CN107586292A - 化合物、其制备方法、荧光染料和荧光探针 - Google Patents

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CN107586292A
CN107586292A CN201710771689.1A CN201710771689A CN107586292A CN 107586292 A CN107586292 A CN 107586292A CN 201710771689 A CN201710771689 A CN 201710771689A CN 107586292 A CN107586292 A CN 107586292A
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龙威
张焜
卢宇靖
王聪
蔡森源
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Abstract

本发明提供了一种化合物如式(I)所示:其中,R1与R2各自独立地选自H或式(II)所示的基团,且至少一个为式(II)所示的基团;R3选自H、F、Cl、Br、OH、OCH3、N(CH3)2或C1~C6的烷基;R4选自C1~C6的烷基。与现有的嵌入式荧光探针,本发明提供的荧光探针由于具有较大的电子共轭体系和平面,探针分子内的电荷转移效应的强弱可以影响分子的荧光发射强度,当与G‑四链体,RNA发生特异性的结合后,分子内的可转动的双键的柔性受到限制,使分子内电荷转移效应增强,从而荧光强度增强。本发明的荧光探针无生物毒性、光毒性和荧光淬灭,同时,其水溶性和细胞通透性也大幅提升,在检测方面有强的结合常数,极低的检测限。

Description

化合物、其制备方法、荧光染料和荧光探针
技术领域
本发明涉及核酸检测技术领域,尤其是涉及一种化合物、其制备方法、荧光染料和荧光探针。
背景技术
荧光染料是一种广泛使用的荧光标示剂,具有检测速度快,重复性好,用量少以及无辐射等优点。常用于细胞标记的荧光染料,按照荧光染料,探针分子标记细胞的方式可分为:一类是含有活性基团的荧光探针,它们与被标记物质发生键合作用,如罗丹明类,荧光素类,吖啶和二苯乙烯类等;另一类是嵌入式荧光探针,其与核酸的作用方式是以亲和力插入核酸的结构中,如噻唑橙(TO),噁唑黄(YO)系列的菁染料,它们在没有与核酸结合时不发光,检测时没有背景干扰,这是传统染料所缺乏的。当与DNA结合后,尤其与ds-DNA结合时,其荧光强度增大到1000倍以上;与RNA结合时,其荧光强度增加到3000倍以上,而且该染料对肿瘤细胞比对正常细胞更具有亲和力,有希望在肿瘤细胞早期标记中得到广泛运用。
G-四链体(G-quadruplex)是一种特殊的核酸二级结构。人类基因组中很多富鸟嘌呤区域具有形成这一结构的能力,包括端粒末端鸟嘌呤重复序列,以及多种基因的启动子区域,如c-kit、c-myc、c-myb、Bcl-2、Pdgf、Hras、Vegf、Rb和胰岛素基因等。G-四链体结构具有多态性,链的数量和取向、loop的连接方式以及鸟嘌呤的糖苷扭转角以及与羰基负电中心配位的金属离子等多方面决定了G-四链体的类型和构象,这些差异性也为蛋白和小分子化合物提供了多个识别位点。根据链的取向不同,G-四链体分为正平行,反平行与混合型三种构象。
G-四链体结构的形成对于体内的一系列生理过程都存在调控作用。研究证明,某些启动子区域的G-四链体结构会显著影响基因的转录和翻译水平,因此G-四链体结构被认为是起到分子开关的功能,其形成和拆散可能涉及到信号传导、细胞凋亡和细胞增殖等一系列体内重要的生理过程。所以,在体内或者体外试验中,能够特异性地检测出G-四链体结构的存在或者形成,对于研究G-四链体结构的相关生物学功能以及开发以G-四链体结构为靶点的抗癌药物等方面都具有非常重要的作用。
随着生物技术的发展,对于核酸标记的要求越来越高,以往通过同位素效应来进行DNA分子测序的方法已经无法满足需求,而荧光标记作为一种具有检测速度快、重复性好、用样量少、无辐射等优点的标记技术受到广泛重视,并取得迅速发展。目前噻唑橙(TO),噁唑黄(YO)系列的菁染料与核酸结合后荧光强度增强1000倍以上,但是这类染料还可以进行结构设计优化和选择,合成出荧光强度更高的嵌入式荧光探针。我们在噻唑橙(TO)基础上合成出来的一系列噻唑橙(TO)衍生物荧光探针与核酸结合后荧光强度增强了10000倍以上,且我们设计出的荧光探针有着快速,灵敏,微量和无荧光猝灭等优点,在肿瘤细胞早期标记,研究G-四链体DNA结构在细胞内的分部和生物功能机理中有着重要的意义。
发明内容
有鉴于此,本发明要解决的技术问题在于提供一种对核酸具有较高的荧光响应的化合物及其制备方法。
本发明提供了一种化合物,如式(I)所示:
其中,R1与R2各自独立地选自H或式(II)所示的基团,且至少一个为式(II)所示的基团;
R3选自H、F、Cl、Br、OH、OCH3、N(CH3)2或C1~C6的烷基;
R4选自C1~C6的烷基;
R5选自芳香仲胺、环仲胺或直链仲胺;R6选自H或C1~C6的烷基。
优选的,所述R5具有如式(VI)~(IX)所示结构:
其中,R12~R16优选各自独立选自H、F、Cl、Br、OH、OCH3、C1~C6的烷基、C3~C6的环烷基。
优选的,所述式(I)所示的化合物为如下所示结构:
本发明提供了一种化合物的制备方法,包括:
将式(II)所示的化合物与式(II)所示的基团反应,得到式(I)所示的化合物;
其中,R1与R2各自独立地选自H或芳香胺基团,且至少一个为芳香胺基团;
R3选自H、F、Cl、Br、OH、OCH3、N(CH3)2或C1~C6的烷基;
R4选自C1~C6的烷基;
R7与R8各自独立地选自H或CH3,且不同时为H,且不能同时为CH3
优选的,所述式(III)所示的化合物按照以下方法制备:
将式(IV)所示的化合物与烷基碘反应,得到式(III)所示的化合物;
其中,R3选自H、F、Cl、Br、OH、OCH3、N(CH3)2或C1~C6的烷基;
R9与R10各自独立地选自H或CH3,且不同时为H,且不同时为CH3
所述烷基碘中烷基的碳原子数为1~6。
优选的,所述式(II)所示的化合物按照以下方法制备:
将式(V)所示的化合物与芳香仲胺、环仲胺或直链仲胺反应,得到式(II)所示的化合物;
其中,R6各自独立选自H或C1~C6的烷基;
R5选自芳香仲胺、环仲胺或直链仲胺;;R11选自H、F、Cl、Br、OH、OCH3、C1~C6的烷基、C3~C6的环烷基。
本发明还提供了上述化合物或上述技术方案所制备的化合物在制备荧光染料中的应用。
本发明还提供了一种荧光染料,由上述技术方案所述的化合物或上述技术方案所制备的化合物制备得到。
本发明还提供了上述化合物或上述技术方案所制备的化合物在制备荧光探针中的应用。
本发明还提供了一种荧光探针,其特征在于,包括探针序列和荧光基团,所述荧光基团为上述化合物或上述技术方案所制备的化合物。
与现有技术相比,本发明提供了一种化合物如式(I)所示:其中,R1与R2各自独立地选自H或式(II)所示的基团,且至少一个为式(II)所示的基团;R3选自H、F、Cl、Br、OH、OCH3、N(CH3)2或C1~C6的烷基;R4选自C1~C6的烷基。与现有的嵌入式荧光探针,如噻唑橙(TO)相比,本发明提供的荧光探针由于具有较大的电子共轭体系和平面,探针分子内的电荷转移效应的强弱可以影响分子的荧光发射强度,当与G-四链体,RNA发生特异性的结合后,分子内的可转动的双键的柔性受到限制,使分子内电荷转移效应增强,从而荧光强度增强。本该类探针的分子结构的柔性的共轭平面,具有可以转动的键,使其可以比较容易堆积在G-四链体,单链RNA,双链DNA的平面上,进而与G-四链体DNA,RNA,双链DNA具有较强的作用力。本发明提供的荧光探针比噻唑橙(TO)对G-四链体DNA的荧光强度增强10~15倍,对RNA的荧光强度增强8~12倍,且对双链DNA和单链DNA也有着比噻唑橙(TO)更好的荧光响应。尤为重要的是本发明的荧光探针无生物毒性、光毒性和荧光淬灭,同时,其水溶性和细胞通透性也大幅提升,在检测方面有强的结合常数,极低的检测限;并且具有反应灵敏快速等特点。
附图说明
图1是本发明实施例13中得到的化合物I-8与DS26、DS12、Ckit2、Pu27、Telo21、dt21、4a4t、4at八种核酸在1:1浓度下的荧光谱图;
图2是本发明实施例13中得到的化合物I-8(右图)与噻唑橙(左图)在相同浓度下滴定G-四链体DNA(pu27)的荧光谱图;
图3是本发明实施例13中得到的化合物I-8滴定G-四链体DNA(pu27)的荧光光谱中C与F-F0)/F0拟合的曲线图;
图4是本发明实施例13中得到的化合物I-8与双链DNA(Ds12、Ds26)、G-四链体(Pu27、Telo21、Ckit2)的聚丙酰胺凝胶电泳图;
图5是本发明实施例13、14、15的化合物I-8、I-9、I-10和噻唑橙(TO),染料DAPI染PC3细胞和I-8与染料DAPI复染PC3细胞的成像图。
具体实施方式
下面将结合本发明实施例,对本发明实施例中的技术方案进行清楚、完整地描述,显然,所描述的实施例仅仅是本发明一部分实施例,而不是全部的实施例。基于本发明中的实施例,本领域普通技术人员在没有做出创造性劳动前提下所获得的所有其他实施例,都属于本发明保护的范围。
本发明提供了一种化合物,如式(I)所示:
其中,R1与R2各自独立地选自H或式(II)所示的基团,且至少一个为式(II)所示的基团;
R3选自H、F、Cl、Br、OH、OCH3、N(CH3)2或C1~C6的烷基;优选选自H、F、Cl、Br、OH、OCH3、N(CH3)2或C1~C4的烷基,更优选选自H、F、Cl、Br、OH、OCH3、N(CH3)2或C1~C2的烷基;
R4选自C1~C6的烷基;优选为C1~C4的烷基,更优选为C1~C3的烷基,再优选为C1~C2的烷基。
按照本发明,所述式(II)所示的基团如下所示:
其中,R5选自芳香仲胺、环仲胺或直链仲胺;R6选自H或C1~C6的烷基;更优选为C1~C3的烷基,再优选为C1~C2的烷基。
本发明对于所述芳香仲胺、环仲胺或直链仲胺不进行限定每本领域技术人员熟知的即可;
按照本发明,所述芳香仲胺优选为式(VI)、式(VII)所示结构;
所述环仲烷胺优选为式(IX)所示结构;所述直链仲胺优选为式(VIII)所示结构;
其中,R12~R16优选各自独立选自H、F、Cl、Br、OH、OCH3、C1~C6的烷基、C3~C6的环烷基;更优选选自H、F、Cl、Br、OH、OCH3、或C1~C2的烷基。
在本发明中,所述式(I)所示的化合物优选为如下所示结构:
本发明提供的荧光探针由于具有较大的电子共轭体系和平面,探针分子内的电荷转移效应的强弱可以影响分子的荧光发射强度,当与G-四链体结构,RNA结构发生特异性的作用后,分子内的可转动的双键的柔性受到限制,使分子内电荷转移效应增强,从而荧光强度增强。本该类探针的分子结构的柔性的共轭平面,具有可以转动的键,使其可以比较容易堆积在G-四链体,单链RNA,双链DNA的平面上,进而与G-四链体,单链RNA,双链DNA具有较强的作用力,同时与其他二级结构的单链DNA作用相对较弱,因此通过检测,本发明提供的一系列荧光探针比噻唑橙(TO)对G-四链体的荧光强度增强10~15倍,对RNA的荧光强度增强8~12倍,且对双链DNA和单链DNA也有着比噻唑橙(TO)更高的荧光强度,并且本发明提供的荧光探针具有较低的生物毒性、光毒性和光漂白性,光稳定性较好,也具有良好的水溶性和良好的细胞膜通透性,其检测快速,微量,灵敏,无荧光猝灭。
本发明提供了一种化合物的制备方法,包括:
将式(III)所示的化合物与式(II)所示的基团反应,得到式(I)所示的化合物;
其中,R1与R2各自独立地选自H或芳香胺基团,且至少一个为芳香胺基团;
R3选自H、F、Cl、Br、OH、OCH3、N(CH3)2或C1~C6的烷基;
R4选自C1~C6的烷基;
R7与R8各自独立地选自H或CH3,且不同时为H,且不能同时为CH3
其中,所述R1~R8均同上所述,在此不再赘述。
按照本发明,所述式(III)所示的化合物按照以下方法制备:
将式(IV)所示的化合物与烷基碘反应,得到式(III)所示的化合物;
其中,R3选自H、F、Cl、Br、OH、OCH3、N(CH3)2或C1~C6的烷基;
R9与R10各自独立地选自H或CH3,且不同时为H,且不同时为CH3
所述烷基碘中烷基的碳原子数为1~6,优选为1~4,更优选为1~3,再优选为1~2。
将式(IV)所示的化合物与烷基碘反应;所述式(IV)所示的化合物与烷基碘的摩尔比优选为1:(1~10),更优选为1:(3~8),再优选为1:(4~8),最优选为1:6;所述反应的温度优选为60℃~80℃,更优选为70℃~80℃,再优选为70℃;所述反应的时间优选为4~10h,更优选为4~8h,再优选为6~8h,最优选为7h;该反应优选在有机溶剂中进行,所述有机溶剂为本领域技术人员熟知的有机溶剂即可,并无特殊的限制,本发明中优选为环丁砜。反应结束后,优选加入无水乙醚振荡,抽滤,固体用无水乙醚洗涤后,得到式(III)所述的化合物。
按照本发明,式(II)所示的芳香胺基团如下所示:
其中,R5选自芳香仲胺、环仲胺或直链仲胺;R6选自H或C1~C6的烷基;更优选为C1~C3的烷基,再优选为C1~C2的烷基。
本发明对于所述芳香仲胺、环仲胺或直链仲胺不进行限定每本领域技术人员熟知的即可;
按照本发明,所述芳香仲胺优选为式(VI)、式(VII)所示结构;
所述环仲烷胺优选为式(IX)所示结构;所述直链仲胺优选为式(VIII)所示结构;
其中,R12~R16优选各自独立选自H、F、Cl、Br、OH、OCH3、C1~C6的烷基、C3~C6的环烷基;更优选选自H、F、Cl、Br、OH、OCH3、或C1~C2的烷基。
按照本发明,所述式(II)所示的基团按照以下方法制备:
将式(V)所示的化合物与芳香仲胺、环仲胺或直链仲胺反应,得到式(II)所示的化合物;
其中,R6各自独立选自H或C1~C6的烷基;
R5选自芳香仲胺、环仲胺或直链仲胺;;R11选自H、F、Cl、Br、OH、OCH3、C1~C6的烷基、C3~C6的环烷基。
按照本发明,所述式(V)所示的化合物与芳香仲胺、环仲胺或直链仲胺的摩尔比优选为1:(1~10),更优选为1:(4~8),再优选为1:(6~8)。
分别制备得到式(III)所示的化合物以及芳香胺后,在本发明中,式(III)所示的化合物与芳香胺反应的摩尔比优选为1:(1~10),更优选为1:(1~4),再优选为1:1;反应温度优选为10℃~60℃,更优选为20℃~50℃,再优选为40℃;所述反应的时间优选为10~50h,更优选为15~40h,再优选为36h;该反应优选在有机溶剂中进行,所述有机溶剂为本领域技术人员熟知的有机溶剂即可,并无特殊的限制,本发明中优选为极性溶剂,更优选为甲醇。
反应结束后,优选冷却后抽滤,用乙酸乙酯溶液洗涤,得到式(I)所示化合物。
本发明还提供了上述化合物或上述技术方案所制备的化合物在制备荧光染料中的应用。
本发明还提供了一种荧光染料,由上述技术方案所述的化合物或上述技术方案所制备的化合物制备得到。
本发明还提供了上述化合物或上述技术方案所制备的化合物在制备荧光探针中的应用。
本发明还提供了一种荧光探针,其特征在于,包括探针序列和荧光基团,所述荧光基团为上述化合物或上述技术方案所制备的化合物。
本发明提供的荧光探针制备方法简单,易得,并且结构稳定,便于储存;该荧光探针具有较低的生物毒性、光毒性和光漂白性,且光稳定性佳,具有良好的水溶性和良好的细胞膜通透性;且该荧光探针的光谱范围十分广泛且荧光强度很高,在相同浓度下用该探针与噻唑橙测量相同的核酸的荧光滴定值,发现该探针测量核酸的荧光强度和噻唑橙测量核酸的荧光强度相比较有很大的提高(10~15倍)。用简单的荧光光谱仪,甚至只需普通紫外灯照射下,肉眼观察就可以识别出核酸样品的荧光强度的强弱,快捷,操作简便,成本低廉,并且可以实现实地检测。
本发明提供了一种化合物如式(I)所示:其中,R1与R2各自独立地选自H或式(II)所示的基团,且至少一个为式(II)所示的基团;R3选自H、F、Cl、Br、OH、OCH3、N(CH3)2或C1~C6的烷基;R4选自C1~C6的烷基。与现有的嵌入式荧光探针,如噻唑橙(TO)相比,本发明提供的荧光探针由于具有较大的电子共轭体系和平面,探针分子内的电荷转移效应的强弱可以影响分子的荧光发射强度,当与G-四链体,RNA发生特异性的结合后,分子内的可转动的双键的柔性受到限制,使分子内电荷转移效应增强,从而荧光强度增强。本该类探针的分子结构的柔性的共轭平面,具有可以转动的键,使其可以比较容易堆积在G-四链体,单链RNA,双链DNA的平面上,进而与G-四链体DNA,RNA,双链DNA具有较强的作用力。本发明提供的荧光探针比噻唑橙(TO)对G-四链体DNA的荧光强度增强10~15倍,对RNA的荧光强度增强8~12倍,且对双链DNA和单链DNA也有着比噻唑橙(TO)更好的荧光响应。尤为重要的是本发明的荧光探针无生物毒性、光毒性和荧光淬灭,同时,其水溶性和细胞通透性也大幅提升,在检测方面有强的结合常数,极低的检测限;并且具有反应灵敏快速等特点。
为了进一步说明本发明,以下结合实施例对本发明提供的锂离子电池正极材料进行详细描述。
以下实施例中所用的试剂均为市售。
实施例1:化合物1a的合成
往25ml圆底烧瓶里称取4-氯二甲基喹啉0.2g(1.130mmol),加入6倍摩尔量的碘甲烷约1.2g,环丁砜5.0ml,将混合物加热到60℃,反应6个小时后,冷却,加入乙酸乙酯后震荡,抽滤,固体用乙酸乙酯洗涤,真空干燥后称重,薄层色谱法初步表明没有副产物,得到1.82g纯品1a,化学结构式如下,产率为88.6%。
利用核磁共振对实施例1中得到的化合物1a进行分析,得到其核磁共振氢谱结果:1H NMR(400MHz,DMSO)δ8.67(d,J=9.0Hz,1H),8.58–8.50(m,2H),8.33(ddd,J=8.7,7.1,1.3Hz,1H),8.11(dd,J=13.4,5.7Hz,1H),4.43(s,3H),3.07(s,3H)。
利用质谱仪对实施例1中得到的化合物1a进行分析,得到其质谱结果:ESI-MS m/z:192.6[M+H]+
实施例2:化合物1b的合成
本实施例的制备方法除了用4-氯喹啉代替4-氯二甲基喹啉外,其余同实施例1,为红褐色固体,化学结构式如下,产率为90.5%。
利用核磁共振对实施例2中得到的化合物1b进行分析,得到其核磁共振氢谱结果:1H NMR(400MHz,DMSO)δ9.12(d,J=6.1Hz,1H),8.87(d,J=6.1Hz,1H),8.50(dd,J=13.4,7.6Hz,2H),8.37–8.28(m,1H),8.13(t,J=7.7Hz,1H),4.55(s,3H)。
利用质谱仪对实施例2中得到的化合物1b进行分析,得到其质谱结果:ESI-MS m/z:178.04[M+H]+
实施例3:化合物1c的合成
往25ml圆底烧瓶里称取2-甲基苯并噻唑0.4g(1.56mmol),1,3-二溴丙烷0.4ml(2mmol),为粉白色色固体,将混合物加热到100℃,反应12个小时后,冷却,加入乙酸乙酯后震荡,抽滤,固体用乙酸乙酯洗涤,真空干燥后称重,薄层色谱法初步表明没有副产物,化学结构式如下,纯品1c,产率为98.2%。
利用核磁共振对实施例3中得到的化合物1c进行分析,得到其核磁共振氢谱结果:1HNMR(400MHz,DMSO)δ8.67(d,J=9.0Hz,1H),8.57–8.51(m,2H),8.33(ddd,J=8.7,7.1,1.3Hz,1H),8.12(t,J=7.7Hz,1H),4.43(s,3H),3.07(s,3H)。
利用质谱仪对实施例3中得到的化合物1c进行分析,得到其质谱结果:ESI-MS m/z:269.9[M+H]+
实施例4:化合物2a的合成
称取0.200g(1.03mmol)的1a于25ml的圆底烧瓶中,加入1倍摩尔量的1c 0.280g、甲醇5.0ml、碳酸氢钠1ml,在40℃下反应5个小时,冷却后抽滤,用乙酸乙酯和冰水配置的混合溶液洗涤固体,真空干燥称重后得0.384g,为红色固体即为化合物2a,其结构式如下,产率90.1%。
利用核磁共振对实施例4中得到的化合物2a进行分析,得到其核磁共振氢谱结果:1H NMR(400MHz,DMSO)δ8.83–8.66(m,1H),8.21(d,J=8.6Hz,1H),8.07–7.94(m,2H),7.82–7.69(m,2H),7.61(t,J=7.7Hz,1H),7.50–7.33(m,2H),6.85(s,1H),4.64(d,J=22.7Hz,2H),4.09(s,3H),3.88–3.72(m,2H),2.85(d,J=27.9Hz,3H),2.35(d,J=6.6Hz,2H)。
利用质谱仪对实施例4中得到的化合物2a进行分析,得到其质谱结果:ESI-MS m/z:425.10[M+H]+
实施例5:化合物2b的合成
本实施例的制备方法除了用1b代替1a外,其余同实施例4,产物为暗红色固体即为化合物2b,其结构式如下,产率为90.1%。
利用核磁共振对实施例5中得到的化合物2b进行分析,得到其核磁共振氢谱结果:1H NMR(400MHz,DMSO)δ8.83–8.69(m,1H),8.13(d,J=8.6Hz,1H),8.05–7.89(m,2H),7.82–7.71(m,2H),7.59-7.51(t,J=7.7Hz,1H),7.50–7.25(m,2H),6.88(s,1H),4.72(d,J=22.7Hz,2H),4.12(s,3H),3.98–3.76(m,2H),2.16(d,J=6.6Hz,2H)。
利用质谱仪对实施例5中得到的化合物2b进行分析,得到其质谱结果:ESI-MS m/z:411.05[M+H]+
实施例6:化合物I-1的合成
往25ml圆底烧瓶里称取2a 0.200g(0.469mmol),吗啡啉0.2ml(2.3mmol).二甲基亚砜0.5ml,在40℃反应48小时,冷却后用乙酸乙酯抽滤,真空干燥称重后得0.170g,为暗红色固体即为化合物I-1,其结构式如下,产率为83.9%。
利用核磁共振对实施例6中得到的化合物I-1进行分析,得到其核磁共振氢谱结果:1H NMR(400MHz,DMSO)δ11.52–11.49(m,1H),8.68(d,J=8.2Hz,1H),8.16(d,J=8.8Hz,1H),7.99(t,J=8.4Hz,2H),7.75(t,J=8.0Hz,2H),7.58(t,J=7.5Hz,1H),7.38(t,J=7.6Hz,1H),7.33(s,1H),6.86(s,1H),4.62(t,J=6.6Hz,2H),4.05(s,3H),3.78(dd,J=14.1,9.3Hz,1H),3.54–3.40(m,4H),3.18–3.06(m,1H),2.86(s,3H),2.46–2.32(m,2H),2.24(s,4H),2.07–1.90(m,2H).
利用质谱仪对实施例6中得到的化合物I-1进行分析,得到其质谱结果:ESI-MS m/z:432.31[M+H]+.
实施例7:化合物I-2的合成
本实施例的制备方法除了用二乙胺代替吗啡啉外,其余同实施例6,产物为暗红色即为化合物I-2,其结构式为如下,产率为92.5%。
利用核磁共振对实施例7中得到的化合物I-2进行分析,得到其核磁共振氢谱结果:1H NMR(400MHz,DMSO)δ9.16(s,1H),8.79(d,J=7.9Hz,1H),8.23(d,J=8.8Hz,1H),8.01(dd,J=14.6,8.5Hz,2H),7.86–7.72(m,2H),7.63(t,J=7.5Hz,1H),7.41(dd,J=13.6,5.7Hz,2H),6.87(s,1H),4.67(s,2H),4.15–4.05(m,3H),3.18(d,J=23.6Hz,4H),2.94–2.85(m,3H),2.14(s,2H),1.24(d,J=26.4Hz,6H)。
利用质谱仪对实施例7中得到的化合物I-2进行分析,得到其质谱结果:ESI-MS m/z:418.23[M+H]+
实施例8:化合物I-3的合成
本实施例的制备方法除了用吡咯代替吗啡啉外,其余同实施例7,产物为暗红色即为化合物I-3,其结构式为如下,产率为92.6%。
利用核磁共振对实施例8中得到的化合物I-3进行分析,得到其核磁共振氢谱结果:1H NMR(400MHz,DMSO)δ8.61(d,J=8.2Hz,1H),8.16(d,J=8.7Hz,1H),8.05–7.92(m,2H),7.73(dd,J=14.3,7.7Hz,2H),7.58(t,J=7.5Hz,1H),7.39(t,J=7.6Hz,1H),7.31(s,1H),6.96(s,1H),4.61(t,J=6.5Hz,2H),4.05(s,3H),2.88(d,J=13.7Hz,3H),2.33(d,J=22.6Hz,4H),1.99(dd,J=12.5,6.2Hz,2H),1.65(s,4H).
利用质谱仪对实施例8中得到的化合物I-3进行分析,得到其质谱结果:ESI-MS m/z:416.26[M+H]+
实施例9:化合物I-4的合成
本实施例的制备方法除了用哌啶代替吗啡啉外,其余同实施例6,产物为暗红色即为化合物I-4,其结构式为如下,产率为92.5%。
利用核磁共振对实施例9中得到的化合物I-4进行分析,得到其核磁共振氢谱结果:1H NMR(400MHz,DMSO)δ8.67(d,J=8.3Hz,1H),8.17(d,J=8.8Hz,1H),8.08–7.90(m,2H),7.75(t,J=8.1Hz,2H),7.58(t,J=7.8Hz,1H),7.38(dd,J=15.2,7.6Hz,2H),6.87(s,1H),4.61(t,J=6.7Hz,2H),4.06(s,3H),2.88(d,J=11.0Hz,3H),2.34(t,J=6.1Hz,2H),2.19(d,J=22.3Hz,4H),2.05–1.89(m,2H),1.36(dd,J=27.4,4.5Hz,6H)。
利用质谱仪对实施例9中得到的化合物I-4进行分析,得到其质谱结果:ESI-MS m/z:430.26[M+H]+
实施例10:化合物I-5的合成
本实施例的制备方法除了用4-甲基哌啶代替吗啡啉外,其余同实施例6,产物为暗红色即为化合物I-5,其结构式为如下,产率为90.8%。
利用核磁共振对实施例10中得到的化合物I-5进行分析,得到其核磁共振氢谱结果:1H NMR(400MHz,DMSO)δ8.67(d,J=8.3Hz,1H),8.18(d,J=8.7Hz,1H),8.00(t,J=7.7Hz,2H),7.75(t,J=7.6Hz,2H),7.59(t,J=7.8Hz,1H),7.40(t,J=7.6Hz,1H),7.34(s,1H),6.87(s,1H),4.60(t,J=6.5Hz,2H),4.07(s,3H),2.88(s,3H),2.70(d,J=9.9Hz,2H),2.36(s,2H),2.07–1.92(m,2H),1.79(t,J=10.6Hz,2H),1.49(d,J=11.7Hz,2H),1.23(d,J=24.7Hz,1H),1.00(dt,J=24.0,12.0Hz,2H),0.84(d,J=6.5Hz,3H)。
利用质谱仪对实施例10中得到的化合物I-5进行分析,得到其质谱结果:ESI-MSm/z:444.25[M+H]+.
实施例11:化合物I-6的合成
往25ml圆底烧瓶里称取2b 0.200g(0.478mmol),吗啡啉0.2ml(2.3mmol).二甲基亚砜0.5ml,在40℃反应48小时,冷却后用乙酸乙酯抽滤,真空干燥称重后得0.175g,为鲜红色固体即为化合物I-6,其结构式如下,产率为87.3%。
利用核磁共振对实施例11中得到的化合物I-6进行分析,得到其核磁共振氢谱结果:1H NMR(400MHz,DMSO)δ8.73(d,J=8.4Hz,1H),8.61(d,J=7.2Hz,1H),8.12–7.97(m,3H),7.79(dd,J=18.4,8.5Hz,2H),7.61(t,J=7.8Hz,1H),7.39(dt,J=12.4,6.4Hz,2H),6.96(s,1H),4.75–4.63(m,2H),4.17(s,3H),3.44(s,4H),2.44–2.31(m,2H),2.21(s,4H),2.09–1.94(m,2H).
利用质谱仪对实施例11中得到的化合物I-6进行分析,得到其质谱结果:ESI-MSm/z:418.20[M+H]+
实施例12:化合物I-7的合成
本实施例的制备方法除了用二乙胺代替吗啡啉外,其余同实施例11,产物为鲜红色即为化合物I-7,其结构式为如下,产率为90.8%。
利用核磁共振对实施例12中得到的化合物I-7进行分析,得到其核磁共振氢谱结果:1H NMR(400MHz,DMSO)δ8.68(d,J=8.5Hz,1H),8.63(d,J=7.2Hz,1H),8.14–7.95(m,3H),7.85–7.72(m,2H),7.61(t,J=7.8Hz,1H),7.41(dd,J=14.9,7.3Hz,1H),7.36(d,J=7.1Hz,1H),7.01(d,J=18.4Hz,1H),4.61(t,J=7.1Hz,2H),4.18(s,3H),2.06–1.81(m,2H),0.96(t,J=7.0Hz,6H).
利用质谱仪对实施例12中得到的化合物I-7进行分析,得到其质谱结果:ESI-MSm/z:404.26[M+H]+
实施例13:化合物I-8的合成
本实施例的制备方法除了用吡咯代替吗啡啉外,其余同实施例11,产物为鲜红色即为化合物I-8,其结构式为如下,产率为92.5%。
利用核磁共振对实施例13中得到的化合物I-8进行分析,得到其核磁共振氢谱结果:1H NMR(400MHz,DMSO)δ8.67(d,J=8.4Hz,1H),8.62(d,J=7.2Hz,1H),8.14–7.96(m,3H),7.79(dd,J=7.5,5.7Hz,2H),7.61(t,J=7.8Hz,1H),7.42(t,J=7.6Hz,1H),7.37(d,J=7.1Hz,1H),7.06(s,1H),4.67(t,J=6.5Hz,2H),4.17(s,3H),2.37(s,4H),2.11–1.91(m,2H),1.65(s,4H).
利用质谱仪对实施例13中得到的化合物I-8进行分析,得到其质谱结果:ESI-MSm/z:404.20[M+H]+
实施例14:化合物I-9的合成
本实施例的制备方法除了用哌啶代替吗啡啉外,其余同实施例12,产物为鲜红色即为化合物I-9,其结构式为如下,产率为92.5%。
利用核磁共振对实施例14中得到的化合物I-9进行分析,得到其核磁共振氢谱结果:1H NMR(400MHz,DMSO)δ8.70(d,J=8.3Hz,1H),8.19(d,J=8.8Hz,1H),8.09–7.92(m,2H),7.759(t,J=8.1Hz,2H),7.59(t,J=7.8Hz,1H),7.40(dd,J=15.2,7.6Hz,2H),6.92(s,1H),4.71(t,J=6.7Hz,2H),4.16(s,3H),2.24(t,J=6.1Hz,2H),2.09(d,J=22.3Hz,4H),2.04–1.89(m,2H),1.29(dd,J=27.4,4.5Hz,6H)。
利用质谱仪对实施例14中得到的化合物I-9进行分析,得到其质谱结果:ESI-MSm/z:416.22[M+H]+
实施例15:化合物I-10的合成
本实施例的制备方法除了用4-甲基哌啶代替吗啡啉外,其余同实施例11,产物为鲜红色即为化合物I-10,其结构式为如下,产率为92.5%。
利用核磁共振对实施例15中得到的化合物I-10进行分析,得到其核磁共振氢谱结果:1H NMR(400MHz,DMSO)δ8.86(d,J=8.4Hz,1H),8.72(t,J=11.7Hz,1H),8.08(dt,J=12.8,8.6Hz,3H),7.89–7.77(m,2H),7.64(t,J=7.7Hz,1H),7.44(t,J=8.0Hz,2H),6.93(s,1H),4.72(s,2H),4.21(d,J=13.5Hz,3H),3.03–2.77(m,3H),2.24(s,2H),1.74(dd,J=35.9,19.3Hz,4H),1.34–1.24(m,2H),0.91(t,J=6.5Hz,4H)。
利用质谱仪对实施例15中得到的化合物I-10进行分析,得到其质谱结果:ESI-MSm/z:430.23[M+H]+
实施例16:核酸荧光滴定强度对比性
DNA配置:DNA样品购自Invitrogen生物技术有限公司。将DNA适量溶于Tris-HCl的缓冲液中(PH=7.4,100mMtris,60mMKCl)或者Tris-HAc缓冲中(PH=5.5,100mM Tris,60mMKCl),超微量紫外定容,在95℃下加热5min后缓慢冷却退火到室温作为储存液,4℃储存;表1为DNA序列。
将5mM的本发明制备的化合物储备液I-1~I-10稀释成0.25μM的浓度,再加入不同种类的核酸用荧光分光光度计(狭缝宽度=10,扫描速度=200nm,Ex=531nm)测出其各自的荧光强度,发现这一系类化合物与G-四链体DNA,双链DNA的结合之后荧光强度比同浓度的噻唑橙(TO)荧光强度高10~15倍。
图1为实施例13中得到的化合物2e和噻唑橙(TO)在相同浓度下与ds26、ds12、ckit2、pu27、telo21、dt21、4a4t、4at、RNA九种核酸在1:1浓度下的荧光谱图;其中1为双链4a4t,2为单链dt21,3为双链4at,4为G-四链体Telo21,5为双链ds26,6为双链ds12,7为G-四链体ckit2,8为G-四链体pu27,9为单链RNA。
表1DNA序列
Ds26 CAATCGGATCGAATTCGATCCGATTG
Ds12 GCGCAATTGCGC
Ckit2 GGGCGGGCGCGAGGGAGGGG
Pu27 TGGGGAGGGTGGGGAGGGTGGGGAAGG
Telo21 GGGTTAGGGTTAGGGTTAGGG
Dt21 TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT
4a4t AAAATTTT
4at ATATATATATAT
RNA 从酵母中提取的天然核酸
实施例17:I-8,噻唑橙(TO)对G-四链体DNA(pu27)的荧光滴定的测定
将5mM的化合物储备液稀释成0.25uM的浓度,放置于荧光分光光度计中,逐渐增加溶液中不同核酸的浓度,并进行荧光强度测定。测定条件为:狭缝宽度10nm,扫描速度200nm/min,激发波长490-510nm。
图2为实施例13中得到的化合物I-8和噻唑橙(TO)在相同浓度0.25μM下滴定G-四链体DNA(pu27)的荧光谱图对比图;图2由左到右分别为:噻唑橙(TO),化合物I-8;图2左边由下至上G-四链体DNA(pu27)的浓度范围为0~1.144mM;图2左边由下至上G-四链体DNA(pu27)的浓度范围为0~2.574mM。
图3为实施例13中得到的化合物I-8滴定G-四链体DNA(Pu27)的荧光光谱中C与F-F0)/F0拟合的曲线图。
实施例18:核酸凝胶电泳实验
电泳缓冲液与溶液的配置:用27gTris,13.5g硼酸和2.0811g EDTA得到5×TBE电泳缓冲液、10%的过硫酸铵溶液:将29g丙烯酰胺和1gN,N’-亚甲基双烯酰胺定容到100ml后得到29%丙烯酰胺加1%N,N’-亚甲基双烯酰胺溶液。
制胶;将上述配置的溶液按一定的配比制成胶体溶液,混匀后打进夹板中,然后放入梳子,完成后静置至胶成型。
配样;配置含有loading buffer的DNA浓度为30μM,加入到well中。
跑胶;将上述溶液加入到胶板跑道中,将其放入电泳槽中,用1×TBE溶液作为电泳液,45伏电压跑胶1h,然后用100伏电压跑胶2.5h。
凝胶成像;将跑完后的胶用1μM的化合物染色,放置在摇床上20min,最后放入凝胶成像仪中拍照。
上样与电泳。
图4左图为实施例13中得到的化合物I-8(1μM)与双链DNA(Ds26、DS12)、和G-四链体(Ckit2、Pu27、Telo21)的聚丙酰胺凝胶电泳图。右图为噻唑橙(1μM)与双链DNA(Ds26、DS12)、和G-四链体(Ckit2、Pu27、Telo21)的聚丙酰胺凝胶电泳图。
实施例19:细胞成像实验
培养细胞:将前列前癌细胞PC3细胞接种于培养瓶后,使用10%胎牛血DMEM培养基,37℃、5%CO2环境中培养12-72h。
接种细胞:将细胞接种于6孔板中,使细胞的密度约为2×105个/mL,然后在37℃、5%CO2环境中培养12-72h。
染色:弃去细胞培养液中的培养基,用预冷的1×PBS洗3次,然后加入1mL1μM的化合物然后在37℃、5%CO2环境中放置15min。
固定:弃去上步6孔板中的化合物溶液,用预冷的1×PBS洗3次,然后再加入预冷的甲醇1.5mL常温避光放置10min,最后弃去甲醇并再用预冷的1×PBS洗3次,每次浸泡5min。
4',6-二脒基-2-苯基吲哚(DAPI)染色:在上述6孔板中加入1μM的DAPI溶液1mL并37℃放置10min,然后再用预冷的1×PBS洗6次,每次浸泡5min。
激光共聚焦显微镜检测:检测过程中,DAPI选用蓝光,化合物选用红光。
图5为实施例13~实施例15中得到的化合物I-8、I-9、I-10、染料DAPI染PC3细胞和I-8、I-9、I-10与染料DAPI复染PC3细胞的成像图。
实施例20:检测限的测定
将5mM的本发明得到的化合物储备液稀释成100nM的浓度,再在荧光分光光度计(狭缝宽度=10,扫描速度=200nm,Ex=500nm)扫描,然后,用pu27G-四链体DNA进行荧光滴定,直至荧光强度不再增加。
检测限的计算公式:LOD=K×Sb/m
LOD(化合物的结合常数),m是浓度C与(F-F0)/F0的所做直线的斜率,Sb为用仪器空白多次测量的标准偏差,K值按照国际纯粹和应用化学联合会建议通常取为3。
a化合物的浓度为0.25μM。b化合物的异色移。c pu27的线性检测范围.dpu27的检测限。e化合物和pu27之间的结合常数。f无信号检测
利用检测线公式得出实施例合成的I-1~I-10的检测线有了很大程度的降低,证明实施例合成的I-1~I-10作为荧光配体有着极高的灵敏度。
以上所述仅是本发明的优选实施方式,应当指出,对于本技术领域的普通技术人员来说,在不脱离本发明原理的前提下,还可以做出若干改进和润饰,这些改进和润饰也应视为本发明的保护范围。

Claims (10)

1.一种化合物,如式(I)所示:
其中,R1与R2各自独立地选自H或式(II)所示的基团,且至少一个为式(II)所示的基团;
R3选自H、F、Cl、Br、OH、OCH3、N(CH3)2或C1~C6的烷基;
R4选自C1~C6的烷基;
R5选自芳香仲胺、环仲胺或直链仲胺;R6选自H或C1~C6的烷基。
2.根据权利要求1所述的化合物,其特征在于,所述R5具有如式(VI)~(IX)所示结构:
其中,R12~R16优选各自独立选自H、F、Cl、Br、OH、OCH3、C1~C6的烷基、C3~C6的环烷基。
3.根据权利要求1所述的化合物,其特征在于,所述式(I)所示的化合物为如下所示结构:
4.一种化合物的制备方法,其特征在于,包括:
将式(III)所示的化合物与式(II)所示的基团反应,得到式(I)所示的化合物;
其中,R1与R2各自独立地选自H或芳香胺基团,且至少一个为芳香胺基团;
R3选自H、F、Cl、Br、OH、OCH3、N(CH3)2或C1~C6的烷基;
R4选自C1~C6的烷基;
R7与R8各自独立地选自H或CH3,且不同时为H,且不能同时为CH3
5.根据权利要求4所述的制备方法,其特征在于,所述式(III)所示的化合物按照以下方法制备:
将式(IV)所示的化合物与烷基碘反应,得到式(III)所示的化合物;
其中,R3选自H、F、Cl、Br、OH、OCH3、N(CH3)2或C1~C6的烷基;
R9与R10各自独立地选自H或CH3,且不同时为H,且不同时为CH3
所述烷基碘中烷基的碳原子数为1~6。
6.根据权利要求4所述的制备方法,其特征在于,所述式(II)所示的化合物按照以下方法制备:
将式(V)所示的化合物与芳香仲胺、环仲胺或直链仲胺反应,得到式(II)所示的化合物;
其中,R6各自独立选自H或C1~C6的烷基;
R5选自芳香仲胺、环仲胺或直链仲胺;;R11选自H、F、Cl、Br、OH、OCH3、C1~C6的烷基、C3~C6的环烷基。
7.权利要求1~3任意一项所述的化合物或权利要求4~6任意一项所制备的化合物在制备荧光染料中的应用。
8.一种荧光染料,其特征在于,由权利要求1~3任意一项所述的化合物或权利要求4~6任意一项所制备的化合物制备得到。
9.权利要求1~3任意一项所述的化合物或权利要求4~6任意一项所制备的化合物在制备荧光探针中的应用。
10.一种荧光探针,其特征在于,包括探针序列和荧光基团,所述荧光基团为权利要求1~3任意一项所述的化合物或权利要求4~6任意一项所制备的化合物。
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