检测人SRPK2基因的表达水平的特异引物对及其应用
技术领域
本发明涉及生物技术领域,具体涉及检测人SRPK2基因的表达水平的特异引物对及其应用。
背景技术
肝癌是病死率较高的消化系统肿瘤,其中90%为肝细胞肝癌(hepatocellularcarcinoma,HCC)。在世界范围内,其发病率呈现上升的趋势。我国是肝癌大国,也是全球肝癌发病率最高的国家。据统计,目前我国肝癌发病人数占全球的55%,而死亡人数约占全世界肝癌死亡人数的45%,素有“癌中之王”的称号,对我国人民健康构成严重威胁。目前临床上主要使用AFP作为肝癌诊断的标志物,但是由于肝炎、肝硬化等影响很容易造成误诊。因此,寻找新的肝癌诊断标志物至关重要。
发明内容
本发明所要解决的技术问题是如何鉴定或辅助鉴定待测患者是否为肝癌患者。
为解决上述技术问题,本发明首先提供了特异引物对甲。
本发明所提供的特异引物对甲,由用于扩增特异DNA片段的两条引物组成;所述特异DNA片段中具有人基因组中引物SRPK2-F和引物SRPK2-R组成的引物对的靶序列。
所述引物SRPK2-F可为如下a1)或a2):
a1)序列表的序列1所示的单链DNA分子;
a2)将序列1经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列1具有相同功能的DNA分子。
所述引物SRPK2-R可为如下a3)或a4):
a3)序列表的序列2所示的单链DNA分子;
a4)将序列2经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列2具有相同功能的DNA分子。
所述特异引物对甲具体可由所述引物SRPK2-F和所述引物SRPK2-R组成。
上述任一所述特异引物对甲在制备产品中的应用也属于本发明的保护范围;所述产品的功能可为如下b1)或b2)或b3)或b4):
b1)鉴定或辅助鉴定肝癌;
b2)鉴定或辅助鉴定待测患者是否为肝癌患者;
b3)检测人SRPK2基因;
b4)检测人SRPK2基因的表达水平。
为解决上述技术问题,本发明还提供了一种产品。
本发明所提供的产品,其含有上述任一所述特异引物对甲;所述产品的功能可为如下b1)或b2)或b3)或b4):
b1)鉴定或辅助鉴定肝癌;
b2)鉴定或辅助鉴定待测患者是否为肝癌患者;
b3)检测人SRPK2基因;
b4)检测人SRPK2基因的表达水平。
所述产品中还可含有特异引物对乙;所述特异引物对乙的靶序列可位于人的内参基因中。
上述产品中,所述内参基因可为人GAPDH基因、人β-actin基因或人18s-rRNA基因。
上述产品中,所述特异引物对乙具体可由引物GAPDH-F和引物GAPDH-R组成;
所述引物GAPDH-F可为如下c1)或c2):
c1)序列表的序列3所示的单链DNA分子;
c2)将序列3经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列3具有相同功能的DNA分子;
所述引物GAPDH-R可为如下c3)或c4):
c3)序列表的序列4所示的单链DNA分子;
c4)将序列4经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列4具有相同功能的DNA分子。
上述产品中还可包括具有如下f1)或f2)或f3)或f4)或f5)或f6)或f7)或f8)或f9)或f10)的数据处理和结论显示功能的装置:
f1)比较同一个体中的待测组织和正常组织中人SRPK2基因的表达量,如果所述待测组织中所述人SRPK2基因的表达量高于所述正常组织、则所述待测组织为或候选为肿瘤组织,如果所述待测组织中所述人SRPK2基因的表达量为所述正常组织以下、则所述待测组织不为或候选不为肿瘤组织;
f2)比较同一个体中的待测组织和正常组织中人SRPK2基因参比内参基因的相对表达量,如果所述待测组织中所述人SRPK2基因参比内参基因的相对表达量高于所述正常组织、则所述待测组织为或候选为肿瘤组织,如果所述待测组织中所述人SRPK2基因参比内参基因的相对表达量为所述正常组织以下、则所述待测组织不为或候选不为肿瘤组织;
f3)比较同一待测患者中的肝脏组织和非肝脏组织中人SRPK2基因的表达量,如果所述肝脏组织中所述人SRPK2基因的表达量高于所述非肝脏组织、则所述待测患者为或候选为肝癌患者;如果所述肝脏组织中所述人SRPK2基因的表达量为所述非肝脏组织以下、则所述待测患者不为或候选不为肝癌患者;
f4)比较同一待测患者中的肝脏组织和非肝脏组织中人SRPK2基因参比内参基因的相对表达量,如果所述肝脏组织中人SRPK2基因参比内参基因的相对表达量高于所述非肝脏组织、则所述待测患者为或候选为肝癌患者;如果所述肝脏组织中人SRPK2基因参比内参基因的相对表达量为所述非肝脏组织以下、则所述待测患者不为或候选不为肝癌患者;
f5)比较待测患者的肝脏组织和正常人的组织中人SRPK2基因的表达量,如果所述待测患者的肝脏组织中所述人SRPK2基因的表达量高于所述正常人的组织、则所述待测患者为或候选为肝癌患者;如果所述待测患者的肝脏组织中所述人SRPK2基因的表达量为所述正常人的组织以下、则所述待测患者不为或候选不为肝癌患者;
f6)比较待测患者的肝脏组织和正常人的组织中人SRPK2基因参比内参基因的相对表达量,如果所述待测患者的肝脏组织中人SRPK2基因参比内参基因的相对表达量高于所述正常人的组织、则所述待测患者为或候选为肝癌患者;如果所述待测患者的肝脏组织中人SRPK2基因参比内参基因的相对表达量为所述正常人的组织以下、则所述待测患者不为或候选不为肝癌患者;
f7)检测人SRPK2基因的表达水平,包括以待测样本的cDNA为模板,采用所述特异引物对甲进行PCR扩增的步骤;
f8)检测人SRPK2基因的表达水平,包括以待测样本的cDNA为模板,采用所述特异引物对甲和所述特异引物对乙进行PCR扩增的步骤;
f9)检测人SRPK2基因的表达水平,包括以待测样本的RNA为模板,采用所述特异引物对甲进行RT-PCR扩增的步骤;
f10)检测人SRPK2基因的表达水平,包括以待测样本的RNA为模板,采用所述特异引物对甲和所述特异引物对乙进行RT-PCR扩增的步骤。
上述任一所述产品的制备方法也属于本发明的保护范围。
上述任一所述产品的制备方法包括e1)或e2):
e1)将上述任一所述特异引物对甲和上述任一所述特异引物对乙中的各引物分别单独包装的步骤;
e2)将上述任一所述特异引物对甲中的各引物分别单独包装的步骤。
用于检测人SRPK2基因表达量的物质在制备用于诊断肝癌的试剂盒中的应用也属于本发明的保护范围。
上述应用中,所述“用于检测人SRPK2基因表达量的物质”可为检测特异DNA片段的物质;所述特异DNA片段中具有人基因组中引物SRPK2-F和引物SRPK2-R组成的引物对的靶序列。
所述检测所述特异DNA片段的物质可为所述特异引物对甲。
为解决上述技术问题,本发明还提供了如下d1)或d2)或d3)或d4)或d5)或d6)或d7)或d8)或d9)或d10)的方法:
d1)鉴定或辅助鉴定待测组织是否为或候选为肿瘤组织的方法,包括检测同一个体中的待测组织和正常组织中人SRPK2基因的表达量,如果所述待测组织中所述人SRPK2基因的表达量高于所述正常组织、则所述待测组织为或候选为肿瘤组织,如果所述待测组织中所述人SRPK2基因的表达量为所述正常组织以下、则所述待测组织不为或候选不为肿瘤组织;
d2)鉴定或辅助鉴定待测组织是否为或候选为肿瘤组织的方法,包括检测同一个体中的待测组织和正常组织中人SRPK2基因参比内参基因的相对表达量,如果所述待测组织中所述人SRPK2基因参比内参基因的相对表达量高于所述正常组织、则所述待测组织为或候选为肿瘤组织,如果所述待测组织中所述人SRPK2基因参比内参基因的相对表达量为所述正常组织以下、则所述待测组织不为或候选不为肿瘤组织;
d3)鉴定或辅助鉴定待测患者是否为肝癌患者的方法,包括检测同一待测患者中的肝脏组织和非肝脏组织中人SRPK2基因的表达量,如果所述肝脏组织中所述人SRPK2基因的表达量高于所述非肝脏组织、则所述待测患者为或候选为肝癌患者;如果所述肝脏组织中所述人SRPK2基因的表达量为所述非肝脏组织以下、则所述待测患者不为或候选不为肝癌患者;
d4)鉴定或辅助鉴定待测患者是否为肝癌患者的方法,包括检测同一待测患者中的肝脏组织和非肝脏组织中人SRPK2基因参比内参基因的相对表达量,如果所述肝脏组织中人SRPK2基因参比内参基因的相对表达量高于所述非肝脏组织、则所述待测患者为或候选为肝癌患者;如果所述肝脏组织中人SRPK2基因参比内参基因的相对表达量为所述非肝脏组织以下、则所述待测患者不为或候选不为肝癌患者;
d5)鉴定或辅助鉴定待测患者是否为肝癌患者的方法,包括检测待测患者的肝脏组织和正常人的组织中人SRPK2基因的表达量,如果所述待测患者的肝脏组织中所述人SRPK2基因的表达量高于所述正常人的组织、则所述待测患者为或候选为肝癌患者;如果所述待测患者的肝脏组织中所述人SRPK2基因的表达量为所述正常人的组织以下、则所述待测患者不为或候选不为肝癌患者;
d6)鉴定或辅助鉴定待测患者是否为肝癌患者的方法,包括检测待测患者的肝脏组织和正常人的组织中人SRPK2基因参比内参基因的相对表达量,如果所述待测患者的肝脏组织中人SRPK2基因参比内参基因的相对表达量高于所述正常人的组织、则所述待测患者为或候选为肝癌患者;如果所述待测患者的肝脏组织中人SRPK2基因参比内参基因的相对表达量为所述正常人的组织以下、则所述待测患者不为或候选不为肝癌患者;
d7)检测人SRPK2基因的表达水平的方法,包括以待测样本的cDNA为模板,采用所述特异引物对甲进行PCR扩增的步骤;
d8)检测人SRPK2基因的表达水平的方法,包括以待测样本的cDNA为模板,采用所述特异引物对甲和所述特异引物对乙进行PCR扩增的步骤;
d9)检测人SRPK2基因的表达水平的方法,包括以待测样本的RNA为模板,采用所述特异引物对甲进行RT-PCR扩增的步骤;
d10)检测人SRPK2基因的表达水平的方法,包括以待测样本的RNA为模板,采用所述特异引物对甲和所述特异引物对乙进行RT-PCR扩增的步骤。
所述d1)或所述d2)中,所述肿瘤组织为肝癌、卵巢癌、乳腺癌或结肠癌组织。
上述任一所述待测组织中所述人SRPK2基因的表达量高于所述正常组织,具体可为所述待测组织中所述人SRPK2基因的表达量显著高于所述正常组织。
上述任一所述待测组织中所述人SRPK2基因参比内参基因的相对表达量高于所述正常组织,具体可为所述待测组织中所述人SRPK2基因参比内参基因的相对表达量显著高于所述正常组织。
上述任一所述肝脏组织中所述人SRPK2基因的表达量高于所述非肝脏组织,具体可为所述肝脏组织中所述人SRPK2基因的表达量显著高于所述非肝脏组织。
上述任一所述肝脏组织中所述人SRPK2基因参比内参基因的相对表达量高于所述非肝脏组织,具体可为所述肝脏组织中所述人SRPK2基因参比内参基因的相对表达量显著高于所述非肝脏组织。
上述任一所述待测患者的肝脏组织中所述人SRPK2基因的表达量高于所述正常人的组织,具体可为所述待测患者的肝脏组织中所述人SRPK2基因的表达量显著高于所述正常人的组织。
上述任一所述待测患者的肝脏组织中所述人SRPK2基因参比内参基因的相对表达量高于所述正常人的组织,具体可为所述待测患者的肝脏组织中所述人SRPK2基因参比内参基因的相对表达量显著高于所述正常人的组织。
上述任一所述人SRPK2基因参比内参基因的相对表达量具体可为所述人SRPK2基因的表达量与内参基因的表达量之比。
上述任一所述人SRPK2基因的表达量和上述任一所述内参基因的表达量均可为根据标准曲线和CT值得到的拷贝数。
上述任一所述内参基因可为人GAPDH基因、人β-actin基因或人18s-rRNA基因。
以上任一所述人SRPK2基因的GeneID为6733。
鉴于现有技术中检测肝癌样品标志物的不足,本发明合成了检测内参基因(人GAPDH基因)和人SRPK2基因的引物,通过调整两个基因的引物浓度和比例,优化PCR的反应体系和反应条件,开发了一种用于检测人SRPK2基因相对表达量的试剂盒。本发明的试剂盒采用双标准曲线法,通过构建人SRPK2基因和人GAPDH基因的标准定量曲线,精确定量样本的人GAPDH基因和人SRPK2基因表达量,相比于以往的免疫组化方法,该试剂盒具有精度高,结果便于判读等优点;加之该试剂盒将反应体系所需的引物、探针进行合理配比和优化,使实验条件达到最佳,从而省去了繁琐的条件摸索环节,大大提升了实验效率。总之,使用本发明提供的试剂盒对人SRPK2基因的表达水平进行检测,特异性好、灵敏度高、耗时短(检测时间约100min)、操作简单且检测成本低,有助于临床肝癌样品的检测和/或辅助性检测。
附图说明
图1为人SRPK2基因溶解曲线。
图2为人GAPDH基因溶解曲线。
图3为人SRPK2基因和人GAPDH基因的扩增曲线。其中。左侧为人GAPDH基因扩增曲线,右侧为人SRPK2基因扩增曲线。
图4为8位临床肝癌患者人SRPK2基因的相对表达量。
具体实施方式
下面结合具体实施方式对本发明进行进一步的详细描述,给出的实施例仅为了阐明本发明,而不是为了限制本发明的范围。
下述实施例中的实验方法,如无特殊说明,均为常规方法。
下述实施例中所用的材料、试剂等,如无特殊说明,均可从商业途径得到。
以下实施例中的定量试验,均设置三次重复实验,结果取平均值。
TRIzol为上海捷瑞生物工程有限公司产品。ReverTranscript qPCR RT Kit为Takara公司产品。qPCR Mix(2×)为北京全式金生物技术有限公司产品。实时荧光PCR仪为美国Applied Biosystems公司产品,产品型号为ABI7300或ABI7500。
实施例1、检测人SRPK2基因的相对表达量的试剂盒的制备
一、引物的合成
检测人SRPK2基因相对表达量的引物由引物SRPK2-F、引物SRPK2-R、引物GAPDH-F和引物GAPDH-R组成,各条引物均为单链DNA分子,它们的核苷酸序列依次如序列表中的序列1、序列2、序列3和序列4所示。
引物SRPK2-F:5'-AAGTGCCCAGCATTATACGG-3'(序列表中序列1);
引物SRPK2-R:5'-CTTCGAAGACCATGCAGACA-3'(序列表中序列2);
引物GAPDH-F:5'-CATGAGAAGTATGACAACAGCCT-3'(序列表中序列3);
引物GAPDH-R:5'-AGTCCTTCCACGATACCAAAGT-3'(序列表中序列4)。
人工合成引物SRPK2-F、引物SRPK2-R、引物GAPDH-F和引物GAPDH-R。
二、检测人SRPK2基因相对表达量的试剂盒的制备
检测人SRPK2基因相对表达量的试剂盒为将TRIzol、氯仿、无水乙醇、ReverTranscript qPCR RT Kit、检测体系PCR反应液和阴性对照品组装在一起得到的产品(TRIzol、氯仿、无水乙醇、ReverTranscript qPCR RT Kit、检测体系PCR反应液和阴性对照品均为独立包装);其中检测体系PCR反应液包括12.5μL qPCR Mix(2×)、引物SRPK2-F、引物SRPK2-R、引物GAPDH-F和引物GAPDH-R,用去离子水补至23μL;所述阴性对照品为不含人SRPK2基因的溶液(例如去离子水),使用时加入2μL。
实施例2、实施例1制备的检测人SRPK2基因相对表达量的试剂盒的使用方法
实施例1制备的检测人SRPK2基因相对表达量的试剂盒的使用方法如下:
1、提取组织的总RNA
提取组织的总RNA的步骤如下:
(1)取适量的新鲜组织,加入1mL TRIzol,研磨均匀;然后加入0.2mL氯仿,震荡均匀,4℃、14000rpm离心10min。
(2)完成步骤(1)后,将上层液相转移至新的离心管,加入等体积异丙醇,上下充分混匀,室温静置10min,4℃、14000rpm离心10min。
(3)完成步骤(2)后,弃上清,加入75%乙醇水溶液(由蒸馏水和无水乙醇混合制备)1mL,轻轻上下颠倒洗涤管壁,4℃、14000rpm离心5min。
(4)完成步骤(3)后,弃上清,室温干燥10~15min,然后加入20μL RNase-free水溶解沉淀,即得到组织的总RNA。
2、参考ReverTranscript qPCR RT Kit的说明书,将步骤1得到的组织的总RNA反转为cDNA,得到组织的cDNA溶液,组织的cDNA溶液中DNA的浓度为50μg/μL。
3、配置反应体系
(1)取步骤2得到的cDNA溶液,用去离子水稀释,依次得到DNA的浓度为10μg/μL的cDNA溶液1、DNA的浓度为2μg/μL的cDNA溶液2、DNA的浓度为0.4μg/μL的cDNA溶液3、DNA的浓度为0.08μg/μL的cDNA溶液4、DNA的浓度为0.016μg/μL的cDNA溶液5。
向23μL检测体系PCR反应液中加入2μL模板溶液甲(cDNA溶液、cDNA溶液1、cDNA溶液2、cDNA溶液3、cDNA溶液4或cDNA溶液5),得到反应体系1。
(2)向23μL检测体系PCR反应液中加入2μL步骤2得到组织的cDNA溶液,得到反应体系3。
(3)向23μL检测体系PCR反应液中加入2μL去离子水,得到反应体系4(作为阴性对照)。
(4)向23μL检测体系PCR反应液中加入2μL生理盐水,得到反应体系5(作为空白对照)。
上述各反应体系中,引物SRPK2-F、引物SRPK2-R、引物GAPDH-F和引物GAPDH-R的浓度均为0.2μM。
4、实时定量PCR检测
将步骤3配制的各个反应体系在实时荧光PCR仪上进行实时定量PCR检测(步骤(2)需检测三个平行样)。反应条件:95℃预变性1min;95℃15s,58℃35sec,40个循环,荧光信号于58℃35sec时采集。
使用该试剂盒得到的溶解度曲线和扩增曲线分别见图1、图2和图3。
5、结果判断
将阈值线调整至背景信号及阴性对照的扩增线以上,系统根据步骤3的(1)制备的标准曲线和CT值自动计算出拷贝数(即基因表达量),进一步计算出人SRPK2基因的相对表达量,计算公式为:
人SRPK2基因的相对表达量=人SRPK2基因的拷贝数/人GAPDH基因的拷贝数。
实施例3、采用实施例1制备的检测人SRPK2基因相对表达量的试剂盒检测临床标本
取8位临床确诊为肝癌患者(均为知情同意的志愿者)的肝癌组织和癌旁组织,按照实施例2的试剂盒使用方法进行检测。其中每个患者的肝癌组织和癌旁组织需成对检测。
每个样本重复3次。
实验结果如表1和图4所示。结果表明,8位临床肝癌患者的人SRPK2基因在肝癌组织中的表达量或相对表达量均显著高于癌旁组织,符合率为100%。因此实施例1制备的试剂盒可用于临床肝癌样本的检测或辅助性检测。
表1.临床肝癌患者的样本检测结果
注:“——”表示不存在。