CN109642249A - 用于检测细菌中的抗微生物抗性的组合物、方法、系统和/或试剂盒 - Google Patents
用于检测细菌中的抗微生物抗性的组合物、方法、系统和/或试剂盒 Download PDFInfo
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Abstract
本文提供了用于检测表达赋予对抗微生物剂抗性的酶的细菌的组合物、方法、系统和/或试剂盒。本公开的组合物、方法、系统和/或试剂盒的某些实施方案涉及产碳青霉烯酶的革兰氏阴性细菌的检测。本公开的组合物、方法、系统和/或试剂盒的某些实施方案涉及产Ambler A类、B类和/或D类碳青霉烯酶的肠道细菌和非发酵性革兰氏阴性杆状菌的检测。
Description
背景
领域
本公开通常涉及包括用于检测具有赋予抗药性的酶的细菌的组合物、方法、系统和/或试剂盒的检测测试。本公开的某些实施方案涉及包括用于检测和/或鉴定产碳青霉烯酶的革兰氏阴性细菌的组合物、方法、系统和/或试剂盒的检测测试。
相关技术描述
产碳青霉烯酶的革兰氏阴性细菌代表了全球公共卫生的主要和重大威胁，这是因为作为用于对抗这些病原体的下一代抗生素，几乎没有可用的选择。虽然制药公司现在在他们的研发线中瞄准了许多新的抗生素，但没有一种覆盖所有可以通过这些细菌获得的碳青霉烯酶的酶类型(类别)。
精确检测碳青霉烯酶的产生和β-内酰胺酶类的差异，对于确定抗微生物治疗、流行病学和感染控制措施至关重要。
概述
一个实施方案包括用于确定由肠道细菌表达的Ambler分类碳青霉烯酶不存在、存在一种或多种的方法，所述方法包括：提供包含肠道细菌的样品；将测试样品中的肠道细菌应用于至少四种的多种测试组合物中一段时间，其中至少四种的多种测试组合物中的每一种包含生长培养基和抗生素，并且至少四种测试组合物中的至少一种还包含至少一种碳青霉烯酶抑制剂；以及在一段时间后，通过检测肠道细菌在至少四种的多种测试组合物中的每一种中生长的存在或抑制来确定由肠道细菌表达的Ambler分类碳青霉烯酶不存在、存在一种或多种。在本文公开的任何实施方案中，至少一种测试组合物中的抗生素和碳青霉烯酶抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第一浓度的TEM和Ambler B类碳青霉烯酶抑制剂。在本文公开的任何实施方案中，至少一种测试组合物中的抗生素和碳青霉烯酶抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第一浓度的DOR、Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂和Ambler B类碳青霉烯酶抑制剂。在本文公开的任何实施方案中，至少一种测试组合物中的抗生素和碳青霉烯酶抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第一浓度的MEM、Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂和Ambler A类碳青霉烯酶抑制剂。在本文公开的任何实施方案中，至少一种测试组合物中的抗生素包含第二浓度的DOR、由第二浓度的DOR组成或者基本上由第二浓度的DOR组成。在本文公开的任何实施方案中，所述方法可以包括通过检测第一测试组合物中生长的存在来确定由肠道细菌表达的一种或多种Ambler分类碳青霉烯酶为D类，其中抗生素和抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第一浓度的TEM和Ambler B类碳青霉烯酶抑制剂。在本文公开的任何实施方案中，所述方法可以包括通过检测以下来确定由肠道细菌表达的一种或多种Ambler分类碳青霉烯酶为A类：第一测试组合物中生长的抑制，其中抗生素和抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第一浓度的TEM和Ambler B类碳青霉烯酶抑制剂；第二测试组合物中生长的存在，其中抗生素和抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第一浓度的DOR、Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂和Ambler B类碳青霉烯酶抑制剂；以及第三测试组合物中生长的抑制，其中抗生素和抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第一浓度的MEM、Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂和Ambler A类碳青霉烯酶抑制剂。在本文公开的任何实施方案中，所述方法可以包括通过检测以下来确定由肠道细菌表达的一种或多种Ambler分类碳青霉烯酶为B类：第一测试组合物中生长的抑制，其中抗生素和抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第一浓度的TEM作为抗生素并且还包含Ambler B类碳青霉烯酶抑制剂；第二测试组合物中生长的抑制，其中抗生素和抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第一浓度的DOR、Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂和Ambler B类碳青霉烯酶抑制剂；以及第四测试组合物中生长的存在，其中抗生素包含第二浓度的DOR、由第二浓度的DOR组成或者基本上由第二浓度的DOR组成。在本文公开的任何实施方案中，所述方法可以包括通过检测以下来确定由肠道细菌表达的一种或多种Ambler分类碳青霉烯酶为D类：第一测试组合物中生长的抑制，其中抗生素和抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第一浓度的TEM和Ambler B类碳青霉烯酶抑制剂；第二测试组合物中生长的抑制，其中抗生素和抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第一浓度的DOR、Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂和Ambler B类碳青霉烯酶抑制剂；以及第四测试组合物中生长的抑制，其中抗生素包含第二浓度的DOR、由第二浓度的DOR组成或者基本上由第二浓度的DOR组成。在本文公开的任何实施方案中，所述方法可以包括通过检测以下来确定由肠道细菌表达的一种或多种Ambler分类碳青霉烯酶的存在，其中未鉴定出Ambler类别：第一测试组合物中生长的抑制，其中抗生素和抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第一浓度的TEM和Ambler B类碳青霉烯酶抑制剂；第二测试组合物中生长的存在，其中抗生素和抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第一浓度的DOR、Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂和Ambler B类碳青霉烯酶抑制剂；以及至少四种的多种测试组合物的第三测试组合物中生长的存在，其中抗生素和抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第一浓度的MEM作为抗生素并且还包含Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂和Ambler A类碳青霉烯酶抑制剂。在本文公开的任何实施方案中，所述方法可以包括通过检测以下来确定由肠道细菌表达的一种或多种Ambler A类、B类或D类碳青霉烯酶的存在：第一测试组合物中生长的抑制，其中抗生素和抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第一浓度的TEM、Ambler B类碳青霉烯酶抑制剂；第二测试组合物中生长的存在，其中抗生素和抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第一浓度的DOR、Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂和Ambler B类碳青霉烯酶抑制剂；以及第三测试组合物中生长的存在，其中抗生素和抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第一浓度的MEM、Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂和Ambler A类碳青霉烯酶抑制剂。在本文公开的任何实施方案中，至少一种测试组合物中的抗生素和碳青霉烯酶抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第三浓度的MEM和Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂。在本文公开的任何实施方案中，所述方法可以包括通过检测以下来确定关于鉴定由肠道细菌表达的一种或多种Ambler分类碳青霉烯酶没有获得答案：第一测试组合物中生长的抑制，其中抗生素和抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第一浓度的TEM和Ambler B类碳青霉烯酶抑制剂；第二测试组合物中生长的存在，其中抗生素和抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第一浓度的DOR、Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂和Ambler B类碳青霉烯酶抑制剂；至少四种的多种测试组合物中的第三测试组合物中生长的存在，其中抗生素和抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第一浓度的MEM、Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂和Ambler A类碳青霉烯酶抑制剂；以及第五测试组合物中生长的抑制，其中抗生素和抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第三浓度的MEM和Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂。在本文公开的任何实施方案中，所述方法可以包括通过检测以下来确定由肠道细菌表达的一种或多种Ambler A类、B类或D类碳青霉烯酶的存在：第一测试组合物中生长的抑制，其中抗生素和抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第一浓度的TEM和Ambler B类碳青霉烯酶抑制剂；第二测试组合物中生长的存在，其中抗生素和抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第一浓度的DOR、Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂和Ambler B类碳青霉烯酶抑制剂；第三测试组合物中生长的存在，其中抗生素和抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第一浓度的MEM、Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂和Ambler A类碳青霉烯酶抑制剂；以及第五测试组合物中生长的存在，其中抗生素和抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第三浓度的MEM和Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂。
一个实施方案包括用于确定没有由肠道细菌表达的Ambler分类碳青霉烯酶、存在一种或多种由肠道细菌表达的Ambler分类碳青霉烯酶的方法，所述方法包括：提供包含肠道细菌的样品；将测试样品中的肠道细菌应用于至少四种的多种测试组合物中一段时间，其中至少四种的多种测试组合物中的每一种包含生长培养基和抗生素，并且至少四种测试组合物中的至少一种还包含至少一种碳青霉烯酶抑制剂；以及在一段时间后，通过检测肠道细菌在至少四种的多种测试组合物中的每一种中生长的存在或抑制来确定由肠道细菌表达的Ambler分类碳青霉烯酶不存在、存在一种或多种。在本文公开的任何实施方案中，至少一种测试组合物中的抗生素和碳青霉烯酶抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第一浓度的MEM、Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂和Ambler B类碳青霉烯酶抑制剂。在本文公开的任何实施方案中，至少一种测试组合物中的抗生素和碳青霉烯酶抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第一浓度的MEM、Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂和ambler A碳青霉烯酶抑制剂。在本文公开的任何实施方案中，至少一种测试组合物中的抗生素和碳青霉烯酶抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第一浓度的DOR、Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂和Ambler D类碳青霉烯酶抑制剂。在本文公开的任何实施方案中，至少一种测试组合物中的抗生素和碳青霉烯酶抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第二浓度的MEM、Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂和ambler A碳青霉烯酶抑制剂。在本文公开的任何实施方案中，所述方法可以包括通过检测以下来确定由肠道细菌表达的一种或多种Ambler分类碳青霉烯酶为A类：第一测试组合物中生长的抑制，其中抗生素和抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第一浓度的MEM、Ambler B类碳青霉烯酶抑制剂和Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂；以及第二测试组合物中生长的抑制，其中抗生素和抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第二浓度的MEM、Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂和Ambler A类碳青霉烯酶抑制剂。在本文公开的任何实施方案中，所述方法可以包括通过检测以下来确定由肠道细菌表达的一种或多种Ambler分类碳青霉烯酶为B类：第一测试组合物中生长的抑制，其中抗生素和抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第一浓度的MEM、Ambler B类碳青霉烯酶抑制剂和Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂；第二测试组合物中生长的存在，其中抗生素和抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第二浓度的MEM、Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂和Ambler A类碳青霉烯酶抑制剂。在本文公开的任何实施方案中，所述方法可以包括通过检测以下来确定由肠道细菌表达的一种或多种Ambler分类碳青霉烯酶为A类：第一测试组合物中生长的存在，其中抗生素和抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第一浓度的MEM、Ambler B类碳青霉烯酶抑制剂和Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂；以及第三测试组合物中生长的抑制，其中抗生素和抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第一浓度的MEM、Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂和Ambler A类碳青霉烯酶抑制剂。在本文公开的任何实施方案中，所述方法可以包括通过检测以下来确定由肠道细菌表达的一种或多种Ambler分类碳青霉烯酶为D类：第一测试组合物中生长的存在，其中抗生素和抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第一浓度的MEM、Ambler B类碳青霉烯酶抑制剂和Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂；第三测试组合物中生长的存在，其中抗生素和抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第一浓度的MEM、Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂和Ambler A类碳青霉烯酶抑制剂；以及第四测试组合物中生长的抑制，其中抗生素和抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第一浓度的DOR、Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂和Ambler D类碳青霉烯酶抑制剂。在本文公开的任何实施方案中，所述方法可以包括通过检测以下来确定由肠道细菌表达的一种或多种Ambler A类、B类或D类碳青霉烯酶的存在：第一测试组合物中生长的存在，其中抗生素和抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第一浓度的MEM、Ambler B类碳青霉烯酶抑制剂和Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂；第三测试组合物中生长的存在，其中抗生素和抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第一浓度的MEM、Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂和Ambler A类碳青霉烯酶抑制剂；以及第四测试组合物中生长的存在，其中抗生素和抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第一浓度的DOR、Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂和Ambler D类碳青霉烯酶抑制剂。在本文公开的任何实施方案中，所述方法可以包括通过检测以下来确定关于鉴定由肠道细菌表达的一种或多种Ambler分类碳青霉烯酶没有获得答案：第一测试组合物中生长的存在，其中抗生素和抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第一浓度的MEM、Ambler B类碳青霉烯酶抑制剂和Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂；第三测试组合物中生长的存在，其中抗生素和抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第一浓度的MEM、Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂和Ambler A类碳青霉烯酶抑制剂；以及第四测试组合物中生长的存在，其中抗生素和抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第一浓度的DOR、Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂和Ambler D类碳青霉烯酶抑制剂。
在本文公开的任何实施方案中，所述方法可以包括将测试样品中的肠道细菌应用于至少五种的多种测试组合物中一段时间，其中至少一种测试组合物中的抗生素和碳青霉烯酶抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第一浓度的MEM和Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂。在本文公开的任何实施方案中，所述方法可以包括通过检测以下来确定由肠道细菌表达的一种或多种Ambler A类、B类或D类碳青霉烯酶的存在：第一测试组合物中生长的存在，其中抗生素和抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第一浓度的MEM和Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂。在本文公开的任何实施方案中，所述方法可以包括通过检测以下来确定由肠道细菌表达的一种或多种Ambler A类、B类或D类碳青霉烯酶的不存在：第一测试组合物中生长的抑制，其中抗生素和抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第一浓度的MEM和Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂。在本文公开的任何实施方案中，所述方法可以包括用于鉴定没有由非发酵性细菌表达的Ambler分类碳青霉烯酶、一种或多种由非发酵性细菌表达的Ambler分类碳青霉烯酶的方法，所述方法可以包括：提供包含非发酵性细菌的样品；将测试样品中的非发酵性细菌应用于组合物中一段时间，其中测试组合物包含生长培养基以及抗生素和碳青霉烯酶抑制剂；以及在一段时间后，通过检测非发酵性细菌在测试组合物中生长的存在或抑制来确定由非发酵性细菌表达的Ambler分类碳青霉烯酶不存在、存在一种或多种。在本文公开的任何实施方案中，至少一种测试组合物中的抗生素和碳青霉烯酶抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第三浓度的DOR和Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂。在本文公开的任何实施方案中，所述方法可以包括通过检测以下来确定由非发酵性细菌表达的一种或多种Ambler A类、B类或D类碳青霉烯酶的存在：测试组合物中生长的存在，其中抗生素和抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第三浓度的DOR和Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂。在本文公开的任何实施方案中，所述方法可以包括通过检测以下来确定由非发酵性细菌表达的一种或多种Ambler A类、B类或D类碳青霉烯酶的不存在：测试组合物中生长的抑制，其中抗生素和抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第三浓度的DOR和Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂。
在本文公开的任何实施方案中，所述方法还可以包括用于确定由非发酵性细菌表达的Ambler分类碳青霉烯酶不存在、存在一种或多种的方法，所述方法包括：提供包含非发酵性细菌的样品；将测试样品中的非发酵性细菌应用于至少三种的多种测试组合物中一段时间，其中至少三种的多种测试组合物中的每一种包含生长培养基和抗生素，并且至少三种测试组合物中的至少一种还包含至少一种碳青霉烯酶抑制剂；以及在一段时间后，通过检测非发酵性细菌在至少三种的多种测试组合物中的每一种中生长的存在或抑制来确定由非发酵性细菌表达的一种或多种Ambler分类碳青霉烯酶不存在、存在一种或多种。
一个实施方案包括用于确定由非发酵性细菌表达的Ambler分类碳青霉烯酶不存在、存在一种或多种的方法，所述方法包括：提供包含非发酵性细菌的样品；将测试样品中的非发酵性细菌应用于至少三种的多种测试组合物中一段时间，其中至少三种的多种测试组合物中的每一种包含生长培养基和抗生素，并且至少三种测试组合物中的至少一种还包含至少一种碳青霉烯酶抑制剂；以及在持续时间后，通过检测非发酵性细菌在至少三种的多种测试组合物中的每一种中生长的存在或抑制来确定由非发酵性细菌表达的一种或多种Ambler分类碳青霉烯酶不存在、存在一种或多种。在本文公开的任何实施方案中，至少一种测试组合物中的抗生素和碳青霉烯酶抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第三浓度的DOR、Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂和Ambler B类碳青霉烯酶抑制剂。在本文公开的任何实施方案中，至少一种测试组合物中的抗生素和碳青霉烯酶抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第四浓度的MEM、Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂和Ambler D类碳青霉烯酶抑制剂。在本文公开的任何实施方案中，至少一种测试组合物中的抗生素和碳青霉烯酶抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第五浓度的DOR和Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂和Ambler D类碳青霉烯酶抑制剂。在本文公开的任何实施方案中，所述方法可以包括通过检测以下来确定由非发酵性细菌表达的一种或多种Ambler分类碳青霉烯酶为B类：第一测试组合物中生长的抑制，其中抗生素和抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第三浓度的DOR、Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂和AmblerB类碳青霉烯酶抑制剂。在本文公开的任何实施方案中，所述方法可以包括通过检测以下来确定由非发酵性细菌表达的一种或多种Ambler分类碳青霉烯酶为D类：第一测试组合物中生长的存在，其中抗生素和抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第三浓度的DOR、Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂和Ambler B类碳青霉烯酶抑制剂；以及第二测试组合物中生长的抑制，其中抗生素和抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第四浓度的MEM、Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂和Ambler D类碳青霉烯酶抑制剂。在本文公开的任何实施方案中，所述方法可以包括通过检测以下来确定由非发酵性细菌表达的一种或多种Ambler分类碳青霉烯酶为A类：第一测试组合物中生长的存在，其中抗生素和抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第三浓度的DOR、AmblerC类碳青霉烯酶抑制剂和Ambler B类碳青霉烯酶抑制剂；第二测试组合物中生长的存在，其中抗生素和抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第四浓度的MEM、Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂和Ambler D类碳青霉烯酶抑制剂；以及第三测试组合物中生长的抑制，其中抗生素和抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第五浓度的DOR、Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂和Ambler D类碳青霉烯酶抑制剂。在本文公开的任何实施方案中，所述方法可以包括通过检测以下来确定由非发酵性细菌表达的一种或多种Ambler A类、B类或D类碳青霉烯酶的存在：第一测试组合物中生长的存在，其中抗生素和抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第三浓度的DOR、Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂和Ambler B类碳青霉烯酶抑制剂；第二测试组合物中生长的存在，其中抗生素和抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第四浓度的MEM、Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂和Ambler D类碳青霉烯酶抑制剂；以及第三测试组合物中生长的存在，其中抗生素和抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第五浓度的DOR、Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂和Ambler D类碳青霉烯酶抑制剂。在本文公开的任何实施方案中，至少一种测试组合物中的抗生素和碳青霉烯酶抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第三浓度的DOR、Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂和Ambler B类碳青霉烯酶抑制剂。在本文公开的任何实施方案中，至少一种测试组合物中的抗生素和碳青霉烯酶抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第四浓度的MEM、Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂和Ambler D类碳青霉烯酶抑制剂。在本文公开的任何实施方案中，至少一种测试组合物中的抗生素和碳青霉烯酶抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第四浓度的DOR和Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂。在本文公开的任何实施方案中，所述方法可以包括通过检测以下来确定由非发酵性细菌表达的一种或多种Ambler分类碳青霉烯酶为A类、B类或D类：第一测试组合物中生长的存在，其中抗生素和抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第三浓度的DOR、Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂和Ambler B类碳青霉烯酶抑制剂；以及第二测试组合物中生长的存在，其中抗生素和抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第四浓度的MEM、Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂和Ambler D类碳青霉烯酶抑制剂。在本文公开的任何实施方案中，所述方法可以包括通过检测以下来确定由非发酵性细菌表达的一种或多种Ambler分类碳青霉烯酶为D类：第一测试组合物中生长的存在，其中抗生素和抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第三浓度的DOR、Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂和Ambler B类碳青霉烯酶抑制剂；以及第二测试组合物中生长的抑制，其中抗生素和抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第四浓度的MEM、Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂和Ambler D类碳青霉烯酶抑制剂。在本文公开的任何实施方案中，所述方法可以包括通过检测以下来确定由非发酵性细菌表达的一种或多种Ambler分类碳青霉烯酶为B类：第一测试组合物中生长的抑制，其中抗生素和抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第三浓度的DOR、Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂和Ambler B类碳青霉烯酶抑制剂；以及第三测试组合物中生长的存在，其中抗生素和抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第四浓度的DOR和Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂。在本文公开的任何实施方案中，所述方法可以包括通过检测以下来确定关于鉴定由非发酵性细菌表达的一种或多种Ambler分类碳青霉烯酶没有获得答案：第一测试组合物中生长的抑制，其中抗生素和抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第三浓度的DOR、Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂和Ambler B类碳青霉烯酶抑制剂；以及第三测试组合物中生长的抑制，其中抗生素和抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第四浓度的DOR和Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂。在本文公开的任何实施方案中，所述方法可以包括通过检测以下来确定由非发酵性细菌表达的一种或多种Ambler分类碳青霉烯酶为A类、B类或D类：第一测试组合物中生长的抑制，其中抗生素和抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第三浓度的DOR、Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂和Ambler B类碳青霉烯酶抑制剂；第三测试组合物中生长的抑制，其中抗生素和抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第四浓度的DOR和Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂。
在本文公开的任何实施方案中，所述方法可以包括将测试样品中的非发酵性细菌应用于至少四种的多种测试组合物中一段时间，其中至少一种测试组合物中的抗生素和碳青霉烯酶抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第五浓度的DOR、Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂和Ambler D类碳青霉烯酶抑制剂。在本文公开的任何实施方案中，所述方法可以包括通过检测以下来确定由非发酵性细菌表达的一种或多种Ambler分类碳青霉烯酶为A类、B类或D类：第一测试组合物中生长的存在，其中抗生素和抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第三浓度的DOR、Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂和AmblerB类碳青霉烯酶抑制剂；第二测试组合物中生长的存在，其中抗生素和抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第四浓度的MEM、Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂和AmblerD类碳青霉烯酶抑制剂；以及第四测试组合物中生长的存在，其中抗生素和抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第五浓度的DOR、Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂和Ambler D类碳青霉烯酶抑制剂。在本文公开的任何实施方案中，所述方法可以包括通过检测以下来确定由非发酵性细菌表达的一种或多种Ambler分类碳青霉烯酶为A类：第一测试组合物中生长的存在，其中抗生素和抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第三浓度的DOR、Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂和Ambler B类碳青霉烯酶抑制剂；第二测试组合物中生长的存在，其中抗生素和抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第四浓度的MEM、Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂和Ambler D类碳青霉烯酶抑制剂；以及第四测试组合物中生长的抑制，其中抗生素和抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第五浓度的DOR、Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂和Ambler D类碳青霉烯酶抑制剂。
在本文公开的任何实施方案中，所述方法还可以包括确定样品中的细菌是否为肠道的、非发酵性的或两者。
在本文公开的任何实施方案中，TEM的第一浓度是约6μg/ml至约128μg/ml、约32μg/ml至约128μg/ml、约32μg/ml至约80μg/ml、或约64μg/ml。在本文公开的任何实施方案中，DOR的第一浓度是约0.006μg/ml至约0.75μg/ml、约0.03125μg/ml至约0.1μg/ml或约0.0625μg/ml、或约0.06μg/ml。在本文公开的任何实施方案中，DOR的第二浓度是约0.0125μg/ml至约2μg/ml、0.0625μg/ml至约0.25μg/ml、或约0.125μg/ml。在本文公开的任何实施方案中，DOR的第三浓度是约0.1μg/ml至约400μg/ml、约0.5μg/ml至约3μg/ml、或约1μg/ml。在本文公开的任何实施方案中，DOR的第四浓度是约0.2μg/ml至约40μg/ml、约0.5μg/ml至约4μg/ml、或约2μg/ml。在本文公开的任何实施方案中，DOR的第五浓度是约0.03125μg/ml至约80μg/ml、约2μg/ml至约24μg/ml、或约8μg/ml。在本文公开的任何实施方案中，MEM的第一浓度是0.03125μg/ml至1μg/ml、0.03125μg/ml至0.125μg/ml、0.015625μg/ml至0.125μg/ml、约0.006μg/ml至约0.60μg/ml、约0.015μg/ml至约0.24μg/ml、约0.03μg/ml至约0.25μg/ml、约0.03μg/ml至约0.2μg/ml、约0.0625μg/ml、或约0.060μg/ml。在本文公开的任何实施方案中，MEM的第二浓度是约0.015625μg/ml至约0.125μg/ml、约0.003μg/ml至约0.3μg/ml、约0.0075μg/ml至约0.12μg/ml、约0.01μg/ml至约0.12μg/ml、或约0.03μg/ml。在本文公开的任何实施方案中，MEM的第三浓度是约0.0125μg/ml至约5μg/ml、约0.125μg/ml至约1μg/ml、或约0.5μg/ml。在本文公开的任何实施方案中，MEM的第四浓度是约0.4μg/ml至约40μg/ml、约1μg/ml至约16μg/ml、约2μg/ml至约8μg/ml、或约4μg/ml。
在本文公开的任何实施方案中，Ambler D类碳青霉烯酶抑制剂包括选自以下的化合物：AVI、克拉维酸、硼酸、他唑巴坦、舒巴坦、法硼巴坦(vaborbactam)(RPX-7009)和BLI-489。在本文公开的任何实施方案中，Ambler B类碳青霉烯酶抑制剂是金属螯合剂。在本文公开的任何实施方案中，Ambler B类碳青霉烯酶抑制剂包括选自以下的化合物：EDTA、DPA和去铁胺。在本文公开的任何实施方案中，AmblerC类碳青霉烯酶抑制剂包括选自以下的化合物：CLOX、双氯西林和氟氯西林。在本文公开的任何实施方案中，Ambler A类碳青霉烯酶抑制剂包括选自以下的化合物：法硼巴坦(RPX-7009)、AVI、克拉维酸、硼酸、他唑巴坦、舒巴坦和BLI-489。在本文公开的任何实施方案中，Ambler D类碳青霉烯酶抑制剂包括选自以下的化合物：BLI、AVI、克拉维酸、硼酸、他唑巴坦、舒巴坦、法硼巴坦和(RPX-7009)。
在本文公开的任何实施方案中，与第一浓度的TEM和/或第一浓度的DOR组合的Ambler B类碳青霉烯酶抑制剂包含EDTA、由EDTA组成或者基本上由EDTA组成。在本文公开的任何实施方案中，Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂包含CLOX、由CLOX组成或者基本上由CLOX组成。在本文公开的任何实施方案中，与第一和/或第二浓度的MEM组合的Ambler A类碳青霉烯酶抑制剂包含RPX、由RPX组成或者基本上由RPX组成。在本文公开的任何实施方案中，与第一浓度的MEM和/或第三浓度的DOR组合的Ambler B类碳青霉烯酶抑制剂包含DPA、由DPA组成或者基本上由DPA组成。在本文公开的任何实施方案中，与第一和/或第五浓度的DOR组合的Ambler D类碳青霉烯酶抑制剂包含AVI、由AVI组成或者基本上由AVI组成。在本文公开的任何实施方案中，与第四浓度的MEM组合的Ambler D类碳青霉烯酶抑制剂包含第一浓度的BLI、由第一浓度的BLI组成或者基本上由第一浓度的BLI组成。在本文公开的任何实施方案中，EDTA的浓度是约0.025mg/ml至约10mg/ml、约0.05mg/ml至约1.25mg/ml或约0.25mg/ml。在本文公开的任何实施方案中，CLOX的浓度是约0.0025mg/ml至约40mg/ml、约0.020mg/ml至约0.5mg/ml或约0.1mg/ml。在本文公开的任何实施方案中，RPX的浓度是约0.2μg/ml至约320μg/ml、约1.5μg/ml至约40μg/ml或约8μg/ml。在本文公开的任何实施方案中，DPA的浓度是约0.018mg/ml至约1.8mg/ml、约0.07mg/ml至约0.73mg/ml或约0.178mg/ml。在本文公开的任何实施方案中，AVI的浓度是约0.1μg/ml至约40μg/ml、约0.5μg/ml至约20μg/ml或约4μg/ml。在本文公开的任何实施方案中，BLI的浓度是约0.1μg/ml至约200μg/ml、约1μg/ml至约25μg/ml或约5μg/ml。
在本文公开的任何实施方案中，用于检测生长的存在或抑制的一段时间小于约24小时、小于约18小时、小于约16或小于约14小时。在本文公开的任何实施方案中，用于检测肠道细菌生长的存在或抑制的一段时间是约6小时至约8小时。在本文公开的任何实施方案中，用于检测肠道细菌生长的存在或抑制的一段时间是约7小时。在本文公开的任何实施方案中，用于检测非发酵性细菌生长的存在或抑制的一段时间是约8小时至约11小时。在本文公开的任何实施方案中，其中用于检测非发酵性细菌生长的存在或抑制的一段时间是约10小时。在本文公开的任何实施方案中，其中肠道细菌包括选自以下的细菌：肺炎克雷伯氏菌(Klebsiella pneumoniae)、大肠杆菌(Escherichia coli)和产气肠杆菌(Enterobacteraerogenes)。在本文公开的任何实施方案中，非发酵性细菌包括选自以下的细菌：铜绿假单胞菌(Pseudomonas aeruginosa)和鲍曼不动杆菌(Acinetobacter baumanii)复合体。
在本文公开的任何实施方案中，检测生长的存在或抑制不是通过对细胞形态变化成像进行的。
一个实施方案包括用于实施本文公开的任何实施方案的方法的自动化系统，所述自动化系统包括：多个隔室，所述多个隔室中的每一个包含任何前述权利要求中的任何方法所述的测试组合物；工具，其用于将包含肠道细菌、非发酵性细菌或两者的样品提供至多个隔室；仪器，其用于从提供有肠道细菌、非发酵性细菌或两者的多个隔室获得第一信号；孵育器，其用于将提供有肠道细菌、非发酵性细菌或两者的多个隔室孵育一段时间的；仪器，其用于从包含肠道细菌、非发酵性细菌或两者的多个隔室获得第二信号；检测器，其用于通过比较第一和第二信号来检测提供有肠道细菌、非发酵性细菌或两者的多个隔室中生长的存在或抑制；计算机，其用于生成来自检测器的结果输出和分析仪，其用于解释结果输出。在本文公开的任何实施方案中，多个隔室包括选自以下的隔室：孔、板和管。在本文公开的任何实施方案中，该系统包括BD Phoenix平板和/或系统。
一个实施方案包括用于鉴定由肠道细菌和/或非发酵性细菌表达的一种或多种Ambler分类碳青霉烯酶的试剂盒，所述试剂盒包含：具有多个隔室的基板或平板，其中多个隔室中的每一个包含根据本文公开的任何实施方案的方法的测试组合物。在本文公开的任何实施方案中，基板包含至少三种或至少四种不同的测试组合物。在本文公开的任何实施方案中，试剂盒包含含有多个隔室的第二基板，其中多个隔室中的每一个包含权利要求1-90中任一项所述的方法中的测试组合物，并且其中第一基板中的多种测试组合物与第二基板中的多种测试组合物至少有一种测试组合物不同。
在本文公开的多种测试组合物的任何实施方案中，其中测试组合物包括以下、由以下组成或者基本上由以下组成：选自框1-14中公开的测试组合物的测试组合物。在本文公开的任何实施方案中，测试组合物包括以下、由以下组成或者基本上由以下组成：框1-5中公开的测试组合物。在本文公开的任何实施方案中，测试组合物包括以下、由以下组成或者基本上由以下组成：框1、6、7、3、8和9中公开的测试组合物。在本文公开的任何实施方案中，测试组合物包括以下、由以下组成或者基本上由以下组成：框10、11、12和13中公开的测试组合物。在本文公开的任何实施方案中，测试组合物包括以下、由以下组成或者基本上由以下组成：框10、11、12、13和14中公开的测试组合物。在本文公开的任何实施方案中，测试组合物包括以下、由以下组成或者基本上由以下组成：框1、6、7、3和9中公开的测试组合物。在本文公开的任何实施方案中，测试组合包括以下、由以下组成或者基本上由以下组成：框1、6、7、9、3和10中公开的测试组合物。在本文公开的任何实施方案中，测试组合物包括以下、由以下组成或者基本上由以下组成：框1、6、7、3、9、10、11、12和14中公开的测试组合物。在本文公开的任何实施方案中，测试组合物包括以下、由以下组成或者基本上由以下组成：框1、10、11、12和14中公开的测试组合物。
附图简述
图1示出了表达A类、B类或D类碳青霉烯酶的肠道细菌的TEM GAM数据的箱形图。
图2示出了表达A类、B类或D类碳青霉烯酶的非发酵性革兰氏阴性杆状菌的TEMGAM数据的箱形图。
图3示出了表达A类、B类或D类碳青霉烯酶的肠道细菌的TEM/CLOX/EDTA GAM数据的箱形图。
图4示出了表达A类、B类或D类碳青霉烯酶的非发酵性革兰氏阴性杆状菌的TEM/CLOX/EDTA GAM数据的箱形图。
图5示出了表达A类、B类或D类碳青霉烯酶的肠道细菌的TEM/CLOX/EDTA GAM数据的箱形图。
图6示出了表达A类、B类或D类碳青霉烯酶的非发酵性革兰氏阴性杆状菌的TEM/CLOX/EDTA GAM数据的箱形图。
图7示出了表达A类、B类或D类碳青霉烯酶的肠道细菌的MEM/CLOX GAM数据的箱形图。
图8示出了表达A类、B类或D类碳青霉烯酶的非发酵性革兰氏阴性杆状菌的MEM/CLOX GAM数据的箱形图。
图9示出了表达A类、B类或D类碳青霉烯酶的肠道细菌的MEM/CLOX/DPA GAM数据的箱形图。
图10示出了表达A类、B类或D类碳青霉烯酶的非发酵性革兰氏阴性杆状菌的MEM/CLOX/DPA GAM数据的箱形图。
图11示出了表达A类、B类或D类碳青霉烯酶的肠道细菌的MEM/CLOX/RPX GAM数据的箱形图。
图12示出了表达A类、B类或D类碳青霉烯酶的非发酵性革兰氏阴性杆状菌的MEM/CLOX/RPX GAM数据的箱形图。
图13示出了表达A类、B类或D类碳青霉烯酶的肠道细菌的DOR/CLOX/AVI GAM数据的箱形图。
图14示出了表达A类、B类或D类碳青霉烯酶的非发酵性革兰氏阴性杆状菌的DOR/CLOX/AVI GAM数据的箱形图。
图15示出了表达A类、B类或D类碳青霉烯酶的肠道细菌的DOR/CLOX/EDTA GAM数据的箱形图。
图16示出了表达A类、B类或D类碳青霉烯酶的非发酵性革兰氏阴性杆状菌的DOR/CLOX/EDTA GAM数据的箱形图。
图17示出了表达A类、B类或D类碳青霉烯酶的肠道细菌的DOR GAM数据的箱形图。
图18示出了表达A类、B类或D类碳青霉烯酶的非发酵性革兰氏阴性杆状菌的DORGAM数据的箱形图。
图19示出了表达A类、B类或D类碳青霉烯酶的肠道细菌的DOR/CLOX GAM数据的箱形图。
图20示出了表达A类、B类或D类碳青霉烯酶的非发酵性革兰氏阴性杆状菌的DOR/CLOX GAM数据的箱形图。
图21示出了表达A类、B类或D类碳青霉烯酶的肠道细菌的DOR/CLOX/DPA GAM数据的箱形图。
图22示出了表达A类、B类或D类碳青霉烯酶的非发酵性革兰氏阴性杆状菌的DOR/CLOX/DPA GAM数据的箱形图。
图23示出了表达A类、B类或D类碳青霉烯酶的肠道细菌的MEM/CLOX/BLI GAM数据的箱形图。
图24示出了表达A类、B类或D类碳青霉烯酶的非发酵性革兰氏阴性杆状菌的MEM/CLOX/BLI GAM数据的箱形图。
图25示出了肠道革兰氏阴性细菌的算法的实施方案的流程图。
图26示出了肠道革兰氏阴性细菌的算法的实施方案的流程图。
图27示出了肠道革兰氏阴性细菌的算法的实施方案的流程图。
图28示出了非发酵性革兰氏阴性杆状菌的算法的实施方案的流程图。
图29示出了非发酵性革兰氏阴性杆状菌的算法的实施方案的流程图。
图30示出了非发酵性革兰氏阴性杆状菌的算法的实施方案的流程图。
图31示出了表达C类碳青霉烯酶的肠道细菌的MEM GAM数据和MEM/CLOX GAM数据的箱形图。
图32示出了用于将肠杆菌归类为A类、B类或D类的算法的实施方案的流程图。
图33示出了用于将非发酵菌归类为B或D类的算法的实施方案的流程图。
图34示出了用于将肠杆菌归类为A类、B类或D类的算法的实施方案的流程图。
图35示出了用于将非发酵菌归类为A类、B类或D类的算法的实施方案的流程图。
图36示出了肠杆菌和非发酵菌的算法的实施方案的流程图。
图37示出了肠杆菌和非发酵菌以及肠杆菌归类的算法的实施方案的流程图。
图38示出了肠杆菌和非发酵菌以及肠杆菌和非发酵菌归类的算法的实施方案的流程图。
图39示出了肠杆菌和非发酵菌以及非发酵菌归类的算法的实施方案的流程图。
详述
增加的抗生素抗性和减少的抗生素管道已经引发了全球公共卫生危机，其中越来越多的患者感染了完全或几乎完全有抗生素抗性的革兰氏阴性细菌。产碳青霉烯酶的有机体(CPO)已成为不可治疗的病原体发展的驱动力，它不仅威胁细菌感染的治疗而且还利用抗生素来保护经历癌症化疗、移植手术、心脏手术、关节置换术以及甚至分娩的患者。
临床实验室快速且精确地检测CPO是一项重大挑战。与大多数细菌感染不同，CPO对感染的最佳疗法需要至少两种活性抗生素来防止总抗生素抗性的出现和传播以及患者的死亡。也就是说，医生可能只有一次机会为这些感染选择有效的疗法。因此，重要的是实验室快速且精确地检测CPO，以提醒医生需要联合疗法。
大多数实验室目前使用不精确的表型碳青霉烯酶检测测试，该测试需要过夜孵育。少数人使用精确但不方便的表型测试或价格较高的基于PCR的测试，这些测试具有一些未解决的精确度问题。目前没有表型测试是自动化的。因此，需要快速诊断性测试来推进抗微生物抗性细菌的检测和控制。
目前市场上销售的bioMérieux Carba NP测试是一种手动独立测试，其检测碳青霉烯酶但未对碳青霉烯酶进行归类。因此，还存在将碳青霉烯酶归类为分子组的治疗需要。
本文公开了包括用于检测CPO并进一步鉴定和归类由细菌表达的Ambler分类碳青霉烯酶的组合物、方法、系统和/或试剂盒的新型检测测试。在一个实施方案中，这些新型CPO检测测试已被并入先前开发的BD Phoenix革兰氏阴性鉴定(ID)/抗微生物敏感性测试(AST)平板中，用于检测表达碳青霉烯酶的细菌。在一些实施方案中，该检测测试可应用于样品中的所有革兰氏阴性细菌(如临床分离株)，并进一步鉴定样品中的碳青霉烯酶的Ambler类别。
在一些实施方案中，检测测试在允许更精确且快速地鉴定由细菌表达的一种或多种Ambler分类碳青霉烯酶的测试中并入一种或多种抗生素和任选的一种或多种抑制剂。一种或多种抗生素抑制样品中革兰氏阴性细菌的生长。然而，如果革兰氏阴性细菌由于它们对一种或多种Ambler分类碳青霉烯酶的表达而对一种或多种抗生素具有抗性，则可以包含一种或多种抑制剂以允许更精确且快速地鉴定由细菌表达的一种或多种Ambler分类碳青霉烯酶。在一些实施方案中，鉴定测试包括将样品暴露于仅一种抗生素或含有/不含一种或多种抑制剂的情况下抗生素的组合。在其它实施方案中，测试可以包括将样品的部分暴露于在多个孔中含有/不含一种或多种抑制剂的情况下的多种不同的抗生素，使得在测试中针对多于一种抗生素或含有/不含一种或多种抑制剂的情况下抗生素的组合对样品进行测试。这些多种组合通常并行运行，使得样品的部分同时暴露于所有组合，其中每种组合在单独的孔中，但是也可以通过将样品的部分暴露于各种连续组合来运行测试。如本文所解释的，对于给定的样品(如，抗生素和抑制剂的特定组合的一式两份、一式三份等)，可以运行包含含有/不含一种或多种抑制剂的情况下特定抗生素的多个孔。β-内酰胺酶的至少四种Ambler分类是已知的，即A类、B类、C类和D类；然而，只有A类、B类和D类被认为是碳青霉烯酶。由产生一类碳青霉烯酶的CPO导致的感染可能对抗生素敏感，而由产生另一类碳青霉烯酶的CPO导致的感染可能不会对同一抗生素敏感。例如，Ambler A类碳青霉烯酶是新的抗生素头孢他啶/阿维巴坦疗法的候选者，而产生B类的CPO对这种药剂具有内在抗性，因此，通过区分产生A类和B类碳青霉烯酶的CPO，患者管理将显著更有效。简而言之，对CPO的快速、精确和方便的检测及归类存在迫切和未满足的需求。
在一些实施方案中，检测测试在测试中引入一种或多种抗生素和一种或多种抑制剂的组合，其允许更精确且快速地鉴定Ambler A类碳青霉烯酶。
在一些实施方案中，检测测试在测试中引入一种或多种抗生素和一种或多种抑制剂的组合，其允许更精确且快速地鉴定Ambler B类碳青霉烯酶。
在一些实施方案中，检测测试可以在测试中引入一种或多种抗生素和一种或多种抑制剂的组合，其允许更精确地区别Ambler C类β-内酰胺酶。
在一些实施方案中，检测测试在测试中引入一种或多种抗生素和一种或多种抑制剂的组合，其允许更精确且快速地鉴定Ambler D类碳青霉烯酶。例如，检测测试在单一测试中引入替莫西林(TEM)、羧基青霉素抗生素和选定抑制剂，其允许更精确且快速地鉴定Ambler D类碳青霉烯酶酶。
本文提供的各种检测测试可以与自动检测系统组合，其利用一种或多种算法来使由细菌表达的碳青霉烯酶的表型检测和任选的由细菌表达的碳青霉烯酶的Ambler归类自动化。
BD Phoenix平板和系统
例如，在专利US 5922593、US 6096272、US 6372485、US 7115384、US 9304141和申请公开US 2009/0142796A1(将其整体在此并入)中描述了用于诊断性微生物测试和微生物鉴定(ID)及抗微生物敏感性测定(AST)的系统。这些参考文献公开了用于微生物的ID/AST和它们对一种或多种抗生素的敏感性的平板和系统，所述平板和系统称为BD Phoenix革兰氏阴性鉴定(ID)/抗微生物敏感性测试(AST)平板和系统(BD Phoenix平板和系统)。BDPhoenix平板和系统适用于各种AST测定方法。例如，将alamarBlueTM，即一种氧化还原缓冲的氧化还原指示剂，添加到AST接种液中，并在添加待用仪器测试的微生物样品之前混合。可见光源和UV光源用于获取对应于红色、绿色、蓝色和荧光波长的光的读数(例如，参见，US2009/0142796A1，其在此整体并入)。
BD Phoenix平板和系统包括具有多个测试孔的基板，所述测试孔适于容纳混悬于肉汤和特定的试剂组合(如含有/不含一种或多种抑制剂的情况下的一种或多种抗生素)中的细菌。通过放置包括以不同波长(如，红色、绿色、蓝色和荧光波长)发射的多个光源(如，可见光源和UV光源)的平板仪器系统来测量对平板中的特定组合试剂的细菌响应。仪器系统容纳平板并且基于比色和/或荧光检测允许进行微生物的ID/AST(例如，参见，US 2009/0142796A1，其在此整体并入)。基于BD Phoenix平板和系统的结果，确定了微生物(如，革兰氏阴性细菌)对抗生素的敏感性。此外，BD Phoenix平板和系统可以区分肠道细菌和非发酵性细菌。
通过回顾上述专利和申请，本领域普通技术人员将容易理解现有技术。本领域普通技术人员还将理解，包括本文公开的组合物、方法、系统和试剂盒的新型检测测试提供了超过现有技术诸如现有BD Phoenix平板和系统的改进。
BD PhoenixTM CPO Detect(PhoenixTM CPO Detect)
本文提供了新型BD PhoenixTM CPO Detect，也被称为PhoenixTM CPO Detect，其包含通过包括CPO检测在BD Phoenix平板和系统上扩展的检测测试。CPO Detect为检测和鉴定表达一类或多类碳青霉烯酶的细菌提供快速、高灵敏度和特异性的基于算法的自动化检测测试。
BD PhoenixTM CPO Detect检测测试通过组合一种或多种抗生素、各类碳青霉烯酶的一种或多种抑制剂和一种或多种检测试剂来扩展BD Phoenix平板和系统，以特异性鉴定由细菌表达的碳青霉烯酶类别。
为了区分细菌是否表达A类、B类和D类碳青霉烯酶中的一种或多种，使用一种或多种抗生素来抑制表达A、B和D类碳青霉烯酶中的一种或多种的革兰氏阴性细菌的样品中的生长。在一些实施方案中，如果革兰氏阴性细菌由于它们对一种或多种Ambler分类碳青霉烯酶的表达而对一种或多种抗生素具有抗性，则使用一种或多种抑制剂来鉴定一种或多种Ambler分类碳青霉烯酶。在测试中使用一种或多种抗生素和一种或多种抑制剂，通常包括在具有在不同孔中含有/不含一种或多种抑制剂的情况下的一种或多种抗生素的不同组合的多个孔中运行的样品，以更精确且快速区分和鉴定碳青霉烯酶的Ambler类别。
在一些实施方案中，BD CPO Detect可提供两种结果：(1)针对碳青霉烯酶检测的基于初始检测的阳性/阴性结果，(2)根据碳青霉烯酶的分子类别，对来自步骤(1)的阳性分离物的后续归类。相比之下，bioMérieux Carba NP测试仅提供基于初始检测的阳性/阴性结果，该分析水平是目前市售表型测试的标准。
如本文所用，在针对碳青霉烯酶检测的基于初始检测的阳性/阴性结果的上下文中，测试的“灵敏度”或检测的“灵敏度”被定义为在阳性/阴性测试阶段中检测到的CPO的百分比。
如本文所用，在针对碳青霉烯酶检测的基于初始检测的阳性/阴性结果的上下文中，测试的“特异性”或检测的测试“特异性”被定义为在阳性/阴性阶段测试中被正确鉴定的碳青霉烯酶阴性分离株的百分比。
如本文所用，在根据碳青霉烯酶的分子类别对阳性分离株进行归类的上下文中，如果归类结果是精确归类或阳性的但为无类型的结果，则认为归类结果是好的。检测碳青霉烯酶而不对其进行归类对于患者管理重要且非常有益。对碳青霉烯酶进行精确归类会增加结果的价值。如果碳青霉烯酶属于A类，则头孢他啶/阿维巴坦是治疗的潜在候选物。B类碳青霉烯酶检测禁忌头孢他啶/阿维巴坦疗法，因为B类CPO本质上对该药剂有抗性。目前尚不清楚头孢他啶/阿维巴坦疗法对D类碳青霉烯酶产生菌感染的影响。精确的阴性结果也是指导患者管理和感染控制的良好结果。
碳青霉烯酶错误归类为B类或D类被认为是无益的但相对良性的。这种错误归类并没有减损碳青霉烯酶检测的价值，但它可能延迟考虑头孢他啶/阿维巴坦疗法，直到获得敏感性结果。“无答案”结果也无益，因为它既不会带来益处也不会带来伤害。
被认为具有潜在有害的结果包括将B类碳青霉烯酶错误归类为A类碳青霉烯酶。这可能导致患者接受无效的头孢他啶/阿维巴坦疗法。假阴性结果也被认为是潜在有害的，因为未检测到的CPO的结果可能是无效疗法和/或未能实施感染控制措施。
本文提供了细菌、抗生素、抑制剂和检测试剂的非限制性实例。还提供了抗生素和抑制剂的浓度范围的非限制性实例。然而，本领域普通技术人员将容易理解，检测测试可以适合于用其他细菌、抗生素、抑制剂和检测试剂执行，并且可以用其他浓度范围的抗生素和抑制剂执行。
抗生素
抗生素的非限制性实例包括替莫西林(TEM)、多利培南(DOR)或美罗培南(MEM)。TEM(6β-(2-羧基-2-噻吩-3-基乙酰氨基)-6α-甲氧西林二钠)是一种羧基青霉素，其对染色体和质粒β-内酰胺酶水解稳定，所述β-内酰胺酶包括超广谱β-内酰胺酶(ESBL)和AmpC-型β-内酰胺酶。TEM目前在比利时和英国用于治疗肠杆菌的多重抗药性。
在一些实施方案中，本文提供的检测测试中TEM的浓度范围为或为约6μg/ml至1024μg/ml。在一些实施方案中，本文提供的检测测试中TEM的浓度范围为或为约12μg/ml至512μg/ml(图1-图6)。另一个浓度范围为或为约32μg/ml至124μg/ml，其中一些实施方案具有约64μg/ml的浓度。在一些实施方案中，本文提供的检测测试中TEM的浓度范围为或为约32μg/ml至100μg/ml。在一些实施方案中，本文提供的检测测试中TEM的浓度范围为或为约32μg/ml至75μg/ml。在一些实施方案中，本文提供的检测测试中TEM的浓度范围为或为约55μg/ml至75μg/ml。
MEM是一种用于治疗各种各样的感染的超广谱可注射抗生素。它是β-内酰胺，并属于碳青霉烯亚组。它很好地渗透到许多组织和体液(包括脑脊液、胆汁、心脏瓣膜、肺和腹膜液)中。除了针对单核细胞增生李斯特菌(Listeria monocytogenes)是抑菌的之外，MEM是杀细菌的。它像其他β-内酰胺抗生素一样抑制细菌壁合成。
在一些实施方案中，本文提供的检测测试中MEM的浓度范围为或为约0.0039μg/ml至128μg/ml。在一些实施方案中，本文提供的检测测试中MEM的浓度范围为或为约0.0078μg/ml至64μg/ml(图7-图12、图23和图24)。在一些实施方案中，本文提供的检测测试中MEM的浓度范围为或为约0.0156μg/ml至64μg/ml(图31)。另一个浓度范围是约0.016μg/ml至约1μg/ml，其中一些实施方案具有约0.0625μg/ml的浓度。
DOR是一种超广谱可注射抗生素。它是β-内酰胺，并属于碳青霉烯亚组。DOR可用于细菌感染，诸如复杂的腹部感染、医院环境内的肺炎以及包括肾脏感染伴败血症在内的泌尿道复合感染。DOR减少细胞壁生长的过程，最终导致感染细胞细菌的完全消除。
在一些实施方案中，本文提供的检测测试中DOR的浓度范围为或为约0.0078μg/ml至128μg/ml。在一些实施方案中，本文提供的检测测试中DOR的浓度范围为或为约0.0156μg/ml至64μg/ml(图13-图22)。另一个浓度范围为或为约0.0313μg/ml至4μg/ml，其中一些实施方案具有约1μg/ml的浓度。
其他抗微生物剂的非限制性实例包括CLOX、EDTA和RPX7009、阿维巴坦、BLI-489和DPA。
在一些实施方案中，CLOX的浓度范围为或为约40μg/ml至160μg/ml，其中一些实施方案具有约100μg/ml的浓度。
在一些实施方案中，EDTA的浓度范围为或为约100μg/ml至400μg/ml，其中一些实施方案具有约250μg/ml的浓度。
在一些实施方案中，RPX7009的浓度范围为或为约3μg/ml至15μg/ml，其中一些实施方案具有约8μg/ml的浓度。
在一些实施方案中，阿维巴坦的浓度范围为或为约1μg/ml至10μg/ml，其中一些实施方案具有约4μg/ml的浓度。
在一些实施方案中，BLI-489的浓度范围为或为约1μg/ml至10μg/ml，其中一些实施方案具有约5μg/ml的浓度。
在一些实施方案中，DPA的浓度范围为或为约50μg/ml至400μg/ml，其中一些实施方案具有约178μg/ml的浓度。
Ambler分类碳青霉烯酶
碳青霉烯酶是具有广泛水解活性的β-内酰胺酶的酶(β-内酰胺酶)。碳青霉烯酶能够水解青霉素、头孢菌素、单酰胺菌素和碳青霉烯。这些酶在临床上重要的细菌如肠杆菌和非发酵性细菌，包括不动杆菌属(Acinetobacter)和假单胞菌属(Pseudomonas)物种中的快速传播，对公众健康构成了重大威胁。
碳青霉烯酶属于两个主要家族。这两个主要家族的区别在于其活性位点的水解机制(锌或丝氨酸)。基于氨基酸同源性的分类(Ambler分类)产生四个主要类别，即Ambler A类、B类、C类和D类。
Ambler A类碳青霉烯酶在其活性位点含有氨基酸丝氨酸。表达Ambler A类碳青霉烯酶的细菌对基于机制的抑制剂敏感。基于机制的抑制是一种不可逆的酶抑制形式，其在“正常的”催化反应期间当酶结合底物类似物并通过共价键与其形成不可逆复合物时发生。A类碳青霉烯酶的非限制性实例包括KPC(如，KPC样、KPC-2或KPC-3)酶、NMC-A酶、IMI酶和SME酶。
Ambler B类碳青霉烯酶在其活性位点含有金属锌。表达Ambler B类碳青霉烯酶的细菌对螯合剂敏感，该螯合剂结合锌(金属离子)并将其从B类碳青霉烯酶的活性位点去除。B类碳青霉烯酶(金属-β-内酰胺酶)的非限制性实例包括NDM(如，NDM样或NDM-1)酶、GIM酶、SPM(如，SPM样或SPM-1)酶、IMP(如，IMP-样或IMP-1)酶和VIM(如，VIM样或VIM-1)酶。
与Ambler A类碳青霉烯酶类似，Ambler C类β-内酰胺酶在其活性位点含有氨基酸丝氨酸。然而，Ambler C类β-内酰胺酶不会水解碳青霉烯。细菌中Ambler C类β-内酰胺酶的过表达不会使它们对碳青霉烯不敏感，因此不是碳青霉烯酶。然而，当存在其他突变，包括外膜中孔蛋白的损失或外排泵活化时，可能出现碳青霉烯抗性。细菌中Ambler C类β-内酰胺酶的过表达使细菌对广谱头孢菌素不敏感。
尽管表达Ambler C类β-内酰胺酶(在本文中为方便起见，称为C类碳青霉烯酶)的细菌可能对碳青霉烯敏感，但它们可能通过其他机制对碳青霉烯不敏感。表达C类碳青霉烯酶的细菌必须在表型测试中选择性地敏感，以检测A类、B类和D类碳青霉烯酶。否则可能获得假阳性解释。
与Ambler A类和C类类似，Ambler D类碳青霉烯酶在其活性位点也含有氨基酸丝氨酸。然而，D类碳青霉烯酶此时没有已知的共同特定抑制剂。因此，通常通过确定抗性不是由A类、B类或C类导致的，留下D类作为推定鉴定来间接地进行用于鉴定D类碳青霉烯酶的表型测试。例如，用于鉴定D类碳青霉烯酶的表型测试是通过排除其他Ambler分类碳青霉烯酶的过程间接进行的。D类碳青霉烯酶的非限制性实例包括OXA-23酶、OXA-40酶、OXA-48酶、OXA-58酶、OXA-72酶、OXA-181酶和OXA-232酶。
在一些情况下，有机体可以产生多于一类的碳青霉烯酶。例如，在一些实施方案中，有机体产生2、3或4类碳青霉烯酶。
非碳青霉烯酶抗性机制的非限制性实例包括ESBL(如，CTX-M-1、CTX-M-2CTX-M-9、CTX-M-12、CTX-M14、CTX-M-15、CTX-M-15-样、CTX-M-28、SHV ESBL、SHV-5、SHV-5-样、SHV-12、SHV-12-样、SHV-18、TEM ESBL、OXA-45)，AmpC(包括超产生菌)(如，质粒介导的AmpC，诸如ACT-1、ACT-样、CMY(CMY-样、CMY-2、CMY-2-样)CMY-16、DHA-1、DHA-样、FOX-1、FOX-5、LAT-4、MIR-样、MOX-1、K1)，广谱β-内酰胺酶和孔蛋白突变体。
碳青霉烯酶抑制剂和区分剂
碳青霉烯酶的非限制性类别的抑制剂包括：基于机制的抑制剂螯合剂和β-内酰胺抗生素。
基于机制的抑制剂的非限制性实例包括β-内酰胺酶抑制剂，并且包括但不限于基于硼酸的抑制剂、法硼巴坦(RPX7009)、BLI-489、CLOX、克拉维酸、他唑巴坦或阿维巴坦。
此外，表达Ambler A类碳青霉烯酶的细菌通常也在比表达Ambler B类或D类碳青霉烯酶的大多数细菌更低的浓度下对替莫西林敏感。
表达Ambler A类碳青霉烯酶的细菌在较低浓度下对TEM敏感，例如，TEM浓度在约6μg/ml至约12μg/ml范围内(图1)。另一方面，表达D类的细菌通常表现出对TEM的MIC升高，因此，在高得多的TEM浓度例如≥约128μg/ml处敏感(图1)。
因此，抑制表达A类的细菌生长的替莫西林浓度不会抑制表达D类的细菌的生长，并且替莫西林可用于区分表达A类和D类碳青霉烯酶的细菌。
螯合剂的非限制性实例包括乙二胺四乙酸(EDTA)和吡啶二羧酸(DPA)，其键合并螯合金属离子。
表达Ambler B类碳青霉烯酶的细菌对250μg/ml的EDTA(图3、图4、图15和图16)、280μg/ml的EDTA(图5和图6)和180μg/ml的DPA(图9、图10、图21和图22)敏感。
C类β-内酰胺酶的区分剂的非限制性实例是氯洒西林(CLOX)，其是青霉素衍生物，可用于治疗由葡萄球菌(Staphylococci)引起的感染。表达C类β-内酰胺酶的细菌对浓度为约100μg/ml的CLOX敏感，而表达A类、B类或D类的细菌通常对浓度为约100μg/ml的CLOX不敏感，从而允许区分C类与A类、B类和D类(图31)。
BD PhoenixTM CPO Detect检测测试
BD PhoenixTM CPO Detect检测测试可用作定性体外诊断性测试，其通过表型检测细菌中碳青霉烯酶的表达。除了提供表达碳青霉烯酶的细菌的检测之外，它还进一步将碳青霉烯酶的酶类型区分为Ambler A类、B类或D类。使用BD PhoenixTM CPO Detect检测测试，临床实验室将能够测试从患者样品中分离出的所有革兰氏阴性细菌，用于分离株的鉴定和抗生素敏感性，以及鉴定由细菌表达的碳青霉烯酶的Ambler类别。
在一些实施方案中，该样品的非限制性实例可包括血液、尿液、粪便、痰液、唾液等中的一种或多种。该样品是从人、一种或多种伴侣动物或者一种或多种商业上重要的动物中收集的。在一些实施方案中，人、一种或多种伴侣动物或者一种或多种商业上重要的动物可以具有细菌感染。细菌感染可归因于肠道细菌或非发酵性细菌。在一些实施方案中，细菌可以不是肠道细菌或非发酵性细菌。
肠道细菌的非限制性实例包括肺炎克雷伯氏菌、大肠杆菌和产气肠杆菌。
非发酵性细菌的非限制性实例包括铜绿假单胞菌和鲍曼不动杆菌复合体。
本领域普通技术人员将理解，BD PhoenixTM CPO Detect可适用于肠道细菌和非发酵性细菌以外的细菌。
该程序提供了一种精确地鉴定碳青霉烯酶产生以及Ambler归类区分的简化方法，这是适当的抗生素治疗和监测所必需的，允许适当地隔离患者与其他非感染患者。所提出的测试可以与常规的敏感性测试(AST)合并，因此不需要另外的测试或成本。该测试还提供了AST正在进行时碳青霉烯酶的快速鉴定。这将节省医院和患者的时间和成本，因为CPO的单独测试不需要由医生订购。
检测测试包括多个孔。在一些实施方案中，每个孔中的输入是包含一种或多种细菌、一种或多种抗生素、任选的一种或多种抑制剂和一种或多种检测试剂的样品的组合。用于检测测试的适当对照可包括多个孔，其中每个孔包含含有一种或多种细菌和/或一种或多种抗生素和/或一种或多种抑制剂和/或一种或多种检测试剂的样品。在一些实施方案中，对于每种类型的孔，以一式两份、一式三份或更多(如对于特定的一种或多种抗生素/一种或多种抑制剂组合)跑样品。
用各种浓度范围的一种或多种抗生素以及各种浓度范围的一种或多种抑制剂进行的肠道细菌和非发酵性细菌的检测测试的非限制性实施方案示于图1-图24和图31中。这些图说明沿着x轴测试的抗生素的浓度(以μg/ml计)(在每个图中并非测试了每个浓度)，以及y轴的样品中细菌生长量。该框说明了中位数、四分位距、非异常值最小值和最大值；用星号表示单个异常值。每个图都有用于产生A类、B类和D类的细菌的组，以及用于非产碳青霉烯酶的细菌(NEG)的组。在一些实施方案中，本文所述的检测测试不是通过对细胞形态的变化进行成像来进行的。
举例来说，图1说明了在几种浓度的TEM存在下生长的多种肠道细菌的测试。如图1所示，A类和NEG细菌对TEM比B类或D类更敏感。在24μg/ml的浓度下，几乎所有测试的A类肠道细菌菌株都被TEM抑制，而D类不受影响直到浓度达到192μg/ml。几乎所有NEG肠道细菌都对最低浓度的TEM敏感。测试的B类肠道细菌在48μg/ml开始显示出敏感性，如平均生长线减少所证明的，在384μg/ml下，大多数B类肠道细菌的生长被抑制。图1-图24和图31显示了在含有和不含一种或多种抑制剂的情况下抗生素的多种组合的结果，其可以用于区分A类、B类、D类及NEG肠道细菌和非发酵性细菌。在一些实施方案中，检测测试可以包括多个孔，其包含肠道细菌和浓度范围为约12μg/ml至约512μg/ml的TEM(图1)。
在一些实施方案中，检测测试可以包括多个孔，其包含非发酵性细菌和浓度范围为约12μg/ml至约512μg/ml的TEM(图2)。
在一些实施方案中，检测测试可以包括多个孔，其包含肠道细菌、0.1mg/ml的CLOX、250μg/ml的EDTA以及浓度范围为约12μg/ml至约512μg/ml的TEM(图3)。
在一些实施方案中，检测测试可以包括多个孔，其包含非发酵性细菌、0.1mg/ml的CLOX、250μg/ml的EDTA以及浓度范围为约12μg/ml至约512μg/ml的TEM(图4)。
在一些实施方案中，检测测试可以包括多个孔，其包含肠道细菌、0.1mg/ml的CLOX、280μg/ml的EDTA以及浓度范围为约12μg/ml至约512μg/ml的TEM(图5)。
在一些实施方案中，检测测试可以包括多个孔，其包含非发酵性细菌、0.1mg/ml的CLOX、280μg/ml的EDTA以及浓度范围为约12μg/ml至约512μg/ml的TEM(图6)。
在一些实施方案中，检测测试可以包括多个孔，其包含肠道细菌、0.1mg/ml的CLOX以及浓度范围为约0.0078μg/ml至约64μg/ml的MEM(图7)。
在一些实施方案中，检测测试可以包括多个孔，其包含非发酵性细菌、0.1mg/ml的CLOX以及浓度范围为约0.0078μg/ml至约64μg/ml的MEM(图8)。
在一些实施方案中，检测测试可以包括多个孔，其包含肠道细菌、0.1mg/ml的CLOX、0.18mg/ml的DPA以及浓度范围为约0.0078μg/ml至约64μg/ml的MEM(图9)。
在一些实施方案中，检测测试可以包括多个孔，其包含非发酵性细菌、0.1mg/ml的CLOX、0.18mg/ml的DPA以及浓度范围为约0.0078μg/ml至约64μg/ml的MEM(图10)。
在一些实施方案中，检测测试可以包括多个孔，其包含肠道细菌、0.1mg/ml的CLOX、8μg/ml的RPX以及浓度范围为约0.0078μg/ml至约64μg/ml的MEM(图11)。
在一些实施方案中，检测测试可以包括多个孔，其包含非发酵性细菌、0.1mg/ml的CLOX、8μg/ml的RPX以及浓度范围为约0.0078μg/ml至约64μg/ml的MEM(图12)。
在一些实施方案中，检测测试可以包括多个孔，其包含肠道细菌、0.1mg/ml的CLOX、4μg/ml的AVI以及浓度范围为约0.0156μg/ml至约64μg/ml的DOR(图13)。
在一些实施方案中，检测测试可以包括多个孔，其包含非发酵性细菌、0.1mg/ml的CLOX、4μg/ml的AVI以及浓度范围为约0.0156μg/ml至约64μg/ml的DOR(图14)。
在一些实施方案中，检测测试可以包括多个孔，其包含肠道细菌、0.1mg/ml的CLOX、0.25mg/ml的EDTA以及浓度范围为约0.0156μg/ml至约64μg/ml的DOR(图15)。
在一些实施方案中，检测测试可以包括多个孔，其包含非发酵性细菌、0.1mg/ml的CLOX、0.25mg/ml的EDTA以及浓度范围为约0.0156μg/ml至约64μg/ml的DOR(图16)。
在一些实施方案中，检测测试可以包括多个孔，其包含肠道细菌以及浓度范围为约0.0156μg/ml至约64μg/ml的DOR(图17)。
在一些实施方案中，检测测试可以包括多个孔，其包含非发酵性细菌以及浓度范围为约0.0156μg/ml至约64μg/ml的DOR(图18)。
在一些实施方案中，检测测试可以包括多个孔，其包含肠道细菌、0.1mg/ml的CLOX以及浓度范围为约0.0156μg/ml至约64μg/ml的DOR(图19)。
在一些实施方案中，检测测试可以包括多个孔，其包含非发酵性细菌、0.1mg/ml的CLOX以及浓度范围为约0.0156μg/ml至约64μg/ml的DOR(图20)。
在一些实施方案中，检测测试可以包括多个孔，其包含肠道细菌、0.1mg/ml的CLOX、0.18mg/ml的DPA以及浓度范围为约0.0156μg/ml至约64μg/ml的DOR(图21)。
在一些实施方案中，检测测试可以包括多个孔，其包含非发酵性细菌、0.1mg/ml的CLOX、0.18mg/ml的DPA以及浓度范围为约0.0156μg/ml至约64μg/ml的DOR(图22)。
在一些实施方案中，检测测试可以包括多个孔，其包含肠道细菌、0.1mg/ml的CLOX、5μg/ml的BLI以及浓度范围为约0.0078μg/ml至约64μg/ml的MEM(图23)。
在一些实施方案中，检测测试可以包括多个孔，其包含非发酵性细菌、0.1mg/ml的CLOX、5μg/ml的BLI以及浓度范围为约0.0078μg/ml至约64μg/ml的MEM(图24)。
在一些实施方案中，检测测试可以包括多个孔，其包含肠道细菌、0.1mg/ml的CLOX以及浓度范围为约0.0156μg/ml至约64μg/ml的MEM(图31)。
在检测测试中，基于细菌在特定浓度的抗生素存在下是否生长，实现了细菌是否对本文提供的一种或多种抗生素敏感的确定。如果细菌对一种或多种抗生素不敏感，则通过使用本文提供的一种或多种碳青霉烯酶抑制剂或区分剂来实现由细菌表达的赋予对抗生素不敏感性的一类或多类碳青霉烯酶的鉴定。
提供了鉴定肠道或非发酵性细菌表达一种或多种Ambler分类碳青霉烯酶的检测测试的非限制性实例(实施例1-实施例4)。确定样品是否包含肠道或非发酵性细菌可以通过本领域已知的方法进行，例如，点氧化酶测试、MALDI-TOF和生化测试，包括Phoenix ID系统。以下实施例中公开的抗生素和抑制剂的浓度是示例性且非限制性的。可接受的其他浓度或浓度范围在包括附图在内的本公开内容中公开。
在一些实施方案中，BD PhoenixTM CPO Detect包括这样的孔(或任选几个相同的孔)，其包含含有在含有/不含一种或多种碳青霉烯酶抑制剂的情况下的一种或多种细菌、一种或多种检测试剂和一种或多种抗生素的输入样品。在一些实施方案中，孔包含下表0.1中公开的组合之一，其包含在不含/不含一种或多种碳青霉烯酶抑制剂的情况下的一种或多种抗生素。
表0.1-不含或不含一种或多种碳青霉烯酶抑制剂的情况下一种或多种抗生素的组合
| 组合 | 组分 |
| 1 | DOR |
| 2 | DOR/CLOX |
| 3 | DOR/CLOX/AVI |
| 4 | DOR/CLOX/DPA |
| 5 | DOR/CLOX/EDTA |
| 6 | MEM/CLOX |
| 7 | MEM/CLOX/BLI |
| 8 | MEM/CLOX/DPA |
| 9 | MEM/CLOX/RPX |
| 10 | TEM/EDTA |
在表0.1中提供的组合1-10中的任一种中，CLOX的浓度为或为约2.5μg/ml至40000μg/ml，或CLOX的浓度为或为约20μg/ml至500μg/ml。在一些实施方案中，CLOX的浓度为或为约20μg/ml至150μg/ml，CLOX的浓度为或为约150μg/ml至250μg/ml，CLOX的浓度为或为约250μg/ml至350μg/ml，或CLOX的浓度为或为约350μg/ml至500μg/ml，其中一些实施方案的浓度为或为约100μg/ml。在一些实施方案中，CLOX的浓度为或为约20、30、40、50、60、70、80、90、100、150、200、250、300、350、400、450、500、1000、5000、10,000或40,000μg/ml，或在由任何两个上述值限定的范围内。
在表0.1中提供的组合1-10中的任一种中，AVI的浓度为或为约0.5μg/ml至20μg/m。在一些实施方案中，AVI的浓度为或为约0.5μg/ml至5μg/ml，AVI的浓度为或为约5μg/ml至10μg/ml，AVI的浓度为或为约10μg/ml至15μg/ml，或AVI的浓度为或为约15μg/ml至10μg/ml，其中一些实施方案的浓度为或为约4μg/ml。在一些实施方案中，AVI的浓度为或为约0.5、1、1.5、2、2.5、3、3.5、4、4.5、5、7.5、10、12.5、15、17.5或20μg/ml，或在由任何两个上述值限定的范围内。
在表0.1中提供的组合1-10中的任一种中，BLI-489的浓度为或为约1μg/ml至25μg/ml。在一些实施方案中，BLI-489的浓度为或为约1μg/ml至5μg/ml，BLI-489的浓度为或为约5μg/ml至10μg/ml，BLI-489的浓度为或为约10μg/ml至17.5μg/ml，或BLI-489的浓度为或为约17.5μg/ml至25μg/ml，其中一些实施方案的浓度为或为约5μg/ml。在一些实施方案中，BLI-489的浓度为或为约1、2.5、3、3.5、4、4.5、5、7.5、10、12.5、15、17.5、20、22.5或25μg/ml，或在由任何两个上述值限定的范围内。
在表0.1中提供的组合1-10中的任一种中，DPA的浓度为或为约35μg/ml至900μg/ml。在一些实施方案中，DPA的浓度为或为约35μg/ml至150μg/ml，DPA的浓度为或为约150μg/ml至300μg/ml，DPA的浓度为或为约300μg/ml至650μg/ml，或DPA的浓度为或为约650μg/ml至900μg/ml，其中一些实施方案的浓度为或为约178μg/ml。在一些实施方案中，DPA的浓度为或为约35、70、140、178、200、280、350、450、560、640、730、820或900μg/ml，或在由任何两个上述值限定的范围内。
在表0.1中提供的组合1-10中的任一种中，EDTA的浓度为或为约50μg/ml至1250μg/ml。在一些实施方案中，EDTA的浓度为或为约50μg/ml至250μg/ml，EDTA的浓度为或为约250μg/ml至500μg/ml，EDTA的浓度为或为约500μg/ml至750μg/ml，或EDTA的浓度为或为约750μg/ml至1250μg/ml，其中一些实施方案的浓度为或为约250μg/ml。在一些实施方案中，EDTA的浓度为或为约50、75、150、200、250、300、350、500、600、750、1000或1250μg/ml，或在由任何两个上述值限定的范围内。
在表0.1中提供的组合1-10中的任一种中，RPX7009的浓度为或为约1.5μg/ml至40μg/ml。在一些实施方案中，RPX7009的浓度为或为约1.5μg/ml至3μg/ml，RPX7009的浓度为或为约3μg/ml至15μg/ml，RPX7009的浓度为或为约15μg/ml至25μg/ml，或RPX7009的浓度为或为约25μg/ml至40μg/ml，其中一些实施方案的浓度为或为约8μg/ml。在一些实施方案中，RPX7009的浓度范围为或为约3、3.5、4、4.5、5、5.5、6、6.5、7、7.5、8、8.5、9、9.5、10、10.5、11、11.5、12、12.5、13、13.5、14、14.5或15μg/ml，或在由任何两个上述值限定的范围内。
在组合1中，DOR的浓度为或为约0.0625μg/ml至0.25μg/ml。在一些实施方案中，DOR的浓度为或为约0.0125μg/ml至1.25μg/ml，DOR的浓度为或为约0.0625μg/ml至0.0825μg/ml，DOR的浓度为或为约0.0825μg/ml至0.125μg/ml，DOR的浓度为或为约0.125μg/ml至0.175μg/ml，或DOR的浓度为或为约0.175μg/ml至0.25μg/ml。在一些实施方案中，DOR的浓度为或为约0.0125、0.0625、0.07、0.075、0.08、0.085、0.09、0.095、0.1、0.125、0.15、0.175、0.2、0.225、0.25、0.5、0.75、1.0或1.25μg/ml，或在由任何两个上述值限定的范围内。
在组合2中，DOR的浓度为或为约0.5μg/ml至4μg/ml。在一些实施方案中，DOR的浓度为或为约0.1μg/ml至40μg/ml，DOR的浓度为或为约0.1μg/ml至10μg/ml，DOR的浓度为或为约0.2μg/ml至20μg/ml，DOR的浓度为或为约0.5μg/ml至4μg/ml，DOR的浓度为或为约0.5μg/ml至1μg/ml，DOR的浓度为或为约1μg/ml至2μg/ml，DOR的浓度为或为约2μg/ml至3μg/ml，或DOR的浓度为或为约3μg/ml至4μg/ml。在一些实施方案中，DOR的浓度为或为约0.1、0.15、0.2、0.25、0.5、1、1.25、1.5、1.75、2、2.25、2.5、2.75、3、3.25、3.5、3.75、4、5、6、7、8、9、10、15、20、30或40μg/ml，或在由任何两个上述值限定的范围内。
在组合3中，DOR的浓度为或为约0.03125μg/ml至16μg/ml，或0.02μg/ml至600μg/ml。在一些实施方案中，DOR的浓度为或为约0.03126μg/ml至1μg/ml，DOR的浓度为或为约1μg/ml至4μg/ml，DOR的浓度为或为约4μg/ml至8μg/ml，或DOR的浓度为或为约8μg/ml至16μg/ml。在一些实施方案中，DOR的浓度为或为约0.03125、0.0625、0.1、0.5、0.75、1、2、4、5、6、8、10、12、14、16、24、32、40、48、56、60、80或100μg/ml，或在由任何两个上述值限定的范围内。在一些实施方案中，DOR的浓度为或为约0.006μg/ml至0.6μg/ml。在一些实施方案中，DOR的浓度为或为约0.03125μg/ml至0.0625μg/ml，DOR的浓度为或为约0.015μg/ml至0.24μg/ml，DOR的浓度为或为约0.0625μg/ml至0.0775μg/ml，DOR的浓度为或为约0.0775μg/ml至0.1μg/ml，或DOR的浓度为或为约0.1μg/ml至0.125μg/ml。在一些实施方案中，DOR的浓度为或为约0.03、0.03125、0.04、0.05、0.06、0.07、0.08、0.09、0.1、0.11、0.12、0.125、0.15、0.2、0.4、0.5或0.6μg/ml，或在由任何两个上述值限定的范围内。
在组合4中，DOR的浓度为或为约0.5μg/ml至2μg/ml。在一些实施方案中，DOR的浓度为或为约0.1μg/ml至10μg/ml，DOR的浓度为或为约0.25μg/ml至4μg/ml，DOR的浓度为或为约0.5μg/ml至0.75μg/ml，DOR的浓度为或为约0.75μg/ml至1μg/ml，DOR的浓度为或为约1μg/ml至1.5μg/ml，或DOR的浓度为或为约1.5μg/ml至2μg/ml。在一些实施方案中，DOR的浓度为或为约0.5、0.55、0.6、0.65、0.7、0.75、1、1.25、1.5、1.75或2μg/ml，或在由任何两个上述值限定的范围内。
在组合5中，DOR的浓度为或为约0.03125μg/ml至0.125μg/ml。在一些实施方案中，DOR的浓度为或为约0.03125μg/ml至0.0625μg/ml，DOR的浓度为或为约0.0625μg/ml至0.0775μg/ml，DOR的浓度为或为约0.0775μg/ml至0.1μg/ml，或DOR的浓度为或为约0.1μg/ml至0.125μg/ml。在一些实施方案中，DOR的浓度为或为约0.006μg/ml至0.6μg/ml。在一些实施方案中，DOR的浓度为或为约0.015μg/ml至0.24μg/ml。在一些实施方案中，DOR的浓度为或为约0.006、0.01、0.015、0.03、0.03125、0.04、0.05、0.06、0.0625、0.07、0.08、0.09、0.1、0.115、0.12、0.125、0.15、0.2、0.4、0.5或0.6μg/ml，或在由任何两个上述值限定的范围内。
在组合6中，MEM的浓度为或为约0.03125μg/ml至1μg/ml。在一些实施方案中，MEM的浓度为或为约0.0125μg/ml至5μg/ml，MEM的浓度为或为约0.03125μg/ml至0.0625μg/ml，MEM的浓度为或为约0.0625μg/ml至0.125μg/ml，MEM的浓度为或为约0.125μg/ml至0.5μg/ml，MEM的浓度为或为约0.125μg/ml至2μg/ml，或MEM的浓度为或为约0.5μg/ml至1μg/ml。在一些实施方案中，MEM的浓度为或为约0.0125、0.03、0.03125、0.0625、0.075、0.1、0.125、0.25、0.5、0.6、0.625、0.7、0.725、0.8、0.875、0.9、1、1.5、2、2.5或5μg/ml，或在由任何两个上述值限定的范围内。在一些实施方案中，MEM的浓度为或者为约0.006μg/ml至0.6μg/ml。在一些实施方案中，MEM的浓度为或为约0.03125μg/ml至0.0625μg/ml，MEM的浓度为或为约0.015μg/ml至0.24μg/ml，MEM的浓度为或为约0.0625μg/ml至0.0775μg/ml，MEM的浓度为或为约0.0775μg/ml至0.1μg/ml，或MEM的浓度为或为约0.1μg/ml至0.125μg/ml。在一些实施方案中，MEM的浓度为或为约0.03、0.03125、0.04、0.05、0.06、0.07、0.08、0.09、0.1、0.11、0.12、0.125、0.15、0.2、0.4、0.5或0.6μg/ml，或在由任何两个上述值限定的范围内。
在组合7中，MEM的浓度为或为约2μg/ml至8μg/ml。在一些实施方案中，MEM的浓度为或为约0.4μg/ml至40μg/ml，MEM的浓度为或为约1μg/ml至16μg/ml，MEM的浓度为或为约2μg/ml至4μg/ml，MEM的浓度为或为约4μg/ml至6μg/ml，MEM的浓度为或为约6μg/ml至7.5μg/ml，或MEM的浓度为或为约7.5μg/ml至8μg/ml。在一些实施方案中，MEM的浓度为或为约0.4、1、2、2.5、3、3.5、4、4.5、5、5.5、6、6.5、7、7.5、8、12、16、20、25、30、35或40μg/ml，或在由任何两个上述值限定的范围内。
在组合8中，MEM的浓度为或为约0.03125μg/ml至0.125μg/ml。在一些实施方案中，MEM的浓度为或为约0.03125μg/ml至0.0625μg/ml，MEM的浓度为或为约0.0625μg/ml至0.0775μg/ml，MEM的浓度为或为约0.0775μg/ml至0.1μg/ml，或MEM的浓度为或为约0.1μg/ml至0.125μg/ml。在一些实施方案中，MEM的浓度为或为约0.006μg/ml至0.6μg/ml。在一些实施方案中，MEM的浓度为或为约0.015μg/ml至0.24μg/ml。在一些实施方案中，MEM的浓度为或为约0.006、0.01、0.015、0.03、0.03125、0.04、0.05、0.06、0.07、0.08、0.09、0.1、0.11、0.12、0.125、0.15、0.2、0.4、0.5或0.6μg/ml，或在由任何两个上述值限定的范围内。
在组合9中，MEM的浓度为或为约0.015625μg/ml至0.125μg/ml。在一些实施方案中，MEM的浓度为或为约0.03125μg/ml至0.0625μg/ml，MEM的浓度为或为约0.0625μg/ml至0.0775μg/ml，MEM的浓度为或为约0.0775μg/ml至0.1μg/ml，或MEM的浓度为或为约0.1μg/ml至0.125μg/ml。在一些实施方案中，MEM的浓度为或为约0.006μg/ml至0.6μg/ml，MEM的浓度为或为约0.015μg/ml至0.24μg/ml，MEM的浓度为或为约0.003μg/ml至0.3μg/ml，或MEM的浓度为或为约0.0075μg/ml至0.12μg/ml。在一些实施方案中，MEM的浓度为或为约0.003、0.0075、0.01、0.015、0.01、0.015625、0.02、0.03、0.04、0.05、0.06、0.07、0.08、0.09、0.1、0.12、0.125、0.15、0.2、0.3、0.4、0.5或0.6μg/ml，或在由任何两个上述值限定的范围内。
在组合10中，TEM的浓度为或为约32μg/ml至128μg/ml。在一些实施方案中，TEM的浓度为或为约24μg/ml至128μg/ml，TEM的浓度为或为约32μg/ml至75μg/ml，TEM的浓度为或为约32μg/ml至50μg/ml，TEM的浓度为或为约50μg/ml至75μg/ml，TEM的浓度为或为约75μg/ml至100μg/ml，或TEM的浓度为或为约100μg/ml至128μg/ml。在一些实施方案中，TEM的浓度为或为约32、40、50、60、64、70、75、80、90、100、110、120或128μg/ml，或在由任何两个上述值限定的范围内。
本文提供的算法是示例性且非限制性的，并且本领域普通技术人员可以基于本文所述算法中提供的框的任何组合设计算法，以获得关于CPO检测和/或碳青霉烯酶的Ambler归类所需的信息。
例如，在一些实施方案中，如实施例10.1至实施例10.4中提供的，其中算法中的每个“框”表示本文提供的包括输入样品的检测测试的一个或多个测试位点(如，孔或任选地几个相同孔的平均值)，所述输入样品包含在含有/不含一种或多种碳青霉烯酶抑制剂的情况下的一种或多种细菌、一种或多种检测试剂和一种或多种抗生素，用于肠道细菌的算法的CPO检测和/或归类孔可以与用于非发酵性细菌的算法的CPO检测和/或归类孔排列和/或组合，以实现CPO肠道细菌、CPO非发酵性细菌或两者的检测，和/或肠道细菌、非发酵性细菌或两者的Ambler归类。
在一些实施方案中，孔包括表0.1中公开的包含不含/不含一种或多种碳青霉烯酶抑制剂的情况下一种或多种抗生素的组合之一。在一些实施方案中，该测试包括至少2个孔，其中一个孔用于检测CPO肠道细菌，并且一个孔用于检测CPO非发酵性细菌(如图36)。
在一些实施方案中，测试包括至少6个孔，其中一个孔用于检测CPO肠道细菌，一个孔用于检测CPO非发酵性细菌并且4个孔用于由肠道细菌产生的碳青霉烯酶的Ambler归类(如，图37)。因此，在一些实施方案中，至少4个孔允许由肠道细菌产生的碳青霉烯酶的Ambler归类(如，图37)。在一些实施方案中，用于由肠道细菌产生的碳青霉烯酶的Ambler归类的孔数为2个至5个。在一些实施方案中，用于由肠道细菌产生的碳青霉烯酶的Ambler归类的孔数为2个、3个、4个、5个或更多个。
在一些实施方案中，测试包括至少9个孔，其中一个孔用于检测CPO肠道细菌，一个孔用于检测CPO非发酵性细菌，4个孔用于由肠道细菌产生的碳青霉烯酶的Ambler归类，并且3个孔用于由非发酵性细菌产生的碳青霉烯酶的Ambler归类(如，图38)。因此，在一些实施方案中，至少4个孔允许由肠道细菌产生的碳青霉烯酶的Ambler归类，至少3个孔允许由非发酵性细菌产生的碳青霉烯酶的Ambler归类，并且至少7个孔允许由肠道细菌和非发酵性细菌产生的碳青霉烯酶的Ambler归类(如图38)。在一些实施方案中，用于由肠道细菌产生的碳青霉烯酶的Ambler归类的孔数为2个至5个，并且用于由非发酵性细菌产生的碳青霉烯酶的Ambler归类的孔数为2个至4个。在一些实施方案中，用于由肠道细菌产生的碳青霉烯酶的Ambler归类的孔数为2个、3个、4个、5个或更多个，并且用于由非发酵性细菌产生的碳青霉烯酶的Ambler归类的孔数为2个、3个、4个、5个或更多。在一些实施方案中，用于由肠道细菌和非发酵性细菌产生的碳青霉烯酶的Ambler归类的孔数为4个至9个。在一些实施方案中，用于由肠道细菌和非发酵性细菌产生的碳青霉烯酶的Ambler归类的孔数为4个、5个、6个、7个、8个、9个或更多个。
在一些实施方案中，测试包括至少5个孔，其中一个孔用于检测CPO肠道细菌，一个孔用于检测CPO非发酵性细菌，并且3个孔用于由非发酵性细菌产生的碳青霉烯酶的Ambler归类(如，图39)。因此，在一些实施方案中，至少3个孔允许由非发酵性细菌产生的碳青霉烯酶的Ambler归类(如，图39)。在一些实施方案中，用于由非发酵性细菌产生的碳青霉烯酶的Ambler归类的孔数为2个至4个。在一些实施方案中，用于由非发酵性细菌产生的碳青霉烯酶的Ambler归类的孔数为2个、3个、4个或更多个。
在一些实施方案中，无论碳青霉烯酶是否由肠道细菌或非发酵性细菌产生，用于碳青霉烯酶的Ambler归类的孔数为9个，其中4个孔用于非发酵性细菌，5个孔用于肠道细菌(如图38)。
实施例1-A类碳青霉烯酶表达的鉴定
肠道细菌
检测测试表明，如果细菌在0.06μg/ml的MEM和0.1mg/ml的CLOX存在下生长，在0.06mg/ml的MEM、0.1mg/ml的CLOX、0.18mg/ml的DPA存在下不生长，并且在0.03mg/ml的MEM、0.1mg/ml的CLOX、8μg/ml的RPX存在下不生长，则肠道细菌表达A类碳青霉烯酶。
检测测试表明，如果细菌在0.06μg/ml的MEM和0.1mg/ml的CLOX存在下生长，在0.06mg/ml的MEM、0.1mg/ml的CLOX、0.18mg/ml的DPA存在下生长，并且在0.06mg/ml的MEM、0.1mg/ml的CLOX、8μg/ml的RPX存在下不生长，则肠道细菌表达A类碳青霉烯酶。
检测测试表明，如果细菌在0.06μg/ml的MEM和0.1mg/ml的CLOX存在下生长，在64μg/ml的TEM、0.25mg/ml的EDTA存在下不生长，在0.06μg/ml的DOR、0.1mg/ml的CLOX、0.25mg/ml的EDTA存在下生长，并且在0.06μg/ml的MEM、0.1mg/ml的CLOX、8μg/ml的RPX的存在下不生长，则肠道细菌表达A类碳青霉烯酶。
非发酵性细菌
检测测试表明，如果细菌在1μg/ml的DOR和0.1mg/ml的CLOX存在下生长，在1μg/ml的DOR、0.1mg/ml的CLOX、0.18mg/ml的DPA存在下生长，在4μg/ml的MEM、0.1mg/ml的CLOX、5μg/ml的BLI存在下生长，并且在8μg/ml的DOR、0.1mg/ml的CLOX、4μg/ml的AVI的存在下不生长，则非发酵性细菌表达A类碳青霉烯酶。
实施例2-B类碳青霉烯酶表达的鉴定
肠道细菌
检测测试表明，如果细菌在0.06μg/ml的MEM和0.1mg/ml的CLOX存在下生长，在0.06μg/ml的MEM、0.1mg/ml的CLOX、0.18mg/ml的DPA存在下不生长，并且在0.03μg/ml的MEM、0.1mg/ml的CLOX、8μg/ml的RPX存在下生长，则肠道细菌表达B类碳青霉烯酶。
检测测试表明，如果细菌在0.06μg/ml的MEM和0.1mg/ml的CLOX存在下生长，在64μg/ml的TEM、0.25mg/ml的EDTA存在下不生长，在0.06μg/ml的DOR、0.1mg/ml的CLOX、0.25mg/ml的EDTA存在下不生长，并且在0.125μg/ml的DOR存在下生长，则肠道细菌表达B类碳青霉烯酶。
非发酵性细菌
检测测试表明，如果细菌在1μg/ml的DOR和0.1mg/ml的CLOX存在下生长，在1μg/ml的DOR、0.1mg/ml的CLOX、0.18mg/ml的DPA存在下不生长，并且在2μg/ml的DOR、0.1mg/ml的CLOX下生长，则非发酵性细菌表达B类碳青霉烯酶，表明B类的表达。
检测测试表明，如果细菌在1μg/ml的DOR和0.1mg/ml的CLOX存在下生长，在1μg/ml的DOR、0.1mg/ml的CLOX、0.18mg/ml的DPA下不生长，并且在2μg/ml的DOR、0.1mg/ml的CLOX下生长，则非发酵性细菌表达B类碳青霉烯酶，表明B类的表达。
实施例3-D类碳青霉烯酶表达的鉴定
肠道细菌
检测测试表明，如果细菌在0.06μg/ml的MEM和0.1mg/ml的CLOX存在下生长，在0.06μg/ml的MEM、0.1mg/ml的CLOX、0.18mg/ml的DPA存在下生长，并且在0.06μg/ml的MEM、0.1mg/ml的CLOX、8μg/ml的RPX存在下生长，并且在0.06μg/ml的DOR、0.1mg/ml的CLOX、4μg/ml的AVI存在下不生长，则肠道细菌表达D类碳青霉烯酶。
检测测试表明，如果细菌在0.06μg/ml的MEM、0.1mg/ml的CLOX存在下生长，并且在64μg/ml的TEM、0.25mg/ml的EDTA存在下生长，则肠道细菌表达D类碳青霉烯酶。
检测测试表明，如果细菌在0.06μg/ml的MEM、0.1mg/ml的CLOX存在下生长，在64μg/ml的TEM、0.25mg/ml的EDTA存在下不生长，在0.06μg/ml的DOR、0.1mg/ml的CLOX、0.25μg/ml的EDTA存在下不生长，并且在0.125μg/ml的DOR存在下不生长，则肠道细菌表达D类碳青霉烯酶。
非发酵性细菌
检测测试表明，如果细菌在1μg/ml的DOR、0.1mg/ml的CLOX存在下生长，在1μg/ml的DOR、0.1mg/ml的CLOX、0.18mg/ml的DPA存在下生长，并且在4μg/ml的MEM、0.1mg/ml的CLOX、5μg/ml的BLI存在下不生长，则非发酵性细菌表达D类碳青霉烯酶。
检测测试表明，如果细菌在1μg/ml的DOR、0.1mg/ml的CLOX存在下生长，在1μg/ml的DOR、0.1mg/ml的CLOX、0.18mg/ml的DPA存在下生长，并且在4μg/ml的MEM、0.1mg/ml的CLOX、5μg/ml的BLI存在下不生长，则非发酵性细菌表达D类碳青霉烯酶。
实施例4–A类、B类或D类碳青霉烯酶表达的鉴定
肠道细菌
检测测试表明，如果细菌在0.06μg/ml的MEM、0.1mg/ml的CLOX存在下生长，在64μg/ml的TEM、0.25mg/ml的EDTA存在下不生长，在0.06μg/ml的DOR、0.1mg/ml的CLOX、0.25mg/ml的EDTA存在下生长，在0.06μg/ml的MEM、0.1mg/ml的CLOX、8μg/ml的RPX存在下生长，并且在0.5μg/ml的MEM、0.1mg/ml的CLOX存在下生长，则肠道细菌表达A类、B类和/或D类碳青霉烯酶。
非发酵性细菌
检测测试表明，如果细菌在1μg/ml的DOR、0.1mg/ml的CLOX存在下生长，在1μg/ml的DOR、0.1mg/ml的CLOX、0.18mg/ml的DPA存在下生长，并且在4μg/ml的MEM、0.1mg/ml的CLOX、5μg/ml的BLI存在下生长，则非发酵性细菌表达A类、B类和/或D类碳青霉烯酶。
检测测试表明，如果细菌在1μg/ml的DOR、0.1mg/ml的CLOX存在下生长，在1μg/ml的DOR、0.1mg/ml的CLOX、0.18mg/ml的DPA存在下生长，在4μg/ml的MEM、0.1mg/ml的CLOX、5μg/ml的BLI存在下生长，并且在8μg/ml的DOR、0.1mg/ml的CLOX、4μg/ml的AVI存在下生长，则非发酵性细菌表达A类、B类和/或D类碳青霉烯酶。
孵育一段时间
检测测试进行限定的孵育时间段。在一些实施方案中，孵育时间段是检测反应达到完成所需的时间。在一些实施方案中，孵育时间段由用户预先确定和限定。检测测试的孵育时间的范围可以为约3小时到约16小时。因此，检测测试的有无生长结果是在由孵育时间限定的时间范围内获得的。
传统的测定(如，基于板的测定)需要至少16小时至约24小时或更长时间来鉴定抗生素抗性细菌。相比之下，本公开提供了更快速的检测测试。例如，每个孔中检测测试的时间范围为或为约15分钟至3小时。在一些实施方案中，检测测试的一段时间的范围可为约5小时至约10小时。在一些实施方案中，肠道细菌的检测测试的一段时间的范围为约6小时至约8小时。在一些实施方案中，肠道细菌的检测测试的一段时间的范围为约5小时至约7小时。在一些实施方案中，非发酵性细菌的检测测试的一段时间的范围为约8小时至约11小时。在一些实施方案中，非发酵性细菌的检测测试的一段时间的范围为约7小时至约14小时。
提供一个或多个检测器，其通过在一种或多种抗生素和一种或多种抑制剂的各种组合存在下测量是否存在细菌生长来测量检测测试的结果。检测器每隔一定时间测量检测测试的结果，直到进行检测所遵循的限定的孵育时间段为止。检测器以快速且自动的方式检测有无生长。例如，检测器测量多个孔中检测测试结果的时间范围可为约5分钟至约10分钟。
在一些实施方案中，检测器可以连续地分析多个孔中检测测试的结果。在一些实施方案中，检测器可同时分析多个孔中检测测试的结果。同时分析多个孔中检测测试的结果更有效。
多个孔中的每一个中的检测测试是基于氧化还原反应的，并且孔中的一种或多种检测试剂允许基于氧化还原反应检测是否生长。在一些实施方案中，检测生长的多个孔中的每一个中的检测测试基于多个孔中的每一个中的浊度。在一些实施方案中，检测生长的多个孔中的每一个中的检测测试基于多个孔中的每一个中的氧化还原反应和浊度的组合。
氧化还原反应是本领域熟知的并且包括原子的氧化态被改变的化学反应。氧化还原反应涉及两种或多种化学物质之间的电子转移。转移一个或多个电子的化学物质被氧化，而一个或多个电子转移到的化学物质被还原。基于浊度的生长检测在本领域中是熟知的。基于浊度的生长检测的非限制性实例包括测量波长为600nm的光的吸光度。
氧化还原反应的非限制性实例包括化合、分解、置换、氧化和歧化类型的氧化还原反应。在一些实施方案中，氧化还原反应可以基于pH、颜色等的变化。
检测器通过检测孔中氧化还原反应的结果，来分析多个孔中检测测试的结果。检测器以快速且自动的方式分析氧化还原反应的结果。
在一些实施方案中，检测测试的结果是多个孔中的一种或多种细菌的生长。在一些实施方案中，检测测试的结果是多个孔中的样品中的一种或多种细菌没有生长。
之前公开的测定只可以用于肠道细菌。相比之下，在一些实施方案中，检测测试可用于肠道细菌。在一些实施方案中，检测测试可用于非发酵性细菌。在一些实施方案中，检测测试可用于肠道细菌和非发酵性细菌。
在一些实施方案中，检测测试可修改为自动化，允许快速区分和鉴定不同类别的碳青霉烯酶。在一些实施方案中，将检测测试与几小时内使碳青霉烯酶产生的表型检测和碳青霉烯酶的Ambler归类自动化的算法结合起来。
一个或多个算法处理来自一个或多个检测器的数据以查询孔中的结果。算法大约需要1分钟至10分钟来处理数据。基于孔中细菌生长是否存在，该算法提供了孔中有无生长的输出。在一些实施方案中，整个算法的时间范围是约6小时至约12小时。在一些实施方案中，整个算法的时间范围是约5小时至约7小时。
尽管本公开内容是指在全部“孔”中发生的测试，但本领域技术人员将认识到，许多测试位点对于本文公开的测试是适合的，因此“孔”不是限制性的。例如，可以使用微量滴定板、比色皿、试管或本领域已知的任何其他适合的结构。
实施例6(图25)-实施例10(图30)中提供了算法的非限制性实例。算法中的每个“框”表示本文提供的检测测试的测定孔。
BD PhoenixTM CPO Detect算法
在一些实施方案中，提供了一种或多种算法，其允许快速且自动鉴定表达碳青霉烯酶的细菌以及鉴定碳青霉烯酶的Ambler类别。在自动化平台中包含算法产生了高水平的精确度并且改善了获得结果的时间。
在一些实施方案中，提供了计算机或计算机系统，其使用本文提供的一种或多种算法来分析和解释使用CPO Detect获得的检测测试的结果。例如，计算机查询在多个孔中获得的检测测试的结果，并基于由该算法限定的查询检测测试的结果(如，有无生长)提供输出。提供给系统的检测测试结果在限定的时间范围内对于检测测试的一个或多个孔中的生长呈阳性(G)或不生长(NG)。基于查询孔提供的结果(有无生长)，系统进行到由算法限定的下一个查询。系统查询多个测试结果，直到系统到达算法中的输出点，此时系统产生输出结果。
以下提供算法的非限制性实例(实施例5-实施例10)。算法中的每个“框”表示本文提供的检测测试的孔(或任选地几个相同孔的平均值)，其包含含有一种或多种细菌、一种或多种检测试剂和一种或多种抗生素(含有/没有一种或多种碳青霉烯酶抑制剂)的输入样品。例如，图25中的框1表示包含以下输入样品的组合的检测测试的一个或多个孔，所述输入样品包含一种或多种肠道细菌、一种或多种检测试剂、0.06μg/ml的MEM和0.1mg/ml的CLOX。如所论述的，可以通过本领域已知的方法，例如点氧化酶测试、MALDI-TOF和生化测试，包括Phoenix ID系统来确定样品是否包含肠道细菌或非发酵性细菌。可在通过测试跑样品之前或跑样品之后进行测定。在本文提供的示例性算法中，在所示算法的步骤之前或之后确定样品是否含有肠道细菌或非发酵性细菌。在一些实施方案中，可以在不事先确定样品是否含有肠道细菌或非发酵性细菌的情况下运行本文提供的算法。如果在运行测试后，测试不适用于CPO检测和/或确定存在的细菌类型的归类(如，非发酵性或肠道)，则可以简单地忽略测试结果。
实施例5
图25中所示的算法的流程图用于确定样品是否含有产生A类、B类或D类碳青霉烯酶的肠道细菌。框1表示包含以下输入样品的组合的一个或多个孔，所述输入样品包含一种或多种肠道细菌、0.06μg/ml的MEM、0.1mg/ml的CLOX和一种或多种检测试剂。如图25中针对肠道细菌所示出的，系统可以查询框1中检测测试的结果。如果框1中的测试结果是生长(G)，则该系统报告阳性输出结果，表明样品中存在产A类、B类或D类碳青霉烯酶的肠道细菌。如果框1中的测试结果是不生长(NG)，则报告的输出结果是阴性-样品不含有产A类、B类或D类碳青霉烯酶的肠道细菌。如本文所论述的，结果的报告取决于在运行测试之前或之后确定被测试的细菌是肠道的，确保正确的算法用于存在的细菌类型。
实施例6-肠道细菌的碳青霉烯酶类别的鉴定
图26示出了确定样品中的肠道细菌是否产生碳青霉烯酶并且如果肠道细菌产生碳青霉烯酶，则该碳青霉烯酶是哪种类别的算法的实施方案的流程图。如图26中针对肠道细菌所示出的，如果系统查询框1的测试结果并报告生长，则它将进行查询框2的测试结果。框2表示包含以下输入样品的组合的一个或多个孔，所述输入样品包含一种或多种肠道细菌、0.06μg/ml的MEM、0.1mg/ml的CLOX、0.18mg/ml的DPA和一种或多种检测试剂。如果该系统查询框2的测试结果并且报告不生长，则它将进行查询框5的测试结果。框5表示包含以下输入样品的组合的一个或多个孔，所述输入样品包含一种或多种肠道细菌、0.03μg/ml的MEM、0.1mg/ml的CLOX、8μg/ml的RPX和一种或多种检测试剂。如果该系统查询框5并且报告不生长，则它将结束查询并输出样品含有表达A类碳青霉烯酶的肠道细菌的结果。如果该系统查询框2并且报告不生长，则它将查询框5的测试结果。如果该系统查询框5，报告生长，则它将结束查询并输出样品含有表达B类碳青霉烯酶的细菌。如果该系统查询框2并报告生长，则它将查询框3的测试结果。框3表示包含以下输入样品的组合的孔，所述输入样品包含一种或多种肠道细菌、0.06μg/ml的MEM、0.1mg/ml的CLOX、8μg/ml的RPX和一种或多种检测试剂。如果该系统查询框3并且报告不生长，则它将结束查询并输出样品含有表达A类碳青霉烯酶的肠道细菌的结果。如果该系统查询框3并报告生长，则它将进行查询框4的结果。框4表示包含以下输入样品的组合的一个或多个孔，所述输入样品包含一种或多种肠道细菌、0.06μg/ml的DOR、0.1mg/ml的CLOX、4μg/ml的AVI和一种或多种检测试剂。如果该系统查询框4并且报告不生长，则它将结束查询并输出样品含有表达D类碳青霉烯酶的肠道细菌的结果。如果该系统查询框4并报告生长，则它将结束查询并输出无法确定肠道细菌表达哪种类别的碳青霉烯酶的结果。
如本文所论述的，结果的报告取决于在运行测试之前或之后确定被测试的细菌是肠道的，确保正确的算法用于存在的细菌类型。
实施例7-肠道细菌的碳青霉烯酶类别的鉴定
图27示出了确定样品中的肠道细菌是否产生碳青霉烯酶并且如果肠道细菌产生碳青霉烯酶，则该碳青霉烯酶是哪种类别的算法的实施方案的流程图。如图27中针对肠道细菌所示出的，如果该系统查询框1的测试结果并报告生长，则它将进行查询框6的测试结果。框6表示包含以下输入样品的组合的一个或多个孔，所述输入样品包含一种或多种肠道细菌、64μg/ml的TEM、0.25mg/ml的EDTA和一种或多种检测试剂。如果该系统查询框6的测试结果并且报告不生长，则它将进行查询框7的测试结果。框7表示包含以下输入样品的组合的一个或多个孔，所述输入样品包含一种或多种肠道细菌、0.06μg/ml的DOR、0.1mg/ml的CLOX、0.25mg/ml的EDTA和一种或多种检测试剂。如果该系统查询框7的测试结果并报告生长，则它将进行查询框3的测试结果。如果算法查询框3的测试结果并且报告不生长，则它将结束查询并输出样品含有表达A类碳青霉烯酶的肠道细菌的结果。如果该系统查询框6的测试结果并且报告不生长，则它将进行查询框7的测试结果。如果算法查询框7的测试结果并且报告不生长，则它将进行查询框9的测试结果。框9表示包含以下输入样品的组合的一个或多个孔，所述输入样品包含一种或多种肠道细菌、0.125μg/ml的DOR和一种或多种检测试剂。如果该系统查询框9的测试结果并报告生长，则它将结束查询并输出样品含有表达B类碳青霉烯酶的肠道细菌的结果。如果该系统查询框6的测试结果并报告生长，则它将结束查询并输出样品含有表达D类碳青霉烯酶的肠道细菌的结果。如果该系统查询框9的测试结果并且报告不生长，则它将结束查询并输出样品含有表达D类碳青霉烯酶的肠道细菌的结果。如果该系统查询框3的测试结果并报告生长，则它将进行查询框8的测试结果。框8表示包含以下输入样品的组合的一个或多个孔，所述输入样品包含一种或多种肠道细菌、0.5μg/ml的MEM、0.1mg/ml的CLOX和一种或多种检测试剂。如果该系统查询框8的测试结果并报告生长，则它将结束查询并输出样品含有表达A类、B类或D类碳青霉烯酶中的一种或多种的肠道细菌的结果。如果该系统查询框8的测试结果并且报告不生长，则它将结束查询并输出无法确定肠道细菌表达哪种类别的碳青霉烯酶的结果。
如本文所论述的，结果的报告取决于在运行测试之前或之后确定被测试的细菌是肠道的，确保正确的算法用于存在的细菌类型。
实施例8
图28示出了确定样品是否含有产A类、B类或D类碳青霉烯酶的非发酵性细菌的算法的实施方案的流程图。框10表示包含以下输入样品的组合的一个或多个孔，所述输入样品包含一种或多种肠道细菌、1μg/ml的DOR、0.1mg/ml的CLOX和一种或多种检测试剂。如图28中针对非发酵性细菌所示出的，该系统可以查询框10中检测测试的结果。如果框10中的测试结果是生长(G)，则该系统报告阳性输出结果，表明样品中存在产A类、B类或D类碳青霉烯酶的肠道细菌。如果框10中的测试结果是无生长(NG)，则报告的输出结果是阴性-该样品不含产A类、B类或D类碳青霉烯酶的非发酵性细菌。如本文所论述的，结果的报告取决于在运行测试之前或之后确定被测试的细菌是非发酵性的，确保正确的算法用于存在的细菌类型。
实施例9-非发酵性细菌的碳青霉烯酶类别的鉴定
图29示出了确定样品中的非发酵性细菌是否产生碳青霉烯酶并且如果肠道细菌产生碳青霉烯酶，则该碳青霉烯酶是哪种类别的算法的实施方案的流程图。如图29中针对非发酵性细菌所示出的，如果该系统查询框10的测试结果并报告生长，则它将进行查询框11的测试结果。框11表示包含以下输入样品的组合的一个或多个孔，所述输入样品包含一种或多种非发酵性细菌、1μg/ml的DOR、0.1mg/ml的CLOX、0.18mg/ml的CLOX、0.18mg/ml的DPA和一种或多种检测试剂。如果该系统查询框11的测试结果并且报告不生长，则它将查询框13的测试结果。框13表示包含以下输入样品的组合的一个或多个孔，所述输入样品包含一种或多种非发酵性细菌、2μg/ml的DOR、0.1mg/ml的CLOX和一种或多种检测试剂。如果该系统查询框13的测试结果并报告生长，则它将结束查询并输出样品含有表达B类碳青霉烯酶的非发酵性细菌的结果。如果该系统查询框11的测试结果并报告生长，则它将进行查询框12的测试结果。框12表示包含以下输入样品的组合的一个或多个孔，所述输入样品包含一种或多种非发酵性细菌、4μg/ml的MEM、0.1mg/ml的CLOX、5μg/ml的BLI和一种或多种检测试剂。如果该系统查询框12的测试结果并且报告不生长，则它将结束查询并输出样品含有表达D类碳青霉烯酶的非发酵性细菌的结果。如果该系统查询框12的测试结果并报告生长，则它将结束查询并输出样品含有表达A类、B类或D类碳青霉烯酶中的一种或多种的非发酵性细菌的结果。如果该系统查询框13的测试结果并且报告不生长，则它将结束查询并输出无法确定非发酵性细菌表达哪种类别的碳青霉烯酶的结果。
如本文所论述的，结果的报告取决于在运行测试之前或之后确定被测试的细菌是非发酵性的，确保正确的算法用于存在的细菌类型。
实施例10-非发酵性细菌的碳青霉烯酶类别的鉴定
图30示出了确定样品中的非发酵性细菌是否产生碳青霉烯酶并且如果非发酵性细菌产生碳青霉烯酶，则该碳青霉烯酶是哪种类别的算法的实施方案的流程图。如图30中针对非发酵性细菌所示出的，如果该系统查询框10并检测生长，则它将查询框11。如果该系统查询框11并检测生长，则它将查询框12。如果该系统查询框12的测试结果并检测生长，则它将查询框14的测试结果。框14表示包含以下输入样品的组合的一个或多个孔，所述输入样品包含一种或多种非发酵性细菌、8μg/ml的DOR、0.1mg/ml的CLOX、4μg/ml的AVI和一种或多种检测试剂。如果该系统查询框14的测试结果并且报告不生长，则它将结束查询并输出样品含有表达A类碳青霉烯酶的非发酵性细菌的结果。如果该系统查询框11的测试结果并且报告不生长，则它将进行查询框13的测试结果。如果该系统查询框13的测试结果并报告生长，则它将结束查询并输出样品含有表达B类碳青霉烯酶的非发酵性细菌的结果。如果该系统查询框11的测试结果并报告生长，则它将进行查询框12的测试结果。如果该系统查询框12的测试结果并且报告不生长，则它将结束查询并输出样品含有表达D类碳青霉烯酶的非发酵性细菌的结果。如果该系统查询框12的测试结果并报告生长，则它将进行查询框14的测试结果。如果该系统查询框14的测试结果并报告生长，则它将结束查询并输出样品含有表达A类、B类或D类碳青霉烯酶中的一种或多种的非发酵性细菌的结果。如果该系统查询框13的测试结果并且报告不生长，则它将结束查询并输出无法确定非发酵性细菌表达哪种类别的碳青霉烯酶的结果。
如本文所论述的，结果的报告取决于在运行测试之前或之后确定被测试的细菌是非发酵性的，确保正确的算法用于存在的细菌类型。
实施例10.1-肠杆菌和非发酵菌的碳青霉烯酶检测
图36示出了用于肠杆菌和非发酵菌的CPO检测的算法的实施方案的流程图。如图36中针对肠道细菌所示出的，该系统可以查询框1中检测测试的结果。如果框1中的测试结果是生长，则该系统报告阳性输出结果，表明样品中存在产A类、B类或D类碳青霉烯酶的肠道细菌。如果框1中的测试结果是不生长(抑制)，则报告的输出结果是阴性的-该样品不含产A类、B类或D类碳青霉烯酶的肠道细菌。如图36中针对非发酵性细菌所示出的，该系统可以查询框10中检测测试的结果。如果框10中的测试结果是生长，则该系统报告阳性输出结果，表明样品中存在产A类、B类或D类碳青霉烯酶的非发酵性细菌。如果框10中的测试结果是不生长(抑制)，则报告的输出结果是阴性的-该样品不含产A类、B类或D类碳青霉烯酶的非发酵性细菌。
如本文所论述的，结果的报告取决于在运行测试之前或之后确定被测试的细菌是肠道和/或非发酵性的，确保正确的算法用于存在的细菌类型。
实施例10.2-肠杆菌和非发酵菌的碳青霉烯酶检测及肠杆菌的Ambler归类
图37示出了用于肠杆菌和非发酵菌的CPO检测以及肠杆菌归类的算法的实施方案的流程图。图37中的算法以图36中的算法为基础。如图37中针对肠道细菌所示出的，该系统可以查询框1中的检测测试的结果。如果框1中的测试结果是生长，则该系统报告阳性输出结果，表明样品中存在产A类、B类或D类碳青霉烯酶的肠道细菌。如果框1中的测试结果是不生长(抑制)，则报告的输出结果是阴性的-该样品不含产A类、B类或D类碳青霉烯酶的肠道细菌。如图37中针对非发酵性细菌所示出的，该系统可以查询框10中的检测测试的结果。如果框10中的测试结果是生长，则该系统报告阳性输出结果，表明样品中存在产A类、B类或D类碳青霉烯酶的非发酵性细菌。如果框10中的测试结果是不生长(抑制)，则报告的输出结果是阴性的-该样品不含产A类、B类或D类碳青霉烯酶的非发酵性细菌。
图37中的算法进一步允许确定由肠道细菌产生的碳青霉烯酶的类别。如图37中针对肠道细菌所示出的，如果该系统查询框1的测试结果并报告生长，则它将进行查询框6的测试结果。如果该系统查询框6并报告生长，则它将结束查询并输出样品含有表达D类碳青霉烯酶的肠道细菌的结果。如果该系统查询框6的测试结果并且报告不生长(抑制)，则它将进行查询框7的测试结果。如果该系统查询框7并且报告不生长(抑制)，则它将进行查询框9的测试结果。如果该系统查询框9并且报告不生长(抑制)，则它将结束查询并输出样品含有表达D类碳青霉烯酶的肠道细菌的结果。如果该系统查询框7并报告生长，则它将查询框3的测试结果。如果该系统查询框3并且报告不生长(抑制)，则它将结束查询并输出样品含有表达A类碳青霉烯酶的肠道细菌的结果。如果该系统查询框9并报告生长，则它将结束查询并输出样品含有表达B类碳青霉烯酶的肠道细菌的结果。如果该系统查询框3并报告生长，则它将结束查询并输出无法确定肠道细菌表达哪种类别的碳青霉烯酶的结果。
如本文所论述的，结果的报告取决于在运行测试之前或之后确定被测试的细菌是肠道和/或非发酵性的，确保正确的算法用于存在的细菌类型。
实施例10.3-肠杆菌和非发酵菌的碳青霉烯酶检测和Ambler归类
图38示出了用于肠杆菌和非发酵菌的CPO检测以及肠杆菌和非发酵菌的归类的算法的实施方案的流程图。图38中的算法以图37中的算法为基础。
除了图37中描述的程序和结果之外，图38中的算法还允许确定由非发酵性细菌产生的碳青霉烯酶的类别。如图38中针对肠道细菌所示出的，如果该系统查询框10的测试结果并报告生长，则它将进行查询框11的测试结果。如果该系统查询框11并且报告无生长(抑制)，则它将结束查询并输出样品含有表达B类碳青霉烯酶的非发酵性细菌的结果。如果该系统查询框11的测试结果并报告生长，则它将进行查询框12的测试结果。如果该系统查询框12并且报告不生长(抑制)，则它将结束查询并输出样品含有表达D类碳青霉烯酶的非发酵性细菌的结果。如果该系统查询框12并报告生长，则它将进行查询框14的测试结果。如果该系统查询框14并且报告不生长(抑制)，则它将结束查询并输出样品含有表达A类碳青霉烯酶的非发酵性细菌的结果。如果该系统查询框14并报告生长，则它将结束查询并输出无法确定非发酵性细菌表达哪种类别碳青霉烯酶的结果。
如本文所论述的，结果的报告取决于在运行测试之前或之后确定被测试的细菌是肠道和/或非发酵性的，确保正确的算法用于存在的细菌类型。
实施例10.4-肠杆菌和非发酵菌的碳青霉烯酶检测以及非发酵菌的Ambler归类
图39示出了用于肠杆菌和非发酵菌的CPO检测以及非发酵菌的归类的算法的实施方案的流程图。除了不包括用于肠道细菌归类的算法部分之外，图39中的算法与图38相同。
实施例11-BD PhoenixTM CPO Detect测试和bioMérieux
Carba NP
测试的比较
本实施例中的数据与经设计以评估BD PhoenixTM CPO Detect的表现来满足当前临床需求的研究相关。如本文所公开，BD PhoenixTM CPO Detect测试被设计用于整合到敏感性平板中以提供CPO检测和碳青霉烯酶归类，以减少操作者时间，并加速碳青霉烯酶的报告。比较测试是bioMérieux Carba NP测试，其是目前市场上独立的测试，该测试检测碳青霉烯酶但不对碳青霉烯酶进行归类。因此，比较了BD PhoenixTM CPO DetectIUO平板和bioMérieux Carba NP测试的精确度和对工作流的影响。
实施例11.1–方法
该研究在BD Life Sciences,Sparks,MD的实验室中进行，BD研究人员提供实验室和计算支持。GKID有限公司(GKID Inc.)为这两项测试准备了接种物，并解释了所有bioMérieux Carba NP测试。BD员工没有参与bioMérieux Carba NP测试的任何方面。两种测试都是设盲的，并根据制造商的建议进行。从与亚胺培南盘相邻的BD血琼脂平板上过夜生长制备接种物，所述亚胺培南盘用于增强不稳定的分离物中编码碳青霉烯酶的质粒的保留。
BioMérieux Carba NP测试有时难以解释。制造商对阳性测试的定义是在测试孔和测试对照孔之间产生“显著的颜色变化”。这个定义是有问题的，因为它没有提供显著的颜色变化和不显著的颜色变化之间的界限。例如，用应该产生阳性测试的阴沟肠杆菌(E.cloacae)0164(IMIA类碳青霉烯酶)、应该产生阳性测试的大肠杆菌0104(KPCA类碳青霉烯酶)、应该产生阴性测试的大肠杆菌0058(ESBL)和应该产生阴性测试的肺炎克雷伯氏菌G1673(CMY-2质粒介导的AmpC)没有观察到颜色显著变化。出于这个原因，边界结果被解释为阳性的(解释1)和阴性的(解释2)。这提供了两套bioMérieux CarbaNP结果。
实施例11.2-分离株
测试了二百九十四(294)个分离株加上三个质量控制菌株。测试分离株包括产生单一碳青霉烯酶的肠杆菌、铜绿假单胞菌和鲍曼不动杆菌的236个分离株，产生2(二)种碳青霉烯酶的7(七)个分离株以及51个阴性对照。表1.1、表1.2和表1.3中提供了分离株类型(每个物种的分离株数加上抗性机制组)的总结。表1.3提供了表1.1-1.3的机制关键。
分离株获自：
产碳青霉烯酶-和非产碳青霉烯酶的革兰氏阴性杆菌的FDA/CDC Challenge平板；
由GKID Inc.提供的产碳青霉烯酶-和非产碳青霉烯酶的革兰氏阴性杆菌的良好表征的分离株；以及
ATCC质量控制分离株：
肺炎克雷伯氏菌BAA-1705(阳性,KPC)–用于两种测试
肺炎克雷伯氏菌ATCC 700603(阴性)–用于两种测试
大肠杆菌ATCC BAA 2452(阳性,NDM-1)–仅用于BD PhoenixTM CPO Detect。
这些不是常规的临床分离株。选择它们以提供极端的诊断能力测试。参考标准是通过分子测试、表型测试和生化测试进行的先前表征。存在包括KPC、NMC-A、IMI和SME酶在内的110种A类碳青霉烯酶产生菌，包括NDM、GIM、SPM、IMP和VIM酶在内的91种B类碳青霉烯酶(金属-β-内酰胺酶)产生菌，包括OXA-23、40、48、58、72、181和232在内的35种D类碳青霉烯酶产生菌，以及产生2(二)种碳青霉烯酶的7(七)个分离株。51种阴性对照(35种AmpC和16种其他非AmpC)产生ESBL、AmpC(包括超产生菌)、K1、广谱β-内酰胺酶和孔蛋白突变体。
表1.1-表达A类碳青霉烯酶的分离株
| 有机体 | A类碳青霉烯酶(n＝110) | 数量 |
| 鲍曼不动杆菌 | KPC* | 1 |
| 弗氏柠檬酸杆菌 | KPC | 4 |
| 无丙二酸柠檬酸杆菌 | KPC | 1 |
| 阴沟肠杆菌 | KPC | 21 |
| 大肠杆菌 | KPC | 6 |
| 蜂房哈夫尼亚菌 | KPC | 1 |
| 肺炎克雷伯氏菌 | KPC | 42 |
| 产酸克雷伯氏菌 | KPC | 4 |
| 臭鼻克雷伯氏菌 | KPC | 1 |
| 抗坏血酸克吕沃尔菌 | KPC | 1 |
| 摩氏摩根菌 | KPC | 1 |
| 奇异变形杆菌 | KPC | 2 |
| 铜绿假单胞菌 | KPC | 3 |
| 解鸟氨酸兰奥尔菌 | KPC | 1 |
| 粘质沙雷氏菌 | KPC | 1 |
| 肺炎克雷伯氏菌 | KPC-4 | 2 |
| 铜绿假单胞菌 | KPC-5 | 2 |
| 肺炎克雷伯氏菌 | KPC-6 | 1 |
| 肺炎克雷伯氏菌 | KPC-8 | 2 |
| 阴沟肠杆菌 | IMI | 2 |
| 阴沟肠杆菌 | NMC-A | 1 |
| 粘质沙雷氏菌 | SME | 10 |
表1.2-表达B类和D类碳青霉烯酶的分离株
| 有机体 | B类碳青霉烯酶(n＝91) | |
| 产气肠杆菌 | IMP | 1 |
| 肺炎克雷伯氏菌 | IMP | 2 |
| 鲍曼不动杆菌 | IMP-1 | 1 |
| 铜绿假单胞菌 | IMP-1 | 1 |
| 粘质沙雷氏菌 | IMP-1 | 1 |
| 鲍曼不动杆菌 | IMP-4 | 1 |
| 铜绿假单胞菌 | IMP-7 | 3 |
| 阴沟肠杆菌 | IMP-8 | 1 |
| 肺炎克雷伯氏菌 | IMP-8 | 1 |
| 铜绿假单胞菌 | IMP.14 | 1 |
| 铜绿假单胞菌 | IMP-18 | 1 |
| 奇异变形杆菌 | IMP-27 | 1 |
| 鲍曼不动杆菌 | NDM* | 3 |
| 柠檬酸杆菌 | NDM | 4 |
| 阴沟肠杆菌 | NDM | 3 |
| 大肠杆菌 | NDM | 12 |
| 肺炎克雷伯氏菌 | NDM | 18 |
| 摩氏摩根菌 | NDM | 1 |
| 奇异变形杆菌 | NDM | 1 |
| 雷氏普罗成登斯菌 | NDM | 2 |
| 山夫登堡沙门氏菌 | NDM | 1 |
| 粘质沙雷氏菌 | NDM | 1 |
| 大肠杆菌 | NDM-5 | 2 |
| 大肠杆菌 | NDM-6 | 1 |
| 阴沟肠杆菌 | VIM* | 1 |
| 肺炎克雷伯氏菌 | VIM | 6 |
| 铜绿假单胞菌 | VIM | 5 |
| 鲍曼不动杆菌 | VIM-2 | 2 |
| 铜绿假单胞菌 | VIM-2 | 8 |
| 铜绿假单胞菌 | VIM-3 | 1 |
| 铜绿假单胞菌 | VIM-4 | 1 |
| 铜绿假单胞菌 | VIM-7 | 1 |
| 铜绿假单胞菌 | SPM* | 2 |
| D类碳青霉烯酶(n＝35) | ||
| 鲍曼不动杆菌 | OXA-23 | 8 |
| 鲍曼不动杆菌 | OXA-40 | 3 |
| 产气肠杆菌 | OXA-48 | 1 |
| 肺炎克雷伯氏菌 | OXA-48 | 12 |
| 鲍曼不动杆菌 | OXA-58 | 2 |
| 鲍曼不动杆菌 | OXA-72 | 1 |
| 臭鼻克雷伯氏菌 | OXA-181 | 1 |
| 肺炎克雷伯氏菌 | OXA-181 | 5 |
| 肺炎克雷伯氏菌 | OXA-232 | 2 |
表1.3-具有两种碳青霉烯酶的分离株和非碳青霉烯酶的分离株
| 有机体 | 两种碳青霉烯酶(n＝7) | |
| 鲍曼不动杆菌 | OXA-23，OXA-40 | 1 |
| 鲍曼不动杆菌 | OXA-23，NDM | 1 |
| 肺炎克雷伯氏菌 | OXA-181，NDM | 2 |
| 肺炎克雷伯氏菌 | OXA-232，NDM | 1 |
| 阴沟肠杆菌 | KPC-18，VIM-1 | 2 |
| 非碳青霉烯酶(n＝50) | ||
| 弗氏柠檬酸杆菌 | 高染色体AmpC | 1 |
| 产气肠杆菌 | 高染色体AmpC+/-ESBL* | 4 |
| 阴沟肠杆菌 | 高染色体AmpC | 7 |
| 大肠杆菌 | 高染色体AmpC | 5 |
| 大肠杆菌 | 质粒介导的AmpC* | 6 |
| 摩氏摩根菌 | 高染色体AmpC | 2 |
| 摩氏摩根菌 | 野生型AmpC | 1 |
| 产酸克雷伯氏菌 | 质粒介导的AmpC | 1 |
| 肺炎克雷伯氏菌 | 质粒介导的AmpC+/-ESBL+/-孔蛋白突变 | 7 |
| 奇异变形杆菌 | 质粒介导的AmpC | 1 |
| 产酸克雷伯氏菌 | 高K1 | 1 |
| 肺炎克雷伯氏菌 | SHV | 1 |
| 肺炎克雷伯氏菌 | ESBL+/-孔蛋白突变 | 7 |
| 肺炎克雷伯氏菌 | 孔蛋白突变 | 2 |
| 粘质沙雷氏菌 | ESBL | 1 |
| 大肠杆菌 | 高TEM-1 | 1 |
| 大肠杆菌 | ESBL | 3 |
机制关键*
KPC＝KPC-样，KPC-2或KPC-3
NDM＝NDM-样或NDM-1
VIM＝VIM-样或VIM-1
SPM＝SPM-样或SPM-1
质粒介导的AmpC＝ACT-1，ACT-样，CMY(CMY-样，CMY-2，CMY-2-样)CMY-16，DHA-1，DHA-样，FOX-1，FOX-5，LAT-4，MIR-样，MOX-1
ESBL＝CTX-M-1，CTX-M-2CTX-M-9，CTX-M-12，CTX-M14，CTX-M-15，CTX-M-15-样，CTX-M-28，SHV ESBL，SHV-5，SHV-5-样，SHV-12，SHV-12-样，SHV-18，TEM ESBL，OXA-45
实施例11.3-所有碳青霉烯酶的检测灵敏度
考虑到一些测试分离株的极端诊断难度，BD PhoenixTM CPO Detect和bioMérieuX Carba NP获得的这些结果在检测所有类型的碳青霉烯酶的整体灵敏度方面非常显著。
BD PhoenixTM CPO Detect的灵敏度达到97.1％(检测到243种CPO中的236种)。使用解释1，bioMérieux Carba NP测试的灵敏度为98.8％，并且使用解释2为，bioMérieux Carba NP测试的灵敏度为97.1％。
实施例11.4-碳青霉烯酶分子类别的检测灵敏度
对于碳青霉烯酶的每种分子类别，BD PhoenixTM CPO Detect和bioMérieux Carba NP的检测灵敏度都非常好。BD PhoenixTM CPO Detect中断其针对一个分离株铜绿假单胞菌G15303的平板。在常规临床实验室中，将立即对该分离株进行重复测试以产生结果。
A类碳青霉烯酶检测的灵敏度
BD PhoenixTM CPO Detect对A类碳青霉烯酶产生菌的检测灵敏度达到97.3％(107/110个分离株)。使用解释1，bioMérieux Carba NP的灵敏度达到100.0％(110/110个分离株)，并且使用解释2，bioMérieux Carba NP的灵敏度达到98.2％(108/110个分离株)。在这一极具挑战性的评价中，97.3％的A类产生菌的检测为有意义的成就。
关于BD PhoenixTM CPO Detect对A类检测的灵敏度，三种KPC(A类)产生菌产生了假阴性结果，其为：
弗氏柠檬酸杆菌(C.freundii)G1706–该分离株具有相对低的厄他培南MIC，其为1μg/ml(大多数CPO>1μg/ml)。对于CPO，美罗培南MIC(0.25μg/ml)异常低。亚胺培南MIC显著升高(2μg/ml)，但不在抗性范围内。使用无法检测碳青霉烯水解的测试难以检测到这种类型的CPO。如果美罗培南是唯一测试的碳青霉烯，则不会引起怀疑。
产KPC-4的肺炎克雷伯氏菌G1511-KPC-4是一种弱活性酶。由于MIC明显升高(厄他培南>1；亚胺培南4；美罗培南2μg/ml)，因此该分离株不会被错误地报告为对碳青霉烯敏感。对于大多数表型测试来说，将该分离株确认为CPO是极其困难的。
产酸克雷伯氏菌(K.oxytoca)0147–该分离株具有较高的、超标度的碳青霉烯MIC(厄他培南>1；亚胺培南>8；美罗培南>8μg/ml)，并且不会被错误地报告为对碳青霉烯敏感。尚不清楚为何其碳青霉烯酶产生的潜力未被认可。
这三个分离株是较不常见的CPO类型，对于它们而言，目前可能只有有限的可用数据来产生强大的算法。它们中的两个将被明确报告为对碳青霉烯不敏感，因此不会成为碳青霉烯治疗的候选物。
B类碳青霉烯酶检测的灵敏度
BD PhoenixTM CPO Detect对B类产生菌的检测灵敏度达到95.6％(87/91个分离株)。使用解释1和2，bioMérieux Carba NP的灵敏度达到98.9％(90/91个分离株)。
关于BD PhoenixTM CPO Detect对B类检测的灵敏度，四种B类(金属-β-内酰胺酶)产生菌产生假阴性结果。三种(两种铜绿假单胞菌和一种奇异变形杆菌(P.mirabilis))具有高的碳青霉烯MIC，并且不会被报告为碳青霉烯敏感的。它们的表型类似于非碳青霉烯酶机制所赋予的那些表型，这可能使它们难以被识别为CPO。第四个分离株阴沟肠杆菌G1691具有低的MEM MIC，并且如果这是唯一测试的碳青霉烯，可能不会引起作为CPO的怀疑。
四个分离株是：
产IMP-8的阴沟肠杆菌G1691：尽管MIC升高(ERT>1；IMP 4；和MEM 0.5μg/ml)，但该有机体的不寻常表型，尤其是低但升高的MEM MIC，可能导致假阴性测试。
产VIM的铜绿假单胞菌G15557和产VIM-2的铜绿假单胞菌：这些具有相同的表型–ERT>1；IMP>8；MEM 4μg/ml。这是与OprD孔蛋白产生减少相关的常见表型。这可能导致阴性测试。
第四分离株为产IMP-27的奇异变形杆菌：碳青霉烯MIC(ERT>1；IMP 8；MEM>8μg/ml)明显不同于该物种对亚胺培南但不是其他碳青霉烯的内在降低的敏感性。非典型表型应该引起对碳青霉烯酶产生的怀疑，但IMP-27是一种用表型测试极难检测到的碳青霉烯酶。
D类碳青霉烯酶检测的灵敏度
BD PhoenixTM CPO Detect和bioMérieux Carba NP在检测不动杆菌和肠杆菌产生的D类碳青霉烯酶中均是极好的。
BD PhoenixTM CPO Detect对D类产生菌的检测灵敏度达到100％(35/35个分离株)。考虑到D类产生菌呈现了最困难的诊断挑战，这特别是前所未有的，因为D类碳青霉烯酶仅具有弱活性且非常难以/几乎不可能用一些当前的测试检测到。
使用解释1和2，bioMérieux Carba NP实现了94.3％(33/35个分离株)。bioMérieux Carba NP漏掉了两个OXA-48-样产生菌。
产生两种碳青霉烯酶的分离株的检测灵敏度
通过BD PhoenixTM CPO Detect和bioMérieux Carba NP，产生两种碳青霉烯酶的所有7个分离株被报告为碳青霉烯酶阳性的。
实施例11.5-所有碳青霉烯酶的检测特异性
阴性对照分离株的极具挑战性的性质归因于低于通常的特异性。BD PhoenixTMCPO Detect产生68.6％(35/51个分离株)的特异性。使用解释1，bioMérieux Carba NP产生60.8％(31/51个分离株)的特异性，并且使用解释2，bioMérieux Carba NP产生78.4％(40/51个分离株)的特异性。
这两种测试都存在AmpC产生菌和非AmpC产生菌的问题。对于AmpC产生菌，BDPhoenixTM CPO Detect产生74.3％(26/35个分离株)的特异性，以及使用解释1，bioMérieux Carba NP产生57.1％(20/35个分离株)的特异性并且使用解释2，bioMérieux Carba NP产生了77.1％(27/35个分离株)的特异性。
对于其他非AmpC产生菌，BD PhoenixTM CPO Detect产生43.8％(7/16个分离株)的特异性，以及使用解释1和2，bioMérieux Carba NP产生62.5％(10/16个分离株)的特异性。
表2列出了产生假阳性结果的分离株、它们的抗性机制特征和它们的碳青霉烯MIC。由于高水平的AmpC产生导致的假阳性结果是许多碳青霉烯酶检测测试的问题。高水平的AmpC产生本身并不能解释用BD PhoenixTM CPO Detect测试的假阳性结果。测试给出了非常高水平的AmpC产生菌大肠杆菌G1634和G1700的准确阴性识别。这倾向于排除AmpC产生，如同其他AmpC产生菌的假阳性结果的解释。同样，ESBL产生菌的假阳性结果不可能由ESBL产生本身引起。更可能的解释是这些分离株的假阳性结果是由于孔蛋白突变造成的。一个不太可能的解释是水解碳青霉烯的超广谱AmpC的产生。另一种可能的解释是螯合剂在B类碳青霉烯酶检测测试中进行抑制。这可能导致ESBL或AmpC产生菌对B类碳青霉烯酶产生测试呈假阳性。
表2中列出的分离株的鉴定增加了对孔蛋白突变可能性作为解释的支持。17个分离株中有15个是肺炎克雷伯氏菌、大肠杆菌和肠杆菌。在这些中，肺炎克雷伯氏菌是肠杆菌科中最常见的成员，其孔蛋白突变提高碳青霉烯MIC，特别是厄他培南和美罗培南MIC。大肠杆菌和肠杆菌也有相对高的孔蛋白突变倾向。在表2中，所有分离株具有至少一种碳青霉烯的升高的超标度MIC，并且大多数具有所有碳青霉烯的超标度MIC。因为繁琐、昂贵且技术上困难，所以通常不会尝试确认孔蛋白突变。区分孔蛋白突变体和碳青霉烯酶产生菌最好通过检测是否存在碳青霉烯水解的测试来实现。
可能可以用软件编辑来校正奇异变形杆菌G1745的假阳性结果。该分离株是亚胺培南的MIC特征性高于厄他培南和美罗培南的典型物种。仅亚胺培南针对该分离株的MIC升高不太可能是由碳青霉烯酶引起的。
表2–产生假阳性碳青霉烯酶检测结果的分离株
实施例11.6–碳青霉烯酶归类
将碳青霉烯酶归类为分子类别A、B和D具有治疗重要性。它对感染控制、流行病学和研究也很有用。分析了四种BD PhoenixTM CPO Detect算法对碳青霉烯酶产生类型进行归类的能力。
BioMérieux Carba NP测试不能进行碳青霉烯酶归类。BD PhoenixTMCPO Detect对碳青霉烯酶进行归类的能力目前是独特的。没有标准来评价这种类型的测试。在实践中，碳青霉烯酶的任何正确归类都具有潜在的临床益处。
算法1将肠杆菌归类为A类、B类或D类(图32)。算法1仅将非发酵菌归类为B类或D类(图33)。算法2将肠杆菌(图34)和非发酵菌(图35)归类为A类、B类或D类。除了允许BDPhoenixTM CPO Detect给出“无答案”结果之外，算法3与算法1相同(图26，针对肠杆菌以及图29，针对非发酵菌)。除了允许BD PhoenixTM CPO Detect给出“无答案”结果之外，算法4与算法2相同(图27，针对肠杆菌以及图30，针对非发酵菌)
算法1-4(图26、图27、图29、图30和图32-35)是示例性且非限制性的。在算法1-4(图26、图27、图29、图30和图32-35)中提供的抗生素浓度在表2.1中公开的抗生素浓度范围内。在算法1-4(图26、图27、图29、图30和图32-35)和表2.1中，CLOX的浓度为100μg/ml，DPA为178μg/ml，AVI为4μg/ml，BLI为5μg/ml，EDTA为250μg/ml，RPX为8μg/ml。
表2.1-抗生素浓度范围
算法1-4(图26、图27、图29、图30和图32-35)如先前在图25-图30中所描述的那样操作。例如，算法1-4中的每个“框”(如图32中的框1)表示本文提供的检测测试的孔(或任选地，几个相同孔的平均值)，所述孔包含含有在含有/不含一种或多种碳青霉烯酶抑制剂的情况下的一种或多种细菌、一种或多种检测试剂和一种或多种抗生素的输入样品。提供给系统的检测测试结果对于在确定的时间范围内在检测测试的一个或多个孔中的生长呈阳性(G)或无生长(NG)。基于查询孔提供的结果(生长或没有生长)，该系统进行由算法限定的下一个查询。该系统查询多个测试结果，直到该系统到达算法中的输出点，此时该系统产生输出结果。
表3总结了除七种双重碳青霉烯酶产生菌之外的所有分离株的算法结果。好的结果在表3的左侧，即正确的归类，正确的阴性结果，未归类的碳青霉烯酶(未类型化)，以及是否归类的总的正确检测(即分配至栏“A、B、D或无类型”/未类型化。
表3-产生单一碳青霉烯酶的分离株的碳青霉烯酶的归类
所有算法都很好地鉴定了至少80％的产生A类的CPO。算法2和4，正确归类了110个A类产生菌中的91个(82.7％)，比算法1和3(81.2％)略微精确。错误归类的发生率非常低，并且临床上重要的是，被错误归类为A类产生菌的分离株不是B类产生菌。只有一个分离株，即产OXA-40的鲍曼不动杆菌G1734，用算法2和4产生了假阳性A类结果。三个分离株，即产CTX-M-9的大肠杆菌0086、产CMY的奇异变形杆菌G1745和高产AmpC的摩氏摩根菌G1751，用算法1和3产生假阳性A类结果。鉴定产生A类的CPO的高水平精确度以表明可能使用头孢他啶/阿维巴坦疗法满足重要且目前未得到满足的临床需求。
所有算法都对91个B类产生菌中的63个(69.2％)进行了正确归类。这对于确定何时不应使用头孢他啶/阿维巴坦很有价值。结果是可以通过阻止患者接受无效的头孢他啶/阿维巴坦疗法挽救生命。假阳性B类归类的结果包括可能延迟启动有效的头孢他啶/阿维巴坦疗法或启动替代的抗CPO疗法。通常，这些都是无生命危险的结果，直到进行另外的测试(如分子测试)时才可以应用。算法2和4的13个假阳性结果是算法1和3的假阳性结果的两倍多。总体而言，BD PhoenixTM CPO Detect在鉴定B类产生菌中的表现为临床益处提供了相当大的潜力，并为将患者置于严重危险之中提供了最小的可能性。
算法2将大部分D类产生菌(35个分离株中的31个(88.6％))进行了正确归类。在所有碳青霉烯酶中，这些是最难检测的，更不用说归类了。所有算法针对D类产生菌的表现都非常出色。假阳性D类识别可能会导致不必要的分离。各自具有4个错误识别的算法2和4优于各自具有20个假阳性识别的算法1和3。算法3和4的“无答案”结果也是无用的，因为它既不会带来益处也不会带来害处。
所有算法都将51个碳青霉烯酶阴性分离株中的33个(64.7％)正确地报告为阴性。在诊断性难度应该比本研究中低得多的常规临床表现中，正确的阴性结果的百分比应该显著更高。
总之，所有算法都正确地归类了至少80％的A类和D类碳青霉烯酶以及几乎70％的B类碳青霉烯酶。这是一项重要成就，也是表型测试中的重大进展。总体而言，对于正确归类碳青霉烯酶，算法2略优于其他算法，并且它也提供了最多的阳性测试。
引起错误归类的产碳青霉烯酶和非产碳青霉烯酶的分离株及其碳青霉烯MIC分别示于表4.1和表4.2中。从这项研究非常难以检测CPO来看，被测试的244个CPO中有7个的假阴性率(2.9％)并不令人担忧。没有碳青霉烯酶检测测试是完美的，但期望将假阴性率降低到1％。除了每种算法的这七个假阴性结果外，其他不精确的归类具有最小的造成害处的潜力。
表4.1-通过算法错误归类的产碳青霉烯酶的分离株
*算法，1，2，3，4；结果，+，正确归类；A、B和D是不正确分子归类；U，无类型的碳青霉烯酶；N，无结果；neg，假阴性结果
表4.2-通过算法错误归类的非产碳青霉烯酶的分离株
*算法，1，2，3，4；结果，+，正确归类：A、B和D是不正确分子归类；U，无类型的碳青霉烯酶；N，无结果；neg，假阴性结果
实施例11.7-非发酵菌相对于肠杆菌的算法表现
测试了在实施例11.6中描述的算法将产生单一碳青霉烯酶的非发酵菌和肠杆菌归类的能力。非发酵菌，如铜绿假单胞菌和鲍曼不动杆菌可以是不受怀疑的A类和B类碳青霉烯酶储库，鲍曼不动杆菌还具有内在的D类碳青霉烯酶并可以获得其他可传递的D类碳青霉烯酶。由非发酵菌产生的碳青霉烯酶的精确检测是一项重要但技术上有难度的挑战。这是因为碳青霉烯抗性的其他机制可以产生与碳青霉烯酶相同的表型。
如表5.1和表5.2所示，肠杆菌的碳青霉烯酶的归类可以达到比非发酵菌更高水平的精确度。然而，比较并不理想，因为每个有机体组的分离株数和β-内酰胺酶产生的类型之间存在差异。这反映在A类产生菌(非发酵菌的5相对于肠杆菌的105)、阴性对照分离株(非发酵菌的0相对于肠杆菌的51)以及总的CPO数量(非发酵菌的51相对于肠杆菌的185)获得的非常不同的数量。
表5.1-产生单一碳青霉烯酶的非发酵菌的碳青霉烯酶的归类
表5.2-产生单一碳青霉烯酶的肠杆菌的碳青霉烯酶的归类
算法2似乎是针对两组有机体的最佳整体算法。对于A类产生菌，它表现良好，正确归类非发酵菌组中的所有5个和肠杆菌组中的81.9％。它正确归类肠杆菌中的B类产生菌(73.3％正确)的能力优于非发酵菌(61.3％)，并且在归类肠杆菌的D类产生菌时也更精确(90.9％相对于78.6％)。
实施例11.7–产生两种碳青霉烯酶的分离株的算法表现
产生两种碳青霉烯酶的七个分离株是：
鲍曼不动杆菌0063:OXA-23+OXA-40
鲍曼不动杆菌0083：OXA-23+NDM
肺炎克雷伯氏菌0068：OXA-181+NDM
肺炎克雷伯氏菌0153：OXA-232+NDM
肺炎克雷伯氏菌G15406：OXA-181+NDM
阴沟肠杆菌G6809：KPC-18+VIM-1
阴沟肠杆菌G6810：KPC-18+VIM-1.
每种算法的碳青霉烯酶归类的分布示于表6中。
表6-产生两种碳青霉烯酶的七个分离株的碳青霉烯酶的归类
| 算法 | B | D | 未类型化 | 无答案 |
| 1 | 0 | 1 | 6 | 0 |
| 2 | 1 | 4 | 2 | 0 |
| 3 | 0 | 1 | 1 | 5 |
| 4 | 1 | 4 | 2 | 0 |
在测试的阳性/阴性阶段，将每个分离株正确地报告为碳青霉烯酶阳性。算法1、2和4将所有分离株分配至分子类别或碳青霉烯酶阳性无类型类别。算法2和4将7个分离株中的5个归类为具体碳青霉烯酶类别的产生菌，并且算法1和3各自将仅一个分离株分配至一种具体类别。算法3将五个分离株分配至“无答案”类别。
在算法将CPO分配至碳青霉烯酶产生的具体类别的每种情况下，对于两种碳青霉烯酶中的一种，是正确的类别，或者在产生两种D类碳青霉烯酶的鲍曼不动杆菌0063的情况下，对于两种碳青霉烯酶，是正确的类别。没有足够的分离株来分析双重碳青霉烯酶产生菌的归类趋势，但似乎可能倾向于将碳青霉烯酶分配至D类。
实施例11.8-工作流比较
BD PhoenixTM CPO Detect需要比bioMérieux Carba NP测试更少的手动操作时间，并且没有等待时间，这是因为在将平板装入仪器后，测试不需要操作员参与。与bioMérieux Carba NP的每次测试的手动操作时间对于在30分钟的孵育期后为阳性(即已完成)的测试为2分钟3秒，以及对于在30分钟时为阴性并因此需要另外处理和孵育的测试为2分钟24秒相比，BD PhoenixTM CPO Detect的每次测试的手动操作时间为1分钟34秒。表7中提供了工作流分析的总结。
表7–工作流分析
实施例11.9–观点/总结/结论
本实施例提供了一项研究结果，该研究经设计以比较自动化BD Phoenix CPODetect测试和bioMérieux Carba NP测试检测和归类产碳青霉烯酶的有机体(CPO)的能力。BD PhoenixTM CPO Detect是一种创新测试，它与敏感性平板整合以检测和归类碳青霉烯酶。bioMérieux Carba NP测试是一项独立的碳青霉烯酶检测测试。选择294个肠杆菌、铜绿假单胞菌和鲍曼不动杆菌的研究分离株以提供极端的诊断难度。先前已经通过分子测试、表型测试和生化测试对它们产生β-内酰胺酶的类型进行了表征。两种测试都是设盲的，并根据制造商的建议进行。
本研究对BD PhoenixTM CPO Detect和bioMérieux Carba NP测试检测碳青霉烯酶的能力提供了极为严格的评估。两种测试都表现出非常高的灵敏度。通过BDPhoenixTM CPO Detect能检测出100％的产D类的CPO无法改进，并且通过BD PhoenixTM CPODetect能检测出100％的产D类的CPO应该被认为是一项非凡的成就，因为这些是所有碳青霉烯酶中最难检测的。碳青霉烯酶阴性分离株的极具挑战性的性质导致低于通常的特异性。在正常临床使用中，应该很少遇到导致假阳性测试的分离株类型，并且特异性应该显著更高。
BD CPO Detect可以提供两种结果：碳青霉烯酶检测的阳性/阴性结果，然后根据碳青霉烯酶的分子类别对阳性分离株进行归类。在阳性/阴性测试阶段，两种测试都表现出对碳青霉烯酶检测的高灵敏度(对于BD PhoenixTM CPO Detect，为97.1％，并且对于bioMérieux Carba NP测试，为97.1％至98.8％)。由于研究中碳青霉烯酶阴性分离株的极具挑战性的性质，两种测试均表现出低于通常的特异性。
BD PhoenixTM CPO Detect是能够检测碳青霉烯酶并且能够包含在常规敏感性测试中的第一种自动化测试。这是一项重大的技术进步，因为它避免依赖个人来决定是否应该建立碳青霉烯酶检测测试。该测试还可以将碳青霉烯酶分配至不同的分子类别。在目前的研究中，BD PhoenixTM CPO Detect显示出检测和区分产生A类和B类碳青霉烯酶的CPO的高能力。该诊断特性对于确定头孢他啶/阿维巴坦作为潜在治疗选择的适当性具有临床重要性。四种研究性算法中的三种将超过90％的碳青霉烯酶正确地归类为A、B、D和阳性无类型碳青霉烯酶，其中算法2具有稍微优越的表现。
在测试的归类阶段，BD PhoenixTM CPO Detect将超过90％的碳青霉烯酶正确地归类为A类、B类、D类或阳性无类型碳青霉烯酶。它显示出检测和区分产生A类和B类碳青霉烯酶的CPO的高能力，这是对于确定头孢他啶/阿维巴坦作为潜在治疗选择的适当性具有临床重要性的诊断特征。bioMérieux Carba NP测试无法对碳青霉烯酶进行归类。总体而言，BD PhoenixTM CPO Detect是一种全新类型的具有目前市场测试无法比拟的一系列功能的表型测试。它代表了满足重要临床需求的重大进步。
多种碳青霉烯酶的产生目前很少，并且其检测是一项重要的诊断性和治疗性挑战。目前研究受到这种类型的可用分离株稀缺性的阻碍。在获得良好的测试之前，对于目前的测试来说，重要的是提供保护患者免受针对多种碳青霉烯酶产生菌感染的不适当头孢他啶/阿维巴坦治疗的结果。在这项研究中，产生KPC-18+VIM-1的两种阴沟肠杆菌分离株被归类为B类碳青霉烯酶的产生菌，从而正确禁用头孢他啶/阿维巴坦疗法。产生B类和D类碳青霉烯酶的两种鲍曼不动杆菌分离株均被归类为D类产生菌。该结果也应该防止患者接受不适当的头孢他啶/阿维巴坦疗法。
实施例12-用于对临床分离株中的产碳青霉烯酶的有机体进行检测和归类的BD
PhoenixTM自动化微生物系统中BD PhoenixTM CPO
Detect测试的多中心评价
本研究的目的是评价BD PhoenixTM CPO Detect测试(CPO Detect)(BD LifeSciences,Sparks MD)(实施例11中描述的基于生长的碳青霉烯酶筛选测定)对通过肠杆菌、铜绿假单胞菌和鲍曼不动杆菌的临床分离株产生的碳青霉烯酶进行检测和归类的表现。
通过BD PhoenixTM CPO Detect测试对总共1034个新鲜和冷冻分离株，包括722个肠杆菌和312个非发酵菌(铜绿假单胞菌和鲍曼不动杆菌)，在3个临床位点的碳青霉烯酶产生进行评价。通过改良的碳青霉烯酶失活方法(mCIM)以及美罗培南和厄他培南MIC作为参考方法平行评价分离株。通过由BD进行的多重PCR确定Ambler归类(A类、B类或D类)。确定了CPO Detect结果和参考方法的结果之间的阳性和阴性百分比一致性(分别为PPA和NPA)。在BD Phoenix系统和适当的参考方法中一式两份地重复不一致的结果。数据呈现在表8.1(对于肠杆菌)、表8.2(对于非发酵菌)和表8.3(合并的肠杆菌和非发酵菌)中。
表8.1–针对肠杆菌的数据
表8.2–针对非发酵菌的数据
表8.3–针对肠杆菌和非发酵菌的合并数据
这些结果表明，对于肠杆菌，有99.4％的PPA(当参考系统检测到碳青霉烯酶时，％Phoenix检测到碳青霉烯酶)、96.0％的NPA(当参考系统未检测到碳青霉烯酶时，％Phoenix未检测到碳青霉烯酶)和98.2％的归类精确度(当Phoenix和参考系统都是阳性并提供归类，％Phoenix是正确的)。对于非发酵菌，有96.0％的PPA(当参考系统检测到碳青霉烯酶时，％Phoenix检测到碳青霉烯酶)，95.0％的NPA(当参考系统未检测到碳青霉烯酶时，％Phoenix未检测到碳青霉烯酶)和96.3％的归类精确度(当Phoenix和参考系统都是阳性的并且提供归类时，％Phoenix是正确的)。对于合并的结果，有98.3％的PPA(当参考系统检测到碳青霉烯酶时，％Phoenix检测到碳青霉烯酶)，95.7％的NPA(当参考系统未检测到碳青霉烯酶时，％Phoenix未检测到碳青霉烯酶)和97.7％的归类精确度(当Phoenix和参考系统都是阳性的并且提供归类时，％Phoenix是正确的)。
提供了测试的1034个符合要求的临床分离株的结果，并通过CPO Detect分析碳青霉烯酶的检测。在差异分析后，肠杆菌中的PPA和NPA分别为99.4％和96.0％。观察到十六个(2.2％)假阳性和2个假阴性(0.3％)。对于非发酵菌，PPA和NPA分别为96.0％和95.0％，其中有8个假阳性结果(2.6％)和6个假阴性结果(1.9％)。在测试的符合要求的分离株中，将385个CPO Detect结果与用于碳青霉烯酶归类的多重PCR进行比较。对于肠杆菌，总的类别精确度为98.2％(272/277)，并且对于非发酵菌，总的类别精确度为96.3％(104/108)。
可并入BD Phoenix自动化AST测试系统的BD PhoenixTM CPO Detect测试为来自肠杆菌、铜绿假单胞菌和鲍曼不动杆菌的碳青霉烯酶的检测和归类提供了一种新型且可靠的方法。
缩写
CLOX 氯洒西林
EDTA 乙二胺四乙酸
DPA 吡啶二羧酸
RPX 法硼巴坦(RPX–7009)
AVI 阿维巴坦
BLI BLI(BLI-489，β内酰胺酶抑制剂)
DOR 多利培南
MEM 美罗培南
TEM 替莫西林
GAM 广义加性模型
ERT 厄他培南
IPM 亚胺培南
定义
如本文所用，MIC是指最小抑制浓度。
如本文所用，GAM是指广义加性模型，它是仪器读数转化为生长的测量。
如本文所用，章节标题仅用于组织目的，并且不应被解释为以任何方式限制所描述的主题。本申请中引用的所有文献和类似材料(包括但不限于专利、专利申请、文章、书籍、论文和因特网网页)出于任何目的通过引用明确地整体并入本文。当所并入的参考文献中的术语的定义看起来不同于本发明教导中提供的定义时，本发明教导中提供的定义应占据主导地位。应当理解，在本发明教导中论述的温度、浓度、时间等之前存在隐含的“约”，使得轻微和非实质性的偏差在本文的本发明教导的范围内。
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尽管已经在某些实施方案和实施例的背景下公开了本发明，但本领域技术人员会理解，本发明延伸超出了具体公开的实施方案至本发明的其他替代实施方案和/或用途以及其明显的修改和等同物。此外，虽然已经详细示出和描述了本发明的若干变型，但基于本公开内容，本领域技术人员将容易明白在本发明范围内的其他修改。还考虑了可以进行实施方案的特定特征和方面的各种组合或子组合，并且仍然落入本发明的范围内。应该理解，所公开的实施方案的各种特征和方面可以彼此组合或替代，以形成所公开发明的各种模式或实施方案。因此，预期本文所公开的本发明的范围不应受上述具体公开的实施方案的限制。
然而，应当理解，虽然表明本发明实施方案的本详述仅以说明的方式给出，但在本发明的精神和范围内的各种变化和修改对于本领域技术人员而言将变得显而易见。
在此呈现的描述中使用的术语不旨在以任何有限或限制的方式解释。相反，该术语仅与系统、方法和相关组分的实施方案的详细描述一起使用。此外，实施方案可以包括几个新型特征，其中没有一个单独负责其所需的属性，或者被认为对于实施本文所述的发明是必不可少的。
Claims (102)
1.用于确定由肠道细菌表达的Ambler分类碳青霉烯酶不存在、存在一种或多种的方法，所述方法包括：
提供包含所述肠道细菌的样品，
将所述测试样品中的肠道细菌应用于至少四种的多种测试组合物中一段时间，其中所述至少四种的多种测试组合物中的每一种包含生长培养基和抗生素，并且所述至少四种测试组合物中的至少一种还包含至少一种碳青霉烯酶抑制剂，以及
在所述一段时间后，通过检测所述肠道细菌在所述至少四种的多种测试组合物中的每一种中生长的存在或抑制来确定由所述肠道细菌表达的Ambler分类碳青霉烯酶不存在、存在一种或多种。
2.如权利要求1所述的方法，其中至少一种测试组合物中的所述抗生素和碳青霉烯酶抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第一浓度的TEM和Ambler B类碳青霉烯酶抑制剂。
3.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中至少一种测试组合物中的所述抗生素和碳青霉烯酶抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第一浓度的DOR、AmblerC类碳青霉烯酶抑制剂和Ambler B类碳青霉烯酶抑制剂。
4.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中至少一种测试组合物中的所述抗生素和碳青霉烯酶抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第一浓度的MEM、AmblerC类碳青霉烯酶抑制剂和Ambler A碳青霉烯酶抑制剂。
5.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中至少一种测试组合物中的所述抗生素包含第二浓度的DOR、由第二浓度的DOR组成或者基本上由第二浓度的DOR组成。
6.如前述权利要求中任一项所述的方法，其包括通过检测以下来确定由肠道细菌表达的一种或多种Ambler分类碳青霉烯酶为D类：
第一测试组合物中生长的存在，其中所述抗生素和抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第一浓度的TEM和Ambler B类碳青霉烯酶抑制剂。
7.如前述权利要求中任一项所述的方法，其包括通过检测以下来确定由肠道细菌表达的一种或多种Ambler分类碳青霉烯酶为A类：
第一测试组合物中生长的抑制，其中所述抗生素和抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第一浓度的TEM和Ambler B类碳青霉烯酶抑制剂，
第二测试组合物中生长的存在，其中所述抗生素和抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第一浓度的DOR、Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂和Ambler B类碳青霉烯酶抑制剂，以及
第三测试组合物中生长的抑制，其中所述抗生素和抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第一浓度的MEM、Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂和Ambler A类碳青霉烯酶抑制剂。
8.如前述权利要求中任一项所述的方法，其包括通过检测以下来确定由肠道细菌表达的一种或多种Ambler分类碳青霉烯酶为B类：
第一测试组合物中生长的抑制，其中所述抗生素和抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第一浓度的TEM作为抗生素并且还包含Ambler B类碳青霉烯酶抑制剂，
第二测试组合物中生长的抑制，其中所述抗生素和抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第一浓度的DOR、Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂和Ambler B类碳青霉烯酶抑制剂，以及
第四测试组合物中生长的存在，其中所述抗生素包含第二浓度的DOR、由第二浓度的DOR组成或者基本上由第二浓度的DOR组成。
9.如前述权利要求中任一项所述的方法，其包括通过检测以下来确定由肠道细菌表达的一种或多种Ambler分类碳青霉烯酶为D类：
第一测试组合物中生长的抑制，其中所述抗生素和抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第一浓度的TEM和Ambler B类碳青霉烯酶抑制剂，
第二测试组合物中生长的抑制，其中所述抗生素和抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第一浓度的DOR、Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂和Ambler B类碳青霉烯酶抑制剂，以及
第四测试组合物中生长的抑制，其中所述抗生素包含第二浓度的DOR、由第二浓度的DOR组成或者基本上由第二浓度的DOR组成。
10.如前述权利要求中任一项所述的方法，其包括通过检测以下来确定由肠道细菌表达的一种或多种Ambler分类碳青霉烯酶的存在，其中未鉴定Ambler类别：
第一测试组合物中生长的抑制，其中所述抗生素和抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第一浓度的TEM和Ambler B类碳青霉烯酶抑制剂，
第二测试组合物中生长的存在，其中所述抗生素和抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第一浓度的DOR、Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂和Ambler B类碳青霉烯酶抑制剂，以及
所述至少四种的多种测试组合物中的第三测试组合物中生长的存在，其中所述抗生素和抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第一浓度的MEM作为抗生素并且还包含Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂和Ambler A类碳青霉烯酶抑制剂。
11.如前述权利要求中任一项所述的方法，其包括通过检测以下来确定由肠道细菌表达的一种或多种Ambler A类、B类或D类碳青霉烯酶的存在：
第一测试组合物中生长的抑制，其中所述抗生素和抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第一浓度的TEM、Ambler B类碳青霉烯酶抑制剂，
第二测试组合物中生长的存在，其中所述抗生素和抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第一浓度的包括DOR，Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂和Ambler B类碳青霉烯酶抑制剂，以及
第三测试组合物中生长的存在，其中所述抗生素和抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第一浓度的MEM、Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂和Ambler A类碳青霉烯酶抑制剂。
12.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中至少一种测试组合物中的所述抗生素和碳青霉烯酶抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第三浓度的MEM和Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂。
13.如前述权利要求中任一项所述的方法，其包括通过检测以下来确定关于鉴定由肠道细菌表达的一种或多种Ambler分类碳青霉烯酶没有获得答案：
第一测试组合物中生长的抑制，其中所述抗生素和抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第一浓度的TEM和Ambler B类碳青霉烯酶抑制剂，
第二测试组合物中生长的存在，其中所述抗生素和抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第一浓度的DOR、Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂和Ambler B类碳青霉烯酶抑制剂，
所述至少四种的多种测试组合物中的第三测试组合物中生长的存在，其中所述抗生素和抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第一浓度的MEM、Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂和Ambler A类碳青霉烯酶抑制剂，以及
第五测试组合物中生长的抑制，其中所述抗生素和抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第三浓度的MEM和Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂。
14.如前述权利要求中任一项所述的方法，其包括通过检测以下来确定由肠道细菌表达的一种或多种Ambler A类、B类或D类碳青霉烯酶的存在：
第一测试组合物中生长的抑制，其中所述抗生素和抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第一浓度的TEM和Ambler B类碳青霉烯酶抑制剂。
第二测试组合物中生长的存在，其中所述抗生素和抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第一浓度的DOR、Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂和Ambler B类碳青霉烯酶抑制剂，
第三测试组合物中生长的存在，其中所述抗生素和抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第一浓度的MEM、Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂和Ambler A类碳青霉烯酶抑制剂，以及
第五测试组合物中生长的存在，其中所述抗生素和抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第三浓度的MEM和Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂。
15.如权利要求1所述的方法，其中至少一种测试组合物中的所述抗生素和碳青霉烯酶抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第一浓度的MEM、Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂和Ambler B类碳青霉烯酶抑制剂。
16.如权利要求1和15中任一项所述的方法，其中至少一种测试组合物中的所述抗生素和碳青霉烯酶抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第一浓度的MEM、Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂和Ambler A碳青霉烯酶抑制剂。
17.如权利要求1和15-16中任一项所述的方法，其中至少一种测试组合物中的所述抗生素和碳青霉烯酶抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第一浓度的DOR、Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂和Ambler D类碳青霉烯酶抑制剂。
18.如权利要求1和15-17中任一项所述的方法，其中至少一种测试组合物中的所述抗生素和碳青霉烯酶抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第二浓度的MEM、Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂和Ambler A碳青霉烯酶抑制剂。
19.如权利要求1和15-18中任一项所述的方法，其包括通过检测以下来确定由肠道细菌表达的一种或多种Ambler分类碳青霉烯酶：
第一测试组合物中生长的抑制，其中所述抗生素和抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第一浓度的MEM、Ambler B类碳青霉烯酶抑制剂和Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂，以及
第二测试组合物中生长的抑制，其中所述抗生素和抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第二浓度的MEM、Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂和Ambler A类碳青霉烯酶抑制剂。
20.如权利要求1和15-19中任一项所述的方法，其包括通过检测以下来确定由肠道细菌表达的一种或多种Ambler分类碳青霉烯酶为B类：
第一测试组合物中生长的抑制，其中所述抗生素和抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第一浓度的MEM、Ambler B类碳青霉烯酶抑制剂和Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂，
第二测试组合物中生长的存在，其中所述抗生素和抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第二浓度的MEM、Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂和Ambler A类碳青霉烯酶抑制剂。
21.如权利要求1和15-20中任一项所述的方法，其包括通过检测以下来确定由肠道细菌表达的一种或多种Ambler分类碳青霉烯酶为A类：
第一测试组合物中生长的存在，其中所述抗生素和抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第一浓度的MEM、Ambler B类碳青霉烯酶抑制剂和Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂，以及
第三测试组合物中生长的抑制，其中所述抗生素和抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第一浓度的MEM、Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂和Ambler A类碳青霉烯酶抑制剂。
22.如权利要求1和15-21中任一项所述的方法，其包括通过检测以下来确定由肠道细菌表达的一种或多种Ambler分类碳青霉烯酶为D类：
第一测试组合物中生长的存在，其中所述抗生素和抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第一浓度的MEM、Ambler B类碳青霉烯酶抑制剂和Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂，
第三测试组合物中生长的存在，其中所述抗生素和抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第一浓度的MEM、Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂和Ambler A类碳青霉烯酶抑制剂，以及
第四测试组合物中生长的抑制，其中所述抗生素和抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第一浓度的DOR、Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂和Ambler D类碳青霉烯酶抑制剂。
23.如权利要求1和15-22中任一项所述的方法，其包括通过检测以下来确定由肠道细菌表达的一种或多种Ambler A类、B类或D类碳青霉烯酶的存在：
第一测试组合物中生长的存在，其中所述抗生素和抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第一浓度的MEM、Ambler B类碳青霉烯酶抑制剂和Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂，
第三测试组合物中生长的存在，其中所述抗生素和抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第一浓度的MEM、Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂和Ambler A类碳青霉烯酶抑制剂，以及
第四测试组合物中生长的存在，其中所述抗生素和抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第一浓度的DOR、Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂和Ambler D类碳青霉烯酶抑制剂。
24.如权利要求1和15-22中任一项所述的方法，其包括通过检测以下来确定关于鉴定由肠道细菌表达的一种或多种Ambler分类碳青霉烯酶没有获得答案：
第一测试组合物中生长的存在，其中所述抗生素和抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第一浓度的MEM、Ambler B类碳青霉烯酶抑制剂和Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂，
第三测试组合物中生长的存在，其中所述抗生素和抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第一浓度的MEM、Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂和Ambler A类碳青霉烯酶抑制剂，以及
第四测试组合物中生长的存在，其中所述抗生素和抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第一浓度的DOR、Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂和Ambler D类碳青霉烯酶抑制剂。
25.如权利要求1-24中任一项所述的方法，其包括将所述测试样品中的肠道细菌应用于至少五种的多种测试组合物中一段时间，其中至少一种测试组合物中的所述抗生素和碳青霉烯酶抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第一浓度的MEM和Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂。
26.如权利要求1和25中任一项所述的方法，其包括通过检测以下来确定由肠道细菌表达的一种或多种Ambler A类、B类或D类碳青霉烯酶的存在：
第一测试组合物中生长的存在，其中所述抗生素和抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第一浓度的MEM和Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂。
27.如权利要求1和25中任一项所述的方法，其包括通过检测以下来确定由肠道细菌表达的一种或多种Ambler A类、B类或D类碳青霉烯酶的不存在：
第一测试组合物中生长的抑制，其中所述抗生素和抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第一浓度的MEM和Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂。
28.如权利要求1-27中任一项所述的方法，所述方法还包括一种用于鉴定没有由非发酵性细菌表达的Ambler分类碳青霉烯酶、一种或多种由非发酵性细菌表达的Ambler分类碳青霉烯酶的方法，其包括：
提供包含所述非发酵性细菌的样品，
将所述测试样品中的非发酵性细菌应用于组合物中一段时间，其中所述测试组合物包含生长培养基以及抗生素和碳青霉烯酶抑制剂，以及
在所述一段时间后，通过检测所述非发酵性细菌在所述测试组合物中生长的存在或抑制来确定由非发酵性细菌表达的Ambler分类碳青霉烯酶的不存在、存在一种或多种。
29.如权利要求28所述的方法，其中至少一种测试组合物中的所述抗生素和碳青霉烯酶抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第三浓度的DOR和Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂。
30.如权利要求28-29所述的方法，其包括通过检测以下来确定由非发酵性细菌表达的一种或多种Ambler A类、B类或D类碳青霉烯酶的存在：
测试组合物中生长的存在，其中所述抗生素和抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第三浓度的DOR和Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂。
31.如权利要求28-29所述的方法，其包括通过检测以下来确定由非发酵性细菌表达的一种或多种Ambler A类、B类或D类碳青霉烯酶的不存在：
测试组合物中生长的抑制，其中所述抗生素和抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第三浓度的DOR和Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂。
32.如权利要求1-31中任一项所述的方法，所述方法还包括一种用于确定由非发酵性细菌表达的Ambler分类碳青霉烯酶不存在、存在一种或多种的方法，其包括：
提供包含所述非发酵性细菌的样品，
将所述测试样品中的非发酵性细菌应用于至少三种的多种测试组合物中一段时间，其中所述至少三种的多种测试组合物中的每一种包含生长培养基和抗生素，并且所述至少三种测试组合物中的至少一种还包含至少一种碳青霉烯酶抑制剂，以及
在所述一段时间后，通过检测所述非发酵性细菌在所述至少三种的多种测试组合物中的每一种中生长的存在或抑制来确定由所述非发酵性细菌表达的一种或多种Ambler分类碳青霉烯酶不存在、存在一种或多种。
33.用于确定由非发酵性细菌表达的Ambler分类碳青霉烯酶不存在、存在一种或多种的方法，所述方法包括：
提供包含所述非发酵性细菌的样品，
将所述测试样品中的非发酵性细菌应用于至少三种的多种测试组合物中一段时间，其中所述至少三种的多种测试组合物中的每一种包含生长培养基和抗生素，并且所述至少三种测试组合物中的至少一种还包含至少一种碳青霉烯酶抑制剂，以及
在所述一段时间后，通过检测所述非发酵性细菌在所述至少三种的多种测试组合物中的每一种中生长的存在或抑制来确定由所述非发酵性细菌表达的一种或多种Ambler分类碳青霉烯酶不存在、存在一种或多种。
34.如权利要求32-33中任一项所述的方法，其中至少一种测试组合物中的所述抗生素和碳青霉烯酶抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第三浓度的DOR、Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂和Ambler B类碳青霉烯酶抑制剂。
35.如权利要求32-34中任一项所述的方法，其中至少一种测试组合物中的所述抗生素和碳青霉烯酶抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第四浓度的MEM、Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂和Ambler D类碳青霉烯酶抑制剂。
36.如权利要求32-35中任一项所述的方法，其中至少一种测试组合物中的所述抗生素和碳青霉烯酶抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第五浓度的DOR和Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂及Ambler D类碳青霉烯酶抑制剂。
37.如权利要求32-36中任一项所述的方法，其包括通过检测以下来确定由非发酵性细菌表达的一种或多种Ambler分类碳青霉烯酶为B类：
第一测试组合物中生长的抑制，其中所述抗生素和抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第三浓度的DOR、Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂和Ambler B类碳青霉烯酶抑制剂。
38.如权利要求32-37中任一项所述的方法，其包括通过检测以下来确定由非发酵性细菌表达的一种或多种Ambler分类碳青霉烯酶为D类：
第一测试组合物中生长的存在，其中所述抗生素和抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第三浓度的DOR、Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂和Ambler B类碳青霉烯酶抑制剂，以及
第二测试组合物中生长的抑制，其中所述抗生素和抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第四浓度的MEM、Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂和Ambler D类碳青霉烯酶抑制剂。
39.如权利要求32-38所述的方法，其包括通过检测以下来确定由非发酵性细菌表达的一种或多种Ambler分类碳青霉烯酶为A类：
第一测试组合物中生长的存在，其中所述抗生素和抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第三浓度的DOR、Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂和Ambler B类碳青霉烯酶抑制剂，
第二测试组合物中生长的存在，其中所述抗生素和抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第四浓度的MEM、Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂和Ambler D类碳青霉烯酶抑制剂，以及
第三测试组合物中生长的抑制，其中所述抗生素和抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第五浓度的DOR、Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂和Ambler D类碳青霉烯酶抑制剂。
40.如权利要求32-39所述的方法，其通过检测以下来确定由非发酵性细菌表达的一种或多种Ambler A类、B类或D类碳青霉烯酶的存在：
第一测试组合物中生长的存在，其中所述抗生素和抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第三浓度的DOR、Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂和Ambler B类碳青霉烯酶抑制剂，
第二测试组合物中生长的存在，其中所述抗生素和抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第四浓度的MEM、Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂和Ambler D类碳青霉烯酶抑制剂，以及
第三测试组合物中生长的存在，其中所述抗生素和抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第五浓度的DOR、Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂和Ambler D类碳青霉烯酶抑制剂。
41.如权利要求32-33中任一项所述的方法，其中至少一种测试组合物中的所述抗生素和碳青霉烯酶抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第三浓度的DOR、Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂和Ambler B类碳青霉烯酶抑制剂。
42.如权利要求32-33和41中任一项所述的方法，其中至少一种测试组合物中的所述抗生素和碳青霉烯酶抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第四浓度的MEM、Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂和Ambler D类碳青霉烯酶抑制剂。
43.如权利要求32-33和41-42中任一项所述的方法，其中至少一种测试组合物中的所述抗生素和碳青霉烯酶抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第四浓度的DOR和Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂。
44.如权利要求32-33和41-43中任一项所述的方法，其包括通过检测以下来确定由非发酵性细菌表达的一种或多种Ambler分类碳青霉烯酶为A类、B类或D类：
第一测试组合物中生长的存在，其中所述抗生素和抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第三浓度的DOR、Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂和Ambler B类碳青霉烯酶抑制剂，以及
第二测试组合物中生长的存在，其中所述抗生素和抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第四浓度的MEM、Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂和Ambler D类碳青霉烯酶抑制剂。
45.如权利要求32-33和41-44中任一项所述的方法，其包括通过检测以下来确定由非发酵性细菌表达的一种或多种Ambler分类碳青霉烯酶为D类：
第一测试组合物中生长的存在，其中所述抗生素和抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第三浓度的DOR、Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂和Ambler B类碳青霉烯酶抑制剂，以及
第二测试组合物中生长的抑制，其中所述抗生素和抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第四浓度的MEM、Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂和Ambler D类碳青霉烯酶抑制剂。
46.如权利要求32-33和41-45中任一项所述的方法，其包括通过检测以下来确定由非发酵性细菌表达的一种或多种Ambler分类碳青霉烯酶为B类：
第一测试组合物中生长的抑制，其中所述抗生素和抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第三浓度的DOR、Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂和Ambler B类碳青霉烯酶抑制剂，以及
第三测试组合物中生长的存在，其中所述抗生素和抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第四浓度的DOR和Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂。
47.如权利要求32-33和41-46中任一项所述的方法，其包括通过检测以下来确定关于鉴定由非发酵性细菌表达的一种或多种Ambler分类碳青霉烯酶没有获得答案：
第一测试组合物中生长的抑制，其中所述抗生素和抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第三浓度的DOR、Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂和Ambler B类碳青霉烯酶抑制剂，以及
第三测试组合物中生长的抑制，其中所述抗生素和抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第四浓度的DOR和Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂。
48.如权利要求32-33和41-47中任一项所述的方法，其包括通过检测以下来确定由非发酵性细菌表达的一种或多种Ambler分类碳青霉烯酶为A类、B类或D类：
第一测试组合物中生长的抑制，其中所述抗生素和抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第三浓度的DOR、Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂和Ambler B类碳青霉烯酶抑制剂，以及
第三测试组合物中生长的抑制，其中所述抗生素和抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第四浓度的DOR和Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂。
49.如权利要求32-48中任一项所述的方法，其包括将所述测试样品中的非发酵性细菌应用于至少四种的多种测试组合物中一段时间，其中至少一种测试组合物中的所述抗生素和碳青霉烯酶抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第五浓度的DOR、Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂和Ambler D类碳青霉烯酶抑制剂。
50.如权利要求49所述的方法，其包括通过检测以下来确定由非发酵性细菌表达的一种或多种Ambler分类碳青霉烯酶为A类、B类或D类：
第一测试组合物中生长的存在，其中所述抗生素和抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第三浓度的DOR、Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂和Ambler B类碳青霉烯酶抑制剂，
第二测试组合物中生长的存在，其中所述抗生素和抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第四浓度的MEM、Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂和Ambler D类碳青霉烯酶抑制剂，以及
第四测试组合物中生长的存在，其中所述抗生素和抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第五浓度的DOR、Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂和Ambler D类碳青霉烯酶抑制剂。
51.如权利要求49-50所述的方法，其包括通过检测以下来确定由非发酵性细菌表达的一种或多种Ambler分类碳青霉烯酶为A类：
第一测试组合物中生长的存在，其中所述抗生素和抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第三浓度的DOR、Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂和Ambler B类碳青霉烯酶抑制剂，
第二测试组合物中生长的存在，其中所述抗生素和抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第四浓度的MEM、Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂和Ambler D类碳青霉烯酶抑制剂，以及
第四测试组合物中生长的抑制，其中所述抗生素和抑制剂包含以下、由以下组成或者基本上由以下组成：第五浓度的DOR、Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂和Ambler D类碳青霉烯酶抑制剂。
52.如前述权利要求中任一项所述的方法，其还包括确定样品中的细菌是否为肠道的、非发酵性的或两者。
53.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中TEM的第一浓度是约6μg/ml至约128μg/ml、约32μg/ml至约128μg/ml、约32μg/ml至约80μg/ml、或约64μg/ml。
54.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中DOR的第一浓度是约0.006μg/ml至约0.75μg/ml、约0.03125μg/ml至约0.1μg/ml、或约0.0625μg/ml或约0.06μg/ml。
55.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中DOR的第二浓度是约0.0125μg/ml至约2μg/ml、0.0625μg/ml至约0.25μg/ml、或约0.125μg/ml。
56.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中DOR的第三浓度是约0.1μg/ml至约400μg/ml、约0.5μg/ml至约3μg/ml、或约1μg/ml。
57.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中DOR的第四浓度是约0.2μg/ml至约40μg/ml、约0.5μg/ml至约4μg/ml、或约2μg/ml。
58.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中DOR的第五浓度是约0.03125μg/ml至约80μg/ml、约2μg/ml至约24μg/ml、或约8μg/ml。
59.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中MEM的第一浓度是0.03125μg/ml至1μg/ml、0.03125μg/ml至0.125μg/ml、0.015625μg/ml至0.125μg/ml、约0.006μg/ml至约0.60μg/ml、约0.015μg/ml至约0.24μg/ml、约0.03μg/ml至约0.25μg/ml、约0.03μg/ml至约0.2μg/ml、约0.0625μg/ml或约0.060μg/ml。
60.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中MEM的第二浓度是约0.015625μg/ml至约0.125μg/ml、约0.003μg/ml至约0.3μg/ml、约0.0075μg/ml至约0.12μg/ml、约0.01μg/ml至约0.12μg/ml、或约0.03μg/ml。
61.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中MEM的第三浓度是约0.0125μg/ml至约5μg/ml、约0.125μg/ml至约1μg/ml、或约0.5μg/ml。
62.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中MEM的第四浓度是约0.4μg/ml至约40μg/ml、约1μg/ml至约16μg/ml、约2μg/ml至约8μg/ml、或约4μg/ml。
63.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述Ambler D类碳青霉烯酶抑制剂包括选自以下的化合物：AVI、克拉维酸、硼酸、他唑巴坦、舒巴坦、法硼巴坦(RPX-7009)和BLI-489。
64.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述Ambler B类碳青霉烯酶抑制剂是金属螯合剂。
65.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述Ambler B类碳青霉烯酶抑制剂包括选自以下的化合物：EDTA、DPA和去铁胺。
66.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂包括选自以下的化合物：CLOX、双氯西林和氟氯西林。
67.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述Ambler A类碳青霉烯酶抑制剂包括选自以下的化合物：法硼巴坦(RPX-7009)、AVI、克拉维酸、硼酸、他唑巴坦、舒巴坦和BLI-489。
68.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述Ambler D类碳青霉烯酶抑制剂包括选自以下的化合物：BLI、AVI、克拉维酸、硼酸、他唑巴坦、舒巴坦、法硼巴坦和(RPX-7009)。
69.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中与所述第一浓度的TEM和/或所述第一浓度的DOR组合的所述Ambler B类碳青霉烯酶抑制剂包含EDTA、由EDTA组成或者基本上由EDTA组成。
70.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述Ambler C类碳青霉烯酶抑制剂包含CLOX、由CLOX组成或者基本上由CLOX组成。
71.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中与所述第一和/或第二浓度的MEM组合的所述Ambler A类碳青霉烯酶抑制剂包含RPX、由RPX组成或者基本上由RPX组成。
72.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中与所述第一浓度的MEM和/或所述第三浓度的DOR组合的所述Ambler B类碳青霉烯酶抑制剂包含DPA、由DPA组成或者基本上由DPA组成。
73.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中与所述第一和/或第五浓度的DOR组合的所述Ambler D类碳青霉烯酶抑制剂包含AVI、由AVI组成或者基本上由AVI组成。
74.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中与所述第四浓度的MEM组合的所述Ambler D类碳青霉烯酶抑制剂包含第一浓度的BLI、由第一浓度的BLI组成或者基本上由第一浓度的BLI组成。
75.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中EDTA的浓度是约0.025mg/ml至约10mg/ml、约0.05mg/ml至约1.25mg/ml、或约0.25mg/ml。
76.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中CLOX的浓度是约0.0025mg/ml至约40mg/ml、约0.020mg/ml至约0.5mg/ml、或约0.1mg/ml。
77.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中RPX的浓度是约0.2μg/ml至约320μg/ml、约1.5μg/ml至约40μg/ml、或约8μg/ml。
78.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中DPA的浓度是约0.018mg/ml至约1.8mg/ml、约0.07mg/ml至约0.73mg/ml、或约0.178mg/ml。
79.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中AVI的浓度是约0.1μg/ml至约40μg/ml、约0.5μg/ml至约20μg/ml、或约4μg/ml。
80.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中BLI的浓度是约0.1μg/ml至约200μg/ml、约1μg/ml至约25μg/ml、或约5μg/ml。
81.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中用于检测生长的存在或抑制的一段时间小于约24小时、小于约18小时、小于约16或小于约14小时。
82.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中用于检测肠道细菌生长的存在或抑制的一段时间是约6小时至约8小时。
83.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中用于检测肠道细菌生长的存在或抑制的一段时间是约7小时。
84.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中用于检测非发酵性细菌生长的存在或抑制的一段时间是约8小时至约11小时。
85.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中用于检测非发酵性细菌生长的存在或抑制的一段时间是约10小时。
86.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述肠道细菌包括选自以下的细菌：肺炎克雷伯氏菌(Klebsiella pneumoniae)、大肠杆菌(Escherichia coli)和产气肠杆菌(Enterobacter aerogenes)。
87.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述非发酵性细菌包括选自以下的细菌：铜绿假单胞菌(Pseudomonas aeruginosa)和鲍曼不动杆菌(Acinetobacter baumanii)复合体。
88.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中检测生长的存在或抑制不通过对细胞形态变化成像来进行。
89.用于实施前述权利要求中任一项所述的方法的自动化系统，所述自动化系统包括：
多个隔室，所述多个隔室中的每一个包含前述权利要求中任一项所述的任何方法中的测试组合物，
工具，其用于将包含肠道细菌、非发酵性细菌或两者的样品提供至所述多个隔室，
仪器，其用于从提供有所述肠道细菌、非发酵性细菌或两者的所述多个隔室获得第一信号，
孵育器，其用于将提供有所述肠道细菌、非发酵性细菌或两者的所述多个隔室孵育一段时间，
仪器，其用于从包含肠道细菌、非发酵性细菌或两者的所述多个隔室获得第二信号，
检测器，其用于通过比较所述第一信号和第二信号来检测提供有所述肠道细菌、非发酵性细菌或两者的所述多个隔室中生长的存在或抑制，
计算机，其用于生成来自所述检测器的结果输出，和
分析仪，其用于解释所述结果输出。
90.如权利要求89所述的自动化系统，其中所述多个隔室包括选自以下的隔室：孔、板和管。
91.用于鉴定由肠道细菌和/或非发酵性细菌表达的一种或多种Ambler分类碳青霉烯酶的试剂盒，所述试剂盒包含：
具有多个隔室的基板或平板，其中所述多个隔室中的每一个包含权利要求1-90中任一项所述的测试组合物。
92.如权利要求91所述的试剂盒，其中所述基板包括至少三种或至少四种不同的测试组合物。
93.如权利要求91-92中任一项所述的试剂盒，其中所述试剂盒包含包括多个隔室的第二基板，其中所述多个隔室中的每一个包含权利要求1-90中任一项所述的方法中的测试组合物，并且其中所述第一基板中的多种测试组合物与所述第二基板中的多种测试组合物至少有一种测试组合物不同。
94.如前述权利要求中任一项所述的方法、系统或试剂盒，其包括多种测试组合物，其中所述测试组合物包括以下、由以下组成或者基本上由以下组成：选自框1-14中公开的测试组合物的测试组合物。
95.如权利要求94所述的方法、系统或试剂盒，其中所述测试组合物包括以下、由以下组成或者基本上由以下组成：框1-5中公开的测试组合物。
96.如权利要求94所述的方法、系统或试剂盒，其中所述测试组合物包括以下、由以下组成或者基本上由以下组成：框1、6、7、3、8和9中公开的测试组合物。
97.如权利要求94所述的方法、系统或试剂盒，其中所述测试组合物包括以下、由以下组成或者基本上由以下组成：框10、11、12和13中公开的测试组合物。
98.如权利要求94所述的方法、系统或试剂盒，其中所述测试组合物包括以下、由以下组成或者基本上由以下组成：框10、11、12、13和14中公开的测试组合物。
99.如权利要求94所述的方法、系统或试剂盒，其中所述测试组合物包括以下、由以下组成或者基本上由以下组成：框1、6、7、3和9中公开的测试组合物。
100.如权利要求94所述的方法、系统或试剂盒，其中所述测试组合物包括以下、由以下组成或者基本上由以下组成：框1、6、7、9、3和10中公开的测试组合物。
101.如权利要求94所述的方法、系统或试剂盒，其中所述测试组合物包括以下、由以下组成或者基本上由以下组成：框1、6、7、3、9、10、11、12和14中公开的测试组合物。
102.如权利要求94所述的方法、系统或试剂盒，其中所述测试组合物包括以下、由以下组成或者基本上由以下组成：框1、10、11、12和14中公开的测试组合物。
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Application publication date: 20190416 Assignee: Becton, Dickinson and Co. Assignor: Bidi Switzerland Contract record no.: X2020990000417 Denomination of invention: Compositions, methods, systems and / or kits for detecting antimicrobial resistance in bacteria License type: Common License Record date: 20200818 |
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