一种L-谷氨酸脱氢酶突变体及其应用
技术领域
本发明属于生物技术领域,具体涉及一种L-谷氨酸脱氢酶突变体及其应用。
背景技术
草铵膦(2-氨基-4-[羟基(甲基)膦酰基]丁酸)是由赫斯特公司80年代开发的广谱触杀型除草剂。目前世界上的三大除草剂是草甘膦、草铵膦、百草枯,相对于草甘膦和百草枯,草铵膦具有优异的除草性能及较小的副作用。草铵膦有两种光学异构体,分别为D-草铵膦和L-草铵膦,但是只有L-草铵膦具有除草活性,因此发展L-草铵膦的方法对于提高原子经济性、降低使用成本、减轻环境压力具有重要意义。
目前,制备L-草铵膦的方法主要有手性拆分法,化学合成法和生物催化法。
手性拆分法如CN1053669C公开了利用奎宁生物碱作为拆分剂的方法,重结晶出L-草铵膦奎宁盐,然后用酸中和盐可以得到L-草铵膦。同时利用5-硝基水杨醛或3,5-二硝基水杨醛作为消旋化试剂消旋化未反应的D-草铵膦,得到DL-草铵膦,继续用于拆分反应。但是这种方法需要昂贵的手性拆分试剂,以及多步重结晶,操作繁琐,还不是一种理想的方法。
化学合成法如US6936444公开了钌催化剂不对称氢化2-乙酰氨基-4-(羟甲基氧膦基)-2-丁烯酸得到L-2-乙酰氨基-4-(羟甲基氧膦基)-2-丁酸,再经脱乙酰可以得到L-草铵膦。此方法需要昂贵的金属催化剂,成本较高,以及重金属残留,对环境污染严重。
相对于手性拆分法,化学合成法,生物催化法具有专一性强,反应条件温和等优点,是生产L-草铵膦的优势方法。
目前有US4389488(A)记载的用N-苯乙酰-DL-草铵膦为底物,来源于大肠杆菌的青霉素-G-酰基转移酶为催化剂,得到L-草铵膦的方法,但是苯乙酰草铵膦的合成成本比较高,且反应结束后得到L-草胺膦,N-苯乙酰-D-草铵膦和苯乙酸的混合溶液,需要采用强酸阳离子交换树脂分离出L-草铵膦,操作比较复杂。
EP0382113A记载了利用酰基转移酶对N-乙酰-草铵膦的羧酸酯进行催化裂解得到L-草铵膦的方法,但是此方法中的酶对游离的N-乙酰-草铵膦没有特异性,因此必须对N-乙酰-草铵膦进行酯化,增加了反应的步骤,且相应的增加了生产成本。
另有一部分是采用2-氧代-4-(羟基甲基氧膦基)丁酸(PPO)为底物,经转氨酶催化制备L-草铵膦的方法,其中US5221737A和EP0344683A记载了用谷氨酸作为氨基供体,自相应酮酸4-(羟甲基氧膦基)-2-氧代丁酸通过来源于大肠杆菌的氨基转氨酶作用得到L-草铵膦的方法,反应体系中需要等量或过量的氨基供体谷氨酸,使产物难以纯化。CN1284858C对上述方法进行了改进,采用天冬氨酸作为氨基供体,自相应的酮酸4-(羟甲基氧膦基)-2-氧代丁酸通过天冬氨酸转氨酶作用得到L-草铵膦的方法,此方法中天冬氨酸转变为草酰乙酸,而草酰乙酸在含水介质中不稳定,并自发的脱羧为丙酮酸,丙酮酸可通过酶促反应除去,使得逆反应不能进行,反应只需要等摩尔的氨基供体和氨基受体。但是使用转氨酶的方法中所用的氨基供体多为氨基酸,成本较高。
另外还有采用2-氧代-4-(羟基甲基氧膦基)丁酸(PPO)为底物,经氨基酸脱氢酶催化,制备L-草铵膦的方法,如CN106978453A,其采用无机氨基供体,使得产物分离简单,成本降低。但是CN106978453A中酶催化的底物浓度范围仅为10-100mM,酶的催化效率不高。
发明内容
本发明所要解决的技术问题是现有的L-谷氨酸脱氢酶在制备L-草铵膦或其盐时催化效率低等缺陷,因此本发明提供一种L-谷氨酸脱氢酶突变体以及其在制备L-草铵膦或其盐中的应用。利用本发明的L-谷氨酸脱氢酶突变体制备L-草铵膦或其盐时与野生型谷氨酸脱氢酶突变体相比,比酶活更高,从而酶的作用效率提高,降低了反应的成本,利于工业化生产。
本发明所用的野生型L-谷氨酸脱氢酶来源是Bordetella petrii的谷氨酸脱氢酶,氨基酸序列如SEQ ID NO.1所示,Genbank登录号WP_012247444.1。该野生型L-谷氨酸脱氢酶由447个氨基酸残基组成,催化底物2-氧代-4-(羟基甲基氧膦基)丁酸(PPO)时比酶活很低,不适合工业化生产。本发明人针对该底物PPO对上述野生型酶的不同氨基酸位点进行了饱和突变筛选,发现当A165突变为G和/或V376突变为A时,所得到的突变体对底物PPO的比酶活有明显提升。
本发明解决上述技术问题的技术方案之一是:一种L-谷氨酸脱氢酶突变体,所述L-谷氨酸脱氢酶突变体的氨基酸序列如序列表中SEQ ID NO.3、SEQ ID NO.5或SEQ IDNO.9所示。
较佳地,所述L-谷氨酸脱氢酶突变体的核苷酸序列如序列表中SEQ ID NO.4、SEQID NO.6或SEQ ID NO.10所示。
本发明解决上述技术问题的技术方案之二是:一种分离的核酸,所述核酸编码上述的L-谷氨酸脱氢酶突变体。
较佳地,编码所述核酸的核苷酸序列如SEQ ID NO.4、SEQ ID NO.6或SEQ IDNO.10所示。
本发明解决上述技术问题的技术方案之三是:一种包含所述核酸的重组表达载体。
本发明解决上述技术问题的技术方案之四是:一种包含所述核酸或所述重组表达载体的转化体。
本发明解决上述技术问题的技术方案之五是:一种L-草铵膦盐的制备方法,其包括以下步骤:在反应溶剂、L-谷氨酸脱氢酶突变体、无机氨基供体和还原型辅酶NADPH(烟酰胺腺嘌呤二核苷酸磷酸)的存在下,将2-氧代-4-(羟基甲基氧膦基)丁酸盐进行氨化反应,即得L-草铵膦盐。所述制备方法中,除L-谷氨酸脱氢酶突变体为本发明所得,其余原料、反应步骤及条件均可为本领域常规,具体可参见上述CN106978453A以及本申请人的申请号为CN201810162629.4的专利申请。
所述的L-草铵膦盐的制备方法还可进一步包括以下步骤:在D-氨基酸氧化酶(DAAO)的存在下,将D-草铵膦盐进行氧化反应,得到所述的2-氧代-4-(羟基甲基氧膦基)丁酸盐即可。
在所述的氧化反应中,所述的D-草铵膦盐的阳离子可为本领域常规的阳离子,例如铵离子、钠离子和/或钾离子等。又可为所使用的缓冲液的阳离子。
在所述的氧化反应中,所述的D-草铵膦盐可单独存在、或、与L-草铵膦盐共同存在(此时L-草铵膦盐可不发生反应),例如:D型富集的草铵膦盐(即其中D型对映体的含量>50%,乃至于纯D-草铵膦盐)、L型富集的草铵膦盐(即其中L-草铵膦的含量>50%,不包括纯L-草铵膦盐的情况)或消旋体草铵膦盐等。
在所述的氧化反应中,所述的D氨基酸氧化酶(DAAO)的浓度可为本领域常规,较佳地为0.6-6 U/mL,更佳地为1.8 U/mL。
在所述的氧化反应中,所述D-草铵膦盐的浓度可为本领域常规,较佳地为100-600mM,更佳地为200mM。
所述的氧化反应还可在过氧化氢酶的存在下进行。
所述的氧化反应还可在通气的条件下进行。所述通气较佳地为通入空气或氧气。所述通气的速率较佳地为0.5-1 VVM。
本发明中,所述空气可为本领域常规的空气,一般都是含有氧气的,所含氧气的含量也是本领域常规的。在反应时参与反应的是空气中的氧气。
当所述的氧化反应还可在通气的条件下进行时,所述的氧化反应还可在消泡剂的存在下进行。
在所述的氧化反应中,所述反应体系的pH较佳地为7-9,更佳地为8。所述的pH可通过使用缓冲液来实现。所述的pH还可通过使用碱(或碱溶液)调节来实现。所述的缓冲液较佳地为磷酸盐缓冲液或者Tris-HCl缓冲液,所述的磷酸盐缓冲液较佳地为磷酸氢二钠-磷酸二氢钠缓冲液或者磷酸氢二钾-磷酸二氢钾缓冲液。所述的碱溶液较佳地为氨水。
在所述的氧化反应中,所述反应体系的温度可为本领域常规,较佳地为20-50℃,更佳地为20℃。
所述的氧化反应和所述的氨化反应可分开进行,也可同时(同一反应体系)进行。所述的同时进行例如:在D-氨基酸氧化酶(DAAO)、L-谷氨酸脱氢酶突变体、无机氨基供体和还原型辅酶NADPH的存在下,将D-草铵膦盐进行氧化反应和氨化反应,得到L-草铵膦盐即可。
在所述的氨化反应中,所述的L-草铵膦盐的阳离子可为本领域常规的阳离子,例如铵离子、钠离子和/或钾离子等。又可为所使用的缓冲液的阳离子。
在所述的氨化反应中,所述的2-氧代-4-(羟基甲基氧膦基)丁酸盐的阳离子可为本领域常规的阳离子,例如铵离子、钠离子和/或钾离子等。又可为所使用的缓冲液的阳离子。
在所述的氨化反应中,所述的L-谷氨酸脱氢酶突变体的用量可为本领域常规,所述L-谷氨酸脱氢酶突变体的浓度较佳地为0.05-3 U/ml,更佳地为0.1-1 U/ml,例如为0.15U/ml。
在所述的氨化反应中,所述的无机氨基供体的用量可为本领域常规,所述的无机氨基供体的浓度较佳地为100-2000mM,更佳地为200mM。
在所述的氨化反应中,所述的2-氧代-4-(羟基甲基氧膦基)丁酸盐的浓度较佳地为100-600mM,更佳地为200mM。
在所述的氨化反应中,所述的2-氧代-4-(羟基甲基氧膦基)丁酸盐的用量可为本领域常规,所述还原型辅酶NADPH与所述的2-氧代-4-(羟基甲基氧膦基)丁酸盐的质量比较佳地为1:100-1:20000,更佳地为1:1000-1:15000,进一步更佳地为1:5000。
在所述的氨化反应中,所述的无机氨基供体为氨气、硫酸铵、氯化铵、磷酸氢二铵、乙酸铵、甲酸铵和碳酸氢铵中的一种或多种。
在所述的氨化反应中,所述反应的温度可为本领域常规,为了保证所述的L-谷氨酸脱氢酶突变体的催化效率,进行所述氨化反应的温度较佳地为20-50℃,更佳地为37℃,当所述氨化反应的温度低于20℃时,氨化反应较慢;当所述氨化反应的温度高于50℃时,酶将不可逆变性失活。
在所述的氨化反应中,所述的反应溶剂为水。
在所述的制备方法中,进行所述氨化反应的pH较佳地为7-9,更佳地为8.5。所述的pH可通过使用缓冲液来实现。所述的pH还可通过使用碱(或碱溶液)调节来实现。所述的缓冲液较佳地为磷酸盐缓冲液或者Tris-HCl缓冲液等,所述的磷酸盐缓冲液较佳地为磷酸氢二钠-磷酸二氢钠缓冲液或者磷酸氢二钾-磷酸二氢钾缓冲液等。所述的碱溶液较佳地为氨水。
所述的L-草铵膦盐的制备方法还包括以下步骤:在脱氢酶(例如葡萄糖脱氢酶、醇脱氢酶或甲酸脱氢酶等)以及供氢体(葡萄糖、异丙醇或甲酸盐等)的存在下,将氧化型辅酶NADP+进行还原反应,得到所述的还原型辅酶NADPH即可。
在所述的还原反应中,所述的脱氢酶与所述的供氢体一一对应,例如:
当所述的脱氢酶为醇脱氢酶时,所述的供氢体为异丙醇;
当所述的脱氢酶为葡萄糖脱氢酶时,所述的供氢体为葡萄糖;
当所述的脱氢酶为甲酸脱氢酶时,所述的供氢体为甲酸盐。
在所述的还原反应中,所述的脱氢酶的浓度可为本领域常规,较佳地为0.6-6U/mL,更佳地为2U/mL。
在所述的还原反应中,所述的供氢体的浓度可为本领域常规,较佳地为100-1000mM,更佳地为240mM。
在所述的还原反应中,所述的氧化型辅酶NADP+的浓度可为本领域常规。
在所述的还原反应中,进行所述还原反应的pH较佳地为7-9,更佳地为8.5。所述的pH可通过使用缓冲液来实现。所述的pH还可通过使用碱(或碱溶液)调节来实现。所述的缓冲液较佳地为磷酸盐缓冲液或者Tris-HCl缓冲液等,所述的磷酸盐缓冲液较佳地为磷酸氢二钠-磷酸二氢钠缓冲液或者磷酸氢二钾-磷酸二氢钾缓冲液等。所述的碱溶液较佳地为氨水。
在所述的还原反应中,所述反应体系的温度可为本领域常规,较佳地为20-50℃,更佳地为37℃。
所述的还原反应和所述的氨化反应可分开进行,也可同时(同一反应体系)进行。所述的同时进行例如本发明较佳实施例中所示:在葡萄糖脱氢酶、葡萄糖、氧化型辅酶NADP+、L-谷氨酸脱氢酶突变体、无机氨基供体的存在下,将2-氧代-4-(羟基甲基氧膦基)丁酸盐进行氨化反应(同时存在着的NADP+的还原反应),得到L-草铵膦盐即可。
当所述的还原反应和所述的氨化反应同时进行时,所述的氨化反应所用的NADPH可通过所述的还原反应循环生成。所述的氧化型辅酶NADP+的浓度可为本领域常规,为保证所述反应能够正常进行,其与所述的2-氧代-4-(羟基甲基氧膦基)丁酸盐的质量比为1:100-1:20000,较佳地为1:1000-1:15000,更佳地为1:5000。
所述的还原反应、所述的氧化反应和所述的氨化反应可分开进行,也可同时(同一反应体系)进行。所述的同时进行例如本发明较佳实施例中所示:在D-氨基酸氧化酶(DAAO)、脱氢酶、氢供体、氧化型辅酶NADP+、L-谷氨酸脱氢酶突变体、无机氨基供体的存在下,将D-草铵膦盐进行氧化反应和氨化反应(同时存在着的NADP+的还原反应),得到L-草铵膦盐即可。
当所述的还原反应、所述的氧化反应和所述的氨化反应同时进行时,所述的氨化反应所用的NADPH可通过所述的还原反应循环生成。所述的氧化型辅酶NADP+的浓度可为本领域常规,为保证所述反应能够正常进行,其与所述的2-氧代-4-(羟基甲基氧膦基)丁酸盐的质量比为1:100-1:20000,较佳地为1:1000-1:15000,更佳地为1:5000。
所述制备方法的反应时间在用常规方法进行检测的情况下,以原料的终浓度或产物的终浓度或转化率达到所需目的即可停止;所述常规方法包括柱前衍生化高效液相色谱或离子对色谱等。
本发明解决上述技术问题的技术方案之六是:一种L-草铵膦的制备方法,其包括下述步骤:
(1)按照上述的L-草铵膦盐的制备方法,制得L-草铵膦盐;
(2)将步骤(1)制得的L-草铵膦盐进行酸化反应,得到L-草铵膦。
本发明解决上述技术问题的技术方案之七是:一种上述制得的L-谷氨酸脱氢酶突变体在制备L-草铵膦或其盐中的应用。
所述的应用可包括以下步骤:在L-氨基酸脱氢酶、无机氨基供体和还原型辅酶的存在下,将2-氧代-4-(羟基甲基氧膦基)丁酸盐进行反应,即得L-草铵膦盐。
或者,所述的应用可包括以下步骤:在L-氨基酸脱氢酶、无机氨基供体和还原型辅酶的存在下,将2-氧代-4-(羟基甲基氧膦基)丁酸进行反应,即得L-草铵膦。
或者,所述的应用可包括以下步骤:在L-氨基酸脱氢酶、无机氨基供体和还原型辅酶的存在下,将2-氧代-4-(羟基甲基氧膦基)丁酸盐进行反应,即得L-草铵膦盐,再进行酸化反应,得到L-草铵膦。
本发明中,所述L-草铵膦盐一般可以是以L-草铵膦铵盐的形式存在。
以上化合物所述浓度若无特殊说明,均为反应前所述化合物占整个反应体系的浓度。
在符合本领域常识的基础上,上述各优选条件,可任意组合,即得本发明各较佳实例。
本发明所用试剂和原料均市售可得。
本发明的积极进步效果在于:
利用本发明的L-谷氨酸脱氢酶突变体制备L-草铵膦或其盐时与野生型谷氨酸脱氢酶突变体相比,比酶活更高,从而酶的作用效率提高(例如参与反应时的转化率更高、立体选择性更强),降低了反应的成本,利于工业化生产。
附图说明
图1:外消旋草铵膦标准品的Marfey试剂柱前衍生化HPLC分析结果,其中最后两个峰是Marfey试剂自身的峰。
图2:制备所得产物中D-草铵膦与L-草铵膦的Marfey试剂柱前衍生化HPLC分析结果。
图3:外消旋草铵膦标准品的离子对HPLC分析结果。
图4:PPO标准品离子对HPLC分析结果。
图5:反应完反应液的离子对HPLC分析结果。
图6:PPO标准品的质谱图。
具体实施方式
下面通过实施例的方式进一步说明本发明,但并不因此将本发明限制在所述的实施例范围之中。下列实施例中未注明具体条件的实验方法,按照常规方法和条件,或按照商品说明书选择。
本发明中的实验方法如无特别说明均为常规方法,基因克隆操作具体可参加J.萨姆布鲁克等编的《分子克隆实验指南》。
本发明中的氨基酸简写符号如无特殊说明均为本领域常规,具体简写符号对应的氨基酸如表1所示。
表1
氨基酸名称 |
三字母符号 |
单字母符号 |
氨基酸名称 |
三字母符号 |
单字母符号 |
丙氨酸(alanine) |
Ala |
A |
亮氨酸(leucine) |
Leu |
L |
精氨酸(arginine) |
Arg |
R |
赖氨酸(lysine) |
Lys |
K |
天冬酰胺(asparagine) |
Asn |
N |
甲硫氨酸(methionine) |
Met |
M |
天冬氨酸(aspartic acid) |
Asp |
D |
笨丙氨酸(phenylalanine) |
Phe |
F |
半胱氨酸(cysteine) |
Cys |
C |
脯氨酸(proline) |
Pro |
P |
谷氨酰胺(glutanine) |
Gln |
Q |
丝胺酸(serine) |
Ser |
S |
谷氨酸(glutamic acid) |
Glu |
E |
苏氨酸(threonine) |
Thr |
T |
甘氨酸(Glicine) |
Gly |
G |
色氨酸(tryptophan) |
Trp |
W |
组氨酸(histidine) |
His |
H |
酪氨酸(tyrosine) |
Tyr |
Y |
异亮氨酸(isoleucine) |
Ile |
I |
颉氨酸(valine) |
Val |
V |
所述氨基酸对应的密码子也为本领域常规,具体氨基酸与密码子的对应关系如表2所示。
表2
pET28a购买自Novagen公司;NdeI酶、HindIII酶购买自Thermo Fisher公司,E.coli BL21(DE3)感受态细胞购买自北京鼎国昌盛生物技术有限责任公司;过氧化氢酶购买自山东丰泰生物科技有限公司;NADPH购买自深圳邦泰生物工程有限公司;NH4Cl购买自上海泰坦科技股份有限。
产物的手性分析通过柱前衍生化高效液相色谱(High Performance LiquidChromatography,HPLC)进行,具体的分析方法为:
(1)色谱条件:Agilent ZORBAX Eclipse plus C18,3.5μm,150*4.6mm。流动相A:0.1%TFA+H2O,流动相B:0.1%TFA+CAN。检测波长:340nm,流速:1.0mL/min,柱温:30℃。
(2)衍生化试剂:Marfey试剂。准确称取50mg的N-α-(2,4-二硝基-5-氟苯基)-L-丙氨酰胺,用乙腈溶解配置成25ml溶液,备用。
(3)衍生反应:取反应液稀释100倍,加等体积的Marfey试剂衍生。进样10μl进行分析。
转化率=(反应物-剩余反应物)/反应物×100%
2-氧代-4-(羟基甲基氧膦基)丁酸(简称PPO)通过离子对高效液相色谱(HighPerformance Liquid Chromatography,HPLC)分析,具体的分析方法为:
色谱条件:ULtimate AQ-C18,5μm,4.6*250mm;流动相:0.05mol/L磷酸氢二铵PH=3.6:10%四丁基氢氧化铵水溶液:乙腈=91:1:8;检测波长:205nm;流速:1.0ml/min;柱温:25℃。
以下实施例中,所述均为“草铵膦”,但由于“草铵膦”是在反应体系中,技术人员默认将“草铵膦铵盐”称为“草铵膦”,因此实则“草铵膦”是指“草铵膦铵盐”,相应的草铵膦标准品也均是指草铵膦铵盐标准品,相应的生成的PPO也即是PPO铵盐。在检测所得产物草铵膦的旋光度时,则是将草铵膦铵盐进行酸化反应后,得到草铵膦再进行的检测。
实施例1 L-谷氨酸脱氢酶突变体酶的获得
从NCBI检索到来源于Bordetella petrii的谷氨酸脱氢酶序列SEQ ID NO.1,Genbank登录号WP_012247444.1,根据表3中突变体基因序列SEQ ID NO.4,SEQ ID NO.6,SEQ ID NO.8,SEQ ID NO.10合成基因,基因合成公司为苏州金唯智生物科技有限公司(苏州工业园区星湖街218号生物纳米科技园C3楼)。
然后将野生型基因和突变体基因分别酶连pET28a,酶切位点NdeI&HindIII,将酶连好的载体,转化宿主大肠杆菌BL21感受态细胞。将构建好的菌种接种TB培养基于37℃下,200rpm摇床,IPTG浓度0.1mM诱导过夜,收菌,得到含有谷氨酸脱氢酶基因的工程菌。
将含有谷氨酸脱氢酶基因的工程菌在经平皿划线活化后,挑单菌落接种至含50μg/ml卡那霉素的5ml LB液体培养基中,37℃震荡培养12h。按2%接种量转接至150ml同样含50μg/ml卡那霉素的新鲜LB液体培养基中,37℃震荡至OD600达到0.8左右时,加入IPTG至其终浓度为0.5mM,18℃诱导培养16h。培养结束后,将培养液10000rpm离心10min,弃上清液,收集菌体,置于-80℃超低温冰箱中保存,待用。
将培养结束后收集到的菌体5g,用50mM pH8.5的Tris-HCl缓冲液洗涤两次,之后重悬于30mL pH8.5的Tris-HCl缓冲液中,均质破碎,破碎液12000rpm离心10min去除沉淀,得到含重组谷氨酸脱氢酶的上清液粗酶液。
表3
实施例2突变体酶的比酶活检测
底物溶液配置:加入355μL2.25M PPO(终浓度20mM)(为发明人自制,制备方法参考文献US8017797B,图6为其对应的质谱图)与0.4g NH4Cl(终浓度200mM),氨水调pH至8.5,用50mM pH8.5的Tris-HCl缓冲液定容至40ml。
酶活检测方法:
反应总体系为1ml,OD340nm处测定吸光值,依次在1ml比色皿中加入940μL底物溶液,调零,然后加入10μL25mM NADPH,最后加入50μl粗酶液,记录0-10min的数值变化,每隔30s取一个值,以反应时间为横坐标,340nm波长处吸收值为纵坐标做曲线,取斜率,计算NADPH的减少速率,并计算酶活。
单位酶活的定义:在特定反应条件(30℃)下,每分钟减少1μmol NADPH所需要的酶量。
比酶活为每毫克酶蛋白所含的活力单位,计算公式:酶活/蛋白含量,单位是U/mg或U/g。结果如表4所示。
表4
N.D.是指未检测到比酶活。
以下实施例中所用到的L-谷氨酸脱氢酶粗酶液的制备方法均采用上述方法。
实施例3 D氨基酸氧化酶(DAAO)基因的获取
根据专利US9834802B2中记载的AC302 DAAO酶的基因序列全合成DAAO酶基因。合成公司为苏州金唯智生物科技有限公司,江苏省南京市江北新区研创园浦滨路211号。
实施例4 D氨基酸氧化酶(DAAO)基因的表达
LB液体培养基组成:蛋白胨10g/L,酵母粉5g/L,NaCl10g/L,用去离子水溶解后定容,121℃灭菌20min,待用。
将实施例3合成的DAAO酶基因连pET28a,酶切位点NdeI&HindIII,将酶连好的载体转化至宿主E.coli BL21(DE3)感受态细胞,得到含有DAAO酶的工程菌株。
将含有DAAO酶基因的工程菌株在经平皿划线活化后,挑单菌落接种至含50μg/ml卡那霉素的5ml LB液体培养基中,37℃震荡培养12h。按2%接种量转接至50ml同样含50μg/ml卡那霉素的新鲜LB液体培养基中,37℃震荡至OD600值达到0.8左右时,加入IPTG至其终浓度为0.5mM,18℃诱导培养16h。培养结束后,将培养液10000rpm离心10min,弃上清液,收集菌体,置于-20℃超低温冰箱中保存,待用。
实施例5 D氨基酸氧化酶(DAAO)粗酶液的制备及酶活测定
将实施例4中收集到的菌体,用50mM pH8.0磷酸缓冲液洗涤菌体两次,之后将菌体重悬于pH8.0的磷酸缓冲液中,低温高压均质破碎,破碎液离心去除沉淀,得到的上清液为含重组DAAO酶粗酶液。
酶活检测方法:100μL pH8.0磷酸氢二钠-磷酸二氢钠缓冲液(含D-草铵膦50mmol/L和过氧化物酶0.1mg/mL),加入50μL显示剂(60μg/mL2,4,6-三溴-3-羟基苯甲酸和1mg/mL4-氨基安替比林),50μL的DAAO酶,510nm处检测紫外吸收测定H2O2浓度,计算出PPO的浓度,并计算酶活。
单位酶活的定义:在特定反应条件(30℃)下,每分钟生成1μmol PPO所需要的酶量。
以下实施例中所用到的DAAO酶粗酶液的制备方法均采用以上方法。
实施例6醇脱氢酶基因的获取和表达
根据来源于枯草芽胞杆菌(Lactobacillus brevis KB290)(Genbank登录号为BAN05992.1)的Cyclopentanol dehydrogenase基因序列,全合成醇脱氢酶基因。
LB液体培养基组成:蛋白胨10g/L,酵母粉5g/L,NaCl10g/L,用去离子水溶解后定容,121℃灭菌20min,待用。
葡萄糖脱氢酶基因连pET28a,酶切位点NdeI&HindIII,将酶连好的载体转化至宿主E.coli BL21(DE3)感受态细胞,得到含有葡萄糖脱氢酶基因的工程菌株。将含有葡萄糖脱氢酶基因的工程菌在经平皿划线活化后,挑单菌落接种至含50μg/ml卡那霉素的5ml LB液体培养基中,37℃震荡培养12h。按2%接种量转接至50ml同样含50μg/ml卡那霉素的新鲜LB液体培养基中,37℃震荡至OD600达到0.8左右时,加入IPTG至其终浓度为0.5mM,18℃诱导培养16h。培养结束后,将培养液10000rpm离心10min,弃上清液,收集菌体,置于-20℃超低温冰箱中保存,待用。
实施例7醇脱氢酶粗酶液的制备及酶活测定
将实施例6中收集到的菌体,取10g菌泥加50ml 100mM pH7.5磷酸铵缓冲液,搅匀,500bar均质破碎,作为粗酶液,在搅拌条件下滴加10%的絮凝剂(终浓度2-2.5‰),搅拌5min后,4000rpm离心10min得澄清酶液,取上清测酶活。
酶活检测方法:3ml反应体系,25℃条件下,先加2850μL pH8.0的400mM异丙醇(100mM磷酸缓冲液配制),再加50μL NADP+(25mM),紫外分光光度计调零,再加100μL稀释100倍的酶液,紫外分光光度计测定340nm处OD值。
单位酶活定义:在特定反应条件(25℃,pH7.0)下,每分钟产生1μmol NADPH所需要的酶量,定义为1U。
以下实施例中所用到的葡萄糖脱氢酶粗酶液的制备方法均采用以上方法。
实施例8 DAAO酶和L-谷氨酸脱氢酶突变体催化制备L-草铵膦
200g L-谷氨酸脱氢酶突变体菌体(根据实施例1制备得到)用pH为8.0的50mM磷酸盐缓冲液重悬,定容至1L,低温高压均质破碎,离心弃沉淀,留上清,得L-谷氨酸脱氢酶突变体粗酶液。
称取D,L-草铵膦80g,用50mM pH为8.0的磷酸氢二钠-磷酸二氢钠缓冲液完全溶解,加入2.5g40万U/g的过氧化氢酶,加入150mL根据实施例5方法制备的DAAO酶粗酶液(12U/mL),氨水调节pH为8.0,50mM pH为8.0的磷酸氢二钠-磷酸二氢钠缓冲液定容至1L。20℃水浴锅中机械搅拌反应,按照1VVM通入空气(每分钟通入1倍反应体积的空气),加入1mL消泡剂防止起泡,利用离子对HPLC检测PPO的生成浓度,同时利用柱前衍生化高效液相色谱检测剩余L-草铵膦的量和ee值,当ee值大于99%时停止反应。
取3等份50mL上述反应液,分别加入氯化铵0.54g,NADP+0.4mg和异丙醇0.73g,加入1mL实施例7方法制备的醇脱氢酶(300 U/mL),分别加入L-谷氨酸脱氢酶突变体粗酶液1mL,氨水调节pH至8.5,水浴锅磁力搅拌控制反应温度37℃,利用离子对HPLC检测PPO的残余浓度,同时利用柱前衍生化高效液相色谱检测体系中L-草铵膦的量和ee值。反应结果见数据表5所示。
反应18h后产物中D-草铵膦与L-草铵膦的HPLC分析结果见图2(附图中均以L-谷氨酸脱氢酶突变体1-4(BopGluDH-A165G-V376A)为例进行说明),其中,保留时间为13.744min的为L-草铵膦,D-草铵膦几乎检测不到;外消旋草铵膦标准品(购买自上海阿拉丁生化科技股份有限公司)的Marfey试剂柱前衍生HPLC图谱如图1所示(L-草铵膦的保留时间为13.683min,D-草铵膦的保留时间为12.016min)。该实施例所制备得到的产物的成分与标准品中L-草铵膦的出峰时间基本一致。另外,对得到的产品经酸化处理,浓缩,柱纯化,重结晶得到纯的L-草铵膦,经旋光度测定[a]D25=+28.2°(C=1,1N HCl)(现有技术中US4389488已有L-草铵膦旋光度的记载),说明该实施例制备得到L-草铵膦。
反应18h后反应液的离子对HPLC分析结果见图5,其中,10.340min为PPO的出峰位置,3.750min为草铵膦的出峰位置。PPO标准品(本标准品为发明人自制,制备方法参考文献US8017797B,图6为其对应的质谱图)的离子对HPLC图谱如图4所示,其中,PPO标准品的保留时间为9.520min。外消旋草铵膦标准品(购买自上海阿拉丁生化科技股份有限公司)的离子对HPLC图谱如图3所示,其中,外消旋草铵膦标准品的保留时间为3.829min。可见,该实施例中PPO已大部分反应,其产物草铵膦的出峰时间与各自标准品的出峰时间基本一致。
虽然上述结果图均以L-谷氨酸脱氢酶突变体1-4(BopGluDH-A165G-V376A)为例,但是发明人进行了所有其他突变的实验,也均验证了本发明的这些突变在参与上述反应时能够催化底物,并且均生成了正确的产物。
表5
突变体酶编号 |
突变位点 |
2h转化率 |
18h转化率 |
18h时的ee值 |
1-1 |
BopGluDH-A165G |
29.6% |
80.9% |
>99% |
1-2 |
BopGluDH-V376A |
17.6% |
59.6% |
>99% |
1-4 |
BopGluDH-A165G-V376A |
40.8% |
92.4% |
>99% |
对比例:
按照实施例1和实施例2同样方法,获得了氨基酸序列为SEQ ID NO.13,SEQ IDNO.14的酶,和它们的对应于BopGluDH(Bordetella petrii的谷氨酸脱氢酶)165位、376位的同源位点的单位点和组合位点的突变体酶,经测定它们均未检测到酶活。
SEQUENCE LISTING
<110> 上海弈柯莱生物医药科技有限公司
<120> 一种L-谷氨酸脱氢酶突变体及其应用
<130> P19010917C
<160> 14
<170> PatentIn version 3.5
<210> 1
<211> 447
<212> PRT
<213> Bordetella petrii
<400> 1
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1 5 10 15
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Asn Gly Val Lys Cys Val Ala Glu Gly Ala Asn Met Pro Ser Thr Leu
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Glu Ala Ala Lys Thr Phe Ile Glu Ala Gly Val Leu Tyr Ala Pro Gly
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Lys Ala Ser Asn Ala Gly Gly Ser Ala Val Ser Gly Leu Glu Met Ser
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Gln Asn Ala Ile Arg Leu Ala Trp Thr Arg Asp Glu Val Asp Gln Arg
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Ala Thr Gln Asn Glu Leu Glu Ile Asp Asp Ala Arg Thr Leu Ile Ala
325 330 335
Asn Gly Val Lys Cys Val Ala Glu Gly Ala Asn Met Pro Ser Thr Leu
340 345 350
Glu Ala Ala Lys Thr Phe Ile Glu Ala Gly Val Leu Tyr Ala Pro Gly
355 360 365
Lys Ala Ser Asn Ala Gly Gly Ala Ala Val Ser Gly Leu Glu Met Ser
370 375 380
Gln Asn Ala Ile Arg Leu Ala Trp Thr Arg Asp Glu Val Asp Gln Arg
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Leu His Ala Ile Met Arg Asp Ile His Glu Ser Cys Val Arg His Gly
405 410 415
Gln Gly Arg Gly Asn Thr Val Asn Tyr Leu Asp Gly Ala Asn Ile Ala
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Gly Phe Val Lys Val Ala Asp Ala Met Arg Gln Gln Gly Leu Tyr
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> BopGluDH-A165G-V376A
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Met Lys Leu Gln Ser Leu Asp Asp Phe Leu Arg Gln Val Ala Ala Arg
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Asp Pro Gln Gln Pro Glu Phe Met Gln Ala Val His Glu Val Met Ser
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Ser Leu Trp Pro Phe Leu Gln Gln His Pro His Tyr Ala Glu Tyr Ala
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Leu Leu Glu Arg Leu Val Glu Pro Glu Arg Val Ile Gln Phe Arg Val
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Thr Asp Val Pro Gly Gly Asp Met Gly Val Gly Ala Arg Glu Val Gly
165 170 175
Phe Met Ala Gly Met Met Lys Lys Leu Ser Asn Ser Ala Ala Ser Val
180 185 190
Phe Thr Gly Lys Gly Leu Thr Phe Gly Gly Ser Leu Ile Arg Pro Glu
195 200 205
Ala Thr Gly Tyr Gly Thr Val Tyr Phe Ala Glu Glu Met Leu Lys Arg
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225 230 235 240
Asn Val Ala Gln Tyr Ala Ile Glu Lys Ala Met Thr Leu Gly Ala Arg
245 250 255
Val Val Thr Val Ser Asp Ser Asp Gly Thr Val Ile Asp Glu Ala Gly
260 265 270
Phe Thr His Glu Lys Leu Ala Ala Leu Met His Leu Lys Asn Asp Leu
275 280 285
Arg Gly Arg Leu Ala Glu Tyr Ala Gly Gln Phe Lys Leu Thr Tyr Ala
290 295 300
Ala Gly Lys Arg Pro Trp His Val Pro Val Asp Val Ala Leu Pro Cys
305 310 315 320
Ala Thr Gln Asn Glu Leu Glu Ile Asp Asp Ala Arg Thr Leu Ile Ala
325 330 335
Asn Gly Val Lys Cys Val Ala Glu Gly Ala Asn Met Pro Ser Thr Leu
340 345 350
Glu Ala Ala Lys Thr Phe Ile Glu Ala Gly Val Leu Tyr Ala Pro Gly
355 360 365
Lys Ala Ser Asn Ala Gly Gly Gln Ala Val Ser Gly Leu Glu Met Ser
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Gln Asn Ala Ile Arg Leu Ala Trp Thr Arg Asp Glu Val Asp Gln Arg
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Leu His Ala Ile Met Arg Asp Ile His Glu Ser Cys Val Arg His Gly
405 410 415
Gln Gly Arg Gly Asn Thr Val Asn Tyr Leu Asp Gly Ala Asn Ile Ala
420 425 430
Gly Phe Val Lys Val Ala Asp Ala Met Arg Gln Gln Gly Leu Tyr
435 440 445
<210> 12
<211> 1341
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> BopGluDH-A165G-V376Q
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accgacgttc cgggtggtga catgggtgtt ggtgctcgtg aagttggttt catggctggt 540
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atgctgaaac gtgaaggtct gtctttcgac ggtctgcgtg tttctgtttc tggttctggt 720
aacgttgctc agtacgctat cgaaaaagct atgaccctgg gtgctcgtgt tgttaccgtt 780
tctgactctg acggtaccgt tatcgacgaa gctggtttca cccacgaaaa actggctgct 840
ctgatgcacc tgaaaaacga cctgcgtggt cgtctggctg aatacgctgg tcagttcaaa 900
ctgacctacg ctgctggtaa acgtccgtgg cacgttccgg ttgacgttgc tctgccgtgc 960
gctacccaga acgaactgga aatcgacgac gctcgtaccc tgatcgctaa cggtgttaaa 1020
tgcgttgctg aaggtgctaa catgccgtct accctggaag ctgctaaaac cttcatcgaa 1080
gctggtgttc tgtacgctcc gggtaaagct tctaacgctg gtggtcaggc tgtttctggt 1140
ctggaaatgt ctcagaacgc tatccgtctg gcttggaccc gtgacgaagt tgaccagcgt 1200
ctgcacgcta tcatgcgtga catccacgaa tcttgcgttc gtcacggtca gggtcgtggt 1260
aacaccgtta actacctgga cggtgctaac atcgctggtt tcgttaaagt tgctgacgct 1320
atgcgtcagc agggtctgta c 1341
<210> 13
<211> 447
<212> PRT
<213> Corynebacterium glutamicum
<400> 13
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115 120 125
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Tyr Arg Asp Val Pro Ala Gly Asp Ile Gly Val Gly Gly Arg Glu Ile
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Gly Phe Leu Phe Gly His Tyr Arg Arg Leu Ala Asn Gln His Glu Ser
180 185 190
Gly Val Leu Thr Gly Lys Gly Leu Thr Trp Gly Gly Ser Leu Val Arg
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Lys Ala Lys Gly Glu Ser Ile Glu Gly Gln Lys Val Ile Val Ser Gly
225 230 235 240
Ser Gly Asn Val Ala Thr Tyr Ala Ile Glu Lys Ala Gln Glu Leu Gly
245 250 255
Ala Thr Val Ile Ala Phe Ser Asp Ser Ser Gly Trp Val His Thr Pro
260 265 270
Asn Gly Val Asp Val Ala Lys Leu Arg Glu Ile Lys Glu Glu Arg Arg
275 280 285
Ala Arg Val Ser Val Tyr Ala Glu Glu Val Glu Gly Ala Thr Tyr His
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<213> Rhodococcus triatomae
<400> 14
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1 5 10 15
Arg Ala Arg Asn Ala Gly Glu Pro Glu Phe His Gln Ala Ala Ala Glu
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Gly Lys Gly Gly Ser Asp Phe Asp Pro Lys Gly Arg Thr Asp Ala Glu
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Val Met Arg Phe Cys Gln Ser Phe Met Thr Glu Leu His Arg His Leu
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Gly Glu Tyr Thr Asp Val Pro Ala Gly Asp Ile Gly Val Gly Gly Arg
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180 185 190
Glu Ser Gly Val Leu Thr Gly Lys Gly Leu Thr Trp Gly Gly Ser Gln
195 200 205
Val Arg Arg Glu Ala Thr Gly Tyr Gly Val Ala Tyr Phe Val Ala Glu
210 215 220
Met Ala Lys Ala Val Gly Arg Asp Leu Asp Gly Thr Thr Ala Val Val
225 230 235 240
Ser Gly Ser Gly Asn Val Ala Ile Tyr Ala Ile Glu Lys Ile Ala Gln
245 250 255
Leu Gly Gly Thr Val Val Ala Cys Ser Asp Ser Ala Gly Tyr Ile Val
260 265 270
Asp Glu Lys Gly Ile Asp Leu Asp Leu Val Lys Glu Ile Lys Glu Gln
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Pro Cys Ala Thr Gln Asn Glu Leu Asp Glu Asp Ala Ala Arg Ala Leu
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Met Gln Gln Asn Ala Ser Arg Asp Ser Trp Ser Phe Glu Tyr Thr Asp
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Glu Arg Leu Ala Gly Ile Met Ala Gly Ile His Glu Arg Thr Val Ala
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Ile Ala Gly Phe Val Lys Val Ala Asp Ala Met Asn Ala Leu Gly Val
435 440 445
Ile