CN106047992A - Cyp2c19*2 检测用探针及 cyp2c19*3 检测用探针 - Google Patents

Cyp2c19*2 检测用探针及 cyp2c19*3 检测用探针 Download PDF

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平山幸
平山幸一
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Abstract

本发明提供了CYP2C19*2检测用探针及CYP2C19*3检测用探针，对CYP2C19基因的突变型等位基因CYP2C19*2及CYP2C19*3分别高精度地进行纯合子及杂合子的鉴别以及高精度地进行野生型等位基因的鉴别。含有由序列：5’‑TTTCCCRGGAACC‑3’或在该序列的两端添加1～5个碱基的序列构成的13～23个碱基长度的寡核苷酸，含有由序列：5’‑CCCCCTGRATCCAGG‑3’或在该序列的两端添加1～5个碱基的序列构成的、整体为15～25个碱基长度的寡核苷酸。

Description

CYP2C19*2检测用探针及CYP2C19*3检测用探针
技术领域
本发明涉及一种用于判定参与药物代谢的酶的细胞色素P450 2C19(CYP2C19)基因中存在的突变型等位基因：CYP2C19*2的CYP2C19*2检测用探针及CYP2C19*3的CYP2C19*3检测用探针。
背景技术
细胞色素P450(CYP)为参与药物代谢的酶。报导在细胞色素P450中有20种以上的分子类型，以在“CYP”后紧接着表示家族的阿拉伯数字、表示亚家族的字母及表示分子类型编号的阿拉伯数字的组合来标示。其中，已知CYP2C19参与奥美拉唑及兰索拉唑之类的胃酸抑制药、作为催眠镇痛药的地西泮、作为抗癫痫药的苯妥英、作为抗抑郁药的丙咪嗪、作为疟疾治疗药的氯胍等许多药剂的代谢。
另外，通过CYP2C19基因的突变分析，鉴定参与上述药物的代谢活性降低的基因突变。具体而言，已知位于第5外显子的第681位的鸟嘌呤突变为腺嘌呤的多态性(G681A)。对该单核苷酸多态性所赋予的rs号为rs4244285，将该多态性的突变等位基因记载为CYP2C19*2，将野生型等位基因记载为CYP2C19*1。还已知位于第4外显子的第636位的鸟嘌呤突变为腺嘌呤的多态性(G636A)，对该单核苷酸多态性所赋予的rs号为rs4986893，将该多态性的突变等位基因记载为CYP2C19*3。
已知突变型等位基因CYP2C19*2及CYP2C19*3均为缺失酶活性的突变，与具有野生型等位基因纯合子的个体相比，具有CYP2C19*2纯合子的个体、具有CYP2C19*3纯合子的个体、具有CYP2C19*2及CYP2C19*3的个体，其上述药剂的代谢速度延迟。予以说明，具有CYP2C19*2杂合子及CYP2C19*3杂合子的任一个的个体，为介于具有野生型等位基因纯合子的个体和具有CYP2C19*2纯合子的个体、具有CYP2C19*3纯合子的个体、具有CYP2C19*2及CYP2C19*3的个体的中间的代谢速度。
如此，关于CYP2C19参与代谢的药剂，通过检查药物施用对象中的CYP2C19基因的单核苷酸多态性，可以确定适当的药物施用量。
例如，在专利文献1中公开了将含有CYP2C19*2及CYP2C19*3的CYP2C19基因的多态性进行分型，基于其评价对抗血小板剂(特别是氯吡格雷)的应答的技术。但是，在专利文献1中，关于用于检测这些CYP2C19*2及CYP2C19*3的探针等，没有被公开。
另外，在专利文献2中，公开了基于含有CYP2C19*2及CYP2C19*3的CYP2C19基因、或其它基因中所含的多态性，选择给予患者的药物(例如精神药物)的方法。但是，在专利文献2中，关于用于检测这些CYP2C19*2及CYP2C19*3的探针等，没有被公开。
现有技术文献
专利文献
专利文献1：日本特表2011-512788公报
专利文献2：日本特表2007-525154公报
发明内容
发明所要解决的课题
然而，目前，对CYP2C19基因中的突变型等位基因CYP2C19*2及CYP2C19*3高精度地进行纯合子及杂合子的鉴别、以及野生型等位基因的鉴别的技术不为人知。
因此，本发明的目的在于，鉴于上述情况，提供一种可以对CYP2C19基因中的突变型等位基因CYP2C19*2及CYP2C19*3分别高精度地进行纯合子及杂合子的鉴别以及野生型等位基因的鉴别的CYP2C19*2检测用探针及CYP2C19*3检测用探针、以及使用它们获得用于预测药物代谢能力的数据的方法。
用于解决课题的技术方案
本发明人等为了达到上述的目的，进行了深入研究，结果发现了能够检测CYP2C19基因中的突变型等位基因CYP2C19*2及CYP2C19*3的适当的碱基序列，直至完成本发明。予以说明，用于判定多态性基因型的探针并不是只要阐明多态性在基因中的位置、就可以任意地制造，需要寻找针对每个该多态性突变的具有适当的碱基序列的探针。
(1)一种CYP2C19*2检测用探针，其含有由序列：5’-TTTCCCRGGAACC-3’(序列号1，R为A或G)或与该序列互补的序列构成的、或由在该序列或该互补的序列的两端添加1～5个碱基的序列构成的、整体为13～23个碱基长度的寡核苷酸。
(2)如(1)所述的CYP2C19*2检测用探针，其特征在于，上述寡核苷酸的碱基序列为在序列号1所示的碱基序列的5’末端添加A、5’-TA-3’、5’-TTA-3’、5’-ATTA-3’及5’-GATTA-3’中的任一个、在上述序列的3’末端添加C、5’-CA-3’、5’-CAT-3’、5’-CATA-3’及5’-CATAA-3’中的任一个的碱基序列或与该碱基序列互补的序列。
(3)如(1)所述的CYP2C19*2检测用探针，其特征在于，上述寡核苷酸的碱基序列为序列号2～6中的任一个的碱基序列或与该碱基序列互补的序列：
ATTTCCCRGGAACCC(序列号2)
TATTTCCCRGGAACCCA(序列号3)
TTATTTCCCRGGAACCCAT(序列号4)
ATTATTTCCCRGGAACCCATA(序列号5)
GATTATTTCCCRGGAACCCATAA(序列号6)。
(4)一种CYP2C19*3检测用探针，其含有由序列：5’-CCCCCTGRATCCAGG-3’(序列号7，R为A或G)或与该序列互补的序列构成的、或由在该序列或该互补的序列的两端添加1～5个碱基的序列构成的、整体为15～25个碱基长度的寡核苷酸。
(5)如(4)所述的CYP2C19*3检测用探针，其特征在于，上述寡核苷酸的碱基序列为在序列号7所示的碱基序列的5’末端添加A、5’-CA-3’、5’-GCA-3’、5’-AGCA-3’及5’-AAGCA-3’中的任一个、在上述序列的3’末端添加T、5’-TA-3’、5’-TAA-3’、5’-TAAG-3’及5’-TAAGG-3’中的任一个的碱基序列或与该碱基序列互补的序列。
(6)如(4)所述的CYP2C19*3检测用探针，其特征在于，上述寡核苷酸的碱基序列为序列号8～13中的任一个的碱基序列或与该碱基序列互补的序列：
ACCCCCTGRATCCAGGT(序列号8)
CACCCCCTGRATCCAGGTA(序列号9)
CACCCCCTGRATCCAGGTAA(序列号10)
GCACCCCCTGRATCCAGGTAA(序列号11)
AGCACCCCCTGRATCCAGGTAAG(序列号12)
AAGCACCCCCTGRATCCAGGTAAGG(序列号13)。
(7)一种微阵列，其具有上述(1)～(3)中任一项所述的CYP2C19*2检测用探针和/或上述(4)～(6)中任一项所述的CYP2C19*3检测用探针。
(8)一种获得用于预测药物代谢能力的数据的方法，所述方法判定rs4244285的基因型，其中，所述方法包括：
将来自受试者的基因组作为模板，扩增含有CYP2C19基因中的由rs4244285标识的多态性位点的核酸片段的工序；
使得到的核酸片段与上述(1)～(3)中任一项所述的CYP2C19*2检测用探针接触的工序；
检测得到的核酸片段与上述CYP2C19*2检测用探针的杂交的工序。
(9)如(8)所述的获得用于预测药物代谢能力的数据的方法，其特征在于，在上述rs4244285的基因型为突变型等位基因CYP2C19*2的纯合子或杂合子的情况下，判定为药剂代谢能力低。
(10)如(8)所述的获得用于预测药物代谢能力的数据的方法，其特征在于，作为上述CYP2C19*2检测用探针，使用与由rs4244285标识的多态性的野生型等位基因对应的寡核苷酸和与突变型等位基因对应的寡核苷酸。
(11)如(8)所述的获得用于预测药物代谢能力的数据的方法，其特征在于，与由rs4244285标识的多态性的野生型等位基因对应的上述寡核苷酸和与突变型等位基因对应的上述寡核苷酸长度相同或相差2个碱基以内。
(12)一种获得用于预测药物代谢能力的数据的方法，所述方法判定rs4986893的基因型，其中，所述方法包括：
将来自受试者的基因组作为模板，扩增含有CYP2C19基因中的由rs4986893标识的多态性位点的核酸片段的工序；
使得到的核酸片段与上述(4)～(6)中任一项所述的CYP2C19*3检测用探针接触的工序；
检测得到的核酸片段与上述CYP2C19*3检测用探针的杂交的工序。
(13)如(12)所述的获得用于预测药物代谢能力的数据的方法，其特征在于，在上述rs4986893的基因型为突变型等位基因CYP2C19*3的纯合子或杂合子的情况下，判定为药剂代谢能力低。
(14)如(12)所述的获得用于预测药物代谢能力的数据的方法，其特征在于，作为上述CYP2C19*3检测用探针，使用与由rs4986893标识的多态性的野生型等位基因对应的寡核苷酸和与突变型等位基因对应的寡核苷酸。
(15)如(12)所述的获得用于预测药物代谢能力的数据的方法，其特征在于，与由rs4986893标识的多态性的野生型等位基因对应的上述寡核苷酸和与突变型等位基因对应的上述寡核苷酸长度相同或相差2个碱基以内。
(16)如(8)或(12)所述的获得用于预测药物代谢能力的数据的方法，其特征在于，使用上述(7)所述的微阵列。
(17)如(8)或(12)所述的获得用于预测药物代谢能力的数据的方法，其特征在于，在上述扩增核酸片段的工序中得到的核酸片段具有荧光标记，在上述检测杂交的工序中测定该荧光标记的荧光强度值。
(18)如(8)或(12)所述的获得用于预测药物代谢能力的数据的方法，其特征在于，上述药物为奥美拉唑和/或兰索拉唑。
发明效果
本发明的CYP2C19*2检测用探针及CYP2C19*3检测用探针能够与扩增CYP2C19基因中的含有rs4244285的区域获得的核酸片段及扩增CYP2C19基因中的含有rs4986893的区域获得的核酸片段、根据rs4244285的基因型及rs4986893的基因型分别特异性地杂交。因此，通过利用本发明的CYP2C19*2检测用探针及CYP2C19*3检测用探针，能够通过杂交这样的简单的处理高精度地判定rs4244285的基因型及rs4986893的基因型。
另外，由于本发明的DNA芯片具备上述CYP2C19*2检测用探针和/或CYP2C19*3检测用探针，因此，可以在判定rs4244285的基因型和/或rs4986893的基因型时利用。即，通过利用本发明的DNA芯片，能够通过简单的处理高精度地判定rs4244285的基因型和/或rs4986893的基因型。
进而，本发明的获得用于预测药物代谢能力的数据的方法利用了使用上述CYP2C19*2检测用探针和/或CYP2C19*3检测用探针，对受试者的基因组中的rs4244285的基因型和/或rs4986893的基因型进行简便且高精度地判定的结果。因此，根据本发明的获得用于预测药物代谢能力的数据的方法，可以通过简单的处理而得到该数据。
具体实施方式
本发明的CYP2C19*2检测用探针及CYP2C19*3检测用探针分别检测rs4244285的基因型和/或rs4986893的基因型。
CYP2C19*2检测用探针包含由与含有由rs4244285标识的单核苷酸多态性的规定的区域对应的序列：5’-TTTCCCRGGAACC-3’(序列号1，R为A或G)或与该序列互补的序列构成的、或由在该序列或该互补的序列的两端添加1～5个碱基的序列构成的、整体为13～23个碱基长度的寡核苷酸。
换句话说，本发明的CYP2C19*2检测用探针既可以为由序列：TTTCCCRGGAACC构成的寡核苷酸，也可以为由在序列：TTTCCCRGGAACC的3’末端和/或5’末端添加1～5个碱基的序列构成的寡核苷酸。在此，可以在序列：TTTCCCRGGAACC的5’末端添加的1～5个碱基具体而言为A、5’-TA-3’、5’-TTA-3’、5’-ATTA-3’及5’-GATTA-3’。另外，可以在序列：TTTCCCRGGAACC的3’末端添加的1～5个碱基具体而言为C、5’-CA-3’、5’-CAT-3’、5’-CATA-3’及5’-CATAA-3’。
或者，本发明的CYP2C19*2检测用探针既可以为由序列：TTTCCCRGGAACC的互补序列构成的寡核苷酸，也可以为由在序列：TTTCCCRGGAACC的互补序列的3’末端和/或5’末端添加1～5个碱基的序列构成的寡核苷酸。在此，可以在序列：TTTCCCRGGAACC的互补序列的5’末端添加的1～5个碱基具体而言为A、5’-TA-3’、5’-TTA-3’、5’-ATTA-3’及5’-GATTA-3’的互补链。另外，可以在序列：TTTCCCRGGAACC的互补序列的3’末端添加的1～5个碱基具体而言为C、5’-CA-3’、5’-CAT-3’、5’-CATA-3’及5’-CATAA-3’的互补链。
更具体而言，作为本发明的CYP2C19*2检测用探针，优选设为由序列号1～6中的任一个的碱基序列构成的寡核苷酸：
5’-TTTCCCRGGAACC-3’(序列号1)
5’-ATTTCCCRGGAACCC-3’(序列号2)
5’-TATTTCCCRGGAACCCA-3’(序列号3)
5’-TTATTTCCCRGGAACCCAT-3’(序列号4)
5’-ATTATTTCCCRGGAACCCATA-3’(序列号5)
5’-GATTATTTCCCRGGAACCCATAA-3’(序列号6)。
rs4244285为位于CYP2C19基因的第5外显子的单核苷酸多态性，野生型的第681位为鸟嘌呤(G)，记载为野生型等位基因：CYP2C19*1，突变型为腺嘌呤(A)，记载为突变型等位基因：CYP2C19*2。已知突变型等位基因：CYP2C19*2作为使药物的代谢延迟的突变。因此，已知具有突变型等位基因：CYP2C19*2纯合子或杂合子的个体与具有野生型等位基因纯合子的个体相比，药物代谢延迟。
另一方面，CYP2C19*3检测用探针包含由与含有由rs4986893标识的单核苷酸多态性的规定的区域对应的序列：5’-CCCCCTGRATCCAGG-3’(序列号7，R为A或G)或与该序列互补的序列构成的、或由在该序列或该互补的序列的两端添加1～5个碱基的序列构成的、整体为15～25个碱基长度的寡核苷酸。
换句话说，本发明的CYP2C19*3检测用探针既可以为由序列：CCCCCTGRATCCAGG构成的寡核苷酸，也可以为由在序列：CCCCCTGRATCCAGG的3’末端和/或5’末端添加1～5个碱基的序列构成的寡核苷酸。在此，可以在序列：CCCCCTGRATCCAGG的5’末端添加的1～5个碱基具体而言为A、5’-CA-3’、5’-GCA-3’、5’-AGCA-3’及5’-AAGCA-3’。另外，可以在序列：CCCCCTGRATCCAGG的3’末端添加的1～5个碱基具体而言为T、5’-TA-3’、5’-TAA-3’、5’-TAAG-3’及5’-TAAGG-3’。
或者，本发明的CYP2C19*3检测用探针既可以为由序列：CCCCCTGRATCCAGG的互补序列构成的寡核苷酸，也可以为由在序列：CCCCCTGRATCCAGG的互补序列的3’末端和/或5’末端添加1～5个碱基的序列构成的寡核苷酸。在此，可以在序列：CCCCCTGRATCCAGG的互补序列的5’末端添加的1～5个碱基具体而言为A、5’-CA-3’、5’-GCA-3’、5’-AGCA-3’及5’-AAGCA-3’的互补链。另外，可以在序列：CCCCCTGRATCCAGG的互补序列的3’末端添加的1～5个碱基具体而言为T、5’-TA-3’、5’-TAA-3’、5’-TAAG-3’及5’-TAAGG-3’的互补链。
更具体而言，作为本发明的CYP2C19*3检测用探针，优选设为由序列号7～13中的任一个的碱基序列构成的寡核苷酸：
5’-CCCCCTGRATCCAGG-3’(序列号7)
5’-ACCCCCTGRATCCAGGT-3’(序列号8)
5’-CACCCCCTGRATCCAGGTA-3’(序列号9)
5’-CACCCCCTGRATCCAGGTAA-3’(序列号10)
5’-GCACCCCCTGRATCCAGGTAA-3’(序列号11)
5’-AGCACCCCCTGRATCCAGGTAAG-3’(序列号12)
5’-AAGCACCCCCTGRATCCAGGTAAGG-3’(序列号13)。
rs4986893为位于CYP2C19基因的第4外显子的单核苷酸多态性，野生型的第636位为鸟嘌呤(G)，记载为野生型等位基因：CYP2C19*1，突变型为腺嘌呤(A)，记载为突变型等位基因：CYP2C19*3。已知具有突变型等位基因：CYP2C19*3纯合子或杂合子的个体与具有野生型等位基因纯合子的个体相比，药物代谢延迟。
在此，作为CYP2C19参与代谢的药剂，可以列举：奥美拉唑及兰索拉唑之类的胃酸抑制药、作为催眠镇痛药的地西泮、作为抗癫痫药的苯妥英、作为抗抑郁药的丙咪嗪、吗氯贝胺及氯米帕明、作为疟疾治疗药的氯胍、作为肌松弛药的肌安宁、作为抗真菌药的伏立康唑等。
本发明的CYP2C19*2检测用探针及CYP2C19*3检测用探针优选为核酸，更优选为DNA。在DNA中既包含双链，也包含单链，但本发明的CYP2C19*2检测用探针及CYP2C19*3检测用探针优选单链DNA。
本发明的CYP2C19*2检测用探针及CYP2C19*3检测用探针例如可以通过利用核酸合成装置化学合成而获得。作为核酸合成装置，可以使用被称为DNA合成仪、全自动核酸合成设备、核酸自动合成设备等的设备。
本发明的CYP2C19*2检测用探针及CYP2C19*3检测用探针优选通过将其5’末端在载体上固定化、以微阵列(例如DNA芯片)的形式使用。此时，微阵列优选具有由与作为rs4244285的基因型中的野生型等位基因的鸟嘌呤对应的序列的寡核苷酸和与作为突变型等位基因的腺嘌呤对应的序列的寡核苷酸构成的一对CYP2C19*2检测用探针、以及由与作为rs4986893的基因型中的野生型等位基因的鸟嘌呤对应的序列的寡核苷酸和与作为突变型等位基因的腺嘌呤对应的序列的寡核苷酸构成的一对CYP2C19*3检测用探针。
通过针对CYP2C19*2检测用探针及CYP2C19*3检测用探针分别利用与野生型和突变型对应的一对探针，可以准确地鉴定rs4244285为腺嘌呤的纯合子、或为鸟嘌呤的纯合子、或为腺嘌呤和鸟嘌呤的杂合子、或进而rs4986893为腺嘌呤的纯合子、或为鸟嘌呤的纯合子、或腺嘌呤和鸟嘌呤的杂合子。
在此，与作为rs4244285的基因型中的野生型等位基因的鸟嘌呤对应的序列的寡核苷酸、和与作为突变型等位基因的腺嘌呤对应的序列的寡核苷酸优选为长度相差2个碱基以内，更优选为长度相同。同样地，与作为rs4986893的基因型中的野生型等位基因的鸟嘌呤对应的序列的寡核苷酸、和与作为突变型等位基因的腺嘌呤对应的序列的寡核苷酸优选为长度相差2个碱基以内，更优选为长度相同。
另外，微阵列可以仅具有与作为rs4244285的基因型中的突变型的腺嘌呤对应的序列的寡核苷酸作为CYP2C19*2检测用探针。这是因为，rs4244285的至少一个等位基因为腺嘌呤时，即rs4244285的基因型为A/A(腺嘌呤的纯合子)或A/G(腺嘌呤和鸟嘌呤的杂合子)时，可以判断为药物代谢延迟。
进而，同样地，微阵列可以仅具有与作为rs4986893的基因型中的突变型的腺嘌呤对应的序列的寡核苷酸作为CYP2C19*3检测用探针。这是因为，rs4986893的至少一个等位基因为腺嘌呤时，即rs4986893的基因型为A/A(腺嘌呤的纯合子)或A/G(腺嘌呤和鸟嘌呤的杂合子)时，可以判断为药物代谢延迟。
作为载体的材料，可以使用该技术领域中公知的物质，没有特别限制。可列举例如：铂、铂黑、金、钯、铑、银、汞、钨及其化合物等贵金属、及以石墨、碳纤维为代表的碳等导电体材料；以单晶硅、非晶硅、碳化硅、氧化硅、氮化硅等为代表的硅材料、以SOI(绝缘衬底上的硅)等为代表的这些硅材料的复合原料；玻璃、石英玻璃、氧化铝、蓝宝石、陶瓷、镁橄榄石、感光玻璃等无机材料；聚乙烯、乙烯、聚丙烯、环状聚烯烃、聚异丁烯、聚对苯二甲酸乙二酯、不饱和聚酯、含氟树脂、聚氯乙烯、聚偏氯乙烯、聚乙酸乙烯酯、聚乙烯醇、聚乙烯基醇缩乙醛、丙烯酸树脂、聚丙烯腈、聚苯乙烯、缩醛树脂、聚碳酸酯、聚酰胺、酚醛树脂、脲树脂、环氧树脂、三聚氰胺树脂、苯乙烯·丙烯腈共聚物、丙烯腈·丁二烯苯乙烯共聚物、聚苯醚及聚砜等有机材料等。载体的形状也没有特别限制，优选为平板状。
在本发明中，作为载体，优选使用在表面具有碳层和化学修饰基团的载体。在表面具有碳层和化学修饰基团的载体中包含：在衬底的表面具有碳层和化学修饰基团的载体、及在由碳层构成的衬底的表面具有化学修饰基团的载体。作为衬底的材料，可以使用该技术领域中公知的物质，没有特别限制，可以使用与作为上述的载体材料列举的材料同样的材料。
在本发明的微阵列中，优选使用具有精细的平板状的结构的载体。形状并不限定于长方形、正方形及圆形等，通常使用1～75mm见方的材料、优选1～10mm见方的材料、更优选3～5mm见方的材料。从容易制造精细的平板状的结构的载体方面考虑，优选使用由硅材料或树脂材料构成的衬底，特别更优选在由单晶硅构成的衬底的表面具有碳层及化学修饰基团的载体。在单晶硅中还包含在局部极少地改变结晶轴的方向的物质(有时称为嵌镶晶体)、或含有以原子尺度的错乱(晶体缺陷)的物质。
作为本发明中形成于衬底上的碳层，没有特别限制，优选使用合成金刚石、高压合成金刚石、天然金刚石、软金刚石(例如类金刚石碳)、无定形碳、碳系材料(例如石墨、富勒烯、碳纳米管)中的任一个、它们的混合物、或使这些物质层叠而成的物质。另外，可以使用碳化铪、碳化铌、碳化硅、碳化钽、碳化钍、碳化钛、碳化铀、碳化钨、碳化锆、碳化钼、碳化铬、碳化钒等碳化物。在此，软金刚石为所谓的类金刚石碳(DLC：Diamond Like Carbon)等作为金刚石和碳的混合物的不完全金刚石结构的总称，其混合比例没有特别限定。碳层在以下方面是有利的：化学的稳定性优异、可以耐受其后的化学修饰基团的导入或与分析对象物质的键合中的反应方面；通过与分析对象物质静电键合而键合、因此其键合具有柔软性方面；不吸收UV、因此相对于检测类UV为透明的方面；及在电印迹时在可通电的方面。另外，在与分析对象物质的键合反应中，在非特异性的吸附少方面也是有利的。如上所述，可以使用衬底自身由碳层构成的载体。
本发明中碳层的形成可以利用公知的方法来进行。可列举例如：微波等离子体CVD(化学气相沉积(Chemical vapor deposit))法、ECRCVD(电子回旋共振化学气相沉积(Electric cyclotron resonance chemical vapordeposit))法、ICP(电感耦合等离子体(Inductive coupled plasma))法、直流溅射法、ECR(电子回旋共振(Electric cyclotron resonance))溅射法、电离蒸镀法、电弧蒸镀法、激光蒸镀法、EB(电子束(Electron beam))蒸镀法、电阻加热蒸镀法等。
在高频等离子体CVD法中，通过因高频率而在电极间产生的辉光放电将原料气体(甲烷)进行分解，在衬底上合成碳层。在电离蒸镀法中，利用由钨丝生成的热电子，将原料气体(苯)进行分解、电离，利用偏压在衬底上形成碳层。在由1％～99％(体积)的氢气和剩余99％～1％(体积)的甲烷气体构成的混合气体中，可以利用电离蒸镀法形成碳层。
在电弧蒸镀法中，通过在固体石墨材料(阴极蒸发源)和真空容器(阳极)之间施加直流电压而在真空中引起电弧放电，从阴极中产生碳原子的等离子体，通过对衬底施加与蒸发源相比进一步负的偏压，可以向衬底加速等离子体中的碳离子而形成碳层。
在激光蒸镀法中，例如将Nd:YAG激光(脉冲振动)光照射于石墨的靶板而使其熔融，使碳原子沉积在玻璃衬底上，由此可以形成碳层。
在衬底的表面形成碳层的情况下，碳层的厚度通常为单分子层～100μm左右，当其过薄时，有可能底层衬底的表面局部地露出，相反，当其变厚时，生产性变差，因此，优选为2nm～1μm，更优选为5nm～500nm。
通过在形成了碳层的衬底的表面导入化学修饰基团可以将寡核苷酸探针在载体上牢固地固定化。就导入的化学修饰基团而言，只要是本领域技术人员，就可以适当选择，没有特别限制，可列举例如：氨基、羧基、环氧基、甲酰基、羟基及活性酯基。
氨基的导入例如可以通过将碳层在氨气中进行紫外线照射或通过进行等离子体处理而实施。或者，可以通过将碳层在氯气中照射紫外线而氯化、进一步在氨气中进行紫外线照射而实施。或者，也可以通过在甲二胺、乙二胺等多元胺类气体中与氯化的碳层反应而实施。
羧基的导入例如可以通过使适当的化合物与如上述那样氨基化的碳层反应而实施。作为为了导入羧基而使用的化合物，可列举例如：式：X-R1-COOH(式中，X表示卤原子，R1表示碳原子数为10～12的2价烃基)所示的卤代羧酸、例如氯乙酸、氟乙酸、溴乙酸、碘乙酸、2-氯丙酸、3-氯丙酸、3-氯丙烯酸、4-氯苯甲酸；式：HOOC-R2-COOH(式中，R2表示单键或碳原子数为1～12的2价烃基)所示的二羧酸、例如草酸、丙二酸、琥珀酸、马来酸、富马酸、邻苯二甲酸；聚丙烯酸、聚甲基丙烯酸、偏苯三酸、丁烷四羧酸等多元羧酸；式：R3-CO-R4-COOH(式中，R3表示氢原子或碳原子数为1～12的2价烃基、R4表示碳原子数为1～12的2价烃基)所示的酮酸或醛酸；式：X-OC-R5-COOH(式中，X表示卤原子，R5表示单键或碳原子数为1～12的2价烃基)所示的二羧酸的单卤化物、例如琥珀酸单氯化物、丙二酸单氯化物；邻苯二甲酸酐、琥珀酸酐、草酸酐、马来酸酐、丁烷四羧酸酐等酸酐。
环氧基的导入例如可以通过使适当的多价环氧化合物与如上述那样氨基化的碳层反应而实施。或者，可以通过使有机过酸与碳层含有的碳＝碳双键反应而得到。作为有机过酸，可列举：过乙酸、过苯甲酸、二过氧化邻苯二甲酸、过甲酸、三氟过乙酸等。
甲酰基的导入例如可以通过使戊二醛与如上述那样氨基化的碳层反应而实施。
羟基的导入例如可以通过将水与如上述那样氯化的碳层反应而实施。
活性酯基是指：在酯基的醇侧具有酸度高的吸电子基团并激活亲核反应的酯基，即反应活性高的酯基。为在酯基的醇侧具有吸电子性的基团、与烷基酯相比被激活的酯基。活性酯基具有对氨基、硫醇基、羟基等基团的反应性。更具体而言，已知苯酚酯、苯硫酚酯(チオフェノールエステル)、N-羟基胺酯(N-ヒドロキシアミンエステル)、氰基甲酯、杂环羟基化合物的酯等作为具有比烷基酯等高得多的活性的活性酯基。更具体而言，作为活性酯基，可列举例如：对硝基苯基、N-羟基琥珀酰亚胺基、琥珀酰亚胺基、邻苯二甲酰亚胺基、5-降冰片烯-2,3-二甲酰亚胺基等，特别优选使用N-羟基琥珀酰亚胺基。
活性酯基的导入例如可以通过将如上述那样导入的羧基用氨基氰或碳化二亚胺(例如1-[3-(二甲基氨基)丙基]-3-乙基碳二亚胺)等脱水缩合剂与N-羟基琥珀酰亚胺等化合物进行活性酯化而实施。通过该处理，可以经由酰胺键而在烃基的末端形成键合有N-羟基琥珀酰亚胺基等活性酯基的基团(日本特开2001-139532)。
将本发明的检测用探针溶解于点样用缓冲液而制备点样用溶液，将其分注于96孔或384孔塑料板，将分注的溶液利用点样装置等在载体上进行点样，由此可以制造在载体上固定化有多态性检测用探针的微阵列。或者，可以用微量移液器以手动点样点样溶液。
点样后，为了进行检测用探针键合于载体的反应，优选进行孵育。孵育在通常－20～100℃、优选0～90℃的温度下经通常0.5～16小时、优选1～2小时而进行。孵育优选在高湿度的氛围下、例如湿度50～90％的条件下进行。为了在孵育后紧接着除去在载体上没有键合的DNA，优选使用洗涤液(例如50mM TBS/0.05％Tween20、2×SSC/0.2％SDS溶液、超纯水等)进行洗涤。
另外，通过使用上述CYP2C19*2检测用探针及CYP2C19*3检测用探针或微阵列，可以判定受试者(药物施用对象)中的由rs4244285标识的单核苷酸多态性的基因型及由rs4986893标识的单核苷酸多态性的基因型。
但是，通过使用上述CYP2C19*2检测用探针及CYP2C19*3检测用探针的任一个，可以判定受试者(药物施用对象)中的由rs4244285标识的单核苷酸多态性的基因型及由rs4986893标识的单核苷酸多态性的基因型中的任一个。
特别优选在判定由rs4244285标识的单核苷酸多态性的基因型时，包括：从来自受试者的试样中提取DNA的工序；将提取的DNA作为模板，扩增含有rs4244285的区域的工序；使用上述CYP2C19*2检测用探针或微阵列，鉴定经扩增的核酸中所含的由rs4244285标识的单核苷酸多态性的基因型的工序。
同样地，在判定由rs4986893标识的单核苷酸多态性的基因型时，包括：从来自受试者的试样中提取DNA的工序；将提取的DNA作为模板，扩增含有rs4986893的区域的工序；使用上述CYP2C19*3检测用探针或微阵列，鉴定经扩增的核酸中所含的由rs4986893标识的单核苷酸多态性的基因型的工序。
予以说明，在同时判定由rs4244285标识的单核苷酸多态性的基因型及由rs4986893标识的单核苷酸多态性的基因型时，包括：从来自受试者的试样中提取DNA的工序；将提取的DNA作为模板，分别扩增含有rs4244285的区域和含有rs4986893的区域的工序；使用上述CYP2C19*2检测用探针及CYP2C19*3检测用探针或微阵列分别鉴定经扩增的核酸中所含的由rs4244285标识的单核苷酸多态性的基因型及由rs4986893标识的单核苷酸多态性的基因型的工序。另外，此时，可以将提取的DNA作为模板，扩增含有rs4244285及rs4986893的区域，使用上述CYP2C19*2检测用探针及CYP2C19*3检测用探针或微阵列分别鉴定经扩增的核酸中所含的由rs4244285标识的单核苷酸多态性的基因型及由rs4986893标识的单核苷酸多态性的基因型。
受试者通常为人，对人种等没有特别限定，特别地为黄色人种，优选为东亚人种，特别优选为日本人。来自受试者的试样没有特别限制。可列举例如血液相关试样(血液、血清、血浆等)、淋巴液、粪便、癌细胞、组织或器官的破碎物及提取物等。
首先，从由受试者中采取的试样中提取DNA。作为提取方法，没有特别限定。可以采用例如使用苯酚/氯仿、乙醇、氢氧化钠、CTAB等的DNA提取法。
接着，将得到的DNA用作模板而进行含有rs4244285的区域或含有rs4986893的区域的扩增反应、优选DNA扩增。作为扩增反应，可以适用聚合酶链式反应(PCR)、LAMP(环介导等温扩增(Loop-MediatedIsothermal Amplification))、ICAN(等温的和嵌合引物起始的核酸扩增(Isothermal and Chimeric primer-initiated Amplification of Nucleic acids))法等。在扩增反应中，优选以可以识别扩增后的区域的方式添加标记。此时，作为标记经扩增的核酸的方法，没有特别限定，既可以使用例如预先标记在扩增反应中使用的引物的方法，也可以使用在扩增反应中将标记的核苷酸作为底物使用的方法。作为标记物质，没有特别限定，可以使用放射性同位素或荧光染料、或者地高新配基(DIG)或生物素等有机化合物等。
另外，该反应体系为含有核酸扩增/标记中必需的缓冲剂、耐热性DNA聚合酶、扩增区域中特异性的引物、标记的核苷三磷酸(具体而言添加荧光标记等的核苷三磷酸)、核苷三磷酸及氯化镁等的反应体系。
用于含有rs4244285的区域的扩增反应的引物只要可以特异性地扩增含有rs4244285的区域，就没有特别限制，只要是本领域技术人员，就可以适当设计。可列举例如由
引物1：5’-GAACGTGTGATTGGCAGAAA-3'(序列号14)及
引物2：5’-TCGAAAACATGGAGTTGCAG-3'(序列号15)构成的引物组。
用于含有rs4986893的区域的扩增反应的引物只要可以特异性地扩增含有rs4986893的区域，就没有特别限制，只要是本领域技术人员，就可以适当设计。可列举例如由
引物1：5’-CCCACGTATGTACCACCCA-3’(序列号16)及
引物2：5’-TGTACGACACACAGCAACCT-3’(序列号17)构成的引物组。
另外，利用引物扩增的核酸片段只要含有目的多态性(rs4244285和/或rs4986893)，就没有特别限定，例如优选1kbp以下，更优选800bp以下，进一步优选400bp以下，特别优选200bp以下。
可以通过进行如上述那样得到的扩增核酸与本发明的CYP2C19*2检测用探针及CYP2C19*3检测用探针的杂交反应，检测与CYP2C19*2检测用探针及CYP2C19*3检测用探针杂交的核酸的量，例如通过检测标记来测定。就来自标记的信号而言，例如在使用荧光标记的情况下，可以通过使用荧光扫描仪进行荧光信号检测，将其利用图像分析软件进行分析而将信号强度数值化。另外，与CYP2C19*2检测用探针及CYP2C19*3检测用探针杂交的扩增核酸也可以使用例如含有已知量的DNA的试样制作标准曲线而进行定量。杂交反应优选在严格的条件下实施。严格的条件是指形成特异性的杂交、不形成非特异性的杂交的条件，例如是指在50℃下进行16小时杂交反应之后，在2×SSC/0.2％SDS、25℃、10分钟及2×SSC、25℃、5分钟的条件下洗涤的条件。或者，作为杂交的温度，在盐浓度为0.5×SSC时，可以设为45～60℃，在CYP2C19*2检测用探针及CYP2C19*3检测用探针的链长为短的情况下，更优选使杂交温度低于此温度，在CYP2C19*2检测用探针及CYP2C19*3检测用探针的链长为长的情况下，更优选使杂交温度高于此温度。可以肯定的是，盐浓度升高时，具有特异性的杂交温度升高，相反，盐浓度变低时，具有特异性的杂交温度变低。
在上述杂交反应中，优选使用本发明的CYP2C19*2检测用探针及CYP2C19*3检测用探针在载体上被固定化的微阵列，使含有扩增核酸的溶液与该微阵列作用的方法。
本发明的获得用于预测药物代谢能力的数据的方法基于与本发明的CYP2C19*2检测用探针及CYP2C19*3检测用探针杂交的上述扩增核酸的量，鉴别受试者的基因组中的rs4244285的基因型和/或rs4986893的基因型是具有突变型等位基因的纯合子，还是具有突变型等位基因的杂合子。
而且，在具有rs4244285的基因型为突变型等位基因：CYP2C19*2纯合子或杂合子的情况下，可以判断对该受试者而言药物代谢速度慢。因此，具有突变型等位基因：CYP2C19*2纯合子的个体及具有突变型等位基因：CYP2C19*2杂合子的个体与具有野生型等位基因纯合子的个体相比，可以将上述的药物的施用量设为少量。
特别在将具有突变型等位基因：CYP2C19*2纯合子的个体和具有突变型等位基因：CYP2C19*2杂合子的个体进行比较的情况下，可以判断具有突变型等位基因：CYP2C19*2纯合子的个体中的药物代谢速度更慢。因此，针对具有突变型等位基因：CYP2C19*2纯合子的个体的药物施用量可以设为比针对具有突变型等位基因：CYP2C19*2杂合子的个体的药物施用量更少量。
另一方面，对rs4986893的基因型也同样地，在具有突变型等位基因：CYP2C19*3纯合子或杂合子的情况下，可以判断对受试者而言药物代谢速度慢。因此，具有突变型等位基因：CYP2C19*3纯合子的个体及具有突变型等位基因：CYP2C19*3杂合子的个体与具有野生型等位基因纯合子的个体相比，可以将上述的药物的施用量设为少量。另外，在将具有突变型等位基因：CYP2C19*3纯合子的个体和具有突变型等位基因：CYP2C19*3杂合子的个体进行比较的情况下，可以判断具有突变型等位基因：CYP2C19*3纯合子的个体中的药物代谢速度更慢。因此，针对具有突变型等位基因：CYP2C19*3纯合子的个体的药物施用量可以设为比针对具有突变型等位基因：CYP2C19*3杂合子的个体的药物施用量更少量。
实施例
以下，通过实施例对本发明进一步详细地进行说明，但本发明的技术范围并不限定于以下的实施例。
实施例1
在本实施例中，制作具有用于鉴别rs4244285的基因型的一对CYP2C19*2检测用探针的DNA芯片。将DNA芯片携带的核酸探针的列表示于表1。
表1
在本实施例中，通过PCR法扩增具有荧光标记的含有rs4244285的核酸片段，使得到的核酸片段与如以上那样制作的DNA芯片作用，通过荧光强度检测核酸片段与多态性检测用探针的杂交。
就荧光标记的引物的制作而言，可以通过使用氨基标记的5’末端的表2所示的寡核苷酸C2C192-R(生命技术日本制)和IC5-OSu(同仁化学研究所制)在磷酸缓冲液(pH8.0)中于4℃下反应1昼夜之后、使用MicroSpinG-25Columns(GE Healthcare制)进行纯化而制作。通过测定得到的纯化产物的260nm及640nm的吸光度，算出引物的浓度及荧光染料的浓度。
表2
在得到的荧光标记的引物中加入荧光未标记的引物(C2C192-F)，将表2的浓度的引物的每一个等量混合，调配引物混合物。在表3所示的条件下进行PCR。具体而言，对于PCR，以表4所示的组成调配反应溶液，其中在反应管中分别加入作为野生型分析物(検体)的具有制备成2pg/μL的野生型序列的质粒DNA、具有突变型序列的质粒DNA及作为与杂合子等效的进行了调配的质粒DNA各5μL之后，使用热循环仪(ABI制)进行PCR。
表3
表4
在使如以上那样得到的扩增产物与DNA芯片杂交时，首先，在设定于规定温度(45、50、55、60℃的任一个)的室(チャンバー)内载置湿箱(湿箱)，将室及室箱(室箱)预先充分进行预热。在新的样品管中放入杂交缓冲液(2.25×SSC/0.23％SDS)1.5μL和扩增产物3μL并进行混合。将该混合液中的3μL滴加于DNA芯片上，盖上盖子，放入充分地进行了预热的湿箱中，将湿箱载置于室内。其后，在规定温度下使DNA芯片与扩增产物反应1小时。
其后，立即取下盖子，在1×SSC/0.1％SDS溶液中静置5分钟后，在室温在1×SSC溶液中静置，直至检测。在杂交的检测中使用BIOSHOT(东洋钢板制)。此时，将曝光时间设定为5秒。另外，由各点直径的像素的数值求出中值(中央値)。相同的探针点求出中值的平均值，设为各点的输出值。
在特异性的评价时，将各点的荧光强度值代入于以下的判定式，将得到的判定值设为指标。
数1
本实施例中，将使杂交温度变化而得到的判定值示于表5。另外，将与野生型等位基因及突变型等位基因对应的一对CYP2C19*2检测用探针使用不同的碱基长度的寡核苷酸时得到的判定值示于表6。
表5
表6
上排：杂交温度 下排：碱基长度(野生型-突变型)
由表5可知：只要是在本实施例中设计的13～23个碱基的CYP2C19*2检测用探针，则在45～60℃的杂交反应温度下，由各基因型得到的判定值上可以观察到0.2以上的差，可以鉴别基因型。另外，如表6所示，只要是在本实施例中设计的13～23个碱基的CYP2C19*2检测用探针，则即使在碱基长度为2个碱基不同的情况下，也可确认具有特异性。
实施例2
在本实施例中，制作具有用于鉴别rs4986893的基因型的一对CYP2C19*3检测用探针的DNA芯片。将DNA芯片携带的核酸探针的列表示于表7。
表7
在本实施例中，通过PCR法扩增具有荧光标记的含有rs4986893的核酸片段，使得到的核酸片段与如以上那样制作的DNA芯片作用，通过荧光强度检测核酸片段与多态性检测用探针的杂交。
就荧光标记的引物的制作而言，通过将用氨基标记的5’末端的表8所示的寡核苷酸C2C193-R(生命技术日本制)和IC5-OSu(同仁化学研究所制)在磷酸缓冲液(pH8.0)中在4℃下反应1昼夜之后、使用MicroSpinG-25Columns(GE Healthcare)进行纯化而制作。通过测定得到的纯化产物的260nm及640nm的吸光度，算出引物的浓度及荧光染料的浓度。
表8
在得到的荧光标记的引物中加入荧光未标记的引物(C2C193-F)，将表8的浓度的引物的每一个等量混合，调配引物混合物。在表9所示的条件下进行PCR。具体而言，对于PCR，以表10所示的组成调配反应溶液，其中在反应管中分别加入作为野生型分析物的具有制备成2pg/μL的野生型序列的质粒DNA、具有突变型序列的质粒DNA及作为与杂合子等效的进行了调配的质粒DNA各5μL之后，使用热循环仪(ABI制)进行PCR。
表9
表10
在使如以上那样得到的扩增产物与DNA芯片杂交时，首先，在设定为规定温度(45、50、55、60℃的任一个)的室内载置湿箱，将室及室箱预先充分进行预热。在新的样品管中放入杂交缓冲液(2.25×SSC/0.23％SDS)1.5μL和扩增产物3μL并进行混合。将该混合液中的3μL滴加于DNA芯片上，盖上盖子，放入充分地进行了预热的湿箱中，将湿箱载置于室内。其后、在规定温度下使DNA芯片与扩增产物反应1小时。
其后，立即取下盖子，在1×SSC/0.1％SDS溶液中静置5分钟后，在室温在1×SSC溶液中静置，直至检测。在杂交的检测中使用BIOSHOT(东洋钢板制)。此时，将曝光时间设定为5秒。另外，由各点直径的像素的数值求出中值。相同的探针点求出中值的平均值，设为各点的输出值。
在特异性的评价时，将各点的荧光强度值代入于以下的判定式，将得到的判定值设为指标。
数2
在本实施例中，将使杂交温度变化而得到的判定值示于表11。另外，将与野生型等位基因及突变型等位基因对应的一对CYP2C19*3检测用探针使用不同的碱基长度的寡核苷酸时得到的判定值示于表12。
表11
表12
上排：杂交温度 下排：碱基长度(野生型-突变型)
由表11可知：只要是本实施例中设计的15～25个碱基的CYP2C19*3检测用探针，则在45～60℃的杂交反应温度下，在由各基因型得到的判定值上可以观察到0.2以上的差，可以鉴别基因型。另外，如表12所示，如果是在本实施例中设计的15～25个碱基的CYP2C19*3检测用探针，即使在碱基长度为2个碱基不同的情况下，也可确认具有特异性。
序列表
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Claims (18)

1.一种CYP2C19*2检测用探针，其含有由序列：5’-TTTCCCRGGAACC-3’(序列号1，R为A或G)或与该序列互补的序列构成的、或由在该序列或该互补的序列的两端添加1～5个碱基的序列构成的、整体为13～23个碱基长度的寡核苷酸。
2.根据权利要求1所述的CYP2C19*2检测用探针，其特征在于，上述寡核苷酸的碱基序列为在序列号1所示的碱基序列的5’末端添加A、5’-TA-3’、5’-TTA-3’、5’-ATTA-3’及5’-GATTA-3’中的任一个、在上述序列的3’末端添加C、5’-CA-3’、5’-CAT-3’、5’-CATA-3’及5’-CATAA-3’中的任一个的碱基序列或与该碱基序列互补的序列。
3.根据权利要求1所述的CYP2C19*2检测用探针，其特征在于，上述寡核苷酸的碱基序列为序列号2～6中的任一个的碱基序列或与该碱基序列互补的序列：
ATTTCCCRGGAACCC(序列号2)
TATTTCCCRGGAACCCA(序列号3)
TTATTTCCCRGGAACCCAT(序列号4)
ATTATTTCCCRGGAACCCATA(序列号5)
GATTATTTCCCRGGAACCCATAA(序列号6)。
4.一种CYP2C19*3检测用探针，其含有由序列：5’-CCCCCTGRATCCAGG-3’(序列号7，R为A或G)或与该序列互补的序列构成的、或由在该序列或该互补的序列的两端添加1～5个碱基的序列构成的、整体为15～25个碱基长度的寡核苷酸。
5.根据权利要求4所述的CYP2C19*3检测用探针，其特征在于，上述寡核苷酸的碱基序列为在序列号7所示的碱基序列的5’末端添加A、5’-CA-3’、5’-GCA-3’、5’-AGCA-3’及5’-AAGCA-3’中的任一个、在上述序列的3’末端添加T、5’-TA-3’、5’-TAA-3’、5’-TAAG-3’及5’-TAAGG-3’中的任一个的碱基序列或与该碱基序列互补的序列。
6.根据权利要求4所述的CYP2C19*3检测用探针，其特征在于，上述寡核苷酸的碱基序列为序列号8～13中的任一个的碱基序列或与该碱基序列互补的序列：
ACCCCCTGRATCCAGGT(序列号8)
CACCCCCTGRATCCAGGTA(序列号9)
CACCCCCTGRATCCAGGTAA(序列号10)
GCACCCCCTGRATCCAGGTAA(序列号11)
AGCACCCCCTGRATCCAGGTAAG(序列号12)
AAGCACCCCCTGRATCCAGGTAAGG(序列号13)。
7.一种微阵列，其具有根据权利要求1～3中任一项所述的CYP2C19*2检测用探针和/或根据权利要求4～6中任一项所述的CYP2C19*3检测用探针。
8.一种获得用于预测药物代谢能力的数据的方法，所述方法判定rs4244285的基因型，其中，所述方法包括：
将来自受试者的基因组作为模板，扩增含有CYP2C19基因中的由rs4244285标识的多态性位点的核酸片段的工序；
使得到的核酸片段与根据权利要求1～3中任一项所述的CYP2C19*2检测用探针接触的工序；
检测得到的核酸片段与上述CYP2C19*2检测用探针的杂交的工序。
9.根据权利要求8所述的获得用于预测药物代谢能力的数据的方法，其特征在于，在上述rs4244285的基因型为突变型等位基因CYP2C19*2的纯合子或杂合子的情况下，判定为药剂代谢能力低。
10.根据权利要求8所述的获得用于预测药物代谢能力的数据的方法，其特征在于，作为上述CYP2C19*2检测用探针，使用与由rs4244285标识的多态性的野生型等位基因对应的寡核苷酸和与突变型等位基因对应的寡核苷酸。
11.根据权利要求8所述的获得用于预测药物代谢能力的数据的方法，其特征在于，与由rs4244285标识的多态性的野生型等位基因对应的上述寡核苷酸和与突变型等位基因对应的上述寡核苷酸长度相同或相差2个碱基以内。
12.一种获得用于预测药物代谢能力的数据的方法，所述方法判定rs4986893的基因型，其中，所述方法包括：
将来自受试者的基因组作为模板，扩增含有CYP2C19基因中的由rs4986893标识的多态性位点的核酸片段的工序；
使得到的核酸片段与根据权利要求4～6中任一项所述的CYP2C19*3检测用探针接触的工序；
检测得到的核酸片段与上述CYP2C19*3检测用探针的杂交的工序。
13.根据权利要求12所述的获得用于预测药物代谢能力的数据的方法，其特征在于，在上述rs4986893的基因型为突变型等位基因CYP2C19*3的纯合子或杂合子的情况下，判定为药剂代谢能力低。
14.根据权利要求12所述的获得用于预测药物代谢能力的数据的方法，其特征在于，作为上述CYP2C19*3检测用探针，使用与由rs4986893标识的多态性的野生型等位基因对应的寡核苷酸和与突变型等位基因对应的寡核苷酸。
15.根据权利要求12所述的获得用于预测药物代谢能力的数据的方法，其特征在于，与由rs4986893标识的多态性的野生型等位基因对应的上述寡核苷酸和与突变型等位基因对应的上述寡核苷酸长度相同或相差2个碱基以内。
16.根据权利要求8或12所述的获得用于预测药物代谢能力的数据的方法，其特征在于，使用根据权利要求7所述的微阵列。
17.根据权利要求8或12所述的获得用于预测药物代谢能力的数据的方法，其特征在于，在上述扩增核酸片段的工序中得到的核酸片段具有荧光标记，在上述检测杂交的工序中测定该荧光标记的荧光强度值。
18.根据权利要求8或12所述的获得用于预测药物代谢能力的数据的方法，其特征在于，上述药物为奥美拉唑和/或兰索拉唑。
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