CN105829547A - 与Wnt途径抑制剂有关的预测性生物标记物的鉴别 - Google Patents

与Wnt途径抑制剂有关的预测性生物标记物的鉴别 Download PDF

Info

Publication number
CN105829547A
CN105829547A CN201480065718.7A CN201480065718A CN105829547A CN 105829547 A CN105829547 A CN 105829547A CN 201480065718 A CN201480065718 A CN 201480065718A CN 105829547 A CN105829547 A CN 105829547A
Authority
CN
China
Prior art keywords
biomarker
seqidno
tumor
antibody
sample
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Pending
Application number
CN201480065718.7A
Other languages
English (en)
Inventor
安·M·卡保恩
张春
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Ang Kemeide Pharmaceutical Co Ltd
Original Assignee
Ang Kemeide Pharmaceutical Co Ltd
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Ang Kemeide Pharmaceutical Co Ltd filed Critical Ang Kemeide Pharmaceutical Co Ltd
Publication of CN105829547A publication Critical patent/CN105829547A/zh
Pending legal-status Critical Current

Links

Classifications

    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K38/00—Medicinal preparations containing peptides
    • A61K38/16—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
    • A61K38/17—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans
    • A61K38/177—Receptors; Cell surface antigens; Cell surface determinants
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P35/00—Antineoplastic agents
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
    • C12Q1/6886—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/106—Pharmacogenomics, i.e. genetic variability in individual responses to drugs and drug metabolism
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/158—Expression markers

Landscapes

  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Veterinary Medicine (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Public Health (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Animal Behavior & Ethology (AREA)
  • Pharmacology & Pharmacy (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Pathology (AREA)
  • General Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Hospice & Palliative Care (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Oncology (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Cell Biology (AREA)
  • Gastroenterology & Hepatology (AREA)
  • Epidemiology (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
  • Medicines That Contain Protein Lipid Enzymes And Other Medicines (AREA)
  • Pharmaceuticals Containing Other Organic And Inorganic Compounds (AREA)
  • Investigating Or Analysing Biological Materials (AREA)
  • Peptides Or Proteins (AREA)
  • Medicines Containing Antibodies Or Antigens For Use As Internal Diagnostic Agents (AREA)

Abstract

本发明提供用于鉴别可能对Wnt途径抑制剂的治疗有反应的肿瘤的生物标记物。本发明亦提供用于鉴别可能对Wnt途径抑制剂的治疗有反应或无反应的肿瘤及/或病患的方法。本发明提供用于治疗癌症病患的方法，其中该癌症系经预测为对Wnt途径抑制剂有反应。

Description

与Wnt途径抑制剂有关的预测性生物标记物的鉴别
相关申请案的交互参照
本申请案主张于2013年12月2日提出的美国临时申请案第61/910,663号及2014年4月4日提出的美国临时申请案第61/975,339号的优先权，各案以参照方式整体纳入此处。
技术领域
本发明关于癌症治疗的领域。更特别地，本发明提供用于鉴别可能对Wnt途径抑制剂的治疗有反应或无反应的肿瘤的方法。此外，本发明提供用于鉴别、选择及/或治疗可能对单独使用或与其他治疗剂组合的Wnt途径抑制剂的治疗有反应的癌症病患的方法。
背景技术
癌症是已开发国家的主要死因之一，光是在美国每年就有大约160万人被诊断出癌症而且有超过550,000例死亡。整体来说，预期每3人中超过1人会在有生之年发展出某些形式的癌。有超过200种不同的癌症，其中四种：乳癌、肺癌、结直肠癌及前列腺癌，占美国所有新病例的几乎一半(Siegeletal.,2012,CA:ACancerJ.forClin.,62:10-29)。
信号传导途径通常连接细胞外信号至细胞核，导致直接或间接控制细胞生长、分化、存活、及死亡的基因表达。然而，在许多种类的癌症中，信号传导途径失调且可能与肿瘤起始及/或进展有关。与人癌症发生有关的信号传导途径包括但不限于Wnt途径、Ras-Raf-MEK-ERK或MAPK途径、PI3K-AKT途径、CDKN2A/CDK4途径、Bcl-2/TP53途径、及缺口(NOTCH)途径。
Wnt信号传导途径是胚胎模式形成、后胚胎组织维持及干细胞生物学的重要调节因子之一。更特别地，Wnt信号传导在细胞极性的产生和细胞命运决定包括干细胞族群自我更新中扮演重要角色。未受调节的Wnt途径活化与许多人癌症有关，一般相信该活化可改变细胞的发育命运。咸信活化Wnt途径可能使肿瘤细胞维持在未分化状态及/或导致不受控制的增生。这可使得癌的发生藉由破坏控制正常发育及组织修复的恒定机转进行(于Reya&Clevers,2005,Nature,434:843-50；Beachyetal.,2004,Nature,432:324-31中回顾)。
Wnt信号传导途径首先在果蝇发育突变无翅(wg)以及小鼠原致癌基因int-1(现称Wnt1)中阐述(Nusse&Varmus,1982,Cell,31:99-109；VanOoyen&Nusse,1984,Cell,39:233-40；Cabreraetal.,1987,Cell,50:659-63；Rijsewijketal.,1987,Cell,50:649-57)。Wnt基因编码经脂质修饰的分泌糖蛋白，在哺乳动物中已识别出19种不同的Wnt蛋白。这些分泌型配体活化由卷曲(FZD)受体家族成员及低密度脂蛋白(LDL)受体相关蛋白5或6(LRP5/6)组成的受体复合体。FZD受体是G蛋白偶合受体(GPCR)超家族的成员，包含七个跨膜结构域以及一个大型胞外N端配体结合结构域。N端配体结合结构域包含10个保守性半胱氨酸，被称为多半胱氨酸区(CRD)或“Fri结构域”。有十种人FZD受体，FZD1、FZD2、FZD3、FZD4、FZD5、FZD6、FZD7、FZD8、FZD9及FZD10。不同的FZDCRD对特定Wnt蛋白有不同的结合亲和性(Wu&Nusse,2002,J.Biol.Chem.,277:41762-9)。此外，FZD受体可被分成活化典型β-连环蛋白途径者及活化非典型途径者(Milleretal.,1999,Oncogene,18:7860-72)。
Wnt信号传导于癌症的角色，首先是因为识别Wnt1(原名int1)为藉由邻近插入小鼠病毒而转化的乳房肿瘤的致癌基因而被发现(Nusse&Varmus,1982,Cell,31:99-109)。从这些早期发现以来，Wnt信号传导在乳癌中的角色的其他证据已持续累积。举例来说，β-连环蛋白于转基因小鼠乳腺中的过度表达导致增生及腺癌(Imbertetal.,2001,J.CellBiol.,153:555-68；Michaelson&Leder,2001,Oncogene,20:5093-9)，然而丧失Wnt信号传导扰乱正常乳腺发育(Teperaetal.,2003,J.CellSci.,116:1137-49；Hatselletal.,2003,J.MammaryGlandBiol.Neoplasia,8:145-58)。在人乳癌中，β-连环蛋白累积表示超过50％的癌中有经活化的Wnt信号传导，虽然特定突变尚未被识别，但已观察到卷曲受体表达上调(Brennan&Brown,2004,J.MammaryGlandBiol.Neoplasia,9:119-31；Malovanovicetal.,2004,Int.J.Oncol.,25:1337-42)。
Wnt途径的活化亦与大肠直肠癌、肺癌、胰癌及黑色素瘤有关。大约5至10％的所有大肠直肠癌为遗传性，其中主要癌症类型之一为家族性腺瘤息肉症(FAP)。FAP是一种体染色体显性疾病，其中大约80％的受影响个体包含大肠腺瘤息肉(APC)基因的种系突变。另外也在其他Wnt途径成分包括Axin及β-连环蛋白发现突变。个别腺瘤为包含第二失活等位基因的上皮细胞的种系过度生长，大量FAP腺瘤无可避免地导致腺癌经由致癌基因及/或抑瘤基因的额外突变发生。另外，Wnt信号传导途径的活化，包括APC的功能丧失突变及β-连环蛋白的稳定突变，可诱导小鼠模型中的增生发育及肿瘤生长(Oshimaetal.,1997,CancerRes.,57:1644-9；Haradaetal.,1999,EMBOJ.,18:5931-42)。
因此，Wnt途径已被识别为癌症疗法及癌症治疗的目标。随着药物研究发展的进步，特别是在癌症领域中，“以一种药物治疗所有癌症”的方法转变成“个人化医药”策略。个人化医药策略可包括根据癌症生物标记物的治疗方案，该等生物标记物包括预后性标记、药物药效学标记及预测性标记。一般而言，预测性生物标记物评估肿瘤或癌症将对特定治疗剂有反应或敏感性的可能性，且可能能够鉴别及/或选择最可能得益于使用该剂的病患。
本发明提供与使用Wnt途径抑制剂治疗癌症有关的预测性生物标记物的鉴别。本发明亦提供使用该预测性生物标记物以鉴别、选择及/或分类可能对Wnt途径抑制剂的治疗有反应或无反应的肿瘤及/或癌症病患的方法。本发明亦提供以Wnt抑制剂治疗病患的方法，该病患系经预测为对治疗有反应。
发明内容
本发明提供用于鉴别可能对Wnt途径抑制剂的治疗有反应的病患的生物标记物。本发明另提供用于鉴别可能对Wnt途径抑制剂的治疗有反应或无反应的肿瘤及/或病患的方法。本发明进一步提供以Wnt途径抑制剂治疗病患癌症的方法，其中该病患系经预测为或已经鉴别为可能对该Wnt途径抑制剂有反应。
在一方面中，本发明提供一种鉴别可能对Wnt途径抑制剂的治疗有反应或无反应的人肿瘤的方法，该方法包含：(a)获得该人肿瘤的样本；(b)测量该样本中的生物标记物标签(biomarkersignature)的各生物标记物的表达量，其中该生物标记物标签包含生物标记物FBXW2、CCND2、RHOU、CRBP2、WIF1及DKK1中的一或多种；以及(c)根据该等生物标记物的表达量，鉴别该肿瘤为可能对治疗有反应或无反应。在一些实施方式中，一种鉴别可能对Wnt途径抑制剂的治疗有反应或无反应的人肿瘤的方法包含：(a)获得该人肿瘤的样本；(b)测量该样本中的生物标记物标签的各生物标记物的表达量，其中该生物标记物标签包含生物标记物FBXW2、CCND2、RHOU、CRBP2、WIF1及DKK1中的一或多种；以及(c)根据该生物标记物标签中的该等生物标记物的标准化表达，计算判定值；其中阳性判定值显示该肿瘤系经预测为对该Wnt途径抑制剂有反应，且阴性判定值显示该肿瘤系经预测为对该Wnt途径抑制剂无反应。如本文中所使用，“标准化”及“正常化”可互相交换使用。在一些实施方式中，该方法包含鉴别可能对Wnt途径抑制剂与太平洋紫杉醇组合的治疗有反应或无反应的人肿瘤。
在另一方面中，本发明提供一种分类人肿瘤为可能对Wnt途径抑制剂的治疗有反应或无反应的方法，该方法包含：(a)获得该人肿瘤的样本；(b)测量该样本中的生物标记物标签的各生物标记物的表达量，其中该生物标记物标签包含生物标记物FBXW2、CCND2、RHOU、CTBP2、WIF1及DKK1中的一或多种；以及(c)根据该等生物标记物的表达量，分类该肿瘤为可能对治疗有反应或无反应。在一些实施方式中，一种分类人肿瘤为可能对Wnt途径抑制剂的治疗有反应或无反应的方法包含：(a)获得该人肿瘤的样本；(b)测量该样本中的生物标记物标签的各生物标记物的表达量，其中该生物标记物标签包含生物标记物FBXW2、CCND2、RHOU、CTBP2、WIF1及DKK1中的一或多种；以及(c)根据该生物标记物标签中的生物标记物的标准化表达，计算判定值；其中阳性判定值显示该肿瘤系经预测为对该Wnt途径抑制剂有反应，且阴性判定值显示该肿瘤系经预测为对该Wnt途径抑制剂无反应。在一些实施方式中，该方法包含分类人肿瘤为可能对Wnt途径抑制剂与太平洋紫杉醇组合的治疗有反应或无反应。
在另一方面中，本发明提供一种测定人肿瘤对Wnt途径抑制剂的治疗的反应性(或敏感性)的方法，该方法包含：(a)获得该人肿瘤的样本；(b)测量该样本中的生物标记物标签的各生物标记物的表达量，其中该生物标记物标签包含基因FBXW2、CCND2、RHOU、CTBP2、WIF1及DKK1中的一或多种；以及(c)根据该等生物标记物的表达量，测定该肿瘤对治疗的反应性。在一些实施方式中，一种测定人肿瘤对Wnt途径抑制剂的治疗的反应性或敏感性的方法包含：(a)获得该人肿瘤的样本；(b)测量该样本中的生物标记物标签的各生物标记物的表达量，其中该生物标记物标签包含基因FBXW2、CCND2、RHOU、CTBP2、WIF1及DKK1中的一或多种；以及(c)根据该生物标记物标签中的该等生物标记物的标准化表达，计算判定值；其中阳性判定值显示该肿瘤系经预测为对该Wnt途径抑制剂有反应或敏感。在一些实施方式中，该方法包含测定人肿瘤对Wnt途径抑制剂与太平洋紫杉醇的组合治疗的反应性或敏感性。
在另一方面中，本发明提供一种鉴别对Wnt途径抑制剂的治疗可能有反应的癌症病患的方法，该方法包含：(a)获得该病患肿瘤的样本；(b)测量该样本中的生物标记物标签的各生物标记物的表达量，其中该生物标记物标签包含生物标记物FBXW2、CCND2、RHOU、CTBP2、WIF1及DKK1中的一或多种；以及(c)根据该等生物标记物的表达量，鉴别可能对治疗有反应的病患。在一些实施方式中，一种鉴别对Wnt途径抑制剂的治疗可能有反应的癌症病患的方法包含：(a)获得该病患肿瘤的样本；(b)测量该样本中的生物标记物标签的各生物标记物的表达量，其中该生物标记物标签包含生物标记物FBXW2、CCND2、RHOU、CTBP2、WIF1及DKK1中的一或多种；以及(c)根据该生物标记物标签中的该等生物标记物的标准化表达，计算判定值；其中阳性判定值显示该病患系经预测为对该Wnt途径抑制剂的治疗有反应。在一些实施方式中，该方法包含鉴别对Wnt途径抑制剂与太平洋紫杉醇的组合治疗可能有反应的癌症病患。
在另一方面中，本发明提供一种选择癌症病患以接受Wnt途径抑制剂的治疗的方法，该方法包含：(a)获得该病患肿瘤的样本；(b)测量该样本中的生物标记物标签的各生物标记物的表达量，其中该生物标记物标签包含生物标记物FBXW2、CCND2、RHOU、CTBP2、WIF1及DKK1中的一或多种；(c)根据该等生物标记物的表达量，选择该将接受治疗的病患。在一些实施方式中，一种选择癌症病患以接受Wnt途径抑制剂的治疗的方法包含：(a)获得该病患肿瘤的样本；(b)测量该样本中的生物标记物标签的各生物标记物的表达量，其中该生物标记物标签包含生物标记物FBXW2、CCND2、RHOU、CTBP2、WIF1及DKK1中的一或多种；(c)根据该生物标记物标签中的该等生物标记物的标准化表达，计算判定值；以及(d)当该病患的肿瘤样本具有阳性判定值，选择该病患以接受治疗。在一些实施方式中，该方法包含选择癌症病患以接受Wnt途径抑制剂与太平洋紫杉醇的组合治疗。
在另一方面中，本发明提供一种治疗病患的癌症的方法，其包含：(a)鉴别该病患是否可能对Wnt途径抑制剂的治疗有反应，其中该鉴别包含：(i)获得该病患癌症的样本；(ii)测量该样本中的生物标记物标签的各生物标记物的表达量，其中该生物标记物标签包含生物标记物FBXW2、CCND2、RHOU、CTBP2、WIF1及DKK1中的一或多种；以及(iii)根据该等生物标记物的表达量，鉴别可能对治疗有反应的病患；以及(b)对该可能对治疗有反应的病患投予有效量的Wnt途径抑制剂。在一些实施方式中，一种治疗病患的癌症的方法包含：(a)鉴别该病患是否可能对Wnt途径抑制剂的治疗有反应，其中该鉴别包含：(i)获得该病患癌症的样本；(ii)测量该样本中的生物标记物标签的各生物标记物的表达量，其中该生物标记物标签包含生物标记物FBXW2、CCND2、RHOU、CTBP2、WIF1及DKK1中的一或多种；以及(iii)根据该标签中的生物标记物的标准化表达，计算判定值；其中阳性判定值显示该病患系经预测为对治疗有反应；以及(b)对该经预测为对治疗有反应的病患投予有效量的Wnt途径抑制剂。在一些实施方式中，该方法包含鉴别该病患是否可能对Wnt途径抑制剂与太平洋紫杉醇的组合治疗有反应。在一些实施方式中，该方法包含对该病患投予该Wnt途径抑制剂与太平洋紫杉醇的组合。
在另一方面中，本发明提供一种治疗病患的癌症的方法，其包含：对该病患投予有效量的Wnt途径抑制剂，其中根据病患肿瘤样本中生物标记物标签的表达量，该病患系经预测为对该Wnt抑制剂治疗有反应，其中该标签包含生物标记物FBXW2、CCND2、RHOU、CTBP2、WIF1及DKK1中的一或多种。在一些实施方式中，一种治疗病患的癌症的方法包含：对该病患投予有效量的Wnt途径抑制剂；其中根据由病患肿瘤样本中生物标记物标签的生物标记物的标准化表达的加权总和所计算的阳性判定值，该病患系经预测为对治疗有反应，其中该生物标记物组包含生物标记物FBXW2、CCND2、RHOU、CTBP2、WIF1及DKK1中的一或多种。在一些实施方式中，该病患系经预测为对Wnt途径抑制剂与太平洋紫杉醇的组合治疗有反应。在一些实施方式中，该方法包含对该病患投予该Wnt途径抑制剂与太平洋紫杉醇的组合。
在另一方面中，本发明提供一种增加Wnt途径抑制剂的有效治疗的可能性的方法，其包含：(a)鉴别病患是否具有可能对Wnt途径抑制剂的治疗有反应的肿瘤，其中该鉴别包含：(i)获得该病患癌症的样本；(ii)测量该样本中的生物标记物标签的各生物标记物的表达量，其中该生物标记物标签包含生物标记物FBXW2、CCND2、RHOU、CTBP2、WIF1及DKK1中的一或多种；以及(iii)根据该等生物标记物的表达量，鉴别可能对治疗有反应的病患；以及(b)对该病患投予有效量的Wnt途径抑制剂。在一些实施方式中，一种增加Wnt途径抑制剂的有效治疗的可能性的方法包含：(a)鉴别病患是否具有可能对Wnt途径抑制剂的治疗有反应的肿瘤，其中该鉴别包含：(i)获得该病患癌症的样本；(ii)测量该样本中的生物标记物标签的各生物标记物的表达量，其中该生物标记物标签包含生物标记物FBXW2、CCND2、RHOU、CTBP2、WIF1及DKK1中的一或多种；以及(iii)根据该生物标记物标签中的生物标记物的标准化表达，计算判定值；其中阳性判定值显示该病患系经预测为对治疗有反应；以及(b)对肿瘤具有阳性判定值的病患投予有效量的该Wnt途径抑制剂。在一些实施方式中，该方法包含鉴别病患是否具有可能对Wnt途径抑制剂与太平洋紫杉醇的组合治疗有反应的肿瘤。在一些实施方式中，该方法包含对该病患投予该Wnt途径抑制剂与太平洋紫杉醇的组合。
在另一方面中，本发明提供一种增加Wnt途径抑制剂的有效治疗的可能性的方法，其包含：对病患投予有效量的Wnt途径抑制剂；其中根据病患肿瘤样本中生物标记物标签的表达量，该病患系经鉴别为可能对该Wnt抑制剂治疗有反应，其中该标签包含生物标记物FBXW2、CCND2、RHOU、CTBP2、WIF1及DKK1中的一或多种。在一些实施方式中，一种增加Wnt途径抑制剂的有效治疗的可能性的方法包含：对病患投予有效量的Wnt途径抑制剂；其中根据由病患肿瘤样本中生物标记物标签的生物标记物的标准化表达的加权总和所计算的阳性判定值，该病患系经鉴别为可能对治疗有反应，其中该生物标记物组包含生物标记物FBXW2、CCND2、RHOU、CTBP2、WIF1及DKK1中的一或多种。在一些实施方式中，该病患系经鉴别为可能对Wnt途径抑制剂与太平洋紫杉醇的组合治疗有反应。在一些实施方式中，该方法包含对该病患投予该Wnt途径抑制剂与太平洋紫杉醇的组合。
在前述各个方面的某些实施方式中，以及本文他处所述的其他方面及/或实施方式中，生物标记物标签包含生物标记物FBXW2、CCND2、RHOU、CTBP2、WIF1、DKK1、EP300及CTBP1中的一或多种。在一些实施方式中，该生物标记物标签包含生物标记物FBXW2、CCND2、RHOU、CTBP2、WIF1、DKK1、EP300、CTBP1、WNT6、WNT3、FZD2、APC、TLE2、DVL2、PITX2、WISP1、GSK3B、WNT9A、FZD7及LEF1中的一或多种。在一些实施方式中，该生物标记物标签包含生物标记物FBXW2、CCND2、RHOU、CTBP2、WIF1及DKK1中的一或多种，以及来自表2的至少一种额外生物标记物。
在前述各种方面的某些实施方式，以及本文他处所述的其他方面及/或实施方式中，该Wnt途径抑制剂系抗体。在一些实施方式中，该Wnt途径抑制剂系与至少一种卷曲(FZD)蛋白或其片段特异性结合的抗体。在一些实施方式中，该Wnt途径抑制剂系与选自下列的至少一种FZD蛋白特异性结合的抗体：FZD1、FZD2、FZD3、FZD4、FZD5、FZD6、FZD7、FZD8、FZD9及FZD10。在一些实施方式中，该Wnt途径抑制剂系与选自下列的至少一种FZD蛋白特异性结合的抗体：FZD1、FZD2、FZD5、FZD7及FZD8。在某些实施方式中，该Wnt途径抑制剂系包含下列的抗体：(a)包含GFTFSHYTLS(SEQIDNO:1)的重链CDR1、包含VISGDGSYTYYADSVKG(SEQIDNO:2)的重链CDR2、及包含NFIKYVFAN(SEQIDNO:3)的重链CDR3，及(b)包含SGDNIGSFYVH(SEQIDNO:4)的轻链CDR1、包含DKSNRPSG(SEQIDNO:5)的轻链CDR2、及包含QSYANTLSL(SEQIDNO:6)的轻链CDR3。
在某些实施方式中，该Wnt途径抑制剂系包含下列的抗体：包含SEQIDNO:7的重链可变区及包含SEQIDNO:8的轻链可变区。在某些实施方式中，该Wnt途径抑制剂系包含重链可变区及轻链可变区的抗体，该抗体系由保藏于美国菌种保存中心(ATCC)编号为PTA-9541的质粒编码。在某些实施方式中，该Wnt途径抑制剂系包含重链及轻链的抗体，该抗体系由保藏于美国菌种保存中心(ATCC)编号为PTA-9541的质粒编码。在一些实施方式中，该Wnt途径抑制剂系抗体OMP-18R5。
在前述各种方面的某些实施方式，以及本文他处所述的其他方面及/或实施方式中，该Wnt途径抑制剂系可溶性受体。在一些实施方式中，该Wnt途径抑制剂包含FZD受体蛋白的胞外结构域。在一些实施方式中，该Wnt途径抑制剂包含FZD蛋白的Fri结构域。在一些实施方式中，该Wnt途径抑制剂包含FZD8的Fri结构域。在一些实施方式中，该Wnt途径抑制剂包含FZD8的Fri结构域及人Fc结构域。在一些实施方式中，该Wnt途径抑制剂是可溶性受体OMP-54F28。
在一些实施方式中，该肿瘤系选自乳房肿瘤、肺肿瘤、结肠肿瘤、神经胶质瘤、胃肠道肿瘤、肾肿瘤、卵巢肿瘤、肝脏肿瘤、结直肠肿瘤、子宫内膜肿瘤、肾脏肿瘤、前列腺肿瘤、甲状腺肿瘤、神经胚细胞瘤、胰脏肿瘤、多形性神经胶质母细胞瘤、子宫颈肿瘤、胃肿瘤、膀胱肿瘤、肝肿瘤、黑色素瘤以及头颈肿瘤。在一些实施方式中，该肿瘤系乳房肿瘤。
在一些实施方式中，该癌症系选自乳癌、肺癌、结肠癌、神经胶质瘤、胃肠道癌、肾癌、卵巢癌、肝脏癌、结直肠癌、子宫内膜癌、肾脏癌、前列腺癌、甲状腺癌、神经胚细胞瘤、胰脏癌、多形性神经胶质母细胞瘤、子宫颈癌、胃癌、膀胱癌、肝肿瘤、黑色素瘤以及头颈癌。在一些实施方式中，该癌系乳癌。
在一些实施方式中，本方法另包含对该病患投予第二治疗剂。在一些实施方式中，该第二治疗剂系化学治疗剂。在一些实施方式中，该第二治疗剂系太平洋紫杉醇(paclitaxel)。
在前述各种方面的某些实施方式，以及本文他处所述的其他方面及/或实施方式中，该样本包括但不限于任何临床上重要的组织样本，诸如肿瘤活体样本、核心活体组织样本、细针抽吸样本、毛囊或体液样本如血液、血浆、血清、淋巴液、腹水、囊液或尿液。在一些实施方式中，该样本系取自具有肿瘤或癌的病患。在一些实施方式中，该样本系原发性肿瘤。在一些实施方式中，该样本系转移性肿瘤。在一些实施方式中，该样本系组织样本。在一些实施方式中，该样本系肿瘤样本。在一些实施方式中，该样本系新鲜冷冻(FF)组织样本。在一些实施方式中，该样本系经福尔马林固定的石蜡包埋(FFPE)组织样本。在一些实施方式中，该样本系全血、血浆或血清。在一些实施方式中，该样本系细胞。在一些实施方式中，该样本系循环肿瘤细胞(CTC)。
在前述各种方面的某些实施方式，以及本文他处所述的其他方面及/或实施方式中，生物标记物的表达量系利用基于PCR的方法测定，诸如但不限于逆转录PCR(RT-PCR)、定量RT-PCR(qPCR)、TaqManTM或TaqManTM低密度阵列(TLDA)。在一些实施方式中，该生物标记物的表达量系利用微阵列测定。
在前述各种方面的某些实施方式，以及本文他处所述的其他方面及/或实施方式中，各生物标记物的标准化表达系藉由测量各生物标记物的表达量且将其乘以对应重量决定，其中各生物标记物的重量系由该生物标记物表达决定。在某些实施方式中，该判定值系根据下列方程式计算：0.4560427*FBXW2+0.3378467*CCND2-0.4809354*RHOU+0.409029*CTBP2+0.3291529*WIF1+0.2926374*DKK1+0.04662682。
在一些实施方式中，该生物标记物的表达量系利用基于PCR的方法测量或测定。在一些实施方式中，FBXW2、CCND2、RHOU、CTBP2、WIF1及DKK1的表达量系利用选自SEQIDNO:62至79的多核苷酸测量。在一些实施方式中，FBXW2、CCND2、RHOU、CTBP2、WIF1及DKK1的表达量系利用下列测量：(a)SEQIDNO:62的正向引物、SEQIDNO:63的反向引物、及包含SEQIDNO:64的探针；(b)SEQIDNO:65的正向引物、SEQIDNO:66的反向引物、及包含SEQIDNO:67的探针；(c)SEQIDNO:68的正向引物、SEQIDNO:69的反向引物、及包含SEQIDNO:70的探针；(d)SEQIDNO:71的正向引物、SEQIDNO:72的反向引物、及包含SEQIDNO:73的探针；(e)SEQIDNO:74的正向引物、SEQIDNO:75的反向引物、及包含SEQIDNO:76的探针；以及(f)SEQIDNO:77的正向引物、SEQIDNO:78的反向引物、及包含SEQIDNO:79的探针。
在一些实施方式中，生物标记物的表达量系藉由下列测量或测定：多分析物特性测定、放射性免疫测定(RIA)、西方印迹分析试验、免疫荧光分析、酵素免疫分析、酵素连接免疫吸附试验(ELISA)、免疫沉降试验、化学发光试验、免疫组织化学试验、斑点印迹法或狭缝印迹法。在一些其中该等分析试验使用抗体的实施方式中，该抗体系经可检测地标记。在一些实施方式中，该标记系选自免疫荧光标记、化学发光标记、磷光标记、酵素标记、放射标记、抗生物素蛋白/生物素标记、胶体金粒子、彩色粒子及磁性粒子。
本发明亦提供一种包含容器的试剂盒，其中该容器包含至少一种用于特异性检测本发明的至少一种生物标记物的表达的试剂。在某些实施方式中，该试剂系与本发明的生物标记物结合的抗体或核酸探针。
在一些实施方式中，试剂盒包含选自SEQIDNO:62至79的多核苷酸。在一些实施方式中，试剂盒包含：(a)SEQIDNO:62的正向引物、SEQIDNO:63的反向引物、及包含SEQIDNO:64的探针；(b)SEQIDNO:65的正向引物、SEQIDNO:66的反向引物、及包含SEQIDNO:67的探针；(c)SEQIDNO:68的正向引物、SEQIDNO:69的反向引物、及包含SEQIDNO:70的探针；(d)SEQIDNO:71的正向引物、SEQIDNO:72的反向引物、及包含SEQIDNO:73的探针；(e)SEQIDNO:74的正向引物、SEQIDNO:75的反向引物、及包含SEQIDNO:76的探针；以及(f)SEQIDNO:77的正向引物、SEQIDNO:78的反向引物、及包含SEQIDNO:79的探针。
本发明的方式或实施方式系以马库什群组或其他选择性形式的群组描述，本发明不仅包含被标示为整体的整个群组，但亦包含该群组的个别成员及该主要群组中所有可能的亚群，且亦包含不含其中一或多个群组成员的主要群组。本发明亦设想明确排除该申请专利的发明中任何群组成员的一或多种。
附图简要说明
图1A至1H：反应性或非反应性乳房肿瘤的分类。图1A：乳房肿瘤OMP-B34细胞系经皮下注射至NOD/SCID小鼠。图1B：乳房肿瘤OMP-B39细胞系经皮下注射至NOD/SCID小鼠。图1C：乳房肿瘤OMP-B44细胞系经皮下注射至NOD/SCID小鼠。图1D：乳房肿瘤OMP-B59细胞系经皮下注射至NOD/SCID小鼠。图1E：乳房肿瘤OMP-B60细胞系经皮下注射至NOD/SCID小鼠。图1F：乳房肿瘤UM-T01细胞系经皮下注射至NOD/SCID小鼠。图1G：乳房肿瘤UM-T03细胞系经皮下注射至NOD/SCID小鼠。图1H：乳房肿瘤UM-PE13细胞系经皮下注射至NOD/SCID小鼠。在每个实验中，小鼠系经OMP-18R5抗体(-■-)、紫杉醇(taxol)(-▲-)、OMP-18R5与taxol的组合(-▼-)或对照抗体(-●-)治疗。数据以治疗后天数的肿瘤体积(mm3)显示。
图2：排名前20的基因的表现曲线。
图3：6种经选择的基因的PCA图。
图4：6基因生物标记物标签与肿瘤体积比例的相关性。
图5：根据分类机率分析预测肿瘤反应性。T＝用于训练组中以建立6基因标签的肿瘤。
图6A至6F：预测性生物标记物的活体内验证。图6A：乳房肿瘤OMP-B29细胞系经皮下注射至NOD/SCID小鼠。图6B：乳房肿瘤OMP-B71细胞系经皮下注射至NOD/SCID小鼠。图6C：乳房肿瘤OMP-B84细胞系经皮下注射至NOD/SCID小鼠。图6D：乳房肿瘤OMP-B90细胞系经皮下注射至NOD/SCID小鼠。图6E：乳房肿瘤UM-T02细胞系经皮下注射至NOD/SCID小鼠。图6F：乳房肿瘤UM-T06细胞系经皮下注射至NOD/SCID小鼠。在每个实验中，小鼠系经OMP-18R5抗体(-■-)、紫杉醇(taxol)(-▲-)、OMP-18R5与taxol的组合(-▼-)或对照抗体(-●-)治疗。数据以治疗后天数的肿瘤体积(mm3)显示。
图7：使用三个公众数据库进行6基因生物标记物标签的族群盛行率预测。
具体实施方式
本发明的详细说明
I.定义
为了促进对本发明的了解，以下定义一些用语及用词。
如本文中所使用的用语“生物标记物”可包括但不限于核酸及蛋白以及其变体及片段。生物标记物可包括DNA，其包含编码该生物标记物的整个或部分核酸序列或该序列的补体序列。可用于本发明的生物标记物核酸被认为是包括DNA及RNA二者，该RNA包含受到关注的任何核酸序列的整个或部分序列。生物标记物蛋白被认为是包含该生物标记物蛋白或多肽的任一者的整个或部分氨基酸序列。
本文所使用的用语“抗体”系指免疫球蛋白分子，该免疫球蛋白分子藉由其可变区内的至少一个抗原结合部位，识别标靶(例如蛋白、多肽、肽、碳水化合物、多核苷酸、脂质、或前述的组合)且与的特异性结合。如本文所使用，该用语包含完整多克隆抗体、完整单克隆抗体、单链抗体、抗体片段(诸如Fab、Fab’、F(ab’)2、及Fv片段)、单链Fv(scFv)抗体、多特异性抗体诸如双特异性抗体、单特异性抗体、单价抗体、嵌合抗体、人化抗体、人抗体、包含抗体的抗原结合部位的融合蛋白，及任何其他包含抗原结合部位的经修饰的免疫球蛋白分子，只要该等抗体展现所欲的生物活性。抗体可为下列五种主要免疫球蛋白类型中的任一者：IgA、IgD、IgE、IgG及IgM或彼等的亚型(同型)(例如IgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgA1及IgA2)，此系根据彼等分别被称为α、δ、ε、γ、及μ的重链恒定结构域命名。不同类型的免疫球蛋白具有不同且广为周知的次单位结构及三维构型。抗体可为未经修饰(naked)或与其他分子缀合(conjugated)，该等其他分子包括但不限于毒素及放射性同位素。
用语“抗体片段”系指完整抗体的部分且系指完整抗体的抗原性决定可变区。抗原片段的实例包括但不限于Fab、Fab’、F(ab’)2及Fv片段、线性抗体、单链抗体及自抗体片段形成的多特异性抗体。此处所使用的“抗体片段”包含至少一个抗原结合部位或表位结合部位。
抗体的“可变区”用语系指抗体轻链的可变区或抗体重链的可变区(不论单独或组合指称)。重链或轻链的可变区通常由四个框架区(FR)及连接该四个框架区的三个互补决定区(CDR)组成，该三个CDR又名“超变异区”。各链中的CDR被框架区拉近，导致形成该抗体的抗原结合部位。至少有两种技术用于测定CDR：(1)基于跨种序列变异性的方法(即Kabatetal.,1991,SequencesofProteinsofImmunologicalInterest,5thEdition,NationalInstitutesofHealth,Bethesda,MD)；及(2)基于抗原-抗体复合物的结晶学研究的方法(Al-Lazikanietal.,1997,J.Mol.Biol.,273:927-948)。此外，有时该领域组合使用这两种技术以测定CDR。
此处所使用的用语“单克隆抗体”系指同源性抗体群，其高度特异性识别及结合单一抗原性决定簇或表位。此与多克隆抗体相反，多克隆抗体通常包括多种以不同抗原决定簇为目标的不同抗体的混合。用语“单克隆抗体”包含完整及全长单克隆抗体，也包含抗体片段(例如Fab、Fab’、F(ab’)2、Fv)、单链(scFv)抗体、包含抗体部分的融合蛋白质、及任何其他包含抗原结合部位的经修饰的免疫球蛋白分子。另外，“单克隆抗体”系指由许多技术制备的该等抗体，该等技术包括但不限于杂交瘤产制、噬菌体选择、重组表达及转基因动物。
此处所使用的用语“人化抗体”系指包含极少化非人序列的系为特定免疫球蛋白链、嵌合性免疫球蛋白或其片段的抗体。用于制备人化抗体的方法系该领域所广为周知。
如本文所使用的用语“人抗体”系指由人体产制的抗体或具有对应由人体产制的抗体的氨基酸序列的抗体。人抗体可利用任何该领域已知的技术制备。
此处所使用的用语“嵌合抗体”系指其中该免疫球蛋白分子的氨基酸序列系源自二或更多个物种的抗体。通常，轻链及重链的可变区皆对应源自一哺乳动物物种(例如小鼠、大鼠、兔等)的具有所欲特异性、亲和性及/或结合能力的抗体的可变区，然而该等恒定区对应源自另一物种(通常是人)的抗体中的序列。
此处所使用的用语“亲和性成熟抗体”系指在其一或多个CDR中具有一或多个改变的抗体，该改变导致该抗体相较于不具有该等改变的亲代抗体对抗原的亲和性增加。该定义亦包括与CDR残基改变一起发生的非CDR残基的改变。较佳的亲和性成熟抗体将具有纳摩尔或甚至皮摩尔程度的对标靶抗原的亲和性。亲和性成熟抗体系藉由该领域已知的方法产制。例如，包括藉由VH及VL结构域替换、CDR及/或架构残基的随机突变形成、及定点突变形成的亲和性成熟技术。
用语“表位”及“抗原决定簇”在此处可交换使用，系指可被特定抗体辨识且特异性结合的抗原部分。当抗原系多肽时，表位可自连续氨基酸或藉由蛋白质的三级折叠并列的非连续氨基酸形成。自连续氨基酸形成的表位(又称为线性表位)通常在蛋白质变性时仍被保留，然而藉由三级折叠形成的表位(又称为构象表位)通常在蛋白质变性时丧失。表位通常包括至少3个及更通常地至少5或8至10个呈独特空间构象的氨基酸。
用语“选择性结合”或“特异性结合”系指结合剂或抗体以更频繁、更快速、更长时间、更高亲和性或上述条件的某些组合与表位、蛋白质或标靶分子反应或结合，相较于可供选择的物质包括非相关或相关蛋白。在某些实施方式中，“特异性结合”系指例如抗体以大约0.1mM或更低，但通常低于大约1μM的KD与蛋白质结合。在某些实施方式中，“特异性结合”系指抗体有时以至少约0.1μM或更低，有时以至少约0.01μM或更低，且有时以至少约1nM或更低的KD与标靶结合。由于不同物种的同源性蛋白质之间具有序列一致性，因此特异性结合可包括辨识超过一个物种的蛋白质(例如人FZD及小鼠FZD)的抗体。同样地，由于不同蛋白的多肽序列的某些区域内具有同源性，因此特异性结合可包括辨识超过一种蛋白(例如人FZD1及人FZD7)的抗体(或其他多肽或结合剂)。应了解的是，在某些实施方式中，与第一标靶特异性结合的抗体或结合剂可能或可能不与第二标靶特异性结合。因此，“特异性结合”不一定需要(虽然可包括)排他性结合(即与单一标靶结合)。因此，在某些实施方式中，结合剂与一种以上的标靶特异性结合。在某些实施方式中，多重标靶可能由该剂或抗体上的相同的结合部位结合。举例来说，在某些情况下，抗体可能包含二个完全相同的抗原结合部位，该二个抗原结合部位各自与二或多个蛋白上的相同表位特异性结合。在某些可供选择的实施方式中，抗体可能为双特异性或多特异性，且包含至少二个具有不同特异性的抗原结合部位。以非限制性实例而言，双特异性剂可包含一个辨识一个蛋白(例如人FZD)上的标靶的结合部位，且另包含第二个辨识第二蛋白(例如人WNT蛋白)上的不同标靶的不同结合部位。一般来说(但不必然)，所谓的结合系指特异性结合。
用语“多肽”和“肽”以及“蛋白”在此处可交换使用，这些用语系指任何长度的氨基酸的聚合物。该聚合物可为线性或分支，其可能包含经修饰的氨基酸，且其可能被非氨基酸中断。该等用语亦包含经天然或人为干预修饰的氨基酸聚合物；例如双硫键形成、糖基化、脂化、乙酰化、磷酸化或任何其他操纵或修饰，诸如与标记成份缀合。该定义亦包括例如包含一或多个氨基酸类似物(包括例如非天然氨基酸)的多肽，以及包含本领域公知的其他修饰的多肽。应了解的是，由于本发明的多肽可能以抗体为主，因此在某些实施方式中，该多肽可能为单链或相连的链(例如二聚体)。
用语“多核苷酸”及“核酸”在此处可交换使用，系指任何长度的核苷酸的聚合物，包括DNA及RNA。该核苷酸可为脱氧核糖核苷酸、核糖核苷酸、经修饰的核苷酸或碱基及/或彼等的类似物，或任何可藉由DNA或RNA聚合酶被纳入聚合物中的底物。
“高严谨度的条件”可识别为下列条件：(1)采用低离子张力及高温清洗，例如于50℃的15mM氯化钠/1.5mM柠檬酸钠/0.1％十二基硫酸钠；(2)在杂交期间采用变性剂，诸如甲酰胺，例如42℃的具有0.1％牛血清白蛋白/0.1％Ficoll/0.1％聚乙烯基吡咯烷酮/50mM磷酸钠缓冲液的于pH6.5的5xSSC(0.75MNaCl，75mM柠檬酸钠)中的50％(体积/体积)甲酰胺；或(3)于杂交期间采用42℃于5xSSC中的50％甲酰胺、50mM磷酸钠(pH6.8)、0.1％焦磷酸钠、5x丹哈德(Denhardt’s)溶液、经超声波处理的鲑鱼精子DNA(50μg/ml)、0.1％SDS及10％硫酸葡聚糖，于42℃以0.2xSSC及50％甲酰胺清洗，之后于55℃以含有EDTA的0.1xSSC进行清洗。
在提及二或多个核酸或多肽时，用语“一致”或百分比“一致性”系指当二或多个序列或子序列经比较及比对(需要时导入间格)以达最高对应性且不把任何保守性氨基酸取代当作序列一致性的部分时，该二或多个序列或子序列系相同或具有相同的特定百分比的核苷酸或氨基酸残基。该百分比一致性可利用序列比较软件或算法测量，或藉由目视检查测量。多种可被用于取得氨基酸或核苷酸序列比对的算法及软件系该领域所广为周知。该等算法及软件包括但不限于BLAST、ALIGN、Megalign、BestFit、GCGWisconsin软件包及彼等的变化性产品。在一些实施方式中，本发明的二个核酸或多肽系实质上一致，表示当彼等经比较或比对以达最高对应性时，利用序列比较算法或目视检查得知彼等具有至少70％、至少75％、至少80％、至少85％、至少90％且在一些实施方式中至少95％、96％、97％、98％、99％的核苷酸或氨基酸残基一致性。在一些实施方式中，一致性存在于至少约10、至少约20、至少约40至60残基、至少约60至80残基长度或介于之间的任何整数长度的序列区域。在一些实施方式中，一致性存在于60至80残基以上的更长区域，诸如至少约80至100残基，且在一些实施方式中该等序列系与经比较的全长序列诸如核苷酸序列的编码区域实质上一致。
“保守性氨基酸取代”系指其中一个氨基酸残基被另一个具有类似侧链的氨基酸残基取代的取代。具有类似侧链的氨基酸残基群系于该领域中定义，包括碱性侧链(例如赖氨酸、精氨酸、组氨酸)、酸性侧链(例如天冬氨酸、谷氨酸)、不带电极性侧链(例如甘氨酸、天冬酰胺、谷氨酰胺、丝氨酸、苏氨酸、酪氨酸、半胱氨酸)、非极性侧链(例如丙氨酸、缬氨酸、亮氨酸、异亮氨酸、脯氨酸、苯丙氨酸、甲硫氨酸、色氨酸)、β-分支侧链(例如苏氨酸、缬氨酸、异亮氨酸)及芳香族侧链(例如酪氨酸、苯丙氨酸、色氨酸、组氨酸)。举例来说，以苯丙氨酸取代酪氨酸系保守性取代。较佳地，本发明的多肽及抗体的序列中的保守性取代不废除含有该氨基酸序列的多肽或抗体与该多肽或抗体原本所结合的抗原的结合。识别不消除抗原结合性的核苷酸及氨基酸保守性取代的方法系该领域所广为周知。
此处所使用的用语“载体”系指建构物，该建构物能在宿主细胞中递送及通常表达一或多种感兴趣的基因或序列。载体的实例包括但不限于病毒性载体、裸DNA或RNA表达载体、质粒载体、粘粒载体、噬菌体载体、与阳离子缩合剂有关的DNA或RNA表达载体，及包封于脂质粒中的DNA或RNA表达载体。
此处使用的用语“可溶性受体”系指受体蛋白在该受体的第一跨膜结构域之前的胞外结构域(或其片段)，其可以可溶形式自细胞分泌。通常此为该受体蛋白的N端部分。
此处使用的用语“FZD可溶性受体”或“可溶性FZD受体”系指FZD受体蛋白在该受体的第一跨膜结构域之前的N端胞外片段，其可以可溶形式自细胞分泌。包含整个N端胞外域(ECD)的FZD可溶性受体以及较小片段系由该用语涵盖。因此，包含FZDFri结构域的FZD可溶性受体亦包括于此用语中。
经“分离”的多肽、抗体、多核苷酸、载体、细胞或组成物系呈现未见于天然中的形式的多肽、抗体、多核苷酸、载体、细胞或组成物。经分离的多肽、抗体、多核苷酸、载体、细胞或组成物包括该些经纯化至一定程度而使彼等不再以见于天然中的形式存在者。在一些实施方式中，经纯化的多肽、抗体、多核苷酸、载体、细胞或组成物系实质上纯的。
此处所使用的用语“实质上纯的”系指其为至少50％纯的(即不含污染物)、至少90％纯的、至少95％纯的、至少98％纯的或至少99％纯的物质。
此处所使用的用语“癌”及“癌性”系指称或描述哺乳动物的生理状况，其中细胞群具有未受调节的细胞生长的特征。癌的实例包括但不限于癌(carcinoma)、胚细胞瘤、肉瘤及血液性癌诸如淋巴瘤及白血病。
此处所使用的用语“肿瘤”及“瘤(neoplasm)”系指任何由过度细胞生长或增生所导致的组织团块，不论是良性(非癌性)或包括癌前性病灶的恶性(癌性)。
此处所使用的用语“转移”系指癌藉以自原发部位扩散或转移至身体其他区域且在新位置发展类似癌性病灶的过程。“转移”或“转移性”细胞系指与邻近细胞丧失黏着接触且(例如经由血流或淋巴)自疾病的原发部位移动至继发性部位的细胞。
用语“癌干细胞”、“CSC”、“肿瘤干细胞”及“肿瘤起始细胞”在此处可交换使用，系指源自癌或肿瘤且具有下列特性的细胞：(1)具有广泛增生能力，(2)能进行不对称细胞分裂以产生一或多种类型的经分化的细胞后代，其中该经分化的细胞具有减少及/或受限的增生或发育能力，及(3)能进行对称细胞分裂以自我更新或自我维持。这些特性授予癌干细胞在连续移植至免疫不全宿主(例如小鼠)时能形成或建立肿瘤或癌的能力，大部分肿瘤细胞无法形成肿瘤。癌干细胞以混乱方式进行自我更新及分化，以形成具有异常细胞类型的肿瘤，该细胞类型可在将来突变发生时改变。
用语“癌细胞”及“肿瘤细胞”系指源自癌或肿瘤或癌前病灶的整体细胞族群，包括非肿瘤发生性细胞(其包含大部分的肿瘤细胞族群)及肿瘤发生性干细胞(癌干细胞)。此处使用的用语“癌细胞”或“肿瘤细胞”当仅用于指称该些缺乏更新及分化能力的细胞时，将由用语“非肿瘤发生性”修饰以区别该些肿瘤细胞与癌干细胞。
此处所使用的用语“肿瘤发生性”系指癌干细胞的功能特性，包括自我更新(导致额外的肿瘤发生性癌干细胞)及增生以产生所有其他肿瘤细胞(导致经分化及因此非肿瘤发生性肿瘤细胞)的特性。
此处所使用的用语“肿瘤发生性”系指源自肿瘤的随机细胞样本在连续移植至免疫不全宿主(例如小鼠)时形成明显肿瘤的能力。此定义亦包括当连续移植至免疫不全宿主(例如小鼠)时形成明显肿瘤的经富集及/或经分离的癌干细胞族群。
用语“病患”系指任何动物(例如哺乳动物)，包括但不限于人、非人灵长动物、犬、猫、囓齿动物及该类似动物，该动物将成为特定治疗的接受者。通常，关于人病患的用语“病患”及“个体”在此处可交换使用。
用语“医药上可接受”系指经美国联邦政府的管理机关或州政府核准(或可核准)或经明列于美国药典或其他普遍公认的药典中以用于动物(包括人)的产品或化合物。
用语“医药上可接受的赋形剂、载体或佐剂”或“可接受的医药载体”系指可与本发明的至少一种剂(例如抗体)一起投予至个体的赋形剂、载体或佐剂，且该赋形剂、载体或佐剂不破坏该剂的活性。该赋形剂、载体或佐剂当与足以达到治疗效应的剂量的剂一起投予时应不具毒性。
用语“有效量”或“治疗有效量”或“治疗效应”系指有效“治疗”个体或哺乳动物的疾病或疾患的结合剂、抗体、多肽、多核苷酸、小型有机分子或其他药物的量。以癌为例，药物(例如抗体)的治疗有效量具有治疗效应且因此可减少癌细胞的数量；降低肿瘤发生性、肿瘤发生频率、或肿瘤发生能力；减少癌干细胞的数量或频率；减少肿瘤大小；减少癌细胞群；抑制及/或停止癌细胞浸润至外围器官包括例如癌扩散至软组织及骨；抑制及/或停止肿瘤或癌细胞转移；抑制及/或停止肿瘤或癌细胞生长；缓解一或多种与癌相关的症状的严重程度；减少发病率及死亡率；促进生活质量；或该等效应的组合。以该剂举例来说抗体预防现存癌细胞生长及/或杀死现存癌细胞的方面而言，其可被称为细胞静止性及/或细胞毒性。
用语“治疗”或“缓和”系指1)治疗性措施，该措施治愈、减缓、减轻经诊断的病理状况或疾患的症状及/或停止该经诊断的病理状况或疾患的进展及2)预防性或防范性措施，该措施预防或减缓标靶病理状况或疾患的发展。因此该些需要治疗者包括该些已经诊断为罹患该疾患者、该些易于罹患该疾患者，以及该些欲预防该疾患者。在一些实施方式中，个体系经本发明的方法成功“治疗”，若该病患显示下列一或多项：癌细胞的数量减少及/或完全消失；肿瘤大小减少；肿瘤生长的抑制；抑制及/或缺乏癌细胞浸润至外围器官包括癌细胞扩散至软组织及骨；抑制及/或缺乏肿瘤或癌细胞转移；抑制及/或缺乏癌生长；缓解一或多种与该特定癌相关的症状；减少发病率及死亡率；改善生活质量；减少肿瘤发生性；减少癌干细胞的数量或频率；或该等效应的一些组合。
如本揭示内容及权利要求书中所使用者，单数形式的“一”(a,an)及“该”(the)包含复数形式除非上下文另外清楚地说明。
应了解的是，只要此处的实施方式系以用语“包含”描述，其亦提供其他以“由...组成”及/或“实质上由...组成”的用语所描述的类似实施方式。也应了解的是，只要此处的实施方式系以用语“实质上由...组成”描述，其亦提供其他以“由...组成”的用语所描述的类似实施方式。
当使用于此处诸如“A及/或B”的词组中，用语“及/或”系意图包括A及B两者、A或B、A(单独)及B(单独)。同样地，使用于词组诸如“A、B及/或C”中的用语“及/或”系意图包含下列实施方式中的各者：A、B及C；A、B或C；A或C；A或B；B或C；A及C；A及B；B及C；A(单独)；B(单独)；及C(单独)。
II.使用预测性生物标记物的方法
本文中提供用于鉴别、分类及/或选择可能对Wnt途径抑制剂的治疗有反应(“敏感性”)或无反应(“抗性”)的肿瘤及/或癌症病患的方法。此外，提供用于治疗可能对治疗有反应、经预测为对治疗有反应及/或已经鉴别为对Wnt途径抑制剂的治疗有反应的癌症病患的方法。
本文中提供一种鉴别可能对Wnt途径抑制剂的治疗有反应或无反应的人肿瘤的方法，该方法包含：(a)获得该人肿瘤的样本；(b)测量该样本中的生物标记物标签的各生物标记物的表达量，其中该生物标记物标签包含生物标记物FBXW2、CCND2、RHOU、CRBP2、WIF1及DKK1中的一或多种；以及(c)根据该等生物标记物的表达量，鉴别该肿瘤为可能对治疗有反应或无反应。在一些实施方式中，一种鉴别可能对Wnt途径抑制剂的治疗有反应或无反应的人肿瘤的方法包含：(a)获得该人肿瘤的样本；(b)测量该样本中的生物标记物标签的各生物标记物的表达量，其中该生物标记物标签包含生物标记物FBXW2、CCND2、RHOU、CRBP2、WIF1及DKK1中的一或多种；以及(c)根据该生物标记物标签中的该等生物标记物的标准化表达，计算判定值；其中阳性判定值显示该肿瘤系经预测为对该Wnt途径抑制剂有反应，且阴性判定值显示该肿瘤系经预测为对该Wnt途径抑制剂无反应。
本文中提供一种分类人肿瘤为可能对Wnt途径抑制剂的治疗有反应或无反应的方法，该方法包含：(a)获得该人肿瘤的样本；(b)测量该样本中的生物标记物标签的各生物标记物的表达量，其中该生物标记物标签包含生物标记物FBXW2、CCND2、RHOU、CTBP2、WIF1及DKK1中的一或多种；以及(c)根据该等生物标记物的表达量，分类该肿瘤为可能对治疗有反应或无反应。在一些实施方式中，一种分类人肿瘤为可能对Wnt途径抑制剂的治疗有反应或无反应的方法包含：(a)获得该人肿瘤的样本；(b)测量该样本中的生物标记物标签的各生物标记物的表达量，其中该生物标记物标签包含生物标记物FBXW2、CCND2、RHOU、CTBP2、WIF1及DKK1中的一或多种；以及(c)根据该生物标记物标签中的生物标记物的标准化表达，计算判定值；其中阳性判定值显示该肿瘤系经预测为对该Wnt途径抑制剂有反应，且阴性判定值显示该肿瘤系经预测为对该Wnt途径抑制剂无反应。
本文中提供一种测定人肿瘤对Wnt途径抑制剂的治疗的反应性(敏感性)的方法，该方法包含：(a)获得该人肿瘤的样本；(b)测量该样本中的生物标记物标签的各生物标记物的表达量，其中该生物标记物标签包含基因FBXW2、CCND2、RHOU、CTBP2、WIF1及DKK1中的一或多种；以及(c)根据该等生物标记物的表达量，测定该肿瘤对治疗的反应性。在一些实施方式中，一种测定人肿瘤对Wnt途径抑制剂的治疗的反应性或敏感性的方法包含：(a)获得该人肿瘤的样本；(b)测量该样本中的生物标记物标签的各生物标记物的表达量，其中该生物标记物标签包含基因FBXW2、CCND2、RHOU、CTBP2、WIF1及DKK1中的一或多种；以及(c)根据该生物标记物标签中的该等生物标记物的标准化表达，计算判定值；其中阳性判定值显示该肿瘤系经预测为对该Wnt途径抑制剂有反应。
本文中提供一种鉴别对Wnt途径抑制剂的治疗可能有反应的癌症病患的方法，该方法包含：(a)获得该病患肿瘤的样本；(b)测量该样本中的生物标记物标签的各生物标记物的表达量，其中该生物标记物标签包含生物标记物FBXW2、CCND2、RHOU、CTBP2、WIF1及DKK1中的一或多种；以及(c)根据该等生物标记物的表达量，鉴别可能对治疗有反应的病患。在一些实施方式中，一种鉴别对Wnt途径抑制剂的治疗可能有反应的癌症病患的方法包含：(a)获得该病患肿瘤的样本；(b)测量该样本中的生物标记物标签的各生物标记物的表达量，其中该生物标记物标签包含生物标记物FBXW2、CCND2、RHOU、CTBP2、WIF1及DKK1中的一或多种；以及(c)根据该生物标记物标签中的该等生物标记物的标准化表达，计算判定值；其中阳性判定值显示该病患系经预测为对该Wnt途径抑制剂的治疗有反应。在一些实施方式中，该方法另包含当该病患的肿瘤样本具有阳性判定值，选择该病患以接受治疗。在一些实施方式中，本方法另包含对该病患投予治疗有效量的Wnt途径抑制剂。
本文中提供一种选择癌症病患以接受Wnt途径抑制剂的治疗的方法，该方法包含：(a)获得该病患肿瘤的样本；(b)测量该样本中的生物标记物标签的各生物标记物的表达量，其中该生物标记物标签包含生物标记物FBXW2、CCND2、RHOU、CTBP2、WIF1及DKK1中的一或多种；(c)根据该等生物标记物的表达量，选择该将接受治疗的病患。在一些实施方式中，一种选择癌症病患以接受Wnt途径抑制剂的治疗的方法包含：(a)获得该病患肿瘤的样本；(b)测量该样本中的生物标记物标签的各生物标记物的表达量，其中该生物标记物标签包含生物标记物FBXW2、CCND2、RHOU、CTBP2、WIF1及DKK1中的一或多种；(c)根据该生物标记物标签中的该等生物标记物的标准化表达，计算判定值；以及(d)当该病患的肿瘤样本具有阳性判定值，选择该病患以接受治疗。在一些实施方式中，本方法另包含对该病患投予治疗有效量的Wnt途径抑制剂。
本文中提供一种治疗病患的癌症的方法，其包含：(a)鉴别该病患是否可能对Wnt途径抑制剂的治疗有反应，其中该鉴别包含：(i)获得该病患癌症的样本；(ii)测量该样本中的生物标记物标签的各生物标记物的表达量，其中该生物标记物标签包含生物标记物FBXW2、CCND2、RHOU、CTBP2、WIF1及DKK1中的一或多种；以及(iii)根据该等生物标记物的表达量，鉴别可能对治疗有反应的病患；以及(b)对该可能对治疗有反应的病患投予有效量的Wnt途径抑制剂。在一些实施方式中，一种治疗病患的癌症的方法包含：(a)鉴别该病患是否可能对Wnt途径抑制剂的治疗有反应，其中该鉴别包含：(i)获得该病患癌症的样本；(ii)测量该样本中的生物标记物标签的各生物标记物的表达量，其中该生物标记物标签包含生物标记物FBXW2、CCND2、RHOU、CTBP2、WIF1及DKK1中的一或多种；以及(iii)根据该标签中的生物标记物的标准化表达，计算判定值；其中阳性判定值显示该病患系经预测为对治疗有反应；以及(b)对该经预测为对治疗有反应的病患投予有效量的Wnt途径抑制剂。
在另一方面中，本发明提供一种治疗病患的癌症的方法，其包含：对该病患投予有效量的Wnt途径抑制剂，其中根据病患肿瘤样本中生物标记物标签的表达量，该病患系经预测为对该Wnt抑制剂治疗有反应，其中该标签包含生物标记物FBXW2、CCND2、RHOU、CTBP2、WIF1及DKK1中的一或多种。在一些实施方式中，一种治疗病患的癌症的方法包含：对该病患投予有效量的Wnt途径抑制剂；其中根据由病患肿瘤样本中生物标记物标签的生物标记物的标准化表达的加权总和所计算的阳性判定值，该病患系经预测为对治疗有反应，其中该生物标记物组包含生物标记物FBXW2、CCND2、RHOU、CTBP2、WIF1及DKK1中的一或多种。
本文中提供一种增加Wnt途径抑制剂的有效治疗的可能性的方法，其包含：(a)鉴别病患是否具有可能对Wnt途径抑制剂的治疗有反应的肿瘤，其中该鉴别包含：(i)获得该病患癌症的样本；(ii)测量该样本中的生物标记物标签的各生物标记物的表达量，其中该生物标记物标签包含生物标记物FBXW2、CCND2、RHOU、CTBP2、WIF1及DKK1中的一或多种；以及(iii)根据该等生物标记物的表达量，鉴别可能对治疗有反应的病患；以及(b)对该病患投予有效量的Wnt途径抑制剂。在一些实施方式中，一种增加Wnt途径抑制剂的有效治疗的可能性的方法包含：(a)鉴别病患是否具有可能对Wnt途径抑制剂的治疗有反应的肿瘤，其中该鉴别包含：(i)获得该病患癌症的样本；(ii)测量该样本中的生物标记物标签的各生物标记物的表达量，其中该生物标记物标签包含生物标记物FBXW2、CCND2、RHOU、CTBP2、WIF1及DKK1中的一或多种；以及(iii)根据该生物标记物标签中的生物标记物的标准化表达，计算判定值；其中阳性判定值显示该病患系经预测为对治疗有反应；以及(b)对肿瘤具有阳性判定值的病患投予有效量的该Wnt途径抑制剂。
在另一方面中，本发明提供一种增加Wnt途径抑制剂的有效治疗的可能性的方法，其包含：对病患投予有效量的Wnt途径抑制剂；其中根据病患肿瘤样本中生物标记物标签的表达量，该病患系经鉴别为可能对该Wnt抑制剂治疗有反应，其中该标签包含生物标记物FBXW2、CCND2、RHOU、CTBP2、WIF1及DKK1中的一或多种。在一些实施方式中，一种增加Wnt途径抑制剂的有效治疗的可能性的方法包含：对病患投予有效量的Wnt途径抑制剂；其中根据由病患肿瘤样本中生物标记物标签的生物标记物的标准化表达的加权总和所计算的阳性判定值，该病患系经鉴别为可能对治疗有反应，其中该生物标记物组包含生物标记物FBXW2、CCND2、RHOU、CTBP2、WIF1及DKK1中的一或多种。在一些实施方式中，该病患系经鉴别为可能对Wnt途径抑制剂与太平洋紫杉醇的组合治疗有反应。在一些实施方式中，该方法包含对该病患投予该Wnt途径抑制剂与太平洋紫杉醇的组合。
本文中提供一种用于鉴别可能对Wnt途径抑制剂的治疗有反应或无反应的人肿瘤的用途，其中该用途包含(a)获得该人肿瘤的样本；(b)测量该样本中的生物标记物标签的各生物标记物的表达量，其中该生物标记物标签包含生物标记物FBXW2、CCND2、RHOU、CRBP2、WIF1及DKK1中的一或多种；以及(c)根据该生物标记物标签中的生物标记物的标准化表达，计算判定值；其中阳性判定值显示该肿瘤系经预测为对该Wnt途径抑制剂有反应，且阴性判定值显示该肿瘤系经预测为对该Wnt途径抑制剂无反应。
本文中提供一种用于分类可能对Wnt途径抑制剂的治疗有反应或无反应的人肿瘤的用途，其中该用途包含(a)获得该人肿瘤的样本；(b)测量该样本中的生物标记物标签的各生物标记物的表达量，其中该生物标记物标签包含生物标记物FBXW2、CCND2、RHOU、CTBP2、WIF1及DKK1中的一或多种；以及(c)根据该生物标记物标签中的生物标记物的标准化表达，计算判定值；其中阳性判定值显示该肿瘤系经预测为对该Wnt途径抑制剂有反应，且阴性判定值显示该肿瘤系经预测为对该Wnt途径抑制剂无反应。
本文中提供一种用于测定人肿瘤对Wnt途径抑制剂的治疗的敏感性的用途，其中该用途包含(a)获得该人肿瘤的样本；(b)测量该样本中的生物标记物标签的各生物标记物的表达量，其中该生物标记物标签包含基因FBXW2、CCND2、RHOU、CTBP2、WIF1及DKK1中的一或多种；以及(c)根据该生物标记物标签中的该等生物标记物的标准化表达，计算判定值；其中阳性判定值显示该肿瘤系经预测为对该Wnt途径抑制剂有反应。
本文中提供一种用于鉴别对Wnt途径抑制剂的治疗可能有反应的癌症病患的用途，其中该用途包含(a)获得该病患肿瘤的样本；(b)测量该样本中的生物标记物标签的各生物标记物的表达量，其中该生物标记物标签包含生物标记物FBXW2、CCND2、RHOU、CTBP2、WIF1及DKK1中的一或多种；以及(c)根据该生物标记物标签中的该等生物标记物的标准化表达，计算判定值；其中阳性判定值显示该病患系经预测为对该Wnt途径抑制剂的治疗有反应。在一些实施方式中，该用途另包含当该病患的肿瘤样本具有阳性判定值，选择该病患以接受治疗。在一些实施方式中，该用途另包含对该病患投予治疗有效量的Wnt途径抑制剂。
本文中提供一种用于选择癌症病患以接受Wnt途径抑制剂的治疗的用途，其中该用途包含(a)获得该病患肿瘤的样本；(b)测量该样本中的生物标记物标签的各生物标记物的表达量，其中该生物标记物标签包含生物标记物FBXW2、CCND2、RHOU、CTBP2、WIF1及DKK1中的一或多种；(c)根据该生物标记物标签中的该等生物标记物的标准化表达，计算判定值；以及(d)当该病患的肿瘤样本具有阳性判定值，选择该病患以接受治疗。在一些实施方式中，该用途另包含对该病患投予治疗有效量的Wnt途径抑制剂。
本文中提供一种用于治疗病患的癌症的用途中的Wnt途径抑制剂，该用途包含：(a)鉴别该病患是否可能对Wnt途径抑制剂的治疗有反应，其中该鉴别包含：(i)获得该病患癌症的样本；(ii)测量该样本中的生物标记物标签的各生物标记物的表达量，其中该生物标记物标签包含生物标记物FBXW2、CCND2、RHOU、CTBP2、WIF1及DKK1中的一或多种；以及(iii)根据该标签中的生物标记物的标准化表达，计算判定值；其中阳性判定值显示该病患系经预测为对治疗有反应；以及(b)对该经预测为对治疗有反应的病患投予有效量的Wnt途径抑制剂。
本文中提供一种增加Wnt途径抑制剂的有效治疗的可能性的用途，该用途包含：(a)鉴别病患是否具有可能对Wnt途径抑制剂的治疗有反应的肿瘤，其中该鉴别包含：(i)获得该病患癌症的样本；(ii)测量该样本中的生物标记物标签的各生物标记物的表达量，其中该生物标记物标签包含生物标记物FBXW2、CCND2、RHOU、CTBP2、WIF1及DKK1中的一或多种；以及(iii)根据该生物标记物标签中的生物标记物的标准化表达，计算判定值；其中阳性判定值显示该病患系经预测为对治疗有反应；以及(b)对肿瘤具有阳性判定值的病患投予有效量的该Wnt途径抑制剂。
本文中提供一种用于治疗经鉴别为对Wnt途径抑制剂的治疗可能有反应的病患的癌症的用途的Wnt途径抑制剂，其中鉴别该病患包含：(i)测量自该病患获得的癌症样本中的生物标记物标签的各生物标记物的表达量，其中该生物标记物标签包含生物标记物FBXW2、CCND2、RHOU、CTBP2、WIF1及DKK1中的一或多种；以及(ii)根据该特征中的该等生物标记物的标准化表达，计算判定值；其中阳性判定值显示该病患系经预测为对该治疗有反应。
本文中提供一种用于治疗病患的癌症的Wnt途径抑制剂，其中该病患系经计算为具有阳性判定值者，该判定值系根据该病患的癌症样本中的生物标记物标签的各生物标记物的标准化表达计算，其中该生物标记物标签包含生物标记物FBXW2、CCND2、RHOU、CTBP2、WIF1及DKK1中的一或多种。
在本文所述的方法的一些实施方式中，该生物标记物标签包含生物标记物FBXW2、CCND2、RHOU、CTBP2、WIF1及DKK1中的两种或两种以上。在一些实施方式中，该生物标记物标签包含生物标记物FBXW2、CCND2、RHOU、CTBP2、WIF1及DKK1中的三种或三种以上。在一些实施方式中，该生物标记物标签包含生物标记物FBXW2、CCND2、RHOU、CTBP2、WIF1及DKK1中的四种或四种以上。在一些实施方式中，该生物标记物标签包含生物标记物FBXW2、CCND2、RHOU、CTBP2、WIF1及DKK1中的五种或五种以上。在一些实施方式中，该生物标记物标签包含FBXW2、CCND2、RHOU、CTBP2、WIF1及DKK1。在一些实施方式中，该生物标记物标签系由FBXW2、CCND2、RHOU、CTBP2、WIF1及DKK1组成。
在一些实施方式中，该生物标记物标签除了生物标记物FBXW2、CCND2、RHOU、CTBP2、WIF1及DKK1中的至少一者之外，还包含一或多种额外的生物标记物。在一些实施方式中，该生物标记物标签除了生物标记物FBXW2、CCND2、RHOU、CTBP2、WIF1及DKK1中的至少一者之外，还包含一或多种额外的选自表2所列的基因的生物标记物。在一些实施方式中，该生物标记物标签除了生物标记物FBXW2、CCND2、RHOU、CTBP2、WIF1及DKK1中的至少一者之外，还包含生物标记物EP300、CTBP1、WNT6、WNT9A、SNT3、FZD2、FZD7、APC、TLE2、DVL2、PITX2、WISP1、GSK3B及LEF1中的一或多种。在一些实施方式中，该生物标记物标签包含生物标记物FBXW2、CCND2、RHOU、CTBP2、WIF1、DKK1、EP300及CTBP1中的一或多种。在一些实施方式中，该生物标记物标签包含生物标记物FBXW2、CCND2、RHOU、CTBP2、WIF1、DKK1、EP300、CTBP1、WNT6、WNT3、FZD2、APC、TLE2、DVL2、PITX2、WISP1、GSK3B、WNT9A、FZD7及LEF1中的一或多种。
在本文所述的方法的一些实施方式中，该生物标记物标签包含FBXW2。在一些实施方式中，该生物标记物标签包含CCND2。在一些实施方式中，该生物标记物标签包含RHOU。在一些实施方式中，该生物标记物标签包含CTBP2。在一些实施方式中，该生物标记物标签包含WIF1。在一些实施方式中，该生物标记物标签包含DKK1。
在本文所述的方法的一些实施方式中，该生物标记物标签包含FBXW2及CCND2。在一些实施方式中，该生物标记物标签包含FBXW2及RHOU。在一些实施方式中，该生物标记物标签包含FBXW2及CTBP2。在一些实施方式中，该生物标记物标签包含FBXW2及WIF1。在一些实施方式中，该生物标记物标签包含FBXW2及DKK1。在一些实施方式中，该生物标记物标签包含CCND2及RHOU。在一些实施方式中，该生物标记物标签包含CCND2及CTBP2。在一些实施方式中，该生物标记物标签包含CCND2及WIF1。在一些实施方式中，该生物标记物标签包含CCND2及DKK1。在一些实施方式中，该生物标记物标签包含RHOU及CTBP2。在一些实施方式中，该生物标记物标签包含RHOU及WIF1。在一些实施方式中，该生物标记物标签包含RHOU及DKK1。在一些实施方式中，该生物标记物标签包含CTBP2及WIF1。在一些实施方式中，该生物标记物标签包含CTBP2及DKK1。在一些实施方式中，该生物标记物标签包含WIF1及DKK1。
在本文所述的方法的一些实施方式中，该生物标记物标签包含FBXW2、CCND2及RHOU。在一些实施方式中，该生物标记物标签包含FBXW2、CCND2及CTBP2。在一些实施方式中，该生物标记物标签包含FBXW2、CCND2及WIF1。在一些实施方式中，该生物标记物标签包含FBXW2、CCND2及DKK1。在一些实施方式中，该生物标记物标签包含FBXW2、RHOU及CTBP2。在一些实施方式中，该生物标记物标签包含FBXW2、RHOU及WIF1。在一些实施方式中，该生物标记物标签包含FBXW2、RHOU及DKK1。在一些实施方式中，该生物标记物标签包含FBXW2、CTBP2及WIF1。在一些实施方式中，该生物标记物标签包含FBXW2、CTBP2及DKK1。在一些实施方式中，该生物标记物标签包含FBXW2、WIF1及DKK1。在一些实施方式中，该生物标记物标签包含CCND2、RHOU及CTBP2。在一些实施方式中，该生物标记物标签包含CCND2、FBXW2、RHOU及WIF1。在一些实施方式中，该生物标记物标签包含CCND2、RHOU及DKK1。在一些实施方式中，该生物标记物标签包含CCND2、CTBP2及WIF1。在一些实施方式中，该生物标记物标签包含CCND2、CTBP2及DKK1。在一些实施方式中，该生物标记物标签包含CCND2、WIF1及DKK1。在一些实施方式中，该生物标记物标签包含RHOU、CTBP2及WIF1。在一些实施方式中，该生物标记物标签包含RHOU、CTBP2及DKK1。在一些实施方式中，该生物标记物标签包含RHOU、WIF1及DKK1。在一些实施方式中，该生物标记物标签包含CTBP2、WIF1及DKK1。
在本文所述的方法的一些实施方式中，该生物标记物标签包含FBXW2、CCND2、RHOU及CTBP2。在一些实施方式中，该生物标记物标签包含FBXW2、CCND2、FBXW2、RHOU及WIF1。在一些实施方式中，该生物标记物标签包含FBXW2、CCND2、RHOU及DKK1。在一些实施方式中，该生物标记物标签包含FBXW2、RHOU、CTBP2及WIF1。在一些实施方式中，该生物标记物标签包含FBXW2、RHOU、CTBP2及DKK1。在一些实施方式中，该生物标记物标签包含FBXW2、CTBP2、WIF1及DKK1。在一些实施方式中，该生物标记物标签包含CCND2、RHOU、CTBP2及WIF1。在一些实施方式中，该生物标记物标签包含CCND2、RHOU、CTBP2及DKK1。在一些实施方式中，该生物标记物标签包含CCND2、CTBP2、WIF1及DKK1。在一些实施方式中，该生物标记物标签包含RHOU、CTBP2、WIF1及DKK1。在一些实施方式中，该些生物标记物标签中的任一者可包含一或多种额外的生物标记物。
在本文所述的方法的一些实施方式中，该生物标记物标签包含FBXW2、CCND2、RHOU、CTBP2及WIF1。在一些实施方式中，该生物标记物标签包含FBXW2、CCND2、RHOU、CTBP2及DKK1。在一些实施方式中，该生物标记物标签包含FBXW2、CCND2、CTBP2、WIF1及DKK1。在一些实施方式中，该生物标记物标签包含FBXW2、CCND2、RHOU、WIF1及DKK1。在一些实施方式中，该生物标记物标签包含FBXW2、RHOU、CTBP2、WIF1及DKK1。在一些实施方式中，该生物标记物标签包含CCND2、RHOU、CTBP2、WIF1及DKK1。
在一些实施方式中，该样本包括但不限于任何临床上重要的组织样本，诸如肿瘤活体样本、核心活体组织样本、细针抽吸样本、毛囊或体液样本如血液、血浆、血清、淋巴液、腹水、囊液或尿液。在一些实施方式中，该样本系取自具有肿瘤或癌的病患。在一些实施方式中，该样本系原发性肿瘤。在一些实施方式中，该样本系转移性肿瘤。该样本可能采集自人或非人哺乳动物，诸如小鼠、大鼠、非人灵长动物、犬、猫、反刍动物、猪或绵羊。在一些实施方式中，样本系在多重时间点自个体采集，例如治疗前、治疗期间及/或治疗后。在一些实施方式中，样本系自个体的不同部位采集，例如来自原发性肿瘤的样本及来自远处位置的转移的样本。
在一些实施方式中，该样本系经石蜡包埋固定的组织样本。在一些实施方式中，该样本系经福尔马林固定的石蜡包埋(FFPE)组织样本。在一些实施方式中，该样本系新鲜组织(例如肿瘤)样本。在一些实施方式中，该样本系冷冻组织样本。在一些实施方式中，该样本系新鲜冷冻(FF)组织(例如肿瘤)样本。在一些实施方式中，该样本系自流体分离的细胞。在一些实施方式中，该样本包含循环肿瘤细胞(CTC)。在一些实施方式中，该样本系档案组织样本。在一些实施方式中，该样本系具有已知诊断、治疗及/或结果病史的档案组织样本。在一些实施方式中，该样本系组织块(blockoftissue)。在一些实施方式中，该样本系分散细胞。在一些实施方式中，该样本大小系约1个细胞至约1×106个细胞或更多。在一些实施方式中，该样本大小系约10个细胞至约1×105个细胞。在一些实施方式中，该样本大小系约10个细胞至约10,000个细胞。在一些实施方式中，该样本大小系约10个细胞至约1,000个细胞。在一些实施方式中，该样本大小系约10个细胞至约100个细胞。在一些实施方式中，该样本大小系约1个细胞至约10个细胞。在一些实施方式中，该样本大小系单一细胞。
在一些实施方式中，该样本系处理成DNA或RNA。在一些实施方式中，RNA系自该样本分离。在一些实施方式中，mRNA系自该样本分离。在一些实施方式中，RNA系藉由涉及细胞溶解及使其中所含的蛋白变性的程序自细胞分离。在一些实施方式中，添加DNA酶以移除DNA。在一些实施方式中，添加RNA酶抑制剂至溶解缓冲液。在一些实施方式中，在该程序中加入蛋白变性/分解的步骤。用于制备全RNA及mRNA的方法系该领域所广为周知，RNA分离试剂盒可自商业途径获得(例如RNeasy迷你试剂盒，Qiagen,USA)。在一些实施方式中，RNA系由PCR为基础的技术扩增。
生物标记物表达量的测定可由任何适当方法进行，包括但不限于基于分析多核苷酸表达、测序多核苷酸及/或分析蛋白表达的方法。举例来说，生物标记物表达量的测定可藉由检测由受到关注的基因所表达的mRNA的表达及/或藉由检测由该等基因所编码的多肽的表达进行。
经常用于分析多核苷酸的方法包括南方墨点分析、北方墨点分析及原位杂交、RNA酶保护分析、及聚合酶连锁反应(PCR)为基础的方法，诸如逆转录聚合酶连锁反应(RT-PCR)、定量PCR(qPCR)(亦称为实时PCR)、TaqManTM、TaqManTM低密度阵列(TLDA)、锚定PCR、竞争PCR、cDNA末端快速扩增(RACE)、及微阵列分析。RT-PCR是一种可用来比较不同样本中的mRNA量，以检测基因表达特性的定量方法。RT-PCR的变型是实时定量PCR，其透过双标记产荧光探针(例如TaqManTM探针)测量PCR产物累积。有许多其他熟悉此项技术者已知的以PCR为基础的技术，包括但不限于差异性展示、扩增片段长度多型性、BeadArrayTM技术、高涵盖度表达分析(HiCEP)及数字PCR。用于以测序为基础的基因表达分析的代表性方法包括基因表达连续分析(SAGE)、大规模平行标签测序(MPSS)、及NexGen测序分析，包括mRNA测序。
在某些实施方式中，生物标记物表达系使用qPCR测试测定。例如，自新鲜冷冻(FF)组织样本萃取总RNA或自巨观解剖的经福尔马林固定的石蜡包埋(FFPE)组织样本萃取总RNA。总RNA的定量及定性系藉由标准分光亮度法及/或其他适当方法(例如AgilentBioanalyzer)进行。在RNA萃取之后，RNA样本系利用标准方法及/或市售cDNA合成试剂盒(例如RocheTranscriptorFirstStrandcDNA合成试剂盒)进行逆转录。所形成的cDNA利用例如ABI预扩增试剂盒进行预扩增。生物标记物(例如FBXW2、CCND2、RHOU、CTBP2、WIF1及/或DKK1)的表达系于例如RocheLightcycler480系统(RocheDiagnostics)上使用ABITaqManGeneExpressionMastermix检测。qPCR反应重复进行三次。每次分析时，在未经逆转录下分析样本亚群(RT阴性对照)以及在无模板下分析对照样本。每个板上包括通用人参考RNA样本以作为阳性对照。自标准参考基因组识别适当的参考基因。选择具有不同细胞功能的候选参考基因以消除共调节的风险。最适当的参考基因系使用特定软件及算法评估及选择(例如Genex软件；GeNorm及Normfinder算法)。各生物标记物的表达量利用该经选择的最佳参考基因加以正常化。在一些实施方式中，各生物标记物的这些经正常化(或标准化)的表达值被用来计算该样本的判定值。在一些实施方式中，各生物标记物的这些经正常化(或标准化)的表达值被用来计算表达量。
在一些实施方式中，生物标记物表达系利用以PCR为基础的分析测定，该分析包含各生物标记物(例如FBXW2、CCND2、RHOU、CTBP2、WIF1及/或DKK1)的特定引物及/或探针。如本文中所使用，用语“探针”系指能与特定所欲的标靶生物分子选择性结合的任何分子。探针可由熟悉此项技术者使用已知技术合成，或可衍生自生物制剂。探针可包括但不限于RNA、DNA、蛋白质、肽、适体、抗体及有机分子。用语“引物”或“探针”包含具有特定SEQIDNO序列的寡核苷酸或具有与特定SEQIDNO互补的序列的寡核苷酸。在一些实施方式中，该探针系经修饰。在一些实施方式中，该探针系经淬灭剂修饰。在一些实施方式中，该探针系经标记。标记包括但不限于比色标记、荧光标记、化学发光标记或生物发光标记。
在一些实施方式中，各生物标记物的生物标记物表达系利用特定引物组及探针测定。在一些实施方式中，特定引物组系由正向引物及反向引物组成。在一些实施方式中，CCND2表达系利用包含序列GCTGTCTCTGATCCGCAAGC(SEQIDNO:62)的多核苷酸、包含序列GACGGTGGGTACATGGCAAAC(SEQIDNO:63)的多核苷酸及包含序列CCTTCATTGCTCTGTGTGCCACCGAC(SEQIDNO:64)的多核苷酸或彼等的互补物测定。在一些实施方式中，CCND2表达系利用序列GCTGTCTCTGATCCGCAAGC(SEQIDNO:62)的正向引物及序列GACGGTGGGTACATGGCAAAC(SEQIDNO:63)的反向引物测定。在一些实施方式中，CCND2表达系利用序列CCTTCATTGCTCTGTGTGCCACCGAC(SEQIDNO:64)的探针测定。
在一些实施方式中，CTBP2表达系利用经分离的包含序列ATCCGTGGGGAGACGCTG(SEQIDNO:65)的多核苷酸、包含序列CTCGAACTGCAACCGCCTG(SEQIDNO:66)的多核苷酸及包含序列CCCGTGCGACCAAAGCCAATGAGG(SEQIDNO:67)的多核苷酸或彼等的互补物测定。在一些实施方式中，CTBP2表达系利用序列ATCCGTGGGGAGACGCTG(SEQIDNO:65)的正向引物及序列CTCGAACTGCAACCGCCTG(SEQIDNO:66)的反向引物测定。在一些实施方式中，CTBP2表达系利用序列CCCGTGCGACCAAAGCCAATGAGG(SEQIDNO:67)的探针测定。
在一些实施方式中，DKK1表达系利用经分离的包含序列GACCATTGACAACTACCAGCCGTA(SEQIDNO:68)的多核苷酸、包含序列TGGGACTAGCGCAGTACTCATC(SEQIDNO:69)的多核苷酸及包含序列TGCCGCACTCCTCGTCCTCTG(SEQIDNO:70)的多核苷酸或彼等的互补物测定。在一些实施方式中，DKK1表达系利用序列GACCATTGACAACTACCAGCCGTA(SEQIDNO:68)的正向引物及序列TGGGACTAGCGCAGTACTCATC(SEQIDNO:69)的反向引物测定。在一些实施方式中，DKK1表达系利用序列TGCCGCACTCCTCGTCCTCTG(SEQIDNO:70)的探针测定。
在一些实施方式中，FBXW2表达系利用包含序列GCCAGTTATGATATTCTCAGGGTCA(SEQIDNO:71)的多核苷酸、包含序列AGCAGGGCAAAGATATCTCCAAA(SEQIDNO:72)的多核苷酸及包含序列AGACTCCTGAGATAGCAAACTTGGCCT(SEQIDNO:73)的多核苷酸或彼等的互补物测定。在一些实施方式中，FBXW2表达系利用序列GCCAGTTATGATATTCTCAGGGTCA(SEQIDNO:71)的正向引物及序列AGCAGGGCAAAGATATCTCCAAA(SEQIDNO:72)的反向引物测定。在一些实施方式中，FBXW2表达系利用序列AGACTCCTGAGATAGCAAACTTGGCCT(SEQIDNO:73)的探针测定。
在一些实施方式中，RHOU1表达系利用包含序列CCCACCGAGTACATCCCTACTG(SEQIDNO:74)的多核苷酸、包含序列CAGTGTCACAGAGTTGGAGTCTCA(SEQIDNO:75)的多核苷酸及包含序列CGCCCATCCACAGACACCACCG(SEQIDNO:76)的多核苷酸或彼等的互补物测定。在一些实施方式中，RHOU1表达系利用序列CCCACCGAGTACATCCCTACTG(SEQIDNO:74)的正向引物及序列CAGTGTCACAGAGTTGGAGTCTCA(SEQIDNO:75)的反向引物测定。在一些实施方式中，RHOU1表达系利用序列CGCCCATCCACAGACACCACCG(SEQIDNO:76)的探针测定。
在一些实施方式中，WIF1表达系利用包含序列GTTCCAAAGGTTACCAGGGAGAC(SEQIDNO:77)的多核苷酸、包含序列GTTGGGTTCATGGCAGGTTCC(SEQIDNO:78)的多核苷酸及包含序列CCAGGCTCGCAGACAGGCTTTGAAC(SEQIDNO:79)的多核苷酸或彼等的互补物测定。在一些实施方式中，WIF1表达系利用序列GTTCCAAAGGTTACCAGGGAGAC(SEQIDNO:77)的正向引物及序列GTTGGGTTCATGGCAGGTTCC(SEQIDNO:78)的反向引物测定。在一些实施方式中，WIF1表达系利用序列CCAGGCTCGCAGACAGGCTTTGAAC(SEQIDNO:79)的探针测定。
在本文所述的任何方法的一些实施方式中，FBXW2、CCND2、RHOU、CTBP2、WIF1及DKK1的表达量系利用选自SEQIDNO:62至79的多核苷酸测量。在本文所述的任何方法的一些实施方式中，FBXW2、CCND2、RHOU、CTBP2、WIF1及DKK1的表达量系利用下列测量：(a)SEQIDNO:62的正向引物、SEQIDNO:63的反向引物、及包含SEQIDNO:64的探针；(b)SEQIDNO:65的正向引物、SEQIDNO:66的反向引物、及包含SEQIDNO:67的探针；(c)SEQIDNO:68的正向引物、SEQIDNO:69的反向引物、及包含SEQIDNO:70的探针；(d)SEQIDNO:71的正向引物、SEQIDNO:72的反向引物、及包含SEQIDNO:73的探针；(e)SEQIDNO:74的正向引物、SEQIDNO:75的反向引物、及包含SEQIDNO:76的探针；以及(f)SEQIDNO:77的正向引物、SEQIDNO:78的反向引物、及包含SEQIDNO:79的探针。
在一些实施方式中，各生物标记物(例如FBXW2、CCND2、RHOU、CTBP2、WIF1及/或DKK1)的表达量系于分开分析(例如6个分析)中测定。在一些实施方式中，所有6个分析中的各分析的参考基因及标准化方法系为相同。在一些实施方式中，数种生物标记物(例如FBXW2、CCND2、RHOU、CTBP2、WIF1及/或DKK1)的表达量系于单一多重分析中检测。
或者，生物标记物表达量可藉由扩增产自mRNA的互补性DNA(cDNA)或互补性RNA(cRNA)及使用微阵列分析其加以测定。微阵列技术能够同步分析数千基因的表达。一些不同的阵列构造及其产制方法系本领域技术人员所知。此外，微阵列可自商业途径获得(例如Affymetrix基因芯片)或可定制化产制。目前广为使用的微阵列包括cDNA阵列及寡核苷酸阵列。通常，受到关注的多核苷酸(例如探针或探针组)系经涂布(plated)或阵列化(arrayed)于微芯片基材上。在一些实施方式中，至少10、25、50、100、500、1000、5000、10,000、20,000或25,000个或更多基因的探针系经固定于阵列基材上。该基材可为多孔或无孔性支撑物，诸如玻璃、塑料或胶体表面。探针可包括DNA、RNA、DNA及RNA的共聚物序列、DNA及/或RNA类似物，或彼等的组合。在一些实施方式中，微阵列包括支撑物以及各个别基因的结合位点的有序阵列。该等微阵列可为可寻址(addressable)的阵列或位置可寻址的阵列，例如阵列的各探针系位于固体支撑物上已知、预先决定的位置，以使各探针的识别可自其阵列位置决定。
在微阵列上的各探针可具有介于10至50,000个核苷酸长度。在一些实施方式中，微阵列的探针可由长度小于约1,000个核苷酸、小于约750个核苷酸、小于约500个核苷酸、小于约250个核苷酸、小于约100个核苷酸、或小于约50个核苷酸的核苷酸序列组成。通常，阵列包括阳性对照探针及阴性对照探针。
在某些实施方式中，生物标记物表达系使用微阵列测定。例如，自新鲜冷冻(FF)组织样本萃取总RNA或自巨观解剖的经福尔马林固定的石蜡包埋(FFPE)组织样本萃取总RNA。总RNA的定量及定性系藉由标准分光亮度法及/或其他适当技术(例如AgilentBioanalyzer)进行。在RNA萃取之后，该RNA样本系利用标准方法及/或市售扩增系统(例如NuGENOvationRNA扩增系统V2)扩增。该经扩增的cDNA系依照标准程序经切段(fragmented)、标记及杂交至微阵列(例如使用NuGENEncore生物素模块及Affymetrix基因芯片阵列)。该阵列系根据微阵列说明经清洗、染色及扫描。微阵列数据系经预先处理，探针级强度测量值系经背景校正、正常化及使用Robust多芯片算法(RMA)概述为表达测量值。探针量数据系经概述以取得各生物标记物的表达量(例如FBXW2、CCND2、RHOU、CTBP2、WIF1及/或DKK1)。性质参数限值及数据减除技术(例如主成分分析)的组合系应用至数据组以建立定性数据及识别可能的异常样本。各生物标记物的这些经正常化(或标准化)的表达值被用来计算该样本的判定值。
在一些实施方式中，生物标记物表达系藉由研究受到关注的基因的蛋白表达加以分析。常用的分析蛋白表达的方法包括但不限于以免疫组织化学(IHC)为基础、以抗体为基础及以质谱仪为基础的方法。抗体(通常为单克隆抗体)可被用于检测基因产物(例如蛋白质)的表达。在一些实施方式中，抗体可藉由直接标示抗体本身加以检测。在其他实施方式中，未经标示的一级抗体系与经标示的二级抗体组合使用。免疫组织化学方法及/或试剂盒系该领域所广为周知且为市售可得者。
在一些实施方式中，生物标记物表达系藉由本领域技术人员已知的试验测定，包括但不限于多分析物检测试验、酶连接免疫吸附测定(ELISA)、放射性免疫测定、西方印迹分析试验、免疫荧光分析、酶免疫分析、免疫沉降试验、化学发光试验、免疫组织化学试验、斑点印迹法或狭缝印迹法。在一些实施方式中，当抗体系用于分析中时，该抗体系经可检测地标记。该等抗体标记可包括但不限于免疫荧光标记、化学发光标记、磷光标记、酶标记、放射标记、抗生物素蛋白/生物素、胶体金粒子、彩色粒子及磁性粒子。
其他用于分析生物标记物表达的适当方法包括以蛋白质粒为基础的方法。蛋白质粒学包括(除其他者外)样本中蛋白表达的整体改变的研究。在一些实施方式中，蛋白质粒方法包含下列步骤：(1)藉由2D电泳(2-DPAGE)分离样本中的个别蛋白、(2)识别自胶体回收的个别蛋白(例如藉由质谱分析或N端测序)、及(3)利用生物信息学分析数据。在一些实施方式中，蛋白质粒方法包含使用组织微阵列(TMA)。组织阵列可根据各种本领域技术人员所知的技术建构。在某些实施方式中，手动组织阵列器被用于自由组织样本制备的石蜡块移除“核心”。该核心接着被插入另一石蜡块在网格上的指定位置。来自多达约400个样本的核心可被插入单一接受块中。所形成的组织阵列可经处理成为薄切片以供分析。在一些实施方式中，蛋白质粒方法包含抗体微阵列。在一些实施方式中，蛋白质粒方法包含使用质谱仪，包括但不限于SELDI、MALDI、电喷洒及表面电浆共振方法。在一些实施方式中，蛋白质粒方法包含以珠为基础的技术，包括但不限于呈阵列形式的在珠上的抗体。在一些实施方式中，蛋白质粒方法包含反相蛋白微阵列(RPPM)。在一些实施方式中，蛋白质粒方法包含多重蛋白分析，包括但不限于全蛋白质粒分析(GPS)方法。
在一些实施方式中，生物标记物标签系藉由二个样本之间的不同基因表达鉴别。在一些实施方式中，生物标记物标签系藉由包含在癌细胞与正常细胞中表达不同的基因的二个样本之间的不同基因表达鉴别。在一些实施方式中，生物标记物标签包含在肿瘤发生性癌干细胞与非肿瘤发生性癌细胞之间表达不同的基因。在一些实施方式中，生物标记物标签包含在对特定治疗有反应的肿瘤细胞与对相同治疗无反应的肿瘤细胞之间表达不同的基因。
在一些实施方式中，表达特性系利用微阵列分析测定。微阵列数据鉴别包含二个样本之间类似地及差异地表达的基因的基因特性。在一些实施方式中，表达特性系根据倍数表达变化加以改良、过滤及/或细分成生物标记物标签。在一些实施方式中，所有在特定倍数表达变化以上的基因皆被包括于生物标记物标签中。倍数表达变化可为增加、减少或同时增加及减少。在一些实施方式中，所有具有2倍或以上的表达变化的基因皆被包括于生物标记物标签中。在一些实施方式中，所有具有2.5倍或以上的表达变化的基因皆被包括于生物标记物标签中。在一些实施方式中，所有具有3倍或以上的表达变化的基因皆被包括于生物标记物标签中。在一些实施方式中，所有具有3.5倍或以上的表达变化的基因皆被包括于生物标记物标签中。在一些实施方式中，所有具有4倍或以上的表达变化的基因皆被包括于生物标记物标签中。
在一些实施方式中，基因表达特性系根据统计分析加以改良、过滤及/或细分成生物标记物标签。统计方法可包括但不限于聚类分析、支持向量机(SVM)分析、支持向量机递归特性消除(SVM-RFE)分析、普拉图定标(Plattscaling)、类神经网络及其他算法。在一些实施方式中，基因表达特性系利用t检验分析加以分析。在一些实施方式中，基因表达特性系利用成对样本经验贝氏(Baysian)分析加以分析。在一些实施方式中，使用统计分析的组合。在一些实施方式中，SVM模型被用于根据训练数据获得判定值。在一些实施方式中，判定值系藉由生物标记物组的标准化表达的加权总和加以计算。在一些实施方式中，阳性判定值显示肿瘤经预测为有反应者，而阴性判定值显示肿瘤经预测为无反应者。在一些实施方式中，有反应者及无反应者的分类机率系利用普拉图定标获得(Platt,1999,AdvancesinLargeMarginClassifiers,pp.61-74,MITPress)。普拉图定标可包含使用最大可能性适配逻辑分布至藉由例如SVM模型获得的判定值。在一些实施方式中，具有高于0.5的机率的肿瘤将被预测为有反应者，而具有低于0.5的机率的肿瘤将被预测为无反应者。
在本文所述的任何方法或用途的一些实施方式中，肿瘤的分类机率(关于有反应或无反应的状态)系根据判定值获得。在一些实施方式中，该等机率系藉由适配逻辑回归至判定值上获得。在一些实施方式中，具有高于0.5的机率的肿瘤系经预测为有反应者，而具有低于0.5的机率的肿瘤系经预测为无反应者。
在一些实施方式中，生物标记物标签系藉由一系列分析步骤获得。举例来说，来自训练组样本的表达数据系得自微阵列分析。数据系经前处理以取得具有特定基因的表达矩阵。移除具有近零变异的基因，也移除表达值低于预定量的基因。剩余基因利用SVM-RFE分析排序。留一交叉验证(LOOCV)方法被用于鉴别及选择最佳预测基因且也用于测量阳性预测值(PPV)、阴性预测值(NPV)、敏感性及特异性。
在一些实施方式中，在样本之间P值为0.01或更小的所有增加表达、减少表达或增加及减少表达两者的基因被包括于生物标记物标签中。在一些实施方式中，在样本之间P值为0.005或更小的所有增加表达、减少表达或增加及减少表达两者的基因被包括于生物标记物标签中。在一些实施方式中，在样本之间P值为0.001或更小的所有增加表达、减少表达或增加及减少表达两者的基因被包括于生物标记物标签中。在一些实施方式中，错误拒绝率(FDR)为0.25或更小的所有增加表达、减少表达或增加及减少表达两者的基因被包括于生物标记物标签中。在一些实施方式中，FDR为0.1或更小、0.01或更小或0.001或更小的所有增加表达、减少表达或增加及减少表达两者的基因被包括于生物标记物标签中。
在一些实施方式中，基因表达特性及/或生物标记物标签系根据统计模型加以改良、过滤及/或细分。在一些实施方式中，基因表达特性及/或生物标记物标签系根据存活分析模型加以改良、过滤及/或细分。这些模型可包括但不限于卡普兰-迈尔(Kaplan-Meier)存活模型、Cox比例模型、Cox比例风险模型、卡方分析、单变量逻辑式回归模型、多变量竞争风险模型、线性区别分析模型、参数回归模型及相关分析模型。
在一些实施方式中，基因表达特性及/或生物标记物标签系利用具有相关临床结果的基因表达阵列数据组加以改良、过滤、细分及/或测试。有数个数据库例如GeneExpressionOmnibus(GEO)及ArrayExpress包含公众可用的数据组。
在一些实施方式中，基因表达特性及/或生物标记物标签系利用生物功能参数及/或基因组加以改良。例如，在一些实施方式中，基因表达特性及/或生物标记物标签系利用基因组富集分析(GSEA)加以改良(Subramanianetal.,2005,PNAS,102:15545-15550)。在一些实施方式中，基因表达特性系根据它们预测临床结果的能力加以改良。
在本文所述的方法的一些实施方式中，该Wnt途径抑制剂系如本文所述的抗FZD抗体。在本文所述的方法的一些实施方式中，该Wnt途径抑制剂系与至少一种卷曲(FZD)蛋白或其的一部分特异性结合的抗体。在一些实施方式中，该抗FZD抗体与选自下列的至少一种FZD蛋白特异性结合：FZD1、FZD2、FZD5、FZD7及FZD8。在其他实施方式中，该抗FZD抗体包含：(a)包含GFTFSHYTLS(SEQIDNO:1)的重链CDR1、包含VISGDGSYTYYADSVKG(SEQIDNO:2)的重链CDR2、及包含NFIKYVFAN(SEQIDNO:3)的重链CDR3，及(b)包含SGDNIGSFYVH(SEQIDNO:4)的轻链CDR1、包含DKSNRPSG(SEQIDNO:5)的轻链CDR2、及包含QSYANTLSL(SEQIDNO:6)的轻链CDR3。在一些实施方式中，该抗FZD抗体包含重链可变区，该重链可变区含有SEQIDNO:7的氨基酸。在一些实施方式中，该抗FZD抗体包含轻链可变区，该轻链可变区含有SEQIDNO:8的氨基酸。在一些实施方式中，该抗FZD抗体包含重链可变区及轻链可变区，该重链可变区含有SEQIDNO:7的氨基酸，该轻链可变区含有SEQIDNO:8的氨基酸。在一些实施方式中，该抗FZD抗体系抗体OMP-18R5。在一些实施方式中，该抗FZD抗体系藉由具有美国菌种保存中心(ATCC)保藏编号PTA-9541的质粒编码。在其他实施方式中，该抗FZD抗体与保藏于ATCC编号为PTA-9541的质粒所编码的抗体竞争与至少一种人FZD蛋白的特异性结合。
在本文所述的方法的一些实施方式中，该肿瘤系选自乳房肿瘤、肺肿瘤、结肠肿瘤、神经胶质瘤、胃肠道肿瘤、肾肿瘤、卵巢肿瘤、肝脏肿瘤、结直肠肿瘤、子宫内膜肿瘤、肾脏肿瘤、前列腺肿瘤、甲状腺肿瘤、神经胚细胞瘤、胰脏肿瘤、多形性神经胶质母细胞瘤、子宫颈肿瘤、胃肿瘤、膀胱肿瘤、肝肿瘤、黑色素瘤以及头颈肿瘤。在一些实施方式中，该肿瘤系乳房肿瘤。在一些实施方式中，该肿瘤系HER2阴性乳房肿瘤。在一些实施方式中，该肿瘤系三阴性乳癌(TNBC)肿瘤。
在本文所述的方法的一些实施方式中，该癌症系选自乳癌、肺癌、结肠癌、神经胶质瘤、胃肠道癌、肾癌、卵巢癌、肝脏癌、结直肠癌、子宫内膜癌、肾脏癌、前列腺癌、甲状腺癌、神经胚细胞瘤、胰脏癌、多形性神经胶质母细胞瘤、子宫颈癌、胃癌、膀胱癌、肝肿瘤、黑色素瘤以及头颈癌。在一些实施方式中，该癌系乳癌。在一些实施方式中，该癌系HER2阴性乳癌。在一些实施方式中，该癌系三阴性乳癌(TNBC)。
在本文所述的方法的一些实施方式中，该方法包含以本文所述的Wnt途径抑制剂(例如抗FZD抗体)治疗病患，特别是在病患已被鉴别为对Wnt途径抑制剂的治疗有反应之后。在一些实施方式中，该治疗包含投予至少一种额外治疗剂与Wnt途径抑制剂的组合。额外的治疗剂可于投予该Wnt途径抑制剂之前、的同时及/或之后投予。在一些实施方式中，该至少一种额外治疗剂包含1、2、3或更多种额外的治疗剂。
有用类别的治疗剂包括例如抗微管蛋白剂、耳抑素、DNA次要凹槽结合剂、DNA复制抑制剂、烷化剂(例如铂复合物诸如顺铂(cisplatin)、单(铂)、二(铂)及三核铂复合物及卡铂(carboplatin))、蒽环类(anthracycline)、抗生素、抗叶酸剂、抗代谢物、化学疗法致敏剂、双联霉素(duocarmycin)、依扥泊苷(etoposide)、氟化嘧啶、离子载体、莱克西托素(lexitropsin)、亚硝基尿素、普拉汀诺(platinol)、嘌呤抗代谢物、嘌呤霉素(puromycin)、放射线致敏剂、类固醇、紫杉烷、拓扑异构酶抑制剂、长春花生物碱或该类似物。在某些实施方式中，第二治疗剂系烷化剂、抗代谢物、抗有丝分裂剂、拓扑异构酶抑制剂或血管生成抑制剂。
可与该Wnt途径抑制剂组合投予的治疗剂包括化学治疗剂。因此，在一些实施方式中，该方法或治疗牵涉投予本发明的Wnt途径抑制剂与化学治疗剂或多种不同化学治疗剂的鸡尾酒组合的组合。Wnt途径抑制剂(例如抗FZD抗体)的治疗可发生于投予化学治疗之前、的同时或之后。组合投予可包括于单一医药制剂中共投或利用分开的制剂共投，或以任何顺序连续投予但通常在一段期间内以使所有活性剂可同步展现彼等的生物活性。该等化学治疗剂的准备及投予计划可根据制造商的说明使用或由经验丰富的医生凭经验决定。该等化学治疗的准备及投予计划亦描述于TheChemotherapySourceBook,4thEdition,2008,M.C.Perry,Editor,Lippincott,Williams&Wilkins,Philadelphia,PA。
可用于本发明的化学治疗剂包括但不限于：烷化剂诸如噻替派(thiotepa)及环磷酰胺(cyclophosphamide)(CYTOXAN)；烷基磺酸盐诸如白消安(busulfan)、英丙舒凡(improsulfan)及哌泊舒凡(piposulfan)；氮丙啶诸如苯多巴(benzodopa)、卡波醌(carboquone)、甲基优瑞多巴(meturedopa)及优瑞多巴(uredopa)；伸乙亚胺(ethylenimines)及甲基三聚氰胺(methylmelamines)包括阿草特胺(altretamine)、三亚乙基三聚氰胺(triethylenemelamine)、三乙烯磷酰胺(trietylenephosphoramide)、三乙烯硫磷酰胺(triethylenethiophosphoramide)及三羟甲基三聚氰胺(trimethylolmelamime)；氮芥子气诸如氯芥苯丁酸(chlorambucil)、萘氮芥(chlornaphazine)、氯磷酰胺(cholophosphamide)、雌二醇氮芥(estramustine)、异环磷酸胺(ifosfamide)、双氯乙基甲胺(mechlorethamine)、盐酸氧氮芥(mechlorethamineoxidehydrochloride)、霉法兰(melphalan)、新氮芥(novembichin)、胆甾醇苯乙酸氮芥(phenesterine)、松龙苯芥(prednimustine)、氯乙环磷酰胺(trofosfamide)、尿嘧啶芥(uracilmustard)；亚硝基脲(nitrosourea)诸如卡氮芥(carmustine)、吡葡亚硝脲(chlorozotocin)、福莫司汀(fotemustine)、罗氮芥(lomustine)、尼氮芥(nimustine)、雷诺氮芥(ranimustine)；抗生素诸如阿克拉霉素(aclacinomycin)、放线菌素(actinomycin)、安曲霉素(anthramycin)、氮丝氨酸(azaserine)、博来霉素(bleomycin)、放线菌素C(cactinomycin)、卡利奇霉素(calicheamicin)、卡拉比辛(carabicin)、洋红霉素(carminomycin)、嗜癌素(carzinophilin)、色霉素(chromomycin)、达克霉素(dactinomycin)、正定霉素(daunorubicin)、地托比星(detorubicin)、6-重氮-5-羰基-L-正亮氨酸、多柔比星(doxorubicin)、表阿霉素(epirubicin)、依索比星(esorubicin)、伊达比星(idarubicin)、麻西罗霉素(marcellomycin)、丝裂霉素(mitomycins)、霉酚酸、诺加霉素(nogalamycin)、橄榄霉素(olivomycin)、培洛霉素(peplomycin)、波弗霉素(porfiromycin)、嘌呤霉素(puromycin)、三铁阿霉素(quelamycin)、罗多比星(rodorubicin)、链霉黑素(streptonigrin)、链脲佐菌素(streptozocin)、杀结核菌素(tubercidin)、鸟苯美司(ubenimex)、新制癌菌素(zinostatin)、佐柔比星(zorubicin)；抗代谢剂诸如甲胺喋呤(methotrexate)及5-氟尿嘧啶(5-FU)；叶酸类似物诸如二甲叶酸(denopterin)、甲胺喋呤、蝶罗呤(pteropterin)、三甲蝶呤(trimetrexate)；嘌呤类似物诸如氟达拉滨(fludarabine)、6-巯基嘌呤(6-mercaptopurine)、硫咪嘌呤(thiamiprine)、硫鸟嘌呤；嘧啶类似物诸如安西他滨(ancitabine)、阿扎胞苷(azacitidine)、6-硫唑脲嘧啶(6-azauridine)、卡莫氟(carmofur)、胞嘧啶阿拉伯糖苷、二脱氧尿苷、脱氧氟尿苷(doxifluridine)、依诺他滨(enocitabine)、氟尿苷(floxuridine)、5-FU；雄性素诸如卡鲁睪酮(calusterone)、丙酸屈他雄酮(dromostanolonepropionate)、硫雄甾醇(epitiostanol)、美雄烷(mepitiostane)、睪内酮(testolactone)；抗肾上腺剂诸如胺鲁米特(aminoglutethimide)、米托坦(mitotane)、曲洛司坦(trilostane)；叶酸补充剂诸如亚叶酸；醋葡醛内酯(aceglatone)；醛磷酰胺糖苷(aldophosphamideglycoside)；胺基酮戊酸(aminolevulinicacid)；安吖啶(amsacrine)；贝斯特氮芥(bestrabucil)；比生群(bisantrene)；依达曲沙(edatrexate)；地弗胺(defofamine)；秋水仙胺(demecolcine)；地吖醌(diaziquone)；艾弗米素(elformithine)；依利醋铵(elliptiniumacetate)；依托格鲁(etoglucid)；硝酸镓(galliumnitrate)；羟基脲；香菇糖(lentinan)；氯尼达明(lonidamine)；米托胍腙(mitoguazone)；米托蒽醌(mitoxantrone)；莫哌达醇(mopidamol)；二胺硝吖啶(nitracrine)；喷司他丁(pentostatin)；蛋胺氮芥(phenamet)；吡柔比星(pirarubicin)；鬼臼酸(podophyllinicacid)；2-乙基酰肼(2-ethylhydrazide)；丙卡巴肼(procarbazine)；PSK；雷佐生(razoxane)；西佐喃(sizofuran)；锗螺胺(spirogermanium)；细交链孢菌酮酸(tenuazonicacid)；三亚胺醌(triaziquone)；2,2’,2”-三氯三乙胺(2,2’,2”-trichlorotriethylamine)；乌拉坦(urethan)；长春地辛(vindesine)；达卡巴嗪(dacarbazine)；甘露莫司汀(mannomustine)；二溴甘露醇(mitobronitol)；二溴卫矛醇(mitolactol)；哌泊溴烷(pipobroman)；加塞拖素(gacytosine)；阿拉伯糖苷(Ara-C)；类紫杉醇(taxoids)例如太平洋紫杉醇(TAXOL)及多西紫杉醇(TAXOTERE)；苯丁酸氮芥(chlorambucil)；吉西他滨(gemcitabine)；6-硫鸟嘌呤；巯嘌呤(mercaptopurine)；铂类似物诸如顺铂(cisplatin)及卡铂(carboplatin)；长春碱(vinblastine)；铂(platinum)；依扥泊苷(etoposide)(VP-16)；异环磷酰胺(ifosfamide)；丝裂霉素C；米托蒽醌(mitoxantrone)；长春新碱(vincristine)；长春瑞滨(vinorelbine)；温诺平(navelbine)；米托蒽醌(novantrone)；替尼泊苷(teniposide)；道诺霉素(daunomycin)；胺喋呤(aminopterin)；伊班膦酸盐(ibandronate)；CPT11；拓扑异构酶抑制剂RFS2000；二氟甲基鸟氨酸(DMFO)；视黄酸；埃斯培拉霉素(esperamicin)；卡培他滨(capecitabine)(XELODA)及上述任一剂的医药上可接受的盐、酸或衍生物。化学治疗剂亦包括用来调节或抑制荷尔蒙对肿瘤的作用的抗荷尔蒙剂，诸如抗雌激素剂包括例如它莫西芬(tamoxifen)、雷洛昔芬(raloxifene)、芳香酶抑制剂4(5)-咪唑、4-羟基它莫西芬、曲沃昔芬(trioxifene)、雷洛昔芬(keoxifene)、LY117018、奥那司酮(onapristone)及托瑞米芬(toremifene)(FARESTON)；及抗雄性素剂诸如氟他胺(flutamide)、尼鲁米特(nilutamide)、比卡鲁胺(bicalutamide)、柳普林(leuprolide)及戈舍瑞林(goserelin)；及上述任一剂的医药上可接受的盐、酸或衍生物。在某些实施方式中，该额外治疗剂系太平洋紫杉醇(紫杉醇(taxol))。
在某些实施方式中，该化学治疗剂系拓扑异构酶抑制剂。拓扑异构酶抑制剂系干扰拓扑异构酶(例如拓扑异构酶I或II)的活性的化学治疗剂。拓扑异构酶抑制剂包括但不限于盐酸多柔比星(doxorubicinHCl)、柠檬酸正定霉素(daunorubicincitrate)、盐酸米托蒽醌(mitoxantroneHCl)、放线菌素D、依扥泊苷(etoposide)、盐酸拓扑替康(topotecanHCl)、替尼泊苷(teniposide)(VM-26)及伊立替康(irinotecan)，以及这些任一剂的医药上可接受的盐、酸或衍生物。
在某些实施方式中，该化学治疗剂系抗代谢剂。抗代谢剂系一化学物质，其结构类似正常生化反应所需的代谢物，但仍有足够的不同处以干扰一或多种细胞正常功能，诸如细胞分裂。抗代谢剂包括但不限于吉西他滨(gemcitabine)、氟尿嘧啶(fluorouracil)、卡培他滨(capecitabine)、甲胺喋呤钠、雷替曲塞(ralitrexed)、培美曲塞(pemetrexed)、替加氟(tegafur)、胞嘧啶阿拉伯糖苷(cytosinearabinoside)、硫鸟嘌呤、5-氮杂胞苷、6-巯基嘌呤、硫唑嘌呤、6-硫鸟嘌呤、喷司他丁(pentostatin)、磷酸氟达拉滨(fludarabinephosphate)及克拉屈滨(cladribine)，以及这些任一剂的医药上可接受的盐、酸或衍生物。
在某些实施方式中，该化学治疗剂系抗有丝分裂剂，包括但不限于与微管蛋白结合的剂。在一些实施方式中，该剂系紫杉烷。在某些实施方式中，该剂系太平洋紫杉醇(paclitaxel)或多西紫杉醇(docetaxel)，或太平洋紫杉醇或多西紫杉醇的医药上可接受的盐、酸或衍生物。在某些实施方式中，该剂系太平洋紫杉醇(TAXOL)、多西紫杉醇(TAXOTERE)、白蛋白结合型太平洋紫杉醇(nab-paclitaxel；ABRAXANE)、DHA-太平洋紫杉醇或PG-太平洋紫杉醇。在某些替代性实施方式中，该抗有丝分裂剂包含长春花生物碱，诸如长春新碱(vincristine)、长春碱(vinblastine)、长春瑞滨(vinorelbine)或长春地辛(vindesine)或彼等的医药上可接受的盐、酸或衍生物。在一些实施方式中，该抗有丝分裂剂系驱动蛋白(kinesin)Eg5的抑制剂或有丝分裂激酶诸如AuroraA或Plk1的抑制剂。在某些实施方式中，当该与Wnt途径抑制剂组合投予的化学治疗剂系抗有丝分裂剂时，该经治疗的癌或肿瘤系乳癌或乳房肿瘤。在某些实施方式中，该额外治疗剂系太平洋紫杉醇(taxol)或与白蛋白结合的太平洋紫杉醇。
在一些实施方式中，额外治疗剂包含诸如小分子的剂。举例来说，治疗可涉及组合投予本发明的Wnt途径抑制剂与作为其他肿瘤相关抗原的抑制剂的小分子，其他肿瘤相关性蛋白质包括但不限于EGFR、ErbB2、HER2及/或VEGF。在某些实施方式中，该额外治疗剂系抑制癌干细胞途径的小分子。在一些实施方式中，该额外治疗剂系缺口途径的抑制剂。在一些实施方式中，该额外治疗剂系Wnt途径的抑制剂。在一些实施方式中，该额外治疗剂系BMP途径的抑制剂。
本发明的某些实施方式包含一种鉴别可能对抗体的治疗有反应或无反应的人乳房肿瘤的方法，该抗体与至少一种选自FZD1、FZD2、FZD5、FZD7及FZD8的人卷曲蛋白(FZD)特异性结合，其中该方法包含(a)获得该人乳房肿瘤的样本；(b)测量该样本中的生物标记物标签的各生物标记物的表达量，其中该生物标记物标签包含生物标记物FBXW2、CCND2、RHOU、CTBP2、WIF1及DKK1中的一或多种；以及(c)根据该生物标记物标签中的生物标记物的标准化表达，计算判定值；其中阳性判定值显示该乳房肿瘤系经预测为对该抗体的治疗有反应，且阴性判定值显示该肿瘤系经预测为对该抗体的治疗无反应。某些实施方式包含一种鉴别可能对抗体治疗有反应的乳癌病患的方法，该抗体与至少一种选自FZD1、FZD2、FZD5、FZD7及FZD8的人卷曲蛋白(FZD)特异性结合，该方法包含：(a)获得该乳癌的样本；(b)测量该样本中的生物标记物标签的各生物标记物的表达量，其中该生物标记物标签包含生物标记物FBXW2、CCND2、RHOU、CTBP2、WIF1及DKK1中的一或多种；以及(c)根据该生物标记物标签中的该等生物标记物的标准化表达，计算判定值；其中阳性判定值显示该乳癌系经预测为对该抗体的治疗有反应。某些实施方式包含一种选择乳癌病患以接受抗体治疗的方法，该抗体与至少一种选自FZD1、FZD2、FZD5、FZD7及FZD8的人卷曲蛋白(FZD)特异性结合，该方法包含：(a)获得该乳癌的样本；(b)测量该样本中的生物标记物标签的各生物标记物的表达量，其中该生物标记物标签包含生物标记物FBXW2、CCND2、RHOU、CTBP2、WIF1及DKK1中的一或多种；(c)根据该生物标记物标签中的该等生物标记物的标准化表达，计算判定值，其中阳性判定值显示该乳癌系经预测为对该抗体的治疗有反应，以及；当病患的肿瘤样本具有阳性判定值时，选择该病患以接受治疗。
本发明的某些实施方式包含一种治疗病患的乳癌的方法，其包含：(a)鉴别可能对抗体治疗有反应的病患，该抗体与至少一种选自FZD1、FZD2、FZD5、FZD7及FZD8的人卷曲蛋白(FZD)特异性结合，其中该鉴别包含：(i)获得该病患的乳癌样本；(ii)测量该样本中的生物标记物标签的各生物标记物的表达量，其中该生物标记物标签包含生物标记物FBXW2、CCND2、RHOU、CTBP2、WIF1及DKK1中的一或多种；以及(iii)根据该标签中的生物标记物的标准化表达，计算判定值；其中阳性判定值显示该病患系经预测为对治疗有反应；以及(b)对该经预测为对治疗有反应的病患投予有效量的抗体。
本发明的某些实施方式包含一种鉴别可能对抗FZD抗体OMP-18R5与太平洋紫杉醇的组合治疗有反应或无反应的人乳房肿瘤的方法，该方法包含(a)获得该人乳房肿瘤的样本；(b)测量该样本中的生物标记物标签的各生物标记物的表达量，其中该生物标记物标签包含生物标记物FBXW2、CCND2、RHOU、CTBP2、WIF1及DKK1；以及(c)根据该生物标记物标签中的生物标记物的标准化表达，计算判定值；其中阳性判定值显示该乳房肿瘤系经预测为对该治疗有反应，且阴性判定值显示该肿瘤系经预测为对该治疗无反应。某些实施方式包含一种鉴别可能对抗FZD抗体OMP-18R5与太平洋紫杉醇的组合治疗有反应的乳癌病患的方法，该方包含：(a)获得该乳癌的样本；(b)测量该样本中的生物标记物标签的各生物标记物的表达量，其中该生物标记物标签包含生物标记物FBXW2、CCND2、RHOU、CTBP2、WIF1及DKK1；以及(c)根据该生物标记物标签中的该等生物标记物的标准化表达，计算判定值；其中阳性判定值显示该乳癌系经预测为对该治疗有反应。某些实施方式包含一种选择乳癌病患以接受抗FZD抗体OMP-18R5与太平洋紫杉醇的组合治疗的方法，该方包含：(a)获得该乳癌的样本；(b)测量该样本中的生物标记物标签的各生物标记物的表达量，其中该生物标记物标签包含生物标记物FBXW2、CCND2、RHOU、CTBP2、WIF1及DKK1；(c)根据该生物标记物标签中的该等生物标记物的标准化表达，计算判定值，其中阳性判定值显示该乳癌系经预测为对该治疗有反应，以及；当病患的肿瘤样本具有阳性判定值时，选择该病患以接受治疗。
本发明的某些实施方式包含一种治疗病患的乳癌的方法，其包含：(a)鉴别该病患是否可能对抗FZD抗体OMP-18R5与太平洋紫杉醇的组合治疗有反应，其中该鉴别包含：(i)获得该病患的乳癌样本；(ii)测量该样本中的生物标记物标签的各生物标记物的表达量，其中该生物标记物标签包含生物标记物FBXW2、CCND2、RHOU、CTBP2、WIF1及DKK1；以及(iii)根据该标签中的生物标记物的标准化表达，计算判定值；其中阳性判定值显示该病患系经预测为对治疗有反应；以及(b)对该经预测为对治疗有反应的病患投予有效量的抗体与太平洋紫杉醇。
III.Wnt途径抑制剂
本发明提供用于鉴别可能对Wnt途径抑制剂的治疗有反应或敏感的肿瘤及/或癌症病患的方法。如本文中所使用，“Wnt途径抑制剂”包括但不限于卷曲(FZD)结合剂及Wnt结合剂。FZD结合剂可包括与FZD蛋白特异性结合的抗体。Wnt结合剂可包括与Wnt蛋白特异性结合的抗体以及与Wnt蛋白结合的可溶性FZD受体。
在某些实施方式中，该Wnt途径抑制剂系与一或多种人FZD蛋白结合的剂。在一些实施方式中，该FZD结合剂与一、二、三、四、五、六、七、八、九、或十种FZD蛋白特异性结合。在一些实施方式中，该FZD结合剂与一或多种选自下列的FZD蛋白结合：FZD1、FZD2、FZD3、FZD4、FZD5、FZD6、FZD7、FZD8、FZD9、及FZD10。在一些实施方式中，FZD结合剂与一或多种FZD蛋白结合，该一或多种FZD蛋白包含FZD1、FZD2、FZD5、FZD7、及/或FZD8。在某些实施方式中，FZD结合剂与FZD7结合。在某些实施方式中，FZD结合剂与FZD5及/或FZD8结合。在某些实施方式中，该FZD结合剂与FZD1、FZD2、FZD5、FZD7、及FZD8特异性结合。FZD结合剂的非限制性实例可见于美国专利第7,982,013号。
在某些实施方式中，该FZD结合剂系FZD拮抗剂。在某些实施方式中，该FZD结合剂系Wnt途径拮抗剂。在某些实施方式中，该FZD结合剂抑制Wnt信号传导。在一些实施方式中，该FZD结合剂抑制典型Wnt信号传导。
在一些实施方式中，该FZD结合剂系抗体。在一些实施方式中，该FZD结合剂系多肽。在某些实施方式中，该FZD结合剂系包含抗原结合部位的抗体或多肽。在某些实施方式中，本文所述的FZD结合抗体或多肽的抗原结合部位能与一、二、三、四、五、或更多种人FZD蛋白结合。在某些实施方式中，该FZD结合抗体或多肽的抗原结合部位能与选自FZD1、FZD2、FZD3、FZD4、FZD5、FZD6、FZD7、FZD8、FZD9及FZD10的一、二、三、四、或五种人FZD蛋白特异性结合。在一些实施方式中，当该FZD结合剂系与超过一种FZD蛋白结合的抗体时，其可能被称为“泛FZD抗体”。
在某些实施方式中，该FZD结合剂(例如抗体)与其所结合的一或多种人FZD蛋白的胞外域(ECD)特异性结合。在某些实施方式中，该FZD结合剂在其所结合的人FZD蛋白的Fri结构域(亦称为多半胱氨酸区(CRD))内特异性结合。各种人FZD蛋白的Fri结构域的序列系该领域已知，且提供于此处为SEQIDNO:13(FZD1)、SEQIDNO:14(FZD2)、SEQIDNO:15(FZD3)、SEQIDNO:16(FZD4)、SEQIDNO:17(FZD5)、SEQIDNO:18(FZD6)、SEQIDNO:19(FZD7)、SEQIDNO:20(FZD)、SEQIDNO:21(FZD9)、及SEQIDNO:22(FZD10)。
在某些实施方式中，该FZD结合剂与一、二、三、四、五、或多种FZD蛋白结合。在一些实施方式中，该FZD结合剂与选自FZD1、FZD2、FZD5、FZD7、及FZD8中的一、二、三、四、或五种FZD蛋白特异性结合。在一些实施方式中，该FZD结合剂与至少FZD5及FZD8特异性结合。
在一些实施方式中，该FZD结合剂以大约1μM或更低、大约100nM或更低、大约40nM或更低、大约20nM或更低、大约10nM或更低、大约1nM或更低、或大约0.1nM或更低的解离常数(KD)与至少一种人FZD蛋白结合。在一些实施方式中，FZD结合剂以大约10nM或更低的KD与至少一种FZD蛋白结合。在一些实施方式中，FZD结合剂以大约1nM或更低的KD与至少一种FZD蛋白结合。在一些实施方式中，FZD结合剂以大约0.1nM或更低的KD与至少一种FZD蛋白结合。在某些实施方式中，FZD结合剂以约40nM或更低的KD与一或多种(例如1、2、3、4、或5种)FZD1、FZD2、FZD5、FZD7、及FZD8的各者结合。在某些实施方式中，该FZD结合剂以约10nM或更低的KD与一或多种FZD1、FZD2、FZD5、FZD7、及FZD8的各者结合。在某些实施方式中，该FZD结合剂以约10nM的KD与FZD1、FZD2、FZD5、FZD7、及FZD8的各者结合。在一些实施方式中，该结合剂(例如抗体)与FZD蛋白的KD系利用固定于Biacore芯片上的FZD-Fc融合蛋白测得的KD，该FZD-Fc融合蛋白包含至少部分的FZD胞外域或FZD-Fri结构域。
在某些实施方式中，该FZD结合剂以约1μM或更低、约100nM或更低、约40nM或更低、约20nM或更低、约10nM或更低、或约1nM或更低的EC50与一或多种(例如二或多种、三或多种、或四或多种)人FZD蛋白结合。在某些实施方式中，FZD结合剂以约40nM或更低、约20nM或更低、或约10nM或更低的EC50与超过一种FZD蛋白结合。在某些实施方式中，该FZD结合剂对下列一或多种(例如1、2、3、4、或5种)FZD蛋白具有约20nM或更低的EC50：FZD1、FZD2、FZD5、FZD7及FZD8。在某些实施方式中，该FZD结合剂对下列一或多种(例如1、2、3、4、或5种)FZD蛋白具有约10nM或更低的EC50：FZD1、FZD2、FZD5、FZD7及FZD8。在某些实施方式中，该FZD结合剂在与FZD5及/或FZD8结合方面具有约40nM或更低或20nM或更低的EC50。
在某些实施方式中，该Wnt途径抑制剂系FZD结合剂，且该FZD结合剂系抗体。在一些实施方式中，该抗体系重组抗体。在一些实施方式中，该抗体系单克隆抗体。在一些实施方式中，该抗体系嵌合抗体。在一些实施方式中，该抗体系人化抗体。在一些实施方式中，该抗体系人抗体。在某些实施方式中，该抗体系IgG1抗体。在某些实施方式中，该抗体系IgG2抗体。在某些实施方式中，该抗体系包含抗原结合部位的抗体片段。在一些实施方式中，该抗体系单价、单特异性、或双价。在一些实施方式中，该抗体系双特异性抗体或多特异性抗体。在一些实施方式中，该抗体系与细胞毒性部分缀合。在一些实施方式中，该抗体系经分离。在一些实施方式中，该抗体系实质上纯的。
本发明的FZD结合剂(例如抗体)的特异性结合可使用该领域已知的任何方法检测。可使用的免疫检测包括但不限于竞争性及非竞争性检测系统，该等系统利用诸如Biacore分析、FACS分析、免疫荧光、免疫细胞化学、西方墨点分析、放射性免疫测定、ELISA、“三明治式”免疫测定、免疫沉淀分析、沉淀反应、胶体扩散沉淀反应、免疫扩散分析、凝集测定、补体固定测定、免疫放射分析、荧光免疫分析及蛋白质A免疫分析的技术。该等检测系例行性检测且为该领域中广为周知(见例如Ausubeletal.,Editors,1994-present,CurrentProtocolsinMolecularBiology,JohnWiley&Sons,Inc.,NewYork,NY)。
在某些实施方式中，本发明提供Wnt途径抑制剂，其系包含重链CDR1、重链CDR2、及重链CDR3的FZD结合剂(例如抗体)，该重链CDR1包含GFTFSHYTLS(SEQIDNO:1)，该重链CDR2包含VISGDGSYTYYADSVKG(SEQIDNO:2)，且该重链CDR3包含NFIKYVFAN(SEQIDNO:3)。在一些实施方式中，该FZD结合剂另包含轻链CDR1、轻链CDR2、及轻链CDR3，该轻链CDR1包含SGDNIGSFYVH(SEQIDNO:4)，该轻链CDR2包含DKSNRPSG(SEQIDNO:5)，且该轻链CDR3包含QSYANTLSL(SEQIDNO:6)。在一些实施方式中，该FZD结合剂包含：包含SGDNIGSFYVH(SEQIDNO:4)的轻链CDR1、包含DKSNRPSG(SEQIDNO:5)的轻链CDR2、及包含QSYANTLSL(SEQIDNO:6)的轻链CDR3。在某些实施方式中，该FZD结合剂包含：(a)包含GFTFSHYTLS(SEQIDNO:1)的重链CDR1、包含VISGDGSYTYYADSVKG(SEQIDNO:2)的重链CDR2、及包含NFIKYVFAN(SEQIDNO:3)的重链CDR3，及(b)包含SGDNIGSFYVH(SEQIDNO:4)的轻链CDR1、包含DKSNRPSG(SEQIDNO:5)的轻链CDR2、及包含QSYANTLSL(SEQIDNO:6)的轻链CDR3。
在某些实施方式中，本发明提供包含下列的FZD结合剂(例如抗体)：(a)包含GFTFSHYTLS(SEQIDNO:1)的重链CDR1，或其的包含1、2、3、或4个氨基酸取代的变异体；(b)包含VISGDGSYTYYADSVKG(SEQIDNO:2)的重链CDR2，或其的包含1、2、3、或4个氨基酸取代的变异体；(c)包含NFIKYVFAN(SEQIDNO:3)的重链CDR3，或其的包含1、2、3、或4个氨基酸取代的变异体；(d)包含SGDNIGSFYVH(SEQIDNO:4)的轻链CDR1，或其的包含1、2、3、或4个氨基酸取代的变异体；(e)包含DKSNRPSG(SEQIDNO:5)的轻链CDR2，或其的包含1、2、3、或4个氨基酸取代的变异体；及(f)包含QSYANTLSL(SEQIDNO:6)的轻链CDR3，或其的包含1、2、3、或4个氨基酸取代的变异体。在某些实施方式中，该氨基酸取代系保守性取代。
在某些实施方式中，本发明提供包含重链可变区及/或轻链可变区的FZD结合剂(例如抗体)，该重链可变区与SEQIDNO:7具有至少约80％序列一致性，该轻链可变区与SEQIDNO:8具有至少80％序列一致性。在某些实施方式中，该FZD结合剂包含与SEQIDNO:7具有至少约85％、至少约90％、至少约95％、至少约97％、或至少约99％序列一致性的重链可变区。在某些实施方式中，该FZD结合剂包含与SEQIDNO:8具有至少约85％、至少约90％、至少约95％、至少约97％、或至少约99％序列一致性的轻链可变区。在某些实施方式中，该FZD结合剂包含与SEQIDNO:7具有至少约95％序列一致性的重链可变区，及/或与SEQIDNO:8具有至少约95％序列一致性的轻链可变区。在某些实施方式中，该FZD结合剂包含：包含SEQIDNO:7的重链可变区，及/或包含SEQIDNO:8的轻链可变区。在某些实施方式中，该FZD结合剂包含：包含SEQIDNO:7的重链可变区及包含SEQIDNO:8的轻链可变区。在某些实施方式中，该FZD结合剂包含：实质上由SEQIDNO:7组成的重链可变区及实质上由SEQIDNO:8组成的轻链可变区。
在某些实施方式中，本发明提供包含下列的FZD结合剂(例如抗体)：(a)与SEQIDNO:9(有或无信号序列)或SEQIDNO:11具有至少90％序列一致性的重链；及/或(b)与SEQIDNO:10(有或无信号序列)或SEQIDNO:12具有至少90％序列一致性的轻链。在一些实施方式中，该FZD结合剂包含：(a)与SEQIDNO:9(有或无信号序列)或SEQIDNO:11具有至少95％序列一致性的重链；及/或(b)与SEQIDNO:10(有或无信号序列)或SEQIDNO:12具有至少95％序列一致性的轻链。在一些实施方式中，该FZD结合剂包含：包含SEQIDNO:9(有或无信号序列)或SEQIDNO:11的重链，及/或包含SEQIDNO:10(有或无信号序列)或SEQIDNO:12的轻链。在一些实施方式中，该FZD结合剂包含：包含SEQIDNO:11的重链及包含SEQIDNO:12的轻链。在一些实施方式中，该FZD结合剂包含：实质上由SEQIDNO:9的氨基酸20至463所组成的重链及实质上由SEQIDNO:10的氨基酸20至232所组成的轻链。在一些实施方式中，该FZD结合剂包含：实质上由SEQIDNO:11组成的重链及实质上由SEQIDNO:12组成的轻链。
在某些实施方式中，本发明提供Wnt途径抑制剂，其系与FZD1、FZD2、FZD5、FZD7及/或FZD8中的至少一者特异性结合的FZD结合剂(例如抗体)，其中该FZD结合剂(例如抗体)包含抗体OMP-18R5的一、二、三、四、五、及/或六个CDR。抗体OMP-18R5(亦称为18R5及凡地吐单抗(vantictumab))，以及其他FZD结合剂，已于美国专利第7,982,013号中先行描述。编码该OMP-18R5IgG2抗体的重链及轻链的DNA，依照布达佩斯条约的规定，于2008年9月29日以ATCC编号PTA-9541保藏于美国菌种保存中心。在一些实施方式中，该FZD结合剂包含OMP-18R5的1或多个CDR、OMP-18R5的2或多个CDR、OMP-18R5的3或多个CDR、OMP-18R5的4或多个CDR、OMP-18R5的5或多个CDR、或OMP-18R5的所有6个CDR。
本发明提供其系Wnt途径抑制剂的多肽。该等多肽包括但不限于与人FZD蛋白特异性结合的抗体。在一些实施方式中，多肽与一或多种选自下列的FZD蛋白结合：FZD1、FZD2、FZD3、FZD4、FZD5、FZD6、FZD7、FZD8、FZD9、及FZD10。在一些实施方式中，多肽与FZD1、FZD2、FZD5、FZD7、及/或FZD8结合。在一些实施方式中，多肽与FZD1、FZD2、FZD5、FZD7、及FZD8结合。
在某些实施方式中，多肽包含抗体OMP-18R5的一、二、三、四、五、及/或六个CDR。在一些实施方式中，多肽包含其中每个CDR有最多有四个(即0、1、2、3、或4个)氨基酸取代的CDR。在某些实施方式中，该重链CDR被包含于重链可变区之内。在某些实施方式中，该轻链CDR被包含于轻链可变区之内。
在一些实施方式中，本发明提供与一或多种人FZD蛋白特异性结合的多肽，其中该多肽包含与SEQIDNO:7具有至少约80％序列一致性的氨基酸序列，及/或与SEQIDNO:8具有至少约80％序列一致性的氨基酸序列。在某些实施方式中，该多肽包含与SEQIDNO:7具有至少约85％、至少约90％、至少约95％、至少约97％、或至少约99％序列一致性的氨基酸序列。在某些实施方式中，该多肽包含与SEQIDNO:8具有至少约85％、至少约90％、至少约95％、至少约97％、或至少约99％序列一致性的氨基酸序列。在某些实施方式中，该多肽包含与SEQIDNO:7具有至少约95％序列一致性的氨基酸序列，及/或与SEQIDNO:8具有至少约95％序列一致性的氨基酸序列。在某些实施方式中，该多肽包含：包含SEQIDNO:7的氨基酸序列，及/或包含SEQIDNO:8的氨基酸序列。
在一些实施方式中，FZD结合剂包含多肽，该多肽包含选自下列的序列：SEQIDNO:7、SEQIDNO:8、SEQIDNO:9、SEQIDNO:10、SEQIDNO:11、及SEQIDNO:12。
在某些实施方式中，FZD结合剂包含OMP-18R5抗体的重链可变区及轻链可变区。在某些实施方式中，FZD结合剂包含(有或无前导序列的)OMP-18R5抗体的重链及轻链。
在某些实施方式中，FZD结合剂包含抗体OMP-18R5、实质上由抗体OMP-18R5组成、或由抗体OMP-18R5组成。
在某些实施方式中，FZD结合剂(例如抗体)与包含下列的抗体竞争与一或多种人FZD蛋白的特异性结合：包含SEQIDNO:7的重链可变区及包含SEQIDNO:8的轻链可变区。在某些实施方式中，FZD结合剂(例如抗体)与包含下列的抗体竞争与一或多种人FZD蛋白的特异性结合：包含SEQIDNO:9(有或无信号序列)的重链及包含SEQIDNO:10(有或无信号序列)的轻链。在某些实施方式中，FZD结合剂(例如抗体)与包含下列的抗体竞争与一或多种人FZD蛋白的特异性结合：包含SEQIDNO:11的重链及包含SEQIDNO:12的轻链。在某些实施方式中，FZD结合剂与抗体OMP-18R5竞争与一或多种人FZD蛋白的特异性结合。在一些实施方式中，FZD结合剂或抗体于试管内竞争性结合测定中竞争与一或多种人FZD蛋白的特异性结合。
在某些实施方式中，FZD结合剂(例如抗体)与一或多种人FZD蛋白上由本发明的抗体所结合的相同表位或实质上相同的表位结合。在另一实施方式中，FZD结合剂系与一或多种人FZD蛋白上的表位结合的抗体，该表位与由本发明的抗体所结合的FZD蛋白上的表位重叠。在某些实施方式中，FZD结合剂(例如抗体)与一或多种FZD蛋白上由抗体OMP-18R5所结合的相同表位或实质上相同的表位结合。在另一实施方式中，该FZD结合剂系与一或多种人FZD蛋白上的表位结合的抗体，该表位与由抗体OMP-18R5所结合的FZD蛋白上的表位重叠。
在某些实施方式中，该Wnt途径抑制剂系与一或多种人Wnt蛋白结合的剂。在某些实施方式中，该等剂与一、二、三、四、五、六、七、八、九、十、或更多种Wnt蛋白特异性结合。在一些实施方式中，该Wnt结合剂与一或多种选自下列的人Wnt蛋白结合：Wnt1、Wnt2、Wnt2b、Wnt3、Wnt3a、Wnt4、Wnt5a、Wnt5b、Wnt6、Wnt7a、Wnt7b、Wnt8a、Wnt8b、Wnt9a、Wnt9b、Wnt10a、Wnt10b、Wnt11、及Wnt16。在某些实施方式中，Wnt结合剂与一或多种(或二或更多种、三或更多种、四或更多种、五或更多种、等)选自下列的Wnt蛋白结合：Wnt1、Wnt2、Wnt2b、Wnt3、Wnt3a、Wnt7a、Wnt7b、Wnt8a、Wnt8b、Wnt10a、及Wnt10b。在某些实施方式中，该一或多种(或二或更多种、三或更多种、四或更多种、五或更多种、等)Wnt蛋白系选自下列：Wnt1、Wnt2、Wnt2b、Wnt3、Wnt3a、Wnt8a、Wnt8b、Wnt10a、及Wnt10b。
在某些实施方式中，该Wnt结合剂系Wnt拮抗剂。在某些实施方式中，该Wnt结合剂系Wnt途径拮抗剂。在某些实施方式中，该Wnt结合剂抑制Wnt信号传导。在一些实施方式中，该Wnt结合剂抑制典型Wnt信号传导。
在一些实施方式中，该Wnt结合剂系抗体。在一些实施方式中，该Wnt结合剂系多肽。在某些实施方式中，该Wnt结合剂系包含抗原结合部位的抗体或多肽。在某些实施方式中，本文所述的Wnt结合抗体或多肽的抗原结合部位能与一、二、三、四、五、或更多种人Wnt蛋白结合。在某些实施方式中，该Wnt结合抗体或多肽的抗原结合部位能与选自Wnt1、Wnt2、Wnt2b、Wnt3、Wnt3a、Wnt7a、Wnt7b、Wnt8a、Wnt8b、Wnt10a及Wnt10b的一、二、三、四或五种人Wnt蛋白特异性结合。Wnt结合剂的非限制性实例可见于国际专利公开案WO2011/088127。
在某些实施方式中，Wnt结合剂与一或多种人Wnt蛋白的C端多半胱氨酸区结合。在某些实施方式中，该Wnt结合剂系与选自下列的一或多种Wnt蛋白内的结构域结合：SEQIDNO:46(Wnt1)、SEQIDNO:47(Wnt2)、SEQIDNO:48(Wnt2b)、SEQIDNO:49(Wnt3)、SEQIDNO:50(Wnt3a)、SEQIDNO:51(Wnt7a)、SEQIDNO:52(Wnt7b)、SEQIDNO:53(Wnt8a)、SEQIDNO:54(Wnt8b)、SEQIDNO:55(Wnt10a)、及SEQIDNO:56(Wnt10b)。
在某些实施方式中，该Wnt结合剂以约1μM或更低、约100nM或更低、约40nM或更低、约20nM或更低、或约10nM或更低的KD与一或多种(例如二或多种、三或多种、或四或多种)Wnt蛋白结合。举例来说，在某些实施方式中，本文所述的与超过一种Wnt蛋白结合的Wnt结合剂，以约100nM或更低、约20nM或更低、或约10nM或更低的KD与该些Wnt蛋白结合。在某些实施方式中，该Wnt结合剂以约40nM或更低的KD与一或多种(例如1、2、3、4、或5种)Wnt蛋白中的各者结合，其中该等Wnt蛋白系选自下列：Wnt1、Wnt2、Wnt2b、Wnt3、Wnt3a、Wnt7a、Wnt7b、Wnt8a、Wnt8b、Wnt10a及Wnt10b。在一些实施方式中，该结合剂(例如抗体)与Wnt蛋白的KD系利用固定于Biacore芯片上的包含至少部分的WntC端多半胱氨酸区的Wnt融合蛋白测得的KD。
在某些实施方式中，该Wnt结合剂以约1μM或更低、约100nM或更低、约40nM或更低、约20nM或更低、约10nM或更低、或约1nM或更低的EC50与一或多种(例如二或多种、三或多种、或四或多种)人Wnt蛋白结合。在某些实施方式中，Wnt结合剂以约40nM或更低、约20nM或更低、或约10nM或更低的EC50与超过一种Wnt结合。在某些实施方式中，该Wnt结合剂相对于一或多种(例如1、2、3、4、或5种)Wnt蛋白Wnt1、Wnt2、Wnt2b、Wnt3、Wnt3a、Wnt4、Wnt5a、Wnt5b、Wnt6、Wnt7a、Wnt7b、Wnt8a、Wnt8b、Wnt9a、Wnt9b、Wnt10a、Wnt10b、Wnt11、及/或Wnt16具有约20nM或更低的EC50。在某些实施方式中，该Wnt结合剂相对于一或多种(例如1、2、3、4、或5种)下列Wnt蛋白具有约10nM或更低的EC50：Wnt1、Wnt2、Wnt2b、Wnt3、Wnt3a、Wnt8a、Wnt8b、Wnt10a、及/或Wnt10b。
在某些实施方式中，该Wnt途径抑制剂系Wnt结合剂，且该Wnt结合剂系抗体。在一些实施方式中，该抗体系重组抗体。在一些实施方式中，该抗体系单克隆抗体。在一些实施方式中，该抗体系嵌合抗体。在一些实施方式中，该抗体系人化抗体。在一些实施方式中，该抗体系人抗体。在某些实施方式中，该抗体系IgG1抗体。在某些实施方式中，该抗体系IgG2抗体。在某些实施方式中，该抗体系包含抗原结合部位的抗体片段。在一些实施方式中，该抗体系单价、单特异性、或双价。在一些实施方式中，该抗体系双特异性抗体或多特异性抗体。在一些实施方式中，该抗体系与细胞毒性部分缀合。在一些实施方式中，该抗体系经分离。在一些实施方式中，该抗体系实质上纯的。
本发明的Wnt结合剂(例如抗体)的特异性结合可使用如本文所述的用于FZD结合剂的该领域已知的任何方法检测。
在某些实施方式中，该Wnt结合剂系可溶性受体。在某些实施方式中，该Wnt结合剂包含FZD受体蛋白的胞外结构域。在一些实施方式中，该Wnt结合剂包含FZD蛋白的Fri结构域。在一些实施方式中，包含FZDFri结构域的可溶性受体相较于包含该完整FZDECD的可溶性受体可显示改变的生物活性(例如增加蛋白半衰期)。蛋白半衰期可进一步藉由聚乙二醇(PEG)或聚氧乙烯(PEO)的共价修饰加以修饰(例如延长)。在某些实施方式中，该FZD蛋白系人FZD蛋白。在某些实施方式中，该人FZD蛋白系FZD1、FZD2、FZD3、FZD4、FZD5、FZD6、FZD7、FZD8、FZD9或FZD10。可溶性FZD受体的非限制性实例可见于美国专利第7,723,477及7,947,277号及美国专利公开号2013/0034551中。
人FZD1至10蛋白中各者的预测Fri结构域系提供为SEQIDNO:13至22。人FZD1至10蛋白中各者的预测最小Fri结构域系提供为SEQIDNO:23至32。本领域技术人员对于对应各种Fri结构域的确切氨基酸的了解可能互异。因此，上述及本文所述的结构域的N端及/或C端可延长或缩短1、2、3、4、5、6、7、8、9、或甚至10个氨基酸。
在某些实施方式中，该Wnt结合剂包含与一或多种人Wnt蛋白结合的人FZD蛋白的Fri结构域，或该Fri结构域的片段或变异体。在某些实施方式中，该人FZD蛋白系FZD1、FZD2、FZD3、FZD4、FZD5、FZD6、FZD7、FZD8、FZD9、或FZD10。在某些实施方式中，该人FZD蛋白系FZD4。在某些实施方式中，该人FZD蛋白系FZD5。在某些实施方式中，该人FZD蛋白系FZD8。在某些实施方式中，该人FZD蛋白系FZD10。在某些实施方式中，该FZD蛋白系FZD4且该Wnt结合剂包含SEQIDNO:16。在某些实施方式中，该FZD蛋白系FZD5且该Wnt结合剂包含SEQIDNO:17。在某些实施方式中，该FZD蛋白系FZD7且该Wnt结合剂包含SEQIDNO:19。在某些实施方式中，该FZD蛋白系FZD8且该Wnt结合剂包含SEQIDNO:20。在某些实施方式中，该FZD蛋白系FZD10且该Wnt结合剂包含SEQIDNO:22。在某些实施方式中，该FZD蛋白系FZD8且该Wnt结合剂包含SEQIDNO:33。
在一些实施方式中，该Wnt结合剂包含Fri结构域，该Fri结构域包含FZD1(SEQIDNO:23)的最小Fri结构域、FZD2(SEQIDNO:24)的最小Fri结构域、FZD3(SEQIDNO:25)的最小Fri结构域、FZD4(SEQIDNO:26)的最小Fri结构域、FZD5(SEQIDNO:27)的最小Fri结构域、FZD6(SEQIDNO:28)的最小Fri结构域、FZD7(SEQIDNO:29)的最小Fri结构域、FZD8(SEQIDNO:30)的最小Fri结构域、FZD9(SEQIDNO:31)的最小Fri结构域、或FZD10(SEQIDNO:32)的最小Fri结构域。在一些实施方式中，该Wnt结合剂包含Fri结构域，该Fri结构域包含FZD8(SEQIDNO:30)的最小Fri结构域。
在一些实施方式中，该Wnt结合剂包含Fri结构域，该Fri结构域实质上由FZD1的Fri结构域、FZD2的Fri结构域、FZD3的Fri结构域、FZD4的Fri结构域、FZD5的Fri结构域、FZD6的Fri结构域、FZD7的Fri结构域、FZD8的Fri结构域、FZD9的Fri结构域、或FZD10的Fri结构域组成。在一些实施方式中，该Wnt结合剂包含实质上由FZD8的Fri结构域组成的Fri结构域。
在一些实施方式中，该Wnt结合剂包含选自下列的序列：SEQIDNO:13、SEQIDNO:14、SEQIDNO:15、SEQIDNO:16、SEQIDNO:17、SEQIDNO:18、SEQIDNO:19、SEQIDNO:20、SEQIDNO:21、SEQIDNO:22、SEQIDNO:23、SEQIDNO:24、SEQIDNO:25、SEQIDNO:26、SEQIDNO:27、SEQIDNO:28、SEQIDNO:29、SEQIDNO:30、SEQIDNO:31、SEQIDNO:32及SEQIDNO:33。在一些实施方式中，该Wnt结合剂包含实质上由SEQIDNO:20组成的Fri结构域。在一些实施方式中，该Wnt结合剂包含实质上由SEQIDNO:33组成的Fri结构域。
在某些实施方式中，该Wnt结合剂包含前述FZDFri结构域序列的任一者的变异体，其包含一或多个(例如一、二、三、四、五、六、七、八、九、十个、等)保守性取代且能与Wnt蛋白结合。
在某些实施方式中，Wnt结合剂(例如包含人FZD受体的Fri结构域的剂)另包含非FZD多肽。在一些实施方式中，FZD可溶性受体可包括与其他非FZD功能性及结构性多肽连接的FZDECD或Fri结构域，该等非FZD功能性及结构性多肽包括但不限于人Fc区、蛋白标签(例如myc、FLAG、GST)、其他内源性蛋白或蛋白片段，或任何其他可用的蛋白序列包括在FZDECD或Fri结构域与第二多肽之间的任何接头区。在某些实施方式中，该非FZD多肽包含人Fc区。该Fc区可自任一类型的免疫球蛋白如IgG、IgA、IgM、IgD及IgE获得。在一些实施方式中，该Fc区系人IgG1Fc区。在一些实施方式中，该Fc区系人IgG2Fc区。在一些实施方式中，该Fc区系野生型Fc区。在一些实施方式中，该Fc区系成熟型Fc区。在一些实施方式中，该Fc区的N端系经截短1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个氨基酸(例如在铰链结构域)。在一些实施方式中，在铰链结构域的氨基酸系经改变以阻止非所欲的双硫键形成。在一些实施方式中，半胱氨酸系经丝氨酸取代以阻碍或阻止非所欲的双硫键形成。在一些实施方式中，该Fc区的C端系经截短1、2、3、或更多个氨基酸。在一些实施方式中，该Fc区的C端系经截短1个氨基酸。在某些实施方式中，该非FZD多肽包含SEQIDNO:34、SEQIDNO:35、SEQIDNO:36、SEQIDNO:37或SEQIDNO:38。在某些实施方式中，该非FZD多肽实质上由SEQIDNO:34、SEQIDNO:35、SEQIDNO:36、SEQIDNO:37或SEQIDNO:38组成。在某些实施方式中，该非FZD多肽实质上由SEQIDNO:36或SEQIDNO:37组成。
在某些实施方式中，Wnt结合剂系包含FZD受体的至少一最小Fri结构域与一Fc区的融合蛋白。此处所使用的“融合蛋白”系由包含至少二种基因的核苷酸序列的核酸分子表达的杂合蛋白。在一些实施方式中，该第一多肽的C端系与该免疫球蛋白Fc区的N端连接。在一些实施方式中，该第一多肽(例如FZDFri结构域)系与该Fc区直接相连(即不含中介肽接头)。在一些实施方式中，该第一多肽系与该Fc区经由接头相连。
此处使用的用语“接头”系指插入第一多肽(例如FZD成分)与第二多肽(例如Fc区)之间的接头。在一些实施方式中，该接头系肽接头。接头不应不良影响该多肽的表达、分泌或生物活性。接头应不具抗原性且不应诱发免疫反应。适当的接头系本领域技术人员所知，通常包括甘氨酸及丝氨酸残基的混合物，且通常包括无空间位阻的氨基酸。其他可被纳入于可用接头的氨基酸包括苏氨酸及丙氨酸残基。接头的长度范围广泛，例如1至50个氨基酸长度、1至22个氨基酸长度、1至10个氨基酸长度、1至5个氨基酸长度或1至3个氨基酸长度。接头可能包括但不限于SerGly、GGSG、GSGS、GGGS、S(GGS)n其中n系1至7、GRA、聚(Gly)、聚(Ala)、ESGGGGVT(SEQIDNO:57)、LESGGGGVT(SEQIDNO:58)、GRAQVT(SEQIDNO:59)、WRAQVT(SEQIDNO:60)及ARGRAQVT(SEQIDNO:61)。本文所使用的接头系不包括来自该第一多肽(例如FZDFri结构域)的C端或该第二多肽(例如Fc区)的N端的氨基酸残基的中介肽序列。
在一些实施方式中，该Wnt结合剂包含FZDFri结构域、Fc区及连接该FZDFri结构域与该Fc区的接头。在一些实施方式中，该FZDFri结构域包含SEQIDNO:20、SEQIDNO:30、或SEQIDNO:33。在一些实施方式中，该接头包含ESGGGGVT(SEQIDNO:57)或LESGGGGVT(SEQIDNO:58)。
在一些实施方式中，该Wnt结合剂包含第一多肽及第二多肽，该第一多肽包含SEQIDNO:13、SEQIDNO:14、SEQIDNO:15、SEQIDNO:16、SEQIDNO:17、SEQIDNO:18、SEQIDNO:19、SEQIDNO:20、SEQIDNO:21、SEQIDNO:22、SEQIDNO:23、SEQIDNO:24、SEQIDNO:25、SEQIDNO:26、SEQIDNO:27、SEQIDNO:28、SEQIDNO:29、SEQIDNO:30、SEQIDNO:31、SEQIDNO:32、或SEQIDNO:33，该第二多肽包含SEQIDNO:34、SEQIDNO:35、SEQIDNO:36、SEQIDNO:37、或SEQIDNO:38，其中该第一多肽系与该第二多肽直接连接。在一些实施方式中，该Wnt结合剂包含：包含SEQIDNO:20的第一多肽及包含SEQIDNO:34、SEQIDNO:35、SEQIDNO:36、SEQIDNO:37、或SEQIDNO:38的第二多肽。在一些实施方式中，该Wnt结合剂包含：包含SEQIDNO:20的第一多肽及包含SEQIDNO:36或SEQIDNO:37的第二多肽。在一些实施方式中，该Wnt结合剂包含：实质上由SEQIDNO:20组成的第一多肽及实质上由SEQIDNO:36或SEQIDNO:37组成的第二多肽。在一些实施方式中，该Wnt结合剂包含：包含SEQIDNO:30的第一多肽及包含SEQIDNO:34、SEQIDNO:35、SEQIDNO:36、SEQIDNO:37、或SEQIDNO:38的第二多肽。在一些实施方式中，该Wnt结合剂包含：包含SEQIDNO:30的第一多肽及包含SEQIDNO:36或SEQIDNO:37的第二多肽。在一些实施方式中，该Wnt结合剂包含：包含SEQIDNO:33的第一多肽及包含SEQIDNO:34、SEQIDNO:35、SEQIDNO:36、SEQIDNO:37、或SEQIDNO:38的第二多肽。在一些实施方式中，该Wnt结合剂包含：包含SEQIDNO:33的第一多肽及包含SEQIDNO:36、SEQIDNO:37、或SEQIDNO:35的第二多肽。在一些实施方式中，该Wnt结合剂包含：实质上由SEQIDNO:33组成的第一多肽及实质上由SEQIDNO:36、SEQIDNO:37、或SEQIDNO:35组成的第二多肽。
在一些实施方式中，该Wnt结合剂包含第一多肽及第二多肽，该第一多肽包含SEQIDNO:13、SEQIDNO:14、SEQIDNO:15、SEQIDNO:16、SEQIDNO:17、SEQIDNO:18、SEQIDNO:19、SEQIDNO:20、SEQIDNO:21、SEQIDNO:22、SEQIDNO:23、SEQIDNO:24、SEQIDNO:25、SEQIDNO:26、SEQIDNO:27、SEQIDNO:28、SEQIDNO:29、SEQIDNO:30、SEQIDNO:31、SEQIDNO:32、或SEQIDNO:33，该第二多肽包含SEQIDNO:34、SEQIDNO:35、SEQIDNO:36、SEQIDNO:37、或SEQIDNO:38，其中该第一多肽系藉由接头与该第二多肽连接。在一些实施方式中，该Wnt结合剂包含：包含SEQIDNO:20的第一多肽及包含SEQIDNO:34、SEQIDNO:35、SEQIDNO:36、SEQIDNO:37、或SEQIDNO:38的第二多肽。在一些实施方式中，该Wnt结合剂包含：包含SEQIDNO:20的第一多肽及包含SEQIDNO:36或SEQIDNO:37的第二多肽。在一些实施方式中，该Wnt结合剂包含：实质上由SEQIDNO:20组成的第一多肽及实质上由SEQIDNO:36或SEQIDNO:37组成的第二多肽。在一些实施方式中，该Wnt结合剂包含：包含SEQIDNO:30的第一多肽及包含SEQIDNO:34、SEQIDNO:35、SEQIDNO:36、SEQIDNO:37、或SEQIDNO:38的第二多肽。在一些实施方式中，该Wnt结合剂包含：包含SEQIDNO:33的第一多肽及包含SEQIDNO:34、SEQIDNO:35、SEQIDNO:36、SEQIDNO:37、或SEQIDNO:38的第二多肽。在一些实施方式中，该Wnt结合剂包含：包含SEQIDNO:33的第一多肽及包含SEQIDNO:36、SEQIDNO:37、或SEQIDNO:35的第二多肽。在一些实施方式中，该Wnt结合剂包含：实质上由SEQIDNO:33组成的第一多肽及实质上由SEQIDNO:36、SEQIDNO:37、或SEQIDNO:35组成的第二多肽。
在一些实施方式中，该Wnt结合剂包含第一多肽及第二多肽，该第一多肽与SEQIDNO:13、SEQIDNO:14、SEQIDNO:15、SEQIDNO:16、SEQIDNO:17、SEQIDNO:18、SEQIDNO:19、SEQIDNO:20、SEQIDNO:21、SEQIDNO:22、SEQIDNO:23、SEQIDNO:24、SEQIDNO:25、SEQIDNO:26、SEQIDNO:27、SEQIDNO:28、SEQIDNO:29、SEQIDNO:30、SEQIDNO:31、SEQIDNO:32、或SEQIDNO:33具有至少95％一致性，该第二多肽包含SEQIDNO:34、SEQIDNO:35、SEQIDNO:36、SEQIDNO:37、或SEQIDNO:38，其中该第一多肽系与该第二多肽直接连接。在一些实施方式中，该Wnt结合剂包含：与SEQIDNO:20具有至少95％一致性的第一多肽及包含SEQIDNO:34、SEQIDNO:35、SEQIDNO:36、SEQIDNO:37、或SEQIDNO:38的第二多肽。在一些实施方式中，该Wnt结合剂包含：与SEQIDNO:30具有至少95％一致性的第一多肽及包含SEQIDNO:34、SEQIDNO:35、SEQIDNO:36、SEQIDNO:37、或SEQIDNO:38的第二多肽。在一些实施方式中，该Wnt结合剂包含：与SEQIDNO:33具有至少95％一致性的第一多肽及包含SEQIDNO:34、SEQIDNO:35、SEQIDNO:36、SEQIDNO:37、或SEQIDNO:38的第二多肽。
在一些实施方式中，该Wnt结合剂包含第一多肽及第二多肽，该第一多肽与SEQIDNO:13、SEQIDNO:14、SEQIDNO:15、SEQIDNO:16、SEQIDNO:17、SEQIDNO:18、SEQIDNO:19、SEQIDNO:20、SEQIDNO:21、SEQIDNO:22、SEQIDNO:23、SEQIDNO:24、SEQIDNO:25、SEQIDNO:26、SEQIDNO:27、SEQIDNO:28、SEQIDNO:29、SEQIDNO:30、SEQIDNO:31、SEQIDNO:32、或SEQIDNO:33具有至少95％一致性，该第二多肽包含SEQIDNO:34、SEQIDNO:35、SEQIDNO:36、SEQIDNO:37、或SEQIDNO:38，其中该第一多肽系经由接头与该第二多肽连接。在一些实施方式中，该Wnt结合剂包含：与SEQIDNO:20具有至少95％一致性的第一多肽及包含SEQIDNO:34、SEQIDNO:35、SEQIDNO:36、SEQIDNO:37、或SEQIDNO:38的第二多肽。在一些实施方式中，该Wnt结合剂包含：与SEQIDNO:30具有至少95％一致性的第一多肽及包含SEQIDNO:34、SEQIDNO:35、SEQIDNO:36、SEQIDNO:37、或SEQIDNO:38的第二多肽。在一些实施方式中，该Wnt结合剂包含：与SEQIDNO:33具有至少95％一致性的第一多肽及包含SEQIDNO:34、SEQIDNO:35、SEQIDNO:36、SEQIDNO:37、或SEQIDNO:38的第二多肽。
FZD蛋白包含引导该蛋白运输的信号序列。信号序列(又称信号肽或前导序列)位于新生多肽的N端。它们引导该多肽至内质网且该等蛋白被分类至彼等应该去的地方，例如胞器的内部空间、细胞内部的膜、细胞的外膜或经分泌至细胞外部。大部分信号序列在蛋白被运送至内质网后，藉由信号肽酶与该蛋白切割。自该多肽切割该信号序列通常发生于氨基酸序列的特定位点，且取决于该信号序列内的氨基酸残基。虽然通常有一个特定的切割位点，但信号肽酶可能识别及/或使用一个以上的切割位点，导致该多肽不相同的N端。举例来说，使用信号序列内的不同的切割位点可导致具有不同N端氨基酸的多肽的表达。因此，在一些实施方式中，本文所述的多肽可能包含具有不同N端的多肽的混合物。在一些实施方式中，该N端的长度相差1、2、3、4、5、6、7、8、9、10或更多个氨基酸。在一些实施方式中，该N端的长度相差1、2、3、4或5个氨基酸。在一些实施方式中，该多肽为实质上相同，即该多肽具有相同的N端。在一些实施方式中，该多肽的信号序列包含一或多个(例如一、二、三、四、五、六、七、八、九、十、等等)氨基酸取代及/或删除。在一些实施方式中，该多肽的信号序列包含让一个切割位点变成主要切割位点的氨基酸取代及/或删除，藉此导致具有一种N端的实质上相同的多肽。
在一些实施方式中，该Wnt结合剂包含选自下列的氨基酸序列：SEQIDNO:39、SEQIDNO:40、SEQIDNO:41、SEQIDNO:42、SEQIDNO:43、SEQIDNO:44、及SEQIDNO:45。
在某些实施方式中，该Wnt结合剂包含SEQIDNO:39的序列。在某些实施方式中，该剂包含SEQIDNO:39的序列，该序列包含一或多个(例如一、二、三、四、五、六、七、八、九、十、等等)保守性取代。在某些实施方式中，该剂包含与SEQIDNO:39具有至少约90％、约95％、或约98％序列一致性的序列。在某些实施方式中，SEQIDNO:39的变异体维持其与一或多种人Wnt蛋白结合的能力。
在某些实施方式中，该Wnt结合剂包含SEQIDNO:40的序列。在一些实施方式中，该Wnt结合剂系SEQIDNO:40。在某些替代性实施方式中，该剂包含SEQIDNO:40的序列，该序列包含一或多个(例如一、二、三、四、五、六、七、八、九、十、等等)保守性取代。在某些实施方式中，该剂包含与SEQIDNO:40具有至少约90％、约95％、或约98％序列一致性的序列。在某些实施方式中，SEQIDNO:40的变异体维持其与一或多种人Wnt蛋白结合的能力。
在某些实施方式中，该Wnt结合剂包含SEQIDNO:41的序列。在一些实施方式中，该Wnt结合剂系SEQIDNO:41。在某些替代性实施方式中，该剂包含SEQIDNO:41的序列，该序列包含一或多个(例如一、二、三、四、五、六、七、八、九、十、等等)保守性取代。在某些实施方式中，该剂包含与SEQIDNO:41具有至少约90％、约95％、或约98％序列一致性的序列。在某些实施方式中，SEQIDNO:41的变异体维持其与一或多种人Wnt蛋白结合的能力。
在一些实施方式中，Wnt结合剂系OMP-54F28。
在某些实施方式中，Wnt结合剂系包含选自下列的氨基酸序列的多肽：SEQIDNO:39、SEQIDNO:40、SEQIDNO:41、SEQIDNO:42、SEQIDNO:43、SEQIDNO:44、及SEQIDNO:45。在某些实施方式中，该多肽包含选自SEQIDNO:39、SEQIDNO:40、及SEQIDNO:41的氨基酸序列。在一些实施方式中，多肽实质上由选自下列的氨基酸序列组成：SEQIDNO:39、SEQIDNO:40及SEQIDNO:41。在某些实施方式中，该多肽包含SEQIDNO:39的氨基酸序列。在一些实施方式中，该多肽包含SEQIDNO:40的氨基酸序列。在某些实施方式中，该多肽包含SEQIDNO:41的氨基酸序列。在某些实施方式中，该多肽包含SEQIDNO:42的氨基酸序列。在某些实施方式中，该多肽包含SEQIDNO:43的氨基酸序列。在某些实施方式中，该多肽包含SEQIDNO:44的氨基酸序列。在某些实施方式中，该多肽包含SEQIDNO:45的氨基酸序列。
在一些实施方式中，该多肽系实质上经纯化的包含选自SEQIDNO:39、SEQIDNO:40、及SEQIDNO:41的氨基酸序列的多肽。在一些实施方式中，该多肽系实质上经纯化的包含SEQIDNO:41的多肽。在某些实施方式中，该实质上经纯化的多肽系由至少90％的具有ASA的N端序列的多肽所组成。在一些实施方式中，该新生多肽包含导致实质上具有一N端序列的均质多肽产物的信号序列。
在某些实施方式中，Wnt结合剂包含免疫球蛋白的Fc区。本领域技术人员将了解，本发明的某些结合剂将包含融合蛋白，相较于具有大约相同免疫原性的包含天然或未经改变的恒定区的融合蛋白，其中至少部分的Fc区系经删除或以其他方式改变，以提供所欲的生化特征，例如增加癌细胞定位、增加肿瘤穿透、减少血清半衰期、或增加血清半衰期。对Fc区的修饰可能包括添加、删除或取代一或多个结构域中的一或多个氨基酸。此处所揭示的经修饰的融合蛋白可能包含对二个重链恒定结构域的一或多种(CH2或CH3)或对铰链区的改变或修饰。在其他实施方式中，整个CH2结构域可被移除(ΔCH2建构体)。在一些实施方式中，该遗漏的恒定区结构域系由短氨基酸间隔子(例如10个aa残基)取代，以提供通常由该遗漏恒定区结构域所授予的一些分子柔韧性。
在一些实施方式中，该经修饰的融合蛋白系经建构以直接连接CH3结构域与该铰链区。在其他实施方式中，肽间隔子被插入铰链区与经修饰的CH2及/或CH3结构域之间。举例来说，其中CH2结构域被删除且剩余的CH3结构域(经修饰或未经修饰)系以5至20个氨基酸间隔子与铰链区连接的建构体可被表达。该间隔子可被添加以确保恒定区的调节组件维持自由及可接近，或该铰链区维持可弯折。然而，应注意氨基酸间隔子在一些情况中可能证实具有免疫原性，且诱发拮抗该建构体的非所欲免疫反应。因此，在某些实施方式中，任何添加至建构体的间隔子将为相对非免疫原性，以维持该融合蛋白的所欲生物性质。
在一些实施方式中，该经修饰的融合蛋白可能仅具有恒定结构域的部分删除或取代少数或甚至单一个氨基酸。举例来说，在CH2结构域的选择区域中的单一氨基酸突变可能足以实质上减少Fc结合，因此增加癌细胞定位及/或肿瘤穿透。类似地，所欲的是单纯删除该一或多个恒定区结构域中控制特定效应功能(例如补体C1q结合)的部分。该恒定区的部分删除可增进该结合剂的选择特性(例如血清半衰期)，同时保留其他与该主题恒定区结构域完整有关的所欲功能。另外，如上所述，该揭示融合蛋白的恒定区可经由一或多个氨基酸的突变或取代改质以增进该形成建构物的特性。在这方面可能扰乱由保守性结合位点所提供的活性(例如Fc结合)，同时实质上维持该经修饰的融合蛋白的构造及免疫原性特性。在某些实施方式中，该经修饰的融合蛋白包含添加一或多个氨基酸至恒定区以增进所欲特征诸如减少或增加效应功能或提供更多细胞毒素或碳水化合物连接位点。
该领域已知的是恒定区媒介数种效应功能。举例来说，补体的C1成分与(结合至抗原的)IgG或IgM抗体的Fc区结合活化该补体系统。补体活化于细胞病原体的调理作用及溶解中至为重要。补体活化亦刺激发炎反应，且亦与自体免疫超敏性有关。此外，免疫球蛋白的Fc区可与表达Fc受体(FcR)的细胞结合。有一些Fc受体对不同类型的抗体具有特异性，包括IgG(γ受体)、IgE(ε受体)、IgA(α受体)及IgM(μ受体)。抗体与细胞表面上的Fc受体结合引发多种重要且多变的生物反应，包括吞噬及破坏抗体包覆颗粒、清空免疫复合物、藉由杀手细胞溶解经抗体包覆的标靶细胞、释放发炎介质、胚胎转移及控制免疫球蛋白的产制。
在一些实施方式中，该经修饰的融合蛋白提供经改变的效应功能，因而影响该投予剂的生物特性。举例来说，在一些实施方式中，删除或不活化(经由点突变或其他方法)恒定区结构域可能减少循环中经修饰的剂与Fc受体结合，因此增加癌细胞定位及/或肿瘤穿透。在其他实施方式中，恒定区修饰增加或减少剂的血清半衰期。在一些实施方式中，恒定区系经修饰以消除双硫键或寡糖基团。
在某些实施方式中，经修饰的融合蛋白不具有一或多种通常与Fc区有关的效应功能。在一些实施方式中，该剂不具抗体依赖性细胞媒介性细胞毒性(ADCC)活性及/或不具补体依赖性细胞毒性(CDC)活性。在某些实施方式中，该剂不与该Fc受体及/或补体因子结合。在某些实施方式中，该剂不具效应功能。
在一些实施方式中，本文所述的Wnt结合剂(例如可溶性受体)系经修饰以减少免疫原性。通常，当这些蛋白用来作为治疗剂时，拮抗完全正常人蛋白的免疫反应很少发生。然而，虽然许多融合蛋白包含与天然中发现的序列相同的多肽序列，数种治疗性融合蛋白已显示在哺乳动物中具有免疫原性。在一些试验中，包含接头的融合蛋白已被发现比不包含接头的融合蛋白更具免疫原性。因此，在一些实施方式中，本发明的多肽系藉由运算方法分析以预测免疫原性。在一些实施方式中，分析该等多肽中T细胞及/或B细胞表位的存在。若任何T细胞或B细胞表位系经辨识及/或预测，可对这些区域进行修饰(例如氨基酸取代)以扰乱或破坏该等表位。各种可用于预测T细胞及/或B细胞表位的算法及软件系为该领域所知。例如，软件程序SYFPEITHI、HLABind、PEPVAC、RANKPEP、DiscoTope、ElliPro、及抗体表位预测(AntibodyEpitopePrediction)皆为公众可取得。
在一些实施方式中，本发明提供一种产生如本文中所述的任何Wnt结合剂(例如可溶性受体)或多肽的细胞。在一些实施方式中，本发明提供包含如本文中所述的任何Wnt结合剂(例如可溶性受体)或多肽的组成物。在一些实施方式中，该组成物包含多肽，其中至少80％、90％、95％、97％、98％、或99％的该多肽具有ASA的N端序列。在一些实施方式中，该组成物包含多肽，其中100％的该多肽具有ASA的N端序列。在一些实施方式中，该组成物包含多肽，其中至少80％的该多肽具有ASA的N端序列。在一些实施方式中，该组成物包含多肽，其中至少90％的该多肽具有ASA的N端序列。在一些实施方式中，该组成物包含多肽，其中至少95％的该多肽具有ASA的N端序列。
本文中所述的多肽可为重组多肽、天然多肽、或合成多肽。在本领域中咸信本发明的一些氨基酸序列可变化而不会对该蛋白的结构或功能造成显著影响。若考虑该等序列上的差异，应记住在蛋白质上将有决定活性的重要区域。因此，本发明另包括多肽的变异体，该变异体显示实质活性或包括FZD蛋白的区域，例如如本文所讨论的蛋白部分。该等突变包括删除、插入、倒位、重复、及类型取代。
当然，技艺人士会采用的氨基酸取代的数量取决于许多因素，包括该些于上述者。在某些实施方式中，用于任何给定的可溶性受体多肽中的取代的数量不会超过50、40、30、25、20、15、10、5或3个。
本发明的多肽的片段或部分可被采用来藉由肽合成用于产制该对应的全长多肽；因此，该等片段可被采用为用于产制全长多肽的中间物。该等多肽的片段或部分亦可被称为“蛋白片段”或“多肽片段”。
本发明的“蛋白片段”系能与一或多种人Wnt蛋白或一或多种人FZD蛋白结合的蛋白的一部分或整体。在一些实施方式中，该片段对一或多种人Wnt蛋白具有高亲和性。在一些实施方式中，该片段对一或多种人FZD蛋白具有高亲和性。此处所描述的Wnt结合剂的一些片段系包含与免疫球蛋白的恒定区(例如Fc区)的至少部分连接的FZD蛋白的胞外部分的至少部分的蛋白片段。该蛋白片段的结合亲和性可为约10-11至10-12M的范围，虽然亲和性可因片段的不同大小而具有从10-7至10-13M的大幅差异。在一些实施方式中，该片段系约100至约200个氨基酸长度，且包含与免疫球蛋白的恒定区的至少部分连接的结合结构域。
在一些实施方式中，该Wnt途径抑制剂系多克隆抗体。多克隆抗体可利用任何已知的方法制备。在一些实施方式中，多克隆抗体系藉由以感兴趣的抗原(例如经纯化的肽片段、全长重组蛋白或融合蛋白)利用多重皮下或腹腔内注射的方式免疫动物(例如兔、大鼠、小鼠、山羊、驴)产制。该抗原可任意选择地与载体缀合，诸如钥孔状帽贝血蓝素(KLH)或血清白蛋白。该抗原(不论有无载体蛋白质)系经无菌盐水稀释，且通常与佐剂(例如完全或不完全弗氏(Freund’s)佐剂)组合以形成稳定乳液。在经过足够时间后，自该经免疫的动物的血液及/或腹水回收多克隆抗体。该多克隆抗体可根据该领域的标准方法自血清或腹水纯化，该等方法包括但不限于亲和性层析、离子交换层析、胶体电泳及透析。
在一些实施方式中，该Wnt途径抑制剂系单克隆抗体。单克隆抗体可利用本领域技术人员已知的杂交瘤方法制备(见例如KohlerandMilstein,1975,Nature,256:495-497)。在一些实施方式中，使用杂交瘤方法系将小鼠、仓鼠或其他适当的宿主动物经上述方法免疫，以诱发产制将与该免疫抗原特异性结合的抗体的淋巴细胞。在一些实施方式中，淋巴细胞可于试管内免疫。在一些实施方式中，该免疫抗原可为人蛋白质或其一部分。在一些实施方式中，该免疫抗原可为小鼠蛋白质或其一部分。
在免疫后，淋巴细胞系经分离并利用例如聚乙二醇与适当的骨髓瘤细胞系融合，以形成接着可与未融合的淋巴细胞及骨髓瘤细胞分离的杂交瘤细胞。产制特异性拮抗选定抗原的单克隆抗体的杂交瘤可利用多种方法识别，该等方法包括但不限于免疫沉淀、免疫转渍及试管内结合试验(例如流式细胞分析、FACS、ELISA及放射性免疫测定)。该杂交瘤可利用标准方法于试管内增殖(J.W.Goding,1996,MonoclonalAntibodies:PrinciplesandPractice,3rdEdition,AcademicPress,SanDiego,CA)，或于动物活体内(invivo)以腹水肿瘤方式增殖。该单克隆抗体可根据该领域的标准方法自培养基或腹水液体纯化，该等方法包括但不限于亲和性层析、离子交换层析、胶体电泳及透析。
在某些实施方式中，单克隆抗体可利用本领域技术人员已知的重组DNA技术制备。编码单克隆抗体的多核苷酸系自成熟B细胞或杂交瘤细胞分离，像是藉由使用寡核苷酸引物的RT-PCR以特异性扩增编码该抗体的重链及轻链的基因，该等多核苷酸的序列系利用公知技术测定。该经分离的编码重链及轻链的多核苷酸接着被选殖至适当表达载体，该载体在转染至原本不产制免疫球蛋白的宿主细胞诸如大肠杆菌(E.coli)、类人猿COS细胞、中国仓鼠卵巢(CHO)细胞或骨髓瘤细胞后产制单克隆抗体。在其他实施方式中，重组单克隆抗体或其片段可自噬菌体展示库分离。
编码单克隆抗体的多核苷酸可进一步以多种不同方式使用重组DNA技术修饰，以产制可供选择的抗体。在一些实施方式中，例如小鼠单克隆抗体的轻链及重链的恒定结构域可被例如人抗体的该些区域取代以产制嵌合抗体，或以非免疫球蛋白多肽取代以产制融合抗体。在一些实施方式中，该等恒定区系经截短或移除以产制所欲的单克隆抗体的抗体片段。可变区的定点或高密度突变形成可被用于优化单克隆抗体的特异性、亲和性等。
在一些实施方式中，该Wnt途径抑制剂系人化抗体。通常，人化抗体系其中CDR的氨基酸残基经源自具有所欲特异性、亲和性及/或结合能力的非人物种(例如小鼠、大鼠、兔、仓鼠等)的免疫球蛋白的CDR的氨基酸残基取代的人免疫球蛋白，该取代系利用本领域技术人员已知的方法进行。在一些实施方式中，人免疫球蛋白的Fv框架区氨基酸残基系由具有所欲特异性、亲和性及/或结合能力的非人物种的抗体的对应氨基酸残基取代。在一些实施方式中，该人化抗体可进一步藉由取代Fv框架区及/或该经取代的非人氨基酸残基内的额外氨基酸残基加以修饰，以精进优化抗体特异性、亲和性及/或能力。通常，该人化抗体将包含实质上所有的至少一个且通常两个可变结构域，该可变结构域包含所有或实质上所有的对应该非人免疫球蛋白的CDR，然而所有或实质上所有的框架区系具有人免疫球蛋白序列的框架区。在一些实施方式中，该人化抗体亦可包含至少部分的免疫球蛋白恒定区或恒定结构域(Fc)，通常为人免疫球蛋白的该部分。在某些实施方式中，该等人化抗体系用于治疗用途，因为当投予至人个体时它们可能减少抗原性及HAMA(人抗小鼠抗体)反应。用于制备人化抗体的方法系该领域所广为周知。
在某些实施方式中，该Wnt途径抑制剂系人抗体。人抗体可利用该领域已知的多种技术直接制备。在一些实施方式中，可制备在试管内经免疫的永生化人B淋巴细胞或自经免疫而产制以标靶抗原为目标的抗体的个体分离。在一些实施方式中，该人抗体可选自噬菌体库，其中该噬菌体库表达人抗体。或者，噬菌体展示技术可被用来自未经免疫的捐赠者的免疫球蛋白可变区结构域基因贮库以试管内产制人抗体及抗体片段。用于产制及使用抗体噬菌体库的技术系该领域所广为周知。该领域已知的亲和性成熟策略包括但不限于链改组(chainshuffling)(Marksetal.,1992,Bio/Technology,10:779-783)及定点突变形成可被用于产制高亲和性人抗体。
在一些实施方式中，人抗体可于包含人免疫球蛋白基因座的转基因小鼠中制备。经免疫后，这些小鼠可产制整套人抗体而不产制内源性免疫球蛋白。此方法系于美国专利第5,545,807、5,545,806、5,569,825、5,625,126、5,633,425及5,661,016号中描述。
本发明亦包含特异性识别至少一种人FZD蛋白或至少一种Wnt蛋白的双特异性抗体。双特异性抗体可特异性辨识及结合至少二种不同表位。该等不同的表位可位于相同分子内(例如二个不同表位位于人FZD5上)或位于不同分子上(例如一表位位于FZD5上，一不同表位位于第二蛋白上)。在一些实施方式中，该双特异性抗体系单克隆人或人化抗体。在一些实施方式中，该抗体可特异性识别及结合第一抗原标靶(例如FZD蛋白)及第二抗原标靶像是在淋巴细胞上的效应分子(例如CD2、CD3、CD28、CD80、或CD86)或Fc受体(例如CD64、CD32或CD16)以使细胞性防御机制集中于表达该第一抗原标靶的细胞。在一些实施方式中，该等抗体可被用于引导细胞毒性剂至表达特定标靶抗原的细胞。这些抗体具有抗原结合臂及与细胞毒性剂或放射性核种螯合剂诸如EOTUBE、DPTA、DOTA或TETA结合的臂。
双特异性抗体可为完整抗体或抗体片段。本发明亦考虑超过两价的抗体。例如，可制备三特异性抗体(Tuttetal.,1991,J.Immunol.,147:60)。因此，在某些实施方式中，该等抗体系多特异性。用于制造双特异性及多特异性抗体的技术系本领域技术人员所知。
在某些实施方式中，此处描述的抗体(或其他多肽)可为单特异性。例如，在某些实施方式中，抗体所包含的一或多个抗原结合部位的各者系能结合不同蛋白质上的同源性表位。在某些实施方式中，此处所述的单特异性抗体的抗原结合部位能结合例如FZD5及FZD7(即在FZD5及FZD7蛋白上皆能发现的相同表位)。
在某些实施方式中，该Wnt途径抑制剂系包含抗原结合部位的抗体片段。抗体片段可具有与完整抗体不同的功能或能力，例如抗体片段可具有增加的肿瘤穿透。已知用于产制抗体片段的各种技术包括但不限于完整抗体的蛋白水解消化。在一些实施方式中，抗体片段包括由胃蛋白酶消化抗体分子所产制的F(ab’)2片段。在一些实施方式中，抗体片段包括藉由减少F(ab’)2片段的双硫键所产制的Fab片段。在其他实施方式中，抗体片段包括藉由以木瓜酶及还原剂处理抗体分子所产制的Fab片段。在某些实施方式中，抗体片段系经重组产制。在一些实施方式中，抗体片段包括Fv或单链Fv(scFv)片段。Fab、Fv及scFv抗体片段可在大肠杆菌或其他宿主细胞中表达及分泌，允许大量产制这些片段。在一些实施方式中，抗体片段系自如此处讨论的抗体噬菌体分子库分离。举例来说，可利用方法建构Fab表达库以允许快速有效地识别对FZD或Wnt蛋白或其衍生物、片段、类似物或同源物具有所欲特异性的单克隆Fab片段。在一些实施方式中，抗体片段系线性抗体片段。在某些实施方式中，抗体片段系单特异性或双特异性。在某些实施方式中，该Wnt途径抑制剂系scFv。各种技术可被用于产制对一或多种人FZD蛋白或一或多种人Wnt蛋白具有特异性的单链抗体。
另外尤其以抗体片段来说所欲的是，修饰抗体以增加其血清半衰期。此可藉由例如使抗体片段中的适当区域发生突变以纳入救援受体结合表位至抗体片段中达成，或藉由将该表位纳入肽标签中然后使该肽标签与抗体片段的末端或中间融合(例如藉由DNA或肽合成)达成。在一些实施方式中，抗体系经修饰以减少其血清半衰期。
异源缀合抗体亦属于本发明的范围内。异源缀合抗体系由二个共价连接的抗体组成。该等抗体被计划用于例如使免疫细胞以非所欲的细胞为标靶。亦考虑到该等异源缀合抗体可利用已知的合成蛋白质化学方法于试管内制备，包括该些涉及交联剂的方法。举例来说，免疫毒素可利用双硫交换反应或藉由形成硫醚键加以建构。为达此目的的适当试剂实例包括亚胺基硫醇盐及甲基-4-巯基丁亚氨酸酯。
就本发明的目的而言，应了解的是经修饰的抗体可包含任何类型的提供该抗体与标靶(即人FZD蛋白或人Wnt蛋白)连接的可变区。在这方面，该可变区可包含或衍生自任何种类的可被诱导以启动体液性反应及产制拮抗该所欲的肿瘤相关抗原的免疫球蛋白的哺乳动物。因此，该经修饰的抗体的可变区可为例如人、小鼠、非人灵长动物(例如长尾猕猴(cynomolgusmonkey)、猕猴等)或兔来源。在一些实施方式中，该经修饰的免疫球蛋白的可变区及恒定区皆为人来源。在其他实施方式中，兼容性抗体的可变区(通常源自非人来源)可经工程化或特别改质以促进该分子的结合特性或减少免疫原性。在这方面，可用于本发明的可变区可经人化或藉由纳入输入氨基酸序列以另行改变。
在某些实施方式中，重链及轻链的可变结构域系藉由至少部分取代一或多个CDR及(若需要的话)部分取代框架区及序列修饰及/或改变加以改变。虽然CDR可能源自与框架区来源的抗体相同类型或甚至相同亚型的抗体，一般设想CDR将较佳地源自不同物种的抗体。要转移一可变结构域的抗原结合能力至另一可变结构域不一定需要将所有CDR取代成捐赠者可变区的所有CDR。相反地，可能只需要转移该些维持抗原结合部位的活性所需的残基即可。
尽管对可变区进行改变，本领域技术人员将了解，本发明的经修饰的抗体将包含其中至少部分的一或多个恒定结构域已被删除或以其他方式改变的抗体(例如全长抗体或其免疫反应性片段)以提供所欲的生化特征，像是相较于包含原始或未经改变的恒定区的大约相同免疫原性的抗体具有增加的肿瘤定位及/或增加的血清半衰期。在一些实施方式中，该经修饰的抗体的恒定区将包含人恒定区。与本发明兼容的恒定区修饰包含添加、删除或取代一或多个结构域中的一或多个氨基酸。此处所揭示的经修饰的抗体可能包含对三个重链恒定结构域的一或多种(CH1、CH2或CH3)及/或对轻链恒定结构域(CL)的改变或修饰。在一些实施方式中，一或多个结构域系自该经修饰的抗体的恒定区部分或全部删除。在一些实施方式中，该经修饰的抗体将包含其中整个CH2结构域被移除的结构域删除建构体或变异体(ΔCH2建构体)。在一些实施方式中，该缺少的恒定区结构域系由短氨基酸间隔子(例如10个氨基酸残基)取代，以提供通常由该缺少恒定区授予的一些分子柔韧性。
在一些实施方式中，该经修饰的抗体系经工程化以直接融合CH3结构域与该抗体的铰链区。在其他实施方式中，肽间隔子被插入铰链区与经修饰的CH2及/或CH3结构域之间。举例来说，其中CH2结构域被删除且剩余的CH3结构域(经修饰或未经修饰)系以5至20个氨基酸间隔子与铰链区连接的建构体可被表达。该间隔子可被添加以确保恒定区的调节组件维持自由及可接近，或该铰链区维持可弯折。然而，应注意氨基酸间隔子在一些情况中可能证实具有免疫原性，且诱发拮抗该建构体的非所欲免疫反应。因此，在某些实施方式中，任何添加至建构体的间隔子将为相对非免疫原性，以维持该经修饰的抗体的所欲生物性质。
在一些实施方式中，该经修饰的抗体可能仅具有恒定结构域的部分删除或取代少数或甚至单一个氨基酸。举例来说，在CH2结构域的选择区域中的单一氨基酸突变可能足以实质上减少Fc结合，因此增加癌细胞定位及/或肿瘤穿透。类似地，所欲的是单纯删除该一或多个恒定区结构域中控制特定效应功能(例如补体C1q结合)的部分。该恒定区的部分删除可增进该抗体的选择特性(血清半衰期)，同时保留其他与该主题恒定区结构域完整有关的所欲功能。另外，如上所述，该揭示抗体的恒定区可经由一或多个氨基酸的突变或取代修饰以增进该形成建构物的特性。在这方面可能扰乱由保守性结合位点所提供的活性(例如Fc结合)，然而实质上维持该经修饰的抗体的构造及免疫原性特性。在某些实施方式中，该经修饰的抗体包含添加一或多个氨基酸至恒定区以增进所欲特征诸如减少或增加效应功能或提供更多细胞毒素或碳水化合物连接位点。
该领域已知的是恒定区媒介数种效应功能。举例来说，补体的C1成分与(结合至抗原的)IgG或IgM抗体的Fc区结合活化该补体系统。补体活化于细胞病原体的调理作用及溶解中至为重要。补体活化亦刺激发炎反应，且亦与自体免疫超敏性有关。此外，抗体的Fc区可与表达Fc受体(FcR)的细胞结合。有一些Fc受体对不同类型的抗体具有特异性，包括IgG(γ受体)、IgE(ε受体)、IgA(α受体)及IgM(μ受体)。抗体与细胞表面上的Fc受体结合引发多种重要且多变的生物反应，包括吞噬及破坏抗体包覆颗粒、清空免疫复合物、藉由杀手细胞溶解经抗体包覆的标靶细胞、释放发炎介质、胚胎转移及控制免疫球蛋白的产制。
在某些实施方式中，该Wnt途径抑制剂系提供经改变的效应功能的抗体。这些经改变的效应功能可能影响该经投予的抗体的生物特性。举例来说，在一些实施方式中，删除或不活化(经由点突变或其他方法)恒定区结构域可能减少循环中经修饰的抗体(例如抗FZD抗体)与Fc受体结合，因此增加癌细胞定位及/或肿瘤穿透。在其他实施方式中，恒定区修饰增加或减少抗体的血清半衰期。在一些实施方式中，恒定区系经修饰以消除双硫键或寡糖基团。根据本发明对恒定区的修饰可轻易利用本领域技术人员广为周知的生化或分子工程技术进行。
在某些实施方式中，Wnt途径抑制剂系不具有一或多种效应功能的抗体。例如在一些实施方式中，该抗体不具ADCC活性及/或CDC活性。在某些实施方式中，该抗体不与Fc受体及/或补体因子结合。在某些实施方式中，该抗体不具效应功能。
本发明另包含实质上与此处前述的嵌合抗体、人化抗体、人抗体或彼等的抗体片段同源的变异体及相等物。这些可包含例如保守性取代突变，即以类似氨基酸取代一或多个氨基酸。例如，保守性取代系指以同类型的氨基酸取代另一者，像是例如以一酸性氨基酸取代另一酸性氨基酸、以一碱性氨基酸取代另一碱性氨基酸或以一中性氨基酸取代另一中性氨基酸。保守性氨基酸取代的目的系该领域广为周知并于此处描述。
在某些实施方式中，此处所述的抗体系经分离。在某些实施方式中，此处所述的抗体系实质上纯的。
在本发明的一些实施方式中，该Wnt途径抑制剂系多肽。该多肽可为包含与至少一种人FZD蛋白或至少一种Wnt蛋白结合的抗体或其片段的重组多肽、天然多肽或合成多肽。在本领域中咸信本发明的一些氨基酸序列可变化而不会对该蛋白的结构或功能造成显著影响。因此，本发明另包括多肽的变异体，该变异体显示实质活性或包括拮抗人FZD蛋白或Wnt蛋白的抗体的区域或彼等的片段。在一些实施方式中，FZD结合多肽或Wnt结合多肽的氨基酸序列变异体包括删除、插入、倒位、重复及/或其他类型的取代。
该多肽、类似物及彼等的变异体可另经修饰以包含正常非该多肽的部分的额外化学基团。该等衍生化基团可增进该多肽的溶解性、生物半衰期及/或吸收。该等基团亦可减少或消除该多肽及变异体的任何非所欲的不良反应。有关化学基团的介绍可见Remington:TheScienceandPracticeofPharmacy,22stEdition,2012,PharmaceuticalPress,London。
可用于本文所述的方法的经分离的多肽可藉由该领域已知的任何适当方法产制。该等方法从直接蛋白质合成方法至建构编码多肽序列的DNA序列及在适当宿主中表达该等序列皆可。在一些实施方式中，DNA序列系利用重组技术建构，其藉由分离或合成编码感兴趣的野生型蛋白质的DNA序列。可任意选择地，该序列可藉由定点突变形成突变以提供其功能性类似物。
在一些实施方式中，编码感兴趣的多肽的DNA序列可藉由化学合成利用寡核苷酸合成器建构。寡核苷酸可根据该所欲多肽的氨基酸序列设计，并选择该些将产制感兴趣重组多肽的宿主细胞所偏好的密码子。标准方法可被用于合成编码经分离的感兴趣多肽的多核苷酸序列。举例来说，完全氨基酸序列可被用于建构反翻译基因。另外，可合成包含编码经分离的特定多肽的核苷酸序列的DNA寡聚体。例如，多个编码该所欲多肽的部分的小型寡核苷酸可被合成然后连接。个别寡核苷酸通常包含5’或3’悬端以用于互补组装。
一经组装(藉由合成、定点突变形成或其他方法)，该编码感兴趣的特定多肽的多核苷酸序列可被插入表达载体并可操作性连接适合该蛋白质于所欲宿主内表达的表达控制序列。适当组装可藉由核苷酸测序、限制酶定位及/或于适当宿主内表达生物活性多肽证实。如该领域所广为周知，为了在宿主内获得高表达量的经转染的基因，该基因必须与在选定的表达宿主内具功能性的转录及翻译表达控制序列可操作性连接。
在某些实施方式中，重组表达载体被用于扩增及表达拮抗人FZD蛋白或Wnt蛋白的DNA编码结合剂(例如抗体或可溶性受体)或其片段。举例来说，重组表达载体可为可复制的DNA建构体，其具有与适当转录及/或翻译调节组件可操作性连接的编码FZD结合剂、Wnt结合剂、抗FZD抗体或其片段、抗Wnt抗体或其片段、或FZD-Fc可溶性受体的多肽链的合成性或cDNA衍生性DNA片段，该调节组件系源自哺乳动物、微生物、病毒或昆虫基因。转录单位通常包含下列的组合：(1)于基因表达中具有调节作用的基因组件，例如转录启动子或增强子，(2)经转录成mRNA然后翻译成蛋白质的结构或编码序列，及(3)适当的转录及翻译启动及终止序列。调节组件可包括操作子序列以控制转录。通常由复制起点授予的于宿主内复制的能力及有利转化物辨识的选择基因可被额外纳入。DNA区系“可操作性连接”当它们彼此之间系功能性相关。举例来说，信号肽的DNA(分泌前导序列)系可操作性连接多肽的DNA，若其被表达为参与该多肽分泌的前体；启动子系可操作性连接编码序列，若其控制该序列的转录；或核糖体结合位点系可操作性连接编码序列，若其位置系为了允许翻译。在一些实施方式中，适用于酵母菌表达系统的结构组件包括使宿主细胞得以胞外分泌经翻译的蛋白质的前导序列。在其他实施方式中，当重组蛋白质系于无前导或转运序列存在时表达，其可包括N端甲硫氨酸残基。此残基之后可任意选择地与该经表达的重组蛋白质切开以提供最终产物。
表达控制序列及表达载体的选择取决于宿主选择。多样化的表达宿主/载体组合可被采用。可用于真核宿主的表达载体包括例如包含源自SV40、牛乳头状瘤病毒、腺病毒及巨细胞病毒的表达控制序列的载体。可用于细菌宿主的表达载体包括已知的细菌质粒，像是源自大肠杆菌的质粒(包括pCR1、pBR322、pMB9及彼等的衍生物)，及广泛宿主范围质粒像是M13及其他丝状单股DNA噬菌体。
用于表达FZD结合或Wnt结合剂(或用来作为抗原的蛋白)的适当宿主细胞包括原核生物、酵母菌细胞、昆虫细胞或在适当启动子控制下的高级真核细胞。原核生物包括革兰氏阴性或革兰氏阳性有机体，例如大肠杆菌(E.coli)或杆菌(Bacillus)。高级真核细胞包括如下所述的哺乳动物来源的株化细胞系。不含细胞的翻译系统亦可被采用。用于细菌性、真菌性、酵母菌性及哺乳动物细胞性宿主的适当选殖及表达载体系该领域所广为周知。有关蛋白质产制(包括抗体产制)方法的额外信息可见于例如美国专利公开号2008/0187954；美国专利第6,413,746及6,660,501号；及国际专利公开号WO2004/009823。
多种哺乳动物细胞培养系统被用于表达重组多肽。于哺乳动物细胞中表达重组蛋白可为较佳，因为这些蛋白通常经过正确折叠折叠、适当改质且具生物功能性。适当哺乳动物宿主细胞系的实例包括COS-7(猴肾来源)、L-929(小鼠纤维母细胞来源)、C127(小鼠乳房肿瘤来源)、3T3(小鼠纤维母细胞来源)、CHO(中国仓鼠卵巢来源)、HeLa(人子宫颈癌来源)、BHK(仓鼠肾纤维母细胞来源)、HEK-293(人胚胎肾来源)细胞系及彼等的变异株。哺乳动物表达载体可包含非转录组件(诸如复制起点、与所欲表达的基因相连的适当启动子及增强子，及其他5’或3’侧翼非转录序列)及5’或3’非翻译序列(诸如必要的核糖体结合位点、聚腺苷酸化位点、剪接供点及受点，及转录终止序列)。
于昆虫细胞培养系统(例如杆状病毒)中表达重组蛋白质亦提供产制正确折叠及具生物功能的蛋白质的有效方法。用于在昆虫细胞中产制异源性蛋白质的杆状病毒系统系本领域技术人员所广为周知(见例如LuckowandSummers,1988,Bio/Technology,6:47)。
因此，本发明提供包含此处所述的FZD结合剂或Wnt结合剂的细胞。在一些实施方式中，该等细胞产制此处所述的结合剂(例如抗体或可溶性受体)。在某些实施方式中，该等细胞产制抗体。在某些实施方式中，该等细胞产制抗体OMP-18R5。在一些实施方式中，该等细胞产制可溶性受体。在一些实施方式中，该等细胞产制FZD-Fc可溶性受体。在一些实施方式中，该等细胞产制FZD8-Fc可溶性受体。在一些实施方式中，该等细胞产制FZD8-Fc可溶性受体54F28。
由经转化的宿主产制的蛋白质可根据任何适当方法纯化。标准方法包括层析(例如离子交换、亲和性及尺寸柱层析)、离心、差别溶解或藉由任何其他用于蛋白质纯化的标准技术。亲和性标签诸如六组氨酸、麦芽糖结合结构域、流感外套序列及麸胱甘肽-S-转移酶可被连接至该蛋白质以允许藉由通过适当亲和性管柱的轻易纯化。经分离的蛋白亦可经物理特征化，使用像是蛋白水解、质谱分析(MS)、核磁共振(NMR)、高效液相层析(HPLC)及x光结晶的技术。
在一些实施方式中，源自分泌重组蛋白质至培养基的表达系统的上清液可利用商用蛋白质浓缩过滤器先行浓缩，例如使用阿密康(Amicon)或密里博(Millipore)Pellicon超过滤单位浓缩。在浓缩步骤之后，该浓缩液可被加至适当纯化基材。在一些实施方式中，可采用阴离子交换树脂，例如具有二乙基胺基乙基(DEAE)悬挂基团的基材或基质。该基材可为丙烯酰胺、洋菜糖、葡聚糖、纤维素或其他常用于蛋白质纯化的基材。在一些实施方式中，可采用阳离子交换步骤。适当的阳离子交换基材包括包含磺丙基或羧甲基的各种不可溶基材。在一些实施方式中，可采用羟磷灰石基质，包括但不限于陶瓷羟磷灰石(CHT)。在某些实施方式中，一或多种应用疏水性反相HPLC基质(例如具有悬挂甲基或其他脂肪族基团的硅胶)的反相HPLC步骤可被采用以进一步纯化结合剂。上述的一些或所有纯化步骤的各种组合亦可被应用以提供均质性重组蛋白。
在一些实施方式中，于细菌培养中生产的重组蛋白质可被分离，例如藉由自细胞团块初步萃取，接着进行一或多次浓缩、盐析、水性离子交换或大小排除层析步骤。HPLC可被使用于最终纯化步骤。用于表达重组蛋白的微生物细胞可藉由任何方便方法破碎，包括冷冻解冻循环、超声波震荡、机械破碎或使用细胞溶解剂。
该领域已知的用于纯化抗体及其他蛋白质的方法亦包括例如该些于美国专利公开号2008/0312425、2008/0177048及2009/0187005所述者。
在某些实施方式中，该Wnt结合剂或该FZD结合剂系非抗体的多肽。用于识别及产制以高亲和性与蛋白质标靶结合的非抗体多肽的各种方法系该领域所知。见例如Skerra,2007,Curr.Opin.Biotechnol.,18:295-304；Hosseetal.,2006,ProteinScience,15:14-27；Gilletal.,2006,Curr.Opin.Biotechnol.,17:653-658；Nygren,2008,FEBSJ.,275:2668-76；及Skerra,2008,FEBSJ.,275:2677-83。在某些实施方式中，噬菌体展示技术可被用于生产及/或识别FZD结合或Wnt结合多肽。在某些实施方式中，该多肽包含选自蛋白A、蛋白G、脂质运载蛋白(lipocalin)、纤维粘连蛋白结构域、锚蛋白(ankyrin)共同重复结构域或硫氧还蛋白类型的蛋白质支架。
在某些实施方式中，该结合剂可以数种缀合(即免疫缀合物或放射缀合物)或非缀合形式的任一者被使用。在某些实施方式中，抗体可以非缀合形式被使用以驾驭个体的天然防御机制，包括补体依赖性细胞毒性及抗体依赖性细胞毒性，以消灭该恶性或癌细胞。
在一些实施方式中，该结合剂系与细胞毒性剂缀合。在一些实施方式中，该细胞毒性剂系化学治疗剂，包括但不限于甲胺喋呤(methotrexate)、甲烯土霉素(adriamicin)、多柔比星(doxorubicin)、霉法兰(melphalan)、丝裂霉素C(mitomycinC)、氯芥苯丁酸(chlorambucil)、正定霉素(daunorubicin)或其他插入剂。在一些实施方式中，该细胞毒性剂系细菌、真菌、植物或动物来源的酶活性毒素及彼等的片段，包括但不限于白喉毒素A链、白喉毒素的非结合活性片段、外毒素A链、蓖麻毒素A链、相思豆毒素(abrin)A链、莫迪素(modeccin)A链、α-次黄嘌呤(sarcin)、油桐(Aleuritesfordii)蛋白、石竹素(dianthin)蛋白、美洲商陆(Phytolacaamericana)蛋白(PAPI、PAPII及PAP-S)、苦瓜(momordicacharantia)抑制剂、泻果素(curcin)、巴豆素(crotin)、肥皂草(saponariaofficinalis)抑制剂、白树毒素(gelonin)、丝裂胶素(mitogellin)、局限曲菌素(restrictocin)、酚霉素(phenomycin)、伊诺霉素(enomycin)及新月毒素(trichothecene)。在一些实施方式中，该细胞毒性剂系放射性同位素以产制放射缀合物或经放射缀合的抗体。多种放射性核种可用于产制经放射缀合的抗体，包括但不限于90Y、125I、131I、123I、111In、131In、105Rh、153Sm、67Cu、67Ga、166Ho、177Lu、186Re、188Re及212Bi。在一些实施方式中，本发明可产制抗体与一或多种小分子毒素的缀合物，该等毒素诸如卡利奇霉素(calicheamicin)、类美坦素(maytansinoids)、新月毒素(trichothene)、CC1065及具有毒素活性的该些毒素的衍生物。在某些实施方式中，抗体与细胞毒性剂的缀合物可利用各种双官能性蛋白偶合剂制备，例如N-琥珀酰亚胺基-3-(2-吡啶二硫代)丙酸酯(SPDP)、二亚胺环硫丁烷(IT)、亚氨酸酯的双官能基衍生物(诸如己二亚胺二甲酯HCL)、活性酯的双官能基衍生物(诸如辛二酸二琥珀酰亚胺)、醛的双官能基衍生物(诸如戊二醛)、双迭氮化合物(诸如双(对-迭氮苯甲酰基)己二胺)、双重氮衍生物(诸如双-(对-重氮苯甲酰基)-乙二胺)、二异氰酸酯(诸如2,6-二异氰酸甲苯酯)及双活性氟化合物(诸如1,5-二氟-2,4-二硝苯)。
在某些实施方式中，该Wnt途径抑制剂(例如抗体或可溶性受体)系至少一种Wnt蛋白(即1、2、3、4、5、6、7、8、9或10种Wnt蛋白)的拮抗剂。在某些实施方式中，该Wnt途径抑制剂抑制其所结合的Wnt蛋白的活性。在某些实施方式中，该Wnt途径抑制剂抑制至少约10％、至少约20％、至少约30％、至少约50％、至少约75％、至少约90％或约100％的其所结合的人Wnt蛋白的活性。
在某些实施方式中，该Wnt途径抑制剂(例如抗体或可溶性受体)抑制至少一种人Wnt与适当受体的结合。在某些实施方式中，该Wnt途径抑制剂抑制至少一种人Wnt蛋白与一或多种人FZD蛋白的结合。在一些实施方式中，该至少一种Wnt蛋白系选自下列：Wnt1、Wnt2、Wnt2b/13、Wnt3、Wnt3a、Wnt4、Wnt5a、Wnt5b、Wnt6、Wnt7a、Wnt7b、Wnt8a、Wnt8b、Wnt9a、Wnt9b、Wnt10a、Wnt10b、Wnt11、及Wnt16。在一些实施方式中，该一或多种人FZD蛋白系选自下列：FZD1、FZD2、FZD3、FZD4、FZD5、FZD6、FZD7、FZD8、FZD9及FZD10。在某些实施方式中，该Wnt途径抑制剂抑制一或多种Wnt蛋白与FZD1、FZD2、FZD4、FZD5、FZD7、及/或FZD8的结合。在某些实施方式中，该Wnt途径抑制剂抑制一或多种Wnt蛋白与FZD8的结合。在某些实施方式中，由该Wnt途径抑制剂对特定Wnt与FZD蛋白的结合的抑制系至少约10％、至少约25％、至少约50％、至少约75％、至少约90％或至少约95％。在某些实施方式中，抑制Wnt与FZD蛋白结合的剂亦抑制Wnt途径信号传导。在某些实施方式中，抑制人Wnt途径信号传导的Wnt途径抑制剂系抗体。在某些实施方式中，抑制人Wnt途径信号传导的Wnt途径抑制剂系FZD-Fc可溶性受体。在某些实施方式中，抑制人Wnt途径信号传导的Wnt途径抑制剂系FZD8-Fc可溶性受体。在某些实施方式中，抑制人Wnt途径信号传导的Wnt途径抑制剂系可溶性受体54F28。
在某些实施方式中，本文中所述的该Wnt途径抑制剂(例如抗体或可溶性受体)为至少一种人Wnt蛋白的抑制剂且抑制Wnt活性。在某些实施方式中，该Wnt途径抑制剂抑制至少约10％、至少约20％、至少约30％、至少约50％、至少约75％、至少约90％或约100％的Wnt活性。在一些实施方式中，该Wnt途径抑制剂抑制一、二、三、四、五或更多种Wnt蛋白的活性。在一些实施方式中，该Wnt途径抑制剂抑制选自下列的至少一种人Wnt蛋白的活性：Wnt1、Wnt2、Wnt2b、Wnt3、Wnt3a、Wnt4、Wnt5a、Wnt5b、Wnt6、Wnt7a、Wnt7b、Wnt8a、Wnt8b、Wnt9a、Wnt9b、Wnt10a、Wnt10b、Wnt11、及Wnt16。在一些实施方式中，该Wnt结合剂与至少一种选自Wnt1、Wnt2、Wnt2b、Wnt3、Wnt3a、Wnt7a、Wnt7b、Wnt8a、Wnt8b、Wnt10a、及Wnt10b的Wnt蛋白结合。在某些实施方式中，该至少一种Wnt蛋白系选自Wnt1、Wnt2、Wnt2b、Wnt3、Wnt3a、Wnt8a、Wnt8b、Wnt10a、及Wnt10b。在某些实施方式中，抑制人Wnt活性的Wnt途径抑制剂系抗体。在某些实施方式中，抑制人Wnt活性的Wnt途径抑制剂系FZD-Fc可溶性受体。在某些实施方式中，抑制人Wnt活性的Wnt途径抑制剂系FZD8-Fc可溶性受体。在某些实施方式中，抑制人Wnt活性的Wnt途径抑制剂系可溶性受体54F28。
在某些实施方式中，本文所述的该Wnt途径抑制剂系至少一种人FZD蛋白的拮抗剂且抑制FZD活性。在某些实施方式中，该Wnt途径抑制剂抑制至少约10％、至少约20％、至少约30％、至少约50％、至少约75％、至少约90％或约100％的FZD活性。在一些实施方式中，该Wnt途径抑制剂抑制一、二、三、四、五或更多种FZD蛋白的活性。在一些实施方式中，该Wnt途径抑制剂抑制选自下列的至少一种人FZD蛋白的活性：FZD1、FZD2、FZD3、FZD4、FZD5、FZD6、FZD7、FZD8、FZD9及FZD10。在某些实施方式中，该Wnt途径抑制剂抑制FZD1、FZD2、FZD4、FZD5、FZD7、及/或FZD8的活性。在某些实施方式中，该Wnt途径抑制剂抑制FZD8的活性。在一些实施方式中，该Wnt途径抑制剂系抗FZD抗体。在某些实施方式中，该Wnt途径抑制剂系抗FZD抗体OMP-18R5。
在某些实施方式中，本文所述的该Wnt途径抑制剂系至少一种人Wnt蛋白的拮抗剂且抑制Wnt信号传导。在某些实施方式中，该Wnt途径抑制剂抑制至少约10％、至少约20％、至少约30％、至少约50％、至少约75％、至少约90％或约100％的Wnt信号传导。在一些实施方式中，该Wnt途径抑制剂抑制一、二、三、四、五或更多种Wnt蛋白的信号传导。在一些实施方式中，该Wnt途径抑制剂抑制至少一种选自Wnt1、Wnt2、Wnt2b、Wnt3、Wnt3a、Wnt7a、Wnt7b、Wnt8a、Wnt8b、Wnt10a、及Wnt10b的Wnt蛋白的信号传导。在某些实施方式中，抑制Wnt信号传导的Wnt途径抑制剂系抗体。在某些实施方式中，抑制Wnt信号传导的Wnt途径抑制剂系可溶性受体。在某些实施方式中，抑制Wnt信号传导的Wnt途径抑制剂系FZD-Fc可溶性受体。在某些实施方式中，抑制Wnt信号传导的Wnt途径抑制剂系FZD8-Fc可溶性受体。在某些实施方式中，抑制Wnt信号传导的Wnt途径抑制剂系可溶性受体54F28。
在某些实施方式中，本文中所述的Wnt途径抑制剂系β-连环蛋白信号传导的拮抗剂。在某些实施方式中，该Wnt途径抑制剂抑制至少约10％、至少约20％、至少约30％、至少约50％、至少约75％、至少约90％或约100％的β-连环蛋白信号传导。在某些实施方式中，抑制β-连环蛋白信号传导的Wnt途径抑制剂系抗体。在某些实施方式中，抑制β-连环蛋白信号传导的Wnt途径抑制剂系抗FZD抗体。在某些实施方式中，抑制β-连环蛋白信号传导的Wnt途径抑制剂系抗体OMP-18R5。在某些实施方式中，抑制β-连环蛋白信号传导的Wnt途径抑制剂系可溶性受体。在某些实施方式中，抑制β-连环蛋白信号传导的Wnt途径抑制剂系FZD-Fc可溶性受体。在某些实施方式中，抑制β-连环蛋白信号传导的Wnt途径抑制剂系FZD8-Fc可溶性受体。
在某些实施方式中，本文中所述的Wnt途径抑制剂抑制至少一种Wnt蛋白与受体的结合。在某些实施方式中，该Wnt途径抑制剂抑制至少一种人Wnt蛋白与一或多种其受体的结合。在一些实施方式中，该Wnt途径抑制剂抑制至少一种Wnt蛋白与至少一种FZD蛋白的结合。在一些实施方式中，该Wnt结合剂抑制至少一种Wnt蛋白与FZD1、FZD2、FZD3、FZD4、FDZ5、FDZ6、FDZ7、FDZ8、FDZ9、及/或FZD10的结合。在某些实施方式中，至少一种Wnt与至少一种FZD蛋白的结合系经抑制至少约10％、至少约25％、至少约50％、至少约75％、至少约90％或至少约95％。在某些实施方式中，抑制至少一种Wnt与至少一种FZD蛋白结合的Wnt途径抑制剂另抑制Wnt途径信号传导及/或β-连环蛋白信号传导。在某些实施方式中，抑制至少一种人Wnt与至少一种FZD蛋白结合的Wnt途径抑制剂系抗体。在某些实施方式中，抑制至少一种人Wnt与至少一种FZD蛋白结合的Wnt途径抑制剂系抗FZD抗体。在某些实施方式中，抑制至少一种人Wnt与至少一种FZD蛋白结合的Wnt途径抑制剂系抗体OMP-18R5。在某些实施方式中，抑制至少一种人Wnt与至少一种FZD蛋白结合的Wnt途径抑制剂系可溶性受体。在某些实施方式中，抑制至少一种人Wnt与至少一种FZD蛋白结合的Wnt途径抑制剂系FZD-Fc可溶性受体。在某些实施方式中，抑制至少一种人Wnt与至少一种FZD蛋白结合的Wnt途径抑制剂系FZD8-Fc可溶性受体。在某些实施方式中，抑制至少一种人Wnt与至少一种FZD蛋白结合的Wnt途径抑制剂系FZD8-Fc可溶性受体54F28。
在某些实施方式中，本文中所述的Wnt途径抑制剂阻断至少一种Wnt与受体的结合。在某些实施方式中，该Wnt途径抑制剂阻断至少一种人Wnt蛋白与一或多种其受体的结合。在一些实施方式中，该Wnt途径抑制剂抑制至少一种Wnt与至少一种FZD蛋白的结合。在一些实施方式中，该Wnt途径抑制剂阻断至少一种Wnt蛋白与FZD1、FZD2、FZD3、FZD4、FDZ5、FDZ6、FDZ7、FDZ8、FDZ9、及/或FZD10的结合。在某些实施方式中，至少一种Wnt与至少一种FZD蛋白的结合系经阻断至少约10％、至少约25％、至少约50％、至少约75％、至少约90％或至少约95％。在某些实施方式中，阻断至少一种Wnt蛋白与至少一种FZD蛋白结合的Wnt途径抑制剂另抑制Wnt途径信号传导及/或β-连环蛋白信号传导。在某些实施方式中，阻断至少一种人Wnt与至少一种FZD蛋白结合的Wnt途径抑制剂系抗体。在某些实施方式中，阻断至少一种人Wnt与至少一种FZD蛋白结合的Wnt途径抑制剂系抗FZD抗体。在某些实施方式中，阻断至少一种人Wnt与至少一种FZD蛋白结合的Wnt途径抑制剂系抗体OMP-18R5。在某些实施方式中，阻断至少一种人Wnt与至少一种FZD蛋白结合的Wnt途径抑制剂系可溶性受体。在某些实施方式中，阻断至少一种人Wnt与至少一种FZD蛋白结合的Wnt途径抑制剂系FZD-Fc可溶性受体。在某些实施方式中，阻断至少一种人Wnt与至少一种FZD蛋白结合的Wnt途径抑制剂系FZD8-Fc可溶性受体。在某些实施方式中，阻断至少一种人Wnt与至少一种FZD蛋白结合的Wnt途径抑制剂系可溶性受体54F28。
在某些实施方式中，本文所述的Wnt途径抑制剂抑制Wnt途径信号传导。应了解的是，抑制Wnt途径信号传导的Wnt途径抑制剂在某些实施方式中可能抑制Wnt信号传导途径中藉由一或多种受体的信号传导，但不一定抑制藉由所有受体的信号传导。在某些选择性实施方式中，所有人受体的Wnt途径信号传导可能皆被抑制。在某些实施方式中，选自FZD1、FZD2、FZD3、FZD4、FDZ5、FDZ6、FDZ7、FDZ8、FDZ9、及FZD10的一或多种受体的Wnt途径信号传导系经抑制。在某些实施方式中，Wnt途径抑制剂对Wnt途径信号传导的抑制系指减少Wnt途径信号传导的量至少约10％、至少约25％、至少约50％、至少约75％、至少约90％或至少约95％。在一些实施方式中，抑制Wnt途径信号传导的Wnt途径抑制剂系抗体。在一些实施方式中，抑制Wnt途径信号传导的Wnt途径抑制剂系抗FZD抗体。在一些实施方式中，抑制Wnt途径信号传导的Wnt途径抑制剂系抗体OMP-18R5。在一些实施方式中，抑制Wnt途径信号传导的Wnt途径抑制剂系可溶性受体。在一些实施方式中，抑制Wnt途径信号传导的Wnt途径抑制剂系FZD-Fc可溶性受体。在一些实施方式中，抑制Wnt途径信号传导的Wnt途径抑制剂系FZD8-Fc可溶性受体。在一些实施方式中，抑制Wnt途径信号传导的Wnt途径抑制剂系可溶性受体54F28。
在某些实施方式中，本文所述的Wnt途径抑制剂抑制β-连环蛋白的活化。应了解的是，抑制β-连环蛋白的活化的Wnt途径抑制剂在某些实施方式中可能抑制藉由一或多种受体的β-连环蛋白的活化，但不一定抑制藉由所有受体的β-连环蛋白的活化。在某些选择性实施方式中，藉由所有人受体的β-连环蛋白活化可能皆被抑制。在某些实施方式中，藉由选自FZD1、FZD2、FZD3、FZD4、FDZ5、FDZ6、FDZ7、FDZ8、FDZ9、及FZD10的一或多种受体的β-连环蛋白活化系经抑制。在某些实施方式中，该Wnt结合剂对β-连环蛋白活化的抑制系指减少β-连环蛋白活化量至少约10％、至少约25％、至少约50％、至少约75％、至少约90％或至少约95％。在一些实施方式中，抑制β-连环蛋白的活化的Wnt途径抑制剂系抗体。在一些实施方式中，抑制β-连环蛋白的活化的Wnt途径抑制剂系抗FZD抗体。在一些实施方式中，抑制β-连环蛋白的活化的Wnt途径抑制剂系抗体OMP-18R5。在一些实施方式中，抑制β-连环蛋白的活化的Wnt途径抑制剂系可溶性受体。在一些实施方式中，抑制β-连环蛋白的活化的Wnt途径抑制剂系FZD-Fc可溶性受体。在一些实施方式中，抑制β-连环蛋白的活化的Wnt途径抑制剂系FZD8-Fc可溶性受体。在一些实施方式中，抑制β-连环蛋白的活化的Wnt途径抑制剂系可溶性受体54F28。
用于测定Wnt途径抑制剂是否抑制β-连环蛋白信号传导的活体内及试管内测定系该领域所知。举例来说，可使用以细胞为基底的荧光素酶报告试验测量试管内的β-连环蛋白信号传导量，其利用含有多份TCF结合结构域与下游萤火虫荧光素酶报告基因的TCF/Luc报告载体(Gazitetal.,1999,Oncogene,18；5959-66；TOPflash,Millipore,BillericaMA)。在一或多种Wnt蛋白(例如由转染细胞表达或由Wnt条件培养基提供的Wnt)存在下，结合剂存在时的β-连环蛋白信号传导量系与无结合剂存在时的信号传导量比较。除了TCF/Luc报告子测定之外，结合剂(或候选剂)对β-连环蛋白信号传导的影响可于试管内或活体内藉由测量该剂对β-连环蛋白调节基因表达量的影响加以测定，如c-myc(Heetal.,1998,Science,281:1509-12)、细胞周期素D1(Tetsuetal.,1999,Nature,398:422-6)及/或纤维粘连蛋白(Gradletal.1999,Mol.CellBiol.,19:5576-87)。在某些实施方式中，结合剂对β-连环蛋白信号传导的影响亦可能藉由测量该剂对Dishevelled-1、Dishevelled-2、Dishevelled-3、LRP5、LRP6及/或β-连环蛋白的磷酸化状态的影响检测。
在某些实施方式中，Wnt途径抑制剂具有一或多种下列影响：抑制肿瘤细胞增生、抑制肿瘤生长、减少癌干细胞于肿瘤中的频率、减少肿瘤的肿瘤发生性、藉由减少癌干细胞于肿瘤中的频率以减少肿瘤的肿瘤发生性、刺激肿瘤细胞的细胞死亡、诱导肿瘤中的细胞分化、使致癌细胞分化成非致癌状态、诱导肿瘤细胞分化标志的表达、防止肿瘤细胞转移、或减少肿瘤细胞的存活。
在某些实施方式中，Wnt途径抑制剂可抑制肿瘤生长。在某些实施方式中，Wnt途径抑制剂可抑制活体内(例如异种移植小鼠模型及/或于罹患癌的人)的肿瘤生长。在一些实施方式中，该肿瘤系选自结直肠肿瘤、结肠肿瘤、胰肿瘤、肺肿瘤、卵巢肿瘤、肝肿瘤、乳房肿瘤、肾肿瘤、前列腺肿瘤、胃肠道肿瘤、黑色素瘤、子宫颈肿瘤、膀胱肿瘤、神经胶母细胞瘤或头颈肿瘤的肿瘤。在某些实施方式中，该肿瘤系黑色素瘤。在某些实施方式中，该肿瘤系结直肠肿瘤。在某些实施方式中，该肿瘤系胰肿瘤。在某些实施方式中，该肿瘤系乳房肿瘤。在某些实施方式中，该肿瘤系Wnt依赖性肿瘤。
在某些实施方式中，Wnt途径抑制剂可减少肿瘤的肿瘤发生性。在某些实施方式中，Wnt途径抑制剂可于动物模型诸如小鼠异种移植模型中减少包含癌干细胞的肿瘤的肿瘤发生性。在某些实施方式中，肿瘤中癌干细胞的数量或频率系减少至少约二倍、约三倍、约五倍、约十倍、约50倍、约100倍、或约1000倍。在某些实施方式中，癌干细胞的数量或频率减少系藉由使用动物模型的限制稀释试验测定。有关使用限制稀释试验以测定肿瘤中癌干细胞的数量或频率减少的其他实例及指南可见例如国际公开号WO2008/042236、及美国专利公开号2008/0064049及2008/0178305。
在某些实施方式中，本文描述的Wnt途径抑制剂于活体内具有至少1小时、至少约2小时、至少约5小时、至少约10小时、至少约24小时、至少约2天、至少约3天、至少约1周、或至少约2周的活性。在某些实施方式中，该Wnt途径抑制剂系IgG(例如IgG1或IgG2)抗体，其于活体内具有至少1小时、至少约2小时、至少约5小时、至少约10小时、至少约24小时、至少约2天、至少约3天、至少约1周、或至少约2周的活性。在某些实施方式中，该Wnt途径抑制剂系融合蛋白，其于活体内具有至少1小时、至少约2小时、至少约5小时、至少约10小时、至少约24小时、至少约2天、至少约3天、至少约1周、或至少约2周的活性。
在某些实施方式中，本文描述的Wnt途径抑制剂于小鼠、长尾猕猴(cynomolgusmonkey)或人体内具有至少约5小时、至少约10小时、至少约24小时、至少约2天、至少约3天、至少约1周、或至少约2周的循环半衰期。在某些实施方式中，该Wnt途径抑制剂系于小鼠、长尾猕猴或人体内具有至少约5小时、至少约10小时、至少约24小时、至少约2天、至少约3天、至少约1周、或至少约2周的循环半衰期的IgG(例如IgG1或IgG2)抗体。在某些实施方式中，该Wnt途径抑制剂系融合蛋白，其于小鼠、长尾猕猴(cynomolgusmonkey)或人体内具有至少约5小时、至少约10小时、至少约24小时、至少约2天、至少约3天、至少约1周、或至少约2周的循环半衰期。增加(或减少)剂诸如多肽及抗体的半衰期的方法系该领域所知。举例来说，增加IgG抗体循环半衰期的已知方法包括导入突变至Fc区，此增加pH6.0时抗体对新生儿Fc受体(FcRn)的pH依赖性结合(见例如美国专利公开号2005/0276799、2007/0148164及2007/0122403)。增加缺乏Fc区的抗体片段的循环半衰期的已知方法包括像是PEG化的技术。
IV.试剂盒
另外提供用于实施本发明的方法的试剂盒。所谓“试剂盒”系意图指任何包含至少一种用于特异性检测本发明的至少一种生物标记物的表达的试剂例如抗体、核酸探针等的制品(例如包装或容器)。该试剂盒可被促销、经销及/或贩卖为一种用于实施本发明的方法的单位。此外，该等试剂盒可包含描述该试剂盒及包括其使用的说明性材料的包装仿单。
在一些实施方式中，试剂盒包含用于使用微阵列技术实施本发明的方法的试剂。在一些实施方式中，试剂盒包含用于使用qPCR测试实施本发明的方法的试剂。阳性及/或阴性对照可被包括于试剂盒中以验证根据本发明采用的试剂的活性及正确使用。对照可包括已知有受到关注的生物标记物存在或不存在的样本，或其他包含受到关注的生物标记物的样本。对照的设计及使用系为标准且为本领域技术人员的例行能力。
在一些实施方式中，试剂盒包含选自SEQIDNO:62至79的多核苷酸。在一些实施方式中，试剂盒包含：(a)SEQIDNO:62的正向引物、SEQIDNO:63的反向引物、及包含SEQIDNO:64的探针；(b)SEQIDNO:65的正向引物、SEQIDNO:66的反向引物、及包含SEQIDNO:67的探针；(c)SEQIDNO:68的正向引物、SEQIDNO:69的反向引物、及包含SEQIDNO:70的探针；(d)SEQIDNO:71的正向引物、SEQIDNO:72的反向引物、及包含SEQIDNO:73的探针；(e)SEQIDNO:74的正向引物、SEQIDNO:75的反向引物、及包含SEQIDNO:76的探针；以及(f)SEQIDNO:77的正向引物、SEQIDNO:78的反向引物、及包含SEQIDNO:79的探针。
应进一步理解的是，在本发明的方法中的任何或所有步骤可由人员实施或以自动化方式进行。因此，样本制备、生物标记物表达的检测等的步骤可经自动化。
本发明的实施方式可藉由参考下列非限制性实施例进一步定义，以下实施例描述本发明的某些抗体的详细制备及使用本发明的抗体的方法。本领域技术人员将显而易见的是，许多在材料及方法上的调整可加以实施而不背离本发明的范围。
实施例1
鉴别对OMP-18R5与紫杉醇(taxol)的组合治疗有反应的肿瘤
乳房肿瘤异种移植模型OMP-B34、OMP-B39、OMP-B44、OMP-B59、OMP-B60、UM-T01、UM-T03及UM-PE13系自最小继代、衍生自病患的肿瘤样品于OncoMedPharmaceuticals或密西根大学建立。六至八周龄的NOD/SCID小鼠系经皮下注射2-4×104个OMP-B34、OMP-B39、OMP-B44、OMP-B59、OMP-B60、UM-T01、UM-T03或UM-PE13肿瘤细胞。让肿瘤生长直到肿瘤达到平均体积100至150mm3。肿瘤小鼠系经随机分组成四组(每组n＝10)并经对照抗体1B711(15mg/kg)、抗FZD抗体OMP-18R5(15mg/kg)、紫杉醇(10mg/kg)或OMP-18R5(15mg/kg)与紫杉醇(10mg/kg)的组合治疗。抗体及/或紫杉醇的治疗系经每周投予。监测肿瘤生长，于所示时间点以电子卡尺测量肿瘤体积。数据以平均值±SEM表示。
为了决定肿瘤是否对抗FZD抗体OMP-18R5有反应，单剂肿瘤体积数据系与对照比较，而OMP-18R5与紫杉醇的组合治疗系与紫杉醇单剂比较。在本试验中，“有反应者”肿瘤系定义为相较于紫杉醇作为单剂时的肿瘤生长抑制，OMP-18R5与紫杉醇的组合显示显著较高肿瘤生长抑制的肿瘤。
各异种移植模型的结果系显示于图1A至H。T检定系于各时间点进行。多重比较使用双向重复测量变异数分析，接着进行邦弗朗尼校正。T检定及双向重复测量变异数分析系利用GraphPadPrism5(GraphPadSoftwareInc.)进行。肿瘤OMP-B59、OMP-B60、UM-T03及UM-PE13系经显示为有反应者，然而肿瘤OMP-B34、OMP-B39、OMP-B44及UM-T01系经显示为无反应者。结果示于表1。
表1
肿瘤 肿瘤亚型 分类
OMP-B34 TNBC 无反应者
OMP-B39 TNBC 无反应者
OMP-B44 TNBC 无反应者
OMP-B59 TNBC 有反应者
OMP-B60 TNBC 有反应者
UM-T01 TNBC 无反应者
UM-T03 ER+PR+HER2+ 有反应者
UM-PE13 TNBC 有反应者
实施例2
鉴别预测性生物标记物
微阵列分析系于对OMP-18R5与紫杉醇的组合治疗无反应(“无反应者”)的未经处理的乳房肿瘤OMP-B34、OMP-B39、OMP-B44，及UM-T01以及对OMP-18R5与紫杉醇的组合治疗有反应(“有反应者”)的未经处理的肿瘤OMP-B59、OMP-B60、UM-T03及UM-PE13上进行。依照制造商说明使用RNeasy纤维组织迷你试剂盒(Qiagen,ValenciaCA)及DNA酶处理，自各肿瘤分离RNA。样本系储存于-80℃。RNA系于Agilent2100生物分析仪上检视，藉由存在完整28S及18S核糖体波峰可证实完整性。所有RNA样本具有260/280比>1.8。自各肿瘤分离的总RNA系利用OvationRNA扩增系统V2(NuGEN,SanCarlos,CA)加以扩增。经扩增的反义单股cDNA系利用FL-OvationcDNA生物素模块V2(NuGEN)加以分段及生物素基化。在与阵列杂交前，cDNA及经分段的cDNA的质量系藉由分光亮度计及生物分析器评估。使该经处理的RNA与AffymetrixHG-U133plus2.0微阵列(Affymetrix,SantaClara,CA)杂交，如厂商技术手册所述。在杂交后，该微阵列系经清洗、扫描及分析。微阵列数据系经处理成探针组级的数据，其系使用GeneChip-RMA(Wuetal.,2004,J.Amer.Stat.Assn.,99:909-917)。可能与鼠标记交叉杂交的探针组系经移除。要将数据摘要成基因等级并且确保选择具有最强信号的探针组，在所有定位于一个基因的探针组使用最大表达。移除具有低表达(以log2尺度而言<5)或几乎零变异(<0.01)的基因。基因系经标准化至N(0,1)，此系藉由将平均值减去log2尺度表达并除以各基因的标准偏差。
分析系利用来自数种信号传导途径的基因进行，该等信号传导途径包括典型、平面细胞极性、Wnt/Ca+2、Wnt信号传导负调节、细胞命运、组织极性、细胞生长及增生、细胞移动、细胞周期及细胞恒定(见表2)。
表2
支持向量机递归特征删除(SVM-RFE)方法(Guyonetal,2002,MachineLearning,46:389-422)系用于鉴别可区别有反应与无反应肿瘤的基因，且支持向量机(SVM)方法(CortesandVapnik,1995,MachineLearning,20:273-297)系用于分类。留一交叉验证(LOOCV)方法被用于选择基因的数量且也用于测量模型的阳性预测值(PPV)、阴性预测值(NPV)、敏感性及特异性。使用8个乳房肿瘤的包含FBXW2、CCND2、RHOU、CTBP2、WIF1及DKK1的生物标记物标签达到最佳表达，其中PPV＝NPV＝敏感性＝特异性＝100％(见表2)。如图3所示，主组分分析(PCA)显示6基因生物标记物标签导致近乎完美的分开8个乳房肿瘤。此外，在6基因生物标记物标签与实施例1所述的活体内实验的肿瘤体积比(RTV)之间观察到强烈相关性(相关性＝0.95，p值＝0.0003；交叉验证相关性＝0.89，p值＝0.00027；图4)。
判定值系根据训练数据由SVM模型决定。以6基因生物标记物标签而言，判定值可由6基因标准化表达的加权总合计算：0.4560427*FBXW2+0.3378467*CCND2–0.4809354*RHOU+0.409029*CTBP2+0.3291529*WIF1+02926374*DKK1+0.04662682。阳性判定值显示肿瘤经预测为有反应者，而阴性判定值显示肿瘤经预测为无反应者。此外，分类机率可藉由适配逻辑回归至判定值上获得。具有高于0.5的机率的肿瘤将被预测为有反应者，而具有低于0.5的机率的肿瘤将被预测为无反应者。
实施例3
活体内验证预测性生物标记物
六个额外的乳癌肿瘤系选自OncoMed肿瘤库，并如实施例1所述进行微阵列分析。该六个乳癌肿瘤系OMP-B29、OMP-B71、OMP-B84、OMP-B90、UM-T02及UM-T06。如本文所述，使用6基因生物标记物标签的分类机率分析以预测这些肿瘤各者对抗FZD抗体OMP-18R5与紫杉醇的组合治疗的反应(见图5)。同时，在如实施例1所述的活体内异种移植模型中评估该六个肿瘤(见图6A至F)。如实施例1a所述，在活体内模型中的“有反应者”系显示相较于紫杉醇作为单剂时的肿瘤生长抑制，OMP-18R5与紫杉醇的组合显示显著较高肿瘤生长抑制的肿瘤。根据分类机率的预测系与活体内异种移植模型的结果比较。结果示于表3。
表3
肿瘤 肿瘤亚型 分类机率 判定值 预测 体内反应
OMP-B29 ER+PR+HER2- 0.3344 -0.5928 无反应者 无反应者
OMP-B71 ER+PR+HER2- 0.9897 1.6789 有反应者 有反应者
OMP-B84 ER+PR+HER2- 0.4324 -0.4002 无反应者 无反应者
OMP-B90 TNBC 0.8152 0.492 有反应者 有反应者
UM-T02 TNBC 0.4387 -0.3972 无反应者 无反应者
UM-T06 ER+PR+HER2- 0.1385 -1.0778 无反应者 无反应者
如表3所示，六个乳癌肿瘤各者的反应系由6基因生物标记物标签使用判定值及分类机率正确预测。
实施例4
6基因生物标记物标签的盛行率预估
生物标记物标签的盛行率可被定义为根据生物标记物标签经预测为有反应者的族群比例。6基因生物标记物标签在HER2阴性(HER2-)及三阴性乳癌(TNBC)族群中的盛行率系藉由将6基因生物标记物标签应用于三个公众可用的乳癌微阵列数据组预估。Cremoux2001数据组系汇总自有226名病患的AffymetrixU133plus2微阵列，包括145名HER2-及81名HER2+病患，其中51名TNBC病患被包括于HER2-组中。Wang2011数据组系汇总自有115名病患的AffymetrixU133plus2微阵列，包括79名HER2-及36名HER2+病患，其中28名TNBC病患被包括于HER2-组中。Prat2010数据组系汇总自有333名病患的Agilent人1A微阵列，包括215名HER2-及118名HER2+病患，其中57名TNBC病患被包括于HER2-组中。公众数据的前处理包括下载数据、抽取定位至六个基因的探针组及瓦解(collapsing)探针组至六个基因。基因等级的表达数据系藉由减去平均值并除以公众数据中各基因的标准偏差经进一步标准化。利用训练数据建立的SVM模型被用于分类公众数据。获得分类机率且经预测为有反应者(机率>0.5)的比例系根据6基因生物标记物标签计算。
如图7所示，在3个数据组中的6基因生物标记物标签的预测盛行率非常类似(约60％)。此预测建议大量乳癌病患族群将对抗FZD抗体OMP-18R5与紫杉醇的组合治疗有反应。
实施例5
6基因生物标记物标签的qPCR测试
qPCR测试系经发展以测定肿瘤样本中FBXW2、CCND2、RHOU、CTBP2、WIF1及DKK1的表达量。引物及探针系利用公众可得的mRNA序列设计。产制引物及探针并在利用人新鲜冷冻(FF)及经福尔马林固定的石蜡包埋(FFPE)人组织样本进行的理想化及验证测试中使用该等引物及探针。特定引物及探针系列于表4(所有序列皆为5’至3’方向)。四个参考基因被用于标准化，包括TOP1(拓扑异构酶1)、GUSB(β-葡萄糖苷酸酶)、SDHA(琥珀酸去氢酶)及PUM1(pumilio同源物1)。
表4
qPCR系于自18个异种移植乳房肿瘤获得的总RNA上进行。肿瘤样品系经收集并立即快速冷冻并储存于-80℃直到分离RNA。总RNA系根据制造商程序利用RNeasy纤维迷你试剂盒(Qiagen,ValenciaCA,PN#74704)萃取，其间使用TissueLyzer均质及DNaseI处理。在Bioanalyzer2100(Agilent,SantaClara,CA)上检视RNA，确认RNA完整(RIN值>6.0)。所有RNA具有A260/A280比>1.8。
qPCR系以二步骤方式进行。首先，cDNA系自总RNA合成，使用如AppliedBiosystemsUserBulletin2中所述的随机六聚体。TaqMan通用PCR预混试剂(AppliedBiosystems,FosterCity,CA.Cat#4304437及4326708)系根据制造商程序用于后续qPCR反应。基因表达的量系利用循环临界(Ct)方法自三重(triplicate)反应测定。循环临界通常被认为是信号超过检测临界所需的循环次数。Ct值与样本中的标靶核酸的量成反比。六个基因的Ct系利用四个参考基因的Ct值加以标准化。18个异种移植样本的6基因标签的经标准化Ct系显示于表5。
表5
判定值可藉由6基因自qPCR测试产生的数据的经标准化表达的加权总合计算。这些判定值与自微阵列数据分析产生的判定值不同，然而二个模型的预测能力非常类似。
应了解此处所描述的实施例及实施方式仅供说明示范的目的，各种对于彼等的修饰或改变将由本领域技术人员建议且将被纳入本申请案的精神与范围内。
本文所引述的所有公开文献、专利及专利申请案皆以参照方式完整纳入此处，犹如个别公开文献、专利或专利申请案系特别且个别明示以参照方式纳入。
本说明书中揭示的序列如下：
OMP-18R5重链CDR1(SEQIDNO:1)
GFTFSHYTLS
OMP-18R5重链CDR2(SEQIDNO:2)
VISGDGSYTYYADSVKG
OMP-18R5重链CDR3(SEQIDNO:3)
NFIKYVFAN
OMP-18R5轻链CDR1(SEQIDNO:4)
SGDNIGSFYVH
OMP-18R5轻链CDR2(SEQIDNO:5)
DKSNRPSG
OMP-18R5轻链CDR3(SEQIDNO:6)
QSYANTLSL
OMP-18R5重链可变区氨基酸序列(SEQIDNO:7)
EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSHYTLSWVRQAPGKGLEWVSVISGDGSYTYYADSVKGRFTISSDNSKNTLYLQMNSLRAEDTAVYYCARNFIKYVFANWGQGTLVTVSS
OMP-18R5轻链可变区氨基酸序列(SEQIDNO:8)
DIELTQPPSVSVAPGQTARISCSGDNIGSFYVHWYQQKPGQAPVLVIYDKSNRPSGIPERFSGSNSGNTATLTISGTQAEDEADYYCQSYANTLSLVFGGGTKLTVLG
含画底线的预测信号序列的OMP-18R5重链氨基酸序列(SEQIDNO:9)
MKHLWFFLLLVAAPRWVLSEVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSHYTLSWVRQAPGKGLEWVSVISGDGSYTYYADSVKGRFTISSDNSKNTLYLQMNSLRAEDTAVYYCARNFIKYVFANWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPCSRSTSESTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSNFGTQTYTCNVDHKPSNTKVDKTVERKCCVECPPCPAPPVAGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVQFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQFNSTFRVVSVLTVVHQDWLNGKEYKCKVSNKGLPAPIEKTISKTKGQPREPQVYTLPPSREEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPMLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPGK
含画底线的预测信号序列的OMP-18R5轻链氨基酸序列(SEQIDNO:10)
MAWALLLLTLLTQGTGSWADIELTQPPSVSVAPGQTARISCSGDNIGSFYVHWYQQKPGQAPVLVIYDKSNRPSGIPERFSGSNSGNTATLTISGTQAEDEADYYCQSYANTLSLVFGGGEVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSHYTLSWVRQAPGKGLEWVSVISGDGSYTYYADSVKGRFTISSDNSKNTLYLQMNSLRAEDTAVYYCARNFIKYVFANWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPCSRSTSESTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSNFGTQTYTCNVDHKPSNTKVDKTVERKCCVECPPCPAPPVAGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVQFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQFNSTFRVVSVLTVVHQDWLNGKEYKCKVSNKGLPAPIEKTISKTKGQPREPQVYTLPPSREEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPMLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPGK
不含预测信号序列的OMP-18R5轻链氨基酸序列(SEQIDNO:12)
DIELTQPPSVSVAPGQTARISCSGDNIGSFYVHWYQQKPGQAPVLVIYDKSNRPSGIPERFSGSNSGNTATLTISGTQAEDEADYYCQSYANTLSLVFGGGTKLTVLGQPKAAPSVTLFPPSSEELQANKATLVCLISDFYPGAVTVAWKADSSPVKAGVETTTPSKQSNNKYAASSYLSLTPEQWKSHRSYSCQVTHEGSTVEKTVAPTECS
不含预测信号序列的人FZD1Fri结构域氨基酸序列(SEQIDNO:13)
QQPPPPPQQQQSGQQYNGERGISVPDHGYCQPISIPLCTDIAYNQTIMPNLLGHTNQEDAGLEVHQFYPLVKVQCSAELKFFLCSMYAPVCTVLEQALPPCRSLCERARQGCEALMNKFGFQWPDTLKCEKFPVHGAGELCVGQNTSDKGT
不含预测信号序列的人FZD2Fri结构域氨基酸序列(SEQIDNO:14)
QFHGEKGISIPDHGFCQPISIPLCTDIAYNQTIMPNLLGHTNQEDAGLEVHQFYPLVKVQCSPELRFFLCSMYAPVCTVLEQAIPPCRSICERARQGCEALMNKFGFQWPERLRCEHFPRHGAEQICVGQNHSEDG
不含预测信号序列的人FZD3Fri结构域氨基酸序列(SEQIDNO:15)
HSLFSCEPITLRMCQDLPYNTTFMPNLLNHYDQQTAALAMEPFHPMVNLDCSRDFRPFLCALYAPICMEYGRVTLPCRRLCQRAYSECSKLMEMFGVPWPEDMECSRFPDCDEPYPRLVDL
不含预测信号序列的人FZD4Fri结构域氨基酸序列(SEQIDNO:16)
FGDEEERRCDPIRISMCQNLGYNVTKMPNLVGHELQTDAELQLTTFTPLIQYGCSSQLQFFLCSVYVPMCTEKINIPIGPCGGMCLSVKRRCEPVLKEFGFAWPESLNCSKFPPQNDHNHMCMEGPGDEEV
不含预测信号序列的人FZD5Fri结构域氨基酸序列(SEQIDNO:17)
ASKAPVCQEITVPMCRGIGYNLTHMPNQFNHDTQDEAGLEVHQFWPLVEIQCSPDLRFFLCSMYTPICLPDYHKPLPPCRSVCERAKAGCSPLMRQYGFAWPERMSCDRLPVLGRDAEVLCMDYNRSEATT
不含预测信号序列的人FZD6Fri结构域氨基酸序列(SEQIDNO:18)
HSLFTCEPITVPRCMKMAYNMTFFPNLMGHYDQSIAAVEMEHFLPLANLECSPNTETFLCKAFVPTCIEQIHVVPPCRKLCEKVYSDCKKLIDTFGIRWPEELECDRLQYCDETVPVTFDPHTEFLG
不含预测信号序列的人FZD7Fri结构域氨基酸序列(SEQIDNO:19)
QPYHGEKGISVPDHGFCQPISIPLCTDIAYNQTILPNLLGHTNQEDAGLEVHQFYPLVKVQCSPELRFFLCSMYAPVCTVLDQAIPPCRSLCERARQGCEALMNKFGFQWPERLRCENFPVHGAGEICVGQNTSDGSG
不含预测信号序列的人FZD8Fri结构域氨基酸序列(SEQIDNO:20)
ASAKELACQEITVPLCKGIGYNYTYMPNQFNHDTQDEAGLEVHQFWPLVEIQCSPDLKFFLCSMYTPICLEDYKKPLPPCRSVCERAKAGCAPLMRQYGFAWPDRMRCDRLPEQGNPDTLCMDYNRTDLTT
不含预测信号序列的人FZD9Fri结构域氨基酸序列(SEQIDNO:21)
LEIGRFDPERGRGAAPCQAVEIPMCRGIGYNLTRMPNLLGHTSQGEAAAELAEFAPLVQYGCHSHLRFFLCSLYAPMCTDQVSTPIPACRPMCEQARLRCAPIMEQFNFGWPDSLDCARLPTRNDPHALCMEAPENA
不含预测信号序列的人FZD10Fri结构域氨基酸序列(SEQIDNO:22)
ISSMDMERPGDGKCQPIEIPMCKDIGYNMTRMPNLMGHENQREAAIQLHEFAPLVEYGCHGHLRFFLCSLYAPMCTEQVSTPIPACRVMCEQARLKCSPIMEQFNFKWPDSLDCRKLPNKNDPNYLCMEAPNNG
人FZD1氨基酸116至227(SEQIDNO:23)
CQPISIPLCTDIAYNQTIMPNLLGHTNQEDAGLEVHQFYPLVKVQCSAELKFFLCSMYAPVCTVLEQALPPCRSLCERARQGCEALMNKFGFQWPDTLKCEKFPVHGAGELC
人FZD2氨基酸39至150(SEQIDNO:24)
CQPISIPLCTDIAYNQTIMPNLLGHTNQEDAGLEVHQFYPLVKVQCSPELRFFLCSMYAPVCTVLEQAIPPCRSICERARQGCEALMNKFGFQWPERLRCEHFPRHGAEQIC
人FZD3氨基酸28至133(SEQIDNO:25)
CEPITLRMCQDLPYNTTFMPNLLNHYDQQTAALAMEPFHPMVNLDCSRDFRPFLCALYAPICMEYGRVTLPCRRLCQRAYSECSKLMEMFGVPWPEDMECSRFPDC
人FZD4氨基酸48至161(SEQIDNO:26)
CDPIRISMCQNLGYNVTKMPNLVGHELQTDAELQLTTFTPLIQYGCSSQLQFFLCSVYVPMCTEKINIPIGPCGGMCLSVKRRCEPVLKEFGFAWPESLNCSKFPPQNDHNHMC
人FZD5氨基酸33至147(SEQIDNO:27)
CQEITVPMCRGIGYNLTHMPNQFNHDTQDEAGLEVHQFWPLVEIQCSPDLRFFLCSMYTPICLPDYHKPLPPCRSVCERAKAGCSPLMRQYGFAWPERMSCDRLPVLGRDAEVLC
人FZD6氨基酸24至129(SEQIDNO:28)
CEPITVPRCMKMAYNMTFFPNLMGHYDQSIAAVEMEHFLPLANLECSPNIETFLCKAFVPTCIEQIHVVPPCRKLCEKVYSDCKKLIDTFGIRWPEELECDRLQYC
人FZD7氨基酸49至160(SEQIDNO:28)
CQPISIPLCTDIAYNQTILPNLLGHTNQEDAGLEVHQFYPLVKVQCSPELRFFLCSMYAPVCTVLDQAIPPCRSLCERARQGCEALMNKFGFQWPERLRCENFPVHGAGEIC
人FZD8氨基酸35至148(SEQIDNO:30)
CQEITVPLCKGIGYNYTYMPNQFNHDTQDEAGLEVHQFWPLVEIQCSPDLKFFLCSMYTPICLEDYKKPLPPCRSVCERAKAGCAPLMRQYGFAWPDRMRCDRLPEQGNPDTLC
人FZD9氨基酸39至152(SEQIDNO:31)
CQAVEIPMCRGIGYNLTRMPNLLGHTSQGEAAAELAEFAPLVQYGCHSHLRFFLCSLYAPMCTDQVSTPIPACRPMCEQARLRCAPIMEQFNFGWPDSLDCARLPTRNDPHALC
人FZD10氨基酸34至147(SEQIDNO:32)
CQPIEIPMCKDIGYNMTRMPNLMGHENQREAAIQLHEFAPLVEYGCHGHLRFFLCSLYAPMCTEQVSTPIPACRVMCEQARLKCSPIMEQFNFKWPDSLDCRKLPNKNDPNYLC
不含预测信号序列的人FZD8Fri结构域氨基酸序列(变异体)(SEQIDNO:33)
ASAKELACQEITVPLCKGIGYNYTYMPNQFNHDTQDEAGLEVHQFWPLVEIQCSPDLKFFLCSMYTPICLEDYKKPLPPCRSVCERAKAGCAPLMRQYGFAWPDRMRCDRLPEQGNPDTLCMDYNRTDL
人IgG1Fc区(SEQIDNO:34)
DKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSRDELTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPGK
人IgG1Fc区(变异体)(SEQIDNO:35)
DKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSREEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGN-VFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPGK
人IgG1Fc区(SEQIDNO:36)
KSSDKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSRDELTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPGK
人IgG1Fc区(SEQIDNO:37)
EPKSSDKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSRDELTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPGK
人IgG2Fc区(SEQIDNO:38)
CVECPPCPAPPVAGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVQFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQFNSTFRVVSVLTVVHQDWLNGKEYKCKVSNKGLPAPIEKTISKTKGQPREPQVYTLPPSREEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPMLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPGK
FZD8-Fc变异体54F03氨基酸序列(无预测信号序列)(SEQIDNO:39)
ASAKELACQEITVPLCKGIGYNYTYMPNQFNHDTQDEAGLEVHQFWPLVEIQCSPDLKFFLCSMYTPICLEDYKKPLPPCRSVCERAKAGCAPLMRQYGFAWPDRMRCDRLPEQGNPDTLCMDYNRTDLTTGRADKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSRDELTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPGK
FZD8-Fc变异体54F16、54F17、54F18、54F23、54F25、54F27、54F29、54F31及54F34氨基酸序列(无预测信号序列)(SEQIDNO:40)
ASAKELACQEITVPLCKGIGYNYTYMPNQFNHDTQDEAGLEVHQFWPLVEIQCSPDLKFFLCSMYTPICLEDYKKPLPPCRSVCERAKAGCAPLMRQYGFAWPDRMRCDRLPEQGNPDTLCMDYNRTDLTTKSSDKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSRDELTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPGK
FZD8-Fc变异体54F19、54F20、54F24、54F26、54F28、54F30、54F32、54F34及54F35氨基酸序列(无预测信号序列)(SEQIDNO:41)
ASAKELACQEITVPLCKGIGYNYTYMPNQFNHDTQDEAGLEVHQFWPLVEIQCSPDLKFFLCSMYTPICLEDYKKPLPPCRSVCERAKAGCAPLMRQYGFAWPDRMRCDRLPEQGNPDTLCMDYNRTDLTTEPKSSDKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVKNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSRDELTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPGK
含信号序列的FZD8-Fc变异体54F03氨基酸序列(SEQIDNO:42)
MEWGYLLEVTSLLAALALLQRSSGAAAASAKELACQEITVPLCKGIGYNYTYMPNQFNHDTQDEAGLEVHQFWPLVEIQCSPDLKFFLCSMYTPICLEDYKKPLPPCRSVCERAKAGCAPLMRQYGFAWPDRMRCDRLPEQGNPDTLCMDYNRTDLTTGRADKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSRDELTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPGK
含信号序列的FZD8-Fc变异体54F16氨基酸序列(SEQIDNO:43)
MEWGYLLEVTSLLAALALLQRSSGAAAASAKELACQEITVPLCKGIGYNYTYMPNQFNHDTQDEAGLEVHQFWPLVEIQCSPDLKFFLCSMYTPICLEDYKKPLPPCRSVCERAKAGCAPLMRQYGFAWPDRMRCDRLPEQGNPDTLCMDYNRTDLTTKSSDKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSRDELTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPGK
含信号序列的FZD8-Fc变异体54F26(SEQIDNO:44)
MEWGYLLEVTSLLAALFLLQRSPIVHAASAKELACQEITVPLCKGIGYNYTYMPNQFNHDTQDEAGLEVHQFWPLVEIQCSPDLKFFLCSMYTPICLEDYKKPLPPCRSVCERAKAGCAPLMRQYGFAWPDRMRCDRLPEQGNPDTLCMDYNRTDLTTEPKSSDKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSRDELTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPGK
含信号序列的FZD8-Fc变异体54F28(SEQIDNO:45)
MEWGYLLEVTSLLAALLLLQRSPFVHAASAKELACQEITVPLCKGIGYNYTYMPNQFNHDTQDEAGLEVHQFWPLVEIQCSPDLKFFLCSMYTPICLEDYKKPLPPCRSVCERAKAGCAPLMRQYGFAWPDRMRCDRLPEQGNPDTLCMDYNRTDLTTEPKSSDKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSRDELTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPGK
人Wnt1C端多半胱氨酸区(aa288-370)(SEQIDNO:46)
DLVYFEKSPNFCTYSGRLGTAGTAGRACNSSSPALDGCELLCCGRGHRTRTQRVTERCNCTFHWCCHVSCRNCTHTRVLHECL
人Wnt2C端多半胱氨酸区(aa267-360)(SEQIDNO:47)
DLVYFENSPDYCIRDREAGSLGTAGRVCNLTSRGMDSCEVMCCGRGYDTSHVTRMTKCGCKFHWCCAVRCQDCLEALDVHTCKAPKNADWTTAT
人Wnt2bC端多半胱氨酸区(aa298-391)(SEQIDNO:48)
DLVYFDNSPDYCVLDKAAGSLGTAGRVCSKTSKGTDGCEIMCCGRGYDTTRVTRVTQCECKFHWCCAVRCKECRNTVDVHTCKAPKKAEWLDQT
人Wnt3C端多半胱氨酸区(aa273-355)(SEQIDNO:49)
DLVYYENSPNFCEPNPETGSFGTRDRTCNVTSHGIDGCDLLCCGRGHNTRTEKRKEKCHCIFHWCCYVSCQECIRIYDVHTCK
人Wnt3aC端多半胱氨酸区(aa270-352)(SEQIDNO:50)
DLVYYEASPNFCEPNPETGSFGTRDRTCNVSSHGIDGCDLLCCGRGHNARAERRREKCRCVFHWCCYVSCQECTRVYDVHTCK
人Wnt7aC端多半胱氨酸区(aa267-359)(SEQIDNO:51)
DLVYIEKSPNYCEEDPVTGSVGTQGRACNKTAPQASGCDLMCCGRGYNTHQYARVWQCNCKFHWCCYVKCNTCSERTEMYTCK
人Wnt7bC端多半胱氨酸区(aa267-349)(SEQIDNO:52)
DLVYIEKSPNYCEEDAATGSVGTQGRLCNRTSPGADGCDTMCCGRGYNTHQYTKVWQCNCKFHWCCFVKCNTCSERTEVFTCK
人Wnt8aC端多半胱氨酸区(aa248-355)(SEQIDNO:53)
ELIFLEESPDYCTCNSSLGIYGTEGRECLQNSHNTSRWERRSCGRLCTECGLQVEERKTEVISSCNCKFQWCCTVKCDQCRHVVSKYYCARSPGSAQSLGRVWFGVYI
人Wnt8bC端多半胱氨酸区(aa245-351)(SEQIDNO:54)
ELVHLEDSPDYCLENKTLGLLGTEGRECLRRGRALGRWELRSCRRLCGDCGLAVEERRAETVSSCNCKFHWCCAVRCEQCRRRVTKYFCSRAERPRGGAAHKPGRKP
人Wnt10aC端多半胱氨酸区(aa335-417)(SEQIDNO:55)
DLVYFEKSPDFCEREPRLDSAGTVGRLCNKSSAGSDGCGSMCCGRGHNILRQTRSERCHCRFHWCCFVVCEECRITEWVSVCK
人Wnt10bC端多半胱氨酸区(aa307-389)(SEQIDNO:56)
ELVYFEKSPDFCERDPTMGSPGTRGRACNKTSRLLDGCGSLCCGRGHNVLRQTRVERCHCRFHWCCYVLCDECKVTEWVNVCK
接头(SEQIDNO:57)
ESGGGGVT
接头(SEQIDNO:58)
LESGGGGVT
接头(SEQIDNO:59)
GRAQVT
接头(SEQIDNO:60)
WRAQVT
接头(SEQIDNO:61)
ARGRAQVT
CCND2正向引物(SEQIDNO:62)
GCTGTCTCTGATCCGCAAGC
CCND2反向引物(SEQIDNO:63)
GACGGTGGGTACATGGCAAAC
CCND2探针(SEQIDNO:64)
CCTTCATTGCTCTGTGTGCCACCGAC
CTBP2正向引物(SEQIDNO:65)
ATCCGTGGGGAGACGCTG
CTBP2反向引物(SEQIDNO:66)
CTCGAACTGCAACCGCCTG
CTBP2探针(SEQIDNO:67)
CCCGTGCGACCAAAGCCAATGAGG
DKK1正向引物(SEQIDNO:68)
GACCATTGACAACTACCAGCCGTA
DKK1反向引物(SEQIDNO:69)
TGGGACTAGCGCAGTACTCATC
DKK1探针(SEQIDNO:70)
TGCCGCACTCCTCGTCCTCTG
FBXW2正向引物(SEQIDNO:71)
GCCAGTTATGATATTCTCAGGGTCA
FBXW2反向引物(SEQIDNO:72)
AGCAGGGCAAAGATATCTCCAAA
FBXW2探针(SEQIDNO:73)
AGACTCCTGAGATAGCAAACTTGGCCT
RHOU1正向引物(SEQIDNO:74)
CCCACCGAGTACATCCCTACTG
RHOU1反向引物(SEQIDNO:75)
CAGTGTCACAGAGTTGGAGTCTCA
RHOU1探针(SEQIDNO:76)
CGCCCATCCACAGACACCACCG
WIF1正向引物(SEQIDNO:77)
GTTCCAAAGGTTACCAGGGAGAC
WIF1反向引物(SEQIDNO:78)
GTTGGGTTCATGGCAGGTTCC
WIF1探针(SEQIDNO:79)
CCAGGCTCGCAGACAGGCTTTGAAC
权利要求书(按照条约第19条的修改)
1.一种治疗病患的乳癌的方法，其包含：
(a)鉴别该病患是否可能对Wnt途径抑制剂的治疗有反应，其中该Wnt途径抑制剂是特异性结合人FZD1、FZD2、FZD5、FZD7和FZD8的抗体，其包括包含GFTFSHYTLS(SEQIDNO:1)的重链CDR1，包含VISGDGSYTYYADSVKG(SEQIDNO:2)的重链CDR2，包含NFIKYVFAN(SEQIDNO:3)的重链CDR3，包含SGDNIGSFYVH(SEQIDNO:4)的轻链CDR1，包含DKSNRPSG(SEQIDNO:5)的轻链CDR2，及包含QSYANTLSL(SEQIDNO:6)的轻链CDR3；
其中该鉴别包含：
(i)获得该病患乳癌的样本；
(ii)测量该样本中的生物标记物标签的各生物标记物的表达量，其中该标签包含生物标记物FBXW2、CCND2、RHOU、CTBP2、WIF1及DKK1；以及
(iii)根据所述生物标记物的表达量，鉴别可能对治疗有反应的病患；以及
(b)对该可能对治疗有反应的病患投予有效量的Wnt途径抑制剂。
2.一种鉴别可能对Wnt途径抑制剂的治疗有反应或无反应的人乳房肿瘤的方法，其中该Wnt途径抑制剂是特异性结合人FZD1、FZD2、FZD5、FZD7和FZD8的抗体，其包括包含GFTFSHYTLS(SEQIDNO:1)的重链CDR1，包含VISGDGSYTYYADSVKG(SEQIDNO:2)的重链CDR2，包含NFIKYVFAN(SEQIDNO:3)的重链CDR3，包含SGDNIGSFYVH(SEQIDNO:4)的轻链CDR1，包含DKSNRPSG(SEQIDNO:5)的轻链CDR2，及包含QSYANTLSL(SEQIDNO:6)的轻链CDR3；
其中该方法包含：
(a)获得该乳房肿瘤的样本；
(b)测量该样本中的生物标记物标签的各生物标记物的表达量，其中该标签包含生物标记物FBXW2、CCND2、RHOU、CTBP2、WIF1及DKK1；以及
(c)根据所述生物标记物的表达量，鉴别该肿瘤为可能对治疗有反应或无反应。。
3.一种分类人乳房肿瘤为可能对Wnt途径抑制剂的治疗有反应或无反应的方法，其中该Wnt途径抑制剂是特异性结合人FZD1、FZD2、FZD5、FZD7和FZD8的抗体，其包括包含GFTFSHYTLS(SEQIDNO:1)的重链CDR1，包含VISGDGSYTYYADSVKG(SEQIDNO:2)的重链CDR2，包含NFIKYVFAN(SEQIDNO:3)的重链CDR3，包含SGDNIGSFYVH(SEQIDNO:4)的轻链CDR1，包含DKSNRPSG(SEQIDNO:5)的轻链CDR2，及包含QSYANTLSL(SEQIDNO:6)的轻链CDR3；
其中该方法包含：
(a)获得该乳房肿瘤的样本；
(b)测量该样本中的生物标记物标签的各生物标记物的表达量，其中该标签包含生物标记物FBXW2、CCND2、RHOU、CTBP2、WIF1及DKK1；以及
(c)根据所述生物标记物的表达，分类该肿瘤为可能对治疗有反应或无反应。
4.一种测定人乳房肿瘤对Wnt途径抑制剂的治疗的反应性的方法，其中该Wnt途径抑制剂是特异性结合人FZD1、FZD2、FZD5、FZD7和FZD8的抗体，其包括包含GFTFSHYTLS(SEQIDNO:1)的重链CDR1，包含VISGDGSYTYYADSVKG(SEQIDNO:2)的重链CDR2，包含NFIKYVFAN(SEQIDNO:3)的重链CDR3，包含SGDNIGSFYVH(SEQIDNO:4)的轻链CDR1，包含DKSNRPSG(SEQIDNO:5)的轻链CDR2，及包含QSYANTLSL(SEQIDNO:6)的轻链CDR3；
其中该方法包含：
(a)获得该乳房肿瘤的样本；
(b)测量该样本中的生物标记物标签的各生物标记物的表达量，其中该标签包含生物标记物FBXW2、CCND2、RHOU、CTBP2、WIF1及DKK1；以及
(c)根据所述生物标记物的表达，判定该肿瘤对治疗的反应性。
5.一种鉴别对Wnt途径抑制剂的治疗可能有反应的乳癌病患的方法，其中该Wnt途径抑制剂是特异性结合人FZD1、FZD2、FZD5、FZD7和FZD8的抗体，其包括包含GFTFSHYTLS(SEQIDNO:1)的重链CDR1，包含VISGDGSYTYYADSVKG(SEQIDNO:2)的重链CDR2，包含NFIKYVFAN(SEQIDNO:3)的重链CDR3，包含SGDNIGSFYVH(SEQIDNO:4)的轻链CDR1，包含DKSNRPSG(SEQIDNO:5)的轻链CDR2，及包含QSYANTLSL(SEQIDNO:6)的轻链CDR3；
其中该方法包含：
(a)获得该病患乳房肿瘤的样本；
(b)测量该样本中的生物标记物标签的各生物标记物的表达量，其中该标签包含生物标记物FBXW2、CCND2、RHOU、CTBP2、WIF1及DKK1；以及
(c)根据所述生物标记物的表达量，鉴别可能对治疗有反应的病患。
6.一种选择乳癌病患以接受Wnt途径抑制剂的治疗的方法，其中该Wnt途径抑制剂是特异性结合人FZD1、FZD2、FZD5、FZD7和FZD8的抗体，其包括包含GFTFSHYTLS(SEQIDNO:1)的重链CDR1，包含VISGDGSYTYYADSVKG(SEQIDNO:2)的重链CDR2，包含NFIKYVFAN(SEQIDNO:3)的重链CDR3，包含SGDNIGSFYVH(SEQIDNO:4)的轻链CDR1，包含DKSNRPSG(SEQIDNO:5)的轻链CDR2，及包含QSYANTLSL(SEQIDNO:6)的轻链CDR3；
其中该方法包含：
(a)获得该病患乳房肿瘤的样本；
(b)测量该样本中的生物标记物标签的各生物标记物的表达量，其中该生物标记物标签包含生物标记物FBXW2、CCND2、RHOU、CTBP2、WIF1及DKK1；以及
(c)根据所述生物标记物的表达量，选择该将接受治疗的病患。
7.如权利要求1至6中任一项所述的方法，其中各生物标记物的表达是通过PCR为基础的测试、qPCR测试、微阵列或RNA测序来测量。
8.如权利要求1至6中任一项所述的方法，其中FBXW2、CCND2、RHOU、CTBP2、WIF1、DKK1的表达量是通过使用选自SEQIDNO:62-79的多核苷酸来测量。
9.如权利要求8所述的方法，其中FBXW2、CCND2、RHOU、CTBP2、WIF1及DKK1的表达量是利用下列测量：
(a)SEQIDNO:62的正向引物、SEQIDNO:63的反向引物及包含SEQIDNO:64的探针；
(b)SEQIDNO:65的正向引物、SEQIDNO:66的反向引物及包含SEQIDNO:67的探针；
(c)SEQIDNO:68的正向引物、SEQIDNO:69的反向引物及包含SEQIDNO:70的探针；
(d)SEQIDNO:71的正向引物、SEQIDNO:72的反向引物及包含SEQIDNO:73的探针；
(e)SEQIDNO:74的正向引物、SEQIDNO:75的反向引物及包含SEQIDNO:76的探针；以及
(f)SEQIDNO:77的正向引物、SEQIDNO:78的反向引物及包含SEQIDNO:79的探针。
10.如权利要求1至9中任一项所述的方法，其中该Wnt途径抑制剂是包括包含SEQIDNO:7的重链可变区和包含SEQIDNO:8的轻链可变区的抗体。
11.如权利要求第1至9中任一项所述的方法，其中该Wnt途径抑制剂是包含重链可变区及轻链可变区的抗体，该抗体是由保藏于美国菌种保存中心编号为PTA-9541的质粒编码。
12.如权利要求1至11中任一项所述的方法，其中该抗体是单克隆抗体、重组抗体、嵌合抗体、双特异性抗体、人化抗体、人抗体或包含抗原结合部位的抗体片段。
13.如权利要求1至9中任一项的方法，其中该Wnt途径抑制剂是抗体OMP-18R5。
14.如权利要求1-13中任一项所述的方法，其中该乳房肿瘤或乳癌是HER2阴性乳房肿瘤。
15.如权利要求1-13中任一项所述的方法，其中该乳房肿瘤或乳癌是三阴性乳癌(TNBC)肿瘤。
16.如权利要求1至15中任一项所述的方法，其中该Wnt途径抑制剂的治疗是与一或多种额外治疗剂组合。
17.如权利要求16所述的方法，其中该额外治疗剂是化学治疗剂。
18.如权利要求16所述的方法，其中该额外治疗剂是太平洋紫杉醇(paclitaxel)。
19.如权利要求16所述的方法，其中该额外治疗剂是经nab结合的太平洋紫杉醇(ABRAXANE)。
20.如权利要求1至19中任一项所述的方法，其中该样本是组织样本或肿瘤活体样本。
21.如权利要求1至20中任一项所述的方法，其中该样本是经福尔马林固定的石蜡包埋(FFPE)样本。
22.一种用于检测乳房肿瘤或乳癌样本中的FBXW2、CCND2、RHOU、CTBP2、WIF1及DKK1的试剂盒，其中该试剂盒包含选自SEQIDNO:62至79的多核苷酸。
23.如权利要求22的试剂盒，其包含：
(a)SEQIDNO:62的正向引物、SEQIDNO:63的反向引物及包含SEQIDNO:64的探针；
(b)SEQIDNO:65的正向引物、SEQIDNO:66的反向引物及包含SEQIDNO:67的探针；
(c)SEQIDNO:68的正向引物、SEQIDNO:69的反向引物及包含SEQIDNO:70的探针；
(d)SEQIDNO:71的正向引物、SEQIDNO:72的反向引物及包含SEQIDNO:73的探针；
(e)SEQIDNO:74的正向引物、SEQIDNO:75的反向引物及包含SEQIDNO:76的探针；以及
(f)SEQIDNO:77的正向引物、SEQIDNO:78的反向引物及包含SEQIDNO:79的探针。

Claims (65)

1.一种鉴别可能对Wnt途径抑制剂的治疗有反应或无反应的人肿瘤的方法，该方法包含：
(a)获得该人肿瘤的样本；
(b)测量该样本中的生物标记物标签的各生物标记物的表达量，其中该标签包含生物标记物FBXW2、CCND2、RHOU、CTBP2、WIF1及DKK1中的一或多种；以及
(c)根据所述生物标记物的表达量，鉴别该肿瘤为可能对治疗有反应或无反应。
2.一种鉴别可能对Wnt途径抑制剂的治疗有反应或无反应的人肿瘤的方法，该方法包含：
(a)获得该人肿瘤的样本；
(b)测量该样本中的生物标记物标签的各生物标记物的表达量，其中该标签包含生物标记物FBXW2、CCND2、RHOU、CTBP2、WIF1及DKK1中的一或多种；以及
(c)根据该标签中的所述生物标记物的标准化表达，计算判定值；
其中阳性判定值显示该肿瘤系经预测为对该Wnt途径抑制剂有反应，且阴性判定值显示该肿瘤系经预测为对该Wnt途径抑制剂无反应。
3.一种分类人肿瘤为可能对Wnt途径抑制剂的治疗有反应或无反应的方法，该方法包含：
(a)获得该人肿瘤的样本；
(b)测量该样本中的生物标记物标签的各生物标记物的表达量，其中该标签包含生物标记物FBXW2、CCND2、RHOU、CTBP2、WIF1及DKK1中的一或多种；以及
(c)根据所述生物标记物的表达，分类该肿瘤为可能对治疗有反应或无反应。
4.一种分类人肿瘤为可能对Wnt途径抑制剂的治疗有反应或无反应的方法，该方法包含：
(a)获得该人肿瘤的样本；
(b)测量该样本中的生物标记物标签的各生物标记物的表达量，其中该标签包含生物标记物FBXW2、CCND2、RHOU、CTBP2、WIF1及DKK1中的一或多种；以及
(c)根据该标签中的所述生物标记物的标准化表达，计算判定值；
其中阳性判定值显示该肿瘤系经预测为对Wnt途径抑制剂有反应，且阴性判定值显示该肿瘤系经预测为对Wnt途径抑制剂无反应。
5.一种测定人肿瘤对Wnt途径抑制剂的治疗的反应性的方法，该方法包含：
(a)获得该人肿瘤的样本；
(b)测量该样本中的生物标记物标签的各生物标记物的表达量，其中该标签包含生物标记物FBXW2、CCND2、RHOU、CTBP2、WIF1及DKK1中的一或多种；以及
(c)根据所述生物标记物的表达，判定该肿瘤对治疗的反应性。
6.一种测定人肿瘤对Wnt途径抑制剂的治疗的反应性的方法，该方法包含：
(a)获得该人肿瘤的样本；
(b)测量该样本中的生物标记物标签的各生物标记物的表达量，其中该标签包含生物标记物FBXW2、CCND2、RHOU、CTBP2、WIF1及DKK1中的一或多种；以及
(c)根据该标签中的所述生物标记物的标准化表达，计算判定值；
其中阳性判定值显示该肿瘤系经预测为对该Wnt途径抑制剂有反应。
7.一种鉴别对Wnt途径抑制剂的治疗可能有反应的癌症病患的方法，该方法包含：
(a)获得该病患肿瘤的样本；
(b)测量该样本中的生物标记物标签的各生物标记物的表达量，其中该标签包含生物标记物FBXW2、CCND2、RHOU、CTBP2、WIF1及DKK1中的一或多种；以及
(c)根据所述生物标记物的表达量，鉴别可能对治疗有反应的病患。
8.一种鉴别对Wnt途径抑制剂的治疗可能有反应的癌症病患的方法，该方法包含：
(a)获得该病患肿瘤的样本；
(b)测量该样本中的生物标记物标签的各生物标记物的表达量，其中该标签包含生物标记物FBXW2、CCND2、RHOU、CTBP2、WIF1及DKK1中的一或多种；以及
(c)根据该标签中的所述生物标记物的标准化表达，计算判定值；
其中阳性判定值显示该病患系经预测为对Wnt途径抑制剂的治疗有反应。
9.一种选择癌症病患以接受Wnt途径抑制剂的治疗的方法，该方法包含：
(a)获得该病患肿瘤的样本；
(b)测量该样本中的生物标记物标签的各生物标记物的表达量，其中该生物标记物标签包含生物标记物FBXW2、CCND2、RHOU、CTBP2、WIF1及DKK1中的一或多种；以及
(c)根据所述生物标记物的表达量，选择该将接受治疗的病患。
10.一种选择癌症病患以接受Wnt途径抑制剂的治疗的方法，该方法包含：
(a)获得该病患肿瘤的样本；
(b)测量该样本中的生物标记物标签的各生物标记物的表达量，其中该生物标记物标签包含生物标记物FBXW2、CCND2、RHOU、CTBP2、WIF1及DKK1中的一或多种；
(c)根据该生物标记物标签中的所述生物标记物的标准化表达，计算判定值；以及
(d)当该病患的肿瘤样本具有阳性判定值，选择该病患以接受治疗。
11.一种治疗病患的癌症的方法，其包含：
(a)鉴别该病患是否可能对Wnt途径抑制剂的治疗有反应，其中该鉴别包含：
(i)获得该病患肿瘤的样本；
(ii)测量该样本中的生物标记物标签的各生物标记物的表达量，其中该标签包含生物标记物FBXW2、CCND2、RHOU、CTBP2、WIF1及DKK1中的一或多种；以及
(iii)根据所述生物标记物的表达量，鉴别可能对治疗有反应的病患；以及
(b)对该可能对治疗有反应的病患投予有效量的Wnt途径抑制剂。
12.一种治疗病患的癌症的方法，其包含：
(a)鉴别该病患是否可能对Wnt途径抑制剂的治疗有反应，其中该鉴别包含：
(i)获得该病患肿瘤的样本；
(ii)测量该样本中的生物标记物标签的各生物标记物的表达量，其中该标签包含生物标记物FBXW2、CCND2、RHOU、CTBP2、WIF1及DKK1中的一或多种；以及
(iii)根据该标签中的所述生物标记物的标准化表达，计算判定值；
其中阳性判定值显示病患系经预测为对Wnt途径抑制剂的治疗有反应；以及
(b)对该经预测为对治疗有反应的病患投予有效量的Wnt途径抑制剂。
13.一种增加Wnt途径抑制剂的有效治疗的可能性的方法，其包含：
(a)鉴别病患是否具有可能对Wnt途径抑制剂的治疗有反应的肿瘤，其中该鉴别包含：
(i)获得该病患癌症的样本；
(ii)测量该样本中的生物标记物标签的各生物标记物的表达量，其中该标签包含生物标记物FBXW2、CCND2、RHOU、CTBP2、WIF1及DKK1中的一或多种；以及
(iii)根据所述生物标记物的表达量，鉴别可能对治疗有反应的病患；以及
(b)对该可能对治疗有反应的病患投予有效量的该Wnt途径抑制剂。
14.一种增加Wnt途径抑制剂的有效治疗的可能性的方法，其包含：
(a)鉴别病患是否具有可能对Wnt途径抑制剂的治疗有反应的肿瘤，其中该鉴别包含：
(i)获得该病患癌症的样本；
(ii)测量该样本中的生物标记物标签的各生物标记物的表达量，其中该标签包含生物标记物FBXW2、CCND2、RHOU、CTBP2、WIF1及DKK1中的一或多种；以及
(iii)根据该标签中的所述生物标记物的标准化表达，计算判定值；
其中阳性判定值显示病患系经预测为对Wnt途径抑制剂的治疗有反应；以及
(b)对肿瘤具有阳性判定值的病患投予有效量的该Wnt途径抑制剂。
15.如权利要求1至14中任一项的方法，其中该生物标记物标签包含生物标记物FBXW2、CCND2、RHOU、CTBP2、WIF1、DKK1、EP300、CTBP1、WNT6、WNT3、FZD2、APC、TLE2、DVL2、PITX2、WISP1、GSK3B、WNT9A、FZD7及LEF1中的一或多种。
16.如权利要求1至15中任一项的方法，其中该生物标记物标签包含生物标记物FBXW2、CCND2、RHOU、CTBP2、WIF1、DKK1、EP300及CTBP1中的一或多种。
17.如权利要求1至16中任一项的方法，其中该生物标记物标签包含生物标记物FBXW2、CCND2、RHOU、CTBP2、WIF1及DKK1中的两种或两种以上。
18.如权利要求1至16中任一项的方法，其中该生物标记物标签包含生物标记物FBXW2、CCND2、RHOU、CTBP2、WIF1及DKK1中的三种或三种以上。
19.如权利要求1至16中任一项的方法，其中该生物标记物标签包含生物标记物FBXW2、CCND2、RHOU、CTBP2、WIF1及DKK1中的四种或四种以上。
20.如权利要求1至16中任一项的方法，其中该生物标记物标签包含生物标记物FBXW2、CCND2、RHOU、CTBP2、WIF1及DKK1中的五种或五种以上。
21.如权利要求1至16中任一项的方法，其中该生物标记物标签包含生物标记物FBXW2、CCND2、RHOU、CTBP2、WIF1及DKK1。
22.如权利要求1至16中任一项的方法，其中该生物标记物标签由生物标记物FBXW2、CCND2、RHOU、CTBP2、WIF1及DKK1组成。
23.如权利要求1至22中任一项的方法，其中各生物标记物的表达系由PCR为基础的测试测量。
24.如权利要求1至23中任一项的方法，其中各生物标记物的表达系由qPCR测试测量。
25.如权利要求1至22中任一项的方法，其中各生物标记物的表达系由微阵列测量。
26.如权利要求1至25中任一项的方法，其中各生物标记物的标准化表达系藉由测量各生物标记物的表达量且将其乘以对应重量决定，其中各生物标记物的重量系由该表达标签决定。
27.如权利要求1至26中任一项的方法，其中该判定值系根据下述方程式计算：0.4560427*FBXW2+0.3378467*CCND2-0.4809354*RHOU+0.409029*CTBP2+0.3291529*WIF1+0.2926374*DKK1+0.04662682。
28.如权利要求1至25中任一项的方法，其中FBXW2、CCND2、RHOU、CTBP2、WIF1及DKK1的表达量系利用选自SEQIDNO:62至79的多核苷酸测量。
29.如权利要求28的方法，其中FBXW2、CCND2、RHOU、CTBP2、WIF1及DKK1的表达量系利用下列测量：
(a)SEQIDNO:62的正向引物、SEQIDNO:63的反向引物及包含SEQIDNO:64的探针；
(b)SEQIDNO:65的正向引物、SEQIDNO:66的反向引物及包含SEQIDNO:67的探针；
(c)SEQIDNO:68的正向引物、SEQIDNO:69的反向引物及包含SEQIDNO:70的探针；
(d)SEQIDNO:71的正向引物、SEQIDNO:72的反向引物及包含SEQIDNO:73的探针；
(e)SEQIDNO:74的正向引物、SEQIDNO:75的反向引物及包含SEQIDNO:76的探针；以及
(f)SEQIDNO:77的正向引物、SEQIDNO:78的反向引物及包含SEQIDNO:79的探针。
30.如权利要求1至29中任一项的方法，其中该Wnt途径抑制剂系抗体。
31.如权利要求第1至30中任一项的方法，其中该Wnt途径抑制剂系与至少一种卷曲(FZD)蛋白或其的一部分特异性结合的抗体。
32.如权利要求30或31的方法，其中该抗体与选自下列的至少一种FZD蛋白特异性结合：FZD1、FZD2、FZD3、FZD4、FZD5、FZD6、FZD7、FZD8、FZD9及FZD10。
33.如权利要求30或31的方法，其中该抗体与选自下列的至少一种FZD蛋白特异性结合：FZD1、FZD2、FZD5、FZD7及FZD8。
34.如权利要求1至33中任一项的方法，其中该Wnt途径抑制剂系抗体，其包含：
(a)重链CDR1、重链CDR2及重链CDR3，该重链CDR1包含GFTFSHYTLS(SEQIDNO:1)，该重链CDR2包含VISGDGSYTYYADSVKG(SEQIDNO:2)且该重链CDR3包含NFIKYVFAN(SEQIDNO:3)，以及
(b)轻链CDR1、轻链CDR2及轻链CDR3，该轻链CDR1包含SGDNIGSFYVH(SEQIDNO:4)，该轻链CDR2包含DKSNRPSG(SEQIDNO:5)且该轻链CDR3包含QSYANTLSL(SEQIDNO:6)。
35.如权利要求1至34中任一项的方法，其中该Wnt途径抑制剂是包含重链可变区及轻链可变区的抗体，该重链可变区包含SEQIDNO:7且该轻链可变区包含SEQIDNO:8。
36.如权利要求1至34中任一项的方法，其中该Wnt途径抑制剂是包含重链可变区及轻链可变区的抗体，该抗体系由保藏于美国菌种保存中心(ATCC)编号为PTA-9541的质粒编码。
37.如权利要求30至36中任一项的方法，其中该抗体系单克隆抗体、重组抗体、嵌合抗体、双特异性抗体、人化抗体、人抗体或包含抗原结合部位的抗体片段。
38.如权利要求1至35中任一项的方法，其中该Wnt途径抑制剂是抗体OMP-18R5。
39.如权利要求1至29中任一项的方法，其中该Wnt途径抑制剂是可溶性受体。
40.如权利要求39的方法，其中该可溶性受体包含人FZD蛋白的Fri结构域。
41.如权利要求38的方法，其中该人FZD蛋白的Fri结构域系选自下列：FZD1的Fri结构域、FZD2的Fri结构域、FZD3的Fri结构域、FZD4的Fri结构域、FZD5的Fri结构域、FZD6的Fri结构域、FZD7的Fri结构域、FZD8的Fri结构域、FZD9的Fri结构域、或FZD10的Fri结构域。
42.如权利要求40的方法，其中该人FZD蛋白的Fri结构域包含FZD8的Fri结构域。
43.如权利要求39至42中任一项的方法，其中该可溶性受体另包含非FZD多肽。
44.如权利要求43的方法，其中该非FZD多肽包含人Fc区。
45.如权利要求39至44中任一项的方法，其中该Wnt途径抑制剂是FZD8-Fc可溶性受体OMP-54F28。
46.如权利要求1至45中任一项的方法，其中该肿瘤系选自乳房肿瘤、肺肿瘤、结肠肿瘤、结直肠肿瘤、黑色素瘤、胰脏肿瘤、胃肠道肿瘤、肾肿瘤、卵巢肿瘤、神经内分泌肿瘤、肝脏肿瘤、子宫内膜肿瘤、肾脏肿瘤、前列腺肿瘤、甲状腺肿瘤、神经胚细胞瘤、神经胶质瘤、多形性神经胶质母细胞瘤、子宫颈肿瘤、胃肿瘤、膀胱肿瘤、肝肿瘤以及头颈肿瘤。
47.如权利要求1至45中任一项的方法，其中该肿瘤是乳房肿瘤。
48.如权利要求47的方法，其中该乳房肿瘤是HER2阴性乳房肿瘤。
49.如权利要求47的方法，其中该乳房肿瘤是三阴性乳癌(TNBC)肿瘤。
50.如权利要求1至49中任一项的方法，其中该Wnt途径抑制剂的治疗系与一或多种额外治疗剂组合。
51.如权利要求50的方法，其中该额外治疗剂是化学治疗剂。
52.如权利要求50的方法，其中该额外治疗剂是太平洋紫杉醇(paclitaxel)。
53.如权利要求50的方法，其中该额外治疗剂系经nab结合的太平洋紫杉醇(ABRAXANE)。
54.如权利要求1至53中任一项的方法，其中该样本系组织样本或肿瘤活体样本。
55.如权利要求1至53中任一项的方法，其中该样本系经福尔马林固定的石蜡包埋(FFPE)样本。
56.一种鉴别可能对抗体治疗有反应或无反应的人乳房肿瘤的方法，该抗体与至少一种选自FZD1、FZD2、FZD5、FZD7及FZD8的人卷曲蛋白(FZD)特异性结合，该方法包含：
(a)获得该人乳房肿瘤的样本；
(b)测量该样本中的生物标记物标签的各生物标记物的生物标记物表达量，其中该生物标记物标签包含生物标记物FBXW2、CCND2、RHOU、CTBP2、WIF1及DKK1中的一或多种；以及
(c)根据该生物标记物标签中的所述生物标记物的标准化表达，计算判定值；
其中阳性判定值显示该乳房肿瘤系经预测为对该抗体治疗有反应，且阴性判定值显示该肿瘤系经预测为对该抗体治疗无反应。
57.一种鉴别可能对抗体治疗有反应的乳癌病患的方法，该抗体与至少一种选自FZD1、FZD2、FZD5、FZD7及FZD8的人卷曲蛋白(FZD)特异性结合，该方法包含：
(a)获得该乳房肿瘤的样本；
(b)测量该样本中的生物标记物标签的各生物标记物的生物标记物表达量，其中该生物标记物标签包含生物标记物FBXW2、CCND2、RHOU、CTBP2、WIF1及DKK1中的一或多种；以及
(c)根据该生物标记物标签中的所述生物标记物的标准化表达，计算判定值；
其中阳性判定值显示该乳癌系经预测为对该抗体治疗有反应。
58.一种选择可能对抗体治疗有反应的乳癌病患的方法，该抗体与至少一种选自FZD1、FZD2、FZD5、FZD7及FZD8的人卷曲蛋白(FZD)特异性结合，该方法包含：
(a)获得该乳房肿瘤的样本；
(b)测量该样本中的生物标记物标签的各生物标记物的生物标记物表达量，其中该生物标记物标签包含生物标记物FBXW2、CCND2、RHOU、CTBP2、WIF1及DKK1中的一或多种；
(c)根据该生物标记物标签中的所述生物标记物的标准化表达，计算判定值；
其中阳性判定值显示该乳癌系经预测为对该抗体治疗有反应；以及
(d)当该病患的肿瘤样本具有阳性判定值，选择该病患以接受治疗。
59.如权利要求56或57的方法，其另包含：
(d)当该乳癌系经预测为对该抗体治疗有反应，选择该病患以接受治疗。
60.如权利要求56至59中任一项的方法，其另包含对该病患投予有效治疗量的该抗体。
61.如权利要求60的方法，其中该抗体是OMP-18R5。
62.如权利要求56至61的方法，其中该治疗包含该抗体与太平洋紫杉醇的组合。
63.一种治疗病患的癌症的方法，其包含：对该病患投予有效量的Wnt途径抑制剂，其中根据病患肿瘤样本中生物标记物标签的表达量，该病患系经预测为对该Wnt途径抑制剂的治疗有反应，其中该标签包含生物标记物FBXW2、CCND2、RHOU、CTBP2、WIF1及DKK1中的一或多种。
64.一种用于检测样本中的FBXW2、CCND2、RHOU、CTBP2、WIF1及DKK1的试剂盒，其中该试剂盒包含选自SEQIDNO:62至79的多核苷酸。
65.如权利要求64的试剂盒，其包含：
(a)SEQIDNO:62的正向引物、SEQIDNO:63的反向引物及包含SEQIDNO:64的探针；
(b)SEQIDNO:65的正向引物、SEQIDNO:66的反向引物及包含SEQIDNO:67的探针；
(c)SEQIDNO:68的正向引物、SEQIDNO:69的反向引物及包含SEQIDNO:70的探针；
(d)SEQIDNO:71的正向引物、SEQIDNO:72的反向引物及包含SEQIDNO:73的探针；
(e)SEQIDNO:74的正向引物、SEQIDNO:75的反向引物及包含SEQIDNO:76的探针；以及
(f)SEQIDNO:77的正向引物、SEQIDNO:78的反向引物及包含SEQIDNO:79的探针。
CN201480065718.7A 2013-12-02 2014-12-02 与Wnt途径抑制剂有关的预测性生物标记物的鉴别 Pending CN105829547A (zh)

Applications Claiming Priority (5)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US201361910663P 2013-12-02 2013-12-02
US61/910,663 2013-12-02
US201461975339P 2014-04-04 2014-04-04
US61/975,339 2014-04-04
PCT/US2014/068097 WO2015084808A1 (en) 2013-12-02 2014-12-02 Identification of predictive biomarkers associated with wnt pathway inhibitors

Publications (1)

Publication Number Publication Date
CN105829547A true CN105829547A (zh) 2016-08-03

Family

ID=53274023

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN201480065718.7A Pending CN105829547A (zh) 2013-12-02 2014-12-02 与Wnt途径抑制剂有关的预测性生物标记物的鉴别

Country Status (9)

Country Link
EP (1) EP3077546A4 (zh)
JP (1) JP2017501137A (zh)
CN (1) CN105829547A (zh)
AU (1) AU2014357354A1 (zh)
CA (1) CA2931975A1 (zh)
HK (1) HK1223657A1 (zh)
MX (1) MX2016007066A (zh)
TW (1) TW201610168A (zh)
WO (1) WO2015084808A1 (zh)

Cited By (6)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN106990245A (zh) * 2017-04-05 2017-07-28 东南大学 检测pitx1表达量的试剂在制备胃癌预后评估试剂盒中的应用
CN110114087A (zh) * 2016-10-26 2019-08-09 飞跃治疗公司 β-连环蛋白作为生物标记物用于使用抗DKK-1抗体治疗癌症的用途
CN110835372A (zh) * 2019-11-06 2020-02-25 上海健康医学院 一种靶向Frizzled7单克隆抗体及其制备方法与应用
CN111735949A (zh) * 2020-07-17 2020-10-02 北京信诺卫康科技有限公司 Wnt7a和CA125联合用作早期卵巢癌生物标志物以及试剂盒
CN113293212A (zh) * 2021-06-17 2021-08-24 深圳华因康基因科技有限公司 一种检测神经母细胞瘤复发转移基因fzd2扩增的引物探针及其应用
CN115337400A (zh) * 2021-05-13 2022-11-15 中国科学院分子细胞科学卓越创新中心 诊断和治疗肿瘤的试剂及其用途

Families Citing this family (5)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US7723477B2 (en) 2005-10-31 2010-05-25 Oncomed Pharmaceuticals, Inc. Compositions and methods for inhibiting Wnt-dependent solid tumor cell growth
US9359444B2 (en) 2013-02-04 2016-06-07 Oncomed Pharmaceuticals Inc. Methods and monitoring of treatment with a Wnt pathway inhibitor
US20180223372A1 (en) * 2015-08-03 2018-08-09 Oncomed Pharmaceutical, Inc. Identification of predictive biomarkers associated with wnt pathway inhibitors
US20180360846A1 (en) * 2015-09-16 2018-12-20 Tobira Therapeutics, Inc. Cenicriviroc combination therapy for the treatment of fibrosis
WO2023113013A1 (ja) * 2021-12-17 2023-06-22 国立大学法人京都大学 疾患発症の可能性の推定を行う遺伝子の選別方法及び疾患発症の可能性を推定する方法

Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US20100169025A1 (en) * 2008-10-10 2010-07-01 Arthur William T Methods and gene expression signature for wnt/b-catenin signaling pathway
CN103002911A (zh) * 2008-09-26 2013-03-27 昂考梅德药品有限公司 卷曲蛋白结合药剂及其应用

Family Cites Families (27)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US5681718A (en) 1986-03-14 1997-10-28 Celltech Limited Methods for enhanced production of tissue plasminogen activator in cell culture using alkanoic acids or salts thereof
GB8823869D0 (en) 1988-10-12 1988-11-16 Medical Res Council Production of antibodies
EP0546073B1 (en) 1990-08-29 1997-09-10 GenPharm International, Inc. production and use of transgenic non-human animals capable of producing heterologous antibodies
US5625126A (en) 1990-08-29 1997-04-29 Genpharm International, Inc. Transgenic non-human animals for producing heterologous antibodies
US5661016A (en) 1990-08-29 1997-08-26 Genpharm International Inc. Transgenic non-human animals capable of producing heterologous antibodies of various isotypes
US5545806A (en) 1990-08-29 1996-08-13 Genpharm International, Inc. Ransgenic non-human animals for producing heterologous antibodies
US5633425A (en) 1990-08-29 1997-05-27 Genpharm International, Inc. Transgenic non-human animals capable of producing heterologous antibodies
EP1194549A2 (en) * 1999-07-02 2002-04-10 Chiron Corporation Human genes and gene expression products
US8044259B2 (en) 2000-08-03 2011-10-25 The Regents Of The University Of Michigan Determining the capability of a test compound to affect solid tumor stem cells
PT1355919E (pt) 2000-12-12 2011-03-02 Medimmune Llc Moléculas com semivida longa, composições que as contêm e suas utilizações
GB0216648D0 (en) 2002-07-18 2002-08-28 Lonza Biologics Plc Method of expressing recombinant protein in CHO cells
US20040247593A1 (en) * 2002-10-04 2004-12-09 Regents Of The University Of California, Methods for treating cancer by inhibiting Wnt signaling
US7365168B2 (en) 2002-10-15 2008-04-29 Pdl Biopharma, Inc. Alteration of FcRn binding affinities or serum half-lives of antibodies by mutagenesis
EP2385069A3 (en) 2003-11-12 2012-05-30 Biogen Idec MA Inc. Neonatal Fc rReceptor (FcRn)- binding polypeptide variants, dimeric Fc binding proteins and methods related thereto
WO2005075514A2 (en) 2004-03-10 2005-08-18 Lonza Ltd. Method for producing antibodies
KR20070072510A (ko) 2004-08-30 2007-07-04 론자 바이올로직스 피엘씨 항체 정제를 위한 친화도- 및 이온 교환- 크로마토그래피
US7723477B2 (en) 2005-10-31 2010-05-25 Oncomed Pharmaceuticals, Inc. Compositions and methods for inhibiting Wnt-dependent solid tumor cell growth
WO2007053648A2 (en) 2005-10-31 2007-05-10 The Regents Of The University Of Michigan Compositions and methods for treating and diagnosing cancer
SG174100A1 (en) 2006-09-08 2011-09-29 Genentech Inc Wnt antagonists and their use in the diagnosis and treatment of wnt-mediated disorders
EA018260B1 (ru) 2006-09-29 2013-06-28 Онкомед Фармасьютикалз, Инк. Антитела к дельта-подобному лиганду 4 человека и их применение
EP2084296B1 (en) * 2006-09-29 2015-08-05 Agendia N.V. High-throughput diagnostic testing using arrays
US7691980B2 (en) 2007-01-09 2010-04-06 Bio-Rad Laboratories, Inc. Enhanced capacity and purification of antibodies by mixed mode chromatography in the presence of aqueous-soluble nonionic organic polymers
JP5624476B2 (ja) 2008-01-18 2014-11-12 バイオ−ラッド ラボラトリーズ インコーポレーティッド アパタイトクロマトグラフィーによるリン酸化生体分子および非リン酸化生体分子の向上した精製法
US20120053079A1 (en) * 2009-03-06 2012-03-01 University Of South Alabama Methods and compositions for the diagnosis, prognosis and treatment of cancer
TWI535445B (zh) 2010-01-12 2016-06-01 安可美德藥物股份有限公司 Ｗｎｔ拮抗劑及治療和篩選方法
US20130045209A1 (en) 2010-01-12 2013-02-21 Oncomed Pharmaceuticals, Inc. WNT-Binding Agents and Uses Thereof
US20150132301A1 (en) * 2011-12-09 2015-05-14 Oncomed Pharmaceuticals, Inc. Combination Therapy for Treatment of Cancer

Patent Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN103002911A (zh) * 2008-09-26 2013-03-27 昂考梅德药品有限公司 卷曲蛋白结合药剂及其应用
US20100169025A1 (en) * 2008-10-10 2010-07-01 Arthur William T Methods and gene expression signature for wnt/b-catenin signaling pathway

Non-Patent Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
M-A FORGET等: "The Wnt pathway regulator DKKI is preferentially expressed in hormone-resistant breast tumours and in some common cancer types", 《BRITISH JOURNAL OF CANCER》 *

Cited By (6)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN110114087A (zh) * 2016-10-26 2019-08-09 飞跃治疗公司 β-连环蛋白作为生物标记物用于使用抗DKK-1抗体治疗癌症的用途
CN106990245A (zh) * 2017-04-05 2017-07-28 东南大学 检测pitx1表达量的试剂在制备胃癌预后评估试剂盒中的应用
CN110835372A (zh) * 2019-11-06 2020-02-25 上海健康医学院 一种靶向Frizzled7单克隆抗体及其制备方法与应用
CN111735949A (zh) * 2020-07-17 2020-10-02 北京信诺卫康科技有限公司 Wnt7a和CA125联合用作早期卵巢癌生物标志物以及试剂盒
CN115337400A (zh) * 2021-05-13 2022-11-15 中国科学院分子细胞科学卓越创新中心 诊断和治疗肿瘤的试剂及其用途
CN113293212A (zh) * 2021-06-17 2021-08-24 深圳华因康基因科技有限公司 一种检测神经母细胞瘤复发转移基因fzd2扩增的引物探针及其应用

Also Published As

Publication number Publication date
HK1223657A1 (zh) 2017-08-04
EP3077546A1 (en) 2016-10-12
WO2015084808A1 (en) 2015-06-11
TW201610168A (zh) 2016-03-16
MX2016007066A (es) 2016-09-08
AU2014357354A1 (en) 2016-06-09
JP2017501137A (ja) 2017-01-12
EP3077546A4 (en) 2017-04-26
WO2015084808A4 (en) 2015-08-13
CA2931975A1 (en) 2015-06-11

Similar Documents

Publication Publication Date Title
CN105829547A (zh) 与Wnt途径抑制剂有关的预测性生物标记物的鉴别
JP6730996B2 (ja) 抗ｌｉｌｒｂ抗体ならびにがんの検出及び処置におけるその使用
US11656230B2 (en) Method for predicting cancer sensitivity
CN103002911B (zh) 卷曲蛋白结合药剂及其应用
CN102844443B (zh) 用于甲状腺癌诊断和治疗的方法和组合物
CN105073195A (zh) 使用Wnt途径抑制剂进行治疗的方法及对该治疗的监测
CN102971337A (zh) 卷曲蛋白结合药剂及其应用
JP2006188524A (ja) 新規なポリペプチド及びそれをコードする核酸
JP2009067801A (ja) 癌治療のための標的としてのｐ−カドヘリン
CN105492024A (zh) Met结合剂及其用途
CN105051215A (zh) 治疗胰腺癌的方法
US20180015163A1 (en) Cancer methods
JP5756014B2 (ja) がんの診断および治療のためのｖｈｚ
US20170023576A1 (en) Notch3 antibodies and uses thereof
KR20090111307A (ko) 전립선 특이적 전사물 및 전립선암의 치료 및 진단에 사용되는 이의 용도
US20170022289A1 (en) Methods for treating cancer with notch1 antiboides
JP7236164B2 (ja) 治療法に対する応答を予測する薬剤及び方法
CN102725310A (zh) 同等型特异性抗her4抗体
US20180223372A1 (en) Identification of predictive biomarkers associated with wnt pathway inhibitors
US20160304968A1 (en) Identification of Predictive Biomarkers Associated With WNT Pathway Inhibitors
WO2016201199A1 (en) Identification of predictive biomarkers associated with wnt pathway inhibitors
US20110159588A1 (en) Methods for Modulating a PDGF-AA Mediated Biological Response

Legal Events

Date Code Title Description
C06 Publication
PB01 Publication
C10 Entry into substantive examination
SE01 Entry into force of request for substantive examination
REG Reference to a national code

Ref country code: HK

Ref legal event code: DE

Ref document number: 1223657

Country of ref document: HK

WD01 Invention patent application deemed withdrawn after publication
WD01 Invention patent application deemed withdrawn after publication

Application publication date: 20160803

REG Reference to a national code

Ref country code: HK

Ref legal event code: WD

Ref document number: 1223657

Country of ref document: HK