RU2014126423A - Высокопроизводительный анализ однонуклеотидных полиморфизмов - Google Patents
Высокопроизводительный анализ однонуклеотидных полиморфизмов Download PDFInfo
- Publication number
- RU2014126423A RU2014126423A RU2014126423A RU2014126423A RU2014126423A RU 2014126423 A RU2014126423 A RU 2014126423A RU 2014126423 A RU2014126423 A RU 2014126423A RU 2014126423 A RU2014126423 A RU 2014126423A RU 2014126423 A RU2014126423 A RU 2014126423A
- Authority
- RU
- Russia
- Prior art keywords
- fluorescent dye
- detecting
- universal primer
- fluorescently
- seq
- Prior art date
Links
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6888—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
- C12Q1/6895—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms for plants, fungi or algae
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6813—Hybridisation assays
- C12Q1/6827—Hybridisation assays for detection of mutation or polymorphism
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
- C12Q1/6858—Allele-specific amplification
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/13—Plant traits
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Immunology (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Botany (AREA)
- Mycology (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
1. Способ, состоящий из системы детектирования для гомогенного анализа для процесса ПЦР с использованием FRET, для детектирования присутствия или отсутствия HaAHASLl-A122(At)Τ SNP внутри гена HaAHASLl, содержащий:a. выделение образца геномной ДНК из Helianthus annum;b. добавление набора олигонуклеотидных праймеров к указанному образцу выделенной геномной ДНК, где указанный набор олигонуклеотидных праймеров состоит из универсального праймера для детектирования мутантного аллеля, состоящего из SEQ ID NO:3, универсального праймера для детектирования аллеля дикого типа, состоящего из SEQ ID NO:4, «нижележащего» универсального праймера, состоящего из SEQ ID NO:5, и флуоресцентно-меченых праймеров;c. подвергание указанного образца выделенной геномной ДНК и указанного набора олигонуклеотидных праймеров процессу амплификации; иd. детектирование, по меньшей мере, одного продукта амплификации, где указанный продукт амплификации указывает на присутствие или отсутствие SNP HaAHASLl-A122(At)T.2. Способ по п. 1, где указанный продукт амплификации состоит из 84 пар оснований.3. Универсальный праймер для детектирования мутантного аллеля по п. 1, где указанный универсальный праймер для детектирования мутантного аллеля содержит хвостовую последовательность, которая является идентичной по последовательности первому флуоресцентно-меченому праймеру.4. Первый флуоресцентно-меченый праймер по п. 3, содержащий флуоресцентный краситель.5. Флуоресцентный краситель по п. 4, содержащий флуоресцентный краситель HEX, флуоресцентный краситель FAM, флуоресцентный краситель JOE, флуоресцентный краситель ΤΕΤ, флуоресцентный краситель Су 3, флуоресцентный краситель Су 3,5, флуоресцентный
Claims (15)
1. Способ, состоящий из системы детектирования для гомогенного анализа для процесса ПЦР с использованием FRET, для детектирования присутствия или отсутствия HaAHASLl-A122(At)Τ SNP внутри гена HaAHASLl, содержащий:
a. выделение образца геномной ДНК из Helianthus annum;
b. добавление набора олигонуклеотидных праймеров к указанному образцу выделенной геномной ДНК, где указанный набор олигонуклеотидных праймеров состоит из универсального праймера для детектирования мутантного аллеля, состоящего из SEQ ID NO:3, универсального праймера для детектирования аллеля дикого типа, состоящего из SEQ ID NO:4, «нижележащего» универсального праймера, состоящего из SEQ ID NO:5, и флуоресцентно-меченых праймеров;
c. подвергание указанного образца выделенной геномной ДНК и указанного набора олигонуклеотидных праймеров процессу амплификации; и
d. детектирование, по меньшей мере, одного продукта амплификации, где указанный продукт амплификации указывает на присутствие или отсутствие SNP HaAHASLl-A122(At)T.
2. Способ по п. 1, где указанный продукт амплификации состоит из 84 пар оснований.
3. Универсальный праймер для детектирования мутантного аллеля по п. 1, где указанный универсальный праймер для детектирования мутантного аллеля содержит хвостовую последовательность, которая является идентичной по последовательности первому флуоресцентно-меченому праймеру.
4. Первый флуоресцентно-меченый праймер по п. 3, содержащий флуоресцентный краситель.
5. Флуоресцентный краситель по п. 4, содержащий флуоресцентный краситель HEX, флуоресцентный краситель FAM, флуоресцентный краситель JOE, флуоресцентный краситель ΤΕΤ, флуоресцентный краситель Су 3, флуоресцентный краситель Су 3,5, флуоресцентный краситель Су 5, флуоресцентный краситель Су 5,5, флуоресцентный краситель Су 7 или флуоресцентный краситель ROX.
6. Универсальный праймер для детектирования аллеля дикого типа по п. 1, где указанный универсальный праймер для детектирования аллеля дикого типа содержит хвостовую последовательность, которая является идентичной по последовательности второму флуоресцентно-меченому праймеру.
7. Второй флуоресцентно-меченый праймер по п. 6, содержащий флуоресцентный краситель.
8. Флуоресцентный краситель по п. 7, содержащий флуоресцентный краситель HEX, флуоресцентный краситель FAM, флуоресцентный краситель JOE, флуоресцентный краситель ΤΕΤ, флуоресцентный краситель Су 3, флуоресцентный краситель Су 3,5, флуоресцентный краситель Су 5, флуоресцентный краситель Су 5,5, флуоресцентный краситель Су 7 или флуоресцентный краситель ROX.
9. Способ по п. 1, где указанный способ применяют, чтобы определить зиготность, содержащий:
а. произведение количественного анализа указанного первого флуоресцентного красителя флуоресцентно-меченого праймера, который является идентичным по последовательности хвосту универсального праймера для детектирования мутантного аллеля;
b. произведение количественного анализа указанного второго флуоресцентного красителя флуоресцентно-меченого праймера, который является идентичным по последовательности хвосту универсального праймера для детектирования аллеля дикого типа;
c. сравнение количества первого флуоресцентного красителя со вторым флуоресцентным красителем; и
d. определение зиготности посредством сравнения соотношений флуоресценции первого флуоресцентного красителя со вторым флуоресцентным красителем.
10. Способ по п. 1, где сайт указанного присутствующего или отсутствующего SNP расположен между SEQ ID NO:3 и SEQ ID NO:5 хромосомы 9 Helianthus annuus.
11. Способ по п. 1, где сайт указанного присутствующего или отсутствующего SNP расположен между SEQ ID NO:4 и SEQ ID NO:5 хромосомы 9 Helianthus annuus.
12. Способ по п. 1, где указанный способ применяют для селекционной интрогрессии внутрь второй линии Helianthus annuus.
13. Способ селекционной интрогрессии по п. 12, где указанная вторая линия Helianthus annuus не содержит аллель HaAHASLl-А122 (At) T.
14. Способ селекционной интрогрессии по п. 12, где указанный способ применяют для детекции присутствия или отсутствия SNP HaAHASLl-A122 (At) Τ внутри гена HaAHASL1 в растениях потомства.
15. Способ по п. 1, где указанный способ применяют для идентификации линии Helianthus annuus, которая обладает устойчивостью к гербицидам на основе имидазолинона.
Applications Claiming Priority (3)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| US201161564464P | 2011-11-29 | 2011-11-29 | |
| US61/564,464 | 2011-11-29 | ||
| PCT/US2012/066577 WO2013081987A1 (en) | 2011-11-29 | 2012-11-27 | High throughput single nucleotide polymorphism assay |
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| RU2014126423A true RU2014126423A (ru) | 2016-01-27 |
Family
ID=48467207
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| RU2014126423A RU2014126423A (ru) | 2011-11-29 | 2012-11-27 | Высокопроизводительный анализ однонуклеотидных полиморфизмов |
Country Status (10)
| Country | Link |
|---|---|
| US (1) | US20130137097A1 (ru) |
| EP (1) | EP2786146A4 (ru) |
| CN (1) | CN103988079A (ru) |
| AR (1) | AR088998A1 (ru) |
| BR (1) | BR112014012773A2 (ru) |
| CA (1) | CA2854790A1 (ru) |
| CL (1) | CL2014001406A1 (ru) |
| RU (1) | RU2014126423A (ru) |
| UY (1) | UY34473A (ru) |
| WO (1) | WO2013081987A1 (ru) |
Families Citing this family (9)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US11001881B2 (en) | 2006-08-24 | 2021-05-11 | California Institute Of Technology | Methods for detecting analytes |
| WO2008014485A2 (en) | 2006-07-28 | 2008-01-31 | California Institute Of Technology | Multiplex q-pcr arrays |
| US11525156B2 (en) | 2006-07-28 | 2022-12-13 | California Institute Of Technology | Multiplex Q-PCR arrays |
| US11560588B2 (en) | 2006-08-24 | 2023-01-24 | California Institute Of Technology | Multiplex Q-PCR arrays |
| US9708647B2 (en) | 2015-03-23 | 2017-07-18 | Insilixa, Inc. | Multiplexed analysis of nucleic acid hybridization thermodynamics using integrated arrays |
| US9499861B1 (en) | 2015-09-10 | 2016-11-22 | Insilixa, Inc. | Methods and systems for multiplex quantitative nucleic acid amplification |
| WO2017155858A1 (en) | 2016-03-07 | 2017-09-14 | Insilixa, Inc. | Nucleic acid sequence identification using solid-phase cyclic single base extension |
| EP3937780A4 (en) | 2019-03-14 | 2022-12-07 | InSilixa, Inc. | METHODS AND SYSTEMS FOR TIMED FLUORESCENCE-BASED DETECTION |
| CN116287373B (zh) * | 2022-12-31 | 2024-07-09 | 中国农业大学 | 小麦穗粒数主效qtl紧密连锁的kasp分子标记及其方法与应用 |
Family Cites Families (10)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US20110014706A2 (en) * | 1998-12-14 | 2011-01-20 | Monsanto Technology Llc | Arabidopsis thaliana Genome Sequence and Uses Thereof |
| JP2003325200A (ja) * | 2002-03-08 | 2003-11-18 | Kazuko Matsumoto | 新規高感度核酸解析法 |
| CA3006126C (en) * | 2005-07-01 | 2022-04-19 | Basf Se | Herbicide-resistant sunflower plants, polynucleotides encoding herbicide-resistant acetohydroxy acid synthase large subunit proteins, and methods of use |
| EP1956097A1 (en) * | 2007-02-06 | 2008-08-13 | bioMerieux B.V. | Method for discriminating single nucleotide polymorphisms (SNPs) |
| EP2543731B1 (en) * | 2007-04-04 | 2018-08-22 | Basf Se | Herbicide-resistant brassica plants and methods of use |
| AU2008237436B2 (en) * | 2007-04-04 | 2014-01-23 | Basf Agrochemical Products B.V. | Herbicide-resistant sunflower plants with multiple herbicide resistant alleles of AHASL1 and methods of use |
| GB0719775D0 (en) * | 2007-10-10 | 2007-11-21 | Isis Innovation | Extended haplotypes |
| CN101220395A (zh) * | 2008-02-03 | 2008-07-16 | 中国科学院化学研究所 | 一种检测dna单核苷酸多态性的方法 |
| MX2011003266A (es) * | 2008-09-26 | 2011-07-20 | Basf Agrochemical Products Bv | Mutantes de acetohidroxiacido sintasa resistentes a herbicidas y metodos de uso. |
| CN102191314A (zh) * | 2010-03-12 | 2011-09-21 | 孙朝辉 | 一种基于pcr的低成本、简单、高效的snp检测方法 |
-
2012
- 2012-11-27 RU RU2014126423A patent/RU2014126423A/ru not_active Application Discontinuation
- 2012-11-27 BR BR112014012773A patent/BR112014012773A2/pt not_active IP Right Cessation
- 2012-11-27 EP EP12854185.1A patent/EP2786146A4/en not_active Withdrawn
- 2012-11-27 CN CN201280058913.8A patent/CN103988079A/zh active Pending
- 2012-11-27 WO PCT/US2012/066577 patent/WO2013081987A1/en active Application Filing
- 2012-11-27 AR ARP120104448A patent/AR088998A1/es unknown
- 2012-11-27 US US13/685,903 patent/US20130137097A1/en not_active Abandoned
- 2012-11-27 CA CA2854790A patent/CA2854790A1/en not_active Abandoned
- 2012-11-28 UY UY0001034473A patent/UY34473A/es not_active Application Discontinuation
-
2014
- 2014-05-28 CL CL2014001406A patent/CL2014001406A1/es unknown
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| UY34473A (es) | 2013-06-28 |
| WO2013081987A1 (en) | 2013-06-06 |
| CA2854790A1 (en) | 2013-06-06 |
| CL2014001406A1 (es) | 2015-01-16 |
| US20130137097A1 (en) | 2013-05-30 |
| CN103988079A (zh) | 2014-08-13 |
| EP2786146A4 (en) | 2015-08-26 |
| EP2786146A1 (en) | 2014-10-08 |
| AR088998A1 (es) | 2014-07-23 |
| BR112014012773A2 (pt) | 2019-09-24 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| RU2014126423A (ru) | Высокопроизводительный анализ однонуклеотидных полиморфизмов | |
| US10704091B2 (en) | Genotyping by next-generation sequencing | |
| USRE49835E1 (en) | Mouse cell line authentication | |
| EP1877576B1 (en) | Methods for determining sequence variants using ultra-deep sequencing | |
| EP2341151B1 (en) | Methods for determining sequence variants using ultra-deep sequencing | |
| US10745753B2 (en) | Mouse cell line authentication | |
| US11542556B2 (en) | Single nucleotide polymorphism in HLA-B*15:02 and use thereof | |
| Zhang et al. | Development of a new 26plex Y-STRs typing system for forensic application | |
| Tan et al. | Two-person DNA mixture interpretation based on a novel set of SNP-STR markers | |
| US20120270216A1 (en) | Compositions and methods for detecting and identifying salmonella enterica strains | |
| Badali et al. | Molecular tools in medical mycology; where we are! | |
| KR20120005596A (ko) | Ｍｕｌｔｉｐｌｅｘ ｒｅａｌ－ｔｉｍｅ ＰＣＲ 법을 이용한 병원성 Ｖｉｂｒｉｏ 종의 동시 탐지 방법 | |
| Lee et al. | Identification and characterization of simple sequence repeat markers for Pythium aphanidermatum, P. cryptoirregulare, and P. irregulare and the potential use in Pythium population genetics | |
| CA3185019A1 (en) | Methods and compositions for pathogen detection in plants | |
| Kevorkian et al. | Genetic diversity using microsatellite markers in four Romanian autochthonous sheep breeds | |
| KR101955074B1 (ko) | 무 판별용 snp 마커 | |
| US20070231803A1 (en) | Multiplex pcr mixtures and kits containing the same | |
| KR101930710B1 (ko) | 국내산 및 외국산 벼 판별용 snp 프라이머 세트, 이를 이용한 벼 품종 및 원산지 판별방법 | |
| RU2644236C1 (ru) | Способ генетического типирования штаммов yersinia pestis и yersinia pseudotuberculosis на основе анализа 13 vntr локусов в мультиплексной пцр реакции | |
| Yakimowski et al. | Isolation and characterization of 11 microsatellite markers from Sagittaria latifolia (Alismataceae) | |
| WO2013073929A1 (en) | Method and apparatus for detecting nucleic acid variation(s) | |
| WO2012131616A1 (en) | Primer set, kit and methods thereof | |
| Nakahara et al. | Criterion values for multiplex SNP genotyping by the invader assay | |
| Sukmak et al. | Development of Z chromosome genotyping in Eastern Sarus Crane (Grus antigone sharpii) based on high-resolution melting analysis (HRM). | |
| CN104293894A (zh) | 一种树木snp位点基因型检测方法 |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| FA93 | Acknowledgement of application withdrawn (no request for examination) |
Effective date: 20151130 |