CN106011139A - 一种用于膀胱癌筛查的环状rna的检测及其应用 - Google Patents
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Abstract
本发明涉及一种用于膀胱癌筛查的环状RNA的检测及其应用,具体是利用环状RNA芯片,通过差异分析,筛选到一条在人膀胱癌组织中显著高表达的circRNA,命名为cRNA‑ZFR。与正常组织相比,cRNA‑ZFR在人膀胱癌组织中显著高表达,并在大样本荧光定量PCR实验中进一步证实cRNA‑ZFR在人膀胱癌组织中的表达量明显高于正常组织。这一新型的cRNA‑ZFR将为进一步研究膀胱癌的发病机制提供新的思路,也为膀胱癌的早期筛查及预后监测提供了新的靶标。
Description
技术领域
本发明属于肿瘤分子生物学领域,具体涉及一种环状RNA及其应用,具体而言,本发明涉及一种环状RNA在制备膀胱癌辅助诊断或者预后监测制剂中的应用。
背景技术
膀胱癌为泌尿系最常见的恶性肿瘤,约95%来源于膀胱上皮。目前用于膀胱癌预防复发的药物疗效并不理想。高达40%-80%的患者会发生一次或多次复发,10%-15%的患者会发展为更高级别的肿瘤或发生转移。因此,发掘新型膀胱肿瘤标志物用于早期有效检测肿瘤的发生、发展及预后监测显得尤为重要。环状RNA(circRNA)是由多个外显子组成的封闭的环状非编码RNA分子。以往对于circRNA的认识主要来自于病毒,类病毒和拟病毒,但是近年来随着RNA测序和生物信息学技术的发展,使得大规模分析转录组数据成为可能,人类基因表达的circRNA也逐渐被了解。circRNA多数位于细胞质中,与线性RNA相比更稳定,且许多circRNA的表达水平不低于线性RNA的表达水平。一些circRNA拥有miRNA的应答原件(MRE),可以充当分子“海绵”,结合并封闭miRNA,从而抑制miRNA的活性;此外,circRNA很可能也是一种重要的新型转录后调控因子,具有调控其他RNA水平、与蛋白质直接结合调节蛋白质活性和作为蛋白质的模板,指导其合成等功能。
发明内容
本发明利用环状表达谱芯片技术,通过差异分析,筛选到一条在人膀胱癌组织中显著高表达的circRNA,命名为cRNA-ZFR,其转录区域位于5号染色体,全长1561bp。与正常组织相比,cRNA-ZFR在人膀胱癌组织中显著高表达。在大样本荧光定量PCR实验中进一步证实cRNA-ZFR在 人膀胱癌组织中的表达量明显高于正常组织。这一新型的cRNA-ZFR将为进一步研究膀胱癌的发病机制提供新的思路,也为膀胱癌的早期筛查及预后监测提供了新的靶标。
发明人提供的3对膀胱癌和癌旁组织,采用上海康成生物工程有限公司代理的ArrayStar公司的circRNA芯片产品(Human CircRNA Microarray V3.0Service)进行检测,筛选出一条在膀胱癌组织中显著高表达的circRNA,命名为cRNA-ZFR,其核苷酸序列如SEQ ID No.1所示。通过35对人膀胱癌与癌旁组织样本的荧光定量PCR验证,发现有32对样本中的cRNA-ZFR在肿瘤组织中显著高表达。
具体而言,本发明提供了一种在膀胱癌组织中高表达的circRNA,其名称为cRNA-ZFR,其对应的cDNA的核苷酸序列如SEQ ID No.1(5’→3’方向)或其互补序列所示。所述cRNA-ZFR可以是分离的和/或人工合成的。
本发明提供了本发明第一个方面所述cRNA-ZFR用于制备诊断膀胱癌的药物或试剂盒的用途。还提供了能够检测权利要求1所述的环状RNA(cRNA-ZFR)的表达的试剂(如靶向其的特异性引物对)在制备诊断膀胱癌的诊断剂或试剂盒中的用途。
在一个优选的实施方案中,所述cRNA-ZFR用于膀胱癌的辅助诊断。
本发明的第三个方面提供一种用于诊断膀胱癌的试剂盒,其中包括:
1)用于扩增cRNA-ZFR的特异性引物对;
2)标准DNA模板;
3)PCR反应液。
在一个优选的实施方案中,所述特异性引物对包括上游引物和下游引物,上游引物序列为SEQ ID No.2,下游引物序列为SEQ ID No.3。
在一个更优选的实施方案中,所述试剂盒为荧光定量PCR检测试剂盒,所述引物适用于SYBR Green、TaqMan探针、分子杂交探针的检测。
在一个更优选的实施方案中,所述试剂盒中的PCR反应液为荧光定量PCR反应液,并包含荧光染料。
在一个更优选的实施方案中,所述荧光定量PCR反应液包括dNTP、Mg2+、Taq酶及buffer缓冲液,所述荧光染料为SYBR Green II,Taq酶 为热启动酶。
本发明的荧光定量PCR试剂盒适合于目前存在市场上的所有类型荧光定量基因扩增仪,灵敏度高,特异性好,具有良好的应用前景。
本发明提供了一种检测环状RNA的方法,所述方法包括以下步骤:
1)提取样品总RNA;
2)制备样品cDNA(例如来自膀胱癌组织的样品cDNA);
3)扩增cRNA-ZFR。
在一个优选的实施方案中,所述方法包括如下步骤:
1)提取样品总RNA:按照SIGMA公司的TRIZOL试剂(货号T9424)所需试剂及步骤提取总RNA,再用7300实时PCR系统核算定量仪定量(Applied Biosystems AB)定量所提取的RNA的纯度和浓度。
2)制备样品cDNA:采用北京康润诚业生物科技有限公司StarScript II One-step RT-PCR试剂盒(货号A215-01)对提取的总RNA反转录合成cDNA。
第一步打开RNA二级结构,反应体系及条件如下:
试剂 | 用量 |
Oligo dT | 1ul |
RNA | 1-2ug |
DEPC水 | 补齐至20ul |
第二步反转录反应,反应体系及条件如下:
试剂 | 用量 |
2.5mM dNTP | 2.5ul |
5×RT buffer | 6ul |
HPR(RNase抑制剂) | 0.6ul |
MLV(逆转录酶) | 0.4ul |
将上述组分混合均匀后42℃孵育1h,然后70度灭活10min,即得到cDNA。
3)扩增cRNA-ZFR:采用北京康润诚业生物科技有限公司2×RealStar Power SYBR Mixture UNG荧光定量试剂盒(货号A312),以反转录的cDNA为模板进行荧光定量PCR扩增。
荧光定量PCR体系:
荧光定量PCR程序:95℃30s预变性,接40个循环:95℃30s,56℃30s。
通过对阳性样品的检测,发现本发明定量试剂盒检测准确率为80%-85%,连续3次重复实验,实验结果稳定。
本发明的第五个方面提供一种辅助检测膀胱癌的方法,所述方法包括以下步骤:
1)提取样品总RNA;
2)制备样品cDNA;
3)定量扩增cRNA-ZFR,并根据相对定量结果进行判断。
本发明还提供了本发明所述的cRNA-ZFR用作膀胱癌药物的新靶点的用途。
本发明公开了一种检测膀胱癌的染料类荧光定量PCR试剂盒的使用方法,荧光定量PCR体系:
上游引物;下游引物各1ul(10uM);DNA模板cDNA 1ul;50XROX 2ul;2×SYBR Green II 10uL,加离子水至5uL。荧光定量PCR程序:95℃30s预变性,接40个循环:95℃30s,56℃30s。
附图说明
图1.CircRNA芯片聚类图,显示3对膀胱癌与癌旁组织差异表达的CircRNA芯片聚类。
图2.针对cRNA-ZFR的序列设计的1对特异性引物PCR扩增后行琼脂糖凝胶电泳测试引物的效果。
图3. 35例膀胱癌临床样本的cRNA-ZFR验证qRT-PCR检测结果。
具体实施方式
实施例1:人膀胱癌与癌旁组织的circRNA芯片表达分析
一、材料和方法
1.材料
组织样本来自于3对膀胱癌患者的住院病例手术切除样本(所有组织样本均来自昆明医科大学第二附属医院泌尿外科),每对包含膀胱癌组织和配对的癌旁组织。
2.方法
(1)肿瘤组织和正常组织总RNA的提取:按Qiagen公司的RNA提取试剂盒(RNeasy Micro Kit,货号74004)说明书提取膀胱癌组织和癌旁组织的总RNA。
(2)对样品RNA进行Cy5荧光标记(委托上海康成生物工程有限公司进行“ArrayStar Human CircRNA Microarray V3.0Service”进行标记服务)
(3)反转录合成第一链cDNA:以Total RNA为起始,含有T7启动子序列的Oligo(dT)Primer(上海康成生物工程有限公司)为引物,使用CbcScript酶(上海康成生物工程有限公司)合成第一链cDNA。
(4)合成第二链cDNA:DNA聚合酶(上海康成生物工程有限公司)以RNA片段为引物,合成第二链cDNA,并纯化双链cDNA。
(5)体外转录合成cRNA:以cDNA为模板,利用T7Enzyme Mix(上海康成生物工程有限公司)合成cRNA。
(6)随机引物反转录:取1ug cRNA,用随机引物进行反转录。
(7)杂交与清洗:cDNA溶于杂交液(25%甲酰胺,5×SSC,0.1%SDS,0.5%BSA)中45℃杂交过夜,用SSC(上海康成生物工程有限公司)的液体中洗5分钟,玻片甩干后即可用于扫描。
(8)芯片扫描,图像分析,差异基因筛选:芯片用Agilent Microarray Scanner(Agilent p/n G2565BA)进行扫描,并转化为数字信号。将原始数据输入到6eneSpring GX软件中,进行差异基因筛选。
二、结果
关于人膀胱癌的CircRNA芯片聚类分析见图1。芯片筛查发现多条表达上调和表达下调的circRNAs。其中cRNA-ZFR显示出在癌组织中表达显著上调,鉴于其可能在人膀胱癌的癌组织中存在特异性表达,本发明通过以下实施例采用大规模样本分批次进行指标的重复验证。
实施例2:qRT-PCR初步验证cRNA-ZFR在膀胱癌的癌组织和癌旁组织中的差异表达
一、实验材料
选取35对(不同于芯片测试的样本)人膀胱癌的癌组织(由昆明医科大学第二附属医院提供)和配对癌旁组织,对cRNA-ZFR的表达差异进行qRT-PCR验证。
二、实验方法和结果
1.引物特异性鉴定
(1)特异性引物的设计:从Ensemble数据库提取cRNA-ZFR相关的转录本序列,并用根据转录本的序列通过NCBI的引物设计工具(Primer BLAST)设计引物;
设计后的引物序列如下:
上游引物:SEQ ID No.2
下游引物:SEQ ID No.3
(2)将人膀胱癌组织与癌旁组织按照SIGMA公司的TRIZOL试剂(货号T9424)所需试剂及步骤提取总RNA,再用7300实时PCR系统核算定量仪定量(Applied Biosystems AB)定量所提取的RNA的纯度和浓度。
(3)采用北京康润诚业生物科技有限公司StarScript II One-step RT-PCR试剂盒(货号A215-01)对提取的总RNA反转录合成cDNA。
第一步打开RNA二级结构,反应体系及条件如下:
试剂 | 用量 |
Oligo dT | 1ul |
RNA | 1-2ug |
DEPC水 | 补齐至20ul |
第二步反转录反应,反应体系及条件如下:
试剂 | 用量 |
2.5mM dNTP | 2.5ul |
5*RT buffer | 6ul |
HPR(RNase抑制剂) | 0.6ul |
MLV(逆转录酶) | 0.4ul |
将上述组分混合均匀后42度孵育1h,然后70度灭活10min,即得到cDNA。
(4)cRNA-ZFR的扩增:采用北京康润诚业生物科技有限公司2×RealStar Power SYBR Mixture UNG荧光定量试剂盒(货号A312),以反转录的cDNA为模板进行荧光定量PCR扩增。
荧光定量PCR体系:
荧光定量PCR程序:95℃30s预变性,接40个循环:95℃30s,56℃30s。
(5)电泳检测,选用DM2000DNA Marker(北京康为世纪生物科技有限公司,货号CW0632)。结果如图2所示:扩增片段大小与预期相同,扩增产物只有一条带。该引物对符合上述标准。上游的特异性引物,其序列见序列表SEQ ID No.2,下游的特异性引物,其序列见序列表SEQ ID No.3。
2.样品总RNA的提取:
采用液氮研磨法,按照SIGMA公司的TRIZOL试剂(货号T9424)所需试剂及步骤提取膀胱癌组织或肿瘤的Total RNA。主要操作步骤如下:
(1)新鲜组织样品迅速放入装有液氮的研钵中进行研磨,最终研磨成粉末状;
(2)每个研钵中加入1ml TRIZOL试剂,继续研磨3-5分钟,直至成匀浆状;
(3)把上述匀浆转移到1.5ml无菌无酶离心管中,每1份匀浆中加入0.2ml氯仿。混匀后12000g离心10分钟。RNA存在于上层水相中;
(4)吸取上层水相(约200-300ul)转移到1.5ml无菌无酶新管中,0.5ml异丙醇混匀,12000g离心10分钟;
(5)弃上清,用75%的乙醇洗涤RNA沉淀一次,用20ul无RNA酶的水吹打几次溶解RNA,保存于-80℃低温冰箱。
3.标准DNA模板的制备
根据cRNA-ZFR碱基序列(其核苷酸序列如序列表SEQ ID No.1所示),委托上海生工合成。
取样2ul合成产物,连接到pUC-T TA克隆载体(北京康为世纪生物科技有限公司,货号CW0801),随后转化到DH5a感受态细胞中。通过序列为SEQ ID No.2和SEQ ID No.3的特异性引物筛选阳性克隆,提取质粒DNA,质粒DNA用7300实时PCR系统核算定量仪定量,并做10倍系列稀释作为标准曲线(标准DNA模板浓度范围在102-106拷贝/u1)。
4.敏感性实验
将标准DNA模板质粒按比例稀释为102、103、104、105、106拷贝/u1,进行荧光定量PCR,检测灵敏度。最低检出浓度为102拷贝/u1。
5.合成cDNA模板
取上述30对膀胱癌组织和配对癌旁组织的总RNA,采用北京康润诚业生物科技有限公司StarScript II One-step RT-PCR试剂盒(货号A215-01)对提取的总RNA反转录合成cDNA。
第一步打开RNA二级结构,反应体系及条件如下:
试剂 | 用量 |
Oligo dT | 1ul |
RNA | 1-2ug |
DEPC水 | 补齐至20ul |
第二步反转录反应,反应体系及条件如下:
将上述组分混合均匀后42度孵育1h,然后70度灭活10min,即得到cDNA。
6.荧光定量PCR检测cRNA-ZFR表达量
采用北京康润诚业生物科技有限公司2X RealStar Power SYBR Mixture UNG荧光定量试剂盒(货号A312),以反转录的cDNA为模板进行荧光定量PCR扩增。
荧光定量PCR体系:
荧光定量PCR程序:95℃30s预变性,接40个循环:95℃30s,56℃30s。
根据qRT-PCR的相对定量公式:2- △ Ct,分别计算出cRNA-ZFR在膀胱癌患者癌组织(T)和癌旁组织(N)中的表达水平,结果如图3所示:cRNA-ZFR在癌旁组织中的表达水平主要集中在0.32-3.76之间,而癌组织中的cRNA-ZFR的表达量主要集中在0.82-15.7之间,明显高于正常组织。以上结果说明,cRNA-ZFR在肿瘤组织中普遍高表达。本实验结果显示:cRNA-ZFR在35例膀胱癌与癌旁组织中,32例上调,阳性检出率=上调表达例数/总检测例数×100%=32/35=91.4%。CRNA-ZFR可以作为膀胱癌诊断的新肿瘤标志物,用于膀胱癌的筛查。
实施例3:利用cRNA-ZFR的差异表达对膀胱癌组织进行筛查
一、实验材料
选取100份人膀胱癌组织和100份癌旁组织(由昆明医科大学第二附属医院提供),对cRNA-ZFR的表达差异进行qRT-PCR检测。
二、实验方法和结果
1.引物特异性鉴定
(1)采用如下特异性引物序列:
上游引物:SEQ ID No.2
下游引物:SEQ ID No.3
(2)将人膀胱癌组织与癌旁组织按照SIGMA公司的TRIZOL试剂(货号T9424)所需试剂及步骤提取总RNA,再用7300实时PCR系统核酸定量仪定量(Applied Biosystems AB)定量所提取的RNA的纯度和浓度。
(3)采用北京康润诚业生物科技有限公司StarScript II One-step RT-PCR试剂盒(货号A215-01)对提取的总RNA反转录合成cDNA。
第一步打开RNA二级结构,反应体系及条件如下:
试剂 | 用量 |
Oligo dT | 1ul |
RNA | 1-2ug |
DEPC水 | 补齐至20ul |
第二步反转录反应,反应体系及条件如下:
试剂 | 用量 |
2.5mM dNTP | 2.5ul |
5*RT buffer | 6ul |
HPR(RNase抑制剂) | 0.6ul |
MLV(逆转录酶) | 0.4ul |
将上述组分混合均匀后42度孵育1h,然后70度灭活10min,即得到cDNA。
(4)cRNA-ZFR的扩增:采用北京康润诚业生物科技有限公司2×RealStar Power SYBR Mixture UNG荧光定量试剂盒(货号A312),以反转 录的cDNA为模板进行荧光定量PCR扩增。
荧光定量PCR体系:
试剂 | 用量 |
2×MIX | 10ul |
50×ROX | 2ul |
引物 | 各1ul |
DNA模板 | 1ul |
RNase Free ddH2O | 补齐至20ul |
荧光定量PCR程序:95℃30s预变性,接40个循环:95℃30s,56℃30s。
2.样品总RNA的提取:
采用液氮研磨法,按照SIGMA公司的TRIZOL试剂(货号T9424)所需试剂及步骤提取膀胱癌组织或肿瘤的Total RNA。主要操作步骤如下:
(1)新鲜组织样品迅速放入装有液氮的研钵中进行研磨,最终研磨成粉末状;
(2)每个研钵中加入1ml TRIZOL试剂,继续研磨3-5分钟,直至成匀浆状;
(3)把上述匀浆转移到1.5ml无菌无酶离心管中,每1份匀浆中加入0.2ml氯仿。混匀后12000g离心10分钟。RNA在于上层水相中;
(4)吸取上层水相(约200-300ul)转移到1.5ml无菌无酶新管中,0.5ml异丙醇混匀,12000g离心10分钟;
(5)弃上清,用75%的乙醇洗涤RNA沉淀一次,用20ul无RNA酶的水吹打几次溶解RNA,保存于-80℃低温冰箱。
3.合成cDNA模板
取上述100例膀胱癌组织和100例癌旁组织的总RNA,采用北京康润诚业生物科技有限公司StarScript II One-step RT-PCR试剂盒(货号A215-01)对提取的总RNA反转录合成cDNA。
第一步打开RNA二级结构,反应体系及条件如下:
试剂 | 用量 |
Oligo dT | 1ul |
RNA | 1-2ug |
DEPC水 | 补齐至20ul |
第二步反转录反应,反应体系及条件如下:
试剂 | 用量 |
2.5mM dNTP | 2.5ul |
5*RT buffer | 6ul |
HPR(RNase抑制剂) | 0.6ul |
MLV(逆转录酶) | 0.4ul |
将上述组分混合均匀后42度孵育1h,然后70度灭活10min,即得到cDNA。
4.荧光定量PCR检测cRNA-ZFR表达量
采用北京康润诚业生物科技有限公司2X RealStar Power SYBR Mixture UNG荧光定量试剂盒(货号A312),以反转录的cDNA为模板进行荧光定量PCR扩增。
荧光定量PCR体系:
试剂 | 用量 |
2*MIX | 10ul |
50*ROX | 2ul |
引物 | 各1ul |
DNA模板 | 1ul |
RNase Free ddH2O | 补齐至20ul |
荧光定量PCR程序:95℃30s预变性,接40个循环:95℃30s,56℃30s。
qRT-PCR检测膀胱癌组织样本中cRNA-ZFR的扩增曲线。产物扩增曲线在反应的早期就可能被监测到,起始点表示产物聚集的对数期开始,该期产物的荧光信号呈指数增长,检测仪将此点定义为Ct值。根据Ct值可以预测靶基因产物的起始浓度,即在PCR反应条件相同的情况下,靶基因起始浓度越大,则Ct值就越低。我们将癌旁对照组均值的95%可信 区间的上界(X±1.83SD)作为本诊断实验的Cut-off值,其值为4.673。在此分界值条件下,本诊断实验的灵敏度为93%,特异度为83%。
临床灵敏度可用来衡量某种试验检测出有病者的能力,灵敏度是将实际有病的人正确地判定为真阳性的比例。
本实验灵敏度=93/(93+7)×%=93%。
临床特异度是衡量试验正确地判定无病者的能力,特异度是将实际无病的人正确地判定为真阴性的比例。
本实验特异度=85/(15+85)×%=85%。
CircRNA作为全新的环状RNA,不仅能成为膀胱癌诊断的肿瘤标志物,而且有望成为膀胱癌治疗靶点,具有十分重要的科学意义和生理意义。
SEQ ID No.1
cRNA-ZFR序列:
GCTACTTGGGAGGCTGAGACAGGAGAATCGCTTGAACCCAGGAGGCCGAGGTTGCAGTGATCTGAGATCGTGCACTCCAGCCTGGGGGACAGAGTGACACTCCGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAAATGCCTGTTTTGGGTTCTTCATTTTTTTCCTATAACTGTAACTATATTGAGCATTCTATATTTATCATCAGTTCTTTGTTATATTAGCTCCAGAATAACTTACGACCATTTAGAGTACTGAACAAACTCAGTAGTTTATTGTACATACTCATTAAGGTGGATTTTTGTGTTCCCTCTTGTCTTGTTGTCTTTGTGCTAGTGCACTGTGTCCAGTAATCTTTCCTTCGGATTTCGTTTTGGTGGGTAGGGTTTATATTTCCAGAAATTGTTTATTATATTACTAAATTAATAAGTTAACCTTTTGTTCCTCATATTGGATTATGTAAATTTATTGAAAATAACTCCGTGGATATATTAAAGTGCCAACAAGCTCTCAAATGGCTCATGTGACACTGATGCTACCTTAAGGAAGTGTCTTGCTCACCTGGTCAAACACCCATTCCTCACTGCATTTTGCCAATTCAATCCATTTTAGATGTAACCTCGGGTATGGTGAAAGACCCACCGGACGTCTTGGACAGGCAAAAATGCCTTGACGCTCTGGCTGCTCTACGCCACGCTAAGTGGTTCCAGGTTCGGAACATCATTTTACTTTTTTCTTGTAGCCTTATGAGAGAAGTAGTTCAGTACAACATGTTTAACTGTGCTTAAACATTTCAAAAGACTGCCCAAGCAATACTATTTTAAATTAAATATCAGAAAATATGTTAACATAGAAAGCTGGGTATGATGATCTGCATATTGCAGTTATTATTAATTTGACAATGAACTTAGGTTTGGGGAGTGTTTTGTAGTTGGGGTTTTTTTATTTTTTATTTTTAGTGGCTATATTTAAAGTTGACTTGTTTAGGAACATCACATGTTTGTGTATATATATTATATTCCATAAGGCTGCAGATTAACTTTGCTTTAAATAATGGAATATGTGTTTAAAGCTTTGTGTATAGTTTTAAGATTTTTTTCCCCCTCTTTCTCTAAGTTAATAAGTGTAGGGAGTGAAAGGTGAGGAAGCAGCTGTTTGGTTTAGTGACTTTGCAGTCATGCAAAGGCACAGAAGGGAAACCAAACAGATTTCCTTAACCTTTCAGTCCCTAGACAAACTTTTTAGCTCTTTACTTTTTCTTTTATTTCTAATGTAGGCAGACTTTTTTTTTTTAAGTTTACTGTTTTAAATGAACACAGGTCAAGGTTCACAGGGGATCAAGAAATATTATTCTTGTATAATCTGTTTACTTTGACCTAAATACCAGCTTTTAAATACTAACCCTGGCATAAAATACTGCTGTAAATGGCAGCTCATTGAATCCAATTTTAAGTGTGATTGTTTTTGTTTTTATCTGAGCTTCCATTGAACGGTGGTATTTTAACTTTTTTTCATCAAGGGATATATTCAGTATTTCTAAGATTAATTCAATTGGTTTTTATGTT
SEQ ID No.2
上游引物:5’-AATAAGTTAACCTTTTGTT-3’
SEQ ID No.3
下游引物:5’-TTAAATATCAGAAAATATG-3’ 。
Claims (10)
1.一种环状RNA,名称为cRNA-ZFR,其对应的cDNA序列如SEQ IDNo.1或其互补序列所示。
2.根据权利要求1所述的环状RNA,其在膀胱癌组织中相对于癌旁正常组织高表达。
3.权利要求1所述的环状RNA(cRNA-ZFR)用于制备诊断膀胱癌的诊断剂或试剂盒的用途。
4.能够检测权利要求1所述的环状RNA(cRNA-ZFR)的表达的试剂在制备诊断膀胱癌的诊断剂或试剂盒中的用途。
5.一种用于诊断膀胱癌的试剂盒,其包括:
1)用于扩增权利要求1所述的环状RNA(cRNA-ZFR)的特异性引物对;
2)标准DNA模板;和
3)PCR反应液。
6.根据权利要求5所述的试剂盒,其中所述特异性引物对包括上游引物和下游引物,其中上游引物序列为SEQ ID No.2,下游引物序列为SEQID No.3。
7.根据权利要求5所述的试剂盒,其中所述试剂盒为荧光定量PCR检测试剂盒,所述引物适用于SYBR Green、TaqMan探针和/或分子杂交探针的检测。
8.根据权利要求5所述的试剂盒,其中所述试剂盒中的PCR反应液为荧光定量PCR反应液,并进一步包含荧光染料,优选所述荧光定量PCR反应液包括dNTP、Mg2+、Taq酶及缓冲液,所述荧光染料为SYBR GreenII,和/或Taq酶为热启动酶。
9.一种检测环状RNA的方法,所述方法包括以下步骤:
1)提取样品总RNA;
2)制备样品cDNA;和
3)定量扩增cRNA-ZFR。
10.权利要求1所述的环状RNA(cRNA-ZFR)用作膀胱癌药物的靶点的用途。
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