CN109803534A - 用于治疗炎性肠病（ibd）和其他疾病的组合物和方法 - Google Patents

Abstract

本公开内容属于适用于治疗哺乳动物疾病的药物组合物领域。本申请提供了用于治疗与功能失调的肠道微生物群相关的各种病症或病症的新型组合物和方法。特别地，本申请提供了可治疗或治愈胃肠(GI)病症如炎症性肠病(IBD)的组合物和方法，包括例如克罗恩病和溃疡性结肠炎。

Description

用于治疗炎性肠病（IBD）和其他疾病的组合物和方法

相关申请的交叉引用

本申请要求2016年6月1日提交的美国临时申请No.62/344,053的权益，该临时申请通过引用整体并入本文。

技术领域

本申请提供了用于治疗与功能失调的肠道微生物群相关的各种病症或病症的新型组合物和方法。特别地，本申请提供了可治疗或治愈胃肠 (GI)病症例如炎性肠病(IBD)(包括例如克罗恩病和溃疡性结肠炎)的组合物和方法。

背景技术

哺乳动物在其胃肠道(GI)中含有多种微生物物种。这些微生物之间以及微生物与宿主之间的相互作用，例如宿主免疫系统、塑造微生物。健康的微生物群为宿主提供多种益处，包括对广谱病原体的定殖抗性，必需的营养素生物合成和吸收，以及维持健康肠道上皮和适当控制的全身免疫力的免疫刺激。不平衡的微生物群(也称为“生态失调”或破坏的共生)可能失去其功能并导致对病原体的易感性增加，代谢特征改变或诱导可导致局部或全身性炎症或自身免疫的促炎信号。另外，这种被破坏的微生物群可能被进入的病原体或病原体感染，这可能引起疼痛、腹泻、气体和便秘等症状。因此，肠道微生物群在诸如肠道致病性感染的许多病症的发病机理中起重要作用。

将人结肠微生物群植入或施用到患病的肠中称为粪便微生物移植 (FMT)，通常也称为粪便细菌疗法。FMT被认为通过创造一种不利于其增殖和存活的生态环境来控制关键病原体的各种微生物重新填充肠道。它代表一种治疗方案，可以快速重建正常的组成和功能性肠道微生物群落。

炎症性肠病(IBD)涉及患者消化道全部或部分的慢性感染和炎症。 IBD主要包括溃疡性结肠炎和克罗恩病。胶原性结肠炎、缺血性结肠炎、转移性结肠炎、不确定性结肠炎、显微结肠炎、粘膜结肠炎、伪膜性结肠炎和淋巴细胞性结肠炎通常也被认为是炎性肠病。

溃疡性结肠炎是大肠的慢性疾病，也称为结肠，其中结肠内层发炎并且产生微小的开放性溃疡或溃疡，其产生脓液和粘液。炎症和溃疡的组合可引起腹部不适和频繁排空结肠。溃疡性结肠炎的现有治疗涉及强烈且冗长的组合药物治疗，具有显着的副作用或甚至需要手术以移除部分结肠。因此，需要更有效的溃疡性结肠炎治疗方法，这种方法更容易给药并且可以治愈这种使人虚弱的状况。

发明概述

在一个方面，本申请提供了药物组合物，其包含能够抑制或拮抗梭杆菌属菌种的多种活的非病原微生物。另一方面，药物组合物包含一种或多种活的非致病性普拉梭菌spp。在一个方面，药物组合物包含粪便微生物制剂，其具有补充有一种或多种活的非致病性普拉梭菌spp的供体的完整或基本上完整的微生物群。另一方面，药物组合物还包含无菌粪滤液。在一个方面，无菌粪便滤液源自供体粪便。另一方面，无菌粪便滤液来自培养的微生物。

另一方面，本申请提供了药物组合物，其包含能够抑制或拮抗梭杆菌属物种的第一多个活的非病原微生物和能够抑制或拮抗分枝杆菌属物种的第二多个活的非病原微生物。在一个方面，第二多个活的非病原微生物包含选自抗myco组的一种或多种、两种或更多种、三种或更多种、四种或更多种、五种或更多种、六种或更多种、或七种或更多种，其由棒状杆菌、Dietzia、Gordonia、Mycobacterium、Nocardia、束村氏菌、Skermania、酪酸冢村菌、Turicella、红球菌和Williamsia组成。在另一个方面，药物组合物包含具有供体的完整或基本上完整的微生物群的粪便微生物制剂。

在一个方面，本申请提供药物组合物或试剂盒，其包含来自单个供体受试者的粪便微生物，其施用有一种或多种普拉梭菌菌种或用于至少一种普拉梭菌菌种的一种或多种生长刺激剂，其中所述粪便微生物相对于来自未施用一种或多种生长刺激剂的相同供体受试者的对照粪便微生物，包含升高水平的至少一种普拉梭菌菌种。

在另一个方面，本申请提供了包含非合成粪便微生物的药物组合物，其中所述非合成粪便微生物相对于来自正常健康供体的对照粪便微生物包含升高水平的至少一种普拉梭菌菌种。

在一个方面，本申请提供了包含未选择的粪便微生物的药物组合物，其中所述未选择的粪便微生物相对于来自正常健康供体的对照未选择的粪便微生物包含升高水平的至少一种普拉梭菌菌种。

在另一方面，本申请提供了药物组合物，其包含来自单个供体受试者的未处理的非合成粪便微生物，其中未处理的非合成粪便微生物相对于来自正常健康供体的对照粪便微生物包含升高水平的至少一种普拉梭菌菌种。

在一个方面，本申请提供了治疗有此需要的受试者的胃肠病症的方法，该方法包括向受试者施用药学活性剂量的本文所述的药物组合物。在一个方面，所治疗的胃肠病症是炎性肠病(IBD)或肠易激综合征(IBS)。

在另一个方面中，本申请提供了治疗有此需要的受试者的病症或病症的方法，该方法包括向受试者施用药学活性剂量的本文所述的药物组合物并且有效治疗该病症或状况，其中所述障碍或状况选自：痤疮、艾滋病肠病、艾滋病相关的胃肠炎、全身脱发、老年痴呆症、淀粉样变性、肌萎缩侧索硬化症、强直性脊柱炎、厌食症、抗生素相关性结肠炎、Asbergers综合征、注意力缺陷障碍(ADD)、注意力缺陷多动障碍(ADHD)、自闭症谱系障碍(ASD)、Behcet综合征、慢性艰难梭菌感染(CDI)、慢性便秘、慢性抑郁症、慢性疲劳综合症(CFS)、慢性特发性假性阻塞性综合征、慢性炎症脱髓鞘性多发性神经病、慢性恶心、慢性荨麻疹、腹腔疾病、胶原性结肠炎、结肠息肉、便秘主导FBD、克罗恩病、隐源性肝硬化、循环呕吐、疱疹性皮炎、糖尿病、家族性地中海热、脂肪肝、功能性肠病(FBD)、胃食管反流、Gillian-Barre综合征、肾小球肾炎、溶血性尿毒综合征、口臭、IBS便秘为主、IBS腹泻/便秘交替、IBS以腹泻为主、IBS以疼痛为主、特发性血小板减少性紫癜(ITP)、特发性/简单便秘、不确定结肠炎、炎症性肠病(IBD)、肠易激综合征(IBS)、青少年糖尿病、莱姆病、躁狂抑郁症、代谢综合征、显微结肠炎、偏头痛、混合性冷球蛋白血症、粘液性结肠炎、多发性硬化症、重症肌无力、NASH(非酒精性脂肪性肝炎)、非类风湿性关节炎、非类风湿因子阳性关节炎、非溃疡性消化不良、诺沃克病毒性胃肠炎、肥胖症、强迫症、疼痛症、FBD、帕金森病、多动脉炎、息肉病、原发性胆汁性肝硬化、原发性梭状芽孢杆菌感染(CDI)、原发性硬化性胆管炎(PSC)、伪膜性结肠炎、精神病性疾病、Reiter综合征、复发性憩室炎、Rett综合征、类风湿性关节炎、酒渣鼻、轮状病毒胃肠炎、骶髂关节炎、精神分裂症、硬皮病、干燥综合征、小肠细菌过度生长、突然婴儿死亡综合症(SIDS)、系统性红斑狼疮我们、溃疡性结肠炎、上腹部FBD、血管炎性疾病、病毒性胃肠炎、糖尿病前期综合征、I型糖尿病、 II型糖尿病、抑郁症、精神分裂症和情绪障碍。

在一个方面，本申请提供了在有此需要的受试者中治疗IBD的方法，该方法包括向受试者施用药学活性剂量的第一抗生素或益生菌以抑制或拮抗梭杆菌属物种。

另一方面，本申请提供了在有此需要的受试者中治疗或治愈IBD的方法，该方法包括：去除受试者的阑尾，向受试者施用生物膜破坏剂，向受试者施用抗生素，和施用药物活性剂量的本发明药物组合物。

在一个方面，本申请提供了一种方法，包括：向受试者施用普拉梭菌菌种的生长刺激剂；从受试者收集粪便样品以制备粪便微生物组合物。

附图简述

图1：系统发育树，其显示基于16S rRNA基因序列的另外的示例性 F.prausnitzii菌分离物与梭菌属簇IV(Ruminococcaceae)的其他成员的关系。序列登录号显示在括号中。(改编自Lopez-Siles等人， Appl.Environ.Microbiol.78：420-28(2012))。

发明详述

除非本文另有定义，否则应根据相关领域普通技术人员的常规用法来理解术语。

本说明书中提及的所有出版物，专利和专利申请均通过引用并入本文，其程度如同每个单独的出版物、专利或专利申请被具体和单独地指出通过引用并入。

如本文和所附权利要求中所使用的，单数形式“一”、“一个”和“该”包括复数指示物，除非上下文另有明确说明。如本文使用的，对于实施例，术语“基本上”、短语“基本上所有阵列的肽”，是指至少90％，优选至少 95％，更优选至少99％，并且最优选至少99.9％的阵列肽。术语“基本上”的其他用途涉及类似的定义。

在提供一系列值的情况下，应理解，在该范围的上限和下限之间的每个中间值以及在所述范围内的任何其他所述或中间值都包含在本公开内。这些较小范围的上限和下限可以独立地包括在较小范围内，并且也包括在本公开内容中，受所述范围内的任何特别排除的限制。在所述范围包括一个或两个限制的情况下，除了这两个限制之外的范围也包括在本公开中。

如本文使用的，术语“治疗”是指(i)通过阻止其发展而完全或部分地抑制实施例的疾病、病症或状况；(ii)通过引起疾病、病症和/或状况的消退，完全或部分缓解实施例的疾病、病症或状况；或者(iii)完全或部分地预防患者中可能易患疾病、病症和/或状况但尚未被诊断出患有疾病、病症或状况。类似地，“治疗”是指治疗性治疗和预防性或预防性措施。

如本文使用的，“治疗有效量”或“药物活性剂量”是指有效治疗所述疾病、病症或状况的组合物的量。

如本文使用的，“微生物群”和“植物群”是指可持续和短暂地存在于受试者身体内或身体上的微生物群落，包括真核生物、古细菌、细菌和病毒 (包括细菌病毒(即噬菌体))。“粪便微生物”或“粪便微生物制剂”是指存在于受试者粪便中的微生物群落。未选择的粪便微生物是指从供体的粪便样品衍生和加工的粪便微生物的群落或混合物，其不选择任何特定的组或类型的微生物，并且基本上类似于在这种粪便样品中发现的微生物成分和群体结构。

如本文使用的，“无菌粪滤液”或“非细胞粪滤液”是指粪便物质的液体成分，其中液体成分不含或基本上不含基于细胞的生物(例如细菌、真菌或其孢子)，但保留噬菌体和非细胞生物材料。优选地，非细胞或无菌粪滤液对于真核宿主细胞也不含病毒。

如本文使用的，“生长刺激剂”或“生长刺激物”是指能够促进或增强目标生物的生长、增殖或活力的物质。

如本文使用的，“缓解、治愈或解决率”是指针对给定治疗而治愈或获得缓解或完全消退病症的患者的百分比。溃疡性结肠炎的缓解、治愈或消退是指完全停止直肠出血、尿急和大便次数增加。定量地，当患者的UCDAI 评分低于或等于2时，达到缓解、治愈或消退，在治疗8周后评估。通过内窥镜和粘膜愈合可以进一步证实缓解、治愈或消退。

如本文使用的，“应答率”是指对给定治疗呈阳性反应(例如，一种或多种症状的严重程度或频率降低)的患者百分比。定量地，当患者的UCDAI 评分从基线到第8周减少至少2时，患者对治疗有积极的反应。

如本文使用的，“溃疡性结肠炎疾病活动指数”或“UCDAI”是指用于评估溃疡性结肠炎患者的症状严重性或反应的指标系统。该指数评估了四个变量，包括大便次数、出血严重程度，结肠粘膜外观和医生对疾病活动的总体评估(表1)。参见Sutherland等人，5-Aminosalicylic acid enema in the treatment of distal ulcerative colitis,proctosigmoiditis,and proctitis.Gastroenterology.1987；92:1894–8。每个变量的得分为0-3，因此总指数得分范围为0-12；0-2：缓解；3-6：温和；7-10：温和；>10：严重的溃疡性结肠炎。

如本文使用的，“真核生物”是指属于包含细胞核和膜结合细胞器的细胞。

如本文使用的，“细菌”、“细菌群”和“古细菌”是指缺乏膜结合细胞核且缺乏细胞器的单细胞原核生物。

如本文使用的，“菌落形成单位”(cfu)是指给定样品中活微生物细胞数量的估计。可以通过计数琼脂平板上的菌落数来评估cfu的数量，如用于确定样品中活细菌细胞数的标准方法。

如本文使用的，“可行的”意味着拥有繁衍的能力。可以根据细胞的膜完整性监测细菌群的活力。具有受损膜的细胞被认为是死亡或正在死亡，而具有完整膜的细胞被认为是活的。对于实施例，SYTO 9和碘化丙锭用于染色和分离活细菌和死细菌。参见Stocks，Cytometry A.2004Oct；61 (2)：189-95。细胞活力还可以通过分子活力分析来评估，例如基于PCR 的方法，其可以将与活细胞相关的核酸与与灭活细胞相关的核酸区分开。参见Cangelosi和Mescheke，Appl Environ Microbiol.2014年10月；80(19)： 5884-5891。

如本文使用的，“分离的”或“纯化的”是指细菌或其他实体或物质，其已经(1)与最初生产时与其相关的至少一些组分分离(无论是在自然界还是在实验环境中)，和/或(2)由人工制造、制备、纯化和/或制造。分离或纯化的细菌可以从至少约10％、约20％、约30％、约40％、约50％、约60％、约70％、约80％、约90％或更多与其最初关联的其他组分的细菌中分离出来。

如本文使用的，“细胞毒性”活性或细菌表示杀死细菌细胞的能力，例如致病细菌细胞。“细胞抑制”活性或细菌包括抑制、部分或完全抑制细菌细胞(例如致病细菌细胞)的生长、代谢和/或增殖的能力。

如本文使用的，关于细菌或任何其他生物体或实体的术语“病原体”和“致病性”包括能够引起或影响含有该生物体或实体的宿主生物的疾病、病症或状况的任何此类生物体或实体。

如本文使用的，“孢子”或“孢子”种群包括通常可存活的细菌(或其他单细胞生物)，比相同细菌的营养体更耐受环境影响，例如热和杀菌剂，并且通常能够发芽和出增长。“孢子形成物”或“能够形成孢子”的细菌是含有基因的细菌和在合适的环境条件下产生孢子的其他必要能力。

如本文使用的，两种或更多种细菌的“组合”包括两种细菌的物理共存、在相同的材料或产品中或在物理连接的产品中、以及两种细菌的暂时共同施用或共定位。

1.大便频率	分数分配
		正常	0
1–2次大便/天>正常	1
		3–4次大便/天>正常	2
>4次大便/天>正常	3
		2.直肠出血
无	0
		血迹	1
明显的血液	2
		主要是血	3
3.粘膜外观
		正常	0
轻度脆弱	1
		适度脆弱	2
渗出、自发性出血	3
		4.医生对疾病活动的评价
正常	0
		温和	1
中等	2
		严重	3

表1溃疡性结肠炎(UC)疾病活动指数。见Tursi等人的Am J Gastroentero,105:2218–27(2010)。

如本文使用的，“受试者”是指任何动物受试者，包括人类、实验动物 (例如灵长类动物、大鼠、小鼠)、牲畜(例如牛、绵羊、山羊、猪、火鸡、鸡)和家庭宠物(例如狗、猫、啮齿动物等)。受试者或患者可能是健康的，或者可能由于胃肠道病原体而患有感染，或者可能有发展或向其他人传播由于胃肠道病原体引起的感染的风险。

如本文使用的，“香农多样性指数”是指使用公式计算特定群落中物种的丰度和均匀度的多样性指数，其中H是Shannon多样性指数， R是群落中物种的总数，pi是由第i种物种组成的R的比例。较高的值表示不同且分布均匀的社区，值为0表示在给定的社区中仅存在一个物种。供进一步参考Shannon和Weaver,(1949)The mathematicaltheory of communication.伊利诺伊大学出版社,Urbana.117pp。

如本文使用的，“抗生素”是指用于通过杀死细菌、抑制细菌生长或降低细菌活力来治疗和/或预防细菌感染的物质。

如本文使用的，“间歇给药方案”是指治疗组合物给药一段时间，然后给药一段时间(治疗期)，其中停止用这种治疗组合物治疗(休息期)。间歇给药方案可表示为治疗期，以天或周/休息期，以天或周计。对于实施例， 4/1间歇给药方案是指间歇给药方案，其中治疗期为四周/天，休息期为一周/天。

如本文使用的，“连续给药方案”是指给药方案，其中治疗组合物在治疗期间给药而没有休息期。在连续给药方案的整个治疗期间，可以给予治疗组合物；对于实施例，每日，或每隔一天，或每隔三天。在施用治疗组合物的那天，它可以在一天中以单剂量或多剂量施用。

如本文使用的，“给药频率”是指在给定时间内给予治疗组合物剂量的频率。给药频率可以表示为每给定时间的剂量数；对于实施例，每天一次、每周一次、或两周一次。

如本文使用的，“给药间隔”是指在给予受试者的多剂量之间经过的时间量。

溃疡性结肠炎是一种以大肠浅层炎症和微小溃疡为特征的疾病。炎症通常发生在直肠和结肠下部，但它可能影响整个大肠(全结肠炎)。溃疡性结肠炎很少影响其远端部分的小肠(反洗回肠炎)。

炎症伴随着腹泻，腹泻可能是肥大和血腥。在炎症破坏肠道细胞的地方形成微小溃疡；这些区域出血并产生脓液和粘液。溃疡性结肠炎，尤其是轻度的溃疡性结肠炎，可能难以诊断，因为症状与其他肠道疾病类似，最明显的是另一种称为克罗恩病和肠易激综合征的IBD。克罗恩病与溃疡性结肠炎不同，因为它在整个肠壁厚度引起炎症并产生深部溃疡。克罗恩病通常发生在小肠中，但也可发生在大肠、肛门、食道、胃、阑尾和口腔中。克罗恩病引起瘘管，而溃疡性结肠炎则不会。克罗恩病和溃疡性结肠炎可能在同一患者中共存。

溃疡性结肠炎最常发生在15至30岁的人群中，尽管这种疾病可能折磨任何年龄的人。它平等地影响着男人和女人，并且似乎在某些家庭中流行。

存在不同类型的溃疡性结肠炎。如本文使用的，“溃疡性直肠炎”是指肠炎症局限于直肠的疾病形式。由于其有限的范围(通常小于直肠的六英寸)，溃疡性直肠炎往往是一种较轻微的溃疡性结肠炎。它与较少的并发症相关，并提供比更广泛的疾病更好的前景。对于约30％的溃疡性结肠炎患者，该疾病始于溃疡性直肠炎。

如本文使用的，“直肠乙状结肠炎”是指影响直肠和乙状结肠的一种结肠炎，结肠下段位于直肠上方。症状包括血性腹泻、痉挛和持续感觉需要通过粪便，称为里急后重。腹部左下方的中度疼痛可能发生在活动性疾病中。

如本文使用的，“左侧结肠炎”是指从直肠开始并延伸至脾脏附近的结肠弯曲的连续炎症，称为脾弯曲。症状包括食欲不振、体重减轻、腹泻、腹部左侧剧烈疼痛和出血。

如本文使用的，“泛溃疡(总)结肠炎”影响整个结肠。症状包括腹泻、严重的腹痛、痉挛和广泛的体重减轻。潜在的严重并发症包括大量出血和结肠急性扩张(中毒性巨结肠)，这可能导致肠壁开放。严重的并发症可能需要手术。

关于溃疡性结肠炎的原因已经提出了几种理论。有证据表明，身体的免疫系统会对遗传易感个体的环境、饮食或传染因子产生反应，导致肠壁发炎。溃疡性结肠炎不是由某些食物或食品引起的情绪困扰或敏感性引起的，但这些因素可能会引发某些人的症状。溃疡性结肠炎很可能不是异常反应，而是感染。

溃疡性结肠炎最常见的症状是血性腹泻和腹痛。患者还可能出现发烧、直肠出血、疲劳、贫血、食欲不振、体重减轻以及体液和营养素流失导致营养缺乏。这些症状在症状消失(缓解)期间发生间歇性发作(突然发作)。这些无病期可持续数月甚至数年。通常，发作开始时排便的紧迫性增加，轻度下腹部痉挛，粪便中的血液和粘液。

溃疡性结肠炎可能引起长期问题，如关节炎、眼部炎症、肝病(脂肪肝、肝炎、肝硬化和原发性硬化性胆管炎)、骨质疏松症、皮疹、贫血和肾结石。当免疫系统引发身体其他部位的炎症时，可能会发生这些并发症。当有效治疗结肠炎时，这些问题可能消失。

溃疡性结肠炎的治疗取决于疾病的严重程度。大多数人都接受药物治疗。一些症状由某些食物引发的人能够通过避免使肠道不适的食物来控制症状，例如高度调味的食物或乳制品。每个人都会经历不同的溃疡性结肠炎，因此针对每个人进行治疗。

许多患有轻度或中度疾病的患者首先接受5-ASA药物治疗，包括5- 氨基水杨酸和柳氮磺胺吡啶类药物的组合，有助于控制炎症。柳氮磺胺吡啶是这些药物中最常用的。柳氮磺胺吡啶可以根据需要使用，也可以与其他药物一起使用。对柳氮磺胺吡啶治疗效果不佳的患者可能会对较新的 5-ASA药物有所反应。5-ASA制剂的可能副作用包括恶心、呕吐、胃灼热、腹泻和头痛。

患有严重疾病的人和对5-ASA制剂无反应的人可以使用添加的皮质类固醇治疗。泼尼松、布地奈德和氢化可的松是用于减轻炎症的皮质类固醇。根据炎症的位置，它们可以口服、静脉注射、灌肠或栓剂给药。皮质类固醇可引起副作用，如体重增加、痤疮、面部毛发、高血压、糖尿病、情绪波动和感染风险增加，因此医生会仔细监测服用这些药物的患者。

通常使用免疫抑制剂如硫唑嘌呤、6-巯基嘌呤(6-MP)和甲氨蝶呤，并且可以在低剂量下显着改善，副作用很少。可以给予其他药物以使患者放松或减轻疼痛、腹泻或感染。偶尔，症状严重到足以使患者住院治疗。对于实施例，一个人可能有严重出血或严重腹泻导致脱水。在这种情况下，医生会尝试阻止腹泻和血液、液体和矿物盐的流失。患者可能需要特殊饮食，通过静脉喂养、药物治疗或有时手术。

在严重的情况下，患者可能需要手术来移除患病的结肠。如果医学治疗失败或皮质类固醇或其他药物的副作用威胁患者的健康，医生有时会建议去除结肠。

先前的观察结果表明某些梭杆菌肠道感染(例如，通过F.varium、F. nucleatum或坏死梭杆菌)和溃疡性结肠炎之间的潜在关联。参见例如 Ohkusa等人,Gut.52(1):79–83(2003)；Sasaki和Klapproth,Journal of Signal Transduction,vol.2012,Article ID704953,6pages,(2012)； Allen-Vercoe,Digestive Diseases and Sciences,60(1):7-8(2015)。Fusobacteria 是厌氧革兰氏阴性杆菌，无孢子，细长的细胞具有锥形末端或多形性。 Fusobacterium spp.是口咽、胃肠道和生殖道的正常菌群的一部分。手术或意外创伤、水肿、缺氧、组织破坏和动物咬伤后可能发生感染。特别地，与克罗恩病(16％)或其他对照(3-13％)相比，F.varium被认为存在于溃疡性结肠炎患者的高比例(84％)的结肠粘膜中。参见Ohkusa等人J Gastroenterol Hepatol 17:849–53(2002)。Ohkusa等人(2003)也断言从溃疡性结肠炎患者结肠黏膜中分离的F.varium诱导小鼠模型实验性溃疡性结肠炎。Gut.52(1):79–83(2003)。

同时，F.nucleatum也被认为与阑尾炎有关。参见Allen-Vercoe等人， GutMicrobes.2:294–98(2011)。对于实施例，在急性阑尾炎中观察到F. nucleatum和坏死梭杆菌的局部入侵。参见Swidsinski等人，Gut,60:34-40 (2011)。特别地，Swidsinski等人使用基于rRNA的荧光原位杂交研究了70 个附件中确诊阑尾炎的切片，发现细菌深深浸润阑尾。在62％的患者中，梭杆菌(主要是F.nucleatum和坏死梭杆菌)是上皮和粘膜下浸润的特定成分，并且在各种对照中未发现。梭杆菌的存在与阑尾炎的严重程度呈正相关。相反，主要的粪便微生物包括拟杆菌、直肠真菌(梭菌group XIVa)、普拉梭菌群和阿克曼菌muciniphila显着下降，与阑尾炎的严重程度成反比关系。

有研究报道分析阑尾切除术与溃疡性结肠炎之间的关联，并且大多数研究表明存在非常显着的反比关系。参见Roblin等人，Gut，61：635-36 (2012)。特别是，据称阑尾切除术治疗炎症性疾病(阑尾炎或淋巴结炎) 而非非特异性腹痛则与后续溃疡性结肠炎的风险较低有关。此外，该反比关系限于在20岁之前接受手术的患者。参见Andersson等人，N EnglJ Med； 344：808-14(2001)。因此，阑尾生态失调的发展可能是溃疡性结肠炎发生的引发事件。去除阑尾可以降低遗传易感个体中溃疡性结肠炎进一步发展的风险。

尽管上述关于Fusobacterium肠道感染和IBD之间的相关性(例如，溃疡性结肠炎)的断言，但就申请人的最佳知识而言，直到本申请还未测试或证明抑制Fusobacterium肠道感染可治疗IBD。

在一个方面，本公开提供了用于治疗有需要的受试者中的IBD或其他病症的药物组合物及其方法或用途，其中所述组合物包含多种能够抑制或拮抗梭杆菌属菌种的活的非病原微生物。在一个方面，药物组合物包含多种活的非病原微生物，其对一种或多种梭杆菌属菌种表现出细胞毒性或细胞抑制活性。在一个方面，药物组合物包含来自合成培养物的多种活的非病原微生物。在一个方面，被抑制的梭杆菌属菌种选自坏死梭杆菌、具核梭杆菌、F.canifelinum、F.gonidiaformans、死亡梭杆菌、F.naviforme、坏疽梭杆菌、F.russii、溃疡梭杆菌和F.varium。另一方面，被抑制的梭杆菌属菌种选自F.nucleatum、坏死梭杆菌和F.varium。

普拉梭菌是人类肠道生态系统中最丰富的细菌之一，其数量范围为健康个体粪便中总微生物群的5-20％。F.prausnitzii菌丁酸盐到结肠上皮的重要供应商。F.prausnitzii菌最初被归类为Fusobacterium prausnitzii。然而，不同人类菌株(ATCC27766和ATCC 27768)的16s rRNA基因的完整序列证实它们仅与Fusobacterium远缘相关并且与梭菌簇IV(梭菌 leptum族)的成员更密切相关。2002年，Duncan等人提出了一种新的普拉梭菌菌属，包括非孢子形成和非运动的革兰氏阳性细菌，名为普拉梭菌。参见Duncan等人，Int J Sys Evol Microbiol 52：2141-46(2002)。根据16S rRNA系统发育分析，普拉梭菌菌属是Ruminococcaceae家族的成员，命名为Clostridiales，在Firmicutes门中的梭菌属(Clostridia)。F. prausnitzii菌被认为是严格的厌氧菌，在暴露于环境空气后两分钟内失去活力。参见Duncan等人，Int J Sys Evol Microbiol 52：2141-46(2002)。示例性的普拉梭菌菌种和菌株列于表2和图1中。

表2：示例性普拉梭菌菌

F.prausnitzii菌被宣称使用小鼠结肠炎模型在体外和体内表现出抗炎作用。特别地，要求施用F.prausnitzii菌株A2-165及其培养物上清液以防止小鼠中的2,4,6-三硝基苯磺酸(TNBS)诱导的结肠炎。参见Sokol等人， Proc Natl Acad Sci USA105：16731-36(2008)。此外，Varela等人断言F. prausnitzii菌水平与溃疡性结肠炎(UC)缓解的维持之间存在关联。在缓解的UC患者中观察到F.prausnitzii菌数量低于健康对照。同时，仍然处于缓解期的UC患者中的F.prausnitzii菌数量高于复发患者。参见Varela 等人，Alimentary pharmacology&therapeutics，38：151-61(2013)。除了 F.prausnitzii菌，Machiels等人还报道了另一种产丁酸盐的物种盲肠罗斯氏菌hominis溃疡性结肠炎患者的减少，并声称盲肠罗斯氏菌hominis也可能在UC中发挥作用。见Machiels等人Gut,63:1275–83(2014)。

同样，尽管有上述关于F.prausnitzii菌的观察或报告，但就申请人的最佳知识而言，它既没有被建议也没有经过测试，更不用说证明了，直到本申请中活的F.prausnitzii菌可用于治疗IBD。不受任何科学理论束缚，活的F.prausnitzii菌抑制或拮抗肠道感染中Fusobacterium的生长。

在一个方面，本公开提供了用于治疗有此需要的受试者的IBD或其他病症的药物组合物及其方法或用途，其中所述组合物包含多种包含一种或多种普拉梭菌菌种的活的非病原微生物。在一个方面，药物组合物包含多种活的非致病性普拉梭菌。在一个方面，药物组合物包含多种活的非病原微生物，其包含一种或多种、两种或更多种、三种或更多种、四种或更多种、五种或更多种、六种或更多种、或七种或更多种选自下组的菌种、分离物、或株：普拉梭菌prausnitzii A2-165、普拉梭菌prausnitzii ATCC 27768、普拉梭菌prausnitzii ATCC 27766、普拉梭菌cf.prausnitzii KLE1255、普拉梭菌prausnitzii L2-6、普拉梭菌prausnitzii M21/2、普拉梭菌prausnitzii SL3/3、普拉梭菌sp.canine oraltaxon 147、普拉梭菌sp. DJF_VR20、普拉梭菌sp.MC_41、普拉梭菌sp.CAG:1138、普拉梭菌sp. CAG:74和普拉梭菌sp.CAG:82。在一个方面，药物组合物包含多种活的非病原微生物，其包含一种或多种、两种或更多种、三种或更多种、四种或更多种、五种或更多种、六种或更多种、或七种或更多种普拉梭菌菌种、分离物、或图1中列出的菌株。

另一方面，药物组合物还包含普拉梭菌菌的生长刺激物。在一个方面，药物组合物包含选自苹果果胶、N-乙酰葡糖胺、半胱氨酸、谷胱甘肽、核黄素和黄素的生长刺激物。大多数F.prausnitzii菌株在厌氧条件下在苹果果胶上生长良好。见Lopez-Siles等人，Appl.Environ.Microbiol.78：420-28 (2012)。果胶在人结肠中广泛发酵。一些F.prausnitzii菌株使用糖醛酸进行生长。因此，本申请使用富含果胶的底物或糖醛酸来进一步增强用于刺激F.prausnitzii菌生长和治疗效果的益生元方法。

本申请还提供了粪便供体作为生物反应器的用途，用于产生修饰的全光谱微生物群以用作更有效的治疗剂。在一个方面，本发明进一步提供了一种方法，包括向受试者施用普拉梭菌菌种的生长刺激剂；从所述受试者收集粪便样品以制备粪便微生物组合物，其中所述粪便微生物组合物包含相对于来自相同受试者的对照粪便微生物群组合物(不服用所述生长刺激剂)的升高水平的所述普拉梭菌菌种。在一个方面，受试者口服摄取所述生长刺激剂。在一个方面，生长刺激剂选自苹果果胶、N-乙酰葡糖胺、半胱氨酸、谷胱甘肽、核黄素和黄素。参见US2015/0283144。在一个方面，在施用所述生长刺激剂后至少约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、 12、13、14、18、20、24、28、30、36小时收集粪便样品。在另一方面，在施用所述生长刺激剂后至少约1、2、3、4、5或6天收集粪便样品。在一个方面，在收集所述粪便样品之前，将生长刺激剂施用于所述受试者超过约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13或14天。在另一个方面，在收集所述粪便样品之前，将生长刺激剂施用于所述受试者超过1、2、 3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13或14周。在一个方面，生长刺激剂每天至少1、2、3、4、5、6、7、8、9或10次施用于所述受试者。在一个方面，通过所述方法制备的粪便微生物组合物与来自相同受试者的对照粪便微生物(不施用生长刺激剂)相比较，包含1.5倍或更多倍、2倍或更多倍、2.5倍或更多倍、3倍或更多倍、3.5倍或更多倍、4倍或更多倍、5倍或更多倍、10倍或更多倍、50倍或更多倍、100倍或更多倍、1000 倍或更多倍、10、000倍或更多的普拉梭菌菌。在另一方面，通过所述方法制备的粪便微生物组合物相对于来自相同受试者的对照粪便微生物(没有施用所述生长刺激剂)，包含至少10％以上、15％以上、20％以上、25％以上、30％以上、40％以上、50％以上、60％以上、70％以上、80％以上、 90％以上、100％以上、150％以上、200％以上、250％以上、300％以上、 350％以上、400％以上、450％以上、500％以上、600％以上、700％以上或 800％以上的普拉梭菌菌。在另一方面，本发明还提供了一种方法，包括：向受试者施用一种或多种普拉梭菌菌种；从所述受试者收集粪便样品以制备粪便微生物组合物，其中所述粪便微生物组合物包含相对于来自相同受试者的对照粪便微生物组合物(不服用所述一种或多种普拉梭菌菌种)的所述一种或多种升高水平的普拉梭菌菌种。

在一个方面，本公开提供了药物组合物，其包含来自单个供体受试者的粪便微生物，所述粪便微生物施用有至少一种普拉梭菌菌种的一种或多种生长刺激剂，其中所述粪便微生物相对于来自未施用所述一种或多种生长刺激剂的相同供体受试者的对照粪便微生物，包含所述至少一种升高水平的普拉梭菌菌种。在一个方面，供体受试者摄取一种或多种生长刺激剂。另一方面，一种或多种生长刺激剂选自苹果果胶、N-乙酰葡糖胺、半胱氨酸、谷胱甘肽、核黄素和黄素。在一个方面，粪便微生物来自在施用所述生长刺激剂后至少约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、 18、20、24、28、30或36小时收集的粪便样品。在另一方面，粪便微生物来自在所述施用所述生长刺激剂后至少约1、2、3、4、5或6天收集的粪便样品。在一个方面，将一种或多种生长刺激剂施用于所述供体受试者超过约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13或14天。在一个方面，将一种或多种生长刺激剂施用于所述供体受试者超过约1、2、3、4、 5、6、7、8、9、10、11、12、13或14周。在一个方面，每天至少1、2、 3、4、5、6、7、8、9或10次给予所述供体受试者一种或多种生长刺激剂。另一方面，本发明提供了治疗有需要的患者的IBD(例如UC)的治疗方法，其中该方法包括给予患者一种或多种普拉梭菌菌生长刺激剂、一种或多种胆汁酸螯合剂(例如，消胆胺、colestipol、colesevelam)、或二者，进一步施用本文所述的药物组合物(例如，来自单个供体受试者的未选择的粪便微生物，其施用有一种或多种普拉梭菌菌生长刺激剂)。

在一个方面，本公开提供了包含非合成粪便微生物的药物组合物，其中所述非合成粪便微生物相对于来自正常健康供体的对照粪便微生物包含升高水平的至少一种普拉梭菌菌种。在另一方面，本公开提供了包含未选择的粪便微生物的药物组合物，其中相对于来自正常健康供体的对照未选择的粪便微生物，所述未选择的粪便微生物包含升高水平的至少一种普拉梭菌菌种。在另一个方面，本公开内容提供了药物组合物，其包含来自单个供体受试者的未处理的非合成粪便微生物，其中所述未处理的非合成粪便微生物相对于来自正常健康供体的对照粪便微生物包含升高水平的至少一种普拉梭菌菌种。

在一个方面中，所述升高水平选自1.5倍或更多倍、2倍或更多倍、 2.5倍或更多倍、3倍或更多倍、3.5倍或更多倍、4倍或更多倍、5倍或更多、10倍或更多、50倍或更多、100倍或更多、1000倍或更多、以及10、 000倍或更多。在另一个方面中，所述升高水平选自至少10％以上、至少 15％以上、至少20％以上、至少25％以上、至少30％以上、至少40％以上、至少50％以上、至少60％以上、至少70％以上、至少80％以上、至少90％以上、至少100％以上、至少150％以上、至少200％以上、至少250％以上、至少300％以上、至少350％以上、至少400％以上、至少450％以上、至少 500％以上、至少600％以上、至少700％以上、and至少800％以上。

Mycobacterium avium，亚种paratuberculosis(MAP)引起奶牛和各种其他动物的肠道慢性疾病，包括非人灵长类动物，称为Johne(“YO-膝盖”) 疾病。通过克罗恩病患者的各种技术一直确定MAP。调查克罗恩病患者中 MAP存在的研究经常在“阴性”溃疡性结肠炎对照中发现MAP，表明溃疡性结肠炎也是由MAP引起的。对于实施例，一项研究报告说，当从肠道的不同部位获得多个标本时，在克罗恩病和溃疡性结肠炎患者中， Mycobacteriumavium和亚种paratuberculosis感染的患病率分别为82.1％和 40％。参见Pistone等人，Digestive and Liver Disease 44:461–65(2012)。除了这一观察结果外，皮尔斯此前还假设MAP可能是溃疡性结肠炎和克罗恩病的病原体，试图解释这两种疾病的常见流行病学、地理分布以及家族性和散发性群集。见Pierce，Gut Pathog.2:21(2010)。根据皮尔斯的说法，当感染MAP时，个体会根据剂量、途径、年龄、性别和MAP感染临床表现的基因而发展为溃疡性结肠炎或克罗恩病。

Dietzia亚种C79793-74，先前称为结核分枝杆菌(Mycobacterium gordonae)，据报道在体外培养条件下抑制MAP。参见Richards(1989)在 Johne’s Disease:Currenttrends in research,diagnosis and management，在澳大利亚维多利亚州Parkville的兽医研究所举行的会议论文集，Milner和 Wood编辑；Click和Van Kampen，J.Dairy Sci.92：4846-51(2009)；美国专利No.8,414,886。Dietzia与分枝杆菌一起属于一组含霉菌酸的放线菌，包括例如棒状杆菌，Dietzia、Gordonia、分枝杆菌、诺卡氏菌、束村氏菌、 Skermania、酪酸冢村菌、Turicella、红球菌和Williamsia(统称为下文的“抗 myco细菌”)等属。参见Bergey's Manual of Systematic Bacteriology，第5 卷(2012)：Actinobacteria，第246,291,302,313,378,436,438,470和501页。

结合以上解释的Fusobacterium、阑尾炎、阑尾切除术、溃疡性结肠炎、 MAP、抗myco细菌和克罗恩病之间的联系，本申请进一步提供了以下用于治疗和治愈克罗恩病和溃疡性结肠炎的组合物和方法。

在一个方面，本公开提供了用于治疗有需要的受试者中的IBD或其他病症的药物组合物及其方法或用途，其中所述组合物包含能够抑制或拮抗梭杆菌属物种的第一多个活的非病原微生物和能够抑制或拮抗分枝杆菌属的第二多个活的非病原微生物。在一个方面，第一多个活的非病原微生物表现出针对一种或多种梭杆菌属物种的细胞毒性或细胞抑制活性。在一个方面，第一、第二或两种多种活的非病原微生物来自合成培养物。在一个方面，被抑制的梭杆菌属物种选自坏死梭杆菌、具核梭杆菌、F. canifelinum、F.gonidiaformans、死亡梭杆菌、F.naviforme、坏疽梭杆菌、 F.russii、溃疡梭杆菌和F.varium。在另一个方面中，被抑制的梭杆菌属物种选自F.nucleatum、坏死梭杆菌和F.varium。在一个方面中，被抑制的分枝杆菌属物种是Mycobacterium aviumssp.paratuberculosis(MAP)。在一个方面中，第一多个活的非病原微生物、第二多个活的非病原微生物或二者在厌氧包装或容器中。在另一个方面中，第一多个活的非病原微生物、第二多个活的非病原微生物或二者在有氧包装或容器中。

在一个方面中，第一多个活的非病原微生物包含一种或多种普拉梭菌菌种。在一个方面中，第一多个活的非病原微生物包含普拉梭菌。在一个方面中，第一多个活的非病原微生物包含选自下组的一种或多种、两种或更多种、三种或更多种、四种或更多种、五种或更多种、六种或更多种、或七种或更多种菌种、分离物或菌株：普拉梭菌prausnitzii A2-165、普拉梭菌prausnitzii ATCC 27768、普拉梭菌prausnitzii ATCC 27766、普拉梭菌cf.prausnitzii KLE1255、普拉梭菌prausnitzii L2-6、普拉梭菌prausnitzii M21/2、普拉梭菌prausnitzii SL3/3、普拉梭菌sp.canine oral taxon 147、普拉梭菌sp.DJF_VR20、普拉梭菌sp.MC_41、普拉梭菌sp.CAG:1138、普拉梭菌sp.CAG:74和普拉梭菌sp.CAG:82。在一个方面中，第一多个活的非病原微生物包含图1中列出的一种或多种、两种或更多种、三种或更多种、四种或更多种、五种或更多种、六种或更多种、或七种或更多种普拉梭菌菌种、分离物或菌株。在另一个方面中，药物组合物还包含普拉梭菌菌的生长刺激物。在一个方面中，药物组合物包含选自苹果果胶、N- 乙酰氨基葡萄糖、半胱氨酸、谷胱甘肽、核黄素和黄素的生长刺激物。在一个方面中，药物组合物在厌氧包装或容器中。在另一个方面中，药物组合物还包含氧清除剂。

在一个方面中，第二多个活的非病原微生物表现出对一种或多种分枝杆菌属物种的细胞毒性或细胞抑制活性。在一个方面中，细胞毒性或细胞抑制活性针对选自下组的分枝杆菌属物种：结核分枝杆菌、M.leprae、M. avium-intracellulare、M.bovis、M.cheloiei、M.africanum、M.marinium、 M.buruli、M.fortuitum、M.haemophilum、M.intracellulare、M.kansasii、 M.littorale、M.malmoense、M.marianum、M.sinuae、M.szulgai和M. ulcerans、M.avium、M.flavascens、M.lepraemurium或M.nicroti。在一个方面中，细胞毒性或细胞抑制活性是针对MAP的。

在一个方面中，第二多个活的非病原微生物包含选自下组的一种或多种、两种或更多种、三种或更多种、四种或更多种、五种或更多种、六种或更多种、或七种或更多种的菌种：棒状杆菌、Dietzia、Gordonia、分枝杆菌、诺卡氏菌、束村氏菌、Skermania、酪酸冢村菌、Turicella、红球菌和Williamsia(统称“抗-Myco”族)。在另一个方面中，第二多个活的非病原微生物包含选自下组的一种或多种、两种或更多种、三种或更多种、四种或更多种的菌种：Dietzia、Gordonia、分枝杆菌、诺卡氏菌和红球菌。 '抗Myco'组的细菌是有氧的。在一个方面中，这些细菌与生长促进剂如海藻糖、甘露糖、果糖或D-葡萄糖共同施用，以更好地在大部分厌氧肠道环境中存活。在另一个方面中，添加铁、铜和锌组分以增强这些细菌的生长，也可以使用添加适度陈化的椰子(Cocos nucifera L.)水。椰子水，一个半月后起源于椰子果实，是一种高度滋养的液体，含有大量的化学成分：不同的糖、糖醇、无机离子、维生素、脂类、氨基酸、含氮化合物、有机酸、酶、植物激素等。椰子水促进抗Myco细菌的生长。

在另一个方面中，第二多个活的非病原微生物包含一种或多种、两种或更多种、三种或更多种、四种或更多种、五种或更多种、六种或更多种、或七种或更多种Dietzia菌种，菌株或分离物。在另一个方面中，第二多个活的非病原微生物包含选自下组的一种或多种、两种或更多种、三种或更多种、四种或更多种、五种或更多种、六种或更多种、或七种或更多种： D.aerolata、D.alimentaria、D.aurantiaca、D.cerdiciphylli、D.cinnamea、D.kunjamensis、D.lutea、D.maris、D.natronolimnaea、D.papillomatosis、D.psychralcaliphila、D.schimae和D.timorensis。

在一个方面中，第二多个活的非病原微生物包含选自下组的一种或多种、两种或更多种、三种或更多种、四种或更多种、五种或更多种、六种或更多种、或七种或更多种的Gordonia菌种：G.aichiensis、G.alkanivorans、 G.amarae、G.amicalis、G.araii、G.bronchialis、G.defluvii、G.desulfuricans、 G.effusa、G.hirstuta、G.hydrophobica、G.lacunae、G.malaquae、G. namibiensis、G.otitidis、G.paraffinivorans、G.polyisoprenivorans、G. rhizosphera、G.rubripertincta、G.shandongensis、G.sihwensis、G.sinesedis、 G.soli、G.sputi、G.terrae和G.westfalica。

在一个方面中，第二多个活的非病原微生物包含选自下组的一种或多种、两种或更多种、三种或更多种、四种或更多种、五种或更多种、六种或更多种、或七种或更多种的棒状杆菌菌种：C.accolens、C.afermentans ssp. afermentans、C.ammoniagenes、C.amycolatum、C.appendicis、C.aquilae、 C.argentoratense、C.atypicum、C.aurimucosum、C.auris、C.auriscanis、C.bovis、C.callunae、C.camporealensis、C.canis、C.capitovis、C.casei、 C.caspium、C.ciconiae、C.confusum、C.coyleae、C.cystitidis、C.diphtheria、 C.doosanense、C.durum、C.efficiens、C.falsenii、C.felinum、C.flavescens、 C.freiburgense、C.freneyi、C.glaucum、C.glucuronolyticum、C.glutamicum、 C.halotolerans、C.hansenii、C.imitans、C.jeikeium、C.kroppenstedtii、C. kutscheri、C.lipophiloflavum、C.lubricantis、C.macginleyi、C.marinum、 C.maris、C.massiliense、C.mastitidis、C.matruchotii、C.minutissimum、 C.mucifaciens、C.mustelae、C.mycetoides、C.phocae、C.pilbarense、C. pilosum、C.propinquum、C.pseudodiphtheriticum、C.pseudotuberculosis、C.pyruviciproducens、C.renale、C.resistens、C.riegelii、C.simulans、C. singular、C.sphenisci、C.spheniscorum、C.sputi、C.stationis、C.striatum、 C.suicordis、C.sundsvallense、C.terpenotabidum、C.testudinoris、C. thomssenii、C.timonense、C.tuberculostearicum、C.tuscaniense、C.ulcerans、 C.ulceribovis、C.urealyticum、C.ureicelerivorans、C.variabile、C. vitaeruminis和C.xerosis。

在一个方面中，第二多个活的非病原微生物包含选自下组的一种或多种、两种或更多种、三种或更多种、四种或更多种、五种或更多种、六种或更多种、或七种或更多种的分枝杆菌属物种：结核分枝杆菌、M.leprae、 M.avium-intracellulare、M.bovis、M.cheloiei、M.africanum、M.marinium、 M.buruli、M.fortuitum、M.haemophilum、M.intracellulare、M.kansasii、 M.littorale、M.malmoense、M.marianum、M.sinuae、M.szulgai、and M. ulcerans、M.avium、M.flavascens、M.lepraemurium和M.nicroti。

在一个方面中，第二多个活的非病原微生物包含选自下组的一种或多种、两种或更多种、三种或更多种、四种或更多种、五种或更多种、六种或更多种、或七种或更多种的诺卡氏菌菌种：N.abscessus、N.acidivorans、 N.africana、N.alba、N.altamirensis、N.amamiensis、N.anaemiae、N. aobensis、N.araoensis、N.arthritidis、N.asiatica、N.asteroides、N.beijingensis、 N.blacklockiae、N.brasiliensis、N.brevicatena、N.caishijiensis、N. calitrisensis、N.carnea、N.cerradoensis、N.concava、N.coubleae、N. crassostreae、N.cummidelens、N.cyriacigeorgica、N.elegans、N.exalbida、N.farcinica、N.flavorosea、N.fluminea、N.gamkensis、N.harensis、N.higoensis、N.ignorata、N.inohanensis、N.iowensis、N.jejuensis、N. jiangxiensis、N.jinanensis、N.kruczakiae、N.lijiangensis、N.mexicana、 N.miyunensis、N.neocaledoniensis、N.niigataensis、N.ninae、N.nova、 N.otitidiscaviarum、N.paucivorans、N.pigrifrangens、N.pneumoniae、N. polyresistens、N.pseudobrasiliensis、N.pseudovaccinii、N.puris、N. salmonicida、N.seriolae、N.shimofusensis、N.sienata、N.soli、N.speluncae、 N.takedensis、N.tenerifensis、N.terpenica、N.testacea、N.thailandica、N. transvalensis、N.uniformis、N.vaccinii、N.vermiculata、N.veterana、N. vinacea、N.wallacei、N.xishanensis和N.yamanashiensis。

在一个方面中，第二多个活的非病原微生物包含选自下组的一种或多种、两种或更多种、三种或更多种、四种或更多种、五种或更多种、六种或更多种、或七种或更多种的红球菌菌种：R.aurantiacus、R.aetherivorans、 R.baikonurensis、R.coprophilus、R.corynebacterioides、R.equi、R. erythropolis、R.fascians、R.globerulus、R.gordoniae、R.imtechensis、R.jostii、 R.koreensis、R.kroppenstedtii、R.kunmingensis、R.kyotonensis、R. maanshanensis、R.marinonascens、R.opacus、R.percolatus、R.phenolicus、 R.pyridinivorans、R.qingshengii、R.rhodnii、R.rhodochrous、R.ruber、 R.triatomae、R.tukisamuensis、R.wratislaviensis、R.yunnanensis和R. zopfii。

在一个方面中，第二多个活的非病原微生物包含选自下组的一种或多种、两种或更多种、三种或更多种、四种或更多种、五种或更多种、六种或更多种、或所以七种：Skermania piniformis、Williamsia deligens、Williamsia serinedens、Williamsiamaris、Williamsia marianensis、Williamsia muralis和 Williamsia faeni。

在一个方面中，第二多个活的非病原微生物包含选自下组的一种或多种、两种或更多种、三种或更多种、四种或更多种、五种或更多种、六种或更多种、或七种或更多种的酪酸冢村菌菌种：T.paurometabola、T. spumae、T.inchonensis、T.sunchonensis、T.pseudospumae、T.spongiae、 T.pulmonis、T.tyrosinosolvens和T.strandjordii。

许多慢性疾病和胃肠道疾病具有慢性感染/侵染作为其潜在的病理状况(例如，溃疡性结肠炎)。在一个方面中，本发明包括并涉及粪便微生物、其中的一种或多种微生物物种、其活性片段或组分用于治疗和/或预防各种与胃肠道中“异常”微生物群落的存在有关的疾病状态(例如，溃疡性结肠炎)的用途。细菌的活性片段可以是通过用于制备/鉴定细菌分泌的细菌和蛋白质的活性片段的任何已知方法从这些细菌中分离的任何活性分子。这样的方法包括但不限于：超声处理、渗透压休克、洗涤剂裂解、高压、以及将适当的DNA转移到其他生物体，例如细菌、植物或动物，然后用作饲料添加剂，如前所述。在一个方面中，细菌的活性片段或组分选自：由霉菌酸盐或其衍生物、多糖、脂多糖、小肽、硫肽、蛋白质、核酸分子、代谢物、细胞壁组分或其任意组合组成的组合物。在另一个方面中，活性片段是分泌蛋白。

在一个方面中，本公开内容还提供了用于治疗有需要的受试者的IBD 或其他病症的药物组合物及其方法或用途，其中所述组合物包含粪便微生物制剂，所述粪便微生物制剂与能够抑制或拮抗梭杆菌属物种的第一多个活的非病原微生物和能够抑制或拮抗分枝杆菌属菌种的第二多个活的非病原微生物混合、补充或增强。在一个方面，粪便微生物制剂包含供体的完整或基本上完整的微生物。在一个方面，粪便微生物制剂包含未选择的粪便微生物。另一方面，粪便微生物制剂包含分离的或纯化的活非致病性粪便细菌群。在一个方面中，粪便微生物制剂的制备包括选自乙醇处理、去污剂处理、热处理、辐射、超声处理及其组合的处理。在一个方面中，粪便微生物制剂的制备不涉及选自乙醇处理、洗涤剂处理、热处理、辐射和超声处理的处理。在一个方面中，粪便微生物制剂的制备包括选自过滤、筛分、密度梯度、过滤、色谱及其组合的分离步骤。在一个方面中，粪便微生物制剂的制备不需要选自过滤、筛分、密度梯度、过滤和色谱法的一个或多个分离步骤。在一个方面中，粪便微生物制剂基本上不含非生物物质。在一个方面中，粪便微生物制剂基本上不含选自残留纤维、DNA、病毒包衣材料和非活菌材料的无细胞材料。在一个方面中，粪便微生物制剂基本上不含来自所述粪便微生物供体的真核细胞。

在一个方面中，本发明提供了治疗有需要的受试者的病症(例如，溃疡性结肠炎或克罗恩病)的方法，其中该方法包括向受试者施用药物活性剂量的治疗组合物，其包含活的非致病性粪便细菌。在另一个方面中，本公开内容提供了包含活的非致病性粪便细菌的组合物在制备用于治疗病症(例如，溃疡性结肠炎或克罗恩病)的药物中的用途。

在一个方面中，一种用于治疗溃疡性结肠炎的方法，所述溃疡性结肠炎选自溃疡性直肠炎、直肠乙状结肠炎、左侧结肠炎和泛溃疡性结肠炎。

在一个方面中，治疗组合物包含分离的或纯化的活的非致病性粪便细菌群。在一个方面中，一种治疗组合物包括未选择的粪便微生物。在另一个方面中，治疗组合物包含未选择且基本上完整的粪便微生物。在另一个方面中，治疗组合物包含全谱粪便微生物。在一个方面中，一种方法还包括给予5-氨基水杨酸剂、皮质类固醇、免疫抑制剂或其组合。在另一个方面中，一种方法还包括给予5-氨基水杨酸或其衍生物、柳氮磺吡啶或其衍生物或其组合。

在一个方面中，本公开内容提供了一种消除或减少一种或多种溃疡性结肠炎症状的方法，所述溃疡性结肠炎症状选自腹泻、痉挛、里急后重、体重减轻、出血、食欲不振、腹痛、发热、疲劳、贫血、炎症和微溃疡。

在一个方面中，本公开内容提供了治疗有此需要的受试者的病症(例如，溃疡性结肠炎或克罗恩病)的方法，其中该方法包括向受试者施用药物活性剂量的包含活的非病原性细菌的治疗组合物。在一个方面中，本发明提供了治疗有此需要的受试者的病症(例如，溃疡性结肠炎或克罗恩病) 的方法，其中该方法包括每天向受试者施用药物活性剂量的包含活的非致病性粪便细菌的治疗组合物。在一个方面中，将治疗组合物至少每天一次给予有此需要的患者至少连续两天。在一个方面中，治疗组合物每天至少施用一次，持续至少3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14或15 天。在另一个方面中，治疗组合物每天至少给药一次，连续至少1、2、3、 4、5、6、7、8、9、10、11或12周。在一个方面中，治疗组合物每天至少施用一次，持续至多4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、 17、18、19或20天或数周。在另一个方面中，治疗组合物每天至少给药一次，持续至多1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12周或数月。在另一方面，治疗组合物至少施用一次，持续至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12个月或数年，长期施用于受试者的整个寿命或无限期。

在一个方面中，将治疗组合物每天至少两次给予有此需要的患者至少连续两天。在一个方面中，治疗组合物每天至少施用2次，持续至少3、4、 5、6、7、8、9、10、11、12、13、14或15天。在另一个方面中，治疗组合物每天至少施用2次，持续至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11 或12周。在一个方面中，治疗组合物每天至少施用2次，持续最多4、5、 6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20天或周。在另一个方面中，治疗组合物每天至少施用2次，持续最多1、2、3、4、 5、6、7、8、9、10、11或12周或月。在另一方面，治疗组合物施用至少两次，至少连续1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12月或年，长期施用于受试者的整个寿命或无限期。

在一个方面中，将治疗组合物每天至少三次给予有此需要的患者至少连续两天。在一个方面中，治疗组合物每天至少施用3次，持续至少3、4、 5、6、7、8、9、10、11、12、13、14或15天。在另一个方面中，治疗组合物每天至少施用3次，持续至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11 或12周。在一个方面中，治疗组合物每天至少施用3次，持续最多4、5、 6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20天或周。在另一个方面中，治疗组合物每天至少施用3次，持续最多1、2、3、4、 5、6、7、8、9、10、11或12周或月。在另一方面，治疗组合物施用至少三次，至少连续1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12月或年，长期施用于受试者的整个寿命或无限期。

在一个方面中，本公开内容提供了治疗有此需要的受试者的病症(例如，溃疡性结肠炎或克罗恩病)的方法，其中所述方法包括口服给予受试者药物活性剂量的治疗组合物，所述治疗组合物包含活的、非致病的、合成细菌混合物或活的、非致病的、纯化的或提取的粪便微生物，其中剂量以每天至少一次或两次的给药方案施用至少连续三天或几周。在另一个方面中，剂量每天至少给药一次、两次或三次，持续1至12周、2至12周、 3至12周、4至12周、5至12周、6至12周、7至12周、8至12周、9 至12周、10至12周、1至2周、2至3周、3至4周、4至5周、5至6 周、6至7周、7至8周、8至9周、9至10周或10至11周。在另一个方面中，这里描述的剂量以每天至少一次或两次或至少每周一次或两次至少 3、8、10或20周的给药方案施用。在另一方面，剂量以每天至少一次或两次或每周至少一次或两次至少4、5、6、7、11、12、13、14、15、16、 17、18或19周的给药方案施用。在一个方面中，前几周是连续周。在另一个方面中，前几周是非连续周。

在一个方面中，本公开内容提供了治疗有此需要的受试者的病症(例如，溃疡性结肠炎或克罗恩病)的方法，其中该方法包括第一给药方案，然后是第二给药方案。在一个方面中，第一个给药方案包括治疗或诱导剂量。在一个方面中，第一个给药方案包括连续给药方案。在另一个方面中，第二给药方案包括低于或等于第一给药方案的药学活性剂量的维持剂量。在另一个方面中，第二个给药方案持续至少约2、4、6、8、10、12、18、 24、36、48、72或96个月。在一个方面中，第二个给药方案永久持续，施用于受治疗的受试者的整个寿命，或无限期的持续时间。在一个方面中，第二个给药方案是连续给药方案。在另一个方面中，第二个给药方案是间歇给药方案。在另一方面，第二给药方案是间歇给药方案，其包括至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13或14天的治疗期，然后是至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13或14天的休息期。在另一个方面中，第二个给药方案包括每隔一天，每2天或每隔3、4、5、6、 7、8天施用第二剂量(例如维持剂量)。在另一个方面中，维持剂量在有或没有滴定(或以其他方式改变剂量或给药方案)的情况下长时间施用。在一个方面中，第一和第二给药方案之间的间隔是至少约1、2、3、4、5、 6、7、8、9、10、11或12周。在另一个方面中，第二给药方案(例如，维持剂量)包括比在第一次给药方案(例如，初始治疗剂量)中使用的剂量低约2、5、10、50、100、200、400、800、1000、5000或更多倍的剂量。在另一个方面中，第二给药方案(例如，维持给药方案)具有与第一给药方案相同或更低的给药频率(例如，初始治疗给药方案)。在另一个方面中，第二给药方案(例如，维持给药方案)具有比第一给药方案更高的给药间隔(例如，初始治疗给药方案)。

在一个方面中，方法中使用的第一或第二给药方案可以是每周一次、每周两次或每周三次。术语“每周一次”是指剂量在一周内施用一次，优选在每周的同一天施用。“每周两次”是指剂量在一周内给药两次，优选在每周的相同两天给药。“每周三次”是指剂量在一周内给药三次，优选在每周的相同三天给药。

在一个方面中，被治疗的受试者是已经患有病症(例如，溃疡性结肠炎或克罗恩病)的受试者。将公开的治疗组合物给予遗传易感或易患病症 (例如溃疡性结肠炎或克罗恩病)的无症状人类受试者也可用于预防临床症状的发作。遗传易感或易患溃疡性结肠炎的人类受试者可以是具有亲密的家庭成员或亲属表现出或患有疾病(例如，溃疡性结肠炎或克罗恩病) 的人类受试者。在另一个方面中，被治疗的受试者是要预防溃疡性结肠炎的受试者。在另一个方面中，所治疗的受试者易患或易患某种疾病(例如，溃疡性结肠炎或克罗恩病)。在另一个方面中，被治疗的受试者是被诊断为患有病症(例如，溃疡性结肠炎或克罗恩病)的受试者。在一个方面中，受治疗的受试者是有需要的患者。在另一个方面中，接受治疗的患者是免疫功能低下的。

在一个方面中，被治疗的受试者是人类患者。在一个方面中，患者是男性患者。在一个方面中，患者是女性患者。在一个方面中，患者是早产儿。在一个方面中，患者是新生儿。在一个方面中，患者是新生儿。在一个方面中，患者是婴儿。在一个方面中，病人是学步期小孩。在一个方面中，病人是小孩。在一个方面中，病人是孩子。在一个方面中，患者是青少年。在一个方面中，患者是儿科患者。在一个方面中，患者是老年患者。在一个方面中，人类患者是低于约18、15、12、10、8、6、4、3、2或1 岁的儿童患者。在另一个方面中，人类患者是成年患者。在另一个方面中，人类患者是老年患者。在另一方面，人类患者是大约30、35、40、45、50、 55、60、65、70、75、80、85、90或95岁以上的患者。在另一个方面中，患者年龄大约在1到5之间、2到10之间、3到18之间、21到50之间、 21到40之间、21到30之间、50到90之间、60到90之间、70至90岁之间、60至80岁之间、或65至75岁之间。在一个方面中，患者是一位年轻的患者(65-74岁)。在一个方面中，患者是中年患者(75-84岁)。在一个方面中，患者是一位老年患者(>85岁)。

在一个方面中，一种方法包括口服、灌肠或通过直肠栓剂给予治疗组合物。在一个方面中，将本文给药的治疗组合物配制成肠溶包衣胶囊或微胶囊、耐酸胶囊或微胶囊，或与食品、食品添加剂、乳制品、大豆基产品或其衍生物、果冻、调味液体、冰块、冰淇淋或酸奶一起配制或一起施用。在另一个方面中，将本文施用的治疗组合物配制为耐酸的肠溶包衣胶囊。在另一个方面中，将本文施用的治疗组合物配制成双重包封的胶囊。治疗组合物可以作为与食品或饮料组合出售的粉末提供。食品或饮料可以是基于乳制品的产品或基于大豆的产品。在另一个方面中，食品或食品补充剂包含含有治疗组合物的肠溶衣和/或耐酸微胶囊。

在一个方面，治疗组合物包含液体培养物。在另一个方面中，将治疗组合物冻干、粉碎并粉化。然后可以将其注入、溶解在诸如盐水中，作为灌肠剂。或者，可将粉末包封为肠溶包衣和/或耐酸胶囊，用于口服给药。这些胶囊可以采用肠溶包衣和/或耐酸微胶囊的形式。粉末可优选以可口的形式提供，用于重构饮用或作为食品添加剂重构。在另一方面，食物是酸奶。在一个方面中，粉末可以通过鼻-十二指肠输注重建以输注。

在另一个方面中，本文给药的治疗组合物是液体、冷冻、冷冻干燥、泡沫干燥、喷雾干燥、冻干或粉末形式。在另一方面，将本文施用的治疗组合物配制为延迟或逐渐的肠释放形式。在另一个方面中，本文给出的治疗组合物包含赋形剂、盐水、缓冲剂、缓冲剂或流体-葡萄糖-纤维二糖琼脂(RGCA)培养基。在另一个方面中，本文给出的治疗组合物包含冷冻保护剂。在一个方面中，一种冷冻保护剂包括聚乙二醇、脱脂乳、赤藓糖醇、阿拉伯糖醇、山梨糖醇、葡萄糖、果糖、丙氨酸、甘氨酸、脯氨酸、蔗糖、乳糖、核糖、海藻糖、二甲基亚砜(DMSO)、甘油或其组合。

在一个方面中，本文给予的治疗组合物还包含酸抑制剂、抗酸剂、H2 拮抗剂、质子泵抑制剂或其组合。在一个方面中，本文给出的治疗组合物基本上不含非生物物质。在另一个方面中，本文给予的治疗组合物基本上不含选自残余纤维、DNA、病毒包衣材料和非活菌材料的无细胞材料。

在一个方面中，治疗组合物还包含或补充有选自下组的益生元营养素：多元醇、低聚果糖(FOS)、低聚果糖、菊粉、低聚半乳糖(GOS)、低聚木糖(XOS)、聚葡萄糖、单糖、塔格糖、和/或甘露寡糖。

在一个方面中，该方法还包括在施用治疗性细菌或微生物群组合物之前用抗生素组合物预处理受试者。在一个方面中，本文给出的抗生素组合物包含选自下组的抗生素：利福布汀、克拉霉素、氯法齐明、万古霉素、利福平、硝基咪唑、氯霉素及其组合。在另一个方面中，本文给出的抗生素组合物包含选自下组的抗生素：利福昔明、利福霉素衍生物、利福平、利福布汀、利福喷汀、利福拉齐、比卡霉素、氨基糖苷、庆大霉素、新霉素、链霉素、巴龙霉素、verdamicin、mutamicin、西索米星、奈替米星、 retymicin、卡那霉素、氨曲南、大黄素、大环内酯、克拉霉素、地红霉素、罗红霉素、泰利霉素、阿奇霉素、次水杨酸铋、万古霉素、链霉素、非达霉素、阿米卡星、阿贝卡星、新霉素、奈替米星、巴龙霉素、红色链霉素、妥布霉素、安普霉素及其组合。在另一方面，一种方法还包括在施用治疗性细菌或微生物群组合物之前用抗炎药预处理受试者。在另一个方面中，抗生素包括由阿莫西林、四环素和甲硝唑(ATM)组成的抗生素组合方案。参见例如Kato等人，Aliment Pharmacol Ther 39:949–56(2014)；Koido等人，PLOS One,9(1):e86702(2014)；Nitzan等人，World J Gastroenterol. 22(3):1078–87(2016)。

在一个方面中，一种方法实现溃疡性结肠炎的缓解、治愈、反应或消退率至少约10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、 55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％或99％。在一个方面中，一种治疗方法在治疗8周后达到溃疡性结肠炎疾病活动指数(UCDAI)减少超过2、3、4、5、6、7、8、9、10或11。另一个方面中，一种治疗方法在治疗8周后达到溃疡性结肠炎疾病活动指数(UCDAI) 在患者群体的至少10％、20％、30％、50％、60％、70％、80％或90％中降低超过2、3、4、5、6、7、8、9、10或11。在一个方面中，与基线 (例如，在治疗前)相比，治疗8周后，治疗方法可使溃疡性结肠炎疾病活动指数(UCDAI)降低至少10％、20％、30％、50％、60％、70％、80％或90％。在一个方面中，与基线相比(例如，在治疗之前)，治疗8周后，治疗方法在至少10％、20％、30％、50％、60％、70％、80％或90％的患者中可使溃疡性结肠炎疾病活动指数(UCDAI)降低至少10％、20％、 30％、50％、60％、70％、80％或90％。

在另一方面，使用疾病活动指数(DAI)或Mayo评分系统评估患者，如Schroeder等人在Coated oral 5-aminosalcylic acid therapy for mildly to moderately activeulcerative colitis.N Eng J Med.1987；317:1625–1629中描述的。在一个方面中，与基线相比，治疗8周后，治疗方法达到所述Mayo 评分的至少10％、20％、30％、50％、60％、70％、80％或90％的减少 (例如，在治疗前)。在一个方面中，与基线相比(例如，在治疗之前)，治疗方法可以使所述Mayo评分在治疗8周后至少10％、20％、30％、50％、 60％、70％、80％或90％的患者中减少至少10％、20％、30％、50％、 60％、70％、80％或90％。

在一个方面中，每约200mg的药物组合物包含药理学活性剂量。在一个方面中，每约75、100、125、150、175、200、250、300、350、400、 450、500、750、1000、1500或2000mg的药物组合物包含药理学活性剂量。

在一个方面中，药学活性或治疗有效剂量包含至少约10⁵、10⁶、10⁷、 10⁸、10⁹、10¹⁰、10¹¹、10¹²、10¹³、10¹⁴或10¹⁵cfu。在另一个方面中，药学活性治疗有效剂量包含至多约10⁵、10⁶、10⁷、10⁸、10⁹、10¹⁰、10¹¹、10¹²、 10¹³、10¹⁴或10¹⁵cfu。在另一方面，药理学活性治疗有效剂量选自： 10⁸cfu-10¹⁴cfu、10⁹cfu-10¹³cfu、10¹⁰cfu-10¹²cfu、10⁹cfu-10¹⁴cfu、 10⁹cfu-10¹²cfu、10⁹cfu-10¹¹cfu、10⁹cfu-10¹⁰cfu、10¹⁰cfu-10¹⁴cfu、 10¹⁰cfu-10¹³cfu、10¹¹cfu-10¹⁴cfu、10¹¹cfu-10¹³cfu、10¹²cfu-10¹⁴cfu和 10¹³cfu-10¹⁴cfu。在一个方面中，药物组合物包含前述药物活性或治疗有效剂量，单位重量为约0.2、0.4、0.6、0.8或1.0克，或单位体积为约0.2、0.4、0.6、0.8或1.0毫升。

在一个方面中，药学活性或治疗有效剂量包含至少约10⁵、10⁶、10⁷、 10⁸、10⁹、10¹⁰、10¹¹、10¹²或10¹³个细胞或孢子。在另一个方面中，药学活性或治疗有效剂量包含至多约10⁵、10⁶、10⁷、10⁸、10⁹、10¹⁰、10¹¹、10¹²或10¹³个总细胞或孢子。在另一方面，药理学活性或治疗有效剂量选自： 10⁸-10¹⁴、10⁹-10¹³、10¹⁰-10¹²、10⁹-10¹⁴、10⁹-10¹²、10⁹-10¹¹、10⁹-10¹⁰、10¹⁰-10¹⁴、10¹⁰-10¹³、10¹¹-10¹⁴、10¹¹-10¹³、10¹²-10¹⁴和10¹³-10¹⁴细胞或孢子。在一个方面，药学活性或治疗有效剂量细胞计数针对活细胞。在一个方面中，药物组合物包含上述药物活性或治疗有效剂量，单位重量为约0.2、0.4、0.6、0.8或1.0克，或单位体积为约0.2、0.4、0.6、0.8或1.0毫升。在一个方面，药学活性或治疗有效剂量包含10¹⁰至10¹²个细胞。在另一个方面中，药物活性或治疗有效剂量包含每个胶囊10¹⁰至10¹²个细胞。

在一个方面中，本文施用的治疗组合物包含粪便细菌。在一个方面中，本文给出的治疗组合物包含选自下组的一种或多种、两种或更多种、三种或更多种、四种或更多种、或五种或更多种分离的、纯化的或培养的微生物：梭菌、Bacillus、柯林斯氏菌、Bacteroides、真杆菌、Fusobacterium、丙酸杆菌、乳酸菌、瘤胃球菌、埃希氏菌coli、Gemmiger、Desulfomonas、 Pepto链球菌、双歧杆菌、粪球菌、Dorea和Monilia。

在一个方面中，本文所述的粪便微生物制剂包含纯化或重构的粪便细菌混合物。在一个方面中，粪便微生物制剂包含选自下组的一种或多种、两种或更多种、三种或更多种、四种或更多种、或五种或更多种活粪微生物：氨基酸球菌、阿克曼菌、Alistipes、Anaerotruncus、Bacteroides、双歧杆菌、布劳特氏菌、丁酸弧菌属、梭菌、柯林斯氏菌、粪球菌、棒状杆菌、 Dorea、肠球菌、埃希氏菌、真杆菌、普拉梭菌菌、嗜血杆菌、Holdemania、乳酸菌、莫拉氏菌、Parabacteroides、普雷沃菌、丙酸杆菌、拉乌尔菌、盲肠罗斯氏菌、瘤胃球菌、葡萄球菌、链球菌、罕见小球菌和韦荣球菌。在一个方面中，粪便微生物制剂包含选自下组的一种或多种、两种或更多种、三种或更多种、四种或更多种、或五种或更多种活粪微生物：Bacteroides fragilis ssp.vulgatus、柯林斯氏菌aerofaciens、Bacteroides fragilisssp. thetaiotaomicron、Pepto链球菌productus II、Parabacteroides distasonis、普拉梭菌、粪球菌eutactus、Pepto链球菌productus、瘤胃球菌bromii、双歧杆菌adolescentis、Gemmiger formicilis、双歧杆菌longum、真杆菌 siraeum、瘤胃球菌torques、真杆菌rectale、真杆菌eligens、Bacteroides eggerthii、梭菌leptum、Bacteroides fragilisssp.A、真杆菌biforme、双歧杆菌infantis、真杆菌rectale、粪球菌comes、Pseudoflavonifractor capillosus、瘤胃球菌albus、Dorea formicigenerans、真杆菌hallii、真杆菌 ventriosum、俄罗斯梭杆菌、瘤胃球菌obeum、真杆菌rectale、梭菌ramosum、乳酸菌leichmannii、瘤胃球菌callidus、丁酸弧菌属crossotus、氨基酸球菌fermentans、真杆菌ventriosum、Bacteroides fragilis ssp. fragilis、粪球菌catus、Aerostipes hadrus、真杆菌cylindroides、真杆菌 ruminantium、葡萄球菌epidermidis、真杆菌limosum、Tissirella praeacuta、 Fusobacterium mortiferum、Fusobacteriumnaviforme、梭菌innocuum、梭菌ramosum、丙酸杆菌acnes、瘤胃球菌flavefaciens、Bacteroides fragilis ssp.ovatus、Fusobacterium nucleatum、Fusobacteriummortiferum、埃希氏菌coli、Gemella morbillorum、Finegoldia magnus、链球菌intermedius、瘤胃球菌lactaris、真杆菌tenue、真杆菌ramulus、Bacteroidesclostridiiformis ssp.clostridliformis、Bacteroides coagulans、普雷沃菌oralis、普雷沃菌ruminicola、Odoribacter splanchnicus和Desuifomonas pigra。

在一个方面中，粪便微生物制剂缺乏或基本上不含选自下组的一种或多种、两种或多种、三种或更多种、四种或更多种、或五种或更多种活粪便微生物：氨基酸球菌、阿克曼菌、Alistipes、Anaerotruncus、Bacteroides、双歧杆菌、布劳特氏菌、丁酸弧菌属、梭菌、柯林斯氏菌、粪球菌、棒状杆菌、Dorea、肠球菌、埃希氏菌、真杆菌、普拉梭菌菌、嗜血杆菌、Holdemania、乳酸菌、莫拉氏菌、Parabacteroides、普雷沃菌、丙酸杆菌、拉乌尔菌、盲肠罗斯氏菌、瘤胃球菌、葡萄球菌、链球菌、罕见小球菌和韦荣球菌。在一个方面中，粪便微生物制剂缺乏或基本上不含选自下组的一种或多种、两种或多种、三种或更多种、四种或更多种、或五种或更多的粪便微生物：Bacteroides fragilis ssp.vulgatus、柯林斯氏菌aerofaciens、 Bacteroides fragilis ssp.thetaiotaomicron、Pepto链球菌productusII、 Parabacteroides distasonis、普拉梭菌、粪球菌eutactus、Pepto链球菌 productus、瘤胃球菌bromii、双歧杆菌adolescentis、Gemmiger formicilis、双歧杆菌longum、真杆菌siraeum、瘤胃球菌torques、真杆菌rectale、真杆菌eligens、Bacteroides eggerthii、梭菌leptum、Bacteroides fragilis ssp. A、真杆菌biforme、双歧杆菌infantis、真杆菌rectale、粪球菌comes、 Pseudoflavonifractor capillosus、瘤胃球菌albus、Doreaformicigenerans、真杆菌hallii、真杆菌ventriosum、俄罗斯梭杆菌、瘤胃球菌obeum、真杆菌rectale、梭菌ramosum、乳酸菌leichmannii、瘤胃球菌callidus、丁酸弧菌属crossotus、氨基酸球菌fermentans、真杆菌ventriosum、Bacteroides fragilis ssp.fragilis、粪球菌catus、Aerostipes hadrus、真杆菌cylindroides、真杆菌ruminantium、、葡萄球菌epidermidis、真杆菌limosum、Tissirella praeacuta、Fusobacterium mortiferum、Fusobacterium naviforme、梭菌 innocuum、梭菌ramosum、丙酸杆菌acnes、瘤胃球菌flavefaciens、 Bacteroides fragilis ssp.ovatus、Fusobacterium nucleatum、Fusobacterium mortiferum、埃希氏菌coli、Gemella morbillorum、Finegoldia magnus、链球菌intermedius、瘤胃球菌lactaris、真杆菌tenue、真杆菌ramulus、 Bacteroidesclostridiiformis ssp.clostridliformis、Bacteroides coagulans、普雷沃菌oralis、普雷沃菌ruminicola、Odoribacter splanchnicus和Desuifomonas pigra。

在一个方面中，本文给出的治疗组合物包含粪便微生物。在另一个方面中，本文使用的粪便微生物的制备涉及选自乙醇处理、去污剂处理、热处理、辐射和超声处理的处理。在另一个方面中，本文使用的粪便微生物的制备不包括选自乙醇处理、去污剂处理、热处理、辐射和超声处理的处理。在一个方面中，本文使用的粪便微生物的制备包括选自密度梯度、过滤(例如筛子、尼龙网)和色谱法的分离步骤。在另一个方面中，本文使用的粪便微生物的制备不包括选自密度梯度、过滤(例如筛、尼龙网)和色谱法的分离步骤。在另一个方面中，这里使用的粪便微生物包括供体的整个粪便微生物。在另一个方面中，本文给予的治疗组合物包含基本上不含来自粪便微生物供体的真核细胞的粪便微生物。

在另一个方面中，本文给药的治疗组合物包含进一步补充、掺入或用粪便微生物增强的粪便微生物。在一个方面中，粪便微生物补充有梭菌、柯林斯氏菌、Dorea、瘤胃球菌、粪球菌、普雷沃菌、韦荣球菌、Bacteroides、 Baccillus或其组合的非致病性(或病原性减毒的)细菌。在另一个方面中，本文给予的治疗组合物包含粪便微生物，其进一步用韦荣球菌ceae、 Firmicutes、Gammaproteobacteria、Bacteroidetes或其组合菌种补充、掺入或增强。在另一个方面中，本文给予的治疗组合物包含进一步补充有粪便细菌孢子的粪便微生物。在一个方面中，粪便细菌孢子是梭菌孢子、芽孢杆菌孢子或两者。

在一个方面，治疗组合物包含来自受试者的粪便微生物，所述受试者选自人、牛、乳牛犊、反刍动物、绵羊、山羊或鹿。在另一个方面中，治疗组合物可以施用于选自人、牛、乳牛犊、反刍动物、绵羊、山羊或鹿的受试者。在一个方面，治疗组合物基本上或几乎无气味。

在一个方面，本文提供或施用的治疗组合物包含粪便微生物，其包含大于或等于0.3、大于或等于0.4、大于或等于0.5、大于或等于0.6、大于或等于0.7、大于或等于0.8、大于或等于0.9、大于或等于1.0、大于或等于1.1、大于或等于1.2、大于或等于1.3、大于或等于1.4、大于或等于1.5、大于或等于1.6、大于或等于1.7、大于或等于1.8、大于或等于1.9、大于或等于2.0、大于或等于2.1、大于或等于2.2、大于或等于2.3、大于或等于2.4、大于或等于2.5、大于或等于3.0、大于或等于3.1、大于或等于3.2、大于或等于3.3、大于或等于3.4、大于或等于3.5、大于或等于3.6、大于或等于3.7、大于或等于3.8、大于或等于3.9、大于或等于4.0、大于或等于4.1、大于或等于4.2、大于或等于4.3、大于或等于4.4、大于或等于4.5、大于或等于5.0的香农多样性指数。在另一个方面中，治疗组合物包含粪便微生物，其包含0.1-3.0、0.1-2.5、0.1-2.4、0.1-2.3、0.1-2.2、0.1-2.1、0.1-2.0、 0.4-2.5、0.4-3.0、0.5-5.0、0.7-5.0、0.9-5.0、1.1-5.0、1.3-5.0、1.5-5.0、1.7-5.0、 1.9-5.0、2.1-5.0、2.3-5.0、2.5-5.0、2.7-5.0、2.9-5.0、3.1-5.0、3.3-5.0、3.5-5.0、 3.7-5.0、31.9-5.0或4.1-5.0的香农多样性指数。在一个方面中，香农多样性指数在门水平计算。在另一个方面中，香农多样性指数在家庭层面计算。在一个方面中，香农多样性指数在属级别计算。在另一个方面中，香农多样性指数在物种水平上计算。在另一方面，治疗组合物包含比例含量的植物制剂，其类似于正常健康的人类粪便菌群。

在另一方面，治疗组合物包含来自至少1、2、3、4、5、6、7、8、9 或10个不同家族的粪便细菌。在另一个方面中，治疗组合物包含来自至少11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个不同家族的粪便细菌。在另一方面，治疗组合物包含来自至少21、22、23、24、25、26、27、28、29或30个不同家族的粪便细菌。在另一方面，治疗组合物包含来自至少 31、32、33、34、35、36、37、38、39或40个不同家族的粪便细菌。在另一个方面中，治疗组合物包含来自至少41、42、43、44、45、46、47、 48、49或50个不同家族的粪便细菌。在另一个方面中，治疗组合物包含 1至10、10至20、20至30、30至40、40至50个不同家族的粪便细菌。在一个方面，本文提供或施用的治疗组合物包含粪便微生物，其包含不大于0.05％、0.1％、0.2％、0.3％、0.4％、0.5％、0.6％、0.7％、0.8％、0.9％、 1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％或10％重量的非生物材料/重量生物材料。在另一个方面中，本文提供或施用的治疗组合物包含粪便微生物，其包含不大于20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、 55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％或95％重量的非生物材料/重量生物材料。在另一个方面中，本文提供或施用的治疗组合物包含通过筛子、柱子或类似过滤装置的粪便样品的非生物材料颗粒和/或生物材料颗粒；由通过筛子、柱子或类似过滤装置的粪便样品的非生物材料颗粒和/或生物材料颗粒组成或基本上由通过筛子、柱子或类似过滤装置的粪便样品的非生物材料颗粒和/或生物材料颗粒组成，所述类似过滤装置具有尺寸为2.0mm、1.0mm、0.5mm、0.25mm、0.212mm、0.180mm、0.150mm、 0.125mm、0.106mm、0.090mm、0.075mm、0.063mm、0.053mm、0.045mm、 0.038mm、0.032mm、0.025mm、0.020mm、0.01mm或0.002mm的筛子、排出孔或颗粒过滤器。“非活体材料”不包括赋形剂，例如添加到加工过的粪便材料中的药学惰性物质例如冷冻保护剂。“生物材料”是指粪便中的活体材料，并且包括诸如原核细胞的微生物，例如细菌和古细菌(例如活的原核细胞和可以形成孢子以成为活的原核细胞的孢子)；真核细胞，如原生动物和真菌；和病毒。在一个实施方案中，“生物材料”是指存在于正常健康人的结肠中的活体材料，例如微生物、真核细胞和病毒。在一个方面，本文提供或施用的治疗组合物包含人粪便提取物，其中组合物基本上无气味。在一个方面，本文提供或施用的治疗组合物包含冻干、粗制、半纯化或纯化制剂中的粪便物质或粪便花制剂。

在一个方面，治疗组合物中的粪便微生物包含高度精制或纯化的粪便菌群，例如，基本上不含非花粪便物质。在一个方面，可以在筛分之前、之后或之前和之后进一步处理粪便微生物(例如，通过进行微滤)。在另一个方面中，高度纯化的粪便微生物产品被超滤以除去大分子但保留治疗性微生物群，例如细菌。

在一个方面，用于本文公开的治疗的治疗组合物包含无菌粪滤液或非细胞粪滤液。在一个方面中，无菌粪便滤液来自供体粪便。在另一个方面中，无菌粪便滤液来自培养的微生物。在另一个方面中，无菌粪滤液包含非细胞非颗粒粪便组分。在一个方面中，在如2014年5月30日公开的 WO2014/078911中所述制备无菌粪滤液。在另一个方面中，在如Ott等人 Gastroenterology 152:799-911(2017)所述制备无菌粪滤液。

在一个方面中，粪便滤液包含微生物群的分泌的、分泌的或其他液体组分，例如生物活性分子(BAM)，其可以是抗生素或抗炎剂，在菌群提取物中保存、保留或重构。在一个方面中，BAM是小RNA分子，例如小干扰RNA(siRNA)、短发夹RNA(shRNA)、反式作用siRNA(ta-siRNA) 或微RNA(miRNA)。在另一个方面中，BAM是“非编码RNA分子”，其是不编码蛋白质的RNA分子。非编码RNA分子的非限制性实施例包括微小RNA(miRNA)、miRNA前体、小干扰RNA(siRNA)、siRNA前体、小RNA(长度为18-26nt)和编码相同的前体、异染色质siRNA(hc-siRNA)、 Piwi相互作用RNA(piRNA)、发夹双链RNA(发夹dsRNA)、反式作用 siRNA(ta-siRNA)、天然存在的反义siRNA(nat-siRNA)、CRISPR RNA (crRNA)、示踪RNA(tracrRNA)、指导RNA(gRNA)和单指导RNA (sgRNA)。

在一个方面中，示例性治疗组合物包含来自来自限定供体库的供体的起始材料，其中该供体提供离心的粪便，然后使用金属筛分或Millipore过滤器或等同物进行非常高水平的过滤过滤，最终仅允许细菌来源的细胞保留，例如通常直径小于约5微米的细胞。在初始离心后，将固体材料与液体分离，然后在逐渐减小尺寸的过滤器和切向过滤器(例如，使用Millipore 过滤)中过滤固体，并且任选地，还包括使用纳米膜过滤。过滤也可以通过WO2012/122478中描述的筛子进行，但也使用小于0.0120mm，低至约0.0110mm的筛子，这最终导致仅存在细菌细胞。

现在取出在离心过程中分离的上清液，并在过滤(例如，Millipore过滤或等效系统)中逐步过滤，最后得到液体，该液体通过约0.22微米的过滤器精细过滤。这会去除所有颗粒物质，包括所有生物，如细菌和病毒。然后该产品是无菌的，但目的是在保留其分泌物的同时去除细菌，尤其是抗菌细菌素、细菌衍生的细胞因子样产品和所有伴随的生物活性分子 (BAM)，包括：thuricin(由供体粪便中的杆菌分泌)、细菌素(包括大肠杆菌素、troudulixine或putaindicine、或小菌素或subtilosinA)、lanbiotics (包括乳链菌肽、枯草杆菌蛋白酶、表皮蛋白、mutacin、mersacidin、 actagardine和cinnamycin)、乳酸和其他抗菌或抗炎化合物。在一个方面中，本文使用的治疗组合物包含富含噬菌体的无细胞粪滤液。在一个方面中，溶解性噬菌体富集。在另一个方面中，温和的噬菌体富集。在一个方面中，噬菌体来自Caudovirales。在另一个方面中，噬菌体来自Ligamenvirales。在一个方面中，噬菌体来自选自下组的家族：肌病毒、长尾病毒、短尾病毒、Lipothrixviridae、古噬菌体、Ampullaviridae、Bicaudaviridae、 Clavaviridae、Corticoviridae、Cystoviridae、Fuselloviridae、Globuloviridae、 Guttaviridae、Inoviridae、Leviviridae、Microviridae、Plasmaviridae和 Tectiviridae。

在一个方面中，这里使用的治疗组合物包含来自一个或多个、2个或更多个、3个或更多个、4个或更多个、5个或更多个、6个或更多个、或 7个或更多个选自下组的家族的噬菌体的组合：肌病毒、长尾病毒、短尾病毒、Lipothrixviridae、古噬菌体、Ampullaviridae、Bicaudaviridae、 Clavaviridae、Corticoviridae、Cystoviridae、Fuselloviridae、Globuloviridae、 Guttaviridae、Inoviridae、Leviviridae、Microviridae、Plasmaviridae和 Tectiviridae。

在一个方面中，这里使用的治疗组合物包含重建的粪便菌群，其基本上由纯化的粪便微生物和非细胞粪滤液的组合组成。在另一个方面中，这里使用的治疗组合物包含补充有一种或多种非细胞非颗粒粪便成分的纯化粪便微生物。在一个方面中，这里使用的治疗组合物包含一种或多种非细胞非颗粒粪便成分。在一个方面中，一种或多种非细胞非颗粒粪便成分包括合成分子、由粪便微生物产生的生物活性分子、或两者。在另一个方面中，一种或多种非细胞非微粒粪便组分包含生物活性蛋白质或肽、微量营养素、脂肪、糖、小碳水化合物、微量元素、矿物盐、灰分、粘液、氨基酸、营养素、维生素、矿物质或其任何组合。在一个方面中，一种或多种非细胞非颗粒粪便组分包含一种或多种选自细菌素、生物碱和乳酸的生物活性分子。在另一个方面中，一种或多种非细胞非颗粒粪便成分包含一种或多种选自大肠杆菌素、十二指肠苷、putaindicine、小菌素和枯草溶菌素A的细菌素。在一个方面中，一种或多种非细胞非颗粒粪便组分包含一种或多种选自thuricin、乳链菌肽、枯草杆菌蛋白酶、表皮蛋白、mutacin、 mersacidin、actagardine和cinnamycin的朗伯生物。在另一个方面中，一种或多种非细胞非颗粒粪便组分包含抗孢子化合物、抗微生物化合物、抗炎化合物或其任何组合。在另一方面，一种或多种非细胞非颗粒粪便组分包含白细胞介素、细胞因子、白三烯、类花生酸或其任何组合。

在另一个方面中，这里提供的治疗方法包括使用粪便细菌细胞，例如人GI肠杆菌的部分或完整表示，以及植物(微生物群)的分离的、加工的、过滤的、浓缩的、重构的和/或人造液体组分(例如粪滤液)，所述植物(微生物群)包括细菌分泌产物，如细菌素(由细菌产生的蛋白质毒素，所述细菌包括大肠杆菌素、十二指肠苷或putaindicine、或小菌素或枯草溶菌素A)、生物碱(一类肽抗生素，含有特征性多环硫醚氨基酸、羊毛硫氨酸或甲基羊毛硫氨酸、不饱和氨基酸脱氢丙氨酸和2-氨基异丁酸，其包括 thuricin(由供体粪便中的杆菌分泌)、乳链菌肽、枯草杆菌蛋白酶、表皮蛋白、mutacin、mersacidin、actagardine、cinnamycin)、乳酸(一种成孔的肽类毒素)和其他抗微生物或抗炎化合物和/或由微生物群的细菌或其他微生物产生的和/或在微生物群的“液体组分”中发现的其他生物活性分子(BAM)。

在一个方面中，基于粪便细菌的治疗组合物与基于粪便的非细胞滤液的治疗组合物同时使用。在另一个方面中，在给予第二种基于粪便细菌的治疗组合物之前，用第一种基于粪便非细胞滤液的治疗组合物治疗患者，反之亦然。在另一方面，治疗方法包括三个步骤：首先，抗生素预处理以非选择性地去除感染性病原体；第二，基于粪便的非细胞滤液的处理步骤，以进一步抑制选定的感染性病原体；第三，给患者提供基于粪便细菌的治疗组合物以重建功能性肠道微生物组。

在另一个方面中，本文使用的治疗组合物中的粪便微生物包含或基本上由基本上分离的或纯化的粪便菌群或整个(或基本上完整的)微生物群组成，所述整个(或基本上完整的)微生物群是(或包含)粪便菌群的分离物，所述粪便菌群至少约90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、 97％、98％、99％、99.5％、99.6％、99.7％、99.8％或99.9％是分离的或纯的，或者具有不大于约0.1％、0.2％、0.3％、0.4％、0.5％、0.6％、0.7％、 0.8％、0.9％或1.0％或更多的非粪便花材料；或者，如Sadowsky等人在 WO2012/122478A1中所述或如Borody等人在WO2012/016287A2中所述的基本上分离的、纯化的或基本上整个的微生物群。

在一个方面，治疗组合物中的粪便微生物包含供体的基本上全部或未选择的粪便微生物、重建的粪便材料或合成的粪便材料。在另一个方面中，治疗组合物中的粪便微生物不包含抗生素抗性群体。在另一个方面中，治疗组合物包含粪便微生物并且基本上不含外来物质(例如，包括无细胞物质如残留纤维、DNA、RNA、病毒包衣材料的非生命物质，不可行的原料，生命物质例如来自粪便物质供体的真核细胞)。

在一个方面，本文使用的治疗组合物中的粪便微生物来自疾病筛选的新鲜同源粪便或等同的冷冻干燥和重构的粪便。在一个方面，新鲜的同源粪便不包括抗生素抗性群体。在另一个方面中，治疗组合物中的粪便微生物衍生自合成粪便组合物。在一个方面，合成粪便组合物包含活菌群制剂，其优选以比例含量，类似于正常健康人粪便菌群，并且不包括抗生素抗性群体。合适的微生物可选自以下：Bacteroides、真杆菌、Fusobacterium、丙酸杆菌、乳酸菌、瘤胃球菌、埃希氏菌coli、Gemmiger、梭菌、 Desulfomonas、Pepto链球菌、双歧杆菌、柯林斯氏菌、粪球菌、Dorea和瘤胃球菌。

在一个方面，治疗组合物与其他佐剂例如抗酸剂组合以抑制胃中的细菌灭活(例如，Mylanta，Mucaine，Gastrogel)。在另一个方面中，使用 H2-拮抗剂或质子泵抑制剂也可以在药理学上抑制胃中的酸分泌。实施例 H2-拮抗剂是雷尼替丁。实施例质子泵抑制剂是奥美拉唑。在一个方面中，在施用或与治疗组合物共同施用之前施用酸抑制剂。

在一个方面，治疗组合物的形式为：灌肠组合物，其可以用合适的稀释剂重构；肠溶胶囊；肠溶微胶囊；耐酸片；耐酸胶囊；耐酸微胶囊；用适当稀释剂重建的粉末，用于鼻肠输注或结肠镜输注；用适当的稀释剂、调味剂和胃酸抑制剂重建用于口服摄入的粉末；用食物或饮料重建的粉末；或包含组合物、粉末、果冻或液体的肠溶包衣和/或耐酸微胶囊的食品或食品补充剂。

在一个方面，治疗方法实现治愈，症状减轻或疾病症状(例如IBD，例如溃疡性结肠炎或克罗恩病)的百分比减少。植物群的变化优选尽可能“接近完全”，并且植物群被活的生物体取代，这些生物体将挤出任何剩余的原始植物群。通常，肠道菌群的变化包括将一系列预定菌群引入胃肠系统，因此在优选形式中，治疗方法包括在需要这种治疗的患者中基本上或完全置换致病性肠道菌群。

在另一个方面中，治疗组合物可与药学上可接受的载体一起提供。如本文使用的，“药学上可接受的载体”是指无毒溶剂、分散剂、赋形剂、佐剂或与活细菌混合的其他材料，以允许形成药物组合物，例如，能够给予患者的剂型。药学上可接受的载体可以是液体(例如盐水)、凝胶或固体形式的稀释剂、佐剂、赋形剂或耐酸的包封成分。合适的稀释剂和赋形剂包括药物级的生理盐水、右旋糖、甘油、甘露醇、乳糖、淀粉、硬脂酸镁、糖精钠、纤维素、碳酸镁等、以及它们的组合。在另一个方面中，治疗组合物可含有辅助物质，例如润湿剂或乳化剂或稳定剂或pH缓冲剂。在一个方面，治疗组合物含有约1％-5％、5％-10％、10％-15％、15-20％、20％-25％、 25-30％、30-35％、40-45％、50％-55％、1％-95％、2％-95％、5％-95％、 10％-95％、15％-95％、20％-95％、25％-95％、30％-95％、35％-95％、40％-95％、45％-95％、50％-95％、55％-95％、60％-95％、65％-95％、70％-95％、45％-95％、 80％-95％或85％-95％的活性成分。在一个方面，治疗组合物含有约 2％-70％、5％-60％、10％-50％、15％-40％、20％-30％、25％-60％、30％-60％或35％-60％的活性成分。

在一个方面，治疗组合物可以掺入片剂、浸液、大丸剂、胶囊或预混物中。将这些活性成分配制成这样的剂型可以通过药物制剂领域熟知的方法完成。参见，例如，美国专利No.4、394、377。用任何所需形式的活性成分填充明胶胶囊容易产生胶囊。如果需要，这些材料可以用惰性粉末稀释剂稀释，例如糖、淀粉、奶粉，纯化的结晶纤维素等，以增加体积以便于填充胶囊。

在一个方面，常规制剂方法可用于制备含有治疗组合物的片剂。除活性成分外，片剂还可含有碱、崩解剂、吸收剂、粘合剂和润滑剂。典型的碱包括乳糖、糖、氯化钠、淀粉和甘露醇。淀粉和海藻酸也是很好的崩解剂。有时也使用表面活性剂如十二烷基硫酸钠和二辛基磺基琥珀酸钠。常用的吸收剂包括淀粉和乳糖。碳酸镁也适用于油性物质。对于实施例，用作粘合剂的是明胶、树胶、淀粉、糊精、聚乙烯吡咯烷酮和各种纤维素衍生物。常用的润滑剂包括硬脂酸镁、滑石、石蜡、各种金属皂和聚乙二醇。

在一个方面，为了制备诸如片剂的固体组合物，将活性成分与药物载体(常规的压片成分，例如玉米淀粉、乳糖、蔗糖、山梨糖醇、滑石、硬脂酸、硬脂酸镁、磷酸二钙或树胶、或其他药物稀释剂，例如水)混合，以形成含有本发明组合物的均匀混合物的固体预配制组合物。当将这些预制剂组合物称为均匀时，意指活性成分均匀地分散在整个组合物中，使得组合物可以容易地细分成等效的单位剂型，例如片剂、丸剂和胶囊剂。然后将该固体预配制组合物细分为上述类型的单位剂型，其含有所需量的活性成分(例如，至少约10⁵、10⁶、10⁷、10⁸、10⁹、10¹⁰、10¹¹、10¹²或10¹³cfu)。本文使用的治疗组合物可以是调味的。

在一个方面，治疗组合物可以是片剂或丸剂。在一个方面中，可以将片剂或丸剂包衣或以其他方式混合以提供具有延长作用优点的剂型。对于实施例，片剂或丸剂可包含内剂量和外剂量组分，后者在前者上形成包膜。这两种组分可以通过肠溶层分开，肠溶层用于抵抗胃中的崩解并允许内部组分完整地进入十二指肠或延迟释放。多种材料可用于这种肠溶层或涂层，这种材料包括许多聚合酸和聚合酸与诸如虫胶、鲸蜡醇和乙酸纤维素的材料的混合物。

在一个方面，将治疗组合物配制成延迟或逐渐的肠释放形式。在一个方面，延迟或逐渐的肠释放制剂包括使用乙酸纤维素、聚乙二醇甘油或两者。在一个方面，延迟或逐渐的肠释放制剂包括使用羟丙基甲基纤维素 (HPMC)、微晶纤维素(MCC)、硬脂酸镁或其组合。在一个方面，延迟或逐渐的肠释放制剂包括使用聚(甲基)丙烯酸酯、甲基丙烯酸共聚物B、甲基丙烯酸甲酯、甲基丙烯酸酯、聚乙烯吡咯烷酮(PVP)、PVP-K90或其组合。在一个方面，延迟或逐渐的肠释放制剂包括使用夹在两个外层之间的固体内层；所述固体内层包含所述药物组合物和选自崩解剂、爆炸剂、泡腾剂或其任意组合的另一种组分；其中所述外层包含基本上水溶性的、结晶聚合物或两者。在一个方面，延迟或逐渐的肠释放制剂包括使用不可溶胀的扩散基质。

在另一个方面中，延迟或逐渐的肠释放制剂包括使用双层片剂或胶囊，所述双层片剂或胶囊又包含第一层，所述第一层包含聚环氧烷、聚乙烯吡咯烷酮、润滑剂或其混合物，并且第二渗透推动层包含聚环氧乙烷、羧甲基纤维素或两者的层。在一个方面，延迟或逐渐的肠释放制剂包括使用选自下组的释放延迟基质材料：丙烯酸类聚合物、纤维素、蜡、脂肪酸、虫胶、玉米醇溶蛋白、氢化植物油、氢化蓖麻油、聚乙烯吡咯烷酮、乙酸乙烯酯共聚物、乙烯醇共聚物、聚环氧乙烷、丙烯酸和甲基丙烯酸共聚物、甲基丙烯酸甲酯共聚物、甲基丙烯酸乙氧基乙酯聚合物、甲基丙烯酸氰乙酯聚合物、甲基丙烯酸氨基烷基酯共聚物、聚(丙烯酸)、聚(甲基丙烯酸)、甲基丙烯酸烷基酰胺共聚物、聚(甲基丙烯酸甲酯)、聚(甲基丙烯酸酐)、甲基丙烯酸甲酯聚合物、聚甲基丙烯酸酯、聚(甲基丙烯酸甲酯) 共聚物、聚丙烯酰胺、甲基丙烯酸氨基烷基酯共聚物、甲基丙烯酸缩水甘油酯共聚物、甲基纤维素、乙基纤维素、羧甲基纤维素、羟丙基甲基纤维素、羟甲基纤维素、羟乙基纤维素、羟丙基纤维素、交联羧甲基纤维素钠、交联羟丙基纤维素、天然蜡、合成蜡、脂肪醇、脂肪酸、脂肪酸酯、脂肪酸甘油酯、氢化脂肪、烃蜡、硬脂酸、硬脂醇、蜂蜡、糖蜡、蓖麻蜡、巴西棕榈蜡、聚乳酸、聚乙醇酸、乳酸和乙醇酸的共聚物、羧甲基淀粉、甲基丙烯酸钾/二乙烯基苯共聚物、交联聚乙烯吡咯烷酮、聚醇醇、聚乙烯醇共聚物、聚乙二醇、非交联聚乙烯吡咯烷酮、聚乙酸乙烯酯、聚乙酸乙烯酯共聚物，或其任何组合。在一个方面，延迟或逐渐的肠释放制剂包括使用微环境pH调节剂。

在一个方面，治疗组合物可以是浸液。在一个方面中，通过选择盐水悬浮形式的治疗组合物来制备浸液。一种成分的水溶性形式可以与另一种成分的水不溶性形式结合使用，通过用另一种成分的水溶液制备一种成分的悬浮液。水不溶性形式的任一种活性成分可以制备成悬浮液或在一些生理学上可接受的溶剂如聚乙二醇中制备。水不溶性形式的任一种活性成分的悬浮液可以在油如花生，玉米，芝麻油等；在乙二醇如丙二醇或聚乙二醇中；或在水中制备，取决于特定活性成分的溶解度。为了保持活性成分悬浮，可能需要合适的生理学上可接受的佐剂。佐剂可包括增稠剂，例如羧甲基纤维素、聚乙烯吡咯烷酮、明胶和藻酸盐。表面活性剂通常用于悬浮活性成分，特别是脂溶性丙酸盐增强化合物。最有用于在液体非溶剂中制备悬浮液的是烷基酚聚环氧乙烷加合物、萘磺酸盐、烷基苯磺酸盐和聚氧乙烯脱水山梨糖醇酯。此外还有很多物质，其会影响液体的亲水性、密度和表面张力，有助于在个别情况下制造悬浮液。对于实施例，硅氧烷消泡剂、二醇、山梨糖醇和糖可以是有用的悬浮剂。

在一个方面，治疗组合物包含一种或多种、两种或更多种、三种或更多种、或四种或更多种选自下组的梭菌属菌种的非致病性孢子：梭菌 absonum、梭菌argentinense、梭菌baratii、梭菌botulinum、梭菌cadaveris、梭菌carnis、梭菌celatum、梭菌chauvoei、梭菌clostridioforme、梭菌 cochlearium、梭菌fallax、梭菌felsineum、梭菌ghonii、梭菌glycolicum、梭菌haemolyticum、梭菌hastiforme、梭菌histolyticum、梭菌indolis、梭菌irregulare、梭菌limosum、梭菌malenominatum、梭菌novyi、梭菌 oroticum、梭菌paraputrificum、梭菌perfringens、梭菌piliforme、梭菌 putrefaciens、梭菌putrificum、梭菌sardiniense、梭菌sartagoforme、梭菌 scindens、梭菌septicum、梭菌sordellii、梭菌sphenoides、梭菌spiroforme、梭菌sporogenes、梭菌subterminale、梭菌symbiosum、梭菌tertium、梭菌tetani、梭菌welchii和梭菌villosum。

在一个方面，治疗组合物包含纯化的、分离的或培养的活的非致病性梭菌和来自一个或多个选自下组的属的多个纯化的、分离的或培养的可存活的非致病微生物：柯林斯氏菌、粪球菌、Dorea、真杆菌和瘤胃球菌。在另一个方面中，治疗组合物包含来自一个或多个选自下组的属的多种纯化的、分离的或培养的非病原微生物：梭菌、柯林斯氏菌、粪球菌、Dorea、真杆菌和瘤胃球菌。

在一个方面，治疗组合物包含两种或更多种选自下组的属：柯林斯氏菌、粪球菌、Dorea、真杆菌和瘤胃球菌。在另一个方面中，治疗组合物包含两种或更多种选自下组的属：粪球菌、Dorea、真杆菌和瘤胃球菌。在另一方面，治疗组合物包含一种或多种、2种或更多种、3种或更多种、4种或更多种、或5种或更多种选自下组的菌种：粪球菌catus、粪球菌comes、Dorea longicatena、真杆菌eligens、真杆菌hadrum、真杆菌hallii、真杆菌rectale和瘤胃球菌torques。

在一个方面中，治疗组合物包含至少约10⁵、10⁶、10⁷、10⁸、10⁹、10¹⁰、 10¹¹、10¹²或10¹³或总细胞计数。在另一个方面中，治疗组合物包含至多约 10⁵、10⁶、10⁷、10⁸、10⁹、10¹⁰、10¹¹、10¹²、10¹³或10¹⁴或总细胞计数。

在另一个方面中，治疗组合物包含至少约10⁵、10⁶、10⁷、10⁸、10⁹、 10¹⁰、10¹¹、10¹²或10¹³个细胞或总细胞计数。在另一个方面中，治疗组合物包含至多约10⁵、10⁶、10⁷、10⁸、10⁹、10¹⁰、10¹¹、10¹²、10¹³或10¹⁴个细胞或总细胞计数。

在一个方面中，药物组合物是在厌氧包装或容器中。在另一个方面中，药物组合物还包含氧清除剂。在一个方面中，对于实施例，通过在容器中装入内置或夹紧的氧气清除机构(例如，如美国专利No.7、541、091中所述的氧清除颗粒)，可以使容器无氧。在另一个方面中，容器本身由氧气清除材料(例如，氧气清除铁或等同物，如O2BLOCK^TM所描述的)制成，其使用纯化和改性的层状粘土作为氧气清除铁的性能增强载体；活性铁直接分散在聚合物中。在一个实施例中，氧气清除聚合物用于制造容器本身或涂覆容器，或作为待加入的颗粒；例如，如公开号为20110045222的美国专利申请所述，描述了具有一种或多种不饱和烯属均聚物或共聚物的聚合物共混物；一种或多种聚酰胺均聚物或共聚物；或一种或多种具有氧清除活性的聚对苯二甲酸乙二醇酯均聚物或共聚物。在一个实施例中，氧气清除聚合物用于制造容器本身或涂覆容器，或作为待加入的颗粒；如公开号为20110008554的美国专利申请所述，描述了包含聚酯、共聚酯醚和氧化催化剂的组合物，其中共聚酯醚包括含有聚(四亚甲基-共-亚烷基醚) 的聚醚链段。在一个实施方案中，氧清除聚合物用于制备容器本身或涂覆容器，或作为待加入的颗粒；例如，如公开号为201000255231的美国专利申请所述，描述了聚合物基质中的分散的铁/盐颗粒，以及具有氧清除颗粒的氧清除膜。

治疗GI感染的一个挑战是复发或复发的频率高。由于不充分消除感染因子(例如，致病性和/或外来细菌)，可以恢复正在进行的原始症状。已知细菌有时不分裂并且可以在身体的许多湿(例如，内部)表面中生物膜中生存。其次，细菌具有孢子，其在孢子形成的间歇时间更难以根除。除非休眠形式正在分裂，否则还存在休眠形式的细菌，其可以是细胞内和细胞外更难以根除的细菌。最后，细胞内细菌可以等到它们所在的肠壁细胞脱落到肠腔中，再次感染菌群。在替代实施方案中，本发明方法的多次或重复肠道菌群输注可以并且可能需要杀死或以其他方式灭活在细胞、生物膜等内受保护的活细菌(例如，感染性、致病性和/或外源性)。在替代实施方案中，本发明方法的多次或重复肠道菌群输注可以并且可能需要杀死或以其他方式灭活细菌细胞，所述细菌细胞沿着更靠近腔的隐窝向上移动，在那里它们脱落到粪便流中并重新感染个人或患者。

在一个方面中，药物组合物还包含生物膜破坏剂，或与生物膜破坏剂结合使用。在一个方面中，生物膜破坏剂包含福尔马林。在一个方面中，生物膜破坏剂包含一种或多种选自脱氧核糖核酸酶(DNase)、N-乙酰半胱氨酸、藻酸盐裂解酶和糖苷水解酶分散素B的酶。在另一个方面中，生物膜破坏剂包含选自下组的一种或多种组分：群体感应抑制剂、核糖核酸III 抑制肽、Salvadora persica提取物、能力刺激肽、Patulin、青霉酸、导管素衍生肽、小裂解肽、PTP-7、一氧化氮、新乳剂、臭氧、溶解性噬菌体、乳铁蛋白、木糖醇水凝胶、合成铁螯合剂、姜黄素、银纳米粒子、乙酰-11- 酮-β-乳香酸(AKBA)、sinefungin、S-腺苷甲硫氨酸、S-腺苷-高半胱氨酸、 Delisea呋喃酮和N-磺酰基高丝氨酸内酯。在另一个方面中，生物膜破坏剂包含铋-硫醇化合物(参见WO2011/097347)。

一种治疗有此需要的受试者的胃肠病症的方法，所述方法包括给所述受试者施用药学活性剂量的本文所述的药物组合物。在一个方面中，正在治疗的胃肠病症是炎症性肠病(IBD)或肠易激综合征(IBS)。在另一个方面中，所治疗的胃肠病症选自溃疡性结肠炎、克罗恩病、不确定性结肠炎、粘液性结肠炎、胶原性结肠炎、约内氏病(副结核病)、显微镜结肠炎、特发性炎性肠病和抗生素-相关结肠炎。在一个方面中，一种方法还包括移除受试者的附件。

在一个方面中，本申请提供了在有此需要的受试者中治疗IBD的方法，所述方法包括向所述受试者施用药学活性剂量的第一抗生素或益生菌以抑制或拮抗梭杆菌属物种。在一个方面中，被抑制的梭杆菌属物种选自 F.nucleatum、坏死梭杆菌和F.varium。在另一个方面中，第一益生菌包含普拉梭菌菌种。在另一个方面中，第一益生菌包括普拉梭菌。在一个方面中，一种方法还包括向受试者施用一种或多种普拉梭菌菌生长刺激物。在另一个方面中，生长刺激物选自苹果果胶、N-乙酰葡糖胺、半胱氨酸、谷胱甘肽、核黄素和黄素。在另一方面，一种方法还包括向所述受试者施用药学活性剂量的第二抗生素或第二益生菌以抑制或拮抗分枝杆菌属物种。在另一个方面中，被抑制的分枝杆菌属物种是副结核分歧杆菌(MAP)。在一个方面中，第二益生菌包含一种或多种、2种或更多种、3种或更多种、4种或更多种、5种或更多种、6种或更多种、或7种或更多种选自下组的抗myco菌种：棒状杆菌、Dietzia、Gordonia、分枝杆菌、诺卡氏菌、束村氏菌、Skermania、酪酸冢村菌、Turicella、红球菌和Williamsia。

在一个方面中，本公开还提供了在有此需要的受试者中治疗或治愈 IBD的方法，其中该方法包括去除受试者的阑尾并向受试者施用药学活性剂量的本文所述的药物组合物。在另一个方面中，一种方法还包括向受试者施用生物膜破坏剂、抗生素或两者。在一个方面中，生物膜破坏剂和抗生素可以通过单一组合物，依次或同时施用。

在一个方面中，使用本文所述的组合物或方法对治疗选自下组的病症或障碍有效：痤疮、艾滋病肠病、艾滋病相关的胃肠炎、全身脱发、老年痴呆症、淀粉样变性、肌萎缩侧索硬化症、强直性脊柱炎、厌食症、抗生素相关性结肠炎、Asbergers综合征、注意力缺陷障碍(ADD)、注意力缺陷多动障碍(ADHD)、自闭症谱系障碍(ASD)、Behcet综合征、慢性艰难梭菌感染(CDI)、慢性便秘、慢性抑郁症、慢性疲劳综合症(CFS)、慢性特发性假性阻塞性综合征、慢性炎症脱髓鞘性多发性神经病、慢性恶心、慢性荨麻疹、腹腔疾病、胶原性结肠炎、结肠息肉、便秘主要FBD、克罗恩病、隐源性肝硬化、循环性呕吐、疱疹样皮炎、糖尿病、家族性地中海热、脂肪肝、功能性肠病(FBD)、胃食管反流、Gillian-Barre综合征、肾小球肾炎、溶血性尿毒症综合征、口臭、IBS便秘为主、IBS腹泻/便秘交替、IBS腹泻为主、IBS疼痛为主、特发性血小板减少性紫癜(ITP)、特发性/简单便秘、不确定性结肠炎、炎症性肠病(IBD)、肠易激综合征 (IBS)、青少年糖尿病、莱姆病、躁狂抑郁症、代谢综合征、显微结肠炎、偏头痛、混合性冷球蛋白血症、粘液性结肠炎、多发性硬化症、重症肌无力、NASH(非酒精性脂肪性肝炎)、非类风湿性关节炎、非类风湿因子阳性关节炎、非溃疡性消化不良、诺沃克病毒性胃肠炎、肥胖症、强迫症、疼痛主导性FBD、帕金森病、多动脉炎、息肉病、原发性胆汁性肝硬化、原发性艰难梭菌感染(CDI)、原发性硬化性胆管炎(PSC)、伪膜性结肠炎、精神病性疾病、Reiter综合征、复发性憩室炎、Rett综合征、类风湿性关节炎、酒渣鼻、轮状病毒胃肠炎、骶髂关节炎、精神分裂症、硬皮病、干燥综合征、小肠过度生长、婴儿猝死综合症(SIDS)、系统性红斑狼疮、溃疡性结肠炎、上腹部FBD、血管炎性疾病、病毒性胃肠炎、糖尿病前期综合征、I型糖尿病、II型糖尿病、抑郁症、精神分裂症和情绪障碍。

列出以下示例性实施例仅用于说明目的：

1.一种药物组合物，其包含多种能够抑制或拮抗梭杆菌属物种的活的非病原微生物。

2.实施方案1的药物组合物，其中所述多种活的非病原微生物来自合成培养物。

3.实施方案1或2的药物组合物，其中梭杆菌属物种选自由坏死梭杆菌、具核梭杆菌、F.canifelinum、F.gonidiaformans、死亡梭杆菌、F. naviforme、坏疽梭杆菌、F.russii、溃疡梭杆菌和F.varium组成的组。

4.实施方案1或2的药物组合物，其中梭杆菌属物种选自由F. nucleatum、坏死梭杆菌和F.varium组成的组。

5.实施方案1或2的药物组合物，其中所述多种活的非病原微生物包含一种或多种普拉梭菌spp。

6.实施方案1或2的药物组合物，其中所述多种活的非病原微生物包括普拉梭菌。

7.实施方案1或2的药物组合物，其中所述多种活的非病原微生物包含一种或多种、2种或更多种、3种或更多种、4种或更多种、5种或更多种、6种或更多种、或7种或更多种或者选自下组的菌株：普拉梭菌 prausnitzii A2-165、普拉梭菌prausnitzii ATCC27768、普拉梭菌prausnitzii ATCC 27766、普拉梭菌cF.prausnitzii KLE1255、普拉梭菌prausnitzii L2-6、普拉梭菌prausnitzii M21/2、普拉梭菌prausnitzii SL3/3、普拉梭菌sp.canine oral taxon 147、普拉梭菌sp.DJF_VR20、普拉梭菌sp.MC_41、普拉梭菌sp.CAG:1138、普拉梭菌sp.CAG:74、and普拉梭菌sp. CAG:82。

8.实施方案1或2的药物组合物，其中第一多个活的非病原微生物包含图1中列出的任何一种普拉梭菌菌。

9.实施方案5至8中任一项的药物组合物，其中所述药物组合物还包含用于普拉梭菌菌的生长刺激物。

10.实施方案9的药物组合物，其中生长刺激剂选自苹果果胶、N-乙酰葡糖胺、半胱氨酸、谷胱甘肽、核黄素和黄素。

11.实施方案1至10中任一项的药物组合物，其中所述组合物在厌氧包装或容器中。

12.实施方案1至11中任一项的药物组合物，其中所述组合物还包含氧清除剂。

13.药物组合物，其包含能够抑制或拮抗梭杆菌属物种的第一多个活的非病原微生物和能够抑制或拮抗分枝杆菌属物种的第二多个活的非病原微生物。

14.实施方案13的药物组合物，其中第一、第二或两种多种活的非病原微生物来自合成培养物。

15.实施方案13或14的药物组合物，其中梭杆菌属物种选自由坏死梭杆菌、具核梭杆菌、F.canifelinum、F.gonidiaformans、死亡梭杆菌、F. naviforme、坏疽梭杆菌、F.russii、溃疡梭杆菌和F.varium组成的组。

16.实施方案13或14的药物组合物，其中梭杆菌属物种选自由F. nucleatum、坏死梭杆菌和F.varium组成的组。

17.实施方案13-16中任一项的药物组合物，其中所述分枝杆菌属物种是副结核分歧杆菌(MAP)。

18.实施方案13至17中任一项的药物组合物，其中第一多个活的非病原微生物包含普拉梭菌菌种。

19.实施方案13至17中任一项的药物组合物，其中第一多个活的非病原微生物包括普拉梭菌。

20.实施方案13至17中任一项的药物组合物，其中第一多个活的非病原微生物包含选自由以下一种或多种、2种或更多种、3种或更多种、4种或更多种、5种或更多种、6种或更多种、或者7种或更多种分离物或菌株：普拉梭菌prausnitzii A2-165、普拉梭菌prausnitzii ATCC 27768、普拉梭菌prausnitzii ATCC 27766、普拉梭菌cF.prausnitziiKLE1255、普拉梭菌prausnitzii L2-6、普拉梭菌prausnitzii M21/2、普拉梭菌prausnitzii SL3/3、普拉梭菌sp.canine oral taxon 147、普拉梭菌sp.DJF_VR20、普拉梭菌sp.MC_41、普拉梭菌sp.CAG:1138、普拉梭菌sp.CAG:74、and普拉梭菌sp.CAG:82。

21.实施方案13至17中任一项的药物组合物，其中第一多个活的非病原微生物包含图1中列出的任何一种普拉梭菌菌。

22.实施方案13至21中任一项的药物组合物，其中第二多个活的非病原微生物包含选自由棒状杆菌、Dietzia、Gordonia、分枝杆菌、诺卡氏菌、束村氏菌、Skermania、酪酸冢村菌、Turicella、红球菌和Williamsia组成的抗myco组的一种或多种、2种或更多种、3种或更多种、4种或更多种、 5种或更多种、6种或更多种、或7种或更多种。

23.实施方案13至21中任一项的药物组合物，其中第二多个活的非病原微生物包含选自由Dietzia、Gordonia、分枝杆菌、诺卡氏菌和红球菌组成的一种或多种、2种或更多种、3种或更多种、或4种或更多种。

24.实施方案13至21中任一项的药物组合物，其中第二多个活的非病原微生物包含Dietzia。

25.实施方案13至21中任一项的药物组合物，其中第二多个活的非病原微生物包含选自由D.aerolata、D.alimentaria、D.aurantiaca、D. cerdiciphylli、D.cinnamea、D.kunjamensis、D.lutea、D.maris、D. natronolimnaea、D.papillomatosis、D.psychralcaliphila、D.schimae和D. timorensis组成的一种或多种、2种或更多种、3种或更多种、4种或更多种、5种或更多种、6种或更多种、或7种或更多种。

26.实施方案13至21中任一项的药物组合物，其中第二多个活的非病原微生物包含选自由G.aichiensis、G.alkanivorans、G.amarae、G.amicalis、 G.araii、G.bronchialis、G.defluvii、G.desulfuricans、G.effusa、G.hirstuta、 G.hydrophobica、G.lacunae、G.malaquae、G.namibiensis、G.otitidis、G. paraffinivorans、G.polyisoprenivorans、G.rhizosphera、G.rubripertincta、G. shandongensis、G.sihwensis、G.sinesedis、G.soli、G.sputi、G.terrae、and G. westfalica组成的一种或多种、2种或更多种、3种或更多种、4种或更多种、5种或更多种、6种或更多种、或7种或更多种。

27.如实施方式13至21中任一项所述的药物组合物，其中所述第二多个活的非病原微生物包含选自由C.accolens、C.afermentans ssp. afermentans、C.ammoniagenes、C.amycolatum、C.appendicis、C.aquilae、 C.argentoratense、C.atypicum、C.aurimucosum、C.auris、C.auriscanis、 C.bovis、C.callunae、C.camporealensis、C.canis、C.capitovis、C.casei、 C.caspium、C.ciconiae、C.confusum、C.coyleae、C.cystitidis、C.diphtheria、 C.doosanense、C.durum、C.efficiens、C.falsenii、C.felinum、C.flavescens、 C.freiburgense、C.freneyi、C.glaucum、C.glucuronolyticum、C.glutamicum、 C.halotolerans、C.hansenii、C.imitans、C.jeikeium、C.kroppenstedtii、C. kutscheri、C.lipophiloflavum、C.lubricantis、C.macginleyi、C.marinum、 C.maris、C.massiliense、C.mastitidis、C.matruchotii、C.minutissimum、 C.mucifaciens、C.mustelae、C.mycetoides、C.phocae、C.pilbarense、C. pilosum、C.propinquum、C.pseudodiphtheriticum、C.pseudotuberculosis、C.pyruviciproducens、C.renale、C.resistens、C.riegelii、C.simulans、C. singular、C.sphenisci、C.spheniscorum、C.sputi、C.stationis、C.striatum、 C.suicordis、C.sundsvallense、C.terpenotabidum、C.testudinoris、C. thomssenii、C.timonense、C.tuberculostearicum、C.tuscaniense、C.ulcerans、 C.ulceribovis、C.urealyticum、C.ureicelerivorans、C.variabile、C. vitaeruminis和C.xerosis组成的一种或多种、2种或更多种、3种或更多种、 4种或更多种、5种或更多种、6种或更多种、或7种或更多种棒状杆菌。

28.实施方案13至21中任一项的药物组合物，其中第二多个活的非病原微生物包含选自由结核分枝杆菌、M.leprae、M.avium-intracellulare、 M.bovis、M.cheloiei、M.africanum、M.marinium、M.buruli、M.fortuitum、 M.haemophilum、M.intracellulare、M.kansasii、M.littorale、M.malmoense、 M.marianum、M.sinuae、M.szulgai、andM.ulcerans、M.avium、M. flavascens、M.lepraemurium和M.nicroti组成的一种或多种、2种或更多种、3种或更多种、4种或更多种、5种或更多种、6种或更多种、或7种或更多种分枝杆菌属物种。

29.实施方案13至21中任一项的药物组合物，其中第二多个活的非病原微生物包含选自由N.abscessus、N.acidivorans、N.africana、N.alba、 N.altamirensis、N.amamiensis、N.anaemiae、N.aobensis、N.araoensis、 N.arthritidis、N.asiatica、N.asteroides、N.beijingensis、N.blacklockiae、 N.brasiliensis、N.brevicatena、N.caishijiensis、N.calitrisensis、N.carnea、 N.cerradoensis、N.concava、N.coubleae、N.crassostreae、N.cummidelens、 N.cyriacigeorgica、N.elegans、N.exalbida、N.farcinica、N.flavorosea、 N.fluminea、N.gamkensis、N.harensis、N.higoensis、N.ignorata、N. inohanensis、N.iowensis、N.jejuensis、N.jiangxiensis、N.jinanensis、N. kruczakiae、N.lijiangensis、N.mexicana、N.miyunensis、N.neocaledoniensis、 N.niigataensis、N.ninae、N.nova、N.otitidiscaviarum、N.paucivorans、 N.pigrifrangens、N.pneumoniae、N.polyresistens、N.pseudobrasiliensis、 N.pseudovaccinii、N.puris、N.salmonicida、N.seriolae、N.shimofusensis、 N.sienata、N.soli、N.speluncae、N.takedensis、N.tenerifensis、N.terpenica、 N.testacea、N.thailandica、N.transvalensis、N.uniformis、N.vaccinii、N. vermiculata、N.veterana、N.vinacea、N.wallacei、N.xishanensis和N.yamanashiensis组成的一种或多种、2种或更多种、3种或更多种、4种或更多种、5种或更多种、6种或更多种、或7种或更多种诺卡氏菌。

30.实施方案13至21中任一项的药物组合物，其中第二多个活的非病原微生物包含选自由R.aurantiacus、R.aetherivorans、R.baikonurensis、R. coprophilus、R.corynebacterioides、R.equi、R.erythropolis、R.fascians、 R.globerulus、R.gordoniae、R.imtechensis、R.jostii、R.koreensis、R. kroppenstedtii、R.kunmingensis、R.kyotonensis、R.maanshanensis、R. marinonascens、R.opacus、R.percolatus、R.phenolicus、R.pyridinivorans、 R.qingshengii、R.rhodnii、R.rhodochrous、R.ruber、R.triatomae、R. tukisamuensis、R.wratislaviensis、R.yunnanensis和R.zopfii组成的一种或多种、2种或更多种、3种或更多种、4种或更多种、5种或更多种、6种或更多种、或7种或更多种红球菌菌种。

31.实施方案13至21中任一项的药物组合物，其中第二多个活的非病原微生物包含选自由Skermania piniformis、Williamsia deligens、Williamsia serinedens、Williamsia maris、Williamsia marianensis、Williamsia muralis、 and Williamsiafaeni组成的一种或多种、2种或更多种、3种或更多种、4 种或更多种、5种或更多种、6种或更多种、或7种。

32.实施方案13至21中任一项的药物组合物，其中第二多个活的非病原微生物包含选自由T.paurometabola、T.spumae、T.inchonensis、T. sunchonensis、T.pseudospumae、T.spongiae、T.pulmonis、T.tyrosinosolvens、 and T.strandjordii组成的一种或多种、2种或更多种、3种或更多种、4种或更多种、5种或更多种、6种或更多种、或7种或更多种酪酸冢村菌菌种。

33.实施方案13至32中任一项的药物组合物，其中第一多个活的非病原微生物、第二多个活的非病原微生物、或第一和第二多个活的非病原性微生物的组合的药理学活性剂量选自由以下剂量组成的组： 10³cfu-10¹⁴cfu、10⁴cfu-10¹⁴cfu、10⁵cfu-10¹⁴cfu、10⁶cfu-10¹⁴cfu、10⁷cfu-10¹⁴cfu、 10⁸cfu-10¹⁴cfu、10⁴cfu-10¹³cfu、10⁵cfu-10¹²cfu、10⁶cfu-10¹¹cfu、10⁷cfu-10¹⁰cfu、 10⁸cfu-10⁹cfu、10³cfu-10¹³cfu、10³cfu-10¹²cfu、10³cfu-10¹¹cfu、10³cfu-10¹⁰cfu、10³cfu-10⁹cfu、10³cfu-10⁸cfu、10³cfu-10⁷cfu、10³cfu-10⁶cfu、10³cfu-10⁵cfu、 10³cfu-10⁴cfu。

34.实施方案13至32中任一项的药物组合物，其中第一多个活的非病原微生物、第二多个活的非病原微生物、或第一和第二多个活的非病原性微生物的组合的药理学活性剂量选自由以下剂量组成的组：10⁸cfu-10¹⁴cfu、 10⁹cfu-10¹³cfu、10¹⁰cfu-10¹²cfu、10⁹cfu-10¹⁴cfu、10⁹cfu-10¹²cfu、 10⁹cfu-10¹¹cfu、10⁹cfu-10¹⁰cfu、10¹⁰cfu-10¹⁴cfu、10¹⁰cfu-10¹³cfu、 10¹¹cfu-10¹⁴cfu、10¹¹cfu-10¹³cfu、10¹²cfu-10¹⁴cfu、10¹³cfu-10¹⁴cfu。

35.实施方案13至32中任一项的药物组合物，其中第一多个活的非病原微生物、第二多个活的非病原微生物、或第一和第二多个活的非病原性微生物的组合的药理学活性剂量至多包括：10³、10⁴、10⁵、10⁶、10⁷、10⁸、10⁹、10¹⁰、10¹¹、10¹²、10¹³、10¹⁴、10¹⁵cfu。

36.实施方案13至32中任一项的药物组合物，其中第一多个活的非病原微生物、第二多个活的非病原微生物、或第一和第二多个活的非病原性微生物的组合的药理学活性剂量至多包括：10³、10⁴、10⁵、10⁶、10⁷、10⁸、 10⁹、10¹⁰、10¹¹、10¹²、10¹³、10¹⁴、10¹⁵cfu。

37.实施方案13至32中任一项的药物组合物，其中第一多个活的非病原微生物、第二多个活的非病原微生物、或第一和第二多个活的非病原性微生物的组合的药理学活性剂量包含选自由10³-10¹⁴、10⁴-10¹⁴、10⁵-10¹⁴、 10⁶-10¹⁴、10⁷-10¹⁴、10⁸-10¹⁴、10⁴-10¹³、10⁵-10¹²、10⁶-10¹¹、10⁷-10¹⁰、10⁸-10⁹、 10³-10¹³、10³-10¹²、10³-10¹¹、10³-10¹⁰、10³-10⁹、10³-10⁸、10³-10⁷、10³-10⁶、 10³-10⁵、10³-10⁴组成的细胞计数。

38.实施方案13至32中任一项的药物组合物，其中第一多个活的非病原微生物、第二多个活的非病原微生物、或第一和第二多个活的非病原性微生物的组合的药理学活性剂量包含选自由10⁸-10¹⁴、10⁹-10¹³、10¹⁰-10¹²、 10⁹-10¹⁴、10⁹-10¹²、10⁹-10¹¹、10⁹-10¹⁰、10¹⁰-10¹⁴、10¹⁰-10¹³、10¹¹-10¹⁴、10¹¹-10¹³、 10¹²-10¹⁴、10¹³-10¹⁴组成的细胞计数。

39.实施方案13至32中任一项的药物组合物，其中第一多个活的非病原微生物、第二多个活的非病原微生物、或第一和第二多个活的非病原性微生物的组合的药理学活性剂量包含至多10³、10⁴、10⁵、10⁶、10⁷、10⁸、 10⁹、10¹⁰、10¹¹、10¹²、10¹³、10¹⁴、10¹⁵的细胞计数。

40.实施方案13至32中任一项的药物组合物，其中第一多个活的非病原微生物、第二多个活的非病原微生物、或第一和第二多个活的非病原性微生物的组合的药理学活性剂量包含至多10³、10⁴、10⁵、10⁶、10⁷、10⁸、 10⁹、10¹⁰、10¹¹、10¹²、10¹³、10¹⁴、10¹的细胞计数。

41.实施方案13至40中任一项的药物组合物，其中所述药物组合物为液体、冷冻、冷冻干燥、喷雾干燥、冻干或粉末形式。

42.实施方案13至41中任一项的药物组合物，其中所述药物组合物包含赋形剂、盐水、缓冲剂、缓冲剂或流体-葡萄糖-纤维二糖琼脂(RGCA) 培养基。

43.实施方案13至42中任一项的药物组合物，其中所述药物组合物被配制为肠溶衣胶囊或微胶囊、耐酸胶囊或微胶囊、肠溶衣片剂、耐酸片剂、适合于复原、鼻十二指肠输注或以灌肠或结肠灌注形式递送的粉末。

44.实施方案13至42中任一项的药物组合物，其中所述药物组合物被配制为延迟或逐渐的肠释放形式。

45.实施方案44的药物组合物，其中延迟或逐渐的肠释放制剂包括使用乙酸纤维素、聚乙二醇甘油或两者。

46.实施方案44的药物组合物，其中延迟或逐渐的肠释放制剂包括使用羟丙基甲基纤维素(HPMC)、微晶纤维素(MCC)、硬脂酸镁或其组合。

47.实施方案44的药物组合物，其中延迟或逐渐的肠释放制剂包括使用聚(甲基)丙烯酸酯、甲基丙烯酸共聚物B、甲基丙烯酸甲酯、甲基丙烯酸酯、聚乙烯吡咯烷酮(PVP)、PVP-K90或其组合。

48.实施方案44的药物组合物，其中延迟或逐渐的肠释放制剂包括使用夹在两个外层之间的固体内层；其中固体内层包含药物组合物和另一种选自崩解剂、爆炸剂、泡腾剂或其任意组合的组分；其中外层包含基本上水溶性的、结晶聚合物或两者。

49.实施方案44的药物组合物，其中延迟或逐渐的肠释放制剂包括使用不可溶胀的扩散基质。

50.实施方案44的药物组合物，其中延迟或逐渐的肠释放制剂包括使用双层片剂或胶囊，其包含含有聚环氧烷、聚乙烯吡咯烷酮、润滑剂或其混合物的第一层和包含聚环氧乙烷、羧甲基纤维素或两者的第二渗透推动层。

51.实施方案44的药物组合物，其中延迟或逐渐的肠释放制剂包括使用选自由下组组成的释放延迟基质材料：丙烯酸类聚合物、纤维素、蜡、脂肪酸、虫胶、玉米醇溶蛋白、氢化植物油、氢化蓖麻油、聚乙烯吡咯烷酮、乙酸乙烯酯共聚物、乙烯醇共聚物、聚环氧乙烷、丙烯酸和甲基丙烯酸共聚物、甲基丙烯酸甲酯共聚物、甲基丙烯酸乙氧基乙酯聚合物、甲基丙烯酸氰乙酯聚合物、甲基丙烯酸氨基烷基酯共聚物、聚(丙烯酸)、聚 (甲基丙烯酸)、甲基丙烯酸烷基酰胺共聚物、聚(甲基丙烯酸甲酯)、聚 (甲基丙烯酸酐)、甲基丙烯酸甲酯聚合物、聚甲基丙烯酸酯、聚(甲基丙烯酸甲酯)共聚物、聚丙烯酰胺、甲基丙烯酸氨基烷基酯共聚物、甲基丙烯酸缩水甘油酯共聚物、甲基纤维素、乙基纤维素、羧甲基纤维素、羟丙基甲基纤维素、羟甲基纤维素、羟乙基纤维素、羟丙基纤维素、交联羧甲基纤维素钠、交联羟丙基纤维素、天然蜡、合成蜡、脂肪醇、脂肪酸、脂肪酸酯、脂肪酸甘油酯、氢化脂肪、烃蜡、硬脂酸、硬脂醇、蜂蜡、糖蜡、蓖麻蜡、巴西棕榈蜡、聚乳酸、聚乙醇酸、共聚物乳酸和乙醇酸、羧甲基淀粉、甲基丙烯酸钾/二乙烯基苯共聚物、交联聚乙烯吡咯烷酮、聚烷醇、聚乙烯醇共聚物、聚乙二醇、非交联聚乙烯吡咯烷酮、聚乙酸乙烯酯、聚乙酸乙烯酯共聚物，或它们的任意组合。

52.实施方案44的药物组合物，其中延迟或逐渐的肠释放制剂包括使用微环境pH调节剂。

53.如实施方式13至42中任一项所述的药物组合物，其中所述组合物与食品、液体饮料、食品添加剂、乳基产品、基于大豆的产品或其衍生物、果冻或酸奶一起施用。

54.如实施方式13至53中任一项所述的药物组合物，其中所述第一多个活的非病原微生物、所述第二多个活的非病原微生物、或所述第一和第二多个活的非病原微生物的组合在厌氧包装或容器中。

55.如实施方式13至53中任一项所述的药物组合物，其中所述第一多个活的非病原微生物、所述第二多个活的非病原微生物、或所述第一和第二多个活的非病原微生物的组合在有氧包装或容器中。

56.实施方案1至55中任一项的药物组合物，其中所述药物组合物包含冷冻保护剂。

57.实施方案56的药物组合物，其中所述冷冻保护剂包含聚乙二醇、脱脂乳、赤藓糖醇、阿拉伯糖醇、山梨糖醇、葡萄糖、果糖、丙氨酸、甘氨酸、脯氨酸、蔗糖、乳糖、核糖、海藻糖、二甲基亚砜(DMSO)、甘油或其组合。

58.如实施方式1至57中任一项所述的药物组合物，其中所述药物组合物还包含酸抑制剂、抗酸剂、H₂拮抗剂、质子泵抑制剂或其组合。

59.实施方案1至58中任一项的药物组合物，其中所述药物组合物还包含粪便微生物制剂。

60.一种药物组合物，其包含来自单个供体受试者的粪便微生物群，其施用有一种或多种普拉梭菌菌种或一种或多种用于至少一种普拉梭菌菌种的生长刺激剂，其中相对于来自未施用一种或多种生长刺激剂的相同供体受试者的对照粪便微生物，所述粪便微生物包含升高水平的至少一种普拉梭菌菌种。

61.实施方案60的药物组合物，其中供体受试者摄取一种或多种普拉梭菌菌种或一种或多种生长刺激剂。

62.实施方案60或61的药物组合物，其中所述一种或多种生长刺激剂选自苹果果胶、N-乙酰葡糖胺、半胱氨酸、谷胱甘肽、核黄素和黄素组成的组。

63.如实施方式60至62中任一项所述的药物组合物，其中所述粪便微生物来自施用生长刺激剂后至少约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、 12、13、14、18、20、24、28、30或36小时收集的粪便样品。

64.实施方案60至62中任一项的药物组合物，其中所述粪便微生物来自在施用生长刺激剂后至少约1、2、3、4、5或6天收集的粪便样品。

65.如实施方式60至62中任一项所述的药物组合物，其中将所述一种或多种生长刺激剂施用于所述供体受试者超过约1、2、3、4、5、6、7、8、 9，10、11、12、13或14天。

66.如实施方式60至62中任一项所述的药物组合物，其中将所述一种或多种生长刺激剂施用于所述供体受试者超过约1、2、3、4、5、6、7、8、 9，10、11、12、13或14周。

67.如实施方式60至66中任一项所述的药物组合物，其中将所述一种或多种生长刺激剂施用于供体受试者每天至少1、2、3、4、5、6、7、8、 9或10次。

68.一种药物组合物，其包含非合成粪便微生物，其中所述非合成粪便微生物相对于来自正常健康供体的对照粪便微生物包含升高水平的至少一种普拉梭菌菌种。

69.一种药物组合物，其包含未选择的粪便微生物，其中所述未选择的粪便微生物相对于来自正常健康供体的对照未选择的粪便微生物包含升高水平的至少一种普拉梭菌菌种。

70.一种药物组合物，其包含来自单个供体受试者的未处理的非合成粪便微生物，其中所述未处理的非合成粪便微生物相对于来自正常健康供体的对照粪便微生物包含升高水平的至少一种普拉梭菌菌种。

71.实施方案60至70中任一项的药物组合物，、其中升高水平选自1.5 倍或更多倍、2倍或更多倍、2.5倍或更多倍、3倍或更多倍、3.5倍或更多倍、4倍或更多倍、5倍或更多、10倍或更多、50倍或更多、100倍或更多、1000倍或更多、以及10,000倍或更多。

72.如实施方式60至70中任一项所述的药物组合物，其中所述升高水平选自由以下组成的组：至少10％以上、至少15％以上、至少20％以上、至少25％以上、至少30％以上、至少40％以上、至少50％以上、至少60％以上、至少70％以上、至少80％以上、至少90％以上、至少100％以上、至少150％以上、至少200％以上、至少250％以上、至少300％以上、至少350％以上、至少400％以上、至少450％以上、至少500％以上、至少 600％以上、至少700％以上、至少800％以上。

73.实施方案59至72中任一项的药物组合物，其中所述粪便微生物或粪便微生物制剂包含供体的完整或基本上完整的微生物。

74.实施方案59至72中任一项的药物组合物，其中所述粪便微生物或粪便微生物制剂包含未选择的粪便微生物。

75.实施方案59至72中任一项的药物组合物，其中所述粪便微生物或粪便微生物制剂包含分离的或纯化的活非致病性粪便细菌群。

76.实施方案59至72中任一项的药物组合物，其中粪便微生物或粪便微生物制剂的制备涉及选自乙醇处理、去污剂处理、热处理、辐射和超声处理的处理，或它们的组合。

77.实施方案59至72中任一项的药物组合物，其中粪便微生物或粪便微生物制剂的制备不涉及选自乙醇处理、去污剂处理、热处理、辐射和超声处理的处理。

78.实施方案59至72中任一项的药物组合物，其中粪便微生物或制剂的制备包括选自过滤、筛分、密度梯度、过滤、色谱法及其组合的分离步骤。

79.实施方案59至72中任一项的药物组合物，其中所述粪便微生物或粪便微生物制剂不需要选自过滤、筛分、密度梯度、过滤和色谱法的一个或多个分离步骤。

80.实施方案59至72中任一项的药物组合物，其中粪便微生物或粪便微生物制剂基本上不含非生物物质。

81.实施方案59至72中任一项的药物组合物，其中粪便微生物或粪便微生物制剂基本上不含选自残余纤维、DNA、病毒包衣材料和非活菌材料的无细胞材料。

82.实施方案59至72中任一项的药物组合物，其中粪便微生物或粪便微生物制剂基本上不含来自粪便微生物群供体的真核细胞。

83.实施方案59的药物组合物，其中所述粪便微生物制剂来自重构的粪便物质。

84.实施方案59的药物组合物，其中所述粪便微生物制剂来自合成粪便物质。

85.实施方案59至72中任一项的药物组合物，其中所述粪便微生物或粪便微生物制剂不包含抗生素抗性群体。

86.实施方案59的药物组合物，其中所述粪便微生物制剂包含比例含量的活菌群制剂，其类似于正常健康人粪便菌群。

87.实施方案59至72中任一项的药物组合物，其中所述粪便微生物群或粪便微生物群制剂包含来自至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、12、15、 18或20个不同家族的细菌。

88.实施方案59至72中任一项的药物组合物，其中所述粪便微生物或粪便微生物制剂包含来自至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、12、15、18、 20、23、25、27、30、32、35、38或40个不同属的细菌。

89.实施方案59至72中任一项的药物组合物，其中所述粪便微生物或粪便微生物制剂在家族、属或物种水平具有0.4-5.0的香农多样性指数。

90.实施方案59至72中任一项的药物组合物，其中所述粪便微生物或粪便微生物制剂具有至少约20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、 85％、90％、95％、99％或99.5％的孢子形式的微生物。

91.如实施方式59至72中任一项所述的药物组合物，其中所述粪便微生物或粪便微生物制剂具有至少约20％、30％、40％、50％、60％、70％、 80％、85％、90％、95％、99％或99.5％的非孢子形式的微生物。

92.如实施方式59至72中任一项所述的药物组合物，其中所述粪便微生物或粪便微生物制剂通过一种或多种、2种或更多种、3种或更多种、4 种或更多种、或5种或更多种培养的粪便微生物进一步补充或增强。

93.实施方案92的药物组合物，其中所述一种或多种、一种或多种、2 种或更多种、3种或更多种、4种或更多种、或5种或更多种粪便微生物为孢子形式。

94.实施方案92的药物组合物，其中所述一种或多种、2种或更多种、 3种或更多种、4种或更多种、或5种或更多种粪便微生物选自下组：氨基酸球菌、阿克曼菌、Alistipes、Anaerotruncus、Bacteroides、双歧杆菌、布劳特氏菌、丁酸弧菌属、梭菌、柯林斯氏菌、粪球菌、棒状杆菌、Dorea、肠球菌、埃希氏菌、真杆菌、普拉梭菌、嗜血杆菌、Holdemania、乳酸菌、莫拉氏菌、Parabacteroides、普雷沃菌、丙酸杆菌、拉乌尔菌、盲肠罗斯氏菌、瘤胃球菌、葡萄球菌、链球菌、罕见小球菌和韦荣球菌。

95.实施方案92的药物组合物，其中所述一种或多种、2种或更多种、 3种或更多种、4种或更多种、或5种或更多种粪便微生物选自：Bacteroides fragilis ssp.vulgatus、柯林斯氏菌aerofaciens、Bacteroides fragilis ssp. thetaiotaomicron、Pepto链球菌productus II、Parabacteroides distasonis、普拉梭菌prausnitzii、粪球菌eutactus、Pepto链球菌productus、瘤胃球菌 bromii、双歧杆菌adolescentis、Gemmigerformicilis、双歧杆菌longum、真杆菌siraeum、瘤胃球菌torques、真杆菌rectale、真杆菌eligens、 Bacteroides eggerthii、梭菌leptum、Bacteroides fragilis ssp.A、真杆菌biforme、双歧杆菌infantis、真杆菌rectale、粪球菌comes、 Pseudoflavonifractorcapillosus、瘤胃球菌albus、Dorea formicigenerans、真杆菌hallii、真杆菌ventriosum、俄罗斯梭杆菌、瘤胃球菌obeum、真杆菌rectale、梭菌ramosum、乳酸菌leichmannii、瘤胃球菌callidus、丁酸弧菌属crossotus、氨基酸球菌fermentans、真杆菌ventriosum、Bacteroides fragilis ssp.fragilis、粪球菌catus、Aerostipes hadrus、真杆菌cylindroides、真杆菌ruminantium、、葡萄球菌epidermidis、真杆菌limosum、Tissirellapraeacuta、Fusobacterium mortiferum、Fusobacterium naviforme、梭菌 innocuum、梭菌ramosum、丙酸杆菌acnes、瘤胃球菌flavefaciens、 Bacteroides fragilis ssp.ovatus、Fusobacterium nucleatum、Fusobacterium mortiferum、埃希氏菌coli、Gemellamorbillorum、Finegoldia magnus、链球菌intermedius、瘤胃球菌lactaris、真杆菌tenue、真杆菌ramulus、Bacteroides clostridiiformis ssp.clostridliformis、Bacteroidescoagulans、普雷沃菌oralis、普雷沃菌ruminicola、Odoribacter splanchnicus和Desuifomonas pigra。

96.实施方案59至72中任一项的药物组合物，其中粪便微生物或粪便微生物制剂缺少选自下组的至少一种、至少2种、至少3种、或至少4种细菌属：氨基酸球菌、阿克曼菌、Alistipes、Anaerotruncus、Bacteroides、双歧杆菌、布劳特氏菌、丁酸弧菌属、梭菌、柯林斯氏菌、粪球菌、棒状杆菌、Dorea、肠球菌、埃希氏菌、真杆菌、嗜血杆菌、Holdemania、乳酸菌、莫拉氏菌、Parabacteroides、普雷沃菌、丙酸杆菌、拉乌尔菌、盲肠罗斯氏菌、瘤胃球菌、葡萄球菌、链球菌、罕见小球菌和韦荣球菌。

97.实施方案59至72中任一项的药物组合物，其中粪便微生物或粪便微生物制剂缺少选自下组的至少一种、至少2种、至少3种、或至少4 种微生物：Bacteroides fragilisssp.vulgatus、柯林斯氏菌aerofaciens、 Bacteroides fragilisssp.thetaiotaomicron、Pepto链球菌productus II、 Parabacteroides distasonis、普拉梭菌prausnitzii、粪球菌eutactus、Pepto 链球菌productus、瘤胃球菌bromii、双歧杆菌adolescentis、Gemmiger formicilis、双歧杆菌longum、真杆菌siraeum、瘤胃球菌torques、真杆菌rectale、真杆菌eligens、Bacteroides eggerthii、梭菌leptum、Bacteroides fragilis ssp.A、真杆菌biforme、双歧杆菌infantis、真杆菌rectale、粪球菌comes、Pseudoflavonifractor capillosus、瘤胃球菌albus、Dorea formicigenerans、真杆菌hallii、真杆菌ventriosum、俄罗斯梭杆菌、瘤胃球菌obeum、真杆菌rectale、梭菌ramosum、乳酸菌leichmannii、瘤胃球菌callidus、丁酸弧菌属crossotus、氨基酸球菌fermentans、真杆菌 ventriosum、Bacteroides fragilis ssp.fragilis、粪球菌catus、Aerostipes hadrus、真杆菌cylindroides、真杆菌ruminantium、、葡萄球菌epidermidis、真杆菌limosum、Tissirella praeacuta、Fusobacterium mortiferum、Fusobacteriumnaviforme、梭菌innocuum、梭菌ramosum、丙酸杆菌acnes、瘤胃球菌 flavefaciens、Bacteroides fragilis ssp.ovatus、Fusobacterium nucleatum、 Fusobacteriummortiferum、埃希氏菌coli、Gemella morbillorum、Finegoldia magnus、链球菌intermedius、瘤胃球菌lactaris、真杆菌tenue、真杆菌ramulus、Bacteroidesclostridiiformis ssp.clostridliformis、Bacteroides coagulans、普雷沃菌oralis、普雷沃菌ruminicola、Odoribacter splanchnicus 和Desuifomonas pigra。

98.前述实施方案中任一项的药物组合物，其中所述药物组合物还包含生物膜破坏剂。

99.实施方案98的药物组合物，其中所述生物膜破坏剂包含一种或多种选自脱氧核糖核酸酶(DNase)、N-乙酰半胱氨酸、藻酸盐裂解酶和糖苷水解酶分散素B的酶。

100.实施方案98的药物组合物，其中所述生物膜破坏剂包含选自下组的一种或多种组分：群体感应抑制剂、核糖核酸III抑制肽、萨尔瓦多提取物、能力刺激肽、展青霉素、青霉酸、导管素衍生肽、小裂解肽、PTP-7、一氧化氮、新乳剂、臭氧、溶解性噬菌体、乳铁蛋白、木糖醇水凝胶、合成铁螯合剂、姜黄素、银纳米粒子、乙酰基-11-酮-β-乳香酸(AKBA)、sinefungin、S-腺苷甲硫氨酸、S-腺苷-高半胱氨酸、Delisea呋喃酮和N-磺酰基高丝氨酸内酯。

101.一种治疗有此需要的受试者的胃肠病症的方法，该方法包括给受试者施用药学活性剂量的实施方案1至100中任一项的药物组合物。

102.实施方案101的方法，其中所述胃肠病症是炎性肠病(IBD)或肠易激综合征(IBS)。

103.实施方案101的方法，其中所述胃肠病症选自溃疡性结肠炎、克罗恩病、不确定性结肠炎、粘液性结肠炎、胶原性结肠炎、约内氏病(副结核病)、显微镜结肠炎、特发性炎性肠病和抗生素相关的结肠炎、缺血性结肠炎、转移性结肠炎、伪膜性结肠炎和淋巴细胞性结肠炎。

104.实施方案101的方法，其中所述胃肠病症是溃疡性结肠炎。

105.实施方案104的方法，其中溃疡性结肠炎选自溃疡性直肠炎、直肠乙状结肠炎、左侧结肠炎和泛溃疡性结肠炎。

106.实施方案104的方法，其中所述方法将患者的溃疡性结肠炎疾病活动指数(UCDAI)在治疗8周后降低至少10％、20％、30％、50％、60％、 70％、80％或90％。

107.实施方案104的方法，其中所述给药是每天进行的。

108.实施方案104的方法，其中所述施用持续至少1、2、3、4、5、6、 7、8、9或10周。

109.实施方案104的方法，其中所述剂量每天至少施用一次，持续至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14或15天。

110.实施方案104的方法，其中所述剂量每天至少施用一次，持续至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12周。

111.实施方案104的方法，其中所述剂量每天至少施用一次，持续至多3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或 20天。

112.实施方案104的方法，其中所述剂量每天至少施用一次，持续至多1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12周。

113.实施方案104的方法，其中所述剂量每天至少施用两次，持续至少连续两天。

114.实施方案104的方法，其中所述剂量每天至少施用两次，持续至少3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14或15天。

115.实施方案104的方法，其中所述剂量每天至少施用两次，持续至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12周。

116.实施方案104的方法，其中所述剂量每天至少施用两次，持续至多3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或 20天。

117.实施方案104的方法，其中所述剂量每天施用至少两次，持续至多1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12周。

118.实施方案104的方法，其中所述剂量每天施用至少三次，持续至少一天。

119.实施方案104的方法，其中所述剂量每天施用至少三次，持续至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14或15天。

120.实施方案104的方法，其中所述剂量每天施用至少三次，持续至多2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14或15天。

121.根据前述实施方案中任一项所述的方法，其中所述方法包括第一给药方案，然后是第二给药方案。

122.实施方案121的方法，其中第二给药方案包括低于或等于第一给药方案的剂量的维持剂量。

123.实施方案121的方法，其中第二给药方案持续至少约2、4、6、8、 10、12、18、24、36、48、72或96个月。

124.实施方案121的方法，其中第二给药方案持续持续。

125.实施方案121的方法，其中第一和第二给药方案之间的间隔为至少约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12周。

126.实施方案121的方法，其中第二给药方案是连续给药方案。

127.实施方案121的方法，其中第二给药方案是间歇给药方案。

128.实施方案121的方法，其中间歇给药方案至少1、2、3、4、5、6、 7、8、9、10、11、12、13或14天的治疗期，然后是至少1、2、3、4、5、 6、7、8、9、10、11、12、13或14天的静息期。

129.前述实施方案中任一项的方法，其中所述施用包括口服，通过鼻十二指肠，通过灌肠或通过直肠栓剂。

130.前述实施方案中任一项的方法，其中所述方法消除或减少胃肠道生态失调。

131.前述实施方案中任一项的方法，其中所述方法增加受试者胃肠道中的细菌多样性。

132.前述实施方案中任一项的方法，其中在施用组合物之前用抗生素预处理受试者。

133.实施方案132的方法，其中所述抗生素选自阿莫西林、四环素、甲硝唑、利福布汀、克拉霉素、氯法齐明、万古霉素、利福平、硝基咪唑、氯霉素及其组合；任选地，抗生素包括具有阿莫西林、四环素和甲硝唑 (ATM)的抗生素组合方案。

134.实施方案132的方法，其中所述抗生素选自利福昔明、利福霉素衍生物、利福平、利福布汀、利福喷汀、利福拉齐、双霉素、氨基糖苷、庆大霉素、新霉素、链霉素、巴龙霉素、verdamicin、mutamicin、西索米星、奈替米星、retymicin、卡那霉素、氨曲南、aztreonam大环内酯、克拉霉素、地红霉素、罗红霉素、泰利霉素、阿奇霉素、次水杨酸铋、万古霉素、链霉素、非达霉素、阿米卡星、阿贝卡星、新霉素、奈替米星、巴龙霉素、红霉素、妥布霉素、安普霉素及其组合。

135.前述实施方案中任一项的方法，其中在施用组合物之前用抗炎药预处理受试者。

136.前述实施方案中任一项的方法，其中该方法消除或减少一种或多种、2种或更多种、3种或更多种、4种或更多种症状，所述症状选自腹泻、痉挛、里急后重、体重减轻、出血、食欲不振、腹痛、发烧、疲劳、贫血、炎症和微小溃疡。

137.前述实施方案中任一项的方法，其中该方法还包括施用5-氨基水杨酸剂、皮质类固醇、免疫抑制剂或其组合。

138.前述实施方案中任一项的方法，其中该方法还包括给予5-氨基水杨酸或其衍生物、柳氮磺吡啶或其衍生物或其组合。

139.前述实施方案中任一项的方法，其中在施用药物组合物之前施用生物膜破坏剂。

140.前述实施方案中任一项的方法，其中在施用药物组合物后施用生物膜破坏剂。

141.前述实施方案中任一项的方法，其中生物膜破坏剂与药物组合物同时施用。

142.根据前述实施例中任一项所述的方法，其中所述方法还包括移除受试者的附录。

143.治疗有此需要的受试者的病症或病症的方法，所述方法包括向所述受试者施用药学活性剂量的实施方案1至100中任一项的药物组合物，其有效治疗所述病症或病症，其中紊乱或病症选自痤疮、艾滋病肠病、艾滋病相关的胃肠炎、全身脱发、老年痴呆症、淀粉样变性、肌萎缩侧索硬化症、强直性脊柱炎、厌食症、抗生素相关性结肠炎、Asbergers综合征、注意力缺陷障碍(ADD)、注意力缺陷多动障碍(ADHD)、自闭症谱系障碍(ASD)、Behcet综合征、慢性艰难梭菌感染(CDI)、慢性便秘、慢性抑郁症、慢性疲劳综合症(CFS)、慢性特发性假性阻塞性综合征、慢性炎症脱髓鞘性多发性神经病、慢性恶心、慢性荨麻疹、腹腔疾病、胶原结肠炎、结肠息肉、便秘主要有FBD、克罗恩病、隐源性肝硬化、循环性呕吐、疱疹样皮炎、糖尿病、家族性地中海热、脂肪肝、功能性肠病(FBD)、胃食管反流、Gillian-Barre综合征、肾小球肾炎、溶血性尿毒综合症、口臭、 IBS便秘为主、IBS腹泻/便秘交替、IBS腹泻为主、IBS以疼痛为主、特发性血小板减少性紫癜(ITP)、特发性/简单便秘、不确定结肠炎、炎症性肠病(IBD)、肠易激综合征(IBS)、青少年糖尿病、莱姆病、躁狂抑郁症、代谢综合征、显微结肠炎、偏头痛、混合性冷球蛋白血症、粘液性结肠炎、多发性硬化症、重症肌无力、NASH(非酒精性脂肪性肝炎)、非类风湿性关节炎、非类风湿因子阳性关节炎、非溃疡性消化不良、诺沃克病毒性胃肠炎、肥胖症、强迫症、疼痛症、FBD、帕金森病、多动脉炎、息肉病、原发性胆汁性肝硬化、原发性梭状芽孢杆菌感染(CDI)、原发性硬化性胆管炎(PSC)、伪膜性结肠炎、精神病性疾病、Reiter综合征、复发性憩室炎、Rett综合征、类风湿性关节炎、酒渣鼻、轮状病毒胃肠炎、骶髂关节炎、精神分裂症、硬皮病、干燥综合症、小肠过度生长、婴儿猝死综合征(SIDS)、系统性红斑狼疮、溃疡性结肠炎、上腹部FBD、血管炎性疾病、病毒性胃肠炎、糖尿病前期综合征、I型糖尿病、II型糖尿病、抑郁症、精神分裂症和情绪障碍。

144.一种治疗有此需要的受试者的IBD的方法，该方法包括向受试者施用药学活性剂量的第一抗生素或益生菌以抑制或拮抗梭杆菌属菌种。

145.实施方案144的方法，其中梭杆菌属物种选自F.nucleatum、坏死梭杆菌和F.varium。

146.实施方案144或145的方法，其中第一益生菌包含普拉梭菌菌种。

147.实施方案144或145的方法，其中第一益生菌包括普拉梭菌。

148.实施方案144的方法，其中所述方法进一步向所述受试者施用药学活性剂量的第二抗生素或益生菌以抑制或拮抗分枝杆菌属菌种。

149.实施方案148的方法，其中所述分枝杆菌属菌种是副结核分歧杆菌(MAP)。

150.实施方案148或149的方法，其中益生菌包含选自由棒状杆菌、 Dietzia、Gordonia、分枝杆菌、诺卡氏菌、束村氏菌、Skermania、酪酸冢村菌、Turicella、红球菌和Williamsia组成的抗myco组中的一种或多种、 2种或更多种、3种或更多种、4种或更多种、5种或更多种、6种或更多种、或7种或更多种。

151.一种治疗或治疗有此需要的受试者的IBD的方法，该方法包括：去除受试者的阑尾，向受试者施用生物膜破坏剂，向受试者施用抗生素，并给予受试者实施方案1至100中任一项的药物组合物的药学活性剂量。

152.一种方法，包括向受试者施用普拉梭菌菌种的生长刺激剂，并从受试者收集粪便样品以制备粪便微生物组合物。

153.实施方案152的方法，其中所述粪便微生物组合物包含相对于来自相同受试者的对照粪便微生物组合物(不服用所述生长刺激剂)的升高水平的普拉梭菌菌种。

154.实施方案152或153的方法，其中所述受试者口服摄取生长刺激剂。

155.如实施方式152至154中任一项所述的方法，其中所述生长刺激剂选自苹果果胶、N-乙酰葡糖胺、半胱氨酸、谷胱甘肽、核黄素和黄素。

156.如实施方式152至155中任一项所述的方法，其中所述粪便样品在施用生长刺激剂后至少约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、 13、14、18、20、24、28、30或36小时被收集。

157.实施方案152至155中任一项的方法，其中在施用生长刺激剂后至少约1、2、3、4、5或6天收集粪便样品。

158.实施方案152至155中任一项的方法，其中在收集粪便样品之前，将生长刺激剂施用于受试者超过约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、 12、13或14天。

159.实施方案152至155中任一项的方法，其中在收集粪便样品之前，将刺激剂施用于受试者超过1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、 13或14周。

160.如实施方式152至155中任一项所述的方法，其中所述生长刺激剂每日至少1、2、3、4、5、6、7、8、9或10次施用于所述受试者。

161.实施方案152至155中任一项的方法，其中所述粪便微生物组合物与来自相同受试者的对照粪便微生物组合物(不施用生长刺激剂)相比，包含1.5倍或更多倍、2倍或更多倍、2.5倍或更多倍、3倍或更多倍、3.5 倍或更多倍、4倍或更多倍、5倍或更多倍、10倍或更多倍、50倍或更多倍、100倍或更多倍、1000倍或更多倍、或10,000倍或更多倍的普拉梭菌菌。

162.实施方案152至155中任一项的方法，其中粪便微生物组合物相对于来自相同受试者的对照粪便微生物组合物(不施用生长刺激剂)，包含至少10％以上、15％以上、20％以上、25％以上、30％以上、40％以上、 50％以上、60％以上、70％以上、80％以上、90％以上、100％以上、150％以上、200％以上、250％以上、300％以上、350％以上、400％以上、450％以上、500％以上、600％以上、700％以上或800％以上的普拉梭菌菌。

163.实施方案152至155中任一项的方法，其进一步包括从粪便微生物产生药物组合物。

164.实施方案163的方法，其中药物组合物包含约10³至约10¹³、约 10⁴至约10¹²、约10⁵至约10¹¹、约10⁶至约10¹⁰、约10⁷至约10⁹、或在约 10⁷至约10⁸之间存活的普拉梭菌菌。

165.实施方案163的方法，其中药物组合物的制备不经过选自乙醇处理、洗涤剂处理、热处理、辐射和超声处理的处理。

166.实施方案163的方法，其中药物组合物的制备包括选自乙醇处理、去污剂处理、热处理、辐射和超声处理的处理步骤。

167.实施方案163的方法，其中药物组合物的制备包括选自密度梯度、过滤和色谱法的分离步骤。

168.实施方案163的方法，其中药物组合物的制备不包括选自密度梯度、过滤和色谱法的分离步骤。

实施例

实施例1.治疗溃疡性结肠炎

如果满足以下一项或多项标准，则选择HBI≥7的患者通过给予粪便微生物组合物进行治疗：年龄超过18岁的男性和女性患者；通过以前的结肠镜检查确定溃疡性结肠炎(UC)的诊断，具有一致的组织学和临床过程； UC至少涉及直肠乙状结肠区域；在研究开始时通过结肠镜检查确认的活动；轻度至中度复发性UC，定义为溃疡性结肠炎疾病活动指数(UCDAI) 评分从3到8；研究开始前不到4周的症状(复发事件)；UCDAI筛查时的最小内镜评分为3分(粘膜外观)；在研究开始前至少4周以稳定剂量 (美沙拉嗪至少1.6克/天或巴柳氮至少4.5克/天)使用口服5-氨基水杨酸 (5-ASA)和/或在研究进入前至少3个月以稳定剂量使用硫唑嘌呤(至少 1.5mg/kg/天)或6-巯基嘌呤(至少1mg/kg/天)。

以下标准用于排除某些患者：克罗恩病或脓包皮炎的存在；UCDAI 评分大于8分(需要紧急手术或存在严重疾病)；在研究开始前4周内使用口服类固醇；在进入研究前的最后2周内使用抗生素；研究开始前和整个8周研究期间最后4周内口服5-ASA剂量的变化或研究前3个月内口服 6-巯基嘌呤和硫唑嘌呤药物剂量的变化；在进入研究前或整个8周研究期间的1周内使用直肠5-ASA或类固醇；在研究开始前2周内使用处方药或非处方益生菌制剂；在8周研究期之前和整个研究期间使用NSAID(非甾体抗炎药)1周。

患者在给予粪便微生物组合物之前至少一周停止服用所有常规溃疡性结肠炎治疗。另外，在给予混合物组合物之前，给予患者抗炎药(例如美沙拉秦)和/或一种或多种抗生素。混合物组合物还可含有酸抑制剂、抗酸剂(例如氢氧化铝、氢氧化镁、二甲基硅油抗酸剂)、H2拮抗剂(例如雷尼替丁)、质子泵抑制剂(例如奥美拉唑)或其组合。这里描述的药物组合物每天口服给药一次。每位患者接受恒定剂量；然而，剂量的体积可取决于体重。

在给药后3天、1周、1个月、3个月、6个月、9个月和12个月评估患者的腹部症状和肠外表现

由于可以在不脱离本公开的范围的情况下对本文描述和说明的构造和方法进行各种修改，因此包含在前面的描述中的所有内容应当被解释为说明性的而不是限制性的。本公开的广度和范围不应受任何上述示例性实施例的限制，而应仅根据所附权利要求及其等同物来限定。本说明书中引用的所有专利和非专利文献均通过引用整体并入本文。

实施例2.一种富含普拉梭菌菌的粪便微生物的全结肠炎治疗方法

一名8岁的女性患者，具有两年的全结肠炎病史，用富含普拉梭菌菌的粪便微生物治疗。基于类固醇，免疫抑制剂和抗炎剂的先前治疗在很大程度上不适合该患者。患者每天继续通过7-8次血便，伴有粘液，明显的紧迫感和腹痛，直到给予粪便微生物移植(FMT)。

对于FMT，她用利福昔明、甲硝唑和万古霉素预先治疗，并保留在硫唑嘌呤(Imuran)和布地奈德上。在实现肠功能的一些改善后，她经历了 5天的新鲜供体粪便衍生的全谱微生物群FMT。接下来是自2013年12月下旬以来每天与母亲一起作为捐赠者的家庭灌肠。患者达到了成形的粪便，能够重返学校，并且经历了生长突增。类固醇减少，Imuran也是如此。然而，每日灌肠通常需要预防复发。这种情况继续进行，超过650个家庭捐赠灌肠，大多数每7天6-7次，大便仍然大多是柔软、轻度紧迫和可见的粘液。

为了进一步改善患者的病情，对粪便供体(母亲)和患者给予普拉梭菌菌生长刺激物。在母亲每日口服喂食苹果果胶(和后来的N-乙酰基-葡糖胺)之前和之后，测试供体[母]粪便中的F.prausnitzii菌含量。在供体补充苹果果胶和N-乙酰基-葡糖胺后，供体粪便的内源F.prausnitzii菌含量上升约10⁴。在补充后7天内，受体女儿的粪便质量急剧变化，变得更加坚硬，变得不那么频繁，没有粘液，紧迫性消失，灌肠频率降至4-5灌肠/周。在这种改善之后，给予女儿相同的苹果果胶或N-乙酰基-葡糖胺的口服补充剂，导致粪便形成和停止布地奈德的能力的一些进一步改善。女儿继续使用家庭灌肠FMT，但她的粪便形成更多，并且通常需要以更低的频率灌肠(每7天灌肠4次)。

实施例3:普拉梭菌菌-富集饮食，用于基于粪便微生物组的结肠炎患者的治疗

一名24岁的女性患者在国际旅行期间患上严重的结肠炎。她的血性腹泻很严重，她的血红蛋白下降到3.0左右，这个水平通常被认为是致命的。她接受多次输血和抗结肠炎治疗。

部分恢复，她返回澳大利亚，在那里她被送往医院，并发现她的严重全结肠炎仍然非常轻快地出血。施用抗炎剂，包括类固醇、6-MP、5-ASA 化合物以及静脉内液体，并进行铁输注。她寻求对治疗方案的第二种看法，因为尽管有最大限度的治疗方案，并计划进行结肠切除术，但她的血红蛋白仍保持在9-10左右。

在重复结肠镜检查中，发现她患有持续的斑片状结肠炎，仅有一些愈合区域，但大多数是结肠镜与粘膜接触时渗出的血液。培养物对C.difficile 菌和其他病原体是阴性的，并且她继续从粘膜渗出血液，同时整个结肠中可见血管的损失，但回肠末端不受影响。

她开始接受基于粪便微生物组的治疗，以防止结肠切除术。她的症状明显改善，血红蛋白上升到10到11之间。然而，她无法恢复到13-14岁左右的正常结肠炎前血红蛋白水平。

采访她的母亲，即粪便供体，建议通过给予她含有苹果果胶、N-乙酰葡糖胺和菊粉的专门饮食来增加她的肠道微生物群普拉梭菌的含量。母亲和女儿回家继续家庭粪便灌肠治疗与捐赠者服用普拉梭菌菌-增强饮食。

在富含普拉梭菌菌的粪便微生物群治疗12周后，患者的血红蛋白首次上升至13.2至14.5之间，并且她的母亲能够将粪便灌肠治疗的数量从每天减少到每周两次。

三个月后，患者进行了随访结肠镜检查。在结肠镜检查中，她的粘膜很大程度上愈合并显示出可见的细小粘膜血管。管腔粪便呈“圆球”，从结肠镜的角度来看，表明严重结肠炎的愈合。仍有偶尔的血液与粪便混合，表明仍有粘膜斑点需要愈合。不受任何科学理论束缚，患者血红蛋白的显着变化表明捐赠者饮食的改变改变了供体的粪便组成，这反过来改变了受体的微生物组成，以帮助治愈结肠腔内的衬里。再次，不受任何科学理论的束缚，这种减少由于饮食改变引起的出血和渗出的能力使患者免于结肠切除术-这主要是由于普拉梭菌的生长。

Claims (20)

1.一种药物组合物，包含来自单个供体受试者的粪便微生物，所述受试者施用一种或多种普拉梭菌菌种或用于至少一种普拉梭菌菌种的一种或多种生长刺激剂，其中所述粪便微生物包含相对于来自未施用所述一种或多种生长刺激剂的相同供体受试者的对照粪便微生物的所述至少一种普拉梭菌菌种的升高水平。

2.权利要求1所述的药物组合物，其中所述供体受试者摄取所述一种或多种普拉梭菌菌种或一种或多种生长刺激剂。

3.权利要求1所述的药物组合物，其中所述一种或多种生长刺激剂选自由苹果果胶、N-乙酰葡糖胺、半胱氨酸、谷胱甘肽、核黄素和黄素组成的组。

4.权利要求1所述的药物组合物，其中所述升高水平选自1.5倍或更多倍、2倍或更多倍、2.5倍或更多倍、3倍或更多倍、3.5倍或更多倍、4倍或更多倍、5倍或更多、10倍或更多、50倍或更多、100倍或更多、1000倍或更多、以及10,000倍或更多。

5.药物组合物，包含能够抑制或梭杆菌属物种的第一多个活的非病原微生物和能够抑制或拮抗分枝杆菌属物种的第二多个活的非病原微生物。

6.权利要求5所述的药物组合物，其中所述梭杆菌属物种选自坏死梭杆菌、具核梭杆菌、F.canifelinum、F.gonidiaformans、死亡梭杆菌、F.naviforme、坏疽梭杆菌、F.russii、溃疡梭杆菌和F.varium。

7.权利要求5所述的药物组合物，其中所述分枝杆菌属物种是副结核分歧杆菌(MAP)。

8.权利要求7所述的药物组合物，其中所述第一多个活的非病原微生物包括普拉梭菌菌种。

9.权利要求5所述的药物组合物，其中所述第二多个活的非病原微生物包含选自由棒状杆菌、Dietzia、Gordonia、分枝杆菌、诺卡氏菌、束村氏菌、Skermania、酪酸冢村菌、Turicella、红球菌和Williamsia组成的抗myco组中的一种或多种、2种或更多种、3种或更多种、4种或更多种、5种或更多种、6种或更多种、或者7种或更多种。

10.权利要求1所述的药物组合物，其中所述药物组合物还包含粪便微生物制剂。

11.权利要求10所述的药物组合物，其中所述粪便微生物制剂包括供体的完整或基本完整的微生物。

12.权利要求10所述的药物组合物，其中所述粪便微生物制剂包括未选择的粪便微生物。

13.权利要求10所述的药物组合物，其中所述粪便微生物制剂缺少选自氨基酸球菌、阿克曼菌、Alistipes、Anaerotruncus、Bacteroides、双歧杆菌、布劳特氏菌、丁酸弧菌属、梭菌、柯林斯氏菌、粪球菌、棒状杆菌、Dorea、肠球菌、埃希氏菌、真杆菌、嗜血杆菌、Holdemania、乳酸菌、莫拉氏菌、Parabacteroides、普雷沃菌、丙酸杆菌、拉乌尔菌、盲肠罗斯氏菌、瘤胃球菌、葡萄球菌、链球菌、罕见小球菌和韦荣球菌的至少一种、至少2种、至少3种、或至少4种细菌。

14.一种在有此需要的受试者中治疗IBD的方法，所述方法包括向所述受试者施用药学活性剂量的第一抗生素或益生菌以抑制或拮抗梭茎菌属物种。

15.权利要求14所述的方法，其中所述梭杆菌属物种选自F.nucleatum,坏死梭杆菌和F.varium。

16.权利要求14所述的方法，其中所述第一益生菌包括普拉梭菌菌种。

17.权利要求14所述的方法，其中所述第一益生菌包括普拉梭菌。

18.权利要求14所述的方法，其中所述方法进一步向所述受试者施用药学活性剂量的第二抗生素或益生菌以抑制或拮抗分枝杆菌属物种。

19.权利要求18所述的方法，其中所述分枝杆菌属物种是副结核分歧杆菌(MAP)。

20.权利要求18所述的方法，其中所述益生菌包含选自由棒状杆菌、Dietzia、Gordonia、分枝杆菌、诺卡氏菌、束村氏菌、Skermania、酪酸冢村菌、Turicella、红球菌和Williamsia组成的抗myco组中的一种或多种、2种或更多种、3种或更多种、4种或更多种、5种或更多种、6种或更多种、或者7种或更多种。