CN111057767A - 一种中国人胃肠道肿瘤风险相关的位于mlh1基因的snp位点及其应用 - Google Patents

一种中国人胃肠道肿瘤风险相关的位于mlh1基因的snp位点及其应用 Download PDF

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Abstract

本发明公开了一种中国人胃肠道肿瘤风险相关的位于MLH1基因的SNP位点及其应用。本发明提供了用于检测特异SNP的物质在制备试剂盒中的应用；所述特异SNP为人基因组DNA中序列表的序列4所示核苷酸的第26位核苷酸；所述试剂盒的功能为如下(a)或(b)：(a)诊断或辅助诊断癌症；(b)评估受试者患癌症的风险性；所述癌症为胃癌或结直肠癌。本发明有助于胃癌、结直肠癌的早期诊断，对于胃癌、结直肠癌的早期发现和治疗具有重大应用推广价值。

Description

一种中国人胃肠道肿瘤风险相关的位于MLH1基因的SNP位点 及其应用
技术领域
本发明涉及一种中国人胃肠道肿瘤风险相关的位于MLH1基因的SNP位点及其应用。
背景技术
胃癌(gastric carcinoma)是起源于胃黏膜上皮的恶性肿瘤，在我国各种恶性肿瘤中发病率居首位，胃癌发病有明显的地域性差别，在我国的西北与东部沿海地区胃癌发病率比南方地区明显为高。好发年龄在50岁以上，男女发病率之比为2：1。由于饮食结构的改变、工作压力增大以及幽门螺杆菌的感染等原因，使得胃癌呈现年轻化倾向。胃癌可发生于胃的任何部位，其中半数以上发生于胃窦部，胃大弯、胃小弯及前后壁均可受累。绝大多数胃癌属于腺癌，早期无明显症状，或出现上腹不适、嗳气等非特异性症状，常与胃炎、胃溃疡等胃慢性疾病症状相似，易被忽略，因此，目前我国胃癌的早期诊断率仍较低。
结直肠癌是常见的恶性肿瘤，包括结肠癌和直肠癌。其发病与生活方式、遗传、大肠腺瘤等关系密切。发病年龄趋老年化，男女之比为1.65：1。结直肠癌早期无症状，或症状不明显，仅感不适、消化不良、大便潜血等。随着癌肿发展，症状逐渐出现，表现为大便习惯改变、腹痛、便血、腹部包块、肠梗阻等，伴或不伴贫血、发热和消瘦等全身症状。肿瘤因转移、浸润可引起受累器官的改变。结直肠癌因其发部位不同而表现出不同的临床症状及体征。
发明内容
本发明的目的是提供一种中国人胃肠道肿瘤风险相关的位于MLH1基因的SNP位点及其应用。
本发明提供了用于检测特异SNP的物质在制备试剂盒中的应用；
所述特异SNP为人基因组DNA中序列表的序列4所示核苷酸的第26位核苷酸；
所述试剂盒的功能为如下(a)或(b)：
(a)诊断或辅助诊断癌症；
(b)评估受试者患癌症的风险性；
所述癌症为胃癌或结直肠癌。
所述用于检测特异SNP的物质具体可为特异引物对。
本发明还提供了用于检测特异SNP的物质和记载有诊断标准的载体在制备试剂盒中的应用；
所述特异SNP为人基因组DNA中序列表的序列4所示核苷酸的第26位核苷酸；
所述诊断标准为：如果受试者基于所述特异SNP携带等位基因A，受试者为或候选为癌症患者；
所述试剂盒的功能为：诊断或辅助诊断受试者是否为癌症；
所述癌症为胃癌或结直肠癌。
所述用于检测特异SNP的物质具体可为特异引物对。
本发明还保护用于检测特异SNP的物质和记载有诊断标准的载体在制备试剂盒中的应用；
所述特异SNP为人基因组DNA中序列表的序列4所示核苷酸的第26位核苷酸；
所述诊断标准为：基于所述特异SNP携带等位基因A的受试者患癌症的风险性高于基于所述特异SNP不携带等位基因A的受试者；
所述试剂盒的功能为：评估受试者患癌症的风险性；
所述癌症为胃癌或结直肠癌。
所述用于检测特异SNP的物质具体可为特异引物对。
本发明还保护用于检测特异SNP的物质在制备试剂盒中的应用；
所述特异SNP为人基因组DNA中序列表的序列1所示核苷酸的第218位核苷酸；
所述试剂盒的功能为如下(a)或(b)：
(a)诊断或辅助诊断癌症；
(b)评估受试者患癌症的风险性；
所述癌症为胃癌或结直肠癌。
所述用于检测特异SNP的物质具体可为特异引物对。
本发明还保护用于检测特异SNP的物质和记载有诊断标准的载体在制备试剂盒中的应用；
所述特异SNP为人基因组DNA中序列表的序列1所示核苷酸的第218位核苷酸；
所述诊断标准为：如果受试者基于所述特异SNP携带等位基因A，受试者为或候选为癌症患者；
所述试剂盒的功能为：诊断或辅助诊断受试者是否为癌症；
所述癌症为胃癌或结直肠癌。
所述用于检测特异SNP的物质具体可为特异引物对。
本发明还保护用于检测特异SNP的物质和记载有诊断标准的载体在制备试剂盒中的应用；
所述特异SNP为人基因组DNA中序列表的序列1所示核苷酸的第218位核苷酸；
所述诊断标准为：基于所述特异SNP携带等位基因A的受试者患癌症的风险性高于基于所述特异SNP不携带等位基因A的受试者；
所述试剂盒的功能为：评估受试者患癌症的风险性；
所述癌症为胃癌或结直肠癌。
所述用于检测特异SNP的物质具体可为特异引物对。
本发明还保护特异引物对。
本发明还保护特异引物对在制备试剂盒中的应用；
所述试剂盒的功能为如下(a)或(b)：
(a)诊断或辅助诊断癌症；
(b)评估受试者患癌症的风险性；
所述癌症为胃癌或结直肠癌。
本发明还保护特异引物对和记载有检测方法和诊断标准的载体在制备试剂盒中的应用；
所述检测方法为：以受试者的基因组DNA为模板，采用特异引物对进行PCR扩增，然后测序，获知PCR扩增产物的第218位核苷酸，作为特异SNP；
所述诊断标准为：如果受试者基于所述特异SNP携带等位基因A，受试者为或候选为癌症患者；
所述试剂盒的功能为：诊断或辅助诊断受试者是否为癌症；
所述癌症为胃癌或结直肠癌。
本发明还保护特异引物对和记载有检测方法和诊断标准的载体在制备试剂盒中的应用；
所述检测方法为：以受试者的基因组DNA为模板，采用特异引物对进行PCR扩增，然后测序，获知PCR扩增产物的第218位核苷酸，作为特异SNP；
所述诊断标准为：基于所述特异SNP携带等位基因A的受试者患癌症的风险性高于基于所述特异SNP不携带等位基因A的受试者；
所述试剂盒的功能为：评估受试者患癌症的风险性；
所述癌症为胃癌或结直肠癌。
以上任一所述特异引物对由序列表的序列2所示的单链DNA分子和序列表的序列3所示的DNA分子组成。
以上任一所述特异SNP为T/A多态。
基于所述特异SNP携带等位基因A，即基因型为AA或TA。
基于所述特异SNP不携带等位基因A，即基因型为TT。
以上任一所述受试者为中国汉族人。
本发明有助于胃癌、结直肠癌的早期诊断，对于胃癌、结直肠癌的早期发现和治疗具有重大应用推广价值。
具体实施方式
以下的实施例便于更好地理解本发明，但并不限定本发明。下述实施例中的实验方法，如无特殊说明，均为常规方法。下述实施例中所用的试验材料，如无特殊说明，均为自常规生化试剂商店购买得到的。所有志愿者均为中国汉族。
实施例1、与胃癌/结直肠癌具有显著相关性的SNP位点的发现
对极大样本量的胃癌人群、极大样本量的结直肠癌人群和极大样本量的健康人群进行高通量测序，经过序列比对分析，发现若干SNP位点，对基于每个SNP位点的基因型和胃癌/结直肠癌进行关联分析，最终发现一个和胃癌/结直肠癌显著相关性的SNP位点。
该SNP位点命名为特异SNP，位于3号染色体中的MLH1基因，即1151T>A(rs63750447)。
MLH1全称为MLH1 mutL homolog 1，Homo sapiens(human)。MLH1基因在NCBI的Gene ID:4292。MLH1基因在cDNA中的开放阅读如NCBI Reference Sequence:NM_000249.4(05-JAN-2020)中第31-2301位核苷酸所示。MLH1基因在基因组DNA中如NCBI ReferenceSequence:NG_007109.2(03-JAN-2020)中第5001-62497位核苷酸所示。
人基因组DNA中所述特异SNP及其周边的核苷酸序列如序列表的序列1所示，为T/A多态，在序列1中用W表示。
所述特异SNP位点所携带的等位基因A与胃癌和结直肠癌的风险性有极显著相关。
实施例2、特异SNP在胃癌人群、结直肠癌人群和健康人群中的频率
胃癌人群，由50位已经医院确诊的胃癌志愿者组成。
结直肠癌人群，由50位已经医院确诊的结直肠癌志愿者组成。
健康人群，由100位已经医院确认的健康志愿者(非癌症患者)组成。
1、取EDTA抗凝的外周血，提取基因组DNA。
2、以步骤1提取的基因组DNA为模板，采用引物1和引物2组成的引物对进行PCR扩增。
引物1(序列表的序列2)：5’-TCCAGCACCATTCCAGAGGGC-3’；
引物2(序列表的序列3)：5’-CTGCTCCATTTGGGGACCTGT-3’。
3、取步骤2得到的PCR扩增产物，进行测序。
基于所述特异SNP，各组人群携带等位基因A与不携带等位基因A的人数见表1。胃癌人群中携带等位基因A的人数占总人数的比率为60％，结直肠癌人群中携带等位基因A的人数占总人数的比率为44％，均极其显著的高于健康人群。
表1
Figure BDA0002374052460000051
SEQUENCE LISTING
<110> 北京市第一中西医结合医院
<120> 一种中国人胃肠道肿瘤风险相关的位于MLH1基因的SNP位点及其应用
<130> GNCYX200251
<160> 4
<170> PatentIn version 3.5
<210> 1
<211> 604
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<220>
<221> misc_feature
<222> (218)
<223> w =t or a
<400> 1
ctgctccatt tggggacctg tatatctata cttcttattc tgagtctctc cactatatat 60
atatatatat atatatattt tttttttttt ttttttttaa tacagacttt gctaccagga 120
cttgctggcc cctctgggga gatggttaaa tccacaacaa gtctgacctc gtcttctact 180
tctggaagta gtgataaggt ctatgcccac cagatggwtc gtacagattc ccgggaacag 240
aagcttgatg catttctgca gcctctgagc aaacccctgt ccagtcagcc ccaggccatt 300
gtcacagagg ataagacaga tatttctagt ggcagggcta ggcagcaaga tgaggagatg 360
cttgaactcc cagcccctgc tgaagtggct gccaaaaatc agagcttgga gggggataca 420
acaaagggga cttcagaaat gtcagagaag agaggaccta cttccagcaa ccccaggtat 480
ggccttttgg gaaaagtaca gcctacctcc tttattctgt aataaaactg ccttctaact 540
ttggcttttc atgaatcact tgcatcttct ctctgcctga cttgccctct ggaatggtgc 600
tgga 604
<210> 2
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial sequence
<400> 2
tccagcacca ttccagaggg c 21
<210> 3
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial sequence
<400> 3
ctgctccatt tggggacctg t 21
<210> 4
<211> 51
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<220>
<221> misc_feature
<222> (26)
<223> w =t or a
<400> 4
gataaggtct atgcccacca gatggwtcgt acagattccc gggaacagaa g 51

Claims (10)

1.用于检测特异SNP的物质在制备试剂盒中的应用；
所述特异SNP为人基因组DNA中序列表的序列4所示核苷酸的第26位核苷酸；
所述试剂盒的功能为如下(a)或(b)：
(a)诊断或辅助诊断癌症；
(b)评估受试者患癌症的风险性；
所述癌症为胃癌或结直肠癌。
2.用于检测特异SNP的物质和记载有诊断标准的载体在制备试剂盒中的应用；
所述特异SNP为人基因组DNA中序列表的序列4所示核苷酸的第26位核苷酸；
所述诊断标准为：如果受试者基于所述特异SNP携带等位基因A，受试者为或候选为癌症患者；
所述试剂盒的功能为：诊断或辅助诊断受试者是否为癌症；
所述癌症为胃癌或结直肠癌。
3.用于检测特异SNP的物质和记载有诊断标准的载体在制备试剂盒中的应用；
所述特异SNP为人基因组DNA中序列表的序列4所示核苷酸的第26位核苷酸；
所述诊断标准为：基于所述特异SNP携带等位基因A的受试者患癌症的风险性高于基于所述特异SNP不携带等位基因A的受试者；
所述试剂盒的功能为：评估受试者患癌症的风险性；
所述癌症为胃癌或结直肠癌。
4.用于检测特异SNP的物质在制备试剂盒中的应用；
所述特异SNP为人基因组DNA中序列表的序列1所示核苷酸的第218位核苷酸；
所述试剂盒的功能为如下(a)或(b)：
(a)诊断或辅助诊断癌症；
(b)评估受试者患癌症的风险性；
所述癌症为胃癌或结直肠癌。
5.用于检测特异SNP的物质和记载有诊断标准的载体在制备试剂盒中的应用；
所述特异SNP为人基因组DNA中序列表的序列1所示核苷酸的第218位核苷酸；
所述诊断标准为：如果受试者基于所述特异SNP携带等位基因A，受试者为或候选为癌症患者；
所述试剂盒的功能为：诊断或辅助诊断受试者是否为癌症；
所述癌症为胃癌或结直肠癌。
6.用于检测特异SNP的物质和记载有诊断标准的载体在制备试剂盒中的应用；
所述特异SNP为人基因组DNA中序列表的序列1所示核苷酸的第218位核苷酸；
所述诊断标准为：基于所述特异SNP携带等位基因A的受试者患癌症的风险性高于基于所述特异SNP不携带等位基因A的受试者；
所述试剂盒的功能为：评估受试者患癌症的风险性；
所述癌症为胃癌或结直肠癌。
7.特异引物对，由序列表的序列2所示的单链DNA分子和序列表的序列3所示的DNA分子组成。
8.权利要求7所述特异引物对在制备试剂盒中的应用；
所述试剂盒的功能为如下(a)或(b)：
(a)诊断或辅助诊断癌症；
(b)评估受试者患癌症的风险性；
所述癌症为胃癌或结直肠癌。
9.权利要求7所述特异引物对和记载有检测方法和诊断标准的载体在制备试剂盒中的应用；
所述检测方法为：以受试者的基因组DNA为模板，采用权利要求7所述特异引物对进行PCR扩增，然后测序，获知PCR扩增产物的第218位核苷酸，作为特异SNP；
所述诊断标准为：如果受试者基于所述特异SNP携带等位基因A，受试者为或候选为癌症患者；
所述试剂盒的功能为：诊断或辅助诊断受试者是否为癌症；
所述癌症为胃癌或结直肠癌。
10.权利要求7所述特异引物对和记载有检测方法和诊断标准的载体在制备试剂盒中的应用；
所述检测方法为：以受试者的基因组DNA为模板，采用权利要求7所述特异引物对进行PCR扩增，然后测序，获知PCR扩增产物的第218位核苷酸，作为特异SNP；
所述诊断标准为：基于所述特异SNP携带等位基因A的受试者患癌症的风险性高于基于所述特异SNP不携带等位基因A的受试者；
所述试剂盒的功能为：评估受试者患癌症的风险性；
所述癌症为胃癌或结直肠癌。
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