CN110452987A - 一组肺腺癌诊断标记及其应用 - Google Patents

一组肺腺癌诊断标记及其应用 Download PDF

Info

Publication number
CN110452987A
CN110452987A CN201910794279.8A CN201910794279A CN110452987A CN 110452987 A CN110452987 A CN 110452987A CN 201910794279 A CN201910794279 A CN 201910794279A CN 110452987 A CN110452987 A CN 110452987A
Authority
CN
China
Prior art keywords
gene
leu
ala
lung
adenocarcinoma
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Withdrawn
Application number
CN201910794279.8A
Other languages
English (en)
Inventor
宋宏涛
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Qingdao Yangshen Biomedical Co Ltd
Original Assignee
Beijing Medintell Bioinformatic Technology Co Ltd
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Beijing Medintell Bioinformatic Technology Co Ltd filed Critical Beijing Medintell Bioinformatic Technology Co Ltd
Priority to CN201910794279.8A priority Critical patent/CN110452987A/zh
Publication of CN110452987A publication Critical patent/CN110452987A/zh
Withdrawn legal-status Critical Current

Links

Classifications

    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6883Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
    • C12Q1/6886Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
    • GPHYSICS
    • G01MEASURING; TESTING
    • G01NINVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/53Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
    • G01N33/574Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for cancer
    • G01N33/57407Specifically defined cancers
    • G01N33/57423Specifically defined cancers of lung
    • GPHYSICS
    • G01MEASURING; TESTING
    • G01NINVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/68Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving proteins, peptides or amino acids
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/118Prognosis of disease development
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/156Polymorphic or mutational markers
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/158Expression markers

Landscapes

  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Urology & Nephrology (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Pathology (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Hematology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Cell Biology (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • General Physics & Mathematics (AREA)
  • Oncology (AREA)
  • Hospice & Palliative Care (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Food Science & Technology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Abstract

本发明公开了一组肺腺癌诊断标记及其应用,所述诊断标记包括IGF2BP3、SPINK1、TMEM63C、B3GNT6中的至少两种。本发明通过实验证实了IGF2BP3、SPINK1、TMEM63C、B3GNT6基因在肺腺癌患者和正常人中呈现显著的差异表达,且联合应用的AUC值高,提示可将IGF2BP3、SPINK1、TMEM63C、B3GNT6用作肺腺癌的联合诊断标记用于肺腺癌的诊断。

Description

一组肺腺癌诊断标记及其应用
技术领域
本发明属于疾病诊断领域,涉及一组肺腺癌诊断标记及应用,具体涉及IGF2BP3、SPINK1、TMEM63C、B3GNT6的组合在肺腺癌诊断中的应用。
背景技术
目前,环境污染逐渐严重,吸烟人群数量不断增加,致使我国肺癌的发病率在逐渐升高,死亡率亦在不断提高,对人民群众的健康构成了严重的威胁。肺癌是影响人们健康的首要杀手,发病率及死亡率均位于恶性肿瘤的第一位,并且还在逐年上升。在发展中国家中,女性肺癌的死亡率排名第二,仅次于乳腺癌。一旦被诊断为肺癌,对患者及家属都是巨大的打击,会带来较大的心理及经济压力,最终使广大人民的生活水平下降。早在二十一世纪初,世界卫生组织就不同病理类型的肺癌的患病率发表了一项研究,其中,肺腺癌(Lungadenocarcinoma,LUAD)以患病率31.5%居于首位;肺鳞癌次之,占比29.4%;小细胞肺癌、大细胞肺癌的发病率相对较低,分别占比为17.8%及9.2%。2012年,中国肺癌的发病率占所有新发恶性肿瘤的19.65%,死亡率占所有肿瘤的26.04%。2015年国内癌症数据统计结果表明,所有癌症死亡病例中,肺癌所占比例大于21%,死亡患者数量高达61万[Chen W,Zheng R,Baade PD,et al.Cancer statistics in China,2015[J].CA Cancer J Clin,2016,66(2):115-132]。在美国,肺癌也是因癌症死亡的主要原因,2018年,新诊断的支气管肺癌病例估计共有234,030例,其中男性121,680例,女性112,350例,因肺癌死亡的病例数约为154,050例(其中男性为83,550例,女性为70,500例)。在这些确诊为肺癌的患者中,5年或以上的生存率仅仅为18%[Howlader N,Noone AM,Krapcho M,et al.SEER CancerStatistics Review,1975-2014,based on November 2016SEER data submission,postedto the SEER web site,April 2017.Bethesda,MD:National Cancer Institute;2017]。
现阶段,早期肺癌所占比例仅仅为7%-15%,大多数患者在诊断时已经处于晚期阶段,失去了能够早期手术的迹象。因此,为肺腺癌患者寻找新的诊断靶点及判断预后的生物标志物至关重要。本申请旨在提供新的肺腺癌诊断性分子标志物组合,为临床诊断服务。
发明内容
本发明的目的在于提供一组肺腺癌诊断标记,将其应用到临床中,实现对肺腺癌有效、简易、可靠的诊断,提高患者的生存率和生存质量。
为了实现上述目的,本发明采用如下技术方案:
本发明提供了检测基因的试剂在制备诊断肺腺癌的产品中的应用,所述基因包括IGF2BP3、SPINK1、TMEM63C或B3GNT6中的至少两种。
优选的,所述基因包括IGF2BP3、SPINK1、TMEM63C和B3GNT6中的四种。
在本发明中,所述检测基因的试剂包括:通过RT-PCR、实时定量PCR、原位杂交、芯片、免疫检测或高通量测序平台检测所述基因的表达量以诊断肺腺癌的试剂。
如本领域技术人员所理解的,基因表达量可以通过测量所述基因的mRNA的水平或由所述基因编码的蛋白质的水平来进行定量。
就测量所述基因的mRNA水平来确定基因表达量而言,可通过本领域已知的任何手段来进行测量,诸如PCR、滚环扩增(RCA)、连接酶链反应(LCR)、原位杂交、链置换扩增(SDA)、基于核酸序列的扩增(NASBA)等之类的方法。所涉及的快速分子诊断学最优选的是定量PCR方法,包括实时定量PCR。当然也可通过本领域已知的任何方法进行检测,如微阵列、基因芯片或荧光。
PCR包括多个扩增步骤或循环,可选择性地扩增靶核酸种类。典型的PCR包括三个步骤:变性步骤,其中靶核酸变性;退火步骤,其中一组PCR引物(正向引物和反向引物)退火至互补DNA链;延伸步骤,其中热稳定性DNA聚合物延伸引物。通过重复该步骤多次,DNA片段被扩增而产生对应于靶DNA序列的扩增子。典型的PCR包括20个或更多个变性、退火和延伸循环。通常,退火后延伸步骤可同时进行,在这种情况下该循环仅含两个步骤。
就测量所述基因编码的蛋白质水平来确定基因表达量而言,本领域任何已知的方法都是合适的,只要其具有足够的特异性和灵敏度。例如,可通过使蛋白质与该蛋白质特异性的抗体或抗体片段结合,测得的与抗体结合的蛋白质的量即为蛋白质含量。也可用放射性荧光试剂或其他可检测试剂标记抗体,以方便检测。检测方法包括(但不限于)酶联免疫吸附测定法(ELISA)和免疫印迹技术。
“高通量测序平台”是指通过使测序方法平行化,一次产生几千个或几百万个序列的高通量测序技术。高通量测序包括大规模平行标签测序(Massively Pa rallelSignature Sequencing,MPSS)、Polony测序、454焦磷酸测序、Illumina(Solexa)测序、SOLiD测序、离子半导体测序、DNA纳米球测序、Helioscope(TM)单分子测序、单分子SMRT(TM)测序、单分子实时(RNAP)测序、纳米孔DNA测序等。
进一步,所述通过RT-PCR诊断肺腺癌的试剂包括特异性扩增所述基因的引物;所述通过实时定量PCR诊断肺腺癌的试剂包括特异性扩增所述基因的引物;所述通过原位杂交诊断肺腺癌的试剂包括与所述基因的核酸序列杂交的探针;所述通过芯片诊断肺腺癌的试剂包括基因芯片和蛋白芯片,其中基因芯片包括与所述基因的核酸序列杂交的探针,蛋白芯片包括与所述基因编码的蛋白特异性结合的抗体;所述通过免疫检测诊断肺腺癌的试剂包括特异性结合所述基因编码的蛋白的抗体。
在本发明的具体实施方案中,通过实时定量PCR诊断肺腺癌的特异性扩增IGF2BP3、SPINK1、TMEM63C或B3GNT6基因的引物序列如SEQ ID NO.9-16所示。
术语“引物”是指其3’端能与互补核酸分子杂交且可由核酸聚合酶延伸游离3’羟基末端的核酸分子。在适宜的条件下,使用适宜的试剂,这类引物允许扩增具有两侧为该引物的核苷酸序列的核酸分子。对于原位方法,可制备细胞或组织样品并固定于支持物如玻璃载玻片上,然后与可杂交的探针接触。
术语“探针”是指能与靶核酸序列互补的寡核苷酸,探针与靶核酸的结合经由一种或多种类型的化学键,通常经由互补碱基配对,形成氢键。根据杂交条件的严格性,探针可以结合与探针序列缺乏完全互补性的靶序列。任意数目的碱基对错配,将干扰本发明中描述的靶序列与单链寡核苷酸探针之间的杂交。然而,如果突变数目太多以至于在最小严格杂交条件下也不能发生杂交的,那么该序列不是互补靶序列。探针可以是单链或部分单链和部分双链的。探针的链性由靶序列的结构、组成和特性决定。探针可以直接标记或间接标记,如用生物素标记,其之后可与链霉亲合素蛋白复合物结合。
本发明的所述特异性结合抗体包括单克隆抗体、多克隆抗体。其中单克隆抗体是指,来自一群高度同源的抗体分子中的一个抗体或抗体的一个片断,也即除可能自发出现的自然突变外,一群完全相同的抗体分子。单抗对抗原上的单一表位具有高特异性。多克隆抗体是相对于单克隆抗体而言的,其通常包含至少2种或更多种的不同抗体,这些不同的抗体通常识别抗原上的不同表位。单克隆抗体通常可采用Kohler等首次报道的杂交瘤技术获得(Nature,256:495,1975),也可采用重组DNA技术获得(参见U.S.P 4,816,567)。
本发明提供了一种诊断肺腺癌的产品,所述产品能够通过检测基因的表达量来诊断肺腺癌,所述基因包括IGF2BP3、SPINK1、TMEM63C或B3GNT6中的至少两种。
进一步,所述产品包括芯片、试剂盒或制剂。
进一步,所述芯片包括基因芯片和蛋白质芯片;所述基因芯片包括固相载体以及固定在固相载体的寡核苷酸探针,寡核苷酸探针包括用于检测所述基因转录水平的针对所述基因的寡核苷酸探针;所述蛋白质芯片包括固相载体以及固定在固相载体的所述基因编码的蛋白的特异性抗体;所述试剂盒包括基因检测试剂盒和蛋白免疫检测试剂盒;所述基因检测试剂盒包括用于检测所述基因转录水平的试剂;所述蛋白免疫检测试剂盒包括用于检测所述基因编码的蛋白的特异性抗体。
在本发明中,检测所述基因转录水平的试剂包括针对IGF2BP3、SPINK1、TMEM63C或B3GNT6基因的引物和/或探针。
进一步,所述针对IGF2BP3、SPINK1、TMEM63C或B3GNT6基因的引物序列如SEQ IDNO.9-16所示。
在本发明的上下文中,“IGF2BP3基因”包括IGF2BP3基因以及IGF2BP3基因的任何功能等同物的多核苷酸。IGF2BP3基因包括与目前国际公共核酸序列数据库GeneBank中IGF2BP3基因(Gene ID:10643)DNA序列具有70%以上同源性,且编码相同功能蛋白质的DNA序列;
优选的,IGF2BP3基因的编码序列包括以下任意一种DNA分子:
(1)序列表中SEQ ID NO.1所示的DNA序列;
(2)在严格条件下与(1)限定的DNA序列杂交且编码相同功能蛋白质的DNA序列;
(3)与(1)或(2)限定的DNA序列具有70%、优选的,90%以上同源性,且编码相同功能蛋白质的DNA分子。
在本发明的具体实施方案中,所述IGF2BP3基因的编码序列是SEQ ID NO.1所示的DNA序列。
在本发明的上下文中,“IGF2BP3蛋白”包括IGF2BP3蛋白以及IGF2BP3蛋白的任何功能等同物。所述功能等同物包括IGF2BP3蛋白保守性变异蛋白质或其活性片段以及其活性衍生物,等位变异体、天然突变体、诱导突变体、在高或低的严紧条件下能与IGF2BP3的DNA杂交的DNA所编码的蛋白质。
优选的,IGF2BP3蛋白是具有下列氨基酸序列的蛋白质:
(1)由序列表中SEQ ID NO.2所示的氨基酸序列组成的蛋白质;
(2)将SEQ ID NO.2所示的氨基酸序列经过一个或几个氨基酸残基的取代和/或缺失和/或添加且与SEQ ID NO.2所示的氨基酸序列具有相同功能的由SEQ ID NO.2所示的氨基酸序列衍生的蛋白质。取代、缺失或者添加的氨基酸的个数通常为1-50个,较佳地1-30个,更佳地1-20个,最佳地1-10个。
(3)与SEQ ID NO.2所示的氨基酸序列具有至少80%同源性(又称为序列同一性),更优选地,与SEQ ID NO.2所示的氨基酸序列至少约90%至95%的同源性,常为96%、97%、98%、99%同源性的氨基酸序列构成的多肽。
在本发明的具体实施方案中,所述IGF2BP3蛋白是具有SEQ ID NO.2所示的氨基酸序列的蛋白质。
在本发明的上下文中,“SPINK1基因”包括SPINK1基因以及SPINK1基因的任何功能等同物的多核苷酸。SPINK1基因包括与目前国际公共核酸序列数据库GeneBank中SPINK1基因(Gene ID:6690)DNA序列具有70%以上同源性,且编码相同功能蛋白质的DNA序列;
优选的,SPINK1基因的编码序列包括以下任意一种DNA分子:
(1)序列表中SEQ ID NO.3所示的DNA序列;
(2)在严格条件下与(1)限定的DNA序列杂交且编码相同功能蛋白质的DNA序列;
(3)与(1)或(2)限定的DNA序列具有70%、优选的,90%以上同源性,且编码相同功能蛋白质的DNA分子。
在本发明的具体实施方案中,所述SPINK1基因的编码序列是SEQ ID NO.3所示的DNA序列。
在本发明的上下文中,“SPINK1蛋白”包括SPINK1蛋白以及SPINK1蛋白的任何功能等同物。所述功能等同物包括SPINK1蛋白保守性变异蛋白质或其活性片段以及其活性衍生物,等位变异体、天然突变体、诱导突变体、在高或低的严紧条件下能与SPINK1的DNA杂交的DNA所编码的蛋白质。
优选的,SPINK1蛋白是具有下列氨基酸序列的蛋白质:
(1)由序列表中SEQ ID NO.4所示的氨基酸序列组成的蛋白质;
(2)将SEQ ID NO.4所示的氨基酸序列经过一个或几个氨基酸残基的取代和/或缺失和/或添加且与SEQ ID NO.4所示的氨基酸序列具有相同功能的由SEQ ID NO.4所示的氨基酸序列衍生的蛋白质。取代、缺失或者添加的氨基酸的个数通常为1-50个,较佳地1-30个,更佳地1-20个,最佳地1-10个。
(3)与SEQ ID NO.4所示的氨基酸序列具有至少80%同源性(又称为序列同一性),更优选地,与SEQ ID NO.4所示的氨基酸序列至少约90%至95%的同源性,常为96%、97%、98%、99%同源性的氨基酸序列构成的多肽。
在本发明的具体实施方案中,所述SPINK1蛋白是具有SEQ ID NO.4所示的氨基酸序列的蛋白质。
在本发明的上下文中,“TMEM63C基因”包括TMEM63C基因以及TMEM63C基因的任何功能等同物的多核苷酸。TMEM63C基因包括与目前国际公共核酸序列数据库GeneBank中TMEM63C基因(Gene ID:57156)DNA序列具有70%以上同源性,且编码相同功能蛋白质的DNA序列;
优选的,TMEM63C基因的编码序列包括以下任意一种DNA分子:
(1)序列表中SEQ ID NO.5所示的DNA序列;
(2)在严格条件下与(1)限定的DNA序列杂交且编码相同功能蛋白质的DNA序列;
(3)与(1)或(2)限定的DNA序列具有70%、优选的,90%以上同源性,且编码相同功能蛋白质的DNA分子。
在本发明的具体实施方案中,所述TMEM63C基因的编码序列是SEQ ID NO.5所示的DNA序列。
在本发明的上下文中,“TMEM63C蛋白”包括TMEM63C蛋白以及TMEM63C蛋白的任何功能等同物。所述功能等同物包括TMEM63C蛋白保守性变异蛋白质或其活性片段以及其活性衍生物,等位变异体、天然突变体、诱导突变体、在高或低的严紧条件下能与TMEM63C的DNA杂交的DNA所编码的蛋白质。
优选的,TMEM63C蛋白是具有下列氨基酸序列的蛋白质:
(1)由序列表中SEQ ID NO.6所示的氨基酸序列组成的蛋白质;
(2)将SEQ ID NO.6所示的氨基酸序列经过一个或几个氨基酸残基的取代和/或缺失和/或添加且与SEQ ID NO.6所示的氨基酸序列具有相同功能的由SEQ ID NO.6所示的氨基酸序列衍生的蛋白质。取代、缺失或者添加的氨基酸的个数通常为1-50个,较佳地1-30个,更佳地1-20个,最佳地1-10个。
(3)与SEQ ID NO.6所示的氨基酸序列具有至少80%同源性(又称为序列同一性),更优选地,与SEQ ID NO.6所示的氨基酸序列至少约90%至95%的同源性,常为96%、97%、98%、99%同源性的氨基酸序列构成的多肽。
在本发明的具体实施方案中,所述TMEM63C蛋白是具有SEQ ID NO.6所示的氨基酸序列的蛋白质。
在本发明的上下文中,“B3GNT6基因”包括B3GNT6基因以及B3GNT6基因的任何功能等同物的多核苷酸。B3GNT6基因包括与目前国际公共核酸序列数据库GeneBank中B3GNT6基因(Gene ID:192134)DNA序列具有70%以上同源性,且编码相同功能蛋白质的DNA序列;
优选的,B3GNT6基因的编码序列包括以下任意一种DNA分子:
(1)序列表中SEQ ID NO.7所示的DNA序列;
(2)在严格条件下与(1)限定的DNA序列杂交且编码相同功能蛋白质的DNA序列;
(3)与(1)或(2)限定的DNA序列具有70%、优选的,90%以上同源性,且编码相同功能蛋白质的DNA分子。
在本发明的具体实施方案中,所述B3GNT6基因的编码序列是SEQ ID NO.7所示的DNA序列。
在本发明的上下文中,“B3GNT6蛋白”包括B3GNT6蛋白以及B3GNT6蛋白的任何功能等同物。所述功能等同物包括B3GNT6蛋白保守性变异蛋白质或其活性片段以及其活性衍生物,等位变异体、天然突变体、诱导突变体、在高或低的严紧条件下能与B3GNT6的DNA杂交的DNA所编码的蛋白质。
优选的,B3GNT6蛋白是具有下列氨基酸序列的蛋白质:
(1)由序列表中SEQ ID NO.8所示的氨基酸序列组成的蛋白质;
(2)将SEQ ID NO.8所示的氨基酸序列经过一个或几个氨基酸残基的取代和/或缺失和/或添加且与SEQ ID NO.8所示的氨基酸序列具有相同功能的由SEQ ID NO.8所示的氨基酸序列衍生的蛋白质。取代、缺失或者添加的氨基酸的个数通常为1-50个,较佳地1-30个,更佳地1-20个,最佳地1-10个。
(3)与SEQ ID NO.8所示的氨基酸序列具有至少80%同源性(又称为序列同一性),更优选地,与SEQ ID NO.8所示的氨基酸序列至少约90%至95%的同源性,常为96%、97%、98%、99%同源性的氨基酸序列构成的多肽。
在本发明的具体实施方案中,所述B3GNT6蛋白是具有SEQ ID NO.8所示的氨基酸序列的蛋白质。
本发明的优点和有益效果:
本发明发现了一组肺腺癌诊断标记,通过将多个与肺腺癌相关的诊断标记同时检测,可大大提高肺腺癌诊断的准确率。
附图说明
图1是利用QPCR检测IGF2BP3、SPINK1、TMEM63C、B3GNT6或ITLN1基因在肺腺癌组织与癌旁组织中的表达情况图,其中图A为IGF2BP3,图B为SPINK1,图C为TMEM63C,图D为B3GNT6,图E为ITLN1。
具体实施方式
下面将对本发明实施例中的技术方案进行清楚、完整地描述,显然,所描述的实施例仅是本发明的一部分实施例,而不是全部的实施例。基于本发明中的实施例,本领域普通技术人员在没有做出创造性劳动前提下所获得的所有其它实施例,都属于本发明保护的范围。
实施例1QPCR验证肺腺癌诊断标记
1、样本的收集
收集肺腺癌组织和癌旁组织各59例,所有样本离体后立即放入装有RNA保护液的冻存管中,并在30分钟内置于-80℃冰箱中冷冻保存,整个操作及保存过程遵循无酶原则。
2、RNA样品的制备
利用TRIzol RNA提取方法提取肺腺癌组织和癌旁组织中的总RNA。
(1)用液氮预冷研钵,组织样品放入加有液氮的研钵中,在液氮下把组织样品充分研磨成粉末;
(2)把样品粉末转入到装有TRIzol裂解液的2.0ml EP管中,(每ml裂解液可加50mg组织样品)剧烈震荡,充分混匀,平放室温静置5-10min;
(3)10000rpm,4℃离心5min;
(4)吸取上清液至新的2.0ml EP管中,每毫升裂解液加入200μl氯仿/异戊醇,剧烈颠倒混匀;
(5)10000rpm,4℃离心10min;
(6)吸取上清液至新的1.5ml离心管,注意不要吸到中间蛋白层,加入等上清液体积的异丙醇,轻轻颠倒混匀;
(7)放入-20℃冰箱沉淀1h;
(8)13600rpm,4℃离心20min;
(9)吸弃上清,加入1ml 75%乙醇,用移液器吹洗沉淀;
(10)10000rpm,4℃离心3min,吸弃上清,短暂离心,吸去残留液体,晾干3-5min;
(11)用30-100μl DEPC水或者RNase Free水溶解沉淀;
(12)置于-80℃冰箱保存。
3、总RNA逆转录
利用TIANGEN公司的逆转录试剂盒(货号KR106)进行RNA的逆转录(方法按照试剂盒推荐标准流程操作)
(1)去除基因组DNA
将1.0μg的总RNA模板与2.0μl的5×gDNA buffer和RNase Free水混合,终体积为10μl,42℃孵育3min。
(2)逆转录PCR反应体系
将2.0μl的10×Fast RT buffer、1.0μl的PrimerScript RT Enzyme Mix I与2.0μl的FQ-RT Primer Mix混合,加入10μl的去除基因组DNA的反应体系和5.0μl的RNase Free水,共20μl,42℃反应15min,之后95℃反应3min。
4、QPCR反应
(1)引物设计
根据基因序列,设计引物,引物序列如下:
IGF2BP3基因:
正向引物:5’-GCGGCTTGTAAGTCTATT-3’(SEQ ID NO.9);反向引物:5’-GTCTGTGTCTTGCTCAAT-3’(SEQ ID NO.10)。
SPINK1基因:
正向引物:5’-TTGAGTCTATCTGGTAACA-3’(SEQ ID NO.11);反向引物:5’-AACATAACACGCATTCAT-3’(SEQ ID NO.12)。
TMEM63C基因:
正向引物为5’-CTGTCCTTCTTCTACTTC-3’(SEQ ID NO.13);反向引物为5’-ATCATTAGTGTCCTTGTG-3’(SEQ ID NO.14)。
B3GNT6基因:
正向引物为5’-TACATCCTGGCTCCATCTC-3’(SEQ ID NO.15);反向引物为5’-GCACATTCGCATCACTGG-3’(SEQ ID NO.16)。
ITLN1基因:
正向引物为5’-AGGCTAATACTTACTTCA-3’(SEQ ID NO.17);反向引物为5’-TAGATAACACCATTCTCA-3’(SEQ ID NO.18)。
管家基因β-actin基因:
正向引物为5’-TGGACTTCGAGCAAGAGATG-3’(SEQ ID NO.19);反向引物为5’-GAAGGAAGGCTGGAAGAGTG-3’(SEQ ID NO.20)。
(2)配制20μl PCR反应体系:
利用TIANGEN公司的SuperReal PreMix Plus试剂盒。2×SuperReal PreMix Plus10μl,正向(反向)引物0.6μl,cDNA模板2μl,50×ROX Reference Dye 2μl,ddH2O 4.8μl。
(3)PCR反应条件:95℃15min,(95℃10s,55℃30s,72℃32s)进行40个循环,之后95℃15s,60℃60s,95℃15s。以SYBR Green作为荧光标志物,在ABI 7300型荧光定量PCR仪上进行PCR反应,通过熔解曲线分析和电泳确定目的条带,2-ΔΔCT法进行相对定量。
5、结果
如图1所示,与癌旁组织相比,肺腺癌组织中的IGF2BP3、SPINK1、TMEM63C或B3GNT6的表达水平均显著上调,ITLN1的表达水平为下调,提示IGF2BP3、SPINK1、TMEM63C或B3GNT6可以作为临床诊断标记用于肺腺癌的判断。
实施例2候选基因ROC曲线分析
1、ROC曲线分析
使用R语言的pROC包分析IGF2BP3、SPINK1、TMEM63C、B3GNT6或ITLN1的受试者工作特征,计算二项精确置信空间,绘制ROC曲线,计算曲线下面积。
2、结果
结果如表1所示,IGF2BP3、SPINK1、TMEM63C或B3GNT6的AUC值都高于0.8,而这四种基因的任意组合的AUC值均增加,其中含有IGF2BP3、SPINK1、TMEM63C和B3GNT6这四种基因的诊断标记的AUC值最高,为0.985924。鉴于这四种基因的任意组合的诊断效果比单独诊断具有更高的准确性,可将IGF2BP3、SPINK1、TMEM63C或B3GNT6中的至少两种联合用于肺腺癌的早期诊断。
表1候选基因的AUC值
上述实施例的说明只是用于理解本发明的方法及其核心思想。应当指出,对于本领域的普通技术人员来说,在不脱离本发明原理的前提下,还可以对本发明进行若干改进和修饰,这些改进和修饰也将落入本发明权利要求的保护范围之内。
序列表
<110> 北京泱深生物信息技术有限公司
<120> 一组肺腺癌诊断标记及其应用
<160> 20
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 1740
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 1
atgaacaaac tgtatatcgg aaacctcagc gagaacgccg ccccctcgga cctagaaagt 60
atcttcaagg acgccaagat cccggtgtcg ggacccttcc tggtgaagac tggctacgcg 120
ttcgtggact gcccggacga gagctgggcc ctcaaggcca tcgaggcgct ttcaggtaaa 180
atagaactgc acgggaaacc catagaagtt gagcactcgg tcccaaaaag gcaaaggatt 240
cggaaacttc agatacgaaa tatcccgcct catttacagt gggaggtgct ggatagttta 300
ctagtccagt atggagtggt ggagagctgt gagcaagtga acactgactc ggaaactgca 360
gttgtaaatg taacctattc cagtaaggac caagctagac aagcactaga caaactgaat 420
ggatttcagt tagagaattt caccttgaaa gtagcctata tccctgatga aatggccgcc 480
cagcaaaacc ccttgcagca gccccgaggt cgccgggggc ttgggcagag gggctcctca 540
aggcaggggt ctccaggatc cgtatccaag cagaaaccat gtgatttgcc tctgcgcctg 600
ctggttccca cccaatttgt tggagccatc ataggaaaag aaggtgccac cattcggaac 660
atcaccaaac agacccagtc taaaatcgat gtccaccgta aagaaaatgc gggggctgct 720
gagaagtcga ttactatcct ctctactcct gaaggcacct ctgcggcttg taagtctatt 780
ctggagatta tgcataagga agctcaagat ataaaattca cagaagagat ccccttgaag 840
attttagctc ataataactt tgttggacgt cttattggta aagaaggaag aaatcttaaa 900
aaaattgagc aagacacaga cactaaaatc acgatatctc cattgcagga attgacgctg 960
tataatccag aacgcactat tacagttaaa ggcaatgttg agacatgtgc caaagctgag 1020
gaggagatca tgaagaaaat cagggagtct tatgaaaatg atattgcttc tatgaatctt 1080
caagcacatt taattcctgg attaaatctg aacgccttgg gtctgttccc acccacttca 1140
gggatgccac ctcccacctc agggccccct tcagccatga ctcctcccta cccgcagttt 1200
gagcaatcag aaacggagac tgttcatctg tttatcccag ctctatcagt cggtgccatc 1260
atcggcaagc agggccagca catcaagcag ctttctcgct ttgctggagc ttcaattaag 1320
attgctccag cggaagcacc agatgctaaa gtgaggatgg tgattatcac tggaccacca 1380
gaggctcagt tcaaggctca gggaagaatt tatggaaaaa ttaaagaaga aaactttgtt 1440
agtcctaaag aagaggtgaa acttgaagct catatcagag tgccatcctt tgctgctggc 1500
agagttattg gaaaaggagg caaaacggtg aatgaacttc agaatttgtc aagtgcagaa 1560
gttgttgtcc ctcgtgacca gacacctgat gagaatgacc aagtggttgt caaaataact 1620
ggtcacttct atgcttgcca ggttgcccag agaaaaattc aggaaattct gactcaggta 1680
aagcagcacc aacaacagaa ggctctgcaa agtggaccac ctcagtcaag acggaagtaa 1740
<210> 2
<211> 579
<212> PRT
<213> Homo sapiens
<400> 2
Met Asn Lys Leu Tyr Ile Gly Asn Leu Ser Glu Asn Ala Ala Pro Ser
1 5 10 15
Asp Leu Glu Ser Ile Phe Lys Asp Ala Lys Ile Pro Val Ser Gly Pro
20 25 30
Phe Leu Val Lys Thr Gly Tyr Ala Phe Val Asp Cys Pro Asp Glu Ser
35 40 45
Trp Ala Leu Lys Ala Ile Glu Ala Leu Ser Gly Lys Ile Glu Leu His
50 55 60
Gly Lys Pro Ile Glu Val Glu His Ser Val Pro Lys Arg Gln Arg Ile
65 70 75 80
Arg Lys Leu Gln Ile Arg Asn Ile Pro Pro His Leu Gln Trp Glu Val
85 90 95
Leu Asp Ser Leu Leu Val Gln Tyr Gly Val Val Glu Ser Cys Glu Gln
100 105 110
Val Asn Thr Asp Ser Glu Thr Ala Val Val Asn Val Thr Tyr Ser Ser
115 120 125
Lys Asp Gln Ala Arg Gln Ala Leu Asp Lys Leu Asn Gly Phe Gln Leu
130 135 140
Glu Asn Phe Thr Leu Lys Val Ala Tyr Ile Pro Asp Glu Met Ala Ala
145 150 155 160
Gln Gln Asn Pro Leu Gln Gln Pro Arg Gly Arg Arg Gly Leu Gly Gln
165 170 175
Arg Gly Ser Ser Arg Gln Gly Ser Pro Gly Ser Val Ser Lys Gln Lys
180 185 190
Pro Cys Asp Leu Pro Leu Arg Leu Leu Val Pro Thr Gln Phe Val Gly
195 200 205
Ala Ile Ile Gly Lys Glu Gly Ala Thr Ile Arg Asn Ile Thr Lys Gln
210 215 220
Thr Gln Ser Lys Ile Asp Val His Arg Lys Glu Asn Ala Gly Ala Ala
225 230 235 240
Glu Lys Ser Ile Thr Ile Leu Ser Thr Pro Glu Gly Thr Ser Ala Ala
245 250 255
Cys Lys Ser Ile Leu Glu Ile Met His Lys Glu Ala Gln Asp Ile Lys
260 265 270
Phe Thr Glu Glu Ile Pro Leu Lys Ile Leu Ala His Asn Asn Phe Val
275 280 285
Gly Arg Leu Ile Gly Lys Glu Gly Arg Asn Leu Lys Lys Ile Glu Gln
290 295 300
Asp Thr Asp Thr Lys Ile Thr Ile Ser Pro Leu Gln Glu Leu Thr Leu
305 310 315 320
Tyr Asn Pro Glu Arg Thr Ile Thr Val Lys Gly Asn Val Glu Thr Cys
325 330 335
Ala Lys Ala Glu Glu Glu Ile Met Lys Lys Ile Arg Glu Ser Tyr Glu
340 345 350
Asn Asp Ile Ala Ser Met Asn Leu Gln Ala His Leu Ile Pro Gly Leu
355 360 365
Asn Leu Asn Ala Leu Gly Leu Phe Pro Pro Thr Ser Gly Met Pro Pro
370 375 380
Pro Thr Ser Gly Pro Pro Ser Ala Met Thr Pro Pro Tyr Pro Gln Phe
385 390 395 400
Glu Gln Ser Glu Thr Glu Thr Val His Leu Phe Ile Pro Ala Leu Ser
405 410 415
Val Gly Ala Ile Ile Gly Lys Gln Gly Gln His Ile Lys Gln Leu Ser
420 425 430
Arg Phe Ala Gly Ala Ser Ile Lys Ile Ala Pro Ala Glu Ala Pro Asp
435 440 445
Ala Lys Val Arg Met Val Ile Ile Thr Gly Pro Pro Glu Ala Gln Phe
450 455 460
Lys Ala Gln Gly Arg Ile Tyr Gly Lys Ile Lys Glu Glu Asn Phe Val
465 470 475 480
Ser Pro Lys Glu Glu Val Lys Leu Glu Ala His Ile Arg Val Pro Ser
485 490 495
Phe Ala Ala Gly Arg Val Ile Gly Lys Gly Gly Lys Thr Val Asn Glu
500 505 510
Leu Gln Asn Leu Ser Ser Ala Glu Val Val Val Pro Arg Asp Gln Thr
515 520 525
Pro Asp Glu Asn Asp Gln Val Val Val Lys Ile Thr Gly His Phe Tyr
530 535 540
Ala Cys Gln Val Ala Gln Arg Lys Ile Gln Glu Ile Leu Thr Gln Val
545 550 555 560
Lys Gln His Gln Gln Gln Lys Ala Leu Gln Ser Gly Pro Pro Gln Ser
565 570 575
Arg Arg Lys
<210> 3
<211> 240
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 3
atgaaggtaa caggcatctt tcttctcagt gccttggccc tgttgagtct atctggtaac 60
actggagctg actccctggg aagagaggcc aaatgttaca atgaacttaa tggatgcacc 120
aagatatatg accctgtctg tgggactgat ggaaatactt atcccaatga atgcgtgtta 180
tgttttgaaa atcggaaacg ccagacttct atcctcattc aaaaatctgg gccttgctga 240
<210> 4
<211> 79
<212> PRT
<213> Homo sapiens
<400> 4
Met Lys Val Thr Gly Ile Phe Leu Leu Ser Ala Leu Ala Leu Leu Ser
1 5 10 15
Leu Ser Gly Asn Thr Gly Ala Asp Ser Leu Gly Arg Glu Ala Lys Cys
20 25 30
Tyr Asn Glu Leu Asn Gly Cys Thr Lys Ile Tyr Asp Pro Val Cys Gly
35 40 45
Thr Asp Gly Asn Thr Tyr Pro Asn Glu Cys Val Leu Cys Phe Glu Asn
50 55 60
Arg Lys Arg Gln Thr Ser Ile Leu Ile Gln Lys Ser Gly Pro Cys
65 70 75
<210> 5
<211> 2421
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 5
atgtctgcct caccagacga cctgagtaca gggggaaggt tacagaacat gacagtggat 60
gaatgcttcc agtctcggaa caccgtcctc caggggcagc cctttggggg tgtccccacc 120
gtgctgtgcc tcaacatcgc cctgtgggtg ctcgtccttg tggtttactc cttcctccgg 180
aaagctgcgt gggactatgg gcgcctggct ctgctgatac acaatgacag cctgacctcg 240
ctgatctatg gggagcagag cgagaagaca tctccctcgg agacttcctt ggagatggaa 300
cgcagagaca agggattctg ttcctggttc ttcaacagca taacaatgaa ggacgaggat 360
ctgattaaca agtgtgggga cgacgcgcgc atctacatcg tgttccagta ccacctcatc 420
atctttgtgc tcatcatctg tatcccctcc ctgggcatca ttttgcccat caactatact 480
ggatctgttc tggactggag cagtcacttt gctcggacca ccattgtcaa tgtctccaca 540
gagagcaagc tcctgtggct gcatagcctg ctgtccttct tctacttcat caccaacttc 600
atgttcatgg ctcatcactg cctggggttt gcacccagga atagccaaaa ggtcacaagg 660
acactaatga tcacctatgt gcccaaggac attgaagacc cagaactcat cattaagcat 720
tttcacgagg cctatccagg cagtgtcgtg acaagagtcc acttctgcta cgacgtcagg 780
aacctgatcg acttggacga tcagaggcgc catgccatgc ggggccggct tttctataca 840
gccaaggcca agaagactgg gaaggtgatg atcaggatcc acccctgtgc ccgcctgtgc 900
ttctgcaagt gctggacctg cttcaaggag gtggatgcag agcagtatta cagcgagcta 960
gaggagcagc taacggacga gttcaacgcc gagctcaacc gcgtgccgct caagcggctg 1020
gacctgatct ttgtcacctt ccaggactcc aggatggcca agcgtgtccg taaggattac 1080
aagtatgtcc agtgtggtgt gcaaccccag cagtcctcag tgaccaccat cgtcaaatca 1140
tattactgga gggtcactat ggccccacac cccaaagaca ttatttggaa acacctgtct 1200
gtccgccgct tcttttggtg ggcccgcttt atcgcaatca acaccttcct cttcttcctc 1260
ttcttctttc tcaccacgcc tgccatcatc atgaacacta tcgacatgta caacgtcacc 1320
cgccccatcg agaagctgca gaacccaatt gtgacccagt tcttcccctc tgtgatgctc 1380
tggggcttca cagtgatact gcctctgatt gtctacttct ccgccttcct cgaggcccac 1440
tggaccagat caagtcagaa tctggtcatg gtgcacaagt gctacatctt tctggtgttc 1500
atggtagtca ttctgccctc tatgggactg accagtttgg atgtctttct ccgctggctc 1560
tttgacatct actatctaga gcaagcatcc atcaggttcc agtgtgtgtt cctgccagac 1620
aacggcgcct tctttgtcaa ctacgtgatc acggcagctt tacttggcac aggcatggag 1680
ctgctgcgtc tggggtcact cttctgctac agcacccgcc tcttcttctc tagatcagag 1740
ccagagagag tcaacatcag aaagaaccag gccatagact tccagtttgg gcgtgagtat 1800
gcgtggatga tgaacgtgtt cagcgtggtg atggcgtaca gcatcacttg ccccatcatt 1860
gtgccttttg ggttgctcta cctgtgcatg aagcacttga cggatcgcta taacatgtac 1920
tactcctttg cacccaccaa actgaacgag cagatccaca tggctgccgt ctcccaggcc 1980
atctttgcgc cactcttggg tctgttctgg atgctgttct tctccatcct gcggttgggt 2040
tctctccacg ccatcaccat cttttccctg tccaccctcc tcattgccat ggtgattgcc 2100
tttgttggca tttttctggg gaagcttcgg atggttgccg actacgagcc cgaggaggag 2160
gagatccaga cagtgtttga catggagcca agcagcacct cctccacgcc cacctccctc 2220
ctgtatgtgg ccaccgtgct gcaagaaccg gagttgaatc tgacccccgc ctcctcccca 2280
gccaggcaca cctatggcac catgaacaac cagccggaag agggagaaga agagagtggt 2340
ctgaggggct ttgcgaggga gctagactcg gcccagttcc aggaagggct ggaactggag 2400
ggccagaacc agtaccactg a 2421
<210> 6
<211> 806
<212> PRT
<213> Homo sapiens
<400> 6
Met Ser Ala Ser Pro Asp Asp Leu Ser Thr Gly Gly Arg Leu Gln Asn
1 5 10 15
Met Thr Val Asp Glu Cys Phe Gln Ser Arg Asn Thr Val Leu Gln Gly
20 25 30
Gln Pro Phe Gly Gly Val Pro Thr Val Leu Cys Leu Asn Ile Ala Leu
35 40 45
Trp Val Leu Val Leu Val Val Tyr Ser Phe Leu Arg Lys Ala Ala Trp
50 55 60
Asp Tyr Gly Arg Leu Ala Leu Leu Ile His Asn Asp Ser Leu Thr Ser
65 70 75 80
Leu Ile Tyr Gly Glu Gln Ser Glu Lys Thr Ser Pro Ser Glu Thr Ser
85 90 95
Leu Glu Met Glu Arg Arg Asp Lys Gly Phe Cys Ser Trp Phe Phe Asn
100 105 110
Ser Ile Thr Met Lys Asp Glu Asp Leu Ile Asn Lys Cys Gly Asp Asp
115 120 125
Ala Arg Ile Tyr Ile Val Phe Gln Tyr His Leu Ile Ile Phe Val Leu
130 135 140
Ile Ile Cys Ile Pro Ser Leu Gly Ile Ile Leu Pro Ile Asn Tyr Thr
145 150 155 160
Gly Ser Val Leu Asp Trp Ser Ser His Phe Ala Arg Thr Thr Ile Val
165 170 175
Asn Val Ser Thr Glu Ser Lys Leu Leu Trp Leu His Ser Leu Leu Ser
180 185 190
Phe Phe Tyr Phe Ile Thr Asn Phe Met Phe Met Ala His His Cys Leu
195 200 205
Gly Phe Ala Pro Arg Asn Ser Gln Lys Val Thr Arg Thr Leu Met Ile
210 215 220
Thr Tyr Val Pro Lys Asp Ile Glu Asp Pro Glu Leu Ile Ile Lys His
225 230 235 240
Phe His Glu Ala Tyr Pro Gly Ser Val Val Thr Arg Val His Phe Cys
245 250 255
Tyr Asp Val Arg Asn Leu Ile Asp Leu Asp Asp Gln Arg Arg His Ala
260 265 270
Met Arg Gly Arg Leu Phe Tyr Thr Ala Lys Ala Lys Lys Thr Gly Lys
275 280 285
Val Met Ile Arg Ile His Pro Cys Ala Arg Leu Cys Phe Cys Lys Cys
290 295 300
Trp Thr Cys Phe Lys Glu Val Asp Ala Glu Gln Tyr Tyr Ser Glu Leu
305 310 315 320
Glu Glu Gln Leu Thr Asp Glu Phe Asn Ala Glu Leu Asn Arg Val Pro
325 330 335
Leu Lys Arg Leu Asp Leu Ile Phe Val Thr Phe Gln Asp Ser Arg Met
340 345 350
Ala Lys Arg Val Arg Lys Asp Tyr Lys Tyr Val Gln Cys Gly Val Gln
355 360 365
Pro Gln Gln Ser Ser Val Thr Thr Ile Val Lys Ser Tyr Tyr Trp Arg
370 375 380
Val Thr Met Ala Pro His Pro Lys Asp Ile Ile Trp Lys His Leu Ser
385 390 395 400
Val Arg Arg Phe Phe Trp Trp Ala Arg Phe Ile Ala Ile Asn Thr Phe
405 410 415
Leu Phe Phe Leu Phe Phe Phe Leu Thr Thr Pro Ala Ile Ile Met Asn
420 425 430
Thr Ile Asp Met Tyr Asn Val Thr Arg Pro Ile Glu Lys Leu Gln Asn
435 440 445
Pro Ile Val Thr Gln Phe Phe Pro Ser Val Met Leu Trp Gly Phe Thr
450 455 460
Val Ile Leu Pro Leu Ile Val Tyr Phe Ser Ala Phe Leu Glu Ala His
465 470 475 480
Trp Thr Arg Ser Ser Gln Asn Leu Val Met Val His Lys Cys Tyr Ile
485 490 495
Phe Leu Val Phe Met Val Val Ile Leu Pro Ser Met Gly Leu Thr Ser
500 505 510
Leu Asp Val Phe Leu Arg Trp Leu Phe Asp Ile Tyr Tyr Leu Glu Gln
515 520 525
Ala Ser Ile Arg Phe Gln Cys Val Phe Leu Pro Asp Asn Gly Ala Phe
530 535 540
Phe Val Asn Tyr Val Ile Thr Ala Ala Leu Leu Gly Thr Gly Met Glu
545 550 555 560
Leu Leu Arg Leu Gly Ser Leu Phe Cys Tyr Ser Thr Arg Leu Phe Phe
565 570 575
Ser Arg Ser Glu Pro Glu Arg Val Asn Ile Arg Lys Asn Gln Ala Ile
580 585 590
Asp Phe Gln Phe Gly Arg Glu Tyr Ala Trp Met Met Asn Val Phe Ser
595 600 605
Val Val Met Ala Tyr Ser Ile Thr Cys Pro Ile Ile Val Pro Phe Gly
610 615 620
Leu Leu Tyr Leu Cys Met Lys His Leu Thr Asp Arg Tyr Asn Met Tyr
625 630 635 640
Tyr Ser Phe Ala Pro Thr Lys Leu Asn Glu Gln Ile His Met Ala Ala
645 650 655
Val Ser Gln Ala Ile Phe Ala Pro Leu Leu Gly Leu Phe Trp Met Leu
660 665 670
Phe Phe Ser Ile Leu Arg Leu Gly Ser Leu His Ala Ile Thr Ile Phe
675 680 685
Ser Leu Ser Thr Leu Leu Ile Ala Met Val Ile Ala Phe Val Gly Ile
690 695 700
Phe Leu Gly Lys Leu Arg Met Val Ala Asp Tyr Glu Pro Glu Glu Glu
705 710 715 720
Glu Ile Gln Thr Val Phe Asp Met Glu Pro Ser Ser Thr Ser Ser Thr
725 730 735
Pro Thr Ser Leu Leu Tyr Val Ala Thr Val Leu Gln Glu Pro Glu Leu
740 745 750
Asn Leu Thr Pro Ala Ser Ser Pro Ala Arg His Thr Tyr Gly Thr Met
755 760 765
Asn Asn Gln Pro Glu Glu Gly Glu Glu Glu Ser Gly Leu Arg Gly Phe
770 775 780
Ala Arg Glu Leu Asp Ser Ala Gln Phe Gln Glu Gly Leu Glu Leu Glu
785 790 795 800
Gly Gln Asn Gln Tyr His
805
<210> 7
<211> 1155
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 7
atggcttttc cctgccgcag gtccctgact gccaagactc tggcctgcct cctggtgggc 60
gtgagtttct tagcactgca gcagtggttc ctccaggcgc caaggtcccc gcgggaggag 120
aggtccccgc aggaggagac gccagagggt cccaccgacg ctcccgcggc tgacgagccg 180
ccctcggagc tcgtccccgg gcccccgtgc gtggcgaacg cctcggcgaa cgccacggcc 240
gacttcgagc agctgcccgc gcgcatccag gacttcctgc ggtaccgcca ctgccgccac 300
ttcccgctgc tttgggacgc accggccaag tgcgccggcg gccgaggcgt gttcctgctc 360
ctggcggtga agtcggcgcc tgagcactac gagcgacgcg agctcatccg gcgcacgtgg 420
gggcaagagc gcagctacgg cgggcggcca gtgcgccgcc tctttctatt gggcaccccg 480
ggccccgagg acgaggcgcg cgcggagcgg ctggcggagc tggtggcgct ggaggcgcgc 540
gagcacggcg acgtgctgca gtgggccttc gcggacacct tcctcaacct cacgctcaag 600
cacctgcact tgctcgactg gctggctgca cgctgcccgc acgcgcgctt tctgctcagc 660
ggcgacgacg acgtgttcgt gcacaccgcc aacgtagtcc gcttcctgca ggcgcagcca 720
cccggccgcc acctgttctc cggccagctc atggagggct ccgtgcccat ccgcgacagc 780
tggagcaagt acttcgtgcc gccgcagctc ttccccgggt ccgcttaccc ggtgtactgc 840
agcggcggcg gcttcctcct gtccggcccc acggcccggg ccctgcgcgc ggccgcccgc 900
cacaccccgc tcttccccat cgacgacgcc tacatgggca tgtgtctgga gcgcgccggc 960
ctggcgccca gcggccacga gggcatccga cccttcggcg tgcagctgcc tggcgcacag 1020
cagtcctcct tcgacccctg catgtaccgc gagttgctgc tagtgcaccg cttcgcgccc 1080
tacgagatgc tgctcatgtg gaaggcgctg cacagccccg cgctcagctg tgaccgggga 1140
caccgggtct cctga 1155
<210> 8
<211> 384
<212> PRT
<213> Homo sapiens
<400> 8
Met Ala Phe Pro Cys Arg Arg Ser Leu Thr Ala Lys Thr Leu Ala Cys
1 5 10 15
Leu Leu Val Gly Val Ser Phe Leu Ala Leu Gln Gln Trp Phe Leu Gln
20 25 30
Ala Pro Arg Ser Pro Arg Glu Glu Arg Ser Pro Gln Glu Glu Thr Pro
35 40 45
Glu Gly Pro Thr Asp Ala Pro Ala Ala Asp Glu Pro Pro Ser Glu Leu
50 55 60
Val Pro Gly Pro Pro Cys Val Ala Asn Ala Ser Ala Asn Ala Thr Ala
65 70 75 80
Asp Phe Glu Gln Leu Pro Ala Arg Ile Gln Asp Phe Leu Arg Tyr Arg
85 90 95
His Cys Arg His Phe Pro Leu Leu Trp Asp Ala Pro Ala Lys Cys Ala
100 105 110
Gly Gly Arg Gly Val Phe Leu Leu Leu Ala Val Lys Ser Ala Pro Glu
115 120 125
His Tyr Glu Arg Arg Glu Leu Ile Arg Arg Thr Trp Gly Gln Glu Arg
130 135 140
Ser Tyr Gly Gly Arg Pro Val Arg Arg Leu Phe Leu Leu Gly Thr Pro
145 150 155 160
Gly Pro Glu Asp Glu Ala Arg Ala Glu Arg Leu Ala Glu Leu Val Ala
165 170 175
Leu Glu Ala Arg Glu His Gly Asp Val Leu Gln Trp Ala Phe Ala Asp
180 185 190
Thr Phe Leu Asn Leu Thr Leu Lys His Leu His Leu Leu Asp Trp Leu
195 200 205
Ala Ala Arg Cys Pro His Ala Arg Phe Leu Leu Ser Gly Asp Asp Asp
210 215 220
Val Phe Val His Thr Ala Asn Val Val Arg Phe Leu Gln Ala Gln Pro
225 230 235 240
Pro Gly Arg His Leu Phe Ser Gly Gln Leu Met Glu Gly Ser Val Pro
245 250 255
Ile Arg Asp Ser Trp Ser Lys Tyr Phe Val Pro Pro Gln Leu Phe Pro
260 265 270
Gly Ser Ala Tyr Pro Val Tyr Cys Ser Gly Gly Gly Phe Leu Leu Ser
275 280 285
Gly Pro Thr Ala Arg Ala Leu Arg Ala Ala Ala Arg His Thr Pro Leu
290 295 300
Phe Pro Ile Asp Asp Ala Tyr Met Gly Met Cys Leu Glu Arg Ala Gly
305 310 315 320
Leu Ala Pro Ser Gly His Glu Gly Ile Arg Pro Phe Gly Val Gln Leu
325 330 335
Pro Gly Ala Gln Gln Ser Ser Phe Asp Pro Cys Met Tyr Arg Glu Leu
340 345 350
Leu Leu Val His Arg Phe Ala Pro Tyr Glu Met Leu Leu Met Trp Lys
355 360 365
Ala Leu His Ser Pro Ala Leu Ser Cys Asp Arg Gly His Arg Val Ser
370 375 380
<210> 9
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 9
gcggcttgta agtctatt 18
<210> 10
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 10
gtctgtgtct tgctcaat 18
<210> 11
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 11
ttgagtctat ctggtaaca 19
<210> 12
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 12
aacataacac gcattcat 18
<210> 13
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 13
ctgtccttct tctacttc 18
<210> 14
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 14
atcattagtg tccttgtg 18
<210> 15
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 15
tacatcctgg ctccatctc 19
<210> 16
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 16
gcacattcgc atcactgg 18
<210> 17
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 17
aggctaatac ttacttca 18
<210> 18
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 18
tagataacac cattctca 18
<210> 19
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 19
tggacttcga gcaagagatg 20
<210> 20
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 20
gaaggaaggc tggaagagtg 20

Claims (10)

1.检测基因的试剂在制备诊断肺腺癌的产品中的应用,其特征在于,所述基因包括IGF2BP3、SPINK1、TMEM63C或B3GNT6中的至少两种。
2.根据权利要求1所述的应用,其特征在于,所述基因包括IGF2BP3、SPINK1、TMEM63C和B3GNT6中的四种。
3.根据权利要求1所述的应用,其特征在于,所述检测基因的试剂包括:通过RT-PCR、实时定量PCR、原位杂交、芯片、免疫检测或高通量测序平台检测所述基因的表达量以诊断肺腺癌的试剂。
4.根据权利要求3所述的应用,其特征在于,所述通过RT-PCR诊断肺腺癌的试剂包括特异性扩增所述基因的引物;所述通过实时定量PCR诊断肺腺癌的试剂包括特异性扩增所述基因的引物;所述通过原位杂交诊断肺腺癌的试剂包括与所述基因的核酸序列杂交的探针;所述通过芯片诊断肺腺癌的试剂包括基因芯片和蛋白芯片,其中基因芯片包括与所述基因的核酸序列杂交的探针,蛋白芯片包括与所述基因编码的蛋白特异性结合的抗体;所述通过免疫检测诊断肺腺癌的试剂包括特异性结合所述基因编码的蛋白的抗体。
5.根据权利要求4所述的应用,其特征在于,通过实时定量PCR诊断肺腺癌的特异性扩增IGF2BP3、SPINK1、TMEM63C或B3GNT6基因的引物序列如SEQ ID NO.9-16所示。
6.一种诊断肺腺癌的产品,其特征在于,所述产品能够通过检测基因的表达量来诊断肺腺癌,所述基因包括IGF2BP3、SPINK1、TMEM63C或B3GNT6中的至少两种。
7.根据权利要求6所述的产品,其特征在于,所述产品包括芯片、试剂盒或制剂。
8.根据权利要求7所述的产品,其特征在于,所述芯片包括基因芯片和蛋白质芯片;所述基因芯片包括固相载体以及固定在固相载体的寡核苷酸探针,寡核苷酸探针包括用于检测所述基因转录水平的针对所述基因的寡核苷酸探针;所述蛋白质芯片包括固相载体以及固定在固相载体的所述基因编码的蛋白的特异性抗体;所述试剂盒包括基因检测试剂盒和蛋白免疫检测试剂盒;所述基因检测试剂盒包括用于检测所述基因转录水平的试剂;所述蛋白免疫检测试剂盒包括用于检测所述基因编码的蛋白的特异性抗体。
9.根据权利要求8所述的产品,其特征在于,检测所述基因转录水平的试剂包括针对IGF2BP3、SPINK1、TMEM63C或B3GNT6基因的引物和/或探针。
10.根据权利要求9所述的产品,其特征在于,所述针对IGF2BP3、SPINK1、TMEM63C或B3GNT6基因的引物序列如SEQ ID NO.9-16所示。
CN201910794279.8A 2019-08-27 2019-08-27 一组肺腺癌诊断标记及其应用 Withdrawn CN110452987A (zh)

Priority Applications (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN201910794279.8A CN110452987A (zh) 2019-08-27 2019-08-27 一组肺腺癌诊断标记及其应用

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN201910794279.8A CN110452987A (zh) 2019-08-27 2019-08-27 一组肺腺癌诊断标记及其应用

Publications (1)

Publication Number Publication Date
CN110452987A true CN110452987A (zh) 2019-11-15

Family

ID=68489272

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN201910794279.8A Withdrawn CN110452987A (zh) 2019-08-27 2019-08-27 一组肺腺癌诊断标记及其应用

Country Status (1)

Country Link
CN (1) CN110452987A (zh)

Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN113943718A (zh) * 2021-10-11 2022-01-18 北京大学 一种糖基转移酶及其在Tn抗原的标记、成像和检测中的应用

Cited By (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN113943718A (zh) * 2021-10-11 2022-01-18 北京大学 一种糖基转移酶及其在Tn抗原的标记、成像和检测中的应用
CN113943718B (zh) * 2021-10-11 2023-10-24 北京大学 一种糖基转移酶及其在Tn抗原的标记、成像和检测中的应用

Similar Documents

Publication Publication Date Title
CN105400880B (zh) 急性心肌梗死早期诊断标志物
US20100190656A1 (en) Breast Cancer Specific Markers and Methods of Use
CN107267662B (zh) 慢性阻塞性肺疾病的诊断工具
CN105543408B (zh) 冠心病早期诊断标志物
CN105256039A (zh) 骨质疏松症诊断标志物
CN105567861B (zh) Ifi27作为冠心病诊断标志物的用途
CN106319089B (zh) lncRNA在缺血性脑卒中诊断中的应用
CN109517898A (zh) 一种食管癌检测、诊断或者预后评价制剂,治疗食管癌的药物及rnd2基因的应用
CN110923308A (zh) 特发性肺纤维化疾病诊断标志物及其制备诊断或预后工具中的应用
CN104293932A (zh) 一种基于实时荧光pcr检测hla-b*5801等位基因的方法
CN112213487B (zh) Aste1在检测食管鳞癌中的应用
CN110452987A (zh) 一组肺腺癌诊断标记及其应用
CN105567862B (zh) Cdk18在制备诊断冠心病产品中的用途
TW200934877A (en) Use of CLEC1B for the determination of cardiovascular and thrombotic risk
CN109182528B (zh) 一种基于itgb5基因的胶质母细胞瘤辅助诊断、预后评价试剂盒及其使用方法
CN110331208A (zh) 分子靶标在肺腺癌联合诊断中的应用
KR20200102746A (ko) 췌장암 진단용 조성물
CN105543400B (zh) I型糖尿病的分子标志物
CN104789689B (zh) 作为肺腺癌诊治靶标的clec9a基因
CN104450887B (zh) 用于检测子宫内膜癌的dna探针、基因芯片及其应用
CN107904305B (zh) Heatr4基因作为诊断骨质疏松症的生物标志物
CN107164507A (zh) 绝经后妇女原发性骨质疏松症的诊断工具
US20070264651A1 (en) Methods, compositions, and kits for the detection and monitoring of kidney cancer
CN105200151B (zh) Tcf21基因作为疾病诊断标志物的用途
CN105861735A (zh) Rap1b在冠心病诊断中的应用

Legal Events

Date Code Title Description
PB01 Publication
PB01 Publication
SE01 Entry into force of request for substantive examination
SE01 Entry into force of request for substantive examination
TA01 Transfer of patent application right
TA01 Transfer of patent application right

Effective date of registration: 20200320

Address after: Room 2503, Qianshan building, building D2, Qingdao International Innovation Park Phase II, No. 1, Keyuan Weiyi Road, Laoshan District, Qingdao, Shandong Province

Applicant after: Qingdao Yangshen biomedical Co.,Ltd.

Address before: Room 619, 6 storeys, 5 buildings, 58 Jinghai Road, Beijing Daxing District, Beijing Economic and Technological Development Zone, 100176

Applicant before: BEIJING MEDINTELL BIOMED Co.,Ltd.

WW01 Invention patent application withdrawn after publication
WW01 Invention patent application withdrawn after publication

Application publication date: 20191115