CN107937603A - 猪流行性腹泻病毒疫苗毒与野毒株鉴别引物及其制备方法 - Google Patents
猪流行性腹泻病毒疫苗毒与野毒株鉴别引物及其制备方法 Download PDFInfo
- Publication number
- CN107937603A CN107937603A CN201710890271.2A CN201710890271A CN107937603A CN 107937603 A CN107937603 A CN 107937603A CN 201710890271 A CN201710890271 A CN 201710890271A CN 107937603 A CN107937603 A CN 107937603A
- Authority
- CN
- China
- Prior art keywords
- virus
- street strain
- pedv
- sequence
- strain
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Granted
Links
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/70—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving virus or bacteriophage
- C12Q1/701—Specific hybridization probes
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Zoology (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Immunology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Virology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
一种猪流行性腹泻病毒疫苗毒与野毒株鉴别引物及其制备方法,属于猪流行性腹泻病毒的检测技术领域具体设计PEDV疫苗毒CV777与野毒株,其差异基因序列为:GTCTTCCTGTGGCACCTGAAACAA。对应引物如包括Ps1,其序列为:ACACTATACTATCCCACCG;Pa1,其序列为:TTTCAGGAGCTACATTARG;Pa2,其序列为:CACCCAAAGATCCCAAGA;其中Ps1/Pa1引物对扩增片段长度为505bp;Ps1/Pa2引物对扩增片段长度为793bp;本发明的制备方法包括步骤:RNA的提取、PEDV疫苗株与野毒株RT‑PCR鉴别、特异性试验、敏感性试验、检测结果。
Description
技术领域
本发明属于猪流行性腹泻病毒的检测技术领域,具体是猪流行性腹泻病毒疫苗毒与野毒株鉴别引物及其制备方法。
背景技术
猪流行性腹泻病是由猪流行性腹泻病毒引起的猪的一种急性肠道传染病,以水泻、呕吐和脱水为特征。其病原属于冠状病毒科冠状毒病属。猪流行性腹泻病毒可在猪群中持续存在,各种年龄的猪都易感,尤其是哺乳仔猪,极易感染,发病率可达100%。7日龄以内的乳猪病死率高达100%,给养猪业造成了极大的经济损失。目前PEDV感染普遍,流行范围广,而预防该病的弱毒疫苗也使用较为广泛,仅靠抗体检测不能真实的反应猪群的免疫状态,因此对PEDV进行疫苗株与野毒株的鉴别诊断对于该病的免疫与预防具有重要意义。
发明内容
本研究所要解决的技术问题是,根据猪流行性腹泻病毒疫苗株CV777,野生毒株等基因组序列比对,发现在猪流行性腹泻病毒基因组2902-3696之间,野生毒株存在一段长约24bp的碱基序列,疫苗株不存在该序列。我们以这段差异序列为基础,针对PEDV基因的保守序列以及疫苗株与野毒株的差异设计引物,建立了RT-PCR鉴别方法,并初步将此检测方法应用于临床样品检测,具有良好的鉴别效果。
本研究针对的病毒为PEDV疫苗毒CV777与野毒株,其差异基因序列为:
GTCTTCCTGTGGCACCTGAAACAA。
所述引物如下。
Ps1,其序列为:ACACTATACTATCCCACCG。
Pa1,其序列为:TTTCAGGAGCTACATTARG。
Pa2,其序列为:CACCCAAAGATCCCAAGA。
其中Ps1/Pa1引物对扩增片段长度为505bp。
Ps1/Pa2引物对扩增片段长度为793bp。
一种猪流行性腹泻病毒疫苗毒与野毒株鉴别引物及其制备方法,该方法包括一下步骤:RNA的提取:本实验方法参照TaKaRa MiNiBEST Viral RNA/DNA Extraction KitVer.5.0试剂说明书进行。
PEDV疫苗株与野毒株RT-PCR鉴别:取200μL EP管,建立50μL的一步法RT-PCR反应体系,其中PrimeScript 1Step Enzyme Mix需要2μL、2×1Step Buffer需要25μL、RNA模板需要8μL、Ps1、Pa1和Pa2引物2.5pmol-10pmol,、RNase free dH2O需要11μL,混匀后离心;所述一步法RT-PCR反应条件设定为50℃45min;94℃2min;94℃30s,50℃-60℃30s,72℃1min,35个循环;72℃15min;10℃停止;取7μLPCR扩增产物于1.2%的琼脂糖凝胶进行电泳,观察扩增结果,并回收目的条带进行序列测定。
结果表明经RT-PCR一步法扩增,电泳结果显示PEDV疫苗株与野毒株病毒均可扩增出793bp的基因片段,只有野毒株才能扩增出505bp的基因片段而疫苗株不能扩增出505bp的基因片段,表明该引物能够鉴定PEDV,并能鉴别PEDV疫苗株与野毒株病毒。将获得目的片段进行序列比较,证实目的片段是PEDV基因片段。确定Ps1、Pa1引物各5pmol、Pa2引物10pmol,退火温度在55℃时为最佳扩增条件,可分别获得PEDV505bp、793bp的与预期大小相符的目的片段。
特异性试验:用上述PEDV疫苗株与野毒株鉴别方法检测猪肠道RNA病毒,即猪传染性胃肠炎病毒、猪轮状病毒、猪札幌病毒和猪嵴病毒,验证引物特异性。结果表明只有PEDV病毒可以扩增出相应的条带,而猪传染性胃肠炎病毒、猪轮状病毒、猪札幌病毒和猪嵴病毒均扩增不出任何目的片段,表明以该引物建立的PEDV疫苗株与野毒株RT-PCR鉴别方法具有良好的特异性。
敏感性试验:将标准品按照2.0×103拷贝的RNA、2.0×102拷贝的RNA和2.0×101拷贝的RNA分别进行稀释,进行PT-PCR扩增,结果显示,本发明的试剂盒可以特异的检出PEDV的目的片段,且均可可检出至少200拷贝的RNA。
检测结果:选用经过PCR扩增及测序结果为PEDV野毒株阳性的乳猪腹泻粪样30份和CV77及JS2008疫苗株个10份,采用本发明的猪PEDV疫苗株与野毒株RT-PCR鉴别方法检测,检测结果如表1,从表中可以看出,本发明的猪PEDV疫苗株与野毒株RT-PCR鉴别方法对PEDV疫苗株与野毒株病毒均可扩增出793bp的基因片段,只有野毒株才能扩增出505bp的基因片段而疫苗株不能扩增出505bp的基因片段,表明该引物能够鉴定PEDV阳性临床样品的检出率为100%,并能鉴别PEDV疫苗株与野毒株病毒。
表1猪PEDV疫苗株与野毒株RT-PCR鉴别方法检测结果
样品 | 检测样品数量 | 阳性样品数量 | Ps1/Pa2阳性率(%) | Ps1/Pa1阳性率(%) |
PEDV野毒株 | 30 | 30 | 100 | 100 |
CV77疫苗株 | 10 | 10 | 100 | 0 |
JS2008疫苗株 | 10 | 10 | 100 | 0 |
本发明的有益效果在于:经RT-PCR一步法扩增,电泳结果显示PEDV疫苗株与野毒株病毒均可扩增出793bp的基因片段,只有野毒株才能扩增出505bp的基因片段而疫苗株不能扩增出505bp的基因片段,表明该引物能够鉴定PEDV,并能鉴别PEDV疫苗株与野毒株病毒。将获得目的片段进行序列比较,证实目的片段是PEDV基因片段。确定Ps1、Pa1引物各5pmol、Pa2引物10pmol,退火温度在55℃时为最佳扩增条件,可分别获得PEDV 505bp、793bp的与预期大小相符的目的片段。通过特异性试验、敏感性试验以及最后的检测结果可知本发明的猪PEDV疫苗株与野毒株RT-PCR鉴别方法能够鉴定PEDV,并能鉴别PEDV疫苗株与野毒株病毒,具有良好的特异性和敏感性。
附图说明
图1为PEDV疫苗株与野毒株差异序列,虚线部分为疫苗株缺失的24bp核苷酸序列。
图2为特异性试验电泳结果,其中M列代表DL2000DNA marker;1列代表PEDV经典株;2,3列代表PEDV变异株;4列代表PEDV疫苗株;5列代表TGEV;6列代表RV;7列代表PKV;8列代表HEV;9列代表阴性对照。
图3为敏感性试验结果,其中M列代表DL2000DNA marker;1列代表模板量为2.0×103拷贝;2列代表模板量为2.0×102拷贝;3列代表模板量为2.0×101拷贝;4列代表模板量为2拷贝;5列代表阴性对照。
具体实施例
本研究所要的材料的制备方法包括步骤。
RNA的提取:本实验方法参照TaKaRa MiNiBEST Viral RNA/DNA Extraction KitVer.5.0试剂说明书进行。
PEDV疫苗株与野毒株RT-PCR鉴别:取200μL EP管,建立50μL的一步法RT-PCR反应体系,其中PrimeScript 1Step Enzyme Mix需要2μL、2×1Step Buffer需要25μL、RNA模板需要8μL、Ps1、Pa1和Pa2引物2.5pmol-10pmol,、RNase free dH2O需要11μL,混匀后离心;所述一步法RT-PCR反应条件设定为50℃45min;94℃2min;94℃30s,50℃-60℃30s,72℃1min,35个循环;72℃15min;10℃停止;取7μLPCR扩增产物于1.2%的琼脂糖凝胶进行电泳,观察扩增结果,并回收目的条带进行序列测定。
结果表明经RT-PCR一步法扩增,电泳结果显示PEDV疫苗株与野毒株病毒均可扩增出793bp的基因片段,只有野毒株才能扩增出505bp的基因片段而疫苗株不能扩增出505bp的基因片段,表明该引物能够鉴定PEDV,并能鉴别PEDV疫苗株与野毒株病毒。将获得目的片段进行序列比较,证实目的片段是PEDV基因片段。确定Ps1、Pa1引物各5pmol、Pa2引物10pmol,退火温度在55℃时为最佳扩增条件,可分别获得PEDV505bp、793bp的与预期大小相符的目的片段。
特异性试验:用上述PEDV疫苗株与野毒株鉴别方法检测猪肠道RNA病毒,即猪传染性胃肠炎病毒、猪轮状病毒、猪札幌病毒和猪嵴病毒,验证引物特异性。结果表明只有PEDV病毒可以扩增出相应的条带,而猪传染性胃肠炎病毒、猪轮状病毒、猪札幌病毒和猪嵴病毒均扩增不出任何目的片段,表明以该引物建立的PEDV疫苗株与野毒株RT-PCR鉴别方法具有良好的特异性。
敏感性试验:将标准品按照2.0×103拷贝的RNA、2.0×102拷贝的RNA和2.0×101拷贝的RNA分别进行稀释,进行PT-PCR扩增,结果显示,本发明的试剂盒可以特异的检出PEDV的目的片段,且均可可检出至少200拷贝的RNA。
检测结果:选用经过PCR扩增及测序结果为PEDV野毒株阳性的乳猪腹泻粪样30份和CV77及JS2008疫苗株个10份,采用本发明的猪PEDV疫苗株与野毒株RT-PCR鉴别方法检测,检测结果如表1,从表中可以看出,本发明的猪PEDV疫苗株与野毒株RT-PCR鉴别方法对PEDV疫苗株与野毒株病毒均可扩增出793bp的基因片段,只有野毒株才能扩增出505bp的基因片段而疫苗株不能扩增出505bp的基因片段,表明该引物能够鉴定PEDV阳性临床样品的检出率为100%,并能鉴别PEDV疫苗株与野毒株病毒。
经过上述步骤可以得到PEDV疫苗毒CV777与野毒株,其差异基因序列为:
GTCTTCCTGTGGCACCTGAAACAA。
经过上述步骤可以得到引物如下。
Ps1,其序列为:ACACTATACTATCCCACCG。
Pa1,其序列为:TTTCAGGAGCTACATTARG。
Pa2,其序列为:CACCCAAAGATCCCAAGA。
其中Ps1/Pa1引物对扩增片段长度为505bp。
Ps1/Pa2引物对扩增片段长度为793bp。
SEQUENCE LISTING
<110> 中国农业科学院兰州兽医研究所
<120> 猪流行性腹泻病毒疫苗毒与野毒株鉴别引物及其制备方法
<140> 201710886522X
<141> 2017-9-27
<160> 4
<170> PatentIn version 3.3
<210> 1
<211> 24
<212> DNA
<213> 猪流行性腹泻病毒
<400> 1
gtcttaatgt agctcctgaa acaa 24
<210> 2
<211> 19
<212> DNA
<213> 猪流行性腹泻病毒
<400> 2
acactatact atcccaccg 19
<210> 3
<211> 19
<212> DNA
<213> 猪流行性腹泻病毒
<400> 3
tttcaggagc tacattarg 19
<210> 4
<211> 18
<212> DNA
<213> 猪流行性腹泻病毒
<400> 4
cacccaaaga tcccaaga 18
Claims (3)
1.一种猪流行性腹泻病毒疫苗毒与野毒株鉴别引物,其特征在于:所述病毒为PEDV疫苗毒CV777与野毒株,其差异基因序列为:GTCTTCCTGTGGCACCTGAAACAA;引物如下:Ps1,其序列为:ACACTATACTATCCCACCG;Pa1,其序列为:TTTCAGGAGCTACATTARG;Pa2,其序列为:CACCCAAAGATCCCAAGA;其中Ps1/Pa1引物对扩增片段长度为505bp;Ps1/Pa2引物对扩增片段长度为793bp。
2.一种如权利要求1所述猪流行性腹泻病毒疫苗毒与野毒株鉴别引物的制备方法,其特征在于,所述制备方法包括如下步骤:
RNA的提取:本实验方法参照TaKaRa MiNiBEST Viral RNA/DNA Extraction KitVer.5.0试剂说明书进行;
PEDV疫苗株与野毒株RT-PCR鉴别:取200μL EP管,建立50μL的一步法RT-PCR反应体系,其中PrimeScript 1Step Enzyme Mix需要2μL、2×1Step Buffer需要25μL、RNA模板需要8μL、Ps1、Pa1和Pa2引物2.5pmol-10pmol,RNase free dH2O需要11μL,混匀后离心。
3.根据权利要求2所述的猪流行性腹泻病毒疫苗毒与野毒株鉴别引物的制备方法,其特征在于:
所述一步法RT-PCR反应条件设定为50℃45min;94℃2min;94℃30s,50℃-60℃30s,72℃1min,35个循环;72℃15min;10℃停止;取7μL PCR扩增产物于1.2%的琼脂糖凝胶进行电泳,观察扩增结果,并回收目的条带进行序列测定。
Priority Applications (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
CN201710890271.2A CN107937603B (zh) | 2017-09-27 | 2017-09-27 | 一种猪流行性腹泻病毒疫苗毒cv777与野毒株鉴别引物 |
Applications Claiming Priority (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
CN201710890271.2A CN107937603B (zh) | 2017-09-27 | 2017-09-27 | 一种猪流行性腹泻病毒疫苗毒cv777与野毒株鉴别引物 |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
CN107937603A true CN107937603A (zh) | 2018-04-20 |
CN107937603B CN107937603B (zh) | 2020-10-13 |
Family
ID=61935069
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
CN201710890271.2A Active CN107937603B (zh) | 2017-09-27 | 2017-09-27 | 一种猪流行性腹泻病毒疫苗毒cv777与野毒株鉴别引物 |
Country Status (1)
Country | Link |
---|---|
CN (1) | CN107937603B (zh) |
Cited By (3)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN108754019A (zh) * | 2018-05-29 | 2018-11-06 | 华南农业大学 | 一种猪流行性腹泻病毒orf1基因全序列的扩增方法 |
CN108950087A (zh) * | 2018-08-30 | 2018-12-07 | 中国农业科学院兰州兽医研究所 | 用于猪流行腹泻病毒疫苗株与野毒株qrt-pcr鉴别的引物对和探针及相应试剂盒 |
CN111411171A (zh) * | 2020-01-07 | 2020-07-14 | 吉林正业生物制品股份有限公司 | 鉴别猪流行性腹泻病毒疫苗株与流行毒株的荧光定量pcr引物、探针、试剂盒及应用 |
Citations (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN104498623A (zh) * | 2014-11-26 | 2015-04-08 | 江苏省农业科学院 | 猪流行性腹泻病毒强毒株和弱毒株鉴别诊断用引物及其检测试剂盒 |
CN106834538A (zh) * | 2017-01-11 | 2017-06-13 | 山东省滨州畜牧兽医研究院 | 一种鉴别猪流行性腹泻病毒疫苗弱毒株和/或流行毒株一步法rt‑pcr诊断试剂盒 |
-
2017
- 2017-09-27 CN CN201710890271.2A patent/CN107937603B/zh active Active
Patent Citations (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN104498623A (zh) * | 2014-11-26 | 2015-04-08 | 江苏省农业科学院 | 猪流行性腹泻病毒强毒株和弱毒株鉴别诊断用引物及其检测试剂盒 |
CN106834538A (zh) * | 2017-01-11 | 2017-06-13 | 山东省滨州畜牧兽医研究院 | 一种鉴别猪流行性腹泻病毒疫苗弱毒株和/或流行毒株一步法rt‑pcr诊断试剂盒 |
Non-Patent Citations (2)
Title |
---|
SUN RUIQIN ET AL.: "Genetic variability and phylogeny of current chinese porcine epidemic diarrhea virus strains based on spike,ORF3,and membrane genes", 《THE SCIENTIFIC WORLD JOURNAL》 * |
施开创等: "猪流行性腹泻病毒强毒株和疫苗株多重RT-PCR鉴别检测方法的建立及应用", 《中国兽医科学》 * |
Cited By (3)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN108754019A (zh) * | 2018-05-29 | 2018-11-06 | 华南农业大学 | 一种猪流行性腹泻病毒orf1基因全序列的扩增方法 |
CN108950087A (zh) * | 2018-08-30 | 2018-12-07 | 中国农业科学院兰州兽医研究所 | 用于猪流行腹泻病毒疫苗株与野毒株qrt-pcr鉴别的引物对和探针及相应试剂盒 |
CN111411171A (zh) * | 2020-01-07 | 2020-07-14 | 吉林正业生物制品股份有限公司 | 鉴别猪流行性腹泻病毒疫苗株与流行毒株的荧光定量pcr引物、探针、试剂盒及应用 |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
CN107937603B (zh) | 2020-10-13 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
WO2018059195A1 (zh) | 一种快速鉴别猪流行性腹泻病毒经典株与变异株的hrm检测引物、试剂盒及方法 | |
CN107937603A (zh) | 猪流行性腹泻病毒疫苗毒与野毒株鉴别引物及其制备方法 | |
WO2018219214A1 (zh) | 一种快速鉴别猪繁殖与呼吸综合症病毒疫苗株与其它毒株的检测方法 | |
Wang et al. | Reverse transcription recombinase-aided amplification assay combined with a lateral flow dipstick for detection of avian infectious bronchitis virus | |
CN107475456A (zh) | 基于等温逆转录重组酶聚合酶扩增法的pedv快速检测方法及其试剂盒 | |
JP2019201660A (ja) | Cpv2a、2b及び2cを検出する方法及び野生型をワクチン型から識別する方法 | |
CN105400910B (zh) | 猪德尔塔冠状病毒和猪传染性胃肠炎病毒多重rt-pcr检测引物及检测方法 | |
CN111518955A (zh) | 快速鉴别猫肠道冠状病毒和猫传染性腹膜炎病毒的hrm引物对、试剂盒及方法 | |
CN104263857B (zh) | 一种快速检测水貂肠炎病毒的纳米pcr试剂盒及其应用 | |
Ries et al. | BlueTYPE–A low density TaqMan-RT-qPCR array for the identification of all 24 classical Bluetongue virus serotypes | |
CN103952496B (zh) | 一种检测猪传染性胃肠炎病毒与猪流行性腹泻病毒的二重pcr方法 | |
CN104673936A (zh) | 猪传染性胃肠炎病毒N基因RT-qPCR检测方法及其引物和TaqMan探针 | |
CN108359743A (zh) | 一种用于鉴别fpv和cpv的hrm引物组,含有该引物组的试剂盒及其应用 | |
US20230250497A1 (en) | One-step nested pcr primers set and kit modified with locked nucleic acid for detecting african swine fever virus | |
CN105586438B (zh) | 用于检测赤羽病毒、口蹄疫病毒和蓝舌病毒的GeXP多重快速检测用引物和检测方法 | |
CN110885902B (zh) | 用于检测猪蓝耳病毒并鉴别从中猪蓝耳病毒高致病经典变异株的冻干微芯片、试剂盒及方法 | |
CN107937615B (zh) | 用于区分猪乙型脑炎病毒野毒株和疫苗株的引物和探针 | |
CN114058740B (zh) | 可鉴别基因i型与基因ii型非洲猪瘟病毒的荧光pcr扩增引物探针组及检测试剂盒 | |
CN112442550A (zh) | 用于鉴别检验非洲猪瘟病毒的pcr扩增引物对、及其制备的试剂盒 | |
CN113151586B (zh) | 一种用于检测、鉴别猪伪狂犬病毒ⅰ型和ⅱ型的引物组合、试剂盒及方法 | |
CN110735005B (zh) | Siv和prrsv多重rt-pcr快速检测试剂盒及引物 | |
CN109517929B (zh) | 用于猪圆环病毒检测和2型分型的引物组和试剂盒 | |
RU2743352C1 (ru) | Способ дифференциальной амплификации фрагмента области VP1 генома энтеровирусов видов Enterovirus A и Enterovirus B | |
CN105586437B (zh) | 四种进境奶牛携带病毒GeXP检测方法的建立 | |
CN104862418A (zh) | 检测欧洲型猪繁殖与呼吸综合征病毒的特异性引物及相应检测试剂盒 |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
PB01 | Publication | ||
PB01 | Publication | ||
SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
GR01 | Patent grant | ||
GR01 | Patent grant |