CN107541548A - 一种用于检测SLCO1B1和ApoE基因多态性的组合物及其应用 - Google Patents
一种用于检测SLCO1B1和ApoE基因多态性的组合物及其应用 Download PDFInfo
- Publication number
- CN107541548A CN107541548A CN201710697469.9A CN201710697469A CN107541548A CN 107541548 A CN107541548 A CN 107541548A CN 201710697469 A CN201710697469 A CN 201710697469A CN 107541548 A CN107541548 A CN 107541548A
- Authority
- CN
- China
- Prior art keywords
- slco1b1
- addition
- seq
- apoe526
- apoe388
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Granted
Links
Landscapes
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
本发明公开了一种用于检测SLCO1B1和ApoE基因多态性的组合物及其应用,通过FAM、HEX、ROX(修饰)三通道多重PCR反应对SLCO1B1和ApoE基因中的单核苷酸多态性位点进行检测。为了提高检测的简便性和特异性,通过探针分型的技术手段实现一管分型检测,使得整个操作以及反应过程简单化,并在此基础上,对探针进行锁核酸修饰和二级结构修饰,增加探针的Tm值,进一步提高探针结合的特异性的,最后通过调整引物对的配比、Taq酶的用量、镁离子的用量等,提高整个试剂盒的最低检测限、准确性和特异性,试剂盒最低检测浓度能够达到1ng/μL,准确性和特异性均能够达到100%。
Description
技术领域
本发明属于基因检测技术领域,具体涉及一种用于检测SLCO1B1和ApoE基因多态性的技术。
背景技术
他汀类药物(statins)是羟甲基戊二酰辅酶A(HMG-CoA)还原酶抑制剂,此类药物通过竞争性抑制内源性胆固醇合成限速酶(HMG-CoA)还原酶,阻断细胞内羟甲戊酸代谢途径,使细胞内胆固醇合成减少,从而反馈性刺激细胞膜表面(主要为肝细胞)低密度脂蛋白(lowdensitylipoprotein,LDL)受体数量和活性增加、使血清胆固醇清除增加、水平降低。他汀类药物还可抑制肝脏合成载脂蛋白B-100,从而减少富含甘油三酯AV、脂蛋白的合成和分泌。
他汀类药物分为天然化合物(如洛伐他丁、辛伐他汀、普伐他汀、美伐他汀)和完全人工合成化合物(如氟伐他汀、阿托伐他汀、西立伐他汀、罗伐他汀、pitavastatin)是最为经典和有效的降脂药物,广泛应用于高脂血症的治疗。
他汀类药物除具有调节血脂作用外,在急性冠状动脉综合征患者中早期应用能够抑制血管内皮的炎症反应,稳定粥样斑块,改善血管内皮功能。延缓动脉粥样硬化(AS)程度、抗炎、保护神经和抗血栓等作用。
中国人群的血脂水平逐年升高,血脂异常的患病率明显增加。预计到2030年我国心血管病事件增加至920万。以低密度脂蛋白胆固醇(LDL-C)或成人血清总胆固醇(TC)升高为特点的血脂异常是动脉粥样硬化性心血管疾病(atherosclerotic cardiovasculardisease,ASCVD)重要的危险因素。有效的控制血脂异常,对我国ASCVD防控具有重要意义。
他汀类药物自问世以来在人类ASCVD防治史上具有里程碑式的意义。其能够抑制胆固醇合成限速酶HMG-CoA还原酶,减少胆固醇合成,继而上调细胞表面LDL受体,加速血清LDL分解代谢。此外,还可抑制VLDL合成。因此他汀类药物能显著降低血清TC、LDL-C和ApoB水平,也能降低血清TG水平和轻度升高HDL-C水平。
2016《中国成人血脂异常防治指南》给出了中国人群不同种类他汀类药物降胆固醇强度。多数人对他汀的耐受性良好,但部分患者SLCO1B1基因发生相关位点突变,则有可能表现出肌肉及肝功能异常等不良反应,这部分患者则无法接受大剂量他汀治疗。
此外,该指南指出,他汀与其它降脂药联合应用,可改善使用中等强度他汀治疗但胆固醇水平不达标或不耐受者的血脂情况。比如对于中等强度他汀治疗效果不佳的患者,可考虑中/低强度他汀与依折麦布联合治疗(I类推荐,B级证据)。通常接受他汀治疗效果不佳的患者,较大程度存在携带有ApoE 4等位基因。他汀通过增加LDL受体数量增强达到降低血脂水平,而携有ApoE 4等位基因的载脂蛋白E与LDL受体亲和力增加,导致反馈抑制LDL受体的表达,从而影响他汀药物的药效。
2010年伯克利心脏实验室发布Clinical Implications Reference Manual,给出了针对ApoE 4基因型患者的用药建议:大部分他汀类药物对于ApoE 4型患者治疗效果欠佳,可选用普罗布考或辛伐他汀。
因此,SLCO1B1和ApoE基因多态性检测对于他汀类药物使用剂量有重要意义。而目前检测SLCO1B1和ApoE基因多态性的核苷酸引物及方法准确性和特异性较低,难以在临床广泛应用。所以探索一种检测SLCO1B1和ApoE基因多态性快速可靠的核苷酸引物组及方法已经成为临床实验研究的热点问题。
发明内容
本发明的目的是提供一种用于检测SLCO1B1和ApoE基因多态性的组合物及其应用,通过调整引物的配比、Taq酶的用量和镁离子的用量等,通过FAM、HEX、ROX(修饰)三通道多重PCR反应,并且将引物放置到一管内分型检测,提高检测的简便性和特异性,使得整个操作以及反应过程简单化。并在此基础上,对探针进行锁核酸修饰和二级结构修饰,增加探针的Tm值,进一步提高探针结合的特异性的,最后通过上述体系的调整,使得准确性和特异性均能够达到100%,最低检测浓度能够达到1ng/μL,解决了以往检测SLCO1B1和ApoE基因多态性时准确性和特异性较低的问题。
为了实现上述目的,本发明提供的一种用于检测SLCO1B1和ApoE基因多态性的组合物,包括针对用于检测待检样品中分别与SLCO1B1和ApoE基因相关的特异性目的基因的引物对和探针,包括:
SLCO1B1 388引物:
SLCO1B1 388基因正向引物(SLCO1B1 388-F):
GAAAATATTCAGTAGATAAGCAAA(SEQ ID NO.1);
SLCO1B1 388基因反向引物(SLCO1B1 388-R):
TAATTCTTACCTTTTCCCACTATCT(SEQ ID NO.2);
探针SLCO1B1 388-AFP:
FAM-TTCTGAAACTAATATCAATTCATCAGAA-BHQ1(SEQ ID NO.3);
探针SLCO1B1 388-GFP:
ROX-TGTTGACTAATATCGATTCATCAGAAAATTCAACA-BHQ2(SEQ ID NO.4);
SLCO1B1 521引物对:
SLCO1B1 521基因正向引物(SLCO1B1 521-F):
ACACTCTCTTATCTACATAG(SEQ ID NO.5);
SLCO1B1 521基因反向引物(SLCO1B1 521-R):
CAATGGTACTATGGGAGTCTCC(SEQ ID NO.6);
探针SLCO1B1 521-TF:
FAM-TACCCTGTGGATATATGTGTTCATGGGTA-BHQ1;
探针SLCO1B1 521-CFP(SEQ ID NO.7):
ROX-GCATAATATATGCGTTCATGGGTAATATGC-BHQ2(SEQ ID NO.8);
ApoE388引物对:
ApoE388基因正向引物(ApoE388-F):TCCAAGGAGCTGCAGG(SEQ ID NO.9);
ApoE388基因反向引物(ApoE388-R):CAATGGTACTATGGGAGTCTCC(SEQ ID NO.10);
探针ApoE388-TFP:FAM-GGCGAGGACGTGTGCGGCCGCC-BHQ1(SEQ ID NO.11);
探针ApoE388-CFP:ROX-GGCGGAGGACGTGCGCGGCCGCC-BHQ2(SEQ ID NO.12);
ApoE526引物对:
ApoE526基因正向引物ApoE526-F:AGCTGCGTAAGCGGCT(SEQ ID NO.13);
ApoE526基因反向引物ApoE526-R:CCGCGCTCGGCGCCCTCGC(SEQ ID NO.14);
探针ApoE526-CFP:FAM-ACTGTGCAGAAGCGCCTGGCAGT-BHQ1(SEQ ID NO.15);
探针ApoE526-TFP:ROX-ACTGTGCAGAAGTGCCTGGCAGT-BHQ2(SEQ ID NO.16);
内标引物对:
HER2-F:TGCTTGGATCTGGCGCTTTTGGCA(SEQ ID NO.17);
HER2-R:CCAAACACTGCCTCCAGCTCTTGCC(SEQ ID NO.18);
探针HER2-FP:HEX-AGGGCCAGGTCCTGGGGTGGGC-BHQ1(SEQ ID NO.19);
其中对SLCO1B1 388-AFP、SLCO1B1 521-TF、ApoE388-TFP和ApoE526-CFP的5,端进行FAM修饰,3,端进行BHQ1修饰;对SLCO1B1 388-GFP、SLCO1B1521-CFP、ApoE388-CFP和ApoE526-TFP的5,端进行ROX修饰,3,端进行BHQ2修饰;对HER2-FP的5,端进行HEX修饰,3,端进行BHQ1修饰;
在SLCO1B1 388-AFP序列的第17位碱基A上增加锁核酸(LNA)的修饰;
在SLCO1B1 388-GFP序列的第15位碱基G上增加锁核酸(LNA)的修饰;
在SLCO1B1 521-TF序列的第18位碱基T上增加锁核酸(LNA)的修饰;
在SLCO1B1 521-CFP序列的第13位碱基C上增加锁核酸(LNA)的修饰;
在ApoE388-TFP序列的第13位碱基T上增加锁核酸(LNA)的修饰;
在ApoE388-CFP序列的第14位碱基C上增加锁核酸(LNA)的修饰;
在ApoE526-CFP序列的第13位碱基C上增加锁核酸(LNA)的修饰;
在ApoE526-TFP序列的第13位碱基T上增加锁核酸(LNA)的修饰。
优选地,一人份加入量为:SLCO1B1 388-F加入量0.1-0.3μL,SLCO1B1 521-F加入量0.1-0.3μL,ApoE388-F加入量0.1-0.3μL,ApoE526-F加入量0.1-0.3μL,SLCO1B1 388-R加入量0.1-0.3μL,SLCO1B1 521-R加入量0.1-0.3μL,ApoE388-R加入量0.1-0.3μL,ApoE526-R加入量0.1-0.3μL,SLCO1B1 388-AFP加入量0.01-0.2μL,SLCO1B1 521-TFP加入量0.01-0.2μL,ApoE388-TFP加入量0.01-0.2μL,ApoE526-CFP加入量0.01-0.2μL,SLCO1B1 388-GFP加入量0.01-0.2μL,SLCO1B1 521-CFP加入量0.01-0.2μL,ApoE388-CFP加入量0.01-0.2μL,ApoE526-TFP加入量0.01-0.2μL,HER2-F加入量0.01-0.2μL,HER2-R加入量0.01-0.2μL,HER2-FP加入量0.01-0.2μL。
本发明提供的一种用于检测检测SLCO1B1和ApoE基因多态性的试剂盒,所述试剂盒包括以上所述的用于检测SLCO1B1和ApoE基因多态性的组合物。
优选地,所述试剂盒包括DNA聚合酶(Taq酶)、dNTPs、10×DNA聚合酶buffer、UDG酶和Mg2+,一人份加入量为:DNA聚合酶加入量0.1-0.4μL,dNTPs加入量1-3μL,10×DNA聚合酶buffer加入量1-4μL,UDG酶加入量0.01-0.2μL,Mg2+加入量2-5μL。
本发明提供的一种用于检测SLCO1B1和ApoE基因多态性的试剂盒的样本处理方法,包括:
(1)提取样本中的基因组DNA,其中样本可以选用全血样本;
(2)将提取之后的基因组DNA进行浓度测定,并将浓度稀释至10-20ng/μL后,进行荧光定量PCR反应;
(3)根据PCR反应之后的结果分析:根据PCR扩增的结果进行判读,得出SLCO1B1和ApoE各个位点的具体型别。
优选地,步骤(3)中的位点包括SLCO1B1 388(A>G)、SLCO1B1 521(T>C)、ApoE388(T>C)和ApoE526(C>T)。
优选地,PCR反应过程为:37℃下UDG酶反应2min,95℃预变性3min,94℃变性15s,60℃退火延伸35s,40个循环。
本发明提供的一种用于检测SLCO1B1和ApoE基因多态性的组合物及其应用,具有如下有益效果:
本发明采用这种技术进行相关基因检测,操作简便、易于判读,对仪器的要求不高,并且整个PCR过程采用全封闭形式,避免了交叉污染的可能,使结果更加精准。
本发明通过探针分型的技术手段实现在一管内对SNP(单核苷酸多态性)位点进行同时检测,提高检测的简便性,进而达到将目的位点精准有效的检测。
本发明通过设计锁核酸和含有二级结构的特异性探针和引物,能够将每个位点的三个基因型别准确区分,并且检测最低浓度能够达到1ng/μL。
本发明通过调整引物的配比、Taq酶的用量和镁离子的用量等,提高整个试剂盒的准确性和特异性,准确性和特异性均能够达到100%。
本发明主要包括采用特异性的多重PCR-荧光探针法检测SLCO1B1和ApoE基因的单核苷酸多态性A388G、T521C、T388C和C526T,用于判断SLCO1B1和ApoE基因中多态性位点的分布,进一步用于辅助他汀类药物使用剂量的临床诊断。
附图说明
图1为本实施例1中各检测位点基因型的基因峰。
具体实施方式
为了使本技术领域的人员更好地理解本发明方案,下面结合具体实施方式对本发明作进一步的详细说明。
本发明提供的一种用于检测SLCO1B1和ApoE基因多态性的组合物,包括针对用于检测待检样品中分别与SLCO1B1和ApoE基因相关的特异性目的基因的引物对和探针,包括:
SLCO1B1 388引物:
SLCO1B1 388基因正向引物(SLCO1B1 388-F):
GAAAATATTCAGTAGATAAGCAAA;
SLCO1B1 388基因反向引物(SLCO1B1 388-R):
TAATTCTTACCTTTTCCCACTATCT;
探针SLCO1B1 388-AFP:
FAM-TTCTGAAACTAATATCAATTCATCAGAA-BHQ1;
探针SLCO1B1 388-GFP:
ROX-TGTTGACTAATATCGATTCATCAGAAAATTCAACA-BHQ2;
SLCO1B1 521引物对:
SLCO1B1 521基因正向引物(SLCO1B1 521-F):
ACACTCTCTTATCTACATAG;
SLCO1B1 521基因反向引物(SLCO1B1 521-R):
CAATGGTACTATGGGAGTCTCC;
探针SLCO1B1 521-TF:
FAM-TACCCTGTGGATATATGTGTTCATGGGTA-BHQ1;
探针SLCO1B1 521-CFP:
ROX-GCATAATATATGCGTTCATGGGTAATATGC-BHQ2;
ApoE388引物对:
ApoE388基因正向引物(ApoE388-F):TCCAAGGAGCTGCAGG;
ApoE388基因反向引物(ApoE388-R):CAATGGTACTATGGGAGTCTCC;
探针ApoE388-TFP:FAM-GGCGAGGACGTGTGCGGCCGCC-BHQ1;
探针ApoE388-CFP:ROX-GGCGGAGGACGTGCGCGGCCGCC-BHQ2;
ApoE526引物对:
ApoE526基因正向引物ApoE526-F:AGCTGCGTAAGCGGCT;
ApoE526基因反向引物ApoE526-R:CCGCGCTCGGCGCCCTCGC;
探针ApoE526-CFP:FAM-ACTGTGCAGAAGCGCCTGGCAGT-BHQ1;
探针ApoE526-TFP:ROX-ACTGTGCAGAAGTGCCTGGCAGT-BHQ2;
内标引物对:
HER2-F:TGCTTGGATCTGGCGCTTTTGGCA;
HER2-R:CCAAACACTGCCTCCAGCTCTTGCC;
探针HER2-FP:HEX-AGGGCCAGGTCCTGGGGTGGGC-BHQ1;
在SLCO1B1 388-AFP序列的第17位碱基A上增加锁核酸(LNA)的修饰;
在SLCO1B1 388-GFP序列的第15位碱基G上增加锁核酸(LNA)的修饰;
在SLCO1B1 521-TF序列的第18位碱基T上增加锁核酸(LNA)的修饰;
在SLCO1B1 521-CFP序列的第13位碱基C上增加锁核酸(LNA)的修饰;
在ApoE388-TFP序列的第13位碱基T上增加锁核酸(LNA)的修饰;
在ApoE388-CFP序列的第14位碱基C上增加锁核酸(LNA)的修饰;
在ApoE526-CFP序列的第13位碱基C上增加锁核酸(LNA)的修饰;
在ApoE526-TFP序列的第13位碱基T上增加锁核酸(LNA)的修饰。
在引物合成的时候,按照合成单位的规定标记待修饰碱基即可,合成单位就会知道采用LNA的方式修饰此位点。
实施例1:本发明在多重荧光PCR的基础上,配制成已经预混好的检测位点的引物组合物。直接可对提取完成的样本进行检测,这样使检测步骤更为简便。
具体步骤如下:
1)提取全血样本中的基因组DNA(采用商业化的外周血基因组DNA提取试剂盒)。
2)将提取之后的基因组DNA进行浓度测定,并将浓度稀释至10-20ng/μL 进行后续的PCR反应过程。
3)反应体系的成分组成:dNTPs、Mg2+、DNA聚合酶buffer、反转录buffer、基因的引物对、DNA聚合酶等。
4)PCR反应条件:37℃下UDG酶反应2min;95℃预变性3min;94℃变性15s,60℃下退火延伸35s,40个循环。
5)PCR反应体系的配制:
PCR扩增MIX(12.5μL,其余用纯化水补齐)
PCR引物混合液体系(6.5μL,其余用纯化水补齐)
PCR扩增体系
PCR扩增程序如下:
第一扩增阶段:37℃UDG酶反应2min;
第二扩增阶段:95℃预变性3min;
第三扩增阶段:94℃变性15s,60℃退火延伸35s,40个循环。
6)结果分析
①每个样本内标通道(HEX)Ct值应≤35,且靶基因通道两个扩增反应中至少其中一个Ct<38,(靶基因通道无扩增曲线,Ct值按40计算)满足此条件后按表1判读:
②若样本内标通道(HEX)Ct值>35,建议重新提取标本,再做检测;
③若样品内标通道Ct值≤35,且靶基因通道Ct值均Ct≥38,则检测无效。
表1结果判读
7)成品试剂盒的性能验证
利用配置完成的成品试剂盒进行产品特异性、最低检测限检测,产品试剂盒的特异性能够达到100%,最低检测浓度能到达到1ng/μL。
收集全血样本40例,利用上述成品试剂盒进行特异性检测,对照结果采用一代测序作比较,结果如下:
从上述结果可以得出,本试剂盒的检测准确性达到100%,特异性也达到100%。
利用本试剂盒对50ng/μL,25ng/μL,10ng/μL,1ng/μL,0.5ng/μL的不同浓度样本进行检测,本试剂盒最低检测浓度能达到1ng/μL,因此,本试剂盒的检测最低检测浓度为1ng/μL。
具体实施方式2:
收集来自武汉同济医院的200例外周血对照样本,利用上述的成品试剂盒进行检测。具体操作步骤如实施案例1所述。
检测基因 | 位点 | 基因型别(所占比例) |
SLCO1B1*1a | 388A-521T | 65% |
SLCO1B1*1b | 388G-521T | 15% |
SLCO1B1*5 | 388A-521C | 17% |
SLCO1B1*15 | 388G-521C | 3% |
ApoE2 | 388T-526T | 10% |
ApoE3 | 388T-526C | 70% |
ApoE4 | 388C-526C | 20% |
本文中应用了具体个例对发明构思进行了详细阐述,以上实施例的说明只是用于帮助理解本发明的核心思想。应当指出,对于本技术领域的普通技术人员来说,在不脱离该发明构思的前提下,所做的任何显而易见的修改、等同替换或其他改进,均应包含在本发明的保护范围之内。
SEQUENCE LISTING
<110> 北京鑫诺美迪基因检测技术有限公司
<120> 一种用于检测SLCO1B1和ApoE基因多态性的组合物及其应用
<130> P20170151
<160> 19
<170> PatentIn version 3.5
<210> 1
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 1
gaaaatattc agtagataag caaa 24
<210> 2
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 2
taattcttac cttttcccac tatct 25
<210> 3
<211> 28
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 3
ttctgaaact aatatcaatt catcagaa 28
<210> 4
<211> 35
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 4
tgttgactaa tatcgattca tcagaaaatt caaca 35
<210> 5
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 5
acactctctt atctacatag 20
<210> 6
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 6
caatggtact atgggagtct cc 22
<210> 7
<211> 29
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 7
taccctgtgg atatatgtgt tcatgggta 29
<210> 8
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 8
gcataatata tgcgttcatg ggtaatatgc 30
<210> 9
<211> 16
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 9
tccaaggagc tgcagg 16
<210> 10
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 10
caatggtact atgggagtct cc 22
<210> 11
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 11
ggcgaggacg tgtgcggccg cc 22
<210> 12
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 12
ggcggaggac gtgcgcggcc gcc 23
<210> 13
<211> 16
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 13
agctgcgtaa gcggct 16
<210> 14
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 14
ccgcgctcgg cgccctcgc 19
<210> 15
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 15
actgtgcaga agcgcctggc agt 23
<210> 16
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 16
actgtgcaga agtgcctggc agt 23
<210> 17
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 17
tgcttggatc tggcgctttt ggca 24
<210> 18
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 18
ccaaacactg cctccagctc ttgcc 25
<210> 19
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 19
agggccaggt cctggggtgg gc 22
Claims (8)
1.一种用于检测SLCO1B1和ApoE基因多态性的组合物,其特征在于,所述组合物包括针对用于检测待检样品中分别与SLCO1B1和ApoE基因相关的特异性目的基因的引物对和探针,包括:
SLCO1B1 388引物:
SLCO1B1 388基因正向引物(SLCO1B1 388-F):SEQ ID NO.1;
SLCO1B1 388基因反向引物(SLCO1B1 388-R):SEQ ID NO.2;
探针SLCO1B1 388-AFP:SEQ ID NO.3;
探针SLCO1B1 388-GFP:SEQ ID NO.4;
SLCO1B1 521引物对:
SLCO1B1 521基因正向引物(SLCO1B1 521-F):SEQ ID NO.5;
SLCO1B1 521基因反向引物(SLCO1B1 521-R):SEQ ID NO.6;
探针SLCO1B1 521-TF:SEQ ID NO.7;
探针SLCO1B1 521-CFP:SEQ ID NO.8;
ApoE388引物对:
ApoE388基因正向引物(ApoE388-F):SEQ ID NO.9;
ApoE388基因反向引物(ApoE388-R):SEQ ID NO.10;
探针ApoE388-TFP:SEQ ID NO.11;
探针ApoE388-CFP:SEQ ID NO.12;
ApoE526引物对:
ApoE526基因正向引物ApoE526-F:SEQ ID NO.13;
ApoE526基因反向引物ApoE526-R:SEQ ID NO.14;
探针ApoE526-CFP:SEQ ID NO.15;
探针ApoE526-TFP:SEQ ID NO.16;
内标引物对:
HER2-F:SEQ ID NO.17;
HER2-R:SEQ ID NO.18;
探针HER2-FP:SEQ ID NO.19;
其中对SLCO1B1 388-AFP、SLCO1B1 521-TF、ApoE388-TFP和ApoE526-CFP的5’端进行FAM修饰,3’端进行BHQ1修饰;对SLCO1B1 388-GFP、SLCO1B1 521-CFP、ApoE388-CFP和ApoE526-TFP的5’端进行ROX修饰,3’端进行BHQ2 修饰;对HER2-FP的5’端进行HEX修饰,3’端进行BHQ1修饰;
在SLCO1B1 388-AFP序列的第17位碱基A上增加锁核酸(LNA)的修饰;
在SLCO1B1 388-GFP序列的第15位碱基G上增加锁核酸(LNA)的修饰;
在SLCO1B1 521-TF序列的第18位碱基T上增加锁核酸(LNA)的修饰;
在SLCO1B1 521-CFP序列的第13位碱基C上增加锁核酸(LNA)的修饰;
在ApoE388-TFP序列的第13位碱基T上增加锁核酸(LNA)的修饰;
在ApoE388-CFP序列的第14位碱基C上增加锁核酸(LNA)的修饰;
在ApoE526-CFP序列的第13位碱基C上增加锁核酸(LNA)的修饰;
在ApoE526-TFP序列的第13位碱基T上增加锁核酸(LNA)的修饰。
2.根据权利要求1所述的用于检测SLCO1B1和ApoE基因多态性的组合物,其特征在于,一人份加入量为:SLCO1B1 388-F加入量0.1-0.3μL,SLCO1B1 521-F加入量0.1-0.3μL,ApoE388-F加入量0.1-0.3μL,ApoE526-F加入量0.1-0.3μL,SLCO1B1 388-R加入量0.1-0.3μL,SLCO1B1 521-R加入量0.1-0.3μL,ApoE388-R加入量0.1-0.3μL,ApoE526-R加入量0.1-0.3μL,SLCO1B1 388-AFP加入量0.01-0.2μL,SLCO1B1 521-TFP加入量0.01-0.2μL,ApoE388-TFP加入量0.01-0.2μL,ApoE526-CFP加入量0.01-0.2μL,SLCO1B1 388-GFP加入量0.01-0.2μL,SLCO1B1 521-CFP加入量0.01-0.2μL,ApoE388-CFP加入量0.01-0.2μL,ApoE526-TFP加入量0.01-0.2μL,HER2-F加入量0.01-0.2μL,HER2-R加入量0.01-0.2μL,HER2-FP加入量0.01-0.2μL。
3.根据权利要求1或2所述的用于检测SLCO1B1和ApoE基因多态性的组合物在制备用于检测SLCO1B1和ApoE基因多态性的试剂中的应用。
4.一种用于检测检测SLCO1B1和ApoE基因多态性的试剂盒,其特征在于,所述试剂盒包括权利要求1或2所述的用于检测SLCO1B1和ApoE基因多态性的组合物。
5.根据权利要求4所述的用于检测SLCO1B1和ApoE基因多态性的试剂盒,其特征在于,所述试剂盒包括DNA聚合酶(Taq酶)、dNTPs、10×DNA聚合酶buffer、UDG酶和Mg2+,一人份加入量为:DNA聚合酶加入量0.1-0.4μL,dNTPs加入量1-3μL,10×DNA聚合酶buffer加入量1-4μL,UDG酶加入量0.01-0.2μL,Mg2+加入量2-5μL。
6.一种根据权利要求5所述的用于检测SLCO1B1和ApoE基因多态性的试剂盒的样本处理方法,其特征在于,所述样本处理方法包括:
(1)提取样本中的基因组DNA,其中样本可以选用全血样本;
(2)将提取之后的基因组DNA进行浓度测定,并将浓度稀释至10-20ng/μL后,进行荧光定量PCR反应;
(3)根据PCR反应之后的结果分析:根据PCR扩增的结果进行判读,得出SLCO1B1和ApoE各个位点的具体型别。
7.一种根据权利要求6所述的用于检测SLCO1B1和ApoE基因多态性的试剂盒的样本处理方法,其特征在于,步骤(3)中的位点包括SLCO1B1 388(A>G)、SLCO1B1 521(T>C)、ApoE388(T>C)和ApoE526(C>T)。
8.根据权利要求6所述的用于检测SLCO1B1和ApoE基因多态性的试剂盒的样本处理方法,其特征在于,PCR反应过程为:37℃下UDG酶反应2min,95℃预变性3min,94℃变性15s,60℃退火延伸35s,40个循环。
Priority Applications (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
CN201710697469.9A CN107541548B (zh) | 2017-08-15 | 2017-08-15 | 一种用于检测SLCO1B1和ApoE基因多态性的组合物及其应用 |
Applications Claiming Priority (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
CN201710697469.9A CN107541548B (zh) | 2017-08-15 | 2017-08-15 | 一种用于检测SLCO1B1和ApoE基因多态性的组合物及其应用 |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
CN107541548A true CN107541548A (zh) | 2018-01-05 |
CN107541548B CN107541548B (zh) | 2021-03-05 |
Family
ID=60970761
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
CN201710697469.9A Active CN107541548B (zh) | 2017-08-15 | 2017-08-15 | 一种用于检测SLCO1B1和ApoE基因多态性的组合物及其应用 |
Country Status (1)
Country | Link |
---|---|
CN (1) | CN107541548B (zh) |
Cited By (7)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN108048565A (zh) * | 2018-02-09 | 2018-05-18 | 北京爱普益医学检验中心有限公司 | 一种检测ApoE基因多态性的引物及其检测方法和应用 |
CN108753951A (zh) * | 2018-06-14 | 2018-11-06 | 深圳市优圣康生物科技有限公司 | 一种apoe和slco1b1基因多态性检测试剂盒 |
CN109457025A (zh) * | 2018-10-22 | 2019-03-12 | 江苏美因康生物科技有限公司 | 一种同时快速检测SLCO1B1及ApoE基因多态性的试剂盒及方法 |
CN109868314A (zh) * | 2018-12-29 | 2019-06-11 | 浙江迪谱诊断技术有限公司 | 一种检测心血管疾病用药基因的试剂盒及检测方法 |
CN110951859A (zh) * | 2019-12-17 | 2020-04-03 | 苏州天隆生物科技有限公司 | 一种检测人类apoe和slco1b1基因多态性的免提取试剂盒 |
CN111154860A (zh) * | 2020-01-17 | 2020-05-15 | 深圳会众生物技术有限公司 | 检测slco1b1和apoe基因多态性的引物及探针组合物、试剂盒、方法 |
CN111154861A (zh) * | 2020-01-17 | 2020-05-15 | 深圳会众生物技术有限公司 | 检测他汀类药物代谢基因多态性的引物及探针组合物、试剂盒、方法 |
Citations (3)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN104531852A (zh) * | 2014-12-12 | 2015-04-22 | 广东省妇幼保健院 | 一种锁核酸增敏的检测mthfr基因c677t突变的探针及引物、试剂盒和检测方法 |
CN104846085A (zh) * | 2015-04-30 | 2015-08-19 | 武汉友芝友医疗科技有限公司 | 人类SLCO1B1和ApoE基因多态性检测试剂盒 |
CN105624315A (zh) * | 2016-03-17 | 2016-06-01 | 汪运山 | 一种ALDH2基因c.1510位点多态性检测的引物和试剂盒 |
-
2017
- 2017-08-15 CN CN201710697469.9A patent/CN107541548B/zh active Active
Patent Citations (3)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN104531852A (zh) * | 2014-12-12 | 2015-04-22 | 广东省妇幼保健院 | 一种锁核酸增敏的检测mthfr基因c677t突变的探针及引物、试剂盒和检测方法 |
CN104846085A (zh) * | 2015-04-30 | 2015-08-19 | 武汉友芝友医疗科技有限公司 | 人类SLCO1B1和ApoE基因多态性检测试剂盒 |
CN105624315A (zh) * | 2016-03-17 | 2016-06-01 | 汪运山 | 一种ALDH2基因c.1510位点多态性检测的引物和试剂盒 |
Non-Patent Citations (1)
Title |
---|
RIMMA BERENSTEIN等: "Comparative examination of various PCR-based methods for DNMT3A and IDH1/2 mutations identification in acute myeloid leukemia", 《JOURNAL OF EXPERIMENTAL & CLINICAL CANCER RESEARCH》 * |
Cited By (9)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN108048565A (zh) * | 2018-02-09 | 2018-05-18 | 北京爱普益医学检验中心有限公司 | 一种检测ApoE基因多态性的引物及其检测方法和应用 |
CN108753951A (zh) * | 2018-06-14 | 2018-11-06 | 深圳市优圣康生物科技有限公司 | 一种apoe和slco1b1基因多态性检测试剂盒 |
CN109457025A (zh) * | 2018-10-22 | 2019-03-12 | 江苏美因康生物科技有限公司 | 一种同时快速检测SLCO1B1及ApoE基因多态性的试剂盒及方法 |
CN109868314A (zh) * | 2018-12-29 | 2019-06-11 | 浙江迪谱诊断技术有限公司 | 一种检测心血管疾病用药基因的试剂盒及检测方法 |
CN109868314B (zh) * | 2018-12-29 | 2020-03-03 | 浙江迪谱诊断技术有限公司 | 一种检测心血管疾病用药基因的试剂盒及检测方法 |
CN110951859A (zh) * | 2019-12-17 | 2020-04-03 | 苏州天隆生物科技有限公司 | 一种检测人类apoe和slco1b1基因多态性的免提取试剂盒 |
CN110951859B (zh) * | 2019-12-17 | 2023-09-15 | 苏州天隆生物科技有限公司 | 一种检测人类apoe和slco1b1基因多态性的免提取试剂盒 |
CN111154860A (zh) * | 2020-01-17 | 2020-05-15 | 深圳会众生物技术有限公司 | 检测slco1b1和apoe基因多态性的引物及探针组合物、试剂盒、方法 |
CN111154861A (zh) * | 2020-01-17 | 2020-05-15 | 深圳会众生物技术有限公司 | 检测他汀类药物代谢基因多态性的引物及探针组合物、试剂盒、方法 |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
CN107541548B (zh) | 2021-03-05 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
CN107541548A (zh) | 一种用于检测SLCO1B1和ApoE基因多态性的组合物及其应用 | |
US20210095345A1 (en) | Method of identifying disease risk factors | |
van Der Veen et al. | Reduced cholesterol absorption upon PPARδ activation coincides with decreased intestinal expression of NPC1L1 | |
US11021751B2 (en) | Disease risk factors and methods of use | |
Tomás et al. | Paraoxonase1-192 polymorphism modulates the effects of regular and acute exercise on paraoxonase1 activity | |
CN101892311B (zh) | 高血压易感基因的单核苷酸多态性位点rs7550536的检测方法及检测试剂盒 | |
CN101892305B (zh) | 高血压易感基因的rs2295281位点的检测方法及检测试剂盒 | |
CN107287339A (zh) | 一种用于检测cyp2c19基因多态性的组合物及其应用 | |
Lu et al. | Intracellular levels of hepatitis B virus DNA and pregenomic RNA in peripheral blood mononuclear cells of chronically infected patients | |
CN107287340A (zh) | 一种用于检测cyp2c9和vkorc1基因多态性的组合物及其应用 | |
Mikkelsen et al. | Mitochondrial DNA HV1 and HV2 variation in Danes | |
Tantray et al. | Role of cytochrome epoxygenase (CYP2J2) in the pathophysiology of coronary artery disease in South Indian population | |
Abrahamsson et al. | Common polymorphisms in the CYP7A1 gene do not contribute to variation in rates of bile acid synthesis and plasma LDL cholesterol concentration | |
CN107435076A (zh) | 一种高血压用药基因检测固相pcr试剂盒 | |
Hong et al. | mRNA expression and antilipolytic role of phosphodiesterase 4 in rat adipocytes in vitro | |
Yehya et al. | Cholesteryl ester transfer protein rs1532624 gene polymorphism is associated with reduced response to statin therapy | |
Zhang et al. | Genetic variant of RXR involved in the vitamin D metabolic pathway was linked to HCV infection outcomes among a high-risk Chinese population | |
Yang et al. | Haplotype associations of the MHC with psoriasis vulgaris in Chinese Hans | |
CN101892298B (zh) | 高血压易感基因单核苷酸多态性位点rs2236055的检测方法及其试剂盒 | |
Hou et al. | An intronic genetic variant of ZHX2 predicts response to pegylated interferon α therapy in HBeAg-positive chronic hepatitis B patients | |
CA2824024A1 (en) | Tomm40 variants as genetic markers for alzheimer's disease | |
CA2317940A1 (en) | Assay for predicting the angiographic response to lipid-lowering therapy in patients | |
Dirjal | Association of C-allele carrier Genotype of SLCO1B1 gene 521T< C Polymorphism and Statins Related Myopathy in a Sample of Iraqi Patients | |
Hughes et al. | A DESIGN OF EXPERIMENT APPROACH TO OPTIMIZATION OF A 1-STEP QUANTITATIVE RT-PCR FOR THE HEPATITIS C VIRUS (HCV) AND AN INTERNAL CONTROL USING LOCKED NUCLEIC ACID (LNA) PRIMERS AND PROBES: 1907 | |
Trompet et al. | The Pharmacogenetics of Statin Therapy on Clinical Events: No Evidence that Genetic Variation Affects Statin Response on Myocardial Infarction. Front. Pharmacol. 12: 679857. doi: 10.3389/fphar. 2021.679857 |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
PB01 | Publication | ||
PB01 | Publication | ||
SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
GR01 | Patent grant | ||
GR01 | Patent grant |