CN108410958A - 一种基于Wafergen Smartchip系统的高效极微量基因分型技术 - Google Patents

一种基于Wafergen Smartchip系统的高效极微量基因分型技术 Download PDF

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    • C12Q1/6837—Enzymatic or biochemical coupling of nucleic acids to a solid phase using probe arrays or probe chips

Abstract

本发明公开了一种基于Wafergen Smartchip系统的高效极微量基因分型技术，具体包括以下步骤：步骤一，调试好MSND(WaferGen Biosystems SmartChip Multisample Nanodispenser)分液设备，利用MSND(WaferGen Biosystems SmartChip Multisample Nanodispenser)自带软件进行分液程序的设置；步骤二，根据需求配置反应酶试剂，然后将反应酶试剂分别加入到384孔板中，每个孔位加入5‑10微升酶试剂，步骤三，将DNA样品分别加入到384孔板内已加有酶试剂的孔位，每个孔位5‑8微升。本发明通过采用一张具有5184个纳米孔的芯片，每个纳米孔可以进行100nl级别的PCR反应，一张芯片一次可以做5184个SNP分型检测，相较于其他SNP分型技术，能够极大程度降低检测所需试剂，提升检测自动化水平，同时本发明以Smartchip为基础，减少SNP基因分型当中PCR试剂用量，从而有效提升检测通量。

Description

一种基于Wafergen Smartchip系统的高效极微量基因分型 技术
技术领域
本发明涉及基因分型技术领域，特别涉及一种基于Wafergen Smartchip系统的高效极微量基因分型技术。
背景技术
SNP(single nucleotide polymorphism，SNP)指基因组上由于单个核苷酸差异导致的DNA序列多样性。人类基因中存在许多SNP位点，SNP差异性直接导致不同人之前表型的差异，进一步反应到对环境当中致病因素的敏感差异，因而利用SNP检测技术可以对个体疾病进行风险预测。目前市面上利用探针或PCR方式的SNP检测技术一般是探针捕获、QPCR等，这些技术都存在单次检测成本较高或者通量较低问题，Wafergen smartchip平台可以很好的解决这些问题，具有低成本、高通量、高准确度的优势。
因此，发明一种基于Wafergen Smartchip系统的高效极微量基因分型技术来解决上述问题很有必要。
发明内容
本发明的目的在于提供一种基于Wafergen Smartchip系统的高效极微量基因分型技术，以解决上述背景技术中提出的问题。
为实现上述目的，本发明提供如下技术方案：一种基于Wafergen Smartchip系统的高效极微量基因分型技术，具体包括以下步骤：
步骤一，调试好MSND(WaferGen Biosystems SmartChip MultisampleNanodispenser)分液设备，利用MSND(WaferGen Biosystems SmartChip MultisampleNanodispenser)自带软件进行分液程序的设置；
步骤二，根据需求配置反应酶试剂，然后将反应酶试剂分别加入到384孔板中，每个孔位加入5-10微升酶试剂；
步骤三，将DNA样品分别加入到384孔板内已加有酶试剂的孔位，每个孔位5-8微升；
步骤四，将芯片放置入MSND(WaferGen Biosystems SmartChip MultisampleNanodispenser)中，将配置有样品及酶试剂的384孔板放置到MSND(WaferGen BiosystemsSmartChip Multisample Nanodispenser)上方，然后执行分液程序，将384孔板内的样品喷入芯片中；
步骤五，配置检测位点assay引物试剂，加入到一块新的384孔板内，每孔10-12微升；
步骤六，将加有assay引物试剂的384孔板放入MSND(WaferGen BiosystemsSmartChip Multisample Nanodispenser)中，执行分液程序，将384孔板内assay引物试剂喷入之前已喷入样品酶试剂的芯片中；
步骤七，将芯片从MSND(WaferGen Biosystems SmartChip MultisampleNanodispenser)取出，放入SmartChip Real-Time PCR Cycler仪器，执行QPCR检测程序，然后读取样品分型结果。
优选的，所述步骤四使用的芯片上设有5184个纳米孔。
本发明的技术效果和优点：本发明通过采用一张具有5184个纳米孔的芯片，每个纳米孔可以进行100nl级别的PCR反应，一张芯片一次可以做5184个SNP分型检测，相较于其他SNP分型技术，能够极大程度降低检测所需试剂，提升检测自动化水平，同时本发明以Smartchip为基础，减少SNP基因分型当中PCR试剂用量，从而有效提升检测通量。
具体实施方式
下面将结合本发明的实施例，对本发明实施例中的技术方案进行清楚、完整地描述，显然，所描述的实施例仅仅是本发明一部分实施例，而不是全部的实施例。基于本发明中的实施例，本领域普通技术人员在没有做出创造性劳动前提下所获得的所有其他实施例，都属于本发明保护的范围。
实施例1：
一种基于Wafergen Smartchip系统的高效极微量基因分型技术，具体包括以下步骤：
步骤一，调试好MSND(WaferGen Biosystems SmartChip MultisampleNanodispenser)分液设备，利用MSND(WaferGen Biosystems SmartChip MultisampleNanodispenser)自带软件进行分液程序的设置；
步骤二，根据需求配置反应酶试剂，然后将反应酶试剂分别加入到384孔板中，每个孔位加入5微升酶试剂；
步骤三，将DNA样品分别加入到384孔板内已加有酶试剂的孔位，每个孔位5微升；
步骤四，将设有5184个纳米孔的芯片放置入MSND(WaferGen BiosystemsSmartChip Multisample Nanodispenser)中，将配置有样品及酶试剂的384孔板放置到MSND(WaferGen Biosystems SmartChip Multisample Nanodispenser)上方，然后执行分液程序，将384孔板内的样品喷入芯片中；
步骤五，配置检测位点assay引物试剂，加入到一块新的384孔板内，每孔10微升；
步骤六，将加有assay引物试剂的384孔板放入MSND(WaferGen BiosystemsSmartChip Multisample Nanodispenser)中，执行分液程序，将384孔板内assay引物试剂喷入之前已喷入样品酶试剂的芯片中；
步骤七，将设有5184个纳米孔的芯片从MSND(WaferGen Biosystems SmartChipMultisample Nanodispenser)取出，放入SmartChip Real-Time PCR Cycler仪器，执行QPCR检测程序，然后读取样品分型结果。
实施例2：
一种基于Wafergen Smartchip系统的高效极微量基因分型技术，具体包括以下步骤：
步骤一，调试好MSND(WaferGen Biosystems SmartChip MultisampleNanodispenser)分液设备，利用MSND(WaferGen Biosystems SmartChip MultisampleNanodispenser)自带软件进行分液程序的设置；
步骤二，根据需求配置反应酶试剂，然后将反应酶试剂分别加入到384孔板中，每个孔位加入8.4微升酶试剂；
步骤三，将DNA样品分别加入到384孔板内已加有酶试剂的孔位，每个孔位5.6微升；
步骤四，将设有5184个纳米孔的芯片放置入MSND(WaferGen BiosystemsSmartChip Multisample Nanodispenser)中，将配置有样品及酶试剂的384孔板放置到MSND(WaferGen Biosystems SmartChip Multisample Nanodispenser)上方，然后执行分液程序，将384孔板内的样品喷入芯片中；
步骤五，配置检测位点assay引物试剂，加入到一块新的384孔板内，每孔10.8微升；
步骤六，将加有assay引物试剂的384孔板放入MSND(WaferGen BiosystemsSmartChip Multisample Nanodispenser)中，执行分液程序，将384孔板内assay引物试剂喷入之前已喷入样品酶试剂的芯片中；
步骤七，将设有5184个纳米孔的芯片从MSND(WaferGen Biosystems SmartChipMultisample Nanodispenser)取出，放入SmartChip Real-Time PCR Cycler仪器，执行QPCR检测程序，然后读取样品分型结果。
实施例3：
一种基于Wafergen Smartchip系统的高效极微量基因分型技术，具体包括以下步骤：
步骤一，调试好MSND(WaferGen Biosystems SmartChip MultisampleNanodispenser)分液设备，利用MSND(WaferGen Biosystems SmartChip MultisampleNanodispenser)自带软件进行分液程序的设置；
步骤二，根据需求配置反应酶试剂，然后将反应酶试剂分别加入到384孔板中，每个孔位加入10微升酶试剂；
步骤三，将DNA样品分别加入到384孔板内已加有酶试剂的孔位，每个孔位8微升；
步骤四，将设有5184个纳米孔的芯片放置入MSND(WaferGen BiosystemsSmartChip Multisample Nanodispenser)中，将配置有样品及酶试剂的384孔板放置到MSND(WaferGen Biosystems SmartChip Multisample Nanodispenser)上方，然后执行分液程序，将384孔板内的样品喷入芯片中；
步骤五，配置检测位点assay引物试剂，加入到一块新的384孔板内，每孔12微升；
步骤六，将加有assay引物试剂的384孔板放入MSND(WaferGen BiosystemsSmartChip Multisample Nanodispenser)中，执行分液程序，将384孔板内assay引物试剂喷入之前已喷入样品酶试剂的芯片中；
步骤七，将设有5184个纳米孔的芯片从MSND(WaferGen Biosystems SmartChipMultisample Nanodispenser)取出，放入SmartChip Real-Time PCR Cycler仪器，执行QPCR检测程序，然后读取样品分型结果。
由实施例1-3可知，实施例2中所采用的方法实验效果最好，有效提升检测通量的同时减少了SNP基因分型当中PCR试剂用量。
最后应说明的是：以上所述仅为本发明的优选实施例而已，并不用于限制本发明，尽管参照前述实施例对本发明进行了详细的说明，对于本领域的技术人员来说，其依然可以对前述各实施例所记载的技术方案进行修改，或者对其中部分技术特征进行等同替换，凡在本发明的精神和原则之内，所作的任何修改、等同替换、改进等，均应包含在本发明的保护范围之内。

Claims (2)

1.一种基于Wafergen Smartchip系统的高效极微量基因分型技术，其特征在于，具体包括以下步骤：
步骤一，调试好MSND分液设备，利用MSND自带软件进行分液程序的设置；
步骤二，根据需求配置反应酶试剂，然后将反应酶试剂分别加入到384孔板中，每个孔位加入5-10微升酶试剂；
步骤三，将DNA样品分别加入到384孔板内已加有酶试剂的孔位，每个孔位5-8微升；
步骤四，将芯片放置入MSND中，将配置有样品及酶试剂的384孔板放置到MSND上方，然后执行分液程序，将384孔板内的样品喷入芯片中；
步骤五，配置检测位点assay引物试剂，加入到一块新的384孔板内，每孔10-12微升；
步骤六，将加有assay引物试剂的384孔板放入MSND中，执行分液程序，将384孔板内assay引物试剂喷入之前已喷入样品酶试剂的芯片中；
步骤七，将芯片从MSND取出，放入SmartChip Real-Time PCR Cycler仪器，执行QPCR检测程序，然后读取样品分型结果。
2.根据权利要求1所述的一种基于Wafergen Smartchip系统的高效极微量基因分型技术，其特征在于：所述步骤四与步骤七中使用的芯片上设有5184个纳米孔。
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