CN113430284B - 与鸡胸肌质量和胸肌率相关的分子标记、试剂盒及应用 - Google Patents

与鸡胸肌质量和胸肌率相关的分子标记、试剂盒及应用 Download PDF

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Abstract

本发明公开了与鸡胸肌质量和胸肌率相关的分子标记、试剂盒及应用，属于分子标记领域。本发明公开了一种与鸡胸肌质量和胸肌率相关的分子标记，其位于BMP15基因内含子1上g.1861386位点处有G/A碱基突变，存在AA、AG和GG三种基因分型。本发明通过该分子标记可以鉴定鸡胸肌质量和胸肌率，实现对鸡的基因分型，这对地方品种鸡品种选育以及标记辅助选择提供科学依据。

Description

与鸡胸肌质量和胸肌率相关的分子标记、试剂盒及应用
技术领域
本发明涉及分子标记领域，特别是涉及一种与鸡胸肌质量和胸肌率相关的分子标记、试剂盒及应用。
背景技术
随着禽流感的频繁爆发，“冰鲜鸡”的推广是大势所趋，也是保障食品安全的重要策略。鸡产品屠宰深加工不仅能满足市场和不同消费者的需求，还能增加养殖场(户)的经济效益，屠宰深加工包括鸡杂、鸡翅、鸡爪、鸡腿与鸡胸肉等分割产品。胸肌质量与胸肌率性状是家禽的重要经济性状也是家禽遗传改良的主要研究目标。由于这两个性状是屠宰性状，如直接选择这些指标，在现场育种中必须进行大量的屠宰后通过同胞值进行选择，该方法成本高，工作繁琐。随着分子遗传标记辅助选择在育种中的应用，候选基因法是家禽进行胸肌质量和胸肌率分子选育行之有效、易于操作的方法。
骨形态发生蛋白15(bone morphogenetic protein15，BMP15)为骨形态发生蛋白家族成员，属于转化生长因子β超家族成员之一，作为一种卵母细胞分泌因子，主要在雌性动物卵母细胞中表达并被分泌到胞外，通过结合到卵母细胞周围颗粒细胞/鞘细胞膜上的特异性受体行使生物学功能在动物胚胎生长发育、神经系统、生殖系统以及软骨组织发育中具有重要的作用。BMP15基因目前在鸡上的研究主要集中在该基因多态性及其与母鸡繁殖性能如300日龄产蛋量、开产体质量、开产日龄、开产蛋质量等方面以及卵巢发育。迄今为止，BMP15基因与地方鸡种公禽胸肌质量与胸肌率相关性还未见有报道。
发明内容
本发明的目的是提供一种与鸡胸肌质量和胸肌率相关的分子标记、试剂盒及应用，以解决上述现有技术存在的问题，该分子标记可以准确对鸡胸肌质量和胸肌率进行判定，并且操作简单、成本低，利于用于地方鸡品种的选育中。
为实现上述目的，本发明提供了如下方案：
本发明提供一种与鸡胸肌质量和胸肌率相关的分子标记，其位于BMP15基因内含子1上。
优选的是，所述分子标记为BMP15基因内含子1上g.1861386位点处有G/A碱基突变，存在AA、AG和GG三种基因分型。本发明还提供所述的分子标记的引物，其序列如SEQ IDNO：2和SEQ ID NO：3所示。
本发明还提供一种鉴定鸡胸肌质量和胸肌率的方法，包括利用所述的引物扩增待检测样本DNA，根据扩增产物的基因型判定待检测样本的胸肌质量和胸肌率。
优选的是，扩增体系为：2×PCR mix 25μL，上下游引物各0.4μL，DNA模板1.0μL，ddH2O 23.2μL。
优选的是，扩增程序：95℃预变性3min；95℃变性30s，58℃退火30s，72℃延伸45s，35个循环；后延伸72℃10min。
本发明还提供包括所述的引物的试剂盒。
本发明还提供所述的分子标记或者所述的方法或者所述的试剂盒在鉴定鸡胸肌质量和胸肌率中的应用。
本发明还提供所述的分子标记或者所述的方法或者所述的试剂盒在地方鸡品种选育中的应用。
本发明公开了以下技术效果：
本发明以BMP15基因内含子1上g.1861386G>A位点为候选标记，检测该位点在地方鸡种(如：宁都黄公鸡)中的多态性并分析其与胸肌质量和胸肌率性状的关系，通过实验发现：该位点存在AA、AG和GG三种基因型，并且AA型个体的胸肌质量和胸肌率呈现极显著差异，而AG型和GG型个体的胸肌质量和胸肌率差异不显著。因此，该结果可以将地方鸡品种进行优劣区分，为地方鸡品种选育提供依据。
附图说明
为了更清楚地说明本发明实施例或现有技术中的技术方案，下面将对实施例中所需要使用的附图作简单地介绍，显而易见地，下面描述中的附图仅仅是本发明的一些实施例，对于本领域普通技术人员来讲，在不付出创造性劳动的前提下，还可以根据这些附图获得其他的附图。
图1为BMP15基因PCR产物检测结果；M为DL2000 marker，1为PCR产物；
图2为BMP15基因测序结果；
图3为BMP15基因序列在NCBI比对的结果；
图4为BMP15基因序列在UCSC鸡基因组比对的结果；
图5为BMP15基因g.1861386G>A位点不同基因型测序图；图中阴影部分为g.1861386G>A位点。
具体实施方式
现详细说明本发明的多种示例性实施方式，该详细说明不应认为是对本发明的限制，而应理解为是对本发明的某些方面、特性和实施方案的更详细的描述。
应理解本发明中所述的术语仅仅是为描述特别的实施方式，并非用于限制本发明。另外，对于本发明中的数值范围，应理解为还具体公开了该范围的上限和下限之间的每个中间值。在任何陈述值或陈述范围内的中间值以及任何其他陈述值或在所述范围内的中间值之间的每个较小的范围也包括在本发明内。这些较小范围的上限和下限可独立地包括或排除在范围内。
除非另有说明，否则本文使用的所有技术和科学术语具有本发明所述领域的常规技术人员通常理解的相同含义。虽然本发明仅描述了优选的方法和材料，但是在本发明的实施或测试中也可以使用与本文所述相似或等同的任何方法和材料。本说明书中提到的所有文献通过引用并入，用以公开和描述与所述文献相关的方法和/或材料。在与任何并入的文献冲突时，以本说明书的内容为准。
在不背离本发明的范围或精神的情况下，可对本发明说明书的具体实施方式做多种改进和变化，这对本领域技术人员而言是显而易见的。由本发明的说明书得到的其他实施方式对技术人员而言是显而易见的。本申请说明书和实施例仅是示例性的。
关于本文中所使用的“包含”、“包括”、“具有”、“含有”等等，均为开放性的用语，即意指包含但不限于。
实施例
1、材料与方法
1.1试验材料、指标测定及样品采集
试验鸡群由江西南师科技有限公司提供，饲养时间为2018年4月-2018年8月，鸡苗数为700羽，饲养模式为种公鸡笼养模式，按照肉种鸡常规免疫程序进行统一免疫，其它均按照常规方法进行饲养管理。在出生第一天戴上翅号，第5周戴上脚号。饲养至16周龄进行屠宰。指标测定有活体质量、单侧胸肌质量，并计算单侧胸肌率。活体质量是鸡只禁食12小时后的质量；单侧胸肌质量是指沿着胸骨脊切开皮肤并向背部剥离得到的一侧胸肌质量；单侧胸肌率为(单侧胸肌质量/活体质量)×100。去除死亡、逃逸、以及明显错误与重复数据，最后得到的试验公鸡497只。指标测定参照NY/T 823—2004《家禽生产性能名词术语和度量统计方法》规定的方法。在翅下静脉采血1～2mL，用2％EDTA抗凝，-20℃保存备用。所采血样用常规的酚/氯仿抽提法提取基因组DNA，并稀释成100ng/μL备用。
1.2引物设计与合成
从NCBI上下载鸡BMP15基因组序列(GenBank登录号：NM_001006589.2)，应用Genetool软件设计上下游引物，引物序列：F(SEQ ID NO:2)：5’-ctggcacaggaaatggaact-3’，R(SEQ ID NO:3)：5’-ccaccaagcatcaaaacaca-3’，扩增BMP15基因位点上下游957bp片段。引物由湖南擎科生物有限公司合成。
PCR反应体系为(50μL)：2×PCR mix 25μL，上下游引物各0.4μL，DNA模板1.0μL，ddH2O 23.2μL。
PCR反应程序为：95℃预变性3min；95℃变性30s，58℃退火30s，72℃延伸45s，35个循环；后延伸72℃10min。
PCR产物用1％琼脂糖凝胶电泳检测片段大小是否符合预期。检测后的PCR产物送往湖南擎科生物有限公司利用上游引物进行直接测序，根据每个个体测序结果判定基因型。
1.3统计分析
由于所观察群体拥有相同的遗传背景，均为16w公鸡，且在饲养标准相同条件下饲养，所以标记与胸肌质量和胸肌率性状间的关联分析采用SAS 9.0GLM程序进行统计分析，构建模型如下：Yij＝μ+Gi+eij。其中Yij为性状表型值，μ为该性状的总体均值，Gi为基因型效应值，eij为随机残差效应。
2、结果与分析
2.1 PCR产物检测结果
BMP15基因PCR产物经1.0％琼脂糖凝胶电泳检测见图1，在957bp处有清晰的单一条带，与预期片段大小一致。
检测后的PCR产物直接测序，测序序列见图2，除掉5’端与3’端测序结果较差的部分，得到了913bp序列。将得到的序列经https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi进行比对，进一步验证得到的序列是否为BMP15基因的序列，比对结果见图3，从图中可看出测序得到的序列为BMP15基因的部分序列。进一步将测序获得的序列在http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgBlat进行基因组的比对，结果见图4。
2.2 BMP15基因g.1861386G>A位点的基因型检测
497只宁都黄公鸡BMP15基因PCR产物直接测序结果发现在1861386位点存在多态性，该位点在基因组的具体位置如下所示：
Figure BDA0003219226020000071
Figure BDA0003219226020000081
注：加粗斜体字母G为1861386位点。其中大写字母为测序的序列，5’端与3’端的小写字母为基因组序列。
比较测序结果发现该位点为G>A的突变，存在3种基因型(见图5)。
2.3BMP15基因g.1861386G>A位点与宁都黄公鸡胸肌率的相关性
BMP15基因位点g.1861386G>A不同基因型与16周龄单侧胸肌重与16周龄单侧胸肌率的相关性见表1。从表1可以看出，该位点与所测定的两个性状都存在极显著相关(P<0.01)；且该位点不同基因型间的16周龄单侧胸肌重、16周龄单侧胸肌率存在极显著差异(P<0.01)，AA型个体的2个性状极显著(P<0.01)高于AG型与GG型个体，AG型和GG型个体的2个性状差异不显著(P>0.05)。
表1位点g.1861386G>A基因型与宁都黄公鸡单侧胸肌率的相关性
Figure BDA0003219226020000082
注：**表示极显著；同行数据肩注相同字母者表示差异不显著(P>0.05)，不同的大写字母表示差异极显著(P<0.01)；括号内数字表示基因型的个体数。
以上所述的实施例仅是对本发明的优选方式进行描述，并非对本发明的范围进行限定，在不脱离本发明设计精神的前提下，本领域普通技术人员对本发明的技术方案做出的各种变形和改进，均应落入本发明权利要求书确定的保护范围内。
序列表
<110> 南昌师范学院
<120> 与鸡胸肌质量和胸肌率相关的分子标记、试剂盒及应用
<160> 3
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 1095
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 1
caagggcaag ggcattgctt ggtactcaag ctgcaagcac tgctggctct ccgctcccat 60
tgcagtgctg gcacaggaaa tggaactcct cccaggagct ctttgccgag ggccccaacg 120
cccatgctgg gcacagcggg gtgggatgag gccgtgcccc aggcctggct gccccaggcg 180
ggagctgacg gctgctttcc tcctgcaggt cgctggtacg tgcagcccct cacctaccgc 240
ctggacgccc agtctgaagc tgagcacctt ctccgtgtca ccgtggccta ccctcagagc 300
ctgccgctgc cccgtggccg cctcctgtgt gccgtggagc tgctgcctgc tgccaaagcc 360
ccggcggtac tgctcagccc caccgcccca tcccgccacg gctgggccga agcggacatc 420
accccctatt tatccccagc aaacagcagc tcaggaggga cgctgaccct gcggcacatc 480
tgcgtgcgat ccggccgagc cgccacggcc gccccgccgt cccctgcgga ccccttcctc 540
ctcctcttcc tcaacgacac ccgcagtggg actctcctgg agcctcggcg cagccggcgc 600
gaggcaggga cgcttctcca cgacctgcct ggctacctgc gggatgccgg aggggacaaa 660
agcgactgct ccctgcgctc cttccccgtc agcttcgccc agctgggttg ggaccattgg 720
atcatcgctc cccatcgcta caacccgcgc tactgtaagg gcgtgtgccc acggctcctc 780
cgggacggct accacgcgcc caaccacgcc gtggtgcaga acttggtcca ccagctggtg 840
gatgccaacg tcccccggcc ctcctgcgtc ccctaccgct acagccccat cagcgtcctg 900
atgatccagc acgacggcag catcctctac aaggagtatg agaacatgat tgcagagtcc 960
tgcacctgcc gctaacctgt gcccggagct ggatttctgt tggatgtgtt ttgatgcttg 1020
gtgggtggtt ggtgtttttt gggtttgttt ttttttgctg gggagggggt ttgtctccac 1080
tcgatgcgat gctct 1095
<210> 2
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 2
ctggcacagg aaatggaact 20
<210> 3
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 3
ccaccaagca tcaaaacaca 20

Claims (3)

1.一种与鸡胸肌质量和胸肌率相关的分子标记在鉴定宁都黄公鸡胸肌质量和胸肌率中的应用，其特征在于，所述分子标记为BMP15基因内含子1上g.1861386位点处有G/A碱基突变，存在AA、AG和GG三种基因分型；所述g.1861386位点位于SEQ ID NO：1所示序列的第154位。
2.包括检测权利要求1所述分子标记的引物的试剂盒在鉴定宁都黄公鸡胸肌质量和胸肌率中的应用，其特征在于，所述引物序列如SEQ ID NO：2和SEQ ID NO：3所示。
3.一种与鸡胸肌质量和胸肌率相关的分子标记在地方鸡品种选育中的应用，其特征在于，所述分子标记为BMP15基因内含子1上g.1861386位点处有G/A碱基突变，存在AA、AG和GG三种基因分型；所述g.1861386位点位于SEQ ID NO：1所示序列的第154位；所述地方鸡品种为宁都黄公鸡；选育性状为鸡胸肌质量和胸肌率。
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