CN104936953A - 化合物 - Google Patents

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Abstract

本发明涉及具有化学式(I)的化合物(化学式(I))或其医药学上可接受的盐,其中R1和R2具有在此之前说明书中所定义的任一含义;它们的制备方法;包含它们的医药组合物以及它们在治疗细胞增殖性病症中的用途。

Description

化合物
本发明涉及某些新颖氨基吡嗪衍生物或其医药学上可接受的盐,它们具有抗癌活性并且因此有用于治疗人体或动物体的方法。本发明还涉及用于制造所述氨基吡嗪衍生物的方法、含有它们的医药组合物以及它们在治疗方法中的用途,例如用于制造供预防或治疗温血动物(如人)的癌症用的药物,包括用于预防或治疗癌症。
本发明还涉及氨基吡嗪衍生物,这些氨基吡嗪衍生物是酶的PI3激酶家族(它被替代性地称为磷脂酰肌醇-3-激酶家族或PI3K家族)、尤其PI3K-α和PI3K-δ同工型的选择性抑制剂,并且例如有用于抗肿瘤疗法。
在癌症领域中,近年来已发现细胞可能由于它DNA的一部分转化成致癌基因而变成癌性,致癌基因是一种一旦激活即导致恶性肿瘤细胞形成的基因(布拉德肖(Bradshaw),《诱变》(Mutagenesis),1986,1,91)。若干此类致癌基因引起肽的产生,这些肽是激酶,是一类能够使它们的蛋白质或脂质底物磷酸化的酶。存在若干类激酶。
首先为酪氨酸激酶,它们可以是受体酪氨酸激酶或非受体酪氨酸激酶。基于可以与不同受体酪氨酸激酶的细胞外表面结合的生长因子家族,不同类别的受体酪氨酸激酶是已知的(威尔克斯(Wilks),《癌症研究进展》 (Advances in Cancer Research),1993,60,43-73);作为一个实例,该分类包括I类受体酪氨酸激酶,它包括受体酪氨酸激酶的EGF家族。非受体酪氨酸激酶位于细胞内;已知不同类别的非受体酪氨酸激酶,包括Src家族,如Src、Lyn、Fyn以及Yes酪氨酸激酶。
其次,某些激酶属于也位于细胞内的丝氨酸/苏氨酸激酶的类别。丝氨酸/苏氨酸激酶信号传导路径包括Raf-MEK-ERK级联和PI3激酶下游的那些级联,如PDK-1、AKT以及mTOR(布卢姆-延森(Blume-Jensen)和亨特(Hunter),《自然》(Nature),2001,411,355)。
还已知某些其他激酶属于脂质激酶的类别,它们位于细胞内并且与上述激酶一样,涉及生物化学信号的传递,如影响肿瘤细胞生长和侵袭性的那些生物化学信号。已知不同类别的脂质激酶,包括上述PI3激酶家族。
现充分了解,致癌基因和肿瘤抑制基因的失调促成恶性肿瘤形成,例如经由增加细胞增殖或增加细胞存活。目前还已知,由PI3激酶家族介导的信号传导路径在多个细胞过程(包括增殖和存活)中具有重要作用,并且这些路径的失调是广谱人类癌症和其他疾病的病因因素(卡索(Katso)等人,《细胞和发育生物学年鉴》(Annual Rev.Cell Dev.Biol.),2001,17:615-617和福斯特(Foster)等人,《细胞科学杂志》(J.Cell Science),2003,116:3037-3040)。
脂质激酶的PI3激酶家族是使磷脂酰肌醇(PI)的肌醇环的3-位磷酸化的一组酶。已知主要的三组PI3激酶,它们是根据其生理底物特异性分类的(凡艾斯布鲁艾克(Vanhaesebroeck)等人,《生物科学趋势》(Trends in  Biol.Sci.),1997,22,267;恩格尔曼(Engleman)等人,《自然综述·遗传学 》(Nature Review Genetics),2006,7,607)。III类PI3激酶仅使PI磷酸化。相比之下,II类PI3激酶使PI和PI4磷酸酯两者磷酸化[在下文中简称为PI(4)P]。I类PI3激酶使PI、PI(4)P以及PI4,5-双磷酸酯磷酸化[在下文中简称为PI(4,5)P2],但据相信仅PI(4,5)P2为生理细胞底物。PI(4,5)P2的磷酸化产生脂质第二信使PI3,4,5-三磷酸酯[在下文中简称为PI(3,4,5)P3]。与这一超家族的关系较疏远的成员为IV类激酶,如mTOR和DNA依赖性蛋白激酶,它们使蛋白质底物内的丝氨酸/苏氨酸残基磷酸化。这些脂质激酶中被最多研究和了解的是I类PI3激酶。
I类PI3激酶是由p110催化亚基和调节亚基组成的杂二聚体,并且基于调节搭配物和调节机制,该家族进一步分为Ia类和Ib类酶(恩格尔曼等人,《自然综述·遗传学》,2006,7,607)。Ia类酶由三个不同的催化亚基(p110α、p110β以及p110δ,通过命名法将PI3激酶同工型分别定义为α、β或δ)组成,这些催化亚基与五个不同的调节亚基(p85α、p55α、p50α、p85β以及p55γ)二聚,其中所有催化亚基均能够与所有调节亚基相互作用以形成各种杂二聚体。Ia类PI3激酶总体上经由调节亚基SH2结构域与激活受体或接附蛋白的特异性磷酸化-酪氨酸残基(如IRS-1)的相互作用,对受体酪氨酸激酶的生长因子刺激起反应得到激活。p110α和p110β均在所有细胞类型和组织中广泛表达,而p110δ表达更受限于白细胞群体和一些上皮细胞。相比之下,单一Ib类酶由与p101调节亚基相互作用的p110γ催化亚基组成。此外,Ib类酶对G蛋白偶联受体(GPCR)系统起反应以及通过上述机制激活。
目前存在大量证据表明,在多种人类癌症中,Ia类PI3激酶或者直接或者间接地促成肿瘤形成(维万科(Vivanco)和索耶斯(Sawyers),《自然综 述·癌症》(Nature Reviews Cancer),2002,2,489-501)。确切地说,编码PI3激酶的p110α催化亚基的PIK3CA基因广泛地涉及肿瘤形成。激活点突变最常见于p110α的螺旋或催化结构域,提高全酶的PI3激酶活性并且可以转化细胞。特别地,它们已以大频率被报导为各式各样肿瘤类型中的体细胞产生的突变(塞缪尔斯(Samuels)等人,《科学》(Science),2004,304,554;塞缪尔斯等人,《癌细胞》(Cancer Cell),2005,7,561;恩格尔曼等人,《自然综述·遗传学》,2006,7,607;赵L(Zhao L)和沃格特PK(VogtPK),《致癌基因》(Oncogene)2008,275486)。也已在如卵巢癌和结肠癌的癌症中鉴别出p85α中的肿瘤相关突变(菲利普(Philp)等人,《癌症研 究》(Cancer Research),2001,61,7426-7429)。此外,p110α亚基在如卵巢肿瘤(沙耶斯迪(Shayesteh)等人,《自然·遗传学》(Nature Genetics),1999,21,99-102)和子宫颈肿瘤(马(Ma)等人,《致癌基因》,2000,19,2739-2744)的一些肿瘤中扩增。
除直接作用以外,据相信Ia类PI-3激酶的激活促成信号传导路径上游发生的肿瘤形成事件,例如经由受体酪氨酸激酶、GPCR系统或整合素的配体依赖性或非配体依赖性激活(瓦拉(Vara)等人,《癌症治疗综述》(Cancer  Treatment Reviews),2004,30,193-204)。这些上游信号传导路径的实例包括在多种肿瘤中使得PI 3-激酶介导的路径激活的受体酪氨酸激酶Erb2的过度表达(哈拉瑞(Harari)等人,《致癌基因》,2000,19,6102-6114),以及致癌基因Ras的过度表达(考夫曼-泽(Kauffmann-Zeh)等人,《自然》,1997,385,544-548)。另外,Ia类PI3激酶可能促成由不同下游信号传导事件造成的肿瘤形成。举例来说,催化PI(3,4,5)P3转化回PI(4,5)P2的PTEN肿瘤抑制因子磷酸酶的作用的缺失经由PI3激酶介导产生PI(3,4,5)P3的失调而与极宽范围的肿瘤相关(辛普森(Simpson)和帕森斯(Parsons),《实验细胞 研究》(Exp.Cell Res.),2001,264,29-41)。此外,加强其他PI3激酶介导的信号传导事件的作用被认为促成各种癌症,例如通过激活Akt(尼克尔森(Nicholson)和安德森(Anderson),《细胞信号传导》(Cellular  Signalling),2002,14,381-395)。
因此,PI3激酶的常见失调连同上游和下游信号传导路径的那些失调共同使PI3激酶的常见失调成为人类癌症中最常见的失调路径之一(亨尼西(Hennessey)等人,《自然综述·药物发现》(Nature  Reviews Drug Discovery),2005,4,988)。
除在肿瘤细胞中介导增殖和存活信号传导方面的作用之外,还存在充分证据表明Ia类PI3激酶还将经由其在肿瘤相关的基质细胞中的功能促成肿瘤形成。举例来说,PI3激酶信号传导已知在内皮细胞中对如VEGF的促血管生成因子起反应来介导血管生成事件方面起重要作用(阿比德(Abid)等人,《动脉硬化、血栓和血管生物学》(Arterioscler.Thromb.Vasc.Biol.),2004,24,294-300)。因为I类PI3激酶还涉及活动和迁移(索耶(Sawyer),《研 究药物的专家意见》(Expert Opinion Investig.Drugs),2004,13,1-19),所以PI3激酶抑制剂应经由抑制肿瘤细胞侵袭和转移提供治疗效益。
另外,I类PI3激酶在调节具有PI3激酶活性的促成炎性细胞的促肿瘤形成作用的免疫细胞方面起重要作用(库曾斯(Coussens)和韦布(Werb),《自然》,2002,420,860-867)。实际上,Ia类PI3激酶即PI3激酶δ尤其涉及血液科恶性疾病中的肿瘤形成,如慢性淋巴细胞白血病(CLL)、急性淋巴母细胞白血病(ALL)以及套细胞淋巴瘤(MCL)。在各式各样的恶性淋巴细胞中报导有PI3K(主要为p110δ)的信号传导提高(赫尔曼(Herman)等人,《血液》(Blood),2010,116.2078;池田(Ikeda)等人,《血液 ,2010,116,1460;乌丁(Uddin)等人,《血液》,2006,108,4178;鲁德柳斯(Rudelius)等人,《血液》2006,108,1668;加西亚-马丁内斯(Garcia- Martinez.)《英国癌症杂志》(Br J Cancer),2011,104,1116;伦尼 (Renne)等人,《白血病》(Leukemia),2007,2,780)。这已引起靶向PI3激酶δ的药剂的开发,其中血液科恶性疾病具有有前景的初始临床结果。(卡斯蒂略(Castillo)等人,《研究药物的专家意见》,2012,21,15)。
此等发现表明,I类PI3激酶的药理学抑制剂应具有用于治疗不同形式癌症疾病的治疗价值,该癌症疾病包括实体肿瘤(如癌瘤和肉瘤)和白血病以及淋巴性恶性疾病。
探究PI3激酶的生理学和病理学作用的早期研究(临床前和临床研究两者)大量使用具有受限制的激酶抑制选择性的药剂,或者在更宽的激酶家族中,或者在PI3激酶家族中,或者在PI3激酶1类家族中扩展。因此,需要选择性更高的药物PI3激酶1类抑制剂以提供有用治疗剂,它们有可能改良进入临床的初始药剂所递送的治疗范围。
总体而言,本发明的化合物具有针对I类PI3激酶的子组,尤其针对Ia类PI3激酶-α和-δ同工型的强力抑制活性,其中-γ和尤其-β同工型相对保守。这些化合物也选择性针对更宽的PI3激酶家族和更宽的激酶组。这些化合物具有针对I类PI3激酶的足够效力,它们可以按足以抑制I类PI3-激酶同工型的子组、尤其抑制Ia类PI3激酶-α和-δ的量使用,同时显示出针对其他激酶的极小活性。
人类癌症和其他疾病中PI3激酶信号传导的失调的理解经由被称为个人化医疗(PHC)或个人化药物的方法提供靶向最可能受益于这一专利中所述的药剂的治疗的患者子组的前景。关于这些药剂,疾病取决于PI3K-α信号传导和/或PI3K-δ信号传导的提高或以其他方式改变的患者可能尤其受益于治疗。在本领域中众所周知,可以使用诊断学来提供反应-预测生物标记读出。这些诊断学可以测量路径失调的一个或多个读出,如(但不限于)PIK3CA、PTEN或p85(PIK3R)基因的突变;PIK3CA基因的扩增或拷贝数增加;PI3K-α和/或-δ同工型的过度表达或活性提高;或在该路径内使用磷酸化生物标记读出,如磷酸化RTK或磷酸化AKT。另外,具有异常或失调PIK3CA或PI3K-α的肿瘤中的另外的基因(如Kras,一种潜在抗性标记)的突变状态或激活状态的测量(恩格尔曼(Engelman)等人,《自然·医学》(Nature  Medicine),2008 14,第1351-1355页;伊尔(Ihle)等人,《癌症研究》,2009,69,第143-160页;扬库(Janku)等人,《分子癌症治疗学》 (Molecular Cancer Therapeutics),2011,10,第558-564页)可以有助于提高个人化药物方法的预测。可替代地,在另一个靶向性但特异性较差的方法中,治疗可以聚焦于相关PI3K同工型的失调已知最为普遍的疾病子集中。
所述化合物可以用于或者单独或者与另外的一种或多种医药剂组合靶向疾病。将PI3激酶抑制剂与其他疗法组合可以通过克服或者先天性或者对PI3激酶药剂起反应诱导的抗性机制来改良功效。存在大量临床前数据来支持此类方法(考特尼(Courtney)等人,《临床肿瘤学杂志》(J Clin Oncol),2010,28,1075;恩格尔曼等人,《自然综述·遗传学》,2006,7,607)。一种方法为与调节PI3激酶信号传导路径中的其他轴的药剂(例如mTOR、AKT、RTK、其他PI3激酶药剂)的‘路径内’组合。第二方法为其中抑制一个以上信号传导路径的效益可能优于抑制单一路径的‘路径之间’组合(例如与MEK抑制剂、Raf抑制剂、Bcl家族调节剂、RTK抑制剂或DNA损伤信号传导调节剂(如PARP抑制剂)组合)。其他方法包括PI3激酶抑制剂与已在临床实践中确定的药剂或方案组合的方法,即所谓的护理标准(SoC)方法,或与靶向非肿瘤细胞机制(如肿瘤基质细胞或经由免疫系统)的药剂组合。
除肿瘤形成之外,有证据表明I类PI3激酶在其他疾病中起作用(怀曼(Wymann)等人,《药理学科学趋势》(Trends in Pharmacological  Science),2003,24,366-376)。Ia类PI3激酶(尤其PI3K-δ)与Ib类酶(PI3K-γ)两者和单一的Ib类酶(PI3K-γ)在免疫系统的细胞中具有重要作用(小保(Koyasu),《自然·免疫学》(Nature Immunology),2003,4,313-319),并且因此它们是炎性和过敏性适应症的治疗目标。PI3激酶的抑制也如前所述有用于经由消炎作用或直接通过影响心肌细胞来治疗心血管疾病(普拉萨德(Prasad)等人,《心血管医学趋势》(Trends in Cardiovascular  Medicine),2003,13,206-212)。因此,I类PI3激酶的抑制剂可以具有在预防和治疗除癌症以外的多种疾病方面的价值。
本发明的化合物(即氨基吡嗪衍生物)已发现具有强力抗肿瘤活性,有用于抑制由恶性疾病引起的不受控制的细胞增殖。不希望仅凭借对单一生物过程的作用就暗示本发明中所披露的化合物具有药理学活性,据相信这些化合物借助于抑制I类PI3激酶,尤其借助于抑制Ia类PI3激酶的子组,更确切地说借助于抑制PI3K-α和-δ同工型来提供抗肿瘤作用。
本发明化合物也可以有用于抑制由不同非恶性疾病引起的不受控制的细胞增殖,这些疾病为如炎性疾病(例如类风湿性关节炎和炎性肠病)、纤维化疾病(例如肝硬化和肺纤维化)、丝球体肾炎、多发性硬化症、牛皮癣、良性前列腺肥大(BPH)、皮肤超敏反应、血管疾病(例如动脉粥样硬化和再狭窄)、过敏性哮喘、胰岛素依赖性糖尿病、糖尿病性视网膜病变以及糖尿病性肾病变。
脯氨酸酰胺已由诺华(Novartis)在国际专利申请WO 2009/080705、WO 2010/029082以及WO 2011/000905中披露为选择性PI3K-α选择性药剂。包含ATR激酶抑制剂的氨基吡嗪已披露于WO 2011/143426和WO2010/071837(威泰克斯(Vertex))中。
根据本发明的一个方面,提供一种具有化学式(I)的化合物
其中:
R1为甲基或乙基;并且
R2为经羟基取代的(C2-3)烷基;
或其医药学上可接受的盐。
在本发明的另一个方面中,提供一种如上文所定义的具有化学式(I)的化合物。
应了解,术语“经羟基取代的(C2-3)烷基”包括直链和分支链烷基两者,例如图示为以下基团(i)到(xi)的那些基团:
应了解,就以上所定义的某些具有化学式(I)的化合物可凭借一个或多个不对称碳原子而以光学活性或外消旋形式存在来说,本发明在其定义中包括具有PI3K-α和-δ抑制活性的任何此类光学活性或外消旋形式。光学活性形式的合成可通过本领域中熟知的有机化学的标准技术,例如通过从光学活性起始物质合成或通过拆分外消旋形式来进行。类似地,可以使用标准实验室技术评估上文所提及的活性。
在此所述的化合物的特定对映异构体的活性可以高于同一化合物的其他对映异构体。
根据本发明的另一个方面,提供一种具有化学式(I)的化合物或其医药学上可接受的盐,它为对映异构体过量(ee%)≥95%、≥98%或≥99%的单一对映异构体。适宜地,单一对映异构体以对映异构体过量(ee%)≥99%存在。
根据本发明的另一个方面,提供一种医药组合物,它包括具有化学式(I)的化合物,所述化合物为对映异构体过量(ee%)≥95%、≥98%或≥99%的单一对映异构体;或其医药学上可接受的盐,以及医药学上可接受的稀释剂或载剂。适宜地,单一对映异构体以对映异构体过量(ee%)≥99%存在。
一些具有化学式(I)的化合物可以为结晶并且可以具有一种以上晶形。应了解,本发明涵盖任何晶形或非晶形或其混合物,该形式具有有用于抑制PI3K-α和-δ活性的性质,在本领域中熟知如何通过下文所述的标准测试测定晶形或非晶形对于抑制PI3K-α和/或-δ活性的功效。
总体上已知可以使用常规技术分析结晶物质,如X射线粉末衍射(下文称为XRPD)分析、差示扫描热量测定(下文称为DSC)、热解重量分析(下文称为TGA)、漫反射红外傅里叶变换(DRIFT)光谱法、近红外(NIR)光谱法、溶液和/或固态核磁共振光谱法。这些结晶物质的水含量可以通过卡尔费歇尔分析(Karl Fischer analysis)测定。
作为一个实例,实例1的化合物展现出结晶性并且已鉴别出一种晶形。
因此,本发明的另一个方面为1-(4-(5-(5-氨基-6-(5-叔丁基-1,3,4-噁二唑-2-基)吡嗪-2-基)-1-甲基-1H-1,2,4-三唑-3-基)哌啶-1-基)-3-羟基丙-1-酮的形式A。
根据本发明的另一个方面,提供一种晶形,即1-(4-(5-(5-氨基-6-(5-叔丁基-1,3,4-噁二唑-2-基)吡嗪-2-基)-1-甲基-1H-1,2,4-三唑-3-基)哌啶-1-基)-3-羟基丙-1-酮的形式A,它的X射线粉末衍射图具有至少一个在约2θ=5.1°处的特定峰。
根据本发明的另一个方面,提供一种晶形,即1-(4-(5-(5-氨基-6-(5-叔丁基-1,3,4-噁二唑-2-基)吡嗪-2-基)-1-甲基-1H-1,2,4-三唑-3-基)哌啶-1-基)-3-羟基丙-1-酮的形式A,它的X射线粉末衍射图具有至少一个在约2θ=18.0°处的特定峰。
根据本发明的另一个方面,提供一种晶形,即1-(4-(5-(5-氨基-6-(5-叔丁基-1,3,4-噁二唑-2-基)吡嗪-2-基)-1-甲基-1H-1,2,4-三唑-3-基)哌啶-1-基)-3-羟基丙-1-酮的形式A,它的X射线粉末衍射图具有至少两个在约2θ=5.1°和18.0°处的特定峰。
根据本发明的另一个方面,提供一种晶形,即1-(4-(5-(5-氨基-6-(5-叔丁基-1,3,4-噁二唑-2-基)吡嗪-2-基)-1-甲基-1H-1,2,4-三唑-3-基)哌啶-1-基)-3-羟基丙-1-酮的形式A,它的X射线粉末衍射图具有在约2θ=5.1°、18.0°、10.2°、11.7°、19.4°、18.5°、14.8°、26.7°、26.6°、17.8°处的特定峰。
根据本发明,提供晶形,即X射线粉末衍射图与图1中所示的X射线粉末衍射图实质上相同的形式A。
根据本发明的另一个方面,提供一种晶形,即1-(4-(5-(5-氨基-6-(5-叔丁基-1,3,4-噁二唑-2-基)吡嗪-2-基)-1-甲基-1H-1,2,4-三唑-3-基)哌啶-1-基)-3-羟基丙-1-酮的形式A,它的X射线粉末衍射图具有至少一个在约2θ=5.1°±0.2°2θ处的特定峰。
根据本发明的另一个方面,提供一种晶形,即1-(4-(5-(5-氨基-6-(5-叔丁基-1,3,4-噁二唑-2-基)吡嗪-2-基)-1-甲基-1H-1,2,4-三唑-3-基)哌啶-1-基)-3-羟基丙-1-酮的形式A,它的X射线粉末衍射图具有至少一个在约2θ=18.0°±0.2°2θ处的特定峰。
根据本发明的另一个方面,提供一种晶形,即1-(4-(5-(5-氨基-6-(5-叔丁基-1,3,4-噁二唑-2-基)吡嗪-2-基)-1-甲基-1H-1,2,4-三唑-3-基)哌啶-1-基)-3-羟基丙-1-酮的形式A,它的X射线粉末衍射图具有至少两个在约2θ=5.1°和18.0°±0.2°2θ处的特定峰。
根据本发明的另一个方面,提供一种晶形,即1-(4-(5-(5-氨基-6-(5-叔丁基-1,3,4-噁二唑-2-基)吡嗪-2-基)-1-甲基-1H-1,2,4-三唑-3-基)哌啶-1-基)-3-羟基丙-1-酮的形式A,它的X射线粉末衍射图具有在约2θ=5.1°、18.0°、10.2°、11.7°、19.4°、18.5°、14.8°、26.7°、26.6°、17.8°±0.2°2θ处的特定峰。
实例3也为结晶并且在此描述三种形式(A、B以及C)。
根据本发明,提供一种晶形,即1-(4-(5-(5-氨基-6-(5-叔丁基-1,3,4-噁二唑-2-基)吡嗪-2-基)-1-乙基-1H-1,2,4-三唑-3-基)哌啶-1-基)-3-羟基丙-1-酮的形式A,它的X射线粉末衍射图具有至少一个在约2θ=4.8°处的特定峰。
根据本发明,提供一种晶形,即1-(4-(5-(5-氨基-6-(5-叔丁基-1,3,4-噁二唑-2-基)吡嗪-2-基)-1-乙基-1H-1,2,4-三唑-3-基)哌啶-1-基)-3-羟基丙-1-酮的形式A,它的X射线粉末衍射图具有至少一个在约2θ=10.0°处的特定峰。
根据本发明,提供一种晶形,即1-(4-(5-(5-氨基-6-(5-叔丁基-1,3,4-噁二唑-2-基)吡嗪-2-基)-1-乙基-1H-1,2,4-三唑-3-基)哌啶-1-基)-3-羟基丙-1-酮的形式A,它的X射线粉末衍射图具有至少两个在约2θ=4.8°和10.0°处的特定峰。
根据本发明,提供一种晶形,即1-(4-(5-(5-氨基-6-(5-叔丁基-1,3,4-噁二唑-2-基)吡嗪-2-基)-1-乙基-1H-1,2,4-三唑-3-基)哌啶-1-基)-3-羟基丙-1-酮的形式A,它的X射线粉末衍射图具有在约2θ=4.8°、10.0°、14.6°、5.2°、19.9°、10.4°、25.4°、23.6°、24.4°、16.2°处的特定峰。
根据本发明,提供一种晶形,即1-(4-(5-(5-氨基-6-(5-叔丁基-1,3,4-噁二唑-2-基)吡嗪-2-基)-1-乙基-1H-1,2,4-三唑-3-基)哌啶-1-基)-3-羟基丙-1-酮的形式A,它的X射线粉末衍射图与图3中所示的X射线粉末衍射图实质上相同。
根据本发明,提供一种晶形,即1-(4-(5-(5-氨基-6-(5-叔丁基-1,3,4-噁二唑-2-基)吡嗪-2-基)-1-乙基-1H-1,2,4-三唑-3-基)哌啶-1-基)-3-羟基丙-1-酮的形式A,它的X射线粉末衍射图具有至少一个在2θ=4.8°±0.2°2θ处的特定峰。
根据本发明,提供一种晶形,即1-(4-(5-(5-氨基-6-(5-叔丁基-1,3,4-噁二唑-2-基)吡嗪-2-基)-1-乙基-1H-1,2,4-三唑-3-基)哌啶-1-基)-3-羟基丙-1-酮的形式A,它的X射线粉末衍射图具有至少一个在2θ=10.0°±0.2°2θ处的特定峰。
根据本发明,提供一种晶形,即1-(4-(5-(5-氨基-6-(5-叔丁基-1,3,4-噁二唑-2-基)吡嗪-2-基)-1-乙基-1H-1,2,4-三唑-3-基)哌啶-1-基)-3-羟基丙-1-酮的形式A,它的X射线粉末衍射图具有至少两个在2θ=4.8°和10.0°处的特定峰,其中所述值可以±0.2°2θ。
根据本发明,提供一种晶形,即1-(4-(5-(5-氨基-6-(5-叔丁基-1,3,4-噁二唑-2-基)吡嗪-2-基)-1-乙基-1H-1,2,4-三唑-3-基)哌啶-1-基)-3-羟基丙-1-酮的形式A,它的X射线粉末衍射图具有在2θ=4.8°、10.0°、14.6°、5.2°、19.9°、10.4°、25.4°、23.6°、24.4°、16.2°处的特定峰,其中所述值可以±0.2°2θ。
根据本发明,提供一种晶形,即1-(4-(5-(5-氨基-6-(5-叔丁基-1,3,4-噁二唑-2-基)吡嗪-2-基)-1-乙基-1H-1,2,4-三唑-3-基)哌啶-1-基)-3-羟基丙-1-酮的形式B,它的X射线粉末衍射图具有至少一个在约2θ=5.8°处的特定峰。
根据本发明,提供一种晶形,即1-(4-(5-(5-氨基-6-(5-叔丁基-1,3,4-噁二唑-2-基)吡嗪-2-基)-1-乙基-1H-1,2,4-三唑-3-基)哌啶-1-基)-3-羟基丙-1-酮的形式B,它的X射线粉末衍射图具有至少一个在约2θ=10.9°处的特定峰。
根据本发明,提供一种晶形,即1-(4-(5-(5-氨基-6-(5-叔丁基-1,3,4-噁二唑-2-基)吡嗪-2-基)-1-乙基-1H-1,2,4-三唑-3-基)哌啶-1-基)-3-羟基丙-1-酮的形式B,它的X射线粉末衍射图具有至少两个在约2θ=5.8°和10.9°处的特定峰。
根据本发明,提供一种晶形,即1-(4-(5-(5-氨基-6-(5-叔丁基-1,3,4-噁二唑-2-基)吡嗪-2-基)-1-乙基-1H-1,2,4-三唑-3-基)哌啶-1-基)-3-羟基丙-1-酮的形式B,它的X射线粉末衍射图具有在约2θ=5.8°、10.9°、11.5°、25.9°、17.3°、24.0°、19.1°、12.9°、24.7°、27.2°处的特定峰。
根据本发明,提供一种晶形,即1-(4-(5-(5-氨基-6-(5-叔丁基-1,3,4-噁二唑-2-基)吡嗪-2-基)-1-乙基-1H-1,2,4-三唑-3-基)哌啶-1-基)-3-羟基丙-1-酮的形式B,它的X射线粉末衍射图与图5中所示的X射线粉末衍射图实质上相同。
根据本发明,提供一种晶形,即1-(4-(5-(5-氨基-6-(5-叔丁基-1,3,4-噁二唑-2-基)吡嗪-2-基)-1-乙基-1H-1,2,4-三唑-3-基)哌啶-1-基)-3-羟基丙-1-酮的形式B,它的X射线粉末衍射图具有至少一个在2θ=5.8°±0.2°2θ处的特定峰。
根据本发明,提供一种晶形,即1-(4-(5-(5-氨基-6-(5-叔丁基-1,3,4-噁二唑-2-基)吡嗪-2-基)-1-乙基-1H-1,2,4-三唑-3-基)哌啶-1-基)-3-羟基丙-1-酮的形式B,它的X射线粉末衍射图具有至少一个在2θ=10.9°±0.2°2θ处的特定峰。
根据本发明,提供一种晶形,即1-(4-(5-(5-氨基-6-(5-叔丁基-1,3,4-噁二唑-2-基)吡嗪-2-基)-1-乙基-1H-1,2,4-三唑-3-基)哌啶-1-基)-3-羟基丙-1-酮的形式B,它的X射线粉末衍射图具有至少两个在2θ=5.8°和10.9°处的特定峰,其中所述值可以±0.2°2θ。
根据本发明,提供一种晶形,即1-(4-(5-(5-氨基-6-(5-叔丁基-1,3,4-噁二唑-2-基)吡嗪-2-基)-1-乙基-1H-1,2,4-三唑-3-基)哌啶-1-基)-3-羟基丙-1-酮的形式B,它的X射线粉末衍射图具有在2θ=5.8°、10.9°、11.5°、25.9°、17.3°、24.0°、19.1°、12.9°、24.7°、27.2°处的特定峰,其中所述值可以±0.2°2θ。
根据本发明,提供一种晶形,即1-(4-(5-(5-氨基-6-(5-叔丁基-1,3,4-噁二唑-2-基)吡嗪-2-基)-1-乙基-1H-1,2,4-三唑-3-基)哌啶-1-基)-3-羟基丙-1-酮的形式C,它的X射线粉末衍射图具有至少一个在约2θ=6.9°处的特定峰。
根据本发明,提供一种晶形,即1-(4-(5-(5-氨基-6-(5-叔丁基-1,3,4-噁二唑-2-基)吡嗪-2-基)-1-乙基-1H-1,2,4-三唑-3-基)哌啶-1-基)-3-羟基丙-1-酮的形式C,它的X射线粉末衍射图具有至少一个在约2θ=12.3°处的特定峰。
根据本发明,提供一种晶形,即1-(4-(5-(5-氨基-6-(5-叔丁基-1,3,4-噁二唑-2-基)吡嗪-2-基)-1-乙基-1H-1,2,4-三唑-3-基)哌啶-1-基)-3-羟基丙-1-酮的形式C,它的X射线粉末衍射图具有至少两个在约2θ=6.9°和12.3°处的特定峰。
根据本发明,提供一种晶形,即1-(4-(5-(5-氨基-6-(5-叔丁基-1,3,4-噁二唑-2-基)吡嗪-2-基)-1-乙基-1H-1,2,4-三唑-3-基)哌啶-1-基)-3-羟基丙-1-酮的形式C,它的X射线粉末衍射图具有在约2θ=6.9°、12.3°、10.5°、21.0°、24.6°、13.6°、16.4°、19.6°、20.2°、22.5°处的特定峰。
根据本发明,提供一种晶形,即1-(4-(5-(5-氨基-6-(5-叔丁基-1,3,4-噁二唑-2-基)吡嗪-2-基)-1-乙基-1H-1,2,4-三唑-3-基)哌啶-1-基)-3-羟基丙-1-酮的形式C,它的X射线粉末衍射图与图7中所示的X射线粉末衍射图实质上相同。
根据本发明,提供一种晶形,即1-(4-(5-(5-氨基-6-(5-叔丁基-1,3,4-噁二唑-2-基)吡嗪-2-基)-1-乙基-1H-1,2,4-三唑-3-基)哌啶-1-基)-3-羟基丙-1-酮的形式C,它的X射线粉末衍射图具有至少一个在2θ=6.9°±0.2°2θ处的特定峰。
根据本发明,提供一种晶形,即1-(4-(5-(5-氨基-6-(5-叔丁基-1,3,4-噁二唑-2-基)吡嗪-2-基)-1-乙基-1H-1,2,4-三唑-3-基)哌啶-1-基)-3-羟基丙-1-酮的形式C,它的X射线粉末衍射图具有至少一个在2θ=12.3°±0.2°2θ处的特定峰。
根据本发明,提供一种晶形,即1-(4-(5-(5-氨基-6-(5-叔丁基-1,3,4-噁二唑-2-基)吡嗪-2-基)-1-乙基-1H-1,2,4-三唑-3-基)哌啶-1-基)-3-羟基丙-1-酮的形式C,它的X射线粉末衍射图具有至少两个在2θ=6.9°和12.3°处的特定峰,其中所述值可以±0.2°2θ。
根据本发明,提供一种晶形,即1-(4-(5-(5-氨基-6-(5-叔丁基-1,3,4-噁二唑-2-基)吡嗪-2-基)-1-乙基-1H-1,2,4-三唑-3-基)哌啶-1-基)-3-羟基丙-1-酮的形式C,它的X射线粉末衍射图具有在2θ=6.9°、12.3°、10.5°、21.0°、24.6°、13.6°、16.4°、19.6°、20.2°、22.5°处的特定峰,其中所述值可以±0.2°2θ。
当据陈述本发明涉及本发明化合物的晶形时,如实例1或实例3,结晶度宜大于约60%,更宜大于约80%,优选大于约90%并且更优选大于约95%。最优选地,结晶度大于约98%。
当据陈述本发明涉及本发明化合物的晶形时,如实例1或实例3,该晶形优选实质上不含同一化合物的其他晶形或非晶形。在此上下文中,“实质上不含”意指宜大于约60%,更宜大于约80%,优选大于约90%,更优选大于约95%,再更优选大于约98%并且甚至更优选大于约99%纯单一晶形。举例来说,实例3可以呈形式A的形式并且实质上不含形式B和C;可替代地,实例3可以呈形式B的形式并且实质上不含形式A和C;可替代地,实例3可以呈形式C的形式并且实质上不含形式A和B。类似地,实例3可以呈形式B的形式并且实质上不含替代性晶形或非晶形。
应了解,X射线粉末衍射图的2θ值可能因机器不同或因样品不同而略有变化,并且因此所引用的值不应理解为绝对的。
已知可以获得取决于测量条件(如,所用设备或机器)而具有一个或多个测量误差的X射线粉末衍射图。具体来说,总体上已知X射线粉末衍射图的强度可以波动,取决于测量条件。因此应了解,除非另行说明,否则上述本发明的晶形不限于所提供的X射线粉末衍射图与图1、3、5中所示的X射线粉末衍射图一致的晶体并且所提供的X射线粉末衍射图与这些图中所示的那些X射线粉末衍射图实质上相同的任何晶体均落入本发明的范围内。X射线粉末衍射领域的普通技术人员能够判断X射线粉末衍射图的实质一致性。
X射线粉末衍射领域的普通技术人员也应认识到,相对峰强度可能受例如尺寸大于30微米的晶粒和非单一纵横比影响,这些因素可能影响样品分析。本领域普通技术人员也将认识到,反射位置可以受样品在衍射计中所处的确切高度和衍射计的零点校正影响。样品的表面平坦度也可能具有细微影响。因此,所呈现的衍射图数据不应视为绝对值(参见詹金斯R(Jenkins,R)和辛德尔R.L.(Snyder,R.L.)《X射线粉末衍射测定法的介绍》(‘Introduction to X-Ray Powder Diffractometry’),约翰·威利父子公司(JohnWiley&Sons)1996;邦C.W.(Bunn,C.W.)(1948),《化学晶体学》(Chemical Crystallography),伦敦克拉伦登出版社(Clarendon Press,London);克卢格H.P.(Klug,H.P.)和亚历山大L.E.(Alexander,L.E.)(1974),《X射线衍射程序》(X-Ray Diffraction Procedures))。
总体而言,X射线粉末衍射图中衍射角的测量误差为约±0.2°2θ,并且当考虑X射线粉末衍射数据时,应将该测量误差度考虑在内。此外,应了解强度可能波动,取决于实验条件和样品制备(优选取向)。
特定本发明化合物为实例中的每一者,它们各自提供本发明的另一个独立方面。另外的特定本发明化合物为这些实例中的每一者的医药学上可接受的盐(多种),它们各自提供本发明的另一个独立方面。
根据本发明的另一个方面,提供一种具有化学式(I)的化合物,它通过遵循如在此所披露的实例中的任一者可获得。
另一个特征为在此所限定的范围中的任一者,其限制条件为如实例1、3、4等的特定实例单独地宣布弃权。
本领域普通技术人员应了解,某些具有化学式(I)的化合物包含经不对称取代的碳原子,并且因此可以按光学活性和外消旋形式存在并且分离。一些具有化学式(I)的化合物可以展现多晶型。应了解,本发明涵盖任何外消旋、光学活性、多晶型或立体异构形式或其混合物,该形式具有有用于抑制PI3K-α和-δ活性的性质,在本领域中熟知如何制备光学活性形式(例如通过用再结晶技术拆分外消旋形式、通过从光学活性起始物质合成、通过手性合成、通过酶拆分、通过生物转化或者通过使用手性固定相进行色谱分离)以及如何通过下文所述的标准测试测定用于抑制PI3K-α和-δ活性的功效。
应了解,上文定义的某些具有化学式(I)的化合物可以展现互变异构现象。应了解,本发明在其定义中包括任何此类互变异构形式或其混合物,它具有PI3K抑制活性并且不仅仅限于在化学式图中所用或在实例中所命名的任何一种互变异构形式。总体来讲,任何此类互变异构形式中仅一者在下文的实例中命名或在下文的任何相关化学式图中呈现。
本发明打算包括存在于本发明化合物中的原子的所有同位素。同位素应理解为包括具有相同原子数但具有不同质量数的那些原子。举例来说,氢的同位素包括氚和氘。碳的同位素包括13C和14C。
具有化学式(I)的化合物的适合医药学上可接受的盐为例如具有化学式(I)的化合物的酸加成盐,例如与强无机或有机酸(如盐酸、氢溴酸、硫酸或三氟乙酸)的酸加成盐。具有化学式(I)的化合物的另一个适合医药学上可接受的盐为例如在给予具有化学式(I)的化合物之后人体或动物体内所形成的盐。
应进一步了解,具有化学式(I)的化合物的适合医药学上可接受的溶剂合物也形成本发明的一个方面。适合医药学上可接受的溶剂合物为例如水合物,如半水合物、单水合物、二水合物或三水合物或其替代量。
应进一步了解,具有化学式(I)的化合物的适合医药学上可接受的前药也形成本发明的一个方面。因此,本发明化合物可以按前药形式给予,该前药为在人体或动物体内分解以释放本发明化合物的化合物。前药可以用于改变本发明化合物的物理性质和/或药物动力学性质。当本发明化合物包含可能连接修饰基团的适合基团或取代基时,可能形成前药。前药的实例包括体内可裂解的酯衍生物,这些酯衍生物可以形成于具有化学式(I)的化合物的羟基处;和体内可裂解的酰胺衍生物,这些酰胺衍生物可以形成于具有化学式(I)的化合物的氨基处。
因此,本发明包括当通过有机合成可获得时以及当经由前药的裂解而在人体或动物体内可获得时,如上文所定义的那些具有化学式(I)的化合物。因此,本发明包括那些由有机合成方法产生的具有化学式(I)的化合物并且也包括在人体或动物体内经由前体化合物代谢而产生的这些化合物,即具有化学式(I)的化合物可以为合成产生的化合物或代谢产生的化合物。
具有化学式(I)的化合物的适合医药学上可接受的前药为基于合理医学判断,适合给予人体或动物体而无所不希望的药理学活性且无不当毒性者。
例如在以下文献中已描述不同形式的前药:-
a)《酶学方法》(Methods in Enzymology),第42卷,第309-396页,由K.韦德尔(K.Widder)等人编(学术出版社(Academic Press),1985);
b)《前药设计》(Design of Pro-drugs),由H.邦加尔德(H.Bundgaard)编,(埃尔塞维尔(Elsevier),1985);
c)《药物设计和开发教科书》(A Textbook of Drug Designand Development),由克洛格斯加德-拉森(Krogsgaard-Larsen)和H.邦加尔德编,第5章“前药的设计和应用(Design and Application of Pro-drugs)”,H.邦加尔德第113-191页(1991);
d)H.邦加尔德,《高级药物递送综述》(Advanced Drug Delivery  Reviews)8,1-38(1992);
e)H.邦加尔德,等人,《医药科学杂志》(Journal of Pharmaceutical  Sciences)77,285(1988);
f)N.挂谷(N.Kakeya)等人,《化学与药学通报》(Chem.Pharm. Bull.)32,692(1984);
g)T.樋口(T.Higuchi)和V.斯黛拉(V.Stella),《依新颖递送系统的前药》(“Pro-Drugs as Novel Delivery Systems”),ACS研讨会系列(A.C.S.Symposium Series),第14卷;以及
h)E.罗奇(E.Roche)(编者),《药物设计中的生物可逆载体》(“Bioreversible Carriers in Drug Design”),培格曼出版社(PergamonPress),1987。
具有羟基的具有化学式(I)的化合物的适合的医药学上可接受的前药为例如其体内可裂解的酯或醚。包含羟基的具有化学式(I)的化合物的体内可裂解的酯或醚为例如在人体或动物体内裂解以产生母体羟基化合物的医药学上可接受的酯或醚。对于羟基的适合的医药学上可接受的酯形成基团包括无机酯,如磷酸酯(包括磷酰胺环酯)。对于羟基的另外的适合的医药学上可接受的酯形成基团包括(1-10C)烷酰基,如乙酰基、苯甲酰基、苯乙酰基以及经取代的苯甲酰基和苯乙酰基;(1-10C)烷氧羰基,如乙氧羰基、N,N-[二(1-4C)烷基]氨甲酰基、2-二烷基氨基乙酰基以及2-羧基乙酰基。苯乙酰基和苯甲酰基上的环取代基的实例包括氨甲基、N-烷基氨甲基、N,N-二烷基氨甲基、N-吗啉基甲基、哌嗪-1-基甲基以及4-(1-4C)烷基哌嗪-1-基甲基。对于羟基的适合的医药学上可接受的醚形成基团包括α-酰氧基烷基,如乙酰氧基甲基和特戊酰氧基甲基。
具有氨基的具有化学式(I)的化合物的适合的医药学上可接受的前药为例如其体内可裂解的酰胺衍生物。由氨基形成的适合的医药学上可接受的酰胺包括例如与(1-10C)烷酰基(如乙酰基、苯甲酰基、苯乙酰基以及经取代的苯甲酰基和苯乙酰基)形成的酰胺。苯乙酰基和苯甲酰基上的环取代基的实例包括氨甲基、N-烷基氨甲基、N,N-二烷基氨甲基、N-吗啉基甲基、哌嗪-1-基甲基以及4-(1-4C)烷基哌嗪-1-基甲基。
具有化学式(I)的化合物的体内作用可以部分地由在给予具有化学式(I)的化合物之后在人体或动物体内形成的一种或多种代谢物来发挥。如上所述,具有化学式(I)的化合物的体内作用也可以经由前体化合物(前药)代谢来发挥。
具有化学式(I)的化合物包含经-C(O)R2取代的哌啶子单元,其中R2为经羟基取代的(C2-3)烷基。这些化合物的一种可能的代谢途径为通过氧化这一基团上的羟基取代基。这些经氧化的化合物总体上保留一些PI3K-α和-δ抑制活性。
因此,根据本发明的另一个方面,提供一种具有化学式(A)的化合物:
其中:
R1A为甲基或乙基;并且
R2A为经羧基取代的(C1-2)烷基;
或其医药学上可接受的盐。
具有化学式(A)的化合物的实例包括实例8,它为实例1的经鉴别的代谢物。
和实例9,它为实例3的经鉴别的代谢物:
实例3的另外的可能的代谢物为两种替代性氧化产物,显示如下并且进一步描述在实例10和11中:
具有化学式(A)的化合物的适合的医药学上可接受的盐包括例如碱金属盐或碱土金属盐,如钙盐或镁盐;或铵盐;或与如甲胺、二甲胺、三甲胺、哌啶、吗啉或三-(2-羟乙基)胺的有机碱形成的盐。
为避免疑义,应了解,如果在本说明书中某一基团经‘上文所定义(hereinbefore defined/defined hereinbefore)’限定,那么所述基团涵盖首次出现且最广泛的定义以及对该基团的每一和所有特定定义。
本发明的特定新颖化合物包括例如具有化学式(I)的化合物或其医药学上可接受的盐,其中除非另行说明,否则R1和R2各自具有上文或以下陈述中所定义的含义中的任一者:
R1为甲基。
R1为乙基。
R2为如上文所定义的基团(i)到(xi)中的任一者。
R2为如上文所定义的基团(i)到(vi)。
R2为基团(i)。
一组特定的本发明化合物为以上具有化学式(I)的化合物,其中:-
R1为甲基或乙基,
R2为基团(i):
或其医药学上可接受的盐。
特定的本发明化合物为例如在下文中所陈述的实例中所披露的具有化学式(I)的化合物。
举例来说,特定的本发明化合物为选自以下任一者的具有化学式(I)的化合物:-
1-[4-[5-[5-氨基-6-(5-叔丁基-1,3,4-噁二唑-2-基)吡嗪-2-基]-1-甲基-1,2,4-三唑-3-基]-1-哌啶基]-3-羟基-丙-1-酮(实例1和2);
1-[4-[5-[5-氨基-6-(5-叔丁基-1,3,4-噁二唑-2-基)吡嗪-2-基]-1-乙基-1,2,4-三唑-3-基]-1-哌啶基]-3-羟基-丙-1-酮(实例3);
(3R)-1-[4-[5-[5-氨基-6-(5-叔丁基-1,3,4-噁二唑-2-基)吡嗪-2-基]-1-甲基-1,2,4-三唑-3-基]-1-哌啶基]-3-羟基-丁-1-酮(实例4);
(3S)-1-[4-[5-[5-氨基-6-(5-叔丁基-1,3,4-噁二唑-2-基)吡嗪-2-基]-1-甲基-1,2,4-三唑-3-基]-1-哌啶基]-3-羟基-丁-1-酮(实例5);
(2R)-1-[4-[5-[5-氨基-6-(5-叔丁基-1,3,4-噁二唑-2-基)吡嗪-2-基]-1-甲基-1,2,4-三唑-3-基]-1-哌啶基]-3-羟基-2-甲基-丙-1-酮(实例6);
1-[4-[5-[5-氨基-6-(5-叔丁基-1,3,4-噁二唑-2-基)吡嗪-2-基]-1-甲基-1,2,4-三唑-3-基]-1-哌啶基]-2-羟基-2-甲基-丙-1-酮(实例7)。
本发明的另一个方面提供一种制备具有化学式(I)的化合物或其医药学上可接受的盐的方法。适合方法通过以下代表性方法变化形式来说明,其中除非另行说明,否则R1、R2具有上文所定义的含义中的任一者。通过有机化学的标准程序可以获得必要的起始物质。这些起始物质的制备结合以下代表性方法变化形式并在随附实例中描述。可替代地,通过于有机化学家的普通技术中说明的那些程序的类似程序可获得必要的起始物质。
适合的方法变化形式包括例如以下:
(a)具有化学式II的化合物与羧酸R2-COOH宜在适合的激活试剂存在下进行的反应
其中R1具有上文所定义的含义中的任一者,除了必要时在适合的碱存在下对任何官能团进行保护,随后移除所存在的任何保护基。
用于这一反应的适合的偶合剂包括例如在2-羟基-吡啶N-氧化物存在下的六氟磷酸O-(7-氮杂苯并三唑-1-基)-N,N,N′,N′-四甲基脲、TBTU(四氟硼酸2-(1H-苯并[d][1,2,3]三唑-1-基)-1,1,3,3-四甲基异脲)或1-(3-二甲氨基丙基)-3-乙基碳化二亚胺盐酸盐离子。
该反应宜在适合碱存在下进行。适合碱为例如有机胺碱,如吡啶、2,6-二甲基吡啶、三甲基吡啶、4-二甲氨基吡啶、三乙胺、N-甲基吗啉、二氮杂双环[5.4.0]十一-7-烯、二异丙基乙基胺;或例如碱金属或碱土金属碳酸盐或氢氧化物,例如碳酸钠、碳酸钾、碳酸钙、氢氧化钠或氢氧化钾;优选为N-乙基-N,N-二异丙胺。
该反应宜在适合的惰性溶剂存在下且在例如-50℃到100℃范围内,优选在0℃到30℃范围内的温度下进行,该惰性溶剂如乙腈、N,N-二甲基甲酰胺、N-甲基吡咯烷酮、四氢呋喃、1,4-二噁烷、1,2-二甲氧基乙烷、苯、甲苯、二甲苯、甲醇、乙醇、卤化溶剂(如二氯甲烷、氯仿或四氯化碳)。
可替代地,羧酸R2-COOH可以转化成活性物质,该活性物质可以接着与具有化学式II的化合物在本领域中熟知的条件下反应。
羟基的适合保护基为四氢吡喃保护基,如实例2和3中所述。
移除这一基团的适合条件包括弱酸性条件,在作为溶剂的醇(如甲醇或乙醇)存在下,在20℃到70℃之间的温度下。所用的典型弱酸为对甲苯磺酸吡啶。
具有化学式II的化合物可以由具有化学式III的化合物:
其中P为保护基,如叔丁氧羰基,
与具有化学式R1-L的化合物(其中L为适合的离去基,如卤基,如溴、碘基(宜为碘))在适合碱存在下进行反应,随后移除所存在的任何保护基而获得。
适合碱为例如有机胺碱,如1,8-二氮杂双环[5.4.0]十一-7-烯。
该反应宜在适合惰性溶剂存在下且在例如-50℃到60℃范围内,优选在-10℃到0℃范围内的温度下进行,该惰性溶剂如2-甲基四氢呋喃、四氢呋喃、1,4-二噁烷、1,2-二甲氧基乙烷、苯、甲苯、二甲苯。
脱除叔丁氧羰基的保护基的适合条件包括酸性条件,如三氟乙酸于如二氯甲烷的惰性溶剂中,在接近室温(20℃-25℃)下。
化合物III可以由具有化学式IV的化合物
与具有化学式V的化合物
在适合的激活试剂存在下,优选在适合碱存在下进行偶合反应,随后在弱酸存在下进行环化反应而获得。
偶合反应可以在适合偶合剂存在下进行,该偶合剂如六氟磷酸O-(7-氮杂苯并三唑-1-基)-N,N,N′,N′-四甲基脲或TBTU(四氟硼酸2-(1H-苯并[d][1,2,3]三唑-1-基)-1,1,3,3-四甲基异脲)。
该偶合反应宜在适合碱存在下进行。适合碱为例如有机胺碱,如吡啶、2,6-二甲基吡啶、三甲基吡啶、4-二甲氨基吡啶、三乙胺、N-甲基吗啉、二氮杂双环[5.4.0]十一-7-烯、二异丙基乙基胺;或例如碱金属或碱土金属碳酸盐或氢氧化物,例如碳酸钠、碳酸钾、碳酸钙、氢氧化钠或氢氧化钾;优选为N-乙基-N,N-二异丙胺。
该偶合反应宜在适合的惰性溶剂存在下且在例如-50℃到100℃范围内,优选在0℃到30℃范围内的温度下进行,该惰性溶剂如N,N-二甲基乙酰胺、N,N-二甲基甲酰胺、N-甲基吡咯烷酮、四氢呋喃、1,4-二噁烷、1,2-二甲氧基乙烷、苯、甲苯、二甲苯、甲醇、乙醇、卤化溶剂(如二氯甲烷、氯仿或四氯化碳)。
环化条件是在弱酸(典型地为乙酸)存在下进行。该反应宜在适合的惰性溶剂存在下且在例如50℃到150℃范围内,优选在80℃到100℃范围内的温度下进行,该惰性溶剂如N,N-二甲基乙酰胺、N,N-二甲基甲酰胺、N-甲基吡咯烷酮、四氢呋喃、1,4-二噁烷、1,2-二甲氧基乙烷、苯、甲苯、二甲苯。
化合物IV可以由具有化学式VI的化合物与肼的反应获得。
这一反应宜在适合惰性溶剂存在下,在例如20℃到70℃范围内的温度,优选约50℃下进行,该惰性溶剂如四氢呋喃、1,4-二噁烷、1,2-二甲氧基乙烷、苯、甲苯、二甲苯或醇(如乙醇或异丙醇)。
化合物VI可以由具有化学式VII的化合物与氰化物源(如二氰化锌(II))的金属催化反应获得。
该反应的适合催化剂包括例如金属催化剂,如钯(0),例如四(三苯基膦)钯(0);或由钯(II)盐原位形成的催化剂,例如乙酸钯(II)、氯化钯(II)、溴化钯(II)、氯化双(三苯基膦)钯(II)、[1,1′-双(二苯基膦基)二茂铁]二氯化钯(II)或三(二苯亚甲基丙酮)二钯以及膦配体,例如二环己基(2′,4′,6′-三异丙基联苯-2-基)膦。该反应宜在适合溶剂中,且在例如20℃到150℃范围内,优选在60℃到120℃范围内的温度下进行,该溶剂如N,N-二甲基乙酰胺、N,N-二甲基甲酰胺、四氢呋喃、1,4-二噁烷、1,2-二甲氧基乙烷、苯、甲苯或二甲苯。该反应也宜在如锌的另外金属存在下进行。
适合的这种类型反应描述于《金属催化的交叉偶合反应》(‘Metal-Catalyzed Cross-Coupling Reactions’),第二版,由阿民·迈耶雷(ArminMeijere),弗朗索瓦·迪德里希(Francois Diederich)编,威利出版公司(Wiley-VCH),2004)中。
化合物VII的合成已描述于实例1和2中。
可替代地,具有化学式II的化合物可以通过化合物VIII(其中R为低碳烷基)与化合物IX(其中P为保护基,如叔丁氧羰基)的金属催化反应获得,
该反应的适合催化剂包括例如金属催化剂,如钯(0),例如四(三苯基膦)钯(0);或由钯(II)盐原位形成的催化剂,例如乙酸钯(II)、氯化钯(II)、溴化钯(II)、氯化双(三苯基膦)钯(II)、[1,1′-双(二苯基膦基)二茂铁]二氯化钯(II)或三(二苯亚甲基丙酮)二钯以及膦配体,例如二环己基(2′,4′,6′-三异丙基联苯-2-基)膦。
该反应宜在适合溶剂中,在例如在50℃到180℃范围内,优选在120℃到150℃范围内的温度下进行,该溶剂如N,N-二甲基乙酰胺、N,N-二甲基甲酰胺、四氢呋喃、1,4-二噁烷、1,2-二甲氧基乙烷、苯、甲苯或二甲苯或醇(如4-甲基-2-戊醇)。
该反应也宜在如氯化锂的另外盐存在下进行。
适合的这种类型反应描述于《金属催化的交叉偶合反应》,第二版,由阿民·迈耶雷,弗朗索瓦·迪德里希编,威利出版公司,2004)中。
具有化学式VIII的化合物可以由化合物VII与适合的六烷基二锡烷的金属催化反应获得。该反应的适合催化剂包括例如金属催化剂,如钯(0),例如四(三苯基膦)钯(0);或由钯(II)盐原位形成的催化剂,例如乙酸钯(II)、氯化钯(II)、溴化钯(II)、氯化双(三苯基膦)钯(II)、[1,1′-双(二苯基膦基)二茂铁]二氯化钯(II)或三(二苯亚甲基丙酮)二钯以及膦配体,例如二环己基(2′,4′,6′-三异丙基联苯-2-基)膦。该反应宜在适合溶剂中,在例如在50℃到100℃范围内,优选在70℃到80℃范围内的温度下进行,该溶剂如N,N-二甲基乙酰胺、N,N-二甲基甲酰胺、四氢呋喃、1,4-二噁烷、1,2-二甲氧基乙烷、苯、甲苯、二甲苯或醇(如4-甲基-2-戊醇)。
具有化学式IX的化合物可以由可商购的物质以若干步骤获得,如实例1所示(其中R1=Me且P=叔丁氧羰基)。
应了解,上述方法变化形式中的方法步骤的其他排列也有可能。
应了解,通过上文所述方法中的任一者获得的任何具有化学式(I)的化合物必要时均可以转化成另一个具有化学式(I)的化合物。
当需要具有化学式(I)的化合物的医药学上可接受的盐,例如酸加成盐时,它可以通过例如所述化合物与适合酸的反应获得。
当需要具有化学式(I)的化合物的医药学上可接受的前药时,它可以使用常规程序获得。举例来说,具有化学式(I)的化合物的体内可裂解的酯可以通过例如包含羟基的具有化学式(I)的化合物与医药学上可接受的羧酸的反应获得。关于前药的另外的信息已在上文中提供。
也应了解,在上文提及的一些反应中,可能必需或所希望的是保护化合物中的任何敏感性基团。必需或所希望保护的情况和适用于保护的方法为本领域普通技术人员所知。常规保护基可以根据标准规范来使用(关于说明,参见T.W.格林(T.W.Green),《有机合成中的保护基》(Protective Groupsin Organic Synthesis),约翰威利父子公司(John Wiley and Sons),1991)。因此,如果反应物包括如氨基、羧基或羟基的基团,那么在此提及的一些反应中可能所希望的是保护该基团。
适合的氨基或烷基氨基保护基为例如酰基,例如烷酰基,如乙酰基;烷氧羰基,例如甲氧羰基、乙氧羰基或叔丁氧羰基;芳基甲氧羰基,例如苯甲氧羰基;或芳酰基,例如苯甲酰基。关于以上保护基的脱除保护基条件必然随保护基的选择而变化。因此,举例来说,如烷酰基或烷氧羰基或芳酰基的酰基可以例如通过用如碱金属氢氧化物(例如,氢氧化锂或氢氧化钠)的适合碱进行水解来移除。可替代地,如叔丁氧羰基的酰基可以例如通过用如盐酸、硫酸或磷酸或三氟乙酸的适合酸处理来移除,且如苯甲氧羰基的芳基甲氧羰基可以例如通过经如钯/碳的催化剂氢化或通过用路易斯酸(Lewis acid)(例如三(三氟乙酸)硼)处理来移除。用于伯氨基的适合的替代保护基为例如酞酰基,它可以通过用例如二甲氨基丙胺的烷基胺或用肼处理来移除。
适合的羟基保护基为例如酰基(例如烷酰基,如乙酰基)、芳酰基(例如苯甲酰基)或芳甲基(例如苯甲基)。关于以上保护基的脱除保护基条件将必然随保护基的选择而变化。因此,举例来说,如烷酰基或芳酰基的酰基可以例如通过用如碱金属氢氧化物(例如,氢氧化锂或氢氧化钠)的适合碱进行水解来移除。可替代地,如苯甲基的芳基甲基可以例如通过经如钯/碳的催化剂氢化来移除。
适合的羧基保护基为例如酯化基团,例如甲基或乙基,它可以例如通过用如氢氧化钠的碱进行水解来移除;或例如叔丁基,它可以例如通过用酸(例如有机酸,如三氟乙酸)进行处理来移除;或例如苯甲基,它可以例如通过经如钯/碳的催化剂进行氢化来移除。
可以使用于化学领域中熟知的常规技术于合成的任何便利阶段移除这些保护基。
在此所定义的某些中间体(例如具有化学式II、III、IV、VI、VII、VIII的化合物)为新颖的且提供这些中间体作为本发明的另一个特征。
生物分析-
使用以下分析来测量本发明化合物作为以下的作用:a)生物化学分析中PI3激酶的抑制剂;b)生物化学分析中其他激酶的抑制剂;c)BT474细胞中磷酸化AKT(Thr308)的体外抑制剂;d)MDA-MB-468细胞中磷酸化AKT(Ser473)的体外抑制剂;e)JEKO细胞中磷酸化AKT(Ser473)的体外抑制剂;f)HT29细胞中磷酸化Chk1(Ser345)的体外抑制剂;g)肿瘤细胞系池中细胞增殖的抑制剂;h和i)分别作为用人类乳癌细胞系MCF7移植的SCID小鼠中磷酸化AKT(Ser473)的体内抑制剂或肿瘤生长的体内抑制剂。
分析方案中所用的缩写:
PIP2:PI(4,5)P2,磷脂酰肌醇4,5-双磷酸酯
s.c.:皮下
ATP:三磷酸腺苷
DMSO:二甲亚砜
TRIS:三(羟甲基)氨基甲烷
CHAPS:3-[(3-胆酰胺基丙基)二甲基铵基]-1-丙烷磺酸盐
DTT:二硫苏糖醇
FBS:胎牛血清
DMEM:杜尔贝科氏改良伊格尔培养基(Dulbecco′s Modified EagleMedium)
EDTA:乙二胺四乙酸
EGTA:乙二醇四乙酸
BSA:牛血清白蛋白
PBS:磷酸盐缓冲盐水
HRP:辣根过氧化酶
RPMI:洛斯维公园纪念研究所(Roswell Park Memorial Institute)1640培养基
4NQO:4-硝基喹啉N-氧化物
EMEM:伊格尔氏最低必需培养基(Eagle′s Minimal Essentialmedium)
CO2:二氧化碳
PBST:磷酸盐缓冲盐水/Tween
Ab:抗体
MTS试剂:[3-(4,5-二甲基噻唑-2-基)-5-(3-羧基甲氧基苯基)-2-(4-磺酸基苯基)-2H-四唑鎓,内盐;MTS]和电子偶合试剂(甲基硫酸吩嗪)PMS。
(a)体外酶抑制分析
使用人类重组酶,在基于Kinase Glo的酶活性分析中评估PI3K-β、PI3K-α、PI3K-γ以及PI3K-δ的抑制作用。该分析平台间接测量在用酶、PIP2底物、ATP以及化合物孵育之后ATP的耗尽。
在酶反应完成之后,剩余ATP用于第二酶促反应,其中荧光素酶在光的发射下将甲虫荧光素转化成氧化荧光素。所测量的发光与已完成的激酶反应中所剩余ATP之间存在直接关系。因此,发光与激酶活性呈逆相关。典型地,测试十二种不同的化合物浓度并且绘制PI3K-β、PI3K-α、PI3K-γ或PI3K-δ的抑制作用的原始数据对比抑制剂浓度的曲线。
方法细节:
通过声学分配将于100%DMSO中的化合物添加到分析板中。在Tris缓冲液(50mM Tris pH 7.4,0.05%CHAPS,2.1mM DTT以及10mM氯化镁)中添加PI3K酶且使其与化合物预孵育20分钟,随后添加包含PIP2和ATP的底物溶液。80分钟后通过添加包含荧光素和荧光素酶(来自Kinase Glo(R)增强版发光激酶分析试剂盒(Plus Luminecent Kinase Assay kit)(普洛麦格(Promega)#V3772)的Kinase Glo检测溶液来停止酶反应。使板在室温下静置30分钟,接着在具有标准发光过滤块的Pherastar仪器上读取。在该分析中DMSO、ATP以及PIP2的最终浓度分别为1%、8μM以及80μM。
数据分析
使用拟合为非线性回归拟合的对数曲线来计算IC50值。IC50值为抑制50%酶活性的测试化合物的浓度。
(b)除PI3激酶1类酶以外的激酶选择性评估
由一系列商业供应商(如密理博(Millipore)、英杰(Invitrogen)以及普洛秋内斯(ProQinase))提供庞大激酶分析池。这些池允许评估既定化合物的整体激酶选择性。确切方法/技术将变化,取决于供应商。
使用在英国邓迪的MRC蛋白质磷酸化单位的MRC-信号转导疗法部门(DSTT)(MRC-Division of Signal Transduction Therapy(DSTT),MRC ProteinPhosphorylation Unit,Dundee,UK)所进行的酶分析来产生一些在此所述化合物的选择性数据。使用放射化学形式进行蛋白激酶分析。在多点384孔板中在室温下以25.5μl的总分析体积进行分析。在酶和肽/蛋白质底物存在下使化合物预孵育5分钟,随后通过添加10μl ATP起始反应(针对每一激酶所选择的最终浓度为5μM、20μM或50μM)。在室温下进行分析,随后通过添加5μl正磷酸终止。接着通过帕卡德收集器(Packard Harvester)(洗涤缓冲液为50mM正磷酸)将分析板内容物收集到Whatman-P81-Unifilter板上且在空气中干燥。接着添加MicroScint O来密封干Unifilter板且在帕卡德TopcountNXT闪烁计数器中计数。这一方案撷取适用于池中大部分激酶的通用形式,但如本领域普通技术人员应熟悉,对于少数激酶需要对这些方案进行修改。
针对约18种脂质激酶的脂质激酶分析也在DSTT进行。在384孔板中在室温下以40μl的总分析体积进行所有脂质激酶分析。根据由ADP-GLO分析(普洛麦格,#V9101)提供的方案进行该分析。这一方案撷取适用于池中大部分激酶的通用形式,但如本领域普通技术人员应熟悉,对于少数激酶需要对这些方案进行修改。
也使用经由迪斯科韦尔克斯(DiscoverX)可获得的KINOMEscanTM筛选平台评估激酶选择性。这一筛选平台采用活性位点定位的竞争结合分析来定量地测量在测试化合物和超过450种人类激酶与疾病相关突变体变异体之间的相互作用。KINOMEscanTM分析不需要ATP并且因此报导真实的热力学相互相用亲和力,与IC50值形成对照,IC50值可以取决于ATP浓度。该方法是基于以下化合物:它们结合激酶活性位点并且直接(空间)或间接(异位)防止激酶结合到固定配体,由此减少固体支撑物上所捕获的激酶的量。反之,不结合激酶的测试分子对固体支撑物上所捕获的激酶的量无影响。通过使用检测相关的DNA标记的定量qPCR方法测量在测试对比对照样品中所捕获的激酶的量来鉴别筛选“命中”。以类似方式,通过测量随测试化合物浓度而变的固体支撑物上所捕获的激酶的量来计算测试化合物-激酶相互作用的解离常数(Kd)。
(C)测量BT474细胞中磷酸化AKT(Tyr308)的分析方案
这一分析用于测量细胞中的PI3K-α抑制。将BT474细胞(人类乳腺管癌,ATCC HTB-20)以每孔5600个细胞的密度接种于黑色384孔板(科斯塔(Costar),#3712)中包含10%FBS和1%谷氨酰胺的DMEM中并且使其粘附过夜。
次日早晨通过声学分配将于100%DMSO中化合物的添加到分析板中。在37℃和5%CO2下孵育2小时之后,抽吸培养基并且用包含25mM Tris、3mM EDTA、3mM EGTA、50mM氟化钠、2mM原钒酸钠、0.27M蔗糖、10mMβ-甘油磷酸盐、5mM焦磷酸钠、0.5%Triton X-100以及康普利特(complete)蛋白酶抑制剂混合片剂(罗氏(Roche)#04693116001,每50ml溶解缓冲液使用1片)的缓冲液溶解这些细胞。
20分钟后,将细胞溶解物转移到已预涂布于PBS缓冲液中的抗所有AKT抗体的ELISA板(葛莱娜(Greiner)#781077)中,并且用于包含0.05%Tween 20的PBS中的1%BSA阻断非特异性结合。在4℃下将板孵育过夜。次日用包含0.05%Tween 20的PBS缓冲液洗涤这些板并且再与小鼠单克隆抗磷酸化AKT T308一起孵育2小时。再次如上洗涤板,随后添加马抗小鼠HRP结合的二级抗体。在室温下孵育2小时后,洗涤板并且向每一孔中添加QuantaBlu底物工作溶液(赛默科技(Thermo Scientific)#15169,根据提供者指令制备)。60分钟后通过向孔中添加停止溶液使已发展的荧光产物停止。使用帝肯(Tecan)Safire读板仪分别使用325nm激发波长和420nm发射波长读取板。除非有所说明,否则在这一ELISA分析中使用来自细胞信号传导(Cell Signalling)(#7144)的Path Scan磷酸化AKT(Thr308)夹心ELISA试剂盒中所含的试剂。
(d)用于检测MDA-MB-468细胞中的磷酸化AKT(Ser473)作为PI3激酶-β 抑制的量度的方案.
这一分析用于测量细胞中的PI3K-β抑制并且与以上分析(c)联合用于测定细胞中的α对比β选择性。将MDA-MB-468细胞(人类乳腺癌#ATCC HTB132)以每孔1500个细胞接种于葛莱娜384孔黑色平底板中的包含10%FBS和1%谷氨酰胺的40μl DMEM中。在37℃孵育箱中将细胞板孵育18小时,随后使用声学分配给予于100%DMSO中的化合物。
在12点浓度范围中将化合物给予到随机板图中。或者通过给予100%DMSO(最大信号)或者添加完全消除pAKT信号的参考化合物(PI3K-β抑制剂)(最小对照)来产生对照孔。在37℃下将板孵育2小时,接着通过添加10μl 3.7%甲醛溶液固定细胞。30分钟后,使用帝肯PW384洗板机用PBS洗涤板。阻断各孔并且通过添加40μl包含0.5%Tween20和1%MarvelTM(经干燥的奶粉)的PBS渗透细胞且使细胞在室温下孵育60分钟。用包含0.5%(v/v)Tween20的PBS洗涤板且添加于相同PBS-Tween+1%MarvelTM中的20μl兔抗磷酸化AKT Ser473(细胞信号传导技术(CellSignalling Technologies),#3787)并在4℃下孵育过夜。
使用帝肯PW384,用PBS+0.05%Tween 20将板洗涤3次。向每一孔中添加于PBS+0.05%包含1%MarvelTM的Tween20中稀释的20μl二级抗体Alexa Fluor 488抗兔(分子探针(Molecular Probes),#A11008)且在室温下孵育1小时。如之前般将板洗涤三次,接着向每一孔中添加20μl PBS且用黑色板密封物对板进行密封。
在用488nm激光激发之后,尽可能快地在Acumen读板仪上读取这些板,测量绿色荧光。使用这一系统产生IC50值且通过对照孔测定板的质量。每次均操作参考化合物以监测分析性能。
(e)检测Jeko细胞中的磷酸化AKT(Ser473)的方案
这一分析用于测量细胞中的PI3K-δ抑制。将化合物以×10最终浓度添加到葛莱娜V形底96孔板(西格玛(Sigma)#M9686)的孔中的10μl 1%(v/v)DMSO中。以1μM或10μM最高剂量的10点浓度范围给予化合物,在一个板上给予8种化合物。每一给予有抗IgM(AffiniPure F(ab′)2片段山羊抗人类IgM(斯特拉泰克(Stratech),#109-006-129)和媒剂的板存在8个最大信号对照孔,且给予有抗IgM和参考PI3K-δ抑制剂的对照孔存在8个最小信号。最终媒剂浓度为0.1%DMSO。每一操作中均包括PI3K-δ选择性化合物的完整剂量反应曲线。将Jeko B细胞(人类套细胞淋巴瘤,ATCC#CRL-3006)接种于包含化合物的葛莱娜96孔V形底板中。以每孔100,000个细胞将细胞接种于包含1%谷氨酰胺的70μl RPMI中。
使细胞板与化合物一起在37℃孵育箱中孵育1小时。在此化合物预孵育时间之后,以20μl分析缓冲液(包含1%谷氨酰胺的RPMI)中的×5最终浓度将上述抗IgM添加到这些板。最终抗IgM浓度为0.06μg/ml或等效的EC90剂量。在37℃下将板孵育10min,接着立即将板置放于冰上且在12000rpm下离心4min。在冰上,用手动移液管小心地移除上清液且添加40μl溶解缓冲液。将板在冰上孵育5min且储存在-80℃下直到根据制造商的说明书(麦索斯盖尔诊断(Mesoscale Diagnostics),#K11100D-3)在磷光体(Ser473)/总Akt全细胞溶解物试剂盒中分析。
(f)用于检测HT29细胞中的磷酸化Chk1(Ser 345)的方案
ATR(共济失调毛细管扩张+Rad3相关激酶)为对DNA损伤或复制阻断起反应而使丝氨酸或苏氨酸残基上的多个底物磷酸化的PI3激酶相关的激酶。Chk1(ATR的下游蛋白激酶)在DNA损伤检查点控制中起重要作用。Chk1的激活涉及Ser317和Ser345的磷酸化(后者视为通过ATR磷酸化/激活的优先目标)。
这是基于细胞的分析,用于通过在用化合物和UV模拟剂4NQO(西格玛#N8141)处理之后测量HT29细胞中Chk1(Ser 345)的磷酸化减少,来测量ATR激酶的抑制。将HT29细胞(ECACC#85061109)以每孔6000个细胞的密度接种于384孔分析板(科斯塔#3712)中包含1%L-谷氨酰胺和10%FBS的40μl EMEM培养基中且使其粘附过夜。次日早晨通过声学分配将于100%DMSO中化合物的添加到分析板中。在37℃和5%CO2下孵育1小时之后,通过声学分配向所有孔中添加40nl于100%DMSO中的3mM4NQO,除了未用4NQO处理以产生空反应对照的最小对照孔。将板返回到孵育箱,再持续1小时。接着通过添加20μl于PBS溶液中的3.7%甲醛且在室温下孵育20min来固定细胞。随后添加20μl于PBS中的0.1%Triton X100且在室温下孵育10分钟以渗透细胞。接着使用伯腾(Biotek)EL405洗板机,每孔用50μl PBS洗涤这些板一次。
在包含0.05%聚山梨醇酯/Tween的PBS中将磷酸化Chk1Ser 345抗体(细胞信号传导技术#2348)稀释150倍且向每一孔中添加15μl并在室温下孵育过夜。次日早晨使用伯腾EL405洗板机,每孔用50μl PBS洗涤板三次,且接着添加20μl于PBST中的二级抗体溶液(包含500倍稀释的Alexa Fluor488山羊抗兔IgG(分子探针#A-11008)和0.002mg/ml Hoeschst染料(分子探针#H-3570))。在室温下孵育2小时后,使用伯腾EL405洗板机,每孔用50μl PBS洗涤板三次,且接着用黑色板密封物对板进行密封直到读取。使用ArrayScan VTI仪器,使用具有10×物镜的XF53滤光器来读取板。使用双激光设置来分析细胞核的Hoeschst(405nM)染色和二级抗体的pChk1(488nM)染色。
(g)肿瘤细胞系中的细胞增殖分析(用于证实个人化药物假设)
在标准增殖分析中测定人类癌细胞系池对化合物作用的灵敏度。经由阿斯特拉捷利康(AstraZeneca)细胞库获得细胞系。大部分细胞系经由本领域普通技术人员已知的细胞库贮藏地(Cell Bank Repositories)也可获得,例如ATCC、ECACC、DMSZ、RIKEN、KCLB、JCRB(HSRRB)、LBNL、CLS以及ICLC。
将细胞以每孔1000-6000个细胞的密度涂在96孔板中包含10%FBS的RPMI培养基中。在37℃下孵育16小时之后,向分析板添加不同浓度的化合物。在再孵育72h之后,通过向每一孔中添加MTS试剂(普洛麦格#3582)并持续2h来测定活细胞。MTS为四唑鎓盐,它在电子偶合试剂存在下通过代谢活性细胞生物还原成甲躜。接着通过490nm下的吸光度对甲躜产物进行定量,作为活细胞的相对数目的指标。为测定GI50(细胞生长受到50%抑制时所处的浓度),通过与添加药物前的MTS读数进行比较来测定药物添加时所存在的细胞的相对数目,且从未经处理的细胞的72小时值扣除这一值作为分析期间细胞生长的量度。
这一数据的分析描述在下文‘个人化医疗/个人化药物实例’下,说明可以如何分析这一数据以揭露PI3Kα抑制剂展示出具有PIK3CA基因突变的细胞系的选择性生长抑制。这说明个人化医疗(PHC)或个人化药物机会,其中反应预测生物标记读数可以用于鉴别患有包含PIK3CA基因突变的肿瘤的患者以及更可能对在此所述的化合物起反应的患者。
对在此所述的化合物起反应的其他可能标记包括(但不限于)增加的拷贝数、PIK3CA基因的扩增或易位以及提供PI33激酶路径激活或依赖性的量度的其他遗传、基因组或蛋白质组变化;例如(但不限于)一种或多种受体酪氨酸激酶的激活或编码PI3激酶的调节亚基(p85)的PIK3R基因中的突变或易位,或如pAKT、pS6或FOXO状态的下游信号传导标记的磷酸化。另外,另外的基因和/或它们的蛋白质产物(例如Kras)的信号传导的分析可以帮助改良个人化药物方法的预测。
(h)用于检测生长于雄性SCID小鼠中的MCF-7肿瘤的磷酸化AKT (Ser473)的方案
这是在动物模型中提供PI3K-α抑制的量度的药效学分析。使雄性SCID小鼠(英国AZ公司(AZ UK),从英国查尔斯河公司(Charles River,UK)也可获得)皮下(s.c)移植人类乳腺癌细胞系MCF7(伦敦帝国癌症研究基金会(ICRF London),从ATCC#HTB-22也可获得)),来测定PI3激酶抑制剂对AKT的磷酸化的抑制。在细胞植入前24小时,使小鼠植入0.5mg 21天雌激素丸剂(美国创新研究公司(Innovative Research of America),#E121)。将50%基质胶(碧迪生物科学(BD Bioscience))中的5×106个细胞皮下注射在这些动物的左侧腹上。当肿瘤达到400mm3体积时将动物随机分成8只对照动物的组和4只处理动物的组且在次日开始给药。在所选择的时间点获取肿瘤,此时也获取血液样品进行PK测量。
将从小鼠切除的肿瘤置放于Fast Prep管(2ml包含溶解基质A的脊形管,MP生物医学(MP Biomedicals)#6910-500)中并且立即急冻。向每一管中添加1ml溶解缓冲液(25mM Tris、3mM EDTA、3mM EGTA、50mM氟化钠、2mM原钒酸盐、0.27M蔗糖、10mMβ-甘油磷酸盐、5mM焦磷酸盐、0.5%Triton x-100)加磷酸酶抑制剂(西格玛#P2850和西格玛#P5726,1∶100稀释)和蛋白酶抑制剂(西格玛#P8340,1∶200稀释)。使肿瘤在FastPrep)-TM机(MP生物医学#116004500)上均质化1分钟,并且剩余在冰上静置5分钟,再继之以两个均质化步骤,每一均质化步骤后在冰上孵育5分钟。使样品在13,000rpm下在冷冻离心机中离心10分钟。接着将澄清溶解物放入新鲜管中且使用10μl进行蛋白质测定分析。
使用MSD多点分析试剂盒(麦索斯盖尔发现(Meso Scale Discovery)#K1510OD-3)进行总AKT和磷酸化AKT(Ser473)的检测。板的每一孔包含4个点;这些点中的两个点用由该试剂盒提供的小鼠单克隆抗体涂布;一个用针对总AKT的捕捉抗体涂布并且一个用针对磷酸化AKT(Ser473)的抗体涂布。在冷室中在振荡器上每孔用150μl阻断溶液来阻断这些板过夜,该阻断溶液是使用20ml具有洗涤溶液加600mg由该试剂盒供应的Blocker A的1×溶液制造。每孔用0.3ml洗涤溶液洗涤板三次。从每一肿瘤获取溶解物的等分试样且用溶解缓冲液将其稀释到2mg/ml的浓度,接着向每一孔中添加25μl经稀释的溶解物,得到每孔50μg的总量。将这些板在室温下置放于振荡器中,持续一小时,随后洗涤板三次。使用阻断溶液和洗涤溶液加1∶50稀释的50×SULFO-TAG-TM抗总AKT抗体的混合物制备检测抗体溶液。将这些板在室温下置放于振荡器中,持续一小时,随后洗涤板三次。用去离子水1∶4稀释150μl由该试剂盒供应的读取缓冲液且将其添加到每一孔,并且接着在MSD板分析仪上读取这些板。读取缓冲液提供电化学发光的正确化学环境,因此当读板仪向板施加电压时,板基底上的电极使得标记与检测抗体结合而发射光。所发射的光的强度为所存在的AKT(或者总AKT或者磷酸化AKT)的定量量度。为计算磷酸化AKT与总AKT的比率,应用如由麦索斯盖尔所推荐的计算法:两倍磷酸化信号除以总信号加磷酸化信号,接着乘以100,得到磷蛋白%。将这些值转化成Log 10,且接着使用这些值来计算每一组的几何平均值加标准误差。随后使用双尾公式和不等变异数来应用学生T检验(student T test)以检查显著性。研究显示,对照组8只动物和每个治疗组4只动物足以支持该研究。
(i)用于检测移植到SCID小鼠中的人类乳腺癌细胞系MCF7中的肿瘤生长 抑制的方案。
这一方法提供在PI3K-α依赖性模型中体内PI3激酶抑制剂的抗肿瘤功效的评估。关于上文所指出的PD研究,使雄性SCID小鼠皮下移植人类乳腺癌细胞系MCF7。在细胞植入之前24小时,使小鼠植入0.5mg 21天雌激素丸剂。将50%基质胶中的5×106个细胞皮下注射在这些动物之左侧腹上。当肿瘤达到约200-300mm3体积时将动物随机分成10-15只动物的组且开始治疗。通过经口、静脉内或腹膜内途径向动物给予适于经由所需途径给予且符合福利要求的于媒剂中的化合物(用于经口给药的悬浮液,pH范围为4-7;用于ip/iv给药的溶液,pH范围5.5-7.0)且以限定剂量给药2-4周)。通常每周两次通过测径规来测量肿瘤,并且使用椭圆公式(π/6×宽度×宽度×长度)计算肿瘤体积。
虽然具有化学式(I)的化合物的药理学性质正如所预期的随结构变化而变化,但总体来讲,具有化学式(I)的化合物所具有的活性可以在以下浓度或剂量下在以上测试(a)和(c)中的一者或多者中得到证明:-
测试(a):-在例如1nM-100nM范围内,IC50对比PI3K-α;
测试(c):-在例如10nM-1μM范围内,BT474细胞中的IC50对比细胞磷酸化AKT(Tyr308);
适宜地,特定本发明化合物在以下浓度或剂量下在以上测试(a)和(c)中的一者或多者中具有活性:-
测试(a):-在例如1nM-100nM范围内,IC50对比PI3K-α;
测试(c):-在例如10nM-1μM范围内,BT474细胞中的IC50对比细胞磷酸化AKT(Tyr308);
适宜地,特定本发明化合物在以下浓度或剂量下在以上测试(a)、(c)、(h)以及(i)中的一者或多者中具有活性:-
测试(a):-在例如1nM-100nM范围内,IC50对比PI3K-α;
测试(c):-在例如10nM-1μM范围内,BT474细胞中的IC50对比细胞磷酸化AKT(Tyr308);
测试(h):-在例如1-200毫克/千克/天范围内,体内磷酸化AKT(Ser473)抑制>50%;
测试(i):-在例如1-200毫克/千克/天范围内,异种移植活性。
产生这些实例的以下数据:
表A
*测试方案a:这些值是从许多重复测试计算的平均值。
**测试方案c:这些值是从许多重复测试计算的平均值。
#测试方案f:仅进行一次测试重复。
组合研究
材料与方法
MCF7为携带PIKC3CA基因突变(E545K)的雌激素受体阳性乳房肿瘤细胞系。使雄性SCID小鼠(英国AZ公司)皮下(s.c)移植人类乳腺癌细胞系MCF7(伦敦帝国癌症研究基金会)以测定PI3激酶抑制剂的抗肿瘤活性。在细胞植入前24小时,使小鼠植入0.5mg 21天雌激素丸剂(美国创新研究公司)。将50%基质胶(碧迪生物科学)中的5×106个细胞皮下注射在这些动物的左侧腹上。
BT474为Her2表达提高的雌激素受体阳性乳房肿瘤细胞系并且携带PIK3CA基因突变(K111N)。使雌性瑞士无胸腺裸小鼠(swiss nu/nu-AZUK)皮下移植在小鼠中传代的人类上皮细胞乳腺管癌细胞系BT474c(以AZ形式源自BT474-ATCC HTB-20)肿瘤。在细胞植入之前24小时,使小鼠植入0.36mg 60天雌激素丸粒(美国创新研究公司)。将50%基质胶(碧迪生物科学)中的5×106个细胞皮下注射在这些动物的左侧腹上。
HCC70为缺乏PTEN基因表达的乳房肿瘤细胞系。使雌性瑞士无胸腺裸小鼠(swiss nu/nu-AZUK)皮下移植乳腺管上皮细胞肿瘤细胞系HCC70(ATCC-CRL2315)细胞。将50%基质胶(碧迪生物科学)中的1×106个细胞皮下注射在这些动物的左侧腹上。
当肿瘤达到约200-300mm3体积时将动物随机分成10-15只动物的组且开始治疗。通过经口途径,以限定剂量和时程向动物给予于适合媒剂中的化合物,持续3-4周。每周二-三次通过测径规来测量肿瘤,并且使用椭圆公式(π/6×宽度×宽度×长度)计算肿瘤体积。
当单独给药时,AZD5363是在10%DMSO、25%Kleptose溶液中配制。(Kleptose是源自罗盖特药物公司(Roquette-Pharma)(商标)羟丙基β-环糊精,适于体内使用和配制)。
当与实例3共同给药时,AZD5363是在HPMC/Tween(0.5%Methocel(羟丙基甲基纤维素)/0.1%聚山梨醇酯80)中配制。使悬浮液球磨过夜。
实例3是在HPMC/Tween(0.5%Methocel(羟丙基甲基纤维素)/0.1%聚山梨醇酯80)中配制。
AZD8186是在HPMC/Tween(0.5%Methocel(羟丙基甲基纤维素)/0.1%聚山梨醇酯80)中配制。
当与实例3共同给药时,AZD8186是在HPMC/Tween(0.5%Methocel(羟丙基甲基纤维素)/0.1%聚山梨醇酯80)中配制。使悬浮液球磨过夜。
奥拉帕尼是在10%DMSO/30%Kleptose溶液中配制。
通过实例3与AKT抑制剂(AZD5363)的组合依序给药抑制肿瘤生长
在BT474异种移植模型中进行研究。实例3和AZD5363依序以每周2天给药/5天停药的周期,每天给予两次(BID),相隔6-8小时,以使得AZD5363在每周周期的第1天和第2天给予且实例3在每周周期的第3天和第4天给予。实例3是以50毫克/千克BID给予且AZD5363是以170毫克/千克BID给予,分别在HPMC/Tween和DMSO/Kleptose中。
肿瘤生长曲线(图9中所示)指示,间歇地给予或者实例3或者AZD5363相对于仅用媒剂的对照(HPMC/Tween)部分地抑制肿瘤生长。实例3加AZD5363的组合诱导肿瘤消退。
通过实例3与AKT抑制剂(AZD5363)的组合共同给药抑制肿瘤生长
在BT474异种移植模型中进行研究。实例3和AZD5363每天给予两次(BID),相隔6-8小时且以每周2天给药/5天停药的周期伴随给药。实例3是以25毫克/千克BID给予且AZD5363是以100毫克/千克BID给予,均在HPMC/Tween中。
肿瘤生长曲线(图10中所示)指示,间歇地给予实例3或AZD5363相对于仅用媒剂的对照(HPMC/Tween)部分地抑制肿瘤生长。实例3加AZD5363的组合在给药期间诱导肿瘤消退,但在不给药期间继之以肿瘤再生长。
通过实例3与PARP抑制剂(奥拉帕尼)的组合抑制肿瘤生长
在BT474异种移植模型中进行研究。实例3和奥拉帕尼在整个研究中每天给予,实例3以25毫克/千克各剂量每天给予两次(BID),相隔6-8小时;且奥拉帕尼在实例3的第一个日剂量之后1小时以100毫克/千克每天给予一次(QD)。两种药剂均在HPMC/Tween中给予。
肿瘤生长曲线(图11)指示,奥拉帕尼单独对肿瘤生长无重要作用,实例3单独部分地抑制生长,但实例3加奥拉帕尼的组合诱导肿瘤消退。
通过实例3与PARP抑制剂(奥拉帕尼)的组合抑制肿瘤生长
在MCF7异种移植模型中进行研究。实例3和奥拉帕尼在整个研究中每天给予,实例3以25毫克/千克各剂量每天给予两次,相隔6-8小时;且奥拉帕尼在实例3的第一个日剂量之后1小时以100毫克/千克每天给予一次(QD)。两种药剂均在HPMC/Tween中给予。
肿瘤生长曲线(图12)指示,奥拉帕尼单独对肿瘤生长具有极少作用,实例3单独引起一些肿瘤消退,但实例3加奥拉帕尼的组合诱导更强肿瘤消退。
通过实例3与PI3K-β/δ抑制剂(AZD8186)的组合抑制肿瘤生长
在HCC70异种移植模型中进行研究。实例3和AZD8186在整个研究中每天给予,每天两次(BID),实例3以25毫克/千克各剂量给予且AZD8186以50毫克/千克各剂量给予。两种药剂均在HPMC/Tween中给予。
肿瘤生长曲线(图13)指示,AZD8186部分地抑制肿瘤生长,实例3单独更强烈地抑制生长,但实例3加AZD8186的组合诱导肿瘤消退。
根据本发明的另一个方面,提供一种医药组合物,它包括一种如上文所定义的具有化学式(I)的化合物或其医药学上可接受的盐与医药学上可接受的稀释剂或载剂组合。
用于片剂配制品的适合的医药学上可接受的赋形剂包括例如惰性稀释剂、成粒剂和崩解剂、粘合剂、润滑剂、防腐剂以及抗氧化剂。片剂配制品可以未包覆包衣或包覆包衣,以改变它们的崩解性和随后活性成分在胃肠道内的吸收,或改良它们的稳定性和/或外观,在任一种情况下,均使用在本领域中熟知的常规包衣剂和程序。
经口使用的组合物可以可替代地呈硬明胶胶囊形式,其中活性成分与惰性固体稀释剂混合;或呈软明胶胶囊形式,其中活性成分与水或油混合。
水性悬浮液总体上包含呈细粉形式的活性成分以及一种或多种悬浮剂、分散剂或润湿剂。水性悬浮液还可以包含一种或多种防腐剂、抗氧化剂、着色剂、调味剂和/或甜味剂。
油性悬浮液可以通过将活性成分悬浮于植物油中或矿物油中来配制。油性悬浮液还可以包含增稠剂。可以添加甜味剂(如上文所列的甜味剂)和调味剂,以提供可口的口服制剂。这些组合物可以通过添加抗氧化剂来保存。
适于通过添加水来制备水性悬浮液的可分散性散剂和颗粒剂总体上包含活性成分以及分散剂或润湿剂、悬浮剂以及一种或多种防腐剂。也可以存在如甜味剂、调味剂以及着色剂的额外赋形剂。
本发明的医药组合物还可以呈水包油乳液形式。油相可以是植物油或矿物油或任何这些油的混合物。乳液也可以包含甜味剂、调味剂以及防腐剂。
糖浆和酏剂可以使用甜味剂配制,并且也可以包含缓和剂、防腐剂、调味剂和/或着色剂。
医药组合物还可以呈无菌可注射水性或油性悬浮液的形式,它可以根据已知程序,使用上述适当分散剂或润湿剂和悬浮剂中的一者或多者来配制。无菌可注射制剂还可以是于无毒肠胃外可接受的稀释剂或溶剂中的无菌可注射溶液或悬浮液。
用于经吸入给药的组合物可以呈常规加压气雾剂的形式,该加压气雾剂经安排以分配或者呈包含细粉状固体的气雾剂形式或者液滴形式的活性成分。可以使用如挥发性氟化烃或烃的常规气雾剂推进剂,并且便利地安排气雾剂设备以分配定量的活性成分。
有关配制品的另外的信息,请读者参考《综合医药化学》(Comprehensive Medicinal Chemistry)(科温·汉施(Corwin Hansch);编辑委员会主席),培格曼出版社1990的第5卷,第25.2章。
与一种或多种赋形剂组合以产生单一剂型的活性成分的量将必要地变化,取决于所治疗主体和特定给药途径。举例来说,向人类经口给药将总体上需要例如从1mg到2g活性剂(更适当地从100mg到2g,例如从250mg到1.8g,如从500mg到1.8g,尤其从500mg到1.5g,宜为从500mg到1g)与适当且适宜量的赋形剂混合给予,这些赋形剂可以在总组合物的从约3重量%到约98重量%内变化。应了解,如果需要大剂量,那么可能需要多种剂型,例如两种或更多种片剂或胶囊,其中活性成分的剂量宜在其间划分。适宜地,单一固体剂型可以包含1mg与300mg之间的活性成分。
为实现治疗或预防目的的具有化学式(I)的化合物的剂量大小自然将根据疾病病况的性质和严重程度、动物或患者的年龄和性别以及给药途径,根据熟知的医学原则而变化。
在使用具有化学式(I)的化合物以实现治疗或预防目的时,总体上将给予具有化学式(I)的化合物以致接受例如每千克体重1mg到每千克体重100mg的范围内的日剂量,如果需要那么分次给药。总体来讲,当采用肠胃外途径时,将给予更低剂量。因此,例如,对于静脉内给予来说,总体上将使用介于例如每千克体重1mg到每千克体重25mg范围内的剂量。类似地,对于经吸入给予来说,将使用介于例如每千克体重1mg到每千克体重25mg范围内的剂量。然而,经口给予(确切地说以片剂形式)为优选的。典型地,单位剂型将包含约10mg到0.5g的本发明化合物。
本发明化合物可以每天一次或多于每天一次给予。本发明化合物还可以按适合的给药时程给予,例如,本发明化合物可以每天给予一次或多次(例如一天一次、两次或三次)持续一定天数,接着是不给予剂量的数天时间。可以接着重复这一剂量周期(由给药日和非给药日组成)。适宜地,剂量周期是5-14天的时间,如5、7、10或14天,更适宜地是7天。在一个方面中,具有化学式(I)的化合物在剂量周期中给予1天或者连续2或3天,接着3、4、5或6天不给药。
在一个方面中,具有化学式(I)的化合物给予1天,接着持续2、3或4天不给药。
在另一个方面中,具有化学式(I)的化合物给予2天,接着4、5或6天不给药。
在另一个方面中,具有化学式(I)的化合物给予3天,接着3、4或5天不给药。
在另一个方面中,具有化学式(I)的化合物给予4天,接着2、3或4天不给药。
在另一个方面中,具有化学式(I)的化合物给予5天,接着1、2或3天不给药。
在另一个方面中,具有化学式(I)的化合物每隔一天给予。
以上给药时程适宜地在本发明化合物作为单一疗法使用时应用。在下文中描述本发明化合物作为组合疗法给予的可能的给药时程的另外的实例。
如上所述,已知PI3K-α和-δ酶通过以下作用中的一者或多者促成肿瘤形成:介导癌症和其他细胞的增殖、介导血管生成事件以及介导癌细胞的活动、迁移性以及侵袭性。我们已发现,本发明化合物具有强力抗肿瘤活性,该活性据相信借助于抑制涉及信号转导步骤的PI3K-α和-δ酶而获得,这些信号转导步骤引起肿瘤细胞增殖和存活以及使肿瘤细胞转移的侵袭性和迁移能力。
因此,本发明化合物具有作为抗肿瘤剂的价值,具体来说,作为哺乳动物癌细胞增殖、存活、活动、播散以及侵袭的选择性性抑制剂,从而抑制肿瘤生长和存活并抑制转移性肿瘤生长。确切地说,本发明化合物具有在抑制和/或治疗实体肿瘤疾病方面作为抗增殖性及抗侵袭性药剂的价值。确切地说,本发明化合物预期有用于预防或治疗对PI3K-α和/或-δ酶的抑制敏感且涉及信号转导步骤的那些肿瘤,这些信号转导步骤引起肿瘤细胞增殖和存活以及使肿瘤细胞转移的迁移能力和侵袭性。另外,本发明化合物预期有用于预防或治疗单独或部分地通过抑制PI3K-α和/或-δ酶来介导的那些肿瘤,即这些化合物可以用于在需要该治疗的温血动物中产生PI3K-α和/或-δ酶抑制作用。
根据本发明的另一个方面,提供一种具有化学式(I)的化合物或其医药学上可接受的盐,如上文所定义在如人类的温血动物中用作药物。
根据本发明的另一个方面,提供一种具有化学式(I)的化合物或其医药学上可接受的盐,如上文所定义适用于在如人类的温血动物中产生抗增殖性作用。
根据本发明的这一方面的另一个特征,提供一种具有化学式(I)的化合物或其医药学上可接受的盐,如上文所定义适用于在如人类的温血动物中作为抑制和/或治疗实体肿瘤疾病的抗侵袭性药剂。
根据本发明的另一个方面,提供一种具有化学式(I)的化合物或其医药学上可接受的盐的用途,如上文所定义用于在如人类的温血动物中产生抗增殖性作用。
根据本发明的这一方面的另一个特征,提供一种具有化学式(I)的化合物或其医药学上可接受的盐的用途,如上文所定义在药物制造中适用于在如人类的温血动物中产生抗增殖性作用。
根据本发明的这一方面的另一个特征,提供一种具有化学式(I)的化合物或其医药学上可接受的盐的用途,如上文所定义在药物制造中适用于在如人类的温血动物中作为抑制和/或治疗实体肿瘤疾病的抗侵袭性药剂。
根据本发明的这一方面的另一个特征,提供一种在需要治疗的温血动物(如人类)中产生抗增殖性作用的方法,该方法包括向所述动物给予有效量的如上定义的具有化学式(I)的化合物或其医药学上可接受的盐。
根据本发明的这一方面的另一个特征,提供一种通过在需要治疗的温血动物(如人类)中抑制和/或治疗实体肿瘤疾病来产生抗侵袭性作用的方法,该方法包括向所述动物给予有效量的如上定义的具有化学式(I)的化合物或其医药学上可接受的盐。
根据本发明的另一个方面,提供一种具有化学式(I)的化合物或其医药学上可接受的盐,如上文所定义适用于在如人类的温血动物中预防或治疗癌症。
根据本发明的另一个方面,提供一种具有化学式(I)的化合物或其医药学上可接受的盐的用途,如上文所定义在药物制造中适用于在如人类的温血动物中预防或治疗癌症。
根据本发明的这一方面的另一个特征,提供一种在需要治疗的温血动物(如人类)中预防或治疗癌症的方法,该方法包括向所述动物给予有效量的如上定义的具有化学式(I)的化合物或其医药学上可接受的盐。
根据本发明的另一个方面,提供一种具有化学式(I)的化合物或其医药学上可接受的盐,如上文所定义适用于在如人类的温血动物中预防或治疗实体肿瘤疾病。
根据本发明的另一个方面,提供一种具有化学式(I)的化合物或其医药学上可接受的盐的用途,如上文所定义在药物制造中适用于在如人类的温血动物中预防或治疗实体肿瘤疾病。
根据本发明的这一方面的另一个特征,提供一种在需要治疗的温血动物(如人类)中预防或治疗实体肿瘤疾病的方法,该方法包括向所述动物给予有效量的如上定义的具有化学式(I)的化合物或其医药学上可接受的盐。
根据本发明的另一个方面,提供一种具有化学式(I)的化合物或其医药学上可接受的盐,如上文所定义适用于预防或治疗对抑制会涉及信号转导步骤的PI3K-α和/或-δ酶敏感的那些肿瘤,这些信号转导步骤引起肿瘤细胞的增殖、存活、侵袭性以及迁移性能力。
根据本发明的这一方面的另一个特征,提供一种具有化学式(I)的化合物或其医药学上可接受的盐的用途,如上文所定义在药物制造中适用于预防或治疗对抑制会涉及信号转导步骤的PI3K-α和/或-δ酶敏感的那些肿瘤,这些信号转导步骤引起肿瘤细胞的增殖、存活、侵袭性以及迁移性能力。
根据本发明的这一方面的另一个特征,提供一种用于预防或治疗对抑制会涉及信号转导步骤的PI3K-α和/或-δ酶敏感的那些肿瘤的方法,这些信号转导步骤引起肿瘤细胞的增殖、存活、侵袭性以及迁移性能力,该方法包括向所述动物给予有效量的如上文所定义的具有化学式(I)的化合物或其医药学上可接受的盐。
根据本发明的另一个方面,提供一种具有化学式(I)的化合物或其医药学上可接受的盐,如上文所定义适用于提供PI3K-α和-δ酶抑制作用。
根据本发明的这一方面的另一个特征,提供一种具有化学式(I)的化合物或其医药学上可接受的盐的用途,如上文所定义在药物制造中适用于提供PI3K-α和-δ酶抑制作用。
根据本发明的另一个方面,还提供一种用于提供PI3K-α和-δ酶抑制作用的方法,该方法包括给予有效量的如上文所定义的具有化学式(I)的化合物或其医药学上可接受的盐。
如上文所述,某些本发明化合物针对PI3K-α和-δ酶的效力实质上比针对其他PI3激酶或其他激酶的效力更好。这些化合物具有针对PI3K-α和-δ酶的足够效力,它们可以按足以抑制PI3K-α和-δ酶同时针对PI3K-β酶和针对大多数其他激酶显示极少活性的量使用。这些化合物可能有用于选择性抑制PI3K-α和-δ酶并且可能有用于有效治疗例如PI3K-α和/或-δ酶驱动的肿瘤。
根据本发明的这一方面,提供一种具有化学式(I)的化合物或其医药学上可接受的盐,如上文所定义适用于提供选择性PI3K-α和-δ酶抑制作用。
根据本发明的这一方面的另一个特征,提供一种具有化学式(I)的化合物或其医药学上可接受的盐的用途,如上文所定义在药物制造中适用于提供选择性PI3K-α和-δ酶抑制作用。
根据本发明的另一个方面,还提供一种用于提供选择性PI3K-α和-δ酶抑制作用的方法,该方法包括给予有效量的如上文所定义的具有化学式(I)的化合物或其医药学上可接受的盐。
“选择性PI3K-α和-δ酶抑制作用”意指具有化学式(I)的化合物针对PI3K-α和-δ酶的效力比针对其他1类PI3激酶的效力更强,并且总体上展示出关于更宽PI3激酶家族的其他成员和在包括酪氨酸和ser/thr激酶的更宽激酶类别中的良好选择性。
根据本发明的另一个特征,提供一种具有化学式(I)的化合物或其医药学上可接受的盐,如在此之前所定义适用于治疗乳腺癌;胃(Stomach/Gastric)癌和食管癌;非小细胞肺癌(NSCLC),包括鳞状细胞癌(SCC)和腺癌、头颈部(H&N)的SCC;妇科癌症(包括子宫内膜癌、卵巢癌以及子宫颈癌);以及血液科癌症,如多发性骨髓瘤、淋巴瘤以及白血病(包括慢性淋巴细胞白血病(CLL)、急性淋巴母细胞白血病(ALL)以及套细胞淋巴瘤(MCL))。
根据本发明的这一方面的另一个特征,提供一种具有化学式(I)的化合物或其医药学上可接受的盐,如在此之前所定义适用于治疗膀胱癌、脑/CNS癌、结肠直肠癌、肺癌(所有其他形式)、胆囊癌和胆管癌、以及皮肤癌。
根据本发明的这一方面的另一个特征,提供一种具有化学式(I)的化合物或其医药学上可接受的盐,如在此之前所定义适用于治疗前列腺癌、骨癌、肾癌、肝癌、黑素瘤癌、胃肠组织癌、胰脏癌、睾丸癌、甲状腺癌、阴茎癌、外阴癌以及经由突变、扩增或其他畸变具有PI3激酶依赖性的其他肿瘤类型。
根据本发明的这一方面的另一个特征,提供一种用于治疗需要治疗的温血动物(如人类)中的乳腺癌、胃癌和食管癌、NSCLC(包括SCC和腺癌、H&N的SCC)、妇科癌症(包括子宫内膜癌、卵巢癌以及子宫颈癌)以及血液科癌症(如多发性骨髓瘤、淋巴瘤以及白血病(包括CLL、ALL以及MCL))的方法,该方法包括给予有效量的如上文所定义的具有化学式(I)的化合物或其医药学上可接受的盐。
根据本发明的这一方面的另一个特征,提供一种用于治疗需要治疗的温血动物(如人类)中的膀胱癌、脑/CNS癌、结肠直肠癌、肺癌(所有其他形式)、胆囊癌和胆管癌、以及皮肤癌的方法,该方法包括给予有效量的如上文所定义的具有化学式(I)的化合物或其医药学上可接受的盐。
根据本发明的这一方面的另一个特征,提供一种用于治疗需要治疗的温血动物(如人类)中的前列腺癌、骨癌、肾癌、肝癌、黑素瘤癌、胃肠组织癌、胰脏癌、睾丸癌、甲状腺癌、阴茎癌、外阴癌以及经由突变、扩增或其他畸变具有PI3激酶依赖性的其他肿瘤类型的方法,该方法包括给予有效量的如上文所定义的具有化学式(I)的化合物或其医药学上可接受的盐。
根据本发明的另一个特征,提供一种具有化学式(I)的化合物或其医药学上可接受的盐的用途,如在此之前所定义在药物制造中适用于治疗乳腺癌、胃癌和食管癌、NSCLC(包括SCC和腺癌、H&N的SCC)、妇科癌症(包括子宫内膜癌、卵巢癌以及子宫颈癌)以及血液科癌症(如多发性骨髓瘤、淋巴瘤以及白血病(包括CLL、ALL以及MCL))。
根据本发明的这一方面的另一个特征,提供一种具有化学式(I)的化合物或其医药学上可接受的盐的用途,如在此之前所定义在药物制造中适用于治疗膀胱癌、脑/CNS癌、结肠直肠癌、肺癌(所有其他形式)、胆囊癌和胆管癌、以及皮肤癌。
根据本发明的这一方面的另一个特征,提供一种具有化学式(I)的化合物或其医药学上可接受的盐的用途,如在此之前所定义在药物制造中适用于治疗前列腺癌、骨癌、肾癌、肝癌、黑素瘤癌、胃肠组织癌、胰腺癌、睾丸癌、甲状腺癌、阴茎癌、外阴癌以及经由突变、扩增或其他畸变具有PI3激酶依赖性的其他肿瘤类型。
在本发明的一个特征中,待治疗的癌症为乳癌。在这一特征的另一个方面中,该乳癌为雌激素受体阳性。在这一方面的一个实施例中,具有化学式(I)的化合物或其医药学上可接受的盐与如在此所定义的抗激素剂组合给予。在这一方面的另一个实施例中,实例3与如在此所定义的抗激素剂组合给予。在这一方面的另一个实施例中,实例3与奥拉帕尼或其医药学上可接受的盐组合,并且任选地进一步与如在此所定义的抗激素剂组合给予。在这一方面的另一个实施例中,实例3与AZD5363或其医药学上可接受的盐组合,并且任选地进一步与如在此所定义的抗激素剂组合给予。
在表明癌症治疗的一个方面中,应了解,这可能指预防转移以及治疗转移(即癌症扩散)。因此,本发明化合物可能用于治疗不具有转移的患者而终止转移发生,或延长转移发生前的时间段,以及针对已具有转移的患者来治疗转移本身。此外,癌症治疗可能指治疗确定的原发性肿瘤(多种)和发展中的原发性肿瘤(多种)。因此,在一个方面中,癌症治疗涉及预防转移。在本发明的另一个方面中,癌症治疗涉及治疗转移。在本发明的另一个方面中,癌症治疗涉及治疗确定的原发性肿瘤(多种)或发展中的原发性肿瘤(多种)。
如上文所述,具有化学式(I)的化合物的体内作用可以部分通过在给予具有化学式(I)的化合物之后在人体或动物体内形成的一种或多种代谢物(如如上文所定义的具有化学式A的化合物)来发挥。
特定本发明化合物针对PI3激酶-α和-δ的效力比优于针对其他I类PI3激酶同工型(如β和γ)的效力更好。在一个方面中,本发明化合物具有相比于PI3K-β或-γ针对PI3K-α和-δ的选择性。
因此,本发明还涵盖一种用于抑制患者中的PI3激酶-α的方法,该方法包括向患者给予有效抑制该患者中的磷酸肌醇3-激酶-α的量的具有化学式(I)的化合物或其医药学上可接受的盐。
因此,本发明还涵盖一种用于抑制患者中的PI3激酶-α和-δ的方法,该方法包括向患者给予有效抑制该患者中的PI3激酶-α和-δ的量的具有化学式(I)的化合物或其医药学上可接受的盐。
具有化学式(I)的化合物或其医药学上可接受的盐为PI3激酶的抑制剂,在各种其他疾病病况中也具有潜在治疗用途。举例来说,PI3激酶在促进血管树(即血管平滑肌细胞)中(蒂贝里(Thyberg),《欧洲细胞生物学杂志》 (European Journal of Cell Biology),1998,76(1),33-42),和肺(气管平滑肌细胞)中(克雷姆斯卡亚V.P.(Krymskaya,V.P.),《生物药物》 (BioDrugs),2007,21(2),85-95)的平滑肌增殖方面起重要作用。血管平滑肌细胞的过度增殖在侵袭性血管程序之后在形成动脉粥样硬化斑中和在发展新生内膜增生中起重要作用(施瓦兹(Scwartz)等人,《心血管疾病进展》 (Progress in Cardiovascular Disease),1984,26,355-372;克洛斯(Clowes)等人,《实验室研究》(Laboratory Investigations),1978,39,141-150。此外,气管平滑肌细胞的过度增殖在哮喘和慢性支气管炎背景下引起COPD的发展。因此,可以使用PI3激酶活性的抑制剂来预防血管再狭窄、动脉粥样硬化以及COPD。
PI3激酶在白细胞功能(富勒(Fuller)等人,《免疫学杂志》(The  Journal of Immunology),1999,162(11),6337-6340;埃德(Eder)等人,《生 物化学杂志》(The Journal of Biological Chemistry),1998,273(43),28025-31)和淋巴细胞功能(韦森特-曼萨纳雷斯(Vicente-Manzanares)等人,《免 疫学杂志》,1999,163(7),4001-4012)中也起重要作用。举例来说,白细胞与发炎内皮的粘附涉及通过PI3激酶依赖性信号传导过程激活内源性白细胞整合素。此外,嗜中性白细胞中的氧化爆发(西冈(Nishioka)等人,《FEBS快报》(FEBS Letters),1998,441(1),63-66和康德利夫A.M.(Condliffe,A.M.)等人,《血液》,2005,106(4),1432-40)和细胞骨架重组(基什(Kirsch)等人,《美国国家科学院论文集》(Proceedings National  Academy of Sciences USA),1999,96(11),6211-6216)似乎涉及PI3激酶信号传导。嗜中性白细胞迁移和定向移动也取决于PI3激酶活性(坎普斯M.(Camps,M.)等人,《自然·医学》,2005,11(9),936-43和萨都C.(Sadhu,C.)等人,《免疫学杂志》,2003,170(5),2647-54)。因此,PI3激酶的抑制剂可以有用于减少在炎症位点处的白细胞粘附和激活并且因此可以用于治疗急性和/或慢性炎性病症。PI3激酶在淋巴细胞增殖和激活中也起重要作用(弗鲁曼(Fruman)等人,《科学》,1999,283(5400),393-397)。确切地说,PI3K-δ对B细胞发育和功能为至关重要的,包括IgM特异性抗体诱导的B细胞增殖(奥肯海于格K(Okkenhaug K)等人,《科学》,2002,297 (5583),1031-1034)、B细胞受体诱导的DNA合成与增殖以及IL-4-诱导的存活(比兰恰A(Bilancio A)等人,《血液》,2006,107,642-650)。这些观察结果表明,PI3K-δ在不能通过其他多种I类PI3K补偿的B细胞功能中具有至关重要且非冗余的作用。考虑到淋巴细胞在自体免疫疾病中的重要作用,可以使用PI3激酶活性的抑制剂来治疗这些病症(隆美尔C(Rommel C),坎普斯M(Camps M)以及吉H(Ji H),《自然综述·免疫学》(Nat Rev  Immunol),2007,1038,191-201)。
上文所定义的抗癌治疗可以按单独疗法形式施用,或除本发明的化合物外,还可以涉及常规外科手术或放射线疗法或化学疗法。该化学疗法可以包括以下抗肿瘤剂类别中的一者或多者:-
(i)如肿瘤医学中所用的抗增生性/抗赘生性药物和其组合,如烷基化剂(例如顺铂、奥赛力铂、卡铂、环磷酰胺、氮芥子气、美法仑、苯丁酸氮芥、白消安、替莫唑胺以及亚硝基脲);抗代谢物(例如吉西他滨和抗叶酸制剂,如氟嘧啶,如5-氟尿嘧啶和喃氟啶、拉替曲泽、甲氨喋呤、胞嘧啶阿拉伯糖苷以及羟基脲);抗肿瘤抗生素(例如蒽环霉素,如阿霉素、博莱霉素、小红莓、道诺霉素、表柔比星、艾达霉素、丝裂霉素C、更生霉素以及光神霉素);抗有丝分裂剂(例如长春花生物碱,如长春新碱、长春碱、长春地辛以及长春瑞滨,和紫杉类,如紫杉醇和多烯紫杉醇,以及polo激酶抑制剂);以及拓扑异构酶抑制剂(例如表鬼臼毒素,如依托泊苷和替尼泊苷,安吖啶、拓朴替康以及喜树碱);
(ii)抗激素剂,如抗雌激素(例如他莫昔芬、氟维司群、托瑞米芬、雷诺昔酚、屈洛昔芬以及艾多昔芬)、抗雄激素(例如比卡鲁胺、氟他胺、尼鲁米特以及乙酸环丙孕酮)、LHRH拮抗剂或LHRH激动剂(例如戈舍瑞林、亮丙瑞林以及布舍瑞林)、孕激素(例如乙酸甲地孕酮)、芳香酶抑制剂(例如阿那曲唑、来曲唑、维拉唑以及依西美坦)以及5α还原酶抑制剂(如非那雄安);
(iii)生长因子功能和其下游信号传导路径的抑制剂:包括任何生长因子或生长因子受体目标的Ab调节剂,由施特恩(Stern)等人《肿瘤学/血液学 的重要综述》(Critical Reviews in Oncology/Haematology),2005,54,第11-29页)综述;也包括这些目标的小分子抑制剂,例如激酶抑制剂,实例包括抗erbB2抗体曲妥珠单抗[HerceptinTM]、抗EGFR抗体帕尼单抗、抗EGFR抗体西妥昔单抗[Erbitux,C225]以及酪氨酸激酶抑制剂,包括erbB受体家族的抑制剂,如表皮生长因子家族受体(EGFR/erbB1)酪氨酸激酶抑制剂,如吉非替尼或埃罗替尼,erbB2酪氨酸激酶抑制剂,如拉帕替尼,以及混合erb1/2抑制剂,如阿法替尼;类似策略可供用于生长因子和其受体的其他类别,例如肝细胞生长因子家族或其受体(包括c-met和ron)的抑制剂;胰岛素和胰岛素生长因子家族或其受体(IGFR、IR)的抑制剂、血小板衍生的生长因子家族或其受体(PDGFR)的抑制剂以及通过其他受体酪氨酸激酶(如c-kit、AnLK以及CSF-1R)介导的信号传导的抑制剂;
还包括在更宽PI3激酶信号传导路径中靶向信号传导蛋白质的调节剂,例如其他PI3激酶同工型(如PI3K-β)和ser/thr激酶(如AKT、mTOR、PDK、SGK、PI4K或PIP5K)的抑制剂;
还包括以上未列出的丝氨酸/苏氨酸激酶的抑制剂,举例来说,如维罗非 的raf抑制剂,如司美替尼(AZD6244)的MEK抑制剂,如伊马替尼或尼罗替尼的Ab1抑制剂,如依鲁替尼的Btk抑制剂,如福他替尼的Syk抑制剂,极光激酶抑制剂(例如AZD1152),如JAK、STAT以及IRAK4的其他ser/thr激酶抑制剂,以及细胞周期素依赖性激酶抑制剂;
iv)DNA损伤信号传导路径的调节剂,例如PARP抑制剂(例如奥拉帕尼)、ATR抑制剂或ATM抑制剂;
v)细胞凋亡和细胞死亡路径的调节剂,如Bcl家族调节剂(例如ABT-263/Navitoclax、ABT-199);
(vi)抗血管生成剂,如抑制血管内皮生长因子的作用的那些药剂,[例如抗血管内皮细胞生长因子抗体贝伐单抗(AvastinTM)和例如VEGF受体酪氨酸激酶抑制剂,如索拉非尼、阿西替尼帕佐泮尼、舒尼替尼以及凡德他尼(以及通过其他机制起作用的化合物(例如利诺胺、整合素αvβ3功能的抑制剂以及血管生长抑素))];
(vii)血管破坏剂,如考布他汀A4;
(viii)抗侵袭剂,例如c-Src激酶家族抑制剂,如(达沙替尼,《药物化 学杂志》(J.Med.Chem.),2004,47,6658-6661)和伯舒替尼(SKI-606),以及金属蛋白酶抑制剂,如马立马司他、尿激酶纤维蛋白溶酶原激活剂受体功能的抑制剂或针对肝素酶的抗体];
(ix)免疫疗法方法,包括例如增加患者肿瘤细胞的免疫原性的离体和体内方法,如以如白介素2、白介素4或粒细胞-巨噬细胞集落刺激因子的细胞因子转染,减少T细胞无变应性的方法,使用如细胞因子转染的树突状细胞的经转染免疫细胞的方法,使用细胞因子转染的肿瘤细胞系的方法,以及使用抗个体基因型抗体的方法。特定实例包括靶向PD-1(例如BMS-936558)或CTLA4(例如伊匹单抗和曲美单抗)的单克隆单抗
(x)反义或基于RNAi的疗法,例如有关所列目标的那些疗法。
(xi)基因疗法方法,包括例如置换异常基因(如异常p53或异常BRCA1或BRCA2)的方法;GDEPT(基因定向酶前药疗法)方法,如使用胞嘧啶脱氨酶、胸苷激酶或细菌性硝基还原酶的那些方法;以及增强患者对化学疗法或放射线疗法的耐受性的方法(如多重耐药性基因疗法)。
根据本发明的这一方面,提供一种适用于治疗癌症的组合,包括如上文所定义的具有化学式(I)的化合物或其医药学上可接受的盐和另一种抗肿瘤剂,尤其是在上文的(i)-(xi)下所列的抗肿瘤剂中的任一者。确切地说,以上在(i)-(xi)下所列的抗肿瘤剂为待治疗的特定癌症的护理标准;本领域普通技术人员应了解“护理标准”的含义。
因此,在本发明的另一个方面中,提供一种具有化学式(I)的化合物或其医药学上可接受的盐与另一种抗肿瘤剂的组合,尤其是选自于在此上文的(i)-(xi)下所列的一者的抗肿瘤剂。
在本发明的另一个方面中,提供一种具有化学式(I)的化合物或其医药学上可接受的盐与另一种抗肿瘤剂的组合,尤其是选自在上文的(i)下所列的一者的抗肿瘤剂。
在本发明的另一个方面中,提供一种适用于治疗癌症的组合,包括如上文所定义的具有化学式(I)的化合物或其医药学上可接受的盐和在上文的(i)下所列的任一种抗肿瘤剂。
在本发明的另一个方面中,提供一种适用于治疗癌症的组合,包括如上文所定义的具有化学式(I)的化合物或其医药学上可接受的盐和紫杉类,如紫杉醇或紫杉德,适宜地为紫杉德。
在本发明的另一个方面中,提供一种具有化学式(I)的化合物或其医药学上可接受的盐与另一种抗肿瘤剂的组合,尤其是选自于在此上文的(ii)下所列的一者的抗肿瘤剂。
在本发明的另一个方面中,提供一种适用于治疗癌症的组合,包括如上文所定义的具有化学式(I)的化合物或其医药学上可接受的盐和在上文的(ii)下所列的抗激素剂中的任一者,例如在上文的(ii)中所列的抗雌激素中的任一者。
在本发明的另一个方面中,提供一种具有化学式(I)的化合物或其医药学上可接受的盐与mTOR抑制剂的组合,如WO 2008/023161中所披露的那些mTOR抑制剂,例如
在本发明的另一个方面中,提供一种适用于治疗癌症的组合,包括如上文所定义的具有化学式(I)的化合物或其医药学上可接受的盐和mTOR抑制剂,如WO 2008/023161中所披露的那些mTOR抑制剂,例如
确切地说,mTOR抑制剂为AZD2014,它具有以下结构:
在一个方面中,具有化学式(I)的化合物与AZD2014的以上组合适用于治疗ER阳性乳癌,任选地与护理性激素疗法标准组合。
在本发明的另一个方面中,提供一种具有化学式(I)的化合物或其医药学上可接受的盐与PI3K-β的抑制剂的组合。
具有化学式(I)的化合物与PI3K-β的抑制剂的组合可以尤其有用于治疗肿瘤,例如前列腺肿瘤、乳房肿瘤(例如三阴性乳房肿瘤)、鳞状细胞NSCLC以及肾癌,其中PTEN背景缺失。
在本发明的另一个方面中,提供一种适用于治疗癌症的组合,包括如上文所定义的具有化学式(I)的化合物或其医药学上可接受的盐和PI3K-β的抑制剂。
在一个方面中,在此所述的PI3K-β的抑制剂也具有一些PI3K-δ抑制活性。
在本发明的另一个方面中,提供一种具有化学式(I)的化合物或其医药学上可接受的盐与PI3K-β的抑制剂的组合,如国际专利申请WO2011/051704中的实例中的任一者。
在本发明的另一个方面中,提供一种适用于治疗癌症的组合,包括如上文所定义的具有化学式(I)的化合物或其医药学上可接受的盐和PI3K-β的抑制剂,如国际专利申请WO 2011/051704中的实例中的任一者。
在本发明的另一个方面中,提供一种具有化学式(I)的化合物或其医药学上可接受的盐与PI3K-β和PI3K-δ的抑制剂的组合,该抑制剂如8-((1R)-1-(3,5-二氟苯氨基)乙基)-N,N-二甲基-2-N-吗啉基-4-氧代-4H-色烯-6-甲酰胺(国际专利申请WO 2011/051704中的实例3.06b,也被称作AZD8186)或其医药学上可接受的盐:
在本发明的另一个方面中,提供一种适用于治疗癌症的组合,包括如上文所定义的具有化学式(I)的化合物或其医药学上可接受的盐和PI3K-β与PI3K-δ的抑制剂,该抑制剂如8-((1R)-1-(3,5-二氟苯氨基)乙基)-N,N-二甲基-2-N-吗啉基-4-氧代-4H-色烯-6-甲酰胺(国际专利申请WO 2011/051704中的实例3.06b,也被称作AZD8186)或其医药学上可接受的盐:
在本发明的另一个方面中,提供一种具有化学式(I)的化合物或其医药学上可接受的盐与AKT激酶的抑制剂的组合,该抑制剂如(S)-4-氨基-N-(1-(4-氯苯基)-3-羟丙基)-1-(7H-吡咯并[2,3-d]嘧啶-4-基)哌啶-4-甲酰胺(AZD5363)或其医药学上可接受的盐(参见例如WO 2009/047563)。
具有化学式(I)的化合物与AKT抑制剂的组合可以尤其有用于治疗PIK3CA基因中突变流行率更高的肿瘤,如ER阳性乳癌、子宫内膜癌、卵巢癌、鳞状细胞NSCLC、胃癌、膀胱癌以及胆道癌。
在本发明的另一个方面中,提供一种适用于治疗癌症的组合,包括如上文所定义的具有化学式(I)的化合物或其医药学上可接受的盐和AKT激酶的抑制剂,该抑制剂如(S)-4-氨基-N-(1-(4-氯苯基)-3-羟丙基)-1-(7H-吡咯并[2,3-d]嘧啶-4-基)哌啶-4-甲酰胺(AZD5363)或其医药学上可接受的盐(参见例如WO 2009/047563)。
在本发明的另一个方面中,提供一种具有化学式(I)的化合物或其医药学上可接受的盐与奥拉帕尼(4-[3-(4-环丙烷羰基-哌嗪-1-羰基)-4-氟-苯甲基]-2H-酞嗪-1-酮)或其医药学上可接受的盐的组合。
具有化学式(I)的化合物与奥拉帕尼的组合可以尤其有用于或者BRCA野生型或者缺失型的三阴性乳癌和雌激素受体阳性(ER阳性)乳癌两者中,尤其是具有PIK3CA基因突变的那些癌症。
在本发明的另一个方面中,提供一种适用于治疗癌症的组合,包括如上文所定义的具有化学式(I)的化合物或其医药学上可接受的盐和奥拉帕尼(4-[3-(4-环丙烷羰基-哌嗪-1-羰基)-4-氟-苯甲基]-2H-酞嗪-1-酮)或其医药学上可接受的盐。
本发明的特定组合包括在此的实例化合物(或其医药学上可接受的盐)和如上文所述的mTOR抑制剂、PI3Kβ抑制剂、AKT激酶的抑制剂或奥拉帕尼中的任一者。本发明的另外的特定组合包括实例3(或其医药学上可接受的盐)和如上文所述的mTOR抑制剂、PI3Kβ抑制剂、AKT激酶的抑制剂或奥拉帕尼。本发明的另外的特定组合包括实例3(或其医药学上可接受的盐)和如上文所述的PI3Kβ抑制剂、AKT激酶的抑制剂或奥拉帕尼(或这三者中的任一者的医药学上可接受的盐)。本发明组合的再另一个特定实例包括实例3(或其医药学上可接受的盐);和AZD8186、AZD5363以及奥拉帕尼(或这三者中的任一者的医药学上可接受的盐)中的任一者。本发明组合的另一个实例包括实例3和AZD2014。
在所有以上组合中,应了解,该组合也可以在如本领域普通技术人员所了解的护理治疗标准下给予,如上文(i)到(xi)的其他治疗。举例来说,当预期使用以上组合中的任一者来治疗ER阳性乳癌时,可以使用护理性激素疗法标准(如在上文的(ii)下所列的那些药剂)以及本发明的组合。在其他方面中,适当地,护理标准可以选自以上(i)。
因此,在本发明的另一个方面中,提供一种适用于治疗癌症的三重组合
a)一种具有化学式(I)的化合物(如实例3)或其医药学上可接受的盐;
b)一种mTOR抑制剂、PI3Kβ抑制剂、AKT激酶的抑制剂或奥拉帕尼或其医药学上可接受的盐;以及
c)用于待治疗的癌症的护理疗法标准。
适当地,如本领域普通技术人员所了解,护理疗法标准可以根据其常见给药方案给予。
根据本发明的另一个方面,提供一种医药组合物,包括具有化学式(I)的化合物或其医药学上可接受的盐与选自于在此上文的(i)-(xi)下所列的一者的抗肿瘤剂的组合,以及医药学上可接受的稀释剂或载剂。
根据本发明的另一个方面,提供一种医药组合物,包括实例3或其医药学上可接受的盐与选自于在此上文的(i)-(xi)下所列的一者的抗肿瘤剂的组合,以及医药学上可接受的稀释剂或载剂。
根据本发明的另一个方面,提供一种医药组合物,包括实例3或其医药学上可接受的盐与AZD5363、AZD8186或奥拉帕尼(或这三者中的任一者的医药学上可接受的盐)的组合以及医药学上可接受的稀释剂或载剂。
根据本发明的另一个方面,提供一种用于治疗癌症的医药组合物,包括具有化学式(I)的化合物或其医药学上可接受的盐与选自于在此上文的(i)-(ix)下所列的一者的抗肿瘤剂的组合,以及医药学上可接受的稀释剂或载剂。
根据本发明的另一个方面,提供一种用于治疗癌症的医药组合物,包括实例3或其医药学上可接受的盐与选自于在此上文的(i)-(xi)下所列的一者的抗肿瘤剂的组合,以及医药学上可接受的稀释剂或载剂。
根据本发明的另一个方面,提供一种用于治疗癌症的医药组合物,包括实例3或其医药学上可接受的盐与AZD5363、AZD8186或奥拉帕尼(或这三者中的任一者的医药学上可接受的盐)的组合以及医药学上可接受的稀释剂或载剂。
根据本发明的另一个特征,提供一种具有化学式(I)的化合物或其医药学上可接受的盐与选自于在此上文的(i)-(xi)下所列的一者的抗肿瘤剂的组合的用途,它是用于制造用于温血动物(如人类)的癌症的药物。
根据本发明的另一个特征,提供实例3或其医药学上可接受的盐与选自于在此上文的(i)-(xi)下所列的一者的抗肿瘤剂的组合的用途,它是用于制造用于温血动物(如人类)的癌症的药物。
根据本发明的另一个特征,提供实例3或其医药学上可接受的盐与AZD5363、AZD8186或奥拉帕尼(或这三者中的任一者的医药学上可接受的盐)的组合的用途,它是用于制造用于温血动物(如人类)的癌症的药物。
因此,在本发明的另一个特征中,提供一种治疗需要治疗的温血动物(如人类)的癌症的方法,该方法包括向所述动物给予有效量的具有化学式(I)的化合物或其医药学上可接受的盐与选自于在此上文的(i)-(xi)下所列的一者的抗肿瘤剂的组合。
因此,在本发明的另一个特征中,提供一种治疗需要治疗的温血动物(如人类)的癌症的方法,该方法包括向所述动物给予有效量的实例3或其医药学上可接受的盐与选自于在此上文的(i)-(xi)下所列的一者的抗肿瘤剂的组合。
因此,在本发明的另一个特征中,提供一种治疗需要治疗的温血动物(如人类)的癌症的方法,该方法包括向所述动物给予有效量的实例3或其医药学上可接受的盐与AZD5363、AZD8186或奥拉帕尼(或这三者中的任一者的医药学上可接受的盐)的组合。
根据本发明的另一个方面,提供一种试剂盒,包括具有化学式(I)的化合物或其医药学上可接受的盐与选自于在此上文的(i)-(xi)下所列的一者的抗肿瘤剂的组合。
根据本发明的另一个方面,提供一种试剂盒,包括:
a)呈一个第一单位剂型的一种具有化学式(I)的化合物或其医药学上可接受的盐;
b)呈一个第二单位剂型的一种选自于在此上文的(i)-(xi)下所列的一者的抗肿瘤剂;以及
c)用于容纳所述第一和所述第二剂型的容器装置。
根据本发明的另一个方面,提供一种试剂盒,包括:
a)呈一个第一单位剂型的一种具有化学式(I)的化合物或其医药学上可接受的盐;
b)呈一个第二单位剂型的一种选自于在此上文的(i)-(xi)下所列的一者的抗肿瘤剂;
c)用于容纳所述第一和所述第二剂型的容器装置;以及任选的
d)使用说明书。
根据本发明的另一个方面,提供一种试剂盒,包括:
a)呈一个第一单位剂型的一种具有化学式(I)的化合物或其医药学上可接受的盐;
b)呈一个第二单位剂型的mTOR抑制剂,如WO 2008/023161中所披露的那些mTOR抑制剂,例如
以及
c)用于容纳所述第一和所述第二剂型的容器装置。
根据本发明的另一个方面,提供一种试剂盒,包括:
a)呈一个第一单位剂型的一种具有化学式(I)的化合物或其医药学上可接受的盐;
b)呈一个第二单位剂型的PI3K-β的抑制剂,如国际专利申请WO2011/051704中的实例中的任一者或其医药学上可接受的盐;以及
c)用于容纳所述第一和所述第二剂型的容器装置。
根据本发明的另一个方面,提供一种试剂盒,包括:
a)呈一个第一单位剂型的一种具有化学式(I)的化合物或其医药学上可接受的盐;
b)呈一个第二单位剂型的PI3K-β的抑制剂,如国际专利申请WO2011/051704中的实例中的任一者或其医药学上可接受的盐;
c)用于容纳所述第一和所述第二剂型的容器装置;以及任选的
d)使用说明书。
根据本发明的另一个方面,提供一种试剂盒,包括:
a)呈一个第一单位剂型的一种具有化学式(I)的化合物或其医药学上可接受的盐;
b)呈一个第二单位剂型的PI3K-β和PI3K-δ的抑制剂,它为8-((1R)-1-(3,5-二氟苯氨基)乙基)-N,N-二甲基-2-N-吗啉基-4-氧代-4H-色烯-6-甲酰胺(国际专利申请WO 2011/051704中的实例3.06b,也被称作AZD8186)或其医药学上可接受的盐;以及
c)用于容纳所述第一和所述第二剂型的容器装置。
根据本发明的另一个方面,提供一种试剂盒,包括:
a)呈一个第一单位剂型的一种具有化学式(I)的化合物或其医药学上可接受的盐;
b)呈一个第二单位剂型的PI3K-β和PI3K-δ的抑制剂,它为8-((1R)-1-(3,5-二氟苯氨基)乙基)-N,N-二甲基-2-N-吗啉基-4-氧代-4H-色烯-6-甲酰胺(国际专利申请WO 2011/051704中的实例3.06b,也被称作AZD8186)或其医药学上可接受的盐;
c)用于容纳所述第一和所述第二剂型的容器装置;以及任选的
d)使用说明书。
根据本发明的另一个方面,提供一种试剂盒,包括:
a)呈一个第一单位剂型的一种具有化学式(I)的化合物或其医药学上可接受的盐;
b)呈一个第二单位剂型的AKT激酶的抑制剂,如(S)-4-氨基-N-(1-(4-氯苯基)-3-羟丙基)-1-(7H-吡咯并[2,3-d]嘧啶-4-基)哌啶-4-甲酰胺或其医药学上可接受的盐(AZD5363,参见例如WO 2009/047563);
c)用于容纳所述第一和所述第二剂型的容器装置;以及任选的
d)使用说明书。
根据本发明的另一个方面,提供一种试剂盒,包括:
a)呈一个第一单位剂型的一种具有化学式(I)的化合物或其医药学上可接受的盐;
b)呈一个第二单位剂型的AKT激酶的抑制剂,如(S)-4-氨基-N-(1-(4-氯苯基)-3-羟丙基)-1-(7H-吡咯并[2,3-d]嘧啶-4-基)哌啶-4-甲酰胺或其医药学上可接受的盐(AZD5363,参见例如WO 2009/047563);以及
c)用于容纳所述第一和所述第二剂型的容器装置。
根据本发明的另一个方面,提供一种试剂盒,包括:
a)呈一个第一单位剂型的一种具有化学式(I)的化合物或其医药学上可接受的盐;
b)呈一个第二单位剂型的AKT激酶的抑制剂,如(S)-4-氨基-N-(1-(4-氯苯基)-3-羟丙基)-1-(7H-吡咯并[2,3-d]嘧啶-4-基)哌啶-4-甲酰胺或其医药学上可接受的盐(AZD5363,参见例如WO 2009/047563);
c)用于容纳所述第一和所述第二剂型的容器装置;以及任选的
d)使用说明书。
根据本发明的另一个方面,提供一种试剂盒,包括:
a)呈一个第一单位剂型的一种具有化学式(I)的化合物或其医药学上可接受的盐;
b)呈一个第二单位剂型的奥拉帕尼(4-[3-(4-环丙烷羰基-哌嗪-1-羰基)-4-氟-苯甲基]-2H-酞嗪-1-酮)或其医药学上可接受的盐;以及
c)用于容纳所述第一和所述第二剂型的容器装置。
根据本发明的另一个方面,提供一种试剂盒,包括:
a)呈一个第一单位剂型的一种具有化学式(I)的化合物或其医药学上可接受的盐;
b)呈一个第二单位剂型的奥拉帕尼(4-[3-(4-环丙烷羰基-哌嗪-1-羰基)-4-氟-苯甲基]-2H-酞嗪-1-酮)或其医药学上可接受的盐;
c)用于容纳所述第一和所述第二剂型的容器装置;以及任选的
d)使用说明书。
在所有以上组合、用途、治疗方法以及试剂盒中,AZD5363、AZD8186以及奥拉帕尼可以呈游离碱形式或呈医药学上可接受的盐形式。因此,在一个实施例中,AZD5363呈游离碱形式;在另一个实施例中,AZD5363呈医药学上可接受的盐形式。在另一个实施例中,AZD8186呈游离碱形式;在另一个实施例中,AZD8186呈医药学上可接受的盐形式。在另一个实施例中,奥拉帕尼呈游离碱形式;在另一个实施例中,奥拉帕尼呈医药学上可接受的盐形式。
虽然具有化学式(I)的化合物主要具有作为用于温血动物(包括人类)的治疗剂的价值,但它们也有用在需要抑制PI3激酶-α和-δ的作用的任何时候。因此,它们有用于作为用于发展新生物测试以及搜寻新药理学药剂中的药理学标准。
在此,当使用术语“组合”时,应了解,这一术语是指同时、分别或依序给药。在本发明的一个方面中,“组合”是指同时给药。在本发明的另一个方面中,“组合”是指分别给药。在本发明的另一个方面中,“组合”是指依序给药。当给药是依序或分别进行时,给予第二组分不应延迟以致失去有利的作用。
在一个实施例中,依序治疗涉及在11天的时间段内给予该组合的每一组分。在另一个实施例中,这一时间段为10天。在另一个实施例中,这一时间段为9天。在另一个实施例中,这一时间段为8天。在另一个实施例中,这一时间段为7天。在另一个实施例中,这一时间段为6天以内。在另一个实施例中,这一时间段为5天以内。在另一个实施例中,这一时间段为4天以内。在另一个实施例中,这一时间段为3天以内。在另一个实施例中,这一时间段为2天以内。在另一个实施例中,这一时间段为24小时以内。在另一个实施例中,这一时间段为12小时以内。
依序和共同给药均在此于BT474模型中使用实例3和AZD5363的组合实验中举例说明。在这个实例中,依序给药通过给予AZD5363持续2天,继之以实例3持续2天,接着为3天不给予任一药剂,随后重复该模式(“剂量周期”)来说明。共同给药通过以下给药方案来说明,其中AZD5363和实例3均给予2天,继之以5天不给予任一药剂。在这两个实例中,依序给药似乎在引起肿瘤消退方面更有效,展示出使方案达到最佳的潜在重要性。其他可能的共同给药方案包括:
1)AZD5363和实例3均给予2天,继之以3天不给予任一药剂的剂量周期;
2)AZD5363和实例3均给予3天,继之以4天不给予任一药剂的剂量周期;
3)AZD5363和实例3均给予4天,继之以3天不给予任一药剂的剂量周期;
4)AZD5363和实例3均给予5天,继之以2天不给予任一药剂的剂量周期;
5)AZD5363和实例3每隔一天给予的剂量周期
6)AZD5363和实例3每三天给予的剂量周期
7)AZD5363和实例3以每周时程给予,给药之间间隔3和4天(例如星期一/星期四)的剂量周期
8)AZD5363和实例3以每周时程给予,给药之间间隔2和3天(例如星期一/星期三/星期五)的剂量周期
具有化学式(I)的化合物、尤其实例3与mTOR抑制剂(如AZD2014或PI3K-β抑制剂(如β/δ抑制剂AZD8186))的组合可以适当地以与上文关于实例3和AZD5363的组合所述的那些方案类似的方案给予。
具有化学式(I)的化合物和奥拉帕尼的组合可以根据以下方案给予,其中奥拉帕尼每天给予且具有化学式(I)的化合物根据间歇性给药时程给予(如2天给药,继之以3到5天不给药)。
这些说明性给药方案中的每一者包括本发明的另一个方面。这些说明性给药方案中的每一者也可以与在以上(i)到(xi)中列出的其他抗肿瘤剂组合施用。
在既定剂量周期内,给予该组合的一种特定组分,随后为另一种组分(即依序给药)可为有利的。
因此,在一个实施例中,依序给药包括在剂量周期内依序给予具有化学式(I)的化合物(尤其实例3),随后给予在以上(i)到(xi)中所列的另一种抗肿瘤剂,尤其是选自AZD5363、AZD8186以及奥拉帕尼的抗肿瘤剂。
在另一个实施例中,依序给药包括在剂量周期内依序给予在以上(i)到(xi)中所列的抗肿瘤剂,尤其是选自AZD5363、AZD8186以及奥拉帕尼的抗肿瘤剂,随后给予具有化学式(I)的化合物(尤其实例3)。
在一个实施例中,在以上(i)到(xi)中所列的抗肿瘤剂和具有化学式(I)的化合物相隔最多2天给予。在另一个实施例中,在以上(i)到(xi)中所列的抗肿瘤剂和具有化学式(I)的化合物相隔最多1天给予。在另一个实施例中,在以上(i)到(xi)中所列的抗肿瘤剂和具有化学式(I)的化合物相隔最多18小时给予。在另一个实施例中,在以上(i)到(xi)中所列的抗肿瘤剂和具有化学式(I)的化合物相隔最多12小时给予。在另一个实施例中,在以上(i)到(xi)中所列的抗肿瘤剂和具有化学式(I)的化合物相隔最多6小时给予。在另一个实施例中,在以上(i)到(xi)中所列的抗肿瘤剂和具有化学式(I)的化合物相隔最多3小时给予。
在另一个实施例中,剂量周期的长度可以为5到10天。
在另一个实施例中,剂量周期的长度可以为6到10天。
在另一个实施例中,剂量周期的长度可以为7到9天。
在另一个实施例中,剂量周期的长度可以为6到8天。
在另一个实施例中,剂量周期的长度可以为10天。
在另一个实施例中,剂量周期的长度可以为9天。
在另一个实施例中,剂量周期的长度可以为8天。
在另一个实施例中,剂量周期的长度可以为7天。
在另一个实施例中,剂量周期的长度可以为6天。
在另一个实施例中,剂量周期的长度可以为5天。
在其他实施例中,剂量周期可以涉及在6到9天剂量周期长度内,具有化学式(I)的化合物(尤其实例3)给予2-4个连续日且其他几天不给予。
在其他实施例中,剂量周期可以涉及在6到9天剂量周期长度(例如长度为7天)内,具有化学式(I)的化合物(尤其实例3)给予3-4个连续日且其他几天不给予。
在其他实施例中,剂量周期可以涉及在7到10天剂量周期长度内,具有化学式(I)的化合物(尤其实例3)给予3-5个连续日且其他几天不给予。
在其他实施例中,剂量周期可以涉及在6到9天剂量周期长度内,具有化学式(I)的化合物(尤其实例3)给予5个连续日且其他几天不给予。
在其他实施例中,剂量周期可以涉及在6到9天剂量周期长度(例如长度为7天)内,具有化学式(I)的化合物(尤其实例3)给予4个连续日且其他几天不给予。
在其他实施例中,剂量周期可以涉及在6到9天剂量周期长度内,具有化学式(I)的化合物(尤其实例3)给予3个连续日且其他几天不给予。
剂量周期可以相隔数天,在此期间不给予活性组合组分。
可以在典型地根据常见处方给药时程进行的护理疗法标准之上添加如上所述的组合疗法。
个人化医疗
本发明的另一个方面是基于鉴别编码磷酸肌醇-3-激酶的基因的状态、催化性α多肽(PIK3CA)以及用具有化学式(I)的化合物治疗的易感性之间的联系。因此,这一方面提供用于选择用具有化学式(I)的化合物治疗的患者,尤其是癌症患者和/或避免更不可能与该治疗发生治疗反应的患者治疗而由此避免不必要的治疗以及可能与该无效治疗有关的任何副作用的机会、方法以及工具。
本发明涉及患者选择工具和方法(包括个人化药物)。该选择是基于待治疗的肿瘤细胞是具有野生型抑或突变型PIK3CA基因。PIK3CA基因状态可以因此用作PI3K-α和-δ抑制剂的治疗易感性的生物标记。
明确需要将针对以下患者富集或用于选择这些患者的生物标记:这些患者的肿瘤将对PI3K-α和-δ抑制剂(如具有化学式(I)的化合物)治疗起反应。鉴别最可能对药剂起反应的患者的患者选择生物标记在癌症治疗中为理想的,因为它们减少具有非反应性肿瘤的患者的不必要治疗,从而减少这些药剂的潜在副作用。
生物标记可以描述为“作为正常生物过程、致病过程或对治疗性干预的药理学反应的指示剂客观地经测量且评估的特性”。生物标记为与一种特定病状或疾病有关的任何可鉴别且可测量的指示剂,其中在生物标记的存在或含量与该病状或疾病的一些方面(包括该病状或疾病的存在、它的含量或变化含量、它的类型、它的阶段、它的易感性或对用于治疗该病状或疾病的药物的反应)之间存在相关性。相关性可以为定性的、定量的或定性且定量的。典型地,生物标记为化合物、化合物片段或化合物组。这些化合物可以为在生物体中发现或通过生物体产生的任何化合物,包括蛋白质(和肽)、核酸以及其他化合物。
生物标记可以具有预测能力,并且因此可以用于预测或检测特定病状或疾病的存在、含量、类型或阶段(包括特定微生物或毒素的存在或含量)、对特定病状或疾病的易感性(包括遗传易感性)或对特定治疗(包括药物治疗)的反应。据认为在药物发现和发展的未来,生物标记将通过改良研究与发展程序的效率而发挥日益重要的作用。生物标记可以用作诊断剂、疾病进展监测剂、治疗监测剂以及临床结果预测剂。举例来说,不同生物标记研究项目试图鉴别出特定癌症和特定心血管疾病以及免疫疾病的标记。据相信新的经验证的生物标记的发展将使医疗和药物发展成本显著降低,并且使多种疾病和病状的治疗显著改善。
为了最佳设计临床试验并且为了从这些试验获得最多信息,生物标记可以为需要的。该标记在替代物和肿瘤组织中可以为可测量的。这些标记理想地也将与功效相关并且由此可以最终用于患者选择。
因此,本发明的这一方面的根本技术问题为鉴别对用具有化学式(I)的化合物治疗的患者分类的方法。该技术问题通过提供在此的权利要求书和/或说明书中所表征的实施例来解决。
如在此的实例中所详述,发现具有PIK3CA突变的细胞的生长总体上更易受具有化学式(I)的化合物抑制。
本发明提供一种测定细胞对具有化学式(I)的化合物的敏感性的方法。该方法包括测定所述细胞中的PIK3CA基因状态。如果这些细胞具有突变的PIK3CA基因,那么这些细胞经鉴别为可能对具有化学式I的化合物敏感。因此预测具有突变的PIK3CA基因的那些患者尤其易受具有化学式(I)的化合物治疗影响。如果一个细胞在细胞生长分析中抑制细胞数目增加(或者经由抑制细胞增殖和/或者经由增加细胞死亡),那么将该细胞定义为对具有化学式(I)的化合物敏感。本发明方法有用于预测更可能通过生长抑制对具有化学式(I)的化合物起反应的细胞。
本发明进一步部分地基于可以用于测定患者对具有化学式(I)的化合物的反应的方法,包括确定是否给予具有化学式(I)的化合物。确切地说,本发明方法包括测定PIK3CA的基因状态。突变的PIK3CA基因的存在指示肿瘤细胞当与具有化学式(I)的化合物接触时更可能通过生长抑制起反应。PIK3CA基因状态可以因此用于选择用具有化学式(I)的化合物治疗的患者。
此外,披露一种用于鉴别可能对具有化学式(I)的化合物敏感的患者的体外方法。还披露了提供能够检测PIK3CA基因的突变状态的寡或聚核苷酸引物或探针的用途。还披露用于检测PIK3CA突变的′试剂盒的用途,包括(但不限于)由诊断公司(包括凯杰(Qiagen)和罗氏分子系统(RocheMolecular Systems))出售的PIK3CA突变检测试剂盒。在另一个实施例中,本发明涉及一种用于确定罹患癌症的患者是否可能为使用具有化学式(I)的化合物的药物治疗的反应者的体外方法,所述方法包括以下步骤:(i)获得代表先前从所述患者收集的肿瘤的样品;以及(ii)确定所述样品中的PIK3CA基因是否包含突变。PIK3CA基因突变指示对具有化学式(I)的化合物治疗的反应可能性增加。作为单一基因生物标记测试,包含PIK3CA突变的肿瘤的鉴别将使对具有化学式(I)的化合物的反应增加。包含PIK3CA突变的单独肿瘤具有对具有化学式(I)的化合物起反应的最大可能性。
“代表肿瘤”的样品可以为经分离的实际肿瘤样品或者可以为已进一步加工的样品,例如从肿瘤样品进行PCR扩增的核酸样品。
定义:
在这一个人化医疗部分中:
“等位基因”是指遗传基因座的特定形式,通过它的特定核苷酸或氨基酸序列与其他形式相区分。
“扩增反应”为导致目标核酸优于非目标核酸进行特异性扩增的核酸反应。聚合酶链反应(PCR)为熟知扩增反应。
“癌症”在此用于指由于细胞转化成赘生性表型所出现的赘生性生长。该细胞转化通常涉及遗传突变。
“基因”为包含关于RNA产物的经调节生物合成的所有信息的DNA区段,包括启动子、外显子、内含子以及可以位于控制表达的5′或3′侧接区域内(不在该基因的转录部分内)的其他序列元件。
“基因状态”是指该基因为野生型或者不是(即突变型)。
“标记”是指能够产生指示在分析样品中存在目标聚核苷酸的可检测信号的组合物。适合标记包括放射性同位素、核苷酸发色团、酶、底物、荧光分子、化学发光部分、磁性粒子、生物发光部分等。因此,标记为通过光谱、光化学、生物化学、免疫化学、电学、光学或化学手段可检测的任何组合物。
“非同义变异”是指基因编码序列中或与基因编码序列重叠的变异(变化),导致产生不同(经改变的)多肽序列。这些变异可能影响或可能不影响蛋白质功能并且包括错义变异体(导致一个氨基酸取代另一个)、无义变异体(由于产生过早终止密码子而产生截短多肽)以及插入/缺失变异体。
“同义变异”是指不影响所编码多肽的序列的基因编码序列中的变异(变化)。这些变异可以间接地(例如通过改变基因表达)影响蛋白质功能,但在不存在相反证据的情况下,总体上假定为无害的。
“核酸”是指单链或双链DNA和RNA分子,包括自然界中所发现的天然核酸和/或经修饰的具有经修饰的主链或碱基的人工核酸,如本领域中已知。
“引物”是指能够充当用于合成与待复制的核酸链互补的引物延伸产物的起始点的单链DNA寡核苷酸序列。引物的长度和序列必须使其能够引发延伸产物的合成。典型引物在与目标序列实质上互补的序列长度中包含至少约7个核苷酸,但略微更长的引物为优选的。通常,引物包含约15-26个核苷酸,但也可以采用更长或更短引物。
“多态位点”为基因座内导致在一个群体中发现至少两种替代性序列的位置。
“多态现象”是指在个体中在多态位点处所观察到的序列变异。多态现象包括核苷酸取代、插入、缺失以及微卫星,并且可以(但无需)引起基因表达或蛋白质功能方面可检测的差异。在不存在对表达或蛋白质功能的影响证据的情况下,包括非同义变异体的常见多态现象总体上视为包括在野生型基因序列的定义中。人类多态现象和相关注释的目录包括验证、观察的频率以及疾病关联,由NCBI(dbSNP:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/SNP/)维护。请注意,术语“多态现象(polymorphism)”当用于基因序列的情形中时不应与术语“多晶型现象(polymorphism)”当用于化合物的固态形式(即化合物的结晶或非晶性质)的情形中时混淆。本领域普通技术人员将通过其背景了解所需的含义。
“探针”是指具有与待检测的等位基因的目标序列完全互补的序列的单链序列特异性寡核苷酸。
“反应”是通过根据实体肿瘤反应评估准则(Response EvaluationCriteria in Solid Tumours;RECIST)进行的测量来定义,涉及将患者主要分成两个组:显示部分反应或稳定疾病的组和显示进行性疾病的迹象的组。
“严格的杂交条件”是指在42℃下在包括50%甲酰胺、5×SSC(750mM NaCl、75mM柠檬酸三钠)、50mM磷酸钠(pH 7.6)、5×邓哈特溶液(Denhardt′s solution)、10%硫酸葡聚糖以及20pg/mI变性剪切的鲑鱼精子DNA的溶液中孵育过夜,继之以在0.1×SSC中在约65℃下洗涤过滤物。
“存活”涵盖患者的整体存活和无进展存活。
“整体存活(OS)”定义为从给药开始到由于任何原因死亡的时间。“无进展存活(PFS)”定义为从给药开始到第一次出现进行性疾病或由于任何原因死亡的时间。
根据本发明的一个方面,提供一种用于选择用具有化学式(I)的化合物治疗的患者的方法,该方法包括从患者提供包含肿瘤细胞的样品;确定包含患者的肿瘤细胞的样品中的PIK3CA基因为野生型抑或突变型;以及基于以上来选择用具有化学式(I)的化合物治疗的患者。
该方法可以包括或不包括实际患者样品分离步骤。因此,根据本发明的一个方面,提供一种用于选择用具有化学式(I)的化合物治疗的患者的方法,该方法包括确定先前从患者分离的包含肿瘤细胞的样品中的PIK3CA基因为野生型抑或突变型;以及基于以上来选择用具有化学式(I)的化合物治疗的患者。
在一个实施例中,如果肿瘤细胞DNA具有突变型PIK3CA基因,那么选择该患者用具有化学式(I)的化合物治疗。在其他实施例中,肿瘤细胞DNA具有野生型PIK3CA基因的患者不选择用具有化学式(I)的化合物治疗。
根据本发明的另一个方面,提供一种用于预测患者对具有化学式(I)的化合物的反应的方法,该方法包括确定患者的肿瘤细胞中的PIK3CA基因为野生型抑或突变型以及基于以上,预测患者对用具有化学式(I)的化合物治疗的反应。
根据本发明的另一个方面,提供一种用于测定在罹患癌症的人类患者中用具有化学式I的化合物治疗的有效性的可能性的方法,该方法包括:测定患者的肿瘤细胞中的PIK3CA基因(多个)为野生型抑或突变型以及基于以上,预测患者对用具有化学式(I)的化合物治疗的反应。
为了本发明的目的,野生型的基因状态打算表明基因的正常或恰当表达以及所编码蛋白质的正常功能。相比之下,突变型状态打算表明异常或不当基因表达,或蛋白质功能改变的表达,与癌症中突变型PIK3CA的已知作用(如在此所述)一致。任何数目的遗传或后生变化(包括(但不限于)突变、扩增、缺失、基因组重排或甲基化特征变化)可以导致突变体状态。然而,如果这些变化仍然引起正常蛋白质或功能上等效变异体的恰当表达,那么该基因状态被视为野生型。典型地将不产生功能突变型基因状态的变异体实例包括同义编码变异体和常见多态现象(同义或非同义)。如下文所讨论,基因状态可以通过功能分析来评估,或者它可以从与参考序列的检测偏差的性质推断。
在某些实施例中,PIK3CA基因的野生型或突变型状态通过这些基因中非同义核酸变异的存在或缺乏来确定。所观察的非同义变异对应于未标注功能作用的已知常见多态现象,不促成突变型基因状态。
PIK3CA基因中意味着突变型状态的其他变异包括剪接位点变异,这些变异在前体mRNA加工成mRNA期间降低内含子/外显子接合点的识别。这可以导致外显子跳跃或在剪接mRNA中包括通常内含的序列(内含子滞留或采用隐含的剪接接合点)。这可以转而通过插入和/或缺失促使产生相对于正常蛋白质的异常蛋白质。因此,在其他实施例中,如果在内含子/外显子接合点处存在改变剪接位点识别序列的变异体,那么该基因具有突变型状态。
另外,具有异常或失调PIK3CA或PI3K-α的肿瘤中的另外的基因(如Kras,一种潜在抗性标记)的突变状态或激活状态的测量可以有助于提高个人化药物方法的预测。
在我们于阿斯特拉捷利康进行的关于乳癌(基于COSMIC数据库(韦尔科姆基金会桑格研究所(Welcome Trust Sanger Institute),2011年9月)的调查中,从覆盖>5千种人类肿瘤的整个数据集鉴别出PIK3CA基因中>55种不同突变。大部分突变以<1%频率发生,3种以1%-3%频率发生,但4种突变占总PIK3CA突变的约88%。这些突变为C端激酶结构域中的激酶结构域错义突变H1047R(55%)和H1047L(5%),以及螺旋结构域残基E545K(18%)和E542K(11%)。虽然并不打算为穷尽性的,但其他普遍的乳癌突变的更长清单涵盖R38H、R38C、R88Q、N345K、C420R、E453Q、P539R、E542K、E545K、E545A、Q546K、Q546P、M1043I、M1043V、H1047R、H1047L、H1047Y。因此,诊断分析可以被构建成聚焦于检测最常见突变,由此允许鉴别大部分PIK3CA突变。举例来说,来自罗氏分子系统的Cobas(TM)PIK3CA突变测试经设计以检测从福尔马林固定的石蜡嵌埋的肿瘤样品分离的DNA中PIK3CA基因的外显子1、4、7、9以及20中的17种突变(E542K、E545A、E545G、E545K、E545D、Q546K、Q546R、Q546E、Q546L、N345K、C420R、R88Q、H1047L、H1047R、H1047Y、G1049R以及M1043I)。这一试剂盒能够拾取ER阳性乳癌中的约95%突变。突变分布在其他肿瘤类型中不同并且诊断策略可以相应地调适。举例来说,在子宫内膜癌中,相比于乳癌,扩散在整个PIK3CA基因编码序列中的突变分布更均匀并且蛋白质N端区域中的突变数目更多(由医学博士道格拉斯A.莱文(Douglas A.Levine,M.D)传达,TCGA第2次年度研讨会,2012年11月28日)。
关于PIK3CA,参考序列可供用于基因(基因库寄存编号:NG_012113)、mRNA(基因库寄存编号:NM_006218)以及蛋白质(基因库寄存编号:NP_006209或Swiss-Prot寄存号:P42336)。参考基因(基因组区域)序列包括上游序列的5000个碱基的下游序列的2000个碱基。PIK3CA内的突变众所周知(COSMIC数据库-韦尔科姆基金会桑格研究所),并且本领域普通技术人员将能够基于与野生型比较DNA或蛋白质序列来确定PIK3CA基因状态,即特定PIK3CA基因为野生型抑或突变型。
关于PI3激酶α蛋白质序列的PIK3CA和p110α催化亚基所披露的基因和mRNA序列显然各自为代表性序列。在正常个体中,每种基因存在两个拷贝(母本和父本拷贝),这些拷贝将可能具有一些序列差异,此外在一个群体内将存在基因序列的许多等位基因变异体。视为野生型的其他序列包括具有以下的序列:核酸序列的一种或多种同义变化(这些变化不改变所编码的蛋白质序列)、改变蛋白质序列但不影响蛋白质功能的非同义常见多态现象(例如生殖系多态现象)以及内含子非剪接位点序列变化。
根据本发明的另一个方面,提供一种用于测定在罹患癌症的人类患者中用具有化学式(I)的化合物治疗的有效性的可能性的方法,该方法包括:检测所述患者的PIK3CA基因中相对于野生型基因的至少一种非同义核酸变化的存在或缺乏,其中在PIK3CA基因中存在至少一种体细胞非同义核酸变化指示用具有化学式(I)的化合物治疗可能为有效的。
根据本发明的另一个方面,提供一种用于评估个体对用具有化学式(I)的化合物治疗的易感性的方法,该方法包括:
(i)确定个体的肿瘤细胞DNA中PIK3CA基因的非同义突变状态;以及,
(ii)通过参考肿瘤细胞中PIK3CA基因的非同义突变状态来测定个体对用具有化学式(I)的化合物治疗的可能易感性。
存在本领域普通技术人员可获得的以确定PIK3CA的基因状态的许多技术。基因状态可以通过测定核酸序列来确定。这可以经由对全长基因进行直接测序或分析该基因内的特异性位点,例如一般突变位点。
用于确定PIK3CA基因为野生型抑或突变型的替代性手段为评估转录基因的功能。这一PIK3CA基因的功能突变产生脂质激酶活性增加的蛋白质,引起细胞中该路径的下游信号传导增加,包括(但不限于)Akt和S6激酶的激活。当PIK3CA变异体在细胞中表达时,用于评估它们功能状态的分析包括(但不限于):
(i)增加具有PIK3CA基因三磷酸磷脂酰肌醇(PI(3,4,5)P3)的激酶活性的产物的产生;
(ii)增加磷酸化Akt或S6激酶的含量;
(iii)增加用PIK3CA变异体转染的NIH-3T3细胞的聚集和集落形成;(池上T(Ikenoue T)等人,《癌症研究》,200565,4562-4567)。
样品
待测试基因状态的患者样品可以为从个体获得或从个体可获得的任何包含肿瘤组织或肿瘤细胞的样品。测试样品宜为从个体获得的血液样品、口腔抹片、活检体或其他体液或组织。特定实例包括:循环肿瘤细胞、血浆或血清中的循环DNA、从卵巢癌患者的腹水液分离的细胞、具有肿瘤的患者肺内的肺痰、来自乳癌患者的细针抽出物、尿液、外周血液、细胞刮片、毛囊、皮肤钻孔或面颊样品。
应了解,测试样品同样可以为对应于测试样品中的序列的核酸序列,换句话说,样品核酸中的所有或一部分区域可以在分析之前先使用任何便利技术(例如聚合酶链反应(PCR))扩增。核酸可以为基因组DNA或者部分分离的或全细胞RNA。在特定实施例中,RNA为全细胞RNA且直接用作使用随机引物或poly A引物来标记一个第一链cDNA的模板。可以根据标准方法从测试样品提取该样品中的核酸或蛋白质(参见格林(Green)和萨姆布鲁克(Sambrook)编,《分子克隆实验指南》(Molecular Cloning:A LaboratoryManual),(2012,第4版,第1-3卷,ISBN 9781936113422),纽约州冷泉港的冷泉港实验室出版社(Cold Spring Harbor Laboratory Press,Cold SpringHarbor,N.Y.))。
本发明的诊断方法可以使用先前从个体或患者获取的样品进行。这些样品可以通过冷冻或固定以及嵌埋于福尔马林-石蜡或其他介质中来保存。可替代地,可以获得且使用包含新鲜肿瘤细胞的样品。
可以使用来自任何肿瘤的细胞应用本发明方法。用具有化学式(I)的化合物治疗的适合肿瘤已在上文中描述。
在临床肿瘤中广泛发现PIK3CA突变,但每一基因突变的流行率随肿瘤组织类型显著不同。举例来说,PIK3CA突变在乳癌中相对常见,但在肾脏肿瘤中相对罕见。
表1.
表1:临床样品中PIK3CA突变的流行率。PIK3CA信息来源为COSMIC数据库(v62版)。本发明的患者选择方法可以尤其有用于存在PIK3CA突变的高发生率的疾病(组织)区段(例如乳房、泌尿道、子宫内膜、大肠、子宫颈等)。
如本领域普通技术人员将显而易知,随着新的且更全面的数据从如TCGA(癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas))和ICGC(国际癌症基因组联盟(International Cancer Genome Consortium))的人类癌症基因组分析协会(Human Cancer Genome profiling consortia)出现,这一频率数据持续地得到改进与更新。因此,可以鉴别具有PIK3CA依赖性的其他肿瘤类型且其适用于用在此所述的化合物治疗。
检测核酸的方法
在本发明的上下文中,可以采用突变型PIK3CA核酸的检测来预测对药物治疗的反应。因为这些基因中的突变发生在DNA层面,所以本发明方法可以基于检测基因组DNA的突变或变化,以及转录物和蛋白质本身。所希望的可以是通过分析转录物和/或多肽来确认基因组DNA突变,以便确保所检测的突变实际上在该受试者中表达。
本领域普通技术人员将清楚,存在可以用于检测基因中一个或多个位置处变异体核苷酸的存在或缺乏的大量分析程序。一般来说,等位基因变异的检测需要突变辨别技术、任选的扩增反应(如基于聚合酶链反应的扩增反应)以及任选的信号产生系统。在本领域中可获得多种突变检测技术并且这些突变检测技术可以与信号产生系统组合使用,在本领域中可获得许多信号产生系统。检测等位基因变异的许多方法由诺劳(Nollau)等人,《临床化学 》(Clin.Chem.),1997,43,1114-1120;安德森SM.(Anderson SM.)《分 子诊断学专家评论》(Expert Rev Mol Diagn.),2011,11,635-642;迈耶森M.(Meyerson M.)等人,《自然综述·遗传学》,2010,11,685-696综述;以及综述于标准教科书中,例如《突变检测的实验室方案》(“Laboratory  Protocols for Mutation Detection”),由U.兰德格伦(U.Landegren)编,牛津大学出版社(Oxford University Press),1996和《PCR》(“PCR”),第2版,由牛顿(Newton)和格雷安(Graham)编,拜尔斯科学出版社有限公司(BIOS Scientific Publishers Limited),1997。
如上所指出,测定具有癌症的患者中存在或缺乏PIK3CA基因的特定变化或多种变化可以按多种方式进行。此类测试通常使用从生物样品收集的DNA或RNA进行,这些生物样品例如组织活检体、尿液、大便、痰、血液、细胞、组织刮片、乳房抽出物或其他细胞物质,并且可以通过多种方法进行,这些方法包括(但不限于)PCR、与等位基因特异性探针杂交、酶突变检测、错配的化学裂解、质谱或DNA测序,包括微测序。
适合的突变检测技术包括扩增阻碍突变系统(ARMSTM)、扩增阻碍突变系统线性延伸(ALEXTM)、竞争性寡核苷酸引发系统(COPS)、塔克曼(Taqman)、分子信标(Molecular Beacons)、限制性片段长度多态现象(RFLP)以及基于限制位点的PCR以及荧光共振能量转移(FRET)技术。
在特定实施例中,用于测定生物标记基因内的核苷酸所用的方法是选自:等位基因特异性扩增(等位基因特异性PCR)(如扩增阻碍突变系统(ARMS))、测序、等位基因辨别分析、杂交、限制性片段长度多态现象(RFLP)或寡核苷酸连接分析(OLA)。
在特定实施例中,与等位基因特异性探针杂交可以通过以下来进行:(1)溶液中结合到具有经标记样品的固相(例如玻璃、硅、尼龙膜)的等位基因特异性寡核苷酸,例如,如同在许多DNA芯片应用中;或(2)溶液中的经结合样品(通常为经克隆DNA或PCR扩增的DNA)和经标记寡核苷酸(或者等位基因特异性或者较短以便允许通过杂交来测序)。诊断测试可以涉及一组变化,通常在固体支撑物上,这使得能够同时测定一种以上变化。这些杂交探针在本领域中为熟知的(参见例如格林和萨姆布鲁克编,《分子克隆实验指南》,(2012,第4版,第1-3卷,ISBN 9781936113422),纽约州冷泉港的冷泉港实验室出版社)并且可以跨越两个或更多个变化位点。
因此,在一个实施例中,检测至少一种突变的存在或缺乏使包含假定突变位点的PIK3CA核酸与至少一个核酸探针接触。探针优先在选择性杂交条件下与包括变化位点且在该变化位点处包含互补核苷酸碱基的核酸序列杂交。杂交可以使用本领域普通技术人员已知的标记用可检测标记来检测。这些标记包括(但不限于)放射性、荧光、染料以及酶标记。
在另一个实施例中,检测至少一种突变的存在或缺乏使包含假定突变位点的PIK3CA核酸与至少一个核酸引物接触。引物优选在选择性杂交条件下与包括变化位点且在该变化位点处包含互补核苷酸碱基的核酸序列杂交。
用作特异性扩增的引物的寡核苷酸可以携带与分子中间(因此扩增取决于差异性杂交;参见例如吉布斯(Gibbs)等人,1989,《核酸研究》(Nucl. Acids Res.)17,2437-248)或在一个引物的3′远端处的所关注的突变互补的核苷酸碱基,其中在恰当的条件下,可以防止错配或减少聚合酶延伸(参见例如普罗森纳(Prossner),1993,《蒂布技术》(Tibtech)11238)。
在又另一个实施例中,检测至少一种突变的存在或缺乏包括对至少一种核酸序列进行测序且比较所获得的序列与已知野生型核酸序列。
可替代地,至少一种突变的存在或缺乏包括质谱测定至少一种核酸序列。
在一个实施例中,检测至少一种核酸变化的存在或缺乏包括进行聚合酶链反应(PCR)。使包含假设变化的目标核酸序列扩增且测定经扩增的核酸的核苷酸序列。测定经扩增的核酸的核苷酸序列包括对至少一个核酸区段进行测序。可替代地,扩增产物可以使用能够根据它们的大小分离扩增产物的任何方法来分析,包括自动化和手动凝胶电泳等。
基因组核酸中的突变有利地通过基于扩增核酸片段中的活动位移的技术来检测。举例来说,陈(Chen)等人,《分析生物化学》(Anal Biochem)1996,239,61-9描述通过竞争性活动位移分析来检测单碱基突变。此外,基于马塞利诺(Marcelino)等人,《生物技术》(BioTechniques)1999,26,1134-1148的技术的分析可商购。
在特定实例中,可以使用毛细管异双螺旋分析以基于毛细管系统中双螺旋核酸的活动位移来检测突变的存在作为存在错配的结果。
从样品产生用于分析的核酸总体上需要核酸扩增。许多扩增方法依赖于酶链反应(如聚合酶链反应、连接酶链反应或自持续序列复制)或来自已进行克隆的所有或一部分载体。优选地,根据本发明的扩增为指数扩增,如通过例如聚合酶链反应所展现。
许多目标和信号扩增方法已描述于文献中,例如这些方法的总体综述描述于兰德格伦U.(Landegren,U.)等人,《科学》,1988 242,229-237和路易斯R.(Lewis,R.),《基因工程新闻》(Genetic Engineering News)1990,10,54-55中。这些扩增方法可以用于我们发明的方法中,并且包括聚合酶链反应(PCR)、原位PCR、连接酶扩增反应(LAR)、连接酶杂交、Qβ噬菌体复制酶、基于转录的扩增系统(TAS)、基因组扩增与转录物测序(GAWTS)、基于核酸序列的扩增(NASBA)以及原位杂交。适用于不同扩增技术的引物可以根据本领域中已知的方法制备。
聚合酶链反应(PCR)PCR为核酸扩增方法,尤其描述于美国专利第4,683,195号和第4,683,202号中。PCR由DNA聚合酶产生的引物延伸反应的重复周期组成。目标DNA为热变性的且使两个寡核苷酸杂交,这两个寡核苷酸支撑待扩增的DNA相对链上的目标序列。这些寡核苷酸变成引物用于DNA聚合酶。通过引物延伸复制DNA来制造两个链的第二拷贝。通过重复热变性、引物杂交以及延伸的周期,目标DNA可以在约二到四小时内扩增一百万倍或更多。PCR为分子生物学工具,它必须与检测技术结合用于测定扩增结果。PCR的优点为它通过将目标DNA的量在约4小时内扩增一百万到十亿倍来增加敏感性。PCR可以用于在诊断背景中扩增任何已知核酸(莫(Mok)等人,《妇科肿瘤学》(Gynaecologic Oncology),1994,52:247-252)。
如扩增阻碍突变系统(ARMSTM)的等位基因特异性扩增技术(牛顿等人,《核酸研究》,1989,17,2503-2516)也可以用于检测单碱基突变。在恰当的PCR扩增条件下,位于引物的3′末端的单碱基错配对完全匹配的等位基因的优先扩增来说已足够(牛顿等人,1989,前述),允许辨别密切相关的物质。使用上述引物的扩增系统的基础为具有错配3′-残基的寡核苷酸在恰当的条件下将不充当PCR引物。这一扩增系统允许在琼脂糖凝胶电泳之后仅通过检查反应混合物来进行基因分型。
扩增产物的分析可以使用能够根据它们的大小分离扩增产物的任何方法来进行,包括自动化和手动凝胶电泳、质谱等。
核酸分离、扩增以及分析方法对本领域普通技术人员来说为常规的并且方案的实例可以见于例如格林和萨姆布鲁克编,《分子克隆实验指南》,(2012,第4版,第1-3卷,ISBN 9781936113422),纽约州冷泉港的冷泉港实验室出版社)。PCR扩增中所用方法的尤其有用的方案来源为《PCR(基 础:从背景到实验台)》(PCR(Basics:From Background to Bench)),M.J.麦克弗森(M.J.McPherson),S.G.梅尔乐(S.G.Mailer),R.贝农(R.Beynon),C.豪(C.Howe),斯普林格出版社(Springer Verlag);第1版(2000年10月15日),ISBN:0387916008。
本发明还提供预测和诊断试剂盒,包括用于扩增PIK3CA基因中的目标核酸的简并引物;以及说明书,包括扩增方案和结果分析。该试剂盒也可以可替代地包括用于进行扩增以及扩增产物的分析的缓冲剂、酶以及容器。该试剂盒也可以为包括其他工具(如DNA微阵列或其他支撑物)的筛选或诊断试剂盒的组件。优选地,该试剂盒还提供一个或多个对照模板,如从正常组织样品分离的核酸;和/或一系列代表参考基因中的不同变化的样品。
在一个实施例中,该试剂盒提供两个或更多个引物对,每一对均能够扩增参考(PIK3CA)基因的不同区域(每一区域具有可能变化位点),由此提供用于分析生物样品在一个反应或若干平行反应中的若干基因变化的表达的试剂盒。
试剂盒中的引物可以经标记(例如荧光标记)以促进检测扩增产物以及随后分析核酸的变化。该试剂盒还可以允许在一个分析中检测一种以上变化。组合试剂盒将因此包括能够扩增参考基因的不同区段的引物。这些引物可以例如使用不同的荧光标记进行差示性标记,以便在这些变化之间进行区分。
还披露用于检测PIK3CA突变的′试剂盒的用途,包括(但不限于)由诊断公司(包括凯杰和罗氏分子系统)出售的PIK3CA突变检测试剂盒。
在另一个方面中,本发明提供一种治疗罹患癌症的患者的方法,该方法包括:确定患者的肿瘤细胞中的PIK3CA基因的突变型或野生型状态,并且如果PIK3CA基因为突变型,那么向该患者给予有效量的具有化学式(I)的化合物。
如在此所用,术语“有效”和“有效性”包括药理学有效性和生理学安全性两者。药理学有效性是指在患者中产生所希望的生物作用的治疗能力。生理学安全性是指由所给予治疗在细胞、器官和/或生物体层面上造成的毒性程度或其他不良生理学作用(通常称为副作用)。“更不有效”意指该治疗产生治疗学上显著更低程度的药理学有效性和/或治疗学上更大程度的不良生理学作用。
根据本发明的另一个方面,提供一种具有化学式(I)的化合物用于治疗患有已经鉴别为具有突变型PIK3CA基因的肿瘤细胞的癌症患者的用途。
根据本发明的另一个方面,提供一种具有化学式(I)的化合物,用于治疗具有已经鉴别为携带突变型PIK3CA基因的肿瘤细胞的癌症。
在另一个实施例中,本发明涉及包括具有化学式(I)的化合物的医药组合物,它用于预防和治疗具有已经鉴别为携带突变型PIK3CA基因的肿瘤细胞的癌症。
对于所有以上方面,所测定/鉴别的PIK3CA的突变体形式处于基因中的所有位置处。
对于所有以上方面,使用如乳癌的肿瘤作为一个实例,所测定/鉴别的PIK3CA的特定突变体形式为在R38、R88、N345、C420、E453、P539、E542K、E545K、Q546、M1043、M1043以及H1047R位置处者。
对于所有以上方面,使用如乳癌的肿瘤作为一个实例,所测定/鉴别的PIK3CA的特定突变体形式为在E542、E545以及H1047位置处者。
个人化医疗/个人化药物实例
肿瘤细胞系中的细胞增殖分析
在标准增殖分析中测定人类癌细胞系池对化合物作用的灵敏度。分析方案细节根据以上生物分析(g)撷取。
突变相关性分析
方法
从多种组织和从多种来源收集209种癌细胞系来获得测量对用实例3治疗起反应的细胞生长抑制的药理学数据。将每一细胞系分类为敏感性(G150<=1.0μM)或抗性(G150>1.0μM)。
每一细胞系中的基因突变状态通过整合来自内部(阿斯特拉捷利康)和公共来源的结果获得。公共数据包括来自以下的所有细胞系数据:癌症项目中的药物灵敏度的基因组学第3版(Genomics of Drug Sensitivity in CancerProject release 3)(伽尼特MJ(Garnett MJ)等人《自然》,2012年3月483,570-5)、癌细胞系百科全书项目(Cancer Cell Line Encyclopedia project)(巴雷蒂那J(Barretina J)等人,《自然》2012,483,603-7)以及癌症体细胞突变目录(Catalogue of Somatic Mutations In Cancer;COSMIC)数据库(v61版;http://www.sanger.ac.uk/genetics/CGP/cosmic/;福布斯SA(ForbesSA)等人《核酸研究》,2011,39(数据库发行号):D945-50;福布斯SA等人,《当前人类遗传学方案》(Curr Protoc Hum Genet.)2008;第10章:第10.11单元)以及所选期刊文章。不包括沉默编码区突变(同义变异体)和非同义多态现象,并且为了此分析的目的,忽略突变的接合子型式。对于细胞系和基因的每一组合,状态概述为突变型(MUT)、野生型(WT)或不一致(INCON)。通过衡量内部观察结果和COSMIC的癌细胞系项目(CancerCell Line Project;CCLP)子集的那些观察结果或通过在手动回顾之后选择状态来解决一些最初不一致的情况(相同细胞系中相同基因的独立WT和MUT观察结果)。在不可以解决不一致观察结果的情况下,在分析期间保留INCON标记且基因状态视为未知。
突变状态与反应之间的联系通过构筑每一基因的列联表且测定相应优势比和双尾费雪精确检验(two-tailed Fisher′s exact test)p值来鉴别。分类为反应边缘的细胞系已从初始分析排除,从而鉴别候选生物标记。关于突变状态,计数MUT或WT结果并且还排除少于4个WT或4个MUT细胞系的基因。
结果与讨论
如方法中所述鉴别突变状态与反应之间的联系。细胞系对实例3的反应以及PIK3CA基因的相应遗传状态展示于表3中。
表3.这项研究中所用的细胞系的PIK3CA基因的药理学数据、反应分类以及突变状态。
突变与对实例3的敏感性最强烈相关的基因为PIK3CA。177个PIK3CAWT细胞系中仅12个(7.7%)对实例3敏感,而作为PIK3CA突变体的32个细胞系中的15个(46.9%)为敏感的,对应于12.1的优势比和1.2×10-7的p值(参见表4)。
表4.PIK3CA突变状态和对实例3的反应的列联表.
如在此所表明,已报导具有异常或失调PIK3CA或PI3K-α的肿瘤中的另外的基因(如KRAS,一种潜在抗性标记)的突变状态或激活状态的测量可以有助于提高个人化药物方法的预测。
关于以上数据集,我们通过比较PIK3CA突变体细胞中的KRAS突变富集与该细胞系对抑制的反应来对此进行举例说明。分析限于包含两种基因的‘热点’突变的细胞系(在PIK3CA的密码子E542、E545以及H1047处和在KRAS的密码子K12、13以及Q61处)。这证明了在PIK3CA突变体细胞系中,KRAS突变赋予对实例3抑制的抗性。
-二十八个细胞系包含PIK3CA中的激活突变。
-包含激活PIK3CA突变和野生型KRAS基因的19个细胞系中的6个(31.6%)对实例3具有抗性。
-9个PIK3CA突变体细胞系中的7个(77.8%)包含共存KRAS突变且对实例3具有抗性。
这转化成7.5的优势比和0.042的p值(参见表5)。
表5.PIK3CA和KRAS突变状态和对实例3的反应的列联表。
实例
现将于下列实例中说明本发明,在这些实例中,总体上:
(i)除非另行说明,否则在环境温度(即在17℃到25℃范围内)下和在如氮气的惰性气体的气氛下进行操作;
(ii)通过旋转蒸发或利用Genevac设施在真空中进行蒸发且在通过过滤移除残余固体之后进行处理程序;
(iii)使用从德国达姆施塔特的默克公司(Merck,Darmstad,Germany)获得的预填充Merck正相Si60二氧化硅滤筒(粒度计:15-40或40-63μm)在自动化Armen Glider Flash:Spot II Ultimate(法国圣阿维的亚门仪器(Armen Instrument,Saint-Ave,France))上进行快速色谱纯化;
(iv)使用水(包含0.2%碳酸铵)与乙腈的极性递减混合物作为洗脱剂,在配备有ZMD或ZQ ESCi质谱仪和Waters X-Terra或Waters X-Bridge或Waters SunFire反相柱(C-18,5微米二氧化硅,19mm直径,100mm长度,流速40毫升/分钟)的Waters仪器(600/2700或2525)上进行制备色谱法;
(v)产率(当存在时)并不必需为可得到的最大值;
(vi)总体来讲,具有化学式I的最终产物的结构通过核磁共振(NMR)光谱法确认;根据6量表测量NMR化学位移值[使用Bruker Avance 500(500MHz)仪器测定质子磁共振光谱];除非另外说明,否则在环境温度下进行测量;已使用以下缩写:s,单峰;d,双重峰;t,三重峰;q,四重峰;m,多重峰;dd,双重峰的双重峰;ddd,双重峰的双重峰的双重峰;dt,三重峰的双重峰;bs,宽信号;
(vii)总体来讲,具有化学式I的最终产物也通过液相色谱后的质谱(LCMS)表征;LCMS是使用配备有Waters ZQ ESCi或ZMD ESCi质谱仪和X Bridge 5μm C-18柱(2.1×50mm)的Waters Alliance HT(2790和2795)以2.4mL/min的流速,使用95%A+5%C到95%B+5%C的溶剂系统进行4分钟,其中A=水,B=甲醇,C=1∶1甲醇∶水(包含0.2%碳酸铵);
(viii)中间物总体上未经完全表征且纯度通过薄层色谱、质谱、HPLC和/或NMR分析来评估;
(ix)通过将结晶物质样品安装在Bruker单硅晶体(SSC)晶片支架上且借助于显微镜载片将样品展布成薄层来测定(使用Bruker D4分析仪器)X射线粉末衍射光谱。使样品以每分钟30转离心(以改良计数统计)且用由在40kV和40mA下操作的铜制长细聚焦管产生的具有1.5418埃的波长的X射线来照射。使准直X射线源穿过设定在V20下的自动可变发散狭缝且引导反射的辐射穿过5.89mm防散射狭缝和9.55mm检测器狭缝。在2°到40°2θ范围内以θ-θ模式每0.00570°2θ增量使样品曝露0.03秒(连续扫描模式)。运作时间为3分钟36秒。该仪器装备有位置敏感性检测器(联凯(Lynxeye))。借助于用Diffract+软件操作的Dell Optiplex 686NT 4.0工作站进行控制和数据撷取。X射线粉末衍射领域的普通技术人员将认识到,峰的相对强度可以受例如大小在30微米以上的晶粒和非单一纵横比影响,这可能影响样品的分析。本领域普通技术人员也将认识到,反射位置可以受样品在衍射计中所处的确切高度和衍射计的零点校正影响。样品的表面平坦度也可能具有细微影响。因此,所呈现的衍射图数据不应视为绝对值;
(x)使用TA仪器(TA Instruments)Q1000DSC仪器进行差示扫描热量测定。典型地,在25℃到300℃的温度范围内以10℃/min的恒定加热速率加热含于配备有盖的标准铝盘中的小于5mg的物质。以50mL/min的流速使用采用氮气的净化气体;以及
(xi)已使用以下缩写:-
aq.水性
CDCl3    氘化氯仿
CHCl3    氯仿
DBU 1,8-二氮杂双环[5.4.0]十一-7-烯
DCM 二氯甲烷
DEA 二乙胺
DIPEA    N-乙基-N-异丙基丙-2-胺
DMA      N,N-二甲基乙酰胺
DMF N,N-二甲基甲酰胺
DMSO    二甲亚砜
DSC 差示扫描热量测定
DTAD    (E)-二氮烯-1,2-二甲酸二叔丁酯
EDCI    1-(3-二甲氨基丙基)-3-乙基碳化二亚胺盐酸盐
Ether 乙醚
EtOH    乙醇
EtOAc   乙酸乙酯
%ee 对映异构体过量%
HOPO    2-羟基-吡啶N-氧化物
HPLC    高效液相色谱
IPA 异丙醇
MeCN    乙腈
MeOH    甲醇
MIBK    甲基异丁基酮
MTBE    甲基叔丁醚
NMP 1-甲基-2-吡咯烷酮
rt  室温
sat.  饱和
sol.  溶液
THF 四氢呋喃
TEA 三乙胺
TBTU    四氟硼酸2-(1H-苯并[d][1,2,3]三唑-1-基)-1,1,3,3-四甲基异脲
v/v 体积/体积
TFA 三氟乙酸
实例1
1-(4-(5-(5-氨基-6-(5-叔丁基-1,3,4-噁二唑-2-基)吡嗪-2-基)-1-甲基-1H-1,2,4-三 唑-3-基)哌啶-1-基)-3-羟基丙-1-酮
将3-羟丙酸(30%v/v水溶液)(200μL,47.0mg,0.52mmol)蒸发到干燥,接着与甲苯共沸。将该酸溶解于NMP(1mL)中且添加分子筛(100mg,0.26mmol)、N-乙基-N-异丙基丙-2-胺(0.136mL,0.78mmol),接着添加四氟硼酸2-(1H-苯并[d][1,2,3]-三唑-1-基)-1,1,3,3-四甲基异脲(209mg,0.65mmol)。搅拌30分钟后,添加3-(5-叔丁基-1,3,4-噁二唑-2-基)-5-(1-甲基-3-(哌啶-4-基)-1H-1,2,4-三唑-5-基)吡嗪-2-胺(100mg,0.26mmol)且搅拌混合物2小时。通过制备型HPLC使用Waters X-Bridge反相柱(C-18,5微米二氧化硅,19mm直径,100mm长度,流速40ml/min)和水(包含0.2%碳酸铵)与乙腈的极性递减混合物作为洗脱剂来纯化反应混合物。
将包含所希望的化合物的洗脱份蒸发到干燥,得到呈透明黄色固体状的1-(4-(5-(5-氨基-6-(5-叔丁基-1,3,4-噁二唑-2-基)吡嗪-2-基)-1-甲基-1H-1,2,4-三唑-3-基)哌啶-1-基)-3-羟基丙-1-酮(45.0mg,37.9%): 1 H NMR光谱(CDCl3)1.52(9H,s),1.79-1.94(2H,m),2.07-2.15(2H,m),2.58(2H,t),2.84-2.94(1H,m,),3.00-3.10(1H,m),3.17-3.26(1H,m),3.53(1H,t),3.86-3.94(3H,m),4.30(3H,s),4.56-4.62(1H,m),9.02(1H,s);质谱[M+H]+=456。
如下制备3-(5-叔丁基-1,3,4-噁二唑-2-基)-5-(1-甲基-3-(哌啶-4-基)-1H-1,2,4-三唑-5-基)吡嗪-2-胺(实例1.1):
在20℃下,在氮气下经45分钟的时间段,向三乙基氧鎓六氟磷酸盐(V)(56.2g,226.47mmol)于二氯甲烷(500mL)中的搅拌溶液中逐滴添加于二氯甲烷(500mL)中的4-氨甲酰基哌啶-1-甲酸叔丁酯(47g,205.88mmol)。在20℃下搅拌所得溶液过夜。接着添加Na2CO3饱和水溶液直到获得pH 8。倾析各相且再用200mL CH2Cl2萃取水相,接着经MgSO4干燥有机相,过滤且浓缩,得到呈无色液体状的4-(乙氧基(亚氨基)甲基)哌啶-1-甲酸叔丁酯(51.0g,97%): 1 H NMR光谱;(CDCl3)1.28(3H,t),1.46(9H,s),1.47(2H,m),1.79-1.93(2H,m),2.28(1H,m),2.73(2H,m),4.10(2H,q),4.13-4.18(2H,m);质谱[M+H]+=无质量离子。
向4-(乙氧基(亚氨基)甲基)哌啶-1-甲酸叔丁酯(51g,198.95mmol)于二噁烷(500mL)中的搅拌溶液中添加甲酰肼(17.92g,298.43mmol)。使此溶液在40℃下在N2下搅拌过夜,产生白色固体沉淀(酰肼中间物)。接着将反应混合物加热到80℃后持续6h,冷却到室温且浓缩。将残余物溶解于500mL CH2Cl2中且添加300mL水。倾析各相且用盐水洗涤有机相,经MgSO4干燥,过滤且浓缩,得到呈白色固体状的4-(1H-1,2,4-三唑-3-基)哌啶-1-甲酸叔丁酯(46.0g,92%): 1 H NMR光谱;(CDCl3)1.47(9H,s),1.76(2H,m),1.98-2.11(2H,m),2.91(2H,s),2.97-3.08(m,1H),4.06-4.23(2H,m),8.05(1H,s);质谱[M+H]+=无质量离子。
向4-(1H-1,2,4-三唑-3-基)哌啶-1-甲酸叔丁酯(22g,87.19mmol)于二氯甲烷(250mL)中的搅拌溶液中添加氢氧化钠2N(131mL,261.58mmol)。通过机械搅拌剧烈搅拌反应混合物且接着逐滴添加三溴化苯甲基三甲基铵(37.4g,95.91mmol)于二氯甲烷(250mL)中的溶液,保持温度在约15℃。使反应混合物在室温下搅拌1h且添加2N HCl,得到pH 5(保持温度在约15℃)。倾析各相且用H2O(2×1L)洗涤有机相,经MgSO4干燥,过滤且浓缩,得到呈灰白色固体状的4-(5-溴-1H-1,2,4-三唑-3-基)哌啶-1-甲酸叔丁酯(25.00g,87%): 1 H NMR光谱;(CDCl3)1.46(9H,s),1.67-1.84(2H,m),1.90-2.13(2H,m),2.77-2.96(2H,m),2.98-3.10(1H,m),3.94-4.35(2H,m);质谱[M+H]+=无质量离子。
在N2下,向4-(5-溴-1H-1,2,4-三唑-3-基)哌啶-1-甲酸叔丁酯(26g,78.50mmol)于甲苯(200mL)和甲醇(50mL)中的搅拌悬浮液中逐滴添加(重氮甲基)三甲基硅烷2M己烷溶液(43.2mL,86.35mmol),保持温度在约20℃:观察到气体逸出以及少量放热。在室温下搅拌所获得的黄色溶液1h。蒸发溶剂且经二氧化硅纯化所得油,用40%EtOAc/石油醚洗脱,得到呈油状物的4-(5-溴-1-甲基-1H-1,2,4-三唑-3-基)哌啶-1-甲酸叔丁酯(15.00g,55.3%): 1 H NMR光谱;(CDCl3)1.46(9H,s),1.65-1.78(2H,m),1.90-2.01(2H,m),2.68-3.02(3H,m),3.83(3H,s),3.94-4.31(2H,m);质谱[M+H]+=无质量离子。
在室温下,向3-氨基吡嗪-2-甲酸甲酯(21.3g,139.09mmol)于乙醇(65mL)中的搅拌悬浮液中逐份添加单水合肼(34mL,1094.95mmol)。在60℃下搅拌所得浆料2小时,冷却到室温且过滤。用冷乙醇(2×25ml)洗涤固体且干燥到恒重,得到呈米色固体状的3-氨基吡嗪-2-甲酰肼(20.75g,97%): 1 H NMR光谱;(DMSO-d6)4.49(2H,d),7.46(2H,br s),7.78(1H,d),8.17(1H,d),9.79(1H,t);质谱[M+H]+=154。
经15分钟向N-乙基-N-异丙基丙-2-胺(70.6mL,405.51mmol)、特戊酸(17.08mL,148.69mmol)以及3-氨基吡嗪-2-甲酰肼(20.7g,135.17mmol)于乙腈(350mL)中的搅拌悬浮液中逐份添加四氟硼酸2-(1H-苯并[d][1,2,3]三唑-1-基)-1,1,3,3-四甲基异脲(47.7g,148.69mmol),并且在80℃下搅拌反应混合物20分钟(获得溶液)。将反应混合物冷却到0℃且经15分钟的时间段相继添加N-乙基-N-异丙基丙-2-胺(70.6mL,405.51mmol)、4-甲苯-1-磺酰氯(77g,405.51mmol)。使反应混合物(黄色悬浮液)回流(溶解),且接着允许在室温下搅拌14小时,得到暗橙色溶液。浓缩该溶液。残余物用二氯甲烷稀释,用水、盐水洗涤,经硫酸镁干燥且浓缩。用0%到40%乙酸乙酯/二氯甲烷洗脱,通过硅胶快速色谱纯化粗产物。蒸发溶剂到干燥。所得混合物用乙醚(100mL)湿磨,过滤,用极少的乙醚洗涤且干燥,得到呈浅黄色固体状的3-(5-叔丁基-1,3,4-噁二唑-2-基)吡嗪-2-胺(20.8g,70.2%): 1 H NMR光谱;(CDCl3)1.53(9H,s),1.58-1.68(2H,m),6.67(2H,s),8.13(2H,dt);质谱[M+H]+=220。
向3-(5-叔丁基-1,3,4-噁二唑-2-基)吡嗪-2-胺(20.8g,94.87mmol)于THF(320mL)中的溶液中逐份添加1-溴吡咯烷-2,5-二酮(18.57g,104.36mmol)且在室温下搅拌该溶液16小时。浓缩反应混合物且将残余物溶解于二氯甲烷(300mL)中,用水(2×150mL)、盐水洗涤,经硫酸镁干燥且浓缩。蒸发溶剂且用0%到10%乙酸乙酯/二氯甲烷洗脱,通过硅胶快速色谱纯化粗产物。蒸发溶剂到干燥,得到呈米色固体状的5-溴-3-(5-叔丁基-1,3,4-噁二唑-2-基)吡嗪-2-胺(25.5g,90%): 1 H NMR光谱;(CDCl3)1.52(9H,s),8.23(1H,s);质谱[M+H]+=300。
向5-溴-3-(5-叔丁基-1,3,4-噁二唑-2-基)吡嗪-2-胺(45g,150.94mmol)于甲苯(450mL)中的悬浮液中添加1,1,1,2,2,2-六甲基二锡烷(37.6mL,181.12mmol)和氯化双(三苯基膦)钯(II)(5.30g,7.55mmol)。用氩气使反应混合物脱气且在80℃下加热2小时。(一旦加热即溶解,橙色溶液接着再沉淀且变为黑色,表明反应完全。)使反应混合物冷却下来,浓缩且将残余物溶解于CH2Cl2中并经Decalite过滤以移除不溶性杂质。浓缩滤液且用0%到10%EtOAc/CH2Cl2洗脱,经二氧化硅纯化。浓缩溶剂,得到呈橙色固体状的3-(5-叔丁基-1,3,4-噁二唑-2-基)-5-(三甲基锡烷基)吡嗪-2-胺(22.63g,39.2%): 1 H NMR光谱;(CDCl3)0.38(9H,s),1.53(9H,s),6.49(2H,br s),8.13(1H,s);质谱[M+H]+=384。
向4-(5-溴-1-甲基-1H-1,2,4-三唑-3-基)哌啶-1-甲酸叔丁酯(2700mg,7.82mmol)和3-(5-叔丁基-1,3,4-噁二唑-2-基)-5-(三甲基锡烷基)吡嗪-2-胺(2988mg,7.82mmol)于4-甲基-2-戊醇(28mL)中的搅拌悬浮液中添加氯化锂(995mg,23.46mmol)和氯化双(三苯基膦)钯(II)(220mg,0.31mmol)。用氩气使混合物脱气且在140℃下加热2h。使反应冷却下来且通过过滤收集所得沉淀,用异丙醇(25mL)、水(25mL)洗涤且在抽吸下干燥。浓缩异丙醇有机洗脱份且收集所形成的沉淀并与主要沉淀合并,得到4-(5-(5-氨基-6-(5-叔丁基-1,3,4-噁二唑-2-基)吡嗪-2-基)-1-甲基-1H-1,2,4-三唑-3-基)哌啶-1-甲酸叔丁酯(3.0g,79%): 1 H NMR光谱:(DMSO-d6)1.41(9H,s),1.45(9H,s),1.50-1.68(2H,m),1.95(3H,dd),2.78-3.05(1H,m),3.96(3H,d),4.21(3H,s),8.86(1H,s);质谱[M+H]+=484。
在25℃下搅拌4-(5-(5-氨基-6-(5-叔丁基-1,3,4-噁二唑-2-基)吡嗪-2-基)-1-甲基-1H-1,2,4-三唑-3-基)哌啶-1-甲酸叔丁酯(3g,6.20mmol)于TFA(15mL)和CH2Cl2(15mL)中的溶液1小时。使混合物与甲苯共沸,添加氨于甲醇和二氯甲烷中的7N溶液且经硅胶吸附混合物。相继用0%到8%甲醇/二氯甲烷、0%到10%甲醇氨/二氯甲烷洗脱,通过硅胶快速色谱纯化粗产物。蒸发溶剂到干燥,得到呈黄色结晶固体状的3-(5-叔丁基-1,3,4-噁二唑-2-基)-5-(1-甲基-3-(哌啶-4-基)-1H-1,2,4-三唑-5-基)吡嗪-2-胺(2.040g,86%): 1 H NMR光 谱:(DMSO-d6)1.45(9H,s),1.55-1.66(2H,m),1.86(2H,dd),2.52-2.61(2H,m),2.69-2.78(1H,m),2.95-3.02(2H,m),4.20(3H,s),8.86(1H,s);质谱[M+H]+=384。
分离实例1的单一晶形
经以上分离的物质的X射线粉末衍射谱显示该物质为结晶但为多晶型形式的混合物。此物质具有226.4℃(开始)的熔点。
形式A物质通过使初始物质在25℃下在乙腈中制成浆料而产生。将约20mg初始物质置放于具有磁性搅拌棒的小瓶中,且添加约2mL乙腈,接着用帽盖紧密地密封小瓶且使其在磁性搅拌板上搅拌。约5天后,从该板移出样品,脱去帽盖且使浆料在环境条件下干燥,随后通过XRPD和DSC对其进行分析。此形式(形式A)通过XRPD测定为结晶。此物质具有227.2℃(开始)的熔点。
相同晶形可以通过在室温下在乙腈中搅拌粗物质过夜,接着过滤所得固体,用冷乙腈洗涤且干燥来制造。
在本发明的一个方面中,提供一种通过使化合物样品在乙腈中制成浆料来形成实例1的晶形(形式A)的方法。十个X射线粉末衍射峰显示于下表中:
实例1形式A的十个X射线粉末衍射峰
实例1形式A的X射线粉末衍射谱显示于图1中。
实例1形式A的DSC分析显示开始于227.2℃的熔融吸热和在228.6℃处的峰(图2)。
因此,DSC分析显示实例1形式A为在约227.2℃开始熔融且具有在228.6℃处的峰的高熔点固体。
实例1形式的DSC显示于图2中。
X射线粉末衍射
分析仪器:Bruker D4。通过将结晶物质样品安装在Bruker单硅晶体(SSC)晶片支架上且借助于显微镜载片将样品展布成薄层来测定X射线粉末衍射图。使样品以每分钟30转离心(以改良计数统计)且用由在40kV和40mA下操作的铜制长细聚焦管产生的具有1.5418埃的波长的X射线来照射。使准直X射线源穿过设定在V20下的自动可变发散狭缝且引导反射的辐射穿过5.89mm防散射狭缝和9.55mm检测器狭缝。在2°到40°2θ范围内以θ-θ模式每0.00570°2θ增量使样品曝露0.03秒(连续扫描模式)。运作时间为3分钟36秒。该仪器装备有位置敏感性检测器(联凯)。借助于用Diffract+软件操作的Dell Optiplex 686NT 4.0工作站进行控制和数据撷取。X射线粉末衍射领域的普通技术人员将认识到,峰的相对强度可以受例如大小在30微米以上的晶粒和非单一纵横比影响,这可能影响样品的分析。本领域普通技术人员也将认识到,反射位置可以受样品在衍射计中所处的确切高度和衍射计的零点校正影响。样品的表面平坦度也可能具有细微影响。因此,所呈现的衍射图数据不应视为绝对值。
差示扫描热量测定
分析仪器:TA仪器Q1000DSC。典型地,在25℃到300℃的温度范围内以10℃/min的恒定加热速率加热含于配备有盖的标准铝盘中的小于5mg的物质。以50mL/min的流速使用采用氮气的净化气体。
实例1化合物的替代性合成在下文中提供为实例2。
实例2:1-(4-(5-(5-氨基-6-(5-叔丁基-1,3,4-噁二唑-2-基)吡嗪-2-基)-1-甲基-1H- 1,2,4-三唑-3-基)哌啶-1-基)-3-羟基丙-1-酮
在氮气下,向1-(4-(5-(5-氨基-6-(5-叔丁基-1,3,4-噁二唑-2-基)吡嗪-2-基)-1-甲基-1H-1,2,4-三唑-3-基)哌啶-1-基)-3-(四氢-2H-吡喃-2-基氧基)丙-1-酮(37g,68.57mmol)于甲醇(275mL)中的悬浮液中添加吡啶4-甲基苯磺酸盐(3.58g,14.25mmol)。于60℃下搅拌混合物1.5小时。5分钟后混合物溶解。使混合物在50℃下静置过夜,在此期间形成沉淀。将反应混合物溶解于二氯甲烷(400mL)中,用水(300mL)和盐水(100mL)洗涤。水性萃取物用DCM(100mL)回洗且经MgSO4干燥经合并的有机层且浓缩。用100%乙酸乙酯到10∶50∶40甲醇/乙酸乙酯/DCM洗脱,通过硅胶快速色谱纯化粗产物。将包含洗脱份的产物蒸发到干燥,得到米色固体(24.5g)。使固体在乙腈(500mL)中制成浆料过夜,过滤且在高真空下干燥,得到呈奶白色固体状的1-(4-(5-(5-氨基-6-(5-叔丁基-1,3,4-噁二唑-2-基)吡嗪-2-基)-1-甲基-1H-1,2,4-三唑-3-基)哌啶-1-基)-3-羟基丙-1-酮(实例2)(24g,78%): 1 H NMR光谱:(DMSO-d6)1.51(9H,s),1.55-1.68(1H,m),1.68-1.84(1H,m),1.96-2.13(2H,m),2.78-2.93(1H,m),2.98-3.1(1H,m),3.19-3.3(1H,m),3.71(2H,q),3.93-4.04(1H,m),4.27(3H,s),4.35-4.48(1H,m),4.54(1H,t),7.96(2H,s),8.92(1H,s);质谱[M+H]+=456。
(4-(5-(5-氨基-6-(5-叔丁基-1,3,4-噁二唑-2-基)吡嗪-2-基)-1-甲基-1H-1,2,4-三唑-3-基)哌啶-1-基)-3-(四氢-2H-吡喃-2-基氧基)丙-1-酮(实例2.1)制备如下:
向3-氨基-6-溴吡嗪-2-甲酸甲酯(100g,418.04mmol)于EtOH(2L)中的搅拌混合物中逐滴添加水合肼(23.59mL,480.75mmol)。在50℃下在氮气下加热混合物。在50℃下搅拌所得稠悬浮液16小时。一次性添加另一份肼(2.5mL)且将悬浮液在50℃下再搅拌24小时。向稠反应混合物中馈入乙醇(500mL)且使混合物冷却到室温。过滤所得悬浮液且用乙醇(1L)洗涤固体且在真空中干燥,得到呈奶白色固体状的3-氨基-6-溴吡嗪-2-甲酰肼(98g,定量): 1 H NMR光谱;(DMSO-d6)4.52(2H,s),7.59(2H,s),8.30(1H,s),9.74(1H,s);质谱[M+H]+=232。
向3-氨基-6-溴吡嗪-2-甲酰肼(172g,741.26mmol)于乙腈(1.8L)中的搅拌混合物中添加特戊酸酐(165mL,815.38mmol)且在80℃下加热混合物1小时。搅拌反应物16小时。通过过滤分离所需黄色固体物质。将滤液分配于EtOAc(2L)与碳酸氢钠水溶液(2L)之间。用饱和盐水洗涤有机层并经MgSO4干燥。过滤且浓缩溶液,得到橙色粘性固体,用MTBE(250mL)对其进行湿磨。通过过滤分离不溶性黄色固体且此物质显示与第一固体相同。在真空烘箱中在50℃下干燥经合并的固体3天,得到呈黄色固体状的3-氨基-6-溴-N′-特戊酰基吡嗪-2-甲酰肼(224g,96%): 1 H NMR光谱:(DMSO-d6)1.17(9H,s),7.62(2H,s),8.37(1H,s),9.42-9.56(1H,m),10.09-10.23(1H,m);质谱[M+H]+=318。
向3-氨基-6-溴-N′-特戊酰基吡嗪-2-甲酰肼(227g,718.00mmol)和N,N-二异丙基乙胺(297mL,1795.01mmol)于乙腈(2200mL)中的悬浮液中分批添加对甲苯磺酰氯(164g,861.60mmol)。在70℃下搅拌混合物2小时。使反应物冷却到室温过夜。将反应混合物分配于乙酸乙酯(2L)与碳酸氢钠溶液(2L)之间。用饱和盐水洗涤有机层,经硫酸镁干燥,过滤且在减压下浓缩。所得棕色/米色固体用热MTBE(1000mL)湿磨且通过过滤分离并干燥,得到呈黄色固体状的5-溴-3-(5-叔丁基-1,3,4-噁二唑-2-基)吡嗪-2-胺(187g,87%)。将母液蒸发到干燥。用MTBE(500mL)湿磨粗固体,过滤且用100mL MTBE洗涤。风干所得固体过夜,得到第二批5-溴-3-(5-叔丁基-1,3,4-噁二唑-2-基)吡嗪-2-胺(36g,17%): 1 H NMR光谱:(DMSO-d6)1.43(9H,s),7.70(2H,s),8.39(1H,s);质谱[M+H]+=298。
在一个替代性制备中,在50℃下经30min的时间向于MeCN(10.8L)中的3-氨基-6-溴-N′-特戊酰基吡嗪-2-甲酰肼(2301g,7.28mol)中逐份(约280g×6)添加DIPEA(3.044L,17.48mol)和对甲苯磺酰氯(1665g,8.73mol)。通过控制添加速率将反应温度维持在65℃-70℃之间。在添加完成之后,在70℃下搅拌反应混合物1h。将混合物冷却到室温且用5%NaHCO3(水溶液,24.2L)淬灭。搅拌所得悬浮液30min,接着过滤。产物用水(14.8L)洗涤,吸干且在50℃下干燥16h。将产物溶解于DCM(12L)中且分离各相。将有机相装载到二氧化硅垫(6kg)上,且用20%EtOAc/DCM(8×10L)洗脱产物。包含产物的洗脱份的浓度得到根据HPLC纯度为99.8%的1987g(92%产率)。
使氮气流穿过5-溴-3-(5-叔丁基-1,3,4-噁二唑-2-基)吡嗪-2-胺(89.35g,239.75mmol)于DMA(1.2L)中的溶液,持续20分钟。向搅拌混合物中依次添加二环己基(2′,4′,6′-三异丙基联苯-2-基)膦(11.43g,23.98mmol)、三(二苯亚甲基丙酮)二钯(0)(5.49g,5.99mmol)、锌(1.568g,23.98mmol)以及二氰基锌(16.89g,143.85mmol)。将混合物加热到100℃且搅拌1小时。将混合物冷却且分配于DCM(3L)与水(1L)之间。经由硅藻土过滤黑色混合物且分离有机层。相继用水、盐水洗涤溶液。经硫酸镁干燥溶液且在减压下浓缩。残余物用MTBE湿磨且通过过滤分离,用MTBE洗涤。在真空中干燥滤饼,得到呈浅橙色固体状的5-氨基-6-(5-叔丁基-1,3,4-噁二唑-2-基)吡嗪-2-甲腈(55.7g,95%): 1 H NMR光谱:(DMSO-d6)1.46(9H,s),6.02(1H,s),8.38(2H,s);质谱[M-H]242。
产物可以在庚烷中制成浆料,接着过滤且干燥,作为用MTBE湿磨的一个替代方案。
向于IPA(200mL)中的5-氨基-6-(5-叔丁基-1,3,4-噁二唑-2-基)吡嗪-2-甲腈(55g,225.18mmol)中添加水合肼(82mL,1.69mol)且在50℃下在氮气下加热混合物16小时。在冰浴中冷却混合物。通过过滤来收集所得沉淀,用IPA和乙醚洗涤且干燥到恒重,得到呈黄色固体状的(Z)-5-氨基-6-(5-叔丁基-1,3,4-噁二唑-2-基)吡嗪-2-甲腙酰胺(49.2g,79%): 1 H NMR光谱:(DMSO-d6)1.45(9H,s),5.26(2H,s),5.58(2H,s),7.56(2H,s),8.75(1H,s);质谱[M+H]+=277。
向N-Boc-异哌啶甲酸(41.1g,179.15mmol)和4-甲基吗啉(35.9mL,325.74mmol)于DMA(800mL)中的溶液中添加六氟磷酸O-(7-氮杂苯并三唑-1-基)-N,N,N′,N′-四甲脲(74.3g,195.44mmol)。搅拌混合物10分钟,接着向该溶液中一次性添加(Z)-5-氨基-6-(5-叔丁基-1,3,4-噁二唑-2-基)吡嗪-2-甲腙酰胺(45g,162.87mmol)(从22℃到27℃观察到放热)。数分钟后,从反应混合物结晶出产物。从容器中移出反应混合物且经由烧结物过滤。从容器侧面向洗涤产物中再添加DMA(150mL)且将此倾到滤饼上。向容器中添加异丙醇(600mL)且使用剧烈搅拌将容器中产物的剩余部分悬浮于此溶剂中。在DMA已通过抽吸移除之后,使用异丙醇悬浮液洗涤滤饼。吸干滤饼,接着用MTBE洗涤且再次吸干。在真空中干燥滤饼,得到呈黄色固体状的(Z)-4-(2-(氨基(5-氨基-6-(5-叔丁基-1,3,4-噁二唑-2-基)吡嗪-2-基)亚甲基)肼羰基)哌啶-1-甲酸叔丁酯(76g,95%): 1 H NMR光谱:(DMSO-d6)1.40(9H,s),1.46(9H,s),1.63-1.9(2H,m),2.33-2.6(2H,m,因DMSO信号而模糊),2.63-3.03(2H,m),3.18-3.48(4H,m,因水信号而模糊),3.88-4.11(2H,m),6.43(2H,s),7.76(2H,br),8.84(0.5H,s),8.87(0.5H,s),9.85(1H,s);质谱[M+H]+=488
在一个替代性制备中,可以如下原位制得N-Boc-异哌啶甲酸:将异哌啶甲酸(858g,3.74mol)溶解于DMA(25.3L)中,且添加4-甲基吗啉(393mL,3.74mol)。搅拌5min,且添加氯甲酸异丁酯(489mL,3.74mol)。将反应混合物在25℃下搅拌2h,且冷却到15℃,随后经10min逐份添加(Z)-5-氨基-6-(5-叔丁基-1,3,4-噁二唑-2-基)吡嗪-2-甲腙酰胺(940g,3.4mol)。在15℃下搅拌反应混合物1-2h。经1h逐份添加水(20.5L),且再搅拌1h,随后过滤。滤饼接着用水(4×4L)洗涤,且在过滤器上吸干,随后在真空烘箱中在50℃下干燥直到无水,得到所希望的产物。
向3L固定双夹套容器中的二噁烷(500mL)中添加乙酸(200mL)且将该溶液在氮气下加热到70℃。向温热的混合物中逐份添加(Z)-4-(2-(氨基(5-氨基-6-(5-叔丁基-1,3,4-噁二唑-2-基)吡嗪-2-基)亚甲基)肼羰基)-哌啶-1-甲酸叔丁酯(74.5g,152.80mmol)。10分钟后,升高温度到100℃(略微回流)。在100℃下搅拌反应混合物1.5小时(悬浮液),接着在80℃下静置过夜(在静置过夜之后形成溶液)。在减压下浓缩所得溶液,接着用甲苯稀释,蒸发到干燥,用甲苯吸收且再次浓缩。剩余油与一些乙酸乙酯混合且浓缩到干燥。从溶液结晶的固体用MTBE(200mL)湿磨且通过过滤分离。用水和MTBE洗涤滤饼,得到呈灰色固体状的4-(5-(5-氨基-6-(5-叔丁基-1,3,4-噁二唑-2-基)吡嗪-2-基)-1H-1,2,4-三唑-3-基)哌啶-1-甲酸叔丁酯(50g,70%)。
在减压下浓缩滤液,得到黄色固体。此物质用MTBE湿磨且过滤。相继用乙酸乙酯、MTBE洗涤滤饼,得到呈浅黄色固体状的第二批(4.93g,7%)。此物质与第一批相同: 1 H NMR光谱:(DMSO-d6)1.17(9H,s),1.22(9H,s),1.29-1.47(2H,m),1.67-1.78(2H,m),2.57-2.87(3H,m),3.57-3.92(2H,m),7.56(2H,br),8.56(1H,s),13.47(2H,br s);质谱[M+H]+=470。
向4-(5-(5-氨基-6-(5-叔丁基-1,3,4-噁二唑-2-基)吡嗪-2-基)-1H-1,2,4-三唑-3-基)哌啶-1-甲酸叔丁酯(48g,102.23mmol)于2-甲基THF(300mL)中的悬浮液中添加1,8-二氮杂双环[5.4.0]十一-7-烯(19.87mL,132.90mmol)。5分钟后获得暗溶液,该溶液用木炭处理且经由硅藻土垫过滤,再用2-甲基THF(100mL)洗涤木炭和木炭。在-5℃下在3L夹套固定容器中在氮气氛下用空气搅拌器搅拌滤液。添加2-甲基THF(100mL)来帮助搅拌黄色悬浮液。经15分钟逐滴添加碘甲烷(7.96mL,127.78mmol)。搅拌混合物2小时且将反应混合物温到室温。16小时后,再添加碘甲烷(6mL)和DBU(20mL)且继续搅拌16小时。将混合物倾入水中且搅拌5分钟。分离出呈米色固体状的不溶性物质且在真空中干燥,得到4-(5-(5-氨基-6-(5-叔丁基-1,3,4-噁二唑-2-基)吡嗪-2-基)-1-甲基-1H-1,2,4-三唑-3-基)哌啶-1-甲酸叔丁酯(24.77g,50.1%)。在减压下浓缩母液且使用MTBE作为洗脱剂,通过二氧化硅快速柱色谱纯化残余物。由此获得呈黄色固体状的第二批所希望的产物(13.04g,26%): 1 H NMR光谱:(DMSO-d6)1.47(9H,s),1.51(9H,s),1.57-1.76(2H,m),1.94-2.1(2H,m),2.87-3.09(3H,m),3.9-4.08(2H,m),4.26(3H,s),7.97(2H,br,s),8.92(1H,s);质谱[M+H]+=484
向2,2,2-三氟乙酸(100mL,1305.87mmol)于DCM(100mL)中的溶液中添加4-(5-(5-氨基-6-(5-叔丁基-1,3,4-噁二唑-2-基)吡嗪-2-基)-1-甲基-1H-1,2,4-三唑-3-基)哌啶-1-甲酸叔丁酯(36.81g,76.12mmol)。在室温下搅拌混合物3小时。在减压下浓缩混合物。将残余物溶解于DCM(1.5L)中且添加到剧烈搅拌浓缩的氨(150mL)于水(400mL)中。用DCM(400mL)洗涤水溶液且经硫酸镁干燥经合并的有机物溶液,过滤且浓缩到干燥,得到呈黄色固体状的3-(5-叔丁基-1,3,4-噁二唑-2-基)-5-(1-甲基-3-(哌啶-4-基)-1H-1,2,4-三唑-5-基)吡嗪-2-胺(30.0g,103%):
1 H NMR光谱:(DMSO-d6)1.44(9H,s),1.54-1.69(2H,m),1.8-1.92(2H,m),2.53-2.63(2H,m),2.68-2.83(1H,m),2.93-3.05(2H,m),4.19(3H,s),7.89(2H,br),8.85(1H,s);质谱[M+H]+=384。
在25℃下,向溶解于乙腈(200mL)中的3-(四氢-2H-吡喃-2-基氧基)丙酸(12.67g,72.76mmol)和N-乙基-N-异丙基丙-2-胺(25.3mL,145.52mmol)的搅拌溶液中逐份添加六氟磷酸O-(7-氮杂苯并三唑-1-基)-N,N,N′,N′-四甲脲(30.4g,80.04mmol)。在25℃下搅拌所得溶液20分钟,接着逐份添加3-(5-叔丁基-1,3,4-噁二唑-2-基)-5-(1-甲基-3-(哌啶-4-基)-1H-1,2,4-三唑-5-基)吡嗪-2-胺(30g,72.76mmol),将最终部分在乙腈(100mL)中洗涤成呈浆料状的混合物。搅拌1小时后,通过过滤来收集沉淀,用乙腈洗涤且在真空中干燥,得到呈米色固体状的1-(4-(5-(5-氨基-6-(5-叔丁基-1,3,4-噁二唑-2-基)吡嗪-2-基)-1-甲基-1H-1,2,4-三唑-3-基)哌啶-1-基)-3-(四氢-2H-吡喃-2-基氧基)丙-1-酮(35.0g,89%)。滤液用DCM(600mL)稀释,用水洗涤,经硫酸镁干燥且浓缩。用2%到2.5%7N氨/甲醇与二氯甲烷溶液梯度洗脱,通过硅胶快速色谱纯化残余物。还获得呈奶白色固体状的第二批产物(3.31g,6.13mmol,8.43%)。合并两个样品,得到米色固体: 1 H NMR光谱:(DMSO-d6)1.44(9H,s),1.52-1.79(4H,m),1.88-2.04(2H,m),2.53-2.73(2H,m),2.73-2.87(1H,m),2.91-3.05(1H,m),3.13-3.24(1H,m),3.37-3.47(1H,m),3.53-3.65(1H,m),3.7-3.8(1H,m),3.81-3.89(1H,m),3.89-3.99(1H,m),4.20(3H,s),4.29-4.4(1H,m),4.54-4.61(1H,m),7.60-8.20(2H,br),8.85(1H,s);质谱[M+H]+=540。
实例3
1-(4-(5-(5-氨基-6-(5-叔丁基-1,3,4-噁二唑-2-基)吡嗪-2-基)-1-乙基-1H-1,2,4-三 唑-3-基)哌啶-1-基)-3-羟基丙-1-酮
在氮气下,向1-(4-(5-(5-氨基-6-(5-叔丁基-1,3,4-噁二唑-2-基)吡嗪-2-基)-1-乙基-1H-1,2,4-三唑-3-基)哌啶-1-基)-3-(四氢-2H-吡喃-2-基氧基)丙-1-酮(128g,231.19mmol)于甲醇(1L)中的悬浮液中添加吡啶4-甲基苯磺酸盐(11.62g,46.24mmol)。于60℃下搅拌混合物1.5小时。5分钟后混合物溶解。使混合物在50℃下静置过夜,在此期间形成沉淀。固体物质通过过滤来分离且用水和乙腈洗涤。此物质仍包含来自先前阶段的少量杂质且需要进一步纯化。将该物质溶解于二氯甲烷中且通过硅胶快速色谱(0%甲醇/DCM到10%甲醇/DCM)来纯化。由此分离出呈奶白色固体(形式A)状的所希望的产物1-(4-(5-(5-氨基-6-(5-叔丁基-1,3,4-噁二唑-2-基)吡嗪-2-基)-1-乙基-1H-1,2,4-三唑-3-基)哌啶-1-基)-3-羟基丙-1-酮(实例3)(92g,85%): 1 H NMR光谱:(DMSO-d6)1.4-1.51(12H,m),1.51-1.78(2H,m),1.89-2.05(2H,m),2.72-2.86(1H,m),2.91-3.05(1H,m),3.12-3.24(1H,m),3.64(2H,q),3.83-4.01(1H,m),4.29-4.41(1H,m),4.47(1H,t),4.58(2H,q),8.26(2H,s),8.85(1H,s);质谱[M+H]+=470。
1-(4-(5-(5-氨基-6-(5-叔丁基-1,3,4-噁二唑-2-基)吡嗪-2-基)-1-乙基-1H-1,2,4-三唑-3-基)哌啶-1-基)-3-(四氢-2H-吡喃-2-基氧基)丙-1-酮(实例3.1)制备如下:
向4-(5-(5-氨基-6-(5-叔丁基-1,3,4-噁二唑-2-基)吡嗪-2-基)-1H-1,2,4-三唑-3-基)哌啶-1-甲酸叔丁酯(150g,319.46mmol)于2-甲基THF(1.2L)中的悬浮液中添加1,8-二氮杂双环[5.4.0]十一-7-烯(76mL,511.14mmol)。添加碘乙烷(46mL,575.03mmol)且在35℃下搅拌混合物16小时。再添加碘乙烷(46mL,575.03mmol)和1,8-二氮杂双环[5.4.0]十一-7-烯(76mL,511.14mmol)且在35℃下继续搅拌24小时。将混合物倾入水中且通过过滤来分离不溶性物质,用水和MTBE洗涤且在真空中干燥,得到呈黄色固体状的4-(5-(5-氨基-6-(5-叔丁基-1,3,4-噁二唑-2-基)吡嗪-2-基)-1-乙基-1H-1,2,4-三唑-3-基)哌啶-1-甲酸叔丁酯(116g,73.0%)。用DCM萃取滤液且有机溶液经硫酸镁干燥,过滤且在减压下浓缩。使用梯度洗脱(30%MTBE/庚烷到100%MTBE),通过二氧化硅快速柱色谱纯化残余物。由此分离出呈黄色固体状的第二批所希望的产物(12g,24.12mmol,7.55%),随后将其与第一批合并: 1 H NMR光谱:(DMSO-d6)1.41(9H,s),1.44(9H,s),1.48(3H,t),1.52-1.69(2H,m),1.87-2.04(2H,m),2.79-3.03(3H,m),3.86-4.03(2H,m),4.59(2H,q),7.89(2H,s),8.85(1H,s);质谱[M+H]+=498。
THF也可以为以上反应的适合溶剂。
向4-(5-(5-氨基-6-(5-叔丁基-1,3,4-噁二唑-2-基)吡嗪-2-基)-1-乙基-1H-1,2,4-三唑-3-基)哌啶-1-甲酸叔丁酯(126g,253.22mmol)于DCM(400mL)中的溶液中逐份添加TFA(400mL)。在室温下搅拌混合物16小时。在减压下浓缩混合物,将其溶解于DCM(1L)中且在0℃下缓慢添加到浓氨水(500mL)于水中的剧烈搅拌溶液中。从水溶液分离出有机溶液且在减压下浓缩*,得到呈黄色固体状的3-(5-叔丁基-1,3,4-噁二唑-2-基)-5-(1-乙基-3-(哌啶-4-基)-1H-1,2,4-三唑-5-基)吡嗪-2-胺(101g,100%): 1 H NMR光谱:(DMSO-d6)1.4-1.52(12H,m),1.57-1.73(2H,m),1.83-1.93(2H,m),2.57-2.7(2H,m),2.71-2.84(1H,m),2.96-3.09(2H,m),4.58(2H,q),8.06(2H,s),8.84(1H,s);质谱[M+H]+=398。
*在类似规模(约170g起始物质)的另一个实验中,使用以下分离程序:分离各层且过滤顶层(含固体的乳液)。用DCM(0.5L)洗涤固体且将滤液转移到分液漏斗。分离各层且用DCM(0.5L)萃取水层。有机层经MgSO4干燥,过滤并浓缩。在50℃下使产物干燥过夜(81.75g)。使来自萃取的固体在水(200mL)中在室温下制成浆料,持续30min且过滤。在50℃下在真空中干燥产物(61.8g)。
另一个变化形式如下;
将4-(5-(5-氨基-6-(5-叔丁基-1,3,4-噁二唑-2-基)吡嗪-2-基)-1-乙基-1H-1,2,4-三唑-3-基)哌啶-1-甲酸叔丁酯(3009.5g,6.05mol)于DCM(9L)中的悬浮液在N2下冷却到5℃-10℃。向悬浮液中逐份添加TFA(9L),同时维持温度<30℃。在室温下搅拌反应混合物1h。浓缩混合物,将所得残余物溶解于水(30L)中,且在0℃-5℃下缓慢添加到35%氨水溶液(12L)中。将悬浮液搅拌30min,接着过滤出产物且用水(2×6L)洗涤。在50℃下在真空中干燥产物2天(2496g)。
在25℃下,向溶解于乙腈(600mL)中的3-(四氢-2H-吡喃-2-基氧基)丙酸(44.3g,254.10mmol)和N-乙基-N-异丙基丙-2-胺(89mL,508.21mmol)的搅拌溶液中逐份添加六氟磷酸O-(7-氮杂苯并三唑-1-基)-N,N,N′,N′-四甲脲(HATU,106g,279.51mmol)。在25℃下搅拌所得溶液20min,接着逐份添加3-(5-叔丁基-1,3,4-噁二唑-2-基)-5-(1-乙基-3-(哌啶-4-基)-1H-1,2,4-三唑-5-基)吡嗪-2-胺(101g,254.10mmol),将最终部分在乙腈(300mL)中洗涤成呈浆料状的混合物。搅拌1小时后,通过过滤来收集沉淀,用乙腈洗涤且在真空中干燥,得到呈米色固体状的1-(4-(5-(5-氨基-6-(5-叔丁基-1,3,4-噁二唑-2-基)吡嗪-2-基)-1-乙基-1H-1,2,4-三唑-3-基)哌啶-1-基)-3-(四氢-2H-吡喃-2-基氧基)丙-1-酮(128g,91%)。滤液用DCM(600ml)稀释,用水洗涤,经硫酸镁干燥且浓缩。用2%到2.5%7N氨/甲醇与二氯甲烷溶液梯度洗脱,通过硅胶快速色谱纯化残余物。获得呈奶白色固体状的第二批所希望的产物(40g,72.2mmol,28.4%),将其与第一批合并: 1 H NMR光谱:(DMSO-d6)1.29-1.48(16H,m),1.48-1.75(4H,m),1.83-1.99(2H,m),2.48-2.68(2H,m),2.68-2.79(1H,m),2.87-2.99(1H,m),3.07-3.19(1H,m),3.32-3.42(1H,m),3.47-3.6(1H,m),3.64-3.75(1H,m),3.75-3.84(1H,m),3.84-3.95(1H,m),4.24-4.39(1H,m),4.47-4.6(3H,m),7.84(2H,s),8.79(1H,s); [M+Na]+=577。
替代性制备:
在室温下在氮气下,向3-(四氢-2H-吡喃-2-基氧基)丙酸(48.80g,0.2774mol)和N-乙基-N-异丙基丙-2-胺(86.96mL,0.4993mol)于THF(552mL)中的溶液中逐份添加六氟磷酸O-(7-氮杂苯并三唑-1-基)-N,N,N′,N′-四甲脲(115.73g,0.3051mol)。搅拌所得混合物20min,接着经1h逐份添加3-(5-叔丁基-1,3,4-噁二唑-2-基)-5-(1-乙基-3-(哌啶-4-基)-1H-1,2,4-三唑-5-基)吡嗪-2-胺(122.5g(110.25g有效),0.2774mol)。3.5h后,浓缩混合物且使残余物在室温下在MeCN(275mL)中制成浆料,持续15min。过滤出产物,用MeCN(3×110mL)洗涤且在50℃下在真空中干燥过夜。由此得到1-(4-(5-(5-氨基-6-(5-叔丁基-1,3,4-噁二唑-2-基)吡嗪-2-基)-1-乙基-1H-1,2,4-三唑-3-基)哌啶-1-基)-3-(四氢-2H-吡喃-2-基氧基)丙-1-酮(131.9g,96%)。
在另一个替代性制备中,HBTU(六氟磷酸O-(苯并三唑-1-基)-N,N,N′,N′-四甲脲)于THF中可以用作偶合剂代替HATU。
替代性制备实例3
在N2下,向1-(4-(5-(5-氨基-6-(5-叔丁基-1,3,4-噁二唑-2-基)吡嗪-2-基)-1-乙基-1H-1,2,4-三唑-3-基)哌啶-1-基)-3-(四氢-2H-吡喃-2-基氧基)丙-1-酮(131.9g,0.2382mol)于甲醇(1045mL)中的悬浮液中添加对甲苯磺酸吡啶鎓(11.97g,47.7mmol)。在60℃下搅拌反应混合物5.5h,接着在50℃下过夜。将反应混合物冷却到0℃且过滤出固体。使产物在水(250mL)中在室温下制成浆料,持续20分钟,过滤,用水(3×40mL)洗涤且在50℃下在真空中干燥。由此得到呈形式A(参见以下)的1-(4-(5-(5-氨基-6-(5-叔丁基-1,3,4-噁二唑-2-基)吡嗪-2-基)-1-乙基-1H-1,2,4-三唑-3-基)哌啶-1-基)-3-羟基丙-1-酮(21.4g)。
浓缩甲醇液体且使所得固体在水(0.6L)中在室温下制成浆料,持续20分钟。通过过滤分离固体,且用水(3×100mL)洗涤。滤饼在水(0.5L)中第二次制成浆料,再持续20分钟。产物通过过滤分离,用水(100mL)洗涤且在50℃下在真空中干燥。由此得到81.9g呈形式A的1-(4-(5-(5-氨基-6-(5-叔丁基-1,3,4-噁二唑-2-基)吡嗪-2-基)-1-乙基-1H-1,2,4-三唑-3-基)哌啶-1-基)-3-羟基丙-1-酮(81.9g)。
合并两批(103.3g),用形式B(16.68g)接种且在MeCN(826mL)中在室温下制成浆料过夜。由此得到117.4g呈浅黄色固体状的1-(4-(5-(5-氨基-6-(5-叔丁基-1,3,4-噁二唑-2-基)吡嗪-2-基)-1-乙基-1H-1,2,4-三唑-3-基)哌啶-1-基)-3-羟基丙-1-酮(117.4g),即形式B(参见下文)。这一物质通过在庚烷(7.5相对体积)中制成浆料持续1小时来进一步纯化。过滤混合物,在过滤器上吸干,且在50℃下在真空烘箱中干燥过夜,得到呈形式B的1-(4-(5-(5-氨基-6-(5-叔丁基-1,3,4-噁二唑-2-基)吡嗪-2-基)-1-乙基-1H-1,2,4-三唑-3-基)哌啶-1-基)-3-羟基丙-1-酮(102.5g)。
形式B也可以通过在不接种的情况下使形式A在MeCN中制成浆料来制造。
形式A或B也可以如下转化成形式C:
在回流下加热1-(4-(5-(5-氨基-6-(5-叔丁基-1,3,4-噁二唑-2-基)吡嗪-2-基)-1-乙基-1H-1,2,4-三唑-3-基)哌啶-1-基)-3-羟基丙-1-酮(例如通过以上概述的方法制得的形式B)于IPA(12体积)中的悬浮液,直到固体溶解。热过滤该溶液,接着冷却到室温。由此得到呈浅黄色固体状的1-(4-(5-(5-氨基-6-(5-叔丁基-1,3,4-噁二唑-2-基)吡嗪-2-基)-1-乙基-1H-1,2,4-三唑-3-基)哌啶-1-基)-3-羟基丙-1-酮(99.3g,97%)作为形式C。
形式C也可以如下转化成形式B:
在10L法兰烧瓶中,将形式C(377.8克份1)于MIBK(7900mL)中加热到110℃-115℃,得到溶液。使溶液冷却到97℃-103℃,且立即精制过滤到在-15℃下搅拌的包含形式B(0.8g)晶种于乙腈(8220mL)中的50L容器中。在添加期间,借助于夹套冷却将50L容器中的温度维持在-15℃与25℃之间。通过类似方法再添加三份溶解于MIBK中的该化合物。向所得浆料中添加形式B的晶种(0.8g),且接着在10℃-20℃下搅拌混合物过夜。过程内分析证实所希望的形式(形式B),不具有形式C或可见非晶形。过滤混合物,且用乙腈(3340mL)洗涤。将固体烘箱干燥2天(固体在干燥期间破碎成粉末以及大小为约1mm到约3-4mm的小团块的混合物),直到获得恒重。产率=1532.8g(93.5%)。
3-(四氢-2H-吡喃-2-基氧基)丙酸制备如下:
在0℃下在氮气下,向甲醇(2.4L)和浓硫酸(44.4mL,832.61mmol)的搅拌溶液中逐滴添加β-丙内酯(175mL,2.78mol)。在室温下搅拌此溶液2天。将反应混合物冷却到10℃,随后逐份添加碳酸氢钠(145g,1.72mol),在室温下搅拌所得悬浮液75分钟。过滤此溶液,用甲醇(800mL)洗涤滤饼。将滤液蒸发为油,将其再溶解于二氯甲烷(1.2L)中且搅拌60分钟,随后再过滤。过滤此溶液,随后蒸发,得到呈油状物的3-羟基丙酸甲酯(219g,76%)。 1 H NMR光谱:(CDCl3)2.50(2H,t),3.63(3H,s),3.78(2H,t)。
在室温下在氮气下,向3-羟基丙酸甲酯(63.4g,609.00mmol)和3,4-二氢-2H-吡喃(78mL,852.60mmol)于二氯甲烷(650mL)中的澄清溶液中添加对甲苯磺酸吡啶鎓(7.65g,30.45mmol),得到混浊溶液。在室温下搅拌此溶液过夜。反应混合物用水(250mL)和盐水(250mL)洗涤,随后干燥(MgSO4)且蒸发成油。通过快速二氧化硅色谱,15%到30%EtOAc/庚烷的洗脱梯度来纯化此粗产物。蒸发纯洗脱份到干燥,得到呈无色油状物的3-(四氢-2H-吡喃-2-基氧基)丙酸甲酯(67.7g,59.0%): 1 H NMR光谱:(CDCl3)1.47(4H,dddd),1.55-1.84(2H,m),2.55(2H,t),3.33-3.53(1H,m),3.53-3.7(4H,m),3.78(1H,ddd),3.93(1H,dt),4.42-4.72(1H,m);质谱[MH]+=189。
在室温下,向3-(四氢-2H-吡喃-2-基氧基)丙酸甲酯(67.68g,359.58mmol)于THF(680mL)中的溶液中添加氢氧化钠(2M,349mL,697.58mmol)。在室温下搅拌反应混合物3小时。在真空中移除THF,接着用乙酸乙酯(260mL)洗涤水层,随后冷却到0℃且通过添加盐酸(2M)小心酸化到pH 5。用乙酸乙酯(3×250mL)萃取产物,随后干燥(MgSO4)且蒸发,得到呈透明油状物的3-(四氢-2H-吡喃-2-基氧基)丙酸(57.0g,91%)。将此物质溶解于乙酸乙酯(750mL)中,接着用水(3×250mL)和盐水(250mL)洗涤以移除剩余乙酸。干燥(MgSO4)且蒸发有机溶液,得到呈无色油状物的3-(四氢-2H-吡喃-2-基氧基)丙酸(45.67g,72.9%): 1 H NMR 光谱: 1H NMR(CDCl3)1.43-1.67(4H,m),1.65-1.95(2H,m),2.68(2H,t),3.48-3.58(1H,m),3.73(1H,dt),3.88(1H,ddd),4.02(1H,dt),4.59-4.7(1H,m);质谱[M-H]-=173。
如以上所分离出的实例3为呈三种不同晶形的结晶固体,在此描述为形式A、B以及C。
实例3的形式A的晶体结构可以通过XRPD和DSC表征。
进行这些技术的方法如关于实例1所述。
实例3形式A的十个X射线粉末衍射峰
实例3形式A的XRPD显示于图3中。
实例3形式A的DSC分析显示开始于27.0℃的初始吸热和在63.0℃处的峰,另外的吸热位移可见在以下温度处的开始和峰:166.5℃和168.7℃、172.2℃和173.2℃以及在174.8℃处的最终熔融物和在175.7℃处的峰(图4)。
因此,DSC分析显示实例3形式A为在约27.0℃下开始去溶剂化且具有在约63.0℃处的峰的溶剂化物质。
实例3(形式A)的X射线粉末衍射谱显示该物质为结晶。此物质具有28.0℃(开始)的去溶剂化点。
实例3也可以按替代性多晶型形式存在,在此称作形式B。形式B的制备描述于上文中。
此物质具有172.5℃(开始)的熔点。
在本发明的另一个方面中,提供一种通过使实例3样品在乙腈中制成浆料来制造实例3的形式B的方法。在本发明的另一个方面中,提供一种用于从实例3的形式C于MIBK中的溶液制造实例3的形式B的方法。
实例3形式B的十个X射线粉末衍射峰
实例3形式B的XRPD显示于图5中。
实例3形式B的DSC分析显示开始于172.5℃的熔融吸热和在174.2℃处的峰(图6)。
因此,DSC分析显示实例3B为在约172.5℃下开始熔融且具有在约174.2℃处的峰的高熔点固体。
实例3也可以按第三晶形存在,在此称作形式C。通过从异丙醇(IPA)结晶,从例如形式B物质制造形式C物质的方法描述于上文中。
因此,在本发明的另一个方面中,提供一种通过从IPA结晶出实例3来制造实例3的形式C的方法。
实例3形式C的特征为提供以下使用CuKa辐射所测量的2θ值中的至少一者:6.9和12.3。实例3形式C的特征为提供实质上如图A中所示的X射线粉末衍射图。十个X射线粉末衍射峰显示如下:
实例3形式C的十个X射线粉末衍射峰
实例3形式C的DSC分析显示开始于183.0℃的熔融吸热和在185.6℃处的峰(图B)。
因此,DSC分析显示实例3形式C为在约183.0℃下开始熔融且具有在约185.6℃处的峰的高熔点固体。
用于形式C分析的技术细节
X射线粉末衍射
分析仪器:Panalytical Cubix。
通过将结晶物质样品安装在Panalytical单硅晶体(SSC)晶片支架上且借助于显微镜载片将样品展布成薄层来测定X射线粉末衍射图。使样品以每分钟30转离心(以改良计数统计)且用由在45kV和40mA下操作的铜制长细聚焦管产生的具有1.5418埃的波长的X射线来照射。使X射线光束穿过0.04拉德索勒(soller)狭缝,接着穿过设定在20mm下的自动可变发散狭缝和最后穿过20mm光束遮罩。引导反射的辐射穿过20mm防散射狭缝和0.04拉德索勒狭缝。在2°到40°2θ范围内以θ-θ模式每0.0025067°2θ增量使样品曝露1.905秒(连续扫描模式)。该仪器装备有X-Celerator检测器。借助于用X′Pert Industry软件操作的Dell Pentium 4HT工作站进行控制和数据撷取。X射线粉末衍射领域的普通技术人员将认识到,峰的相对强度可以受例如大小在30微米以上的晶粒和非单一纵横比影响,这可能影响样品的分析。本领域普通技术人员也将认识到,反射位置可以受样品在衍射计中所处的确切高度和衍射计的零点校正影响。样品的表面平坦度也可能具有细微影响。因此,所呈现的衍射图数据不应视为绝对值。
差示扫描热量测定
分析仪器:TA仪器Q1000DSC。典型地,在25℃到300℃的温度范围内以10℃/min的恒定加热速率加热含于配备有盖的标准铝盘中的小于5mg的物质。以50mL/min的流速使用采用氮气的净化气体。
实例4
(3R)-1-[4-[5-[5-氨基-6-(5-叔丁基-1,3,4-噁二唑-2-基)吡嗪-2-基]-1-甲基-1,2,4-三 唑-3-基]-1-哌啶基]-3-羟基-丁-1-酮
向3-(5-叔丁基-1,3,4-噁二唑-2-基)-5-(1-甲基-3-(哌啶-4-基)-1H-1,2,4-三唑-5-基)吡嗪-2-胺(200mg,0.52mmol,描述于实例1中)、N-乙基-N-异丙基丙-2-胺(0.273mL,1.56mmol)以及(R)-3-羟基丁酸(65.2mg,0.63mmol)于N,N-二甲基甲酰胺(3mL)中的搅拌悬浮液中添加四氟硼酸2-(1H-苯并[d][1,2,3]三唑-1-基)-1,1,3,3-四甲基异脲(201mg,0.63mmol)。在室温下搅拌所得悬浮液2小时。使用Waters X-Bridge反相柱(C-18,5微米二氧化硅,30mm直径,150mm长度,流速60ml/min),使用31%乙腈于水(包含碳酸铵(2g/L)中的等位溶剂混合物,通过制备型HPLC来纯化所得混合物。将包含所希望的化合物的洗脱份蒸发到干燥,得到浅黄色固体。在乙腈(3mL)中在室温下搅拌此固体。过滤所得固体,用冷乙腈洗涤且干燥,得到呈浅黄色固体状的标题化合物(125mg,51.0%)。
1 H NMR光谱:(CDCl3)1.24(3H,d),1.52(9H,s),1.85(2H,m),2.10(2H,m),2.35(1H,dd),2.55(1H,d),2.90(1H,m),3.05(1H,m),3.20(1H,m),3.90(1H,m),4.25(1H,m),4.31(3H,s),4.6(1H,m),9.03(1H,s);质谱[M+H]+=470。
实例5
(3S)-1-[4-[5-[5-氨基-6-(5-叔丁基-1,3,4-噁二唑-2-基)吡嗪-2-基]-1-甲基-1,2,4-三 唑-3-基]-1-哌啶基]-3-羟基-丁-1-酮
使用与实例4类似的程序,使3-(5-叔丁基-1,3,4-噁二唑-2-基)-5-(1-甲基-3-(哌啶-4-基)-1H-1,2,4-三唑-5-基)吡嗪-2-胺与(S)-3-羟基丁酸反应,得到呈浅黄色固体状的标题化合物(167mg,68.2%)。
1 H NMR光谱:(CDCl3)1.24(3H,d),1.52(9H,s),1.85(2H,m),2.10(2H,m),2.35(1H,dd),2.55(1H,d),2.90(1H,m),3.05(1H,m),3.20(1H,m),3.90(1H,m),4.25(1H,m),4.31(3H,s),4.6(1H,m),9.03(1H,s);质谱[M+H]+=470。
实例6
(2R)-1-[4-[5-[5-氨基-6-(5-叔丁基-1,3,4-噁二唑-2-基)吡嗪-2-基]-1-甲基-1,2,4-三 唑-3-基]-1-哌啶基]-3-羟基-2-甲基-丙-1-酮
使用与实例4类似的程序,使3-(5-叔丁基-1,3,4-噁二唑-2-基)-5-(1-甲基-3-(哌啶-4-基)-1H-1,2,4-三唑-5-基)吡嗪-2-胺与(R)-3-羟基-2-甲基丙酸反应,得到呈浅黄色固体状的标题化合物(87mg,47.4%)。
1 H NMR光谱:(CDCl3)1.55(9H,s),1.61(3H,s br),1.8-2.0(2H,m),2.10-2.25(2H,m),2.90(2H,m),3.10(1H,m),3.3(2H,m),3.77(2H,m),4.33(3H,s),4.6(1H,m),9.05(1H,s);质谱[M+H]+=470。
实例7
1-[4-[5-[5-氨基-6-(5-叔丁基-1,3,4-噁二唑-2-基)吡嗪-2-基]-1-甲基-1,2,4-三唑-3- 基]-1-哌啶基]-2-羟基-2-甲基-丙-1-酮
在氩气下,向溶解于NMP(1.2mL)中的2-羟基-2-甲基丙酸(38.0mg,0.37mmol)、3-(5-叔丁基-1,3,4-噁二唑-2-基)-5-(1-甲基-3-(哌啶-4-基)-1H-1,2,4-三唑-5-基)吡嗪-2-胺(100mg,0.26mmol)以及2-羟基-吡啶N-氧化物(57.9mg,0.52mmol)中一次性添加1-(3-二甲氨基丙基)-3-乙基碳化二亚胺盐酸盐(100mg,0.52mmol)。在25℃下搅拌所得溶液3小时。添加吡啶(100μL,1.24mmol)且搅拌混合物18小时。再添加2-羟基吡啶1-氧化物(57.9mg,0.52mmol)和1-(3-二甲氨基丙基)-3-乙基碳化二亚胺盐酸盐(100mg,0.52mmol)。接着加热混合物到70℃,持续48小时,再添加2-羟基-2-甲基丙酸(15mg,0.14mmol)、1-(3-二甲氨基丙基)-3-乙基碳化二亚胺盐酸盐(50.0mg,0.26mmol)以及2-羟基吡啶1-氧化物(25.0mg,0.23mmol),且接着保持混合物在70℃,持续8小时。使用Waters X-Bridge反相柱(C-18,5微米二氧化硅,19mm直径,100mm长度,流速40ml/min)和水(包含0.2%碳酸铵)与乙腈的极性递减混合物作为洗脱剂,通过制备型HPLC来纯化溶液,得到呈浅黄色固体状的标题化合物(71mg,58%)。
1 H NMR光谱:(CDCl3)1.55(15H,s br),1.90(2H,m),2.15(2H,m),3.05-3.3(4H,m),4.32(3H,s),4.6(1H,m),9.03(1H,s);质谱[M+H]+=470。
实例8
3-[4-[5-[5-氨基-6-(5-叔丁基-1,3,4-噁二唑-2-基)吡嗪-2-基]-1-甲基-1,2,4-三唑-3- 基]-1-哌啶基]-3-氧代-丙酸
在0℃下在氮气下,经2分钟的时间段,向溶解于CH2Cl2(1.5mL)中的3-(5-叔丁基-1,3,4-噁二唑-2-基)-5-(1-甲基-3-(哌啶-4-基)-1H-1,2,4-三唑-5-基)吡嗪-2-胺(100mg,0.26mmol)和三乙胺(0.047mL,0.34mmol)的搅拌溶液中逐滴添加3-氯-3-氧代丙酸乙酯(0.037mL,0.29mmol)。在0℃下搅拌混合物10分钟,接着使其温至室温且搅拌1小时。蒸发混合物,使其溶解于DMF中;过滤出白色固体且使用Waters X-Terra反相柱,用水(包含0.2%碳酸铵)与乙腈的混合物洗脱,通过制备型HPLC来纯化滤液,得到呈黄色固体状的3-(4-(5-(5-氨基-6-(5-叔丁基-1,3,4-噁二唑-2-基)吡嗪-2-基)-1-甲基-1H-1,2,4-三唑-3-基)哌啶-1-基)-3-氧代丙酸乙酯(80mg,61.7%)。将此物质悬浮于THF(2mL)中。添加2N氢氧化钠(0.235mL,0.47mmol)和水(0.5ml)。在室温下搅拌混合物过夜。向该混合物中添加2N盐酸(230μL)。蒸发溶剂。用CH2Cl2(30mL)和水(5mL)稀释残余物。有机相用盐水洗涤且经MgSO4干燥。蒸发溶剂。在乙醚中湿磨所得泡沫。过滤所得黄色固体,干燥,在乙腈(3mL)中湿磨。通过过滤来收集黄色固体,在40℃下干燥,得到呈黄色固体状的标题化合物(50mg,68%)。
1 H NMR光谱:(DMSO-d6)1.46(9H,s),1.58(1H,m),1.74(1H,m),1.98(2H,m),2.84(1H,m),3.0(1H,m),3.21(1H,m),3.46(2H,m),3.83(1H,m),4.22(3H,s),4.34(1H,m),7.8-8.2(1H,m),8.87(1H,s);质谱[M+H]+=470。
实例9:3-[4-[5-[5-氨基-6-(5-叔丁基-1,3,4-噁二唑-2-基)吡嗪-2-基]-1-乙基-1,2,4- 三唑-3-基]-1-哌啶基]-3-氧代-丙酸
在50℃下,向溶解于DMF(20mL)中的3-乙氧基-3-氧代丙酸(150mg,1.13mmol)、N-乙基-N-异丙基丙-2-胺(0.394mL,2.26mmol)以及3-(5-(叔丁基)-1,3,4-噁二唑-2-基)-5-(1-乙基-3-(哌啶-4-基)-1H-1,2,4-三唑-5-基)吡嗪-2-胺(450mg,1.13mmol)的搅拌溶液中经30秒逐份添加六氟磷酸O-(7-氮杂苯并三唑-1-基)-N,N,N′,N′-四甲脲(474mg,1.25mmol)。1分钟后(完全反应)对所得溶液进行取样且使其即刻冷却到环境温度。浓缩反应混合物且用EtOAc(100mL)稀释,依次用水(20mL)和饱和盐水(20mL)洗涤。经MgSO4干燥有机层,过滤且蒸发,得到粗3-(4-(5-(5-氨基-6-(5-(叔丁基)-1,3,4-噁二唑-2-基)吡嗪-2-基)-1-乙基-1H-1,2,4-三唑-3-基)哌啶-1-基)-3-氧代丙酸乙酯(850mg)。
将该物质中的一些(780mg)溶解于THF(20ml)中。向此溶液中添加2N氢氧化钠水溶液(2.3ml,4.57mmol)和水(5ml),随后添加甲醇(5ml),得到澄清溶液。于室温下搅拌混合物3小时。蒸发THF。用2N盐酸水溶液(2.5ml)将水层酸化到pH 3。添加二氯甲烷(50ml)且萃取有机相。用盐水(10ml)洗涤有机相且经MgSO4干燥。蒸发溶剂。使用水(包含1%氨)与乙腈的极性递减混合物作为洗脱剂,通过制备型HPLC(Waters X-Bridge Prep C18OBD柱,5μ二氧化硅,50mm直径,100mm长度)来纯化所得胶状物。将包含所希望的化合物的洗脱份蒸发到干燥,得到纯铵盐。将此铵盐溶解在水中且用2N盐酸(约0.3ml)酸化到pH 3。添加二氯甲烷(50ml)且分离出有机相,用盐水(5ml)洗涤且经MgSO4干燥。在过滤之后,将所得溶液蒸发到干燥且用乙醚(5ml)湿磨残余物并过滤,得到呈奶白色固体状的3-(4-(5-(5-氨基-6-(5-(叔丁基)-1,3,4-噁二唑-2-基)吡嗪-2-基)-1-乙基-1H-1,2,4-三唑-3-基)哌啶-1-基)-3-氧代丙酸(195mg,26.5%)。
1 H NMR光谱:(DMSO-d6)1.45(9H,s),1.48(3H,m),1.55-1.62(1H,m),1.70-1.80(1H,m),1.95-2.05(2H,m),2.80-2.90(1H,m),2.95-3.05(1H,m),3.15-3.25(1H,m),3.45(2H,s),3.78-3.85(1H,m),4.30-4.40(1H,m),4.55-4.65(2H,m),7.80-8.00(2H,br s),8.88(1H,s),12.60(1H,s);质谱[M+H]+=484
实例10:(2S)-1-[4-[5-[5-氨基-6-(5-叔丁基-1,3,4-噁二唑-2-基)吡嗪-2-基]-1-乙 基-1,2,4-三唑-3-基]-1-哌啶基]-2,3-二羟基-丙-1-酮
向3-(5-(叔丁基)-1,3,4-噁二唑-2-基)-5-(1-乙基-3-(哌啶-4-基)-1H-1,2,4-三唑-5-基)吡嗪-2-胺(257mg,0.50mmol,TFA盐)、(S)-2,2-二甲基-1,3-二氧戊环-4-甲酸钾(101mg,0.55mmol)以及EDCI(105mg,0.55mmol)于DCM(5mL)中的混合物中添加水合1-羟基-1H-苯并三唑(85mg,0.56mmol)和DIPEA(194mg,1.50mmol)。在室温下搅拌混合物16小时。向混合物中添加水,且用DCM萃取混合物。有机层用盐水洗涤且经Na2SO4干燥,过滤且浓缩,得到(S)-(4-(5-(5-氨基-6-(5-(叔丁基)-1,3,4-噁二唑-2-基)吡嗪-2-基)-1-乙基-1H-1,2,4-三唑-3-基)哌啶-1-基)(2,2-二甲基-1,3-二氧戊环-4-基)甲酮(320mg)。质谱[M+H]+=526。在室温下向(S)-(4-(5-(5-氨基-6-(5-(叔丁基)-1,3,4-噁二唑-2-基)吡嗪-2-基)-1-乙基-1H-1,2,4-三唑-3-基)哌啶-1-基)(2,2-二甲基-1,3-二氧戊环-4-基)甲酮(320mg)于DCM(10mL)中的混合物中逐滴添加TFA(1.6ml,20.77mmol)。在室温下搅拌混合物16h,浓缩,且使用水(包含0.1%NH3)与MeCN的极性递减混合物作为洗脱剂,通过制备型HPLC(Waters XBridge Prep C18OBD柱,5μ二氧化硅,19mm直径,100mm长度)来纯化。将包含所希望的化合物的洗脱份蒸发到干燥,得到呈白色固体状的标题化合物(142mg,48%)。 1 H NMR光谱(400Hz,DMSO-d6,30℃):1.45(12H,m),1.56(1H,m),1.70(1H,m),1.98(2H,m),2.85(1H,m),3.00(1H,m),3.20(1H,m),3.45(1H,s),3.55(1H,s),4.05(1H,m),4.35(2H,m),4.60(2H,m),4.70(1H,m),4.85(1H,m),7.90(2H,m),8.85(1H,s);质谱[M+H]+=486。
实例11:(2R)-1-[4-[5-[5-氨基-6-(5-叔丁基-1,3,4-噁二唑-2-基)吡嗪-2-基]-1-乙 基-1,2,4-三唑-3-基]-1-哌啶基]-2,3-二羟基-丙-1-酮
使用与实例10中所述类似的程序,使3-(5-(叔丁基)-1,3,4-噁二唑-2-基)-5-(1-乙基-3-(哌啶-4-基)-1H-1,2,4-三唑-5-基)吡嗪-2-胺与(R)-2,2-二甲基-1,3-二氧戊环-4-甲酸钾反应,获得呈固体状的标题化合物(0.145g,40%)。 1 H NMR 光谱(400Hz,DMSO-d6,30℃):1.45(12H,m),1.60(2H,m),1.98(2H,m),2.85(1H,m),3.00(1H,m),3.17(1H,m),3.45(1H,s),3.55(1H,s),4.05(1H,m),4.35(2H,m),4.60(2H,m),4.70(1H,m),4.85(1H,m),7.90(2H,m),8.85(1H,s);质谱[M+H]+=486。
附图简要说明
图1显示实例1形式A的X射线粉末衍射图。
图2显示实例1形式A的DSC热谱图。
图3显示实例3形式A的X射线粉末衍射图。
图4显示实例3形式A的DSC热谱图。
图5显示实例3形式B的X射线粉末衍射图。
图6显示实例3形式B的DSC热谱图。
图7显示实例3形式C的X射线粉末衍射图。
图8显示实例3形式C的DSC热谱图。
图9显示通过实例3与AKT抑制剂(AZD5363)的组合依序给药的肿瘤生长抑制
图10显示通过实例3与AKT抑制剂(AZD5363)的组合共同给药的肿瘤生长抑制
图11显示在BT474异种移植模型中通过实例3与PARP抑制剂(奥拉帕尼)的组合的肿瘤生长抑制
图12显示在MCF7异种移植模型中通过实例3与PARP抑制剂(奥拉帕尼)的组合的肿瘤生长抑制
图13显示通过实例3与(AZD8186)的组合的肿瘤生长抑制。

Claims (15)

1.一种具有化学式(I)的化合物
其中
R1为甲基或乙基;并且
R2为经羟基取代的(C2-3)烷基;
或其医药学上可接受的盐。
2.如权利要求1所述的化合物或其医药学上可接受的盐,其中R2是选自基团(i)到(xi):
3.如权利要求1或权利要求2所述的化合物或其医药学上可接受的盐,其中R2是选自如权利要求2中所定义的基团(i)到(vi)。
4.如以上权利要求中任一项所述的化合物或其医药学上可接受的盐,其中R2是如权利要求2中所定义的基团(i)。
5.如以上权利要求中任一项所述的化合物或其医药学上可接受的盐,其中R1是甲基。
6.如权利要求1到4中任一项所述的化合物或其医药学上可接受的盐,其中R1是乙基。
7.如权利要求1所述的化合物或其医药学上可接受的盐,该化合物是选自:
1-[4-[5-[5-氨基-6-(5-叔丁基-1,3,4-噁二唑-2-基)吡嗪-2-基]-1-甲基-1,2,4-三唑-3-基]-1-哌啶基]-3-羟基-丙-1-酮;
1-[4-[5-[5-氨基-6-(5-叔丁基-1,3,4-噁二唑-2-基)吡嗪-2-基]-1-乙基-1,2,4-三唑-3-基]-1-哌啶基]-3-羟基-丙-1-酮;
(3R)-1-[4-[5-[5-氨基-6-(5-叔丁基-1,3,4-噁二唑-2-基)吡嗪-2-基]-1-甲基-1,2,4-三唑-3-基]-1-哌啶基]-3-羟基-丁-1-酮;
(3S)-1-[4-[5-[5-氨基-6-(5-叔丁基-1,3,4-噁二唑-2-基)吡嗪-2-基]-1-甲基-1,2,4-三唑-3-基]-1-哌啶基]-3-羟基-丁-1-酮;
(2R)-1-[4-[5-[5-氨基-6-(5-叔丁基-1,3,4-噁二唑-2-基)吡嗪-2-基]-1-甲基-1,2,4-三唑-3-基]-1-哌啶基]-3-羟基-2-甲基-丙-1-酮;
1-[4-[5-[5-氨基-6-(5-叔丁基-1,3,4-噁二唑-2-基)吡嗪-2-基]-1-甲基-1,2,4-三唑-3-基]-1-哌啶基]-2-羟基-2-甲基-丙-1-酮。
8.如以上权利要求中任一项所述的化合物或其医药学上可接受的盐,呈晶形呈晶形。
9.如以上权利要求中任一项所述的化合物或其医药学上可接受的盐,用作药物。
10.如以上权利要求中任一项所述的化合物或其医药学上可接受的盐,用于预防或治疗如人类的温血动物中的癌症。
11.适用于治疗癌症的一个组合,该组合包括如权利要求1所述的具有化学式(I)的化合物或其医药学上可接受的盐和另一种抗肿瘤剂。
12.一种医药组合物,该医药组合物包括如权利要求1所述的具有化学式(I)的化合物或其医药学上可接受的盐和医药学上可接受的稀释剂或载剂。
13.选择用具有化学式(I)的化合物来治疗的患者的方法,该方法包括提供来自患者的包含肿瘤源性DNA或肿瘤细胞的样品;确定该患者的肿瘤细胞或肿瘤源性DNA中的PIK3CA基因为野生型抑或突变型;并且基于以上来选择用具有化学式(I)的化合物治疗的患者。
14.治疗患有癌症的患者的一种方法,包括:提供来自患者的包含肿瘤细胞的样品;确定该患者的肿瘤细胞中的PIK3CA基因为野生型抑或突变型;并且如果这些肿瘤细胞具有突变型PIK3CA基因,那么向该患者给予有效量的如权利要求1所述的具有化学式(I)的化合物。
15.如权利要求1所述的具有化学式(I)的化合物,用于治疗具有鉴别为携带突变型PIK3CA基因的肿瘤细胞的癌症。
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