CN105683396A

CN105683396A - 用于预测大肠癌发病危险度的基因标志物及其应用

Info

Publication number: CN105683396A
Application number: CN201480057145.3A
Authority: CN
Inventors: 金成珠; 池善河; 朴钟根; 郑锦枝
Original assignee: IND ACADEMIC COOP; Industry Academic Cooperation Foundation of Catholic University of Korea
Current assignee: Industry Academic Cooperation Foundation of Catholic University of Korea
Priority date: 2013-11-29
Filing date: 2014-11-27
Publication date: 2016-06-15
Anticipated expiration: 2034-11-27
Also published as: CN105683396B; KR101582723B1; WO2015080490A1; KR20150063179A

Abstract

本发明涉及一种通过识别与大肠癌发病危险度具有显著相关关系的特定的单核苷酸多态性(SNP：single？nucleotide？polymorphism)碱基来预测大肠癌发病危险度的方法、包含有能够确认上述SNP的多核苷酸、多肽、抗体或cDNA的大肠癌发病危险度预测用组合物和包含该组合物的微阵列及试剂盒。

Description

用于预测大肠癌发病危险度的基因标志物及其应用

技术领域

本发明涉及一种通过确认与大肠癌发病危险度具有显著的相关关系的特定的单核苷酸多态性(SNP：singlenucleotidepolymorphism)碱基来预测大肠癌发病危险度的方法、包含有能够确认上述SNP的多核苷酸、多肽、抗体或互补脱氧核糖核酸(cDNA)的大肠癌发病危险度预测用组合物和包含该组合物的微阵列以及试剂盒。

背景技术

大肠的结构是指从小肠末端起至肛门的脏器，其长度约为1.5米左右。大肠由上行、横行、下行和S状结肠、直肠及肛门构成，大肠的主要功能是指通过从小肠接收消化后的残留食物而吸收水分和电解质并将剩余残渣排出的功能。

大肠癌为在上行结肠、横行结肠、下行结肠、S状结肠和直肠粘膜中发生的恶性肿瘤，其包含有腺癌、淋巴癌、肉瘤、扁平上皮癌等，其中腺癌(adenocarcinoma)的发生所占比重较高。据悉，在韩国，分部位的大肠癌发生频率中，上行结肠和S状结肠各占25％，直肠占20％。

查看大韩民国的大肠癌，在70年代之前属于不易发生的疾病，但随着饮食生活的西方化，目前呈现逐渐增加的趋势。根据统计局的死亡原因统计(国家核准统计第10154号)和保健福祉部的癌症登记统计(国家核准统计第11744号)，从2000年至2010年的10年之间，大肠癌的发病率从10万人中21.8人上升至41.5人，死亡率从10万人中8.8人上升至15.4人，几乎增加了2倍，并且呈现继续增加的趋势。

并且，当纵观与大韩民国相邻的亚洲国家中的中国和日本时，引用中国媒体的美国自由亚洲电台(RFA)的报道中称，根据中国肿瘤登记中心发刊的＜2013中国肿瘤年度报告＞，癌症死亡者人数达到年内270万人，年平均有312万人得到了癌症确诊判定，呈现每年增加的趋势。并且，报告称大肠癌之一的直肠癌的发病率在所有癌症中占据第三位(第一位：肺癌，第二位：胃癌，第三位：直肠癌)。至于日本，根据2006年日本癌症发病率监测(MCIJ：MonitoringofCancerIncidenceinJapan)的统计资料，报告称对于男性(胃癌：55.3人/10万人、大肠癌：45.1人/10万人、肺癌：41.6人/10万人)和女性(乳腺癌：52人/10万人，大肠癌：25.6人/10万人，胃癌：20.3人/10万人)而言，大肠癌的发病率在所有癌症中分别占据第二位(InternationalJounalofCencer(国际癌症杂志),2014,134,747-754)。

目前，对于大肠癌来说，与其它消化系统癌症相同，外科手术是最为有效的治疗方法，从一期初期阶段至三期具有70％～90％的生存率，最后阶段四期中具有15％的生存率。

大肠癌的主要危险因素大致可分为两种。第一种为环境因素，高龄、过度摄取肉类、纤维质摄取不足、维生素摄取不足、钙摄取不足、饮酒、吸烟等被认为是其原因。第二种为遗传因素，被认为在癌细胞发展到转移的各阶段中有APC、KRAS、P53、MLH1、MSH2、INK4A及SMAD4等各种基因参与。

另一方面，在人类的情况下，以约每1000碱基中一次的频率发生变异，这被称之为单核苷酸多态性(SNP：singlenucleotidepolymorphism)，5％多态性称之为常见多态(commonpolymorphism)，1～5％多态性称之为罕见多态(rarepolymorphism)。目前，为了分析人类所有碱基序列，诸多实验方法等得到了发展，其中，目前为止全基因组关联研究(Genome-wideassociationstudy：GWAS)被用于很多疾病的研究中。

GWAS一般在常见疾病(commondisease)与常见变异(commonvariant)相关联的假设下进行研究，但认为这种研究中会发生“遗传性缺失(missingheritability)”问题。“遗传性缺失(missingheritability)”是指因个别基因无法完全说明疾病或行动等的表现型(phenotype)而出现的现象，其观点为疾病通过所有基因型的组合而决定。最近，为了完善该遗传性缺失，普遍使用基因-环境相互作用、基因-基因相互作用分析等。

但是，以往几乎没有作出关于利用基因SNP多态性来诊断大肠癌危险度的研究报告。

发明内容

发明要解决的问题

鉴于此，本发明人假设个人SNP变异会影响大肠癌的发病危险度，并分析了在大肠癌患者和正常人的临床样本内SNP与大肠癌危险度之间的关联性后，找到了可以预测大肠癌发病危险的单一SNP生物标志物。另外，本发明人通过利用单一SNP的基因-基因相互作用分析，构建了更加强有力的大肠癌预测模型，从而完成了本发明。

用于解决问题的手段

本发明的一目的在于提供一种通过对从患者获取到的基因样本，确认与大肠癌危险度具有显著的相关关系的特定的SNP碱基，来预测大肠癌发病危险度的方法。

本发明的一目的在于提供一种通过对从患者获取到的基因样本，确认与大肠癌危险度具有显著的相关关系的特定的SNP碱基，来提供用于预测大肠癌发病危险度的信息的方法。

本发明的另一目的在于提供一种包含有能够确认特定的SNP标志物的多核苷酸、多肽或其cDNA的大肠癌发病危险度预测用组合物。

本发明的另一目的在于提供一种包含有能够确认特定的SNP标志物的多核苷酸、多肽、其抗体或其cDNA的大肠癌发病危险度预测用微阵列。

本发明的另一目的在于提供一种包含有能够确认特定的SNP标志物的多核苷酸、多肽、其抗体或其cDNA的大肠癌发病危险度预测用试剂盒。

发明的效果

本发明可通过提供易患大肠癌的基因型，从而提供能够通过早期诊断并预测大肠癌危险人群来进行预防的信息。并且，本发明可提供能够预防大肠癌的早期诊断用组合物的诊断试剂盒的开发及用于预测的信息提供方法。

附图说明

图1表示六个脂联素基因SNP之间的连锁不平衡(LD)。

图2表示rs3865188与rs3774261之间的相互作用和人类血液内的脂联素数值之间的相关关系。与rs3865188：AA和rs3774261：AA基因型组合群(血液内脂联素中央值：7.835μg/ml)相比，对大肠癌呈现最高危险度的rs3865188：TT和rs3774261：GG基因型组合群(脂联素数值中央值：4,800μg/ml)的血液内脂联素的量较少(显著性水平P＝0.0017)。

具体实施方式

大肠癌起因于环境因素和遗传因素，通过事先预测遗传因素来进行预防的方法能有效预防大肠癌。本发明中提出了利用基因-基因相互作用来预测大肠癌的强有力的模型。

本发明人将大肠癌患者325人和正常组977人作为对象，确认了T-钙粘蛋白基因中的SNP(rs3865188)与大肠癌危险度之间的关联性，进而分析了rs3865188与作为T-钙粘蛋白的配体的脂联素基因中的SNP(rs2241767、rs3821799、rs3774261、rs6773957)之间的相互作用和大肠癌危险度之间的关联性。

其结果，确认了rs3865188为单一SNP，其可用于预测大肠癌危险度，进一步通过rs3865188和脂联素SNP的组合，可预测最高4.257倍的较高的危险人群。另外，确认了这种基因-基因组合与实际血液内的脂联素的量具有相关性。

鉴于此，作为一方式，本发明提供一种提供用于预测大肠癌发病危险度的信息的方法，其包括以下步骤：对从患者获取到的基因样本，确认T-钙粘蛋白基因中的以序列号1(NCBIrefSNPID：rs3865188)表示的序列的第27个碱基的多态性。

作为优选方式，本发明提供一种提供用于预测大肠癌发病危险度的信息的方法，其进一步包括以下步骤：对从患者获取到的基因样本，确认选自由脂联素(adiponectin)基因中的以序列号2(NCBIrefSNPID：rs2241767)表示的序列的第27个碱基的多态性、脂联素基因中的以序列号3(NCBIrefSNPID：rs3821799)表示的序列的第27个碱基的多态性、脂联素基因中的以序列号4(NCBIrefSNPID：rs3774261)表示的序列的第27个碱基的多态性和脂联素基因中的以序列号5(NCBIrefSNPID：rs6773957)表示的序列的第27个碱基的多态性组成的组中的一个以上的多态性。

在本发明中，可知T-钙粘蛋白(T-cadherin、H-cadherin(H-钙粘蛋白)或CDH13)为脂联素受体的同时也是LDL受体，并且作出了与大肠癌相关联的、T-钙粘蛋白启动子领域的甲基化研究报告(BrJCancer,2004,90,1030-3,CancerRes,2002,62(12)3383-6)。

此外，作出了关于脂联素(adiponectin、APN、adipoQ或apM1)与体内脂肪及胰岛素抵抗的相关性的报告，报告中指出，关于大肠癌，体内脂联素的数值越低则与大肠癌的关联性越高(JNat1CancerInst,2005,97,1688-94,intJColorectalDis,2009,24,275-81)。

如下面的表1所示，关于本发明所提供的SNP标志物的NCBI的refSNPID表示该SNP的序列及其位置。如果是本领域技术人员，可利用上述号码来容易确认SNP的位置及序列。与注册到NCBI中的SNP的refSNPID对应的具体序列可根据持续进行的关于基因的研究结果而有所变更，并且这种已变更的序列也包含在本发明的范围内，这对本领域技术人员来说是显而易见的。

[表1]

作为一例，在本发明中可预测为，T-钙粘蛋白基因中的以序列号1(rs3865188)表示的序列的第27个碱基的基因型为TT的情况的大肠癌发病危险度高于AA或AT的情况。在本发明的具体实施例中，可确认出rs3865188：TT基因型的危险度比rs3865188：AA或rs3865188：AT基因型群的危险度高1.577倍(p＝0.0144)。

作为另一例，在本发明中可预测为，在T-钙粘蛋白基因中的以序列号1(rs3865188)表示的序列的第27个碱基的基因型为TT，脂联素基因中的序列号2(rs2241767)的第27个碱基的基因型为AA的情况下，或在上述序列号1的第27个碱基的基因型为TT，序列号2的第27个碱基的基因型为GA、AA的情况下，大肠癌发病危险度高。

在本发明的具体实施例中，可确认出带有rs3865188：TT和rs2241767：AA基因型的人对大肠癌危险度的易感性比带有rs3865188：AA和rs2241767：GG基因型的人高2.458倍。并且，带有rs3865188：TT和rs2241767：GA、AA基因型的人对大肠癌危险度的易感性比带有rs3865188：AA和rs2241767：GG基因型的人高2.301倍。

作为另一例，在本发明中可预测为，在T-钙粘蛋白基因中的以序列号1(rs3865188)表示的序列的第27个碱基的基因型为TT，脂联素基因中的序列号3(rs2241767)的第27个碱基的基因型为CC的情况下,大肠癌发病危险度高。

在本发明的具体实施例中，可确认出带有rs3865188：TT和rs3821799：CC基因型的人对大肠癌危险度的易感性比带有rs3865188：AA和rs3821799：TT基因型的人高3.573倍。

作为另一例，在本发明中可预测为，在T-钙粘蛋白基因中的以序列号1(rs3865188)表示的序列的第27个碱基的基因型为TT，脂联素基因中的序列号4(rs3774261)的第27个碱基的基因型为GG的情况下，大肠癌发病危险度高。

在本发明的具体实施例中，可确认出带有rs3865188：TT和rs3774261：GG基因型的人对大肠癌危险度的易感性比带有rs3865188：AA和rs3774261：AA基因型的人高4.257倍。

作为另一例，在本发明中可预测为，在T-钙粘蛋白基因中的以序列号1(rs3865188)表示的序列的第27个碱基的基因型为TT，脂联素基因中的序列号5(rs6773957)的第27个碱基的基因型为GG的情况下，大肠癌发病危险度高。

在本发明的具体实施例中，可确认出带有rs3865188：TT和rs6773957：GG基因型的人对大肠癌危险度的易感性比带有rs3865188：AA和rs6773957：AA基因型的人高3.992倍。

本发明中，患者为大肠癌发病前的普通患者，并且可以是欲通过预测大肠癌发病危险度来管理的患者。或者，可以是大肠癌已发病的患者。

本发明中，从患者获取到的样本包含组织、细胞、全血、血清、血浆、唾液、咯痰、脑脊液或尿等，并且从这些样本中获取基因样本，该基因样本包含DNA，mRNA或由mRNA合成的cDNA。

本发明中的用语“预测”是指辨别患者有无大肠癌发病可能性、大肠癌发病可能性是否相对较高或大肠癌是否已发病。本发明的方法可用于通过对大肠癌发病危险度高的任意特定患者进行特别并适当管理，从而延缓发病时期或使患者不发病。此外，本发明的方法可通过早期诊断大肠癌来选择最佳的治疗方式，从而为了决定治疗而在临床上使用。

本发明中的用语“多态性(polymorphism)”是指一个基因座(locus)上存在两种以上的等位基因(allele)的情况，并且在多态性位点中，按不同的人仅单碱基不同的多态性称作单核苷酸多态性(singlenucleotidepolymorphism，SNP)。优选的多态性标志物具有在已选择的群体中呈现1％以上的发生频率的两种以上的等位基因，更优选地，具有呈现10％或20％以上的发生频率的两种以上的等位基因。

本发明中的用语“等位基因(allele)”是指存在于同源染色体的同一基因座上的一个基因的各种类型。等位基因也可以用于呈现多态性，例如SNP具有两种双等位基因(biallele)。

作为又一方式，本发明提供一种用于预测患者的大肠癌发病危险度的组合物。

上述组合物的特征在于，含有用于对从患者分离出的基因样本，确认T-钙粘蛋白基因中的以序列号1(NCBIrefSNPID：rs3865188)表示的序列的第27个碱基的试剂。

作为一例，优选地，本发明的组合物中所含有的试剂包含由十个以上的连续碱基组成的多核苷酸或其互补多核苷酸，其中，该十个以上的连续碱基包含T-钙粘蛋白基因中的以序列号1(NCBIrefSNPID：rs3865188)表示的序列的第27个碱基。

此外，上述组合物可进一步包含用于对从患者分离出的基因样本，确认选自由脂联素基因中的以序列号2(NCBIrefSNPID：rs2241767)表示的序列的第27个碱基、脂联素基因中的以序列号3(NCBIrefSNPID：rs3821799)表示的序列的第27个碱基、脂联素基因中的以序列号4(NCBIrefSNPID：rs3774261)表示的序列的第27个碱基和脂联素基因中的以序列号5(NCBIrefSNPID：rs6773957)表示的序列的第27个碱基组成的组中的一个以上的碱基的试剂。

作为一例，上述组合物中所包含的试剂进一步可包含由十个以上的连续碱基组成的多核苷酸或其互补多核苷酸，其中，该十个以上的连续碱基包含选自由脂联素基因中的以序列号2(NCBIrefSNPID：rs2241767)表示的序列的第27个碱基、脂联素基因中的以序列号3(NCBIrefSNPID：rs3821799)表示的序列的第27个碱基、脂联素基因中的以序列号4(NCBIrefSNPID：rs3774261)表示的序列的第27个碱基和脂联素基因中的以序列号5(NCBIrefSNPID：rs6773957)表示的序列的第27个碱基组成的组中的一个以上碱基。

因此，作为本发明的一方式，提供上述多核苷酸。

本发明的上述多核苷酸或其互补多核苷酸可由十个以上的连续碱基组成，优选地可由10至100个连续碱基组成，更优选地可由20至60个连续碱基组成，进一步更优选地可由40至60个连续碱基组成。

本发明的上述多核苷酸或其互补多核苷酸为多态性序列(polymorphicsequence)。多态性序列(polymorphicsequenc)是指在核苷酸序列中包含有呈现单碱基多态性的多态性位点(polymorphicsite)的序列。多态性位点(polymorphicsite)是指在多肽性序列中发生单碱基多态的位点。在本发明中，上述多核苷酸可以是DNA或RNA。

作为另一例，优选地，本发明的组合物中所含有的试剂包含与上述多核苷酸或其互补多核苷酸进行特异性杂交的多核苷酸。

因此，本发明将与上述多核苷酸或其互补多核苷酸进行特异性杂交的多核苷酸作为一方式来提供。

本发明中，与上述多核苷酸或其互补多核苷酸进行特异性杂交的多核苷酸为等位基因特异性(allele-specific)多核苷酸。

等位基因特异性多核苷酸表示对各等位基因进行特异性杂交。即，是指以能够特异性区别多态性序列中存在的多态性位点的碱基的方式进行杂交。在此，杂交一般可在严格条件下执行，例如一般可在1M以下的碱浓度和25℃以上的温度下执行。

本发明中，上述等位基因特异性多核苷酸可以是等位基因特异性探针。即，本发明中，探针是指杂交探针，并且是指可序列特异性地结合到核酸的互补性分支上的寡核苷酸。本发明的等位基因特异性探针在来源于同种类的两个个体的核酸片段中存在多态性位点，从而在来源于一个体的DNA片段中进行杂交，而在来源于其它个体的片段中不进行杂交。在该情况下，杂交条件需要足够严格，以便在等位基因之间的杂交强度上呈现显著差异而杂交到等位基因中的一个上。优选这种本发明的探针的中央位点与多态性序列的多态性位点对齐。由此，可在彼此不同的等位基因形态之间诱发较好的杂交差异。本发明中的探针可用于通过检测等位基因来预测大肠癌危险度的微阵列等的诊断试剂盒或预测方法等中。

此外，本发明中，上述等位基因特异性多核苷酸可以是等位基因特异性引物。引物的适当长度可根据使用目的而不同，一般由15至30个碱基组成。引物序列无需与模板完全相补，但需要以能与模板杂交的程度充分相补。由于上述引物杂交到包含多态性位点的DNA序列中，因此使包含多态性位点的DNA片段扩大。本发明的引物可用于通过检测等位基因来预测大肠癌危险度的微阵列等的诊断试剂盒或预测方法等中。

作为另一例，本发明的组合物中所含有的试剂可包含被上述多核苷酸或其相补性多核苷酸进行编码的多肽。

因此，本发明将对上述多核苷酸进行编码的多肽作为一方式来提供。

这种多肽可用于大肠癌危险度预测用组合物、微阵列或试剂盒等中。与此不同地，还可以使用上述多肽抗体来代替上述多肽。

本发明中的抗体为本领域公知的用语，是指提呈给抗原性位点的特异性蛋白质分子。从本发明的目的来看，抗体是指与包含本发明的SNP标志物的多肽进行特异性结合的抗体。关于这种抗体，可根据通常方法将各基因克隆到表达载体，来获取被上述标志物基因进行编码的蛋白质，并从获取到的蛋白质采用通常方法来制造。在此，可由上述蛋白质制成的部分还包含有肽，作为本发明中的部分肽，至少包含七个氨基酸，优选地包含九个氨基酸，更优选地包含12个以上的氨基酸。本发明的抗体形态并不特别限制，如果是多克隆抗体、单克隆抗体或具有抗原结合性的抗体，则这些抗体中的一部分也包含在本发明的抗体中，并且包含有所有免疫球蛋白抗体。另外，本发明的抗体中可包含有人源化抗体等特殊抗体。在本发明的大肠癌发病危险度预测用标志物的检测中所使用的抗体不仅是具有两个整体长度的轻链和具有两个整体长度的中链的完整形态，而且包含抗体分子的功能片段。抗体分子的功能片段是指至少具有抗原结合功能的片段，其具有Fab、F(ab’)、F(ab’)2和Fv等。

本发明的组合物中所包含的上述多核苷酸、与该多核苷酸特异性杂交的多核苷酸或被该多核苷酸进行特异性编码的多肽或多肽cDNA还作为用于制造大肠癌危险度预测用微阵列或试剂盒用途来提供。上述微阵列或试剂盒可通过本领域技术人员公知的通常方法来制造。

本发明中，上述微阵列除包含本发明的多核苷酸、多肽、cDNA等以外，可由通常微阵列形成。核酸在微阵列上的杂交及杂交结果检测对本领域技术人员来说容易知道。上述检测例如可通过在采用荧光物质例如可产生能够检测包含有如Cy3及Cy5的物质的信号的标志物来标记核酸样本之后，杂交到微阵列上并检测从上述标志物发生的信号，从而检测出杂交结果。

本发明中，上述试剂盒不仅可包含有本发明的多核苷酸、多肽、cDNA等，而且可包含有适合分析方法的一种或一种以上的其它组成成分的组合物、溶液或装置。作为一方式，本发明的试剂盒可以是包含有为执行PCR而所需要的必要因素的试剂盒，并且进一步包含有试管或其它适当的容器、反应缓冲液(PH及镁浓度为多种)、脱氧核苷酸(dNTPs)、如Taq-聚合酶和逆转录酶的酶、DNase、RNase、RNAse抑制剂、DEPC-水(DEPC-water)和灭菌水等。作为另一方式，本发明的试剂盒可以是包含为执行DNA芯片而所需要的必要因素的大肠癌危险度预测用试剂盒，DNA芯片试剂盒包含附着有关于上述SNP的特异性多核苷酸、引物或探针的基板，基板可包含定量对照区基因或与该基因片段相应的核酸。

本发明的SNP基因型确认可通过测序分析、使用自动碱基序列分析机的测序分析、焦磷酸测序(Pyrosequencing)、通过微阵列进行的杂交，PCR-RELP法(restrictionfragmentlengthpolymorphism，限制片段长度多态)、PCR-SSCP法(singlestrandconformationpolymorphism，单链构象多态性)、PCR-SSO法(sepcificsequenceoligonucleotide，序列特异性寡核苷酸)、组合PCR-SSO法和斑点杂交法的ASO(allelespecificoligonucleotide，等位基因特异性寡核苷酸)杂交法、TaqMan-PCR法、MALDI-TOF/MS法、RCA法(rollingcircleamplification，滚环扩增)、HRM(highresolutionmelting，高分辨率熔解曲线)法、引物拉伸法、印迹杂交法、斑点杂交法等公知方法来执行。

进一步，上述SNP多态性的结果可利用本领域普遍使用的统计学分析方法来进行统计处理，例如可利用通过学生t-检验(Student’st-test)、卡方检验(Chi-squaretest)、线性回归分析(linearregressionlineanalysis)、多因素逻辑回归分析(multiplelogisticregressionanalysis)等获取到的连续变量(continuousvariables)、绝对变量(categoricalvariables)、让步比(oddsratio)和95％可靠区间(confidenceinterval)等变量来进行分析。

[用于实施发明的方式]

以下，根据实施例，对本发明进行详细说明。但是，下述实施例只是示意性地表示本发明，本发明并不限定于下述实施例。

实施例1.统计学分析概要

本发明中，通过统计学分析而提出了利用T-钙粘蛋白的rs3865188与脂联素的rs2241767、rs3821799、rs3774261、rs6773957之间的各自相互作用的大肠癌危险度。此外，发现了这些相互作用与SNP-SNP的复合基因型和血液内脂联素量之间的关联性。

本发明中，关于样本收集，使用了延世大学池善河课题组的代谢综合症内大肠癌样本，并且关于脂联素血液内数值，应用了MESDIA公司的脂联素ELISA试剂盒。为了本发明，使用了如下的统计分析工具。根据正态性检验使用了T-检验(T-test)和方差分析(ANOVA)，除此之外，通过无母数检验进行了统计分析。基因-基因相互作用基本上通过逻辑回归分析来进行了分析，并且保证了年龄和体质系数。

实施例2.用于分析SNP-SNP相互作用的群体组成。

为了本发明，从延世大学保健学院池善河课题组在代谢综合症队列(cohort)研究中所使用的群体中筛选了大肠癌患者325人和正常人977人。在临床学特性上两个群体的差异很明显(表2)。

[表2]

实施例3.六个脂联素的连锁不平衡(LD)分析

脂联素基因SNP为rs182052、rs17366568、rs2241767、rs3821799、rs3774261、rs6773957，并以延世大学池善河教授组已做报告的韩国人队列(cohort)的基因型数据(genotypedata)为基础，采用Haploviewv4.2软件来分析了连锁不平衡关系。确认出，六个SNP中的rs2241767、rs3821799、rs3774261、rs6773957以较强的连锁不平衡关系形成了连锁不平衡区块(linkagediseuilibriumblock，LDblock)(图1，r²＝98及r²＝99)。

实施例4.大肠癌与T-钙粘蛋白SNP(rs3865188)及脂联素基因SNP之间的关联性分析

以大肠癌患者为对象，检验了由rs3865188、rs182052、rs17366568、rs2241767、rs3821799、rs3774261、rs6773957的基因型带来的显著性。其结果，只有T-钙粘蛋白的rs3865188呈现由基因型带来的大肠癌患者与正常人之间的差异(p＝0.0474)，脂联素SNP未呈现与大肠癌之间的关联性(表3)。

[表3]

实施例5.T-钙粘蛋白rs3865188的大肠癌危险度分析

对于T-钙粘蛋白的rs3865188，应用逻辑回归分析来实施了危险度(oddsratio)分析。危险度分为T-显性(T-dominance)模式和T-隐性(T-recessive)模式来进行了分析。T-显性模式将TT基因型和TA基因型视为一个群体而对AA基因型进行了危险度分析，由此其分析结果不显著。T-隐性模式将TA基因型和AA基因型视为一个群体而对TT基因型测定了危险度，由此可确认出，TT基因型的危险度比TA基因型和AA基因型群体高1.577倍(p＝0.0144)(表4)。因此，确认出在韩国人中可采用T-钙粘蛋白的rs3865188基因型来预测大肠癌危险度。

[表4]

实施例6.利用rs3865188和rs2241767之间的相互作用的大肠癌危险度预测

本发明中，与T-钙粘蛋白的rs3865188SNP不同，脂联素SNP中未发现与大肠癌之间的关联性。鉴于此，在本发明中实施了利用T-钙粘蛋白的rs3865188SNP和脂联素SNP之间的基因-基因相互作用的分析。

通过逻辑回归分析来测定了利用rs3865188对脂联素的四个SNP的基因-基因相互作用带来的大肠癌危险度。确认出其中脂联素rs2241767与rs3865188之间的组合的大肠癌危险度比由rs3865188单一SNP引起的大肠癌危险度高很多。带有rs3865188：TT和rs2241767：AA基因型的人对大肠癌危险度的易感性比带有rs3865188：AA和rs2241767：GG基因型的人高2.485倍。并且，确认出带有rs3865188：TT和rs2241767：GA、AA基因型的人对大肠癌危险度的易感性比带有rs3865188：AA和rs2241767：GG基因型的人高2.301倍(表5)。

[表5]

实施例7.rs3865188与rs3821799之间的相互作用

可确认出脂联素的连锁不平衡区块(LDblok)的第二个SNP即rs3821799与rs3865188的组合危险度。确认出带有rs3865188：TT和rs3821799：CC基因型的人对大肠癌危险度的易感性比带有rs3865188：AA和rs3821799：TT基因型的人高3.573倍(表6)。

[表6]

实施例8.rs3865188与rs3774261之间的相互作用

在脂联素的连锁不平衡区块(LDblok)的第3个SNP即rs3774261与rs3865188的组合里的六个SNP中可确认出最强的危险度。确认出带有rs3865188：TT和rs3774261：GG基因型的人对大肠癌危险度的易感性比带有rs3865188：AA和rs3774261：AA基因型的人高4.257倍(表7)。

[表7]

实施例9.rs3865188和rs6773957之间的相互作用

在脂联素的连锁不平衡区块(LDblok)的最后一个SNP即rs6773957与rs3865288的组合中也可以确认出危险度。带有rs3865188：TT和rs6773957：GG基因型的人对大肠癌危险度的易感性比带有rs3865188：AA和rs6773957：AA基因型的人高3.992倍(表8)。

[表8]

实施例10.rs3865188和与rs3774261之间的相互作用和人体血液内的脂联素量

本发明中，可利用基因-基因相互作用来预测大肠癌的危险度。特别是，本发明人所发现的rs3865188可单独预测危险度，但通过rs3865188和脂联素的连锁不平衡区块(LDblok)所形成的四个SNP的组合而被更细分化，并且可预测高危险人群。

利用现有报告中的大肠癌和脂联素的血液内数值的相关性，在本发明中分析了利用rs3865188和脂联素的四个SNP的相互作用的脂联素血液内数值分析，其结果，确认出在危险度高的rs3865188和rs3774261组合中，作为危险度最高的组合的rs3865188：TT和rs3774261：GG的脂联素的血液内数值明显低于rs3865188：AA和rs3774261：AA基因型(图2；rs3865188：AA和rs3774261：AA的脂联素中央值数值为7.835ug/ml，rs3865188：TT和rs3774261：GG的脂联素中央值数值为4.800ug/ml，P＝0.0017)。本发明中可确认出疾病相关基因-基因相互作用与实质上的临床变量之间的关系。

Claims

1.一种提供用于预测大肠癌发病危险度的信息的方法，包括以下步骤：

对从患者获取到的基因样本，确认T-钙粘蛋白(T-cadherin)基因中的以序列号1(NCBIrefSNPID：rs3865188)表示的序列的第27个碱基的多态性。

2.根据权利要求1所述的方法，其中，

预测为所述序列号1的第27个碱基的基因型为TT的情况的大肠癌发病危险度高于AA或AT的情况。

3.根据权利要求1所述的方法，其中

进一步包括以下步骤：

对从患者获取到的基因样本，确认选自由脂联素基因中的以序列号2即NCBIrefSNPID：rs2241767表示的序列的第27个碱基的多态性、脂联素基因中的以序列号3即NCBIrefSNPID：rs3821799表示的序列的第27个碱基的多态性、脂联素基因中的以序列号4即NCBIrefSNPID：rs3774261表示的序列的第27个碱基的多态性和脂联素基因中的以序列号5即NCBIrefSNPID:rs6773957表示的序列的第27个碱基的多态性组成的组中的一个以上的多态性。

4.根据权利要求3所述的方法，其中，

预测为在所述序列号1的第27个碱基的基因型为TT，序列号2的第27个碱基的基因型为AA的情况下，或者在所述序列号1的第27个碱基的基因型为TT，序列号2的第27个碱基的基因型为GA、AA的情况下，大肠癌发病危险度高。

5.根据权利要求3所述的方法，其中，

预测为在所述序列号1的第27个碱基的基因型为TT，序列号3的第27个碱基的基因型为CC的情况下，大肠癌发病危险度高。

6.根据权利要求3所述的方法，其中，

预测为在所述序列号1的第27个碱基的基因型为TT，序列号4的第27个碱基的基因型为GG的情况下，大肠癌发病危险度高。

7.根据权利要求3所述的方法，其中，

预测为在所述序列号1的第27个碱基的基因型为TT，序列号5的第27个碱基的基因型为GG的情况下，大肠癌发病危险度高。

8.一种用于预测大肠癌发病危险度的组合物，其包含由包括T-钙粘蛋白基因中的以序列号1(NCBIrefSNPID：rs3865188)表示的序列的第27个碱基的十个以上的连续碱基组成的多核苷酸或其互补多核苷酸。

9.根据权利要求8所述的组合物，进一步包含由包括选自由脂联素基因中的以序列号2(NCBIrefSNPID：rs2241767)表示的序列的第27个碱基、脂联素基因中的以序列号3(NCBIrefSNPID：rs3821799)表示的序列的第27个碱基、脂联素基因中的以序列号4(NCBIrefSNPID：rs3774261)表示的序列的第27个碱基和脂联素基因中的以序列号5(NCBIrefSNPID：rs6773957)表示的序列的第27个碱基组成的组中的一个以上的碱基的十个以上的连续碱基所组成的多核苷酸或其互补多核苷酸。

10.一种用于预测大肠癌发病危险度的组合物，包含与权利要求8或权利要求9所述的多核苷酸进行特异性杂交的多核苷酸。

11.根据权利要求10所述的组合物，其中，

所述进行特异性杂交的多核苷酸为探针或引物。

12.一种用于预测大肠癌发病危险度的组合物，包含被权利要求8或权利要求9所述的多核苷酸进行编码的多肽或该多肽的特异性抗体。

13.一种用于预测大肠癌发病危险度的微阵列，包含权利要求8或权利要求9所述的多核苷酸、与该多核苷酸杂交的多核苷酸、被与该多核苷酸杂交的多核苷酸进行特异性编码的多肽、该多肽的特异性抗体或该多肽的cDNA。

14.一种大肠癌发病危险度预测用试剂盒，包含权利要求8或权利要求9所述的多核苷酸、与该多核苷酸杂交的多核苷酸、被与该多核苷酸杂交的多核苷酸进行特异性编码的多肽、该多肽的特异性抗体或该多肽的cDNA。