CN110007072B - 一种微生物传感器的构建方法及其应用方法 - Google Patents
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Abstract
本发明提供了一种微生物传感器的构建方法及应用方法,步骤一构建待测氨基酸缺陷型菌株;步骤二截取LuxI/LuxR循环放大线路所需目的基因片段连接,得到含有基于LuxI/LuxR系统的循环放大线路的质粒,将重组质粒转化到氨基酸缺陷型菌株中,使报告基因片段重复表达;步骤三将菌株培养至对数生长期,在培养基中饥饿培养。本发明利用循环放大待测氨基酸缺陷型菌株作为微生物传感器,以与蛋白质标志物具有高特异性和高亲和力结合的核酸适配体作为“桥梁”,将对蛋白标志物的检测转化为对待测氨基酸的检测,利用构建的微生物传感器实现了对大分子生物标志物的检测,并且结合循环放大系统作为信号放大手段,大大提高了定量检测的灵敏度。
Description
技术领域
本发明属于生物医学检测领域,具体涉及一种微生物传感器的构建方法及其应用方法。
背景技术
生物标志物是在疾病发生过程中发生显著改变的分子,可以是核酸、蛋白质、代谢物、同工酶或激素等,具有疾病预警、疾病诊断和疾病预后等意义。生物标志物可以客观地测量和评价正常的生物过程、致病过程或治疗性干预的药理学反应。目前,生物标志物定量检测方法有酶联免疫法 (ELISA)、化学发光免疫分析和荧光免疫分析等,这些方法大都需要复杂的仪器、检测灵敏度相对较低,很难实现低含量生物标志物的有效检测,难以满足临床诊断对生物标志物高灵敏检测的需求。
微生物传感器以微生物作为敏感感应元件,结合电化学或光学等换能器,对环境中的某些特殊毒性物质或物理胁迫产生响应反应,将待测信号转换成具有一定函数关系的便于测量的信号,进而用来定量检测空气、土壤或水中的特定化学物质含量及物理胁迫程度。作为敏感元件的微生物具有廉价易培养、生长周期短、具有大量的合成生物学研究基础等优势,近年来,合成生物学的快速发展为基因工程微生物的构建提供了一种新方法,并从DNA水平上操控微生物传感器的选择性和灵敏度提供了新方向。应用合成生物学技术构建的生物传感器已经在环境监测、医学诊断、食品营养、军事工业等领域取得了进展。如通过将识别特定金属离子的调节蛋白与下游报告基因的表达联系起来,构成生物传感线路,在识别特定金属离子过程中,调节蛋白或酶活性水平发生改变,通过对信号的检测,定量环境中的特定金属离子。
细菌的群体感应(quorum sensing,QS)是依赖信号分子密度识别的一种细胞之间相互交流的通讯机制,可调控基因表达,是细菌胞外信号传导调控基因表达的生理学过程。很多细菌可以低水平地合成并分泌小分子信号分子(自诱导物),当信号分子的浓度处于低水平时,不会诱导下游基因的表达,当细菌数量增加,信号分子浓度积累达到阈值时,会诱导下游相关结构基因及自身合成基因的表达,进而产生更高浓度的自诱导物,形成正反馈循环,使信号循环放大,进行群体行为调控。LuxI/LuxR系统是革兰氏阴性菌典型的群体感应系统,在系统中,LuxI合酶促进自诱导物—酰基高丝氨酸内酯的衍生物(AHL)的合成,LuxR蛋白为调节蛋白,负责识别AHL,可以与AHL结合形成AHL-LuxR复合物,正反馈调节上游启动子的活性,促进下游LuxI/LuxR蛋白的表达,进一步促进自诱导剂的合成,形成一个正反馈调节机制,构成循环放大线路。
现有的微生物传感器的设计原理大部分是基于启动子对于待测物的特异性识别而启动下游报告基因表达来实现的。要求调节基因/启动子对目标物具有特定响应才能进行增强表达或启动,而具有临床检测意义的大部分生物标志物都是大分子蛋白质,无法直接进入微生物体内,因此,微生物传感器多用于小分子物质如重金属离子、氨基酸等的定量检测,尚未见诸用于蛋白质等大分子定量检测的报道。
可以预期以核酸适配体作为特异性识别分子和“桥梁”,将蛋白质生物大分子转化成氨基酸小分子,通过微生物传感器转换成便于定量检测的荧光信号,通过浓度与荧光强度的线性关系,实现蛋白质生物标志物的定量检测。因此,基于循环放大系统的微生物传感器,结合磁珠偶联竞争的、适配体特异性识别的蛋白质生物标志物定量检测方法对疾病的早期预测、诊断和预后具有重要的现实意义和临床应用价值。
发明内容
为了克服现有技术上的问题,本发明提供一种微生物传感器的构建方法及其应用方法,以循环放大氨基酸缺陷型菌株作为生物底盘的微生物传感器,以核酸适配体作为蛋白标志物的特异性识别分子,从待测样品中“抓取”蛋白质标志物,继而竞争释放原本与核酸适配体的互补链分子,通过磁分离,检测上清液中互补链分子上结合的氨基酸含量,继而实现待测样品中蛋白标志物含量的定量检测。
本发明提供以下技术方案:
一种微生物传感器的构建方法,包括以下步骤:
步骤一构建待测氨基酸的缺陷型菌株;
步骤二构建以荧光蛋白基因为报告基因的质粒,截取LuxI/LuxR循环放大线路所需目的基因片段,连接构建,得到含有基于LuxI/LuxR系统的循环放大线路的质粒,将重组质粒转化到感受态的由步骤一中获得的菌株中,使报告基因片段重复表达,获得具有信号循环放大能力的微生物传感器;
步骤三将步骤二中获得的菌株培养至对数生长期,在培养基中饥饿培养,耗尽菌株中内源性的待测氨基酸分子。
进一步地,其中步骤二包括以下步骤:
步骤二a构建以荧光蛋白基因为报告基因的质粒,提取质粒,转化到感受态的待测氨基酸缺陷型菌株中,筛选阳性菌落,得到报告基因菌株荧光传感体系;
步骤二b从质粒载体上双酶切获得循环放大线路所需目的基因片段,通过T4DNA连接酶进行顺次连接,完成循环放大线路质粒的构建;
步骤二c将构建完成的质粒转化到感受态细胞中,涂布对应抗性的LB 平板,筛选阳性单克隆;
步骤二d将阳性单克隆接种于对应抗性的液体LB培养基进行扩大培养,然后提取质粒,转化到感受态的步骤一中获得的菌株中,涂布对应抗性的LB平板,筛选阳性单克隆,获得循环放大待测氨基酸缺陷型菌株,即将待测氨基酸信号放大的微生物传感器。
进一步地,在步骤二a后还包括步骤二a1:对报告基因菌株荧光传感体系进行饥饿培养消耗掉内源性待测氨基酸分子,并检测报告基因菌株荧光传感体系对待测氨基酸的响应敏感度。
进一步地,还包括步骤四向微生物传感器菌液中分别添加具有浓度梯度的待测氨基酸溶液,培养菌液,并分别检测荧光强度,构建待测氨基酸浓度与荧光强度的工作曲线,检测微生物传感器对待测氨基酸的响应敏感度。
进一步地,所述荧光蛋白基因为gfp基因、yfp基因、rfp基因或bfp基因中的一种或几种,所述检测氨基酸为赖氨酸、甘氨酸、色氨酸、丝氨酸或亮氨酸,所述菌株为大肠杆菌或酵母菌。
进一步地,所述所需目的基因片段分别为组成型启动子Pj23100-RBS、诱导酰基高丝氨酸内酯的受体结合蛋白基因Plux-RBS-luxR、酰基高丝氨酸内酯合成酶基因RBS-luxI和绿色荧光蛋白基因RBS-gfp-T-T。
进一步地,所述待测氨基酸为单体氨基酸或多肽。
一种应用微生物传感器的蛋白生物标志物定量检测的方法,包括以下步骤:
步骤一根据待测蛋白生物标志物选择核酸适配体,在磁珠-核酸适配体偶联物中加入互补链,所述互补链末端修饰待测氨基酸分子,得到磁珠 -核酸适配体-互补链的偶联物;
步骤二将不同浓度梯度的蛋白生物标志物及待测样品分别加入到磁珠-核酸适配体-互补链的偶联物中,蛋白标志物与互补链竞争结合核酸适配体,蛋白质标志物与核酸适配体结合,释放出互补链;
步骤三磁分离后,分别向互补链游离溶液中加入所述微生物传感器,进行菌株培养;
步骤四检测菌液里的荧光强度,绘制荧光强度与蛋白生物标志物浓度之间的标准曲线,根据标准曲线计算待测样品中蛋白标志物的浓度。
进一步地,所述磁珠-互补链偶联物通过链霉亲和素-生物素系统偶联。
进一步地,所述互补链分子与核酸适配体的左侧15nt碱基互补配对。
采用上述技术方案,本发明具有如下有益效果:
1、本发明的定量检测方法中使用易合成、易修饰、便于操作且能与生物标志物特异性结合的核酸适配体与待测氨基酸如赖氨酸进行偶联,搭起生物标志物与待测氨基酸之间的桥梁,大大降低了检测难度;
2、利用循环放大待测氨基酸缺陷型菌株作为微生物传感器,将对蛋白标志物的检测转化为对待测氨基酸的检测,使微生物传感器实现了对大分子生物标志物的检测,并且结合循环放大系统作为信号放大手段,大大提高了定量检测的灵敏度。
3、本发明的定量检测方法具有特异性好、灵敏度高、操作简便以及成本低等优点,符合临床诊断对生物标志物定量检测的需求。
附图说明
图1是本发明实施例1中微生物传感器循环放大线路的原理图;
图2是本发明实施例2中的插入gfp基因的质粒谱图;
图3是本发明实施例2中循环放大线路的质粒谱图;
图4是本发明实施例2中以gfp为报告基因的微生物传感器对赖氨酸的荧光响应图;
图5是本发明实施例2中微生物传感器与大肠杆菌荧光传感体系对赖氨酸响应的荧光强度增量的比较图;
图6是本发明实施例3中微生物传感器对赖氨酸多肽的OD600响应图;
图7是本发明实施例3中微生物传感器对赖氨酸多肽的荧光响应图;
图8是本发明实施例4中应用微生物传感器的蛋白标志物定量检测方法的原理图。
具体实施方式
为了使本发明的目的、技术方案及优点更加清楚明白,下面结合附图及实施例,对本发明进行进一步详细说明。应当理解,此处所描述的结构图及具体实施例仅用以解释本发明,并不用于限定本发明。
实施例1
图1是本发明实施例1中微生物传感器的制备线路原理图,如图1所示,本发明提供了一种微生物传感器的构建方法,包括以下步骤:
步骤一构建待测氨基酸的缺陷型菌株;
步骤二构建以荧光蛋白基因为报告基因的质粒,截取LuxI/LuxR循环放大线路所需目的基因片段,连接构建,得到含有基于LuxI/LuxR系统的循环放大线路的质粒,将重组质粒转化到感受态的由步骤一中获得的菌株中,使报告基因片段重复表达,获得具有信号循环放大能力的微生物传感器;
步骤三将步骤二中获得的菌株培养至对数生长期,在培养基中饥饿培养,耗尽菌株中的内源性的待测氨基酸分子。
其中,其中步骤二包括以下步骤:
步骤二a构建以荧光蛋白基因为报告基因的质粒,提取质粒,转化到感受态的待测氨基酸缺陷型菌株中,筛选阳性菌落,得到报告基因菌株荧光传感体系;
步骤二b从质粒载体上双酶切获得循环放大线路所需目的基因片段,通过T4DNA连接酶进行顺次连接,最终完成循环放大线路质粒的构建;
步骤二c将构建完成的质粒转化到感受态细胞中,涂布对应抗性的LB 平板,筛选阳性单克隆;
步骤二d将阳性单克隆接种于对应抗性的液体LB培养基进行扩大培养,然后提取质粒,转化到感受态的步骤一中获得的菌株中,涂布对应抗性的LB平板,筛选阳性单克隆,获得循环放大待测氨基酸缺陷型菌株,即将待测氨基酸信号放大的微生物传感器。
在步骤二a后还包括步骤二a1:对报告基因菌株荧光传感体系进行饥饿培养,消耗掉内源性待测氨基酸分子,并检测报告基因菌株荧光传感体系对待测氨基酸的响应敏感度。
优选地,微生物传感器的构建方法还包括步骤四:向微生物传感器菌液中分别添加具有浓度梯度的待测氨基酸溶液,培养菌液,并分别检测荧光强度,构建待测氨基酸浓度与荧光强度的工作曲线,检测微生物传感器对待测氨基酸的响应敏感度。
其中,荧光蛋白基因为gfp基因、yfp基因、rfp基因或bfp基因中的一种或几种,所述检测氨基酸为赖氨酸、甘氨酸、色氨酸、丝氨酸或亮氨酸,所述菌株为大肠杆菌或酵母菌。
所需目的基因片段分别为组成型启动子Pj23100-RBS、诱导酰基高丝氨酸内酯的受体结合蛋白基因Plux-RBS-luxR、酰基高丝氨酸内酯合成酶基因RBS-luxI和绿色荧光蛋白基因RBS-gfp-T-T。
实施例2
以赖氨酸为待测氨基酸,以gfp为报告基因的具有循环放大信号功能的微生物传感器的制备方法。
步骤一:赖氨酸缺陷型大肠杆菌MG1655的构建
(1)选择lysA基因待敲除位置两侧各50bp序列作为基因打靶的上、下游同源重组手臂。设计上、下游同源重组手臂分别位于卡那霉素抗性基因 (kan)特异引物的两侧,通过化学合成得到可用于PCR扩增的长引物。
(2)以质粒pKD4为模板,用上述长引物经高保真PCR扩增得到lysA基因打靶片段。
(3)制备MG1655菌株的电转化感受态细胞。将Lambda Red重组系统的 pKD46辅助质粒转化入MG1655感受态细胞,获得MG1655/pKD46细胞。
(4)制备MG1655/pKD46的电转化感受态细胞,将lysA基因打靶片段直接转化入此感受态细胞,在Kan平板上于37℃培养筛选携带Kan抗性基因的克隆,同时消除温度敏感的pKD46辅助质粒。
(5)PCR方法筛选lysA基因被kan抗性基因取代的阳性克隆,称为 MG1655/ΔlysA-kan。
(6)制备MG1655/ΔlysA-kan电转化感受态细胞,转入Lambda Red重组系统辅助质粒pCP20,获得MG1655/ΔlysA-kan/pCP20。42℃培养MG1655/ΔlysA-kan/pCP20删除kan序列,同时消除pCP20,获得lysA基因敲除菌株MG1655/ΔlysA。
步骤二:以gfp为报告基因的具有信号循环放大能力的微生物传感器的构建
为构建起完整的基因线路,需要将gfp报告基因片段通过酶切、连接、转化的方式来实现最终的构建。通过酶切连接,将目的基因gfp构建在以 pSB1C3为骨架的质粒载体上;酶切连接后的质粒转化到感受态Trans5α细胞中,涂布平板,筛选阳性菌落;将阳性菌落扩大培养后,提取质粒,转化到感受态的lysA基因敲除菌株MG1655/ΔlysA中,涂布平板,筛选阳性菌落,得到大肠杆菌荧光传感体系,将赖氨酸缺陷型大肠杆菌荧光传感体系进行质粒小提,进行二代测序,图2是质粒谱图。
优选地,以gfp为报告基因的大肠杆菌荧光传感体系的饥饿培养,为减少LB培养基中的赖氨酸及菌株体内原有赖氨酸对于实验结果的影响,所以要对于大肠杆菌进行饥饿处理,耗尽其原LB培养基中或菌内的赖氨酸小分子,减少对于后续实验结果的影响和干扰,具体操作流程如下:
将100μL赖氨酸缺陷型大肠杆菌荧光传感体系接种至30mL M9培养基中,摇床37℃,180rpm培养12h,耗尽原有赖氨酸分子。
此时可以检测以gfp为报告基因的大肠杆菌荧光传感体系对赖氨酸的响应,在30mL M9培养中饥饿培养后的菌液中加入不同浓度的赖氨酸分子,即可测定菌株对于赖氨酸的响应,具体步骤流程如下:
(1)用去离子水,配制赖氨酸溶液,过滤除菌,备用。
(2)在6瓶灭菌处理过的含有30mL M9培养基的100mL锥形瓶中分别加入终浓度为0μmol/L、10μmol/L、20μmol/L、30μmol/L、40μmol/L和 50μmol/L的赖氨酸溶液。
(3)将饥饿处理后的菌液稀释到OD600达到0.4,分别取100μL接种于赖氨酸梯度的M9培养基中,用黑色底透96孔板,测试0h时菌液OD600及荧光强度(GFP:激发波长488nm,发射波长522nm),每一组测三个平行。
(4)将菌液放于摇床37℃,180rpm培养,每隔2h测一次菌液OD600及荧光强度(GFP:激发波长488nm,发射波长522nm),每一组测三个平行,直到数值不再发生明显变化为止。
循环放大线路的构建:为构建LuxI/LuxR循环放大体系完整的基因线路,需要将四段目的基因片段Pj23100-RBS、Plux-RBS-luxR、RBS-luxI和 RBS-gfp-T-T通过双酶切、连接、转化的方式来实现构建。
在这个循环放大线路中,Pj23100为强组成型启动子家族中的一种强启动子,当赖氨酸存在时,赖氨酸缺陷型大肠杆菌开始生长,Pj23100启动子启动质粒线路下游基因表达。下游的Plux为低组成型启动子,luxR 基因表达出LuxR蛋白,luxI基因表达出LuxI蛋白,而LuxI蛋白作为一种自诱导物合酶,可以促进自诱导物—酰基高丝氨酸内酯的衍生物(AHL) 的合成,LuxR蛋白为受体结合蛋白,负责识别AHL,可以与AHL结合形成AHL-LuxR复合物,正反馈调节启动子Plux的活性,促进下游 LuxI/LuxR蛋白的表达,进一步促进自诱导剂的合成,形成一个正反馈调节机制,构成循环放大线路。
分别通过两轮酶切连接,最终将四段目的基因片段连接起来,构建在以pSB1C3为骨架的质粒载体上,图3是循环放大线路构建的质粒谱图。
酶切连接后的质粒转化到感受态Trans5α细胞中,涂布平板,筛选阳性菌落。
将阳性菌落扩大培养后,提取质粒,转化到感受态的赖氨酸缺陷型大肠杆菌中,涂布平板,筛选阳性菌落。
将线路构建成功的赖氨酸缺陷型大肠杆菌MG1655进行质粒小提,进行二代测序,得到具有放大作用的以gfp为报告基因的微生物传感器,即以gfp为报告基因的循环放大赖氨酸缺陷型大肠杆菌。
步骤三:饥饿培养,耗尽菌株中内源性的赖氨酸分子
将100μL微生物传感器接种至30mL M9培养基中,摇床37℃,180 rpm培养12h,耗尽原有赖氨酸分子。
步骤四:以gfp为报告基因的微生物传感器对赖氨酸的响应
微生物传感器为饥饿处理过的以gfp为报告基因的循环放大赖氨酸缺陷型大肠杆菌,已耗尽原有赖氨酸分子,此时在M9培养基中加入不同浓度的赖氨酸分子,即可测定该微生物传感器对于赖氨酸的响应,具体步骤流程如下:
(1)用去离子水,配制赖氨酸溶液,过滤除菌,备用。
(2)在6瓶灭菌处理过的含有30mL M9培养基的100mL锥形瓶分别加入为终浓度0μmol/L、10μmol/L、20μmol/L、30μmol/L、40μmol/L和 50μmol/L的上述赖氨酸溶液。
(3)将饥饿处理后的微生物传感器(放大器)稀释到OD600达到0.4,分别取100μL接种于上述赖氨酸梯度的M9培养基中,用黑色底透96孔板,测试0h时菌液OD600及荧光强度(GFP:激发波长488nm,发射波长522 nm),每一组测三个平行。
(4)将菌液放于摇床37℃,180rpm培养,每隔2h测一次菌液OD600及荧光强度(GFP:激发波长488nm,发射波长522nm),每一组测试三个平行,直到数值不再发生明显变化为止,图4是以gfp为报告基因的微生物传感器对赖氨酸的荧光响应图。
从图4所示的工作曲线的方程可知,以gfp为报告基因的循环放大赖氨酸缺陷型大肠杆菌对赖氨酸的响应具有足够的敏感度,表明微生物传感器构建成功。
图5是微生物传感器与大肠杆菌荧光传感体系对赖氨酸响应的荧光强度增量的比较,由每组赖氨酸浓度对应的荧光强度增量的比较可知,微生物传感器对赖氨酸的荧光响应强度相比于大肠杆菌荧光传感体系均增强了9倍左右,说明循环放大线路起到了放大作用。
实施例3
在本发明中,待测氨基酸为单体氨基酸或多肽,以赖氨酸为例,采用赖氨酸多肽由于多肽可以水解成多个赖氨酸分子,比单个赖氨酸分子更容易让赖氨酸缺陷型大肠杆菌生长,从而更容易实现检测的放大。所用多肽序列CK5为CKKKKK,CK10为CKKKKKKKKKK,CK15为CKKKKKKKKKKKKKKK。
微生物传感器为饥饿处理过的以gfp为报告基因的赖氨酸缺陷型大肠杆菌,已耗尽原有赖氨酸分子,此时在M9培养基中加入不同组别不同浓度的赖氨酸多肽分子,即可测定赖氨酸多肽分子相对于赖氨酸的放大响应,具体步骤流程如下:
(1)用去离子水,配制CK5、CK10、CK15三种赖氨酸多肽溶液,过滤除菌,备用。
(2)在15瓶灭菌处理过的含有30mL M9培养基的100mL锥形瓶中分别加入CK5、CK10和CK15,终浓度分别为0μmol/L、0.5μmol/L、1μmol/L、 2μmol/L和3μmol/L的上述赖氨酸多肽溶液。
(3)将饥饿处理后的微生物传感器稀释到OD600达到0.4,分别取100μL 接种于上述赖氨酸多肽梯度的M9培养基中,用黑色底透96孔板,测试 0h时菌液OD600及荧光强度(GFP:激发波长488nm,发射波长522nm),每一组测三个平行。
(4)将菌液放于摇床37℃,180rpm培养,每隔2h测一次菌液OD600及荧光强度(GFP:激发波长488nm,发射波长522nm),每一组测试三个平行,直到数值不再发生明显变化为止。
图6是本发明实施例3中微生物传感器对赖氨酸多肽的OD600响应图;图7是本发明实施例3中微生物传感器对赖氨酸多肽的荧光响应图;由图中所示的工作曲线可知,同浓度赖氨酸多肽中赖氨酸的分子数越多,微生物传感器的荧光响应强度越高。
实施例4
图8是本发明应用微生物传感器的蛋白标志物定量检测方法的原理图,如图8所示,一种应用的微生物传感器的蛋白标志物定量检测的方法,包括以下步骤:
步骤一根据待测蛋白标志物选择核酸适配体,在磁珠-核酸适配体偶联物中加入互补链,互补链末端修饰待测氨基酸分子,得到磁珠-核酸适配体-互补链的偶联物;
步骤二将不同浓度梯度的蛋白生物标志物及待测样品分别加入到磁珠-核酸适配体-互补链的偶联物中,蛋白标志物与互补链竞争结合核酸适配体,蛋白质标志物与核酸适配体结合,释放出互补链;
步骤三磁分离后,分别向互补链游离溶液中加入微生物传感器,进行菌株培养;
步骤四检测菌液的荧光强度,绘制荧光强度与蛋白生物标志物浓度之间的标准曲线,根据标准曲线计算待测样品中蛋白标志物的浓度。
优选地,磁珠-互补链偶联物通过链霉亲和素-生物素系统偶联,互补链分子与核酸适配体的左侧15nt碱基互补配对。
以上所述实施例仅表达了本发明的实施方式,其描述较为具体和详细,但并不能因此而理解为对本发明专利范围的限制。应当指出的是,对于本领域的普通技术人员来说,在不脱离本发明构思的前提下,还可以做出若干变形和改进,这些都属于本发明的保护范围。因此,本发明专利的保护范围应以所附权利要求为准。
Claims (4)
1.一种微生物传感器的构建方法,其特征在于,包括以下步骤:
步骤一 构建待检测氨基酸的缺陷型菌株;
步骤二 构建以荧光蛋白基因为报告基因含有循环放大线路的质粒,从质粒载体上双酶切获得循环放大线路所需目的基因片段,通过T4 DNA连接酶进行顺次连接,所述所需目的基因片段依次由组成型启动子Pj23100-RBS、诱导酰基高丝氨酸内酯的受体结合蛋白基因Plux-RBS-luxR、酰基高丝氨酸内酯合成酶基因RBS-luxI和绿色荧光蛋白基因RBS-gfp-T-T组成,完成循环放大线路质粒的构建,得到含有基于LuxI/LuxR系统的循环放大线路的质粒;
将重组质粒转化到感受态的待测氨基酸缺陷型菌株中,涂布对应抗性的LB平板,筛选阳性单克隆,得到含循环放大线路的赖氨酸缺陷型菌株;
步骤三 将步骤二中获得的菌株培养至对数生长期,在培养基中饥饿培养,耗尽菌株中内源性的待测氨基酸分子。
2.根据权利要求1所述的微生物传感器的构建方法,其特征在于,还包括步骤四向微生物传感器菌液中分别添加具有浓度梯度的待测氨基酸溶液,培养菌液,并分别检测荧光强度,构建待测氨基酸浓度与荧光强度的工作曲线,检测微生物传感器对待测氨基酸的响应敏感度。
3.根据权利要求1所述的微生物传感器的构建方法,其特征在于,所述荧光蛋白基因为gfp基因、yfp基因、rfp基因或bfp基因中的一种或几种,所述检测氨基酸为赖氨酸、甘氨酸、色氨酸、丝氨酸或亮氨酸,所述菌株为大肠杆菌或酵母菌。
4.根据权利要求1所述的微生物传感器的构建方法,其特征在于,所述待检测氨基酸为单体氨基酸或多肽。
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Families Citing this family (3)
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CN110714049B (zh) * | 2019-11-12 | 2021-07-02 | 北京理工大学 | 一种检测生物标志物的微生物传感器及检测方法、培养与检测芯片和检测系统 |
CN111250182B (zh) * | 2020-02-11 | 2021-03-19 | 北京理工大学 | 一种高通量微流控电泳筛分芯片及其制备方法、应用方法 |
CN112877432A (zh) * | 2021-02-08 | 2021-06-01 | 北京理工大学 | 一种用于胃癌早期检测的微生物传感器及其检测系统 |
Citations (4)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN104131018A (zh) * | 2014-07-31 | 2014-11-05 | 厦门大学 | 一种细胞内蛋白自诱导表达的方法 |
KR20160056149A (ko) * | 2014-11-11 | 2016-05-19 | 한국생명공학연구원 | 재설계 유전자회로와 세포 간 상호작용을 이용한 유해 환경물질의 감지방법 |
CN108220318A (zh) * | 2018-01-12 | 2018-06-29 | 天津大学 | 高灵敏度检测铅离子的全细胞生物传感器的构建方法 |
CN108251446A (zh) * | 2018-01-12 | 2018-07-06 | 天津大学 | 一种铅离子敏感型全细胞生物传感器的构建方法 |
Family Cites Families (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
ITMI20090946A1 (it) * | 2009-05-28 | 2010-11-29 | Novartis Ag | Espressione di proteine ricombinanti |
US10745693B2 (en) * | 2017-04-04 | 2020-08-18 | Wisconsin Alumni Research Foundation | Methods of designing programmable inducible promoters |
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Patent Citations (4)
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KR20160056149A (ko) * | 2014-11-11 | 2016-05-19 | 한국생명공학연구원 | 재설계 유전자회로와 세포 간 상호작용을 이용한 유해 환경물질의 감지방법 |
CN108220318A (zh) * | 2018-01-12 | 2018-06-29 | 天津大学 | 高灵敏度检测铅离子的全细胞生物传感器的构建方法 |
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Non-Patent Citations (2)
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Quantification of total and bioavailable lysine in feed protein sources by a whole-cell green fluorescent protein growth-based Escherichia coli biosensor;V. I. Chalova;W. K. Kim;C. L. WoodwardS. C. Ricke;Appl Microbiol Biotechnol;第76卷(第1期);91-99 * |
V. I. Chalova ; W. K. Kim ; C. L. WoodwardS. C. Ricke.Quantification of total and bioavailable lysine in feed protein sources by a whole-cell green fluorescent protein growth-based Escherichia coli biosensor.Appl Microbiol Biotechnol.2007,第76卷(第1期),91-99. * |
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