CN103866038B - 用于检测烟草对tmv抗性的n基因特异性引物对、检测方法及试剂盒 - Google Patents
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Abstract
本发明提供一种用于检测烟草对TMV抗性的N基因特异性引物对、检测方法及试剂盒,特异性引物对包括上游引物和下游引物;上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示;下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:2所示。检测方法为:在烟草N基因序列特异区域设计一对特异性引物;以待测烟草品种的DNA为模板,使用N基因特异性引物对进行PCR扩增;采用电泳检测PCR扩增产物,判断PCR扩增产物是否含有865bp的特征条带,如果含有,则对TMV具有抗性;反之,则不具有N基因介导的TMV抗性。具有操作简便、结果可靠、检测速度快等优点,能够极大地加速抗TMV育种材料的选育过程,缩短育种周期,提高育种效率。
Description
技术领域
本发明属于生物化学与分子生物学领域,具体涉及一种用于检测烟草对TMV抗性的N基因特异性引物对、检测方法及试剂盒。
背景技术
烟草普通花叶病(TMV,tobacco mosaic virus)是全世界烟草栽培区发生普遍、危害严重的一大病害。发病后,烟叶产量降低,品质变劣,对烟叶生产带来极大危害。目前,对于TMV的防治没有效果较好的药剂,只能采取提前预防、综合防治等措施,由于受耕地资源紧张、连作的影响,培育抗TMV的烟草品种在生产中显得尤为迫切和重要。
N基因起源于野生种黏烟草(Nicotiana glutinosa),是目前已经明确的烟草抗TMV基因,是烟草抗TMV育种的主要抗源。1938年,F.Q.Holmes等研究表明,黏烟草对TMV的抗性是由显性单基因N基因控制的;1994年,S.Whitham等通过转座子标签法克隆得到N基因,并证明其介导的TMV抗性可以产生过敏性坏死反应。N基因全长为6656bp,包括5个外显子和4个内含子,编码NS和NL两种转录产物,属于TIR-NBS-LRR类抗病基因。国外已经利用N基因介导的TMV抗性育成了一批高抗TMV的烟草品种,包括Ky56、By21、NC75、VA770、TN86、Coler176、Coker86等。我国也利用该抗源培育了一系列抗TMV品种(系),如:利用Ky56作为亲本育成了辽烟8号、辽烟10号等抗TMV品种;利用Coker86的抗病性,育成了辽烟13、辽烟14等抗TMV品种。这些品种在我国的烟草生产中发挥了重要作用。
在传统的抗TMV育种中,为鉴定所培育的品种是否具有TMV抗性,通常采取田间鉴定方法,即:需要对育种材料进行单株接种并创造合适的发病条件,因此,如果接种不成功或条件不合适,均会影响品种抗性判断结论,具有品种抗性判断效率低的不足。
发明内容
针对现有技术存在的缺陷,本发明提供一种用于检测烟草对TMV抗性的N基因特异性引物对、检测方法及试剂盒,利用N基因特异引物序列检测不同育种材料TMV抗性,为烟草抗TMV育种提供一条快捷有效的方法,不受生长条件和发育时期的影响,可以快速高效的检测N基因控制的TMV抗性,加快抗TMV种质资源和优良品种筛选,还具有操作简便、结果可靠、检测速度快等优点,能够极大地加速材料的选育过程,缩短育种周期,提高育种效率。
本发明采用的技术方案如下:
本发明第一目的为提供一种用于检测烟草对TMV抗性的N基因特异性引物对,包括上游引物NPF和下游引物NPR;
所述上游引物NPF的核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示;
所述下游引物NPR的核苷酸序列如SEQ ID NO:2所示。
本发明第二目的为提供一种烟草是否具有N基因介导的TMV抗性的检测方法,包括以下步骤:
S1,利用Genbank提供的烟草基因组序列进行Blast比对,查找被检测烟草的N基因序列特异区域,并在该特异区域设计N基因特异性引物对;其中,所述N基因特异性引物对包括:上游引物NPF的核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示;下游引物NPR的核苷酸序列如SEQ ID NO:2所示;
N基因序列特异区域的序列如下:
AGGGGAAAAATAACTTAGCCTCAAAATAAAGCTCTTTAAAAGATAGACATTCACTCTAAATAGAATTCTATTATAACACTTTTGGCGTACTTCCTTTTTTGGCTAGAATTATGATACATGTCTTTAAATGAACAGAAGTTGCTTTTGTAATTTATCAGGACTTATGTTGAAACTTATGAAAATTGTTATTGTTTATGTTGTCTAATACTAAATATAAAATACAATAATATTTTATCGTAATTTTTTAAAAATTTGTCAAATAATGCAAATGAAAAATTAAATTTTTTGGTCCTTTAAAAATTTGAGAATGAAAAAGTACGAGTTATACTTCCTAAAAGTTTGATAGTGAATAATATGTAAAATTTAAAGAATGACTAATATTGGACTAATACTTTAAAACAAATAACTTAATATACAAATTATAGCGAGACATTTTCATTCGTTGTACTGAATGCAAGAAAGAAAGGAAAAAAAAACTCATTTATAATATAGTTTGTCTTCTACTATTTTACCTTATTGCTTCAAATTTGTATTTTATCGATTTTGCTATATCTTATGATTTTTTTCACGGTCAATATTCTTCTTACAAGAATAAATTTTATATACCTCAAGTGTTTTGTCAATTTGATAAATAATTTTTCTTATATGATGAACTTGTAAAATAATAGAATTGGATTCTTTTGCTAATTAGTTAATTCAACGACTTAATTATTTATTCTCAACATTAAAGGAAATAATTTAGTTTTTATTAATTCAAACTCTTAGTATTTGCTCATTCTAATTTTCAGTCCAATAAGAATTCAATTTTCAAATAGTAAGAAAAGTCATATATTTTGAATTTTATGTTTTCCGAAGCATTGTTTGTTTGTTTAACTCTACGGGAGTTTTCTAACTCACATTTTGTATAATAAAATTTTTTGAGTAGTAGTTCAGTACAACTCTAATATTAATGGGCTTTAAATAAGGAAATATATATTACGTAAAA
在上述N基因序列特异区域中,前面划下划线的序列即为上游引物NPF;后面划下划线的序列即为下游引物NPR。
S2,提取被检测烟草品种的DNA;
S3,以所述被检测烟草品种的DNA为模板,使用所述N基因特异性引物对对所述被检测烟草品种的DNA进行PCR扩增;
S4,采用电泳检测PCR扩增产物,判断所述PCR扩增产物是否含有865bp的特征条带,如果含有,则所述被检测烟草品种具有N基因序列,对TMV具有抗性;反之,则所述被检测烟草品种不具有N基因介导的TMV抗性。
优选的,所述PCR扩增的反应体系组成为:2×Dreamtaq MIX10ul,模板DNA1ul,上游引物1ul,下游引物1ul,最后用双蒸水将反应体系补至20ul。
优选的,所述PCR扩增的反应条件为:94~95℃预变性3~5min;94~95℃变性30s;退火温度53-57℃,30s;72℃延伸1min;30-35个循环,最后72℃,10min停止反应。
优选的,所述PCR扩增的反应条件为:94℃预变性3min;94℃变性30s;退火温度56℃,30s;72℃延伸1min;共35个循环,最后72℃10min停止反应。
本发明第三目的为提供一种检测烟草是否具有N基因介导的TMV抗性的试剂盒,所述的试剂盒包括:PCR反应试剂和引物;所述引物包括:
上游引物NPF的核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示;
下游引物NPR的核苷酸序列如SEQ ID NO:2所示。
本发明提供的用于检测烟草对TMV抗性的N基因特异性引物对、检测方法及试剂盒,在烟草N基因的特异序列区域设计引物,通过PCR扩增,能够在含有N基因的烟草品种(系)中扩增出一条长度为865bp的特异条带,而在TMV感病品种或非N基因控制的TMV抗性品种(系)中不能扩增出目的条带。具体具有以下优点:
(1)引物序列更加特异,扩增效率更高,结果判断更加直观、便捷,本发明可用于烟草抗TMV分子标记辅助育种,加速抗TMV育种材料和资源的筛选。现有技术引物序列不够特异,不论待测烟草材料是否含有N基因,均有长度不同的扩增产物出现,影响判断结果。而本发明通过对N基因序列特点及功能结构域进行分析可以得知,在烟草基因组内,N基因与其他很多基因具有保守的功能结构域,根据这一特点,本发明利用Genbank提供的烟草基因组序列进行Blast比对,查找N基因序列特异区域,并在特异区设计了引物,从而避开了N基因与其他基因的保守结构域,保证了引物序列的特异性,使得引物扩增效率更高,结果更准确。
(2)检测结果更加简单、快捷。与现有技术相比,利用本发明提供的引物序列能够在含有N基因的烟草材料中扩增出865bp长度的片段,且仅此一条扩增产物,在不含N基因的烟草中则没有任何扩增产物,避免了PCR扩增假阳性,保证了PCR扩增的特异性和准确性,使得结果判断更加简单,快捷。已通过后续比较例二证实了检测结果的可靠性。
附图说明
图1为本发明比较例一中,N基因特异引物NPF/NPR在含有N基因烟草品种枯斑三生和不含N基因烟草品种K326中的扩增结果;其中,M:DL2000Marker;1:枯斑三生;2:K326;
图2为本发明比较例二中,N基因特异引物NPF/NPR在68份烟草品种中的扩增结果;其中,M:DL2000Marker,1-68:待测烟草品种,品种名称详见表1。
具体实施方式
以下结合附图对本发明进行详细说明:
N基因控制的TMV抗性属于显性单基因控制,为提高抗TMV育种效率提供了依据。一方面,可以通过杂种优势与优质高产种质进行杂交,直接利用F1,将会大大缩短获得抗病优质烟草新品种(系)的时间;另一方面,还可通过回交的方式获得优质抗病品种(系),以优质品种(系)为父本,连续回交,对后代进行严格的抗性鉴定,保持父本的优异品质性状,并结合抗TMV性状;此外,还可以通过聚合杂交等育种方法,将多个抗源的抗性基因聚合在一起,创造高抗TMV兼抗其它病原的烟草品种或种质。
本发明提供的用于检测烟草对TMV抗性的N基因特异性引物对、检测方法及试剂盒,利用N基因特异引物序列检测不同育种材料TMV抗性,为烟草抗TMV育种提供一条快捷有效的方法,不受生长条件和发育时期的影响,还具有操作简便、结果可靠、检测速度快等优点,能够极大地加速材料的选育过程,缩短育种周期,提高育种效率。
以下通过两个比较例证明本发明提供的N基因特异性引物对检测烟草是否具有N基因控制的TMV抗性的特异性和可靠性:
比验例一
(1)本发明根据N基因序列特点及功能结构域特征设计合成的引物序列如下所示:
上游引物NPF:5’-CACTTTTGGCGTACTTCCTT-3’
下游引物NPR:5’-GAGTTGTACTGAACTACTACTC-3’。
(2)材料的准备:将枯斑三生和K326的烟草种子种植于烟草专用育苗盘中,当烟苗长至5-6叶期时,取叶片100mg,用液氮速冻,-80℃保存,以备提取DNA之用。其中,枯斑三生为含有N基因抗TMV烟草品种;K326为不含N基因感TMV烟草品种。
(3)DNA提取:本发明DNA提取不受烟株生长发育时期的影响,具体取样时间可以根据试验要求安排。DNA提取方法可以采用植物基因组DNA提取试剂盒,操作步骤见试剂盒说明书。本发明所用的DNA提取试剂盒购自北京全式金生物技术有限公司。
(4)PCR反应扩增:以枯斑三生、K326基因组DNA为模板,利用NPR/NPF引物进行PCR扩增。
PCR反应体系组成为:2×Dreamtaq MIX10ul,模板DNA1ul,上下游引物各1ul,补加双蒸水至20ul;
PCR反应条件为:94℃预变性3min,94℃变性30s,退火温度56℃30s,72℃延伸1min,35个循环,最后72℃10min停止反应。
(5)电泳检测:步骤(4)的扩增产物用1%的琼脂糖凝胶电泳检测,检测结果如图1所示,其中,M:DL2000Marker;1:枯斑三生;2:K326;从图1可以看出,枯斑三生基因组DNA能扩增出一条865bp的特征条带,而K326基因组DNA没有该扩增产物出现。检测结果与实际完全相符,说明本发明设计合成的N基因引物序列特异性较强。
比验例二
(1)选取68份烟草品种(系),品种名称见表1。
(2)将这68份烟草种子种植于烟草专用育苗盘中,当烟苗长至5-6叶期时,取叶片100mg,用液氮速冻,-80℃保存,以备提取DNA之用。同时将这些材料利用摩擦法接种TMV菌液,进行过TMV抗性鉴定。
(3)用购自北京全式金生物技术有限公司的植物基因组DNA提取试剂盒提取上述烟草品种的基因组DNA。具体操作步骤见使用说明书。
(4)以待测烟草品种(系)DNA为模板,利用NPR/NPF引物进行PCR扩增。PCR反应体系及反应条件同比较例1。
(5)PCR产物检测同实施例1,检测结果见图2和表1。从电泳检测结果可以看出,引物NPR/NPF检测结果同68份烟草品种(系)的TMV抗性鉴定结果相吻合(见表2),符合N基因控制的TMV抗性特点。因此,本比较例可以证明本发明提供的引物序列用于鉴定N基因控制的TMV抗性具有可靠性,可用于抗TMV育种材料的高通量筛选。
表1.PCR扩增与TMV抗性鉴定结果
以上所述仅是本发明的优选实施方式,应当指出,对于本技术领域的普通技术人员来说,在不脱离本发明原理的前提下,还可以做出若干改进和润饰,这些改进和润饰也应视本发明的保护范围。
Claims (6)
1.一种用于检测烟草对TMV抗性的N基因特异性引物对,其特征在于,包括上游引物NPF和下游引物NPR;
所述上游引物NPF的核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示;
所述下游引物NPR的核苷酸序列如SEQ ID NO:2所示。
2.一种烟草是否具有N基因介导的TMV抗性的检测方法,其特征在于,包括以下步骤:
S1,利用Genbank提供的烟草基因组序列进行Blast比对,查找被检测烟草的N基因序列特异区域,并在该特异区域设计N基因特异性引物对;其中,所述N基因特异性引物对包括:上游引物NPF的核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示;下游引物NPR的核苷酸序列如SEQ ID NO:2所示;
S2,提取被检测烟草品种的DNA;
S3,以所述被检测烟草品种的DNA为模板,使用所述N基因特异性引物对对所述被检测烟草品种的DNA进行PCR扩增;
S4,采用电泳检测PCR扩增产物,判断所述PCR扩增产物是否含有865bp的特征条带,如果含有,则所述被检测烟草品种具有N基因序列,对TMV具有抗性;反之,则所述被检测烟草品种不具有N基因介导的TMV抗性。
3.根据权利要求2所述的检测方法,其特征在于,所述PCR扩增的反应体系组成为:2×Dreamtaq MIX 10ul,模板DNA 1ul,上游引物1ul,下游引物1ul,最后用双蒸水将反应体系补至20ul。
4.根据权利要求3所述的检测方法,其特征在于,所述PCR扩增的反应条件为:94~95℃预变性3~5min;94~95℃变性30s;退火温度53-57℃,30s;72℃延伸1min;30-35个循环,最后72℃,10min停止反应。
5.根据权利要求4所述的检测方法,其特征在于,所述PCR扩增的反应条件为:94℃预变性3min;94℃变性30s;退火温度56℃,30s;72℃延伸1min;共35个循环,最后72℃10min停止反应。
6.一种检测烟草是否具有N基因介导的TMV抗性的试剂盒,其特征在于,所述的试剂盒包括:PCR反应试剂和引物;所述引物包括:
上游引物NPF的核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示;
下游引物NPR的核苷酸序列如SEQ ID NO:2所示。
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