CN110129452B - 一种早期鉴定鸭屠体性能的分子标记及其鉴定方法和应用 - Google Patents

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Abstract

本发明公开了一种早期鉴定鸭屠体性能的分子标记及其鉴定方法和应用，该分子标记是基于胰岛素样生长因子结合蛋白基因IGF2BP1开发的能够影响其表达量的多态位点，为位于IGF2BP1基因序列的第1386‑1408位点的长度为23bp的插入/缺失序列，其核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示，通过鉴定该分子标记在鸭基因组中存在的类型，可以在早期通过分子筛选来判断鸭的屠体性能，为地方小型麻鸭育种提供了直接的技术手段，通过早期选育，降低饲养成本的同时，从遗传上根本改良生长性状，从而加速遗传选育进展。

Description

一种早期鉴定鸭屠体性能的分子标记及其鉴定方法和应用
技术领域
本发明涉及的是分子标记的技术领域，尤其涉及的是一种基于胰岛素样生长因子结合蛋白基因IGF2BP1早期鉴定鸭屠体性状的分子标记及其鉴定方法和应用。
背景技术
我国快大型白羽肉鸭因高度选育和杂交配套，使其生长发育迅速。然而，随着居民消费对地方特色鸭种需求的增加，地方优质小型麻鸭的市场占有率逐年增加。地方优质小型麻鸭普遍存在生长期长、饲料转化效率较低，但肉质优良、风味佳的特点。然而，地方优质小型麻鸭的典型特点为生长发育整齐性差，且生产效益低下，为规模养殖带来较多困惑。因此，有必要建立快速有效的活体选育技术。
生长作为经济性状受微效多基因控制，一直以来，以表型选育为主，导致选育进展缓慢，育种问题一直无法解决。IGF2BP1为胰岛素样生长因子结合蛋白，作IGF2BP1基因解析发现，该基因主要在鸭胚胎发育期高表达，出雏后本底表达，而对快大型白羽肉鸭，该基因的表达一直持续至出雏后4-6周，对肉鸭早期生长体重的贡献率高达15％，即IGF2BP1基因在出雏后肉鸭表达量决定了肉鸭体重。因此，选择IGF2BP1基因作为候选基因，筛选影响其表达量的多态位点，为地方小体型麻鸭育种提供直接技术手段。
发明内容
本发明的目的在于克服现有技术的不足，提供了一种早期鉴定鸭屠体性能的分子标记及其鉴定方法，以利用分子标记技术实现早期检测，克服表型选育方法进展缓慢，无法实现早期鉴定的技术问题。
本发明是通过以下技术方案实现的：
本发明提供了一种基于胰岛素样生长因子结合蛋白基因IGF2BP1的早期鉴定鸭屠体性能的分子标记，所述IGF2BP1基因在NCBI的登录号为NC_040073.1，全长31216bp，如SEQID NO.1所示为IGF2BP1基因的前3000个核苷酸序列，所述分子标记为位于SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列的第1386-1408位点的长度为23bp的插入/缺失序列，该分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示。
本发明还提供了一种上述分子标记在鉴定鸭屠体性状中的应用。
本发明还提供了一种利用上述分子标记鉴定鸭屠体性状的方法，包括以下步骤：
(1)提取鸭组织器官总DNA；
(2)以所述分子标记所在位点的上下游的胰岛素样生长因子结合蛋白基因IGF2BP1的核苷酸序列为模板，设计特异性扩增引物，再以步骤(1)的DNA为模板进行PCR扩增，获得PCR产物；
(3)检测PCR产物：
Ⅰ、若PCR产物中仅含有1条条带，则为AA型，该鸭的屠体性状极高；
Ⅱ、若PCR产物中含有2条条带，则为AB型，该鸭的屠体性状较差。
进一步优选地，所述步骤(1)中，提取鸭组织器官总DNA为提取鸭翅静脉血总DNA或羽毛组织总DNA。
进一步优选地，所述分子标记所在位点的上下游引物扩增获得的PCR产物的长度均大于100bp。
进一步优选地，所述步骤(2)的特异性扩增引物序列为：
SEQ ID NO.3：P2-F：AGGGAAAGTGGAGCTTCATGG
SEQ ID NO.4：P2-R：TGCCTTCTTATCTCACTGGGGA
进一步优选地，所述步骤(2)的PCR扩增的条件为：95℃预变性5min；95℃变性30s，59-64℃退火30s，72℃延伸35s，共30-40个循环；72℃延伸10min；4℃保存。
进一步优选地，所述检测PCR产物的方法为琼脂糖凝胶电泳检测或聚丙烯酰胺凝胶电泳检测，更进一步地，利用2％质量比以上浓度的琼脂糖凝胶电泳进行检测。
本发明相比现有技术具有以下优点：本发明提供了一种早期鉴定鸭屠体性能的分子标记及其鉴定方法和应用，该分子标记为基于胰岛素样生长因子结合蛋白基因IGF2BP1开发的能够影响其表达量的多态位点，通过鉴定该分子标记在鸭基因组中存在的类型，可以在早期通过分子筛选来判断鸭的屠体性能，为地方小型麻鸭育种提供了直接的技术手段，通过早期选育，降低饲养成本的同时，从遗传上根本改良生长性状，从而加速遗传选育进展。
附图说明
图1为部分样品PCR扩增产物的琼脂糖凝胶电泳图(1％质量比)；
图2为部分样品PCR扩增产物的琼脂糖凝胶电泳图(2％质量比)；
图3为部分样品PCR扩增产物的聚丙烯酰胺凝胶电泳图。
具体实施方式
实施例1
1、材料
本实施例所用方法如无特别说明均为本领域的技术人员所知晓的常规方法，所用的试剂等材料，如无特别说明，均为市售购买产品。
2、方法
2.1引物设计：
以SEQ ID NO.1所示的胰岛素样生长因子结合蛋白基因IGF2BP1的部分核苷酸序列为模板，设计特异性扩增引物P2-F、P2-R，序列如下所示：
SEQ ID NO.3：P2-F：AGGGAAAGTGGAGCTTCATGG
SEQ ID NO.4：P2-R：TGCCTTCTTATCTCACTGGGGA
该引物可扩增SEQ ID NO.1的第1239-1456位，共计218bp序列，其中包含第1385-1407段23bp插入/缺失片段。
2.2提取血液总DNA
选取地方鸭300只，其中，公鸭60只，母鸭240只，翅静脉采血，提取血液总DNA，利用大连宝生物公司生产的血液DNA提取试剂盒提取鸭翅静脉血样中总DNA，提取步骤按照试剂盒说明书进行即可，也可以取鸭羽毛等其它组织作为样本，提取总DNA。
2.3PCR扩增
PCR使用的是2×Taq PCR MasterMix(KT121221，TIANGEN)，反应体系为P2-F 1μl，P2-R 1μl，全基因组DNA 1μl，ddH2O 7μl，2×Taq PCR Master Mix10μl，总计20μl体系。
PCR扩增条件为：95℃变性30s，59-64℃退火30s，72℃延伸35s，共30-40个循环；72℃延伸10min；4℃保存。
2.4PCR扩增产物检测
如图1所示，利用1％(质量比)琼脂糖凝胶电泳检测PCR扩增产物，获得一条长度略大于220bp的条带，与预测的长度一致，说明获得了目的片段。利用大连宝生物有限公司的DNA回收试剂盒，回收PCR扩增产物，将PCR产物送到上海生工测序，序列如SEQ ID NO.5所示，与预测结果一致。
利用高浓度(2％质量比)低电压琼脂糖凝胶电泳检测，获得如图2所示的结果，利用聚丙烯酰胺凝胶电泳检测，获得如图3所示的结果。
其中：
PCR产物中仅含有1条条带的，为AA型；
PCR产物中含有2条条带的，为AB型。
2.5效果验证
通过统计500只公母混养小群地方鸭的生长记录，并于饲养10周末和12周末分别屠宰80只后记录屠体重、胸肌重、腿肌重等屠宰性能指标。结果见表1。
表1：性能指标统计表
Figure BDA0002038870220000041
Figure BDA0002038870220000051
注：同一性别，同行间标注小写字母表示差异显著(P<0.05)，标注大写字母表示差异极显著(P<0.01)。
表1中可以看出，基因型为AA型公鸭AA型活体重极显著高于AB型(P<0.01)，AA型全净膛率显著低于AB型，AA型腹脂重和腹脂率均显著高于AB型。母鸭AB型腹脂重和腹脂率显著高于AA型(P<0.05)，其他指标无显著性差异。在12周龄时，公鸭AA型活体重显著高于AB型(P<0.05)，AA型肝脏重显著高于AB型(P<0.05)，其他屠体性能无显著差异。母鸭AA型活体重极显著高于AB型(P<0.01)，AA型心重显著高于AB型(P<0.05)，其他指标无显著性差异。得出结论，AA型屠体性状极高，而AB型屠体性状较差。
以上为本发明一种详细的实施方式和具体的操作过程，是以本发明技术方案为前提下进行实施，但本发明的保护范围不限于上述的实施例。
Figure IDA0002094130730000011
Figure IDA0002094130730000021
Figure IDA0002094130730000031
Figure IDA0002094130730000041
Figure IDA0002094130730000051

Claims (9)

1.一种基于胰岛素样生长因子结合蛋白基因IGF2BP1的早期鉴定鸭屠体性能的分子标记，所述IGF2BP1基因包括如SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列，其特征在于，所述分子标记为位于SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列的第1386-1408位点的长度为23bp的插入/缺失序列，该插入/缺失序列的核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示。
2.一种如权利要求1所述的分子标记在鉴定鸭屠体性状中的应用。
3.一种利用如权利要求1所述的分子标记鉴定鸭屠体性状的方法，其特征在于，包括以下步骤：
(1)提取鸭组织器官总DNA；
(2)以所述分子标记所在位点的上下游的胰岛素样生长因子结合蛋白基因IGF2BP1的核苷酸序列为模板，设计特异性扩增引物，再以步骤(1)的DNA为模板进行PCR扩增，获得PCR产物；
(3)检测PCR产物：
Ⅰ、若PCR产物中仅含有1条条带，则为AA型，该鸭的屠体性状极高；
Ⅱ、若PCR产物中含有2条条带，则为AB型，该鸭的屠体性状较差。
4.根据权利要求3所述的一种利用分子标记鉴定鸭屠体性状的方法，其特征在于，所述步骤(1)中，提取鸭组织器官总DNA为提取鸭翅静脉血总DNA或羽毛组织总DNA。
5.根据权利要求3所述的一种利用分子标记鉴定鸭屠体性状的方法，其特征在于，所述分子标记所在位点的上下游引物扩增获得的PCR产物的长度均大于100bp。
6.根据权利要求3所述的一种利用分子标记鉴定鸭屠体性状的方法，其特征在于，所述步骤(2)的特异性扩增引物序列为：
SEQ ID NO.3：P2-F：AGGGAAAGTGGAGCTTCATGG
SEQ ID NO.4：P2-R：TGCCTTCTTATCTCACTGGGGA。
7.根据权利要求6所述的一种利用分子标记鉴定鸭屠体性状的方法，其特征在于，所述步骤(2)的PCR扩增的条件为：95℃预变性5min；95℃变性30s，59-64℃退火30s，72℃延伸35s，共30-40个循环；72℃延伸10min；4℃保存。
8.根据权利要求3所述的一种利用分子标记鉴定鸭屠体性状的方法，其特征在于，所述检测PCR产物的方法为琼脂糖凝胶电泳检测或聚丙烯酰胺凝胶电泳检测。
9.根据权利要求8所述的一种利用分子标记鉴定鸭屠体性状的方法，其特征在于，所述检测PCR产物的方法为：利用2％质量比以上浓度的琼脂糖凝胶电泳进行检测。
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