表达量显著高于正常人外周血中的LINC02033的表达量,而完全恢复的患者则与正常人外周血中的LINC02033表达量无统计学差异,而且,ROC曲线显示,LINC02033作为标志物具有优异的诊断价值,因此,LINC02033可以作为急性髓性白血病患者诊断的标志物,用于制备检测急性髓性白血病的诊断试剂盒。相较于普通化学检测方法,本发明提供的检测方法速度更快,检测效果更灵敏。
此外,本发明证明,通过siRNA抑制LINC02033表达能够抑制急性髓性白血病细胞HL-60的细胞增殖速率,并能够抑制促增殖蛋白CyclinD1表达和促进抑增殖蛋白P21的表达。因此,LINC02033的siRNA抑制剂可以用于制备用于治疗急性髓性白血病的药物。
附图说明
图1 LINC02033在白血病组,正常组,完全恢复组中的差异表达情况。
图2 正常组和白血病组之间的ROC曲线。
图3 白血病组和完全恢复组之间的ROC曲线。
图4 抑制LINC02033对于急性髓性白血病细胞HL-60细胞增殖的速率的影响。
图5 抑制LINC02033对于促增殖蛋白cyclinD1和抑增殖蛋白P21蛋白表达的影响。
具体实施方式
实施例1
检测LINC02033在正常组,白血病组和完全恢复组中的差异表达情况
1.材料
30例急性髓性白血病患者外周血样本,30例正常人外周血样本,10例完全恢复患者外周血样本来自于北京大学肿瘤医院。所有样本均通过医院伦理委员会审查和批准,且所有样本来源均签署知情同意书。
所有急性髓性白血病患者均通过病理诊断确认,且患者未患有其他肿瘤,并且未采取放疗或化疗等治疗。
2. RNA提取
(1)采用Ficoll法分离单个核细胞;
(2)加入1ml Trizol充分吹打混匀,室温静置5min;
(3)加入200μl氯仿,震荡离心管,充分混匀后,室温放置10min;
(4)置于离心机中,12000rpm/min 离心15min;
(5)将上层水相转移至另一离心管中,加入等体积预冷异丙醇,上下颠倒混匀,混匀后冰上静置10min;
(6)置于离心机中,4℃,12000rpm离心10分钟;
(7)小心去除上清,加入1ml 75%乙醇悬浮沉淀;
(8)置于离心机中,4℃,12000rpm离心5分钟;
(9)小心去除乙醇液体,室温下放置5min充分干燥沉淀,加入DEPC水溶解沉淀;
(10)使用紫外分光光度计测量RNA的纯度和浓度。
3.荧光定量PCR检测
参照Takara试剂盒
(1)去除基因组DNA
反应体系:5×gDNA Eraser Buffer 2.0μl,gDNA Eraser 1μl,Total RNA 1μg,RNase Free dH2O up to 10μl;
反应条件42℃ 2min,4℃。
(2)逆转录反应
反应体系:步骤(1)反应液 10μl,PrimeScript RT Enzyme Mix I 1.0μl ,RTPrimer Mix 1.0μl,5×PrimeScript Buffer 2 4.0μl,RNase Free dH2O 4.0μl。
反应条件:37℃ 15分钟;85℃ 5s;4℃。
(3)PCR检测
反应体系:SYBR Green Premix Ex Taq(2×) 10μl,正向引物0.4μl,反向引物0.4μl,cDNA模板 2μl,ddH2O 7.2μl。
反应条件:95℃ 5min;95℃ 10s,58℃ 30s,72℃ 30s,35个循环;75℃,30s。
LINC02033
正向引物序列5’- TGTGTCCCGGGTCATCTGTA-3’(SEQ ID NO.2)
反向引物序列5’- TCAGGGGAAGCCAGTATCCA-3’(SEQ ID NO.3)
GAPDH
正向引物序列5’-AATGGGCAGCCGTTAGGAAA-3’(SEQ ID NO.4)
反向引物序列5’-ATCTAGGAAAAGCATCACCCGG-3’(SEQ ID NO.5)
实验结果
1. LINC02033在正常组,白血病组,完全缓解组的表达量差异
使用2-△△Ct方法处理得到的数据,计算LINC02033的相对表达水平。结果如图1所示,从图1可以看出,相较于正常组,白血病组(3.34±0.23)的LINC02033表达量显著上调,差异具有统计学意义。
相较于正常组,完全缓解组(1.349±0.13)的LINC02033表达量有一定程度的上调,但是差异无统计学意义。
完全缓解组相较于白血病组,LINC02033表达量显著下调,差异具有统计学意义。
2. LINC02033对于白血病的早期诊断和预后诊断的诊断价值
正常组和白血病组的ROC曲线如图2所示,其AUC值为0.9339, Std. Error0.02962,95% confidence interval 0.8758 - 0.9920,P <0. 0001,表明检测LINC02033表达量对于白血病患者的早期诊断具有一定的价值。
正常组和完全恢复组的ROC曲线如图3所示,其AUC值为0.8950,Std. Error0.05008,95% confidence interval 0.7968 - 0.9932,P <0. 0001,表明检测LINC02033表达量对于白血病患者的预后诊断具有一定的价值。
实施例2
抑制LINC02033对于急性髓性白血病细胞增殖速率的影响
1.RNA干扰
(1)转染前一天将HL-60细胞的培养基更换为不含有抗生素的培养基;
(2)24h后,弃去培养基,每孔加入1.6ml无血清培养基;
(3)取2μl siRNA(20μM)加入400μl无血清培养基中,混匀后,加入4μlLipofection2000混合,室温孵育20min;
(4)将孵育好的转染复合液加入到1.6ml无血清培养基中,置于 37℃,5% CO2细胞培养箱中;
(5)培养6小时后,换成含有血清的培养基。
si-LINC02033序列为
正义链5'-AAAGUCUAUCGGGUUAAACAG-3’(SEQ ID NO.6)
反义链5'-GUUUAACCCGAUAGACUUUAA-3’(SEQ ID NO.7)
由上海吉玛公司合成,si-NC由公司提供。
2.CCK-8检测
(1)将5×103个转染si-NC和si- LINC02033的细胞分别接种到96孔板中,每组设置3个复孔;
(2)在接种后的24h、48h和72h时加入10μlCCK-8,放入细胞培养箱孵育4小时后。使用酶标仪检测OD值。
实验结果
通过图4可以看出,转染si- LINC02033的细胞相较于转染si-NC的细胞增殖速率明显降低,在72h的时候,si-NC组的OD值为1.276±0.083,而si- LINC02033的OD值为0.787±0.065,差异具有统计学意义。说明通过抑制LINC02033能够抑制急性髓性白血病HL-60细胞的增殖速率。
实施例3
抑制LINC02033对于急性白血病HL-60细胞中抑增殖蛋白P21以及促增殖蛋白Cyclin-D1的影响。
1.RNA干扰
方法同实施例2
2.蛋白质提取
(1)六孔板中加入100μl蛋白裂解液,冰上放置10min,用细胞刮刀将细胞刮下并转移至离心管中;
(2)将离心管置于低温离心机中,12000g,4℃,离心15min,取上清;
(3)参照BCA试剂盒检测蛋白浓度,加入5×loading buffer调整为2μg/μl,沸水煮5min,得到蛋白样品。
3.Western Blot检测
(1)配置10%的分离胶和浓缩胶,置于电泳槽中,加入新的电泳缓冲液;
(2)加入si-NC组和si- LINC02033,每孔加入10μl;
(3)90V电泳,待电泳条带完全跑出浓缩胶的时候,将电压调整到120V,至溴酚蓝完全跑出分离胶;
(4)按照自下而上海绵-滤纸-分离胶-NC膜-滤纸-海绵的顺序放置转膜夹,250mA转膜90分钟;
(5)取出NC膜,置于5%脱脂奶粉中,封闭1h;
(6)剪膜,孵育P21,Cyclin-D1和β-actin一抗,4℃,摇床封闭过夜;
(7)TBST洗膜3次,每次10min;
(8)孵育二抗,室温摇床孵育1h;
(9)TBST洗膜3次,每次10min;
(10)暗室曝光。
实验结果
与si-NC组相比,si- LINC02033组的抑增殖蛋白P21表达发生上调,而促增殖蛋白Cyclin-D1表达发生下调,说明通过抑制LINC02033能够抑制白血病细胞HL-60的增殖。
上述实验证明:针对LINC02033的siRNA能够抑制急性髓性白血病细胞HL-60的增殖,因此,其可以用于制备治疗急性髓性白血病细胞药物。
序列表
<110> 山东殷氏干细胞有限公司
<120> 白血病生物标志物LINC02033及其应用
<160> 7
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 989
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 1
cttaggtgac agcaggatgc ggctgagtca gtgaccccag cgaaggccaa acggagcaga 60
agaaccaccg gctgagacct gcccaaattt ctgacctcca gaattgacaa gaagccagct 120
ttcagagatt ctccagccat aaccatcatc atctgctcaa tgcccaacgt ctctctccca 180
tgctgcctcc ctttctctca cacacacata aagtaaatga aatagtaagt tctccctggc 240
cttctccagc agcctaatct ggcatctggg atgccttaaa catgttcctg gatcaatacc 300
atgtagttgt gtcccaggtc tacaatacca tgtagaaacc tgtgtcccgg gtcatctgta 360
agatcatgat tcgaaggatg ggtaaatcaa ttcagcagga aattgctctc ctttctgcca 420
caaatatctc tcctagacaa tggatactgg cttcccctga tcttgtcact ctaaatctgc 480
ttcagagatt ttgattggag aacaaaagcc caggtgggcg cttgaggagc caccttcccc 540
tcccccaaca accaccataa tggtgcaaag tttaagaaga gttcactgga aaactctgtt 600
taacccgata gactttaatt ccttttggta gcagataaat caggcctgcc atcaacagac 660
agctgatcct tactcccacc caccacccag gaaaatgcat ttctctgctc agtaagaagg 720
gataacccat cagcaaggta ccaggtgttc ttgaggtggg ttgtttagaa accttcctcc 780
tggtgctgca gaattctaac cctgttcagg actttatgtc ctctgtttaa gactcagaat 840
gtatcttctt atggatgatg tgacctgaat atctgacagg acattttagg gggatgggct 900
gcaatgggga acagggtact gtcatcacag tatctttgga gcaagatcta agattaaaat 960
gtggcttctc ataaaaaaaa aaaaaaaaa 989
<210> 2
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 2
tgtgtcccgg gtcatctgta 20
<210> 3
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 3
tcaggggaag ccagtatcca 20
<210> 4
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 4
aatgggcagc cgttaggaaa 20
<210> 5
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 5
atctaggaaa agcatcaccc gg 22
<210> 6
<211> 21
<212> RNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 6
aaagucuauc ggguuaaaca a 21
<210> 7
<211> 21
<212> RNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 7
guuuaacccg auagacuuua a 21

Claims (10)

1.一种长链非编码RNA,其特征在于,所述长链非编码RNA为LINC02033。
2.长链非编码RNA LINC02033在制备用于诊断急性髓性白血病的试剂盒中的应用。
3.根据权利要求2所述的应用,其特征在于,所述试剂盒包括利用RT-PCR、实时荧光定量PCR、原位杂交、芯片检测LINC02033所使用的引物。
4.根据权利要求3所述的应用,其特征在于,所述LINC02033引物的正向序列如SEQ IDNO.2所示,所述LINC02033引物的反向序列如SEQ ID NO.3所示,所述引物用于特异性检测LINC02033表达。
5.一种用于急性髓性白血病诊断的LINC02033荧光定量检测试剂盒,其特征在于,所述试剂盒包括权利要求3或4所述的引物。
6.根据权利要求5所述的试剂盒,其特征在于,所述试剂盒还包括管家基因GAPDH引物对,逆转录试剂,SYBR Green荧光染料,PCR缓冲液,DEPC水。
7.LINC02033基因抑制剂在制备治疗急性髓性白血病药物中的应用。
8.根据权利要求7所述的应用,其特征在于,所述LINC02033基因抑制剂为抑制LINC02033的siRNA。
9.根据权利要求8所述的应用,其特征在于,所述siRNA的正义链如SEQ ID NO.6所示,siRNA的反义链如SEQ ID NO.7所示。
10.LINC02033基因抑制剂在制备抑制急性髓性白血病细胞增殖药物中的应用。
CN202010156687.3A 2020-03-09 2020-03-09 白血病生物标志物linc02033及其应用 Active CN111118013B (zh)

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