CN110819721B - 一种鉴定高产伊犁鹅的分子标记及其应用 - Google Patents
一种鉴定高产伊犁鹅的分子标记及其应用 Download PDFInfo
- Publication number
- CN110819721B CN110819721B CN201910984776.4A CN201910984776A CN110819721B CN 110819721 B CN110819721 B CN 110819721B CN 201910984776 A CN201910984776 A CN 201910984776A CN 110819721 B CN110819721 B CN 110819721B
- Authority
- CN
- China
- Prior art keywords
- yield
- ili
- geese
- goose
- yili
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Active
Links
Images
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6888—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/124—Animal traits, i.e. production traits, including athletic performance or the like
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/158—Expression markers
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Immunology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
本发明公开了一种与鉴定高产伊犁鹅相关的新的分子标记物LOC106040733,本发明通过高通量转录组测序技术,比较分析高、低产蛋量新疆伊犁鹅性腺轴组织的基因表达差异,从而获得一种与新疆伊犁鹅产蛋量调控相关的候选基因LOC106040733,并进一步证实LOC106040733在高产伊犁鹅中表达下调,可作为有效的分子标记在制备诊断高产伊犁鹅产品中应用。同时本发明还公开了该分子标记物在制备诊断高产伊犁鹅的试剂盒中的用途,对于高产伊犁鹅的鉴别率高达96.6%。利用该分子标记物可以对加快伊犁鹅育的育种进程,保护伊犁鹅的优良品种资源开发及可持续利用,对于加快新疆伊犁鹅产业发展具有重要意义和实际应用价值。
Description
技术领域
本发明涉及伊犁鹅分子遗传育种领域,具体涉及一种鉴定高产伊犁鹅的分子标记及其应用。
背景技术
新疆伊犁鹅是新疆优良、珍稀的地方禽种,是我国唯一由灰雁驯化而来的中小型家鹅品种,具有擅飞翔、耐粗饲、抗病力强、抗寒耐热及肉质优良等特点,被农业部列入国家级畜禽品种资源保护名录。但新疆伊犁鹅的产蛋量较低,成年新疆伊犁母鹅平均年产蛋量仅为8~12枚,同时其就巢性很强,远不能满足伊犁鹅规模化生产及市场的需求。
因此,伊犁鹅产蛋性能的改善和提高不仅是遗传育种工作的重点,也是伊犁鹅产业化发展亟待解决的问题。目前,有关伊犁鹅产蛋性能分子机理的研究尚未见报道,发现并调控伊犁鹅产蛋性能的机理有待探究。提高伊犁鹅产业化的养殖规模及经济效益,满足广大消费者对伊犁鹅产品急剧增长的需求,是在现代高新技术背景下伊犁鹅产业发展紧迫而又关键的重要任务。
目前,国内进行的有关提高鹅产蛋量的研究主要集中在皖西白鹅、马岗鹅等起源于鸿雁的鹅种,而唯一起源于灰雁的伊犁鹅相关产蛋性能的分子机制研究未见报道。伊犁鹅在产蛋性能研究上通常采用常规选育和杂交,或采用生殖激素内分泌调控等方法来提高伊犁鹅的产蛋量,在不同组织转录组水平发掘差异表达基因等分子方面提高伊犁鹅产蛋性能的研究极其缺乏,至今也尚未筛选出伊犁鹅高产蛋的分子标记,一大批调控伊犁鹅产蛋的重要基因资源仍未得到有效的挖掘、鉴定与利用。目前迫切需要利用分子生物学技术和手段开展伊犁鹅产蛋性能分子遗传学方面的研究,缩短选育鉴定的过程,提高选育鉴定的准确性和工作效率。研究成果不仅可以完善我国家禽优良品种资源信息,还可以推动伊犁鹅产业的发展,在改善产蛋性能的同时,也提高经济效益。由此可见,在当前利用高新生物技术手段改良伊犁鹅品种并提高其生产性能的发展模式中,研究调控产蛋性能的分子机制的任务迫在眉睫。
转录组学(Transcriptomics)是功能基因组学研究的重要组成部分,转录组测序(RNA-seq)技术能够在单核苷酸水平对特定物种的整体转录活动进行检测,从而全面、快速地获得该物种在某一状态下的所有转录本信息。RNA-seq技术已广泛应用于检测新的转录本、差异基因筛选、转录本结构变异,如可变剪接、基因融合等相关研究。禽类的生殖内分泌系统和生殖活动主要受下丘脑-垂体-性腺轴(HPG)的严格调控。在此基础上,越来越多的学者开始利用转录组学对鹅的繁殖性能展开研究。Liμ等在天府肉鹅产蛋期和就巢期的下丘脑、垂体、卵巢以及卵泡中分别筛选了19、110、289和211个差异表达的基因,发现催产素-神经生长因子(OXT),脊索生成素样蛋白1(CHRDL1)和生长激素(GH)等基因在垂体中差异表达,推测其可能是与鹅繁殖性能相关的新候选基因。Gao等在产蛋前期和产蛋期四川白鹅下丘脑中分别发现了48个上调基因和180个上调基因,这些基因包括丝氨酸/苏氨酸-蛋白激酶(AMPK)、热休克蛋白70(HSP70)和NADH脱氢酶1(ND1)。Ding等对产蛋前期和产蛋期四川白鹅卵巢组织进行转录组研究,发现其中5个差异表达基因可能在四川白鹅高繁殖力表现中发挥作用。
目前,有关调控新疆伊犁鹅产蛋量的分子机理研究尚未见报道,为提高新疆伊犁鹅的产蛋性能,亟待对其调控机制进行研究。传统的分子标记的筛选依赖于候选基因法,其是在了解目标性状或与之相似性状的生理生化调控途径的基础上,选择其中一些关键基因作为候选基因。传统的候选基因法的缺点是人们对候选基因的种类知之甚微,这使该法的应用受到一定限制。本发明通过高通量转录组测序技术,比较分析高、低产蛋量新疆伊犁鹅性腺轴组织的基因表达差异,从而获得一种与新疆伊犁鹅产蛋量调控密切相关的候选基因,使用该分子标记能够准确的筛选出高产蛋量的伊犁鹅。
在伊犁鹅育种中,基于高通量转录组测序和分子标记辅助选择的强大技术平台,使得育种者可以用之前难以想象的速度深入挖掘重要基因,并完成分子育种和分子设计,为进一步阐明新疆伊犁鹅产蛋量的分子机制奠定理论基础,同时为新疆伊犁鹅遗传育种改良提供理论素材,大大加快了伊犁鹅育的育种进程。
发明内容
针对现有技术中存在的不足问题,本发明的目的在于提供一种鉴定高产伊犁鹅的分子标记及其在用于检测高产伊犁鹅的诊断试剂盒中的应用,本发明通过高通量转录组测序技术,比较分析高、低产蛋量新疆伊犁鹅性腺轴组织的基因表达差异,从而获得一种与新疆伊犁鹅产蛋量调控相关的候选基因,使用该分子标记能够准确的筛选出高产蛋量的伊犁鹅,可作为有效的分子标记。
本发明通过以下技术方案实现的:
首先,本发明提供一种鉴定高产伊犁鹅的分子标记物,所述分子标记物为LOC106040733。
优选的,所述LOC106040733在高产伊犁鹅中表达下调。
进一步地,本发明提供了所述LOC106040733在制备检测高产伊犁鹅产品中的应用。
优选的,所述产品包括基因芯片、试剂盒或制剂,基因芯片、试剂盒或制剂采用本领域常规技术人员所公知的技术手段进行制备。
进一步地,本发明还提供了一种用于鉴定高产伊犁鹅的诊断试剂盒,所述诊断试剂盒含有与高产伊犁鹅相关的分子标记物LOC106040733。
优选的,所述试剂盒包括:特异性扩增高产伊犁鹅相关LOC106040733的引物。
优选的,所述引物包括如下核苷酸序列:
特异性扩增LOC106040733引物:
上游引物SEQID NO.1:5′AAGGAAGTAAAATGGCTCGT3′;
下游引物SEQID NO.2:5′GTTCCCATCTGAATCCACGTA3′;
优选的,所述试剂盒还包括以下组分:
(1)样本中总RNA提取试剂;
(2)反转录试剂;
(3)定量PCR试剂;
(4)低产伊犁鹅对照样本cDNA。
优选的,所述RNA提取试剂包括Trizol、氯仿、异丙醇和75%乙醇等;逆转录试剂包括逆转录缓冲液、逆转录酶、以及Oligo dT和引物等;所述定量PCR试剂包括PCR缓冲液、SYBRGreen荧光染料、dNTPs组成的SYBR Green聚合酶链式反应体系,引物和RNaseFreeH2O;所述低产伊犁鹅对照样本cDNA:作为阴性对照与检测样本cDNA共同定量PCR检测,每个反应体系使用与检测样本cDNA相同量。
优选的,所述样本包括血液或组织样本。
本发明提供一种鉴定高产伊犁鹅的分子标记及其应用。通过实施本发明具体的发明内容,可以达到以下有益效果:
本发明公开了一种与鉴定高产伊犁鹅相关的新的分子标记物LOC106040733,本发明通过高通量转录组测序技术,比较分析高、低产蛋量新疆伊犁鹅性腺轴组织的基因表达差异,从而获得一种与新疆伊犁鹅产蛋量调控相关的候选基因LOC106040733,并进一步证实LOC106040733在高产伊犁鹅中表达下调,可作为有效的分子标记在制备诊断高产伊犁鹅产品中应用。同时本发明还公开了该分子标记物在制备诊断高产伊犁鹅的试剂盒中的用途,对于高产伊犁鹅的鉴别率高达96.6%。利用该分子标记物可以对高产伊犁鹅早期进行诊断,快速有效,对加快伊犁鹅育的育种进程、保护伊犁鹅的优良品种资源开发及可持续利用、加快新疆伊犁鹅产业发展具有重要意义和实际应用价值。
附图说明
图1显示为RNA琼脂糖凝胶电泳检测图。
图2显示为下丘脑组织基因表达量火山图。
图3显示为垂体组织基因表达量火山图。
图4显示为卵巢组织基因表达量火山图。
图5显示为下丘脑组织差异基因GO富集柱状图。
图6显示为垂体组织差异基因GO富集柱状图。
图7显示为卵巢组织差异基因GO富集柱状图。
图8显示为下丘脑组织差异基因KEGG Pathway富集分析图。
图9显示为垂体组织差异基因KEGG Pathway富集分析图。
图10显示为卵巢组织差异基因KEGG Pathway富集分析图。
图11显示为qRT—PCR溶解曲线图。
图12显示为qRT—PCR扩增曲线图。
具体实施方式
下面,举实施例说明本发明,但是,本发明并不限于下述的实施例。
本发明中材料有:PBS、RNA保存液、Trizol、无水乙醇、异丙醇、氯仿、1×TAE电泳缓冲液、琼脂糖粉、EB染料、SYBR GEEN试剂(TaKaRa)、超纯水。
本发明中所使用的仪器有NaNO DropND-1000紫外分光光度仪(NanoDrop)、Biosens SC720凝胶图像成像仪(上海山富科学仪器有限公司)、实时荧光荧光定量PCR扩增仪(BIO-RAD)、YXQ-LS-50G立式压力蒸气灭菌器(上海博迅实业有限公司)、微型漩涡混合仪(上海泸西分析仪器厂)、AF-10型自动制冰机(Scotsman)、微量移液器(Eppdorff)、超净实验工作台(上海博迅实业有限公司)、–20℃冰箱(海尔集团公司)、4℃高速离心机(Eppdorff)、超低温冰箱(海尔集团公司)电磁炉(格兰仕)、高压锅(美的)、恒温烘干箱(北京光明仪器厂)、电子恒温三用水箱(北京市永光明医疗仪器厂)、llμmina HiSeq2500高通量测序平。所述试剂、材料均可通过公共渠道购买,工艺中所采用的设备和仪器均为本领域常见的设备。
本发明中选用的所有材料、试剂和仪器都为本领域熟知的,但不限制本发明的实施,其他本领域熟知的一些试剂和设备都可适用于本发明以下实施方式的实施。
以下实施例进一步说明本发明的内容,但不应理解为对本发明的限制。在不背离本发明精神和实质的情况下,对本发明方法、步骤或条件所作的修改或替换,均属于本发明的范围。
实施例一:鉴定高产伊犁鹅相关的分子标记物
本发明提供一种鉴定高产伊犁鹅的分子标记物,所述分子标记物为LOC106040733。
优选的,所述LOC106040733在高产伊犁鹅中表达下调。
进一步地,本发明提供了所述LOC106040733在制备检测高产伊犁鹅产品中的应用。
优选的,所述产品包括基因芯片、试剂盒或制剂,基因芯片、试剂盒或制剂采用本领域常规技术人员所公知的技术手段进行制备。
实施例二:鉴定高产伊犁鹅相关的分子标记物及其应用
进一步地,本发明还提供了一种用于鉴定高产伊犁鹅的诊断试剂盒,所述诊断试剂盒含有与高产伊犁鹅相关的分子标记物LOC106040733。
优选的,所述试剂盒包括:特异性扩增高产伊犁鹅相关LOC106040733的引物。
优选的,所述引物包括如下核苷酸序列:
特异性扩增LOC106040733引物:
上游引物SEQID NO.1:AAGGAAGTAAAATGGCTCGT;
下游引物SEQID NO.2:GTTCCCATCTGAATCCACGTA;
优选的,所述试剂盒还包括以下组分:
(1)样本中总RNA提取试剂;
(2)反转录试剂;
(3)定量PCR试剂;
(4)低产伊犁鹅对照样本cDNA。
实施例三:鉴定高产伊犁鹅相关的分子标记物的筛选
根据系谱资料的连续产蛋量记录,以及本次记录的全期产蛋量,在体重相近、饲养条件相同的3岁龄新疆伊犁鹅母鹅中,筛选产蛋量具有极显著差异的高、低产伊犁鹅母鹅各4只。高产伊犁鹅母鹅的产蛋量分别为:14、16、18、19个(样品编号分别为X21-24,C21-24,L21-24),低产伊犁鹅母鹅的产蛋量分别为:5、6、7、5个(样品编号分别为X01-04,C01-04,L01-04)。屠宰后快速采集新疆伊犁鹅下丘脑、垂体、卵巢组织,用PBS冲洗1-2遍之后,立即分装放入含有RNA保存液的冻存管中,做好标记,4℃静置过夜,随后再放到-80℃保存,用于组织样总RNA的提取。所用试验动物由新疆额敏县恒鑫实业有限公司提供。
(1)组织样总RNA提取
采用Trizol法分别提取8个样品的卵巢组织RNA,并用四种方法对其质量进行检测以保证使用合格的样品进行转录组测序:(a)琼脂糖凝胶电泳分析RNA降解程度以及是否有污染;(b)Nanodrop检测RNA的纯度(OD260/280比值);(c)Qμbit对RNA浓度进行精确定量;(d)Agilent 2100精确检测RNA的完整性。检测结果如表1RNA质量检测及附图1所示:
表1:RNA质量检测
采用Nanodrop、Qμbit2.0、Agilent 2100方法检测8个样品的RNA纯度、浓度和完整性。由表1并结合附图1可知,本试验所用的样品RNA质量较好,纯度和完整性均满足转录组建库测序要求,可用于下一步试验。
(2)cDNA文库的构建及illμmina测序
样品检测合格后进行cDNA文库构建,文库构建完成后,先使用Qμbit2.0进行初步定量,稀释文库至1ng/μL,随后使用Agilent 2100对文库的插入片段长度(insert size)进行检测,insert size符合预期后,使用Q-PCR方法对文库的有效浓度进行准确定量(文库有效浓度>2nM),以保证文库质量。
库检合格后,把不同文库按照有效浓度及目标下机数据量的需求pooling后进行llμmina HiSeq2500高通量测序平台测序,测序读长为双末端测序150bp。8个样品测序产出数据质量评估情况见表2。
表2:测序数据质量检测
注:(1)Cleanbases:Cleanreads的个数乘以长度,并转化为以G为单位。(2)Errorrate:测序错误率。(3)Q20、Q30:分别计算Phred数值大于20、30的碱基占总体碱基的百分比。(4)GC content:计算碱基G和C的数量总和占总的碱基数量的百分比。
由表可知,通过测序高、低产新疆伊犁鹅分别获得了579563136个reads和596933010个reads。总碱基数为176.47G,每个样品均获得了5.98G以上的碱基,Q20在95.10%以上,Q30在88.57%以上,GC含量在48.28%-50.57%之间,说明转录组测序得到的结果质量较高,满足后续结果分析的需求。
(3)测序数据分析
高通量测序(llμmina HiSeq2500)得到的原始图像数据文件经CASAVA碱基识别(Base Calling)分析转化为原始测序序列(Seqμenced Reads),我们称之为Raw Reads。测序得到的原始测序序列,为了保证信息分析质量,必须对raw reads进行过滤,去除含有带接头的、低质量的reads,得到高质量的过滤后测序数据(clean reads),后续分析都基于clean reads。使用序列高效比对软件HISAT2.0.4对各样品测序数据与红原鸡参考基因组(GRCg6a-galGal6-Genome-Assembly-NCBIhttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/assembly/GCF_000002315.6)进行序列比对,从而获取clean reads在参考基因组上的位置及测序样品特有的序列信息。
8个样品测序数据与参考基因组比对结果见表3,从结果统计来看,8个样品的Reads与参考基因组的比对效率在72.51%-77.98%之间,其中71.08%-77.22%的数据比对至参考基因组唯一位置。表明各样品的Reads与参考基因组的比对效率较高,所选参考基因组合适,数据利用率正常。
表3:Reads与参考基因组比对情况
注:部分Reads与参考基因组比对情况
(4)差异表达基因的筛选
采用HTSeq软件对各样品进行基因表达水平分析,使用的模型为μnion,计算FPKM值。对不同样品的基因表达量使用DESeq软件首先对readcount进行标准化,然后根据模型进行假设检验概率(pvalue)的计算,最后进行多重假设检验(FDR)校正,校正后取padj<0.05的基因作为差异表达基因。对差异表达的基因采用GOseq软件进行GO富集分析,使用KOBAS(2.0)进行Pathway富集分析。
A.差异表达结果
本研究中将高、低产新疆伊犁鹅测序数据进行比较,下丘脑组织中共筛选到135个差异表达基因,其中上调基因79个,下调基因56个;垂体组织中共筛选到56个差异表达基因,其中上调基因25个,下调基因31个;卵巢组织中共筛选到331个差异表达基因,其中上调基因312个,下调基因19个。如附图2、附图3、附图4所示。
B.GO富集分析结果
对差异表达的基因GO富集分析结果如附图5、附图6、附图7所示。在筛选出的所有差异表达基因富集的GO term中,本试验在下丘脑组织中筛选到了类固醇生物合成过程、类固醇激素介导的信号通路、繁殖、发育过程、G蛋白偶联受体信号通路等term;在垂体组织中筛选到了发育、G蛋白偶联受体信号通路、钙离子结合等term;在卵巢组织中筛选到了发育过程、繁殖及繁殖过程等term。以上term上的差异表达基因可能参与新疆伊犁鹅繁殖性状的调控,在以上GO term中共筛选出19个差异表达基因,其中上调基因14个,下调基因5个,可将其作为新疆伊犁鹅产蛋量相关联的候选基因。
C.KEGG Pathway富集分析结果
Pathway显著性富集分析以KEGG数据库中Pathway为单位,应用超几何检验,找出与整个基因组背景相比,在差异表达基因中显著性富集的Pathway。对差异表达的基因KEGGPathway富集分析结果如附图8、附图9、附图10所示。下丘脑、垂体以及卵巢组织差异基因均富集到了间隙连接、黏着斑、ECM-受体相互作用信号通路,垂体和卵巢组织差异基因均富集到了Ca信号通路,说明这几个通路在调控新疆伊犁鹅产蛋量方面发挥着重要作用,在以上KEGG通路中,共筛选出11个差异表达基因,可将其作为新疆伊犁鹅产蛋量相关联的候选基因。
结合差异表达结果、GO富集分析结果、KEGG Pathway富集分析结果,筛选出LOC106040733作为鉴定高产伊犁鹅的有效分子标记。
实施例四:鉴定高产伊犁鹅相关的分子标记物qRT-PCR验证
选取实施例三中获取的质检合格的高产伊犁鹅及低产伊犁鹅下丘脑RNA样本及使用Trizol法提取的高产伊犁鹅及低产伊犁鹅血液样本中的RNA样本,对筛选出的鉴定高产伊犁鹅相关的分子标记物LOC106040733进行qRT-PCR验证。选用SEQ ID NO.1及SEQ IDNO.2所示引物按照表4的反应体系及表5的反应程序进行qRT-PCR反应,内参基因选择β-actin。同时用灭菌双蒸水取代模板DNA,作为阴性对照。
表4:qRT-PCR反应体系
试剂 | 加入体积 |
上游引物10nmol L/L | 1μL |
下游引物10nmol L/L | 1μL |
模板RNA | 2μL |
2×master mix | L0pL |
dd H<sub>2</sub>O | 6μL |
总体积 | 20μL |
表5:qRT-PCR反应程序
定量表达结果依据CP数值,根据2-ΔΔCt法,计算其相对表达量。扩增过程中的溶解曲线及扩增曲线如附图11及附图12所示。荧光定量PCR验证分析发现,高产伊犁鹅与低产伊犁鹅的mRNA表达水平比较,高产伊犁鹅LOC106040733的表达水平显著下调,结果见表6。
表6:高产伊犁鹅及低产伊犁鹅LOC106040733表达水平比较
注:**表示差异极显著(P<0.01);*表示差异显著(P<0.05)
通过qRT-PCR实验结果,结合不同样本RNA样品LOC106040733表达水平检测发现,LOC106040733的表达水平在高产伊犁鹅试验组显著下调,可见LOC106040733可以作为有效的鉴定高产伊犁鹅的分子标记潜力巨大。
实施例五:鉴定高产伊犁鹅相关分子标记物有效性验证
选取本发明实施例四中的RNA样品,采用FSHR基因的引物:F:5′TGGCTTGCTCACCTAAACC3′;R:5′CGAGATTGCACATTAGAAAACGA3′进行扩增。反应体系(20μL)为:模板总RNA 2μL,上游引物(10μmoL/L)1μL,下游引物(10μmoL/L)1μL,2×mastermi x 10μL,ddH 2O 6μL。反应程序为:95℃15min;95℃10s,58℃20s,72℃20s,40个循环选择血液样品进行qRT-PCR验证,结果如表7所示:
表7:高产伊犁鹅及低产伊犁鹅FSHR表达水平比较
样品 | 2-<sup>ΔΔCt</sup>(ΔCt±SD) |
高产伊犁鹅血液样 | 1.138±0.164 |
低产伊犁鹅血液样 | 0.447±0.105 |
注:**表示差异极显著(P<0.01);*表示差异显著(P<0.05)
通过qRT-PCR实验结果,结合不同组样本RNA样品FSHR表达水平检测发现,FSHR的表达水平在高产伊犁鹅试验组与低产伊犁鹅试验组中上调但差异不显著,可见相比较已报到的FSHR基因并不适用于鉴定高产伊犁鹅的分子标记,相比较而言LOC106040733可以作为有效的鉴定高产伊犁鹅的分子标记。
实施例六:鉴定高产伊犁鹅相关分子标记物有效性验证
基于本发明实施例一至实施例四中所提供的分子标记物及其相对应的检测试剂盒,在试验伊犁鹅群中随机选取60只,采用本发明中提供的方案进行检测,通过表达量结果分析判定年产蛋量14个以上的高产伊犁鹅个数29只。与已有的生产资料进行比对,其中28只判定结果完全一致,判定准确率高达96.6%。
综上所述,本发明提供的用于鉴定高产伊犁鹅相关分子标记物、试剂盒具有高度准确性、特异性,判定准确率高达96.6%,有较高的使用价值;此外,本发明提供的用于鉴定高产伊犁鹅相关分子标记物、试剂盒对高产伊犁鹅的有效检测和高产伊犁鹅的育种具有有重要意义,对加快伊犁鹅育的育种进程、保护伊犁鹅的优良品种资源开发及可持续利用奠定分子理论基础、加快新疆伊犁鹅产业发展具有重要意义和实际应用价值。
如上所述,即可较好地实现本发明,上述的实施例仅仅是对本发明的优选实施方式进行描述,并非对本发明的范围进行限定,在不脱离本发明设计精神的前提下,本领域普通技术人员对本发明的技术方案做出的各种改变和改进,均应落入本发明确定的保护范围内。
序列表
<110> 新疆农业大学
<120> 一种鉴定高产伊犁鹅的分子标记及其应用
<160> 2
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 20
<212> DNA
<213> 伊犁鹅(Yiligoose)
<400> 1
aaggaagtaa aatggctcgt 20
<210> 2
<211> 21
<212> DNA
<213> 伊犁鹅(Yiligoose)
<400> 2
gttcccatct gaatccacgt a 21
Claims (5)
1.一种鉴定高产蛋伊犁鹅的分子标记物LOC106040733在制备检测高产蛋伊犁鹅产品中的应用。
2.如权利要求1所述的LOC106040733在制备检测高产蛋伊犁鹅产品中的应用,其特征在于,所述检测高产蛋伊犁鹅产品包括基因芯片、试剂盒。
3.如权利要求1所述的LOC106040733在制备检测高产蛋伊犁鹅产品中的应用,其特征在于,所述检测高产蛋伊犁鹅产品包括制剂。
4.一种用于鉴定高产蛋伊犁鹅的试剂盒,其特征在于,所述试剂盒包括LOC106040733基因mRNA的qRT-PCR引物,如SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2所示;试剂盒还包括以下组分:
(1)样本中总RNA提取试剂;
(2)逆转录试剂;
(3)定量PCR试剂;
(4)低产蛋伊犁鹅对照样本cDNA。
5.如权利要求4所述的一种用于鉴定高产蛋伊犁鹅的试剂盒,其特征在于,所述的RNA提取试剂包括Trizol、氯仿、异丙醇和75%乙醇;逆转录试剂包括逆转录缓冲液、逆转录酶、以及Oligo dT和引物;所述定量PCR试剂包括PCR缓冲液、SYBRGreen荧光染料、dNTPs组成的SYBR Green聚合酶链式反应体系,SEQ ID NO.1-2 和RNase Free H2O;所述低产蛋伊犁鹅对照样本cDNA:作为阴性对照与检测样本cDNA共同定量PCR检测,每个反应体系使用与检测样本cDNA相同量。
Priority Applications (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
CN201910984776.4A CN110819721B (zh) | 2019-10-16 | 2019-10-16 | 一种鉴定高产伊犁鹅的分子标记及其应用 |
Applications Claiming Priority (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
CN201910984776.4A CN110819721B (zh) | 2019-10-16 | 2019-10-16 | 一种鉴定高产伊犁鹅的分子标记及其应用 |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
CN110819721A CN110819721A (zh) | 2020-02-21 |
CN110819721B true CN110819721B (zh) | 2022-10-11 |
Family
ID=69549413
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
CN201910984776.4A Active CN110819721B (zh) | 2019-10-16 | 2019-10-16 | 一种鉴定高产伊犁鹅的分子标记及其应用 |
Country Status (1)
Country | Link |
---|---|
CN (1) | CN110819721B (zh) |
Citations (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN101953321A (zh) * | 2010-09-10 | 2011-01-26 | 广东海洋大学 | 一种隐性白羽鹅高产新品系的培育方法及其配套应用 |
CN110283915A (zh) * | 2019-07-02 | 2019-09-27 | 华南农业大学 | 一种筛选高产蛋狮头鹅的方法及其应用 |
Family Cites Families (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN103276085A (zh) * | 2013-05-31 | 2013-09-04 | 四川农业大学 | 一种利用issr标记鉴别四川白鹅的方法 |
CN204111736U (zh) * | 2014-09-12 | 2015-01-21 | 江苏省家禽科学研究所 | 一种用于鹅性别鉴定的试剂盒 |
-
2019
- 2019-10-16 CN CN201910984776.4A patent/CN110819721B/zh active Active
Patent Citations (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN101953321A (zh) * | 2010-09-10 | 2011-01-26 | 广东海洋大学 | 一种隐性白羽鹅高产新品系的培育方法及其配套应用 |
CN110283915A (zh) * | 2019-07-02 | 2019-09-27 | 华南农业大学 | 一种筛选高产蛋狮头鹅的方法及其应用 |
Non-Patent Citations (2)
Title |
---|
Controlling reproductive seasonality in the geese: a review;Z.D. Shi等;《World"s Poultry Science Journal》;20190923;第64卷;第343-355页 * |
不同杂交组合鹅的产蛋性能差异比较及GRB2和SOS基因表达规律研究;李书哲;《中国优秀硕士学位论文全文数据库农业科技辑》;20190215(第2期);D050-219 * |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
CN110819721A (zh) | 2020-02-21 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
CN109880890B (zh) | 一种山羊hiat1基因插入/缺失多态性的检测方法及其应用 | |
CN105506111B (zh) | 一种检测南阳牛mapk10基因cnv标记的方法及其应用 | |
CN109929935A (zh) | 一种基于rs80995809位点基因分型鉴定猪背膘厚的方法及其应用 | |
CN107254543B (zh) | 用于检测RhD mRNA剪接体的PCR引物组合、试剂盒及实时荧光定量检测方法 | |
CN108517368B (zh) | 利用上位性解析毛白杨LncRNA Pto-CRTG及其靶基因Pto-CAD5互作关系的方法及系统 | |
CN111485026A (zh) | 一种与绵羊出生重相关的snp位点、应用、分子标记和引物 | |
CN114196761A (zh) | 一种主选父系品种猪饲料报酬的液相芯片的制作方法 | |
KR101767644B1 (ko) | 차등 발현 유전자를 이용한 돼지의 산자수 예측용 조성물 및 예측방법 | |
CN109161609B (zh) | 小麦抗叶锈病基因Lr42的SNP分子标记、检测方法及应用 | |
CN110819721B (zh) | 一种鉴定高产伊犁鹅的分子标记及其应用 | |
CN113151501B (zh) | 一种黄牛wbp1l基因cnv标记辅助检测生长性状的方法及其应用 | |
CN113174441B (zh) | 一种鸭剩余采食量相关的lncRNA及其应用 | |
CN112280874B (zh) | 一种猪11号染色体上影响猪背膘厚的拷贝数变异分子标记及应用 | |
CN110305974B (zh) | 基于检测五个snp位点区分常见小鼠近交系的pcr分析引物及其分析方法 | |
CN107779517A (zh) | 一种影响杜洛克种猪瘦肉率性状的分子标记及其应用 | |
CN110964790B (zh) | 一种检测茶卡羊pigy基因cnv标记的方法及其应用 | |
CN110993024B (zh) | 建立胎儿浓度校正模型的方法及装置与胎儿浓度定量的方法及装置 | |
CN111763668B (zh) | 测序引物组及基于pcr的全基因组测序方法 | |
CN109680041A (zh) | 一种基于简化基因组测序的测序样品的处理方法 | |
CN106520961B (zh) | 玉米微卫星标记位点开发方法与微卫星标记位点内的微卫星标记的长度检测方法 | |
CN111394800A (zh) | 一种评估无参物种酵母双杂交文库质量的方法 | |
CN109207611A (zh) | 一种与绵羊发情性状相关的snp分子标记及其检测试剂盒和应用 | |
CN117265139B (zh) | 一种萨福克羊体重相关snp标记及其筛选方法与应用 | |
CN112458183B (zh) | 一种猪3号染色体上与猪日增重和上市体重日龄相关的拷贝数变异分子标记及应用 | |
CN108998545A (zh) | 半滑舌鳎外泌体piR-mmu-31018127应用 |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
PB01 | Publication | ||
PB01 | Publication | ||
SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
GR01 | Patent grant | ||
GR01 | Patent grant |