CN109475624A - 染色体-1表达的结构维持的调节 - Google Patents

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Abstract

本文公开了用于调节参与一种或多种疾病的一种或多种基因的表达的抗体缀合物和锁核酸修饰的寡核苷酸。公开了用于调节参与一种或多种疾病的一种或多种基因的表达的包括抗体缀合物和/或锁核酸‑修饰的寡核苷酸的组合物和试剂盒。还公开了预防和/或治疗受试者的一种或多种疾病的方法，通过使得细胞接触组合物和试剂盒和/或将组合物和试剂盒施用于受试者来调节一种或多种基因的表达。

Description

染色体-1表达的结构维持的调节
优先权和相关申请的交叉引用
本申请要求2016年3月29日提交的美国临时专利申请62/314,850的优先权，其全部内容通过引用并入本文。
电子形式的序列表
本申请还具有通过EFS网络一起递交的作为ASCII文本文件的电子序列表。电子序列表文件名为VALKY001WOSEQLIST.txt，2017年3月29日创建并最终保存，大小为27,264字节。电子序列表中的信息通过引用整体并入本文。
背景
技术领域
本公开涉及染色体1(SMC1)表达的结构维持的调节。本公开的一些实施方式涉及癌症中SMC1表达的调节。
背景技术
已开发了分子策略以调节不需要的基因表达，这些不需要的基因表达或是直接引起疾病状态，或是参与疾病状态，或是使疾病状态恶化，例如癌症。这些策略涉及使用与有害靶基因的信使RNA序列互补的寡核苷酸，和/或使用调节与一种或多种与疾病状态(如癌症)相关的蛋白质的功能的抗体来抑制基因表达。
发明简述
在一些实施方式中，提供了包括抗SMC1抗体的抗体-缀合物。在抗体-缀合物的某些实施方式中，抗体通过接头(linker)缀合至细胞毒性分子，其中抗体结合至SMC1的胞外C末端区域的一种或多种表位。在抗体-缀合物的某些实施方式中，抗体结合至SMC1的胞外C末端区域的表位包括SMC1的805-1233残基。在抗体-缀合物的某些实施方式中，所述表位选自表1中所列序列组成的组中。在抗体-缀合物的某些实施方式中，所述表位选自由SEQ IDNO：11、SEQ ID NO：12和SEQ ID NO：13组成的组中。在抗体-缀合物的某些实施方式中，所述抗体是单克隆或多克隆的。在抗体-缀合物的某些实施方式中，所述细胞毒性分子选自由卡奇霉素、美登木素生物碱、澳瑞他汀(auristatins)、紫杉醇、细胞松弛素B、短杆菌肽D、溴化乙锭、吐根碱、丝裂霉素、长春花生物碱、依托泊苷、替尼泊苷、长春新碱、长春花碱、秋水仙素、多柔比星、柔红霉素、二羟基蒽二酮、米托蒽醌、光神霉素、放线菌素D、甲氨蝶呤、阿霉素、美法仑、丝裂霉素C、苯丁酸氮芥、道诺霉素或其它嵌入剂、酶及其片段，诸如溶核酶、抗生素和毒素，如小分子毒素或细菌、真菌、植物或动物源的酶活性毒素，包括其类似物、同系物、片段和/或变体，1-去氢睾酮、糖皮质激素、普鲁卡因、丁卡因、利多卡因、普萘洛尔和嘌呤霉素、蓖麻毒素、CC-1065、多卡米星、白喉毒素、毒液(例如，来自蛇、两栖动物、爬行动物、鱼类、无脊椎动物等)，和其类似物、同系物、片段和/或变体、铋-213、砹-211、镭-223、钇-90、碘-131、钐-153、锶-89、镥-177、钬-166、铼-186、铼-188、铜-67、钷-149、金-199、铑-105、溴-77、铟-111、碘-123和碘-125组成的组中。在一些实施方式中，抗体-缀合物特异性地结合表面表达SMC1的细胞。
在一些实施方式中，提供了LNA修饰的寡核苷酸，其包括一个或多个LNA。在一些实施方式中，LNA修饰的寡核苷酸与编码SMC1的mRNA互补，其中所述LNA修饰的寡核苷酸结合编码SMC1的mRNA，并靶向编码SMC1的mRNA，用于通过RNA沉默机制降解。在一些实施方式中，LNA修饰的寡核苷酸的长度为约5至约50个核苷酸。在一些实施方式中，LNA修饰的寡核苷酸的序列选自由5'GTATGGTTAATGGCTG3'(SEQ ID NO：29)、5'ATGCCAGCCAAATTGC 3'(SEQ IDNO：30)组成的组中。在一些实施方式中，LNA修饰的寡核苷酸中LNA的数目为约1至约25。在一些实施方式中，SEQ ID NO：29和SEQ ID NO：30中的一个或多个核苷酸是LNA。在一些实施方式中，提供了一种用于预防和/或治疗受试者中的疾病的组合物。在一些实施方式中，所述组合物包括抗体-缀合物，所述抗体-缀合物包括抗SMC1抗体，其中抗体经由接头缀合至细胞毒性分子，其中抗体结合SMC1的胞外C末端区域的一种或多种表位，LNA修饰的寡核苷酸包括一个或多个LNA，其中所述LNA修饰的寡核苷酸与编码SMC1的mRNA互补，其中所述LNA修饰的寡核苷酸结合编码SMC1的mRNA，并靶向编码SMC1的mRNA，用于通过RNA沉默机制降解。在组合物的一些实施方式中，抗体结合SMC1的胞外C末端区域的表位包括SMC1的805-1233残基。在组合物的一些实施方式中，所述表位选自表1中所列的序列组成的组中。在组合物的一些实施方式中，所述表位选自由SEQ ID NO：11、SEQ ID NO：12和SEQ ID NO：13组成的中。在组合物的一些实施方式中，所述抗体是单克隆或多克隆的。在组合物的一些实施方式中，所述细胞毒性分子选自由卡奇霉素、美登木素生物碱、澳瑞他汀(auristatins)、紫杉醇、细胞松弛素B、短杆菌肽D、溴化乙锭、吐根碱、丝裂霉素、长春花生物碱、依托泊苷、替尼泊苷、长春新碱、长春花碱、秋水仙素、多柔比星、柔红霉素、二羟基蒽二酮、米托蒽醌、光神霉素、放线菌素D、甲氨蝶呤、阿霉素、美法仑、丝裂霉素C、苯丁酸氮芥、道诺霉素或其它嵌入剂、酶及其片段，诸如溶核酶、抗生素和毒素，如小分子毒素或细菌、真菌、植物或动物源的酶活性毒素，包括其类似物、同系物、片段和/或变体，1-去氢睾酮、糖皮质激素、普鲁卡因、丁卡因、利多卡因、普萘洛尔和嘌呤霉素、蓖麻毒素、CC-1065、多卡米星、白喉毒素、毒液(例如，来自蛇、两栖动物、爬行动物、鱼类、无脊椎动物等)，和其类似物、同系物、片段和/或变体、铋-213、砹-211、镭-223、钇-90、碘-131、钐-153、锶-89、镥-177、钬-166、铼-186、铼-188、铜-67、钷-149、金-199、铑-105、溴-77、铟-111、碘-123和碘-125组成的组中。在一些实施方式中，抗体-缀合物特异性地结合表面表达SMC1的细胞。在组合物的一些实施方式中，LNA修饰的寡核苷酸的长度为约5至约50个核苷酸。在组合物的一些实施方式中，LNA修饰的寡核苷酸的序列选自由5'GTATGGTTAATGGCTG 3'(SEQ ID NO：29)和5'ATGCCAGCCAAATTGC3'(SEQ ID NO：30)组成的组中。在组合物的一些实施方式中，LNA修饰的寡核苷酸中LNA的数量为约1至约25个。在组合物的一些实施方式中，SEQ ID NO：29和SEQ ID NO：30中的一个或多个核苷酸是LNA。在组合物的一些实施方式中，预防和/或治疗是通过调节SMC1的mRNA和SMC1的蛋白质的表达来实现的。在组合物的一些实施方式中，所述疾病选自由乳腺癌(例如，三阴性乳腺癌)、乳腺腺癌、胰腺癌、肺癌、前列腺癌、激素难治性前列腺癌、恶性实体肿瘤，例如结肠癌、非小细胞肺癌(例如，非小细胞肺癌)、间变性星形细胞瘤、神经胶质瘤、成胶质细胞瘤(例如，胶质母细胞瘤)、膀胱癌、肉瘤、卵巢癌、直肠血管外皮细胞瘤、胰腺癌、急性髓性白血病、大肠癌、间皮瘤、胃癌、胰腺癌、卵巢癌、黑色素瘤、胰腺癌、结肠癌和膀胱癌组成的组中。
在一些实施方式中，提供了用于预防和/或治疗受试者的疾病的试剂盒。在一些实施方式中，试剂盒包括本文所述的组合物中的任意一种。在试剂盒的一些实施方式中，所述疾病选自由乳腺癌(例如，三阴性乳腺癌)、乳腺腺癌、胰腺癌、肺癌、前列腺癌、激素难治性前列腺癌、恶性实体肿瘤，例如结肠癌、非小细胞肺癌(例如，非小细胞肺癌)、间变性星形细胞瘤、神经胶质瘤、成胶质细胞瘤(例如，胶质母细胞瘤)、膀胱癌、肉瘤、卵巢癌、直肠血管外皮细胞瘤、胰腺癌、急性髓性白血病、大肠癌、间皮瘤、胃癌、胰腺癌、卵巢癌、黑色素瘤、胰腺癌、结肠癌和膀胱癌组成的组中。
在某些实施方式中，提供了用于预防和/治疗受试者的疾病的方法。在一些实施方式中，所述方法包括对受试者进行疾病第一评估，提供上述组合物中的任意一种，将上述组合物中的任意一种施用于受试者一段时间，在一段时间后对所述受试者进行疾病第二评估，其中所述疾病第二评估表明在向受试者施用上述组合物中的任意一种一段时间后，预防和/或治疗受试者的疾病，从而预防和/或治疗受试者的疾病。在方法的一些实施方式中，细胞是肿瘤细胞、癌细胞、肿瘤干细胞、癌干细胞或其组合。在方法的一些实施方式中，抗体-缀合物被细胞摄取。在方法的一些实施方式中，细胞毒性分子或是阻止细胞的生长或是杀死细胞。在方法的一些实施方式中，LNA修饰的寡核苷酸与促进融合或促进脂肪生成的成分一起配制，所述促进融合或促进脂肪生成的成分允许细胞摄取LNA修饰的寡核苷酸。在方法的一些实施方式中，细胞过表达SMC1的mRNA。在该方法的一些实施方式中，LNA修饰的寡核苷酸与SMC1的mRNA互补，其中所述LNA修饰的寡核苷酸结合SMC1的mRNA，并通过RNA沉默机制调节表达。在该方法的一些实施方式中，受试者是哺乳动物，其中哺乳动物是人或非人。在一些实施方式中，所述方法还包括提供一种或多种另外的治疗剂。在该方法的一些实施方式中，一种或多种另外的治疗剂是PARP抑制剂。在该方法的一些实施方式中，所述一种或多种PARP抑制剂选自由尼拉帕尼(MK-4827)、Iniparib(BSI 201)、他拉唑帕尼(BMN-673)、维利帕尼(ABT-888)、奥拉帕尼(AZD-2281)、芦卡帕尼(AG014699、PF-01367338)、CEP9722、E7016、BGB-290和3-氨基苯甲酰胺。在该方法的一些实施方式中，一种或多种另外的治疗剂是铂类药物。在该方法的一些实施方式中，所述一种或多种基于铂的药物选自由顺铂、卡铂、奥沙利铂、奈达铂、四硝酸三铂、菲铂(Phenanthriplatin)、吡铂和赛特铂组成的组中。在该方法的一些实施方式中，一种或多种另外的治疗剂增强上述组合物中任意一种的效果。在该方法的一些实施方法中，上述组合物中任意一种的抗体-缀合物浓度为约1nM至约250mM。在该方法的一些实施方式，上述组合物中任意一种中的LNA修饰的寡核苷酸的浓度为约1nM至约250mM。
在一些实施方式中，提供了一种诊断样品状态的方法。在一些实施方式中，所述方法包括提供样品，所述样品是细胞悬浮液、组织、活组织切片或其组合，提供抗SMC抗体，使用所述SMC1抗体对样品进行免疫组织化学染色，确定样品中SMC1的细胞定位，其中SMC1仅定位在细胞核中表明样品处于正常状态，并且其中SMC1定位在细胞核、细胞质和细胞膜中表明样品处于异常状态。在诊断方法的一些实施方式中，该样品的异常状态指示疾病的存在。在诊断方法的一些实施方式中，所述疾病选自由由乳腺癌(例如，三阴性乳腺癌)、乳腺腺癌、胰腺癌、肺癌、前列腺癌、激素难治性前列腺癌、恶性实体肿瘤，例如结肠癌、非小细胞肺癌(例如，非小细胞肺癌)、间变性星形细胞瘤、神经胶质瘤、成胶质细胞瘤(例如，胶质母细胞瘤)、膀胱癌、肉瘤、卵巢癌、直肠血管外皮细胞瘤、胰腺癌、急性髓性白血病、大肠癌、间皮瘤、胃癌、胰腺癌、卵巢癌、黑色素瘤、胰腺癌、结肠癌和膀胱癌组成的组中。
附图说明
图1示出了染色体1结构维持(SMC1)的结合配偶体的示意性实施方式。
图2示出了人SMC1的氨基酸序列的实施方式。
图3示出了人SMC1的N-末端的代表残基1-804的氨基酸序列的实施方式。
图4示出了人SMC1的C末端的代表残基805-1233的氨基酸序列的实施方式。
发明详述
开发了基于核苷酸的分子策略以调节不想要的基因的表达，不需要的基因表达或是直接引起疾病状态，或是参与疾病状态，或是使疾病状态恶化，如癌症。一种这样的策略涉及用与有害的靶基因的信使RNA(mRNA)的序列互补的寡核苷酸抑制基因表达。mRNA是编码(正义)DNA链的拷贝。与正义链杂交的寡核苷酸称为反义寡核苷酸。反义寡核苷酸与mRNA的结合干扰翻译过程并因此干扰基因表达。例如，通过靶向和下调各种癌基因或原癌基因的活性，反义寡核苷酸已被用作抗癌剂。参见，例如美国专利US5,098,890(用于治疗血液肿瘤包括用于骨髓清除的反义MYB)；国际专利申请WO 91/93260(用于治疗骨髓增生性疾病的反义ABL)；国际专利申请WO 92/19252和Ratajczak等，Proc Natl.Acad.Sci.美国89,1710-1714(1992)(用于抑制恶性造血细胞增殖的KIT)；国际专利申请WO92/20348和Melani等，Cancer Res.51；2897-2901(1991)(用于抑制结肠癌细胞增殖反义MYB)；国际专利申请WO92/22303和Szcylick等，Science 253,562-565(1991)(用于抑制白血病细胞增殖的反义BCR-ABL)和美国专利US5,087,617(使用针对各种癌基因或原癌基因的反义寡核苷酸的骨髓清除和体内治疗)，其全部内容通过引用并入本文。
特别地，已经研究了各种寡核苷酸，包括单链和双链寡核苷酸及其类似物。要在体内应用中是有用的，寡核苷酸必须具有某些特性，包括穿透细胞膜的能力，对细胞外和细胞内的核酸酶具有良好的耐受性，对靶的高亲和力和特异性，并且优选具有募集内源性酶的能力例如RNAseH。潜在用于治疗应用的寡核苷酸的重要特性是，其或是使用沃森-克里克氢键(A-T和G-C)或是使用其它氢键方案如Hoogsteen/反义Hoogsteen模式识别并特异性地与单链核酸互补的能力。亲和力和特异性是常用于表征特定寡核苷酸的杂交特性的特性。亲和力是寡核苷酸与其互补靶标的结合强度的量度(表示为双链的热稳定性(Tm))。双链中的每个核苷酸碱基对都增加了热稳定性，因此亲和力随着寡核苷酸的大小(核碱基数量)增加而增加。特异性是寡核苷酸区分完全互补和错配靶序列的能力的量度。换句话说，特异性是与靶中错配的核碱基对相关的亲和力丧失的量度。
锁核酸(LNA)是高亲和力和生物学稳定的RNA类似物，其中通常柔性的核糖糖环通过亚甲基2'-O，4'-C键以刚性构象固定。与基于其它化学物质短干扰RNA(siRNA)和其它反义RNA的短寡核苷酸相比，这种固定构象在提供有效的RNA结合分子设计，促使单链LNA修饰的寡核苷酸在体外和体内有效下调靶mRNA表达方面具有重大的优势。使得LNA修饰的寡核苷酸成为有价值的治疗平台的特征，包括但不限于前所未有的RNA结合亲和力、检测短RNA和DNA靶标、优异的特异性、单核苷酸辨别、耐受核酸外切酶和核酸内切酶，从而在体内和体外具有高稳定性、增加双链的热稳定性、安全性和易于制造。
染色体-1的结构维持(SMC1)
人SMC1A(称为SMC1)是凝聚复合物(cohesion complex)描述的很清楚的结构组分，并且密切参与有丝分裂中姐妹染色单体的分裂。过表达SMC1被认为是人类结直肠癌晚期预后不良的预测因子。参见Wang等，BMC Cancer,2015年3月4日；15：90.doi：10.1186/sl2885-015-1085-4，其全部内容通过引用并入本文。人SMC1是凝聚复合物的成员(图1)，并且已知与SMC3、Rad21、SCC1/SCC2一起，参与染色体维持、DNA修复和基因表达。SMC1与BRCA1结合，它们一起参与DNA损伤应答和细胞周期检查点介导的DNA修复的调节。在正常细胞中，SMC1被描述为核蛋白。SMC1-SMC3异二聚体构成较高级复合物的必要部分，参与染色质和DNA动力学。
与正常细胞相比，SMC1在肿瘤细胞、癌细胞、肿瘤干细胞和癌症干细胞中差异性地过表达。例如，已经报道了许多癌症中SMC1的差异表达和突变，包括结肠癌、急性髓性白血病、神经胶质瘤和肺癌。此外，免疫细胞化学、流式细胞术和细胞分级分离研究表明，与在正常细胞中主要定位在细胞核中相比，SMC1在肿瘤细胞、癌细胞、肿瘤干细胞和癌症干细胞(例如，三阴性乳腺癌)中定位在细胞核、细胞质和细胞表面中，表明SMC1的过表达可能在癌症的癌发生中起作用。例如，用针对SMC1的表位(SEQ ID NO：11)的单克隆抗体染色肺癌细胞系(Am1010)显示SMC在Aml010细胞中的表面定位(参见实施例2)。
本公开涉及抗SMC抗体和针对SMC1的LNA修饰的寡核苷酸在疾病中的治疗应用。本公开提供了调节SMC表达的抗SMC1抗体和LNA修饰的寡核苷酸，从而预防和/或治疗涉及不期望的细胞生长(例如肿瘤和癌症)的疾病。本公开还提供了组合物和试剂盒，其包括用于调节SMC1表达的抗体和/或LNA修饰的寡核苷酸。还提供了预防和/或治疗一种或多种疾病的方法，其包括向需要的受试者施用包括抗体和/或LNA修饰的寡核苷酸的组合物和试剂盒，以调节与不期望的细胞生长相关的SMC1表达。在一些实施方式中，本文描述的LNA修饰的寡核苷酸靶向SMC1 mRNA，用于通过一种或多种RNA降解和沉默机制(例如RNAi)降解。在一些实施方式中，本文描述的抗SMC1抗体靶向SMC1蛋白，以通过一种或多种蛋白质降解机制(例如蛋白酶体降解)降解。
尽管本公开涉及人SMC1(及其等位基因变体、剪接变体、蛋白变体、突变体、多态性变体以及其它变体)和人癌症，但本领域普通技术人员将理解，用于调节一种或多种疾病涉及的一种或多种基因的表达的抗体-缀合物和锁核酸寡核苷酸、包括用于调节一种或多种疾病涉及的一种或多种基因的表达的抗体-缀合物和锁核酸寡核苷酸的组合物和试剂盒、通过使组合物和试剂盒接触细胞和/或将组合物和试剂盒施用于受试者，调节一个或多个基因的表达来预防和/或治疗受试者的一种或多种疾病的方法、和诊断样品的状态的方法可以延伸到其它人类基因和其它人类疾病，以及其它动物的基因和疾病。其它基因的非限制性例子包括致癌基因、肿瘤抑制基因、DNA修复基因、编码组织基质蛋白的基因、编码转运子的基因、编码信号转导蛋白的基因、编码细胞生长和分化蛋白的基因、编码参与生化反应的蛋白的基因、编码参与基因表达的调节的基因。其它疾病的非限制性例子包括生化疾病、代谢疾病、遗传性疾病、寄生虫病、先天性疾病、细菌性疾病、病毒性疾病、自身免疫性疾病、过敏症、哮喘、乳糜泻、克罗恩病、结肠炎、心脏病、传染病、肝病、神经疾病等。
SMC1表位和抗SMC1抗体缀合物
与正常细胞相比，SMC1在肿瘤细胞、癌细胞、肿瘤干细胞和癌症干细胞中差异性地过表达。与在正常细胞中主要定位在细胞核中相比，SMC1在肿瘤细胞、癌细胞、肿瘤干细胞和癌症干细胞中定位在细胞核、细胞质和细胞表面中。
在一些实施方式中，本公开涉及一种或多种SMC表位。SMC1(SEQ ID NO：26；图2)的长度是1233个氨基酸。残基1-804(SEQ ID NO：27，图3)包括细胞内结构域和跨膜结构域。N末端结构域的结合伴侣将SMC1细胞内地连接到质膜上。SMC1的氨基酸残基805-1233(SEQID NO：28，图4)在肿瘤细胞、癌细胞、肿瘤干细胞和癌症干细胞的细胞表面上位于细胞外。
SMC1的残基1-804(SEQ ID NO：27)代表SMC1的细胞内区域和跨膜区域。因此，在一些实施方式中，一个或多个SMC1表位衍生自SMC1的细胞内区域和/或跨膜区域。SMC1表位衍生自SMC1的细胞内区域和/或跨膜区域。在一些实施方式中，一个或多个表位衍生自SMC1的氨基酸残基1-804(SEQ ID NO：27)。SMC1的残基805-1233(SEQ ID NO：28)代表肿瘤细胞、癌细胞、肿瘤干细胞和癌症干细胞中的SMC1的细胞外(细胞表面)区域。因此，在一些实施方式中，一个或多个SMC1表位衍生自细胞外的和/或暴露在细胞表面上的SMC1区域。在一些实施方式中，一个或多个表位衍生自SMC1的氨基酸残基805-1233(SEQ ID NO：28)。
在一些实施方式中，表位的非限制性例子包括表1中提供的序列。
表1-抗SMC1抗体识别的表位
在优选的实施方式中，一个或多个SMC1表位衍生自细胞外的和/或暴露在细胞表面上的SMC1区域，即SMC1的氨基酸残基805-1233(SEQ ID NO：28)。在一些实施方式中，所述表位的大小从约5个氨基酸至约35个氨基酸。在一些实施方式中，所述表位的大小范围为约5-10、10-15、15-20、20-25、25-30、30-35个氨基酸。在一些实施方式中，所述表位的大小为约5、10、15、20、25、30或35个氨基酸，或在由前述值的任意两个限定的范围内。在一些实施方式中，所述表位的大小为12个氨基酸。在一些实施方式中，所述表位是SEQ ID NO：11。在一些实施方式中，所述表位是SEQ ID NO：12。在一些实施方式中，所述表位是SEQ ID NO：13。在优选的实施方式中，所述表位是SEQ ID NO：11
在一些实施方式中，设想表1中提供的一个或多个表位的一个或多个变体。在一些实施方式中，表位变体与在表1中列出的一个或多个表位享有至少70％序列一致性。在一些实施方式中，表位变体与在表1中列出的一个或多个表位享有约70％序列一致性。在一些实施方式中，表位变体与在表1中列出的一个或多个表位享有至少99％以上的序列一致性。在一些实施方式中，表位变体与在表1中列出的一个或多个表位享有至少约70％、75％、80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％、99％或99％以上的序列一致性，或在通过上述值的任意两个限定的范围内。
如上所述，与正常细胞相比，SMC1在肿瘤细胞、癌细胞、肿瘤干细胞和癌干细胞中差异性地过表达。此外，免疫细胞化学、流式细胞术和细胞分级分离研究表明，与在正常细胞中主要定位在细胞核中相比，SMC1在肿瘤细胞、癌细胞、肿瘤干细胞和癌干细胞中定位在细胞核、细胞质和细胞表面上。因此，在一些实施方式，本文提供的抗体-缀合物特异性结合具有SMC1的细胞表面表达的细胞。在一些实施方式中，本文提供的抗体-缀合物特异性结合具有SMC1细胞表面表达的肿瘤细胞和肿瘤干细胞。在一些实施方式中，本文提供的抗体-缀合物特异性结合具有SMC1细胞表面表达的癌细胞和癌干细胞。
在一些实施方式中，本公开涉及针对一个或多个SMC1表位(例如表1)的一种或多种抗体及本文公开的变体。在一些实施方式中，一种或多种抗体是单克隆抗体。在一些实施方式中，一种或多种抗体是多克隆抗体。在一些实施方式中，一种或多种抗体结合SMC1的残基1-804(SEQ ID NO：27)中的表位。在一些实施方式中，一种或多种抗体结合SMC1的残基805-1233(SEQ ID NO：28)中的表位。在一些实施方式中，一种或多种抗体结合SMC1的残基1-804(SEQ ID NO：27)中的表位和SMC1的残基805-1233(SEQ ID NO：28)中的表位。在一些实施方式中，结合SMC1的残基1-804(SEQ ID NO：27)中的表位的一种或多种抗体是单克隆的。在一些实施方式中，结合SMC1的残基1-804(SEQ ID NO：27)中的表位的一种或多种抗体是多克隆的。在一些实施方式，结合SMC1的残基805-1233(SEQ ID NO：28)中的表位的一种或多种抗体是单克隆的。在一些实施方式中，结合SMC1的残基805-1233(SEQ ID NO：28)中的表位的一种或多种抗体是多克隆的。
在一些实施方式中，一种或多种抗体结合SEQ ID NO：11的表位。在一些实施方式中，一种或多种抗体结合SEQ ID NO：12的表位。在一些实施方式中，一种或多种抗体结合SEQ ID NO：13的表位。在一些实施方式中，结合SEQ ID NO：11的表位的一种或多种抗体是多克隆的。在优选的实施方式中，结合SEQ ID NO：11的表位的一种或多种抗体是单克隆的。在一些实施方式中，结合SEQ ID NO：13的表位的一种或多种抗体是单克隆的。在优选的实施方式中，结合SEQ ID NO：13的表位的一种或多种抗体是多克隆的。
在一些实施方式中，抗体来自人类。在一些实施方式中，抗体来自非人类物种。在一些实施方式中，已经修饰了非人类物种的抗体的蛋白质序列以增加它们与人类中天然产生的抗体变体的相似性。在一些实施方式中，抗体是人源化抗体。在一些实施方式中，一种或多种抗体是IgA、IgD、IgE、IgG、IgM或其组合。在一些实施方式中，抗体是单链抗体、特异性结合至靶表位的抗体片段、单克隆抗体、单链单克隆抗体、特异性结合至靶表位的单克隆抗体片段、嵌合抗体、特异性结合靶表位的嵌合抗体片段、双特异性抗体、结构域抗体或特异性结合靶表位的结构域抗体。在替代性实施方式中，结合部分(其特异性结合至表位)不是抗体，而是肽、多肽、适体等，其表现出足够的结合亲和力和特异性以将细胞毒性有效负载递送至在细胞表面表达靶表位的细胞。
在一些实施方式中，设想了本文公开的一个或多种抗体的一种或多种变体。在一些实施方式中，抗体变体与结合表1中列出的表位的一种或多种抗体享有至少70％的序列一致。该同一性或是相对于整个抗体序列或是相对于抗体序列的子集(例如，一个或多个CDR)。在一些实施方式中，抗体变体享有大约70％或更多的序列一致性。在一些实施方式中，抗体变体享有99％以上的序列一致性。在一些实施方式中，抗体变体享有约70％、75％、80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％、99％或99％以上的序列一致性，或在通过上述值的任意两个限定的范围内。
如本文所用，“KD”是指一种或多种抗体和/或其变体与一种或多种表位和/或其变体范围的结合亲和力。在一些实施方式中，KD值为约10-7M至约10-10M。在一些实施方式中，KD的值为约10-10M至约10-13M。在一些实施方式中，KD的值为约10-6、10-7、10-8、10-9、10-10、10-11、10-12、10-13或10-14M，或者在任意上述值限定的范围内。
在一些实施方式中，本文提供的一种或多种抗体通过接头与细胞毒性分子缀合(称为抗体-缀合物)。
在一些实施方式中，细胞毒性分子是细胞毒性剂、化学治疗剂、细胞毒性药物、毒素、放射性核素等。细胞毒性分子对细胞有害，或是阻止细胞生长，或是杀死细胞，改变细胞的生物化学和/或生理学性质，从而它们变得易于被一种或多种治疗剂或其组合杀死。在一些实施方式中，细胞毒性分子阻止和/或抑制细胞的一种或多种功能。在一些实施方式中，细胞毒性分子通过细胞中的结构纤维的一种或多种拆散引起细胞死亡，引起不可修复的DNA损伤、细胞凋亡、自噬、坏死、坏死性凋亡、细胞焦亡或半光天冬酶非依赖性细胞死亡。
非限制性细胞毒性分子的例子包括卡奇霉素、美登木素生物碱、澳瑞他汀(auristatins)、紫杉醇、细胞松弛素B、短杆菌肽D、溴化乙锭、吐根碱、丝裂霉素、长春花生物碱、依托泊苷、替尼泊苷、长春新碱、长春花碱、秋水仙素、多柔比星、柔红霉素、二羟基蒽二酮、米托蒽醌、光神霉素、放线菌素D、甲氨蝶呤、阿霉素、美法仑、丝裂霉素C、苯丁酸氮芥、道诺霉素或其它嵌入剂、酶及其片段，诸如溶核酶、抗生素和毒素，如小分子毒素或细菌、真菌、植物或动物源的酶活性毒素，包括其类似物、同系物、片段和/或变体，1-去氢睾酮、糖皮质激素、普鲁卡因、丁卡因、利多卡因、普萘洛尔和嘌呤霉素、蓖麻毒素、CC-1065、多卡米星、白喉毒素、毒液(例如，来自蛇、两栖动物、爬行动物、鱼类、无脊椎动物等)，和其类似物、同系物、片段和/或变体。
在一些实施方式中，抗体-缀合物包括一个或多个放射性核素，例如，如在ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK11464/中所述，其通过引用以其整体并入本文。在一些实施方式中，抗体-缀合物包括α-发射放射性核素。在一些实施方式中，抗体-缀合物包括β-发射放射性核素。在一些实施方式中，抗体-缀合物包括俄歇电子发射放射性核素。在一些实施方式中，抗体-缀合物包括α发射放射性核素和β-发射放射性核素的组合。在一些实施方式中，抗体-缀合物包括α-发射放射性核素和俄歇电子发射放射性核素的组合。在一些实施方式中，抗体-缀合物包括β-发射放射性核素和俄歇电子发射放射性核素的组合。在一些实施方式中，抗体-缀合物包括α发射放射性核素、β-发射放射性核素和俄歇电子发射放射性核素的组合。
α-放射性核素的非限制性例子包括铋-213、砹-211和镭-223。β-放射性核素的非限制性例子包括钇-90、碘-131、钐-153和锶-89。β-放射性核素的非限制性例子包括镥-177、钬-166、铼-186、铼-188、铜-67、钷-149、金-199和铑-105。俄歇电子发射放射性核素的非限制性例子包括溴-77、铟-111、碘-123和碘-125。
在一些实施方式中，每个抗体缀合的细胞毒性分子的数量为约1至约100。在一些实施方式中，每个抗体缀合的细胞毒性分子的数量为约100至约1000。在一些实施方式中，每个抗体缀合的细胞毒性分子的数量为约1、2、5、10、15、20、25、30、25、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、100、200、250、500、750或1000，或在上述值的任意两个限定的范围内。在其它实施方式中，每个靶标结合试剂(例如，抗体)结合的细胞毒性化合物分子的数量可以通过测定在280nm和252nm的吸光度的比率来光谱学地确定。每个抗体分子平均结合约0.5-约20的细胞毒性化合物可以通过已知方法连接(参见例如WO20141345457，其通过引用并入本文)。在一个实施方式中，缀合物中每个靶标结合试剂连接的细胞毒性化合物的数量为约0.5至约10、约0.5至2(例如，0.4、0.5、0.6、0.7、0.8、0.9、1.0、1.1、1.2、1.3、1.4、1.5、1.6、1.7、1.8、1.9、2.0或2.1)、约2至约8(例如，1.9、2.0、2.1、2.2、2.3、2.4、2.5、2.6、2.7、2.8、2.9、3.0、3.1、3.2、3.3、3.4、3.5、3.6、3.7、3.8、3.9、4.0、4.1、4.2、4.3、4.4、4.5、4.6、4.7、4.8、4.9、5.0、5.1、5.2、5.3、5.4、5.5、5.6、5.7、5.8、5.9、6.0、6.1、6.2、6.3、6.4、6.5、6.6、6.7、6.8、6.9、7.0、7.1、7.2、7.3、7.4、7.5、7.6、7.7、7.8、7.9、8.0或8.1)，约2.5至约7、约3至约5、约2.5至约5.0(例如，约2.5、约2.6、约2.7、约2.8、约2.9、约3.0、约3.1、约3.3、约3.4、约3.5、约3.6、约3.7、约3.8、约3.9、约4.0、约4.1、约4.2、约4.3、约4.4、约4.5、约4.6、约4.7、约4.8、约4.9、约5.0)、约2.5至约4.0、约3.0至约4.0、约3.2至约4.2、或约4.5至5.5(例如，约4.5、约4.6、约4.7、约4.8、约4.9、约5.0、约5.1、约5.2、约5.3、约5.4或约5.5)，或通过上述值中的任意两个限定的范围内。
SMC1特异性地由肿瘤细胞、肿瘤干细胞、癌细胞和/或癌干细胞表达在表面上，本文公开的抗体-缀合物特异地结合肿瘤细胞、肿瘤干细胞、癌细胞和/或癌干细胞，并由肿瘤细胞、肿瘤干细胞、癌细胞和/或癌干细胞摄取。因此，本文公开的抗体-缀合物特异性且选择性地杀死肿瘤细胞、肿瘤干细胞、癌细胞和/或癌干细胞的各种组织学类型，同时保留正常细胞。肿瘤/癌症的组织学类型的非限制性例子包括癌、肉瘤、骨髓瘤、白血病，淋巴瘤和混合型。
在一些实施方式中，本文公开的抗体-缀合物特异性且选择性地杀死各种组织学类型的肿瘤细胞。在一些实施方式中，本文公开的抗体-缀合物特异性且选择性地杀死各种组织学类型的肿瘤干细胞。在一些实施方式中，本文公开的抗体-缀合物特异性且选择性地杀死各种组织学类型的癌细胞。在一些实施方式中，本文公开的抗体-缀合物特异性且选择性地杀死各种组织学类型的癌干细胞。
在一些实施方式中，抗体-缀合物包括一个或多个将抗体与细胞毒性分子连接的接头。在一些实施方式中，接头与抗体上的半胱氨酸残基连接。在一些实施方式中接头与抗体上的赖氨酸残基连接。在一些实施方式中，接头与抗体上的半胱氨酸残基和赖氨酸残基的组合连接。
在一些实施方式中，接头是可剪切的，允许抗体和细胞毒性分子分离。在一些实施方式中，接头在细胞内剪切。在一些实施方式中，接头在细胞外剪切。在一些实施方式中，接头在细胞内和细胞外都被剪切。在一些实施方式中，接头部分地在细胞外剪切并部分地在细胞内剪切。在一些实施方式中，接头部分地在细胞外剪切，完全地在细胞内剪切。在一些实施方式中，接头的初始剪切发生在细胞外，最终剪切发生在细胞内。在一些实施方式中，接头是不可剪切的。
可剪切接头的非限制性例子包括腙接头、基于二硫键的接头和肽接头。一些实施方式中，基于二硫键的接头在肿瘤细胞内选择性地分解。在一些实施方式中，由于硫醇的细胞内浓度高，基于二硫键的接头选择性地在细胞内分解。在一些实施方式中，肽接头通过细胞内酶在细胞内分解。非可剪切的接头的非限制性例子包括硫醚接头和PEG4Mal接头。
如本领域技术人员将理解，用于生成抗体-缀合物的其它类型的接头、缀合化学品，抗体上的缀合位点等也在本发明的范围内。非限制性例子公布在WO 2014134457、WO2009097397、US 9,156,854和9,388,408、scripps.edu/baran/images/grpmtgpdf/Sella_May_14.Pdf、ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4365093/、nature.com/nchem/Journal/v8/n2/full/nchem.2415.html、princeton.edu/chemistry/macmillan/group-meetings/CL_Antibody-Drug-Conjugates.pdf，其通过引用以其整体并入本文。
在一些实施方式中，本文公开的抗SMC1抗体-缀合物优先结合在癌细胞和癌干细胞的细胞表面上表达的SMC1。抗SMC1抗体-缀合物结合的在癌细胞和癌干细胞表面上的SMC1由本领域中一种或多种已知的蛋白质摄取和降解机制摄取和降解。非限制性例子包括受体介导的胞吞作用、网格蛋白介导的内吞作用、在胞膜窖(caveolae)的内吞作用、胞饮作用、巨胞饮、ATP驱动运输和吞噬作用。一旦进入细胞内，从细胞表面摄取的SMC1在细胞中被一种或多种细胞蛋白酶和本领域已知的一种或多种蛋白质降解机制降解。蛋白酶的非限制性例子包括半胱氨酸蛋白酶、丝氨酸蛋白酶、苏氨酸蛋白酶、天冬氨酸蛋白酶、谷氨酸蛋白酶、金属蛋白酶和天冬酰胺的肽裂解酶。蛋白质降解机制的非限制性例子包括蛋白酶体、泛素蛋白、SUMO化和自噬。SMC1的降解导致癌细胞和癌干细胞中SMC1表达的下调。
可以通过定量抗SMC1抗体-缀合物对SMC1表达的降低来测量抗体-缀合物的功效。使用蛋白质印迹、流式细胞术或本领域熟知的其他工具进行蛋白质表达的定量。
在一些实施方式中，抗体-缀合物的功效范围为约75％至约100％。抗体-缀合物范围的效率约为50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或约100％，或者在由上述值中的任意两个限定的范围内。换句话说，SMC1的表达通过抗体-缀合物降低了约75％至约100％。在一些实施方式中，SMC1的表达通过抗体-缀合物降低了约50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或约100％，或者在由上述值中的任意两个限定的范围内。
在一些实施方式中，非特异性效应(脱靶效应或旁观者效应)小于约10％。在一些实施方式中，非特异性效应(脱靶效应或旁观者效应)的范围为约0％至约10％。在一些实施方式中，非特异性效应(脱靶效应或旁观者效应)为约0％、1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％或10％，或在由上述值的任意两个限定的范围内。
LNA修饰的寡核苷酸
如本文所用，术语“LNA修饰的寡核苷酸”包括用一种或多种LNA单体完全或部分地修饰的任何寡核苷酸。根据本发明的优选实施方式，LNA修饰的反义寡核苷酸被设计为特异于参与引起和/或恶化疾病的基因的mRNA。在一些实施方式中，这是通过降低或抑制参与引起和/或恶化疾病的基因的表达和/或通过诱导或增加通常低表达或不表达的基因(该基因的表达可以缓解和/或治愈疾病)的表达来实现的。例如，在等,Proc.Natl.Acad.Sci.美国，1994，91(9)，3892-3895中所描述的方法，其全部内容通过引用的方式并入本文，其非限制性例子包括调节、诱导或增加靶基因的表达可以通过以下方式实现：通过引导针对编码靶基因的天然阻遏蛋白的基因的mRNA的反义寡核苷酸、通过设计反义寡核苷酸使得其结合到其靶mRNA中的互补序列将导致靶mRNA的半衰期和表达增加、或通过使用可以链侵入dsDNA以形成可以作为下游基因的转录起始点的复合物的寡核苷酸来实现。
在一些实施方式中，本文描述的LNA修饰的寡核苷酸靶向SMC1 mRNA，用于通过RNA降解和沉默机制(例如基于microRNA(miRNA)的RNAi、小干扰RNA(siRNA)、Piwi相互作用RNA(pi RNA)和重复相关的小干扰RNA(rasiRNA))降解一种或多种RNA。
与正常细胞相比，肿瘤和/或癌细胞中的SMC1 mRNA水平高约1.5倍至约1500倍。由于与正常细胞相比，肿瘤和/或癌细胞表达更多的SMC1 mRNA，因此可以滴定LNA修饰的寡核苷酸的剂量和/或数量，使得LNA修饰的寡核苷酸将选择性地杀死癌细胞，同时保留正常细胞。因此，在一些实施方式中，LNA修饰的寡核苷酸以约1nM至约250mM的浓度使用。LNA修饰的寡核苷酸在浓度为约1nM至约250mM对肿瘤和/或癌细胞具有毒性。
在一些实施方式中，例如，US 9388408 B2公开了一种或多种寡核苷酸包括锁核酸(LNA)，其通过引用整体并入本文。在一些实施方式中，一种或多种LNA修饰的寡核苷酸包括mRNA的反义序列。在一些实施方式中，一种或多种LNA修饰的寡核苷酸基本上由mRNA的反义序列组成。在一些实施方式中，LNA修饰的寡核苷酸由mRNA的反义序列组成。在一些实施方式中，一种或多种LNA修饰的寡核苷酸与mRNA序列互补，使得它在生理学条件下与内源性成熟mRNA杂交。
在一些实施方式中，LNA修饰的寡核苷酸与SMC1的mRNA互补。在一些实施方式中，LNA修饰的寡核苷酸与编码凝聚复合物的蛋白质的一种或多种其它基因的mRNA互补。例如，在一些实施方式中，一种或多种其它基因是凝聚复合物的SMC2和SMC3、多药转运蛋白基因(例如，MDR-1、MDR-2或MGR-2)，或其组合。在一些实施方式中，使用LNA修饰的寡核苷酸有效调节特定基因，例如，参与人或哺乳动物的疾病的基因。例如，在一些实施方式中，LNA修饰的寡核苷酸对致癌基因是特异性的：诸如例如包括乳腺癌、卵巢癌、间皮瘤、结肠癌、急性髓性白血病、神经胶质瘤、胶质母细胞瘤和肺癌，并调节致癌基因的表达：诸如例如包括乳腺癌、卵巢癌、间皮瘤、结肠癌、急性髓性白血病、神经胶质瘤、胶质母细胞瘤和肺癌。
在一些实施方式中，该疾病是遗传的或获得的遗传疾病，或其中一个正常基因产物参与病理生理学过程。在一些实施方式中，LNA修饰的寡核苷酸可用于对抗蛋白质编码基因以及非蛋白质编码基因。非蛋白质编码基因的例子包括编码核糖体RNA、转移RNA、小核RNA、小细胞质RNA、端粒酶RNA的基因。其它类型的RNA也在本公开的范围内，非限制性例子包括参与蛋白合成的RNA、参与转录后修饰的RNA、参与DNA复制的RNA、调控RNA和寄生的RNA。
在一些实施方式中，LNA修饰的寡核苷酸对于一个基因的mRNA具有特异性和独特性，使得一种或多种LNA修饰的寡核苷酸不与来自其它基因的mRNA杂交。在一些实施方式中，一种或多种LNA修饰的寡核苷酸与mRNA完全(即100％)互补。在一些实施方式中，一种或多种LNA修饰的寡核苷酸与mRNA部分互补。例如，在一些实施方式中，一种或多种LNA修饰的寡核苷酸与mRNA的互补性为约75％至约99％。在一些实施方式中，一种或多种LNA修饰的寡核苷酸与mRNA的互补性至少约75％、80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％，或在由上述值的任意两个限定的范围内。由于优异的特异性和区分单核苷酸差异的能力，LNA修饰的寡核苷酸不需要与其靶标100％互补。因此，一种或多种LNA修饰的寡核苷酸与mRNA的互补性为约75％、80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％，或在由上述值的任意两个限定的范围内。
在一些实施方式中，LNA修饰的寡核苷酸的长度范围为约5至约50个核苷酸。在一些实施方式中，LNA修饰的寡核苷酸的长度为约5至10个核苷酸。在一些实施方式中，LNA修饰的寡核苷酸长度为约10至20个核苷酸。在一些实施方式中，LNA修饰的寡核苷酸长度为约20至30个核苷酸。在一些实施方式中，LNA修饰的寡核苷酸长度为约30至40个核苷酸。在一些实施方式中，LNA修饰的寡核苷酸长度为约40至50个核苷酸。在一些实施方式中，LNA修饰的寡核苷酸的长度为约5、10、15、20、25、30、35、40、45或50个核苷酸，或在由上述值的任意两个限定的范围内。
在一些实施方式中，LNA修饰的寡核苷酸中LNA的百分比范围为约0.02％至约50％。在一些实施方式中，LNA修饰的寡核苷酸中的LNA的百分比为约0.02％、0.05％、0.1％、0.2％、0.5％、1％、5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％或50％，或在由上述值的任意两个限定的范围内。在一些实施方式中，LNA修饰的寡核苷酸中LNA的位置包括，n、n+1、n+2...n+m或它们的组合，其中n是第一核苷酸的位置，m是最后一个核苷酸位置。在一些实施方式中，LNA修饰的寡核苷酸包括最多10个LNA。在一些实施方式中，LNA修饰的寡核苷酸包括10个或更少的LNA。在一些实施方式中，LNA修饰的寡核苷酸包括至多10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个LNA。在一些实施方式中，LNA修饰的寡核苷酸包括至多5个连续的LNA。在一些实施方式中，LNA修饰的寡核苷酸包括5个或更少的连续LNA。在一些实施方式中，LNA修饰的寡核苷酸包括至多5、4、3或2个连续的LNA。在一些实施方式中，LNA位于5'端。在一些实施方式中，LNA位于5'端和内部。在一些实施方式中，LNA位于3'端。在一些实施方式中，LNA位于3'端和内部。在一些实施方式中，LNA位于5'和3'末端。在一些实施方式中，LNA位于5'和3'端以及内部。
在一些实施方式中，SMC1 LNA修饰的寡核苷酸是5'GTATGGTTAATGGCTG 3'(SEQ IDNO：29)。在一些实施方式中，SMC1 LNA修饰的寡核苷酸是5'ATGCCAGCCAAATTGC 3'(SEQ IDNO：30)。在一些实施方式中，SEQ ID NO：29中的一个或多个核苷酸是LNA。在一些实施方式中，SEQ ID NO：30中的一个或多个核苷酸是LNA。在一些实施方式中，SEQ ID NO：29中任何位置的一个或多个核苷酸是LNA。在一些实施方式中，SEQ ID NO：30中任何位置的一个或多个核苷酸是LNA。在一些实施方式中，SEQ ID NO：29中的一个核苷酸和SEQ ID NO：30中的一个核苷酸是LNA。在一些实施方式中，SEQ ID NO：29中的两个核苷酸和SEQ ID NO：30中的两个核苷酸是LNA。在一些实施方式中，SEQ ID NO：29中的3个核苷酸和SEQ ID NO：30中的3个核苷酸是LNA。在一些实施方式中，SEQ ID NO：29中的4个核苷酸和SEQ ID NO：30中的4个核苷酸是LNA。在一些实施方式中，SEQ ID NO：29中的5个核苷酸和SEQ ID NO：30中的5个核苷酸是LNA。在一些实施方式中，SEQ ID NO：29中的6个核苷酸和SEQ ID NO：30中的6个核苷酸是LNA。在一些实施方式中，SEQ ID NO：29中的7个核苷酸和SEQ ID NO：29中的7个核苷酸是LNA。在一些实施方式中，SEQ ID NO：29中的8个核苷酸和SEQ ID NO：30中的8个核苷酸是LNA。在一些实施方式中，SEQ ID NO：29中的9个核苷酸和SEQ ID NO：30中的9个核苷酸是LNA。在一些实施方式中，SEQ ID NO：29中的10个核苷酸和SEQ ID NO：30中的10个核苷酸是LNA。在一些实施方式中，SEQ ID NO：29中的11个核苷酸和SEQ ID NO：30中的11个核苷酸是LNA。在一些实施方式中，SEQ ID NO：29中的12个核苷酸和SEQ ID NO：30中的12个核苷酸是LNA。在一些实施方式中，SEQ ID NO：29中的13个核苷酸和SEQ ID NO：30中的13个核苷酸是LNA。在一些实施方式中，SEQ ID NO：29中的14个核苷酸和SEQ ID NO：30中的14个核苷酸是LNA。在一些实施方式中，SEQ ID NO：29中的15个核苷酸和SEQ ID NO：30中的15个核苷酸是LNA。在一些实施方式中，SEQ ID NO：29中的16个核苷酸和SEQ ID NO：30中的16个核苷酸是LNA。
在一些实施方式中，本文描述的LNA修饰的寡核苷酸包括一种或多种非锁定核酸。在一些实施方式中，至少一个非锁定核苷酸是2'脱氧。在一些实施方式中，至少一个非锁定核苷酸是2'O-烷基。在一些实施方式中，至少一个非锁定核苷酸是2'卤素。在一些实施方式中，至少一个非锁定核苷酸是2'-脱氧，2'-O-烷基，2'-卤素或其组合。在一些实施方式中，所有非锁定核苷酸或是2'脱氧核苷酸，或是2'-O-烷基核苷酸或2'-卤素核苷酸，或其组合。在优选的实施方式中，LNA修饰的寡核苷酸被设计成使得它们不形成发夹、螺旋、假结、茎环结构或其它二级、三级或四级结构。在优选的实施方式中，LNA修饰的寡核苷酸保持其一级结构。
在一些实施方式中，靶基因可以是单链或双链DNA或RNA；然而，单链DNA或RNA靶是优选的。可以理解的是，本发明的反义寡核苷酸靶向的靶标包括靶标基因的等位基因和和相应的mRNA，包括剪接变体。在已知靶标多核苷酸的序列时，文献中有选定反义寡核苷酸的特定序列的指南，例如Peyman和Ulmann，Chemical Reviews，90：543-584,1990；Crooke，Ann.Rev.Pharmacal.Toxicol.，32：329-376(1992)和Zamecnik和Stephenson，ProcNatl.Acad.Sci.，75：280-284(1974)，其全部内容通过引用并入本文。可以选择反义化合物的序列，使得G-C含量至少为60％。一些mRNA靶标包括5'帽位点、fRNA引物结合位点、起始密码子位点、mRNA供体剪接位点和mRNA受体剪接位点，例如Goodchile等人的US 4,806,463，其全部内容通过引用并入本文。
在靶多核苷酸包括mRNA转录本的情况下，原则上与转录本的任何部分互补并可与其杂交的寡核苷酸，有效抑制翻译，并且能够诱导本文公开的作用。不受任何理论的限制，据信通过阻断于起始密码子处或附近的位点的mRNA，最有效地抑制翻译。因此，在一些实施方式中，LNA修饰的寡核苷酸与mRNA转录本的5'区域互补。在其它实施方式中，LNA修饰的寡核苷酸与mRNA转录本的5'区域互补，包括起始密码子(在转录本的翻译部分的5'端的第一个密码子)，或邻近起始密码子的密码子。
虽然LNA修饰的寡核苷酸与mRNA转录本的编码区互补可能是优选的，特别是包括起始密码子的区域，本领域技术人员将理解，还可以设计与mRNA的未翻译部分互补的LNA修饰的寡核苷酸。例如，在一些实施方式中，LNA修饰的寡核苷酸与包括在或延伸进入5'非翻译区、3'非翻译区、或它们的组合的mRNA序列互补。不受任何理论的限制，与3'非翻译区互补的LNA修饰的寡核苷酸可用于调节mRNA的半衰期，从而潜在地调控其表达/翻译。
在一些实施方式中，LNA修饰的寡核苷酸可以由前体mRNA和/或成熟mRNA的任何部分设计，包括但不限于帽、5'非翻译区、编码序列、内含子、外显子、3'非翻译区和/或poly-A尾巴。在一些实施方式中，将一种或多种LNA修饰的寡核苷酸设计针对人SMC1 mRNA的前体mRNA和/或成熟mRNA。
组合物
在一些实施方式中，提供了用于预防和/或治疗受试者的一种或多种疾病的组合物。在一些实施方式中，组合物包括本文公开的一种或多种抗体-缀合物。在一些实施方式中，组合物包括本文公开的一种或多种LNA修饰的寡核苷酸。在一些实施方式中，组合物包括本文公开的一种或多种抗体-缀合物和LNA修饰的寡核苷酸的组合。本领域技术人员将理解，本文提供的抗体-缀合物的任何实施方式可以与本文提供的LNA修饰的核苷酸的任何实施方式组合。
在一些实施方式中，提供了预防和/或治疗受试者的一种或多种疾病的方法。在一些实施方式中，该方法包括向需要的受试者施用本文公开的一种或多种组合物。在一些实施方式中，该方法包括施用本文公开的一种或多种抗体-缀合物。在一些实施方式中，该方法包括施用本文公开的一种或多种LNA修饰的寡核苷酸。在一些实施方式中，该方法包括施用本文公开的一种或多种抗体-缀合物和LNA修饰的寡核苷酸的组合。
在一些实施方式中，一种或多种疾病是癌症。在一些实施方式中，肿瘤和/或癌细胞可以从以下一个或多个中选择，包括但不限于，乳腺癌(例如，三阴性乳腺癌)、乳腺腺癌、胰腺癌、肺癌、前列腺癌、激素难治的前列腺癌、实体瘤恶性肿瘤：如结肠癌、非小细胞肺癌(例如，非小细胞肺癌)、间变性星形细胞瘤、神经胶质瘤、成胶质细胞瘤(例如，胶质母细胞瘤)、膀胱癌、肉瘤、卵巢癌、直肠癌血管外皮细胞瘤、胰腺癌、晚期癌症、急性骨髓性白血病、大肠癌、间皮瘤、胃癌、胰腺癌、卵巢癌、黑色素瘤、胰腺癌、结肠癌和膀胱癌。
在一些实施方式中，组合物中抗体-缀合物的浓度范围为约1nM至约1mM。在一些实施方式中，组合物中抗体-缀合物的浓度范围为约1mM至约250mM。在一些实施方式中，组合物中抗体-缀合物的浓度为约1nM、100nM、500nM、1μΜ、100μΜ、500μΜ、1M、100M或250M，或者在由上述值的任意两个限定的范围内。
在一些实施方式中，组合物中LNA修饰的寡核苷酸的浓度范围为约1nM至约1mM。在一些实施方式中，组合物中LNA修饰的寡核苷酸的浓度范围为约1mM至约250mM。在一些实施方式中，组合物中LNA修饰的寡核苷酸的浓度为约1nM、100nM、500nM、1μΜ、100μΜ、500μΜ、1M、100M或250M，或者在由上述值的任意两个限定的范围内。
在一些实施方式中，组合物包括抗体-缀合物和LNA修饰的寡核苷酸的组合，抗体的浓度范围为约1nM至约1mM，LNA修饰的寡核苷酸的浓度范围为约1nM至约1mM。在一些实施方式中，组合物包括抗体-缀合物和LNA修饰的寡核苷酸的组合，抗体的浓度范围为约1mM至约250mM，LNA修饰的寡核苷酸的浓度范围为约1mM至约250mM。在一些实施方式中，组合物包括抗体-缀合物和LNA修饰的寡核苷酸的组合，组合物中抗体-缀合物的浓度为约1nM、100nM、500nM、1μΜ、100μΜ、500μΜ、1mM、100mM或250mM，或者在由上述值的任意两个限定的范围内，组合物中LNA修饰的寡核苷酸的浓度范围为约1nM、100nM、500nM、1μΜ、100μΜ、500μΜ、1mM、100mM或250mM，或者在由上述值的任意两个限定的范围内。
在一些实施方式中，该方法包括以约1mg/kg至约100mg/kg的剂量施用抗体和/或抗体-药物缀合物。在一些实施方式中，该方法包括以约10mg/kg至约500mg/kg的剂量施用抗体和/或抗体-药物缀合物。在一些实施方式中，该方法包括以约1、5、10、50、100、200、350、300、350、400、450或500mg/kg或在由上述值的任意两个限定的范围内施用抗体和/或抗体-药物缀合物。
在一些实施方式中，该方法包括以约1mg/kg至约100mg/kg的剂量施用LNA修饰的寡核苷酸。在一些实施方式中，该方法包括以约10mg/kg至约500mg/kg的剂量施用LNA修饰的寡核苷酸。在一些实施方式中，该方法包括以约1、5、10、50、100、200、350、300、350、400、450或500mg/kg或在由上述值的任意两个限定的范围内施用LNA修饰的寡核苷酸。
在一些实施方式中，该方法包括施用剂量为约1mg/kg至约100mg/kg的抗体-缀合物和剂量为约1mg/kg至约100mg/kg的LNA修饰的寡核苷酸的组合。在一些实施方式中，该方法包括施用剂量为约10mg/kg至约500mg/kg的抗体-缀合物和剂量为约10mg/kg至约500mg/kg的LNA修饰的寡核苷酸的组合。在一些实施方式中，该方法包括施用剂量为约1、5、10、50、100、200、350、300、350、400、450或500mg/kg或在由上述值的任意两个限定的范围内的抗体-缀合物和剂量为约1、5、10、50、100、200、350、300、350、400、450或500mg/kg或在由上述值的任意两个限定的范围内的LNA修饰的寡核苷酸的组合。
在一些实施方式中，一种或多种LNA修饰的寡核苷酸包括在大分子组装体中。非限制性例子包括配制用于递送至细胞和/或患者的脂质体、纳米颗粒和胶束。在一些实施方式中，大分子组装体包括一种或多种促融合和/或亲脂性分子以引发细胞膜穿透。非限制性例子例如，在美国专利US 9,388,408 B2中描述，其全部内容通过引用并入本文。或者，LNA修饰的寡核苷酸可包括亲脂基团以实现细胞递送。非限制性例子描述于美国专利US 9,388,408 B2，其全部内容通过引用并入本文。在一些实施方式中，LNA修饰的寡核苷酸还包括亲水基团，以将LNA修饰的寡核苷酸靶向特定的细胞、器官和/或组织。例如，在一些实施方式中，LNA修饰的寡核苷酸缀合到糖部分，(例如，甘露糖-6-磷酸)和/或氨基糖(例如，N-乙酰基葡糖胺)。
在一些实施方式中，本文公开的抗体-缀合物和LNA修饰的寡核苷酸被配制为以适合于预期药学和/或治疗应用的形式制备的组合物。在一些实施方式中，这种组合物不含热原以及可能对人和/或动物有害的其它杂质。配制用于药物和/或治疗应用的组合物的非限制性例子包括胶态分散系统、大分子复合物、纳米胶囊、纳米颗粒、微球、珠和基于脂质的系统，包括水包油乳剂、脂肪乳剂、胶束、混合胶束和脂质体(即人造膜囊泡)。适于静脉内递送LNA修饰的寡核苷酸的可商购的脂肪乳剂的非限制性例子包括II、III、Nutrilipid等。其它非限制性例子公开在美国专利US 9,388,408B2中，其全部内容通过引用并入本文。
在一些实施方式中，组合物的递送是体外的。在一些实施方式中，组合物的递送是体内的。在一些实施方式中，共同施用组合物的组分。在一些实施方式中，组合物的组分是分开和顺序施用的。
通常，在肿瘤和/或癌症发病之前，涉及与癌症相关的基因的多种异常积累。在这些情况下，可以同时或分开施用对不同基因特异的LNA修饰的反义寡核苷酸的组合。在一些实施方式中，使用一种以上的LNA修饰的寡核苷酸。在一些实施方式中，多种LNA修饰的寡核苷酸组合使用。例如，使用多种不同的LNA修饰的寡核苷酸的混合物。在一些实施方式中，LNA修饰的寡核苷酸设计针对相同基因的不同区域。在一些实施方式中，LNA修饰的寡核苷酸被设计成针对不同基因，其中不同的基因代表与疾病相关的基因族、与疾病不相关的基因和高度相关的基因集、共调节的基因集、编码生物化学或信号转导途径的蛋白质的基因集。例如，混合物可包括针对编码IgE和IgE受体(FcεRIα)的mRNA的LNA修饰的寡核苷酸。
在一些实施方式中，LNA修饰的寡核苷酸的混合物包括约2至约100,000个LNA修饰的寡核苷酸。在一些实施方式中，LNA修饰的寡核苷酸的混合物包括相同LNA修饰的寡核苷酸的一个以上的拷贝。在一些实施方式中，所有LNA修饰的寡核苷酸都是独特的。在一些实施方式中，混合物中的所有LNA修饰的寡核苷酸都针对一种基因。在一些实施方式中，混合物中的LNA修饰的寡核苷酸针对一种以上的基因。在一些实施方式中，当混合物中的LNA修饰的寡核苷酸针对一种以上的基因时，每个基因存在至少一种LNA修饰的寡核苷酸。在一些实施方式中，不同的LNA修饰的寡核苷酸可以单个或成组地同时或分开施用。
在一些实施方式中，组合物中的SMC1 LNA修饰的寡核苷酸是5'GTATGGTTAATGGCTG3'(SEQ ID NO：29)。在一些实施方式中，组合物中的SMC1 LNA修饰的寡核苷酸是5'ATGCCAGCCAAATTGC 3'(SEQ ID NO：30)。在一些实施方式中，组合物中的SMC1 LNA修饰的寡核苷酸的混合物包括5'GTATGGTTAATGGCTG 3'(SEQ ID NO：29)和5'ATGCCAGCCAAATTGC 3'(SEQ ID NO：30)。
在一些实施方式中，组合物被提供为液体、固体或半固体剂型。非限制性例子包括胶囊、片剂、胚珠(ovule)、栓剂、插入剂、威化剂、可咀嚼的片剂、口腔含片、舌下片、快速溶解片剂、泡腾片剂、颗粒剂、丸剂、珠、丸剂、小药囊、洒剂、薄膜剂、软膏、霜剂、凝胶剂、干糖浆、可复溶的固体、悬浮液、乳剂、锭剂、糖锭、植入物、粉末、磨碎物、薄片或条。用于口服给药的组合物可以是适合口服摄取的任何剂型，例如，液体组合物：如酏剂、悬浮液、糖浆、乳液、安瓿等，固体组合物：如凝胶、咀嚼剂、滴剂、粉末、颗粒剂、丸剂、糖包衣片剂、膜包衣片剂、胶囊剂、封装剂等。还考虑缓释组合物：如凝胶包衣的组合物、多层包衣的组合物、局部释放的组合物。
在一些实施方式中，组合物可以配制为立即释放、脉冲释放、控制释放、缓释、改进释放、延迟释放、靶向释放或靶向延迟释放。
本文的组合物的给药途径基于环境和需求由本领域技术人员确定。施用的几个非限制性的途径可能包括肠胃外、皮下、关节内、支气管内、腹内、囊内、软骨内、腔内、体腔内、小脑内、脑室内、结肠内、颈管内、胃内、肝内、心肌内、骨内、骨盆内、心包内、腹膜内、胸膜内、前列腺内、肺内、直肠内、肾内、视网膜内、脊柱内、滑膜内、胸内、子宫内、膀胱内、病灶内、推注、阴道内、直肠内、颊内、舌下、鼻内或经皮。
在一些实施方式中，本文提供的组合物包括活性成分、非活性成分、赋形剂、添加剂和/或药学上可接受的载体。添加剂的例子包括天然聚合物化合物、无机盐、粘合剂、润滑剂、崩解剂、表面活性剂、增稠剂、包衣剂、pH调节剂、抗氧化剂、调味剂、防腐剂和着色剂。其他药学上可接受的载体的例子包括液体载体，例如水、醇、乳液和固体载体，如凝胶、粉末等。药学上可接受的载体可以包括一种或多种溶剂、缓冲剂、溶液、分散介质、包衣、抗菌剂和抗真菌剂、等渗和吸收延迟剂等适合用于配制药物的载体，如适合施用于人类的组合物。标准的药物配制技术和成分都可以使用，如Remington的The Science and Practice ofPharmacy，第21版，Lippincott Williams&Wilkins(2005)，所有这些在此通过引用以其整体并入。该组合物包括适合的盐和缓冲液以使得递送赋形剂稳定且由靶标细胞摄取。本发明的水性组合物包括有效量的递送赋形剂，该递送赋形剂包括在药学上可接受的载体或水性介质中溶解或分散的LNA修饰的寡核苷酸(例如脂质体、纳米颗粒或其他复合物)。其他赋形剂包括水溶性聚合物、水不溶性聚合物、疏水性材料、亲水性材料、蜡、崩解剂、超级崩解剂、稀释剂、粘合剂等。
在一些实施方式中，用于静脉内施用的组合物包括赋形剂和药学上可接受的载体，包括氯化钠、葡萄糖和无菌水中的一种或多种。组合物可包括水性等渗无菌注射液，其可包括抗氧化剂、缓冲剂、抑菌剂和溶质中的一种或多种，使得等渗剂与预期的接受者的血液一起配制，水性和非水性的无菌悬浮液包括悬浮剂、增溶剂、增稠剂、稳定剂和防腐剂。
在一些实施方式中，组合物通过静脉内输注施用。组合物可以单位剂量或多剂量密封容器存在，例如安瓿和/或小瓶。注射溶液和悬浮液可由无菌粉末、颗粒和/或片剂制备。在一些实施方式中，组合物可以配制成药物制剂，用于通过本文提供的一种或多种途径递送。
如在此所使用的，术语“受试者”或“患者”是指任何脊椎动物，包括但不限于，人类和其他灵长类(例如，黑猩猩和其它猿类和猴物种)、农场动物(例如，牛，羊，猪，山羊和马)、家用哺乳动物(例如，狗和猫)、实验动物(例如，啮齿动物，如小鼠，大鼠和豚鼠)和鸟类(例如，家用、野生和其它猎鸟，如鸡、火鸡和其他鹑鸡类，鸭、鹅等)。在一些实施方式中，受试者是哺乳动物。在一些实施方式中，受试者是人。
在一些实施方式中，受试者接受足够日剂量的抗体-缀合物以在受试者中实现有效的安全浓度。在一些实施方式中，受试者接受足够日剂量的LNA修饰的寡核苷酸以在受试者中实现有效但安全的浓度。在一些实施方式中，受试者接受足够日剂量的组合物，所述组合物包括抗体-缀合物和LNA修饰的寡核苷酸以在受试者中实现有效但安全的抗体-缀合物和LNA修饰的寡核苷酸浓度。本领域技术人员应该能够获得适当的施用剂量和给药时间表，以匹配特定的环境和有需要的患者。
在一些实施方式中，受试者是男性或女性。在一些实施方式中，受试者是单纯的并且从未接受过抗癌治疗。在一些实施方式中，患者最初可能对抗癌治疗有反应，导致癌症的初始消退。然而，癌症可能已经对抗癌治疗产生抗药性，导致复发。在一些实施方式中，可能是由于停止治疗而复发，在这种情况下，复发的癌症可能对先前施用的抗癌治疗敏感或不敏感。在一些实施方式中，受试者可能初始已用第一抗癌治疗方案治疗，但可能由于发展成对第一抗癌试剂有抗性、第一抗癌试剂有副作用等，随后用不同的抗癌治疗方案进行治疗。在一些实施方式中，受试者已患有疾病约1月至约10年。
组合物的施用频率可以根据各种参数而改变，如患者的依从性、副作用等，例如，每天、每周、每两周、每月、每两个月、或如本领域已知的。组合物可以每天给药、每周、每两周、每月、每两个月、不那么频繁、如期望的那样频繁施用。
施用可以是每天、或每周1、2、3、4、5、6次或更多次、或根据需要更多或较不频繁。给药可以提供为单剂量或作为分剂量，使得单天的日剂量可以分成2、3、4或更多个部分。
在一些实施方式中，受试者被施用一种或多种另外的治疗剂与所述抗体-缀合物和LNA修饰的寡核苷酸的组合。在一些实施方式中，另外的治疗剂是抗癌治疗剂。在一些实施方式中，另外的抗癌治疗剂包括PARP抑制剂。PARP抑制剂的非限制性例子包括尼拉帕尼(MK-4827)、Iniparib(BSI 201)、他拉唑帕尼(BMN-673)、维利帕尼(ABT-888)、奥拉帕尼(AZD-2281)，芦卡帕尼(AG014699，PF-01367338)、CEP 9722、E7016、BGB-290和3-氨基苯甲酰胺。PARP抑制剂的量和剂量是本领域熟知的。例如，在一些实施方式中，施用的PARP抑制剂的量为每天约0.5mg至约1200mg。在一些实施方式中，施用的PARP抑制剂的量为约0.0075mg/kg至约20mg/kg的剂量。
在一些实施方式中，另外的抗癌治疗剂包括使用基于铂的抗癌药物。基于铂的抗癌药物的非限制性例子包括顺铂、卡铂、奥沙利铂、奈达铂、四硝酸三铂、菲铂、吡铂和赛特铂。铂类药物的量和剂量在本领域中是众所周知的。在一些实施方式中，受试者施用本领域已知的一种或多种另外的治疗剂(例如其它抗癌剂、抗炎剂等)。在一些实施方式中，另外的治疗剂在本领域中是已知的，在一些实施方式中被批准用于治疗用途和/或在由政府机构(例如，FDA、EMEA等)的临床试验中使用。给药剂量、给药途径、对已知癌症类型的功效、副作用/不良作用、作用机理等，在本领域中公知的。在其它实施方式中，另外的治疗剂是被认为具有抗癌作用(例如，非限制性地，在体外、体内和/或离体，在实验室和/或在人临床试验)的混合物，但目前尚未获得政府机构批准用于治疗癌症。
其它治疗剂共同施用包括，与其它治疗剂同时施用、在另外一个的约1、5、15、30、45或60分钟内，或在由上述值限定的任何范围内施用。共同施用包括在彼此约1小时至约6小时内，或在由上述值的任意两个限定的范围内施用组合物和其它治疗剂。
在一些实施方式中，当向受试者施用抗体-缀合物和LNA修饰的寡核苷酸的组合时，观察到了累加效应。在一些实施方式中，当给受试者施用抗体-缀合物和LNA修饰的寡核苷酸的组合时，观察到了协同效应。当另外与一种或多种另外的治疗剂组合时，进一步增强了抗体-缀合物和LNA修饰的寡核苷酸的组合的效果。在一些实施方式中，进一步的增强作用是累加的。在一些实施方式中，进一步的增强作用是协同的。
当组合的效果等于个体效应的总和时，观察到了累加效应(例如，抗体-缀合物和LNA修饰的寡核苷酸的组合的效果等于抗体-缀合物和LNA修饰的寡核苷酸的效果的总和)。协同效应大于累加效应。当组合的效果等于个体效应的总和时，观察到了协同效应(例如，抗体-缀合物和LNA修饰的寡核苷酸的组合的效果大于抗体-缀合物和LNA修饰的寡核苷酸的效果的总和)。在人类患者、非人类患者、非患者人类志愿者的体内模型、离体模型、体外模型等中可发生累加效应、协同效应或两者。
协同效应可以为约大于1至约100倍。在一些实施方式中，协同效应为约2至约20倍。在一些实施方式中，协同效应为约20至约100倍。在一些实施方式中，协同作用是从大于1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、20、30、40、50、60、70、80、90或100倍，或在由上述值的任意两个限定的范围内。
试剂盒和诊断
本文公开的任何组合物可以提供一种或多种诊断、预防和/或治疗试剂盒。在一些实施方式中，一种或多种试剂盒用于诊断一种或多种癌症。在一些实施方式中，一种或多种试剂盒用于预防一种或多种癌症。在一些实施实施方式中，一种或多种试剂盒用于治疗一种或多种癌症。在一些实施方式中，一种或多种试剂盒用于诊断、预防和/治疗一种或多种癌症。在一些实施方式中，一种或多种癌症与SMC1的过表达有关。
在本公开的范围内，提供了试剂盒组分，使得本文公开的组合的组分适合于共同施用。
提供了包括一种或多种抗体-缀合物的试剂盒，其与一种或多种LNA修饰的寡核苷酸组合使用。试剂盒中组合物的组分也可以单独提供，如在单独的容器内，或者在分开的瓶子或分开的箔包(例如，用于包装片剂，胶囊等的泡罩包装)的单独隔室中。在一些实施方式中，试剂盒适用于施用不同的剂型，例如口服和静脉内给药，用于在不同剂量间隔施用组分，和/或用于相对于彼此滴定组分。试剂盒通常包括施用指南，也可另外地提供记忆辅助以确保依从性。
在一些实施方式中，试剂盒中的组合物的组分可以溶解的形式、未溶解的形式或其组合提供。例如，抗体-缀合物可以是溶解形式，LNA修饰的寡核苷酸可以是未溶解的形式，反之亦然。如果以未溶解的形式存在，则未溶解的组分可以与溶解形式的另一种组分在使用前以特定的化学计算量组合。如果所有组分都以未溶解的形式存在，则组分可以这样施用(例如，口服)或在施用(例如，静脉内)之前溶解在溶剂(例如水)中。
本文提供的抗体-缀合物和LNA修饰的寡核苷酸的任何实施方式可以用于诊断方法。在一些实施方式中，诊断方法包括，但不限于，评价样品的状态、评价疾病的存在等。在一些实施方式中，样品是细胞悬浮液、组织、活组织、血液、尿液、血浆、淋巴液、唾液、痰液、脑脊髓液等。在一些实施方式中，诊断样品状态的方法使用本文提供的抗体-缀合物的实施方式。在一些实施方式中，诊断样品状态的方法使用本文提供的实施方式的LNA修饰的寡核苷酸。在一些实施方式中，诊断样品状态的方法使用本文提供的实施方式的抗体-缀合物和LNA修饰的寡核苷酸。
在一些实施方式中，用于诊断的评价样品状态的方法是本领域已知的方法，例如免疫组织化学染色、流式细胞术，免疫荧光等。例如，在一些实施方式中，进行评价以确定样品中SMC1的细胞定位。SMC1仅在细胞核中定位表明样品的正常状态。相反，SMC1在细胞核、细胞质和质膜中的定位表明样品的异常状态。在一些实施方式中，样品的异常状态表明存在肿瘤。在一些实施方式中，样品的异常状态表明存在癌症。在一些实施方式中，样品的异常状态表明存在肿瘤、癌症或其组合。在一些实施方式中，样品的异常状态表明存在其它疾病状态。在一些实施方式中，组合物的递送可以在体外和体内使用以进行体外诊断以及体内诊断。例如，在一些实施方式中，在体内施用的组合物包括缀合于放射性核素的抗体-缀合物，使得能够使用本领域中已知的技术和方法进行体内诊断(例如CT扫描、PET扫描等)。
在一些实施方式中，通过一种或多种LNA修饰的寡核苷酸(例如，通过RNA降解和沉默)对基因表达的调节可以通过本领域熟知的测定来确定。非限制性例子包括RT-PCR、qPCR、实时PCR、原位杂交、荧光原位杂交等。
以下是本领域普通技术人员设想的非限制性的例子和其它变体，均包括在本公开的范围内。
具体实施方式
实施例1-产生针对SMC1表位的抗体
使用二硝基苯基-S谷胱甘肽(DNP-SG)亲和树脂纯化SMC1。小鼠、大鼠和/或兔用纯化SMC1(作为脂质体制剂或蛋白质)接种以产生抗SMC1表位的多克隆和/或单克隆抗体。小鼠、大鼠和/或兔接种SMC1的肽片段(合成或通过SMC1的酶促降解产生的)以产生抗SMC1表位的多克隆和/或单克隆抗体。非限制性例子SMC1表位列于表1中。
实施例2-SMC1在肺癌细胞中的定位
大约50,000个细胞的肺癌细胞系Ami010，描述于Li等人，Acta Pharmacol.Sin.，第31卷，No.5，pp.601-608,2010，其全部内容通过引用并入本文，接种在无菌盖玻片上过夜，针对SMC1的表位(SEQ ID NO：11)的抗SMC1单克隆抗体以1:100的稀释度加入，在标准组织培养条件下培养4小时。使用标准组织培养缓冲液，但缓冲液不含有任何试剂以渗透细胞(通常将添加去污剂(例如Triton X 100)到标准组织培养缓冲液中以渗透细胞)。此后，用无菌PBS洗涤细胞3次。然后用1:10山羊血清封闭细胞1小时，并用1：500的抗小鼠FITC缀合的抗体封闭1小时。然后用PBS洗涤细胞3次，并通过荧光光学显微镜成像。在“无抗体”对照中未观察到信号。相反，使用抗SMC1单克隆抗体观察到了限定整个细胞膜的强信号。这些数据表明在肺癌细胞系Am1010的未渗透的细胞中SMC1的细胞表面表达。还对肺癌细胞系Am1010的渗透的细胞进行了染色试验，这表明使用针对SEQ ID NO：11的表位的SMC1单克隆抗体，细胞表面以及与核染色。
实施例3-SMC1在乳腺癌细胞中的定位
通过制备和研究约75名患有三阴性乳腺癌的患者的样本来确定SMC1的定位。使用商购的抗体以及本文公开的抗体进行免疫组织化学染色，分别对蛋白的整个长度和活性部分进行染色。免疫组织化学载玻片由具有乳腺癌病理学专业知识的两位独立病理学家解释。结果包括解释病理学家之间的高度一致性。在所有三阴性乳腺癌细胞中观察到SMC1蛋白的细胞质和膜存在。相反，SMC1严格定位于周围健康的基质细胞和上皮细胞的细胞核。因此，SMC1定位于恶性乳腺细胞的细胞质和膜上，但不是良性乳腺细胞。还使用，FACS分析确认SMC1的表面定位。
实施例4-SMC1在胶质母细胞瘤细胞中的定位通过制备和研究患有多形性成胶质细胞瘤的患者的约75个样本来确定SMC1在胶质母细胞瘤中的定位。使用抗SMC1多克隆抗体进行免疫组织化学染色，所述抗SMC1多克隆抗体沿着SMC1的整个长度结合表位。免疫组织化学染色载玻片由具有脑癌病理学专业知识的两位独立病理学家解释。在所有胶质母细胞瘤细胞中观察到SMC1蛋白的细胞质和膜存在。相反，SMC1严格定位于周围健康的基质细胞和上皮细胞的细胞核中。因此，SMC1定位于胶质母细胞瘤细胞的细胞质和膜上。结果在解释病理学家中高度一致。因此，还使用FACS分析确认SMC1的表面定位。
实施例5-对恶性细胞的选择性细胞毒性
SMC1是凝聚复合物的良好描述的结构组分，并且密切参与有丝分裂中姐妹染色单体的分离。因此，降低恶性细胞中SMC1的表达对恶性细胞的毒性比对健康细胞的毒性更大。用脑癌细胞、肺癌细胞、卵巢癌细胞和间皮瘤细胞进行一系列细胞毒性实验。HUVEC细胞用作对照。进行MTT和LDH测定，这是本领域熟知的。LNA修饰的寡核苷酸在降低RNA水平中的功效通过本领域熟知的测定法(例如，RT-PCR，荧光素酶测定法等)来确定。使用抗SMC1单克隆抗体-缀合物和SMC1 LNA修饰的寡核苷酸靶向SMC1导致恶性细胞群中的细胞死亡，而健康的正常细胞未受伤害。抗SMC1单克隆抗体-缀合物和SMC1 LNA修饰的寡核苷酸显示出对恶性细胞的选择性细胞毒性，同时留下未受损害的健康细胞。
实施例6-与PARP抑制剂和顺铂的协同作用
基于这样的假设，即减少恶性细胞中的SMC1将增强顺铂和PARP抑制剂的细胞毒性，使用乳腺癌细胞、脑癌细胞、肺癌细胞、卵巢癌细胞和间皮瘤细胞进行了一系列细胞毒性试验。使用MTT和LDH测定法测试抗SMC1单克隆抗体-缀合物、SMC1 LNA修饰的寡核苷酸、PARP抑制剂和顺铂的组合对细胞的影响。抗SMC1单克隆抗体-缀合物、SMC1 LNA修饰的寡核苷酸、PARP抑制剂和顺铂的组合导致恶性细胞群中细胞死亡增加。
实施例7-优先杀死癌干细胞群
已知癌症由癌干细胞群维持。尽管癌症干细胞最初显示出对抗癌疗法的完全响应，但癌症不可避免地复发，通常具有更具攻击性的特征。假设靶向癌干细胞群能预防和/或消除此类癌症。因此，通过分离其干细胞群并将干细胞群暴露于抗SMC1单克隆抗体-缀合物和SMC1 LNA修饰的寡核苷酸，对乳腺癌细胞、脑癌细胞、肺癌细胞和卵巢癌细胞进行了一系列的试验。使用抗SMC1单克隆抗体-缀合物和SMC1 LNA修饰的寡核苷酸的组合观察到恶性癌干细胞群中细胞死亡增加。因此，癌症干细胞群优先被抗SMC1单克隆抗体-缀合物和SMC1 LNA修饰的寡核苷酸靶向和杀死。
实施例8-SMC1在癌细胞系中过表达
在癌细胞系中评估SMC1在RNA和蛋白质水平的表达。非致瘤细胞系用作对照。通过定量RT-PCR评估的SMC1的mRNA表达在癌细胞系中比非致瘤性细胞系高约1.5倍至约15倍。使用本文公开的抗SMC1抗体通过蛋白质印迹评估SMC1蛋白的表达。蛋白质印迹的密度测定法分析显示，与非致瘤细胞系相比，癌细胞系中SMC1蛋白表达增加约1.5倍至约15倍。
实施例9-SMC1 LNA修饰的寡核苷酸和PARP抑制剂对癌细胞系的协同作用
使用在本文公开的LNA修饰的寡核苷酸和一种或多种PARP抑制剂评估SMC1 mRNA表达的抑制(通过已知的RNA降解和沉默机制)的组合对癌细胞系的影响。因此，使用已知的标准细胞生长测定评估单独的LNA修饰的寡核苷酸和单独的PARP抑制剂的作用。HUVEC细胞用作对照。LNA修饰的寡核苷酸和PARP抑制剂的组合导致癌细胞系对PARP抑制剂敏感，使得测得的PARP抑制剂对细胞系的IC50降低约5倍至约50倍。
实施例10-SMC1表达对细胞迁移的影响
评估调节SMC1的表达对癌细胞的细胞迁移的影响。过表达SMC1的癌细胞系有效迁移。用脂质体中的SMC1 LNA修饰的寡核苷酸转染过表达SMC1的癌细胞系以抑制SMC1的表达。与未转染的癌细胞相比，抑制SMC1表达导致癌细胞系的迁移效率降低。迁移效率降低约1.5倍至约15倍。
实施例11-SMC1表达对波形蛋白和E-钙粘蛋白的影响
评估了抑制SMC1表达对癌细胞系中波形蛋白和E-钙粘蛋白的影响。波形蛋白调控上皮间充质转变且波形蛋白的表达与肿瘤细胞的运动性和转移增强相关。E-钙粘蛋白需要维持基膜的上皮表型。用脂质体中的SMC1 LNA修饰的寡核苷酸转染过表达SMC1的细胞系以抑制SMC1的表达。抑制SMC1表达导致抑制波形蛋白表达和增强E-钙粘蛋白表达约1.5倍至约150倍。
实施例12-SMC1对集落形成的影响
研究了调节SMC1表达对致瘤细胞系的集落形成活性的影响。用脂质体中的SMC1LNA修饰的寡核苷酸转染过表达SMC1的细胞系以抑制SMC1的表达。使用适当的对照。SMC1的消耗导致集落形成和不依赖贴壁的生长减少约10％至约90％。如使用TUNEL测定所确定的，SMC1的消耗导致致瘤细胞系约5％至约75％的细胞凋亡。
如本文所用，章节标题仅用于组织目的，而不应解释为以任何方式限制所描述的主题。本申请中引用的所有文献和类似材料，包括但不限于专利、专利申请、文章、书籍、论文和网页，通过引用整体明确地并入本文。当引用的文献中术语的定义与本教导中提供的定义不同时，本教导中提供的定义作为对照。将理解的是，在本教导中讨论的温度、浓度、时间等之前存在暗示的“约”，使得轻微和非实质性的偏差在本教导的范围内。
在本申请中，除非另有说明，否则单数的使用包括复数。因此，“包括(comprise)”，“包括(comprises)”，“包括(comprising)”，“含有(contain)”，“含有(contains)”，“含有(containing)”，“包含(include)”，“包含(includes)”和“包含(including)”的使用不是限制性的。
如在本说明书和权利要求书中所使用的，单数形式“一”，“一个”和“该”包括复数指代，除非内容另有明确地指示。
尽管本公开是在某些实施方式及实施例的上下文中，但本领域技术人员应理解本公开延伸超过具体公开的实施方式至其它替代实施方式和/或实施方式的用途及其显而易见的更改和其等同物。另外，虽然已经示出且详细描述了实施方式的多个变体，但也在本公开范围内的其它更改基于本公开来说对于本领域技术人员是显而易见的。还可以设想的是，也可以获得特定特征和实施方式的方面的各种组合和子组合，并且也在本公开的范围内。应该理解的是，所公开的实施方式的各种特征和方面彼此组合或替代，以形成公开的各种模式或实施方式。因此，预期本文公开的本公开的范围不应由上述特定公开的实施方式限制。
序列表
<110> Berz, David
<120> 染色体-1表达的结构维持的调节
<130> VALKY.001WO
<150> US 62/314,850
<151> 2016-03-29
<160> 30
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 12
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 1
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 25
Leu Phe Glu Glu Ile Ser Arg Ser Gly Asp Val Ala Gln Glu Tyr Asp
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Lys Arg Lys Lys Glu
20
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<212> PRT
<213> 人类(Homo sapiens)
<400> 26
Met Gly Phe Leu Lys Leu Ile Glu Ile Glu Asn Phe Lys Ser Tyr Lys
1 5 10 15
Gly Arg Gln Ile Ile Gly Pro Phe Gln Arg Phe Thr Ala Ile Ile Gly
20 25 30
Pro Asn Gly Ser Gly Lys Ser Asn Leu Met Asp Ala Ile Ser Phe Val
35 40 45
Leu Gly Glu Lys Thr Ser Asn Leu Arg Val Lys Thr Leu Arg Asp Leu
50 55 60
Ile His Gly Ala Pro Val Gly Lys Pro Ala Ala Asn Arg Ala Phe Val
65 70 75 80
Ser Met Val Tyr Ser Glu Glu Gly Ala Glu Asp Arg Thr Phe Ala Arg
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Met Lys Asn Pro Lys Glu Arg Thr Ala Leu Phe Glu Glu Ile Ser Arg
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Ser Gly Asp Val Ala Gln Glu Tyr Asp Lys Arg Lys Lys Glu Met Val
165 170 175
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180 185 190
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Leu Phe Lys Leu Tyr His Asn Glu Val Glu Ile Glu Lys Leu Asn Lys
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Glu Leu Ala Ser Lys Asn Lys Glu Ile Glu Lys Asp Lys Lys Arg Met
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Thr Ser His Lys Ile Lys Lys Leu Glu Ala Ala Lys Lys Ser Leu Gln
305 310 315 320
Asn Ala Gln Lys His Tyr Lys Lys Arg Lys Gly Asp Met Asp Glu Leu
325 330 335
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Glu Asn Gln Val Lys Lys Tyr His Arg Leu Lys Glu Glu Ala Ser Lys
370 375 380
Arg Ala Ala Thr Leu Ala Gln Glu Leu Glu Lys Phe Asn Arg Asp Gln
385 390 395 400
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420 425 430
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435 440 445
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Gln Gln Arg Lys Ala Glu Ile Met Glu Ser Ile Lys Arg Leu Tyr Pro
500 505 510
Gly Ser Val Tyr Gly Arg Leu Ile Asp Leu Cys Gln Pro Thr Gln Lys
515 520 525
Lys Tyr Gln Ile Ala Val Thr Lys Val Leu Gly Lys Asn Met Asp Ala
530 535 540
Ile Ile Val Asp Ser Glu Lys Thr Gly Arg Asp Cys Ile Gln Tyr Ile
545 550 555 560
Lys Glu Gln Arg Gly Glu Pro Glu Thr Phe Leu Pro Leu Asp Tyr Leu
565 570 575
Glu Val Lys Pro Thr Asp Glu Lys Leu Arg Glu Leu Lys Gly Ala Lys
580 585 590
Leu Val Ile Asp Val Ile Arg Tyr Glu Pro Pro His Ile Lys Lys Ala
595 600 605
Leu Gln Tyr Ala Cys Gly Asn Ala Leu Val Cys Asp Asn Val Glu Asp
610 615 620
Ala Arg Arg Ile Ala Phe Gly Gly His Gln Arg His Lys Thr Val Ala
625 630 635 640
Leu Asp Gly Thr Leu Phe Gln Lys Ser Gly Val Ile Ser Gly Gly Ala
645 650 655
Ser Asp Leu Lys Ala Lys Ala Arg Arg Trp Asp Glu Lys Ala Val Asp
660 665 670
Lys Leu Lys Glu Lys Lys Glu Arg Leu Thr Glu Glu Leu Lys Glu Gln
675 680 685
Met Lys Ala Lys Arg Lys Glu Ala Glu Leu Arg Gln Val Gln Ser Gln
690 695 700
Ala His Gly Leu Gln Met Arg Leu Lys Tyr Ser Gln Ser Asp Leu Glu
705 710 715 720
Gln Thr Lys Thr Arg His Leu Ala Leu Asn Leu Gln Glu Lys Ser Lys
725 730 735
Leu Glu Ser Glu Leu Ala Asn Phe Gly Pro Arg Ile Asn Asp Ile Lys
740 745 750
Arg Ile Ile Gln Ser Arg Glu Arg Glu Met Lys Asp Leu Lys Glu Lys
755 760 765
Met Asn Gln Val Glu Asp Glu Val Phe Glu Glu Phe Cys Arg Glu Ile
770 775 780
Gly Val Arg Asn Ile Arg Glu Phe Glu Glu Glu Lys Val Lys Arg Gln
785 790 795 800
Asn Glu Ile Ala Lys Lys Arg Leu Glu Phe Glu Asn Gln Lys Thr Arg
805 810 815
Leu Gly Ile Gln Leu Asp Phe Glu Lys Asn Gln Leu Lys Glu Asp Gln
820 825 830
Asp Lys Val His Met Trp Glu Gln Thr Val Lys Lys Asp Glu Asn Glu
835 840 845
Ile Glu Lys Leu Lys Lys Glu Glu Gln Arg His Met Lys Ile Ile Asp
850 855 860
Glu Thr Met Ala Gln Leu Gln Asp Leu Lys Asn Gln His Leu Ala Lys
865 870 875 880
Lys Ser Glu Val Asn Asp Lys Asn His Glu Met Glu Glu Ile Arg Lys
885 890 895
Lys Leu Gly Gly Ala Asn Lys Glu Met Thr His Leu Gln Lys Glu Val
900 905 910
Thr Ala Ile Glu Thr Lys Leu Glu Gln Lys Arg Ser Asp Arg His Asn
915 920 925
Leu Leu Gln Ala Cys Lys Met Gln Asp Ile Lys Leu Pro Leu Ser Lys
930 935 940
Gly Thr Met Asp Asp Ile Ser Gln Glu Glu Gly Ser Ser Gln Gly Glu
945 950 955 960
Asp Ser Val Ser Gly Ser Gln Arg Ile Ser Ser Ile Tyr Ala Arg Glu
965 970 975
Ala Leu Ile Glu Ile Asp Tyr Gly Asp Leu Cys Glu Asp Leu Lys Asp
980 985 990
Ala Gln Ala Glu Glu Glu Ile Lys Gln Glu Met Asn Thr Leu Gln Gln
995 1000 1005
Lys Leu Asn Glu Gln Gln Ser Val Leu Gln Arg Ile Ala Ala Pro Asn
1010 1015 1020
Met Lys Ala Met Glu Lys Leu Glu Ser Val Arg Asp Lys Phe Gln Glu
1025 1030 1035 1040
Thr Ser Asp Glu Phe Glu Ala Ala Arg Lys Arg Ala Lys Lys Ala Lys
1045 1050 1055
Gln Ala Phe Glu Gln Ile Lys Lys Glu Arg Phe Asp Arg Phe Asn Ala
1060 1065 1070
Cys Phe Glu Ser Val Ala Thr Asn Ile Asp Glu Ile Tyr Lys Ala Leu
1075 1080 1085
Ser Arg Asn Ser Ser Ala Gln Ala Phe Leu Gly Pro Glu Asn Pro Glu
1090 1095 1100
Glu Pro Tyr Leu Asp Gly Ile Asn Tyr Asn Cys Val Ala Pro Gly Lys
1105 1110 1115 1120
Arg Phe Arg Pro Met Asp Asn Leu Ser Gly Gly Glu Lys Thr Val Ala
1125 1130 1135
Ala Leu Ala Leu Leu Phe Ala Ile His Ser Tyr Lys Pro Ala Pro Phe
1140 1145 1150
Phe Val Leu Asp Glu Ile Asp Ala Ala Leu Asp Asn Thr Asn Ile Gly
1155 1160 1165
Lys Val Ala Asn Tyr Ile Lys Glu Gln Ser Thr Cys Asn Phe Gln Ala
1170 1175 1180
Ile Val Ile Ser Leu Lys Glu Glu Phe Tyr Thr Lys Ala Glu Ser Leu
1185 1190 1195 1200
Ile Gly Val Tyr Pro Glu Gln Gly Asp Cys Val Ile Ser Lys Val Leu
1205 1210 1215
Thr Phe Asp Leu Thr Lys Tyr Pro Asp Ala Asn Pro Asn Pro Asn Glu
1220 1225 1230
Gln
<210> 27
<211> 804
<212> PRT
<213> 人类(Homo sapiens)
<400> 27
Met Gly Phe Leu Lys Leu Ile Glu Ile Glu Asn Phe Lys Ser Tyr Lys
1 5 10 15
Gly Arg Gln Ile Ile Gly Pro Phe Gln Arg Phe Thr Ala Ile Ile Gly
20 25 30
Pro Asn Gly Ser Gly Lys Ser Asn Leu Met Asp Ala Ile Ser Phe Val
35 40 45
Leu Gly Glu Lys Thr Ser Asn Leu Arg Val Lys Thr Leu Arg Asp Leu
50 55 60
Ile His Gly Ala Pro Val Gly Lys Pro Ala Ala Asn Arg Ala Phe Val
65 70 75 80
Ser Met Val Tyr Ser Glu Glu Gly Ala Glu Asp Arg Thr Phe Ala Arg
85 90 95
Val Ile Val Gly Gly Ser Ser Glu Tyr Lys Ile Asn Asn Lys Val Val
100 105 110
Gln Leu His Glu Tyr Ser Glu Glu Leu Glu Lys Leu Gly Ile Leu Ile
115 120 125
Lys Ala Arg Asn Phe Leu Val Phe Gln Gly Ala Val Glu Ser Ile Ala
130 135 140
Met Lys Asn Pro Lys Glu Arg Thr Ala Leu Phe Glu Glu Ile Ser Arg
145 150 155 160
Ser Gly Asp Val Ala Gln Glu Tyr Asp Lys Arg Lys Lys Glu Met Val
165 170 175
Lys Ala Glu Glu Asp Thr Gln Phe Asn Tyr His Arg Lys Lys Asn Ile
180 185 190
Ala Ala Glu Arg Lys Glu Ala Lys Gln Glu Lys Glu Glu Ala Asp Arg
195 200 205
Tyr Gln Arg Leu Lys Asp Glu Val Val Arg Ala Gln Val Gln Leu Gln
210 215 220
Leu Phe Lys Leu Tyr His Asn Glu Val Glu Ile Glu Lys Leu Asn Lys
225 230 235 240
Glu Leu Ala Ser Lys Asn Lys Glu Ile Glu Lys Asp Lys Lys Arg Met
245 250 255
Asp Lys Val Glu Asp Glu Leu Lys Glu Lys Lys Lys Glu Leu Gly Lys
260 265 270
Met Met Arg Glu Gln Gln Gln Ile Glu Lys Glu Ile Lys Glu Lys Asp
275 280 285
Ser Glu Leu Asn Gln Lys Arg Pro Gln Tyr Ile Lys Ala Lys Glu Asn
290 295 300
Thr Ser His Lys Ile Lys Lys Leu Glu Ala Ala Lys Lys Ser Leu Gln
305 310 315 320
Asn Ala Gln Lys His Tyr Lys Lys Arg Lys Gly Asp Met Asp Glu Leu
325 330 335
Glu Lys Glu Met Leu Ser Val Glu Lys Ala Arg Gln Glu Phe Glu Glu
340 345 350
Arg Met Glu Glu Glu Ser Gln Ser Gln Gly Arg Asp Leu Thr Leu Glu
355 360 365
Glu Asn Gln Val Lys Lys Tyr His Arg Leu Lys Glu Glu Ala Ser Lys
370 375 380
Arg Ala Ala Thr Leu Ala Gln Glu Leu Glu Lys Phe Asn Arg Asp Gln
385 390 395 400
Lys Ala Asp Gln Asp Arg Leu Asp Leu Glu Glu Arg Lys Lys Val Glu
405 410 415
Thr Glu Ala Lys Ile Lys Gln Lys Leu Arg Glu Ile Glu Glu Asn Gln
420 425 430
Lys Arg Ile Glu Lys Leu Glu Glu Tyr Ile Thr Thr Ser Lys Gln Ser
435 440 445
Leu Glu Glu Gln Lys Lys Leu Glu Gly Glu Leu Thr Glu Glu Val Glu
450 455 460
Met Ala Lys Arg Arg Ile Asp Glu Ile Asn Lys Glu Leu Asn Gln Val
465 470 475 480
Met Glu Gln Leu Gly Asp Ala Arg Ile Asp Arg Gln Glu Ser Ser Arg
485 490 495
Gln Gln Arg Lys Ala Glu Ile Met Glu Ser Ile Lys Arg Leu Tyr Pro
500 505 510
Gly Ser Val Tyr Gly Arg Leu Ile Asp Leu Cys Gln Pro Thr Gln Lys
515 520 525
Lys Tyr Gln Ile Ala Val Thr Lys Val Leu Gly Lys Asn Met Asp Ala
530 535 540
Ile Ile Val Asp Ser Glu Lys Thr Gly Arg Asp Cys Ile Gln Tyr Ile
545 550 555 560
Lys Glu Gln Arg Gly Glu Pro Glu Thr Phe Leu Pro Leu Asp Tyr Leu
565 570 575
Glu Val Lys Pro Thr Asp Glu Lys Leu Arg Glu Leu Lys Gly Ala Lys
580 585 590
Leu Val Ile Asp Val Ile Arg Tyr Glu Pro Pro His Ile Lys Lys Ala
595 600 605
Leu Gln Tyr Ala Cys Gly Asn Ala Leu Val Cys Asp Asn Val Glu Asp
610 615 620
Ala Arg Arg Ile Ala Phe Gly Gly His Gln Arg His Lys Thr Val Ala
625 630 635 640
Leu Asp Gly Thr Leu Phe Gln Lys Ser Gly Val Ile Ser Gly Gly Ala
645 650 655
Ser Asp Leu Lys Ala Lys Ala Arg Arg Trp Asp Glu Lys Ala Val Asp
660 665 670
Lys Leu Lys Glu Lys Lys Glu Arg Leu Thr Glu Glu Leu Lys Glu Gln
675 680 685
Met Lys Ala Lys Arg Lys Glu Ala Glu Leu Arg Gln Val Gln Ser Gln
690 695 700
Ala His Gly Leu Gln Met Arg Leu Lys Tyr Ser Gln Ser Asp Leu Glu
705 710 715 720
Gln Thr Lys Thr Arg His Leu Ala Leu Asn Leu Gln Glu Lys Ser Lys
725 730 735
Leu Glu Ser Glu Leu Ala Asn Phe Gly Pro Arg Ile Asn Asp Ile Lys
740 745 750
Arg Ile Ile Gln Ser Arg Glu Arg Glu Met Lys Asp Leu Lys Glu Lys
755 760 765
Met Asn Gln Val Glu Asp Glu Val Phe Glu Glu Phe Cys Arg Glu Ile
770 775 780
Gly Val Arg Asn Ile Arg Glu Phe Glu Glu Glu Lys Val Lys Arg Gln
785 790 795 800
Asn Glu Ile Ala
<210> 28
<211> 429
<212> PRT
<213> 人类(Homo sapiens)
<400> 28
Lys Lys Arg Leu Glu Phe Glu Asn Gln Lys Thr Arg Leu Gly Ile Gln
1 5 10 15
Leu Asp Phe Glu Lys Asn Gln Leu Lys Glu Asp Gln Asp Lys Val His
20 25 30
Met Trp Glu Gln Thr Val Lys Lys Asp Glu Asn Glu Ile Glu Lys Leu
35 40 45
Lys Lys Glu Glu Gln Arg His Met Lys Ile Ile Asp Glu Thr Met Ala
50 55 60
Gln Leu Gln Asp Leu Lys Asn Gln His Leu Ala Lys Lys Ser Glu Val
65 70 75 80
Asn Asp Lys Asn His Glu Met Glu Glu Ile Arg Lys Lys Leu Gly Gly
85 90 95
Ala Asn Lys Glu Met Thr His Leu Gln Lys Glu Val Thr Ala Ile Glu
100 105 110
Thr Lys Leu Glu Gln Lys Arg Ser Asp Arg His Asn Leu Leu Gln Ala
115 120 125
Cys Lys Met Gln Asp Ile Lys Leu Pro Leu Ser Lys Gly Thr Met Asp
130 135 140
Asp Ile Ser Gln Glu Glu Gly Ser Ser Gln Gly Glu Asp Ser Val Ser
145 150 155 160
Gly Ser Gln Arg Ile Ser Ser Ile Tyr Ala Arg Glu Ala Leu Ile Glu
165 170 175
Ile Asp Tyr Gly Asp Leu Cys Glu Asp Leu Lys Asp Ala Gln Ala Glu
180 185 190
Glu Glu Ile Lys Gln Glu Met Asn Thr Leu Gln Gln Lys Leu Asn Glu
195 200 205
Gln Gln Ser Val Leu Gln Arg Ile Ala Ala Pro Asn Met Lys Ala Met
210 215 220
Glu Lys Leu Glu Ser Val Arg Asp Lys Phe Gln Glu Thr Ser Asp Glu
225 230 235 240
Phe Glu Ala Ala Arg Lys Arg Ala Lys Lys Ala Lys Gln Ala Phe Glu
245 250 255
Gln Ile Lys Lys Glu Arg Phe Asp Arg Phe Asn Ala Cys Phe Glu Ser
260 265 270
Val Ala Thr Asn Ile Asp Glu Ile Tyr Lys Ala Leu Ser Arg Asn Ser
275 280 285
Ser Ala Gln Ala Phe Leu Gly Pro Glu Asn Pro Glu Glu Pro Tyr Leu
290 295 300
Asp Gly Ile Asn Tyr Asn Cys Val Ala Pro Gly Lys Arg Phe Arg Pro
305 310 315 320
Met Asp Asn Leu Ser Gly Gly Glu Lys Thr Val Ala Ala Leu Ala Leu
325 330 335
Leu Phe Ala Ile His Ser Tyr Lys Pro Ala Pro Phe Phe Val Leu Asp
340 345 350
Glu Ile Asp Ala Ala Leu Asp Asn Thr Asn Ile Gly Lys Val Ala Asn
355 360 365
Tyr Ile Lys Glu Gln Ser Thr Cys Asn Phe Gln Ala Ile Val Ile Ser
370 375 380
Leu Lys Glu Glu Phe Tyr Thr Lys Ala Glu Ser Leu Ile Gly Val Tyr
385 390 395 400
Pro Glu Gln Gly Asp Cys Val Ile Ser Lys Val Leu Thr Phe Asp Leu
405 410 415
Thr Lys Tyr Pro Asp Ala Asn Pro Asn Pro Asn Glu Gln
420 425
<210> 29
<211> 16
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 29
gtatggttaa tggctg 16
<210> 30
<211> 16
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 30
atgccagcca aattgc 16

Claims (46)

1.一种抗体-缀合物，其包括抗SMC1抗体，其中抗体经由接头缀合至细胞毒性分子，其中抗体结合SMC1的胞外C末端区的一种或多种表位。
2.根据权利要求1所述的抗体-缀合物，其中抗体结合至在SMC1的胞外C末端区的表位，所述表位包括SMC1的残基805-1233。
3.根据权利要求1所述的抗体-缀合物，其中所述表位选自由表1中列出的序列组成的组中。
4.根据权利要求1所述的抗体-缀合物，其中所述表位选自由SEQ ID NO：11、SEQ IDNO：12和SEQ ID NO：13组成的组中。
5.根据权利要求1所述的抗体-缀合物，其中所述抗体是单克隆或多克隆的。
6.根据权利要求1所述的抗体-缀合物，其中所述细胞毒性分子选自由卡奇霉素、美登木素生物碱、澳瑞他汀、紫杉醇、细胞松弛素B、短杆菌肽D、溴化乙锭、吐根碱、丝裂霉素、长春花生物碱、依托泊苷、替尼泊苷、长春新碱、长春花碱、秋水仙素、多柔比星、柔红霉素、二羟基蒽二酮、米托蒽醌、光神霉素、放线菌素D、甲氨蝶呤、阿霉素、美法仑、丝裂霉素C、苯丁酸氮芥、道诺霉素或其它嵌入剂、酶及其片段，诸如溶核酶、抗生素和毒素，如小分子毒素或细菌、真菌、植物或动物源的酶活性毒素，包括其类似物、同系物、片段和/或变体，1-去氢睾酮、糖皮质激素、普鲁卡因、丁卡因、利多卡因、普萘洛尔和嘌呤霉素、蓖麻毒素、CC -1065、多卡米星、白喉毒素、毒液（例如，来自蛇、两栖动物、爬行动物、鱼类、无脊椎动物等），和其类似物、同系物、片段和/或变体、铋-213、砹-211、镭-223、钇-90、碘-131、钐-153、锶-89、镥-177、钬-166、铼-186、铼-188、铜-67、钷-149、金-199、铑-105、溴-77、铟-111、碘-123和碘-125组成的组中。
7.根据权利要求1所述的抗体-缀合物，其中所述抗体-缀合物特异性结合具有SMC1表面表达的细胞。
8.一种LNA修饰的寡核苷酸，其包括一个或多个LNA，其中所述LNA修饰的寡核苷酸与编码SMC1的mRNA互补，并且其中所述LNA修饰的寡核苷酸结合编码SMC1的mRNA并靶向编码SMC1的mRNA，用于通过RNA沉默机制降解。
9.根据权利要求8所述的LNA修饰的寡核苷酸，其中所述LNA修饰的寡核苷酸的长度为约5至约50个核苷酸。
10.根据权利要求8所述的LNA修饰的寡核苷酸，其中所述 LNA修饰的寡核苷酸的序列选自由5 'GTATGGTTAATGGCTG 3'（SEQ ID NO：29）和5 'ATGCCAGCCAAATTGC 3'（SEQ ID NO：30）组成的组中。
11.根据权利要求8所述的LNA修饰的寡核苷酸，其中所述LNA修饰的寡核苷酸中LNA的数量为约1至约25。
12.根据权利要求8所述的LNA修饰的寡核苷酸，其中SEQ ID NO：29和SEQ ID NO：30中的一个或多个核苷酸是LNA。
13.一种用于预防和/或治疗受试者中的疾病的组合物，所述组合物包括：
抗体-缀合物，所述抗体-缀合物包括抗SMC1抗体，其中所述抗体经由接头缀合至细胞毒性分子，其中所述抗体结合SMC1的胞外C末端区域的一种或多种表位；和
LNA修饰的寡核苷酸，所述LNA修饰的寡核苷酸包括一个或多个LNA，其中所述LNA修饰的寡核苷酸与编码SMC1的mRNA互补，其中所述LNA修饰的寡核苷酸结合编码SMC1的mRNA，并靶向编码SMC1的mRNA，用于通过 RNA沉默机制降解。
14.根据权利要求13所述的组合物，其中抗体结合至在SMC1的胞外C末端区的表位，所述表位包括SMC1的残基805-1233。
15.根据权利要求13所述的组合物，其中所述表位选自由表1中列出的序列组成的组中。
16.根据权利要求3所述的组合物，其中所述表位选自由SEQ ID NO：11、SEQ ID NO：12和SEQ ID NO：13组成的组中。
17.根据权利要求13所述的组合物，其中所述抗体是单克隆或多克隆的。
18.根据权利要求13所述的组合物，其中所述细胞毒性分子选自由卡奇霉素、美登木素生物碱、澳瑞他汀、紫杉醇、细胞松弛素B、短杆菌肽D、溴化乙锭、吐根碱、丝裂霉素、长春花生物碱、依托泊苷、替尼泊苷、长春新碱、长春花碱、秋水仙素、多柔比星、柔红霉素、二羟基蒽二酮、米托蒽醌、光神霉素、放线菌素D、甲氨蝶呤、阿霉素、美法仑、丝裂霉素C、苯丁酸氮芥、道诺霉素或其它嵌入剂、酶及其片段，诸如溶核酶、抗生素和毒素，如小分子毒素或细菌、真菌、植物或动物源的酶活性毒素，包括其类似物、同系物、片段和/或变体，1-去氢睾酮、糖皮质激素、普鲁卡因、丁卡因、利多卡因、普萘洛尔和嘌呤霉素、蓖麻毒素、CC -1065、多卡米星、白喉毒素、毒液（例如，来自蛇、两栖动物、爬行动物、鱼类、无脊椎动物等），和其类似物、同系物、片段和/或变体、铋-213、砹-211、镭-223、钇-90、碘-131、钐-153、锶-89、镥-177、钬-166、铼-186、铼-188、铜-67、钷-149、金-199、铑-105、溴-77、铟-111、碘-123和碘-125组成的组中。
19.根据权利要求13所述的组合物，其中所述抗体-缀合物特异性结合具有SMC1表面表达的细胞。
20.根据权利要求13所述的组合物，其中所述LNA修饰的寡核苷酸的长度为约5至约50个核苷酸。
21.根据权利要求13所述的组合物，其中所述 LNA修饰的寡核苷酸的序列选自由5 'GTATGGTTAATGGCTG 3'（SEQ ID NO：29）和5 'ATGCCAGCCAAATTGC 3'（SEQ ID NO：30）组成的组中。
22.根据权利要求13所述的组合物，其中所述LNA修饰的寡核苷酸中LNA的数量为约1至约25。
23.根据权利要求13所述的组合物，其中SEQ ID NO：29和SEQ ID NO：30中的一个或多个核苷酸是LNA。
24.根据权利要求13所述的组合物，其中预防和/或治疗是通过调节SMC1 mRNA和SMC1蛋白质的表达实现的。
25.根据权利要求13所述的组合物，其中所述疾病选自由乳腺癌（例如，三阴性乳腺癌）、乳腺腺癌、胰腺癌、肺癌、前列腺癌、激素难治性前列腺癌、恶性实体肿瘤，例如结肠癌、非小细胞肺癌（例如，非小细胞肺癌）、间变性星形细胞瘤、神经胶质瘤、成胶质细胞瘤（例如，胶质母细胞瘤）、膀胱癌、肉瘤、卵巢癌、直肠血管外皮细胞瘤、胰腺癌、急性髓性白血病、大肠癌、间皮瘤、胃癌、胰腺癌、卵巢癌、黑色素瘤、胰腺癌、结肠癌和膀胱癌组成的组中。
26.一种用于预防和/或治疗受试者的疾病的试剂盒，所述试剂盒包括根据权利要求13所述的组合物。
27.根据权利要求26所述的试剂盒，其中所述疾病选自由乳腺癌（例如，三阴性乳腺癌）、乳腺腺癌、胰腺癌、肺癌、前列腺癌、激素难治性前列腺癌、恶性实体肿瘤，例如结肠癌、非小细胞肺癌（例如，非小细胞肺癌）、间变性星形细胞瘤、神经胶质瘤、成胶质细胞瘤（例如，胶质母细胞瘤）、膀胱癌、肉瘤、卵巢癌、直肠血管外皮细胞瘤、胰腺癌、急性髓性白血病、大肠癌、间皮瘤、胃癌、胰腺癌、卵巢癌、黑色素瘤、胰腺癌、结肠癌和膀胱癌组成的组中。
28.一种预防和/或治疗受试者的疾病的方法，所述方法包括：
对受试者进行疾病第一评估；
提供根据权利要求13-25所述的组合物；
将所述组合物施用于受试者一段时间；
在所述一段时间后对所述受试者进行疾病第二评估，其中所述疾病第二评估表明在向受试者施用所述组合物所述一段时间后，预防和/或治疗受试者的疾病；
从而预防和/或治疗受试者的疾病。
29.根据权利要求28所述的方法，其中细胞是肿瘤细胞、癌细胞、肿瘤干细胞、癌干细胞或其组合。
30.根据权利要求29所述的方法，其中所述抗体-缀合物被细胞摄取。
31.根据权利要求30所述的方法，其中所述细胞毒性分子或是阻止细胞的生长或是杀死细胞。
32.根据权利要求28所述的方法，其中所述LNA修饰的寡核苷酸与促进融合或促进脂肪生成的成分一起配制，所述促进融合或促进脂肪生成的成分允许细胞摄取LNA修饰的寡核苷酸。
33.根据权利要求32所述的方法，其中所述细胞过表达SMC1的mRNA。
34.根据权利要求33所述的方法，其中所述LNA修饰的寡核苷酸与SMC1的mRNA互补，其中所述LNA修饰的寡核苷酸结合SMC1的 mRNA，并通过RNA沉默机制调节表达。
35.根据权利要求28所述的方法，其中所述受试者是哺乳动物，其中所述哺乳动物是人或非人。
36.根据权利要求28所述的方法，还包括提供一种或多种另外的治疗剂。
37.根据权利要求36所述的方法，其中所述一种或多种另外的治疗剂是PARP抑制剂。
38.根据权利要求37所述的方法，其中所述一种或多种PARP抑制剂选自由尼拉帕尼（MK-4827）、Iniparib（BSI 201）、他拉唑帕尼（BMN-673）、维利帕尼（ABT-888）、奥拉帕尼（AZD -2281）、芦卡帕尼（AG014699、PF-01367338）、CEP 9722、E7016、BGB-290和3-氨基苯甲酰胺组成的组中。
39.根据权利要求36所述的方法，其中所述一种或多种另外的治疗剂是基于铂的药物。
40.根据权利要求39所述的方法，其中所述一种或多种基于铂的药物选自由顺铂、卡铂、奥沙利铂、奈达铂、四硝酸三铂、菲铂、吡铂和赛特铂组成的组中。
41.根据权利要求36-40中任一项所述的方法，其中所述一种或多种另外的治疗剂增强根据权利要求 13-25任一项所述的组合物的效果。
42.根据权利要求28所述的方法，其中所述抗体-缀合物的浓度为约1nM至约250mM。
43.根据权利要求28所述的方法，其中所述LNA修饰的寡核苷酸的浓度为约1nM至约250mM。
44.一种用于诊断样品的状态的方法，所述方法包括：
提供样品，其中所述样品是细胞悬浮液、组织、活组织切片或其组合；
提供抗SMC抗体；
使用所述SMC1抗体对样品进行免疫组织化学染色；
确定样品中SMC1的细胞定位，其中SMC1仅定位在细胞核中表明样品处于正常状态，并且其中SMC1定位在细胞核、细胞质和细胞膜中表明样品处于异常状态。
45.根据权利要求44所述的方法，其中所述样品的异常状态指示疾病的存在。
46.根据权利要求45所述的方法，其中所述疾病选自由由乳腺癌（例如，三阴性乳腺癌）、乳腺腺癌、胰腺癌、肺癌、前列腺癌、激素难治性前列腺癌、恶性实体肿瘤，例如结肠癌、非小细胞肺癌（例如，非小细胞肺癌）、间变性星形细胞瘤、神经胶质瘤、成胶质细胞瘤（例如，胶质母细胞瘤）、膀胱癌、肉瘤、卵巢癌、直肠血管外皮细胞瘤、胰腺癌、急性髓性白血病、大肠癌、间皮瘤、胃癌、胰腺癌、卵巢癌、黑色素瘤、胰腺癌、结肠癌和膀胱癌组成的组中。
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