CN110300599A - 抗体和其使用方法 - Google Patents

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CN110300599A CN201780085672.9A CN201780085672A CN110300599A CN 110300599 A CN110300599 A CN 110300599A CN 201780085672 A CN201780085672 A CN 201780085672A CN 110300599 A CN110300599 A CN 110300599A
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C·A·蒙特
G·利特
D·沙尔
J·D·沃尔乔克
T·默乔布
N·S·威尔森
D·A·萨维斯基
M·A·芬戴斯
R·扎帕索蒂
R·B·霍尔姆加德
J-M·库尔勒罗特
I·普罗斯库什姆
O·舍巴诺瓦
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Ludwig Institute for Cancer Research Ltd
Eiji Nath Co
Memorial Sloan Kettering Cancer Center
Agenus Inc
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Ludwig Institute for Cancer Research Ltd
Eiji Nath Co
Memorial Sloan Kettering Cancer Center
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Abstract

提供了与CTLA‑4和/或PD‑1特异性结合并拮抗CTLA‑4和/或PD‑1功能的抗体。还提供了包含这些抗体、编码这些抗体的核酸、用于产生这些抗体的表达载体和宿主细胞的药物组合物和试剂盒，以及单独或组合使用这些抗体治疗受试者的方法。

Description

抗体和其使用方法
相关申请
本申请要求2016年12月7日提交的美国临时申请第62/431,279号、2017年10月10日提交的美国临时申请第62/570,451号、2017年11月7日提交的美国临时申请第62/582,814号以及2017年11月15日提交的美国临时申请第62/586,605号的权益，所述美国临时申请各自以全文引用的方式并入本文中。
技术领域
本公开涉及与CTLA-4(例如，人类CTLA-4)和/或PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合的抗体，和这些抗体的使用方法。
背景技术
CTLA-4是在T细胞上上调的抑制性受体(Alegre等人,2001,《自然·免疫学综述》(Nat Rev Immunol)1:220-8)。CTLA-4以几种方式抑制免疫反应：它与T细胞共刺激受体CD28竞争其配体CD80和CD86，并由此阻断共刺激；它发出负信号以抑制T细胞活化；并且它还可以通过反式内吞作用从相对的细胞中捕获CD80和CD86，导致通过CD28的T细胞共刺激减弱(Krummel和Allison,1995,《实验医学杂志》(J Exp Med)182:459-465；Walunas等人,1994,《免疫》(Immunity)1:405-413；Qureshi等人,2011,《科学》(Science)332:600-603)。
PD-1是在活化的B细胞、T细胞和骨髓细胞上表达的另一种抑制性受体(Agata等人(1996)《国际免疫学》(Int Immunol)8:765-72；Okazaki等人(2002)《免疫学新见》(Curr.Opin.Immunol.)14:391779-82；Bennett等人(2003)《免疫学杂志》(J Immunol)170:711-8)。已经鉴定了PD-1的两种配体：PD-L1和PD-L2，其已显示在与PD-1结合后下调T细胞活化(Freeman等人(2000)《实验医学杂志》192:1027-34；Latchman等人(2001)《自然·免疫学》(Nat Immunol)2:261-8；Carter等人(2002)《欧洲免疫学杂志》(Eur J Immunol)32:634-43)。PD-1与PD-L1之间的相互作用导致肿瘤浸润性淋巴细胞减少、T细胞受体介导的增殖减少以及癌细胞的免疫逃避(Dong等人(2003)《分子医学杂志》(J.Mol.Med.)81:281-7；Blank等人(2005)《癌症免疫与免疫疗法》(Cancer Immunol.Immunother.)54:307-314；Konishi等人(2004)《临床癌症研究》(Clin.Cancer Res.)10:5094-100)。通过抑制PD-1与PD-L1的局部相互作用可以逆转这种免疫抑制(Iwai等人(2002)《美国国家科学院院刊》(Proc.Nat'l.Acad.Sci.USA)99:12293-7；Brown等人(2003)《免疫学杂志》170:1257-66)。
考虑到CTLA-4和PD-1在调节免疫反应中的重要作用，旨在拮抗CTLA-4和PD-1信号传导的疗法对于涉及CTLA-4和/或PD-1介导的免疫抑制的疾病的治疗具有很大的希望。
发明内容
本公开提供与CTLA-4(例如，人类CTLA-4)和/或PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合并拮抗CTLA-4和/或PD-1功能的抗体，所述功能例如由CTLA-4和/或PD-1介导的免疫抑制。还提供了包含这些抗体、编码这些抗体的核酸、用于产生这些抗体的表达载体和宿主细胞的药物组合物和试剂盒，以及使用这些抗体治疗受试者的方法。本文所述的抗体特别适用于增加响应于抗原(例如，肿瘤抗原或传染病抗原)的T细胞活化，并且因此特别适用于治疗受试者中的癌症或治疗或预防受试者中的传染病。
因此，在一个方面，本公开提供一种增强或诱导受试者中的免疫反应的方法，所述方法包含向受试者施用有效量的治疗组合，所述治疗组合包含与CTLA-4(例如，人类CTLA-4)特异性结合的第一分离的抗体和与PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合的第二分离的抗体，其中所述第一分离的抗体包括含有互补决定区CDRH1、CDRH2和CDRH3的重链可变区和含有互补决定区CDRL1、CDRL2和CDRL3的轻链可变区，其中：
(a)CDRH1包含SYX1MX2的氨基酸序列(SEQ ID NO:39)，其中
X1是S或A；并且
X2是N或S；
(b)CDRH2包含SISSSSSYIYYADSVKG的氨基酸序列(SEQ ID NO:22)；
(c)CDRH3包含VGLMGPFXI的氨基酸序列(SEQ ID NO:115)，其中X是D或N；
(d)CDRL1包含RASQSVX1X2YLX3的氨基酸序列(SEQ ID NO:43)，其中：
X1是S或G；
X2是R、S或T；并且
X3是G或A；
(e)CDRL2包含X1X2SX3RAT的氨基酸序列(SEQ ID NO:44)，其中：
X1是G或A；
X2是A或T；并且
X3是T、S、R或N；并且
(f)CDRL3包含QQYGX1SPX2T的氨基酸序列(SEQ ID NO:45)，其中：
X1是S或T；并且
X2是W或F，
并且其中所述第二分离的抗体包括含有互补决定区CDRH1、CDRH2和CDRH3的重链可变区和含有互补决定区CDRL1、CDRL2和CDRL3的轻链可变区，其中：
(g)CDRH1包含SYGMH的氨基酸序列(SEQ ID NO:75)；
(h)CDRH2包含VIWX1DGSNX2YYADSVX3G的氨基酸序列(SEQ ID NO:86)，其中
X1是Y或F；
X2是K或E；并且
X3是K或M；
(i)CDRH3包含NX1DX2的氨基酸序列(SEQ ID NO:87)，其中
X1是G或V；并且
X2是H或Y；
(j)CDRL1包含RASQSVSSNLA的氨基酸序列(SEQ ID NO:83)；
(k)CDRL2包含GASTRAT的氨基酸序列(SEQ ID NO:84)；并且
(l)CDRL3包含QQYNNWPRT的氨基酸序列(SEQ ID NO:85)。
在另一个方面，本公开提供一种治疗受试者中的癌症的方法，所述方法包含向受试者施用有效量的治疗组合，所述治疗组合包含与CTLA-4(例如，人类CTLA-4)特异性结合的第一分离的抗体和与PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合的第二分离的抗体，其中所述第一分离的抗体包括含有互补决定区CDRH1、CDRH2和CDRH3的重链可变区和含有互补决定区CDRL1、CDRL2和CDRL3的轻链可变区，其中：
(a)CDRH1包含SYX1MX2的氨基酸序列(SEQ ID NO:39)，其中
X1是S或A；并且
X2是N或S；
(b)CDRH2包含SISSSSSYIYYADSVKG的氨基酸序列(SEQ ID NO:22)；
(c)CDRH3包含VGLMGPFXI的氨基酸序列(SEQ ID NO:115)，其中X是D或N；
(d)CDRL1包含RASQSVX1X2YLX3的氨基酸序列(SEQ ID NO:43)，其中：
X1是S或G；
X2是R、S或T；并且
X3是G或A；
(e)CDRL2包含X1X2SX3RAT的氨基酸序列(SEQ ID NO:44)，其中：
X1是G或A；
X2是A或T；并且
X3是T、S、R或N；并且
(f)CDRL3包含QQYGX1SPX2T的氨基酸序列(SEQ ID NO:45)，其中：
X1是S或T；并且
X2是W或F，
并且其中所述第二分离的抗体包括含有互补决定区CDRH1、CDRH2和CDRH3的重链可变区和含有互补决定区CDRL1、CDRL2和CDRL3的轻链可变区，其中：
(g)CDRH1包含SYGMH的氨基酸序列(SEQ ID NO:75)；
(h)CDRH2包含VIWX1DGSNX2YYADSVX3G的氨基酸序列(SEQ ID NO:86)，其中
X1是Y或F；
X2是K或E；并且
X3是K或M；
(i)CDRH3包含NX1DX2的氨基酸序列(SEQ ID NO:87)，其中
X1是G或V；并且
X2是H或Y；
(j)CDRL1包含RASQSVSSNLA的氨基酸序列(SEQ ID NO:83)；
(k)CDRL2包含GASTRAT的氨基酸序列(SEQ ID NO:84)；并且
(l)CDRL3包含QQYNNWPRT的氨基酸序列(SEQ ID NO:85)。
在另一个方面，本公开提供一种治疗受试者中的传染病的方法，所述方法包含向受试者施用有效量的治疗组合，所述治疗组合包含与CTLA-4(例如，人类CTLA-4)特异性结合的第一分离的抗体和与PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合的第二分离的抗体，其中所述第一分离的抗体包括含有互补决定区CDRH1、CDRH2和CDRH3的重链可变区和含有互补决定区CDRL1、CDRL2和CDRL3的轻链可变区，其中：
(a)CDRH1包含SYX1MX2的氨基酸序列(SEQ ID NO:39)，其中
X1是S或A；并且
X2是N或S；
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X2是R、S或T；并且
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X1是G或A；
X2是A或T；并且
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(f)CDRL3包含QQYGX1SPX2T的氨基酸序列(SEQ ID NO:45)，其中：
X1是S或T；并且
X2是W或F，
并且其中所述第二分离的抗体包括含有互补决定区CDRH1、CDRH2和CDRH3的重链可变区和含有互补决定区CDRL1、CDRL2和CDRL3的轻链可变区，其中：
(g)CDRH1包含SYGMH的氨基酸序列(SEQ ID NO:75)；
(h)CDRH2包含VIWX1DGSNX2YYADSVX3G的氨基酸序列(SEQ ID NO:86)，其中
X1是Y或F；
X2是K或E；并且
X3是K或M；
(i)CDRH3包含NX1DX2的氨基酸序列(SEQ ID NO:87)，其中
X1是G或V；并且
X2是H或Y；
(j)CDRL1包含RASQSVSSNLA的氨基酸序列(SEQ ID NO:83)；
(k)CDRL2包含GASTRAT的氨基酸序列(SEQ ID NO:84)；并且
(l)CDRL3包含QQYNNWPRT的氨基酸序列(SEQ ID NO:85)。
在另一个方面，本公开提供一种增强或诱导受试者中的免疫反应的方法，所述方法包含向受试者施用有效量的治疗组合，所述治疗组合包含与人类CTLA-4特异性结合的第一分离的抗体和与人类PD-1特异性结合的第二分离的抗体，其中所述第一分离的抗体包括含有互补决定区CDRH1、CDRH2和CDRH3的重链可变区和含有互补决定区CDRL1、CDRL2和CDRL3的轻链可变区，其中：
(a)CDRH1包含SYX1MX2的氨基酸序列(SEQ ID NO:39)，其中
X1是S或A；并且
X2是N或S；
(b)CDRH2包含SISSSSSYIYYADSVKG的氨基酸序列(SEQ ID NO:22)；
(c)CDRH3包含VGLMGPFXI的氨基酸序列(SEQ ID NO:115)，其中X是D或N；
(d)CDRL1包含RASQSVX1X2YLX3的氨基酸序列(SEQ ID NO:43)，其中：
X1是S或G；
X2是R、S或T；并且
X3是G或A；
(e)CDRL2包含X1X2SX3RAT的氨基酸序列(SEQ ID NO:44)，其中：
X1是G或A；
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X3是T、S、R或N；并且
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X1是S或T；并且
X2是W或F。
在另一个方面，本公开提供一种治疗受试者中的癌症的方法，所述方法包含向受试者施用有效量的治疗组合，所述治疗组合包含与人类CTLA-4特异性结合的第一分离的抗体和与人类PD-1特异性结合的第二分离的抗体，其中所述第一分离的抗体包括含有互补决定区CDRH1、CDRH2和CDRH3的重链可变区和含有互补决定区CDRL1、CDRL2和CDRL3的轻链可变区，其中：
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X2是W或F。
在另一个方面，本公开提供一种治疗受试者中的传染病的方法，所述方法包含向受试者施用有效量的治疗组合，所述治疗组合包含与人类CTLA-4特异性结合的第一分离的抗体和与人类PD-1特异性结合的第二分离的抗体，其中所述第一分离的抗体包括含有互补决定区CDRH1、CDRH2和CDRH3的重链可变区和含有互补决定区CDRL1、CDRL2和CDRL3的轻链可变区，其中：
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在另一个方面，本公开提供一种增强或诱导受试者中的免疫反应的方法，所述方法包含向受试者施用有效量的治疗组合，所述治疗组合包含与人类CTLA-4特异性结合的第一分离的抗体和与人类PD-1特异性结合的第二分离的抗体，其中所述第二分离的抗体包括含有互补决定区CDRH1、CDRH2和CDRH3的重链可变区和含有互补决定区CDRL1、CDRL2和CDRL3的轻链可变区，其中：
(a)CDRH1包含SYGMH的氨基酸序列(SEQ ID NO:75)；
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X3是K或M；
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(d)CDRL1包含RASQSVSSNLA的氨基酸序列(SEQ ID NO:83)；
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(f)CDRL3包含QQYNNWPRT的氨基酸序列(SEQ ID NO:85)。
在另一个方面，本公开提供一种治疗受试者中的癌症的方法，所述方法包含向受试者施用有效量的治疗组合，所述治疗组合包含与人类CTLA-4特异性结合的第一分离的抗体和与人类PD-1特异性结合的第二分离的抗体，其中所述第二分离的抗体包括含有互补决定区CDRH1、CDRH2和CDRH3的重链可变区和含有互补决定区CDRL1、CDRL2和CDRL3的轻链可变区，其中：
(a)CDRH1包含SYGMH的氨基酸序列(SEQ ID NO:75)；
(b)CDRH2包含VIWX1DGSNX2YYADSVX3G的氨基酸序列(SEQ ID NO:86)，其中
X1是Y或F；
X2是K或E；并且
X3是K或M；
(c)CDRH3包含NX1DX2的氨基酸序列(SEQ ID NO:87)，其中
X1是G或V；并且
X2是H或Y；
(d)CDRL1包含RASQSVSSNLA的氨基酸序列(SEQ ID NO:83)；
(e)CDRL2包含GASTRAT的氨基酸序列(SEQ ID NO:84)；并且
(f)CDRL3包含QQYNNWPRT的氨基酸序列(SEQ ID NO:85)。
在另一个方面，本公开提供一种治疗受试者中的传染病的方法，所述方法包含向受试者施用有效量的治疗组合，所述治疗组合包含与人类CTLA-4特异性结合的第一分离的抗体和与人类PD-1特异性结合的第二分离的抗体，其中所述第二分离的抗体包括含有互补决定区CDRH1、CDRH2和CDRH3的重链可变区和含有互补决定区CDRL1、CDRL2和CDRL3的轻链可变区，其中：
(a)CDRH1包含SYGMH的氨基酸序列(SEQ ID NO:75)；
(b)CDRH2包含VIWX1DGSNX2YYADSVX3G的氨基酸序列(SEQ ID NO:86)，其中
X1是Y或F；
X2是K或E；并且
X3是K或M；
(c)CDRH3包含NX1DX2的氨基酸序列(SEQ ID NO:87)，其中
X1是G或V；并且
X2是H或Y；
(d)CDRL1包含RASQSVSSNLA的氨基酸序列(SEQ ID NO:83)；
(e)CDRL2包含GASTRAT的氨基酸序列(SEQ ID NO:84)；并且
(f)CDRL3包含QQYNNWPRT的氨基酸序列(SEQ ID NO:85)。
在另一个方面，本公开提供一种增强或诱导受试者中的免疫反应的方法，所述方法包含向受试者施用有效量的与人类CTLA-4特异性结合的第一分离的抗体，任选地作为单一疗法，其中所述第一分离的抗体包括含有互补决定区CDRH1、CDRH2和CDRH3的重链可变区和含有互补决定区CDRL1、CDRL2和CDRL3的轻链可变区，其中：
(a)CDRH1包含SYX1MX2的氨基酸序列(SEQ ID NO:39)，其中
X1是S或A；并且
X2是N或S；
(b)CDRH2包含SISSSSSYIYYADSVKG的氨基酸序列(SEQ ID NO:22)；
(c)CDRH3包含VGLMGPFXI的氨基酸序列(SEQ ID NO:115)，其中X是D或N；
(d)CDRL1包含RASQSVX1X2YLX3的氨基酸序列(SEQ ID NO:43)，其中：
X1是S或G；
X2是R、S或T；并且
X3是G或A；
(e)CDRL2包含X1X2SX3RAT的氨基酸序列(SEQ ID NO:44)，其中：
X1是G或A；
X2是A或T；并且
X3是T、S、R或N；并且
(f)CDRL3包含QQYGX1SPX2T的氨基酸序列(SEQ ID NO:45)，其中：
X1是S或T；并且
X2是W或F。
在另一个方面，本公开提供一种治疗受试者中的癌症的方法，所述方法包含向受试者施用有效量的与人类CTLA-4特异性结合的第一分离的抗体，任选地作为单一疗法，其中所述第一分离的抗体包括含有互补决定区CDRH1、CDRH2和CDRH3的重链可变区和含有互补决定区CDRL1、CDRL2和CDRL3的轻链可变区，其中：
(a)CDRH1包含SYX1MX2的氨基酸序列(SEQ ID NO:39)，其中
X1是S或A；并且
X2是N或S；
(b)CDRH2包含SISSSSSYIYYADSVKG的氨基酸序列(SEQ ID NO:22)；
(c)CDRH3包含VGLMGPFXI的氨基酸序列(SEQ ID NO:115)，其中X是D或N；
(d)CDRL1包含RASQSVX1X2YLX3的氨基酸序列(SEQ ID NO:43)，其中：
X1是S或G；
X2是R、S或T；并且
X3是G或A；
(e)CDRL2包含X1X2SX3RAT的氨基酸序列(SEQ ID NO:44)，其中：
X1是G或A；
X2是A或T；并且
X3是T、S、R或N；并且
(f)CDRL3包含QQYGX1SPX2T的氨基酸序列(SEQ ID NO:45)，其中：
X1是S或T；并且
X2是W或F。
在另一个方面，本公开提供一种治疗受试者中的传染病的方法，所述方法包含向受试者施用有效量的与人类CTLA-4特异性结合的第一分离的抗体，任选地作为单一疗法，其中所述第一分离的抗体包括含有互补决定区CDRH1、CDRH2和CDRH3的重链可变区和含有互补决定区CDRL1、CDRL2和CDRL3的轻链可变区，其中：
(a)CDRH1包含SYX1MX2的氨基酸序列(SEQ ID NO:39)，其中
X1是S或A；并且
X2是N或S；
(b)CDRH2包含SISSSSSYIYYADSVKG的氨基酸序列(SEQ ID NO:22)；
(c)CDRH3包含VGLMGPFXI的氨基酸序列(SEQ ID NO:115)，其中X是D或N；
(d)CDRL1包含RASQSVX1X2YLX3的氨基酸序列(SEQ ID NO:43)，其中：
X1是S或G；
X2是R、S或T；并且
X3是G或A；
(e)CDRL2包含X1X2SX3RAT的氨基酸序列(SEQ ID NO:44)，其中：
X1是G或A；
X2是A或T；并且
X3是T、S、R或N；并且
(f)CDRL3包含QQYGX1SPX2T的氨基酸序列(SEQ ID NO:45)，其中：
X1是S或T；并且
X2是W或F。
在另一个方面，本公开提供一种增强或诱导受试者中的免疫反应的方法，所述方法包含向受试者施用有效量的与人类PD-1特异性结合的第二分离的抗体，任选地作为单一疗法，其中所述第二分离的抗体包括含有互补决定区CDRH1、CDRH2和CDRH3的重链可变区和含有互补决定区CDRL1、CDRL2和CDRL3的轻链可变区，其中：
(a)CDRH1包含SYGMH的氨基酸序列(SEQ ID NO:75)；
(b)CDRH2包含VIWX1DGSNX2YYADSVX3G的氨基酸序列(SEQ ID NO:86)，其中
X1是Y或F；
X2是K或E；并且
X3是K或M；
(c)CDRH3包含NX1DX2的氨基酸序列(SEQ ID NO:87)，其中
X1是G或V；并且
X2是H或Y；
(d)CDRL1包含RASQSVSSNLA的氨基酸序列(SEQ ID NO:83)；
(e)CDRL2包含GASTRAT的氨基酸序列(SEQ ID NO:84)；并且
(f)CDRL3包含QQYNNWPRT的氨基酸序列(SEQ ID NO:85)。
在另一个方面，本公开提供一种治疗受试者中的癌症的方法，所述方法包含向受试者施用有效量的与人类PD-1特异性结合的第二分离的抗体，任选地作为单一疗法，其中所述第二分离的抗体包括含有互补决定区CDRH1、CDRH2和CDRH3的重链可变区和含有互补决定区CDRL1、CDRL2和CDRL3的轻链可变区，其中：
(a)CDRH1包含SYGMH的氨基酸序列(SEQ ID NO:75)；
(b)CDRH2包含VIWX1DGSNX2YYADSVX3G的氨基酸序列(SEQ ID NO:86)，其中
X1是Y或F；
X2是K或E；并且
X3是K或M；
(c)CDRH3包含NX1DX2的氨基酸序列(SEQ ID NO:87)，其中
X1是G或V；并且
X2是H或Y；
(d)CDRL1包含RASQSVSSNLA的氨基酸序列(SEQ ID NO:83)；
(e)CDRL2包含GASTRAT的氨基酸序列(SEQ ID NO:84)；并且
(f)CDRL3包含QQYNNWPRT的氨基酸序列(SEQ ID NO:85)。
在另一个方面，本公开提供一种治疗受试者中的传染病的方法，所述方法包含向受试者施用有效量的与人类PD-1特异性结合的第二分离的抗体，任选地作为单一疗法，其中所述第二分离的抗体包括含有互补决定区CDRH1、CDRH2和CDRH3的重链可变区和含有互补决定区CDRL1、CDRL2和CDRL3的轻链可变区，其中：
(a)CDRH1包含SYGMH的氨基酸序列(SEQ ID NO:75)；
(b)CDRH2包含VIWX1DGSNX2YYADSVX3G的氨基酸序列(SEQ ID NO:86)，其中
X1是Y或F；
X2是K或E；并且
X3是K或M；
(c)CDRH3包含NX1DX2的氨基酸序列(SEQ ID NO:87)，其中
X1是G或V；并且
X2是H或Y；
(d)CDRL1包含RASQSVSSNLA的氨基酸序列(SEQ ID NO:83)；
(e)CDRL2包含GASTRAT的氨基酸序列(SEQ ID NO:84)；并且
(f)CDRL3包含QQYNNWPRT的氨基酸序列(SEQ ID NO:85)。
在某些实施例中，第一分离的抗体的CDRH1包含SEQ ID NO:20或21的氨基酸序列。在某些实施例中，第一分离的抗体的CDRH3包含SEQ ID NO:24或26的氨基酸序列。在某些实施例中，第一分离的抗体的CDRL1包含SEQ ID NO:27、28或29的氨基酸序列。在某些实施例中，第一分离的抗体的CDRL2包含选自由SEQ ID NO:30-35组成的组的氨基酸序列。在某些实施例中，第一分离的抗体的CDRL3包含SEQ ID NO:36、37或38的氨基酸序列。在某些实施例中，第一分离的抗体的CDRH1、CDRH2和CDRH3分别包含SEQ ID NO:20、22和24；21、22和24；或21、22和26中所示的CDRH1、CDRH2和CDRH3氨基酸序列。在某些实施例中，第一分离的抗体的CDRL1、CDRL2和CDRL3分别包含SEQ ID NO:27、30和36；28、31和36；29、32和37；29、33和38；29、34和36；或29、35和38中所示的CDRL1、CDRL2和CDRL3氨基酸序列。
在某些实施例中，第一分离的抗体的CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2和CDRL3分别包含SEQ ID NO:20、22、24、27、30和36；20、22、24、29、32和37；20、22、24、29、33和38；21、22、24、27、30和36；21、22、24、29、33和38；20、22、24、28、31和36；20、22、24、29、34和36；20、22、24、29、35和38；21、22、26、27、30和36；21、22、26、29、32和37；21、22、26、29、33和38；或21、22、26、29、35和38中所示的氨基酸序列。在某些实施例中，第一分离的抗体的CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2和CDRL3分别包含SEQ ID NO:20、22、24、27、30和36中所示的氨基酸序列。
在某些实施例中，第一分离的抗体包括含有SEQ ID NO:116的氨基酸序列的重链可变区。在某些实施例中，第一分离的抗体包括含有与选自由SEQ ID NO:1和9-13组成的组的氨基酸序列至少75％、80％、85％、90％、95％或100％相同的氨基酸序列的重链可变区。在某些实施例中，第一分离的抗体的重链可变区包含选自由SEQ ID NO:1和9-13组成的组的氨基酸序列。
在某些实施例中，第一分离的抗体包括含有SEQ ID NO:47的氨基酸序列的轻链可变区。在某些实施例中，第一分离的抗体包括含有与选自由SEQ ID NO:14-19组成的组的氨基酸序列至少75％、80％、85％、90％、95％或100％相同的氨基酸序列的轻链可变区。在某些实施例中，第一分离的抗体的轻链可变区包含选自由SEQ ID NO:14-19组成的组的氨基酸序列。
在某些实施例中，第一分离的抗体的重链可变区和轻链可变区分别包含SEQ IDNO:1和14；1和16,1和17；9和14；9和17；10和15；10和17；10和18；10和19；11和15；11和14；11和16；11和17；12和14；12和16；12和17；12和19；13和15；或13和17中所示的氨基酸序列。在某些实施例中，第一分离的抗体的重链可变区和轻链可变区分别包含SEQ ID NO:1和14中所示的氨基酸序列。
在某些实施例中，第一分离的抗体包含具有衍生自人类IGHV3-21胚系序列的氨基酸序列的重链可变区。在某些实施例中，第一分离的抗体包含具有衍生自人类IGKV3-20或IGKV3-11胚系序列的氨基酸序列的轻链可变区。
在某些实施例中，第一分离的抗体包括含有选自由SEQ ID NO:51-54和117组成的组的氨基酸序列的重链和含有SEQ ID NO:59的氨基酸序列的轻链。在某些实施例中，第一分离的抗体包括含有SEQ ID NO:51的氨基酸序列的重链和含有SEQ ID NO:59的氨基酸序列的轻链。在某些实施例中，第一分离的抗体包括含有SEQ ID NO:117的氨基酸序列的重链和含有SEQ ID NO:59的氨基酸序列的轻链。
在某些实施例中，第一分离的抗体包含选自由人类IgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgA1、IgA2组成的组的重链恒定区。在某些实施例中，第一分离的抗体包含IgG1重链恒定区。在某些实施例中，第一分离的抗体包括含有SEQ ID NO:60的氨基酸序列的重链恒定区。在某些实施例中，IgG1重链恒定区的氨基酸序列包含S239D/I332E突变，根据EU编号系统编号。在某些实施例中，第一分离的抗体包括含有SEQ ID NO:61的氨基酸序列的重链恒定区。在某些实施例中，IgG1重链恒定区的氨基酸序列包含S239D/A330L/I332E突变，根据EU编号系统编号。在某些实施例中，第一分离的抗体包括含有SEQ ID NO:62的氨基酸序列的重链恒定区。在某些实施例中，IgG1重链恒定区的氨基酸序列包含L235V/F243L/R292P/Y300L/P396L突变，根据EU编号系统编号。在某些实施例中，第一分离的抗体包括含有SEQ ID NO:63的氨基酸序列的重链恒定区。在某些实施例中，IgG1重链恒定区是非岩藻糖基化的IgG1。在某些实施例中，第一分离的抗体包含IgG2重链恒定区。在某些实施例中，第一分离的抗体包括含有SEQ ID NO:118的氨基酸序列的重链恒定区。
在某些实施例中，第一分离的抗体包含选自由人类Igκ和Igλ组成的组的轻链恒定区。在某些实施例中，第一分离的抗体包含Igκ轻链恒定区。在某些实施例中，第一分离的抗体包括含有SEQ ID NO:64的氨基酸序列的轻链恒定区。
在某些实施例中，第一分离的抗体与包括含有SEQ ID NO:1的氨基酸序列的重链可变区和含有SEQ ID NO:14的氨基酸序列的轻链可变区的抗体结合同一种人类CTLA-4表位。在某些实施例中，第一分离的抗体与位于人类CTLA-4的区域内的由选自由SEQ ID NO:97-102组成的组的氨基酸序列组成的表位结合。
在某些实施例中，第一分离的抗体对人类CTLA-4具有拮抗作用。
在某些实施例中，第二分离的抗体的CDRH2包含选自由SEQ ID NO:76-79组成的组的氨基酸序列。在某些实施例中，第二分离的抗体的CDRH3包含SEQ ID NO:80、81或82的氨基酸序列。在某些实施例中，第二分离的抗体的CDRH1、CDRH2和CDRH3分别包含SEQ ID NO:75、76和80；75、76和81；75、76和82；75、77和81；75、78和81；或75、79和81中所示的CDRH1、CDRH2和CDRH3氨基酸序列。
在某些实施例中，第二分离的抗体的CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2和CDRL3分别包含SEQ ID NO:75、76、80、83、84和85；75、76、81、83、84和85；75、76、82、83、84和85；75、77、81、83、84和85；75、78、81、83、84和85；或75、79、81、83、84和85中所示的氨基酸序列。在某些实施例中，第二分离的抗体的CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2和CDRL3分别包含SEQID NO:75、76、81、83、84和85中所示的氨基酸序列。
在某些实施例中，第二分离的抗体包括含有SEQ ID NO:88的氨基酸序列的重链可变区。在某些实施例中，第二分离的抗体包括含有与选自由SEQ ID NO:66-73组成的组的氨基酸序列至少75％、80％、85％、90％、95％或100％相同的氨基酸序列的重链可变区。在某些实施例中，第二分离的抗体的重链可变区包含选自由SEQ ID NO:66-73组成的组的氨基酸序列。在某些实施例中，第二分离的抗体包括含有与SEQ ID NO:74的氨基酸序列至少75％、80％、85％、90％、95％或100％相同的氨基酸序列的轻链可变区。在某些实施例中，第二分离的抗体的轻链可变区包含SEQ ID NO:74的氨基酸序列。
在某些实施例中，第二分离的抗体的重链可变区和轻链可变区分别包含SEQ IDNO:66和74；67和74；68和74；69和74；70和74；71和74；72和74；或73和74中所示的氨基酸序列。在某些实施例中，第二分离的抗体的重链可变区和轻链可变区分别包含SEQ ID NO:66和74中所示的氨基酸序列。
在某些实施例中，第二分离的抗体包含具有衍生自人类IGHV3-33胚系序列的氨基酸序列的重链可变区。在某些实施例中，第二分离的抗体包含具有衍生自人类IGKV3-15胚系序列的氨基酸序列的轻链可变区。
在某些实施例中，第二分离的抗体包括含有SEQ ID NO:91的氨基酸序列的重链和含有SEQ ID NO:93的氨基酸序列的轻链。在某些实施例中，第二分离的抗体包括含有SEQID NO:92的氨基酸序列的重链和含有SEQ ID NO:93的氨基酸序列的轻链。在某些实施例中，第二分离的抗体包括含有SEQ ID NO:120的氨基酸序列的重链和含有SEQ ID NO:93的氨基酸序列的轻链。
在某些实施例中，第二分离的抗体包含选自由人类IgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgA1和IgA2组成的组的重链恒定区。在某些实施例中，第二分离的抗体包含IgG1重链恒定区。在某些实施例中，IgG1重链恒定区的氨基酸序列包含N297A突变，根据EU编号系统编号。在某些实施例中，第二分离的抗体包括含有SEQ ID NO:94的氨基酸序列的重链恒定区。在某些实施例中，第二分离的抗体包含IgG4重链恒定区。在某些实施例中，IgG4重链恒定区的氨基酸序列包含S228P突变，根据EU编号系统编号。在某些实施例中，第二分离的抗体包括含有SEQID NO:95的氨基酸序列的重链恒定区。
在某些实施例中，第二分离的抗体包含选自由人类Igκ和Igλ组成的组的轻链恒定区。在某些实施例中，第二分离的抗体包含Igκ轻链恒定区。在某些实施例中，第二分离的抗体包括含有SEQ ID NO:64的氨基酸序列的轻链恒定区。
在某些实施例中，第二分离的抗体与包括含有SEQ ID NO:66的氨基酸序列的重链可变区和含有SEQ ID NO:74的氨基酸序列的轻链可变区的抗体结合同一种人类PD-1表位。在某些实施例中，第二分离的抗体与位于人类PD-1的区域内的由选自由SEQ ID NO:103-107组成的组的氨基酸序列组成的表位结合。
在某些实施例中，第二分离的抗体对人类PD-1具有拮抗作用。
在某些实施例中，第二分离的抗体选自由派姆单抗(pembrolizumab)、纳武单抗(nivolumab)和匹立珠单抗(pidilizumab)组成的组。在某些实施例中，第二分离的抗体是派姆单抗。
在某些实施例中，第一分离的抗体选自由伊匹单抗(ipilimumab)和曲美木单抗(tremelimumab)组成的组。在某些实施例中，第一分离的抗体是伊匹单抗。
在某些实施例中，第一分离的抗体按0.3mg/kg或1mg/kg施用。在某些实施例中，第二分离的抗体按1mg/kg、3mg/kg或6mg/kg施用。在某些实施例中，第二分离的抗体按200mg的剂量施用，任选地其中第二分离的抗体是派姆单抗。在某些实施例中，第一分离的抗体按0.3mg/kg或1mg/kg施用，并且第二分离的抗体按1mg/kg、3mg/kg或6mg/kg施用。在某些实施例中，第一分离的抗体按0.3mg/kg施用，并且第二分离的抗体按1mg/kg施用。在某些实施例中，第一分离的抗体按1mg/kg施用，并且第二分离的抗体按1mg/kg施用。在某些实施例中，第一分离的抗体按1mg/kg施用，并且第二分离的抗体按3mg/kg施用。在某些实施例中，第一分离的抗体按1mg/kg施用，并且第二分离的抗体按6mg/kg施用。在某些实施例中，第一分离的抗体按约0.3mg/kg或1mg/kg施用，并且第二分离的抗体按约1mg/kg或3mg/kg施用。在某些实施例中，第一分离的抗体按约0.3mg/kg施用，并且第二分离的抗体按约1mg/kg施用。在某些实施例中，第一分离的抗体按约1mg/kg施用，并且第二分离的抗体按约1mg/kg施用。在某些实施例中，第一分离的抗体按约1mg/kg施用，并且第二分离的抗体按约3mg/kg施用。在某些实施例中，第一分离的抗体按约1mg/kg施用，并且第二分离的抗体按约6mg/kg施用。在某些实施例中，第一分离的抗体每六周施用。在某些实施例中，第二分离的抗体每两周或每三周施用。在某些实施例中，第一分离的抗体每六周施用，并且第二分离的抗体每两周或每三周施用。在某些实施例中，第一分离的抗体约每六周施用，并且第二分离的抗体约每两周或约每三周施用。在某些实施例中，第一分离的抗体按0.3mg/kg每六周施用，并且第二分离的抗体按1mg/kg每两周施用。在某些实施例中，第一分离的抗体按1mg/kg每六周施用，并且第二分离的抗体按1mg/kg每两周施用。在某些实施例中，第一分离的抗体按1mg/kg每六周施用，并且第二分离的抗体按3mg/kg每两周施用。在某些实施例中，第一分离的抗体按1mg/kg每六周施用，并且第二分离的抗体按6mg/kg每三周施用。在某些实施例中，第一分离的抗体按约0.3mg/kg约每六周施用，并且第二分离的抗体按约1mg/kg约每两周施用。在某些实施例中，第一分离的抗体按约1mg/kg约每六周施用，并且第二分离的抗体按约1mg/kg约每两周施用。在某些实施例中，第一分离的抗体按约1mg/kg约每六周施用，并且第二分离的抗体按约3mg/kg约每两周施用。在某些实施例中，第一分离的抗体按约1mg/kg约每六周施用，并且第二分离的抗体按约6mg/kg约每三周施用。在某些实施例中，第一分离的抗体静脉内施用。在某些实施例中，第二分离的抗体静脉内施用。在某些实施例中，第一分离的抗体和第二分离的抗体均静脉内施用。
在某些实施例中，受试者患有癌症。在某些实施例中，受试者患有转移性或局部晚期实体肿瘤。
在某些实施例中，癌症是宫颈癌。在某些实施例中，癌症是转移性或局部晚期的不可切除性鳞状细胞癌、腺鳞癌或子宫颈腺癌。在某些实施例中，转移性或局部晚期实体肿瘤是转移性或局部晚期的不可切除性鳞状细胞癌、腺鳞癌或子宫颈腺癌。在某些实施例中，没有标准疗法可供用于癌症(例如，宫颈癌)或转移性或局部晚期实体肿瘤。在某些实施例中，癌症(例如，宫颈癌)或转移性或局部晚期实体肿瘤是标准疗法难治愈的。在某些实施例中，癌症(例如，宫颈癌)或转移性或局部晚期实体肿瘤已在标准疗法之后复发。在某些实施例中，标准疗法包含含铂化疗。在某些实施例中，标准疗法是含铂双重疗法(platinum-containing doublet)。在某些实施例中，癌症(例如，宫颈癌)是已在为了治疗晚期(复发性、不可切除性或转移性)疾病而施用的含铂双重疗法之后复发的转移性或局部晚期的不可切除性鳞状细胞癌、腺鳞癌或子宫颈腺癌。在某些实施例中，癌症(例如，宫颈癌)或转移性或局部晚期实体肿瘤是HPV阳性。在某些实施例中，癌症或转移性或局部晚期实体肿瘤是头颈癌、黑色素瘤、肾细胞癌、尿路上皮癌或子宫内膜。在某些实施例中，癌症(例如，宫颈癌)或转移性或局部晚期实体肿瘤与微卫星不稳定性相关。
在某些实施例中，受试者患有宫颈癌(例如，转移性或局部晚期的不可切除性鳞状细胞癌、腺鳞癌或子宫颈腺癌)，并且所述方法包含在宫颈癌的诊断之后(例如，在诊断后1、2、3、4、5或6天；1、2、3、4、6、8或12周；或1、2、3、4、6、8或12个月之内)向受试者施用有效量的本文所述的抗PD-1抗体，例如AGEN2034(IgG4S228P)，或包含此类抗PD-1抗体的药物组合物，作为第一癌症疗法，任选地其中本文所述的抗PD-1抗体，例如AGEN2034(IgG4 S228P)，或包含此类抗PD-1抗体的药物组合物，按本文表13的单行中所示的剂量和频率施用。在某些实施例中，受试者患有宫颈癌(例如，转移性或局部晚期的不可切除性鳞状细胞癌、腺鳞癌或子宫颈腺癌)，并且所述方法包含在宫颈癌的诊断之后(例如，在诊断后1、2、3、4、5或6天；1、2、3、4、6、8或12周；或1、2、3、4、6、8或12个月之内)向受试者施用有效量的治疗组合作为第一癌症疗法，所述治疗组合包含(a)本文所述的抗CTLA-4抗体，例如AGEN1884(IgG1)，或包含此类抗CTLA-4抗体的药物组合物；和(b)本文所述的抗PD-1抗体，例如AGEN2034(IgG4 S228P)，或包含此类抗PD-1抗体的药物组合物，任选地其中本文所述的抗CTLA-4抗体，例如AGEN1884(IgG1)，或包含此类抗CTLA-4抗体的药物组合物，和本文所述的抗PD-1抗体，例如AGEN2034(IgG4 S228P)，或包含此类抗PD-1抗体的药物组合物，按本文表13的单行中所示的剂量和频率施用。在某些实施例中，受试者患有宫颈癌(例如，转移性或局部晚期的不可切除性鳞状细胞癌、腺鳞癌或子宫颈腺癌)，并且所述方法包含在宫颈癌的诊断之后(例如，在诊断后1、2、3、4、5或6天；1、2、3、4、6、8或12周；或1、2、3、4、6、8或12个月之内)向受试者施用有效量的治疗组合作为第一癌症疗法，所述治疗组合包含(a)本文所述的抗CTLA-4抗体，例如AGEN1884(IgG1)，或包含此类抗CTLA-4抗体的药物组合物，和(b)派姆单抗或包含派姆单抗的药物组合物，任选地其中本文所述的抗CTLA-4抗体，例如AGEN1884(IgG1)，或包含此类抗CTLA-4抗体的药物组合物，按本文表13的单行中所示的剂量和频率施用，并且派姆单抗或包含派姆单抗的组合物按200mg每三周施用。
在某些实施例中，癌症表达PD-L1。在某些实施例中，癌症样品中展现可检测的PD-L1膜表达(例如，部分或完全膜表达)的肿瘤细胞的百分比是至少1％(例如，至少2％、3％、4％、5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、60％、70％、80％或90％)。在某些实施例中，癌症样品中展现可检测的PD-L1膜表达(例如，部分或完全膜表达)的肿瘤细胞的百分比是至少1％。在某些实施例中，癌症样品中展现可检测的PD-L1膜表达(例如，部分或完全膜表达)的肿瘤细胞的百分比是至少5％。在某些实施例中，癌症样品中展现可检测的PD-L1膜表达(例如，部分或完全膜表达)的肿瘤细胞的百分比是至少25％。在某些实施例中，癌症样品中展现可检测的PD-L1膜表达(例如，部分或完全膜表达)的肿瘤细胞的百分比是至少50％。PD-L1的膜表达可以通过本领域中已知的任何方法，例如免疫组织化学法来检测。用于检测肿瘤细胞中的PD-L1膜表达的示范性免疫组织化学分析提供于Hirsch等人(2017,《胸部肿瘤学杂志》(J.Thoracic Oncol.)12(2):208-222)、Rimm等人(2017,《美国医学会杂志：肿瘤学》(JAMA Oncol.)3(8):1051-1058)以及Diggs和Hsueh(2017,《生物标志物研究》(Biomarker Res.)5:12)中，所述文献以全文引用的方式并入本文中。
在某些实施例中，转移性或局部晚期肿瘤表达PD-L1。在某些实施例中，转移性或局部晚期肿瘤样品中展现可检测的PD-L1膜表达(例如，部分或完全膜表达)的肿瘤细胞的百分比是至少1％(例如，至少2％、3％、4％、5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、60％、70％、80％或90％)。在某些实施例中，转移性或局部晚期肿瘤样品中展现可检测的PD-L1膜表达(例如，部分或完全膜表达)的肿瘤细胞的百分比是至少1％。在某些实施例中，转移性或局部晚期肿瘤样品中展现可检测的PD-L1膜表达(例如，部分或完全膜表达)的肿瘤细胞的百分比是至少5％。在某些实施例中，转移性或局部晚期肿瘤样品中展现可检测的PD-L1膜表达(例如，部分或完全膜表达)的肿瘤细胞的百分比是至少25％。在某些实施例中，转移性或局部晚期肿瘤样品中展现可检测的PD-L1膜表达(例如，部分或完全膜表达)的肿瘤细胞的百分比是至少50％。PD-L1的膜表达可以通过本领域中已知的任何方法，例如免疫组织化学法来检测。用于检测肿瘤细胞中的PD-L1膜表达的示范性免疫组织化学分析提供于Hirsch等人(2017,《胸部肿瘤学杂志》12(2):208-222)、Rimm等人(2017,《美国医学会杂志：肿瘤学》3(8):1051-1058)以及Diggs和Hsueh(2017,《生物标志物研究》5:12)中，所述文献以全文引用的方式并入本文中。
在某些实施例中，癌症是非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer，NSCLC)。在某些实施例中，NSCLC是IV期NSCLC。在某些实施例中，NSCLC是根据第八版美国癌症联合委员会分期手册(American Joint Committee on Cancer staging manual)从组织学上或细胞学上来诊断。在某些实施例中，NSCLC样品中展现可检测的PD-L1膜表达(例如，部分或完全膜表达)的肿瘤细胞的百分比是至少1％(例如，至少2％、3％、4％、5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、60％、70％、80％或90％)。在某些实施例中，NSCLC样品中展现可检测的PD-L1膜表达(例如，部分或完全膜表达)的肿瘤细胞的百分比是至少1％。在某些实施例中，NSCLC样品中展现可检测的PD-L1膜表达(例如，部分或完全膜表达)的肿瘤细胞的百分比是至少5％。在某些实施例中，NSCLC样品中展现可检测的PD-L1膜表达(例如，部分或完全膜表达)的肿瘤细胞的百分比是至少25％。在某些实施例中，NSCLC样品中展现可检测的PD-L1膜表达(例如，部分或完全膜表达)的肿瘤细胞的百分比是至少50％。在某些实施例中，NSCLC没有EGFR或ALK基因组肿瘤畸变。在某些实施例中，NSCLC没有EGFR敏化突变(例如，适合用酪氨酸激酶抑制剂治疗的突变，酪氨酸激酶抑制剂包括埃罗替尼(erlotinib)、吉非替尼(gefitinib)或阿法替尼(afatanib))或ALK易位。在某些实施例中，受试者先前不曾接受过针对NSCLC的全身性化疗治疗。
在某些实施例中，转移性或局部晚期实体肿瘤是转移性或局部晚期NSCLC。在某些实施例中，转移性或局部晚期实体肿瘤是转移性NSCLC。在某些实施例中，转移性或局部晚期实体肿瘤是IV期转移性或局部晚期NSCLC。在某些实施例中，转移性或局部晚期实体肿瘤是IV期NSCLC。在某些实施例中，转移性或局部晚期NSCLC样品中展现可检测的PD-L1膜表达(例如，部分或完全膜表达)的肿瘤细胞的百分比是至少1％(例如，至少2％、3％、4％、5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、60％、70％、80％或90％)。在某些实施例中，转移性或局部晚期NSCLC样品中展现可检测的PD-L1膜表达(例如，部分或完全膜表达)的肿瘤细胞的百分比是至少1％。在某些实施例中，转移性或局部晚期NSCLC样品中展现可检测的PD-L1膜表达(例如，部分或完全膜表达)的肿瘤细胞的百分比是至少5％。在某些实施例中，转移性或局部晚期NSCLC样品中展现可检测的PD-L1膜表达(例如，部分或完全膜表达)的肿瘤细胞的百分比是至少25％。在某些实施例中，转移性或局部晚期NSCLC样品中展现可检测的PD-L1膜表达(例如，部分或完全膜表达)的肿瘤细胞的百分比是至少50％。在某些实施例中，转移性或局部晚期NSCLC没有EGFR或ALK基因组肿瘤畸变。在某些实施例中，转移性或局部晚期NSCLC没有EGFR敏化突变(例如，适合用酪氨酸激酶抑制剂治疗的突变，酪氨酸激酶抑制剂包括埃罗替尼、吉非替尼或阿法替尼)或ALK易位。在某些实施例中，受试者先前不曾接受过针对转移性或局部晚期NSCLC的全身性化疗治疗。
在某些实施例中，受试者患有NSCLC(例如，IV期转移性或局部晚期NSCLC)，任选地其中NSCLC样品中展现可检测的PD-L1表达(例如，膜表达，部分或完全膜表达)的肿瘤细胞的百分比是至少1％、2％、3％、4％、5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、60％、70％、80％或90％，并且所述方法包含在宫颈癌的诊断之后(例如，在诊断后1、2、3、4、5或6天；1、2、3、4、6、8或12周；或1、2、3、4、6、8或12个月之内)向受试者施用有效量的本文所述的抗PD-1抗体，例如AGEN2034(IgG4 S228P)，或包含此类抗PD-1抗体的药物组合物，作为第一癌症疗法，任选地其中本文所述的抗PD-1抗体，例如AGEN2034(IgG4 S228P)，或包含此类抗PD-1抗体的药物组合物，按本文表13的单行中所示的剂量和频率施用。在某些实施例中，受试者患有NSCLC(例如，IV期转移性或局部晚期NSCLC)，任选地其中NSCLC样品中展现可检测的PD-L1表达(例如，膜表达，部分或完全膜表达)的肿瘤细胞的百分比是至少1％、2％、3％、4％、5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、60％、70％、80％或90％，并且所述方法包含在宫颈癌的诊断之后(例如，在诊断后1、2、3、4、5或6天；1、2、3、4、6、8或12周；或1、2、3、4、6、8或12个月之内)向受试者施用有效量的治疗组合作为第一癌症疗法，所述治疗组合包含(a)本文所述的抗CTLA-4抗体，例如AGEN1884(IgG1)，或包含此类抗CTLA-4抗体的药物组合物；和(b)本文所述的抗PD-1抗体，例如AGEN2034(IgG4S228P)，或包含此类抗PD-1抗体的药物组合物，任选地其中本文所述的抗CTLA-4抗体，例如AGEN1884(IgG1)，或包含此类抗CTLA-4抗体的药物组合物，和本文所述的抗PD-1抗体，例如AGEN2034(IgG4 S228P)，或包含此类抗PD-1抗体的药物组合物，按本文表13的单行中所示的剂量和频率施用。在某些实施例中，受试者患有NSCLC(例如，IV期转移性或局部晚期NSCLC)，任选地其中NSCLC样品中展现可检测的PD-L1表达(例如，膜表达，部分或完全膜表达)的肿瘤细胞的百分比是至少1％、2％、3％、4％、5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、60％、70％、80％或90％，并且所述方法包含在宫颈癌的诊断之后(例如，在诊断后1、2、3、4、5或6天；1、2、3、4、6、8或12周；或1、2、3、4、6、8或12个月之内)向受试者施用治疗组合作为第一癌症疗法，所述治疗组合包含(a)本文所述的抗CTLA-4抗体，例如AGEN1884(IgG1)，或包含此类抗CTLA-4抗体的药物组合物；和(b)派姆单抗或包含派姆单抗的药物组合物，任选地其中本文所述的抗CTLA-4抗体，例如AGEN1884(IgG1)，或包含此类抗CTLA-4抗体的药物组合物，按本文表13的单行中所示的剂量和频率施用，并且派姆单抗或包含派姆单抗的药物组合物按200mg每三周施用。
在某些实施例中，癌症是皮肤鳞状细胞癌(cutaneous squamous-cellcarcinoma，cSCC)(例如，IV期cSCC)。在某些实施例中，转移性或局部晚期实体肿瘤是IV期cSCC。在某些实施例中，cSCC是根据第八版美国癌症联合委员会分期手册从组织学上或细胞学上来诊断。在某些实施例中，cSCC不能用放疗治愈。在某些实施例中，受试者患有cSCC(例如，IV期cSCC)，并且所述方法包含在cSCC的诊断之后(例如，在诊断后1、2、3、4、5或6天；1、2、3、4、6、8或12周；或1、2、3、4、6、8或12个月之内)向受试者施用有效量的本文所述的抗PD-1抗体，例如AGEN2034(IgG4S228P)，或包含此类抗PD-1抗体的药物组合物，作为第一癌症疗法，任选地其中本文所述的抗PD-1抗体，例如AGEN2034(IgG4 S228P)，或包含此类抗PD-1抗体的药物组合物，按本文表13的单行中所示的剂量和频率施用。在某些实施例中，受试者患有cSCC(例如，IV期cSCC)，并且所述方法包含在cSCC的诊断之后(例如，在诊断后1、2、3、4、5或6天；1、2、3、4、6、8或12周；或1、2、3、4、6、8或12个月之内)向受试者施用有效量的治疗组合作为第一癌症疗法，所述治疗组合包含(a)本文所述的抗CTLA-4抗体，例如AGEN1884(IgG1)，或包含此类抗CTLA-4抗体的药物组合物；和(b)本文所述的抗PD-1抗体，例如AGEN2034(IgG4 S228P)，或包含此类抗PD-1抗体的药物组合物，任选地其中本文所述的抗CTLA-4抗体，例如AGEN1884(IgG1)，或包含此类抗CTLA-4抗体的药物组合物，和本文所述的抗PD-1抗体，例如AGEN2034(IgG4S228P)，或包含此类抗PD-1抗体的药物组合物，按本文表13的单行中所示的剂量和频率施用。在某些实施例中，受试者患有cSCC(例如，IV期cSCC)，并且所述方法包含在cSCC的诊断之后(例如，在诊断后1、2、3、4、5或6天；1、2、3、4、6、8或12周；或1、2、3、4、6、8或12个月之内)向受试者施用有效量的治疗组合作为第一癌症疗法，所述治疗组合包含(a)本文所述的抗CTLA-4抗体，例如AGEN1884(IgG1)，或包含此类抗CTLA-4抗体的药物组合物；和(b)派姆单抗或包含派姆单抗的药物组合物，任选地其中本文所述的抗CTLA-4抗体，例如AGEN1884(IgG1)，或包含此类抗CTLA-4抗体的药物组合物，按本文表13的单行中所示的剂量和频率施用，并且派姆单抗或包含派姆单抗的药物组合物按200mg每三周施用。
在某些实施例中，本文所述的抗体和治疗组合中的任一个(例如，第一和/或第二分离的抗体，或第一抗体和派姆单抗的组合)可以作为第一癌症疗法在转移性或局部晚期实体肿瘤的诊断之后(例如，在诊断后1、2、3、4、5或6天；1、2、3、4、6、8或12周；或1、2、3、4、6、8或12个月之内)施用。在某些实施例中，本文所述的抗体和治疗组合中的任一个(例如，第一和/或第二分离的抗体，或第一抗体和派姆单抗的组合)可以作为第一癌症疗法在尽管先前用不同的癌症疗法治疗肿瘤但仍发生的肿瘤进展的诊断之后(例如，在肿瘤进展的诊断后1、2、3、4、5或6天；1、2、3、4、6、8或12周；或1、2、3、4、6、8或12个月之内)施用，任选地其中分离的抗体或治疗组合是所施用的第二癌症疗法。在某些实施例中，本文所述的抗体和治疗组合中的任一个(例如，第一和/或第二分离的抗体，或第一抗体和派姆单抗的组合)可以作为第一癌症疗法在不同的癌症疗法的毒性的诊断之后(例如，在不同的癌症疗法的毒性的诊断后1、2、3、4、5或6天；1、2、3、4、6、8或12周；或1、2、3、4、6、8或12个月之内)施用，任选地其中所述分离的抗体或治疗组合是所施用的第二癌症疗法。在某些实施例中，第一和第二分离的抗体作为第一癌症疗法在转移性或局部晚期实体肿瘤的诊断之后约1、2、3、4、5或6天施用。在某些实施例中，第一和第二分离的抗体作为第一癌症疗法在转移性或局部晚期实体肿瘤的诊断之后约1或2周施用。
在另一个方面，本公开提供一种治疗受试者中的癌症的方法，所述方法包含向受试者施用有效量的治疗组合，所述治疗组合包含与CTLA-4(例如，人类CTLA-4)特异性结合的第一分离的抗体和与PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合的第二分离的抗体，其中第一分离的抗体与包括含有SEQ ID NO:1的氨基酸序列的重链可变区和含有SEQ ID NO:14的氨基酸序列的轻链可变区的抗体结合同一种人类CTLA-4表位。
在另一个方面，本公开提供一种治疗受试者中的癌症的方法，所述方法包含向受试者施用有效量的治疗组合，所述治疗组合包含与CTLA-4(例如，人类CTLA-4)特异性结合的第一分离的抗体和与PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合的第二分离的抗体，其中第二分离的抗体与包括含有SEQ ID NO:66的氨基酸序列的重链可变区和含有SEQ ID NO:74的氨基酸序列的轻链可变区的抗体结合同一种人类PD-1表位。
在另一个方面，本公开提供一种治疗受试者中的癌症的方法，所述方法包含向受试者施用有效量的治疗组合，所述治疗组合包含与CTLA-4(例如，人类CTLA-4)特异性结合的第一分离的抗体和与PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合的第二分离的抗体，其中第一分离的抗体与包括含有SEQ ID NO:1的氨基酸序列的重链可变区和含有SEQ ID NO:14的氨基酸序列的轻链可变区的抗体结合同一种人类CTLA-4表位，并且其中第二分离的抗体与包括含有SEQ ID NO:66的氨基酸序列的重链可变区和含有SEQ ID NO:74的氨基酸序列的轻链可变区的抗体结合同一种人类PD-1表位。
在某些实施例中，第二分离的抗体对人类PD-1具有拮抗作用。
在另一个方面，本公开提供一种增强或诱导受试者中的免疫反应的方法，所述方法包含向受试者施用有效量的治疗组合，所述治疗组合包含与人类CTLA-4特异性结合的第一分离的抗体和与人类PD-1特异性结合的第二分离的抗体，其中：
a)所述第一分离的抗体包含具有衍生自人类IGHV3-21胚系序列的氨基酸序列的重链可变区，和任选地具有衍生自人类IGKV3-20或IGKV3-11胚系序列的氨基酸序列的轻链可变区；和/或
b)所述第二分离的抗体包含具有衍生自人类IGHV3-33胚系序列的氨基酸序列的重链可变区，和任选地具有衍生自人类IGKV3-15胚系序列的氨基酸序列的轻链可变区。
在另一个方面，本公开提供一种治疗受试者中的癌症的方法，所述方法包含向受试者施用有效量的治疗组合，所述治疗组合包含与人类CTLA-4特异性结合的第一分离的抗体和与人类PD-1特异性结合的第二分离的抗体，其中：
a)所述第一分离的抗体包含具有衍生自人类IGHV3-21胚系序列的氨基酸序列的重链可变区，和任选地具有衍生自人类IGKV3-20或IGKV3-11胚系序列的氨基酸序列的轻链可变区；和/或
b)所述第二分离的抗体包含具有衍生自人类IGHV3-33胚系序列的氨基酸序列的重链可变区，和任选地具有衍生自人类IGKV3-15胚系序列的氨基酸序列的轻链可变区。
在另一个方面，本公开提供一种治疗受试者中的传染病的方法，所述方法包含向受试者施用有效量的治疗组合，所述治疗组合包含与人类CTLA-4特异性结合的第一分离的抗体和与人类PD-1特异性结合的第二分离的抗体，其中：
a)所述第一分离的抗体包含具有衍生自人类IGHV3-21胚系序列的氨基酸序列的重链可变区，和任选地具有衍生自人类IGKV3-20或IGKV3-11胚系序列的氨基酸序列的轻链可变区；和/或
b)所述第二分离的抗体包含具有衍生自人类IGHV3-33胚系序列的氨基酸序列的重链可变区，和任选地具有衍生自人类IGKV3-15胚系序列的氨基酸序列的轻链可变区。
在另一个方面，本公开提供一种药物组合物，其包含与CTLA-4(例如，人类CTLA-4)特异性结合的第一分离的抗体和与PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合的第二分离的抗体，其中所述第一分离的抗体包括含有互补决定区CDRH1、CDRH2和CDRH3的重链可变区和含有互补决定区CDRL1、CDRL2和CDRL3的轻链可变区，其中：
(a)CDRH1包含SYX1MX2的氨基酸序列(SEQ ID NO:39)，其中
X1是S或A；并且
X2是N或S；
(b)CDRH2包含SISSSSSYIYYADSVKG的氨基酸序列(SEQ ID NO:22)；
(c)CDRH3包含VGLMGPFXI的氨基酸序列(SEQ ID NO:115)，其中X是D或N；
(d)CDRL1包含RASQSVX1X2YLX3的氨基酸序列(SEQ ID NO:43)，其中：
X1是S或G；
X2是R、S或T；并且
X3是G或A；
(e)CDRL2包含X1X2SX3RAT的氨基酸序列(SEQ ID NO:44)，其中：
X1是G或A；
X2是A或T；并且
X3是T、S、R或N；并且
(f)CDRL3包含QQYGX1SPX2T的氨基酸序列(SEQ ID NO:45)，其中：
X1是S或T；并且
X2是W或F，
并且其中所述第二分离的抗体包括含有互补决定区CDRH1、CDRH2和CDRH3的重链可变区和含有互补决定区CDRL1、CDRL2和CDRL3的轻链可变区，其中：
(g)CDRH1包含SYGMH的氨基酸序列(SEQ ID NO:75)；
(h)CDRH2包含VIWX1DGSNX2YYADSVX3G的氨基酸序列(SEQ ID NO:86)，其中
X1是Y或F；
X2是K或E；并且
X3是K或M；
(i)CDRH3包含NX1DX2的氨基酸序列(SEQ ID NO:87)，其中
X1是G或V；并且
X2是H或Y；
(j)CDRL1包含RASQSVSSNLA的氨基酸序列(SEQ ID NO:83)；
(k)CDRL2包含GASTRAT的氨基酸序列(SEQ ID NO:84)；并且
(l)CDRL3包含QQYNNWPRT的氨基酸序列(SEQ ID NO:85)。
在药物组合物的某些实施例中，第一分离的抗体的CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2和CDRL3分别包含SEQ ID NO:20、22、24、27、30和36；20、22、24、29、32和37；20、22、24、29、33和38；21、22、24、27、30和36；21、22、24、29、33和38；20、22、24、28、31和36；20、22、24、29、34和36；20、22、24、29、35和38；21、22、26、27、30和36；21、22、26、29、32和37；21、22、26、29、33和38；或21、22、26、29、35和38中所示的氨基酸序列，并且其中第二分离的抗体的CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2和CDRL3分别包含SEQ ID NO:75、76、80、83、84和85；75、76、81、83、84和85；75、76、82、83、84和85；75、77、81、83、84和85；75、78、81、83、84和85；或75、79、81、83、84和85中所示的氨基酸序列。
在药物组合物的某些实施例中，第一分离的抗体的重链可变区和轻链可变区分别包含SEQ ID NO:1和14；1和16；1和17；9和14；9和17；10和15；10和17；10和18；10和19；11和15；11和14；11和16；11和17；12和14；12和16；12和17；12和19；13和15；或13和17中所示的氨基酸序列，并且其中第二分离的抗体的重链可变区和轻链可变区分别包含SEQ ID NO:66和74；67和74；68和74；69和74；70和74；71和74；72和74；或73和74中所示的氨基酸序列。
在另一个方面，本公开提供一种试剂盒，其包含与CTLA-4(例如，人类CTLA-4)特异性结合的第一分离的抗体和与PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合的第二分离的抗体，其中所述第一分离的抗体包括含有互补决定区CDRH1、CDRH2和CDRH3的重链可变区和含有互补决定区CDRL1、CDRL2和CDRL3的轻链可变区，其中：
(a)CDRH1包含SYX1MX2的氨基酸序列(SEQ ID NO:39)，其中
X1是S或A；并且
X2是N或S；
(b)CDRH2包含SISSSSSYIYYADSVKG的氨基酸序列(SEQ ID NO:22)；
(c)CDRH3包含VGLMGPFXI的氨基酸序列(SEQ ID NO:115)，其中X是D或N；
(d)CDRL1包含RASQSVX1X2YLX3的氨基酸序列(SEQ ID NO:43)，其中：
X1是S或G；
X2是R、S或T；并且
X3是G或A；
(e)CDRL2包含X1X2SX3RAT的氨基酸序列(SEQ ID NO:44)，其中：
X1是G或A；
X2是A或T；并且
X3是T、S、R或N；并且
(f)CDRL3包含QQYGX1SPX2T的氨基酸序列(SEQ ID NO:45)，其中：
X1是S或T；并且
X2是W或F，
并且其中所述第二分离的抗体包括含有互补决定区CDRH1、CDRH2和CDRH3的重链可变区和含有互补决定区CDRL1、CDRL2和CDRL3的轻链可变区，其中：
(g)CDRH1包含SYGMH的氨基酸序列(SEQ ID NO:75)；
(h)CDRH2包含VIWX1DGSNX2YYADSVX3G的氨基酸序列(SEQ ID NO:86)，其中
X1是Y或F；
X2是K或E；并且
X3是K或M；
(i)CDRH3包含NX1DX2的氨基酸序列(SEQ ID NO:87)，其中
X1是G或V；并且
X2是H或Y；
(j)CDRL1包含RASQSVSSNLA的氨基酸序列(SEQ ID NO:83)；
(k)CDRL2包含GASTRAT的氨基酸序列(SEQ ID NO:84)；并且
(l)CDRL3包含QQYNNWPRT的氨基酸序列(SEQ ID NO:85)。
在某些实施例中，第一分离的抗体的CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2和CDRL3分别包含SEQ ID NO:20、22、24、27、30和36；20、22、24、29、32和37；20、22、24、29、33和38；21、22、24、27、30和36；21、22、24、29、33和38；20、22、24、28、31和36；20、22、24、29、34和36；20、22、24、29、35和38；21、22、26、27、30和36；21、22、26、29、32和37；21、22、26、29、33和38；或21、22、26、29、35和38中所示的氨基酸序列，并且其中第二分离的抗体的CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2和CDRL3分别包含SEQ ID NO:75、76、80、83、84和85；75、76、81、83、84和85；75、76、82、83、84和85；75、77、81、83、84和85；75、78、81、83、84和85；或75、79、81、83、84和85中所示的氨基酸序列。
在试剂盒的某些实施例中，第一分离的抗体的重链可变区和轻链可变区分别包含SEQ ID NO:1和14；1和16；1和17；9和14；9和17；10和15；10和17；10和18；10和19；11和15；11和14；11和16；11和17；12和14；12和16；12和17；12和19；13和15；或13和17中所示的氨基酸序列，并且其中第二分离的抗体的重链可变区和轻链可变区分别包含SEQ ID NO:66和74；67和74；68和74；69和74；70和74；71和74；72和74；或73和74中所示的氨基酸序列。
在另一个方面，本公开提供一种试剂盒，其包含与CTLA-4(例如，人类CTLA-4)特异性结合的第一分离的抗体和与PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合的第二分离的抗体，其中第一分离的抗体的重链可变区和轻链可变区分别包含SEQ ID NO:1和14中所示的氨基酸序列，并且其中第二分离的抗体的重链可变区和轻链可变区分别包含SEQ ID NO:66和74中所示的氨基酸序列。
在另一个方面，本公开提供一种试剂盒，其包含与CTLA-4(例如，人类CTLA-4)特异性结合的第一分离的抗体和与PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合的第二分离的抗体，其中第一分离的抗体的重链可变区和轻链可变区分别包含SEQ ID NO:1和14中所示的氨基酸序列，并且其中第二分离的抗体的重链可变区和轻链可变区分别包含SEQ ID NO:67和74中所示的氨基酸序列。
在另一个方面，本公开提供一种试剂盒，其包含与CTLA-4(例如，人类CTLA-4)特异性结合的第一分离的抗体和与PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合的第二分离的抗体，其中第一分离的抗体的重链和轻链分别包含SEQ ID NO:51和59；或117和59中所示的氨基酸序列，并且其中第二分离的抗体的重链可变区和轻链可变区分别包含SEQ ID NO:91和93；92和93；或120和93中所示的氨基酸序列。
在另一个方面，本公开提供一种试剂盒，其包含与CTLA-4(例如，人类CTLA-4)特异性结合的第一分离的抗体和与PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合的第二分离的抗体，其中第一分离的抗体的重链和轻链分别包含SEQ ID NO:51和59中所示的氨基酸序列，并且其中第二分离的抗体的重链可变区和轻链可变区分别包含SEQ ID NO:91和93中所示的氨基酸序列。
在另一个方面，本公开提供一种试剂盒，其包含与CTLA-4(例如，人类CTLA-4)特异性结合的第一分离的抗体和与PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合的第二分离的抗体，其中第一分离的抗体的重链和轻链分别包含SEQ ID NO:51和59中所示的氨基酸序列，并且其中第二分离的抗体的重链可变区和轻链可变区分别包含SEQ ID NO:92和93中所示的氨基酸序列。
在另一个方面，本公开提供一种试剂盒，其包含与CTLA-4(例如，人类CTLA-4)特异性结合的第一分离的抗体和与PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合的第二分离的抗体，其中第一分离的抗体的重链和轻链分别包含SEQ ID NO:51和59中所示的氨基酸序列，并且其中第二分离的抗体的重链可变区和轻链可变区分别包含SEQ ID NO:120和93中所示的氨基酸序列。
在另一个方面，本公开提供一种多特异性抗体，其包含与CTLA-4(例如，人类CTLA-4)特异性结合的第一抗原结合区和与PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合的第二抗原结合区，其中所述第一抗原结合区包括含有互补决定区CDRH1、CDRH2和CDRH3的重链可变区和含有互补决定区CDRL1、CDRL2和CDRL3的轻链可变区，其中：
(a)CDRH1包含SYX1MX2的氨基酸序列(SEQ ID NO:39)，其中
X1是S或A；并且
X2是N或S；
(b)CDRH2包含SISSSSSYIYYADSVKG的氨基酸序列(SEQ ID NO:22)；
(c)CDRH3包含VGLMGPFXI的氨基酸序列(SEQ ID NO:115)，其中X是D或N；
(d)CDRL1包含RASQSVX1X2YLX3的氨基酸序列(SEQ ID NO:43)，其中：
X1是S或G；
X2是R、S或T；并且
X3是G或A；
(e)CDRL2包含X1X2SX3RAT的氨基酸序列(SEQ ID NO:44)，其中：
X1是G或A；
X2是A或T；并且
X3是T、S、R或N；并且
(f)CDRL3包含QQYGX1SPX2T的氨基酸序列(SEQ ID NO:45)，其中：
X1是S或T；并且
X2是W或F，
并且其中所述第二抗原结合区包括含有互补决定区CDRH1、CDRH2和CDRH3的重链可变区和含有互补决定区CDRL1、CDRL2和CDRL3的轻链可变区，其中：
(g)CDRH1包含SYGMH的氨基酸序列(SEQ ID NO:75)；
(h)CDRH2包含VIWX1DGSNX2YYADSVX3G的氨基酸序列(SEQ ID NO:86)，其中
X1是Y或F；
X2是K或E；并且
X3是K或M；
(i)CDRH3包含NX1DX2的氨基酸序列(SEQ ID NO:87)，其中
X1是G或V；并且
X2是H或Y；
(j)CDRL1包含RASQSVSSNLA的氨基酸序列(SEQ ID NO:83)；
(k)CDRL2包含GASTRAT的氨基酸序列(SEQ ID NO:84)；并且
(l)CDRL3包含QQYNNWPRT的氨基酸序列(SEQ ID NO:85)。
在多特异性抗体的某些实施例中，第一抗原结合区的CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2和CDRL3分别包含SEQ ID NO:20、22、24、27、30和36；20、22、24、29、32和37；20、22、24、29、33和38；21、22、24、27、30和36；21、22、24、29、33和38；20、22、24、28、31和36；20、22、24、29、34和36；20、22、24、29、35和38；21、22、26、27、30和36；21、22、26、29、32和37；21、22、26、29、33和38；或21、22、26、29、35和38中所示的氨基酸序列，并且其中第二抗原结合区的CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2和CDRL3分别包含SEQ ID NO:75、76、80、83、84和85；75、76、81、83、84和85；75、76、82、83、84和85；75、77、81、83、84和85；75、78、81、83、84和85；或75、79、81、83、84和85中所示的氨基酸序列。
在多特异性抗体的某些实施例中，第一抗原结合区的重链可变区和轻链可变区分别包含SEQ ID NO:1和14；1和16；1和17；9和14；9和17；10和15；10和17；10和18；10和19；11和15；11和14；11和16；11和17；12和14；12和16；12和17；12和19；13和15；或13和17中所示的氨基酸序列，并且其中第二抗原结合区的重链可变区和轻链可变区分别包含SEQ ID NO:66和74；67和74；68和74；69和74；70和74；71和74；72和74；或73和74中所示的氨基酸序列。
在另一个方面，本公开提供一种多特异性抗体，其包含与CTLA-4(例如，人类CTLA-4)特异性结合的第一抗原结合区和与PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合的第二抗原结合区，其中第一抗原结合区包含分别包含SEQ ID NO:1和14中所示的氨基酸序列的重链可变区和轻链可变区，并且其中第二抗原结合区包含分别包含SEQ ID NO:66和74中所示的氨基酸序列的重链可变区和轻链可变区。
在另一个方面，本公开提供一种多特异性抗体，其包含与CTLA-4(例如，人类CTLA-4)特异性结合的第一抗原结合区和与PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合的第二抗原结合区，其中第一抗原结合区包含分别包含SEQ ID NO:1和14中所示的氨基酸序列的重链可变区和轻链可变区，并且其中第二抗原结合区包含分别包含SEQ ID NO:67和74中所示的氨基酸序列的重链可变区和轻链可变区。
在另一个方面，本公开提供一种多特异性抗体，其包含与CTLA-4(例如，人类CTLA-4)特异性结合的第一抗原结合区和与PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合的第二抗原结合区，其中第一抗原结合区包含分别包含SEQ ID NO:51和59；或117和59中所示的氨基酸序列的重链和轻链，并且其中第二抗原结合区包含分别包含SEQ ID NO:91和93；92和93；或120和93中所示的氨基酸序列的重链和轻链。
在另一个方面，本公开提供一种多特异性抗体，其包含与CTLA-4(例如，人类CTLA-4)特异性结合的第一抗原结合区和与PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合的第二抗原结合区，其中第一抗原结合区包含分别包含SEQ ID NO:51和59中所示的氨基酸序列的重链和轻链，并且其中第二抗原结合区包含分别包含SEQ ID NO:91和93中所示的氨基酸序列的重链和轻链。
在另一个方面，本公开提供一种多特异性抗体，其包含与CTLA-4(例如，人类CTLA-4)特异性结合的第一抗原结合区和与PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合的第二抗原结合区，其中第一抗原结合区包含分别包含SEQ ID NO:51和59中所示的氨基酸序列的重链和轻链，并且其中第二抗原结合区包含分别包含SEQ ID NO:92和93中所示的氨基酸序列的重链和轻链。
在另一个方面，本公开提供一种多特异性抗体，其包含与CTLA-4(例如，人类CTLA-4)特异性结合的第一抗原结合区和与PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合的第二抗原结合区，其中第一抗原结合区包含分别包含SEQ ID NO:51和59中所示的氨基酸序列的重链和轻链，并且其中第二抗原结合区包含分别包含SEQ ID NO:120和93中所示的氨基酸序列的重链和轻链。
一种多特异性抗体，其包含与人类CTLA-4特异性结合的第一抗原结合区和与人类PD-1特异性结合的第二抗原结合区，其中：
a)所述第一抗原结合区包含具有衍生自人类IGHV3-21胚系序列的氨基酸序列的重链可变区，和任选地具有衍生自人类IGKV3-20或IGKV3-11胚系序列的氨基酸序列的轻链可变区；和/或
b)所述第二抗原结合区包含具有衍生自人类IGHV3-33胚系序列的氨基酸序列的重链可变区，和任选地具有衍生自人类IGKV3-15胚系序列的氨基酸序列的轻链可变区。
在另一个方面，本公开提供一种增强或诱导受试者中的免疫反应的方法，所述方法包含向受试者施用本文所述的多特异性抗体。
在另一个方面，本公开提供一种治疗受试者中的癌症的方法，所述方法包含向受试者施用本文所述的多特异性抗体。
在另一个方面，本公开提供一种治疗受试者中的传染病的方法，所述方法包含向受试者施用本文所述的多特异性抗体。
在另一个方面，本公开提供本文所述的治疗组合、多特异性抗体、试剂盒和/或药物组合物，其用于治疗癌症、治疗传染病、或增强或诱导受试者中的免疫反应。
在另一个方面，本公开提供本文所述的治疗组合、多特异性抗体、试剂盒和/或药物组合物，其用于制备用于治疗癌症、治疗传染病、或增强或诱导受试者中的免疫反应的药物。
在另一个方面，本公开提供本文所述的治疗组合、多特异性抗体、试剂盒和/或药物组合物在制备用于治疗癌症、治疗传染病、或增强或诱导受试者中的免疫反应的药物方面的用途。本公开还提供了用于制备试剂盒的治疗组合或多特异性抗体和/或药物组合物的用于治疗癌症、治疗传染病、或增强或诱导受试者中的免疫反应的用途。
在本文所述的方法、药物组合物、治疗组合或试剂盒中的任一个的某些实施例中，第一抗体的重链可变区和/或轻链可变区的N端氨基酸残基已被转化为焦谷氨酸盐。在本文所述的方法、药物组合物、治疗组合或试剂盒中的任一个的某些实施例中，第二抗体的重链可变区和/或轻链可变区的N端氨基酸残基已被转化为焦谷氨酸盐。在本文所述的方法、药物组合物、治疗组合或试剂盒中的任一个的某些实施例中，第一抗体的重链可变区和/或轻链可变区的N端氨基酸残基已被转化为焦谷氨酸盐，并且第二抗体的重链可变区和/或轻链可变区的N端氨基酸残基已被转化为焦谷氨酸盐。
在本文所述的多特异性抗体中的任一个的某些实施例中，第一抗原结合区的重链可变区和/或轻链可变区的N端氨基酸残基已被转化为焦谷氨酸盐。在本文所述的多特异性抗体中的任一个的某些实施例中，第二抗原结合区的重链可变区和/或轻链可变区的N端氨基酸残基已被转化为焦谷氨酸盐。在本文所述的多特异性抗体中的任一个的某些实施例中，第一抗原结合区的重链可变区和/或轻链可变区的N端氨基酸残基已被转化为焦谷氨酸盐，并且第二抗原结合区的重链可变区和/或轻链可变区的N端氨基酸残基已被转化为焦谷氨酸盐。
附图说明
图1A和1B是显示在剂量调整的抗CTLA-4抗体AGEN1884(IgG1)或同种型对照抗体(IgG1)与10μg/ml的抗PD-1抗体AGEN2034(IgG4 S228P)或同种型对照抗体(IgG4 S228P)的组合存在下，原代人类PBMC在与葡萄球菌肠毒素A(Staphylococcal Enterotoxin A，SEA)超抗原一起孵育之后的IL-2产生的图。图1A和1B中显示的是使用来自两个不同供体的PBMC产生的数据。
图2A和2B是显示在剂量调整的抗CTLA-4抗体AGEN1884(IgG1)与20μg/ml的抗PD-1抗体AGEN2034(IgG4 S228P)或同种型对照抗体(IgG4 S228P)的组合存在下，原代人类PBMC在与SEA超抗原一起孵育之后的IL-2产生的图。图2A和2B中显示的是使用来自两个不同供体的PBMC产生的数据。
图3是显示在10μg/ml的抗CTLA-4抗体AGEN1884(IgG1)或同种型对照抗体(IgG1)与10μg/ml的抗PD-1抗体AGEN2034(IgG4S228P)或同种型对照抗体(IgG4 S228P)的组合存在下，原代人类PBMC在与SEA超抗原一起孵育之后的IL-2产生的一系列图。图3中的每个图显示了使用来自不同供体的PBMC产生的数据，如所指示。计算所得的p值显示为：ns＝不显著，*＝p<0.05，**＝p<0.005。
图4是显示了在10μg/ml的抗CTLA-4抗体AGEN1884(IgG1)或同种型对照抗体(IgG1)与10μg/ml的抗PD-1抗体AGEN2034(IgG4S228P)或同种型对照抗体(IgG4 S228P)的组合存在下，原代人类PBMC在与SEA超抗原一起孵育之后的IL-2产生的一系列图。图4中的每个图显示了使用来自不同供体的PBMC产生的数据，如所指示。计算所得的p值显示为：ns＝不显著，*＝p<0.05，**＝p<0.005。
图5A-5C是显示了抗CTLA-4抗体AGEN1884(IgG1)和抗PD-1抗体AGEN2034(IgG4S228P)的组合对非人类灵长类动物中的中枢记忆性T细胞活化和增殖的影响的一系列图。图5A显示来自从食蟹猴分离的原代PBMC的T细胞群体的设门策略(gating strategy)和代表性流式细胞术图。在这种设门策略中，基于侧向散射(SSC-A)与前向散射(FSC-A)，然后基于单细胞群(singlets)(FSC-A对FSC-H)对淋巴细胞进行设门。选择活细胞(SSC-A对胺染料近红外)，并且然后选择CD20+B细胞和CD3+T细胞。T细胞群体然后定义如下：CD4初始T细胞(CD3+、CD4+、CD28+、CD95-)、CD8初始T细胞(CD3+、CD8+、CD28+、CD95-)、CD4中枢记忆性T细胞(CD3+、CD4+、CD28+、CD95+)、CD8中枢记忆性T细胞(CD3+、CD8+、CD28+、CD95+)、CD4效应记忆性T细胞(CD3+、CD4+、CD28-、CD95+)以及CD8效应记忆性T细胞(CD3+、CD8+、CD28-、CD95+)。图5B和5C分别显示Ki67+(增殖的)或ICOS+(活化的)CD4+中枢记忆性T细胞或Ki67+(增殖的)或ICOS+(活化的)CD8+中枢记忆性T细胞的频率的代表性流式细胞术图。
图6A-6D是显示了在用AGEN1884(IgG1)和AGEN2034(IgG4S228P)处理之后三天，食蟹猴PBMC中的中枢记忆性T细胞活化和增殖相对于给药前水平升高的一系列图(n＝4只动物，包括流式细胞术图显示于图5中的动物)。以下T细胞群体中的每一个的频率通过流式细胞术来确定：CD4+ICOS+中枢记忆性T细胞(图6A)；CD4+Ki67+中枢记忆性T细胞(图6B)；CD8+ICOS+中枢记忆性T细胞(图6C)；以及CD8+Ki67+中枢记忆性T细胞(图6D)。
图7A、7B和7C是一系列序列比对。图7A是人类CTLA-4(SEQ ID NO:65)、食蟹猴CTLA-4(SEQ ID NO:108)、小鼠CTLA-4(SEQ ID NO:109)以及大鼠CTLA-4(SEQ ID NO:110)的序列比对。点表示与相应的人类残基相同的残基。“*”(星号)指示具有单个完全保守残基的位置。“:”(冒号)指示具有强烈相似性质的组之间的保守性。“.”(句点)指示具有微弱相似性质的组之间的保守性。图7B和7C是人类CTLA-4(分别是SEQ ID NO:65的残基1-144和145-223)、食蟹猴CTLA-4(分别是SEQ ID NO:108的残基1-144和145-223)、人类CD28(分别是SEQ ID NO:111的残基1-127和128-220)、人类ICOS(分别是SEQ ID NO:112的残基1-124和125-199)、人类BTLA(分别是SEQ ID NO:113的残基1-125和126-289)以及人类PD-1(分别是SEQ ID NO:96的残基1-143和144-288)的序列比对。当人类CTLA-4与AGEN1884-Fab结合时显示氘吸收强烈降低的两个区域在图7A-C中加下划线：残基80-82(QVT，SEQ ID NO:102)和残基135-149(YPPPYYLGIGNGTQI，SEQ ID NO:100)，根据SEQ ID NO:65编号。
具体实施方式
本公开提供与CTLA-4(例如，人类CTLA-4)和/或PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合并拮抗CTLA-4和/或PD-1功能的抗体，所述功能例如由CTLA-4和/或PD-1介导的免疫抑制。还提供了包含这些抗体、编码这些抗体的核酸、用于产生这些抗体抗体和其使用方法
本申请要求2016年12月7日提交的美国临时申请第62/431,279号、2017年10月10日提交的美国临时申请第62/570,451号、2017年11月7日提交的美国临时申请第62/582,814号以及2017年11月15日提交的美国临时申请第62/586,605号的权益，所述美国临时申请各自以全文引用的方式并入本文中。
本公开涉及与CTLA-4(例如，人类CTLA-4)和/或PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合的抗体，和这些抗体的使用方法。
CTLA-4是在T细胞上上调的抑制性受体(Alegre等人,2001,《自然·免疫学综述》(Nat Rev Immunol)1:220-8)。CTLA-4以几种方式抑制免疫反应：它与T细胞共刺激受体CD28竞争其配体CD80和CD86，并由此阻断共刺激；它发出负信号以抑制T细胞活化；并且它还可以通过反式内吞作用从相对的细胞中捕获CD80和CD86，导致通过CD28的T细胞共刺激减弱(Krummel和Allison,1995,《实验医学杂志》(J Exp Med)182:459-465；Walunas等人,1994,《免疫》(Immunity)1:405-413；Qureshi等人,2011,《科学》(Science)332:600-603)。
PD-1是在活化的B细胞、T细胞和骨髓细胞上表达的另一种抑制性受体(Agata等人(1996)《国际免疫学》(Int Immunol)8:765-72；Okazaki等人(2002)《免疫学新见》(Curr.Opin.Immunol.)14:391779-82；Bennett等人(2003)《免疫学杂志》(J Immunol)170:711-8)。已经鉴定了PD-1的两种配体：PD-L1和PD-L2，其已显示在与PD-1结合后下调T细胞活化(Freeman等人(2000)《实验医学杂志》192:1027-34；Latchman等人(2001)《自然·免疫学》(Nat Immunol)2:261-8；Carter等人(2002)《欧洲免疫学杂志》(Eur J Immunol)32:634-43)。PD-1与PD-L1之间的相互作用导致肿瘤浸润性淋巴细胞减少、T细胞受体介导的增殖减少以及癌细胞的免疫逃避(Dong等人(2003)《分子医学杂志》(J.Mol.Med.)81:281-7；Blank等人(2005)《癌症免疫与免疫疗法》(Cancer Immunol.Immunother.)54:307-314；Konishi等人(2004)《临床癌症研究》(Clin.Cancer Res.)10:5094-100)。通过抑制PD-1与PD-L1的局部相互作用可以逆转这种免疫抑制(Iwai等人(2002)《美国国家科学院院刊》(Proc.Nat'l.Acad.Sci.USA)99:12293-7；Brown等人(2003)《免疫学杂志》170:1257-66)。
考虑到CTLA-4和PD-1在调节免疫反应中的重要作用，旨在拮抗CTLA-4和PD-1信号传导的疗法对于涉及CTLA-4和/或PD-1介导的免疫抑制的疾病的治疗具有很大的希望。
本公开提供与CTLA-4(例如，人类CTLA-4)和/或PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合并拮抗CTLA-4和/或PD-1功能的抗体，所述功能例如由CTLA-4和/或PD-1介导的免疫抑制。还提供了包含这些抗体、编码这些抗体的核酸、用于产生这些抗体的表达载体和宿主细胞的药物组合物和试剂盒，以及使用这些抗体治疗受试者的方法。本文所述的抗体特别适用于增加响应于抗原(例如，肿瘤抗原或传染病抗原)的T细胞活化，并且因此特别适用于治疗受试者中的癌症或治疗或预防受试者中的传染病。
因此，在一个方面，本公开提供一种增强或诱导受试者中的免疫反应的方法，所述方法包含向受试者施用有效量的治疗组合，所述治疗组合包含与CTLA-4(例如，人类CTLA-4)特异性结合的第一分离的抗体和与PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合的第二分离的抗体，其中所述第一分离的抗体包括含有互补决定区CDRH1、CDRH2和CDRH3的重链可变区和含有互补决定区CDRL1、CDRL2和CDRL3的轻链可变区，其中：
(a)CDRH1包含SYX1MX2的氨基酸序列(SEQ ID NO:39)，其中
X1是S或A；并且
X2是N或S；
(b)CDRH2包含SISSSSSYIYYADSVKG的氨基酸序列(SEQ ID NO:22)；
(c)CDRH3包含VGLMGPFXI的氨基酸序列(SEQ ID NO:115)，其中X是D或N；
(d)CDRL1包含RASQSVX1X2YLX3的氨基酸序列(SEQ ID NO:43)，其中：
X1是S或G；
X2是R、S或T；并且
X3是G或A；
(e)CDRL2包含X1X2SX3RAT的氨基酸序列(SEQ ID NO:44)，其中：
X1是G或A；
X2是A或T；并且
X3是T、S、R或N；并且
(f)CDRL3包含QQYGX1SPX2T的氨基酸序列(SEQ ID NO:45)，其中：
X1是S或T；并且
X2是W或F，
并且其中所述第二分离的抗体包括含有互补决定区CDRH1、CDRH2和CDRH3的重链可变区和含有互补决定区CDRL1、CDRL2和CDRL3的轻链可变区，其中：
(g)CDRH1包含SYGMH的氨基酸序列(SEQ ID NO:75)；
(h)CDRH2包含VIWX1DGSNX2YYADSVX3G的氨基酸序列(SEQ ID NO:86)，其中
X1是Y或F；
X2是K或E；并且
X3是K或M；
(i)CDRH3包含NX1DX2的氨基酸序列(SEQ ID NO:87)，其中
X1是G或V；并且
X2是H或Y；
(j)CDRL1包含RASQSVSSNLA的氨基酸序列(SEQ ID NO:83)；
(k)CDRL2包含GASTRAT的氨基酸序列(SEQ ID NO:84)；并且
(l)CDRL3包含QQYNNWPRT的氨基酸序列(SEQ ID NO:85)。
在另一个方面，本公开提供一种治疗受试者中的癌症的方法，所述方法包含向受试者施用有效量的治疗组合，所述治疗组合包含与CTLA-4(例如，人类CTLA-4)特异性结合的第一分离的抗体和与PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合的第二分离的抗体，其中所述第一分离的抗体包括含有互补决定区CDRH1、CDRH2和CDRH3的重链可变区和含有互补决定区CDRL1、CDRL2和CDRL3的轻链可变区，其中：
(a)CDRH1包含SYX1MX2的氨基酸序列(SEQ ID NO:39)，其中
X1是S或A；并且
X2是N或S；
(b)CDRH2包含SISSSSSYIYYADSVKG的氨基酸序列(SEQ ID NO:22)；
(c)CDRH3包含VGLMGPFXI的氨基酸序列(SEQ ID NO:115)，其中X是D或N；
(d)CDRL1包含RASQSVX1X2YLX3的氨基酸序列(SEQ ID NO:43)，其中：
X1是S或G；
X2是R、S或T；并且
X3是G或A；
(e)CDRL2包含X1X2SX3RAT的氨基酸序列(SEQ ID NO:44)，其中：
X1是G或A；
X2是A或T；并且
X3是T、S、R或N；并且
(f)CDRL3包含QQYGX1SPX2T的氨基酸序列(SEQ ID NO:45)，其中：
X1是S或T；并且
X2是W或F，
并且其中所述第二分离的抗体包括含有互补决定区CDRH1、CDRH2和CDRH3的重链可变区和含有互补决定区CDRL1、CDRL2和CDRL3的轻链可变区，其中：
(g)CDRH1包含SYGMH的氨基酸序列(SEQ ID NO:75)；
(h)CDRH2包含VIWX1DGSNX2YYADSVX3G的氨基酸序列(SEQ ID NO:86)，其中
X1是Y或F；
X2是K或E；并且
X3是K或M；
(i)CDRH3包含NX1DX2的氨基酸序列(SEQ ID NO:87)，其中
X1是G或V；并且
X2是H或Y；
(j)CDRL1包含RASQSVSSNLA的氨基酸序列(SEQ ID NO:83)；
(k)CDRL2包含GASTRAT的氨基酸序列(SEQ ID NO:84)；并且
(l)CDRL3包含QQYNNWPRT的氨基酸序列(SEQ ID NO:85)。
在另一个方面，本公开提供一种治疗受试者中的传染病的方法，所述方法包含向受试者施用有效量的治疗组合，所述治疗组合包含与CTLA-4(例如，人类CTLA-4)特异性结合的第一分离的抗体和与PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合的第二分离的抗体，其中所述第一分离的抗体包括含有互补决定区CDRH1、CDRH2和CDRH3的重链可变区和含有互补决定区CDRL1、CDRL2和CDRL3的轻链可变区，其中：
(a)CDRH1包含SYX1MX2的氨基酸序列(SEQ ID NO:39)，其中
X1是S或A；并且
X2是N或S；
(b)CDRH2包含SISSSSSYIYYADSVKG的氨基酸序列(SEQ ID NO:22)；
(c)CDRH3包含VGLMGPFXI的氨基酸序列(SEQ ID NO:115)，其中X是D或N；
(d)CDRL1包含RASQSVX1X2YLX3的氨基酸序列(SEQ ID NO:43)，其中：
X1是S或G；
X2是R、S或T；并且
X3是G或A；
(e)CDRL2包含X1X2SX3RAT的氨基酸序列(SEQ ID NO:44)，其中：
X1是G或A；
X2是A或T；并且
X3是T、S、R或N；并且
(f)CDRL3包含QQYGX1SPX2T的氨基酸序列(SEQ ID NO:45)，其中：
X1是S或T；并且
X2是W或F，
并且其中所述第二分离的抗体包括含有互补决定区CDRH1、CDRH2和CDRH3的重链可变区和含有互补决定区CDRL1、CDRL2和CDRL3的轻链可变区，其中：
(g)CDRH1包含SYGMH的氨基酸序列(SEQ ID NO:75)；
(h)CDRH2包含VIWX1DGSNX2YYADSVX3G的氨基酸序列(SEQ ID NO:86)，其中
X1是Y或F；
X2是K或E；并且
X3是K或M；
(i)CDRH3包含NX1DX2的氨基酸序列(SEQ ID NO:87)，其中
X1是G或V；并且
X2是H或Y；
(j)CDRL1包含RASQSVSSNLA的氨基酸序列(SEQ ID NO:83)；
(k)CDRL2包含GASTRAT的氨基酸序列(SEQ ID NO:84)；并且
(l)CDRL3包含QQYNNWPRT的氨基酸序列(SEQ ID NO:85)。
在另一个方面，本公开提供一种增强或诱导受试者中的免疫反应的方法，所述方法包含向受试者施用有效量的治疗组合，所述治疗组合包含与人类CTLA-4特异性结合的第一分离的抗体和与人类PD-1特异性结合的第二分离的抗体，其中所述第一分离的抗体包括含有互补决定区CDRH1、CDRH2和CDRH3的重链可变区和含有互补决定区CDRL1、CDRL2和CDRL3的轻链可变区，其中：
(a)CDRH1包含SYX1MX2的氨基酸序列(SEQ ID NO:39)，其中
X1是S或A；并且
X2是N或S；
(b)CDRH2包含SISSSSSYIYYADSVKG的氨基酸序列(SEQ ID NO:22)；
(c)CDRH3包含VGLMGPFXI的氨基酸序列(SEQ ID NO:115)，其中X是D或N；
(d)CDRL1包含RASQSVX1X2YLX3的氨基酸序列(SEQ ID NO:43)，其中：
X1是S或G；
X2是R、S或T；并且
X3是G或A；
(e)CDRL2包含X1X2SX3RAT的氨基酸序列(SEQ ID NO:44)，其中：
X1是G或A；
X2是A或T；并且
X3是T、S、R或N；并且
(f)CDRL3包含QQYGX1SPX2T的氨基酸序列(SEQ ID NO:45)，其中：
X1是S或T；并且
X2是W或F。
在另一个方面，本公开提供一种治疗受试者中的癌症的方法，所述方法包含向受试者施用有效量的治疗组合，所述治疗组合包含与人类CTLA-4特异性结合的第一分离的抗体和与人类PD-1特异性结合的第二分离的抗体，其中所述第一分离的抗体包括含有互补决定区CDRH1、CDRH2和CDRH3的重链可变区和含有互补决定区CDRL1、CDRL2和CDRL3的轻链可变区，其中：
(a)CDRH1包含SYX1MX2的氨基酸序列(SEQ ID NO:39)，其中
X1是S或A；并且
X2是N或S；
(b)CDRH2包含SISSSSSYIYYADSVKG的氨基酸序列(SEQ ID NO:22)；
(c)CDRH3包含VGLMGPFXI的氨基酸序列(SEQ ID NO:115)，其中X是D或N；
(d)CDRL1包含RASQSVX1X2YLX3的氨基酸序列(SEQ ID NO:43)，其中：
X1是S或G；
X2是R、S或T；并且
X3是G或A；
(e)CDRL2包含X1X2SX3RAT的氨基酸序列(SEQ ID NO:44)，其中：
X1是G或A；
X2是A或T；并且
X3是T、S、R或N；并且
(f)CDRL3包含QQYGX1SPX2T的氨基酸序列(SEQ ID NO:45)，其中：
X1是S或T；并且
X2是W或F。
在另一个方面，本公开提供一种治疗受试者中的传染病的方法，所述方法包含向受试者施用有效量的治疗组合，所述治疗组合包含与人类CTLA-4特异性结合的第一分离的抗体和与人类PD-1特异性结合的第二分离的抗体，其中所述第一分离的抗体包括含有互补决定区CDRH1、CDRH2和CDRH3的重链可变区和含有互补决定区CDRL1、CDRL2和CDRL3的轻链可变区，其中：
(a)CDRH1包含SYX1MX2的氨基酸序列(SEQ ID NO:39)，其中
X1是S或A；并且
X2是N或S；
(b)CDRH2包含SISSSSSYIYYADSVKG的氨基酸序列(SEQ ID NO:22)；
(c)CDRH3包含VGLMGPFXI的氨基酸序列(SEQ ID NO:115)，其中X是D或N；
(d)CDRL1包含RASQSVX1X2YLX3的氨基酸序列(SEQ ID NO:43)，其中：
X1是S或G；
X2是R、S或T；并且
X3是G或A；
(e)CDRL2包含X1X2SX3RAT的氨基酸序列(SEQ ID NO:44)，其中：
X1是G或A；
X2是A或T；并且
X3是T、S、R或N；并且
(f)CDRL3包含QQYGX1SPX2T的氨基酸序列(SEQ ID NO:45)，其中：
X1是S或T；并且
X2是W或F。
在另一个方面，本公开提供一种增强或诱导受试者中的免疫反应的方法，所述方法包含向受试者施用有效量的治疗组合，所述治疗组合包含与人类CTLA-4特异性结合的第一分离的抗体和与人类PD-1特异性结合的第二分离的抗体，其中所述第二分离的抗体包括含有互补决定区CDRH1、CDRH2和CDRH3的重链可变区和含有互补决定区CDRL1、CDRL2和CDRL3的轻链可变区，其中：
(a)CDRH1包含SYGMH的氨基酸序列(SEQ ID NO:75)；
(b)CDRH2包含VIWX1DGSNX2YYADSVX3G的氨基酸序列(SEQ ID NO:86)，其中
X1是Y或F；
X2是K或E；并且
X3是K或M；
(c)CDRH3包含NX1DX2的氨基酸序列(SEQ ID NO:87)，其中
X1是G或V；并且
X2是H或Y；
(d)CDRL1包含RASQSVSSNLA的氨基酸序列(SEQ ID NO:83)；
(e)CDRL2包含GASTRAT的氨基酸序列(SEQ ID NO:84)；并且
(f)CDRL3包含QQYNNWPRT的氨基酸序列(SEQ ID NO:85)。
在另一个方面，本公开提供一种治疗受试者中的癌症的方法，所述方法包含向受试者施用有效量的治疗组合，所述治疗组合包含与人类CTLA-4特异性结合的第一分离的抗体和与人类PD-1特异性结合的第二分离的抗体，其中所述第二分离的抗体包括含有互补决定区CDRH1、CDRH2和CDRH3的重链可变区和含有互补决定区CDRL1、CDRL2和CDRL3的轻链可变区，其中：
(a)CDRH1包含SYGMH的氨基酸序列(SEQ ID NO:75)；
(b)CDRH2包含VIWX1DGSNX2YYADSVX3G的氨基酸序列(SEQ ID NO:86)，其中
X1是Y或F；
X2是K或E；并且
X3是K或M；
(c)CDRH3包含NX1DX2的氨基酸序列(SEQ ID NO:87)，其中
X1是G或V；并且
X2是H或Y；
(d)CDRL1包含RASQSVSSNLA的氨基酸序列(SEQ ID NO:83)；
(e)CDRL2包含GASTRAT的氨基酸序列(SEQ ID NO:84)；并且
(f)CDRL3包含QQYNNWPRT的氨基酸序列(SEQ ID NO:85)。
在另一个方面，本公开提供一种治疗受试者中的传染病的方法，所述方法包含向受试者施用有效量的治疗组合，所述治疗组合包含与人类CTLA-4特异性结合的第一分离的抗体和与人类PD-1特异性结合的第二分离的抗体，其中所述第二分离的抗体包括含有互补决定区CDRH1、CDRH2和CDRH3的重链可变区和含有互补决定区CDRL1、CDRL2和CDRL3的轻链可变区，其中：
(a)CDRH1包含SYGMH的氨基酸序列(SEQ ID NO:75)；
(b)CDRH2包含VIWX1DGSNX2YYADSVX3G的氨基酸序列(SEQ ID NO:86)，其中
X1是Y或F；
X2是K或E；并且
X3是K或M；
(c)CDRH3包含NX1DX2的氨基酸序列(SEQ ID NO:87)，其中
X1是G或V；并且
X2是H或Y；
(d)CDRL1包含RASQSVSSNLA的氨基酸序列(SEQ ID NO:83)；
(e)CDRL2包含GASTRAT的氨基酸序列(SEQ ID NO:84)；并且
(f)CDRL3包含QQYNNWPRT的氨基酸序列(SEQ ID NO:85)。
在另一个方面，本公开提供一种增强或诱导受试者中的免疫反应的方法，所述方法包含向受试者施用有效量的与人类CTLA-4特异性结合的第一分离的抗体，任选地作为单一疗法，其中所述第一分离的抗体包括含有互补决定区CDRH1、CDRH2和CDRH3的重链可变区和含有互补决定区CDRL1、CDRL2和CDRL3的轻链可变区，其中：
(a)CDRH1包含SYX1MX2的氨基酸序列(SEQ ID NO:39)，其中
X1是S或A；并且
X2是N或S；
(b)CDRH2包含SISSSSSYIYYADSVKG的氨基酸序列(SEQ ID NO:22)；
(c)CDRH3包含VGLMGPFXI的氨基酸序列(SEQ ID NO:115)，其中X是D或N；
(d)CDRL1包含RASQSVX1X2YLX3的氨基酸序列(SEQ ID NO:43)，其中：
X1是S或G；
X2是R、S或T；并且
X3是G或A；
(e)CDRL2包含X1X2SX3RAT的氨基酸序列(SEQ ID NO:44)，其中：
X1是G或A；
X2是A或T；并且
X3是T、S、R或N；并且
(f)CDRL3包含QQYGX1SPX2T的氨基酸序列(SEQ ID NO:45)，其中：
X1是S或T；并且
X2是W或F。
在另一个方面，本公开提供一种治疗受试者中的癌症的方法，所述方法包含向受试者施用有效量的与人类CTLA-4特异性结合的第一分离的抗体，任选地作为单一疗法，其中所述第一分离的抗体包括含有互补决定区CDRH1、CDRH2和CDRH3的重链可变区和含有互补决定区CDRL1、CDRL2和CDRL3的轻链可变区，其中：
(a)CDRH1包含SYX1MX2的氨基酸序列(SEQ ID NO:39)，其中
X1是S或A；并且
X2是N或S；
(b)CDRH2包含SISSSSSYIYYADSVKG的氨基酸序列(SEQ ID NO:22)；
(c)CDRH3包含VGLMGPFXI的氨基酸序列(SEQ ID NO:115)，其中X是D或N；
(d)CDRL1包含RASQSVX1X2YLX3的氨基酸序列(SEQ ID NO:43)，其中：
X1是S或G；
X2是R、S或T；并且
X3是G或A；
(e)CDRL2包含X1X2SX3RAT的氨基酸序列(SEQ ID NO:44)，其中：
X1是G或A；
X2是A或T；并且
X3是T、S、R或N；并且
(f)CDRL3包含QQYGX1SPX2T的氨基酸序列(SEQ ID NO:45)，其中：
X1是S或T；并且
X2是W或F。
在另一个方面，本公开提供一种治疗受试者中的传染病的方法，所述方法包含向受试者施用有效量的与人类CTLA-4特异性结合的第一分离的抗体，任选地作为单一疗法，其中所述第一分离的抗体包括含有互补决定区CDRH1、CDRH2和CDRH3的重链可变区和含有互补决定区CDRL1、CDRL2和CDRL3的轻链可变区，其中：
(a)CDRH1包含SYX1MX2的氨基酸序列(SEQ ID NO:39)，其中
X1是S或A；并且
X2是N或S；
(b)CDRH2包含SISSSSSYIYYADSVKG的氨基酸序列(SEQ ID NO:22)；
(c)CDRH3包含VGLMGPFXI的氨基酸序列(SEQ ID NO:115)，其中X是D或N；
(d)CDRL1包含RASQSVX1X2YLX3的氨基酸序列(SEQ ID NO:43)，其中：
X1是S或G；
X2是R、S或T；并且
X3是G或A；
(e)CDRL2包含X1X2SX3RAT的氨基酸序列(SEQ ID NO:44)，其中：
X1是G或A；
X2是A或T；并且
X3是T、S、R或N；并且
(f)CDRL3包含QQYGX1SPX2T的氨基酸序列(SEQ ID NO:45)，其中：
X1是S或T；并且
X2是W或F。
在另一个方面，本公开提供一种增强或诱导受试者中的免疫反应的方法，所述方法包含向受试者施用有效量的与人类PD-1特异性结合的第二分离的抗体，任选地作为单一疗法，其中所述第二分离的抗体包括含有互补决定区CDRH1、CDRH2和CDRH3的重链可变区和含有互补决定区CDRL1、CDRL2和CDRL3的轻链可变区，其中：
(a)CDRH1包含SYGMH的氨基酸序列(SEQ ID NO:75)；
(b)CDRH2包含VIWX1DGSNX2YYADSVX3G的氨基酸序列(SEQ ID NO:86)，其中
X1是Y或F；
X2是K或E；并且
X3是K或M；
(c)CDRH3包含NX1DX2的氨基酸序列(SEQ ID NO:87)，其中
X1是G或V；并且
X2是H或Y；
(d)CDRL1包含RASQSVSSNLA的氨基酸序列(SEQ ID NO:83)；
(e)CDRL2包含GASTRAT的氨基酸序列(SEQ ID NO:84)；并且
(f)CDRL3包含QQYNNWPRT的氨基酸序列(SEQ ID NO:85)。
在另一个方面，本公开提供一种治疗受试者中的癌症的方法，所述方法包含向受试者施用有效量的与人类PD-1特异性结合的第二分离的抗体，任选地作为单一疗法，其中所述第二分离的抗体包括含有互补决定区CDRH1、CDRH2和CDRH3的重链可变区和含有互补决定区CDRL1、CDRL2和CDRL3的轻链可变区，其中：
(a)CDRH1包含SYGMH的氨基酸序列(SEQ ID NO:75)；
(b)CDRH2包含VIWX1DGSNX2YYADSVX3G的氨基酸序列(SEQ ID NO:86)，其中
X1是Y或F；
X2是K或E；并且
X3是K或M；
(c)CDRH3包含NX1DX2的氨基酸序列(SEQ ID NO:87)，其中
X1是G或V；并且
X2是H或Y；
(d)CDRL1包含RASQSVSSNLA的氨基酸序列(SEQ ID NO:83)；
(e)CDRL2包含GASTRAT的氨基酸序列(SEQ ID NO:84)；并且
(f)CDRL3包含QQYNNWPRT的氨基酸序列(SEQ ID NO:85)。
在另一个方面，本公开提供一种治疗受试者中的传染病的方法，所述方法包含向受试者施用有效量的与人类PD-1特异性结合的第二分离的抗体，任选地作为单一疗法，其中所述第二分离的抗体包括含有互补决定区CDRH1、CDRH2和CDRH3的重链可变区和含有互补决定区CDRL1、CDRL2和CDRL3的轻链可变区，其中：
(a)CDRH1包含SYGMH的氨基酸序列(SEQ ID NO:75)；
(b)CDRH2包含VIWX1DGSNX2YYADSVX3G的氨基酸序列(SEQ ID NO:86)，其中
X1是Y或F；
X2是K或E；并且
X3是K或M；
(c)CDRH3包含NX1DX2的氨基酸序列(SEQ ID NO:87)，其中
X1是G或V；并且
X2是H或Y；
(d)CDRL1包含RASQSVSSNLA的氨基酸序列(SEQ ID NO:83)；
(e)CDRL2包含GASTRAT的氨基酸序列(SEQ ID NO:84)；并且
(f)CDRL3包含QQYNNWPRT的氨基酸序列(SEQ ID NO:85)。
在某些实施例中，第一分离的抗体的CDRH1包含SEQ ID NO:20或21的氨基酸序列。在某些实施例中，第一分离的抗体的CDRH3包含SEQ ID NO:24或26的氨基酸序列。在某些实施例中，第一分离的抗体的CDRL1包含SEQ ID NO:27、28或29的氨基酸序列。在某些实施例中，第一分离的抗体的CDRL2包含选自由SEQ ID NO:30-35组成的组的氨基酸序列。在某些实施例中，第一分离的抗体的CDRL3包含SEQ ID NO:36、37或38的氨基酸序列。在某些实施例中，第一分离的抗体的CDRH1、CDRH2和CDRH3分别包含SEQ ID NO:20、22和24；21、22和24；或21、22和26中所示的CDRH1、CDRH2和CDRH3氨基酸序列。在某些实施例中，第一分离的抗体的CDRL1、CDRL2和CDRL3分别包含SEQ ID NO:27、30和36；28、31和36；29、32和37；29、33和38；29、34和36；或29、35和38中所示的CDRL1、CDRL2和CDRL3氨基酸序列。
在某些实施例中，第一分离的抗体的CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2和CDRL3分别包含SEQ ID NO:20、22、24、27、30和36；20、22、24、29、32和37；20、22、24、29、33和38；21、22、24、27、30和36；21、22、24、29、33和38；20、22、24、28、31和36；20、22、24、29、34和36；20、22、24、29、35和38；21、22、26、27、30和36；21、22、26、29、32和37；21、22、26、29、33和38；或21、22、26、29、35和38中所示的氨基酸序列。在某些实施例中，第一分离的抗体的CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2和CDRL3分别包含SEQ ID NO:20、22、24、27、30和36中所示的氨基酸序列。
在某些实施例中，第一分离的抗体包括含有SEQ ID NO:116的氨基酸序列的重链可变区。在某些实施例中，第一分离的抗体包括含有与选自由SEQ ID NO:1和9-13组成的组的氨基酸序列至少75％、80％、85％、90％、95％或100％相同的氨基酸序列的重链可变区。在某些实施例中，第一分离的抗体的重链可变区包含选自由SEQ ID NO:1和9-13组成的组的氨基酸序列。
在某些实施例中，第一分离的抗体包括含有SEQ ID NO:47的氨基酸序列的轻链可变区。在某些实施例中，第一分离的抗体包括含有与选自由SEQ ID NO:14-19组成的组的氨基酸序列至少75％、80％、85％、90％、95％或100％相同的氨基酸序列的轻链可变区。在某些实施例中，第一分离的抗体的轻链可变区包含选自由SEQ ID NO:14-19组成的组的氨基酸序列。
在某些实施例中，第一分离的抗体的重链可变区和轻链可变区分别包含SEQ IDNO:1和14；1和16,1和17；9和14；9和17；10和15；10和17；10和18；10和19；11和15；11和14；11和16；11和17；12和14；12和16；12和17；12和19；13和15；或13和17中所示的氨基酸序列。在某些实施例中，第一分离的抗体的重链可变区和轻链可变区分别包含SEQ ID NO:1和14中所示的氨基酸序列。
在某些实施例中，第一分离的抗体包含具有衍生自人类IGHV3-21胚系序列的氨基酸序列的重链可变区。在某些实施例中，第一分离的抗体包含具有衍生自人类IGKV3-20或IGKV3-11胚系序列的氨基酸序列的轻链可变区。
在某些实施例中，第一分离的抗体包括含有选自由SEQ ID NO:51-54和117组成的组的氨基酸序列的重链和含有SEQ ID NO:59的氨基酸序列的轻链。在某些实施例中，第一分离的抗体包括含有SEQ ID NO:51的氨基酸序列的重链和含有SEQ ID NO:59的氨基酸序列的轻链。在某些实施例中，第一分离的抗体包括含有SEQ ID NO:117的氨基酸序列的重链和含有SEQ ID NO:59的氨基酸序列的轻链。
在某些实施例中，第一分离的抗体包含选自由人类IgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgA1、IgA2组成的组的重链恒定区。在某些实施例中，第一分离的抗体包含IgG1重链恒定区。在某些实施例中，第一分离的抗体包括含有SEQ ID NO:60的氨基酸序列的重链恒定区。在某些实施例中，IgG1重链恒定区的氨基酸序列包含S239D/I332E突变，根据EU编号系统编号。在某些实施例中，第一分离的抗体包括含有SEQ ID NO:61的氨基酸序列的重链恒定区。在某些实施例中，IgG1重链恒定区的氨基酸序列包含S239D/A330L/I332E突变，根据EU编号系统编号。在某些实施例中，第一分离的抗体包括含有SEQ ID NO:62的氨基酸序列的重链恒定区。在某些实施例中，IgG1重链恒定区的氨基酸序列包含L235V/F243L/R292P/Y300L/P396L突变，根据EU编号系统编号。在某些实施例中，第一分离的抗体包括含有SEQ ID NO:63的氨基酸序列的重链恒定区。在某些实施例中，IgG1重链恒定区是非岩藻糖基化的IgG1。在某些实施例中，第一分离的抗体包含IgG2重链恒定区。在某些实施例中，第一分离的抗体包括含有SEQ ID NO:118的氨基酸序列的重链恒定区。
在某些实施例中，第一分离的抗体包含选自由人类Igκ和Igλ组成的组的轻链恒定区。在某些实施例中，第一分离的抗体包含Igκ轻链恒定区。在某些实施例中，第一分离的抗体包括含有SEQ ID NO:64的氨基酸序列的轻链恒定区。
在某些实施例中，第一分离的抗体与包括含有SEQ ID NO:1的氨基酸序列的重链可变区和含有SEQ ID NO:14的氨基酸序列的轻链可变区的抗体结合同一种人类CTLA-4表位。在某些实施例中，第一分离的抗体与位于人类CTLA-4的区域内的由选自由SEQ ID NO:97-102组成的组的氨基酸序列组成的表位结合。
在某些实施例中，第一分离的抗体对人类CTLA-4具有拮抗作用。
在某些实施例中，第二分离的抗体的CDRH2包含选自由SEQ ID NO:76-79组成的组的氨基酸序列。在某些实施例中，第二分离的抗体的CDRH3包含SEQ ID NO:80、81或82的氨基酸序列。在某些实施例中，第二分离的抗体的CDRH1、CDRH2和CDRH3分别包含SEQ ID NO:75、76和80；75、76和81；75、76和82；75、77和81；75、78和81；或75、79和81中所示的CDRH1、CDRH2和CDRH3氨基酸序列。
在某些实施例中，第二分离的抗体的CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2和CDRL3分别包含SEQ ID NO:75、76、80、83、84和85；75、76、81、83、84和85；75、76、82、83、84和85；75、77、81、83、84和85；75、78、81、83、84和85；或75、79、81、83、84和85中所示的氨基酸序列。在某些实施例中，第二分离的抗体的CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2和CDRL3分别包含SEQID NO:75、76、81、83、84和85中所示的氨基酸序列。
在某些实施例中，第二分离的抗体包括含有SEQ ID NO:88的氨基酸序列的重链可变区。在某些实施例中，第二分离的抗体包括含有与选自由SEQ ID NO:66-73组成的组的氨基酸序列至少75％、80％、85％、90％、95％或100％相同的氨基酸序列的重链可变区。在某些实施例中，第二分离的抗体的重链可变区包含选自由SEQ ID NO:66-73组成的组的氨基酸序列。在某些实施例中，第二分离的抗体包括含有与SEQ ID NO:74的氨基酸序列至少75％、80％、85％、90％、95％或100％相同的氨基酸序列的轻链可变区。在某些实施例中，第二分离的抗体的轻链可变区包含SEQ ID NO:74的氨基酸序列。
在某些实施例中，第二分离的抗体的重链可变区和轻链可变区分别包含SEQ IDNO:66和74；67和74；68和74；69和74；70和74；71和74；72和74；或73和74中所示的氨基酸序列。在某些实施例中，第二分离的抗体的重链可变区和轻链可变区分别包含SEQ ID NO:66和74中所示的氨基酸序列。
在某些实施例中，第二分离的抗体包含具有衍生自人类IGHV3-33胚系序列的氨基酸序列的重链可变区。在某些实施例中，第二分离的抗体包含具有衍生自人类IGKV3-15胚系序列的氨基酸序列的轻链可变区。
在某些实施例中，第二分离的抗体包括含有SEQ ID NO:91的氨基酸序列的重链和含有SEQ ID NO:93的氨基酸序列的轻链。在某些实施例中，第二分离的抗体包括含有SEQID NO:92的氨基酸序列的重链和含有SEQ ID NO:93的氨基酸序列的轻链。在某些实施例中，第二分离的抗体包括含有SEQ ID NO:120的氨基酸序列的重链和含有SEQ ID NO:93的氨基酸序列的轻链。
在某些实施例中，第二分离的抗体包含选自由人类IgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgA1和IgA2组成的组的重链恒定区。在某些实施例中，第二分离的抗体包含IgG1重链恒定区。在某些实施例中，IgG1重链恒定区的氨基酸序列包含N297A突变，根据EU编号系统编号。在某些实施例中，第二分离的抗体包括含有SEQ ID NO:94的氨基酸序列的重链恒定区。在某些实施例中，第二分离的抗体包含IgG4重链恒定区。在某些实施例中，IgG4重链恒定区的氨基酸序列包含S228P突变，根据EU编号系统编号。在某些实施例中，第二分离的抗体包括含有SEQID NO:95的氨基酸序列的重链恒定区。
在某些实施例中，第二分离的抗体包含选自由人类Igκ和Igλ组成的组的轻链恒定区。在某些实施例中，第二分离的抗体包含Igκ轻链恒定区。在某些实施例中，第二分离的抗体包括含有SEQ ID NO:64的氨基酸序列的轻链恒定区。
在某些实施例中，第二分离的抗体与包括含有SEQ ID NO:66的氨基酸序列的重链可变区和含有SEQ ID NO:74的氨基酸序列的轻链可变区的抗体结合同一种人类PD-1表位。在某些实施例中，第二分离的抗体与位于人类PD-1的区域内的由选自由SEQ ID NO:103-107组成的组的氨基酸序列组成的表位结合。
在某些实施例中，第二分离的抗体对人类PD-1具有拮抗作用。
在某些实施例中，第二分离的抗体选自由派姆单抗(pembrolizumab)、纳武单抗(nivolumab)和匹立珠单抗(pidilizumab)组成的组。在某些实施例中，第二分离的抗体是派姆单抗。
在某些实施例中，第一分离的抗体选自由伊匹单抗(ipilimumab)和曲美木单抗(tremelimumab)组成的组。在某些实施例中，第一分离的抗体是伊匹单抗。
在某些实施例中，第一分离的抗体按0.3mg/kg或1mg/kg施用。在某些实施例中，第二分离的抗体按1mg/kg、3mg/kg或6mg/kg施用。在某些实施例中，第二分离的抗体按200mg的剂量施用，任选地其中第二分离的抗体是派姆单抗。在某些实施例中，第一分离的抗体按0.3mg/kg或1mg/kg施用，并且第二分离的抗体按1mg/kg、3mg/kg或6mg/kg施用。在某些实施例中，第一分离的抗体按0.3mg/kg施用，并且第二分离的抗体按1mg/kg施用。在某些实施例中，第一分离的抗体按1mg/kg施用，并且第二分离的抗体按1mg/kg施用。在某些实施例中，第一分离的抗体按1mg/kg施用，并且第二分离的抗体按3mg/kg施用。在某些实施例中，第一分离的抗体按1mg/kg施用，并且第二分离的抗体按6mg/kg施用。在某些实施例中，第一分离的抗体按约0.3mg/kg或1mg/kg施用，并且第二分离的抗体按约1mg/kg或3mg/kg施用。在某些实施例中，第一分离的抗体按约0.3mg/kg施用，并且第二分离的抗体按约1mg/kg施用。在某些实施例中，第一分离的抗体按约1mg/kg施用，并且第二分离的抗体按约1mg/kg施用。在某些实施例中，第一分离的抗体按约1mg/kg施用，并且第二分离的抗体按约3mg/kg施用。在某些实施例中，第一分离的抗体按约1mg/kg施用，并且第二分离的抗体按约6mg/kg施用。在某些实施例中，第一分离的抗体每六周施用。在某些实施例中，第二分离的抗体每两周或每三周施用。在某些实施例中，第一分离的抗体每六周施用，并且第二分离的抗体每两周或每三周施用。在某些实施例中，第一分离的抗体约每六周施用，并且第二分离的抗体约每两周或约每三周施用。在某些实施例中，第一分离的抗体按0.3mg/kg每六周施用，并且第二分离的抗体按1mg/kg每两周施用。在某些实施例中，第一分离的抗体按1mg/kg每六周施用，并且第二分离的抗体按1mg/kg每两周施用。在某些实施例中，第一分离的抗体按1mg/kg每六周施用，并且第二分离的抗体按3mg/kg每两周施用。在某些实施例中，第一分离的抗体按1mg/kg每六周施用，并且第二分离的抗体按6mg/kg每三周施用。在某些实施例中，第一分离的抗体按约0.3mg/kg约每六周施用，并且第二分离的抗体按约1mg/kg约每两周施用。在某些实施例中，第一分离的抗体按约1mg/kg约每六周施用，并且第二分离的抗体按约1mg/kg约每两周施用。在某些实施例中，第一分离的抗体按约1mg/kg约每六周施用，并且第二分离的抗体按约3mg/kg约每两周施用。在某些实施例中，第一分离的抗体按约1mg/kg约每六周施用，并且第二分离的抗体按约6mg/kg约每三周施用。在某些实施例中，第一分离的抗体静脉内施用。在某些实施例中，第二分离的抗体静脉内施用。在某些实施例中，第一分离的抗体和第二分离的抗体均静脉内施用。
在某些实施例中，受试者患有癌症。在某些实施例中，受试者患有转移性或局部晚期实体肿瘤。
在某些实施例中，癌症是宫颈癌。在某些实施例中，癌症是转移性或局部晚期的不可切除性鳞状细胞癌、腺鳞癌或子宫颈腺癌。在某些实施例中，转移性或局部晚期实体肿瘤是转移性或局部晚期的不可切除性鳞状细胞癌、腺鳞癌或子宫颈腺癌。在某些实施例中，没有标准疗法可供用于癌症(例如，宫颈癌)或转移性或局部晚期实体肿瘤。在某些实施例中，癌症(例如，宫颈癌)或转移性或局部晚期实体肿瘤是标准疗法难治愈的。在某些实施例中，癌症(例如，宫颈癌)或转移性或局部晚期实体肿瘤已在标准疗法之后复发。在某些实施例中，标准疗法包含含铂化疗。在某些实施例中，标准疗法是含铂双重疗法(platinum-containing doublet)。在某些实施例中，癌症(例如，宫颈癌)是已在为了治疗晚期(复发性、不可切除性或转移性)疾病而施用的含铂双重疗法之后复发的转移性或局部晚期的不可切除性鳞状细胞癌、腺鳞癌或子宫颈腺癌。在某些实施例中，癌症(例如，宫颈癌)或转移性或局部晚期实体肿瘤是HPV阳性。在某些实施例中，癌症或转移性或局部晚期实体肿瘤是头颈癌、黑色素瘤、肾细胞癌、尿路上皮癌或子宫内膜。在某些实施例中，癌症(例如，宫颈癌)或转移性或局部晚期实体肿瘤与微卫星不稳定性相关。
在某些实施例中，受试者患有宫颈癌(例如，转移性或局部晚期的不可切除性鳞状细胞癌、腺鳞癌或子宫颈腺癌)，并且所述方法包含在宫颈癌的诊断之后(例如，在诊断后1、2、3、4、5或6天；1、2、3、4、6、8或12周；或1、2、3、4、6、8或12个月之内)向受试者施用有效量的本文所述的抗PD-1抗体，例如AGEN2034(IgG4S228P)，或包含此类抗PD-1抗体的药物组合物，作为第一癌症疗法，任选地其中本文所述的抗PD-1抗体，例如AGEN2034(IgG4 S228P)，或包含此类抗PD-1抗体的药物组合物，按本文表13的单行中所示的剂量和频率施用。在某些实施例中，受试者患有宫颈癌(例如，转移性或局部晚期的不可切除性鳞状细胞癌、腺鳞癌或子宫颈腺癌)，并且所述方法包含在宫颈癌的诊断之后(例如，在诊断后1、2、3、4、5或6天；1、2、3、4、6、8或12周；或1、2、3、4、6、8或12个月之内)向受试者施用有效量的治疗组合作为第一癌症疗法，所述治疗组合包含(a)本文所述的抗CTLA-4抗体，例如AGEN1884(IgG1)，或包含此类抗CTLA-4抗体的药物组合物；和(b)本文所述的抗PD-1抗体，例如AGEN2034(IgG4 S228P)，或包含此类抗PD-1抗体的药物组合物，任选地其中本文所述的抗CTLA-4抗体，例如AGEN1884(IgG1)，或包含此类抗CTLA-4抗体的药物组合物，和本文所述的抗PD-1抗体，例如AGEN2034(IgG4 S228P)，或包含此类抗PD-1抗体的药物组合物，按本文表13的单行中所示的剂量和频率施用。在某些实施例中，受试者患有宫颈癌(例如，转移性或局部晚期的不可切除性鳞状细胞癌、腺鳞癌或子宫颈腺癌)，并且所述方法包含在宫颈癌的诊断之后(例如，在诊断后1、2、3、4、5或6天；1、2、3、4、6、8或12周；或1、2、3、4、6、8或12个月之内)向受试者施用有效量的治疗组合作为第一癌症疗法，所述治疗组合包含(a)本文所述的抗CTLA-4抗体，例如AGEN1884(IgG1)，或包含此类抗CTLA-4抗体的药物组合物，和(b)派姆单抗或包含派姆单抗的药物组合物，任选地其中本文所述的抗CTLA-4抗体，例如AGEN1884(IgG1)，或包含此类抗CTLA-4抗体的药物组合物，按本文表13的单行中所示的剂量和频率施用，并且派姆单抗或包含派姆单抗的组合物按200mg每三周施用。
在某些实施例中，癌症表达PD-L1。在某些实施例中，癌症样品中展现可检测的PD-L1膜表达(例如，部分或完全膜表达)的肿瘤细胞的百分比是至少1％(例如，至少2％、3％、4％、5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、60％、70％、80％或90％)。在某些实施例中，癌症样品中展现可检测的PD-L1膜表达(例如，部分或完全膜表达)的肿瘤细胞的百分比是至少1％。在某些实施例中，癌症样品中展现可检测的PD-L1膜表达(例如，部分或完全膜表达)的肿瘤细胞的百分比是至少5％。在某些实施例中，癌症样品中展现可检测的PD-L1膜表达(例如，部分或完全膜表达)的肿瘤细胞的百分比是至少25％。在某些实施例中，癌症样品中展现可检测的PD-L1膜表达(例如，部分或完全膜表达)的肿瘤细胞的百分比是至少50％。PD-L1的膜表达可以通过本领域中已知的任何方法，例如免疫组织化学法来检测。用于检测肿瘤细胞中的PD-L1膜表达的示范性免疫组织化学分析提供于Hirsch等人(2017,《胸部肿瘤学杂志》(J.Thoracic Oncol.)12(2):208-222)、Rimm等人(2017,《美国医学会杂志：肿瘤学》(JAMA Oncol.)3(8):1051-1058)以及Diggs和Hsueh(2017,《生物标志物研究》(Biomarker Res.)5:12)中，所述文献以全文引用的方式并入本文中。
在某些实施例中，转移性或局部晚期肿瘤表达PD-L1。在某些实施例中，转移性或局部晚期肿瘤样品中展现可检测的PD-L1膜表达(例如，部分或完全膜表达)的肿瘤细胞的百分比是至少1％(例如，至少2％、3％、4％、5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、60％、70％、80％或90％)。在某些实施例中，转移性或局部晚期肿瘤样品中展现可检测的PD-L1膜表达(例如，部分或完全膜表达)的肿瘤细胞的百分比是至少1％。在某些实施例中，转移性或局部晚期肿瘤样品中展现可检测的PD-L1膜表达(例如，部分或完全膜表达)的肿瘤细胞的百分比是至少5％。在某些实施例中，转移性或局部晚期肿瘤样品中展现可检测的PD-L1膜表达(例如，部分或完全膜表达)的肿瘤细胞的百分比是至少25％。在某些实施例中，转移性或局部晚期肿瘤样品中展现可检测的PD-L1膜表达(例如，部分或完全膜表达)的肿瘤细胞的百分比是至少50％。PD-L1的膜表达可以通过本领域中已知的任何方法，例如免疫组织化学法来检测。用于检测肿瘤细胞中的PD-L1膜表达的示范性免疫组织化学分析提供于Hirsch等人(2017,《胸部肿瘤学杂志》12(2):208-222)、Rimm等人(2017,《美国医学会杂志：肿瘤学》3(8):1051-1058)以及Diggs和Hsueh(2017,《生物标志物研究》5:12)中，所述文献以全文引用的方式并入本文中。
在某些实施例中，癌症是非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer，NSCLC)。在某些实施例中，NSCLC是IV期NSCLC。在某些实施例中，NSCLC是根据第八版美国癌症联合委员会分期手册(American Joint Committee on Cancer staging manual)从组织学上或细胞学上来诊断。在某些实施例中，NSCLC样品中展现可检测的PD-L1膜表达(例如，部分或完全膜表达)的肿瘤细胞的百分比是至少1％(例如，至少2％、3％、4％、5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、60％、70％、80％或90％)。在某些实施例中，NSCLC样品中展现可检测的PD-L1膜表达(例如，部分或完全膜表达)的肿瘤细胞的百分比是至少1％。在某些实施例中，NSCLC样品中展现可检测的PD-L1膜表达(例如，部分或完全膜表达)的肿瘤细胞的百分比是至少5％。在某些实施例中，NSCLC样品中展现可检测的PD-L1膜表达(例如，部分或完全膜表达)的肿瘤细胞的百分比是至少25％。在某些实施例中，NSCLC样品中展现可检测的PD-L1膜表达(例如，部分或完全膜表达)的肿瘤细胞的百分比是至少50％。在某些实施例中，NSCLC没有EGFR或ALK基因组肿瘤畸变。在某些实施例中，NSCLC没有EGFR敏化突变(例如，适合用酪氨酸激酶抑制剂治疗的突变，酪氨酸激酶抑制剂包括埃罗替尼(erlotinib)、吉非替尼(gefitinib)或阿法替尼(afatanib))或ALK易位。在某些实施例中，受试者先前不曾接受过针对NSCLC的全身性化疗治疗。
在某些实施例中，转移性或局部晚期实体肿瘤是转移性或局部晚期NSCLC。在某些实施例中，转移性或局部晚期实体肿瘤是转移性NSCLC。在某些实施例中，转移性或局部晚期实体肿瘤是IV期转移性或局部晚期NSCLC。在某些实施例中，转移性或局部晚期实体肿瘤是IV期NSCLC。在某些实施例中，转移性或局部晚期NSCLC样品中展现可检测的PD-L1膜表达(例如，部分或完全膜表达)的肿瘤细胞的百分比是至少1％(例如，至少2％、3％、4％、5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、60％、70％、80％或90％)。在某些实施例中，转移性或局部晚期NSCLC样品中展现可检测的PD-L1膜表达(例如，部分或完全膜表达)的肿瘤细胞的百分比是至少1％。在某些实施例中，转移性或局部晚期NSCLC样品中展现可检测的PD-L1膜表达(例如，部分或完全膜表达)的肿瘤细胞的百分比是至少5％。在某些实施例中，转移性或局部晚期NSCLC样品中展现可检测的PD-L1膜表达(例如，部分或完全膜表达)的肿瘤细胞的百分比是至少25％。在某些实施例中，转移性或局部晚期NSCLC样品中展现可检测的PD-L1膜表达(例如，部分或完全膜表达)的肿瘤细胞的百分比是至少50％。在某些实施例中，转移性或局部晚期NSCLC没有EGFR或ALK基因组肿瘤畸变。在某些实施例中，转移性或局部晚期NSCLC没有EGFR敏化突变(例如，适合用酪氨酸激酶抑制剂治疗的突变，酪氨酸激酶抑制剂包括埃罗替尼、吉非替尼或阿法替尼)或ALK易位。在某些实施例中，受试者先前不曾接受过针对转移性或局部晚期NSCLC的全身性化疗治疗。
在某些实施例中，受试者患有NSCLC(例如，IV期转移性或局部晚期NSCLC)，任选地其中NSCLC样品中展现可检测的PD-L1表达(例如，膜表达，部分或完全膜表达)的肿瘤细胞的百分比是至少1％、2％、3％、4％、5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、60％、70％、80％或90％，并且所述方法包含在宫颈癌的诊断之后(例如，在诊断后1、2、3、4、5或6天；1、2、3、4、6、8或12周；或1、2、3、4、6、8或12个月之内)向受试者施用有效量的本文所述的抗PD-1抗体，例如AGEN2034(IgG4 S228P)，或包含此类抗PD-1抗体的药物组合物，作为第一癌症疗法，任选地其中本文所述的抗PD-1抗体，例如AGEN2034(IgG4 S228P)，或包含此类抗PD-1抗体的药物组合物，按本文表13的单行中所示的剂量和频率施用。在某些实施例中，受试者患有NSCLC(例如，IV期转移性或局部晚期NSCLC)，任选地其中NSCLC样品中展现可检测的PD-L1表达(例如，膜表达，部分或完全膜表达)的肿瘤细胞的百分比是至少1％、2％、3％、4％、5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、60％、70％、80％或90％，并且所述方法包含在宫颈癌的诊断之后(例如，在诊断后1、2、3、4、5或6天；1、2、3、4、6、8或12周；或1、2、3、4、6、8或12个月之内)向受试者施用有效量的治疗组合作为第一癌症疗法，所述治疗组合包含(a)本文所述的抗CTLA-4抗体，例如AGEN1884(IgG1)，或包含此类抗CTLA-4抗体的药物组合物；和(b)本文所述的抗PD-1抗体，例如AGEN2034(IgG4S228P)，或包含此类抗PD-1抗体的药物组合物，任选地其中本文所述的抗CTLA-4抗体，例如AGEN1884(IgG1)，或包含此类抗CTLA-4抗体的药物组合物，和本文所述的抗PD-1抗体，例如AGEN2034(IgG4 S228P)，或包含此类抗PD-1抗体的药物组合物，按本文表13的单行中所示的剂量和频率施用。在某些实施例中，受试者患有NSCLC(例如，IV期转移性或局部晚期NSCLC)，任选地其中NSCLC样品中展现可检测的PD-L1表达(例如，膜表达，部分或完全膜表达)的肿瘤细胞的百分比是至少1％、2％、3％、4％、5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、60％、70％、80％或90％，并且所述方法包含在宫颈癌的诊断之后(例如，在诊断后1、2、3、4、5或6天；1、2、3、4、6、8或12周；或1、2、3、4、6、8或12个月之内)向受试者施用治疗组合作为第一癌症疗法，所述治疗组合包含(a)本文所述的抗CTLA-4抗体，例如AGEN1884(IgG1)，或包含此类抗CTLA-4抗体的药物组合物；和(b)派姆单抗或包含派姆单抗的药物组合物，任选地其中本文所述的抗CTLA-4抗体，例如AGEN1884(IgG1)，或包含此类抗CTLA-4抗体的药物组合物，按本文表13的单行中所示的剂量和频率施用，并且派姆单抗或包含派姆单抗的药物组合物按200mg每三周施用。
在某些实施例中，癌症是皮肤鳞状细胞癌(cutaneous squamous-cellcarcinoma，cSCC)(例如，IV期cSCC)。在某些实施例中，转移性或局部晚期实体肿瘤是IV期cSCC。在某些实施例中，cSCC是根据第八版美国癌症联合委员会分期手册从组织学上或细胞学上来诊断。在某些实施例中，cSCC不能用放疗治愈。在某些实施例中，受试者患有cSCC(例如，IV期cSCC)，并且所述方法包含在cSCC的诊断之后(例如，在诊断后1、2、3、4、5或6天；1、2、3、4、6、8或12周；或1、2、3、4、6、8或12个月之内)向受试者施用有效量的本文所述的抗PD-1抗体，例如AGEN2034(IgG4S228P)，或包含此类抗PD-1抗体的药物组合物，作为第一癌症疗法，任选地其中本文所述的抗PD-1抗体，例如AGEN2034(IgG4 S228P)，或包含此类抗PD-1抗体的药物组合物，按本文表13的单行中所示的剂量和频率施用。在某些实施例中，受试者患有cSCC(例如，IV期cSCC)，并且所述方法包含在cSCC的诊断之后(例如，在诊断后1、2、3、4、5或6天；1、2、3、4、6、8或12周；或1、2、3、4、6、8或12个月之内)向受试者施用有效量的治疗组合作为第一癌症疗法，所述治疗组合包含(a)本文所述的抗CTLA-4抗体，例如AGEN1884(IgG1)，或包含此类抗CTLA-4抗体的药物组合物；和(b)本文所述的抗PD-1抗体，例如AGEN2034(IgG4 S228P)，或包含此类抗PD-1抗体的药物组合物，任选地其中本文所述的抗CTLA-4抗体，例如AGEN1884(IgG1)，或包含此类抗CTLA-4抗体的药物组合物，和本文所述的抗PD-1抗体，例如AGEN2034(IgG4S228P)，或包含此类抗PD-1抗体的药物组合物，按本文表13的单行中所示的剂量和频率施用。在某些实施例中，受试者患有cSCC(例如，IV期cSCC)，并且所述方法包含在cSCC的诊断之后(例如，在诊断后1、2、3、4、5或6天；1、2、3、4、6、8或12周；或1、2、3、4、6、8或12个月之内)向受试者施用有效量的治疗组合作为第一癌症疗法，所述治疗组合包含(a)本文所述的抗CTLA-4抗体，例如AGEN1884(IgG1)，或包含此类抗CTLA-4抗体的药物组合物；和(b)派姆单抗或包含派姆单抗的药物组合物，任选地其中本文所述的抗CTLA-4抗体，例如AGEN1884(IgG1)，或包含此类抗CTLA-4抗体的药物组合物，按本文表13的单行中所示的剂量和频率施用，并且派姆单抗或包含派姆单抗的药物组合物按200mg每三周施用。
在某些实施例中，本文所述的抗体和治疗组合中的任一个(例如，第一和/或第二分离的抗体，或第一抗体和派姆单抗的组合)可以作为第一癌症疗法在转移性或局部晚期实体肿瘤的诊断之后(例如，在诊断后1、2、3、4、5或6天；1、2、3、4、6、8或12周；或1、2、3、4、6、8或12个月之内)施用。在某些实施例中，本文所述的抗体和治疗组合中的任一个(例如，第一和/或第二分离的抗体，或第一抗体和派姆单抗的组合)可以作为第一癌症疗法在尽管先前用不同的癌症疗法治疗肿瘤但仍发生的肿瘤进展的诊断之后(例如，在肿瘤进展的诊断后1、2、3、4、5或6天；1、2、3、4、6、8或12周；或1、2、3、4、6、8或12个月之内)施用，任选地其中分离的抗体或治疗组合是所施用的第二癌症疗法。在某些实施例中，本文所述的抗体和治疗组合中的任一个(例如，第一和/或第二分离的抗体，或第一抗体和派姆单抗的组合)可以作为第一癌症疗法在不同的癌症疗法的毒性的诊断之后(例如，在不同的癌症疗法的毒性的诊断后1、2、3、4、5或6天；1、2、3、4、6、8或12周；或1、2、3、4、6、8或12个月之内)施用，任选地其中所述分离的抗体或治疗组合是所施用的第二癌症疗法。在某些实施例中，第一和第二分离的抗体作为第一癌症疗法在转移性或局部晚期实体肿瘤的诊断之后约1、2、3、4、5或6天施用。在某些实施例中，第一和第二分离的抗体作为第一癌症疗法在转移性或局部晚期实体肿瘤的诊断之后约1或2周施用。
在另一个方面，本公开提供一种治疗受试者中的癌症的方法，所述方法包含向受试者施用有效量的治疗组合，所述治疗组合包含与CTLA-4(例如，人类CTLA-4)特异性结合的第一分离的抗体和与PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合的第二分离的抗体，其中第一分离的抗体与包括含有SEQ ID NO:1的氨基酸序列的重链可变区和含有SEQ ID NO:14的氨基酸序列的轻链可变区的抗体结合同一种人类CTLA-4表位。
在另一个方面，本公开提供一种治疗受试者中的癌症的方法，所述方法包含向受试者施用有效量的治疗组合，所述治疗组合包含与CTLA-4(例如，人类CTLA-4)特异性结合的第一分离的抗体和与PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合的第二分离的抗体，其中第二分离的抗体与包括含有SEQ ID NO:66的氨基酸序列的重链可变区和含有SEQ ID NO:74的氨基酸序列的轻链可变区的抗体结合同一种人类PD-1表位。
在另一个方面，本公开提供一种治疗受试者中的癌症的方法，所述方法包含向受试者施用有效量的治疗组合，所述治疗组合包含与CTLA-4(例如，人类CTLA-4)特异性结合的第一分离的抗体和与PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合的第二分离的抗体，其中第一分离的抗体与包括含有SEQ ID NO:1的氨基酸序列的重链可变区和含有SEQ ID NO:14的氨基酸序列的轻链可变区的抗体结合同一种人类CTLA-4表位，并且其中第二分离的抗体与包括含有SEQ ID NO:66的氨基酸序列的重链可变区和含有SEQ ID NO:74的氨基酸序列的轻链可变区的抗体结合同一种人类PD-1表位。
在某些实施例中，第二分离的抗体对人类PD-1具有拮抗作用。
在另一个方面，本公开提供一种增强或诱导受试者中的免疫反应的方法，所述方法包含向受试者施用有效量的治疗组合，所述治疗组合包含与人类CTLA-4特异性结合的第一分离的抗体和与人类PD-1特异性结合的第二分离的抗体，其中：
a)所述第一分离的抗体包含具有衍生自人类IGHV3-21胚系序列的氨基酸序列的重链可变区，和任选地具有衍生自人类IGKV3-20或IGKV3-11胚系序列的氨基酸序列的轻链可变区；和/或
b)所述第二分离的抗体包含具有衍生自人类IGHV3-33胚系序列的氨基酸序列的重链可变区，和任选地具有衍生自人类IGKV3-15胚系序列的氨基酸序列的轻链可变区。
在另一个方面，本公开提供一种治疗受试者中的癌症的方法，所述方法包含向受试者施用有效量的治疗组合，所述治疗组合包含与人类CTLA-4特异性结合的第一分离的抗体和与人类PD-1特异性结合的第二分离的抗体，其中：
a)所述第一分离的抗体包含具有衍生自人类IGHV3-21胚系序列的氨基酸序列的重链可变区，和任选地具有衍生自人类IGKV3-20或IGKV3-11胚系序列的氨基酸序列的轻链可变区；和/或
b)所述第二分离的抗体包含具有衍生自人类IGHV3-33胚系序列的氨基酸序列的重链可变区，和任选地具有衍生自人类IGKV3-15胚系序列的氨基酸序列的轻链可变区。
在另一个方面，本公开提供一种治疗受试者中的传染病的方法，所述方法包含向受试者施用有效量的治疗组合，所述治疗组合包含与人类CTLA-4特异性结合的第一分离的抗体和与人类PD-1特异性结合的第二分离的抗体，其中：
a)所述第一分离的抗体包含具有衍生自人类IGHV3-21胚系序列的氨基酸序列的重链可变区，和任选地具有衍生自人类IGKV3-20或IGKV3-11胚系序列的氨基酸序列的轻链可变区；和/或
b)所述第二分离的抗体包含具有衍生自人类IGHV3-33胚系序列的氨基酸序列的重链可变区，和任选地具有衍生自人类IGKV3-15胚系序列的氨基酸序列的轻链可变区。
在另一个方面，本公开提供一种药物组合物，其包含与CTLA-4(例如，人类CTLA-4)特异性结合的第一分离的抗体和与PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合的第二分离的抗体，其中所述第一分离的抗体包括含有互补决定区CDRH1、CDRH2和CDRH3的重链可变区和含有互补决定区CDRL1、CDRL2和CDRL3的轻链可变区，其中：
(a)CDRH1包含SYX1MX2的氨基酸序列(SEQ ID NO:39)，其中
X1是S或A；并且
X2是N或S；
(b)CDRH2包含SISSSSSYIYYADSVKG的氨基酸序列(SEQ ID NO:22)；
(c)CDRH3包含VGLMGPFXI的氨基酸序列(SEQ ID NO:115)，其中X是D或N；
(d)CDRL1包含RASQSVX1X2YLX3的氨基酸序列(SEQ ID NO:43)，其中：
X1是S或G；
X2是R、S或T；并且
X3是G或A；
(e)CDRL2包含X1X2SX3RAT的氨基酸序列(SEQ ID NO:44)，其中：
X1是G或A；
X2是A或T；并且
X3是T、S、R或N；并且
(f)CDRL3包含QQYGX1SPX2T的氨基酸序列(SEQ ID NO:45)，其中：
X1是S或T；并且
X2是W或F，
并且其中所述第二分离的抗体包括含有互补决定区CDRH1、CDRH2和CDRH3的重链可变区和含有互补决定区CDRL1、CDRL2和CDRL3的轻链可变区，其中：
(g)CDRH1包含SYGMH的氨基酸序列(SEQ ID NO:75)；
(h)CDRH2包含VIWX1DGSNX2YYADSVX3G的氨基酸序列(SEQ ID NO:86)，其中
X1是Y或F；
X2是K或E；并且
X3是K或M；
(i)CDRH3包含NX1DX2的氨基酸序列(SEQ ID NO:87)，其中
X1是G或V；并且
X2是H或Y；
(j)CDRL1包含RASQSVSSNLA的氨基酸序列(SEQ ID NO:83)；
(k)CDRL2包含GASTRAT的氨基酸序列(SEQ ID NO:84)；并且
(l)CDRL3包含QQYNNWPRT的氨基酸序列(SEQ ID NO:85)。
在药物组合物的某些实施例中，第一分离的抗体的CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2和CDRL3分别包含SEQ ID NO:20、22、24、27、30和36；20、22、24、29、32和37；20、22、24、29、33和38；21、22、24、27、30和36；21、22、24、29、33和38；20、22、24、28、31和36；20、22、24、29、34和36；20、22、24、29、35和38；21、22、26、27、30和36；21、22、26、29、32和37；21、22、26、29、33和38；或21、22、26、29、35和38中所示的氨基酸序列，并且其中第二分离的抗体的CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2和CDRL3分别包含SEQ ID NO:75、76、80、83、84和85；75、76、81、83、84和85；75、76、82、83、84和85；75、77、81、83、84和85；75、78、81、83、84和85；或75、79、81、83、84和85中所示的氨基酸序列。
在药物组合物的某些实施例中，第一分离的抗体的重链可变区和轻链可变区分别包含SEQ ID NO:1和14；1和16；1和17；9和14；9和17；10和15；10和17；10和18；10和19；11和15；11和14；11和16；11和17；12和14；12和16；12和17；12和19；13和15；或13和17中所示的氨基酸序列，并且其中第二分离的抗体的重链可变区和轻链可变区分别包含SEQ ID NO:66和74；67和74；68和74；69和74；70和74；71和74；72和74；或73和74中所示的氨基酸序列。
在另一个方面，本公开提供一种试剂盒，其包含与CTLA-4(例如，人类CTLA-4)特异性结合的第一分离的抗体和与PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合的第二分离的抗体，其中所述第一分离的抗体包括含有互补决定区CDRH1、CDRH2和CDRH3的重链可变区和含有互补决定区CDRL1、CDRL2和CDRL3的轻链可变区，其中：
(a)CDRH1包含SYX1MX2的氨基酸序列(SEQ ID NO:39)，其中
X1是S或A；并且
X2是N或S；
(b)CDRH2包含SISSSSSYIYYADSVKG的氨基酸序列(SEQ ID NO:22)；
(c)CDRH3包含VGLMGPFXI的氨基酸序列(SEQ ID NO:115)，其中X是D或N；
(d)CDRL1包含RASQSVX1X2YLX3的氨基酸序列(SEQ ID NO:43)，其中：
X1是S或G；
X2是R、S或T；并且
X3是G或A；
(e)CDRL2包含X1X2SX3RAT的氨基酸序列(SEQ ID NO:44)，其中：
X1是G或A；
X2是A或T；并且
X3是T、S、R或N；并且
(f)CDRL3包含QQYGX1SPX2T的氨基酸序列(SEQ ID NO:45)，其中：
X1是S或T；并且
X2是W或F，
并且其中所述第二分离的抗体包括含有互补决定区CDRH1、CDRH2和CDRH3的重链可变区和含有互补决定区CDRL1、CDRL2和CDRL3的轻链可变区，其中：
(g)CDRH1包含SYGMH的氨基酸序列(SEQ ID NO:75)；
(h)CDRH2包含VIWX1DGSNX2YYADSVX3G的氨基酸序列(SEQ ID NO:86)，其中
X1是Y或F；
X2是K或E；并且
X3是K或M；
(i)CDRH3包含NX1DX2的氨基酸序列(SEQ ID NO:87)，其中
X1是G或V；并且
X2是H或Y；
(j)CDRL1包含RASQSVSSNLA的氨基酸序列(SEQ ID NO:83)；
(k)CDRL2包含GASTRAT的氨基酸序列(SEQ ID NO:84)；并且
(l)CDRL3包含QQYNNWPRT的氨基酸序列(SEQ ID NO:85)。
在某些实施例中，第一分离的抗体的CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2和CDRL3分别包含SEQ ID NO:20、22、24、27、30和36；20、22、24、29、32和37；20、22、24、29、33和38；21、22、24、27、30和36；21、22、24、29、33和38；20、22、24、28、31和36；20、22、24、29、34和36；20、22、24、29、35和38；21、22、26、27、30和36；21、22、26、29、32和37；21、22、26、29、33和38；或21、22、26、29、35和38中所示的氨基酸序列，并且其中第二分离的抗体的CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2和CDRL3分别包含SEQ ID NO:75、76、80、83、84和85；75、76、81、83、84和85；75、76、82、83、84和85；75、77、81、83、84和85；75、78、81、83、84和85；或75、79、81、83、84和85中所示的氨基酸序列。
在试剂盒的某些实施例中，第一分离的抗体的重链可变区和轻链可变区分别包含SEQ ID NO:1和14；1和16；1和17；9和14；9和17；10和15；10和17；10和18；10和19；11和15；11和14；11和16；11和17；12和14；12和16；12和17；12和19；13和15；或13和17中所示的氨基酸序列，并且其中第二分离的抗体的重链可变区和轻链可变区分别包含SEQ ID NO:66和74；67和74；68和74；69和74；70和74；71和74；72和74；或73和74中所示的氨基酸序列。
在另一个方面，本公开提供一种试剂盒，其包含与CTLA-4(例如，人类CTLA-4)特异性结合的第一分离的抗体和与PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合的第二分离的抗体，其中第一分离的抗体的重链可变区和轻链可变区分别包含SEQ ID NO:1和14中所示的氨基酸序列，并且其中第二分离的抗体的重链可变区和轻链可变区分别包含SEQ ID NO:66和74中所示的氨基酸序列。
在另一个方面，本公开提供一种试剂盒，其包含与CTLA-4(例如，人类CTLA-4)特异性结合的第一分离的抗体和与PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合的第二分离的抗体，其中第一分离的抗体的重链可变区和轻链可变区分别包含SEQ ID NO:1和14中所示的氨基酸序列，并且其中第二分离的抗体的重链可变区和轻链可变区分别包含SEQ ID NO:67和74中所示的氨基酸序列。
在另一个方面，本公开提供一种试剂盒，其包含与CTLA-4(例如，人类CTLA-4)特异性结合的第一分离的抗体和与PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合的第二分离的抗体，其中第一分离的抗体的重链和轻链分别包含SEQ ID NO:51和59；或117和59中所示的氨基酸序列，并且其中第二分离的抗体的重链可变区和轻链可变区分别包含SEQ ID NO:91和93；92和93；或120和93中所示的氨基酸序列。
在另一个方面，本公开提供一种试剂盒，其包含与CTLA-4(例如，人类CTLA-4)特异性结合的第一分离的抗体和与PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合的第二分离的抗体，其中第一分离的抗体的重链和轻链分别包含SEQ ID NO:51和59中所示的氨基酸序列，并且其中第二分离的抗体的重链可变区和轻链可变区分别包含SEQ ID NO:91和93中所示的氨基酸序列。
在另一个方面，本公开提供一种试剂盒，其包含与CTLA-4(例如，人类CTLA-4)特异性结合的第一分离的抗体和与PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合的第二分离的抗体，其中第一分离的抗体的重链和轻链分别包含SEQ ID NO:51和59中所示的氨基酸序列，并且其中第二分离的抗体的重链可变区和轻链可变区分别包含SEQ ID NO:92和93中所示的氨基酸序列。
在另一个方面，本公开提供一种试剂盒，其包含与CTLA-4(例如，人类CTLA-4)特异性结合的第一分离的抗体和与PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合的第二分离的抗体，其中第一分离的抗体的重链和轻链分别包含SEQ ID NO:51和59中所示的氨基酸序列，并且其中第二分离的抗体的重链可变区和轻链可变区分别包含SEQ ID NO:120和93中所示的氨基酸序列。
在另一个方面，本公开提供一种多特异性抗体，其包含与CTLA-4(例如，人类CTLA-4)特异性结合的第一抗原结合区和与PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合的第二抗原结合区，其中所述第一抗原结合区包括含有互补决定区CDRH1、CDRH2和CDRH3的重链可变区和含有互补决定区CDRL1、CDRL2和CDRL3的轻链可变区，其中：
(a)CDRH1包含SYX1MX2的氨基酸序列(SEQ ID NO:39)，其中
X1是S或A；并且
X2是N或S；
(b)CDRH2包含SISSSSSYIYYADSVKG的氨基酸序列(SEQ ID NO:22)；
(c)CDRH3包含VGLMGPFXI的氨基酸序列(SEQ ID NO:115)，其中X是D或N；
(d)CDRL1包含RASQSVX1X2YLX3的氨基酸序列(SEQ ID NO:43)，其中：
X1是S或G；
X2是R、S或T；并且
X3是G或A；
(e)CDRL2包含X1X2SX3RAT的氨基酸序列(SEQ ID NO:44)，其中：
X1是G或A；
X2是A或T；并且
X3是T、S、R或N；并且
(f)CDRL3包含QQYGX1SPX2T的氨基酸序列(SEQ ID NO:45)，其中：
X1是S或T；并且
X2是W或F，
并且其中所述第二抗原结合区包括含有互补决定区CDRH1、CDRH2和CDRH3的重链可变区和含有互补决定区CDRL1、CDRL2和CDRL3的轻链可变区，其中：
(g)CDRH1包含SYGMH的氨基酸序列(SEQ ID NO:75)；
(h)CDRH2包含VIWX1DGSNX2YYADSVX3G的氨基酸序列(SEQ ID NO:86)，其中
X1是Y或F；
X2是K或E；并且
X3是K或M；
(i)CDRH3包含NX1DX2的氨基酸序列(SEQ ID NO:87)，其中
X1是G或V；并且
X2是H或Y；
(j)CDRL1包含RASQSVSSNLA的氨基酸序列(SEQ ID NO:83)；
(k)CDRL2包含GASTRAT的氨基酸序列(SEQ ID NO:84)；并且
(l)CDRL3包含QQYNNWPRT的氨基酸序列(SEQ ID NO:85)。
在多特异性抗体的某些实施例中，第一抗原结合区的CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2和CDRL3分别包含SEQ ID NO:20、22、24、27、30和36；20、22、24、29、32和37；20、22、24、29、33和38；21、22、24、27、30和36；21、22、24、29、33和38；20、22、24、28、31和36；20、22、24、29、34和36；20、22、24、29、35和38；21、22、26、27、30和36；21、22、26、29、32和37；21、22、26、29、33和38；或21、22、26、29、35和38中所示的氨基酸序列，并且其中第二抗原结合区的CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2和CDRL3分别包含SEQ ID NO:75、76、80、83、84和85；75、76、81、83、84和85；75、76、82、83、84和85；75、77、81、83、84和85；75、78、81、83、84和85；或75、79、81、83、84和85中所示的氨基酸序列。
在多特异性抗体的某些实施例中，第一抗原结合区的重链可变区和轻链可变区分别包含SEQ ID NO:1和14；1和16；1和17；9和14；9和17；10和15；10和17；10和18；10和19；11和15；11和14；11和16；11和17；12和14；12和16；12和17；12和19；13和15；或13和17中所示的氨基酸序列，并且其中第二抗原结合区的重链可变区和轻链可变区分别包含SEQ ID NO:66和74；67和74；68和74；69和74；70和74；71和74；72和74；或73和74中所示的氨基酸序列。
在另一个方面，本公开提供一种多特异性抗体，其包含与CTLA-4(例如，人类CTLA-4)特异性结合的第一抗原结合区和与PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合的第二抗原结合区，其中第一抗原结合区包含分别包含SEQ ID NO:1和14中所示的氨基酸序列的重链可变区和轻链可变区，并且其中第二抗原结合区包含分别包含SEQ ID NO:66和74中所示的氨基酸序列的重链可变区和轻链可变区。
在另一个方面，本公开提供一种多特异性抗体，其包含与CTLA-4(例如，人类CTLA-4)特异性结合的第一抗原结合区和与PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合的第二抗原结合区，其中第一抗原结合区包含分别包含SEQ ID NO:1和14中所示的氨基酸序列的重链可变区和轻链可变区，并且其中第二抗原结合区包含分别包含SEQ ID NO:67和74中所示的氨基酸序列的重链可变区和轻链可变区。
在另一个方面，本公开提供一种多特异性抗体，其包含与CTLA-4(例如，人类CTLA-4)特异性结合的第一抗原结合区和与PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合的第二抗原结合区，其中第一抗原结合区包含分别包含SEQ ID NO:51和59；或117和59中所示的氨基酸序列的重链和轻链，并且其中第二抗原结合区包含分别包含SEQ ID NO:91和93；92和93；或120和93中所示的氨基酸序列的重链和轻链。
在另一个方面，本公开提供一种多特异性抗体，其包含与CTLA-4(例如，人类CTLA-4)特异性结合的第一抗原结合区和与PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合的第二抗原结合区，其中第一抗原结合区包含分别包含SEQ ID NO:51和59中所示的氨基酸序列的重链和轻链，并且其中第二抗原结合区包含分别包含SEQ ID NO:91和93中所示的氨基酸序列的重链和轻链。
在另一个方面，本公开提供一种多特异性抗体，其包含与CTLA-4(例如，人类CTLA-4)特异性结合的第一抗原结合区和与PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合的第二抗原结合区，其中第一抗原结合区包含分别包含SEQ ID NO:51和59中所示的氨基酸序列的重链和轻链，并且其中第二抗原结合区包含分别包含SEQ ID NO:92和93中所示的氨基酸序列的重链和轻链。
在另一个方面，本公开提供一种多特异性抗体，其包含与CTLA-4(例如，人类CTLA-4)特异性结合的第一抗原结合区和与PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合的第二抗原结合区，其中第一抗原结合区包含分别包含SEQ ID NO:51和59中所示的氨基酸序列的重链和轻链，并且其中第二抗原结合区包含分别包含SEQ ID NO:120和93中所示的氨基酸序列的重链和轻链。
一种多特异性抗体，其包含与人类CTLA-4特异性结合的第一抗原结合区和与人类PD-1特异性结合的第二抗原结合区，其中：
a)所述第一抗原结合区包含具有衍生自人类IGHV3-21胚系序列的氨基酸序列的重链可变区，和任选地具有衍生自人类IGKV3-20或IGKV3-11胚系序列的氨基酸序列的轻链可变区；和/或
b)所述第二抗原结合区包含具有衍生自人类IGHV3-33胚系序列的氨基酸序列的重链可变区，和任选地具有衍生自人类IGKV3-15胚系序列的氨基酸序列的轻链可变区。
在另一个方面，本公开提供一种增强或诱导受试者中的免疫反应的方法，所述方法包含向受试者施用本文所述的多特异性抗体。
在另一个方面，本公开提供一种治疗受试者中的癌症的方法，所述方法包含向受试者施用本文所述的多特异性抗体。
在另一个方面，本公开提供一种治疗受试者中的传染病的方法，所述方法包含向受试者施用本文所述的多特异性抗体。
在另一个方面，本公开提供本文所述的治疗组合、多特异性抗体、试剂盒和/或药物组合物，其用于治疗癌症、治疗传染病、或增强或诱导受试者中的免疫反应。
在另一个方面，本公开提供本文所述的治疗组合、多特异性抗体、试剂盒和/或药物组合物，其用于制备用于治疗癌症、治疗传染病、或增强或诱导受试者中的免疫反应的药物。
在另一个方面，本公开提供本文所述的治疗组合、多特异性抗体、试剂盒和/或药物组合物在制备用于治疗癌症、治疗传染病、或增强或诱导受试者中的免疫反应的药物方面的用途。本公开还提供了用于制备试剂盒的治疗组合或多特异性抗体和/或药物组合物的用于治疗癌症、治疗传染病、或增强或诱导受试者中的免疫反应的用途。
在本文所述的方法、药物组合物、治疗组合或试剂盒中的任一个的某些实施例中，第一抗体的重链可变区和/或轻链可变区的N端氨基酸残基已被转化为焦谷氨酸盐。在本文所述的方法、药物组合物、治疗组合或试剂盒中的任一个的某些实施例中，第二抗体的重链可变区和/或轻链可变区的N端氨基酸残基已被转化为焦谷氨酸盐。在本文所述的方法、药物组合物、治疗组合或试剂盒中的任一个的某些实施例中，第一抗体的重链可变区和/或轻链可变区的N端氨基酸残基已被转化为焦谷氨酸盐，并且第二抗体的重链可变区和/或轻链可变区的N端氨基酸残基已被转化为焦谷氨酸盐。
在本文所述的多特异性抗体中的任一个的某些实施例中，第一抗原结合区的重链可变区和/或轻链可变区的N端氨基酸残基已被转化为焦谷氨酸盐。在本文所述的多特异性抗体中的任一个的某些实施例中，第二抗原结合区的重链可变区和/或轻链可变区的N端氨基酸残基已被转化为焦谷氨酸盐。在本文所述的多特异性抗体中的任一个的某些实施例中，第一抗原结合区的重链可变区和/或轻链可变区的N端氨基酸残基已被转化为焦谷氨酸盐，并且第二抗原结合区的重链可变区和/或轻链可变区的N端氨基酸残基已被转化为焦谷氨酸盐。
图1A和1B是显示在剂量调整的抗CTLA-4抗体AGEN1884(IgG1)或同种型对照抗体(IgG1)与10μg/ml的抗PD-1抗体AGEN2034(IgG4 S228P)或同种型对照抗体(IgG4 S228P)的组合存在下，原代人类PBMC在与葡萄球菌肠毒素A(Staphylococcal Enterotoxin A，SEA)超抗原一起孵育之后的IL-2产生的图。图1A和1B中显示的是使用来自两个不同供体的PBMC产生的数据。
图2A和2B是显示在剂量调整的抗CTLA-4抗体AGEN1884(IgG1)与20μg/ml的抗PD-1抗体AGEN2034(IgG4 S228P)或同种型对照抗体(IgG4 S228P)的组合存在下，原代人类PBMC在与SEA超抗原一起孵育之后的IL-2产生的图。图2A和2B中显示的是使用来自两个不同供体的PBMC产生的数据。
图3是显示在10μg/ml的抗CTLA-4抗体AGEN1884(IgG1)或同种型对照抗体(IgG1)与10μg/ml的抗PD-1抗体AGEN2034(IgG4S228P)或同种型对照抗体(IgG4 S228P)的组合存在下，原代人类PBMC在与SEA超抗原一起孵育之后的IL-2产生的一系列图。图3中的每个图显示了使用来自不同供体的PBMC产生的数据，如所指示。计算所得的p值显示为：ns＝不显著，*＝p<0.05，**＝p<0.005。
图4是显示了在10μg/ml的抗CTLA-4抗体AGEN1884(IgG1)或同种型对照抗体(IgG1)与10μg/ml的抗PD-1抗体AGEN2034(IgG4S228P)或同种型对照抗体(IgG4 S228P)的组合存在下，原代人类PBMC在与SEA超抗原一起孵育之后的IL-2产生的一系列图。图4中的每个图显示了使用来自不同供体的PBMC产生的数据，如所指示。计算所得的p值显示为：ns＝不显著，*＝p<0.05，**＝p<0.005。
图5A-5C是显示了抗CTLA-4抗体AGEN1884(IgG1)和抗PD-1抗体AGEN2034(IgG4S228P)的组合对非人类灵长类动物中的中枢记忆性T细胞活化和增殖的影响的一系列图。图5A显示来自从食蟹猴分离的原代PBMC的T细胞群体的设门策略(gating strategy)和代表性流式细胞术图。在这种设门策略中，基于侧向散射(SSC-A)与前向散射(FSC-A)，然后基于单细胞群(singlets)(FSC-A对FSC-H)对淋巴细胞进行设门。选择活细胞(SSC-A对胺染料近红外)，并且然后选择CD20+B细胞和CD3+T细胞。T细胞群体然后定义如下：CD4初始T细胞(CD3+、CD4+、CD28+、CD95-)、CD8初始T细胞(CD3+、CD8+、CD28+、CD95-)、CD4中枢记忆性T细胞(CD3+、CD4+、CD28+、CD95+)、CD8中枢记忆性T细胞(CD3+、CD8+、CD28+、CD95+)、CD4效应记忆性T细胞(CD3+、CD4+、CD28-、CD95+)以及CD8效应记忆性T细胞(CD3+、CD8+、CD28-、CD95+)。图5B和5C分别显示Ki67+(增殖的)或ICOS+(活化的)CD4+中枢记忆性T细胞或Ki67+(增殖的)或ICOS+(活化的)CD8+中枢记忆性T细胞的频率的代表性流式细胞术图。
图6A-6D是显示了在用AGEN1884(IgG1)和AGEN2034(IgG4S228P)处理之后三天，食蟹猴PBMC中的中枢记忆性T细胞活化和增殖相对于给药前水平升高的一系列图(n＝4只动物，包括流式细胞术图显示于图5中的动物)。以下T细胞群体中的每一个的频率通过流式细胞术来确定：CD4+ICOS+中枢记忆性T细胞(图6A)；CD4+Ki67+中枢记忆性T细胞(图6B)；CD8+ICOS+中枢记忆性T细胞(图6C)；以及CD8+Ki67+中枢记忆性T细胞(图6D)。
图7A、7B和7C是一系列序列比对。图7A是人类CTLA-4(SEQ ID NO:65)、食蟹猴CTLA-4(SEQ ID NO:108)、小鼠CTLA-4(SEQ ID NO:109)以及大鼠CTLA-4(SEQ ID NO:110)的序列比对。点表示与相应的人类残基相同的残基。“*”(星号)指示具有单个完全保守残基的位置。“:”(冒号)指示具有强烈相似性质的组之间的保守性。“.”(句点)指示具有微弱相似性质的组之间的保守性。图7B和7C是人类CTLA-4(分别是SEQ ID NO:65的残基1-144和145-223)、食蟹猴CTLA-4(分别是SEQ ID NO:108的残基1-144和145-223)、人类CD28(分别是SEQ ID NO:111的残基1-127和128-220)、人类ICOS(分别是SEQ ID NO:112的残基1-124和125-199)、人类BTLA(分别是SEQ ID NO:113的残基1-125和126-289)以及人类PD-1(分别是SEQ ID NO:96的残基1-143和144-288)的序列比对。当人类CTLA-4与AGEN1884-Fab结合时显示氘吸收强烈降低的两个区域在图7A-C中加下划线：残基80-82(QVT，SEQ ID NO:102)和残基135-149(YPPPYYLGIGNGTQI，SEQ ID NO:100)，根据SEQ ID NO:65编号。
本公开提供与CTLA-4(例如，人类CTLA-4)和/或PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合并拮抗CTLA-4和/或PD-1功能的抗体，所述功能例如由CTLA-4和/或PD-1介导的免疫抑制。还提供了包含这些抗体、编码这些抗体的核酸、
的表达载体和宿主细胞的药物组合物和试剂盒，以及使用这些抗体治疗受试者的方法。本文所述的抗体特别适用于增加响应于抗原(例如，肿瘤抗原或传染病抗原)的T细胞活化，并且因此特别适用于治疗受试者中的癌症或治疗或预防受试者中的传染病。
技术人员将了解，本文所述的抗体中的任一个(例如，抗PD-1抗体、抗CTLA4抗体或抗CTLA-4/PD-1抗体)的重链可变区和/或轻链可变区的N端的谷氨酸盐(E)或谷氨酰胺(Q)氨基酸残基在某些条件下可以通过游离氨基的翻译后环化而自发地转化为焦谷氨酸盐，形成内酰胺。因此，在本文所述的方法、用途、药物组合物、多特异性抗体或试剂盒中的每一个的某些实施例中，抗PD-1抗体、抗CTLA4抗体和/或抗CTLA-4/PD-1抗体的一个或多个重链可变区和/或轻链可变区的N端氨基酸残基已被转化为焦谷氨酸盐(例如，由于N端E或Q残基的游离氨基的翻译后环化)。
6.1定义
如本文所用，术语“约”和“大约”当用于修饰数值或数值范围时，指示在所述值或范围的预期含义内保留高于所述值或范围的5％到10％和低于所述值或范围的5％到10％的偏差。
如本文所用，术语“CTLA-4”是指细胞毒性T淋巴细胞相关蛋白4。如本文所用，术语“人类CTLA-4”是指由野生型人类CTLA-4基因编码的人类CTLA-4蛋白质，例如GenBankTM登录号NM_005214.4或NM_001037631.2。人类CTLA-4的示范性未成熟氨基酸序列提供为SEQ IDNO:65。
如本文所用，术语“PD-1”是指程序性细胞死亡蛋白1。如本文所用，术语“人类PD-1”是指由野生型人类PD-1基因编码的人类PD-1蛋白质，例如GenBankTM登录号NM_005018.2、XM_006712573.2或XM_017004293.1。人类PD-1的示范性未成熟氨基酸序列提供为SEQ IDNO:96。
如本文所用，术语“抗体(antibody)”和“抗体(antibodies)”包括全长抗体、全长抗体的抗原结合片段以及包含抗体CDR、VH区或VL区的分子。抗体的实例包括单克隆抗体、以重组方式产生的抗体、单特异性抗体、多特异性抗体(包括双特异性抗体)、人类抗体、人源化抗体、嵌合抗体、免疫球蛋白、合成抗体、包含两个重链和两个轻链分子的四聚体抗体、抗体轻链单体、抗体重链单体、抗体轻链二聚体、抗体重链二聚体、抗体轻链-抗体重链对、细胞内抗体、异源缀合抗体(heteroconjugate antibodies)、单结构域抗体、单价抗体、单链抗体或单链Fv(scFv)、骆驼化抗体、亲和体(affybodies)、Fab片段、F(ab')2片段、二硫键连接的Fv(sdFv)、抗独特型(抗Id)抗体(包括例如抗抗独特型抗体)以及以上任一个的抗原结合片段。在某些实施例中，本文所述的抗体是指多克隆抗体群体。抗体可以属于免疫球蛋白分子的任何类型(例如，IgG、IgE、IgM、IgD、IgA或IgY)、任何类别(例如，IgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgA1或IgA2)或任何亚类(例如，IgG2a或IgG2b)。在某些实施例中，本文所述的抗体是IgG抗体，或其类别(例如，人类IgG1或IgG4)或亚类。在一个特定实施例中，抗体是人源化单克隆抗体。在另一个特定实施例中，抗体是人类单克隆抗体。
“多特异性”抗体是具有至少两个不同的抗原结合位点的抗体。多特异性抗体包括含有两个不同的抗原结合位点(不包括Fc区)的双特异性抗体。多特异性抗体的实例包括以重组方式产生的抗体、人类抗体、人源化抗体、嵌合抗体、免疫球蛋白、合成抗体、包含两个重链和两个轻链分子的四聚体抗体、抗体轻链单体、抗体重链单体、抗体轻链二聚体、抗体重链二聚体、抗体轻链-抗体重链对、细胞内抗体、异源缀合抗体、抗体-药物缀合物、单结构域抗体、单价抗体、单链抗体或单链Fv(scFv)、骆驼化抗体、亲和体、Fab片段、F(ab')2片段、二硫键连接的Fv(sdFv)、抗独特型(抗Id)抗体(包括例如抗抗独特型抗体)以及以上任一个的抗原结合片段。多特异性抗体可以属于免疫球蛋白分子的任何类型(例如，IgG、IgE、IgM、IgD、IgA或IgY)、任何类别(例如，IgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgA1或IgA2)或任何亚类(例如，IgG2a或IgG2b)。在某些实施例中，本文所述的多特异性抗体是IgG抗体，或其类别(例如，人类IgG1或IgG4)或亚类。
如本文所用，术语“抗CTLA-4/PD-1”抗体是指含有与CTLA-4(例如，人类CTLA-4)特异性结合的抗原结合区和与PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合的抗原结合区的多特异性抗体(例如，双特异性抗体)。
如本文所用，术语“CDR”或“互补决定区”意指在重链和轻链多肽的可变区内发现的非连续抗原结合位点。这些特殊区域已由以下描述：Kabat等人,《生物化学杂志》(J.Biol.Chem.)252,6609-6616(1977)；和Kabat等人,《免疫学感兴趣的蛋白质的序列》(Sequences of protein of immunological interest.)(1991)；Chothia等人,《分子生物学杂志》(J.Mol.Biol.)196:901-917(1987)；以及MacCallum等人,《分子生物学杂志》262:732-745(1996)，这些文献全部以全文引用的方式并入本文中，其中定义包括相互比较时氨基酸残基的重叠或亚群。CDRH1、CDRH2和CDRH3表示重链CDR，并且CDRL1、CDRL2和CDRL3表示轻链CDR。
如本文所用，术语“框架(FR)氨基酸残基”是指在免疫球蛋白链的框架区中的那些氨基酸。如本文所用的术语“框架区”或“FR区”包括是可变区的部分，但不是CDR的部分(例如，使用CDR的Kabat或MacCallum定义)的氨基酸残基。
如本文所用，术语“可变区”和“可变结构域”可互换地使用并且是本领域中常见的。可变区通常是指抗体的一部分，一般是轻链或重链的一部分，通常是成熟重链中的约胺基端110到120个氨基酸或110到125个氨基酸和成熟轻链中的约90到115个氨基酸，其在抗体之间在序列上有很大差异并被用于特定抗体对其特定抗原的结合和特异性中。序列变异性集中在被称作互补决定区(CDR)的那些区域中，而可变区中的更高度保守区被称作框架区(FR)。不希望受任何特定机制或理论的束缚，可以认为，轻链和重链的CDR主要负责抗体与抗原的相互作用和特异性。在某些实施例中，可变区是人类可变区。在某些实施例中，可变区包含啮齿动物或鼠类CDR和人类框架区(FR)。在特定实施例中，可变区是灵长类动物(例如，非人类灵长类动物)可变区。在某些实施例中，可变区包含啮齿动物或鼠类CDR和灵长类动物(例如，非人类灵长类动物)框架区(FR)。
术语“VL”和“VL结构域”可互换使用，是指抗体的轻链可变区。
术语“VH”和“VH结构域”可互换使用，是指抗体的重链可变区。
如本文所用，术语“恒定区”和“恒定结构域”是可互换的并且是本领域中常见的。恒定区是轻链和/或重链的抗体部分，例如羧基端部分，其不直接参与抗体与抗原的结合，但能展现各种效应功能，如与Fc受体的相互作用。免疫球蛋白分子的恒定区一般具有相对于免疫球蛋白可变区而言较为保守的氨基酸序列。
如本文所用，术语“重链”当关于抗体使用时可以指基于恒定结构域的氨基酸序列的任何不同类型，例如阿尔法(α)、德耳塔(δ)、厄普西隆(ε)、伽马(γ)以及谬(μ)，其分别产生抗体的IgA、IgD、IgE、IgG和IgM类别，包括IgG的亚类，例如IgG1、IgG2、IgG3和IgG4。
如本文所用，术语“轻链”当关于抗体使用时可以指基于恒定结构域的氨基酸序列的任何不同类型，例如卡帕(κ)或拉姆达(λ)。轻链氨基酸序列是本领域中众所周知的。在特定实施例中，轻链是人类轻链。
术语“Kabat编号”和类似术语是本领域中公认的并且是指对抗体或其抗原结合部分的重链和轻链可变区中的氨基酸残基进行编号的系统。在某些方面，抗体的CDR可以根据Kabat编号系统确定(参见例如Kabat EA&Wu TT(1971)《纽约科学院年鉴》(Ann NY AcadSci)190:382-391；和Kabat EA等人,(1991)《免疫学感兴趣的蛋白质的序列》,第五版,美国卫生和公共服务部(U.S.Department of Health and Human Services),NIH公开号91-3242，其各自以全文引用的方式并入本文中)。使用Kabat编号系统，抗体重链分子内的CDR通常存在于氨基酸位置31到35，其任选地可以在35之后包括一个或两个额外的氨基酸(在Kabat编号方案中被称为35A和35B)(CDR1)；氨基酸位置50到65(CDR2)；以及氨基酸位置95到102(CDR3)。使用Kabat编号系统，抗体轻链分子内的CDR通常存在于氨基酸位置24到34(CDR1)、氨基酸位置50到56(CDR2)以及氨基酸位置89到97(CDR3)。在一个特定实施例中，本文所述的抗体的CDR已根据Kabat编号方案确定。
如本文所用，术语“恒定区”和“恒定结构域”是可互换的并且具有其在本领域中的常见含义。恒定区是轻链和/或重链的抗体部分，例如羧基端部分，其不直接参与抗体与抗原的结合，但能展现各种效应功能，如与Fc受体的相互作用。免疫球蛋白分子的恒定区一般具有相对于免疫球蛋白可变区而言较为保守的氨基酸序列。
如本文所用，术语“重链”当关于抗体使用时可以指基于恒定结构域的氨基酸序列的任何不同类型，例如阿尔法(α)、德耳塔(δ)、厄普西隆(ε)、伽马(γ)以及谬(μ)，其分别产生抗体的IgA、IgD、IgE、IgG和IgM类别，包括IgG的亚类，例如IgG1、IgG2、IgG3和IgG4。
如本文所用，术语“轻链”当关于抗体使用时可以指基于恒定结构域的氨基酸序列的任何不同类型，例如卡帕(κ)或拉姆达(λ)。轻链氨基酸序列是本领域中众所周知的。在特定实施例中，轻链是人类轻链。
如本文所用，术语“EU编号系统”是指针对抗体恒定区的EU编号惯例，如Edelman,G.M.等人,《美国国家科学院院刊》,63,78-85(1969)；和Kabat等人,《免疫学感兴趣的蛋白质的序列》,美国卫生和公共服务部,第5版,1991中所述。
“结合亲和力”一般是指分子(例如，抗体)的单个结合位点与其结合配偶体(例如，抗原)之间的非共价相互作用的总和的强度。除非另外指示，否则如本文所用的“结合亲和力”是指反映结合对(例如，抗体和抗原)的成员之间的1:1相互作用的内在结合亲和力。分子X对其配偶体Y的亲和力一般可以用解离常数(KD)表示。亲和力可以按本领域中已知的多种方式测量和/或表示，包括但不限于平衡解离常数(KD)和平衡缔合常数(KA)。KD从koff/kon的商计算，而KA从kon/koff的商计算。kon是指例如抗体与抗原的缔合速率常数，并且koff是指例如抗体与抗原的解离。kon和koff可以通过本领域普通技术人员已知的技术，如或KinExA来确定。
如本文所用，术语“特异性结合”、“特异性识别”、“免疫特异性结合”以及“免疫特异性识别”是抗体背景中的类似术语，并且是指与抗原(例如，表位或免疫复合物)结合的分子，正如这种结合是本领域普通技术人员所理解的。例如，与抗原特异性结合的分子可以与其它肽或多肽结合，一般以低亲和力结合，如通过例如免疫分析、KinExA3000仪器(爱达荷州博伊西(Boise,ID)的Sapidyne Instruments)或本领域中已知的其它分析所测定。在一个特定实施例中，与抗原特异性结合的分子与所述抗原结合的KA比所述分子与另一种抗原非特异性结合时的KA大至少2log、2.5log、3log、4log或更多。
在另一个实施例中，与抗原特异性结合的分子不与其它蛋白质在类似结合条件下交叉反应。在一个特定实施例中，抗CTLA-4抗体、抗PD-1抗体以及抗CTLA-4/抗PD-1抗体分别不与其它非CTLA-4蛋白质、非PD-1蛋白质以及非CTLA-4和非PD-1蛋白质交叉反应。在一个特定实施例中，本文提供一种以比对另一种不相关抗原高的亲和力与CTLA-4(例如，人类CTLA-4)和/或PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合的抗体。在某些实施例中，本文提供一种以比对另一种不相关抗原高20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或更高的亲和力与CTLA-4(例如，人类CTLA-4)和/或PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合的抗体，如通过例如放射免疫分析、表面等离子体子共振或动力学排除分析所测量。在一个特定实施例中，本文所述的抗CTLA-4抗体与不相关的非CTLA-4蛋白质的结合程度小于所述抗体与CTLA-4蛋白质的结合的10％、15％或20％，如通过例如放射免疫分析所测量。在另一个特定实施例中，本文所述的抗PD-1抗体与不相关的非PD-1蛋白质的结合程度小于所述抗体与PD-1蛋白质的结合的10％、15％或20％，如通过例如放射免疫分析所测量。在另一个特定实施例中，本文所述的抗CTLA-4/PD-1抗体与不相关的非CTLA-4和非PD-1蛋白质的结合程度小于所述抗体与CTLA-4和/或PD-1蛋白质的结合的10％、15％或20％，如通过例如放射免疫分析所测量。
如本文所用，术语“无岩藻糖基化的”或“无岩藻糖基化”在Fc的情形下是指基本上没有岩藻糖与以下残基直接或间接地共价连接：人类IgG1Fc区的残基297，根据EU索引编号(Kabat等人,《免疫学感兴趣的蛋白质的序列》,第5版公共卫生服务部(Public HealthService),美国国立卫生研究院(National Institutes of Health),马里兰州贝塞斯达(Bethesda,Md.)(1991))；或非IgG1或非人类IgG1免疫球蛋白中的相应残基。因此，在包含多个无岩藻糖基化抗体的组合物中，至少70％的抗体没有在抗体的Fc区的残基297处直接或间接(例如，通过插入糖)地岩藻糖基化，并且在一些实施例中，至少80％、85％、90％、95％或99％没有在Fc区的残基297处直接或间接地岩藻糖基化。
如本文所用，“表位”是本领域中的术语并且是指可以与抗体特异性结合的局部抗原区域。表位可以是例如多肽的连续氨基酸(线性或连续表位)，或表位可以例如从一个或多个多肽的两个或更多个非连续区域集合在一起(构象、非线性、不连续或非连续表位)。在某些实施例中，抗体所结合的表位可以通过例如NMR光谱法、X射线衍射结晶学研究、ELISA分析、氢/氘交换与质谱法联用(例如，液相色谱电喷雾质谱法)、基于阵列的寡肽扫描分析和/或诱变定位(例如，定点诱变定位)来确定。对于X射线结晶学，可以使用本领域中的已知方法中的任一种完成结晶(例如，GiegéR等人,(1994)《结晶学报D辑：生物结晶学》(ActaCrystallogr D Biol Crystallogr)50(Pt4):339-350；McPherson A(1990)《欧洲生物化学杂志》(Eur J Biochem)189:1-23；Chayen NE(1997)《结构》(Structure)5:1269-1274；McPherson A(1976)《生物化学杂志》(J Biol Chem)251:6300-6303)。抗体:抗原晶体可以使用众所周知的X射线衍射技术进行研究并且可以使用计算机软件进行优化，所述软件例如X-PLOR(耶鲁大学(Yale University),1992,由Molecular Simulations公司分发；参见例如《酶学方法》(Meth Enzymol)(1985)第114卷和第115卷,Wyckoff HW等人编；U.S.2004/0014194)和BUSTER(Bricogne G(1993)《结晶学报D辑：生物结晶学》49(Pt 1):37-60；Bricogne G(1997)《酶学方法》276A:361-423,Carter CW编；Roversi P等人,(2000)《结晶学报D辑：生物结晶学》56(Pt 10):1316-1323)。诱变定位研究可以使用本领域的普通技术人员已知的任何方法完成。有关诱变技术的描述，包括丙氨酸扫描诱变技术，参见例如Champe M等人,(1995)《生物化学杂志》270:1388-1394和Cunningham BC&Wells JA(1989)《科学》244:1081-1085。在一个特定实施例中，使用丙氨酸扫描诱变研究确定抗体的表位。
如本文所用，术语“治疗(treat)”、“治疗(treating)”和“治疗(treatment)”是指本文所述的治疗性或预防性措施。“治疗”方法采用向患有疾病或病症或容易患此类疾病或病症的受试者施用抗体，以便对所述疾病或病症或复发性疾病或病症进行预防、治愈、延迟、降低其严重程度或改善其一种或多种症状，或是为了延长受试者的存活期，超过在没有这种治疗的情况下的预期存活期。
如本文所用，术语“治疗组合”是指向受试者施用的第一疗法和第二疗法的组合。第一疗法和第二疗法可以同时施用(以同一种药物组合物形式或以分开的药物组合物形式)或以任何顺序依序施用。
如本文所用，术语“有效量”在向受试者施用疗法的情形下是指实现所期望的预防或治疗作用的疗法的量。第一疗法和第二疗法的治疗组合的有效量包括第一疗法的第一量和第二疗法的第二量，其中所述治疗组合的施用可实现所期望的预防或治疗作用。
如本文关于癌症对疗法的反应所用，术语“难治愈”和“抗性”具有其在本领域中公认的含义并且可互换使用。
如本文所用，术语“受试者”包括任何人类或非人类动物。
如本文所用，术语“宿主细胞”可以是任何类型的细胞，例如原代细胞、培养中的细胞或来自细胞系的细胞。在特定实施例中，术语“宿主细胞”是指用核酸分子转染的细胞和这种细胞的后代或潜在后代。这种细胞的后代不一定与用核酸分子转染的母细胞相同，例如由于随后几代中可能出现突变或环境影响或核酸分子被整合到宿主细胞基因组中。
两个序列(例如，氨基酸序列或核酸序列)之间的“同一性百分比”的确定也可以使用数学算法完成。用于比较两个序列的数学算法的特定非限制性实例是Karlin S&Altschul SF(1990)PNAS 87:2264-2268的算法，如在Karlin S&Altschul SF(1993)PNAS90:5873-5877中所修改。这种算法被并入Altschul SF等人,(1990)《分子生物学杂志》215:403的NBLAST和XBLAST程序中。可以用NBLAST核苷酸程序参数集进行BLAST核苷酸搜索，例如，评分＝100，字长＝12，以获得与本文所述的核酸分子同源的核苷酸序列。可以用XBLAST程序参数集进行BLAST蛋白质搜索，例如，评分50，字长＝3，以获得与本文所述的蛋白质分子同源的氨基酸序列。为了获得用于比较目的的带空位比对，可以如Altschul SF等人,(1997)《核酸研究》(Nuc Acids Res)25:3389 3402中所述采用带空位的BLAST。或者，可以使用PSI BLAST进行迭代搜索，其检测分子之间的远距离关系(同上)。在使用BLAST、带空位的BLAST以及PSI Blast程序时，可以使用相应程序(例如，XBLAST和NBLAST)的默认参数(参见例如万维网ncbi.nlm.nih.gov上的美国国家生物技术信息中心(National Center forBiotechnology Information，NCBI))。用于比较序列的数学算法的另一个特定非限制性实例是Myers和Miller,1988,CABIOS 4:11 17的算法。这种算法被并入ALIGN程序(2.0版)中，所述程序是GCG序列比对软件包的一部分。在使用ALIGN程序比较氨基酸序列时，可以使用PAM120权重残基表、空位长度罚分12以及空位罚分4。两个序列之间的同一性百分比可以使用与上述技术类似的技术确定，允许或不允许空位。在计算同一性百分比时，通常只对精确匹配计数。
如本文所用，术语“内化”或“内化的”是指在抗体与在细胞表面表达的抗原结合后，抗体被摄入细胞的细胞内区室中。
6.2抗体
6.2.1抗CTLA-4抗体
在一个方面，本公开提供与CTLA-4(例如，人类CTLA-4)特异性结合并拮抗CTLA-4功能的抗体。本文中亦提供多特异性抗体，其包含与人类CTLA-4(例如，人类CTLA-4)特异性结合的第一抗原结合区，和任选地，不与CTLA-4(例如，人类CTLA-4)特异性结合的第二抗原结合区。示范性抗体的氨基酸序列显示于本文表1到5中。
表1.示范性抗CTLA-4抗体的氨基酸序列.*
*CDR根据Kabat编号系统定义。
表2.示范性抗CTLA-4抗体的重链CDR氨基酸序列.*
*根据Kabat编号系统定义。
表3.示范性抗CTLA-4抗体的轻链CDR氨基酸序列.*
*根据Kabat编号系统定义。
表4.示范性抗CTLA-4抗体.
抗体 重链可变区 SEQ ID NO: 轻链可变区 SEQ ID NO:
AGEN1884 AGEN1884VH 1 AGEN1884VL 14
AGEN1885 AGEN1884VH 1 BADD412-2382VL 16
AGEN1886 AGEN1884VH 1 BADD412-2384VL 17
AGEN1887 BADD412-2356VH 9 AGEN1884VL 14
AGEN1888 BADD412-2356VH 9 BADD412-2384VL 17
AGEN1889 BADD412-2357VH 10 BADD412-2367VL 15
AGEN1890 BADD412-2357VH 10 BADD412-2384VL 17
AGEN1891 BADD412-2357VH 10 BADD412-2390VL 18
AGEN1892 BADD412-2357VH 10 BADD412-2393VL 19
AGEN1893 BADD412-2358VH 11 BADD412-2367VL 15
AGEN1894 BADD412-2358VH 11 AGEN1884VL 14
AGEN1895 BADD412-2358VH 11 BADD412-2382VL 16
AGEN1896 BADD412-2358VH 11 BADD412-2384VL 17
AGEN1897 BADD412-2359VH 12 AGEN1884VL 14
AGEN1898 BADD412-2359VH 12 BADD412-2382VL 16
AGEN1899 BADD412-2359VH 12 BADD412-2384VL 17
AGEN1900 BADD412-2359VH 12 BADD412-2393VL 19
AGEN1901 BADD412-2360VH 13 BADD412-2367VL 15
AGEN1902 BADD412-2360VH 13 BADD412-2384VL 17
表5.CTLA-4的示范性序列.
在某些实施例中，本公开提供一种与CTLA-4(例如，人类CTLA-4)特异性结合的分离的抗体，所述抗体包含VH结构域，其包含本文表1中所示的VH结构域的CDR中的一个、两个或所有三个。在某些实施例中，抗体包含本文表1中所示的其中一个VH结构域的CDRH1。在某些实施例中，抗体包含本文表1中所示的其中一个VH结构域的CDRH2。在某些实施例中，抗体包含本文表1中所示的其中一个VH结构域的CDRH3。
在某些实施例中，本公开提供一种与CTLA-4(例如，人类CTLA-4)特异性结合的分离的抗体，所述抗体包含VL结构域，其包含本文表1中所示的VL结构域的CDR中的一个、两个或所有三个。在某些实施例中，抗体包含本文表1中所示的VL结构域的CDRL1。在某些实施例中，抗体包含本文表1中所示的VL结构域的CDRL2。在某些实施例中，抗体包含本文表1中所示的VL结构域的CDRL3。
在某些实施例中，抗体的CDR可以根据Kabat等人,《生物化学杂志》252,6609-6616(1977)和Kabat等人,《免疫学感兴趣的蛋白质的序列》(1991)确定，其各自以全文引用的方式并入本文中。
在某些实施例中，抗体的CDR可以根据Chothia编号方案确定，所述编号方案是指免疫球蛋白结构环的位置(参见例如Chothia C&Lesk AM,(1987),《分子生物学杂志》196:901-917；Al-Lazikani B等人,(1997)《分子生物学杂志》273:927-948；Chothia C等人,(1992)《分子生物学杂志》227:799-817；Tramontano A等人,(1990)《分子生物学杂志》215(1):175-82；以及美国专利第7,709,226号，其全部以全文引用的方式并入本文中)。通常，当使用Kabat编号惯例时，Chothia CDRH1环存在于重链氨基酸26到32、33或34处，ChothiaCDRH2环存在于重链氨基酸52到56处，并且Chothia CDRH3环存在于重链氨基酸95到102处，而Chothia CDRL1环存在于轻链氨基酸24到34处，Chothia CDRL2环存在于轻链氨基酸50到56处，并且Chothia CDRL3环存在于轻链氨基酸89到97处。当使用Kabat编号惯例编号时，Chothia CDRH1环的末端在H32与H34之间变化，这取决于环的长度(这是因为Kabat编号方案将插入放在H35A和H35B；如果35A和35B均不存在，那么环末端在32；如果仅存在35A，那么环末端在33；如果35A和35B均存在，那么环末端在34)。
在某些实施例中，本公开提供一种与CTLA-4(例如，人类CTLA-4)特异性结合的分离的抗体，所述抗体包含本文表1中所公开的VH的Chothia VH CDR。在某些实施例中，本公开提供一种与CTLA-4(例如，人类CTLA-4)特异性结合的分离的抗体，所述抗体包含本文表1中所公开的VL的Chothia VL CDR。在某些实施例中，本公开提供一种与CTLA-4(例如，人类CTLA-4)特异性结合的分离的抗体，所述抗体包含本文表1中所公开的抗体的Chothia VHCDR和Chothia VL CDR。在某些实施例中，与CTLA-4(例如，人类CTLA-4)特异性结合的抗体包含一个或多个CDR，其中Chothia和Kabat CDR具有相同的氨基酸序列。在某些实施例中，本公开提供一种与CTLA-4(例如，人类CTLA-4)特异性结合并且包含Kabat CDR和ChothiaCDR的组合的分离的抗体。
在某些实施例中，抗体的CDR可以根据IMGT编号系统确定，如Lefranc M-P,(1999)《免疫学家》(The Immunologist)7:132-136和Lefranc M-P等人,(1999)《核酸研究》27:209-212中所述，其各自以全文引用的方式并入本文中。在某些实施例中，本公开提供与CTLA-4(例如，人类CTLA-4)特异性结合并且包含本文表1中所公开的抗体的CDR的抗体，如通过例如如Lefranc M-P(1999)同前文献和Lefranc M-P等人,(1999)同前文献中所述的IMGT编号系统所确定。
在某些实施例中，本公开提供一种与CTLA-4(例如，人类CTLA-4)特异性结合的分离的抗体，所述抗体包含本文表1中所公开的VH的IMGT VH CDR。在某些实施例中，本公开提供一种与CTLA-4(例如，人类CTLA-4)特异性结合的分离的抗体，所述抗体包含本文表1中所公开的VL的IMGT VL CDR。在某些实施例中，本公开提供一种与CTLA-4(例如，人类CTLA-4)特异性结合的分离的抗体，所述抗体包含本文表1中所公开的抗体的IMGT VH CDR和IMGTVL CDR。在某些实施例中，本公开提供一种与CTLA-4(例如，人类CTLA-4)特异性结合并且包含Kabat CDR和IMGT CDR的组合的分离的抗体。
在某些实施例中，抗体的CDR可以根据AbM编号方案确定，所述编号方案是指AbM高变区，其代表Kabat CDR与Chothia结构环之间的折衷，并且由Oxford Molecular的AbM抗体建模软件(Oxford Molecular Group,Inc.)使用，其以全文引用的方式并入本文中。在一个特定实施例中，本公开提供与CTLA-4(例如，人类CTLA-4)特异性结合并且包含本文表1中所公开的抗体的CDR的抗体，如通过AbM编号方案所确定。
在某些实施例中，抗体的CDR可以根据MacCallum RM等人,(1996)《分子生物学杂志》262:732-745确定，其以全文引用的方式并入本文中。还参见例如Martin A.《抗体可变结构域的蛋白质序列和结构分析》(Protein Sequence and Structure Analysis ofAntibody Variable Domains),《抗体工程》(Antibody Engineering),Kontermann和Dübel编,第31章,第422-439页,柏林施普林格出版社(Springer-Verlag,Berlin)(2001)，其以全文引用的方式并入本文中。在一个特定实施例中，本公开提供与CTLA-4(例如，人类CTLA-4)特异性结合并且包含本文表1中所公开的抗体的CDR的抗体，如通过MacCallum编号方案所确定。
因此，在某些实施例中，本公开提供一种与CTLA-4(例如，人类CTLA-4)特异性结合的分离的抗体，其中所述抗体包含重链可变区和轻链可变区，重链可变区包含SEQ ID NO:1、9、10、11、12或13中所示的重链可变区的CDRH1、CDRH2和CDRH3区氨基酸序列，轻链可变区包含SEQ ID NO:14、15、16、17、18或19中所示的轻链可变区的CDRL1、CDRL2和CDRL3区氨基酸序列，其中每个CDR根据Kabat定义、Chothia定义、Kabat定义与Chothia定义的组合、IMGT编号系统、AbM定义或CDR的接触定义来定义。
在某些实施例中，本公开提供一种与CTLA-4(例如，人类CTLA-4)特异性结合的分离的抗体，所述抗体包含：
(a)CDRH1包含SYX1MX2的氨基酸序列(SEQ ID NO:39)，其中X1是S或A；并且X2是N或S；和/或
(b)CDRH2包含SISSSSSYIYYADSVKG的氨基酸序列(SEQ ID NO:22)；其中X是D或E；和/或
(c)CDRH3包含VGLMGPFXI的氨基酸序列(SEQ ID NO:115)，其中X是D或N；和/或
(d)CDRL1包含RASQSVX1X2YLX3的氨基酸序列(SEQ ID NO:43)，其中X1是S或G；X2是R、S或T；并且X3是G或A；和/或
(e)CDRL2包含X1X2SX3RAT的氨基酸序列(SEQ ID NO:44)，其中X1是G或A；X2是A或T；并且X3是T、S、R或N；和/或
(f)CDRL3包含QQYGX1SPX2T的氨基酸序列(SEQ ID NO:45)，其中X1是S或T；并且X2是W或F。
在某些实施例中，本公开提供一种与CTLA-4(例如，人类CTLA-4)特异性结合的分离的抗体，所述抗体包含：
(a)CDRH1包含SYX1MX2的氨基酸序列(SEQ ID NO:39)，其中X1是S或A；并且X2是N或S；
(b)CDRH2包含SISSSSSYIYYADSVKG的氨基酸序列(SEQ ID NO:22)；
(c)CDRH3包含VGLMGPFXI的氨基酸序列(SEQ ID NO:115)，其中X是D或N；
(d)CDRL1包含RASQSVX1X2YLX3的氨基酸序列(SEQ ID NO:43)，其中X1是S或G；X2是R、S或T；并且X3是G或A；
(e)CDRL2包含X1X2SX3RAT的氨基酸序列(SEQ ID NO:44)，其中X1是G或A；X2是A或T；并且X3是T、S、R或N；并且
(f)CDRL3包含QQYGX1SPX2T的氨基酸序列(SEQ ID NO:45)，其中X1是S或T；并且X2是W或F。
在某些实施例中，CDRH1包含选自由SEQ ID NO:20和21组成的组的氨基酸序列。在某些实施例中，CDRH3包含选自由SEQ ID NO:24和26组成的组的氨基酸序列。在某些实施例中，CDRL1包含选自由SEQ ID NO:27、28和29组成的组的氨基酸序列。在某些实施例中，CDRL2包含选自由SEQ ID NO:30-35组成的组的氨基酸序列。在某些实施例中，CDRL3包含选自由SEQ ID NO:36、37和38组成的组的氨基酸序列。在某些实施例中，CDRH1、CDRH2和CDRH3分别包含表2中的抗体的CDRH1、CDRH2和CDRH3氨基酸序列。在某些实施例中，CDRL1、CDRL2和CDRL3分别包含表3中的抗体的CDRL1、CDRL2和CDRL3氨基酸序列。
在某些实施例中，本公开提供一种与CTLA-4(例如，人类CTLA-4)特异性结合的分离的抗体，其包括含有互补决定区CDRH1、CDRH2和CDRH3的重链可变区，其中所述CDRH1、CDRH2和CDRH3分别包含SEQ ID NO:20、22和24；20、22和；21、22和24；或21、22和26中所示的CDRH1、CDRH2和CDRH3氨基酸序列。
在某些实施例中，本公开提供一种与CTLA-4(例如，人类CTLA-4)特异性结合的分离的抗体，其包括含有互补决定区CDRL1、CDRL2和CDRL3的轻链可变区，其中所述CDRL1、CDRL2和CDRL3分别包含SEQ ID NO:27、30和36；28、31和36；29、32和37；29、33和38；29、34和36；或29、35和38中所示的CDRL1、CDRL2和CDRL3氨基酸序列。
在某些实施例中，本公开提供一种与CTLA-4(例如，人类CTLA-4)特异性结合的分离的抗体，其包括含有互补决定区CDRH1、CDRH2和CDRH3的重链可变区和含有互补决定区CDRL1、CDRL2和CDRL3的轻链可变区，其中CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2和CDRL3分别包含分别如SEQ ID NO:20、22、24、27、30和36；20、22、24、29、32和37；20、22、24、29、33和38；21、22、24、27、30和36；21、22、24、29、33和38；20、22、24、28、31和36；20、22、24、29、34和36；20、22、24、29、35和38；21、22、26、27、30和36；21、22、26、29、32和37；21、22、26、29、33和38；或21、22、26、29、35和38中所示的CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2和CDRL3氨基酸序列。
在某些实施例中，抗体包括含有CDRH1、CDRH2和CDRH3区的重链可变区和含有CDRL1、CDRL2和CDRL3区的轻链可变区，其中CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2和CDRL3区分别包含SEQ ID NO:20、22、24、27、30和36中所示的氨基酸序列。
在某些实施例中，本公开提供一种与CTLA-4(例如，人类CTLA-4)特异性结合的分离的抗体，其包括含有SEQ ID NO:116的氨基酸序列的重链可变区。
在某些实施例中，本公开提供一种与CTLA-4(例如，人类CTLA-4)特异性结合的分离的抗体，其包括含有与选自由SEQ ID NO:1、9、10、11、12或13组成的组的氨基酸序列至少75％、80％、85％、90％、95％或100％(例如，至少86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％)相同的氨基酸序列的重链可变区。在某些实施例中，抗体包含具有选自由SEQ ID NO:1、9、10、11、12或13组成的组的氨基酸序列的重链可变区。在某些实施例中，抗体包含具有SEQ ID NO:1中所示的氨基酸序列的重链可变区。在某些实施例中，抗体包含具有SEQ ID NO:9中所示的氨基酸序列的重链可变区。在某些实施例中，抗体包含具有SEQ ID NO:10中所示的氨基酸序列的重链可变区。在某些实施例中，抗体包含具有SEQ ID NO:11中所示的氨基酸序列的重链可变区。在某些实施例中，抗体包含具有SEQ ID NO:12中所示的氨基酸序列的重链可变区。在某些实施例中，抗体包含具有SEQID NO:13中所示的氨基酸序列的重链可变区。
在某些实施例中，本公开提供一种与CTLA-4(例如，人类CTLA-4)特异性结合的分离的抗体，其包括含有SEQ ID NO:47的氨基酸序列的轻链可变区。
在某些实施例中，本公开提供一种与CTLA-4(例如，人类CTLA-4)特异性结合的分离的抗体，其包括含有与选自由SEQ ID NO:14-19组成的组的氨基酸序列至少75％、80％、85％、90％、95％或100％(例如，至少86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％)相同的氨基酸序列的轻链可变区。在某些实施例中，抗体包含具有选自由SEQ ID NO:14-19组成的组的氨基酸序列的轻链可变区。在某些实施例中，抗体包含具有SEQ ID NO:14中所示的氨基酸序列的轻链可变区。在某些实施例中，抗体包含具有SEQ ID NO:15中所示的氨基酸序列的轻链可变区。在某些实施例中，抗体包含具有SEQID NO:16中所示的氨基酸序列的轻链可变区。在某些实施例中，抗体包含具有SEQ ID NO:17中所示的氨基酸序列的轻链可变区。在某些实施例中，抗体包含具有SEQ ID NO:18中所示的氨基酸序列的轻链可变区。在某些实施例中，抗体包含具有SEQ ID NO:19中所示的氨基酸序列的轻链可变区。
在某些实施例中，本公开提供一种与CTLA-4(例如，人类CTLA-4)特异性结合的分离的抗体，其包含重链可变区和轻链可变区，重链可变区包含与SEQ ID NO:1、9、10、11、12或13中所示的氨基酸序列至少75％、80％、85％、90％、95％或100％(例如，至少86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％)相同的氨基酸序列，轻链可变区与SEQ ID NO:14、15、16、17、18或19中所示的氨基酸序列至少75％、80％、85％、90％、95％或100％(例如，至少86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％)相同。在某些实施例中，本公开提供一种与CTLA-4(例如，人类CTLA-4)特异性结合的分离的抗体，其包括含有SEQ ID NO:1、9、10、11、12或13中所示的氨基酸序列的重链可变区和SEQ ID NO:14、15、16、17、18或19中所示的轻链可变区。在某些实施例中，抗体包含重链可变区和轻链可变区，其分别具有SEQ ID NO:1和14；1和16；1和17；9和14；9和17；10和15；10和17；10和18；10和19；11和15；11和14；11和16；11和17；12和14；12和16；12和17；12和19；13和15；或13和17中所示的氨基酸序列。在某些实施例中，抗体包含重链可变区和轻链可变区，其分别具有SEQ ID NO:1和14中所示的氨基酸序列。在某些实施例中，抗体包含重链可变区和轻链可变区，其分别具有SEQ ID NO:1和16中所示的氨基酸序列。在某些实施例中，抗体包含重链可变区和轻链可变区，其分别具有SEQ ID NO:1和17中所示的氨基酸序列。在某些实施例中，抗体包含重链可变区和轻链可变区，其分别具有SEQ ID NO:9和14中所示的氨基酸序列。在某些实施例中，抗体包含重链可变区和轻链可变区，其分别具有SEQ ID NO:9和17中所示的氨基酸序列。在某些实施例中，抗体包含重链可变区和轻链可变区，其分别具有SEQ ID NO:10和15中所示的氨基酸序列。在某些实施例中，抗体包含重链可变区和轻链可变区，其分别具有SEQ ID NO:10和17中所示的氨基酸序列。在某些实施例中，抗体包含重链可变区和轻链可变区，其分别具有SEQ ID NO:10和18中所示的氨基酸序列。在某些实施例中，抗体包含重链可变区和轻链可变区，其分别具有SEQ IDNO:10和19中所示的氨基酸序列。在某些实施例中，抗体包含重链可变区和轻链可变区，其分别具有SEQ ID NO:11和15中所示的氨基酸序列。在某些实施例中，抗体包含重链可变区和轻链可变区，其分别具有SEQ ID NO:11和14中所示的氨基酸序列。在某些实施例中，抗体包含重链可变区和轻链可变区，其分别具有SEQ ID NO:11和16中所示的氨基酸序列。在某些实施例中，抗体包含重链可变区和轻链可变区，其分别具有SEQ ID NO:11和17中所示的氨基酸序列。在某些实施例中，抗体包含重链可变区和轻链可变区，其分别具有SEQ ID NO:12和14中所示的氨基酸序列。在某些实施例中，抗体包含重链可变区和轻链可变区，其分别具有SEQ ID NO:12和16中所示的氨基酸序列。在某些实施例中，抗体包含重链可变区和轻链可变区，其分别具有SEQ ID NO:12和17中所示的氨基酸序列。在某些实施例中，抗体包含重链可变区和轻链可变区，其分别具有SEQ ID NO:12和19中所示的氨基酸序列。在某些实施例中，抗体包含重链可变区和轻链可变区，其分别具有SEQ ID NO:13和15中所示的氨基酸序列。在某些实施例中，抗体包含重链可变区和轻链可变区，其分别具有SEQ ID NO:13和17中所示的氨基酸序列。
在某些实施例中，本公开提供一种与CTLA-4(例如，人类CTLA-4)特异性结合的分离的抗体，其包含具有衍生自人类IGHV3-21胚系序列(例如，IGHV3-21*01，例如具有SEQ IDNO:48的氨基酸序列)的氨基酸序列的重链可变区。选自框架1、框架2、框架3、CDRH1以及CDRH2的一个或多个区域(例如，这些区域中的两个、三个、四个或五个)可以衍生自人类IGHV3-21胚系序列。在一个实施例中，框架1、框架2、框架3、CDRH1以及CDRH2全部衍生自人类IGHV3-21胚系序列。
在某些实施例中，本公开提供一种与CTLA-4(例如，人类CTLA-4)特异性结合的分离的抗体，其包含具有衍生自人类IGKV3-20胚系序列(例如，IGKV3-20*01，例如具有SEQ IDNO:49的氨基酸序列)或人类IGKV3-11胚系序列(例如，IGKV3-11*01，例如具有SEQ ID NO:50的氨基酸序列)的氨基酸序列的轻链可变区。选自框架1、框架2、框架3、CDRL1以及CDRL2的一个或多个区域(例如，这些区域中的两个、三个、四个或五个)可以衍生自人类IGKV3-20或IGKV3-11胚系序列。在一个实施例中，框架1、框架2、框架3、CDRL1以及CDRL2全部衍生自人类IGKV3-20或IGKV3-11胚系序列。
在某些实施例中，本公开提供一种与CTLA-4(例如，人类CTLA-4)特异性结合的分离的抗体，其包含重链可变区和轻链可变区，重链可变区具有衍生自人类IGHV3-21胚系序列(例如，IGHV3-21*01，例如具有SEQ ID NO:48的氨基酸序列)的氨基酸序列，轻链可变区具有衍生自人类IGKV3-20胚系序列(例如，IGKV3-20*01，例如具有SEQ ID NO:49的氨基酸序列)或人类IGKV3-11胚系序列(例如，IGKV3-11*01，例如具有SEQ ID NO:50的氨基酸序列)的氨基酸序列。选自重链可变区的框架1、框架2、框架3、CDRH1以及CDRH2的一个或多个区域(例如，这些区域中的两个、三个、四个或五个)可以衍生自人类IGHV3-21胚系序列。在一个实施例中，框架1、框架2、框架3、CDRH1以及CDRH2全部衍生自人类IGHV3-21胚系序列。选自轻链可变区的框架1、框架2、框架3、CDRL1以及CDRL2的一个或多个区域(例如，这些区域中的两个、三个、四个或五个)可以衍生自人类IGKV3-20或IGKV3-11胚系序列。在一个实施例中，框架1、框架2、框架3、CDRL1以及CDRL2全部衍生自人类IGKV3-20或IGKV3-11胚系序列。
在某些实施例中，抗体包含具有选自由SEQ ID NO:51-54和117组成的组的氨基酸序列的重链。在某些实施例中，抗体包含具有SEQ ID NO:51中所示的氨基酸序列的重链。在某些实施例中，抗体包含具有SEQ ID NO:52中所示的氨基酸序列的重链。在某些实施例中，抗体包含具有SEQ ID NO:53中所示的氨基酸序列的重链。在某些实施例中，抗体包含具有SEQ ID NO:54中所示的氨基酸序列的重链。在某些实施例中，抗体包含具有SEQ ID NO:117中所示的氨基酸序列的重链。
在某些实施例中，抗体包含具有SEQ ID NO:59的氨基酸序列的轻链。
在某些实施例中，本公开提供一种与CTLA-4(例如，人类CTLA-4)特异性结合的分离的抗体，其包含重链和轻链，重链包含选自由SEQ ID NO:51-54和117组成的组的氨基酸序列，轻链包含SEQ ID NO:59的氨基酸序列。在某些实施例中，抗体包含重链和轻链，其分别具有SEQ ID NO:51和59中所示的氨基酸序列。在某些实施例中，抗体包含重链和轻链，其分别具有SEQ ID NO:52和59中所示的氨基酸序列。在某些实施例中，抗体包含重链和轻链，其分别具有SEQ ID NO:53和59中所示的氨基酸序列。在某些实施例中，抗体包含重链和轻链，其分别具有SEQ ID NO:54和59中所示的氨基酸序列。在某些实施例中，抗体包含重链和轻链，其分别具有SEQ ID NO:117和59中所示的氨基酸序列。
在某些实施例中，本公开提供一种与分别包含以下中所示的重链和轻链可变区氨基酸序列的抗体交叉竞争与CTLA-4(例如，人类CTLA-4)结合的分离的抗体：SEQ ID NO:1和14；1和16；1和17；9和14；9和17；10和15；10和17；10和18；10和19；11和15；11和14；11和16；11和17；12和14；12和16；12和17；12和19；13和15；或13和17。在某些实施例中，本公开提供一种与分别包含SEQ ID NO:1和14中所示的重链和轻链可变区氨基酸序列的抗体交叉竞争与CTLA-4(例如，人类CTLA-4)结合的分离的抗体。
在某些实施例中，本公开提供一种与分别包含以下中所示的重链和轻链可变区氨基酸序列的抗体结合CTLA-4(例如，人类CTLA-4)上的同一种表位的分离的抗体：SEQ IDNO:1和14；1和16；1和17；9和14；9和17；10和15；10和17；10和18；10和19；11和15；11和14；11和16；11和17；12和14；12和16；12和17；12和19；13和15；或13和17。在某些实施例中，本公开提供一种与分别包含SEQ ID NO:1和14中所示的重链和轻链可变区氨基酸序列的抗体结合CTLA-4(例如，人类CTLA-4)上的同一种表位的分离的抗体。在某些实施例中，分离的抗体与位于人类CTLA-4的区域内的由SEQ ID NO:100的氨基酸序列组成的表位结合。在某些实施例中，分离的抗体与位于人类CTLA-4的区域内的由SEQ ID NO:99的氨基酸序列组成的表位结合。在某些实施例中，分离的抗体与位于人类CTLA-4的区域内的由SEQ ID NO:98的氨基酸序列组成的表位结合。在某些实施例中，分离的抗体与位于人类CTLA-4的区域内的由SEQID NO:97的氨基酸序列组成的表位结合。在某些实施例中，分离的抗体与位于人类CTLA-4的区域内的由SEQ ID NO:101的氨基酸序列组成的表位结合。在某些实施例中，分离的抗体与位于人类CTLA-4的区域内的由SEQ ID NO:102的氨基酸序列组成的表位结合。
在某些实施例中，本公开提供一种与人类CTLA-4特异性结合并起拮抗剂作用的分离的抗体。
在某些实施例中，本公开提供一种分离的抗体，其与人类CTLA-4特异性结合并且使CTLA-4活性相对于没有任何抗体时或存在不相关抗体(例如，不与CTLA-4特异性结合的抗体)时的CTLA-4活性降低至少5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、98％或99％，如通过本文所述和/或本领域的普通技术人员已知的方法所评定。在某些实施例中，本公开提供一种分离的抗体，其与人类CTLA-4特异性结合并且使CTLA-4活性相对于没有任何抗体时或存在不相关抗体(例如，不与CTLA-4特异性结合的抗体)时的CTLA-4活性降低至少约1.2倍、1.3倍、1.4倍、1.5倍、2倍、2.5倍、3倍、3.5倍、4倍、4.5倍、5倍、6倍、7倍、8倍、9倍、10倍、15倍、20倍、30倍、40倍、50倍、60倍、70倍、80倍、90倍或100倍，如通过本文所述和/或本领域的普通技术人员已知的方法所评定。CTLA-4活性的非限制性实例可以包括CTLA-4信号传导、CTLA-4与CTLA-4配体(例如，CD80或CD86)结合、细胞因子产生(例如，IL-2或IFNγ)的抑制以及T细胞增殖的抑制。在某些实施例中，本公开提供一种与人类CTLA-4特异性结合并且去活化、降低或抑制CTLA-4活性的分离的抗体。在特定实施例中，CTLA-4活性的降低如下文实例中所述评定。
在特定实施例中，本公开提供一种分离的抗体，其与人类CTLA-4特异性结合并且使CTLA-4与其配体(例如，CD80或CD86)的结合相对于没有任何抗体时或存在不相关抗体(例如，不与CTLA-4特异性结合的抗体)时CTLA-4与其配体(例如，CD80或CD86)的结合降低至少约5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、98％或99％，如通过本文所述(参见下文实例)或本领域的普通技术人员已知的方法所评定。在特定实施例中，本公开提供一种分离的抗体，其与人类CTLA-4特异性结合并且使CTLA-4与其配体(例如，CD80或CD86)的结合相对于没有任何抗体时或存在不相关抗体(例如，不与CTLA-4特异性结合的抗体)时CTLA-4与其配体(例如，CD80或CD86)的结合降低至少约1.2倍、1.3倍、1.4倍、1.5倍、2倍、2.5倍、3倍、3.5倍、4倍、4.5倍、5倍、6倍、7倍、8倍、9倍、10倍、15倍、20倍、30倍、40倍、50倍、60倍、70倍、80倍、90倍或100倍，如通过本文所述(参见下文实例)或本领域的普通技术人员已知的方法所评定。
在特定实施例中，本公开提供一种分离的抗体，其与人类CTLA-4特异性结合并且使细胞因子产生(例如，IL-2或IFNγ)相对于没有任何抗体时或存在不相关抗体(例如，不与CTLA-4特异性结合的抗体)时的细胞因子产生增加至少约5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、98％或99％，如通过本文所述(参见下文实例)或本领域的普通技术人员已知的方法所评定。在特定实施例中，本公开提供一种分离的抗体，其与人类CTLA-4特异性结合并且使细胞因子产生(例如，IL-2或IFNγ)相对于没有任何抗体时或存在不相关抗体(例如，不与CTLA-4特异性结合的抗体)时的细胞因子产生增加至少约1.2倍、1.3倍、1.4倍、1.5倍、2倍、2.5倍、3倍、3.5倍、4倍、4.5倍、5倍、6倍、7倍、8倍、9倍、10倍、15倍、20倍、30倍、40倍、50倍、60倍、70倍、80倍、90倍或100倍，如通过本文所述(参见下文实例)或本领域的普通技术人员已知的方法所评定。
在特定实施例中，本公开提供一种分离的抗体，其与CTLA-4(例如，人类CTLA-4)特异性结合，并且单独地或与抗CTLA-4抗体(例如，伊匹单抗或曲美木单抗)、抗TIGIT抗体、抗CD137抗体(例如，乌瑞鲁单抗(urelumab)或乌托米单抗(utomilumab))或抗OX40抗体(例如，泊加立珠单抗(pogalizumab)或他沃立珠单抗(tavolixizumab))组合，使人类外周血单核细胞(peripheral blood mononuclear cell，PBMC)中响应于葡萄球菌肠毒素A(SEA)刺激的IL-2产生相对于没有任何抗体时或存在不相关抗体(例如，不与CTLA-4特异性结合的抗体)时的IL-2产生增加至少约1.2倍、1.3倍、1.4倍、1.5倍、2倍、2.5倍、3倍、3.5倍、4倍、4.5倍、5倍、6倍、7倍、8倍、9倍、10倍、15倍、20倍、30倍、40倍、50倍、60倍、70倍、80倍、90倍或100倍，如通过本文所述(参见下文实例)或本领域的普通技术人员已知的方法所评定。
在某些实施例中，在本文所述的与人类CTLA-4特异性结合的抗体存在下，所述抗体是单独的或与抗PD-1抗体(例如，纳武单抗或派姆单抗)、抗TIGIT抗体、抗CD137抗体(例如，乌瑞鲁单抗或乌托米单抗)或抗OX40抗体(例如，泊加立珠单抗或他沃立珠单抗)组合，经过葡萄球菌肠毒素A(SEA)刺激的人类外周血单核细胞(PBMC)，相对于在没有任何抗体时或存在不相关抗体(例如，不与CTLA-4特异性结合的抗体)时仅经过SEA刺激的PBMC，具有增加了至少约1.2倍、1.3倍、1.4倍、1.5倍、2倍、2.5倍、3倍、3.5倍、4倍、4.5倍、5倍、6倍、7倍、8倍、9倍、10倍、15倍、20倍、30倍、40倍、50倍、60倍、70倍、80倍、90倍或100倍的IL-2产生，如通过本文所述(参见下文实例)或本领域的普通技术人员已知的方法所评定。
在特定实施例中，本公开提供一种分离的抗体，其与人类CTLA-4特异性结合并且使人类T细胞和同种异体树突状细胞的共培养的IFNγ产生相对于在没有任何抗体时或存在不相关抗体(例如，不与CTLA-4特异性结合的抗体)时人类T细胞和同种异体树突状细胞的共培养的IFNγ产生增加至少约1.2倍、1.3倍、1.4倍、1.5倍、2倍、2.5倍、3倍、3.5倍、4倍、4.5倍、5倍、6倍、7倍、8倍、9倍、10倍、15倍、20倍、30倍、40倍、50倍、60倍、70倍、80倍、90倍或100倍，如通过本文所述(参见下文实例)或本领域的普通技术人员已知的方法所评定。
在特定实施例中，在本文所述的与人类CTLA-4特异性结合的抗体存在下人类T细胞和同种异体树突状细胞的共培养，相对于没有任何抗体时或存在不相关抗体(例如，不与CTLA-4特异性结合的抗体)时人类T细胞和同种异体树突状细胞的共培养，具有增加了至少约1.2倍、1.3倍、1.4倍、1.5倍、2倍、2.5倍、3倍、3.5倍、4倍、4.5倍、5倍、6倍、7倍、8倍、9倍、10倍、15倍、20倍、30倍、40倍、50倍、60倍、70倍、80倍、90倍或100倍的IFNγ产生，如通过本文所述(参见下文实例)或本领域的普通技术人员已知的方法所评定。
在特定实施例中，本公开提供一种分离的抗体，其与人类CTLA-4特异性结合并且使T细胞增殖相对于没有任何抗体时或存在不相关抗体(例如，不与CTLA-4特异性结合的抗体)时的T细胞增殖增加至少约5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、98％或99％，如通过本文所述(参见下文实例)或本领域的普通技术人员已知的方法所评定。在特定实施例中，本公开提供一种分离的抗体，其与人类CTLA-4特异性结合并且使T细胞增殖相对于没有任何抗体时或存在不相关抗体(例如，不与CTLA-4特异性结合的抗体)时的T细胞增殖增加至少约1.2倍、1.3倍、1.4倍、1.5倍、2倍、2.5倍、3倍、3.5倍、4倍、4.5倍、5倍、6倍、7倍、8倍、9倍、10倍、15倍、20倍、30倍、40倍、50倍、60倍、70倍、80倍、90倍或100倍，如通过本文所述(参见下文实例)或本领域的普通技术人员已知的方法所评定。
在特定实施例中，本公开提供一种分离的抗体，其与人类CTLA-4特异性结合并且使与卵巢癌腹水液共培养的经过抗CD3抗体刺激的CD4+或CD8+T细胞的增殖相对于没有任何抗体时或存在不相关抗体(例如，不与CTLA-4特异性结合的抗体)时与卵巢癌腹水液共培养的经过抗CD3抗体刺激的CD4+或CD8+T细胞的增殖增加至少约1.2倍、1.3倍、1.4倍、1.5倍、2倍、2.5倍、3倍、3.5倍、4倍、4.5倍、5倍、6倍、7倍、8倍、9倍、10倍、15倍、20倍、30倍、40倍、50倍、60倍、70倍、80倍、90倍或100倍，如通过本文所述(参见下文实例)或本领域的普通技术人员已知的方法所评定。
在某些实施例中，本文所述的抗体是以活化状态结合人类CTLA-4蛋白质的可活化抗体。在某些实施例中，可活化抗体包含抑制未裂解状态的抗体与人类CTLA-4蛋白质结合的掩蔽部分，和至少一个与抗体偶联的可裂解部分，例如其中可裂解部分是充当肿瘤微环境中所富含的蛋白酶的底物的多肽。示范性可活化抗体描述于例如美国专利第8,513,390号和第8,518,404号以及美国专利申请公开第US 2014/0255313号、第US 2014/0010810号、第US 2014/0023664号中，其以引用的方式并入本文中。在某些实施例中，可活化抗体包含人类IgG重链恒定区，其为野生型人类IgG重链恒定区的变异体，其中变异的人类IgG重链恒定区与人类FcγRIIIA结合的亲和力高于野生型人类IgG重链恒定区与人类FcγRIIIA结合。
6.2.2抗PD-1抗体
在一个方面，本公开提供与PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合并拮抗PD-1功能的抗体。本文中亦提供多特异性抗体，其包含与人类PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合的第一抗原结合区，和任选地，不与PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合的第二抗原结合区。示范性抗体的氨基酸序列显示于本文表6到10中。
表6.示范性抗PD-1抗体的氨基酸序列.*
*CDR根据Kabat编号系统定义。
表7.示范性抗PD-1抗体的重链CDR氨基酸序列.*
*根据Kabat编号系统定义。
表8.示范性抗PD-1抗体的轻链CDR氨基酸序列.
*根据Kabat编号系统定义。
表9.示范性抗PD-1抗体.
表10.PD-1的示范性序列.
在某些实施例中，本公开提供一种与PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合的分离的抗体，所述抗体包括含有本文表6中所示的重链可变区的CDR中的一个、两个或所有三个的重链可变区。在某些实施例中，抗体包含表6中所示的其中一个重链可变区的CDRH1。在某些实施例中，抗体包含表6中所示的其中一个重链可变区的CDRH2。在某些实施例中，抗体包含表6中所示的其中一个重链可变区的CDRH3。
在某些实施例中，本公开提供一种与PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合的分离的抗体，所述抗体包括含有本文表6中所公开的轻链可变区的CDR中的一个、两个或所有三个的轻链可变区。在某些实施例中，抗体包含表6中所示的其中一个轻链可变区的CDRL1。在某些实施例中，抗体包含表6中所示的其中一个轻链可变区的CDRL2。在某些实施例中，抗体包含表6中所示的其中一个轻链可变区的CDRL3。
在某些实施例中，抗体的CDR可以根据Kabat等人,《生物化学杂志》252,6609-6616(1977)和Kabat等人,《免疫学感兴趣的蛋白质的序列》(1991)确定，其各自以全文引用的方式并入本文中。
在某些实施例中，抗体的CDR可以根据Chothia编号方案确定，所述编号方案是指免疫球蛋白结构环的位置(参见例如Chothia C&Lesk AM,(1987),《分子生物学杂志》196:901-917；Al-Lazikani B等人,(1997)《分子生物学杂志》273:927-948；Chothia C等人,(1992)《分子生物学杂志》227:799-817；Tramontano A等人,(1990)《分子生物学杂志》215(1):175-82；以及美国专利第7,709,226号，其全部以全文引用的方式并入本文中)。通常，当使用Kabat编号惯例时，Chothia CDRH1环存在于重链氨基酸26到32、33或34处，ChothiaCDRH2环存在于重链氨基酸52到56处，并且Chothia CDRH3环存在于重链氨基酸95到102处，而Chothia CDRL1环存在于轻链氨基酸24到34处，Chothia CDRL2环存在于轻链氨基酸50到56处，并且Chothia CDRL3环存在于轻链氨基酸89到97处。当使用Kabat编号惯例编号时，Chothia CDRH1环的末端在H32与H34之间变化，这取决于环的长度(这是因为Kabat编号方案将插入放在H35A和H35B；如果35A和35B均不存在，那么环末端在32；如果仅存在35A，那么环末端在33；如果35A和35B均存在，那么环末端在34)。
在某些实施例中，本公开提供一种与PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合的分离的抗体，所述抗体包含本文表6中所公开的VH的Chothia VH CDR。在某些实施例中，本公开提供一种与PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合的分离的抗体，所述抗体包含本文表6中所公开的VL的Chothia VL CDR。在某些实施例中，本公开提供一种与PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合的分离的抗体，所述抗体包含本文表6中所公开的抗体的Chothia VH CDR和ChothiaVL CDR。在某些实施例中，与PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合的抗体包含一个或多个CDR，其中Chothia和Kabat CDR具有相同的氨基酸序列。在某些实施例中，本公开提供一种与PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合并且包含Kabat CDR和Chothia CDR的组合的分离的抗体。
在某些实施例中，抗体的CDR可以根据IMGT编号系统确定，如Lefranc M-P,(1999)同前文献和Lefranc M-P等人,(1999)同前文献中所述，其各自以全文引用的方式并入本文中。在某些实施例中，本公开提供与PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合并且包含本文表6中所公开的抗体的CDR的抗体，如通过例如如Lefranc M-P(1999)同前文献和Lefranc M-P等人,(1999)同前文献中所述的IMGT编号系统所确定。
在某些实施例中，本公开提供一种与PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合的分离的抗体，所述抗体包含本文表6中所公开的VH的IMGT VH CDR。在某些实施例中，本公开提供一种与PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合的分离的抗体，所述抗体包含本文表6中所公开的VL的IMGT VL CDR。在某些实施例中，本公开提供一种与PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合的分离的抗体，所述抗体包含本文表6中所公开的抗体的IMGT VH CDR和IMGT VL CDR。在某些实施例中，本公开提供一种与PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合并且包含Kabat CDR和IMGTCDR的组合的分离的抗体。
在某些实施例中，抗体的CDR可以根据AbM编号方案确定，所述编号方案是指AbM高变区，其代表Kabat CDR与Chothia结构环之间的折衷，并且由Oxford Molecular的AbM抗体建模软件(Oxford Molecular Group,Inc.)使用，其以全文引用的方式并入本文中。在一个特定实施例中，本公开提供与PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合并且包含本文表6中所公开的抗体的CDR的抗体，如通过AbM编号方案所确定。
在某些实施例中，抗体的CDR可以根据MacCallum RM等人,(1996)《分子生物学杂志》262:732-745确定，其以全文引用的方式并入本文中。还参见例如Martin A.《抗体可变结构域的蛋白质序列和结构分析》,《抗体工程》,Kontermann和Dübel编,第31章,第422-439页,柏林施普林格出版社(2001)，其以全文引用的方式并入本文中。在一个特定实施例中，本公开提供与PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合并且包含本文表6中所公开的抗体的CDR的抗体，如通过MacCallum编号方案所确定。
因此，在某些实施例中，本公开提供一种与PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合的分离的抗体，其中所述抗体包含重链可变区和轻链可变区，重链可变区包含SEQ ID NO:66、67、68、69、70、71、72或73中所示的重链可变区的CDRH1、CDRH2和CDRH3区氨基酸序列，轻链可变区包含SEQ ID NO:74中所示的轻链可变区的CDRL1、CDRL2和CDRL3区氨基酸序列，其中每个CDR根据Kabat定义、Chothia定义、Kabat定义与Chothia定义的组合、IMGT编号系统、AbM定义或CDR的接触定义来定义。
在某些实施例中，本公开提供一种与PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合的分离的抗体，所述抗体包含：
(a)CDRH1包含SYGMH的氨基酸序列(SEQ ID NO:75)；和/或
(b)CDRH2包含VIWX1DGSNX2YYADSVX3G的氨基酸序列(SEQ ID NO:86)，其中X1是Y或F；X2是K或E；并且X3是K或M；和/或
(c)CDRH3包含NX1DX2的氨基酸序列(SEQ ID NO:87)，其中X1是G或V；并且X2是H或Y；和/或
(d)CDRL1包含RASQSVSSNLA的氨基酸序列(SEQ ID NO:83)；和/或
(e)CDRL2包含GASTRAT的氨基酸序列(SEQ ID NO:84)；和/或
(f)CDRL3包含QQYNNWPRT的氨基酸序列(SEQ ID NO:85)。
在某些实施例中，本公开提供一种与PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合的分离的抗体，所述抗体包含：
(a)CDRH1包含SYGMH的氨基酸序列(SEQ ID NO:75)；
(b)CDRH2包含VIWX1DGSNX2YYADSVX3G的氨基酸序列(SEQ ID NO:86)，其中X1是Y或F；X2是K或E；并且X3是K或M；
(c)CDRH3包含NX1DX2的氨基酸序列(SEQ ID NO:87)，其中X1是G或V；并且X2是H或Y；
(d)CDRL1包含RASQSVSSNLA的氨基酸序列(SEQ ID NO:83)；
(e)CDRL2包含GASTRAT的氨基酸序列(SEQ ID NO:84)；并且
(f)CDRL3包含QQYNNWPRT的氨基酸序列(SEQ ID NO:85)。
在某些实施例中，CDRH2包含选自由SEQ ID NO:76-79组成的组的氨基酸序列。在某些实施例中，CDRH3包含选自由SEQ ID NO:80-82组成的组的氨基酸序列。在某些实施例中，CDRH1、CDRH2和CDRH3分别包含表7中的抗体的CDRH1、CDRH2和CDRH3氨基酸序列。在某些实施例中，CDRL1、CDRL2和CDRL3分别包含表8中的抗体的CDRL1、CDRL2和CDRL3氨基酸序列。
在某些实施例中，本公开提供一种与PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合的分离的抗体，其包括含有互补决定区CDRH1、CDRH2和CDRH3的重链可变区，其中所述CDRH1、CDRH2和CDRH3分别包含SEQ ID NO:75、76和80；75、76和81；75、76和82；75、77和81；75、78和81；或75、79和81中所示的CDRH1、CDRH2和CDRH3氨基酸序列。
在某些实施例中，本公开提供一种与PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合的分离的抗体，其包括含有互补决定区CDRL1、CDRL2和CDRL3的轻链可变区，其中所述CDRL1、CDRL2和CDRL3分别包含SEQ ID NO:83、84和85中所示的CDRL1、CDRL2和CDRL3氨基酸序列。
在某些实施例中，本公开提供一种与PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合的分离的抗体，其包括含有互补决定区CDRH1、CDRH2和CDRH3的重链可变区和含有互补决定区CDRL1、CDRL2和CDRL3的轻链可变区，其中CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2和CDRL3分别包含分别如SEQ ID NO:75、76、80、83、84和85；75、76、81、83、84和85；75、76、82、83、84和85；75、77、81、83、84和85；75、78、81、83、84和85；或75、79、81、83、84和85中所示的CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2和CDRL3氨基酸序列。
在某些实施例中，抗体包括含有CDRH1、CDRH2和CDRH3区的重链可变区和含有CDRL1、CDRL2和CDRL3区的轻链可变区，其中CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2和CDRL3区分别包含SEQ ID NO:75、76、81、83、84和85中所示的氨基酸序列。
在某些实施例中，本公开提供一种与PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合的分离的抗体，其包括含有SEQ ID NO:88的氨基酸序列的重链可变区。
在某些实施例中，本公开提供一种与PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合的分离的抗体，其包括含有与选自由SEQ ID NO:66-73组成的组的氨基酸序列至少75％、80％、85％、90％、95％或100％(例如，至少86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％)相同的氨基酸序列的重链可变区。在某些实施例中，抗体包含具有选自由SEQ ID NO:66-73组成的组的氨基酸序列的重链可变区。在某些实施例中，抗体包含具有SEQ ID NO:66中所示的氨基酸序列的重链可变区。在某些实施例中，抗体包含具有SEQID NO:67中所示的氨基酸序列的重链可变区。在某些实施例中，抗体包含具有SEQ ID NO:68中所示的氨基酸序列的重链可变区。在某些实施例中，抗体包含具有SEQ ID NO:69中所示的氨基酸序列的重链可变区。在某些实施例中，抗体包含具有SEQ ID NO:70中所示的氨基酸序列的重链可变区。在某些实施例中，抗体包含具有SEQ ID NO:71中所示的氨基酸序列的重链可变区。在某些实施例中，抗体包含具有SEQ ID NO:72中所示的氨基酸序列的重链可变区。在某些实施例中，抗体包含具有SEQ ID NO:73中所示的氨基酸序列的重链可变区。
在某些实施例中，本公开提供一种与PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合的分离的抗体，其包括含有与SEQ ID NO:74的氨基酸序列至少75％、80％、85％、90％、95％或100％(例如，至少86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％)相同的氨基酸序列的轻链可变区。在某些实施例中，抗体包含具有SEQ ID NO:74的氨基酸序列的轻链可变区。
在某些实施例中，本公开提供一种与PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合的分离的抗体，其包含重链可变区和轻链可变区，重链可变区包含与SEQ ID NO:66、67、68、69、70、71、72或73中所示的氨基酸序列至少75％、80％、85％、90％、95％或100％(例如，至少86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％)相同的氨基酸序列，轻链可变区与SEQ ID NO:74中所示的氨基酸序列至少75％、80％、85％、90％、95％或100％(例如，至少86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％)相同。在某些实施例中，本公开提供一种与PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合的分离的抗体，其包括含有SEQ ID NO:66、67、68、69、70、71、72或73中所示的氨基酸序列的重链可变区和SEQ ID NO:74中所示的轻链可变区。在某些实施例中，抗体包含重链可变区和轻链可变区，其分别具有SEQ ID NO:66和74；67和74；68和74；69和74；70和74；71和74；72和74；或73和74中所示的氨基酸序列。在某些实施例中，抗体包含重链可变区和轻链可变区，其分别具有SEQ ID NO:66和74中所示的氨基酸序列。在某些实施例中，抗体包含重链可变区和轻链可变区，其分别具有SEQ ID NO:67和74中所示的氨基酸序列。在某些实施例中，抗体包含重链可变区和轻链可变区，其分别具有SEQ ID NO:68和74中所示的氨基酸序列。在某些实施例中，抗体包含重链可变区和轻链可变区，其分别具有SEQ ID NO:69和74中所示的氨基酸序列。在某些实施例中，抗体包含重链可变区和轻链可变区，其分别具有SEQ IDNO:70和74中所示的氨基酸序列。在某些实施例中，抗体包含重链可变区和轻链可变区，其分别具有SEQ ID NO:71和74中所示的氨基酸序列。在某些实施例中，抗体包含重链可变区和轻链可变区，其分别具有SEQ ID NO:72和74中所示的氨基酸序列。在某些实施例中，抗体包含重链可变区和轻链可变区，其分别具有SEQ ID NO:73和74中所示的氨基酸序列。
在某些实施例中，本公开提供一种与PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合的分离的抗体，其包含具有衍生自人类IGHV3-33胚系序列(例如，IGHV3-33*01，例如具有SEQ ID NO:89的氨基酸序列)的氨基酸序列的重链可变区。选自框架1、框架2、框架3、CDRH1以及CDRH2的一个或多个区域(例如，这些区域中的两个、三个、四个或五个)可以衍生自人类IGHV3-33胚系序列。在一个实施例中，框架1、框架2、框架3、CDRH1以及CDRH2全部衍生自人类IGHV3-33胚系序列。
在某些实施例中，本公开提供一种与PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合的分离的抗体，其包含具有衍生自人类IGKV3-15胚系序列(例如，IGKV3-15*01，例如具有SEQ ID NO:90的氨基酸序列)的氨基酸序列的轻链可变区。选自框架1、框架2、框架3、CDRL1以及CDRL2的一个或多个区域(例如，这些区域中的两个、三个、四个或五个)可以衍生自人类IGKV3-15胚系序列。在一个实施例中，框架1、框架2、框架3、CDRL1以及CDRL2全部衍生自人类IGKV3-15胚系序列。
在某些实施例中，本公开提供一种与PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合的分离的抗体，其包含重链可变区和轻链可变区，重链可变区具有衍生自人类IGHV3-33胚系序列(例如，IGHV3-33*01，例如具有SEQ ID NO:89的氨基酸序列)的氨基酸序列，轻链可变区具有衍生自人类IGKV3-15胚系序列(例如，IGKV3-15*01，例如具有SEQ ID NO:90的氨基酸序列)的氨基酸序列。选自重链可变区的框架1、框架2、框架3、CDRH1以及CDRH2的一个或多个区域(例如，这些区域中的两个、三个、四个或五个)可以衍生自人类IGHV3-33胚系序列。在一个实施例中，框架1、框架2、框架3、CDRH1以及CDRH2全部衍生自人类IGHV3-33胚系序列。选自轻链可变区的框架1、框架2、框架3、CDRL1以及CDRL2的一个或多个区域(例如，这些区域中的两个、三个、四个或五个)可以衍生自人类IGKV3-15胚系序列。在一个实施例中，框架1、框架2、框架3、CDRL1以及CDRL2全部衍生自人类IGKV3-15胚系序列。
在某些实施例中，抗体包含具有选自由SEQ ID NO:91和92组成的组的氨基酸序列的重链。在某些实施例中，抗体包含具有SEQ ID NO:91中所示的氨基酸序列的重链。在某些实施例中，抗体包含具有SEQ ID NO:92中所示的氨基酸序列的重链。
在某些实施例中，抗体包含具有SEQ ID NO:93的氨基酸序列的轻链。
在某些实施例中，本公开提供一种与PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合的分离的抗体，其包括含有SEQ ID NO:91或92的氨基酸序列的重链和含有SEQ ID NO:93的氨基酸序列的轻链。在某些实施例中，抗体包含重链和轻链，其分别具有SEQ ID NO:91和93中所示的氨基酸序列。在某些实施例中，抗体包含重链和轻链，其分别具有SEQ ID NO:92和93中所示的氨基酸序列。
在某些实施例中，本公开提供一种与分别包含SEQ ID NO:66和74；67和74；68和74；69和74；70和74；71和74；72和74；或73和74中所示的重链和轻链可变区氨基酸序列的抗体交叉竞争与PD-1(例如，人类PD-1)结合的分离的抗体。在某些实施例中，本公开提供一种与分别包含SEQ ID NO:66和74中所示的重链和轻链可变区氨基酸序列的抗体交叉竞争与PD-1(例如，人类PD-1)结合的分离的抗体。
在某些实施例中，本公开提供一种与分别包含SEQ ID NO:66和74；67和74；68和74；69和74；70和74；71和74；72和74；或73和74中所示的重链和轻链可变区氨基酸序列的抗体结合CTLA-4(例如，人类CTLA-4)上的同一种表位的分离的抗体。在某些实施例中，本公开提供一种与分别包含SEQ ID NO:66和74中所示的重链和轻链可变区氨基酸序列的抗体结合CTLA-4(例如，人类CTLA-4)上的同一种表位的分离的抗体。在某些实施例中，分离的抗体与位于人类CTLA-4的区域内的由SEQ ID NO:103的氨基酸序列组成的表位结合。在某些实施例中，分离的抗体与位于人类CTLA-4的区域内的由SEQ ID NO:104的氨基酸序列组成的表位结合。在某些实施例中，分离的抗体与位于人类CTLA-4的区域内的由SEQ ID NO:105的氨基酸序列组成的表位结合。在某些实施例中，分离的抗体与位于人类CTLA-4的区域内的由SEQ ID NO:106的氨基酸序列组成的表位结合。在某些实施例中，分离的抗体与位于人类CTLA-4的区域内的由SEQ ID NO:107的氨基酸序列组成的表位结合。
在某些实施例中，本公开提供一种与人类PD-1特异性结合并起拮抗剂作用的分离的抗体。
在某些实施例中，本公开提供一种分离的抗体，其与人类PD-1特异性结合并且使PD-1活性相对于没有任何抗体时或存在不相关抗体(例如，不与PD-1特异性结合的抗体)时的PD-1活性降低至少5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、98％或99％，如通过本文所述和/或本领域的普通技术人员已知的方法所评定。在某些实施例中，本公开提供一种分离的抗体，其与人类PD-1特异性结合并且使PD-1活性相对于没有任何抗体时或存在不相关抗体(例如，不与PD-1特异性结合的抗体)时的PD-1活性降低至少约1.2倍、1.3倍、1.4倍、1.5倍、2倍、2.5倍、3倍、3.5倍、4倍、4.5倍、5倍、6倍、7倍、8倍、9倍、10倍、15倍、20倍、30倍、40倍、50倍、60倍、70倍、80倍、90倍或100倍，如通过本文所述和/或本领域的普通技术人员已知的方法所评定。PD-1活性的非限制性实例可以包括PD-1信号传导、PD-1与PD-1配体(例如，PD-L1或PD-L2)结合、细胞因子产生(例如，IL-2或IFNγ)的抑制以及T细胞增殖的抑制。在某些实施例中，本公开提供一种与人类PD-1特异性结合并且去活化、降低或抑制PD-1活性的分离的抗体。在特定实施例中，PD-1活性的降低如下文实例中所述评定。
在特定实施例中，本公开提供一种分离的抗体，其与人类PD-1特异性结合并且使PD-1与其配体(例如，PD-L1或PD-L2)的结合相对于没有任何抗体时或存在不相关抗体(例如，不与PD-1特异性结合的抗体)时PD-1与其配体(例如，PD-L1或PD-L2)的结合降低至少约5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、98％或99％，如通过本文所述(参见下文实例)或本领域的普通技术人员已知的方法所评定。在特定实施例中，本公开提供一种分离的抗体，其与人类PD-1特异性结合并且使PD-1与其配体(例如，PD-L1或PD-L2)的结合相对于没有任何抗体时或存在不相关抗体(例如，不与PD-1特异性结合的抗体)时PD-1与其配体(例如，PD-L1或PD-L2)的结合降低至少约1.2倍、1.3倍、1.4倍、1.5倍、2倍、2.5倍、3倍、3.5倍、4倍、4.5倍、5倍、6倍、7倍、8倍、9倍、10倍、15倍、20倍、30倍、40倍、50倍、60倍、70倍、80倍、90倍或100倍，如通过本文所述(参见下文实例)或本领域的普通技术人员已知的方法所评定。
在特定实施例中，本公开提供一种分离的抗体，其与人类PD-1特异性结合并且使细胞因子产生(例如，IL-2或IFNγ)相对于没有任何抗体时或存在不相关抗体(例如，不与PD-1特异性结合的抗体)时的细胞因子产生增加至少约5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、98％或99％，如通过本文所述(参见下文实例)或本领域的普通技术人员已知的方法所评定。在特定实施例中，本公开提供一种分离的抗体，其与人类PD-1特异性结合并且使细胞因子产生(例如，IL-2或IFNγ)相对于没有任何抗体时或存在不相关抗体(例如，不与PD-1特异性结合的抗体)时的细胞因子产生增加至少约1.2倍、1.3倍、1.4倍、1.5倍、2倍、2.5倍、3倍、3.5倍、4倍、4.5倍、5倍、6倍、7倍、8倍、9倍、10倍、15倍、20倍、30倍、40倍、50倍、60倍、70倍、80倍、90倍或100倍，如通过本文所述(参见下文实例)或本领域的普通技术人员已知的方法所评定。
在特定实施例中，本公开提供一种分离的抗体，其与PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合，并且单独地或与抗CTLA-4抗体(例如，伊匹单抗或曲美木单抗)、抗TIGIT抗体、抗CD137抗体(例如，乌瑞鲁单抗或乌托米单抗)或抗OX40抗体(例如，泊加立珠单抗或他沃立珠单抗)组合，使人类外周血单核细胞(PBMC)中响应于葡萄球菌肠毒素A(SEA)刺激的IL-2产生相对于没有任何抗体时或存在不相关抗体(例如，不与PD-1特异性结合的抗体)时的IL-2产生增加至少约1.2倍、1.3倍、1.4倍、1.5倍、2倍、2.5倍、3倍、3.5倍、4倍、4.5倍、5倍、6倍、7倍、8倍、9倍、10倍、15倍、20倍、30倍、40倍、50倍、60倍、70倍、80倍、90倍或100倍，如通过本文所述(参见下文实例)或本领域的普通技术人员已知的方法所评定。
在某些实施例中，在本文所述的与人类PD-1特异性结合的抗体存在下，所述抗体是单独的或与抗CTLA-4抗体(例如，伊匹单抗或曲美木单抗)、抗TIGIT抗体、抗CD137抗体(例如，乌瑞鲁单抗或乌托米单抗)或抗OX40抗体(例如，泊加立珠单抗或他沃立珠单抗)组合，经过葡萄球菌肠毒素A(SEA)刺激的人类外周血单核细胞(PBMC)，相对于在没有任何抗体时或存在不相关抗体(例如，不与PD-1特异性结合的抗体)时仅经过SEA刺激的PBMC，具有增加了至少约1.2倍、1.3倍、1.4倍、1.5倍、2倍、2.5倍、3倍、3.5倍、4倍、4.5倍、5倍、6倍、7倍、8倍、9倍、10倍、15倍、20倍、30倍、40倍、50倍、60倍、70倍、80倍、90倍或100倍的IL-2产生，如通过本文所述(参见下文实例)或本领域的普通技术人员已知的方法所评定。
在特定实施例中，本公开提供一种分离的抗体，其与人类PD-1特异性结合并且使人类T细胞和同种异体树突状细胞的共培养的IFNγ产生相对于在没有任何抗体时或存在不相关抗体(例如，不与PD-1特异性结合的抗体)时人类T细胞和同种异体树突状细胞的共培养的IFNγ产生增加至少约1.2倍、1.3倍、1.4倍、1.5倍、2倍、2.5倍、3倍、3.5倍、4倍、4.5倍、5倍、6倍、7倍、8倍、9倍、10倍、15倍、20倍、30倍、40倍、50倍、60倍、70倍、80倍、90倍或100倍，如通过本文所述(参见下文实例)或本领域的普通技术人员已知的方法所评定。
在特定实施例中，在本文所述的与人类PD-1特异性结合的抗体存在下人类T细胞和同种异体树突状细胞的共培养，相对于没有任何抗体时或存在不相关抗体(例如，不与PD-1特异性结合的抗体)时人类T细胞和同种异体树突状细胞的共培养，具有增加了至少约1.2倍、1.3倍、1.4倍、1.5倍、2倍、2.5倍、3倍、3.5倍、4倍、4.5倍、5倍、6倍、7倍、8倍、9倍、10倍、15倍、20倍、30倍、40倍、50倍、60倍、70倍、80倍、90倍或100倍的IFNγ产生，如通过本文所述(参见下文实例)或本领域的普通技术人员已知的方法所评定。
在特定实施例中，本公开提供一种分离的抗体，其与人类PD-1特异性结合并且使T细胞增殖相对于没有任何抗体时或存在不相关抗体(例如，不与PD-1特异性结合的抗体)时的T细胞增殖增加至少约5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、98％或99％，如通过本文所述(参见下文实例)或本领域的普通技术人员已知的方法所评定。在特定实施例中，本公开提供一种分离的抗体，其与人类PD-1特异性结合并且使T细胞增殖相对于没有任何抗体时或存在不相关抗体(例如，不与PD-1特异性结合的抗体)时的T细胞增殖增加至少约1.2倍、1.3倍、1.4倍、1.5倍、2倍、2.5倍、3倍、3.5倍、4倍、4.5倍、5倍、6倍、7倍、8倍、9倍、10倍、15倍、20倍、30倍、40倍、50倍、60倍、70倍、80倍、90倍或100倍，如通过本文所述(参见下文实例)或本领域的普通技术人员已知的方法所评定。
在特定实施例中，本公开提供一种分离的抗体，其与人类PD-1特异性结合并且使与卵巢癌腹水液共培养的经过抗CD3抗体刺激的CD4+或CD8+T细胞的增殖相对于没有任何抗体时或存在不相关抗体(例如，不与PD-1特异性结合的抗体)时与卵巢癌腹水液共培养的经过抗CD3抗体刺激的CD4+或CD8+T细胞的增殖增加至少约1.2倍、1.3倍、1.4倍、1.5倍、2倍、2.5倍、3倍、3.5倍、4倍、4.5倍、5倍、6倍、7倍、8倍、9倍、10倍、15倍、20倍、30倍、40倍、50倍、60倍、70倍、80倍、90倍或100倍，如通过本文所述(参见下文实例)或本领域的普通技术人员已知的方法所评定。
在特定实施例中，本公开提供一种分离的抗体，其与人类PD-1特异性结合并且使与表达PD-L1的靶细胞共培养的表达PD-1的NFAT-荧光素酶报告细胞中的NFAT信号传导相对于没有任何抗体时或存在不相关抗体(例如，不与PD-1特异性结合的抗体)时与表达PD-L1的靶细胞共培养的表达PD-1的NFAT-荧光素酶报告细胞中的NFAT信号传导增加至少约1.2倍、1.3倍、1.4倍、1.5倍、2倍、2.5倍、3倍、3.5倍、4倍、4.5倍、5倍、6倍、7倍、8倍、9倍、10倍、15倍、20倍、30倍、40倍、50倍、60倍、70倍、80倍、90倍或100倍，如通过本文所述(参见下文实例)或本领域的普通技术人员已知的方法所评定。
6.2.3与CTLA-4和/或PD-1特异性结合的多特异性抗体
在一个方面，本文提供与CTLA-4和PD-1(例如，人类CTLA-4和人类PD-1)特异性结合的多特异性抗体(例如，双特异性抗体)。例如，本文提供的多特异性(例如，双特异性)抗体可以包含与CTLA-4(例如，人类CTLA-4)特异性结合的第一抗原结合区和与PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合的第二抗原结合区。与仅与CTLA-4或PD-1结合的单特异性二价抗体相比，这种多特异性抗体有利地对含有靶蛋白的组合的免疫细胞的某些亚群展现出更大的特异性。
在一个实施例中，本文提供的与CTLA-4和PD-1特异性结合的抗体含有下表11的单行中所示的CDR的组合。
表11.示范性抗CTLA-4/PD-1抗体的CDR序列.*
*根据Kabat编号系统定义。
在一个实施例中，本文提供的与CTLA-4和PD-1特异性结合的抗体含有下表12的单行中所示的两个重链可变区和两个轻链可变区的组合。
表12.示范性抗CTLA-4/PD-1抗体的重链可变区(VH)和轻链可变区(VL)序列.
在某些实施例中，与CTLA-4(例如，人类CTLA-4)特异性结合的第一抗原结合区包括含有本文表1中所示的重链可变区的CDR中的一个、两个或所有三个的重链可变区。在某些实施例中，第一抗原结合区包含表1中所示的其中一个重链可变区的CDRH1。在某些实施例中，第一抗原结合区包含表1中所示的其中一个重链可变区的CDRH2。在某些实施例中，第一抗原结合区包含表1中所示的其中一个重链可变区的CDRH3。
在某些实施例中，与CTLA-4(例如，人类CTLA-4)特异性结合的第一抗原结合区包括含有本文表1中所公开的轻链可变区的CDR中的一个、两个或所有三个的轻链可变区。在某些实施例中，第一抗原结合区包含表1中所示的其中一个轻链可变区的CDRL1。在某些实施例中，第一抗原结合区包含表1中所示的其中一个轻链可变区的CDRL2。在某些实施例中，第一抗原结合区包含表1中所示的其中一个轻链可变区的CDRL3。
在某些实施例中，第一抗原结合区的CDR可以根据Kabat等人,《生物化学杂志》252,6609-6616(1977)和Kabat等人,《免疫学感兴趣的蛋白质的序列》(1991)确定，其各自以全文引用的方式并入本文中。
在某些实施例中，第一抗原结合区的CDR可以根据Chothia编号方案确定，所述编号方案是指免疫球蛋白结构环的位置(参见例如Chothia C&Lesk AM,(1987),《分子生物学杂志》196:901-917；Al-Lazikani B等人,(1997)《分子生物学杂志》273:927-948；ChothiaC等人,(1992)《分子生物学杂志》227:799-817；Tramontano A等人,(1990)《分子生物学杂志》215(1):175-82；以及美国专利第7,709,226号，其全部以全文引用的方式并入本文中)。在某些实施例中，与CTLA-4(例如，人类CTLA-4)特异性结合的第一抗原结合区包含本文表1中所公开的VH的Chothia VH CDR。在某些实施例中，与CTLA-4(例如，人类CTLA-4)特异性结合的第一抗原结合区包含表1中所公开的VL的Chothia VL CDR。在某些实施例中，与CTLA-4(例如，人类CTLA-4)特异性结合的第一抗原结合区包含本文表1中所公开的抗体的ChothiaVH CDR和Chothia VL CDR。在某些实施例中，与CTLA-4(例如，人类CTLA-4)特异性结合的第一抗原结合区包含一个或多个CDR，其中Chothia和Kabat CDR具有相同的氨基酸序列。在某些实施例中，与CTLA-4(例如，人类CTLA-4)特异性结合的第一抗原结合区包含Kabat CDR和Chothia CDR的组合。
在某些实施例中，与CTLA-4(例如，人类CTLA-4)特异性结合的第一抗原结合区包含本文表1中所公开的抗体的CDR，如通过例如如Lefranc M-P(1999)同前文献和LefrancM-P等人,(1999)同前文献中所述的IMGT编号系统所确定。
在某些实施例中，与CTLA-4(例如，人类CTLA-4)特异性结合的第一抗原结合区包含本文表1中所公开的抗体的CDR，如通过AbM编号方案所确定。
在某些实施例中，与CTLA-4(例如，人类CTLA-4)特异性结合的第一抗原结合区包含本文表1中所公开的抗体的CDR，如通过MacCallum编号方案所确定。
因此，在某些实施例中，与CTLA-4(例如，人类CTLA-4)特异性结合的第一抗原结合区包含重链可变区和轻链可变区，重链可变区包含SEQ ID NO:1、9、10、11、12或13中所示的重链可变区的CDRH1、CDRH2和CDRH3区氨基酸序列，轻链可变区包含SEQ ID NO:14、15、16、17、18或19中所示的轻链可变区的CDRL1、CDRL2和CDRL3区氨基酸序列，其中每个CDR根据Kabat定义、Chothia定义、Kabat定义与Chothia定义的组合、IMGT编号系统、AbM定义或CDR的接触定义来定义。
在某些实施例中，与CTLA-4(例如，人类CTLA-4)特异性结合的第一抗原结合区包含：
(a)CDRH1包含SYX1MX2的氨基酸序列(SEQ ID NO:39)，其中X1是S或A；并且X2是N或S；和/或
(b)CDRH2包含SISSSSSYIYYADSVKG的氨基酸序列(SEQ ID NO:22)；和/或
(c)CDRH3包含VGLMGPFXI的氨基酸序列(SEQ ID NO:115)，其中X是D或N；和/或
(d)CDRL1包含RASQSVX1X2YLX3的氨基酸序列(SEQ ID NO:43)，其中X1是S或G；X2是R、S或T；并且X3是G或A；和/或
(e)CDRL2包含X1X2SX3RAT的氨基酸序列(SEQ ID NO:44)，其中X1是G或A；X2是A或T；并且X3是T、S、R或N；和/或
(f)CDRL3包含QQYGX1SPX2T的氨基酸序列(SEQ ID NO:45)，其中X1是S或T；并且X2是W或F。
在某些实施例中，与CTLA-4(例如，人类CTLA-4)特异性结合的第一抗原结合区包含：
(a)CDRH1包含SYX1MX2的氨基酸序列(SEQ ID NO:39)，其中X1是S或A；并且X2是N或S；
(b)CDRH2包含SISSSSSYIYYADSVKG的氨基酸序列(SEQ ID NO:22)；
(c)CDRH3包含VGLMGPFXI的氨基酸序列(SEQ ID NO:115)，其中X是D或N；
(d)CDRL1包含RASQSVX1X2YLX3的氨基酸序列(SEQ ID NO:43)，其中X1是S或G；X2是R、S或T；并且X3是G或A；
(e)CDRL2包含X1X2SX3RAT的氨基酸序列(SEQ ID NO:44)，其中X1是G或A；X2是A或T；并且X3是T、S、R或N；并且
(f)CDRL3包含QQYGX1SPX2T的氨基酸序列(SEQ ID NO:45)，其中X1是S或T；并且X2是W或F。
在某些实施例中，CDRH1包含选自由SEQ ID NO:20和21组成的组的氨基酸序列。在某些实施例中，CDRH3包含选自由SEQ ID NO:24和26组成的组的氨基酸序列。在某些实施例中，CDRL1包含选自由SEQ ID NO:27、28和29组成的组的氨基酸序列。在某些实施例中，CDRL2包含选自由SEQ ID NO:30-35组成的组的氨基酸序列。在某些实施例中，CDRL3包含选自由SEQ ID NO:36、37和38组成的组的氨基酸序列。在某些实施例中，CDRH1、CDRH2和CDRH3分别包含表2中的抗体的CDRH1、CDRH2和CDRH3氨基酸序列。在某些实施例中，CDRL1、CDRL2和CDRL3分别包含表3中的抗体的CDRL1、CDRL2和CDRL3氨基酸序列。
在某些实施例中，与CTLA-4(例如，人类CTLA-4)特异性结合的第一抗原结合区包括含有互补决定区CDRH1、CDRH2和CDRH3的重链可变区，其中CDRH1、CDRH2和CDRH3分别包含SEQ ID NO:20、22和24；21、22和24；或21、22和26中所示的CDRH1、CDRH2和CDRH3氨基酸序列。
在某些实施例中，与CTLA-4(例如，人类CTLA-4)特异性结合的第一抗原结合区包括含有互补决定区CDRL1、CDRL2和CDRL3的轻链可变区，其中CDRL1、CDRL2和CDRL3分别包含SEQ ID NO:27、30和36；28、31和36；29、32和37；29、33和38；29、34和36；或29、35和38中所示的CDRL1、CDRL2和CDRL3氨基酸序列。
在某些实施例中，与CTLA-4(例如，人类CTLA-4)特异性结合的第一抗原结合区包括含有互补决定区CDRH1、CDRH2和CDRH3的重链可变区和含有互补决定区CDRL1、CDRL2和CDRL3的轻链可变区，其中CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2和CDRL3分别包含分别如SEQID NO:20、22、24、27、30和36；20、22、24、29、32和37；20、22、24、29、33和38；21、22、24、27、30和36；21、22、24、29、33和38；20、22、24、28、31和36；20、22、24、29、34和36；20、22、24、29、35和38；21、22、26、27、30和36；21、22、26、29、32和37；21、22、26、29、33和38；或21、22、26、29、35和38中所示的CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2和CDRL3氨基酸序列。
在某些实施例中，与CTLA-4(例如，人类CTLA-4)特异性结合的第一抗原结合区包括含有CDRH1、CDRH2和CDRH3区的重链可变区和含有CDRL1、CDRL2和CDRL3区的轻链可变区，其中CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2和CDRL3区分别包含SEQ ID NO:20、22、24、27、30和36中所示的氨基酸序列。
在某些实施例中，与CTLA-4(例如，人类CTLA-4)特异性结合的第一抗原结合区包括含有SEQ ID NO:46的氨基酸序列的重链可变区。
在某些实施例中，与CTLA-4(例如，人类CTLA-4)特异性结合的第一抗原结合区包括含有与SEQ ID NO:1、9、10、11、12或13中所示的氨基酸序列至少75％、80％、85％、90％、95％或100％(例如，至少86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％)相同的氨基酸序列的重链可变区。在某些实施例中，第一抗原结合区包含具有SEQ ID NO:1、9、10、11、12或13中所示的氨基酸序列的重链可变区。在某些实施例中，第一抗原结合区包含具有SEQ ID NO:1中所示的氨基酸序列的重链可变区。在某些实施例中，第一抗原结合区包含具有SEQ ID NO:9中所示的氨基酸序列的重链可变区。在某些实施例中，第一抗原结合区包含具有SEQ ID NO:10中所示的氨基酸序列的重链可变区。在某些实施例中，第一抗原结合区包含具有SEQ ID NO:11中所示的氨基酸序列的重链可变区。在某些实施例中，第一抗原结合区包含具有SEQ ID NO:12中所示的氨基酸序列的重链可变区。在某些实施例中，第一抗原结合区包含具有SEQ ID NO:13中所示的氨基酸序列的重链可变区。
在某些实施例中，与CTLA-4(例如，人类CTLA-4)特异性结合的第一抗原结合区包括含有SEQ ID NO:47的氨基酸序列的轻链可变区。
在某些实施例中，与CTLA-4(例如，人类CTLA-4)特异性结合的第一抗原结合区包括含有与SEQ ID NO:14、15、16、17、18或19中所示的氨基酸序列至少75％、80％、85％、90％、95％或100％(例如，至少86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％)相同的氨基酸序列的轻链可变区。在某些实施例中，第一抗原结合区包含具有SEQ ID NO:14、15、16、17、18或19中所示的氨基酸序列的轻链可变区。在某些实施例中，第一抗原结合区包含具有SEQ ID NO:14中所示的氨基酸序列的轻链可变区。在某些实施例中，第一抗原结合区包含具有SEQ ID NO:15中所示的氨基酸序列的轻链可变区。在某些实施例中，第一抗原结合区包含具有SEQ ID NO:16中所示的氨基酸序列的轻链可变区。在某些实施例中，第一抗原结合区包含具有SEQ ID NO:17中所示的氨基酸序列的轻链可变区。在某些实施例中，第一抗原结合区包含具有SEQ ID NO:18中所示的氨基酸序列的轻链可变区。在某些实施例中，第一抗原结合区包含具有SEQ ID NO:19中所示的氨基酸序列的轻链可变区。
在某些实施例中，与CTLA-4(例如，人类CTLA-4)特异性结合的第一抗原结合区包含重链可变区和轻链可变区，重链可变区包含与SEQ ID NO:1、9、10、11、12或13中所示的氨基酸序列至少75％、80％、85％、90％、95％或100％(例如，至少86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％)相同的氨基酸序列，轻链可变区与SEQ ID NO:14、15、16、17、18或19中所示的氨基酸序列至少75％、80％、85％、90％、95％或100％(例如，至少86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％)相同。在某些实施例中，与CTLA-4(例如，人类CTLA-4)特异性结合的第一抗原结合区包括含有SEQ ID NO:1、9、10、11、12或13中所示的氨基酸序列的重链可变区和含有SEQ ID NO:14、15、16、17、18或19中所示的氨基酸序列的轻链可变区。在某些实施例中，第一抗原结合区包含重链可变区和轻链可变区，其分别具有SEQ ID NO:1和14；1和16；1和17；9和14；9和17；10和15；10和17；10和18；10和19；11和15；11和14；11和16；11和17；12和14；12和16；12和17；12和19；13和15；或13和17中所示的氨基酸序列。在某些实施例中，第一抗原结合区包含重链可变区和轻链可变区，其分别具有SEQ ID NO:1和14中所示的氨基酸序列。在某些实施例中，第一抗原结合区包含重链可变区和轻链可变区，其分别具有SEQ IDNO:1和16中所示的氨基酸序列。在某些实施例中，第一抗原结合区包含重链可变区和轻链可变区，其分别具有SEQ ID NO:1和17中所示的氨基酸序列。在某些实施例中，第一抗原结合区包含重链可变区和轻链可变区，其分别具有SEQ ID NO:9和14中所示的氨基酸序列。在某些实施例中，第一抗原结合区包含重链可变区和轻链可变区，其分别具有SEQ ID NO:9和17中所示的氨基酸序列。在某些实施例中，第一抗原结合区包含重链可变区和轻链可变区，其分别具有SEQ ID NO:10和15中所示的氨基酸序列。在某些实施例中，第一抗原结合区包含重链可变区和轻链可变区，其分别具有SEQ ID NO:10和17中所示的氨基酸序列。在某些实施例中，第一抗原结合区包含重链可变区和轻链可变区，其分别具有SEQ ID NO:10和18中所示的氨基酸序列。在某些实施例中，第一抗原结合区包含重链可变区和轻链可变区，其分别具有SEQ ID NO:10和19中所示的氨基酸序列。在某些实施例中，第一抗原结合区包含重链可变区和轻链可变区，其分别具有SEQ ID NO:11和15中所示的氨基酸序列。在某些实施例中，第一抗原结合区包含重链可变区和轻链可变区，其分别具有SEQ ID NO:11和14中所示的氨基酸序列。在某些实施例中，第一抗原结合区包含重链可变区和轻链可变区，其分别具有SEQ ID NO:11和16中所示的氨基酸序列。在某些实施例中，第一抗原结合区包含重链可变区和轻链可变区，其分别具有SEQ ID NO:11和17中所示的氨基酸序列。在某些实施例中，第一抗原结合区包含重链可变区和轻链可变区，其分别具有SEQ ID NO:12和14中所示的氨基酸序列。在某些实施例中，第一抗原结合区包含重链可变区和轻链可变区，其分别具有SEQ ID NO:12和16中所示的氨基酸序列。在某些实施例中，第一抗原结合区包含重链可变区和轻链可变区，其分别具有SEQ ID NO:12和17中所示的氨基酸序列。在某些实施例中，第一抗原结合区包含重链可变区和轻链可变区，其分别具有SEQ ID NO:12和19中所示的氨基酸序列。在某些实施例中，第一抗原结合区包含重链可变区和轻链可变区，其分别具有SEQ ID NO:13和15中所示的氨基酸序列。在某些实施例中，第一抗原结合区包含重链可变区和轻链可变区，其分别具有SEQ ID NO:13和17中所示的氨基酸序列。
在某些实施例中，与CTLA-4(例如，人类CTLA-4)特异性结合的第一抗原结合区包含具有衍生自人类IGHV3-21胚系序列(例如，IGHV3-21*01，例如具有SEQ ID NO:48的氨基酸序列)的氨基酸序列的重链可变区。选自框架1、框架2、框架3、CDRH1以及CDRH2的一个或多个区域(例如，这些区域中的两个、三个、四个或五个)可以衍生自人类IGHV3-21胚系序列。在一个实施例中，框架1、框架2、框架3、CDRH1以及CDRH2全部衍生自人类IGHV3-21胚系序列。
在某些实施例中，与CTLA-4(例如，人类CTLA-4)特异性结合的第一抗原结合区包含具有衍生自人类IGKV3-20胚系序列(例如，IGKV3-20*01，例如具有SEQ ID NO:49的氨基酸序列)或人类IGKV3-11胚系序列(例如，IGKV3-11*01，例如具有SEQ ID NO:50的氨基酸序列)的氨基酸序列的轻链可变区。选自框架1、框架2、框架3、CDRL1以及CDRL2的一个或多个区域(例如，这些区域中的两个、三个、四个或五个)可以衍生自人类IGKV3-20或IGKV3-11胚系序列。在一个实施例中，框架1、框架2、框架3、CDRL1以及CDRL2全部衍生自人类IGKV3-20或IGKV3-11胚系序列。
在某些实施例中，与CTLA-4(例如，人类CTLA-4)特异性结合的第一抗原结合区包含重链可变区和轻链可变区，重链可变区具有衍生自人类IGHV3-21胚系序列(例如，IGHV3-21*01，例如具有SEQ ID NO:48的氨基酸序列)的氨基酸序列，轻链可变区具有衍生自人类IGKV3-20胚系序列(例如，IGKV3-20*01，例如具有SEQ ID NO:49的氨基酸序列)或人类IGKV3-11胚系序列(例如，IGKV3-11*01，例如具有SEQ ID NO:50的氨基酸序列)的氨基酸序列。选自重链可变区的框架1、框架2、框架3、CDRH1以及CDRH2的一个或多个区域(例如，这些区域中的两个、三个、四个或五个)可以衍生自人类IGHV3-21胚系序列。在一个实施例中，框架1、框架2、框架3、CDRH1以及CDRH2全部衍生自人类IGHV3-21胚系序列。选自轻链的框架1、框架2、框架3、CDRL1以及CDRL2的一个或多个区域(例如，这些区域中的两个、三个、四个或五个)可以衍生自人类IGKV3-20或IGKV3-11胚系序列。在一个实施例中，框架1、框架2、框架3、CDRL1以及CDRL2全部衍生自人类IGKV3-20或IGKV3-11胚系序列。
在某些实施例中，与CTLA-4(例如，人类CTLA-4)特异性结合的第一抗原结合区包含具有选自由SEQ ID NO:51-54和117组成的组的氨基酸序列的重链。在某些实施例中，第一抗原结合区包含具有SEQ ID NO:51中所示的氨基酸序列的重链。在某些实施例中，第一抗原结合区包含具有SEQ ID NO:52中所示的氨基酸序列的重链。在某些实施例中，第一抗原结合区包含具有SEQ ID NO:53中所示的氨基酸序列的重链。在某些实施例中，第一抗原结合区包含具有SEQ ID NO:54中所示的氨基酸序列的重链。在某些实施例中，第一抗原结合区包含具有SEQ ID NO:117中所示的氨基酸序列的重链。
在某些实施例中，与CTLA-4(例如，人类CTLA-4)特异性结合的第一抗原结合区包含具有SEQ ID NO:59的氨基酸序列的轻链。
在某些实施例中，与CTLA-4(例如，人类CTLA-4)特异性结合的第一抗原结合区包括含有选自由SEQ ID NO:51-54和117组成的组的氨基酸序列的重链和含有SEQ ID NO:59的氨基酸序列的轻链。在某些实施例中，第一抗原结合区包含重链和轻链，其分别具有SEQID NO:51和59中所示的氨基酸序列。在某些实施例中，第一抗原结合区包含重链和轻链，其分别具有SEQ ID NO:52和59中所示的氨基酸序列。在某些实施例中，第一抗原结合区包含重链和轻链，其分别具有SEQ ID NO:53和59中所示的氨基酸序列。在某些实施例中，第一抗原结合区包含重链和轻链，其分别具有SEQ ID NO:54和59中所示的氨基酸序列。在某些实施例中，第一抗原结合区包含重链和轻链，其分别具有SEQ ID NO:117和59中所示的氨基酸序列。
在某些实施例中，第一抗原结合区与分别包含以下中所示的重链和轻链可变区氨基酸序列的抗体交叉竞争与CTLA-4(例如，人类CTLA-4)结合：SEQ ID NO:1和14；1和16；1和17；9和14；9和17；10和15；10和17；10和18；10和19；11和15；11和14；11和16；11和17；12和14；12和16；12和17；12和19；13和15；或13和17。在某些实施例中，第一抗原结合区与分别包含SEQ ID NO:1和14中所示的重链和轻链可变区氨基酸序列的抗体交叉竞争与CTLA-4(例如，人类CTLA-4)结合。
在某些实施例中，第一抗原结合区与分别包含以下中所示的重链和轻链可变区氨基酸序列的抗体结合CTLA-4(例如，人类CTLA-4)上的同一种表位：SEQ ID NO:1和14；1和16；1和17；9和14；9和17；10和15；10和17；10和18；10和19；11和15；11和14；11和16；11和17；12和14；12和16；12和17；12和19；13和15；或13和17。在某些实施例中，第一抗原结合区与分别包含SEQ ID NO:1和14中所示的重链和轻链可变区氨基酸序列的抗体结合CTLA-4(例如，人类CTLA-4)上的同一种表位。在某些实施例中，第一抗原结合区与位于人类CTLA-4的区域内的由SEQ ID NO:100的氨基酸序列组成的表位结合。在某些实施例中，第一抗原结合区与位于人类CTLA-4的区域内的由SEQ ID NO:99的氨基酸序列组成的表位结合。在某些实施例中，第一抗原结合区与位于人类CTLA-4的区域内的由SEQ ID NO:98的氨基酸序列组成的表位结合。在某些实施例中，第一抗原结合区与位于人类CTLA-4的区域内的由SEQ ID NO:97的氨基酸序列组成的表位结合。在某些实施例中，第一抗原结合区与位于人类CTLA-4的区域内的由SEQ ID NO:101的氨基酸序列组成的表位结合。在某些实施例中，第一抗原结合区与位于人类CTLA-4的区域内的由SEQ ID NO:102的氨基酸序列组成的表位结合。
在某些实施例中，与PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合的第二抗原结合区包括含有本文表6中所示的重链可变区的CDR中的一个、两个或所有三个的重链可变区。在某些实施例中，与PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合的第二抗原结合区包含表6中所示的其中一个重链可变区的CDRH1。在某些实施例中，与PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合的第二抗原结合区包含表6中所示的其中一个重链可变区的CDRH2。在某些实施例中，与PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合的第二抗原结合区包含表6中所示的其中一个重链可变区的CDRH3。
在某些实施例中，与PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合的第二抗原结合区包括含有本文表6中所公开的轻链可变区的CDR中的一个、两个或所有三个的轻链可变区。在某些实施例中，与PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合的第二抗原结合区包含表6中所示的其中一个轻链可变区的CDRL1。在某些实施例中，与PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合的第二抗原结合区包含表6中所示的其中一个轻链可变区的CDRL2。在某些实施例中，与PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合的第二抗原结合区包含表6中所示的其中一个轻链可变区的CDRL3。
在某些实施例中，第二抗原结合区的CDR可以根据Kabat等人,《生物化学杂志》252,6609-6616(1977)和Kabat等人,《免疫学感兴趣的蛋白质的序列》(1991)确定，其各自以全文引用的方式并入本文中。
在某些实施例中，第二抗原结合区的CDR可以根据Chothia编号方案确定，所述编号方案是指免疫球蛋白结构环的位置(参见例如Chothia C&Lesk AM,(1987),《分子生物学杂志》196:901-917；Al-Lazikani B等人,(1997)《分子生物学杂志》273:927-948；ChothiaC等人,(1992)《分子生物学杂志》227:799-817；Tramontano A等人,(1990)《分子生物学杂志》215(1):175-82；以及美国专利第7,709,226号，其全部以全文引用的方式并入本文中)。在某些实施例中，与PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合的第二抗原结合区包含本文表6中所公开的VH的Chothia VH CDR。在某些实施例中，与PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合的第二抗原结合区包含本文表6中所公开的VL的Chothia VL CDR。在某些实施例中，与PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合的第二抗原结合区包含本文表6中所公开的抗体的Chothia VH CDR和Chothia VL CDR。在某些实施例中，与PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合的第二抗原结合区包含一个或多个CDR，其中Chothia和Kabat CDR具有相同的氨基酸序列。在某些实施例中，与PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合的第二抗原结合区包含Kabat CDR和Chothia CDR的组合。
在某些实施例中，与PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合的第二抗原结合区的CDR包含本文表6中所公开的抗体的CDR，如通过例如如Lefranc M-P(1999)同前文献和LefrancM-P等人,(1999)同前文献中所述的IMGT编号系统所确定。
在某些实施例中，与PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合的第二抗原结合区的CDR包含本文表6中所公开的抗体的CDR，如通过AbM编号方案所确定。
在某些实施例中，与PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合的第二抗原结合区的CDR包含本文表6中所公开的抗体的CDR，如通过MacCallum编号方案所确定。
因此，在某些实施例中，与PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合的第二抗原结合区包含重链可变区和轻链可变区，重链可变区包含SEQ ID NO:66、67、68、69、70、71、72或73中所示的重链可变区的CDRH1、CDRH2和CDRH3区氨基酸序列，轻链可变区包含SEQ ID NO:74中所示的轻链可变区的CDRL1、CDRL2和CDRL3区氨基酸序列，其中每个CDR根据Kabat定义、Chothia定义、Kabat定义与Chothia定义的组合、IMGT编号系统、AbM定义或CDR的接触定义来定义。
在某些实施例中，与PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合的第二抗原结合区包含：
(a)CDRH1包含SYGMH的氨基酸序列(SEQ ID NO:75)；和/或
(b)CDRH2包含VIWX1DGSNX2YYADSVX3G的氨基酸序列(SEQ ID NO:86)，其中X1是Y或F；X2是K或E；并且X3是K或M；和/或
(c)CDRH3包含NX1DX2的氨基酸序列(SEQ ID NO:87)，其中X1是G或V；并且X2是H或Y；和/或
(d)CDRL1包含RASQSVSSNLA的氨基酸序列(SEQ ID NO:83)；和/或
(e)CDRL2包含GASTRAT的氨基酸序列(SEQ ID NO:84)；和/或
(f)CDRL3包含QQYNNWPRT的氨基酸序列(SEQ ID NO:85)。
在某些实施例中，与PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合的第二抗原结合区包含：
(a)CDRH1包含SYGMH的氨基酸序列(SEQ ID NO:75)；
(b)CDRH2包含VIWX1DGSNX2YYADSVX3G的氨基酸序列(SEQ ID NO:86)，其中X1是Y或F；X2是K或E；并且X3是K或M；
(c)CDRH3包含NX1DX2的氨基酸序列(SEQ ID NO:87)，其中X1是G或V；并且X2是H或Y；
(d)CDRL1包含RASQSVSSNLA的氨基酸序列(SEQ ID NO:83)；
(e)CDRL2包含GASTRAT的氨基酸序列(SEQ ID NO:84)；并且
(f)CDRL3包含QQYNNWPRT的氨基酸序列(SEQ ID NO:85)。
在某些实施例中，CDRH2包含选自由SEQ ID NO:76-79组成的组的氨基酸序列。在某些实施例中，CDRH3包含选自由SEQ ID NO:80-82组成的组的氨基酸序列。在某些实施例中，CDRH1、CDRH2和CDRH3分别包含表7中的抗体的CDRH1、CDRH2和CDRH3氨基酸序列。在某些实施例中，CDRL1、CDRL2和CDRL3分别包含表8中的抗体的CDRL1、CDRL2和CDRL3氨基酸序列。
在某些实施例中，与PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合的第二抗原结合区包括含有互补决定区CDRH1、CDRH2和CDRH3的重链可变区，其中CDRH1、CDRH2和CDRH3分别包含SEQID NO:75、76和80；75、76和81；75、76和82；75、77和81；75、78和81；或75、79和81中所示的CDRH1、CDRH2和CDRH3氨基酸序列。
在某些实施例中，与PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合的第二抗原结合区包括含有互补决定区CDRL1、CDRL2和CDRL3的轻链可变区，其中CDRL1、CDRL2和CDRL3分别包含SEQID NO:83、84和85中所示的CDRL1、CDRL2和CDRL3氨基酸序列。
在某些实施例中，与PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合的第二抗原结合区包括含有互补决定区CDRH1、CDRH2和CDRH3的重链可变区和含有互补决定区CDRL1、CDRL2和CDRL3的轻链可变区，其中CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2和CDRL3分别包含分别如SEQ ID NO:75、76、80、83、84和85；75、76、81、83、84和85；75、76、82、83、84和85；75、77、81、83、84和85；75、78、81、83、84和85；或75、79、81、83、84和85中所示的CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2和CDRL3氨基酸序列。
在某些实施例中，与PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合的第二抗原结合区包括含有CDRH1、CDRH2和CDRH3区的重链可变区和含有CDRL1、CDRL2和CDRL3区的轻链可变区，其中CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2和CDRL3区分别包含SEQ ID NO:75、76、81、83、84和85中所示的氨基酸序列。
在某些实施例中，与PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合的第二抗原结合区包括含有SEQ ID NO:88的氨基酸序列的重链可变区。
在某些实施例中，与PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合的第二抗原结合区包括含有与选自由SEQ ID NO:66-73组成的组的氨基酸序列至少75％、80％、85％、90％、95％或100％(例如，至少86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％)相同的氨基酸序列的重链可变区。在某些实施例中，与PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合的第二抗原结合区包含具有选自由SEQ ID NO:66-73组成的组的氨基酸序列的重链可变区。在某些实施例中，与PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合的第二抗原结合区包含具有SEQ ID NO:66中所示的氨基酸序列的重链可变区。在某些实施例中，第二抗原结合区包含具有SEQ ID NO:67中所示的氨基酸序列的重链可变区。在某些实施例中，第二抗原结合区包含具有SEQ ID NO:68中所示的氨基酸序列的重链可变区。在某些实施例中，第二抗原结合区包含具有SEQ ID NO:69中所示的氨基酸序列的重链可变区。在某些实施例中，第二抗原结合区包含具有SEQ ID NO:70中所示的氨基酸序列的重链可变区。在某些实施例中，第二抗原结合区包含具有SEQ ID NO:71中所示的氨基酸序列的重链可变区。在某些实施例中，第二抗原结合区包含具有SEQ ID NO:72中所示的氨基酸序列的重链可变区。在某些实施例中，第二抗原结合区包含具有SEQ ID NO:73中所示的氨基酸序列的重链可变区。
在某些实施例中，与PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合的第二抗原结合区包括含有与SEQ ID NO:74的氨基酸序列至少75％、80％、85％、90％、95％或100％(例如，至少86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％)相同的氨基酸序列的轻链可变区。在某些实施例中，与PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合的第二抗原结合区包含具有SEQ ID NO:74的氨基酸序列的轻链可变区。
在某些实施例中，与PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合的第二抗原结合区包含重链可变区和轻链可变区，重链可变区包含与SEQ ID NO:66、67、68、69、70、71、72或73中所示的氨基酸序列至少75％、80％、85％、90％、95％或100％(例如，至少86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％)相同的氨基酸序列，轻链可变区与SEQ ID NO:74中所示的氨基酸序列至少75％、80％、85％、90％、95％或100％(例如，至少86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％)相同。在某些实施例中，与PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合的第二抗原结合区包括含有SEQID NO:66、67、68、69、70、71、72或73中所示的氨基酸序列的重链可变区和SEQ ID NO:74中所示的轻链可变区。在某些实施例中，与PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合的第二抗原结合区包含重链可变区和轻链可变区，其分别具有SEQ ID NO:66和74；67和74；68和74；69和74；70和74；71和74；72和74；或73和74中所示的氨基酸序列。在某些实施例中，与PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合的第二抗原结合区包含重链可变区和轻链可变区，其分别具有SEQ IDNO:66和74中所示的氨基酸序列。在某些实施例中，第二抗原结合区包含重链可变区和轻链可变区，其分别具有SEQ ID NO:67和74中所示的氨基酸序列。在某些实施例中，第二抗原结合区包含重链可变区和轻链可变区，其分别具有SEQ ID NO:68和74中所示的氨基酸序列。在某些实施例中，第二抗原结合区包含重链可变区和轻链可变区，其分别具有SEQ ID NO:69和74中所示的氨基酸序列。在某些实施例中，第二抗原结合区包含重链可变区和轻链可变区，其分别具有SEQ ID NO:70和74中所示的氨基酸序列。在某些实施例中，第二抗原结合区包含重链可变区和轻链可变区，其分别具有SEQ ID NO:71和74中所示的氨基酸序列。在某些实施例中，第二抗原结合区包含重链可变区和轻链可变区，其分别具有SEQ ID NO:72和74中所示的氨基酸序列。在某些实施例中，第二抗原结合区包含重链可变区和轻链可变区，其分别具有SEQ ID NO:73和74中所示的氨基酸序列。
在某些实施例中，与PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合的第二抗原结合区包含具有衍生自人类IGHV3-33胚系序列(例如，IGHV3-33*01，例如具有SEQ ID NO:89的氨基酸序列)的氨基酸序列的重链可变区。选自框架1、框架2、框架3、CDRH1以及CDRH2的一个或多个区域(例如，这些区域中的两个、三个、四个或五个)可以衍生自人类IGHV3-33胚系序列。在一个实施例中，框架1、框架2、框架3、CDRH1以及CDRH2全部衍生自人类IGHV3-33胚系序列。
在某些实施例中，与PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合的第二抗原结合区包含具有衍生自人类IGKV3-15胚系序列(例如，IGKV3-15*01，例如具有SEQ ID NO:90的氨基酸序列)的氨基酸序列的轻链可变区。选自框架1、框架2、框架3、CDRL1以及CDRL2的一个或多个区域(例如，这些区域中的两个、三个、四个或五个)可以衍生自人类IGKV3-15胚系序列。在一个实施例中，框架1、框架2、框架3、CDRL1以及CDRL2全部衍生自人类IGKV3-15胚系序列。
在某些实施例中，与PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合的第二抗原结合区包含重链可变区和轻链可变区，重链可变区具有衍生自人类IGHV3-33胚系序列(例如，IGHV3-33*01，例如具有SEQ ID NO:89的氨基酸序列)的氨基酸序列，轻链可变区具有衍生自人类IGKV3-15胚系序列(例如，IGKV3-15*01，例如具有SEQ ID NO:90的氨基酸序列)的氨基酸序列。选自重链可变区的框架1、框架2、框架3、CDRH1以及CDRH2的一个或多个区域(例如，这些区域中的两个、三个、四个或五个)可以衍生自人类IGHV3-33胚系序列。在一个实施例中，框架1、框架2、框架3、CDRH1以及CDRH2全部衍生自人类IGHV3-33胚系序列。选自轻链的框架1、框架2、框架3、CDRL1以及CDRL2的一个或多个区域(例如，这些区域中的两个、三个、四个或五个)可以衍生自人类IGKV3-15胚系序列。在一个实施例中，框架1、框架2、框架3、CDRL1以及CDRL2全部衍生自人类IGKV3-15胚系序列。
在某些实施例中，与PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合的第二抗原结合区包含具有选自由SEQ ID NO:91和92组成的组的氨基酸序列的重链。在某些实施例中，与PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合的第二抗原结合区包含具有SEQ ID NO:91中所示的氨基酸序列的重链。在某些实施例中，与PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合的第二抗原结合区包含具有SEQ ID NO:92中所示的氨基酸序列的重链。
在某些实施例中，与PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合的第二抗原结合区包含具有SEQ ID NO:93的氨基酸序列的轻链。
在某些实施例中，与PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合的第二抗原结合区包括含有SEQ ID NO:91或92的氨基酸序列的重链和含有SEQ ID NO:93的氨基酸序列的轻链。在某些实施例中，与PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合的第二抗原结合区分别包含具有SEQ IDNO:91和93中所示的氨基酸序列的重链和轻链。在某些实施例中，与PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合的第二抗原结合区包含分别具有SEQ ID NO:92和93中所示的氨基酸序列的重链和轻链。
在某些实施例中，第二抗原结合区与分别包含SEQ ID NO:66和74；67和74；68和74；69和74；70和74；71和74；72和74；或73和74中所示的重链和轻链可变区氨基酸序列的抗体交叉竞争与PD-1(例如，人类PD-1)结合。在某些实施例中，第二抗原结合区与分别包含SEQ ID NO:66和74中所示的重链和轻链可变区氨基酸序列的抗体交叉竞争与PD-1(例如，人类PD-1)结合。
在某些实施例中，第二抗原结合区与分别包含SEQ ID NO:66和74；67和74；68和74；69和74；70和74；71和74；72和74；或73和74中所示的重链和轻链可变区氨基酸序列的抗体结合PD-1(例如，人类PD-1)上的同一种表位。在某些实施例中，第二抗原结合区与分别包含SEQ ID NO:66和74中所示的重链和轻链可变区氨基酸序列的抗体结合PD-1(例如，人类PD-1)上的同一种表位。在某些实施例中，第二抗原结合区与位于人类PD-1的区域内的由SEQ ID NO:103的氨基酸序列组成的表位结合。在某些实施例中，第二抗原结合区与位于人类PD-1的区域内的由SEQ ID NO:104的氨基酸序列组成的表位结合。在某些实施例中，第二抗原结合区与位于人类PD-1的区域内的由SEQ ID NO:105的氨基酸序列组成的表位结合。在某些实施例中，第二抗原结合区与位于人类PD-1的区域内的由SEQ ID NO:106的氨基酸序列组成的表位结合。在某些实施例中，第二抗原结合区与位于人类PD-1的区域内的由SEQID NO:107的氨基酸序列组成的表位结合。
在某些实施例中，本公开提供一种分离的多特异性抗体，其包含与CTLA-4(例如，人类CTLA-4)特异性结合的第一抗原结合区和与PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合的第二抗原结合区，其中第一抗原结合区的CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2和CDRL3和第二抗原结合区的CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2和CDRL3包含表11的单行中所列的氨基酸序列。在某些实施例中，本公开提供一种分离的多特异性抗体，其包含与CTLA-4(例如，人类CTLA-4)特异性结合的第一抗原结合区和与PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合的第二抗原结合区，其中第一抗原结合区的CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2和CDRL3和第二抗原结合区的CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2和CDRL3分别包含以下中所示的氨基酸序列：SEQ ID NO:20、22、24、27、30、36、75、76、80、83、84和85；20、22、24、29、32、37、75、76、80、83、84和85；20、22、24、29、33、38、75、76、80、83、84和85；21、22、24、27、30、36、75、76、80、83、84和85；21、22、24、29、33、38、75、76、80、83、84和85；20、22、24、28、31、36、75、76、80、83、84和85；20、22、24、29、34、36、75、76、80、83、84和85；20、22、24、29、35、38、75、76、80、83、84和85；21、22、26、27、30、36、75、76、80、83、84和85；21、22、26、29、32、37、75、76、80、83、84和85；21、22、26、29、33、38、75、76、80、83、84和85；21、22、26、29、35、38、75、76、80、83、84和85；20、22、24、27、30、36、75、76、81、83、84和85；20、22、24、29、32、37、75、76、81、83、84和85；20、22、24、29、33、38、75、76、81、83、84和85；21、22、24、27、30、36、75、76、81、83、84和85；21、22、24、29、33、38、75、76、81、83、84和85；20、22、24、28、31、36、75、76、81、83、84和85；20、22、24、29、34、36、75、76、81、83、84和85；20、22、24、29、35、38、75、76、81、83、84和85；21、22、26、27、30、36、75、76、81、83、84和85；21、22、26、29、32、37、75、76、81、83、84和85；21、22、26、29、33、38、75、76、81、83、84和85；21、22、26、29、35、38、75、76、81、83、84和85；20、22、24、27、30、36、75、76、82、83、84和85；20、22、24、29、32、37、75、76、82、83、84和85；20、22、24、29、33、38、75、76、82、83、84和85；21、22、24、27、30、36、75、76、82、83、84和85；21、22、24、29、33、38、75、76、82、83、84和85；20、22、24、28、31、36、75、76、82、83、84和85；20、22、24、29、34、36、75、76、82、83、84和85；20、22、24、29、35、38、75、76、82、83、84和85；21、22、26、27、30、36、75、76、82、83、84和85；21、22、26、29、32、37、75、76、82、83、84和85；21、22、26、29、33、38、75、76、82、83、84和85；21、22、26、29、35、38、75、76、82、83、84和85；20、22、24、27、30、36、75、77、81、83、84和85；20、22、24、29、32、37、75、77、81、83、84和85；20、22、24、29、33、38、75、77、81、83、84和85；21、22、24、27、30、36、75、77、81、83、84和85；21、22、24、29、33、38、75、77、81、83、84和85；20、22、24、28、31、36、75、77、81、83、84和85；20、22、24、29、34、36、75、77、81、83、84和85；20、22、24、29、35、38、75、77、81、83、84和85；21、22、26、27、30、36、75、77、81、83、84和85；21、22、26、29、32、37、75、77、81、83、84和85；21、22、26、29、33、38、75、77、81、83、84和85；21、22、26、29、35、38、75、77、81、83、84和85；20、22、24、27、30、36、75、78、81、83、84和85；20、22、24、29、32、37、75、78、81、83、84和85；20、22、24、29、33、38、75、78、81、83、84和85；21、22、24、27、30、36、75、78、81、83、84和85；21、22、24、29、33、38、75、78、81、83、84和85；20、22、24、28、31、36、75、78、81、83、84和85；20、22、24、29、34、36、75、78、81、83、84和85；20、22、24、29、35、38、75、78、81、83、84和85；21、22、26、27、30、36、75、78、81、83、84和85；21、22、26、29、32、37、75、78、81、83、84和85；21、22、26、29、33、38、75、78、81、83、84和85；21、22、26、29、35、38、75、78、81、83、84和85；20、22、24、27、30、36、75、79、81、83、84和85；20、22、24、29、32、37、75、79、81、83、84和85；20、22、24、29、33、38、75、79、81、83、84和85；21、22、24、27、30、36、75、79、81、83、84和85；21、22、24、29、33、38、75、79、81、83、84和85；20、22、24、28、31、36、75、79、81、83、84和85；20、22、24、29、34、36、75、79、81、83、84和85；20、22、24、29、35、38、75、79、81、83、84和85；21、22、26、27、30、36、75、79、81、83、84和85；21、22、26、29、32、37、75、79、81、83、84和85；21、22、26、29、33、38、75、79、81、83、84和85；或21、22、26、29、35、38、75、79、81、83、84和85。
在某些实施例中，本公开提供一种分离的多特异性抗体，其包含与CTLA-4(例如，人类CTLA-4)特异性结合的第一抗原结合区和与PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合的第二抗原结合区，其中第一抗原结合区的重链可变区和轻链可变区和第二抗原结合区的重链可变区和轻链可变区包含表12的单行中所列的氨基酸序列。在某些实施例中，本公开提供一种分离的多特异性抗体，其包含与CTLA-4(例如，人类CTLA-4)特异性结合的第一抗原结合区和与PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合的第二抗原结合区，其中第一抗原结合区的重链可变区和轻链可变区和第二抗原结合区的重链可变区和轻链可变区分别包含以下中所示的氨基酸序列：SEQ ID NO:1、14、67和74；1、16、67和74；1、17、67和74；9、14、67和74；9、17、67和74；10、15、67和74；10、17、67和74；10、18、67和74；10、19、67和74；11、15、67和74；11、14、67和74；11、16、67和74；11、17、67和74；12、14、67和74；12、16、67和74；12、17、67和74；12、19、67和74；13、15、67和74；13、17、67和74；1、14、66和74；1、16、66和74；1、17、66和74；9、14、66和74；9、17、66和74；10、15、66和74；10、17、66和74；10、18、66和74；10、19、66和74；11、15、66和74；11、14、66和74；11、16、66和74；11、17、66和74；12、14、66和74；12、16、66和74；12、17、66和74；12、19、66和74；13、15、66和74；13、17、66和74；1、14、68和74；1、16、68和74；1、17、68和74；9、14、68和74；9、17、68和74；10、15、68和74；10、17、68和74；10、18、68和74；10、19、68和74；11、15、68和74；11、14、68和74；11、16、68和74；11、17、68和74；12、14、68和74；12、16、68和74；12、17、68和74；12、19、68和74；13、15、68和74；13、17、68和74；1、14、69和74；1、16、69和74；1、17、69和74；9、14、69和74；9、17、69和74；10、15、69和74；10、17、69和74；10、18、69和74；10、19、69和74；11、15、69和74；11、14、69和74；11、16、69和74；11、17、69和74；12、14、69和74；12、16、69和74；12、17、69和74；12、19、69和74；13、15、69和74；13、17、69和74；1、14、70和74；1、16、70和74；1、17、70和74；9、14、70和74；9、17、70和74；10、15、70和74；10、17、70和74；10、18、70和74；10、19、70和74；11、15、70和74；11、14、70和74；11、16、70和74；11、17、70和74；12、14、70和74；12、16、70和74；12、17、70和74；12、19、70和74；13、15、70和74；13、17、70和74；1、14、71和74；1、16、71和74；1、17、71和74；9、14、71和74；9、17、71和74；10、15、71和74；10、17、71和74；10、18、71和74；10、19、71和74；11、15、71和74；11、14、71和74；11、16、71和74；11、17、71和74；12、14、71和74；12、16、71和74；12、17、71和74；12、19、71和74；13、15、71和74；13、17、71和74；1、14、72和74；1、16、72和74；1、17、72和74；9、14、72和74；9、17、72和74；10、15、72和74；10、17、72和74；10、18、72和74；10、19、72和74；11、15、72和74；11、14、72和74；11、16、72和74；11、17、72和74；12、14、72和74；12、16、72和74；12、17、72和74；12、19、72和74；13、15、72和74；13、17、72和74；1、14、73和74；1、16、73和74；1、17、73和74；9、14、73和74；9、17、73和74；10、15、73和74；10、17、73和74；10、18、73和74；10、19、73和74；11、15、73和74；11、14、73和74；11、16、73和74；11、17、73和74；12、14、73和74；12、16、73和74；12、17、73和74；12、19、73和74；13、15、73和74；或13、17、73和74。
在某些实施例中，如本文所提供的分离的抗CTLA-4/PD-1抗体可以使CTLA-4和/或PD-1活性相对于没有任何抗体时或存在不相关抗体(例如，不与CTLA-4或PD-1特异性结合的抗体)时的CTLA-4和/或PD-1活性降低至少5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、98％或99％，如通过本文所述和/或本领域的普通技术人员已知的方法所评定。在某些实施例中，如本文所提供的与CTLA-4(例如，人类CTLA-4)和PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合的多特异性抗体使CTLA-4和/或PD-1活性相对于没有任何抗体时或存在不相关抗体(例如，不与CTLA-4或PD-1特异性结合的抗体)时的CTLA-4和/或PD-1活性降低至少约1.2倍、1.3倍、1.4倍、1.5倍、2倍、2.5倍、3倍、3.5倍、4倍、4.5倍、5倍、6倍、7倍、8倍、9倍、10倍、15倍、20倍、30倍、40倍、50倍、60倍、70倍、80倍、90倍或100倍，如通过本文所述和/或本领域的普通技术人员已知的方法所评定。CTLA-4活性的非限制性实例可以包括CTLA-4信号传导、CTLA-4与CTLA-4配体(例如，CD80或CD86)结合、细胞因子产生(例如，IL-2或IFNγ)的抑制以及T细胞增殖的抑制。PD-1活性的非限制性实例可以包括PD-1信号传导、PD-1与PD-1配体(例如，PD-L1或PD-L2)结合、细胞因子产生(例如，IL-2或IFNγ)的抑制以及T细胞增殖的抑制。在某些实施例中，本公开提供一种分离的抗体，其与CTLA-4(例如，人类CTLA-4)和PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合，并且去活化、降低或抑制CTLA-4和/或PD-1活性。在特定实施例中，CTLA-4和/或PD-1活性的降低如下文实例中所述评定。
在某些实施例中，如本文所提供的分离的抗CTLA-4/PD-1抗体可以使CTLA-4与其配体(例如，CD80或CD86)的结合和/或PD-1与其配体(例如，PD-L1或PD-L2)的结合相对于没有任何抗体时或存在不相关抗体(例如，不与CTLA-4特异性结合的抗体)时CTLA-4与其配体(例如，CD80或CD86)的结合和/或相对于没有任何抗体时或存在不相关抗体(例如，不与PD-1特异性结合的抗体)时PD-1与其配体(例如，PD-L1或PD-L2)的结合降低至少约5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、98％或99％，如通过本文所述(参见下文实例)或本领域的普通技术人员已知的方法所评定。在某些实施例中，如本文所提供的分离的抗CTLA-4/PD-1抗体可以使CTLA-4与其配体(例如，CD80或CD86)的结合相对于没有任何抗体时或存在不相关抗体(例如，不与CTLA-4特异性结合的抗体)时CTLA-4与其配体(例如，CD80或CD86)的结合降低至少约1.2倍、1.3倍、1.4倍、1.5倍、2倍、2.5倍、3倍、3.5倍、4倍、4.5倍、5倍、6倍、7倍、8倍、9倍、10倍、15倍、20倍、30倍、40倍、50倍、60倍、70倍、80倍、90倍或100倍，如通过本文所述(参见下文实例)或本领域的普通技术人员已知的方法所评定；和/或可以使PD-1与其配体(例如，PD-L1或PD-L2)的结合相对于没有任何抗体时或存在不相关抗体(例如，不与PD-1特异性结合的抗体)时PD-1与其配体(例如，PD-L1或PD-L2)的结合降低至少约1.2倍、1.3倍、1.4倍、1.5倍、2倍、2.5倍、3倍、3.5倍、4倍、4.5倍、5倍、6倍、7倍、8倍、9倍、10倍、15倍、20倍、30倍、40倍、50倍、60倍、70倍、80倍、90倍或100倍。
在某些实施例中，如本文所提供的分离的抗CTLA-4/PD-1抗体可以拮抗CTLA-4和/或PD-1功能，例如通过刺激T细胞活化来拮抗。例如，分离的抗CTLA-4/PD-1抗体包含本文指定的CDR序列的组合、与本文指定的VH和/或VL序列的组合具有至少70％、至少75％、至少80％、至少85％、至少90％、至少95％、至少98％、至少99％或100％序列同一性的VH和/或VL序列的组合、或本文指定的重链和/或轻链的组合，可以刺激T细胞活化，任选地其中T细胞活化是抗体浓度的基本上递增函数。
在特定实施例中，如本文所提供的分离的抗CTLA-4/PD-1抗体可以使细胞因子产生(例如，IL-2或IFNγ)相对于没有任何抗体时或存在不相关抗体(例如，不与CTLA-4或PD-1特异性结合的抗体)时的细胞因子产生增加至少约5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、98％或99％，如通过本文所述(参见下文实例)或本领域的普通技术人员已知的方法所评定。在特定实施例中，如本文所提供的分离的抗CTLA-4/PD-1抗体可以使细胞因子产生(例如，IL-2或IFNγ)相对于没有任何抗体时或存在不相关抗体(例如，不与CTLA-4或PD-1特异性结合的抗体)时的细胞因子产生增加至少约1.2倍、1.3倍、1.4倍、1.5倍、2倍、2.5倍、3倍、3.5倍、4倍、4.5倍、5倍、6倍、7倍、8倍、9倍、10倍、15倍、20倍、30倍、40倍、50倍、60倍、70倍、80倍、90倍或100倍，如通过本文所述(参见下文实例)或本领域的普通技术人员已知的方法所评定。
在特定实施例中，本公开提供一种分离的抗CTLA-4/PD-1抗体，其单独地或与抗CTLA-4抗体(例如，伊匹单抗或曲美木单抗)、抗PD-1抗体(例如，纳武单抗或派姆单抗)、抗TIGIT抗体、抗CD137抗体(例如，乌瑞鲁单抗或乌托米单抗)或抗OX40抗体(例如，泊加立珠单抗或他沃立珠单抗)组合，使人类外周血单核细胞(PBMC)中响应于葡萄球菌肠毒素A(SEA)刺激的IL-2产生相对于没有任何抗体时或存在不相关抗体(例如，不与CTLA-4或PD-1特异性结合的抗体)时的IL-2产生增加至少约1.2倍、1.3倍、1.4倍、1.5倍、2倍、2.5倍、3倍、3.5倍、4倍、4.5倍、5倍、6倍、7倍、8倍、9倍、10倍、15倍、20倍、30倍、40倍、50倍、60倍、70倍、80倍、90倍或100倍，如通过本文所述(参见下文实例)或本领域的普通技术人员已知的方法所评定。
在某些实施例中，在如本文所提供的分离的抗CTLA-4/PD-1抗体存在下，所述抗体是单独地或与抗CTLA-4抗体(例如，伊匹单抗或曲美木单抗)、抗PD-1抗体(例如，纳武单抗或派姆单抗)、抗TIGIT抗体、抗CD137抗体(例如，乌瑞鲁单抗或乌托米单抗)或抗OX40抗体(例如，泊加立珠单抗或他沃立珠单抗)组合，经过葡萄球菌肠毒素A(SEA)刺激的人类外周血单核细胞(PBMC)，相对于在没有任何抗体时或存在不相关抗体(例如，不与CTLA-4或PD-1特异性结合的抗体)时仅经过SEA刺激的PBMC，具有增加了至少约1.2倍、1.3倍、1.4倍、1.5倍、2倍、2.5倍、3倍、3.5倍、4倍、4.5倍、5倍、6倍、7倍、8倍、9倍、10倍、15倍、20倍、30倍、40倍、50倍、60倍、70倍、80倍、90倍或100倍的IL-2产生，如通过本文所述(参见下文实例)或本领域的普通技术人员已知的方法所评定。
在特定实施例中，本公开提供一种分离的抗CTLA-4/PD-1抗体，其使人类T细胞和同种异体树突状细胞的共培养的IFNγ产生相对于在没有任何抗体时或存在不相关抗体(例如，不与CTLA-4或PD-1特异性结合的抗体)时人类T细胞和同种异体树突状细胞的共培养的IFNγ产生增加至少约1.2倍、1.3倍、1.4倍、1.5倍、2倍、2.5倍、3倍、3.5倍、4倍、4.5倍、5倍、6倍、7倍、8倍、9倍、10倍、15倍、20倍、30倍、40倍、50倍、60倍、70倍、80倍、90倍或100倍，如通过本文所述(参见下文实例)或本领域的普通技术人员已知的方法所评定。
在某些实施例中，在如本文所提供的分离的抗CTLA-4/PD-1抗体存在下人类T细胞和同种异体树突状细胞的共培养，相对于没有任何抗体时或存在不相关抗体(例如，不与CTLA-4或PD-1特异性结合的抗体)时人类T细胞和同种异体树突状细胞的共培养，具有增加了至少约1.2倍、1.3倍、1.4倍、1.5倍、2倍、2.5倍、3倍、3.5倍、4倍、4.5倍、5倍、6倍、7倍、8倍、9倍、10倍、15倍、20倍、30倍、40倍、50倍、60倍、70倍、80倍、90倍或100倍的IFNγ产生，如通过本文所述(参见下文实例)或本领域的普通技术人员已知的方法所评定。
在特定实施例中，本公开提供一种分离的抗CTLA-4/PD-1抗体，其使T细胞增殖相对于没有任何抗体时或存在不相关抗体(例如，不与CTLA-4或PD-1特异性结合的抗体)时的T细胞增殖增加至少约5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、98％或99％，如通过本文所述(参见下文实例)或本领域的普通技术人员已知的方法所评定。在特定实施例中，本公开提供一种分离的抗CTLA-4/PD-1抗体，其使T细胞增殖相对于没有任何抗体时或存在不相关抗体(例如，不与CTLA-4或PD-1特异性结合的抗体)时的T细胞增殖增加至少约1.2倍、1.3倍、1.4倍、1.5倍、2倍、2.5倍、3倍、3.5倍、4倍、4.5倍、5倍、6倍、7倍、8倍、9倍、10倍、15倍、20倍、30倍、40倍、50倍、60倍、70倍、80倍、90倍或100倍，如通过本文所述(参见下文实例)或本领域的普通技术人员已知的方法所评定。
在特定实施例中，本公开提供一种分离的抗CTLA-4/PD-1抗体，其使与卵巢癌腹水液共培养的经过抗CD3抗体刺激的CD4+或CD8+T细胞的增殖相对于没有任何抗体时或存在不相关抗体(例如，不与CTLA-4或PD-1特异性结合的抗体)时与卵巢癌腹水液共培养的经过抗CD3抗体刺激的CD4+或CD8+T细胞的增殖增加至少约1.2倍、1.3倍、1.4倍、1.5倍、2倍、2.5倍、3倍、3.5倍、4倍、4.5倍、5倍、6倍、7倍、8倍、9倍、10倍、15倍、20倍、30倍、40倍、50倍、60倍、70倍、80倍、90倍或100倍，如通过本文所述(参见下文实例)或本领域的普通技术人员已知的方法所评定。
多特异性抗体，例如如本文所提供的与CTLA-4(例如，人类CTLA-4)和/或PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合的双特异性抗体，可以通过以化学方式连接两个不同的单克隆抗体或通过使两个杂交瘤细胞系融合以产生杂交-杂交瘤来制备。其它可以使用的多价形式包括例如Kλ体、dAb、双功能抗体(diabody)、TandAb、纳米抗体、SMIP、DNL、链交换工程化结构域体(strand-exchange engineered domain body，SEEDbody)、亲和抗体、Fynomer、Kunitz结构域、Albu-dab、DART、DVD-IG、Covx体、肽体、scFv-Ig、SVD-Ig、dAb-Ig、杵-臼(Knob-in-Hole)以及triomAb。示范性双特异性形式论述于Garber等人,《自然综述：药物发现》(Nature Reviews Drug Discovery)13:799-801(2014)中，其以全文引用的方式并入本文中。
示范性双特异性抗体分子包含(i)具有两条臂的单个抗体，这两条臂包含不同的抗原结合区，一个对例如CTLA-4(例如，人类CTLA-4)的第一抗原具有特异性并且一个对例如PD-1(例如，人类PD-1)的第二抗原具有特异性；(ii)具有以下的单个抗体：对例如CTLA-4(例如，人类CTLA-4)的第一抗原具有特异性的一个抗原结合区或臂和对例如PD-1(例如，人类PD-1)的第二抗原具有特异性的第二抗原结合区或臂；(iii)具有针对例如CTLA-4(例如，人类CTLA-4)的第一抗原的第一特异性和针对例如PD-1(例如，人类PD-1)的第二抗原的第二特异性的单链抗体，例如通过两个scFv，这两个scFv通过额外的肽接头串联连接；(iv)双重可变结构域抗体(DVD-Ig)，其中每条轻链和重链含有通过短肽连接的串联的两个可变区(Wu等人,《双重可变结构域免疫球蛋白(DVD-Ig.TM.)分子的产生和表征》(Generation andCharacterization of a Dual Variable Domain Immunoglobulin(DVD-Ig.TM.)Molecule),《抗体工程》,柏林海德堡施普林格出版社(Springer Berlin Heidelberg)(2010))；(v)以化学方式连接的双特异性(Fab')2片段；(vi)Tandab，它是两个单链双功能抗体的融合物，产生四价双特异性抗体，其具有针对各自的靶抗原的两个结合位点；(vii)柔性体(flexibody)，它是scFv与双功能抗体的组合，产生多价分子；(viii)所谓的“对接与锁定(dock and lock)”分子，基于蛋白激酶A中的“二聚和对接结构域”，其在应用于Fab时，可以产生由两个相同的Fab片段与一个不同的Fab片段连接而组成的三价双特异性结合蛋白；(ix)所谓的蝎分子(Scorpion molecule)，其包含例如与人类Fab-臂的两个末端融合的两个scFv；以及(x)双功能抗体。
不同类别的双特异性抗体的实例包括但不限于具有互补CH3结构域以迫使异源二聚的IgG样分子；重组IgG样双重靶向分子，其中分子的两侧各自含有至少两种不同抗体的Fab片段或Fab片段的一部分；IgG融合分子，其中全长IgG抗体与额外的Fab片段或Fab片段的部分融合；Fc融合分子，其中单链Fv分子或稳定的双功能抗体与重链恒定结构域、Fc区或其部分融合；Fab融合分子，其中不同的Fab片段融合在一起；基于ScFv和双功能抗体的重链抗体(例如，结构域抗体、纳米抗体)，其中不同的单链Fv分子或不同的双功能抗体或不同的重链抗体(例如，结构域抗体、纳米抗体)彼此融合或与另一种蛋白质或载体分子融合。
Fab融合双特异性抗体的实例包括不限于F(ab)2(Medarex/AMGEN)、Dual-Action或Bis-Fab(Genentech)、对接与锁定分子(Dock-and-Lock，DNL)(ImmunoMedics)、二价双特异性抗体(Bivalent Bispecific，Biotecnol)以及Fab-Fv(UCB-Celltech)。基于ScFv、双功能抗体的结构域抗体的实例包括不限于双特异性T细胞衔接器(Bispecific T CellEngager，BITE)(Micromet)、串联双功能抗体(Tandem Diabody，Tandab)(Affimed)、双重亲和力再靶向技术(Dual Affinity Retargeting Technology，DART)(MacroGenics)、单链双功能抗体(Academic)、TCR样抗体(AIT，ReceptorLogics)、人类血清白蛋白ScFv融合物(Merrimack)和COMBODY(Epigen Biotech)、双重靶向纳米抗体(Ablynx)以及双重靶向仅重链结构域抗体。
6.2.4恒定区
在本文所述的抗体(例如，单特异性或多特异性抗体)中可以使用任何重链或轻链恒定区。在某些实施例中，本文所述的抗体(例如，单特异性或多特异性抗体)包含Ig区域，其为人类IgG、IgE、IgM、IgD、IgA或IgY免疫球蛋白分子、免疫球蛋白分子的任何类别(例如，IgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgA1和IgA2)或任何亚类(例如，IgG2a和IgG2b)
在某些实施例中，本文所述的抗体(例如，单特异性或多特异性抗体)包含人类IgG重链恒定区，其为野生型人类IgG重链恒定区的变异体，其中变异的人类IgG重链恒定区与人类Fcγ受体结合的亲和力高于野生型人类IgG重链恒定区与人类Fcγ受体结合。
在某些实施例中，变异的人类IgG重链恒定区包含以下氨基酸突变中的一种或多种，根据EU编号系统编号：S239D、A330L和I332E。在某些实施例中，变异的人类IgG重链恒定区包含以下氨基酸突变，根据EU编号系统编号：S239D和I332E。在某些实施例中，变异的人类IgG重链恒定区是包含以下氨基酸突变的变异的人类IgG1重链恒定区，根据EU编号系统编号：S239D和I332E。在某些实施例中，变异的人类IgG重链恒定区包含以下氨基酸突变，根据EU编号系统编号：S239D、A330L和I332E。在某些实施例中，变异的人类IgG重链恒定区是包含以下氨基酸突变的变异的人类IgG1重链恒定区，根据EU编号系统编号：S239D、A330L和I332E。
在某些实施例中，变异的人类IgG重链恒定区包含以下氨基酸突变中的一种或多种，根据EU编号系统编号：L235V、F243L、R292P、Y300L和P396L。在某些实施例中，变异的人类IgG重链恒定区包含以下氨基酸突变，根据EU编号系统编号：L235V、F243L、R292P、Y300L和P396L。在某些实施例中，变异的人类IgG重链恒定区是包含以下氨基酸突变的变异的人类IgG1重链恒定区，根据EU编号系统编号：L235V、F243L、R292P、Y300L和P396L。
在某些实施例中，变异的人类IgG重链恒定区包含以下氨基酸突变中的一种或多种，根据EU编号系统编号：G236A、S239D、F243L、T256A、K290A、R292P、S298A、Y300L、V305I、A330L、I332E、E333A、K334A、A339T和P396L。在某些实施例中，变异的人类IgG重链恒定区包含选自由以下组成的组的一组氨基酸突变：S239D；T256A；K290A；S298A；I332E；E333A；K334A；A339T；S239D和I332E；S239D、A330L和I332E；S298A、E333A和K334A；G236A、S239D和I332E；以及F243L、R292P、Y300L、V305I和P396L，根据EU编号系统编号。在某些实施例中，变异的人类IgG重链恒定区包含S267E或L328F氨基酸突变，根据EU编号系统编号。在某些实施例中，变异的人类IgG重链恒定区包含以下氨基酸突变，根据EU编号系统编号：S267E和L328F。在某些实施例中，变异的人类IgG重链恒定区是包含以下氨基酸突变的变异的人类IgG1重链恒定区，根据EU编号系统编号：S267E和L328F。在某些实施例中，变异的人类IgG重链恒定区包含P238D氨基酸突变，根据EU编号系统编号。在某些实施例中，变异的人类IgG重链恒定区是包含P238D氨基酸突变的变异的人类IgG1重链恒定区，根据EU编号系统编号。在某些实施例中，变异的人类IgG重链恒定区包含以下氨基酸突变中的一种或多种，根据EU编号系统编号：P238D、E233D、G237D、H268D、P271G和A330R。在某些实施例中，变异的人类IgG重链恒定区包含以下氨基酸突变，根据EU编号系统编号：P238D、E233D、G237D、H268D、P271G和A330R。在某些实施例中，变异的人类IgG重链恒定区是包含以下氨基酸突变的变异的人类IgG1重链恒定区，根据EU编号系统编号：P238D、E233D、G237D、H268D、P271G和A330R。在某些实施例中，变异的人类IgG重链恒定区包含C127S氨基酸突变，根据EU编号系统编号。在某些实施例中，变异的人类IgG重链恒定区是包含C127S氨基酸突变的变异的人类IgG2重链恒定区，根据EU编号系统编号。
在某些实施例中，本文提供的抗体(例如，单特异性或多特异性抗体)包含无岩藻糖基化Fc区。
在某些实施例中，本文所述的抗体(例如，单特异性或多特异性抗体)包含人类IgG重链恒定区，其为野生型人类IgG重链恒定区的变异体，其中变异的人类IgG重链恒定区与人类Fcγ受体结合的亲和力低于野生型人类IgG重链恒定区与人类Fcγ受体结合。在某些实施例中，变异的人类IgG重链恒定区包含选自由N297A、N297Q、D265A和其组合组成的组的突变，根据EU编号系统编号。在某些实施例中，变异的人类IgG重链恒定区包含选自由D265A、P329A和其组合组成的组的突变，根据EU编号系统编号。
在某些实施例中，将一个、两个或更多个突变(例如，氨基酸取代)引入本文所述的抗体(例如，单特异性或多特异性抗体)的Fc区(例如，CH2结构域(人类IgG1的残基231-340)和/或CH3结构域(人类IgG1的残基341-447)和/或铰链区，根据EU编号系统编号)中，从而改变抗体(例如，单特异性或多特异性抗体)的一种或多种功能特性，如血清半衰期、补体固定、Fc受体结合和/或抗原依赖性细胞毒性。
在某些实施例中，将一个、两个或更多个突变(例如，氨基酸取代)引入Fc区的铰链区(CH1结构域)中，使得铰链区中的半胱氨酸残基的数量改变(例如，增加或减少)，如例如美国专利第5,677,425号中所述。可以改变CH1结构域的铰链区中的半胱氨酸残基的数量以例如促进轻链和重链的组装，或改变(例如，增加或降低)抗体(例如，单特异性或多特异性抗体)的稳定性。
在一些实施例中，将一个、两个或更多个突变(例如，氨基酸取代)引入本文所述的抗体(例如，单特异性或多特异性抗体)的Fc区(例如，CH2结构域(人类IgG1的残基231-340)和/或CH3结构域(人类IgG1的残基341-447)和/或铰链区，根据EU编号系统编号)中，以增加或降低抗体(例如，单特异性或多特异性抗体)对效应细胞表面上的Fc受体(例如，活化的Fc受体)的亲和力。抗体(例如，单特异性或多特异性抗体)的Fc区中降低或增加抗体(例如，单特异性或多特异性抗体)对Fc受体的亲和力的突变和将这种突变引入Fc受体或其片段中的技术是本领域的普通技术人员已知的。抗体(例如，单特异性或多特异性抗体)的Fc受体中可以制造以改变抗体(例如，单特异性或多特异性抗体)对Fc受体的亲和力的突变的实例描述于例如Smith P等人,(2012)PNAS 109:6181-6186；美国专利第6,737,056号；以及国际公开第WO 02/060919号；第WO 98/23289号；和第WO 97/34631号中，其以引用的方式并入本文中。
在一个特定实施例中，将一个、两个或更多个氨基酸突变(即，取代、插入或缺失)引入IgG恒定结构域或其FcRn结合片段(例如Fc或铰链-Fc结构域片段)中以改变(例如，减小或增加)抗体(例如，单特异性或多特异性抗体)在体内的半衰期。关于将改变(例如，减小或增加)抗体(例如，单特异性或多特异性抗体)在体内的半衰期的突变的实例，参见例如国际公开第WO 02/060919号、第WO98/23289号和第WO 97/34631号；以及美国专利第5,869,046号、第6,121,022号、第6,277,375号和第6,165,745号。在一些实施例中，将一个、两个或更多个氨基酸突变(即，取代、插入或缺失)引入IgG恒定结构域或其FcRn结合片段(例如Fc或铰链-Fc结构域片段)中以减小抗体(例如，单特异性或多特异性抗体)在体内的半衰期。在其它实施例中，将一个、两个或更多个氨基酸突变(即，取代、插入或缺失)引入IgG恒定结构域或其FcRn结合片段(例如Fc或铰链-Fc结构域片段)中以增加抗体(例如，单特异性或多特异性抗体)在体内的半衰期。在一个特定实施例中，抗体(例如，单特异性或多特异性抗体)可以在第二恒定(CH2)结构域(人类IgG1的残基231-340)和/或第三恒定(CH3)结构域(人类IgG1的残基341-447)中具有一个或多个氨基酸突变(例如，取代)，根据EU编号系统编号。在一个特定实施例中，本文所述的抗体(例如，单特异性或多特异性抗体)的IgG1的恒定区包含在252位的蛋氨酸(M)-酪氨酸(Y)取代、在254位的丝氨酸(S)-苏氨酸(T)取代以及在256位的苏氨酸(T)-谷氨酸(E)取代，根据EU编号系统编号。参见美国专利第7,658,921号，其以引用的方式并入本文中。这种类型的突变IgG称为“YTE突变体”，已证明可展现与同一种抗体的野生型版本相比增加四倍的半衰期(参见Dall'Acqua WF等人,(2006)《生物化学杂志》281:23514-24)。在某些实施例中，抗体(例如，单特异性或多特异性抗体)包含IgG恒定结构域，其包含根据EU编号系统编号，在位置251-257、285-290、308-314、385-389和428-436处的氨基酸残基的一个、两个、三个或更多个氨基酸取代。
在某些实施例中，根据EU编号系统编号，本文所述的抗体(例如，单特异性或多特异性抗体)的恒定区中的一个或多个选自氨基酸残基329、331和322的氨基酸可以用不同的氨基酸残基替换，使得抗体(例如，单特异性或多特异性抗体)具有改变的C1q结合和/或降低的或消除的补体依赖性细胞毒性(CDC)。这种方法进一步详细描述于美国专利第6,194,551号(Idusogie等人)中。在一些实施例中，改变本文所述的抗体(例如，单特异性或多特异性抗体)的CH2结构域的N端区中在氨基酸位置231到238内的一个或更多个氨基酸残基，从而改变抗体(例如，单特异性或多特异性抗体)固定补体的能力。这种方法进一步描述于国际公开第WO 94/29351号中。在某些实施例中，通过使以下位置的一个或多个氨基酸突变(例如，引入氨基酸取代)而对本文所述的抗体(例如，单特异性或多特异性抗体)的Fc区进行修饰以增加抗体(例如，单特异性或多特异性抗体)介导抗体依赖性细胞毒性(ADCC)的能力和/或增加抗体(例如，单特异性或多特异性抗体)对Fcγ受体的亲和力：238、239、248、249、252、254、255、256、258、265、267、268、269、270、272、276、278、280、283、285、286、289、290、292、293、294、295、296、298、301、303、305、307、309、312、315、320、322、324、326、327、328、329、330、331、333、334、335、337、338、340、360、373、376、378、382、388、389、398、414、416、419、430、434、435、437、438或439，根据EU编号系统编号。这种方法进一步描述于国际公开第WO 00/42072号中。
在某些实施例中，本文所述的抗体(例如，单特异性或多特异性抗体)包含IgG4抗体的恒定区，并且根据EU编号系统编号，在重链的氨基酸残基228，由丝氨酸取代脯氨酸。
在某些实施例中，本文所述的抗体(例如，单特异性或多特异性抗体)包含IgG2抗体的恒定区，并且根据EU编号系统编号，在重链的氨基酸残基127，由半胱氨酸取代丝氨酸。
据报导，岩藻糖含量减少的抗体对例如FcγRIIIa的Fc受体具有增加的亲和力。因此，在某些实施例中，本文所述的抗体(例如，单特异性或多特异性抗体)具有减少的岩藻糖含量或没有岩藻糖含量。这种抗体(例如，单特异性或多特异性抗体)可以使用本领域普通技术人员已知的技术产生。例如，抗体(例如，单特异性或多特异性抗体)可以在岩藻糖基化能力不足或缺乏的细胞中表达。在一个特定实例中，可以使用α1,6-岩藻糖基转移酶的两个等位基因均基因敲除的细胞系产生具有减少的岩藻糖含量的抗体(例如，单特异性或多特异性抗体)。系统(Lonza)是可用于产生具有减少的岩藻糖含量的抗体(例如，单特异性或多特异性抗体)的这种系统的实例。或者，可以通过例如以下产生具有减少的岩藻糖含量或没有岩藻糖含量的抗体(例如，单特异性或多特异性抗体)：(i)在防止或减少岩藻糖基化的条件下培养细胞；(ii)在翻译后去除岩藻糖(例如，采用岩藻糖苷酶)；(iii)在翻译后添加所期望的碳水化合物，例如在非糖基化糖蛋白的重组表达之后；或(iv)纯化糖蛋白，以便选出其未岩藻糖基化的抗体(例如，单特异性或多特异性抗体)。关于没有岩藻糖含量或具有减少的岩藻糖含量的抗体(例如，单特异性或多特异性抗体)的产生方法，参见例如Longmore GD&Schachter H(1982)《碳水化合物研究》(Carbohydr Res)100:365-92；和Imai-Nishiya H等人,(2007)《BMC生物技术》(BMC Biotechnol.)7:84。
工程化糖型可用于多种目的，包括但不限于增强或降低效应功能。在本文所述的抗体(例如，单特异性或多特异性抗体)中产生工程化糖型的方法包括不限于例如在以下文献中所公开的方法： 等人,(1999)《自然·生物技术》(Nat Biotechnol)17:176-180；Davies J等人,(2001)《生物技术与生物工程》(Biotechnol Bioeng)74:288-294；Shields RL等人,(2002)《生物化学杂志》277:26733-26740；Shinkawa T等人,(2003)《生物化学杂志》278:3466-3473；Niwa R等人,(2004)《临床癌症研究》(Clin Cancer Res)1:6248-6255；Presta LG等人,(2002)《生物化学学会学报》(Biochem Soc Trans)30:487-490；Kanda Y等人,(2007)《糖生物学》(Glycobiology)17:104-118；美国专利第6,602,684号、第6,946,292号和第7,214,775号；美国专利公开第US 2007/0248600号、第2007/0178551号、第2008/0060092号和第2006/0253928号；国际公开第WO 00/61739号、第WO 01/292246号、第WO 02/311140号和第WO 02/30954号；PotillegentTM技术(新泽西州普林斯顿(Princeton,N.J.)的Biowa公司)；以及糖基化工程技术(瑞士苏黎士(Zurich,Switzerland)的Glycart biotechnology AG)。还参见例如Ferrara C等人,(2006)《生物技术与生物工程》93:851-861；国际公开第WO 07/039818号；第WO 12/130831号；第WO 99/054342号；第WO 03/011878号；以及第WO 04/065540号。
在某些实施例中，用于工程化本文所述的抗体(例如，单特异性或多特异性抗体)的Fc结构域的技术是Xencor(加利福尼亚州蒙罗维亚(Monrovia,CA))的技术。参见例如美国专利第8,367,805号；第8,039,592号；第8,124,731号；第8,188,231号；美国专利公开第2006/0235208号；国际公开第WO 05/077981号；第WO 11/097527号；以及RichardsJO等人,(2008)《分子癌症治疗学》(Mol Cancer Ther)7:2517-2527。
在某些实施例中，本文所述的恒定区突变或修饰中的任一种都可以引入本文所述的具有两个重链恒定区的抗体(例如，单特异性或多特异性抗体)的一个或两个重链恒定区中。
6.3药物组合物
本文提供组合物，其包含本文所述的具有所期望的纯度的抗CTLA-4抗体、抗PD-1抗体和/或抗CTLA-4/PD-1抗体，这些抗体在生理学上可接受的载体、赋形剂或稳定剂(《雷明顿的药物科学》(Remington's Pharmaceutical Sciences)(1990)宾夕法尼亚州伊斯顿的马克出版公司(Mack Publishing Co.,Easton,PA))中。
在某些实施例中，药物组合物包含本文所述的抗CTLA-4抗体和本文所述的抗PD-1抗体。药物组合物可以包含本文所述的抗CTLA-4抗体和本文所述的抗PD-1抗体的任何组合。在某些实施例中，药物组合物包含与CTLA-4(例如，人类CTLA-4)特异性结合的第一抗体和与PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合的第二抗体，其中第一抗体的CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2和CDRL3和第二抗体的CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2和CDRL3包含表11的单行中所列的氨基酸序列。在某些实施例中，药物组合物包含与CTLA-4(例如，人类CTLA-4)特异性结合的第一抗体和与PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合的第二抗体，其中第一抗体的重链可变区和轻链可变区和第二抗体的重链可变区和轻链可变区包含表12的单行中所列的氨基酸序列。
在某些实施例中，药物组合物包含有效量的本文所述的抗体。在某些实施例中，药物组合物包含有效量的本文所述的抗CTLA-4/PD-1抗体。在某些实施例中，药物组合物包含有效量的治疗组合，治疗组合包含本文所述的抗CTLA-4抗体和本文所述的抗PD-1抗体。这种治疗组合中的抗CTLA-4抗体的有效量可以低于、等于或高于抗CTLA-4抗体在单独施用时的有效量，并且这种治疗组合中的抗PD-1抗体的有效量可以低于、等于或高于抗PD-1抗体在单独施用时的有效量。在某些实施例中，这种治疗组合中的抗CTLA-4抗体的有效量低于抗CTLA-4抗体在单独施用时的有效量。在某些实施例中，这种治疗组合中的抗PD-1抗体的有效量低于抗PD-1抗体在单独施用时的有效量。在某些实施例中，这种治疗组合中的抗CTLA-4抗体的有效量低于抗CTLA-4抗体在单独施用时的有效量，并且这种治疗组合中的抗PD-1抗体的有效量低于抗PD-1抗体在单独施用时的有效量。
可接受的载体、赋形剂或稳定剂在所用剂量和浓度下对接受者无毒，并且包括缓冲剂，如磷酸盐、柠檬酸盐和其它有机酸；抗氧化剂，包括抗坏血酸和蛋氨酸；防腐剂(如十八烷基二甲基苄基氯化铵；氯化六甲双铵(hexamethonium chloride)；苯扎氯铵(benzalkonium chloride)；苄索氯铵(benzethonium chloride)；苯酚、丁醇或苄醇；对羟基苯甲酸烷酯，如对羟基苯甲酸甲酯或对羟基苯甲酸丙酯；儿茶酚；间苯二酚；环己醇；3-戊醇和间甲酚)；低分子量(少于约10个残基)多肽；蛋白质，如血清白蛋白、明胶或免疫球蛋白；亲水性聚合物，如聚乙烯吡咯烷酮；氨基酸，如甘氨酸、谷氨酰胺、天冬酰胺、组氨酸、精氨酸或赖氨酸；单糖、双糖和其它碳水化合物，包括葡萄糖、甘露糖或糊精；螯合剂，如EDTA；糖，如蔗糖、甘露糖醇、海藻糖或山梨糖醇；成盐抗衡离子，如钠；金属络合物(如Zn-蛋白质络合物)；和/或非离子表面活性剂，如TWEENTM、PLURONICSTM或聚乙二醇(PEG)。
可以针对向受试者施用的任何途径来配制药物组合物。施用途径的具体实例包括鼻内、口服、经肺、经皮、皮内以及肠胃外。本文还涵盖肠胃外施用，其特征在于皮下、肌肉内或静脉内注射。可注射剂可以按常规形式制备，呈液体溶液或悬浮液、适合于在注射之前在液体中形成溶液或悬浮液的固体形式，或呈乳液形式。可注射剂、溶液和乳液也可以含有一种或多种赋形剂。合适的赋形剂是例如水、盐水、右旋糖、甘油或乙醇。另外，必要时，待施用的药物组合物还可以含有少量的无毒辅助物质，如润湿剂或乳化剂、pH缓冲剂、稳定剂、溶解度增强剂以及其它这类试剂，如乙酸钠、脱水山梨糖醇单月桂酸酯、三乙醇胺油酸酯以及环糊精。
用于肠胃外制剂中的药学上可接受的载体包括水性媒剂、非水性媒剂、抗微生物剂、等渗剂、缓冲剂、抗氧化剂、局部麻醉剂、悬浮剂和分散剂、乳化剂、多价螯合剂或螯合剂以及其它药学上可接受的物质。水性媒剂的实例包括氯化钠注射剂、林格式注射剂(Ringers Injection)、等渗右旋糖注射剂、无菌注射用水、右旋糖和乳酸化的林格式注射剂。非水性肠胃外媒剂包括植物来源的不挥发性油、棉籽油、玉米油、芝麻油以及花生油。可以向封装于多剂量容器中的肠胃外制剂中添加抑制细菌或抑制真菌浓度的抗微生物剂，所述多剂量容器包括苯酚或甲酚、汞剂、苄醇、氯丁醇、甲基和丙基对羟基苯甲酸酯、硫柳汞、苯扎氯铵以及苄索氯铵。等渗剂包括氯化钠和右旋糖。缓冲剂包括磷酸盐和柠檬酸盐。抗氧化剂包括硫酸氢钠。局部麻醉剂包括盐酸普鲁卡因(procaine hydrochloride)。悬浮剂和分散剂包括羧甲基纤维素钠、羟丙基甲基纤维素以及聚乙烯吡咯烷酮。乳化剂包括聚山梨醇酯80(80)。金属离子的多价螯合剂或螯合剂包括EDTA。药物载体还包括用于水可混溶的媒剂的乙醇、聚乙二醇和丙二醇；和用于pH调整的氢氧化钠、盐酸、柠檬酸或乳酸。
用于肠胃外施用抗体的制剂包括可以立即用于注射的无菌溶液；准备在临用前与溶剂组合的无菌干燥可溶性产品，如冻干粉末，包括皮下注射片剂；可以立即用于注射的无菌悬浮液；准备在临用前与媒剂组合的无菌干燥不溶性产品；以及无菌乳液。溶液可以是水溶液或非水溶液。
如果静脉内施用，那么合适的载体包括生理盐水或磷酸盐缓冲盐水(phosphatebuffered saline，PBS)，以及含有增稠剂和增溶剂的溶液，所述增稠剂和增溶剂例如葡萄糖、聚乙二醇和聚丙二醇以及其混合物。
本文所述的药物组合物可以被配制成用于局部施用的气雾剂，如通过吸入施用(参见例如美国专利第4,044,126号、第4,414,209号和第4,364,923号，其描述用于递送适用于治疗炎症性疾病，特别是哮喘的类固醇的气雾剂)。用于向呼吸道施用的这些制剂可以采用适合雾化器的气雾剂或溶液的形式，或呈适合吹入的微细粉末形式，单独的或与如乳糖的惰性载体组合。在这种情况下，制剂的颗粒在一个实施例中将具有小于50微米，在一个实施例中小于10微米的直径。
本文所述的药物组合物可以被配制成用于局部(local)或局部(topical)施用，如局部施用于皮肤和粘膜，如在眼睛中，采用凝胶、乳膏和洗剂的形式，并被配制成用于施用于眼睛或用于脑池内或脊柱内施用。预期局部施用是用于经皮递送并且也用于对眼睛或粘膜施用，或用于吸入疗法。还可以施用单独的或与其它药学上可接受的赋形剂组合的抗体的鼻用溶液。
如针对局部和全身施用所述制备包含抗体的局部混合物。所得混合物可以是溶液、悬浮液、乳液等并且可以被配制成乳膏、凝胶、软膏、乳液、溶液、酏剂、洗剂、悬浮液、酊剂、糊剂、泡沫剂、气雾剂、冲洗剂、喷雾剂、栓剂、绷带、皮肤贴片或任何其它适合局部施用的制剂。
透皮贴片，包括离子导入和电泳装置，是本领域的普通技术人员众所周知的，并且可用于施用抗体。例如，这种贴片公开于美国专利第6,267,983号、第6,261,595号、第6,256,533号、第6,167,301号、第6,024,975号、第6,010715号、第5,985,317号、第5,983,134号、第5,948,433号和第5,860,957号中。
在某些实施例中，包含本文所述的抗体或其抗原结合片段的药物组合物是冻干粉末，其可以经过重构，以溶液、乳液和其它混合物形式施用。它也可以经过重构并被配制成固体或凝胶。冻干粉末通过将本文所述的抗体或其抗原结合片段或其药学上可接受的衍生物溶解在合适的溶剂中来制备。在一些实施例中，冻干粉末是无菌的。溶剂可以含有能够改善粉末或由粉末制备的重构溶液的稳定性或其它药理学组分的赋形剂。可以使用的赋形剂包括但不限于右旋糖、山梨糖醇、果糖、玉米糖浆、木糖醇、甘油、葡萄糖、蔗糖或其它合适的试剂。溶剂还可以含有缓冲剂，如柠檬酸盐、磷酸钠或钾、或本领域的技术人员已知的其它这类缓冲剂，在一个实施例中，缓冲剂约呈中性pH。随后无菌过滤溶液，接着在本领域的技术人员已知的标准条件下冻干，得到所期望的制剂。在一个实施例中，将所得溶液分配到小瓶中进行冻干。每个小瓶将含有单次剂量或多次剂量的化合物。可以将冻干粉末储存在适当的条件下，如在约4℃到室温下。用注射用水重构这种冻干粉末，得到用于肠胃外施用的制剂。关于重构，将冻干粉末添加到无菌水或其它合适的载体中。精确的量取决于所选择的化合物。这个量可以凭经验确定。
本文所述的药物组合物也可以配制成靶向待治疗受试者的特定组织、受体或其它身体区域。许多这类靶向方法是本领域的技术人员众所周知的。本文考虑所有这类靶向方法用于本发明组合物。关于靶向方法的非限制性实例，参见例如美国专利第6,316,652号、第6,274,552号、第6,271,359号、第6,253,872号、第6,139,865号、第6,131,570号、第6,120,751号、第6,071,495号、第6,060,082号、第6,048,736号、第6,039,975号、第6,004,534号、第5,985,307号、第5,972,366号、第5,900,252号、第5,840,674号、第5,759,542号和第5,709,874号。在一个特定实施例中，本文所述的药物组合物靶向肿瘤。
在某些实施例中，药物组合物包含本文所述的本文所述的抗CTLA-4抗体、抗PD-1抗体和/或抗CTLA-4/PD-1抗体，和任选地一种或多种额外的预防剂或治疗剂，在药学上可接受的载体中。在一些实施例中，抗体是药物组合物中所包括的唯一活性成分。
在某些实施例中，药物组合物包含有效量的一种或多种本文所述的抗体，和任选地一种或多种额外的预防剂或治疗剂，在药学上可接受的载体中。
待用于体内施用的组合物可以是无菌的。这易于通过例如无菌过滤膜过滤来完成。
6.4使用方法和用途
在一个方面，本公开提供一种使用本文所述的抗CTLA-4抗体、抗PD-1抗体和/或多特异性抗体(例如，抗CTLA-4/PD-1抗体)治疗受试者的方法。在某些实施例中，本公开提供一种使用本文所述的抗CTLA-4/PD-1抗体治疗受试者的方法。在某些实施例中，本公开提供一种使用治疗组合治疗受试者的方法，所述治疗组合包含本文所述的抗CTLA-4抗体和本文所述的抗PD-1抗体，任选地在不存在用于治疗同一种疾病或病症的同步治疗的情况下。在某些实施例中，本公开提供一种使用本文所述的抗CTLA-4抗体作为单一疗法治疗受试者的方法。在某些实施例中，本公开提供一种使用本文所述的抗PD-1抗体作为单一疗法治疗受试者的方法。
治疗组合可以包含本文所述的抗CTLA-4抗体和本文所述的抗PD-1抗体的任何组合。在某些实施例中，治疗组合包含与CTLA-4(例如，人类CTLA-4)特异性结合的第一抗体和与PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合的第二抗体，其中第一抗体的CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2和CDRL3和第二抗体的CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2和CDRL3包含表11的单行中所列的氨基酸序列。在某些实施例中，治疗组合包含与CTLA-4(例如，人类CTLA-4)特异性结合的第一抗体和与PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合的第二抗体，其中第一抗体的CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2和CDRL3和第二抗体的CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2和CDRL3分别包含以下中所示的氨基酸序列：SEQ ID NO:20、22、24、27、30、36、75、76、80、83、84和85；20、22、24、29、32、37、75、76、80、83、84和85；20、22、24、29、33、38、75、76、80、83、84和85；21、22、24、27、30、36、75、76、80、83、84和85；21、22、24、29、33、38、75、76、80、83、84和85；20、22、24、28、31、36、75、76、80、83、84和85；20、22、24、29、34、36、75、76、80、83、84和85；20、22、24、29、35、38、75、76、80、83、84和85；21、22、26、27、30、36、75、76、80、83、84和85；21、22、26、29、32、37、75、76、80、83、84和85；21、22、26、29、33、38、75、76、80、83、84和85；21、22、26、29、35、38、75、76、80、83、84和85；20、22、24、27、30、36、75、76、81、83、84和85；20、22、24、29、32、37、75、76、81、83、84和85；20、22、24、29、33、38、75、76、81、83、84和85；21、22、24、27、30、36、75、76、81、83、84和85；21、22、24、29、33、38、75、76、81、83、84和85；20、22、24、28、31、36、75、76、81、83、84和85；20、22、24、29、34、36、75、76、81、83、84和85；20、22、24、29、35、38、75、76、81、83、84和85；21、22、26、27、30、36、75、76、81、83、84和85；21、22、26、29、32、37、75、76、81、83、84和85；21、22、26、29、33、38、75、76、81、83、84和85；21、22、26、29、35、38、75、76、81、83、84和85；20、22、24、27、30、36、75、76、82、83、84和85；20、22、24、29、32、37、75、76、82、83、84和85；20、22、24、29、33、38、75、76、82、83、84和85；21、22、24、27、30、36、75、76、82、83、84和85；21、22、24、29、33、38、75、76、82、83、84和85；20、22、24、28、31、36、75、76、82、83、84和85；20、22、24、29、34、36、75、76、82、83、84和85；20、22、24、29、35、38、75、76、82、83、84和85；21、22、26、27、30、36、75、76、82、83、84和85；21、22、26、29、32、37、75、76、82、83、84和85；21、22、26、29、33、38、75、76、82、83、84和85；21、22、26、29、35、38、75、76、82、83、84和85；20、22、24、27、30、36、75、77、81、83、84和85；20、22、24、29、32、37、75、77、81、83、84和85；20、22、24、29、33、38、75、77、81、83、84和85；21、22、24、27、30、36、75、77、81、83、84和85；21、22、24、29、33、38、75、77、81、83、84和85；20、22、24、28、31、36、75、77、81、83、84和85；20、22、24、29、34、36、75、77、81、83、84和85；20、22、24、29、35、38、75、77、81、83、84和85；21、22、26、27、30、36、75、77、81、83、84和85；21、22、26、29、32、37、75、77、81、83、84和85；21、22、26、29、33、38、75、77、81、83、84和85；21、22、26、29、35、38、75、77、81、83、84和85；20、22、24、27、30、36、75、78、81、83、84和85；20、22、24、29、32、37、75、78、81、83、84和85；20、22、24、29、33、38、75、78、81、83、84和85；21、22、24、27、30、36、75、78、81、83、84和85；21、22、24、29、33、38、75、78、81、83、84和85；20、22、24、28、31、36、75、78、81、83、84和85；20、22、24、29、34、36、75、78、81、83、84和85；20、22、24、29、35、38、75、78、81、83、84和85；21、22、26、27、30、36、75、78、81、83、84和85；21、22、26、29、32、37、75、78、81、83、84和85；21、22、26、29、33、38、75、78、81、83、84和85；21、22、26、29、35、38、75、78、81、83、84和85；20、22、24、27、30、36、75、79、81、83、84和85；20、22、24、29、32、37、75、79、81、83、84和85；20、22、24、29、33、38、75、79、81、83、84和85；21、22、24、27、30、36、75、79、81、83、84和85；21、22、24、29、33、38、75、79、81、83、84和85；20、22、24、28、31、36、75、79、81、83、84和85；20、22、24、29、34、36、75、79、81、83、84和85；20、22、24、29、35、38、75、79、81、83、84和85；21、22、26、27、30、36、75、79、81、83、84和85；21、22、26、29、32、37、75、79、81、83、84和85；21、22、26、29、33、38、75、79、81、83、84和85；或21、22、26、29、35、38、75、79、81、83、84和85。
在某些实施例中，治疗组合包含与CTLA-4(例如，人类CTLA-4)特异性结合的第一抗体和与PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合的第二抗体，其中第一抗体的重链可变区和轻链可变区和第二抗体的重链可变区和轻链可变区包含表12的单行中所列的氨基酸序列。在某些实施例中，治疗组合包含与CTLA-4(例如，人类CTLA-4)特异性结合的第一抗体和与PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合的第二抗体，其中第一抗体的重链可变区和轻链可变区和第二抗体的重链可变区和轻链可变区分别包含以下中所示的氨基酸序列：SEQ ID NO:1、14、67和74；1、16、67和74；1、17、67和74；9、14、67和74；9、17、67和74；10、15、67和74；10、17、67和74；10、18、67和74；10、19、67和74；11、15、67和74；11、14、67和74；11、16、67和74；11、17、67和74；12、14、67和74；12、16、67和74；12、17、67和74；12、19、67和74；13、15、67和74；13、17、67和74；1、14、66和74；1、16、66和74；1、17、66和74；9、14、66和74；9、17、66和74；10、15、66和74；10、17、66和74；10、18、66和74；10、19、66和74；11、15、66和74；11、14、66和74；11、16、66和74；11、17、66和74；12、14、66和74；12、16、66和74；12、17、66和74；12、19、66和74；13、15、66和74；13、17、66和74；1、14、68和74；1、16、68和74；1、17、68和74；9、14、68和74；9、17、68和74；10、15、68和74；10、17、68和74；10、18、68和74；10、19、68和74；11、15、68和74；11、14、68和74；11、16、68和74；11、17、68和74；12、14、68和74；12、16、68和74；12、17、68和74；12、19、68和74；13、15、68和74；13、17、68和74；1、14、69和74；1、16、69和74；1、17、69和74；9、14、69和74；9、17、69和74；10、15、69和74；10、17、69和74；10、18、69和74；10、19、69和74；11、15、69和74；11、14、69和74；11、16、69和74；11、17、69和74；12、14、69和74；12、16、69和74；12、17、69和74；12、19、69和74；13、15、69和74；13、17、69和74；1、14、70和74；1、16、70和74；1、17、70和74；9、14、70和74；9、17、70和74；10、15、70和74；10、17、70和74；10、18、70和74；10、19、70和74；11、15、70和74；11、14、70和74；11、16、70和74；11、17、70和74；12、14、70和74；12、16、70和74；12、17、70和74；12、19、70和74；13、15、70和74；13、17、70和74；1、14、71和74；1、16、71和74；1、17、71和74；9、14、71和74；9、17、71和74；10、15、71和74；10、17、71和74；10、18、71和74；10、19、71和74；11、15、71和74；11、14、71和74；11、16、71和74；11、17、71和74；12、14、71和74；12、16、71和74；12、17、71和74；12、19、71和74；13、15、71和74；13、17、71和74；1、14、72和74；1、16、72和74；1、17、72和74；9、14、72和74；9、17、72和74；10、15、72和74；10、17、72和74；10、18、72和74；10、19、72和74；11、15、72和74；11、14、72和74；11、16、72和74；11、17、72和74；12、14、72和74；12、16、72和74；12、17、72和74；12、19、72和74；13、15、72和74；13、17、72和74；1、14、73和74；1、16、73和74；1、17、73和74；9、14、73和74；9、17、73和74；10、15、73和74；10、17、73和74；10、18、73和74；10、19、73和74；11、15、73和74；11、14、73和74；11、16、73和74；11、17、73和74；12、14、73和74；12、16、73和74；12、17、73和74；12、19、73和74；13、15、73和74；或13、17、73和74。
在某些实施例中，本公开提供一种使用治疗组合治疗受试者的方法，所述治疗组合包含本文所述的抗CTLA-4抗体(例如，AGEN1884(IgG1))和抗PD-1抗体(例如，拮抗性抗PD-1抗体)，任选地在不存在用于治疗同一种疾病或病症的同步治疗的情况下。在某些实施例中，抗PD-1抗体是纳武单抗，也被称为BMS-936558或MDX1106，由Bristol-Myers Squibb开发。在某些实施例中，抗PD-1抗体是派姆单抗，也被称为兰利珠单抗(lambrolizumab)或MK-3475，由Merck&Co.开发。在某些实施例中，抗PD-1抗体是匹立珠单抗，也被称为CT-011，由CureTech开发。在某些实施例中，抗PD-1抗体是MEDI0680，也被称为AMP-514，由Medimmune开发。在某些实施例中，抗PD-1抗体是PDR001，由Novartis Pharmaceuticals开发。在某些实施例中，抗PD-1抗体是REGN2810，由Regeneron Pharmaceuticals开发。在某些实施例中，抗PD-1抗体是PF-06801591，由Pfizer开发。在某些实施例中，抗PD-1抗体是BGB-A317，由BeiGene开发。在某些实施例中，抗PD-1抗体是TSR-042，由AnaptysBio和Tesaro开发。在某些实施例中，抗PD-1抗体是SHR-1210，由Hengrui开发。在某些实施例中，抗CTLA-4是AGEN1884(IgG1)并且抗PD-1抗体是派姆单抗。
可用于本文所述的治疗方法中的抗PD-1抗体的其它非限制性实例公开在以下专利和专利申请中，其出于所有目的以全文引用的方式并入本文中：美国专利第6,808,710号；美国专利第7,332,582号；美国专利第7,488,802号；美国专利第8,008,449号；美国专利第8,114,845号；美国专利第8,168,757号；美国专利第8,354,509号；美国专利第8,686,119号；美国专利第8,735,553号；美国专利第8,747,847号；美国专利第8,779,105号；美国专利第8,927,697号；美国专利第8,993,731号；美国专利第9,102,727号；美国专利第9,205,148号；美国公开第US 2013/0202623 A1号；美国公开第US 2013/0291136 A1号；美国公开第US2014/0044738 A1号；美国公开第US 2014/0356363 A1号；美国公开第US 2016/0075783 A1号；以及PCT公开第WO 2013/033091A1号；PCT公开第WO 2015/036394 A1号；PCT公开第WO2014/179664 A2号；PCT公开第WO 2014/209804 A1号；PCT公开第WO 2014/206107 A1号；PCT公开第WO 2015/058573 A1号；PCT公开第WO 2015/085847 A1号；PCT公开第WO 2015/200119 A1号；PCT公开第WO 2016/015685 A1号；和PCT公开第WO 2016/020856 A1号。
在某些实施例中，本公开提供一种使用治疗组合治疗受试者的方法，所述治疗组合包含本文所述的抗PD-1抗体(例如，AGEN2034(IgG4 S228P))和抗CTLA-4抗体(例如，拮抗性抗CTLA-4抗体)，任选地在不存在用于治疗同一种疾病或病症的同步治疗的情况下。在某些实施例中，抗CTLA-4抗体是伊匹单抗。在某些实施例中，抗CTLA-4抗体是曲美木单抗。
受试者中的任何将受益于CTLA-4和/或PD-1功能的抑制的疾病或病症都可以使用本文所述的抗体、治疗组合或药物组合物治疗。本文所述的抗体或治疗组合或药物组合物特别适用于抑制免疫系统对肿瘤的耐受性，并且因此可以用作癌症受试者的免疫疗法。例如，在某些实施例中，本公开提供一种增加受试者中响应于抗原的T细胞活化的方法，所述方法包含向受试者施用有效量的如本文所述的抗体、治疗组合或药物组合物。在某些实施例中，本公开提供一种治疗受试者中的癌症的方法，所述方法包含向受试者施用有效量的如本文所述的抗体、治疗组合或药物组合物。
可以用本文所述的抗体、治疗组合或药物组合物治疗的癌症包括但不限于实体癌(例如，复发性或难治愈实体癌和晚期或转移性实体癌)、癌瘤、肉瘤、黑色素瘤(例如，III期或IV期黑色素瘤)、小细胞肺癌、非小细胞肺癌、泌尿道上皮癌、卵巢癌、前列腺癌(例如，转移性激素难治愈前列腺癌和进展性转移性前列腺癌)、胰腺癌、乳腺癌(例如，HER2+乳腺癌(例如，复发性/难治愈HER2+乳腺癌))、头颈癌(例如，复发性/难治愈头颈部鳞状细胞癌(HNSCC))、神经胶质瘤、恶性神经胶质瘤、多形性成胶质细胞瘤、脑转移、梅克尔癌症(merkel cancer)、胃癌、胃食管癌、肾细胞癌、葡萄膜黑色素瘤、结肠癌、宫颈癌、淋巴瘤(例如，复发性或难治愈淋巴瘤)、非霍奇金氏淋巴瘤(non-Hodgkin's lymbreastcancerphoma)、霍奇金氏淋巴瘤(Hodgkin's lymphoma)、白血病以及多发性骨髓瘤。在某些实施例中，通过瘤内施用本文所述的抗体、治疗组合或药物组合物来治疗癌症。可以通过瘤内施用本文所述的抗体、治疗组合或药物组合物治疗的癌症包括但不限于实体肿瘤(例如，晚期或转移性实体肿瘤)、头颈癌(例如，复发性/难治愈头颈部鳞状细胞癌(HNSCC))以及乳腺癌(例如，HER2+乳腺癌(例如，复发性/难治愈HER2+乳腺癌))。
在某些实施例中，根据本文所述的方法治疗的癌症是转移性或局部晚期癌症(例如，实体肿瘤)。在某些实施例中，在转移性或局部晚期肿瘤的诊断之后(例如，在诊断后1、2、3、4、5或6天；1、2、3、4、6、8或12周；或1、2、3、4、6、8或12个月之内)，根据本文所述的方法作为第一癌症疗法治疗癌症。在某些实施例中，在尽管先前用不同的癌症疗法治疗肿瘤但仍发生的肿瘤进展的诊断之后(例如，在肿瘤进展的诊断之后1、2、3、4、5或6天；1、2、3、4、6、8或12周；或1、2、3、4、6、8或12个月之内)，根据本文所述的方法作为第一癌症疗法治疗癌症，任选地其中本文所述的方法作为所施用的第二癌症疗法提供。在某些实施例中，在不同的癌症疗法的毒性的诊断之后(例如，在不同的癌症疗法的毒性的诊断之后1、2、3、4、5或6天；1、2、3、4、6、8或12周；或1、2、3、4、6、8或12个月之内)，根据本文所述的方法作为第一癌症疗法治疗癌症，任选地其中本文所述的方法作为所施用的第二癌症疗法提供。在某些实施例中，根据本文所述的方法治疗的癌症是没有标准疗法可用的转移性或局部晚期癌症(例如，实体肿瘤)。在其它实施例中，根据本文所述的方法治疗的癌症是标准疗法失败了(即，在标准疗法之后，癌症有进展)的转移性或局部晚期癌症(例如，实体肿瘤)。在某些实施例中，如果癌症是疗法难治愈的，那么所述疗法失败。在某些实施例中，如果癌症在完全或部分响应于疗法之后复发，那么所述疗法失败。在某些实施例中，转移性或局部晚期癌症(例如，实体肿瘤)已从组织学上或细胞学上得到证实。
在某些实施例中，癌症是实体肿瘤。在某些实施例中，癌症(例如，实体肿瘤)表达PD-L1。在某些实施例中，癌症(例如，实体肿瘤)样品中展现可检测的PD-L1表达(例如，部分或完全表达)的肿瘤细胞的百分比是至少1％(例如，至少2％、3％、4％、5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、60％、70％、80％或90％)。在某些实施例中，癌症(例如，实体肿瘤)样品中展现可检测的PD-L1膜表达(例如，部分或完全膜表达)的肿瘤细胞的百分比是至少1％(例如，至少2％、3％、4％、5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、60％、70％、80％或90％)。在某些实施例中，癌症(例如，实体肿瘤)样品中展现可检测的PD-L1膜表达(例如，部分或完全膜表达)的肿瘤细胞的百分比是至少1％。在某些实施例中，癌症(例如，实体肿瘤)样品中展现可检测的PD-L1膜表达(例如，部分或完全膜表达)的肿瘤细胞的百分比是至少5％。在某些实施例中，癌症(例如，实体肿瘤)样品中展现可检测的PD-L1膜表达(例如，部分或完全膜表达)的肿瘤细胞的百分比是至少25％。在某些实施例中，癌症(例如，实体肿瘤)样品中展现可检测的PD-L1膜表达(例如，部分或完全膜表达)的肿瘤细胞的百分比是至少50％。PD-L1的表达(例如，膜表达)可以通过本领域中众所周知的任何方法来检测，包括但不限于免疫组织化学法。用于测量肿瘤细胞中的PD-L1表达的示范性免疫组织化学分析提供于Hirsch等人(2017,《胸部肿瘤学杂志》12(2):208-222)、Rimm等人(2017,《美国医学会杂志：肿瘤学》3(8):1051-1058)以及Diggs和Hsueh(2017,《生物标志物研究》5:12)中，所述文献以全文引用的方式并入本文中。
在某些实施例中，转移性或局部晚期癌症(例如，实体肿瘤)表达PD-L1。在某些实施例中，转移性或局部晚期癌症(例如，实体肿瘤)样品中展现可检测的PD-L1表达(例如，部分或完全表达)的肿瘤细胞的百分比是至少1％(例如，至少2％、3％、4％、5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、60％、70％、80％或90％)。在某些实施例中，转移性或局部晚期癌症(例如，实体肿瘤)样品中展现可检测的PD-L1膜表达(例如，部分或完全膜表达)的肿瘤细胞的百分比是至少1％(例如，至少2％、3％、4％、5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、60％、70％、80％或90％)。在某些实施例中，转移性或局部晚期癌症(例如，实体肿瘤)样品中展现可检测的PD-L1膜表达(例如，部分或完全膜表达)的肿瘤细胞的百分比是至少1％。在某些实施例中，转移性或局部晚期癌症(例如，实体肿瘤)样品中展现可检测的PD-L1膜表达(例如，部分或完全膜表达)的肿瘤细胞的百分比是至少5％。在某些实施例中，转移性或局部晚期癌症(例如，实体肿瘤)样品中展现可检测的PD-L1膜表达(例如，部分或完全膜表达)的肿瘤细胞的百分比是至少25％。在某些实施例中，转移性或局部晚期癌症(例如，实体肿瘤)样品中展现可检测的PD-L1膜表达(例如，部分或完全膜表达)的肿瘤细胞的百分比是至少50％。PD-L1的表达(例如，膜表达)可以通过本领域中众所周知的任何方法来检测，包括但不限于免疫组织化学法。用于测量肿瘤细胞中的PD-L1表达的示范性免疫组织化学分析提供于Hirsch等人(2017,《胸部肿瘤学杂志》12(2):208-222)、Rimm等人(2017,《美国医学会杂志：肿瘤学》3(8):1051-1058)以及Diggs和Hsueh(2017,《生物标志物研究》5:12)中，所述文献以全文引用的方式并入本文中。
在某些实施例中，根据本文所述的方法治疗的癌症是非小细胞肺癌(NSCLC)。在某些实施例中，根据本文所述的方法治疗的癌症是转移性或局部晚期非小细胞肺癌(NSCLC)。在某些实施例中，根据本文所述的方法治疗的癌症是IV期转移性或局部晚期NSCLC。在某些实施例中，根据本文所述的方法治疗的癌症是IV期NSCLC。在某些实施例中，所述方法包含使用治疗组合治疗受试者，所述治疗组合包含(a)本文所述的抗CTLA-4抗体(例如，AGEN1884(IgG1))或包含这类抗CTLA-4抗体的药物组合物；和(b)本文所述的抗PD-1抗体(例如，AGEN2034(IgG4 S228P))或包含这类抗PD-1抗体的药物组合物。在某些实施例中，抗CTLA-4抗体是AGEN1884(IgG1)并且抗PD-1抗体是AGEN2034(IgG4 S228P)。在某些实施例中，抗CTLA-4抗体是AGEN1884(IgG1)并且抗PD-1抗体是派姆单抗。在某些实施例中，NSCLC(例如，IV期转移性或局部晚期NSCLC)样品中展现可检测的PD-L1表达(例如，部分或完全表达)的肿瘤细胞的百分比是至少1％、2％、3％、4％、5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、60％、70％、80％或90％。在某些实施例中，NSCLC(例如，IV期转移性或局部晚期NSCLC)样品中展现可检测的PD-L1膜表达(例如，部分或完全膜表达)的肿瘤细胞的百分比是至少1％、2％、3％、4％、5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、60％、70％、80％或90％。在某些实施例中，NSCLC(例如，IV期转移性或局部晚期NSCLC)样品中展现可检测的PD-L1膜表达(例如，部分或完全膜表达)的肿瘤细胞的百分比是至少1％。在某些实施例中，NSCLC(例如，IV期转移性或局部晚期NSCLC)样品中展现可检测的PD-L1膜表达(例如，部分或完全膜表达)的肿瘤细胞的百分比是至少5％。在某些实施例中，NSCLC(例如，IV期转移性或局部晚期NSCLC)样品中展现可检测的PD-L1膜表达(例如，部分或完全膜表达)的肿瘤细胞的百分比是至少25％。在某些实施例中，NSCLC(例如，IV期转移性或局部晚期NSCLC)样品中展现可检测的PD-L1膜表达(例如，部分或完全膜表达)的肿瘤细胞的百分比是至少50％。在某些实施例中，NSCLC(例如，IV期转移性或局部晚期NSCLC)没有EGFR或ALK基因组肿瘤畸变。在某些实施例中，NSCLC(例如，IV期转移性或局部晚期NSCLC)没有EGFR敏化突变(例如，适合用酪氨酸激酶抑制剂治疗的突变，酪氨酸激酶抑制剂包括埃罗替尼、吉非替尼或阿法替尼)或ALK易位。在某些实施例中，患有NSCLC(例如，IV期转移性或局部晚期NSCLC)的受试者先前不曾接受过针对NSCLC的全身性化疗治疗。在某些实施例中，在NSCLC的诊断之后(例如，在诊断后1、2、3、4、5或6天；1、2、3、4、6、8或12周；或1、2、3、4、6、8或12个月之内)，根据本文所述的方法作为第一癌症疗法治疗NSCLC(例如，IV期转移性或局部晚期NSCLC)。在某些实施例中，所述方法包含使用治疗组合治疗患有NSCLC(例如，IV期转移性或局部晚期NSCLC)的受试者，所述治疗组合包含(a)本文所述的抗CTLA-4抗体，例如AGEN1884(IgG1)，或包含这类抗CTLA-4抗体的药物组合物；和(b)本文所述的抗PD-1抗体，例如AGEN2034(IgG4S228P)，或包含这类抗PD-1抗体的药物组合物，其中NSCLC样品中展现可检测的PD-L1表达(例如，膜表达，部分或完全膜表达)的肿瘤细胞的百分比是至少1％、2％、3％、4％、5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、60％、70％、80％或90％，并且其中所述方法作为第一癌症疗法在NSCLC的诊断之后(例如，在诊断后1、2、3、4、5或6天；1、2、3、4、6、8或12周；或1、2、3、4、6、8或12个月之内)提供。在某些实施例中，所述方法包含使用治疗组合治疗患有NSCLC(例如，IV期转移性或局部晚期NSCLC)的受试者，所述治疗组合包含(a)本文所述的抗CTLA-4抗体，例如AGEN1884(IgG1)，或包含这类抗CTLA-4抗体的药物组合物；和(b)派姆单抗或包含派姆单抗的药物组合物，其中NSCLC样品中展现可检测的PD-L1表达(例如，膜表达，部分或完全膜表达)的肿瘤细胞的百分比是至少1％、2％、3％、4％、5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、60％、70％、80％或90％，并且其中所述方法作为第一癌症疗法在NSCLC的诊断之后(例如，在诊断后1、2、3、4、5或6天；1、2、3、4、6、8或12周；或1、2、3、4、6、8或12个月之内)提供。
在某些实施例中，根据本文所述的方法治疗的癌症是宫颈癌。在某些实施例中，根据本文所述的方法治疗的癌症是转移性或局部晚期的不可切除性鳞状细胞癌、腺鳞癌或子宫颈腺癌。在某些实施例中，根据本文所述的方法治疗的癌症是不可切除性或转移性宫颈癌。在某些实施例中，宫颈癌在标准疗法之后有进展(例如，已在标准疗法之后复发，或是标准疗法难治愈的)。在某些实施例中，标准疗法包含含铂化疗。在某些实施例中，含铂化疗选自由以下组成的组：顺铂(cisplatin)、卡铂(carboplatin)、奥沙利铂(oxaliplatin)、奈达铂(nedaplatin)、沙铂(satraplatin)、吡铂(picoplatin)、三铂(triplatin)、菲铂(phenanthriplatin)、异丙铂(iproplatin)、洛铂(lobapatin)、庚铂(heptaplatin)、利泊铂(lipoplatin)以及其组合。在某些实施例中，标准疗法进一步包含第二化疗。在某些实施例中，第二化疗选自由以下组成的组：核苷酸类似物(例如，吉西他滨(gemcitabine))、叶酸盐抗代谢物(例如，培美曲塞(pemetrexed))、紫杉烷(taxane)(例如，紫杉醇(paclitaxel))。在某些实施例中，标准疗法是本领域中已知的任何基于铂的双重化疗(PT-DC)(也被称为含铂双重疗法)。在某些实施例中，PT-DC包含顺铂和吉西他滨、顺铂和培美曲塞、顺铂和紫杉醇、卡铂和紫杉醇或顺铂和拓扑替康(topotecan)。标准疗法(例如，包含PT-DC的标准疗法)可以任选地进一步包含一种或多种额外疗法，如贝伐单抗(bevacizumab)。在某些实施例中，标准疗法包含紫杉醇和拓扑替康。在某些实施例中，宫颈癌是HPV阳性。在某些实施例中，宫颈癌与微卫星不稳定性相关。在某些实施例中，根据本文所述的方法治疗的癌症是已在施用含铂双重疗法以治疗晚期(复发性、不可切除性或转移性)疾病之后复发的转移性或局部晚期的不可切除性鳞状细胞癌、腺鳞癌或子宫颈腺癌。在某些实施例中，在宫颈癌的诊断之后(例如，在诊断后1、2、3、4、5或6天；1、2、3、4、6、8或12周；或1、2、3、4、6、8或12个月之内)，根据本文所述的方法作为第一癌症疗法治疗宫颈癌。在某些实施例中，在尽管先前用不同的癌症疗法治疗宫颈癌但仍发生的肿瘤进展的诊断之后(例如，在肿瘤进展的诊断之后1、2、3、4、5或6天；1、2、3、4、6、8或12周；或1、2、3、4、6、8或12个月之内)，根据本文所述的方法作为第一癌症疗法治疗宫颈癌，任选地其中本文所述的方法作为所施用的第二癌症疗法提供。在某些实施例中，在不同的癌症疗法的毒性的诊断之后(例如，在不同的癌症疗法的毒性的诊断之后1、2、3、4、5或6天；1、2、3、4、6、8或12周；或1、2、3、4、6、8或12个月之内)，根据本文所述的方法作为第一癌症疗法治疗宫颈癌，任选地其中本文所述的方法作为所施用的第二癌症疗法提供。在某些实施例中，所述方法包含使用治疗组合治疗患有宫颈癌(例如，转移性或局部晚期的不可切除性鳞状细胞癌、腺鳞癌或子宫颈腺癌)的受试者，所述治疗组合包含(a)本文所述的抗CTLA-4抗体，例如AGEN1884(IgG1)，或包含这类抗CTLA-4抗体的药物组合物；和(b)本文所述的抗PD-1抗体，例如AGEN2034(IgG4S228P)，或包含这类抗PD-1抗体的药物组合物，其中所述方法作为第一癌症疗法在宫颈癌的诊断之后(例如，在诊断后1、2、3、4、5或6天；1、2、3、4、6、8或12周；或1、2、3、4、6、8或12个月之内)提供。在某些实施例中，所述方法包含使用治疗组合治疗患有宫颈癌(例如，转移性或局部晚期的不可切除性鳞状细胞癌、腺鳞癌或子宫颈腺癌)的受试者，所述治疗组合包含(a)本文所述的抗CTLA-4抗体，例如AGEN1884(IgG1)，或包含这类抗CTLA-4抗体的药物组合物；和(b)本文所述的抗PD-1抗体，例如AGEN2034(IgG4 S228P)，或包含这类抗PD-1抗体的药物组合物，其中所述方法在尽管先前用不同的癌症疗法治疗宫颈癌但仍发生的肿瘤进展的诊断之后(例如，在肿瘤进展的诊断之后1、2、3、4、5或6天；1、2、3、4、6、8或12周；或1、2、3、4、6、8或12个月内)提供，或在不同的癌症疗法的毒性的诊断之后(例如，在不同的癌症疗法的毒性的诊断之后1、2、3、4、5或6天；1、2、3、4、6、8或12周；或1、2、3、4、6、8或12个月之内)提供，并且其中本文所述的方法作为所施用的第二癌症疗法提供。在某些实施例中，所述方法包含使用治疗组合治疗患有宫颈癌(例如，转移性或局部晚期的不可切除性鳞状细胞癌、腺鳞癌或子宫颈腺癌)的受试者，所述治疗组合包含(a)本文所述的抗CTLA-4抗体，例如AGEN1884(IgG1)，或包含这类抗CTLA-4抗体的药物组合物，和(b)派姆单抗或包含派姆单抗的药物组合物，其中所述方法作为第一癌症疗法在宫颈癌的诊断之后(例如，在诊断后1、2、3、4、5或6天；1、2、3、4、6、8或12周；或1、2、3、4、6、8或12个月之内)提供。在某些实施例中，所述方法包含使用治疗组合治疗患有宫颈癌(例如，转移性或局部晚期的不可切除性鳞状细胞癌、腺鳞癌或子宫颈腺癌)的受试者，所述治疗组合包含(a)本文所述的抗CTLA-4抗体，例如AGEN1884(IgG1)，或包含这类抗CTLA-4抗体的药物组合物；和(b)派姆单抗或包含派姆单抗的药物组合物，其中所述方法在尽管先前用不同的癌症疗法治疗宫颈癌但仍发生的肿瘤进展的诊断之后(例如，在肿瘤进展的诊断之后1、2、3、4、5或6天；1、2、3、4、6、8或12周；或1、2、3、4、6、8或12个月之内)提供，或在不同的癌症疗法的毒性的诊断之后(例如，在不同的癌症疗法的毒性的诊断之后1、2、3、4、5或6天；1、2、3、4、6、8或12周；或1、2、3、4、6、8或12个月之内)提供，并且其中本文所述的方法作为所施用的第二癌症疗法提供。
在某些实施例中，根据本文所述的方法治疗的癌症是皮肤鳞状细胞癌(cSCC)。在某些实施例中，根据本文所述的方法治疗的癌症是IV期皮肤鳞状细胞癌(cSCC)。在某些实施例中，cSCC(例如，IV期cSCC)不能用放疗治愈。在某些实施例中，IV期cSCC根据第八版美国癌症联合委员会分期手册(AJCC-8)从组织学上或细胞学上来诊断。在某些实施例中，所述方法包含使用治疗组合治疗受试者，所述治疗组合包含(a)本文所述的抗CTLA-4抗体(例如，AGEN1884(IgG1))或包含这类抗CTLA-4抗体的药物组合物；和(b)本文所述的抗PD-1抗体(例如，AGEN2034(IgG4 S228P))或包含这类抗PD-1抗体的药物组合物。在某些实施例中，所述方法包含使用本文所述的抗PD-1抗体(例如，AGEN2034(IgG4 S228P))或包含这类抗PD-1抗体的药物组合物作为单一疗法治疗受试者。在某些实施例中，在cSCC(例如，IV期cSCC)的诊断之后(例如，在诊断后1、2、3、4、5或6天；1、2、3、4、6、8或12周；或1、2、3、4、6、8或12个月之内)，根据本文所述的方法作为第一癌症疗法治疗cSCC(例如，IV期cSCC)。在某些实施例中，在尽管先前用不同的癌症疗法治疗cSCC(例如，IV期cSCC)但仍发生的肿瘤进展的诊断之后(例如，在肿瘤进展的诊断之后1、2、3、4、5或6天；1、2、3、4、6、8或12周；或1、2、3、4、6、8或12个月之内)，根据本文所述的方法作为第一癌症疗法治疗cSCC(例如，IV期cSCC)，任选地其中本文所述的方法作为所施用的第二癌症疗法提供。在某些实施例中，在不同的癌症疗法的毒性的诊断之后(例如，在不同的癌症疗法的毒性的诊断之后1、2、3、4、5或6天；1、2、3、4、6、8或12周；或1、2、3、4、6、8或12个月之内)，根据本文所述的方法作为第一癌症疗法治疗cSCC(例如，IV期cSCC)，任选地其中本文所述的方法作为所施用的第二癌症疗法提供。在某些实施例中，所述方法包含使用本文所述的抗PD-1抗体(例如，AGEN2034(IgG4S228P))或包含这类抗PD-1抗体的药物组合物作为单一疗法治疗患有cSCC(例如，IV期cSCC)的受试者，其中所述方法在尽管先前用不同的癌症疗法治疗宫颈癌但仍发生的肿瘤进展的诊断之后(例如，在肿瘤进展的诊断之后1、2、3、4、5或6天；1、2、3、4、6、8或12周；或1、2、3、4、6、8或12个月之内)提供，或在不同的癌症疗法的毒性的诊断之后(例如，在不同的癌症疗法的毒性的诊断之后1、2、3、4、5或6天；1、2、3、4、6、8或12周；或1、2、3、4、6、8或12个月之内)提供，并且其中本文所述的方法作为所施用的第二癌症疗法提供。
在某些实施例中，根据本文所述的方法治疗的癌症是B细胞淋巴瘤(例如，B细胞慢性淋巴细胞性白血病、B细胞非霍奇金淋巴瘤、皮肤B细胞淋巴瘤、弥漫性大B细胞淋巴瘤)、基底细胞癌、膀胱癌、胚细胞瘤、脑转移、乳腺癌、伯基特淋巴瘤(Burkitt lymphoma)、癌瘤(例如，(例如，胃食管结合部的)腺癌)、宫颈癌、结肠癌、结肠直肠癌(结肠癌和直肠癌)、子宫内膜癌、食道癌、尤文氏肉瘤(Ewing sarcoma)、滤泡性淋巴瘤、胃癌、胃食管结合部癌、胃肠癌、成胶质细胞瘤(例如，多形性成胶质细胞瘤，例如新诊断的或复发的)、神经胶质瘤、头颈癌(例如，头颈部鳞状细胞癌)、肝脏转移、霍奇金氏和非霍奇金氏淋巴瘤、肾癌(例如，肾细胞癌和威尔姆斯氏肿瘤(Wilms'tumor))、喉癌、白血病(例如，慢性髓细胞性白血病、毛细胞白血病)、肝癌(例如，肝脏癌瘤和肝细胞瘤)、肺癌(例如，非小细胞肺癌和小细胞肺癌)、成淋巴细胞性淋巴瘤、淋巴瘤、套细胞淋巴瘤、转移性脑瘤、转移性癌症、骨髓瘤(例如，多发性骨髓瘤)、成神经细胞瘤、眼黑色素瘤、口咽癌、骨肉瘤、卵巢癌、胰腺癌(例如，胰腺导管腺癌)、前列腺癌(例如，激素难治愈(例如，去势抗性)、转移性、转移性激素难治愈(例如，去势抗性、雄激素独立))、肾细胞癌(例如，转移性)、唾液腺癌、肉瘤(例如，横纹肌肉瘤)、皮肤癌(例如，黑色素瘤(例如，转移性黑色素瘤))、软组织肉瘤、实体肿瘤、鳞状细胞癌、滑膜肉瘤、睾丸癌、甲状腺癌、移行细胞癌(尿道上皮细胞癌)、葡萄膜黑色素瘤(例如，转移性)、疣状癌、外阴癌以及瓦尔登斯特伦巨球蛋白血症(Waldenstrom macroglobulinemia)。
在某些实施例中，根据本文所述的方法治疗的癌症是人类肉瘤或癌瘤，例如纤维肉瘤、粘液肉瘤、脂肪肉瘤、软骨肉瘤、骨原性肉瘤、脊索瘤、血管肉瘤、内皮肉瘤、淋巴管肉瘤、淋巴内皮肉瘤、滑膜瘤、间皮瘤、尤文氏肿瘤、平滑肌肉瘤、横纹肌肉瘤、结肠癌、胰腺癌、乳腺癌、卵巢癌、前列腺癌、鳞状细胞癌、基底细胞癌、腺癌、汗腺癌、皮脂腺癌、乳头状癌、乳头状腺癌、囊腺癌、髓质癌、支气管癌、肾细胞癌(例如，转移性)、肝细胞瘤、胆管癌、绒膜癌、精原细胞瘤、胚胎性癌、威尔姆斯氏肿瘤、宫颈癌、睾丸肿瘤、肺癌、小细胞肺癌、膀胱癌、上皮癌、神经胶质瘤、多形性成胶质细胞瘤、星形细胞瘤、神经管胚细胞瘤、颅咽管瘤、室管膜瘤、松果体瘤、成血管细胞瘤、听神经瘤、少突神经胶质瘤、脑膜瘤、黑色素瘤、成神经细胞瘤或成视网膜细胞瘤。
在某些实施例中，根据本文所述的方法治疗的癌症是急性淋巴细胞性白血病或急性髓细胞性白血病(例如，成髓细胞性、早幼粒细胞性、骨髓单核细胞性、单核细胞性和红白血病)；慢性白血病(慢性髓细胞性(粒细胞性)白血病或慢性淋巴细胞性白血病)；霍奇金氏病；非霍奇金氏病；急性骨髓性白血病；B细胞淋巴瘤；T细胞淋巴瘤；间变性大细胞淋巴瘤；眼内淋巴瘤；滤泡性淋巴瘤；小肠淋巴瘤；或脾边缘区淋巴瘤。
在某些实施例中，根据本文所述的方法治疗的癌症是多发性骨髓瘤、瓦尔登斯特伦氏巨球蛋白血症、重链疾病、胃肠道间质瘤、头部和/或颈部癌症(例如，下咽鳞状细胞癌、喉鳞状细胞癌、口咽细胞癌或喉疣状癌)、子宫内膜基质肉瘤、肥大细胞肉瘤、成人软组织肉瘤、子宫肉瘤、梅克尔细胞癌、尿路上皮癌、黑色素瘤伴脑转移瘤、葡萄膜黑色素瘤、葡萄膜黑色素瘤伴肝脏转移瘤、非小细胞肺癌、直肠癌或骨髓发育不良综合征。在一些实施例中，根据所述方法治疗的癌症是转移性的。
在某些实施例中，根据本文所述的方法治疗的癌症是前列腺癌、乳腺癌、肺癌、结肠直肠癌、黑色素瘤、支气管癌、膀胱癌、脑或中枢神经系统癌症、外周神经系统癌症、子宫或子宫内膜癌、口腔癌或咽癌、非霍奇金氏淋巴瘤、甲状腺癌、肾癌、胆道癌、小肠或阑尾癌、唾液腺癌、甲状腺癌、肾上腺癌、鳞状细胞癌、间皮瘤、骨癌、胸腺瘤/胸腺癌、成胶质细胞瘤、骨髓发育不良综合征、软组织肉瘤、DIPG、腺癌、骨肉瘤、软骨肉瘤、白血病或胰腺癌。在一些实施例中，根据本文所述的方法治疗的癌症包括癌瘤(例如，腺癌)、淋巴瘤、胚细胞瘤、黑色素瘤、肉瘤或白血病。
在某些实施例中，根据本文所述的方法治疗的癌症是鳞状细胞癌、小细胞肺癌、非小细胞肺癌、胃肠癌、霍奇金氏淋巴瘤、非霍奇金氏淋巴瘤、胰腺癌、成胶质细胞瘤、神经胶质瘤、宫颈癌、卵巢癌、肝癌(例如，肝脏癌瘤和肝细胞瘤)、膀胱癌、乳腺癌、炎性乳腺癌、梅克尔细胞癌、结肠癌、结肠直肠癌、胃癌、膀胱癌、子宫内膜癌、骨髓瘤(例如，多发性骨髓瘤)、唾液腺癌、肾癌(例如，肾细胞癌和威尔姆斯氏肿瘤)、基底细胞癌、黑色素瘤、前列腺癌、外阴癌、甲状腺癌、睾丸癌、食道癌、浆液腺癌或各种类型的头颈癌。在某些实施例中，根据本文所述的方法治疗的癌症包括促结缔组织增生性黑色素瘤、炎性乳腺癌、胸腺瘤、直肠癌、肛门癌或手术可治疗或非手术可治疗的脑干神经胶质瘤。在一个特定实施例中，癌症是实体肿瘤。在另一个特定实施例中，癌症是多形性成胶质细胞瘤。在一些实施例中，多形性成胶质细胞瘤是复发性的。在一些实施例中，多形性成胶质细胞瘤是新诊断的。在一些实施例中，多形性成胶质细胞瘤是在具有非甲基化MGMT启动子的受试者中。在一些实施例中，多形性成胶质细胞瘤是贝伐单抗疗法难治愈的。在一些实施例中，多形性成胶质细胞瘤在尚未接受贝伐单抗疗法的受试者中。
在某些实施例中，根据本文所述的方法治疗的癌症是转移性黑色素瘤(例如，抗性转移性黑色素瘤)、转移性卵巢癌或转移性肾细胞癌。在某些实施例中，根据本文所述的方法治疗的癌症是对伊匹单抗具有抗性的黑色素瘤。在一些实施例中，根据本文所述的方法治疗的癌症是对纳武单抗或派姆单抗具有抗性的黑色素瘤。在一些实施例中，根据本文所述的方法治疗的癌症是对伊匹单抗和纳武单抗或派姆单抗具有抗性的黑色素瘤。
在某些实施例中，根据本文所述的方法治疗的癌症是乳腺癌(例如，赫赛汀(herceptin)抗性乳腺癌和曲妥珠单抗(trastuzumab)-DM1(T-DM1)抗性乳腺癌)、前列腺癌、多形性成胶质细胞瘤、结肠直肠癌、肉瘤、膀胱癌、宫颈癌、HPV相关癌症、阴道癌、外阴癌、阴茎癌、肛门癌、直肠癌、口咽癌、多发性骨髓瘤、肾细胞癌、卵巢癌、肝细胞癌、子宫内膜癌、胰腺癌、淋巴瘤以及白血病(例如，老年白血病、急性骨髓性白血病(AML)以及老年AML)。
在某些实施例中，根据本文所述的方法治疗的癌症是转移性恶性黑色素瘤(例如，皮肤或眼内恶性黑色素瘤)、肾癌(例如，透明细胞癌)、前列腺癌(例如，激素难治愈前列腺腺癌)、乳腺癌、结肠癌、肺癌(例如，非小细胞肺癌)、骨癌、胰腺癌、皮肤癌、头部或颈部癌症、子宫癌、卵巢癌、直肠癌、肛门区癌、胃癌、睾丸癌、子宫癌、输卵管癌、子宫内膜癌、宫颈癌、阴道癌、外阴癌、食道癌、小肠癌、内分泌系统癌症、甲状腺癌、甲状旁腺癌、肾上腺癌、软组织肉瘤、尿道癌、阴茎癌、慢性或急性白血病，包括急性骨髓性白血病、慢性骨髓性白血病、急性成淋巴细胞性白血病、慢性淋巴细胞性白血病、儿童实体肿瘤、淋巴细胞性淋巴瘤、膀胱癌、肾或输尿管癌、肾盂癌、中枢神经系统(CNS)赘生物、原发性CNS淋巴瘤、肿瘤血管生成、脊髓轴肿瘤、脑干神经胶质瘤、神经胶质瘤、垂体腺瘤、卡波西肉瘤(Kaposi'ssarcoma)、表皮样瘤癌、鳞状细胞癌、T细胞淋巴瘤、环境诱发的癌症，包括由石棉诱发的那些癌症、食道癌、肝癌、难治愈或复发性恶性疾病、转移性癌症、表达PD-L1的癌症以及所述癌症的组合。
在某些实施例中，受试者先前已接受免疫疗法。在某些实施例中，受试者先前不曾接受过任何免疫疗法。在某些实施例中，癌症是晚期或转移性癌症。
在某些实施例中，本公开提供一种预防或治疗受试者中的传染病的方法，所述方法包含向受试者施用有效量的本文所述的抗体、治疗组合或药物组合物。在一个实施例中，本文提供用于预防和/或治疗感染(例如，病毒感染、细菌感染、真菌感染、原生动物感染或寄生虫感染)的方法。根据所述方法预防和/或治疗的感染可以由本文中所鉴定的感染物引起。在一个特定实施例中，本文所述的抗体、治疗组合或药物组合物是向受试者施用的唯一活性剂。在一些实施例中，如本文所述的抗体、治疗组合或药物组合物与抗感染干预(例如，抗病毒剂、抗细菌剂、抗真菌剂或抗蠕虫剂)组合用于治疗传染病。
可以通过如本文所述的抗体、治疗组合或药物组合物治疗和/或预防的传染病由感染物引起，感染物包括但不限于细菌、寄生虫、真菌、原生动物以及病毒。在一个特定实施例中，通过如本文所述的抗体、治疗组合或药物组合物治疗和/或预防的传染病由病毒引起。可以根据本文所述的方法预防和/或治疗的病毒性疾病或病毒感染包括但不限于由以下引起的病毒性疾病或病毒感染：甲型肝炎、乙型肝炎、丙型肝炎、流感(例如，甲型流感或乙型流感)、水痘、腺病毒、单纯疱疹I型(HSV-I)、单纯疱疹II型(HSV-II)、牛瘟、鼻病毒、埃可病毒(echovirus)、轮状病毒、呼吸道合胞病毒、乳头状瘤病毒、乳多空病毒、巨细胞病毒、棘状病毒、虫媒病毒、汉坦病毒(huntavirus)、柯萨奇病毒(coxsackie virus)、腮腺炎病毒、麻疹病毒、风疹病毒、脊髓灰质炎病毒、天花、埃-巴二氏病毒(Epstein Barr virus)、人类免疫缺陷病毒I型(HIV-I)、人类免疫缺陷病毒II型(HIV-II)以及例如病毒性脑膜炎、脑炎、登革热(dengue)或天花的病毒性疾病的媒介。
可以预防和/或治疗的细菌感染包括由以下引起的感染：大肠杆菌(Escherichiacoli)、肺炎克雷伯菌(Klebsiella pneumoniae)、金黄色葡萄球菌(Staphylococcusaureus)、粪肠球菌(Enterococcus faecalis)、普通变形杆菌(Proteus vulgaris)、草绿色葡萄球菌(Staphylococcus viridans)以及铜绿假单胞菌(Pseudomonas aeruginosa)。可以根据本文所述的方法预防和/或治疗的由细菌(例如，大肠杆菌、肺炎克雷伯菌、金黄色葡萄球菌、粪肠球菌、普通变形杆菌、草绿色葡萄球菌以及铜绿假单胞菌)引起的细菌性疾病包括但不限于分枝杆菌立克次氏体(Mycobacteria rickettsia)、支原体、奈瑟菌(Neisseria)、肺炎链球菌(S.pneumonia)、伯氏疏螺旋体(Borrelia burgdorferi)(莱姆病(Lyme disease))、炭疽杆菌(Bacillus antracis)(炭疽热)、破伤风、链球菌、葡萄球菌、分枝杆菌、百日咳、霍乱、瘟疫、白喉、衣原体、金黄色葡萄球菌以及军团菌。
可以根据本文所述的方法预防和/或治疗的由原生动物引起的原生动物疾病或原生动物感染包括但不限于利什曼原虫(leishmania)、球虫病、锥虫血吸虫或疟疾。可以根据本文所述的方法预防和/或治疗的由寄生虫引起的寄生虫病或寄生虫感染包括但不限于衣原体和立克次氏体。
可以根据本文所述的方法预防和/或治疗的真菌疾病或真菌感染包括但不限于由以下引起的真菌疾病或真菌感染：念珠菌感染、接合菌病、念珠菌乳腺炎、具有潜伏性毛孢子虫血症的进行性播散性毛孢子菌病、播散性念珠菌病、肺副球孢子菌病、肺曲霉病、卡氏肺囊虫(Pneumocystis carinii)肺炎、隐球菌性脑膜炎、球孢子菌性脑膜脑炎和脑脊髓血管炎、黑曲霉(Aspergillus niger)感染、镰刀菌角膜炎、副鼻窦霉菌病、烟曲霉(Aspergillus fumigatus)心内膜炎、胫骨软骨发育不良、光滑念珠菌(Candida glabrata)阴道炎、口咽念珠菌病、X连锁慢性肉芽肿病、足癣、皮肤念珠菌病、霉菌性胎盘炎、播散性毛孢子菌病、过敏性支气管肺曲霉病、霉菌性角膜炎、新型隐球菌(Cryptococcusneoformans)感染、真菌性腹膜炎、曲弯孢霉(Curvularia geniculata)感染、葡萄球菌性眼内炎、孢子丝菌病以及皮肤癣菌病。
在某些实施例中，传染病是急性的。在某些实施例中，传染病是慢性的。在某些实施例中，传染病由黄病毒引起，例如西尼罗病毒(West Nile virus)、圣路易斯脑炎病毒(Saint Louis encephalitis virus)、波瓦桑病毒(Powassan virus)、蜱传脑炎病毒、登革热病毒、寨卡病毒(zika virus)、科萨努尔森林病病毒(Kyasanur Forest diseasevirus)、黄热病毒以及基孔肯雅病毒(chikungunya virus)。在某些实施例中，传染病由埃博拉病毒(Ebola virus)引起。在某些实施例中，传染病由流感病毒引起。在某些实施例中，传染病由人类免疫缺陷病毒(HIV)、乙型肝炎病毒(HBV)或丙型肝炎病毒(HCV)引起。在某些实施例中，本文所述的抗体、治疗组合或药物组合物有助于病毒控制。在某些实施例中，本文所述的抗体、治疗组合或药物组合物有助于消除病毒库。
在某些实施例中，这些方法进一步包含向受试者施用额外的治疗剂。在某些实施例中，额外的治疗剂是化疗、放疗或检查点靶向剂。在某些实施例中，化疗剂是低甲基化剂(例如，阿扎胞苷(azacitidine))。在某些实施例中，检查点靶向剂选自由以下组成的组：拮抗剂抗CTLA-4抗体、拮抗剂抗PD-L1抗体、拮抗剂抗PD-L2抗体、拮抗剂抗PD-1抗体、拮抗剂抗TIM-3抗体、拮抗剂抗LAG-3抗体、拮抗剂抗CEACAM1抗体、激动剂抗GITR抗体以及激动剂抗OX40抗体。
在某些实施例中，在本文所述的方法中使用抗PD-1抗体。在某些实施例中，抗PD-1抗体是纳武单抗，也被称为BMS-936558或MDX1106，由Bristol-Myers Squibb开发。在某些实施例中，抗PD-1抗体是派姆单抗，也被称为兰利珠单抗或MK-3475，由Merck&Co.开发。在某些实施例中，抗PD-1抗体是匹立珠单抗，也被称为CT-011，由CureTech开发。在某些实施例中，抗PD-1抗体是MEDI0680，也被称为AMP-514，由Medimmune开发。在某些实施例中，抗PD-1抗体是PDR001，由Novartis Pharmaceuticals开发。在某些实施例中，抗PD-1抗体是REGN2810，由Regeneron Pharmaceuticals开发。在某些实施例中，抗PD-1抗体是PF-06801591，由Pfizer开发。在某些实施例中，抗PD-1抗体是BGB-A317，由BeiGene开发。在某些实施例中，抗PD-1抗体是TSR-042，由AnaptysBio和Tesaro开发。在某些实施例中，抗PD-1抗体是SHR-1210，由Hengrui开发。
可用于本文所述的治疗方法中的抗PD-1抗体的其它非限制性实例公开在以下专利和专利申请中，其出于所有目的以全文引用的方式并入本文中：美国专利第6,808,710号；美国专利第7,332,582号；美国专利第7,488,802号；美国专利第8,008,449号；美国专利第8,114,845号；美国专利第8,168,757号；美国专利第8,354,509号；美国专利第8,686,119号；美国专利第8,735,553号；美国专利第8,747,847号；美国专利第8,779,105号；美国专利第8,927,697号；美国专利第8,993,731号；美国专利第9,102,727号；美国专利第9,205,148号；美国公开第US 2013/0202623 A1号；美国公开第US 2013/0291136 A1号；美国公开第US2014/0044738 A1号；美国公开第US 2014/0356363 A1号；美国公开第US 2016/0075783 A1号；以及PCT公开第WO 2013/033091 A1号；PCT公开第WO 2015/036394 A1号；PCT公开第WO2014/179664 A2号；PCT公开第WO 2014/209804 A1号；PCT公开第WO 2014/206107 A1号；PCT公开第WO 2015/058573 A1号；PCT公开第WO 2015/085847 A1号；PCT公开第WO 2015/200119 A1号；PCT公开第WO 2016/015685 A1号；和PCT公开第WO 2016/020856 A1号。
在某些实施例中，在本文所述的方法中使用抗PD-L1抗体。在某些实施例中，抗PD-L1抗体是阿特珠单抗(atezolizumab)，由Genentech开发。在某些实施例中，抗PD-L1抗体是度伐单抗(durvalumab)，由AstraZeneca、Celgene和Medimmune开发。在某些实施例中，抗PD-L1抗体是阿维鲁单抗(avelumab)，也被称为MSB0010718C，由Merck Serono和Pfizer开发。在某些实施例中，抗PD-L1抗体是MDX-1105，由Bristol-Myers Squibb开发。在某些实施例中，抗PD-L1抗体是AMP-224，由Amplimmune和GSK开发。
可以用于本文所述的治疗方法中的抗PD-L1抗体的非限制性实例公开在以下专利和专利申请中，其出于所有目的以全文引用的方式并入本文中：美国专利第7,943,743号；美国专利第8,168,179号；美国专利第8,217,149号；美国专利第8,552,154号；美国专利第8,779,108号；美国专利第8,981,063号；美国专利第9,175,082号；美国公开第US 2010/0203056 A1号；美国公开第US 2003/0232323 A1号；美国公开第US 2013/0323249 A1号；美国公开第US 2014/0341917 A1号；美国公开第US 2014/0044738 A1号；美国公开第US2015/0203580A1号；美国公开第US 2015/0225483 A1号；美国公开第US 2015/0346208 A1号；美国公开第US 2015/0355184 A1号；以及PCT公开第WO 2014/100079 A1号；PCT公开第WO 2014/022758 A1号；PCT公开第WO 2014/055897 A2号；PCT公开第WO 2015/061668 A1号；PCT公开第WO 2015/109124 A1号；PCT公开第WO 2015/195163 A1号；PCT公开第WO2016/000619 A1号；和PCT公开第WO 2016/030350 A1号。
在某些实施例中，本文所述的抗体、治疗组合或药物组合物与靶向免疫调节酶的化合物组合向受试者施用，所述免疫调节酶例如吲哚胺-(2,3)-双加氧酶(IDO)和/或色氨酸2,3-双加氧酶(TDO)。在某些实施例中，这类化合物选自由艾卡哚司他(epacadostat)(Incyte Corp；参见例如WO 2010/005958，其以全文引用的方式并入本文中)、F001287(Flexus Biosciences/Bristol-Myers Squibb)、吲哚莫德(indoximod)(NewLinkGenetics)以及NLG919(NewLink Genetics)组成的组。在一个实施例中，所述化合物是艾卡哚司他。在另一个实施例中，所述化合物是F001287。在另一个实施例中，所述化合物是吲哚莫德。在另一个实施例中，所述化合物是NLG919。在一个特定实施例中，本文所述的抗体、治疗组合或药物组合物与用于治疗癌症的IDO抑制剂组合向受试者施用。如本文所述的用于治疗癌症的IDO抑制剂存在于药物组合物的固体剂型中，例如片剂、丸剂或胶囊，其中药物组合物包括IDO抑制剂和药学上可接受的赋形剂。因此，如本文所述的抗体和如本文所述的IDO抑制剂可以作为单独的剂型分开、依序或同时施用。在一个实施例中，抗体肠胃外施用，并且IDO抑制剂口服施用。在特定实施例中，抑制剂选自由艾卡哚司他(IncyteCorporation)、F001287(Flexus Biosciences/Bristol-Myers Squibb)、吲哚莫德(NewLink Genetics)以及NLG919(NewLink Genetics)组成的组。艾卡哚司他已描述于PCT公开第WO 2010/005958号中，其出于所有目的以全文引用的方式并入本文中。在一个实施例中，所述抑制剂是艾卡哚司他。在另一个实施例中，所述抑制剂是F001287。在另一个实施例中，所述抑制剂是吲哚莫德。在另一个实施例中，所述抑制剂是NLG919。
在某些实施例中，本文所述的抗体、治疗组合或药物组合物与疫苗组合向受试者施用。在某些实施例中，疫苗是基于热休克蛋白的肿瘤疫苗或基于热休克蛋白的病原体疫苗。在一个特定实施例中，本文所述的抗体、治疗组合或药物组合物与基于热休克蛋白的肿瘤疫苗组合向受试者施用。热休克蛋白(HSP)是在所有物种中普遍存在的高度保守蛋白质家族。由于热休克或其它形式的应激，包括暴露于毒素、氧化应激或葡萄糖剥夺，其表达可以被强有力地诱导至更高的水平。已根据分子量对五个家族进行了分类：HSP-110、-90、-70、-60和-28。HSP通过例如巨噬细胞和树突状细胞(DC)的抗原提呈细胞(APC)中的交叉提呈途径递送免疫原性肽，引起T细胞活化。HSP充当肿瘤相关的抗原肽的分子伴侣(chaperone)载体，形成能够诱导肿瘤特异性免疫的复合物。从垂死的肿瘤细胞释放后，HSP-抗原复合物被抗原提呈细胞(APC)吸收，其中抗原被加工成结合MHC I类和II类分子的肽，引起抗肿瘤CD8+和CD4+T细胞的活化。由源自肿瘤制剂的HSP复合物引发的免疫特异性针对由每个受试者的癌症表达的独特抗原肽谱。
热休克蛋白肽复合物(HSPPC)是由与抗原肽非共价复合的热休克蛋白组成的蛋白质肽复合物。HSPPC引发先天性和适应性免疫反应。在一个特定实施例中，抗原肽呈现对所治疗癌症的抗原性。APC通过膜受体(主要是CD91)或通过与Toll样受体结合而有效地捕获HSPPC。HSPPC内化导致APC的功能成熟，伴随着趋化因子和细胞因子产生，导致自然杀伤细胞(NK)、单核细胞以及Th1和Th-2介导的免疫反应的活化。在某些实施例中，本文所述的方法中所用的HSPPC包含一种或多种来自与抗原肽复合的hsp60、hsp70或hsp90应激蛋白家族的热休克蛋白。在某些实施例中，HSPPC包含hsc70、hsp70、hsp90、hsp110、grp170、gp96、钙网蛋白(calreticulin)或其中两种或更多种的组合。
在一个特定实施例中，本文所述的抗体、治疗组合或药物组合物与热休克蛋白肽复合物(HSPPC)，例如热休克蛋白肽复合物-96(HSPPC-96)组合向受试者施用来治疗癌症。HSPPC-96包含与抗原肽复合的96kDa热休克蛋白(Hsp)，gp96。HSPPC-96是由受试者的肿瘤制造的癌症免疫疗法并且含有癌症的抗原“指纹”。在某些实施例中，这种指纹含有仅存在于所述特定受试者的特定癌细胞中的独特抗原，并且注射疫苗旨在刺激受试者的免疫系统识别并攻击任何具有特定癌症指纹的细胞。
在某些实施例中，HSPPC，例如HSPPC-96，由受试者的肿瘤组织产生。在一个特定实施例中，HSPPC(例如，HSPPC-96)由所治疗的癌症类型的肿瘤或其转移产生。在另一个特定实施例中，HSPPC(例如，HSPPC-96)是所治疗的受试者自身的。在某些实施例中，肿瘤组织是非坏死肿瘤组织。在某些实施例中，使用至少1克(例如，至少1、至少2、至少3、至少4、至少5、至少6、至少7、至少8、至少9或至少10克)非坏死肿瘤组织来产生疫苗方案。在某些实施例中，在手术切除之后，在用于疫苗制备之前，冷冻非坏死肿瘤组织。在一些实施例中，HSPPC，例如HSPPC-96，通过纯化技术从肿瘤组织分离，过滤并制备成用于可注射疫苗。在某些实施例中，向受试者施用6-12个剂量的HSPPC，例如HSPCC-96。在这类实施例中，HSPPC，例如HSPPC-96，剂量中的前4个剂量可以每周施用，并且然后2-8个额外剂量每两周施用。
可以根据本文所述的方法使用的HSPPC的其它实例公开在以下专利和专利申请中，其在此以全文引用的方式并入本文中：美国专利第6,391,306号、第6,383,492号、第6,403,095号、第6,410,026号、第6,436,404号、第6,447,780号、第6,447,781号和第6,610,659号。
抗体、治疗组合或药物组合物以及额外的治疗剂(例如，化疗、放疗、检查点靶向剂、IDO抑制剂和/或疫苗)可以作为单独的剂型分开、依序或同时施用。在一个实施例中，本文所述的抗体、治疗组合或药物组合物肠胃外施用，并且IDO抑制剂口服施用。
本文所述的抗体、治疗组合或药物组合物可以通过多种途径向受试者递送。这些途径包括但不限于肠胃外、鼻内、气管内、口服、皮内、局部、肌肉内、腹膜内、经皮、静脉内、瘤内、结膜和皮下途径。还可以采用经肺施用，例如通过使用吸入器或雾化器，和含有适用作喷雾剂的雾化剂的制剂。在某些实施例中，本文所述的抗体、治疗组合或药物组合物皮下或静脉内递送。在某些实施例中，本文所述的抗体、治疗组合或药物组合物瘤内递送。在某些实施例中，将本文所述的抗体、治疗组合或药物组合物递送到肿瘤引流淋巴结中。在某些实施例中，本文所述的抗体、治疗组合或药物组合物通过局部施用(例如，皮下施用)递送。在某些实施例中，本文所述的抗体、治疗组合或药物组合物全身性递送。在某些实施例中，本文所述的抗体、治疗组合或药物组合物局部递送。在某些实施例中，治疗组合包含第一抗体和第二抗体，其中第一抗体和第二抗体通过相同途径(例如，静脉内、皮下或瘤内)递送。在某些实施例中，治疗组合包含第一抗体和第二抗体，其中第一抗体和第二抗体通过不同途径递送。
可有效治疗和/或预防病状的抗体、治疗组合或药物组合物的量将取决于疾病的性质，并且可以通过标准临床技术确定。
组合物中使用的精确剂量还将取决于施用途径和感染或由其引起的疾病的严重性，并且应根据从业者的判断和每个受试者的情况来决定。例如，有效剂量还可以根据施用方式、目标部位、患者的生理状态(包括年龄、体重和健康状况)、患者是人还是动物、所施用的其它药物或治疗是预防性的还是治疗性的而变化。通常，患者是人类，但也可以治疗非人类哺乳动物，包括转基因哺乳动物。最佳调整治疗剂量以优化安全性和功效。
在某些实施例中，本文所述的抗CTLA-4抗体、抗PD-1抗体、抗CTLA-4/PD-1抗体和/或药物组合物按0.01mg/kg、0.03mg/kg、0.1mg/kg、0.3mg/kg、1mg/kg、3mg/kg、6mg/kg、10mg/kg、约0.01mg/kg、约0.03mg/kg、约0.1mg/kg、约0.3mg/kg、约1mg/kg、约3mg/kg、约6mg/kg或约10mg/kg向受试者施用(例如，静脉内、瘤内或皮下)，任选地每一周、两周或三周。
在一个方面，本文提供抗CTLA-4抗体、抗PD-1抗体、抗CTLA-4/PD-1抗体和/或药物组合物，以及任选地额外治疗剂，其用于治疗癌症的方法中、用于增强或诱导免疫反应或用于治疗传染病，其中所述抗体和/或药物组合物按0.01mg/kg、0.03mg/kg、0.1mg/kg、0.3mg/kg、1mg/kg、3mg/kg、6mg/kg、10mg/kg、约0.1mg/kg、约0.3mg/kg、约1mg/kg、约3mg/kg、约6mg/kg或约10mg/kg向受试者施用，任选地每一周、两周或三周。
在一个方面，本文提供本文所述的治疗组合、多特异性抗体、试剂盒和/或药物组合物的用途，其用于制备用于治疗癌症、用于增强或诱导免疫反应或用于治疗传染病的药物。或者，提供治疗组合和/或多特异性抗体的用于制备药物、药物组合物或试剂盒的用途。例如，本文提供抗CTLA-4抗体、抗PD-1抗体、抗CTLA-4/PD-1抗体以及任选地额外治疗剂的用途，其用于制备用于治疗癌症、用于增强或诱导免疫反应或用于治疗传染病的药物组合物、药物或试剂盒。
在某些实施例中，本文所述的抗体或药物组合物按0.01mg/kg或约0.01mg/kg向受试者施用(例如，通过静脉内注塑或通过瘤内注射)，任选地每一周、两周或三周。在某些实施例中，本文所述的抗体或药物组合物按0.03mg/kg或约0.03mg/kg向受试者施用(例如，静脉内、瘤内或皮下)，任选地每一周、两周或三周。在某些实施例中，本文所述的抗体或药物组合物按0.1mg/kg或约0.1mg/kg向受试者施用(例如，静脉内、瘤内或皮下)，任选地每一周、两周或三周。在某些实施例中，本文所述的抗体或药物组合物按0.3mg/kg或约0.3mg/kg向受试者施用(例如，静脉内、瘤内或皮下)，任选地每一周、两周或三周。在某些实施例中，本文所述的抗体或药物组合物按1mg/kg或约1mg/kg向受试者施用(例如，静脉内、瘤内或皮下)，任选地每一周、两周或三周。在某些实施例中，本文所述的抗体或药物组合物按3mg/kg或约3mg/kg向受试者施用(例如，静脉内、瘤内或皮下)，任选地每一周、两周或三周。在某些实施例中，本文所述的抗体或药物组合物按6mg/kg或约6mg/kg向受试者施用(例如，静脉内、瘤内或皮下)，任选地每一周、两周或三周。在某些实施例中，本文所述的抗体或药物组合物按10mg/kg或约10mg/kg向受试者施用(例如，静脉内、瘤内或皮下)，任选地每一周、两周或三周。
第一疗法和第二疗法的治疗组合的有效量包括第一疗法的第一量和第二疗法的第二量，其中所述治疗组合的施用可实现所期望的预防或治疗作用。第一量可以低于、等于或高于第一疗法在单独施用时的有效量，并且第二量可以低于、等于或高于第二疗法在单独施用时的有效量。在某些实施例中，第一量低于第一疗法在单独施用时的有效量。在某些实施例中，第二量低于第二第一疗法在单独施用时的有效量。在某些实施例中，第一量低于第一疗法在单独施用时的有效量，并且第二量低于第二疗法在单独施用时的有效量。
例如，当治疗组合包含本文所述的抗CTLA-4抗体和本文所述的抗PD-1抗体时，这种治疗组合中的抗CTLA-4抗体的有效量可以低于、等于或高于抗CTLA-4抗体在单独施用时的有效量，和/或这种治疗组合中的抗PD-1抗体的有效量可以低于、等于或高于抗PD-1抗体在单独施用时的有效量。在某些实施例中，这种治疗组合中的抗CTLA-4抗体的有效量低于抗CTLA-4抗体在单独施用时的有效量。在某些实施例中，这种治疗组合中的抗PD-1抗体的有效量低于抗PD-1抗体在单独施用时的有效量。在某些实施例中，这种治疗组合中的抗CTLA-4抗体的有效量低于抗CTLA-4抗体在单独施用时的有效量，并且这种治疗组合中的抗PD-1抗体的有效量低于抗PD-1抗体在单独施用时的有效量。
在某些实施例中，治疗组合包含本文所述的按第一频率施用的抗CTLA-4抗体和本文所述的按第二频率施用的抗PD-1抗体。第一频率和第二频率可以独立地选自每周、每两周、每三周、每四周、每六周、每八周、每十二周、每个月、每两个月、每三个月、每四个月、每五个月、每六个月、每八个月以及每年。在某些实施例中，第一频率和第二频率相同。在某些实施例中，第一频率和第二频率不同。在某些实施例中，所述的抗CTLA-4抗体每三周施用并且抗PD-1抗体每两周施用。
治疗组合中的抗CTLA-4抗体和抗PD-1抗体可以同时或依序施用。在某些实施例中，抗CTLA-4抗体和抗PD-1抗体同时施用。在某些实施例中，抗CTLA-4抗体和抗PD-1抗体在同一种药物组合物中施用(例如，作为一种药物组合物提供，或作为单独的药物组合物提供并且在正要施用之前或在施用期间完全或部分混合)。在某些实施例中，抗CTLA-4抗体和抗PD-1抗体依序施用。在某些实施例中，抗CTLA-4抗体和抗PD-1抗体在单独的药物组合物中施用，其中抗CTLA-4抗体在抗PD-1抗体的施用之后(例如，在这之后约1天、2天、3天、4天、5天、6天、7天、10天或14天)施用。在某些实施例中，抗CTLA-4抗体和抗PD-1抗体在单独的药物组合物中施用，其中抗PD-1抗体在抗CTLA-4抗体的施用之后(例如，在这之后约1天、2天、3天、4天、5天、6天、7天、10天或14天)施用。
在某些实施例中，治疗组合包含本文所述的约每六周施用(例如，静脉内)的抗CTLA-4抗体和本文所述的约每两周施用(例如，静脉内)的抗PD-1抗体。在某些实施例中，治疗组合包含本文所述的每六周施用(例如，静脉内)的抗CTLA-4抗体和本文所述的每两周施用(例如，静脉内)的抗PD-1抗体。在某些实施例中，治疗组合包含本文所述的约每六周施用(例如，静脉内)的抗CTLA-4抗体和本文所述的约每三周施用(例如，静脉内)的抗PD-1抗体。在某些实施例中，治疗组合包含本文所述的每六周施用(例如，静脉内)的抗CTLA-4抗体和本文所述的每三周施用(例如，静脉内)的抗PD-1抗体。在某些实施例中，抗CTLA-4抗体与抗PD-1抗体在同一天施用。在某些实施例中，抗CTLA-4抗体的每次施用都与抗PD-1抗体在同一天进行。在某些实施例中，抗CTLA-4抗体在抗PD-1抗体的施用完成之后30分钟或1小时之内施用。
在某些实施例中，抗CTLA-4抗体按0.01mg/kg或约0.01mg/kg施用并且抗PD-1抗体按0.01mg/kg、0.03mg/kg、0.1mg/kg、0.3mg/kg、1mg/kg、3mg/kg、6mg/kg、10mg/kg、约0.1mg/kg、约0.3mg/kg、约1mg/kg、约3mg/kg、约6mg/kg或约10mg/kg施用，任选地每一周、两周或三周。在某些实施例中，抗CTLA-4抗体按0.03mg/kg或约0.03mg/kg施用并且抗PD-1抗体按0.01mg/kg、0.03mg/kg、0.1mg/kg、0.3mg/kg、1mg/kg、3mg/kg、6mg/kg、10mg/kg、约0.1mg/kg、约0.3mg/kg、约1mg/kg、约3mg/kg、约6mg/kg或约10mg/kg施用，任选地每一周、两周或三周。在某些实施例中，抗CTLA-4抗体按0.1mg/kg或约0.1mg/kg施用并且抗PD-1抗体按0.01mg/kg、0.03mg/kg、0.1mg/kg、0.3mg/kg、1mg/kg、3mg/kg、6mg/kg、10mg/kg、约0.1mg/kg、约0.3mg/kg、约1mg/kg、约3mg/kg、约6mg/kg或约10mg/kg施用，任选地每一周、两周或三周。在某些实施例中，抗CTLA-4抗体按0.3mg/kg或约0.3mg/kg施用并且抗PD-1抗体按0.01mg/kg、0.03mg/kg、0.1mg/kg、0.3mg/kg、1mg/kg、3mg/kg、6mg/kg、10mg/kg、约0.1mg/kg、约0.3mg/kg、约1mg/kg、约3mg/kg、约6mg/kg或约10mg/kg施用，任选地每一周、两周或三周。在某些实施例中，抗CTLA-4抗体按1mg/kg或约1mg/kg施用并且抗PD-1抗体按0.01mg/kg、0.03mg/kg、0.1mg/kg、0.3mg/kg、1mg/kg、3mg/kg、6mg/kg、10mg/kg、约0.1mg/kg、约0.3mg/kg、约1mg/kg、约3mg/kg、约6mg/kg或约10mg/kg施用，任选地每一周、两周或三周。在某些实施例中，抗CTLA-4抗体按3mg/kg或约3mg/kg施用并且抗PD-1抗体按0.01mg/kg、0.03mg/kg、0.1mg/kg、0.3mg/kg、1mg/kg、3mg/kg、6mg/kg、10mg/kg、约0.1mg/kg、约0.3mg/kg、约1mg/kg、约3mg/kg、约6mg/kg或约10mg/kg施用，任选地每一周、两周或三周。在某些实施例中，抗CTLA-4抗体按6mg/kg或约6mg/kg施用并且抗PD-1抗体按0.01mg/kg、0.03mg/kg、0.1mg/kg、0.3mg/kg、1mg/kg、3mg/kg、6mg/kg、10mg/kg、约0.1mg/kg、约0.3mg/kg、约1mg/kg、约3mg/kg、约6mg/kg或约10mg/kg施用，任选地每一周、两周或三周。在某些实施例中，抗CTLA-4抗体按10mg/kg或约10mg/kg施用并且抗PD-1抗体按0.01mg/kg、0.03mg/kg、0.1mg/kg、0.3mg/kg、1mg/kg、3mg/kg、6mg/kg、10mg/kg、约0.1mg/kg、约0.3mg/kg、约1mg/kg、约3mg/kg、约6mg/kg或约10mg/kg施用，任选地每一周、两周或三周。抗CTLA-4抗体和抗PD-1抗体可以通过相同或不同的施用途径(例如，如本文所述)同时或依序施用。在某些实施例中，抗CTLA-4抗体和抗PD-1抗体通过静脉内注射(例如，静脉内输注)同时施用。在某些实施例中，抗CTLA-4抗体和抗PD-1抗体均通过静脉内注射(例如，静脉内输注)依序施用。在某些实施例中，抗CTLA-4抗体按0.1mg/kg静脉内施用并且抗PD-1抗体按3mg/kg静脉内施用，任选地每一周、两周或三周。在某些实施例中，抗CTLA-4抗体每三周施用并且抗PD-1抗体每两周施用。
在某些实施例中，抗CTLA-4抗体按约0.3mg/kg或1mg/kg施用(例如，静脉内)，并且抗PD-1抗体按约1mg/kg、3mg/kg、6mg/kg或10mg/kg施用(例如，静脉内)。在某些实施例中，抗CTLA-4抗体按约0.3mg/kg施用(例如，静脉内)并且抗PD-1抗体按约1mg/kg施用(例如，静脉内)。在某些实施例中，抗CTLA-4抗体按约1mg/kg施用(例如，静脉内)并且抗PD-1抗体按约1mg/kg施用(例如，静脉内)。在某些实施例中，抗CTLA-4抗体按约1mg/kg施用(例如，静脉内)并且抗PD-1抗体按约3mg/kg施用(例如，静脉内)。在某些实施例中，抗CTLA-4抗体按约1mg/kg施用(例如，静脉内)并且抗PD-1抗体按约6mg/kg施用(例如，静脉内)。在某些实施例中，抗CTLA-4抗体按0.3mg/kg或1mg/kg施用(例如，静脉内)并且抗PD-1抗体按1mg/kg或3mg/kg施用(例如，静脉内)。在某些实施例中，抗CTLA-4抗体按0.3mg/kg施用(例如，静脉内)并且抗PD-1抗体按1mg/kg施用(例如，静脉内)。在某些实施例中，抗CTLA-4抗体按1mg/kg施用(例如，静脉内)并且抗PD-1抗体按1mg/kg施用(例如，静脉内)。在某些实施例中，抗CTLA-4抗体按1mg/kg施用(例如，静脉内)并且抗PD-1抗体按3mg/kg施用(例如，静脉内)。在某些实施例中，抗CTLA-4抗体按1mg/kg施用(例如，静脉内)并且抗PD-1抗体按6mg/kg施用(例如，静脉内)。在某些实施例中，抗CTLA-4抗体与抗PD-1抗体在同一天施用。在某些实施例中，抗CTLA-4抗体的每次施用都与抗PD-1抗体在同一天进行。在某些实施例中，抗CTLA-4抗体在抗PD-1抗体的施用完成之后30分钟或1小时之内施用。
在某些实施例中，抗CTLA-4抗体，例如AGEN1884(IgG1)，和抗PD-1抗体，例如AGEN2034(IgG4 S228P)，各自按下表13的单行中所示的剂量和频率施用。在某些实施例中，抗CTLA-4抗体，例如AGEN1884(IgG1)，和抗PD-1抗体，例如AGEN2034(IgG4S228P)，各自按下表13的单行中所示的大致剂量和频率施用。在某些实施例中，抗CTLA-4抗体，例如AGEN1884(IgG1)，和抗PD-1抗体，例如AGEN2034(IgG4 S228P)，各自按下表13的单行中所示的剂量和大致频率施用。在某些实施例中，抗CTLA-4抗体，例如AGEN1884(IgG1)，和抗PD-1抗体，例如AGEN2034(IgG4 S228P)，各自按下表13的单行中所示的大致剂量和大致频率施用。在某些实施例中，抗CTLA-4抗体按约0.3mg/kg或1mg/kg约每六周施用(例如，静脉内)，并且抗PD-1抗体按约1mg/kg、3mg/kg、6mg/kg或10mg/kg约每两周施用(例如，静脉内)。在某些实施例中，抗CTLA-4抗体按约0.3mg/kg或1mg/kg约每六周施用(例如，静脉内)，并且抗PD-1抗体按约1mg/kg、3mg/kg、6mg/kg或10mg/kg约每三周施用(例如，静脉内)。在某些实施例中，抗CTLA-4抗体按约0.3mg/kg约每六周施用(例如，静脉内)，并且抗PD-1抗体按约1mg/kg约每两周施用(例如，静脉内)。在某些实施例中，抗CTLA-4抗体按约1mg/kg约每六周施用(例如，静脉内)，并且抗PD-1抗体按约1mg/kg约每两周施用(例如，静脉内)。在某些实施例中，抗CTLA-4抗体按约1mg/kg约每六周施用(例如，静脉内)，并且抗PD-1抗体按约3mg/kg约每两周施用(例如，静脉内)。在某些实施例中，抗CTLA-4抗体按约1mg/kg约每六周施用(例如，静脉内)，并且抗PD-1抗体按约6mg/kg约每三周施用(例如，静脉内)。在某些实施例中，抗CTLA-4抗体按0.3mg/kg或1mg/kg每六周施用(例如，静脉内)，并且抗PD-1抗体按1mg/kg或3mg/kg每两周施用(例如，静脉内)。在某些实施例中，抗CTLA-4抗体按0.3mg/kg每六周施用(例如，静脉内)，并且抗PD-1抗体按1mg/kg每两周施用(例如，静脉内)。在某些实施例中，抗CTLA-4按抗体1mg/kg每六周施用(例如，静脉内)，并且抗PD-1抗体按1mg/kg约每两周施用(例如，静脉内)。在某些实施例中，抗CTLA-4抗体按1mg/kg每六周施用(例如，静脉内)，并且抗PD-1抗体按3mg/kg每两周施用(例如，静脉内)。在某些实施例中，抗CTLA-4抗体按1mg/kg约每六周施用(例如，静脉内)，并且抗PD-1抗体按6mg/kg约每三周施用(例如，静脉内)。在某些实施例中，抗CTLA-4抗体与抗PD-1抗体在同一天施用(例如，静脉内)。在某些实施例中，抗CTLA-4抗体的每次施用都与抗PD-1抗体在同一天进行。在某些实施例中，抗CTLA-4抗体在抗PD-1抗体的施用完成之后30分钟或1小时之内施用。在某些实施例中，抗CTLA-4抗体与抗PD-1抗体在同一天施用。在某些实施例中，抗CTLA-4抗体的每次施用都与抗PD-1抗体在同一天进行。在某些实施例中，抗CTLA-4抗体在抗PD-1抗体的施用完成之后30分钟或1小时之内施用。在某些实施例中，向受试者施用治疗组合，持续至少3、6、9、12、18或24个月。在某些实施例中，向受试者施用治疗组合，持续长达3、6、9、12、18或24个月。
表13.抗CTLA-4抗体和抗PD-1抗体组合的剂量和施用频率.
在某些实施例中，抗CTLA-4抗体，例如AGEN1884(IgG1)，任选地作为单一疗法，按表13的单行中所示的剂量和频率施用。在某些实施例中，抗CTLA-4抗体，例如AGEN1884(IgG1)，任选地作为单一疗法，按表13的单行中所示的大致剂量和频率施用。在某些实施例中，抗CTLA-4抗体，例如AGEN1884(IgG1)，任选地作为单一疗法，按表13的单行中所示的剂量和大致频率施用。在某些实施例中，抗CTLA-4抗体，例如AGEN1884(IgG1)，任选地作为单一疗法，按表13的单行中所示的大致剂量和大致频率施用。在某些实施例中，抗CTLA-4抗体任选地作为单一疗法，按约0.3mg/kg、1mg/kg或3mg/kg约每四周施用(例如，静脉内)。在某些实施例中，抗CTLA-4抗体任选地作为单一疗法，按约0.3mg/kg、1mg/kg或3mg/kg约每六周施用(例如，静脉内)。在某些实施例中，抗CTLA-4抗体任选地作为单一疗法，按约0.3mg/kg、1mg/kg或3mg/kg约每十二周施用(例如，静脉内)。在某些实施例中，抗CTLA-4抗体任选地作为单一疗法，按0.3mg/kg、1mg/kg或3mg/kg每四周施用(例如，静脉内)。在某些实施例中，抗CTLA-4抗体任选地作为单一疗法，按0.3mg/kg、1mg/kg或3mg/kg每六周施用(例如，静脉内)。在某些实施例中，抗CTLA-4抗体任选地作为单一疗法，按0.3mg/kg、1mg/kg或3mg/kg每十二周施用(例如，静脉内)。在某些实施例中，向受试者施用抗CTLA-4抗体，持续至少3、6、9、12、18或24个月。在某些实施例中，向受试者施用抗CTLA-4抗体，持续长达3、6、9、12、18或24个月。
在某些实施例中，抗CTLA-4抗体，例如AGEN1884(IgG1)，按表13的单行中所示的剂量和频率施用，与按200mg每三周施用的派姆单抗组合。在某些实施例中，抗CTLA-4抗体，例如AGEN1884(IgG1)，按表13的单行中所示的大致剂量和频率施用，与按约200mg每三周施用的派姆单抗组合。在某些实施例中，抗CTLA-4抗体，例如AGEN1884(IgG1)，按表13的单行中所示的剂量和大致频率施用，与按200mg约每三周施用的派姆单抗组合。在某些实施例中，抗CTLA-4抗体，例如AGEN1884(IgG1)，按表13的单行中所示的大致剂量和大致频率施用，与按约200mg约每三周施用的派姆单抗组合。在某些实施例中，抗CTLA-4抗体按约0.3mg/kg、1mg/kg或3mg/kg约每四周施用(例如，静脉内)，与按约200mg约每三周施用(例如，静脉内)的派姆单抗组合。在某些实施例中，抗CTLA-4抗体按约0.3mg/kg、1mg/kg或3mg/kg约每六周施用(例如，静脉内)，与按约200mg约每三周施用(例如，静脉内)的派姆单抗组合。在某些实施例中，抗CTLA-4抗体按约0.3mg/kg、1mg/kg或3mg/kg约每十二周施用(例如，静脉内)，与按约200mg约每三周施用(例如，静脉内)的派姆单抗组合。在某些实施例中，抗CTLA-4抗体按0.3mg/kg、1mg/kg或3mg/kg每四周施用(例如，静脉内)，与按200mg每三周施用(例如，静脉内)的派姆单抗组合。在某些实施例中，抗CTLA-4抗体按0.3mg/kg、1mg/kg或3mg/kg每六周施用(例如，静脉内)，与按200mg每三周施用(例如，静脉内)的派姆单抗组合。在某些实施例中，抗CTLA-4抗体按0.3mg/kg、1mg/kg或3mg/kg每十二周施用(例如，静脉内)，与按200mg每三周施用(例如，静脉内)的派姆单抗组合。在某些实施例中，向受试者施用抗CTLA-4抗体和派姆单抗，持续至少3、6、9、12、18或24个月。在某些实施例中，向受试者施用抗CTLA-4抗体和派姆单抗，持续长达3、6、9、12、18或24个月。
在某些实施例中，抗PD-1抗体，例如AGEN2034(IgG4 S228P)，任选地作为单一疗法，按表13的单行中所示的剂量和频率施用。在某些实施例中，抗PD-1抗体，例如AGEN2034(IgG4 S228P)，任选地作为单一疗法，按表13的单行中所示的大致剂量和频率施用。在某些实施例中，抗PD-1抗体，例如AGEN2034(IgG4 S228P)，任选地作为单一疗法，按表13的单行中所示的剂量和大致频率施用。在某些实施例中，抗PD-1抗体，例如AGEN2034(IgG4S228P)，任选地作为单一疗法，按表13的单行中所示的大致剂量和大致频率施用。在某些实施例中，抗PD-1抗体任选地作为单一疗法，按约1mg/kg、3mg/kg、6mg/kg或10mg/kg约每两周施用(例如，静脉内)。在某些实施例中，抗PD-1抗体任选地作为单一疗法，按约1mg/kg、3mg/kg、6mg/kg或10mg/kg约每三周施用(例如，静脉内)。在某些实施例中，抗PD-1抗体任选地作为单一疗法，按1mg/kg、3mg/kg、6mg/kg或10mg/kg每两周施用(例如，静脉内)。在某些实施例中，抗PD-1抗体任选地作为单一疗法，按1mg/kg、3mg/kg、6mg/kg或10mg/kg每三周施用(例如，静脉内)。在某些实施例中，向受试者施用抗PD-1抗体，持续至少3、6、9、12、18或24个月。在某些实施例中，向受试者施用抗PD-1抗体，持续长达3、6、9、12、18或24个月。
在某些实施例中，本公开提供了一种治疗患有血管肉瘤的受试者的方法，所述方法包含向受试者施用(例如，静脉内、瘤内或皮下)有效量的如本文所述的治疗组合和/或多特异性抗体。在某些实施例中，向受试者施用包含本文所述的抗CTLA-4抗体和本文所述的抗PD-1抗体的治疗组合。在某些实施例中，这种治疗组合中的抗CTLA-4抗体的有效量低于抗CTLA-4抗体在单独施用时的有效量。在某些实施例中，抗CTLA-4抗体按0.1mg/kg施用(例如，静脉内、瘤内或皮下)，并且抗PD-1抗体按0.01mg/kg、0.03mg/kg、0.1mg/kg、0.3mg/kg、1mg/kg、3mg/kg、6mg/kg、10mg/kg、约0.1mg/kg、约0.3mg/kg、约1mg/kg、约3mg/kg、约6mg/kg或约10mg/kg施用(例如，静脉内、瘤内或皮下)，任选地每一周、两周或三周。在某些实施例中，抗CTLA-4抗体按0.1mg/kg施用(例如，静脉内)并且抗PD-1抗体按3mg/kg施用(例如，静脉内)，任选地每一周、两周或三周。
6.5抗体制造
与CTLA-4和/或PD-1(例如，人类CTLA-4和/或PD-1)特异性结合的抗体，包括单特异性或多特异性(例如，双特异性)抗体，可以通过本领域中已知的任何用于合成抗体的方法产生，例如通过化学合成或通过重组表达技术。除非另有指示，否则本文所述的方法采用分子生物学、微生物学、遗传分析、重组DNA、有机化学、生物化学、PCR、寡核苷酸合成和修饰、核酸杂交以及本领域技术范围内的相关领域的常规技术。这些技术描述于例如本文所引用的参考文献中并在文献中有充分说明。参见例如Maniatis T等人,(1982)《分子克隆实验指南》(Molecular Cloning:A Laboratory Manual),冷泉港实验室出版社(Cold SpringHarbor Laboratory Press)；Sambrook J等人,(1989),《分子克隆实验指南》,第二版,冷泉港实验室出版社；Sambrook J等人,(2001)《分子克隆实验指南》,冷泉港实验室出版社,纽约州冷泉港(Cold Spring Harbor,NY)；Ausubel FM等人,《最新分子生物学实验方法汇编》(Current Protocols in Molecular Biology),约翰·威利父子出版公司(John Wiley&Sons)(1987和年度更新)；《免疫学最新方案》(Current Protocols in Immunology),约翰·威利父子出版公司(1987和年度更新)Gait(编)(1984)《寡核苷酸合成的实用方法》(Oligonucleotide Synthesis:A Practical Approach),IRL出版社；Eckstein(编)(1991)《寡核苷酸和类似物的实用方法》(Oligonucleotides and Analogues:A PracticalApproach),IRL出版社；Birren B等人(编)(1999)《基因组分析：实验室手册》(GenomeAnalysis:A Laboratory Manual),冷泉港实验室出版社。
在一个特定实施例中，本文所述的抗体是通过任何方法制备、表达、产生或分离的抗体(例如，重组抗体)，所述方法包括例如通过合成，创建DNA序列的基因工程。在某些实施例中，这类抗体包含不天然存在于动物或哺乳动物(例如，人类)体内的抗体胚系谱中的序列(例如，DNA序列或氨基酸序列)。
在某个方面，本文提供一种制造与CTLA-4和/或PD-1特异性结合的抗体(包括例如与人类CTLA-4和/或人类PD-1结合的单特异性或多特异性抗体)的方法，所述方法包含培养本文所述的细胞或宿主细胞。在某个方面，本文提供一种制造与CTLA-4和/或PD-1特异性结合的抗体(包括例如与人类CTLA-4和/或PD-1结合的单特异性或多特异性抗体)的方法，所述方法包含使用本文所述的细胞或宿主细胞(例如，包含编码本文所述的抗体的多核苷酸的细胞或宿主细胞)表达(例如，以重组方式表达)抗体。在一个特定实施例中，所述细胞是分离的细胞。在一个特定实施例中，已将外源多核苷酸引入细胞中。在一个特定实施例中，所述方法进一步包含纯化从细胞或宿主细胞获得的抗体的步骤。
多克隆抗体的制造方法是本领域中已知的(参见例如《精编分子生物学实验指南》(Short Protocols in Molecular Biology)第11章,(2002)第5版,Ausubel FM等人编,约翰·威利父子出版公司,纽约州)。
单克隆抗体可以使用本领域中已知的各种技术制备，包括使用杂交瘤、重组和噬菌体展示技术或其组合。例如，单克隆抗体可以使用杂交瘤技术产生，包括本领域中已知和例如Harlow E&Lane D,《抗体实验指南》(Antibodies:A Laboratory Manual),(冷泉港实验室出版社,第2版1988)；Hammerling GJ等人,《单克隆抗体和T细胞杂交瘤》(MonoclonalAntibodies and T-Cell Hybridomas)563 681(纽约州爱思唯尔(Elsevier,N.Y.),1981)中所教导的那些技术。如本文所用的术语“单克隆抗体”不限于通过杂交瘤技术产生的抗体。例如，可以由外源性表达本文所述的抗体的宿主细胞以重组方式产生单克隆抗体。
在特定实施例中，如本文所用的“单克隆抗体”是通过单细胞(例如，产生重组抗体的杂交瘤或宿主细胞)产生的抗体，其中所述抗体与CTLA-4和/或PD-1特异性结合(包括例如与人类CTLA-4和/或PD-1结合的单特异性或多特异性抗体)，如例如通过ELISA或本领域中或本文提供的实例中已知的其它抗原结合或竞争结合分析所确定。在特定实施例中，单克隆抗体可以是嵌合抗体或人源化抗体。在某些实施例中，单克隆抗体是单价抗体或多价(例如，二价)抗体。在某些实施例中，单克隆抗体可以是Fab片段或F(ab')2片段。本文所述的单克隆抗体可以例如通过如Kohler G&Milstein C(1975)《自然》(Nature)256:495中所述的杂交瘤方法制得，或可以例如使用例如如本文所述的技术从噬菌体库分离。由此表达的单克隆抗体的克隆细胞系的其它制备方法是本领域中众所周知的(参见例如《精编分子生物学实验指南》第11章,(2002)第5版,Ausubel FM等人,同前文献)。
使用杂交瘤技术制造和筛选特异性抗体的方法在本领域中是常规的和众所周知的。例如，在杂交瘤方法中，小鼠或其它适当的宿主动物，如绵羊、山羊、兔、大鼠、仓鼠或猕猴，经过免疫以引发淋巴细胞，所述淋巴细胞产生或能够产生将与用于免疫的蛋白质(例如，CTLA-4或PD-1(例如，人类CTLA-4或PD-1))特异性结合的抗体。或者，淋巴细胞可以在体外免疫。接着可以使用合适的融合剂，例如聚乙二醇，使淋巴细胞与骨髓瘤细胞融合，形成杂交瘤细胞(Goding JW(编),《单克隆抗体：原理和实践》(Monoclonal Antibodies:Principles and Practice),第59-103页(学术出版社(Academic Press),1986))。另外，可以使用多位点重复免疫(repetitive immunization multiple sites，RIMMS)技术使动物免疫(Kilpatrick KE等人,(1997)《杂交瘤》(Hybridoma)16:381-9，以全文引用的方式并入本文中)。
在一些实施例中，小鼠(或其它动物，如大鼠、猴、驴、猪、绵羊、仓鼠或狗)可以用抗原(例如，CTLA-4或PD-1(例如，人类CTLA-4或PD-1))免疫并且一旦检测到免疫反应，例如在小鼠血清中检测到对抗原具有特异性的抗体，就收集小鼠脾脏并分离脾细胞。接着通过众所周知的技术使脾细胞与任何合适的骨髓瘤细胞融合，例如与来自可从美国菌种保藏中心(American Type Culture Collection，)(弗吉尼亚州马纳萨斯(Manassas,VA))得到的细胞系SP20的细胞融合，形成杂交瘤。选择杂交瘤并通过有限稀释法克隆。在某些实施例中，收集已免疫小鼠的淋巴结并将其与NS0骨髓瘤细胞融合。
将由此制备的杂交瘤细胞接种在合适的培养基中并使其在所述培养基中生长，所述培养基任选地含有一种或多种抑制未稠合的亲本骨髓瘤细胞的生长或存活的物质。例如，如果亲本骨髓瘤细胞缺乏酶次黄嘌呤鸟嘌呤磷酸核糖转移酶(HGPRT或HPRT)，那么杂交瘤的培养基通常将包括次黄嘌呤、氨基喋呤(aminopterin)和胸苷(HAT培养基)，这些物质防止HGPRT缺陷型细胞的生长。
特定的实施例采用这样的骨髓瘤细胞，其有效融合，通过所选择的产抗体细胞支持稳定的高水平抗体产生，并且对例如HAT培养基的培养基敏感。这些骨髓瘤细胞系是鼠类骨髓瘤系，如NS0细胞系或衍生自可从美国加利福尼亚州圣地亚哥的索尔克研究所细胞分配中心(Salk Institute Cell Distribution Center,San Diego,CA,USA)得到的MOPC-21和MPC-11小鼠肿瘤的骨髓瘤细胞系，以及可从美国马里兰州罗克维尔(Rockville,MD,USA)的美国菌种保藏中心得到的SP-2或X63-Ag8.653细胞。人类骨髓瘤和小鼠-人类杂交骨髓瘤细胞系也已被描述用于产生人类单克隆抗体(Kozbor D(1984)《免疫学杂志》133:3001-5；Brodeur等人,《单克隆抗体产生技术和应用》(Monoclonal Antibody ProductionTechniques and Applications),第51-63页(Marcel Dekker公司,纽约,1987))。
分析杂交瘤细胞所生长的培养基中针对CTLA-4和/或PD-1(例如，人类CTLA-4和/或PD-1)的单克隆抗体的产生。由杂交瘤细胞产生的单克隆抗体的结合特异性通过本领域中已知的方法，例如免疫沉淀来测定，或通过体外结合分析，如放射免疫分析(RIA)或酶联免疫吸附分析(ELISA)来测定。
在鉴定了产生具有所期望的特异性、亲和力和/或活性的抗体的杂交瘤细胞之后，克隆可以通过限制稀释程序进行亚克隆并通过标准方法生长(Goding JW(编),《单克隆抗体：原理和实践》,同前文献)。用于这一目的的合适的培养基包括例如D-MEM或RPMI 1640培养基。另外，杂交瘤细胞可以在动物中在体内生长成腹水肿瘤。
可以通过常规免疫球蛋白纯化程序，例如蛋白质A-琼脂糖凝胶、羟磷灰石色谱法、凝胶电泳、透析或亲和色谱法，将亚克隆分泌的单克隆抗体与培养基、腹水液或血清适当地分离。
本文所述的抗体可以通过本领域技术人员已知的任何技术产生。例如，本文所述的Fab和F(ab')2片段可以使用酶，如木瓜蛋白酶(用以产生Fab片段)或胃蛋白酶(用以产生F(ab')2片段)，通过免疫球蛋白分子的蛋白水解裂解产生。Fab片段与四聚体抗体分子的两条相同的臂中的一条对应并且含有与重链的VH和CH1结构域配对的整条轻链。F(ab')2片段含有四聚体抗体分子的通过铰链区中的二硫键连接的两个抗原结合臂。
此外，本文所述的抗体或抗原结合片段还可以使用本领域中已知的各种噬菌体展示方法产生。在噬菌体展示方法中，蛋白质在携带编码它们的多核苷酸序列的噬菌体颗粒的表面上展示。具体来说，编码重链和轻链可变区的DNA序列从动物cDNA库(例如，受影响组织的人类或鼠类cDNA库)扩增。将编码重链和轻链可变区的DNA与scFv接头通过PCR重组在一起并克隆到噬菌粒载体中。将载体在大肠杆菌中电穿孔并用辅助噬菌体感染大肠杆菌。这些方法中所用的噬菌体通常是丝状噬菌体，包括fd和M13，并且重链和轻链可变区通常与噬菌体基因III或基因VIII以重组方式融合。表达与特定抗原结合的抗体的噬菌体可以用抗原选择或鉴定，例如使用带标记的抗原或被结合或捕获在固体表面或珠粒上的抗原。可用于制造本文所述的抗体的噬菌体展示方法的实例包括以下文献中所公开的那些：Brinkman U等人,(1995)《免疫学方法杂志》(J Immunol Methods)182:41-50；Ames RS等人,(1995)《免疫学方法杂志》184:177-186；Kettleborough CA等人,(1994)《欧洲免疫学杂志》24:952-958；Persic L等人,(1997)《基因》(Gene)187:9-18；Burton DR&Barbas CF(1994)《免疫学进展》(Advan Immunol)57:191-280；PCT申请第PCT/GB91/001134号；国际公开第WO 90/02809号、第WO 91/10737号、第WO 92/01047号、第WO 92/18619号、第WO 93/11236号、第WO 95/15982号、第WO 95/20401号和第WO 97/13844号；以及美国专利第5,698,426号、第5,223,409号、第5,403,484号、第5,580,717号、第5,427,908号、第5,750,753号、第5,821,047号、第5,571,698号、第5,427,908号、第5,516,637号、第5,780,225号、第5,658,727号、第5,733,743号和第5,969,108号。
如以上参考文献中所述，在噬菌体选择之后，可以将抗体编码区与噬菌体分离并将其用于产生抗体，包括人类抗体，并且在任何所期望的宿主中表达，包括哺乳动物细胞、昆虫细胞、植物细胞、酵母以及细菌，例如如下所述。还可以使用本领域中已知的方法，采用以重组方式产生抗体的技术，所述抗体例如Fab、Fab'和F(ab')2片段，所述方法例如PCT公开第WO 92/22324号；Mullinax RL等人,(1992)《生物技术》(BioTechniques)12(6):864-9；Sawai H等人,(1995)《美国生殖免疫学杂志》(Am J Reprod Immunol)34:26-34；以及Better M等人,(1988)《科学》240:1041-1043中所公开的那些。
在一个方面，为了产生抗体，可以使用包括重链或轻链可变区核苷酸序列、限制位点以及用以保护限制位点的侧翼序列的PCR引物，从模板，例如scFv克隆，扩增重链或轻链可变区序列。采用本领域技术人员已知的克隆技术，可以将PCR扩增的重链可变区克隆到表达重链恒定区的载体中，并且可以将PCR扩增的轻链可变区克隆到表达轻链恒定区，例如人类κ或λ恒定区的载体中。还可以将重链和轻链可变区克隆到表达必需恒定区的一个载体中。接着使用本领域技术人员已知的技术，将重链转化载体和轻链转化载体共转染到细胞系中，以产生表达抗体，例如IgG的稳定或瞬时细胞系。
嵌合抗体是抗体的不同部分衍生自不同免疫球蛋白分子的分子。例如，嵌合抗体可以含有与人类抗体的恒定区融合的小鼠或大鼠单克隆抗体的可变区。嵌合抗体的制造方法是本领域中已知的。参见例如Morrison SL(1985)《科学》229:1202-7；Oi VT&MorrisonSL(1986)《生物技术》4:214-221；Gillies SD等人,(1989)《免疫学方法杂志》125:191-202；以及美国专利第5,807,715号、第4,816,567号、第4,816,397号和第6,331,415号。
人源化抗体能够与预定抗原结合并且包含基本上具有人类免疫球蛋白的氨基酸序列的框架区和基本上具有非人类免疫球蛋白(例如，鼠类免疫球蛋白)的氨基酸序列的CDR。在特定实施例中，人源化抗体还包含免疫球蛋白恒定区(Fc)的至少一部分，通常是人类免疫球蛋白的恒定区的至少一部分。抗体还可以包括重链的CH1、铰链、CH2、CH3和CH4区域。人源化抗体可以选自免疫球蛋白的任何类别，包括IgM、IgG、IgD、IgA和IgE，和任何同种型，包括IgG1、IgG2、IgG3和IgG4。人源化抗体可以使用本领域中已知的各种技术产生，包括但不限于CDR移植(欧洲专利第EP 239400号；国际公开第WO 91/09967号；以及美国专利第5,225,539号、第5,530,101号和第5,585,089号)；镶饰(veneering)或表面重塑(resurfacing)(欧洲专利第EP 592106号和第EP 519596号；Padlan EA(1991)《分子免疫学》(Mol Immunol)28(4/5):489-498；Studnicka GM等人,(1994)《蛋白质工程》(ProtEngineering)7(6):805-814；以及Roguska MA等人,(1994)PNAS 91:969-973)；链改组(chain shuffling)(美国专利第5,565,332号)；以及以下文献中所公开的技术：例如美国专利第6,407,213号、美国专利第5,766,886号、国际公开第WO 93/17105号；Tan P等人,(2002)《免疫学杂志》169:1119-25；Caldas C等人,(2000)《蛋白质工程》13(5):353-60；Morea V等人,(2000)《方法》(Methods)20(3):267-79；Baca M等人,(1997)《生物化学杂志》272(16):10678-84；Roguska MA等人,(1996)《蛋白质工程》9(10):895 904；Couto JR等人,(1995)《癌症研究》(Cancer Res.)55(23增刊):5973s-5977s；Couto JR等人,(1995)《癌症研究》55(8):1717-22；Sandhu JS(1994)《基因》150(2):409-10；以及Pedersen JT等人,(1994)《分子生物学杂志》235(3):959-73。还参见美国申请公开第US 2005/0042664 A1号(2005年2月24日)，其以全文引用的方式并入本文中。
单结构域抗体，例如缺乏轻链的抗体，可以通过本领域中众所周知的方法产生。参见Riechmann L&Muyldermans S(1999)《免疫学杂志》231:25-38；Nuttall SD等人,(2000)《当今药物生物技术》(Curr Pharm Biotechnol)1(3):253-263；Muyldermans S,(2001)《生物技术杂志》(J Biotechnol)74(4):277-302；美国专利第6,005,079号；以及国际公开第WO94/04678号、第WO 94/25591号和第WO 01/44301号。
此外，使用本领域的普通技术人员众所周知的技术，与CTLA-4和/或PD-1抗原特异性结合的抗体又可以用以产生“模拟”抗原的抗独特型抗体。(参见例如Greenspan NS&BonaCA(1989)《美国实验生物学会联合会杂志》(FASEB J)7(5):437-444；和Nissinoff A(1991)《免疫学杂志》147(8):2429-2438)。
在特定实施例中，本文所述的抗体或其抗原结合片段是人类抗体，其与本文所述的抗CTLA-4或抗PD-1抗体或其抗原结合片段结合CTLA-4和/或PD-1(例如，人类CTLA-4和/或PD-1)的同一种表位。在特定实施例中，本文所述的抗体是人类抗体，其竞争性地阻断(例如，以剂量依赖性方式)本文所述的抗体中的任一个与CTLA-4或PD-1(例如，人类CTLA-4或PD-1)结合。人类抗体可以使用本领域中已知的任何方法产生。例如，可以使用不能表达功能性内源免疫球蛋白，但是可以表达人类免疫球蛋白基因的转基因小鼠。具体来说，可以将人类重链和轻链免疫球蛋白基因复合物随机地或通过同源重组引入小鼠胚胎干细胞中。或者，除了人类重链和轻链基因之外，还可以将人类可变区、恒定区和多样性区域引入小鼠胚胎干细胞中。可以与通过同源重组引入人类免疫球蛋白基因座分开或同时，使小鼠重链和轻链免疫球蛋白基因不具功能性。具体来说，JH区的纯合缺失将防止产生内源性抗体。使经过修饰的胚胎干细胞扩增并显微注射到囊胚中以产生嵌合小鼠。接着饲养嵌合小鼠以产生表达人类抗体的纯合子代。用选定的抗原，例如抗原(例如，CTLA-4或PD-1)的全部或一部分，以正常方式对转基因小鼠进行免疫。可以使用常规杂交瘤技术，从经过免疫的转基因小鼠获得针对所述抗原的单克隆抗体。转基因小鼠所携带的人类免疫球蛋白转基因在B细胞分化期间重排，并且随后经历类别转换和体细胞突变。因此，使用这种技术，有可能产生在治疗上有用的IgG、IgA、IgM和IgE抗体。关于人类抗体的这种制造技术的概述，参见LonbergN&Huszar D(1995)《国际免疫学评论》(Int Rev Immunol)13:65-93。关于人类抗体和人类单克隆抗体的这种制造技术和这类抗体的制造方案的详细论述，参见例如国际公开第WO98/24893号、第WO 96/34096号和第WO 96/33735号；以及美国专利第5,413,923号、第5,625,126号、第5,633,425号、第5,569,825号、第5,661,016号、第5,545,806号、第5,814,318号和第5,939,598号。能够产生人类抗体的小鼠的实例包括XenomouseTM(Abgenix公司；美国专利第6,075,181号和第6,150,184号)、HuAb-MouseTM(Mederex公司/Gen Pharm；美国专利第5,545,806号和第5,569,825号)、Trans Chromo MouseTM(Kirin)以及KM MouseTM(Medarex/Kirin)。
与CTLA-4和/或PD-1特异性结合的人类抗体或抗原结合片段(包括例如与人类CTLA-4和/或PD-1结合的单特异性或多特异性抗体)可以通过本领域中已知的多种方法制得，包括上文所述的噬菌体展示方法，使用衍生自人类免疫球蛋白序列的抗体库。还参见美国专利第4,444,887号、第4,716,111号和第5,885,793号；以及国际公开第WO 98/46645号、第WO 98/50433号、第WO 98/24893号、第WO 98/16654号、第WO 96/34096号、第WO 96/33735号和第WO 91/10741号。
在一些实施例中，人类抗体可以使用小鼠-人类杂交瘤产生。例如，经过埃-巴二氏病毒(EBV)转化的人类外周血淋巴细胞可以与小鼠骨髓瘤细胞融合，产生分泌人类单克隆抗体的小鼠-人类杂交瘤，并且这些小鼠-人类杂交瘤可以经过筛选以确定分泌与靶抗原(例如，CTLA-4或PD-1，例如人类CTLA-4或PD-1)特异性结合的人类单克隆抗体的小鼠-人类杂交瘤。这种方法是本领域中已知的并且已有描述，参见例如Shinmoto H等人,(2004)《细胞工程技术》(Cytotechnology)46:19-23；Naganawa Y等人,(2005)《人类抗体》(HumanAntibodies)14:27-31。
双特异性二价抗体和其制造方法描述于例如美国专利第5,731,168号、第5,807,706号、第5,821,333号以及美国申请公开第2003/020734号和第2002/0155537号中；其各自以全文引用的方式并入本文中。双特异性四价抗体和其制造方法描述于例如国际申请公开第WO02/096948号和第WO00/44788号中，其公开内容均以全文引用的方式并入本文中。一般参见国际申请公开第WO93/17715号、第WO92/08802号、第WO91/00360号和第WO92/05793号；Tutt等人,《免疫学杂志》147:60-69(1991)；美国专利第4,474,893号、第4,714,681号、第4,925,648号、第5,573,920号和第5,601,819号；以及Kostelny等人,《免疫学杂志》148:1547-1553(1992)；其各自以全文引用的方式并入本文中。
一种用于产生双特异性抗体的方法被称为“杵-臼”策略(参见例如国际公开WO2006/028936)。在这种技术中，通过使所选择的氨基酸突变，在IgG中形成CH3结构域的界面，Ig重链的错配减少。在CH3结构域内两条重链直接相互作用的位置处，将具有小侧链的氨基酸(臼)引入一条重链的序列中并将具有大侧链的氨基酸(杵)引入另一条重链上对应的相互作用残基位置。在一些实施例中，本文所述的组合物具有免疫球蛋白链，其中CH3结构域已通过使所选择的在两个多肽之间的界面处相互作用的氨基酸突变而修饰，以形成双特异性抗体。双特异性抗体可以由相同亚类(例如，IgG1或IgG3)或不同亚类(例如，IgG1和IgG3，或IgG3和IgG4)的免疫球蛋白链构成。
在一个实施例中，与CTLA-4和/或PD-1结合的双特异性抗体包含“杵链”中的T366W突变和“臼链”中的T366S、L368A、Y407V突变，以及任选地在CH3结构域之间的额外链间二硫桥键，通过例如将Y349C突变引入“杵链”和将E356C突变或S354C突变引入“臼链”；“杵链”中的R409D、K370E突变和“臼链”中的D399K、E357K突变；“杵链”中的R409D、K370E突变和“臼链”中的D399K、E357K突变；“杵链”中的T366W突变和“臼链”中的T366S、L368A、Y407V突变；“杵链”中的R409D、K370E突变和“臼链”中的D399K、E357K突变；其中一条链中的Y349C、T366W突变和对应链中的E356C、T366S、L368A、Y407V突变；一条链中的Y349C、T366W突变和对应链中的S354C、T366S、L368A、Y407V突变；一条链中的Y349C、T366W突变和对应链中的S354C、T366S、L368A、Y407V突变；以及一条链中的Y349C、T366W突变和对应链中的S354C、T366S、L368A、Y407V突变，根据EU编号系统编号。
与CTLA-4和/或PD-1结合的双特异性抗体在一些情况下可以含有IgG4和IgG1、IgG4和IgG2、IgG4和IgG2、IgG4和IgG3、或IgG1和IgG3链异源二聚体。这种异源二聚重链抗体可以通过例如修饰所选择的氨基酸，在人类IgG4和IgG1或IgG3中形成CH3结构域的界面，以便促进异源二聚体重链形成而常规地工程化。
在特定实施例中，多特异性(例如，双特异性)抗体可以是嵌合抗体或人源化抗体。在某些实施例中，多特异性(例如，双特异性)抗体可以是F(ab')2片段。F(ab')2片段含有四聚体抗体分子的通过铰链区中的二硫键连接的两个抗原结合臂。
本文所述的多特异性(例如，双特异性)抗体可以通过本领域技术人员已知的任何技术产生。例如，本文所述的F(ab')2片段可以使用酶，如胃蛋白酶，通过免疫球蛋白分子的蛋白水解裂解产生。
6.6试剂盒
还提供了试剂盒，其包含本文所述的一种或多种抗体、或其治疗组合、药物组合物或缀合物。在一个特定实施例中，本文提供一种药包或试剂盒，其包含一个或多个容器，这一个或多个容器填充有本文所述的药物组合物的成分中的一种或多种，如本文所提供的一种或多种抗体。在一些实施例中，试剂盒含有本文所述的一种或多种药物组合物和任何预防剂或治疗剂，如本文所述的那些。在某些实施例中，试剂盒可以含有T细胞有丝分裂原，例如，植物血球凝集素(PHA)和/或乙酸肉豆蔻佛波醇(phorbol myristate acetate，PMA)，或TCR复合物刺激抗体，如抗CD3抗体和抗CD28抗体。任选地与这样的容器相关的可以是呈由管理医药或生物产品的制造、使用或销售的政府机构规定的形式的注意事项，所述注意事项反映了所述机构对用于人类施用的制造、使用或销售的批准。
在某些实施例中，试剂盒包含填充有包含本文所述的抗CTLA-4/PD-1抗体的药物组合物的容器。在某些实施例中，试剂盒包含填充有包含有效量的本文所述的抗CTLA-4/PD-1抗体的药物组合物的容器。
在某些实施例中，试剂盒包含填充有包含抗CTLA-4抗体的药物组合物的第一容器和填充有包含抗PD-1抗体的药物组合物的第二容器。抗CTLA-4抗体和抗PD-1抗体的组合可以是本文所述的抗CTLA-4抗体和本文所述的抗PD-1抗体的任何组合。在某些实施例中，试剂盒包含填充有包含与CTLA-4(例如，人类CTLA-4)特异性结合的第一抗体的药物组合物的第一容器和填充有包含与PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合的第二抗体的药物组合物的第二容器，其中第一抗体的CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2和CDRL3和第二抗体的CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2和CDRL3包含表11的单行中所列的氨基酸序列。在某些实施例中，试剂盒包含填充有包含与CTLA-4(例如，人类CTLA-4)特异性结合的第一抗体的药物组合物的第一容器和填充有包含与PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合的第二抗体的药物组合物的第二容器，其中第一抗体的CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2和CDRL3和第二抗体的CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2和CDRL3分别包含以下中所示的氨基酸序列：SEQ ID NO:20、22、24、27、30、36、75、76、80、83、84和85；20、22、24、29、32、37、75、76、80、83、84和85；20、22、24、29、33、38、75、76、80、83、84和85；21、22、24、27、30、36、75、76、80、83、84和85；21、22、24、29、33、38、75、76、80、83、84和85；20、22、24、28、31、36、75、76、80、83、84和85；20、22、24、29、34、36、75、76、80、83、84和85；20、22、24、29、35、38、75、76、80、83、84和85；21、22、26、27、30、36、75、76、80、83、84和85；21、22、26、29、32、37、75、76、80、83、84和85；21、22、26、29、33、38、75、76、80、83、84和85；21、22、26、29、35、38、75、76、80、83、84和85；20、22、24、27、30、36、75、76、81、83、84和85；20、22、24、29、32、37、75、76、81、83、84和85；20、22、24、29、33、38、75、76、81、83、84和85；21、22、24、27、30、36、75、76、81、83、84和85；21、22、24、29、33、38、75、76、81、83、84和85；20、22、24、28、31、36、75、76、81、83、84和85；20、22、24、29、34、36、75、76、81、83、84和85；20、22、24、29、35、38、75、76、81、83、84和85；21、22、26、27、30、36、75、76、81、83、84和85；21、22、26、29、32、37、75、76、81、83、84和85；21、22、26、29、33、38、75、76、81、83、84和85；21、22、26、29、35、38、75、76、81、83、84和85；20、22、24、27、30、36、75、76、82、83、84和85；20、22、24、29、32、37、75、76、82、83、84和85；20、22、24、29、33、38、75、76、82、83、84和85；21、22、24、27、30、36、75、76、82、83、84和85；21、22、24、29、33、38、75、76、82、83、84和85；20、22、24、28、31、36、75、76、82、83、84和85；20、22、24、29、34、36、75、76、82、83、84和85；20、22、24、29、35、38、75、76、82、83、84和85；21、22、26、27、30、36、75、76、82、83、84和85；21、22、26、29、32、37、75、76、82、83、84和85；21、22、26、29、33、38、75、76、82、83、84和85；21、22、26、29、35、38、75、76、82、83、84和85；20、22、24、27、30、36、75、77、81、83、84和85；20、22、24、29、32、37、75、77、81、83、84和85；20、22、24、29、33、38、75、77、81、83、84和85；21、22、24、27、30、36、75、77、81、83、84和85；21、22、24、29、33、38、75、77、81、83、84和85；20、22、24、28、31、36、75、77、81、83、84和85；20、22、24、29、34、36、75、77、81、83、84和85；20、22、24、29、35、38、75、77、81、83、84和85；21、22、26、27、30、36、75、77、81、83、84和85；21、22、26、29、32、37、75、77、81、83、84和85；21、22、26、29、33、38、75、77、81、83、84和85；21、22、26、29、35、38、75、77、81、83、84和85；20、22、24、27、30、36、75、78、81、83、84和85；20、22、24、29、32、37、75、78、81、83、84和85；20、22、24、29、33、38、75、78、81、83、84和85；21、22、24、27、30、36、75、78、81、83、84和85；21、22、24、29、33、38、75、78、81、83、84和85；20、22、24、28、31、36、75、78、81、83、84和85；20、22、24、29、34、36、75、78、81、83、84和85；20、22、24、29、35、38、75、78、81、83、84和85；21、22、26、27、30、36、75、78、81、83、84和85；21、22、26、29、32、37、75、78、81、83、84和85；21、22、26、29、33、38、75、78、81、83、84和85；21、22、26、29、35、38、75、78、81、83、84和85；20、22、24、27、30、36、75、79、81、83、84和85；20、22、24、29、32、37、75、79、81、83、84和85；20、22、24、29、33、38、75、79、81、83、84和85；21、22、24、27、30、36、75、79、81、83、84和85；21、22、24、29、33、38、75、79、81、83、84和85；20、22、24、28、31、36、75、79、81、83、84和85；20、22、24、29、34、36、75、79、81、83、84和85；20、22、24、29、35、38、75、79、81、83、84和85；21、22、26、27、30、36、75、79、81、83、84和85；21、22、26、29、32、37、75、79、81、83、84和85；21、22、26、29、33、38、75、79、81、83、84和85；或21、22、26、29、35、38、75、79、81、83、84和85。
在某些实施例中，试剂盒包含填充有包含与CTLA-4(例如，人类CTLA-4)特异性结合的第一抗体的药物组合物的第一容器和填充有包含与PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合的第二抗体的药物组合物的第二容器，其中第一抗体的重链可变区和轻链可变区和第二抗体的重链可变区和轻链可变区包含表12的单行中所列的氨基酸序列。在某些实施例中，试剂盒包含填充有包含与CTLA-4(例如，人类CTLA-4)特异性结合的第一抗体的药物组合物的第一容器和填充有包含与PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合的第二抗体的药物组合物的第二容器，其中第一抗体的重链可变区和轻链可变区和第二抗体的重链可变区和轻链可变区分别包含以下中所示的氨基酸序列：SEQ ID NO:1、14、67和74；1、16、67和74；1、17、67和74；9、14、67和74；9、17、67和74；10、15、67和74；10、17、67和74；10、18、67和74；10、19、67和74；11、15、67和74；11、14、67和74；11、16、67和74；11、17、67和74；12、14、67和74；12、16、67和74；12、17、67和74；12、19、67和74；13、15、67和74；13、17、67和74；1、14、66和74；1、16、66和74；1、17、66和74；9、14、66和74；9、17、66和74；10、15、66和74；10、17、66和74；10、18、66和74；10、19、66和74；11、15、66和74；11、14、66和74；11、16、66和74；11、17、66和74；12、14、66和74；12、16、66和74；12、17、66和74；12、19、66和74；13、15、66和74；13、17、66和74；1、14、68和74；1、16、68和74；1、17、68和74；9、14、68和74；9、17、68和74；10、15、68和74；10、17、68和74；10、18、68和74；10、19、68和74；11、15、68和74；11、14、68和74；11、16、68和74；11、17、68和74；12、14、68和74；12、16、68和74；12、17、68和74；12、19、68和74；13、15、68和74；13、17、68和74；1、14、69和74；1、16、69和74；1、17、69和74；9、14、69和74；9、17、69和74；10、15、69和74；10、17、69和74；10、18、69和74；10、19、69和74；11、15、69和74；11、14、69和74；11、16、69和74；11、17、69和74；12、14、69和74；12、16、69和74；12、17、69和74；12、19、69和74；13、15、69和74；13、17、69和74；1、14、70和74；1、16、70和74；1、17、70和74；9、14、70和74；9、17、70和74；10、15、70和74；10、17、70和74；10、18、70和74；10、19、70和74；11、15、70和74；11、14、70和74；11、16、70和74；11、17、70和74；12、14、70和74；12、16、70和74；12、17、70和74；12、19、70和74；13、15、70和74；13、17、70和74；1、14、71和74；1、16、71和74；1、17、71和74；9、14、71和74；9、17、71和74；10、15、71和74；10、17、71和74；10、18、71和74；10、19、71和74；11、15、71和74；11、14、71和74；11、16、71和74；11、17、71和74；12、14、71和74；12、16、71和74；12、17、71和74；12、19、71和74；13、15、71和74；13、17、71和74；1、14、72和74；1、16、72和74；1、17、72和74；9、14、72和74；9、17、72和74；10、15、72和74；10、17、72和74；10、18、72和74；10、19、72和74；11、15、72和74；11、14、72和74；11、16、72和74；11、17、72和74；12、14、72和74；12、16、72和74；12、17、72和74；12、19、72和74；13、15、72和74；13、17、72和74；1、14、73和74；1、16、73和74；1、17、73和74；9、14、73和74；9、17、73和74；10、15、73和74；10、17、73和74；10、18、73和74；10、19、73和74；11、15、73和74；11、14、73和74；11、16、73和74；11、17、73和74；12、14、73和74；12、16、73和74；12、17、73和74；12、19、73和74；13、15、73和74；或13、17、73和74。
在某些实施例中，试剂盒包含填充有包含与本文所述的CTLA-4(例如，人类CTLA-4)特异性结合的第一抗体的药物组合物的第一容器和填充有包含与本文所述的PD-1(例如，人类PD-1)特异性结合的第二抗体的药物组合物的第二容器，其中第一抗体和第二抗体的治疗组合呈有效量。这种试剂盒中的抗CTLA-4抗体的量可以低于、等于或高于抗CTLA-4抗体在单独施用时的有效量，并且这种试剂盒中的抗PD-1抗体的量可以低于、等于或高于抗PD-1抗体在单独施用时的有效量。在某些实施例中，这种试剂盒中的抗CTLA-4抗体的量低于抗CTLA-4抗体在单独施用时的有效量。在某些实施例中，这种试剂盒中的抗PD-1抗体的量低于抗PD-1抗体在单独施用时的有效量。在某些实施例中，这种试剂盒中的抗CTLA-4抗体的量低于抗CTLA-4抗体在单独施用时的有效量，并且这种试剂盒中的抗PD-1抗体的量低于单独的抗PD-1抗体的有效量。
7.实例
这一部分(即，第6部分)中的实例是以说明的方式提供的，而不是作为限制。
7.1实例1：抗CTLA-4抗体和抗PD-1抗体的组合
本实例表征将抗CTLA-4拮抗剂抗体与抗PD-1拮抗剂抗体组合的功能活性。所测试抗体的全长序列显示于表14中。
表14.抗CTLA-4抗体和抗PD-1抗体的全长序列.
抗体 重链SEQ ID NO 轻链SEQ ID NO
AGEN1884(IgG<sub>1</sub>) 51 59
AGEN2034(IgG<sub>4</sub> S228P) 91 93
7.1.1抗CTLA-4抗体与抗PD-1抗体组合的剂量调整
在一系列实验中，在人类外周血单核细胞(PBMC)中测试以不同浓度施用的抗CTLA-4抗体AGEN1884(IgG1)与固定浓度的抗PD-1抗体AGEN2034(IgG4 S228P)组合的功能活性。
在第一实验中，在剂量调整的抗CTLA-4抗体AGEN1884(IgG1)或同种型对照抗体(IgG1)与10μg/ml的抗PD-1抗体AGEN2034(IgG4S228P)或同种型对照抗体(IgG4 S228P)的组合存在下，在37℃和5％CO2下，用次优浓度(100ng/ml)的葡萄球菌肠毒素A(SEA)超抗原(Toxin Technologies，目录号at101red)刺激人类外周血单核细胞(PBMC)5天。通过AlphaLISA(Perkin Elmer，目录号AL221F)分析培养上清液中的IL-2浓度。测试来自两个不同供体的PBMC。
如图1A和图1B中所示，抗CTLA-4抗体AGEN1884(IgG1)以剂量依赖性方式刺激IL-2产生。与抗PD-1抗体AGEN2034(IgG4S228P)组合可进一步增强由单独的抗CTLA-4抗体所诱导的IL-2分泌。
在第二实验中，将冷冻保存的人类PBMC以105个细胞/孔接种在培养基(RPMI1640，补充有NormocinTM(Invivogen#ant-nr)和10％热灭活的FBS(Gibco，InvitrogenCorporation))中。在一定剂量范围(100-0.001μg/mL)的抗CTLA-4抗体AGEN1884(IgG1)与固定抗体浓度20μg/ml的(i)抗PD-1抗体AGEN2034(IgG4 S228P)或(ii)同种型对照抗体(IgG4 S228P)的组合存在下，用次优浓度(100ng/ml)的SEA超抗原(Toxin Technologies，目录号at101red)刺激细胞。接着将细胞在37℃下在5％CO2中孵育5天。通过AlphaLISA(Perkin Elmer，目录号AL221F)分析培养上清液中的IL-2浓度。测试来自两个不同供体的PBMC。
如图2A和图2B中所示，相对于AGEN1884(IgG1)和同种型对照，AGEN1884(IgG1)和AGEN2034(IgG4 S228P)的组合增强了经过刺激的PBMC的IL-2分泌。在来自两个供体的PBMC中均观察到了这种作用。
7.1.2抗CTLA-4抗体和抗PD-1抗体在固定浓度下的功能活性
在两个实验中的每一个中，在来自六个不同人类供体的PBMC中测试固定浓度的抗CTLA-4抗体AGEN1884(IgG1)和抗PD-1抗体AGEN2034(IgG4 S228P)的功能活性。六个供体中的五个在两个实验之间是相同的(供体5、7、8、9和10)。其余的供体在两个实验之间是不同的(分别是供体6和11，如图3和图4中所示)。
在每个实验中，将来自六个健康供体的冷冻保存的人类PBMC以105个细胞/孔接种在培养基(RPMI1640，补充有NormocinTM(Invivogen#ant-nr)和10％热灭活的FBS(Gibco，Invitrogen Corporation))中。在10μg/mL的(i)抗CTLA-4抗体AGEN1884(IgG1)或(ii)同种型对照抗体(IgG1)与10μg/ml的(i)抗PD-1抗体AGEN2034(IgG4 S228P)或(ii)同种型对照抗体(IgG4 S228P)的组合存在下，用次优浓度(100ng/ml)的SEA超抗原(ToxinTechnologies，目录号at101red)刺激PBMC。接着将细胞在37℃下在5％CO2中孵育5天。收集澄清的上清液并将其储存在-80℃下直至分析。通过AlphaLISA(Perkin Elmer，目录号AL221F)分析培养上清液中的IL-2浓度。
如图3和图4中所示，抗PD-1AGEN2034抗体(IgG4 S228P)和抗CTLA-4抗体AGEN1884(IgG1)一致地组合以增强活化的人类PBMC的培养物中的IL-2分泌，高于这些抗体中的每一个单独所观察到的水平。在从七个不同人类供体获得的PBMC中均观察到了这种增强。
7.1.3抗CTLA-4抗体和抗PD-1抗体组合以增强非人类灵长类动物中的中枢记忆性T细胞活化和增殖
在本实例中，向食蟹猴施用抗CTLA-4抗体AGEN1884(IgG1)与抗PD-1抗体AGEN2034(IgG4 S228P)的组合并在处理之后三天评定中枢记忆性T细胞活化和增殖的变化。
用AGEN1884(IgG1)与AGEN2034(IgG4 S228P)的组合处理四只食蟹猴。对于每只猴，首先用未接触抗原的(unprimed)活塞静脉内施用(缓慢推注)10mg/kg的AGEN1884(IgG1)，接着立即以相同方式施用3mg/kg AGEN2034(IgG4 S228P)。在抗体施用之后，使3mL盐水冲洗液通过推注器和活塞以确保施用正确和全部的量的测试材料。每只动物的剂量体积是基于其最近的体重测量值。暂时限制动物的剂量施用并且不给动物服镇静剂。将给药的第一天命名为第1天。在给药之前在第-14天(3只动物)或第-7天(1只动物)以及在给药之后三天，收集血液样品(2mL)进行PBMC分离和流式细胞术分析。图5A显示用于定义所测量的T细胞群体中的每一个的设门策略，所述T细胞群体即为：CD4初始T细胞(CD3+、CD4+、CD28+、CD95-)、CD8初始T细胞(CD3+、CD8+、CD28+、CD95-)、CD4中枢记忆性T细胞(CD3+、CD4+、CD28+、CD95+)、CD8中枢记忆性T细胞(CD3+、CD8+、CD28+、CD95+)、CD4效应记忆性T细胞(CD3+、CD4+、CD28-、CD95+)以及CD8效应记忆性T细胞(CD3+、CD8+、CD28-、CD95+)。图5B和图5C中显示了在给药前样品(第-14天)中和在向研究中的一只动物施用抗体之后三天，CD4+和CD8+中枢记忆性T细胞中的Ki67和ICOS表达的代表性流式细胞术数据。发现在抗体处理之后三天，CD4+和CD8+中枢记忆性T细胞群体中的T细胞活化和增殖均相对于给药前水平升高。
如图6A到图6D中所示，施用了抗CTLA-4抗体AGEN1884(IgG1)和抗PD-1抗体AGEN2034(IgG4 S228P)的食蟹猴展现ICOS+和Ki67+中枢记忆性T细胞在抗体施用之后三天相对于给药前样品显著增加。这些结果包括图5中关于研究中的其中一只动物所示的数据。观察到了CD8+中枢记忆性T细胞的活化和增殖群体的统计显著增加(图6C和图6D)。这些数据显示，AGEN1884(IgG1)和AGEN2034(IgG4 S228P)组合处理增加了中枢记忆性T细胞活化和增殖。
7.2实例2：抗CTLA-4抗体的表位定位
AGEN1884的Fab片段(AGEN1884-Fab)与人类CTLA-4的胞外结构域的相互作用通过氢-氘交换(HDX)质谱法来研究。单独的或与AGEN1884-Fab组合的CTLA-4胞外结构域在pH7.4的磷酸盐缓冲盐水溶液中用十倍体积的氧化氘标记缓冲液稀释并在室温下孵育不同时间段(0、60、300、1800和7200秒)。通过添加一个体积的4M盐酸胍、0.85M三(2-羧基乙基)膦(TCEP)缓冲液淬灭氢的氘交换，并且最终pH是2.5。接着对样品进行柱上胃蛋白酶/蛋白酶XIII型消化和LC-MS分析。以仅MS模式记录质谱。为了计算氘掺入，将给定肽的质谱在提取的离子色谱峰上组合，并计算加权平均m/z。从天然肽的质量(0分钟)到加权平均质量的质量增加对应于氘掺入水平。绘制所有肽在交换时间内的氘累积曲线进行进一步分析，并用HDExaminer软件比较。
大多数CTLA-4肽在存在和不存在抗人类CTLA-4Fab的情况下显示相同或相似的氘水平。然而，发现几个肽区段在Fab结合后具有显著降低的氘掺入。本段中的所有残基均根据SEQ ID NO:96编号。两个区域，残基80-82(QVT，SEQ ID NO:102)和残基135-149(YPPPYYLGIGNGTQI，SEQ ID NO:100)，在人类CTLA-4与Fab结合时经历强氘保护。在残基140-141(YL)处观察到氘摄入的最强降低，因此这似乎是CTLA-4上AGEN1884的表位的主要特征。对AGEN1884强烈结合的人类和食蟹猴CTLA-4的序列(数据未显示)的检查揭示了上述两个区域中除了在141位的蛋氨酸取代亮氨酸外几乎完全的序列同一性(图7A)。相比之下，AGEN1884不在任何显著程度上与小鼠或大鼠CTLA-4结合(数据未显示)，所述小鼠或大鼠CTLA-4与人类CTLA-4在残基140-143(YLGI，SEQ ID NO:97)的四个位置中的三个位置处不同(图7A)。其它的选择性数据显示，AGEN1884以高特异性与人类和食蟹猴CTLA-4结合，但不与其它相关的CD28家族成员结合，所述成员包括CD28、ICOS、BTLA和PD-1(数据未显示)。这些相关蛋白质之间的序列比较显示，非CTLA-4蛋白质在残基140-143(YLGI，SEQ ID NO:97)处都不同(图7B)，进一步支持此表位对AGEN1884结合的重要性。
7.3实例3：抗PD-1抗体的表位定位
使用氢-氘交换(HDX)质谱法和Pepscan分析表征抗PD-1抗体AGEN2034的表位。
7.3.1使用氢-氘交换(HDX)质谱法，抗PD-1Fab的表位定位
AGEN2034的Fab片段(AGEN2034-Fab)与人类PD-1的胞外结构域的相互作用通过氢-氘交换(HDX)质谱法来研究。
从Sino Biological Inc(目录号10377-H08H)获得重组His标记的人类PD-1。在使用时，从300μg重组His标记的人类PD-1蛋白质制备去糖基化的PD-1，所述人类PD-1蛋白质与6μl PNGase F在37℃下孵育4小时。抗PD-1抗体的Fab片段通过蛋白酶处理由AGEN2034制备。
对于胃蛋白酶/蛋白酶XVIII消化，通过添加135μl 4M盐酸胍、0.85M TCEP缓冲液(最终pH是2.5)并将混合物在11℃下孵育3分钟，使4.0μg天然或去糖基化的人类PD-1在125μl对照缓冲液(50mM磷酸盐、100mM氯化钠，pH 7.4)中变性。接着，使用内部包装的胃蛋白酶/蛋白酶XVIII柱对混合物进行柱上胃蛋白酶/蛋白酶XVIII消化，并使用UPLC-MS系统分析所得肽，所述UPLC-MS系统包含与Q ExactiveTM混合四极杆轨道阱质谱仪(Thermo)耦合的Waters Acquity UPLC。在50mm×1mm C8柱上分离肽，用2-27％的溶剂B(含0.2％甲酸的乙腈溶液)梯度分离19分钟。通过用Mascot针对人类PD-1序列搜索MS/MS数据来进行肽鉴定。前体和产物离子的质量容差分别是10ppm和0.05Da。
将10μl人类PD-1(4.0μg)或10μl人类PD-1和Fab混合物(4.0μg:4.0μg)与125μl氧化氘标记缓冲液(50mM磷酸钠、100mM氯化钠，pD 7.4)一起在11℃下孵育0秒、60秒、600秒和3600秒。通过添加135μl的4M盐酸胍、0.85M TCEP缓冲液淬灭氢/氘交换，并且最终pH是2.5。随后，如上所述对淬灭后的样品进行柱上胃蛋白酶/蛋白酶XVIII消化和LC-MS分析。以仅MS模式记录质谱。
使用HDX WorkBench处理原始MS数据，该软件用于分析H/D交换MS数据(《美国质谱学会杂志》(J.Am.Soc.Mass Spectrom.)2012,23(9),1512-1521，以全文引用的方式并入本文中)。使用氘化肽与其天然形式(t0)之间的平均质量差计算氘水平。
对于没有His标签的去糖基化的人类PD-1，实现了85.4％的序列覆盖率。大多数PD-1肽在存在和不存在抗人类PD-1Fab的情况下显示相同或相似的氘水平。然而，发现几个肽区段在Fab结合后具有显著降低的氘掺入。本段中的所有残基均根据SEQ ID NO:96编号。去糖基化的人类PD-1显示在与抗人类PD-1Fab结合后在残基127-142(SLAPKAQIKESLRAEL，SEQ ID NO:103)处氘摄入的强降低。另外，在与抗人类PD-1Fab结合后，在残基25-42(LDSPDRPWNPPTFSPALL)(SEQ ID NO:104)处观察到氘摄入降低。
7.3.2使用Pepscan分析，抗PD-1抗体的表位定位
针对制备为芯片结合肽阵列的合成的PD-1肽片段，测量抗PD-1抗体AGEN2034的结合。通过荷兰莱利斯塔德(Lelystad,the Netherlands)的Pepscan Presto BV进行分析。简单来说，为了重建人类PD-1的表位，合成了肽库。通过用专有的亲水聚合物制剂接枝，然后使用二环己基碳二亚胺(DCC)和N-羟基苯并三唑(HOBt)与叔丁氧基羰基-六亚甲基二胺(BocHMDA)反应，并且然后使用三氟乙酸(TFA)裂解Boc-基团，获得氨基官能化的聚丙烯载体。使用标准的Fmoc-肽合成，通过定制改良的JANUS液体处理站(Perkin Elmer)，在氨基官能化的固体载体上合成肽。使用Pepscan专有的支架上化学连接肽(Chemically LinkedPeptides on Scaffolds，CLIPS)技术进行结构模拟物的合成。CLIPS技术允许将肽构建成单环、双环、三环、片状折叠、螺旋状折叠以及其组合。在基于PEPSCAN的ELISA中测试抗体与合成肽中的每一个的结合。将肽阵列与一抗溶液一起在4℃下孵育过夜。洗涤后，将肽阵列与山羊抗人类HRP缀合物(Southern Biotech，目录号2010-05)一起在25℃下孵育一小时。洗涤后，添加过氧化物酶底物2,2'-连氮基-二-3-乙基苯并噻唑啉磺酸盐(ABTS)和20μl/ml的3％H2O2。一小时后，用电荷耦合器件(charge coupled device，CCD)-照相机和图像处理系统测量和定量显色。
Pepscan研究显示，抗PD-1抗体AGEN2034识别人类PD-1的延伸部分，包括残基26-35(DSPDRPWNPP，SEQ ID NO:105)、残基150-158(EVPTAHPSP，SEQ ID NO:106)和残基126-133(ISLAPKAQ，SEQ ID NO:107)，根据SEQ ID NO:96编号。
***
本发明的范围不限于本文所述的具体实施例。实际上，除了所描述的那些之外，本发明的各种修改对于本领域技术人员来说将从前面的描述和附图中变得显而易见。这些修改旨在落入以上权利要求书的范围内。
本文引用的所有参考文献(例如，出版物或专利或专利申请)以全文引用的方式并出于所有目的并入本文中，并入程度如同每个单独的参考文献(例如，出版物或专利或专利申请)明确地并且单独地指示出于所有目的以全文引用的方式并入本文中那样。
其它实施例在以上权利要求书内。

Claims (144)

1.一种增强或诱导受试者中的免疫反应的方法，所述方法包含向所述受试者施用有效量的治疗组合，所述治疗组合包含与人类CTLA-4特异性结合的第一分离的抗体和与人类PD-1特异性结合的第二分离的抗体，其中所述第一分离的抗体包括含有互补决定区CDRH1、CDRH2和CDRH3的重链可变区和含有互补决定区CDRL1、CDRL2和CDRL3的轻链可变区，其中：
(a)CDRH1包含SYX1MX2的氨基酸序列(SEQ ID NO:39)，其中
X1是S或A；并且
X2是N或S；
(b)CDRH2包含SISSSSSYIYYADSVKG的氨基酸序列(SEQ ID NO:22)；
(c)CDRH3包含VGLMGPFXI的氨基酸序列(SEQ ID NO:115)，其中X是D或N；
(d)CDRL1包含RASQSVX1X2YLX3的氨基酸序列(SEQ ID NO:43)，其中：
X1是S或G；
X2是R、S或T；并且
X3是G或A；
(e)CDRL2包含X1X2SX3RAT的氨基酸序列(SEQ ID NO:44)，其中：
X1是G或A；
X2是A或T；并且
X3是T、S、R或N；并且
(f)CDRL3包含QQYGX1SPX2T的氨基酸序列(SEQ ID NO:45)，其中：
X1是S或T；并且
X2是W或F，
并且其中所述第二分离的抗体包括含有互补决定区CDRH1、CDRH2和CDRH3的重链可变区和含有互补决定区CDRL1、CDRL2和CDRL3的轻链可变区，其中：
(g)CDRH1包含SYGMH的氨基酸序列(SEQ ID NO:75)；
(h)CDRH2包含VIWX1DGSNX2YYADSVX3G的氨基酸序列(SEQ ID NO:86)，其中
X1是Y或F；
X2是K或E；并且
X3是K或M；
(i)CDRH3包含NX1DX2的氨基酸序列(SEQ ID NO:87)，其中
X1是G或V；并且
X2是H或Y；
(j)CDRL1包含RASQSVSSNLA的氨基酸序列(SEQ ID NO:83)；
(k)CDRL2包含GASTRAT的氨基酸序列(SEQ ID NO:84)；并且
(l)CDRL3包含QQYNNWPRT的氨基酸序列(SEQ ID NO:85)。
2.一种治疗受试者中的癌症的方法，所述方法包含向所述受试者施用有效量的治疗组合，所述治疗组合包含与人类CTLA-4特异性结合的第一分离的抗体和与人类PD-1特异性结合的第二分离的抗体，其中所述第一分离的抗体包括含有互补决定区CDRH1、CDRH2和CDRH3的重链可变区和含有互补决定区CDRL1、CDRL2和CDRL3的轻链可变区，其中：
(a)CDRH1包含SYX1MX2的氨基酸序列(SEQ ID NO:39)，其中
X1是S或A；并且
X2是N或S；
(b)CDRH2包含SISSSSSYIYYADSVKG的氨基酸序列(SEQ ID NO:22)；
(c)CDRH3包含VGLMGPFXI的氨基酸序列(SEQ ID NO:115)，其中X是D或N；
(d)CDRL1包含RASQSVX1X2YLX3的氨基酸序列(SEQ ID NO:43)，其中：
X1是S或G；
X2是R、S或T；并且
X3是G或A；
(e)CDRL2包含X1X2SX3RAT的氨基酸序列(SEQ ID NO:44)，其中：
X1是G或A；
X2是A或T；并且
X3是T、S、R或N；并且
(f)CDRL3包含QQYGX1SPX2T的氨基酸序列(SEQ ID NO:45)，其中：
X1是S或T；并且
X2是W或F，
并且其中所述第二分离的抗体包括含有互补决定区CDRH1、CDRH2和CDRH3的重链可变区和含有互补决定区CDRL1、CDRL2和CDRL3的轻链可变区，其中：
(g)CDRH1包含SYGMH的氨基酸序列(SEQ ID NO:75)；
(h)CDRH2包含VIWX1DGSNX2YYADSVX3G的氨基酸序列(SEQ ID NO:86)，其中
X1是Y或F；
X2是K或E；并且
X3是K或M；
(i)CDRH3包含NX1DX2的氨基酸序列(SEQ ID NO:87)，其中
X1是G或V；并且
X2是H或Y；
(j)CDRL1包含RASQSVSSNLA的氨基酸序列(SEQ ID NO:83)；
(k)CDRL2包含GASTRAT的氨基酸序列(SEQ ID NO:84)；并且
(l)CDRL3包含QQYNNWPRT的氨基酸序列(SEQ ID NO:85)。
3.一种治疗受试者中的传染病的方法，所述方法包含向所述受试者施用有效量的治疗组合，所述治疗组合包含与人类CTLA-4特异性结合的第一分离的抗体和与人类PD-1特异性结合的第二分离的抗体，其中所述第一分离的抗体包括含有互补决定区CDRH1、CDRH2和CDRH3的重链可变区和含有互补决定区CDRL1、CDRL2和CDRL3的轻链可变区，其中：
(a)CDRH1包含SYX1MX2的氨基酸序列(SEQ ID NO:39)，其中
X1是S或A；并且
X2是N或S；
(b)CDRH2包含SISSSSSYIYYADSVKG的氨基酸序列(SEQ ID NO:22)；
(c)CDRH3包含VGLMGPFXI的氨基酸序列(SEQ ID NO:115)，其中X是D或N；
(d)CDRL1包含RASQSVX1X2YLX3的氨基酸序列(SEQ ID NO:43)，其中：
X1是S或G；
X2是R、S或T；并且
X3是G或A；
(e)CDRL2包含X1X2SX3RAT的氨基酸序列(SEQ ID NO:44)，其中：
X1是G或A；
X2是A或T；并且
X3是T、S、R或N；并且
(f)CDRL3包含QQYGX1SPX2T的氨基酸序列(SEQ ID NO:45)，其中：
X1是S或T；并且
X2是W或F，
并且其中所述第二分离的抗体包括含有互补决定区CDRH1、CDRH2和CDRH3的重链可变区和含有互补决定区CDRL1、CDRL2和CDRL3的轻链可变区，其中：
(g)CDRH1包含SYGMH的氨基酸序列(SEQ ID NO:75)；
(h)CDRH2包含VIWX1DGSNX2YYADSVX3G的氨基酸序列(SEQ ID NO:86)，其中
X1是Y或F；
X2是K或E；并且
X3是K或M；
(i)CDRH3包含NX1DX2的氨基酸序列(SEQ ID NO:87)，其中
X1是G或V；并且
X2是H或Y；
(j)CDRL1包含RASQSVSSNLA的氨基酸序列(SEQ ID NO:83)；
(k)CDRL2包含GASTRAT的氨基酸序列(SEQ ID NO:84)；并且
(l)CDRL3包含QQYNNWPRT的氨基酸序列(SEQ ID NO:85)。
4.一种增强或诱导受试者中的免疫反应的方法，所述方法包含向所述受试者施用有效量的治疗组合，所述治疗组合包含与人类CTLA-4特异性结合的第一分离的抗体和与人类PD-1特异性结合的第二分离的抗体，其中所述第一分离的抗体包括含有互补决定区CDRH1、CDRH2和CDRH3的重链可变区和含有互补决定区CDRL1、CDRL2和CDRL3的轻链可变区，其中：
(a)CDRH1包含SYX1MX2的氨基酸序列(SEQ ID NO:39)，其中
X1是S或A；并且
X2是N或S；
(b)CDRH2包含SISSSSSYIYYADSVKG的氨基酸序列(SEQ ID NO:22)；
(c)CDRH3包含VGLMGPFXI的氨基酸序列(SEQ ID NO:115)，其中X是D或N；
(d)CDRL1包含RASQSVX1X2YLX3的氨基酸序列(SEQ ID NO:43)，其中：
X1是S或G；
X2是R、S或T；并且
X3是G或A；
(e)CDRL2包含X1X2SX3RAT的氨基酸序列(SEQ ID NO:44)，其中：
X1是G或A；
X2是A或T；并且
X3是T、S、R或N；并且
(f)CDRL3包含QQYGX1SPX2T的氨基酸序列(SEQ ID NO:45)，其中：
X1是S或T；并且
X2是W或F。
5.一种治疗受试者中的癌症的方法，所述方法包含向所述受试者施用有效量的治疗组合，所述治疗组合包含与人类CTLA-4特异性结合的第一分离的抗体和与人类PD-1特异性结合的第二分离的抗体，其中所述第一分离的抗体包括含有互补决定区CDRH1、CDRH2和CDRH3的重链可变区和含有互补决定区CDRL1、CDRL2和CDRL3的轻链可变区，其中：
(a)CDRH1包含SYX1MX2的氨基酸序列(SEQ ID NO:39)，其中
X1是S或A；并且
X2是N或S；
(b)CDRH2包含SISSSSSYIYYADSVKG的氨基酸序列(SEQ ID NO:22)；
(c)CDRH3包含VGLMGPFXI的氨基酸序列(SEQ ID NO:115)，其中X是D或N；
(d)CDRL1包含RASQSVX1X2YLX3的氨基酸序列(SEQ ID NO:43)，其中：
X1是S或G；
X2是R、S或T；并且
X3是G或A；
(e)CDRL2包含X1X2SX3RAT的氨基酸序列(SEQ ID NO:44)，其中：
X1是G或A；
X2是A或T；并且
X3是T、S、R或N；并且
(f)CDRL3包含QQYGX1SPX2T的氨基酸序列(SEQ ID NO:45)，其中：
X1是S或T；并且
X2是W或F。
6.一种治疗受试者中的传染病的方法，所述方法包含向所述受试者施用有效量的治疗组合，所述治疗组合包含与人类CTLA-4特异性结合的第一分离的抗体和与人类PD-1特异性结合的第二分离的抗体，其中所述第一分离的抗体包括含有互补决定区CDRH1、CDRH2和CDRH3的重链可变区和含有互补决定区CDRL1、CDRL2和CDRL3的轻链可变区，其中：
(a)CDRH1包含SYX1MX2的氨基酸序列(SEQ ID NO:39)，其中
X1是S或A；并且
X2是N或S；
(b)CDRH2包含SISSSSSYIYYADSVKG的氨基酸序列(SEQ ID NO:22)；
(c)CDRH3包含VGLMGPFXI的氨基酸序列(SEQ ID NO:115)，其中X是D或N；
(d)CDRL1包含RASQSVX1X2YLX3的氨基酸序列(SEQ ID NO:43)，其中：
X1是S或G；
X2是R、S或T；并且
X3是G或A；
(e)CDRL2包含X1X2SX3RAT的氨基酸序列(SEQ ID NO:44)，其中：
X1是G或A；
X2是A或T；并且
X3是T、S、R或N；并且
(f)CDRL3包含QQYGX1SPX2T的氨基酸序列(SEQ ID NO:45)，其中：
X1是S或T；并且
X2是W或F。
7.一种增强或诱导受试者中的免疫反应的方法，所述方法包含向所述受试者施用有效量的治疗组合，所述治疗组合包含与人类CTLA-4特异性结合的第一分离的抗体和与人类PD-1特异性结合的第二分离的抗体，其中所述第二分离的抗体包括含有互补决定区CDRH1、CDRH2和CDRH3的重链可变区和含有互补决定区CDRL1、CDRL2和CDRL3的轻链可变区，其中：
(a)CDRH1包含SYGMH的氨基酸序列(SEQ ID NO:75)；
(b)CDRH2包含VIWX1DGSNX2YYADSVX3G的氨基酸序列(SEQ ID NO:86)，其中
X1是Y或F；
X2是K或E；并且
X3是K或M；
(c)CDRH3包含NX1DX2的氨基酸序列(SEQ ID NO:87)，其中
X1是G或V；并且
X2是H或Y；
(d)CDRL1包含RASQSVSSNLA的氨基酸序列(SEQ ID NO:83)；
(e)CDRL2包含GASTRAT的氨基酸序列(SEQ ID NO:84)；并且
(f)CDRL3包含QQYNNWPRT的氨基酸序列(SEQ ID NO:85)。
8.一种治疗受试者中的癌症的方法，所述方法包含向所述受试者施用有效量的治疗组合，所述治疗组合包含与人类CTLA-4特异性结合的第一分离的抗体和与人类PD-1特异性结合的第二分离的抗体，其中所述第二分离的抗体包括含有互补决定区CDRH1、CDRH2和CDRH3的重链可变区和含有互补决定区CDRL1、CDRL2和CDRL3的轻链可变区，其中：
(a)CDRH1包含SYGMH的氨基酸序列(SEQ ID NO:75)；
(b)CDRH2包含VIWX1DGSNX2YYADSVX3G的氨基酸序列(SEQ ID NO:86)，其中
X1是Y或F；
X2是K或E；并且
X3是K或M；
(c)CDRH3包含NX1DX2的氨基酸序列(SEQ ID NO:87)，其中
X1是G或V；并且
X2是H或Y；
(d)CDRL1包含RASQSVSSNLA的氨基酸序列(SEQ ID NO:83)；
(e)CDRL2包含GASTRAT的氨基酸序列(SEQ ID NO:84)；并且
(f)CDRL3包含QQYNNWPRT的氨基酸序列(SEQ ID NO:85)。
9.一种治疗受试者中的传染病的方法，所述方法包含向所述受试者施用有效量的治疗组合，所述治疗组合包含与人类CTLA-4特异性结合的第一分离的抗体和与人类PD-1特异性结合的第二分离的抗体，其中所述第二分离的抗体包括含有互补决定区CDRH1、CDRH2和CDRH3的重链可变区和含有互补决定区CDRL1、CDRL2和CDRL3的轻链可变区，其中：
(a)CDRH1包含SYGMH的氨基酸序列(SEQ ID NO:75)；
(b)CDRH2包含VIWX1DGSNX2YYADSVX3G的氨基酸序列(SEQ ID NO:86)，其中
X1是Y或F；
X2是K或E；并且
X3是K或M；
(c)CDRH3包含NX1DX2的氨基酸序列(SEQ ID NO:87)，其中
X1是G或V；并且
X2是H或Y；
(d)CDRL1包含RASQSVSSNLA的氨基酸序列(SEQ ID NO:83)；
(e)CDRL2包含GASTRAT的氨基酸序列(SEQ ID NO:84)；并且
(f)CDRL3包含QQYNNWPRT的氨基酸序列(SEQ ID NO:85)。
10.一种增强或诱导受试者中的免疫反应的方法，所述方法包含向所述受试者施用有效量的与人类CTLA-4特异性结合的第一分离的抗体，其中所述第一分离的抗体包括含有互补决定区CDRH1、CDRH2和CDRH3的重链可变区和含有互补决定区CDRL1、CDRL2和CDRL3的轻链可变区，其中：
(a)CDRH1包含SYX1MX2的氨基酸序列(SEQ ID NO:39)，其中
X1是S或A；并且
X2是N或S；
(b)CDRH2包含SISSSSSYIYYADSVKG的氨基酸序列(SEQ ID NO:22)；
(c)CDRH3包含VGLMGPFXI的氨基酸序列(SEQ ID NO:115)，其中X是D或N；
(d)CDRL1包含RASQSVX1X2YLX3的氨基酸序列(SEQ ID NO:43)，其中：
X1是S或G；
X2是R、S或T；并且
X3是G或A；
(e)CDRL2包含X1X2SX3RAT的氨基酸序列(SEQ ID NO:44)，其中：
X1是G或A；
X2是A或T；并且
X3是T、S、R或N；并且
(f)CDRL3包含QQYGX1SPX2T的氨基酸序列(SEQ ID NO:45)，其中：
X1是S或T；并且
X2是W或F。
11.一种治疗受试者中的癌症的方法，所述方法包含向所述受试者施用有效量的与人类CTLA-4特异性结合的第一分离的抗体，其中所述第一分离的抗体包括含有互补决定区CDRH1、CDRH2和CDRH3的重链可变区和含有互补决定区CDRL1、CDRL2和CDRL3的轻链可变区，其中：
(a)CDRH1包含SYX1MX2的氨基酸序列(SEQ ID NO:39)，其中
X1是S或A；并且
X2是N或S；
(b)CDRH2包含SISSSSSYIYYADSVKG的氨基酸序列(SEQ ID NO:22)；
(c)CDRH3包含VGLMGPFXI的氨基酸序列(SEQ ID NO:115)，其中X是D或N；
(d)CDRL1包含RASQSVX1X2YLX3的氨基酸序列(SEQ ID NO:43)，其中：
X1是S或G；
X2是R、S或T；并且
X3是G或A；
(e)CDRL2包含X1X2SX3RAT的氨基酸序列(SEQ ID NO:44)，其中：
X1是G或A；
X2是A或T；并且
X3是T、S、R或N；并且
(f)CDRL3包含QQYGX1SPX2T的氨基酸序列(SEQ ID NO:45)，其中：
X1是S或T；并且
X2是W或F。
12.一种治疗受试者中的传染病的方法，所述方法包含向所述受试者施用有效量的与人类CTLA-4特异性结合的第一分离的抗体，其中所述第一分离的抗体包括含有互补决定区CDRH1、CDRH2和CDRH3的重链可变区和含有互补决定区CDRL1、CDRL2和CDRL3的轻链可变区，其中：
(a)CDRH1包含SYX1MX2的氨基酸序列(SEQ ID NO:39)，其中
X1是S或A；并且
X2是N或S；
(b)CDRH2包含SISSSSSYIYYADSVKG的氨基酸序列(SEQ ID NO:22)；
(c)CDRH3包含VGLMGPFXI的氨基酸序列(SEQ ID NO:115)，其中X是D或N；
(d)CDRL1包含RASQSVX1X2YLX3的氨基酸序列(SEQ ID NO:43)，其中：
X1是S或G；
X2是R、S或T；并且
X3是G或A；
(e)CDRL2包含X1X2SX3RAT的氨基酸序列(SEQ ID NO:44)，其中：
X1是G或A；
X2是A或T；并且
X3是T、S、R或N；并且
(f)CDRL3包含QQYGX1SPX2T的氨基酸序列(SEQ ID NO:45)，其中：
X1是S或T；并且
X2是W或F。
13.一种增强或诱导受试者中的免疫反应的方法，所述方法包含向所述受试者施用有效量的与人类PD-1特异性结合的第二分离的抗体，其中所述第二分离的抗体包括含有互补决定区CDRH1、CDRH2和CDRH3的重链可变区和含有互补决定区CDRL1、CDRL2和CDRL3的轻链可变区，其中：
(a)CDRH1包含SYGMH的氨基酸序列(SEQ ID NO:75)；
(b)CDRH2包含VIWX1DGSNX2YYADSVX3G的氨基酸序列(SEQ ID NO:86)，其中
X1是Y或F；
X2是K或E；并且
X3是K或M；
(c)CDRH3包含NX1DX2的氨基酸序列(SEQ ID NO:87)，其中
X1是G或V；并且
X2是H或Y；
(d)CDRL1包含RASQSVSSNLA的氨基酸序列(SEQ ID NO:83)；
(e)CDRL2包含GASTRAT的氨基酸序列(SEQ ID NO:84)；并且
(f)CDRL3包含QQYNNWPRT的氨基酸序列(SEQ ID NO:85)。
14.一种治疗受试者中的癌症的方法，所述方法包含向所述受试者施用有效量的与人类PD-1特异性结合的第二分离的抗体，其中所述第二分离的抗体包括含有互补决定区CDRH1、CDRH2和CDRH3的重链可变区和含有互补决定区CDRL1、CDRL2和CDRL3的轻链可变区，其中：
(a)CDRH1包含SYGMH的氨基酸序列(SEQ ID NO:75)；
(b)CDRH2包含VIWX1DGSNX2YYADSVX3G的氨基酸序列(SEQ ID NO:86)，其中
X1是Y或F；
X2是K或E；并且
X3是K或M；
(c)CDRH3包含NX1DX2的氨基酸序列(SEQ ID NO:87)，其中
X1是G或V；并且
X2是H或Y；
(d)CDRL1包含RASQSVSSNLA的氨基酸序列(SEQ ID NO:83)；
(e)CDRL2包含GASTRAT的氨基酸序列(SEQ ID NO:84)；并且
(f)CDRL3包含QQYNNWPRT的氨基酸序列(SEQ ID NO:85)。
15.一种治疗受试者中的传染病的方法，所述方法包含向所述受试者施用有效量的与人类PD-1特异性结合的第二分离的抗体，其中所述第二分离的抗体包括含有互补决定区CDRH1、CDRH2和CDRH3的重链可变区和含有互补决定区CDRL1、CDRL2和CDRL3的轻链可变区，其中：
(a)CDRH1包含SYGMH的氨基酸序列(SEQ ID NO:75)；
(b)CDRH2包含VIWX1DGSNX2YYADSVX3G的氨基酸序列(SEQ ID NO:86)，其中
X1是Y或F；
X2是K或E；并且
X3是K或M；
(c)CDRH3包含NX1DX2的氨基酸序列(SEQ ID NO:87)，其中
X1是G或V；并且
X2是H或Y；
(d)CDRL1包含RASQSVSSNLA的氨基酸序列(SEQ ID NO:83)；
(e)CDRL2包含GASTRAT的氨基酸序列(SEQ ID NO:84)；并且
(f)CDRL3包含QQYNNWPRT的氨基酸序列(SEQ ID NO:85)。
16.根据权利要求1至6和10至12中任一项所述的方法，其中所述第一分离的抗体的CDRH1包含SEQ ID NO:20或21的氨基酸序列。
17.根据权利要求1至6、10至12和16中任一项所述的方法，其中所述第一分离的抗体的CDRH3包含SEQ ID NO:24的氨基酸序列。
18.根据权利要求1至6、10至12、16和17中任一项所述的方法，其中所述第一分离的抗体的CDRL1包含SEQ ID NO:27、28或29的氨基酸序列。
19.根据权利要求1至6、10至12和16至18中任一项所述的方法，其中所述第一分离的抗体的CDRL2包含SEQ ID NO:30、31、32、33、34或35的氨基酸序列。
20.根据权利要求1至6、10至12和16至19中任一项所述的方法，其中所述第一分离的抗体的CDRL3包含SEQ ID NO:36、37或38的氨基酸序列。
21.根据权利要求1至6、10至12和16至20中任一项所述的方法，其中所述第一分离的抗体的CDRH1、CDRH2和CDRH3分别包含SEQ ID NO:20、22和24；21、22和24；或21、22和26中所示的CDRH1、CDRH2和CDRH3氨基酸序列。
22.根据权利要求1至6、10至12和16至21中任一项所述的方法，其中所述第一分离的抗体的CDRL1、CDRL2和CDRL3分别包含SEQ ID NO:27、30和36；28、31和36；29、32和37；29、33和38；29、34和36；或29、35和38中所示的CDRL1、CDRL2和CDRL3氨基酸序列。
23.根据权利要求1至6、10至12和16至22中任一项所述的方法，其中所述第一分离的抗体的CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2和CDRL3分别包含SEQ ID NO:20、22、24、27、30和36；20、22、24、29、32和37；20、22、24、29、33和38；21、22、24、27、30和36；21、22、24、29、33和38；20、22、24、28、31和36；20、22、24、29、34和36；20、22、24、29、35和38；21、22、26、27、30和36；21、22、26、29、32和37；21、22、26、29、33和38；或21、22、26、29、35和38中所示的氨基酸序列。
24.根据权利要求23所述的方法，其中所述第一分离的抗体的CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2和CDRL3分别包含SEQ ID NO:20、22、24、27、30和36中所示的氨基酸序列。
25.根据权利要求1至6和10至12中任一项所述的方法，其中所述第一分离的抗体包括含有SEQ ID NO:116的氨基酸序列的重链可变区。
26.根据权利要求1至6、10至12和16至25中任一项所述的方法，其中所述第一分离的抗体包括含有与选自由SEQ ID NO:1和9-13组成的组的氨基酸序列至少75％、80％、85％、90％、95％或100％相同的氨基酸序列的重链可变区。
27.根据权利要求26所述的方法，其中所述第一分离的抗体的所述重链可变区包含选自由SEQ ID NO:1和9-13组成的组的氨基酸序列。
28.根据权利要求1至6和10至12中任一项所述的方法，其中所述第一分离的抗体包括含有SEQ ID NO:47的氨基酸序列的轻链可变区。
29.根据权利要求1至6、10至12和16至28中任一项所述的方法，其中所述第一分离的抗体包括含有与选自由SEQ ID NO:14-19组成的组的氨基酸序列至少75％、80％、85％、90％、95％或100％相同的氨基酸序列的轻链可变区。
30.根据权利要求29所述的方法，其中所述第一分离的抗体的所述轻链可变区包含选自由SEQ ID NO:14-19组成的组的氨基酸序列。
31.根据权利要求1至6、10至12和16至30中任一项所述的方法，其中所述第一分离的抗体的所述重链可变区和所述轻链可变区分别包含SEQ ID NO:1和14；1和16；1和17；9和14；9和17；10和15；10和17；10和18；10和19；11和15；11和14；11和16；11和17；12和14；12和16；12和17；12和19；13和15；或13和17中所示的氨基酸序列。
32.根据权利要求31所述的方法，其中所述第一分离的抗体的所述重链可变区和所述轻链可变区分别包含SEQ ID NO:1和14中所示的氨基酸序列。
33.根据权利要求1至6、10至12和16至32中任一项所述的方法，其中所述第一分离的抗体包括含有选自由SEQ ID NO:51-54和117组成的组的氨基酸序列的重链和含有SEQ IDNO:59的氨基酸序列的轻链。
34.根据权利要求33所述的方法，其中所述第一分离的抗体包括含有SEQ ID NO:51的氨基酸序列的重链和含有SEQ ID NO:59的氨基酸序列的轻链。
35.根据权利要求33所述的方法，其中所述第一分离的抗体包括含有SEQ ID NO:117的氨基酸序列的重链和含有SEQ ID NO:59的氨基酸序列的轻链。
36.根据权利要求1至6、10至12和16至32中任一项所述的方法，其中所述第一分离的抗体包含选自由人类IgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgA1和IgA2组成的组的重链恒定区。
37.根据权利要求1至6、10至12和16至32中任一项所述的方法，其中所述第一分离的抗体包含IgG1重链恒定区。
38.根据权利要求37所述的方法，其中所述第一分离的抗体包括含有SEQ ID NO:60的氨基酸序列的重链恒定区。
39.根据权利要求37所述的方法，其中所述IgG1重链恒定区的所述氨基酸序列包含S239D/I332E突变，根据EU编号系统编号。
40.根据权利要求39所述的方法，其中所述第一分离的抗体包括含有SEQ ID NO:61的氨基酸序列的重链恒定区。
41.根据权利要求37所述的方法，其中所述IgG1重链恒定区的所述氨基酸序列包含S239D/A330L/I332E突变，根据EU编号系统编号。
42.根据权利要求41所述的方法，其中所述第一分离的抗体包括含有SEQ ID NO:62的氨基酸序列的重链恒定区。
43.根据权利要求37所述的方法，其中所述IgG1重链恒定区的所述氨基酸序列包含L235V/F243L/R292P/Y300L/P396L突变，根据EU编号系统编号。
44.根据权利要求43所述的方法，其中所述第一分离的抗体包括含有SEQ ID NO:63的氨基酸序列的重链恒定区。
45.根据权利要求37所述的方法，其中所述IgG1重链恒定区是非岩藻糖基化的。
46.根据权利要求1至6、10至12、16至32和36至45中任一项所述的方法，其中所述第一分离的抗体包含选自由人类Igκ和Igλ组成的组的轻链恒定区。
47.根据权利要求1至6、10至12、16至32和36至45中任一项所述的方法，其中所述第一分离的抗体包含Igκ轻链恒定区。
48.根据权利要求47所述的方法，其中所述第一分离的抗体包括含有SEQ ID NO:64的氨基酸序列的轻链恒定区。
49.根据权利要求1至6、10至12和16至48中任一项所述的方法，其中所述第一分离的抗体与包括含有SEQ ID NO:1的氨基酸序列的重链可变区和含有SEQ ID NO:14的氨基酸序列的轻链可变区的抗体结合同一种人类CTLA-4表位。
50.根据权利要求1至6、10至12和16至49中任一项所述的方法，其中所述第一分离的抗体与位于人类CTLA-4的区域内的由选自由SEQ ID NO:97-102组成的组的氨基酸序列组成的表位结合。
51.根据权利要求1至6、10至12和16至50中任一项所述的方法，其中所述第一分离的抗体对人类CTLA-4具有拮抗作用。
52.根据权利要求1至3、7至9和13至51中任一项所述的方法，其中所述第二分离的抗体的CDRH2包含选自由SEQ ID NO:76-79组成的组的氨基酸序列。
53.根据权利要求1至3、7至9和13至52中任一项所述的方法，其中所述第二分离的抗体的CDRH3包含SEQ ID NO:80、81或82的氨基酸序列。
54.根据权利要求1至3、7至9和13至53中任一项所述的方法，其中所述第二分离的抗体的CDRH1、CDRH2和CDRH3分别包含SEQ ID NO:75、76和80；75、76和81；75、76和82；75、77和81；75、78和81；或75、79和81中所示的CDRH1、CDRH2和CDRH3氨基酸序列。
55.根据权利要求1至3、7至9和13至54中任一项所述的方法，其中所述第二分离的抗体的CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2和CDRL3分别包含SEQ ID NO:75、76、80、83、84和85；75、76、81、83、84和85；75、76、82、83、84和85；75、77、81、83、84和85；75、78、81、83、84和85；或75、79、81、83、84和85中所示的氨基酸序列。
56.根据权利要求55所述的方法，其中所述第二分离的抗体的CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2和CDRL3分别包含SEQ ID NO:75、76、81、83、84和85中所示的氨基酸序列。
57.根据权利要求1至3、7至9和13至51中任一项所述的方法，其中所述第二分离的抗体包括含有SEQ ID NO:88的氨基酸序列的重链可变区。
58.根据权利要求1至3、7至9和13至57中任一项所述的方法，其中所述第二分离的抗体包括含有与选自由SEQ ID NO:66-73组成的组的氨基酸序列至少75％、80％、85％、90％、95％或100％相同的氨基酸序列的重链可变区。
59.根据权利要求58所述的方法，其中所述第二分离的抗体的所述重链可变区包含选自由SEQ ID NO:66-73组成的组的氨基酸序列。
60.根据权利要求1至3、7至9和13至59中任一项所述的方法，其中所述第二分离的抗体包括含有与SEQ ID NO:74的氨基酸序列至少75％、80％、85％、90％、95％或100％相同的氨基酸序列的轻链可变区。
61.根据权利要求60所述的方法，其中所述第二分离的抗体的所述轻链可变区包含SEQID NO:74的氨基酸序列。
62.根据权利要求1至3、7至9和13至61中任一项所述的方法，其中所述第二分离的抗体的所述重链可变区和所述轻链可变区分别包含SEQ ID NO:66和74；67和74；68和74；69和74；70和74；71和74；72和74；或73和74中所示的氨基酸序列。
63.根据权利要求62所述的方法，其中所述第二分离的抗体的所述重链可变区和所述轻链可变区分别包含SEQ ID NO:66和74中所示的氨基酸序列。
64.根据权利要求63所述的方法，其中所述第二分离的抗体的所述重链可变区和所述轻链可变区分别包含SEQ ID NO:67和74中所示的氨基酸序列。
65.根据权利要求1至3、7至9和13至64中任一项所述的方法，其中所述第二分离的抗体包括含有SEQ ID NO:91的氨基酸序列的重链和含有SEQ ID NO:93的氨基酸序列的轻链。
66.根据权利要求1至3、7至9和13至64中任一项所述的方法，其中所述第二分离的抗体包括含有SEQ ID NO:92的氨基酸序列的重链和含有SEQ ID NO:93的氨基酸序列的轻链。
67.根据权利要求1至3、7至9和13至64中任一项所述的方法，其中所述第二分离的抗体包括含有SEQ ID NO:120的氨基酸序列的重链和含有SEQ ID NO:93的氨基酸序列的轻链。
68.根据权利要求1至3、7至9和13至64中任一项所述的方法，其中所述第二分离的抗体包含选自由人类IgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgA1和IgA2组成的组的重链恒定区。
69.根据权利要求1至3、7至9和13至64中任一项所述的方法，其中所述第二分离的抗体包含IgG1重链恒定区。
70.根据权利要求69所述的方法，其中所述IgG1重链恒定区的所述氨基酸序列包含N297A突变，根据EU编号系统编号。
71.根据权利要求69所述的方法，其中所述第二分离的抗体包括含有SEQ ID NO:94的氨基酸序列的重链恒定区。
72.根据权利要求1至3、7至9和13至64中任一项所述的方法，其中所述第二分离的抗体包含IgG4重链恒定区。
73.根据权利要求72所述的方法，其中所述IgG4重链恒定区的所述氨基酸序列包含S228P突变，根据EU编号系统编号。
74.根据权利要求72所述的方法，其中所述第二分离的抗体包括含有SEQ ID NO:95的氨基酸序列的重链恒定区。
75.根据权利要求1至3、7至9、13至62和68至74中任一项所述的方法，其中所述第二分离的抗体包含选自由人类Igκ和Igλ组成的组的轻链恒定区。
76.根据权利要求1至3、7至9、13至62和68至74中任一项所述的方法，其中所述第二分离的抗体包含Igκ轻链恒定区。
77.根据权利要求76所述的方法，其中所述第二分离的抗体包括含有SEQ ID NO:64的氨基酸序列的轻链恒定区。
78.根据权利要求1至3、7至9和13至77中任一项所述的方法，其中所述第二分离的抗体与包括含有SEQ ID NO:66的氨基酸序列的重链可变区和含有SEQ ID NO:74的氨基酸序列的轻链可变区的抗体结合同一种人类PD-1表位。
79.根据权利要求1至3、7至9和13至78中任一项所述的方法，其中所述第二分离的抗体与位于人类PD-1的区域内的由选自由SEQ ID NO:103-107组成的组的氨基酸序列组成的表位结合。
80.根据权利要求1至3、7至9和13至79中任一项所述的方法，其中所述第二分离的抗体对人类PD-1具有拮抗作用。
81.根据权利要求4至6和16至51中任一项所述的方法，其中所述第二分离的抗体选自由派姆单抗、纳武单抗和匹立珠单抗组成的组。
82.根据权利要求81所述的方法，其中所述第二分离的抗体是派姆单抗。
83.根据权利要求7至9和52至80中任一项所述的方法，其中所述第一分离的抗体选自由伊匹单抗和曲美木单抗组成的组。
84.根据权利要求1至12和16至83中任一项所述的方法，其中所述第一分离的抗体按0.3mg/kg或1mg/kg施用。
85.根据权利要求1至9和13至84中任一项所述的方法，其中所述第二分离的抗体按1mg/kg、3mg/kg或6mg/kg施用。
86.根据权利要求82或84所述的方法，其中所述第二分离的抗体按200mg的剂量施用。
87.根据权利要求84或85所述的方法，其中所述第一分离的抗体按0.3mg/kg施用，并且所述第二分离的抗体按1mg/kg施用。
88.根据权利要求84或85所述的方法，其中所述第一分离的抗体按1mg/kg施用，并且所述第二分离的抗体按1mg/kg施用。
89.根据权利要求84或85所述的方法，其中所述第一分离的抗体按1mg/kg施用，并且所述第二分离的抗体按3mg/kg施用。
90.根据权利要求84或85所述的方法，其中所述第一分离的抗体按1mg/kg施用，并且所述第二分离的抗体按6mg/kg施用。
91.根据权利要求1至12和16至90中任一项所述的方法，其中所述第一分离的抗体每六周施用。
92.根据权利要求1至9和13至91中任一项所述的方法，其中所述第二分离的抗体每两周或每三周施用。
93.根据权利要求91或92所述的方法，其中所述第一分离的抗体按0.3mg/kg每六周施用，并且所述第二分离的抗体按1mg/kg每两周施用。
94.根据权利要求91或92所述的方法，其中所述第一分离的抗体按1mg/kg每六周施用，并且所述第二分离的抗体按1mg/kg每两周施用。
95.根据权利要求91或92所述的方法，其中所述第一分离的抗体按1mg/kg每六周施用，并且所述第二分离的抗体按3mg/kg每两周施用。
96.根据权利要求91或92所述的方法，其中所述第一分离的抗体按1mg/kg每六周施用，并且所述第二分离的抗体按6mg/kg每三周施用。
97.根据权利要求1至12和16至96中任一项所述的方法，其中所述第一分离的抗体静脉内施用。
98.根据权利要求1至9和13至97中任一项所述的方法，其中所述第二分离的抗体静脉内施用。
99.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述受试者患有癌症。
100.根据权利要求99所述的方法，其中所述癌症是转移性或局部晚期实体肿瘤。
101.根据权利要求99或100所述的方法，其中所述癌症是转移性或局部晚期的不可切除性鳞状细胞癌、腺鳞癌或子宫颈腺癌。
102.根据权利要求99至101中任一项所述的方法，其中没有标准疗法可供用于所述癌症。
103.根据权利要求99至101中任一项所述的方法，其中所述癌症是标准疗法难治愈的。
104.根据权利要求99至101中任一项所述的方法，其中所述癌症已在标准疗法之后复发。
105.根据权利要求103或104所述的方法，其中所述标准疗法包括含铂化疗。
106.根据权利要求105所述的方法，其中所述标准疗法是含铂双重疗法。
107.根据权利要求99至106中任一项所述的方法，其中所述癌症是HPV阳性。
108.根据权利要求99或100所述的方法，其中所述癌症是非小细胞肺癌(NSCLC)。
109.根据权利要求108所述的方法，其中所述NSCLC是IV期转移性或局部晚期NSCLC。
110.根据权利要求108或109所述的方法，其中所述NSCLC没有EGFR或ALK基因组肿瘤畸变。
111.根据权利要求108至110中任一项所述的方法，其中所述NSCLC没有EGFR敏化突变或ALK易位。
112.根据权利要求108至111中任一项所述的方法，其中所述受试者先前不曾接受过针对所述NSCLC的全身性化疗治疗。
113.根据权利要求99或100所述的方法，其中所述癌症是皮肤鳞状细胞癌(cSCC)。
114.根据权利要求113所述的方法，其中所述cSCC是IV期转移性或局部晚期cSCC。
115.根据权利要求113或114所述的方法，其中所述cSCC是根据第八版美国癌症联合委员会分期手册从组织学上或细胞学上来诊断。
116.根据权利要求113至115中任一项所述的方法，其中所述cSCC不能用放疗治愈。
117.根据权利要求99至116中任一项所述的方法，其中所述癌症的样品中展现可检测的PD-L1膜表达的肿瘤细胞的百分比是至少1％、2％、3％、4％、5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、60％、70％、80％或90％。
118.根据权利要求99至117中任一项所述的方法，其中所述第一分离的抗体和所述第二分离的抗体在所述癌症的诊断之后作为第一癌症疗法施用。
119.根据权利要求99至118中任一项所述的方法，其中所述第一分离的抗体和所述第二分离的抗体在以下各者之后作为所述第一癌症疗法施用：
(a)尽管先前用不同的癌症疗法治疗所述癌症但仍发生的肿瘤进展的诊断；或
(b)不同的癌症疗法的毒性的诊断，
任选地其中所述第一和/或第二分离的抗体是向所述受试者施用的第二癌症疗法。
120.一种药物组合物，其包含与人类CTLA-4特异性结合的第一分离的抗体和与人类PD-1特异性结合的第二分离的抗体，其中所述第一分离的抗体包括含有互补决定区CDRH1、CDRH2和CDRH3的重链可变区和含有互补决定区CDRL1、CDRL2和CDRL3的轻链可变区，其中：
(a)CDRH1包含SYX1MX2的氨基酸序列(SEQ ID NO:39)，其中
X1是S或A；并且
X2是N或S；
(b)CDRH2包含SISSSSSYIYYADSVKG的氨基酸序列(SEQ ID NO:22)；
(c)CDRH3包含VGLMGPFXI的氨基酸序列(SEQ ID NO:115)，其中X是D或N；
(d)CDRL1包含RASQSVX1X2YLX3的氨基酸序列(SEQ ID NO:43)，其中：
X1是S或G；
X2是R、S或T；并且
X3是G或A；
(e)CDRL2包含X1X2SX3RAT的氨基酸序列(SEQ ID NO:44)，其中：
X1是G或A；
X2是A或T；并且
X3是T、S、R或N；并且
(f)CDRL3包含QQYGX1SPX2T的氨基酸序列(SEQ ID NO:45)，其中：
X1是S或T；并且
X2是W或F，
并且其中所述第二分离的抗体包括含有互补决定区CDRH1、CDRH2和CDRH3的重链可变区和含有互补决定区CDRL1、CDRL2和CDRL3的轻链可变区，其中：
(g)CDRH1包含SYGMH的氨基酸序列(SEQ ID NO:75)；
(h)CDRH2包含VIWX1DGSNX2YYADSVX3G的氨基酸序列(SEQ ID NO:86)，其中
X1是Y或F；
X2是K或E；并且
X3是K或M；
(i)CDRH3包含NX1DX2的氨基酸序列(SEQ ID NO:87)，其中
X1是G或V；并且
X2是H或Y；
(j)CDRL1包含RASQSVSSNLA的氨基酸序列(SEQ ID NO:83)；
(k)CDRL2包含GASTRAT的氨基酸序列(SEQ ID NO:84)；并且
(l)CDRL3包含QQYNNWPRT的氨基酸序列(SEQ ID NO:85)。
121.根据权利要求120所述的药物组合物，其中所述第一分离的抗体的CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2和CDRL3分别包含SEQ ID NO:20、22、24、27、30和36；20、22、24、29、32和37；20、22、24、29、33和38；21、22、24、27、30和36；21、22、24、29、33和38；20、22、24、28、31和36；20、22、24、29、34和36；20、22、24、29、35和38；21、22、26、27、30和36；21、22、26、29、32和37；21、22、26、29、33和38；或21、22、26、29、35和38中所示的氨基酸序列，并且其中所述第二分离的抗体的CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2和CDRL3分别包含SEQ ID NO:75、76、80、83、84和85；75、76、81、83、84和85；75、76、82、83、84和85；75、77、81、83、84和85；75、78、81、83、84和85；或75、79、81、83、84和85中所示的氨基酸序列。
122.根据权利要求121所述的药物组合物，其中所述第一分离的抗体的所述重链可变区和所述轻链可变区分别包含SEQ ID NO:1和14；1和16；1和17；9和14；9和17；10和15；10和17；10和18；10和19；11和15；11和14；11和16；11和17；12和14；12和16；12和17；12和19；13和15；或13和17中所示的氨基酸序列，并且其中所述第二分离的抗体的所述重链可变区和所述轻链可变区分别包含SEQ ID NO:66和74；67和74；68和74；69和74；70和74；71和74；72和74；或73和74中所示的氨基酸序列。
123.一种试剂盒，其包含与人类CTLA-4特异性结合的第一分离的抗体和与人类PD-1特异性结合的第二分离的抗体，其中所述第一分离的抗体包括含有互补决定区CDRH1、CDRH2和CDRH3的重链可变区和含有互补决定区CDRL1、CDRL2和CDRL3的轻链可变区，其中：
(a)CDRH1包含SYX1MX2的氨基酸序列(SEQ ID NO:39)，其中
X1是S或A；并且
X2是N或S；
(b)CDRH2包含SISSSSSYIYYADSVKG的氨基酸序列(SEQ ID NO:22)；
(c)CDRH3包含VGLMGPFXI的氨基酸序列(SEQ ID NO:115)，其中X是D或N；
(d)CDRL1包含RASQSVX1X2YLX3的氨基酸序列(SEQ ID NO:43)，其中：
X1是S或G；
X2是R、S或T；并且
X3是G或A；
(e)CDRL2包含X1X2SX3RAT的氨基酸序列(SEQ ID NO:44)，其中：
X1是G或A；
X2是A或T；并且
X3是T、S、R或N；并且
(f)CDRL3包含QQYGX1SPX2T的氨基酸序列(SEQ ID NO:45)，其中：
X1是S或T；并且
X2是W或F，
并且其中所述第二分离的抗体包括含有互补决定区CDRH1、CDRH2和CDRH3的重链可变区和含有互补决定区CDRL1、CDRL2和CDRL3的轻链可变区，其中：
(g)CDRH1包含SYGMH的氨基酸序列(SEQ ID NO:75)；
(h)CDRH2包含VIWX1DGSNX2YYADSVX3G的氨基酸序列(SEQ ID NO:86)，其中
X1是Y或F；
X2是K或E；并且
X3是K或M；
(i)CDRH3包含NX1DX2的氨基酸序列(SEQ ID NO:87)，其中
X1是G或V；并且
X2是H或Y；
(j)CDRL1包含RASQSVSSNLA的氨基酸序列(SEQ ID NO:83)；
(k)CDRL2包含GASTRAT的氨基酸序列(SEQ ID NO:84)；并且
(l)CDRL3包含QQYNNWPRT的氨基酸序列(SEQ ID NO:85)。
124.根据权利要求123所述的试剂盒，其中所述第一分离的抗体的CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2和CDRL3分别包含SEQ ID NO:20、22、24、27、30和36；20、22、24、29、32和37；20、22、24、29、33和38；21、22、24、27、30和36；21、22、24、29、33和38；20、22、24、28、31和36；20、22、24、29、34和36；20、22、24、29、35和38；21、22、26、27、30和36；21、22、26、29、32和37；21、22、26、29、33和38；或21、22、26、29、35和38中所示的氨基酸序列，并且其中所述第二分离的抗体的CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2和CDRL3分别包含SEQ ID NO:75、76、80、83、84和85；75、76、81、83、84和85；75、76、82、83、84和85；75、77、81、83、84和85；75、78、81、83、84和85；或75、79、81、83、84和85中所示的氨基酸序列。
125.根据权利要求124所述的试剂盒，其中所述第一分离的抗体的所述重链可变区和所述轻链可变区分别包含SEQ ID NO:1和14；1和16；1和17；9和14；9和17；10和15；10和17；10和18；10和19；11和15；11和14；11和16；11和17；12和14；12和16；12和17；12和19；13和15；或13和17中所示的氨基酸序列，并且其中所述第二分离的抗体的所述重链可变区和所述轻链可变区分别包含SEQ ID NO:66和74；67和74；68和74；69和74；70和74；71和74；72和74；或73和74中所示的氨基酸序列。
126.一种试剂盒，其包含与人类CTLA-4特异性结合的第一分离的抗体和与人类PD-1特异性结合的第二分离的抗体，其中所述第一分离的抗体的重链可变区和轻链可变区分别包含SEQ ID NO:1和14中所示的氨基酸序列，并且其中所述第二分离的抗体的重链可变区和轻链可变区分别包含SEQ ID NO:66和74中所示的氨基酸序列。
127.一种试剂盒，其包含与人类CTLA-4特异性结合的第一分离的抗体和与人类PD-1特异性结合的第二分离的抗体，其中所述第一分离的抗体的重链可变区和轻链可变区分别包含SEQ ID NO:1和14中所示的氨基酸序列，并且其中所述第二分离的抗体的重链可变区和轻链可变区分别包含SEQ ID NO:67和74中所示的氨基酸序列。
128.一种试剂盒，其包含与人类CTLA-4特异性结合的第一分离的抗体和与人类PD-1特异性结合的第二分离的抗体，其中所述第一分离的抗体的重链和轻链分别包含SEQ ID NO:51和59；或117和59中所示的氨基酸序列，并且其中所述第二分离的抗体的重链可变区和轻链可变区分别包含SEQ ID NO:91和93；92和93；或120和93中所示的氨基酸序列。
129.一种试剂盒，其包含与人类CTLA-4特异性结合的第一分离的抗体和与人类PD-1特异性结合的第二分离的抗体，其中所述第一分离的抗体的重链和轻链分别包含SEQ ID NO:51和59中所示的氨基酸序列，并且其中所述第二分离的抗体的重链可变区和轻链可变区分别包含SEQ ID NO:91和93中所示的氨基酸序列。
130.一种试剂盒，其包含与人类CTLA-4特异性结合的第一分离的抗体和与人类PD-1特异性结合的第二分离的抗体，其中所述第一分离的抗体的重链和轻链分别包含SEQ ID NO:51和59中所示的氨基酸序列，并且其中所述第二分离的抗体的重链可变区和轻链可变区分别包含SEQ ID NO:92和93中所示的氨基酸序列。
131.一种试剂盒，其包含与人类CTLA-4特异性结合的第一分离的抗体和与人类PD-1特异性结合的第二分离的抗体，其中所述第一分离的抗体的重链和轻链分别包含SEQ ID NO:51和59中所示的氨基酸序列，并且其中所述第二分离的抗体的重链可变区和轻链可变区分别包含SEQ ID NO:120和93中所示的氨基酸序列。
132.一种多特异性抗体，其包含与人类CTLA-4特异性结合的第一抗原结合区和与人类PD-1特异性结合的第二抗原结合区，其中所述第一抗原结合区包括含有互补决定区CDRH1、CDRH2和CDRH3的重链可变区和含有互补决定区CDRL1、CDRL2和CDRL3的轻链可变区，其中：
(a)CDRH1包含SYX1MX2的氨基酸序列(SEQ ID NO:39)，其中
X1是S或A；并且
X2是N或S；
(b)CDRH2包含SISSSSSYIYYADSVKG的氨基酸序列(SEQ ID NO:22)；
(c)CDRH3包含VGLMGPFXI的氨基酸序列(SEQ ID NO:115)，其中X是D或N；
(d)CDRL1包含RASQSVX1X2YLX3的氨基酸序列(SEQ ID NO:43)，其中：
X1是S或G；
X2是R、S或T；并且
X3是G或A；
(e)CDRL2包含X1X2SX3RAT的氨基酸序列(SEQ ID NO:44)，其中：
X1是G或A；
X2是A或T；并且
X3是T、S、R或N；并且
(f)CDRL3包含QQYGX1SPX2T的氨基酸序列(SEQ ID NO:45)，其中：
X1是S或T；并且
X2是W或F，
并且其中所述第二抗原结合区包括含有互补决定区CDRH1、CDRH2和CDRH3的重链可变区和含有互补决定区CDRL1、CDRL2和CDRL3的轻链可变区，其中：
(g)CDRH1包含SYGMH的氨基酸序列(SEQ ID NO:75)；
(h)CDRH2包含VIWX1DGSNX2YYADSVX3G的氨基酸序列(SEQ ID NO:86)，其中
X1是Y或F；
X2是K或E；并且
X3是K或M；
(i)CDRH3包含NX1DX2的氨基酸序列(SEQ ID NO:87)，其中
X1是G或V；并且
X2是H或Y；
(j)CDRL1包含RASQSVSSNLA的氨基酸序列(SEQ ID NO:83)；
(k)CDRL2包含GASTRAT的氨基酸序列(SEQ ID NO:84)；并且
(l)CDRL3包含QQYNNWPRT的氨基酸序列(SEQ ID NO:85)。
133.根据权利要求132所述的多特异性抗体，其中所述第一抗原结合区的CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2和CDRL3分别包含SEQ ID NO:20、22、24、27、30和36；20、22、24、29、32和37；20、22、24、29、33和38；21、22、24、27、30和36；21、22、24、29、33和38；20、22、24、28、31和36；20、22、24、29、34和36；20、22、24、29、35和38；21、22、26、27、30和36；21、22、26、29、32和37；21、22、26、29、33和38；或21、22、26、29、35和38中所示的氨基酸序列，并且其中所述第二抗原结合区的CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2和CDRL3分别包含SEQ ID NO:75、76、80、83、84和85；75、76、81、83、84和85；75、76、82、83、84和85；75、77、81、83、84和85；75、78、81、83、84和85；或75、79、81、83、84和85中所示的氨基酸序列。
134.根据权利要求133所述的多特异性抗体，其中所述第一抗原结合区的重链可变区和轻链可变区分别包含SEQ ID NO:1和14；1和16；1和17；9和14；9和17；10和15；10和17；10和18；10和19；11和15；11和14；11和16；11和17；12和14；12和16；12和17；12和19；13和15；或13和17中所示的氨基酸序列，并且其中所述第二抗原结合区的重链可变区和轻链可变区分别包含SEQ ID NO:66和74；67和74；68和74；69和74；70和74；71和74；72和74；或73和74中所示的氨基酸序列。
135.一种多特异性抗体，其包含与人类CTLA-4特异性结合的第一抗原结合区和与人类PD-1特异性结合的第二抗原结合区，其中所述第一抗原结合区包含分别包含SEQ ID NO:1和14中所示的氨基酸序列的重链可变区和轻链可变区，并且其中所述第二抗原结合区包含分别包含SEQ ID NO:66和74中所示的氨基酸序列的重链可变区和轻链可变区。
136.一种多特异性抗体，其包含与人类CTLA-4特异性结合的第一抗原结合区和与人类PD-1特异性结合的第二抗原结合区，其中所述第一抗原结合区包含分别包含SEQ ID NO:1和14中所示的氨基酸序列的重链可变区和轻链可变区，并且其中所述第二抗原结合区包含分别包含SEQ ID NO:67和74中所示的氨基酸序列的重链可变区和轻链可变区。
137.一种多特异性抗体，其包含与人类CTLA-4特异性结合的第一抗原结合区和与人类PD-1特异性结合的第二抗原结合区，其中所述第一抗原结合区包含分别包含SEQ ID NO:51和59；或117和59中所示的氨基酸序列的重链和轻链，并且其中所述第二抗原结合区包含分别包含SEQ ID NO:91和93；92和93；或120和93中所示的氨基酸序列的重链和轻链。
138.一种多特异性抗体，其包含与人类CTLA-4特异性结合的第一抗原结合区和与人类PD-1特异性结合的第二抗原结合区，其中所述第一抗原结合区包含分别包含SEQ ID NO:51和59中所示的氨基酸序列的重链和轻链，并且其中所述第二抗原结合区包含分别包含SEQID NO:91和93中所示的氨基酸序列的重链和轻链。
139.一种多特异性抗体，其包含与人类CTLA-4特异性结合的第一抗原结合区和与人类PD-1特异性结合的第二抗原结合区，其中所述第一抗原结合区包含分别包含SEQ ID NO:51和59中所示的氨基酸序列的重链和轻链，并且其中所述第二抗原结合区包含分别包含SEQID NO:92和93中所示的氨基酸序列的重链和轻链。
140.一种多特异性抗体，其包含与人类CTLA-4特异性结合的第一抗原结合区和与人类PD-1特异性结合的第二抗原结合区，其中所述第一抗原结合区包含分别包含SEQ ID NO:51和59中所示的氨基酸序列的重链和轻链，并且其中所述第二抗原结合区包含分别包含SEQID NO:120和93中所示的氨基酸序列的重链和轻链。
141.根据权利要求1至131中任一项所述的方法、药物组合物或试剂盒，其中(a)所述第一抗体的所述重链可变区和/或所述轻链可变区的N端氨基酸残基已被转化为焦谷氨酸盐，和/或(b)所述第二抗体的所述重链可变区和/或所述轻链可变区的N端氨基酸残基已被转化为焦谷氨酸盐。
142.根据权利要求132至140中任一项所述的多特异性抗体，其中(a)所述第一抗原结合区的所述重链可变区和/或所述轻链可变区的N端氨基酸残基已被转化为焦谷氨酸盐，和/或(b)所述第二抗原结合区的所述重链可变区和/或所述轻链可变区的N端氨基酸残基已被转化为焦谷氨酸盐。
143.一种如前述权利要求中任一项中所定义的治疗组合、多特异性抗体、试剂盒和/或药物组合物的用途，其用于制备用于治疗癌症、用于增强或诱导免疫反应或用于治疗传染病的药物。
144.一种抗CTLA-4抗体、抗PD-1抗体、抗CTLA-4/PD-1抗体以及任选地额外的治疗剂的用途，其用于制备用于治疗癌症、用于增强或诱导免疫反应或用于治疗传染病的药物组合物、药物或试剂盒。
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