CN106047876A - 一种鼻咽癌相关分子标志物及其应用 - Google Patents

一种鼻咽癌相关分子标志物及其应用 Download PDF

Info

Publication number
CN106047876A
CN106047876A CN201610395100.8A CN201610395100A CN106047876A CN 106047876 A CN106047876 A CN 106047876A CN 201610395100 A CN201610395100 A CN 201610395100A CN 106047876 A CN106047876 A CN 106047876A
Authority
CN
China
Prior art keywords
nasopharyngeal carcinoma
lncrna
application
molecule described
npc
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Granted
Application number
CN201610395100.8A
Other languages
English (en)
Other versions
CN106047876B (zh
Inventor
王跃建
罗微
夏世同
唐隽
陈伟雄
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
First Peoples Hospital of Foshan
Original Assignee
First Peoples Hospital of Foshan
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by First Peoples Hospital of Foshan filed Critical First Peoples Hospital of Foshan
Publication of CN106047876A publication Critical patent/CN106047876A/zh
Application granted granted Critical
Publication of CN106047876B publication Critical patent/CN106047876B/zh
Active legal-status Critical Current
Anticipated expiration legal-status Critical

Links

Classifications

    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12NMICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09Recombinant DNA-technology
    • C12N15/11DNA or RNA fragments; Modified forms thereof; Non-coding nucleic acids having a biological activity
    • C12N15/113Non-coding nucleic acids modulating the expression of genes, e.g. antisense oligonucleotides; Antisense DNA or RNA; Triplex- forming oligonucleotides; Catalytic nucleic acids, e.g. ribozymes; Nucleic acids used in co-suppression or gene silencing
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6883Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
    • C12Q1/6886Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12NMICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/10Type of nucleic acid
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/118Prognosis of disease development
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/158Expression markers
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/178Oligonucleotides characterized by their use miRNA, siRNA or ncRNA

Landscapes

  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Pathology (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Plant Pathology (AREA)
  • Hospice & Palliative Care (AREA)
  • Oncology (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Abstract

本发明公开了一种鼻咽癌相关分子标志物及其应用。所述标记物为lncRNA分子,名称为ENST00000513572,其核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示。ENST00000438553在鼻咽癌组织中的表达量明显高于癌旁组织,其可作为鼻咽癌分子标志物或靶点,应用于鼻咽癌临床早期诊断、预后判断或靶向治疗,并有利于进一步阐明鼻咽癌的发生发展机理、信号通路等,极具应用前景和理论价值。

Description

一种鼻咽癌相关分子标志物及其应用
技术领域
本发明属于分子生物学和肿瘤学领域,具体涉及一种鼻咽癌相关分子标志物lncRNA:ENST00000513572及其在鼻咽癌临床诊断、治疗、预后评估或科学研究中的应用。
背景技术
鼻咽癌(nasopharyngeal carcinoma,NPC)是我国南方最常见的恶性肿瘤之一,在华南地区,尤其广东省发病率最高,居世界首位,故又著称“广东癌”。NPC对放射敏感,首选放疗,其预后因疾病分期不同而差异巨大。I、Ⅱ期患者单纯放疗效果明显,十年疾病相关生存率、无复发生存率、无远地转移生存率都较高。但NPC起病隐匿,早期症状缺乏特异性,约75%的患者确诊时已属III、IV期。晚期NPC的疗效仍相当令人失望,易出现复发和远处转移,5年生存率仅35%。因此,早发现、早治疗是提高鼻咽癌患者生存率的关键。鼻咽癌的发生发展是一个多因素、多基因参与的动态过程,因此,探索其动态发展的分子机制,寻找鼻咽癌相关分子标志物,以进一步明确其发病机制,并开发出可应用于临床早期诊断、治疗和预后评估的试剂或产品,对提高鼻咽癌的诊疗水平、减低复发转移率具有重要意义。
人类基因组中存在大量转录的长链非编码RNA(Long Noncoding RNA,IncRNA),是一类转录本长度超过200nt核苷酸单位的功能性RNA分子。研究发现,lncRNA参与了基因组印记及染色质修饰、转录激活、转录干扰、核内运输等多种重要的调控过程,在致癌和抑癌途径中亦显露出重要的调控作用,已成为继miRNA研究的新热点。LncRNA已显示参与了许多肿瘤的发生和发展,然而,在鼻咽癌方面的研究仅见极少量的报道。
发明内容
为了解决现有技术中所存在的不足,本发明的目的在于提供一种鼻咽癌相关分子标志物lncRNA:ENST00000513572及其在鼻咽癌辅助诊断中的应用。
本发明的另一个目的在于提供上述lncRNA分子在鼻咽癌治疗或预后评估中应用。
本发明的另一个目的在于提供上述lncRNA分子在制备鼻咽癌预防或治疗药物中的应用。
本发明所采取的技术方案是:
一种在鼻咽癌组织中高表达的lncRNA分子,名次分为ENST00000513572,其核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示。
lncRNA分子ENST00000513572在鼻咽癌辅助诊断或鼻咽癌治疗/预后评估中的应用。
lncRNA分子ENST00000513572在制备鼻咽癌辅助诊断或鼻咽癌治疗/预后评估试剂或试剂盒中的应用。
用于检测lncRNA分子ENST00000513572的试剂在制备鼻咽癌辅助诊断或鼻咽癌治疗/预后评估试剂或试剂盒中的应用。
所述用于检测lncRNA分子ENST00000513572的试剂包括用于扩增所述lncRNA分子的特异性引物对。
所述用于扩增lncRNA分子ENST00000513572的特异性引物对,序列如下所示:
F:5’-AGTGGTGGGGGGCAGTTAG-3’(SEQ ID NO.4);
R:5’-AGGGTAAATGGGGTATCCGTC-3’(SEQ ID NO.5)。
lncRNA分子ENST00000513572作为鼻咽癌治疗靶点的应用。
lncRNA分子ENST00000513572在制备预防或治疗鼻咽癌药物中的应用。
一种用于鼻咽癌辅助诊断或预后评估的试剂盒,其中包括:
(1)用于扩增lncRNA分子ENST00000513572的特异性引物对;
(2)标准DNA模板;
(3)PCR反应液。
一种检测lncRNA的方法,包括如下步骤:
(1)提取样品总RNA;
(2)制备样品Cdna;
(3)定量扩增lncRNA;
所述lncRNA为ENST00000513572述。
本发明的有益效果是:
本发明成功筛选出鼻咽癌组织中高表达的lncRNA分子,其可作为鼻咽癌分子标志物或靶点,应用于鼻咽癌临床早期诊断、预后判断或靶向治疗,并有利于进一步阐明鼻咽癌的发生发展机理、信号通路等,极具应用前景和理论价值。
附图说明
图1变性琼脂糖凝胶电泳检测鼻咽癌及癌旁组织总RNA;
图2微阵列荧光扫描图;
图3样品荧光强度分布图;
图4芯片杂交信号强度散点图;
图5层次聚类分析图;
图6 qRT-PCR中lncRNA:ENST00000513572对应的溶解曲线与扩散曲线图;
图7 qRT-PCR检测lncRNA:ENST00000513572表达升高倍数柱状图;
图8非癌组体检结果饼状图;
图9非癌组患者体检异常概况柱状图;
图10实验组和对照组的性别分类条形图;
图11实验组和对照组的年龄分类条形图;
图12外周血标本总RNA变性琼脂糖凝胶电泳图,其中41-49为RNA连续性完整的电泳结果图,16/24/25/27为RNA降解的电泳结果图;
图13 ENST00000513572的扩增和溶解曲线图,其中左图为ENST00000513572的扩增曲线图,右图为ENST00000513572的溶解曲线图;
图14 ENST00000513572在实验组和非癌组的相对表达量散点图(P=0.859)。
具体实施方式
下面结合实施例对本发明作进一步的说明,但并不局限于此。以下实施例中所采用的分子生物学实验技术包括PCR扩增、质粒提取、质粒转化、DNA片段连接、酶切、凝胶电泳等,如无特殊说明,通常按照常规方法操作,具体可参见《分子克隆实验指南》(第三版)(Sambrook J,Russell DW,Janssen K,Argentine J.黄培堂等译,2002,北京:科学出版社),或按照制造厂商所建议的条件。
实施例1
一、鼻咽癌相关lncRNA分子的筛选
1、病例收集
收集19例于2014年2月-2014年8月在广东省佛山市第一人民医院鼻咽放疗科就诊住院的患者。所有患者术前未行放化疗,排除其他系统性病史,各重要器官功能在正常范围,年龄21-61岁,中位年龄45岁,样本临床资料详见表1-1,随机选择其中6例用于芯片研究,其余13例用于进一步验证。试验中标本采集均已取得病人知情同意,并从广东省佛山市第一人民医院伦理委员会得到认可授权。
表1-1收集19例鼻咽癌病例的相关临床参数
2、样本采集
1)首先准备好用于保存组织的冻存管,且用黑色油性记号笔在冻存管上标明样本分组、编号、收集日期等信息;
2)门诊活检钳取鼻咽癌及癌旁组织(具有5年以上操作经验的鼻内镜技师操作);
3)将钳取的癌和癌旁组织标本均分成2份,其中1份送病理组织学鉴定,另1份放入备好的冻存管中并拧紧,迅速投入液氮运输罐中冷却,待彻底冷冻后转移至-80℃冰箱保存;
4)填写标本登记单,写明样本编号、分组、来源患者名称、病案号、样本收集日期及样本处理过程等情况;
5)待病理性质确诊后取出标本开展下一步研究。
3、总RNA样品制备、纯化及质检
(1)TRIZOL法提取RNA样品;
(2)采用RNeasy柱对总RNA样品进行纯化;
(3)RNA定量和质量控制(采用Nanodrop ND 1000紫外可见分光光度计以及凝胶电泳检查确定样品总RNA浓度和质量)。
Nanodrop分光光度计对鼻咽癌及癌旁组织总RNA测定结果如表1-2所示。鼻咽癌及配对癌旁组织总RNA变性琼脂糖凝胶电泳图如图1所示,图示18S rRNA和28S rRNA条带清晰,两条带的亮度之比约为1︰2,说明提取的组织总RNA完整性好,没有降解,无污染,纯度高,质量可靠。
表1-2 Nanodrop分光光度计对鼻咽癌及癌旁组织总RNA测定
*对于分光光度计中,O.D.A260/A280比值应接近2.0为纯的RNA(1.8和2.1之间的比率是可接受的)。在O.D.A260/A230比值应大于1.8。
4、标记反应
标记反应使用Quick Amp Labeling Kit,One-Color(Agilent p/n 5190-0442)试剂盒,操作步骤参照试剂盒说明书进行。
5、标记/扩增的RNA的纯化和标记cRNA的质量控制
使用RNeasy Mini Kit(Qiagen p/n 74104)对标记/扩增的RNA进行纯化。取1.5μl纯化标记的cRNA用NanoDrop ND-1000定量。标记的cRNA特异性活性可用下式算得:
如果量小于1.65μg且特异性活性小于9.0pmolCy3每μgcRNA,则不能进行杂交,再次制备cRNA。
6、芯片杂交
1)在10X封闭试剂冻干瓶中加入500μl无核酸酶的水,振荡混匀;
2)水浴平衡在60℃,每个微阵列实验,将以下组分按下表所列顺序依次加入到1.5ml无核酸酶的微量离心管中,在振荡混合器上充分而轻柔的混匀;
3)在60℃孵育整30分钟以片段化RNA;
4)在美国Arraystar公司的全基因组微阵列芯片Human LncRNA Array v3.0(8x60K)上加入55ul 2x GEx杂交缓冲液HI-RPM以终止片段化反应;
5)仔细吹吸以充分混合,注意不要造成气泡,勿在振荡混合器上混匀,在振荡混合器上混合会造成气泡;
6)室温下以13,000rpm离心1分钟使样品从壁上和盖子上离下来并帮助减少气泡,将样品置冰上并尽快上样至芯片;
7)将干净的密封垫片基标记朝上与杂交室基座的矩形截面对准装入安捷伦SureHyb杂交室基座,确保密封垫片基与杂交室基座完全平齐不翘起。
8)慢慢将100μl杂交样品以一种“边拖边装”的方式分配到密封孔中,将芯片慢慢放在SureHyb密封垫片基上,这样“Agilent”标记条码朝下而数字条码朝上,确认这种三明治排列;
9)将SureHyb杂交室盖在三明治结构的片基上并滑动夹子将两片组装起来,将夹子手工紧固到杂交室上;
10)垂直旋转装好的杂交室到密封圈上,估计气泡的活动性,将装好的片基杂交室放入杂交炉烤室内,设定至65℃,设定杂交旋转器至10rpm,65℃杂交17小时。
7、用Gene Expression Wash Buffer洗涤芯片
8、扫描并提取数据
1)扫描操作步骤:
①将芯片装在芯片托上;
②将装好的芯片托放入到扫描仪传送带上;
③确认单色扫描的扫描设定:
④点击扫描控制主窗体上的Scan Slot m-n,字母m表示第一个芯片所在的开始的槽,而字母n表示最后一个芯片所在的结束槽。
图2为微阵列荧光扫描图。其中,1cancer-6cancer号为鼻咽癌组织荧光扫描图,1pracancer-6pracancer号为鼻咽癌癌旁组织扫描图。所有荧光扫描图杂交点均匀、无污染、杂交信号强度大,说明实验结果符合要求。
图3为样品荧光强度分布图盒形图示一种简便方法快速直观地显示数据集的分布。它通常用于比较的从所有样品的强度分布。X轴为每块微阵列编号,Y轴为归一化处理后的荧光强度。每块微阵列荧光强度基本相同,说明实验结果符合要求。
图4为芯片杂交信号强度散点图。散点图两个比较的样品或样品的相比较的两个组之间是一种用于评估LncRNA基因的表达变化的可视化方法。散点图中的X轴和Y轴的值是样品的归一化的信号值。绿色线倍数改变线(默认的倍数变化2.0)。上述LncRNAs对角线上面的绿线和下面绿线之间以外区域表示超过2.0倍数变化的LncRNAs。
图5为层次聚类分析图。层次聚类是最广泛使用的聚类方法分析lncRNA表达数据之一。聚类分析将样品排列成组基于他们的表达水平,从而使我们能够推测样品之间的关系。样本之间长链非编码基因表达谱的差异。说明大部分信号在鼻咽癌组织中表达异常。
最终,芯片共筛选差异表达lncRNA 6320条,挑选其中3条表达上调的进行qRT-PCR验证。表1-3中Seqname、GeneSymbol、Fold change分别代表序列名、基因记号、倍数变化。其中,ENST00000513572的核酸序列如SEQ ID NO.1所示,其在鼻咽癌组织中的表达量明显高于癌旁组织,极有可能成为分子标志物或靶点,在鼻咽癌临床早期诊断、预后判断或靶向治疗等方向上具有广阔的应用前景。
表1-3差异表达LncRNA上调的倍数
9、筛选表达差异倍数较大的lncRNA进行qRT-PCR验证
(1)引物设计
依据实时定量荧光PCR引物设计原则,使用Primer5.0软件设计实时定量荧光PCR引物。其中LncRNA实时定量荧光PCR引物上游是特异性的,下游是随机通用引物,LncRNA实时定量PCR荧光引物上下游都是特异性的,需要用软件进行设计。本研究使用的引物全部由上海康成生物技术有限公司合成,其中GAPDH为内参校准基因。
引物详细序列见表1-4:
表1-4实时定量荧光PCR引物
(2)合成cDNA
(3)qRT-PCR检测
①制备用于绘制标准曲线的梯度稀释DNA模板
针对每一需要测量的基因和管家基因,选择一确定表达该基因的cDNA模板进行PCR(反应体系如表1-5)反应:轻弹管底将溶液混合,5000rpm短暂离心,设置PCR反应:95℃,10min;40个PCR循环(95℃,10秒;60℃,60秒(收集荧光))。
表1-5 PCR反应体系
PCR产物与100bp DNA Ladder在2%琼脂糖凝胶电泳,溴化乙锭染色,检测PCR产物是否为单一特异性扩增条带。
将PCR产物进行10倍梯度稀释:设定PCR产物浓度为1,分别稀释为1×10-1,1×10-2,1×10-3,1×10-4,1×10-5,1×10-6,1×10-7,1×10-8,1×10-9,这几个梯度浓度的DNA。
②qRT-PCR反应
将所有cDNA样品分别配置Realtime PCR反应体系。体系配置如表1-6,并轻弹管底将溶液混合,5000rpm短暂离心。加样:
a.将8ul混合液加到384-PCR板对应的每个孔中;
b.再加入对应的2μl cDNA;
c.小心粘上Sealing Film封口膜,并短暂离心混合;
d.在设置PCR程序前将准备好的PCR板放在冰上。
表1-6 Realtime PCR反应体系
将上述384-PCR板置于Realtime PCR仪上进行PCR反应,所有的指标均按以下程序进行:95℃,10min;40个PCR循环(95℃,10秒;60℃,60秒(收集荧光))。
为建立PCR产物熔解曲线,扩增反应结束后,按(95℃,10秒;60℃,60秒;95℃,15秒);并从60℃缓慢加热到99℃(仪器自动进行-Ramp Rate为0.05℃/秒)。
(4)qRT-PCR结果与计算
各样品的目的基因和管家基因分别进行qRT-PCR反应。根据绘制的梯度稀释DNA标准曲线,各样品目的基因和管家基因的浓度结果直接由机器生成。每个样品的目的基因浓度除以其管家基因的浓度,即为此样品此基因的校正后的相对含量。统计软件SPSS 17.0进行数据分析。用2-ΔΔCT表示各样本的IncRNA的相对表达变化倍数。数据符合正态分布时釆用两组独立样本的t检验,不符合正态分布时用两组独立样本的秩和检验,P<0.05时具有统计学意义。
qRT-PCR结果如图6和图7所示。从图6中可见整个实验过程反应过程良好,无非特异性扩增产物,qRT-PCR结果可靠。与癌旁组织相比,ENST00000513572在鼻咽癌组织中均上调(P<0.05)。结果表明,qRT-PCR结果与芯片检测结果一致。
Real-time PCR验证的差异表达lncRNA柱状图,可以看到:以GAPDH作为参照,癌组织中的ENST00000513572与癌旁组比较,表达上调,与芯片结果一致。
实施例2
为了进一步验证lncRNA:ENST00000513572可作为鼻咽癌分子标志物或靶点,发明人进一步扩大了取样数量,进行进一步的实验。
1、病例收集
收集2012年12月-2015年8月于佛山市第一人民医院头颈放疗科住院的鼻咽癌患者的外周血标本为实验组标本库,而对照组的非癌外周血标本库分别取自于2015年9月-2015年11月于佛山市第一人民医院保健科体检和耳鼻咽喉科住院患者,试验中标本采集取得患者知情同意并从广东省佛山市第一人民医院伦理委员会得到认可授权。鼻咽癌患者治疗前均完善全身体格检查、头颈部核磁共振检查(magnetic resonance imaging,MRI)、全身骨显像(whole body bone scanning)、腹部超声和胸部X光片。
表2-1鼻咽癌患者临床资料概况
但是,在对102例的鼻咽癌患者临床资料分析中,发现8(7.8%)例患者经确诊或辅助化疗后放弃治疗或拒绝随访,2(2.0%)例患者有遗传病病史,9(8.8%)例患者有乙肝病毒感染病史,14(13.7%)近期感染病史,18(17.6%)例患者有高血压或糖尿病或冠心病病史。根据实验组鼻咽癌患者的入组标准:年龄18-70岁,鼻咽组织病理确诊为鼻咽癌,入组前未行手术或放化疗,排除其他系统现病史,各重要器官功能在正常范围,KPS评分(Karnofsky score,KPS)≥80,最后有58(56.9%)符合入组标准,排除其他系统疾病影响。因此,选取符合入组标准的58例鼻咽癌患者进行后续实验分析。
入组的58例鼻咽癌患者均进行了放疗,其中进行调强根治性放疗的患者有55(94.8%)例,有3(5.1%)例患者进行了高姑息性放疗,鼻咽癌患者放疗的体位要求和靶区勾画遵照放疗的规范化操作。调强照射剂量:原发灶(GTVnx)68-72Gy,颈部受累淋巴结区(GTVnx)68-70Gy,临床靶体积1(CTV-1)60Gy,临床靶体积2(CTV-2)54Gy,总剂量分30次进行,每天1次,每周5天。同时,鼻咽癌患者还接受化学治疗,同期化疗方案主要采用顺铂单药,诱导或辅助化疗主要采用PF(顺铂+5-氟脲嘧啶)或TPF(多西他赛+顺铂+5-氟脲嘧啶)联合化疗方案。入组的58例鼻咽癌患者有3(5.2%)例进行了姑息性放化疗,4(6.9%)例进行了诱导或辅助化疗+放疗,7(12.1%)例仅进行了同期放化疗,44(75.9%)例进行了辅助化疗+同步放化疗。
在非癌患者外周血标本库中,总共有78例患者标本入库,其中,男性41例,女性37例,年龄范围为20-68岁,中位年龄为41岁。(其临床资料详见表2-2)
表2-2非癌组患者临床资料
在78例非癌患者中,2(2.6%)例体检发现地中海贫血,3(3.8%)例体检确诊冠心病,4(5.1%)例体检肿瘤指标异常,8(10.3%)例体检发现血耐量异常或确诊糖尿病,9(11.5%)例体检确诊为高血压病,11(14.1%)例体检确诊乙肝病毒携带,18(23.1%)例抽血前1周内有感染病史,根据入组标准:排除任何肿瘤疾病史,年龄18-70岁,各重要器官功能均在正常范围,排除其他系统现病史,最后有29(37.2%)例患者体检无明显异常符合入组标准,进行后续试验(图8,图9)。
利用卡方检验分析实验组58例与对照组29例符合入组标准患者的性别和年龄分组的差异,差异无统计学意义(图10,图11)。
2、样本采集
所有外周血标本均在患者空腹状态下抽取得,量约2ml,存于含EDTA抗凝剂的无菌试管中,管上表明样本编号,并放置4℃冰箱预存,尽量在血液离体后2小时内进行试验。试验中标本采集取得患者知情同意并从广东省佛山市第一人民医院伦理委员会得到认可授权。
3、总RNA样品制备、纯化及质检
(1)TRIZOL法提取RNA样品;
(2)采用RNeasy柱对总RNA样品进行纯化;
(3)RNA定量和质量控制(采用Nanodrop ND 1000紫外可见分光光度计以及凝胶电泳检查确定样品总RNA浓度和质量)。
Nanodrop分光光度计对鼻咽癌组与非癌组的87例样本总RNA测定结果如表2-3所示。总RNA变性琼脂糖凝胶电泳中,28S和18S核糖体RNA的带非常亮而浓,上面一条带的密度大约是下面一条带的2倍,说明总RNA的质量和纯度较好。RNA制备过程中如果出现DNA污染,将会在28S核糖体RNA带的上面出现,即更高分子量的弥散迁移物质或者带。RNA的降解表现为核糖体RNA带的弥散。从29例对照组和58例鼻咽癌实验组外周血标本的变性琼脂糖凝胶电泳检测实验结果来看,部分样本存在RNA降解严重的问题(图12)。为了不影响后续实验结果,本课题组从中挑选了其中17例非癌患者和51例鼻咽癌患者外周血标本的总RNA进行后续实验。
表2-3分光光度计检测87例样本提取的总RNA
*对于分光光度计中,O.D.A260/A280比值应接近2.0为纯的RNA(1.8和2.1之间的比率是可接受的)。在O.D.A260/A230比值应大于1.8。
4、qRT-PCR
1)引物设计
2)其余步骤与第一部分鼻咽癌相关lncRNA分子的筛选中所使用的qRT-PCR一致。
3)qRT-PCR结果
qRT-PCR结果以管家基因β-actin作为内参,将ENST00000513572基因在鼻咽癌患者外周血标本进行qRT-PCR验证,以非癌患者外周血标本为对照,由实验得到的溶解及扩增曲线图(图13),从图中可见实验过程中无特异性扩增产物,实验结果可靠。
使用Mann-Whitney U检验,发现鼻咽癌患者与非癌患者相比,ENST00000513572的表达量没有显著差异(图14,P=0.859)。
以上实验表明,lncRNA:ENST00000513572在鼻咽癌组织中的表达量明显高于癌旁组织,极有可能成为分子标志物或靶点,在鼻咽癌临床早期诊断、预后判断或靶向治疗等方向上具有广阔的应用前景。
<110> 佛山市第一人民医院
<120> 一种鼻咽癌相关分子标志物及其应用
<130>
<150> CN 201510305069.X
<151> 2015-06-04
<160> 9
<170> PatentIn version 3.5
<210> 1
<211> 1816
<212> DNA
<213> human
<400> 1
gagctgggag cctgttggca ggtccctctt tttattttcg ctgagagctt tcttttacta 60
aatgccacca tccttacctt tcaaggtgtc tgcgtgccta atttttcctg gttgttagac 120
aagaacccgg attttagttg aactctggag caaaaatcct gcatcatttg taggtgggtg 180
tcattgtgac tggctgctac ctccccatga gtcttctaaa ataaaacctg caaattcaca 240
tcttccccat gcttccagag aatgcatatt cttcctttga aaaaagaaaa ccagcactgt 300
tcataatagc caagatttgg aagccaccta agtgtccatc aacagatgaa tggagaaact 360
gtggtacata tacacaacgg agtgctattc agccataaaa aagaatgata ctctgtcatc 420
tgcaacaaca tgaatggaac tggagatcat tatgttgtta aataagccag acacagaaag 480
acaaacatca catattttca cttattttgg ggatataaaa gtcaaaacaa actcatggag 540
atagagaaca gatagacggt taccagaggc taggaggagg agtggtgggg ggcagttagt 600
gatggttaat tggtacaaaa aaatggttag aaataataaa taagacctag tattagatag 660
gacaacagga ggactatagt caaaaataat ttatttgtac atttcaaagt aactaaaaga 720
gtgtaattgt attatttgta gcacatagga taaatgcttg aggtgacgga taccccattt 780
accctgatgt gattattaca catcgtatgc ctgtaccaaa agatctcatg tacctcataa 840
atacatacac ctactatata cccacacaaa ttaaaaatta aaaaaattta aagaaattac 900
agtttgttgg ttttgaatat ttgaccaaat tttttactaa gcacagatag attgaatata 960
attttattgt ccttttgaca ttatgataat gaaggtatct acacagaagt ctgagatgag 1020
aaaaaaatga tataatatcc acctactaca tagtgggtag tttatatact aaagttattg 1080
ttatgagaaa gaatggctta ggaatattat ttaaaattaa ttaaggggtg ttaaaaataa 1140
aataccaagt gtaaaaatga caaaggcaag aagaaacagt atataatgtg agtaaatctt 1200
aatctttcca agagaggaga cagtacataa tgtctaaaat tgttaaacca tgaaatagaa 1260
atatagttat tttattcata attaaggaga taactactat agcacgaaat cgtgccaaaa 1320
atggttgcct ctgggaaatg tgattataga tattataata ttttggactg taaaaatctg 1380
cttttaagac tgaggaaata caaataggac aatatttatt tgaaatttgt atcctcaggg 1440
agtgtaaaga aattaatgta tccacaaaat aataatagct gctatttgaa aacatagttt 1500
tcttgaaagt taaaatagta atagtcttct aaaaattttg ttagttttgg ttttctcttt 1560
aatctgagtt atgtagaaaa gtgcttattt caaattaggt aggcttgttt tattcctttt 1620
tctgtctttt ttctatcaac tagtgtttta ttgtgttcag aaaatgccat gcattaaaag 1680
actacttttg agaatttcta gagattttct ttgttactaa agagattttt gtaattgtta 1740
catgggattt taaaaagaat gtaaattatc ctttttgtca agtataatga tttctgaaac 1800
ctagctgtgt cagaat 1816
<210> 2
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 2
gggaaactgt ggcgtgat 18
<210> 3
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 3
gagtgggtgt cgctgttga 19
<210> 4
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 4
agtggtgggg ggcagttag 19
<210> 5
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 5
agggtaaatg gggtatccgt c 21
<210> 6
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 6
gtggccgagg actttgattg 20
<210> 7
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 7
cctgtaacaa cgcatctcat att 23
<210> 8
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 8
gtagggccaa agcctcaaaa t 21
<210> 9
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 9
tgatggatgg agccctgaat a 21

Claims (10)

1.一种在鼻咽癌组织中高表达的lncRNA分子,其核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示。
2.权利要求1所述的lncRNA分子在鼻咽癌辅助诊断或鼻咽癌治疗/预后评估中的应用。
3.权利要求1所述的lncRNA分子在制备鼻咽癌辅助诊断或鼻咽癌治疗/预后评估试剂或试剂盒中的应用。
4.用于检测权利要求1所述lncRNA分子的试剂在制备鼻咽癌辅助诊断或鼻咽癌治疗/预后评估试剂或试剂盒中的应用。
5.根据权利要求4所述的应用,其特征在于,所述用于检测权利要求1所述lncRNA分子的试剂包括用于扩增权利要求1所述lncRNA分子的特异性引物对。
6.根据权利要求5所述的应用,其特征在于,所述用于扩增权利要求1所述lncRNA分子的特异性引物对,序列如下所示:
F:5’-AGTGGTGGGGGGCAGTTAG-3’(SEQ ID NO.4);
R:5’-AGGGTAAATGGGGTATCCGTC-3’(SEQ ID NO.5)。
7.权利要求1所述的lncRNA分子作为鼻咽癌治疗靶点的应用。
8.权利要求1所述的lncRNA分子在制备预防或治疗鼻咽癌药物中的应用。
9.一种用于鼻咽癌辅助诊断或预后评估的试剂盒,其中包括:
(1)用于扩增权利要求1所述lncRNA分子的特异性引物对;
(2)标准DNA模板;
(3)PCR反应液。
10.一种检测lncRNA的方法,包括如下步骤:
(1)提取样品总RNA;
(2)制备样品cDNA;
(3)定量扩增lncRNA;
所述lncRNA如权利要求1所述。
CN201610395100.8A 2015-06-04 2016-06-03 一种鼻咽癌相关分子标志物及其应用 Active CN106047876B (zh)

Applications Claiming Priority (2)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN201510305069X 2015-06-04
CN201510305069 2015-06-04

Publications (2)

Publication Number Publication Date
CN106047876A true CN106047876A (zh) 2016-10-26
CN106047876B CN106047876B (zh) 2018-11-02

Family

ID=57171080

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN201610395100.8A Active CN106047876B (zh) 2015-06-04 2016-06-03 一种鼻咽癌相关分子标志物及其应用

Country Status (1)

Country Link
CN (1) CN106047876B (zh)

Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN112831497A (zh) * 2020-05-19 2021-05-25 中南大学湘雅医院 一种新型lncRNA及其抑制剂、诊断试剂、药物和应用

Citations (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2012068383A2 (en) * 2010-11-19 2012-05-24 The Regents Of The University Of Michigan ncRNA AND USES THEREOF
CN103074441A (zh) * 2013-01-24 2013-05-01 中南大学 长链非编码rna基因linc00312的应用方法
CN104383559A (zh) * 2014-10-27 2015-03-04 中南大学 长链非编码rnaloc401317的表达载体、抑瘤试剂及其应用

Patent Citations (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2012068383A2 (en) * 2010-11-19 2012-05-24 The Regents Of The University Of Michigan ncRNA AND USES THEREOF
CN103074441A (zh) * 2013-01-24 2013-05-01 中南大学 长链非编码rna基因linc00312的应用方法
CN104383559A (zh) * 2014-10-27 2015-03-04 中南大学 长链非编码rnaloc401317的表达载体、抑瘤试剂及其应用

Non-Patent Citations (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
WEI GAO ET AL.: "Differential Expression of Long Noncoding RNA in Primary and Recurrent Nasopharyngeal Carcinoma", 《BIOMED RESEARCH INTERNATIONAL》 *
ZHANG, WL ET AL.: "Expression of LINC00312, a long intergenic non-coding RNA, is negatively correlated with tumor size but positively correlated with lymph node metastasis in nasopharyngeal carcinoma", 《JOURNAL OF MOLECULAR HISTOLOGY》 *
无: "LNCipedia transcript ID: lnc-MMRN1-2:6", 《LNCIPEDIA》 *
杨青青 等: "特异长链非编码RNA在鼻咽癌中的表达及其意义", 《肿瘤防治研究》 *

Cited By (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN112831497A (zh) * 2020-05-19 2021-05-25 中南大学湘雅医院 一种新型lncRNA及其抑制剂、诊断试剂、药物和应用
CN112831497B (zh) * 2020-05-19 2023-07-14 中南大学湘雅医院 一种新型lncRNA及其抑制剂、诊断试剂、药物和应用

Also Published As

Publication number Publication date
CN106047876B (zh) 2018-11-02

Similar Documents

Publication Publication Date Title
CN106047875B (zh) lncRNA分子及其在鼻咽癌辅助诊断中的应用
CN105936904B (zh) lncRNA分子ENST00000438553及其在鼻咽癌辅助诊断中的应用
CN105112522A (zh) Her2基因扩增的检测引物组及试剂盒
CN106755513A (zh) 一种胃癌的lncRNA标志物
CN108504658A (zh) Linc01836在制备胃癌诊断产品、治疗药物中的用途
CN107164526A (zh) 一种可视化基因芯片检测肺部感染病原菌的方法
CN109234394A (zh) 一种肝癌诊断标志物及其筛选方法
Xu et al. Comprehensive assessment of plasma Circ_0004771 as a novel diagnostic and dynamic monitoring biomarker in gastric cancer
CN109355406B (zh) 一种基于血液游离核酸的检测结核分枝杆菌的试剂盒
CN104988141A (zh) BRCA2基因g.32912799T>C突变及其在乳腺癌辅助诊断中的应用
CN106929577A (zh) 一种与肺腺癌相关的lncRNA生物标志物
CN107190005B (zh) lncRNA作为生物标志物在肺腺癌诊治中的应用
CN106047876B (zh) 一种鼻咽癌相关分子标志物及其应用
CN101988062A (zh) 宫颈癌检测标记物及其检测方法、试剂盒和生物芯片
CN106947809A (zh) C6orf58基因在制备舌鳞癌诊治产品中的应用
CN101422617B (zh) 一种znf268基因剪接异构体在抗白血病中的应用
CN104962657A (zh) Yap1基因在阿尔茨海默病诊治中的应用
CN107540736B (zh) 与宫颈癌顺药性相关的生物大分子nherf1及其应用
CN105505936B (zh) 一种抗骨肉瘤转移生物制剂及其应用
CN108034713A (zh) 绝经后骨质疏松症诊疗靶点及其应用
CN107058470A (zh) 一种通过联合miR‑136和miR‑4791预测急性高山病发病风险的诊断试剂盒
CN108251523A (zh) 一种非小细胞肺癌分子标志物及其应用
CN104962613A (zh) 一种用于乳腺癌辅助诊断的突变基因及其应用
CN105838779A (zh) ddPCR技术监控胃肠道间质瘤患者对伊马替尼/舒尼替尼耐药的方法
CN105838778A (zh) ddPCR技术监控结直肠癌患者对帕尼单抗/西妥昔单抗耐药的方法

Legal Events

Date Code Title Description
C06 Publication
PB01 Publication
C10 Entry into substantive examination
SE01 Entry into force of request for substantive examination
GR01 Patent grant
GR01 Patent grant