CN110114087A - β-连环蛋白作为生物标记物用于使用抗DKK-1抗体治疗癌症的用途 - Google Patents

β-连环蛋白作为生物标记物用于使用抗DKK-1抗体治疗癌症的用途 Download PDF

Info

Publication number
CN110114087A
CN110114087A CN201780071597.0A CN201780071597A CN110114087A CN 110114087 A CN110114087 A CN 110114087A CN 201780071597 A CN201780071597 A CN 201780071597A CN 110114087 A CN110114087 A CN 110114087A
Authority
CN
China
Prior art keywords
seq
ser
acid sequence
amino acid
gly
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Pending
Application number
CN201780071597.0A
Other languages
English (en)
Inventor
M·H·卡格依
C·A·西拉德
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Feiyue Therapeutic Co
Original Assignee
Feiyue Therapeutic Co
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Feiyue Therapeutic Co filed Critical Feiyue Therapeutic Co
Publication of CN110114087A publication Critical patent/CN110114087A/zh
Pending legal-status Critical Current

Links

Classifications

    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C07ORGANIC CHEMISTRY
    • C07KPEPTIDES
    • C07K16/00Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies
    • C07K16/18Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans
    • AHUMAN NECESSITIES
    • A61MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61KPREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K31/00Medicinal preparations containing organic active ingredients
    • A61K31/33Heterocyclic compounds
    • A61K31/335Heterocyclic compounds having oxygen as the only ring hetero atom, e.g. fungichromin
    • A61K31/337Heterocyclic compounds having oxygen as the only ring hetero atom, e.g. fungichromin having four-membered rings, e.g. taxol
    • AHUMAN NECESSITIES
    • A61MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61KPREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K39/395Antibodies; Immunoglobulins; Immune serum, e.g. antilymphocytic serum
    • A61K39/39533Antibodies; Immunoglobulins; Immune serum, e.g. antilymphocytic serum against materials from animals
    • A61K39/3955Antibodies; Immunoglobulins; Immune serum, e.g. antilymphocytic serum against materials from animals against proteinaceous materials, e.g. enzymes, hormones, lymphokines
    • AHUMAN NECESSITIES
    • A61MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61KPREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K45/00Medicinal preparations containing active ingredients not provided for in groups A61K31/00 - A61K41/00
    • A61K45/06Mixtures of active ingredients without chemical characterisation, e.g. antiphlogistics and cardiaca
    • AHUMAN NECESSITIES
    • A61MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61PSPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P35/00Antineoplastic agents
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6883Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
    • C12Q1/6886Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
    • AHUMAN NECESSITIES
    • A61MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61KPREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K2039/505Medicinal preparations containing antigens or antibodies comprising antibodies
    • AHUMAN NECESSITIES
    • A61MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61KPREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K2039/55Medicinal preparations containing antigens or antibodies characterised by the host/recipient, e.g. newborn with maternal antibodies
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C07ORGANIC CHEMISTRY
    • C07KPEPTIDES
    • C07K2317/00Immunoglobulins specific features
    • C07K2317/20Immunoglobulins specific features characterized by taxonomic origin
    • C07K2317/21Immunoglobulins specific features characterized by taxonomic origin from primates, e.g. man
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C07ORGANIC CHEMISTRY
    • C07KPEPTIDES
    • C07K2317/00Immunoglobulins specific features
    • C07K2317/50Immunoglobulins specific features characterized by immunoglobulin fragments
    • C07K2317/56Immunoglobulins specific features characterized by immunoglobulin fragments variable (Fv) region, i.e. VH and/or VL
    • C07K2317/565Complementarity determining region [CDR]
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C07ORGANIC CHEMISTRY
    • C07KPEPTIDES
    • C07K2317/00Immunoglobulins specific features
    • C07K2317/70Immunoglobulins specific features characterized by effect upon binding to a cell or to an antigen
    • C07K2317/76Antagonist effect on antigen, e.g. neutralization or inhibition of binding
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/106Pharmacogenomics, i.e. genetic variability in individual responses to drugs and drug metabolism
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/156Polymorphic or mutational markers
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/16Primer sets for multiplex assays

Landscapes

  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Public Health (AREA)
  • Animal Behavior & Ethology (AREA)
  • Veterinary Medicine (AREA)
  • Pharmacology & Pharmacy (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Epidemiology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Pathology (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • General Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
  • Oncology (AREA)
  • Hospice & Palliative Care (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Endocrinology (AREA)
  • Mycology (AREA)
  • Medicines Containing Antibodies Or Antigens For Use As Internal Diagnostic Agents (AREA)
  • Peptides Or Proteins (AREA)
  • Acyclic And Carbocyclic Compounds In Medicinal Compositions (AREA)
  • Pharmaceuticals Containing Other Organic And Inorganic Compounds (AREA)
  • Medicines That Contain Protein Lipid Enzymes And Other Medicines (AREA)

Abstract

披露了一种在对其有需要的受试者中治疗癌症的方法。该癌症可以是食道癌、子宫癌、肝癌、或胆管癌。该方法包括向该受试者给予有效量的抗Dkk‑1抗体或其抗原结合片段,其中确定该受试者具有β‑连环蛋白的组成型活化突变。

Description

β-连环蛋白作为生物标记物用于使用抗DKK-1抗体治疗癌症 的用途
相关申请
该申请要求于2016年10月26日提交的美国临时申请号 62/413,198的权益。将上述申请的全部传授的内容通过引用并入本文。
背景技术
癌症仍然是一种重要的公共卫生威胁,其预后不良并且对于许多类型治疗有限。对于可以增加治疗癌症,特别是食道癌、子宫癌、肝癌、和胆管癌或胆道癌疗效的疗法存在显著未满足的需求。本申请提供了此类疗法。
发明内容
本发明涉及一种在需要治疗的受试者中治疗癌症(例如,食道腺癌)的方法。
因此,在一个方面,本发明是一种在对其有需要的受试者中治疗癌症的方法。该癌症可以是食道癌、子宫癌、肝癌、或胆管癌。可替代地,该癌症可以是胃癌。该方法包括向受试者给予治疗有效量的抗 Dkk-1抗体或其抗原结合片段,其中确定受试者具有β-连环蛋白(SEQ ID NO:2)的组成型活化突变。
在另一方面,本发明是一种治疗患有癌症的受试者的方法。该癌症可以是食道癌、子宫癌、肝癌、或胆管癌。可替代地,该癌症可以是胃癌。该方法包括以下步骤:从受试者获得肿瘤细胞样品;确定样品中β-连环蛋白的序列;并且如果β-连环蛋白(SEQ ID NO:2)的序列包括组成型活化突变,则向受试者给予治疗有效量的抗Dkk-1抗体或其抗原结合片段。
在又另一个方面,本发明是一种在对其有需要的受试者中治疗癌症的方法。该癌症可以是食道癌、子宫癌、肝癌、或胆管癌。可替代地,该癌症可以是胃癌。该方法包括向受试者给予治疗有效量的抗 Dkk-1抗体或其抗原结合片段,其中该受试者具有β-连环蛋白(SEQ ID NO:2)的组成型活化突变。
附图说明
前述内容从本发明的示例性实施例的以下更具体的描述将是清楚的,如在附图中所示。附图并非必定按比例,而是将重点放在说明本发明的实施例上。
图1是表示在经受DKN-01疗法的患者中CTNNB1(β-连环蛋白) 蛋白质突变数据的分析的表。
图2A是指示患有食道癌并且进行紫杉醇和DKN-01组合疗法的患者105-023中病灶大小的变化(以大小的百分比表示)的图。患者 105-023被证实具有CTNNB1(β连环蛋白)基因的外显子2至4的缺失。
图2B是在研究开始时以及在周期10时的患者105-023的靶病灶的断层图像。
图3A至3F示出了人CTNNB1基因的序列。
图4A至4D共同表示表1,其示出了β-连环蛋白的突变的实例。
具体实施方式
本发明的示例实施例的描述如下。
Dickkopf-1(Dkk-1)是一种作为经典Wnt/β-连环蛋白信号传导途径的天然抑制剂的蛋白质。Wnt途径影响许多生物过程,如细胞生长、细胞增殖、干细胞维持、细胞分化、细胞极性、骨发育、和成体组织稳态。
在经典Wnt/β-连环蛋白信号传导途径中,细胞外Wnt配体与其同源受体“卷曲蛋白(Frizzled)”结合,并进一步募集跨膜脂蛋白LPR5和LPR6(低密度脂蛋白受体相关蛋白5和6)共同受体。Wnt/ 卷曲蛋白/LPR5/6复合物的形成触发几种细胞内信号级联,包括由β- 连环蛋白(CTNNB1基因的基因产物)介导的级联。具体地,由于β-连环蛋白磷酸化的抑制,Wnt/卷曲蛋白/LPR5/6复合物的形成导致β-连环蛋白的细胞质水平稳定。虽然磷酸化的β-连环蛋白在细胞质中被降解,但未磷酸化的β-连环蛋白易位至细胞核,在那里其增强了例如细胞周期蛋白D1、c-myc、c-jun、环加氧酶-2、基质金属蛋白酶-7、血管内皮生长因子、和生存素,以及其他生长因子的靶基因表达。在没有来自Wnt/卷曲蛋白/LPR5/6复合物的信号的情况下,β-连环蛋白被细胞内激酶(如糖原合成酶激酶3β(GSK3β)和酪蛋白激酶I(CKI)) 磷酸化。来自Wnt/卷曲蛋白/LPR5/6复合物的信号的转导抑制了这种磷酸化。
细胞外Dkk-1与LPR5/6共同受体结合并阻止Wnt配体结合。这导致β-连环蛋白磷酸化的恢复及其随后的降解,从而抑制经典Wnt 信号传导途径。
有关人CTNNB1的核苷酸序列和基因组(染色体)坐标,参见 URL“https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/1499”。简而言之,CTNNB1 基因的基因组(染色体)坐标是chr3:41,240,942-41,281,939。所有坐标均来自构建体GRCh37/hg19。CTNNB1的核苷酸序列在SEQ ID NO: 1中提供(包括外显子,由大写字母表示)。人CNNTB1基因的基因产物,本文称为β-连环蛋白(catenin)或β-连环蛋白(catenin protein),是具有由SEQ ID NO:2(UniProt登录号P35222)提供的序列的蛋白质。特别感兴趣的是外显子2、3、和4,在SEQ IDNO:2中对应于氨基酸残基1至4(外显子2)、5-81(外显子3)、和82-165(外显子4)。外显子2至4的氨基酸序列分别由SEQ ID NO:3、4、和5 提供。
如本文所用,“β-连环蛋白的组成型活化突变”是指β-连环蛋白的氨基酸序列的突变,其导致当与野生型蛋白质相比时,β-连环蛋白在功能上能够将信号转导至细胞核的细胞水平升高。β-连环蛋白的组成型活化突变的实例包括导致其在缺乏Wnt/卷曲蛋白/LPR5/6复合物的情况下不能被GSK3-β激酶和/或酪蛋白激酶I磷酸化的突变。此类突变的实例包括:外显子2至4的缺失、外显子3的缺失或内部缺失,以及在缺乏Wnt/卷曲蛋白/LPR5/6复合物的情况下被磷酸化的丝氨酸和苏氨酸残基的突变,如SEQ ID NO:2的Ser33、Ser37、Thr41、和 Ser45。
在各种实施例中,β-连环蛋白的突变选自图4A至4D表示的表1 中列出的突变。
如本领域技术人员将认识到的,如本文所用的“食道癌”是指食道以及胃-食道连接的癌症。如本领域常用的,食道癌包括食道鳞状细胞癌(ESCC)和食道腺癌(EAC)。通常,ESCC是指起源于鳞状细胞的癌症,这些细胞将食道排列在器官的大约上部2/3处。EAC是指起源于腺体细胞的癌症,其取代鳞状细胞区域(例如,在Barrett 食道中),典型地在食道的下1/3处。因此,如本文所用的食道腺癌是指食道以及胃-食道连接的腺癌。
“子宫癌”是从子宫组织中出现的任何类型的癌症。其可以指几种类型的癌症,其中宫颈癌(来自子宫的下部)是最常见的类型。
“肝癌”,也称为肝癌和原发性肝癌,是从肝脏开始的癌症。从其他地方传播到肝脏的癌症,称为肝转移,比从肝脏开始的癌症更常见。原发性肝癌是全球第六大癌症(6%),并且是癌症死亡的第二主要原因(9%)。
“胆管癌”或胆道癌是一种癌症形式,其由起源于将胆汁从肝脏排出到小肠中的胆道的突变上皮细胞(或显示上皮分化特征的细胞) 组成。在过去的几十年里,世界范围内胆管癌的发病率一直在上升。胆管癌被认为是无法治愈且快速致死的癌症,除非原发性肿瘤和任何转移瘤二者均可以通过手术完全切除。除手术之外,不存在潜在的治愈性治疗,但大多数人在出现时患有晚期疾病,并且在诊断时无法手术。
“胃癌”也称为胃癌(gastric cancer),是一种从胃部开始的癌症。约90%至95%的胃癌是腺癌。当使用术语胃癌或胃癌时,其几乎总是指腺癌。这些癌症从形成胃的最内层(称为粘膜)的细胞发展而来。
术语“有效量”意指治疗剂(例如,抗体)的量,该量在预防性或治疗性治疗指定的病症方面是有效的。“有效量”还可以指治疗上或预防上足以治疗靶病症的治疗剂组合的量。有效量将取决于患者的年龄、性别、和体重,患者的当前医疗状况以及所治疗的食道癌的性质。本领域技术人员将能够根据这些和其他因素确定适当的剂量。
现在已发现,预期患有某些癌症并且在β-连环蛋白(SEQ ID NO: 2)内具有组成型活化突变的癌症患者与不具有这样的突变的患者相比更响应于抗Dkk-1抗体疗法。因此,本发明涉及一种在需要治疗的受试者中治疗癌症(例如,食道癌、子宫癌、肝癌、和胆管癌)的方法,该方法包括给予有效量的抗Dkk-1抗体或其抗原结合片段,其中确定受试者具有β-连环蛋白(SEQ ID NO:2)的组成型活化突变。
Dkk-1抗体
先前已描述了Dkk-1抗体(参见例如,美国专利号8,148,498和 7,446,181,将其全部内容通过引用并入本文)。本文披露的Dkk-1抗体或其抗原结合片段涉及与人Dkk-1结合的人工程化抗体,该人 Dkk-1包含SEQ ID NO:27中所示的氨基酸序列或其片段。本发明的Dkk-1抗体是治疗上有用的Dkk-1拮抗剂,具有许多希望的特性。例如,Dkk-1抗体阻断Dkk-1介导的碱性磷酸酶抑制、标记物或成骨细胞活性,以及治疗各种类型的癌症(例如,非小细胞肺癌)。
全长抗体当它以天然方式存在时是包含由二硫键互相连接的2条重(H)链和2条轻(L)链的免疫球蛋白分子。每条链的氨基末端部分包括具有约100-110个氨基酸的可变区,其经由包含在其中的互补决定区(CDR)主要负责抗原识别。每条链的羧基末端部分限定恒定区,主要负责效应子功能。
这些CDR散布有更为保守的区域,称为框架区(“FR”)。每个轻链可变区(LCVR)和重链可变区(HCVR)由3个CDR和4个FR构成,按以下顺序从氨基端到羧基端排列:FR1、CDR1、FR2、 CDR2、FR3、CDR3、FR4。轻链的3个CDR被称为“LCDR1、LCDR2、和LCDR3”并且重链的3个CDR被称为“HCDR1、HCDR2、和 HCDR3”。CDR含有与抗原形成特异性相互作用的残基中的大多数。在LCVR和HCVR区域内的CDR氨基酸残基的编号和定位遵循众所周知的Kabat编号规则。
轻链分为κ或λ链,并且其由本领域已知的特定恒定区表征。重链分为γ、μ、α、δ、或ε链,并且将抗体的同种型分别定义为IgG、 IgM、IgA、IgD、或IgE。IgG抗体可以进一步分为亚类,例如,IgG1、 IgG2、IgG3、IgG4。每种重链类型的特征在于具有本领域熟知的序列的特定恒定区。
如本文所用,术语“单克隆抗体”(Mab)是指抗体,该抗体来源于单个拷贝或克隆,包括例如任何真核、原核、或噬菌体克隆,而不是产生它的方法。本发明的Mab优选地以同质的或基本上同质的群体存在。完全Mab含有2条重链和2条轻链。
除非另有说明,否则术语“Dkk-1抗体”包括全长抗体以及Dkk-1 抗体的抗原结合片段二者。
此类单克隆抗体的“抗原结合片段”包括例如Fab片段、Fab'片段、F(ab')2片段、和单链Fv片段。可以例如通过重组技术,噬菌体展示技术、合成技术(例如,CDR移植)、或此类技术的组合、或本领域已知的其他技术来生产单克隆抗体及其抗原结合片段。例如,可以用人DKK-1或其片段免疫小鼠,可以回收并纯化所得抗体,并且可以通过本领域已知的方法评估确定它们是否具备与本文披露的这些抗体化合物相似或相同的结合与功能特性。还可以通过常规方法制备抗原结合片段。用于产生和纯化抗体和抗原结合片段的方法是本领域熟知的并可以例如发现于Harlow和Lane(1988)Antibodies,A Laboratory Manual[抗体:实验室手册],Cold Spring Harbor Laboratory Press[冷泉港实验室出版社],冷泉港,纽约,第5-8章和第15章, ISBN 0-87969-314-2中。
本文披露的单克隆Dkk-1抗体被工程化以包含框架区,这些框架区是基本上人或源自非人抗体的完全人周围的CDR。此类人工程化抗体的“抗原结合片段”包括例如Fab片段、Fab'片段、F(ab')2片段、和单链Fv片段。“框架区”或“框架序列”是指框架区1至4中的任一个。由本文披露的抗体涵盖的人工程化抗体及其抗原结合片段包括其中框架区1至4中任一个或多个基本上或完全是人的分子,即,其中单独的基本上或完全为人框架区1至4的可能组合中的任一种是存在的。例如,这包括其中框架区1和框架区2、框架区1和框架区 3、框架区1、2、和3等基本上或完全为人的分子。基本上人框架是与已知的人种系框架序列具有至少约80%序列同一性的那些。优选地,基本上人框架与已知的人种系框架序列具有至少约85%、约90%、约95%、或约99%的序列同一性。
可以使用几种不同方法来生成除本文披露的那些之外的表现出类似功能特性的人工程化抗体。本文披露的特定抗体化合物可以用作模板或亲本抗体化合物以制备另外的抗体化合物。在一种方法中,将亲本抗体化合物CDR移植到与亲本抗体化合物框架具有高序列同一性的人框架中。新框架的序列同一性通常将与亲本抗体化合物中对应框架的序列至少约80%、至少约85%、至少约90%、至少约95%、或至少约99%相同。这种移植可能导致相比于亲本抗体的结合亲和力的降低。如果情况如此,可以基于由Queen等人(1991)Proc.Natl.Acad. Sci.USA[美国国家科学院院刊]88:2869披露的具体标准将该框架在某些位置处回复突变为亲本框架。描述可用于人源化小鼠抗体的方法的另外参考文献包括美国专利号4,816,397;5,225,539,和5,693,761;如Levitt(1983)J.Mol.Biol.[分子生物学杂志]168:595-620中描述的计算机程序ABMOD和ENCAD;以及Winter和同事的方法(Jones等人(1986)Nature[自然]321:522-525;Riechmann等人(1988) Nature[自然]332:323-327;和Verhoeyen等人(1988)Science[科学] 239:1534-1536)。鉴定被考虑用于回复突变的残基的方法是本领域已知的(参见例如,美国专利号8,148,498)。
本文提供的方法涉及使用包含轻链可变区(LCVR)和重链可变区(HCVR)的Dkk-1抗体,其中LCVR包含互补决定区(CDR)LCDR1、 LCDR2、和LCDR3,并且HCVR包含CDR HCDR1、HCDR2和 HCDR3,其中LCDR1具有SEQ ID NO:6的氨基序列,HCDR1具有 SEQ ID NO:9的氨基序列,并且HCDR2具有SEQ ID NO:10的氨基序列。
在一个实施例中,Dkk-1抗体包含具有SEQ ID NO:6的氨基序列的LCDR1、具有SEQID NO:7的氨基序列的LCDR2、具有SEQ ID NO: 8的氨基序列的LCDR3、具有SEQ ID NO:9的氨基序列的HCDR1、具有SEQ ID NO:10的氨基序列的HCDR2、和具有SEQ ID NO:11 的氨基序列的HCDR3。
在另一个实施例中,Dkk-1抗体包含具有SEQ ID NO:12的氨基酸序列的LCVR和具有SEQ ID NO:13的氨基酸序列的HCVR。在具体实施例中,该LCVR包含SEQ ID NO:16的氨基酸序列并且该 HCVR包含SEQ ID NO:17的氨基酸序列。
在另外的实施例中,Dkk-1抗体包含具有SEQ ID NO:22的氨基酸序列的重链(HC)和具有SEQ ID NO:23的氨基酸序列的轻链 (LC)。分别包含SEQ ID NO:22和SEQ ID NO:23的HC和LC氨基酸序列的Dkk-1抗体或其抗原结合片段在本文中称为DKN-01。具体地,DKN-01具有分子/经验式C6394H9810N1698O2012S42,并且分子量为144015道尔顿(完整)。
在某些实施例中,本文披露的Dkk-1抗体是IgG4抗体,其具有针对人Dkk-1的中和活性,该人Dkk-1包含SEQ ID NO:27中所示的序列或其片段。例如,经典Wnt信号传导对成骨细胞分化和活性很重要。Wnt-3a与BMP-4组合诱导多能小鼠C2C12细胞分化为成骨细胞,具有可测量的碱性磷酸酶(“AP”)(成骨细胞活性的标记物)终点。 Dkk-1(经典Wnt信号传导的抑制剂)抑制AP的分化和产生。中和 Dkk-1抗体阻止Dkk-1介导的AP抑制。阻断Dkk-1抑制活性的抗体防止AP活性的丧失(参见美国专利号8,148,498)。在具体实施例中,具有中和活性的Dkk-1抗体是DKN-01,其是IgG4抗体。
本文披露的Dkk-1抗体具有对Dkk-1(例如,人Dkk-1,SEQ ID NO:27)的高亲和力(Kd),如美国专利号8,148,498中所述。例如,本发明的Dkk-1抗体在37℃下具有0.5x 10-12M与3.0x 10-11之间的 Kd。
给予方式
用于本发明方法或组合物的Dkk-1抗体和化学治疗剂可以配制用于肠胃外、口服、经皮、舌下、口腔、直肠、鼻内、支气管内或肺内给予。
对于肠胃外给予,用于本发明方法或组合物的化合物可以被配制用于注射或输注,例如静脉内、肌内或皮下注射或输注,或用于以浓注剂量和/或输注(例如,连续输注)形式给予。可以使用任选地含有其他配制剂(如助悬剂、稳定剂和/或分散剂)的油性或水性媒介物中的混悬液、溶液或乳液。
对于口服给予,这些化合物可以呈由常规手段用药学上可接受的赋形剂制备的片剂或胶囊的形式,这些赋形剂如粘合剂(例如,聚乙烯吡咯烷酮或羟丙基甲基纤维素);填充剂(例如,乳糖、微晶纤维素或磷酸钙);润滑剂(例如,硬脂酸镁、滑石或二氧化硅);崩解剂(例如,羟基乙酸淀粉钠);或润湿剂(例如,十二烷基硫酸钠)。如果希望,则可以使用适合的方法包衣片剂。用于口服给予的液体制剂可以呈溶液、糖浆或混悬液的形式。液体制剂可以通过常规手段用药学上可接受的添加剂制备,这些添加剂如悬浮剂(例如,山梨糖醇糖浆、甲基纤维素或氢化可食用脂肪);乳化剂(例如,卵磷脂或阿拉伯胶);非水性媒介物(例如,杏仁油、油性酯或乙醇);和防腐剂(例如,对羟基苯甲酸甲酯或丙酯或山梨酸)。
对于口腔给予,用于本发明方法或组合物的化合物可以呈以常规方式配制的片剂或锭剂形式。
对于直肠给予,用于本发明方法或组合物的化合物可以呈栓剂形式。
对于舌下给予,片剂可以以常规方式配制。
对于鼻内、支气管内或肺内给予,可以采用常规配制品。
此外,用于本发明方法或组合物的化合物可以被配制成缓释制剂。例如,化合物可以与向活性剂化合物提供持续和/或控制释放特性的适合聚合物或疏水材料一起配制。因此,用于本发明方法的化合物可以以微粒的形式例如通过注射或以圆片或圆盘的形式通过植入给予。配制控制释放药物制剂的各种方法是本领域已知的。
可用于实施本文所述方法的本发明化合物或其药学上可接受的盐或包含一种或多种化合物(或其药用盐)的组合物的给予可以是连续的,每小时的、每日四次、每日三次、每日两次、每日一次、每隔一天一次、每周两次、每周一次、每两周一次、每月一次、或每两个月一次、或更长时间、或一些其他间歇性给药方案。
化合物或包含一种或多种本发明化合物(或其药用盐)的组合物的给予实例包括外周给予。外周给予的实例包括口服、皮下、腹膜内、肌肉内、静脉内、直肠、经皮、或鼻内给予形式。
如本文所用,外周给予包括化合物或包含本发明化合物的组合物的所有给予形式,其排除颅内给予。外周给予的实例包括但不限于口服、肠胃外(例如,肌肉内、腹膜内、静脉内或皮下注射、延长释放、缓释植入物、贮库等)、鼻、阴道、直肠、舌下或局部给予途径,包括经皮贴剂应用等。
组合疗法
本文披露的Dkk-1抗体可以与第二量的化学治疗剂(在本文中有时称为“第二药剂”)组合用于治疗食道癌。这种组合给予可以通过包括Dkk-1抗体和第二药剂的单一剂型,这种单一剂型包括片剂、胶囊、喷雾剂、吸入粉末、可注射液体等。除单一剂型之外,组合给予可以包含另外的第二药剂(例如,化学治疗剂)。可替代地,组合给予可以通过给予两种不同的剂型,其中一种剂型含有Dkk-1抗体,并且另一种剂型包括第二量的化学治疗剂。在这种情况下,剂型可以相同或不同。不希望限制组合疗法,以下举例说明可以采用的某些组合疗法。应理解,超出所需的第二量化学治疗剂的另外化学治疗剂可以用于本文所述的方法中。
第二量的化学治疗剂(本文中有时称为第二药剂)可以在给予 Dkk-1抗体之前、同时或之后给予。因此,Dkk-1抗体和第二药剂可以在单一配制品中一起给予,或者可以在分开的配制品中给予,例如同时或顺序给予,或二者。例如,如果Dkk-1抗体和第二药剂在分开的组合物中顺序给予,则Dkk-1抗体可以在化学治疗剂之前或之后给予。给予Dkk-1抗体和第二量的化学治疗剂之间的持续时间将取决于化学治疗剂的性质。在某些实施例中,Dkk-1抗体可以立即在化学治疗剂之前或之后,或者在技术人员认为适当的一段时间之后。
此外,Dkk-1抗体和第二量的化学治疗剂可以或可以不以类似的给药方案给予。例如,Dkk-1抗体和化学治疗剂可以具有不同的半衰期和/或在不同的时间尺度上起作用,使得Dkk-1抗体以大于化学治疗剂的频率给予,反之亦然。例如,Dkk-1抗体和化学治疗剂可以在一天内一起给予(例如,以单剂量或顺序给予),随后一定天数后仅给予化学治疗剂(或不同的化学治疗剂)。给予治疗剂之间的天数可以根据每种药物的安全性和药效学适当地确定。Dkk-1抗体或化学治疗剂可以短期或长期给予。
如本文所用,“有效量”是指治疗上或预防上足以治疗靶病症的治疗剂或治疗剂组合的量。有效量将取决于患者的年龄、性别、和体重,患者的当前医疗状况以及所治疗的食道癌的性质。本领域技术人员将能够根据这些和其他因素确定适当的剂量。
每次给予Dkk-1抗体的适合剂量包括约或大于约15mg、约20 mg、约30mg、约40mg、约50mg、约100mg、约200mg、约300 mg、约400mg、约500mg、约600mg、约625mg、约650mg、约675mg、约700mg、约725mg、约750mg、约775mg、约800mg、约825mg、约850mg、约875mg、约900mg、约925mg、约950mg、约975mg、约1000mg、约1025mg、约1050mg、约1075mg、约 1100mg、约1125mg、约1150mg、约1175mg、约1200mg、约1225 mg、约1250mg、约1275mg、约1300mg、约1325mg、约1350mg、约1375mg、约1400mg、约1425mg、约1450mg、约1475mg、约 1500mg、约1525mg、约1550mg、约1575mg、约1600mg、约1625 mg、约1650mg、约1675mg、约1700mg、约1725mg、约1750mg、约1775mg、约1800mg、约1825mg、约1850mg、约1875mg、约 1900mg、约1925mg、约1950mg、约1975mg、约2000mg、约2025 mg、约2050mg、约2075mg、约2100mg、约2125mg、约2150mg、约2175mg、约2200mg、约2225mg、约2250mg、约2275mg、约 2300mg、约2325mg、约2350mg、约2375mg、约2400mg、约2425 mg、约2450mg、约2475mg、约2500mg、约2525mg、约2550mg、约2575mg、约2600mg、或约3,000mg的剂量。每种适合的剂量可以在技术人员认为适当的时间段内给予。例如,每种适合的剂量可以在约30分钟至长达约1小时、约2小时、约3小时、约4小时、约5 小时、约6小时、约7小时、或约8小时的时间段内给予。在具体实施例中,Dkk-1抗体的适合剂量可以是在约30分钟至长达约2小时的时间段内给予约150mg。Dkk-1抗体的另一个适合剂量可以是在约 30分钟至长达约2小时的时间段内给予约300mg。
对于第二量的化学治疗剂,每次给予的适合剂量可以基于标签上找到的推荐剂量来确定。当紫杉醇在第二量的化学治疗剂中时,使用的剂量为约或大于约8mg/m2、10mg/m2、约15mg/m2、约20mg/m2、约25mg/m2、约30mg/m2、约35mg/m2、约40mg/m2、约45mg/m2、约50mg/m2、约55mg/m2、约60mg/m2、约65mg/m2、约70mg/m2、约75mg/m2、约80mg/m2、约85mg/m2、约90mg/m2、约95mg/m2、约100mg/m2、约105mg/m2、约110mg/m2、约120mg/m2、约130 mg/m2、约140mg/m2、约150mg/m2、约160mg/m2、约170mg/m2、约180mg/m2、约190mg/m2、约200mg/m2、约225mg/m2、约250 mg/m2、约275mg/m2、约300mg/m2、约600mg/m2或约800mg/m2。例如,每次给予紫杉醇的适合剂量在约1小时的时间段内为约80 mg/m2
通过共同给予第一量的Dkk-1抗体(或其药学上可接受的盐、水合物或溶剂化物)和第二量的至少一种化学治疗剂,可以在本发明方法或组合物中实现有效量。在一个实施例中,Dkk-1抗体和化学治疗剂各自以相应的有效量(即各自以若单独给予,则将为治疗有效的量) 给予。在另一个实施例中,Dkk-1抗体和化学治疗剂各自以单独不会提供治疗效果的量(次治疗剂量)给予。在又另一个实施例中,Dkk-1 抗体可以有效量给予,而化学治疗剂以次治疗剂量给予。在仍另一个实施例中,Dkk-1抗体可以以次治疗剂量给予,而化学治疗剂以有效量给予。
如本文所用,术语“受试者”是指哺乳动物,优选人,但也可以意指需要兽医治疗的动物,例如伴侣动物(例如,狗、猫等)、农场动物(例如,牛、羊、猪、马等)和实验室动物(例如,大鼠、小鼠、豚鼠等)。
如本文所用,“治疗”包括实现、部分或基本上延迟、抑制或预防与所治疗癌症相关的临床适应症的进展。例如,“治疗”包括如通过本领域已知的标准成像方法(包括例如计算机断层摄影(CT)扫描、磁共振成像(MRI)、胸部X射线、和CT/正电子发射断层摄影 (CT/PET)扫描)检测的肿瘤生长减少或预防进一步生长,并根据本领域已知的指南和方法进行评估。例如,可以通过实体瘤响应评估标准(RECIST)评估对治疗的响应(修订的RECIST指南版本1.1;参见Eisenhauer等人,Eur.J.Cancer[欧洲癌症杂志]45(2):228-47, 2009)。因此,在一些实施例中,“治疗”是指完全响应(CR),其根据RECIST指南定义为所有靶病灶的消失,或部分响应(PR),其定义为以基线总直径为参考,靶病灶直径总和减少至少30%。用于评估肿瘤对治疗的响应的其他手段包括评估肿瘤标记物和评估表现状态(例如,assessment ofcreatinine clearance[评估肌酐清除率];参见Cockcroft和Gault,Nephron.16:31-41,1976)。
药物组合物
本文披露的Dkk-1抗体和化学治疗剂可以掺入适合于给予的药物组合物中。此类组合物典型地包含抗体,或一种或多种化学治疗剂或二者,和药学上可接受的载体。如本文所用,表达“药学上可接受的载体”旨在包括与药物给予可相容的任何和所有溶剂、分散介质、包衣、抗细菌和抗真菌药剂、等渗剂和吸收延迟剂等。用于药物活性物质的此类介质和药剂的使用是本领域熟知的。除非任何常规介质或药剂与活性化合物不相容,否则其在组合物中的这种使用被涵盖在内。
本发明的药物组合物被配制成与其预期的给予途径相容。给予途径的实例包括胃肠外,例如静脉内、真皮内、皮下、口服(例如,吸入)、经皮(局部)、经粘膜、和直肠给予。用于肠胃外、真皮内、或皮下应用的溶液或混悬液可以包括以下组分:无菌稀释剂,如注射用水、盐水溶液、固定油、聚乙二醇、甘油、丙二醇或其他合成溶剂;抗菌剂,如苯甲醇或对羟基苯甲酸甲酯;抗氧化剂,如抗坏血酸或亚硫酸氢钠;螯合剂,如乙二胺四乙酸;缓冲剂,如乙酸盐、柠檬酸盐或磷酸盐,以及用于调节张力的药剂,如氯化钠或右旋糖。可以用酸或碱,如盐酸或氢氧化钠调节pH。肠胃外制剂可以被封装在由玻璃或塑料制成的安瓿、一次性注射器或多剂量小瓶中。
适合于可注射使用的药物组合物包括无菌水性溶液(在水溶性的情况下)或分散体以及用于临时制备无菌可注射溶液或分散液的无菌粉末。对于静脉内给予,适合的载体包括生理盐水、抑菌水、Cremophor EL(TM)(BASF,新泽西州派西派尼市(Parsippany,NJ))或磷酸盐缓冲盐水(PBS)。在所有情况下,该组合物必须是无菌的并且应当具有达到容易注射的程度的流动性。其在制造和存储的条件下必须是稳定的并且必须抗微生物(如细菌和真菌)的污染作用而保存。该载体可以是含有以下物质的溶剂或分散介质:例如,水、乙醇、多元醇(例如,甘油、丙二醇、和液体聚乙二醇等),以及其适合的混合物。恰当的流动性可以(例如)通过使用包衣(如卵磷脂)来维持,在分散体的情况下通过维持所需的颗粒大小来维持,以及通过使用表面活性剂来维持。防止微生物的作用可以通过各种抗细菌以及抗真菌剂,例如对羟苯甲酸酯、三氯叔丁醇、苯酚、抗坏血酸、硫柳汞等来实现。在许多情况下,优选在组合物中包括等渗剂(例如糖)、多元醇(如甘露醇、山梨糖醇)、和氯化钠。可注射组合物的延长吸收可以通过在组合物中包含延缓吸收的药剂(例如单硬脂酸铝和明胶)来实现。
按照需要,可以通过将活性化合物(例如,Dkk-1抗体)以需要的量掺入具有以上列举成分中的一种或组合的适当溶剂中,随后进行无菌过滤来制备无菌可注射溶液。通常,通过将活性化合物掺入无菌媒介物中制备分散体,该媒介物含有碱性分散介质和以上列举的所需其他成分。就用于制备无菌可注射溶液的无菌粉末而言,优选制备方法为真空干燥和冷冻干燥,这些方法产生活性成分的粉末以及来自其先前的无菌过滤溶液的任何另外的所希望成分。
口服组合物通常包括惰性稀释剂或可食用载体。它们可以被封装在明胶胶囊中或被压成片剂。出于口服治疗性给予的目的,可以将活性化合物随赋形剂一起掺入并且以片剂、锭剂、或胶囊剂的形式使用。还可以使用用以口腔清洗的流体载体来制备口服组合物,其中流体载体中的化合物口服应用并且漱口并吐出或吞咽。可以包括药学上相容的粘合剂和/或佐剂材料作为组合物的一部分。片剂、丸剂、胶囊剂、锭剂等可以含有以下成分或具有类似性质的化合物中的任一种:粘合剂,如微晶纤维素、黄蓍胶或明胶;赋形剂,如淀粉或乳糖,崩解剂,如海藻酸、Primogel、或玉米淀粉;润滑剂,如硬脂酸镁或氢化植物油;助流剂,如胶体二氧化硅;甜味剂,如蔗糖或糖精;或调味剂,如薄荷、水杨酸甲酯、或橙味调味品。
对于通过吸入给予,化合物以气溶胶喷雾形式递送,该气溶胶喷雾来自压力容器或含有适合推进剂(例如,气体,如二氧化碳)的分配器,或喷雾器。
全身性给予还可以通过经粘膜的或经皮的方式进行。对于经粘膜或经皮给予,在该配制品中使用适合有待渗透的障碍的渗透剂。此类渗透剂通常是本技术领域熟知的,并且对于经粘膜给予包括,例如洗涤剂、胆汁盐、和夫西地酸衍生物。经粘膜给予可通过使用鼻喷雾剂或栓剂来完成。
对于经皮给予,如本领域中公知的,将活性化合物配制成软膏剂、油膏剂、凝胶剂、或乳膏。
化合物还可以被制备成栓剂(例如,利用常规的栓剂基质,如可可脂和其他甘油酯)或保留灌肠剂形式供直肠递送。
在一个实施例中,将这些活性化合物与保护这些化合物免于从体内快速消除的载体一起制备,如控制释放配制品,包括植入物和微囊化的递送系统。可以使用生物可降解、生物相容的聚合物,如乙烯醋酸乙烯酯、聚酸酐、聚乙醇酸、胶原、聚原酸酯、以及聚乳酸。用于制备此类配制品的方法对本领域技术人员而言将是显而易见的。这些材料还可以从Alza公司和Nova制药公司购买得到,脂质体混悬液(包括靶向受感染细胞的具有针对病毒抗原的单克隆抗体的脂质体)也可以用作药学上可接受的载体。这些可以根据本领域技术人员已知的方法制备,例如,如在美国专利号4,522,811中所述。
特别有利的是以剂量单位形式配制口服或肠胃外组合物以便给予和剂量统一。如本文所用的剂量单位形式是指作为针对有待治疗的受试者的单一剂量适合的物理上离散单位;每个单位含有经计算产生与所需药用载体相关的所希望疗效的活性化合物的预定量。本发明的剂量单位形式的规格由如下决定并且直接依赖于:活性化合物的独特特征和有待实现的具体治疗效果,和本领域中混配用于治疗个体的这种活性化合物的固有局限性。
虽然本发明已参考其实例实施例进行了具体显示和描述,但本领域的技术人员应当理解,在不偏离由所附权利要求书涵盖的本发明范围的情况下,可以在其中做出在形式和细节方面的各种改变。
实例
实例1-检测CTNNB1基因的组成型活化突变
可以从患者获得活组织检查样品以测定β-连环蛋白基因的序列。基因测序完全在本领域普通技术人员的能力范围内,并且可以使用可商购获得的产品完成,如可从哥伦比亚博尔德的ArcherDX公司获得的VariantPlex Solid Tumor试剂盒,和下一代测序平台,如可从加利福尼亚州圣地亚哥的Illumina公司(全球总部)获得的平台。可以对基因的公开可用的遗传序列进行比较,例如在NCBI数据库中。
实例2-检测β-连环蛋白的组成型活化突变
β-连环蛋白的磷酸化状态可以通过蛋白质印迹分析用识别β-连环蛋白的磷酸化形式的抗体来确定。β-连环蛋白的稳定和活化可以通过证明细胞蛋白质水平增加的蛋白质印迹和证明β-连环蛋白的核定位的免疫荧光来确定。测量下游β-连环蛋白靶基因或外源β-连环蛋白报告基因构建体的表达可以用于确定β-连环蛋白的活化状态。
实例3-经受DKN-01疗法的患者中的CTNNB1突变数据
紫杉醇/DKN-01组合疗法的临床研究
选择患者进行组合DKN-01/疗法的临床研究,该疗法被设计为1期非随机、剂量递增、开放标签、多中心研究。
选择组织学证实的复发或转移性食道或胃-食道连接腺癌的患者。表1中报告的每个患者均处于28天的治疗周期:在第1天和第 15天,300mg的DKN-01抗体;在第1、8、15、和22天,80mg/m2
在最少30分钟并且长达最多2小时内静脉内(IV)给予DKN-01 而不间断。根据标准临床实践,在每个周期的第1、8、15和22天,在1小时内IV给予在给予之前给出紫杉醇的护理术前用药的标准。给予顺序:紫杉醇、DKN-01、pactlitaxel的术前用药。当两种药物均被递送时,在第1天和第15天,首先给予DKN-01,随后是紫杉醇。
使在开始研究之前收集的活组织检查样品经受基因表达分析。
进行放射学肿瘤评估。至少,已进行了胸部、腹部和骨盆的计算机断层摄影(CT)扫描以用于肿瘤评估,同时记录了如由实体瘤响应评估标准(RECIST)定义的一个或多个可在射线照相成像上测量的转移性肿瘤。只要可行,则整个研究中的优选成像模式是CT/PET扫描。在第1周期第1天之前的28天内进行基线射线照相肿瘤评估,并且在每个偶数周期之后进行随后的肿瘤评估。
使用以下响应标准:
完全响应(CR):所有病灶消失。任何病理性淋巴结的短轴均减少到<10mm。将肿瘤标记物结果归一化。
部分响应(PR):以基线总直径为参考,病灶的直径总和减少至少30%。
进行性疾病(PD):以研究时的最小总和(包括最小情况下的基线总和)为参考,病灶的直径总和增加至少20%。除20%的相对增加之外,总和显示出至少5mm的绝对增加。一个或多个新病灶的出现也被认为是进行性。
稳定疾病(SD):以研究时的最小总直径为参考,既没有足够的缩小以符合PR,又没有足够的增加以符合PD。
结果分析
根据上述方法,对经历和DKN-01的组合疗法的患者进行β-连环蛋白突变的分析。结果呈现于图1中。可以看出,在表现出部分响应或至少稳定疾病的患者中发现由外显子2-4、S45F和T41I 的缺失引起的β-连环蛋白突变。
该数据表明β-连环蛋白的活化突变是对抗Dkk-1抗体给予的治疗响应的生物标记物预测因子。
实例4-患者105-023的病例研究:β-连环蛋白活化突变是食道癌疗法中DKN-01敏感性的生物标记物
如图1所示,患有GEJ腺癌恶性肿瘤的患者105-023表现出最高的肿瘤体积减少。进一步分析了与患者105-023有关的临床数据。
患者105-023在14个28天治疗周期的过程中经历了73%的肿瘤消退。结果在图2A和图2B中示出。图2A示出了患者105-023中肿瘤体积作为治疗周期数的函数的图(周期由开始日期表示)。患者 105-023在第1天和第15天接受300mg的DKN-01并且在前10个周期的28天周期期间每周接受80mg/m2的紫杉醇。在第10周期期间,紫杉醇停止使用;然而,响应继续加深。图2B是计算机断层摄影图像,其显示患者105-023中从基线到第10周期的原发性病灶的大小减小。箭头表示主要病灶。
从数据中可以看出,患者105-023在第10周期中停止了紫杉醇并且继续对DKN-01单一疗法具有加深的响应。来自该患者肿瘤的活组织检查样品的遗传分析(使用实例1中描述的方法,通过采用可从马萨诸塞州剑桥市的Foundation Medicine公司商购获得的组进行)表明存在导致组成型活化的β-连环蛋白外显子2-4缺失。
该数据进一步支持了以下发现:β-连环蛋白的活化突变是对抗 Dkk-1抗体给予的治疗响应的生物标记物预测因子。
序列
CTNNB1的基因组DNA序列-SEQ ID NO:1
图3A至3F中所示的SEQ ID NO:1代表具有染色体坐标 chr3:41,240,942-41,281,939的人CTNNB1基因的序列。所有坐标均来自构建体GRCh37/hg19。不包括5’UTR和3’UTR外显子。大写字母是外显子,小写字母是内含子。外显子2、3、和4带有下划线和上标。
β-连环蛋白的氨基酸序列-SEQ ID NO:2
以下SEQ ID NO:2是人β-连环蛋白的氨基酸序列,一种781个氨基酸的蛋白质UniProt数据库ID-P35222 (http://www.uniprot.org/uniprot/P35222)。外显子2、3、和4 带有下划线和上标。
β-连环蛋白的外显子
由于转录物的剪接,氨基酸编号范围与SEQ ID NO:1中标记的外显子不完全对应。例如,氨基酸#5密码子的第一个碱基“G”在外显子2中,并且第二个和第三个碱基“CT”在外显子3中。
外显子3的突出显示的残基(粗体和下划线)表示当它们突变或缺失时稳定β-连环蛋白的GSK3B和CK1α磷酸化位点):S33、S37、 T41、S45。(参见de La Coste A,Romagnolo B,Billuart P,Renard CA, Buendia MA,Soubrane O等人(1998).Somatic mutations ofthe beta-catenin gene are frequent in mouse and human hepatocellularcarcinomas[β-连环蛋白基因的体细胞突变在小鼠和人肝细胞癌中很常见].Proc NatlAcad Sci U S A[美国国家科学院院刊]95:8847-8851;以及Xu W和Kimelman D(2007).Mechanistic insights from structural studies of beta-catenin and its bindingpartners[来自β-连环蛋白及其结合配偶体的结构研究的机制见解].J Cell Sci[细胞科学杂志] 120:3337-3344.)
外显子1(非编码)
外显子2-SEQ ID NO:3(SEQ ID NO:2的氨基酸1-4)
MATQ(SEQ ID NO:3)
外显子3-SEQ ID NO:4(SEQ ID NO:2的氨基酸5-81)
ADLMELDMAMEPDRKAAVSHWQQQSYLDSGIHS-GATTTAPSLS GKGNPEEEDVDTSQVLYEWEQGFSQSFTQEQVAD(SEQ ID NO:4) 外显子4-SEQ ID NO:5(SEQ ID NO:2的氨基酸82-165)
IDGQYAMTRAQRVRAAMFPETLDEGMQIPSTQFDAAHPTNVQRL AEPSQMLKHAVVNLINYQDDAELATRAIPELTKLLNDEDQ(SEQ ID NO:5)
LCDR1
His Ala Ser Asp Ser Ile Ser Asn Ser Leu His(SEQ ID NO:6)
LCDR2
Tyr Xaa Arg Gln Ser Xaa Gln(SEQ ID NO:7)
其中位置2处的Xaa是Gly或Ala;并且位置6处的Xaa是Ile 或Glu
LCDR3
Gln Gln Ser Xaa Ser Trp Pro Leu His(SEQ ID NO:8)
其中位置4处的Xaa是Glu或Ala
HCDR1
Gly Phe Thr Phe Ser Ser Tyr Thr Met Ser(SEQ ID NO:9)
HCDR2
Thr Ile Ser Gly Gly Gly Phe Gly Thr Tyr Tyr Pro Asp Ser Val Lys (SEQID NO:10)
HCDR3
Pro Gly Tyr Xaa Asn Tyr Tyr Phe Asp Ile(SEQ ID NO:11)
其中位置4处的Xaa是His或Asn
LCVR
Glu Ile Val Leu Thr Gln Ser Pro Ala Thr Leu Ser Leu Ser Pro Gly GluArg Ala Thr Leu Ser Cys His Ala Ser Asp Ser Ile Ser Asn Ser Leu His Trp TyrGln Gln Lys Pro Gly Gln Ala Pro Arg Leu Leu Ile Tyr Tyr Xaa Arg Gln Ser XaaGln Gly Ile Pro Ala Arg Phe Ser Gly Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu ThrIle Ser Ser Leu Glu Pro Glu Asp Phe Ala Val Tyr Tyr Cys Gln Gln Ser Xaa SerTrp Pro Leu His Phe Gly Gly Gly Thr Lys Val Glu Ile Lys(SEQ ID NO:12)
其中位置51处的Xaa是Gly或Ala;位置55处的Xaa是Ile或 Glu并且位置92处的Xaa是Glu或Ala。
HCVR
Glu Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly SerLeu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Ser Tyr Thr Met Ser TrpVal Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val Ala Thr Ile Ser Gly Gly GlyPhe Gly Thr Tyr Tyr Pro Asp Ser Val Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp AsnAla Lys Asn Ser Leu Tyr Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala ValTyr Tyr Cys Ala Arg Pro Gly Tyr Xaa Asn Tyr Tyr Phe Asp Ile Trp Gly Gln GlyThr Thr Val Thr Val Ser Ser(SEQ ID NO:13)
其中位置102处的Xaa是His或Asn
LCVR
Glu Ile Val Leu Thr Gln Ser Pro Ala Thr Leu Ser Leu Ser Pro Gly GluArg Ala Thr Leu Ser Cys His Ala Ser Asp Ser Ile Ser Asn Ser Leu His Trp TyrGln Gln Lys Pro Gly Gln Ala Pro Arg Leu Leu Ile Tyr Tyr Gly Arg Gln Ser IleGln Gly Ile Pro Ala Arg Phe Ser Gly Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu ThrIle Ser Ser Leu Glu Pro Glu Asp Phe Ala Val Tyr Tyr Cys Gln Gln Ser Glu SerTrp Pro Leu His Phe Gly Gly Gly Thr Lys Val Glu Ile Lys(SEQ ID NO:14)
HCVR
Glu Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly SerLeu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Ser Tyr Thr Met Ser TrpVal Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val Ala Thr Ile Ser Gly Gly GlyPhe Gly Thr Tyr Tyr Pro Asp Ser Val Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp AsnAla Lys Asn Ser Leu Tyr Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala ValTyr Tyr Cys Ala Arg Pro Gly Tyr His Asn Tyr Tyr Phe Asp Ile Trp Gly Gln GlyThr Thr Val Thr Val Ser Ser(SEQ ID NO:15)
LCVR
Glu Ile Val Leu Thr Gln Ser Pro Ala Thr Leu Ser Leu Ser Pro Gly GluArg Ala Thr Leu Ser Cys His Ala Ser Asp Ser Ile Ser Asn Ser Leu His Trp TyrGln Gln Lys Pro Gly Gln Ala Pro Arg Leu Leu Ile Tyr Tyr Ala Arg Gln Ser IleGln Gly Ile Pro Ala Arg Phe Ser Gly Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu ThrIle Ser Ser Leu Glu Pro Glu Asp Phe Ala Val Tyr Tyr Cys Gln Gln Ser Glu SerTrp Pro Leu His Phe Gly Gly Gly Thr Lys Val Glu Ile Lys(SEQ ID NO:16)
HCVR
Glu Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly SerLeu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Ser Tyr Thr Met Ser TrpVal Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val Ala Thr Ile Ser Gly Gly GlyPhe Gly Thr Tyr Tyr Pro Asp Ser Val Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp AsnAla Lys Asn Ser Leu Tyr Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala ValTyr Tyr Cys Ala Arg Pro Gly Tyr Asn Asn Tyr Tyr Phe Asp Ile Trp Gly Gln GlyThr Thr Val Thr Val Ser Ser(SEQ ID NO:17)
LCVR
Glu Ile Val Leu Thr Gln Ser Pro Ala Thr Leu Ser Leu Ser Pro Gly GluArg Ala Thr Leu Ser Cys His Ala Ser Asp Ser Ile Ser Asn Ser Leu His Trp TyrGln Gln Lys Pro Gly Gln Ala Pro Arg Leu Leu Ile Tyr Tyr Gly Arg Gln Ser IleGln Gly Ile Pro Ala Arg Phe Ser Gly Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu ThrIle Ser Ser Leu Glu Pro Glu Asp Phe Ala Val Tyr Tyr Cys Gln Gln Ser Ala SerTrp Pro Leu His Phe Gly Gly Gly Thr Lys Val Glu Ile Lys(SEQ ID NO:18)
LCVR
Glu Ile Val Leu Thr Gln Ser Pro Ala Thr Leu Ser Leu Ser Pro Gly GluArg Ala Thr Leu Ser Cys His Ala Ser Asp Ser Ile Ser Asn Ser Leu His Trp TyrGln Gln Lys Pro Gly Gln Ala Pro Arg Leu Leu Ile Tyr Tyr Ala Arg Gln Ser GluGln Gly Ile Pro Ala Arg Phe Ser Gly Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu ThrIle Ser Ser Leu Glu Pro Glu Asp Phe Ala Val Tyr Tyr Cys Gln Gln Ser Ala SerTrp Pro Leu His Phe Gly Gly Gly Thr Lys Val Glu Ile Lys(SEQ ID NO:19)
HC
Glu Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly SerLeu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Ser Tyr Thr Met Ser TrpVal Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val Ala Thr Ile Ser Gly Gly GlyPhe Gly Thr Tyr Tyr Pro Asp Ser Val Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp AsnAla Lys Asn Ser Leu Tyr Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala ValTyr Tyr Cys Ala Arg Pro Gly Tyr His Asn Tyr Tyr Phe Asp Ile Trp Gly Gln GlyThr Thr Val Thr Val Ser Ser Ala Ser Thr Lys Gly Pro Ser Val Phe Pro Leu AlaPro Cys Ser Arg Ser Thr Ser Glu Ser Thr Ala Ala Leu Gly Cys Leu Val Lys AspTyr Phe Pro Glu Pro Val Thr Val Ser Trp Asn Ser Gly Ala Leu Thr Ser Gly ValHis Thr Phe Pro Ala Val Leu Gln Ser Ser Gly Leu Tyr Ser Leu Ser Ser Val ValThr Val Pro Ser Ser Ser Leu Gly Thr Lys Thr Tyr Thr Cys Asn Val Asp His LysPro Ser Asn Thr Lys Val Asp Lys Arg Val Glu Ser Lys Tyr Gly Pro Pro Cys ProPro Cys Pro Ala Pro Glu Ala Ala Gly Gly Pro Ser Val Phe Leu Phe Pro Pro LysPro Lys Asp Thr Leu Met Ile Ser Arg Thr Pro Glu Val Thr Cys Val Val Val AspVal Ser Gln Glu Asp Pro Glu Val Gln Phe Asn Trp Tyr Val Asp Gly Val Glu ValHis Asn Ala Lys Thr Lys Pro Arg Glu Glu Gln Phe Asn Ser Thr Tyr Arg Val ValSer Val Leu Thr Val Leu His Gln Asp Trp Leu Asn Gly Lys Glu Tyr Lys Cys LysVal Ser Asn Lys Gly Leu Pro Ser Ser Ile Glu Lys Thr Ile Ser Lys Ala Lys GlyGln Pro Arg Glu Pro Gln Val Tyr Thr Leu Pro Pro Ser Gln Glu Glu Met Thr LysAsn Gln Val Ser Leu Thr Cys Leu Val Lys Gly Phe Tyr Pro Ser Asp Ile Ala ValGlu Trp Glu Ser Asn Gly Gln Pro Glu Asn Asn Tyr Lys Thr Thr Pro Pro Val LeuAsp Ser Asp Gly Ser Phe Phe Leu Tyr Ser Arg Leu Thr Val Asp Lys Ser Arg TrpGln Glu Gly Asn Val Phe Ser Cys Ser Val Met His Glu Ala Leu His Asn His TyrThr Gln Lys Ser Leu Ser Leu Ser Leu Gly(SEQ ID NO:20)
LC
Glu Ile Val Leu Thr Gln Ser Pro Ala Thr Leu Ser Leu Ser Pro Gly GluArg Ala Thr Leu Ser Cys His Ala Ser Asp Ser Ile Ser Asn Ser Leu His Trp TyrGln Gln Lys Pro Gly Gln Ala Pro Arg Leu Leu Ile Tyr Tyr Gly Arg Gln Ser IleGln Gly Ile Pro Ala Arg Phe Ser Gly Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu ThrIle Ser Ser Leu Glu Pro Glu Asp Phe Ala Val Tyr Tyr Cys Gln Gln Ser Glu SerTrp Pro Leu His Phe Gly Gly Gly Thr Lys Val Glu Ile Lys Arg Thr Val Ala AlaPro Ser Val Phe Ile Phe Pro Pro Ser Asp Glu Gln Leu Lys Ser Gly Thr Ala SerVal Val Cys Leu Leu Asn Asn Phe Tyr Pro Arg Glu Ala Lys Val Gln Trp Lys ValAsp Asn Ala Leu Gln Ser Gly Asn Ser Gln Glu Ser Val Thr Glu Gln Asp Ser LysAsp Ser Thr Tyr Ser Leu Ser Ser Thr Leu Thr Leu Ser Lys Ala Asp Tyr Glu LysHis Lys Val Tyr Ala Cys Glu Val Thr His Gln Gly Leu Ser Ser Pro Val Thr LysSer Phe Asn Arg Gly Glu Cys(SEQ ID NO:21)
HC
Glu Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly SerLeu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Ser Tyr Thr Met Ser TrpVal Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val Ala Thr Ile Ser Gly Gly GlyPhe Gly Thr Tyr Tyr Pro Asp Ser Val Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp AsnAla Lys Asn Ser Leu Tyr Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala ValTyr Tyr Cys Ala Arg Pro Gly Tyr Asn Asn Tyr Tyr Phe Asp Ile Trp Gly Gln GlyThr Thr Val Thr Val Ser Ser Ala Ser Thr Lys Gly Pro Ser Val Phe Pro Leu AlaPro Cys Ser Arg Ser Thr Ser Glu Ser Thr Ala Ala Leu Gly Cys Leu Val Lys AspTyr Phe Pro Glu Pro Val Thr Val Ser Trp Asn Ser Gly Ala Leu Thr Ser Gly ValHis Thr Phe Pro Ala Val Leu Gln Ser Ser Gly Leu Tyr Ser Leu Ser Ser Val ValThr Val Pro Ser Ser Ser Leu Gly Thr Lys Thr Tyr Thr Cys Asn Val Asp His LysPro Ser Asn Thr Lys Val Asp Lys Arg Val Glu Ser Lys Tyr Gly Pro Pro Cys ProPro Cys Pro Ala Pro Glu Ala Ala Gly Gly Pro Ser Val Phe Leu Phe Pro Pro LysPro Lys Asp Thr Leu Met Ile Ser Arg Thr Pro Glu Val Thr Cys Val Val Val AspVal Ser Gln Glu Asp Pro Glu Val Gln Phe Asn Trp Tyr Val Asp Gly Val Glu ValHis Asn Ala Lys Thr Lys Pro Arg Glu Glu Gln Phe Asn Ser Thr Tyr Arg Val ValSer Val Leu Thr Val Leu His Gln Asp Trp Leu Asn Gly Lys Glu Tyr Lys Cys LysVal Ser Asn Lys Gly Leu Pro Ser Ser Ile Glu Lys Thr Ile Ser Lys Ala Lys GlyGln Pro Arg Glu Pro Gln Val Tyr Thr Leu Pro Pro Ser Gln Glu Glu Met Thr LysAsn Gln Val Ser Leu Thr Cys Leu Val Lys Gly Phe Tyr Pro Ser Asp Ile Ala ValGlu Trp Glu Ser Asn Gly Gln Pro Glu Asn Asn Tyr Lys Thr Thr Pro Pro Val LeuAsp Ser Asp Gly Ser Phe Phe Leu Tyr Ser Arg Leu Thr Val Asp Lys Ser Arg TrpGln Glu Gly Asn Val Phe Ser Cys Ser Val Met His Glu Ala Leu His Asn His TyrThr Gln Lys Ser Leu Ser Leu Ser Leu Gly(SEQ ID NO:22)
LC
Glu Ile Val Leu Thr Gln Ser Pro Ala Thr Leu Ser Leu Ser Pro Gly GluArg Ala Thr Leu Ser Cys His Ala Ser Asp Ser Ile Ser Asn Ser Leu His Trp TyrGln Gln Lys Pro Gly Gln Ala Pro Arg Leu Leu Ile Tyr Tyr Ala Arg Gln Ser IleGln Gly Ile Pro Ala Arg Phe Ser Gly Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu ThrIle Ser Ser Leu Glu Pro Glu Asp Phe Ala Val Tyr Tyr Cys Gln Gln Ser Glu SerTrp Pro Leu His Phe Gly Gly Gly Thr Lys Val Glu Ile Lys Arg Thr Val Ala AlaPro Ser Val Phe Ile Phe Pro Pro Ser Asp Glu Gln Leu Lys Ser Gly Thr Ala SerVal Val Cys Leu Leu Asn Asn Phe Tyr Pro Arg Glu Ala Lys Val Gln Trp Lys ValAsp Asn Ala Leu Gln Ser Gly Asn Ser Gln Glu Ser Val Thr Glu Gln Asp Ser LysAsp Ser Thr Tyr Ser Leu Ser Ser Thr Leu Thr Leu Ser Lys Ala Asp Tyr Glu LysHis Lys Val Tyr Ala Cys Glu Val Thr His Gln Gly Leu Ser Ser Pro Val Thr LysSer Phe Asn Arg Gly Glu Cys(SEQ ID NO:23)
HC
Glu Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly SerLeu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Ser Tyr Thr Met Ser TrpVal Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val Ala Thr Ile Ser Gly Gly GlyPhe Gly Thr Tyr Tyr Pro Asp Ser Val Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp AsnAla Lys Asn Ser Leu Tyr Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala ValTyr Tyr Cys Ala Arg Pro Gly Tyr His Asn Tyr Tyr Phe Asp Ile Trp Gly Gln GlyThr Thr Val Thr Val Ser Ser Ala Ser Thr Lys Gly Pro Ser Val Phe Pro Leu AlaPro Cys Ser Arg Ser Thr Ser Glu Ser Thr Ala Ala Leu Gly Cys Leu Val Lys AspTyr Phe Pro Glu Pro Val Thr Val Ser Trp Asn Ser Gly Ala Leu Thr Ser Gly ValHis Thr Phe Pro Ala Val Leu Gln Ser Ser Gly Leu Tyr Ser Leu Ser Ser Val ValThr Val Pro Ser Ser Ser Leu Gly Thr Lys Thr Tyr Thr Cys Asn Val Asp His LysPro Ser Asn Thr Lys Val Asp Lys Arg Val Glu Ser Lys Tyr Gly Pro Pro Cys ProPro Cys Pro Ala Pro Glu Ala Ala Gly Gly Pro Ser Val Phe Leu Phe Pro Pro LysPro Lys Asp Thr Leu Met Ile Ser Arg Thr Pro Glu Val Thr Cys Val Val Val AspVal Ser Gln Glu Asp Pro Glu Val Gln Phe Asn Trp Tyr Val Asp Gly Val Glu ValHis Asn Ala Lys Thr Lys Pro Arg Glu Glu Gln Phe Asn Ser Thr Tyr Arg Val ValSer Val Leu Thr Val Leu His Gln Asp Trp Leu Asn Gly Lys Glu Tyr Lys Cys LysVal Ser Asn Lys Gly Leu Pro Ser Ser Ile Glu Lys Thr Ile Ser Lys Ala Lys GlyGln Pro Arg Glu Pro Gln Val Tyr Thr Leu Pro Pro Ser Gln Glu Glu Met Thr LysAsn Gln Val Ser Leu Thr Cys Leu Val Lys Gly Phe Tyr Pro Ser Asp Ile Ala ValGlu Trp Glu Ser Asn Gly Gln Pro Glu Asn Asn Tyr Lys Thr Thr Pro Pro Val LeuAsp Ser Asp Gly Ser Phe Phe Leu Tyr Ser Arg Leu Thr Val Asp Lys Ser Arg TrpGln Glu Gly Asn Val Phe Ser Cys Ser Val Met His Glu Ala Leu His Asn His TyrThr Gln Lys Ser Leu Ser Leu Ser Leu Gly(SEQ ID NO:24)
LC
Glu Ile Val Leu Thr Gln Ser Pro Ala Thr Leu Ser Leu Ser Pro Gly GluArg Ala Thr Leu Ser Cys His Ala Ser Asp Ser Ile Ser Asn Ser Leu His Trp TyrGln Gln Lys Pro Gly Gln Ala Pro Arg Leu Leu Ile Tyr Tyr Gly Arg Gln Ser IleGln Gly Ile Pro Ala Arg Phe Ser Gly Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu ThrIle Ser Ser Leu Glu Pro Glu Asp Phe Ala Val Tyr Tyr Cys Gln Gln Ser Ala SerTrp Pro Leu His Phe Gly Gly Gly Thr Lys Val Glu Ile Lys Arg Thr Val Ala AlaPro Ser Val Phe Ile Phe Pro Pro Ser Asp Glu Gln Leu Lys Ser Gly Thr Ala SerVal Val Cys Leu Leu Asn Asn Phe Tyr Pro Arg Glu Ala Lys Val Gln Trp Lys ValAsp Asn Ala Leu Gln Ser Gly Asn Ser Gln Glu Ser Val Thr Glu Gln Asp Ser LysAsp Ser Thr Tyr Ser Leu Ser Ser Thr Leu Thr Leu Ser Lys Ala Asp Tyr Glu LysHis Lys Val Tyr Ala Cys Glu Val Thr His Gln Gly Leu Ser Ser Pro Val Thr LysSer Phe Asn Arg Gly Glu Cys(SEQ ID NO:25)
LC
Glu Ile Val Leu Thr Gln Ser Pro Ala Thr Leu Ser Leu Ser Pro Gly GluArg Ala Thr Leu Ser Cys His Ala Ser Asp Ser Ile Ser Asn Ser Leu His Trp TyrGln Gln Lys Pro Gly Gln Ala Pro Arg Leu Leu Ile Tyr Tyr Ala Arg Gln Ser GluGln Gly Ile Pro Ala Arg Phe Ser Gly Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu ThrIle Ser Ser Leu Glu Pro Glu Asp Phe Ala Val Tyr Tyr Cys Gln Gln Ser Ala SerTrp Pro Leu His Phe Gly Gly Gly Thr Lys Val Glu Ile Lys Arg Thr Val Ala AlaPro Ser Val Phe Ile Phe Pro Pro Ser Asp Glu Gln Leu Lys Ser Gly Thr Ala SerVal Val Cys Leu Leu Asn Asn Phe Tyr Pro Arg Glu Ala Lys Val Gln Trp Lys ValAsp Asn Ala Leu Gln Ser Gly Asn Ser Gln Glu Ser Val Thr Glu Gln Asp Ser LysAsp Ser Thr Tyr Ser Leu Ser Ser Thr Leu Thr Leu Ser Lys Ala Asp Tyr Glu LysHis Lys Val Tyr Ala Cys Glu Val Thr His Gln Gly Leu Ser Ser Pro Val Thr LysSer Phe Asn Arg Gly Glu Cys(SEQ ID NO:26)
人Dkk-1氨基酸序列
Thr Leu Asn Ser Val Leu Asn Ser Asn Ala Ile Lys Asn Leu Pro Pro ProLeu Gly Gly Ala Ala Gly His Pro Gly Ser Ala Val Ser Ala Ala Pro Gly Ile LeuTyr Pro Gly Gly Asn Lys Tyr Gln Thr Ile Asp Asn Tyr Gln Pro Tyr Pro Cys AlaGlu Asp Glu Glu Cys Gly Thr Asp Glu Tyr Cys Ala Ser Pro Thr Arg Gly Gly AspAla Gly Val Gln Ile Cys Leu Ala Cys Arg Lys Arg Arg Lys Arg Cys Met Arg HisAla Met Cys Cys Pro Gly Asn Tyr Cys Lys Asn Gly Ile Cys Val Ser Ser Asp GlnAsn His Phe Arg Gly Glu Ile Glu Glu Thr Ile Thr Glu Ser Phe Gly Asn Asp HisSer Thr Leu Asp Gly Tyr Ser Arg Arg Thr Thr Leu Ser Ser Lys Met Tyr His ThrLys Gly Gln Glu Gly Ser Val Cys Leu Arg Ser Ser Asp Cys Ala Ser Gly Leu CysCys Ala Arg His Phe Trp Ser Lys Ile Cys Lys Pro Val Leu Lys Glu Gly Gln ValCys Thr Lys His Arg Arg Lys Gly Ser His Gly Leu Glu Ile Phe Gln Arg Cys TyrCys Gly Glu Gly Leu Ser Cys Arg Ile Gln Lys Asp His His Gln Ala Ser Asn SerSer Arg Leu His Thr Cys Gln Arg His(SEQ ID NO:27)。

Claims (34)

1.一种在对其有需要的受试者中治疗癌症的方法,该方法包括:
向该受试者给予有效量的抗Dkk-1抗体或其抗原结合片段,
其中确定该受试者具有β-连环蛋白(SEQ ID NO:2)的组成型活化突变,并且
其中该癌症是食道癌、子宫癌、肝癌、或胆管癌。
2.一种治疗患有癌症的受试者的方法,该方法包括以下步骤:
从该受试者获得癌细胞样品;
确定该样品中β-连环蛋白的序列;并且
如果β-连环蛋白(SEQ ID NO:2)的序列包括组成型活化突变,则向该受试者给予有效量的抗Dkk-1抗体或其抗原结合片段,
其中该癌症是食道癌、子宫癌、肝癌、或胆管癌。
3.一种在对其有需要的受试者中治疗癌症的方法,该方法包括:
向该受试者给予有效量的抗Dkk-1抗体或其抗原结合片段,
其中该受试者具有β-连环蛋白(SEQ ID NO:2)的组成型活化突变,并且
其中该癌症是食道癌、子宫癌、肝癌、或胆管癌。
4.如权利要求1至3中任一项所述的方法,该方法进一步包括给予有效量的化学治疗剂。
5.如权利要求4所述的方法,其中该化学治疗剂是紫杉烷、紫杉醇、多西他赛、卡巴他赛、吉西他滨、卡铂、顺铂、奥沙利铂、氟尿嘧啶、卡培他滨、或替加氟(tegafor)、或其任何功能类似物。
6.如权利要求1-5中任一项所述的方法,其中该抗Dkk-1抗体或其抗原结合片段包含轻链可变区(LCVR)和重链可变区(HCVR),其中该LCVR包含互补决定区(CDR)LCDR1、LCDR2、和LCDR3,并且该HCVR包含CDR HCDR1、HCDR2和HCDR3,其中LCDR1具有SEQ ID NO:6的氨基序列,LCDR2具有SEQ ID NO:7的氨基序列,LCDR3具有SEQ ID NO:8的氨基序列,HCDR1具有SEQID NO:9的氨基序列,HCDR2具有SEQ ID NO:10的氨基序列,并且HCDR3具有SEQ ID NO:11的氨基序列。
7.如权利要求6所述的方法,其中该LCVR包含SEQ ID NO:12的氨基酸序列并且该HCVR包含SEQ ID NO:13的氨基酸序列。
8.如权利要求6或7所述的方法,其中该LCVR和HCVR包含选自下组的氨基酸序列,该组由以下组成:(i)包含SEQ ID NO:14的氨基酸序列的LCVR和包含SEQ ID NO:15的氨基酸序列的HCVR;(ii)包含SEQ ID NO:16的氨基酸序列的LCVR和包含SEQ ID NO:17的氨基酸序列的HCVR;(iii)包含SEQ ID NO:18的氨基酸序列的LCVR和包含SEQ ID NO:15的氨基酸序列的HCVR;(iv)包含SEQ ID NO:19的氨基酸序列的LCVR和包含SEQ ID NO:15的氨基酸序列的HCVR。
9.如权利要求8所述的方法,其中该LCVR包含SEQ ID NO:16的氨基酸序列并且该HCVR包含SEQ ID NO:17的氨基酸序列。
10.如权利要求9所述的方法,其中该抗Dkk-1抗体包含选自下组的重链和轻链氨基酸序列,该组由以下组成:a)包含SEQ ID NO:24的氨基酸序列的重链和包含SEQ ID NO:21的氨基酸序列的轻链,b)包含SEQ ID NO:22的氨基酸序列的重链和包含SEQ ID NO:23的氨基酸序列的轻链,c)包含SEQ ID NO:24的氨基酸序列的重链和包含SEQ ID NO:25的氨基酸序列的轻链,以及d)包含SEQ ID NO:24的氨基酸序列的重链和包含SEQ ID NO:26的氨基酸序列的轻链。
11.如权利要求10所述的方法,其中该抗Dkk-1抗体包含重链和轻链,该重链包含SEQID NO:22的氨基酸序列并且该轻链包含SEQ ID NO:23的氨基酸序列。
12.如权利要求1-11中任一项所述的方法,其中该受试者是人。
13.如权利要求1至3中任一项所述的方法,其中该突变包括外显子3(SEQ ID NO:4)的缺失。
14.如权利要求13所述的方法,其中该突变包括外显子2、3、和4(SEQ ID NO.3、4、和5)的缺失。
15.如权利要求1至3中任一项所述的方法,其中该突变包括外显子3(SEQ ID NO:4)内的缺失。
16.如权利要求1至3中任一项所述的方法,其中该突变是SEQ ID NO:2的蛋白质的氨基酸序列内的任何子序列的缺失,其中所述子序列包括选自Ser33、Ser37、Thr41、和Ser45的至少一个残基。
17.如权利要求1至3中任一项所述的方法,其中该突变是选自SEQ ID NO:2的蛋白质的Ser33、Ser37、Thr41、和Ser45的氨基酸残基中任一个的突变。
18.如权利要求1至3中任一项所述的方法,其中该突变是表1中列出的SEQ ID NO:2的蛋白质的氨基酸残基的突变中的任一个。
19.一种在对其有需要的受试者中治疗癌症的方法,该方法包括:
向该受试者给予有效量的抗Dkk-1抗体或其抗原结合片段,
其中确定该受试者具有β-连环蛋白(SEQ ID NO:2)的组成型活化突变,并且
其中该癌症是胃癌。
20.如权利要求19所述的方法,该方法进一步包括给予有效量的化学治疗剂。
21.如权利要求20所述的方法,其中该化学治疗剂是紫杉烷、紫杉醇、多西他赛、卡巴他赛、吉西他滨、卡铂、顺铂、奥沙利铂、氟尿嘧啶、卡培他滨、或替加氟、或其任何功能类似物。
22.如权利要求19-21中任一项所述的方法,其中该抗Dkk-1抗体或其抗原结合片段包含轻链可变区(LCVR)和重链可变区(HCVR),其中该LCVR包含互补决定区(CDR)LCDR1、LCDR2、和LCDR3,并且该HCVR包含CDR HCDR1、HCDR2和HCDR3,其中LCDR1具有SEQ ID NO:6的氨基序列,LCDR2具有SEQ ID NO:7的氨基序列,LCDR3具有SEQ ID NO:8的氨基序列,HCDR1具有SEQ ID NO:9的氨基序列,HCDR2具有SEQ ID NO:10的氨基序列,并且HCDR3具有SEQ IDNO:11的氨基序列。
23.如权利要求22所述的方法,其中该LCVR包含SEQ ID NO:12的氨基酸序列并且该HCVR包含SEQ ID NO:13的氨基酸序列。
24.如权利要求22或权利要求23所述的方法,其中该LCVR和HCVR包含选自下组的氨基酸序列,该组由以下组成:(i)包含SEQ ID NO:14的氨基酸序列的LCVR和包含SEQ ID NO:15的氨基酸序列的HCVR;(ii)包含SEQ ID NO:16的氨基酸序列的LCVR和包含SEQ ID NO:17的氨基酸序列的HCVR;(iii)包含SEQ ID NO:18的氨基酸序列的LCVR和包含SEQ ID NO:15的氨基酸序列的HCVR;(iv)包含SEQ ID NO:19的氨基酸序列的LCVR和包含SEQ ID NO:15的氨基酸序列的HCVR。
25.如权利要求24所述的方法,其中该LCVR包含SEQ ID NO:16的氨基酸序列并且该HCVR包含SEQ ID NO:17的氨基酸序列。
26.如权利要求25所述的方法,其中该抗Dkk-1抗体包含选自下组的重链和轻链氨基酸序列,该组由以下组成:a)包含SEQ ID NO:24的氨基酸序列的重链和包含SEQ ID NO:21的氨基酸序列的轻链,b)包含SEQ ID NO:22的氨基酸序列的重链和包含SEQ ID NO:23的氨基酸序列的轻链,c)包含SEQ ID NO:24的氨基酸序列的重链和包含SEQ ID NO:25的氨基酸序列的轻链,以及d)包含SEQ ID NO:24的氨基酸序列的重链和包含SEQ ID NO:26的氨基酸序列的轻链。
27.如权利要求26所述的方法,其中该抗Dkk-1抗体包含重链和轻链,该重链包含SEQID NO:22的氨基酸序列并且该轻链包含SEQ ID NO:23的氨基酸序列。
28.如权利要求19-27中任一项所述的方法,其中该受试者是人。
29.如权利要求19所述的方法,其中该突变包括外显子3(SEQ ID NO:4)的缺失。
30.如权利要求29所述的方法,其中该突变包括外显子2、3、和4(SEQ ID NO.3、4、和5)的缺失。
31.如权利要求19所述的方法,其中该突变包括外显子3(SEQ ID NO:4)内的缺失。
32.如权利要求19所述的方法,其中该突变是SEQ ID NO:2的蛋白质的氨基酸序列内的任何子序列的缺失,其中所述子序列包括选自Ser33、Ser37、Thr41、和Ser45的至少一个残基。
33.如权利要求19所述的方法,其中该突变是选自SEQ ID NO:2的蛋白质的Ser33、Ser37、Thr41、和Ser45的氨基酸残基中任一个的突变。
34.如权利要求19所述的方法,其中该突变是表1中列出的SEQ ID NO:2的蛋白质的氨基酸残基的突变中的任一个。
CN201780071597.0A 2016-10-26 2017-10-26 β-连环蛋白作为生物标记物用于使用抗DKK-1抗体治疗癌症的用途 Pending CN110114087A (zh)

Applications Claiming Priority (3)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US201662413198P 2016-10-26 2016-10-26
US62/413,198 2016-10-26
PCT/US2017/058555 WO2018081437A1 (en) 2016-10-26 2017-10-26 Use of beta-catenin as a biomarker for treating cancers using anti-dkk-1 antibody

Publications (1)

Publication Number Publication Date
CN110114087A true CN110114087A (zh) 2019-08-09

Family

ID=60570180

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN201780071597.0A Pending CN110114087A (zh) 2016-10-26 2017-10-26 β-连环蛋白作为生物标记物用于使用抗DKK-1抗体治疗癌症的用途

Country Status (14)

Country Link
US (2) US11267876B2 (zh)
EP (1) EP3532099A1 (zh)
JP (2) JP7374765B2 (zh)
KR (1) KR20190085935A (zh)
CN (1) CN110114087A (zh)
AU (1) AU2017347822A1 (zh)
BR (1) BR112019008279A2 (zh)
CA (1) CA3041325A1 (zh)
IL (1) IL266199A (zh)
MA (1) MA46673A (zh)
MX (1) MX2019004940A (zh)
RU (1) RU2019115946A (zh)
SG (1) SG11201903602RA (zh)
WO (1) WO2018081437A1 (zh)

Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN114423459A (zh) * 2019-09-19 2022-04-29 飞跃治疗公司 Dkk-1抑制剂用于治疗癌症的用途

Families Citing this family (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
RU2019115946A (ru) 2016-10-26 2020-11-27 Лип Терапьютикс, Инк. Применение бета-катенина в качестве биомаркера для лечения форм рака с помощью антитела к dkk-1
AU2020216494A1 (en) * 2019-02-01 2021-08-12 Board Of Regents, The University Of Texas System Monoclonal antibodies against MHC-bound human Dickkopf-1 peptides and uses thereof
JP2023502666A (ja) * 2019-11-22 2023-01-25 リープ セラピューティクス,インコーポレイテッド Dkk-1阻害剤を用いて癌を処置する方法
WO2023183940A2 (en) * 2022-03-24 2023-09-28 The Translational Genomics Research Institute Peptide inhibitors targeting the tbl1-beta-catenin complex

Citations (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US20080193449A1 (en) * 2007-02-08 2008-08-14 Zhiqiang An Antibodies specific for DKK-1
US20100260754A1 (en) * 2009-04-10 2010-10-14 Eli Lilly And Company Dkk-1 antibodies
US20160011201A1 (en) * 2013-02-27 2016-01-14 Daiichi Sankyo Company, Limited Method For Predicting Responsiveness To Compound Inhibiting MAPK Signal Transduction Pathway
CN105829547A (zh) * 2013-12-02 2016-08-03 昂科梅德制药有限公司 与Wnt途径抑制剂有关的预测性生物标记物的鉴别

Family Cites Families (8)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US4522811A (en) 1982-07-08 1985-06-11 Syntex (U.S.A.) Inc. Serial injection of muramyldipeptides and liposomes enhances the anti-infective activity of muramyldipeptides
GB8308235D0 (en) 1983-03-25 1983-05-05 Celltech Ltd Polypeptides
US5225539A (en) 1986-03-27 1993-07-06 Medical Research Council Recombinant altered antibodies and methods of making altered antibodies
US5530101A (en) 1988-12-28 1996-06-25 Protein Design Labs, Inc. Humanized immunoglobulins
US7446181B2 (en) * 1998-01-15 2008-11-04 Millennium Pharmaceuticals, Inc. Antibodies that bind human Dickkopf-1 proteins
AR060017A1 (es) 2006-01-13 2008-05-21 Novartis Ag Composiciones y metodos de uso para anticuerpos de dickkopf -1
CN103608037B (zh) * 2011-02-01 2016-04-13 香港大学 抗dkk1单克隆抗体用于治疗肝癌的用途
RU2019115946A (ru) 2016-10-26 2020-11-27 Лип Терапьютикс, Инк. Применение бета-катенина в качестве биомаркера для лечения форм рака с помощью антитела к dkk-1

Patent Citations (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US20080193449A1 (en) * 2007-02-08 2008-08-14 Zhiqiang An Antibodies specific for DKK-1
US20100260754A1 (en) * 2009-04-10 2010-10-14 Eli Lilly And Company Dkk-1 antibodies
US20160011201A1 (en) * 2013-02-27 2016-01-14 Daiichi Sankyo Company, Limited Method For Predicting Responsiveness To Compound Inhibiting MAPK Signal Transduction Pathway
CN105829547A (zh) * 2013-12-02 2016-08-03 昂科梅德制药有限公司 与Wnt途径抑制剂有关的预测性生物标记物的鉴别

Non-Patent Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
JOHANNA C.BENDELL等: "http://ascopubs.org/doi/abs/10.1200/jco.2016.34.4_suppl.111", 《百度》 *

Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN114423459A (zh) * 2019-09-19 2022-04-29 飞跃治疗公司 Dkk-1抑制剂用于治疗癌症的用途

Also Published As

Publication number Publication date
JP2023133432A (ja) 2023-09-22
JP2019533693A (ja) 2019-11-21
AU2017347822A1 (en) 2019-05-09
US20190284264A1 (en) 2019-09-19
MA46673A (fr) 2019-09-04
US11267876B2 (en) 2022-03-08
MX2019004940A (es) 2019-09-26
IL266199A (en) 2019-06-30
RU2019115946A (ru) 2020-11-27
JP7374765B2 (ja) 2023-11-07
BR112019008279A2 (pt) 2019-07-09
EP3532099A1 (en) 2019-09-04
KR20190085935A (ko) 2019-07-19
US20220289831A1 (en) 2022-09-15
CA3041325A1 (en) 2018-05-03
RU2019115946A3 (zh) 2021-01-26
WO2018081437A1 (en) 2018-05-03
SG11201903602RA (en) 2019-05-30

Similar Documents

Publication Publication Date Title
CN110114087A (zh) β-连环蛋白作为生物标记物用于使用抗DKK-1抗体治疗癌症的用途
BR112019025188A2 (pt) Anticorpos anti-pdl1 ativáveis e métodos de uso dos mesmos
US11884734B2 (en) Anti-MET antibodies and methods of use thereof
CN111212662A (zh) 治疗癌症的组合疗法
WO2021182573A1 (ja) 癌の治療及び/又は予防のための医薬品
CN111867626A (zh) 治疗淀粉样蛋白沉积疾病的方法和组合物
JP2020122001A (ja) 癌のための併用療法
TW202011998A (zh) 利用抗體-藥物結合物投予之轉移性腦腫瘤之治療
CN112368299A (zh) 连接蛋白43抗体及其用途
CN108697799A (zh) 抗lgr5单克隆抗体的施用
CN110494152A (zh) 短trail抗体及使用方法
JPWO2005018671A1 (ja) 癌転移阻害剤
US20230034186A1 (en) Methods of treating cancer using multi-specific binding proteins that bind nkg2d, cd16 and a tumor-associated antigen
CN114929275A (zh) 使用dkk-1抑制剂治疗癌症的方法
WO2021182571A1 (ja) 癌の治療及び/又は予防のための医薬品
CN113260385A (zh) 抗vegf抗体和抗组织因子抗体-药物偶联物组合治疗癌症的方法
CN110139661A (zh) Igfb3及其受体相关疾病的治疗
TW202415410A (zh) 抗體-藥物結合物之用途
Walker Digestive Disease Week 2015. Washington, DC, USA-May 16-19, 2015

Legal Events

Date Code Title Description
PB01 Publication
PB01 Publication
SE01 Entry into force of request for substantive examination
SE01 Entry into force of request for substantive examination