CN104962627A - 与桃果形圆、扁性状连锁的snp位点、基于该位点的分子标记及其应用 - Google Patents
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Abstract
本发明公开了与桃果形圆、扁性状连锁的SNP位点、基于该位点的分子标记及其应用，所述的SNP位点位于基因PPa003772mg的2453bp处，序列编码方向为5’—3’方向。所述SNP位点恰好位于所述的AS-PCR分子标记的下游R引物的最后一个3’端碱基处，同时错配3’端第二位的碱基，由胸腺嘧啶脱氧核糖核苷酸T变为鸟嘌呤脱氧核糖核苷酸G。通过以上方法，在蟠桃、普通桃的选育工作中，可以显著降低桃树育种的工作量，缩短育种时间，极大地提高育种效率。
Description
技术领域
本发明属于基因工程技术领域，涉及一种与桃果形圆、扁性状连锁的SNP位点、基于该位点的分子标记及其应用。
背景技术
桃为蔷薇科李属桃亚属多年生落叶果树，其果实柔软多汁，风味宜人，为大众喜爱的果品。桃果实营养价值高，既富含多糖果胶质又含多种维生素和矿质元素，是老少皆宜的水果。
目前，桃果实从果形上主要分为两种：扁平的蟠桃和圆形的普通桃。每一种类型都有相应的消费群体以及重要的利用价值，但是对如今的桃产业体系来说，品质优良的品种仍旧很少。培育高品质的蟠桃、普通桃成为当下急需解决的问题。
目前，育种家在桃育种工作中主要采用的是传统的杂交选育新品种的方法，该方法育种周期长，占地面积大，耗时耗力，而且育种效率低。对普通桃、蟠桃的选育更是如此，育种早起根本无法区分普通桃与蟠桃性状。
而且，桃树育种工作中没有一种有效准确的分子标记用于普通桃、蟠桃的选育，育种家只能等到树体达到具有开花结果能力之后进行选择，因而培育普通桃与蟠桃工作花费的时间长、工作量大、效率低。
然而，随着消费者需求的不断提高，如何快速高效地培育风味更好、品质更优的普通桃与蟠桃品种成为现在育种家面临的严峻挑战。目前急需一种准确高效的分子标记，利用分子标记辅助选择育种技术，快速提高普通桃与蟠桃的选育效率，加速育种进程，加速中国桃产业的发展。
发明内容
为了解决现有技术中存在的技术问题，本发明提供了一种与桃果形圆、扁性状连锁的SNP位点、基于该位点的分子标记及其应用。
本发明的目的之一在于提供一种与普通桃、蟠桃果形性状连锁的SNP(单核苷酸多态性)位点。
本发明的目的之二在于提供一种基于该SNP位点开发的一种与普通桃、蟠桃两种果形性状显著相关的AS-PCR分子标记及用于扩增该标记的引物对。
本发明的目的之三在于提供以上所述的SNP位点以及基于该位点的AS-PCR分子标记及其在普通桃、蟠桃的选育工作中的应用。
其技术方案如下：
1、本发明所提及的SNP位点，位于桃基因组第6号染色体上，所属基因的基因名称为PRUPE_ppa003772mg，该SNP位于该基因的第2453碱基处，该处的碱基为腺嘌呤脱氧核糖核苷酸(A)或者胸腺嘧啶脱氧核糖核苷酸(T)，该SNP位点与桃果形的圆、扁性状连锁。
2、本发明中是利用该SNP位点，成功将其转化为基于PCR的AS-PCR标记，扩增产物长度345bp左右。扩增该AS-PCR标记的引物对如表1：
表1
3、利用该SNP转化的AS-PCR分子标记，即可通过简单的PCR、琼脂糖电泳操作，实现对蟠桃与普通桃的准确区分，成功地将分子标记辅助选择育种技术应用于现实的桃育种工作中。
与现有技术相比，本发明的有益效果：通过以上方法，在蟠桃、普通桃的选育工作中，可以显著降低桃树育种的工作量，缩短育种时间，极大地提高育种效率。
具体实施方式
下面结合具体实施例进一步说明本发明的技术方案。
1、在苗期摘取杂交苗的叶片，用于DNA的提取。
2、利用该AS-PCR分子标记引物对，对提取的DNA进行PCR。
PCR反应体系如表2。
表2
3、对PCR产物进行琼脂糖凝胶(1％)电泳，并对电泳结果进行条带统计。统计中凡是出现345bp条带的即为蟠桃，没有的则为普通桃。
4、通过上述步骤即可简单快速的区分蟠桃与普通桃，成功的将分子标记辅助育种应用于桃育种中蟠桃与普通桃的选育。在蟠桃、普通桃的选育工作中，显著降低育种的工作量，缩短育种时间，极大地提高育种效率。
以上所述，仅为本发明最佳实施方式，任何熟悉本技术领域的技术人员在本发明披露的技术范围内，可显而易见地得到的技术方案的简单变化或等效替换均落入本发明的保护范围 。
Claims (5)
1.一种与桃果形圆、扁性状紧密连锁的SNP位点，其特征在于，所述的SNP位点位于基因PPa003772mg的2453bp处，序列编码方向为5’——3’方向。
2.一种基于SNP位点开发的AS-PCR分子标记，其特征在于，所述SNP位点恰好位于所述的AS-PCR分子标记的下游R引物的最后一个3’端碱基处，同时错配3’端第二位的碱基，由胸腺嘧啶脱氧核糖核苷酸T变为鸟嘌呤脱氧核糖核苷酸G。
3.如基于SNP位点开发的AS-PCR分子标记，其特征在于，所述AS-PCR标记的引物序列，其中上游引物如SEQ IE NO：1所示，下游引物如SEQ IE NO：2所示。
4.权利要求1所述的与桃果形圆、扁性状紧密连锁的SNP在桃果形圆、扁性状中的分标记辅助选择育种中的应用。
5.权利要求3所述的引物在桃果形圆、扁性状的选育中的应用。
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Cited By (6)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN106399538A (zh) * | 2016-10-31 | 2017-02-15 | 中国农业科学院郑州果树研究所 | 与桃树矮化基因紧密连锁的snp标记的应用 |
| CN106636081A (zh) * | 2016-12-01 | 2017-05-10 | 上海市农业科学院 | 一个与桃树流胶病抗性相关的snp分子标记 |
| CN107746896A (zh) * | 2017-11-23 | 2018-03-02 | 北京市农林科学院 | 与桃果皮绒毛性状相关的snp标记及其应用 |
| CN110257551A (zh) * | 2019-07-30 | 2019-09-20 | 中国农业科学院郑州果树研究所 | 一套用于构建桃dna指纹图谱的ssr引物、应用及构建方法 |
| CN111944918A (zh) * | 2020-07-03 | 2020-11-17 | 北京农业生物技术研究中心 | 一种基于染色体结构变异的桃果实形状早期检测方法 |
| CN111979346A (zh) * | 2020-08-11 | 2020-11-24 | 中国农业科学院郑州果树研究所 | 一种基于kasp分子标记的良种桃选育方法 |
Citations (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| WO2011097492A1 (en) * | 2010-02-05 | 2011-08-11 | The Board Of Trustees Of The University Of Illinois | A dna sequence that confers aphid resistance in soybean |
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| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| WO2011097492A1 (en) * | 2010-02-05 | 2011-08-11 | The Board Of Trustees Of The University Of Illinois | A dna sequence that confers aphid resistance in soybean |
Non-Patent Citations (3)
| Title |
|---|
| 姜全等: "蟠桃果形遗传分析", 《果树科学》 * |
| 李雄伟: "桃种质资源群体遗传分析及果实数字基因表达谱构建", 《中国博士学位论文全文数据库.农业科技辑》 * |
| 李雄伟等: "桃基因组及全基因组关/联分析研究进展", 《遗传》 * |
Cited By (10)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN106399538A (zh) * | 2016-10-31 | 2017-02-15 | 中国农业科学院郑州果树研究所 | 与桃树矮化基因紧密连锁的snp标记的应用 |
| CN106399538B (zh) * | 2016-10-31 | 2020-02-07 | 中国农业科学院郑州果树研究所 | 与桃树矮化基因紧密连锁的snp标记的应用 |
| CN106636081A (zh) * | 2016-12-01 | 2017-05-10 | 上海市农业科学院 | 一个与桃树流胶病抗性相关的snp分子标记 |
| CN106636081B (zh) * | 2016-12-01 | 2019-06-11 | 上海市农业科学院 | 一个与桃树流胶病抗性相关的snp分子标记 |
| CN107746896A (zh) * | 2017-11-23 | 2018-03-02 | 北京市农林科学院 | 与桃果皮绒毛性状相关的snp标记及其应用 |
| CN110257551A (zh) * | 2019-07-30 | 2019-09-20 | 中国农业科学院郑州果树研究所 | 一套用于构建桃dna指纹图谱的ssr引物、应用及构建方法 |
| CN111944918A (zh) * | 2020-07-03 | 2020-11-17 | 北京农业生物技术研究中心 | 一种基于染色体结构变异的桃果实形状早期检测方法 |
| CN111944918B (zh) * | 2020-07-03 | 2022-05-17 | 北京农业生物技术研究中心 | 一种基于染色体结构变异的桃果实形状早期检测方法 |
| CN111979346A (zh) * | 2020-08-11 | 2020-11-24 | 中国农业科学院郑州果树研究所 | 一种基于kasp分子标记的良种桃选育方法 |
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