CN107099601A - Rt‑lamp检测结核分枝杆菌活菌的引物组合物、相应的试剂盒及检测方法 - Google Patents

Rt‑lamp检测结核分枝杆菌活菌的引物组合物、相应的试剂盒及检测方法 Download PDF

Info

Publication number
CN107099601A
CN107099601A CN201710391775.XA CN201710391775A CN107099601A CN 107099601 A CN107099601 A CN 107099601A CN 201710391775 A CN201710391775 A CN 201710391775A CN 107099601 A CN107099601 A CN 107099601A
Authority
CN
China
Prior art keywords
lamp
primer
mycobacterium tuberculosis
viable bacteria
reverse
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Granted
Application number
CN201710391775.XA
Other languages
English (en)
Other versions
CN107099601B (zh
Inventor
孙殿兴
吴丹丹
亢继文
李保胜
牛莉娅
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
980th Hospital of the Joint Logistics Support Force of PLA
Original Assignee
NORMAN INTERNATIONAL PEACE HOSPITAL PLA
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by NORMAN INTERNATIONAL PEACE HOSPITAL PLA filed Critical NORMAN INTERNATIONAL PEACE HOSPITAL PLA
Priority to CN201710391775.XA priority Critical patent/CN107099601B/zh
Publication of CN107099601A publication Critical patent/CN107099601A/zh
Application granted granted Critical
Publication of CN107099601B publication Critical patent/CN107099601B/zh
Active legal-status Critical Current
Anticipated expiration legal-status Critical

Links

Classifications

    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6888Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
    • C12Q1/689Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms for bacteria
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6844Nucleic acid amplification reactions

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Abstract

本发明公开了一种RT‑LAMP检测结核分枝杆菌活菌的引物组合物和试剂盒,该引物组合物的设计合理,特异性强;含有该引物组合物的试剂盒特异性强、灵敏度高,操作方便,可通过肉眼观察扩增结果;本发明还提供一种RT‑LAMP检测结核分枝杆菌活菌的检测方法,该方法简单,灵敏度高,检测过程便捷,扩增反应快,节省时间,扩增结果通过肉眼即可观察,能特异性检测死菌或活菌。本发明适用于检测结核分枝杆菌活菌。

Description

RT-LAMP检测结核分枝杆菌活菌的引物组合物、相应的试剂盒 及检测方法
技术领域
本发明属于分子检测技术领域,涉及一种引物组合物、试剂盒和检测方法,具体地说是一种RT-LAMP检测结核分枝杆菌活菌的引物组合物、相应的试剂盒及检测方法。
背景技术
结核病是由结核分枝杆菌引起的严重影响人类健康的慢性传染病,是至今仍然困扰人类的古老疾病之一,在古埃及木乃伊中就已发现结核分枝杆菌的存在,即使在最近几年, 每年还大约有900万人感染结核。随着耐药与多重耐药菌株的出现,结核病的控制难度不断增加,而建立快速、灵敏度高、特异性强的诊断方法,对于结核病的防治工作具有重要意义,也是进行早期隔离、诊治的前提。
目前,结核病的诊断方法主要是痰涂片抗酸染色法、罗氏固体培养法、液体快速培养、核酸扩增等方法。染色涂片虽然简单易行,但敏感性差,检出率低,并且不能鉴别是死菌还是活菌,亦不能分辨结核分支杆菌与非结核分枝杆菌;罗氏固体培养法培养周期长,需要4-8周,改进后液体快速培养系统将时间缩短到10天左右,但花费昂贵且容易受到污染,只能检出活力旺盛的菌,并且培养法不能鉴别结核分支杆菌与非结核分枝杆菌;以扩增核酸为基础的实验技术,具有快速、灵敏、特异强等特点,比如PCR、LAMP等;但因PCR技术对操作人员技能有较高要求,需要的热循环设备格昂贵而很难得到推广,环介导等温扩增技术(loop-mediated isothermal amplification, LAMP)克服了上述缺点,具有反应快速、操作简单的优势,一台水浴锅等恒温设备即可完成操作,扩增结果可用肉眼判定,对员工简单培训即可完成操作,适合在基层医疗机构应用,但PCR、LAMP等分子生物学检测法是针对结核杆菌DNA基因为靶序列设计的引物并进行扩增的,对死菌或活菌都呈现阳性结果,无法在临床上评估抗结核治疗效果。
发明内容
本发明要解决的技术问题,是要提供一种RT-LAMP检测结核分枝杆菌活菌的引物组合物及相应的试剂盒,该引物组合物的序列设计合理,特异性强,灵敏度高;含有该引物组合物的试剂盒特异性强、灵敏度高,操作方便,可通过肉眼观察扩增结果;
本发明的另外一个目的,是提供一种RT-LAMP检测结核分枝杆菌活菌的方法,该方法简单,灵敏度高,检测过程便捷,扩增反应快,节省时间,30min内即可完成扩增,扩增结果通过肉眼即可观察,能特异性检测死菌或活菌。
为解决上述技术问题,本发明所采取的技术方案是:
一种RT-LAMP检测结核分枝杆菌活菌的引物组合物,它包括:
正向外引物F3:5’-TCCTGGCTCAGGACGAAC-3’;
反向外引物B3:5’-CGCTTTCCACCACAAGACAT-3’;
正向内引物FIP:5’-TCGCCACTCGAGTATCTCCGAAGCGGCGTGCTTAACACAT-3’;
反向内引物BIP:5’-AGTAACACGTGGGTGATCTGCCATCCCGTGGTCCTATCCG-3’;
反向环引物LB:5-ATAAGCCTGGGAAACTGGGT-3
本发明提供了一种用于检测结核分枝杆菌活菌的RT-LAMP试剂盒,包括25μL 的RT-LAMP扩增反应液,所述RT-LAMP扩增反应液包括如下组分:
0.2μM正向外引物F3、0.2μM反向外引物B3、1.6μM正向内引物FIP、1.6μM反向内引物BIP、0.8μM反向环引物LB、 0.8 M 甜菜碱、8mM MgSO4、1.4 mM dNTPs,8 U Bst DNA聚合酶、20 U重组核糖核酸酶抑制剂、100U M-MLV反转录酶、2.5μL 10×buffer、1μL模板RNA、5mM/μL钙黄绿素、10mM/μL MnCl2混合液、11.7μL去离子水。
本发明还提供了一种RT-LAMP检测结核分枝杆菌活菌的方法,利用前述的试剂盒进行检测,并按照如下的步骤顺序进行:
(1)在反应管中加入0.2μM正向外引物F3、0.2μM反向外引物B3、1.6μM正向内引物FIP、1.6μM反向内引物BIP、0.8μM反向环引物LB、0.8 M 甜菜碱、8mM MgSO4、1.4 mM dNTPs,8 UBst DNA聚合酶、20 U重组核糖核酸酶抑制剂、100U M-MLV反转录酶、2.5μL 10×buffer、1μL模板RNA、5mM/μL钙黄绿素、10mM/μL MnCl2和11.7μL去离子水,并将反应管置于恒温水浴箱内反应;
(2)将步骤(1)的反应管置于90℃恒温水浴箱内2min,终止反应,根据反应管中液体的颜色变化判断扩增结果。
作为限定,所述恒温水浴箱的温度为60-65℃,反应时间为30-50 min。
作为进一步限定,所述恒温水浴箱的温度为60℃,反应时间为50 min。
由于采用了上述的技术方案,本发明与现有技术相比,所取得的技术进步在于:
本发明提供的用于检测结核分枝杆菌活菌的RT-LAMP的引物组合物设计合理,特异性强;含有该引物组合物的试剂盒特异性强、灵敏度高,操作方便,可通过肉眼观察扩增结果;
结核杆菌16S rRNA半衰期短,仅存在于代谢增殖的活菌中,占总RNA的80%,与DNA的单一拷贝相比较,16S rRNA拷贝数更多,本发明提供的用于检测结核分枝杆菌活菌的检测方法,选择能合并反转录功能的RT-LAMP方法,不仅有助于判定活菌,而且可以进一步提高灵敏性;检测方法简单,灵敏度高,检测过程便捷,扩增反应快,节省时间,30min内即可完成扩增,扩增结果通过肉眼即可观察,能特异性检测死菌或活菌。
本发明适用于对结核杆菌的活菌进行检测。
本发明下面将结合具体实施例作进一步详细说明。
附图说明
图1为RT-LAMP引物的相对位置和特异识别位点图;
图2为不同温度的RT-LAMP与LAMP电泳图(A图和B图中:M-250bp DNA maker;1-56℃、2-58℃、3-60℃、4-63℃;5-65℃;6-阴性对照);
图3为RT-LAMP与LAMP检测时效对比图(A-不同时间的RT-LAMP电泳图;B-不同时间的LAMP电泳图;图中:M-250bp DNA maker;1-20 min、2-25 min、3-30 min、4-40 min、5-50min;6-阴性对照);
图4为 RT-LAMP和LAMP的灵敏度实验结果图(A-RT-LAMP凝胶电泳及钙黄绿素染色图;B-LAMP凝胶电泳及钙黄绿素染色图;A图和B图中:M-250bp DNA maker;1-5.0×107、 2-5.0×106、3-5.0×105、4-5.0×104、5-5.0×103、6-5.0×102、7-5.0×101 、8-5.0×100、9-5.0×10-1 CFU/mL;10-阴性对照);
图5为RT-LAMP的特异性实验中凝胶电泳及钙黄绿素染色结果图(A图: M-250bp DNAmaker;1肺结核患者痰标本、2-葡萄菌肺炎患者痰标本、3-铜绿假单胞菌肺炎患者痰标本、4-肺炎克雷伯肺炎患者痰标本;B图: M-250bp DNA maker;1-结核杆菌H37Rv、2-胞内分枝杆菌、3-海分枝杆菌、4-堪萨斯分枝杆菌、5-鸟结核分枝杆菌、6-浅黄分枝杆菌、7-耻垢分枝杆菌、8-偶发分枝杆菌、9-龟分枝杆菌);
图6为RT-LAMP检测极限实验中RT-LAMP凝胶电泳及钙黄绿素染色结果图(图中:M-250bp DNA maker;1-0.1ng、2-10pg、3-1pg、4-100fg、5-10fg、6-1fg、7-100ag、8-10ag、9-1ag;10-阴性对照);
图7为酶切产物分析结果图(A图为RT-LAMP酶切产物分析结果图:M-250bp DNAmarker;1-酶切前产物、2-酶切后产物;B图为LAMP产物分析结果图,M-100bp DNA marker;1-酶切前产物、2-酶切后产物);
图8为 RT-LAMP和LAMP的临床样本的检测结果图(A图为RT-LAMP凝胶电泳及钙黄绿素染色图:M-250bp DNA maker;1-4:肺结核患者痰标本;5-阴性对照;B图LAMP凝胶电泳及钙黄绿素染色图:M-250bp DNA maker;1-4:肺结核患者痰标本;5-阴性对照)。
具体实施方式
下面将结合具体的实施方式对本发明的技术方案进行详细的说明。
下述实施例中所用的试剂如无特殊说明均为现有的常规市售试剂,所用的测试方法、检测方法、提取方法如无特殊说明,均使用现有的方法。
实施例1 一种RT-LAMP检测结核分枝杆菌活菌的引物组合物
本实施例括:
正向外引物F3:5’-TCCTGGCTCAGGACGAAC-3’(SEQ ID NO:1);
反向外引物B3:5’-CGCTTTCCACCACAAGACAT-3’(SEQ ID NO:2);
正向内引物FIP:5’-TCGCCACTCGAGTATCTCCGAAGCGGCGTGCTTAACACAT-3’(SEQ ID NO:3);
反向内引物BIP:5’-AGTAACACGTGGGTGATCTGCCATCCCGTGGTCCTATCCG-3’(SEQ ID NO:4);
反向环引物LB:5-ATAAGCCTGGGAAACTGGGT-3(SEQ ID NO:5)。
该引物组合物的设计过程如下:
从NCBI数据库下载非结核杆菌16S rRNA全序列,用Clustal Omega工具将结核杆菌标准株(Genbank号:NR_102810.1)与各种非结核杆菌进行序列对比,非结核杆菌包括:胞内分枝杆菌(M.intracellμLare NR_074661.1)、海分枝杆菌(M.marinum NR_025214.1)、堪萨斯分枝杆菌(M. kansasii NR_121712.1)、鸟结核分枝杆菌(M.avium NR_102855.1)、浅黄分枝杆菌(M. flavescens NR_044815.1)、耻垢分枝杆菌(M.segmatis NR_074718.1)、偶发分枝杆菌(M.fortuitum X65529.1)、龟分枝杆菌(M.chelonae AF480594.1)。
根据两个高变区170-210bp处和430-490bp处,从而确定特异引物的设计区段,如图1所示。然后用引物设计软件PrimerExplorer V5,针对该区段设计多套特异引物,比较每套引物的3’端位点的特异性并使用BLAST工具进一步验证其特异性,最后选出最佳引物。本实施例选用1-210bp区段设计特异引物,所有引物由生工生物工程(上海)股份有限公司合成。
实施例2 一种用于检测结核分枝杆菌活菌的RT-LAMP试剂盒
本实施例为一种用于检测结核分枝杆菌活菌的RT-LAMP试剂盒,该试剂盒包括RT-LAMP扩增反应液。
RT-LAMP扩增反应液为25μL,包括如下组分:
0.2μM正向外引物F3(实施例1所提供)、0.2μM反向外引物B3(实施例1所提供)、1.6μM正向内引物FIP(实施例1所提供)、1.6μM反向内引物BIP(实施例1所提供)、0.8μM反向环引物LB(实施例1所提供)、 0.8 M 甜菜碱、8mM MgSO4、1.4 mM dNTPs,8 U Bst DNA聚合酶、20 U重组核糖核酸酶抑制剂、100U M-MLV反转录酶、2.5μL 10×buffer,1μL模板RNA,5mM/μL钙黄绿素、10mM/μL MnCl2、11.7μL去离子水。
在具体的试验中,为了进行效果对比,试剂盒还包括对照,对照包括阳性对照和阴性对照,阳性对照为含目的基因结核杆菌(M. tuberculosis H37Rv,Genbank号:NR_102810.1)的混合液(即本实施例中的RT-LAMP扩增反应液);阴性对照为不含目的基因结核杆菌(如其他肺部细菌感染者及常见的非结核杆菌)混合液。
本实施例提供的RT-LAMP试剂盒,特异性强、灵敏度高,操作方便,可通过肉眼观察扩增结果,简便、易于操作。
实施例3 一种RT-LAMP检测结核分枝杆菌活菌的方法
本实施例在检测的过程中使用实施例2所提供的试剂盒,具体的检测方法如下:
(31)将含有结核分枝杆菌的待检提取液用RNA提取试剂盒提取结核分枝杆菌的RNA后,得到模板RNA,作为RT-LAMP扩增反应液中组分之一(即模板RNA);
本实施例中的待检提取液取自确诊肺结核的就诊者的痰液,即将该痰液作为痰标本,加入痰液2倍体积的RNA保护剂,用2倍体积2% N-乙酰-L-半胱氨酸(NALC)-NaOH溶液进行消化,旋紧盖子,在涡旋振荡器上涡旋震荡2min,直至痰标本充分液化,利用RNA提取试剂盒按照现有的提取手段,提取样品RNA; RNA提取时根据试剂盒提示加入DNase I进行处理,提取后得到模板RNA;其中: RNA提取试剂盒(RNeasy Mini Kit)购自德国的QIAGEN。
(32)在反应管中加入试剂盒中RT-LAMP扩增反应液并将反应管置于60℃恒温水浴箱内,反应50 min;
(33)将步骤(32)的反应管置于90℃恒温水浴箱内2min,终止反应,根据反应管中液体的颜色变化判断扩增结果。
扩增完成后,见到体系变绿色是为阳性,保持淡橙色是为阴性,并取扩增产物5μL在凝胶中电泳25min以验证扩增结果。
本实施例提供的用于检测结核分枝杆菌活菌的检测方法,过程简单,灵敏度高,检测过程便捷,扩增反应快,节省时间,30min内即可完成扩增,扩增结果通过肉眼即可观察,能特异性检测死菌或活菌。
实施例4-6 RT-LAMP检测结核分枝杆菌活菌的方法
实施例4-6分别为一种RT-LAMP检测结核分枝杆菌活菌的方法,与实施例3相似,不同之处仅在于:RT-LAMP扩增过程[即步骤(x2)(x=4-7)]中的反应温度和时间不同,具体如下:
实施例4中,反应温度为62℃,反应时间为30min;
实施例5中,反应温度为63℃,反应时间为40min;
实施例6中,反应温度为65℃,反应时间为45min。
实施例4-6所提供的用于检测结核分枝杆菌活菌的方法,过程简单,灵敏度高,检测过程便捷,扩增反应快,节省时间,30min内即可完成扩增,扩增结果通过肉眼即可观察,能特异性检测死菌或活菌。
实施例7 RT-LAMP与LAMP方法分别检测结核分枝杆菌活菌的对比实验与探究
在下述的实验中,RT-LAMP与LAMP扩增的条件、体系是相似的,不同之处仅在于:所用的扩增模板不同,RT-LAMP扩增使用的是模板RNA,LAMP扩增使用的是模板DNA。
(一)、灵敏度实验
将结核分枝杆菌菌液按照10倍梯度稀释,取各稀释度菌液2ml分别提取RNA与DNA,RNA的提取方法与实施例3中相同,DNA的提取利用DNA提取试剂盒[细菌DNA提取试剂盒购自生工生物工程(上海)股份有限公司]按照现有的提取手段,提取样品DNA。利用RT-LAMP与LAMP检测方法对结核分枝杆菌进行检测,测试两种方法的灵敏度,重复3 次以上实验,以凝胶电泳和钙黄绿素染色进行结果判定,其中RT-LAMP检测方法即进行RNA的反转录扩增,即扩增体系中含有提取后的RNA模板,LAMP检测方法即进行DNA的扩增,即扩增体系中含有提取后的DNA模板,RT-LAMP检测方法与实施例3相同,LAMP的检测方法为现有的检测方法。
具体的检测结果如图4所示,由该图可以看出,RT-LAMP比LAMP灵敏度高10倍。
(二)、特异性实验
以含有结核杆菌(M. tubercμLosis H37Rv)的基因RNA液体作为阳性对照,其他肺部细菌感染者及常见的非结核杆菌混合液作为阴性对照,用RT-LAMP(与实施例3中检测方法相同)和LAMP检测方法(现有技术)分别进行扩增,通过电泳观察扩增结果并进行特异性比较,具体的结果如图5所示。
由图5可知,只有结核杆菌出现扩增条带,其它细菌及非结核分枝杆菌为出现扩增,该引物特异性强。
(三)、检测极限实验
使用核酸蛋白分析仪(Eppendorf,Germany)对纯化的结核杆菌标准株RNA进行多次测量,取平均值作为真实RNA含量值,并用去离子水调至1 ng/μl作为RT-LAMP实验的模板;用去离子水对模板进行倍比稀释,根据下述公式:
1ng约相当于109 copy RNA,1ag约相当于1copy RNA。用RT-LAMP检测方法(实施例3所提供的方法)进行扩增,根据结果评价RT-LAMP的检测极限,具体结果见图6。
由图6可知,RT-LAMP可检测1copy结核菌,该方法灵敏度高。
(四)、扩增后产物酶切鉴定
对在同一条件下RT-LAMP及LAMP扩增方法扩增后的产物, 采用限制性内切酶Xho I进行酶切鉴定, 30μL酶切体系如下:
RT-LAMP 产物3μL 、LAMP产物3μL、Q.CUT.10×buffer 3μL、Xho I 1μL,去离子水补足23μL, 37°C 作用1小时;酶切产物用2.0%琼脂糖凝胶进行电泳。具体的结果如图7所示。
由图7可知,LAMP反应产物被切成大约70bp的条带,与预期条带相符,RT-LAMP出现两条条带,说明反应产物量大,与未完全酶切有关。
(五)、临床样本检测
利用RT-LAMP检测方法(实施例3所提供)和LAMP的检测方法(现有技术)对同一含有结核杆菌的痰标样本进行检测,检测结果如图8所示。
结果表明:RT-LAMP的扩增结果中对培养法与LAMP法检测不到的结核杆菌仍能检测阳性,这说明RT-LAMP较LAMP敏感性强。
以罗氏培养法为金标准,用RT-LAMP与LAMP检测方法分别对122例痰标本进行检测,3种方法检出率为:RT-LAMP100%、LAMP法92%、培养法88%,利用统计分析软件为SPSS19.0统计结果的灵敏度、特异度。
检测结果比较用卡方检验,P<0.05认为两者有统计学差异。RT-LAMP与SCM差异有统计学意义(P <0.01,见表1),LAMP和SCM差异无统计学意义(P> 0.05,见表1), RT-LAMP与LAMP差异在统计学上有意义(P <0.05,见表1),RT-LAMP阳性率高于LAMP。
表1 临床样本阳性检出率(%)
表中:A-Mtb患者,n = 100; 非Mtb患者,n = 22;b-RT-LAMP与SCM相比的灵敏度;c-LAMP与SCM相比的灵敏度;d-RT-LAMP与LAMP相比的灵敏度。
实施例8 RT-LAMP与LAMP方法分别检测结核分枝杆菌活菌时温度和检测时效对比试验
将结核分枝杆菌菌液按照10倍梯度稀释,取各稀释度菌液2ml分别提取RNA与DNA,RNA的提取方法与实施例3中相同,DNA的提取利用DNA提取试剂盒[细菌DNA提取试剂盒购自生工生物工程(上海)股份有限公司]按照现有的提取手段,提取样品DNA。利用RT-LAMP与LAMP检测方法对结核分枝杆菌进行检测,分别测试两种方法的扩增时效及在不同的扩增温度下扩增效果,重复3 次以上实验,其中RT-LAMP检测方法即进行RNA的反转录扩增,即扩增体系中含有提取后的RNA模板,LAMP检测方法即进行DNA的扩增,即扩增体系中含有提取后的DNA模板,RT-LAMP检测方法与实施例3相同,LAMP的检测方法为现有的检测方法。
具体的结果见图2和图3。
由图2可知,RT-LAMP的最适温度为60°C;
由图3可知,RT-LAMP30min即可完成扩增。
实施例1-6,仅是本发明的较佳实施例而已,并非是对本发明所作的其它形式的限定,任何熟悉本专业的技术人员可能利用上述技术内容作为启示加以变更或改型为等同变化的等效实施例。但凡是未脱离本发明权利要求的技术实质,对以上实施例所作出的简单修改、等同变化与改型,仍属于本发明权利要求保护的范围。
SEQUENCE LISTING
<110> 中国人民解放军白求恩国际和平医院
<120> RT-LAMP检测结核分枝杆菌活菌的引物组合物、相应的试剂盒及检测方法
<130> 2017.5.25
<160> 5
<170> PatentIn version 3.3
<210> 1
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 正向外引物F3
<400> 1
tcctggctca ggacgaac 18
<210> 2
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 反向外引物B3
<400> 2
cgctttccac cacaagacat 20
<210> 3
<211> 40
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 正向内引物FIP
<400> 3
tcgccactcg agtatctccg aagcggcgtg cttaacacat 40
<210> 4
<211> 40
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 反向内引物BIP
<400> 4
agtaacacgt gggtgatctg ccatcccgtg gtcctatccg 40
<210> 5
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 反向环引物LB
<400> 5
ataagcctgg gaaactgggt 20

Claims (6)

1.一种RT-LAMP检测结核分枝杆菌活菌的引物组合物,其特征在于:所述RT-LAMP的引物组合物包括:
正向外引物F3:5’-TCCTGGCTCAGGACGAAC-3’;
反向外引物B3:5’-CGCTTTCCACCACAAGACAT-3’;
正向内引物FIP:5’-TCGCCACTCGAGTATCTCCGAAGCGGCGTGCTTAACACAT-3’;
反向内引物BIP:5’-AGTAACACGTGGGTGATCTGCCATCCCGTGGTCCTATCCG-3’;
反向环引物LB:5’-ATAAGCCTGGGAAACTGGGT-3’。
2.一种用于检测结核分枝杆菌活菌的RT-LAMP试剂盒,包括RT-LAMP扩增反应液,其特征在于:
所述RT-LAMP扩增反应液为25μL,包括如权利要求1所述的RT-LAMP检测结核分枝杆菌活菌的引物组合物;
所述RT-LAMP检测结核分枝杆菌活菌的引物组合物包括0.2μM正向外引物F3、0.2μM反向外引物B3、1.6μM正向内引物FIP、1.6μM反向内引物BIP、0.8μM反向环引物LB;
所述RT-LAMP扩增反应液还包括0.8 M 甜菜碱、8mM MgSO4、1.4 mM dNTPs,8 U Bst DNA聚合酶、20 U重组核糖核酸酶抑制剂、100U M-MLV反转录酶、2.5μL 10×buffer,1μL模板RNA,5mM/μL钙黄绿素、10mM/μL MnCl2、11.7μL去离子水。
3.一种RT-LAMP检测结核分枝杆菌活菌的方法,其特征在于,它利用权利要求2所述的用于检测结核分枝杆菌活菌的RT-LAMP试剂盒进行检测。
4.根据权利要求3所述的RT-LAMP检测结核分枝杆菌活菌的方法,其特征在于,它按照如下的步骤顺序进行:
(1)在反应管中加入0.2μM正向外引物F3、0.2μM反向外引物B3、1.6μM正向内引物FIP、1.6μM反向内引物BIP、0.8μM反向环引物LB、0.8 M 甜菜碱、8mM MgSO4、1.4 mM dNTPs,8 UBst DNA聚合酶、20 U重组核糖核酸酶抑制剂、100U M-MLV反转录酶、2.5μL 10×buffer、1μL模板RNA、5mM/μL钙黄绿素、10mM/μL MnCl2和11.7μL去离子水,并将反应管置于恒温水浴箱内反应;
(2)将步骤(1)的反应管置于90℃恒温水浴箱内2min,终止反应,根据反应管中液体的颜色变化判断扩增结果。
5.根据权利要求4所述的RT-LAMP检测结核分枝杆菌活菌的方法,其特征在于:所述恒温水浴箱的温度为60-65℃,反应时间为30-50 min。
6.根据权利要求5所述的RT-LAMP检测结核分枝杆菌活菌的方法,其特征在于:所述恒温水浴箱的温度为60℃,反应时间为50 min。
CN201710391775.XA 2017-05-27 2017-05-27 Rt-lamp检测结核分枝杆菌活菌的引物组合物、相应的试剂盒及检测方法 Active CN107099601B (zh)

Priority Applications (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN201710391775.XA CN107099601B (zh) 2017-05-27 2017-05-27 Rt-lamp检测结核分枝杆菌活菌的引物组合物、相应的试剂盒及检测方法

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN201710391775.XA CN107099601B (zh) 2017-05-27 2017-05-27 Rt-lamp检测结核分枝杆菌活菌的引物组合物、相应的试剂盒及检测方法

Publications (2)

Publication Number Publication Date
CN107099601A true CN107099601A (zh) 2017-08-29
CN107099601B CN107099601B (zh) 2020-10-23

Family

ID=59659086

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN201710391775.XA Active CN107099601B (zh) 2017-05-27 2017-05-27 Rt-lamp检测结核分枝杆菌活菌的引物组合物、相应的试剂盒及检测方法

Country Status (1)

Country Link
CN (1) CN107099601B (zh)

Cited By (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN109280711A (zh) * 2018-05-16 2019-01-29 深圳市第三人民医院(深圳市肝病研究所) 堪萨斯分枝杆菌的lamp检测引物组、检测试剂盒及其检测方法
CN110295165A (zh) * 2018-03-21 2019-10-01 北京智德医学检验所有限公司 一组用于检测眼内液中结核分枝杆菌的lamp引物及应用

Citations (7)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
JP2004344065A (ja) * 2003-05-22 2004-12-09 Asahi Kasei Corp オリゴヌクレオチド及びそれを用いた結核菌群の検出方法
CN101157954A (zh) * 2007-09-13 2008-04-09 中华人民共和国徐州出入境检验检疫局 基于环介导等温扩增技术的结核分枝杆菌核酸筛查方法
CN101302553A (zh) * 2008-05-30 2008-11-12 广州华峰生物科技有限公司 基于环介导等温扩增技术的结核分歧杆菌基因快速诊断试剂盒及其检测方法
CN101935693A (zh) * 2010-01-18 2011-01-05 广州华峰生物科技有限公司 结核分枝杆菌检测试剂盒及其使用方法
US20140353256A1 (en) * 2011-12-22 2014-12-04 Itn Nanovation Ag Multi-Barrier System For Water Treatment
CN105274193A (zh) * 2014-08-12 2016-01-27 沈阳国际旅行卫生保健中心 一种结核杆菌lamp法恒温快速检测试剂盒及检测方法
CN105907861A (zh) * 2016-05-05 2016-08-31 广州金域医学检验中心有限公司 一种用于分枝杆菌快速检测与分型的引物及方法

Patent Citations (7)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
JP2004344065A (ja) * 2003-05-22 2004-12-09 Asahi Kasei Corp オリゴヌクレオチド及びそれを用いた結核菌群の検出方法
CN101157954A (zh) * 2007-09-13 2008-04-09 中华人民共和国徐州出入境检验检疫局 基于环介导等温扩增技术的结核分枝杆菌核酸筛查方法
CN101302553A (zh) * 2008-05-30 2008-11-12 广州华峰生物科技有限公司 基于环介导等温扩增技术的结核分歧杆菌基因快速诊断试剂盒及其检测方法
CN101935693A (zh) * 2010-01-18 2011-01-05 广州华峰生物科技有限公司 结核分枝杆菌检测试剂盒及其使用方法
US20140353256A1 (en) * 2011-12-22 2014-12-04 Itn Nanovation Ag Multi-Barrier System For Water Treatment
CN105274193A (zh) * 2014-08-12 2016-01-27 沈阳国际旅行卫生保健中心 一种结核杆菌lamp法恒温快速检测试剂盒及检测方法
CN105907861A (zh) * 2016-05-05 2016-08-31 广州金域医学检验中心有限公司 一种用于分枝杆菌快速检测与分型的引物及方法

Non-Patent Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
MEI-FENG LEE等: "Evaluation of reverse transcription loop-mediated isothermal amplification in conjunction with ELISA–hybridization assay for molecular detection of Mycobacterium tuberculosis", 《JOURNAL OF MICROBIOLOGICAL METHODS》 *

Cited By (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN110295165A (zh) * 2018-03-21 2019-10-01 北京智德医学检验所有限公司 一组用于检测眼内液中结核分枝杆菌的lamp引物及应用
CN109280711A (zh) * 2018-05-16 2019-01-29 深圳市第三人民医院(深圳市肝病研究所) 堪萨斯分枝杆菌的lamp检测引物组、检测试剂盒及其检测方法

Also Published As

Publication number Publication date
CN107099601B (zh) 2020-10-23

Similar Documents

Publication Publication Date Title
CN109811072B (zh) 用于结核分枝杆菌复合群的crispr检测引物组及其用途
Bell et al. Detection of Bacillus anthracis DNA by LightCycler PCR
Hellyer et al. Detection of viable Mycobacterium tuberculosis by reverse transcriptase-strand displacement amplification of mRNA
CN110541022A (zh) 基于CRISPR-Cas12a系统的结核分枝杆菌复合群检测试剂盒
CN106893782B (zh) 一种检测并鉴定隐球菌的靶基因、引物和探针及试剂盒
Bi et al. A rapid loop-mediated isothermal amplification assay targeting hspX for the detection of Mycobacterium tuberculosis complex
Maďarová et al. A real-time PCR diagnostic method for detection of Naegleria fowleri
van Coppenraet et al. Mycobacterium haemophilum and lymphadenitis in children
JP2015057048A (ja) 食品試料における志賀毒素産生大腸菌(stec)の存否を決定する方法
CN104328171B (zh) 用于检测鼠金黄色葡萄球菌的环介导等温扩增引物、试剂盒及方法
KR20100031188A (ko) 결핵균군 또는 마이코박테리아 속 검출용 조성물 및 이를 이용한 실시간 다중 중합효소 연쇄반응에 의한 결핵균 및 마이코박테리아 속의 동시 분석 방법
CN105219874A (zh) 铜绿假单胞菌的psr检测方法及其专用引物与试剂盒
Zhang et al. Loop-mediated isothermal amplification assay targeting the mpb70 gene for rapid differential detection of Mycobacterium bovis
CN109234419A (zh) 炭疽杆菌双重荧光定量pcr检测试剂盒及检测方法
CN107099601A (zh) Rt‑lamp检测结核分枝杆菌活菌的引物组合物、相应的试剂盒及检测方法
Bölske et al. Diagnosis of paratuberculosis by PCR.
US7960106B2 (en) Diagnostic method and products useful therein
Aslanzadeh et al. Comparison of culture and acid-fast bacilli stain to PCR for detection ofMycobacterium tuberculosisin clinical samples
CN104328174B (zh) 一种检测鼠肺炎克雷伯氏菌的lamp引物、试剂盒及方法
CN106868113A (zh) 用于鉴定牛型结核分枝杆菌的snp标记及其应用
CN106939330A (zh) 鸟-胞分枝杆菌的实时荧光核酸恒温扩增检测试剂盒及其专用引物与探针
CN108070638B (zh) 一种检测恙虫病东方体的重组酶聚合酶恒温扩增方法、其专用引物和探针及用途
CN109628618A (zh) 用于检测结核分枝杆菌耐药性的核酸试剂、试剂盒、系统及方法
KR101765677B1 (ko) 결핵 및 비결핵 항산균 검출용 프라이머 세트 및 이를 이용한 검출 방법
CN105219879B (zh) 用于检测柑橘半穿刺线虫的引物组合物及其应用、由其组成的试剂盒及试剂盒的应用

Legal Events

Date Code Title Description
PB01 Publication
PB01 Publication
SE01 Entry into force of request for substantive examination
SE01 Entry into force of request for substantive examination
TA01 Transfer of patent application right
TA01 Transfer of patent application right

Effective date of registration: 20200911

Address after: 050082 No. 398 West Zhongshan Road, Qiaoxi District, Hebei, Shijiazhuang

Applicant after: NO.980 HOSPITAL, PEOPLE'S LIBERATION ARMY JOINT SERVICE SUPPORT FORCE

Address before: 050000 Department of infectious diseases, Heping Hospital, PLA Bethune international 398, Zhongshan West Road, Shijiazhuang, Hebei Province, China

Applicant before: BETHUNE INTERNATIONAL PEACE HOSPITAL OF PLA

GR01 Patent grant
GR01 Patent grant