CN105238778A - Snp标记及其应用 - Google Patents

Abstract

本发明公开了SNP标记及其应用。其中，该组SNP标记包含：第一SNP标记，所述第一SNP标记为山羊1号染色体148054417位置的碱基T或G；第二SNP标记，所述第二SNP标记为山羊1号染色体148417531位置的碱基T或C；第三SNP标记，所述第三SNP标记为山羊1号染色体148431198位置的碱基T或C。本发明的SNP标记与山羊的角型性状紧密相关，能够有效用于山羊的分子标记辅助育种。

Description

SNP标记及其应用

技术领域

本发明涉及SNP标记及其应用。具体地，本发明涉及一组山羊角型性状相关的SNP标记，用于检测前述一组SNP标记的引物对和试剂盒，前述一组SNP标记、一组引物对、试剂盒在山羊选育中的用途，以及检测山羊角型性状的方法。

背景技术

山羊是最早驯化的家畜之一，它为人类提供了丰富的畜产品。山羊能够在生态条件较差的环境中生存，在世界范围内有着广泛的分布，对世界农村和牧区的发展做出了重要贡献。在山羊养殖过程中，许多养殖者往往更偏好饲养无角羊，因为，山羊锋利的角可能会对饲养员造成伤害，并且有角山羊之间的打斗会造成畜体受伤，从而影响经济价值，同时也有一些养殖者更偏好饲养有角羊，因为羊角可以用来制作精美的工艺品，一些还具有特殊的药用价值。但角型是复杂的数量性状，涉及多个基因、位点以及位点间的相互作用，极易受到环境的影响。传统的选择手段难以取得有效进展。分子标记辅助选择，可以通过影响选择时间、选择强度以及准确性而极大地提高这类性状的选择效果。

目前应用较广泛的分子遗传标记技术有：限制性片段长度多态分析技术(RestrictionFragmentLengthPolymorphism，RFLP)、随机引物扩增多态性DNA技术(RandomAmplifiedPolymorphismDNA，RAPD)、扩增片段长度多态性分析技术(AmplifiedFragmentLengthPolymorphism，AFLP)、单核苷酸多态性标记(singlenucleotidepolymorphism，SNP)等。其中，SNP标记具有遗传稳定、突变率低、便于自动化检测等优点，因此开发与山羊角型相关的SNP遗传标记将对培育符合养殖需求的有角或无角山羊新品种(系)产生重大影响。但是，目前可用于山羊角型选择的分子标记报道的不多，因此，开发与角型相关的分子标记，对于提高山羊角型选择效率，培育所需角型山羊具有非常重要的意义。

发明内容

本发明旨在至少解决现有技术中存在的技术问题之一。为此，本发明的一个目的在于提出一组与山羊角型性状相关，能够有效用于山羊选育的SNP标记。

其中，需要说明的是，SNP(singlenucleotidepolymorphism，SNP，即单核苷酸多态性)是1996年由美国麻省理工学院的人类基因组研究中心学者Lander提出的一类分子遗传标记，主要是指基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。SNP表现出的多态性仅涉及到单个碱基的变异，表现是有转换、颠换、插入和缺失等。

根据本发明的一个方面，本发明提供了一组山羊角型性状相关的SNP标记。根据本发明的实施例，该组SNP标记包含：第一SNP标记，所述第一SNP标记为山羊1号染色体148054417位置的碱基T或G；第二SNP标记，所述第二SNP标记为山羊1号染色体148417531位置的碱基T或C；第三SNP标记，所述第三SNP标记为山羊1号染色体148431198位置的碱基T或C。

根据本发明的实施例，所述第一SNP标记位于SEQIDNO：1所示核苷酸序列的方框标记处：

GATACAAGCGGGAGGGGAGCTTGCTCTGTGCGCCTCAAGGAGGAGGCAGCGCTGTGGAAGGGGGCAGATTTGAGCCCAGACACCTTGCTCTTTGCTGCCACGGAGGTGGCTTCCTGCCGTCAGTTTTACCGACCAGGGAAAGCCTATGGTGGCCAGAAGCAGTAGCTCCAGAAGTGGCAGGCCCTCCCACAGCTAAAGGAGCAAAGGGCAGCCTGCTTTGCCACCTGGAGTGGAGAATTGAGAGAAGAGAAAAATAACTTAGAATCTAGAAGCAAATGTCCCGGGAAAGAAGCTTTATTTGCTAAATGTGACTTTGTTAAGATGAAAGGAGAAAAGCGAGCACATACTCATTCCTGGTGAAAGACAAAACAAGATAAGGGAGCCTGGGGGGCGTCCCTGGTGGCCCAGTGGTTGAGATTTCATCCTTCCAATGCAGGGGGCCTGGGTTCGATCCCTGATTGGGGAACTAAGATCCTACATGCCCTGCAGCATGGCCAAAAGACGTTTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTTTAAAGTGGGGGAGGCTGAGAATCTGCCCTCCCTGCAAAATGCTGGTTGAGTCAACGCAGGCAGTGATGTGGGCAATTTTGCTCACAATGCAGCTGAGTGCACACAGAGGTTCCCACCGTATCCCCAAGGCTTTTCAGCCAAAAACATTTCTGCTCTTCTCATAAACAAGGTCAGAGCTTGTGAGGAGCCTGTGTGCTTGAGTTCCCTTCAGCTGGTACTGTGAATCGACTGGTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGAG(SEQIDNO：1)。

所述第二SNP标记位于SEQIDNO：2所示核苷酸序列的方框标记处：

GGAGACAGTGGAGGATAGAGAAGCCTGGTGTGCTGAAGTCCATGGGGTTGCAGAGTCAGACACAACTCAGCAACTAAACAACGGCGACGTGGATGGTGCTGTCATCCTCCAAACCAGACCAGCTAAGAAGCAACAGCCCCAAAGCCCAGGAGGTGGCAGCTCTATCACCTTCCCCACTGTCTCTTCCCTTCACAAACACCCTCAACTGTCTTTGCAGTCACTTAGTGTCTGTTCTTCCTGCCATTTGAGAGGGTTTATGGATTTTTTAAAAGCTCTTCTAATTCACTTTTGTGTTTCCAATGAGCATTTCTCAAATATTTAGTCGTTGATGAATGACCTGATGCTTCAATATCCCTGTAGGAGCCTTTTATTTTCTCCTTTACTTGCCCTTGAACCCTTGCAAAACTTGGATTTGTGTTGTCTAAAAAGCCTTTCTCGACTACATACTTCTTGCAGTAATTTCCTTGGGTAATGTATATGTTTATGACTTTGGATTTCAAGACCCAGTGTTCTTTTATTATTGGGTATCTTGAAAACTGAAACGATCCCTTCTTCATCCCTGTTTTGAAAACACCAATGCTTACTACACAGGAACAAATATTTGATTTGAGTTGCTTTAGATAACACTGCATCAAGTACGGACTGGCACACGGGGCCAAAAGGAAGATAAGCGTTGTGTAATTAGGGAGGCACTGCGGTCAAATGGTTAAGAGGAACCACAGCACG(SEQIDNO：2)。

所述第三SNP标记位于SEQIDNO：3所示核苷酸序列的方框标记处：

TTGACACTGTTGGCAACTCATAAGGTGACGGCAAGGATCTGCGAAGCTCAGCCAGACAGCTGCTCTGCCAGCAGCTGAGCCCCGGTGACCTCTCCCTGTGGGCAGGGCAGACACTCGGGACGTGGGGCTGCAGACCGAGCAGCCGCCTCAGCACTCTGCAACGGCGCCTGCATCAGCTCTGCTGCTTCCTCAATCTGCCCGCTATCCAAATTGCTCGTTGTTGTTGCTCAGCTGTGTCCAGCTCTTTGTGACCCCATGGACTGCAGCCCACCAGGCTCTCTGTCCACGGACTTCTCCAGGCAAGAACGCTGGAGTGGGTTGCTGCTCCCTTCTCCAGGGCATCTTCCCAACCCAGGGATCAAAGCCGGGTGTCCCTCGTTGCAGGCAAATTCTCTACTGTCTGAGCCACCAGGGAAGCCCGTAGTGTGTATATATGTATTATATATATATGTCAATCTCGAGCTCCCAATCCATCCCCTACCCGCCTCTTCTTGGTTTTTTTTTAAATTATTATTCCTGAGAAGAGAACAAAATGAATGTAGACAGCAATATTCCTTTGGAGCCCATGATATTCTAGGAGGAGTCAGCACTGGGCCTTTCTCTCCCCCAGGCCTGGCCATGTGCATGTGAAAGCTGATCAAGCTGCCTGCACAGAGGGCTCAGTGGGTACCCCTCCCACCAGCCCCCAAACAGCTCACCGCCCCTCGGGCTGGGGACCAT(SEQIDNO：3)。

根据本发明的实施例，当所述第一SNP标记基因型为TT时，山羊表现为有角的概率为96.20％；当所述第二SNP标记基因型为CC时，山羊表现为有角的概率为96.79％；当所述第三SNP标记基因型为TT时，山羊表现为有角的概率为96.25％；当所述第一SNP标记基因型为TT，所述第二SNP标记基因型为CC，且所述第三SNP标记基因型为TT时，山羊表现为有角的概率为96.68％。

由此，发明人确定，本发明的一组SNP标记与山羊的角型性状紧密相关，能够有效用于山羊的分子标记辅助育种。进而能够根据实际育种需求对山羊育种材料进行早期选择，进一步能够有效提高育种的效率和准确性，提高山羊繁殖群体的遗传水平，从而能够准确、高效地选育出所需山羊品种。此外，根据本发明的一些实施例，利用本发明的一组SNP标记进行山羊分子标记辅助育种，具有早期筛选、节省时间、成本低廉、准确性高的优点。

根据本发明的另一方面，本发明还提供了一种用于检测前面所述的本发明的一组SNP标记的引物对。根据本发明的实施例，所述一组引物对包含：第一引物对，所述第一引物对具有SEQIDNO：4-5所示的核苷酸序列，用于检测所述第一SNP标记；第二引物对，所述第二引物对具有SEQIDNO：6-7所示的核苷酸序列，用于检测所述第二SNP标记；以及第三引物对，所述第三引物对具有SEQIDNO：8-9所示的核苷酸序列，用于检测所述第三SNP标记。

具体地，第一引物对的序列如下所示：

F：AGCACATACTCATTCCTGGT(SEQIDNO：4)

R：TGTGCACTCAGCTGCATTGT(SEQIDNO：5)

第二引物对的序列如下所示：

F：GAATGACCTGATGCTTCAAT(SEQIDNO：6)

R：CGTACTTGATGCAGTGTTAT(SEQIDNO：7)

第三引物对的序列如下所示：

F：GCAGGCAAATTCTCTACTGT(SEQIDNO：8)

R：ATCAGCTTTCACATGCACAT(SEQIDNO：9)

根据本发明的实施例，利用本发明的一组引物对能够有效地对待测山羊的上述与角型性状相关的三种SNP标记所在的片段进行PCR扩增，进而通过测序能够有效实现对这两种SNP标记的检测，确定待测山羊该两种SNP标记位点的基因型，进而能够有效预测待测山羊的角型性状。具体地，当所述第一SNP标记基因型为TT时，山羊表现为有角的概率为96.20％；当所述第二SNP标记基因型为CC时，山羊表现为有角的概率为96.79％；当所述第三SNP标记基因型为TT时，山羊表现为有角的概率为96.25％；当所述第一SNP标记基因型为TT，所述第二SNP标记基因型为CC，且所述第三SNP标记基因型为TT时，山羊表现为有角的概率为96.68％。由此，用于检测前面所述的本发明的一组SNP标记的引物对，能够有效用于山羊的分子标记辅助育种，进而能够辅助早期实现短时间、低成本、高准确性地选育山羊优良品种。

根据本发明的又一方面，本发明还提供了一种用于检测前面所述的一组SNP标记的试剂盒。根据本发明的实施例，该试剂盒包含：前面所述的一组用于检测本发明的SNP标记的引物对。即本发明的试剂盒中包含具有SEQIDNO：4-9所示的核苷酸序列的引物对。根据本发明的实施例，利用本发明的试剂盒中所包含的一组引物对，能够有效实现对待测山羊的上述与角型性状相关的三种SNP标记的多态性检测，确定待测山羊该SNP标记位点的基因型，进而能够有效预测待测山羊的角型性状。具体地，当所述第一SNP标记基因型为TT时，山羊表现为有角的概率为96.20％；当所述第二SNP标记基因型为CC时，山羊表现为有角的概率为96.79％；当所述第三SNP标记基因型为TT时，山羊表现为有角的概率为96.25％；当所述第一SNP标记基因型为TT，所述第二SNP标记基因型为CC，且所述第三SNP标记基因型为TT时，山羊表现为有角的概率为96.68％。由此，本发明的用于检测前面所述的本发明的SNP标记的试剂盒，能够有效用于山羊的分子标记辅助育种，进而能够辅助早期实现短时间、低成本、高准确性地选育山羊优良品种。

根据本发明的再一方面，本发明还提供了前面所述的本发明的SNP标记、引物对或试剂盒，在山羊选育中的用途。如前所述，通过能够用于检测本发明的与山羊角型性状相关的SNP标记的试剂例如前述的一组引物对或包含该引物对的试剂盒等，能够有效地检测确定待测山羊的上述SNP标记的基因型，进而基于获得的基因型能够有效预测待测山羊的角型性状，从而能够有效辅助山羊选育。

进而，根据本发明的另一方面，本发明还提供了一种检测山羊角型性状的方法。根据本发明的实施例，该方法通过对待测山羊进行前面所述的一组SNP标记的检测，预测所述待测山羊的角型性状。具体地，可以通过能够用于检测本发明的与山羊角型性状相关的SNP标记的试剂例如前述的引物对或包含该引物对的试剂盒等，对待测山羊进行PCR扩增、测序，以便检测确定待测山羊的上述SNP标记的基因型，进而基于获得的基因型能够有效预测待测山羊的角型性状。具体地，当所述第一SNP标记基因型为TT时，山羊表现为有角的概率为96.20％；当所述第二SNP标记基因型为CC时，山羊表现为有角的概率为96.79％；当所述第三SNP标记基因型为TT时，山羊表现为有角的概率为96.25％；当所述第一SNP标记基因型为TT，所述第二SNP标记基因型为CC，且所述第三SNP标记基因型为TT时，山羊表现为有角的概率为96.68％。由此，本发明的检测山羊角型性状的方法，能够快速、高效、准确地检测山羊角型性状，进而能够有效用于山羊的分子标记辅助育种，从而能够辅助早期实现短时间、低成本、高准确性地选育山羊优良品种。

另外，根据本发明上述实施例的检测山羊角型性状的方法还可以具有如下附加的技术特征：

根据本发明的实施例，对待测山羊进行SNP标记检测的方法不受特别限制。测序、单链构象多态性聚合酶链式反应(PCRsinglestrandconformationpolymorphism，PCR-SSCP)、限制性片段长度多态性聚合酶链式反应(PCR-restriTCionfragmentlengthpolymorphism，PCR-RFLP)及飞行时间质谱等技术均可以实现SNP的检测。其中，测序是一种准确性最高、灵活性强，通量大、检测周期短的检测技术。只需在SNP位点的两侧设计一对引物，扩增400-700bp的产物，再通过测序即可直接检测SNP位点的基因型。因而，本发明采用测序的方法进行SNP标记检测。根据本发明的一些具体示例，通过对待测山羊进行前面所述的一组SNP标记的检测，预测所述待测山羊的角型性状，进一步包括：提取待测山羊的基因组DNA；利用前面所述的一组引物对，将所述待测山羊的基因组DNA进行PCR扩增，以便获得PCR扩增产物；对所述PCR扩增产物进行测序，以便获得测序结果；基于所述测序结果，确定所述待测山羊的所述一组SNP标记中每一种的基因型；以及基于所述待测山羊的所述一组SNP标记中每一种的基因型，预测所述待测山羊的角型性状。由此，能够有效提高检测山羊角型性状的效率。

根据本发明的实施例，提取待测山羊的基因组DNA的方法不受特别限制，可以采用任何已知的基因组DNA提取方法或试剂盒进行。根据本发明的一些具体示例，采用常规酚-氯仿方法抽提待测山羊的基因组DNA。由此，能够有效获得质量好、纯度高的基因组DNA，便于后续步骤进行。

根据本发明的实施例，将所述待测山羊的基因组DNA进行PCR扩增的条件不受特别限制。根据本发明的一些具体示例，该PCR扩增的扩增体系以20μl计为：25-50ng/μl的模板DNA2μl，10pmol/μl的SEQIDNO：4-9所示的引物各0.3μl，10mmol/L的dNTPmix0.5μl，5U/μl的TaqDNA聚合酶0.2μl，10×PCR反应缓冲液2μl，余量为双蒸水；该PCR扩增的反应条件为：94℃5分钟；94℃30秒，56℃30秒，72℃30秒，35个循环；72℃5分钟。由此，能够快速、高效、准确地扩增本发明的两种SNP标记所在的片段，获得目标扩增产物，便于后续步骤的进行。

根据本发明的实施例，对所述PCR扩增产物进行测序的方法不受特别限制，只要能够有效获得PCR扩增产物即SNP标记所在的片段的序列即可。根据本发明的一些具体示例，可以采用选自HISEQ2000、SOLiD、454和单分子测序方法的至少一种对所述PCR扩增产物进行测序。由此，能够高通量、快速、高效、准确地获得测序结果。

根据本发明的实施例，基于测序结果，通过比对山羊参考基因组序列，能够有效确定待测山羊的第一SNP标记为TT、TG还是GG，第二SNP标记为TT、TC还是CC，第三SNP标记为TT、TC还是CC。

根据本发明的实施例，当所述第一SNP标记基因型为TT时，山羊表现为有角的概率为96.20％；当所述第二SNP标记基因型为CC时，山羊表现为有角的概率为96.79％；当所述第三SNP标记基因型为TT时，山羊表现为有角的概率为96.25％；当所述第一SNP标记基因型为TT，所述第二SNP标记基因型为CC，且所述第三SNP标记基因型为TT时，山羊表现为有角的概率为96.68％。进而本发明的方法能够有效用于山羊的分子标记辅助育种，从而能够辅助早期实现短时间、低成本、高准确性地选育山羊优良品种。

需要说明的是，本发明的与山羊角型相关的一组SNP标记及其应用具有如下优点：

(1)本发明提供的SNP标记不受山羊的年龄、性别等限制，可用于山羊的早期选育，可显著促进山羊的育种进程；

(2)检测山羊第一、第二和第三SNP位点的方法，准确可靠，操作方便；

(3)山羊第一、第二和第三SNP位点的检出，为山羊角型性状的标记辅助选择提供了科学依据。

本发明的附加方面和优点将在下面的描述中部分给出，部分将从下面的描述中变得明显，或通过本发明的实践了解到。

附图说明

本发明的上述和/或附加的方面和优点从结合下面附图对实施例的描述中将变得明显和容易理解，其中：

图1显示了根据本发明一个实施例，本发明的三种SNP标记位点的曼哈顿图。

图2显示了根据本发明一个实施例，三种SNP标记位点的琼脂糖凝胶电泳图。

图3显示了根据本发明一个实施例，三种SNP标记位点的基因型测序峰图，其中，

图3a为SNP位点1的TG基因型的测序峰图；

图3b为SNP位点1的TT基因型的测序峰图；

图3c为SNP位点2的TC基因型的测序峰图；

图3d为SNP位点2的CC基因型的测序峰图；

图3e为SNP位点3的TT基因型的测序峰图；

图3f为SNP位点3的TC基因型的测序峰图，

其中测序时采用了反向引物序列，所以测得的序列为该位点的反向互补序列。

具体实施方式

下面详细描述本发明的实施例。下面通过参考附图描述的实施例是示例性的，仅用于解释本发明，而不能理解为对本发明的限制。

实施例1与山羊角型相关的SNP标记的获得

发明人通过RAD-seq及GWAS挖掘青山羊角型相关遗传标记，利用这些标记可以提高角型性状选择的准确性。

1、青山羊血液样品的采集和DNA的提取

1)455个样品均来自于山东翰龙羊业股份有限公司青山羊，其中76个个体无角，379个个体有角；

2)基因组DNA采用酚-氯仿法提取。

2、RAD-seq文库构建

文库构建方法参考(RapidSNPDiscoveryandGeneticMappingUsingSequencedRADMarkers)，具体如下：

1)用TaqI对基因组进行酶切，连接P1接头(含有barcode)；

2)随机打断，连接P2接头；

3)通过PCR筛选同时带有P1和P2接头的序列；

4)选取400bp-700bp的片段进行测序，其中，每个样本平均得到1.2G的数据，平均测序深度15×。

3、关联分析

1)采用Plink软件进行GWAS分析，从14万个SNP中筛选出3个与山羊角型相关的SNP，具体信息如表1。

2)对三个SNP位点的基因型与表现型进行logistic回归分析(结果见表2、表3)，当SNP位点1基因型为TT，或者SNP位点2基因型为CC，或者SNP位点3基因型为TT时，山羊表现为有角(概率分别为96.20％、96.79％、96.25％)。当SNP位点1和SNP位点2和SNP位点3的基因型分别为TT和CC和TT时，山羊表现为有角(概率96.68％)。

图1显示了上述三个SNP标记位点的曼哈顿图。如图1所示，横坐标为染色体编号，纵坐标为关联分析-logP值，点线为基因组水平5％显著的阈值线(6.6)，单核甘酸多态性标记的颜色对应特定染色体。

表1青山羊角型相关的SNPs基本信息

注：a.用RAD-seq得到的SNP侧翼序列进行BLAST，将其定位在基因组中(CaprahircusCHIR_1.0)。

b.位点1-3分别有1、1和2个体基因型缺失。c.关联分析中用χ2检验得到的P值。

由图1、表1所示的全基因组关联分析结果及统计信息表明：该组SNP位点与山羊角型性状极显著相关(3.19×10^-24、6.15×10^-29、1.60×10^-27)。进而，表明SNP位点为判断山羊角型相关的SNP标记。

表2三种SNP位点不同基因型的统计信息

表3不同基因型组合统计信息

位点1

位点2

位点3

个体数

有角(个体数)

无角(个体数)

有角概率

TG

TC

TC

73

13

60

17.81％

TG

TC

TT

3

1

2

33.33％

TT

TC

TC

4

2

2

50.00％

TT

CC

TT

361

349

12

96.68％

TT

CC

TC

3

3

0

100.00％

注：基因型组合TG-CC-TC，TG-CC-TT，TT-TC-TT个体数都为0，因此没有列入统计。

表2、表3所示的统计信息表明：位点1基因型TT，位点2基因型CC或者，位点3基因型TT足以判断山羊的角型性状(山羊有角概率分别为96.20％、96.79％、96.25％)，当位点1和位点2和位点3的基因型分别为TT和CC和TT时，也足以判断山羊的角型性状(山羊有角概率96.68％)。

实施例2与山羊角型相关的SNP标记的测序验证

2.1提取待测青山羊血液样品中的基因组DNA

待测青山羊血液样品来自山东翰龙羊业股份有限公司青山羊，随机选取5份，按照实施例1中所述的DNA提取方法抽提基因组DNA。

2.2扩增含SNP位点的核苷酸片段

以前述提取获得的各待测青山羊血液样品中的基因组DNA为模板，利用正向引物AGCACATACTCATTCCTGGT(SEQIDNO：4)和反向引物TGTGCACTCAGCTGCATTGT(SEQIDNO：5)，正向引物GAATGACCTGATGCTTCAAT(SEQIDNO：6)和反向引物CGTACTTGATGCAGTGTTAT(SEQIDNO：7)，正向引物GCAGGCAAATTCTCTACTGT(SEQIDNO：8)和反向引物ATCAGCTTTCACATGCACAT(SEQIDNO：9)，扩增出待测SNP所在的核苷酸片段。该PCR扩增的扩增体系以20μl计为：25-50ng/μl的模板DNA2μl，10pmol/μl的SEQIDNO：4-9所示的引物各0.3μl，10mmol/L的dNTPmix0.5μl，5U/μl的TaqDNA聚合酶0.2μl，10×PCR反应缓冲液2μl，余量为双蒸水；该PCR扩增的反应条件为：94℃5分钟；94℃30秒，56℃30秒，72℃30秒，35个循环；72℃5分钟。

2.3测序识别SNP位点基因型

前述步骤中所获得的PCR产物先经1.5％的琼脂糖凝胶电泳检测为单一特异性条带后(图2显示了三种SNP标记位点的琼脂糖凝胶电泳检测图，其中，左侧、中间为电泳结果图，目标片段分别为290bp、300bp、320bp，右侧为对应的Marker图)，再于ABI3730测序仪上进行单向测序，识别SEQIDNO：1-3序列中501bp处(即本发明的三种SNP标记)的基因型。其中，三个位点基因型的测序峰图如图3所示。

在本说明书的描述中，参考术语“一个实施例”、“一些实施例”、“示例”、“具体示例”、或“一些示例”等的描述意指结合该实施例或示例描述的具体特征、结构、材料或者特点包含于本发明的至少一个实施例或示例中。在本说明书中，对上述术语的示意性表述不一定指的是相同的实施例或示例。而且，描述的具体特征、结构、材料或者特点可以在任何的一个或多个实施例或示例中以合适的方式结合。

尽管已经示出和描述了本发明的实施例，本领域的普通技术人员可以理解：在不脱离本发明的原理和宗旨的情况下可以对这些实施例进行多种变化、修改、替换和变型，本发明的范围由权利要求及其等同物限定。

Claims (8)

1.一组山羊角型性状相关的SNP标记，其特征在于，包含：

第一SNP标记，所述第一SNP标记为山羊1号染色体148054417位置的碱基T或G；

第二SNP标记，所述第二SNP标记为山羊1号染色体148417531位置的碱基T或C；

第三SNP标记，所述第三SNP标记为山羊1号染色体148431198位置的碱基T或C。

2.根据权利要求1所述的一组SNP标记，其特征在于，

当所述第一SNP标记基因型为TT时，山羊表现为有角的概率为96.20％；

当所述第二SNP标记基因型为CC时，山羊表现为有角的概率为96.79％；

当所述第三SNP标记基因型为TT时，山羊表现为有角的概率为96.25％；

当所述第一SNP标记基因型为TT，所述第二SNP标记基因型为CC，且所述第三SNP标记基因型为TT时，山羊表现为有角的概率为96.68％。

3.一组用于检测权利要求1-2任一项所述的一组SNP标记的引物对，其特征在于，包含：

第一引物对，所述第一引物对具有SEQIDNO：4-5所示的核苷酸序列，用于检测所述第一SNP标记；

第二引物对，所述第二引物对具有SEQIDNO：6-7所示的核苷酸序列，用于检测所述第二SNP标记；以及

第三引物对，所述第三引物对具有SEQIDNO：8-9所示的核苷酸序列，用于检测所述第三SNP标记。

4.一种用于检测权利要求1-3任一项所述的一组SNP标记的试剂盒，其特征在于，包含：

权利要求3所述的一组引物对。

5.权利要求1-2任一项所述的一组SNP标记、权利要求3所述的一组引物对或权利要求4所述的试剂盒，在山羊选育中的用途。

6.一种检测山羊角型性状的方法，其特征在于，通过对待测山羊进行权利要求1-5任一项所述的一组SNP标记的检测，预测所述待测山羊的角型性状。

7.根据权利要求6所述的方法，其特征在于，通过对待测山羊进行权利要求1-5任一项所述的一组SNP标记的检测，预测所述待测山羊的角型性状，进一步包括：

提取待测山羊的基因组DNA；

利用权利要求3所述的一组引物对，将所述待测山羊的基因组DNA进行PCR扩增，以便获得PCR扩增产物；

对所述PCR扩增产物进行测序，以便获得测序结果；

基于所述测序结果，确定所述待测山羊的所述一组SNP标记中每一种的基因型；以及

基于所述待测山羊的所述一组SNP标记中每一种的基因型，预测所述待测山羊的角型性状。

8.根据权利要求6所述的方法，其特征在于，

当所述第一SNP标记基因型为TT时，山羊表现为有角的概率为96.20％；

当所述第二SNP标记基因型为CC时，山羊表现为有角的概率为96.79％；

当所述第三SNP标记基因型为TT时，山羊表现为有角的概率为96.25％；

当所述第一SNP标记基因型为TT，所述第二SNP标记基因型为CC，且所述第三SNP标记基因型为TT时，山羊表现为有角的概率为96.68％。