CN110055349B

CN110055349B - 用于鉴定常规棉中棉所99001的引物组及其产品和检测方法

Info

Publication number: CN110055349B
Application number: CN201910440196.9A
Authority: CN
Inventors: 赵俊杰; 任中英; 李威; 杨代刚; 裴小雨; 刘艳改; 贺昆仑; 张飞; 马雄风; 周晓箭; 张文生
Original assignee: Institute of Cotton Research of Chinese Academy of Agricultural Sciences
Current assignee: Institute of Cotton Research of Chinese Academy of Agricultural Sciences
Priority date: 2019-05-24
Filing date: 2019-05-24
Publication date: 2020-07-10
Anticipated expiration: 2039-05-24
Also published as: CN110055349A

Abstract

本发明涉及分子检测领域，具体是关于用于鉴定常规棉中棉所99001的引物组及其产品和检测方法。所述引物组包括以下引物对中的任一种或多种：NAU1233引物对、DPL0308引物对、NAU3468引物对、NAU5467引物对、DPL0090引物对、DC40150引物对、BNL1154引物对、NAU1103引物对。本发明共设计184对引物，对检测物进行PCR扩增，检测物包括常规棉中棉所99001与10个棉花品种，通过比较筛选得到在中棉所9901品种中的特异性引物对。这些引物对特异性强，检测结果稳定可靠。

Description

用于鉴定常规棉中棉所99001的引物组及其产品和检测方法

技术领域

本发明涉及分子检测领域，具体而言，涉及用于鉴定常规棉中棉所99001的引物组及其产品和检测方法。

背景技术

棉花是世界上重要的经济作物，对我国和世界经济发展中具有重要影响。近年来，中国棉花种植面积长期在500×10⁴hm²左右徘徊，形成西北内陆、黄河流域、长江流域“三足鼎立”格局，三大棉区中常规种和杂交种在生产上都得到大面积推广。杂交种以其杂种优势曾受到育种家的重视，但随着劳动力成本越来越高，需要耗费大量人力物力，导致制种产量下降。另外，杂交棉在杂交种的生产、杂交种市场以及生产应用上都遇到了很多困难，使得杂交棉的发展陷入困境^[1]。对于常规棉而言，一方面制种成本低，比杂交棉更稳产，更容易增产；另一方面，常规棉更符合棉花生产轻简化、机械化的发展要求。鉴于常规棉的优势，育种家陆续培育出许多优良品种，如中早熟品种银兴棉4号、转基因抗虫常规棉品种中植棉2号等。而如何科学有效地鉴定不同常规品种已成为当前首要解决的问题。

以往的田间鉴定工作中，传统育种家往往依靠丰富的育种经验，根据棉花生物学性状对常规棉品种进行田间鉴定，这种方法虽然有效，但是耗时费力，而且很容易受到外界环境和人为主观因素的影响，不适合年轻的育种工作者。因此，利用分子标记进行品种快速鉴定应运而生。国际植物品种保护联盟(UPOV)在BMT分子测试指南中，将构建DNA指纹数据库的方法确定为SSR和SNP^[2]。目前，利用SSR分子标记对材料进行鉴定的方法已经在各种作物中得到广泛应用。针对不同的常规棉，有效为其绘制自身独特分子图谱势在必行。

有鉴于此，特提出本发明。

发明内容

本发明的第一目的在于提供用于鉴定常规棉中棉所99001的引物组，这些引物对能有效区分中棉所99001与其他棉花品种，从而为稳定有效地鉴定中棉所99001提供技术支持。

本发明的第二目的在于提供鉴定常规棉中棉所99001的试剂盒，该试剂盒为常规棉品种中棉所99001的鉴定提供便利。

本发明的第三目的在于提供常规棉中棉所99001的鉴定方法，在分子水平对其进行检测，方法简便快捷，检测结果稳定可靠，实现了常规棉中棉所99001的有效检测。

目前，育种家往往采用通过肉眼观察和长期的育种经验等传统的技术和方法来鉴别不同常规棉，这种方法非常耗时费力，每年只能在棉花生长期内集中大量人力进行；受田间环境影响较大，每年田间环境(病害、虫害、降雨等)差异导致棉花表型差异较大，对育种家的判断造成干扰；另外，受育种家主观方面的制约，育种家的经验往往对判断常规棉有很大限制。分子生物学的快速发展为育种鉴定工作提供了方便，其中SSR标记以其准确性高、稳定性强、简单实用、快速方便、易于高通量等优势被广泛用于品种鉴定。这些优点弥补了传统鉴定方法的不足。

本发明针对本单位培育的常规棉品种中棉所99001，为其绘制了自身的“指纹图谱”，可科学有效快速鉴定出该品种。

为了实现本发明的上述目的，特采用以下技术方案：

第一方面，本发明提供了用于鉴定常规棉中棉所99001的引物组，包括以下引物对中的任一种或多种：

NAU1233引物对，其上下游核酸序列如SEQ ID No.1和SEQ ID No.2所示；

DPL0308引物对，其上下游核酸序列如SEQ ID No.3和SEQ ID No.4所示；

NAU3468引物对，其上下游核酸序列如SEQ ID No.5和SEQ ID No.6所示；

NAU5467引物对，其上下游核酸序列如SEQ ID No.7和SEQ ID No.8所示；

DPL0090引物对，其上下游核酸序列如SEQ ID No.9和SEQ ID No.10所示；

DC40150引物对，其上下游核酸序列如SEQ ID No.11和SEQ ID No.12所示；

BNL1154引物对，其上下游核酸序列如SEQ ID No.13和SEQ ID No.14所示；

NAU1103引物对，其上下游核酸序列如SEQ ID No.15和SEQ ID No.16所示。

SSR标记又称为微卫星标记，是一类串联重复序列，由于重复单位的数目存在高度变异，这些变异表现为微卫星数目的整倍性变异或重复单位序列中的序列有可能不完全相同，因而造成多个位点的多态性。由于具有数量丰富，覆盖整个基因组，揭示的多态性高、具有多等位基因的特性，提供的信息量高以及共线性等优点，已被广泛用于遗传图谱的构建、目标基因的标定、指纹图的绘制等研究中。

棉花属于异源四倍体作物，基因组非常庞大(约2.5G)，含有大量的重复序列。因此，本发明针对陆地棉26条染色体，均匀随机地选择184对SSR引物，保证每条染色体上最少包含7对引物，这些标记基本覆盖了棉花的整个基因组，具有广泛的代表性。本发明基于以上SSR标记进行PCR扩增，将中棉所99001与10个其他棉品种进行比较，筛选得到特异性引物对。这些引物对特异性强，检测结果稳定可靠。

具体地，本发明以陆地棉的26条染色体设计184对引物，即平均每条染色体上设计7对引物，得到的SSR引物对对检测物进行PCR扩增，待检测物包括常规棉中棉所99001与10个棉花品种，然后将不同的棉花品种进行比较，筛选出鉴定常规棉中棉所99001的特异性上下游引物。这些上下游引物特异性强，能很好的将常规棉中棉所99001与其他品种区分。

关于其他品种，进行以下说明：

作为对照，本发明选取的10份棉花品种包括陆地棉遗传标准系(TM-1)和来源于三大棉区(黄河流域、长江流域、西北内陆)大面积推广品种。具体的棉花品种如下：陆地棉遗传标准系TM-1^[3]；黄河流域棉区陆地棉品种中棉所10号^[4]和鲁棉研28号^[5]；长江流域棉区陆地棉品种蜀棉2号^[6]、川棉239^[7]、鄂棉18号^[8]和泗棉2号^[9]；黄河流域和长江流域棉区陆地棉品种中棉所12^[10]；西北内陆棉区陆地棉品种中棉所49^[11]和新陆中69号^[12]。这些品种在三大棉区被大面积推广种植，具有典型的代表性，能够不同程度的代表三大主要棉区的育种水平；另外由于生态环境差异等因素的影响，造成这些品种还具有较为丰富的遗传多样性。如黄河流域棉区陆地棉品种鲁棉研28号荣获2015年度国家科技进步奖二等奖，西北内陆陆地棉品种中棉所49荣获2016年度国家科学技术进步二等奖。基于上述原因，本发明选取以上10份品种作为对照，与目标材料中棉所9901进行对比分析。

因此，在鉴定过程中，可至少将常规棉中棉所99001与以下棉花品种区分：陆地棉遗传标准系TM-1、中棉所10号、鲁棉研28号、蜀棉2号、川棉239、鄂棉18号、泗棉2号、中棉所12、中棉所49和新陆中69号。

以上这些棉花品种均为公开的棉花品种，可通过市售或其他手段容易获得。

本发明提供的用于鉴定常规棉中棉所99001的引物组，在鉴定常规棉中棉所99001时，所用的引物对可以为上述引物对中的任意一种、任意两种、任意三种、任意四种、任意五种、任意六种等等。

其中，作为优选，所述引物组包括NAU5467引物对、DPL0090引物对、BNL1154引物对和NAU1103引物对中的任一种或多种。

更优选地，所述引物组包括NAU5467引物对、DPL0090引物对中的任一种或多种。

第二方面，本发明提供了鉴定常规棉中棉所99001的试剂盒，含有上述的引物组。

该试剂盒为常规棉中棉所99001的鉴定提供便利。

第三方面，本发明提供了上述的引物组在鉴定常规棉中棉所99001中的应用。

第四方面，本发明提供了一种常规棉中棉所99001的检测方法，包括以下步骤：

以上述的引物组对棉花待检物提取的基因组进行扩增，检测扩增产物的条带大小，判断待检测物是否为常规棉中棉所99001。

具体地，所述扩增的退火温度为58±1℃。

作为优选，所述条带大小的长度为50-500bp。

作为优选，所述带型的检测采用毛细管电泳检测。

毛细管电泳具有以下优势：

一次性检测数量多，可批量检测；

检测快速，一般在十几分钟完成；

检测量少，所需的样品体积为μL级；

具有自动化分离相适的软件，能有效的将不同大小的片段分开并标注片段的大小，便于结果的观察；

价格低廉；等等。

本发明中基因组进行扩增所用的PCR反应体系为10-25μL即可。PCR反应体系中的模板DNA的含量不小于5ng，一般为20-50ng。

具体地，所述棉花待检物包括以下材料中的任一种：棉花子叶、棉花胚根、棉花胚芽、棉花茎部、棉花根部、棉花种子、棉花种仁、棉花叶。

其中，基于实际应用，以棉花种子或者棉花种仁作为检测的材料最为便利。

进一步地，区分于所述常规棉中棉所99001的棉花品种包括：陆地棉遗传标准系TM-1、中棉所10号、鲁棉研28号、蜀棉2号、川棉239、鄂棉18号、泗棉2号、中棉所12、中棉所49和新陆中69号。

具体陈述如上，不再赘述。

也就是说，本发明待检测样本可区分的棉花品种包括陆地棉遗传标准系TM-1、中棉所10号、鲁棉研28号、蜀棉2号、川棉239、鄂棉18号和泗棉2号、中棉所12、中棉所49和新陆中69号。

作为优选，通过以下引物对的扩增产物中的任意一种或多种的条带大小判断棉花待检物是否为常规棉中棉所99001：

对于NAU1233引物对的扩增产物来说，中棉所99001有447bp的条带；

对于DPL0308引物对的扩增产物来说，中棉所99001有164bp的条带；

对于NAU3468引物对的扩增产物来说，中棉所99001有183bp、229bp和349bp的条带；

对于NAU5467引物对的扩增产物来说，中棉所99001有70bp和255bp的条带；

对于DPL0090引物对的扩增产物来说，中棉所99001有251bp的条带；

对于DC40150引物对的扩增产物来说，中棉所99001有407bp和452bp的条带；

对于BNL1154引物对的扩增产物来说，中棉所99001有58bp和175bp的条带；

对于NAU1103引物对的扩增产物来说，中棉所99001有328bp的条带。

与现有技术相比，本发明的有益效果为：

(1)本发明提供的鉴定常规棉品种中棉所99001的引物组，目的片段在50-500bp之间，扩增效率高，特异性强，该套标记能稳定有效地鉴别常规棉品种中棉所99001。

(2)本发明提供的鉴定常规棉品种中棉所99001的方法，比通过田间观察鉴定更科学，时间周期短，能快速高效地、准确地、稳定地鉴定中棉所99001。

附图说明

为了更清楚地说明本发明实施例或现有技术中的技术方案，以下将对实施例或现有技术描述中所需要使用的附图作简单地介绍。

图1为本发明实施例1中NAU1233引物对对不同棉花品种的扩增产物电泳图；

图2为本发明实施例1中DPL0308引物对对不同棉花品种的扩增产物电泳图；

图3为本发明实施例1中NAU3468引物对对不同棉花品种的扩增产物电泳图；

图4为本发明实施例1中NAU5467引物对对不同棉花品种的扩增产物电泳图；

图5为本发明实施例1中DPL0090引物对对不同棉花品种的扩增产物电泳图；

图6为本发明实施例1中DC40150引物对对不同棉花品种的扩增产物电泳图；

图7为本发明实施例1中BNL1154引物对对不同棉花品种的扩增产物电泳图；

图8为本发明实施例1中NAU1103引物对对不同棉花品种的扩增产物电泳图；

图9为本发明实施例1中BNL3442引物对对不同棉花品种的扩增产物电泳图；

图10为本发明实施例1中BNL4047引物对对不同棉花品种的扩增产物电泳图；

图11为本发明实施例1中DPL0528引物对对不同棉花品种的扩增产物电泳图；

图12为本发明实施例1中HAU1001引物对对不同棉花品种的扩增产物电泳图。

具体实施方式

下面将结合实施例对本发明的实施方案进行详细描述，但是本领域技术人员将会理解，下列实施例仅用于说明本发明，而不应视为限制本发明的范围。实施例中未注明具体条件者，按照常规条件或制造商建议的条件进行。所用试剂或仪器未注明生产厂商者，均为可以通过市售购买获得的常规产品。

实施例1

1、棉花材料

以下棉花品种的种子：中棉所99001、陆地棉遗传标准系TM-1、中棉所10号、鲁棉研28号、蜀棉2号、川棉239、鄂棉18号、泗棉2号、中棉所12、中棉所49和新陆中69号。

2、DNA提取

取中棉所99001和其它作为对照的10份材料种子，去壳，采用SDS法^[4]提取基因组DNA，并稀释成最终浓度为50ng/μL，得到待检测模板。

3、PCR扩增

以上材料提取的基因组作为待检测模板，以针对陆地棉26条染色体设计的184对引物(平均每条染色体上最少7对引物)进行PCR扩增。PCR反应体系为10μL，扩增混合体系如表1所示，PCR扩增程序如表2所示。

表1 PCR扩增反应体系

试剂	体积
		Taq Mix	5.0μL
上游引物(10μM)	0.5μL
		下游引物(10μM)	0.5μL
模板DNA	1.0μL
		ddH<sub>2</sub>O	3.0μL
总体积	10μL

表2 PCR扩增程序

4、扩增产物检测

由于本发明提供的引物对针对棉花染色体上的SSR序列得到，因此，使用该引物得到的片段的长度较小，在50-500bp。扩增产物选用高分辨率的毛细管电泳检测，具体选用FA-96全自动毛细管电泳系统和配套的DNF-910试剂盒进行检测。

操作过程如下：

(1)将试剂盒中的5×buffer稀释5倍，96孔分析托盘中每孔加1mL，放入毛细管电泳系统的B托盘中，每跑六板样品更换一次。

(2)在96孔平面PCR板的每个点样孔中加入30μL Maker，上面覆盖一滴Mineraloil，放入毛细管电泳仪M托盘中。

(3)每10mLGel和1μL Dye混合后加入毛细管电泳仪的Gel 1盛液瓶中。

(4)将试剂盒中的5×Conditioning Solution溶液稀释5倍，加入毛细管电泳系统的Conditioning盛液瓶中，并清空废液瓶。

(5)在96孔板的10μL PCR产物中加入14μL 1×TE，共24μL。最后一个点样孔中加入24μL Ladder，然后按顺序放在毛细管电泳系统的样品托盘中。

(6)打开Fragment Analyzer软件按实际情况进行参数设置，每六板一个循环，第一板样品选择FC-DNF-900-33-DNA35-500bp.mthds程序，剩下五板选择GP-DNF-900-33-DNA35-500bp.mthds程序。

(7)在PROSize2.0软件中查看结果相关信息。

选用的引物对共184对，其中，列举如表3所述的上下游引物进行说明。

表3 引物对

通过毛细管电泳，最终鉴定出8对在常规棉中棉所99001中有特异性扩增条带的引物。

8对特异性引物的扩增产物如下：

如图1所示，对于NAU1233引物对的扩增产物来说，中棉所99001有447bp的条带，其他棉花品种无该大小的条带；

如图2所示，对于DPL0308引物对的扩增产物来说，中棉所99001有164bp的条带，其他棉花品种无该大小的条带；

如图3所示，对于NAU3468引物对的扩增产物来说，中棉所99001有183bp、229bp和349bp的条带，其他棉花品种无该大小的条带；

如图4所示，对于NAU5467引物对的扩增产物来说，中棉所99001有70bp和255bp的条带，其他棉花品种无该大小的条带；

如图5所示，对于DPL0090引物对的扩增产物来说，中棉所99001有251bp的条带，其他棉种无该大小的条带；

如图6所示，对于DC40150引物对的扩增产物来说，中棉所99001有407bp和452bp的条带，其他棉种无该大小的条带；

如图7所示，对于BNL1154引物对的扩增产物来说，中棉所99001有58bp和175bp的条带，其他棉种无该大小的条带；

如图8所示，对于NAU1103引物对的扩增产物来说，中棉所99001有328bp的条带，其他棉种无该大小的条带。

即对于这10个棉花品种，能够鉴定常规棉中棉所99001的SSR引物对包括NAU1233引物对、DPL0308引物对、NAU3468引物对、NAU5467引物对、DPL0090引物对、DC40150引物对、BNL1154引物对、NAU1103引物对中的任一种或多种。其中，优选为NAU5467引物对、DPL0090引物对中的任一种或多种。

剩余176个引物对在中棉所99001和10份对照品种中均扩增出相同的条带，无法将中棉所99001和10份对照品种区分开。剩余176个引物对的扩增结果图谱进行举例说明，不再一一列举。未扩增出特异条带的图谱如图9-图12所示。

如图9所示，对于BNL3442引物对(如SEQ ID No.17和SEQ ID No.18所示)的扩增产物来说，在所鉴定的11份品种中同时扩增出82bp和164bp两条条带；

如图10所示，对于BNL4047引物对(如SEQ ID No.19和SEQ ID No.20所示)的扩增产物来说，在所鉴定的11份品种中同时扩增出168bp条带；

如图11所示，对于DPL0528引物对(如SEQ ID No.21和SEQ ID No.22所示)的扩增产物来说，在所鉴定的11份品种中同时扩增出79bp和224bp两条条带；

如图12所示，对于HAU1001引物对(如SEQ ID No.23和SEQ ID No.24所示)的扩增产物来说，在所鉴定的11份品种中同时扩增出82bp和301bp两条条带。

需要说明的是，所有图中片段大小为500bp的条带为marker。

上述内容可知，本发明提供的NAU1233引物对、DPL0308引物对、NAU3468引物对、NAU5467引物对、DPL0090引物对、DC40150引物对、BNL1154引物对、NAU1103引物对对常规棉中棉所99001均有较好的特异性，均能较好的将常规棉中棉所99001与其他10种棉花品种分开。

另外，本发明采用毛细管电泳分辨SSR PCR扩增产物，毛细管电泳可以区分开相差2bp以上的条带，分辨率高，且毛细管电泳分辨扩增产物方便高效。

实施例2

对常规棉中棉所99001以及其他棉花品种按照实施例1的方法多次重复验证，均能得到与实施例1一致的图谱。说明本发明提供的引物对能够稳定性地将常规棉中棉所99001与其他品种区分开。

参考文献：

[1]黄殿成，刘玉涛。棉花杂交制种产业现状分析及对策[J]。中国种业，2011(10)：18-20。

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[5]抗虫棉新品种鲁棉研28号[J]。中国棉花,2006,33(12):17-18。

[6]高品质棉花新品种蜀棉2号[J]。中国棉花,2004,31(2):24。

[7]棉花抗病虫新品种川棉239[J]。作物杂志,2001,(4):15。

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[11]早中熟陆地棉新品种中棉所49[J]。中国棉花,2005,32(4):18。

[12]新陆中69号特征特性及栽培技术[J]。中国棉花，2016，43(11):35-36。

尽管已用具体实施例来说明和描述了本发明，然而应意识到，在不背离本发明的精神和范围的情况下可以作出许多其它的更改和修改。因此，这意味着在所附权利要求中包括属于本发明范围内的所有这些变化和修改。

序列表

<110> 中国农业科学院棉花研究所

<120> 用于鉴定常规棉中棉所99001的引物组及其产品和检测方法

<130> 2019

<160> 24

<170> SIPOSequenceListing 1.0

<210> 1

<211> 20

<212> DNA

<213> 人工序列()

<400> 1

ttcgggaaag ttagaggaga 20

<210> 2

<211> 20

<212> DNA

<213> 人工序列()

<400> 2

tcctcagagc tcggaatagt 20

<210> 3

<211> 24

<212> DNA

<213> 人工序列()

<400> 3

ggataacata tctgctgttg acga 24

<210> 4

<211> 24

<212> DNA

<213> 人工序列()

<400> 4

gtacgttggg tgctttaaca cata 24

<210> 5

<211> 20

<212> DNA

<213> 人工序列()

<400> 5

atagcacgat tgggaagaac 20

<210> 6

<211> 20

<212> DNA

<213> 人工序列()

<400> 6

aggaaatgag tcctcagcag 20

<210> 7

<211> 20

<212> DNA

<213> 人工序列()

<400> 7

ttcttggctt ctttcttgct 20

<210> 8

<211> 20

<212> DNA

<213> 人工序列()

<400> 8

cacccttcac cttcaaaact 20

<210> 9

<211> 24

<212> DNA

<213> 人工序列()

<400> 9

cacctactgg tcctaccacc taag 24

<210> 10

<211> 24

<212> DNA

<213> 人工序列()

<400> 10

gttgttgtcg tcttgcagat tatg 24

<210> 11

<211> 18

<212> DNA

<213> 人工序列()

<400> 11

aaaggctggg agtgagtc 18

<210> 12

<211> 18

<212> DNA

<213> 人工序列()

<400> 12

tttcccaaca agcctcta 18

<210> 13

<211> 20

<212> DNA

<213> 人工序列()

<400> 13

catctatttt cgtggggtgc 20

<210> 14

<211> 21

<212> DNA

<213> 人工序列()

<400> 14

aaccctttgt tcaatttctc g 21

<210> 15

<211> 20

<212> DNA

<213> 人工序列()

<400> 15

ggagccagaa gttgagaaaa 20

<210> 16

<211> 20

<212> DNA

<213> 人工序列()

<400> 16

ttcggcttct gcttttactt 20

<210> 17

<211> 20

<212> DNA

<213> 人工序列()

<400> 17

cattagcgga tttgtcgtga 20

<210> 18

<211> 20

<212> DNA

<213> 人工序列()

<400> 18

aacgaacaaa gcaaagcgat 20

<210> 19

<211> 20

<212> DNA

<213> 人工序列()

<400> 19

caccaaggag ctctgcaaat 20

<210> 20

<211> 22

<212> DNA

<213> 人工序列()

<400> 20

atctgcagca aatagtgact cg 22

<210> 21

<211> 22

<212> DNA

<213> 人工序列()

<400> 21

atgcctctaa acaggcaaat ca 22

<210> 22

<211> 23

<212> DNA

<213> 人工序列()

<400> 22

taaaccttca gctggttctc ctc 23

<210> 23

<211> 20

<212> DNA

<213> 人工序列()

<400> 23

acaggatgtg catgttatgg 20

<210> 24

<211> 20

<212> DNA

<213> 人工序列()

<400> 24

atctcttgat ttggggtcaa 20

Claims

1.引物组在鉴定常规棉中棉所99001中的应用，其特征在于，所述引物组包括以下引物对中的任一种或多种：

2.根据权利要求1所述的应用，其特征在于，所述引物组包括NAU5467引物对、DPL0090引物对、BNL1154引物对和NAU1103引物对中的任一种或多种。

3.一种常规棉中棉所99001的检测方法，其特征在于，包括以下步骤：

以权利要求1或2所述的引物组对棉花待检物提取的基因组进行扩增，检测扩增产物的条带大小，判断待检测物是否为常规棉中棉所99001；

通过以下引物对的扩增目的条带大小判断棉花待检物是否为常规棉中棉所99001：

4.根据权利要求3所述的检测方法，其特征在于，所述扩增的退火温度为58±1℃。

5.根据权利要求3所述的检测方法，其特征在于，所述条带大小的长度为50-500bp。

6.根据权利要求3所述的检测方法，其特征在于，所述棉花待检物包括以下材料中的任一种：棉花子叶、棉花胚根、棉花胚芽、棉花茎部、棉花根部、棉花种子、棉花种仁、棉花叶。

7.根据权利要求3-6任一项所述的检测方法，其特征在于，用于鉴别常规棉中棉所99001的其他棉花对照品种包括：陆地棉遗传标准系TM-1、中棉所10号、鲁棉研28号、蜀棉2号、川棉239、鄂棉18号、泗棉2号、中棉所12、中棉所49和新陆中69号。