CN108841940A - 一种提高荧光pcr实验检测效率的方法及系统 - Google Patents
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Abstract
本发明公开了一种提高荧光PCR实验检测效率的方法及系统,所述方法包括如下步骤:步骤S1,选择扩增程序相同的多个检测项目;步骤S2,在配制好反应体系后,根据各项目样本数分配检测范围;步骤S3,执行PCR扩增程序;步骤S4,输出各项目扩增程序的PCR扩增反应结果,通过本发明,可节省荧光PCR实验中多个检测项目的总体使用时间,同时相对延长检测所用仪器的使用寿命。
Description
技术领域
本发明涉及荧光PCR(Polymerase Chain Reaction,聚合酶链式反应)实验技术领域,特别是涉及一种提高荧光PCR实验检测效率的方法及系统。
背景技术
随着分子技术在临床检验学应用的普及,分子病理学近年来愈发受到关注,而实时荧光定量PCR技术属于目前在临床检验中应用比较广泛的技术之一。至今,已有多家生物类公司基于扩增阻碍突变系统(Amplification Refractory Mutation System,ARMS)和荧光PCR技术研发出各类试剂盒,且部分已获国家食品药品监督管理总局(China Food andDrug Administration,CFDA)认证,为临床检验工作提供了很大的便利。
在现有技术中,对于每个检测项目,不论检测样本的多少以及检测所用的扩增程序是否相同,都是单独扩增的,例如对于KRAS、EGFR、BRAF基因突变检测,都是单独进行扩增,而目前对于部分检验单位或部分检测项目来说,检测样本数相对其他平台较少,而每个项目检测都要花较长时间,举例来说,一项基因突变检测仅在ABI 7500仪器上扩增就需要1.5~2h,检测项目多的话,时间成本较高;且另一方面,在扩增过程中,使用的仪器要进行高温、降温、检测等过程,长时间连续开机还会影响仪器的使用寿命。
因此,实有必要提出一种提高荧光PCR实验检测效率的技术,以解决上述问题。
发明内容
为克服上述现有技术存在的不足,本发明之目的在于提供一种提高荧光PCR实验检测效率的方法及系统,以节省荧光PCR实验中多个检测项目的总体使用时间,同时相对延长检测所用仪器的使用寿命。
为达上述目的,本发明提出一种提高荧光PCR实验检测效率的方法,包括如下步骤:
步骤S1,选择扩增程序相同的多个检测项目;
步骤S2,在配制好反应体系后,根据各项目样本数分配检测范围;
步骤S3,执行PCR扩增程序;
步骤S4,输出各项目扩增程序的PCR扩增反应结果。
优选地,于步骤S2中,根据各项目的样本数对检测仪器所用孔板进行分区,以使检测仪器所用孔板能够同时放置该多个项目检测所用的试管。
优选地,于步骤S4中,各项目扩增程序的PCR扩增反应结果以扩增图谱的形式输出。
优选地,于步骤S4之前,还包括如下步骤:
对执行各项目扩增程序输出的扩增图谱的图表参数进行设置,以使输出的各项目的扩增结果互不影响。
优选地,对输出结果图表的Y轴坐标进行相应的调整,以使输出的各项目的扩增结果互不影响。
为达到上述目的,本发明还提供一种提高荧光PCR实验检测效率的系统,包括:
检测项目选择单元,用于选择扩增程序相同的多个检测项目;
检测范围分配单元,用于于配制好反应体系后,根据各项目样本数分配检测范围;
扩增反应执行单元,用于执行PCR扩增程序;
结果输出单元,用于输出各项目扩增程序的PCR扩增反应结果。
优选地,所述检测范围分配单元根据各项目的样本数对检测仪器所用孔板进行分区,以使检测仪器所用孔板能够同时放置该多个项目检测所用的试管。
优选地,所述结果输出单元各项目扩增程序的PCR扩增反应结果以扩增图谱的形式输出。
优选地,所述系统还包括:
图表参数调整单元,用于对执行各项目扩增程序输出的扩增图谱的图表参数进行设置调整,以使输出的各项目的扩增结果互不影响。
优选地,所述图表参数调整单元对输出结果图表的Y轴坐标进行相应的调整,以使输出的各项目的扩增结果互不影响。。
与现有技术相比,本发明一种提高荧光PCR实验检测效率的方法及系统通过事先将扩增程序相同的项目同时上机扩增,高效利用了实时荧光定量PCR仪的扩增、收集信号过程,同时使得不同项目所测结果互补影响,本发明节省所有检测项目的总体使用时间,同时相对延长了检测所用仪器的使用寿命。
附图说明
图1为本发明一种提高荧光PCR实验检测效率的方法的步骤流程图;
图2为本发明具体实施例种扩增程序的示意图;
图3为本发明具体实施例中各项目反应管96孔板分布示意图;
图4及图5为本发明具体实施例中扩增图谱的图表参数设置图;
图6为本发明一种提高荧光PCR实验检测效率的系统的系统架构图。
具体实施方式
以下通过特定的具体实例并结合附图说明本发明的实施方式,本领域技术人员可由本说明书所揭示的内容轻易地了解本发明的其它优点与功效。本发明亦可通过其它不同的具体实例加以施行或应用,本说明书中的各项细节亦可基于不同观点与应用,在不背离本发明的精神下进行各种修饰与变更。
图1为本发明一种提高荧光PCR实验检测效率的方法的步骤流程图。如图1所示,本发明一种提高荧光PCR实验检测效率的方法,包括如下步骤:
步骤S1,选择扩增程序相同的多个检测项目。一般来说,只有当不同项目的扩增程序一致时才对其进行一同检测,因此,需要选择扩增程序相同的检测项目。
步骤S2,在配制好反应体系后,根据各项目样本数分配检测范围。具体地说,就是根据各项目的样本数对检测仪器所用孔板进行分区,以使检测仪器所用孔板能够同时放置该多个项目检测所用的试管。
步骤S3,执行PCR扩增程序。在本发明具体实施例中,例如扩增程序图如图2所示,具体的反应程序为:第一阶段:95℃预变性5分钟,随后第二阶段:95℃25秒,退火温度64℃20秒和72℃延伸20秒,进行15个循环;第三阶段为数据收集阶段:93℃25秒,退火温度60℃35秒,最后72℃延伸20秒,进行31个循环。
步骤S4,输出各项目扩增程序的执行结果。在本发明具体实施例中,各项目扩增程序的执行结果是以图表的形式呈现的。
优选地,因为不同项目样本中所加入的引物量等成分不同,所以最终得到的相对荧光值自然也不会相同,为了使不同项目PCR扩增结果互不影响,于步骤S4之前,包括如下步骤:对执行各项目扩增程序输出的图表的图表参数进行设置,以使不同项目PCR扩增结果互不影响。
以下将通过一具体实施例来进一步说明本发明:在本发明具体实施例中,以KRAS、EGFR、BRAF基因突变检测项目为例,其过程如下:
步骤1,选择扩增程序相同的多个检测项目。由于KRAS、EGFR、BRAF基因突变检测项目的所用的扩增程序相同,如图2所示,所以可以选择这三个项目同时进行扩增程序,且大多数情况下,每次上机扩增时,检索所用仪器(例如实时荧光定量PCR仪)的96孔板并未全部使用,故考虑将这三个项目同时上机扩增。
步骤2,配制好反应体系后,根据各项目样本数分配检测范围。在本实施例中,由于KRAS上机单位为12联管,EGFR上机为8联管,BRAF上机为单独PCR管,所以如图3所示,将检索所用仪器的96孔板进行分区,分为区域1,区域2,区域3,其中区域1可放置KRAS样本,区域2放置EGFR样本,区域3可放置BRAF样本,当然,可根据实际实验时各项目样本数灵活分配检测范围,本发明不以此为限。
步骤3,执行PCR扩增程序。在本发明具体实施例中,三个项目的扩增程序图如图2所示,具体的反应程序为:第一阶段:95℃预变性5分钟,随后第二阶段:95℃25秒,退火温度64℃20秒和72℃延伸20秒,进行15个循环;第三阶段为数据收集阶段:93℃25秒,退火温度60℃35秒,最后72℃延伸20秒,进行31个循环。
步骤4,由于不同项目样本中所加入的引物量等成分不同,所以最终得到的相对荧光值自然也不会相同。在本实施例中,KRAS样本的值为3.5E6~4.5E6,EGFR样本的为4.5E6~5.0E6,而BRAF样本的值为4.0E5~5.0E5,由于KRAS和EGFR的相对荧光值相差不大,所以最终判定结果时不会相互影响,而对于BRAF样本,在判定结果时,则需将结果图表的“Y”轴坐标做相应的调整,具体调整方式如图4、5所示,将“Y Axis”(Y轴)的最大值调为4.5E5左右即可。当然,实际实验时,可根据自己实验室具体实验情况做灵活调整。
步骤5,输出各项目扩增程序执行的图表结果,从而便于实验人员分析出对应实验结果。
图6为本发明一种提高荧光PCR实验检测效率的系统的系统架构图。如图6所示,本发明一种提高荧光PCR实验检测效率的系统,包括:
检测项目选择单元601,用于选择扩增程序相同的多个检测项目。一般来说,只有当不同项目的扩增程序一致时才对其进行一同检测,因此,检测项目选择单元601需要选择扩增程序相同的检测项目。
检测范围分配单元602,用于于配制好反应体系后,根据各项目样本数分配检测范围。具体地说,检测范围分配单元602就是根据各项目的样本数对检测仪器所用孔板进行分区,以使检测仪器所用孔板能够同时放置该多个项目检测所用的试管。
扩增反应执行单元603,用于执行PCR扩增程序。在本发明具体实施例中,例如扩增程序图如图2所示,扩增反应执行单元603执行的具体的反应程序为:第一阶段:95℃预变性5分钟,随后第二阶段:95℃25秒,退火温度64℃20秒和72℃延伸20秒,进行15个循环;第三阶段为数据收集阶段:93℃25秒,退火温度60℃35秒,最后72℃延伸20秒,进行31个循环。
结果输出单元604,用于输出各项目扩增程序的执行结果。在本发明具体实施例中,各项目扩增程序的执行结果是以图表的形式呈现的。
优选地,因为不同项目样本中所加入的引物量等成分不同,所以最终得到的相对荧光值自然也不会相同,为了使不同项目PCR扩增结果互不影响,本发明之提高荧光PCR实验检测效率的系统还包括:
图表参数调整单元,用于对执行各项目扩增程序输出的图表的图表参数进行设置调整,以使不同项目PCR扩增结果互不影响。
综上所述,本发明一种提高荧光PCR实验检测效率的方法及系统通过事先将扩增程序相同的项目同时上机扩增,高效利用了实时荧光定量PCR仪的扩增、收集信号过程,同时使得不同项目所测结果互补影响,本发明节省所有检测项目的总体使用时间,同时相对延长了检测所用仪器的使用寿命。
与现有技术相比,本发明具有如下优点:
(1)本发明节省所有检测项目的总体使用时间,同时相对延长了检测所用仪器的使用寿命;
(2)只要对应条件相同,本发明同样也可以应用其它检测项目和其它仪器中,为实验室提供更多便利。
上述实施例仅例示性说明本发明的原理及其功效,而非用于限制本发明。任何本领域技术人员均可在不违背本发明的精神及范畴下,对上述实施例进行修饰与改变。因此,本发明的权利保护范围,应如权利要求书所列。
Claims (10)
1.一种提高荧光PCR实验检测效率的方法,包括如下步骤:
步骤S1,选择扩增程序相同的多个检测项目;
步骤S2,在配制好反应体系后,根据各项目样本数分配检测范围;
步骤S3,执行PCR扩增程序;
步骤S4,输出各项目扩增程序的PCR扩增反应结果。
2.如权利要求1所述的一种提高荧光PCR实验检测效率的方法,其特征在于:于步骤S2中,根据各项目的样本数对检测仪器所用孔板进行分区,以使检测仪器所用孔板能够同时放置该多个项目检测所用的试管。
3.如权利要求1所述的一种提高荧光PCR实验检测效率的方法,其特征在于:于步骤S4中,各项目扩增程序的PCR扩增反应结果以扩增图谱的形式输出。
4.如权利要求3所述的一种提高荧光PCR实验检测效率的方法,其特征在于,于步骤S4之前,还包括如下步骤:
对执行各项目扩增程序输出的扩增图谱的图表参数进行设置,以使输出的各项目的扩增结果互不影响。
5.如权利要求4所述的一种提高荧光PCR实验检测效率的方法,其特征在于:对输出结果图表的Y轴坐标进行相应的调整,以使输出的各项目的扩增结果互不影响。
6.一种提高荧光PCR实验检测效率的系统,包括:
检测项目选择单元,用于选择扩增程序相同的多个检测项目;
检测范围分配单元,用于于配制好反应体系后,根据各项目样本数分配检测范围;
扩增反应执行单元,用于执行PCR扩增程序;
结果输出单元,用于输出各项目扩增程序的PCR扩增反应结果。
7.如权利要求6所述的一种提高荧光PCR实验检测效率的系统,其特征在于:所述检测范围分配单元根据各项目的样本数对检测仪器所用孔板进行分区,以使检测仪器所用孔板能够同时放置该多个项目检测所用的试管。
8.如权利要求7所述的一种提高荧光PCR实验检测效率的系统,其特征在于:所述结果输出单元各项目扩增程序的PCR扩增反应结果以扩增图谱的形式输出。
9.如权利要求8所述的一种提高荧光PCR实验检测效率的系统,其特征在于,所述系统还包括:
图表参数调整单元,用于对执行各项目扩增程序输出的扩增图谱的图表参数进行设置调整,以使输出的各项目的扩增结果互不影响。
10.如权利要求9所述的一种提高荧光PCR实验检测效率的系统,其特征在于:所述图表参数调整单元对输出结果图表的Y轴坐标进行相应的调整,以使输出的各项目的扩增结果互不影响。
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PB01 | Publication | ||
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SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
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RJ01 | Rejection of invention patent application after publication | ||
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Application publication date: 20181120 |