CN106048095A - 同步检测3种侵染瓜类的rna病毒的引物组、试剂盒及其应用 - Google Patents
同步检测3种侵染瓜类的rna病毒的引物组、试剂盒及其应用 Download PDFInfo
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Abstract
本发明属于农业生物技术领域,本发明公开了一种同步检测3种侵染瓜类的RNA病毒的引物组、试剂盒及其应用。本发明利用专门针对瓜类褪绿黄化病毒(CCYV)、甜瓜坏死斑点病毒(MNSV)、甜瓜黄化斑点病毒(MYSV)等3种病毒的3对特异引物对CCYV‑F/CCYV‑R、MNSV‑F/MNSV‑R、MYSV‑F/MYSV‑R,并结合一步法RT‑PCR检测技术,实现了对3种病毒的同时鉴别。应用本发明,在提取样品总RNA后,仅需一次RT‑PCR检测即可实现对3种侵染瓜类的RNA病毒的检测,为调查鉴定提供了较为简便的方法。与传统RT‑PCR一次仅能检测一种病毒相比,该法既减少了成本又节约了时间,既保证了灵敏性和特异性同时也简化了操作,是一种特异、灵敏、方便且经济有效的检测方法。
Description
技术领域
本发明属于植物类病毒检测技术领域,尤其涉及一种同步检测3种侵染瓜类的RNA病毒的引物组、试剂盒,以及鉴定瓜类褪绿黄化病毒、甜瓜坏死斑点病毒、甜瓜黄化斑点病毒的引物对或引物组及其试剂盒。
背景技术
瓜类褪绿黄化病毒(Cucurbat chlorotic yellows virus,CCYV)属于长线病毒科(Closteroviridae)毛形病毒属(Crinivirus)。基因组由双链RNA组成(即RNA1(8607nt)和RNA2(8041nt)),以介体烟粉虱进行半持久性传播。主要为害西瓜、甜瓜、黄瓜等,以甜瓜大面积发病最为常见。该病最早于2004年在日本观察到,至2010年其病原才被揭示。在我国,古勤生等2007年在宁波、上海等地发现。随后在海南、河南、北京和山东等地有报道。2014-2015年本课题组调查发现,该病在南宁市、北海市部分甜瓜大棚中发病率高达20-70%以上,危害较重。
甜瓜坏死斑点病毒(Melon necrotic spot virus,MNSV)属于甜瓜丛矮病毒科(Tombusviridae)香石竹斑驳病毒属(Carmovirus),基因组为正义单链RNA,约4.3kb。甜瓜坏死斑点病毒主要通过种子、土壤真菌瓜油壶菌(Olpidium radicale)和黄瓜黑头叶甲进行自然传播,另外也可通过机械接种进行传播,寄主范围限于葫芦科植物西瓜、南瓜、葫芦、黄瓜、甜瓜等,其中甜瓜为系统侵染寄主。该病最早于日本报道,随后在美国、希腊、瑞典、意大利和突尼斯等国家出现。我国于2007年在江苏省海门市温室甜瓜中发现该病,2015年山东寿光也有报道。2015年本课题组调查发现,该病在广西也有发生。
甜瓜黄化斑点病毒(Melon yellow spot virus,MYSV),属于布尼亚病毒科(Bunyaviridae)甜瓜斑萎病毒属(Tospovirus)。基因组包括3个单链线性RNA片段即L RNA、M RNA和S RNA。在植株间主要是通过棕榈蓟马(Thri pspalmi Karny)以持久方式传播,也可通过汁液机械传播。主要为害甜瓜、西瓜、黄瓜和苦瓜等葫芦科作物,该病毒于2000年在日本首次发现并命名,2008年我国台湾的西瓜发现受到该病毒侵染,2009年在海南省三亚市大棚甜瓜被发现受到该病毒侵染。随后,广东的西瓜和山东寿光的黄瓜也有报道。2011年古勤生等调查发现,海南三亚保护地甜瓜上MYSV的发病率为30-100%,造成严重的经济损失。2014年起,本课题组在南宁市、北海市等地的甜瓜大棚中发现该病,发病后期造成甜瓜畸形,丧失经济价值,造成严重的经济损失
上述3种病毒均属于RNA病毒。而传统的鉴别方法如:生物学接种法、电镜观察法、血清学检测法、分子生物学方法等方法要么费时费钱,要么需要昂贵的仪器设备,目前,尚未见到使用RT-PCR一次即可区分这3种病毒的方法。
本发明提供的3对引物组由发明人自行设计,并完成了多重PCR的体系优化,引物配比优化等相关工作;多重PCR就是为了减轻工作量,减少耗材的使用等;设计3对引物组,可以扩增不同大小的目的条带,便于区分各病毒。
发明内容
本发明要解决的技术问题是提供一种同步检测3种侵染瓜类的RNA病毒的引物组、试剂盒及其应用。
为解决上述技术问题,本发明采用以下技术方案:
一种同步检测3种侵染瓜类的RNA病毒的引物组,包括3对特异性引物对,分别是引物对CCYV-F和CCYV-R、引物对MNSV-F和MNSV-R、引物对MYSV-F和MYSV-R,其分别具有如SEQID No.1至SEQ ID No.6所示的序列。
一种用于鉴定瓜类褪绿黄化病毒的引物对,包括特异性引物CCYV-F和CCYV-R,它们分别具有序列表SEQ.ID.No.1至SEQ.ID.No.2的碱基序列。
一种用于鉴定甜瓜坏死斑点病毒的引物对,包括特异性引物MNSV-F和MNSV-R,它们分别具有序列表SEQ.ID.No.3至SEQ.ID.No.4的碱基序列。
一种用于鉴定甜瓜黄化斑点病毒的引物对,包括特异性引物MYSV-F和MYSV-R,它们分别具有序列表SEQ.ID.No.5至SEQ.ID.No.6的碱基序列。
一种同步检测3种侵染瓜类的RNA病毒的试剂盒,包括反转录试剂、PCR试剂、DEPC水和RNase-free水,其特征在于:所述的PCR试剂中含有3对特异性引物对,分别是引物对CCYV-F和CCYV-R、引物对MNSV-F和MNSV-R、引物对MYSV-F和MYSV-R,其分别具有如SEQ IDNo.1至SEQ ID No.6所示的序列。
作为优选,所述的PCR试剂每管20μL,其中2×one Step Buffer 10μL,PrimeScript one Step Enzyme Mix 0.8μL,引物CCYV-F/R各0.2μL、MNSV-F/R各0.2μL、MYSV-F/R各0.3μL,模板RNA 1.2μL及ddH2O 6.6μL。
作为优选,所述的引物CCYV-F/R、MNSV-F/R、MYSV-F/R的使用浓度为10μM。
本发明还提供了所述的同步检测3种侵染瓜类的RNA病毒的引物组、所述的引物对或所述的同步检测3种侵染瓜类的RNA病毒的试剂盒在鉴别瓜类褪绿黄化病毒、甜瓜坏死斑点病毒、甜瓜黄化斑点病毒中的应用。
与现有技术相比,本发明具有以下有益效果:
1.本发明的同步检测3种侵染瓜类的RNA病毒的方法是针对目前3种侵染瓜类的RNA病毒(CCYV、MNSV和MYSV)危害严重却又缺乏快速有效鉴别手段的问题,发明人根据3种病毒的基因序列分别优化设计了对应的3对特异引物CCYV-F/CCYV-R、MNSV-F/MNSV-R、MYSV-F/MYSV-R,并结合RT-PCR检测技术建立的。
2.应用本发明的同步检测3种侵染瓜类的RNA病毒的方法,在提取样品总RNA后,仅需一次RT-PCR检测即可实现对3种侵染瓜类的RNA病毒的检测,为调查鉴定提供了较为简便的方法。与传统RT-PCR一次仅能检测一种病毒相比,该法既减少了成本又节约了时间,既保证了灵敏性和特异性同时也简化了操作,是一种特异、灵敏、方便且经济有效的检测方法。
附图说明
图1为本发明所建立的同步检测3种侵染瓜类的RNA病毒的特异性实验结果图;
其中,M-DM2000标准分子量;1-健康甜瓜植株;2-已知感染瓜类褪绿黄化病毒样品;3-已知感染甜瓜坏死斑点病毒样品;4-已知感染甜瓜黄化斑点病毒样品;5已知感染瓜类褪绿黄化病毒、甜瓜坏死斑点病毒和甜瓜黄化斑点病毒的样品。
图2为应用本发明所建立的同步检测3种侵染瓜类的RNA病毒方法的实例结果图;
其中,M-DM2000标准分子量;1-健康甜瓜植株;2-已知感染瓜类褪绿黄化病毒样品;3-已知感染甜瓜坏死斑点病毒样品;4-已知感染甜瓜黄化斑点病毒样品;5已知感染瓜类褪绿黄化病毒、甜瓜坏死斑点病毒的样品;6-已知感染甜瓜坏死斑点病毒、甜瓜黄化斑点病毒的样品;7-已知感染瓜类褪绿黄化病毒、甜瓜黄化斑点病毒的样品。
具体实施方式
下面结合具体实施例,对本发明作进一步详细的阐述,但本发明的实施方式并不局限于实施例表示的范围。这些实施例仅用于说明本发明,而非用于限制本发明的范围。此外,在阅读本发明的内容后,本领域的技术人员可以对本发明作各种修改,这些等价变化同样落于本发明所附权利要求书所限定的范围。
下述实施例中所使用的实验方法如无特殊说明,均为常规方法。下述实施例中所使用的材料、试剂等,如无特殊说明,均可从商业途径得到。
实施例1:引物设计
根据NCBI上已报道的瓜类褪绿黄化病毒(AB523789)、甜瓜坏死斑点病毒(M29671)、甜瓜黄化斑点病毒(AF076151)来设计并优选而得3组引物对,具体配对如下表1。
表1同步检测3种侵染瓜类的RNA病毒的引物组
特异引物对 | 针对病毒 | 扩增目的条带大小 |
CCYV-F/CCYV-R | CCYV | 877bp |
MNSV-F/MNSV-R | MNSV | 549bp |
MYSV-F/MYSV-R | MYSV | 370bp |
实施例2:
待测样本包括:1-健康甜瓜植株;2-已知感染瓜类褪绿黄化病毒样品;3-已知感染甜瓜坏死斑点病毒样品;4-已知感染甜瓜黄化斑点病毒样品;5-已知同时感染瓜类褪绿黄化病毒、甜瓜黄化斑点病毒和甜瓜坏死斑点病毒样品。
按下列步骤对各样品分别进行RT-PCR检测。
(1)提取样品总RNA
称取0.1g待测样本于研钵中,加入液氮研磨,研磨后迅速转移至装有1mL TRNzol-A+总RNA提取试剂的1.5mL离心管中,剧烈震荡后冰上放置5min,加入200μL氯仿剧烈震荡,室温放置3min,12000rpm离心10min,取400μL上清液至新EP管中,加入240μL异丙醇,颠倒混匀,室温放置12000min离心10min,弃上清,75%乙醇(RNase-Free水配制)清洗两次,通风橱内晾干,加入50μL RNase-Free水溶解沉淀,-80℃保存备用;
(2)RT-PCR反应
反应体系:RT-PCR混合液20μL,其中2×one Step Buffer 10μL,PrimeScript oneStep Enzyme Mix 0.8μL,引物CCYV-F/R各0.2μL、MNSV-F/R各0.2μL、MYSV-F/R各0.3μL(各引物的使用浓度为10μM),模板RNA 1.2μL及ddH2O 6.6μL;
引物序列如下:
CCYV-F:CGTAAGTGATCGCAATCAA,见SEQ.ID.No.1;
CCYV-R:AGTGATCACTTGACCATCTCC,见SEQ.ID.No.2;
MNSV-F:GGCAACATTTCGTACACTGAGG,见SEQ.ID.No.3;
MNSV-R:ACCAGCACCAGAATAAGTAGCG,见SEQ.ID.No.4;
MYSV-F:GCCTGTTCCATGAATTGCACC,见SEQ.ID.No.5;
MYSV-R:AGCTTCCATTGGTTGCTGCG,见SEQ.ID.No.6;
扩增程序:50℃30min,94℃2min;随后进行30-35个循环,每个循环包括94℃30s,55℃45s,72℃45s;最后72℃10min;
(3)电泳检测
取5μL PCR产物经加入1.2‰的gel-red荧光染料的1.2%琼脂糖凝胶在1×TAE电泳缓冲液和120V电压条件下电泳30-40min,电泳完成后放置于荧光成像系统下观察。
(4)检测结果
结果如图1所示,在仅感染瓜类褪绿黄化病毒的甜瓜样品中可以观察到一条877bp核酸条带;在仅感染甜瓜坏死斑点病毒的甜瓜样品中可以观察到一条549bp核酸条带;在仅感染甜瓜黄化斑点病毒的甜瓜样品中可以观察到一条370bp核酸条带;同时感染三种病毒的样品中可以观察到三条对应大小的核酸条带。
实施例3:
参照实施例2检测步骤对各样品分别进行RT-PCR检测。
待测样本包括:1-健康甜瓜植株;2-已知感染瓜类褪绿黄化病毒样品;3-已知感染甜瓜坏死斑点病毒样品;4-已知感染甜瓜黄化斑点病毒样品;5-已知感染瓜类褪绿黄化病毒和甜瓜坏死斑点病毒的样品;6-已知感染瓜甜瓜坏死斑点病毒和甜瓜黄化斑点病毒的样品;7-已知感染瓜类褪绿黄化病毒和甜瓜黄化斑点病毒的样品。
检测结果如图2所示,在仅感染瓜类褪绿黄化病毒的甜瓜样品中可以观察到一条877bp核酸条带;在仅感染甜瓜坏死斑点病毒的甜瓜样品中可以观察到一条549bp核酸条带;在仅感染甜瓜黄化斑点病毒的甜瓜样品中可以观察到一条370bp核酸条带;同时感染以上任意两种病毒的样品中可以观察到两条对应大小的核酸条带。
综上所述,应用本发明的同步检测3种侵染瓜类的RNA病毒的引物组、试剂盒,在提取样品总RNA后,仅需一次RT-PCR检测即可实现对3种侵染瓜类的RNA病毒的检测,为调查鉴定提供了较为简便的方法。与传统RT-PCR一次仅能检测一种病毒相比,该法既减少了成本又节约了时间,既保证了灵敏性和特异性同时也简化了操作,是一种特异、灵敏、方便且经济有效的检测方法。
Claims (8)
1.一种同步检测3种侵染瓜类的RNA病毒的引物组,其特征在于:包括3对特异性引物对,分别是引物对CCYV-F和CCYV-R、引物对MNSV-F和MNSV-R、引物对MYSV-F和MYSV-R,其分别具有如SEQ ID No.1至SEQ ID No.6所示的序列。
2.一种用于鉴定瓜类褪绿黄化病毒的引物对,包括特异性引物CCYV-F和CCYV-R,它们分别具有序列表SEQ.ID.No.1至SEQ.ID.No.2的碱基序列。
3.一种用于鉴定甜瓜坏死斑点病毒的引物对,包括特异性引物MNSV-F和MNSV-R,它们分别具有序列表SEQ.ID.No.3至SEQ.ID.No.4的碱基序列。
4.一种用于鉴定甜瓜黄化斑点病毒的引物对,包括特异性引物MYSV-F和MYSV-R,它们分别具有序列表SEQ.ID.No.5至SEQ.ID.No.6的碱基序列。
5.一种同步检测3种侵染瓜类的RNA病毒的试剂盒,包括反转录试剂、PCR试剂、DEPC水和RNase-free水,其特征在于:所述的PCR试剂中含有3对特异性引物对,分别是引物对CCYV-F和CCYV-R、引物对MNSV-F和MNSV-R、引物对MYSV-F和MYSV-R,其分别具有如SEQ IDNo.1至SEQ ID No.6所示的序列。
6.根据权利要求5所述的同步检测3种侵染瓜类的RNA病毒的试剂盒,其特征在于:所述的PCR试剂每管20μL,其中2×one Step Buffer 10μL,PrimeScript one Step Enzyme Mix0.8μL,引物CCYV-F/R各0.2μL、MNSV-F/R各0.2μL、MYSV-F/R各0.3μL,模板RNA1.2μL和ddH2O6.6μL。
7.根据权利要求6所述的同步检测3种侵染瓜类的RNA病毒的试剂盒,其特征在于:所述的引物CCYV-F/R、MNSV-F/R、MYSV-F/R的使用浓度为10μM。
8.根据权利要求1所述的同步检测3种侵染瓜类的RNA病毒的引物组、权利要求2-4任一所述的引物对或权利要求5-7任一所述的同步检测3种侵染瓜类的RNA病毒的试剂盒在鉴别瓜类褪绿黄化病毒、甜瓜坏死斑点病毒、甜瓜黄化斑点病毒中的应用。
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Date | Code | Title | Description |
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C06 | Publication | ||
PB01 | Publication | ||
C10 | Entry into substantive examination | ||
SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
WW01 | Invention patent application withdrawn after publication |
Application publication date: 20161026 |
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WW01 | Invention patent application withdrawn after publication |