CN110093428A - 一种致病性弧菌的高通量定量检测试剂盒 - Google Patents
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Abstract
本发明公开了一种致病性弧菌的高通量定量检测试剂盒，特点是包括8种致病性弧菌的LAMP检测引物组，特点是基因序列如SEQ ID NO.1～NO.32所示，还包括样品模板、10×反应缓冲液、MgSO4、dNTP、BstDNA 聚合酶和双蒸水，优点是特异性强、灵敏度高、通量高、可靠性强、成本低和无假阴性结果。
Description
技术领域
本发明涉及一种致病性弧菌检测试剂盒，尤其是涉及一种致病性弧菌的高通量定量检测试剂盒。
背景技术
弧菌属广泛存在于海水、海底沉积物以及鱼贝虾蟹等海产品中。人类食用受该类菌污染的食物后会引起腹泻、呕吐、发烧等典型胃肠炎反应，重症患者还会脱水、休克，甚至死亡。近年来的报道显示，副溶血性弧菌引发的食物中毒的发生规模及人群暴露规模呈明显上升趋势，均已超过沙门氏菌，跃居我国细菌性食物中毒的首位。因此，发明一套高通量、快速、准确、全面的、检测常见致病性弧菌方法和分型技术是保障食品质量安全和应对水产品食物中毒事故的关键。副溶血性弧菌（Vibrio parahaemolyticus）、泛存在于海水和海产品中，是我国沿海地区常见的食物中毒病原菌，主要来自海产品或盐腌渍品，临床上以急性起病、腹痛、呕吐、腹泻。创伤弧菌（Vibrio vulnificus）主要通过伤口接触海水造成感染，也可经口感染，感染时可导致蜂窝织炎及骨髓炎等多种炎症，经口感染时常迅速导致菌血症或败血症。霍乱弧菌（Vibrio cholerae）是人类霍乱的病原体，霍乱是一种古老且流行广泛的烈性传染病之一，主要表现为剧烈的呕吐，腹泻，失水，死亡率甚高，属于国际检疫传染病。哈维氏弧菌（Vibrio harveyi）、和鳗弧菌（Vibrio anguillarum）是养殖对虾的重要致病菌，引起的水产养殖动物疾病在世界范围内流行，也是许多养殖鱼类的致病菌，它会造成海水养殖业巨大的经济损失。还有溶藻弧菌、河流弧菌、灿烂弧菌、拟态弧菌和强壮弧菌等都是近些年来引起水产病害的元凶。因此，亟需一种致病性弧菌的高通量定量检测试剂盒，实现快速定量检测。
发明内容
本发明所要解决的技术问题是提供一种特异性强、灵敏度高、通量高、可靠性强、成本低、无假阴性结果的致病性弧菌的高通量定量检测试剂盒。
本发明解决上述技术问题所采用的技术方案为：一种致病性弧菌的高通量定量检测试剂盒，包括8种致病性弧菌的LAMP检测引物组，其基因序列如下表1所示：表1
所述的检测试剂盒的LAMP反应体系及各成分的终浓度如下：样品模板DNA 1μL，2.5μL 10×反应缓冲液，1.5μL浓度为100mM 的MgSO4，3.5μL 浓度为10mM 的dNTP，1μL浓度为8 U/μl Bst DNA 聚合酶，1μL FIP/BIP引物组溶液，1μL F3/B3引物组溶液和4μL甜菜碱，然后用双蒸水补足25μL；其中所述的FIP/BIP 引物组溶液分别为表1所示的副溶血弧菌、创伤弧菌、鳗弧菌、溶藻弧菌、霍乱弧菌、河流弧菌、哈维氏弧菌和灿烂弧菌的FIP/BIP引物组溶液，各引物终浓度均为40 μM，所述的F3/B3引物组溶液分别为表1所示的副溶血弧菌、创伤弧菌、鳗弧菌、溶藻弧菌、霍乱弧菌、河流弧菌、哈维氏弧菌和灿烂弧菌的F3/B3引物组溶液，各引物终浓度均为5 μM。
所述的检测试剂盒还包括显色剂，所述的显色剂为钙黄绿素/氯化锰溶液或者羟基萘酚蓝溶液或者SYBR-Green I，其中钙黄绿素/氯化锰溶液中钙黄绿素浓度为75μM，氯化锰浓度为 500μM；所述的羟基萘酚蓝溶液浓度为150μM，所述的钙黄绿素/氯化锰溶液或者所述的羟基萘酚蓝溶液的添加量为1μL/孔，所述的SYBR-Green I显色剂的添加量为5μL/孔。
与现有技术相比，本发明的优点在于：本发明一种致病性弧菌的高通量定量检测试剂盒设计的引物特异强，可进行快速扩增，通过荧光染料根据双链DNA的多少来确定病原模板的量，从而达到定量检测，时间在2-3h就完成了整个检测，具有特异性强、灵敏度高、通量高、可靠性强、成本低、无假阴性结果的优点。
附图说明
图1为8种致病性弧菌LAMP特异性检测结果，其中左侧为电泳图，右侧为可视化检测图，A：副溶血弧菌检测结果；B：创伤弧菌检测结果；C：鳗弧菌检测结果；D：溶藻弧菌检测结果；E：霍乱弧菌检测结果；F：河流弧菌检测结果；G：哈维氏弧菌检测结果；H：灿烂弧菌检测结果；0：DNA marker；1：副溶血弧菌；2：创伤弧菌；3：鳗弧菌；4：溶藻弧菌；5：霍乱弧菌；6：河流弧菌；7：哈维氏弧菌；8：灿烂弧菌；9：阴性对照。
图2为8种致病性弧菌LAMP灵敏度检测结果图；其中左侧为电泳图，右侧为可视化检测图，A：副溶血弧菌检测结果；B：创伤弧菌检测结果；C：鳗弧菌检测结果；D：溶藻弧菌检测结果；E：霍乱弧菌检测结果；F：河流弧菌检测结果；G：哈维氏弧菌检测结果；H：灿烂弧菌检测结果；0：DNA Marker；1：阴性对照；8-2：分别为10倍浓度梯度稀释的质粒模板；
图3为样品检测实例图，其中A为羟基萘酚蓝作为指示剂的微流控生物芯片检测结果，B为羟基萘酚蓝作为指示剂的微流控生物芯片检测结果；1：副溶血弧菌；2：创伤弧菌；3：鳗弧菌；4：溶藻弧菌；5：霍乱弧菌；6：河流弧菌；7：哈维氏弧菌；8：灿烂弧菌；9：阴性对照。
具体实施方式
以下结合附图实施例对本发明作进一步详细描述。
具体实施例一
一种致病性弧菌的高通量定量检测试剂盒，包括8种致病性弧菌的LAMP检测引物组，其基因序列如下表1所示：
表 1
上述基因靶位点设计：选种间特异、种内保守的基因设计引物，是因为外部引物F3同样有机会与模板上的F3c结合并延伸，置换出完整的FIP连接的互补单链。此时，FIP上的F1c就能实现与此单链上Fl的互补，通过自我碱基配对形成环状结构。同样的，下游引物BIP和B3存在类似于引物FIP和F3的合成，这就为形成哑铃状的单链结构提供了可能。此时，3’端的Fl区段在具有链置换能力的DNA聚合酶作用下，就会以自身为模板，进行DNA合成，形成茎环状结构。
依据上述选择8种致病性弧菌的特异性基因片段为靶目标，应用PRIMEREXPLORERV5软件设计引物，引物的合成由上海生工生物工程有限公司完成。将引物与靶目标比对，进行大量筛选试验和分析，得到特异、敏感、稳定的上述F3、B3、FIP、BIP 的LAMP检测引物组；将设计合成的4条引物进行反应时间和温度优化实验后，确定扩增效率和特异性最好的反应条件。
具体实施例二
一种致病性弧菌的高通量定量检测试剂盒，其LAMP反应体系及各成分的终浓度如下：样品模板DNA 1μL， 2.5μL 10×反应缓冲液，1.5μL浓度为100mM 的MgSO4，3.5μL 浓度为10mM 的dNTP，1μL浓度为8 U/μl Bst DNA 聚合酶，1μL FIP/BIP引物组溶液，1μL F3/B3引物组溶液和4μL甜菜碱，然后用双蒸水补足25μL；其中FIP/BIP 引物组溶液分别为表1所示的副溶血弧菌、创伤弧菌、鳗弧菌、溶藻弧菌、霍乱弧菌、河流弧菌、哈维氏弧菌和灿烂弧菌的8种致病性弧菌的FIP/BIP引物组溶液，各引物终浓度均为40 μM， F3/B3引物组溶液分别为表1所示的副溶血弧菌、创伤弧菌、鳗弧菌、溶藻弧菌、霍乱弧菌、河流弧菌、哈维氏弧菌和灿烂弧菌的8种致病性弧菌的F3/B3引物组溶液，各引物终浓度均为5 μM。
上述检测试剂盒还包括显色剂，显色剂为钙黄绿素/氯化锰溶液或者羟基萘酚蓝溶液或者SYBR-Green I，其中钙黄绿素/氯化锰溶液中钙黄绿素浓度为75μM，氯化锰浓度为500μM；所述的羟基萘酚蓝溶液浓度为150μM，钙黄绿素/氯化锰溶液或者羟基萘酚蓝溶液的添加量为1μL/孔，SYBR-Green I显色剂的添加量为5μL/孔。还设置有阴性对照为水，阳性对照为双链的DNA。
具体实施例三
一种利用上述具体实施例二检测试剂盒进行致病性弧菌的高通量定量检测的方法，包括以下步骤：
取待检样品，按照市售细菌DNA提取试剂盒提取样品模板DNA，取样品模板DNA 1μL，按照LAMP反应体系组成加入2.5μL 10×反应缓冲液，1.5μL MgSO4，3.5μL dNTP，1μL Bst DNA聚合酶，1μL FIP/BIP引物组溶液，1μL F3/B3引物组溶液和4μL甜菜碱，然后用双蒸水补足25μL后混匀，取混合液20μL加至样品检测芯片的每个加样孔（其中引物组溶液分别为副溶血弧菌、创伤弧菌、鳗弧菌、溶藻弧菌、霍乱弧菌、河流弧菌、哈维氏弧菌和灿烂弧菌的8种致病性弧菌的引物组溶液，每一种致病性弧菌的引物组溶液相应加到一个加样孔中，加上加阴性对照的加样孔，参与反应的加样孔一共为9个），再在每个孔中加入1μL显色剂，打开仪器电源开关，待屏幕自检完成，打开反应室盖，将芯片放入仪器反应室内，盖上反应室盖，屏幕上点击“开始”按钮，仪器自动进行，等待反应结束，仪器提示后进入检测菜单界面，选择检测，仪器会自动读取芯片反应室的颜色数据（使用羟基萘酚蓝作为显色剂时阳性为蓝色，阴性为紫罗兰色；使用钙黄绿素为显色剂时，绿色为阳性，黄色为阴性）并按照RGB值进行浓度换算，最后给出每个孔样品中所含细菌核酸的拷贝数。
若是使用SYBR-Green I显色液时，取混合液20μL加至样品检测芯片的每个加样孔。打开仪器电源开关，待屏幕自检完成，打开反应室盖，将芯片放入仪器反应室内，盖上反应室盖，屏幕上点击“开始”按钮，仪器自动进行，等待反应结束，取出芯片，每个加样孔加5μL的SYBR-Green I的工作液。进入仪器检测菜单界面，选择检测，仪器会自动读取芯片反应室的颜色数据（绿色为阳性，橙色为阴性）并按照RGB值进行浓度换算，最后给出每个样品中所含细菌核酸的拷贝数。
图1为左侧为8种致病性弧菌的LAMP反应后的电泳图谱，右侧为采用上述方法使用SYBR-Green I染料后的8种致病性弧菌的LAMP反应结果，绿色的为阳性，橙色的为阴性。由图1可知，样品检测芯片中只有对应的致病性弧菌LAMP检测引物为阳性，空白对照及其余非目的菌检测结果均为阴性。
具体实施例四
灵敏度试验：将分别含有8种致病性弧菌特异片段的质粒10倍梯度稀释，取各稀释度进行LAMP扩增反应，8种致病性弧菌LAMP 方法的检测限为10-40 copies /μL。如图2所示，图中8为原始浓度，8-2分别为10倍稀释的模板，进行LAMP反应后，分别用电泳和使用SYBR-Green I染料染色观察结果。初始浓度A ：5.33×107 copies /μL、B：2.76×107 copies /μL、C：4.18×107 copies /μL、D：3.78×107 copies /μL、E：5.99×107 copies /μL、F：4.37×107 copies /μL、G：1.87×107 copies /μL、H：3.63×107 copies /μL。
具体实施例五
将疑似待测样品2例按照相关国标方法进行样品前处理，制备DNA模板，样品经LAMP反应（离心式微流控生物芯片）检测后，A样品使用羟基萘酚蓝进行显示，B通过SYBR-Green I染料染色。如图3所示，结果显示样品A中含有副溶血弧菌和鳗弧菌，B样品中，含有鳗弧菌和河流弧菌。经生理生化试验验证，以上两个样品中含有检出的致病菌。
上述说明并非对本发明的限制，本发明也并不限于上述举例。本技术领域的普通技术人员在本发明的实质范围内，做出的变化、改型、添加或替换，也应属于本发明的保护范围。
序列表
<110> 宁波大学
<120> 一种致病性弧菌的高通量定量检测试剂盒
<130>
<160> 32
<170> PatentIn version 3.3
<210> 1
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 副溶血弧菌actX-F3
<400> 1
GCTGCTCGATAAGTGGAACA 20
<210> 2
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 副溶血弧菌actX-B3
<400> 2
GCTTGATAAAACGGATGCGC 20
<210> 3
<211> 42
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 副溶血弧菌actX-FIP
<400> 3
GCCGACCACGATGCTATCAAGGCTAACTTCGGTTCGCGATCC 42
<210> 4
<211> 39
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 副溶血弧菌actX-BIP
<400> 4
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<210> 5
<211> 18
<212> DNA
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<220>
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<400> 5
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<211> 20
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<220>
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<211> 42
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
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<220>
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<220>
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<220>
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<220>
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<211> 21
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<220>
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<400> 13
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<210> 14
<211> 19
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<220>
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<400> 14
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<210> 15
<211> 43
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<220>
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<210> 16
<211> 43
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<220>
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<210> 17
<211> 20
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<220>
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<220>
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<210> 20
<211> 40
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<213> 人工序列
<220>
<223> 霍乱弧菌cyaA-BIP
<400> 20
TGAAGTGCTGCCGGGGAAAGACTTAAATCGGGCTCATGCA 40
<210> 21
<211> 19
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<220>
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<400> 21
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<210> 22
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<220>
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<400> 22
CTGACGTTCTTCGAACAGCT 20
<210> 23
<211> 41
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<220>
<223> 河流弧菌icmF-FIP
<400> 23
AACAAACTGCTTGCGACAGCACGCCCTTGGCTAGAGGTTTC 41
<210> 24
<211> 40
<212> DNA
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<220>
<223> 河流弧菌icmF-BIP
<400> 24
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<210> 25
<211> 20
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<220>
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<400> 25
CTCTGAACAAATTCGCTGAA 20
<210> 26
<211> 20
<212> DNA
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<220>
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<400> 26
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<220>
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<400> 27
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<210> 28
<211> 45
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<220>
<223> 哈维氏弧菌grpE-BIP
<400> 28
GCTAACACACAAGACGTTTGTAGACGGTTGAATGCTTCACCTTCT 45
<210> 29
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 灿烂弧菌mpp-F3
<400> 29
CTAGGCATTTCCTTTACGAAT 21
<210> 30
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 灿烂弧菌mpp-B3
<400> 30
CGCAATTTTGTCAGCAAGA 19
<210> 31
<211> 42
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 灿烂弧菌mpp-FIP
<400> 31
TCTCTAGATGGAAGGTGGTGGCAATAAGTCAAGCCAAAGAGG 42
<210> 32
<211> 46
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 灿烂弧菌mpp-BIP
<400> 32
ACAACTTGAATACTTGGGTAGCCGAAAATTCATCACATTGAGAGGC 46
Claims (3)
1.一种致病性弧菌的高通量定量检测试剂盒，其特征在于：包括8种致病性弧菌的LAMP检测引物组，其基因序列如下表所示：
。
2.根据权利要求1所述的一种致病性弧菌的高通量定量检测试剂盒，其特征在于：所述的检测试剂盒的LAMP反应体系及各成分的终浓度如下：样品模板DNA 1μL， 2.5μL 10×反应缓冲液，1.5μL浓度为100mM 的MgSO4，3.5μL 浓度为10mM 的dNTP，1μL浓度为8 U/μl Bst DNA 聚合酶，1μL FIP/BIP引物组溶液，1μL F3/B3引物组溶液和4μL甜菜碱，然后用双蒸水补足25μL；其中所述的FIP/BIP 引物组溶液分别为权利要求1所述的副溶血弧菌、创伤弧菌、鳗弧菌、溶藻弧菌、霍乱弧菌、河流弧菌、哈维氏弧菌和灿烂弧菌的FIP/BIP引物组溶液，各引物终浓度均为40 μM，所述的F3/B3引物组溶液分别为权利要求1所述的副溶血弧菌、创伤弧菌、鳗弧菌、溶藻弧菌、霍乱弧菌、河流弧菌、哈维氏弧菌和灿烂弧菌的F3/B3引物组溶液，各引物终浓度均为5 μM。
3.根据权利要求2所述的一种致病性弧菌的高通量定量检测试剂盒，其特征在于：所述的检测试剂盒还包括显色剂，所述的显色剂为钙黄绿素/氯化锰溶液或者羟基萘酚蓝溶液或者SYBR-Green I，其中钙黄绿素/氯化锰溶液中钙黄绿素浓度为75μM，氯化锰浓度为 500μM；所述的羟基萘酚蓝溶液浓度为150μM，所述的钙黄绿素/氯化锰溶液或者所述的羟基萘酚蓝溶液的添加量为1μL/孔，所述的SYBR-Green I显色剂的添加量为5μL/孔。
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